Claims (277)
1. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:1. A method of treating lymphoma in a subject, comprising:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта;identification of a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
экспрессию уникального В-клеточного рецептора в клетке;expression of a unique B cell receptor in the cell;
обеспечение контакта клетки с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора из библиотеки;providing contact of the cell with the putative ligand of a unique B-cell receptor from the library;
выявление связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом, идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; иdetecting binding of said unique B cell receptor to a putative ligand of a unique B cell receptor, and thus identifying a ligand of a unique B cell receptor; and
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.the use of a therapeutically effective amount of a B cell receptor ligand bound to a therapeutic agent in a subject.
2. Способ по п. 1, где предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора включает пептид, циклопептид, пептоид, циклопептоид, полисахарид, липид, или малую молекулу.2. The method of claim 1, wherein the putative unique B cell receptor ligand comprises a peptide, cyclopeptide, peptoid, cyclopeptoid, polysaccharide, lipid, or small molecule.
3. Способ по п. 1, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.3. The method of claim 1, wherein the unique B cell receptor and the putative ligand of the unique B cell receptor are co-expressed in T cells.
4. Способ по любому из пп. 1-3, где клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.4. The method according to any one of paragraphs. 1-3, where the cell includes CAR, including the putative ligand of a unique b-cell receptor.
5. Способ по п. 4, где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.5. The method of claim 4, wherein said detection method comprises identifying T cell activation.
6. Способ по п. 5, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.6. The method of claim 5, wherein the identifying T cell activation comprises measuring expression of CD69 or CD25.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где субъект определяется как имеющий лимфому.7. The method according to any one of paragraphs. 1-6, where the subject is defined as having lymphoma.
8. Способ по п. 7, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.8. The method of claim 7, wherein the subject is defined as having one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with lymphoma.
9. Способ по любому из пп. 1-8, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:9. The method according to any one of paragraphs. 1-8, where the identification of a unique b-cell receptor includes:
получение клеток из биоптата;obtaining cells from a biopsy;
экстракцию РНК из клеток;RNA extraction from cells;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; иcDNA synthesis from extracted RNA; and
секвенирование кДНК.cDNA sequencing.
10. Способ по любому из пп. 1-8, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.10. The method according to any one of paragraphs. 1-8, where the identification of a unique B-cell receptor includes cloning and sequencing of circulating extracellular DNA.
11. Способ по любому из пп. 1-10, выполняемый за 3 недели или менее.11. The method according to any one of paragraphs. 1-10, performed in 3 weeks or less.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.12. The method according to any one of paragraphs. 1-11, where the therapeutic agent includes a radioactive isotope.
13. Способ по любому из пп. 1-11, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.13. The method according to any one of paragraphs. 1-11, where the ligand of the B-cell receptor associated with a therapeutic agent includes therapeutic CAR.
14. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.14. The method according to any one of paragraphs. 1-11, where the therapeutic agent includes an agent for chemotherapy.
15. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.15. The method according to any one of paragraphs. 1-11, where the therapeutic agent includes an agent for immunotherapy.
16. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:16. A method for treating lymphoma in a subject, comprising:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта; identification of a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного рецептора из библиотеки в клетке;co-expression of a unique B-cell receptor and a putative ligand of a unique B-cell receptor from a library in the cell;
детекцию связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом, идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; иdetecting binding of said unique B cell receptor to a putative ligand of a unique B cell receptor, and thus identifying a ligand of a unique B cell receptor; and
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.the use of a therapeutically effective amount of a B cell receptor ligand bound to a therapeutic agent in a subject.
17. Способ по п. 16, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.17. The method of claim 16, wherein the unique B cell receptor and the putative ligand of the unique B cell receptor are co-expressed in T cells.
18. Способ по п. 17, где Т-клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.18. The method of claim 17, wherein the T cell comprises a CAR comprising a putative ligand of a unique B cell receptor.
19. Способ по п. 18. где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.19. The method of claim 18. wherein said detection method comprises identifying T cell activation.
20. Способ по п. 19, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.20. The method according to p. 19, where the identifying activation of T cells includes measuring the expression of CD69 or CD25.
21. Способ по любому из пп. 16-20, где субъект определяется как имеющий лимфому.21. The method according to any one of paragraphs. 16-20, where the subject is defined as having lymphoma.
22. Способ по п. 21, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.22. The method of claim 21, wherein the subject is defined as having one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with lymphoma.
23. Способ по любому из пп. 16-22, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:23. The method according to any one of paragraphs. 16-22, where the identification of a unique B-cell receptor includes:
получение клеток из биоптата;obtaining cells from a biopsy;
экстракцию РНК из клеток;RNA extraction from cells;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; иcDNA synthesis from extracted RNA; and
секвенирование кДНК.cDNA sequencing.
24. Способ по любому из пп. 16-22, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.24. The method according to any one of paragraphs. 16-22, where the identification of a unique B-cell receptor includes cloning and sequencing of circulating extracellular DNA.
25. Способ по любому из пп. 16-14, выполняемый за 3 недели или менее.25. The method according to any one of paragraphs. 16-14 performed in 3 weeks or less.
26. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.26. The method according to any one of paragraphs. 16-25, where the therapeutic agent includes a radioactive isotope.
27. Способ по любому из пп. 16-25, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.27. The method according to any one of paragraphs. 16-25, where the ligand of the B-cell receptor associated with a therapeutic agent includes therapeutic CAR.
28. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.28. The method according to any one of paragraphs. 16-25, where the therapeutic agent includes an agent for chemotherapy.
29. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.29. The method according to any one of paragraphs. 16-25, where the therapeutic agent includes an agent for immunotherapy.
30. Способ по любому из пп. 16-29, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.30. The method according to any one of paragraphs. 16-29, where the putative ligand domain includes a polypeptide from a cyclopeptide library.
31. Способ по п. 30, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.31. The method of claim 30, wherein the putative ligand domain further comprises an Fc region.
32. Способ идентификации лиганда В-клеточного рецептора, включающий:32. A method for identifying a ligand of a B-cell receptor, comprising:
обеспечение для популяции Т-клеток молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих В-клеточный рецептор, и библиотеки химерных антигенных рецепторов (CAR), где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда; providing for the T-cell population nucleic acid molecules encoding the B-cell receptor and a library of chimeric antigenic receptors (CAR), where each CAR in the library includes a separate domain of the putative ligand;
совместную экспрессию В-клеточного рецептора и библиотеки CAR в Т-клетках;co-expression of a B cell receptor and a CAR library in T cells;
измерение активации Т-клеток, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; иmeasurement of T cell activation, where the domain of the putative CAR ligand from the CAR library includes a B cell receptor ligand if the T cell expressing the B cell receptor and CAR is activated; and
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; иisolation of a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell; and
секвенирование домена предполагаемого лиганда из молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки;sequencing the domain of the putative ligand from a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell;
таким образом, идентификацию лиганда В-клеточного рецептора.thus, identification of the ligand of the B cell receptor.
33. Способ по п. 32, где В-клеточный рецептор происходит из раковой клетки.33. The method of claim 32, wherein the B cell receptor originates from a cancer cell.
34. Способ по п. 33, где раковой клеткой является клетка лимфомы.34. The method of claim 33, wherein the cancer cell is a lymphoma cell.
35. Способ по п. 34, где клетка лимфомы получена из опухоли у пациента.35. The method of claim 34, wherein the lymphoma cell is derived from a tumor in a patient.
36. Способ по п. 35, где пациент определяется как имеющий лимфому.36. The method of claim 35, wherein the patient is defined as having lymphoma.
37. Способ по п. 36, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.37. The method of claim 36, wherein the subject is defined as having one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with lymphoma.
38. Способ по любому из пп. 32-37, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.38. The method according to any one of paragraphs. 32-37, where the domain of the putative ligand includes a polypeptide of 30 amino acids or less.
39. Способ по любому из пп. 32-38, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.39. The method according to any one of paragraphs. 32-38, where the putative ligand domain includes a polypeptide from the cyclopeptide library.
40. Способ по п. 39, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.40. The method of claim 39, wherein the putative ligand domain further comprises an Fc region.
41. Способ по любому из пп. 32-40, где CAR включает трансмембранный домен.41. The method according to any one of paragraphs. 32-40, where CAR includes a transmembrane domain.
42. Способ по п. 41, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.42. The method of claim 41, wherein the transmembrane domain comprises an alpha, beta, or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
43. Способ по любому из пп. 32-42, где CAR включает внутриклеточную область.43. The method according to any one of paragraphs. 32-42, where CAR includes the intracellular region.
44. Способ по п. 43, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок TNF рецептора, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (белок SLAM), активирующий рецептор клетки NK, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83, и/или CD3 дзета.44. The method of claim 43, wherein the intracellular region comprises a MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell receptor activating molecule, BTLA, Toll receptor ligand , OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278 ), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VGA23, , ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1 , ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE / RANK L, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, a ligand specifically binding to CD83, and / or CD3 Zeta.
45. Способ по любому из пп. 32-44, где CAR включает шарнирный домен.45. The method according to any one of paragraphs. 32-44, where CAR includes a hinge domain.
46. Способ по любому из пп. 32-45, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.46. The method according to any one of paragraphs. 32-45, where T cell activation is measured by increasing expression of CD69 or CD25.
47. Способ по любому из пп. 32-45, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии репортерного гена флуоресцентного белка под контролем Jun, NF-κB и/или Rel.47. The method according to any one of paragraphs. 32-45, where T cell activation is measured by increasing expression of the fluorescent protein reporter gene under the control of Jun, NF-κB and / or Rel.
48. Способ по любому из пп. 32-47, дополнительно включающий лечение субъекта, имеющего лимфому, лигандом В-клеточного рецептора, где:48. The method according to any one of paragraphs. 32-47, further comprising treating a subject having lymphoma with a B cell receptor ligand, where:
В-клеточный рецептор экспрессируется в опухоли субъекта; иA b-cell receptor is expressed in a tumor of a subject; and
лиганд В-клеточного рецептора связан с терапевтическим агентом.B cell receptor ligand is bound to a therapeutic agent.
49. Способ лечения лимфомы, включающий:49. A method of treating lymphoma, including:
применение у субъекта терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом;the use in a subject of a therapeutically effective dose of a ligand of a B-cell receptor associated with a therapeutic agent;
где лиганд В-клеточного рецептора включает домен предполагаемого лиганда, и где CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда, активирует Т-клетки при совместной экспрессии с В-клеточным рецептором клеток лимфомы. where the ligand of the B-cell receptor includes the putative ligand domain, and where the CAR containing the putative ligand domain activates T cells when co-expressed with the B-cell receptor of lymphoma cells.
50. Способ по п. 49, где терапевтический агент содержит радиоактивный изотоп.50. The method according to p. 49, where the therapeutic agent contains a radioactive isotope.
51. Способ по п. 49, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.51. The method of claim 49, wherein the B cell receptor ligand associated with the therapeutic agent comprises therapeutic CAR.
52. Способ по п. 49, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.52. The method of claim 49, wherein the therapeutic agent comprises an agent for chemotherapy.
53. Способ по п. 49, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.53. The method of claim 49, wherein the therapeutic agent comprises an immunotherapy agent.
54. Способ по любому из пп. 49-53, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.54. The method according to any one of paragraphs. 49-53, where the domain of the putative ligand includes a polypeptide of 30 amino acids or less.
55. Способ по любому из пп. 49-54, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.55. The method according to any one of paragraphs. 49-54, where the domain of the putative ligand includes a polypeptide from a library of cyclopeptides.
56. Способ по п. 55, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.56. The method of claim 55, wherein the putative ligand domain further comprises an Fc region.
57. Способ по любому из пп. 49-56, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает трансмембранный домен.57. The method according to any one of paragraphs. 49-56, where a CAR comprising a putative ligand domain or therapeutic CAR includes a transmembrane domain.
58. Способ по п. 57, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.58. The method of claim 57, wherein the transmembrane domain comprises an alpha, beta, or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
59. Способ по любому из пп. 49-58, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает внутриклеточную область.59. The method according to any one of paragraphs. 49-58, where the CAR, including the domain of the putative ligand or therapeutic CAR, includes the intracellular region.
60. Способ по п. 59, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бетa, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83, и/или CD3 дзета.60. The method of claim 59, wherein the intracellular region comprises an MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell activating receptor, BTLA, Toll receptor ligand , OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278 ), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VGA4, VGA , ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1 , ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE / RANKL , DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08 ), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, a ligand that specifically binds to CD83, and / or CD3 zeta.
61. Способ по любому из пп. 49-60, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.61. The method according to any one of paragraphs. 49-60, wherein a CAR comprising a putative ligand domain or therapeutic CAR includes a hinge domain.
62. Способ по любому из пп. 49-61, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.62. The method according to any one of paragraphs. 49-61, where T-cell activation is measured by increasing expression of CD69 or CD25.
63. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:63. A method for treating lymphoma in a subject, comprising:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта; identification of a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и химерного антигенного рецептора (CAR) из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда;co-expression of a unique B-cell receptor and a chimeric antigen receptor (CAR) from the CAR library in the T cell, where each CAR in the library includes a separate domain of the putative ligand;
идентификацию лиганда В-клеточного рецептора путем идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд уникального В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; иidentifying the ligand of the B cell receptor by identifying an activated T cell, where the domain of the putative CAR ligand from the CAR library includes a unique B cell receptor ligand if the T cell expressing the B cell receptor and CAR is activated; and
применение у субъекта терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.the use in a subject of a therapeutically effective dose of a ligand of a B-cell receptor associated with a therapeutic agent.
64. Способ по п. 63, где субъект определяется как имеющий лимфому.64. The method of claim 63, wherein the subject is defined as having lymphoma.
65. Способ по п. 64, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.65. The method of claim 64, wherein the subject is defined as having one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with lymphoma.
66. Способ по любому из пп. 63-65, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:66. The method according to any one of paragraphs. 63-65, where the identification of a unique b-cell receptor includes:
получение клеток из биоптата;obtaining cells from a biopsy;
экстракцию РНК из клеток;RNA extraction from cells;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; иcDNA synthesis from extracted RNA; and
секвенирование кДНК.cDNA sequencing.
67. Способ по любому из пп. 63-65, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.67. The method according to any one of paragraphs. 63-65, where the identification of a unique B-cell receptor includes cloning and sequencing of circulating extracellular DNA.
68. Способ по любому из пп. 63-67, дополнительно включающий приготовление лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.68. The method according to any one of paragraphs. 63-67, further comprising preparing a ligand of a B-cell receptor associated with a therapeutic agent.
69. Способ по любому из пп. 63-68, выполняемый за 3 недели или менее.69. The method according to any one of paragraphs. 63-68 performed in 3 weeks or less.
70. Способ по любому из пп. 63-69, где Т-клетку активируют посредством аутокринной активации CAR.70. The method according to any one of paragraphs. 63-69, where the T cell is activated by autocrine activation of CAR.
71. Способ по любому из пп. 63-70, где идентификация лиганда В-клеточного рецептора дополнительно включает:71. The method according to any one of paragraphs. 63-70, where the identification of the ligand of the B-cell receptor further includes:
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; иisolation of a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell; and
секвенирование домена предполагаемого лиганда молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующего CAR, из активированной Т-клетки.sequencing the domain of the putative ligand of a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell.
72. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.72. The method according to any one of paragraphs. 63-71, where the therapeutic agent includes a radioactive isotope.
73. Способ по любому из пп. 63-71, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.73. The method according to any one of paragraphs. 63-71, where the ligand of the B-cell receptor associated with a therapeutic agent includes therapeutic CAR.
74. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.74. The method according to any one of paragraphs. 63-71, where the therapeutic agent includes an agent for chemotherapy.
75. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.75. The method according to any one of paragraphs. 63-71, where the therapeutic agent includes an agent for immunotherapy.
76. Способ по любому из пп. 63-75, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.76. The method according to any one of paragraphs. 63-75, where the domain of the putative ligand includes a polypeptide of 30 amino acids or less.
77. Способ по любому из пп. 63-75, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.77. The method according to any one of paragraphs. 63-75, where the putative ligand domain includes a polypeptide from the cyclopeptide library.
78. Способ по п. 77, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает Fc область.78. The method of claim 77, wherein the putative ligand domain further comprises an Fc region.
79. Способ по любому из пп. 63-78, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает трансмембранный домен.79. The method according to any one of paragraphs. 63-78, where a CAR comprising a putative ligand domain or therapeutic CAR includes a transmembrane domain.
80. Способ по п. 79, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.80. The method of claim 79, wherein the transmembrane domain comprises an alpha, beta, or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
81. Способ по любому из пп. 63-80, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает внутриклеточную область.81. The method according to any one of paragraphs. 63-80, where the CAR, including the domain of the putative ligand or therapeutic CAR, includes the intracellular region.
82. Способ по п. 81, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, и/или лиганд, специфически связывающийся с CD83.82. The method of claim 81, wherein the intracellular region comprises a MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell activating receptor, BTLA, Toll receptor ligand , OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278 ), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VGA4, VGA , ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1 , ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE / RANK L, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, and / or a ligand specifically binding to CD83.
83. Способ по любому из пп. 63-82, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.83. The method according to any one of paragraphs. 63-82, wherein a CAR comprising a putative ligand domain or therapeutic CAR includes a hinge domain.
84. Способ по любому из пп. 63-83, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.84. The method according to any one of paragraphs. 63-83, where T-cell activation is measured by increasing expression of CD69 or CD25.
85. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:85. A method for treating lymphoma in a subject, comprising:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта; identification of a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного лиганда из библиотеки в клетке;co-expression of a unique B cell receptor and a putative ligand of a unique B cell ligand from a library in a cell;
идентификацию лиганда указанного уникального В-клеточного рецептора путем способа детекции, где предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора является лигандом уникального В-клеточного рецептора, если он взаимодействует с уникальным В-клеточным рецептором; иidentifying a ligand of said unique B cell receptor by a detection method, wherein the putative unique B cell receptor ligand is a unique B cell receptor ligand if it interacts with a unique B cell receptor; and
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.the use of a therapeutically effective amount of a B cell receptor ligand bound to a therapeutic agent in a subject.
86. Способ по п. 85, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.86. The method of claim 85, wherein the unique B cell receptor and the putative ligand of the unique B cell receptor are co-expressed in T cells.
87. Способ по п. 85 или 86, где клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.87. The method of claim 85 or 86, wherein the cell comprises a CAR comprising a putative ligand of a unique B cell receptor.
88. Способ по п. 87, где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.88. The method of claim 87, wherein said detection method comprises identifying T cell activation.
89. Способ по п. 88, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.89. The method of claim 88, wherein the identifying T cell activation comprises measuring expression of CD69 or CD25.
90. Способ по любому из пп. 85-89, где субъект определяется как имеющий лимфому.90. The method according to any one of paragraphs. 85-89, where the subject is defined as having lymphoma.
91. Способ по п. 90, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.91. The method of claim 90, wherein the subject is defined as having one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with lymphoma.
92. Способ по любому из пп. 85-91, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:92. The method according to any one of paragraphs. 85-91, where the identification of a unique b-cell receptor includes:
получение клеток из биоптата;obtaining cells from a biopsy;
экстракцию РНК из клеток;RNA extraction from cells;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; иcDNA synthesis from extracted RNA; and
секвенирование кДНК.cDNA sequencing.
93. Способ по любому из пп. 85-91, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.93. The method according to any one of paragraphs. 85-91, where the identification of a unique B-cell receptor includes cloning and sequencing of circulating extracellular DNA.
94. Способ по любому из пп. 85-93, выполняемый за 3 недели или менее.94. The method according to any one of paragraphs. 85-93 performed in 3 weeks or less.
95. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.95. The method according to any one of paragraphs. 85-94, where the therapeutic agent includes a radioactive isotope.
96. Способ по любому из пп. 85-94, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.96. The method according to any one of paragraphs. 85-94, wherein the B cell receptor ligand associated with a therapeutic agent includes therapeutic CAR.
97. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.97. The method according to any one of paragraphs. 85-94, where the therapeutic agent includes an agent for chemotherapy.
98. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.98. The method according to any one of paragraphs. 85-94, wherein the therapeutic agent includes an immunotherapy agent.
99. Способ по любому из пп. 85-98, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.99. The method according to any one of paragraphs. 85-98, wherein the putative ligand domain includes a polypeptide from the cyclopeptide library.
100. Способ по п. 99, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.100. The method of claim 99, wherein the putative ligand domain further comprises an Fc region.
101. Химерный антигенный рецептор (CAR), включающий:101. Chimeric antigen receptor (CAR), including:
домен предполагаемого лиганда, включающий полипептид из библиотеки циклопептидов;a putative ligand domain comprising a polypeptide from a cyclopeptide library;
трансмембранный домен; иtransmembrane domain; and
внутриклеточную область.intracellular region.
102. CAR по п. 101, где CAR активирует Т-клетку при совместной экспрессии с В-клеточным рецептором, где лиганд В-клеточного рецептора из В-клеточного рецептора включает домен предполагаемого лиганда.102. CAR according to claim 101, wherein the CAR activates the T cell when co-expressed with a B cell receptor, where the ligand of the B cell receptor from the B cell receptor comprises a domain of the putative ligand.
103. CAR по п. 101 или 102, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.103. CAR according to claim 101 or 102, where the transmembrane domain includes the alpha, beta or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
104. CAR по любому из пп. 101-103, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, и/или лиганд, который специфически связывается с CD83.104. CAR according to any one of paragraphs. 101-103, where the intracellular region includes an MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell activating receptor, BTLA, Toll receptor ligand, OX40, CD2 , CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VLA1, CD234, VLA1, IA23, IA23, CD234 , CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D , NKG2C, TNFR2, TRANCE / RANKL, DNAM1 (CD226), SLA MF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, and / or a ligand that specifically binds to CD83.
105. CAR по любому из пп. 101-104, где CAR включает шарнирный домен.105. CAR according to any one of paragraphs. 101-104, where CAR includes a hinge domain.
106. CAR по любому из пп. 101-105, где лиганд В-клеточного рецептора включает аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1.106. CAR according to any one of paragraphs. 101-105, where the ligand of the B-cell receptor includes the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1.
107. Способ лечения рака у субъекта, включающий сопутствующее введение:107. A method of treating cancer in a subject, comprising concomitant administration:
CAR-экспрессирующих Т-клеток, где CAR включает антигенсвязывающий домен, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; иCAR-expressing T cells, wherein CAR comprises an antigen binding domain that specifically binds an oncospecific antigen in an oncospecific manner; and
вакцины, включающей полипептид или нуклеиновую кислоту, экспрессирующую онкоспецифический антиген, или его онкоспецифический фрагмент.a vaccine comprising a polypeptide or nucleic acid expressing a cancer-specific antigen, or a cancer-specific fragment thereof.
108. Способ по п. 107, где онкоспецифический антиген является В-клеточным рецептором.108. The method of claim 107, wherein the cancer-specific antigen is a B-cell receptor.
109. Способ по п. 108, где рак является лимфомой.109. The method of claim 108, wherein the cancer is lymphoma.
110. Способ по любому из пп. 107-109, где полипептид или нуклеиновая кислота включает вариабельную область тяжелой или легкой цепи, или её фрагмент.110. The method according to any one of paragraphs. 107-109, where the polypeptide or nucleic acid includes a variable region of the heavy or light chain, or a fragment thereof.
111. Способ по п. 107, где онкоспецифический антиген экспрессируется в новообразовании, и включает соматическую мутацию.111. The method of claim 107, wherein the cancer-specific antigen is expressed in the neoplasm, and includes a somatic mutation.
112. Способ по п. 111, где не раковые клетки субъекта не имеют соматической мутации.112. The method of claim 111, wherein the non-cancerous cells of the subject do not have somatic mutations.
113. Способ по п. 111 или 112, где мутация является точечной мутацией, мутацией сайта сплайсинга, мутацией со сдвигом рамки считывания, мутацией со сквозным прохождением, или мутацией со слиянием генов.113. The method of claim 111 or 112, wherein the mutation is a point mutation, a splicing site mutation, a reading frame shift mutation, an end-to-end mutation, or a gene fusion mutation.
114. Способ по любому из пп. 111-113, где соматическая мутация включает мутацию EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, мезотелина, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133, CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, киназы анапластической лимфомы (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 или MUC16.114. The method according to any one of paragraphs. 111-113, where the somatic mutation includes the mutation EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, mesothelin, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133 , CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, anaplastic lymphoma kinase (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 or MUC16.
115. Способ по любому из пп. 111-114, где рак включает опухоль.115. The method according to any one of paragraphs. 111-114, where the cancer includes a tumor.
116. Способ по любому из пп. 111-115, где полипептид или нуклеиновая кислота включает соматическую мутацию.116. The method according to any one of paragraphs. 111-115, where the polypeptide or nucleic acid includes a somatic mutation.
117. Способ по любому из пп. 111-116, где сопутствующее введение осуществляют по меньшей мере два раза, по меньшей мере три раза, по меньшей мере четыре раза, по меньшей мере пять раз, по меньшей мере шесть раз, по меньшей мере семь раз, по меньшей мере восемь раз, по меньшей мере девять раз, или по меньшей мере десять раз у субъекта.117. The method according to any one of paragraphs. 111-116, where concomitant administration is carried out at least two times, at least three times, at least four times, at least five times, at least six times, at least seven times, at least eight times, at least nine times, or at least ten times in a subject.
118. Способ по любому из пп. 111-117, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят перед вакциной.118. The method according to any one of paragraphs. 111-117, where CAR-expressing T cells are administered before the vaccine.
119. Способ по любому из пп. 111-117, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят после вакцины.119. The method according to any one of paragraphs. 111-117, where CAR-expressing T cells are administered after the vaccine.
120. Способ по любому из пп. 111-119, дополнительно включающий идентификацию онкоспецифического антигена у субъекта.120. The method according to any one of paragraphs. 111-119, further comprising the identification of a cancer-specific antigen in a subject.
121. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает:121. The method of claim 120, wherein the identification of the cancer-specific antigen comprises:
(i) получение раковых клеток у субъекта; (i) obtaining cancer cells in a subject;
(ii) экстракцию ДНК из клеток; и (ii) extraction of DNA from cells; and
(iii) секвенирование ДНК. (iii) DNA sequencing.
122. Способ по п. 121, где идентификация онкоспецифического антигена дополнительно включает сравнение последовательности ДНК, полученной из раковых клеток, с последовательностью ДНК того же самого гена, полученной из нераковых клеток.122. The method of claim 121, wherein the identification of the cancer-specific antigen further comprises comparing the DNA sequence obtained from cancer cells with the DNA sequence of the same gene obtained from non-cancer cells.
123. Способ по п. 120 или 121, где ДНК выделена из опухолевых клеток.123. The method of claim 120 or 121, wherein the DNA is isolated from tumor cells.
124. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает выделение и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК у субъекта.124. The method of claim 120, wherein the identification of the cancer-specific antigen comprises the isolation and sequencing of circulating extracellular DNA from a subject.
125. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает:125. The method of claim 120, wherein the identification of the cancer-specific antigen comprises:
(i) получение раковых клеток у субъекта; (i) obtaining cancer cells in a subject;
(ii) экстракцию РНК из клеток; (ii) extraction of RNA from cells;
(iii) синтез кДНК из экстрагированной РНК; и(iii) synthesis of cDNA from extracted RNA; and
(iv) секвенирование кДНК. (iv) cDNA sequencing.
126. Способ по п. 125, где идентификация онкоспецифического антигена дополнительно включает сравнение последовательности кДНК, полученной из раковых клеток, с последовательностью кДНК того же самого гена, полученной из нераковых клеток. 126. The method of claim 125, wherein the identification of the cancer-specific antigen further comprises comparing a cDNA sequence obtained from cancer cells with a cDNA sequence of the same gene obtained from non-cancer cells.
127. Способ по любому из пп. 111-126, где вакцина включает два или более полипептидов, имеющих перекрывающиеся последовательности, каждая из которых экспрессирует фрагмент онкоспецифического антигена.127. The method according to any one of paragraphs. 111-126, where the vaccine includes two or more polypeptides having overlapping sequences, each of which expresses a fragment of a cancer-specific antigen.
128. Способ по любому из пп. 111-127, дополнительно включающий обеспечение CAR-экспрессирующих Т-клеток посредством:128. The method according to any one of paragraphs. 111-127, further comprising providing CAR-expressing T cells by:
(i) идентификации антигенсвязывающего домена, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; и (i) identifying an antigen binding domain that specifically binds a cancer-specific antigen in a cancer-specific manner; and
(ii) экспрессии CAR, содержащего антигенсвязывающий домен, в Т-клетках. (ii) expression of a CAR containing an antigen binding domain in T cells.
129. Способ по любому из пп. 111-128, где полипептид конъюгирован с KLH.129. The method according to any one of paragraphs. 111-128, where the polypeptide is conjugated to KLH.
130. Способ по любому из пп. 111-129, где вакцину применяют посредством внутривенного, интраперитонеального, трансмукозального, перорального, подкожного, легочного, интраназального, интрадермального или внутримышечного введения.130. The method according to any one of paragraphs. 111-129, where the vaccine is administered via intravenous, intraperitoneal, transmucosal, oral, subcutaneous, pulmonary, intranasal, intradermal or intramuscular administration.
131. Способ по любому из пп. 111-130, где вакцину вводят внутриопухолевым способом.131. The method according to any one of paragraphs. 111-130, where the vaccine is administered by the intratumoral method.
132. Способ по любому из пп. 111-131, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят путем внутривенного введения.132. The method according to any one of paragraphs. 111-131, where CAR-expressing T cells are administered by intravenous administration.
133. Способ по любому из пп. 111-132, где CAR включает трансмембранный домен.133. The method according to any one of paragraphs. 111-132, where CAR includes a transmembrane domain.
134. Способ по п. 133, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154. 134. The method of claim 133, wherein the transmembrane domain comprises an alpha, beta, or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
135. Способ по любому из пп. 111-134, где CAR включает внутриклеточную область.135. The method according to any one of paragraphs. 111-134, where CAR includes the intracellular region.
136. Способ по п. 135, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, который специфически связывается с CD83, и/или CD3 дзета.136. The method of claim 135, wherein the intracellular region comprises a MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell activating receptor, BTLA, Toll receptor ligand , OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278 ), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VGA23, , ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1 , ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE / RA NKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, a ligand that specifically binds to CD83, and / or CD3 zeta.
137. Способ по любому из пп. 111-136, где CAR включает шарнирный домен.137. The method according to any one of paragraphs. 111-136, where the CAR includes a hinge domain.
138. Способ по любому из пп. 111-137, дополнительно включающий применение агониста TLR9.138. The method according to any one of paragraphs. 111-137, further comprising the use of a TLR9 agonist.
139. Способ по п. 138, где онкоспецифическим антигеном является ОХ40.139. The method of claim 138, wherein the cancer-specific antigen is OX40.
140. Композиция для лечения рака у субъекта, включающая:140. A composition for treating cancer in a subject, comprising:
CAR-экспрессирующие Т-клетки, где CAR включает антигенсвязывающий домен, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; иCAR-expressing T cells, wherein CAR comprises an antigen-binding domain that specifically binds an oncospecific antigen in an oncospecific manner; and
полипептид или нуклеиновую кислоту, экспрессирующую онкоспецифический антиген, или его онкоспецифический фрагмент.a polypeptide or nucleic acid expressing a cancer-specific antigen, or a cancer-specific fragment thereof.
141. Композиция по п. 140, где онкоспецифическим антигеном является В-клеточный рецептор.141. The composition of claim 140, wherein the cancer-specific antigen is a B-cell receptor.
142. Композиция по п. 140 или 141, где полипептид или нуклеиновая кислота включает вариабельную область тяжелой или легкой цепи, или её фрагмент.142. The composition of claim 140 or 141, wherein the polypeptide or nucleic acid comprises a variable region of a heavy or light chain, or a fragment thereof.
143. Композиция по п. 140, где онкоспецифический антиген экспрессируется в новообразовании и включает соматическую мутацию.143. The composition of claim 140, wherein the cancer-specific antigen is expressed in the neoplasm and includes a somatic mutation.
144. Композиция по п. 143, где нераковые клетки субъекта не имеют соматической мутации.144. The composition of claim 143, wherein the non-cancerous cells of the subject do not have somatic mutations.
145. Композиция по п. 143 или 144, где мутация является точечной мутацией, мутацией сайта сплайсинга, мутацией со сдвигом рамки считывания, мутацией со сквозным прохождением, или мутацией со слиянием генов.145. The composition according to p. 143 or 144, where the mutation is a point mutation, a splicing site mutation, a frameshift mutation, a through mutation, or a gene fusion mutation.
146. Композиция по любому из пп. 143-145, где соматическая мутация включает мутацию EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, мезотелина, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133, CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, киназы анапластической лимфомы (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 или MUC16.146. The composition according to any one of paragraphs. 143-145, where the somatic mutation includes the mutation EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, mesothelin, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133 , CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, anaplastic lymphoma kinase (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 or MUC16.
147. Композиция по любому из пп. 143-146, где полипептид или нуклеиновая кислота включает соматическую мутацию.147. The composition according to any one of paragraphs. 143-146, where the polypeptide or nucleic acid includes a somatic mutation.
148. Композиция по любому из пп. 140-147, где вакцина включает два или более полипептидов, имеющих перекрывающиеся последовательности, каждая из которых экспрессирует фрагмент онкоспецифического антигена.148. The composition according to any one of paragraphs. 140-147, where the vaccine includes two or more polypeptides having overlapping sequences, each of which expresses a fragment of a cancer-specific antigen.
149. Композиция по любому из пп. 140-148, где полипептид конъюгирован с KLH.149. The composition according to any one of paragraphs. 140-148, where the polypeptide is conjugated to KLH.
150. Композиция по любому из пп. 140-149, где CAR включает трансмембранный домен.150. The composition according to any one of paragraphs. 140-149, where CAR includes a transmembrane domain.
151. Композиция по п. 150, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.151. The composition of claim 150, wherein the transmembrane domain includes an alpha, beta, or zeta chain of the T cell receptor, CD28, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 and / or CD154.
152. Композиция по любому из пп. 140-151, где CAR включает внутриклеточную область. 152. The composition according to any one of paragraphs. 140-151, where CAR includes the intracellular region.
153. Композиция по п. 152, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, который специфически связывается с CD83, и/или CD3 дзета.153. The composition of claim 152, wherein the intracellular region includes a MHC class I molecule, TNF receptor protein, immunoglobulin-like protein, cytokine receptor, integrin, signaling lymphocyte activating molecule (SLAM protein), NK cell activating receptor, BTLA, Toll receptor ligand , OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25 / CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278 ), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 alpha, CD8 beta, IL2R beta, IL2R gamma, IL7R alpha, ITGA4, VGA23, , ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1 , ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, T RANCE / RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB- A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG / Cbp, CD123, a ligand that specifically binds to CD83, and / or CD3 zeta.
154. Композиция по любому из пп. 140-153, где CAR включает шарнирный домен.154. The composition according to any one of paragraphs. 140-153, where CAR includes a hinge domain.
155. Композиция по любому из пп. 140-154, дополнительно включающая применение агониста TLR9.155. The composition according to any one of paragraphs. 140-154, further comprising the use of a TLR9 agonist.
156. Композиция по п. 155, где онкоспецифическим антигеном является ОХ40.156. The composition of claim 155, wherein the cancer-specific antigen is OX40.
157. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий применение у субъекта терапевтически эффективного количества CARТ клетки, экспрессирующей первый CAR, где:157. A method for treating lymphoma in a subject, comprising administering to the subject a therapeutically effective amount of a CART cell expressing a first CAR, wherein:
(i) первый CAR включает антигенсвязывающий домен, который содержит полипептид из библиотеки циклопептидов, связывающий уникальный В-клеточный рецептор, экспрессированный в клетках лимфомы субъекта;(i) the first CAR includes an antigen binding domain that contains a polypeptide from the cyclopeptide library that binds a unique B cell receptor expressed in the subject's lymphoma cells;
(ii) антигенсвязывающий домен идентифицирован посредством: (ii) the antigen binding domain is identified by:
(a) идентификации уникального В-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы субъекта; (a) identifying a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
(b) коэкспрессии уникального В-клеточного рецептора и второго CAR из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда, который включает полипептид из библиотеки циклопептидов; и (b) coexpressing a unique B-cell receptor and a second CAR from the CAR library in the T cell, where each CAR in the library includes a separate domain of the putative ligand, which includes a polypeptide from the cyclopeptide library; and
(с) идентификации антигенсвязывающего домена первого CAR путем идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда второго CAR из библиотеки CAR включает антигенсвязывающий домен первого CAR, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и второй CAR, активирована; и (c) identifying the antigen binding domain of the first CAR by identifying the activated T cell, where the putative ligand domain of the second CAR from the CAR library includes the antigen binding domain of the first CAR if the T cell expressing the B cell receptor and the second CAR is activated; and
(iii) первый CAR обладает большей специфичностью и/или активностью, чем контроль. (iii) the first CAR has more specificity and / or activity than control.
158. Способ по п.157, где контроль включает CART-клетку.158. The method of claim 157, wherein the control comprises a CART cell.
159. Способ по п.158, где антигенсвязывающий домен CAR, экспрессированный CARТ-клеткой, связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор.159. The method of claim 158, wherein the antigen binding domain of CAR expressed by the CART cell binds a ligand other than the B cell receptor.
160. Способ по п.158 или 159, где антигенсвязывающий домен связывает CD-19.160. The method of claim 158 or 159, wherein the antigen binding domain binds CD-19.
161. Способ по любому из пп.157-160, где первый CAR и второй CAR являются одним и тем же CAR.161. The method according to any one of claims 151-160, wherein the first CAR and the second CAR are the same CAR.
162. Способ по любому из пп.159-160, где первый CAR и второй CAR являются разными CAR.162. The method according to any one of claims 159-160, wherein the first CAR and the second CAR are different CARs.
163. Способ по любому из пп.159-162, где активность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по сравнению с контролем.163. The method according to any one of claims 159-162, wherein the activity comprises cytotoxicity towards cells expressing a unique B-cell receptor, as compared to a control.
164. Способ по п.163, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0%-10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 1:1-10:1.164. The method according to p, where the CART cytotoxicity with respect to cells expressing a unique B-cell receptor is 0% -10% higher than in the control, as measured by% lysis, with an effector: target ratio of 1: 1- 10: 1.
165. Способ по п.163, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 10% выше, чем в контроле, по результатам измерения по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.165. The method according to p, where the CART cytotoxicity with respect to cells expressing a unique B-cell receptor is at least 10% higher than in the control, as measured by% lysis, with an effector: target ratio of 10: 1 or more.
166. Способ по любому из пп.163-165, где контроль включает CAR, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор, экспрессированный на клетках, экспрессирующих уникальный В-клеточный рецептор.166. The method according to any one of claims 163-165, wherein the control comprises a CAR comprising an antigen binding domain that binds a ligand other than a B-cell receptor expressed on cells expressing a unique B-cell receptor.
167. Способ по любому из пп.159-166, где специфичность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор.167. The method according to any one of claims 159-166, wherein the specificity comprises cytotoxicity towards cells that do not express a unique B cell receptor.
168. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, составляет менее 10%, при измерении по % лизиса.168. The method of Claim 167, wherein the CART cytotoxicity to cells that do not express a unique B cell receptor is less than 10%, as measured by% lysis.
169. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, на 0-10% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках при отношении эффектор: мишень менее 10:1.169. The method according to p, where the CART cytotoxicity towards cells that do not express a unique B-cell receptor is 0-10% less than the cytotoxicity of the control that binds the ligand expressed on cells with an effector: target ratio of less than 10: 1 .
170. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 15% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.170. The method according to p, where the CART cytotoxicity towards cells that do not express a unique B-cell receptor is at least 15% less than the cytotoxicity of the control that binds the ligand expressed on cells with an effector: target ratio of 10: 1 or more.
171. Способ по любому из пп.159-170, где лечение приводит к снижению синдрома выброса цитокинов (СВЦ), по сравнению с субъектом, получавшим контрольное лечение.171. The method according to any one of paragraphs.159-170, where the treatment leads to a decrease in the release of cytokines (CEC), compared with the subject receiving the control treatment.
172. Способ лечения лимфомы в популяции субъектов, включающий:172. A method of treating lymphoma in a population of subjects, comprising:
выбор субъектов, имеющих лимфому; иselection of subjects having lymphoma; and
применение у каждого субъекта терапевтически эффективного количества CARТ-клетки, экспрессирующей первый CAR, уникальный для В-клеточного рецептора, экспрессированного на клетках лимфомы каждого субъекта, где: the use in each subject of a therapeutically effective amount of a CART cell expressing the first CAR, unique to the B cell receptor expressed on the lymphoma cells of each subject, where:
(i) первый CAR включает антигенсвязывающий домен, содержащий полипептид из библиотеки циклопептидов, который связывает уникальный В-клеточный рецептор, экспрессированный в клетках лимфомы каждого субъекта;(i) the first CAR comprises an antigen binding domain comprising a polypeptide from a cyclopeptide library that binds a unique B cell receptor expressed in lymphoma cells of each subject;
(ii) антигенсвязывающий домен идентифицирован посредством:(ii) the antigen binding domain is identified by:
(а) идентификации уникального В-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы субъекта;(a) identifying a unique B-cell receptor expressed in a subject's lymphoma cells;
(b) коэкспрессии уникального В-клеточного рецептора и второго CAR из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда, который включает полипептид из библиотеки циклопептидов; и(b) coexpressing a unique B-cell receptor and a second CAR from the CAR library in the T cell, where each CAR in the library includes a separate domain of the putative ligand, which includes a polypeptide from the cyclopeptide library; and
(c) идентификации антигенсвязывающего домена первого CAR посредством идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда второго CAR из библиотеки CAR включает антигенсвязывающий домен первого CAR, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и второй CAR, активирована; и(c) identifying the antigen binding domain of the first CAR by identifying an activated T cell, where the putative ligand domain of the second CAR from the CAR library includes the antigen binding domain of the first CAR, if the T cell expressing the B cell receptor and the second CAR is activated; and
(iii) первый CAR обладает большей специфичностью и/или активностью, чем контроль.(iii) the first CAR has more specificity and / or activity than control.
173. Способ по п.172, где контроль включает CART-клетку.173. The method of claim 172, wherein the control comprises a CART cell.
174. Способ по п.173, где антигенсвязывающий домен CAR, экспрессированный CARТ-клеткой, связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор.174. The method of Claim 173, wherein the antigen binding domain of CAR expressed by the CART cell binds a ligand other than the B cell receptor.
175. Способ по п.172 или 173, где антигенсвязывающий домен связывает CD-19.175. The method according to p. 172 or 173, where the antigen binding domain binds to CD-19.
176. Способ по любому из пп.172-175, где первый CAR и второй CAR являются одним и тем же CAR.176. The method according to any one of paragraphs.172-175, where the first CAR and the second CAR are the same CAR.
177. Способ по любому из пп. 172-175, где первый CAR и второй CAR являются разными CAR.177. The method according to any one of paragraphs. 172-175, where the first CAR and the second CAR are different CARs.
178. Способ по любому из пп.172-177, где активность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по сравнению с контролем.178. The method according to any one of claims 171-177, wherein the activity includes cytotoxicity with respect to cells expressing a unique B cell receptor, as compared to a control.
179. Способ по п.178, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0%-10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 1:1-10:1.179. The method of claim 178, wherein the CART cytotoxicity towards cells expressing a unique B cell receptor is 0% -10% higher than in the control, as measured by% lysis, with an effector: target ratio of 1: 1- 10: 1.
180. Способ по п.178, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.180. The method of claim 178, wherein the CART cytotoxicity with respect to cells expressing a unique B cell receptor is at least 10% higher than in the control, as measured by% lysis, with an effector: target ratio of 10: 1 or more.
181. Способ по любому из пп.178-180, где контроль включает CAR, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор, экспрессированный на клетках, экспрессирующих уникальный В-клеточный рецептор.181. The method of any one of claims 178-180, wherein the control comprises a CAR comprising an antigen binding domain that binds a ligand other than a B-cell receptor expressed on cells expressing a unique B-cell receptor.
182. Способ по любому из пп.172-181, где специфичность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор.182. The method according to any one of claims 171-181, wherein the specificity comprises cytotoxicity towards cells not expressing a unique B cell receptor.
183. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, составляет менее 10% при измерении по % лизиса.183. The method according to p, where the CART cytotoxicity towards cells that do not express a unique B-cell receptor is less than 10% when measured by% lysis.
184. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0-10% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках, при отношении эффектор: мишень менее 10:1.184. The method of claim 182, wherein the CART cytotoxicity towards cells not expressing a unique B cell receptor is 0-10% less than the cytotoxicity of the control that binds the ligand expressed on the cells with an effector: target ratio of less than 10: 1 .
185. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 15% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.185. The method according to p, where the CART cytotoxicity towards cells that do not express a unique B-cell receptor is at least 15% less than the cytotoxicity of the control that binds the ligand expressed on the cells with an effector: target ratio of 10: 1 or more.
186. Способ быстрой идентификации персонализированного антитела, связывающего лиганд, специфичный для В-клеточной лимфомы, например, лиганд В-клеточного рецептора, включающий:186. A method for quickly identifying a personalized antibody that binds a ligand specific for B-cell lymphoma, for example, a ligand of a B-cell receptor, comprising:
идентификацию В-клеточного рецептора из клетки В-клеточной лимфомы;identification of a B-cell receptor from a cell of B-cell lymphoma;
обеспечение популяции молекул нуклеиновых кислот Т-клеток, кодирующих В-клеточный рецептор, и библиотеки химерных антигенных рецепторов (CAR), где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда;providing a population of T cell nucleic acid molecules encoding the B cell receptor and a library of chimeric antigenic receptors (CAR), where each CAR in the library includes a separate domain of the putative ligand;
коэкспрессию В-клеточного рецептора и библиотеки CAR в Т-клетках;co-expression of the B cell receptor and CAR library in T cells;
измерение активации Т-клеток, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; иmeasurement of T cell activation, where the domain of the putative CAR ligand from the CAR library includes a B cell receptor ligand if the T cell expressing the B cell receptor and CAR is activated; and
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; иisolation of a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell; and
секвенирование домена предполагаемого лиганда из молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки;sequencing the domain of the putative ligand from a nucleic acid molecule encoding CAR from an activated T cell;
таким образом, идентификацию лиганда В-клеточного рецептора.thus, identification of the ligand of the B cell receptor.
187. Способ по п.186, где лиганд В-клеточного рецептора идентифицируют за 4 недели, за 3 недели, за 2 недели, или за 1 неделю. 187. The method according to p, where the ligand of the B-cell receptor is identified for 4 weeks, for 3 weeks, for 2 weeks, or for 1 week.
188. Способ по п.187, где лиганд В-клеточного рецептора идентифицируют за 3 недели.188. The method of claim 188, wherein the B cell receptor ligand is identified in 3 weeks.
189. Способ по любому из пп.186-188, где клетка В-клеточной лимфомы получена из опухоли пациента.189. The method according to any one of claims 188-188, wherein the B-cell lymphoma cell is obtained from a tumor of a patient.
190. Способ по любому из пп.186-189, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.190. The method according to any one of paragraphs.186-189, where the domain of the proposed ligand comprises a polypeptide of 30 amino acids or less.
191. Способ по любому из пп.186-190, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.191. The method according to any one of paragraphs.186-190, where the domain of the proposed ligand comprises a polypeptide from a library of cyclopeptides.
192. Способ по п.191, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает Fc область.192. The method according to p, where the domain of the proposed ligand further includes an Fc region.
193. Способ по любому из пп.186-192, где активацию Т-клеток измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.193. The method according to any one of paragraphs.186-192, where the activation of T cells is measured by increasing the expression of CD69 or CD25.
194. Способ по любому из пп.186-192, где активацию Т-клеток измеряют по повышению экспрессии гена-репортера флуоресцентного белка под контролем Jun, NF-κB и/или Rel.194. The method according to any one of claims 188-192, wherein T-cell activation is measured by increasing expression of the fluorescent protein reporter gene under the control of Jun, NF-κB and / or Rel.
195. Способ по любому из пп.186-194, дополнительно включающий лечение субъекта, имеющего лимфому, лигандом В-клеточного рецептора, где лиганд В-клеточного рецептора связан с терапевтическим агентом.195. The method according to any one of paragraphs.186-194, further comprising treating a subject having lymphoma with a B-cell receptor ligand, wherein the B-cell receptor ligand is associated with a therapeutic agent.