[go: up one dir, main page]

RU2019123065A - Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах - Google Patents

Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах Download PDF

Info

Publication number
RU2019123065A
RU2019123065A RU2019123065A RU2019123065A RU2019123065A RU 2019123065 A RU2019123065 A RU 2019123065A RU 2019123065 A RU2019123065 A RU 2019123065A RU 2019123065 A RU2019123065 A RU 2019123065A RU 2019123065 A RU2019123065 A RU 2019123065A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
analytical
biomolecule
cell nucleus
information molecule
enzyme
Prior art date
Application number
RU2019123065A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019123065A3 (ru
RU2771892C2 (ru
Inventor
Рамеш РАДЖИ
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Лена КРИСТИАНСЕН
Дмитрий К ПОХОЛОК
Фань Чжан
Original Assignee
Иллумина, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллумина, Инк. filed Critical Иллумина, Инк.
Publication of RU2019123065A publication Critical patent/RU2019123065A/ru
Publication of RU2019123065A3 publication Critical patent/RU2019123065A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2771892C2 publication Critical patent/RU2771892C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1089—Design, preparation, screening or analysis of libraries using computer algorithms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1252—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/149—Particles, e.g. beads
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (67)

1. Способ проведения реакции информационной молекулы ядра клетки с аналитической биомолекулой, который включает приведение ядра клетки, содержащего информационную молекулу ядра клетки, в контакт с усилителем ядерной проницаемости и реакцию информационной молекулы ядра клетки с аналитической биомолекулой.
2. Способ анализа информационной молекулы ядра клетки, включающий:
(a) приведение в контакт ядра клетки, содержащей информационную молекулу ядра клетки, с усилителем ядерной проницаемости и аналитической биомолекулой;
(b) проведение реакции аналитической биомолекулы с информационной молекулой ядра клетки для того, чтобы предоставлять аналитический комплекс; и
(c) анализ аналитического комплекса, тем самым обнаруживая информационную молекулу ядра клетки.
3. Способ по п. 2, в котором сохраняющий близость элемент содержит ядро клетки.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой ДНК, РНК, белок или их смесь.
5. Способ по п. 4, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой ДНК.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором аналитическая биомолекула представляет собой транспозазу или транспосомный комплекс, или антитело, или олигонуклеотид, или нуклеотид, или праймер обратной транскрипции, или фермент.
7. Способ по п. 6, в котором олигонуклеотид или нуклеотид содержит по меньшей мере один меченный нуклеотид.
8. Способ по п. 6, в котором указанная аналитическая биомолекула представляет собой фермент, и указанный фермент представляет собой фермент амплификации, полимеразу, ДНК полимеразу, РНК полимеразу, фермент ПЦР, лигазу, ДНК полимеразу Taq, ДНК полимеразу Pfu, фермент, который опосредует транскрипцию in vitro, интегразу или никирующий фермент.
9. Способ по п. 6, в котором аналитическая биомолекула представляет собой транспосомный комплекс.
10. Способ по п. 9, в котором каждый транспосомный комплекс содержит транспозазу и две транспозонные концевые композиции, содержащие транспозонные концевые последовательности.
11. Способ по п. 10, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой целевую нуклеиновую кислоту, в котором реакция включает фрагментацию целевой нуклеиновой кислоты на двухцепочечные фрагменты нуклеиновой кислоты и мечение перенесенными нитями из транспозонных концевых композиций для того, чтобы формировать меченные аналитические комплексы.
12. Способ получения библиотеки меченных фрагментов нуклеиновой кислоты из клеточной ядерной целевой нуклеиновой кислоты:
(a) предоставление сохраняющего близость элемента, содержащего отдельное ядро клетки, где отдельное ядро клетки содержит целевую нуклеиновую кислоту;
(b) приведение в контакт сохраняющего близость элемента и отдельного ядра клетки с усилителем ядерной проницаемости и аналитической биомолекулой; и
(c) проведение реакции аналитической биомолекулы с информационной молекулой ядра клетки для того, чтобы предоставлять аналитический комплекс; и
(d) анализ аналитического комплекса, тем самым обнаруживая информационную молекулу ядра клетки.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором по меньшей мере одна информационная молекула представляет собой белок.
14. Способ по любому из пп. 1-13, который дополнительно включает анализ цитоплазматической информационной молекулы посредством приведения клетки, содержащей ядро клетки, в контакт со второй аналитической биомолекулой, проведение реакции второй аналитической биомолекулы с цитоплазматической информационной молекулой для того, чтобы предоставлять второй аналитический комплекс, и, необязательно, анализ второго аналитического комплекса, тем самым обнаруживая цитоплазматическую информационную молекулу.
15. Способ по п. 14, который включает, перед приведением в контакт, реакцию цитоплазматической информационной молекулы в клетке, содержащей ядро клетки, со второй аналитической биомолекулой в присутствии блокатора ядерных пор и в отсутствие усилителя ядерной проницаемости, посредством чего вводят первую метку в цитоплазматическую информационную молекулу, где указанная реакция с информационной молекулой ядра клетки вводит вторую метку в информационную молекулу ядра клетки.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором аналитическая биомолекула представляет собой транспосомный комплекс, и способ дополнительно включает обработку аналитического комплекса полимеразой, где полимераза представляет собой необязательно полимеразу с замещением цепи.
17. Способ по любому из пп. 2-16, в котором анализ включает секвенирование фрагментированных и меченных нуклеиновых кислот или их ампликонов или их копий.
18. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором усилитель ядерной проницаемости выбирают из: соединений, которые нарушают гидрофобные взаимодействия комплекса ядерных пор (NPC), соединения, которые связываются с белками ядерных филаментов и/или ингибируют их, соединения, которые связываются с клатрином и/или ингибируют его, и пептиды сигналов ядерной локализации (NLS).
19. Способ по любому из пп. 1-17, в котором усилитель ядерной проницаемости представляет собой ингибитор клатрина или представляет собой Pitstop-2 (также известный как N-[5-(4-бромбензилиден)-4-оксо-4,5-дигидро-1,3-тиазол-2-ил]нафталин-1-сульфонамид), метил-b-циклодекстрин, фенотиазины, монодансилкадаверин, хлорохин, монензин, гиперосмотическую сахарозу или динасор или его синтетический аналог или представляет собой Pitstop-2.
20. Способ по любому из пп. 1-17, в котором усилитель ядерной проницаемости представляет собой нарушитель гидрофобности, или представляет собой алифатический спирт, или представляет собой C4-10-алкилдиол, или представляет собой циклический диол, или представляет собой циклоалкандиол, или представляет собой вицинальный диол, или представляет собой транс-1,2-циклогександиол, н-гексан-1,2-диол или 1,6-гександиол.
21. Способ по любому из пп. 1-17, в котором усилитель ядерной проницаемости представляет собой пептид сигнала ядерной локализации (NLS), или представляет собой большой T-антиген SV40 (PKKKRKV), NLS нуклеоплазмина (KR[PAATKKAGQA]KKKK или AVKRPAATKKAGQAKKKLD), K-K/R-X-K/R, EGL-13 (MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN), c-Myc (PAAKRVKLD), TUS-белок (KLKIKRPVK), кислый домен M9 из hnRNP A1, KIPIK из репрессора транскрипции дрожжей Matα2, последовательность PY-NLS или ингибитор импортина β2 или представляет собой большой T-антиген SV40.
22. Способ по п. 21, в котором NLS ковалентно связывают с аналитической биомолекулой.
23. Способ по п. 21, в котором NLS нековалентно связывают с аналитической биомолекулой.
24. Композиция, содержащая одну или более клеток и/или одно или более ядер клеток, усилитель ядерной проницаемости и аналитическую биомолекулу.
25. Композиция по п. 24, в которой аналитическая биомолекула представляет собой транспозазу или транспосомный комплекс, или антитело, или олигонуклеотид, необязательно содержащий по меньшей мере один меченный нуклеотид, или необязательно меченный нуклеотид, или праймер обратной транскрипции, или фермент.
26. Композиция по п. 24, в которой аналитическая биомолекула представляет собой транспосомный комплекс.
27. Композиция по п. 25, в котором аналитическая биомолекула представляет собой фермент, где фермент представляет собой фермент амплификации, полимеразу, ДНК полимеразу, РНК полимеразу, фермент ПЦР, ДНК полимеразу Taq, ДНК полимеразу Pfu, фермент, который опосредует транскрипцию in vitro, интегразу или никирующий фермент.
28. Композиция по любому из пп. 24-27, в которой усилитель ядерной проницаемости представляет собой Pitstop-2, алифатический спирт, C4-10-алкилдиол, циклический диол, циклоалкандиол, вицинальный диол, транс-1,2-циклогександиол, н-гексан-1,2-диол, 1,6-гександиол или дигитонин.
29. Композиция по п. 28, в которой усилитель ядерной проницаемости представляет собой Pitstop-2, циклогександиол или дигитонин.
30. Способ по п. 1, который включает:
(a) приведение ядра клетки, содержащего информационную молекулу ядра клетки, в контакт с усилителем ядерной проницаемости и аналитической биомолекулой;
(b) проведение реакции аналитической биомолекулы с информационной молекулой ядра клетки для того, чтобы предоставлять модифицированную информационную молекулу ядра клетки; и
(c) обнаружение модифицированной информационной молекулы ядра клетки.
31. Способ по п. 30, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой ДНК, РНК, белок или их смесь.
32. Способ по п. 30, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой целевую нуклеиновую кислоту, аналитическая биомолекула представляет собой транспосомный комплекс и указанная модифицированная информационная молекула ядра клетки представляет собой комплекс между транспосомным комплексом и целевой нуклеиновой кислотой, где транспосомный комплекс не фрагментирует целевую нуклеиновую кислоту.
33. Способ дифференциального мечения информационных молекул в клетках, включающий:
избирательную доставку первой аналитической биомолекулы, содержащей первую метку, в первый клеточный компартмент, выбранный из группы, состоящей из ядра клетки, цитоплазмы и митохондрий, где первый клеточный компартмент содержит первую информационную биомолекулу;
проведение реакции первой аналитической биомолекулы с первой информационной молекулой, чтобы предоставлять меченную первую информационную молекулу;
избирательную доставку второй аналитической биомолекулы, содержащей вторую метку, во второй клеточный компартмент, выбранный из группы, состоящей из ядра клетки, цитоплазмы и митохондрий, где второй клеточный компартмент содержит вторую информационную молекулу и отличается от первого клеточного компартмента; и
проведение реакции второй аналитической биомолекулы со второй информационной молекулой, чтобы предоставлять меченную вторую информационную молекулу, где первая и вторая метки различаются.
34. Способ по п. 33, в котором избирательная доставка первой аналитической биомолекулы в первый клеточный компартмент включает обработку клетки усилителем проницаемости для первого клеточного компартмента.
35. Способ по п. 33 или 34, в котором избирательная доставка первой аналитической биомолекулы в первый клеточный компартмент включает обработку клетки блокатором проницаемости для второго клеточного компартмента.
36. Способ по любому из пп. 33-35, в котором избирательная доставка второй аналитической биомолекулы во второй клеточный компартмент включает обработку клетки усилителем проницаемости для второго клеточного компартмента.
37. Способ по любому из пп. 33-36, в котором избирательная доставка первой аналитической биомолекулы происходит без существенной доставки первой аналитической биомолекулы во второй клеточный компартмент.
38. Способ по любому из пп. 33-37, в котором первый клеточный компартмент представляет собой цитоплазму и первая информационная молекула представляет собой цитоплазматическую информационную молекулу, и (a) второй клеточный компартмент представляет собой ядро клетки и вторая информационная молекула представляет собой информационную молекулу ядра клетки или (b) второй клеточный компартмент представляет собой митохондрии и вторая информационная молекула представляет собой митохондриальную информационную молекулу.
39. Способ по п. 38, в котором избирательную доставку первой аналитической биомолекулы в цитоплазму выполняют в присутствии блокатора ядерных пор и/или блокатора митохондриальных пор.
40. Способ по п. 38, в котором доставку второй аналитической биомолекулы выполняют в присутствии усилителя ядерной проницаемости или митохондриального усилителя проницаемости.
41. Способ по любому из пп. 38-40, в котором цитоплазматическая информационная молекула представляет собой РНК.
42. Способ по любому из пп. 38-40, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой ДНК или геномную ДНК (гДНК).
43. Способ по любому из пп. 33-37, в котором:
избирательная доставка первой аналитической биомолекулы включает реакцию первой аналитической биомолекулы с митохондриальной информационной молекулой для того, чтобы получать меченную митохондриальную информационную молекулу; и
избирательная доставка второй аналитической биомолекулы включает реакцию второй аналитической биомолекулы с информационной молекулой ядра клетки для того, чтобы получать меченную информационную молекулу ядра клетки.
44. Способ по любому из пп. 38-43, в котором митохондриальная информационная молекула представляет собой ДНК.
45. Способ по любому из пп. 38-44, в котором информационная молекула ядра клетки представляет собой ДНК или представляет собой геномную ДНК (гДНК).
46. Способ по любому из пп. 33-45, который дополнительно включает лизирование клеток для высвобождения меченных информационных молекул.
47. Способ по любому из пп. 12-23 или 33-46, в котором аналитическая биомолекула представляет собой транспозазу или транспосомный комплекс, или антитело, или олигонуклеотид, необязательно содержащий по меньшей мере один меченный нуклеотид, или необязательно меченный нуклеотид, или праймер обратной транскрипции, или фермент.
48. Способ по п. 47, в котором указанная аналитическая биомолекула представляет собой фермент, где указанный фермент представляет собой фермент амплификации, полимеразу, ДНК полимеразу, РНК полимеразу, фермент ПЦР, ДНК полимеразу Taq, ДНК полимеразу Pfu, фермент, который опосредует транскрипцию in vitro, интегразу или никирующий фермент.
49. Способ по п. 47, в котором аналитическая биомолекула представляет собой транспосомный комплекс.
50. Способ по любому из пп. 33-49, который дополнительно включает обнаружение меченных информационных молекул или их ампликонов, где обнаружение необязательно включает обнаружение последовательностей меченных информационных молекул или ампликонов.
51. Способ или композиция по любому из предшествующих пунктов, где усилителем ядерной проницаемости является дигитонин.
RU2019123065A 2016-12-29 2017-12-28 Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах RU2771892C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662440089P 2016-12-29 2016-12-29
US62/440,089 2016-12-29
PCT/US2017/068672 WO2018125982A1 (en) 2016-12-29 2017-12-28 Analysis system for orthogonal access to and tagging of biomolecules in cellular compartments

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2022112534A Division RU2022112534A (ru) 2016-12-29 2017-12-28 Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019123065A true RU2019123065A (ru) 2021-02-01
RU2019123065A3 RU2019123065A3 (ru) 2021-10-13
RU2771892C2 RU2771892C2 (ru) 2022-05-13

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
WO2018125982A1 (en) 2018-07-05
RU2019123065A3 (ru) 2021-10-13
AU2017386533B2 (en) 2024-05-09
US12416002B2 (en) 2025-09-16
KR20230104772A (ko) 2023-07-10
KR20190097239A (ko) 2019-08-20
JP7234114B2 (ja) 2023-03-07
US20190323003A1 (en) 2019-10-24
SG10201911905QA (en) 2020-01-30
CA3048863A1 (en) 2018-07-05
KR102551666B1 (ko) 2023-07-04
EP3565904A1 (en) 2019-11-13
JP2020506671A (ja) 2020-03-05
CN110431237A (zh) 2019-11-08
JP7455886B2 (ja) 2024-03-26
KR102747205B1 (ko) 2024-12-31
KR20250005529A (ko) 2025-01-09
AU2024204952A1 (en) 2024-08-08
JP2024054221A (ja) 2024-04-16
AU2017386533A1 (en) 2019-07-18
JP2022088511A (ja) 2022-06-14
JP2025157397A (ja) 2025-10-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US12203939B2 (en) Quantitative massively parallel proteomics
JP7455886B2 (ja) 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム
AU2019262048B2 (en) High throughput multiomics sample analysis
US20210247316A1 (en) Methods and compositions for partitioning a biological sample
WO2021168015A1 (en) Methods of barcoding nucleic acid for detection and sequencing
Wang et al. CLIP: construction of cDNA libraries for high-throughput sequencing from RNAs cross-linked to proteins in vivo
US20240096441A1 (en) Genome-wide identification of chromatin interactions
JP2021501577A5 (ru)
CN102549427A (zh) 鉴定结合配偶体对的方法
CN108614102A (zh) 基于适体的多重测定
WO2014144822A2 (en) Methods and compositions for tagging and analyzing samples
JP6687618B2 (ja) 組換えタンパク質調製物中の残留宿主細胞タンパク質の検出
GB2593091A (en) Solid-phase N-terminal peptide capture and release
RU2022112534A (ru) Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах
US11352714B1 (en) Xseq
US20250230498A1 (en) Spatially identifying nucleic acids that interact with proteins
US20250066842A1 (en) Split-luciferase reporter systems, color-coded bead multiplex crispr systems, and methods of use thereof in crispr-cas based diagnostics
US20240102090A1 (en) Method for multimodal profiling of individual extracellular vesicles
Ohnuki et al. Reusable Single Cell for Iterative Epigenomic Analyses
RU2771892C2 (ru) Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах
WO2025184227A1 (en) Targeted hybridization recruitment
EP4185875A2 (en) Dual barcode indexes for multiplex sequencing of assay samples screened with multiplex in-solution protein array
WO2024263696A1 (en) Compositions and methods for improving affinity reagent avidity
Krylov See this page online at: http://www. bioscienceworld. ca/AptamerFacilitatesBiomarkerDiscovery