[go: up one dir, main page]

RS56422B1 - K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom - Google Patents

K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom

Info

Publication number
RS56422B1
RS56422B1 RS20170996A RSP20170996A RS56422B1 RS 56422 B1 RS56422 B1 RS 56422B1 RS 20170996 A RS20170996 A RS 20170996A RS P20170996 A RSP20170996 A RS P20170996A RS 56422 B1 RS56422 B1 RS 56422B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
ras
polypeptide
sequence
mutant
egfr
Prior art date
Application number
RS20170996A
Other languages
English (en)
Inventor
Daniel Freeman
Todd Juan
Robert Radinsky
Original Assignee
Amgen Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=39689242&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RS56422(B1) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Amgen Inc filed Critical Amgen Inc
Publication of RS56422B1 publication Critical patent/RS56422B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Description

Opis
OBLAST PRONALASKA
[0001] Predmetna prijava se odnosi na postupke za predviđanje korisnosti panitumumaba u lečenju tumora.
OSNOVA PRONALASKA
[0002] Određene primene monoklonskih antitela u terapiji kancera se zasnivaju na sposobnosti antitela da u kancerozna tkiva specifično dostavi citotoksične efektore kao što su izotipovi koji pojačavaju imunski odgovor, toksini ili lekovi. Alternativni pristup obuhvata korišćenje monoklonskih antitela za neposredno delovanje na preživljavanje tumorskih ćelija, lišavanjem ovih ćelija glavnih ekstracelularnih proliferativnih signala, kao što su signali posredovani faktorima rasta putem njihovih ćelijskih receptora. Jedan od pogodnih ciljeva ovog pristupa je receptor epidermalnog faktora rasta (EGFr), koji vezuje EGF i transformišući faktor rasta α (TGFα) (videti, npr., Ullrich et al., Cell 61:203-212, 1990; Baselga et al., Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., u Biologic Therapy of Cancer 607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995; Fan et al., Curr. Opin. Oncol. 10: 67-73, 1998). Vezivanje EGF ili TGFα za EGFr, transmembranski glikoprotein na površini ćelije od 170 kDa, pokreće niz ćelijskih biohemijskih događaja, uključujući autofosforilaciju i internalizaciju EGFr, koja kulminira u proliferaciji ćelija (videti, npr., Ullrich et al., Cell 61:203-212, 1990).
[0003] Nekoliko zapažanja ukazuje na ulogu EGFr u podršci razvoju i progresiji humanih solidnih tumora. Pokazano je da je EGFr prekomerno eksprimiran u mnogim vrstama humanih solidnih tumora (videti, npr., Mendelsohn Cancer Cells 7:359 (1989), Mendelsohn Cancer Biology 1:339-344 (1990), Modjtahedi and Dean Int’l J. Oncology 4:277-296 (1994)). Na primer, prekomerno eksprimiranje EGF-r je primećeno u izvesnim karcinomima pluća, dojke, debelog creva, želuca, mozga, bešike, glave i vrata, ovarijuma i prostate (videti, npr., Modjtahedi and Dean Int’l J. Oncology 4:277-296 (1994)). Objavljeno je da je povećanje nivoa receptora povezano sa lošom kliničkom prognozom (videti, npr., Baselga et al. Pharmacol. Ther.64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., Biologic Therapy of Cancer pp. 607-623, Philadelphia: J.B.
Lippincott Co., 1995; Modjtahedi et al., Intl. J. of Oncology 4:277-296, 1994; Gullick, Br. Medical Bulletin, 47:87-98, 1991; Salomon et al., Crit. Rev. Oncol. Hematol. 19: 183-232, 1995). Pokazano je da se i epidermalni faktor rasta (EGF) i transformišući faktor rasta alfa (TGF-α) vezuju za EGF-r i vode ćelijskoj proliferaciji i rastu tumora. U mnogim slučajevima, povećana ekspresija EGFr na površini ćelije je bila praćena prizvodnjom TGFα ili EGF u tumorskim ćelijama, ukazujući na umešanost autokrine kontrole rasta u progresiju ovih tumora (videti, npr., Baselga et al. Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., Biologic Therapy of Cancer pp. 607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995; Modjtahedi et al., Intl. J. of Oncology 4:277-296, 1994; Salomon et al., Crit. Rev. Oncol. Hematol.19: 183-232, 1995).
[0004] Stoga, određene grupe su predložile da antitela protiv EGF, TGF-α, i EGF-r mogu da budu korisna u lečenju tumora koji eksprimiraju ili prekomerno eksprimiraju EGF-r (videti, npr., Mendelsohn Cancer Cells 7:359 (1989), Mendelsohn Cancer Biology 1:339-344 (1990), Modjtahedi and Dean Int’l J. Oncology 4:277-296 (1994), Tosi et al. Int’l J. Cancer 62:643-650 (1995)). Zaista, pokazano je da anti-EGF-r antitela koja blokiraju vezivanje EGF i TGF-α za receptor izgleda da inhibiraju proliferaciju tumorskih ćelija. U isto vreme, međutim, anti-EGF-r antitela izgleda da ne inhibiraju ćelijski rast nezavisan od EGF i TGF-α (Modjtahedi and Dean Int’l J. Oncology 4:277-296 (1994)).
[0005] Monoklonska antitela specifična za humani EGFr, sposobna da neutralizuju vezivanje EGF i TGFα za tumorske ćelije i da inhibiraju ćelijsku proliferaciju posredovanu ligandom in vitro, proizvedena su u miševima i pacovima (videti, npr., Baselga et al., Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., in Biologic Therapy of Cancer pp.607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995; Fan et al., Curr. Opin. Oncol. 10: 67-73, 1998; Modjtahedi et al., Intl. J. Oncology 4: 277-296, 1994). Za neka od tih antitela, kao što su mišja 108, 225 (videti, npr., Aboud-Pirak et al., J. Natl. Cancer Inst. 80: 1605-1611, 1988) i 528 (videti, npr., Baselga et al., Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., in Biologic Therapy of Cancer pp.607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995) ili pacovska ICR16, ICR62 i ICR64 (videti, npr., Modjtajedi et al., Intl. J. Oncology 4: 277-296, 1994; Modjtahedi et al., Br. J. Cancer 67:247-253, 1993; Modjtahedi et al., Br. J. Cancer 67: 254-261, 1993) monoklonska antitela, detaljno je procenjivana njihova sposobnost da deluju na rast tumora u ksenograftskim mišjim modelima. Većina anti-EGFr monoklonskih antitela su bila efikasna u sprečavanju obrazovanja tumora kod atimičnih miševa, kada se primene zajedno sa humanim tumorskim ćelijama (Baselga et al.
Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Modjtahedi et al., Br. J. Cancer 67: 254-261, 1993). Kada se ubrizgaju u miševe koji nose uspostavljene humane tumorske ksenografte, mišja monoklonska antitela 225 i 528 su dovodila do delimičnog povlačenja tumora i zahtevala dodatnu primenu hemoterapeutskih sredstava, kao što su doksorubicin ili cisplatin, za potpuno uništavanje tumora (Baselga et al. Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., in Biologic Therapy of Cancer pp. 607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995; Fan et al., Cancer Res. 53: 4637-4642, 1993; Baselga et al., J. Natl. Cancer Inst. 85: 1327-1333, 1993). Himerna verzija 225 monoklonskog antitela (C225), u kojoj su varijabilni regioni mišjeg antitela vezani sa humanim konstantnim regionima, ispoljilo je poboljšanu in vivo antitumorsku aktivnost ali samo u visokim dozama (videti, npr., Goldstein et al., Clinical Cancer Res. 1: 1311-1318, 1995; Prewett et al., J. Immunother. Emphasis Tumor Immunol. 19: 419-427, 1996). Antitela pacova ICR16, ICR62, i ICR64 su izazvala regresiju uspostavljenih tumora, ali ne i njihovo potpuno uništavanje (Modjtahedi et al., Br. J. Cancer 67: 254-261, 1993). Ovi rezultati su uspostavili EGFr kao obećavajući cilj za lečenje antitelima solidnih tumora koji eksprimiraju EGFr i doveli do kliničkih ispitivanja na ljudima monoklonskog antitela C225, na više humanih solidnih kancera (videti, npr., Baselga et al. Pharmacol. Ther. 64: 127-154, 1994; Mendelsohn et al., Biologic Therapy of Cancer pp. 607-623, Philadelphia: J.B. Lippincott Co., 1995; Modjtahedi et al., Intl. J. of Oncology 4:277-296, 1994).
[0006] Određeni napredak u oblasti biologije omogućio je proizvodnju potpuno humanog anti-EGFr antitela. Korišćenjem miševa koji su transgeni za humane imunoglobulinske gene (Xenomouse™ technology, Abgenix, Inc.), razvijena su humana antitela specifična za humani EGFr (videti, npr., Mendez, Nature Genetics, 15: 146-156, 1997; Jakobovits, Adv. Drug Deliv. Rev., 31(1-2): 33-42, 1998; Jakobovits, Expert Opin. Invest. Drugs, 7(4): 607-614, 1998; Yang et al., Crit. Rev. Oncol. Hematol. 38(1):17-23, 2001; WO98/24893; WO 98/50433). Za jedno takvo antitelo, panitumumab, humano IgG2 monoklonsko antitelo sa afinitetom od 5 x 10-11 M za humani EGFr, pokazano je da blokira vezivanje EGF za EGFr, da blokira receptorski prenos signala, i da inhibira aktivaciju i proliferaciju tumorskih ćelija in vitro (videti, npr., WO98/50433; SAD patent br. 6,235,883). Ispitivanja na atimičnim miševima su pokazala da panitumumab takođe ispoljava aktivnost in vivo, ne samo u sprečavanju obrazovanja ksenografta humanog epidermoidnog karcinoma A431 u atimičnim miševima, već takođe potpuno uništava već uspostavljene velike ksenografte tumora A431 (videti, npr., Yang et al., Crit. Rev. Oncol.
Hematol. 38(1):17-23, 2001; Yang et al., Cancer Res. 59(6): 1236-43, 1999). Panitumumab je razmatran za lečenje karcinoma bubrega, kolorektalnog adenokarcinoma, kancera prostate, i nesitnoćelijskog skvamoznog karcinoma pluća, među ostalim kancerima (videti, npr., SAD patentnu objavu br.2004/0033543), i klinička ispitivanja tog antitela su u toku. Panitumumab je odobren od strane Administracije za hranu i lekove za lečenje pacijenata sa metastatskim kolorektalnim kancerom.
[0007] Aktivacija EGFr pokreće najmanje dva signalna puta. U određenim vrstama ćelija, aktivacija EGFr sprečava apoptozu stimulacijom fosfatidilinozitol 3-kinaze ("PI3K"). Aktivacija PI3K pokreće molekulsku kaskadu koja vodi nishodnoj regulaciji centralnih puteva koji kontrolišu programiranu ćelijsku smrt (Yao, R., Science 267:2003-2006, 1995). U određenim vrstama ćelija, aktivacija EGFr pokreće MAPK kaskadu preko Ras/Raf. Lièvre et al., Cancer Res. 66: 3992-5 (2006) opisuje da su mutacije kodona 12 i 13 u K-ras faktor predviđanja otpornosti kolorektalnog kancera na lečenje cetuksimabom.
SAŽETAK
[0008] Ovaj pronalazak obezbeđuje postupke za predviđanje korisnosti panitumumaba u lečenju kancera, kao što je definisano u priloženim patentnim zahtevima. U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje da li će kod pacijenta izostati odgovor na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid. U određenim primerima izvođenja, takav postupak obuhvata određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u tumoru pacijenta, pri čemu se K-ras mutacija nalazi na kodonu 12 ili kodonu 13 ili kodonu 20. U određenim takvim primerima izvođenja, ako je K-ras mutacija prisutna, predviđa se da će kod pacijenta izostati odgovor na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid.
[0009] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje da li će izostati odgovor tumora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za polipeptid EGFr. U određenim primerima izvođenja, takav postupak obuhvata određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u uzorku pomenutog tumora, pri čemu se K-ras mutacija nalazi na kodonu 12 ili kodonu 13 ili kodonu 20. U određenim takvim primerima izvođenja, prisustvo K-ras mutacije, ukazuje na to da će izostati odgovor tumora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za polipeptid EGFr.
KRATAK OPIS SLIKA
[0010] Slike 1A do 1I prikazuju cDNK sekvence i aminokiselinske sekvence divljeg tipa K-ras (SEQ ID NOs: 1 i 2), K-ras sa mutacijom G12S (SEQ ID NOs: 3 i 4), K-ras sa mutacijom G12V (SEQ ID NOs: 5 i 6), K-ras sa mutacijom G12D (SEQ ID NOs: 7 i 8), K-ras sa mutacijom G12A (SEQ ID NOs: 9 i 10), K-ras sa mutacijom G12C (SEQ ID NOs: 11 i 12), K-ras sa mutacijom G13A (SEQ ID NOs: 13 i 14), K-ras sa mutacijom G13D (SEQ ID NOs: 15 i 16), i K-ras sa mutacijom T20M (SEQ ID NOs: 17 i 18).
DETALJAN OPIS ODREĐENIH PRIMERA IZVOĐENJA
Definicije
[0011] Osim ako nije drugačije definisano, naučni i tehnički termini koji se koriste u vezi sa predmetnim pronalaskom će imati značenja koja uobičajeno podrazumevaju osobe sa uobičajenim poznavanjem stanja tehnike. Dalje, osim ako kontekst ne zahteva drugačije, termini u jednini će uključivati množinu i termini u množini će uključivati jedninu.
[0012] Uopšteno, nomenklatura koja se koristi, i tehnike ćelijske kulture i kulture tkiva, molekularne biologije, hemije i hibridizacije proteina i oligo- ili polinukleotida koje su ovde opisane su dobro poznate i uobičajeno korišćene u ovoj oblasti. Standardne tehnike se koriste za rekombinantnu DNK, sintezu oligonukleotida, i kulturu i transformaciju tkiva (npr., elektroporacija, lipofekcija). Enzimske reakcije i tehnike prečišćavanja se izvode prema specifikacijama proizvođača, ili kao što je uobičajeno u oblasti, ili kao što je ovde opisano. Prethodne tehnike i postupci se uopšteno izvode prema uobičajenim postupcima dobro poznatim u struci i kao što je opisano u različitim opštim i specifičnijim referencama koje su citirane i diskutovane u predmetnoj specifikaciji. Videti, npr., Sambrook et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)). Nomenklatura koja se koristi, i laboratorijski postupci i tehnike analitičke hemije, sintetske organske hemije i medicinske i farmaceutske hemije koje su ovde opisane su dobro poznate i uobičajeno korišćene u ovoj oblasti. Standardne tehnike se koriste za hemijske sinteze, hemijske analize, farmaceutske pripreme, formulacije i dostavljanje leka, i lečenje pacijenata.
[0013] U ovoj prijavi, upotreba "ili" znači "i/ili" osim ako nije drugačije naznačeno. U kontekstu višestruko zavisnih patentnih zahteva, upotreba "ili" se odnosi na više od jednog prethodnog nezavisnog ili zavisnog patentnog zahteva samo u alternativi. Dalje, upotreba termina "uključujući", kao i drugih oblika, kao što su "uključuje" i "uključen", nije ograničavajuća. Takođe, termini kao što su "element" ili "komponenta" obuhvataju i elemente i komponente koje sadrže jednu jedinicu, i elemente i komponente koje sadrže više od jedne subjedinice, osim ako nije izričito drugačije navedeno.
[0014] Kako se koriste u skladu sa predmetnim opisom, sledeći termini, osim ako nije drugačije navedeno, biće shvaćeni tako da imaju sledeća značenja:
[0015] Termini "izolovani polinukleotid" i "izolovana nukleinska kiselina" koriste se međusobno zamenljivo, i kako se ovde koriste, označavaju polinukleotid genomskog, cDNK, ili sintetičkog porekla ili neku njihovu kombinaciju, koji po prirodi svog porekla (1) nije povezan sa celim ili delom polinukleotida u kome se "izolovani polinukleotid" nalazi u prirodi, (2) operativno je vezan za polinukleotid za koji nije vezan u prirodi, ili (3) se ne javlja u prirodi kao deo veće sekvence.
[0016] Termini "izolovani protein" i " izolovani polipeptid" koriste se međusobno zamenljivo, i kako se ovde koriste, označavaju protein koji potiče sa cDNK, rekombinantne RNK, ili je sintetičkog porekla, ili neku njihovu kombinaciju, koji po prirodi svog porekla, ili izvoru izvođenja, (1) nije povezan sa proteinima nađenim u prirodi, (2) slobodan je od drugih proteina iz istog izvora, npr. slobodan od mišjih proteina, (3) eksprimiran je u ćeliji koja potiče od drugih vrsta, ili (4) se ne javlja u prirodi.
[0017] Termini "polipeptid" i "protein" koriste se međusobno zamenljivo, i ovde se koriste kao generički termin za označavanje nativnog proteina, fragmenata, peptida, ili analoga polipeptidne sekvence. Stoga, nativni protein, fragmenti i analozi predstavljaju vrste polipeptidnog roda.
[0018] Terminologija "X#Y", u kontekstu mutacije u polipeptidnoj sekvenci, prepoznatljiva je u struci, gde "#" označava lokaciju mutacije u smislu broja aminokiseline u polipeptidu, "X" označava aminokiselinu nađenu na toj poziciji u aminokiselinskoj sekvenci divljeg tipa, i "Y" označava mutantnu aminokiselinu na toj poziciji. Na primer, zapis "G12S" u vezi sa polipeptidom K-ras označava da se glicin nalazi na mestu aminokiseline broj 12 sekvence divljeg tipa K-ras, i da je glicin zamenjen serinom u mutantnoj sekvenci K-ras.
[0019] Termini "mutantni polipeptid K-ras " i "mutantni protein K-ras " se koriste međusobno zamenljivo, i odnose se na polipeptid K-ras koji sadrži najmanje jednu mutaciju K-ras odabranu od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M. Neki mutantni polipeptidi K-ras dati kao primer uključuju, ali bez ograničenja, alelne varijante, splajsovane varijante, derivate, supstitucione varijante, delecione varijante, i/ili insercione varijante, fuzione polipeptide, ortologe, i homologe između vrsta. U određenim primerima izvođenja, mutantni polipeptid K-ras uključuje dodatne ostatke na C- ili N-kraju, kao što su, ali bez ograničenja, ostaci vodeće sekvence, ostaci ciljne sekvence, amino-terminalni metioninski ostaci, lizinski ostaci, obeleživači i/ili ostaci fuzionog proteina.
[0020] Termin "koji se javlja u prirodi", kako se ovde koristi, primenjen na neki objekat, odnosi se na činjenicu da objekat može da se nađe u prirodi. Na primer, polipeptidna ili polinukleotidna sekvenca koja je prisutna u organizmu (uključujući viruse) koja može da se izoluje iz izvora u prirodi i koju nije namerno modifikovao čovek u laboratoriji, ili se na drugi način javlja u prirodi.
[0021] Termin "operativno vezan", kako se ovde koristi, odnosi se na takvo pozicioniranje komponenata, da se one nađu u odnosu koji im omogućava da funkcionišu na predviđeni način. Kontrolna sekvenca "operativno vezana" za kodirajuću sekvencu je vezana na takav način da se ekspresija kodirajuće sekvence postiže pod uslovima koji su kompatibilni sa kontrolnim sekvencama.
[0022] Termin "kontrolna sekvenca", kako se ovde koristi, odnosi se na polinukleotidne sekvence koje su neophodne za delovanje na ekspresiju i obradu kodirajućih sekvenci sa kojima su spojene. Priroda takvih kontrolnih sekvenci se razlikuje u zavisnosti od organizma koji je domaćin; kod prokariota, takve kontrolne sekvence uopšeno uključuju promoter, vezujuće mesto za ribozom, i sekvence za završetak transkripcije; kod eukariota, uopšteno, takve kontrolne sekvence uključuju promotere i sekvence za završetak transkripcije. Termin "kontrolne sekvence" je predviđen da uključuje, najmanje, sve komponente čije prisustvo je neophodno za ekspresiju i obradu, može takođe da uključuje dodatne komponente čije prisustvo predstavlja prednost, na primer, vodeće sekvence i fuzione partnerske sekvence.
[0023] Termin "polinukleotid", kako se ovde koristi, označava polimerni oblik nukleotida dužine najmanje 10 baza, bilo ribonukleotida ili deoksinukleotida, ili modifikovanog oblika bilo koje od ovih vrsta nukleotida. Termin uključuje jednolančane i dvolančane oblike DNK.
[0024] Termin "oligonukleotid", kako se ovde koristi, uključuje prirodne i modifikovane nukleotide koji su međusobno povezani oligonukleotidnim vezama koje se javljaju u prirodi, i koje se ne javljaju u prirodi. Oligonukleotidi su podskup polinukleotida koji uopšteno obuhvata dužinu od 200 baza ili manje. Poželjno oligonukleotidi imaju dužinu od 10 do 60 baza i najpoželjnije dužinu od 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, ili 20 do 40. Oligonukleotidi su obično jednolančani, npr. za probe, mada oligonukleotidi mogu da budu dvolančani, npr. za upotrebu u konstruisanju mutantnog gena. Oligonukleotidi mogu da budu „sens“ ili „antisens“ oligonukleotidi.
[0025] Termini "mutantni polinukleotid K-ras", "mutantni oligonukleotid K-ras" i "mutantna nukleinska kiselina K-ras" koriste se međusobno zamenljivo, i odnose se na polinukleotid koji kodira polipeptid K-ras koji sadrži najmanje jednu K-ras mutaciju odabranu od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M.
[0026] Termin "nukleotidi koji se javljaju u prirodi", kako se ovde koristi, uključuje deoksiribonukleotide i ribonukleotide. Termin "modifikovani nukleotidi", kako se ovde koristi, uključuje nukleotide sa modifikovanim ili supstituisanim šećernim grupama i slično. Termin "oligonukleotidne veze", kako se ovde koristi, uključuje oligonukleotidne veze kao što su fosforotioatne, fosforoditioatne, fosforoselenoatne, fosforodiselenoatne, fosforoanilotioatne, fosforaniladatne, fosforoamidatne, i slično. Videti npr., LaPlanche et al. Nucl. Acids Res.
14:9081 (1986); Stec et al. J. Am. Chem. Soc. 106:6077 (1984); Stein et al. Nucl. Acids Res.
16:3209 (1988); Zon et al. Anti-Cancer Drug Design 6:539 (1991); Zon et al. Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, pp. 87-108 (F. Eckstein, Ed., Oxford University Press, Oxford England (1991)); Stec et al. SAD patent br. 5,151,510; Uhlmann and Peyman Chemical Reviews 90:543 (1990). Oligonukleotid može, po želji, da uključuje obeleživač za detekciju.
[0027] Termin "selektivno hibridizuje", kako se ovde koristi, označava detektabilno i specifično vezivanje. Polinukleotidi, oligonukleotidi i njihovi fragmenti selektivno hibridizuju sa lancima nukleinske kiseline pod uslovima hibridizacije i pranja koji smanjuju merljive količine detektabilnog vezivanja za nespecifične nukleinske kiseline. Strogi uslovi mogu da se koriste za postizanje uslova selektivne hibridizacije, kao što je poznato u struci i ovde diskutovano. Uopšteno, homologija sekvence nukleinske kiseline između polinukleotida, oligonukleotida, i fragmenata i sekvence nukleinske kiseline od interesa će biti najmanje 80%, i uobičajenije sa poželjno rastućim homologijama od najmanje 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, i 100%. Dve aminokiselinske sekvence su homologe ako postoji delimična ili potpuna identičnost između njihovih sekvenci. Na primer, 85% homologije znači da je 85% aminokiselina identično kada se dve sekvence poravnaju da bi se postiglo najveće moguće poklapanje. Praznine (u bilo kojoj od dve sekvence koje se porede) su dozvoljene u maksimiziranju podudaranja; dužine od 5 praznina ili manje su poželjne, 2 ili manje poželjnije. Alternativno i poželjno, dve proteinske sekvence (ili polipeptidne sekvence izvedene od njih, dugačke najmanje 30 aminokiselina) su homologe, kako se ovaj termin ovde koristi, ako imaju rezultat poravnanja veći od 5 (u jedinicama standardne devijacije) pri korišćenju programa ALIGN sa matricom podataka o mutacijama i penalima za praznine od 6 ili više. Videti Dayhoff, M.O., u Atlas of Protein Sequence and Structure, pp. 101-110 (Volume 5, National Biomedical Research Foundation (1972)) i Supplement 2 uz njega, pp.
1-10. Dve sekvence ili njhovi delovi su poželjnije homologe ako su njihove aminokiseline identične više od, ili jednako 50%, kada se optimalno poravnaju korišćenjem programa ALIGN. Termin "odgovara" se ovde koristi da označi da je polinukleotidna sekvenca homologa (tj., identična, ne striktno evoluciono srodna) sa celom, ili delom referentne polinukleotidne sekvence, ili da je polipeptidna sekvenca identična sa referentnom polipeptidnom sekvencom. Nasuprot, termin "komplementaran sa" se ovde koristi da označi da je komplementarna sekvenca homologa celoj ili delu referentne polinukleotidne sekvence. Za ilustraciju, nukleotidna sekvenca "TATAC" odgovara referentnoj sekvenci "TATAC" i komplementarna je referentnoj sekvenci "GTATA".
[0028] Sledeći termini se koriste za opisivanje odnosa sekvenci između dve ili više polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence: "referentna sekvenca", "prozor za poređenje", "identičnost sekvence", "procenat identičnosti sekvence" i "suštinska identičnost". "Referentna sekvenca" je definisana sekvenca koja se koristi kao osnova za poređenje sekvenci; referentna sekvenca može da bude podskup veće sekvence, na primer, kao segment celokupne dužine cDNK, ili genska sekvenca data u listi sekvenci, ili može da obuhvata kompletnu cDNK ili gensku sekvencu. Uopšteno, referentna sekvenca je duga najmanje 18 nukleotida ili 6 aminokiselina, ili je duga najmanje 24 nukleotida ili 8 aminokiselina, ili je duga najmanje 48 nukleotida ili 16 aminokiselina. Kako dve polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence mogu svaka da (1) sadrže sekvencu (tj., deo kompletne polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence) koja je slična između dva molekula, i (2) mogu dalje da sadrže sekvencu koja se razlikuje između dve polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence, poređenja sekvence između dva (ili više) molekula se obično izvode poređenjem sekvenci dva molekula preko "prozora za poređenje", da bi se identifikovale i uporedile lokalne regije sličnosti sekvence. "Prozor za poređenje", kako se ovde koristi, odnosi se na konceptualni segment od najmanje 18 susednih nukleotidnih pozicija ili 6 aminokiselina, gde polinukleotidna sekvenca ili aminokiselinska sekvenca mogu da se porede sa referentnom sekvencom od najmanje 18 susednih nukleotida ili 6 aminokiselina, i gde deo polinukleotidne sekvence u prozoru za poređenje može da sadrži adicije, delecije, supstitucije, i slično (tj., praznine) od 20 procenata ili manje, u poređenju sa referentnom sekvencom (koja ne sadrži adicije ili delecije) za optimalno poravnanje dve sekvence. Optimalno poravnanje sekvenci za poravnanje prozora za poređenje može da se sprovede pomoću algoritma za lokalnu homologiju autora Smith and Waterman Adv. Appl. Math. 2:482 (1981), pomoću algoritma za poravnanje po homologiji autora Needleman and Wunsch J. Mol. Biol. 48:443 (1970), pomoću postupka za traženje sličnosti autora Pearson and Lipman Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 85:2444 (1988), pomoću kompjuterizovanih implementacija ovih algoritama (GAP, BESTFIT, FASTA, i TFASTA u Wisconsin Genetics Software Package Release 7.0, (Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis.), Geneworks, ili softverskim paketima MacVector), ili pregledom, i izborom najboljeg poravnanja (tj., onim koje rezultuje u najvećem procentu homologije po prozoru za poređenje) dobijenog različitim postupcima.
[0029] Termin "identičnost sekvence" znači da su dve polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence identične (tj., na osnovu nukleotid-po-nukleotid ili ostatak-po-ostatak poređenja) u prozoru za poređenje. Vrednost koja se dodeljuje terminu "procenat identičnosti sekvence" se izračunava poređenjem dve optimalno poravnate sekvence u prozoru za poređenje, određivanjem broja pozicija na kojima se javljaju identične baze nukleinske kiseline (npr., A, T, C, G, U, ili I) ili ostaci u obe sekvence da bi se dobio broj podudarnih pozicija, deljenjem broja podudarnih pozicija sa ukupnim brojem pozicija u prozoru za poređenje (tj., sa veličinom prozora), i množenjem rezultata sa 100 da bi se dobio procenat identičnosti sekvence. Termin "suštinska identičnost", kako se ovde koristi, označava osobinu polinukleotidne ili aminokiselinske sekvence, gde polinukleotidna ili aminokiselinska sekvenca obuhvata sekvencu koja ima najmanje 85 procenata identičnosti sekvence, poželjno najmanje 90 do 95 procenata identičnosti sekvence, češće najmanje 96, 97, 98, ili 99 procenata identičnosti sekvence, u poređenju sa referentnom sekvencom u prozoru za poređenje od najmanje 18 nukleotidnih (6 aminokiselinskih) pozicija, često u prozoru od najmanje 24-48 nukleotidnih (8-16 aminokiselinskih) pozicija, gde je procenat identičnosti sekvence izračunat poređenjem referentne sekvence sa sekvencom koja može da uključuje delecije ili adicije koje obuhvataju ukupno 20 procenata, ili manje, od referentne sekvence u prozoru za poređenje. Referentna sekvenca može da bude podskup veće sekvence.
[0030] Kako se ovde koristi, dvadeset uobičajenih aminokiselina i njihove skraćenice slede uobičajenu upotrebu. Videti Immunology - A Synthesis (2nd Edition, E.S. Golub and D.R. Gren, Eds., Sinauer Associates, Sunderland, Mass. (1991)). Termin "aminokiselina" ili "aminokiselinski ostatak," kako se ovde koristi, odnosi se na prirodne L aminokiseline ili na D aminokiseline. Ovde se koriste uobičajeno korišćene skraćenice od jednog i tri slova za aminokiseline (Bruce Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, Garland Publishing, Inc., New York (4th ed. 2002)). Stereoizomeri (npr., D-aminokiseline) dvadeset uobičajenih aminokiselina, neprirodne aminokiseline kao što su α-, α-disupstitisane aminokiseline, N-alkil aminokiseline, mlečna kiselina, i druge neuobičajene aminokiseline mogu takođe da budu pogodne komponente za ovde opisane polipeptide. Primeri neuobičajenih aminokiselina uključuju: 4-hidroksiprolin, γ-karboksiglutamat, ε-N,N,N-trimetil-lizin, ε-N-acetil-lizin, O-fosfoserin, N-acetilserin, N-formilmetionin, 3-metilhistidin, 5-hidroksilizin, σ-N-metilarginin, i druge slične aminokiseline i imino kiseline (npr., 4-hidroksiprolin). U obeležavanju polipeptida koje se ovde koristi, levi smer je amino-terminalni smer, a desni smer je karboksi-terminalni smer, u skladu sa standardnom upotrebom i konvencijom.
[0031] Slično, osim ako nije drugačije naznačeno, levi kraj jednolančanih polinukleotidnih sekvenci je 5’kraj; smer na levu stranu dvolančanih polinukleotidnih sekvenci je označen kao 5’ smer. Smer dodavanja nascentnih transkripata RNK od 5’ ka 3’ je označen kao smer transkripcije. Oblasti sekvence DNK lanca koje imaju istu sekvencu kao RNK, i koje se nalaze 5’ u odnosu na 5’ kraj RNK transkripta, označavaju se kao "ushodne sekvence". Oblasti sekvence DNK lanca koje imaju istu sekvencu kao RNK i koje se nalaze 3’ u odnosu na 3’ kraj RNK transkripta označene su kao "nishodne sekvence".
[0032] Primenjeno na polipeptide, termin "suštinski identičan" znači da dve peptidne sekvence, kada se optimalno poravnaju, kao pomoću programa GAP ili BESTFIT korišćenjem podrazumevane težine praznina, dele najmanje 80 procenata identičnosti sekvence, poželjno najmanje 90 procenata identičnosti sekvence, poželjnije najmanje 95, 96, 97, ili 98 procenata identičnosti sekvence, i najpoželjnije najmanje 99 procenata identičnosti sekvence. Poželjno, pozicije ostataka koji nisu identični razlikuju se po konzervativnim aminokiselinskim supstitucijama. Kao što je ovde diskutovano, manje varijacije u aminokiselinskim sekvencama antitela ili imunoglobulinskih molekula razmatrane su kao obuhvaćene predmetnim pronalaskom, uz uslov da varijacije u aminokiselinskoj sekvenci zadržavaju najmanje 75%, poželjnije najmanje 80%, 90%, 95%, i najpoželjnije 99%. Konzervativne aminokiselinske supstitucije su one koje se događaju unutar familije aminokiselina koje su srodne po svojim bočnim lancima. Genetski kodirane aminokiseline su uopšteno podeljene u familije: (1) kisele=aspartat, glutamat; (2) bazne=lizin, arginin, histidin; (3) nepolarne=alanin, valin, leucin, izoleucin, prolin, fenilalanin, metionin, triptofan; i (4) nenaelektrisane polarne=glicin, asparagin, glutamin, cistein, serin, treonin, tirozin. Poželjnije familije su: serin i treonin su alifatičnohidroksilna familija; asparagin i glutamin su familija koja sadrži amid; alanin, valin, leucin i izoleucin su alifatična familija; fenilalanin, triptofan i tirozin su aromatična familija, i cistein i metionin su familija sa bočnim lancem koji sadrži sumpor. Na primer, razumno je očekivati da pojedinačna zamena leucina izoleucinom ili valinom, aspartata glutamatom, treonina serinom, ili slična zamena aminokiseline strukturno srodnom aminokiselinom neće imati veći efekat na vezivanje ili svojstva rezultujućeg molekula, posebno ako zamena ne uključuje aminokiselinu unutar okvira čitanja. Poželjne grupe konzervativnih aminokiselinskih supstitucija su: valinleucin-izoleucin, fenilalanin-tirozin, lizin-arginin, alanin-valin, glutaminska kiselinaasparaginska kiselina, cistein-metionin i asparagin-glutamin.
[0033] Poželjne aminokiselinske supstitucije su one koje: (1) snižavaju podložnost proteolizi, (2) smanjuju podložnost oksidaciji, (3) menjaju afinitet vezivanja za obrazovanje proteinskih kompleksa, (4) menjaju afinitete vezivanja, i (5) dodeljuju ili modifikuju druga fizikohemijska ili funkcionalna svojstva takvih analoga. Analozi mogu da uključuju različite mutantne proteine sa sekvencom drugačijom od prirodne peptidne sekvence. Na primer, pojedinačne ili višestruke aminokiselinske supstitucije (poželjno konzervativne aminokiselinske supstitucije) mogu da se naprave u sekvenci koja se javlja u prirodi (poželjno u delu polipeptida van domena koji obrazuje(u) međumolekulske kontakte). Konzervativna aminokiselinska supstitucija ne bi trebalo da suštinski izmeni strukturna svojstva matične sekvence (npr., zamena aminokiseline ne bi trebalo da ima tendenciju kidanja spirale koja se javlja u matičnoj sekvenci, ili da poremeti druge vrste sekundarne strukture koje karakterišu matičnu sekvencu). Primeri polipeptidnih sekundarnih i tercijarnih struktura poznatih u struci su opisani u Proteins, Structures and Molecular Principles (Creighton, Ed., W. H. Freeman and Company, New York (1984)); Introduction to Protein Structure (C. Branden and J. Tooze, eds., Garland Publishing, New York, N.Y. (1991)); i Thornton et al. Nature 354:105 (1991).
[0034] Termin "analog", kako se ovde koristi, odnosi se na polipeptide koji se sastoje od segmenta od najmanje 25 aminokiselina koje su suštinski identične delu aminokiselinske sekvence polipeptida koji se javlja u prirodi, i koji imaju najmanje jednu od aktivnosti polipeptida koji se javlja u prirodi. Tipično, polipeptidni analozi sadrže konzervativnu aminokiselinsku supstituciju (ili adiciju ili deleciju) u odnosu na prirodnu sekvencu. Analozi su tipično dugi najmanje 20 aminokiselina, poželjno dugi najmanje 50 aminokiselina ili duži, i mogu često da budu dugi kao celokupna dužina prirodnog polipeptida.
[0035] Peptidni analozi se obično koriste u farmaceutskoj industriji kao nepeptidni lekovi sa svojstvima koja su analogna svojstvima peptida koji je služio kao izor. Ova vrsta nepeptidnih jedinjenja naziva se "peptidni mimetici" ili "peptidomimetici". Fauchere, J. Adv. Drug Res.
15:29 (1986); Veber and Freidinger TINS p.392 (1985); i Evans et al. J. Med. Chem. 30:1229 (1987). Takva jedinjenja se često razvijaju uz pomoć kompjuterskog modelovanja molekula. Peptidni mimetici koji su strukturno slični terapeutski korisnim peptidima mogu da se koriste za dobijanje ekvivalentnog terapeutskog ili profilaktičkog dejstva. Uopšteno, peptidomimetici su strukturno slični polipeptidu koji služi kao uzor (tj., polipeptidu koji ima biohemijsko svojstvo ili farmakološku aktivnost), kao što je humano antitelo, ali ima jednu ili više peptidnih veza opciono zamenjenih vezama izabranim iz grupe koja se sastoji od: --CH2NH--, --CH2S--, --CH2-CH2--, --CH=CH--(cis i trans),-COCH2--, --CH(OH)CH2--, i -CH2SO--, postupcima koji su dobro poznati u stanju tehnike. Sistematična supstitucija jedne ili više aminokiselina konsenzus sekvence D-aminokiselinom istog tipa (npr., D-lizin umesto L-lizina) može da se koristi za stvaranje stabilnijih peptida. Osim toga, neprirodni peptidi koji sadrže konsenzus sekvencu ili varijaciju suštinski identične konsenzus sekvence mogu da se naprave postupcima poznatim u stanju tehnike (Rizo and Gierasch Ann. Rev. Biochem. 61:387 (1992)); na primer, dodavanjem unutrašnjih cisteinskih ostataka sposobnih da obrazuju unutarmolekulske disulfidne mostove koji ciklizuju peptid.
[0036] Poželjni amino- i karboksi-krajevi fragmenata ili analoga se javljaju u blizini granica funkcionalnih domena. Strukturni i funkcionalni domeni mogu da se identifikuju poređenjem podataka o nukleotidnoj i/ili aminokiselinskoj sekvenci sa javnim ili zaštićenim bazama podataka o sekvencama. Poželjno, kompjuterizovani postupci poređenja se koriste za identifikaciju motiva sekvence ili domena predviđene konformacije proteina koji se javljaju u drugim proteinima poznate strukture i/ili funkcije. Postupci za identifikaciju proteinskih sekvenci koje se uvijaju u poznate trodimenzionalne strukture su poznati (videti Bowie et al. Science 253:164 (1991)). Stručnjaci u oblasti mogu da prepoznaju motive sekvence i strukturne konformacije koje mogu da se koriste za definisanje strukturnih i funkcionalnih domena.
[0037] Termin "sredstvo koje se specifično vezuje" odnosi se na prirodni ili neprirodni molekul koji se specifično vezuje za ciljnu sekvencu. Primeri sredstava koja se specifično vezuju uključuju, ali bez ograničenja, proteine, peptide, nukleinske kiseline, ugljovodonike, lipide, i jedinjenja malog molekula. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje je antitelo. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje je antigen-vezujući region.
[0038] Termin "sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid" odnosi se na sredstvo koje se specifično vezuje za bilo koji deo EGFr polipeptida. U određenim primerima izvođenja koji su ovde opisani, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr polipeptid. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antigen-vezujući region. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je panitumumab.
[0039] Termin "sredstvo koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras " odnosi se na sredstvo koje se specifično vezuje za bilo koji deo mutantnog polipeptida K-ras. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras je antitelo na mutantni polipeptid K-ras. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras je antigen-vezujući region.
[0040] Termin "specifično se vezuje" odnosi se na sposobnost sredstva koje se specifično vezuje da se veže za ciljnu sekvencu sa većim afinitetom nego što se vezuje za sekvencu koja nije ciljna. U određenim primerima izvođenja, specifično vezivanje se odnosi na vezivanje za ciljnu sekvencu sa afinitetom koji je najmanje 10, 50, 100, 250, 500, ili 1000 puta veći od afiniteta za sekvencu koja nije ciljna. U određenim primerima izvođenja, afinitet se određuje pomoću afinitetnog ELISA testa. U određenim primerima izvođenja, afinitet se određuje pomoću BIAcore testa. U određenim primerima izvođenja, afinitet se određuje pomoću kinetičkog metoda. U određenim primerima izvođenja, afinitet se određuje pomoću postupka ravnoteže/rastvora. U određenim primerima izvođenja, kaže se da se antitelo specifično vezuje za antigen kada konstanta disocijacije između antitela i jednog ili više epitopa koje ono prepoznaje iznosi ≤1 µM, poželjno ≤ 100 nM i najpoželjnije ≤ 10 nM.
[0041] "Nativna antitela i imunoglobulini", u određenim slučajevima, obično su heterotetramerni glikoproteini od oko 150 000 daltona, sačinjeni od dva identična laka (L) lanca i dva identična teška (H) lanca. Svaki laki lanac je vezan za teški lanac jednom kovalentnom disulfidnom vezom, dok broj disulfidnih veza između teških lanaca varira kod različitih izotipova imunoglobulina. Svaki teški i laki lanac takođe imaju pravilno raspoređene disulfidne mostove unutar lanca. Svaki teški lanac ima na jednom kraju varijabilni domen (VH) praćen određenim brojem konstantnih domena. Svaki laki lanac ima varijabilni domen na jednom kraju (VL) i konstantni domen na svom drugom kraju; konstantni domen lakog lanca je poravnat sa prvim konstantnim domenom teškog lanca, a varijabilni domen lakog lanca je poravnat sa varijabilnim domenon teškog lanca. Smatra se da određeni aminokiselinski ostaci obrazuju dodirnu površinu između varijabilnih domena lakog i teškog lanca (Chothia et al. J. Mol. Biol. 186:651 (1985; Novotny and Haber, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82:4592 (1985); Chothia et al., Nature 342:877-883 (1989)).
[0042] Termin "antitelo" odnosi se i na intaktno antitelo i na njegov antigen vezujući fragment koji stupa u kompeticiju sa intaktnim antitelom za specifično vezivanje. "Njegov antigen vezujući fragment" odnosi se na deo ili fragment molekula intaktnog antitela, pri čemu fragment zadržava antigen-vezujuću funkciju. Vezujući fragmenti se proizvode tehnikama rekombinantne DNK, ili enzimskim ili hemijskim sečenjem intaktnih antitela kao što je sečenje pomoću papaina. Vezujući fragmenti uključuju Fab, Fab’, F(ab’)2, Fv, jednolančana antitela ("scFv"), Fd’ i Fd fragmente. Postupci za proizvodnju različitih fragmenata od monoklonskih antitela su dobro poznati stručnjacima u oblasti (videti, npr., Pluckthun, 1992, Immunol. Rev. 130:151-188). Podrazumeva se da antitelo koje nije "bispecifično" ili "bifunkcionalno" antitelo ima identična sva svoja vezivna mesta. Antitelo suštinski inhibira prijanjanje receptora za protiv-receptor kada višak antitela smanjuje količinu receptora vezanog za protiv-receptor za najmanje oko 20%, 40%, 60%, ili 80%, i češće za više od oko 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, ili 99% (mereno u in vitro kompetitivnom testu vezivanja).
[0043] "Izolovano" antitelo je ono koje je identifikovano i razdvojeno i/ili izdvojeno iz komponente iz svog prirodnog okruženja. Kontaminirajuće komponente njegovog prirodnog okruženja su materijali koji bi interferirali sa dijagnostičkim ili terapeutskim upotrebama antitela, i mogu da uključuju enzime, hormone, i druge proteinske ili neproteinske rastvorne supstance. U poželjnim primerima izvođenja, antitelo će biti prečišćeno (1) do više od 95 tež.% antitela određeno metodom prema Lowry-ju, i sekvenciranjem terminalnih ili unutrašnjih aminokiselina upotrebom sekvenatora sa rotirajućom posudom, ili (2) do homogenosti po metodi SDS-PAGE pod redukujućim ili neredukujućim uslovima korišćenjem boje Coomassie plavo ili, poželjno, srebrne boje. Izolovano antitelo uključuje antitelo in situ unutar rekombinantnih ćelija budući da najmanje jedna komponenta prirodnog okruženja antitela neće biti prisutna. Obično, međutim, izolovano antitelo će biti pripremljeno primenom najmanje jednog koraka prečišćavanja.
[0044] Termin "varijabilan" odnosi se na činjenicu da se pojedini delovi varijabilnih domena značajno razlikuju u sekvenci među antitelima, i da se koriste u vezivanju i specifičnosti svakog konkretnog antitela za njegov konkretni antigen. Međutim, varijabilnost nije ravnomerno raspoređena kroz varijabilne domene antitela. Koncentrisana je u tri segmenta nazvana regioni za određivanje komplementarnosti (CDRs) ili hipervarijabilni regioni u varijabilnim domenima i lakog i teškog lanca. Delovi varijabilnih domena koji su konzervativniji nazivaju se okvirni regioni (FR). Varijabilni domeni nativnih teških i lakih lanaca sadrže po četiri FR regiona, koji u velikoj meri ispoljavaju konfiguraciju β naborane ploče, povezana sa tri regiona CDR, koji obrazuju povezujuće petlje, i u nekim slučajevima čine deo strukture β naborane ploče. Regioni CDR u svakom lancu se drže zajedno, blizu jedan drugog pomoću FR regiona i, sa CDR regionima drugog lanca, doprinose obrazovanju antigen-vezujućeg mesta antitela (videti Kabat et al. (1991). Konstantni domeni nisu neposredno uključeni u vezivanje antitela za antigen, ali imaju različite efektorske uloge, kao što je učestvovanje antitela u ćelijskoj toksičnosti zavisnoj od antitela.
[0045] "Fv" je najmanji fragment antitela koji sadrži potpuno mesto za prepoznavanje antigena i antigen-vezujuće mesto. U vrstama Fv sa dva lanca, ovaj region sadrži dimer od jednog varijabilnog domena teškog lanca i jednog varijabilnog domena lakog lanca u čvrstoj, nekovalentnoj vezi. Kod vrsta Fv sa jednim lancem, jedan varijabilni domen teškog lanca i jedan varijabilni domen lakog lanca mogu da budu kovalentno vezani savitljivom peptidnom spojnicom tako da laki i teški lanac mogu da budu povezani u "dimernu" strukturu koja je analogna onoj u dvolančanim vrstama Fv. U ovoj konfiguraciji tri CDR regiona svakog varijabilnog domena interaguju da bi definisala antigen-vezujuće mesto na površini VH-VL dimera. Zajednički, šest CDR regiona stvaraju antigen-vezujuću specifičnost antitela. Međutim, čak i pojedinačni varijabilni domen (ili polovina Fv koja sadrži samo tri CDR regiona specifična za antigen) ima sposobnost prepoznavanja i vezivanja antigena, mada sa nižim afinitetom od onog koji ispoljava celo vezujuće mesto.
[0046] Termin "hipervarijabilni region" kako se ovde koristi, odnosi se na aminokiselinske ostatke antitela koji su odgovorni za vezivanje antigena. Hipervarijabilni region uopšteno sadrži aminokiselinske ostatke iz "regiona za određivanje komplementarnosti" ili "CDR" (npr. ostaci 24-34 (L1), 50-62 (L2), i 89-97 (L3) u varijabilnom domenu lakog lanca i 31-55 (H1), 50-65 (H2) i 95-102 (H3) u varijabilnom domenu tešog lanca; Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)) i/ili ostatke iz "hipervarijabilne petlje" (npr. ostaci 26-32 (L1), 50-52 (L2) i 91-96 (L3) u varijabilnom domenu lakog lanca i 26-32 ((H1), 53-55 (H2) i 96-101 (H3) u varijabilnom domenu teškog lanca; Chothia and Lesk J. Mol. Biol 196:901-917 (1987)). Ostaci iz "okvirnog regiona" ili "FR" su oni ostaci varijabilnog domena koji nisu ostaci iz hipervarijabilnog regiona kao što je ovde definisano.
[0047] Termin "regioni za određivanje komplementarnosti" ili "CDRs," kako se ovde koristi, odnosi se na delove imunoloških receptora koji stupaju u kontakt sa specifičnim ligandom i određuju njihovu specifičnost. CDR regioni imunoloških receptora su najvarijabilniji deo proteina receptora, dajući receptorima njihovu raznovrsnost, i nosi ih šest petlji na udaljenom kraju varijabilnih domena receptora, po tri petlje na savkom od dva varijabilna domena receptora.
[0048] "Ćelijski posredovana citotoksičnost zavisna od antitela" i "ADCC" odnosi se na ćelijski posredovanu reakciju u kojoj nespecifične citotoksične ćelije koje eksprimiraju Fc receptore (FcRs) (npr. ćelije prirodne ubice (NK), neutrofili i makrofagi) prepoznaju vezano antitelo na ciljnoj ćeliji i zatim izazivaju lizu ciljne ćelije. Primarne ćelije za posredovanje ADCC, NK ćelije, eksprimiraju samo FcγRIII, dok monociti eksprimiraju FcγRI, FcγRII i FcγRIII. Ekspresija Fc na hematopoeznim ćelijama je ukratko prikazana u tabeli 3 na strani 464 u Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991). Za procenu ADCC aktivnosti molekula od interesa, može da se izvede in vitro ADCC test, kao što je onaj opisan u SAD patentu br.
5,500,362, ili 5,821,337. Korisne efektorske ćelije za ovakve testove uključuju mononuklearne ćelije periferne krvi (PBMC) i ćelije prirodne ubice (NK). Alternativno, ili dodatno, ADCC aktivnost molekula od interesa može da se proceni in vivo, npr., u životinjskom modelu kao što je onaj opisan u Clynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1988).
[0049] Termin "epitop" uključuje bilo koju proteinsku determinantu sposobnu da se specifično veže za imunoglobulin i/ili T-ćelijski receptor. Determinante epitopa se obično sastoje od hemijski aktivnih površinskih grupa molekula kao što su aminokiseline ili bočni lanci šećera i obično imaju specifična svojstva trodimenzionalne strukture, kao i specifična svojstva naelektrisanja.
[0050] Termin "sredstvo" se ovde koristi da označi hemijsko jedinjenje, smešu hemijskih jedinjenja, biološki makromolekul, ili ekstrakt napravljen od bioloških materijala.
[0051] Kako se ovde koristi, termini "obeleživač" ili "obeležen" odnose se na ugradnju markera koji može da se detektuje, npr., ugradnju radioobeležene aminokiseline ili vezivanje biotinilgrupa koje mogu da se detektuju označenim avidinom (npr., streptavidin koji sadrži fluorescentni marker ili enzimsku aktivnost koja može da se detektuje optički ili kolorimetrijskim postupcima) za polipeptid. U određenim situacijama, obeleživač ili marker može takođe da ima terapeutsko delovanje. Različiti postupci za obeležavanje polipeptida i glikoproteina su poznati u stanju tehnike i mogu da se koriste. Primeri obeleživača za polipeptide uključuju, ali bez ograničenja, sledeće: radioizotope ili radionuklide (npr.,<3>H,<14>C,<15>N,<35>S,<90>Y,<99>Tc,<111>In,<125>I,<131>I), fluorescentne obeleživače (npr., FITC, rodamin, lantanid fosfore), enzimske obeleživače (npr., peroksidaza rena, β-galaktozidaza, luciferaza, alkalna fosfataza), hemiluminiscentne grupe, biotinil grupe i unapred određene polipeptidne epitope koje prepoznaje sekundarni reporter (npr., sekvence „leucinskog rajsferšlusa“, vezujuća mesta za sekundarna antitela, vezujući domeni za metal, epitopski obeleživači). U nekim ovde opisanim primerima izvođenja, obeleživači su povezani pomoću molekulskih distancera različitih dužina da bi se smanjila potencijalna prostorna ometanja.
[0052] Termin "farmaceutsko sredstvo ili lek" kako se ovde koristi, odnosi se na hemijsko jedinjenje ili kompoziciju sposobnu da izazove željeno terapeutsko dejstvo kada se pravilno primeni na pacijenta. Ostali hemijski termini su ovde korišćeni u skladu sa uobičajenom upotrebom u struci, kao što je prikazano u The McGraw-Hill Dictionary of Chemical Terms (Parker, S., Ed., McGraw-Hill, San Francisco (1985)).
[0053] Termin "antineoplastično sredstvo" se ovde koristi da označi sredstva koja imaju funkcionalno svojstvo inhibiranja razvoja ili progresije neoplazme kod ljudi, posebno maligne (kancerozne) lezije, kao što je karcinom, sarkom, limfom, ili leukemija. Inhibicija metastaze je često svojstvo antineoplastičnih sredstava. U određenim primerima izvođenja, antineoplastično sredstvo je panitumumab.
[0054] Kako se ovde koristi, "suštinski čisto" označava predmetnu vrstu koja je preovlađujuća prisutna vrsta (tj., na molarnoj osnovi, zastupljenija je od bilo koje druge pojedinačne vrste u kompoziciji), i poželjno suštinski prečišćena frakcija je kompozicija u kojoj predmetna vrsta sačinjava najmanje oko 50 procenata (na molarnoj osnovi) svih prisutnih vrsta makromolekula. Uopšteno, suštinski čista kompozicija će sačinjavati više od oko 80 procenata svih vrsta makromolekula prisutnih u kompoziciji, poželjnije više od oko 85%, 90%, 95%, 96, 97, 98, ili 99%. Najpoželjnije, predmetna vrsta je prečišćena do esencijalne homogenosti (vrsta kontaminanta ne može da se detektuje u kompoziciji uobičajenim postupcima za detekciju) pri čemu se kompozicija sastoji esencijalno od pojedinačne vrste makromolekula.
[0055] Termin pacijent uključuje humane i životinjske subjekte.
[0056] Termini "sisar" i "životinja" u svrhu lečenja, odnosi se na bilo koju životinju svrstanu u sisare, uključujući ljude, domaće i životinje sa farmi, i životinje iz zoološkog vrta, životinje koje se koriste u sportovima, ili kućne ljubimce, kao što su psi, konji, mačke, krave, itd. Poželjno, sisar je čovek.
[0057] Termin "stanje bolesti" odnosi se na fiziološko stanje ćelije ili celog organizma sisara u kome je došlo do prekida, prestanka ili poremećaja ćelijskih ili telesnih funkcija, sistema ili organa.
[0058] Termini "lečiti" ili "lečenje" se odnose i na terapeutsko lečenje i na profilaktičke ili preventivne mere, u kojima je cilj sprečiti ili usporiti (smanjiti) nepoželjnu fiziološku promenu ili poremećaj, kao što je razvoj ili širenje kancera. U svrhu ovog pronalaska, korisni ili željeni klinički rezultati uključuju, ali bez ograničenja, ublažavanje simptoma, smanjenje stepena bolesti, stabilizaciju (tj. nepogoršavanje) stanja bolesti, odlaganje ili usporavanje napredovanja bolesti, poboljšanje ili palijaciju stanja bolesti, i remisiju (bilo delimičnu ili potpunu), bez obzira da li se mogu detektovati ili ne. "Lečenje" može takođe da označava produžavanje preživljavanja u poređenju sa očekivanim preživljavanjem bez lečenja. Oni kojima je lečenje potrebno uključuju one koji već imaju stanje ili poremećaj, kao i one koji su skloni da imaju stanje ili poremećaj ili one kod kojih stanje ili poremećaj treba da se bude sprečeno.
[0059] Izraz "koji odgovara na lečenje", kako se ovde koristi, označava da pacijent ili tumor pokazuje potpuni odgovor ili delimični odgovor nakon primene sredstva, prema RECIST (kriterijumu za procenu odgovora na lečenje kod solidnih tumora). Izraz "koji ne odgovara na lečenje", kako se ovde koristi, znači da pacijent ili tumor pokazuje stabilnu bolest ili progresivnu bolest nakon primene sredstva, prema RECIST. RECIST je opisan, npr., kod Therasse et al., February 2000, "New Guidelines to Evaluate the Response to Treatment in Solid Tumors," J. Natl. Cancer Inst. 92(3): 205-216. Sredstva data kao primer uključuju sredstva koja se specifično vezuju za polipeptid EGFr, uključujući, ali bez ograničenja, antitela na EGFr.
[0060] "Poremećaj" je bilo koje stanje u kome bi bilo koristi od jednog ili više lečenja. Ovo uključuje hronične i akutne poremećaje, ili bolest, uključujući ona patološka stanja koja predodređuju sisara za poremećaj o kome je reč. Neograničavajući primeri poremećaja koji treba da se leče ovde uključuju benigne i maligne tumore, leukemije i limfoidne malignitete, naročito kancer dojke, rektuma, ovarijuma, želuca, endometrijuma, pljuvačne žlezde, bubrega, debelog creva, tiroidne žlezde, pankreasa, prostate ili mokraćne bešike. Poželjni poremećaj za lečenje prema predmetnom pronalasku je maligni tumor, kao što su cervikalni karcinomi i cervikalna intraepitelijalna skvamozna i glandularna neoplazija, karcinom bubrežnih ćelija (RCC), ezofagealni tumori i ćelijske linije izvedene iz karcinoma.
[0061] "Bolest ili stanje povezano sa EGFr polipeptidom" uključuje jedno ili više od sledećeg: bolest ili stanje izazvano EGFr polipeptidom; bolest ili stanje kome doprinosi EGFr polipeptid; i bolest ili stanje koje je povezano sa prisustvom EGFr polipeptida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje povezano sa EGFr polipeptidom je kancer. Primeri kancera uključuju, ali bez ograničenja, nesitnoćelijski karcinom pluća, karcinome dojke, debelog creva, želuca, mozga, bešike, glave i vrata, ovarijuma i prostate.
[0062] "Bolest ili stanje povezano sa mutantnim polipeptidom K-ras" uključuje jedno ili više od sledećeg: bolest ili stanje izazvano mutantnim polipeptidom K-ras; bolest ili stanje kome doprinosi mutantni polipeptid K-ras; bolest ili stanje koje izaziva mutantni polipeptid K-ras; i bolest ili stanje povezano sa prisustvom mutantnog polipeptida K-ras. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje povezano sa mutantnim polipeptidom K-ras može da postoji u odsustvu mutantnog polipeptida K-ras. U određenim primerima izvođenja koji su ovde opisani, bolest ili stanje povezano sa mutantnim polipeptidom K-ras mogu se pogoršati zbog prisustva mutantnog polipeptida K-ras. U određenim primerima izvođenja koji su ovde opisani, bolest ili stanje povezano sa mutantnim polipeptidom K-ras je kancer. Primeri kancera uključuju, ali bez ograničenja, nesitnoćelijski karcinom pluća, karcinome dojke, debelog creva, želuca, mozga, bešike, glave i vrata, ovarijuma i prostate.
[0063] U "kombinovanoj terapiji," pacijenti se leče sredstvom koje se specifično vezuje za ciljni antigen u kombinaciji sa hemoterapeutskim ili antineoplastičnim sredstvom i/ili radijacionom terapijom. U određenim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje je panitumumab. Dizajni protokola će uzeti u obzir efikasnost procenjenu smanjenjem mase tumora, kao i mogućnost smanjenja uobičajenih doza standardne hemoterapije. Ova smanjenja doza će omogućiti dodatnu i/ili produženu terapiju smanjenjem toksičnosti hemoterapeutskog sredstva koja je povezana sa dozom.
[0064] "Monoterapija" se odnosi na lečenje poremećaja primenom imunoterapije na pacijente bez pratećeg hemoterapeutskog ili antineoplastičnog sredstva. U određenim primerima izvođenja, monoterapija obuhvata primenu panitumumaba u odsustvu hemoterapeutskog ili antineoplastičnog sredstva i/ili radijacione terapije.
Određeni primeri izvođenja
[0065] U određenim primerima izvođenja opisan je postupak za dijagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta.
[0066] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa ekspresije mutantnog polipeptida K-ras u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije mutantnog polinukleotida K-ras u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje je kancer.
[0067] U određenim primerima izvođenja koji su ovde opisani, postupak za dijagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida koji sadrži najmanje jednu aminokiselinsku sekvencu odabranu od sekvenci označenih kao SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, i SEQ ID NO: 18; i (b) diagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida koji kodira najmanje jednu aminokiselinsku sekvencu odabranu od sekvenci označenih kao SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, i SEQ ID NO: 18 u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje bolesti ili stanja koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje je kancer.
[0068] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za dijagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa ekspresije mutantnog polipeptida K-ras u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije mutantnog polinukleotida K-ras u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje je kancer.
[0069] U određenim primerima izvođenja koji su ovde opisani, postupak za dijagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida koji sadrži najmanje jednu aminokiselinsku sekvencu odabranu od sekvenci označenih kao SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, i SEQ ID NO: 18 u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa ekspresije polipeptida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za dijagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija kod subjekta obuhvata: (a) određivanje prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida koji kodira najmanje jednu aminokiselinsku sekvencu odabranu od sekvenci označenih kao SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, i SEQ ID NO: 18 u uzorku uzetom od subjekta; i (b) diagnostikovanje podložnosti bolesti ili stanju koje je povezano sa jednom ili više K-ras mutacija na osnovu prisustva ili nivoa transkripcije ili translacije polinukleotida. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, bolest ili stanje je kancer.
[0070] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za određivanje prisustva ili odsustva polinukleotida koji kodira mutantni polipeptid K-ras. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za određivanje prisustva ili odsustva polinukleotida koji kodira mutantni polipeptid K-ras u uzorku obuhvata (a) izlaganje uzorka probi koja hibridizuje sa polinukleotidom koji kodira region mutantnog polipeptida K-ras, gde region sadrži najmanje jednu K-ras mutaciju odabranu od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M, i (b) određivanje prisustva ili odsustva polinukleotida koji kodira mutantni polipeptid K-ras u uzorku. U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, postupak za određivanje prisustva ili odsustva mutantnog polipeptida K-ras u uzorku obuhvata (a) izlaganje uzorka probi koja hibridizuje sa polinukleotidom koji kodira region mutantnog polipeptida K-ras, gde region sadrži najmanje jednu K-ras mutaciju odabranu od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M, i (b) određivanje prisustva ili odsustva mutantnog polipeptida K-ras u uzorku.
[0071] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, obezbeđen je postupak za uspostavljanje populacionog profila mutantnog K-ras u specifičnoj populaciji pojedinaca, koji obuhvata: (a) određivanje prisustva najmanje jedne K-ras mutacije u genetskom profilu pojedinaca u populaciji; i (b) uspostavljanje veze između genetskih profila mutantnog K-ras i pojedinaca. U određenim takvim primerima izvođenja, specifične osobine pojedinaca uključuju podložnost razvoju bolesti ili stanja koje je povezano sa K-ras mutacijom. U određenim takvim primerima izvođenja, specifične osobine pojedinaca uključuju ispoljavanje bolesti ili stanja koje je povezano sa K-ras mutacijom.
[0072] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G12S kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0073] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G12V kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0074] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G12D kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0075] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G12A kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0076] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G12C kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0077] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G13A kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0078] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije G13D kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0079] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije T20M kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0080] U određenim primerima izvođenja, opisan je postupak za predviđanje izostanka odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid kod subjekta koji pati od kancera koji sadrži određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije na aminokiselini 12 u K-ras i/ili aminokiselini 13 i/ili aminokiselini 20 u K-ras kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid je antitelo na EGFr. U određenim takvim primerima izvođenja, antitelo je panitumumab.
[0081] U određenim primerima izvođenja, opisan je kit za detekciju polinukleotida koji kodira mutantni polipeptid K-ras kod subjekta. U određenim takvim primerima izvođenja, kit sadrži probu koja hibridizuje sa polinukleotidom koji kodira region mutantnog polipeptida K-ras, gde region sadrži najmanje jednu K-ras mutaciju odabranu od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M. U određenim takvim primerima izvođenja, kit dodatno sadrži dva ili više amplifikaciona prajmera. U određenim takvim primerima izvođenja, kit dodatno sadrži komponentu za detekciju. U određenim takvim primerima izvođenja, kit dodatno sadrži komponentu za uzorkovanje nukleinske kiseline.
[0082] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, izostanak odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid se određuje korišćenjem RECIST (kriterijuma za procenu odgovora na lečenje kod solidnih tumora). Potpuni odgovor i delimični odgovor prema RECIST se smatraju odgovorom na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid. Stabilna bolest i progresivna bolest se smatraju izostankom odgovora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid. RECIST je poznat u stanju tehnike i opisan, npr., kod Therasse et al., February 2000, "New Guidelines to Evaluate the Response to Treatment in Solid Tumors," J. Natl. Cancer Inst.92(3): 205-216.
[0083] U određenim primerima izvođenja, detektovana je K-ras mutacija. U određenim primerima izvođenja, K-ras mutacija je detektovana pomoću detekcije mutantnog polinukleotida K-ras. U određenim primerima izvođenja, K-ras mutacija je detektovana pomoću detekcije mutantnog polipeptida K-ras.
[0084] Određeni postupci za detekciju mutacije u polinukleotidu su poznati u stanju tehnike. Određeni primeri takvih postupaka uključuju, ali bez ograničenja, sekvenciranje, reakcije ekstenzije prajmera, elektroforezu, „picogreen“ testove, testove ligacije oligonukleotida, testove hibridizacije, TaqMan testove, SNPlex testove, i testove opisane, npr., u SAD patentima br.
5,470,705, 5,514,543, 5,580,732, 5,624,800, 5,807,682, 6,759,202, 6,756,204, 6,734,296, 6,395,486, i SAD patentnoj objavi br. US 2003-0190646 A1.
[0085] U određenim primerima izvođenja, detekcija mutacije u polinukleotidu obuhvata prvo umnožavanje polinukleotida koji može da sadrži mutaciju. Određeni postupci za umnožavanje polinukleotida su poznati u ovoj oblasti. Takvi proizvodi umnožavanja mogu da se koriste u bilo kom od ovde opisanih postupaka, ili postupaka poznatih u stanju tehnike, za detekciju mutacije u polinukleotidu.
[0086] Određeni postupci za detekciju mutacije u polipeptidu su poznati u stanju tehnike. Određeni primeri takvih postupaka uključuju, ali bez ograničenja, detekciju korišćenjem sredstva koje se specifično vezuje, koje je specifično za mutantni polipeptid. Drugi postupci za detekciju mutantnog polipeptida uključuju, ali bez ograničenja, elektroforezu i sekvenciranje peptida.
[0087] Određeni primeri postupaka za detekciju mutacije u polinukleotidu i/ili polipeptidu su opisani, npr., kod Schimanski et al. (1999) Cancer Res., 59: 5169-5175; Nagasaka et al. (2004) J. Clin. Oncol., 22: 4584-4596; PCT objavi br. WO 2007/001868 A1; SAD patentnoj objavi br.
2005/0272083 A1; i kod Lievre et al. (2006) Cancer Res. 66: 3992-3994.
[0088] U određenim primerima izvođenja, opisani su mikročipovi koji sadrže jedan ili više polinukleotida koji kodiraju jedan ili više mutantnih polipeptida K-ras. U određenim takvim primerima izvođenja, obezbeđeni su mikročipovi koji sadrže jedan ili više polinukleotida komplementarnih sa jednim ili više polinukleotida koji kodiraju jedan ili više mutantnih polipeptida K-ras.
[0089] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, prisustvo ili odsustvo jednog ili više mutantnih polinukleotida K-ras u dva ili više uzoraka ćelija ili tkiva procenjuje se korišćenjem tehnologije mikročipa. U određenim takvim primerima izvođenja, količina jednog ili više mutantnih polinukleotida K-ras u dva ili više uzoraka ćelija ili tkiva procenjuje se korišćenjem tehnologije mikročipa.
[0090] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, prisustvo ili odsustvo jednog ili više mutantnih polipeptida K-ras u dva ili više uzoraka ćelija ili tkiva procenjuje se korišćenjem tehnologije mikročipa. U određenim takvim primerima izvođenja, iRNK se prvo izoluje iz uzoraka ćelije ili tkiva i zatim prevodi u cDNK, koja hibridizuje sa mikročipom. U određenim takvim primerima izvođenja, prisustvo ili odsustvo cDNK koja je specifično vezana za mikročip ukazuje na prisustvo ili odsustvo mutantnog polipeptida K-ras. U određenim takvim primerima izvođenja, nivo ekspresije jednog ili više mutantnih polipeptida K-ras procenjuje se određivanjem količine cDNK koja je specifično vezana za mikročip.
[0091] U određenim ovde opisanim primerima izvođenja, obezbeđeni su mikročipovi koji sadrže jedno ili više sredstava koja se specifično vezuju za jedan ili više mutantnih polipeptida K-ras. U određenim takvim primerima izvođenja, procenjuje se prisustvo ili odsustvo jednog ili više mutantnih polipeptida K-ras u ćeliji ili tkivu. U određenim takvim primerima izvođenja, procenjuje se količina jednog ili više mutantnih polipeptida K-ras u ćeliji ili tkivu.
[0092] Primeri koji slede, uključujući izvedene eksperimente i dobijene rezultate su obezbeđeni samo u ilustrativnu svrhu i ne treba ih shvatiti kao ograničavajuće za patentne zahteve.
PRIMERI
PRIMER 1
IDENTIFIKACIJA MUTACIJA U EGZONU 2 K-RAS GENA U UZORCIMA TUMORA KOLOREKTALNOG ADENOKARCINOMA
[0093] Da bi se identifikovale mutacije u egzonu 2 K-ras gena povezane sa kolorektalnim adenokarcinomom ("CRC"), egzon 2 K-ras gena je umnožen iz tumora trideset sedam pacijenata sa CRC. Dvostruko-slepi uzorci tumora trideset sedam pacijenata uključenih u studiju CRC su pribavljeni pre lečenja pacijenata panitumumabom. Ispitivanje je bilo multicentrično, otvoreno obeleženo, kliničko ispitivanje sa jednom grupom pacijenata. Pacijenti su lečeni sa 2.5 mg/kg panitumumaba nedeljno, ponavljano u ciklusima od 8 nedelja do progresije bolesti. Procene tumora su bile izvedene slepim centralnim radiološkim pregledom (panel od najmanje 2 radiologa) upotrebom kriterijuma RECIST i potvrđene nakon ne manje od 4 nedelje nakon što je kriterijum odgovora na lečenje prvi put postignut. Svaki izolovani egzon je sekvenciran da bi se identifikovale bilo kakve izmene u odnosu na sekvence divljeg tipa za te egzone.
[0094] Uzorci tumora CRC trideset sedam pacijenata su sakupljeni. Deo svakog uzorka tumora je obojen da bi se identifikovao nivo ekspresije EGFr u tumoru, i ocenjen prema bojenju na skali od tri vrednosti (gde je 3 najveći stepen bojenja). Najmanje 10% svakog uzorka tumora je pokazalo stepen bojenja koji iznosi tri. Tumorsko tkivo je odvojeno od okolnog normalnog tkiva, nekrotičkog debrisa i strome pomoću makro-disekcije isečaka tkiva fiksiranih formalinom, i obloženih parafinom. Isečeni uzorci su pričvršćeni na mikroskopska pločice i čuvani na sobnoj temperaturi.
Tabela 1: Uzorci pacijenata sa CRC
[0095] Genomska DNK je pripremljena sa pločica sa uzorcima korišćenjem sistema „Pinpoint Slide DNA Isolation System“ (Zymo Research, Orange, CA) prema protokolu proizvođača. Finalni proizvod izolovane genomske DNK je rastvoren u 500 µL vode.
[0096] Sekvenca polipeptida divljeg tipa K-ras je prikazana na slici 1A (SEQ ID NO: 2; Pristupni broj Banke gena NP_004976). Sekvenca cDNK divljeg tipa K-ras je takođe prikazana na slici 1A (SEQ ID NO: 1; Pristupni broj Banke gena NM_004985). Genomska nukleotidna sekvenca divljeg tipa K-ras je nađena u Banci gena pod pristupnim brojem NM_004985. Sekvence prajmera za svaki egzon su označene korišćenjem intronskih sekvenci 5’ i 3’ u odnosu na egzon 2 u sekvenci cDNK divljeg tipa K-ras (SEQ ID NO: 1). Sekvence koje odgovaraju egzonu 2 humanog K-ras su umnožene pomoću PCR metode korišćenjem specifičnih prajmera: prajmera 3401-41 (5’- AAGGTACTGGTGGAGTATTTG-3’ SEQ ID NO.19) i prajmera 3401-44 (5’-GTACTCATGAAAATGGTCAGAG-3’ SEQ ID NO.20).
[0097] PCR metoda je izvedena korišćenjem Taq DNK polimeraze (Roche Diagnostics Corp) ili ekvivalentne i pod sledećim uslovima: 5 µL 10x Taq pufera, 0.5 µL 24 mM MgCl2, 1 µL genomske DNK (približno 0.5 ng), 7 µL 2.5 mM dNTPs, 1 µL Taq polimeraze (5U) i 29.5 µL ddH2O su kombinovani i pomešani. U svaku epruvetu je dodato po 6 µL štoka kombinovanog prajmera (10 µM od svakog). Protokol ciklusa je bio 1 ciklus od 4 minuta na 93°C; 10 sekundi na 93°C, 30 sekundi na 62°C, 30 sekundi na 72°C u 35 ciklusa; i 1 ciklus od 4 minuta na 72°C. Na kraju reakcije, temperatura je održavana na 4°C.
[0098] Proizvodi PCR reakcije za svaki pojedinačni egzon su prečišćeni na gelu. Prečišćene umnožene sekvence egzona su subklonirane u vektor pCR2.1 korišćenjem TOPO-TA kita za kloniranje (Invitrogen Corp) prema uputstvima proizvođača. E. coli kolonije koje sadrže vektor i ubačeni egzon od interesa su izdvojene pomoću Genetix Colony Picker. Ove kolonije su gajene preko noći u tečnoj podlozi. Plazmidna DNK iz svake prekonoćne bakterijske kulture je izolovana korišćenjem QIAGEN 9600, 3000, ili 8000 Bio-robota (Qiagen) prema uputstvima proizvođača.
[0099] Izolovana plazmidna DNK koja sadrži svaki egzon je sekvencirana korišćenjem kita BigDye 3.1 Terminator Kit (Applied Biosystems, Inc.) prema uputstvima proizvođača. Podaci dobijeni sekvenciranjem su prikupljeni korišćenjem sistema 3700, 3100, ili 3730 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Inc.) i analizirani primenom programa SeQuencher (GeneCodes Corp.). Sekvence egzona iz uzoraka uzetih od pacijenata su upoređene sa sekvencama egzona divljeg tipa.
[0100] Ispitivanjem mutacija u uzorcima tumora pacijenata sa CRC identifikovano je 13 pacijenata sa mutacijom u egzonu 2 K-ras gena (tabela 2). Odgovor na lečenje tumora je procenjen korišćenjem CT ili MRI i statistički analiziran upotrebom RECIST (kriterijuma za procenu odgovora na lečenje kod solidnih tumora), koji obezbeđuje smernice za identifikovanje kompletnog odgovora, delimičnog odgovora, stabilne bolesti, ili progresivne bolesti zasnovano na veličini tumora (videti, npr., Therasse et al., February 2000, "New Guidelines to Evaluate the Response to Treatment in Solid Tumors," J. Natl. Cancer Inst.92(3): 205-216).
Tabela 2: Rezultati za uzorke uzete od pacijenata sa CRC
[0101] PD označava progresivnu bolest, PR označava delimični odgovor, a SD označava stabilnu bolest.
[0102] Od trideset sedam tumora, 13 je imalo mutacije u egzonu 2 u K-ras genu (36%), a 24 su bila divljeg tipa za egzon 2 u K-ras genu (64%). Od 13 tumora sa mutacijom u egzonu 2 u K-ras genu, nijedan (0%) nije pokazao delimičan odgovor na panitumumab. Nasuprot tome, 4 od tumora sa divljim tipom egzona 2 u K-ras genu (17%) su pokazala delimičan odgovor na panitumumab. Slično, samo 3 (23%) od tumora sa mutacijom u egzonu 2 su pokazala stabilnu bolest nakon lečenja sa panitumumabom, dok je 11 (46%) od tumora sa divljim tipom egzona 2 u K-ras genu pokazalo stabilnu bolest. Konačno, 10 (77%) od tumora sa mutacijom u egzonu 2 je pokazalo progresivnu bolest nakon lečenja sa panitumumabom, dok je samo 9 (37%) od tumora sa divljim tipom egzona 2 u K-ras pokazalo progresivnu bolest.
[0103] Ovi podaci su sumirani u tabeli 3.
Tabela 3. Rezime statusa mutacija kod pacijenata sa CRC i odgovora na panitumumab
[0104] U tom ispitivanju, mutacije u egzonu 2 u K-ras genu, naročito mutacije G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M, pokazale su uzajamnu vezu sa izostankom odgovora na lečenje panitumumabom.
[0105] Drugi primeri izvođenja će biti očigledni stručnjacima u ovoj oblasti iz razmatranja specifikacije i praktikovanja pronalaska koji su ovde opisani. Predviđeno je da se specifikacija i primeri smatraju samo primerima.
[0106] Pronalazak se dalje odnosi na sledeće stavke:
1. Postupak za predviđanje da li će kod pacijenta izostati odgovor na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid, koji obuhvata određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u tumoru pacijenta, pri čemu se K-ras mutacija nalazi u kodonu 12 ili kodonu 13 ili kodonu 20; i pri čemu se predviđa da će kod pacijenta izostati odgovar na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid, ako je K-ras mutacija prisutna.
2. Postupak prema stavki 1, u kome određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u tumoru obuhvata umnožavanje nukleinske kiseline K-ras iz tumora i sekvenciranje umnožene nukleinske kiseline.
3. Postupak prema stavki 1, u kome sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid predstavlja antitelo na EGFr.
4. Postupak prema stavki 3, u kome antitelo na EGFr predstavlja panitumumab.
5. Postupak prema stavki 1, u kome određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u tumoru obuhvata detekciju mutantnog polipeptida K-ras u uzorku tumora korišćenjem sredstva koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras.
6. Postupak prema stavki 1, u kome je K-ras mutacija odabrana od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M.
7. Postupak za predviđanje da li će izostati odgovor tumora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid, koji obuhvata određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u uzorku pomenutog tumora, pri čemu se K-ras mutacija nalazi u kodonu 12 ili kodonu 13 ili kodonu 20; i pri čemu prisustvo K-ras mutacije ukazuje na to da će odgovor tumora na lečenje sredstvom koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid izostati.
8. Postupak prema stavki 7, u kome određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u uzorku pomenutog tumora obuhvata umnožavanje nukleinske kiseline K-ras iz tumora i sekvenciranje umnožene nukleinske kiseline.
9. Postupak prema stavki 7, u kome sredstvo koje se specifično vezuje za EGFr polipeptid predstavlja antitelo na EGFr.
10. Postupak prema stavki 9, u kome antitelo na EGFr predstavlja panitumumab.
11. Postupak prema stavki 7, u kome određivanje prisustva ili odsustva K-ras mutacije u u uzorku pomenutog tumora obuhvata detekciju mutantnog polipeptida K-ras korišćenjem sredstva koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras.
12. Postupak prema stavki 7, u kome je K-ras mutacija odabrana od G12S, G12V, G12D, G12A, G12C, G13A, G13D, i T20M.

Claims (6)

Patentni zahtevi
1. Postupak za predviđanje da li će kod pacijenta koji pati od kolorektalnog kancera izostati odgovor na lečenje panitumumabom, naznačen time što obuhvata određivanje prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacije u K-ras u tumoru pomenutog pacijenta, pri čemu prisustvo mutacija ukazuje na to da će kod pacijenta izostati odgovor na lečenje panitumumabom.
2. Postupak prema patentnom zahtevu 1, naznačen time što korak određivanja prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacija u K-ras obuhvata detekciju mutantnog polipeptida K-ras u uzorku tumora uzetog od pacijenta korišćenjem sredstva koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras.
3. Postupak prema patentnom zahtevu 1, naznačen time što korak određivanja prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacija u K-ras obuhvata dobijanje nukleinske kiseline iz uzorka tumora uzetog od pacijenta, umnožavanje nukleinske kiseline, i sekvenciranje umnožene nukleinske kiseline.
4. Postupak za predviđanje da li će izostati odgovor tumora iz kolorektalnog kancera na lečenje panitumumabom, naznačen time što obuhvata određivanje prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacija u K-ras u uzorku tumora, pri čemu prisustvo mutacija ukazuje na to da će odgovor tumora na lečenje panitumumabom izostati.
5. Postupak prema patentnom zahtevu 4, naznačen time što korak određivanja prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacija u K-ras u uzorku tumora obuhvata detekciju mutantnog polipeptida K-ras u uzorku tumora korišćenjem sredstva koje se specifično vezuje za mutantni polipeptid K-ras.
6. Postupak prema patentnom zahtevu 4, naznačen time što korak određivanja prisustva ili odsustva T20M i G12V mutacija u K-ras obuhvata umnožavanje nukleinske kiseline u uzorku tumora, i sekvenciranje umnožene nukleinske kiseline.
RS20170996A 2007-03-13 2008-03-11 K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom RS56422B1 (sr)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US90694307P 2007-03-13 2007-03-13

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS56422B1 true RS56422B1 (sr) 2018-01-31

Family

ID=39689242

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20170996A RS56422B1 (sr) 2007-03-13 2008-03-11 K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom
RS20140187A RS53265B2 (sr) 2007-03-13 2008-03-11 K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20140187A RS53265B2 (sr) 2007-03-13 2008-03-11 K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom

Country Status (21)

Country Link
US (3) US20080293055A1 (sr)
EP (2) EP2121989B2 (sr)
JP (1) JP2010521153A (sr)
AR (1) AR065687A1 (sr)
AU (1) AU2008226803A1 (sr)
CA (1) CA2680326A1 (sr)
CL (1) CL2008000717A1 (sr)
CY (2) CY1115333T1 (sr)
DK (2) DK2465950T3 (sr)
ES (2) ES2458626T5 (sr)
HR (2) HRP20140360T4 (sr)
HU (1) HUE033695T2 (sr)
LT (1) LT2465950T (sr)
MX (1) MX2009009787A (sr)
PE (1) PE20081880A1 (sr)
PL (2) PL2121989T5 (sr)
PT (2) PT2465950T (sr)
RS (2) RS56422B1 (sr)
SI (2) SI2465950T1 (sr)
TW (1) TW200902553A (sr)
WO (1) WO2008112269A2 (sr)

Families Citing this family (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2009505658A (ja) * 2005-08-24 2009-02-12 ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニー 上皮増殖因子受容体モデュレーターに対する感受性を決定するためのバイオマーカーおよび方法
US8768629B2 (en) 2009-02-11 2014-07-01 Caris Mpi, Inc. Molecular profiling of tumors
IL282783B2 (en) 2006-05-18 2023-09-01 Caris Mpi Inc A system and method for determining a personalized medical intervention for a disease stage
DK2412828T3 (da) * 2007-03-13 2013-09-02 Amgen Inc K-ras og B-raf-mutationer og anti-EGFr-antistofbehandling
EP3216874A1 (en) 2008-09-05 2017-09-13 TOMA Biosciences, Inc. Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
CN102301002A (zh) 2008-11-12 2011-12-28 卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司 使用外来体来确定表现型的方法和系统
US8502015B1 (en) 2009-07-06 2013-08-06 Transgenex Nanobiotech, Inc. Method of inducing cancer
CN102115782B (zh) * 2009-12-30 2014-06-18 北京雅康博生物科技有限公司 用于定量检测K-ras突变的试剂盒
CA2791905A1 (en) 2010-03-01 2011-09-09 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Biomarkers for theranostics
CA2795776A1 (en) 2010-04-06 2011-10-13 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Circulating biomarkers for disease
NZ602920A (en) * 2010-04-12 2014-07-25 Response Genetics Inc Kras primers and probes
EP3572528A1 (en) 2010-09-24 2019-11-27 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
AU2012239997A1 (en) 2011-04-07 2013-10-17 Amgen Inc. Novel EGFR binding proteins
CN104039328B (zh) * 2011-11-11 2018-10-09 米伦纽姆医药公司 对蛋白酶体抑制剂的反应的生物标记
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
EP4424826A3 (en) 2012-09-04 2024-11-27 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20140199405A1 (en) * 2013-01-11 2014-07-17 Abraxis Bioscience, Llc Method for treating cancer based on mutation status of k-ras
SG11201507739TA (en) * 2013-03-19 2015-10-29 Toppan Printing Co Ltd Method for predicting sensitivity to egfr inhibitor
SG11201604923XA (en) 2013-12-28 2016-07-28 Guardant Health Inc Methods and systems for detecting genetic variants
WO2015175705A1 (en) * 2014-05-13 2015-11-19 Board Of Regents, The University Of Texas System Gene mutations and copy number alterations of egfr, kras and met
JP2019507585A (ja) 2015-12-17 2019-03-22 ガーダント ヘルス， インコーポレイテッド 無細胞ｄｎａの分析による腫瘍遺伝子コピー数を決定するための方法
TW202015719A (zh) 2018-06-19 2020-05-01 美商尼恩醫療公司 新抗原及其用途
CN110357965A (zh) * 2019-06-24 2019-10-22 浙江大学 一种突变型kras特异性抗体及其制备方法

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
US5151510A (en) 1990-04-20 1992-09-29 Applied Biosystems, Inc. Method of synethesizing sulfurized oligonucleotide analogs
CA2103059C (en) 1991-06-14 2005-03-22 Paul J. Carter Method for making humanized antibodies
US5470705A (en) 1992-04-03 1995-11-28 Applied Biosystems, Inc. Probe composition containing a binding domain and polymer chain and methods of use
EP0636186B1 (en) 1992-04-03 1998-11-25 The Perkin-Elmer Corporation Probe composition and method
ES2301183T3 (es) 1996-12-03 2008-06-16 Amgen Fremont Inc. Anticuerpo completamente humano que se une al receptor del egfr.
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
EP1161563A2 (en) 1999-03-15 2001-12-12 PE Corporation (NY) Probe/mobility modifier complexes for multiplex nucleic acid detection
CA2410950A1 (en) 2000-05-30 2001-12-06 Hans-Michael Wenz Methods for detecting target nucleic acids using coupled ligation and amplification
US6503914B1 (en) * 2000-10-23 2003-01-07 Board Of Regents, The University Of Texas System Thienopyrimidine-based inhibitors of the Src family
WO2003099205A2 (en) 2002-05-20 2003-12-04 Abgenix, Inc. Treatment of renal carcinoma using antibodies against the egfr
WO2004111273A2 (en) 2003-05-30 2004-12-23 Genomic Health, Inc. Gene expression markers for response to egfr inhibitor drugs
KR101289774B1 (ko) 2004-03-31 2013-08-07 다나-파버 캔서 인스티튜트 인크. 표피성장인자 수용체를 표적으로 하는 치료에 대한 암의반응성을 결정하는 방법
US7932026B2 (en) * 2004-06-04 2011-04-26 Genentech, Inc. EGFR mutations
US20060141497A1 (en) * 2004-10-22 2006-06-29 Finkelstein Sydney D Molecular analysis of cellular fluid and liquid cytology specimens for clinical diagnosis, characterization, and integration with microscopic pathology evaluation
KR20080014745A (ko) 2005-04-01 2008-02-14 암젠 인코포레이티드 상피세포 성장인자 수용체 유전자 복제 수
JP2008535508A (ja) * 2005-04-14 2008-09-04 メルク パテント ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフトング 腫瘍組織における増大したコピー数のｅｇｆｒ遺伝子に基づく抗ｅｇｆｒ抗体療法
SI1913157T2 (sl) * 2005-06-28 2017-02-28 Genentech, Inc. EGFR in KRAS mutacije za napoved bolnikovega odziva na zdravljenje z EGFR inhibitorjem
WO2007011702A2 (en) * 2005-07-15 2007-01-25 The University Of North Carolina At Chapel Hill Use of egfr inhibitors to prevent or treat obesity
JP2009505658A (ja) 2005-08-24 2009-02-12 ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニー 上皮増殖因子受容体モデュレーターに対する感受性を決定するためのバイオマーカーおよび方法
US7908091B2 (en) * 2006-03-17 2011-03-15 Prometheus Laboratories Inc. Methods of predicting and monitoring tyrosine kinase inhibitor therapy
WO2008033442A2 (en) * 2006-09-12 2008-03-20 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for performing low background multiplex nucleic acid amplification reactions
DK2412828T3 (da) * 2007-03-13 2013-09-02 Amgen Inc K-ras og B-raf-mutationer og anti-EGFr-antistofbehandling

Also Published As

Publication number Publication date
US10030270B2 (en) 2018-07-24
CA2680326A1 (en) 2008-09-18
CL2008000717A1 (es) 2008-09-22
WO2008112269A2 (en) 2008-09-18
LT2465950T (lt) 2017-10-10
US20190048423A1 (en) 2019-02-14
ES2458626T5 (es) 2022-04-29
JP2010521153A (ja) 2010-06-24
DK2121989T3 (da) 2014-04-28
EP2121989B2 (en) 2022-03-09
AR065687A1 (es) 2009-06-24
DK2465950T3 (en) 2017-10-09
WO2008112269A3 (en) 2008-11-20
SI2121989T1 (sl) 2014-06-30
EP2465950B1 (en) 2017-07-12
HRP20171509T1 (hr) 2017-11-17
CY1115333T1 (el) 2017-01-04
SI2121989T2 (sl) 2022-05-31
EP2121989B1 (en) 2014-01-22
PT2465950T (pt) 2017-10-17
ES2458626T3 (es) 2014-05-06
PL2121989T3 (pl) 2014-07-31
PL2465950T3 (pl) 2017-12-29
SI2465950T1 (sl) 2017-11-30
EP2465950A2 (en) 2012-06-20
AU2008226803A1 (en) 2008-09-18
EP2465950A3 (en) 2013-03-13
MX2009009787A (es) 2009-09-22
US20120264129A1 (en) 2012-10-18
HUE033695T2 (en) 2017-12-28
CY1119112T1 (el) 2018-02-14
US11155876B2 (en) 2021-10-26
DK2121989T4 (da) 2022-06-20
EP2121989A2 (en) 2009-11-25
HRP20140360T1 (hr) 2014-05-23
RS53265B (sr) 2014-08-29
RS53265B2 (sr) 2022-06-30
PE20081880A1 (es) 2008-12-31
HRP20140360T4 (hr) 2022-06-10
TW200902553A (en) 2009-01-16
PL2121989T5 (pl) 2023-03-06
PT2121989E (pt) 2014-04-30
US20080293055A1 (en) 2008-11-27
ES2635051T3 (es) 2017-10-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11155876B2 (en) K-ras mutations and anti-EGFr antibody therapy
JP5905422B2 (ja) Ｋ‐ｒａｓ変異およびＢ‐ｒａｆ変異ならびに抗ＥＧＦｒ抗体療法
JP2008535477A (ja) 上皮成長因子受容体変異
AU2018219977B2 (en) K-ras mutations and anti-EGFr antibody therapy field
AU2014206164A1 (en) K-ras mutations and anti-EGFr antibody therapy field
HK1172372B (en) K-ras mutations and anti-egfr antibody therapy
HK1172372A (en) K-ras mutations and anti-egfr antibody therapy
HK1167005B (en) K-ras and b-raf mutations and anti-egfr antibody therapy