[go: up one dir, main page]

RU2008103346A - Материалы и способы для получения полностью 2-модифицированных транскриптов нуклеиновых кислот - Google Patents

Материалы и способы для получения полностью 2-модифицированных транскриптов нуклеиновых кислот Download PDF

Info

Publication number
RU2008103346A
RU2008103346A RU2008103346/13A RU2008103346A RU2008103346A RU 2008103346 A RU2008103346 A RU 2008103346A RU 2008103346/13 A RU2008103346/13 A RU 2008103346/13A RU 2008103346 A RU2008103346 A RU 2008103346A RU 2008103346 A RU2008103346 A RU 2008103346A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
transcription
rna polymerase
nucleic acid
concentration
reaction
Prior art date
Application number
RU2008103346/13A
Other languages
English (en)
Inventor
Шэрон Т. КЛОУД (US)
Шэрон Т. КЛОУД
Джон Л. ДИНЕР (US)
Джон Л. Динер
Энтони Доминик КИФ (US)
Энтони Доминик КИФ
Кристин ТОМПСОН (US)
Кристин ТОМПСОН
Чуньхуа ВАН (US)
Чуньхуа ВАН
Original Assignee
Аркемикс Корп. (Us)
Аркемикс Корп.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Аркемикс Корп. (Us), Аркемикс Корп. filed Critical Аркемикс Корп. (Us)
Publication of RU2008103346A publication Critical patent/RU2008103346A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1048—SELEX
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1247—DNA-directed RNA polymerase (2.7.7.6)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6846—Common amplification features
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6865—Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/30—Production chemically synthesised
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
    • C12Q2521/119—RNA polymerase
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/91—Transferases (2.)
    • G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • G01N2333/91205—Phosphotransferases in general
    • G01N2333/91245—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • G01N2333/9125—Nucleotidyltransferases (2.7.7) with a definite EC number (2.7.7.-)

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

1. Выделенная T7 РНК-полимераза, содержащая измененную аминокислоту в положении 639 и положении 784, где измененная аминокислота в положении 639 не является фенилаланином, когда измененная аминокислота в положении 784 представляет собой аланин. ! 2. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, дополнительно содержащая измененную аминокислоту в положении 378. ! 3. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, дополнительно содержащая измененную аминокислоту в положении 266. ! 4. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 639 представляет собой лейцин, и измененная аминокислота в положении 784 представляет собой аланин. ! 5. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 266 представляет собой лейцин. ! 6. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 378 представляет собой аргинин. ! 7. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененные аминокислоты увеличивают выход транскрипции нуклеиновых кислот, содержащих 2'-OMe-модификации, посредством полимеразы, в реакции транскрипции, содержащей только 2'-OMe-нуклеотидтрифосфаты. ! 8. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.7, где увеличение выхода транскрипции соотносят с выходом транскрипции для T7 РНК-полимеразы без измененных аминокислот при проведении транскрипции в идентичных условиях транскрипции. ! 9. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененные аминокислоты уменьшают дискриминацию против 2'-OMe-нуклеотидтрифосфатов. ! 10. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.9, где уменьшение дискриминации против 2'-OMe-нуклеотидтрифосфатов соотносят с дискриминацией для T7 РНК-полимеразы без измененных аминокислот. ! 11. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.8

Claims (73)

1. Выделенная T7 РНК-полимераза, содержащая измененную аминокислоту в положении 639 и положении 784, где измененная аминокислота в положении 639 не является фенилаланином, когда измененная аминокислота в положении 784 представляет собой аланин.
2. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, дополнительно содержащая измененную аминокислоту в положении 378.
3. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, дополнительно содержащая измененную аминокислоту в положении 266.
4. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 639 представляет собой лейцин, и измененная аминокислота в положении 784 представляет собой аланин.
5. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 266 представляет собой лейцин.
6. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененная аминокислота в положении 378 представляет собой аргинин.
7. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененные аминокислоты увеличивают выход транскрипции нуклеиновых кислот, содержащих 2'-OMe-модификации, посредством полимеразы, в реакции транскрипции, содержащей только 2'-OMe-нуклеотидтрифосфаты.
8. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.7, где увеличение выхода транскрипции соотносят с выходом транскрипции для T7 РНК-полимеразы без измененных аминокислот при проведении транскрипции в идентичных условиях транскрипции.
9. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.1, где измененные аминокислоты уменьшают дискриминацию против 2'-OMe-нуклеотидтрифосфатов.
10. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.9, где уменьшение дискриминации против 2'-OMe-нуклеотидтрифосфатов соотносят с дискриминацией для T7 РНК-полимеразы без измененных аминокислот.
11. Выделенная T7 РНК-полимераза по п.8, где T7 РНК-полимераза без измененных аминокислот представляет собой T7 РНК-полимеразу дикого типа, содержащую аминокислоту в положении 639, замененную фенилаланином, и аминокислоту в положении 784, замененную аланином.
12. Выделенный полипептид, содержащий аминокислоту, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 102 и SEQ ID NO 103.
13. Способ транскрипции одноцепочечной нуклеиновой кислоты, включающий инкубацию полимеразы по п.1 с нуклеиновой кислотой-матрицей в условиях реакции, подходящих для обеспечения транскрипции.
14. Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая полипептид по п.1.
15. Выделенная последовательность нуклеиновой кислоты, выбранная из группы, состоящей из: SEQ ID NO 122, SEQ ID NO 123, SEQ ID NO 124 и SEQ ED NO 125.
16. Вектор, содержащий выделенную последовательность нуклеиновой кислоты по п.14.
17. Экспрессирующий вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п.14, функционально связанную с промотором.
18. Клетка, содержащая экспрессирующий вектор по п.17.
19. Клетка по п.18, где клетка экспрессирует мутантную T7 РНК-полимеразу.
20. Набор, содержащий контейнер, содержащий T7 РНК-полимеразу по п.1.
21. Набор, содержащий контейнер, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую T7 РНК-полимеразу по п.1.
22. Способ транскрипции полностью 2'-OMe-нуклеиновой кислоты, включающий стадии a) инкубации нуклеиновой кислоты-матрицы в реакционной смеси, содержащей мутантную РНК-полимеразу, нуклеиновую кислоту-матрицу для транскрипции и нуклеозидтрифосфаты, где нуклеозидтрифосфаты являются 2'-OMe, и
b) транскрипции в реакционной смеси для транскрипции в течение времени, достаточного для получения одноцепочечной нуклеиновой кислоты, где все нуклеотиды одноцепочечных нуклеиновых кислот являются 2'-OMe-модифицированными, за исключением того, что первый нуклеотид в транскриптах может являться 2'-немодифицированным.
23. Способ по п.22, где мутантная РНК-полимераза представляет собой мутантную T7 РНК-полимеразу, содержащую измененную аминокислоту в положении 639 и положении 784.
24 Способ по п.23, где мутантная T7 РНК-полимераза представляет собой мутантную T7 РНК-полимеразу по п.1.
25. Способ по п.22, где реакция транскрипции дополнительно содержит ионы магния.
26. Способ по п.22, где реакция транскрипции дополнительно содержит ионы марганца.
27. Способ по п.22, где реакция транскрипции дополнительно содержит не относящийся к 2'-OMe-гуанозину и к трифосфату остаток.
28. Способ по п.22, где матрица для транскрипции содержит промотор T7 РНК-полимеразы.
29. Способ по п.26, где ионы магния присутствуют в реакции транскрипции в концентрации, в 3,0-3,5 раза превышающей концентрацию ионов марганца.
30. Способ по п.26, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 1,0 мМ, концентрация ионов магния составляет 6,5 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 2,0 мМ.
31. Способ по п.26, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 1,5 мМ, концентрация ионов магния составляет 8 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 2,5 мМ.
32. Способ по п.26, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 2,0 мМ, концентрация ионов магния составляет 9,5 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 3,0 мМ.
33. Способ по п.22, где реакция транскрипции дополнительно содержит полиэтиленгликоль.
34. Способ по п.22, где не относящийся к 2'-OMe-гуанозину и к трифосфату остаток выбран из группы, состоящей из: гуанозинмонофосфата, гуанозиндифосфата,
2'-фторгуанозинмонофосфата, 2'-фторгуанозиндифосфата,
2'-аминогуанозинмонофосфата, 2'-аминогуанозиндифосфата,
2'-дезоксигуанозинмонофосфата и 2'-дезоксигуанозиндифосфата.
35. Способ по п.22, где реакция транскрипции содержит неорганическую пирофосфатазу.
36. Способ идентификации аптамеров, включающий:
a) получение реакционной смеси для транскрипции, содержащей мутантную полимеразу по п.1, и одну или несколько нуклеиновых кислот-матриц для транскрипции;
b) транскрипцию в реакционной смеси для транскрипции для получения смеси одноцепочечных нуклеиновых кислот-кандидатов, где все, необязательно, за исключением одного, нуклеотиды одноцепочечных нуклеиновых кислот являются 2'-модифицированными,
c) контактирование смеси кандидатов с молекулой-мишенью,
d) выделение нуклеиновых кислот, обладающих увеличенной аффинностью по отношению к молекуле-мишени по сравнению с аффинностью смеси кандидатов, из смеси кандидатов и
e) амплификацию нуклеиновых кислот с увеличенной аффинностью для получения обогащенной смеси аптамеров, посредством чего идентифицируют аптамеры к молекуле-мишени, содержащие все 2'-модифицированные нуклеотиды, за исключением того, что первый нуклеотид аптамеров может являться 2'-немодифицированным.
37. Способ по п.36, где стадия амплификации включает i) необязательно, диссоциацию нуклеиновых кислот с увеличенной аффинностью от мишени, ii) обратную транскрипцию нуклеиновых кислот с увеличенной аффинностью, диссоциированных из комплексов нуклеиновая кислота-мишень, iii) амплификацию обратно-транскрибированных нуклеиновых кислот с увеличенной аффинностью; и (iv) получение реакционной смеси для транскрипции, содержащей амплифицированные нуклеиновые кислоты с увеличенной аффинностью, полученные обратной транскрипцией, в качестве матрицы для транскрипции, и транскрипцию в смеси для транскрипции.
38. Способ по п.36, где все нуклеотидтрифосфаты в реакционной смеси для транскрипции являются 2'-OMe-модифицированными.
39. Способ по п.36, где одна или несколько нуклеиновых кислот-матриц для транскрипции содержат промотор T7 РНК-полимеразы и лидерную последовательность непосредственно 3' по отношению к промотору T7 РНК-полимеразы.
40. Способ по п.37, включающий повторяющиеся несколько раз стадии a)-e).
41. Способ идентификации последовательности компонента нуклеиновой кислоты-матрицы для усиления транскрипции, включающий:
a) получение библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции, где матрицы содержат промотор, первую фиксированную область непосредственно 3' по отношению к промотору, вырожденную область непосредственно 3' по отношению к первой фиксированной области и вторую фиксированную область 3' по отношению к вырожденной области,
b) транскрипцию библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции в реакции транскрипции для получения смеси для транскрипции с выходом транскрипта,
c) обратную транскрипцию смеси для транскрипции для получения смеси кДНК-матриц-кандидатов, где кДНК-матрицы содержат 5'- и 3'-конец,
d) лигирование последовательности ДНК, кодирующей промотор, с 3'-концом кДНК-матриц в реакции лигирования,
e) амплификацию кДНК-матриц для получения библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции и
f) идентификацию компонента последовательности нуклеиновой кислоты для усиления транскрипции из библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции, где компонент последовательности нуклеиновой кислоты содержит последовательность, полученную по меньшей мере из части вырожденной области.
42. Способ по п.41, где стадия f) включает стадии:
i) клонирования библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции в отдельные матрицы для транскрипции,
ii) транскрипции отдельных матриц для транскрипции в реакции транскрипции для получения выхода транскриптов,
iii) оценки выхода транскриптов отдельных матриц для транскрипции, и
iv) идентификацию в матрице для транскрипции компонента последовательности нуклеиновой кислоты, приводящего к предопределенному выходу транскрипта.
43. Способ по п.42, где предопределенный выход транскрипта представляет собой выход, превышающий выход транскрипта, полученный на стадии b) посредством транскрипции смеси матриц-кандидатов для транскрипции.
44. Способ по п.41, где стадия f) включает анализ состава оснований вырожденной области библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции и идентификацию компонента последовательности нуклеиновой кислоты на основании усредненного состава оснований библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции.
45. Способ по п.41, где стадия b) дополнительно включает обработку смеси для транскрипции после транскрипции ДНКазой.
46. Способ по п.41, где стадия дополнительно включает очистку реакционной смеси для транскрипции после транскрипции посредством отделения транскрибированных матриц для транскрипции от других компонентов реакции транскрипции.
47. Способ по п.46, где стадия очистки включает замену буфера для реакции транскрипции путем пропускания реакции транскрипции через обессоливающую колонку.
48. Способ по п.41, где стадию d) выполняют перед стадией c).
49. Способ по п.41, где реакция лигирования представляет собой реакцию лигирования с расщеплением, и реакция лигирования содержит нуклеиновокислотный шунт и 5'-монофосфорилированный олигонуклеотид, кодирующий промотор.
50. Способ по п.41, дополнительно включающий повторяющиеся более одного раза стадии b)-e) перед проведением стадии f).
51. Способ по п.41, где реакция транскрипции содержит один или несколько модифицированных нуклеотидтрифосфатов и мутантную полимеразу.
52. Способ по п.51, где один или несколько модифицированных нуклеотидтрифосфатов представляет собой 2'-модифицированный нуклеотидтрифосфат.
53. Способ по п.51, где мутантная полимераза представляет собой мутантную T7 РНК-полимеразу.
54. Способ по п.51, где модифицированный нуклеотидтрифосфат представляет собой 2'-OMe-нуклеотидтрифосфат.
55. Способ по п.51, где реакция транскрипции содержит ионы магния и ионы марганца.
56. Способ по п.55, где мутантную T7 РНК-полимеразу выбирают из группы, состоящей из: SEQ ID NO 1, SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 100, SEQ ID NO 101, SEQ ID NO 102 и SEQ ID NO 103.
57. Способ по п.55, где ионы магния присутствуют в реакции транскрипции в концентрации, что в 3,0-3,5 раз больше концентрации ионов марганца.
58. Способ по п.55, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 1,0 мМ, причем концентрация ионов магния составляет 6,5 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 2,0 мМ.
59. Способ по п.55, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 1,5 мМ, причем концентрация ионов магния составляет 8 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 2,5 мМ.
60. Способ по п.55, где каждый нуклеотидтрифосфат присутствует в реакции транскрипции в концентрации 2,0 мМ, причем концентрация ионов магния составляет 9,5 мМ, и концентрация ионов марганца составляет 3,0 мМ.
61. Способ по п.41, где реакция транскрипции дополнительно содержит полиалкиленгликоль.
62. Способ по п.61, где полиалкиленгликоль представляет собой полиэтиленгликоль.
63. Способ по п.41, где реакция транскрипции дополнительно содержит остаток гуанозина, выбранный из группы, состоящей из: гуанозинмонофосфата, гуанозиндифосфата,
2'-фторгуанозинмонофосфата, 2'-фторгуанозиндифосфата,
2'-аминогуанозинмонофосфата, 2'-аминогуанозиндифосфата,
2'-дезоксигуанозинмонофосфата и 2'-дезоксигуанозиндифосфата.
64. Способ по п.41, где реакция транскрипции содержит неорганическую пирофосфатазу.
65. Способ по п.41, где первая фиксированная область состоит из 2, 3, 4 или 5 остатков гуанозина.
66. Способ по п.41, где вырожденная область содержит по меньшей мере 4, 10, 20 или 30 нуклеотидов.
67. Способ по п.41, где последовательность компонента нуклеиновой кислоты-матрицы, подлежащая идентификации, представляет собой лидерную последовательность.
68. Способ по п.67, где лидерная последовательность содержит первую фиксированную область и последовательность, полученную из вырожденной области библиотеки матриц-кандидатов для транскрипции.
69. Лидерная последовательность, идентифицированная способом по п.41.
70. Лидерная последовательность, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты от нуклеотида 22 до нуклеотида 32 в любой из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из: SEQ ID NO 10-99.
71. Лидерная последовательность, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты от нуклеотида 18 до нуклеотида 32 в любой из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из: SEQ ID NO 10-99.
72. Матрица для транскрипции, содержащая лидерную последовательность по п.70.
73. Олигонуклеотидная матрица для транскрипции, выбранная из группы, состоящей из: SEQ ID NO 3-6 и 106.
RU2008103346/13A 2005-06-30 2006-06-30 Материалы и способы для получения полностью 2-модифицированных транскриптов нуклеиновых кислот RU2008103346A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US69629205P 2005-06-30 2005-06-30
US60/696,292 2005-06-30

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2008103346A true RU2008103346A (ru) 2009-08-10

Family

ID=37605059

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2008103346/13A RU2008103346A (ru) 2005-06-30 2006-06-30 Материалы и способы для получения полностью 2-модифицированных транскриптов нуклеиновых кислот

Country Status (12)

Country Link
US (1) US8105813B2 (ru)
EP (1) EP1907590B1 (ru)
JP (1) JP5015923B2 (ru)
KR (1) KR20080025181A (ru)
CN (1) CN101495504A (ru)
AU (1) AU2006265896B2 (ru)
BR (1) BRPI0611701A2 (ru)
CA (1) CA2613442C (ru)
IL (1) IL188206A0 (ru)
MX (1) MX2007016561A (ru)
RU (1) RU2008103346A (ru)
WO (1) WO2007005645A2 (ru)

Families Citing this family (76)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6395888B1 (en) * 1996-02-01 2002-05-28 Gilead Sciences, Inc. High affinity nucleic acid ligands of complement system proteins
US7803931B2 (en) 2004-02-12 2010-09-28 Archemix Corp. Aptamer therapeutics useful in the treatment of complement-related disorders
US8101385B2 (en) * 2005-06-30 2012-01-24 Archemix Corp. Materials and methods for the generation of transcripts comprising modified nucleotides
AU2006265896B2 (en) 2005-06-30 2012-05-31 Archemix Corp. Materials and methods for the generation of fully 2'-modified nucleic acid transcripts
US7922000B2 (en) * 2006-02-15 2011-04-12 Miraial Co., Ltd. Thin plate container with a stack of removable loading trays
US20090130650A1 (en) * 2006-02-17 2009-05-21 Weihong Tan Methods for the production of highly sensitive and specific cell surface probes
HUE026496T2 (en) * 2006-03-08 2016-06-28 Archemix Llc Complement-binding aptamers and anti-C5 agents for treating eye diseases
US20090117549A1 (en) * 2006-07-18 2009-05-07 Weihong Tan Aptamer-based methods for identifying cellular biomarkers
EP2207891B1 (en) * 2006-12-22 2012-07-25 Archemix LLC Materials and methods for the generation of transcripts comprising modified nucleotides
JP5349323B2 (ja) * 2007-01-10 2013-11-20 アーケミックス コーポレイション 修飾ヌクレオチドを含む転写物を生成させるための材料および方法
WO2009021191A2 (en) * 2007-08-08 2009-02-12 Barnes Wayne M Improved t7 expression system
WO2009126632A1 (en) * 2008-04-08 2009-10-15 Archemix Corp. Compositions and methods for the use of mutant t3 rna polymerases in the synthesis of modified nucleic acid transcripts
CA2807552A1 (en) 2010-08-06 2012-02-09 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
EP3431485B2 (en) 2010-10-01 2024-09-04 ModernaTX, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
WO2012135805A2 (en) 2011-03-31 2012-10-04 modeRNA Therapeutics Delivery and formulation of engineered nucleic acids
US9464124B2 (en) 2011-09-12 2016-10-11 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
EP2763701B1 (en) 2011-10-03 2018-12-19 Moderna Therapeutics, Inc. Modified nucleosides, nucleotides, and nucleic acids, and uses thereof
KR20140102759A (ko) 2011-12-16 2014-08-22 모더나 세라퓨틱스, 인코포레이티드 변형된 뉴클레오사이드, 뉴클레오타이드 및 핵산 조성물
US9045740B2 (en) * 2012-02-24 2015-06-02 University Of Massachusetts Modified T7-related RNA polymerases and methods of use thereof
US9283287B2 (en) 2012-04-02 2016-03-15 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of nuclear proteins
US9572897B2 (en) 2012-04-02 2017-02-21 Modernatx, Inc. Modified polynucleotides for the production of cytoplasmic and cytoskeletal proteins
DE18200782T1 (de) 2012-04-02 2021-10-21 Modernatx, Inc. Modifizierte polynukleotide zur herstellung von proteinen im zusammenhang mit erkrankungen beim menschen
AU2013243949A1 (en) 2012-04-02 2014-10-30 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of biologics and proteins associated with human disease
US9878056B2 (en) 2012-04-02 2018-01-30 Modernatx, Inc. Modified polynucleotides for the production of cosmetic proteins and peptides
EP2885419A4 (en) 2012-08-14 2016-05-25 Moderna Therapeutics Inc ENZYMES AND POLYMERASES FOR RNA SYNTHESIS
WO2014071322A1 (en) 2012-11-02 2014-05-08 Life Technologies Corporation Small RNA Capture, Detection and Quantification
CA2892529C (en) 2012-11-26 2023-04-25 Moderna Therapeutics, Inc. Terminally modified rna
HK1217215A1 (zh) 2013-01-17 2016-12-30 Modernatx, Inc. 用於改变细胞表型的信号传感器多核苷酸
US20160024181A1 (en) 2013-03-13 2016-01-28 Moderna Therapeutics, Inc. Long-lived polynucleotide molecules
EP2971033B8 (en) 2013-03-15 2019-07-10 ModernaTX, Inc. Manufacturing methods for production of rna transcripts
US8980864B2 (en) 2013-03-15 2015-03-17 Moderna Therapeutics, Inc. Compositions and methods of altering cholesterol levels
US20160130585A1 (en) * 2013-05-28 2016-05-12 The Johns Hopkins University Aptamers for the treatment of sickle cell disease
DK3019619T3 (da) 2013-07-11 2021-10-11 Modernatx Inc Sammensætninger, der omfatter syntetiske polynukleotider, som koder for crispr-beslægtede proteiner, og syntetiske sgrna'er, og anvendelsesfremgangsmåder
US20160194368A1 (en) 2013-09-03 2016-07-07 Moderna Therapeutics, Inc. Circular polynucleotides
EP3041934A1 (en) 2013-09-03 2016-07-13 Moderna Therapeutics, Inc. Chimeric polynucleotides
US10023626B2 (en) 2013-09-30 2018-07-17 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding immune modulating polypeptides
EA201690675A1 (ru) 2013-10-03 2016-08-31 Модерна Терапьютикс, Инк. Полинуклеотиды, кодирующие рецептор липопротеинов низкой плотности
CA2942513A1 (en) 2014-03-20 2015-09-24 The Board Of Regents Of The University Of Texas System T7 rna polymerase variants with expanded substrate range and enhanced transcriptional yield
WO2016011226A1 (en) 2014-07-16 2016-01-21 Moderna Therapeutics, Inc. Chimeric polynucleotides
WO2016134521A1 (en) * 2015-02-27 2016-09-01 The University Of Hong Kong Dna display and methods thereof
US10563250B2 (en) 2015-03-13 2020-02-18 Life Technologies Corporation Methods, compositions and kits for small RNA capture, detection and quantification
EP4039699A1 (en) 2015-12-23 2022-08-10 ModernaTX, Inc. Methods of using ox40 ligand encoding polynucleotides
US20190241658A1 (en) 2016-01-10 2019-08-08 Modernatx, Inc. Therapeutic mRNAs encoding anti CTLA-4 antibodies
CA3024624A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding porphobilinogen deaminase for the treatment of acute intermittent porphyria
WO2017201342A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding jagged1 for the treatment of alagille syndrome
WO2017201348A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding galactose-1-phosphate uridylyltransferase for the treatment of galactosemia type 1
KR102469450B1 (ko) 2016-05-18 2022-11-22 모더나티엑스, 인크. 인터류킨-12 (il12)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드 및 그의 용도
AU2017266932B2 (en) 2016-05-18 2023-04-20 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding alpha-galactosidase A for the treatment of Fabry disease
WO2017201332A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding acyl-coa dehydrogenase, very long-chain for the treatment of very long-chain acyl-coa dehydrogenase deficiency
DK3458474T3 (da) 2016-05-18 2022-09-26 Modernatx Inc Kombinationer af mrna'er, der koder for immunmodulerende polypeptider og anvendelser deraf
SG11201810162PA (en) 2016-05-18 2018-12-28 Modernatx Inc Polynucleotides encoding citrin for the treatment of citrullinemia type 2
CN107460177B (zh) * 2016-06-06 2021-08-17 张海生 可利用化学修饰核苷酸的rna聚合酶突变体
US11008576B2 (en) 2016-10-17 2021-05-18 Albert Einstein College Of Medicine Chemically modified RNA aptamers and uses thereof
WO2018213731A1 (en) 2017-05-18 2018-11-22 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding tethered interleukin-12 (il12) polypeptides and uses thereof
US20200131498A1 (en) 2017-06-14 2020-04-30 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding methylmalonyl-coa mutase
EP3638292A1 (en) 2017-06-14 2020-04-22 ModernaTX, Inc. Polynucleotides encoding coagulation factor viii
JP2020530267A (ja) 2017-06-30 2020-10-22 コデクシス， インコーポレイテッド Ｔ７ ｒｎａポリメラーゼバリアント
US10793841B2 (en) 2017-06-30 2020-10-06 Codexis, Inc. T7 RNA polymerase variants
US10815486B2 (en) 2017-07-05 2020-10-27 The Research Foundation For The State University Of New York Chemically modified AMPA receptor RNA aptamers
US11939601B2 (en) 2017-11-22 2024-03-26 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding phenylalanine hydroxylase for the treatment of phenylketonuria
EP3714045A1 (en) 2017-11-22 2020-09-30 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding propionyl-coa carboxylase alpha and beta subunits for the treatment of propionic acidemia
WO2019104152A1 (en) 2017-11-22 2019-05-31 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding ornithine transcarbamylase for the treatment of urea cycle disorders
US11802146B2 (en) 2018-01-05 2023-10-31 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding anti-chikungunya virus antibodies
US20220184185A1 (en) 2018-07-25 2022-06-16 Modernatx, Inc. Mrna based enzyme replacement therapy combined with a pharmacological chaperone for the treatment of lysosomal storage disorders
US20220110966A1 (en) 2018-09-02 2022-04-14 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding very long-chain acyl-coa dehydrogenase for the treatment of very long-chain acyl-coa dehydrogenase deficiency
WO2020056147A2 (en) 2018-09-13 2020-03-19 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding glucose-6-phosphatase for the treatment of glycogen storage disease
MA53608A (fr) 2018-09-13 2021-07-21 Modernatx Inc Polynucléotides codant pour les sous-unités e1-alpha, e1-beta et e2 du complexe alpha-cétoacide déshydrogénase à chaîne ramifiée pour le traitement de la leucinose
CA3112398A1 (en) 2018-09-14 2020-03-19 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding uridine diphosphate glycosyltransferase 1 family, polypeptide a1 for the treatment of crigler-najjar syndrome
US20220152225A1 (en) 2018-09-27 2022-05-19 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding arginase 1 for the treatment of arginase deficiency
US12460215B2 (en) * 2018-12-06 2025-11-04 William Marsh Rice University Bacillus expression system
EP3965797A1 (en) 2019-05-08 2022-03-16 AstraZeneca AB Compositions for skin and wounds and methods of use thereof
CN112921014B (zh) * 2019-12-05 2023-01-06 左炽健 T7RNA聚合酶突变体、mRNA、基因、表达载体及细胞
US20230235298A1 (en) 2020-06-01 2023-07-27 Modernatx, Inc. Phenylalanine hydroxylase variants and uses thereof
CN116802267A (zh) * 2020-10-23 2023-09-22 斯宾德尔生物科技公司 用于rna合成的组合物和方法
AU2021377895A1 (en) 2020-11-13 2023-06-15 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding cystic fibrosis transmembrane conductance regulator for the treatment of cystic fibrosis
CN114438084B (zh) * 2022-01-29 2025-02-11 上海兆维科技发展有限公司 一种转录反应液、锁核酸修饰的rna的制备方法以及突变的t7rna聚合酶的应用

Family Cites Families (46)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5693489A (en) 1984-03-30 1997-12-02 Associated Universities, Inc. Cloning and expression of the gene for bacteriophage T7 RNA polymerase
KR970002255B1 (ko) 1990-06-11 1997-02-26 넥스스타 파아마슈티컬드, 인크. 핵산 리간드
US5580737A (en) 1990-06-11 1996-12-03 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High-affinity nucleic acid ligands that discriminate between theophylline and caffeine
US6011020A (en) 1990-06-11 2000-01-04 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid ligand complexes
US5763177A (en) 1990-06-11 1998-06-09 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex
US5637459A (en) 1990-06-11 1997-06-10 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chimeric selex
US5496938A (en) 1990-06-11 1996-03-05 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid ligands to HIV-RT and HIV-1 rev
US5668264A (en) 1990-06-11 1997-09-16 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity PDGF nucleic acid ligands
US5567588A (en) 1990-06-11 1996-10-22 University Research Corporation Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: Solution SELEX
US5660985A (en) 1990-06-11 1997-08-26 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides
US5683867A (en) 1990-06-11 1997-11-04 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: blended SELEX
US5861254A (en) 1997-01-31 1999-01-19 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Flow cell SELEX
US5270163A (en) 1990-06-11 1993-12-14 University Research Corporation Methods for identifying nucleic acid ligands
US5674685A (en) 1990-06-11 1997-10-07 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity PDGF nucleic acid ligands
US5648214A (en) 1990-06-11 1997-07-15 University Research Corporation High-affinity oligonucleotide ligands to the tachykinin substance P
US5707796A (en) 1990-06-11 1998-01-13 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Method for selecting nucleic acids on the basis of structure
DE69123979T2 (de) 1990-10-12 1997-04-30 Max Planck Gesellschaft Abgeänderte ribozyme
US5817635A (en) 1993-08-09 1998-10-06 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Modified ribozymes
US5385834A (en) * 1993-08-13 1995-01-31 Georgia Tech Research Corporation Mutant T7 RNA polymerase GP1(lys222) exhibiting altered promoter recognition
US6239116B1 (en) 1994-07-15 2001-05-29 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules
US6429199B1 (en) 1994-07-15 2002-08-06 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules for activating dendritic cells
US6207646B1 (en) 1994-07-15 2001-03-27 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules
CA2139070C (en) 1994-12-23 2010-03-30 Burton W. Blais Method for enhancing detection ability of nucleic acid assays employing polymerase chain reaction
WO1996038579A1 (en) 1995-06-02 1996-12-05 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High-affinity oligonucleotide ligands to growth factors
US6229002B1 (en) 1995-06-07 2001-05-08 Nexstar Pharmaceuticlas, Inc. Platelet derived growth factor (PDGF) nucleic acid ligand complexes
ATE318143T1 (de) 1996-10-25 2006-03-15 Gilead Sciences Inc Gefaesszellen wachstumsfaktor (vegf) nukleinsaureligand-komplexe
US6051698A (en) 1997-06-06 2000-04-18 Janjic; Nebojsa Vascular endothelial growth factor (VEGF) nucleic acid ligand complexes
US5705537A (en) 1997-02-24 1998-01-06 Armstrong World Industries, Inc. Phenolic foams having a low formaldehyde evolution
AU738513B2 (en) 1997-02-28 2001-09-20 University Of Iowa Research Foundation, The Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide in the treatment of LPS-associated disorders
JP3172710B2 (ja) * 1997-07-07 2001-06-04 理化学研究所 Ｒｎａポリメラーゼ
EP1872786A1 (en) 1997-09-05 2008-01-02 The Regents of the University of California Use of immunostimulatory oligonucleotides for preventing or reducing antigen-stimulated, granulocyte-mediated inflammation
US6514948B1 (en) 1999-07-02 2003-02-04 The Regents Of The University Of California Method for enhancing an immune response
US6562575B1 (en) 2000-06-26 2003-05-13 Epicentre Technologies Corporation Analyte-specific assays based on formation of a replicase substrate
JP4358428B2 (ja) 2000-11-01 2009-11-04 東洋エンジニアリング株式会社 尿素製造方法
FR2822164B1 (fr) 2001-03-19 2004-06-18 Centre Nat Rech Scient Polypeptides derives des arn polymerases, et leurs utilisations
US6327207B1 (en) 2001-04-09 2001-12-04 Lsi Logic Corporation Synchronizing data operations across a synchronization boundary between different clock domains using two-hot encoding
US7309570B2 (en) * 2002-10-21 2007-12-18 University Of Texas Methods for using double-mutant RNA polymerases with reduced discrimination between non-canonical and canonical nucleoside triphosphates
US20040180360A1 (en) 2002-11-21 2004-09-16 Charles Wilson Multivalent aptamer therapeutics with improved pharmacodynamic properties and methods of making and using the same
US20050037394A1 (en) * 2002-12-03 2005-02-17 Keefe Anthony D. Method for in vitro selection of 2'-substituted nucleic acids
US20040197804A1 (en) 2002-12-03 2004-10-07 Keefe Anthony D. Method for in vitro selection of 2'-substituted nucleic acids
US7022144B2 (en) 2002-12-09 2006-04-04 L'oreal Oxidizing compositions containing a mixture of polymers including at least one copolymer based on acrylamide and 2-acrylamido-2-methylpropanesulphonic acid
MX2007002772A (es) * 2004-09-07 2008-03-05 Archemix Corp Aptameros para el factor de von willebrand y su uso como agentes terapeuticos para la enfermedad trombotica.
US7566701B2 (en) 2004-09-07 2009-07-28 Archemix Corp. Aptamers to von Willebrand Factor and their use as thrombotic disease therapeutics
AU2006265896B2 (en) 2005-06-30 2012-05-31 Archemix Corp. Materials and methods for the generation of fully 2'-modified nucleic acid transcripts
EP2207891B1 (en) * 2006-12-22 2012-07-25 Archemix LLC Materials and methods for the generation of transcripts comprising modified nucleotides
US20090081679A1 (en) 2007-07-20 2009-03-26 Anthony Dominic Keefe Compositions and methods for in vivo SELEX

Also Published As

Publication number Publication date
KR20080025181A (ko) 2008-03-19
EP1907590A4 (en) 2009-11-18
US8105813B2 (en) 2012-01-31
EP1907590A2 (en) 2008-04-09
CA2613442A1 (en) 2007-01-11
BRPI0611701A2 (pt) 2010-09-28
MX2007016561A (es) 2008-03-10
AU2006265896A1 (en) 2007-01-11
AU2006265896B2 (en) 2012-05-31
WO2007005645A2 (en) 2007-01-11
US20070117112A1 (en) 2007-05-24
CA2613442C (en) 2016-08-23
WO2007005645A3 (en) 2009-04-23
JP2009504139A (ja) 2009-02-05
EP1907590B1 (en) 2012-09-19
JP5015923B2 (ja) 2012-09-05
CN101495504A (zh) 2009-07-29
IL188206A0 (en) 2008-03-20

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2008103346A (ru) Материалы и способы для получения полностью 2-модифицированных транскриптов нуклеиновых кислот
US10981137B2 (en) Enrichment of DNA sequencing libraries from samples containing small amounts of target DNA
KR102435352B1 (ko) 리가제-연관 핵산 원형화 및 증폭
EP2914745B1 (en) Barcoding nucleic acids
CA2468754C (en) Annealing control primer and its uses
US20020160377A1 (en) Methods for producing nucleic acids lacking 3'-untranslated regions and optimizing cellular RNA -protein fusion formation
EP2725107A1 (en) DNA sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators
JP2006519621A (ja) Ｄｎａ重合プロセスにより生成される全ゲノムおよび全トランスクリプトームライブラリーの増幅および分析
CN106868005B (zh) 一种用于高效快速扩增cDNA末端的锚定引物及扩增方法
US20140128292A1 (en) Methods for improving ligation steps to minimize bias during production of libraries for massively parallel sequencing
DE50311731D1 (de) Vermehrung von ribonukleinsäuren
KR100625325B1 (ko) 코로나바이러스 검출용 프로브 조성물, 프라이머 혼합물및 이를 이용한 코로나바이러스의 검출방법
US20240368586A1 (en) Guide rna sequencing confirmation
JP2022519020A (ja) 非天然塩基対を用いて核酸を配列決定する方法
CN120035664A (zh) 用于防止cDNA合成过程中转换寡核苷酸的重复添加和非特异性引物延伸的组合物及其使用方法
CN117925802A (zh) 用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物、应用和基因分型方法
US20160145666A1 (en) Poly(UG) Polymerase, Constructs, and Methods of Making and Using the Same
WO2004063322A2 (en) Dna size markers and method for preparing them
WO2023112886A1 (ja) １本鎖ｒｎａの製造方法
KR102578040B1 (ko) 소 태아 성장 시기 판별용 조성물 및 이의 용도
CN112011834A (zh) 一种用于miRNA的高通量测序文库制备方法
WO2025079565A1 (ja) ライゲーション方法、アダプターダイマー形成の抑制方法、ｎｇｓライブラリの調製方法、ｎｇｓライブラリ調製キット、及び３'アダプター
AU2004200998B2 (en) Methods for producing nucleic acids lacking 3'-untranslated regions and optimizing cellular RNA-protein fusion formation
WO2025102115A1 (en) Method for detecting capped rna molecules
WO2022191052A1 (ja) ポリヌクレオチド、翻訳鋳型ｍＲＮＡ、転写鋳型ＤＮＡ、翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法およびポリペプチドの生産方法

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20090805