[go: up one dir, main page]

RU2400538C2 - Oligonucleotide with double specificity and methods, which it is used in - Google Patents

Oligonucleotide with double specificity and methods, which it is used in Download PDF

Info

Publication number
RU2400538C2
RU2400538C2 RU2007132657/10A RU2007132657A RU2400538C2 RU 2400538 C2 RU2400538 C2 RU 2400538C2 RU 2007132657/10 A RU2007132657/10 A RU 2007132657/10A RU 2007132657 A RU2007132657 A RU 2007132657A RU 2400538 C2 RU2400538 C2 RU 2400538C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
specificity
region
nucleic acid
oligonucleotide
low
Prior art date
Application number
RU2007132657/10A
Other languages
Russian (ru)
Other versions
RU2007132657A (en
Inventor
Джон-Ён ЧХУН (KR)
Джон-Ён ЧХУН
Original Assignee
Сиджен, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from PCT/KR2005/001206 external-priority patent/WO2006095941A1/en
Application filed by Сиджен, Инк. filed Critical Сиджен, Инк.
Publication of RU2007132657A publication Critical patent/RU2007132657A/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2400538C2 publication Critical patent/RU2400538C2/en

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/117—Modifications characterised by incorporating modified base
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2535/00—Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
    • C12Q2535/125—Allele specific primer extension

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

FIELD: medicine.
SUBSTANCE: oligonucleotide with double specificity for synthesis of nucleic acid molecule in elongation reaction on matrix has the following general formula: 5'-Xp-Yq-Zr-3'. Method of obtaining oligonucleotide with double specificity includes selection of sequence of target nucleic acid. After that constructing of sequence of oligonucleotide, which contains hybridisation sequence and separating section, containing at least three universal bases, so that hybridisation section penetrates enters hybridisation sequence, producing in said oligonucleotide three sections. After that location of separating section in said nucleotide is determined.
EFFECT: claimed invention allows to carry out matrix-depending reactions with much higher specificity.
28 cl, 13 dwg, 1 tbl, 8 ex

Description

Текст описания приведен в факсимильном виде.

Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
Figure 00000009
Figure 00000010
Figure 00000011
Figure 00000012
Figure 00000013
Figure 00000014
Figure 00000015
Figure 00000016
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000029
Figure 00000030
Figure 00000031
Figure 00000032
Figure 00000033
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000037
Figure 00000038
Figure 00000039
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000042
Figure 00000043
Figure 00000044
Figure 00000045
Figure 00000046
Figure 00000047
Figure 00000048
Figure 00000049
Figure 00000050
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000053
Figure 00000054
Figure 00000055
Figure 00000056
Figure 00000057
Figure 00000058
Figure 00000059
The text of the description is given in facsimile form.
Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
Figure 00000009
Figure 00000010
Figure 00000011
Figure 00000012
Figure 00000013
Figure 00000014
Figure 00000015
Figure 00000016
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000029
Figure 00000030
Figure 00000031
Figure 00000032
Figure 00000033
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000037
Figure 00000038
Figure 00000039
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000042
Figure 00000043
Figure 00000044
Figure 00000045
Figure 00000046
Figure 00000047
Figure 00000048
Figure 00000049
Figure 00000050
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000053
Figure 00000054
Figure 00000055
Figure 00000056
Figure 00000057
Figure 00000058
Figure 00000059

Claims (28)

1. Олигонуклеотид с двойной специфичностью для синтеза молекулы нуклеиновой кислоты в реакции удлинения по матрице, который представлен следующей общей формулой: 5'-Xp-Yq-Zr-3',
где Хр представляет 5'-участок специфичности с высокой Тпл, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную участку матричной нуклеиновой кислоты, с которым ему надлежит гибридизоваться, Yq представляет разделяющий участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, Zr представляет 3'-участок специфичности с низкой Тпл, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную участку матричной нуклеиновой кислоты, с которым ему надлежит гибридизоваться, p, q и r представляют число нуклеотидов, причем p представляет собой целое число от 15 до 40, q представляет собой целое число от 3 до 10 и г представляет собой целое число от 3 до 15, а X, Y и Z - это дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл выше, чем Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл, разделяющий участок имеет из трех участков самую низкую Тпл, причем Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл находится в пределах от 40 до 80°С, Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл находится в пределах от 10 до 40°С, а разделяющий участок имеет Тпл в пределах от 3 до 15°С; разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, обеспечивая разделение 5'-участка специфичности с высокой Тпл и 3'-участка специфичности с низкой Тпл, посредством чего специфичность отжига олигонуклеотида определяется двояко 5'-участком специфичности с высокой Тпл и 3'-участком специфичности с низкой Тпл, так что повышается общая специфичность отжига олигонуклеотида.1. An oligonucleotide with double specificity for the synthesis of a nucleic acid molecule in a matrix extension reaction, which is represented by the following general formula: 5'-X p -Y q -Z r -3 ',
where X p represents the 5'-site of specificity with high T PL having a hybridizable nucleotide sequence essentially complementary to the site of the matrix nucleic acid with which it should be hybridized, Y q represents a dividing site containing at least three universal bases, Z r represents 3'-portion specificity low T m having a hybridizing nucleotide sequence substantially complementary to a portion of the template nucleic acid to which it must hybridize. p, q and r represent the number of nucleotides, wherein p represents an integer from 15 to 40, q represents an integer from 3 to 10 and g represents an integer from 3 to 15, and X, Y and Z are deoxyribonucleotides or ribonucleotides; T PL of the 5'-site of specificity with high T PL is higher than T PL of the 3'-site of specificity with low T PL , the dividing section has the lowest T PL of three sections, and T PL of the 5'-site of specificity with high T PL is in the range from 40 to 80 ° C, T PL 3'-site specificity with low T PL is in the range from 10 to 40 ° C, and the separating section has a T PL in the range from 3 to 15 ° C; the separating region forms a bubble-like structure without base pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high Tm and the 3'-region of specificity with low Tmn are annealed with matrix nucleic acid, providing separation of the 5'-region of specificity with high Tm and 3'-site specificity of a low Tm, whereby the annealing specificity of the oligonucleotide is determined in two ways 5'-portion with high specificity and Tm specificity portion of the 3'-low T m, is increased so that the overall annealing specificity oligonuk eotida. 2. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что универсальное основание в разделяющем участке выбрано из группы, состоящей из дезоксиинозина, инозина, 7-деаза-2'-дезоксиинозина, 2-аза-2'-дезоксиинозина, 2'-ОМе инозина, 2'-F-инозина, дезокси-3-нитропиррола, 3-нитропиррола, 2'-ОМе 3-нитропиррола, 2'-F-3-нитропиррола, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррола, дезокси-5-нитроиндола, 5-нитроиндола, 2'-ОМе 5-нитроиндола, 2'-F-5-нитроиндола, дезокси-4-нитробензимидазола, 4-нитробензимидазола, дезокси-4-аминобензимидазола, 4-аминобензимидазола, дезокси-небуларина, 2'-F-небуларина, 2'-F-4-нитробензимидазола, ПНК-5-нитроиндола, ПНК-небуларина, ПНК-инозина, ПНК-4-нитробензимидазола, ПНК-3-нитропиррола, морфолин-5-нитроиндола, морфолин-небуларина, морфолин-инозина, морфолин-4-нитробензимидазола, морфолин-3-нитропиррола, фосфоамидат-5-нитроиндола, фосфоамидат-небуларина, фосфоамидат-инозина, фосфоамидат-4-нитробензимидазола, фосфоамидат-3-нитропиррола, 2'-О-метоксиэтил-инозина, 2'-О-метоксиэтил-небуларина, 2'-О-метоксиэтил-5-нитроиндола, 2'-О-метоксиэтил-4-нитро-бензимидазола, 2'-О-метоксиэтил-3-нитропиррола и их комбинаций.2. The double specificity oligonucleotide according to claim 1, characterized in that the universal base in the separating region is selected from the group consisting of deoxyinosine, inosine, 7-dease-2'-deoxyinosine, 2-aza-2'-deoxyinosine, 2 ' -OMe of inosine, 2'-F-inosine, deoxy-3-nitropyrrole, 3-nitropyrrole, 2'-ОМе 3-nitropyrrole, 2'-F-3-nitropyrrole, 1- (2'-deoxy-β-D- ribofuranosyl) -3-nitropyrrole, deoxy-5-nitroindole, 5-nitroindole, 2'-OME 5-nitroindole, 2'-F-5-nitroindole, deoxy-4-nitrobenzimidazole, 4-nitrobenzimidazole, deoxy-4-aminobenzimidazole, 4-aminobenzimidazole a, deoxy-nebularin, 2'-F-nebularin, 2'-F-4-nitrobenzimidazole, PNA-5-nitroindole, PNA-nebularin, PNA-inosine, PNA-4-nitrobenzimidazole, PNA-3-nitropyrrole, morpholine- 5-nitroindole, morpholine-nebularin, morpholine-inosine, morpholine-4-nitrobenzimidazole, morpholine-3-nitropyrrole, phosphoamidate-5-nitroindole, phosphoamidate-nebularine, phosphoamidate-inosine, phosphoamidate-4-nitro-nitro-nitrobenzene nitrobenzene 2'-O-methoxyethyl-inosine, 2'-O-methoxyethyl-nebularin, 2'-O-methoxyethyl-5-nitroindole, 2'-O-methoxyethyl-4-nitro-benzimidazole, 2'-O-methoxyethyl-3 they tropirrol and combinations thereof. 3. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.2, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин, 1-(2'-дезокси-(β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррол или 5-нитроиндол.3. The oligonucleotide with double specificity according to claim 2, characterized in that the universal base is deoxyinosine, 1- (2'-deoxy- (β-D-ribofuranosyl) -3-nitropyrrole or 5-nitroindole. 4. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.3, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин.4. The oligonucleotide with double specificity according to claim 3, characterized in that the universal base is deoxyinosine. 5. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что разделяющий участок содержит прилегающие друг к другу нуклеотиды, имеющие универсальные основания.5. The oligonucleotide with double specificity according to claim 1, characterized in that the separating region contains adjacent to each other nucleotides having universal bases. 6. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что 5'-участок специфичности с высокой Тпл длиннее, чем 3'-участок специфичности с низкой Тпл.6. The oligonucleotide with double specificity according to claim 1, characterized in that the 5'-region of specificity with high T PL is longer than the 3'-region of specificity with low T PL 7. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, полностью комплементарную участку на матричной нуклеиновой кислоте, с которым ему надлежит гибридизоваться.7. The double specificity oligonucleotide according to claim 1, characterized in that the 3'-region of specificity with low Tm has a hybridizable nucleotide sequence that is fully complementary to the site on the template nucleic acid with which it must hybridize. 8. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что p представляет собой целое число от 15 до 25.8. The oligonucleotide with double specificity according to claim 1, characterized in that p is an integer from 15 to 25. 9. Способ синтеза молекулы нуклеиновой кислоты с использованием олигонуклеоида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8 в реакции удлинения по матрице, включающий следующие этапы:
(а) отжиг олигонуклеотида с двойной специфичностью с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем отжиг производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью, чтобы синтезировать молекулу нуклеиновой кислоты, комплементарную матричной нуклеиновой кислоте.9. A method for synthesizing a nucleic acid molecule using a double specificity oligonucleoid according to any one of claims 1 to 8 in a matrix extension reaction, comprising the following steps:
(a) annealing a double specificity oligonucleotide with a matrix nucleic acid molecule, wherein the separating region forms a bubble-like structure without base pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high Tm and the 3'-region of specificity with low Tm are annealed nucleic acid, moreover, annealing is carried out under conditions when the 5'-specificity region with high T PL and the 3'-specificity region with low T PL are annealed with matrix nucleic acid, and this annealing is carried out at a temperature from 40 to 75 ° C; and
(b) lengthening the oligonucleotide with double specificity to synthesize a nucleic acid molecule complementary to the template nucleic acid. 10. Способ согласно п.9, где синтез последовательности целевой нуклеиновой кислоты достигается повторением процесса реакции удлинения по матрице, в которой за этапами отжига и удлинения олигонуклеотида с двойной специфичностью следует этап денатурации.10. The method according to claim 9, where the synthesis of the target nucleic acid sequence is achieved by repeating the matrix extension process, in which the denaturation step follows the steps of annealing and extension of the oligonucleotide with double specificity. 11. Способ избирательной амплификации последовательности целевой нуклеиновой кислоты с ДНК или смеси нуклеиновых кислот, который включает амплификацию последовательности целевой нуклеиновой кислоты путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймера, удлинения праймера и денатурации с использованием набора праймеров, который содержит по меньшей мере один олигонуклеотид с двойной специфичностью по любому из пп.1-8; при этом разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеиновой кислотой; при этом отжиг в реакции амплификации производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С.11. A method for selectively amplifying a target nucleic acid sequence with DNA or a nucleic acid mixture, which comprises amplifying a target nucleic acid sequence by performing at least two primer annealing cycles, primer extension and denaturation using a primer set that contains at least one oligonucleotide c double specificity according to any one of claims 1 to 8; wherein the separating region forms a bubble-like structure without base pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high Tm and the 3'-region of specificity with low Tm are annealed with the target nucleic acid; wherein the annealing in the amplification reaction is performed under conditions when the 5'-specificity region with high Tm and the 3'-specificity region with low Tmall are annealed with matrix nucleic acid, and this annealing is carried out at a temperature of from 40 to 75 ° C. 12. Способ согласно п.11, отличающийся тем, что амплификацию проводят в соответствии с полимеразной цепной реакцией.12. The method according to claim 11, characterized in that the amplification is carried out in accordance with the polymerase chain reaction. 13. Способ одновременной амплификации двух или более целевых нуклеотидных последовательностей с использованием в одной реакции двух или более пар праймеров, который включает амплификацию целевых нуклеотидных последовательностей путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймеров, удлинения праймеров и денатурации, с использованием двух или более пар праймеров, где по меньшей мере один праймер из пары праймеров представляет собой олигонуклеотид с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью; при этом отжиг в реакции амплификации производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С.13. A method for simultaneously amplifying two or more target nucleotide sequences using two or more pairs of primers in a single reaction, which involves amplifying the target nucleotide sequences by at least two primer annealing cycles, primer extension and denaturation using two or more primer pairs where at least one primer from a pair of primers is an oligonucleotide with double specificity according to any one of claims 1 to 8, and the separating section forms like these are bubble structure without base pairing under conditions when the 5'-portion with high specificity and Tm specificity portion of the 3'-low T m are annealed to the target nucleotide sequence; wherein the annealing in the amplification reaction is performed under conditions when the 5'-specificity region with high Tm and the 3'-specificity region with low Tmall are annealed with the target nucleotide sequence, and this annealing is carried out at a temperature of from 40 to 75 ° C. 14. Способ согласно п.13, отличающийся тем, что амплификацию проводят в соответствии с полимеразной цепной реакцией.14. The method according to p. 13, characterized in that the amplification is carried out in accordance with the polymerase chain reaction. 15. Способ секвенирования молекулы целевой нуклеиновой кислоты с использованием олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8 из ДНК или смеси нуклеиновых кислот, который включает следующие этапы:
(а) синтез молекулы комплементарной нуклеиновой кислоты, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты, которую следует секвенировать, путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймера, удлинения праймера и денатурации, с использованием в качестве секвенирующего праймера олигонуклеотида с двойной специфичностью; причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с молекулой целевой нуклеиновой кислоты; при этом отжиг в реакции синтеза производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) определение нуклеотидной последовательности синтезированной молекулы комплементарной нуклеиновой кислоты.15. A method of sequencing a target nucleic acid molecule using a double specificity oligonucleotide according to any one of claims 1 to 8 from DNA or a mixture of nucleic acids, which comprises the following steps:
(a) synthesis of a complementary nucleic acid molecule that is complementary to a nucleic acid molecule to be sequenced by performing at least two primer annealing cycles, primer extension and denaturation using a double specificity oligonucleotide as a sequencing primer; moreover, the separating section forms a bubble-like structure without pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high T PL and the 3'-region of specificity with low T PL are annealed with the target nucleic acid molecule; wherein the annealing in the synthesis reaction is carried out under conditions when the 5'-specificity region with high Tm and the 3'-specificity region with low T pl are annealed with a matrix nucleic acid molecule, and this annealing is carried out at a temperature of from 40 to 75 ° C; and
(b) determining the nucleotide sequence of the synthesized complementary nucleic acid molecule. 16. Способ согласно п.15, отличающийся тем, что подлежащая секвенированию молекула целевой нуклеиновой кислоты содержится в геномной ДНК или в популяции к ДНК.16. The method according to clause 15, wherein the target nucleic acid molecule to be sequenced is contained in genomic DNA or in a population of DNA. 17. Способ детектирования молекулы нуклеиновой кислоты с генетическим разнообразием в реакции удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, который включает следующие этапы:
(а) отжиг олигонуклеотида с двойной специфичностью с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой; при этом отжиг производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и/или 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеют одно или более чем одно основание, не подходящее для спаривания с его участком-мишенью; причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С;
(б) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью, чтобы синтезировать молекулу нуклеиновой кислоты, комплементарную матрице;
(в) детектирование наличия удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью.17. A method for detecting a nucleic acid molecule with genetic diversity in an extension reaction on a double specificity oligonucleotide matrix according to any one of claims 1 to 8, which comprises the following steps:
(a) annealing a double specificity oligonucleotide with a matrix nucleic acid molecule, wherein the separating region forms a bubble-like structure without base pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high Tm and the 3'-region of specificity with low Tm are annealed nucleic acid; in this case, annealing is performed under conditions when the 5'-specificity region with high T PL and the 3'-specificity region with low T PL are annealed with matrix nucleic acid, when the 5'-specificity region with high T PL and / or 3'-region low T pl specificities have one or more than one base not suitable for pairing with its target region; moreover, this annealing is carried out at a temperature of from 40 to 75 ° C;
(b) lengthening the oligonucleotide with double specificity to synthesize a nucleic acid molecule complementary to the matrix;
(c) detecting the presence of elongation in the matrix of the oligonucleotide with double specificity. 18. Способ согласно п.17, где синтез последовательности целевой нуклеиновой кислоты достигается повторением процесса реакции удлинения по матрице, в которой за этапами отжига и удлинения олигонуклеотида с двойной специфичностью следует этап денатурации.18. The method according to 17, where the synthesis of the target nucleic acid sequence is achieved by repeating the process of extension of the matrix, in which the steps of annealing and extension of the oligonucleotide with double specificity is followed by a denaturation step. 19. Способ согласно п.17, где молекулой нуклеиновой кислоты с генетическим разнообразием является нуклеиновая кислота вируса, обладающего генетическим разнообразием.19. The method according to 17, where the nucleic acid molecule with genetic diversity is a nucleic acid of a virus with genetic diversity. 20. Способ детектирования целевой нуклеотидной последовательности в образце нуклеиновой кислоты с помощью реакции удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, который включает следующие этапы:
(а) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью как зонда, иммобилизованного на подложке, включающее по меньшей мере один цикл гибридизации, удлинения по матрице и денатурации, причем гибридизацию осуществляют путем приведения олигонуклеотида с двойной специфичностью в контакт с образцом нуклеиновой кислоты, где разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью; при этом гибридизация производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл гибридизуются с целевой нуклеоиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) анализ наличия удлинения по матрице.20. A method for detecting a target nucleotide sequence in a nucleic acid sample using the matrix extension reaction of a double specificity oligonucleotide according to any one of claims 1 to 8, which comprises the following steps:
(a) lengthening a double specificity oligonucleotide as a probe immobilized on a substrate, comprising at least one hybridization cycle, matrix extension and denaturation, the hybridization being carried out by bringing the double specificity oligonucleotide into contact with a nucleic acid sample, where a separating region forms a similar bubble structure without base pairing under conditions when the 5'-region of specificity with high T PL and the 3'-region of specificity with low T PL are annealed with the target nucleotide research activity; wherein the hybridization is performed under conditions when the 5'-portion with high specificity and Tm specificity portion of the 3'-low T m hybridize with the target nukleoinovoy acid, wherein the annealing is carried out at a temperature of from 40 to 75 ° C; and
(b) analysis of the presence of elongation in the matrix. 21. Способ получения олигонуклеотида с двойной специфичностью, включающий следующие этапы:
(а) выбор последовательности целевой нуклеиновой кислоты;
(б) конструирование последовательности олигонуклеотида, содержащего (i) гибридизующуюся последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте и (ii) разделяющий участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, так что разделяющий участок внедряется в гибридизующуюся последовательность, с получением в этом олигонуклеотиде трех участков; и
(в) определение положения разделяющего участка в этом олигонуклеотиде, чтобы обеспечить для участка, расположенного в 5'-направлении от разделяющего участка, более высокую Тпл; чем у участка, расположенного в 3'-направлении от разделяющего участка, и обеспечить для разделяющего участка наиболее низкую Тпл среди трех участков, таким образом приводя к олигонуклеотиду, имеющему три различных участка, отличающихся друг от друга величинами Тпл, из которых (i) 5'-участок специфичности с высокой Тпл этого олигонуклеотида имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте, (ii) 3'-участок специфичности с низкой Тпл этого олигонуклеотида имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте; и (iii) разделяющий участок этого олигонуклеотида между 5'-участком специфичности с высокой Тпл и 3'-участком специфичности с низкой Тпл, содержит по меньшей мере три универсальных основания; Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл выше, чем Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл, и разделяющий участок имеет самую низкую Тпл среди трех участков, посредством чего специфичность отжига олигонуклеотида с целевой нуклеиновой кислотой определяется двояко и 5'-участком специфичности с высокой Тпл, и 3'-участком специфичности с низкой Тпл; где число нуклеотидов в 5'-участке специфичности с высокой Тпл составляет от 15 до 40, число нуклеотидов в 3'-участке специфичности с низкой Тпл составляет от 3 до 15, и число нуклеотидов в разделяющем участке составляет от 3 до 10; и Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл находится в диапазоне от 40 до 80°С, Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл находится в диапазоне от 10 до 40°С, а Тпл разделяющего участка находится в диапазоне от 3 до 15°С.21. A method of obtaining an oligonucleotide with double specificity, comprising the following steps:
(a) selecting the sequence of the target nucleic acid;
(b) constructing an oligonucleotide sequence comprising (i) a hybridizing sequence substantially complementary to the target nucleic acid; and (ii) a separating region containing at least three universal bases, such that the separating region is inserted into the hybridizing sequence to obtain three oligonucleotides plots; and
(c) determining the position of the separating region in this oligonucleotide to provide for the region located in the 5'-direction from the separating region, a higher T PL ; than at the site located in the 3'-direction from the dividing site, and to provide the dividing section with the lowest T PL among the three sections, thus leading to an oligonucleotide having three different sections, differing from each other by the values of T PL , of which (i ) The 5'-region of specificity with a high T PL of this oligonucleotide has a hybridizable nucleotide sequence essentially complementary to the target nucleic acid, (ii) the 3'-region of specificity with a high T PL of this oligonucleotide has a hybridizable a nucleotide sequence essentially complementary to the target nucleic acid; and (iii) the dividing portion of this oligonucleotide between the 5'-region of specificity with high T PL and the 3'-region of specificity with low T PL , contains at least three universal bases; The Tm of the 5'-region of specificity with high Tm is higher than the Tm of the 3'-region of specificity with low Tmpl , and the separating region has the lowest Tm of the three sites, whereby the specificity of annealing the oligonucleotide with the target nucleic acid is determined in two ways and The 5'-site specificity with high T PL , and the 3'-site specificity with low T PL ; where the number of nucleotides in the 5'-region of specificity with high T PL is from 15 to 40, the number of nucleotides in the 3'-region of specificity with low T PL is from 3 to 15, and the number of nucleotides in the separating region is from 3 to 10; and T PL of the 5'-site of specificity with high T PL is in the range from 40 to 80 ° C, T PL of the 3'-site of specificity with low T PL is in the range from 10 to 40 ° C, and T PL of the separating site is in range from 3 to 15 ° C. 22. Способ по п.21, отличающийся тем, что универсальное основание в разделяющем участке выбрано из группы, состоящей из дезоксиинозина, инозина, 7-деаза-2'-дезоксиинозина, 2-аза-2'-дезоксиинозина, 2'-ОМе инозина, 2'-F инозина, дезокси-3-нитропиррола, 3-нитропиррола, 2'-ОМе 3-нитропиррола, 2'-F3-нитропиррола, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррола, дезокси-5-нитроиндола, 5-нитроиндола, 2'-ОМе 5-нитроиндола, 2'-F 5-нитроиндола, дезокси-4-нитробензимидазола, 4-нитробензимидазола, дезокси-4-аминобензимидазола, 4-аминобензимидазола, дезокси-небуларина, 2'-F-небуларина, 2'-F-4-нитробензимидазола, ПНК-5-нитроиндола, ПНК-небуларина, ПНК-инозина, ПНК-4-нитробензимидазола, ПНК-3-нитропиррола, морфолин-5-нитроиндола, морфолин-небуларина, морфолин-инозина, морфолин-4-нитробензимидазола, морфолин-3-нитропиррола, фосфоамидат-5-нитроиндола, фосфоамидат-небуларина, фосфоамидат-инозина, фосфоамидат-4-нитробензимидазола, фосфоамидат-3-нитропиррола, 2'-О-метоксиэтил-инозина, 2'-О-метоксиэтил-небуларина, 2'-О-метоксиэтил-5-нитроиндола, 2'-O-метоксиэтил-4-нитро-бензимидазола, 2'-O-метоксиэтил-3-нитропиррола и их комбинаций.22. The method according to item 21, wherein the universal base in the separating section is selected from the group consisting of deoxyinosine, inosine, 7-dease-2'-deoxyinosine, 2-aza-2'-deoxyinosine, 2'-OMe inosine , 2'-F inosine, deoxy-3-nitropyrrole, 3-nitropyrrole, 2'-ОМе 3-nitropyrrole, 2'-F3-nitropyrrole, 1- (2'-deoxy-β-D-ribofuranosyl) -3-nitropyrrole , deoxy-5-nitroindole, 5-nitroindole, 2'-OME 5-nitroindole, 2'-F 5-nitroindole, deoxy-4-nitrobenzimidazole, 4-nitrobenzimidazole, deoxy-4-aminobenzimidazole, 4-aminobenzimidazole, deoxy-nebularin 2'-F-Nebulari on, 2'-F-4-nitrobenzimidazole, PNA-5-nitroindole, PNA-nebularine, PNA-inosine, PNA-4-nitrobenzimidazole, PNA-3-nitropyrrole, morpholine-5-nitroindole, morpholine-nebularin, morpholine-inosine , morpholine-4-nitrobenzimidazole, morpholin-3-nitropyrrole, phosphoamidate-5-nitroindole, phosphoamidate-nebularin, phosphoamidate-inosine, phosphoamidate-4-nitrobenzimidazole, phosphoamidate-3-nitropyrrole, 2'-O-methinos -O-methoxyethyl-nebularin, 2'-O-methoxyethyl-5-nitroindole, 2'-O-methoxyethyl-4-nitro-benzimidazole, 2'-O-methoxyethyl-3-nitropyrrole and combinations thereof. 23. Способ по п.22, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррол или 5-нитроиндол.23. The method according to p. 22, wherein the universal base is deoxyinosine, 1- (2'-deoxy-β-D-ribofuranosyl) -3-nitropyrrole or 5-nitroindole. 24. Способ по п.23, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин.24. The method according to item 23, wherein the universal base is deoxyinosine. 25. Способ по п.21, отличающийся тем, что разделяющий участок содержит прилегающие друг к другу нуклеотиды, имеющие универсальные основания.25. The method according to item 21, wherein the separating section contains adjacent to each other nucleotides having universal bases. 26. Способ по п.21, отличающийся тем, что 5'-участок специфичности с высокой Тпл длиннее, чем 3'-участок специфичности с низкой Тпл.26. The method according to item 21, wherein the 5'-section of specificity with high T PL is longer than the 3'-section of specificity with low T PL 27. Способ по п.21, отличающийся тем, что 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, полностью комплементарную участку на матричной нуклеиновой кислоте, с которым ему надлежит гибридизоваться.27. The method according to item 21, characterized in that the 3'-region of specificity with low T PL has a hybridizable nucleotide sequence that is fully complementary to the plot on the matrix nucleic acid with which it must hybridize. 28. Способ по п.21, отличающийся тем, что число нуклеотидов в 5'-участке специфичности с высокой Тпл составляет от 15 до 25. 28. The method according to item 21, wherein the number of nucleotides in the 5'-region of specificity with high T PL is from 15 to 25.
RU2007132657/10A 2005-03-05 2006-03-03 Oligonucleotide with double specificity and methods, which it is used in RU2400538C2 (en)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR10-2005-0018419 2005-03-05
KR20050018419 2005-03-05
PCT/KR2005/001206 WO2006095941A1 (en) 2005-03-05 2005-04-26 Processes using dual specificity oligonucleotide and dual specificity oligonucleotide
KRPCT/KR2005/001206 2005-04-26

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2007132657A RU2007132657A (en) 2009-04-10
RU2400538C2 true RU2400538C2 (en) 2010-09-27

Family

ID=36953549

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007132657/10A RU2400538C2 (en) 2005-03-05 2006-03-03 Oligonucleotide with double specificity and methods, which it is used in

Country Status (7)

Country Link
EP (2) EP2365079A1 (en)
JP (1) JP5619702B2 (en)
KR (4) KR100977186B1 (en)
PL (1) PL1856257T3 (en)
PT (1) PT1856257E (en)
RU (1) RU2400538C2 (en)
WO (1) WO2006095981A1 (en)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2809712C2 (en) * 2018-12-20 2023-12-15 Лайф Текнолоджис Корпорейшн Modified rhodamine dye and its use in biological analysis

Families Citing this family (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8871469B1 (en) * 2004-11-13 2014-10-28 Steven Albert Benner Self-avoiding molecular recognition systems in DNA priming
JP5197579B2 (en) * 2006-05-04 2013-05-15 シージーン アイエヌシー Method for amplifying an unknown DNA sequence adjacent to a known sequence
ATE543828T1 (en) 2006-12-26 2012-02-15 Siemens Healthcare Diagnostics HETEROPOLYNUCLEOTIDE DUPLEXES WITH PURINE-PURINE PAIRING
US9605302B2 (en) 2008-09-03 2017-03-28 Quantumdx Group Limited Sensing strategies and methods for nucleic acid detection using biosensors
JP5818683B2 (en) 2008-09-03 2015-11-18 クワンタムディーエックス・グループ・リミテッド Methods and kits for nucleic acid sequencing
US10759824B2 (en) 2008-09-03 2020-09-01 Quantumdx Group Limited Design, synthesis and use of synthetic nucleotides comprising charge mass tags
US8871921B2 (en) 2008-09-03 2014-10-28 Quantumdx Group Ltd. Design, synthesis and use of synthetic nucleotides comprising charge mass tags
US10512910B2 (en) 2008-09-23 2019-12-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based analysis method
US12162008B2 (en) 2008-09-23 2024-12-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
WO2011120024A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Quantalife, Inc. Droplet generation for droplet-based assays
US9417190B2 (en) 2008-09-23 2016-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Calibrations and controls for droplet-based assays
US9089844B2 (en) 2010-11-01 2015-07-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for forming emulsions
US8709762B2 (en) 2010-03-02 2014-04-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for hot-start amplification via a multiple emulsion
CA3210271A1 (en) 2008-09-23 2010-04-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US12090480B2 (en) 2008-09-23 2024-09-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US9222128B2 (en) 2011-03-18 2015-12-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiplexed digital assays with combinatorial use of signals
WO2011120020A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Quantalife, Inc. Droplet transport system for detection
US9492797B2 (en) 2008-09-23 2016-11-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US11130128B2 (en) 2008-09-23 2021-09-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection method for a target nucleic acid
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US8633015B2 (en) 2008-09-23 2014-01-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler
US8951939B2 (en) 2011-07-12 2015-02-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel
US9399215B2 (en) 2012-04-13 2016-07-26 Bio-Rad Laboratories, Inc. Sample holder with a well having a wicking promoter
US9764322B2 (en) 2008-09-23 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for generating droplets with pressure monitoring
US9132394B2 (en) 2008-09-23 2015-09-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
CA3106547C (en) 2009-09-02 2022-07-05 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for mixing fluids by coalescence of multiple emulsions
WO2011027966A2 (en) 2009-09-03 2011-03-10 Seegene, Inc. Td probe and its uses
KR20110050327A (en) * 2009-11-07 2011-05-13 주식회사 씨젠 THD primer target detection
CA2784344C (en) 2009-12-21 2018-01-02 Seegene, Inc. Tsg primer target detection
KR101552669B1 (en) * 2009-12-24 2015-09-11 주식회사 씨젠 RealTime Multiplexing Detection of Target Nucleic Acid Sequences with Elimination of False Signals
EP3246332B1 (en) 2010-01-12 2019-07-10 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Oligonucleotides and methods for detecting pik3ca mutations
US8399198B2 (en) 2010-03-02 2013-03-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Assays with droplets transformed into capsules
CA2767113A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection system for droplet-based assays
KR20120042100A (en) 2010-10-22 2012-05-03 주식회사 씨젠 Detection of target nucleic acid sequences using dual-labeled immobilized probes on solid phase
WO2012096430A1 (en) 2011-01-11 2012-07-19 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by pto cleavage and extension assay
US12097495B2 (en) 2011-02-18 2024-09-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
EP2691543B1 (en) 2011-03-29 2017-11-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent cleavage
CA2834291A1 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Biorad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
WO2012150749A1 (en) 2011-05-04 2012-11-08 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by po cleavage and hybridization
EP2737089B1 (en) 2011-07-29 2017-09-06 Bio-rad Laboratories, Inc. Library characterization by digital assay
CN102559661B (en) * 2012-01-18 2014-06-04 厦门基科生物科技有限公司 Novel amplification method and application of ligase reaction mediate
EP2817421B1 (en) * 2012-02-20 2017-12-13 SpeeDx Pty Ltd Detection of nucleic acids
CN104388426B (en) * 2012-02-28 2017-08-08 盛司潼 A kind of Oligo dT primers and the method in construction cDNA library
RU2620955C2 (en) 2012-03-05 2017-05-30 Сиджен, Инк. Detection of nucleotide variations in nucleic acid sequence-targets in the analysis with the cleavage and extension of the probing and tagging oligonucleotide (pto)
CA3096478C (en) 2013-02-07 2021-06-22 Rutgers, The State University Of New Jersey Highly selective nucleic acid amplification primers
EP2770065B1 (en) 2013-02-25 2017-12-13 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence
WO2014142575A1 (en) 2013-03-13 2014-09-18 Seegene, Inc. Quantification of target nucleic acid using melting peak analysis
WO2015008985A1 (en) 2013-07-15 2015-01-22 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent immobilized oligonucleotide hybridization
EP3058105B1 (en) 2013-10-18 2019-05-22 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence on solid phase by pto cleavage and extension using hcto assay
EP3230475B1 (en) 2014-12-09 2025-06-18 Seegene, Inc. Differentiation of signals for target nucleic acid sequences
US20170362646A1 (en) * 2014-12-09 2017-12-21 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures and reference values
KR101742681B1 (en) 2015-01-30 2017-06-01 에스디 바이오센서 주식회사 A primer for pcr amplification linked with complementary sequences or complementary sequences including mis-matched nucleotides and nucleic acid amplification method using the same
CN107075576B (en) * 2015-02-25 2021-05-25 精确诊断有限公司 Dumbbell structure oligonucleotide, nucleic acid amplification primer comprising the same, and nucleic acid amplification method using the same
EP3400444A4 (en) 2016-01-04 2019-10-16 QuantuMDx Group Limited DESIGN, SYNTHESIS AND USE OF SYNTHETIC NUCLEOTIDES COMPRISING SPECIFIC CHARGE LABELS
WO2017209575A1 (en) * 2016-06-03 2017-12-07 Seegene, Inc. Evaluation of specificity of oligonucleotides
KR101785687B1 (en) * 2016-07-20 2017-10-17 (주)다이오진 Method for detection of target nucleic acid sequence by multiple amplification nested signal amplification
WO2018235886A1 (en) * 2017-06-23 2018-12-27 栄研化学株式会社 Nucleic acid detection method, nucleic acid detection primer and nucleic acid detection kit
EP3688188A4 (en) 2017-09-29 2021-06-16 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by pto cleavage and extension-dependent extension assay
KR20230037642A (en) 2020-08-31 2023-03-16 주식회사 씨젠 Computer-implemented method for providing nucleic acid sequence data sets for design of oligonucleotides
WO2024054924A1 (en) * 2022-09-08 2024-03-14 Gen-Probe Incorporated Method of detecting nucleic acid analytes using dual-specificity primers
KR20250110818A (en) 2022-11-16 2025-07-21 주식회사 씨젠 Detection of target nucleic acid by QUENCHING-PTO CLEAVAGE AND EXTENSION；Q-PTOCE assay

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003050305A1 (en) * 2001-12-08 2003-06-19 Seegene, Inc. Annealing control primer and its uses

Family Cites Families (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
IL86724A (en) 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Method and kits for the amplification and detection of nucleic acid sequences
WO1989006700A1 (en) 1988-01-21 1989-07-27 Genentech, Inc. Amplification and detection of nucleic acid sequences
CA1340807C (en) 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
US5817797A (en) 1988-06-01 1998-10-06 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Sequencing DNA; a modification of the polymerase chain reaction
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
JP2955759B2 (en) 1988-07-20 1999-10-04 セゲブ・ダイアグノスティックス・インコーポレイテッド Methods for amplifying and detecting nucleic acid sequences
CA2049043A1 (en) 1989-03-10 1990-09-11 Mark L. Collins Immobilized oligo-nucleotide probes and uses therefor
EP0439182B1 (en) 1990-01-26 1996-04-24 Abbott Laboratories Improved method of amplifying target nucleic acids applicable to both polymerase and ligase chain reactions
US5756285A (en) 1991-09-27 1998-05-26 Amersham Life Science, Inc. DNA cycle sequencing
US5432065A (en) 1993-03-30 1995-07-11 United States Biochemical Corporation Cycle sequencing with non-thermostable DNA polymerases
US6077668A (en) 1993-04-15 2000-06-20 University Of Rochester Highly sensitive multimeric nucleic acid probes
US5831065A (en) 1994-04-04 1998-11-03 Lynx Therapeutics, Inc. Kits for DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
SE506700C2 (en) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Probe and Methods for Analysis of Nucleic Acid
US5723298A (en) 1996-09-16 1998-03-03 Li-Cor, Inc. Cycle labeling and sequencing with thermostable polymerases
US6309824B1 (en) 1997-01-16 2001-10-30 Hyseq, Inc. Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes
US20030165888A1 (en) * 2001-07-18 2003-09-04 Brown Bob D. Oligonucleotide probes and primers comprising universal bases for diagnostic purposes
US6013449A (en) 1997-11-26 2000-01-11 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Probe-based analysis of heterozygous mutations using two-color labelling
US6140054A (en) 1998-09-30 2000-10-31 University Of Utah Research Foundation Multiplex genotyping using fluorescent hybridization probes
US6350580B1 (en) 2000-10-11 2002-02-26 Stratagene Methods for detection of a target nucleic acid using a probe comprising secondary structure
WO2004001042A2 (en) * 2002-06-20 2003-12-31 Nuevolution A/S Microarrays displaying encoded molecules
WO2003050303A2 (en) 2001-12-12 2003-06-19 Genset S.A. Biallelic markers of d-amino acid oxidase and uses thereof
AU2002307654A1 (en) 2002-05-01 2003-11-17 Seegene, Inc. Methods and compositions for improving specificity of pcr amplication
PT1558744E (en) * 2002-10-30 2011-09-22 Nuevolution As Enzymatic encoding
EP1597395A2 (en) * 2003-02-21 2005-11-23 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
FR2933490B1 (en) 2008-07-02 2010-08-27 Commissariat Energie Atomique METHOD FOR MEASURING FLOW LIQUID FLOW IN A FLUID CHANNEL AND DEVICE FOR IMPLEMENTING THE SAME

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003050305A1 (en) * 2001-12-08 2003-06-19 Seegene, Inc. Annealing control primer and its uses

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HWANG et al.: "Annealing control primer system for improving specificity of PCR amplification", Biotichniques, Vol 35(6), pp.1180-1184, 2003. HWANG et al.: "Indentification of differentially regulated genes in bovine blastocysts using an annealing control primer system", Mol. Reprod. Dev., Vol.69(1), pp.43-51. 2004. ПАТРУШЕВ Л.И. Искусственные генетические системы. - М.: Наука, 2004, т.1, с.195-198. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2809712C2 (en) * 2018-12-20 2023-12-15 Лайф Текнолоджис Корпорейшн Modified rhodamine dye and its use in biological analysis
RU2846775C1 (en) * 2020-01-10 2025-09-15 ЭсБиАй БАЙОТЕК КО., ЛТД. Novel tlr9 agonists

Also Published As

Publication number Publication date
KR20070111543A (en) 2007-11-21
JP2012065655A (en) 2012-04-05
PL1856257T3 (en) 2012-03-30
WO2006095981A1 (en) 2006-09-14
KR20110122231A (en) 2011-11-09
KR20100099333A (en) 2010-09-10
KR101243266B1 (en) 2013-03-25
KR20090094388A (en) 2009-09-04
EP1856257A4 (en) 2009-02-18
JP5619702B2 (en) 2014-11-05
EP1856257A1 (en) 2007-11-21
RU2007132657A (en) 2009-04-10
PT1856257E (en) 2012-01-02
EP1856257B1 (en) 2011-10-19
EP2365079A1 (en) 2011-09-14
KR100977186B1 (en) 2010-08-23
KR101032750B1 (en) 2011-05-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2400538C2 (en) Oligonucleotide with double specificity and methods, which it is used in
CA2528577A1 (en) Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
DK2004847T3 (en) Oligonucleotides comprising signaling pairs and hydrophobic nucleotides, "stemless beacons", for detection of nucleic acids, methylation status and mutants of nucleic acids
US20100273159A1 (en) Nested Multiplex Amplification Method for Identification of Multiple Biological Entities
US10174352B2 (en) Methods for amplification of nucleic acids on solid support
JP2007525998A5 (en)
JP2011507488A5 (en)
US20190177760A1 (en) Methods for Amplification of Nucleic Acids Utilizing Clamp Oligonucleotides
KR101875662B1 (en) An isothermal based-dual functional oligonucleotide including reporter dye, and quencher for isothermal nucleic acid amplification and measurement methods using same
JP6971276B2 (en) Nucleic acid amplification method using clamp oligonucleotide
JP2013509871A5 (en)
JP7245126B2 (en) Methods for detecting target nucleic acids
JP2005518216A (en) Melting temperature dependent DNA amplification
US20050176014A1 (en) Fluorescent hybridization probes with reduced background
JP7191115B2 (en) Method for amplification of nucleic acids by endonuclease-mediated migration equilibrium (EM-SEq)
JP4406366B2 (en) Method for identifying nucleic acid having polymorphic sequence site
US10072290B2 (en) Methods for amplifying fragmented target nucleic acids utilizing an assembler sequence
CN111334562A (en) Nucleic acid amplification method and kit containing modified primer
JP4455168B2 (en) DNA amplification method
JP2007143420A (en) Method for judging base sequence
CA2904863C (en) Methods for amplifying fragmented target nucleic acids utilizing an assembler sequence
JP6523874B2 (en) Nucleic acid amplification substrate, nucleic acid amplification method using the substrate, and nucleic acid detection kit
RU2021136364A (en) Methods for detecting nucleic acid variants
KR20100082214A (en) Method for analyzing target nucleic acid sequence and kit for same
Whitcombe 6 Using Scorpion Primers for Genotyping