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KR20080003334A - 암 세포를 표피 성장 인자 억제제에 대해 감작화시키는히스톤 데아세틸라제 억제제 - Google Patents

암 세포를 표피 성장 인자 억제제에 대해 감작화시키는히스톤 데아세틸라제 억제제 Download PDF

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KR20080003334A
KR20080003334A KR1020077023151A KR20077023151A KR20080003334A KR 20080003334 A KR20080003334 A KR 20080003334A KR 1020077023151 A KR1020077023151 A KR 1020077023151A KR 20077023151 A KR20077023151 A KR 20077023151A KR 20080003334 A KR20080003334 A KR 20080003334A
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KR
South Korea
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egfr
level
inhibitors
patient
expression
Prior art date
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Ceased
Application number
KR1020077023151A
Other languages
English (en)
Inventor
사미르 이. 위타
폴 에이 주니어 번
해리 에이. 드라브킨
로버트 엠. 겜밀
다니엘 챈
Original Assignee
더 리젠트스 오브 더 유니버시티 오브 콜로라도
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 더 리젠트스 오브 더 유니버시티 오브 콜로라도 filed Critical 더 리젠트스 오브 더 유니버시티 오브 콜로라도
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Abstract

암을 치료하기 위한 히스톤 데아세틸라제 억제제 및 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물의 용도를 개시한다.
히스톤 데아세틸라제, 표피 성장 인자 수용체, 억제제, 폐암

Description

암 세포를 표피 성장 인자 억제제에 대해 감작화시키는 히스톤 데아세틸라제 억제제 {HISTONE DEACETYLASE INHIBITORS SENSITIZE CANCER CELLS TO EPIDERMAL GROWTH FACTOR INHIBITORS}
본 출원은 일반적으로 암을 치료하기 위한 히스톤 데아세틸라제 억제제 및 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물의 용도에 관한 것이다.
비-소세포 폐암 (NSCLC)은 전세계에서 암 사망의 주요 원인이다. 화학요법은 진행된 단계에서 적당한 생존 이익을 제공하였지만, 표준 2-약물 조합은 상당한 독성을 발생시키고 정맥내 투여를 필요로 한다. 폐암 생물학 분야의 진전으로 증식, 세포자멸 (apoptosis) 및 혈관신생에 관여하는 표적 단백질의 소분자 억제제가 개발되었다. 이마티닙 및 트라스투주맙과 같은 표적화된 요법제는 표적 단백질을 과다발현하는 만성 골수성 백혈병, 위장관 간질 종양 (GIST) 및 유방암에서 일관된 생존 이익을 제공하였다. 4개의 특유한 수용체 EGFR/erbB-1, HER2/erbB-2, HER3/erbB-3 및 HER4/erbB-4를 포함한 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 수퍼패밀리가 초기에 고형 종양에서 잠재적인 치료 표적으로서 확인되었다. 리간드 결합 후에, 상기 수용체는 동종- 및 이종-이합체화하고, 티로신-키나제 도메인이 활성화되어, 세포 주기 진행, 세포자멸, 혈관신생, 및 전이에 대한 영향을 통해 암의 발생 및 진행에 관여된 사건의 케스케이드를 개시시킨다. EGFR은 NSCLC를 포함하여 많은 인간 상피 악성 종양에서 과다발현된다.
암종에서 EGFR 분자 네트워크의 생물학적 중요성을 고려하여, EGFR의 티로신 키나제 도메인을 억제하는 몇몇 분자가 합성되었다. 가장 유망한 상기 새로운 약물 중에는 게피티닙 (ZD 1839, 이레사(IRESSA)(등록상표), 아스트라제네카 (AstraZeneca, 영국)) 및 에를로티닙 (OSI 774, 타세바(TARCEVA)(등록상표), 제넨테크 (Genentech, 미국))이 존재한다. 둘 모두 EGFR을 발현하는 다양한 인간 암 세포주에 대하여 항종양 활성을 나타낸 경구 활성인 선택적 EGFR 티로신-키나제 억제제 (EGFR-TKI)이다. 마찬가지로, 둘 모두 반응율이 약 10％인 화학요법 내성 NSCLC 환자를 포함한 I상 연구에서 단일 제제로서 잘 입증된 활성을 가졌다. 활성은 이전에 치료받지 않은 진행된 NSCLC 환자에서 19-26％, 및 하나 이상의 선행 화학요법 조합에서 실패한 환자에서 12-18％의 반응율을 보이는 대규모 II상 시험으로 확인되었다. 보다 최근에, 제2 또는 제3선 요법으로서 에를로티닙을 사용한 생존 이익이 캐나다 국립 암 연구소 (National Cancer Institute Canada)에 의해 수행된 시험에서 보고되었다.
게피티닙을 사용한 II상 시험에서, EGFR 단백질 발현과 치료에 대한 반응 사이에 상관관계가 검출되지 않았다. 편평세포 암종이 있는 환자는 그들의 더 높은 EGFR 발현율에도 불구하고 선암종이 있는 환자에 비해 반응율이 더 낮았다. 최근의 보고에서는 EGFR 유전자의 티로신 키나제 도메인에서 특정한 미스센스 및 결손 돌연변이가 게피티닙 감수성과 유의하게 연관되는 것을 보여주었다. 그러나, 비선택된 게피티닙으로 치료된 NSCLC 환자의 40％에서 증상 개선 및 18％ 이하에서 객관적 반응이 보고된 한편, 비선택된 US 환자에서 상기 돌연변이의 낮은 빈도는 다른 메카니즘이 또한 게피티닙에 대한 반응에 관여됨을 제안한다. EGFR은 인테그린 및 E-카드헤린 (E-cad, CDH1)을 포함한 세포 부착 분자와 상호작용한다. E-cad는 종양 침습 및 전이 가능성에서 중요한 역할을 수행하는 칼슘 의존성 상피 세포 부착 분자이다. E-cad 발현 감소는 NSCLC의 환자에서 종양 세포 탈분화, 진행된 병기 및 생존 감소와 연관된다. E-cad-매개된 세포 부착은 β-, α- 및 γ-카테닌과의 상호작용을 통한 액틴 세포골격에 대한 세포내 부착을 필요로 한다. EGFR의 활성화는 E-cad 및 β-카테닌의 막 편재화 및 프로테오좀 분해를 상실시킨다. E-cad는 또한 EGFR 및 그의 하류 표적의 조절에 관여한다. E-cad는 EGFR 및 다른 RTK의 리간드-의존성 활성화를 억제한다. 다른 한편, 이웃 세포에 대한 E-cad 작용은 AKT의 PI 3-키나제-의존성 활성화, 및 핵으로의 AKT의 신속한 전위를 일으킨다. E-cad는 또한 EGFR의 리간드-의존성 활성화를 통해 MAPK 경로를 자극한다. 전사 수준에서, E- cad 발현은 wnt/β-카테닌 시그널링, ERK 또는 카베올린을 통한 EGFR 시그널링, 전사 인자 AP-2, 기초적 나선-고리-나선 (basis helix-loop-helix) E12/E47 인자에 의해, 및 Slug/Snail 패밀리, SIP1 및 TF8 (ZEB-1, ZFHX1A, AREB6, δEF1)을 포함한 몇몇 아연 핑거 (zinc finger) 전사 인자에 의해 조절된다. 상기 징크-핑거 전사 인자는 2개의 5'-CACCTG (E-박스 (box)) 프로모터 서열과의 상호작용을 통해 몇몇 유전자의 발현을 조절한다. 상기 조절은 히스톤 데아세틸라제 (HDAC)를 동원하여 염색질 응축 및 유전자 침묵을 일으키는 CtBP와의 상호작용에 의해 촉진된다. 폐암 세포주에서 트리코스타틴 A (TSA)를 사용하여 HDAC를 억제하면 E-cad의 활성화를 일으켰다.
현재까지, 11개의 포유동물 HDAC가 확인되었고, 3개의 클래스 (클래스 I-III)로 분류되었다. HDAC 억제제는 염색질 리모델링 및 유전자 발현 조절을 통해 혈액 및 고형 악성 종양에서 분화 및 세포자멸을 촉진하는 새로 부상하는 치료제 클래스이다. 벤즈아미드 (MS-275), 단쇄 지방산 (즉, 나트륨 페닐부티레이트); 히드록삼산 (즉, 수베로일아닐리드 히드록삼산 및 트리코스타틴 A); 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기를 갖는 시클릭 테트라펩티드 (즉, 트라폭신 A), 및 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기가 없는 시클릭 펩티드 (즉, FK228)을 포함한 몇몇 HDAC 억제제가 확인되었다. 이들 중 대다수가 임상 시험 중이다. MS-275 (쉐링 아게 (Schering AG))는 혈액 및 고형 악성 종양에서 I상 연구 중인 벤즈아미드 HDAC 억제제이다. MS-275는 신속하게 흡수되고, 반감기가 100시간이고; 히스톤 아세틸화로 변화하고, MS-275의 투여 후 수주 동안 잔존한다.
EGFR 억제제가 이로울 환자를 확인하고, 특히 EGFR을 발현하는 암 세포에 사용하기 위해 EGFR 억제제에 내성인 암 세포의 반응성을 개선할 수 있는 치료법을 확인하는 것이 매우 중요하다. 특히, EGFR 억제제에 대한 EGFR을 발현하는 암 세포주의 감수성을 증가시킬 치료 요법을 찾는 것이 바람직할 것이다.
<발명의 개요>
본 발명의 한 실시태양은 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방 법은 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물을 투여하는 단계를 포함한다. 한 측면에서, 조합물은 순차적으로 투여된다. 예를 들어, 본 측면에서, 적어도 상당 부분의 HDAC 억제제는 상당 부분의 EGFR 억제제가 투여되기 전에 투여될 수 있다. 한 측면에서, HDAC 억제제는 MS-275이고 EGFR 억제제는 게피티닙이다. 투약 계획은 2 mg/m2으로 경구로 매주 4주 동안의 MS-275의 투여에 이어 250 mg으로 경구로 매일 4주 동안의 게피티닙의 투여를 포함할 수 있다. 다른 측면에서, 조합물은 실질적으로 동일한 시간 기간에 걸쳐 투여된다. 예를 들어, 본 측면에서, 투약 계획은 250 mg으로 경구로 매일 4주 동안의 게피티닙과 동시 투여되는 2 mg/m2으로 경구로 매주 4주 동안 MS-275의 투여를 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 실시태양은 암 세포를 EGFR 억제제에 대해 감작화시킴으로써 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제-내성 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 EGFR 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 본 실시태양의 한 측면에서, 방법은 치료 조성물의 투여에 앞서 EGFR 억제제에 대한 내성을 예측하기 위해 암을 평가하는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, 암을 평가하는 단계는 (a) 환자로부터의 종양 세포의 샘플 내에서 (i) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 증폭 수준; (ii) EGFR 유전자의 다염색체 (polysomy) 수준; (iii) 인간 티로신 키나제 수용체-타입 수용체 (HER2) 유전자의 증폭 수준; 및 (iv) HER2 유전자의 다 염색체 수준 중에서 선택된 바이오마커의 수준을 검출하고; (b) 종양 세포 샘플 내의 바이오마커의 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준 중에서 선택된 바이오마커의 대조 수준과 비교하고; (c) 환자의 종양 세포 내 바이오마커의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준보다 통계적으로 더 작거나, 또는 환자의 종양 세포 내 바이오마커의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 바이오마커의 수준과 통계적으로 유사하거나 더 낮으면, 환자를 치료 목적의 EGFR 억제제 투여가 이롭지 않다고 예측되는 환자로서 선별하거나, 또는 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 것을 포함할 수 있다.
본 실시태양의 다른 측면에서, 방법은 추가로 (a) 종양 세포 샘플 내의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 단백질의 발현 수준을 검출하고; (b) 종양 세포 샘플 내의 EGFR 단백질 발현의 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 EGFR 단백질 발현의 대조 수준과 비교하고; (c) 환자의 종양 세포 내의 EGFR 단백질 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 EGFR 단백질 발현의 대조 수준보다 통계적으로 더 낮거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 EGFR 단백질 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 EGFR 단백질 발현의 수준과 통계적으로 유사하거나 더 낮으면, 환자를 치료 목적의 EGFR 억제제 투여가 이롭지 않다고 예측되는 환자로서 선별하거나, 또는 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이로운 환자로서 선별하는 단계를 포함한다.
본 실시태양의 추가 측면에서, 상기 방법은 (d) 종양 세포의 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질의 발현 수준을 검출하고; (e) 종양 세포 샘플 내의 E-카드헤린 발현의 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교하고; (f) 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 수준과 통계적으로 유사하면, 환자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 추가의 단계를 포함한다.
상기 실시태양의 또다른 측면에서, 방법은 (d) 종양 세포의 샘플 내에서 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준을 검출하고; (e) 종양 세포 샘플 내의 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 TF8의 1종 이상의 성분의 발현의 대조 수준과 비교하고; (f) 환자의 종양 세포 내의 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분의 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 증가되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준과 통계 적으로 유사하면, 환자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 추가의 단계를 포함한다.
본 발명의 또 다른 실시태양은 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제에 내성인 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함하고, 암은 상피 악성 종양이다.
본 발명의 임의의 실시태양에서, HDAC 억제제는 히드록삼산, 카르복실산, 벤즈아미드, 에폭시드, 단쇄 지방산, 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기를 갖는 시클릭 테트라펩티드, 및 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기가 없는 시클릭 펩티드를 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 히드록삼산은 수베로일아닐리딘 히드록삼산, TSA 및 SAHA를 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 카르복실산은 부탄산, 발프로산 및 4-페닐부탄산을 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 벤즈아미드는 N-아세틸디날린 및 MS-275를 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 에폭시드는 트라폭신, 데퓨데신 (depeudecin) 및 뎁시펩티드 FK 228을 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 바람직한 실시태양에서, HDAC 억제제는 MS-275이다. 한 측면에서, MS-275는 MS-275를 2 mg/m2로 경구로 매주 4주 동안 또는 4 mg/m2로 경구로 격주로 4주 동안 투여하는 것을 포함하는 투약 계획으로 투여된다.
본 발명의 임의의 실시태양에서, EGFR 억제제는 게피티닙, 에를로티닙, 게피 티닙의 아고니스트 및 에를로티닙의 아고니스트를 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 바람직한 실시태양에서, EGFR 억제제는 게피티닙 또는 에를로티닙이다. 게피티닙은 예를 들어 매일 250 mg의 PO 투여를 포함하는 투약 계획으로 투여될 수 있다. 에를로티닙은 예를 들어 매일 150 mg의 PO 투여를 포함하는 투약 계획으로 투여될 수 있다.
본 발명의 상기 설명된 임의의 실시태양에서, 암은 상피 악성 종양, 폐암 (예를 들어, 비-소세포 폐암)을 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다. 한 측면에서, 암은 EGFR 억제제에 내성이다. 예를 들어, 한 측면에서, 암은 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 EGFR 유전자의 카피 수의 증가가 적거나 없는, 또는 HER2 유전자의 카피 수의 증가가 적거나 없는, 또는 그의 조합인 암성 세포를 포함한다. 한 측면에서, 암은 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 EGFR 단백질의 발현이 감소된 암성 세포를 포함한다. 한 측면에서, 암은 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 E-카드헤린 유전자 발현의 수준이 감소된 암성 세포를 포함한다. 한 측면에서, 암은 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 수준이 증대된 암성 세포를 포함한다. 상기 성분은 ZEB1을 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 실시태양은 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 암 환자를 선별하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 (a) 종양 세포의 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질의 발현 수준을 검출하고; (b) 종양 세 포 샘플 내의 E-카드헤린 발현의 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교하고; (c) 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 수준과 통계적으로 유사하면, 환자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 실시태양은 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 암 환자를 선별하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 (a) 종양 세포의 샘플 내에서 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준을 검출하고; (b) 종양 세포 샘플 내의 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준을 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 아연 핑거 전사 인자 유전자 증폭의 대조 수준과 비교하고; (c) 환자의 종양 세포 내의 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 아연 핑거 전사 인자 유전자 증폭의 대조 수준에 비해 통계적으로 더 높거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준과 통계적으로 유사하면, 환 자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계를 포함한다.
도 1A는 HDAC 억제제의 일반 구조를 보여주는 개략도이다.
도 1B는 HDAC 억제 화학물질의 예를 보여준다. TSA(1) 및 SAHA(2)는 히드록삼산이고; 부탄산(3), 발프로산(4) 및 4-페닐부탄산(5)는 카르복실산이고; MS-275(6) 및 N-아세틸디날린(7)은 벤즈아미드이고; 데퓨데신(8) 및 트라폭신 A(9)는 에폭시드이고; 아피시딘(10) 및 뎁시펩티드 FK228(11)이 또한 도시된다.
도 2는 H175 세포에 대한, 게피티닙을 단독으로 또는 게피티닙 및 MS-275의 조합물을 사용한 치료의 효과를 보여주는 그래프이다.
본 발명은 일반적으로 암 및 특히 표피 성장 인자 수용체 (EGFR)을 발현하고 EGFR 억제제, 예를 들어 게피티닙에 내성인 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 본 발명자들은 EGFR 내성 암, 예를 들어 EGFR 내성 비-소세포 폐암 (NSCL)이 히스톤 데아세틸라제 억제제로 예비치료되거나 동시치료될 때 EGFR 요법에 대해 보다 큰 반응성 비율을 갖는 것을 발견하기에 이르렀다. 상기 방법은 일반적으로 상기 환자에게 히스톤 데아세틸라제 억제제 및 EGFR 억제제를 포함하는 조합 종류의 요법제를 투여하는 것을 포함한다. 한 실시태양에서, 히스톤 데아세틸라제 억제제 및 EGFR 억제제는 순차적인 순서로 투여된다. 방법은 또한 EGRF 억제제 감수성 또는 내성 종양 세포 대조군에 비해 환자로부터의 종양 세포의 샘플 내에서 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자 (즉, EGFR을 코딩하는 유전자)의 증폭 수준 및/또는 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 다염색체 수준 또는 그의 결핍을 검출함으로써, EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 환자의 암을 평가하는 것을 포함한다. 본 발명의 방법은 추가로 또는 별법으로 EGFR 억제제 감수성 또는 내성 종양 세포 대조군에 비해 종양 세포의 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질 또는 전사체의 증대된 발현 수준, 또는 ZEB-1 단백질 또는 전사체의 감소된 발현 수준을 검출하는 것을 포함할 수 있다.
본 발명자들은 암 치료를 위한 EGFR 억제제에 대한 반응 (감수성) 또는 내성을 예측하는 분자를 발견하기에 이르렀다. NSCLC 세포주를 잠재적인 분자를 확인하고 NSCLC에서 EGFR 억제제의 효과를 향상시키는 전략을 개발하기 위해 모델로서 사용하였다. 웨스턴 블롯 분석 및 실시간 RT-PCR을 사용하여, 본 발명자들은 EGFR 억제제에 감수성인 5개의 UCCC 세포주에서 E-카드헤린의 발현을 밝혀내었다. E-카드헤린의 발현은 아연 핑거 억제 단백질에 의해 억제된다. 실시간 RT-PCR을 사용하여, 징크-핑거 전사 인자의 발현이 게피티닙-내성 세포주에서 상승되는 것이 밝혀졌고, 그의 발현은 게피티닙-감수성 세포주에는 결여되었다. 게피티닙에 내성인 NSCLC 세포주에서 E-카드헤린의 과다발현은 그들의 감수성을 증가시켰다. 가장 내성인 세포주에서 단독으로 또는 HDAC 억제제, MS-275에 의한 E-카드헤린의 발현 유도는 EGFR 돌연변이를 갖는 세포주에서 발견된 것과 유사한 세포자멸 효과를 야기하였다. 본 발명자들은 E-카드헤린의 발현, 및 ZEB1이 EGFR 티로신 키나제 억제제에 대한 반응을 예측하고, HDAC 억제제를 사용하는 예비치료가 EGFR 억제제에 대한 내성을 역전시키는 것을 밝혀냈다. 간단히 설명하면, 본 발명자들은 NSCLC 세포주 내에서 E-cad 및 그의 조절 분자의 발현을 평가하였고, E-cad 발현이 EGFR 억제제 게피티닙에 내성인 세포주에서 결핍되거나 감소되고, 감수성 세포주에서 활성화되는 것을 발견하였다.
본 발명자들은 또한 EGFR 억제제에 내성인 세포주가 TF8의 높은 발현을 보임을 발견하기에 이르렀다. 특히, 본 발명자들은 E-cad 발현을 복구함으로써 및 HDAC 억제제, MS-275를 사용하여 세포를 프라이밍(priming)함으로써, 및 세포를 EGFR 억제제 및 HDAC 억제제를 사용하는 조합 요법으로 치료함으로써 게피티닙에 대한 NSCLC 세포주의 감수성의 역전을 밝혀내었다. 본 발명자들은 본원에서 폐암 및 다른 종류의 고형 종양을 갖는 환자에서 EGFR 억제제에 대한 내성을 극복하기 위한 제1 전략을 처음으로 제안한다.
본 발명은 또한 EGFR 억제제에 비-반응성인 전력이 있는 환자, 및 EGFR 억제제를 사용하는 치료에 보다 덜 반응성이거나 비-반응성인 것으로 예측되는 환자 (예를 들어, 내성 또는 감수성을 결정하는 시험에 기초하여)를 포함하여, 치료가 특히 이롭다고 예측되는 환자에게 EGFR 억제제 및 HDAC 억제제를 사용하는 조합 요법제의 투여를 포함한다. EGFR 억제제를 사용하는 치료에 대해 반응성이거나 비-반응성인 것으로 예측되는 환자를 선별하기 위한 특히 바람직한 방법은 그 전부가 본원에 참고로 포함된 PCT 공개 WO 2005/117553에 기재되어 있다. 본 발명에서, 본 발명자들은 EGFR 억제제 및 HDAC 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자를 확인하기 위해 상기 기준을 사용할 수 있음을 제안한다. 특히, PCT 공개 WO 2005/117553에 기재된 방법을 사용하여 확인되는, EGFR 억제제 치료에 내성인 (비-반응성인) 것으로 예측되는 환자에게 본 발명의 치료 방법이 특히 이로울 수 있다. 또한, 심지어 EGFR 억제제 치료에 반응할 (감수성일) 가능성이 있는 것으로 예측되는 환자도 또한 본 발명의 방법을 사용하여 치료할 수 있다.
구체적으로, PCT 공개 WO 2005/117553에 기재된 바와 같이, 다음 마커의 조합물을 사용하여 EGFR 억제제에 대해 감수성 또는 내성인 환자를 확인한다: (1) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자 (즉, EGFR을 코딩하는 유전자)의 증폭 수준의 검출; (2) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 다염색체 수준의 검출; (3) HER2 유전자의 유전자 증폭 수준의 검출; (4) HER2 유전자의 다염색체 수준의 검출; (5) EGFR 유전자에서 돌연변이의 검출; (6) EGFR 단백질 발현의 검출; 및 (7) 인산화된 Akt 발현의 검출. 예를 들어, 상기 공개에서는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 EGFR 유전자에 관하여 높은 다염색체 (또한 일반적으로 본원에서 EGFR 유전자 카피 수의 증가 또는 EGFR 카피 수의 증가로서 칭함), 및/또는 HER2 유전자 증폭 및/또는 HER2 유전자에 관하여 높은 다염색체 (또한 일반적으로 본원에서 HER2 유전자 카피 수의 증가 또는 HER2 카피 수의 증가로서 칭함)를 나타내는 종양 세포를 갖는 환자가 EGFR 억제제를 사용하는 치료에 특히 반응성인 것으로 예측되고, 따라서, 상기 요법의 사용을 위한 최선의 후보임을 개시하였다. 반대로, EGFR 및/또는 HER2 유전자의 카피 수의 증가가 적거나 없는 종양 환자는 EGFR 억제제를 사용하는 치료에 대해 불량한 결과를 갖는 것으로 예측된다. 상기 환자가 본 발명을 사용하는 치료에 대한 특히 우수한 후보일 수 있다. 상기 공개에서는 또한 EGFR 음성인 (즉, EGFR 결과 단독에 기초하여 EGFR 억제제에 반응하는 것으로 예측되지 않는) 환자에 대해, 상기 환자의 종양이 HER2 유전자 증폭 및/또는 HER2 유전자의 다염색체 (예를 들어, 높은 삼염색체 (trisomy) 또는 낮거나 높은 다염색체)를 가지면, 환자의 치료 결과는 HER2 유전자 증폭이 없는 환자에 비해 더 우수한 것을 개시하고 있다. 또한, EGFR 결과 단독에 기초하여 EGFR 억제제에 반응하는 것으로 예측되는 환자에 대해, 상기 환자의 종양에서 HER2 유전자 증폭 및/또는 높은 다염색체는 HER2 유전자 증폭의 부재 시보다 EGFR 억제제 치료에 대해 훨씬 더 큰 감수성을 갖는다는 것을 예측하게 한다. 상기 공개에서는 또한 EGFR 단백질 발현이 발현 강도 및 샘플 내의 발현-양성 세포의 분획을 모두 밝히는 평가 기준을 사용하여, EGFR 억제제 치료를 사용한 환자의 결과를 예측하기 위해 사용될 수 있음을 개시하고, 여기서 스코어링 프로토콜의 상위 50％ 내의 종양 세포를 갖는 환자 (즉, 표시된 양성/높은 EGFR 표현자 (expressor))는 EGFR 억제제를 사용하여 치료될 때 보다 낮은 표현 군에서보다 훨씬 더 우수한 결과 (예를 들어, 보다 우수한 반응 시간, 보다 느린 진행 속도 및 보다 긴 생존 시간)를 가졌다. 또한, PCT 공개 WO 2005/117553에서는 EGFR 단백질 발현과 HER2 또는 EGFR 유전자 증폭 또는 다염색체와의 검출의 조합이 하나의 마커의 검출 또는 비검출보다 EGFR 억제제 치료에 대한 환자의 결과를 보다 유의하게 예측할 수 있음을 증명하였다. 총 NSCLC 인구집단의 약 30％를 구성하는, EGFR 유전자의 증가가 작거나/없는 (예를 들어, "FISH-음성") 및 EGFR 단백질의 발현이 작거나/없는 (예를 들어, "IHC-음성") 다른 군의 암 환자에게는 EGFR 억제제가 임의의 임상적 이익을 제공할 것으로 보이지 않는다 (제공하지 않거나/매우 낮은 반응 속도, 진행에 대한 짧은 시간 및 짧은 생존 시간). 상기 환자는 또한 본 발명의 조합 요법을 사용하는 치료에 대한 우수한 후보일 수 있다. 마지막으로, EGFR 억제제 치료에 반응하는 것으로 예측된 환자를 검출하는 능력을 개선시키기 위해 2가지 다른 바이오마커, 즉, 돌연변이된 EGFR 유전자 또는 인산화된 Akt 발현이 상기 논의한 임의의 바이오마커 및 프로토콜과 조합될 수 있다. 예를 들어, PCT 공개 WO 2005/117553에서는 EGFR 유전자의 돌연변이 검출을 EGFR 단백질 발현, EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체, 및/또는 HER2 유전자 증폭 및/또는 다염색체와 조합하는 것이, EGFR 억제제 요법이 임상적으로 이로울 환자를 선별하기 위해 사용될 수 있음을 증명한다. 인산화된 Akt (즉, 활성화된 Akt)의 검출을 EGFR 단백질 발현의 검출 및/또는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 검출과 조합하는 것이, EGFR 억제제 요법이 임상적으로 이로울 환자를 선별하기 위해 사용될 수 있다. 따라서, 임의의 상기 기준에 의해 EGFR 억제제 요법에 대해 불량한 반응자 또는 비-반응자인 것으로 선별된 환자는 본 발명의 방법을 사용한 치료에 대한 특히 우수한 후보이다.
추가로 또는 별법으로, E-cad 발현이 감소되거나 부재하는 종양 세포를 갖는 환자는 또한 EGFR 억제제-내성 암의 표현형을 보이고, 본 발명에 개시된 바와 같은 조합 요법에 대한 후보이다. 추가로 또는 별법으로, TF-8 발현이 활성화되거나 증대된 종양 세포를 갖는 환자는 또한 EGFR 억제제-내성 암의 표현형을 보이고, 본 발명에 개시된 바와 같은 조합 요법에 대한 후보이다.
그러나, 본 발명은 상기 논의한 상기 임의의 후보 환자로 제한되지 않으며, 이는 임의의 암 환자에게 본 발명에 개시된 조합 요법의 사용이 이로울 수 있기 때문이다.
본 발명의 다양한 정의 및 측면을 아래 설명할 것이지만, 본 발명은 설명 또는 예시의 목적을 위해 사용될 수 있는 임의의 특정 실시태양으로 제한되지 않는다.
본 발명의 제1 실시태양에서, 본 발명은 환자에게 유효량의 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 억제제를 포함하는 치료 조성물 및 유효량의 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 치료 조성물의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 암 환자를 치료하는 방법을 포함한다. 상기 방법은 또한 1종 이상의 EGFR 억제제에 내성인 암 환자를 치료하는 방법을 포함하고, 이 방법은 환자에게 유효량의 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 억제제를 포함하는 치료 조성물 및 유효량의 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 치료 조성물의 조합물을 투여하는 것을 포함하고, 상기 암은 상피 악성 종양이다.
조합물은 순차적으로 또는 동시에 투여될 수 있다. 투약 방법, 투약 계획, 및 암을 치료하기 위해 효과적인 EGFR 억제제 및 HDAC 억제제의 투여량은 당업계에 공지되어 있고, 바람직한 투약 방법, 투약 계획, 및 사용하기 위한 각각의 화합물의 양을 결정하기 위해 일상적인 최적화가 당업자에 의해 수행될 수 있다. 상기 조합 요법은 EGFR 억제제의 투여 전, 투여 동안 및/또는 투여 후의 HDAC 억제제의 투여를 포함할 수 있다. EGFR 억제제의 투여는 HDAC 억제제의 투여로부터 시간상 수주까지 분리될 수 있고, 그에 앞서거나 그 뒤에 일어날 수 있지만, 보다 일반적으로 EGFR 억제제의 투여는 48시간까지 이내로, 가장 일반적으로는 0 내지 24시간 및 그 이상에서 임의의 30분의 증가분 (예를 들어, 30분, 1시간, 90분, 2시간 등)을 포함하여 24시간 미만 내에 HDAC 억제제의 투여를 동반할 것이다.
바람직한 실시태양에서, 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 억제제를 포함하는 적어도 상당 부분의 치료 조성물은 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 상당 부분의 치료 조성물이 투여되기 전에 투여된다. 상당 부분은 전달되는 총 투여량의 50％를 초과하는 히스톤 데아세틸라제 억제제의 양을 포함하고, 훨씬 더 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 60％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 70％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 80％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 90％ 초과, 가장 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 100％를 포함한다. 특히 바람직한 투약 계획은 바람직한 시간에 걸쳐 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 억제제를 포함하는 약 100％의 치료 조성물의 투여에 이어, 바람직한 시간에 걸쳐 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 약 100％의 치료 조성물의 투여를 포함한다.
다른 바람직한 실시태양은 상기 조합물을 실질적으로 동일한 시간 기간에 걸쳐 투여하는 것을 포함하고, 즉, 여기서 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 억제제를 포함하는 적어도 상당 부분의 치료 조성물은 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 상당 부분의 치료 조성물과 함께 투여된다. 상당 부분은 전달되는 총 투여량의 50％를 초과하는 히스톤 데아세틸라제 억제제의 양을 포함하고, 훨씬 더 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 60％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 70％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 80％ 초과, 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 90％ 초과, 가장 바람직하게는 전달되는 총 투여량의 약 100％를 포함한다.
"치료 유효량"은 암을 치료하기 위해 포유동물, 특히 인간에게 투여될 때 암에 대한 치료를 달성하기 위해 충분한 양을 의미한다. 포유동물에서 암을 "치료하는" 또는 "치료"는 암의 성장을 억제하고 (예를 들어, 그의 발생을 저지하고), 암의 확산을 방지하고 (예를 들어, 전이를 방지하고), 암을 경감시키고 (예를 들어, 암의 퇴행을 일으키고), 암의 재발을 방지하고, 암의 증상을 완화시키는 것 중 하나 이상을 포함한다. 따라서, 치료적 이익 또는 치료는 반드시 특정 질병 또는 병태에 대한 치유가 아니라, 대신 바람직하게는 가장 일반적으로 질병 또는 병태의 경감, 질병 또는 병태의 제거, 질병 또는 병태와 관련된 증상의 감소, 1차 질병 또는 병태의 발생으로부터 기인하는 2차 질병 또는 병태의 억제 또는 경감 결과 (예를 들어, 원발 암으로부터 기인하는 전이성 종양 성장), 및/또는 질병 또는 병태의 억제를 포함하는 결과를 포함한다. 유익한 효과는 당업자에 의해 및/또는 환자를 치료하는 훈련된 임상의에 의해 쉽게 평가될 수 있다. 용어 "질병"은 포유동물의 정상적인 건강으로부터 임의의 이탈을 의미하고, 질병 증상이 존재할 때의 상태뿐만 아니라 이탈 (예를 들어, 감염, 유전자 돌연변이, 유전자 결함 등)이 일어났지만 증상은 아직 나타나지 않은 상태를 포함한다. 본 발명에 따라, 본원에 개시된 방법은 영장류, 가축 및 애완동물 (예를 들어, 반려 동물)을 포함하여 이로 제한되지 않는 척추동물강, 포유류의 일원인 환자에게 사용하기에 적합하다. 가장 일반적으로, 환자는 인간 환자일 것이다.
EGFR 억제제 및/또는 HDAC 억제제는 임의의 적합한 경로에 의해 치료될 대상 및 대상의 상태의 특성에 투여될 수 있다. 투여 경로는 정맥내, 복강내, 근육내, 및 피하 주사를 포함하는 주사에 의한 투여, 점막 투과 또는 경피 전달에 의한 투여, 국소 도포, 비내 분무, 좌제 등을 통한 투여를 포함하고 이로 제한되지 않거나, 바람직하게는 경구 투여될 수 있다. 제제는 임의로 리포좀 제제, 에멀젼, 약물을 점막을 가로질러 투여하기 위해 설계된 제제 또는 경피 제제일 수 있다. 상기 각각의 투여 방법에 적합한 제제는 예를 들어 문헌 [Remington: The Science and Practice of Pharm, 20th ed., A. Gennaro, ed., Lippincott Williams ＆ Wilkins, Philadelphia, Pa., U.S.A]에서 찾을 수 있다. 대표적인 제제는 경구 또는 정맥내 주입용 용액일 것이다. 대표적인 투여 형태는 정제 (경구 투여용), 정맥내 주입용 용액, 및 정맥내 주입용 용액으로 재구성하기 위한 동결건조된 분말일 것이지만, 임의의 적합한 투여 형태가 본 발명에 포함된다. 키트는 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제를, 예를 들어 통상적인 외부 포장재에 함께 포장된 투여 형태로 또한 포함할 수 있다.
본 발명의 치료 조성물은 본 발명의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제 이외에 통상적인 제약학적 부형제, 및 다른 통상적인 제약상 불활성 약제를 포함할 수 있다. 추가로, 조성물은 본 발명의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제 이외에 활성제를 포함할 수 있다. 상기 추가의 활성제는 하나 이상의 다른 제약 활성제를 포함할 수 있다. 조성물은 사용되는 투여 경로에 적합한 방식으로 제제화된 기체, 액체, 반액체 또는 고체 형태일 수 있다. 경구 투여를 위해, 캡슐 및 정제가 대개 사용된다. 비경구 투여를 위해, 본원에 기재된 바와 같이 제조된 동결건조 분말의 재구성이 대개 사용된다. 조성물은 희석제, 예를 들어 락토스, 수크로스, 인산이칼슘 또는 카르복시메틸셀룰로스; 윤활제, 예를 들어 스테아르산마그네슘, 스테아르산칼슘 및 활석; 및 바인더, 예를 들어 전분, 천연 검, 예를 들어 검 아카시아젤라틴, 글루코스, 당밀, 폴리비닐피롤리딘, 셀룰로스 및 그의 유도체, 포비돈, 크로스포비돈 및 당업계의 숙련인에게 공지된 다른 바인더를 추가로 포함할 수 있다. 제약상 투여가능한 액체 조성물은 예를 들어, 상기 정의된 활성 화합물 및 임의의 제약상 보조제를 담체, 예를 들어, 물, 염수, 수성 덱스트로스, 글리세롤, 글리콜, 에탄올 등에 용해시키거나 분산시키거나 달리 혼합하여 용액 또는 현탁액을 형성함으로써 제조할 수 있다. 필요한 경우, 투여될 제약학적 조성물은 또한 소량의 보조 물질, 예를 들어 습윤제, 유화제, 또는 가용화제, pH 완충제 등, 예를 들어, 아세테이트, 시트르산나트륨, 시클로덱스트린 유도체, 소르비탄 모노라우레이트, 트리에탄올아민 나트륨 아세테이트, 트리에탄올아민 올레에이트, 및 다른 물질을 포함할 수 있다. 상기 투여 형태의 실제 제조 방법은 당업계에 공지되어 있거나, 당업자에게 자명할 것이다. 투여될 조성물 또는 제제는 어느 경우든 생체내 활성을 저하시켜 대상의 질병 상태를 치료하기 위해 충분한 양의 본 발명의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제를 포함할 것이다.
투여 형태 또는 조성물은 임의로 0.005％ 내지 100％ (중량/중량)의 하나 이상의 본 발명에 따른 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제, 및 나머지 성분으로서 본원에 기재된 바와 같은 추가의 물질을 포함할 수 있다. 경구 투여를 위해, 제약상 허용되는 조성물은 임의로 임의의 하나 이상의 흔히 사용되는 부형제, 예를 들어, 제약 등급의 만니톨, 락토스, 전분, 스테아르산마그네슘, 활석, 셀룰로스 유도체, 나트륨 크로스카르멜로스, 글루코스, 수크로스, 탄산마그네슘, 나트륨 사카린, 활석을 포함할 수 있다. 상기 조성물은 용액, 현탁액, 정제, 캡슐, 분말, 흡입기용 건조 분말 및 지연 방출 제제, 비제한적인 예를 들어, 이식물 및 미세캡슐화 전달 시스템, 및 생분해성 생체적합성 중합체, 예를 들어 콜라겐, 에틸렌 비닐 아세테이트, 폴리안히드라이드, 폴리글리콜산, 폴리오르토에스테르, 폴리락트산 및 다른 중합체를 포함한다. 상기 제제의 제조 방법은 당업자에게 공지되어 있다. 조성물은 임의로 0.01％-100％ (중량/중량); 임의로 0.1-95％ 및 임의로 1-95％의 하나 이상의 본 발명의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제의 염, 바람직하게는 나트륨염은 화합물을 신체로부터 빠르게 제거되는 것으로부터 보호하는 담체, 예를 들어 지속형 제제 또는 코팅을 사용하여 제조할 수 있다. 제제는 목적하는 특성의 조합을 얻기 위해 다른 활성 화합물을 추가로 포함할 수 있다. 제약학적 경구 투여 형태는 고체, 겔 또는 액체일 수 있다. 고체 투여 형태의 예는 정제, 캡슐, 과립 및 벌크 분말을 포함하고 이로 제한되지 않는다. 경구용 정제의 보다 구체적인 예는 장용 피복, 당 코팅 또는 필름 코팅될 수 있는 압축된, 씹을 수 있는 로젠지제 및 정제를 포함한다. 캡슐의 예는 경질 또는 연질 젤라틴 캡슐을 포함한다. 과립 및 분말은 비-발포 또는 발포 형태로 제공될 수 있다. 이들은 각각 당업계의 숙련인에게 공지된 다른 성분과 조합될 수 있다. 특정 실시태양에서, 본 발명에 따른 HDAC 억제제는 고체 투여 형태, 바람직하게는 캡슐 또는 정제로서 제공된다. 정제, 환제, 캡슐, 구내정 등은 임의로 하나 이상의 다음 성분, 또는 유사한 특성의 화합물을 포함할 수 있다: 바인더; 희석제; 붕해제; 윤활제; 활택제; 감미제; 및 향미제. 사용될 수 있는 바인더의 예는 미결정질 셀룰로스, 검 트라가칸트, 글루코스 용액, 아카시아 점액, 젤라틴 용액, 수크로스 및 전분 페이스트를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 윤활제의 예는 활석, 전분, 스테아르산마그네슘 또는 스테아르산칼슘, 리코포듐 (lycopodium) 및 스테아르산을 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 희석제의 예는 락토스, 수크로스, 전분, 카올린, 염, 만니톨 및 인산이칼슘을 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 활택제의 예는 콜로이드성 이산화규소를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 붕해제의 예는 크로스카르멜로스 나트륨, 나트륨 전분 글리콜레이트, 알긴산, 옥수수 전분, 감자 전분, 벤토나이트, 메틸셀룰로스, 아가 및 카르복시메틸셀룰로스를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 착색제의 예는 임의의 승인 인증된 수용성 FD 및 C 염료, 그의 혼합물; 및 알루미나 수화물 상에 현탁된 수불용성 FD 및 C 염료를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 감미제의 예는 수크로스, 락토스, 만니톨 및 인공 감미제, 예를 들어 나트륨 시클라메이트 및 사카린, 및 임의의 수의 분무 건조된 향미제를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 향미제의 예는 식물, 예를 들어 과일로부터 추출된 천연 향미제, 및 즐거운 감각을 주는 화합물의 합성 블렌드, 예를 들어 페퍼민트 및 메틸 살리실레이트를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 습윤제의 예는 프로필렌 글리콜 모노스테아레이트, 소르비탄 모노올레에이트, 디에틸렌 글리콜 모노라우레이트 및 폴리옥시에틸렌 라우릴 에테르를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 구토 방지 코팅의 예는 지방산, 지방, 왁스, 쉘락, 암모니아성 쉘락 및 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 사용될 수 있는 필름 코팅의 예는 히드록시에틸셀룰로스, 나트륨 카르복시메틸셀룰로스, 폴리에틸렌 글리콜 4000 및 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 경구 투여가 요망되는 경우, 화합물의 염은 임의로 위의 산성 환경으로부터 그를 보호하는 조성물로 제공될 수 있다. 예를 들어, 조성물은 위 내에서 그의 통합성을 유지하고 장 내에서 활성 화합물을 방출하는 장용 코팅 내에 제제화될 수 있다. 조성물은 또한 제산제 또는 그러한 다른 성분과 조합으로 제제화될 수 있다. 본 발명에 따른 화합물은 또한 엘릭실, 현탁액, 시럽, 웨이퍼, 스프링클 (sprinkle), 츄잉 검 등의 성분으로서 투여될 수 있다. 시럽은 임의로 활성 화합물 이외에 감미제로서의 수크로스 및 특정 보존제, 염료 및 착색제 및 향미제를 포함한다.
본 발명의 방법에 적합한 HDAC 억제제 함유 치료 조성물은 HDAC 억제제, 예를 들어, 히드록삼산, 예를 들어 수베로일아닐리딘 히드록삼산, TSA 및 SAHA (NVP-LAQ-824, PXD-1-1); 카르복실산, 예를 들어 부탄산, 발프로산 및 4-페닐부탄산; 벤즈아미드, 예를 들어 N-아세틸디날린 및 MS-275; 에폭시드, 예를 들어 트라폭신, 데퓨데신, 뎁시펩티드 FK 228; 단쇄 지방산; 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기를 갖는 시클릭 테트라펩티드, 및 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기가 없는 시클릭 펩티드를 포함하는 조성물을 포함한다 (도 1 참조). 특히 바람직한 HDAC 억제제는 MS-275이다.
투여되는 HDAC 억제제의 바람직한 양은 당업자가 선택할 수 있고, 암 치료에 효능이 있는 것으로 당업계에 공지된 양을 포함한다. HDAC 억제제를 사용하는 암 치료에 적합한 방법 및 사용되는 HDAC 억제제의 적합한 양은 당업계에 공지되어 있다 (예를 들어 그 전부가 본원에 참고로 포함된 미국 특허 출원 공개 20040132825, 미국 특허 출원 10/692,523 (Bacopoulos et al., 발명의 영문 명칭: METHODS OF TREATING CANCER WITH HDAC INHIBITORS, 2003년 10월 24일 출원)). HDAC 억제제의 적합한 투여량은 본원에서 제시된 상기 문헌에 기재되고 당업계에 공지된 바와 같이 HDAC 억제제에 대해 이미 확립된 투여량을 포함한다. MS-275의 투여에 바람직한 양은 예를 들어 최소 약 0.01 밀리그램/제곱미터 (mg/m2) 내지 최대 약 1,000 mg/m2를 포함하고, 약 0.1 mg 내지 약 100 mg, 약 0.2 mg 내지 약 90 mg, 약 0.3 mg/m2 내지 약 70 mg/m2, 약 0.4 mg/m2 내지 약 50 mg/m2, 약 0.5 mg/m2 내지 약 30 mg/m2, 약 0.6 mg/m2 내지 약 20 mg/m2, 약 0.7 mg/m2 내지 약 15 mg/m2, 약 0.8 mg/m2 내지 약 10 mg/m2, 약 0.9 mg/m2 내지 약 5 mg/m2의 범위를 포함할 수 있다. 투여를 위한 다른 바람직한 양은 약 0.1 mg/m2, 약 0.5 mg/m2, 약 1 mg/m2, 약 1.5 mg/m2, 약 2 mg/m2, 약 2.5 mg/m2, 약 3 mg/m2, 약 3.5 mg/m2, 약 4 mg/m2, 약 4.5 mg/m2, 약 5 mg/m2, 약 5.5 mg/m2, 약 6 mg/m2, 약 6.5 mg/m2, 약 7 mg/m2 및 약 7.5 mg/m2를 포함한다. 투여는 임의의 시간 기간에 걸쳐, 예를 들어 매일, 2-6일마다, 격주로, 매달, 또는 한 측면에서 매주 실시할 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 본 발명의 HDAC 억제 화합물을 경구로 투여할 수 있지만, 정맥내 및 근육내 주사에 의해 투여할 수도 있다. 한 실시태양에서, HDAC 억제제, 예를 들어 MS-275는 4주 중 3주 동안 2 mg/m2로 경구로 매주 또는 4 mg/m2로 경구로 격주로 투여된다.
본 발명의 방법에 적합한 EGFR 억제제-함유 치료 조성물은 EGFR 억제제를 포함하는 조성물을 포함한다. 현재, EGFR 억제제의 2개의 주요 클래스, 즉 항-EGFR 패밀리 티로신 키나제 억제제 (소분자) 및 항-EGFR 모노클로날 항체가 존재한다. 소분자의 예는 EGFR-특이적 및 가역적 억제제, 예를 들어, 게피티닙 (이레사(등록상표), ZD1839), 에를로티닙 (타세바(등록상표), OSI-774, CP-358), 또는 PKI-166; EGFR-특이적 및 비가역적 억제제, 예를 들어 EKI-569; PAN-HER (인간 EGF 수용체 패밀리) 가역적 억제제, 예를 들어 GW2016 (EGFR 및 Her2/neu를 모두 표적으로 함); 및 PAN-HER 비가역적 억제제, 예를 들어 CI-1033 (4-아닐리노퀴나졸린)을 포함한다. 모노클로날 항체의 예는 C225 (세툭시맙 (CETUXIMAB)), ABX-EGF (인간) (압제닉스 (Abgenics, 미국 캘리포니아주 샌 프란시스코)), EMD-72000 (인간화), h-R3 (인간화), 및 MDX-447 (이중특이적, EGFR-CK64)을 포함한다. 또한, 치료 조성물은 게피티닙 및 에를로티닙과 실질적으로 동일한 생물학적 활성을 갖는 약물을 포함한다. 특히 바람직한 EGFR 억제제는 게피티닙 및/또는 에를로티닙이다. EGFR 억제제의 투여에 바람직한 양은 당업자가 선택할 수 있고, 다른 암 치료에 효능있는 것으로 당업계에 공지된 양을 포함한다. EGFR 억제제의 적합한 투여량은 본원에서 제시된 상기 문헌에 기재되고 당업계에 공지된 바와 같이 EGFR 억제제에 대해 이미 확립된 투여량일 것이다. EGFR 억제제를 사용하는 암 치료에 적합한 방법 및 사용되는 EGFR 억제제의 적합한 양은 당업계에 공지되어 있다 (예를 들어, 그 전부가 본원에 참고로 포함된 미국 특허 출원 공개 20030114504, 미국 특허 출원 10/228,544 (Webster et al., 발명의 영문 명칭: COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATMENT OF CANCER, 2002년 8월 27일 출원) 참조). 투여 또는 치료에 바람직한 양은 최소 약 5 mg 내지 최대 약 20,000 mg을 포함하고, 약 20 mg 내지 약 15,000 mg, 약 40 mg 내지 약 10,000 mg, 약 80 mg 내지 약 5000 mg, 약 120 mg 내지 약 2000 mg, 약 180 mg 내지 약 1500 mg, 약 200 mg 내지 약 1000 mg, 약 250 mg 내지 약 800 mg, 약 300 mg 내지 약 700 mg, 약 400 mg 내지 약 600 mg 범위를 포함할 수 있다. 다른 바람직한 양은 약 10 mg, 약 50 mg, 약 100 mg, 약 150 mg, 약 200 mg, 약 250 mg, 약 300 mg, 약 350 mg, 약 400 mg, 약 450 mg, 약 500 mg, 약 550 mg, 약 600 mg, 약 650 mg, 약 700 mg, 약 750 mg, 약 800 mg, 약 850 mg, 약 900 mg, 약 950 mg, 약 1000 mg, 약 1200 mg, 약 1400 mg, 약 1600 mg, 약 1800 mg, 약 2000 mg, 약 2200 mg, 약 2400 mg, 약 2600 mg, 약 2800 mg, 약 3000 mg, 약 3500 mg, 약 4000 mg, 약 4500 mg, 약 5000 mg, 약 5500 mg, 약 6000 mg, 약 6500 mg, 약 7000 mg, 약 8000 mg, 약 10,000 mg, 약 12,000 mg 내지 약 15,000 mg을 포함한다. 투여량은 임의의 시간 기간에 걸쳐, 바람직하게는 매달, 보다 바람직하게는 매주, 훨씬 더 바람직하게는 매일 투여될 것이다.
한 실시태양에서, 본 발명의 EGFR 억제 화합물을 경구로 투여할 수 있지만, 정맥내 및 근육내 주사에 의해 투여할 수도 있다. 한 실시태양에서, EGFR 억제제는 게피티닙이고, 약 2,000 mg의 볼러스로 매주 1회 경구 투여된다. 다른 실시태양에서, EGFR 억제제는 게피티닙이고, 약 250 mg/일로 매일 투여된다. 다른 실시태양에서, 억제제는 에를로티닙이고, 약 150 mg/일로 경구 투여된다.
임의의 HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제를 투여하는 시간의 기간은 당업계에 공지되어 있고/있거나 당업자가 결정할 수 있고, 약 1일, 약 2일, 약 3일, 약 4일, 약 5일, 약 6일, 약 1주, 약 1½주, 약 2주, 약 2½주, 약 3주, 약 3½주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 8주, 약 10주, 약 15주, 약 20주, 약 25주, 약 30주, 약 40주 및 약 52주 동안을 포함한다. HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제는 임의로 1회 이상의 휴식기 (즉, HDAC 억제제 및/또는 EGFR 억제제의 비투여)를 두고 연속적인 시간의 기간에 걸쳐 투여될 수 있다. 휴식기는 다시 당업계에 공지되어 있고/있거나 당업자가 결정할 수 있고, 약 1일, 약 2일, 약 3일, 약 4일, 약 5일, 약 6일, 약 1주, 약 1½주, 약 2주, 약 2½주, 약 3주, 약 3½주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 8주, 약 10주, 약 15주, 약 20주, 약 25주, 약 30주, 약 40주 및 약 52주 동안을 포함한다.
본 발명의 방법으로 치료하기 위해 바람직한 암은 상피 악성 종양인 암, 및 특히 EGFR을 발현하는 임의의 암 (종양)을 포함한다. 치료하기에 바람직한 암은 EGFR 억제제에 내성인 암이고, 한 측면에서, EGFR 억제제에 내성인 상피 악성 종양일 수 있다. EGFR 억제제-내성 암에서, 암은 카피 수의 증가가 적거나 없는 (유전자 증폭 또는 다염색체가 작거나/없는) 종양 (암성 세포), EGFR 단백질의 낮은 표현자 (PCT 공개 WO 2005/117553에서와 같이 적절한 스코어링 프로토콜의 하위 50％ 내의)인, 또는 특히 EGFR 유전자의 증가가 작거나/없고 EGFR 단백질의 발현이 작거나/없는 조합인 종양을 포함할 수 있다. EGFR-내성 암은 또한 EGFR에서 증가가 작거나/없고 P-Akt 양성인 종양, 또는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체가 있지만 P-Akt 음성인 종양을 포함할 수 있다. EGFR-내성 암은 또한 상기 논의된 불량한 반응자 또는 비-반응자에 대한 하나 이상의 다른 기준에 부합하는 EGFR에서 돌연변이가 없는 종양을 포함할 수 있다.
다른 바람직한 EGFR-내성 암에서, 암은 바람직하게는 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 E-카드헤린 유전자 발현의 수준이 감소된 암성 세포를 포함한다. 또 다른 바람직한 EGFR-내성 암에서, 암은 바람직하게는 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 아연 핑거 전사 인자 발현의 수준이 증대된 암성 세포를 포함한다. 바람직한 아연 핑거 전사 인자는 TF8이다. 치료하기 위한 다른 바람직한 종류의 암은 폐암이고, 상피 세포로부터 유래된 폐암, 예를 들어 비-소세포 폐암이 특히 바람직하다.
본 발명의 방법은 또한 환자에게 유효량의 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제를 포함하는 치료 조성물 및 유효량의 1종 이상의 EGFR 억제제를 포함하는 치료 조성물의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 1종 이상의 EGFR 억제제에 내성인 암 세포를 감작화시키는 단계를 포함하는 EGFR 억제제-내성 암 환자를 치료하는 방법을 포함한다.
본 발명의 방법은 또한 EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 예측하기 위해 암을 평가하는 단계를 포함하는 추가의 단계를 포함할 수 있다. 상기 방법은 EGFR 억제제 요법에 대해 불량한 반응성 또는 비-반응성을 예측하는 상기 설명된 임의의 마커를 평가하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 한 실시태양에서, EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 암을 평가하는 단계는 a) 시험되는 환자로부터의 종양 세포의 샘플 내에서 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 증폭 수준 및/또는 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 다염색체 수준을 검출하고; b) 종양 세포 샘플 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준을 i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준으로 이루어진 군에서 선택된 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 대조 수준과 비교하고; c) 환자의 종양 세포 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 대조 수준에 비해 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준과 통계적으로 유사하면, 환자를 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 것을 포함한다. 종양을 평가하는 다른 유사한 단계는 본원에 논의된 기준에 기초하여 수행할 수 있다.
다른 실시태양에서, EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 암을 평가하는 단계는 추가로 또는 별법으로 종양 세포의 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질의 발현 수준을 검출하고; 종양 세포 샘플 내의 E-카드헤린 발현의 수준을 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준 또는 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준인 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교하고; 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 수준과 통계적으로 유사하면, 환자를 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 것을 포함할 수 있다.
다른 실시태양에서, EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 암을 평가하는 단계는 추가로 또는 별법으로 종양 세포의 샘플 내에서 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준을 검출하고; 종양 세포 샘플 내의 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 수준을 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 또는 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준인 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 대조 수준과 비교하고; 환자의 종양 세포 내의 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 증가되거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 수준과 통계적으로 유사하면, 환자를 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 것을 포함할 수 있다. 검출하기 위해 TF8의 바람직한 성분은 ZEB1이다.
환자 샘플을 얻는 적합한 방법은 당업계의 숙련인에게 공지되어 있다. 환자 샘플은 종양 세포 또는 종양 세포의 단백질을 포함할 수 있는 환자로부터의 임의의 체액 또는 조직을 포함할 수 있다. 보다 구체적으로, 본 발명에 따라, 용어 "시험 샘플" 또는 "환자 샘플"은 일반적으로 세포 또는 본 발명의 방법에 의해 평가될 세포로부터 분비된 산물을 함유하는 임의의 종류의 샘플, 비제한적인 예를 들어, 단리된 세포의 샘플, 조직 샘플 및/또는 체액 샘플을 의미하도록 사용될 수 있다. 가장 일반적으로 본 발명에서, 샘플은 조직 샘플이다. 본 발명에 따라, 단리된 세포의 샘플은 일반적으로 현탁액 중의 또는 생체 내에서 조직 내에 세포들을 결합시킬 수 있는 결합 조직으로부터 분리된 세포의 시료이고, 이는 본 발명의 방법에 의한 평가를 위한 적합한 수의 세포의 수집물을 생성시키는 임의의 적합한 방법에 의해 장기, 조직 또는 체액으로부터 수집된다. 세포 샘플 내의 세포는 반드시 동일한 종류일 필요는 없지만, 바람직하게 평가되는 세포의 종류를 풍부하게 하기 위해 정제 방법이 사용될 수 있다. 세포는 예를 들어, 조직의 스크래핑 (scraping), 개별 세포를 방출하도록 조직 샘플의 가공, 또는 체액으로부터의 단리에 의해 얻을 수 있다.
조직 샘플은 단리된 세포의 샘플과 유사하지만, 본원에서는 대개 몇몇 세포 종류 및/또는 세포들을 함께 유지하는 세포골격 구조를 포함하는 신체의 장기 또는 조직의 절편으로서 정의된다. 당업자는 용어 "조직 샘플"은 일부 경우에 "세포 샘플"과 상호교환가능하게 사용될 수 있지만, 바람직하게는 세포 샘플보다 더 복잡한 구조를 지정하기 위해 사용됨을 이해할 것이다. 조직 샘플은 예를 들어, 절개 (cutting), 슬라이싱 (slicing), 또는 펀치 (punch)에 의한 것을 포함하는 생검에 의해 얻을 수 있다.
체액 샘플은 조직 샘플과 마찬가지로, 평가되는 세포를 함유하고, 샘플링될 특정 체액에 대해 적합한 임의의 방법에 의해 얻어진 유체이다. 샘플링에 적합한 체액은 혈액, 점액, 정액, 타액, 모유, 담즙 및 소변을 포함하고, 이로 제한되지 않는다.
일반적으로, 샘플 종류 (즉, 세포, 조직 또는 체액)는 종양 세포 성장에 대해 평가될 장기 또는 조직의 접근성 및 구조 및/또는 평가될 암의 종류에 기초하여 선택된다. 예를 들어, 평가될 장기/조직이 유방이면, 샘플은 생검으로부터의 상피 세포의 샘플 (즉, 세포 샘플), 또는 생검으로부터의 유방 조직 샘플 (조직 샘플)일 수 있다. 본 발명은 폐암 및 특히, 비-소세포 폐 암종에 걸린 환자를 평가하기 위해 특히 유용하고, 본 경우에, 전형적인 샘플은 환자로부터의 폐 종양의 절편이다.
본 발명에 따른 종양 세포 내의 유전자의 카피 수는 원발성 종양, 전이성 종양, 국소 재발 종양, 상피내관암종, 또는 다른 종양에서 측정될 수 있다. 마커는 신선하거나 동결되거나 고정되거나 달리 보존된 고형 종양에서 측정될 수 있다. 이들은 세포질 또는 핵 종양 추출물 내에서; 또는 형질막, 미토콘드리아막, 골지체막 또는 핵막을 포함하여 이로 제한되지 않는 종양막 내에서; 핵 기질 내에서; 또는 리보좀, 핵, 미토콘드리아, 골지체를 포함하여 이로 제한되지 않는 종양 세포 소기관 및 그들의 추출물 내에서 측정될 수 있다.
샘플이 환자로부터 얻어지면, 샘플은 본원에 개시된 바와 같이 EGFR 억제제에 대한 감수성 또는 내성에 대해 평가된다. 본 발명의 일부 실시태양에서, 조직, 세포 또는 그의 일부 (예를 들어, 조직 절편, 세포 성분, 예를 들어 핵산 등)는 하나 이상의 핵산과 접촉된다. 상기 방법은 세포 기반 분석 또는 비-세포 기반 분석을 포함할 수 있다. 표적 유전자를 발현하는 조직 또는 세포는 일반적으로 임의의 적합한 방법에 의해, 예를 들어 적합한 기술에 의한 표적 유전자의 검출을 허용하는 방식으로 혼합하거나, 혼성화하거나 결합시킴으로써 검출제 (예를 들어, 프로브, 프라이머, 또는 다른 검출가능 마커)와 접촉된다.
환자 샘플은 사용된 검출 기술에 적합한 임의의 방법에 의해 제조된다. 한 실시태양에서, 환자 샘플은 신선하거나 동결되거나 고정되거나 달리 보존되어 사용될 수 있다. 예를 들어, 환자 종양 세포는 환자 조직을 예를 들어, 파라핀 내에 고정시킴으로써 제조될 수 있다. 고정된 조직은 절편된 다음 프로브의 표적 유전자에의 혼성화의 검출을 위한 프로브와 접촉될 수 있다.
바람직한 실시태양에서, 본 발명에 따른 유전자의 검출은 혼성화 분석을 이용하여 달성된다. 핵산 혼성화는 단순히 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 보다 큰 폴리뉴클레오티드) 및 표적 핵산을, 프로브 및 그의 상보성 표적이 상보성 염기 페어링을 통하여 안정한 하이브리드 이중체를 형성할 수 있는 조건 하에 접촉시키는 것을 포함한다. 본원에서 사용되는 혼성화 조건은 유사한 핵산 분자를 확인하기 위해 핵산 분자가 사용되는 표준 혼성화 조건을 의미한다. 상기 표준 조건은 예를 들어 문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Labs Press, 1989]에 개시되어 있다. 상기 문헌 [Sambrook et al.]은 그 전부가 본원에 참고로 포함된다 (구체적으로 9.31-9.62 페이지 참조). 또한, 뉴클레오티드의 미스매치 정도가 변하는 것을 허용하는 혼성화를 달성하기 위해 적절한 혼성화 및 세척 조건을 계산하기 위한 공식은 예를 들어 그 전부가 본원에 참고로 포함된 문헌 [Meinkoth et al., 1984, Anal. Biochem. 138, 267-284; Meinkoth et al., 상기 문헌]에 개시되어 있다. 하이브리드 이중체를 형성하지 않는 핵산을 혼성화된 핵산으로부터 세척 제거한 후, 혼성화된 핵산을 일반적으로 부착된 검출가능 표지의 검출을 통해 검출할 수 있다. 핵산은 온도를 증가시키거나 핵산을 포함하는 버퍼의 염 농도를 감소시킴으로써 변성되는 것이 일반적으로 알려져 있다. 낮은 엄격도 조건 (예를 들어, 낮은 온도 및/또는 높은 염) 하에, 심지어 어닐링된 서열이 완전히 상보성이 아닌 경우에도 하이브리드 이중체 (예를 들어, DNA:DNA, RNA:RNA, 또는 RNA:DNA)가 형성될 것이다. 따라서, 혼성화의 특이성은 보다 낮은 엄격도에서 감소된다. 반대로, 보다 높은 엄격도 (예를 들어, 보다 높은 온도 또는 보다 낮은 염)에서, 성공적인 혼성화는 보다 적은 미스매치를 요구한다.
높은 엄격도 혼성화 및 세척 조건은 본원에서 참조될 때 혼성화 반응에서 프로브에 사용되는 핵산 분자와 적어도 약 90％ 핵산 서열 동일성을 갖는 핵산 분자의 단리를 허용하는 조건 (즉, 뉴클레오티드의 약 10％ 이하의 미스매치를 허용하는 조건)을 의미한다. 당업자는 상기 특정 수준의 뉴클레오티드 미스매치를 달성하기 위해 적절한 혼성화 및 세척 조건을 계산하기 위해 문헌 [Meinkoth et al., 1984, Anal. Biochem. 138, 267-284 (그 전부가 본원에 참고로 포함됨)]의 공식을 사용할 수 있다. 상기 조건은 DNA:RNA 또는 DNA:DNA 하이브리드 중 어느 것이 형성되는지에 따라 변할 것이다. DNA:DNA 하이브리드에 대한 계산된 융점은 DNA:RNA 하이브리드에 대한 것보다 10℃ 더 낮다. 특정 실시태양에서, DNA:DNA 하이브리드에 대한 엄격한 혼성화 조건은 6X SSC (0.9 M Na+)의 이온 강도에서 약 20℃ 내지 약 35℃, 보다 바람직하게는 약 28℃ 내지 약 4O℃, 훨씬 더 바람직하게는 약 35℃ 내지 약 45℃의 온도에서의 혼성화를 포함한다. 특정 실시태양에서, DNA:RNA 하이브리드에 대한 엄격한 혼성화 조건은 6X SSC (0.9 M Na+)의 이온 강도에서 약 30℃ 내지 약 45℃, 보다 바람직하게는 약 38℃ 내지 약 5O℃, 훨씬 더 바람직하게는 약 45℃ 내지 약 55℃의 온도에서의 혼성화를 포함한다. 상기 값은 약 100개의 뉴클레오티드보다 큰 분자, 0％ 포름아미드 및 약 40％의 G + C 함량에 대한 융점의 계산에 기초한 것이다. 별법으로, Tm은 문헌 [Sambrook et al., 상기 문헌, 페이지 9.31 내지 9.62]에 기재된 바와 같이 경험적으로 계산할 수 있다.
혼성화된 핵산은 샘플 핵산에 부착된 하나 이상의 표지를 검출함으로써 검출된다. 표지는 당업계의 숙련인에게 잘 공지된 임의의 많은 수단에 의해 포함시킬 수 있다. 본 발명에서 사용하기 위해 적합한 검출가능 표지는 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 전기적, 광학적 또는 화학적 수단에 의해 검출가능한 임의의 조성물을 포함한다. 본 발명에서 유용한 표지는 형광 염료 (예를 들어, 플루오레세인, 텍사스 레드, 로다민, 녹색 형광 단백질 등), 방사성 표지 (예를 들어, 3H, 125I, 35S, 14C, 또는 32P), 및 비색 표지를 포함한다. 상기 표지를 검출하는 수단은 당업계의 숙련인에게 잘 공지되어 있다. 따라서, 예를 들어, 방사성 표지는 사진용 필름 또는 섬광 계수기를 사용하여 검출할 수 있고, 형광 마커는 방출광을 검출하기 위해 광검출기를 사용하여 검출할 수 있다. 비색 표지는 단순히 착색된 표지를 가시화함으로써 검출된다. 바람직하게는, 혼성화 핵산은 형광 표지에 의해 가장 바람직하게는, FISH 분석의 맥락에서 검출된다.
본 발명에 따라, 단리된 폴리뉴클레오티드, 또는 단리된 핵산 분자는 그의 천연 환경으로부터 제거된 (즉, 인간의 조작으로 처리된) 핵산 분자이고, 여기서 그의 천연 환경은 그 내부에서 핵산 분자가 자연에서 발견되는 게놈 또는 염색체이다. 따라서, "단리된"은 반드시 핵산 분자가 정제되는 정도를 반영하는 것이 아니라, 분자가 그 내부에서 핵산 분자가 자연에서 발견되는 전체 게놈 또는 전체 염색체를 포함하지 않는 것을 나타낸다. 본 발명의 방법에서 유전자를 검출하기 위해 (예를 들어, 유전자에 대한 혼성화에 의해) 사용되는 것과 같은 폴리뉴클레오티드는 대개 주어진 샘플 (예를 들어, 세포 샘플) 내의 전장 유전자 (또는 그의 일부)의 확인을 위한 혼성화 프로브 또는 PCR 프라이머로서 사용하기 위해 적합한 표적 유전자의 일부이다. 단리된 핵산 분자는 유전자 또는 유전자의 일부 (예를 들어, 조절 영역 또는 프로모터)를 포함할 수 있다. 유전자를 포함하는 단리된 핵산 분자는 상기 유전자를 포함하는 염색체의 단편이 아니라, 대신 유전자와 연관된 코딩 영역 및 조절 영역을 포함하지만, 동일한 염색체 상에서 자연적으로 발견되는 추가의 유전자를 포함하지 않는다. 단리된 핵산 분자는 또한 자연에서는 명시된 핵산 서열에 정상적으로 인접하지 않는 추가의 핵산 (즉, 이종 서열)이 인접하는 (즉, 서열의 5' 및/또는 3' 말단에서) 명시된 핵산 서열을 포함할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 DNA, RNA (예를 들어, mRNA), 또는 DNA 또는 RNA의 유도체 (예를 들어, cDNA)를 포함할 수 있다. 어구 "핵산 분자"는 주로 물리적 핵산 분자를 의미하고, 어구 "핵산 서열"은 주로 핵산 분자 상의 뉴클레오티드의 서열을 의미하지만, 두 어구는 특히 단백질을 코딩할 수 있는 핵산 분자 또는 핵산 서열에 관하여 상호 교환가능하게 사용될 수 있다. 바람직하게는, 본 발명의 단리된 핵산 분자는 재조합 DNA 기술 (예를 들어, 중합효소 연쇄 반응 (PCR) 증폭, 클로닝) 또는 화학적 합성을 사용하여 제조된다. 폴리뉴클레오티드가 올리고뉴클레오티드 프로브인 경우, 프로브는 대개 약 5 내지 약 50 또는 약 500개의 뉴클레오티드, 또는 약 10 내지 약 40개의 뉴클레오티드, 또는 약 15 내지 약 40개의 뉴클레오티드의 길이이거나, 10 내지 1000개의 뉴클레오티드 내의 임의의 범위의 길이이고, 여기서, 전체 수는 정수 단위로 증가한다 (즉, 10, 11, 12, 13...999, 1000).
본 발명에 따라, 프로브는 대개 크기가 상기 논의된 바와 같이 약 8개의 뉴클레오티드 내지 수백개의 뉴클레오티드 길이인 핵산 분자이다. 상기 분자는 대개 표적 핵산 서열을 엄격한 혼성화 조건 하에 혼성화시킴으로써 샘플 내의 표적 핵산 서열을 확인하기 위해 사용된다. 혼성화 조건은 상기 상세히 설명되었다.
PCR 프라이머는 또한 핵산 서열이지만, PCR 프라이머는 대개 중합효소 연쇄 반응에서 사용되는 매우 짧은 길이의 올리고뉴클레오티드이다. PCR 프라이머 및 혼성화 프로브는 표적 서열로부터의 서열 정보를 이용함으로써 당업계의 숙련인이 쉽게 개발하고 생산할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Sambrook et al, 상기 문헌] 또는 [Glick et al., 상기 문헌] 참조).
한 실시태양에서, 본 발명의 방법은 세포 내에서 E-cad 및/또는 TF8의 성분, 예를 들어, ZEB1의 발현 수준에서 변경 (조절, 변형)이 존재하는지 검출하는 단계를 또한 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "발현"은 유전자의 전사를 검출하고/하거나 유전자에 의해 코딩된 단백질의 번역을 검출하는 것을 의미할 수 있다. 유전자 또는 단백질의 발현을 검출하기 위한 것은 유전자 또는 단백질이 발현되는지 또는 발현되지 않는지 능동적으로 결정하는 행동을 의미한다. 이는 발현이 대조군에 비해 상향조절되는지, 대조군에 비해 하향조절되는지, 또는 대조군에 비해 변경하지 않는지 결정하는 것을 포함할 수 있다. 전사체 및/또는 단백질의 발현은 당업계에 공지된 임의의 다양한 방법으로 측정된다. RNA 발현에 대해, 방법은 세포성 mRNA의 추출 및 하나 이상의 본 발명의 유전자의 전부 또는 일부를 코딩하는 전사체에 혼성화하는 표지된 프로브를 사용하는 노던 블롯팅; 유전자-특이적 프라이머, 중합효소 연쇄 반응 (PCR), 및 역전사효소-중합효소 연쇄 반응 (RT-PCR)을 이용하는 하나 이상의 본 발명의 유전자로부터 발현된 mRNA의 증폭에 이어, 임의의 다양한 수단에 의한 산물의 정량적 검출; 이후 표지되고 임의의 다양한 표면 상에 어레이된 본 발명의 유전자의 전부 또는 일부를 코딩하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 프로빙하기 위해 사용되는, 세포로부터의 총 RNA의 추출; 계내 (in situ) 혼성화; 및 리포터 유전자의 검출을 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 단백질의 번역의 측정은 세포 또는 세포 추출물로부터 단백질을 검출하고/하거나 측정하기 위한 임의의 적합한 방법을 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 상기 방법은 면역블롯 (예를 들어, 웨스턴 블롯), 효소 결합 면역 흡착 분석 (ELISA), 방사면역분석 (RIA), 면역 침전, 면역조직화학 (IHC), 면역형광, 형광 활성화 세포 분류 (FACS) 및 면역형광 현미경 검사를 포함하고, 이로 제한되지 않는다.
인간 표피 성장 인자 수용체 (EGFR); E-카드헤린; 및 TF8 유전자의 뉴클레오티드 서열은 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어 GenBank 기탁 번호 AY588246 (그 전부가 본원에 참고로 포함됨) 하에 찾을 수 있다. 뉴클레오티드 프로브 및 항체는 또한 당업계에 공지되어 있고, EGFR, E-카드헤린 및 TF8 (ZEB1) 유전자 및 단백질을 검출하기 위해 프로브로서 사용하기 위해 이용가능하다.
본 발명의 방법에서, 종양 세포 샘플 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준은 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 대조 수준과 비교된다. 환자의 종양 세포 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 대조 수준과 통계적으로 유사하거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 EGFR 유전자 증폭 및/또는 다염색체 수준보다 통계적으로 더 작거나 그로부터 감소되면, 환자는 본 발명의 조합 요법의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 환자로서 선별된다.
본 발명의 다른 별도의 또는 추가의 방법에서, 종양 세포 샘플 내의 E-카드헤린 발현의 수준은 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교될 수 있다. 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 통계적으로 유사하거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 E-카드헤린 발현의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 수준보다 통계적으로 더 작거나 그로부터 감소되면, 환자는 본 발명의 조합 요법의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 환자로서 선별된다.
본 발명의 다른 별도의 또는 추가의 방법에서, 종양 세포 샘플 내의 TF8의 성분, 바람직하게는 ZEB1 발현의 수준은 (i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준; 및 (ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준 중에서 선택된 TF8 성분의 발현의 대조 수준과 비교될 수 있다. 환자의 종양 세포 내의 TF8 성분의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 TF8 성분의 발현의 대조 수준과 통계적으로 유사하거나, 또는 환자의 종양 세포 내의 TF8 성분의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 TF8 성분의 발현 수준보다 통계적으로 더 높거나 증대되면, 상기 환자를 본 발명의 조합 요법의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 것으로서 선택한다.
보다 구체적으로, 본 발명에 따라, "대조 수준"은 유전자 증폭 및/또는 다염색체, 및/또는 유전자 전사 또는 번역의 대조 수준이고, 이는 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 수준 또는 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 수준을 포함할 수 있다. 따라서, 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 대조 또는 기준선 수준에 기초하여, 환자 샘플이 EGFR 억제제 요법에 보다 감수성일 것인지 또는 보다 내성일 것인지 결정될 수 있다. 한 실시태양에서, 환자는 세포당 카피 수가 상승하는 6개의 카테고리로 분류된다: (1) 이염색체 (>90％의 세포에서 두 표적의 ≤2 카피); (2) 낮은 삼염색체 (≥40％의 세포에서 유전자의 ≤2 카피 및 10-40％의 세포에서 3 카피); (3) 높은 삼염색체 (≥40％의 세포에서 유전자의 ≤2 카피 및 ≥40％의 세포에서 3 카피); (4) 낮은 다염색체 (10-40％의 세포에서 유전자의 ≥4 카피); (5) 높은 다염색체 (≥40％의 세포에서 유전자의 ≥4 카피); 및 (6) 치밀한 EGFR 유전자 클러스터의 존재 및 세포 당 유전자/염색체 비율 ≥2, 또는 ≥10％의 분석된 세포에서 세포당 평균 ≥15의 EGFR 카피에 의해 정의되는 유전자 증폭 (GA). 본 발명자들은 높은 유전자 카피 수, 또는 EGFR 및/또는 HER2의 카피 수의 증가 (예를 들어, 유전자 증폭 및/또는 다염색체, 예를 들어 높은 삼염색체, 낮은 다염색체 또는 높은 다염색체)를 갖는 환자가 EGFR 억제제 요법에 대해 보다 높은 반응율, 보다 느린 속도의 진행성 질병, 진행에 대한 보다 긴 시간, 및 보다 높은 장기 생존자 비율을 보일 가능성을 발견하였다. 다염색체 또는 유전자 카피 수의 총 증가가 보다 클수록, 예측된 결과가 보다 우수하다. 본 발명자들은 환자 종양 세포 내의 HER2 유전자 증폭 및/또는 다염색체의 존재가 EGFR 양성 환자 (예를 들어, EGFR 유전자 카피 수의 증가를 보이는 환자)에게 보다 감수성인 표현형, 및 EGFR 음성 환자 (예를 들어, EGFR 유전자 카피 수의 증가가 없거나 작은 환자)에게 보다 우수한 결과를 유도함을 발견하였다.
유전자 증폭, 다염색체 및/또는 유전자 전사 또는 번역의 대조 수준을 확립하는 방법은 샘플 종류, 그로부터 샘플을 얻는 조직 또는 장기, 및 평가되는 환자의 상태에 기초하여 선택된다. 바람직하게는, 상기 방법은 환자에서 샘플을 평가하기 위해 사용될 것과 동일한 방법이다. 바람직한 실시태양에서, 대조 수준은 평가될 세포와 동일한 세포 종류를 사용하여 확립된다. 바람직한 실시태양에서, 대조 수준은 EGFR 억제제에 대해 내성 또는 감수성인 것으로 알려진 환자 또는 세포주로부터의 대조 샘플로부터 확립된다. 한 측면에서, 대조 샘플을 매칭된 (matched) 개인의 인구집단으로부터 얻었다. 본 발명에 따라, 어구 "매칭된 개인"은 평가될 세포의 종류 또는 종양 성장에 적합한 하나 이상의 특징에 기초한 대조 개인의 매칭을 의미한다. 예를 들어, 대조 개인은 성별, 연령, 인종, 또는 대조 개인 및 환자의 기준선에 영향을 미칠 수 있는 임의의 관련 생물학적 또는 사회학적 요인 (예를 들어, 선재하는 병태, 특정 물질의 소비, 다른 생물학적 또는 생리학적 요인의 수준)을 기초로 평가될 환자와 매칭될 수 있다. 대조 수준을 확립하기 위해, 많은 매칭된 개인으로부터 샘플을 얻고, 시험 샘플에 대한 것과 동일한 방식으로 평가한다. 적합한 대조 수준 (예를 들어, 인구집단)을 확립하기 위해 그로부터 대조 샘플을 얻어야 하는 매칭된 개인의 수는 당업계의 숙련인이 결정할 수 있지만, 평가될 환자 (즉, 시험 환자)와의 비교를 위한 적합한 기준선을 확립하기 위해 통계적으로 적절해야 한다. 대조 샘플로부터 얻은 값은 상기 값을 확립하기 위해 당업계의 표준 방법을 사용하여 적합한 기준선 수준을 확립하기 위해 임의의 적합한 통계학적 분석 방법을 사용하여 통계적으로 처리된다.
당업계의 숙련인은 분석이 수행될 때 대조 수준이 각각의 분석에 대해 확립될 필요가 없지만, 대신 기준선 또는 대조 수준은 감수성 및 내성 환자 (반응자 및 비-반응자)에 대해 앞서 결정된 대조 수준, 예를 들어 임의의 상기 설명된 방법에 의해 확립된 대조 수준에 관한 저장된 정보의 형태를 참조하여 확립되어야 함을 이해할 것이다. 상기 저장된 정보의 형태는 예를 들어, 감수성 및 내성 종양/환자에 관한 인구집단 또는 개인 데이타의 참조 차트, 목록 또는 전자 화일, 또는 평가될 환자에 유용한 대조 수준 유전자 증폭 또는 다염색체에 관한 임의의 다른 데이타원을 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다.
본 발명의 방법은 EGFR 억제제, HDAC 억제제, 또는 그의 아고니스트, 또는 EGFR 억제제 또는 HDAC 억제제와 실질적으로 유사한 생물학적 활성을 갖는 약물의 사용을 포함한다. 본원에서 사용되는 아고니스트는 천연 또는 참조 단백질 또는 화합물의 생물학적 활성을 촉진 (예를 들어, 자극, 유도, 증가, 증대 또는 모방)하는 능력을 특징으로 하는 화합물이다. 보다 특히, 아고니스트는 천연 또는 참조 화합물의 활성을 모방하거나 증대시키는 화합물, 단백질, 펩티드 또는 핵산을 포함하고 이로 제한되지 않고, 임의의 상동체, 모방체 (mimetic), 또는 천연 또는 참조 화합물의 생물학적 활성을 촉진 (예를 들어, 자극, 유도, 증가, 증대)하는 그의 능력을 특징으로 하는 약물/화합물/펩티드 디자인 또는 선택의 임의의 적합한 산물을 포함한다. 이와 반대로, 길항제는 상기한 바와 같이 천연 또는 참조 화합물의 효과를 억제 (예를 들어, 길항, 저하, 감소, 차단, 역전 또는 변경)하는 임의의 화합물을 의미한다. 보다 특히, 길항제는 참조 화합물의 천연 작용에 길항적인 (예를 들어, 반하여, 역전, 반대) 방식으로 천연 또는 참조 화합물의 생물학적 활성이 감소되도록 참조 화합물의 활성에 비례하는 방식으로 작용할 수 있다. 상기 길항제는 임의의 화합물, 단백질, 펩티드, 또는 핵산 (리보자임 및 안티센스 포함) 또는 길항 효과를 제공하는 약물/화합물/펩티드 디자인 또는 선택의 산물을 포함할 수 있고, 이로 제한되지 않는다.
약물 디자인 산물인 아고니스트 및 길항제는 당업계에 공지된 다양한 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 본 발명에 유용한 모방체 또는 다른 화합물의 디자인에 유용한 다양한 약물 디자인 방법은 그 전부가 본원에 참고로 포함된 문헌 [Maulik et al., 1997, Molecular Biotechnology: Therapeutic Applications and Strategies, Wiley-Liss, Inc.]에 개시되어 있다. 아고니스트 또는 길항제는 예를 들어, 분자 다양성 전략 (큰 화학상 다양한 분자 라이브러리의 신속한 구성을 허용하는 관련 전략의 조합), 천연 또는 합성 화합물의 라이브러리로부터, 특히 화학적 또는 조합적 라이브러리 (즉, 서열 또는 크기에서 상이하지만 유사한 빌딩 블록을 갖는 화합물의 라이브러리)로부터, 또는 합리적, 지정 (directed) 또는 무작위 약물 디자인에 의해 얻을 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Maulik et al., 상기 문헌] 참조).
분자 다양성 전략에서, 큰 화합물 라이브러리는 예를 들어, 펩티드, 올리고뉴클레오티드, 천연 또는 합성 스테로이드성 화합물, 탄수화물 및/또는 천연 또는 합성 유기 및 비-스테로이드성 분자로부터 생물학적, 효소적 및/또는 화학적 방법을 이용하여 합성된다. 분자 다양성 전략의 개발에서 중요한 파라미터는 서브유닛 다양성, 분자 크기, 및 라이브러리 다양성을 포함한다. 상기 라이브러리를 스크리닝하는 일반적인 목표는 조합적 선택의 순차적 적용을 이용하여 목적하는 표적에 대한 높은-친화도 리간드를 얻은 후, 무작위 또는 지정 디자인 전략에 의해 선도 (lead) 분자를 최적화하기 위한 것이다. 분자 다양성의 방법은 문헌 [Maulik, et al., 상기 문헌]에 상세히 기재되어 있다.
본원에 설명된 HDAC 억제제 또는 EGFR 억제제와 실질적으로 유사한 생물학적 활성을 갖는 약물은 생체 내에서 (즉, 생리학적 조건 하에) 또는 시험관 내에서 (즉, 실험실 조건 하에) 측정되거나 관찰될 때 참조 화합물에 속하는 것으로 생각되는 참조 화합물이 나타내거나 수행하는 실질적으로 임의의 기능(들)을 갖는 약물을 의미한다.
본 발명의 다른 실시태양은 (a) E-카드헤린의 발현 수준; 및/또는 TF8의 성분, 바람직하게는 ZEB1의 발현 수준 중에서 선택된 바이오마커 또는 바이오마커의 조합물의 수준을 검출하기 위한 수단; 및 (b) E-카드헤린 전사체 및/또는 단백질의 미리 결정된 대조 수준을 포함하는 정보; 및/또는 TF8 전사체 및/또는 단백질의 성분, 바람직하게는 ZEB1의 미리 결정된 대조 수준을 포함하는 정보를 포함하는 분석 키트를 포함한다. 키트는 (i) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 증폭 수준; (ii) EGFR 유전자의 다염색체 수준; (iii) 인간 티로신 키나제 수용체-타입 수용체 (HER2) 유전자의 증폭 수준; (iv) HER2 유전자의 다염색체 수준; (v) EGFR 단백질 발현의 수준; (vi) 인산화된 Akt 단백질 발현의 수준으로부터 선택되는 바이오마커 또는 바이오마커의 조합물의 수준을 검출하기 위한 수단을 추가로 포함할 수 있다. 적합한 대조군이 또한 포함될 것이다.
한 실시태양에서, E-카드헤린, 또는 TF8의 성분을 검출하기 위한 수단, 또는 EGFR 또는 HER2 유전자 또는 단백질 또는 다른 바이오마커를 검출하기 위한 수단은 일반적으로 본 발명의 방법에 사용될 수 있는 임의의 종류의 시약일 수 있다. 상기 검출하기 위한 수단은 엄격한 혼성화 조건 하에 유전자 (예를 들어, EGFR 유전자)에 혼성화하는 프로브, E-카드헤린 펩티드 또는 TF8 펩티드의 성분에 반응성인 항체, 및 E-카드헤린 전사체 또는 TF8 RNA 전사체의 성분에 혼성화하는 표지된 프로브를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 상기 유전자 및 단백질에 대한 핵산 서열 및 단백질 서열은 당업계에 공지되어 있고, 상기 검출용 시약을 생산하기 위해 사용될 수 있다.
본 발명의 분석 키트의 검출하기 위한 수단은 검출가능 태그 또는 검출가능 표지에 컨쥬게이팅될 수 있다. 상기 태그는 관심있는 유전자의 검출에 사용되는 시약의 검출을 가능하게 하는 임의의 적합한 태그일 수 있고, 분광, 광화학적, 전기적, 광학적 또는 화학적 수단에 의해 검출가능한 임의의 조성물 또는 표지를 포함하고, 이로 제한되지 않는다. 본 발명에서 유용한 표지는 형광 염료 (예를 들어, 플루오레세인, 텍사스 레드, 로다민, 녹색 형광 단백질 등), 방사성 표지 (예를 들어, 3H, 125I, 35S, 14C, 또는 32P), 및 비색 표지를 포함한다.
또한, 본 발명의 분석 키트의 검출을 위한 수단은 기재 상에 고정될 수 있다. 상기 기재는 상기한 임의의 검출 방법에 사용되는 검출 시약의 고정을 위한 임의의 적합한 기재를 포함할 수 있다. 간단히 설명하면, 검출하기 위한 수단의 고정화를 위해 적합한 기재는 임의의 고체 지지체, 예를 들어 목적하는 표적 분자를 검출하는 검출 수단의 활성 및/또는 능력에 유의한 영향을 주지 않으면서 검출하기 위한 수단과 결합을 형성할 수 있는 임의의 고체 유기, 생체 고분자 또는 무기 지지체를 포함한다. 예시적인 유기 고체 지지체는 중합체, 예를 들어 폴리스티렌, 나일론, 페놀-포름알데히드 수지, 및 아크릴릭 공중합체 (예를 들어, 폴리아크릴아미드)를 포함한다.
본 발명의 키트는 본 발명의 EGFR 억제제와 HDAC 억제제의 조합 요법제의 투여를 위한 소정의 사용설명서를 추가로 포함할 수 있고, 일부 실시태양에서 환자에게 투여하기 위한 EGFR 억제제 및/또는 HDAC 억제제의 투여량을 추가로 포함할 수 있다.
하기 실시예는 본 발명의 특정 실시태양 및 그의 다양한 용도를 예시하는 것이다. 이들 실시예는 단지 설명하기 위한 것으로서, 본 발명을 제한하는 것으로서 간주하지 않아야 한다.
실시예
다음 재료 및 방법을 본원에 제시한 모든 실시예에서 사용하였다.
재료 및 방법
세포 배양, 약물 및 MTS 분석. 20개의 NSCLC 세포주를 사용하였다: 편평세포 암종 (NCI-H157, HCC95, HCC15 및 H441), 큰세포 암종 (H460, H1299, H2126 및 H1264 (H460의 유도체)), 선암종 (Calu3, A549, H2122, H1648, H520, HCC78, HCC193, H2009, HCC44 및 H3255) 및 기관지폐포암종 (H358 및 H322). NSCLC 세포주, HCC78, H2126, HCC95, H1299, HCC193, HCC44, HCC15, H2009는 UTSW로부터 입수하였고, H3255는 닥터 브루스 존슨 (Dr. Bruce Johnson)의 기증품이었다. 모든 세포주는 RPMI 배지 1640 내에서 표준 조건 하에 배양하였다. 게피티닙은 아스트라제네카의 기증품이고, MS-275는 니혼 쉐링 케이. 케이. (Nihon Schering K.K.)의 기증품이었다. 원액은 디메틸 술폭시드 중에 제조하고, -20℃에서 저장하였다. 약물을 각각의 실험 전에 신선한 배지에 희석시켰고, 최종 디메틸 술폭시드 농도는 <0.1％이었다. 표피 성장 인자 (EGF)는 알앤디 시스템즈 인크. (R＆D Systems Inc., 미국 미네소타주 미네아폴리스)로부터 구입하였다. 성장 억제는 MTS (3-(4,5-디메틸티아졸-2-일)-5-(3-카르복시메톡시페닐)-2-(4-술포페닐)2H-테트라졸륨, 내부 염) 분석 (프로메가 (Promega, 미국 위스콘신주 매디슨))에 의해 평가하였다. 간단히 설명하면, 2x103 NSCLC 세포를 96-웰 편평 바닥 미량역가 플레이트의 각각의 웰에 플레이팅한다. 게피티닙을 세포 배양액이 50-80％ 융합성 (confluent)이 될 때 첨가한다. 4일 인큐베이션 후에, RPMI 1640에 용해된 50 ㎕의 2 mg/ml 테트라졸륨 염 MTT 용액 (프로메가)을 각 웰에 첨가한다. 미량역가 플레이트를 4h 동안 37℃에서 인큐베이션하였다. 각각의 웰의 흡광도를 자동화 플레이트 판독기를 사용하여 측정한다. 데이타는 약물의 IC50을 결정하기 위해 SlideWrite 프로그램을 사용하여 분석한다.
세포 용해 및 웨스턴 블롯 및 면역조직화학. 세포를 빙상에서 용해 버퍼 (10 mM Tris-HCl, pH 7.5/150 mM NaCl/0.5％ IGEPAL/0.5 mM PMSF/10 ㎍/ml 류펩틴/5 ㎍/ml 펩스타틴 A/2.1 ㎍/ml 아프로티닌) 중에서 붕괴시켰다. 초음파 처리 후에, 브래드포드 (Bradford) 분석을 단백질 정량을 위해 사용하였다. 단백질 용해물 (30-50 ㎍)을 7.5％-10％ 폴리아크릴아미드 상에서 겔 전기영동에 의해 분리하고, PVDF 막 (바이오-라드 래보래토리즈, 인크. (Bio-Rad Laboratories, Inc., 미국 캘리포니아주 리치몬드))을 사용하여 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 항-EGFR 및 인 (phospho)-특이적 EGFR (pY1068) (셀 시그널링 (Cell Signaling, 미국 매사추세츠주 비벌리))을 1:1,000로 사용하였다. E-cad 및 β 액틴 항체 (비디 바이오사이언시스 파밍겐/트랜스덕션 래보래토리즈 (BD Biosciences Phamingen/Transduction Laboratories, 미국 캘리포니아주 산 호세); 시그마-알드리치 (Sigma-Aldrich, 미국 미시시피주 세인트 루이스 #A5316))는 각각 1:3,000, 1;5000 희석액으로 사용하였다. 검출은 양고추냉이 퍼옥시다제-컨쥬게이팅된 2차 항체 및 화학발광 (아머샴 바이오사이언시스, 인크. (Amersham Biosciences, Inc.))을 이용하였다. 분자의 세포질 도메인과 반응성인 항-E-cad 항체 (마우스 모노클로날, 클론 36, 트랜스덕션 래보래토리즈, 미국 켄터키주 렉싱톤)를 절편화된 파라핀-함침 세포주에 1/100 희석액으로 적용하였다. 항원 회복 (retrieval)은 바이오캐어 메디칼 (Biocare Medical) (미국 캘리포니아주 월넛 크릭) 디클로킹 (decloaking) 챔버를 사용하여 시트레이트 버퍼 중에서 수행하였다. 퍼옥시드 차단은 무수 메탄올 중의 3％ 퍼옥시드로 수행하였다. 차단은 파워블록 (Powerblock) (바이오게닉스 (Biogenics, 미국 캘리포니아주 산 라몬)) 또는 아비딘/비오틴 블록으로 수행하였다. 1차 항체를 1시간 동안 37℃에서 인큐베이션한 후, 2차 항체 (40％ 인간 혈청을 갖는 다코 (Dako) 비오티닐화 멀티-링크 ( Biotinylated Multi-Link) 항마우스 면역글로불린)를 30분 동안 실온에서 적용하였다. 이어서, 스트렙타비딘 양고추냉이 퍼옥시다제 효소 복합체 및 디아미노벤지딘 색소원을 적용하였다. 이어서, 슬라이드를 헤마톡실린으로 역염색하고, 커버슬립으로 덮었다.
RNA , 프라이머 , 및 정량적 실시간 RT - PCR. 총 RNA는 RNAeasy (퀴아겐 (Qiagen))를 사용하여 NSCLC 세포주로부터 제조하였다. 제조 동안 모든 샘플을 cDNA 합성 전에 RNase-미함유 DNase 1 (10 mg/ml, 퀴아겐)로 처리하였다. cDNA를 0.3 mg의 총 RNA로부터 RT-PCR 반응의 일부로서 합성하였다. 정량적 실시간 RT-PCR 분석은 동역학적 방식을 사용하여 동일한 튜브에서 증폭 및 검출 (형광에 의한)을 허용하는 GeneAmp 5700 서열 검출기 (어플라이드 바이오시스템즈 (Applied Biosystems))를 사용하여 SYBR Green RT-PCR 키트 (퀴아겐)로 수행하였다. 증폭 데이타를 GENEAMP 5700 SDS 소프트웨어를 사용하여 분석하고, 설정된 사이클 역치 (Ct 값)에서 사이클 수로 전환하고, 표준품에 관련하여 정량하였다. 인간 성인-폐 (클론테크 랩. 인크 (Clontech Lab. Inc)) 또는 인간 태아-폐 RNA (스트라타젠 (Stratagene))를 모든 실험에서 표준품으로서 사용하였다. 표준품은 20, 100, 500 mg으로 사용하였다. 각각의 실험에서, 비-주형 대조군을 대조군으로서 사용하였다. 투입 cDNA의 양에 대해 정규화하기 위해, 생성된 산물의 정량된 상대적인 양을 하우스키핑 유전자 베타-액틴에 대해 생성된 양으로 나누었다. 모든 샘플은 3회 실험되었다.
세포 주기 분석. NSCLC 세포를 6웰 플레이트에 0.5 x 1O6 세포/웰의 밀도로 플레이팅하였다. 게피티닙을 24시간 후에 배지에 첨가하고, 세포를 추가로 72시간 동안 인큐베이션한 후, 세포를 상기한 바와 같이 분석하였다. 세포자멸 비율은 서브 (sub)-G1 세포 분획으로부터 추정하였다.
실시예 1
하기 실시예는 게피티닙-감수성 및 게피티닙-내성 NSCLC 세포주에서의 E-cad 발현을 설명한다.
MTT 분석을 사용하여 21개의 NSCLC 및 하나의 자궁 세포주의 세트를 게피티닙에 의한 그들의 성장 억제에 대해 분석하였다. 21개의 NSCLC 중에서, 6개의 세포주, 즉 H3255, H358, H322, Calu3, H1648, HCC78의 IC50은 <1 μM인 반면, 6개의 세포주, 즉 HCC15, H157, H460, H520 및 H1264 (H460의 복제 세포주)의 IC50은 ≥ 10 μM이었다. 상기 게피티닙에 대한 다양한 성장 반응을 사용하여 상기 세포주 세트에서 차별적으로 발현된 유전자를 확인하였다.
실시간 RT-PCR을 사용하여, E-cad의 발현과 게피티닙에 대한 감수성 사이에 양의 관계가 검출되었다 (r=0.76, p<O.OOO1). 최고 E-cad 발현은 EGFR 돌연변이 L858R을 보유하는 가장 감수성이 큰 세포주인 H3255 (IC50 = 0.015 μM)에서 검출되었다. 상기 양의 상관관계는 20개의 세포주 (r=0.74, p=0.0002)로부터 발생시킨 마이크로어레이의 E-cad 발현에서 검출되었다. 단백질 수준에서, E-cad의 발현을 11개의 NSCLC 세포주의 웨스턴 블롯 분석으로 평가하였다. 상기 설명한 바와 같이, EGFR 발현과 게피티닙에 대한 감수성 사이에는 상관관계가 없었다. 그러나, E-cad 발현의 존재 또는 부재와 게피티닙에 대한 감수성 또는 내성 사이에는 각각 100％의 상관관계가 존재하였다.
면역조직화학을 사용하여, 또한 게피티닙에 감수성인 2개의 세포주 (A431 및 Calu3), 및 게피티닙에 내성인 2개의 세포주 (H520 및 H157)에서 E-카드헤린의 발현을 평가하였다. 감수성 세포주에서, E-cad의 강한 발현이 막 및 세포질에 편재되어 검출된 반면, 2개의 내성 세포주에서는 발현되지 않았다.
실시예 2
다음 실시예는 NSCLC 세포주에서 E-cad 조절 분자의 발현을 설명한다.
E-cad 발현의 조절에 Wnt 경로가 관련됨이 알려져 있다. Wnt/E-cad 경로에서 분자의 발현 (Wnt1, Wnt5A, Wnt5B, Wnt6, Wnt7A, frizzled, axin1, disheveled, GSK3, α-카테닌, β-카테닌, γ-카테닌 및 E-cad)을 IC50 <1 μM (H3255, H358, H322, Calu3, H1648, HCC78) 및 IC50 > 10 μM (H157, H520, H460 및 H1264)의 세포주의 마이크로어레이의 아피메트릭스 (Affimetrix) 데이타에서 스크리닝하였다. E-cad는 내성 세포주에 비해 감수성 세포주에서 최고 배수의 상향조절을 보였다 (200배). wnt 경로의 다른 분자는 감수성 세포주와 내성 세포주 사이에 유사한 차별적인 발현을 보이지 않았다.
E-cad 조절은 4개의 아연 핑거 전사 인자 TF-8, slug, snail 및 SIP1을 수반한다. 세포주 마이크로어레이 데이타의 평가를 통해, 다른 3개의 분자, 즉 SIP1, snail 및 slug에 비해 TF-8이 감수성 세포주와 내성 세포주 사이에 최고의 발현 차이 (10.4배)를 보였음을 알 수 있었다.
TF-8의 발현을 RT-PCR을 이용하여 확인하였다. TF-8 발현과 게피티닙에 대한 감수성 사이에 음의 상관관계가 20 NSCLC 세포주 (r=-0.74, p=0.0002)에서 검출되었다. 상기 TF-8 발현과 게피티닙 감수성 사이의 음의 상관관계가 20개의 세포주 (r=0.71, p=0.0004)에 대해 발생시킨 마이크로어레이에서 검출되었다.
실시예 3
다음 실시예는 NSCLC 세포주에서 게피티닙 유도 세포자멸에 대한 E-카드헤린의 효과를 설명한다.
게피티닙에 감수성 및 내성인 NSCLC 세포주에서 세포자멸 및 세포 사멸을 유도하는 게피티닙의 효능을 평가하였다. 세포주를 10 μM의 게피티닙으로 처리할 때, 세포자멸 및 세포 사멸의 35배 증가가 가장 감수성인 세포주 H3255에서 검출되었다. 동일한 농도에서, 감수성이 더 작은 세포주 (H322, H358 및 Calu3)에서 세포자멸 및 세포 사멸이 2.3-3.4배 증가한 반면, 보다 내성인 세포주 (H460, H520, H157 및 A549)에서는 세포자멸 또는 괴사 효과가 검출되지 않았다.
게피티닙에 대한 NSCLC 세포주 세포자멸 반응에 대한 E-cad의 영향은 게피티닙-내성 세포주 H157을 E-cad 코딩 아데노바이러스로 형질감염시켜 평가하였다. 상기 세포주는 그의 E-cad 발현 결여, EGFR의 존재 및 게피티닙에 대한 그의 내성 때문에 선택되었다. H157 세포주를 E-cad로 형질감염시키고, 2개의 안정한 형질감염된 세포주, 즉 H157-E-cad-3 및 H157-E-cad-8을 발생시켰다. GFP 구성체로 형질감염된 H157 세포주를 대조군으로 사용하였다. E-cad의 발현은 웨스턴 블롯으로 확인하였다. H157-E-cad-3 세포주에 비해 E-cad의 보다 높은 발현은 H157-E-cad-3 세포주에서 검출되었다. 이전 연구는 EGFR과 E-cad 사이의 상호작용을 제시하였다. 본 발명자들은 EGFR 인산화 및 EGF에 대한 반응에 대한 E-cad의 이소 (ectopic) 발현의 효과를 평가하였다. E-cad의 이소 발현은 EGFR 활성화 (인산화)를 유도하지 않았다. 그러나, 인산화의 2배 증가가 EGF로 처리된 형질감염된 세포주에서 검출되었다.
세포 생존에 대한 E-cad의 이소 발현의 효과를 평가하였다. 대조 세포주 H157-GFP에 비해 세포자멸 대 생존가능 세포 비율의 3배 및 9배 증가가 두 세포주, 즉 H157-Ecad-8 및 H157-Ecad-3에서 검출되었다 (각각 8.8:87.8％ 내지 21:69％ 및 43.5:48.4％). 게피티닙에 대한 반응이 추가로 증가되었다. 세포주를 10 μM의 게피티닙으로 48시간 동안 처리하고, 세포자멸 및 괴사를 아넥신 V 및 요오드화프로피듐을 사용하여 평가하였다. 게피티닙으로 처리시에 세포자멸 대 생존가능 세포 비율의 6 및 13배 증가 (각각 8.4:87.4％ 내지 31.5:55.3％; 8.4:87.4 내지 49.8:37.8％) 및 괴사 대 생존가능 세포 비율의 3 내지 9배 증가 (11.5:88.1 내지 26.1:70.6; 11.5:88.1 내지 52.9:45.8)가 대조 세포주 H157-GFP에 비해 H157-E-cad-3 및 H157-E-cad-8 세포주에서 검출되었다.
상기 데이타는 E-cad 발현의 회복이 세포자멸을 증가시키고 게피티닙에 내성인 세포주에 대한 게피티닙의 영향을 회복시킴을 나타낸다.
실시예 4
다음 실시예는 히스톤 데아세틸라제 HDAC 억제제가 게피티닙에 대한 내성을 역전시킴을 보여준다.
E-카드헤린 발현은 HDAC를 TSA로 억제함으로써 NSCLC에서 회복됨이 알려져 있다. 본 발명자들은 NSCLC 세포주를 HDACi로 전처리하면 유전자 및 단백질 발현이 변경되고 게피티닙에 대한 감수성이 개선되는지를 결정하였다. MS-275의 IC는 게피티닙-내성 NSCLC 세포주 H157, H520, 및 H460에서 평가되었다. 상기 세포주에서 IC25 -75는 0.5 내지 4 μM에서 검출되었다. E-cad의 발현을 상기 세포주에서 평가하였다. E-cad 발현의 8 내지 12배 상향조절이 4 또는 10 μM MS-275로 처리한 지 24시간 후에 시험된 모든 세포주에서 검출되었다. 이어서, 본 발명자들은 NSCLC 폐암 세포주를 MS-275로 전처리할 때 게피티닙에 대한 그들의 반응에 대한 효과를 평가하였다. NSCLC 세포주 H157, H520, H460 및 H1703을 게피티닙으로 처리하기 24시간 전에 HDAC 억제제, MS-275 단독, 게피티닙 단독 또는 MS-275로 처리하였다. 상기 세포주에서 MS-275, 게피티닙의 순차적 사용에 의해 시너지 효과가 검출되었다. MS-275의 투여량을 증가시켜 사용하였다. 세포주를 순차적으로 2개의 약물로 처리할 경우 각각의 약물을 단독으로 사용한 처리에 비해 세포 사멸이 수배 더 높았다. H175 세포의 세포자멸 및 괴사 세포 대 생존가능 세포의 조절된 비율에 대한 게피티닙 단독 또는 게피티닙과 MS-275의 조합 요법의 효과를 보여주는 도 2를 참조한다.
본원에 인용된 각각의 참고문헌은 그 전부가 참고로 포함된다.
참고문헌
Figure 112007072611479-PCT00001
Figure 112007072611479-PCT00002
Figure 112007072611479-PCT00003

Claims (35)

  1. 암 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 암 환자의 치료 방법.
  2. 제1항에 있어서, 조합물을 순차적으로 투여하는 것인 방법.
  3. 제2항에 있어서, 적어도 상당 부분의 HDAC 억제제를, 상당 부분의 EGFR 억제제 투여 이전에 투여하는 것인 방법.
  4. 제2항에 있어서, HDAC 억제제가 MS-275이고, EGFR 억제제가 게피티닙인 방법.
  5. 제4항에 있어서, 투약 계획이 4주 동안 매주 2 mg/m2의 MS-275 경구 투여 후에 4주 동안 매일 250 mg의 게피티닙 경구 투여를 포함하는 것인 방법.
  6. 제2항에 있어서, 조합물을 실질적으로 동일한 기간에 걸쳐 투여하는 것인 방법.
  7. 제6항에 있어서, 투약 계획이 4주 동안 매주 2 mg/m2의 경구 MS-275와 4주 동안 매일 250 mg의 경구 게피티닙의 동시 투여를 포함하는 것인 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, HDAC 억제제가 히드록삼산, 카르복실산, 벤즈아미드, 에폭시드, 단쇄 지방산, 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기를 갖는 시클릭 테트라펩티드, 및 2-아미노-8-옥소-9,10-에폭시-데카노일 잔기가 없는 시클릭 펩티드로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  9. 제8항에 있어서, 히드록삼산이 수베로일아닐리딘 히드록삼산, 트리코스타틴 A (TSA) 및 SAHA로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  10. 제8항에 있어서, 카르복실산이 부탄산, 발프로산, 및 4-페닐부탄산으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  11. 제8항에 있어서, 벤즈아미드가 N-아세틸디날린 및 MS-275로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  12. 제8항에 있어서, 에폭시드가 트라폭신, 데퓨데신 및 뎁시펩티드 FK 228로 이 루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  13. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, HDAC 억제제가 MS-275인 방법.
  14. 제13항에 있어서, MS-275를, 4주 동안 매주 2 mg/m2의 MS-275 경구 투여 또는 4주 동안 격주로 4 mg/m2의 MS-275 경구 투여를 포함하는 투약 계획으로 투여하는 것인 방법.
  15. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 게피티닙, 에를로티닙, 게피티닙의 아고니스트 및 에를로티닙의 아고니스트로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  16. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 게피티닙 또는 에를로티닙인 방법.
  17. 제16항에 있어서, 게피티닙을 매일 250 mg의 PO 투여를 포함하는 투약 계획으로 투여하고, 에를로티닙을 매일 150 mg의 PO 투여를 포함하는 투약 계획으로 투여하는 것인 방법.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 상피 악성 종양인 방법.
  19. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 폐암인 방법.
  20. 제19항에 있어서, 암이 비-소세포(non-small cell) 폐암인 방법.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR 억제제에 내성인 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 EGFR 유전자의 카피 수 증가가 적거나 없는 암성 세포, 또는 HER2 유전자의 카피 수 증가가 적거나 없는 암성 세포, 또는 EGFR 유전자의 카피 수 증가가 적거나 없으며 HER2 유전자의 카피 수 증가가 적거나 없는 암성 세포를 포함하는 것인 방법.
  23. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 EGFR 단백질의 발현이 감소된 암성 세포를 포함하는 것인 방법.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 E-카드헤린 유전자의 발현 수준이 감소된 암성 세포를 포함하는 것인 방법.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR 억제제에 감수성인 암성 세포에 비해 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준이 증대된 암성 세포를 포함하는 것인 방법.
  26. 제25항에 있어서, 성분이 ZEB1을 포함하는 것인 방법.
  27. 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제에 내성인 암 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 EGFR 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, EGFR 억제제에 내성인 암 세포를 EGFR 억제제에 대해 감작화시켜서 EGFR 억제제에 내성인 암 환자를 치료하는 방법.
  28. 제27항에 있어서, 치료 조성물의 투여 이전에 EGFR 억제제에 대한 내성을 예측하는 암 평가 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  29. 제28항에 있어서, 암 평가 단계가
    a) 환자의 종양 세포 샘플 내에서
    i) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 유전자의 증폭 수준,
    ii) EGFR 유전자의 다염색체(polysomy) 수준,
    iii) 인간 티로신 키나제 수용체-타입 수용체 (HER2) 유전자의 증폭 수준, 및
    iv) HER2 유전자의 다염색체 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 바이오마커의 수준을 검출하고,
    b) 종양 세포 샘플 내 바이오마커의 수준을,
    i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택되는 바이오마커의 대조 수준과 비교하며,
    c) 환자의 종양 세포 내 바이오마커의 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 바이오마커의 대조 수준보다 통계적으로 더 낮거나, 또는 환자의 종양 세포 내 바이오마커의 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 바이오마커의 수준과 통계적으로 유사하거나 더 낮으면, 상기 환자를 치료 목적의 EGFR 억제제 투여가 이롭지 않다고 예측되는 환자로서 선별하거나, 또는 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 것
    을 포함하는 것인 방법.
  30. 제28항에 있어서,
    a) 종양 세포 샘플 내에서 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 단백질의 발현 수준을 검출하는 단계,
    b) 종양 세포 샘플 내 EGFR 단백질의 발현 수준을,
    i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 EGFR 단백질 발현의 대조 수준과 비교하는 단계, 및
    c) 환자의 종양 세포 내 EGFR 단백질의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 EGFR 단백질 발현의 대조 수준보다 통계적으로 더 낮거나, 또는 환자의 종양 세포 내 EGFR 단백질의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 EGFR 단백질의 발현 수준과 통계적으로 유사하거나 더 낮으면, 상기 환자를 치료 목적의 EGFR 억제제 투여가 이롭지 않다고 예측되는 환자로서 선별하거나, 또는 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계
    를 추가로 포함하는 것인 방법.
  31. 제29항에 있어서,
    d) 종양 세포 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질의 발현 수준을 검출하는 단계,
    e) 종양 세포 샘플 내 E-카드헤린의 발현 수준을,
    i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교하는 단 계, 및
    f) 환자의 종양 세포 내 E-카드헤린의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내 E-카드헤린의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린의 발현 수준과 통계적으로 유사하면, 상기 환자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계
    를 추가로 포함하는 것인 방법.
  32. 제29항에 있어서,
    d) 종양 세포 샘플 내에서 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준을 검출하는 단계,
    e) 종양 세포 샘플 내 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준을,
    i) EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 대조 수준과 비교하는 단계, 및
    f) 환자의 종양 세포 내 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 증가되거나, 또는 환자의 종양 세포 내 TF8의 1종 이상의 성분의 발 현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 TF8의 1종 이상의 성분의 발현 수준과 통계적으로 유사하면, 상기 환자를 HDAC 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계
    를 추가로 포함하는 것인 방법.
  33. a) 종양 세포 샘플 내에서 E-카드헤린 단백질의 발현 수준을 검출하는 단계,
    b) 종양 세포 샘플 내 E-카드헤린의 발현 수준을,
    i) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 E-카드헤린 발현의 대조 수준과 비교하는 단계, 및
    c) 환자의 종양 세포 내 E-카드헤린의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 E-카드헤린 발현의 대조 수준에 비해 통계적으로 감소되거나, 또는 환자의 종양 세포 내 E-카드헤린의 발현 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 E-카드헤린의 발현 수준과 통계적으로 유사하면, 상기 환자를 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계
    를 포함하는, 1종 이상의 HDAC 억제제 및 1종 이상의 EGFR 억제제의 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 암 환자의 선별 방법.
  34. a) 종양 세포 샘플 내에서 아연 핑거(zinc finger) 전사 인자 유전자의 증폭 수준을 검출하는 단계,
    b) 종양 세포 샘플 내 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준을,
    i) 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 대조 수준, 및
    ii) EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 대조 수준
    으로 이루어진 군에서 선택된 아연 핑거 전사 인자 유전자 증폭의 대조 수준과 비교하는 단계, 및
    c) 환자의 종양 세포 내 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준이 EGFR 억제제에 대한 감수성과 상관관계가 있는 아연 핑거 전사 인자 유전자 증폭의 대조 수준에 비해 통계적으로 더 높거나, 또는 환자의 종양 세포 내 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준이 EGFR 억제제에 대한 내성과 상관관계가 있는 아연 핑거 전사 인자 유전자의 증폭 수준과 통계적으로 유사하면, 상기 환자를 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 EGFR 억제제의 조합물이 이롭다고 예측되는 환자로서 선별하는 단계
    를 포함하는, 1종 이상의 HDAC 억제제 및 1종 이상의 EGFR 억제제의 조합물의 치료 목적의 투여가 이롭다고 예측되는 암 환자의 선별 방법.
  35. 1종 이상의 표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 억제제에 내성이 있는 상피 악성 종양인 암에 걸린 환자에게 1종 이상의 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 및 1종 이상의 EGFR 억제제의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 1종 이상의 EGFR 억제제에 내성이 있는 상피 악성 종양인 암에 걸린 환자의 치료 방법.
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