RU2003126575A - Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина - Google Patents
Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина Download PDFInfo
- Publication number
- RU2003126575A RU2003126575A RU2003126575/13A RU2003126575A RU2003126575A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A RU 2003126575/13 A RU2003126575/13 A RU 2003126575/13A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A RU 2003126575 A RU2003126575 A RU 2003126575A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- dna
- further characterized
- oligonucleotides
- additional
- oligonucleotide
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 49
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract 29
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 16
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract 10
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims abstract 10
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims abstract 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract 10
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract 10
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 6
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims abstract 3
- 230000030933 DNA methylation on cytosine Effects 0.000 claims abstract 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims abstract 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims 14
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims 8
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims 6
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 claims 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 4
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 claims 3
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 claims 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 claims 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 claims 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 2
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 claims 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 claims 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 claims 1
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 claims 1
- 206010019233 Headaches Diseases 0.000 claims 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 claims 1
- 206010034719 Personality change Diseases 0.000 claims 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 claims 1
- 208000028017 Psychotic disease Diseases 0.000 claims 1
- 206010039966 Senile dementia Diseases 0.000 claims 1
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N Sulfurous acid Chemical compound OS(O)=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims 1
- 230000016571 aggressive behavior Effects 0.000 claims 1
- 230000003542 behavioural effect Effects 0.000 claims 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 claims 1
- 230000007177 brain activity Effects 0.000 claims 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims 1
- 238000001818 capillary gel electrophoresis Methods 0.000 claims 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 claims 1
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims 1
- 238000012993 chemical processing Methods 0.000 claims 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 claims 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 claims 1
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical class NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000009547 development abnormality Effects 0.000 claims 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- WBZKQQHYRPRKNJ-UHFFFAOYSA-L disulfite Chemical compound [O-]S(=O)S([O-])(=O)=O WBZKQQHYRPRKNJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims 1
- 210000000750 endocrine system Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001508 eye Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 claims 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 claims 1
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 claims 1
- 231100000869 headache Toxicity 0.000 claims 1
- 210000005003 heart tissue Anatomy 0.000 claims 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 claims 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 claims 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 claims 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 claims 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 claims 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 claims 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 claims 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 claims 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 claims 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 claims 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 claims 1
- 238000011160 research Methods 0.000 claims 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 claims 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 claims 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 claims 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 claims 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 claims 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 claims 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 abstract 7
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 abstract 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 abstract 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Claims (41)
1. Метод обнаружения метилирования цитозина в образцах ДНК, отличающийся проведением следующих стадий:
образец геномной ДНК, включающий исследуемую ДНК и фоновую ДНК подвергают химической обработке таким образом, что все не метилированные основания цитозина преобразуют в урацил, при этом основания 5-метипцитозина остаются неизмененными; химически обработанный образец ДНК амплифицируют применением по меньшей мере 2 олигонуклеотидов-праймеров, а также полимеразы, в результате чего исследуемая ДНК становится матричной по отношению к фоновой ДНК, и
амплифицированные продукты анализируют, и из наличия амплифицированного продукта и/или из анализа добавочных положений делают вывод о состоянии метилирования исследуемой ДНК.
2. Метод по п.1, отличающийся далее тем, что образец ДНК получают из сыворотки или других жидкостей тела человека.
3. Метод по п.1, отличающийся далее тем, что образцы ДНК получают из клеточных линий, крови, мокроты, стула, мочи, сыворотки, цереброспинальной жидкости, ткани, залитой парафином, например, ткани глаз, кишечника, почек, мозга, сердца, предстательной железы, легкого, молочной железы или печени, гистологических слайдов или других их возможных комбинаций.
4. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что химическую обработку проводят бисульфитам (=дисульфитом, кислым сульфитом).
5. Метод по п.4, отличающийся далее тем, что химическую обработку проводят после заливки ДНК в агарозу.
6. Метод по п.4, отличающийся далее тем, что в химической обработке присутствует реагент, денатурирующий дуплекс ДНК, и/или ловушка для радикалов.
7. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что амплификацию на второй стадии проводят в присутствии по меньшей мере одного добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера, который связывается с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-СА-3′динуклеотидом, при этом другой олигонуклеотид или ПНК олигомер предпочтительно связывается с фоновой ДНК и тормозит ее амплификацию.
8. Метод по п.7, отличающийся далее тем, что этот связующий сайт добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера и связующие сайты праймеров на фоновой ДНК перекрываются, и добавочный олигонуклеотид замедляет связывание по меньшей мере одного праймера-олигонуклеотида с фоновой ДНК.
9. Метод по одному из п.7 или 8, отличающийся далее тем, что применяют по меньшей мере два других олигонуклеотида или ПНК олигомера, в результате чего их связующие сайты вновь перкрываются каждый раз со связующим сайтом праймера на фоновой ДНК, и добавочные олигонуклеотиды и/или ПНК олигомеры замедляют связывание обоих олигонуклеотидов-праймеров с фоновой ДНК.
10. Метод по п.9, отличающийся далее тем, что один из добавочных олигонуклеотидов и/или ПНК олигомеры тормозят связывание прямого праймера, в то время как другой тормозит связывание обратного праймера.
11. Метод по любому из пп.7-10, отличающийся далее тем, что концентрация добавочных олигонуклеотидов и/или ПНК олигомеров по меньшей мере в пять раз превышает концентрацию олигонуклеотидов-праймеров.
12. Метод по п.7, отличающийся далее тем, что добавочные олигонуклеотиды и/или ПНК олигомеры связываются с фоновой ДНК, и, таким образом, тормозят полную элонгацию олигонуклеотидов-праймеров в реакции полимеразы.
13. Метод по п.12, отличающийся далее тем, что применяемая полимераза не обладает активностью 5′-3′-экзонуклеазы.
14. Метод по п.12, отличающийся далее тем, что присутствующие добавочные олигонуклеотиды модифицированы на 5′ конце и не могут существенно разрываться полимеразой с 5′-3′ активностью экзонуклеазы.
15. Метод по одному из пунктов 7-14, отличающийся далее тем, что олигонуклеотиды, применяемые в дополнение к праймерам, не имеют 3′-OH функции.
16. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что химически обработанный образец ДНК амплифицируют на второй стадии с использованием по меньшей мере 2 олигонуклеотидов-праймеров и одного добавочного олигонуклеотида или ПНК олигомера, который гибридизируется с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-CA-3′-динуклеотидом, и по меньшей мере одного олигонуклеотида-репортера, который гибридизируется с 5′-CG-3′-динуклеотидом или 5′-TG-3′-динуклеотидом или 5′-СА-3′-динуклеотидом, а также полимеразой; в результате чего добавочный олигонуклеотид или ПНК олигомер связывается с фоновой ДНК и сдерживает ее амплификацию, и в результате чего олигонуклеотид-репортер связывается с исследуемой ДНК и указывает на ее амплификацию.
17. Метод по п.16, отличающийся далее тем, что кроме олигонуклеотида-репортера применяют другой олигомер, помеченный флуоресцентным красителем, который гибридизируется с участком, непосредственно прилегающим к олигонуклеотиду-репортеру, и эту гибридизацию можно обнаружить посредством передачи резонансной энергии флуоресценции.
18. Метод по любому из п.16 или 17, отличающийся далее тем, что анализ проводят по методике TaqMan.
19. Метод по любому из п.16 или 17, отличающийся далее тем, что анализ проводят по методике LightCycle.
20. Метод по любому из пп.16-19, отличающийся далее тем, что олигонуклеотид-репортер имеет по меньшей мере одну флуоресцентную метку.
21. Метод по любому из пп.16-20, отличающийся далее тем, что молекулы репортера указывают амплификацию либо усилением, либо ослаблением флуоресценции.
22. Метод по п.21, отличающийся далее тем, что усиление или ослабление флуоресценции также непосредственно используют для анализа, и состояние метилирования исследуемой ДНК определяют по флуоресцентному сигналу.
23. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что концентрация присутствующей фоновой ДНК в 100 раз превышает концентрацию исследуемой ДНК.
24. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что концентрация присутствующей фоновой ДНК в 1000 раз превышает концентрацию исследуемой ДНК.
25. Метод по любому из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что анализ или, в случае метода по любому из пп.6-11, дополнительный анализ, проводят посредством гибридизации с олигомерными решетками, где олигомерами могут быть нуклеиновые кислоты или молекулы, такие как ПНК, схожие с ними по своим свойствам гибридизации.
26. Метод по п.25, отличающийся далее тем, что олигомеры гибридизируются с анализируемой ДНК посредством сегмента длиной в 12-22 основания и включают CG-, TG- или СА-динуклеотид.
27. Метод по одному из п.25 или 26, отличающийся далее тем, что состояние метилирования более 20 положений метилирования анализируемой ДНК выявляют в одном эксперименте.
28. Метод по одному из п.25 или 26, отличающийся далее тем, что состояние метилирования более 60 положений метилирования анализируемой ДНК выявляют в одном эксперименте.
29. Метод по одному из пп.1-24, отличающийся далее тем, что анализ или, в случае пп.16-19, дополнительные анализы, проводят измерением длины исследуемой амплифицированной ДНК, и методы измерения длины включают гель-электрофорез, капиллярный гель-электрофорез, хроматографию (например, ЖХВР), масс-спектрометрию и другие подходящие методы.
30. Метод по одному из пп.1-24, отличающийся далее тем, что анализ, или, в случае пп.16-19, дополнительные анализы, проводят секвенированием, и методы секвенирования включают метод Санджера, метод Максам-Гилберта и другие методы, такие как секвенирование гибридизацией (SBH).
31. Метод по п.30, отличающийся далее тем, что секвенирование для каждого CpG-положения или небольшой группы этих положений проводят каждый раз отдельным олигонуклеотидом-праймером и удлинение сегмента праймера включает только одно или несколько оснований, и по типу удлинения сегмента праймера делают вывод о состоянии метилирования соответствующих положений в ДНК, предназначенной для исследования.
32. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что о наличии заболевания или другого клинического состояния больного делают вывод из степени метилирования различных исследуемых CpG-положений.
33. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что сами амплифицированные продукты для их выявления снабжены обнаруживаемой меткой.
34. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метками являются флуоресцентные метки.
35. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метки представляют собой радионуклиды.
36. Метод по п.33, отличающийся далее тем, что метки представляют собой съемные метки массы, которые обнаруживаются масс-спектрометром.
37. Метод по одному из предшествующих пунктов, отличающийся далее тем, что в амплификации один из праймеров связан с твердой фазой.
38. Метод по одному из пп.1-33, отличающийся далее тем, что амплифицированные продукты обнаруживаются в целом в масс-спектрометре и, таким образом, четко характеризуются по массе.
39. Применение метода по одному из предшествующих пунктов для диагностики и/или прогнозирования неблагоприятных явлений для больных, если такие неблагоприятные явления входят по меньшей мере в одну из следующих категорий: нежелательная лекарственная интерференция; раковые заболевания; CNS дисфункции, нарушения или заболевания; симптома агрессии или поведенческие реакции; клинические, психологические или социальные последствия нарушения мозговой деятельности; психотические расстройства и изменения личности; старческое слабоумие и/или сопутствующие синдромы; сердечно-сосудистые заболевания, расстройства и нарушения; расстройства, нарушения и заболевания желудочно-кишечного тракта; расстройства, нарушения и заболевания дыхательной системы; повреждения, воспаление, инфекция, состояния иммунитета и/или выздоровления; дисфункции, нарушения или заболевания организма как отклонение в развитии; патология, повреждения или заболевания кожи, мышц, соединительной ткани или костей; нарушение, дисфункции или заболевания эндокринной системы и обменных процессов; головные боли или расстройства функции половой сферы.
40. Применение метода по одному из предшествующих пунктов для различения типов клеток или тканей или для исследования клеточной дифференциации.
41. Комплект, включающий реагент, содержащий бисульфит, праймеры и другие олигонуклеотиды без 3′-ОН функции для получения амплифицированных продуктов, а также инструкцию для проведения анализа по изобретению в соответствии с одним из пп.1-38.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE10112515.1 | 2001-03-09 | ||
| DE10112515A DE10112515B4 (de) | 2001-03-09 | 2001-03-09 | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität |
| DE10158283.8 | 2001-11-19 | ||
| DE10158283A DE10158283A1 (de) | 2001-11-19 | 2001-11-19 | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2003126575A true RU2003126575A (ru) | 2005-02-20 |
| RU2332462C2 RU2332462C2 (ru) | 2008-08-27 |
Family
ID=26008786
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2003126575/13A RU2332462C2 (ru) | 2001-03-09 | 2002-03-08 | Способ обнаружения метилирования цитозина в образцах днк |
Country Status (17)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US7229759B2 (ru) |
| EP (2) | EP1370691B1 (ru) |
| JP (1) | JP4484431B2 (ru) |
| KR (1) | KR100839984B1 (ru) |
| CN (1) | CN100347314C (ru) |
| AT (1) | ATE362995T1 (ru) |
| AU (1) | AU2002253108B2 (ru) |
| CA (1) | CA2435917C (ru) |
| DE (2) | DE10112515B4 (ru) |
| DK (1) | DK1370691T3 (ru) |
| ES (1) | ES2287269T3 (ru) |
| IL (1) | IL157080A0 (ru) |
| IS (1) | IS6887A (ru) |
| NZ (1) | NZ527350A (ru) |
| PT (1) | PT1370691E (ru) |
| RU (1) | RU2332462C2 (ru) |
| WO (1) | WO2002072880A2 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EA013634B1 (ru) * | 2005-04-15 | 2010-06-30 | Эпиджиномикс Аг | Способы и нуклеиновые кислоты для анализов клеточных пролиферативных нарушений |
Families Citing this family (158)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20030190644A1 (en) * | 1999-10-13 | 2003-10-09 | Andreas Braun | Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers |
| DE19951189C2 (de) * | 1999-10-15 | 2003-11-06 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Unterscheidung von 5-Position-Methylierungsänderungen von Cytosin-Basen und Cytosin-zu-Thymin-Mutationen und zum Nachweis von single nucleotide polymorphisms (SNPs) oder Punktmutation in genomischer DNA |
| US7611869B2 (en) * | 2000-02-07 | 2009-11-03 | Illumina, Inc. | Multiplexed methylation detection methods |
| US7955794B2 (en) | 2000-09-21 | 2011-06-07 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
| US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
| US8076063B2 (en) | 2000-02-07 | 2011-12-13 | Illumina, Inc. | Multiplexed methylation detection methods |
| ATE393240T1 (de) * | 2001-11-16 | 2008-05-15 | Univ Johns Hopkins Med | Verfahren zum nachweis von prostatakrebs |
| US20110151438A9 (en) | 2001-11-19 | 2011-06-23 | Affymetrix, Inc. | Methods of Analysis of Methylation |
| US6960436B2 (en) * | 2002-02-06 | 2005-11-01 | Epigenomics Ag | Quantitative methylation detection in DNA samples |
| US7820378B2 (en) * | 2002-11-27 | 2010-10-26 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery |
| AU2003290223A1 (en) * | 2002-12-02 | 2004-06-23 | Solexa Limited | Determination of methylation of nucleic acid sequences |
| DE10304219B3 (de) * | 2003-01-30 | 2004-08-19 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität |
| WO2004097369A2 (en) * | 2003-04-25 | 2004-11-11 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for de novo sequencing |
| US7288373B2 (en) | 2003-05-02 | 2007-10-30 | Human Genetic Signatures Pty Ltd. | Treatment of methylated nucleic acid |
| US20050009059A1 (en) * | 2003-05-07 | 2005-01-13 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation status using oligonucleotide arrays |
| EP1641936B1 (en) | 2003-06-17 | 2010-08-04 | Human Genetic Signatures PTY Ltd. | Methods for genome amplification |
| DE10328813B4 (de) * | 2003-06-20 | 2006-04-13 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Untersuchung von Cytosin-Methylierungen in DNA-Sequenzen mittels triplexbildender Oligomere |
| DE10329240A1 (de) * | 2003-06-24 | 2005-01-20 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Analyse des Cytosin-Methylierungsstatus von Cancer-Testis-Antigenen für eine individualisierte Immuntherapie |
| US20070117093A1 (en) * | 2003-06-24 | 2007-05-24 | Reimo Tetzner | Heavymethyl assay for the methylation analysis of the gstpi gene |
| DE10331107B3 (de) * | 2003-07-04 | 2004-12-02 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA mittels Cytidin-Deaminasen |
| DE10338308B4 (de) | 2003-08-15 | 2006-10-19 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA |
| EP1668148B1 (en) | 2003-09-04 | 2008-12-31 | Human Genetic Signatures PTY Ltd. | Nucleic acid detection assay |
| US9394565B2 (en) * | 2003-09-05 | 2016-07-19 | Agena Bioscience, Inc. | Allele-specific sequence variation analysis |
| DE10346363B4 (de) * | 2003-09-30 | 2005-09-29 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Methylierungsanalyse von DNA |
| CN102517389A (zh) | 2003-10-09 | 2012-06-27 | Epi基因组股份公司 | 改进的dna亚硫酸氢盐转化 |
| ES2801379T3 (es) | 2003-12-01 | 2021-01-11 | Epigenomics Ag | Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada con el desarrollo de trastornos proliferativos de células de próstata |
| DE502005008441D1 (de) * | 2004-02-05 | 2009-12-17 | Epigenomics Ag | Verfahren zur kalibrierung und kontrolle von methylierungsanalyse-methoden mit hilfe von nicht-methylierter dna |
| EP1725685A2 (en) * | 2004-03-19 | 2006-11-29 | Epigenomics AG | Calibration standard for determining base proportions of degenerated bases in dna |
| EP1735460A1 (de) * | 2004-03-24 | 2006-12-27 | Epigenomics AG | Verfahren zur analyse von cytosinmethylierungen |
| AU2005230936B2 (en) | 2004-03-26 | 2010-08-05 | Agena Bioscience, Inc. | Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis |
| US7608394B2 (en) | 2004-03-26 | 2009-10-27 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for phenotype identification based on nucleic acid methylation |
| US20050287553A1 (en) * | 2004-04-06 | 2005-12-29 | Epigenomics Ag | Method for the quantification of methylated DNA |
| WO2005100240A1 (ja) * | 2004-04-08 | 2005-10-27 | Toyo Boseki Kabushiki Kaisha | Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 |
| US20050233340A1 (en) * | 2004-04-20 | 2005-10-20 | Barrett Michael T | Methods and compositions for assessing CpG methylation |
| US8168777B2 (en) | 2004-04-29 | 2012-05-01 | Human Genetic Signatures Pty. Ltd. | Bisulphite reagent treatment of nucleic acid |
| ATE491041T1 (de) * | 2004-06-23 | 2010-12-15 | Epigenomics Ag | Verfahren zur quantifizierung von methylierter dns |
| EP2281902A1 (en) | 2004-07-18 | 2011-02-09 | Epigenomics AG | Epigenetic methods and nucleic acids for the detection of breast cell proliferative disorders |
| EP1627924B1 (en) * | 2004-08-19 | 2011-04-06 | Epigenomics AG | Method for the analysis of methylated DNA |
| EP1632578A1 (en) * | 2004-09-03 | 2006-03-08 | Roche Diagnostics GmbH | DNA decontamination method |
| US20060073501A1 (en) * | 2004-09-10 | 2006-04-06 | Van Den Boom Dirk J | Methods for long-range sequence analysis of nucleic acids |
| WO2006026828A1 (en) | 2004-09-10 | 2006-03-16 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Amplification blocker comprising intercalating nucleic acids (tna) containing intercalating pseudonucleotides (ipn) |
| JP2008515784A (ja) * | 2004-09-21 | 2008-05-15 | アプレラ コーポレイション | メチル化ｄｎａ分析のための硫酸水素ナトリウムの改良代替物として硫黄求核剤を使用する方法 |
| EP3342877B1 (en) | 2004-09-30 | 2020-01-29 | Epigenomics AG | Method for providing dna fragments derived from an archived sample |
| JP5774805B2 (ja) | 2004-11-29 | 2015-09-09 | セクエノム，インコーポレイティド | メチル化ｄｎａを検出する方法、及びキット |
| AU2005308918B2 (en) | 2004-11-29 | 2012-09-27 | Sequenom, Inc. | Means and methods for detecting methylated DNA |
| EP1828411B1 (en) | 2004-12-03 | 2012-11-07 | Human Genetic Signatures PTY Ltd | Methods for simplifying microbial nucleic acids by chemical modification of cytosines |
| US20080118926A1 (en) * | 2004-12-13 | 2008-05-22 | National University Corporation Okayama University | Method For Detecting Methylation In Genes And Method For Examining Neoplasm Through Detecting Methylation In Genes |
| US20060134650A1 (en) * | 2004-12-21 | 2006-06-22 | Illumina, Inc. | Methylation-sensitive restriction enzyme endonuclease method of whole genome methylation analysis |
| EP2803734B1 (en) | 2005-04-01 | 2017-09-20 | Epigenomics AG | Improved bisulfite conversion of DNA |
| PT1871912E (pt) | 2005-04-15 | 2012-05-25 | Epigenomics Ag | Método para determinar metilação de adn em amostras de sangue ou urina |
| WO2006125267A1 (en) | 2005-05-26 | 2006-11-30 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Isothermal strand displacement amplification using primers containing a non-regular base |
| US20060292585A1 (en) * | 2005-06-24 | 2006-12-28 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
| DE102005034628B4 (de) * | 2005-07-19 | 2007-08-23 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Untersuchung von Cytosin-Methylierungen in DNA |
| DE502005008746D1 (de) | 2005-07-21 | 2010-02-04 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Quantifizierung methylierter DNA |
| US8343738B2 (en) | 2005-09-14 | 2013-01-01 | Human Genetic Signatures Pty. Ltd. | Assay for screening for potential cervical cancer |
| US7820385B2 (en) * | 2006-03-22 | 2010-10-26 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention | Method for retaining methylation pattern in globally amplified DNA |
| US7901882B2 (en) | 2006-03-31 | 2011-03-08 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
| US20090317810A1 (en) * | 2006-04-17 | 2009-12-24 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for the detection of colorectal cell proliferative disorders |
| WO2007140417A2 (en) | 2006-05-31 | 2007-12-06 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the extraction and amplification of nucleic acid from a sample |
| US20080050738A1 (en) * | 2006-05-31 | 2008-02-28 | Human Genetic Signatures Pty Ltd. | Detection of target nucleic acid |
| EP1882746A3 (en) * | 2006-07-27 | 2008-03-19 | Epigenomics AG | Method for detecting a methylation pattern |
| ATE543621T1 (de) | 2006-10-04 | 2012-02-15 | Messer Group Gmbh | Verfahren und vorrichtung zur herstellung von gekühltem frischbeton |
| US7902345B2 (en) | 2006-12-05 | 2011-03-08 | Sequenom, Inc. | Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry |
| WO2008096146A1 (en) | 2007-02-07 | 2008-08-14 | Solexa Limited | Preparation of templates for methylation analysis |
| US20080213870A1 (en) * | 2007-03-01 | 2008-09-04 | Sean Wuxiong Cao | Methods for obtaining modified DNA from a biological specimen |
| WO2008113111A1 (en) * | 2007-03-16 | 2008-09-25 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Assay for gene expression |
| PL2479289T3 (pl) | 2007-06-08 | 2016-10-31 | Sposób analizy metylacji | |
| EP2195452B1 (en) | 2007-08-29 | 2012-03-14 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for universal size-specific polymerase chain reaction |
| RU2492243C2 (ru) * | 2007-09-17 | 2013-09-10 | Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. | Способ анализа онкологических заболеваний молочной железы |
| AU2008329549B2 (en) | 2007-11-27 | 2013-08-22 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Enzymes for amplification and copying bisulphite modified nucleic acids |
| JP2011505153A (ja) * | 2007-12-05 | 2011-02-24 | ヒューマン ジェネティック シグネチャーズ ピーティーワイ リミテッド | Ｒｎａのバイサルファイト処理 |
| EP2071035A1 (en) | 2007-12-13 | 2009-06-17 | Epigenomics AG | Facilitator and method for amplification |
| WO2009079703A1 (en) * | 2007-12-20 | 2009-07-02 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Elimination of contaminants associated with nucleic acid amplification |
| US7888127B2 (en) | 2008-01-15 | 2011-02-15 | Sequenom, Inc. | Methods for reducing adduct formation for mass spectrometry analysis |
| US8852864B2 (en) | 2008-01-17 | 2014-10-07 | Sequenom Inc. | Methods and compositions for the analysis of nucleic acids |
| WO2009091934A1 (en) | 2008-01-17 | 2009-07-23 | Sequenom, Inc. | Single molecule nucleic acid sequence analysis processes and compositions |
| EP2271772B1 (en) * | 2008-03-11 | 2014-07-16 | Sequenom, Inc. | Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination |
| US8476013B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-07-02 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
| US8962247B2 (en) * | 2008-09-16 | 2015-02-24 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses |
| EP2340314B8 (en) | 2008-10-22 | 2015-02-18 | Illumina, Inc. | Preservation of information related to genomic dna methylation |
| EP2189538A1 (en) | 2008-11-21 | 2010-05-26 | Epigenomics AG | An analysis molecule and method for the analysis of a nucleotide position in a nucleic acid |
| EP2358911B1 (en) | 2008-11-24 | 2016-12-21 | Sequenom, Inc. | Improving nucleic acid hybridisation assay by compressing the dynamic range of high-abundance molecules |
| JP2012511927A (ja) | 2008-12-17 | 2012-05-31 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 対立遺伝子変種を検出するための方法、組成物、およびキット |
| CA2755615A1 (en) * | 2009-03-18 | 2010-09-23 | Sequenom, Inc. | Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules |
| EP3249053A1 (en) | 2009-03-27 | 2017-11-29 | Life Technologies Corporation | Methods, compositions, and kits for detecting allelic variants |
| US20110287424A1 (en) * | 2009-03-27 | 2011-11-24 | Life Technologies Corporation | Methylation-specific competitive allele-specific taqman polymerase chain reaction (cast-pcr) |
| EP3211095B1 (en) | 2009-04-03 | 2019-01-02 | Sequenom, Inc. | Nucleic acid preparation compositions and methods |
| WO2010127499A1 (zh) * | 2009-05-08 | 2010-11-11 | Gui Yaoting | 利用人体甲基化信息测定泌尿结石的装置及方法 |
| EP2309005B1 (en) | 2009-08-03 | 2015-03-04 | Epigenomics AG | Methods for preservation of genomic DNA sequence complexity |
| US20110104695A1 (en) | 2009-11-05 | 2011-05-05 | Epigenomics Ag | Methods of predicting therapeutic efficacy of cancer therapy |
| EP2516680B1 (en) | 2009-12-22 | 2016-04-06 | Sequenom, Inc. | Processes and kits for identifying aneuploidy |
| US8460872B2 (en) | 2011-04-29 | 2013-06-11 | Sequenom, Inc. | Quantification of a minority nucleic acid species |
| US20140235474A1 (en) | 2011-06-24 | 2014-08-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non invasive assessment of a genetic variation |
| CA2840149C (en) | 2011-07-08 | 2021-10-26 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for determining the prognosis of a cancer subject |
| ES2609845T3 (es) * | 2011-07-29 | 2017-04-24 | Cambridge Epigenetix Limited | Métodos para la detección de modificación de nucleótidos |
| SG11201400217WA (en) | 2011-09-07 | 2014-03-28 | Human Genetic Signatures Pty | Molecular detection assay |
| US9984198B2 (en) | 2011-10-06 | 2018-05-29 | Sequenom, Inc. | Reducing sequence read count error in assessment of complex genetic variations |
| US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US9367663B2 (en) | 2011-10-06 | 2016-06-14 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| CA2850785C (en) | 2011-10-06 | 2022-12-13 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US10424394B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-09-24 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US8688388B2 (en) | 2011-10-11 | 2014-04-01 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US10131953B2 (en) | 2011-11-03 | 2018-11-20 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Unbiased DNA methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
| CA2858144C (en) | 2011-12-06 | 2021-05-04 | Mdxhealth Sa | Methods of detecting mutations and epigenetic changes |
| CA2861856C (en) | 2012-01-20 | 2020-06-02 | Sequenom, Inc. | Diagnostic processes that factor experimental conditions |
| US9605313B2 (en) | 2012-03-02 | 2017-03-28 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| WO2013148147A1 (en) | 2012-03-26 | 2013-10-03 | The U.S.A., As Represented By The Secretary Dept. Of Health And Human Services | Dna methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms |
| WO2013165748A1 (en) | 2012-04-30 | 2013-11-07 | Raindance Technologies, Inc | Digital analyte analysis |
| US10504613B2 (en) | 2012-12-20 | 2019-12-10 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US9920361B2 (en) | 2012-05-21 | 2018-03-20 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for analyzing nucleic acid |
| US10059996B2 (en) | 2012-06-11 | 2018-08-28 | Medizineische Hochschule Hannover | Susceptibility to and stratification for monoaminergic antidepressants |
| US10497461B2 (en) | 2012-06-22 | 2019-12-03 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US20140004105A1 (en) | 2012-06-29 | 2014-01-02 | Sequenom, Inc. | Age-related macular degeneration diagnostics |
| EP2872648B1 (en) | 2012-07-13 | 2019-09-04 | Sequenom, Inc. | Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses |
| SG11201501465SA (en) * | 2012-08-31 | 2015-05-28 | Nat Defense Medical Ct | Method for screening cancer |
| US10482994B2 (en) | 2012-10-04 | 2019-11-19 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US20150315636A1 (en) * | 2012-10-31 | 2015-11-05 | Becton, Dickinson And Company | Selective amplification and real-time pcr detection of rare mutations |
| US20140193819A1 (en) * | 2012-10-31 | 2014-07-10 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for modulation of amplification efficiency |
| US20130309666A1 (en) | 2013-01-25 | 2013-11-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US20130189684A1 (en) | 2013-03-12 | 2013-07-25 | Sequenom, Inc. | Quantification of cell-specific nucleic acid markers |
| US9305756B2 (en) | 2013-03-13 | 2016-04-05 | Agena Bioscience, Inc. | Preparation enhancements and methods of use for MALDI mass spectrometry |
| EP3597774A1 (en) | 2013-03-13 | 2020-01-22 | Sequenom, Inc. | Primers for dna methylation analysis |
| EP2978861B1 (en) | 2013-03-28 | 2020-07-15 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Unbiased dna methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
| EP4187543A1 (en) | 2013-04-03 | 2023-05-31 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| EP2986762B1 (en) | 2013-04-19 | 2019-11-06 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital analyte analysis |
| WO2014190286A2 (en) | 2013-05-24 | 2014-11-27 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| DE102013009654A1 (de) * | 2013-06-07 | 2014-12-11 | Klaus Olek | Eine Methode zum Nachweis und zur Unterscheidung von Körperflüssigkeiten aus forensischem Material |
| EP3011051B1 (en) | 2013-06-21 | 2019-01-30 | Sequenom, Inc. | Method for non-invasive assessment of genetic variations |
| BR112016007401B1 (pt) | 2013-10-04 | 2023-04-11 | Sequenom, Inc. | Método para determinar a presença ou ausência de uma aneuploidia cromossômica em uma amostra |
| EP3495496B1 (en) | 2013-10-07 | 2020-11-25 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of chromosome alterations |
| CN104611410A (zh) * | 2013-11-04 | 2015-05-13 | 北京贝瑞和康生物技术有限公司 | 一种无创癌症检测方法及其试剂盒 |
| CN106103743B (zh) | 2014-01-07 | 2025-12-02 | Imppc私人基金会 | 用于产生双链dna文库的方法和用于鉴定甲基化胞嘧啶的测序方法 |
| EP3117011B1 (en) | 2014-03-13 | 2020-05-06 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| WO2016019042A1 (en) | 2014-07-30 | 2016-02-04 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| CN107406874B (zh) * | 2014-12-19 | 2021-03-26 | 表观基因组股份有限公司 | 用于检测CpG甲基化和诊断癌症的方法 |
| CN104502492B (zh) * | 2015-01-14 | 2016-01-27 | 武汉大学 | 一种化学衍生化方法及其在lc-ms法检测核酸修饰中的应用 |
| WO2016205233A2 (en) | 2015-06-15 | 2016-12-22 | Cepheid | Integrated purification and measurement of dna methylation and co-measurement of mutations and/or mrna expression levels in an automated reaction cartridge |
| US10913986B2 (en) | 2016-02-01 | 2021-02-09 | The Board Of Regents Of The University Of Nebraska | Method of identifying important methylome features and use thereof |
| DE102016005947B3 (de) | 2016-05-16 | 2017-06-08 | Dimo Dietrich | Verfahren zur Abschätzung der Prognose und zur Prädiktion des Ansprechens auf eine Immuntherapie von Patienten mit malignen Erkrankungen |
| US11685955B2 (en) | 2016-05-16 | 2023-06-27 | Dimo Dietrich | Method for predicting response of patients with malignant diseases to immunotherapy |
| EP3491560A1 (en) | 2016-07-27 | 2019-06-05 | Sequenom, Inc. | Genetic copy number alteration classifications |
| US11566284B2 (en) | 2016-08-10 | 2023-01-31 | Grail, Llc | Methods of preparing dual-indexed DNA libraries for bisulfite conversion sequencing |
| US11130998B2 (en) | 2016-11-14 | 2021-09-28 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Unbiased DNA methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
| JP7123050B2 (ja) | 2016-12-12 | 2022-08-22 | セファイド | 自動反応カートリッジにおける統合された、ＤＮＡメチル化の精製及び測定並びに変異及び／又はｍＲＮＡ発現レベルの同時測定 |
| CA3207879A1 (en) | 2017-01-24 | 2018-08-02 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for assessment of genetic variations |
| EP3596233B1 (en) | 2017-03-17 | 2022-05-18 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for assessment of genetic mosaicism |
| DE102017125780B3 (de) | 2017-11-05 | 2018-12-13 | Dimo Dietrich | Verfahren zur Bestimmung des Ansprechens einer malignen Erkrankung auf eine Immuntherapie |
| WO2019226942A1 (en) * | 2018-05-23 | 2019-11-28 | Hangzhou New Horizon Health Technology Co. Ltd. | The kit for screening colorectal cancer and advanced adenoma and its application |
| CN109337984A (zh) * | 2018-12-14 | 2019-02-15 | 北京华夏时代基因科技发展有限公司 | 用于氟尿嘧啶代谢相关基因snp检测的核苷酸分子组合 |
| EP3918089B1 (en) | 2019-01-31 | 2025-01-15 | Guardant Health, Inc. | Method for isolating and sequencing cell-free dna |
| US11542548B2 (en) | 2019-06-11 | 2023-01-03 | Wisconsin Alumni Research Foundation; | Blood DNA methylation biomarker diagnostic test for anxiety and depressive disorders |
| WO2021050962A1 (en) | 2019-09-11 | 2021-03-18 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Cancer detection and classification |
| CN110669828A (zh) * | 2019-11-22 | 2020-01-10 | 上海鹍远健康科技有限公司 | 转化dna回收率的检测方法及引物 |
| EP4150119B1 (en) | 2020-05-22 | 2024-12-04 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Epigenetic modification of select genes as markers of hypersomnolence |
| EP4585697A3 (en) | 2020-07-30 | 2025-08-06 | Guardant Health, Inc. | Methods for isolating cell-free dna |
| CN114507719A (zh) * | 2022-02-23 | 2022-05-17 | 厦门飞朔生物技术有限公司 | 一种针对dna甲基化监测的定量分析方法 |
| KR102878733B1 (ko) | 2022-08-08 | 2025-10-30 | 전북대학교산학협력단 | N4-메틸시토신 변형 예측 방법 및 시스템 |
| WO2024064369A1 (en) * | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Flagship Pioneering Innovations Vi, Llc | Methods for amplifying nucleic acids |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5849497A (en) * | 1997-04-03 | 1998-12-15 | The Research Foundation Of State University Of New York | Specific inhibition of the polymerase chain reaction using a non-extendable oligonucleotide blocker |
| US5952202A (en) * | 1998-03-26 | 1999-09-14 | The Perkin Elmer Corporation | Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification |
| AUPP312998A0 (en) * | 1998-04-23 | 1998-05-14 | Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation | Diagnostic assay |
| US6331393B1 (en) * | 1999-05-14 | 2001-12-18 | University Of Southern California | Process for high-throughput DNA methylation analysis |
-
2001
- 2001-03-09 DE DE10112515A patent/DE10112515B4/de not_active Expired - Lifetime
-
2002
- 2002-03-08 IL IL15708002A patent/IL157080A0/xx unknown
- 2002-03-08 RU RU2003126575/13A patent/RU2332462C2/ru active
- 2002-03-08 WO PCT/EP2002/002572 patent/WO2002072880A2/de not_active Ceased
- 2002-03-08 AU AU2002253108A patent/AU2002253108B2/en not_active Expired
- 2002-03-08 EP EP02722194A patent/EP1370691B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 EP EP06077160A patent/EP1818414A3/de not_active Withdrawn
- 2002-03-08 DE DE50210199T patent/DE50210199D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 KR KR1020037011825A patent/KR100839984B1/ko not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 NZ NZ527350A patent/NZ527350A/en not_active IP Right Cessation
- 2002-03-08 CA CA2435917A patent/CA2435917C/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 ES ES02722194T patent/ES2287269T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 PT PT02722194T patent/PT1370691E/pt unknown
- 2002-03-08 CN CNB028055071A patent/CN100347314C/zh not_active Expired - Lifetime
- 2002-03-08 DK DK02722194T patent/DK1370691T3/da active
- 2002-03-08 AT AT02722194T patent/ATE362995T1/de active
- 2002-03-08 JP JP2002571930A patent/JP4484431B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2002-08-27 US US10/229,370 patent/US7229759B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2003
- 2003-07-24 IS IS6887A patent/IS6887A/is unknown
-
2007
- 2007-06-11 US US12/287,668 patent/US20120107807A1/en not_active Abandoned
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EA013634B1 (ru) * | 2005-04-15 | 2010-06-30 | Эпиджиномикс Аг | Способы и нуклеиновые кислоты для анализов клеточных пролиферативных нарушений |
| US9695478B2 (en) | 2005-04-15 | 2017-07-04 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for the analyses of cellular proliferative disorders |
| US10385402B2 (en) | 2005-04-15 | 2019-08-20 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for analyses of cellular proliferative disorders |
| US11186879B2 (en) | 2005-04-15 | 2021-11-30 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for analyses of cellular proliferative disorders |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| HK1069604A1 (en) | 2005-05-27 |
| DE50210199D1 (de) | 2007-07-05 |
| JP4484431B2 (ja) | 2010-06-16 |
| DK1370691T3 (da) | 2007-10-01 |
| IL157080A0 (en) | 2004-02-08 |
| CA2435917C (en) | 2011-05-17 |
| CA2435917A1 (en) | 2002-09-19 |
| RU2332462C2 (ru) | 2008-08-27 |
| DE10112515A1 (de) | 2002-11-14 |
| EP1370691B1 (de) | 2007-05-23 |
| US20030082600A1 (en) | 2003-05-01 |
| US7229759B2 (en) | 2007-06-12 |
| EP1818414A2 (de) | 2007-08-15 |
| EP1370691A2 (de) | 2003-12-17 |
| WO2002072880A3 (de) | 2003-09-25 |
| PT1370691E (pt) | 2007-09-04 |
| AU2002253108B2 (en) | 2007-03-15 |
| EP1818414A3 (de) | 2009-03-11 |
| CN100347314C (zh) | 2007-11-07 |
| ATE362995T1 (de) | 2007-06-15 |
| WO2002072880A2 (de) | 2002-09-19 |
| KR20030084975A (ko) | 2003-11-01 |
| ES2287269T3 (es) | 2007-12-16 |
| US20120107807A1 (en) | 2012-05-03 |
| KR100839984B1 (ko) | 2008-06-19 |
| CN1539023A (zh) | 2004-10-20 |
| NZ527350A (en) | 2005-09-30 |
| JP2004527241A (ja) | 2004-09-09 |
| DE10112515B4 (de) | 2004-02-12 |
| IS6887A (is) | 2003-07-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2003126575A (ru) | Высокочувствительный метод обнаружения структур метилирования цитозина | |
| US6238866B1 (en) | Detector for nucleic acid typing and methods of using the same | |
| JP5674696B2 (ja) | 遠隔サンプル由来のｄｎａ断片を提供する方法 | |
| RU2223324C2 (ru) | Способ получения фингерпринтов комплексно метилированной днк | |
| US8771951B2 (en) | Methods for PCR and HLA typing using raw blood | |
| CN101553577B (zh) | 快速基因分型分析和分析设备 | |
| CA2462932A1 (en) | Method for the detection of cytosine methylations in immobilized dna samples | |
| US12116632B2 (en) | Methods for characterizing cell-free nucleic acid fragments | |
| Luque-González et al. | Identification of Trypanosomatids by detecting Single Nucleotide Fingerprints using DNA analysis by dynamic chemistry with MALDI-ToF | |
| JP2022145606A (ja) | 核酸の正確な並行定量のための高感度な方法 | |
| JP2004521630A (ja) | 変更検出のための方法 | |
| CN113260451A (zh) | 单分子表观遗传定位 | |
| CN108823303A (zh) | 一种检测试剂盒及其评估精神分裂症遗传风险的用途 | |
| CN109355288A (zh) | 一种目标dna富集的方法和应用 | |
| Albujja | Biological Fluid Identification by Epigenetic Approaches | |
| Satcher | DNA Methylation Analysis for Tissue and Age Determination for Forensic Human Identification | |
| CN105200158A (zh) | Ass1甲基化检测在骨性关节炎诊断中的应用 | |
| CN109355355A (zh) | 一种用于目标dna富集的试剂盒、制备方法和应用 | |
| KR20070023625A (ko) | 중아황산염을 활용한 디엔에이의 전환방법 및 그의사용용도 | |
| US20090075285A1 (en) | Primer kit | |
| JPH04135497A (ja) | 疎水性核酸プローブを用いた遺伝子検出方法 | |
| Acharya | Molecular Pathology–Review | |
| JP2006158341A (ja) | 遺伝子多型検出キット |