RU2548811C2 - СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) - Google Patents
СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) Download PDFInfo
- Publication number
- RU2548811C2 RU2548811C2 RU2012155612/10A RU2012155612A RU2548811C2 RU 2548811 C2 RU2548811 C2 RU 2548811C2 RU 2012155612/10 A RU2012155612/10 A RU 2012155612/10A RU 2012155612 A RU2012155612 A RU 2012155612A RU 2548811 C2 RU2548811 C2 RU 2548811C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- mmp9
- fluorescence
- allele
- fam
- hex
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 14
- 108010000684 Matrix Metalloproteinases Proteins 0.000 title claims abstract 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title abstract description 3
- 102000002274 Matrix Metalloproteinases Human genes 0.000 title abstract 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 21
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims abstract description 12
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims abstract description 12
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 9
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 9
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 8
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 abstract description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 201000001245 periodontitis Diseases 0.000 description 7
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 5
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 208000001277 chronic periodontitis Diseases 0.000 description 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 208000028169 periodontal disease Diseases 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000000380 Matrix Metalloproteinase 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010016113 Matrix Metalloproteinase 1 Proteins 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000010266 Aggressive Periodontitis Diseases 0.000 description 1
- 108010022452 Collagen Type I Proteins 0.000 description 1
- 102000012422 Collagen Type I Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 101000691214 Haloarcula marismortui (strain ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809) 50S ribosomal protein L44e Proteins 0.000 description 1
- 101001033249 Homo sapiens Interleukin-1 beta Proteins 0.000 description 1
- 101000990902 Homo sapiens Matrix metalloproteinase-9 Proteins 0.000 description 1
- 101150081923 IL4 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100039065 Interleukin-1 beta Human genes 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 208000014151 Stomatognathic disease Diseases 0.000 description 1
- 101710136739 Teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 1
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 1
- LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N parathion Chemical compound CCOP(=S)(OCC)OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000003239 periodontal effect Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 1
- 210000004872 soft tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 108050000156 vitamin D receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000009310 vitamin D receptors Human genes 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии и может быть использовано для определения генотипа человека по полиморфизму в гене матриксной металлопротеиназы ММР9-1562 C>Т (rs3918242). Способ основан на снятии кривых плавления с флуоресцентно-мечеными аллель-специфичными олигонуклеотидными пробами. В способе используют общую для всех аллелей пару праймеров, отличающиеся для каждого аллеля флуоресцентно-меченые аллель-специфичные олигонуклеотидные пробы и универсальный олигонуклеотид, меченый гасителем флуоресценции следующего нуклеотидного состава: MMP9-1562s CGAAACCAGCCTGGTCAACG; ММР9-1562а TCTGCCTCCCGGGTTCAAGC; ММР9-1562р1 GGCGCACGCCTATAA-FAM; ММР9-1562р2 GGCGCATGCCTATAA-HEX; ММР9-1562pq BHQ1-ACCAGCTACTCGGGAGGC-3'-(P), где FAM - означает флуоресцентный краситель FAM, HEX - означает флуоресцентный краситель HEX, BHQ1 - означает присоединенный к 5'-концевому нуклеотиду темновой гаситель флуоресценции. Отнесение образца к гомозиготе или гетерозиготе по данному аллелю оценивается по форме кривых плавления ДНК - по максимуму первой производной графиков флуоресценции. Изобретение позволяет повысить надежность и доступность генотипирования. 1 ил.
Description
1. Область техники
Предложенный способ относится к области медицины, биологии и биотехнологии и может быть использован при диагностике заболеваний пародонта в ротовой полости, прогнозирования тяжести и скорости прогрессии заболевания и алгоритма лечения заболевания в зависимости от индивидуального генетического профиля пациента.
На протяжении многих лет заболевания пародонта стабильно занимают по распространенности одно из ведущих мест в мире. Несмотря на широкое развитие инструментальных и лабораторных методов исследования, ранняя и точная диагностика различных стоматологических заболеваний до сих пор остается крайне актуальным вопросом.
Известно, что развитие и течение любого заболевания бактериальной природы определяется силой ответной реакции организма, которая, в свою очередь, зависит не только от приобретенного иммунитета, но в значительной степени определяется генотипом человека. За последние 10-15 лет получены первые результаты по идентификации генетических маркеров пародонтита. Установлена ассоциация с пародонтитом полиморфных локусов генов цитокинов, коллагена 1 типа, антигенов HLA, рецептора витамина D, ряда ферментов и регуляторных молекул (Brett P.M. et al., 2005; Agrawal A.A. et al., 2006; Tervonen T. et al., 2007; Wagner J. et al., 2007; Pirhan D. et al., 2007; Houshmand B. et al., 2009; Chai L. et al., 2009; Erciyas K. et al., 2010; Scarel-Caminaga R.M. et al., 2011).
Впервые выявлена взаимосвязь варианта - 1562Т (rs3918242) гена матриксной металлопротеиназы ММР9 с развитием хронического генерализованного пародонтита, что указывает на участие генетически детерминированной системы «протеолиз-антипротеолиз» в патогенезе заболеваний пародонта (Зорина, 2011).
2. Уровень техники
Широко распространен способ определения типа нуклеотида, находящегося в определенном месте ДНК, основанный на использовании аллель-специфичных праймеров с регистрацией результатов ПЦР по окончании реакции с помощью электрофореза. При использовании ПЦР с регистрацией результатов в ходе реакции известны различные способы определения генотипа исследуемого образца.
Существуют способы, позволяющие определить тип нуклеотида, находящегося в определенном месте ДНК, основанные на использовании аллель-специфичных праймеров с регистрацией результатов ПЦР непосредственно в ходе реакции с помощью использования флуоресцентно-меченых проб (олигонуклеотидов) (Andreas R. Tobler at all, "THE SNPlex Genotiping System: A Flexible and Scalable Platform for SNP Genotyping", Journal of Biomolecular Techniques, V.16, issue 4, Desember 2005).
Например, в наборах производства Applied Biosystems используют одну пару праймеров для каждого аллеля и два зонда с различными флуорецентными метками, в зависимости от генотипа аллеля фиксируют разгорание различных меток ("TaqMan SNP Genotyping Assays", Applied Biosistems, Prodakt Bulletin, USA, 06/2006). Недостатком способа, используемого в данных наборах, является сравнительно невысокая достоверность результатов исследования из-за небольшой разницы между получаемыми кривыми флуоресценции для разных аллелей.
Предлагаемым подходом к детекции генетического полиморфизма является использование двух аллель-специфичных и меченых разными флуоресцентными метками олигонуклеотидов, а также олигонуклеотида, несущего гаситель флуоресценции и гибридизирующегося на матрицу рядом с аллель-специфичным олигонуклеотидом. Гибридизация аллель-специфичного олигонуклеотида на матрицу ведет к переносу энергии с находящегося на нем флуорофора-донора на гаситель флуоресценции расположенного рядом «гасящего» олигонуклеотида. Регистрацию результатов амплификации ведут по окончании ПЦР путем снятия спектра флуоресценции при изменении температуры реакционной смеси в диапазоне от 25 до 80 градусов по Цельсию (так называемые «кривые плавления»). При получении графиков флуоресценции возможен как нагрев, так и охлаждение реакционной смеси в указанном интервале температур.
Предлагаемое изобретение делает определение вариабельных позиций в ДНК более надежным и удешевляет подобные исследования благодаря использованию стандартного оборудования.
3. Раскрытие изобретения
Техническим результатом, на достижение которого направлено предлагаемое изобретение, является повышение надежности и доступности подобных исследований, поскольку способ может быть осуществлен на стандартном известном оборудовании. Также он обеспечивает возможность проводить исследование в одной пробирке, что снижает затраты на исследование.
Использованный нами способ генотипирования является вариантом классического метода «примыкающих проб». При определении замен одиночных нуклеотидов вначале проводили ПЦР с праймерами, общими для обоих вариантов последовательности, затем температуру реакционной смеси снижали для гибридизации полученной матрицы с олигонуклеотидными пробами. Для определения варианта последовательности использовали два типа олигонуклеотидов, гибридизирующихся на матрицу рядом. Один из олигонуклеотидов метили флуорофором, другой - гасителем флуоресценции.
В реакции использовали один общий олигонуклеотид с гасителем флуоресценции и пару аллель-специфичных (сиквенс-специфичных) олигонуклеотидов, несущих флуорофор. Олигонуклеотидные пробы, соответствующие тому или иному варианту последовательности, метили различными флуорофорами, что позволило определять оба варианта в одной пробирке. Определение генотипа проводили после ПЦР и гибридизации путем измерения уровня флуоресценции в ходе температурной денатурации дуплексов олигонуклеотидов и полученных матриц (или, наоборот, гибридизации). Данное измерение проводили в режиме реального времени, его результатом являлись кривые плавления.
Условия реакции подбирали так, чтобы максимизировать разницу в температурах плавления совершенного и несовершенного дуплексов. Таким образом, если анализируемый образец содержал только один вариант последовательности, т.е. был гомозиготен по данному полиморфизму, температура плавления для пробы, образующей совершенный дуплекс, была существенно выше, нежели для пробы ,образующей несовершенный дуплекс. Если же анализировали гетерозиготный образец, температуры плавления были практически одинаковы.
Указанный результат достигается путем использования при постановке ПЦР флуоресцентно-меченых аллель-специфичных олигонуклеотидных проб и праймеров:
| MMP9-1562s | CGAAACCAGCCTGGTCAACG |
| ММР9-1562а | TCTGCCTCCCGGGTTCAAGC |
| ММР9-1562р1 | GGCGCACGCCTATAA-FAM |
| ММР9-15662р2 | GGCGCATGCCTATAA-HEX |
| ММР9-1562pq | BHQ1-ACCAGCTACTCGGGAGGC-3'-(P) |
FAM - означает флуоресцентный краситель FAM, HEX - означает флуоресцентный краситель HEX, BHQ1 - означает присоединенный к 5'-концевому нуклеотиду темновой гаситель флуоресценции.
Состав амплификационной смеси (на одну реакцию):
| Компонент | Концентрация | Объем |
| ПЦР - буфер* | 1,25 кратный | 18 мкл |
| Смесь dNTP | 0,25 мМ (каждого) | 0,24 мкл |
| Праймеры | 100 пМ/мкл | по 0,14 мкл |
| Олигонуклеотиды, меченые флуорофорами | 100 пМ/мкл | по 0,07 мкл |
| Олигонуклеотид, меченый гасителем флуоресценции | 100 пМ/мкл | 0,14 мкл |
| Tag-полимераза | 10 ед. активности/мкл | 0,5 мкл |
| Н2О (деионизированная) | - | до 30 мкл |
| Геномная ДНК | - | 5 мкл |
* Состав буфера для проведения ПЦР
84 мМ Трис-HCl рН 8,6
21 мМ (NH4)2SO4
3,1 мМ MgCl2
0,003% Tween-20
0,003% NP-40
6,25% глицерин
4. Осуществление изобретения
В качестве материала для исследования рекомендуется использовать кровь, соскобы буккального эпителия, биоптаты мягких тканей человека или иной стандартный биологический материал. Выделение ДНК из биоматериала производится с использованием комплекта реагентов для выделения ДНК (не является предметом данного патента).
Полимеразную цепную реакцию и определение температуры плавления олигонуклеотидных проб проводили с помощью детектирующего амплификатора «ДТпрайм» (000 «НПО ДНК-Технология», Россия). Использовали следующий температурный режим амплификации: 94°С - 10 с, 64°С - 30 с в течение 50 циклов. По завершении реакции амплификации реакционную смесь остужали до 25°С со скоростью 2°С/сек. Кривые плавления получали следующим образом: температуру реакционной смеси повышали с 25°С до 75°С с шагом ГС, измеряя уровень флуоресценции на каждом шаге.
Результаты, т.е. отнесение образца к гомозиготе или гетерозиготе по данному аллелю, оцениваются по форме кривых плавления ДНК (рис. 1).
Список литературы:
1. Agrawal A.A., Kapley A., Yeltiwar R.K. et al. Assessment of single nucleotide polymorphism at IL-1A14845 and IL-1B 13954 as genetic susceptibility test for chronic periodontitis in Maharashtrian ethnicity. // J.Periodontol. - 2006. - Vol.77. - P.1515-1521.
2. Brett P.M., Zygogianni P., Griffiths G.S. et al. Functional gene polymorphisms in aggressive and chronic periodontitis. // J.Dent. Res. - 2005. - Vol.84, №12. - P.1149-1153.
3. Pirhan D., Atilla G., Emingil G. et al. Effect of MMP-1 promoter polymorphisms on GCF MMP-1 levels and outcome of periodontal therapy in patients with severe chronic periodontitis. // J.Clin. Periodontol. - 2008. - Vol.35, №10. - P.862-870.
4. Scarel-Caminaga R.M., Trevilatto P.C., Souza A.P. et al. Investigation of IL4 gene polymorphism in individuals with different levels of chronic periodontitis in a Brazilian population. // J.Clin. Periodontol. - 2003. - Vol.30. - P.341-345.
5. Tervonen Т., Raunio Т., Knuuttila M. et al. Polymorphisms in the CD 14 and IL-6 genes associated with periodontal disease. // J.Clin. Periodontol. - 2007. - Vol.34. - P.377-383.
6. Wagner J., Kaminski W.E., Aslanidis C. Prevalence of OPG and IL-1 gene polymorphisms in chronic periodontitis. // J.Clin. Periodontol. - 2007. - Vol.34. - P.823-827.
7. Зорина О.А. Взаимосвязь качественного и количественного состава биоценозов ротовой полости и индивидуального генетического профиля на фоне воспалительных заболеваний пародонта. // Автореферат диссертации - M., 2011.
Claims (1)
- Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене матриксной металлопротеиназы ММР9-1562 C>Т (rs3918242), основанный на снятии кривых плавления с флуоресцентно-мечеными аллель-специфичными олигонуклеотидными пробами, отличающийся тем, что используют общую для всех аллелей пару праймеров, отличающиеся для каждого аллеля флуоресцентно-меченые аллель-специфичные олигонуклеотидные пробы и универсальный олигонуклеотид, меченый гасителем флуоресценции следующего нуклеотидного состава:
MMP9-1562s CGAAACCAGCCTGGTCAACG ММР9-1562а TCTGCCTCCCGGGTTCAAGC ММР9-1562р1 GGCGCACGCCTATAA-FAM ММР9-1562р2 GGCGCATGCCTATAA-HEX ММР9-1562pq BHQ1-ACCAGCTACTCGGGAGGC-3'-(P)
FAM - означает флуоресцентный краситель FAM, HEX - означает флуоресцентный краситель HEX, BHQ1 - означает присоединенный к 5'-концевому нуклеотиду темновой гаситель флуоресценции;
отнесение образца к гомозиготе или гетерозиготе по данному аллелю оцениваются по форме кривых плавления ДНК (по максимуму первой производной графиков флуоресценции).
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2012155612/10A RU2548811C2 (ru) | 2012-12-21 | 2012-12-21 | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2012155612/10A RU2548811C2 (ru) | 2012-12-21 | 2012-12-21 | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2012155612A RU2012155612A (ru) | 2014-06-27 |
| RU2548811C2 true RU2548811C2 (ru) | 2015-04-20 |
Family
ID=51215951
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2012155612/10A RU2548811C2 (ru) | 2012-12-21 | 2012-12-21 | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2548811C2 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2699053C1 (ru) * | 2018-10-03 | 2019-09-03 | Общество с ограниченной ответственностью "Научно-производственная фирма ДНК-Технология" | Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене матриксной металлопротеиназы 3 (ммр3) -11715а/6а |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2332669C2 (ru) * | 2006-10-11 | 2008-08-27 | Закрытое акционерное общество "Научно-производственная фирма ДНК-Технология" | Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене интерлейкина 1-альфа позиция 889(с/т) |
-
2012
- 2012-12-21 RU RU2012155612/10A patent/RU2548811C2/ru not_active IP Right Cessation
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2332669C2 (ru) * | 2006-10-11 | 2008-08-27 | Закрытое акционерное общество "Научно-производственная фирма ДНК-Технология" | Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене интерлейкина 1-альфа позиция 889(с/т) |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| ЗОРИНА О.А., Взаимосвязь качественного и количественного состава биоценозов ротовой полости и индивидуального генетического профиля на фоне воспалительных заболеваний пародонта, Автореферат диссертации, 2011, с. 42. ANDREAS R. TOBLER et al., THE SNPlex Genotiping System: A Flexible and Scalable Platform for SNP Genotyping, Journal of Biomolecular Techniques, 2005, v.16, p. 398-406. YOON J.R. et al., Express Primer Tool for High-Throughput Gene Cloning and Expression, BioTechniques, 2002, v.33 p. 1328-1333. RODRIGUES-PLA A. et al., Association of a Nonsynonymous Single-Nucleotide Polymorphism of Matrix Metalloproteinase 9 with Giant Cell Arteritis, ARTHRITIS & RHEUMATISM, 2008, v. 58, p. 1849-1853. SKARMOROUTSOU E. et al., Analysis of matrix metalloproteinase-9 gene polymorphism-1562 C/T in patients suffering from systemic sclerosis with and without ulcers, INT. J. MOL.MED., 2011, v. 27, p. 873-877. LI-FENG ZHANG et al., Update analysis of studies on the MMP-9 1562 CT polymorphism and c * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2699053C1 (ru) * | 2018-10-03 | 2019-09-03 | Общество с ограниченной ответственностью "Научно-производственная фирма ДНК-Технология" | Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене матриксной металлопротеиназы 3 (ммр3) -11715а/6а |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2012155612A (ru) | 2014-06-27 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11542556B2 (en) | Single nucleotide polymorphism in HLA-B*15:02 and use thereof | |
| JPWO2008066162A1 (ja) | Ｃｙｐ２ｃ１９遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｃｙｐ２ｃ１９遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| KR101777161B1 (ko) | 개의 고관절이형성증을 예측 또는 진단하기 위한 멀티플렉스 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 예측 또는 진단 방법 | |
| KR20100120669A (ko) | 고혈압 감수성 유전자군의 동정 | |
| WO2011062258A1 (ja) | Ｍｔｈｆｒ遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｍｔｈｆｒ遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| US9057103B2 (en) | Method for detecting mutations at IL28B and ITPA | |
| WO2011148715A1 (ja) | 正常眼圧緑内障疾患感受性遺伝子及びその利用 | |
| RU2548811C2 (ru) | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ГЕНЕ МАТРИКСНОЙ МЕТАЛЛОПРОТЕИНАЗЫ ММР9-1562 С>Т (rs3918242) | |
| KR101646189B1 (ko) | 내인성 아토피 피부염 진단용 마커 및 그의 용도 | |
| JP6053681B2 (ja) | イヌの緑内障を診断する方法及びキット | |
| ES2445709T3 (es) | Método para la identificación por técnicas moleculares de variantes genéticas que no codifican antígeno D (D-) y codifican antígeno C alterado (C+W) | |
| RU2518301C1 (ru) | Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене коллагена ii типа col2a1 c>a (rs1635529) | |
| RU2746055C1 (ru) | Способ диагностики мутации c.-23+1G>A (rs80338940) гена GJB2 | |
| US10770183B2 (en) | Methods of assessing a risk of developing necrotizing meningoencephalitis | |
| JP2013162783A (ja) | Ｐｏｎ１遺伝子多型（ｑ１９２ｒ）を検出する方法 | |
| EP1964929B1 (en) | Hla-b genotyping method and kit based on real-time pcr | |
| RU2556808C2 (ru) | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФНОЙ ПОЗИЦИИ rs1613662 В ГЕНЕ GP6, КОДИРУЮЩЕМ ГЛИКОПРОТЕИН VI | |
| RU2739943C1 (ru) | Способ диагностики мутации 167delT (rs80338942) гена GJB2 | |
| JP6516128B2 (ja) | 抗甲状腺薬誘発性無顆粒球症リスクを判定するための検査方法及び判定用キット | |
| RU2675324C1 (ru) | Способ определения в гене галактозо-1-фосфатуридилтрансферазы человека мутации q188r, rs75391579 | |
| RU2445372C1 (ru) | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ПОЗИЦИИ 6174 ГЕНА BRCA2 (617delT) | |
| KR102167792B1 (ko) | 개의 고칼슘혈증 조기 예측 또는 진단용 조성물 | |
| US20220017963A1 (en) | Methods, Compositions and Systems for Detecting PNPLA3 Allelic Variants | |
| RU2445368C2 (ru) | СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОТИПА ЧЕЛОВЕКА ПО ПОЛИМОРФИЗМУ В ПОЗИЦИИ 5382 ГЕНА BRCA1 (5382insC) | |
| WO2015129018A1 (ja) | イヌの緑内障を診断する方法及びキット |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20140708 |
|
| FZ9A | Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal) |
Effective date: 20141029 |
|
| PC43 | Official registration of the transfer of the exclusive right without contract for inventions |
Effective date: 20170830 |
|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20201222 |