KR101139360B1 - Ｐｒｋｃｉ, ｍａｐｋ10, ｓｐｐ1, ｉｑｇａｐ2, ｆｇｆｒ4, ｎｏｔｃｈ4, ｈｌａ-ｄｒａ, ｈｌａ-ｄｏａ, ｔｈｂｓ2, ｄｆｎａ5, ｔｂｘａｓ1, ｔｎｋｓ, ｃｄｈ17, ｕｂｒ5, ｋｉａａ0196, 및 ｎｓｍｃｅ2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 및 이를 이용한 분석방법 - Google Patents
Ｐｒｋｃｉ, ｍａｐｋ10, ｓｐｐ1, ｉｑｇａｐ2, ｆｇｆｒ4, ｎｏｔｃｈ4, ｈｌａ-ｄｒａ, ｈｌａ-ｄｏａ, ｔｈｂｓ2, ｄｆｎａ5, ｔｂｘａｓ1, ｔｎｋｓ, ｃｄｈ17, ｕｂｒ5, ｋｉａａ0196, 및 ｎｓｍｃｅ2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 및 이를 이용한 분석방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자로부터 유래된 단일염기다형(Single-Nucleotide Polymorphism; SNP)을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer) 의 임상적 진단의 표지 인자로서, 사용될 수 있다.
PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, NSMCE2, 장형 위암
Description
본 발명은 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드; 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 장형 위암(intestinal type of gastric cancer) 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 장형 위암 진단용 프로브; 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이; 및 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위한 분석 방법에 관한 것이다.
인간의 게놈은 모두 22쌍의 상동 염색체와 두 개의 성염색체로 이루어져 있다. 그러나 모든 인간이 각기 다른 외모와 성격을 갖는다. 이는 개개인이 같은 수의 염색체를 가지고 있기는 하지만, 그 염색체로부터 발현되는 유전자들에 의한 표현형이 모두 다르기 때문이다. 개개인의 이러한 유전자 발현의 다양성은 곧 유전자를 가지고 있는 게놈의 유전적 다양성 때문이다. 이러한 유전적 다양성은 많은 연구가 수행되어 왔으며, 최근 인간게놈프로젝트의 완성으로 그 구조가 모두 밝혀졌다.
게놈에서의 유전적 다양성을 대표하는 것으로는 Transposable element, STR (short tandem repeats), Microsatellites, STS (sequence tagged site), VNTR (variable number tandem repeat), SNP (single nucleotide polymorphism : 단일염기다형) 등이 알려져 있다. 이중 SNP는 단일염기다형으로서, 인간 게놈 상에서 약 1000개의 뉴클레오티드 중 1개의 빈도로 나타나며 동일한 종의 개체 사이의 단일뉴클레오티드 변이의 형태를 취한다. 이러한 단일염기다형이 나타내는 유전학에서의 의미는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 가져온다. 예를 들면, 단일염기다형이 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미칠 수 있게 되어 단백질 기능이 달라질 수 있게 되며, 질병과도 연관될 수 있다. 다른 예로 단일염기다형이 단백질을 암호화하지 않는 다른 유전자상에서 존재할 경우, 즉 프로모터(promoter) 또는 인트론(intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 변성적인 인트론 제거 과정(alternative splicing)을 통하여 단백질이 비정상적으로 발현될 수도 있다.
단일염기다형들은 질병과 같은 특정 표현형(phenotype)의 지표로 사용될 수 있고, 이를 위해서는 가장 우선적으로 인간 유전체에 존재하는 대량의 단일염기다형을 발굴하고 발굴된 단일염기다형은 다수의 인간 유전체 시료에서 전체 인간집단의 1% 이상 존재하는 유전변이형 마커인지를 조사하는 검정작업을 거치게 된다. 검정된 SNP은 특정 질병 또는 약물반응과 같은 유전적 차이에 기인된 원인을 찾기 위한 연관성 연구에 사용되게 된다. 예를 들면, 특정 단일염기다형이 환자군과 대조군 간의 비교에서 유의적인 빈도의 차이가 관측된다면 아주 유용한 단일염기다형으로 선발되어 임상실험을 거치게 될 것이며 임상실험의 결과가 계속적으로 진행되어 그 결과가 좋을 때는 경제적으로 아주 유용한 가치를 지니는 유전지표로 실제 임상에 사용할 수 있게 될 것이다.
이러한 단일염기다형의 발견을 위한 종래 기술로는 제한효소를 이용한 제한 단편화 길이 다형성(Restriction Fragment Length Polymorphism; RFLP), 대립형질 특이적 혼성화(Allele-specific hybridization)를 이용한 TaqManTM 프로브 방법, 용융온도(melting temperature; Tm)을 이용한 역동적 대립형질 특이적 혼성화(Dynamic Allele-Specific Hybridization; DASH)방법, 중합반응을 이용한 pyrosequencing등이 있다. 최근, 마이크로어레이 기술은 단일 염기 신장(Single Base Extension), 또는 대립인자 특이적 프라이머 신장(Allele Specific Primer Extension)이라는 원리를 이용한 프로브들을 조그만 기판위에 집적화시켜 심은 후, 목적 DNA들과의 혼성화와 신장(Extension)을 시킴으로써 단일염기다형을 발견해 내고 있다.
한편, 위암의 발생률과 사망률은 감소하고 있으나, 아직도 전 세계에서 두 번째로 많이 발생하는 악성 종양이다. 우리나라의 경우, 남성과 여성에서의 암 발생률은 위암이 1위를 차지하고 사망률의 경우 2위를 차지한다. 위암과 깊게 관련되는 Helicobacter pylori (H. pylori) 감염은 사람에서 가장 흔한 만성 감염으로서 전 세계 인구의 50% 이상이 감염되어 있다. 우리나라의 H. pylori 감염률은 전 국민에서 46.6%, 16세 이상의 성인에서는 69.4%, 40대 에서는 78.5% 라는 높은 감염률을 보인다. 위암은 로렌 분류법(Lauren classification) 에 의해 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer) 과 미만형 위암(Diffuse type of gastric cancer)로 분류 된다. 장형 위암은 H. pylori 감염과 관련되어 만성 위염(chronic gastritis), 위축성 위염(atrophic gastritis), 장상피화생(intestinal metaplasia), 이형성증(displasia), 장형 위암(Intestinal type of gastric cancer)의 순서로 진행된다. 반면 미만형 위암은 정상적인 점막으로 부터 H. pylori 감염과 관계없이 유발 될 수 있다. 우리나라에서 H. pylori 감염률이 높다는 것은 장형 위암에 대한 위험이 높다는 것을 의미 한다.
조기 위암은 5년 생존률이 95～100%로 높지만 증상을 나타내지 않는 경우가 80% 를 차지한다. 이는 조기 진단의 중요성과 함께 적절한 조기 진단법의 개발이 필요함을 뜻한다. H. pylori 감염된 100명 중 1～2명에서만 위암이 발생하기 때문에 H. pylori 감염만으로 위암 발생 위험군으로 판단 내리는 것은 적합하지 않다. 위암의 전 단계에 속하는 만성 위염 환자 사이에서 장형 위암이 발생할 위험성이 있는 사람을 미리 예측하는 것과 위암 발생에 관여하는 인자를 규명하는 것은 국민 보건에 중요하며 위암을 예방하기 위한 검사의 필수 요건이다. 장형 위암에 특이적으로 나타날 수 있는 단일염기다형을 찾아내는 것은 장형 위암을 조기에 진단할 수 있으며, 더 나아가 병태생리학적 경로를 밝히고 치료 방법을 개발하는데까지 이용될 수 있을 것이다.
본 발명자들은 한국인의 장형 위암 환자에서 특이적으로 나타나는 단일염기다형을 찾아내고자 연구를 거듭한 결과, PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자로부터 장형 위암환자에 특이적으로 나타나는 단일염기다형 부위를 발견하여 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서, 본 발명은 장형 위암과 관련된 단일염기다형으로서 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 장형 위암 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 장형 위암 진단용 프로브를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이를 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 장형 위암 진단 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 일 태양에 따라, PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자로부터 유래된 특정 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단을 위한 증폭용 프라이머가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단용 프로브 및 이를 포함한 마이크로어레이가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 장형 위암 진단용 키트가 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.
또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 반수체형의 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.
본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드는 장형 위암의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.
또한, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 프라이머 또는 프로브, 및 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 포함하는 키트는 장형 위암의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.
또한 본 발명의 분석방법은 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하는데 유용하게 사용될 수 있다.
본 발명은 장형 위암과 관련된 것으로 새롭게 밝혀진 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, NSMCE2 유전자로부터 유래하는 하기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공한다. 즉, 본 발명은 서열번호 1의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (a); 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (b); 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (c); 서열번호 4의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (d); 서열번호 5의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (e); 서열번호 6의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (f); 서열번호 10의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 1093번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 1093번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (g); 서열번호 11의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 1018번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 1018번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (h); 서열번호 12의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (i); 서열번호 13의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 1001번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 1001번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (j); 서열번호 14의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 345번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 345번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (k); 서열번호 15의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 1001번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 1001번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (l); 서열번호 16의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (m); 서열번호 17의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (n); 서열번호 18의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (o); 서열번호 19의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (p); 서열번호 20의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (q); 서열번호 21의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (r); 서열번호 22의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서 열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (s); 서열번호 23의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 166번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 166번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (t); 서열번호 24의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 101번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (u); 서열번호 25의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (v); 서열번호 26의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 360번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 360번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (w); 서열번호 27의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (x); 서열번호 28의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (y); 서열번호 29의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (z); 서열번호 30의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aa); 서열번호 31의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ab); 서열번호 32의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ac); 서열번호 33의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ad); 서열번호 34의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ae); 서열번호 35의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (af); 서열번호 36의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ag); 서열번호 37의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ah); 서열번호 38의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ai); 서열번호 41의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 251번째 염기(다형성 부위)가 C이고, 상기 251번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (aj); 서열번호 44의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (ak); 및 서열번호 45의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 490번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 490번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 DNA 서열은 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군에서 통계학적으로 유의성 있는 차이(유의수준 p value < 0.05)를 보이는 단일염기다형으로서, 이들은 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 또는 NSMCE2 유전자에 존재한다.
본 발명자들은 장형 위암과 관련된 후보 유전자군으로서 PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자를 선정하여, 장형 위암 진단에 있어서 분자 수준에서의 진단 지표를 개발하고자 다양한 연구를 수행하였다. 본 발명자들은 한국인 만성 위염 환자 326명과 장형 위암 환자 153명을 대상으로 유전자형 분석 및 통계학적 분석을 수행하였으며, 놀랍게도 수많은 단일염기다형 중 극히 일부의 단일염기다형만이 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군에서 통계적으로 유의성 있는 차이를 나타낸다는 것을 발견하였다. 특히, 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 단일염기다형은 하디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium) 및 로지스틱 회기분석 결과, 각각의 다형성 부위에 위험대립인자가 존재함을 확인하였다.
본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 길이는 10 내지 100 뉴클레오티드, 바람직하게는 20 내지 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 40 내지 60 뉴클레오티드이다.
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열이다. 다형성 서열 (polymorphic sequence)이란 뉴클레오티드 서열 중에 단일염기다형을 나타내는 다형성 부위 (polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 다형성 부위 (polymorphic site)란 다형성 서열 중 단일염기다형이 일어나는 부위를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단을 위한 증폭용 대립형질 특이적 프라이머를 포함한다. 여기서 "프라이머(primer)"란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건 (예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트(ATP,GTP,CTP,TTP) 및 DNA 폴리머라제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 10 내지 100, 바람직하게는 10 내지 80 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 3'-말단이 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 단일염기다형과 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 DNA에서 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두 개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 증폭된 산물만을 특이적으로 염색하여 시각화한다. 이는 특정 대립형질 형태가 존재한다는 것을 의미한다. 여기서 사용되는 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드들이 다른 변성화 과정을 거치게 되면, GoldenGate Assay 뿐만 아니라 다른 방법들에 의해서도 사용될 수 있다.
본 발명은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 장형 위암 진단용 프로브 및 이를 포함하는 장형 위암 진단용 마이크로어레이를 포함한다. 또한, 본 발명은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 장형 위암 진단용 키트를 포함한다.
본 발명은 또한 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용한 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 단일염기다형의 분석방법으로서, 상기 단일염기다형은 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 선택된 DNA 서열(단, 상기 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)은 상기에서 정의한 바와 같다)로 구성되는 것을 특징으로 하는 분석방법을 포함한다. 상기 분석 방법에서 상기 DNA 서열의 길이는 10 내지 100 뉴클레오티드, 바람직하게는 20 내지 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 40 내지 60 뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명은 또한 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 제공한다. 상기 검출 방법에 있어서, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 1과 같다.
| 서열번호 | 다형성 부위 |
| 1 | 501 |
| 2 | 501 |
| 3 | 501 |
| 4 | 251 |
| 5 | 251 |
| 6 | 301 |
| 10 | 1093 |
| 11 | 1018 |
| 12 | 201 |
| 13 | 1001 |
| 14 | 345 |
| 15 | 1001 |
| 16 | 251 |
| 17 | 401 |
| 18 | 301 |
| 19 | 301 |
| 20 | 251 |
| 21 | 301 |
| 22 | 301 |
| 23 | 166 |
| 24 | 101 |
| 25 | 301 |
| 26 | 360 |
| 27 | 301 |
| 28 | 251 |
| 29 | 251 |
| 30 | 251 |
| 31 | 301 |
| 32 | 201 |
| 33 | 301 |
| 34 | 201 |
| 35 | 501 |
| 36 | 301 |
| 37 | 301 |
| 38 | 301 |
| 41 | 251 |
| 44 | 301 |
| 45 | 490 |
상기 검체는 혈액, 조직, 세포 등을 포함하며, 핵산 시료는 통상의 방법에 따라 얻을 수 있다. 예를 들어 혈액에 경우 다음과 같이 핵산 시료를 얻을 수 있다. 혈액을 원심분리 실험관으로 옮기고 낮은 농도의 염 성분 완충용액(low-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, and 2mM EDTA))을 5ml 첨가한다. 그리고 Nonidet P-40을 첨가한 다음, 얻어진 용액을 잘 섞어준 후, 상온에서 10분간 2,200 rpm으로 원심분리한다. 이때 얻어진 덩어리는 고농도의 염 성분 완충용액(high-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 0.4M NaCl, and 2mM EDTA))으로 재현탁한다. 게놈 DNA는 50ul의 10% SDS와 섞은 후, 55℃에서 밤새 반응시킨다. 반응 후에, 각 게놈 DNA들은 1.5ml 용량의 원심분리 실험관으로 옮겨, 6M NaCl을 0.3ml 첨가한다. 게놈 DNA들을 잘 섞어준 후, 12,000rpm에서 10분간 원심분리한다. 원심분리 후, 게놈 DNA가 들어있는 상층을 모아서 새로운 시험관으로 옮기고, 상온에서 동량의 100% 에탄올을 첨가한다. 게놈 DNA들이 침전될 때까지 잘 섞어 주고, 침전이 되면 70% 에탄올로 게놈 DNA들을 세척한다. 이 과정이 끝나면 실험관 뚜껑을 열어, 용액성분이 마르도록 놓아둔다. 그리고 TE 완충용액(pH 8.0)을 넣어 게놈 DNA를 재현탁함으로써, 핵산 시료를 얻을 수 있다.
여기에서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위(단, 상기 다형성 부위는 표 1에서 정의한 바와 같다)를 포함하는 서열을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행될 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는 상기에서 설명한 바와 같다.
또한, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 폴리뉴클레오티드 (a) 내지 (al)로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화 시키는 단계; 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하여 수행될 수 있으며, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이는 각각 10 내지 100 뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명의 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법에 따라 얻어진 결과는 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공할 수 있으며 예를 들어, 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 다형성 부위의 염기가 각각 C, G, A, A, C, C, T, A, A, G, G, A, G, G, G, T, C, A, A, G, C, A, T, G, C, C, A, C, A, T, A, C, A, C, T, C, G, T (위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 장형 위암에 걸릴 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정할 수 있다. 상기 위험 대립 인자를 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
또한, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 또는 유전자형(genotype) 분석을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 1의 DNA 서열의 다형성부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 2의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 3의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 4의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 5의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 6의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 10의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 11의 DNA 서열의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 12의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 13의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 14의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 분석을 포함하거나, 서열번호 15의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 16의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 분석을 포함하거나, 서열번호 17의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 18의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele) 분석을 포함하거나, 서열번호 19의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 20의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 21의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 22의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 239의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 24의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 25의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 26의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 27의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 28의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 29의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 30의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 31의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 32의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 33의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 34의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 35의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 36의 DNA 서열의 다형성 부위의 열성 유전자형(recessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 37의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 38의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 41의 DNA 서열의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 44의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 45의 DNA 서열의 다형성 부위의 대립인자형(allele), 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함할 수 있다.
예를 들어, 서열번호 1 내지 6, 서열번호 10 내지 13, 서열번호 15, 서열번호 17, 서열번호 19 내지 38, 서열번호 41, 서열번호 44 내지 45의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C(서열번호 1), G/G(서열번호 2), A/A(서열번호 3), A/A(서열번호 4), C/C(서열번호 5), T/C와 C/C(서열번호 6), T/T(서열번호 10), A/A와 A/G(서열번호 11), G/A와 A/A(서열번호 12), G/G(서열번호 13), A/A(서열번호 15), A/G와 G/G(서열번호 17), C/T와 T/T(서열번호 19), C/C(서열번호 20), A/A(서열번호 21), A/A(서열번호 22), G/G(서열번호 23), C/C(서열번호 24), A/A(서열번호 25), C/T와 T/T(서열번호 26), T/G와 G/G(서열번호 27), C/C와 C/T(서열번호 28), C/C와 C/T(서열번호 29), A/A와 A/G(서열번호 30), T/C와 C/C(서열번호 31), A/A와 A/G(서열번호 32), T/T와 T/C(서열번호 33), A/A와 A/G(서열번호 34), C/C와 C/A(서열번호 35), A/A와 A/G(서열번호 36), T/C와 C/C(서열번호 37), C/T와 T/T(서열번호 38), T/C와 C/C(서열번호 41), T/G와 G/G(서열번호 44), C/T와 T/T(서열번호 45)가 하나 이상 존재하는 경우 장형 위암에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 유전자형을 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
본 발명은 또한, 장형위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 상기 핵산 시료로부터 반수체형(haplotype)을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 포함한다. 구체적으로, 상기 반수체형 분석은 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 4 및 5의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 6 내지 8의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 9 및 10의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 18 및 19의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 21 및 22의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 27 및 28의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 30 내지 36의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 서열번호 39 및 40의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형; 및 서열번호 42 내지 45의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형으로 이루어진 군으로부터 선택된 반수체형을 분석함으로써 수행될 수 있다. 단, 반수체형 분석에 있어서, 상기 DNA 서열의 다형성 부위는 다음 표 2와 같다.
| 서열번호 | 다형성 부위 |
| 1 | 501 |
| 2 | 501 |
| 4 | 251 |
| 5 | 251 |
| 6 | 301 |
| 7 | 301 |
| 8 | 301 |
| 9 | 401 |
| 10 | 1093 |
| 18 | 301 |
| 19 | 301 |
| 21 | 301 |
| 22 | 301 |
| 27 | 301 |
| 28 | 251 |
| 30 | 251 |
| 31 | 301 |
| 32 | 201 |
| 33 | 301 |
| 34 | 201 |
| 35 | 501 |
| 36 | 301 |
| 39 | 301 |
| 40 | 481 |
| 42 | 885 |
| 43 | 452 |
| 44 | 301 |
| 45 | 490 |
즉, 서열번호 1 및 2, 서열번호 4 및 5, 서열번호 6 내지 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 18 및 19, 서열번호 21 및 22, 서열번호 27 및 28, 서열번호 30 내지 36, 서열번호 39 및 40, 서열번호 42 내지 45의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석결과, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열이 C-G 반수체형을 둘 다 가지는 경우(즉, 이배체형(diplotype)을 가지는 경우), 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, A-A 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 1a 및 1b 참조), 서열번호 4 및 5의 DNA 서열이 A-C 반수체형을 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G 반수체형을 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 2a 및 2b 참조), 서열번호 6 내지 8 의 DNA 서열이 C-A-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 3a 및 3b 참조), 서열번호 9 및 10의 DNA 서열이 C-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 4a 및 4b 참조), 서열번호 18 및 19의 DNA 서열이 G-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, A-C 반수체형을 나타내는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 5a 및 5b 참조), 서열번호 21 및 22 의 DNA 서열이 A-A를 둘다 갖는 경우, 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 6a 및 6b 참조), 서열번호 27 및 28 의 DNA 서열이 G-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-T 반수체형을 둘다 갖는 경우, 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 7a 및 7b 참조), 서열번호 30 내지 36의 DNA 서열이 G-T-G-G-A-G 반수체형을 둘다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 8a 및 8b 참조), 서열번호 39 내지 40의 DNA 서열이 T-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고(표 9, 도 9a 및 9b 참조), 서열번호 42 내지 45의 DNA 서열이 A-A-T-C 반수체형을 둘다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다(표 9, 도 10a 및 10b 참조).
이하, 본 발명을 실시예를 통하여 더욱 상세히 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1. 피검자 선정
본 실험은 한국 아주대 병원으로부터 임상적으로 장형 위암으로 진단받은 153명의 환자들과 만성 위염으로 진단받은 326명의 환자들로부터 동의를 받아서 실험과 연관성 분석이 수행되었다. 479명의 환자 모두가 Helicobacter pylori에 감염된 환자이다. 사용된 군집의 크기는 다음 표 3과 같다.
| 그룹 | 만성 위염 환자군 | 장형 위암 환자군 | 총합계 |
| 조사인원 | 326 | 153 | 479 |
2. 게놈 DNA의 준비
게놈 DNA(genomic DNA; gDNA)를 준비하기 위하여 장형 위암 환자와 만성 위염 환자들로부터 혈액을 채취하였다. 전체 정맥혈의 5ml은 각 지원자들의 전주정맥으로부터 얻었고 15% EDTA가 들어있는 Vacutainer tube로 옮겨졌다. 게놈 DNA를 추출하기 위하여, 혈액을 원심분리 실험관으로 옮기고 낮은 농도의 염 성분 완충용액(low-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, and 2mM EDTA))을 5ml 첨가 하였다. 그리고 Nonidet P-40을 첨가하였다. 얻어진 용액을 잘 섞어준 후, 상온에서 10분간 2,200 rpm으로 원심분리 하였다. 이 때 얻어진 덩어리는 고농도의 염 성분 완충용액(high-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 0.4M NaCl, and 2mM EDTA))으로 재현탁 하였다. 이 게놈 DNA는 50ul의 10% SDS와 섞은 후, 55℃에서 밤새 반응시켰다.
반응 후에, 각 게놈 DNA들은 1.5ml 용량의 원심분리 실험관으로 옮겨, 6M NaCl을 0.3ml 첨가하였다. 게놈 DNA들을 잘 섞어준 후, 12,000rpm에서 10분간 원심분리하였다. 원심분리 후, 게놈 DNA가 들어있는 상층을 모아서 새로운 시험관으로 옮기고, 상온에서 동량의 100% 에탄올을 첨가하였다. 게놈 DNA들이 침전될 때까지 잘 섞어 주고, 침전이 되면 70% 에탄올로 게놈 DNA들을 세척하였다. 이 과정이 끝나면 실험관 뚜껑을 열어, 용액성분이 마르도록 놓아둔다. 그리고 TE 완충용액(pH 8.0)을 넣어 게놈 DNA를 재현탁하였다.
준비된 게놈 DNA는 GoldenGate Assay를 위해 Quant-iTTM PicoGreen dsDNA reagent (Molecular Probes, Invitrogen)을 사용하여 250ng/5uL의 농도로 조정하였다.
3. 게놈 DNA의 증폭 및 유전자형 분석 - Goldengate assay
Goldengate assay 방법에 따라, Sentrix array matrix chip을 사용하여 유전자형을 분석하였다. 일루미나사(Illumina Inc.)로부터 GoldenGate assay를 위한 모든 시약과 Sentrix array matrix chip을 구입하여 사용하였다. 모든 과정은 일루미나사의 GoldenGate assay 방법에 따라 시행하였다.
게놈 DNA 시료(250 ng/5 ㎕)는 96웰 플레이트에서 5 ul의 GS#-MS1 시약과 혼합하였다. 플레이트를 밀봉하고 250×g에서 1 분 동안 원심분리하고, 95 ℃ heat block에서 30 분간 반응시켰다. 여기에 5 ul GS#-SUD를 넣고 혼합한 후 5 ul 2-프로판올을 넣고, 다시 혼합한 후에 3,000×g에서 20분 동안 원심분리한 후 상등액을 제거하고 펠렛을 건조시켰다. 건조된 DNA는 10 ul의 GS#-RS1 시약을 넣고 잘 풀어주었다. 여기에 10 ul의 GS#-OPA와 30 ul의 GS#-OB1를 넣고, 잘 혼합한 후 70℃ heat block에 넣고 30℃가 될 때까지 천천히 식혔다. GS#-ASE 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 위와 동일한 방법으로 50 ul GS#-UB1로 세척 후, 상등액을 제거하고, 37 ul GS#-MEL을 넣어주고 잘 혼합한 후에 45℃에서 15분간 배양하였다. 위 플레이트를 다시 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-UB1을 넣어주었다. 다시 위 과정을 반복하고, 35 ul GS#-IP1을 넣어주고 잘 혼합한 후 95℃ heat block에서 1분간 배양(incubation)하였다. 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액 30 ul를 GS#-PCR 플레이트에 옮긴 후 64 ul의 illumina-recommended DNA polymerase와 100 ul UDG를 GS#-MMP tube에 넣어준후 잘 섞어주고, 표 4에 나타낸 조건으로 증폭시켰다.
| 온도 | 각 온도에서의 시간 | |
| 37℃ | 10 min | |
| 95℃ | 3 min | |
| 34 사이클 | 95℃ | 35 sec |
| 56℃ | 35 sec | |
| 72℃ | 2 min | |
| 72℃ | 10 min | |
| 4℃ | 5 min |
반응 후에 20 ul의 GS#MPB를 넣고 잘 혼합한 후, 96웰 필터 플레이트에 옮기고, 암실에서 60분 동안 방치하였다. 필터 플레이트 어댑터를 96웰 V-bottom에 놓고, 원심 분리하여 상등액을 제거하였다. 다시 필터 플레이트에 50 ul GS#-UB2를 넣고 1000 x g에서 5 분간 원심 분리하였다. 30 ul의 GS#_MH1가 들어있는 GS#-INT 플레이트를 필터 플레이트위에 놓고, 30 ul의 0.1N NaOH를 필터 플레이트에 넣었다. 1000 xg에서 5 분간 원심 분리하여 PCR 생산물을 수거하였다.
칩을 GS#-UB2와 NaOH에서 전 처리하고, 수거한 PCR 산물을 384웰에 옮기고 여기에 전처리한 칩을 올렸다. 60 ℃에서 30 분 동안 혼성화시키고 다시 온도를 45℃로 바꾸고 14시간 이상 혼성화시켰다. GS#UB2, GS#IS1에서 세척한 후에 상온에서 건조시킨 후, 분석을 위해서 이미지 스캐닝(image scanning)을 실시하였다.
유전자형 분석 이미지 파일로부터의 유전자형의 분석은 Illumina사의 Beadstudio를 사용하여 각 다형성에 대한 유전자형를 확인하였다. Beadstudio는 두 개의 대립인자를 인식하는 프로브들 사이의 발색의 세기에 대한 비율을 가지고 전형적인 유전자형의 패턴을 나타낸다.
4. 통계학적 분석
단일염기다형들을 구성하는 대립인자들에 대한 집단내의 유전학적 분포여부에 대하여 하아디-와인버그 평형 검정을 하였다. 여기에서 단일염기다형의 기준이 되는 HWE p value > 0.05와 작은 대립인자 빈도(Minor Allele Frequency; MAF) > 0.1의 기준을 적용하였다. 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군간의 출현빈도를 이용하여 질병에 대한 각 단일염기다형들의 연관성분석은 유의수준을 < 0.05로 정하였으며, SAS software version 9.1.3를 사용하여 분석하였다. 연관성분석은 대립인자들 간의 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군에서의 출현빈도로 나누어 유의성 있는 차이를 비교하였으며, 유의수준을 < 0.05로 하였다. 오즈 비(Odds Ratio)는 로지스틱 회귀모형을 통하여 산출하였으며 대립인자(Allele), 우성 (Dominant), 열성 (Recessive) 및 공우성(Co-Dominant) 모형을 적용하였다. 각 모형에 따른 질병과의 유의성을 분석함에 있어 다수 대립인자를 A1이라 하고 소수 대립인자를 A2라 하면 대립인자(Allele) 모형은 A1의 빈도와 A2의 빈도를 비교하는 것이고, 우성 (Dominant) 모형은 A1A1의 빈도와 A1A2와 A2A2의 빈도에 대한 합을 비교하는 것이고, 열성 (Recessive) 형질 모형은 A1A1과 A1A2의 합과 A2A2의 빈도를 비교하는 것이고, 공우성 (Co-Dominant) 형질 모형은 A1A1, A1A2 및 A2A2에 대한 각각의 빈도를 비교하는 것이다.
단일염기다형들 간의 연관비평형 검정을 하였다. 이는 Haploview (ver. 4.1)을 사용하였다. 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군 모두에서 형성되는 각 단일염기다형들간의 상호연관성에 대한 분석에서 형성된 연관비평형블록으로부터 반수체형이 형성되었으며, 이들을 장형 위암 환자군과 만성 위염 환자군으로 나누어 장형 위암 환자군 특이적인 반수체형을 분석하였다.
5. 결과
(1) PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4, NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17, UBR5, KIAA0196, 및 NSMCE2 유전자에 존재하는 유의성을 나타내는 단일염기다형
하기 표 5a 및 5b는 상기 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군이 참여하여 장형 위암과의 연관성을 분석한 결과 유의성 있는 차이를 나타낸 서열의 목록으로서, 이 중 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 다형성 서열은 통계학적으로 유의성 있는 차이를 나타내는 것을 분석되었다.
ㆍ서열번호는 각 단일염기다형을 나타내는 서열번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍ대립인자는 각 단일염기다형에서의 Major allele과 Minor allele을 나타낸다.
ㆍ염색체는 각 단일염기다형들이 몇 번 염색체에 위치하고 있는지를 나타내주고 있다.
ㆍ위치는 염색체상에서 표준염기서열의 위치를 의미한다(NCBI Genome build 36.3).
ㆍSNP 역할은 상기 단일염기다형들이 유전자상에서 어디에 위치하고 있는지를 나타내주고 있다. 따라서 각각의 단일염기다형들이 유전자의 발현과 기능에 있어서 어떻게 작용하는지를 알 수 있다.
ㆍ아미노산의 변화는 상기 단일염기다형들이 유전자가 발현되어 단백질을 생성할 때, 그 단백질을 이루는 아미노산에 변화를 주고 있는지에 대한 설명이다.
(2) 유전자형(genotype) 및 위험대립인자 분석
하기 표 6a 내지 표 6d는 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 DNA 서열의 대립인자 빈도와 각 유전자형에 대한 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 각각의 빈도를 나타내며, 표 7a 내지 표 7e는 표 6a 내지 표 6d의 유전자형 빈도를 토대로 진행한 하아디-와인버그 평형 검정(Hardy-Weinberg Equilibrium Test) 결과와 장형 위암 연관성 분석[즉, 케이스-컨트롤 연관 분석(Case-control association study)] 결과로서, 하기 연관성 분석에 의해 장형 위암에 영향을 미칠 수 있는 단일염기다형들과 이들의 유전자형을 확인할 수 있다.
ㆍ서열번호는 각 단일염기다형을 나타내는 서열번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍ 대립인자형 빈도(allele frequency) 란에서는 집단 내에서 관찰되는 각각의 대립인자들의 빈도를 나타내고 있다. 여기서 대립인자란 단일염기다형 부위에 실제로 존재하고 있는 뉴클레오티드의 염기서열을 뜻하며, 하나의 단일염기다형은 그 특성상 두 개의 대립인자를 가질 수 있다. 이들 대립인자 빈도의 고저에 따라 다수 대립인자(Major allele)와 소수 대립인자(Minor allele)로 나뉜다. 특히 소수 대립인자의 빈도(Minor allele frequency; MAF)는 0.1을 기준으로 하여 단일염기다형과 단일염기변이(point mutation)을 나누는 유전학적 기준으로 사용된다. 이러한 기준은 다형성 자체의 안정성을 뜻하기 때문에(즉, 단일염기다형이 일어나는 부위는 일정하다라는 의미), 유전적 표지인자로써의 사용 가능성을 대변해 준다.
ㆍ 유전자형은 각 단일염기다형을 형성하는 각각의 대립인자들로 이루어지며, 단일염기다형 부위가 존재하는 유전자좌(locus)에 어떠한 대립인자들이 있는지를 나타내 주고 있다.
ㆍ 유전자형 빈도수(genotype frequency)와 유전자형 빈도 % 란은 각각의 유전자형에 해당하는 사람들의 수를 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군으로 나누어 나타낸다. 이를 관측치라고 할 수 있다.
표 7a 내지 표 7e는 하나의 단일염기다형을 이루는 두 개의 대립인자와 이로 인하여 형성되는 3가지 형태의 유전자형에 대한 만성 위염 환자군-장형 위암 환자군 간의 빈도차이를 비교하여 어떠한 대립인자가 또는 어떠한 유전자형이 질병과 연관되어 있는지를 분석한 결과이다. 이러한 연관성 분석은 대립인자형(allele model), 공동-우성 유전자형(Co-dominant model), 우성 유전자형(Dominant model), 그리고 열성 유전자형(Recessive model)이라는 네 가지 항목에서 실시하였다. 표 7a 내지 표 7e에 있어서 각 칼럼이 의미하는 바는 다음과 같다.
ㆍ서열번호는 각각의 단일염기다형을 나타내는 번호이다.
ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다.
ㆍHWE는 하아디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium)의 상태를 나타내는 것이다. 카이제곱 (df=1) 검정에서 chi-value = 3.84(p-value=0.05, df=1)을 기준으로, 3.84보다 큰 경우에는 하아디-와인버크 평형 HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium)으로 판단하고, 3.84보다 작은 경우에는 하아디-와인버그 비평형 (Hardy-Weinberg Disequilibrium)으로 판단하였다. 이는 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 모두에서 관찰된 각 단일염기다형들의 유전적 표지인자로서의 기능과 이들로 이루어지는 유전자형의 분포가 일반적인 것들인지를 나타낸다.
ㆍ오즈 비율 (odds ratio, OR)은 장형 위암 환자 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈에 대한 만성 위염 환자군 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈의 비율을 나타낸다. 95% 신뢰하한과 95% 신뢰상한은 오즈 비율의 95% 신뢰구간을 나타낸다. 신뢰구간은 1을 포함하는 경우에는 질병과의 연관성을 유의하다고 판단할 수 없다. 오즈비율이 1보다 크고 95%신뢰구간에 1이 포함되어 있지 않은 경우 소수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가지며, 오즈비율이 1보다 작은 경우에는 다수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가진다.
ㆍ연관성 분석에서 Logit p value는 오즈비에 대한 통계적 유의성을 나타낸다. 이는 오즈비 만큼 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군간에 차이에 대한 유의성을 뜻한다. 여기서 유의성있는 차이가 있다고 판단하는 기준은 Logit_p value가 0.05 이하의 값을 나타낼 경우이다. 이러한 값은 로지스틱 회귀(logistic regression) 분석을 통하여 얻었다.
ㆍ위험 대립 인자 (risk allele)는 p-value에 유의성이 있는 경우 오즈비가 1 보가 크면 소수 대립인자, 오즈비가 1 보다 작으면 다수 대립인자로 하였다.
ㆍ각 네가지 분석모델에 따른 질병과의 유의성을 분석함에 있어 다수 대립인자를 A1이라 하고 소수 대립인자를 A2라 하면 우성 (Dominant) 모형은 A1A1의 빈도와 A1A2와 A2A2의 빈도에 대한 합을 비교하는 것이고, 열성 (Recessive) 형질 모형은 A1A1과 A1A2의 합과 A2A2의 빈도를 비교하는 것이고, 공우성 (Co-Dominant) 형질 모형은 A1A1, A1A2 및 A2A2에 대한 각각의 빈도를 비교하는 것이다.
각 네가지 분석모델에 대한 연관성 분석은 대립형질들이 만성 위염 환자군과 장형 위암 환자군 사이에서 출현되는 빈도수의 비율을 통하여 위험 대립인자가 장형 위암에 어느 정도의 연관성 (위험도)를 가지고 있는지 확인할 수 있다. 95% 신뢰구간에 1을 포함하고 있을 경우 유의성이 없기 때문에, 상기 표 7a 내지 표 7e로부터 확인할 수 있는 바와 같이, 서열번호 1 내지 6, 10 내지 38, 41, 및 44 내지 45의 다형성 부위의 염기가 각각 C, G, A, A, C, C, T, A, A, G, G, A, G, G, G, T, C, A, A, G, C, A, T, G, C, C, A, C, A, T, A, C, A, C, T, C, G, T (위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 장형 위암에 걸릴 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다.
서열번호 19는 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내며, 서열번호 6, 서열번호 21, 서열번호 26 내지 27, 서열번호 44 내지 45는 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 우성 유전자형(dominant genotype)에서 유의성을 보이며, 서열번호 2 내지 5, 서열번호 11, 서열번호 20, 서열번호 22는 공우성 유전자형(co-dominant genotype), 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내며, 서열번호 10, 서열번호 12 내지 13, 서열번호 17, 서열번호 23 내지 25, 서열번호 37 내지 38, 서열번호 41은 우성 유전자형(dominant genotype)에서 유의성을 보이며, 서열번호 1, 서열번호 15, 서열번호 28 내지 30, 서열번호 32 내지 36은 열성 유전자형(recessive genotype)에서 유의성을 나타내고, 서열번호 31은 공우성 유전자형(co-dominant genotype)에서 유의성을 나타내었다. 상기 결과로 부터 서열번호 1 내지 6, 서열번호 10 내지 13, 서열번호 15, 서열번호 17, 서열번호 19 내지 38, 서열번호 41, 서열번호 44 내지 45의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C(서열번호 1), G/G(서열번호 2), A/A(서열번호 3), A/A(서열번호 4), C/C(서열번호 5), T/C와 C/C(서열번호 6), T/T(서열번호 10), A/A와 A/G(서열번호 11), G/A와 A/A(서열번호 12), G/G(서열번호 13), A/A(서열번호 15), A/G와 G/G(서열번호 17), C/T와 T/T(서열번호 19), C/C(서열번호 20), A/A(서열번호 21), A/A(서열번호 22), G/G(서열번호 23), C/C(서열번호 24), A/A(서열번호 25), C/T와 T/T(서열번호 26), T/G와 G/G(서열번호 27), C/C와 C/T(서열번호 28), C/C와 C/T(서열번호 29), A/A와 A/G(서열번호 30), T/C와 C/C(서열번호 31), A/A와 A/G(서열번호 32), T/T와 T/C(서열번호 33), A/A와 A/G(서열번호 34), C/C와 C/A(서열번호 35), A/A와 A/G(서열번호 36), T/C와 C/C(서열번호 37), C/T와 T/T(서열번호 38), T/C와 C/C(서열번호 41), T/G와 G/G(서열번호 44), C/T와 T/T(서열번호 45)가 하나 이상 존재하는 경우 장형 위암에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 유전자형을 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.
(3) 반수체형 분석
표 8a, 표 8b 및 도 1a 내지 도 10a는 서열번호 1 및 2, 서열번호 4 및 5, 서열번호 6 내지 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 18 및 19, 서열번호 21 및 22, 서열번호 27 및 28, 서열번호 30 내지 36, 서열번호 39 및 40, 서열번호 42 내지 45에 대한 다형성 부위간의 연관성을 나타내며, 도 1b 내지 도 10b는 이를 토대로, 도 1a 내지 도 10a로부터 형성된 연관 비평형 블록(Linkage Disequilibrium Block)으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형(Haplotype)을 나타낸다. 표 9a 내지 표 9d는 각 블록의 반수체형에 대한 장형 위암과의 연관성 검정 결과이다.
표 8a 및 표 8b는 도 1a 내지 도 10a에 나타난 각 단일염기다형들 사이의 연관비평형 블록의 조밀함을 수치화하여 나타낸 것으로 D' 값과 r2값을 나타내고 있다. D' 값이 0.8 이상이 될 때, 각 단일염기다형들은 연관비평형 관계에 있다고 판단하며, 도 1a 내지 도 10a에서 보듯이 붉은 색으로 표시된다. 이러한 D' 값의 범위는 0 ～ 1까지 이며, 각 단일염기다형들 사이의 게놈 DNA 상에서의 떨어져 있는 거리에 대한 계산이 포함되어 있다. 또한 r2 값은 각 단일염기다형들 간의 상관관계를 나타내는 것으로 r2 값이 0.3 이상이면 그 값에 해당하는 단일염기다형들이 매우 조밀하게 묶여있다는 것을 뜻한다. 이는 앞서 언급한 도 1a 내지 도 10a와 표 8a 및 8b에서 뜻하는 바는 1 및 2, 서열번호 4 및 5, 서열번호 6 내지 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 18 및 19, 서열번호 21 및 22, 서열번호 27 및 28, 서열번호 30 내지 36, 서열번호 39 및 40, 서열번호 42 내지 45의 단일염기다형들이 서로 밀접하게 연관되어 있어 유전적 단위체를 형성한다는 것이다. 또한 이렇게 형성된 단위체들은 다음 세대로 유전될 때, 같이 묶여서 전달 되게 된다. 따라서 연관비평형 블록들이 환자군 특이적으로 나타나 질병을 일으키는데, 많은 영향을 미칠 경우, 그 블록 자체가 다음 세대로 전달되기 때문에, 다음 세대의 자손에 대한 질병이 일어날 수 있는 빈도를 예측할 수 있다.
연관비평형 블록들로부터 형성되는 유전적 단위체는 각 단일염기다형의 대립인자형 분석으로부터 그 유형이 결정되는데, 이를 반수체형(haplotype)이라고 한다 (도 1b 내지 도 10b). 도 1b 내지 도 10b는 각각 도 1a 내지 도 10a로부터 형성된 연관비평형 블록으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형이다. 도 1a 내지 도 10a에서 나타난 한 개의 연관비평형 블록으로부터 각각 도 1b 내지 도 10b에 상응하는 반수체형이 나타나며, 각각의 블록에서 환자군에서 특이적으로 많이 나타나는 반수체형과 정상인군에서 특이적으로 많이 나타나는 반수체형이 관찰 되었다(표 9a 내지 표 9d). 반수체형은 다음 세대로 유전되기 때문에, 이러한 반수체형이 질병과 연관되는지를 분석할 필요가 있다. 총체적으로 연관비평형블록과 반수체형에 대한 질병관련 분석은 지금 세대에서의 질병의 예측 뿐 만아니라, 그 질병의 다음 세대로의 전달까지 예측할 수 있게 한다. 표 9a 내지 표 9d는 도 1b 내지 도 10b의 반수체형들의 빈도수가 환자군과 정상인군 사이에서 나타나는 빈도에 유의성 있는 차이를 조사한 표이다.
서열번호 1 및 2, 서열번호 4 및 5, 서열번호 6 내지 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 18 및 19, 서열번호 21 및 22, 서열번호 27 및 28, 서열번호 30 내지 36, 서열번호 39 및 40, 서열번호 42 내지 45의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석결과, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열이 C-G 반수체형을 둘 다 가지는 경우(즉, 이배체형을 가지는 경우), 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, A-A 반수체형을 하나라도 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 4 및 5의 DNA 서열이 A-C 반수체형을 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G 반수체형을 나타내는 경우 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 6 내지 8 의 DNA 서열이 C-A-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 9 및 10의 DNA 서열이 C-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 18 및 19의 DNA 서열이 G-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, A-C 반수체형을 나타내는 경우, 장형 위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 21 및 22 의 DNA 서열이 A-A를 둘다 갖는 경우, 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, G-G 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 27 및 28 의 DNA 서열이 G-C 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있으며, T-T 반수체형을 둘다 갖는 경우, 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 30 내지 36의 DNA 서열이 G-T-G-G-A-G 반수체형을 둘다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 저항성을 갖는 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 39 내지 40의 DNA 서열이 T-T 반수체형을 하나라도 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있고, 서열번호 42 내지 45의 DNA 서열이 A-A-T-C 반수체형을 둘다 갖는 경우, 그렇지 않은 사람보다 장형위암에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다.
도 1a 및 1b는 각각 서열번호 1 및 2의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 2a 및 2b는 각각 서열번호 4 및 5의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 3a 및 3b는 각각 서열번호 6 내지 8의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 4a 및 5b는 각각 서열번호 9 및 10의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 5a 및 5b는 각각 서열번호 18 및 19의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 6a 및 6b는 각각 서열번호 21 및 22의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 7a 및 7b는 각각 서열번호 27 및 28의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 8a 및 8b는 각각 서열번호 30 내지 36의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 9a 및 9b는 각각 서열번호 39 및 40의 단일염기다형들 간의 연관비평형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
도 10a 및 10b는 각각 서열번호 42 내지 45의 단일염기다형들 간의 연관비평 형블록 및 상기 연관비평형블록으로부터 형성된 반수체형을 나타낸다.
<110> College of Medicine Pochon CHA University Industry-Academic Cooperation Foundation
<120> Polynucleotides derived from PRKCI, MAPK10, SPP1, IQGAP2, FGFR4,
NOTCH4, HLA-DRA, HLA-DOA, THBS2, DFNA5, TBXAS1, TNKS, CDH17,
UBR5, KIAA0196, and NSMCE2 genes comprising single nucleotide
polymorphisms, microarrays and diagnostic kits comprising the
same, and analytic methods using the same
<130> PN0316
<160> 45
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 1001
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
tccaaattga tttctttgca tgtggatatt cagttatccc accatcattt gttgaaaaga 60
ctatttttct cccatttaat tgtttgcaca attgtcaaaa atcaaatgac caaaatttaa 120
gggtttattc ctggatttta aattctattc tattgattga tttgtctatc ctttgacaat 180
aatcacagtg tcttcattac tgtagttttt tagtaacttt taaaacaagg aagtgtgagt 240
cttacaactt tttttttttt caagagtgtc ttggctattc tggatccctt acattttcat 300
gtgaatttta ggatcaactt gtcaatttct ttaagaaagc cagctgagat tttgataacg 360
attgccttga atctgtgaat cagtttgtgt ggtttttgtc atgttaacag tattaaacct 420
tccaatccat gaacatggga taacttttca tttatttagg cagcttcaat tgctttctca 480
ttttcagagt atacattttg macttctttt actcttaaat attttattct ttataatgct 540
attgtaaaca aattgttttc ttagtttcct ttttgaatta ttcacttcta ctatagagaa 600
atgcagttga tttttgcata ttgttgatat tgtattgcag aacttgttta ttaggtgaat 660
tccttaggat ttcctgcata taagactgtc attttttttt tttttttttt tgagatggag 720
tctcgctctg ttgcccaggc tggagtgcag tggcacgatc tgggctgact gcaagctccg 780
cctcctgggc tcatgccagt ctcctgcctc agcctcctga gtagctggga ctacaggcac 840
tcgccaccat gcccagctaa ttttttgtat ttttagtaga gacagggttt cactgtgtta 900
gccaggatgg tctcaatctc ctgacctcgt gatccacccg cctcggcctc ccaaagtgct 960
gggattacag gcgtgagcca ctgtgaccag ccaagactgt c 1001
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<211> 1001
<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tctcactgtg cattgtgttg cccagggacg gagtctcgct ggagtgcagt ggtgcagtct 60
cagaggctca cagcaacctc tgcctcctgg gtttaagcga ttctcgtgcc tcagcctccg 120
gagtagctgg gattacaggt gcccgtatat tttataatat attccataat taatcgctcc 180
gtattaaact tgctgatgca ggtctccaat tactgaaaaa cctgatacca agtttttcaa 240
tgggattttt ttgtttgttt aagagatggg gtctcaccat gttgctcagg ctggccttga 300
actcctgggc tcaagtgatc ctccagcctc agcctctcaa aggctgggac tacaggcatg 360
tagcactttg cctgactcaa ggggaatttt tagtaagagt atataatcca agtctgtagc 420
agttggagga tgtcgtacca cgctgaagtg tcacacataa ctgatgactc agtcccccaa 480
gcctatttta tcatcgtaaa raaagctatt tctttgatta ttccaactct ttcagcacca 540
ggactgctgc aggggctgga ttcatgctac ctgtagttgc agtgtaaatt atgtgtcaga 600
gccaagatcc taggaaagtc aaagactagg ttacaagagc gattcttttt tttttttttt 660
tttttttttt ttgagacaga gtcttgctct gtcgcccagg ctggagtgca gtggcacagt 720
cttggctcac tgcaacctcc gcctccctgg ttcacgccat tctcctgcct tagcctcccg 780
agtagctggg actacaggcg cccgccacca cgcccggcta attttttgtg tttttagtag 840
agacggggtt tcaccgtgtt agccaggatg gtctcgatct cctgaccttg tgatccgccc 900
gcctcggcct cccaaagtgc tgggattaca ggcttgagcc accgcgcccg gccaaggacg 960
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<212> DNA
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agctagcctg aacaaaaaga acaaaactgg agggatcaca ttctatgcct ttaaattata 60
ctacaaactg tagtaaccaa agcaggatgg tgctggcata aaaacagaca cataaaccga 120
tggaacagaa gagagaaccc agaaataaat ccatacatct agagtgaact cattttttac 180
aaaggtgcca agaacataac actggggaaa agacagcctt caataaataa gactgtcaat 240
aaatagtgct gggaaaacaa gatatccaca tgcagaagaa tgaatgaaac tagaccccta 300
tttctcgcca tatacaaaaa tcaaatcaaa atgaattaaa gacttaaatc caaaacctca 360
aactatgcaa ctactaaaag aaaaaactgt ggaaactctc catgacactg gtccaggcaa 420
gtaattcttg agtagcaccc cgcaatcaca ggtaatcaaa gcaaaaatag gtaagtggga 480
tcacatcaac ttaggtttct rcaaaacaaa gcaatcaaaa aaatgaagag acaacccaca 540
gaatgggaga aaatatttgc acactatgca tctgacaaag gattaataac cagaatagac 600
aaggagttca aacaactcaa taggaaaaaa aaaacctaat aatctgatta aataatgggc 660
aaaagatatg aatagacatt tttccttttt tttttttgga aacggatctt gctctgtcac 720
ccaggctgga gtgcagtggc gtaatcttgg ctcactgcaa cctctgcctc ctgggttcaa 780
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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ggcattttta acaatcaggt tatctgcaat attaaccaga aaaaaaatgg tagcaaaata 60
gagaaaatgg gccattttta ttccagggga caagctgcac aaaggaatgt tcttctattt 120
attttaaaca aatgactgcg tgtactgaat ctgactgtgt gaaataatct cagaatggca 180
gcaccactgg catggcgatg gtgcaggtgg gtgcagttcc ctgtggtctc tattgcttga 240
agagagaaag raagttccct attattatat ttaaggcagt tttcagagca ctggcattct 300
tgtttgctct gttttgggga tattctattt gccaatcagt tcacactcat caaccatcca 360
cttcctgtct ttcacttctt caggtgaaat atcaccactc tagtgagcac caacatggtc 420
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ctgagatcac cttggtattg c 501
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tggtccattt catgtgatct attactctga cataaaccca tctgtaatat attgccagta 60
tataagctgt ttagtttgtt aattgattaa actgtatgtc ttataagaaa acatgtaaag 120
ggggaatata tggggggagt gagctctctc agacccttga agatgtagct tccaaatttg 180
aatggattaa atggcacctg tataccaatt tgtagaaaga acatatgtga tacttatgta 240
aagtgtgggg sgagtgggta acagttttca ggcacaaaat ggtttggcct tctgaaggca 300
ggtgtgaata aaagctgaga gtcttttctg tgacagtaaa gagtaggaga gactggaggg 360
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gtgtccctgt tttagagatt tggctctata cccatttgtc atttctcaat tactggtcac 480
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ataattattc ttcatttgtg ccgtgattca gtaccctgat gctacagacg aggacatcac 120
ctcacacatg gaaagcgagg agttgaatgg tgcatacaag gccatccccg ttgcccagga 180
cctgaacgcg ccttctgatt gggacagccg tgggaaggac agttatgaaa cgagtcagct 240
ggatgaccag agtgctgaaa cccacagcca caagcagtcc agattatata agcggaaagc 300
yaatgatgag agcaatgagc attccgatgt gattgatagt caggaacttt ccaaagtcag 360
ccgtgaattc cacagccatg aatttcacag ccatgaagat atgctggttg tagaccccaa 420
aagtaaggaa gaagataaac acctgaaatt tcgtatttct catgaattag atagtgcatc 480
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t 601
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tgatagtcag gaactttcca aagtcagccg tgaattccac agccatgaat ttcacagcca 60
tgaagatatg ctggttgtag accccaaaag taaggaagaa gataaacacc tgaaatttcn 120
tatttctcat gaattagata gtgcatcttc tgaggtcaat taaaaggaga aaaaatacaa 180
tttctcactt tgcatttagt caaaagaaaa aatgctttat agcaaaatga aagagaacat 240
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attttgttgt gattatcttt ttgtggtgtg aataaatctt ttatcttgaa tgtaataaga 600
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mgaggtggag accgcgaaac caacgggtac ttcactttgt gtctgtttca tcagttcaca 360
ctggaaaata aaagccaaac aggcaattct aataatacaa gagtcagagg tgtggaggcc 420
actaatatta aattagactg aactgtttaa ggttgccttt taaaatggct ccttccagcg 480
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actgatgaaa aaaaaaacaa acagcagcca ggccatgtta tctatcccac tcggtatttc 600
c 601
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aaatcttaca aacaacagac taatggctgg gaagtcacag agagcagtgg tgtcaatagt 60
accttttaca attccaatag aacatcatcg cataatcatg ggcaagcaac tacaatctgt 120
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tgtggaatgt aatgaaacag gaaggtagaa tcaaactagc ttcaggatac tttgtgtgga 240
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ctctctctct ctctctctct ctctatatat atatatatat atatatatat atatatatat 180
attttttttt tttttttttt tttttttttt ggtgggggga acagagtctt actctgtcac 240
ccaggctaga gtgcagtggt gcaatcttgg ctcactgcaa cctctgcctc ctggattcaa 300
gtgattctcc tacctcagcc tcccaagtag ctgggacttg aatagacact tcatttcttt 360
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ggctaagggc agacccaggg caacaggtta accgttctag ggccgggcac agggaggaga 180
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gtcctatgag gatataagcc agagagagac agagacaagg aattacaagt tggtgagagt 300
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gtccctgaca acccctgggg aagtaggggg aagtaggacg gtgtgcctgg agggcaggtg 120
ataggagggg agaaggaatc tcggaacccc ctgggcagtc ccagccctgc tgtttgttga 180
tctggtctct cctttctagg ratgagaatt gcaaggtggc tgccgtgtgc cccaggaggg 240
gcaggacctg gaaacaggta ttgggtggtt acagagttct gtattcctcc tcccaggaga 300
ggatgcttaa tttgccaggt tattacagat gcttctcaga gaacctgcaa cttgtcataa 360
tttgaaacca ctcaccttgg ctaaaggaac ccaggggctt c 401
<210> 13
<211> 2001
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
tcttgttgtg ctcaagtctt gtctctgtca tccatggtct cctacgaagt cattgcccta 60
agttcatgct gggggagcca gaagggaagt ccttggatat cttatacctc aatattggct 120
caatttcttg gggagggggt gctgtcagag attgttatct gaggatgtga catagatttc 180
tcagggcaca atttcaacta ctttttcagc tttagggttt ttagatacgt ttgtaccaca 240
attgagcatg ggagggagag gggtgagcct aagcagtgat ggctgatttc tgtcatgtct 300
gtcatgtgtc ccccagtacc tccagaggta actgtgctca caaacagccc tgtggaactg 360
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acgtggcttc gaaatggaaa acctgtcacc acaggagtgt cagagacagt cttcctgccc 480
agggaagacc accttttccg caagttccac tatctcccct tcctgccctc aactgaggac 540
gtttacgact gcagggtgga gcactggggc ttggatgagc ctcttctcaa gcactggggt 600
atggaccaac actcaatctc ctttatttca aggtttcctc ctatgatgct tgtgtgaaac 660
tcggtgttct aactgtttca taatatctgc tacaattaat ataactgtct tctcctacta 720
tccagcttcc tccttttttt aatctgtaat tctctcaata catcattctg tcttcctctt 780
ctttaatcta tgaataactt ttctctttat taagaaccct acatttgatt ctgagtgtta 840
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aagccctctc ccagagacta cagagaacgt ggtgtgtgcc ctgggcctga ctgtgggtct 960
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gtatatggag atatctgagg gaggaaaaca gggtggggaa aggaaatgta atgcatttaa 1140
gagacaaggt aggaacagat gtggctcttg atttctcttt gctagaacga atcagacatt 1200
cgtatcatct ggtatcccaa agcttcaggg tctgtcatcc ctttctatag acgggcacct 1260
tgatcacggc tccagtctta gaaatcatct ccagtaccta aaaccattgt ttcacattag 1320
aatactgagt ctagggatct agaaaataca ttagaatatg gagtctaggg atctagaaaa 1380
tactgagtct agggatctag aaaaataagc ctcaagattt gggcacatcc tagcttgtat 1440
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gtcaattcat tgcatgaaat gggaatctct tagaggccaa tgcctgcttt tgcttcttta 1560
gtctcaaatg tagtatgaga aactctaaaa aaaggtaaag catggttgct tattatgttc 1620
agttggagag tagggtatac agttagttca tgttggaaag gttagatgaa cattgaaaga 1680
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agagaagatc actgaagaaa cttctgcttt aatggcttta caaagctggc aatattacaa 1860
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tgtggatatg cctcttcgat tgctccgtac tctaacatct agctggcttc cctgtctatt 1980
gccttttcct gtatctattt t 2001
<210> 14
<211> 747
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 14
atgaagcttc tctgaattgg tgccacacga gttgtgaatg ggtgatgaat tggaggcatt 60
aatgttaagg agaattctgg ggaagatagt gtggctattg cttaatgaaa gaaggaagag 120
tagagggaag taaagatgaa gacacatgca gcgccagatc atatagagtc ttgttgacca 180
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atacctcctc ctacacattt cctagtaatg ctgatgtctg accctgttca tcctgcctca 420
tgtctcacaa gctggtctcc attcgctgct gagtaggaca gtgcagtgga aagaacatgg 480
gctctagcat cacacagacc ttccaaccac ctcctagctg tttgaccttg ggcaagttag 540
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<210> 15
<211> 2001
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 15
gccaccttat ccaagccttg ggcctctctt tatcatgcat gggactctag ggaaaagtag 60
aaaaaggaga taacatcatg gcaggatacc agtggcctct tcatacagag taaacccagg 120
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ccagactccc ggggcctctg cacctgggga cactggacac atatgtgccc atgatgatga 960
ggacggtgcc cacgaggaag cccaccaggc cgatggccag rcccagggca cagaccaggg 1020
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<210> 16
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 16
gctcatctcc acccttagaa tcaccctggt gcaggctgca ccagacctgc ctcccagtgc 60
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
tgtaacagaa tacatagaga ataatgagga gtttatgatg gaaccttaaa tatataatgt 60
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ttctgttaat agtcatcaca tttctatgcc aaacaggaac ratccataac tttagtctta 420
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gttgttgttt tgctgcactt tttacttttt tgcgtgtgga gctgtattcc cgagaccaac 540
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<210> 18
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 18
cctgggcgga gtatccacag cttgtgtccg gagccaacct tccatcactg gtgaatgctt 60
cacagagttc atgttgtctt tctttcctct tcttcttttt aaacaccatt tttagagtct 120
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<210> 19
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 19
agcctcctga gtagctggga ttacaggtac ccaccaccat gcccggctaa tttttgcatt 60
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a 601
<210> 20
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
gataatatat cctatgagct gcatcaagat aactgtcctc ccttgtctct ttcaaacgca 60
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<210> 21
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
actgaggtaa aatccgcttt tgcaaaggac tgtctttata gtgacctttg ggaactgcct 60
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cgtccttgtc aaagtcttcc tgcccagaat ttggcagatg ggggcagtta tcctgcaatt 300
rgagaaggaa gaatacttgg aaaaacattt aggaaagcgc ctctttcagg aatgcaggtg 360
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aatcccagtg aggttgccaa acaactgcag aaacaagaag agaatgacaa ggtattgctc 600
t 601
<210> 22
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 22
aaacaactgc agaaacaaga agagaatgac aaggtattgc tctgagagaa catgggagag 60
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g 601
<210> 23
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 23
cctgctgtgc aagaaggaaa ttcacactac accaatgtcc cctgaggcac taagccactc 60
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<210> 24
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 24
cctgctgtgc aagaaggaaa ttcacactac accaatgtcc cctgaggcac taagccactc 60
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caagacggtg caggtgcgtg cagtcgggct gccatgcgtt catggctgag cagtcctgga 300
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ctgaaacact tggggaaact ggctccagtc actgctggat ccaggccttg aggatatagg 480
gagctgcttt ccctgggttg atgccctctc agatgggctc tccctatggt gctggcagct 540
ccaggcttgc tcctgatttg ctgcaactcc aggggtgagg ggggcctagg actgggtctc 600
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<210> 25
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 25
aaccctcccg ccaagactac tcatcagaga ggaagctaat tcgcagggat atgaagagct 60
ttctaaaatt agttccagac gttttttgtc ttaaatctgt attatggctg ccctattttt 120
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gtcagaaaga ggcagcccac aagctgagca cagctgcaga ggttttagct tgcttactac 480
atttgaatta attgccaaac ttttaaactc aggggaattc cgcaaaaatc taggtaccag 540
cttttcttga agacaacgga agctcaggcc accctgaggc catcacctct ggcagtcacc 600
t 601
<210> 26
<211> 560
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 26
caaagtcccc agtccaccac tggctctgcc ttttaagctg gacataggaa agctttctgg 60
atgtcagtga ggccagacca cagcacacat gagcaggaac agcatgaagc tgctttcccc 120
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<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 27
tcagccggta tttctgatgg tctctgctgg cagatgtctt tgccccaatc tttgccattg 60
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<210> 28
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<400> 28
tgagctactg ggcctggccg gcaatttagt ttttaaaaat ctctgtccag cagagacttc 60
cttattttat tgttattatt attttttgta ctgatagaca caacagatgc attttgaata 120
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taagattaaa aaacagaagc atgaagaaga atgttgtgga ctgattttag ttgcactgat 360
gtgagttttc ctatccagct acactttttg tccggtgtct actgcgaaca atggcacatt 420
tcatcacaca gctggataat gttaagaatt ataatctgta accccagatt agatgaaaat 480
aaatgccact cgtaatacta a 501
<210> 29
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 29
gaccactggg agaccagatg agatatttct tatgcctccc attccaggag gccattattt 60
aggggacaca tggtgtgtta tggatatcta acatatcatg ttggatcact cccacttctc 120
aatggttctc tgctgtacat caagaagtta agattaaaaa acagaagcat gaagaagaat 180
gttgtggact gattttagtt gcactgatgt gagttttcct atccagctac actttttgtc 240
cggtgtctac ygcgaacaat ggcacatttc atcacacagc tggataatgt taagaattat 300
aatctgtaac cccagattag atgaaaataa atgccactcg taatactaat tatgttcctg 360
accttattgt atttacttac taaccccaaa taaactcatc tatttactta aatgggaata 420
ttaacatcac ataaatcata tttaacaatg aacacatgaa acaatttatc acctagttta 480
atattctgct tgactcatct a 501
<210> 30
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 30
aacatatcat gttggatcac tcccacttct caatggttct ctgctgtaca tcaagaagtt 60
aagattaaaa aacagaagca tgaagaagaa tgttgtggac tgattttagt tgcactgatg 120
tgagttttcc tatccagcta cactttttgt ccggtgtcta ctgcgaacaa tggcacattt 180
catcacacag ctggataatg ttaagaatta taatctgtaa ccccagatta gatgaaaata 240
aatgccactc rtaatactaa ttatgttcct gaccttattg tatttactta ctaaccccaa 300
ataaactcat ctatttactt aaatgggaat attaacatca cataaatcat atttaacaat 360
gaacacatga aacaatttat cacctagttt aatattctgc ttgactcatc taaatcttgt 420
ttctcttaca gaatttccat ctgtgtccac tctattggaa taatgctgtt tctgtatact 480
tctacaatgc ctgctttact a 501
<210> 31
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 31
cctatccagc tacacttttt gtccggtgtc tactgcgaac aatggcacat ttcatcacac 60
agctggataa tgttaagaat tataatctgt aaccccagat tagatgaaaa taaatgccac 120
tcgtaatact aattatgttc ctgaccttat tgtatttact tactaacccc aaataaactc 180
atctatttac ttaaatggga atattaacat cacataaatc atatttaaca atgaacacat 240
gaaacaattt atcacctagt ttaatattct gcttgactca tctaaatctt gtttctctta 300
yagaatttcc atctatgtcc actctattgg aataatgctg tttctgtata cttctacaat 360
gcctgcttta ctattgaaca gtaggtatga aatggagtcc tcaatgggat tatctcattc 420
atggatacat cttttgatag tagaaaaaca aaagtataca taggttgagg gaaagacaga 480
aaaagcagtt gctgaaaaat agcacctgat ggtgagtaat ggacagcaat caggtttttg 540
ttatgttttc ttgttgtttt tgtgacaggg tctccgccct ctgtcaccca ggctggagtg 600
c 601
<210> 32
<211> 701
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 32
tctgcttgac tcatctaaat cttgtttctc ttacagaatt tccatctgtg tccactctat 60
tggaataatg ctgtttctgt atacttctac aatgcctgct ttactattga acagtaggta 120
tgaaatggag tcctcaatgg gattatctca ttcatggata catcttttga tagtagaaaa 180
acaaaagtat acataggttg rgggaaagac agaaaaagca gttgctgaaa aatagcacct 240
gatggtgagt aatggacagc aatcaggttt ttgttatgtt ttcttgttgt ttttgtgaca 300
gggtctccgc cctctgtcac ccaggctgga gtgcagtggt gtgacctcgg ctcacagcaa 360
cctctgcctc ccgggctcaa gtgatcctcc caacagactc ctgagtagct gggactacac 420
gcatgtgcca ctttgcccag ctaatctgtg tattttttgt agagatggag cttcgccgtg 480
atggccaggc tgatcttgaa ctcccgggct caagtggccc gccggcctcg gcctcccaaa 540
gtgctaggat tacaggcatg agccaccgtg accagcctag caatcaggtt tttatctgtt 600
tcgggtgtgg gagaggctaa gctaagccag aattcaaaag aaaggaatat attcataatt 660
agttacactt agggtgaaaa ataaaatttc agagagagca g 701
<210> 33
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
ggtgtgggag aggctaagct aagccagaat tcaaaagaaa ggaatatatt cataattagt 60
tacacttagg gtgaaaaata aaatttcaga gagagcagaa taggaaaaaa aatcataatt 120
ttaataattc acacttattg cactattgtt atttcaattt tacagagaaa aacaggcata 180
gagtgatgaa atagcaagta catatataaa caacaaatgg cagagctgga acgccaatcc 240
tagcaatctg aaccagcatt taaaaacgag gaattaaagc acatagggtg agaaaaatta 300
yagggaaggg acaagagctc aaggggacac ctggaaaaga aatactataa tttaaaaaat 360
taccaacggg ctaattatac ttgtgtttta ctggcagagc gctttgtctg ttagctcttt 420
taatcccgct aataattctg tgaggttggt actataagtt ccatttttca gacaaggacg 480
cttaatagat gataacggac acattccctg cttgctctga tctgcatctc aacagctggc 540
tctggagcaa gcaaagggag actaagggaa acagagcgga gcagggcaaa gaaagccgac 600
t 601
<210> 34
<211> 705
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 34
gccatatcgt ttcctcaaac taagtgaatc caagcttgaa ttgttccagt tcaccaccca 60
tttcatatag tttggccact agccccaaga atagatattt tggcatcatc tttagttctt 120
ccttttcaaa attccctttg accaagcgtt caccatgtgt ttctcatacc catacattca 180
tccccaattt ccctaataca rtgctgtgtg ttgtgatttg tcttagattc ggttatcagc 240
agtatttatt tatttatttt tattttattt tattttattg aggagtctcg cactattgcc 300
caggctggaa tgcagtggcg tggtctcggc tcactgccat ctctgcctcc caggttcaag 360
cgattctcgt gcctcagcct cccaagtagg tgggattaca ggtgcctgcc atcacgcctg 420
gctaattttt gtggttttat tagagacggg gtatcaccat gttggccagg ctggtcttga 480
actcctgacc tcaggtgacc cgcccacctc ggcctcacac agtgctgtga gggtgtgagc 540
cactgcgccc ggcttatcag cagtatttaa ataacccttg tttctatgaa tgtagtgatg 600
agtttctata tacagttttg tgttgtgaag cctgagggga aagtgagttc ctggataagt 660
cttgtcatat ttattttgtg tttctagcac tgttgcacag cacat 705
<210> 35
<211> 806
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
ttccctttga ccaagcgttc accatgtgtt tctcataccc atacattcat ccccaatttc 60
cctaatacaa tgctgtgtgt tgtgatttgt cttagattcg gttatcagca gtatttattt 120
atttattttt attttatttt attttattga ggagtctcgc actattgccc aggctggaat 180
gcagtggcgt ggtctcggct cactgccatc tctgcctccc aggttcaagc gattctcgtg 240
cctcagcctc ccaagtaggt gggattacag gtgcctgcca tcacgcctgg ctaatttttg 300
tggttttatt agagacgggg tatcaccatg ttggccaggc tggtcttgaa ctcctgacct 360
caggtgaccc gcccacctcg gcctcacaca gtgctgtgag ggtgtgagcc actgcgcccg 420
gcttatcagc agtatttaaa taacccttgt ttctatgaat gtagtgatga gtttctatat 480
acagttttgt gttgtgaagc mtgaggggaa agtgagttcc tggataagtc ttgtcatatt 540
tattttgtgt ttctagcact gttgcacagc acatattaag tgtttagaaa atgttttttg 600
aatgaacagc ccaaagacta aaggaagagc ttccttagtt ctaaattctg tgaaatgagt 660
cagtttgaat gaagctaatg tttcttttgt tttacaccat ttactataga gtgcagtact 720
tcagttgttc atacttgttg atattgttac agatattcta atggttcttt ttacaaaatc 780
aaatatatat acaagacatt ttttcg 806
<210> 36
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 36
ttgggactca tcaacggtag tgcctcataa cttacaattg aattttactt actggaacaa 60
ctttttaata cattcattga tttaatcatt gtttgggtag tattacagca acagtctcct 120
cctctcctgc cctctccacc ctccctacgt atacacacca cataccagat gtggctgata 180
aatgctttgg attaatatat ctggatttta cttaaacagt gattttttct tttgtaggaa 240
cctccatatt taagaattcc cagtagctac tttttaccca atatggcagg cattacattc 300
rtgccttagg atatattata gtgattgagt ttctgtttct aaacattttt gatggaaaga 360
atgagtataa gaggcagttc ctttttgcag ctccacgcca ggggaccagg gttacacaca 420
ttactatgtc tgttaaactt cttggaagcc atccagtatg ttatggtgag tttcatgtgc 480
aagtggtgag ccactaaaag gcttgcacag tattataact attctgagga gaggaggcat 540
ttggaaattc agcagtaaag cagcgacagc aacaagcagc cacagtggta gtaaagagag 600
g 601
<210> 37
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 37
ctctcagtgt tacttgggct tgggtactac ctgagtgatt ttgatggggt gaggatcagt 60
tgagttttcc accatctcca caggttttgg tgctttccaa atattctctg tcactatgat 120
atccacagat gtggtatcac tgaaggaatt ctcactctgg cctcccatgt ccttcactga 180
gatcaccaga ttataggaag gattcttagc aggattcaat tcctgagatc ctgtgagaag 240
taggggagaa gggaatagga agtgtctctg gaagagacag accaaactcc ctttttctga 300
ycgagacagt cctaccaggg cacccctgaa cttaccctct cgggtaagag agatggctcc 360
cgttttgttg ttgatctgaa agtacatgac attgttgatc atgggaagct ggatgacaat 420
ctggtaataa agctggccat tgggagtggc cggatcatcc aggtctgtgg cattgacata 480
caagaagggc tttcctgttt aacaagacgt acccagaaaa aaaaaaaaaa agatattaat 540
tgaaacccaa accaaccata gctacttttt ccatctaaaa agtggagata taatagggaa 600
a 601
<210> 38
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 38
cttggaccag accttgagaa accttatttt agggaagggg ggagtgggat aaatatttat 60
ttccccactg gtgtgaattg tcataccttt ccctattata tctccacttt ttagatggaa 120
aaagtagcta tggttggttt gggtttcaat taatatcttt tttttttttt ttctgggtac 180
gtcttgttaa acaggaaagc ccttcttgta tgtcaatgcc acagacctgg atgatccggc 240
cactcccaat ggccagcttt attaccagat tgtcatccag cttcccatga tcaacaatgt 300
yatgtacttt cagatcaaca acaaaacggg agccatctct cttacccgag agggtaagtt 360
caggggtgcc ctggtaggac tgtctcggtc agaaaaaggg agtttggtct gtctcttcca 420
gagacacttc ctattccctt ctcccctact tctcacagga tctcaggaat tgaatcctgc 480
taagaatcct tcctataatc tggtgatctc agtgaaggac atgggaggcc agagtgagaa 540
ttccttcagt gataccacat ctgtggatat catagtgaca gagaatattt ggaaagcacc 600
a 601
<210> 39
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 39
attgtgccac tgcactccag cctgagcgac agagtgagac tccgtctcaa aaaaaaaaaa 60
aacctggcag aaattaaaac taggaaatag attaaaatag atgacttaga acttatacca 120
gatagccaat cctttctgtt tttggtggtt cttacagact tgagatgggg cttgtcttaa 180
ggaaacaagg tgccctgaat ctaaagactg actaaaggtg gtagaactta agctatttag 240
gtgatcctga aaccaacagg gacagttatg gtattgacta gtgggaactt ttaagagcca 300
yaagactgga gaagtcaaat gctgaccaat tatatcaaac ccacctgggg aacaaactaa 360
gtcaaaatta ctagggtggc taaaagctga gaaatgaact aggtggcagt taggactgct 420
gaacaaaccc atctcaccat agcagagaaa tattagaata cacctagagc catgtaaaga 480
ttcaggagtg ctaaaagcat gaattcccct ccttccctcc accaccccca aaataagctt 540
ctgcctgaat gaaggtaact gggaatctgc aatttttttc tttcctgcac aaataaccac 600
t 601
<210> 40
<211> 681
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 40
gtcaaagcag taaaacatta ctgtttataa aactagttcc taaaattttt aaatataaac 60
acaattattt atttgaccag aatctaagag atggaaacat tttaggccaa aaaaaggaca 120
agccgccagg cgcagtggct cacgcctgta atcccaacac tttgggaggc caaggtgggt 180
ggatcatgag gtcaggagat cgagaccatc ctggccaaca tggtgaaacc ccatctctac 240
taaaaataca aaaattaggt gggcgtggtg gcgcgtacct gtaatcccag ctactgggga 300
ggctgaggca ggagaatcgc ttgaaccagg gagtcaagag gttgcagtga gctgagattg 360
tgccactaca ctccagcctg gcgacagagc aagactccat ctcacacaca cacacacaca 420
aaaagtacaa gcccttctac ctcagtctgt ctcactaact cttgatccat ctttaacacc 480
kacagtatcc atctctccta tgtgtacaca cacgttcatc tctttcattc cctaactaaa 540
ctgtctatac ataagacaag cacagcagtt taaccaaatt ctcttgccag aatcagaaaa 600
gtgtatattt gctttacctg tcctccacct tcttctttac acaggtcaat tgcaaatgcc 660
aaatccattg ctgagaaaac a 681
<210> 41
<211> 501
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 41
cactgtatag caacatttat aaggcagccc aggatgacat caagaaacag tgagtgaaca 60
agtaagcact tgtaataccc ggcataatac cttaaaatcc gttaggattt actgagttta 120
tctatagtaa atttgaagag actatggatg ttcaaagggt atcatcataa aagttcagta 180
aatctccaaa taccatgaaa gtaaattgtt acttctgaaa gagcagtaaa atataacctg 240
gcaaatgaag ytactacttg agattctaac agggctaaaa tataacttac aaagctttta 300
caataaaaat ttcaattttt aagttttttc agttgaaaaa aattcttcac tggccaaatc 360
actagcaaaa tcagtttcaa acatcactgc cttgttttag tagagcatat ggtggaccca 420
tttgcttggt ttcgtaagat tcccatctaa ctgaccctaa acttctattt tctggttaaa 480
aactcacttt cccagatctg g 501
<210> 42
<211> 1289
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
aatttagact tacactagaa tcaagactga gtagaaaaca gaatacttct gctgatcatg 60
gtgtctcatg cctataatcc cagcacttga gaggccgagt tgggaggatc acttgagctc 120
aggagtttga gaccagcttg ggcaacacag ggagatggtc gtctctacta aaaattaaaa 180
aagaaaaatt ggccaagtgg tggcgcgcgc ctgtggtccc agctacttga gaggctaatg 240
tgggagaatc acatgagcct gggaggttga ggctgtagcg agcatgatca tgtcactgca 300
ctccagcctg ggtgacagaa caagaccctg tctcaaaaac aaaaagaaaa ccgaggccag 360
gggcagtggc tcacgcctgt aatcctagca ctttgggagg ccgaggccgg tggatcactt 420
gaggtcagga gtttgagacc agcctggcaa acatagtgaa accccgtctc tactaaaaat 480
acaaaaatta gcctggcatg tagctcccag ctactgggga ggctgaggca agagaattgc 540
atgaacctgg gaggcgtagg ttgcagtgag ccaaggtagt gccactgcac tccagcctga 600
gggacaagag caaaactcca tctcaaaaaa aaaaaaaaaa aaagaaaaga aaattgaata 660
ctggaattat atcatttggt ccttgcaggt ttgtgttttt tgattaatac ttagtactgt 720
aacaggtaaa ccccacaagt ctaaatggct ttgcccagtt gaagtttctt tcatgcatgg 780
agcctgatag gtgagtagtt ttcctccaag cagtgatgta gggccttgag ctccttccat 840
gcagtaattc tctatcatca gcatatagct ttactaaggt ccctrtgctt gcctgcatca 900
agctatcaaa tgggaaaatg tggctttttg cagattaggc ctggaaatgg ctcacatttc 960
attgccttgg gtacagtcat aggccacagc taacttcaag gaaggctgga aaatgtggag 1020
catatatagg catgtaaccg ggttgaagag gaaatggttt tggtgggcac ctgtccagta 1080
tctgtcacaa gtgttttgtc cttacctgcc ctgagaaata gtctcaagaa acagtcctag 1140
aagtttgcta ttgcatttac tataaggata tttttgagga ttattttttt cagtgtaacc 1200
cattatctca tatatgatga tccatacttg ccttgattgc catggaaagc tttatttttt 1260
tcttgagttt ctagtgttat ttgtttttt 1289
<210> 43
<211> 1155
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 43
tgtgatagaa acctaattgc aggaaacagt gaaggcacca tggagttagt ggtcaattct 60
agcagaggac ctttagtaga acttctgtac tggaaatgag gacattaatg atgagtaggc 120
attccctaga gagtgggaga gggtgtttct gagggtagca aagatgagaa gagctgtgag 180
cagcttggtg tcaagatctg tgaaagctaa caggttagtc tgccacagtg tggcaggatg 240
ttggcagaag gtgagagctt atgagtcaga gacaaaggtc tttatcactt gttgcacatt 300
gcacatcaaa cagtgtgagt atcatagttc accttgttgt cccctctgtc ccaagtccta 360
cattggtgag gaagggccca gggtgatact gtggagggtt tgtgtcacag ctgaggaact 420
tgggggctaa gggacccaga tttttgtaac grgcagtaaa cttccctgac ctttgccatg 480
gaggaagaca tcatcttatt atactgccct ctgatgtaga aggaggcaca acctcaatct 540
tccagggttt tgttcattat acaaacatcc ttgaaaacta taaaagggca gttagtcatc 600
caggcggggt gactcacacc tgtaattcca gcactttgag aggccaaggc gggcagatca 660
cttgaggtca ggagttcgag accagcttgg ccaacttggt gaagactcca tctcttctaa 720
aaatacagaa attaagctgg catggtggtg ggtgcctact aaggaggccg aggcaggaga 780
atcacttcaa cccagaggca gaggttgcag tgagccgaga ttgcgccata gcactccagc 840
ctgggtgaca gtgtgagact ctgtttcaaa aaaaaaaaaa cgagggggac agttattgtc 900
tttgctcaca agatgtgagg agatgtgtga gaccatgagg aatagtgtcc cagcacctgg 960
caggttcagg gaactgcatg ttaacttcag gttgggcctt tccaagaatt ttaccaccac 1020
gtattatagc ttcagcactt actacctcaa gaagatgtag taccttactt gatgcacgaa 1080
agtcctattt gctgctggat tccttctttc cctttttggc aaagagggca tcatattctg 1140
ttggctaggc agaat 1155
<210> 44
<211> 601
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 44
attcacttct ttatcatgaa acaatatgat ttttaacaaa tggttgctgt atatatagca 60
acatatatat gttggtacca agccatatgt ccattttgtt gactttcaga aattttcaca 120
acaacaaact gtgactctaa tagtctaaca attttacctg gagtatgacc tgagcctttt 180
ctcacgcacc attttgttaa acatatattt aatttgggga atgtaaatac aaatttttct 240
tatgtaaaca ttacaccctc ccctgacccc ctaacttaca ttgagatatt tgtgtattct 300
ktgctgcctg gatagtaaaa gctgaagggt cttctaccag aagcatgtta acccaggaga 360
tagtctatga aatatactta taagtaacta ttataaaatt aaagcatatg ttttaaaagc 420
caaatgtgaa tggactttac attatttcat tactttggaa tcatctgtgg tattattctt 480
cagagtagaa aagaaaaact gacatttgtc tgcactaaga tatatgaatg gagagtcttt 540
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t 601
<210> 45
<211> 990
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 45
tccagtattc agtgagtgct ctctgtgtgc taagcactgt agctaaaatg agagtagacc 60
agaagagtgg atcaggagca gacggtcaac agctctggag gccaggttat agaactgaga 120
cctgacccaa caggcagcga gaaagacact acaagatttc aaggggtaaa gtgataatga 180
gagtttaaaa aaaatgatta ctattgttaa tgcctggagg acacacaact gagagggagg 240
gagagggcag ttgctgccat atgttaacta atggcagagg ggctggcaac tgggatgctg 300
ttttagaagc agaatcacca actcttgttg tgagaggaag acaagagagt aatgatgcct 360
ccaagatatt taatgtggac agctagtcaa atgctattgt cttgaggaaa gcagcagaaa 420
tcactgaaac tgtaagactt tgaagtgaag ttacctagta cgaagctaga aacatttaaa 480
atgagggcay tggaagaaaa agaagagaga tgcaaaagga actctgaaaa actaaagaag 540
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gcttgtcctt tggggaaaat gatgcaagtg agcttaagta agaaaagggc taatccttaa 660
atccactgga tttaattata aggcattctg cacacagcgc tggaattatg gctccatgaa 720
gcttctctca gacaaggatt atgtccctag tgtctggccc gctgcctgtt gcacagtggg 780
tgctcagatg atgtgggtga acgagtaaat tatcagaagg ctaaattaca ctgtgttgag 840
atgagaaaag gggttaacag agttctgtgt gaaccaatga atatagtttg atggcaaagg 900
aggaacaaga tgagaagcag atcatgggaa tgagagtgct aaagatactt gtttatttgt 960
atagaggaac aggagctaga agttgttatg 990
Claims (12)
- 삭제
- 삭제
- 삭제
- 삭제
- 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진 프로브를 포함하는 장형 위암 진단용 마이크로어레이.
- 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 장형 위암 진단용 키트.
- 장형 위암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 2 또는 3의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법(단, 상기 다형성 부위는 서열번호 2의 서열의 경우 501번째 염기, 서열번호 3의 서열의 경우 501번째 염기를 각각 의미한다).
- 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 2 또는 3의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위를 포함하는 서열을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행되는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 G이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드; 또는 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 501번째 염기(다형성 부위)가 A이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화시키는 단계; 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제9항에 있어서, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이가 각각 10 내지 100 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
- 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 2 또는 3의 DNA 서열의 다형성 부위의 유전자형(genotype) 또는 대립인자형(allele) 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.
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| Development, Vol. 133, pp. 107-115 (2006.01.01.) * |
| Genes, Chromosomes & Cancer, Vol. 47, pp. 127-136 (2007.11.07.) * |
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