RU2018144299A - Способ амплификации кольцевой днк - Google Patents
Способ амплификации кольцевой днк Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018144299A RU2018144299A RU2018144299A RU2018144299A RU2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- dna
- enzymes
- enzyme
- group
- activity
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 18
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 title 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 53
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 53
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 32
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 20
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 claims 14
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 claims 14
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 claims 10
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 claims 10
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 7
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 7
- 230000010076 replication Effects 0.000 claims 7
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 6
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims 6
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 claims 6
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 5
- 229910001413 alkali metal ion Inorganic materials 0.000 claims 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 5
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 claims 5
- 230000035800 maturation Effects 0.000 claims 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 5
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims 5
- 108010054814 DNA Gyrase Proteins 0.000 claims 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 3
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 3
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 claims 3
- 108010071146 DNA Polymerase III Proteins 0.000 claims 2
- 102000007528 DNA Polymerase III Human genes 0.000 claims 2
- 108090000133 DNA helicases Proteins 0.000 claims 2
- 102000003844 DNA helicases Human genes 0.000 claims 2
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 claims 2
- 101710116602 DNA-Binding protein G5P Proteins 0.000 claims 2
- 101710162453 Replication factor A Proteins 0.000 claims 2
- 101710176758 Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit Proteins 0.000 claims 2
- 101710176276 SSB protein Proteins 0.000 claims 2
- 101710126859 Single-stranded DNA-binding protein Proteins 0.000 claims 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims 2
- 238000007867 post-reaction treatment Methods 0.000 claims 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 claims 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 claims 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 claims 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 claims 1
- 108010041052 DNA Topoisomerase IV Proteins 0.000 claims 1
- 108090000323 DNA Topoisomerases Proteins 0.000 claims 1
- 102000003915 DNA Topoisomerases Human genes 0.000 claims 1
- 108010006296 DnaB Helicases Proteins 0.000 claims 1
- 108010012737 RecQ Helicases Proteins 0.000 claims 1
- 102000019196 RecQ Helicases Human genes 0.000 claims 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 claims 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 claims 1
- 108010013829 alpha subunit DNA polymerase III Proteins 0.000 claims 1
- 150000003863 ammonium salts Chemical class 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 claims 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 claims 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 claims 1
- 238000003303 reheating Methods 0.000 claims 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
- C12Q1/6855—Ligating adaptors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
- C12Q2521/101—DNA polymerase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
- C12Q2521/119—RNA polymerase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
- C12Q2521/319—Exonuclease
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
- C12Q2521/327—RNAse, e.g. RNAseH
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/50—Other enzymatic activities
- C12Q2521/501—Ligase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/50—Other enzymatic activities
- C12Q2521/513—Winding/unwinding enzyme, e.g. helicase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/50—Other enzymatic activities
- C12Q2521/519—Topoisomerase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2522/00—Reaction characterised by the use of non-enzymatic proteins
- C12Q2522/10—Nucleic acid binding proteins
- C12Q2522/101—Single or double stranded nucleic acid binding proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
- C12Q2525/307—Circular oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/101—Temperature
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
- C12Y301/04—Phosphoric diester hydrolases (3.1.4)
- C12Y301/04001—Phosphodiesterase I (3.1.4.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y306/00—Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6)
- C12Y306/04—Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6) acting on acid anhydrides; involved in cellular and subcellular movement (3.6.4)
- C12Y306/04012—DNA helicase (3.6.4.12)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Claims (99)
1. Способ амплификации кольцевой ДНК, включающий следующие стадии:
(1) образования реакционной смеси кольцевой ДНК в качестве матрицы с реакционным раствором, содержащим
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла,
где кольцевая ДНК включает последовательность ориджина репликации (ориджина хромосомы (oriC)), которая может связываться с ферментом, обладающим DnaA-активностью; и
(2) поддерживания температуры реакционной смеси, полученной в (1) в изотермических условиях.
2. Способ амплификации кольцевой ДНК, включающий следующие стадии:
(1) образования реакционной смеси кольцевой ДНК в качестве матрицы с реакционным раствором, содержащим
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла,
где кольцевая ДНК включает последовательность ориджина репликации (ориджина хромосомы (oriC)), которая может связываться с ферментом, обладающим DnaA-активностью; и
(2) инкубирования реакционной смеси, полученной в стадии (1) в термическом цикле с повторением инкубирования при 30°C или выше и инкубирования при 27°C или ниже.
3. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит неспецифический ингибитор адсорбции белка и/или неспецифический ингибитор адсорбции нуклеиновой кислоты.
4. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или геликазу RecG-типа.
5. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит соль аммония.
6. Способ по п. 1 или 2, где
первая группа ферментов содержит комбинацию фермента, обладающего DnaA-активностью; нуклеоидного белка одного или более типов; фермента или группы ферментов, обладающих ДНК-гиразной активностью; белка, связывающегося с одноцепочечной ДНК (SSB); фермента, обладающего геликазной активностью DnaB-типа; фермента, обладающего ДНК-геликазной загрузочной активностью; фермента, обладающего ДНК-примазной активностью; фермента, обладающего ДНК-захватывающей активностью; и фермента или группы ферментов, обладающих активностью ДНК-полимеразы III*;
вторая группа ферментов содержит комбинацию фермента, обладающего активностью ДНК-полимеразы I, и фермента, обладающего ДНК-лигазной активностью; и
третья группа ферментов содержит фермент, обладающий активностью топоизомеразы III, и/или фермент, обладающий активностью топоизомеразы IV.
7. Способ по п. 6, где вторая группа ферментов также включает фермент, обладающий активностью РНКазы Н.
8. Способ по п. 6, где третья группа ферментов также включает фермент, обладающий геликазной активностью RecQ-типа.
9. Способ по п. 6, где
в первой группе ферментов
один или более нуклеоидных белков представляют собой IHF или HU,
ферментом или группой ферментов, обладающих ДНК-гиразной активностью, является комплекс GyrA и GyrB,
ферментом, обладающим геликазной активностью DnaB-типа, является DnaB-геликаза,
ферментом, обладающим ДНК-геликазной загрузочной активностью, является загрузочный фермент DnaC-геликаза,
ферментом, обладающим ДНК-примазной активностью, является DnaG-примаза,
ферментом, обладающим ДНК-захватывающей активностью, является фермент, захватывающий DnaN,
ферментом или группой ферментов, обладающих активностью ДНК-полимеразы III*, являются фермент или группа ферментов, содержащих любые из DnaX, HolA, HolB, HolC, HolD, DnaE, DnaQ и HolE.
10. Способ по п. 1, где изотермическим условием в стадии (2) является постоянная температура в пределах от 25°C до 50°C.
11. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
12. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
13. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит ДНК-стабилизирующий фактор.
14. Способ по п. 1 или 2, где
стадия (1) включает
(1-1) предварительное инкубирование реакционного раствора, содержащего
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла; и
(1-2) образование реакционной смеси реакционного раствора с кольцевой ДНК в качестве матрицы.
15. Способ по п. 1 или 2, где стадию (2) осуществляют в эмульсии типа «вода в масле».
16. Способ по п. 1 или 2, где после проведения стадии (2), указанный способ также включает
(3) обработку после реакции, где
обработкой после реакции является:
(i) обработка путем разведения реакционной смеси пять или более раз реакционным раствором, который не содержит ферментов 1-3 групп, с последующим повторным нагреванием полученного соединения;
(ii) обработка экзонуклеазой, специфичной к линейной ДНК, и/или обработка экзонуклеазой, специфичной к одноцепочечной ДНК; и/или
(iii) обработка ферментом для репарации гэпов.
17. Композиция для амплификации кольцевой ДНК, включающая
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла.
18. Композиция по п. 17, также содержащая неспецифический ингибитор адсорбции белка и/или неспецифический ингибитор адсорбции нуклеиновой кислоты.
19. Композиция по п. 17, также содержащая экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или геликазу RecG-типа.
20. Композиция по п. 17, также содержащая геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
21. Композиция по п. 17, также содержащая экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
22. Композиция по п. 17, также содержащая ДНК-стабилизирующий фактор.
23. Набор для амплификации кольцевой ДНК, включающий комбинацию
первой группы ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
второй группы ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третьей группы ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфера;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источника иона магния; и
источника иона щелочного металла.
24. Набор по п. 23, также включающий комбинацию с неспецифическим ингибитором адсорбции белка и/или неспецифическим ингибитором адсорбции нуклеиновой кислоты.
25. Набор по п. 23, также включающий комбинацию с экзонуклеазой, специфичной к линейной ДНК, и/или с геликазой RecG-типа.
26. Набор по п. 23, также включающий геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
27. Набор по п. 23, также включающий экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
28. Набор по п. 23, также включающий ДНК-стабилизирующий фактор.
29. Набор по п. 23, также включающий фермент для репарации гэпов.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2016-099157 | 2016-05-17 | ||
| JP2016099157 | 2016-05-17 | ||
| PCT/JP2017/018472 WO2017199991A1 (ja) | 2016-05-17 | 2017-05-17 | 環状ｄｎａの増幅方法 |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018144299A true RU2018144299A (ru) | 2020-06-17 |
| RU2018144299A3 RU2018144299A3 (ru) | 2020-06-17 |
| RU2748736C2 RU2748736C2 (ru) | 2021-05-31 |
Family
ID=60325215
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2018144299A RU2748736C2 (ru) | 2016-05-17 | 2017-05-17 | Способ амплификации кольцевой днк |
Country Status (11)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US12157915B2 (ru) |
| EP (1) | EP3460058B1 (ru) |
| JP (1) | JP6764193B2 (ru) |
| KR (1) | KR102378346B1 (ru) |
| CN (2) | CN109415718B (ru) |
| AU (1) | AU2017265723B2 (ru) |
| CA (1) | CA3024546A1 (ru) |
| IL (1) | IL263027A (ru) |
| RU (1) | RU2748736C2 (ru) |
| SG (1) | SG11201810209VA (ru) |
| WO (1) | WO2017199991A1 (ru) |
Families Citing this family (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016080424A1 (ja) | 2014-11-18 | 2016-05-26 | 国立研究開発法人 科学技術振興機構 | 環状ｄｎａの増幅方法 |
| JP6960684B2 (ja) * | 2017-02-28 | 2021-11-05 | オリシロジェノミクス株式会社 | 環状ｄｎａの複製または増幅方法 |
| KR102520700B1 (ko) | 2018-07-30 | 2023-04-10 | 오리시로 제노믹스 가부시키가이샤 | 무세포계에서 dna를 편집하는 방법 |
| US20220025460A1 (en) * | 2020-07-21 | 2022-01-27 | The University Of Tokyo | Method and kit for determining neuromuscular disease in subject |
| CN114231524B (zh) * | 2020-09-09 | 2023-12-26 | 深圳华大生命科学研究院 | 一种体外制备环状dna的方法 |
| WO2023191034A1 (ja) * | 2022-03-31 | 2023-10-05 | モデルナ・エンザイマティクス株式会社 | 配列エラーの減少した二本鎖ｄｎａの製造方法 |
| WO2024170684A1 (en) | 2023-02-15 | 2024-08-22 | Sanofi | Screening codon-optimized nucleotide sequences |
| CN120866268A (zh) * | 2025-09-28 | 2025-10-31 | 杭州倍沃医学科技有限公司 | 一种可扩增环状dna的混合酶体系及其应用和产品 |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5677170A (en) | 1994-03-02 | 1997-10-14 | The Johns Hopkins University | In vitro transposition of artificial transposons |
| US6355450B1 (en) | 1995-04-21 | 2002-03-12 | Human Genome Sciences, Inc. | Computer readable genomic sequence of Haemophilus influenzae Rd, fragments thereof, and uses thereof |
| US6217904B1 (en) | 1999-04-06 | 2001-04-17 | Pharmaquest Ltd. | Pharmaceutical dosage form for pulsatile delivery of d-threo-methylphenidate and a second CNS stimulant |
| CA2375821A1 (en) | 1999-06-18 | 2000-12-28 | Aventis Pharmaceuticals Inc. | Novel vectors for improving cloning and expression in low copy number plasmids |
| JP4214230B2 (ja) | 2004-02-23 | 2009-01-28 | 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 | 環状ｄｎａへのランダム変異導入方法 |
| AU2005322593A1 (en) | 2004-04-26 | 2006-07-06 | Replidyne, Inc. | Bacterial replication systems and methods |
| US20080096258A1 (en) | 2006-10-24 | 2008-04-24 | Christian Korfhage | Rolling circle amplification of circular genomes |
| US8921072B2 (en) | 2008-09-02 | 2014-12-30 | General Electric Compnay | Methods to generate DNA mini-circles |
| JP6382189B2 (ja) * | 2012-06-29 | 2018-08-29 | ゼネラル・エレクトリック・カンパニイ | Ｒｎａテンプレートから開始する等温ｄｎａ増幅用のキット |
| WO2016080424A1 (ja) | 2014-11-18 | 2016-05-26 | 国立研究開発法人 科学技術振興機構 | 環状ｄｎａの増幅方法 |
| JP6960684B2 (ja) | 2017-02-28 | 2021-11-05 | オリシロジェノミクス株式会社 | 環状ｄｎａの複製または増幅方法 |
-
2017
- 2017-05-17 SG SG11201810209VA patent/SG11201810209VA/en unknown
- 2017-05-17 US US16/302,485 patent/US12157915B2/en active Active
- 2017-05-17 AU AU2017265723A patent/AU2017265723B2/en not_active Ceased
- 2017-05-17 CN CN201780034209.1A patent/CN109415718B/zh active Active
- 2017-05-17 CA CA3024546A patent/CA3024546A1/en active Pending
- 2017-05-17 CN CN202211102191.3A patent/CN115537454A/zh active Pending
- 2017-05-17 KR KR1020187036088A patent/KR102378346B1/ko active Active
- 2017-05-17 JP JP2018518326A patent/JP6764193B2/ja active Active
- 2017-05-17 EP EP17799415.9A patent/EP3460058B1/en active Active
- 2017-05-17 WO PCT/JP2017/018472 patent/WO2017199991A1/ja not_active Ceased
- 2017-05-17 RU RU2018144299A patent/RU2748736C2/ru active
-
2018
- 2018-11-15 IL IL263027A patent/IL263027A/en unknown
-
2024
- 2024-10-20 US US18/920,931 patent/US20250043341A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3460058A1 (en) | 2019-03-27 |
| JPWO2017199991A1 (ja) | 2019-03-22 |
| JP6764193B2 (ja) | 2020-09-30 |
| US20190276883A1 (en) | 2019-09-12 |
| KR102378346B1 (ko) | 2022-03-25 |
| SG11201810209VA (en) | 2018-12-28 |
| RU2748736C2 (ru) | 2021-05-31 |
| CN115537454A (zh) | 2022-12-30 |
| CN109415718B (zh) | 2022-09-27 |
| CN109415718A (zh) | 2019-03-01 |
| US12157915B2 (en) | 2024-12-03 |
| AU2017265723A1 (en) | 2018-12-20 |
| AU2017265723B2 (en) | 2023-04-13 |
| KR20190017793A (ko) | 2019-02-20 |
| WO2017199991A1 (ja) | 2017-11-23 |
| US20250043341A1 (en) | 2025-02-06 |
| CA3024546A1 (en) | 2017-11-23 |
| EP3460058A4 (en) | 2020-01-15 |
| RU2018144299A3 (ru) | 2020-06-17 |
| EP3460058B1 (en) | 2024-03-06 |
| IL263027A (en) | 2018-12-31 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2018144299A (ru) | Способ амплификации кольцевой днк | |
| AU2022202739B2 (en) | High-Throughput Single-Cell Sequencing With Reduced Amplification Bias | |
| AU2013246080C1 (en) | Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample | |
| JP6574178B2 (ja) | リガーゼ支援核酸環状化及び増幅 | |
| US9121046B2 (en) | Reducing template independent primer extension and threshold time for loop mediated isothermal amplification | |
| JP2025143255A (ja) | 単一細胞分析 | |
| CN115558661A (zh) | 用于使用模板转换反应进行cDNA合成和单细胞转录组概况分析的方法和组合物 | |
| JP2016535979A (ja) | Ｄｎａ末端修復、アデニル化、リン酸化のための酵素組成物 | |
| JP2012514473A5 (ru) | ||
| RU2020104038A (ru) | Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк | |
| WO2020136438A1 (en) | Method and kit for preparing complementary dna | |
| US10260090B2 (en) | Accelerated isothermal amplification of DNA | |
| US20170283869A1 (en) | Preparation of adapter-ligated amplicons | |
| WO2016135300A1 (en) | Efficiency improving methods for gene library generation | |
| JP6029636B2 (ja) | Ｒｎａの検出方法 | |
| JP2022088455A (ja) | 熱安定性ポリメラーゼ阻害剤組成物及び方法 | |
| JP2022537069A (ja) | 次世代配列決定ライブラリを調製するための核酸の標識化に有用なオリゴヌクレオチドが連結された三リン酸ヌクレオチド | |
| US9212378B2 (en) | Method of amplifying DNA from RNA in a sample | |
| JP5200302B2 (ja) | ヘリカーゼを使用するｒｎａターゲットの同定 | |
| JP2020103230A (ja) | アダプターダイマーの生成抑制方法 | |
| Kimoto et al. | PCR amplification and transcription for site‐specific labeling of large RNA molecules by a two‐unnatural‐base‐pair system | |
| CN106350493A (zh) | 一种热启动Taq DNA聚合酶的制备方法 | |
| JP2020065488A (ja) | 重症熱性血小板減少症候群（ｓｆｔｓ）ウイルス検出用プライマーセット | |
| RU2014100736A (ru) | Способ дифференциации токсигенных генетически измененных штаммов vibrio cholerae биовара эль тор с разным эпидемическим потенциалом методом мультиплексной полимеразной цепной реакции и тест-система для его осуществления | |
| Papini et al. | High-yield fabrication of DNA and RNA scaffolds for single molecule force and torque spectroscopy experiments |