[go: up one dir, main page]

RU2018142223A - Фракционная распространенность полинуклеотидных последовательностей в образце - Google Patents

Фракционная распространенность полинуклеотидных последовательностей в образце Download PDF

Info

Publication number
RU2018142223A
RU2018142223A RU2018142223A RU2018142223A RU2018142223A RU 2018142223 A RU2018142223 A RU 2018142223A RU 2018142223 A RU2018142223 A RU 2018142223A RU 2018142223 A RU2018142223 A RU 2018142223A RU 2018142223 A RU2018142223 A RU 2018142223A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
specified
analytes
target
analyte
sample
Prior art date
Application number
RU2018142223A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018142223A3 (ru
Inventor
Янань ЧЖАО
Уильям МАККЕННА
Уильям Б. ДАНБАР
Original Assignee
Онтера Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from PCT/US2017/025585 external-priority patent/WO2017173392A1/en
Application filed by Онтера Инк. filed Critical Онтера Инк.
Publication of RU2018142223A publication Critical patent/RU2018142223A/ru
Publication of RU2018142223A3 publication Critical patent/RU2018142223A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416—Systems
    • G01N27/447—Systems using electrophoresis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/28—Electrolytic cell components
    • G01N27/30—Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
    • G01N27/327—Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
    • G01N27/3275—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction
    • G01N27/3278—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction involving nanosized elements, e.g. nanogaps or nanoparticles
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416—Systems
    • G01N27/447—Systems using electrophoresis
    • G01N27/44756—Apparatus specially adapted therefor
    • G01N27/44791—Microapparatus
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/483—Physical analysis of biological material
    • G01N33/487—Physical analysis of biological material of liquid biological material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/483—Physical analysis of biological material
    • G01N33/487—Physical analysis of biological material of liquid biological material
    • G01N33/48707—Physical analysis of biological material of liquid biological material by electrical means
    • G01N33/48721—Investigating individual macromolecules, e.g. by translocation through nanopores
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/60—Detection means characterised by use of a special device
    • C12Q2565/607—Detection means characterised by use of a special device being a sensor, e.g. electrode

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Nanotechnology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Electrochemistry (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analyzing Materials By The Use Of Electric Means (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Claims (73)

1. Способ определения улучшенной оценки истинной относительной распространенности целевого аналита в смешанном неизвестном образце с использованием нанопорового устройства, предусматривающий
применение напряжения к нанопоре в нанопоровом устройстве для получения обнаруживаемой электронной сигнатуры и индуцирования транслокации заряженных аналитов через указанную нанопору отдельно для каждого из:
контрольного образца, содержащего известную относительную распространенность целевых аналитов по отношению к эталонным аналитам и
смешанного неизвестного образца, содержащего указанные целевые аналиты и указанные эталонные аналиты, причем должна быть определена относительная распространенность указанных целевых аналитов в указанном образце;
получение множества сигнатур событий, производимых путем транслокации указанных целевых аналитов или указанных эталонных аналитов через указанную нанопору для каждого образца;
идентификацию количества сигнатур первых событий, связанных с указанным целевым аналитом, и количества сигнатур вторых событий, связанных с указанным эталонным аналитом, из указанного множества сигнатур событий для определения обнаруженной относительной распространенности сигнатур первых и вторых событий для каждого образца; а также
корректировку обнаруженной относительной распространенности сигнатур указанных первых и вторых событий в указанном смешанном неизвестном образце с использованием обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первых и вторых событий в указанном контрольном образце для исправления ошибки в обнаруженной относительной распространенности, тем самым определяя улучшенную оценку истинной относительной распространенности указанного целевого аналита в указанном смешанном неизвестном образце.
2. Способ по п. 1, при котором контрольный образец представляет собой целевой контрольный образец, содержащий указанные целевые аналиты, но не указанные эталонные аналиты.
3. Способ по п. 1, при котором контрольный образец представляет собой эталонный контрольный образец, содержащий указанные эталонные аналиты, но не указанными целевые аналиты.
4. Способ по п. 3, дополнительно предусматривающий применение напряжения к нанопоровому устройству для индукции транслокации заряженных аналитов через датчик нанопоры для целевого контрольного образца, содержащего указанные целевые аналиты, но не указанные эталонные аналиты.
5. Способ по любому из пп. 1-4, при котором указанная корректировка указанной обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первого и второго событий в указанном неизвестном образце предусматривает использование обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первого и второго событий в указанном целевом контрольном образце и в указанном эталонном контрольном образце для исправления указанной ошибки в обнаруженной относительной распространенности.
6. Способ по любому из пп. 1-5, при котором указанная ошибка содержит ложноположительную или ложноотрицательную ошибку обнаружения указанного целевого аналита.
7. Способ по любому из пп. 1-6, дополнительно предусматривающий применение напряжения к нанопоровому устройству для индукции транслокации заряженных аналитов через датчик нанопоры для смешанного контрольного образца, содержащего указанные целевые аналиты и указанные эталонные аналиты, причем относительная распространенность указанных целевых аналитов и указанных эталонных аналитов известна.
8. Способ по п. 7, при котором корректировка указанной обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первых и вторых событий в указанном неизвестном образце предусматривает использование обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первых и вторых событий в указанном целевом контрольном образце, указанном эталонном контрольном образце и указанном смешанном контрольном образце, чтобы исправить указанную ошибку в обнаруженной относительной распространенности.
9. Способ по любому из пп. 1-8, при котором указанная ошибка содержит ложноположительную ошибку обнаружения целевого аналита, ложноотрицательную ошибку обнаружения целевого аналита, разность констант частот захвата между указанным целевым аналитом и указанным эталонным аналитом или любую их комбинацию.
10. Способ по п. 1, при котором контрольный образец представляет собой смешанный контрольный образец, содержащий указанные целевые аналиты и указанные эталонные аналиты, причем относительная распространенность указанных целевых аналитов и указанных контрольных аналитов известна.
11. Способ по п. 10, при котором указанная ошибка предусматривает разность констант частот захвата между указанным целевым аналитом и указанным эталонным аналитом.
12. Способ по любому из пп. 7-11, при котором смешанный контрольный образец содержит относительную распространенность указанных целевых аналитов по отношению к указанным эталонным аналитам, которая отличается не более чем в 1,2 раза, в 1,5 раза, в 2 раза, в 5 раз или в 10 раз по сравнению с указанным смешанным неизвестным образцом.
13. Способ по любому из пп. 1-12, при котором указанная оценка истинной относительного распространенности представляет собой оценку истинного отношения указанного целевого аналита к указанному эталонному аналиту в указанном смешанном неизвестном образце.
14. Способ по п. 13, в котором указанная оценка
Figure 00000001
истинного отношения определяется посредством
Figure 00000002
причем параметр р представляет собой оценку для отношения, которое может компенсировать ложноположительную ошибку обнаружения, ложноотрицательную ошибку обнаружения или и то и другое, и причем параметр а можно использовать для компенсации разности констант частот захвата между указанным целевым аналитом и указанным эталонным аналитом.
15. Способ по п. 14, при котором а представляет собой оценку отношения частоты захвата эталонного аналита, деленной на частоту захвата целевого аналита.
16. Способ по любому из пп. 1-12, при котором указанная оценка истинной относительной распространенности представляет собой оценку истинной фракции указанных целевых аналитов в популяции указанных эталонных аналитов и указанных целевых аналитов в указанном смешанном неизвестном образце.
17. Способ по п. 16, при котором указанную оценку истинной фракции
Figure 00000003
определяют посредством
Figure 00000004
причем параметр р представляет собой оценку отношения, которая может компенсировать ложноположительную ошибку обнаружения, ложноотрицательную ошибку обнаружения или и то и другое, и причем параметр а может использоваться для компенсации разности констант частот захвата между указанным целевым аналитом и указанным эталонным аналитом.
18. Способ по п. 17, при котором а представляет собой оценку отношения частоты захвата эталонного аналита, деленной на частоту захвата целевого аналита.
19. Способ по п. 14 или 17, при котором
Figure 00000005
20. Способ по п. 19, при котором Qtarg представляет собой фракцию указанной сигнатуры первого события, наблюдаемой в указанном целевом контрольном образце, если используется указанный контрольный образец, или Qtarg = 1, если не используется целевой контрольный образец.
21. Способ по п. 19 или 20, при котором
Figure 00000006
представляет собой фракцию указанной сигнатуры первого события, наблюдаемой в указанном эталонном образце, если используется указанный эталонный контрольный образец, или
Figure 00000007
если не используется эталонный контрольный образец.
22. Способ по любому из пп. 19-21, при котором QX:Y представляет собой фракцию указанной сигнатуры первого события, наблюдаемой в указанном смешанном контрольном образце, и при котором
Figure 00000008
представляет собой известное отношение целевых аналитов (X) к эталонным аналитам (Y) в смешанном контрольном образце, если используется указанный контрольный образец, или α = 1, если не используется смешанный контрольный образец.
23. Способ по любому из пп. 19-22, при котором Qmix представляет собой часть указанной сигнатуры первого события, наблюдаемой в указанном смешанном неизвестном образце.
24. Способ по любому из пп. 1-3, при котором указанный неизвестный или контрольный образец получают путем амплификации нуклеиновой кислоты.
25. Способ по любому из пп. 1-23, при котором указанный неизвестный или контрольный образец не получают путем амплификации нуклеиновой кислоты.
26. Способ по любому из пп. 1-3, при котором указанный образец очищают по существу до эталонных и целевых молекул.
27. Способ по любому из пп. 1-25, при котором указанный образец не очищают.
28. Способ по любому из пп. 1-3, при котором количество или концентрация указанных эталонных аналитов в указанном смешанном неизвестном образце известна.
29. Способ по п. 28, дополнительно предусматривающий определение оценки абсолютного количества или концентрации указанных целевых аналитов в указанном смешанном неизвестном образце с использованием указанной оценки истинной относительной распространенности указанных целевых аналитов по отношению к указанным эталонным аналитам в указанном смешанном неизвестном образце и указанного известного количества или концентрации указанных эталонных аналитов в указанном смешанном неизвестном образце.
30. Способ по любому из предшествующих пунктов, при котором указанное количество сигнатур первого события, связанных с указанным целевым аналитом, и указанное количество сигнатур второго события, связанное с указанным эталонным аналитом, идентифицируют в соответствии с определенным пороговым значением.
31. Способ по п. 30, дополнительно предусматривающий оптимизацию указанного порогового значения для повышения точности обнаружения указанных эталонных аналитов и/или указанных целевых аналитов с использованием Q-теста, машины опорных векторов или ЕМ-алгоритма.
32. Способ по п. 31, при котором указанную машину опорных векторов обучают с использованием электронных сигнатур от контрольных образцов, содержащих известные количества целевых аналитов и эталонных аналитов.
33. Способ по п. 30, при котором указанный заданный порог представляет собой функцию одного или нескольких признаков сигнатуры события, выбранных из группы, состоящей из: продолжительности события, максимума δG, медианы δG, среднего значения δG, стандартного отклонения сигнатура события, средней или медианной мощности шума события ниже 50 Гц, уникального паттерна в указанной сигнатуре события, площади события или любой их комбинации.
34. Способ по любому из предшествующих пунктов, при котором указанную корректировку указанной обнаруженной относительной распространенности указанных сигнатур первых и вторых событий в указанном смешанном неизвестном образце для исправления указанной ошибки в обнаруженной относительной распространенности выполняют с использованием Q-теста, машины опорных векторов или ЕМ-алгоритма.
35. Способ по любому из предшествующих пунктов, при котором указанный целевой аналит и указанный эталонный аналит содержат полинуклеотид.
36. Способ по п. 35, при котором указанный полинуклеотид целевого аналита и указанный полинуклеотид эталонного аналита характеризуются разной длиной.
37. Способ по п. 36, при котором указанные длины различаются по меньшей мере на 10 нуклеотидов, по меньшей мере на 20 нуклеотидов, по меньшей мере на 50 нуклеотидов, по меньшей мере на 100 нуклеотидов, по меньшей мере на 150 нуклеотидов или по меньшей мере на 200 нуклеотидов.
38. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно предусматривающий контактирование указанных контрольных или неизвестных образцов с первым зондом, связанным с первым молекулярным грузом, причем указанный первый зонд выполнен с возможностью связывания непосредственно с указанным первым аналитом.
39. Способ по любому из вышеуказанных пунктов, дополнительно предусматривающий контактирование указанных контрольных или неизвестных образцов со вторым зондом, связанным со вторым молекулярным грузом, причем указанный второй зонд выполнен с возможностью специфического связывания с указанным вторым аналитом.
40. Способ по любому из предшествующих пунктов, при котором указанный целевой аналит коррелирует с генетически модифицированным организмом.
41. Способ по любому из предшествующих пунктов, при котором указанный целевой аналит содержит маркер, связанный с наличием или отсутствием злокачественной опухоли у пациента.
42. Способ определения относительной распространенности целевого аналита в образце, предусматривающий:
прогон отдельно в системе нанопор каждого из:
первого контрольного образца, содержащего эталонные аналиты и не содержащего целевые аналиты,
второго контрольного образца, содержащего целевые аналиты и не содержащего эталонные аналиты,
третьего контрольного образца, содержащего известную относительную распространенность указанных целевых аналитов и указанных эталонных аналитов, и
экспериментального образца, содержащего неизвестную относительную распространенность указанных целевых аналитов и указанных эталонных аналитов;
обнаружение количества сигнатур первых событий, связанных с эталонным аналитом, и количества сигнатур вторых событий, связанных с целевым аналитом, для каждого образца; а также сравнение относительной распространенности указанного количества сигнатур первых и вторых событий из экспериментального образца с относительной распространенностью указанного количества сигнатур первых и вторых событий от каждого из указанного первого контрольного образца, указанного второго контрольного образца и указанного третьего контрольного образца для определения оценки истинной относительной распространенности указанного эталонного аналита и указанного целевого аналита в указанном экспериментальном образце.
43. Способ по п. 42, при котором указанная сигнатура события содержит электрический сигнал, индуцированный транслокацией указанного эталонного аналита через указанную нанопору.
44. Способ по п. 42, при котором указанный целевой аналит и указанный эталонный аналит содержат полинуклеотид.
45. Способ по п. 44, при котором указанный эталонный аналит и указанный целевой аналит различаются по длине.
46. Способ по п. 42, при котором указанный эталонный аналит и указанный целевой аналит каждый связан со специфичным к последовательности зондом, содержащим молекулярный груз, для облегчения установления отличий между указанным эталонным аналитом и указанным целевым аналитом в указанном нанопоровом устройстве.
47. Способ по п. 42, при котором указанная относительная распространенность представляет собой фракционное количество указанного целевого аналита по сравнению с общей популяцией целевого аналита и эталонного аналита в указанном образце.
48. Способ определения относительной распространенности целевого аналита в неизвестном образце, предусматривающий
предоставление неизвестного образца, содержащего множество эталонных аналитов и множество целевых аналитов;
загрузку неизвестного образца в первую камеру нанопорового устройства, содержащего нанопору, расположенную между первой камерой и второй камерой;
применение напряжения к указанной нанопоре для прохождения указанных эталонных аналитов и указанных целевых аналитов через указанную нанопору из первой камеры в указанную вторую камеру;
обнаружение ряда первых электрических сигналов, каждый из которых связан с транслокацией указанного эталонного аналита через нанопору;
обнаружение ряда вторых электрических сигналов, каждый из которых связан с транслокацией указанного целевого аналита через нанопору; а также
преобразование относительной распространенности количества обнаруженных первых электрических сигналов и количества обнаруженных вторых электрических сигналов в оценку истинной относительной распространенности указанного целевого аналита в указанном неизвестном образце с использованием эталонного значения, которое учитывает по меньшей мере одну ошибку, связанную с указанной относительной распространенностью электрического сигнала.
49. Способ по п. 48, при котором указанное эталонное значение определяется из фракционной распространенности указанного первого электрического сигнала, определенного из смешанного контрольного образца, содержащего известное количество целевых аналитов и эталонных аналитов.
50. Способ по п. 48, при котором указанное эталонное значение определяется из фракционной распространенности указанного первого электрического сигнала, определенного из смешанного контрольного образца, содержащего известное количество целевых аналитов и эталонных аналитов.
51. Способ по п. 48, при котором указанное эталонное значение определяется из фракционной распространенности указанного первого электрического сигнала, определенного из смешанного контрольного образца, содержащего известное количество целевых аналитов и эталонных аналитов.
52. Способ по любому из пп. 49-51, при котором указанный смешанный контрольный образец, указанный целевой контрольный образец или указанный эталонный контрольный образец прогоняют в указанном нанопоровом устройстве в условиях, по существу идентичным условиям в указанном нанопоровом устройстве во время указанного обнаружения первого и второго электрических сигналов от неизвестного образца.
53. Способ по любому из пп. 48-52, при котором указанное нанопоровое устройство содержит мембрану, которая разделяет внутреннее пространство устройства на первую камеру и вторую камеру, причем указанная мембрана содержит указанную нанопору, причем указанная первая камера и указанная вторая камера сообщаются по текучей среде через указанную нанопору, причем указанное устройство содержит электрод в каждой камере для применения напряжения к указанной нанопоре.
54. Способ по п. 53, при котором указанные электроды выполнены с возможностью мониторинга электрического тока через указанную нанопору.
55. Способ по п. 53 или 54, при котором указанные электроды соединены с источником питания.
RU2018142223A 2016-10-24 2017-10-24 Фракционная распространенность полинуклеотидных последовательностей в образце RU2018142223A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662412221P 2016-10-24 2016-10-24
US62/412,221 2016-10-24
PCT/US2017/025585 WO2017173392A1 (en) 2016-03-31 2017-03-31 Nanopore discrimination of target polynucleotides from sample background by fragmentation and payload binding
USPCT/US2017/025585 2017-03-31
PCT/US2017/058159 WO2018081178A1 (en) 2016-10-24 2017-10-24 Fractional abundance of polynucleotide sequences in a sample

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2018142223A true RU2018142223A (ru) 2020-05-29
RU2018142223A3 RU2018142223A3 (ru) 2022-02-11

Family

ID=62023962

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018142223A RU2018142223A (ru) 2016-10-24 2017-10-24 Фракционная распространенность полинуклеотидных последовательностей в образце

Country Status (12)

Country Link
US (1) US11435338B2 (ru)
EP (2) EP3800469A1 (ru)
JP (2) JP6664011B2 (ru)
KR (2) KR102288461B1 (ru)
CN (2) CN112213372A (ru)
AU (2) AU2017348009B2 (ru)
CA (1) CA3021676C (ru)
ES (1) ES2848715T3 (ru)
IL (2) IL262360B (ru)
MX (1) MX2018013686A (ru)
RU (1) RU2018142223A (ru)
WO (1) WO2018081178A1 (ru)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP4361607A3 (en) 2012-02-03 2024-07-17 California Institute of Technology Signal encoding and decoding in multiplexed biochemical assays
EP2880184B1 (en) 2012-08-03 2021-03-31 California Institute of Technology Multiplexing and quantification in pcr with reduced hardware and requirements
EP3623793B1 (en) * 2017-05-07 2022-09-07 Aipore Inc. Identification classification analysis method and classification analysis device
EP3781710A4 (en) 2018-04-17 2022-01-05 Chromacode, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR MULTIPLEX ANALYSIS
US12203129B2 (en) 2018-07-03 2025-01-21 ChromaCode, Inc. Formulations and signal encoding and decoding methods for massively multiplexed biochemical assays
WO2020014388A1 (en) * 2018-07-11 2020-01-16 ChromaCode, Inc. Methods for quantitation of analytes in multiplexed biochemical reactions
US12013365B2 (en) 2018-07-19 2024-06-18 Osaka University Virus measuring method, virus measuring device, virus determining program,stress determining method, and stress determining device
EP3959331A1 (en) * 2019-04-22 2022-03-02 Ontera Inc. Multipore determination of fractional abundance of polynucleotide sequences in a sample
US20200340943A1 (en) * 2019-04-26 2020-10-29 The University Of Ottawa Calibrating Nanopore Capture Rates Using Controlled Counting
US20210343364A1 (en) * 2020-04-24 2021-11-04 The Johns Hopkins University Methods and related aspects for quantitative ratiometric regression polymerase chain reaction
EP4281763A4 (en) * 2021-01-20 2024-12-04 12-15 Molecular Diagnostics, Inc. SELF-DISINFECTING SENSOR AND METHOD OF OPERATION
CN113416767B (zh) * 2021-06-18 2023-04-07 山东雷泽生物科技有限责任公司 一种检测生物分子数量的方法
US20250230492A1 (en) * 2023-08-28 2025-07-17 California Institute Of Technology Stochquant probabilistic detection and related methods and systems

Family Cites Families (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4446235A (en) 1982-03-22 1984-05-01 Genentech, Inc. Method for cloning human growth hormone varient genes
US6287772B1 (en) 1998-04-29 2001-09-11 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions for detecting and quantitating target sequences
US6211956B1 (en) 1998-10-15 2001-04-03 Particle Sizing Systems, Inc. Automatic dilution system for high-resolution particle size analysis
EP1130113A1 (en) 2000-02-15 2001-09-05 Johannes Petrus Schouten Multiplex ligation dependent amplification assay
AU2002307486A1 (en) 2001-04-26 2002-11-11 Rosetta Inpharmatics, Inc. Methods and compositions for utilizing changes of hybridization signals during approach to equilibrium
US20030104428A1 (en) 2001-06-21 2003-06-05 President And Fellows Of Harvard College Method for characterization of nucleic acid molecules
CA2453360A1 (en) * 2001-07-11 2003-01-23 Applera Corporation Internal calibration standards for electrophoretic analyses
US7655791B2 (en) 2001-11-13 2010-02-02 Rubicon Genomics, Inc. DNA amplification and sequencing using DNA molecules generated by random fragmentation
CA2544476A1 (en) 2003-12-12 2005-06-23 Infectio Recherche Inc. System for charge-based detection of nucleic acids
US20060073489A1 (en) 2004-10-05 2006-04-06 Gangqiang Li Nanopore separation devices and methods of using same
KR100745097B1 (ko) * 2004-12-22 2007-08-02 한국과학기술연구원 기체크로마토그래피/질량선택검출기를 이용한메틸테스토스테론의 혈중 농도 측정방법
WO2007041621A2 (en) 2005-10-03 2007-04-12 Xingsheng Sean Ling Hybridization assisted nanopore sequencing
CA2627259C (en) * 2005-11-14 2016-02-23 Gen-Probe Incorporated Parametric calibration method
EP1954838B1 (en) 2005-11-14 2014-02-26 Life Technologies Corporation Coded molecules for detecting target analytes
WO2007117832A2 (en) 2006-03-12 2007-10-18 Applera Corporation Methods of detecting target nucleic acids
US7777505B2 (en) 2006-05-05 2010-08-17 University Of Utah Research Foundation Nanopore platforms for ion channel recordings and single molecule detection and analysis
US9632073B2 (en) * 2012-04-02 2017-04-25 Lux Bio Group, Inc. Apparatus and method for molecular separation, purification, and sensing
AU2008236694B2 (en) * 2007-04-04 2014-01-23 The Regents Of The University Of California Compositions, devices, systems, and methods for using a nanopore
US8852864B2 (en) 2008-01-17 2014-10-07 Sequenom Inc. Methods and compositions for the analysis of nucleic acids
WO2009140666A2 (en) 2008-05-15 2009-11-19 Ribomed Biotechnologies, Inc. METHODS AND REAGENTS FOR DETECTING CpG METHYLATION WITH A METHYL CpG BINDING PROTEIN (MBP)
US20100099198A1 (en) 2008-07-11 2010-04-22 Board Of Regents, The University Of Texas System Apparatus and system for pattern recognition sensing for biomolecules
EP2358911B1 (en) * 2008-11-24 2016-12-21 Sequenom, Inc. Improving nucleic acid hybridisation assay by compressing the dynamic range of high-abundance molecules
US8764986B2 (en) 2008-12-22 2014-07-01 University Of Utah Research Foundation Submerged system and method for removal of undesirable substances from aqueous media
US8455260B2 (en) 2009-03-27 2013-06-04 Massachusetts Institute Of Technology Tagged-fragment map assembly
US8986928B2 (en) 2009-04-10 2015-03-24 Pacific Biosciences Of California, Inc. Nanopore sequencing devices and methods
GB0921264D0 (en) 2009-12-03 2010-01-20 Olink Genomics Ab Method for amplification of target nucleic acid
US9121823B2 (en) 2010-02-19 2015-09-01 The Trustees Of The University Of Pennsylvania High-resolution analysis devices and related methods
ES2690753T3 (es) * 2010-09-21 2018-11-22 Agilent Technologies, Inc. Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular
US20120193231A1 (en) 2011-01-28 2012-08-02 International Business Machines Corporation Dna sequencing using multiple metal layer structure with organic coatings forming transient bonding to dna bases
US11274341B2 (en) 2011-02-11 2022-03-15 NABsys, 2.0 LLC Assay methods using DNA binding proteins
WO2012121756A1 (en) 2011-03-04 2012-09-13 Quantapore, Inc. Apparatus and methods for performing optical nanopore detection or sequencing
CA2944478A1 (en) 2011-07-20 2013-01-24 The Regents Of The University Of California Dual-pore device
JP5670278B2 (ja) 2011-08-09 2015-02-18 株式会社日立ハイテクノロジーズ ナノポア式分析装置
US20130040827A1 (en) 2011-08-14 2013-02-14 Stephen C. Macevicz Method and compositions for detecting and sequencing nucleic acids
US9347900B2 (en) 2011-10-14 2016-05-24 Pacific Biosciences Of California, Inc. Real-time redox sequencing
GB201120118D0 (en) * 2011-11-22 2012-01-04 Iti Scotland Ltd Detecting analytes
WO2013123523A1 (en) 2012-02-19 2013-08-22 Nvigen, Inc. Uses of porous nanostructure in delivery
CA2865575C (en) 2012-02-27 2024-01-16 Cellular Research, Inc. Compositions and kits for molecular counting
US10344047B2 (en) 2012-03-01 2019-07-09 Atdbio Ltd. Oligonucleotide ligation
CN104170052B (zh) * 2012-04-02 2017-08-11 塞莫费雪科学（不来梅）有限公司 用于改进的质谱分析法定量作用的方法和装置
CN103451265A (zh) 2012-05-31 2013-12-18 凯晶生物科技(苏州)有限公司 电场作用下用微孔阵列固液相捕获单分子模板dna的方法
WO2013185137A1 (en) 2012-06-08 2013-12-12 Pacific Biosciences Of California, Inc. Modified base detection with nanopore sequencing
JP2014020837A (ja) * 2012-07-13 2014-02-03 Panasonic Corp ポリヌクレオチド配列決定方法
CN103421896B (zh) * 2012-08-07 2015-10-28 上海仁度生物科技有限公司 针对大肠杆菌o157的rna恒温扩增核酸检测试剂盒
US9944973B2 (en) * 2012-11-26 2018-04-17 The University Of Toledo Methods for standardized sequencing of nucleic acids and uses thereof
EP2925886B1 (en) * 2012-11-27 2019-04-24 Pontificia Universidad Católica de Chile Compositions and methods for diagnosing thyroid tumors
WO2014152937A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid control panels
US20140329225A1 (en) * 2013-05-06 2014-11-06 Two Pore Guys, Inc. Target detection with nanopore
AU2014268322B2 (en) * 2013-05-24 2019-01-24 Quantapore, Inc. Nanopore-based nucleic acid analysis with mixed FRET detection
US9873907B2 (en) 2013-05-29 2018-01-23 Agilent Technologies, Inc. Method for fragmenting genomic DNA using CAS9
WO2015138405A2 (en) 2014-03-10 2015-09-17 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Detection and quantification of methylation in dna
EP3140649A1 (en) 2014-05-05 2017-03-15 Two Pore Guys, Inc. Target detection with nanopore
EP3143165A4 (en) * 2014-05-15 2018-05-16 Two Pore Guys, Inc. Scaffold data storage and target detection in a sample using a nanopore
CN107002140A (zh) 2014-09-26 2017-08-01 双孔人公司 通过合成探针的纳米孔隙探测的靶序列检测
US11098348B2 (en) * 2015-02-02 2021-08-24 Ontera Inc. Nanopore detection of target polynucleotides from sample background
AU2016215455A1 (en) * 2015-02-02 2017-08-17 Ontera Inc. Labile linkers for biomarker detection
GB2550712B (en) * 2015-02-26 2021-01-13 Hitachi High Tech Corp Method for constructing hairpin-containing nucleic acid molecules for nanopore sequencing
WO2016187159A2 (en) 2015-05-15 2016-11-24 Two Pore Guys, Inc. Methods and compositions for target detection in a nanopore using a labelled polymer scaffold
EP3303620A1 (en) 2015-06-02 2018-04-11 Nanopore Diagnostics LLC Nucleic acid detection
US20190055592A1 (en) 2016-03-31 2019-02-21 Two Pore Guys, Inc. Nanopore Discrimination of Target Polynucleotides from Sample Background by Fragmentation and Payload Binding
WO2018093976A1 (en) 2016-11-16 2018-05-24 Nanopore Diagnostics, Llc Analysis of nucleic acids using probe with non-linear tag

Also Published As

Publication number Publication date
JP7012760B2 (ja) 2022-01-28
CN109564185A (zh) 2019-04-02
KR102137178B1 (ko) 2020-08-31
IL262360B (en) 2020-10-29
JP2019517664A (ja) 2019-06-24
AU2017348009B2 (en) 2019-10-10
KR102288461B1 (ko) 2021-08-11
US11435338B2 (en) 2022-09-06
WO2018081178A1 (en) 2018-05-03
ES2848715T3 (es) 2021-08-11
AU2017348009A1 (en) 2018-11-15
IL262360A (en) 2018-11-29
KR20190003720A (ko) 2019-01-09
KR20200007087A (ko) 2020-01-21
JP2020106534A (ja) 2020-07-09
EP3800469A1 (en) 2021-04-07
EP3440456A1 (en) 2019-02-13
MX2018013686A (es) 2019-05-02
AU2020200187A1 (en) 2020-01-30
CN112213372A (zh) 2021-01-12
US20200225210A1 (en) 2020-07-16
IL277676A (en) 2020-11-30
CA3021676C (en) 2021-03-09
RU2018142223A3 (ru) 2022-02-11
CA3021676A1 (en) 2018-05-03
JP6664011B2 (ja) 2020-03-13
EP3440456A4 (en) 2019-02-20
EP3440456B1 (en) 2020-12-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2018142223A (ru) Фракционная распространенность полинуклеотидных последовательностей в образце
JP2020530290A5 (ru)
US9030215B2 (en) Real-time, label-free detection of nucleic acid amplification in droplets using impedance spectroscopy and solid-phase substrate
IL181131A0 (en) USE OF C3a AND DERIVATIVES THEREOF AS A BIOMARKER FOR COLORECTAL ADEMONA AND/OR CARCINOMA; DIAGNOSIS METHOD AND TEST SYSTEM USING THE SAME
ATE408709T1 (de) Homogenes verfahren zum testen von duplex- oder triplex-hybridisierungen mittels durchführung von mehreren messungen unter verschiedenen bedingungen
RU2014131274A (ru) Точные измерения аналита для электромеханических тест-полосок, основанные на многочисленных дискретных измерениях, определяемых детектируемой физической характеристикой (характеристиками) образца, содержащего аналит
RU2014134175A (ru) Способ и система выявления вариации числа копий в геноме
RU2014147984A (ru) Улучшенные методика и система измерения аналита
Cheng et al. Multiclass identification of hepatitis C based on serum Raman spectroscopy
CN111411151A (zh) 一种肌少症的肠道菌群标志物及其应用
RU2011150291A (ru) Фосфодиэстераза-9а в качестве маркера злокачественной опухоли предстательной железы
KR102134516B1 (ko) 치주 질환 진단용 바이오마커 및 이를 이용한 진단키트
IT201800003514A1 (it) Metodo di rilevazione del tumore prostatico.
US20240077491A1 (en) Method and systems for identifying a sequence of monomer units of a biological or synthetic heteropolymer
RU2696114C2 (ru) Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников
DE60202081D1 (de) Verfahren zur verbesserten Diagnose von Dysplasien
JP2014027898A (ja) 肝細胞がん発症リスクの判定方法
WO2014098761A1 (en) Apparatus and method for separation and detection of molecules
US20230063066A1 (en) Circulating biomarker signatures for lyme disease diagnosis and treatment
JP2020188683A (ja) 胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー
KR20200019227A (ko) NSCLC에서의 치료법에 대한 반응을 모니터링하기 위한 혈장 중 PD-L1 및 ERCC1의 무세포 순환 RNA(cfRNA) 발현의 용도(USE OF CELL-FREE CIRCULATING RNA (cfRNA) EXPRESSION OF PD-L1 AND ERCC1 IN PLASMA TO MONITOR RESPONSE TO THERAPY IN NSCLC)
ATE499612T1 (de) Verwendung eines endoplasmin-fragments und von derivaten davon als biomarker für kolorektaladenom und/oder -karzinom; nachweisverfahren und testsystem
Ahluwalia et al. PATH-25. CHANGES IN THE EGFR AMPLIFICATION BETWEEN PAIRED PRIMARY AND RECURRENT GLIOBLASTOMAS
Dai et al. Highly specific, amplification-free, single-molecule counting of rare methylated DNA cancer biomarkers
Montoya et al. In situ detection of single microRNA molecules by transient hybridization utilizing FRET-based probes

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20201026

FZ9A Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal)

Effective date: 20210921