RU2522822C2 - Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses - Google Patents
Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses Download PDFInfo
- Publication number
- RU2522822C2 RU2522822C2 RU2012143573/10A RU2012143573A RU2522822C2 RU 2522822 C2 RU2522822 C2 RU 2522822C2 RU 2012143573/10 A RU2012143573/10 A RU 2012143573/10A RU 2012143573 A RU2012143573 A RU 2012143573A RU 2522822 C2 RU2522822 C2 RU 2522822C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- genes
- avian influenza
- influenza viruses
- teal
- primers
- Prior art date
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к биотехнологии, молекулярной биологии и может быть использовано в диагностических целях идентификации вируса гриппа птиц в вирусологии и ветеринарии, а также для решения научно-исследовательских задач по изучению данного вирусаThe invention relates to biotechnology, molecular biology and can be used for diagnostic purposes to identify avian influenza virus in virology and veterinary medicine, as well as to solve research problems to study this virus
Вирусы гриппа птиц (вирус гриппа типа А; ВГП) (Orthomyxoviridae, Influenza virus А) имеют широкий круг хозяев среди млекопитающих и птиц, но их основным резервуаром в природе являются дикие птицы околоводного комплекса. Геном вируса состоит из 8-ми сегментов, представленных одноцепочечными (-)РНК, и кодирующих 10 генов и 13 белков (В. W. Jagger, Н. М. Wise, J. С.Kash, К.-А. Walters, N. М. Wills, Y.-L. Xiao, R. L. Dunfee, L. M. Schwartzman, A. Ozinsky, G. L. Bell, R. M. Dalton, A. Lo, S. Efstathiou, J. F. Atkins, A. E. Firth, J. K. Taubenberger, P. Digard. An Overlapping Protein-Coding Region in Influenza A Virus Segment 3 Modulates the Host Response // SCIENCE. - 337. - 199-204). Вирусы гриппа типа А подразделяются на субтипы на основании антигенных свойств их поверхностных гликопротеинов - гемагглютинина (НА) и нейраминидазы (NA). В настоящий момент известно 17 субтипов НА и 10 субтипов NA, все из которых были выделены от диких птиц, кроме субтипа H17N10, выделенного от летучих мышей (Tong S, Li Y, Rivailler P, Conrardy C, Castillo DA, Chen LM, Recuenco S, Ellison JA, Davis CT, York IA, Turmelle AS, Moran D, Rogers S, Shi M, Tao Y, Weil MR, Tang K, Rowe LA, Sammons S, Xu X, Frace M, Lindblade KA, Cox NJ, Anderson LJ, Rupprecht CE, Donis RO A distinct lineage of influenza A virus from bats. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Mar 13; 109(11):4269-74).Avian influenza viruses (type A influenza virus; AHV) (Orthomyxoviridae, Influenza virus A) have a wide range of hosts among mammals and birds, but wild water birds of their nature are their main reservoir in nature. The viral genome consists of 8 segments represented by single-stranded (-) RNA, and encoding 10 genes and 13 proteins (B. W. Jagger, N. M. Wise, J. C. Kash, K.-A. Walters, N M. Wills, Y.-L. Xiao, RL Dunfee, LM Schwartzman, A. Ozinsky, GL Bell, RM Dalton, A. Lo, S. Efstathiou, JF Atkins, AE Firth, JK Taubenberger, P. Digard. An Overlapping Protein-Coding Region in Influenza A
Анализ известных аналогов. За рубежом для получения нуклеотидных последовательностей генов ВГП используется метод ОТ-ПЦР с ген-специфицными праймерами. Впоследствии, полученные в ходе данной реакции продукты используются в сиквенсовой реакции с использованием уже другого набора ген-специфических праймеров (Е. Hoffmann, J. Stech, Y. Guan, R. G. Webster, D. R. Perez. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses // Arch Virol. - 2001. - 146(12). - №2275-2289). Данный метод не только трудоемок, но и в связи с тем, что используемые в данном случае праймеры разработаны с учетом генетическом особенностей ВГП американской линии, не применим для получения нуклеотидных последовательностей вирусов евразийской линии. В связи с этим, для получения первичных последовательностей генов (РВ2, РВ1, PA, NP, MP, NS) ВГП нами были разработаны последовательности олигонуклеотидных праймеров, специфичных для ВГП евразийской линии. Кроме того, на 5'-конце разработанных нами праймеров имеется последовательность фага М13 - M13-F 5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3', M13-R 5'-CAGGAAACAGCTATGACC-3' (Е. Ghedin, N.A. Sengamalay, М. Shumway, J. Zaborsky, Т. Feldblyum, V. Subbu, D. J. Spiro, J. Sitz, H. Koo, P. Bolotov, D. Dernovoy, T. Tatusova, Y. Bao,K. St. George, J. Taylor, D. J. Lipman, С.M. Fraser, J. K. Taubenberger, S. L. Salzberg. Large-scale sequencing of human influenza reveals the dynamic nature of viral genome evolution // Nature. - 2005. - 437. - 1162-1166), что в значительной мере упрощает и ускоряет процесс постановки сиквенсовой реакции, а также исключает недосеквенирования концевых последовательностей генов. Метод с использованием фрагментов генома фага М13 в последовательности праймеров ранее был разработан Е. Ghedin с соавторами и в настоящий момент применяется для получения последовательностей генов высокопатогенных ВГП H5N1 субтипа (http://gsc.jcvi.org/projects/msc/influenza/infl_a_virus/primers.shtml) и вируса гриппа человека рНШ1 (http://www.who.int/influenza/en/).Analysis of known analogues. Abroad, RT-PCR with gene-specific primers is used to obtain the nucleotide sequences of the AHP genes. Subsequently, the products obtained during this reaction are used in the sequencing reaction using a different set of gene-specific primers (E. Hoffmann, J. Stech, Y. Guan, RG Webster, DR Perez. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses // Arch Virol. - 2001 .-- 146 (12). - No. 2275-2289). This method is not only time-consuming, but due to the fact that the primers used in this case are designed taking into account the genetic characteristics of the American-type AHP, it is not applicable for obtaining the nucleotide sequences of Eurasian-line viruses. In this regard, in order to obtain the primary sequences of genes (PB2, PB1, PA, NP, MP, NS) of VGP, we developed sequences of oligonucleotide primers specific for the VGP of the Eurasian line. In addition, at the 5'-end of the primers we developed, there is a sequence of phage M13 - M13-F 5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3 ', M13-R 5'-CAGGAAACAGCTATGACC-3' (E. Ghedin, NA Sengamalay, M. Shumway, J Zaborsky, T. Feldblyum, V. Subbu, DJ Spiro, J. Sitz, H. Koo, P. Bolotov, D. Dernovoy, T. Tatusova, Y. Bao, K. St. George, J. Taylor, DJ Lipman , S. M. Fraser, JK Taubenberger, SL Salzberg, Large-scale sequencing of human influenza reveals the dynamic nature of viral genome evolution // Nature. - 2005. - 437. - 1162-1166), which greatly simplifies and accelerates the process of staging the sequencing reaction, and also eliminates the underequencing of the terminal sequences of genes. The method using fragments of the M13 phage genome in the primer sequence was previously developed by E. Ghedin et al. And is currently used to obtain the gene sequences of the highly pathogenic H5N1 subtype HHP (http://gsc.jcvi.org/projects/msc/influenza/infl_a_virus/ primers.shtml) and human influenza virus pHSh1 (http://www.who.int/influenza/en/).
Задачей заявляемого изобретения является создание специфичного набора праймеров, содержащего пары олигонуклеотидов, обладающих активностью прямого и обратного праймеров (F и R соответственно), позволяющих получать первичные последовательности полных генов вируса гриппа птиц для дальнейшего генетического анализа.The objective of the invention is the creation of a specific set of primers containing pairs of oligonucleotides with direct and reverse primer activity (F and R, respectively), allowing to obtain primary sequences of the complete genes of the avian influenza virus for further genetic analysis.
Техническим результатом предлагаемого изобретения является набор праймеров, разработанных для получения первичных последовательностей генов РВ2, РВ1, PA, NP, MP, NS низкопатогенных вирусов гриппа птиц, циркулирующего на территории Евразийского континента. Уникальные олигонуклеотиды не дают перекрестных реакций с родственными видами, позволяют, ограничиваясь одноступенчатой процедурой проведения ПЦР. Разработанные праймеры позволяют получить полную информацию о генах вирусов гриппа птиц, их принадлежности к той или иной генетической линии вируса, наличии нуклеотидных/аминокислотных замен в геноме патогена.The technical result of the invention is a set of primers designed to obtain primary sequences of genes PB2, PB1, PA, NP, MP, NS of low pathogenic avian influenza viruses circulating in the Eurasian continent. Unique oligonucleotides do not cross-react with related species; they allow, limiting themselves to a single-step PCR procedure. The developed primers provide complete information about the genes of avian influenza viruses, their affiliation with a particular genetic line of the virus, the presence of nucleotide / amino acid substitutions in the pathogen genome.
К моменту разработки нового заявляемого набора праймеров, опубликованных данных по молекулярно-генетическому изучению вирусов гриппа птиц, циркулирующих на территории Евразийского континента и России, в частности, не известно. Таким образом, заявляемый объект изобретения обладает критериями новизна, изобретательский уровень и промышленная применимость.At the time of the development of the new claimed set of primers, published data on the molecular genetic study of avian influenza viruses circulating in the Eurasian continent and Russia, in particular, is not known. Thus, the claimed object of the invention has the criteria of novelty, inventive step and industrial applicability.
Методика конструирования заявляемых олигонуклеотидных праймеровThe method of designing the claimed oligonucleotide primers
Разработка структуры олигонуклеотидных праймеров осуществлялась путем сравнения нуклеотидных последовательностей различных штаммов ВГП, выделенных на территории Евразии и Африки, и депонированных в международной базе данных GeneBank. Локализация в геноме позиций сконструированных олигонуклеотидных праймеров соответствует наиболее консервативным районам генов.The development of the structure of oligonucleotide primers was carried out by comparing the nucleotide sequences of various strains of AHP isolated in Eurasia and Africa and deposited in the international GeneBank database. Localization in the genome of the positions of the designed oligonucleotide primers corresponds to the most conserved regions of the genes.
Апробация праймеров была осуществлена с использованием большого числа изолятов ВГП, выделенных от различных видов диких птиц на территории Западной Сибири и Дальнего Востока России, а также Монголии. Было показано, что применение данных праймеров для получения первичных последовательностей ВГП обеспечивает синтез фрагментов ДНК рассчитанного размера в условиях ПЦР и секвенирующей реакций. Специфичность продуктов амплификации была подтверждена методом прямого секвенирования.The primers were tested using a large number of AHP isolates isolated from various species of wild birds in Western Siberia and the Far East of Russia, as well as Mongolia. It was shown that the use of these primers to obtain the primary sequences of VGP provides the synthesis of DNA fragments of the calculated size under the conditions of PCR and sequencing reactions. The specificity of amplification products was confirmed by direct sequencing.
Характеристика набора праймеров и участков амплифицируемой геномной РНКCharacterization of a set of primers and regions of amplified genomic RNA
Праймеры фланкируют участки генов РВ2, РВ1, PA, NP, MP, NS низкопатогенных ВГП, кДНК каждого из которых не имеет полиндромных повторов нуклеотидов и не образует выраженных вторичных структур, не имеет протяженных G-C участков. Для пар праймеров расчетная температура плавления была близкой и составила Tm=50°С. Специфичность образующегося фрагмента кДНК устанавливали прямым секвенированием полученного фрагмента, что и было выполнено для некоторого количества штаммов и изолятов ВГП, выделенных в Новосибирской, Омской области и Алтайском крае. Изобретение иллюстрируется примерами, структура которых приведена в таблице 1.Primers flank portions of the genes PB2, PB1, PA, NP, MP, NS of low pathogenic AHP, the cDNA of each of which does not have polindromic nucleotide repeats and does not form pronounced secondary structures, does not have extended G-C sites. For primer pairs, the calculated melting temperature was close and amounted to Tm = 50 ° C. The specificity of the resulting cDNA fragment was established by direct sequencing of the obtained fragment, which was done for a number of strains and isolates of hepatitis A virus isolated in the Novosibirsk, Omsk region and Altai Territory. The invention is illustrated by examples, the structure of which is shown in table 1.
Примеры 1-4 иллюстрируют алгоритм апробации сконструированных олигонуклеотидных праймеров на примере штамма A/teal/Chany/7119/2008(H15N4).Examples 1-4 illustrate the testing algorithm designed oligonucleotide primers on the example of strain A / teal / Chany / 7119/2008 (H15N4).
Пример 1. Выделение РНК ВГП из образцов вируссодержащей аллантоисной жидкости куриных эмбрионов.Example 1. Isolation of VGP RNA from samples of virus-containing allantoic fluid in chicken embryos.
Для оценки эффективности использования нашего изобретения было исследовано 20 образцов вируссодержащей аллантоисной жидкости куриных эмбрионов. О наличии в исследуемом материале ВГП судили на основании результатов метода ПЦР в режиме реального времени с использованием зонда (5'-FAM-TCAGGCCCCCTCAAAGCCGA-BHQ,-3') и пар праймеров на М ген (5'-TCGA AACGT ACGTTCTCTCTATC-3'), (5'-TGTCTTCAGCCАТТССATGAG-3'), длина фрагмента составляет 103 н.п. Постановка реакции осуществлялась согласно следующему протоколу:To assess the effectiveness of using our invention, 20 samples of virus-containing allantoic fluid of chicken embryos were studied. The presence of AHP in the test material was judged on the basis of real-time PCR using a probe (5'-FAM-TCAGGCCCCCTCAAAGCCGA-BHQ, -3 ') and primer pairs for the M gene (5'-TCGA AACGT ACGTTCTCTCTATC-3') , (5'-TGTCTTCAGCCATTSSATGAG-3 '), the fragment length is 103 n.p. The reaction was carried out according to the following protocol:
0.5 pmol dNTPs0.5 pmol dNTPs
0.5 pmol смеси праймеров0.5 pmol primer mixture
0.5 pmol зонда0.5 pmol probe
10 мкл 10х буфера (100mM TrisHCl (рН=8.9), 160 тМ (NH4)2SO4, 0.5% Tween20, 25 mM MgCl2)10 μl of 10x buffer (100mM TrisHCl (pH = 8.9), 160 tM (NH 4 ) 2 SO 4 , 0.5% Tween20, 25 mM MgCl 2 )
0,5 о.е. Taq-ДНК полимераза (СибЭнзим, Россия)0.5 p.u. Taq-DNA polymerase (SibEnzyme, Russia)
Суммарный объем реакции доводили до 25 мкл водой (nuclease free).The total reaction volume was adjusted to 25 μl with water (nuclease free).
ПЦР программа (52 цикла) включала следующие стадии:The PCR program (52 cycles) included the following stages:
1.Т=95°С,3 минуты,1.T = 95 ° C, 3 minutes,
2. Т=95°С, 40 секунд,2. T = 95 ° C, 40 seconds,
Т=58°С*, 30 секундT = 58 ° C *, 30 seconds
Т=72°С, 30 секунд T = 72 ° C, 30 seconds
Детектирование флуоресценции производилось на стадии отжига.Fluorescence detection was performed at the annealing stage.
Для отслеживания наличия внутрилабораторной контаминации постановка реакции осуществлялась в присутствии отрицательного контроля. ПЦР проводили на амплификаторе IQCycler (BioRad, США).To track the presence of intralaboratory contamination, the reaction was staged in the presence of a negative control. PCR was performed on an IQCycler amplifier (BioRad, USA).
В качестве положительного контроля был использован вирус A/gadwall/Altai/1202/2007(H5N2) (номера штамма в GenBank CY049753-CY049760).The virus A / gadwall / Altai / 1202/2007 (H5N2) (strain numbers in GenBank CY049753-CY049760) was used as a positive control.
Выделение РНК ВГП из вируссодержащей аллантоисной жидкости куриных эмбрионов производили с использованием коммерческого набора Promega SV Total RNA Isolation Kit (Promega, США) согласно инструкции производителя.The isolation of AHP RNA from the virus-containing allantoic fluid of chicken embryos was performed using a commercial Promega SV Total RNA Isolation Kit (Promega, USA) according to the manufacturer's instructions.
Пример 2. Получение кДНК методом обратной транскрипции.Example 2. Obtaining cDNA by reverse transcription.
Постановка реакции обратной транскрипции производилась коммерческим набором M-MuLV Reverse Transcriptase (BioLabs Inc., США) согласно инструкции производителя и с использованием Random праймера (Fermentas, Литва).The reverse transcription reaction was performed using the commercial M-MuLV Reverse Transcriptase kit (BioLabs Inc., USA) according to the manufacturer's instructions and using Random primer (Fermentas, Lithuania).
Пример 3. Проведение полимеразной цепной реакции.Example 3. Carrying out a polymerase chain reaction.
Постановка ПЦР осуществлялась с использованием коммерческого набора PyroStart Fast PCR Master Mix (2x) (Fermentas, Литва) и разработанных праймеров, специфичных на соответствующие гены. Использовали следующие параметры ПЦР: 96°С 30 с, затем 95°С 10 с, 50°С 30 с, 68°С 30 сек 35 циклов. Завершающий синтез проводили 10 мин 68°С. Полученные продукты реакции очищались с помощью гель-электрофореза в 1,5% агарозном геле и 1х ТАЕ буфере. ДНК визуализировали после окраски бромистым этидием (Sigma, США) при освещении УФ-светом. Длина фрагментов продуктов реакции определялась в сравнении с используемым ДНК- маркером (Gene Ruler 100bp DNA Ladder Plus, Fermentas, Литва). Выделение фрагментов ДНК осуществлялось коммерческим набором QIAquick Gel Extraction Kit (Quagen, Германия) согласно инструкции производителя.PCR was performed using the commercial PyroStart Fast PCR Master Mix (2x) kit (Fermentas, Lithuania) and developed primers specific for the corresponding genes. The following PCR parameters were used: 96 ° C for 30 s, then 95 ° C for 10 s, 50 ° C for 30 s, 68 ° C for 30 sec, 35 cycles. The final synthesis was carried out for 10 min 68 ° C. The resulting reaction products were purified by gel electrophoresis in 1.5% agarose gel and 1x TAE buffer. DNA was visualized after staining with ethidium bromide (Sigma, USA) under UV light. The length of the fragments of the reaction products was determined in comparison with the used DNA marker (Gene Ruler 100bp DNA Ladder Plus, Fermentas, Lithuania). DNA fragments were isolated using a commercial QIAquick Gel Extraction Kit (Quagen, Germany) according to the manufacturer's instructions.
Пример 4. Определение нуклеотидной последовательности:Example 4. The definition of the nucleotide sequence:
Определение нуклеотидной последовательности выделенного ПЦР фрагмента проводили на 3130×1 Genetic Analyzer (Applied Biosystem, США) по методу Sanger et al., согласно инструкции к BigDye Terminator 3.1v Cycler (Applied Biosystem, США) с использованием универсальных праймеров М13 (M13-F 5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3', M13-R 5'-CAGGAAACAGCTATGACC-3'). Температура отжига праймеров составляет 50°С. Чистка секвенирующей реакции производилась коммерческим набором BigDye XTerminator Purification Kit (Applied Biosystem, США) согласно инструкции производителя. Нуклеотидные последовательности были проанализированы с использованием программы ContigExpress (Invitrogene Inc., США) и базы данных Influenza virus Recourse (NCBI, США).The nucleotide sequence of the isolated PCR fragment was determined on a 3130 × 1 Genetic Analyzer (Applied Biosystem, USA) according to the method of Sanger et al., According to the instructions for BigDye Terminator 3.1v Cycler (Applied Biosystem, USA) using universal primers M13 (M13-F 5 '-TGTAAAACGACGGCCAGT-3', M13-R 5'-CAGGAAACAGCTATGACC-3 '). The primer annealing temperature is 50 ° C. The sequencing reaction was cleaned using the commercial BigDye XTerminator Purification Kit (Applied Biosystem, USA) according to the manufacturer's instructions. Nucleotide sequences were analyzed using the ContigExpress program (Invitrogene Inc., USA) and the Influenza virus Recourse database (NCBI, USA).
Результат исследований: У полученных ПЦР-продуктов были определены нуклеотидные последовательности и выведены аминокислотные последовательности.Research result: Nucleotide sequences were determined for the obtained PCR products and amino acid sequences were deduced.
Специфичность набора праймеров была подтверждена при исследовании заведомо положительных образцов, прямым секвенированием полученного ПЦР-фрагмента. В таблице 2 приведены данные о происхождении образцов материала, для которых были определены нуклеотидные и выведены аминокослотные последовательности. На рисунке 1 приведена электрофореграмма, на которой изображены продукты ПЦР, полученные с использованием разработанных праймеров и их специфичности.The specificity of the primer set was confirmed in the study of obviously positive samples by direct sequencing of the obtained PCR fragment. Table 2 shows the data on the origin of the material samples for which nucleotide sequences were determined and amino acid sequences were deduced. Figure 1 shows the electrophoregram, which shows the PCR products obtained using the developed primers and their specificity.
На рисунке 1 приведена электрофореграмма ПЦР продуктов, полученных при использовании разработанных пар праймеров на гены РВ2, РВ1, PA, NP, MP, NS. Дорожки 1-23 соответствуют ПЦР продуктам, полученным с кДНК вируса A/teal/Chany/7119/2008(H15N4), и соответствуют нумерации фрагментов, указанных в таблице 1. Дорожка L - ДНК маркер (Gene Ruler 100bp DNA Ladder Plus).Figure 1 shows the electrophoregram of PCR products obtained using developed pairs of primers for genes PB2, PB1, PA, NP, MP, NS. Lanes 1-23 correspond to PCR products obtained from cDNA of virus A / teal / Chany / 7119/2008 (H15N4), and correspond to the numbering of the fragments shown in Table 1. Track L is a DNA marker (Gene Ruler 100bp DNA Ladder Plus).
При исследовании отрицательных контрольных образцов положительных результатов получено не было.In the study of negative control samples, no positive results were obtained.
Разработка заявленного набора праймеров позволила получить данные о некоторых генетических характеристиках ВГП, циркулирующих на территории Западной Сибири, Дальнего Востока России и Монголии среди диких птиц.The development of the claimed primer set made it possible to obtain data on some genetic characteristics of AHP circulating in the territory of Western Siberia, the Far East of Russia and Mongolia among wild birds.
Claims (1)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2012143573/10A RU2522822C2 (en) | 2012-10-11 | 2012-10-11 | Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2012143573/10A RU2522822C2 (en) | 2012-10-11 | 2012-10-11 | Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2012143573A RU2012143573A (en) | 2014-04-20 |
| RU2522822C2 true RU2522822C2 (en) | 2014-07-20 |
Family
ID=50480517
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2012143573/10A RU2522822C2 (en) | 2012-10-11 | 2012-10-11 | Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2522822C2 (en) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2011035322A2 (en) * | 2009-09-21 | 2011-03-24 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the binding, detection, differentiation, isolation and sequencing of influenza a; influenza b; 2009 inlfuenza a/h1n1; and a 2009 influenza a/h1n1 rna sequence mutation associated with oseltamivir resistance |
-
2012
- 2012-10-11 RU RU2012143573/10A patent/RU2522822C2/en active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2011035322A2 (en) * | 2009-09-21 | 2011-03-24 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the binding, detection, differentiation, isolation and sequencing of influenza a; influenza b; 2009 inlfuenza a/h1n1; and a 2009 influenza a/h1n1 rna sequence mutation associated with oseltamivir resistance |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| Ron A. M. Fouchier et al., Detection of Influenza A Viruses from Different Species by PCR Amplification of Conserved Sequences in the Matrix Gene, J Clin Microbiol., 2000 November, Vol.38, No.11, p.p. 4096-4101. Andreas Untergasser et al., Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3, Nucleic Acids Res. 2007 July, Vol.35,(Web Server issue): W71-W74. * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2012143573A (en) | 2014-04-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Chan et al. | Amplification of the entire genome of influenza A virus H1N1 and H3N2 subtypes by reverse-transcription polymerase chain reaction | |
| Ducatez et al. | Multiple reassortment between pandemic (H1N1) 2009 and endemic influenza viruses in pigs, United States | |
| US8043813B2 (en) | Method of detecting H5 or H7 avian influenza virus | |
| Tombari et al. | Genetic evolution of low pathogenecity H9N2 Avian influenza viruses in Tunisia: acquisition of new mutations | |
| González Aparicio et al. | A virus is a community: diversity within negative-sense RNA virus populations | |
| Iqbal et al. | Selection of variant viruses during replication and transmission of H7N1 viruses in chickens and turkeys | |
| Mancera Gracia et al. | Effect of serial pig passages on the adaptation of an avian H9N2 influenza virus to swine | |
| Tang et al. | A multiplex RT-PCR assay for detection and differentiation of avian H3, H5, and H9 subtype influenza viruses and Newcastle disease viruses | |
| Choi et al. | Rapid acquisition of polymorphic virulence markers during adaptation of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in the mouse | |
| Saito et al. | High prevalence of amantadine‐resistance influenza a (H3N2) in six prefectures, Japan, in the 2005–2006 season | |
| US9803251B2 (en) | Methods of detecting influenza virus | |
| Metlin et al. | Characterization of Russian rabies virus vaccine strain RV-97 | |
| Martín-Valls et al. | Phylogeny of Spanish swine influenza viruses isolated from respiratory disease outbreaks and evolution of swine influenza virus within an endemically infected farm | |
| Abdelwhab et al. | Biological fitness and natural selection of amantadine resistant variants of avian influenza H5N1 viruses | |
| Shao et al. | An efficient and rapid influenza gene cloning strategy for reverse genetics system | |
| Urbaniak et al. | Reassortment process after co-infection of pigs with avian H1N1 and swine H3N2 influenza viruses | |
| Shcherbik et al. | Application of real time RT-PCR for the genetic homogeneity and stability tests of the seed candidates for live attenuated influenza vaccine production | |
| RU2522822C2 (en) | Synthetic oligonucleotides-primers used to obtain nucleotide sequences of genes pb2, pb1, pa, np, mp, ns of low pathogenic avian influenza viruses | |
| Kalthoff et al. | Truncation and sequence shuffling of segment 6 generate replication-competent neuraminidase-negative influenza H5N1 viruses | |
| Burashev et al. | Complete genome sequencing of two equine influenza A (H3N8) virus strains isolated in Kazakhstan | |
| Fereidouni et al. | Rapid pathotyping of recent H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses and of H5 viruses with low pathogenicity by RT-PCR and restriction enzyme cleavage pattern (RECP) | |
| CN106702028B (en) | Real-time fluorescence PCR detection kit and detection method for H10N7 avian influenza virus | |
| CN103194443A (en) | Multiple reverse transcription amplification method of three genes of H9N2 avian influenza virus | |
| Lu et al. | Next-generation sequencing confirmation of real-time RT-PCR false positive influenza-A virus detection in waterfowl and swine swab samples | |
| Choi et al. | Molecular identification of the vaccine strain from the inactivated oil emulsion H9N2 low pathogenic avian influenza vaccine |