[go: up one dir, main page]

RS56319B1 - Oligonukleotidi koji moduliraju rnk sa poboljšanim karakteristikama za lečenje neuromišićnih poremećaja - Google Patents

Oligonukleotidi koji moduliraju rnk sa poboljšanim karakteristikama za lečenje neuromišićnih poremećaja

Info

Publication number
RS56319B1
RS56319B1 RS20170765A RSP20170765A RS56319B1 RS 56319 B1 RS56319 B1 RS 56319B1 RS 20170765 A RS20170765 A RS 20170765A RS P20170765 A RSP20170765 A RS P20170765A RS 56319 B1 RS56319 B1 RS 56319B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
nucleotides
oligonucleotide
seq
rna
length
Prior art date
Application number
RS20170765A
Other languages
English (en)
Inventor
Visser Peter Christian De
Susan Allegonda Maria Mulders
Original Assignee
Biomarin Tech Bv
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Biomarin Tech Bv filed Critical Biomarin Tech Bv
Publication of RS56319B1 publication Critical patent/RS56319B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A61P21/02—Muscle relaxants, e.g. for tetanus or cramps
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/14—Drugs for disorders of the nervous system for treating abnormal movements, e.g. chorea, dyskinesia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/333—Modified A
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/335—Modified T or U
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/336—Modified G
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/346—Spatial arrangement of the modifications having a combination of backbone and sugar modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3521—Methyl
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/34—Allele or polymorphism specific uses

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Psychology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Description

Opis
Oblast
[0001] Pronalazak se odnosi na oblast humane genetike, specifičnije neuromišićnih poremećaja. Pronalazak se naročito odnosi na upotrebu antisens oligonukleotida (AONs) sa poboljšanim karakteristikama koje pojačavaju kliničku primenljivost kao što je dodatno ovde definisano.
Osnova pronalaska
[0002] Neuromišićne bolesti su okarakterisane oštećenim funkcionisanjem mišića kao posledica mišićne ili nervne patologije (miopatije i neuropatije). Neuropatije su okarakterisane neurodegeneracijom i oštećenom nervnom kontrolom koja dovodi do problema sa kretanjem, spastičnosti ili paralize. Primeri obuhvataju Huntington-ovu bolest (HD), nekoliko tipova spinocerebelarne ataksije (SCA), Friedreich-ovu ataksiju (FA), amiotrofnu lateralnu sklerozu (ALS) i frontotemporalnu demenciju (FTD). Podgrupa neuropatija je uzrokovana nestabilnošću ponovka cis-elementa. Na primer, HD je uzrokovan širenjem trostrukog (CAG)nponovka u egzonu 1 HTT gena. Širenje ovih ponovaka rezultira u širenju glutaminskog lanca na N-terminalnom kraju 348 kDa citoplazmatičnog huntingtin proteina. Huntingtin ima karakterističnu sekvencu od 6 do 29 glutaminskih aminokiselinskih ostataka u normalnom obliku; mutirani huntingtin koji izaziva bolest ima više od 38 ostataka. Kontinuirana ekspresija mutantnih molekula u neuronskim ćelijama rezultira u formiranju velikih naslaga proteina koje konačno dovode do ćelijske smrti, naročito u frontalnim lobusima i bazalnog gangliji (uglavnom u repatom jedru). Težina bolesti je generalno proporcionalna broju dodatnih ostataka. AON koji specifično ciljno deluju na proširene CAG ponovke (kao što je PS57 (CUG)7kao 2’-O-metil fosforotioat RNK; SEQ ID NO:1 Evers et al.) može biti primenjen efikasno za smanjenje mutantnog huntingtin transkripta i (toksičnih) proteinskih nivoa u ćelijama izvedenim od HD pacijenta. Za lečenje neuropatija, potrebno je da sistemski primenjeni AONs prođu kroz krvno-moždanu barijeru. Na taj način, postoji potreba za optimizacijom oligohemije koja omogućava i/ili ispoljava poboljšano dopremanje do mozga.
[0003] Miopatije obuhvataju genetičke mišićne distrofije koje su okarakterisane progresivnom slabošću i degeneracijom skeletnog, srčanog i/ili glatkog mišića.
[0004] Primeri miopatija su Duchenne-ova mišićna distrofija (DMD), miotonična distrofija tipa 1 (DM1), i miotonična distrofija tipa 2 (DM2). DM1 i DM2 su obe takođe uzrokovane nestabilnošću ponovka cis-elementa; DM1 širenjem trinukleotidnog (CTG)nponovka u 3’ netranslatiranom regionu egzona 15 u DMPK genu, i DM2 širenjem tetranukleotidnog (CCTG)nponovka u DM2/ZNF9 genu. Takođe ovde, AONs koji specifično ciljno deluju na proširene ponovke, kao što je PS58, (CAG)7, 2’-O-metil fosforotioat RNK za DM1 (Mulders et al.), pokazano je da efikasno indukuju specifično razlaganje (toksičnih) proširenih ponavljajućih transkripata. Nasuprot DMD gde je genski nedostatak povezan sa povećanom propustljivošću membrana mišićnog vlakna za mala jedinjenja kao AONs, za većinu drugih miopatija povećana raspodela AON do i unos od strane mišićnog tkiva je esencijalno za dobijanje terapeutskog efekta. Na taj način, takođe ovde postoji potreba za optimizacijom oligohemije koja omogućava i/ili ispoljava poboljšanu isporuku do mišića.
[0005] Posebne karakteristike izabrane hemije najmanje delimično utiču na dopremanje AON do ciljnog transkripta: put primene, biostabilnost, bio-raspodelu, intra-tkivnu raspodelu i ćelijski unos i prenos. Pored toga, dodatna optimizacija oligonukleotidne hemije je koncipirana da bi se pojačali vezujući afinitet i stabilnost, pojačala aktivnost, poboljšala bezbednost i/ili smanjili troškovi robe smanjenjem dužine i poboljšanjem postupaka sinteze i/ili prečišćavanja. Višestruke hemijske modifikacije su postale generalno i/ili komercijalno dostupne za naučnu zajednicu (kao što su 2’-O-metil RNK i 5-supstituisani pirimidini i 2,6-diaminopurini), dok većina ostalih još uvek predstavljaju značajan sintetički napor za dobijanje. Naročiti preliminarni ohrabrujući rezultati su dobijeni upotrebom 2’-O-metil fosforotioat RNK koja sadrži modifikacije na pirimidinskim i purinskim bazama kao što su ovde identifikovane.
[0006] U zaključku, da bi se pojačala terapeutska primenljivost AONs za lečenje humanih genetičkih poremećaja povezanih sa nestabilnošću ponovka cis-elementa kao što su ovde ilustrovani, postoji potreba za AONs sa dodatni poboljšanim karakteristikama.
Opis
Oligonukleotid
[0007] U prvom aspektu, opis daje oligonukleotid koji sadrži 2’-O-metil RNK nukleotidne ostatke, koji imaju osnovu u kojoj je najmanje jedan fosfatni deo zamenjen fosforotioatnim delom, i koji sadrži jednu ili više 5-metilpirimidinskih i/ili jednu ili više 2,6-diaminopurinskih baza; ili oligonukleotid prema pronalasku koji se sastoji od 2’-O-metil RNK nukleotidnih ostataka i koji ima osnovu u kojoj su svi fosfatni delovi zamenjeni fosforotioatnim delovima, i koji ima baznu sekvencu koja se sastoji od (XYG)7gde svaki X je 5-metilcitozin i svaki Y je uracil (SEQ ID NO:70), poželjno za upotrebu kao lek za lečenje humanih genetičkih poremećaja povezanih sa nestabilnošću ponovka cis-elementa. U ovom kontekstu, "osnova" je korišćena za identifikaciju lanca naizmeničnih prstenova riboze i internukleotidnih veza, za koje su vezane nukleobaze. Termin "veza" je korišćen za vezivanje između dve jedinice riboze (tj. "internukleozidna veza"), koja je generalno fosfatni deo. Na taj način, oligonukleotid koji ima 10 nukleotida može da sadrži 9 veza, koje vezuju 10 jedinica riboze zajedno. Pored toga, može biti prisutna jedna ili više poslednjih veza na jednom ili više strana oligonukleotida, koja je vezana samo za nukleotid. Termini "veza" i "internukleozidna veza" su određeni tako da označavaju takvu viseću vezu. Najmanje jedna od veza u osnovi oligonukleotida prema opisu se sastoji od fosforotioat dela, koji vezuje dve ribozne jedinice. Na taj način, najmanje jedan od prirodnih 3’ do 5’ fosfodiestarskih delova prisutnih u RNK je zamenjen fosforotioat delom. Unutar konteksta opisa i pronalaska, "a" u svakom od sledećih izraza označava "najmanje jedan": 2’-O-metil RNK nukleotidni ostatak, 2’-O-metil RNK ostatak, fosforotioat deo, 2’-O-metil fosforotioat RNK ostatak, 5-metilpirimidinsku bazu, 5-metilcitozin bazu, 5-metiluracil bazu, timin bazu, 2,6-diaminopurin bazu.
[0008] Poželjno, oligonukleotid prema opisu je oligonukleotid sa manje od 37 nukleotida. Navedeni oligonukleotid može imati 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Takav oligonukleotid može takođe biti identifikovan kao oligonukleotid koji ima od 12 do 36 nukleotida. Prema tome, oligonukleotid prema opisu, koji sadrži 2’-O-metil RNK nukleotidni ostatak koji ima osnovu u kojoj je najmanje jedan fosfatni deo zamenjen fosforotioat delom, sadrži manje od 37 nukleotida (tj. sadrži 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida) i 5-metilpirimidin i/ili 2,6-diaminopurinsku bazu. Prema tome, oligonukleotid prema pronalasku, koji se sastoji od 2’-O-metil RNK nukleotidnih ostataka i koji ima osnovu u kojoj su svi fosfatni delovi zamenjeni fosforotioatom, i sadrži manje od 34 nukleotida (tj. sadrži 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida) i 5-metilpirimidin i/ili 2,6-diaminopurin bazu.
[0009] U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid opisa sadrži 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidni ostatak ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidnih ostataka. Takav oligonukleotid sadrži 2’-O-metil RNK ostatak, koji je vezan preko fosforotioat veze za sledeći nukleotid u sekvenci. Ovaj sledeći nukleotid može biti, ali ne neophodno, sledeći 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidni ostatak. Alternativno, takav oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidnih ostataka, pri čemu svi nukleotidi sadrže 2’-O-metil deo i fosforotioat deo. Poželjno, takav oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidnih ostataka. Takva hemija je poznata stručnjaku iz date oblasti tehnike. U prijavi, oligonukleotid koji sadrži 2’-O-metil RNK ostatak i fosforotioat vezu može biti zamenjen oligonuleotidom koji sadrži 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidni ostatak ili oligonukleotid koji sadrži 2’-O-metil fosforotioat RNK ostatak. U prijavi, oligonukleotid koji se sastoji od 2’-O-metil RNK ostataka vezanih sa ili spojenih preko fosforotioat veza ili oligonukleotid koji se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK nukleotidnih ostataka može biti zamenjen oligonukleotidom koji se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK.
[0010] Dodatno, oligonukleotid pronalaska sadrži najmanje jednu modifikaciju baze koja povećava afinitet vezivanja za ciljne lance, povećava temperaturu topljenja rezultujućeg dupleksa pomenutog oligonukleotida sa njegovom ciljnom sekvencom, i/ili snižava imunostimulatorna dejstva, i/ili povećava biološku stabilnost, i/ili poboljšava biološku raspodelu i/ili raspodelu između tkiva, i/ili preuzimanje i promet između ćelija. U jednom primeru izvođenja, oligonukleotid pronalaska sadrži bazu 5-metilpirimidin i/ili 2,6-diaminopurin. Baza 5-metilpirimidin je odabrana od 5-metilcitozina i/ili 5-metiluracila i/ili timina, u kojoj je timin istovetan sa 5-metiluracilom. Tamo gde oligonukleotid opisa ima dve ili više takvih modifikacija baza, pomenute modifikacije baza mogu da budu istovetne, na primer sve takve modifikovane baze u oligonukleotidu su 5-metilcitozin, ili pomenute modifikacije baza mogu da budu kombinacija različitih modifikacija baza, na primer oligonukleotid može da ima jedan ili više 5-metilcitozina i jedan ili više 5-metiluracila. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid opisa (tj. oligonukleotid koji sadrži 2’-O-metil RNK nukleotidne ostatke, ima skelet u kome je najmanje jedan fosfatni ostatak zamenjen fosforotioatnim ostatkom, i sadrži jedan ili više 5-metilpirimidina i/ili jednu ili više 2,6-diaminopurinskih baza; ili oligonukleotid pronalaska koji se sastoji od 2’-O-metil RNK nukleotidnih ostataka i ima skelet u kome su svi fosfatni ostaci zamenjeni fosforotioatnim ostacima, i sadrže jednu ili više 5-metilpirimidinskih baza i/ili jednu ili više 2,6-diaminopurinskih baza) je takav da ne sadrži 2’-deoksi 2’-fluoro nukleotid (tj. 2’-deoksi 2’-fluoro-adenozin, -guanozin, - uridin i/ili -citidin). Za takav oligonukleotid koji sadrži 2’fluoro (2’-F) nukleotid pokazano je da je sposoban da regrutuje faktor 2 ili 3 koji se vezuje za pojačivač interleukina (ILF2/3) i time je sposoban da indukuje preskakanje egzona u ciljanoj pre-iRNK (Rigo F, et al, WO2011/097614). U ovom pronalasku, poželjno korišćeni oligonukleotid ne regrutuje takve faktore i/ili oligonukleotid pronalaska ne obrazuje heteroduplekse sa RNK koje specifično prepoznaje ILF2/3. Predpostavlja se da je mehanizam dejstva oligonukleotida ovog pronalaska drugačiji od mehanizma dejstva oligonukleotida na 2’-F nukleotid: očekuje se da oligonukleotid pronalaska prvenstveno indukuje specifičnu degradaciju (toksičnih) proširenih transkripata ponovka.
[0011] ’Timin’ i ’5-metiluracil’ mogu da menjaju jedan drugi u dokumentu. Po analogiji, 2,6-diaminopurin je identičan 2-aminoadeninu i ovi termini mogu da menjaju jedan drugi u dokumentu.
[0012] Termin "modifikacija baze" ili "modifikovana baza" kako je ovde naznačeno, odnosi se na modifikaciju prirodne baze RNK (tj. pirimidinske ili purinske baze) ili na de novo sintezu baze. Ova de novo sintetisana baza može da se okvalifikuje kao "modifikovana" poređenjem sa postojećom bazom. Izraz oligonukleotid koji sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil i/ili 2,6-diaminopurinsku bazu znači da je najmanje jedna od citozinskih nukleobaza pomenutog oligonukleotida modifikovana supstitucijom protona na položaju 5 pirimidinskog prstena metil grupom (tj. 5-metilcitozinom), i/ili da je najmanje jedna od uracilskih nukleobaza pomenutog oligonukleotida modifikovana supstitucijom protona na položaju 5 pirimidinskog prstena metil grupom (tj.5-metiluracilom), i/ili da je najmanje jedna od adeninskih nukleobaza pomenutog oligonukleotida modifikovana supstitucijom protona na položaju 2 amino grupom (tj. 2,6-diaminopurinom), navedenim redom. U ovom kontekstu, izraz "supstitucija protona metil grupom na položaju 5 pirimidinskog prstena" može da se zameni izrazom "supstitucija pirimidina 5-metilpirimidinom," sa pirimidinom koji se odnosi samo na uracil, samo na citozin, ili na oba. Slično, izraz "supstitucija protona amino grupom na položaju 2 adenina" može da se zameni izrazom "supstitucija adenina 2,6-diaminopurinom." Ako pomenuti oligonukleotid sadrži 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili više citozina, uracila, i/ili adenina, najmanje 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili više citozina, uracila i/ili adenina redom, su modifikovani na ovaj način. Poželjno svi citozini, uracili i/ili adenini su modifikovani na ovaj način ili zamenjeni 5-metilcitozinom, 5-metiluracilom i/ili 2,6-diaminopurinom, navedenim redom. Nema potrebe napomenuti da AON-i iz opisa i pronalaska mogu da se primene samo na oligonukleotide koji sadrže najmanje jedan citozin, uracil, ili adenin, navedenim redom, u svojoj sekvenci.
[0013] Otkrili smo da prisustvo 5-metilcitozina, 5-metiluracila i/ili 2,6-diaminopurina u oligonukleotidima pronalaska ima pozitivno dejstvo na bar jedan parametar ili dovodi do poboljšanja bar jednog parametra pomenutih oligonukleotida. U ovom kontekstu, parametri mogu da uključuju: afinitet i/ili kinetiku vezivanja, aktivnost utišavanja, biološku stabilnost, raspodelu (unutartkivnu), preuzimanje i/ili promet među ćelijama, i/ili imunogenost pomenutog oligonukleotida, kako je objašnjeno u nastavku teksta.
[0014] Afinitet i kinetika vezivanja zavisi od termodinamičkih osobina AON-a. One su bar delimično određene temperaturom topljenja pomenutog oligonukleotida (Tm; izračunata sa npr. kalkulatorom osobina oligonukleotida (http://www.unc.edu/-cail/biotool/oligo/index.html ili http://eu.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/) za jednolančanu RNK korišćenjem osnovne Tm i najbližeg susednog modela), i/ili slobodnu energiju kompleksa egzon - ciljni oligonukleotid (korišćenjem RNK strukture verzija 4.5 ili RNK mfold verzija 3.5). Ako se Tm povećava, aktivnost preskakanja egzona se tipično povećava, ali kada je Tm previsoka, očekuje se da AON postane manje specifičan za sekvencu. Prihvatljiva Tm i slobodna energija zavise od sekvence oligonukleotida. Stoga, teško je odrediti poželjne opsege za svaki od ovih parametara.
[0015] Aktivnost oligonukleotida opisa i pronalaska je da inhibira obrazovanje mutantnog proteina i/ili utiša ili smanji ili snizi količinu transkripata povezanih sa bolešću ili izazivača bolesti ili mutantnih transkripata koji sadrže povećani ili nestabilni broj ponovaka u ćeliji pacijenta, u tkivu pacijenta i/ili kod pacijenta kao što je ovde kasnije objašnjeno. Očekuje se da oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i 5-metilcitozina i/ili 5-metiluracila i/ili 2,6-diaminopurinske baze bude sposoban da utiša ili smanji ili snizi količinu pomenutih transkripata efikasnije od oligonukleotida koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ali bez imalo 5-metilcitozina, bez imalo 5-metiluracila i bez imalo 2,6-diaminopurina. Ova razlika u smislu efikasnosti može da bude najmanje 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%. Smanjenje ili snižavanje može da se proceni pomoću Northern Blotting-a ili (semi-) kvantitativnog RT-PCR-a za nivoe transkripta (poželjno kao što je izvedeno u eksperimentalnom delu) ili pomoću Western blotting-a za nivoe proteina. Oligonukleotid može prvo da se ispita u ćelijskom sistemu kao što su fibroblasti koji potiču od pacijenta kao što je opisano u primeru 1.
[0016] Biološka raspodela i biološka stabilnost su poželjno bar delimično određene validiranim testom hibridizacije-ligacije preuzetim od Yu et al., 2002. U jednom primeru izvođenja, plazma ili homogenizovani uzorci tkiva se inkubiraju sa specifičnom vezujućom oligonukleotidnom probom. Nakon razdvajanja, oligonukleotid obeležen DIG-om se vezuje za kompleks i zatim detektuje korišćenjem peroksidaze vezane za anti-DIG antitelo. Nekomercijalna farmakokinetička analiza se izvodi korišćenjem softverskog paketa WINNONLIN (model 200, verzija 5.2, Pharsight, Mountainview, CA). Nivoi AON (ug) po mL plazme ili mg tkiva se prate u vremenu da bi se procenila površina ispod krive (AUC), pik koncentracije (Cmax), vreme do pika koncentracije (Tmax), terminalni polu-život i lag vreme apsorpcije (tlag). Takav poželjni test je opisan u eksperimentalnom delu. AON-i mogu da stimulišu urođeni imunski odgovor aktivacijom Toll-u sličnih receptora (TLR), uključujući TLR9 i TLR7 (Krieg et al., 1995). Aktivacija TLR9 se tipično dešava zbog prisustva nemetilovanih CG sekvenci prisutnih u oligodeoksinukleotidima (ODN), imitiranjem bakterijske DNK koja aktivira urođeni imunski sistem putem oslobađanja citokina posredovanog sa TLR9. Međutim, sugerisano je da modifikacija 2’-O-metil znatno smanjuje takvo moguće dejstvo. Opisano je da TLR7 prepoznaje ponovke uracila u RNK (Diebold et al., 2006). Aktivacija TLR9 i TLR7 dovodi do niza koordinisanih imunskih odgovora koji uključuju urođeni imunitet (makrofagi, dendritske ćelije (DC), i NK ćelije) (Krieg et al., 1995; Krieg, 2000). Nekoliko hemo- i citokina, kao što su IP-10, TNFα, IL-6, MCP-1 i IFNα (Wagner, 1999; Popovic et al., 2006) je uključeno u ovaj proces. Inflamatorni citokini privlače dodatne odbrambene ćelije iz krvi, kao što su T i B ćelije. Nivoi ovih citokina mogu da se istraže in vitro ispitivanjem. Ukratko, humana puna krv se inkubira sa rastućim koncentracijama AON-a nakon čega se nivoi citokina određuju pomoću standardnih komercijalno dostupnih ELISA kompleta. Smanjenje imunogenosti poželjno odgovara detektabilnom snižavanju koncentracije bar jednog od prethodno pomenutih citokina poređenjem sa koncentracijom odgovarajućeg citokina u testu na ćeliji tretiranoj oligonukleotidom koji sadrži najmanje jedan 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil, i/ili 2,6-diaminopurin u poređenju sa ćelijom tretiranom odgovarajućim oligonukleotidom koji nema 5-metilcitozine, 5-metiluracile, ili 2,6-diaminopurine.
[0017] Prema tome, poželjni oligonukleotid pronalaska ima poboljšani parametar, kao što je prihvatljiva ili snižena imunogenost i/ili bolja biološka raspodela i/ili prihvatljiva ili poboljšana kinetika vezivanja RNK i/ili termodinamička svojstva u poređenju sa odgovarajućim oligonukleotidom koji se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK bez 5-metilcitozina, bez 5-metiluracila i bez 2,6-diaminopurina. Svaki od ovih parametara bi mogao da se proceni korišćenjem testova poznatih stručnjaku ili poželjno kao što je ovde opisano.
[0018] U nastavku su definisana ostala hemijska svojstva i modifikacije oligonukleotida opisa. Dodatna hemijska svojstva i modifikacije mogu da budu prisutne u kombinaciji sa hemijskim svojstvima koja su već definisana za pomenuti oligonukleotid, tj. prisustvo 5-metilcitozina, 5-metiluracila i/ili 2,6-diaminopurina, i oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK.
[0019] Poželjni oligonukleotid pronalaska sadrži ili se sastoji od molekula RNK ili modifikovanog molekula RNK. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid je jednolančani. Stručnjak će razumeti da je međutim moguće da jednolančani oligonukleotid obrazuje internu dvolančanu strukturu. Međutim, ovaj oligonukleotid se i dalje naziva jednolančanim oligonukleotidom u kontekstu ovog pronalaska. jednolančani oligonukleotid ima nekoliko prednosti u poređenju sa dvolančanim siRNK oligonukleotidom: (i) očekuje se da je njegova sinteza lakša nego sinteza dva komplementarna siRNK lanca; (ii) postoji širi opseg mogućih hemijskih modifikacija za poboljšanje preuzimanja u ćelije, bolja (fiziološka) stabilnost i za smanjenje potencijalnih generičkih štetnih efekata; (iii) siRNKs ima viši potencijal za specifične efekte (uključujući gene koji nisu ciljni) i preteranu farmakologiju (npr. moguća je manja kontrola efikasnosti i selektivnosti pomoću rasporeda tretmana ili doze) i (iv) manje je verovatno da će siRNKs delovati u jedru i ne mogu da se usmere prema intronima. Kao dodatak prethodno opisanim modifikacijama, oligonukleotid opisa može da sadrži dalje modifikacije kao što su različiti tipovi nukleotidnih ostataka nukleinske kiseline ili nukleotida kao što je opisano u nastavku. Različiti tipovi nukleotidnih ostataka nukleinske kiseline mogu da se koriste za stvaranje oligonukleotida opisa. Pomenuti oligonukleotid može da ima bar jednu modifikaciju u skeletu (internukleozidna veza i/ili modifikacija šećera) i/ili bar jednu modifikaciju baze u poređenju sa oligonukleotidom na bazi RNK. Modifikacija baze uključuje modifikovanu verziju prirodnih purinskih i pirimidinskih baza (npr. adenina, uracila, guanina, citozina i timina), kao što je hipoksantin (npr. inozin), orotična kiselina, agmatidin, lizidin, pseudouracil, 2-tiopirimidin (npr. 2-tiouracil, 2-tiotimin), „G-clamp“ i njegovi derivati, 5-supstituisani pirimidin (npr. 5-halouracil, 5-propiniluracil, 5-propinilcitozin, 5-aminometiluracil, 5-hidroksimetiluracil, 5-aminometilcitozin, 5-hidroksimetilcitozin, Super T), 7-deazaguanin, 7-deazaadenin, 7-aza-2,6-diaminopurin, 8-aza-7-deazaguanin, 8-aza-7-deazaadenin, 8-aza-7-deaza-2,6-diaminopurin, Super G, Super A, i N4-etilcitozin, ili njihove derivate; N2-ciklopentilguanin (cPent-G), N2-ciklopentil-2-aminopurin (cPent-AP), i N2-propil-2-aminopurin (Pr-AP), ili njihove derivate; i degenerisane ili univerzalne baze, kao 2,6-difluorotoluen ili odsutne baze kao što su položaji bez baza (npr. 1-deoksiriboza, 1,2-dideoksiriboza, 1-deoksi-2-O-metilriboza; ili derivati pirolidina u kojima je kiseonik prstena zamenjen azotom (azariboza)). Primeri derivata Super A, Super G i Super T mogu da se nađu u SAD patentu 6,683,173 (Epoch Biosciences), koji je ovde inkorporisan u celosti po referenci. Za cPent-G, cPent-AP i Pr-AP je pokazano da smanjuju imunostimulatorna dejstva kada su ugrađeni u siRNK (Peacock H. et al.). U jednom primeru izvođenja, oligonukleotid opisa sadrži položaj bez baze ili monomer bez baze. U kontekstu opisa, takav monomer može da se naziva položaj bez baze ili monomer bez baze. Monomer bez baze ili položaj bez baze predstavlja nukleotidni ostatak ili gradivni blok kome nedostaje nukleobaza u poređenju sa odgovarajućom nukleotidnim ostatkom koji sadrži nukleobazu. U okviru opisa, monomer bez baze je stoga gradivni blok oligonukleotida kome nedostaje nukleobaza. Takav monomer bez baze može da bude prisutan ili vezan ili spojen ili konjugovan sa slobodnim krajem oligonukleotida. U poželjnijem primeru izvođenja, oligonukleotid opisa sadrži 1-10 ili više monomera bez baze. Stoga, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ili više monomera bez baze može da bude prisutno u oligonukleotidu. Monomer bez baze može da bude bilo kog poznatog tipa i dostižan stručnjaku, čiji su neograničavajući primeri prikazani u nastavku:
[0020] Ovde, R1i R2su nezavisno H, oligonukleotid ili drugi položaj(i) bez baze, pod uslovom da nisu R1i R2oba H i R1i R2nisu oba oligonukleotid. Monomer(i) bez baze može da bude spojen ili sa jednim ili oba kraja oligonukleotida kao što je prethodno određeno. Treba napomenuti da oligonukleotid povezan sa jednim ili dva položaja bez baze ili monomera bez baze može da sadrži manje od 12 nukleotida. U ovom pogledu, oligonukleotid prema opisu može da sadrži najmanje 12 nukleotida, izborno uključujući jedan ili više položaja bez baze ili monomera bez baze na jednom ili oba kraja. U listi sekvenci, oligonukleotid opisa koji sadrži monomer bez baze može da bude predstavljen svojom nukleotidnom ili baznom sekvencom; monomer bez baze nije predstavljen budući da se može smatrati vezanim ili spojenim ili konjugovanim sa slobodnim krajem oligonukleotida. Ovo je slučaj kod baznih sekvenci SEQ ID NO: 107 i 108. U tabeli 2, puna sekvenca poželjnih oligonukleotida koji sadrže SEQ ID NO:107 ili 108 je obezbeđena: takav oligonukleotid sadrži SEQ ID NO: 107 ili 108 i 4 monomera bez baza na 3’ kraju odgovarajuće SEQ ID NO: 107 ili 108. SEQ ID NO: 220 i 221 odgovaraju SEQ ID NO: 107 i 108 dalje sadrže 4 dodatna monomera bez baza na 3’ kraju oligonukleotida.
[0021] Kada je abazični monomer prisutan unutar bazne sekvence oligonukleotida, navedeni abazični monomer je identifikovan u listingu sekvenci kao deo sekvence navedenog oligonukleotida kao u SEQ ID NO:210 i 213. U tabelama 1 i 2, abazični monomer je identifikovan upotrebom sova Q. U zavisnosti od njegove dužine oligonukleotid prema pronalasku može da sadrži 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 modifikacija baze. Opisom je takođe obuhvaćeno uvođenje više od jedne posebne modifikacije baze u navedenom oligonukleotidu.
[0022] "Modifikacija šećera" označava prisustvo modifikovane verzije ribozil dela kao prirodnog u RNK (tj. furanozil deo), kao što su biciklični šećeri, tetrahidropirani, morfolini, 2’-modifikovani šećeri, 4’-modifikovani šećeri, 5’-modifikovani šećeri i 4’-supstituisani šećeri. Primeri pogodne modifikacije šećera obuhvataju, ali bez ograničenja na, 2’-O-modifikovane RNK nukleotidne ostatke, kao što je 2’-O-alkil ili 2’-O-(supstituisani)alkil npr.
2’-O-metil, 2’-O-(2-cijanoetil), 2’-O-(2-metoksi)etil (2’-MOE), 2’-O-(2-tiometil)etil, 2’-O-butiril, 2’-O-propargil, 2’-O-alil, 2’-O-(2-amino)propil, 2’-O-(2-(dimetilamino)propil), 2’-O-(2-amino)etil, 2’-O-(2-(dimetilamino)etil); 2’-deoksi (DNK); 2’-O-(haloalkoksi)metil (Arai K. et al.) npr. 2’-O-(2-hloroetoksi)metil (MCEM), 2’-O-(2,2-dihloroetoksi)metil (DCEM); 2’-O-alkoksikarbonil npr. 2’-O-[2-(metoksikarbonil)etil] (MOCE), 2’-O-[2-(N-metilkarbamoil)etil] (MCE), 2’-O-[2-(N,N-dimetilkarbamoil)etil] (DCME); 2’-halo npr. 2’-F, FANA arabinozil nukleinska kiselina); karbašećerne i azašećerne modifikacije; 3’-O-
alkil npr. 3’-O-metil, 3’-O-butiril, 3’-O-propargil, 5’-alkil npr. 5’-metil; i njihovi derivati. Sledeća modifikacija šećera obuhvata "premošćenu" ili "bicikličnu" nukleinsku kiselinu (BNA), npr. zatvorenu nukleinsku kiselinu (LNA), ksilo-LNA, α-L-LNA, β-D-LNA, cEt
O,4’-C ograničeni etil) LNA, cMOEt (2’-O,4’-C ograničeni metoksietil) LNA, etilenpremošćenu nukleinsku kiselinu (ENA), BNANC[N-Me] (kao što je opisano u Chem. Commun. 2007, 3765, koji je obuhvaćen u celini referencom); triciklo DNK (tcDNK); nezatvorenu nukleinsku kiselinu (UNA); 5’-metil supstituisane BNAs (kao što su opisani u SAD patentnoj prijavi 13/530,218, koji je obuhvaćen u celini preko reference); cikloheksenil nukleinsku kiselinu (CeNA), altriol nukleinsku kiselinu (ANA), heksitol nukleinsku kiselinu (HNA), fluorovani HNA (F-HNA), piranozil-RNK (p-RNK), 3’-deoksipiran osil-DNA (p-DNA); morfolino (kao npr. u PMO, PMOPlus, PMO-X) i njihove derivate, verovatno zatvorenu nukleinsku kiselinu (LNA), ksilo-LNA, α-L-LNA, β-D-LNA, cEt
ograničeni etil) LNA, cMOEt ograničeni metoksietil) LNA, etilen-premošćenu nukleinsku kiselinu (ENA), triciklo DNK (tcDNK); cikloheksenil nukleinsku kiselinu (CeNA), altriol nukleinsku kiselinu (ANA), heksitol nukleinsku kiselinu (HNA), fluorovani HNA (F-HNA), piranozil-RNK (p-RNK), 3’-deoksipiranozil-DNK (p-DNK); morfolino (kao npr. u PMO, PMOPlus, PMO-X) i njihove derivate. Poželjna tcDNK je tc-PS-DNK (triciklo DNK koja sadrži fosforotioat internukleozidnu vezu). U zavisnosti do njegove dužine, oligonukleotid prema opisu može da sadrži 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 modifikacija šećera. Takođe je obuhvaćeno uvođenje više od jedne posebne modifikacije šećera u navedeni oligonukleotid. U primeru izvođenja, oligonukleotid kao što je ovde definisan sadrži ili se sastoji od LNA ili njegovog derivata. BNA derivati su na primer opisani u WO 2011/097641. U poželjnijem primeru izvođenja, oligonukleotid je potpuno 2’-O-metil modifikovan. Primeri PMO-X su opisani u WO2011150408, koji je obuhvaćen ovde u celini preko reference. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid prema opisu sadrži, pored obavezne 2’-O-metil modifikacije šećera, najmanje jednu drugu modifikaciju šećera izabranu od 2’-O-metila, 2’-O-(2-metoksi)etila, morfolino, premošćenog nukleotida ili BNA, ili oligonukleotid sadrži premošćene nukleotide i 2’-deoksi modifikovane nukleotide (BNA/DNK miksameri). Poželjnije, oligonukleotid je modifikovan u celoj dužini sa modifikacijom šećera izabranom od 2’-O-metila, 2’-O-(2-metoksi)etila, morfolino, premošćene nukleinske kiseline (BNA) ili BNA/DNK miksamer. U poželjnijem primeru izvođenja, oligonukleotid prema pronalasku sadrži potpuno 2’-O-metil modifikovan, poželjno potpuno modifikovan 2’-O-metil fosforotioat. "Modifikacija osnove" označava prisustvo modifikovane verzije ribozil dela ("modifikacija šećera"), kao što je naznačeno u prethodnom tekstu, i/ili prisustvo modifikovane verzije fosfodiestra kao prirodnog u RNK ("modifikacija internukleozidne veze"). Primeri modifikacije internukleozidne veze, koje su kompatibilne sa predmetnim pronalaskom, su fosforotioat (PS), hiralno čisti fosforotioat, fosforoditioat (PS2), fosfonoacetat (PACE), fosfonoacetamid (PACA), tiofosfonoacetat, tiofosfonoacetamid, fosforotioat prolek, H-fosfonat, metil fosfonat, metil fosfonotioat, metil fosfat, metil fosforotioat, etil fosfat, etil fosforotioat, boranofosfat, boranofosforotioat, metil boranofosfat, metil boranofosforotioat, metil boranofosfonat, metil boranofosfonotioat, i njihovi derivati.
Sledeća modifikacija obuhvata fosforamidit, fosforamidat, N3’→P5’ fosforamidat, fosfordiamidat, fosforotiodiamidat, sulfamat, dimetilensulfoksid, sulfonat, triazol, oksalil, karbamat, metilenimino (MMI) i tioacetamido nukleinsku kiselinu (TANA); i njihove derivate. U zavisnosti od njegove dužine, oligonukleotid opisa može da sadrži 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, ili 35 modifikacije osnove. Opis takođe obuhvata uvođenje više od jedne posebne modifikacije osnove u navedenom oligonukleotidu. Oligonukleotid prema opisu sadrži najmanje jednu modifikaciju fosforotioata. U poželjnijem primeru izvođenja, oligonukleotid prema pronalasku je potpuno modifiovani fosforotioat.
[0023] Druge hemijske modifikacije oligonukleotida opisa obuhvataju nukleinsku kiselinu na bazi peptida (PNA), PNA modifikovanu klasterom bora, oksi-peptidnu nukleinsku kiselinu na bazi pirolidina (POPNA), nukleinsku kiselinu na bazi glikola ili glicerola (GNA), nukleinsku kiselinu na bazi treoze (TNA), acikličnu nukleinsku kiselinu na bazi treoninola (aTNA), oligonukletid na bazi morfolino (PMO, PPMO, PMO-X), oligomere na bazi katjonskog morfolino (PMOPlus), oligonukleotide sa integrisanim bazama i osnovama (ONIBs), pirlidinamid oligonukleotide (POMs); i njihove derivate. U sledećem primeru izvođenja, oligonukleotid sadrži peptidnu nukleinsku kiselinu i/ili morfolino fosforodiamidat ili njegov derivat.
[0024] Na taj način, poželjan oligonukleotid prema jednom aspektu opisa sadrži:
(a) najmanje jednu modifikaciju baze izabranu od 5-metilpirimidina i 2,6-diaminopurina; i/ili
(b) najmanje jednu modifikaciju šećera, koja je 2’-O-metil, i/ili
(c) najmanje jednu modifikaciju osnove, koja je fosforotioat.
[0025] Na taj način, poželjan oligonukleotid prema ovom aspektu opisa sadrži modifikaciju baze (a) i ne sadrži modifikaciju šećera (b) i ne sadrži modifikaciju osnove (c). Sledeći poželjan oligonukleotid prema ovom aspektu opisa sadrži modifikaciju šećera (b) i ne sadrži modifikaciju baze (a) i ne sadrži modifikaciju osnove (c). Sledeći poželjan oligonukleotid prema ovom aspektu opisa sadrži modifikaciju osnove (c) i ne sadrži modifikaciju baze (a) i ne sadrži modifikaciju šećera (b). Takođe se razume da su oligonukleotidi koji nemaju gore navedene modifikacije pokriveni predmetnim opisom, kao i oligonukleotidi koji sadrže dve, tj. (a) i (b), (a) i (c) i/ili (b) i (c), ili sve tri od modifikacija (a), (b) i (c) kao u predmetnom pronalasku. U sledećem poželjnom primeru izvođenja, bilo koji od oligonukleotida kao što su opisani u prethodnom pasusu mogu da sadrže:
(a) najmanje jednu (dodatnu) modifikaciju baze izabranu od 2-tiouracila, 2-tiotimina, 5-metilcitozina, 5-metiluracila, timina, 2,6-diaminopurina; i/ili
(b) najmanje jednu (dodatnu) modifikaciju šećera izabranu od 2’-O-metila, 2’-O-(2-metoksi)etila, 2’-deoksi (DNK), morfolino, premošćenog nukleotida ili BNA, ili oligonukleotid sadrži oba, premošćene nukleotide i 2’-deoksi modifikovane nukleotide (BNA/DNK miksmere); i/ili
(c) najmanje jednu (dodatnu) modifikaciju osnove izabranu od (drugog) fosforotioata ili fosfordiamidata.
U sledećem poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid prema pronalasku je modifikovan preko cele dužine sa jednom ili više istih modifikacija, izabranih od (a) jedne od modifikacija baze; i/ili (b) jedne od modifikacija šećera; i/ili (c) jedne od modifikacija osnove.
[0026] Sa pojavom tehnologije imititranja nukleinske kiseline, postalo je moguće generisati molekule koji imaju slične, poželjno iste karakteristike hibridizacije po vrsti ne neophodno po količini kao same nukleinske kiseline. Takvi funkcionalni ekvivalenti su naravno takođe pogodni za upotrebu u pronalasku.
[0027] Stručnjak iz date oblasti tehnike će razumeti da se ne može svaki šećer, baza i/ili osnova modifikovati na isti način. Nekoliko posebnih modifikovanih šećera, baza i/ili osnova mogu biti kombinovani u jedan oligonukleotid prema pronalasku.
[0028] Stručnjak iz date oblasti tehnike će takođe razumeti da postoje mnogi sintetički derivati oligonukleotida. Poželjno, navedeni oligonukleotid sadrži RNK, jer su RNK/RNK dupleksi veoma stabilni. Poželjno je da RNK oligonukleotid sadrži modifikaciju koja obezbeđuje RNK sa dodatnom osobinom, na primer otpornošću na endonukleaze, egzonukleaze i RNKzuH, dodatnom hibridizacionom snagom, povećanom stabilnošću (na primer u telesnoj tečnosti), povećanom ili smanjenom fleksibilnošću, povećanom aktivnošću, smanjenom toksičnošću, povećanim intracelularnim transportom, tkivnom specifičnošću, itd. Pored toga, iRNK formirana u kompleks sa oligonukleotidom prema pronalasku poželjno nije podložanna cepanju sa RNKzomH cepanju. Poželjne modifikacije su identifikovane u prethodnom tekstu. Oligonuleotidi koji sadrže najmanje delimično prirodne DNK nukleotide su korisni za indukciju razlaganja DNK-RNK hibridnih molekula u ćeliji pomoću aktivnosti RNKzeH (EC.3.1.26.4). Prirodni RNK ribonukleotidi ili RNK-slični sintetički ribonukleotidi koji sadrže oligonukleotide su obuhvaćeni ovde tako da formiraju dvolančane RNK-RNK hibride koji deluju kao antisens zavistan od enzima preko puteva RNK interferencije ili utišavanja (RNKi/siRNK), koji uključuju prepoznavanje ciljne RNK preko sparivanja sensantisens lanca nakon čega sledi razlaganje ciljne RNK pomoću RNK-indukovanog utišavajućeg kompleksa (RISC). Alternativno ili pored toga, oligonukleotid može da ometa obradu ili ekspresiju prekursorske RNK ili informacione RNK (prostorno blokiranje, proces nezavistan od RNKzeH) naročito, ali bez ograničenja na RNK splajsing i preskakanje egzona, vezivanjem za ciljnu sekvencu RNK transkripta i ometanjem procesa kao što je translacija ili blokiranje splajs donorskih ili splajs akceptorskih mesta. Pored toga, oligonukleotid može da inhibira vezivanje proteina, jedarnih faktora i drugih pomoću prostornog ometanja i/ili da utiče na autentično prostorno savijanje ciljne RNK i/ili da vezuje sebe za proteine koji se originalno vezuju za ciljnu RNK i/ili imaju druge efekte na ciljnu RNK, na taj način doprinoseći destabilizaciji ciljne RNK, poželjno pre-iRNK, i/ili smanjenju količine obolelog ili toksičnog transkripta i/ili proteina kod bolesti kao što je HD kao što je ovde identifikovana.
[0029] Kao što je ovde identifikovan, oligonukleotid može da sadrži nukleotide sa (otporan na RNKzuH) hemijskim supstitucijama na najmanje jednom od njegovih 5’ ili 3’ krajeva, da bi se obezbedila intracelularna stabilnost, i sadrži manje od 9, poželjnije manje od 6 uzastopnih (osetljivih na RNKzuH) dezoksiriboznih ostataka u ostataku njegove sekvence. Ostatak sekvence je poželjno centar sekvence. Takav oligonukleotid je označen kao gapmer. Gapmeri su naširoko opisani u WO 2007/089611. Gapmeri su označeni da omogućavaju regrutaciju i/ili aktivaciju RNKzeH. Bez želje da se vežemo za teoriju, veruje se da je RNKzaH regrutovana i/ili aktivirana preko vezivanja za centralni region gapmera napravljenog od dezoksiriboze. Oligonukleotid prema pronalasku koji je poželjno značajno nezavistan od ili nezavistan od RNKzeH je označen u cilju da ima centralni region koji značajno nije sposoban ili nije sposoban da regrutuje i/ili aktivira RNKzuH. U poželjnom primeru izvođenja, ostatak sekvence navedenog oligonukleotida, poželjnije njegovog centralnog dela sadrži manje od 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, ili nema dezoksiriboze. Prema tome, ovaj oligonukleotid prema pronalasku je poželjno delimično ili potpuno zamenjen kao što je ovde ranije definisano. "Delimično zamenjen" označava da oligonukleotid sadrži najmanje neke od nukleotida koji su zamenjeni, poželjno najmanje 50% od njegovih oligonukleotida je zamenjeno, ili najmanje 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% ili 95% je zamenjeno.100% zamene nukleotida odgovara izrazu "potpuno zamenjeno".
[0030] Prema tome, pronalazak daje oligonukleotid koji sadrži 2’-O-metil fosforotioat RNK ostatak ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži 5-metilpirimidin i/ili 2,6diaminopurin bazu. Najpoželjnije, ovaj oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil RNK ostataka vezanih preko fosforotioat osnove i svi njegovi citozini i/ili svi njegovi uracili i/ili svi njegovi adenini, nezavisno, su zamenjeni sa 5-metilcitozinom, 5-metiluracilom i/ili 2,6-diaminopurinom, respektivno. Na taj način, oligonukleotid može imati:
Najmanje jedan i poželjno sve citozine zamenjene sa 5-metilcitozinima kao u predmetnom pronalasku,
Najmanje jedan i poželjno sve citozine zamenjene sa 5-metilcitozinima i najmanje jedan i poželjno sve uracile zamenjene 5-metiluracilima,
Najmanje jedan i poželjno sve citozine zamenjene sa 5-metilcitozinima i najmanje jedan i poželjno sve adenine zamenjene 2,6-diaminopurinima,
Najmanje jedan i poželjno sve citozine zamenjene sa 5-metilcitozinima i najmanje jedan i poželjno sve uracile zamenjene 5-metiluracilima i najmanje jedan i poželjno sve adenine zamenjene 2,6-diaminopurinima,
Najmanje jedan i poželjno sve uracile zamenjene 5-metiluracilima,
Najmanje jedan i poželjno sve uracile zamenjene 5-metiluracilima i najmanje jedan i poželjno sve adenine zamenjene 2,6-diaminopurinima ili i najmanje jedan i poželjno sve adenine zamenjene 2,6-diaminopurinima.
[0031] Oligonukleotid prema pronalasku je za upotrebu kao lek za sprečavanje odlaganja i/ili lečenje humanih genetičkih poremećaja povezanih sa nestabilnošću ponovka cis-elementa poželjno kao što su ovde ilustrovani. Humani genetički poremećaji povezani sa nestabilnošću ponovka cis-elementa su ovde identifikovani je poželjno neuromišićni poremećaj. Poželjno navedeni oligonukleotid je za upotrebu u terapeutskoj modulaciji RNK. Prema tome, oligonuleotid prema pronalasku može biti opisan kao antisens oligonukleotid (AON). Antisens oligonukleotid je oligonukleotid koji vezuje (ili je sposoban da vezuje), ciljno deluje na, hibridizuje se za (ili je sposoban da se hibridizuje za) i/ili je reverzno komplementaran sa specifičnom sekvencom transkripta gena za koji je poznato da je povezan sa ili uključen u humani genetički neuromišićni poremećaj povezan sa nestabilnošću ponovka cis-elementa.
[0032] Prema opisu, antisens oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil RNK nukleotidnih ostataka, koji imaju osnovu u kojoj je najmanje jedan fosfatni deo zamenjen fosforotioat delom, i dodatno sadrži najmanje jedan od 5-metilcitozina i/ili 5-metiluracila i/ili 2,6-diaminopurina, predstavljen je nukleotidom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljna mesta i/ili reverzno komplementarna ponavljajućem elementu u RNK transkriptu koji ima kao ponavljajuću nukleotidnu jedinicu ponavljajuću nukleotidnu jedinicu, koja je izabrana od (CAG)n, (GCG)n, (CGG)n, (GAA)n, (GCC)n, (CCG)n, (AUUCU)n, (GGGGCC)nili (CCUG)n. Navedeni oligonukleotid je poželjno jednolančani oligonukleotid. Iako se razume da se oligonukleotid opisa vezuje (ili je sposoban da se vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje), ciljna mesta i/ili reverzno komplementaran sa ponavljajućim elementom prisutnim u RNK transkriptu kao što je identifikovan u prethodnom tekstu, ne može biti isključeno da takav oligonukleotid može takođe da utiče na ili vezuje (ili je sposoban da se vezuje) ili hibridizuje sa (ili je sposoban da hibridizuje) odgovarajućom DNK, od koje je izveden RNK transkript.
[0033] Ponovak ili ponavljajujući element ili ponavljajuća sekvenca ili ponavljajući niz je ovde definisan kao ponavljanje najmanje 3, 4, 5, 10, 100, 1000 ili više, ponavljajuće jedinice ili ponavljajuće nukleotidne jedinice ili ponovka nukleotidne jedinice (kao (CAG)n, (GCG)n, (CGG)n, (GAA)n, (GCC)n, (CCG)n, (AUUCU)n, (GGGGCC)nili (CCUG)n), koje sadrži trinukleotidnu ponavljajujuću jedinicu, ili alternativno 4, 5 ili 6 nukleotidnu ponavljajujuću jedinicu, u transkribovanoj genskoj sekveci u genomu subjekta, uključujući humanog subjekta. Prema tome, n je ceo broj i može biti najmanje 3, 4, 5, 10, 100, 1000 ili više. Opis nije ograničen na ilustrovane ponavljajuće nukleotidne jedinice. Druga ponavljajuća nukleotidna jedinica mogla bi se naći na sledećem sajtu http://neuromuscular.wustl.edu/mother/dnarep.htm. Kod većine pacijenata, "čist" ponovak ili ponavljajujući element ili ponavljajuća sekvenca ili ponavljajujući niz kao što je identifikovan u prethodnom tekstu (kao (CAG)n, (GCG)n, (CGG)n, (GAA)n, (GCC)n, (CCG)n, (AUUCU)n, (GGGGCC)nili (CCUG)n) je prisutan u transkribovanoj genskoj sekvenci u genomu navedenog pacijenta. Međutim, opisom pronalaska je takođe obuhvaćeno da je kod nekih pacijenata, navedeni ponovak ili ponavljajući element ili ponavljajuća sekvenca ili ponavljajujući niz kao što je opisan u prethodnom tekstu nije kvalifikovan kao "čist" ili je kvalifikovan kao "varijanta" kada je na primer navedeni ponovak ili ponavljajujući element ili ponavljajuća sekvenca ili ponavljajujući niz kao što je identifikovan u prethodnom tekstu prošaran sa najmanje 1, 2 ili 3 nukleotida koji ne odgovaraju nukleotid(e) navedenog ponovka ili ponavljajućeg elementa ili ponavljajuće sekvence ili ponavljajućeg niza (Braida C., et al,). Oligonukleotid prema opisu i pronalasku prema tome ne mora biti 100% reverzno komplementaran sa ciljnim ponovkom. Uobičajeno oligonukleotid prema pronalasku može biti najmanje 90%, 95%, 97%, 99% ili 100% reverzno komplementaran sa ciljnim ponovkom.
[0034] U primeru izvođenja, antisens oligonukleotid sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil i/ili 2,6-diaminopurin, predstavljen je nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje i/ili je reverzno komplementarna sa (CAG)ntraktom u traskriptu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanih genetičkih bolesti Huntington-ove bolesti (HD), spinocerebelarne ataksije (SCA) tipa 1, 2, 3, 6, 7, 12 ili 17, amiotrofne lateralne skleroze (ALS), frontotemporalne demencije (FTD), X-vezane spinalne i bulbarne mišićne atrofije (SBMA) i/ili dentatorubropalidoluizijana atrofije (DRPLA) uzrokovane širenjima CAG ponovka u transkriptima HTT (SEQ ID NO: 80), ATXN1 (SEQ ID NO:81), ATXN2 (SEQ ID NO: 82) ATXN3 (SEQ ID NO: 83), CACNA1A (SEQ ID NO:84), ATXN7 (SEQ ID NO: 85), PPP2R2B (SEQ ID NO: 86), TBP (SEQ ID NO: 87), AR (SEQ ID NO: 88) ili ATN1 (SEQ ID NO: 89) gena. Poželjno, ovi geni su humanog porekla. U ovom primeru izvođenja, oligonukleotid sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil i/ili 2,6-diaminopurin, predstavljen je nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje i/ili je reverzno komplementarna sa (CAG)nponovkom kao što je identifikovan u prethodnom tekstu i ima ponavljajujuću nukleotidnu jedinicu (CUG)m. m u (CUG)mje poželjno ceo broj koji je 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. U poželjnom primeru izvođenja, m je 5 ili 6 ili 7 ili 8 ili 9 ili 10 ili 11 ili 12. Treba navesti da je za sve ALS i FTD, poznato da najmanje dva posebna ponovka u najmanje dva posebna transkripta može biti uključeno ili može biti odgovorno ili povezano sa bolešću. Jedan je identifikovan u prethodnom pasusu (tj. (CAG)nu ATXN2 transkriptu). Sledeći je identifikovan kasnije kao (GGGGCC)nponovak ili trakt u C9ORF72 transkriptu. To znači da za svaku od ove dve bolesti, moguće je predočiti upotrebu bilo kog od ova dva posebna oligonukleotida prema pronalasku i opisu, respektivno, za specifičnu indukciju specifičnog razlaganja odgovarajućih (toksičnih) proširenih transkripata ponovaka.
[0035] U prijavi, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, da vezuje (sposoban je da vezuje), hibridizuje (sposoban je da hibridizuje) ili ciljno deluje na ponovak kao što je identifikovan u prethodnom tekstu i ima ili sadrži ponavljajuću nukleotidnu jedinicu može imati bilo koju dužinu koja se sastoji od 12 do 36 nukleotida. Ukoliko uzmemo primer CUG kao ponavljajuće nukleotidne jedinice sadržane unutar navedenog oligonukleotida, bilo koji oligonukleotid koji sadrži UGC ili GCU kao ponavljajuću nukleotidnu jedinicu je takođe obuhvaćen predmetnim pronalaskom. U zavisnosti od dužine navedenog oligonukleotida (na primer od 12 do 36 nukleotida), data ponavljajuća nukleotidna jedinica možda neće biti potpuna na 5’ i/ili na 3’ strani navedenog oligonukleotida. Svaki od navedenog oligonukleotida je obuhvaćen unutar obima navedenog pronalaska.
[0036] Alternativno, ako još uvek uzmemo kao primer oligonukleotid koji ima CUG kao ponavljajujući nukleotidnu jedinicu, on može biti predstavljen sa H-(P)p-(CUG)m-(Q)q-H, gde je m ceo broj kao što je definisan u prethodnom tekstu. Svaki slučaj P i Q je, pojedinačno, abazični monomer kao što je definisano u prethodnom tekstu ili nukleotid, kao što je A, C, G, U ili njegov analog ili ekvivalent i p i q su svaki pojedinačno ceo broj, poželjno 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ili više do 100. Na taj način, p i q su svaki pojedinačno ceo broj od 0 do 100, poželjno ceo broj od 0 do 20, poželjnije ceo broj 0 do 10, poželjnije od 0 do 6, čak poželjnije od 0 do 3. Na taj način, kada je p jednako 0, P je odsutan i kada je q jednako 0, Q je odsutan. Stručnjaku iz date oblasti tehnike biće jasno da će oligonukleotid uvek početi i završiti se sa atomom vodonika (H), bez obzira na količinu i prirodu nukleotida prisutnih u oligonukleotidu. Biće jasno da ovde (CUG)mmože biti zamenjen bilo kojom ponavljajujućom nukleotidnom jedinicom unutar konteksta opisa. Na taj način, poželjan oligonukleotid prema opisu može biti predstavljen sa H-(P)p-(R)r-(Q)q-H, gde (R)rje ponavljajuća nukelotidna jedinica unutar konteksta opisa i P, Q, p i q su kao što su definisani u prethodnom tekstu. U kontekstu predmetnog pronalaska, "analog" ili "ekvivalent" nukleotida treba razumeti kao nukleoitid koji sadrži najmanje jednu modifikaciju u odnosu na nukleotide koji se prirodno javljaju u RNK, kao što su A, C, G i U. Takva modifikacija može biti modifikacije internukleozidne veze i/ili modifikacija šećera i/ili modifikcija baze, kao što je objašnjeno i ilustrovano u prethodnom tekstu. Ponovo uzimanjem oligonukleotida koji ima CUG kao ponavljajujuću nukleotidnu jedinicu, treba razumeti da ponavljajuća sekvenca može da počne sa jednim od C, U ili G. Na taj način, u poželjnom primeru izvođenja, p nije 0, i (P)pje predstavljen sa (P’)p’UG ili (P’)p"G, gde je svaki slučaj P’, pojedinačno, abazično mesto ili nukleotid, kao što je A, C, G, U ili njegov analog ili ekvivalent, i p’ je p - 2 i p" je p - 1. Takvi oligonukleotidi mogu biti predstavljeni kao:
H-(P’)p’UG-(CUG)m-(Q)q-H
ili
H-(P’)p"G-(CUG)m-(Q)q-H.
U jednako poželjnom porimeru izvođenja, q nije 0, i (Q)qje predstvljen sa CU(Q’)q’ili C(Q’)q"u svaki slučaj Q’ je, pojedinačno, abazično mesto ili nukleotid, kao što je A, C, G, U ili njegov analog ili ekvivalent, i q’ je q - 2 i q" je q - 1. Takvi oligonukleotidi mogu biti predstavljeni kao:
H-(P)p-(CUG)m-CU(Q’)q’-H ili
H-(P)p-(CUG)m-C(Q’)q"-H.
[0037] U sledećem poželjnom primeru izvođenja, oba p i q nisu 0, i oba (P)pi (Q)qsu predstavljeni sa (P’)p’UG ili (P’)p"G i CU(Q’)q’ili C(Q’)q"respektivno, gde P’, Q’, p’, p", q’ i q" su kao što su definisani u prethodnom tekstu. Takvi oligonukleotidi mogu biti predstavljeni kao:
H-(P’)p’UG-(CUG)m-CU(Q’)q-H,
H-(P’)p"G-(CUG)m-CU(Q’)q’-H,
H-(P’)p’UG-(CUG)m-C(Q’)q"-H, ili
H-(P’)p"G-(CUG)m-C(Q’)q"-H.
Treba razumeti da p’, p", q’ i q" možda neće biti negativni celi brojevi. Na taj način, kada je (P)ppredstavljen sa (P’)p’UG ili (P’)p"G, p je najmanje 1 ili najmanje 2 respektivno, i kada je (Q)qpredstavljen sa CU(Q’)q’ili C(Q’)q", q je najmanje 1 ili najmanje 2 respektivno. Treba razumeti da sve što je ovde navedeno u vezi sa jediničnim ponovkom CUG može da se odnosi na bilo koju jedinicu ponovka unutar konteksta opisa.
[0038] U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji se vezuje (ili je sposoban da vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (CAG)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i pri čemu svaki X je C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. Poželjna vrednost za m je 7. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)m, gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO:2 to 12). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)m, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i/ili svaki Y je 5-metiluracil, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO:2 to 12). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)5, (XYG)6ili (XYG)7, (XYG)8, ili (XYG)9gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil. Poželjniji je oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od (XYG)7, gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil (SEQ ID NO:7). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)7, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin i svaki Y je uracil (SEQ ID NO: 2), ili svaki X je citozin i svaki Y je 5-metiluracil (SEQ ID NO:3). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži SEQ ID NO:2 ili 3 i ima dužinu od 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 nukleotida. Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne sekvence (XYG)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO:90-118. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 90-106 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 90-106 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 90-106 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 107 ili 108 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 107 ili 108 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 107 ili 108 i ima dužinu od 21 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 107 ili 108, ima dužinu od 21 nukleotida i dodatno sadrži 4 abazična monomera na jednom od njegovih terminusa, poželjno na 3’ terminusu. Navedeni najpoželjni oligonukleotid je predstavljen baznom sekvencom koja se sastoji od SEQ ID NO: 220 ili 221. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 109 ili 110 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 109 ili 110 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 109 ili 110 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 111 ili 112 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 111 ili 112 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 111 ili 112 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 113 ili 114 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 113 ili 114 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 113 ili 114 ima dužinu od 30 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 115 ili 116 i ima dužinu od 33-36 nukleotida, poželjnije 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 115 ili 116 i ima dužinu od 33-36 nukleotida, poželjnije 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 115 ili 116 i ima dužinu od 33 nukleotida.
[0039] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 117 ili 118 i ima dužinu od 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 117 ili 118 i ima dužinu od 36 nukleotida.
[0040] U sledećem primeru izvođenja opisa, antisens oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, i sadrži 5-metilcitozin je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja se vezuje za (ili je sposobna da se vezuje za), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa (GCG)nponovkom u transkriptu i naročito korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanih genetičkih bolesti: sindroma infantilnog spazma, deidokranijalne displazije, blefarofimoze, genitalne bolesti ruku i stopala, sinpolidaktilije, okulofaringealne mišićne distrofije i/ili holoprozencefalije, koje su uzrokovane širenjem ponovka u ARX, CBFA1, FOXL2, HOXA13, HOXD13, OPDM/PABP2, TCFBR1 ili ZIC2 genima. Poželjno, ovi geni su humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili je sposoban da vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (GCG)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. Poželjna vrednost za m je 7. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)m, gde je najmaje jedan X jednak 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 13 do 21). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)m, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 13 do 21). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)7(SEQ ID NO: 16), gde je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)7(SEQ ID NO: 16), gde je svaki X jednak 5-metilcitozin.
[0041] Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGX)midentifikovane su u tabeli 2 kao SEQ ID NO: 119-132. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 119 ili 120 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 119 ili 120 i ima dužinu od 16-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 119 ili 120 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 121 ili 122 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 90-106 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 121 ili 122 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 123 ili 124 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid sastoji se od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 123 ili 124 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 123 ili 124 i ima dužinu od 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 125 ili 126 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 125 ili 126 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 125 ili 126 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 127 ili 128 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 127 ili 128 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 127 ili 128 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 129 ili 130 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 129 ili 130 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 129 ili 130 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 131 ili 132 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 131 ili 132 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 131 ili 132 i ima dužinu od 30 nukleotida.
[0042] U sledećem primeru izvođenja opisa, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži 5-metilcitozin, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), ciljno deluje na, hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje) i/ili je reverzno komplementarna sa (CGG)nponovkom u transkriptu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanih sindroma fragilnog X, uzorkovanih širenjem ponovka u FMR1 genu. Poželjno, ovi geni su humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili sposoban da se vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (CGG)nponovak sadrži ili se sastoji od od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XXG)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. Poželjna vrednost za m je 7. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XXG)m, pri čemu je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 22 do 30). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XXG)m, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 22 do 30). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XXG)7(SEQ ID NO: 25), gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajujće nukleotidne jedinice (XXG)7(SEQ ID NO: 25), gde je svaki X jednak 5-metilcitozin. Napoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XXG)midentifikovane su u tabeli kao SEQ ID NO: 133-146. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 133 ili 134 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 133 ili 134 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jede od baznih sekvenci SEQ ID NO: 133 ili 134 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 135 ili 136 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 135 ili 136 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoj iod jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 135 ili 136 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 137 ili 138 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 137 ili 138 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 137 ili 138 i ima dužinu od 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 139 ili 140 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 139 ili 140 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 139 ili 140 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 141 ili 142 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 141 ili 142 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 141 ili 142 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 143 ili 144 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 143 ili 144 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 143 ili 144 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 145 ili 146 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 145 ili 146 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 145 ili 146 i ima dužinu od 30 nukleotida.
[0043] U sledećem primeru izvođenja opisa, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i koji sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), ciljno deluje na, hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje) i/ili je reverzno komplementarna sa (GAA)nponovkom u transkriptu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje i/ili prevenciju humanog genetičkog poremećaja Friedreich-ove ataksije. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili je sposoban da se vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili koji ciljno deluje na (GAA)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (YYX)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. Poželjna vrednost za m je 7. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (YYX)m, gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da najmanje jedan X je 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 31 do 39). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (YYX)m, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i/ili svaki Y je 5-metiluracil, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 31 do 39). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (YYX)7(SEQ ID NO: 34), gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Y je U ili 5-metiluracil tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Y je 5-metiluracil. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (YYX)7(SEQ ID NO: 34), gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i/ili svaki Y je 5-metiluracil. Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XYG)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO: 147-167. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 147 ili 148 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 147 ili 148 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 147 ili 148 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 149 ili 150 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 149 ili 150 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu kokja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 149 ili 150 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 151 ili 152 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekevnci SEQ ID NO: 151 ili 152 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 151 ili 152 i ima dužinu od 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 153-157 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 153-157 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 153-157 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 158 ili 159 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 158 ili 159 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 158 ili 159 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 160 ili 161 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 160 ili 161 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 160 ili 161 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 162 ili 163 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 162 ili 163 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 162 ili 163 i ima dužinu od 30 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 164 ili 165 i ima dužinu od 33-36 nukleotida, poželjnije 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 164 ili 165 i ima dužinu od 33-36 nukleotida, poželjnije 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 164 ili 165 i ima dužinu od 33 nukleotida.
[0044] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 166 ili 167 i ima dužinu od 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i ima baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 166 ili 167 i ima dužinu od 36 nukleotida.
[0045] U sledećem primeru izvođenja opisa, antisens oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži 5-metilcitozin, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja se vezuje sa (ili je sposobna da se vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa (CCG)nili (GCC)nponovkom u transkriptu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanog genetičkog poremećaja mentalne retardacije fragilnog XE, uzrokovanog širenjem ponovka u FMR2 genu. Poželjno, ovi geni su humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili sposoban da vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (CCG)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)mili (GGX)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12. Poželjna vrednost za m je 7. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)mili (GGX)m, gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 49 do 57) ili (SEQ ID NO: 40 do 48). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)mili (GGX)m, gde je svaki X jednak 5-metilcitozin, i m je ceo broj od 4 do 12 (SEQ ID NO: 49 do 57) ili (SEQ ID NO: 40 do 48). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)7(SEQ ID NO: 52) ili (GGX)7(SEQ ID NO: 43), gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)7(SEQ ID NO: 52) ili (GGX)7(SEQ ID NO: 43), gde je svaki X jednak 5-metilcitozin. Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (GGX)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO: 168-177.
[0046] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 168 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži bazne sekvence SEQ ID NO: 168 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od baznih sekvenci SEQ ID NO: 168 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 169 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 169 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 169 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 170 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 170 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 170 i ima dužinu od 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 171-174 ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 171-174 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 171-174 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 175 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 175 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 175 i ima dužinu od 24 nukleotida.
Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 176 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 176 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 176 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 177 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 177 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 177 i ima dužinu od 30 nukleotida.
[0047] Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XGG)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO: 178-184.
[0048] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 178 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 178 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 178 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 179 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 179 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 179 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži bazne sekvence SEQ ID NO: 180 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 180 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 180 i ima dužinu od 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 181 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 181 i ima dužinu od 21-36 nukleotida, poželjnije 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 181 i ima dužinu od 21 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 182 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 182 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 182 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 183 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 183 i ima dužinu od 27-36 nukleotida, poželjnije 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Poželjan oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 183 i ima dužinu od 27 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 184 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 184 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 184 i ima dužinu od 30 nukleotida.
[0049] U sledećem primeru izvođenja opia, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži 5-metilcitozin i/ili 2,6-diaminopurin, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa (CCUG)nponovkom u transkriptu i naročito je koristan za lečenje, odlaganje i/ili prevenciju humanog genetičkog poremećaja miotonične distrofije tipa 2 (DM2), uzrokovane širenjem ponovka u DM2/ZNF9 genu. Poželjno, ovi geni su humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili je sposoban da vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (CCUG)nponovak koji sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XZGG)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmaje jedan X jednak 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Z je 2,6-diaminopurin. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9. Poželjna vrednost za m je 5. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice XZGG)m, gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmanje jedan X jednak 5-metil-citozin i/ili najmanje jedan A je 2,6-diaminopurin, i m je ceo broj od 3 do 9 (SEQ ID NO: 63 do 69). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XZGG)m, gde svaki X je 5-metilcitozin, i/ili svaki Z je 2,6-diaminopurin, i m je ceo broj od 3 do 9 (SEQ ID NO: 63 do 69). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XZGG)5(SEQ ID NO: 65), gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin i/ili najmanje jedan Z je 2,6-diaminopurin. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XZGG)5(SEQ ID NO: 65), gde je svaki X jednak 5-metil-citozin, i/ili svaki Z je 2,6-diaminopurin. Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (XZGG)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO: 193-208. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 193 ili 194 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 193 ili 194 i ima dužinu od 12-36 nukleotida, poželjnije 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 193 ili 194 i ima dužinu od 12 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 195 ili 196 i ima dužinu od 16-36 nukleotida, poželjnije 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid sastoji se od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 195 ili 196 i ima dužinu od 16-36 nukleotida, poželjnije 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 195 ili 196 i ima dužinu od 16 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 197-200 i ima dužinu od 20-36 nukleotida, poželjnije 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 197-200 i ima dužinu od 20-36 nukleotida, poželjnije 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 197-200 i ima dužinu od 20 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 201 ili 202 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 201 ili 202 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 201 ili 202 i ima dužinu od 24 nukleotida.
[0050] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 203 ili 204 i ima dužinu od 28-36 nukleotida, poželjnije 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 203 ili 204 i ima dužinu od 28-36 nukleotida, poželjnije 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 203 ili 204 i ima dužinu od 28 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 205 ili 206 i ima dužinu od 32-36 nukleotida, poželjnije 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 205 ili 206 i ima dužinu od 32-36 nukleotida, poželjnije 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 205 ili 206 i ima dužinu od 32 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 207 ili 208 i ima dužinu od 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 207 ili 208 i ima dužinu od 36 nukleotida.
[0051] U sledećem primeru izvođenja, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i koji sadrži 5-metiluracil i/ili 2,6-diaminopurin, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa (AUUCU)nponovkom u intronu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanog genetičkog poremećaja spinocerebelarne ataksije tipa 10 (SCA10). Poželjno, ovaj gen je humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili sposoban da se vezuje), hibridizuje (ili sposoban da se hibridizuje) ili ciljno deluje na (AUUCU)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)mi ima dužinu sadržanu od 12 do 36 nukleotida i gde je svaki Y jednak U ili 5-metiluracil, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmanje jedan Y jednak 5-metiluracil i/ili najmanje jedan Z je 2,6-diaminopurin. m je ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 3, 4, 5, 6, 7. Poželjna vrednost za m je 4. Poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)m, gde je svaki Y jednak U ili 5-metiluracil, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmanje jedan Y jednak 5-metiluracil i/ili najmanje jedan Z je 2,6-diaminopurin, i m je ceo broj od 3 do 7 (SEQ ID NO: 58 do 62). Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)m, gde je svaki Y jednak 5-metiluracil, i/ili svaki Z je 2,6-diaminopurin, i m je ceo broj od 3 do 7 (SEQ ID NO: 58 do 62). Čak poželjniji oligonukleotid prema tome sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)4(SEQ ID NO: 59), gde je svaki Y jednak C ili 5-metiluracil, i svaki Z je A ili 2,6-diaminopurin tako da je najmanje jedan Y jednak 5-metiluracil i/ili najmanje jedan Z je 2,6-diaminopurin. Čak poželjniji oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)4(SEQ ID NO: 59), gde je svaki Y jednak 5-metiluracil, i/ili svaki Z je 2,6-diaminopurin. Najpoželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (ZGZZY)msu identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO:185-192. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 185 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 185 i ima dužinu od 15-36 nukleotida, poželjnije 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 185 i ima dužinu od 15 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 186-189 i ima dužinu od 20-36 nukleotida, poželjnije 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 186-189 i ima dužinu od 20-36 nukleotida, poželjnije 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 186-189 i ima dužinu od 20 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 190 i ima dužinu od 25-36 nukleotida, poželjnije 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 190 i ima dužinu od 25-36 nukleotida, poželjnije 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 190 i ima dužinu od 25 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 191 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 191 i ima dužinu od 30-36 nukleotida, poželjnije 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 191 i ima dužinu od 30 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 192 i ima dužinu od 35-36 nukleotida, poželjnije 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 192 i ima dužinu od 35-36 nukleotida, poželjnije 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 192 i ima dužinu od 35 nukleotida.
[0052] U sledećem primeru izvođenja opisa, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži 5-metilcitozin i/ili abazični monomer, i/ili inozin, je predstavljen nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa (GGGGCC)nponovkom prisutnim u C9ORF72 humanom transkriptu i naročito je korisna za lečenje, odlaganje, poboljšanje i/ili prevenciju humanog genetičkog poremećaja amiotrofne lateralne skleroze (ALS) ili frontotemporalne demencije (FTD). Poželjno, ovaj gen je humanog porekla. U poželjnom primeru izvođenja, oligonukleotid definisan kao reverzno komplementaran sa, koji vezuje (ili sposoban da vezuje), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje) ili ciljno deluje na (GGGGCC)nponovak sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice (GGXUXX)m, (GGXQXX)m, (GGXIXX)m, ili (GGCCUC)m, i ima dužinu sadržanu od 17 do 36 nukleotida i gde je svaki X jednak C ili 5-metilcitozin tako da je najmanje jedan X jednak 5-metilcitozin, gde je svaki Q abazični monomer, gde je svaki I inozin, i gde je m ceo broj. U kontekstu ovog primera izvođenja, m može biti 3, 4, 5, 6, 7. Poželjna vrednost za m je 3 ili 4. Poželjnije, navedeni oligonukleotid sadrži ili se sastoji od ponavljajuće nukleotidne jedinice SEQ ID NO: 216-219 kao što je definisana u tabeli 1. Čak poželjnije oligonukleotidne sekvence koje sadrže ili se sastoje od ponavljajuće nukleotidne jedinice (GGXUXX)m, (GGXQXX)m, (GGXIXX)m, ili (GGCCUC)m, su identifikovane u tabeli 2 kao SEQ ID NO:209-215. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 209 ili 211 i ima dužinu od 17-36 nukleotida, poželjnije 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 209 ili 211 i ima dužinu od 17-36 nukleotida, poželjnije 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baznih sekvenci SEQ ID NO: 209 ili 211 i ima dužinu od 17 ili 18 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 210 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 210 i ima dužinu od 18-36 nukleotida, poželjnije 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od bazne sekvence SEQ ID NO: 210 i ima dužinu od 18 nukleotida.
[0053] Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 212 ili 215 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži jednu od baznih sekvenci SEQ ID NO: 212 ili 215 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od jedne od baunih sekvenci SEQ ID NO: 212 ili 215 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 213 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 213 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji ligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od baznih sekvenci SEQ ID NO: 213 i ima dužinu od 24 nukleotida. Poželjan oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 214 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Čak poželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK i sadrži baznu sekvencu SEQ ID NO: 214 i ima dužinu od 24-36 nukleotida, poželjnije 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Najpoželjniji oligonukleotid se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, ima svoju baznu sekvencu koja se sastoji od baznih sekvenci SEQ ID NO: 214 i ima dužinu od 24 nukleotida.
[0054] U primeru izvođenja, oligonukleotid poželjno sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil i/ili 2,6-diaminopurin bazu, predstavljen je nukleotidnom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od najmanje 12 do 36 uzastopnih nukleotida, pri čemu navedeni oligonukleotid ciljno deluje na, hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje), vezuje (ili je sposoban da vezuje) i/ili je reverzno komplementaran sa ponovkom kao što je ranije ovde definisano. Poželjnije, navedena nukleotidna sekvenca sadrži ili se sastoji od najmanje 12 do 36 nukleotida, čak poželjnije 15 do 24, i najpoželjnije 20 ili 21 nukleotida. Dužina navedenog oligonukleotida može biti 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 ili 36 nukleotida. Navedeni oligonukleotid može biti reverzno komplementaran sa i/ili je sposoban da hibridizuje sa i/ili je sposoban da ciljno deluje na i/ili je sposoban da se vezuje za ponovak u kodirajućem regionu transkripta, poželjno poliglutamin (CAG)nkodirajućem traktu. Navedeni oligonukleotid može takođe biti reverzno komplementaran sa i/ili je sposoban da hibridizuje sa i/ili je sposoban da ciljno deluje na i/ili je sposoban da se vezuje za ne-kodirajući region na primer 5’ ili 3’ neranslatirane regione, ili intronske sekvence prisutne u prekursorskim RNK molekulima. U kontekstu pronalaska, izraz "sposoban" može biti zamenjen sa "može da".
[0055] U drugom aspektu, predmetni opis se odnosi na oligonukleotid, koji sadrži jednu ili više abazičnih mesta, kao što je definisano dodatno u daljem tekstu, na jednom ili oba terminusa. Poželjno 1 do 10, poželjnije 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10 i najpoželjnije 4 abazična mesta su prisutna na jednom terminusu ili na oba terminusa oligonukleotida. Jedno ili više abazičnih mesta mogu biti prisutna na oba slobodna terminusa oligonukleotida (5’ i 3’), ili na samo jednom. Oligonukleotid prema ovom aspektu opisa poželjno je predstavljen nukleotidom ili baznom sekvencom koja sadrži ili se sastoji od sekvence koja vezuje (ili je sposobna da vezuje), hibridizuje (ili je sposobna da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementarna sa ponavljajućim elementom u RNK transkriptu izabranim od (CAG)n, (GCG)n, (CGG)n, (GAA)n, (GCC)n, (CCG)n, (AUUCU)n, (GGGGCC)nili (CCUG)n, kao što je naznačen u prethodnom tekstu. Navedeni oligonukleotid je poželjno jednolančani oligonukleotid, i može dodatno izborno da sadrži bilo koju od modifikacija kao što su ovde razmatrane, kao što su jedna ili više modifikacija baze, modifikacija šećera i/ili modifikacija osnove, kao što je 5-metil-C, 5-metil-U, 2,6-diaminopurin, 2’-O-metil, fosforotioat i njihove kombinacije. Potrebno je razumeti da u ovom aspektu opisa, ove modifikacije nisu obavezne. Oligonukleotid prema ovom aspektu opisa, koji sadrži jedno ili više abazičnih mesta na jednom ili oba terminusa ima poboljšani parametar u odnosu na oligonukleotide bez takvih abazičnih mesta. U ovom kontekstu, parametri mogu da obuhvataju: vezujući afinitet i/ili kinetiku, aktivnost utišavanja, alelsku selektivnost, biostabilnost, (intra-tkivnu) raspodelu, ćelijski unos i/ili prenos, i/ili imunogenost navedenog oligonukleotida, kao što je ranije objašnjeno u vezi sa poboljšanim parametrom oligonukleotida prema pronalasku prvog aspekta. Svaka od analiza i definicija obezbeđenih u ovde u vezi sa poboljšanjem parametra oligonukleotida prvog aspekta takođe važi za oligonukleotid drugog aspekta.
[0056] U daljem tekstu, oligonukleotid koji sadrži ili se sastoji od 2’-O-metil fosforotioat RNK, koji sadrži 5-metilcitozin i/ili 5-metiluracil bazu i koji je predstavljen nukleotidom ili baznom sekvencom koja sadrži (CUG)mi na taj način se vezuje sa (ili je sposoban da se vezuje sa), hibridizuje (ili je sposoban da hibridizuje), ciljno deluje na i/ili je reverzno komplementaran sa (CAG)nje uzet kao primer za dodatnu ilustraciju pronalaska. Slični parametri definisani u kontekstu takvog oligonukleotida mogli bi biti definisani od strane stručnjaka iz date oblastu tehnike za druge oligonukleotide koji spadaju pod obim pronalaska i koji vezuju (ili su sposobni da vezuju), hibridizuju (ili su sposobni da hibridizuju), ciljno deluju na i/ili su reverzno komplementarni sa drugim ponovcima kao što su ovde identifikovani. Drugi ili slični simptomi mogu biti identifikovani od strane stručnjaka iz date oblasti tehnike u vezi sa drugim bolestima kao što su ovde identifikovane. U poželjnom primeru izvođenja, u kontekstu pronalaska, oligonukleotid kao što je ovde dizajniran je sposoban da odloži i/ili leči i/ili tretira i/ili spreči i/ili poboljša humani genetički poremećaj kao Huntington-ovu bolest (HD), spinocerebelarnu ataksiju (SCA) tipa 1, 2, 3, 6, 7, 12 ili 17, amiotrofnu lateralnu sklerozu (ALS), frontotemporalnu demenciju (FTD), X-vezanu spinalnu i bulbarnu mišićnu atrofiju (SBMA) i/ili dentatorubropalidoluizijana atrofiju (DRPLA) uzrokovanu širenjem CAG ponovka u transkriptima HTT (SEQ ID NO: 80), ATXN1 (SEQ ID NO: 81), ATXN2 (SEQ ID NO: 82) ATXN3(SEQ ID NO: 83), CACNA1A (SEQ ID NO: 84), ATXN7 (SEQ ID NO: 85), PPP2R2B (SEQ ID NO: 86), TBP (SEQ ID NO: 87), AR (SEQ ID NO: 88), ATN1 (SEQ ID NO: 89) gena kada je ovaj oligonukleotid sposoban da redukuje ili smanji količinu (toksičnog) transkripta obolelog alela HTT, ATXN1, ATXN2 ATXN3, CACNA1A, ATXN7, PPP2R2B, TBP, AR ili ATN1 gena u ćeliji pacijenta, u tkivu pacijenta i/ili u pacijentu. U primeru izvođenja, navedeni HTT, ATXN1, ATXN2 ATXN3, CACNA1A, ATXN7, PPP2R2B, TBP, AR ili ATN1 geni su humani geni. U slučaju HD, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 1 HTT gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje 38 do 180 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid, u transkribovanoj sekvenci HTT gena. U slučaju SCA1, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 8 ATXN1 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može ovde biti definisan tako da sadrži uzastopno ponavljanje 41 do 83 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotida, u transkribovanoj sekvenci ATXN1 gena. U slučaju SCA2, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 1 ATXN2 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti ovde definisan tako da sadrži uzastopno ponavljanje 32 do 200 ponavljajujućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci ATXN2 gena. U slučaju SCA3, prošireni regioni CAG ponovka je prisutan u egzonu 8 ATXN3 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti ovde definisan tako da sadrži uzastopno ponavljanje 52 do 86 ponavljajujućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u trankribovanoj sekvenci ATXN3 gena. U slučaju SCA6, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 47 u CACNA1A genu u genomu pacijenta. Propireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje 20 do 33 ponavljajuće jedinice koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovano sekvenci CACNA1A gena. U slučaju SCA7, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 3 ATXN7 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje od 36 do najmanje 460 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci ATXN7 gena. U slučaju SCA12, prošireni region CAG ponovka može biti prisutan u 5’ netranslatiranom regionu (UTR), u intronu ili unutar otvorenog okvira čitanja PPP2R2B gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje od 66 do 78 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci PPP2R2B gena. U slučaju SCA17, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 3 TBP gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzatopno ponavljanje od 45 do 66 ponavljajuće jedinice koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci TBP gena. U slučaju ALS ili FTD, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 1 ATXN2 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti ovde definisan tako da sadrži uzastopno ponavljanje od 27 do 33 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci ATXN2 gena. U slučaju ALS ili FTD, prošireni region GGGGCC ponovka je prisutan u prvom intronu C90RF72 gena u genomu pacijenta. Prošireni region GGGGCC ponovka može biti ovde definisan tako da sadrži uzastopno ponavljanje od >30 ponavljajućih jedinica koje sadrže GGGGCC heksanukleotid u transkribovanoj sekvenci C90RF72 gena.
[0057] U slučaju SBMA, prošireni region CAG je prisutan u egzonu 1 AR gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisan ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje od 40 ponavljajujućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci AR gena. U slučaju DRPLA, prošireni region CAG ponovka je prisutan u egzonu 5 ATN1 gena u genomu pacijenta. Prošireni region CAG ponovka može biti definisna ovde tako da sadrži uzastopno ponavljanje od 49 do 88 ponavljajućih jedinica koje sadrže CAG trinukleotid u transkribovanoj sekvenci ATN1 gena.
[0058] U pronalasku, termin CAG ponovak može biti zamenjen sa (CAG)n, i obrnuto, gde je n ceo broj koji može biti 6 do 29 kada je ponovak prisutan u egzonu 1 HTT transkripta zdrave individue, 6 do 39 kada je ponovak prisutan u egzonu 8 ATXN1 gena zdrave individue, manje od 31 kada je ponovak prisutan u egzonu 1 ATXN2 gena zdrave individue, 12 do 40 kada je ponovak prisutan u egzonu 8 ATXN3 gena zdrave individue, manje od 18 kada je ponovak prisutan u egzonu 47 CACNA1A gena zdrave individue, 4 do 17 kada je ponovak prisutan u egzonu 3 ATXN7 gena zdrave individue, 7 do 28 kada je ponovak prisutan u 5’UTR PPP2R2B gena zdrave individue, 25 do 42 kada je ponovak prisutan u egzonu 3 TBP gena zdrave individue, 13 do 31 kada je ponovak prisutan u egzonu 1 AR gena zdrave individue, 12 do 40 kada je ponovak prisutan u egzonu 8 ATXN3 gena zdrave individue, ili 6 do 35 kada je ponovak prisutan u egzonu 5 ATN1 gena zdrave individue. To poželjno znači da oligonukleotid prema pronalasku smanjuje detektabilnu količinu povezanu sa bolešću ili onu koja izaziva bolest ili mutantnog transkripta koji sadrži prošireni ili nestabilan broj CAG ponovaka u ćeliji navedenog pacijenta, u tkivu navedenog pacijenta i/ili u pacijentu. Alternativno ili u kombinaciji sa prethodnom rečenicom, navedeni oligonukleotid može da smanji translaciju navedenog mutantnog transkripta i na taj način količinu mutantnog (toksičnog) proteina. Redukcija ili smanjenje količine proširenih transkripata CAG ponovka može biti najmanje 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% poređenjem količine proširenih transkripata CAG ponovka pre tretmana. Sledeći parametar može biti smanjenje u (CAG)ntranskriptu ili količini navedenog mutantnog transkripta. Ovo može biti najmanje 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% poređenjem sa količinom navedenog transkripta detektovanog na početku tretmana. Redukcija ili smanjenje može biti procenjeno pomoću Northern Blotting ili Q-RT-PCR, poželjno kao što je izvedeno u eksperimentalnom delu. Oligonukleotid prema pronalasku može biti prvo biti testiran u ćelijskom sistemu kao što je opisan u Primeru 1 u eksperimentalnom delu.
[0059] Alternativno ili u kombinaciji sa prethodnim poželjnim primerom izvođenja, u kontekstu pronalaska, oligonukleotid kao što je ovde dizajniran je sposoban da odloži i/ili leči i/ili tretira i/ili spreči i/ili poboljša humani genetički poremećaj kao što je Huntington-ova bolest (HD), spinocerebelarna ataksija (SCA) tipa 1, 2, 3, 6, 7, 12 ili 17, amiotrofna lateralna skleroza (ALS), frontotemporalna demencija (FTD), X-vezana spinalna i bulbarna mišićna atrofija (SBMA) i/ili dentatorubropalidoluizijana atrofija (DRPLA) uzrokovana širenjem CAG ponovka u transkriptima HTT, ATXN1, ATXN2, ATXN3, CACNA1A, ATXN7, PPP2R2B, TBP, AR ili ATN1 gena kada je ovaj oligonukleotid sposoban da olakša jedan ili više simptoma i/ili karakteristika i/ili da poboljša parametar vezan sa ili povezan sa Huntington-ovom bolešću (HD), spinocerebelarnom ataksijom (SCA) tipa 1, 2, 3, 6, 7, 12 ili 17, amiotrofnom lateralnom sklerozom (ALS), frontotemporalnom demencijom (FTD), X-vezanom spinalnom i bulbarnom mišićnom atrofijom (SBMA) i/ili dentatorubropalidoluizijana atrofijom (DRPLA) kod individue. Oligonukleotid kao što je ovde definisan je sposoban da poboljša jedan parametar ili smanji simptom ili karakteristiku ako je posle najmanje jedne nedelje, jednog meseca, šestog meseca, jedne godine ili više tretmana upotrebom doze navedenog oligonukleotida prema pronalasku kao što je ovde identifikovana navedeno da je navedeni parametar poboljšan ili je navedeno da je navedeni simptom ili karakteristika redukovan. Poboljšanje u ovom kontekstu može da označava da je navedeni parametar značajno promenjen ka vrednosti navedenog parametra za zdravu osobu i/ili ka vrednosti navedenog parametra koji odgovara vredosti navedenog parametra u istoj individui na početku tretmana. Redukcija ili ublažavanje u ovom kontekstu može da označava da je navedeni simptom ili karakteristika značajno promenjena ka odsustvu navedenog simptoma ili karakteristike koja je karakteristika za zdravu osobu i/ili ka promeni navedenog simptoma ili karakateristike koja odgovara stanju iste individue na početku tretmana.
[0060] U ovom kontekstu, simptomi za Huntington-ovu bolest su horeiformni pokreti, progresivna demencija i psihijatrijske manifestacije (depresija, psihoza, itd.). Horeiformni pokreti se sastoje od nevoljnih, brzih, nepravilnih, spastičnih motornih aktivnosti uključujući trzaje lica ili grčenje i trzaje distalnih ekstremiteta, i kasnije generalizovanije oblike koji mogu da poremete hod (Ropper and Brown, 2005). Svaki od ovih simptoma može biti procenjen od strane lekara upotrebom poznatih i opisanih postupaka. Poželjan postupak je praćenje ukupnog funkcionalnog kapaciteta (TFC), potvrđenog napredovanja skale ili simptoma vezanog za tri glavne simptomatične oblasti HD, merene pomoću potvrđenih skala za ocenjivanje. Ove oblasti su specifično napredovanje motornih signala, napredovanje neuropsihijatrijskih simptoma i napredovanje kognitivnog opadanja. Sledeća poželjna skala je prema tome ujedinjena HD skala ocenjivanja (UHDRS; Huntington Study Group (Kieburtz K. et al.1996;11:136-142).
[0061] Huntington-ova bolest (HD), spinocerebelarna ataksija (SCA) tipa 1, 2, 3, 6, 7 ili 17, X-vezana spinalna i bulbarna mišićna atrofija (SBMA) i dentatorubropalidoluizijana atrofija (DRPLA) su svi uzrokovani širenjima ponovka CAG tripleta u kodirajućem regionu gena. Iako su proteini koji izazivaju bolest kod ovih bolesti različiti, u svakom slučaju rezultirajući prošireni niz glutamina rezultira u toksičnom-dobitku-funkcije proteina i ovo dovodi do neurodegeneracije. Proteinski agregati se nalaze u jedru i citoplazmi ćelija, što ukazuje na to da je pogrešno savijanje proteina zajednička karakteristika ovih poremećaja. Zajednički poželjni parametar prema tome su nivoi (mutantnog) proteina koji mogu biti određeni pomoću western blot analize (Evers et al.,), ili prisustvo proteinskih agregata u jedru i/ili citoplazmi što se može pratiti pomoću in situ hibridizacije. Poboljšanje HD parametra može biti smanjenje u detekciji kvantiteta ili količine proteinskog agregata. Takvo smanjenje može biti najmanje 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% poređenjem sa kvantitetom ili količinom proteinskog agregata pre početka tretmana. U kontekstu HD, nađeno je da različiti drugi proteini kolokalizuju sa htt agregatima, tj. proteinom koji se vezuje za TATA kutiju (TBP), protein koji se vezuje za CREB (CBP) i nekoliko molekularnih šaperona (Huang et al.,; Muchowski et al.,; Roon-Mom et al.,; Steffan et al.,). Tako mnogi pogođeni ćelijski procesi su identifikovani kod HD, kao što je transkripciona de-regulacija, mitohondrijalna disfunkcija i oštećeni transport vezikula, koji mogu da obezbede alternativne parametre za HD (Bauer et al., 2009; Ross et al.,). Poboljšanje svakog od ovih mogućih alternativnih HD parametara (tj. protein koji se vezuje za TATA kutiju (TBP), protein koji se vezuje za CREB (CBP) i nekoliko molekularnih šaperona) mogu biti definisani kao za poboljšanje proteinskog agregata kao što je definisan u prethodnom tekstu.
Kompozicija
[0062] U drugom aspektu, obezbeđena je kompozicija koja sadrži oligonukleotid kao što je opisan u prethodnom delu pod naslovom "Oligonukleotid". Ova kompozicija poželjno sadrži ili se sastoji od ili se esencijalno sastoji od oligonukleotida kao što je opisan u prethodnom tekstu. Kao što je objašnjeno u prvom aspektu pronalaska za ALS i FTD, poznato je da najmanje dva posebna ponovka u najmanje dva posebna transkripta mogu biti uključeni u, odgovorni za ili povezani sa bolešću. Sve poželjne karakteristike vezane za svaki od ovih oligonukleotida su opisane u delu pod naslovom "oligonukleotid". U poželjnom primeru izvođenja, navedena kompozicija je za upotrebu kao lek. Navedena kompozicija je prema tome farmaceutska kompozicija. Farmaceutska kompozicija obično sadrži farmaceutski prihvatljiv nosač, razblaživač i/ili ekscipijens. U poželjnom primeru izvođenja, kompozicija ovog pronalaska sadrži jedinjenje kao što je ovde definisano i izborno dalje sadrži farmaceutski prihvatljivu formulaciju, punilac, konzervans, solubilizator, nosač, razblaživač, ekscipijens, so, ađuvans i/ili rastvarač. Takav farmaceutski prihvatljiv nosač, punilac, konzervans, solubilizator, razblaživač, so, ađuvans, rastvarač i/ili ekscipijens može se na primer naći u Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition. Baltimore, MD: Lippincott Williams & Wilkins, 2000. Jedinjenje kao što je opisano u pronalasku poseduje najmanje jednu jonizibilnu grupu. Jonizibilna grupa može biti baza ili kiselina, i može biti naelektrisana ili neutralna. Jonizibilna grupa može biti prisutna kao jonski par sa odgovarajućim protiv-jonom koji nosi suprotno naelektrisanje (naelektrisanja). Primeri katjonskih protiv-jona su natrijum, kalijum, cezijum, Tris, litijum, kalcijum, magnezijum, trialkilamonijum, trietilamonijum i tetraalkilamonijum. Primeri anjonskih protiv-jona su hlorid, bromid, jodid, laktat, mezilat, acetat, trifluoroacetat, dihloroacetat i citrat. Opisani su primeri protiv-jona [npr. Kumar L. et al, 2008]. Farmaceutska kompozicija može biti dalje formulisana tako da dodatno pomaže u pojačanju stabilnosti, rastvorljivosti, apsorpcije, biodostupnosti, farmakokinetike i ćelijskog unosa navedenog jedinjenja, naročito formulacija koje sadrže ekscipijense sposobne da formiraju komplekse, nanočestice, mikročestice, nanotubule, nanogelove, hidrogelove, poloksamere ili pluronike, polimerzome, koloide, mikromehuriće, vezikule, micele, lipoplekse i/ili lipozome. Primeri nanočestica obuhvataju polimerne nanočestice, zlatne nanočestice, magnetne nanočestice, silika nanočestice, lipidne nanočestice, šećerne čestice, proteinske nanočestice i peptidne nanočestice.
[0063] Poželjna kompozicija sadrži najmanje jedan ekscipijens koji može dodatno da pomogne u pojačanju ciljnog delovanja i/ili isporuke navedene kompozicije i/ili navedenog oligonukleotida na i/ili u mišić i/ili tkivo mozga i/ili na nervno tkivo i/ili ćeliju. Ćelija može biti mišićna ili nervna ćelija.
[0064] Mnogi od ovih ekscipijenasa su poznati u stanju tehnike (npr. videti Bruno, 2011) i mogu biti kategorizovani kao prvi tip ekscipijensa. Primeri prvog tipa ekscipijenasa obuhvataju polimere (npr. polietilenimin (PEI), polipropilenimin (PPI), derivati dekstrana, butilcijanoakrilat (PBCA), heksilcijanoakrilat (PHCA), poli(mlečna-ko-glikolna kiselina) (PLGA), poliamine (npr. spermin, spermidin, putrescin, kadaverin), hitosan, poli(amido amini) (PAMAM), poli(estar amin), polivinil etar, polivinil pirolidon (PVP), polietilen glikol (PEG) ciklodekstrini, hijaluronska kiselina, kolominska kiselina i njihovi derivati), dendrimere (npr. poli(amidoamin)), lipide {npr. 1,2-dioleoil-3-dimetilamonijum propan (DODAP), dioleoildimetilamonijum hlorid (DODAC), derivate fosfatidilholina [npr. 1,2-distearoil-sn-glicero-3-fosfoholin (DSPC)], derivate lizo-fosfatidilholina [npr. 1-stearoil-2-lizo-sn-glicero-3-fosfoholin (S-LysoPC)], sfingomijelin, 2- {3-[bis-(3-amino-propil)-amino]-propilamino}-N-ditetracedil karbamoil metilacetamid (RPR209120), derivati fosfoglicerola [npr. 1,2-dipalmitoil-sn-glicero-3-fosfoglicerol natrijumovu so (DPPG-Na), derivate fosfaticid kiseline [1,2-distearoil-sn-glicero-3-fosfaticid kiselina, natrijumova so (DSPA), derivate fosfatidiletanolamina [npr. dioleoil--fosfatidiletanolamin (DOPE), 1,2-distearoil-snglicero-3-fosfoetanolamin (DSPE),2-difitanoil-sn-glicero-3-fosfoetanolamin (DPhyPE),], N-[1-(2,3-dioleoiloksi)propil]-N,N,N-trimetilamonijum (DOTAP), N-[1-(2,3-dioleiloksi)propil]-N,N,N-trimetilamonijum (DOTMA), 1,3-di-oleoiloksi-2-(6-karboksi-spermil)-propilamid (DOSPER), (1,2-dimiristiolksipropil-3-dimetilhidroksi etil amonijum (DMRIE), (N1-holesteriloksikarbonil-3,7-diazanonan-1,9-diamin (CDAN), dimetildioktadecilamonijum bromid (DDAB), 1-palmitoil-2-oleoil-sn-glicerol-3-fosfoholin (POPC), N-palmitil-N-olelilamid trihidrohlorid (b-L-arginil-2,3-L-diaminopropionske kiseline (AtuFECT01), derivati N,N-dimetil-3-aminopropana [npr. 1,2-distearoiloksi-N,N-dimetil-3-aminopropan (DSDMA), 1,2-dioleiloksi-N,N-dimetil-3-aminopropan (DoDMA), 1,2-dilinoleiloksi-N,N-3-dimetilaminopropan (DLinDMA), 2,2-dilinoleil-4-dimetilaminometil [1,3]-dioksolan (DLin-K-DMA), derivati fosfatidilserina [1,2-dioleil-sn-glicero-3-fosfo-L-serin, natrijumova so (DOPS)], holesterol}proteini (npr. albumin, želatini, atelokolagen), i peptidi (npr. protamin, PepFects, NickFects, poliarginin, polilizin, CADY, MPG).
[0065] Sledeća poželjna kompozicija može da sadrži najmanje jedan ekscipijens kategorizovan kao drugi tip ekscipijensa. Drugi tip ekscipijensa može da sadrži ili obuhvata konjugatnu grupu kao što je ovde opisana za pojačanje ciljnog delovanja i/ili primene kompozicije/ili oligonukleotida prema pronalasku na tkivo i/ili ćeliju i/ili u tkivo i/ili ćeliju, kao na primer mišićno ili nervno tkivo ili ćeliju. Oba tipa ekscpijenasa mogu biti kombinovani zajedno u jednu kompoziciju kao što je ovde identifikovana.
[0066] Stručnjak iz date oblasti može da izabere, spoji i/ili adaptira jedan ili više od gore navedenih ili drugih alternativnih ekscipijenasa i sistema za primenu radi formulacije i primene jedinjenja za upotrebu u predmetnom pronalasku.
[0067] Takva farmaceutska kompozicija prema pronalasku može biti primenjivana u efikasnoj koncentraciji u navedena vremena na životinju, poželjno sisara. Poželjniji sisar je čovek. Oligonukleotid ili kompozicija kao što je ovde definisana za upotrebu prema pronalasku može biti pogodna za direktnu primenu na ćeliju, tkivo i/ili organ in vivo individua pogođenih ili koje su u riziku od razvoja bolesti ili stanja kao što je ovde definisano, i može biti primenjivano direktno in vivo, ex vivo ili in vitro. Primena može biti preko sistemskih i/ili parenteralnih puteva, na primer intravenskog, subkutanog, intraventrikularnog, intratrahealnog, intramuskularnog, intranazalnog, enteralnog, intravitrealnog, intracerebralnog, epiduralnog ili oralnog puta.
[0068] Poželjno, takva farmaceutska kompozicija prema pronalasku može biti inkapsulirana u obliku emulzije, suspenzije, pilule, tablete, kapsule ili mekanog-gela za oralnu primenu, ili u obliku aerosola ili suvog praška za primenu na respiratorni trakt i pluća. U primeru izvođenja oligonukleotid prema pronalasku može biti korišćen zajedno sa drugim jedinjenjem za koje je već poznato da je korišćeno u lečenju navedene bolesti. Takva druga jedinjenja mogu biti korišćena za usporavanje nishodnog napredovanja bolesti, za redukciju abnormalnih ponašanja ili pokreta, za redukciju inflamacije mišićnog tkiva, za poboljšanje funkcije mišićnog vlakna i/ili neuronske funkcije, integriteta i/ili preživljavanja i/ili poboljšanje, povećanje ili vraćanje srčane funkcije. Primeri su, ali bez ograničenja na, steroid, poželjno (gluko)kortikosteroid, inhibitor ACE (poželjno perindopril), blokator receptora za angiotenzin II tip 1 (poželjno losartan), inhibitor faktora alfa nekroze tumora (TNFα), inhibitor TGFβ (poželjno dekorin), humani rekombinantni biglikan, izvor mIGF-1, inhibitor miostatina, manoza-6-fosfat, dantrolen, halofuginon, antioksidant, inhibitor jonskih kanala, inhibitor proteaze, inhibitor fosfodiesteraze (poželjno inhibitor PDE5, kao što je sildenafil ili tadalafil, i/ili inhibitori PDE10A i/ili MP-10), L-arginin, blokatori dopamina, amantadin, tetrabenazin, ko-enzim Q10, antidepresivi, antipsihotici, anti-epileptici, stabilizatori raspoloženja generalno, omega-3-masne kiseline, kreatin monohidrat, inhibitori KMO (Kinurenin mono oksigenaza) kao što je CHDI246 ili inhibitori HDAC4 kao što je PBT2. Takva kombinovana upotreba može biti uzastopna upotreba: svaka komponenta je primenjena u posebnoj kompoziciji. Alternativno svako jedinjenje može biti korišćeno zajedno u jednoj kompoziciji.
Upotreba
[0069] U dodatnom aspektu, obezbeđena je upotreba kompozicije ili oligonukleotida kao što je opisan u prethodnim delovima za upotrebu kao lek ili deo terapije, ili primena kod kojih navedeni oligonukleotid ispoljava svoju aktivnost intracelularno. Poželjno, oligonukleotid ili kompozicija prema pronalasku je za upotrebu kao lek ili kao deo terapije za prevenciju, odlaganje, lečenje, poboljšanje i/ili tretman humanog genetičkog poremećaja povezanog sa nestabilnošću ponovka cis-elementa. Humani genetički poremećaj povezan sa nestabilnošću ponovka cis-elementa je poželjno neuromišićni genetički poremećaj, poželjnije kao što je identifikovan ranije ovde.
Postupak
[0070] U dodatnom aspektu, obezbeđen je postupak za prevenciju, tretman, lečenje, poboljšanje i/ili odlaganje stanja ili bolesti kao što je definisano u prethodnom delu kod individue, u ćeliji, tkivu ili organu navedene individue. Postupak sadrži primenu oligonukleotida ili kompozicije prema pronalasku na navedenu individuu ili subjekta kod koga postoji potreba za tim. Postupak prema pronalasku kod koga oligonukleotid ili kompozicija kao što je ovde definisan može biti pogodan za primenu na ćeliju, tkivo i/ili organ in vivo individua pogođenih bilo kojom od ovde definisanih bolesti ili koje su u riziku od razvoja navedene bolesti, i može biti primenjen in vivo, ex vivo ili in vitro. Individua ili subjekat kod koga postoji potreba za tim je poželjno sisar, poželjnije čovek. U dodatnom aspektu, obezbeđen je postupak za dijagnozu u kome je oligonukleotid prema pronalasku obezbeđen radioaktivnim obeleživačem ili fluorescentnim obeleživačem. U ovom postupku, oligonukleotid prema pronalasku može biti korišćen kao in situ proba za detekciju fokusa (RNK/proteinskih agregata koji su rezultat širenja ponovka) u uzorku od subjekta. Navedeni uzorak sadrži ćelije iz navedenog subjekta. U primeru izvođenja, u postupku prema pronalasku, koncentracija oligonukleotida ili kompozicije je u opsegu od 0.01 nM do 1 µM. Poželjnije, korišćena koncentracija je od 0.05 do 500 nM, ili od 0.1 do 500 nM, ili od 0.02 do 500 nM, ili od 0.05 do 500 nM, čak poželjnije od 1 do 200 nM.
[0071] Opsezi doza oligonukleotida ili kompozicije prema pronalasku su poželjno dizajnirani na osnovu studija rastućih doza u kliničkim ispitivanjima (in vivo upotreba) za koje postoje rigorozni zahtevi protokola. Oligonukleotid kao što je definisan ovde može biti korišćen u dozi koja je u opsegu od 0.01 do 200 mg/kg ili 0.05 do 100 mg/kg ili 0.1 do 50 mg/kg ili 0.1 do 20 mg/kg, poželjno od 0.5 do 10 mg/kg.
Opsezi doza oligonukleotida ili kompozicije prema pronalasku takođe mogu biti korišćeni u dozi koja je
U opsegu od 100 do 300 µg/nedeljno, 8 do 12 injekcija ukupno ili
U opsegu od 150 do 250 µg/nedeljno, 9 do 11 injekcija ukupno ili
200 µg/nedeljno, 11 injekcija ukupno ili
U opsegu od 10 do 350 µg/dan u toku dve nedelje ili
U opsegu od 50 do 250 µg/ dan u toku dve nedelje ili
U opsegu od 100 do 200 µg/ dan u toku dve nedelje ili
U opsegu od 20 do 80 µg/ dan u toku dve nedelje ili
U opsegu od 200 do 320 µg/ dan u toku dve nedelje ili
320 µg/ dan u toku dve nedelje ili
30 µg/ dan u toku dve nedelje.
[0072] Opsezi koncentracija ili doze oligonukleotida ili kompozicije kao što su dati u prethodnom tekstu su poželjne koncentracije ili doze za in vitro ili ex vivo upotrebe. Stručnjak iz date oblasti će razumeti da u zavisnosti od identiteta korišćenog oligonukleotida, ciljna ćelija koja se leči, ciljni gen i njegovi ekspresioni nivoi, korišćeni medijum i uslovi transfekcije i inkubacije, korišćena koncentracija ili doza oligonukleotida mogu dodatno da variraju i može biti potrebno da se optimizuju dodatno.
[0073] U ovom dokumentu i u njegovim patentnim zahtevima, glagol "sadržati" i njegove konjugacije su korišćeni u njegovom neograničavajućem smislu tako da označavaju da su stavke posle te reči uključene, ali da stavke koje nisu specifično navedene nisu isključene.
Glagol "sadržati" je sinonim sa glagolom "imati" osim ukoliko nije drugačije naznačeno. Pored toga glagol "sadržati" može biti zamenjen sa "saastojati se esencijalno od" koji znači da oligonukleotid ili kompozicija kao što su ovde definisani mogu da sadrže dodatnu komponentu (komponente) pored onih specifično navedenih, pri čemu dodatna komponenta (komponente) ne menjaju jedinstvenu karakteristiku pronalaska. Pored toga, pozivanje na element neodređenim članom "a" ili "an" ne isključuje mogućnost da je više od jednog elementa prisutno, osim ukoliko kontekst jasno ne zahteva da je prisutan jedan i samo jedan od elemenata. Neodređeni član "a" ili "an" na taj način obično označava "najmanje jedan".
[0074] Svaki primer izvođenja kao što je ovde identifikovan može biti kombinovan zajedno osim ukoliko mije drugačije naznačeno.
Definicije
[0075] U prijavi, reči "vezuje", "ciljno deluje", "hibridizuje" mogle bi biti korišćene naizmenično kada se koriste u kontekstu antisens oligonukleotida koji je reverzno komplementarna sa delom pre-iRNK kao što je ovde identifikovana. U kontekstu pronalaska, "hibridizuje" ili "vezuje" je korišćeno pod fiziološkim uslovima u ćeliji, poželjno humanoj ćeliji osim ukoliko nije drugačije naznačeno. Kao što je ovde korišćena, "hibridizacija" označava sparivanje komplementarnih oligomernih jedinjenja (npr., antisens jedinjenja i njegove ciljne nukleinske kiseline). Dok nismo ograničeni na određeni mehanizam, najčešći mehanizam sparivanja uključuje vodoničnu vezu, koja može biti Watson-Crick, Hoogsteen ili reverzna Hoogsteen vodonična veza, između komplementarnih nukleozida ili nukleotidnih baza (nukleobaza). Na primer, prirodna baza adenin je nukleobaza komplementarna sa prirodnom nukleobazom timinom, 5-metiluracilom i uracilom koji se sparuju preko formiranja vodoničnih veza. Prirodna baza guanin je nukleobaza komplementarna prirodnim bazama citozinu i 5-metilcitozinu. Hibridizacija može da se javi pod različitim uslovima. Naročito, hibridizacija oligonukleotida prema pronalasku sa ciljanom pre-iRNK može da se javi pod različitim uslovima. Slično, vezivanje oligonukleotida prema pronalasku za ciljanu pre-iRNK može da se javi pod različitim uslovima. Poželjno, navedena hibridizacija ili navedeno vezivanje je procenjeno pod fiziološkim uslovima u ćeliji, poželjnije u humanoj ćeliji. Za oligonukleotid prema pronalasku je poželjno navedeno da je sposoban da se veže za, ili je sposoban da se vezuje za, ili je sposoban da hibridizuje sa ili je sposoban da hibridizuje sa, kada se takvo vezivanje ili hibridizacija javlja pod fiziološkim uslovima u ćeliji, poželjno humanoj ćeliji. Kao što je ovde korišćen, "nukleotid" označava nukleozid koji dodatno sadrži modifikovanu ili nemodifikovanu fosfatnu vezujuću grupu ili ne-fosfatnu internukleozidnu vezu.
[0076] Kao što je ovde korišćen, "nukleotidni analog" ili "nukleotidni ekvivalent" označava nukleotid, koji sadrži najmanje jednu modifikaciju u vezi sa nukleotidom koji se prirodno javlja u RNK, kao što je A, C, G i U. Takva modifikacija može biti modifikacija internukleozidne veze i/ili modifikacija šećera i/ili modifikacija baze. Kao što je ovde korišćen, "monomer" označava prekursor u sintezi oligomernog ili polimernog jedinjenja. Takođe monomerna jedinica ili ostatak unutar takvog oligomernog ili polimernog jedinjenja je obuhvaćena u terminu "monomer". Na taj način, "monomer" i "nukleotidni ostatak" mogu biti korišćeni naizmenično u opisu. Unutar konteksta predmetnog pronalaska, monomer je poželjno nukleotid. Poželjni monomeri koji se ugrađuju u oligonukleotide prema pronalasku su nukleotidi koji sadrže 2’-O-metil supstituent, fosforotioatnu internukleozidnu vezu i 5-metilpirimidin i/ili nukleobazu 2,6-diaminopurin. Kao što je ovde korišćena, "nukleobaza" označava heterociklični bazni deo nukleozida. Nukleobaze mogu biti prirodne ili mogu biti modifikovane i prema tome obuhvataju, ali bez ograničenja na adenin, citozin, guanin, uracil, timin i njihove analoge kao što je 5-metil-citozin. U određenim primerima izvođenja, nukleobaza može da sadrži bilo koji atom ili grupu atoma sposobnu za vezivanje vodoničnom vezom za bazu druge nukleinske kiseline. Kao što je ovde korišćen, "Tm" označava temperaturu topljenja koja je temperatura na kojoj se dva lanca dvostruke nukleinske kiseline razdvajaju. Tmje često korišćena kao mera stabilnosti dupleksa ili afiniteta za vezivanje antisens jedinjenja ka komplementarnom RNK molekulu.
[0077] Kao što je ovde korišćen, "2’-modifikovani" ili "2’-supstituisani" označava nukleozid koji sadrži pentozni šećer koji sadrži supstituent na 2’ položaju osim H ili OH. 2’-modifikovani nukleozidi obuhvataju, ali bez ograničenja na, biciklične nukleozide gde most koji povezuje dva atoma ugljenika prstena šećera spaja 2’ ugljenik i drugi ugljenik prstena šećera; i nukleozide sa ne-premošćenim 2’-supstituentima, kao što su alil, amino, azido, tio, O-alil, OC1-C10alkil, -OCF3, O-(CH2)2-O-CH3, 2’-O(CH2)2SCH3, O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), ili O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), gde je svaki Rmi Rn, nezavisno, H ili supstituisani ili nesupstituisani C1-C10alkil. 2’-modifikovani nukleozidi mogu dodatno da sadrže druge modifikacije, na primer na drugim položajima šećera i/ili na nukleobazi.
[0078] Kao što je ovde korišćen, svaki od "2’-O-Me", "2’-OMe" ili "2’-OCH3" ili "2’-O-metil" označava nukleozid koji sadrži šećer koji sadrži -OCH3grupu na 2’ položaju prstena šećera. Kao što je ovde korišćen, svaki od "MOE" ili "2’-MOE" ili "2’-OCH2CH2OCH3" ili "2’-O-metoksietil" se odnosi na nukleozid koji sadrži šećer koji sadrži -OCH2CH2OCH3grupu na 2’ položaju prstena šećera. Kao što je ovde korišćen, termin "analog adenina" označava hemijski-modifikovanu purinsku nukleobazu koja, kada je ugrađena u oligomer, je sposobna da formira bazni par sa timinom ili uracilom komplementarnog lanca RNK ili DNK. Poželjno, takav bazni par je Watson-Crick bazni par, ali njegovi analozi i male devijacije se takođe smatraju dozvoljenim unutar konteksta predmetnog pronalaska.
Kao što je ovde korišen, termin "analog uracila" označava hemijski-modifikovanu pirimidinsku nukleobazu koja, kada je ugrađena u oligomer, je sposobna da formira bazni par sa adeninom komplementarnog lanca RNK ili DNK. Poželjno, takav bazni par je Watson-Crick bazni par, ali njegovi analozi i male devijacije se takođe smatraju dozvoljenim unutar konteksta predmetnog pronalaska.
Kao što je ovde korišćen, termin "analog timina" označava hemijski-modifikovanu pirimidinsku nukleobazu koja, kada je ugrađena u oligomer, je sposobna da formira bazni par sa adeninom komplementarnog lanca RNK ili DNK. Poželjno, takav bazni par je Watson-Crick bazni par, ali se njegovi analozi i male devijacije takođe smatraju dozvoljenim unutar konteksta predmetnog pronalaska.
Kao što je ovde korišćen, termin "analog citozina" označava hemijski-modifikovanu pirimidinsku nukleobazu koja, kada je ugrađena u oligomer, je sposobna da formira bazni par sa guaninom komplementarnog lanca RNK ili DNK. Na primer, analog citozina može biti 5-metilcitozin. Poželjno, takav bazni par je Watson-Crick bazni par, ali se njegovi analozi i male devijacije takođe smatraju dozvoljenim unutar konteksta predmetnog pronalaska.
Kao što je ovde korišćen, termin "analog guanina" označava hemijski-modifikovanu purinsku nukleobazu koja, kada je ugrađena u oligomer, je sposobna da formira bazni par sa citozinom komplementarnog lanca RNK ili DNK. Poželjno, takav bazni par je Watson-Crick bazni par, ali se njegovi analozi i male devijacije takođe smatraju dozvoljenim unutar konteksta predmetnog pronalaska.
Kao što je ovde korišćen, termin "guanozin" označava nukleozid ili nukleozid sa modifikovanim šećerom koji sadrži nukleobazu guanin ili analog guanina.
[0079] Kao što je ovde korišćen, termin "uridin" označava nukleozid ili nukleozid sa modifikovanim šećerom koji sadrži nukleobazu uracil ili analog uracila.
Kao što je ovde korišćen, termin "timidin" označava nukleozid ili nukleozid sa modifikovanim šećerom koji sadrži nukleobazu timin ili analog timina.
Kao što je ovde korišćen, termin "citidin" označava nukleozid ili nukleozid sa modifikovanim šećerom koji sadrži nukleobazu citozin ili analog citozina.
Kao što je ovde korišćen, termin "adenozin" označava nukleozid ili nukleozid sa modifikovanim šećerom koji sadrži nukleobazu adenin ili analog adenina.
Kao što je ovde korišćen, "oligonukleotid" označava jedinjenje koje sadrži veći broj vezanih nukleozida. U određenim primerima izvođenja, jedan ili više od množine nukleozida su modifikovani. U određenim primerima izvođenja, oligonukleotid sadrži jedan ili više ribonukleozida (RNK) i/ili deoksiribonukleozida (DNK).
Kao što je ovde korišćena, "internukleozidna veza" označava kovalentnu vezu između susednih nukleozida. Internukleozidna veza može biti prirodna internukleozidna veza, tj. 3’ do 5’ fosfodiestarska veza ili modifikovana internukleozidna veza.
Kao što je ovde korišćena, "modifikovana internukleozidna veza" označava bilo koju internukleozidnu vezu osim prirodne internukleozidne veze.
Kao što je ovde korišćena, "osnova" označava lanac naizmeničnih šećernih delova i internukleozidnih veza, jer se javlja u oligonukleotidu. Oligonukleotid prema pronalasku sadrži najmanje jednu fosforoditioatnu internukleozidnu vezu, ali trebalo bi razumeti da u osnovi može biti prisutno još modifikacija osnove, kao što su modifikacije šećera i/ili modifikacije internukleozidne veze.
Kao što je ovde korišćeno, "oligomerno jedinjenje" označava polimernu strukturu koja sadrži dve ili više pod-struktura. U određenim primerima izvođenja, oligomerno jedinjenje je oligonukleotid. U određenim primerima izvođenja, oligomerno jedinjenje je jednolančani oligonukleotid. U određenim primerima izvođenja, oligormeno jedinjenje je dvolančani dupleks koji sadrži dva oligonukleotida. U određenim primerima izvođenja, oligomerno jedinjenje je jednolančani ili dvolančani oligonukleotid koji sadrži jednu ili više konjugatnih grupa i/ili terminalnih grupa.
Kao što je ovde korišćen, "konjugat" označava atom ili grupu atoma vezane za oligonukleotid ili oligomerno jedinjenje.
Uopšteno, konjugatne grupe modifikuju jednu ili više osobina jedinjenja za koji su vezane, uključujući, ali bez ograničenja na farmakodinamiku, farmakokinetiku, vezivanje, apsorpciju, ćelijsku raspodelu, ćelijski unos, naelektrisanje i klirens. Konjugatne grupe se rutinski koriste u hemijskoj tehnici i vezane su direktno ili preko izbornog vezujućeg dela ili vezujuće grupe za ishodno jedinjenje kao što je oligomerno jedinjenje. U određenim primerima izvođenja, konjugatne grupe obuhvataju bez ograničenja, interkalatore, reporter molekule, poliamine, poliamide, polietilen glikole, tioetre, polietre, holesterole, tioholesterole, delove holne kiseline, folat, lipide, fosfolipide, biotin, fenazin, fenantridin, antrahinon, adamantan, akridin, fluoresceine, rodamine, kumarine i boje. U određenim primerima izvođenja, konjugati su terminalne grupe. U određenim primerima izvođenja, konjugati su vezani za 3’ ili 5’ terminalni nukleozid ili za unutrašnji nukleozid oligonukleotida.
Kao što je ovde korišćena, "konjugatna vezujuća grupa" označava bilo koji atom ili grupu atoma korišćene za vezivanje konjugata za oligonukleotid ili oligomerno jedinjenje. Vezujuće grupe ili bifunkcionalni vezujući delovi kao što su oni poznati u stanju tehnike su podložni predmetnom pronalasku.
Kao što je ovde korišćeno, "antisens jedinjenje" označava oligomerno jedinjenje, čiji je najmanje deo najmanje delimično komplementaran sa, ili najmanje delimično usmeren na, ciljnu nukleinsku kiselinu sa kojom hibridizuje i modulira aktivnost, obradu ili ekspresiju navedene ciljne nukleinske kiseline.
Kao što je ovde korišćena, "ekspresija" označava proces pomoću koga gen konačno rezultira u proteinu. Ekspresija obuhvata, ali bez ograničenja na, transkripciju, splajsing, posttranskripcionu modifikaciju i translaciju.
Kao što je ovde korišćen, "antisens oligonukleotid" označava antisens jedinjenje koje je oligonukleotid.
Kao što je ovde korišćena, "antisens aktivnost" označava bilo koju detektabilni i/ili merljivu aktivnost koja se može pripisati hibridizaciji antisens jedinjenja sa njegovom ciljnom nukleinskom kiselinom. U određenim primerima izvođenja, takva aktivnost može biti povećanje ili smanjenje količine nukleinske kiseline ili proteina. U određenim primerima izvođenja, takva aktivnost može biti promena u odnosu splajs varijante nukleinske kiseline ili proteina. Detekcija i/ili merenje antisens aktivnosti može biti direktna ili indirektna.
U određenim primerima izvođenja, antisens aktivnost je procenjena posmatranjem fenotipske promene u ćeliji ili životinji.
Kao što je ovde korišćena, "ciljna nukleinska kiselina" označava bilo koji molekul nukleinske kiseline čija ekspresija, količina ili aktivnost može da se modulira pomoću antisens jedinjenja. U određenim primerima izvođenja, ciljna nukleinska kiselina je DNK ili RNK.
U određenim primerima izvođenja, ciljna RNK je miRNK, iRNK, pre-iRNK, ne-kodirajuća RNK, ili prirodni antisens transkripti.
Na primer, ciljna nukleinska kiselina može biti ćelijski gen (ili iRNK transkribovana iz gena) čija ekspresija je povezana sa određenim poremećajem ili stanjem bolesti,
Kao što je ovde korišćena, "ciljna iRNK" označava prethopdno izabrani molekul RNK koji kodira protein.
Kao što je ovde korišćeno, "ciljno delovanje" ili "na koji se ciljno deluje" označava vezu antisens jedinjenja sa određenim ciljnim molekulom nukleinske kiseline ili određenim regionom nukleotida unutar ciljnog molekula nukleinske kiseline. Antisens jedinjenje ciljno deluje na ciljnu nukleinsku kiselinu ako je dovoljno reverzno komplementarno sa ciljnom nukleinskom kiselinom da bi se omogućila hibridizacija pod fiziološkim uslovima. U ovom kontekstu "dovoljno reverzno komplementarno" može biti najmanje 90%, 95%, 97%, 99% ili 100% reverzno komplementarno sa navedenim ciljnim molekulom nukleinske kiseline.
Kao što je ovde korišćeno, "ciljno mesto" označava region ciljne nukleinske kiseline koji je vezan sa antisens jedinjenjem. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar 3’ netranslatiranog regiona RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar 5’ netranslatiranog regiona RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar kodirajućeg regiona RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar egzona RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar introna RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmanje delimično unutar miRNK ciljnog mesta RNK molekula. U određenim primerima izvođenja, ciljno mesto je najmaje delimično unutar regiona ponovka RNK molekula.
Kao što je ovde korišćen, "ciljni protein" označava protein, čija ekspresija je modulirana pomoću antisens jedinjenja. U određenim primerima izvođenja, ciljni protein je kodiran od strane ciljne nukleinske kiseline. U određenim primerima izvođenja, na ekspresiju ciljnog proteina je inače uticala ciljna nukleinska kiselina.
Kao što je ovde korišćena, "komplementarnost" u vezi sa nukleobazama označava nukleobazu koja je sposobna za bazno sparivanje sa drugom nukleobazom. Na primer, u DNK, adenin (A) je komplementaran sa timinom (T). Na primer, u RNK, adenin (A) je komplementaran sa uracilom (U). U određenim primerima izvođenja, komplementarna nukleobaza označava nukleobazu antisens jedinjenja koja je sposobna za bazno sparivanje sa nukleobazom njegove ciljne nukleinske kiseline. Na primer, ako je nukleobaza na određenom položaju antisens jedinjenja sposobna za vezivanje preko vodonične veze sa nukleobazom na određenom položaju ciljne nukleinske kiseline, tada se položaj vodonične veze između oligonukleotida i ciljne nukleinske kiseline smatra komplementarnim na nukleobaznom paru. Nukleobaze koje sadrže određene modifikacije mogu da održavaju sposobnost da se sparuju sa parnjakom nukleobazom i na taj način, su još uvek sposobne za nukleobaznu komplementarnost.
Kao što je ovde korišćena, "ne-komplementarnost" u vezi sa nukleobazama označava par nukleobaza koje ne formiraju vodonične veze međusobno ili inače podržavaju hibridizaciju.
Kao što je ovde korišćena, "komplementarnost" u vezi sa vezanim nukleozidima, oligonukleotidima, ili nukleinskim kiselinama, označava kapacitet oligomernog jedinjenja da hibridizuje sa drugim oligomernim jedinjenjem ili nukleinskom kiselinom preko komplementarnosti nukleobaza. U određenim primerima izvođenja, antisens jedinjenje i njegovo ciljno mesto su komplementarni međusobno kada je dovoljan broj odgovarajućih položaja u svakom molekulu zauzet nukleobazama koje mogu da se vežu međusobno da bi se omogućila stabilna veza između antisens jedinjenja i ciljnog mesta. Stručnjak iz date oblasti tehnike prepoznaje da je uključenje pogrešnih sparivanja moguće bez eliminacije sposobnosti oligomernih jedinjenja da ostanu u vezi.
Prema tome, ovde su opisana antisens jedinjenja koja mogu da sadrže do oko 20% nukleotida koji su pogrešno spareni (tj., nisu im nukleobaze komplementarne sa odgovarajućim nukleotidima ciljnog mesta). Poželjno antisens jedinjenja sadrže ne više od oko 15%, poželjnije ne više od oko 10%, najpoželjnije ne više od 5% ili ne sadrže pogrešna sparivanja. Preostali nukleotidi su nukleobaze komplementarne ili inače ne prekidaju hibiridizaciju (npr., unioverzalne baze). Stručnjaku iz date oblasti tehnike će biti jasno da su jedinjenja koja su ovde obezbeđena najmanje 80%, najmanje 85%, najmanje 90%, najmanje 95%, najmanje 96%, najmanje 97%, najmanje 98%, najmanje 99% ili 100% komplementarna sa ciljnom nukleinskom kiselinom ili reverzno komplementarna sa ciljnom nukleinskom kiselinom. Kao što je ovde korišćena, "modulacija" označava promenu količine ili kvaliteta funkcije ili aktivnosti u poređenju sa funkcijom ili aktivnošću pre modulacije. Na primer, modulacija obuhvata poremećaj, bilo povećanje (stimulaciju ili indukciju) ili smanjenje (inhibiciju ili redukciju) u genskoj ekspresiji. Kao dodatni primer, modulacija ekspresije može da obuhvata poremećaj selekcije splajs mesta pre-iRNK obrade, rezultirajući u promeni prisutne količine određene splajs varijante u poređenju sa uslovima koji nisu poremećeni. Kao dodatni primer, modulacija obuhvata poremećaj translacije proteina.
[0080] Kao što je ovde korišćen, "motiv’ označava obrazac modifikacija u oligomernom jedinjenju ili njegovom regionu. Motivi mogu biti definisani modifikacijama na određenim nukleozidima i/ili na određenim vezujućim grupama oligomernog jedinjenja.
Kao što su ovde korišćene, "iste modifikacije" označavaju modifikacije u odnosu na prirodne molekule koji su isti međusobno, uključujući odsustvo modifikacija. Na taj način, na primer, dva nemodifikovana DNK nuleozida imaju "istu modifikaciju," čak iako je DNK nukleozid nemodifikovan.
Kao što je ovde korišćen, "tip modifikacije" u vezi sa nukleozidom ili nukleozid "tipa" označava modifikaciju nukleozida i obuhvata modifikovane i nemodifikovane nukleozide.
Prema tome, osim ukoliko nije drugačije naznačeno, "nukleozid koji ima modifikaciju prvog tipa" može biti nemodifikovani nukleozid.
Kao što su ovde korišćene, "farmaceutski prihvatljive soli" označavaju soli aktivnih jedinjenja koje zadržavaju željenu biološku aktivnost aktivnog jedinjenja i ne daju neželjene toksikološke efekte.
Kao što je ovde korišćen, termin "nezavisno" označava da svaki slučaj ponavljajuće promenljive unutar oligonukleotida za koji je tražena zaštita je izabran međusobno nezavisno. Na primer, svaka ponavljajuća promenljiva može biti izabrana tako da (i) svaka od ponavljajućih promenljivih su iste, (ii) dve ili više su iste ili (iii) svaka od ponavljajućih promenljivih može biti različita.
Opšte hemijske definicije
[0081] Kao što je ovde korišćen, "alkil" označava zasićeni linearni ili granati ugljovodonični supstituent ili radikal, tipično koji sadrži do dvadeset i četiri atoma ugljenika. Primeri alkil grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, metil, etil, propil, butil, izopropil, n-heksil, oktil, decil, dodecil i slično. Alkil grupe tipično obuhvataju od 1 do 24 atoma ugljenika, tipičnije od 1 do 12 atoma ugljenika (C1-C12alkil), pri čemu je poželjnije od 1 do 6 atoma ugljenika (C1-C6alkil).
Termin "niži alkil" kao što je ovde korišćen obuhvata od 1 do 6 atoma ugljenika (C1-C6alkil). Alkil grupe kao što su korišćene ovde mogu izborno da sadrže jedan ili više dodatnih supstituenata.
Kao što je ovde korišćen, "alkenil" označava linearni ili granati ugljovodonični radikal ili supstituent, koji tipično sadrži do dvadeset i četiri atoma ugljenika, i koji ima najmanje jednu ugljenik-ugljenik dvogubu vezu. Primeri alkenil grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, etenil, propenil, butenil, 1-metil-2-buten-1-il, diene kao što je 1,3-butadienil i slično.
Alkenil grupe tipično obuhvataju od 2 do 24 atoma ugljenika, tipičnije od 2 do 12 atoma ugljenika, pri čemu je poželjnije od 2 do 6 atoma ugljenika. Alkenil grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže jedan ili više dodatnih supstituenata.
Kao što je ovde korišćen, "alkinil" označava linearni ili granati ugljovodonični radikal ili supstituent, tipično koji sadrži do dvadest i čestiri atoma ugljenika, i koji ima najmanje jednu ugljenik-ugljenik trogubu vezu. Primeri alkinil grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, etinil, 1-propinil, 1-butinil i slično. Alkinil grupe tipično obuhvataju od 2 do 24 atoma ugljenika, tipičnije od 2 do 12 atoma ugljenika, pri čemu je poželjnije od 2 do 6 atoma ugljenika. Alkinil grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno sa sadrže jedan ili više dodatnih supstituenata.
Kao što je ovde korišćen, "aminoalkil" označava amino supstituisani alkil radikal ili supstituent. Ovaj termin je određen tako da obuhvata C1-C12alkil grupe koje imaju amino supstituent na bilo kom položaju i gde je aminoalkil grupa vezana za ishodni molekul preko njegovog alkil dela. Alkil i/ili amino delovi aminoalkil grupe mogu izborno biti dodatno supstituisane sa dodatnim supstituentima.
Kao što je ovde korišćen, "alifatik" označava linearni ili granati ugljovodonični radikal ili supstituent, koji tipično sadrži do dvadest i četiri atoma ugljenika, gde je zasićenje između bilo koja dva atoma ugljenika jednoguba, dvoguba ili troguba veza. Alifatična grupa poželjno sadrži od 1 do 24 atoma ugljenika, tipičnije od 1 do 12 atoma ugljenika, pri čemu je poželjnije od 1 do 6 atoma ugljenika. Linearni ili granati lanac alifatične grupe može biti prekinut sa jednim ili više heteroatoma koji obuhvataju azot, kiseonik, sumpor i fosfor. Takve alifatične grupe prekinute heteroatomima obuhvataju bez ograničenja polialkoksi, kao što su polialkilen glikoli, poliamini i poli imini. Alifatične grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente.
Kao što je ovde korišćen, "alicikličan" ili "aliciklil" označava ciklični radikal ili supstituent, gde je sistem prstena alifatičan. Sistem prstena može da sadrži jedan ili više prstenova u kojima je najmanje jedan prsten alifatičan. Poželjni aliciklični delovi obuhvataju prstenove koji imaju od 5 do 9 atoma ugljenika u prstenu. Aliciklične grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente.
Kao što je ovde korišćen, "alkoksi" označava radikal ili supstituent koji sadrži alkil grupu i atoma kiseonika, pri čemu je alkoksi grupa vezana za ishodni molekul preko njegovog atoma kiseonika. Primeri alkoksi grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, metoksi, etoksi, propoksi, izopropoksi, n-butoksi, sek-butoksi, terc-butoksi, n-pentoksi, neopentoksi, n-heksoksi i slično. Alkoksi grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente.
Kao što je ovde korišćen, "halo", "halogenid" i "halogen" označavaju atom, radikal ili supstituent izabran od fluora, hlora, broma i joda.
Kao što je ovde korišćen, "aril" i "aromatičan" označava radikal ili supstituent koji sadrži mono- ili policikličan karbocikličan sistem prstena koji ima jedan ili više aromatičnih prstenova. Primeri aril grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, fenil, naftil, tetrahidronaftil, indanil, idenil i slično. Poželjni aril sistemi prstena imaju od 5 do 20 atoma ugljenika u jednom ili više prstenova. Aril grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente.
Kao što je ovde korišćen, "aralkil" i "arilalkil" označavaju radikal ili susptituent koji sadrži alkil grupu i aril grupu, pri čemu je aralkil ili arilalkil grupa vezana za ishodni molekul preko njegovog alkil dela. Primeri obuhvataju, ali bez ograničenja na, benzil, fenetil i slično. Aralkil grupe kao što su korišćene ovde mogu izborno da sadrže dodatne supstituente vezane za alkil, aril ili oba dela koji formiraju radikal ili supstituent.
Kao što je ovde korišćen, "heterociklil" označava radikal ili supstituent koji sadrži mono- ili policikličan sistem prstena koji obuhvata najmanje jedan heteroatom i nezasićen je, delimično zasićen ili potpuno zasićen, na taj način uključujući heteroaril grupe. Heterociklil je takođe određen tako da obuhvata fuzionisane sisteme prstena u kome jedan ili više fuzionih prstenova sadrže najmanje jedan heteroatom i drugi prstenovi mogu da sadrže jedan ili više heteroatoma ili izborno ne sadrže heteroatome. Heterociklična grupa tipično obuhvata najmanje jedan atom izabran od sumpora, azota ili kiseonika. Primeri heterocikličnih grupa obuhvataju [1,3]dioksolan, pirolidinil, pirazolinil, pirazolidinil, imidazolinil, imidazolidinil, piperidinil, piperazinil, oksazolidinil, izoksazolidinil, morfolinil, tiazolidinil, izotiazolidinil, hinoksalinil, piridazinonil, tetrahidrofuril i slično. Heterociklične grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente. Kao što je ovde korišćen, "heteroaril" i "heteroaromatičan" označava radikal ili supstituent koji sadrži mono- ili policikličan aromatičan prsten, sistem prstena ili fuzionisani sistem prstena u kome je najmanje jedan od prstenova aromatičan i obuhvata jedan ili više heteroatoma. Heteroaril je takođe određen tako da obuhvata fuzionisane sisteme prstena uključujući sisteme gde jedan ili više od fuzionisanih prstenova ne sadrže heteroatome. Heteroaril grupe tipično obuhvataju jedan atom u prstenu izabran od sumpora, azota ili kiseonika. Primeri heteroaril grupa obuhvataju, ali bez ograničenja na, piridinil, pirazinil, pirimidinil, pirolil, pirazolil, imidazolil, tiazolil, oksazolil, izooksazolil, tiadiazolil, oksadiazolil, tiofenil, furanil, hinolinil, izohinolinil, benzimidazolil, benzooksazolil, hinoksalinil i slično. Heteroaril radikali ili supstituenti mogu biti vezani za ishodni molekul direktno ili preko vezujućeg dela kao što je alifatična grupa ili heteroatom. Heteroaril grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente. Kao što je ovde korišćen, "heteroarilalkil" označava radikal ili supstituent koji sadrži heteroaril grupu kao što je prethodno definisana i alkil deo, pri čemu je heteroarilalkil grupa vezana za ishodni molekul preko njegovog alkil dela. Primeri obuhvataju, ali bez ograničenja na, piridinilmetil, pirimidiniletil, naftiridinilpropil i slično. Heteroarilalkil grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente na jednom ili oba od heteroaril ili alkil delova.
Kao što je ovde korišćen, "mono ili policikličan" označava bilo koje sisteme prstena, kao što su jedan prsten ili policiklični sistem koji imaju prstenove koji su fuzionisani ili vezani, i određeni su tako da uključuju jedan ili mešane sisteme prstenova pojedinačno izabrane od alifatika, aliciklika, aril, heteroarila, aralkila, arilalkila, heterociklika, heteroarila, heteroaromatika i heteroarilalkil. Takve mono i policiklične strukture mogu da sadrže prstenove koji imaju ujednačeni ili različiti stepen zasićenja, uključujući potpuno zasićene, delimično zasićene ili potpuno nezasićene prstenove. Svaki prsten može da sadrži atome prstena izabrane od C, N, O i S da bi se dobili heterociklični prstenovi kao i prstenovi koji sadrže samo C atome u prstenu. Heterociklični prstenovi i prstenovi čiji su svi atomi u prstenu ugljenici mogu biti prisutni u mešanom motivu, kao što je na primer benzimidazol gde jedan prsten fuzionisanog sistema prstena ima samo atome ugljenika u prstenu i drugi prsten ima dva atoma azota. Mono ili policiklične strukture mogu biti dalje supstituisane sa supstituentima kao što su na primer ftalimid koji ima dve okso grupe (=O) vezane za jedan od prstenova. U sledećem aspektu, mono ili policiklične strukture mogu biti vezane za ishodni molekul direktno preko atoma u prstenu, preko supstituenta ili bifunkcionalnog vezujućeg dela.
Kao što je ovde korišćen, "acil" označava radikal ili supstituent koji sadrži karbonil deo (C=O ili -C(O)-) i dodatno supstituent X, gde je acil grupa vezana za ishodni molekul preko njegovog karbonil dela. Kao takva, acil grupa je formalno dobijena uklanjanjem hidroksil grupe iz organske kiseline i ima opštu formulu -C(O)-X, gde je X tipično alifatičan, alicikličan ili aromatičan. Termin "acil" je takođe određen tako da obuhvata heteroacil radikale ili supstituente sa opštom formulom -Y(O)n-X, gde je X kao što je definisan u prethodnom tekstu i Y(O)nje tipično sulfonil, sulfinil ili fosfat. Primeri acil grupa obuhvataju alifatične karbonile, aromatične karbonile, alifatične sulfonile, aromatične sulfinile, alifatične sulfinile, aromatične fosfate, alifatične fosfate i slično. Acil grupe kao što su ovde korišćene mogu izborno da sadrže dodatne supstituente.
Kao što je ovde korišćen, "supstituent" i "grupa supstituent" obuhvataju grupe koje su tipično dodate drugim supstituentima ili ishodnim jedinjenjima da bi se pojačale željene osobine ili dobili željeni efekti. Grupe supstituenti mogu biti zaštićeni ili nezaštićeni i mogu biti vezani za jedno dostupno mesto ili za mnoga dostupna mesta u ishodnom jedinjenju. Grupe supstituenti mogu takođe dodatno biti supstituisane sa drugim grupama supstituentima i mogu biti vezane direktno ili preko vezujuće grupe kao što je alkil ili hidrokarbil grupa za ishodno jedinjenje. Ovde, "hidrokarbil" označava bilo koju grupu koja sadrži C, O i H. Obuhvaćene su linearne, granate i ciklične grupe koje imaju bilo koji stepen zasićenja. Takve hidrokarbil grupe mogu da obuhvataju jedan ili više heteroatoma izabranih od N, O i S i mogu dalje biti supstituisane sa jednim ili više supstituenata.
[0082] Osim ukoliko nije naznačeno drugačije, termin "supstituisan" ili "izborno supstituisan" označava (izborno) prisustvo bilo kog od sledećih supstituenata: halogen, hidroksil, alkil, alkenil, alkinil, acil (-C(O)Raa), karboksil (-C(O)O-Raa), alifatične grupe, aliciklične grupe, alkoksi, supstituisani okso (-O-Raa), aril, aralkil, heterociklik, heteroaril, heteroarilalkil, amino (-NRbbRcc), imino (=NRbb), amido (-C(O)NRbbRccili -N(Rbb)C(O)Raa), azido (-N3), nitro (-NO2), cijano (-CN), karbamido (-OC(O)NRbbRccili -N(Rbb)C(O)ORaa), ureido (-N(Rbb)C(O)NRbbRcc), tioureido (-N(Rbb)C(S)NRbbRcc), guanidinil (-N(Rbb)C(=NRbb)NRbbRcc), amidinil (-C(=NRbb)NRbbRccili -N(Rbb)C(NRbb)Raa), tiol (-SRbb), sulfinil (-S(O)Rbb), sulfonil (-S(O)2Rbb), sulfonamidil (-S(O)2NRbbRccili -N(Rbb)S(O)2Rbb) i konjugatne grupe. Ovde, svaki Raa, Rbbi Rccje, nezavisno, H, izborno vezana hemijska funkcionalna grupa ili dodatni supstituent, poželjno, ali bez ograničenja izabran iz grupe koja se sastoji od H, alkil, alkenil, alkinil, alifatik, alkoksi, acil, aril, aralkil, heteroaril, aliciklik, heterociklik i heteroarilalkil. Izabrani supstituenti unutar jedinjenja opisanih ovde su prisutni do ponavljajućeg stepena. U ovom kontekstu, "ponavljajući supstituent" označava da supstituent može da navede drugo svoje pojavljivanje. Zbog ponavljajuće prirode takvih supstitenata, teoretski, veliki broj može biti prisutan u bilo kom datom patentnom zahtevu. Stručnjak iz date oblasti tehnike medicinske hemije i organske hemije razume da je ukupan broj takvih supstituenata razumno ograničen željenim osobinama namenjenog jedinjenja. Takve osobine obuhvataju, na primer i bez ograničenja, fizičke osobine kao što su molekulska težina, rastvorljivost ili log P, osobine primene kao što su aktivnost protiv namenjenog ciljnog mesta i praktične osobine kao što su lakoća sinteze. Ponavljajući supstituenti su u nameravanom aspektu pronalaska. Stručnjak iz date oblasti tehnike medicinske i organske hemije razume nepostojanost takvih supstituenata. U stepenu u kome su ponavljajući supstituenti prisutni u patentnom zahtevu pronalaska, ukupan broj će biti određen kao što je navedeno u prethodnom tekstu.
Kao što je ovde korišćena, nula (0) u opsegu koji označava broj određenih jedinica označava da jedinica može biti odsutna. Na primer, oligomerno jedinjenje koje sadrži 0-2 regiona određenog motiva označava da oligomerno jedinjenje može da sadrži jedan ili dva takva regiona koja imaju određeni motiv, ili oligomerno jedinjenje ne mora da ima bilo koje regione koji imaju određeni motiv. U slučajevima gde je interni deo molekula odsutan, delovi koji flankiraju odsutni deo su vezani direktno međusobno. Slično, termin "nijedan" kao što je ovde korišćen, označava da određena karakteristika nije prisutna. Kao što je ovde korišćen, "analog" ili "derivat" označava jedinjenje ili deo slično u strukturi, ali različito u vezi sa elementarnim sastavom od ishodnog jedinjenja bez obzira na to kako je jedinjenje pripremljeno. Na primer, analog ili derivat jedinjenje ne treba biti pripremljeno od ishodnog jedinjenja kao hemijski početni materijal.
[0083] Sledeći primeri su ponuđeni samo za ilustrativne svrhe, i nije bila namera da ograniče obim predmetnog pronalaska ni na koji način.
Legende za slike
[0084]
Slika 1. Analiza in vitro aktivnosti za (XYG)7u kome je X = 5-metilcitozin i Y=U (PS659 SEQ ID NO:90; poreklom od SEQ ID NO:2) i (XYG)7u kome je X=C i Y je 5-metiluracil (PS661 SEQ ID NO: 97; poreklom od SEQ ID NO:3). PS659 (1a) i PS661 (1b) su prebačeni u HD fibroblaste (GM04022) u rastućim koncentracijama (0.5 - 200 nM). Efikasnost i selektivnost su određeni sa RT-PCR i analizom laboratorije-na-čipu. Utišavanje proširenih ((CAG)44) i zdravih ((CAG)18) HTT transkripata su upoređivani sa relativnim nivoima HTT transkripta u kontrolnim uzorcima. Za sve AONs n=2 osim za kontrolu (n=3).
Slika 2. In vivo efikasnost PS659 ((XYG)7u kome je X = 5-metilcitozin i Y=U; SEQ ID NO:2) u transgenom HD modelu pacova. Transgeni HD pacovi ((CAG)51ponovak) primili su 15 puta intraventrikularnu injekciju sa PS659 (SEQ ID NO:90 poreklom od SEQ ID NO: 2), u toku 18 nedelja u krajnjoj dozi od 200 µg po injekciji, kontrolni HD pacovi su primili samo nosač. Pacovi su žrtvovani jednu nedelju posle krajnje injekcije. Iz svih pacova tkivo je izolovano i nivoi HTT su određivani sa Q-RT-PCR analizom. Sniženi nivoi HTT transkripta su nađeni u (A) kortekstu, (B) hipokampusu, (C) olfaktornom bulbusu i (D) talamusu posle PS659 tretmana u poređenju sa kontrolom.
TABELA 1. Opšte strukture AONs. X = C ili 5-metilcitozin Y = U ili 5-metiluracil, Z = A ili 2,6-diaminopurin, I = inozin i Q = abazični monomer.
TABELA 2. Opšte strukture AONs. Svi AONs su 2’-O- metil fosforotioat AONs gde je C jednak 5-metilcitozin, U je 5-metiluracil, A je 2,6-diaminopurin, I je inozin i Q je abazični monomer.
Primeri
PRIMER 1.
Uvod
[0085] Određene karakteristike hemije izabranog antisens oligonukleotida (AON) mogu najmanje delimično da pojačaju vezujući afinitet i stabilnost, pojačaju aktivnost, poboljšaju bezbednost i/ili smanje trošak robe smanjenjem dužine ili poboljšanjem postupaka sinteze i/ili prečišćavanja. Ovaj primer opisuje komparativnu analizu aktivnosti AONs dizajniranu tako da ciljno deluje na prošireni (CAG)nponovak u HTT transkriptima u HD fibroblastima in vitro, i obuhvata AONs sa 5-metilcitozinima (XYG)7, gde je X jednako 5-metilcitozin i Y = U je takođe identifikovan kao SEQ ID NO:90 (i poreklom od SEQ ID NO:2) ili 5-metiluracilima (XYG)7, gde je X = C i Y= 5-metiluracil takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 97 (i poreklom od SEQ ID NO:3).
Materijal i metode
[0086] Ćelijska kultura. HD fibroblasti poreklom od pacijenta (GM04022) (kupljeni iz Coriell Cell Repositories, Camden, USA) su kultivisani na 37°C i 5% CO2u minimalnom esencijalnom medijumu (MEM) (Gibco Invitrogen, Carlsbad, USA) sa 15% toplotom inaktiviranim fetusnim telećim serumom (FBS) (Clontech, Palo Alto USA), 1% Glutamax (Gibco) i 100 U/ml penicilina/streptomicina (P/S) (Gibco).
[0087] Oligonukleotidi. AONs su potpuno 2’-O-metil fosforotioat modifikovani: PS659; (XYG)7, gde je X jednako 5-metilcitozin i Y = U koji je takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 90 (i porekom od SEQ ID NO:2) i PS661; (XYG)7, gde je X = C i Y= 5-metiluracil koji je takođe identifikovan kao SEQ ID NO:97 (i poreklom od SEQ ID NO:3).
[0088] Transfekcija. Ćelije su transficirane sa AONs formiranim u kompleks sa PEI (2 µL po µg AON, u 0.15 M NaCl). AON-PEI kompleks je dodat u MEM medijum sa 5% FBS u ćelije do krajnje koncentracije AON koja varira od 0.5 - 200 nM. Sveži medijum je dopunjen posle četiri časa i posle 24 časa je izolovana RNK.
[0089] RNK izolacija. RNK iz kultivisanih ćelija je izolovana upotrebom Aurum Total RNK Mini Kit (Bio-Rad, Hercules, CA) prema protokolu proizvođača.
[0090] RT-PCR i analiza laboratorije-na-čipu. Približno 200 ng RNK je podvrgnuto sintezi cDNK sa slučajnim heksamerima upotrebom SuperScript sistema sisnteze prvog lanca (Invitrogen) u ukupnoj zapremini od 20 µL. PCR je izveden sa prajmerima za HTT (u CAG ponovku) i β-aktin. PCR program je počeo sa 4 min početne denaturacije na 95°C, nakon čega su usledila 35 ciklusa od 30 sek. denaturacije na 94°C, 30 sek. spajanja na 60°C, 45 seku. produženja na 72°C, nakon čega je krajnji korak produženja izveden na 72°C u trajanju od 7 min. Laboratorija-na-čipu je izvedena na Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Waldbronn, Germany), upotrebom Agilent DNA 1000 Kit. Ekspresioni nivoi su normalizovani za nivoe β-aktina i u odnosu na nivoe transkripta bez transfekcije. Korišćeni su sledeći prajmeri:
HTT „forward“; 5’-ATGGCGACCCTGGAAAAGCTGAT-3’ (SEQ ID NO: 70) HTT reverzni: 5’-TGAGGCAGCAGCGGCTG-3’ (SEQ ID NO: 71)
β-aktin „forward“; 5’-GGACTTCGAGCAAGAGATGG-3’ (SEQ ID NO: 72) β-aktin reverzni; 5’- AGCACTGTGTTGGCGTACAG-3’ (SEQ ID NO: 73)
Rezultati
[0091] Obe, PS659 (SEQ ID NO: 90 poreklom od SEQ ID NO:2) i PS661 (SEQ ID NO: 97 poreklom od SEQ ID NO:3) su bile visoko efikasne i redukovale su HTT transkripte u HD fibroblastima na način zavistan od doze (Slika 1a, b). Oba AONs su takođe pokazala preferencu za alel sa proširenim CAG ponovcima. PS659 (SEQ ID NO: 90 poreklom od SEQ ID NO:2) je bio efikasniji i specifičniji za alel na nižim koncentracijama (najjači efekat na 5 nM) (1a) od PS661 (SEQ ID NO: 97 poreklom od SEQ ID NO:3) (najjači efekat na 20 nM) (1b).
PRIMER 2.
Uvod
[0092] PS659 (XYG)7, gde je X jednak 5-metilcitozin i Y = U takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 90 (poreklom od SEQ ID NO:2), je izabran iz in vitro studija kao najefikasniji i najbezbedniji kandidat. Ovaj primer opisuje njegovu aktivnost u modelu transgenog HD pacova posle serije direktnih intraventrikularnih injekcija.
Materijal i metode
[0093] Životinje. Transgeni HD pacovi nose skraćeni Huntington cDNK fragment sa 51 CAG ponovaka pod kontrolom nativnog promotora Huntingtona pacova. Eksprimirani genski proizvod je oko 75 kDa, što odgovara 22% cele dužine Huntingtona (cDNK položaj 324-2321, aminokiselinski položaj 1-709/825, što odgovara egzonu 1-16), pod kontrolom 886 bp promotora Huntingtona pacova (von Hörsten S. et al.). Svi eksperimenti na životinjama su odobreni od strane Institutional Animal Care and Use Committees of the Maastricht University, Maastricht.
[0094] Oligonukleotidi. PS659 (XYG)7, gde je X jednako 5-metilcitozin i Y = U takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 90 (poreklom od SEQ ID NO:2), je potpuno 2’-O-metil fosforotioat modifikovani AON.
[0095] In vivo tretman. Transgeni HD pacovi su primili 15 puta intraventrikularnu injekciju u krajnjoj dozi od 200 µg PS659 takođe identifikovanog kao SEQ ID NO: 90 (poreklom od SEQ ID NO:2) u toku 18 nedelja. Kontrolni HD pacovi su primili samo nosač. Pacovi su žrtvovani jednu nedelju posle krajnje injekcije.
[0096] Izolacija RNK. RNK iz moždanog tkiva je izolovana upotrebom RNK-Bee reagensa (Tel Test, Inc). Ukratko, uzorci tkiva su homogenizovani u MagNA Lyser epruvetama sa zelenim kuglicama (Roche) dodavanjem RNK-Bee (50 mg tkiva/mL RNKBee) i homogenizacijom upotrebom MagNA Lyser instrumenta (Roche). Lizat je prebačen u novu epruvetu, dodat je hloroform (SIGMA) (0.2 mL po mL RNK-Bee), mešan, inkubiran na ledu u trajanju od 5 minuta i centrifugiran na 13,000 rpm u trajanju od 15 minuta na 4°C. Gornja vodena faza je sakupljena i dodata je ista zapremina izopropanola (SIGMA), nakon čega sledi period inkubacije od 1 časa na 4°C i centrifugiranje (13,000 rpm, 15 min, 4°C). RNK talog je ispran sa 70% (zapr./zapr.) etanola (BioSolve), sušen na vazduhu i rastvoren u MilliQ.
[0097] Kvantitativna RT-PCR analiza. Približno 200 ng je podvrrgnuto sintezi cDNK sa slučajnim heksamerima upotrebom SuperScript sistema sinteze prvog lanca (Invitrogen) u ukupnoj zapremini od 20 µL. 3 µL 1/40 cDNK razblaženog preparata je zatim korišćeno u kvantitativnoj PCR analizi prema standardnim postupcima u prisustvu iQ™ SYBR® Green Supermix (Bio-Rad). Kvantitativni PCR prajmeri su dizajnirani na bazi informacije o sekvencama NCBI baze podataka. Identitet proizvoda je potvrđen pomoću DNK sekvenciranja. Signal za Rab2 i YWHAZ je korišćen za normalizaciju. Korišćeni su sledeći prajmeri:
Rat Htt-F; 5’- CGCCGCCTCCTCAGCTTC -3’ (SEQ ID NO: 74)
Rat Htt-R; 5’- GAGAGTTCCTTCTTTGGTCGGTGC -3’ (SEQ ID NO: 75)
Rab2-F; 5’- TGGGAAACAGATAAAACTCCAGA-3’(SEQ ID NO: 76)
Rab2-R; 5’- AATATGACCTTGTGATAGAACGAAAG-3’ (SEQ ID NO: 77)
YWHAZ-F; 5’- AAATGAGCTGGTGCAGAAGG-3’ (SEQ ID NO: 78)
YWHAZ -R; 5’- GGCTGCCATGTCATCGTAT -3’ (SEQ ID NO: 79)
Rezultati
[0098] PS659 (takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 90 ili poreklom od SEQ ID NO: 2) je smanjio nivoe transgenog Htt transkripta u korteksu (Slika 2a), hipokampusu (Slika 2b), olfaktornom bulbusu (Slika 2c) kao i u talamusu (Slika 3d) u poređenju sa pacovima tretiranim fiziološkim rastvorom. Ovi rezultati pokazuju da je PS659 (takođe identifikovan kao SEQ ID NO: 90 ili poreklom od SEQ ID NO; 2) efikasan in vivo posle direktne intraventrikularne injekcije.
Spisak referenci
[0099]
Aartsma-Rus et al., Hum Mol Gen 2003; 12(8):907-14.
Arai K et al.Bioorg. Med. Chem. 2011, 21, 6285
Bauer et al., 2009; J Neurochem. 110:1737-65
Braida C., et al, Human Molecular Genetics, 2010, vol 9: 1399-1412
Bruno et al., Adv Drug Deliv Rev.2011;63(13):1210-26
Diebold et al., 2006, Eur J Immunol; 36(12): 3256-67
Evers et al. PLoS ONE 2011, 6 (9) e24308
Huang et al., 1998 Somat Cell Molec Gen 24:217-33;
Krieg AM. et al., Nature 1995; 374: 546-549.
Krieg, A. M., Curr. Opin. Immunol.2000; 12: 35-43.
Kumar L, Pharm. Technol.2008, 3, 128.
Muchowski et al., 2002 PNAS 99: 727-32
Mulders et al. PNAS 2009106(33); p13915-20
Peacock H et al. J. Am. Chem. Soc.2011, 133, 9200
Popovic PJ. et al. J of Immunol 2006; 177: 8701-8707.
Roon-Mom et al., 2002 Mol Brain Res 109: 1-10
Ropper AH. and Brown RH., 2005 Principles of neurology. 8th Ed. New York: McGraw-Hill, 2005.
Ross et al., 2011; Lancet Neurol.10:83-98
Rigo, F, et al, 2012, Nature chemical biology, 8: 555-561.
Steffan et al., 2000 PNAS 97: 6763-68
von Horsten S. et al. Hum Mol Genet.2003;12(6):617-24
Wagner, H., Adv. Immunol.1999; 73: 329-368.
Yu RZ., Anal Biochem 2002; 304: 19-25.
<222> (1)..(1)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (2)..(2)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (3)..(3)
<223> n je C ili 5-metilcitozin <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (4)..(4)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
<22 1> raznovrs_karakteristika <222> (5)..(5)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (6)..(6)
<223> nje C ili 5-metilcitozin <220>
< 221 > raznovrs_karakteristika <222> (7)..(7)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (8)..(8)
<223> n je U ili 5-metiluracil <220>
< 221 > raznovrs_karakteristika <222> (9)..(9)
<223> nje C ili 5-metilcitozin <220>
<221> raznovrs_karakteristika <222> (10)..(10)
<223 > n je U ili 5-metiluracil <220>
<221> raznovrs karakteristika

Claims (5)

Patentni zatevi
1. Oligonukleotid koji se sastoji od 2’-Ometil RNK nukleotidnih ostataka, koji imaju osnovu u kojoj su svi fosfatni delovi zamenjeni fosforotioatnim delovima, pri čemu navedeni oligonukleotid ima baznu sekvencu koja se sastoji od (XYG)7, pri čemu, svaki X je 5-metilcitozin i svaki Y je uracil (SEQ ID N0:90).
2. Oligonukleotid prema patentnom zahtevu 1, naznačen time što navedeni oligonukleotid je jednolančani oligonukleotid.
3. Kompozicija koja sadrži oligonukleoitd prema patentnim zahtevima 1 ili 2.
4. Kompozicija prema patentnom zahtevu 3, naznačena time što sadrži najmanje jedan ekscipijens koji može dodatno da pomogne u pojačanju ciljnog delovanja na i/ili isporuku navedene kompozicije i/ili navedenog oligonukleotida na tkivo i/ili ćeliju i/ili u tkivo i/ili ćeliju.
5. Oligonukleotid prema patentnom zahtevu 1 ili 2, ili kompozicija prema patentnom zahtevu 3 ili 4, za upotrebu kao lek za prevenciju, odlaganje i/ili lečenje humanog genetičkog poremećaja povezanog sa nestabilnošću ponovka cis-elementa.
RS20170765A 2012-04-23 2013-04-23 Oligonukleotidi koji moduliraju rnk sa poboljšanim karakteristikama za lečenje neuromišićnih poremećaja RS56319B1 (sr)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261636914P 2012-04-23 2012-04-23
EP12165139 2012-04-23
PCT/NL2013/050306 WO2013162363A1 (en) 2012-04-23 2013-04-23 RNA modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
EP13720617.3A EP2841578B1 (en) 2012-04-23 2013-04-23 RNA modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS56319B1 true RS56319B1 (sr) 2017-12-29

Family

ID=49483552

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20170765A RS56319B1 (sr) 2012-04-23 2013-04-23 Oligonukleotidi koji moduliraju rnk sa poboljšanim karakteristikama za lečenje neuromišićnih poremećaja

Country Status (19)

Country Link
US (5) US9745576B2 (sr)
EP (4) EP2841578B1 (sr)
JP (5) JP6174678B2 (sr)
CN (2) CN104271741A (sr)
AU (1) AU2013253074C1 (sr)
BR (1) BR112014026285B1 (sr)
CA (2) CA2870697C (sr)
DK (1) DK2841578T3 (sr)
ES (2) ES2639066T3 (sr)
HR (1) HRP20171254T1 (sr)
HU (1) HUE033431T2 (sr)
LT (1) LT2841578T (sr)
NZ (1) NZ700561A (sr)
PL (2) PL3604536T3 (sr)
PT (1) PT2841578T (sr)
RS (1) RS56319B1 (sr)
SI (1) SI2841578T1 (sr)
SM (1) SMT201700339T1 (sr)
WO (1) WO2013162363A1 (sr)

Families Citing this family (47)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK2049664T3 (da) 2006-08-11 2012-01-02 Prosensa Technologies Bv Enkeltstrengede oligonukleotider, som er komplementære til repetitive elementer, til behandling af med DNA-repetitiv-ustabilitet associerede lidelser
CN101896186A (zh) 2007-10-26 2010-11-24 莱顿教学医院 对抗肌肉病症的方式和方法
EP2119783A1 (en) 2008-05-14 2009-11-18 Prosensa Technologies B.V. Method for efficient exon (44) skipping in Duchenne Muscular Dystrophy and associated means
KR101881596B1 (ko) 2008-12-02 2018-07-24 웨이브 라이프 사이언시스 재팬 인코포레이티드 인 원자 변형된 핵산의 합성 방법
RU2612521C2 (ru) 2009-07-06 2017-03-09 Онтории, Инк. Новые пролекарства нуклеиновых кислот и способы их применения
JP5868324B2 (ja) 2010-09-24 2016-02-24 株式会社Wave Life Sciences Japan 不斉補助基
WO2012138289A1 (en) * 2011-04-08 2012-10-11 Zain-Luqman Rula Diagnosis and treatment of friedreich's ataxia
BR112014001244A2 (pt) 2011-07-19 2017-02-21 Wave Life Sciences Pte Ltd métodos para a síntese de ácidos nucléicos funcionalizados
BR112014018427B1 (pt) 2012-01-27 2021-11-03 Biomarin Technologies B.V. Oligonucleotídeos moduladores de rna com características melhoradas para o tratamento da distrofia muscular de duchenne e becker
EP2841578B1 (en) * 2012-04-23 2017-06-07 BioMarin Technologies B.V. RNA modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
ES2862073T3 (es) 2012-07-13 2021-10-06 Wave Life Sciences Ltd Grupo auxiliar asimétrico
RU2730677C2 (ru) * 2012-10-15 2020-08-24 Ионис Фармасьютикалз, Инк. Соединение для модуляции экспрессии гена c9orf72 и его применение
EP2906697A4 (en) * 2012-10-15 2016-06-22 Ionis Pharmaceuticals Inc METHOD FOR MONITORING THE C9ORF72 EXPRESSION
EP2906696B2 (en) 2012-10-15 2022-12-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating c9orf72 expression
BR112016007751A2 (pt) 2013-10-11 2017-09-12 Ionis Pharmaceuticals Inc composições para modulação de expressão de c9orf72
CN113278617A (zh) 2014-01-16 2021-08-20 波涛生命科学有限公司 手性设计
LT3119888T (lt) 2014-03-19 2021-10-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Kompozicijos, skirtos ataksino 2 raiškos moduliavimui
WO2015143245A1 (en) 2014-03-19 2015-09-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating ataxin 2 expression
WO2016060919A1 (en) * 2014-10-14 2016-04-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Allele selective inhibition of mutant c9orf72 foci expression by duplex rnas targeting the expanded hexanucleotide repeat
MX366128B (es) * 2015-04-16 2019-06-28 Ionis Pharmaceuticals Inc Composiciones para modular la expresion de c90rf72.
US11260073B2 (en) 2015-11-02 2022-03-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating C90RF72
EP3397288A4 (en) 2015-12-31 2019-09-11 Ionis Pharmaceuticals, Inc. PROCESS FOR REDUCING ATAXIN-2 EXPRESSION
KR102824513B1 (ko) * 2016-07-05 2025-06-25 바이오마린 테크놀로지스 비.브이. 유전적 장애 치료를 위한, 특징이 개선된, 비사이클릭 스캐폴드 모이어티를 포함하는 프리-mrna 스플라이스 스위칭 또는 조정 올리고뉴클레오티드
CN118416088A (zh) 2017-03-03 2024-08-02 加利福尼亚大学董事会 经由抑制性tRNAs和脱氨酶对突变进行RNA靶向
EP3701030A4 (en) * 2017-10-23 2022-04-20 Prevail Therapeutics, Inc. GENE THERAPIES FOR NEURODEGENERATIVE DISEASES
TWI843738B (zh) 2018-07-25 2024-06-01 美商Ionis製藥公司 用於減少atxn2表現之化合物及方法
US11911484B2 (en) 2018-08-02 2024-02-27 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating myotonic dystrophy
US11168141B2 (en) 2018-08-02 2021-11-09 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating dystrophinopathies
US12097263B2 (en) 2018-08-02 2024-09-24 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating myotonic dystrophy
US12018087B2 (en) 2018-08-02 2024-06-25 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle-targeting complexes comprising an anti-transferrin receptor antibody linked to an oligonucleotide and methods of delivering oligonucleotide to a subject
US12370264B1 (en) 2018-08-02 2025-07-29 Dyne Therapeutics, Inc. Complexes comprising an anti-transferrin receptor antibody linked to an oligonucleotide and method of delivering oligonucleotide to a subject
WO2020028832A1 (en) 2018-08-02 2020-02-06 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating dystrophinopathies
US20220193250A1 (en) 2018-08-02 2022-06-23 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating facioscapulohumeral muscular dystrophy
CA3155921A1 (en) * 2019-11-01 2021-05-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. HUNTINGTINE (HTT) TARGETING RNAI AGENT COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF
CA3159944A1 (en) 2019-12-02 2021-06-10 David HUSS Therapeutic editing
IL297435A (en) * 2020-05-01 2022-12-01 Ionis Pharmaceuticals Inc Compounds and methods for modulating atxn1
US12152243B2 (en) 2020-09-17 2024-11-26 Quelltx, Inc. Therapeutic compositions for treating pain via multiple targets
US20240209377A1 (en) * 2021-04-28 2024-06-27 Q-State Biosciences, Inc. Therapeutic compositions for treating pain via multiple targets
US11969475B2 (en) 2021-07-09 2024-04-30 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating facioscapulohumeral muscular dystrophy
EP4366784A1 (en) 2021-07-09 2024-05-15 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and formulations for treating dystrophinopathies
US11638761B2 (en) 2021-07-09 2023-05-02 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating Facioscapulohumeral muscular dystrophy
US11771776B2 (en) 2021-07-09 2023-10-03 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating dystrophinopathies
EP4408999A1 (en) * 2021-09-29 2024-08-07 F. Hoffmann-La Roche AG Rna editing
WO2023164656A2 (en) * 2022-02-25 2023-08-31 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating atn1 expression
AU2023254846A1 (en) 2022-04-15 2024-10-10 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and formulations for treating myotonic dystrophy
WO2025068368A1 (en) * 2023-09-26 2025-04-03 Katholieke Universiteit Leuven Inhibitors for treating cancer
WO2025255388A1 (en) * 2024-06-05 2025-12-11 Camp4 Therapeutics Corporation Modulation of syngap1 gene transcription using antisense oligonucleotides targeting regulatory rnas

Family Cites Families (37)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5695933A (en) 1993-05-28 1997-12-09 Massachusetts Institute Of Technology Direct detection of expanded nucleotide repeats in the human genome
WO1995030774A1 (en) 1994-05-05 1995-11-16 Beckman Instruments, Inc. Oligonucleotide repeat arrays
US6683173B2 (en) 1998-04-03 2004-01-27 Epoch Biosciences, Inc. Tm leveling methods
US5945290A (en) * 1998-09-18 1999-08-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of RhoA expression
US6900187B2 (en) * 1999-02-26 2005-05-31 The University Of British Columbia TRPM-2 antisense therapy using an oligonucleotide having 2′-O-(2-methoxy)ethyl modifications
US20050277133A1 (en) 2001-05-18 2005-12-15 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated treatment of polyglutamine (polyQ) repeat expansion diseases using short interfering nucleic acid (siNA)
PT1406667E (pt) * 2001-07-06 2008-05-23 Topigen Pharmaceuticals Inc Métodos para aumentar a eficácia in vivo de oligonucleótidos e a inibição da inflamação em mamíferos
AU2002326589B2 (en) 2001-08-07 2008-06-05 University Of Delaware Compositions and methods for the prevention and treatment of Huntington's disease
US20060074034A1 (en) 2001-09-17 2006-04-06 Collins Douglas A Cobalamin mediated delivery of nucleic acids, analogs and derivatives thereof
US20050255086A1 (en) 2002-08-05 2005-11-17 Davidson Beverly L Nucleic acid silencing of Huntington's Disease gene
US7892793B2 (en) 2002-11-04 2011-02-22 University Of Massachusetts Allele-specific RNA interference
US7655785B1 (en) 2002-11-14 2010-02-02 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
US7514551B2 (en) 2003-04-03 2009-04-07 Enzo Life Sciences, Inc. Multisignal labeling reagents, and processes and uses therefor
US7589189B2 (en) 2003-05-14 2009-09-15 Japan Science And Technology Agency Inhibition of the expression of huntingtin gene
CA2596588C (en) 2005-01-31 2017-06-27 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid silencing of huntington's disease gene
WO2007089611A2 (en) 2006-01-26 2007-08-09 Isis Pharmaceuticals Inc. Compositions and their uses directed to huntingtin
CN101501193B (zh) * 2006-08-11 2013-07-03 普罗森那技术公司 用于治疗与dna重复不稳定性相关的遗传病的方法和手段
DK2049664T3 (da) * 2006-08-11 2012-01-02 Prosensa Technologies Bv Enkeltstrengede oligonukleotider, som er komplementære til repetitive elementer, til behandling af med DNA-repetitiv-ustabilitet associerede lidelser
AU2008273096B2 (en) 2007-07-12 2013-05-02 Academisch Ziekenhuis Leiden Molecules for targeting compounds to various selected organs or tissues
JP2011510678A (ja) * 2008-02-08 2011-04-07 プロセンサ ホールディング ビーブイ Ｄｎａ反復不安定性関連遺伝性障害を治療するための方法及び手段
PL2320925T3 (pl) 2008-07-10 2016-06-30 Regenesance B V Antagoniści dopełniacza i ich zastosowania
US20110218334A1 (en) 2008-07-11 2011-09-08 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. PHOSPHOROTHIOATE OLIGONUCLEOTIDES AND NON-NUCLEOSIDIC PHOSPHOROTHIOATES AS DELIVERY AGENTS FOR iRNA AGENTS
EP2317847B1 (en) 2008-07-29 2019-04-17 The Board of Regents of The University of Texas System Selective inhibition of polyglutamine protein expression
KR101840618B1 (ko) * 2008-12-04 2018-03-20 큐알엔에이, 인크. 종양 억제 유전자에 대한 천연 안티센스 전사체의 억제에 의해 종양 억제 유전자 관련된 질환의 치료
US20120148664A1 (en) 2009-06-08 2012-06-14 Miragen Therapeutics Chemical modifications motifs for mirna inhibitors and mimetics
WO2011097614A1 (en) * 2010-02-08 2011-08-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Mehods and compositions useful in diseases or conditions related to repeat expansion
JP2013518603A (ja) 2010-02-08 2013-05-23 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド 反復伸張に関連する疾患または病態の治療に有用な方法および組成物
NZ603606A (en) 2010-05-28 2015-06-26 Sarepta Therapeutics Inc Oligonucleotide analogues having modified intersubunit linkages and/or terminal groups
AU2011282217B2 (en) 2010-07-19 2015-12-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of dystrophia myotonica-protein kinase (DMPK) expression
CA2855690C (en) 2010-08-20 2015-08-25 Replicor Inc. Oligonucleotide chelate complexes
WO2012109395A1 (en) 2011-02-08 2012-08-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
JP2014513946A (ja) * 2011-04-22 2014-06-19 プロセンサ テクノロジーズ ビー．ブイ． 筋強直性ジストロフィー１型（ｄｍ１）などのヒト遺伝性疾患の治療、遅延及び／又は予防のための新規の化合物
JP6478632B2 (ja) 2011-05-05 2019-03-06 サレプタ セラピューティクス， インコーポレイテッド ペプチドオリゴヌクレオチドコンジュゲート
WO2013082548A1 (en) 2011-11-30 2013-06-06 Sarepta Therapeutics, Inc. Oligonucleotides for treating expanded repeat diseases
BR112014018427B1 (pt) * 2012-01-27 2021-11-03 Biomarin Technologies B.V. Oligonucleotídeos moduladores de rna com características melhoradas para o tratamento da distrofia muscular de duchenne e becker
US20140378533A1 (en) 2012-02-08 2014-12-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of rna by repeat targeting
EP2841578B1 (en) 2012-04-23 2017-06-07 BioMarin Technologies B.V. RNA modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders

Also Published As

Publication number Publication date
ES2639066T3 (es) 2017-10-25
JP6174678B2 (ja) 2017-08-02
SMT201700339T1 (it) 2017-09-07
EP3604536A1 (en) 2020-02-05
ES2983421T3 (es) 2024-10-23
US20220389421A1 (en) 2022-12-08
CN110025628A (zh) 2019-07-19
HRP20171254T1 (hr) 2018-01-12
BR112014026285A2 (pt) 2017-06-27
SI2841578T1 (sl) 2017-12-29
PT2841578T (pt) 2017-08-10
CA2870697A1 (en) 2013-10-31
JP7459691B2 (ja) 2024-04-02
US11345915B2 (en) 2022-05-31
BR112014026285B1 (pt) 2021-08-31
BR112014026285A8 (pt) 2018-01-16
CA3103101C (en) 2023-01-17
US20180066256A1 (en) 2018-03-08
EP2841578A1 (en) 2015-03-04
WO2013162363A1 (en) 2013-10-31
HK1207118A1 (en) 2016-01-22
AU2013253074A1 (en) 2014-10-16
EP3604536C0 (en) 2024-05-29
US20200149043A1 (en) 2020-05-14
CA2870697C (en) 2021-11-23
NZ700561A (en) 2016-07-29
EP3228712A1 (en) 2017-10-11
DK2841578T3 (en) 2017-07-31
CN110025628B (zh) 2023-03-31
CN104271741A (zh) 2015-01-07
US20250011784A1 (en) 2025-01-09
US9745576B2 (en) 2017-08-29
AU2013253074C1 (en) 2018-06-14
EP2841578B1 (en) 2017-06-07
JP2022126711A (ja) 2022-08-30
AU2013253074B2 (en) 2018-02-22
HUE033431T2 (en) 2017-11-28
JP2025111478A (ja) 2025-07-30
EP3604536B1 (en) 2024-05-29
EP4400169A3 (en) 2024-12-25
JP2020182472A (ja) 2020-11-12
LT2841578T (lt) 2017-09-25
JP2018027080A (ja) 2018-02-22
JP2015514418A (ja) 2015-05-21
EP4400169A2 (en) 2024-07-17
US20150148404A1 (en) 2015-05-28
CA3103101A1 (en) 2013-10-31
PL3604536T3 (pl) 2024-12-16
PL2841578T3 (pl) 2017-12-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7459691B2 (ja) 神経筋障害の治療のための改善された特徴を有するｒｎａ調節オリゴヌクレオチド
AU2020257111B2 (en) RNA modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of Duchenne and Becker muscular dystrophy
HK40114855A (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
HK1243733A1 (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
HK40020154A (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
HK40020154B (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
HK40078359A (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of duchenne and becker muscular dystrophy
HK1207118B (en) Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders