RU2023120693A

RU2023120693A - Коррекция фазирования

Info

Publication number: RU2023120693A
Application number: RU2023120693A
Authority: RU
Inventors: Роберт ЛАНГЛУА; Пол БЕЛИЦ
Original assignee: Иллюмина, Инк.
Priority date: 2017-01-06
Filing date: 2023-08-07
Publication date: 2025-02-07

Claims

1. Секвенатор нуклеиновых кислот, содержащий:

запоминающее устройство и

один или более процессоров, выполненных с возможностью или сконфигурированных для осуществления первого цикла распознавания оснований путем:

(a) получения данных, представляющих множество участков, на которых считывают нуклеиновые основания, причем указанные участки имеют цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований;

(b) получения первых значений цвета указанного множества участков;

(c) сохранения значений цвета в буфере процессора;

(d) извлечения вторых значений цветка указанного множества участков, где указанные вторые значения были сохранены в запоминающем устройстве в ходе второго цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего первому циклу распознавания оснований;

(e) извлечения третьих значений цвета указанного множества участков, где указанные третьи значения цвета были сохранены в запоминающем устройстве в ходе третьего цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего второму циклу распознавания оснований; и

(е) определения скорректированных значений цвета для первого цикла распознавания оснований по

первым значениям цвета в буфере процессора,

вторым значениям цвета и

третьим значениям цвета.

2. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров дополнительно выполнены с возможностью или сконфигурированы для осуществления первого цикла распознавания оснований путем использования скорректированных значений цвета для выполнения распознавания оснований для указанного множества участков.

3. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров также выполнены с возможностью или сконфигурированы для определения коррекции опережающего фазирования по:

первым значениям цвета, сохраненным в буфере процессора, и

вторым значениям цвета, сохраненным в ходе второго цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего первому циклу распознавания оснований.

4. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров также выполнены с возможностью или сконфигурированы для определения коррекции фазирования по:

вторым значениям цвета, сохраненным в ходе второго цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего первому циклу распознавания оснований, и

третьим значениям цвета, сохраненным в ходе третьего цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего второму циклу распознавания оснований.

5. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров также выполнены с возможностью или сконфигурированы для сохранения первых значений цвета в запоминающем устройстве.

6. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров также выполнены с возможностью или сконфигурированы для перезаписи третьих значений цвета, сохраненных в запоминающем устройстве, первыми значениями цвета после определения скорректированных значений цвета.

7. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором емкость запоминающего устройства составляет около 512 Гигабайт или менее.

8. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором запоминающее устройство разделено на множество буферов сегментов, каждый из которых выполнен с возможностью хранения данных, представляющих одно изображение сегмента на подложке, содержащей множество участков.

9. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором указанные один или более процессоров также выполнены с возможностью или сконфигурированы для выполнения (а)-(е) в реальном времени в ходе распознавания оснований.

10. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, где секвенатор нуклеиновых кислот синтезирует нуклеиновые кислоты на множестве участков.

11. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, где значения цвета определяют только по двум каналам секвенатора нуклеиновых кислот.

12. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, в котором значения цвета получают по четырем каналам секвенатора нуклеиновых кислот.

13. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 1, дополнительно включающий подложку, причем подложка содержит:

множество участков, и

проточную ячейку, причем проточная ячейка логически разделена на сегменты, и при этом каждый сегмент представляет область проточной ячейки, содержащую подмножество участков, где указанное подмножество фиксируют в одном изображении от системы получения изображения.

14. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 13, дополнительно включающий, перед операцией (а), помещение реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований, в ходе цикла распознавания оснований.

15. Способ определения скорректированных значений цвета из данных изображения, полученных в ходе цикла распознавания оснований, с помощью секвенатора нуклеиновых кислот, содержащего один или более процессоров и запоминающее устройство, причем способ включает:

(а) получение данных, представляющих множество участков, на которых считывают основания нуклеиновых кислот, причем эти участки имеют цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований;

(b) получение первых значений цвета указанного множества участков;

(c) сохранение первых значений цвета в буфере процессора;

(d) извлечение вторых значений цвета указанного множества участков, причем вторые значения цвета были сохранены в запоминающем устройстве в ходе второго цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего первому циклу распознавания оснований;

(e) извлечение третьих значений цвета указанного множества участков, где третьи значения цвета были сохранены в запоминающем устройстве в ходе третьего цикла распознавания оснований, непосредственно предшествующего второму циклу распознавания оснований; и

вторым значениям цвета и

третьим значениям цвета.

16. Способ по п. 15, дополнительно включающий осуществление первого цикла распознавания оснований путем использования скорректированных значений цвета для выполнения распознавания оснований для множества участков.

17. Способ по п. 15, дополнительно включающий определение коррекции опережающего фазирования по:

18. Способ по п. 15, дополнительно включающий определение коррекции фазирования по:

19. Способ по п. 15, дополнительно включающий сохранение первых значений цвета в запоминающем устройстве.

20. Способ по п. 15, дополнительно включающий перезапись третьих значений цвета, сохраненных в запоминающем устройстве, первыми значениями цвета после определения скорректированных значениях цвета.

21. Способ по п. 15, в котором емкость запоминающего устройства составляет около 512 Гигабайт или мене.

22. Способ по п. 15, в котором запоминающее устройство разделяют на множество буферов сегментов, каждый из которых выполнен с возможностью хранения данных, представляющих одно изображение сегмента на подложке, содержащей множество участков.

23. Способ по п. 15, дополнительно включающий осуществление (а)-(е) в реальном времени в ходе распознавания оснований.

24. Способ по п. 15, в котором секвенатор нуклеиновых кислот синтезирует нуклеиновые кислоты в множестве участков.

25. Способ по п. 15, в котором значения цвета определяют только по двум каналам секвенатора нуклеиновых кислот.

26. Способ по п. 15, в котором значения цвета получают по четырем каналам секвенатора нуклеиновых кислот.

27. Способ по п. 15, в котором указанное множество участков представляют собой часть подложки, причем подложка содержит проточную ячейку, где проточную ячейку логически разделяют на сегменты, и при этом каждый сегмент представляет область проточной ячейки, содержащую подмножество участков, где указанное подмножество фиксируют в одном изображении от системы получения изображения.

28. Способ по п. 27, также включающий, перед операцией (а), помещение реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований, в ходе цикла распознавания оснований.