[go: up one dir, main page]

RU2146372C1 - Способ определения парвовируса б19 - Google Patents

Способ определения парвовируса б19 Download PDF

Info

Publication number
RU2146372C1
RU2146372C1 RU98107396A RU98107396A RU2146372C1 RU 2146372 C1 RU2146372 C1 RU 2146372C1 RU 98107396 A RU98107396 A RU 98107396A RU 98107396 A RU98107396 A RU 98107396A RU 2146372 C1 RU2146372 C1 RU 2146372C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
stage
reaction
pair
polymerase chain
parvovirus
Prior art date
Application number
RU98107396A
Other languages
English (en)
Other versions
RU98107396A (ru
Inventor
И.С. Февралева
А.Б. Судариков
Original Assignee
Гематологический научный центр РАМН
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Гематологический научный центр РАМН filed Critical Гематологический научный центр РАМН
Priority to RU98107396A priority Critical patent/RU2146372C1/ru
Publication of RU98107396A publication Critical patent/RU98107396A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2146372C1 publication Critical patent/RU2146372C1/ru

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к медицине, в частности вирусологии, и касается эффективных и высокоспецифичных способов определения парвовируса Б19 в сыворотке крови. Способ основан на постановке двухэтапной полимеразной цепной реакции, включающей предварительную тепловую обработку исследуемых сывороток при 95oC в течение 10 мин. При этом в качестве исследуемых используют сыворотки, не обработанные ферментом proleinase K. В качестве праймеров на первом этапе реакции используют пару с температурой отжига 44oC, состоящую из 5'-GACCTCCAAACCAC-3' и 5'-AATTGCTGATACACAG-3', а на втором этапе - пару с температурой отжига 56°С, состоящую из 5'-CAATTGTCACAGACACCАG-3' и 5'-TGCAATCCAGACAGGTAAG-3'. Два этапа реакции проводят в одной пробирке. Способ позволяет ускорить, удешевить постановку теста, снизить возможность контаминации образцов. 2 ил.

Description

Изобретение относится к области медицины, а именно к созданию медицинских диагностикумов для определения наличия патогенных вирусов в крови человека. Нами разработан диагностикум для выделения паровируса Б19 в сыворотке крови на основе двухэтапной полимеразной цепной реакции.
На сегодняшний день существуют 2 основных метода идентификации ДНК парвовируса Б19. Первый из них - ДНК-гибридизация [1, 2, 3]. Однако этот метод требует много времени и достаточно трудоемок для скриннинга большого числа образцов. Второй метод - двухэтапная полимеразная цепная реакция (nested-PCR). Самая удачная на наш взгляд модификация определения ДНК ПВ Б19 описана авторами Musiani M., Gallinella G. et al. [4].
Методика, предложенная Musiani M., Gallinella G. et al.
1. К 50-ти мкл анализируемой сыворотки добавляют 100 мкл лизирующего раствора, содержащего 50 мМ KCl, 10 мМ Tris-HCl (pH 8,3), 25 мМ MgCl2, 0,1 мг/мл желатина, 0,45% NP-40; 0,45% Tween 20 и 0,06 мг Proteinase K. Смесь инкубируют при 56oC в течение одного часа, после чего прогревают в течение 10 мин при температуре 95oC для инактивации фермента и центрифугируют при 14000 об/мин 15 минут. Супернатант используют в PCR.
2. Готовят рабочую смесь для двухэтапной постановки полимеразной цепной реакции (цифры приведены в расчете на одну пробу):
I этап
а) Реакционный буфер (Tris-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 15 мМ, KCl - 500 мМ, желатин 0,1%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Супернатант депротеинизированной и прогретой сыворотки, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
I этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 30 сек; 55oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.
II этап
а) Реакционный буфер (Tris-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 15 мМ, KCl - 500 мМ, желатин 0,1%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CTTTAGGTATAGCCAACTGG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-ACACTGAGTTTACTAGTGGC-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Амплификат, полученный в результате проведения I этапа, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
II этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 30 сек; 55oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.
Преимущество предлагаемого нами изобретения в том, что ДНК ПВ Б19 определяется непосредственно в сыворотке крови человека без предшествующей обработки ферментом proteinase K и последующей его инактивацией. Это ускоряет и удешевляет постановку теста, не уменьшая его чувствительности. Кроме того, разработанные нами две пары праймеров таковы, что за счет существенной разницы в температуре отжига внешней и внутренней пары исключено участие внешних праймеров на второй стадии реакции, что дает возможность проведения двух этапов в одной реакционной пробирке, а это, в свою очередь, также снижает вероятность контаминации образцов.
Описание предлагаемого способа определения парвовируса Б19.
1. К 50 мкл сыворотки крови больного добавляют 100 мкл физиологического раствора, содержащего 0,5% детергента NP-40, и смесь прогревают при температуре 95oC в течение 10 минут, после чего центрифугируют при 14000 об/мин в течение 10 мин. Полученный супернатант используют в PCR.
2. Готовят рабочую смесь для двухэтапной постановки полимеразной цепной реакции (цифры приведены в расчете на одну пробу):
I этап
а) Реакционный буфер (TРИС-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 25 мМ, KCl - 500 мМ, формамид - 40%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-GACCTCCAAACCAC-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-AATTGCTGATACACAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Супернатант прогретой разведенной сыворотки, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
I этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 1 мин; 44oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 20.
II этап
а) Реакционный буфер (TРИС-HCl (pH 8,3) - 100 мМ, MgCl2 - 25 мМ, KCl - 500 мМ, формамид - 40%), мкл - 2,5
б) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-CAATTGTCACAGACACCAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
в) Праймер (нуклеотидная последовательность 5'-TGCAATCCAGACAGGTAAG-3', 20 мкМ), мкл - 2
г) Смесь ATP, CTP, GTP, TTP (концентрация каждого компонента 2 мМ), мкл - 2,5
д) ДНК-полимераза, ед. активности - 1
е) Амплификат, полученный в результате проведения I этапа, мкл - 5
ж) Деионизованная вода, мкл - До 25
II этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме: 94oC - 1 мин; 56oC - 1 мин; 72oC - 1 мин, число последовательных циклов - 35.
После проведения двухэтапной полимеразной цепной реакции продукт подвергают электрофорезу в агарозном геле, содержащем бромистый этидий. О наличии ДНК ПВ Б19 в исследуемом образце судят по появлению полосы флюоресценции в УФ-свете на соответствующей дорожке в геле. Размер амплификата - 490 оснований.
Таким образом, предлагаемая нами методика отличается от прототипа следующим.
Во-первых, в предлагаемой методике длительный процесс депротеинизации образца сыворотки ферментом протеиназой K и его последующей инактивации заменен 10-минутным прогреванием образца при 95oC, что позволяет сократить трудоемкость, время выполнения, стоимость анализа, а также исключить возможность контаминации образца на стадии подготовки ПЦР, а следовательно, и возможность получения ложноположительной реакции.
Во-вторых, две пары праймеров подобраны так, что температура отжига для внешней пары праймеров (44oC) существенно ниже, чем для внутренней пары (56oC). Такая разница в температуре отжига позволяет исключить участие пары внешних праймеров на второй стадии реакции и получить амплификат без примеси неспецифических продуктов реакции. Кроме того, это дает возможность проведения двух этапов в одной реакционной пробирке, что, в свою очередь, также уменьшает вероятность контаминации образцов.
Примеры использования способа приведены на фиг. 1 и 2.
Список литературы
1. Shade R.O., Blundell M.C., Cotmore S.F., Tattersall P., Astell C.R. "Nucleotide Sequence and Genom Organization of Human Parvovirus B19 Isoleted from Serum of Child During Aplastic Crisis". J. Virol. 58: 921-936 (1986).
2. McOmish F., Yap P.L., Jordan A., Hart H., Cohen B.J. and Simmonds P. "Detection of Parvovirus B19 in Donnated Blood: a Model System for Screening by Polymerase Chain Reaсtion". J. Clin. Microbiol. 31: 323-328 (1993).
3. Patent: WO 9112269-A 10 22-AUG-1991.
4. Musiani M., Gallinella G. et al. "Persistent B19 Parvovirus Infection in Haemophilic HIV-1 Infected Patients", J. of Med. Virol., 46: 103-108, 1995.
5. Frickhofen N., Young N.S. "A Rapid Method of Sample Preparation for Detection of DNA Viruses in Human Serum by PCR", J. Virol. Meth., 35: 65-72 (1991).

Claims (1)

  1. Способ определения паровируса Б 19 при помощи двухэтапной полимеразной цепной реакции, включающий тепловую обработку образцов исследуемых сывороток при 95oС в течение 10 мин и непосредственно двухэтапную полимеразную цепную реакцию, отличающийся тем, что ДНК ПВ Б19 определяется непосредственно в сыворотке крови человека, не обработанной ферментом proteinase К, с последующей его инактивацией и в качестве праймеров на первом этапе реакции используют пару с температурой отжига 44oС, состоящую из 5'-GACCTCCAAACCAC-3' и 5'-AATTGCTGATACACAG-3', а на втором этапе - пару с температурой отжига 56oС, состоящую из 5'-CAATTGTCACAGACACCAG-3' и 5-TGCAATCCAGACAGGTAAG-3', при этом два этапа реакции проводят в одной пробирке.
RU98107396A 1998-04-16 1998-04-16 Способ определения парвовируса б19 RU2146372C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU98107396A RU2146372C1 (ru) 1998-04-16 1998-04-16 Способ определения парвовируса б19

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU98107396A RU2146372C1 (ru) 1998-04-16 1998-04-16 Способ определения парвовируса б19

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU98107396A RU98107396A (ru) 2000-02-10
RU2146372C1 true RU2146372C1 (ru) 2000-03-10

Family

ID=20204961

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU98107396A RU2146372C1 (ru) 1998-04-16 1998-04-16 Способ определения парвовируса б19

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2146372C1 (ru)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2301263C2 (ru) * 2001-06-28 2007-06-20 Чирон Корпорейшн Способ выявления парвовируса b19 человека в биологическом образце (варианты) и набор для его осуществления
RU2797020C1 (ru) * 2022-08-26 2023-05-30 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный научный центр - Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук" (ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН) Синтетические олигонуклеотидные праймеры для выявления парвовируса гусей в полимеразной цепной реакции

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1988002026A1 (en) * 1986-09-08 1988-03-24 Applied Biotechnology, Inc. Empty viral capsid vaccines
WO1991012269A1 (de) * 1990-02-08 1991-08-22 Mikrogen Molekularbiologische Entwicklungs-Gmbh Immunologisch aktive peptide bzw. polypeptide des parvovirus b19
RU2049476C1 (ru) * 1992-07-29 1995-12-10 Научно-производственный кооператив "Биолам" Онкологического научного центра РАМН Способ определения антител к ретровирусам человека
RU2051688C1 (ru) * 1992-07-29 1996-01-10 Научно-производственный кооператив "Биолам" Онкологического научного центра РАМН Способ определения антител к индивидуальным белкам ретровирусов человека

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1988002026A1 (en) * 1986-09-08 1988-03-24 Applied Biotechnology, Inc. Empty viral capsid vaccines
WO1991012269A1 (de) * 1990-02-08 1991-08-22 Mikrogen Molekularbiologische Entwicklungs-Gmbh Immunologisch aktive peptide bzw. polypeptide des parvovirus b19
RU2049476C1 (ru) * 1992-07-29 1995-12-10 Научно-производственный кооператив "Биолам" Онкологического научного центра РАМН Способ определения антител к ретровирусам человека
RU2051688C1 (ru) * 1992-07-29 1996-01-10 Научно-производственный кооператив "Биолам" Онкологического научного центра РАМН Способ определения антител к индивидуальным белкам ретровирусов человека

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MUSIANI M. et al., Persistent B19 Parvovirus Infection in Haemophilic HIV-1 Infected Patients, J.of Med.Virol. 1995, 46, p.103-108. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2301263C2 (ru) * 2001-06-28 2007-06-20 Чирон Корпорейшн Способ выявления парвовируса b19 человека в биологическом образце (варианты) и набор для его осуществления
RU2797020C1 (ru) * 2022-08-26 2023-05-30 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный научный центр - Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук" (ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН) Синтетические олигонуклеотидные праймеры для выявления парвовируса гусей в полимеразной цепной реакции

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Yapar et al. Rapid and quantitative detection of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by one-step real-time reverse transcriptase-PCR
Henson et al. Amplification of JC virus DNA from brain and cerebrospinal fluid of patients with progressive multifocal leukoencephalopathy
Sauvage et al. Viral metagenomics applied to blood donors and recipients at high risk for blood-borne infections
Satoh et al. Virus concentration using polyethyleneimine-conjugated magnetic beads for improving the sensitivity of nucleic acid amplification tests
CN115820889A (zh) 一种用于幽门螺旋杆菌检测的crRNA、CRISPR Cas12a系统及其应用
CN103937884A (zh) 一种用于结核分枝杆菌检测的环介导等温扩增试剂盒及其使用方法
CN111286559A (zh) 检测非洲猪瘟病毒的引物、探针及试剂盒
CN114480690B (zh) 金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌核酸快速检测方法及试剂盒
CA2191475C (en) A drug, containing one or more plasma derivatives
RU2146372C1 (ru) Способ определения парвовируса б19
CN110157837B (zh) 一种检测小反刍兽疫病毒和蓝舌病病毒的引物及方法
CN113755646A (zh) 一种用于新型布尼亚病毒检测的CrRNA、CRISPR-Cas12a系统及应用
RU2126048C1 (ru) Способ определения генетической устойчивости обследуемых к инфицированию вирусом иммунодефицита человека первого типа (вич-1)
JP4468534B2 (ja) 血清又は血漿からdnaを調製するための改良法
US20230042039A1 (en) Method For Detecting SARS-CoV-Related Betacoronaviruses
CN101160410B (zh) 使用病毒检测样本中活细胞的方法
Liu et al. Advances in the Application of Molecular Diagnostic Techniques to Brucellosis
RU2728342C1 (ru) Набор олигонуклеотидных праймеров и зондов и способ выявления пестивируса Н крупного рогатого скота
RU2031126C1 (ru) Способ детекции рнк вируса гепатита а
JP3334086B2 (ja) Hiv−1プロウイルスdnaの定量法および診断キット
RU2823776C1 (ru) Набор олигонуклеотидных праймеров для выявления ДНК ортопоксвирусов методом изотермической амплификации в режиме реального времени
Kunchev et al. LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION FOR DETECTION OF C. BURNETII IN BULGARIA
RU2818960C1 (ru) Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК JMTV методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
RU2702240C1 (ru) Способ и набор для генодиагностики коклюша и коклюшеподобных заболеваний
RU2756924C2 (ru) Способ ранней пцр-диагностики вируса алеутской болезни норок carnivore amdoparvovirus

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20090417