RU2018130641A - Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов - Google Patents
Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018130641A RU2018130641A RU2018130641A RU2018130641A RU2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A RU 2018130641 A RU2018130641 A RU 2018130641A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- spcas9
- grna
- region
- complementary
- target sequence
- Prior art date
Links
- 241000700605 Viruses Species 0.000 title claims 8
- 101000910035 Streptococcus pyogenes serotype M1 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 Proteins 0.000 claims 81
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims 68
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 59
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims 59
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims 32
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 23
- XDMCWZFLLGVIID-SXPRBRBTSA-N O-(3-O-D-galactosyl-N-acetyl-beta-D-galactosaminyl)-L-serine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](OC[C@H]([NH3+])C([O-])=O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1OC1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 XDMCWZFLLGVIID-SXPRBRBTSA-N 0.000 claims 22
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 22
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 claims 18
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims 16
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims 16
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims 16
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 15
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims 11
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims 10
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims 9
- 101710128836 Large T antigen Proteins 0.000 claims 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 6
- 241001505332 Polyomavirus sp. Species 0.000 claims 6
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims 6
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims 5
- 241000700647 Variola virus Species 0.000 claims 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 2
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 claims 2
- 206010036807 progressive multifocal leukoencephalopathy Diseases 0.000 claims 2
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 claims 2
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 claims 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 claims 1
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 claims 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 claims 1
- 101150038500 cas9 gene Proteins 0.000 claims 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims 1
- 239000005022 packaging material Substances 0.000 claims 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 claims 1
- 239000000825 pharmaceutical preparation Substances 0.000 claims 1
- 230000010473 stable expression Effects 0.000 claims 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 claims 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/66—General methods for inserting a gene into a vector to form a recombinant vector using cleavage and ligation; Use of non-functional linkers or adaptors, e.g. linkers containing the sequence for a restriction endonuclease
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
- C12N15/861—Adenoviral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
- C12N2740/00011—Details
- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/16011—Human Immunodeficiency Virus, HIV
- C12N2740/16041—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2740/16043—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (62)
1. Композиция для применения в удалении вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, причем композиция содержит:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (Т-Ад).
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
4. Композиция по п. 3, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа, оптимизированной для человека Cas9, никазного мутанта Cas9, SpCas9 (K855a), SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A) или SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A).
5. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
6. Композиция по п. 5, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК т2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
7. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
8. Способ удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, зараженной JCV, включающий этапы:
обработка клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна к последовательности-мишени в ДНК JCV; и
удаление JCV из клетки-хозяина.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag), и указанный способ дополнительно включает после стадии обработки стадию удаления по меньшей мере сегмента ДНК JCV, расположенного в кодирующей области T-Ag.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9(K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что спейсерная последовательность гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
14. Способ по п. 8, отличающийся тем, что CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
15. Векторная композиция для удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV,
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии;
причем указанный по меньшей мере один вектор экспрессии индуцирует экспрессию указанной CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и указанной по меньшей мере одной гРНК в клетке-хозяине.
16. Векторная композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag),.
17. Векторная композиция по п. 16, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
18. Векторная композиция по п. 17, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
19. Векторная композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
20. Композиция по п. 19, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
21. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
22. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
23. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в один вектор экспрессии.
24. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в отдельные лентивирусные векторы экспрессии.
25. Способ предотвращения заражения вирусом Джона Каннингема (JCV) клеток пациента, подверженного риску заражения JCV, включающий этапы:
определения того, что пациент подвергается риску заражения JCV;
взаимодействия клеток пациента, подвергающегося риску заражения JCV с эффективным количеством композиции вектора экспрессии, содержащей выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и по меньшей мере одну выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), которая содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в JCV ДНК;
стабильной экспрессии CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и по меньшей мере одной гРНК в клетках пациента; а также
предотвращения заражения клеток пациента JCV.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
27. Фармацевтическая композиция, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR); и
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую, по меньшей мере, одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в геноме вируса Джона Каннингема (JCV);
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии.
28. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
29. Фармацевтическая композиция по п. 28, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
30. Фармацевтическая композиция по п. 29, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A.D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
31. Фармацевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК пл1, указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК гл2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
32. Фармацевтическая композиция по п. 31, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
33. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
34. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
35. Способ лечения субъекта имеющего связанное с Вирусом Джона Каннингема (JCV) расстройство, включающий стадию введения субъекту эффективного количества фармацевтической композиции по п. 27.
36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что патологическое состояние, связанное с JCV, представляет собой прогрессирующую мультифокальную лейкоэнцефалопатию (PML).
37. Набор для лечения или профилактики инфекции Вируса Джона Каннингема (JCV), содержащий:
измеренное количество композиции, содержащей, по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую одну или более направляющих РНК (гРНК), причем каждая из указанных одной или более гРНК содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК JCV; а также
один или несколько элементов, выбранных из группы, состоящей из упаковочного материала, листка-вкладыша, содержащего инструкции для применения, стерильную жидкость, шприц и стерильную емкость.
38. Набор по п. 37, отличающийся тем, что указанный вектор экспрессии представляет собой лентивирусный вектор экспрессии.
39. Способ удаления вируса полиомы из клетки-хозяина, инфицированной полиомавирусом, включающий этапы:
обработку клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в ДНК полиомавируса; и
удаление полиомавируса из клетки-хозяина.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК полиомавируса, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК полиомавируса, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201662286579P | 2016-01-25 | 2016-01-25 | |
| US62/286,579 | 2016-01-25 | ||
| PCT/US2017/014668 WO2018106268A1 (en) | 2016-01-25 | 2017-01-24 | Rna guided eradication of human jc virus and other polyomaviruses |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018130641A3 RU2018130641A3 (ru) | 2020-02-26 |
| RU2018130641A true RU2018130641A (ru) | 2020-02-26 |
Family
ID=62492164
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2018130641A RU2018130641A (ru) | 2016-01-25 | 2017-01-24 | Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20190038770A1 (ru) |
| EP (1) | EP3408392A4 (ru) |
| JP (1) | JP2019512458A (ru) |
| CN (1) | CN108603196A (ru) |
| AU (1) | AU2017371665A1 (ru) |
| CA (1) | CA3011270A1 (ru) |
| RU (1) | RU2018130641A (ru) |
| WO (1) | WO2018106268A1 (ru) |
Families Citing this family (33)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2853829C (en) | 2011-07-22 | 2023-09-26 | President And Fellows Of Harvard College | Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity |
| US20150044192A1 (en) | 2013-08-09 | 2015-02-12 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease |
| US9359599B2 (en) | 2013-08-22 | 2016-06-07 | President And Fellows Of Harvard College | Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof |
| US9925248B2 (en) | 2013-08-29 | 2018-03-27 | Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education | Methods and compositions for RNA-guided treatment of HIV infection |
| US9228207B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-01-05 | President And Fellows Of Harvard College | Switchable gRNAs comprising aptamers |
| US9388430B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-07-12 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof |
| US9526784B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-12-27 | President And Fellows Of Harvard College | Delivery system for functional nucleases |
| US20150165054A1 (en) | 2013-12-12 | 2015-06-18 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for correcting caspase-9 point mutations |
| EP3177718B1 (en) | 2014-07-30 | 2022-03-16 | President and Fellows of Harvard College | Cas9 proteins including ligand-dependent inteins |
| WO2017070633A2 (en) | 2015-10-23 | 2017-04-27 | President And Fellows Of Harvard College | Evolved cas9 proteins for gene editing |
| WO2018027078A1 (en) | 2016-08-03 | 2018-02-08 | President And Fellows Of Harard College | Adenosine nucleobase editors and uses thereof |
| JP7201153B2 (ja) | 2016-08-09 | 2023-01-10 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | プログラム可能ｃａｓ９－リコンビナーゼ融合タンパク質およびその使用 |
| US11542509B2 (en) | 2016-08-24 | 2023-01-03 | President And Fellows Of Harvard College | Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing |
| EP3526320A1 (en) | 2016-10-14 | 2019-08-21 | President and Fellows of Harvard College | Aav delivery of nucleobase editors |
| WO2018119359A1 (en) | 2016-12-23 | 2018-06-28 | President And Fellows Of Harvard College | Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection |
| EP3592853A1 (en) | 2017-03-09 | 2020-01-15 | President and Fellows of Harvard College | Suppression of pain by gene editing |
| KR20190123328A (ko) | 2017-03-09 | 2019-10-31 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 암 백신 |
| JP2020510439A (ja) | 2017-03-10 | 2020-04-09 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | シトシンからグアニンへの塩基編集因子 |
| KR102687373B1 (ko) | 2017-03-23 | 2024-07-23 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 핵산 프로그램가능한 dna 결합 단백질을 포함하는 핵염기 편집제 |
| US11560566B2 (en) | 2017-05-12 | 2023-01-24 | President And Fellows Of Harvard College | Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation |
| EP3658573A1 (en) | 2017-07-28 | 2020-06-03 | President and Fellows of Harvard College | Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (pace) |
| US11319532B2 (en) | 2017-08-30 | 2022-05-03 | President And Fellows Of Harvard College | High efficiency base editors comprising Gam |
| EP3697906A1 (en) | 2017-10-16 | 2020-08-26 | The Broad Institute, Inc. | Uses of adenosine base editors |
| US12406749B2 (en) | 2017-12-15 | 2025-09-02 | The Broad Institute, Inc. | Systems and methods for predicting repair outcomes in genetic engineering |
| EP3797160A1 (en) | 2018-05-23 | 2021-03-31 | The Broad Institute Inc. | Base editors and uses thereof |
| WO2020092453A1 (en) | 2018-10-29 | 2020-05-07 | The Broad Institute, Inc. | Nucleobase editors comprising geocas9 and uses thereof |
| WO2020154500A1 (en) | 2019-01-23 | 2020-07-30 | The Broad Institute, Inc. | Supernegatively charged proteins and uses thereof |
| SG11202109882VA (en) | 2019-03-19 | 2021-10-28 | Broad Inst Inc | Methods and compositions for editing nucleotide sequences |
| EP3956349A1 (en) | 2019-04-17 | 2022-02-23 | The Broad Institute, Inc. | Adenine base editors with reduced off-target effects |
| US12435330B2 (en) | 2019-10-10 | 2025-10-07 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for prime editing RNA |
| WO2021168266A1 (en) * | 2020-02-21 | 2021-08-26 | Temple University - Of The Commonwealth System Of Higher Education | Eradication of merkel cell polyomavirus |
| KR20230019843A (ko) | 2020-05-08 | 2023-02-09 | 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 | 표적 이중 가닥 뉴클레오티드 서열의 두 가닥의 동시 편집을 위한 방법 및 조성물 |
| CN115786355B (zh) * | 2022-10-21 | 2024-10-15 | 中国科学院重庆绿色智能技术研究院 | Tango6基因在促进细胞增殖中的应用以及方法 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU2005244827A1 (en) * | 2004-05-12 | 2005-12-01 | Jennifer Gordon | Compositions and methods for siRNA inhibition of primate polyomavirus genes |
| WO2015126927A2 (en) * | 2014-02-18 | 2015-08-27 | Duke University | Compositions for the inactivation of virus replication and methods of making and using the same |
| WO2015153791A1 (en) * | 2014-04-01 | 2015-10-08 | Editas Medicine, Inc. | Crispr/cas-related methods and compositions for treating herpes simplex virus type 2 (hsv-2) |
| CA2949713A1 (en) * | 2014-05-30 | 2015-12-03 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Compositions and methods of delivering treatments for latent viral infections |
| MA40880A (fr) * | 2014-10-30 | 2017-09-05 | Temple Univ Of The Commonwealth | Éradication guidée par l'arn du virus jc humain et d'autres polyomavirus |
-
2017
- 2017-01-24 EP EP17879304.8A patent/EP3408392A4/en not_active Withdrawn
- 2017-01-24 RU RU2018130641A patent/RU2018130641A/ru not_active Application Discontinuation
- 2017-01-24 JP JP2018533914A patent/JP2019512458A/ja active Pending
- 2017-01-24 CN CN201780007587.0A patent/CN108603196A/zh active Pending
- 2017-01-24 CA CA3011270A patent/CA3011270A1/en not_active Abandoned
- 2017-01-24 WO PCT/US2017/014668 patent/WO2018106268A1/en not_active Ceased
- 2017-01-24 US US16/072,636 patent/US20190038770A1/en not_active Abandoned
- 2017-01-24 AU AU2017371665A patent/AU2017371665A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108603196A (zh) | 2018-09-28 |
| RU2018130641A3 (ru) | 2020-02-26 |
| EP3408392A1 (en) | 2018-12-05 |
| CA3011270A1 (en) | 2018-06-14 |
| EP3408392A4 (en) | 2019-08-14 |
| WO2018106268A1 (en) | 2018-06-14 |
| JP2019512458A (ja) | 2019-05-16 |
| US20190038770A1 (en) | 2019-02-07 |
| AU2017371665A1 (en) | 2018-07-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2018130641A (ru) | Направляемое рнк, удаление вируса jc человека и других полиомавирусов | |
| RU2017115838A (ru) | Направляемое РНК уничтожение вируса JC человека и других полиомавирусов | |
| US20230374545A1 (en) | Aav capsid designs | |
| RU2018124657A (ru) | Способы редактирования генов и композиции для устранения риска активации вируса jc и пмл (прогрессирующая мультифокальная лейкоэнцефалопатия) во время иммуносупрессивной терапии | |
| US10905776B2 (en) | Isolation of novel AAV's and uses thereof | |
| US11542525B2 (en) | Recombinant AAV variants and uses thereof | |
| JP7478794B2 (ja) | 主要組織適合遺伝子複合体ｅ分子によって拘束されるｔ細胞を誘発するサイトメガロウイルスベクター及びｈｃｍｖベクターを含む組成物 | |
| US10035825B2 (en) | AAV's and uses thereof | |
| JP6521965B2 (ja) | 非エンベロープウイルス粒子の製造方法 | |
| US10688164B2 (en) | CMV vectors comprising microRNA recognition elements | |
| FI3224376T4 (fi) | Dna-epäpuhtaudet koostumuksessa, joka käsittää parvovirusvirionin | |
| RU2019100525A (ru) | Векторная система на основе аденоассоциированного вируса | |
| Szelechowski et al. | Production and purification of non replicative canine adenovirus type 2 derived vectors | |
| Fick et al. | Early and late transcriptional phases in the replication of lumpy-skin-disease virus | |
| CN105543182A (zh) | 携带microRNA-101的重组溶瘤痘苗病毒及其药物组合物 | |
| US20240261436A1 (en) | Gene editing therapy for hiv infection via dual targeting of hiv genome and ccr5 | |
| CN109266684A (zh) | 一种构建病原感染敏感性动物模型的方法 | |
| WO2024043942A2 (en) | Product preparation based on application of sgrna for the treatment of huntington's disease | |
| Mizak et al. | Application of PCR for the detection of adenovirus type 1 (CAV-1) in internal organs of dogs | |
| WO2015060650A2 (ko) | 간세포 성장인자의 둘 이상의 이형체를 이용한 근위축성 측삭 경화증 예방 또는 치료용 조성물 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20200805 |