RU2017130477A - Молекула субстрата - Google Patents
Молекула субстрата Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017130477A RU2017130477A RU2017130477A RU2017130477A RU2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- paragraphs
- chain
- nickel
- duplex
- Prior art date
Links
- 239000000758 substrate Substances 0.000 title claims 23
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 52
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 42
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 27
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 claims 26
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 21
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 21
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims 15
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims 15
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 15
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims 13
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 11
- 101710147059 Nicking endonuclease Proteins 0.000 claims 10
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 9
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 4
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims 4
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims 3
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 claims 3
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 claims 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 2
- 230000006287 biotinylation Effects 0.000 claims 2
- 238000007413 biotinylation Methods 0.000 claims 2
- GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N carbamic acid methyl ester Natural products COC(N)=O GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 claims 2
- 125000000250 methylamino group Chemical group [H]N(*)C([H])([H])[H] 0.000 claims 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 2
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 claims 2
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 claims 2
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6823—Release of bound markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Claims (75)
1. Субстрат для никирования и достройки, включающий дуплекс нуклеиновой кислоты, содержащий:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу.
2. Субстрат по п. 1, где первая цепь нуклеиновой кислоты никируется никующей эндонуклеазой.
3. Субстрат по п. 1 или 2, где флуоресцентная детектируемая метка представляет собой FAM, TET, HEX, TAMRA, JOE или ROX.
4. Субстрат по любому из пп. 1-3, где компонент-тушитель представляет собой Iowa Black® RQ (5IabRQ), дабцил, дабсил или краситель Black Hole Quencher.
5. Субстрат по любому из пп. 1-4, где 3'-конец второй нуклеиновой кислоты модифицирован с помощью C3-спейсера, дидезоксинуклеотида, фосфорилирования, красителя, флуорофора, тушителя, спейсера или линкера.
6. Субстрат по любому из пп. 1-5, включающий модифицированный нуклеотид.
7. Субстрат по любому из пп. 1-6, где один или более нуклеотидов первой нуклеотидной цепи в положениях 1 или 2 по направлению к 5'-концу от сайта никирования, и в положении 1 по направлению к 3'-концу от сайта никирования, модифицированы.
8. Субстрат по любому из пп. 1-7, где в первой цепи нуклеиновой кислоты модифицирован один или более нуклеотидов между сайтом узнавания никующей эндонуклеазы и сайтом никирования.
9. Субстрат по любому из пп. 1-8, где субстрат включает модификации в одной или более позициях в пределах сайта узнавания никующей эндонуклеазы.
10. Субстрат по любому из пп. 1-9, где один или более модифицированных нуклеотидов содержат 2'-O-метил, 2'-метоксиэтокси, 2'-флуорогруппу, 2'-гидроксил (РНК), 2'-аллил, 2'-О-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4'-тиогруппу, 4'-CH2-O-2'-мостик, 4'-(CH2)2-O-2'-мостик, 2'-O-(N-метилкарбамат), метилирование, биотинилирование, нуклеотидный аддукт или аналог основания.
11. Субстрат по любому из пп. 1-10, где никующая эндонуклеаза представляет собой Nt.BstNBI, N.Bst9I, N.BstSEI, Nb.BbvCI, Nb.Bpu10I, Nb.BsmI, Nb.BsrDI, Nb.BtsI, Nt.AlwI, Nt.BbvCI, Nt.Bpu10I, Nt.BsmAI, Nt.BspD6I, Nt.BspQI, или Nt.CviPII.
12. Субстрат по любому из пп. 1-11, который имеет длину от примерно 30 п.н. до примерно 2 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 1 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 500 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 200 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 60 п.н., от примерно 35 п.н. до примерно 50 п.н.
13. Субстрат по любому из пп. 1-12, где цепи нуклеиновой кислоты имеют длину от примерно 30 н. до примерно 2000 н., от примерно 100 н. до примерно 1000 н., от примерно 100 н. до примерно 500 н., от примерно 30 н. до примерно 200 н., от примерно 30 н. до примерно 60 н., от примерно 35 н. до примерно 50 н.
14. Субстрат по любому из пп. 1-13, где длина нуклеиновой цепи от сайта никирования до 3'-конца составляет около 25 н., около 35 н., около 40 н. или более.
15. Субстрат по любому из пп. 1-14, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет 10 н., около 15 н., около 20 н. или более.
16. Субстрат по любому из пп. 1-15, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет примерно 10 н., примерно 5 н., примерно 3 н. или менее.
17. Субстрат по п. 16, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта узнавания никующей эндонуклеазы составляет 4, 3, 2 или 1 н.
18. Субстрат по любому из пп. 1-17, содержащий одну или более пар "флуоресцентная детектируемая метка-компонент-тушитель", ковалентно пришитых к противоположным нуклеотидным цепям и внутри дуплекса.
19. Субстрат по любому из пп. 1-17, где первые и вторые нуклеотидные цепи ковалентно связаны.
20. Способ детекции активности никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции, включающей: а) контакт дуплекса нуклеиновой кислоты с никующей эндонуклеазой, причем дуплекс включает:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу;
b) контакт никированного дуплекса с полимеразой в присутствии дНТФ;
c) полимеразную достройку, замещающую участок цепи по направлению к 3'-концу от сайта никирования, который связан с флуоресцентной детектируемой меткой или компонентом-тушителем; и
d) детекцию сигнала от флуоресцентной детектируемой метки, которая отделяется от тушителя, выявляющую активность никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции.
21. Способ амплификации специфического продукта в реакции никующей амплификации, включающий:
a) контакт с целевой молекулой нуклеиновой кислоты в существенно изотермическых условиях с двумя или более праймерами, каждый из которых специфически связывается с целевой молекулой нуклеиновой кислоты, в присутствии дНТФ, никующей эндонуклеазы и дуплекса, включающего:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу;
b) генерацию ампликонов, включающих по меньшей мере часть указанной целевой молекулы нуклеиновой кислоты;
c) никирование дуплекса и полимеразную достройку, замещающую участок цепи по направлению к 3'-концу от сайта никирования, который связан с флуоресцентной детектируемой меткой или компонентом-тушителем; и
d) детекцию сигнала от флуоресцентной детектируемой метки, которая отделяется от тушителя, выявляющую активность никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции.
22. Способ по п. 21, дополнительно включающий контакт молекулы нуклеиновой кислоты с двумя или более праймерами в присутствии детектируемого полинуклеотидного зонда; и
e) детекцию сигнала, специфического для гибридизации олигонуклеотидного зонда с целевой молекулой нуклеиновой кислоты или ее ампликону, причем сигнал указывает количество целевой молекулы нуклеиновых кислоты, присутствующей в образце, или ее ампликона.
23. Способ по п. 21 или 22, где детекция сигнала от дуплекса используется в качестве положительного контроля.
24. Способ по любому из пп. 21-23, где момент, в который сигнал от дуплекса достигает заданной относительной флуоресценции (ОФЕ), указывает конечную точку наблюдения за реакцией никующей амплификации.
25. Способ по п. 29, где реакция осуществляется в существенно изотермических условиях.
26. Способ по любому из пп. 20-24, где реакция дополнительно включает праймеры, зонд, и/или целевые молекулы нуклеиновой кислоты.
27. Способ по любому из пп. 20-26, где цепи нуклеиновой кислоты имеют последовательности, не связывающиеся с другими молекулами нуклеиновой кислоты, присутствующим в реакции.
28. Способ по любому одному или более из пп. 20-27, где флуоресцентная детектируемая метка на дуплексе нуклеиновой кислоты и флуоресцентная детектируемая метка на зонде различаются.
29. Способ по любому из пп. 20-28, где флуоресцентная детектируемая метка, ковалентно пришитая к первой цепи нуклеиновой кислоты, представляет собой FAM, TET, HEX, TAMRA, JOE или ROX.
30. Способ по любому из пп. 20-29, где компонент-тушитель, ковалентно связанный со второй цепью нуклеиновой кислоты, представляет собой Iowa Black® RQ (5IabRQ), дабцил, дабсил или краситель Black Hole Quencher.
31. Способ по любому из пп. 20-30, где 3'-конец второй нуклеиновой кислоты модифицирован с помощью C3-спейсера, дидезоксинуклеотида, фосфорилирования, красителя, флуорофора, тушителя, спейсера или линкера.
32. Способ по любому из пп. 20-31, где дуплекс нуклеиновой кислоты включает модифицированный нуклеотид.
33. Способ по любому из пп. 20-32, где один или более нуклеотидов первой нуклеотидной цепи в положениях 1 или 2 по направлению к 5'-концу от сайта никирования, и в положении 1 по направлению к 3'-концу от сайта никирования, модифицированы.
34. Способ по любому из пп. 20-33, где в первой цепи нуклеиновой кислоты модифицированы один или более нуклеотидов между сайтом узнавания никующей эндонуклеазы и сайтом никирования.
35. Способ по любому из пп. 20-34, где дуплекс нуклеиновой кислоты включает модификации в одной или более позициях в пределах сайта узнавания никующей эндонуклеазы.
36. Способ по любому из пп. 20-35, где один или более модифицированных нуклеотидов содержат 2'-O-метил, 2'-метоксиэтокси, 2'-флуорогруппу, 2'-гидроксил (РНК), 2'-аллил, 2'-О-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4'-тиогруппу, 4'-CH2-O-2'-мостик, 4'-(CH2)2-O-2'-мостик, 2'-O-(N-метилкарбамат), метилирование, биотинилирование, нуклеотидный аддукт или аналог основания.
37. Способ по любому из пп. 20-36, где никующая эндонуклеаза представляет собой Nt.BstNBI, N.Bst9I, N.BstSEI, Nb.BbvCI, Nb.Bpu10I, Nb.BsmI, Nb.BsrDI, Nb.BtsI, Nt.AlwI, Nt.BbvCI, Nt.Bpu10I, Nt.BsmAI, Nt.BspD6I, Nt.BspQI, или Nt.CviPII.
38. Способ по любому из пп. 20-37, где полимераза представляет собой ДНК-полимеразу I Bst, ДНК-полимеразу Bsu, ДНК-полимеразу I Gst, или ДНК-полимеразу I Gka. В других вариантах осуществления примеры полимераз включают, не ограничиваясь нижеперечисленным, BST (большой фрагмент), ДНК-полимеразу I (E. coli), ДНК-полимеразу I, большой (Klenow-) фрагмент, Klenow-фрагмент (3'-5' exo-), ДНК-полимеразу T4, ДНК-полимеразу T7, ДНК-полимеразу Deep VentR(exo-), ДНК-полимеразу Deep VentR, DyNAzyme, High-Fidelity ДНК-полимеразу, ДНК-полимеразу Therminator, Therminator II, ДНК-полимеразу AmpliTherm, ДНК-полимеразу Taq, ДНК-полимеразу Tth, ДНК-полимеразу Tfl, ДНК-полимеразу Tgo, ДНК-полимеразу SP6, ДНК-полимеразу Tbr или их активные фрагменты.
39. Способ по любому из пп. 20-38, где дуплекс нуклеиновой кислоты имеет длину от примерно 30 п.н. до примерно 2 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 1 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 500 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 200 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 60 п.н., от примерно 35 п.н. до примерно 50 п.н.
40. Способ по любому из пп. 20-39, где цепи нуклеиновой кислоты субстрата, или дуплекса, имеют длину от примерно 30 н. до примерно 2000 н., от примерно 100 н. до примерно 1000 н., от примерно 100 н. до примерно 500 н., от примерно 30 н. до примерно 200 н., от примерно 30 н. до примерно 60 н., от примерно 35 н. до примерно 50 н.
41. Способ по любому из пп. 20-40, где длина нуклеиновой цепи от сайта никирования до 3'-конца составляет около 25 н., около 35 н., около 40 н. или более.
42. Способ по любому из пп. 20-41, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет 10 н., около 15 н., около 20 н. или более.
43. Способ по любому из пп. 20-42, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет примерно 10 н., примерно 5 н., примерно 3 н. или менее.
44. Способ по п. 43, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта узнавания никующей эндонуклеазы составляет 4, 3, 2 или 1 н.
45. Способ по любому из пп. 20-44, где первые и вторые нуклеотидные цепи ковалентно связаны.
46. Способ по любому из пп. 20-45, включающий использование одного или более дуплексов нуклеиновой кислоты, различающихся по своим модификациям.
47. Набор для детекции активности никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции, содержащий субстрат реакций никирования и достройки, включающий дуплекс нуклеиновой кислоты, включающий:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, содержащую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель на 5'-конце;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, содержащую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562110237P | 2015-01-30 | 2015-01-30 | |
| US62/110,237 | 2015-01-30 | ||
| PCT/US2016/014753 WO2016123029A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-01-25 | Substrate molecule |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017130477A true RU2017130477A (ru) | 2019-02-28 |
| RU2017130477A3 RU2017130477A3 (ru) | 2019-08-07 |
| RU2755495C2 RU2755495C2 (ru) | 2021-09-16 |
Family
ID=56544204
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017130477A RU2755495C2 (ru) | 2015-01-30 | 2016-01-25 | Молекула субстрата |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US10570441B2 (ru) |
| EP (1) | EP3250715B1 (ru) |
| JP (1) | JP7004570B2 (ru) |
| CN (1) | CN107532206B (ru) |
| AR (1) | AR103576A1 (ru) |
| CA (1) | CA2975328A1 (ru) |
| DK (1) | DK3250715T3 (ru) |
| ES (1) | ES2993457T3 (ru) |
| FI (1) | FI3250715T3 (ru) |
| MX (1) | MX394156B (ru) |
| RU (1) | RU2755495C2 (ru) |
| WO (1) | WO2016123029A1 (ru) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2015164494A1 (en) | 2014-04-22 | 2015-10-29 | Envirologix, Inc. | Compositions and methods for enhancing and/or predicting dna amplification |
| WO2016123029A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-08-04 | Envirologix Inc. | Substrate molecule |
| EP4491740A3 (en) * | 2016-09-02 | 2025-02-26 | New England Biolabs, Inc. | Analysis of chromatin using a nicking enzyme |
| WO2020003917A1 (ja) * | 2018-06-29 | 2020-01-02 | 富士フイルム株式会社 | 欠陥表示装置及び方法 |
Family Cites Families (23)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
| US5571639A (en) | 1994-05-24 | 1996-11-05 | Affymax Technologies N.V. | Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks |
| US5795716A (en) | 1994-10-21 | 1998-08-18 | Chee; Mark S. | Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation |
| US5733729A (en) | 1995-09-14 | 1998-03-31 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided probability base calling for arrays of nucleic acid probes on chips |
| US6586806B1 (en) | 1997-06-20 | 2003-07-01 | Cypress Semiconductor Corporation | Method and structure for a single-sided non-self-aligned transistor |
| US6229911B1 (en) | 1997-07-25 | 2001-05-08 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for providing a bioinformatics database |
| EP1019536B1 (en) | 1997-08-15 | 2004-10-20 | Affymetrix, Inc. | Polymorphism detection utilizing clustering analysis |
| JP3565025B2 (ja) | 1998-07-07 | 2004-09-15 | 日産自動車株式会社 | 治具交換装置および治具交換方法 |
| US6185561B1 (en) | 1998-09-17 | 2001-02-06 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for providing and expression data mining database |
| US20020183936A1 (en) | 2001-01-24 | 2002-12-05 | Affymetrix, Inc. | Method, system, and computer software for providing a genomic web portal |
| AU2002313683A1 (en) | 2001-07-15 | 2003-03-03 | Keck Graduate Institute | Nucleic acid amplification using nicking agents |
| US6585606B2 (en) | 2001-07-16 | 2003-07-01 | Thomas S. Penrose | Golf club accessory |
| CA2498764C (en) | 2002-09-20 | 2015-11-10 | New England Biolabs, Inc. | Helicase dependent amplification of nucleic acids |
| WO2006088910A2 (en) * | 2005-02-15 | 2006-08-24 | Georgetown University | Sequence-specific detection of nucleotide sequences |
| CN100489112C (zh) * | 2006-03-10 | 2009-05-20 | 杭州优思达生物技术有限公司 | 切口酶扩增靶核酸序列的方法及用于扩增靶核酸序列的试剂盒及其应用 |
| US9689031B2 (en) | 2007-07-14 | 2017-06-27 | Ionian Technologies, Inc. | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids |
| CN102428191A (zh) * | 2009-03-18 | 2012-04-25 | 塞昆纳姆股份有限公司 | 热稳定性内切核酸酶在产生报道分子中的应用 |
| US9150919B2 (en) | 2009-04-16 | 2015-10-06 | Padma Arunachalam | Methods and compositions to detect and differentiate small RNAs in RNA maturation pathway |
| BR112013004044A2 (pt) * | 2010-08-13 | 2016-07-05 | Envirologix Inc | composições e métodos para quantificação de uma sequência de ácido nucleico em uma amostra. |
| CN103987846B (zh) * | 2011-09-20 | 2018-06-05 | 苏州瑞博生物技术有限公司 | 一种双链核酸及其在核糖核酸酶检测中的应用和试剂盒 |
| ES3011408T3 (en) * | 2012-04-09 | 2025-04-07 | Envirologix Inc | Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample |
| WO2014161975A1 (en) | 2013-04-05 | 2014-10-09 | Qiagen Gmbh | Method for performing a melting curve analysis |
| WO2016123029A1 (en) | 2015-01-30 | 2016-08-04 | Envirologix Inc. | Substrate molecule |
-
2016
- 2016-01-25 WO PCT/US2016/014753 patent/WO2016123029A1/en not_active Ceased
- 2016-01-25 FI FIEP16743914.0T patent/FI3250715T3/fi active
- 2016-01-25 ES ES16743914T patent/ES2993457T3/es active Active
- 2016-01-25 CA CA2975328A patent/CA2975328A1/en active Pending
- 2016-01-25 MX MX2017009833A patent/MX394156B/es unknown
- 2016-01-25 DK DK16743914.0T patent/DK3250715T3/da active
- 2016-01-25 US US15/546,582 patent/US10570441B2/en active Active
- 2016-01-25 RU RU2017130477A patent/RU2755495C2/ru active
- 2016-01-25 CN CN201680020115.4A patent/CN107532206B/zh active Active
- 2016-01-25 EP EP16743914.0A patent/EP3250715B1/en active Active
- 2016-01-25 JP JP2017540627A patent/JP7004570B2/ja active Active
- 2016-01-29 AR ARP160100275A patent/AR103576A1/es unknown
-
2020
- 2020-02-05 US US16/782,838 patent/US11220708B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP7004570B2 (ja) | 2022-02-10 |
| EP3250715B1 (en) | 2024-10-23 |
| MX394156B (es) | 2025-03-24 |
| US11220708B2 (en) | 2022-01-11 |
| MX2017009833A (es) | 2017-11-02 |
| CN107532206A (zh) | 2018-01-02 |
| RU2755495C2 (ru) | 2021-09-16 |
| US20200157612A1 (en) | 2020-05-21 |
| US20180037940A1 (en) | 2018-02-08 |
| BR112017016350A2 (pt) | 2018-03-27 |
| CA2975328A1 (en) | 2016-08-04 |
| RU2017130477A3 (ru) | 2019-08-07 |
| CN107532206B (zh) | 2022-08-05 |
| JP2018503390A (ja) | 2018-02-08 |
| AR103576A1 (es) | 2017-05-17 |
| EP3250715A1 (en) | 2017-12-06 |
| EP3250715A4 (en) | 2018-10-24 |
| ES2993457T3 (en) | 2024-12-30 |
| WO2016123029A1 (en) | 2016-08-04 |
| FI3250715T3 (fi) | 2024-12-04 |
| DK3250715T3 (da) | 2024-12-09 |
| US10570441B2 (en) | 2020-02-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2400538C2 (ru) | Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется | |
| Okamoto | ECHO probes: a concept of fluorescence control for practical nucleic acid sensing | |
| ES2940071T3 (es) | Componentes y procedimientos de amplificación isotérmica | |
| KR101875662B1 (ko) | 등온 핵산 증폭을 위한 리포터 염료, 퀀처가 포함되는 등온 기반 이중 기능성 올리고뉴클레오타이드 및 이를 이용한 핵산 증폭과 측정 방법 | |
| CA2790153C (en) | Thd primer target detection | |
| JP2015156872A5 (ru) | ||
| US10260090B2 (en) | Accelerated isothermal amplification of DNA | |
| JP2013509871A5 (ru) | ||
| JP7245126B2 (ja) | 標的核酸を検出する方法 | |
| RU2017130477A (ru) | Молекула субстрата | |
| JP6906504B2 (ja) | 短いホモポリマー反復の改良された検出 | |
| WO2015063154A1 (en) | Blocking primers in multiplex pcr based assays | |
| JP2021509814A5 (ru) | ||
| JP5647936B2 (ja) | 修飾ヌクレオチド及びこれを用いたリアルタイムポリメラーゼ反応 | |
| EP3022318B1 (en) | Modified primers for nucleic acid amplification and detection | |
| Zhang et al. | Indirect purification method provides high yield and quality ssDNA sublibrary for potential aptamer selection | |
| CN105063190A (zh) | 微小rna的固相芯片恒温检测方法 | |
| US20220356520A1 (en) | Method of digital multiplex detection and/or quantification of biomolecules and use thereof | |
| JP7675022B2 (ja) | 等温増幅を使用したデジタル生体分子検出および／または定量化 | |
| JP2017184710A (ja) | 変異プライマーの設計方法 | |
| CN100471952C (zh) | 具有多态性序列位点的核酸的鉴定方法 | |
| WO2011141741A1 (en) | Sequence detection assay | |
| JPWO2021240761A5 (ru) | ||
| WO2011141738A1 (en) | Signalling system | |
| Whitcombe | 6 Using Scorpion Primers for Genotyping |