RU2016108976A - С5-связующие полипептиды - Google Patents

Claims (55)

1. Полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из:

1) EX₂X₃X₄AX₆X₇EIX₁₀ X₁₁LPNLX₁₆X₁₇X₁₈QX₂₀ X₂₁AFIX₂₅X₂₆LX₂₈X₂₉X₃₀ PX₃₂QSX₃₅X₃₆LLX₃₉E AKKLX₄₅X₄₆X₄₇Q,

где каждый из Х₂, Х₃, Х₄, Х₆, Х₇, Х₁₀, Х₁₁, Х₁₇, X₁₈, Х₂₀, Х₂₁, Х₂₅ и Х₂₈ независимо соответствует любому аминокислотному остатку; и

где, независимо друг от друга,

X₁₆ выбран из N и Т;

Х₂₆ выбран из K и S;

Х₂₉Х₃₀РХ₃₂ выбран из DDPS и RQPE;

Х₃₅ выбран из А и S;

Х₃₆ выбран из Ε и N;

Х₃₉ выбран из А, С и S;

Х₄₅ выбран из Ε, N и S;

Х₄₆ выбран из D, Ε и S при условии, что Х₄₆ не является D, когда Х₄₅ представляет собой Ν;

Х₄₇ выбран из А и S; и

2) аминокислотной последовательности, которая обладает по меньшей мере 91%-ной идентичностью с последовательностью, определенной в (1), при условии, что Х₄₆ не является D, когда Х₄₅ представляет собой N.

2. Полипептид по п. 1, где Х₄₅ представляет собой S.

3. Полипептид по п. 1, где Х₄₅Х₄₆ выбран из ES и SE.

4. Полипептид по п. 3, где Х₄₅Х₄₆ представляет собой SE.

5. Полипептид по любому из пп. 1-4, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из:

YAK EX₂X₃X₄AX₆X₇EIX₁₀ X₁₁LPNLX₁₆X₁₇X₁₈QX₂₀ X₂₁AFIX₂₅X₂₆LX₂₈X₂₉X₃₀ PX₃₂QSX₃₅X₃₆LLX₃₉E AKKLX₄₅X₄₆X₄₇Q АР; и

FNK EX₂X₃X₄AX₆X₇EIX₁₀ X₁₁LPNLX₁₆X₁₇X₁₈QX₂₀ X₂₁AFIX₂₅X₂₆LX₂₈X₂₉X₃₀ PX₃₂QSX₃₅X₃₆LLX₃₉E AKKLX₄₅X₄₆X₄₇Q АР,

где каждый X_y такой, как он определен в любом из пп. 1-4.

6. Слитый полипептид, содержащий полипептид по любому из пп. 1-5 в качестве фрагмента.

7. Полинуклеотид, кодирующий полипептид или слитый полипептид по любому из пп. 1-6.

8. Группа полипептидов-вариантов на основе общего каркаса, где каждый полипептид в группе содержит аминокислотную последовательность, выбранную из:

1) EX₂X₃X₄AX₆X₇EIX₁₀ X₁₁LPNLX₁₆X₁₇X₁₈QX₂₀ X₂₁AFIX₂₅X₂₆LX₂₈X₂₉X₃₀ PX₃₂QSX₃₅X₃₆LLX₃₉E AKKLX₄₅X₄₆X₄₇Q,

где каждый из Х₂, Х₃, Х₄, Χ₆, Χ₇, Х₁₀, Х₁₁, Χ₁₇, Χ₁₈, Х₂₀, Х₂₁, Х₂₅ и Х₂₈ независимо соответствует любому аминокислотному остатку; и

где, независимо друг от друга,

Х₁₆ выбран из N и Т;

Х₂₆ выбран из K и S;

Х₂₉Х₃₀РХ₃₂ выбран из DDPS и RQPE;

Х₃₅ выбран из А и S;

Х₃₆ выбран из Ε и Ν;

Х₃₉ выбран из А, С и S;

Х₄₅ выбран из Ε, N и S;

Х₄₆ выбран из D, Ε и S, при условии, что Х₄₆ не является D, когда Х₄₅ представляет собой Ν;

Х₄₇ выбран из А и S; и

2) аминокислотной последовательности, которая обладает по меньшей мере 91%-ной идентичностью с последовательностью, определенной в (1), при условии, что Х₄₆ не является D, когда Х₄₅ представляет собой N.

9. Группа по п. 8, которая содержит по меньшей мере 1×10⁴ уникальных полипептидных молекул.

10. Группа полинуклеотидов, отличающаяся тем, что каждый ее представитель кодирует представителя группы полипептидов по любому из пп. 8 и 9.

11. Комбинация группы полипептидов по любому из пп. 8 и 9 и группы полинуклеотидов по п. 10, где каждый представитель указанной группы полипептидов физически или пространственно ассоциирован с полинуклеотидом, кодирующим этого представителя, при помощи средства взаимосвязи генотип-фенотип.

12. Комбинация по п. 11, где указанное средство взаимосвязи генотип-фенотип включает систему фагового дисплея.

13. Способ выбора искомого полипептида, обладающего аффинностью к заданной мишени, из группы полипептидов, включающий стадии:

(а) предоставления группы полипептидов по любому из пп. 8 и 9;

(б) приведения этой группы полипептидов в контакт с заданной мишенью в условиях, которые обеспечивают возможность специфического взаимодействия между этой мишенью и по меньшей мере одним искомым полипептидом, обладающим аффинностью к этой мишени; и

(в) выбора, на основе указанного специфического взаимодействия, по меньшей мере одного искомого полипептида из остальной группы полипептидов.

14. Способ выделения полинуклеотида, кодирующего искомый полипептид, обладающий аффинностью к заданной мишени, включающий стадии:

- выбора указанного искомого полипептида и кодирующего его полинуклеотида из группы полипептидов с использованием способа по п. 13 и

- выделения таким образом отделенного полинуклеотида, кодирующего искомый полипептид.

15. Способ идентификации искомого полипептида, обладающего аффинностью к заданной мишени, включающий стадии:

- выделения полинуклеотида, кодирующего указанный искомый полипептид, с использованием способа по п. 14; и

- секвенирования полинуклеотида для установления посредством дедукции аминокислотной последовательности указанного искомого полипептида.

16. Способ отбора и идентификации искомого полипептида, обладающего аффинностью к заданной мишени, из группы полипептидов, включающий стадии:

(а) синтеза каждого представителя группы полипептидов по любому из пп. 8 и 9 на отдельном носителе или грануле;

(б) выбора или обогащения носителей или гранул на основании взаимодействия полипептида с заданной мишенью и

(в) идентификации полипептида посредством метода характеристики белка.