[go: up one dir, main page]

RU2005103818A - Выявление микроорганизмов - Google Patents

Выявление микроорганизмов Download PDF

Info

Publication number
RU2005103818A
RU2005103818A RU2005103818/13A RU2005103818A RU2005103818A RU 2005103818 A RU2005103818 A RU 2005103818A RU 2005103818/13 A RU2005103818/13 A RU 2005103818/13A RU 2005103818 A RU2005103818 A RU 2005103818A RU 2005103818 A RU2005103818 A RU 2005103818A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotides
oligonucleotide
microorganisms
kit according
iii
Prior art date
Application number
RU2005103818/13A
Other languages
English (en)
Inventor
Андреа ЗЭТТЛЕР (DE)
Андреа ЗЭТТЛЕР
Клаудиа ЯССОЙ (DE)
Клаудиа ЯССОЙ
Регине ШОЛТИССЕК (DE)
Регине ШОЛТИССЕК
Вера МАЙЕНШАЙН (DE)
Вера МАЙЕНШАЙН
Зильке НИВЕЛЕР (DE)
Зильке НИВЕЛЕР
Альбрехт ВАЙС (DE)
Альбрехт ВАЙС
Карл-Хайнц ТРЕБЕЗИУС (DE)
Карл-Хайнц ТРЕБЕЗИУС
Клаудиа БАЙМФОР (DE)
Клаудиа БАЙМФОР
Вольфганг ЛУДВИГ (DE)
Вольфганг ЛУДВИГ
Рихард Роберт БАМБЕРГ (DE)
Рихард Роберт БАМБЕРГ
Карл-Хайнц ШЛЯЙФЕР (DE)
Карл-Хайнц ШЛЯЙФЕР
Штефан МЮЛЛЬНЕР (DE)
Штефан МЮЛЛЬНЕР
Христель АДОМАТ (DE)
Христель АДОМАТ
Ингрид БЕРГМАЙЕР (DE)
Ингрид БЕРГМАЙЕР
Original Assignee
Хенкель Кгаа (De)
Хенкель КГАА
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from DE2002132775 external-priority patent/DE10232775A1/de
Priority claimed from DE2003106616 external-priority patent/DE10306616A1/de
Application filed by Хенкель Кгаа (De), Хенкель КГАА filed Critical Хенкель Кгаа (De)
Publication of RU2005103818A publication Critical patent/RU2005103818A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (26)

1. Набор для выявления микроорганизмов, содержащий, по меньшей мере, один олигонуклеотид, специфичный по меньшей мере к одному виду или группе видов микроорганизмов, встречающихся на коже.
2. Набор по п.1, отличающийся тем, что микроорганизмы выбирают из семейств Staphylococcus, Peptostreptococcus, Propionibacterium, Corynebacterium, Veillonella, Malassezia и/или таксона Sporomusa.
3. Набор по п.1, отличающийся тем, что выявление микроорганизмов осуществляют посредством гибридизация in situ, в частности, методом флуоресцентной гибридизации in situ.
4. Набор по п.1, отличающийся тем, что он содержит, по меньшей мере, один олигонуклеотид, специфичный к виду Propionibacterium acnes.
5. Набор по п.4, отличающийся тем, что он дополнительно содержит, по меньшей мере, один олигонуклеотид, специфичный, по меньшей мере, к одному виду или группе видов микроорганизмов семейства Staphylococcus.
6. Набор по п.1, отличающийся тем, что он содержит, по меньшей мере, один олигонуклеотид, специфичный, по меньшей мере, к одному виду или группе видов микроорганизмов семейства Malassezia.
7. Набор по п.1, причем олигонуклеотид несет детектируемый маркер, который, в частности, может быть ковалентно связан с олигонуклеотидом.
8. Набор по п.7, причем детектируемый маркер выбирают из следующий группы:
a) флуоресцентный маркер,
b) хемолюминесценцентный маркер,
c) радиоактивный маркер,
d) ферментативно активная группа,
e) гаптен,
f) путем гибридизации с детектируемой нуклеиновой кислотой.
9. Набор по п.8, причем ферментативный маркер предпочтительно выбирают из группы, включающей в себя пероксидазу, предпочтительно пероксидазу хрена, и фосфатазу, предпочтительно щелочную фосфатазу.
10. Набор по одному из пп.1-9, отличающийся тем, что он содержит, по меньшей мере, один олигонуклеотид, выбранный из группы, включающей в себя
i) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами с 01 по 30, и
ii) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из i), по меньшей мере, на 80%, предпочтительно, по меньшей мере, на 84%, особенно предпочтительно, по меньшей мере, на 90%, наиболее предпочтительно на 95% нуклеотидной последовательности, и
iii) олигонуклеотиды, являющиеся производными олигонуклеоти-дов, указанных в i) и ii), нуклеотидная последовательность которых укорочена или удлинена на один или несколько нуклеотидов, и
iv) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в i), ii) или iii).
11. Набор по п.10, содержащий
i) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления бактерий семейства Staphylococcus, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами с 01 по 03, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
ii) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления бактерий семейства Peptostreptococcus, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами с 04 по 06, а также с 27 по 29, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
с) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
iii) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления бактерий семейства Corynebacterium, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами с 07 по 12, а также с 19 по 26, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
iv) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления бактерий семейства Veillonella, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами с 13 по 15, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
v) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления бактерий вида Propionibacterium acnes, выбранный из группы, включающей в себя
а) олигонуклеотиды с последовательностью, соответствующей одной из последовательностей, указанных под номерами 16 и 17, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотидам из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
vi) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления грибков семейства Malassezia, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотид с последовательностью, указанной под номером 18 и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотиду из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотиду из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с), и/или
vii) по меньшей мере, один олигонуклеотид для специфического выявления микроорганизмов из таксона Sporomusa, выбранный из группы, включающей в себя
a) олигонуклеотид с последовательностью, указанной под номером 30, и
b) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотиду из
а) согласно данным п.10 ii) формулы изобретения и
c) олигонуклеотиды, соответствующие олигонуклеотиду из
а) согласно данным п.10 iii) формулы изобретения и
d) олигонуклеотиды, гибридизирующиеся в специальных условиях с последовательностью, комплементарной одному из олигонуклеотидов, указанных в а), b) или с).
12. Набор по п.1, причем он вместе с одним или несколькими мечеными олигонуклеотидами дополнительно содержит, по меньшей мере, один, предпочтительно один или несколько, немеченых олигонуклеотидов.
13. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшей мере, один гибридизационный раствор без олигонуклеотидов.
14. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшей мере, один подходящий промывочный раствор или концентрат промывочного раствора.
15. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшей мере, один подходящий раствор для повышения проницаемости клетки.
16. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшее мере, один подходящий фиксирующий раствор.
17. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшей мере, один подходящий раствор положительного контроля.
18. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит, по меньшей мере, один подходящий раствор отрицательного контроля.
19. Набор по п.1, причем он дополнительно содержит заливочный раствор.
20. Способ выявления микроорганизмов, встречающихся на коже, особенно, принадлежащих к семейству Staphylococcus, Peptostreptococcus, Propionibacterium, Corynebacterium, Veillonella, Malassezia и/или таксона Sporomusa путем гибридизации in situ, с использованием набора по одному из пп.1-19, включающий в себя следующие этапы:
a) взятие пробы с кожи,
b) фиксация содержащихся во взятой пробе микроорганизмов,
c) инкубирование фиксированных микроорганизмов с, по меньшей мере, одним олигонуклеотидом или комбинацией олигонуклеотидов для осуществления гибридизации,
d) удаление не гибридизовавшихся олигонуклеотидов,
е) выявление и, при необходимости, количественное определение гибридизовавшихся с олигонуклеотидами микроорганизмов.
21. Способ по п.20, причем проба на этапе а) берется с поверхности кожи.
22. Способ по п.20, причем фиксация осуществляется
i) с помощью денатурирующих реагентов, предпочтительно выбранных из группы следующих веществ: этанол, ацетон и смесь этанола и уксусной кислоты,
ii) с помощью реагентов, образующих поперечные сшивки, предпочтительно выбранных из группы следующих веществ; формальдегид, параформальдегид и глутаральдегид,
iii) путем нагревания.
23. Способ по п.20, причем микроорганизмы после фиксации иммобилизируются на подходящем носителе.
24. Способ по одному из пп.20-23, причем микроорганизмы перед гибридизацией подвергаются обработке для повышения их проницаемости.
25. Способ по п.24, причем повышение проницаемости достигается путем частичного разрушения клеточной стенки с помощью соответствующего фермента, предпочтительно выбранного из группы, включающей в себя лизоцим, лизостафин, протеиназу К, проназу и мутанолизин.
26. Использование набора по одному из пп.1-19 для выявления и/или количественного определения микроорганизмов на коже.
RU2005103818/13A 2002-07-18 2003-07-16 Выявление микроорганизмов RU2005103818A (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE2002132775 DE10232775A1 (de) 2002-07-18 2002-07-18 Nachweis von Mikroorganismen
DE10232775.0 2002-07-18
DE2003106616 DE10306616A1 (de) 2003-02-14 2003-02-14 Kit zum Nachweis von Mikroorganismen
DE10306616.0 2003-02-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2005103818A true RU2005103818A (ru) 2005-11-10

Family

ID=30771716

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2005103818/13A RU2005103818A (ru) 2002-07-18 2003-07-16 Выявление микроорганизмов

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20050202476A1 (ru)
EP (1) EP1523580A2 (ru)
JP (1) JP2005532818A (ru)
AU (1) AU2003257470A1 (ru)
BR (1) BR0312770A (ru)
RU (1) RU2005103818A (ru)
WO (1) WO2004009843A2 (ru)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1668765A (zh) * 2002-07-18 2005-09-14 汉高两合股份公司 检测微生物的寡核苷酸
CN100469391C (zh) * 2004-06-10 2009-03-18 安米 人溶菌酶在制备治疗痤疮的药物中的应用
JP4803477B2 (ja) * 2004-12-06 2011-10-26 富士電機株式会社 微生物の計測方法
JP5201818B2 (ja) * 2006-11-10 2013-06-05 キヤノン株式会社 プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法
DE102007021387A1 (de) 2007-05-04 2008-11-06 Eads Deutschland Gmbh Detektionsvorrichtung zur Detektion von biologischen Mikropartikeln wie Bakterien, Viren, Sporen, Pollen oder biologische Toxine, sowie Detektionsverfahren
US20110044968A1 (en) * 2008-03-10 2011-02-24 Pharmal N Corporation Compositions for treatment with metallopeptidases, methods of making and using the same
WO2013155370A1 (en) * 2012-04-13 2013-10-17 The Regents Of The University Of California Sinusitis diagnostics and treatments
JP2015524653A (ja) * 2012-07-13 2015-08-27 ロレアル 対象における薄皮状態のインビトロ診断方法及び関連用途
FR3097560B1 (fr) * 2019-06-24 2021-06-25 Oreal Méthode de diagnostic d’une exposition chronique à la pollution

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5541308A (en) * 1986-11-24 1996-07-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms
US6582908B2 (en) * 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5474796A (en) * 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
US5426025A (en) * 1992-05-28 1995-06-20 Florida State University Species-specific DNA probes for vibrio vulnificus methods and kits
FR2733755B1 (fr) * 1995-05-03 1997-07-11 Bio Merieux Fragment nucleotidique de l'arn ribosomique 16s de corynebacteries, sondes et amorces derivees, reactif et procede de detection
US6737248B2 (en) * 1996-01-05 2004-05-18 Human Genome Sciences, Inc. Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences
AU5595200A (en) * 1999-06-04 2000-12-28 Kairos Scientific Inc. Multispectral taxonomic identification
CN1668765A (zh) * 2002-07-18 2005-09-14 汉高两合股份公司 检测微生物的寡核苷酸

Also Published As

Publication number Publication date
WO2004009843A2 (de) 2004-01-29
BR0312770A (pt) 2005-05-03
JP2005532818A (ja) 2005-11-04
AU2003257470A1 (en) 2004-02-09
EP1523580A2 (de) 2005-04-20
WO2004009843A3 (de) 2004-05-21
US20050202476A1 (en) 2005-09-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20240344097A1 (en) Amplicon rescue multiplex polymerase chain reaction for amplification of multiple targets
US5976572A (en) Dry solid medium for storage and analysis of genetic material
US8329394B2 (en) Methods and substances for isolation and detection of small polynucleotides
US6627226B2 (en) Dry solid medium for storage and analysis of genetic material
ES2194022T3 (es) Metodo para determinar la presencia de un organismo en una muestra fisiologica.
US8859199B2 (en) Use of an extraction control in a method of extracting nucleic acids
JP2006505275A5 (ru)
Hataya et al. A PCR-microplate hybridization method for plant virus detection
RU2005103822A (ru) Олигонуклеиды для выявления микроорганизмов
RU2005103818A (ru) Выявление микроорганизмов
KR960007791A (ko) 추가 증폭의 표적이 될 수 없는 핵산 증폭 반응 생성물의 제조 방법, 이 방법을 이용한 진단 분석법, 상기 방법 또는 분석법을 수행하는데 적합한 키트 및 용기
CN112218954A (zh) 用于从样品液体提取核酸的方法和设备
EP1141402A1 (en) Method for the detection of specific nucleic acid sequences by polymerase nucleotide incorporation
NO20000538D0 (no) Forsterkning av det spesifikke for nukleinsyreoekning ved nukleinsyrebaerer
RU2265058C2 (ru) Способ выявления в образце нуклеиновой кислоты-мишени (варианты)
RU2005100511A (ru) Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а
CA2555346C (en) Method of detecting nucleic acid and utilization thereof
US20120135873A1 (en) Genome determination assay
JP2006500010A5 (ru)
JP2005532818A5 (ru)
JP6448695B2 (ja) Ｒｎａ増幅方法、ｒｎａ検出方法及びアッセイキット
DE59610324D1 (de) Verfahren und Reagenz zur spezifischen Bestimmung von mRNA
JPH07265098A (ja) Ｒｎａの安定な検出方法
Ahmad et al. Liquid and Solid Hybridization Methods to Detect RNAs
WO2007099328A1 (en) Methods and means for immobilizing nucleic acids on solid supports and their uses

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20080918