[go: up one dir, main page]

RU2011117264A - Способ тестирования и контроль качества нуклеиновых кислот на подложке - Google Patents

Способ тестирования и контроль качества нуклеиновых кислот на подложке Download PDF

Info

Publication number
RU2011117264A
RU2011117264A RU2011117264/10A RU2011117264A RU2011117264A RU 2011117264 A RU2011117264 A RU 2011117264A RU 2011117264/10 A RU2011117264/10 A RU 2011117264/10A RU 2011117264 A RU2011117264 A RU 2011117264A RU 2011117264 A RU2011117264 A RU 2011117264A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acids
base
labeled oligonucleotide
nucleotide region
specified
Prior art date
Application number
RU2011117264/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2582250C2 (ru
Inventor
Анке ПИРИК (NL)
Анке ПИРИК
Хендрик Р. СТАПЕРТ (NL)
Хендрик Р. СТАПЕРТ
Original Assignee
Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. (Nl)
Конинклейке Филипс Электроникс Н.В.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. (Nl), Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. filed Critical Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. (Nl)
Publication of RU2011117264A publication Critical patent/RU2011117264A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2582250C2 publication Critical patent/RU2582250C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

1. Способ тестирования нуклеиновых кислот на подложке, включающий стадии: ! (a) иммобилизации одной или нескольких нуклеиновых кислот на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая иммобилизованная нуклеиновая кислота содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований; ! (b) получения меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований; и ! (c) определение показателя, отражающего состояние указанных нуклеиновых кислот по количеству меченого олигонуклеотида, находящегося в комплексе с иммобилизованной нуклеиновой кислотой. ! 2. Набор для тестирования нуклеиновых кислот на подложке, содержащий: ! (a) матрицу нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований; и ! (b) меченый олигонуклеотид, комплементарный участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований. ! 3. Применение меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, для тестирования состояния нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредство�

Claims (18)

1. Способ тестирования нуклеиновых кислот на подложке, включающий стадии:
(a) иммобилизации одной или нескольких нуклеиновых кислот на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая иммобилизованная нуклеиновая кислота содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований;
(b) получения меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований; и
(c) определение показателя, отражающего состояние указанных нуклеиновых кислот по количеству меченого олигонуклеотида, находящегося в комплексе с иммобилизованной нуклеиновой кислотой.
2. Набор для тестирования нуклеиновых кислот на подложке, содержащий:
(a) матрицу нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований; и
(b) меченый олигонуклеотид, комплементарный участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований.
3. Применение меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, для тестирования состояния нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований и где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот в указанном участке нуклеотидов с одним видом оснований.
4. Применение по п.3, где указанное тестирование состояния нуклеиновых кислот включает определение показателя, отражающего количество меченого олигонуклеотида, находящегося в комплексе с указанной иммобилизованной нуклеиновой кислотой.
5. Способ по п.1, где указанная нуклеиновая кислота представляет собой одноцепочечную ДНК, РНК, ПНК, ЦНК, ГНК, ЗНК или АНК; их олигонуклеотид или любое их сочетание.
6. Способ по п.1, где указанный участок нуклеотидов с одним видом оснований представляет собой участок из остатков тимина, урацила или гуанина.
7. Способ по п.6, где длина указанного участка нуклеотидов с одним видом оснований составляет приблизительно от 2 до приблизительно 100 нуклеотидов, предпочтительно, приблизительно 16 нуклеотидов.
8. Способ по п.1, где указанное сшивание представляет собой сшивание световым излучением, проводимым при длине волны приблизительно 200-300 нм, предпочтительно при 254 нм или приблизительно 300-500 нм, предпочтительно при 365 нм и с применением количества энергии в диапазоне приблизительно от 0,1 Джоуль/см2 до приблизительно 10 Джоуль/см2.
9. Способ по п.1, где указанная химическая иммобилизация представляет собой связывание между модифицированным амином нуклеиновой кислоты и соответствующей функциональной группой на твердой подложке, где указанная функциональная группа предпочтительно представляет собой эпоксигруппу, альдегидную, карбоксильную или NHS группу.
10. Способ по п.1, где указанный участок нуклеотидов с одним видом оснований расположен на 3'- или 5'-конце указанной нуклеиновой кислоты.
11. Способ по п.1, где указанная нуклеиновая кислота представлена следующей формулой:
5'-Yn-Xm-Br-Xp-Zq-3',
где Y и Z представляют собой участки нуклеотидов с одним видом оснований, где Y и Z могут состоять из одного и того же или из различных видов оснований; Х представляет собой спейсер, предпочтительно состоящий из нуклеотидов, лишенных азотистых оснований; В представляет собой последовательность более чем из одного вида оснований, a n, m, r, p и q представляют собой количества нуклеотидов в нуклеиновой кислоте, где можно применять следующие условия: n, m, p, q, r>1; n, m, r>1 и p, q=0; p, q, r>1 и n, m=0; n, q, r>1 и m, р=0; n, r>1 и m, p, q=0; q, r>1 и n, m, р=0.
12. Способ по п.1, где указанный меченый олигонуклеотид содержит флуоресцентную, радиоактивную или хемилюминесцентную метку.
13. Способ по п.1, где указанная твердая подложка содержит функциональные группы амина, предпочтительно первичные или вторичные амины, а более предпочтительно представляет собой пористый субстрат, такой как нейлон, или непористый субстрат, такой как стекло, покрытое поли-L-лизином вещество, нитроцеллюлозу, полистирол, циклический олефиновый сополимер (СОС), циклический олефиновый полимер (СОР), полипропилен, полиэтилен или поликарбонат.
14. Способ по п.1, где указанный меченый олигонуклеотид, комплементарный участку нуклеотидов с одним видом оснований получают для повторного применения на дополнительной стадии (d) посредством увеличения температуры выше температуры плавления указанного меченого олигонуклеотида.
15. Способ анализа нуклеиновых кислот, включающий стадии:
(a) иммобилизации одной или нескольких нуклеиновых кислот на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований;
(b) получение меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований;
(c) детекции присутствия специфической последовательности, комплементарной последовательности вне участка нуклеотидов с одним видом оснований; и
(d) определения показателя, отражающего состояние указанной нуклеиновой кислоты, по количеству меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, находящемуся в комплексе с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами.
16. Способ по п.1, где качество указанных иммобилизованных нуклеиновых кислот можно дополнительно тестировать посредством дополнительных стадий
(i) получения по меньшей мере одного меченого тестового олигонуклеотида, комплементарного заранее определенному специфическому участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен специфически образовывать комплекс с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами, содержащими указанный специфический участок нуклеотидов; и
(ii) определения показателя, отражающего состояние указанных нуклеиновых кислот по присутствию указанного тестового олигонуклеотида, находящегося в комплексе с заранее определенным специфическим участком нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, иммобилизованных нуклеиновых кислот, содержащих указанный специфический участок нуклеотидов.
17. Набор для тестирования нуклеиновых кислот на подложке по п.2, который дополнительно содержит
(с) по меньшей мере один меченый тестовый олигонуклеотид, комплементарный заранее определенному специфическому участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен специфически образовывать комплекс с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами, содержащими указанный специфический участок нуклеотидов.
18. Способ по п.15, где указанный меченый тестовый олигонуклеотид, комплементарный заранее определенному участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, мечен меткой, которая оптически или химически отличается от метки меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований.
RU2011117264/10A 2008-10-01 2009-09-29 Способ тестирования и контроль качества нуклеиновых кислот на подложке RU2582250C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP08165577.1 2008-10-01
EP08165577 2008-10-01
PCT/IB2009/054259 WO2010038191A1 (en) 2008-10-01 2009-09-29 Method for testing and quality controlling of nucleic acids on a support

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2011117264A true RU2011117264A (ru) 2012-11-10
RU2582250C2 RU2582250C2 (ru) 2016-04-20

Family

ID=41416238

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011117264/10A RU2582250C2 (ru) 2008-10-01 2009-09-29 Способ тестирования и контроль качества нуклеиновых кислот на подложке

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20110207630A1 (ru)
EP (1) EP2334808B1 (ru)
JP (1) JP2012504412A (ru)
CN (1) CN102171367A (ru)
BR (1) BRPI0913781A2 (ru)
RU (1) RU2582250C2 (ru)
WO (1) WO2010038191A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2537267C1 (ru) * 2013-07-03 2014-12-27 Закрытое акционерное общество "Центр перспективных технологий" Устройство для идентификации последовательностей нуклеотидов

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016010338A (ja) * 2014-06-27 2016-01-21 国立大学法人東北大学 核酸検出用デバイス
JP7106517B2 (ja) * 2017-02-22 2022-07-26 株式会社ヨコオ 偽陽性抑制機能を備えたプローブ、その設計方法及びその利用
US11248257B2 (en) 2017-08-25 2022-02-15 Zoetis Services Llc Method of immobilizing a nucleic acid probe to a solid support
GB2566111B (en) * 2017-09-05 2022-07-13 Arrayjet Ltd Method and device for producing a printed microarray and verifying the same
EP3844677A1 (en) * 2018-08-31 2021-07-07 Life Technologies Corporation Image driven quality control for array based pcr

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ATE173508T1 (de) * 1988-05-20 1998-12-15 Hoffmann La Roche Befestigung von sequenzspezifischen proben
GB9807045D0 (en) * 1998-04-01 1998-06-03 Rudi Knut Nucleic acid detection method
JP2001021558A (ja) * 1999-04-30 2001-01-26 Agilent Technol Inc ポリヌクレオチドアレイの製作法
US7041445B2 (en) * 1999-11-15 2006-05-09 Clontech Laboratories, Inc. Long oligonucleotide arrays
US6727356B1 (en) * 1999-12-08 2004-04-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
DE10154291B4 (de) * 2001-11-05 2005-05-19 Hain Lifescience Gmbh Verfahren zum Nachweis von Nukleinsäuren in Form eines Trockenschnelltestes
ATE332506T1 (de) * 2001-12-21 2006-07-15 Pamgene Bv Normalisierung von microanordnung-daten auf der basis von hybridisierung mit internem standard
EP1578932A4 (en) * 2002-07-12 2006-08-30 Affymetrix Inc SYNTHETIC MARKER GENES
JP4626350B2 (ja) * 2005-03-22 2011-02-09 ソニー株式会社 ハイブリダイゼーション検出に適する反応部などを有する流路系、該流路系を用いるハイブリダイゼーション検出装置
JP4689475B2 (ja) * 2006-01-11 2011-05-25 ニプロ株式会社 核酸固定用成形体および核酸固定化方法
WO2007105786A1 (ja) * 2006-03-16 2007-09-20 National University Corporation Akita University 核酸検出方法及び核酸検出キット
RU2321638C2 (ru) * 2006-05-23 2008-04-10 Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" Способ изготовления многофункционального мультичипа, мультичип для последовательного или параллельного скрининга биополимеров, способ анализа биополимеров и набор для осуществления способа
US8198027B2 (en) * 2006-12-21 2012-06-12 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions for nucleic acid amplification
EP2133422A4 (en) * 2007-02-28 2010-11-03 On Chip Cellomics Consortium BIOLOGICAL SUBSTANCE ANALYSIS CHIP, BIOLOGICAL SUBSTANCE ANALYSIS CASE AND METHOD FOR ANALYZING BIOLOGICAL SUBSTANCES USING THE SAME

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2537267C1 (ru) * 2013-07-03 2014-12-27 Закрытое акционерное общество "Центр перспективных технологий" Устройство для идентификации последовательностей нуклеотидов

Also Published As

Publication number Publication date
BRPI0913781A2 (pt) 2015-10-20
WO2010038191A1 (en) 2010-04-08
CN102171367A (zh) 2011-08-31
US20110207630A1 (en) 2011-08-25
EP2334808A1 (en) 2011-06-22
RU2582250C2 (ru) 2016-04-20
EP2334808B1 (en) 2017-11-15
JP2012504412A (ja) 2012-02-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP4150118A1 (en) Primers for immune repertoire profiling
RU2011117264A (ru) Способ тестирования и контроль качества нуклеиновых кислот на подложке
JPH06153997A (ja) 検出信号増幅による標的核酸の検出方法
AU2001247328C1 (en) Methods for assay and detection on a microarray
JP2017018115A (ja) 核酸の検出方法
WO2023114397A1 (en) Hybrid clustering
EP2231876B1 (en) A programmable oligonucleotide micro array
US7754475B2 (en) Nucleic acid probes and microarrays for analysis of polynucleotides
JP2006230335A (ja) 遺伝子の検出方法
US9938567B2 (en) High-throughput RNA interaction assay
KR102840054B1 (ko) 루프 매개 등온 증폭법 및 핵산 측방 유동 분석 시스템을 이용한 고감도, 특이적 표적 핵산 검출 방법
US20080187910A1 (en) Nucleic acid assay and method of detecting the presence of a nucleic acid sequence
US12442036B2 (en) Multiplex assay for nucleic acid detection
US20060019282A1 (en) Method and unit for detecting an interaction such as hybridization, bioassay plate provided with a number of such detecting units, system for detecting an interaction such as hybridization, and reagent kit
US20110003308A1 (en) Nanoparticle-mediated signal amplification
KR101017199B1 (ko) 핵산 마이크로어레이를 이용한 핵산 검출 방법
JP5910892B2 (ja) 核酸マイクロアレイ及びその製造方法
CN104152544B (zh) 基于连接酶反应的杂交高通量dna测序方法
JP2005283350A (ja) 核酸固定化方法及びdnaチップ
JP2004081033A (ja) タンデム構造を有するプローブの固相化担体による核酸の検出方法
JPWO2012173015A1 (ja) プローブセット及びその利用
JP2006166785A (ja) 相互作用測定方法
EP1261617A1 (en) Methods for assay and detection on a microarray