[go: up one dir, main page]

RU2376368C2 - ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА - Google Patents

ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА Download PDF

Info

Publication number
RU2376368C2
RU2376368C2 RU2007139262/13A RU2007139262A RU2376368C2 RU 2376368 C2 RU2376368 C2 RU 2376368C2 RU 2007139262/13 A RU2007139262/13 A RU 2007139262/13A RU 2007139262 A RU2007139262 A RU 2007139262A RU 2376368 C2 RU2376368 C2 RU 2376368C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
proinsulin
phins21
hybrid protein
human proinsulin
protein
Prior art date
Application number
RU2007139262/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2007139262A (ru
Inventor
Петр Иванович Родионов (RU)
Петр Иванович Родионов
Петр Петрович Родионов (RU)
Петр Петрович Родионов
Вадим Васильевич Шматченко (RU)
Вадим Васильевич Шматченко
Алексей Вячеславович Степанов (RU)
Алексей Вячеславович Степанов
Александр Николаевич Байдусь (RU)
Александр Николаевич Байдусь
Наталья Анатольевна Шматченко (RU)
Наталья Анатольевна Шматченко
Тарас Алексеевич Горкун (RU)
Тарас Алексеевич Горкун
Original Assignee
Общество С Ограниченной Ответственностью "Герофарм"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Общество С Ограниченной Ответственностью "Герофарм" filed Critical Общество С Ограниченной Ответственностью "Герофарм"
Priority to RU2007139262/13A priority Critical patent/RU2376368C2/ru
Priority to EA201070461A priority patent/EA201070461A1/ru
Priority to PCT/RU2008/000658 priority patent/WO2009054754A1/ru
Publication of RU2007139262A publication Critical patent/RU2007139262A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2376368C2 publication Critical patent/RU2376368C2/ru

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575Hormones
    • C07K14/62Insulins
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/52Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • C07K14/555Interferons [IFN]
    • C07K14/57IFN-gamma
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/01Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/01Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/02Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к получению рекомбинантного проинсулина человека, и может быть использовано в биомедицинской промышленности. Получен рекомбинантный штамм Escherichia coli, содержащий плазмиду pHINS21 (Escherichia coli JM109/ pHINS21), которая определяет синтез гибридного белка, состоящего из N-концевого фрагмента гамма-интерферона человека и проинсулина человека, соединенных пептидным линкером, содержащим сайт расщепления энтерокиназой (Asp4Lys). Выход включающего проинсулин гибридного продукта, обеспечиваемый новым штаммом-продуцентом, составляет не менее 30% от суммарного количества клеточного белка. Предложен способ получения проинсулина человека, включающий культивирование штамма-продуцента Escherichia coli JM109/pHINS21, выделение телец включения и их растворение, ренатурацию гибридного белка и его очистку ионообменной хроматографией, расщепление гибридного белка энтерокиназой или ее каталитической субъединицей и очистку проинсулина ионообменной хроматографией на сорбентах с сульфпропильными группами. Изобретение упрощает технологический процесс получения рекомбинантного проинсулина человека и улучшает условия его проведения с точки зрения техники безопасности. 2 н. и 2 з.п. ф-лы, 4 ил.

Description

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к получению рекомбинантного проинсулина человека, и может быть использовано в медицине.
Проинсулин синтезируется в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме b-клеток островков Лангерганса поджелудочной железы в виде предшественника - препроинсулина (молекулярная масса 11500 Да). Лидерная последовательность, состоящая из 23 аминокислотных остатков, направляет молекулу-предшественник в аппарат Гольджи и там отщепляется. В результате образуется молекула проинсулина (молекулярная масса около 9000 Да), принимающая конформацию, необходимую для правильного образования дисульфидных мостиков. Затем проинсулин расщепляется в нескольких специфических участках с образованием зрелого инсулина и С-пептида, которые депонируются в секреторных гранулах.
Последние медицинские исследования демонстрируют, что проинсулин может блокировать разрушение b-клеток поджелудочной железы, действуя в качестве локального протектора, а также стимулировать их регенерацию. Поэтому разработка способов получения рекомбинантного проинсулина человека для профилактики и лечения сахарного диабета крайне актуальна.
Известен способ получения рекомбинантного проинсулина человека [1-3], который включает лизис клеток Е.coli, экспрессирующих гибридные белки с проинсулином человека в форме телец включения, растворение телец включения в буферном растворе, содержащем мочевину или гуанидин хлорид, сульфирование гибридных белков сульфонатом натрия и тетратионатом натрия, центрифугирование гибридного белка S-сульфоната проинсулина, отщепление S-сульфоната проинсулина от лидерного пептида путем обработки бромистым цианом, очистку S-сульфоната проинсулина анионообменной хроматографией, повторную укладку цепи S-сульфоната проинсулина и очистку проинсулина человека адсорбционной хроматографией.
Недостатками описанного способа являются многостадийность технологического процесса и использование при расщеплении гибридного белка высокотоксичного реагента - бромистого циана.
Поэтому в настоящее время существует необходимость в разработке усовершенствованных способов получения рекомбинантного проинсулина человека, которые были бы высокопроизводительными и нетоксичными.
Для получения рекомбинантных белков из гибридных полипептидов известны подходы, в которых отщепление конечного продукта проводится при помощи высокоспецифических протеолитических ферментов. Такие способы предусматривают конструирование гибридных белков, содержащих сайт узнавания специфической протеиназы между белком-носителем (лидерным пептидом) и целевым белком, очистку синтезированного гибридного белка и его ферментативное расщепление. Одной из высокоспецифических протеиназ, используемых для этой цели, является энтерокиназа (энтеропептидаза, КФ 3.4.21.9), которая расщепляет пептидную связь после последовательности (Asp)4Lys.
Описание изобретения
Настоящее изобретение относится к гибридному белку - предшественнику проинсулина человека с последовательностью, представленной на фиг.2, включающей аминокислотные последовательности лидерного пептида, представляющего собой N-концевой фрагмент гамма-интерферона человека (SEQ ID NO:1), пептидного линкера (SEQ ID NO:2), содержащего сайт расщепления энтерокиназы и проинсулина человека (SEQ ID NO:3).
Кроме того, изобретение относится к ДНК, кодирующей указанный гибридный белок, с последовательностью нуклеотидов, представленной на фиг.2.
Изобретение относится к рекомбинантной плазмиде, содержащей указанную ДНК, кодирующей указанный гибридный белок с проинсулином человека, а также включающей регуляторные элементы. В качестве регуляторных элементов и генетических маркеров, которые используются в плазмиде по настоящему изобретению, можно привести следующие неограничивающие элементы и маркеры: tac-промотор транскрипции, терминатор транскрипции рибосомного оперона Е.coli, ген β-лактамазы (bla), использующийся в качестве генетического маркера, определяющий устойчивость трансформированных плазмидой pHINS21 клеток бактерий к ампициллину.
В частном случае, изобретение относится к рекомбинантной плазмиде pHINS21 (фиг.1), содержащей указанную ДНК, кодирующую гибридный белок (фиг.2), в котором аминокислотные последовательности лидерного пептида, представляющего собой N-концевой фрагмент гамма-интерферона человека, и проинсулина человека соединены пептидным линкером, содержащим сайт расщепления энтерокиназы, при этом указанная плазмида имеет молекулярную массу 2,36 МДа и включает уникальные сайты узнавания эндонуклеазами рестрикции, расположенные на следующем расстоянии вправо от сайта ЕсоRI: BamHI - 159 п.о., HpaI - 185 п.о., HindIII - 442 п.о., PvuI - 1382 п.о.
Новый гибридный белок обеспечивает высокий выход целевого продукта - проинсулина человека за счет эффективной ренатурации и эффективного расщепления энтерокиназой указанного гибридного белка.
Также изобретение относится к трансформированным клеткам Escherichia coli, содержащим указанную рекомбинантную плазмиду, продуцент гибридного белка проинсулина человека. В частном случае, изобретение относится к штамму бактерий Escherichia coli JM109/pHINS21 - продуценту гибридного белка проинсулина человека.
Кроме того, заявленный гибридный белок с проинсулином человека, например, продуцируемый штаммом E.coli JM109/pHINS21, может быть использован в способе получения инсулина человека. При этом новый гибридный белок трансформируют в инсулин путем ферментативного расщепления указанного гибридного белка энтерокиназой, трипсином и карбоксипептидазой Б.
Изобретение относится к новому способу получения проинсулина человека. Заявляемый способ получения проинсулина человека включает культивирование штамма-продуцента Escherichia coli, разрушение бактериальных клеток, выделение телец включения, их растворение в буфере, содержащем мочевину и дитиотреитол, ренатурацию и очистку ренатурированного гибридного белка с проинсулином человека, его расщепление специфической протеиназой с последующей очисткой и получением целевого продукта. В частном случае, способ включает культивирование нового штамма E.coli JM109/pHINS21, несущего новую плазмиду pHINS21, расщепление гибридного белка проводят энтерокиназой (или ее каталитической субъединицей), а полученный после ферментативного расщепления проинсулин очищают ионообменной хроматографией на SP-сефарозе с последующей высокоэффективной жидкостной хроматографией на обращенных фазах.
Преимуществом заявленного способа получения проинсулина человека является упрощение технологического процесса и исключение из технологии высокотоксичного реагента.
Подробное описание изобретения
Была создана новая рекомбинантная плазмида pHINS21, которая определяет синтез гибридного белка с молекулярной массой около 15,85 кДа, в котором аминокислотные последовательности лидерного пептида, представляющего собой N-концевой фрагмент гамма-интерферона человека, и проинсулина человека соединены пептидным линкером, содержащим сайт расщепления энтерокиназы. Новый гибридный белок, свойства которого определяют его эффективную ренатурацию и эффективное ферментативное расщепление энтерокиназой, обеспечивает высокий выход целевого продукта - проинсулина человека.
Оптимальная длина линкера и его аминокислотный состав были определены экспериментально.
Рекомбинантную плазмиду pHINS21 конструировали на основе известной плазмиды pHINS05 [4]. ДНК плазмиды pHINS05 была подвергнута полному гидролизу рестриктазами BclI и HpaI, а полученный фрагмент BclI-HpaI (4,2 т.п.о.) лигировали с олигонуклеотидным дуплексом, полученным в результате отжига синтетических олигонуклеотидов: смыслового, представленного в последовательности SEQ ID NO:4, и антисмыслового, представленного в последовательности SEQ ID NO:5. В результате в ген гибридного белка перед ДНК проинсулина человека встраивается нуклеотидная последовательность, кодирующая сайт расщепления энтерокиназы, а именно пептидный фрагмент (Asp)4Lys.
Лигированную смесь использовали для трансформации компетентных клеток Е.coli JM109. В результате получали рекомбинантную плазмиду pHINS20, строение которой подтверждали рестрикционным анализом. Структура гена (фиг.2), кодирующего гибридный белок, была подтверждена секвенированием.
Для увеличения числа копий полученной плазмиды pHINS20 в бактериальной клетке ее делетировали по rop-гену (негативному регулятору копийности) [5]. С этой целью ДНК плазмиды pHINS20 подвергали полному гидролизу рестриктазами Eco47III и SnaI, а полученный фрагмент Eco47III-SnaI (3,6 т.п.о.) лигировали. В результате получали рекомбинантную плазмиду pHINS21, строение которой подтверждали рестрикционным анализом и секвенированием.
Новая рекомбинантная плазмида pHINS21 кодирует гибридный белок размером 143 аминокислоты с молекулярной массой 15,85 кДа, в котором аминокислотные последовательности лидерного пептида, представляющего собой N-концевой фрагмент гамма-интерферона человека (SEQ ID NO:1), и проинсулина человека (SEQ ID NO:3) соединены пептидным линкером (SEQ ID NO:2), содержащим сайт расщепления энтерокиназы.
Указанная плазмида состоит из фрагмента BamHI-EcoRI плазмиды рКК223-3 [6], содержащего промотор транскрипции tac; фрагмента EcoRI-HindIII, включающего ген гибридного белка с последовательностью нуклеотидов, представленной на фиг.2, кодирующий N-концевой фрагмент гамма-интерферона человека, пептидный линкер с сайтом расщепления энтерокиназы и аминокислотную последовательность проинсулина человека; фрагмента HindIII-SnaI плазмиды рКК223-3, содержащего терминатор транскрипции рибосомного оперона Е.coli, ген β-лактамазы (bla), участок инициации репликации (ori); и Eco47III-EheI фрагмента плазмиды рКК223-3; уникальные сайты узнавания рестрикционными эндонуклеазами, расположенные на следующем расстоянии вправо от сайта ЕсоRI: BamHI - 159 п.о., HpaI - 185 п.о., HindIII - 442 п.о., PvuI - 1382 п.о.
Штамм-продуцент E.coli JM109/pHINS21 получают путем трансформации клеток E.coli штамма JM109 плазмидой pHINS21. После трансформации отбирают колонии, выращенные на среде с ампициллином, выделяют из них плазмиды и подвергают их рестрикционному анализу и секвенированию. Линию клеток, несущую плазмиду pHINS21, несколько раз пересевают на среду с агарозой с добавлением ампициллина и полученной моноклоновой культурой инокулируют 5 мл жидкой среды с ампициллином. Культуру проверяют на наличие индуцируемой экспрессии гибридного белка, фасуют, добавляют глицерин и хранят при минус 40°C.
Новый штамм Escherichia coli JM109/pHINS21, несущий плазмиду pHINS21, является продуцентом гибридного белка, содержащего аминокислотную последовательность проинсулина человека, и характеризуется следующими признаками.
Морфологические признаки: клетки мелкие, палочковидной формы, грамотрицательные, неспороносные, размером 1Ч3,5 мкм, подвижные, с хорошо различимыми тельцами включения после индукции синтеза гибридного белка.
Культуральные признаки: при росте на агаризованной среде LB колонии круглые, гладкие, полупрозрачные, блестящие, серые. Край ровный, диаметр колоний 1-3 мм, консистенция пастообразная. Рост в жидких средах (LB, минимальная среда с глюкозой) характеризуется ровным помутнением.
Физиолого-биохимические признаки: клетки растут при температуре 4-42°С, оптимум рН 6,8-7,6. В качестве источника азота используют как минеральные соли аммония, так и органические соединения: аминокислоты, пептон, триптон, дрожжевой экстракт. В качестве источника углерода при росте на минимальной среде используют глицерин, углеводы, аминокислоты.
Устойчивость к антибиотикам: клетки штамма-продуцента проявляют устойчивость к ампициллину (до 500 мг/мл), обусловленную наличием в плазмиде гена β-лактамазы (bla).
Стабильность плазмиды в штамме. При поддержании клеток в течение нескольких месяцев на агаризованной среде LB, содержащей ампициллин, не наблюдаются потери или перестройки плазмиды, влияющие на экспрессию гибридного белка.
B новом штамме гибридный белок после индуцированной экспрессии накапливается в виде телец включения, и его содержание составляет не менее 30% от общего белка клетки.
Полученный штамм-продуцент E.coli JM109/pHINS21 депонирован в коллекции микроорганизмов ОАО "Национальные Биотехнологии" под номером 21-06.
Новая рекомбинантная плазмида pHINS21 обеспечивает эффективный биосинтез гибридного белка, содержащего проинсулин человека, и в других бактериальных штаммах Escherichia coli, например в штамме-хозяине E.coli BL21, как описано ниже.
В качестве неограничивающего примера в описании приведен способ получения проинсулина человека с использованием E.coli JM109/pHINS21. Условия культивирования штамма-продуцента и выделение телец включения не являются определяющими, и специалист в данной области на основании общих знаний подберет аналогичные условия, не влияющие на достижение технического результата.
Выращивание культуры штамма-продуцента E.coli JM109/pHINS21 проводят на питательной среде на основе гидролизата казеина и экстракта дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Для индукции синтеза гибридного белка в середине логарифмической фазы роста вносят 1-изопропил-β-D-1-тиогалактопиранозид (ИПТГ). Культивирование продолжают до образования желательного уровня внутриклеточных включений гибридного белка (телец включения). После окончания выращивания культуру осаждают, клетки разрушают одним из приемлемых методов и тельца включения отделяют центрифугированием. Осадок телец включения (паста) содержит около 5-7% гибридного белка проинсулина.
Выделение гибридного белка из телец включения, его ферментативное расщепление и очистку проинсулина проводят по следующей схеме:
• тельца включения растворяют в 0,1М буфере трис-HCl, рН 8,0, содержащем 8М мочевину, с последующим добавлением дитиотреитола до конечной концентрации 10 мМ;
• гибридный белок ренатурируют в 10-кратном объеме 0,1М глицинового буфера, рН 9-11 при температуре 10-14°С в течение 20-24 час;
• очистку ренатурированного гибридного белка проводят хроматографией на DEAE-сефарозе FF, уравновешенной 0,05М трис-НСl буфером, рН 7,0-7,5, содержащим 0,15М NaCl. Белок элюируют линейным градиентом 0,15-0,4M хлористого натрия в уравновешивающем буфере;
• очищенный гибридный белок расщепляют энтерокиназой (или ее каталитической субъединицей) в течение от 12 до 24 час при рН 7,0-7,5 и температуре 16-26°C. Реакцию останавливают, подкисляя гидролизат соляной кислотой до рН 4,6-5,0, а образовавшийся осадок примесных белков отделяют центрифугированием;
• проинсулин очищают ионообменной хроматографией на SP-сефарозе FF в 0,05-0,2M аммоний-ацетатном буфере, рН 3,0-6,0, содержащем 1-2М мочевину. Сорбированный белок элюируют линейным градиентом хлористого калия от 0 до 0,5М в уравновешивающем буфере;
• дальнейшую очистку проинсулина проводят методом обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии (ОФ ВЭЖХ).
Краткое описание фигур
На фиг.1 представлена физическая карта рекомбинантной плазмиды pHINS21.
На фиг.2 представлены нуклеотидная последовательность гена гибридного белка с происулином человека в составе плазмиды pHINS21 и кодируемая им аминокислотная последовательность.
На фиг.3 показан ВЭЖХ анализ материала, полученного после очистки ренатурированного гибридного белка с проинсулином человека на DEAE-сефарозе.
На фиг.4 показан ВЭЖХ анализ продуктов расщепления гибридного белка с проинсулином человека энтерокиназой.
Примеры
Изобретение иллюстрируется следующими не ограничивающими его примерами.
Пример 1. Конструирование плазмиды pHINS21
Плазмиду pHINS21 конструируют на основе известной плазмиды pHINS05 [4]. Плазмидную ДНК pHINS05 подвергают полному гидролизу рестриктазами BclI и HpaI. Для этого 5 мкг плазмидной ДНК рHINS05 в 20 мкл буфера, содержащего 33 мМ трис-ацетата, рН 7,9, 66 мМ К-ацетата, 10 мМ Mg-ацетата и 0,1 мг/мл БСА (буфер 1) и 10 ЕД рестриктазы BclI и HpaI инкубируют 1,0 час при 37°С. Из полученного гидролизата выделяют ДНК фрагмент BclI-HpaI размером около 4,2 т.п.о. при помощи электрофореза в 0,8% геле легкоплавкой агарозы. Далее ДНК депротеинизируют фенолом, смесью фенола с хлороформом (1:1), хлороформом, осаждают этиловым спиртом, растворяют в 20 мкл воды. Полученный фрагмент BclI-HpaI, содержащий ген гибридного белка и векторную часть плазмиды рHINS05, лигируют с 20-кратным молярным избытком олигонуклеотидного дуплекса, полученного в результате отжига синтетических олигонуклеотидов: смыслового, представленного в последовательности SEQ ID NO:4, и антисмыслового, представленного в последовательности SEQ ID NO:5.
В результате в ген гибридного белка перед ДНК проинсулина человека встраивается нуклеотидная последовательность, кодирующая сайт расщепления энтерокиназы.
Компетентные клетки штамма E.coli JM109 трансформируют лигированной смесью (10 мкл) и высевают на LB-агар, содержащий 100 мкг/мл ампициллина. Из выросших колоний выделяют плазмидную ДНК и секвенируют между сайтами рестриктаз EcoRI и HpaI для подтверждения вставки в линкерную часть гена гибридного белка. В результате получают плазмиду рHINS20.
Для получения плазмиды с делецией по rop-гену (негативного регулятора копийности) к 5 мкг плазмидной ДНК рHINS20 в 20 мкл буфера 1 добавляют 10 ЕД рестриктазы Eco47III и SnaI, генерирующие ”тупые” концы, и смесь инкубируют 1 час при 37°С. Далее ДНК депротеинизируют фенолом, смесью фенола с хлороформом (1:1), хлороформом, осаждают этиловым спиртом, растворяют в 20 мкл воды. Полученную таким образом ДНК лигируют в 30 мкл буфера для лигирования в присутствии 5 Ед ДНК лигазы фага Т4 в течение 16 час при 8°С. Лигированной смесью (10 мкл) трансформируют компетентные клетки штамма E.coli JM109 и высевают на LB-агар, содержащий 100 мкг/мл ампициллина. Отбирают бактериальные клоны, несущие плазмидную ДНК размером 3,6 т.п.о. Выделенные плазмиды подвергают рестрикционному анализу и секвенируют по методу Сенгера. В результате получают плазмиду pHINS21.
Пример 2. Получение штамма E.coli JM109/pHINS21 и определение уровня его продуктивности
Плазмидой pHINS21 трансформируют компетентные клетки штамма E.coli JM109 и высевают на LB-агар, содержащий 100 мкг/мл ампициллина. Отдельно локализованную колонию трижды пересевают на чашки с LB-агаром, содержащим 100 мкг/мл ампициллина. Полученной моноклоновой культурой инокулируют 5 мл жидкой среды LB с ампициллином и инкубируют в течение ночи при интенсивном встряхивании при 37°C.
Полученный штамм-продуцент E.coli JM109/pHINS21 хранят в 20% глицерине при минус 40°C.
Для определения уровня индуцируемой экспрессии гибридного белка ночную культуру засевают в разведении 1:50 в 5 мл жидкой среды LB, содержащей 100 мкг/мл ампициллина, и растят до мутности 0,8 при 37°С на качалке при 200 об/мин. К культуре добавляют ИПТГ до концентрации 1,0 мМ и продолжают инкубацию в тех же условиях в течение 3 час. Клетки собирают центрифугированием, осадок суспендируют в буфере, содержащем 62,5 мМ трис-HCl, рН 6,8, 3% додецилсульфата натрия, 5% 2-меркаптоэтанола, 10% глицерина и 0,01% бромфенолового синего и прогревают 3 мин на кипящей водяной бане. Полученный лизат клеток анализируют электрофорезом в 18% полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия [7]. Гель окрашивают Coomassie R-250, сканируют и проводят его денситометрию. По данным денситометрии содержание гибридного белка составляет не менее 30% от общего белка клетки.
Пример 3. Получение штамма E.coli BL21/pHINS21 и определение уровня его продуктивности
Компетентные клетки штамма E.coli BL21 трансформируют плазмидной ДНК pHINS21 и высевают на LB-агар, содержащий 100 мкг/мл ампициллина. Отдельно локализованную колонию трижды пересевают на чашки с LB-агаром, содержащим 100 мкг/мл ампициллина. Полученной моноклоновой культурой инокулируют 5 мл жидкой среды LB и инкубируют в течение ночи при интенсивном встряхивании при 37°C.
Полученный штамм-продуцент E.coli BL21/pHINS21 хранят в 20% глицерине при минус 40°C.
Определение продуктивности штамма Е.coli BL21/pHINS21 проводят таким же методом, как и для штамма Е.coli JM109/pHINS21, описанным в примере 2. По данным денситометрии содержание гибридного белка в индуцированных клетках полученного штамма составляет не менее 30% от общего белка клетки.
Пример 4. Получение проинсулина человека при использовании штамма-продуцента E.coli JM109/pHINS21
Этап 1. Выделение телец включения, содержащих гибридный белок с проинсулином человека
Выращивают культуру штамма E.coli JM109/pHINS21 на питательной среде на основе гидролизата казеина и экстракта пекарских дрожжей. Индукцию биосинтеза гибридного белка проводят внесением индуктора ИПТГ в середине логарифмической фазы роста культуры. Культивирование продолжают до образования внутриклеточных включений гибридного белка. После завершения выращивания культуру осаждают и используют для выделения телец включения, содержащих гибридный белок проинсулина.
Клетки суспендируют в буфере А, содержащем 50 мМ натрия фосфорнокислого двузамещенного, 1 мМ ЭДТА, 0,2М хлорида натрия из расчета на 1 г биомассы 5-10 мл буфера и разрушают на дезинтеграторе Гаулина. Разрушенные клетки центрифугируют в течение 20 мин на Beckman J-30I при 8000 об/мин. Полученный осадок ресуспендируют в буфере А, содержащем 1% Triton X-100, инкубируют в течение 1 час и суспензию центрифугируют в течение 20 мин на Beckman J-30I при 8000 об/мин. Осадок повторно ресуспендируют в буфере А и осаждают на центрифуге. Отмытый осадок телец включения (паста), содержащий около 5% гибридного белка проинсулина, фасуют, замораживают и хранят при минус 40°С.
Этап 2. Ренатурация и выделение гибридного белка
5 г размороженной пасты телец включения растворяют в 100 мл буферного раствора, содержащего 0,1М трис-HCl, рН 8,0, 10 мМ дитиотреитол и 8М мочевину, и инкубируют при перемешивании в течение 18-24 час при 14°С. Раствор центрифугируют в течение 20 мин на Beckman J-30I при скорости 8000 об/мин при 14°С. Ренатурацию гибридного белка, содержащегося в супернатанте, проводят 10-кратным разбавлением в 0,1М глициновом буфере, рН 9-11. Раствор гибридного белка инкубируют в течение 20-24 час, перемешивая и поддерживая температуру 10-14°С. Процесс ренатурации гибридного белка контролируют методом ОФ ВЭЖХ. После образования правильно замкнутых S-S связей у 50-70% молекул гибридного белка раствор подкисляют 2 н. соляной кислотой до рН 7,0-7,2, а образующийся осадок отделяют центрифугированием.
Содержание ренатурированного гибридного белка в супернатанте составляет 112 мг.
Раствор гибридного белка наносят на колонку объемом 100 мл, заполненную DEAE-сефарозой FF, предварительно уравновешенную 0,05М трис-НСl буфером, рН 7,0-7,5. Колонку промывают уравновешивающим буфером, содержащим 0,15М NaCl. Сорбированный белок элюируют линейным градиентом 0,15-0,4M хлорида натрия в уравновешивающем буфере. Фракции, содержащие гибридный белок, анализируют методом ОФ ВЭЖХ (фиг.3). В результате получают 95 мг очищенного гибридного белка.
Соответствие полученного гибридного белка с проинсулином человека подтверждали методом масс-спектрометрии по совпадению с расчетной молекулярной массой указанного белка.
Этап 3. Ферментативное расщепление гибридного белка
Реакцию ферментативного гидролиза проводят при температуре 25°С при постоянном перемешивании. К раствору очищенного гибридного белка добавляют CaCl2 до концентрации 1 мМ. Затем в реакционную смесь вносят раствор рекомбинантной энтерокиназы (каталитической субъединицы энтерокиназы быка) (Novagen) из расчета 1 ЕД на 4 мг белка и инкубируют в течение 20 час. Продукты гидролиза гибридного белка анализируют методом ОФ ВЭЖХ. На фиг.4 представлен ВЭЖХ анализ продуктов расщепления гибридного белка энтерокиназой после 20 час инкубации. Реакцию расщепления останавливают, подкисляя материал 2 н. соляной кислотой до рН 4,0-5,0. Образовавшийся осадок примесных белков отделяют центрифугированием.
Этап 4. Очистка проинсулина человека
Осветленный раствор, содержащий проинсулин, наносят на хроматографическую колонку объемом 20 мл, заполненную SP-сефарозой FF, предварительно уравновешенную 0,03М аммоний-ацетатным буфером, рН 5,0, с 2М мочевиной. Колонку промывают уравновешивающим буфером до достижения базовой линии контрольного проточного денситометра. Элюцию сорбированного проинсулина проводят линейным градиентом хлористого калия от 0 до 0,5М в уравновешивающем буфере. Содержание и чистоту проинсулина человека в собираемых фракциях определяют методом ОФ ВЭЖХ. Объединенные фракции содержат 54 мг проинсулина человека с чистотой не менее 85%.
Дальнейшую очистку проинсулина проводят методом ОФ ВЭЖХ на препаративном хроматографе ”Armen” (Франция). Колонку объемом 200 мл, заполненную Кромасилом С18, уравновешивают 20%-ным изопропанолом с 0,1% трифторуксусной кислотой и подают раствор проинсулина с предыдущей стадии очистки в количестве 54 мг белка. Белок элюируют градиентом изопропанола (с 0,1% трифторуксусной кислотой) от 20 до 40%. Собранные фракции основного пика проинсулина анализируют на содержание примесей методом ОФ ВЭЖХ.
После очистки получают 46 мг высокоочищенного проинсулина человека с содержанием основного вещества 98%.
Подлинность полученного целевого продукта подтверждена по совпадению расчетной молекулярной массы проинсулина человека с молекулярной массой целевого продукта, определенной методом масс-спектрометрии.
Пример 5
Полученный в примере 4 (этап 2) гибридный белок с проинсулином человека расщепляли энтерокиназой из природного источника.
Реакцию ферментативного расщепления гибридного белка проводят при температуре 25°С при постоянном перемешивании. К раствору очищенного гибридного белка добавляют CaCl2 до концентрации 1 мМ. Затем в реакционную смесь вносят раствор энтерокиназы (Sigma, США) из расчета 1 ЕД на 4 мг белка и инкубируют в течение 16 час. Продукты гидролиза гибридного белка анализируют методом ОФ ВЭЖХ. Реакцию расщепления останавливают, подкисляя материал 2 н. соляной кислотой до рН 4,0-5,0.
Источники информации
1. Патент РФ 2203949. Способ получения проинсулина человека.
2. Патент США 5952461. Process for preparing human proinsulin.
3. Европейский патент EP1042479. A process for preparing human proinsulin.
4. Патент РФ 2263147 C1, 27.10.2005. Бюл. № 30.
5. Twigg A.J. and Sherrat D.//Nature, 1980, v.283, p.216-218.
6. Brosius J., Dull T.J., Sleeter D.D., Noller H.F.//J. Mol. Biol., 1981, v.148, p.107-127.
7. Laemmli U.K.//Nature, 1970, v.227, p.680-687.

Claims (4)

1. Штамм бактерий Escherichia coli JM109/pHINS21 - продуцент гибридного белка, содержащего проинсулин человека.
2. Способ получения проинсулина человека, включающий
культивирование штамма-продуцента по п.1,
разрушение бактериальных клеток,
выделение телец включения, их растворение в буфере, содержащем мочевину и дитиотреитол,
ренатурацию и очистку ренатурированного гибридного белка с проинсулином человека,
расщепление гибридного белка энтерокиназой или ее каталитической субъединицей,
очистку и получение целевого продукта.
3. Способ по п.2, отличающийся тем, что
полученный после ферментативного расщепления проинсулин очищают ионообменной хроматографией на сорбентах с сульфопропильными группами.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что
после ферментативного расщепления гибридного белка очистку проинсулина проводят хроматографией на SP-сефарозе FF в 0,05-0,2М аммоний-ацетатном буфере, рН 3,0-6,0, содержащем 1-2М мочевину, а сорбированный белок элюируют линейным градиентом хлористого калия от 0 до 0,5М в уравновешивающем буфере.
RU2007139262/13A 2007-10-22 2007-10-22 ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА RU2376368C2 (ru)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2007139262/13A RU2376368C2 (ru) 2007-10-22 2007-10-22 ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА
EA201070461A EA201070461A1 (ru) 2007-10-22 2008-10-21 РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pPHINS21, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ БЕЛОК С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА, ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI JM109/PHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА
PCT/RU2008/000658 WO2009054754A1 (en) 2007-10-22 2008-10-21 PHINS21 RECOMBINANT PLASMID FOR ENCODING HYBRID PROTEIN WITH HUMAN PROINSULIN, AN Escherichia coli JM109/pHINS21 BACTERIA STRAIN AS A PRODUCER OF HYBRID PROTEIN WITH HUMAN PROINSULIN AND A HUMAN PROINSULIN PRODUCING METHOD

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2007139262/13A RU2376368C2 (ru) 2007-10-22 2007-10-22 ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2007139262A RU2007139262A (ru) 2009-04-27
RU2376368C2 true RU2376368C2 (ru) 2009-12-20

Family

ID=40579744

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007139262/13A RU2376368C2 (ru) 2007-10-22 2007-10-22 ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА

Country Status (3)

Country Link
EA (1) EA201070461A1 (ru)
RU (1) RU2376368C2 (ru)
WO (1) WO2009054754A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2728611C1 (ru) * 2019-05-24 2020-07-30 Закрытое акционерное общество "ФАРМ-ХОЛДИНГ" РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pF265, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013015697A1 (en) * 2011-07-28 2013-01-31 Mabion S.A. A recombinant protein, a polynucleotide encoding it as well as a method of obtaining insulin or its an analogue

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4A (en) * 1836-08-10 Thomas Blanchard Stock shaving or rounding machine for edges ends etc of ships' tackle-blocks
RU2263147C1 (ru) * 2004-02-16 2005-10-27 Открытое акционерное общество "Национальные биотехнологии" РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pHINS05, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, КЛЕТКА ESCHERICHIA COLI, ТРАНСФОРМИРОВАННАЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ПЛАЗМИДНОЙ ДНК pHINS05, И ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI JM109/pHINS05 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4751180A (en) * 1985-03-28 1988-06-14 Chiron Corporation Expression using fused genes providing for protein product
RU2208637C1 (ru) * 2002-04-16 2003-07-20 Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН Способ получения генно-инженерного инсулина человека

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4A (en) * 1836-08-10 Thomas Blanchard Stock shaving or rounding machine for edges ends etc of ships' tackle-blocks
RU2263147C1 (ru) * 2004-02-16 2005-10-27 Открытое акционерное общество "Национальные биотехнологии" РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pHINS05, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, КЛЕТКА ESCHERICHIA COLI, ТРАНСФОРМИРОВАННАЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ПЛАЗМИДНОЙ ДНК pHINS05, И ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI JM109/pHINS05 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AKIYOSHI-SHIBATA M. ET AL., Eur. J. Biochem., 224, 335-343, 1994. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2728611C1 (ru) * 2019-05-24 2020-07-30 Закрытое акционерное общество "ФАРМ-ХОЛДИНГ" РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pF265, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА

Also Published As

Publication number Publication date
RU2007139262A (ru) 2009-04-27
WO2009054754A1 (en) 2009-04-30
EA201070461A1 (ru) 2010-10-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101304958B1 (ko) 트립신 변이체에 의한 인슐린 전구체의 절단
EP2938363B1 (en) Methods and compositions relating to crm197
EP4610280A1 (en) Method for producing polypeptide from recombinant fusion protein and use thereof
JPH068317B2 (ja) 新規ポリペプチド
CN117126754A (zh) 重组i型胶原蛋白毕赤酵母工程菌及其构建方法与应用
RU2144957C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pPINS07, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА
CN105296454A (zh) 一种褐藻胶裂解酶基因algp及其制备方法与表达
KR870000501B1 (ko) 사람의 프로인슐린의 아미노산 배열을 함유하는 단백질의 제조방법
RU2376368C2 (ru) ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli JM109/pHINS21 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА С ПРОИНСУЛИНОМ ЧЕЛОВЕКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ПРОИНСУЛИНА ЧЕЛОВЕКА
CN114107353B (zh) 一种高效表达多肽毒素的质粒及其制备方法与应用
WO1990004035A1 (en) Recombinant pdgf and methods for production
CN112824527B (zh) 人工设计的赖氨酰内切酶及编码序列和发酵方法
RU2453604C1 (ru) Гибридный белок (варианты), штамм бактерий escherichia coli - продуцент гибридного белка (варианты) и способ получения безметионинового интерферона альфа-2 человека
RU2143492C1 (ru) Рекомбинантная плазмида, кодирующая гибридный белок - предшественник инсулина человека (варианты), штамм бактерий e.coli - продуцент гибридного белка - предшественника инсулина человека (варианты), способ получения инсулина человека
RU2144082C1 (ru) Рекомбинантная плазмида, кодирующая гибридный белок-предшественник инсулина человека (варианты), штамм бактерий e.coli - продуцент гибридного белка-предшественника инсулина человека (варианты) и способ получения инсулина человека
RU2235776C1 (ru) Рекомбинантная плазмидная днк plp-3,1, кодирующая полипептид проинсулина lyspro человека, и штамм бактерий escherichia coli plp-3-1/tg-1-продуцент рекомбинантного проинсулина lyspro
RU2441072C1 (ru) ГИБРИДНЫЙ БЕЛОК, ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО БЕЛКА И СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ БЕЗМЕТИОНИНОВОГО ИНТЕРФЕРОНА АЛЬФА-2b ЧЕЛОВЕКА ИЗ ЭТОГО ГИБРИДНОГО БЕЛКА
RU2728611C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pF265, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА
CN113025599A (zh) 一种重组溶组织梭菌i型胶原酶及其制备方法和应用
RU2263147C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pHINS05, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА, КЛЕТКА ESCHERICHIA COLI, ТРАНСФОРМИРОВАННАЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ПЛАЗМИДНОЙ ДНК pHINS05, И ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI JM109/pHINS05 - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЧЕЛОВЕКА
RU2325440C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pGG-1, КОДИРУЮЩАЯ ПОЛИПЕПТИД ПРОИНСУЛИНА GLARGIN ЧЕЛОВЕКА И ШТАММ БАКТЕРИЙ ESCHERICHIA COLI BGG18 - ПРОДУЦЕНТ РЕКОМБИНАНТНОГО ПРОИНСУЛИНА GLARGIN
RU2729357C1 (ru) РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pF267, КОДИРУЮЩАЯ ГИБРИДНЫЙ ПОЛИПЕПТИД, СОДЕРЖАЩИЙ ПРОИНСУЛИН ЛИЗПРО, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli - ПРОДУЦЕНТ ГИБРИДНОГО ПОЛИПЕПТИДА, СОДЕРЖАЩЕГО ПРОИНСУЛИН ЛИЗПРО
WO2012048856A1 (en) Proinsulin with helper sequence
CN103993030A (zh) 一种大肠杆菌细胞内蛋白酶剪切融合蛋白的方法
Stahl et al. Selection for signal sequence mutations that enhance production of secreted human proinsulin by Escherichia coli