[go: up one dir, main page]

RU2007114637A - Способ идентификации неопластического перерождения преимущественно при раке предстательной железы - Google Patents

Способ идентификации неопластического перерождения преимущественно при раке предстательной железы Download PDF

Info

Publication number
RU2007114637A
RU2007114637A RU2007114637/15A RU2007114637A RU2007114637A RU 2007114637 A RU2007114637 A RU 2007114637A RU 2007114637/15 A RU2007114637/15 A RU 2007114637/15A RU 2007114637 A RU2007114637 A RU 2007114637A RU 2007114637 A RU2007114637 A RU 2007114637A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
genes
dir
rev
prostate cancer
prostate
Prior art date
Application number
RU2007114637/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Саверио БЕТТУЦЦИ (IT)
Саверио БЕТТУЦЦИ
Арналдо КОРТИ (IT)
Арналдо КОРТИ
Original Assignee
Генпрофайлер С.Р.Л. (It)
Генпрофайлер С.Р.Л.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Генпрофайлер С.Р.Л. (It), Генпрофайлер С.Р.Л. filed Critical Генпрофайлер С.Р.Л. (It)
Publication of RU2007114637A publication Critical patent/RU2007114637A/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (12)

1. Способ идентификации неопластического перерождения, конкретно в случае рака предстательной железы путем идентификации группы генов, уровни экспрессии которых определяют даже после интеграции с другими данными клинического происхождения, обеспечивает информацию для оценки опухолевого перерождения ткани предстательной железы или степени ее злокачественности, а также для прогноза злокачественности рака предстательной железы человека и характеризуется пониманием характерного профиля генной экспрессии генов, относящихся к классам А, В, С и D, где:
a) гены, которые контролируют метаболизм алифатических полиаминов:
орнитиндекарбоксилаза, ODC;
антифермент (антизим) орнитиндекарбоксилазы, OAZ;
s-Аденозил-метиониндекарбоксилаза;
спермидин/спермин N'-ацетилтрансфераза;
b) маркерные гены для пролиферативного состояния клеток:
гистон h3;
ген специфической остановки роста 1 (Gas1);
c) маркерные гены андроген-зависимости, клеточного истощения и апоптоза:
кластерин (SGP-2, Apo-J, TPRM-2, CLU);
d) маркерные гены для гликолиза:
глицеральдегид 3-Р дегидрогеназа (GAPDH);
благодаря анализу, который проводится на биологических образцах независимо от используемой методологии определения.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что он состоит из получения характерного профиля экспрессии генов для генов, относящихся к вышеупомянутым классам А, В, С и D, благодаря анализу ПЦР в реальном времени с применением праймеров для определения путем ПЦР в реальном времени вышеупомянутых информативных генов в тканях человека:
Cas 1 DIR: 5'-CCC TGA CCC CCT ACC TGA-3' REV: 5'-CTT GGG CAT AGC CAG CAT GT-3" H3 DIR: 5'-CAG GAG GCT TGT GAG GCC TA-3' REV: 5'-AGC TGG ATG TCT TTG GGC AT-3' SSAT DIR: 5'-GGT TGC AGA AGT GCC GAA AG-3' REV: 5'-GTA ACT TGC CAA TCC ACG GG-3" Кластерин DIR: 5'-TGA TCC CAT CAC TGT GAC GG-3' REV: 5'-GCT TTT TGC GGT ATT CCT GC-3' ODC DIR: 5'-AGA CCT TCG TGC AGG CAA TC-3' REV: 5'-AGG AAA GCC ACC GCC AAT AT-3' AdoMet DIR: 5'-CAT CAC TCC AGA ACC AGA AT-3' REV: 5'-TAA CAA АСА AGG TGG TCA CA-3' OAZ DIR: 5'-CCT CCA CTG CTG TAG TAA CC-3' REV: 5'-GAA AGA TTG TGA TCC CTC TG-3' GAPDH DIR: 5'-AAC CTG CCA AAT ATG ATG AC-3' REV: 5'-TTG AAG TCA GAG GAG ACC AC-3'
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что он состоит из генерации прогностических микросхем на основе массивов ДНК, состоящих из 8 вышеупомянутых генов по отдельности, в группах и различных сочетаниях.
4. Способ по п.1, отличающийся тем, что он состоит из применения данных, полученных с помощью аналитического метода (включая описанные в пунктах формулы 2 и 3), по отдельности, в группах или различных сочетаниях, интегрированных различными способами или не интегрированных с клинической информацией, в норме доступной в обычном отделении (степень и точки по Глизону [Gleason], стадия «опухоль-узлы-метастазы» [TNM], объем предстательной железы, значение простато-специфического антигена, возраст пациента, наследственность), для получения диагноза злокачественности, описания рака предстательной железы (молекулярная типизация) и предсказания злокачественности (прогноз) СаР.
5. Способ по пп.1-4, отличающийся тем, что осуществляется обработка данных вручную или автоматическим способом, с применением стандартных статистических методов или соответствующего специального статистического анализа, который является неотъемлемой частью общего способа и дает возможность правильной интерпретации данных.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что он позволяет применить информацию, полученную по описанному способу, не только к раку предстательной железы; поскольку полученные данные описывают явления более общей природы (пролиферация клеток, покой клеток и остановка пролиферации, истощение клеток и апоптоз, дифференциация клеток, метаболизм углеводов (glucidic), осмотический шок, реакция на стресс, изменение нормальных трофических взаимоотношений между разными типами клеток в ткани, общими метаболическими реакциями и др.), информация, полученная по данному способу, также может быть применена в описании всех форм новообразований, повреждения и восстановления тканей, в исследовании реакции на лечение лекарственными средствами, развития резистентности к фармакологическому лечению, а также при почечной, сердечно-сосудистой и нейродегенеративной патологии, а также в оценке состояния старения и токсичности, вызванной тяжелыми металлами.
7. Способ по п.6, отличающийся тем, что он применяется к любому биологическому материалу, и который может применяться для анализа профиля экспрессии описанных выше генов для описания различных стадий прогрессирования новообразования, причем данный способ применим к клеточному материалу, как в условиях базового роста, так и после введения гормонов, факторов роста и лекарственных средств; данный способ применим к клеточному материалу, полученному от пациентов с целью изучения индивидуальной реакции указанного пациента на различные лекарственные средства и осуществления выбора наиболее эффективной терапии, во всех случаях с учетом того факта, что СаР и все новообразования в целом представляют собой патологические явления с выраженной индивидуальной коннотацией, при которой реакцию на лечение не всегда легко предсказать.
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что он может быть применен к образцам, поступившим из операционной, к образцам игольной биопсии предстательной железы или из биологического материала и жидкости, полученной в результате массажа предстательной железы, а также на материале крови для контроля клинического состояния в реальном времени.
9. Способ по п.8, отличающийся тем, что он применяется к образцам, состоящим всего из нескольких клеток с идентифицированными характеристиками, гомогенных на морфофункциональном плане, которые могут быть подвергнуты техникам молекулярной амплификации для получения адекватного количества материала для изучения характеристик гетерогенности и поликлональности новообразований, особенно опухоли предстательной железы, причем чувствительность анализа повышается.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что он приводит к идентификации генов, которые относятся к вышеупомянутым классам А, В, С и D, которые играют активную роль в ускорении и направлении (addressing) прогресса опухолей, в качестве новых молекулярных маркеров прогресса новообразования, особенно рака предстательной железы, независимо от используемого метода исследования.
11. Способ по п.10, отличающийся тем, что он приводит к идентификации генов, которые относятся к вышеупомянутым классам А, В, С и D, которые играют активную роль в ускорении и направлении (addressing) прогресса опухолей, в качестве новых генетических мишеней для новых подходов и новых видов применения генной терапии новообразований, особенно рака предстательной железы, независимо от используемого метода исследования.
12. Способ по п.11, отличающийся тем, что он включает статистический анализ таким образом, что путем превращения первичных экспериментальных данных в стандартизованные значения он делает допущение для индивидуальных вариаций и вариаций внутри эксперимента, а также определяет уровень значимости в предсказании целевого явления.
RU2007114637/15A 2004-10-06 2005-10-04 Способ идентификации неопластического перерождения преимущественно при раке предстательной железы RU2007114637A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
ITBZ2004A000048 2004-10-06
IT000048A ITBZ20040048A1 (it) 2004-10-06 2004-10-06 Metodo per l'identificazione della trasformazione neoplastica, con particolare riferimento al cancro prostatico

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2007114637A true RU2007114637A (ru) 2008-11-20

Family

ID=36142912

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007114637/15A RU2007114637A (ru) 2004-10-06 2005-10-04 Способ идентификации неопластического перерождения преимущественно при раке предстательной железы

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20080009001A1 (ru)
EP (1) EP1807534A2 (ru)
IT (1) ITBZ20040048A1 (ru)
RU (1) RU2007114637A (ru)
WO (1) WO2006038089A2 (ru)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008058018A2 (en) 2006-11-02 2008-05-15 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
EP2806054A1 (en) 2008-05-28 2014-11-26 Genomedx Biosciences Inc. Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
WO2012007531A2 (en) 2010-07-13 2012-01-19 Frank Madeo Methods and compositions for diagnosing medical conditions
US20130267443A1 (en) 2010-11-19 2013-10-10 The Regents Of The University Of Michigan ncRNA AND USES THEREOF
WO2013090620A1 (en) 2011-12-13 2013-06-20 Genomedx Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
ITMI20121066A1 (it) * 2012-06-19 2013-12-20 Euroclone S P A Predittore informatico per tumore alla prostata
ES2945036T3 (es) 2012-08-16 2023-06-28 Veracyte Sd Inc Pronóstico del cáncer de próstata mediante biomarcadores
US10947598B2 (en) 2015-09-29 2021-03-16 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Methods for determining the metabolic status of lymphomas
US11414708B2 (en) 2016-08-24 2022-08-16 Decipher Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
AU2018210695B2 (en) 2017-01-20 2024-07-18 The University Of British Columbia Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
US11873532B2 (en) 2017-03-09 2024-01-16 Decipher Biosciences, Inc. Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy
WO2018205035A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 Genomedx Biosciences, Inc Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor agressiveness

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6218529B1 (en) * 1995-07-31 2001-04-17 Urocor, Inc. Biomarkers and targets for diagnosis, prognosis and management of prostate, breast and bladder cancer
US6383808B1 (en) * 2000-09-11 2002-05-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense inhibition of clusterin expression
US7622260B2 (en) * 2001-09-05 2009-11-24 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Diagnostic and prognostic tests

Also Published As

Publication number Publication date
ITBZ20040048A1 (it) 2005-01-06
US20080009001A1 (en) 2008-01-10
WO2006038089A3 (en) 2007-03-15
WO2006038089A2 (en) 2006-04-13
EP1807534A2 (en) 2007-07-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102648633B1 (ko) 암 예후 예측용 조성물
RU2007114637A (ru) Способ идентификации неопластического перерождения преимущественно при раке предстательной железы
US11186876B2 (en) Method for predicting response to breast cancer therapeutic agents and method of treatment of breast cancer
CN112442535A (zh) 原发性肺腺癌分子分型及生存风险基因群及诊断产品和应用
ES2714582T3 (es) Procedimiento de predicción de la respuesta a la quimioterapia en un paciente que padece o está en riesgo de desarrollar un cáncer de mama recurrente
US20070026424A1 (en) Gene profiles correlating with histology and prognosis
JP2021500883A5 (ru)
Dimitrov et al. Molecular and genetic subtyping of breast cancer: the era of precision oncology
US12180551B2 (en) Method of using biomarkers and clinical variables for predicting chemotherapy benefit
Nagahata et al. Expression profiling to predict postoperative prognosis for estrogen receptor‐negative breast cancers by analysis of 25,344 genes on a cDNA microarray
US10301685B2 (en) Method for predicting the benefit from inclusion of taxane in a chemotherapy regimen in patients with breast cancer
CN108866187A (zh) 一种与肺癌辅助诊断相关的长链非编码rna标志物及其应用
ES2336928T3 (es) Metodos de diagnostico y pronostico de esteatohepatitisno alcoholica (ehna).
WO2012126162A1 (zh) 用于食管癌治疗方案选择和/或预后评估的检测试剂盒
CN206359543U (zh) 一种用于检测治疗恶性肿瘤的一线药物耐药基因表达量的试剂盒
Ishiguro et al. Circulating miR-489 as a potential new biomarker for idiopathic dilated cardiomyopathy
CN107858425A (zh) miRNA‑4741作为原发性肝癌诊断标志物的应用及检测方法
US20120149027A1 (en) Method for Determining the Risk of Metastasis as an Indicator for Diagnostic Imaging
ES2856232A1 (es) Biomarcadores para predecir la respuesta de un sujeto a una terapia con bcg, metodos y usos basados en los mismos
Suhardja et al. Prognostic indicators in pituitary tumors
JP2002503480A (ja) がんスクリーニングならびに疾病段階および予後の評価のための体液のテロメラーゼ・アッセイ
Kolesnikova et al. PB1696 EVALUATION OF TUMOR CELL SENSITIVITY TO DAUNORUBICIN USING WST1 TEST IN ACUTE MYELOBLASTIC LEUKEMIA PATIENTS
Salpeter et al. A clinical trial of cResponse, a functional assay for cancer precision medicine
CN109554479A (zh) Pigc基因在制备肝癌辅助诊断及预后判断制剂上的应用
Stuopelytė Analysis of RNA in bodily fluids for prostate cancer diagnosis and outcome prediction