[go: up one dir, main page]

KR100874185B1 - 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커 - Google Patents

동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커 Download PDF

Info

Publication number
KR100874185B1
KR100874185B1 KR1020060015652A KR20060015652A KR100874185B1 KR 100874185 B1 KR100874185 B1 KR 100874185B1 KR 1020060015652 A KR1020060015652 A KR 1020060015652A KR 20060015652 A KR20060015652 A KR 20060015652A KR 100874185 B1 KR100874185 B1 KR 100874185B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
ucp
atherosclerosis
risk
predicting
vascular disease
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
KR1020060015652A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20070082700A (ko
Inventor
윤유식
김일철
차민호
임남희
Original Assignee
한국 한의학 연구원
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 한국 한의학 연구원 filed Critical 한국 한의학 연구원
Priority to KR1020060015652A priority Critical patent/KR100874185B1/ko
Publication of KR20070082700A publication Critical patent/KR20070082700A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR100874185B1 publication Critical patent/KR100874185B1/ko
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B42—BOOKBINDING; ALBUMS; FILES; SPECIAL PRINTED MATTER
    • B42D—BOOKS; BOOK COVERS; LOOSE LEAVES; PRINTED MATTER CHARACTERISED BY IDENTIFICATION OR SECURITY FEATURES; PRINTED MATTER OF SPECIAL FORMAT OR STYLE NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; DEVICES FOR USE THEREWITH AND NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; MOVABLE-STRIP WRITING OR READING APPARATUS
    • B42D15/00—Printed matter of special format or style not otherwise provided for
    • B42D15/02—Postcards; Greeting, menu, business or like cards; Letter cards or letter-sheets
    • B42D15/04—Foldable or multi-part cards or sheets
    • B42D15/045—Multi-part cards or sheets, i.e. combined with detachably mounted articles
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B42—BOOKBINDING; ALBUMS; FILES; SPECIAL PRINTED MATTER
    • B42D—BOOKS; BOOK COVERS; LOOSE LEAVES; PRINTED MATTER CHARACTERISED BY IDENTIFICATION OR SECURITY FEATURES; PRINTED MATTER OF SPECIAL FORMAT OR STYLE NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; DEVICES FOR USE THEREWITH AND NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; MOVABLE-STRIP WRITING OR READING APPARATUS
    • B42D15/00—Printed matter of special format or style not otherwise provided for
    • B42D15/0073—Printed matter of special format or style not otherwise provided for characterised by shape or material of the sheets
    • B42D15/0093—Sheet materials

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유 단백질-2(uncoupling protein-2, UCP-2) 다형성 마커 및 이를 이용하여 상기 질병 발생위험도를 예측하는 방법에 관한 것으로, 구체적으로 UCP-2의 단일염기 다형성과 고밀도지단백(HDL) 콜레스테롤 지수 및 동맥경화지수와의 연관성을 측정함으로써 관상동맥질환 및 동맥경화증 등 혈관관련 질환의 발생위험도를 예측하는 마커 및 이를 이용한 예측방법에 관한 것이다. 본 발명의 마커를 이용하면 각종 혈관관련 질환 발생위험도를 미리 예측할 수 있다.
다형성, 동맥경화지수

Description

동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유 단백질-2 단일염기 다형성 마커{UCP-2 SNP makers for the prediction of susceptibility to coronary heart disease and atheriosclerosis}
도 1은 4개의 알려진 다형성 부위의 위치와 대립유전자 빈도를 나타낸 것으로,
도 1a는 염색체 11q13 위치에 존재하는 UCP-2의 4개의 다형성 부위를 나타내는 염색체 지도이고,
도 1b는 UCP-2의 4개의 다형성 사이에서의 연관 불균형 계수를 나타낸 도표이고,
도 1c는 UCP-2의 4개의 다형성 및 이를 포함하는 3개의 일배체형과 혈액 내 콜레스테롤 수치와의 연관성을 빈도로 나타낸 도표이다.
본 발명은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 인간 비공유 단백질 -2(uncoupling protein-2, UCP-2) 다형성 마커 및 이를 이용하여 상기 질병 발생위험도를 예측하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 UCP-2의 단일염기 다형성과 고밀도지단백(HDL) 콜레스테롤 지수 및 동맥경화지수와의 연관성을 측정함으로써 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도를 예측하는 마커 및 이를 이용한 예측방법에 관한 것이다.
UCP(uncoupling protein)는 미토콘드리아의 내막(mitochondrial membrane)을 가로질러 양성자를 이동시키는 전달 단백질들(transporter proteins)이며, ATP 합성으로부터 산화적 인산화(oxidative phosphorylation)를 분리시킨다(Adams, S. H., J. Nutr. 130: 711-714, 2002). 또한, 이러한 미토콘드리아 단백질들은 체온조절, 신체 구성성분, 대사 및 비만의 중요한 조절인자로서 보고되어져 왔다(Fleury, C., et al., Nat. Genet. 15: 269-272, 1997; Bouchard, C., et al., Hum. Mol. Genet., 6: 1887-1889, 1997; Gong. D. W., et al., J. Biol. Chem., 272: 24129-24132, 1997). 특히, UCP-2는 대부분의 모든 조직에서 폭넓게 발현되는 것으로 알려져 있으며, 이로 인해 전체적인 양성자 이동에 중요한 역할을 수행할 것이라고 여겨지고 있다(Fleury, C., et al., Nat. Genet. 15: 269-272, 1997; Gimeno. R. E., et al., Diabetes 46: 900-906, 1997).
인간에 있어서, UCP-2 유전자는 생쥐에서의 고인슐린혈증(hyperinsulinemia) 및 비만(obesity)과 관련된 한 염색분체 안에 여러 개의 유전자가 포함되어 있는 염색체 11q13상에 존재하는 UCP-3 유전자와 한 덩어리(cluster)를 형성하고 있다 (Walder, K., et al., Hum. Mol. Genet., 7: 1431-1435, 1998; Gong, D. W., et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 256: 27-32, 1999). 이처럼, UCP-2 유전자의 염색체상의 위치와 조직분포양상은 UCP-2의 다형성이 에너지 소비(energy metabolism)가 이루어지는 범위 안에서 비만에 영향을 줄 것으로 여겨진다.
지금까지 많은 연구들은 UCP-2 유전자의 기능적인 효과에 초점을 맞춰 in vitro 및 in vivo 실험을 주로 수행해 왔다. 배양된 포유동물세포(mammalian cell) 또는 형질전환된 효모(yeast)에서의 UCP-2 정규 장소 이외의 발현은 △p에서의 감소(Fleury, C., et al., Nat. Genet. 15: 269-272, 1997; Gimeno. R. E., et al., Diabetes 46: 900-906, 1997) 및 열 발생의 증가(Paulik, M. A., et al., Pharm. Res., 15: 944-949, 1998)를 유도하였고, 이러한 발견은 UCP-2에 의해 유도된 미토콘드리아 호흡과의 비연관성과 관련이 있다. 갈색 지방조직(brown adipose tissue)에서의 UCP-2 발현은 이러한 조직에서 주로 발현되는 UCP-1 및 이로 인해 유도되는 열발생(thermogenesis)과 동시적으로 반응함으로써 비교적 느리게 나타난다고 보고되었다(Boss, O., et al., FEBS Lett., 412: 111-114, 1997). 또한, 여러 조직상에서 UCP-2 발현은 각각 갑상선 기능항진증(hyperthyroid)과 갑상선기능부전증(hypothyroid) 상태에서 증가 및 감소한다고 보고되었다(Masaki. T., et al., FEBS Lett., 418:323-326, 1997). UCP-2의 유전적 관련성 연구들은 주로 UCP-2 다형성과 비만 및 대사적 질병(metabolic disorder)들과의 연관성을 조사함으로써 수행되어져 왔다. 예를 들면, UCP-2 프로모터 부위에 존재하는 일반적인 G>A 다형성은 in vitro상에서 증가된 지방조직의 mRNA 발현과 밀접하게 연관되어 있다고 보고 되었다(Esterbauer, H., et al., Nat. Genet., 18(2): 178-183, 2001). 게다가, G/G와 G/A 유전자형들은 정상인 집단과 비교할 때, 비만인 집단에서 더욱 빈번히 발생한다고 보고했다. 이와 달리, UCP-2 또는 UCP-3의 변이체(varients)는 790명의 대상 중 45세 이상을 제외한 젊은 피마족 인디언들에서 발생하는 체질량지수(body mass index, BMI)와 관련되어 있지 않다고 보고되었다(Walder, K., et al., Hum. Mol. Genet., 7: 1431-1435, 1998). 그러므로, UCP-2 다형성과 비만과의 상관관계을 분명히 밝히기 위해서는 상기 집단 이외의 다른 집단에서도 더 많은 조사가 이루어져야 할 것이다.
이에, 본 발명자들은 UCP-2 유전자의 다형성 조사를 통해서 UCP-2 다형성과 혈액 내 콜레스테롤 지수 및 동맥경화지수와의 상관관계를 밝혀 이를 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측에 이용할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2 다형성 마커 및 이를 이용한 예측방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2 다형성 마커 를 제공한다.
또한, 본 발명은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2 일배체형을 제공한다.
아울러, 본 발명은 UCP2 유전자의 -866G>A 또는 +4787C>T 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트를 제공한다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2 다형성 마커를 제공한다.
UCP-2(uncoupling protein-2) 다형성 마커는 UCP-2 유전자의 5' 인접지역의 프로모터 부위 중 -1957G>A(UCP-2 유전자의 전사시작점으로부터 1957 bp 상부 위치의 염기이자, 서열번호 1의 87번째 염기가 G)및 -866G>A(UCP-2 유전자의 전사시작점으로부터 866 bp 상부 위치의 염기이자, 서열번호 2의 63번째 염기가 G), 엑손 4 상의 +4787C>T(UCP-2 유전자의 전사시작점으로부터 4787 bp 하부 위치의 염기이자, 서열번호 3의 53번째 염기가 C), 엑손 8 위치의 +7941_45d>i(UCP-2 유전자의 전사시작점으로부터 7941 bp 하부 위치의 염기로부터 또는 서열번호 4의 253번째 염기로부터 45bp 염기가 삭제)의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드로 구성된다. 이때 상기 프로모터 부위의 서열은 GeneBank 접근번호 NT_033927(AP003717)에 포함되며, 상기 NT_033927(AP003717) 번호의 서열은 인간 UCP-2 유전자의 일부 코딩지역과 5' 인접지역 및 3' UTP 부위를 포함하는 게놈 DNA 단편에 관한 서열이다.
상기 폴리뉴클레오티드에서 인간 UCP-2 유전자의 5' 인접지역의 프로모터부위의 전사시작점으로부터 1957 bp 및 866 bp 상부의 염기 G는 A가 G로, 엑손 4상의 전사시작점으로부터 4787 bp 하부의 염기 C는 A가 C로 치환된 점 돌연변이에 의한 것이며, 또한 엑손 8상의 전사시작점으로부터 7941 bp 하부의 45 bp의 첨가 또는 제거에 의한 것으로, 본 발명자들은 위와 같은 단일염기 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 각각 -1957G>A, -866G>A, +4787C>T 및 +7941_45d>i로 각각 명명하였다.
상기와 같이 동정된 -1957G>A 및 -866G>A SNP와 두 개의 다형성 즉, +4787C>T 및 +7941_45d>i의 유전자형을 한국인 여성 794명을 대상으로 분석한 결과, 4개의 SNP 모두 비만형을 나타내는 체질량지수, 복부비만도, 체지방 중량 및 백분율 체지방량과는 밀접한 연관성이 없었으나(표 5 참조), 2개의 SNP(-866G>A 및 +4787C>T)는 HDL 콜레스테롤 지수와 밀접한 상관관계(공동우성대상에서 각각 p=0.0139 및 p=0.0108)가 있었다(표 3참조). 따라서, 본 발명의 -866G>A 및 +4787C>T SNP는 한국인 여성의 혈관질환 발생의 위험도를 예측하는 데 있어서 유용한 DNA 표지로 사용될 수 있다.
본 발명에서, -866G>A SNP A 대립유전자의 변이체가 HDL 콜레스테롤 지수를 감소시키는 방법에 대해서는 확실하지 않으나, -866G>A SNP의 A 대립유전자의 변이체가 인형 제대정맥 내피세포(human umbilical vein endothelial cell, HUVEC)와 PAZ-6 인형 지방세포주(human adipocyte cell line)에서 reporter 유전자의 전사를 감소시키는 것으로 보고되었다(Esterbauer. H., et al., Nat. Genet. 28(2): 178-183, 2001; Oberkofler, H., et al., Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 25(3): 604-610, 2005). 게다가, UCP-2 mRNA 발현의 감소가 내피세포와 UCP-2를 제거한 생쥐에서 활성산소종(reactive oxygen species, ROS)을 생성하는데 공동우성적인 증 가를 유도하는 것으로 보고되었다(Arsenijevic, D., et al., Nat. Genet. 26(4): 435-439, 2000). 그러므로, -866G>A SNP의 A 대립유전자 변이체는 조직상에서 UCP-2 mRNA를 감소시켜 활성산소종을 증가시킬 뿐만 아니라 HDL 콜레스테롤 생산을 공동우성적인 감소를 유도할 것으로 여겨진다.
또한, 본 발명은 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2 일배체형을 제공한다.
본 발명에서, UCP-2 4개의 SNP 중 -866G>A와 +4787C>T에서의 연관 불균형 지수(linkage disequilibrium coefficient)는 매우 높으며, 이는 두 SNP 유전자가 서로 밀접하게 연관되어 있다는 것을 의미한다(도 1 참조). 결국, -866G 및 +4787C 대립 유전자를 포함하는 일배체형인 ht1은 HDL 콜레스테롤 지수와 매우 밀접한 연관성을 보이며(우성대상에서 p=0.0480, 공동우성대상에서 p=0.0148, 표 3 참조), 동맥경화지수(artherogenic index, AI)와도 밀접한 상관관계가 있다는 것이 입증되었다. 구체적으로, ht1은 동맥경화지수를 나타내는 AI 및 LH 비율에서 상대적으로 낮은 수치를 보였고(표 4 참조) 높은 동맥경화지수는 혈관질환발병(Lewis, G. F., and Rader, D. J., Circ. Res. 96(12): 1221-1232, 2005)의 중요한 위험요인으로 알려져 있기 때문에 본 발명의 결과는 UCP-2 SNP의 -866G>A 및 +4787C>T가 심근경색(myocardial infarction)과 뇌졸중(stroke)등의 혈관질환발병의 위험도와 밀접하게 연관되어 있다는 것을 보여주고 있다.
또한, 본 발명은
1) 개체의 혈액 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계;
2) 단계 1에서 분리한 게놈 DNA에서 제 1항의 마커 내의 다형성 부위를 검출하는 단계; 및
3) 단계 2에서 검출된 다형성 부위를 확인하는 단계를 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측방법을 제공한다.
이때, 단계 2)의 검출방법은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석 또는 TaqMan 기법에 의하여 수행될 수 있으나 이에 한정되지는 않는다.
TaqMan 방법(Livak, K. J., Genet. Anal., 14: 143-149, 1999)은 1) 원하는 DNA 단편을 증폭할 수 있도록 프라이머 및 TaqMan 탐침을 설계 및 제작하는 단계; 2) 서로 다른 대립유전자의 탐침을 FAM 염료 및 VIC 염료로 표지(Applied Biosystems)하는 단계; 3) 상기 DNA를 주형으로 하고, 상기의 프라이머 및 탐침을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 4) 상기의 PCR 반응이 완성된 후, TaqMan 분석 플레이트를 핵산 분석기로 분석 및 확인하는 단계; 및 5) 상기 분석결과로부터 단계 1)의 폴리뉴클레오티들의 유전자형을 결정하는 단계를 포함한다.
상기에서, 시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자분석기를 이용하여 수행될 수 있다(Snager, F. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 74(12): 5463-5467, 1977; Maxam, A. M. and Gilbert, W., Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 74(2): 560-564, 1997). 또한, 대립유전자 특이적 PCR은 SNP가 위치하는 염기를 3' 말단으로 하여 고안한 프라이머를 포함한 프라이머 세트로 상기 SNP가 위치하는 DNA 단편을 증폭하는 PCR 방법을 의미한다. 상기 방법의 원리는, 예를 들어, 특정 염기가 G에서 A로 치환된 경우, 상기 G를 3' 말단염기로 포함하는 프라이머 및 적당한 크기의 DNA 단편을 증폭할 수 있는 반대방향 프라이머를 고안하여 PCR 반응을 수행할 경우, 상기 SNP 위치의 염기가 G인 경우에는 증폭반응이 정상적으로 수행되어 원하는 위치의 밴드가 관찰되고, 상기 염기가 A로 치환된 경우에는 프라이머는 주형 DNA에 상보결합할 수 있으나, 3' 말단 쪽이 상보결합을 하지 못함으로써 증폭반응이 제대로 수행되지 않는 점을 이용한 것이다(Newton, C. R. et al., Nucleic Acids Res., 17(1): 2503-2516, 1989). DASH는 프린스 등에 의한 방법에 의하여 수행될 수 있다(Prince, J. A. et al., Genome Res. 11(1): 152-162, 2001).
한편, PCR 연장 분석은 먼저 단일염기 다형성이 위치하는 염기를 포함하는 DNA 단편을 프라이머 쌍으로 증폭을 한 다음, 반응에 첨가된 모든 뉴클레오티드를 탈인산화시킴으로써 불활성화시키고, 여기에 SNP 특이적 연장 프라이머, dNTP 혼합물, 디디옥시뉴클레오티드, 반응 완충액 및 DNA 중합효소를 첨가하여 프라이머 연장반응을 수행함으로써 이루어진다. 이때, 연장 프라이머는 SNP가 위치하는 염기의 5' 방향의 바로 인접한 염기를 3' 말단으로 삼으며, dNTP 혼합물에는 디디옥시뉴클레오티드와 동일한 염기를 갖는 핵산이 제외되고, 상기 디디옥시뉴클레오티드는 SNP를 나타내는 염기 종류 중 하나에서 선택된다. 예를 들어, G에서 A로의 치 환이 있는 경우, dATP, dCTP 및 TTP 혼합물과 ddGTP를 반응에 첨가할 경우, 상기 치환이 일어난 염기에서 프라이머는 DNA 중합효소에 의하여 연장되고, 몇 염기가 지난 후 G 염기가 최초로 나타나는 위치에서 ddGTP에 의하여 프라이머 연장반응이 종결된다. 만일 상기 치환이 일어나지 않았다면, 그 위치에서 연장반응이 종결되므로, 상기 연장된 프라이머의 길이를 비교함으로써 SNP를 나타내는 염기 종류를 판별할 수 있게 된다.
이때, 검출방법으로는 연장 프라이머 또는 디디옥시뉴클레오티드를 형광 표지한 경우에는 일반적인 염기서열 결정에 사용되는 유전자 분석기(예를 들어, ABI사의 Model 3700 등)를 사용하여 형광을 검출함으로써 상기 SNP을 검출할 수 있으며(Chen, J., Genome Res., 10(4): 549-557, 2000), 무-표지된 연장 프라이머 및 디디옥시뉴클레오티드를 사용할 경우에는 MALDI-TOF(matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) 기법을 이용하여 분자량을 측정함으로써 상기 SNP를 검출할 수 있다(Ross, P. L., Anal. Chem, 69(20): 4197-4202, 1997).
아울러, 본 발명은 UCP2 유전자의 -1957G>A, -866G>A, +4787C>T 또는 +7941_45d>i 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트를 제공한다.
키트내의 프라이머는 -1957G>A, -866G>A, +4787C>T 및 +7941_45d>i 다형성 부위에 대해 순서대로 각각 서열번호 5와 6, 7과 8, 9와 10 및 11과 12인 프라이머로써, 상기 다형성 부위를 증폭하여 다형성 부위의 염기를 확인함으로써 동맥경화 증 및 혈관성질환 발생위험도를 예측할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
<실시예 1> 염색체 11q13 상에 존재하는 UCP-2 SNP 동정
<1-1> 실험 대상의 선정 및 검체로부터 DNA 시료 추출
기린한방병원(서울, 대한민국)에 내원한 794명의 여성들을 검사 대상으로 하여 게놈 DNA를 추출하였다. 구체적으로, 한국한의학 정부관리단체(Institutional Review Board of Korea Institute of Oriental Medicine)의 승인하에 검사 대상의 혈액 시료를 수득한 후, 게놈 DNA 추출 킷트(AccuprepTM Genomic DNA Extraction Kit, Bioneer Co., Korea)를 이용하여 제조사의 지침에 따라 추출하였다. 검사 대상의 평균나이는 27.9세이고, 평균 체질량지수(Body mass index, BMI)는 25.9 ㎏/㎡이다.
<1-2> PCR 분석 및 SNP 동정
미국 국립생명공학정보센터(National Center for Biotechnology Information, NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)로부터 UCP-2 게놈 염기서열 (GeneBank Accession No.:NT_033927, 서열번호: 1)을 입수하였고, 유전자형 다형성 부위를 도 1a 에 도식적으로 나타내었다(Esterbauer H et al., Nat Genet. 28(2):178-183, 2001; Walder K et al., Hum. Mol. Genet. 7:1431-1435, 1998)
-1957G>A(서열번호 1의 87번째 서열이 G 또는 A), -866G>A(서열번호 2의 63번째 서열이 G 또는 A), +4787C>T(서열번호 3의 53번째 염기가 C 또는 T) 다형성에 대해서는 TaqMan 탐침 PCR을, +7941_45bp-in/del 다형성에 대해서는 일반 PCR을 사용하여 다형성을 검출하였다. 먼저, -1957G>A, -866G>A, +4787C>T 다형성에 대하여, Primer Express(Applied Biosystems)를 이용하여 각각 프라이머와 TaqMan 탐침(Livak, K. J., Genet. Anal., 14:143-149, 1999)을 제작하였다(표 1). 또한, 사용된 탐침의 검출을 위해서 한쪽 대립유전자의 탐침은 FAM 염료(Applied Biosystems)로 표지하였고, 다른 쪽 대립유전자의 탐침은 VIC 염료(Applied Biosystems)로 각각 표지하였다.
PCR 반응은 384-well format에 각각의 연구대상의 게놈 DNA(20 ng)를 주형으로, 프라이머 900 nM, TaqMan MGB-probe 200 nM를 포함하는 총 5 ㎕의 TaqMan Universal Master mix(Applied Biosystems)를 제조하여 thermal cycler(PE 9700, Applied Biosystems)에서 50℃에서 20분, 95℃에서 10, 95℃에서 15초, 60℃에서 1분으로 총 40회 반복하여 수행하였다. 반응이 끝난 후, Prism 7900HT(Applied Biosystems)으로 TaqMan 어세이 강도를 측정한 다음 자동화된 소프트웨어 SDS 2.1(Applied Biosystems)로 분석하였다.
UCP-2 SNP의 삽입/결실 다형성 마커(+7941 45bp-in/del)(서열번호 4의 253번 째 염기부터 297번째 염기)는 서열번호 11과 12로 기재되는 프라이머를 사용하여 엑손 8에 위치한 유전자 단편(서열번호 4)을 PCR 반응으로 증폭하여 제작하였다. PCR 반응조건은 94℃에서 5분간 변성시킨 후, 94℃에서 30초, 65℃에서 30초, 72℃에서 30초의 반응을 총 35회 반복한 후, 최종적으로 72℃에서 10분간 증폭시켰다.
PCR 결과 수득한 산물을 1.5% 아가로스 겔에 전기영동하여 각각의 크기가 691bp 또는 649bp임을 확인하였고 염기서열 분석 킷트(DynamicTM ET Dye Terminator Kit, Amersham Biosciences, UK) 및 유전자 분석기(MegaBACE 500 Genetic Analyzer, Amersham Biosciences, UK)를 이용하여 제조사의 지침에 따라 염기서열 분석을 수행하였다.
그 다음, 위치정렬 소프트웨어(ClustalX alignment software, Ver 1, http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/)를 이용하여 잠재적 이형접합체 위치들을 표기한 결과, 11q13 염색체상에 존재하는 UCP-2 SNP 다형성 부위는 -1957G>A 및 -866G>A(프로모터)로, 한 개의 비보존적인 다형성인 +4787C>T(Aal55Val)(엑손 4)로, 한 개의 삽입/결실 다형성 부위인 +7941_45bp-in/del(3' 비번역부위)의 4가지가 확인되었다(도 1a).
개체간의 집단 내 각 위치의 평형성(equilibrium)을 갖는지를 확인하기 위해서 하디-웨인버그 평형을 계산하였고, 두 대립형질 사이에서 발생할 수 있는 모든 쌍의 연관 불균형을 측정하기 위해서 ┃D'┃및 r2로 평가하였다(Hedric, P.W., Genetics, 117:331-341, 1987). 그 결과, -866G>A 및 +4787C>T간의 연관 불균형 계 수가 ┃D'┃=0.993, r2=0.960으로 가장 높았고 이는 두 SNP 간의 연관성이 매우 높다는 것을 의미한다(도 1b).
Figure 112006011882684-pat00001
<실시예 2> UCP-2 SNP와 혈액 내 콜레스테롤과의 상관관계 분석
<2-1> 연구대상의 특징 파악
본 발명자들은 상기 실시예 <1-1>에서 혈액을 수득한 794명의 연구대상의 일반적인 특징을 알아보았다. 구체적으로 연령, 신장 및 체중을 측정하였고, 체지방 중량(body fat mass)은 시판되는 생체-교류저항 분석장치((bio-impedance analysis, Inbody 2.0, Biospace Co., Korea)를 이용하여 측정하였다. 측정한 신장 및 체중으로부터 체질량지수(body mass index, BMI) 및 허리골반비(waist hip ratio, WHR)를 계산하였다. 이때, 체질량지수는 질량(kg)을 신장(m)의 제곱으로 나눈 값을 의미하며, 허리골반비는 허리둘레를 골반둘레로 나눈 값을 의미한다. 연구대상의 일반적인 신체적 특징을 하기 표 2에 표기하였다. 모든 측정값들을 평균±표준편차(standard deviation, SD)로 나타내었다.
표 2 -연구 대상 여성들의 일반적인 신체적 특징
요인(단위) Mean ±S.D.
연령(년) 27.88 ±8.00
신장(cm) 160.66 ±5.48
체중(kg) 66.86 ±11.74
체질량지수(kg/m2) 25.89 ±4.27
지방량(%) 34.21 ±6.06
허리골반비 0.88 ±0.07
수축기 혈압(mmHg) 115.38 ±12.84
이완기 혈압(mmHg) 72.35 ±10.28
편차의 연령 및 체질량지수-보정 단일변량(univariate) 분석은 하기에서 시행될 변수에 따라 달라지는 UCP-2 SNP와 혈액 내 LDL 콜레스테롤, HDL 콜레스테롤 및 전체 콜레스테롤 지수 간의 개별적인 상관관계를 알아보기 위하여 선형모델(general linear model)을 이용하여 수행하였다. 통계학적 유의성은 p<0.05의 수준에서 확립하였고 모든 분석은 윈도우, 버전 8.2를 위한 통계학적 분석 소프트웨어(SAS institute사)를 사용하여 수행하였다.
<2-2> SNP 및 일배체형과 콜레스테롤 지수간의 연관성 분석
4개의 SNP 및 이를 포함하는 3개의 일배체형(도 1c)을 연령 및 체질량 지수로 보정한 후 혈액 내 콜레스테롤 지수와의 연관성을 분석하였다.
먼저, 혈액 내 콜레스테롤 수치를 측정하기 위하여, 12시간 이상 금식한 연구대상으로부터 채취한 혈액 시료들을 2,000 rpm에서 10분간 원심분리 후 상층의 혈청만을 수득하여 총 콜레스테롤, HDL 콜레스테롤 및 LDL 콜레스테롤의 농도를 자동-생화학적 분석기(auto-biochemical analyzer, SP-4410, Arkray Co., Japan)를 이용하여 측정하였다.
그 결과, 표 3에 나타난 바와 같이, UCP-2 SNP 중 -866G>A 및 +4787C>T와 평균 HDL-콜레스테롤 지수 간에 밀접한 연관성이 있었으며, 그 지수는 하기와 같았다: -866G>A의 GG 유전형의 평균 HDL-콜레스테롤 지수는 74.26 mg/dL, GA형은 54.42 mg/dL, AA형은 49.73 mg/dL(공동우성대상, p=0.0139; 열성대상, p=0.0035)이며, +4787C>T의 CC형은 54.58 mg/이 CT형은 54.25 mg/dL, TT형은 49.54 mg/dL이었다(공동우성대상, p=0.0180; 열성대상, p=0.0028). 이와 함께, 일배체형 중 ht1은 평균 HDL-콜레스테롤 지수와 역상관성(reverse association)을 나타냈으며, 평균 HDL-콜레스테롤 지수는 하기와 같았다: ht1 비운반체에서는 50.68 mg/dL, 이형접합체(heterozygote)에서는 54.04 mg/dL, 동형접합의 ht1 운반체(homozygotic ht1 carrier)에서는 54.44 mg/dL이었다.
한편, UCP-2 SNP와 HDL-콜레스테롤 지수와의 높은 연관성과는 달리, UCP-2 SNP와 총 콜레스테롤 및 LDL-콜레스테롤 지수와는 아무런 상관관계가 없음이 확인되었다(표 3).
표 3 - 한국인 여성을 대상으로 한 UCP-2 다형성과 혈액 내 콜레스테롤과의 상호 관련성
표현형 위치 C/C C/R R/R P
우성열성 우성 열성
총-콜레스테롤 -1959G>A 390(196.39±54.44) 328(196.33±62.27) 66(204.70±57.59) 0.6049 0.6073 0.3284
-866G>A 224(197.46±55.13) 379(196.49±60.32) 191(198.08±58.07) 0.9971 0.9736 0.9578
+4787C>T 232(198.16±55.43) 370(196.05±60.11) 189(197.80±58.65) 0.9723 0.8163 0.9670
+7941_45d/i 523(198.29±58.78) 213(195.72±56.62) 32(189.63±42.40) 0.4649 0.4282 0.2513
ht1 220(198.37±59.28) 358(196.20±59.75) 216(197.46±54.94) 0.9855 0.8716 0.9923
ht2 418(196.50±55.88) 311(196.29±61.54) 65(205.43±57.72) 0.5767 0.6361 0.2989
　 ht3 555(198.61±60.03) 209(193.92±55.65) 30(192.53±41.20) 0.4405 0.2727 0.3359
LDL-콜레스테롤 -1959G>A 390(106.93±29.31) 328(104.94±31.10) 66(112.58±30.88) 0.4578 0.9093 0.2506
-866G>A 224(106.49±30.66) 379(105.28±29.70) 191(108.73±30.60) 0.8021 0.9657 0.5460
+4787C>T 232(106.50±31.00) 370(105.25±29.05) 189(108.27±31.10) 0.8965 0.9915 0.6664
+7941_45d/i 523(107.45±31.18) 213(104.73±25.58) 32(114.89±34.00) 0.4628 0.5962 0.3745
ht1 220(106.80±31.23) 358(105.84±29.17) 216(107.11±30.86) 0.9649 0.8568 0.8015
ht2 418(105.85±29.86) 311(105.82±30.47) 65(113.44±30.52) 0.3882 0.5064 0.1756
　 ht3 555(106.59±31.47) 209(104.34±25.75) 30(117.07±32.45) 0.3798 0.8134 0.2212
HDL-콜레스테롤 -1959G>A 390(54.08±17.58) 328(52.98±16.27) 66(49.75±15.48) 0.1829 0.1777 0.1287
-866G>A 224(54.26±16.37) 379(54.42±17.53) 191(49.73±15.97) 0.0139 0.3237 0.0035
+4787C>T 232(54.58±17.04) 370(54.25±17.22) 189(49.54±15.90) 0.0108 0.1485 0.0028
+7941_45d/i 523(53.39±15.80) 213(53.68±18.40) 32(46.07±12.13) 0.1090 0.4999 0.0352
ht1 220(50.68±17.43) 358(54.04±16.88) 216(54.44±16.32) 0.0480 0.0148 0.2016
ht2 418(54.26±18.36) 311(52.67±15.01) 65(49.28±15.23) 0.1238 0.0908 0.1025
　 ht5 555(53.57±16.49) 209(53.48±18.47) 30(46.35±12.44) 0.1804 0.4091 0.0668
(평균±표준편차) 및 P 값들은 연령에 따라 보정된 선형모델분석에 의하여 구함.
C/C, C/R, 및 R/R의 비는 동형접합체를 일반적인(common, C) 대립형질로, 이형접합체 및 동형접합체를 희박한(rare, R) 대립형질로 각각 나눈 값을 의미함.
ND는 경우의 수가 너무 작아서 통계적으로 분석할 수 없는 값을 의미함.
고딕체로 나타낸 수치는 P 값이 0.05 이하로서 통계적으로 중요한 연관성이 있음을 의미함.
<실시예 3> UCP-2 SNP와 동맥경화지수와의 상관관계 분석
상기 <실시예 2-2>에서 측정한 혈액 내 콜레스테롤 측정치를 바탕으로 동맥경화지수(atherogenic index, AI), LH 비율 및 TH 비율을 각각 하기 수학식 1, 2 및 3의 방정식에 따라 계산하였다(Takasaki, Y., J. Physiol. Anthropol. Human Sci., 24(4):511-515, 2005).
동맥경화지수(AI)=(총 콜레스테롤 - HDL 콜레스테롤)/ HDL 콜레스테롤
LH 비율=LDL 콜레스테롤/ HDL 콜레스테롤
AI(TH 비율)=총 콜레스테롤/ HDL 콜레스테롤
<3-1> 다형성과 동맥경화지수간의 연관성 분석
우선, 개체간의 집단 내 각 위치의 평형성(equilibrium)을 갖는지를 확인하기 위해서 하디-웨인버그 평형을 계산하였고, 두 대립형질 사이에서 발생할 수 있는 모든 쌍의 연관 불균형을 측정하기 위해서 ┃D'┃및 r2로 평가하였다(Hedric, P.W., Genetics, 117:331-341, 1987). 그 결과, 동맥경화지수(artherogenic index, AI)와 상당히 밀접하게 연관되어 있음을 확인하였고 구체적으로, ht1 운반체들은 두 동맥경화지수인 AI(수학식 1) 및 LH 비율(수학식 2)이 매우 낮았다(표 4).
표 4 - 한국인 여성을 대상으로 한 UCP-2 다형성과 동맥경화지수와의 상호 관련성
표현형 위치* C/C C/R R/R P
공동우성 우성 열성
AI -1957G>A 390(2.63±1.27) 328(2.62±1.33) 66(2.94±1.29) 0.3856 0.4614 0.1806
-866G>A 224(2.60±1.23) 379(2.55±1.24) 191(2.90±1.47) 0.0584 0.5024 0.0175
+4787C>T 232(2.59±1.23) 370(2.55±1.24) 189(2.90±1.48) 0.0639 0.3511 0.0190
+7941_45d/i 523(2.64±1.21) 213(2.61±1.47) 32(3.23±1.34) 0.1912 0.5303 0.0689
ht1 220(2.83±1.47) 358(2.57±1.24) 216(2.60±1.22) 0.1439 0.0494 0.3977
ht2 418(2.61±1.28) 311(2.63±1.33) 65(2.98±1.27) 0.3006 0.3332 0.1448
ht3 555(2.62±1.22) 209(2.62±1.48) 30(3.27±1.33) 0.1953 0.4248 0.0732
LH-비 -1957G>A 390(2.22±1.03) 328(2.23±1.17) 66(2.48±1.10) 0.3923 0.3860 0.2023
-866G>A 224(2.17±0.99) 379(2.18±1.03) 191(2.47±1.30) 0.0433 0.2542 0.0127
+4787C>T 232(2.17±0.99) 370(2.19±1.03) 189(2.47±1.31) 0.0465 0.1721 0.0154
+7941_45d/i 523(2.23±1.01) 213(2.25±1.26) 32(2.70±1.12) 0.2166 0.3132 0.0929
ht1 220(2.41±1.28) 358(2.20±1.03) 216(2.17±0.98) 0.1107 0.0440 0.1884
ht2 418(2.21±1.04) 311(2.25±1.17) 65(2.51±1.09) 0.2868 0.2626 0.1570
ht3 555(2.22±1.02) 209(2.26±1.27) 30(2.74±1.10) 0.1865 0.2331 0.0890
TH-비 -1957G>A 390(3.60±1.30) 328(3.62±1.33) 66(3.87±1.38) 0.5201 0.4048 0.3150
-866G>A 224(3.58±1.26) 379(3.54±1.25) 191(3.88±1.50) 0.0801 0.4854 0.0248
+4787C>T 232(3.57±1.25) 370(3.54±1.25) 189(3.88±1.51) 0.0855 0.3414 0.0269
+7941_45d/i 523(3.62±1.24) 213(3.59±1.49) 32(4.23±1.34) 0.1857 0.5417 0.0664
ht1 220(3.81±1.49) 358(3.56±1.25) 216(3.58±1.24) 0.1702 0.0613 0.3627
ht2 418(3.59±1.31) 311(3.63±1.33) 65(3.90±1.37) 0.4147 0.2977 0.2648
ht3 555(3.61±1.24) 209(3.60±1.50) 30(4.27±1.33) 0.1933 0.4421 0.0716
(평균±표준편차) 및 P 값들은 연령에 따른 보정된 선형 모델 분석에 의하여 구함.
C/C, C/R, 및 R/R의 비는 동형접합체를 일반적인 대립형질로, 이형접합체 및 동형접합체를 희박한 대립형질로 각각 나눈 값을 의미함.
ND는 경우의 수가 너무 작아서 통계적으로 분석할 수 없는 값을 의미함.
체질량지수는(콜레스테롤 - HDL 콜레스테롤)을 HDL 콜레스테롤로 나눈 값이고, LH 비는 LDL 콜레스테롤을 HDL 콜레스테롤로 나눈 값이며, TH 비는 총 콜레스테롤을 HDL 콜레스테롤로 나눈 값을 의미함.
고딕체로 나타낸 수치는 P 값이 0.05 이하로서 통계적으로 중요한 연관성이 있음을 의미함.
<실시예 4> UCP-2 SNP와 비만 표현형과의 상관관계 분석
혈액 내 콜레스테롤 지수는 비만 표현형과 밀접하게 연관되어 있기 때문에, 비록 체질량 지수가 통계적인 분석으로 보정되었다 하더라도 UCP-2 SNP 중 2개의 SNP(-1957C>A 및 -866G>A)와 HDL-콜레스테롤 지수와의 연관성과 이러한 비만 표현형도 직접적인 관련성이 있을 것으로 생각할 수 있다. 이를 확인하기 위하여, 모든 대상들의 체질량지수, 허리골반비(waist hip ratio, WHR) 및 체지방량 지수를 UCP-2 다형성의 지표로 사용하였다(표 5).
그 결과, 조사된 어떠한 UCP-2 SNP도 대상들의 체질량지수, 허리골반비, 또는 체지방량 지수에 중요한 영향을 미치지 않았으며, 이러한 결과는 HDL 콜레스테롤 지수와 UCP-2 SNP와의 연관성이 비만 표현형과는 별개임을 의미하는 것이다.
표 5 - 한국인 여성을 대상으로 한 UCP-2 다형성과 비만 표현형과의 상호 관련성
표현형 위치* C/C C/R R/R P
공동우성 우성 열성
BMI -1957G>A 390(25.82±4.32) 328(25.91±4.24) 66(26.17±4.20) 0.7672 0.5215 0.5952
-866G>A 224(25.89±4.39) 379(25.79±4.35) 191(26.07±3.95) 0.8742 0.9509 0.6147
+4787C>T 232(25.89±4.38) 370(25.73±4.34) 189(26.14±3.98) 0.6617 0.9933 0.3948
+7941_45d/i 523(25.96±4.36) 213(25.73±4.13) 32(26.65±3.93) 0.5960 0.6483 0.4641
ht1 220(26.00±3.99) 358(25.78±4.35) 216(25.94±4.43) 0.9450 0.8299 0.8754
ht2 418(25.79±4.30) 311(25.93±4.25) 65(26.25±4.17) 0.6116 0.3745 0.4762
ht3 555(25.93±4.34) 209(25.65±4.12) 30(26.82±3.97) 0.4377 0.6229 0.3232
WHR -1957G>A 390(0.88±0.07) 328(0.88±0.07) 66(0.88±0.07) 0.9722 0.8125 0.9508
-866G>A 224(0.88±0.07) 379(0.88±0.07) 191(0.88±0.06) 0.9662 0.8202 0.9667
+4787C>T 232(0.88±0.07) 370(0.88±0.07) 189(0.88±0.06) 0.9772 0.9810 0.8353
+7941_45d/i 523(0.88±0.07) 213(0.88±0.07) 32(0.89±0.06) 0.7628 0.7854 0.5678
ht1 220(0.88±0.06) 358(0.88±0.07) 216(0.88±0.07) 0.9757 0.8342 0.9903
ht2 418(0.88±0.07) 311(0.88±0.07) 65(0.88±0.07) 0.8563 0.5775 0.8427
ht3 555(0.88±0.07) 209(0.88±0.07) 30(0.90±0.06) 0.6425 0.7510 0.4525
지방량 -1957G>A 390(23.41±8.21) 328(23.51±7.85) 66(23.13±7.58) 0.9175 0.9332 0.7203
(Kg) -866G>A 224(23.48±8.17) 379(23.45±8.30) 191(23.25±7.15) 0.9252 0.8795 0.6934
+4787C>T 232(23.45±8.12) 370(23.38±8.33) 189(23.36±7.18) 0.9914 0.9150 0.9122
+7941_45d/i 523(23.56±8.11) 213(23.05±7.94) 32(24.87±7.41) 0.4194 0.6247 0.3065
ht1 220(23.24±7.17) 358(23.44±8.34) 216(23.55±8.24) 0.8839 0.6343 0.7526
ht2 418(23.37±8.16) 311(23.51±7.88) 65(23.26±7.54) 0.9388 0.8331 0.8418
ht3 555(23.51±8.03) 209(22.94±7.94) 30(25.11±7.55) 0.3028 0.5864 0.2226
지방(%) -1957G>A 390(34.16±6.22) 328(34.36±6.00) 66(33.94±5.69) 0.8005 0.7478 0.6512
100 -866G>A 224(34.13±5.99) 379(34.32±6.29) 191(34.11±5.71) 0.8618 0.7848 0.7299
+4787C>T 232(34.16±6.01) 370(34.25±6.29) 189(34.15±5.70) 0.9662 0.8899 0.8747
+7941_45d/i 523(34.29±6.03) 213(34.08±6.30) 32(34.84±5.95) 0.7738 0.7821 0.5836
ht1 220(34.12±5.60) 358(34.30±6.36) 216(34.16±6.04) 0.8954 0.7274 0.8745
ht2 418(34.11±6.16) 311(34.40±6.02) 65(34.02±5.69) 0.7310 0.5654 0.7474
ht3 555(34.25±5.97) 209(34.02±6.30) 30(34.88±6.07) 0.7331 0.7717 0.5396
(평균±표준편차) 및 P 값들은 연령에 따른 보정된 선형 모델 분석에 의하여
구함.
C/C, C/R, 및 R/R의 비는 동형접합체를 일반적인 대립형질로, 이형접합체 및 동형접합체를 희박한 대립형질로 각각 나눈 값을 의미함.
ND는 경우의 수가 너무 작아서 통계적으로 분석할 수 없는 값을 의미함.
상기와 같이, 본 발명에 따른 UCP-2 유전자의 -866G>A SNP는 혈액 내 콜레스테롤 및 동맥경화지수와 밀접한 관련이 있으며, 이를 포함하는 일배체형인 ht1도 HDL 콜레스테롤 지수와 상당한 연관성을 보이므로 이들의 연관성은 상기 UCP-2 유전자의 다형성과 동맥경화증 및 혈관성질환의 발생위험도를 효과적으로 예측하는데 유용하게 사용될 수 있다.
<110> Korea Institute of Oriental Medicine <120> UCP-2 SNP makers for the diagnosis of susceptibility to coronary heart disease and atheriosclerosis <160> 12 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 162 <212> DNA <213> -1957G>A polymorphism <400> 1 gggtgcagcg tttgtatgtc tataggattg ctcagatctg cccccaccct gaaagaattt 60 aagagaattt cttgaggcca ggcacagtgg ctcacacctg taattccagt actgtgagag 120 tccgaggtca gaggactgct tgaggccagg agttcaagag ca 162 <210> 2 <211> 100 <212> DNA <213> -866G>A polymorphism <400> 2 ttctactccc caaacgcacg tgtttgtccc ggccagaggg cccaattgtt ggctgttcac 60 gcgtcagtta cccccacagg acgggtcagc caattaaagg 100 <210> 3 <211> 105 <212> DNA <213> +4787C>T polymorphism <400> 3 gtcttggcct tgcagatcca aggagaaagt caggggccag tgcgcgctac agccagcgcc 60 cagtaccgcg gtgtgatggg caccattctg accatggtgc gtact 105 <210> 4 <211> 692 <212> DNA <213> +7941_45del>ins polymorphism <400> 4 gaggtgcccc catgacctgt gatttttctc ctctaggttc atgccctcct ttctccgctt 60 gggttcctgg aacgtggtga tgttcgtcac ctatgagcag ctgaaacgag ccctcatggc 120 tgcctgcact tcccgagagg ctcccttctg agcctctcct gctgctgacc tgatcacctc 180 tggctttgtc tctagccggg ccatgctttc cttttcttcc ttctttctct tccctccttc 240 ccttctctcc ttccctcttt ccccacctct tccttccgct cctttaccta ccaccttdcc 300 ctctttctac attctcatct actcattgtc tcagtgctgg tggagttgac atttgacagt 360 gtgggaggcc tcgtaccagc caggatccca agcgtcccgt cccttggaaa gttcagccag 420 aatcttcgtc ctgcccccga cagcccagcc tagcccactt gtcatccata aagcaagctc 480 aaccttggcg tctcctccct ctcttgtagc tcttaccaga ggtcttggtc caatggcctt 540 tttggtacct ggtgggcagg ggaggaacca cctgactttg aaaatgggtg tgatccacct 600 tccacctcca gcatccaatc tgaagcccgt gtaggtcatc tggtccattt ctctctagac 660 ccaggccctg tactaacatg gggagtgcag ga 692 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> -1957G>A forward primer <400> 5 gggtgcagcg tttgtatgtc t 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> -1957G>A reverse primer <400> 6 tgctcttgaa ctcctggcct 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> -866G>A forward primer <400> 7 ttctactccc caaacgcacg 20 <210> 8 <211> 21 <212> DNA <213> -866G>A reverse primer <400> 8 cctttaattg gctgacccgt c 21 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> +4787C>T(A55V) forward primer <400> 9 gtcttggcct tgcagatcca 20 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> +4787C>T(A55V) reverse primer <400> 10 agtacgcacc atggtcagaa tg 22 <210> 11 <211> 17 <212> DNA <213> +7941_45del>ins forward primer <400> 11 gaggtgcccc catgacc 17 <210> 12 <211> 21 <212> DNA <213> +7941_45del>ins reverse <400> 12 tcctgcactc cccatgttag t 21

Claims (11)

  1. 삭제
  2. 서열번호 1의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 선택되며, 상기 서열에서 87번째 염기가 G또는 A이고, 상기 87 번째 염기를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2(uncoupling protein-2) 유전자의 다형성 마커.
  3. 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 선택되며, 상기 서열에서 63번째 염기가 G또는 A이고, 상기 63 번째 염기를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2(uncoupling protein-2) 유전자의 다형성 마커.
  4. 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 선택되며, 상기 서열에서 53번째 염기가 C또는 T이고, 상기 53 번째 염기를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2(uncoupling protein-2) 유전자의 다형성 마커.
  5. 서열번호 4의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 선택되며, 상기 서열에서 253 번째 내지 297번째 염기가 존재하거나 전부 결실된, 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 UCP-2(uncoupling protein-2) 유전자의 다형성 마커.
  6. 관상동맥질환 발생위험도 예측용 UCP-2 유전자 일배체형(haplotype) 마커로서, 서열번호 2 및 3의 염기서열을 갖는 것을 특징으로 하는 일배체 마커.
  7. 제 2항의 다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 서열번호 5와 6으로 기재되는 프라이머쌍을 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트.
  8. 제 3항의 다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 서열번호 7과 8 로 기재되는 프라이머쌍을 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트.
  9. 제 4항의 다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 서열번호 9와 10으로 기재되는 프라이머쌍을 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트.
  10. 제 5항의 다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 서열번호 11과 12로 기재되는 프라이머쌍을 포함하는 동맥경화증 및 혈관성질환 발생위험도 예측용 키트.
  11. 삭제
KR1020060015652A 2006-02-17 2006-02-17 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커 Expired - Fee Related KR100874185B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020060015652A KR100874185B1 (ko) 2006-02-17 2006-02-17 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020060015652A KR100874185B1 (ko) 2006-02-17 2006-02-17 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20070082700A KR20070082700A (ko) 2007-08-22
KR100874185B1 true KR100874185B1 (ko) 2008-12-15

Family

ID=38612259

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020060015652A Expired - Fee Related KR100874185B1 (ko) 2006-02-17 2006-02-17 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR100874185B1 (ko)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101972359B1 (ko) 2018-01-03 2019-04-25 주식회사 에스엔피 제네틱스 한국인의 지질관련 대사성 질환의 위험 예측용 다형성 마커, 이를 이용한 지질관련 대사성 질환의 위험 예측 방법
KR101972355B1 (ko) 2018-01-03 2019-04-25 주식회사 에스엔피 제네틱스 한국인의 비만 또는 비만 관련 질환의 위험 예측용 다형성 마커, 이를 이용한 한국인의 비만 또는 비만 관련 질환의 위험 예측 방법

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Current Opinion in Lipidology. 16(3):389-391, June 2005.

Also Published As

Publication number Publication date
KR20070082700A (ko) 2007-08-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Lafrenière et al. Identification of a novel gene (HSN2) causing hereditary sensory and autonomic neuropathy type II through the Study of Canadian Genetic Isolates
Weickert et al. Variants in the estrogen receptor alpha gene and its mRNA contribute to risk for schizophrenia
EP2256193B1 (en) Identification of hypertension susceptibility gene group
Al-Daghri et al. Adiponectin gene polymorphisms (T45G and G276T), adiponectin levels and risk for metabolic diseases in an Arab population
Yoon et al. Effects of genetic polymorphisms of UCP2 and UCP3 on very low calorie diet-induced body fat reduction in Korean female subjects
Heit et al. Thrombomodulin gene polymorphisms or haplotypes as potential risk factors for venous thromboembolism: a population‐based case–control study
Korstanje et al. Locating Ath8, a locus for murine atherosclerosis susceptibility and testing several of its candidate genes in mice and humans
JP5216982B2 (ja) 禁煙支援治療に有用な遺伝子多型
Ge et al. PTEN polymorphisms and the risk of esophageal carcinoma and gastric cardiac carcinoma in a high incidence region of China
Heidari et al. Association study of the-866G/A UCP2 gene promoter polymorphism with type 2 diabetes and obesity in a Tehran population: a case control study
Flores-Martínez et al. DNA polymorphism analysis of candidate genes for type 2 diabetes mellitus in a Mexican ethnic group
KR100874185B1 (ko) 동맥경화증 및 혈관성 질환 발생위험도 예측용 인간 비공유단백질-2 단일염기 다형성 마커
Lench et al. Single-point haplotype scores telomeric to human leukocyte antigen-C give a high susceptibility major histocompatability complex haplotype for psoriasis in a caucasian population
Beigi et al. Investigation of the association between rs4977574 A> G polymorphism in ANRIL gene and coronary artery disease in Iranian population
JP2005278479A (ja) 関節リウマチ検査用マーカー遺伝子
KR101304535B1 (ko) Ｋｌｏｔｈｏ 유전자의 단일염기다형을 이용한 심혈관계 질환 예측 방법
KR100844387B1 (ko) 비만 및 지방연소와 관련된 체중조절 예측용 다형성 마커
KR20060096437A (ko) 비만증에 대한 유전적 표식형질
KR100785391B1 (ko) 비만 발생위험도 예측용 Ｗｎｔ10Β 단일염기 다형성 마커
CA2556111A1 (en) Method for detecting the risk of cancer, coronary heart disease, and stroke by analysing a catalase gene
JP6788879B2 (ja) 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬
Kamei et al. Association analysis of the SHC1 gene locus with longevity in the Japanese population
KR101092580B1 (ko) 위암 감수성 예측용 ｖｃａｎ 다형성 마커 및 이를 이용한위암 감수성 예측 방법
KR100809102B1 (ko) 서비빈 유전자를 이용한 폐암 감수성 진단용 마커 및 이를이용한 폐암 감수성 예측 및 판단 방법
KR101208188B1 (ko) 천식과 관련된 ｓｌｃ６ａ７ 유전자 다형성

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
PA0109 Patent application

St.27 status event code: A-0-1-A10-A12-nap-PA0109

PA0201 Request for examination

St.27 status event code: A-1-2-D10-D11-exm-PA0201

E902 Notification of reason for refusal
PE0902 Notice of grounds for rejection

St.27 status event code: A-1-2-D10-D21-exm-PE0902

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

E13-X000 Pre-grant limitation requested

St.27 status event code: A-2-3-E10-E13-lim-X000

P11-X000 Amendment of application requested

St.27 status event code: A-2-2-P10-P11-nap-X000

P13-X000 Application amended

St.27 status event code: A-2-2-P10-P13-nap-X000

PG1501 Laying open of application

St.27 status event code: A-1-1-Q10-Q12-nap-PG1501

E90F Notification of reason for final refusal
PE0902 Notice of grounds for rejection

St.27 status event code: A-1-2-D10-D21-exm-PE0902

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

T11-X000 Administrative time limit extension requested

St.27 status event code: U-3-3-T10-T11-oth-X000

P11-X000 Amendment of application requested

St.27 status event code: A-2-2-P10-P11-nap-X000

P13-X000 Application amended

St.27 status event code: A-2-2-P10-P13-nap-X000

R18-X000 Changes to party contact information recorded

St.27 status event code: A-3-3-R10-R18-oth-X000

E701 Decision to grant or registration of patent right
PE0701 Decision of registration

St.27 status event code: A-1-2-D10-D22-exm-PE0701

GRNT Written decision to grant
PR0701 Registration of establishment

St.27 status event code: A-2-4-F10-F11-exm-PR0701

PR1002 Payment of registration fee

St.27 status event code: A-2-2-U10-U11-oth-PR1002

Fee payment year number: 1

PG1601 Publication of registration

St.27 status event code: A-4-4-Q10-Q13-nap-PG1601

FPAY Annual fee payment

Payment date: 20111212

Year of fee payment: 4

PR1001 Payment of annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U11-oth-PR1001

Fee payment year number: 4

PN2301 Change of applicant

St.27 status event code: A-5-5-R10-R11-asn-PN2301

PN2301 Change of applicant

St.27 status event code: A-5-5-R10-R14-asn-PN2301

R18-X000 Changes to party contact information recorded

St.27 status event code: A-5-5-R10-R18-oth-X000

FPAY Annual fee payment

Payment date: 20120824

Year of fee payment: 6

PR1001 Payment of annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U11-oth-PR1001

Fee payment year number: 5

PN2301 Change of applicant

St.27 status event code: A-5-5-R10-R13-asn-PN2301

St.27 status event code: A-5-5-R10-R11-asn-PN2301

PN2301 Change of applicant

St.27 status event code: A-5-5-R10-R11-asn-PN2301

PN2301 Change of applicant

St.27 status event code: A-5-5-R10-R14-asn-PN2301

LAPS Lapse due to unpaid annual fee
PC1903 Unpaid annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U13-oth-PC1903

Not in force date: 20141210

Payment event data comment text: Termination Category : DEFAULT_OF_REGISTRATION_FEE

PC1903 Unpaid annual fee

St.27 status event code: N-4-6-H10-H13-oth-PC1903

Ip right cessation event data comment text: Termination Category : DEFAULT_OF_REGISTRATION_FEE

Not in force date: 20141210

P22-X000 Classification modified

St.27 status event code: A-4-4-P10-P22-nap-X000

R18-X000 Changes to party contact information recorded

St.27 status event code: A-5-5-R10-R18-oth-X000