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JP7726881B2 - ペプチド－ｍｈｃ ｉｉタンパク質構築物およびそれらの使用 - Google Patents

ペプチド－ｍｈｃ ｉｉタンパク質構築物およびそれらの使用

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JP7726881B2
JP7726881B2 JP2022532773A JP2022532773A JP7726881B2 JP 7726881 B2 JP7726881 B2 JP 7726881B2 JP 2022532773 A JP2022532773 A JP 2022532773A JP 2022532773 A JP2022532773 A JP 2022532773A JP 7726881 B2 JP7726881 B2 JP 7726881B2
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Regeneron Pharmaceuticals Inc
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Description

関連出願の相互参照
この出願は、２０１９年１２月２日に出願された米国出願第６２／９４２，３４４号の利益を主張し、これはすべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ Ｗｅｂを介したテキストファイルとして提出された配列表への参照
ファイル６９６１９３ＳＥＱＬＩＳＴ．ｔｘｔに記載された配列表は５０．９キロバイトであり、２０２０年１１月１１日に作成され、参照により本明細書に組み込まれる。
可溶性ペプチド－ＭＨＣ Ｉタンパク質構築物は以前に記載されている。これらの構築物は、げっ歯動物（例えばＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）げっ歯動物）を免疫して抗ペプチドイングルーブ（ｉｎ－ｇｒｏｏｖｅ）抗体を生成するなど、様々な用途に使用できる。しかしながら、より溶解性の高いペプチド－ＭＨＣ ＩＩタンパク質構築物が必要とされている。
ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む組成物、かかる組成物をコードする核酸、およびかかる組成物を使用して対象において免疫応答を誘発する方法が提供される。
一態様では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部、を含むＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む組成物が提供される。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ペプチドリンカーによってＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合している。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドまたはペプチドリンカーは、第１のシステインを含み、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、第２のシステインを含む。いくつかのかかる組成物では、第１のシステインおよび第２のシステインは、ＭＨＣリガンドペプチドが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部によって形成されるペプチド結合溝に結合するよう、ジスルフィド結合を形成する。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、α１ドメインを含み、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、β１ドメインを含む。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含む。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、α１ドメイン、α２ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを含む。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、β１ドメイン、β２ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを含む。
いくつかのかかる組成物では、組成物は膜に固定されている。いくつかのかかる組成物では、組成物は可溶性である。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、β１ドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパー、静電気的エンジニアリング、ノブイントゥホール、免疫グロブリン足場、免疫グロブリンＦｃ領域、またはリンカーによって連結されている。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結され、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部のＣ末端は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＣ末端は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部のＣ末端は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＣ末端は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、ＭＨＣ－ＪｕｎリンカーによってＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、ＭＨＣ－ＦｏｓリンカーによってＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結される。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、ＭＨＣ－ＦｏｓリンカーによってＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、ＭＨＣ－ＪｕｎリンカーによってＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結される。任意選択的に、ＭＨＣ－ＪｕｎリンカーおよびＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーはそれぞれ、配列番号１に記載の配列を含む。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１８アミノ酸長であるか、約１０～約１５アミノ酸長であるか、または約１０～約１２アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１８アミノ酸長であるか、１０～１５アミノ酸長であるか、または１０～１２アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、残基Ｐ－１～Ｐ９または残基Ｐ－３～Ｐ９を含む。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、抗原性ＭＨＣリガンドペプチドである。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｔ細胞媒介性疾患に関連している。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、柔軟性リンカーである。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、１つ以上の柔軟性アミノ酸および１つ以上の極性アミノ酸を含む。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、いかなる荷電アミノ酸も含まない。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、切断部位を含む。任意選択的に、切断部位は、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼ切断部位である。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、非免疫原性である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＮ末端に接続されている。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部のＮ末端に接続されている。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、少なくとも約９アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、少なくとも９アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、約９～約５０アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、９～５０アミノ酸長である。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含む。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、第１のシステインを含む。任意選択的に、第１のシステインは、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカー内の唯一のシステインである。任意選択的に、第１のシステインは、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーの最初の４つのアミノ酸にある。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含み、繰り返しのうちの１つの中の１つのアミノ酸は、システインに変異している。任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、配列番号２１に記載の配列を含む。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣリガンドペプチドは、第１のシステインを含む。任意選択的に、第１のシステインは、組成物によって形成されたエピトープとは反対側を向いている。
いくつかのかかる組成物では、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部にある。任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカーは、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＮ末端に接続されている。
いくつかのかかる組成物では、第２のシステインは、組成物中のＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子には存在しない。任意選択的に、第２のシステインは、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子の非システインアミノ酸の代わりに存在する。任意選択的に、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部にある。任意選択的に、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置１０１に対応する位置にある。例えば、第２のシステインは、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントにおける、ＤＱＡ１Ｒ１０１と表示された位置に対応する位置にあることができる。例えば、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖の第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号５９と最適に整列された場合、配列番号５９に記載の配列の位置７８に対応する位置にあることができる。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインを欠いている。任意選択的に、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインは、他のアミノ酸に置換されている。任意選択的に、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインは、アラニン、グルタミン、トリプトファン、またはアルギニンに置換されている。任意選択的に、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインは、組成物中のＭＨＣクラスＩＩ分子においてアラニンまたはグルタミンで置換されている。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在するシステインを欠いている。任意選択的に、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在するシステインは、組成物中のＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部においてアラニンまたはグルタミンで置換されている。任意選択的に、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の７０位に対応する位置にある。例えば、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖のシステインは、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントにおける、ＤＱＡ１Ｃ７０と表示された位置に対応する位置にあることができる。例えば、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部と最適に整列された場合、配列番号５９に記載の配列の位置４７に対応する位置にあることができる。
いくつかのかかる組成物では、組成物は、１つ以上の免疫刺激分子をさらに含む。任意選択的に、１つ以上の免疫刺激分子は、組成物に対するＴ細胞媒介性免疫応答を誘導するＴ細胞エピトープである。任意選択的に、１つ以上の免疫刺激分子は、汎ＤＲ－結合エピトープ（ＰＡＤＲＥ）および／またはリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）由来のペプチドを含む。任意選択的に、１つ以上の免疫刺激分子は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に直接的または間接的に共有結合している。任意選択的に、１つ以上の免疫刺激分子は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部および／またはＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部に直接的または間接的に共有結合している。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子である。任意選択的に、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、およびＨＬＡ－ＤＰからなる群から選択される。任意選択的に、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子はＨＬＡ－ＤＱ２分子である。任意選択的に、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子はＨＬＡ－ＤＲ２分子である。
いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含み、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に結合させるペプチドリンカーは、第１のシステインを含む約９～約５０アミノ酸長の柔軟性リンカーであり、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＮ末端に接続され、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部にあり、組成物中のＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子には存在せず、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインを欠いている。いくつかのかかる組成物では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含み、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に結合させるペプチドリンカーは、第１のシステインを含む９～５０アミノ酸長の柔軟性リンカーであり、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＮ末端に接続され、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部にあり、組成物中のＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子には存在せず、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインを欠いている。任意選択的に、組成物は可溶性であり、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部は、α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、β１を含むドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結されている。任意選択的に、第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置１０１に対応する位置にあり、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置７０に対応する位置にある。例えば、第２のシステインは、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントでＤＱＡ１ Ｒ１０１と表示された位置に対応する位置にあることができ、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖のシステインは、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントでＤＱＡ１Ｃ７０と表示された位置に対応する位置にあることができる。例えば、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖の第２のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号５９と最適に整列された場合、配列番号５９に記載の配列の位置７８に対応する位置にあることができ、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖のシステインは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部が配列番号５９と最適に整列された場合、配列番号５９に記載の配列の４７位に対応する位置にあることができる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＰ、およびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択されるヒトＭＨＣクラスＩＩ分子である。任意選択的に、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子はＨＬＡ－ＤＱである。
任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインは、配列番号６４を含む。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインは、本質的に配列番号６４からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインは、配列番号６４からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメイン）は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに（例えば、Ｃ末端で）連結されている。任意選択的に、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３を含む。任意選択的に、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、本質的に配列番号２３からなる。任意選択的に、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインは、配列番号６０を含む。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインは、本質的に配列番号６０からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインは、配列番号６０からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部（例えば、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメイン）は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに（例えば、Ｃ末端で）連結されている。任意選択的に、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４を含む。任意選択的に、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、本質的に配列番号２４からなる。任意選択的に、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインは、リンカーによってＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている。任意選択的に、リンカーは、配列番号１を含む。任意選択的に、リンカーは、本質的に配列番号１からなる。任意選択的に、リンカーは、配列番号１からなる。任意選択的に、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部のＮ末端（例えば、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメイン）は、リンカーによってＭＨＣリガンドペプチド（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドのＣ末端）に連結されている。任意選択的に、リンカーは、配列番号２１を含む。任意選択的に、リンカーは、本質的に配列番号２１からなる。任意選択的に、リンカーは、配列番号２１からなる。任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１８アミノ酸長であるか、約１０～約１５アミノ酸長であるか、もしくは約１０～約１２アミノ酸長であり、および／または、任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドは、残基Ｐ－１～Ｐ９もしくは残基Ｐ－３～Ｐ９を含む。任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１８アミノ酸長であるか、１０～１５アミノ酸長であるか、もしくは１０～１２アミノ酸長であり、および／または、任意選択的に、ＭＨＣリガンドペプチドは、残基Ｐ－１～Ｐ９もしくは残基Ｐ－３～Ｐ９を含む。
別の態様では、上記のいずれかの組成物をコードする核酸が提供される。
いくつかの態様では、対象における免疫応答を誘発する方法が提供される。いくつかのかかる方法は、対象に有効量の上記のいずれかの組成物、またはその組成物をコードする核酸を投与することを含む。
別の態様では、抗原結合タンパク質を生成する方法が提供される。いくつかのかかる方法は、（ａ）上記のいずれかの組成物またはその組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、（ｂ）非ヒト動物が組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に非ヒト動物を維持することと、を含む。任意選択的に、抗原結合タンパク質は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合されたＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原組成物に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、免疫グロブリン分子またはその断片である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、Ｔ細胞受容体分子またはその断片である。別の態様では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原性組成物に特異的に結合する抗原結合タンパク質を生成する方法が提供される。いくつかのかかる方法は、（ａ）上記のいずれかの組成物またはその組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、（ｂ）非ヒト動物が組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に非ヒト動物を維持することと、を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、免疫グロブリン分子またはその断片である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、Ｔ細胞受容体分子またはその断片である。
図１（原寸に比例していない）は、様々な可溶性ペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物のいくつかの実施形態を示す。ＦｏｓおよびＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフをαおよびβ鎖に連結するためにいくつかの構築物で使用されるリンカーの配列（ＳＧＧＧＧＧ）は、配列番号１に記載されている。ラベルは、ペプチドのジスルフィドステープリングのために構築物Ｂのリンカー（リンカーＣｙｓ）およびα鎖（Ｒ１０１Ｃ）に組み込まれたシステインを示す。ラベルはまた、α鎖の７０位のシステインがグルタミン（Ｃ７０Ｑ）またはアラニン（Ｃ７０Ａ）に変異していることをも示す。アスタリスクは、Ｄａｖｉｓ－ｂｏｄｙ修飾（ＦｃのプロテインＡへの異なる結合を可能にするＣＨ３修飾）を示す。 変異なし、Ｃ７０Ｑ変異、またはＲ１０１ＣおよびＣ７０Ａ変異を含む、全長ＤＱ２α鎖セグメントのアラインメントを示す。 異なるＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子からの完全長α鎖セグメントのアラインメントを示す。 いくつかの実施形態における、可溶性構築物Ｃが、抗ｍＦｃセンサー表面に捕捉された抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合することを示す、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイからの結果を示す。 いくつかの実施形態における、抗ｈＦｃセンサー表面上に捕捉された可溶性構築物Ｃが、抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合することを示す、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイからの結果を示す。 いくつかの実施形態における、ペプチドがＨＬＡ－ＤＱＢ鎖に繋がれ、ＨＬＡαおよびβ鎖が、Ｊｕｎ／ＦｏｓまたはＦｃノブイントゥホール配置のいずれかで二量体化される、可溶性構築物を示す。
定義
本明細書で互換的に使用される、「タンパク質」、「ポリペプチド」、および「ペプチド」という用語は、コード化および非コード化アミノ酸ならびに化学的または生化学的に修飾または誘導体化したアミノ酸を含む、任意の長さのアミノ酸のポリマー形態を含む。これらの用語には、修飾されたペプチド骨格を有するポリペプチドなどの修飾されたポリマーも含まれる。「ドメイン」という用語は、特定の機能または構造を有するタンパク質またはポリペプチドの任意の部分を指す。
タンパク質は「Ｎ末端」（アミノ末端）と「Ｃ末端」（カルボキシ末端またはカルボキシル末端）を有すると言われている。「Ｎ末端」という用語は、遊離アミン基（－ＮＨ２）を有するアミノ酸を末端に有する、タンパク質またはポリペプチドの開始部に関する。「Ｃ末端」という用語は、遊離カルボキシル基（－ＣＯＯＨ）によって終端されたアミノ酸鎖（タンパク質またはポリペプチド）の末端部に関する。
本明細書で互換的に使用される、「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはそれらの類似体もしくは修飾バージョンを含む、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含む。これらには、一本鎖、二本鎖、および多重鎖ＤＮＡもしくはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、ならびにプリン塩基、ピリミジン塩基、または他の天然、化学的に修飾された、生化学的に修飾された、非天然、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマーが含まれる。
１つのモノヌクレオチドペントース環の５’リン酸塩がホスホジエステル結合を介して一方向で、その隣の３’酸素に結合する手法でオリゴヌクレオチドを作製するように、モノヌクレオチドが反応するため、核酸は、「５’末端」および「３’末端」を有すると言われている。オリゴヌクレオチドの末端は、その５’リン酸塩がモノヌクレオチドペントース環の３’酸素に連結されていない場合、「５’末端」と呼ばれる。オリゴヌクレオチドの末端は、その３’酸素が別のモノヌクレオチドペントース環の５’リン酸塩に連結されていない場合、「３’末端」と呼ばれる。核酸配列は、より大きなオリゴヌクレオチドの内部に存在するとしても、５’および３’末端を有するとも言われ得る。線状または環状ＤＮＡ分子のいずれかにおいて、別個の要素は、「上流」または「下流」の５’もしくは３’要素であると呼ばれる。
「発現ベクター」または「発現構築物」または「発現カセット」という用語は、特定の宿主細胞または生命体における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な適切な核酸配列に作動可能に連結された所望のコード配列を含む組換え核酸を指す。原核生物での発現に必要な核酸配列には、通常、プロモーター、オペレーター（任意選択）、リボソーム結合部位、およびその他の配列が含まれる。真核細胞は一般に、プロモーター、エンハンサー、終結およびポリアデニル化シグナルを利用することが知られており、必要な発現を犠牲にすることなく、いくつかの要素を削除し得、他の要素を追加し得る。
「プロモーター」は、ＲＮＡポリメラーゼＩＩが特定のポリヌクレオチド配列のための適切な転写開始部位でＲＮＡ合成を開始することを指示することができるＴＡＴＡボックスを通常含むＤＮＡの調節領域である。
本発明のいくつかの実施形態では、プロモーターは、転写開始速度に影響を及ぼす他の領域をさらに含み得る。本明細書に開示されるプロモーター配列は、いくつかの実施形態では、作動可能に連結されたポリヌクレオチドの転写を調節する。プロモーターは、本明細書に開示される１つ以上の細胞型（例えば、限定されないが、真核細胞、非ヒト哺乳動物細胞、ヒト細胞、げっ歯類細胞、多能性細胞、一細胞期胚、分化した細胞、またはそれらの組み合わせ）において活性であり得る。プロモーターは、例えば、構成的に活性なプロモーター、条件付きプロモーター、誘導性プロモーター、時間的に制限されたプロモーター（例えば、限定されないが、発生的に調節されたプロモーター）、または空間的に制限されたプロモーター（例えば、限定されないが、細胞特異的または組織特異的プロモーター）であり得る。
「作動可能な連結」または「作動可能に連結されている」とは、近位の２つ以上の成分（例えば、限定されないが、プロモーターおよび別の配列エレメント）を含み、その両方の成分が正常に機能し、かつ成分の少なくとも１つが他の成分のうちの少なくとも１つに及ぶ機能を媒介し得る可能性をもたらす。非限定的な例として、プロモーターが、１つ以上の転写調節因子の存在または非存在に応じてコード配列の転写のレベルを制御する場合、そのプロモーターは、コード配列に作動可能に連結され得る。作動可能な連結は、かかる配列が互いに近接していること、またはトランスに作用する（例えば、限定されないが、調節配列がコード配列の転写を制御するために離れて作用し得る）ことを含み得る。
タンパク質、核酸、および細胞に関して「単離された」という用語は、通常はインサイチュに存在し得る他の細胞または生物成分に関して比較的精製されているタンパク質、核酸、および細胞を含み、タンパク質、核酸、または細胞の実質的に純粋な調製物までを含み、およびそれらの実質的に純粋な調製物を含む。
本発明のいくつかの実施形態では、「単離された」という用語は、天然に存在する対応物を有しないタンパク質および核酸、または、化学的に合成され、したがって他のタンパク質もしくは核酸が実質的に混入していないタンパク質もしくは核酸を包含する。「単離された」という用語はまた、それらが自然に付随する他のほとんどの細胞成分または生物成分（例えば、他の細胞タンパク質、核酸、または細胞成分もしくは細胞外成分）から分離または精製されたタンパク質、核酸、または細胞を含み得る。
「コドン最適化」は、アミノ酸を指定する３塩基対のコドンの組み合わせの多様性によって示されるように、コドンの縮重を利用し、一般に、天然アミノ酸配列を維持しながら、天然配列の少なくとも１つのコドンを、宿主細胞の遺伝子においてより頻繁にまたは最も頻繁に使用されるコドンで置き換えることによって、特定の宿主細胞における発現の増強のために核酸配列を修飾するプロセスを含む。非限定的な例として、タンパク質をコードする核酸は、天然に存在する核酸配列と比較して、細菌細胞、酵母細胞、ヒト細胞、非ヒト細胞、哺乳動物細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、ハムスター細胞、または他の任意の宿主細胞を含む、所与の原核細胞または真核細胞においてより高頻度で使用される代替コドンへと改変できる。コドン使用表は、例えば「コドン使用データベース」で容易に入手できる。これらの表は、様々な方法で適合させることができる。すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｎａｋａｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２８（１）：２９２を参照されたい。特定の宿主における発現のための特定の配列のコドン最適化のためのコンピュータアルゴリズム（例えば、Ｇｅｎｅ Ｆｏｒｇｅを参照のこと）もまた利用可能である。
「遺伝子座」という用語は、遺伝子（または重要な配列）、ＤＮＡ配列、ポリペプチドコード配列、または生物のゲノムの染色体上の位置（ｐｏｓｉｔｉｏｎ）の特定の位置（ｌｏｃａｔｉｏｎ）を指す。非限定的な例として、「ＨＬＡ遺伝子座」は、ＨＬＡ遺伝子、ＨＬＡ ＤＮＡ配列、ＨＬＡをコードする配列、またはかかる配列が常在すると同定されている生物のゲノムの染色体上のＨＬＡの位置の特定の位置を指し得る。「ＨＬＡ遺伝子座」は、非限定的な例として、エンハンサー、プロモーター、５’および／もしくは３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、またはそれらの組み合わせを含む、ＨＬＡ遺伝子の調節エレメントを含み得る。
「遺伝子」という用語は、自然に存在する場合、少なくとも１つのコーディング領域と少なくとも１つの非コーディング領域を含む可能性のある染色体内のＤＮＡ配列を指す。産物（例えば、非限定的に、ＲＮＡ産物および／またはポリペプチド産物）をコードする染色体中のＤＮＡ配列は、非コードイントロンで中断されたコード領域および５’端と３’端の両方のコード領域に隣接して位置する配列を含み得、遺伝子が全長のｍＲＮＡ（５’および３’の非翻訳配列を含む）に対応するようなる。さらに、調節配列を含む他の非コード配列（例えば、非限定的に、プロモーター、エンハンサー、および転写因子結合部位）、ポリアデニル化シグナル、配列内リボソーム進入部位、サイレンサー、絶縁配列、およびマトリックス結合領域も遺伝子に存在してもよい。これらの配列は、遺伝子のコード領域に近接（例えば、非限定的に、１０ｋｂ以内）してもよく、または離れていてもよく、それらは遺伝子の転写と翻訳のレベルまたは速度に影響を及ぼす。
「対立遺伝子」という用語は、遺伝子のバリアント形態を指す。いくつかの遺伝子は、染色体上の同じ位置、または遺伝子座に位置する様々な異なる形態を有する。二倍体生物は、各遺伝子座に２つの対立遺伝子を有する。対立遺伝子の各対は、特定の遺伝子座の遺伝子型を表す。遺伝子型は、特定の遺伝子座に２つの同一の対立遺伝子がある場合はホモ接合として、および２つの対立遺伝子が異なる場合はヘテロ接合として記載されている。
本明細書で提供される方法および組成物は、様々な異なる成分を使用する。記載全体の一部の成分には、活性バリアントおよび断片を有し得る。かかる成分には、例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子が含まれる。これらの成分のそれぞれの生物学的活性は、本明細書の他の場所に記載されている。「機能性」という用語は、生物学的活性または機能を示すタンパク質または核酸（またはその断片、もしくはバリアント）の生来の能力を指す。かかる生物学的活性または機能は、例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子がＭＨＣリガンドペプチドに結合し、および／またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に結合し、Ｔ細胞応答をもたらす能力を含むことができる。機能的断片またはバリアントの生物学的機能は、（例えば、限定されないが、それらの特異性または選択性または有効性に関して）元の分子と比較して同じであるか、または実際に変化し得るが、分子の基本的な生物学的機能は保持される。
「野生型」という用語は、（変異型、病変した、改変された、などとは対照的に）正常な状態または状況で見られるような構造（例えば、限定されないが、核酸配列またはアミノ酸配列）を有する実体を指す。野生型遺伝子およびポリペプチドは、多くの場合、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在する。
「バリアント」という用語は、集団で最も一般的な配列とは異なるヌクレオチド配列（例えば、限定されないが、１ヌクレオチド）、または集団で最も一般的な配列とは異なるタンパク質配列（例えば、限定されないが、１アミノ酸）を指す。
「断片」という用語は、タンパク質に言及する場合、完全長タンパク質よりも短いか、または少ないアミノ酸を有するタンパク質を意味する。「断片」という用語は、核酸に言及する場合、全長の核酸よりも短いか、または少ないヌクレオチドを有する核酸を意味する。タンパク質断片の非限定的な例には、Ｎ末端断片（すなわち、タンパク質のＣ末端の一部の除去）、Ｃ末端断片（すなわち、タンパク質のＮ末端の一部の除去）、または内部断片（すなわち、タンパク質の内部部分の一部の除去）が含まれ得る。
２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の文脈における「配列同一性」または「同一性」は、特定の比較ウィンドウで最大の一致のためにアラインさせる場合、同じである２つの配列の残基を指す。タンパク質に関して、配列同一性のパーセンテージを使用する場合、同一ではない残基位置は多くの場合に、保存的アミノ酸置換によって異なり、その保存的アミノ酸置換では、アミノ酸残基は同様の化学的特性（例えば、限定されないが、電荷または疎水性）を有し、したがって、分子の機能特性を変化させない他のアミノ酸残基で置換されている。配列が保存的置換で異なる場合、配列同一性パーセントを、置換の保存的性質について補正するために、上方に調整してもよい。そのような保存的置換によって異なる配列は、「配列類似性」または「類似性」を有すると言われている。この調整を行う手段は、周知である。典型的には、これは、保存的置換を完全なミスマッチではなく部分的なミスマッチとしてスコアリングして、それによって、配列同一性パーセンテージを増加させることを含む。したがって、非限定的な例として、同一のアミノ酸が１のスコアを与えられ、非保存的置換がゼロのスコアを与えられる場合に、保存的置換は、ゼロから１のスコアを与えられる。保存的置換のスコアリングは、例えば、プログラムＰＣ／ＧＥＮＥ（Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）で実行されるように計算される。
「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウィンドウにわたって２つの最適にアラインされた配列（完全にマッチする残基の数が最大）を比較することによって決定される値を含み、比較ウィンドウにおけるポリヌクレオチド配列の部分は、２つの配列の最適アラインメントのための（付加また欠失を含まない）参照配列と比較した場合に、付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含んでもよい。パーセンテージは、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に発生する位置の数を決定して一致した位置の数を得ること、一致した位置の数を比較のウィンドウにおける位置の総数で割ること、および結果に１００を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることによって計算される。別段の定めがない限り（例えば、短い方の配列が、連結された非相同配列を含む）、比較ウィンドウは、比較される２つの配列のうちの短い方の完全長である。
別段の記載がない限り、配列同一性／類似性の値は、次のパラメーター：５０のＧＡＰ重量および３の長さ重量、ならびにｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリックスを使用するヌクレオチド配列の同一性％および類似性％；８のＧＡＰ重量および２の長さ重量、ならびにＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用するアミノ酸配列の同一性％および類似性％；またはその任意の同等のプログラムを使用し、ＧＡＰバージョン１０を使用して得られた値を含む。「同等のプログラム」は、問題の任意の２つの配列について、ＧＡＰバージョン１０によって生成された対応するアラインメントと比較した場合、同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の一致および同一のパーセント配列同一性を有するアラインメントを生成する任意の配列比較プログラムを含む。
「インビトロ」という用語は、人工環境、および人工環境（例えば、限定されないが、試験管または単離された細胞もしくは細胞株）内で生じるプロセスまたは反応を含む。「インビボ」という用語は、天然環境（例えば、限定されないが、生物または身体または細胞または生物もしくは身体内の組織）、および天然環境内で生じるプロセスまたは反応を指す。「エクスビボ」という用語は、個体の身体から取り出された細胞、およびそのような細胞内で起こるプロセスまたは反応を含む。
「主要組織適合遺伝子複合体」および「ＭＨＣ」という用語は、「ヒト白血球抗原」または「ＨＬＡ」（後者の２つは一般にヒトＭＨＣ分子のために用いられる）、天然に存在するＭＨＣ分子、ＭＨＣ分子の個々の鎖（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩα（重鎖）鎖、β２ミクログロブリン、ＭＨＣクラスＩＩα鎖、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖）、ＭＨＣ分子のかかる鎖の個々のサブユニット（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩα鎖のα１、α２および／またはα３サブユニット、ＭＨＣクラスＩＩα鎖のα１－α２サブユニット、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖のβ１－β２サブユニット）、ならびにその一部（例えば、限定されないが、ペプチド結合溝などのペプチド－結合部分）、バリアント、および様々な誘導体（融合タンパク質を含む）を包含し、かかる一部、バリアント、および誘導体は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）（例えば、限定されないが、抗原特異的ＴＣＲ）による認識のための抗原ペプチドを提示する能力を保持する。ＭＨＣクラスＩ分子は、約８～１０アミノ酸のペプチドを収容できる、重いα鎖のα１およびα２ドメインによって形成されるペプチド結合溝を含む。いずれのクラスのＭＨＣがペプチド内の約９アミノ酸（例えば、５～１７アミノ酸）のコアに結合するという事実にもかかわらず、ＭＨＣクラスＩＩペプチド結合溝のオープンエンドな性質（クラスＩＩのＭＨＣβポリペプチドのβ１ドメインに対して、クラスＩＩのＭＨＣαポリペプチドα１ドメインが会合）は、より広い範囲のペプチド長を可能にする。ＭＨＣクラスＩＩに結合するペプチドは、通常、１３～１７アミノ酸長で変動するが、より長さが短いまたは長いこともある。その結果、ペプチドはＭＨＣクラスＩＩペプチド結合溝内でシフトし、任意の時点で、どの９－ｍｅｒ配列が、溝内に直接位置するかを変化し得る。本明細書では、特定のＭＨＣバリアントの従来の識別法が使用される。
「抗原」という用語は、免疫担当宿主に導入されたときに宿主の免疫系によって認識され、宿主による免疫応答を誘発する任意の剤（例えば、タンパク質、ペプチド、多糖、糖タンパク質、糖脂質、ヌクレオチド、それらの一部、またはそれらの組み合わせ）を指す。ＴＣＲは、免疫シナプスの一部としてＭＨＣのコンテキストで提示されたペプチドを認識する。ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体は、ＴＣＲによって認識され、その際、ペプチド（抗原決定基）およびＴＣＲイディオタイプが、相互作用の特異性を提供する。したがって、「抗原」という用語は、ＭＨＣのコンテキストで提示されるペプチド（例えば、ペプチド－ＭＨＣ複合体またはｐＭＨＣ複合体）を包含するが、これらに限定されない。ＭＨＣに提示されるペプチドは、「エピトープ」または「抗原決定基」と呼ばれることもある。「ペプチド」、「抗原決定基」、「エピトープ」などの用語は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって天然に提示されるものだけでなく、免疫細胞によって認識される限り、（例えば、限定されないが、免疫系の細胞に適切に提示された場合）任意の所望のペプチドを包含する。
「ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体」、「ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体」、「ペプチドイングルーブ」などには、（ｉ）ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子）もしくはその一部（例えば、そのペプチド結合溝またはその細胞外部分）、および（ｉｉ）ＭＨＣクラスＩＩ分子および抗原性ペプチドが、ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体がＴ細胞受容体に特異的に結合できるように複合体を形成する抗原性ペプチドが含まれる。ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体には、細胞表面で発現されたｐＭＨＣクラスＩＩ複合体および可溶性ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体が包含される。抗原性のｐＭＨＣクラスＩＩ複合体（例えば、限定されないが、ペプチド（ＭＨＣクラスＩＩ分子を含む複合体を投与した動物にとっては外部物質であるペプチド）と複合体を形成した例えばｐＭＨＣクラスＩＩ複合体）を動物に対して投与することにより、動物は、抗原性のｐＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する抗体応答を発生させ、および／または、抗原性のｐＭＨＣクラスＩＩ複合体に対するＴ細胞応答を発生させる（すなわち、ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体のために特異的なＴ細胞受容体を発生させる）ことができる。次に、かかる特定の抗原結合タンパク質を単離し、抗原性ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体との特異的なＴ細胞受容体相互作用を特異的に調節するための治療薬として使用できる。いくつかの場合、ＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体を形成した（例えば、限定されないが、ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体が投与された宿主動物にとって外来性である）ペプチドを含む可溶性ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体は、投与されたｐＭＨＣクラスＩＩ複合体の可溶性の性質によっては、Ｔ細胞免疫応答を誘発しない可能性があるが、かかる可溶性ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体は、それが可溶性ｐＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を生成するＢ細胞媒介免疫応答を誘発しうるという点で、依然として抗原性とみなされ得る。
「有効量」という用語は、必要な投与量および期間で、所望の結果を達成するために有効な量を包含する。ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の有効量は、対象の病状、年齢、および体重、ならびに対象において所望の応答を誘発するペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の能力などの因子に応じて変動し得る。投与レジメンは、最適な応答をもたらすように調節され得る。有効量はまた、治療的に有益な効果の方が、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の毒性または有害な効果（例えば、副作用に限定されない）よりも勝る量でもある。
「任意の」または「任意に」は、それに続いて記載された事象または状況が起こっても起こらなくてもよいことであって、その記載が、当該事象または状況が起こる場合の例およびそれが起こらない場合の例を含むことを意味する。
値の範囲の指定は、その範囲内の、またはその範囲を定義するすべての整数、およびその範囲内の整数によって定義されるすべての部分範囲を含む。
文脈から特に明らかでない限り、「約」という用語は記載された値の±５である値を包含する。
「および／または」という用語は、関連する列挙された項目の１つ以上のありとあらゆる可能な組み合わせ、ならびに代替物（「または」）で解釈されるときの組み合わせの欠如を指し、包含する。
「または」という用語は、特定のリストの任意の１つのメンバーを指し、そのリストのメンバーの任意の組み合わせも含む。
冠詞「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」の単数形は、文脈が別段に明確に規定していない限り、複数形の言及を含む。例えば、「タンパク質」または「少なくとも１つのタンパク質」という用語は、それらの混合物を含む複数のタンパク質を含み得る。
統計的に有意とは、ｐ≦０．０５を意味する。
（発明を実施するための形態）
Ｉ．概要
本明細書では、ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む組成物が提供される。本発明のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むことができる。組成物のいくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ペプチドリンカーによってＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合している。ＭＨＣリガンドペプチドまたはペプチドリンカーは、第１のシステインを含むことができ、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントあるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、第２のシステインを含むことができる。いくつかの実施形態では、第１のシステインおよび第２のシステインは、次に、ＭＨＣリガンドペプチドが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントによって形成されるペプチド結合溝に結合するように、ジスルフィド結合を形成できる。かかる組成物をコードする核酸、およびかかる組成物を使用して対象において免疫応答を誘発するための方法も提供される。
可溶性ペプチド－ＭＨＣ Ｉタンパク質構築物は以前に記載されている。これらの構築物は、げっ歯動物（ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）げっ歯動物など）を免疫して抗ペプチドイングルーブ（ａｎｔｉ－ｐｅｐｔｉｄｅ－ｉｎ－ｇｒｏｏｖｅ）抗体の生成、またはペプチド－ＭＨＣ Ｉタンパク質に特異的なＴ細胞受容体の生成など、様々な用途に使用できる。本発明者らは、ＭＨＣ ＩＩ分子のα鎖とβ鎖が一緒に固定されてその溝のペプチドに固定されているペプチド－ＭＨＣ ＩＩタンパク質構築物を設計した。これらは、様々な用途に使用でき、例えば、限定されないが、免疫原として機能する可溶性ＭＨＣ ＩＩ構築物の生成、ならびに、ＭＨＣクラスＩＩペプチド特異的ＴＣＲを発現するＴ細胞の動員を含む他の用途用の膜アンカー型ＭＨＣ ＩＩタンパク質の生成などに使用できる。
ＩＩ．ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物
本発明のいくつかの実施形態では、様々なペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体（ｐＭＨＣ複合体）が提供される。抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、例えば、ｐＭＨＣ特異的抗原結合タンパク質を生成するために使用できる。いくつかのかかる複合体は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む。複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ペプチドリンカーによってＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合している。ＭＨＣリガンドペプチドまたはペプチドリンカーは、第１のシステインを含むことができ、ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントあるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、第２のシステインを含むことができ、第１のシステインおよび第２のシステインは、ＭＨＣリガンドペプチドがＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントによって形成されるペプチド－結合溝において、ＭＨＣリガンドペプチドが結合するよう、ジスルフィド結合を形成する。
いくつかの実施形態では、抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の一部として有用なＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の一部もしくは断片もしくはバリアントおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の一部もしくは断片もしくはバリアントが、ＭＨＣリガンドペプチドに結合できるペプチド結合溝を形成するように、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の少なくとも一部または断片またはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の少なくとも一部または断片またはバリアント（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインの少なくとも一部または断片またはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβの細胞外ドメインの少なくとも一部または断片またはバリアント）を含むことができる。非限定的な例として、抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の一部として有用なＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在する全長ＭＨＣ、ならびにＭＨＣの個々の鎖（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖）、ＭＨＣのかかる鎖の個々のサブユニット（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖のα１－α２サブユニットおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖のβ１－β２サブユニット、またはＭＨＣクラスＩＩα鎖のα１サブユニットおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖のβ１サブユニット）、ならびにその断片、バリアント、および誘導体（融合タンパク質を含む）を含むことができ、かかる断片、バリアント、および誘導体は、抗原特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による認識のための抗原決定基を提示する能力を保持している。抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の一部として有用なＭＨＣクラスＩＩ分子およびＭＨＣクラスＩＩ分子は、本明細書の他の場所でより詳細に記載されている。
複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の少なくとも１つの鎖（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントまたはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはそのバリアント）およびＭＨＣリガンドペプチドは、融合タンパク質として会合している。非限定的な例として、ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントあるいはＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）およびＭＨＣリガンドペプチドは、リンカーを介して接続できる。ＭＨＣクラスＩＩ分子のＭＨＣリガンドペプチドへの結合およびそのための適切なリンカーについては、以下でより詳細に説明する。
複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド、またはＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子の少なくとも１つの鎖（またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）に接続するリンカーは、ジスルフィド架橋を介して結合される。ジスルフィド架橋は、酸化されたシステインのペアの間に伸びるジスルフィド結合である。ＭＨＣリガンドペプチドまたはＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子の少なくとも１つの鎖（またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）にジスルフィド架橋を介して接続するリンカーの結合については、以下でより詳細に説明する。
本明細書のいくつかの実施形態で開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、膜結合型または可溶性であり得る。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に膜に固定されたヘテロ二量体である。α鎖およびβ鎖の疎水性膜貫通領域は、ヘテロ二量体の集合を促進する。本明細書のペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかは膜結合型である。非限定的な例として、かかる膜結合ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、膜貫通ドメインを含むか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含む、ＭＨＣクラスＩＩ分子を含むことができる。非限定的な例として、複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含むα鎖を含むか、もしくは膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含むことができ、ならびに／または、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含むβ鎖を含むか、もしくは膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、可溶性であり得る（すなわち、膜結合ではない）。非限定的な例として、かかる可溶性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、膜貫通ドメインを含まないか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まないＭＨＣクラスＩＩ分子を含むことができる。非限定的な例として、複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含まないか、もしくは膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まないα鎖を含むことができ、ならびに／または、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含まないか、もしくは膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まないβ鎖を含むことができる。
いくつかの実施形態では、可溶性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントとＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントとの間の鎖対を安定化するための他の成分をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、鎖対形成を安定化するための機構の非限定的な例としては、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパーへの結合、免疫グロブリン足場への結合、免疫グロブリンＦｃ領域（例えば、免疫グロブリンＦｃヒンジ領域）への結合、免疫グロブリンＦｃノブ－イントホール変異、免疫グロブリンＦｃ電荷変異（電荷反転変異を含むがこれに限定されない）などの静電工学、直接リンカー（例えば、ペプチドリンカーなどの共有結合）、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。これらの機構のそれぞれの詳細な説明および非限定的な例は、本明細書の他の場所で提供される。しかしながら、鎖対の形成に適する他の手段も使用できる。
Ａ．ＭＨＣクラスＩＩ分子
本発明のいくつかの実施形態では、任意の適切なＭＨＣクラスＩＩ分子は、本明細書に記載されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体において使用され得る。ＭＨＣ分子は広義には、クラスＩおよびクラスＩＩのＭＨＣ分子の２つのカテゴリーに分類される。ＭＨＣクラスＩＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、非共有相互作用で１つのα鎖と１つのβ鎖とを含む、ヘテロ二量体の内在性膜タンパク質である。α鎖は、２つの細胞外ドメイン（α１およびα２）ならびに２つの細胞外ドメイン（ＴＭドメインおよびＣＹＴドメイン）を有する。β鎖は、２つの細胞外ドメイン（β１およびβ２）ならびに２つの細胞外ドメイン（ＴＭドメインおよびＣＹＴドメイン）を有する。
クラスＩＩ ＭＨＣ分子のドメイン構成は、ＭＨＣ分子の抗原決定基結合部位（例えば、ペプチド結合部分またはペプチド結合溝）を形成する。ペプチド結合溝は、ペプチド（例えば、抗原決定基）が結合できる空洞を形成するＭＨＣタンパク質の部分を指す。ペプチド結合溝のコンフォメーションは、ペプチドの結合時に変化し、ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体へのＴＣＲの結合に重要なアミノ酸残基の適切なアラインメントを取ることを可能にする。
ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ペプチド結合溝を形成するのに十分であるクラスＩＩ ＭＨＣ鎖の一部もしくは断片もしくはバリアントを含む。クラスＩＩタンパク質のペプチド結合溝は、２つのβプリーツシートおよび２つのαヘリックスを形成できるα１およびβ１ドメインの一部または断片またはバリアントを含むことができる。α１ドメインの第１の部分は第１のβプリーツシートを形成し、α１ドメインの第２の部分は第１のαヘリックスを形成する。β１ドメインの第１の部分は第２のβプリーツシートを形成し、β１ドメインの第２の部分は第２のαヘリックスを形成する。タンパク質の結合溝にペプチドが係合しているクラスＩＩタンパク質のＸ線結晶構造は、係合しているペプチドの一端または両端がＭＨＣタンパク質を超えて突出している可能性があることを示す。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ ３６４（６４３２）：３３－３９を参照されたい。したがって、クラスＩＩのα１およびβ１αヘリックスの末端は、結合溝に結合したペプチドの末端が空洞に埋もれないように、開いた空洞を形成する。
多くのヒトおよび哺乳動物のＭＨＣが知られている。いくつかの実施形態の非限定的な例として、ヒトＭＨＣ ＩＩαまたはβポリペプチドは、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯ遺伝子座のいずれか、またはそれらの組み合わせ、によってコードされる機能的ヒトＨＬＡ分子のαまたはβポリペプチドに由来し得る。一般的に使用されるＨＬＡ抗原および対立遺伝子のリスト、およびＨＬＡ命名法の簡単な説明は、Ｓｈａｎｋａｒｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ａｎｔｉｇｅｎ（ＨＬＡ）Ｓｙｓｔｅｍ，”Ｉｎｔ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４（２）：９１－１０３，（２００４）に概説され、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。ＨＬＡの命名法および様々なＨＬＡ対立遺伝子に関する追加情報は、Ｈｏｌｄｓｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ７３（２）：９５－１７０およびＭａｒｓｈ（２０１９）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ．４６（５）：３４６－４１８に概説され得、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣは、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＱ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される細胞表面発現ヒトＨＬＡ分子などの、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子である。非限定的な例として、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、１つ以上のＭＨＣクラスＩＩα鎖またはドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、１つ以上のヒトＭＨＣクラスＩＩα鎖またはそのドメインもしくは一部もしくは断片もしくはバリアント）を含むことができる。非限定的な例示的な実施形態として、クラスＩＩα鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ、ＨＬＡ－ＤＱＡ、またはＨＬＡ－ＤＲＡとすることができる。同様に、いくつかの実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、１つ以上のＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはそのドメインもしくは一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、１つ以上のヒトＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはそのドメインもしくは一部もしくは断片もしくはバリアント）を含むことができる。非限定的な例示的な実施形態として、クラスＩＩβ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＢ、ＨＬＡ－ＤＱＢ、またはＨＬＡ－ＤＲＢとすることができる。
いくつかの実施形態では、特に興味深いのは、多くのヒトの疾患（例えば、限定されないが、ヒトの自己免疫疾患）に関連することが知られている多型ヒトＨＬＡ対立遺伝子である。関節リウマチ、Ｉ型糖尿病、橋本甲状腺炎、多発性硬化症、重症筋無力症、グレイブス病、全身性エリテマトーデス、腹腔疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、およびその他の自己免疫疾患の発症と相関するＨＬＡ遺伝子座の特定の多型が同定されている。例えば、ｄｅ Ｂａｋｋｅｒ（２００６）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．３８（１０）：１１６６－１１７２、Ｗｏｎｇ ａｎｄ Ｗｅｎ（２００４）Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ ４７（９）：１４７６－１４８７、Ｔａｎｅｊａ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ（１９９８）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１０１（５）：９２１－９２６、およびＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＭＨＣ ａｎｄ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｎｅｔｗｏｒｋ（２００９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０６（４４）：１８６８０－１８６８５を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ヒトＭＨＣ ＩＩポリペプチドは、特定の疾患（例えば、限定されないが、自己免疫疾患）に関連することが知られているヒトＨＬＡ分子に由来し得る。
１つの例示的な実施形態では、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ヒトＭＨＣ ＩＩαおよびβポリペプチドまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、ヒトＨＬＡ－ＤＲ（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＲ２）に由来する。典型的には、ＨＬＡ－ＤＲα鎖は単形性（ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ）である（例えば、ＨＬＡ－ＤＲタンパク質のα鎖は、ＨＬＡ－ＤＲα＊０１遺伝子などのＨＬＡ－ＤＲＡ遺伝子によってコードされる）。一方、ＨＬＡ－ＤＲβ鎖は多形性（ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ）である。したがって、ＨＬＡ－ＤＲ２は、ＨＬＡ－ＤＲＡ遺伝子によってコードされるα鎖および、ＨＬＡＤＲ１β＊１５０１遺伝子によってコードされるβ鎖を含む。ヒト集団で示される多型バリアント、１つ以上の保存的または非保存的アミノ酸修飾を有する配列などの、任意の適切なＨＬＡ－ＤＲ配列が本明細書に包含される。
別の例示的な実施形態では、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ヒトＭＨＣ ＩＩαおよびβポリペプチドまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、ヒトＨＬＡ－ＤＱ（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＱ２）に由来する。ＨＬＡ－ＤＱ２は、ＤＱβ鎖のβ２サブセットの抗体認識によって決定される血清型群である。ＤＱのβ鎖はＨＬＡ－ＤＱＢ１遺伝子座によってコードされ、ＤＱ２はＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２対立遺伝子群によってコードされる。この群には、ＤＱＢ１＊０２０１およびＤＱＢ１＊０２０２の２つの一般的な対立遺伝子が包含される。ＤＱ２β鎖は、遺伝的にリンクされたＨＬＡ－ＤＱＡ１対立遺伝子によってコードされるα鎖と結合して、シス－ハプロタイプアイソフォームを形成する。これらのアイソフォームは、ＤＱ２．２およびＤＱ２．５と呼ばれ、またそれぞれＤＱＡ１＊０２０１およびＤＱＡ１＊０５０１遺伝子によってコードされる。ＤＱ２．５は、自己免疫疾患の最も顕著な病因の１つである。ＤＱ２．５は、多くの場合、自己免疫疾患などの多数の疾患に関連するハプロタイプによってコードされる。このハプロタイプ、ＨＬＡ Ａ１－Ｂ８－ＤＲ３－ＤＱ２は、ＨＬＡ－ＤＱ２が関与している疑いのある疾患に関連する。例えば、ＤＱ２はセリアック病に直接関与する。
別の実施形態では、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ヒトＭＨＣ ＩＩαおよびβポリペプチドまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、一般的なヒトの病気に関連していることが知られているＨＬＡ対立遺伝子のヌクレオチド配列またはその一部もしくは断片によってコードされ得る。かかるＨＬＡ対立遺伝子としては、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３０１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５０１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５０２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０６０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０１０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０２０１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５０１、およびそれらの組み合わせが挙げられる。ＨＬＡ対立遺伝子／疾患の関連性の要約は、ｄｅ Ｂａｋｋｅｒ（２００６）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．３８（１０）：１１６６－１１７２に記載され、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。一般的な疾患に関連するＨＬＡ対立遺伝子のさらなる非限定的な例としては、Ｂ＊０８０１／ＤＲＢ１＊０３０１／ＤＱＡ１＊０５０１／ＤＱＢ１＊０２０１（グレイブス病または重症性エリテマトーデス）、ＤＲＢ１＊１５０１／ＤＱＢ１＊０６０２（多発性硬化症）、ＤＱＡ１＊０１０２（多発性硬化症）、Ｃ＊０６０２（乾癬）、ＤＱＡ１＊０２０１／ＤＱＢ１＊０２０２（ＤＱ２．２）（セリアック病）、ＤＱＡ１＊０５０１／ＤＱＢ１＊０２０１（ＤＱ２．５）（セリアック病）、ＤＲＢ１＊１５０１（全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ））、ＤＲＢ１＊０３０１（１型糖尿病またはＳＬＥ）、およびＢ＊５７０１（アバカビル過敏症）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の一部として有用なＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント）を含み、上記ＭＨＣクラスＩＩα鎖およびβ鎖（またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、ＭＨＣリガンドペプチドに結合できるペプチド結合溝を形成する。非限定的な例として、抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の一部として有用なＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在する全長ＭＨＣならびにＭＨＣの個々の鎖（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖）、ＭＨＣのかかる鎖の個々のサブユニット（例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖のα１－α２サブユニットおよびＭＨＣクラスＩＩβ鎖のβ１－β２サブユニット、またはＭＨＣクラスＩＩα鎖およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖のβ１サブユニット）、ならびにその一部、断片、バリアント、およびそれらの様々な誘導体（融合タンパク質を含む）を含み、かかる一部、断片、バリアント、および誘導体は、抗原特異的ＴＣＲによる認識のための抗原決定因子を提示する能力を保持している。例示的な一実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に含まれる、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、ＭＨＣリガンドペプチドのペプチド結合溝を形成するのに必要な領域または必要な最小領域を含む。例示的な一実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に含まれる、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、ＭＨＣリガンドペプチドのペプチド結合溝を形成するために、本質的に必要な領域、または最小の必要な領域からなる。例示的な一実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に含まれるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、ＭＨＣリガンドペプチドのペプチド結合溝を形成するために必要な領域または必要な最小領域からなる。
本明細書のいくつかの実施形態で開示されるペプチド－ＭＨＣ複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜結合型または可溶性であり得る。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に膜に固定されたヘテロ二量体である。α鎖およびβ鎖の疎水性膜貫通領域は、ヘテロ二量体の集合を促進する。本明細書のいくつかの実施形態で開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子のいくつかは、膜結合型である。非限定的な例として、かかる膜結合ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、膜貫通ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むか、または膜貫通および細胞質ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む、ＭＨＣクラスＩＩ分子を含むことができる。非限定的な例として、複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むα鎖を含むことができ、ならびに／あるいは、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むβ鎖を含むことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、可溶性（すなわち、膜結合ではない）であり得る。例示的な実施形態では、かかる可溶性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、膜貫通ドメインを含まないか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まないＭＨＣクラスＩＩ分子を含むことができる。別の例示的な実施形態では、複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含まないか、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まない、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むことができ、ならびに／あるいは、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、膜貫通ドメインを含まない、または膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを含まない、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むことができる。
一実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、膜貫通ドメインまたはＣ末端の膜貫通ドメインのＣ末端領域を含まない、全長α鎖の断片を含む。別の実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、Ｎ末端にシグナルペプチドを含まず、膜貫通ドメインまたはＣ末端の膜貫通ドメインのＣ末端領域を含まない、全長α鎖の断片を含む。非限定的な例では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、異なるシグナルペプチドに作動可能に連結されることができる。例示的な実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、もしくは配列番号５７のアミノ酸残基２４～２１６、または、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、もしくは配列番号５７のアミノ酸残基２４～２１６に対応する完全長α鎖の断片（例えば、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが由来する全長α鎖が、配列番号４９、配列番号５３、または配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、または配列番号５７と最適に整列された場合）を含む。別の実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号５１のアミノ酸残基２９～２２２、または、配列番号５１のアミノ酸残基２９～２２２に対応する全長α鎖の断片（例えば、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが由来する全長α鎖が配列番号５１と最適に整列された場合）を含む。別の実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号５２もしくは５８のアミノ酸残基２６～２１６、または、配列番号５２もしくは５８のアミノ酸残基２６～２１６に対応する全長α鎖の断片（例えば、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが由来する全長α鎖が配列番号５２または５８と最適に整列された場合）を含む。別の実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号５９および６１～６８のいずれか１つに記載の配列を含む。
一実施形態では、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、膜貫通ドメインまたはＣ末端の膜貫通ドメインのＣ末端領域を含まない全長β鎖の断片を含む。別の実施形態では、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、Ｎ末端にシグナルペプチドを含まず、膜貫通ドメインまたはＣ末端の膜貫通ドメインのＣ末端領域を含まない全長β鎖の断片を含む。非限定的な例では、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、異なるシグナルペプチドに作動可能に連結されることができる。例示的な実施形態では、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号５０のアミノ酸残基３３～２３０、または配列番号５０のアミノ酸残基３３～２３０に対応する全長β鎖の断片（例えば、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが由来する全長β鎖が配列番号５０と最適に整列された場合）を含む。別の例示的な実施形態では、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、配列番号６０に記載の配列を含む。
いくつかの実施形態では、可溶性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体中のＭＨＣ ＩＩ分子は、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントと、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントと、の間の鎖対を安定化させるための他の成分をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、鎖対を安定化させるための機構の非限定的な例としては、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパーへの結合、免疫グロブリン足場への結合、免疫グロブリンＦｃ領域（例えば、免疫グロブリンＦｃヒンジ領域）への結合、免疫グロブリンＦｃノブ－イントホール、免疫グロブリンＦｃ電荷変異（電荷反転変異を含むがこれに限定されない）などの静電工学、直接リンカー（例えば、ペプチドリンカーなどの共有結合）、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。しかしながら、鎖対の形成に適する他の手段も使用できる。
一実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結されている。ＦｏｓおよびＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフの合成ペプチドは、安定した可溶性ヘテロ二量体として組み立てられることが知られている。例えば、Ｋａｌａｎｄａｄｚｅ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２０１５６－２０１６２およびＧａｕｔｈｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９５：１１８２８－１１８３３を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。ロイシンジッパーは、７残基ごとに周期的に配置された（ヘプタッドリピート）５つのロイシンによって特徴付けられる。各ヘプタッドリピートは、αヘリックスの２ターンの形成に寄与する。ロイシン残基は、ロイシンジッパーの二量体化において特別な機能を持ち、コイルドコイルの２つのαヘリックス間のインターフェースを形成する。Ｊｕｎ／Ｆｏｓヘテロ二量体は、コイルドコイルの外面に荷電した残基の存在により、可溶性である。１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩ α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端）は、可溶性の密集したコイルドコイル構造として組み立てられた、転写因子ＦｏｓおよびＪｕｎ由来のロイシンジッパー二量体化モチーフに連結することができる。別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の疎水性膜貫通領域は、転写因子ＦｏｓおよびＪｕｎ由来のロイシンジッパー二量体化モチーフによって置き換えられている。さらに別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフの細胞外ドメインに連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができ、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができる。別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフの細胞外ドメインに連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができ、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができる。連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）は、例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端に置くことができる。Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよび／またはＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを、ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するための適切なリンカーは、本明細書の他の場所でより詳細に開示されている。任意選択的に、非限定的な例では、リンカーは、ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１）を含む。任意選択的に、非限定的な例では、リンカーは、本質的にＳＧＧＧＧＧ（配列番号１）からなる。任意選択的に、非限定的な例では、リンカーは、ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１）からなる。
いくつかの実施形態では、Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフの例示的な配列は、それぞれ、配列番号２３および２４に記載されている。
非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列を含むことができる。非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列から本質的になることができる。非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列からなることができる。非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列を含むことができる。非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列から本質的になることができる。非限定的な例として、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列からなることができる。
同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列を含むことができる。同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列から本質的になることができる。同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一の配列からなることができる。同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列を含むことができる。同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列から本質的になることができる。同様に、いくつかの実施形態では、本明細書のいくつかの実施形態で開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一の配列からなることができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９０％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９２％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９４％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９６％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９８％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９０％～９８％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９０％～９６％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９０％～９４％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９０％～９２％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９２％～９８％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２３に記載の配列と９４％～９６％同一である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物で使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９０％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９２％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９４％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９６％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９８％～１００％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９０％～９８％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９０％～９６％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９０％～９４％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９０％～９２％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９２％～９８％同一である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物において使用されるＪｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフは、配列番号２４に記載の配列と９４％～９６％同一である。
別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、免疫グロブリン足場（例えば、ＩｇＧ足場）を使用して連結される。１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、それぞれ免疫グロブリン軽鎖可変領域および免疫グロブリン重鎖可変領域に連結されるか、またはその逆である。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｈａｍａｄ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８８（９）：１６３３－１６４０を参照されたい。別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の疎水性膜貫通領域およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の疎水性膜貫通領域は、それぞれ免疫グロブリン軽鎖可変領域および免疫グロブリン重鎖可変領域によって置き換えられるか、またはその逆である。別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリン軽鎖可変領域に連結する（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合する）ことができ、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリン重鎖可変領域に連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合する）ことができる。別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリン重鎖可変領域に連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができ、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリン軽鎖可変領域に連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）することができる。連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）は、例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端に置くことができる。適切なリンカーは、本明細書の他の場所でより詳細に開示されている。
いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、および／またはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、免疫グロブリン断片結晶化可能（Ｆｃ）領域または断片（例えば、限定されないが、マウスＩｇＧ２ａ ＦｃドメインなどのＩｇＧ２ａ Ｆｃドメイン）に連結されることができる。例えば、Ａｒｎｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２７１（１－２）：１３７－１５１およびＡｐｐｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５（１）：３１２－３２１を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、Ｆｃ領域または断片は、精製を容易にするために、デービス体（Ｄａｖｉｓ－ｂｏｄｙ）修飾（例えば、ＦｃのプロテインＡへの示差的結合を可能にするＣＨ３修飾）を含むことができる。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，５８６，７１３号を参照されたい。非限定的な例として、使用されるＦｃセグメントは、ヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメイン（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、抗体のＦ（ａｂ）アームを置き換えたもの）を含むことができる。ヒンジ領域は、例えば、ＣＨ２およびＣＨ３ドメインを含むＦｃセグメントと比較して、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、および／あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの移動度を増加させることができる。例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖および／またはＭＨＣクラスＩＩβ鎖の疎水性膜貫通領域は、免疫グロブリンＦｃ領域または断片によって置き換えられている。一つの例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリンＦｃ領域または断片に連結する（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合する）ことができ、および／または、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、免疫グロブリンＦｃ領域または断片に連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合する）ことができる。連結（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合）は、例えば、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端に置くことができる。適切なリンカーは、本明細書の他の場所でより詳細に開示されている。
任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、および／あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、（例えば、限定されないが、二価分子の産生を可能にする）免疫グロブリン断片結晶化可能（Ｆｃ）領域またはその一部もしくは断片もしくはバリアントにさらに連結されることができる。例えば、Ａｒｎｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２７１（１－２）：１３７－１５１およびＡｐｐｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５（１）：３１２－３２１を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。非限定的な例として、使用されるＦｃセグメントは、ヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメインを含むことができる。１つの例示的な実施形態では、免疫グロブリンＦｃ領域または断片は、（例えば、限定されないが、融合またはリンカーを介して）Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフのＣ末端に連結されることができ、および／または、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフのＣ末端に連結されることができる。適切なリンカーは、本明細書の他の場所に開示されている。
別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、ノブイントゥホールストラテジーを使用して連結される。ノブイントゥホールは、ヘテロ二量体化のストラテジーであり、ノブとホール（孔）のバリエーションは、パートナー鎖またはドメインの適切に設計された孔にノブを挿入することによってヘテロ二量体化するよう設計される。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｒｉｄｇｗａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ９（７）：６１７－６２１を参照されたい。非限定的な例として、ノブおよびホールは、免疫グロブリンＦｃ領域または断片（例えば、ＣＨ３ドメイン）に設計できる。別の非限定的な例として、ノブをＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに置いて、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの対応する孔に挿入できるよう設計することができ、またはその逆とすることができる。ノブは、小さな側鎖を持つアミノ酸を大きな側鎖を持つアミノ酸に置き換えることによって構築された。この場合、ノブと同じまたは類似のサイズの孔は、大きな側鎖を持つアミノ酸を小さな側鎖を持つアミノ酸に置き換えることによって作製できる。非限定的な例として、ノブは、小さな側鎖を有するアミノ酸をチロシンまたはトリプトファンで置き換えることによって構築でき、対応する孔は、大きな側鎖を有するアミノ酸をアラニンまたはスレオニンで置き合えることによって構築できる。
別の例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、電荷変異に基づいて連結されている。ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントと、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントとの間の接触する残基は、荷電したアミノ酸または中性のアミノ酸とすることができる。荷電したアミノ酸は、荷電した側鎖を有するアミノ酸残基である。これらは、アルギニン（Ａｒｇ、Ｒ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ、Ｈ）、およびリジン（Ｌｙｓ、Ｋ）に存在するような正に荷電した側鎖であるか、アスパラギン酸（Ａｓｐ、Ｄ）およびグルタミン酸（Ｇｌｕ、Ｅ）に存在するような負に荷電した側鎖であるか、のいずれかとすることができる。中性アミノ酸は、荷電した側鎖を有しないその他のアミノ酸である。これらの中性の残基としては、セリン（Ｓｅｒ、Ｓ）、スレオニン（Ｔｈｒ、Ｔ）、アスパラギン（Ａｓｎ、Ｎ）、グルタミン（Ｇｌｕ、Ｑ）、システイン（Ｃｙｓ、Ｃ）、グリシン（Ｇｌｙ、Ｇ）、プロリン（Ｐｒｏ、Ｐ）、アラニン（Ａｌａ、Ａ）、バリン（Ｖａｌ、Ｖ）、イソロイシン（Ｉｌｅ、Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ、Ｌ）、メチオニン（Ｍｅｔ、Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ、Ｆ）、チロシン（Ｔｙｒ、Ｙ）、およびトリプトファン（Ｔｒｐ、Ｔ）が挙げられる。非限定的な例として、１つ以上の正に荷電したアミノ酸を、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに操作して、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの、１つ以上の負に荷電したアミノ酸と相互作用させることができ、またはその逆もできる。別の非限定的な例として、１つ以上の負に荷電したアミノ酸を、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに操作して、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの、１つ以上の正に荷電したアミノ酸と相互作用させることができ、またはその逆もできる。別の非限定的な例として、１つ以上の負に荷電したアミノ酸を、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに操作して、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに操作された１つ以上の正に荷電したアミノ酸と相互作用させることができ、またはその逆もできる。いくつかの実施形態では、中性アミノ酸残基を荷電アミノ酸残基で置換することにより、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに、荷電アミノ酸を操作することができる。いくつかの実施形態では、ある荷電アミノ酸で、それとは反対に荷電したアミノ酸残基を置換する（例えば、負に荷電したアミノ酸残基を正に荷電したアミノ酸残基で置換するか、または正に荷電したアミノ酸残基を負に荷電したアミノ酸残基で置換する）ことにより、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに、荷電アミノ酸を操作できる。一実施形態では、ＭＨＣは、異なる荷電を有する変異を含む免疫グロブリンＦｃ領域に連結できる。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９，３５８，２８６号を参照されたい。
別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、（例えば、限定されないが、ペプチドリンカーなどのリンカーによって）共有結合している。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｂｕｒｒｏｗｓ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．１２（９）：７７１－７７８を参照されたい。かかるＭＨＣクラスＩＩ分子は、単鎖ＭＨＣ融合体とすることができる。１つの例示的な実施形態では、一本鎖ＭＨＣ融合体は、α１およびβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントのみを含む（またはα２およびβ２ドメインを含まず、かつαおよびβ鎖の膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない）最小のＴＣＲ結合ユニットとすることができる。例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖の疎水性膜貫通領域は、ペプチドリンカーなどのリンカーによって置き換えられる。一つの例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα１およびα２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）は、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖の細胞外ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩβ１ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ１およびβ２ドメインまたはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含む）に連結する（例えば、限定されないが、インフレームで融合するかまたはリンカーを介して融合する）ことができる。適切なリンカーは、本明細書の他の場所に記載されている。１つの例示的な実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端は、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端に連結されている。いくつかの実施形態では、α鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端は、β鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端に連結されることができる。適切なリンカーは、本明細書の他の場所でより詳細に開示されている。
Ｂ．ＭＨＣリガンドペプチドおよびＭＨＣクラスＩＩ分子への結合
ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体中のＭＨＣリガンドペプチドは、本発明のいくつかの実施形態では、ＭＨＣ－ペプチド複合体がＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に結合でき、およびＴ細胞応答に影響を与えるような方法でＭＨＣタンパク質に結合できる、任意のペプチド（すなわち、抗原ペプチド）を含み得る。抗原性ペプチドの長さ、アミノ酸組成などの特性は、限定されないが、ペプチド結合溝内に適合するペプチドの能力、実験条件、および目的の抗原などのいくつかの要因に依存し得る。これらの要因は、Ｐｒｏｔｅａｎ ＩＩ（商標）（Ｐｒｏｔｅｕｓ）やＳＰＯＴ（商標）などの市販のコンピュータープログラムを使用して決定できる。ペプチドのＭＨＣペプチド結合溝への結合は、ＴＣＲによって認識されるＭＨＣおよび／もしくはペプチドアミノ酸残基、または動物によって産生されるｐＭＨＣ結合タンパク質の空間的配置を制御できる。かかる空間的制御は、ペプチドとＭＨＣタンパク質との間に形成された水素結合に一部起因する。ペプチドが様々なＭＨＣにどのように結合するかに関する知識に基づいて、主要なＭＨＣアンカーアミノ酸、および様々なペプチド間で変化する表面露出アミノ酸を決定できる。ＭＨＣクラスＩＩ分子へのペプチド結合は、疎水性の係合および水素結合の形成によって安定化される。ペプチドは、結合溝と相互作用するため、ＩＩ型ポリプロリンヘリックスを採用する。理論に拘束されることを望まないが、このコンフォメーションは、ペプチドが特定の方法でねじれ、ＭＨＣ ＩＩタンパク質の多形ポケットにペプチド側鎖が隔離されているものと考えられる。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｆｅｒｒａｎｔｅ ａｎｄ Ｇｏｒｓｋｉ（２００７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７８：７１８１－７１８９を参照されたい。理論に拘束されることを望まないが、一般に、これらのポケットは、Ｐ１、Ｐ４、Ｐ６、およびＰ９位置でペプチド残基の側鎖を収容すると考えられ、主要なアンカーとして同定されている。これらの溶媒にほとんどアクセスできない相互作用に加えて、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ７、およびＰ１０残基を収容する結合部位の小さなポケットまたはシェルフのある位置は、マイナーまたは補助アンカーとして認識される。
いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適するＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例としては、Ｐ－３～Ｐ１２残基を含むペプチドが挙げられる。いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適するＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例としては、本質的にＰ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドが挙げられる。いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適するＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例としては、Ｐ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドが挙げられる。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１２残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１１残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１０残基を含むペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基を含むペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－３～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－２～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ－１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、本質的にＰ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－３～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－２～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ－１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１２残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１１残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ１０残基からなるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、適切なＭＨＣリガンドペプチドの非限定的な例は、Ｐ１～Ｐ９残基からなるペプチドを含む。
一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ１～Ｐ１２残基を含む。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、本質的にＰ１～Ｐ１２残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ１～Ｐ１２残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－１～Ｐ１１残基を含む。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、本質的にＰ－１～Ｐ１１残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－１～Ｐ１１残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－１～Ｐ９残基を含む。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、本質的にＰ－１～Ｐ９残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－１～Ｐ９残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－３～Ｐ９残基を含む。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、本質的にＰ－３～Ｐ９残基からなる。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｐ－３～Ｐ９残基からなる。
いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適する抗原性ペプチドの非限定的な例としては、自己抗原、腫瘍関連抗原、感染性剤、毒素、アレルゲン、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される、抗原またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むペプチドが挙げられる。１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、自己免疫障害に関連するヒト自己タンパク質の少なくとも一部または断片またはバリアント（例えば、限定されないが、抗原決定基）を含む。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、感染性病原体（例えば、限定されないが、細菌、ウイルス、または寄生生物）のタンパク質の少なくとも一部または断片またはバリアント（例えば、限定されないが、抗原決定基）を含む。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、アレルゲンの少なくとも一部または断片またはバリアント（例えば、限定されないが、抗原決定基）を含む。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、腫瘍関連タンパク質の少なくとも一部または断片またはバリアント（例えば、限定されないが、抗原決定基）を含む。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、Ｔ細胞媒介性疾患（例えば、限定されないが、１型真性糖尿病、関節リウマチ、多発性硬化症、腹腔疾患、アジソン病および甲状腺機能低下症などのＴ細胞媒介性自己免疫疾患）に関連する。一実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチドとすることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）を含むことができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、本質的に、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）からなることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）からなることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、ＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号６９）、ＱＰＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７０）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号７１）、ＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号７２）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７３）を含むことができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、本質的に、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、ＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号６９）、ＱＰＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７０）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号７１）、ＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号７２）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７３）からなることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド（例えば、グリアジンペプチドまたはグリアジン由来ペプチド）は、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４）、ＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６）、ＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号６９）、ＱＰＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７０）、ＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号７１）、ＦＰＱＰＥＬＰＹＰＱ（配列番号７２）、またはＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷ（配列番号７３）からなることができる。
いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ＭＨＣ－ペプチド複合体がＴＣＲに結合し、Ｔ細胞応答をもたらすことができるような方法で、ＭＨＣタンパク質に結合するための任意の適切な長さとすることができる。ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、例えば、約５～約４０アミノ酸（例えば、限定されないが、約６～約３０アミノ酸、約８～約２０アミノ酸、約１０～約１８アミノ酸、約１２～約１８アミノ酸、約１３～約１８アミノ酸、約９～約１１アミノ酸、または整数刻みで５～４０アミノ酸の長さのうちの任意のサイズのペプチド（すなわち、５、６、７、８、９、…４０））で変化させることができる。元来、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、約９～約４０アミノ酸で変化するが、ほとんどすべての場合、ペプチドは、ＭＨＣ結合活性またはＴ細胞認識を失うことなく、９～１１アミノ酸のコアに切り詰めることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約１０～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約１５～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約２０～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約２５～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約３０～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約３５～約４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約３５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約３０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約２５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約２０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約５～約１０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約１０～約３５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約１５～約３０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約２０～約２５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約９～約１１アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、約１０～約１８アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約９～約１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約９～約１４アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約９～約１３アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約９～約１２アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１４アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１３アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、約１０～約１２アミノ酸とすることができる。
いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ＭＨＣ－ペプチド複合体がＴＣＲに結合し、Ｔ細胞応答をもたらすことができるような方法で、ＭＨＣタンパク質に結合するための任意の適切な長さとすることができる。ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、例えば、５～４０アミノ酸（例えば、限定されないが、６～３０アミノ酸、８～２０アミノ酸、１０～１８アミノ酸、１２～１８アミノ酸、１３～１８アミノ酸、９～１１アミノ酸、または整数刻み５～４０アミノ酸の長さのうちの任意のサイズのペプチド（すなわち、５、６、７、８、９、…４０））で変化させることができる。元来、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、９～４０アミノ酸で変化するが、ほとんどすべての場合、ペプチドは、ＭＨＣ結合活性またはＴ細胞認識を失うことなく、９～１１アミノ酸のコアに切り詰めることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、１０～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、１５～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、２０～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、２５～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、３０～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、３５～４０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～３５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～３０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～２５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～２０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、５～１０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、１０～３５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、１５～３０アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、２０～２５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、９～１１アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドの長さは、１０～１８アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、９～１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、９～１４アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、９～１３アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、９～１２アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１５アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１４アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１３アミノ酸とすることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、１０～１２アミノ酸とすることができる。
（１）リンカー
複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の少なくとも１つの鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、およびＭＨＣリガンドペプチドは、融合タンパク質として会合している。例示的な実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）、およびＭＨＣリガンドペプチドは、リンカーを介して接続（例えば、限定されないが、ペプチドリンカーなどによって共有結合）できる。非限定的な例として、ＭＨＣリガンドペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端、あるいはＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＣ末端、に直接または間接的に接続できる。例示的な実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端に直接または間接的に接続できる。非限定的な例として、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、アミノからカルボキシ末端へと、ＭＨＣリガンドペプチド、リンカー、およびＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントを含むことができる。非限定的な例として、リンカーは、ＭＨＣリガンドペプチドのＣ末端から、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントのＮ末端へと、延びることができる。リンカーは、結合したＭＨＣリガンドペプチドがＭＨＣクラスＩＩ分子の結合溝に折りたたまれ、機能的なペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体をもたらすように構築することができる。柔軟性リンカーを介してペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に結合させることにより、生合成、輸送、および提示中にペプチドがＭＨＣを占有し、結合したままになることが保証されるという利点がもたらされる。
ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に接続するリンカーの長さは、任意の適切な長さとすることができる。例示的な実施形態では、リンカーは、ＭＨＣリガンドペプチドがＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝に到達して結合できるように十分に長く、かつリンカーがＭＨＣリガンドペプチドとＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝との間の結合を実質的に阻害しないように十分短いものとすることができる。リンカーの長さは、既知の構造に関する情報（例えば、限定されないが、既知の三次構造に関する情報）に基づいて、結合されるＮ末端とＣ末端との間の距離を超えて延びるように設計できる。リンカーの適切なサイズおよび配列は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の予測される三次構造に基づいた従来のコンピューターモデリング技術によっても決定できる。非限定的な例として、ＰＤＢコード１Ｓ９Ｖとして寄託されたＨＬＡ－ＤＱ構造から、ＭＨＣリガンドペプチドのＣ末端のＣ－α原子と、ＭＨＣαサブユニットまたはＭＨＣβサブユニットのいずれかのＮ末端のＣ－α原子と、の間の長さは約３０Åである。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０１（１２）：４１７５－４１７９を参照されたい。したがって、ＭＨＣリガンドペプチドのＣ末端が、リンカーを介して、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくはドメインもしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくはドメインもしくは断片もしくはバリアント、のＮ末端に接続されている場合、リンカーの長さは、ＭＨＣリガンドペプチドがＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝内に配置されているときに、ＭＨＣリガンドペプチドのＣ末端と、ＭＨＣクラスＩＩαまたはβ鎖またはその一部もしくはドメインもしくは断片もしくはバリアントのＮ末端との間の距離を超えるように設計できる。上記の測定から、例えば、測定された距離で延びるには、３０Åを超えるリンカー（アミノ酸残基当たり３．５Å＝９アミノ酸）が必要となり得る。リンカーが２つの接続点間のタンパク質分子表面を回避できるように、追加のアミノ酸を含めることもできる。
非限定的な例として、リンカーは、少なくとも約９アミノ酸、少なくとも約１０アミノ酸、少なくとも約１１アミノ酸、少なくとも約１２アミノ酸、少なくとも約１３アミノ酸、少なくとも約１４アミノ酸、または少なくとも約１５アミノ酸の長さとすることができる。同様に、いくつかの実施形態では、リンカーは、約５０アミノ酸以下、約４５アミノ酸以下、約４０アミノ酸以下、約３５アミノ酸以下、約３０アミノ酸以下、約２５アミノ酸以下、約２０アミノ酸以下、または約１５アミノ酸以下の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約９アミノ酸～約２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約２０アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約２５アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約３０アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約３５アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約４０アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約４５アミノ酸～約５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１０アミノ酸～約２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１１アミノ酸～約１９アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１２アミノ酸～約１８アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１３アミノ酸～約１７アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約１４アミノ酸～約１６アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、整数刻みで９～５０アミノ酸の長さのうちの任意のサイズのペプチド（すなわち、９、１０、１１、１２、１３、…５０））で変化させることができる。例示的な実施形態では、リンカーは、約１５アミノ酸の長さとすることができる。
非限定的な例として、リンカーは、少なくとも９アミノ酸、少なくとも１０アミノ酸、少なくとも１１アミノ酸、少なくとも１２アミノ酸、少なくとも１３アミノ酸、少なくとも１４アミノ酸、または少なくとも長さ１５アミノ酸の長さとすることができる。同様に、いくつかの実施形態では、リンカーは、５０アミノ酸以下、４５アミノ酸以下、４０アミノ酸以下、３５アミノ酸以下、３０アミノ酸以下、２５アミノ酸以下であり得る。酸、２０アミノ酸以下、または１５アミノ酸以下の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、９アミノ酸～２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～４５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～４０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～３５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～３０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～２５アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、２０アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、２５アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、３０アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、３５アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、４０アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、４５アミノ酸～５０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸～２０アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１１アミノ酸～１９アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１２アミノ酸～１８アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１３アミノ酸～１７アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、１４アミノ酸～１６アミノ酸の長さとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、整数刻みで９～５０アミノ酸長さのうちの任意のサイズのペプチド（すなわち、９、１０、１１、１２、１３、…５０）で変化させることができる。例示的な実施形態では、リンカーは、１５アミノ酸の長さとすることができる。
任意の適切なアミノ酸をリンカーに使用できる。いくつかの実施形態では、柔軟性リンカー、剛性リンカー、および切断可能リンカーを含む適切なリンカーの非限定的な例は、例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．６５（１０）：１３５７－１３６９を参照されたい。ｉｂｉ．ｖｕ．ｎｌ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｌｉｎｋｅｒｄｂｗｗｗのサイトにある、アムステルダム大学の統合バイオインフォマティクスセンター（Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）のサーバーで示されるように、ＰＤＢデータベースで、タンパク質セグメントまたはドメイン間の定義された距離に延びることができるアミノ酸配列を検索することもできる。
本明細書のいくつかの実施形態で開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で使用されるリンカーは、以下の特徴の１つまたは複数またはすべてを有し得る：リンカーは柔軟であり、リンカーは非免疫原性であり、リンカーは荷電アミノ酸を含まず、リンカーは極性アミノ酸を含む、およびそれらの任意の組み合わせ。柔軟性により、ＭＨＣリガンドペプチドは、自由に結合し、ＭＨＣクラスＩＩ分子の天然ペプチド結合溝に集合することができる。柔軟性は、例えば、小さいまたは親水性のアミノ酸（例えば、限定されないが、グリシンおよびセリン）が豊富なリンカーを使用することによって得ることができる。いくつかの実施形態では、リンカーにおけるアミノ酸の、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカーにおけるアミノ酸の、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、または少なくとも８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約４０％～約８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の４０％～８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約５０％～約８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の５０％～８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約６０％～約８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の６０％～８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約７０％～約８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の７０％～８０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約４０％～約７０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の４０％～７０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約４０％～約６０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の４０％～６０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約４０％～約５０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の４０％～５０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約５０％～約７０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の５０％～７０％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の約５５％～約６５％を、グリシンとすることができる。いくつかの実施形態では、リンカー中のアミノ酸の５５％～６５％を、グリシンとすることができる。極性アミノ酸を含めると、溶解性を向上させることができる。いくつかの実施形態では、極性アミノ酸の非限定的な例としては、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、およびＴｙｒが挙げられる。例示的な実施形態では、１つ以上のセリンがリンカーに含まれる。荷電アミノ酸（例えば、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｕ、およびＡｓｐ）を省略すると、他のアミノ酸側鎖との静電気的相互作用を回避するのに役立つ。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、１つ以上の極性アミノ酸を含む。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり（例えば、限定されないが、Ｇｌｙなどの柔軟性アミノ酸を含む）、荷電アミノ酸を含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、非免疫原性である。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、１つ以上の極性アミノ酸を含み、いかなる荷電アミノ酸も含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、非免疫原性であり、１つ以上の極性アミノ酸を含む。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、非免疫原性であり、いかなる荷電アミノ酸も含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、１つ以上の極性アミノ酸を含み、いかなる荷電アミノ酸も含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、非免疫原性であり、１つ以上の極性アミノ酸を含み、いかなる荷電アミノ酸も含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、非免疫原性であり、１つ以上の極性アミノ酸を含む。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、非免疫原性であり、いかなる荷電アミノ酸も含まない。本明細書に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、柔軟性があり、非免疫原性であり、１つ以上の極性アミノ酸を含み、いかなる荷電アミノ酸も含まない。
いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体において使用するのに適するリンカーは、切断部位を含む切断可能なリンカーである。非限定的な例として、リンカーは、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼ切断部位ＥＮＬＹＦＱ（配列番号２２）を含むことができる。しかしながら、他の切断部位（例えば、トロンビン感受性切断部位、フーリン感受性切断部位、ライノウイルス３Ｃプロテアーゼ切断部位、またはエンテロペプチダーゼ切断部位）も使用できる。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｗａｕｇｈ（２０１１）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ．８０（２）：２８３－２９３を参照されたい。
開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体での使用に適するいくつかのリンカーは、主に、グリシン、アラニン、およびセリン（例えば、限定されないが、グリシンおよびセリン）などの小さな側鎖を有するアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、例示的なリンカーとしては、グリシンポリマー（Ｇ）ｎ、グリシン－セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号２）、（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３）、および（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号４）、ｎは少なくとも１つの整数）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、および周知の他の柔軟性リンカーが挙げられる。（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号４）リンカーは、柔軟性アミノ酸（Ｇｌｙ）、および溶解性を改善する水素結合（Ｓｅｒ）を形成できる極性アミノ酸の両方を含むため、特に適している。適切なリンカーは、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号２）、（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３）、および（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号４）のいずれかを含むことができる。適切なリンカーは、本質的に、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号２）、（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３）、および（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号４）のいずれかからなることができる。適切なリンカーは、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号２）、（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３）、および（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号４）のいずれかからなることができる。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカー）は、配列番号４に記載の配列の約２～約４回の繰り返しを含むことができる。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカー）は、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含むことができる。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカー）は、配列番号４に記載の配列の約２～約４の繰り返しを含むことができ、繰り返しの１つにおける１つのアミノ酸は、システインに変異している。いくつかの実施形態では、ペプチドリンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するペプチドリンカー）は、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含むことができ、繰り返しの１つにおける１つのアミノ酸は、システインに変異している。非限定的な例として、システインは、リンカーの第１、第２、第３、または第４のアミノ酸（例えば、限定されないが、リンカーの第２のアミノ酸）とすることができる。グリシンおよびグリシン－セリンポリマーを使用することができる。グリシンおよびセリンは、いずれも比較的構造化されていないため、成分間の中性テザーとして機能する。グリシンは、アラニンよりもはるかに多くのｐｈｉ－ｐｓｉ空間にアクセスし、より長い側鎖を持つ残基よりもはるかに制限が少なくなる。いくつかの実施形態では、例示的なリンカーは、限定されないが、ＧＧＳＧ（配列番号５）、ＧＧＳＧＧ（配列番号６）、ＧＳＧＳＧ（配列番号７）、ＧＳＧＧＧ（配列番号：８）、ＧＧＧＳＧ（配列番号９）、ＧＳＳＳＧ（配列番号１０）、ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１１）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１２）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１３）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１４）、ＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１６）、またはＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳ（配列番号１７）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１８）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号：１９）、ＧＣＧＧＳ（配列番号２０）、ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）、ＧＧＧＧＳＥＮＬＹＦＱＧＧＧＧＳ（配列番号４７）などのアミノ酸配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、例示的なリンカーは、限定されないが、ＧＧＳＧ（配列番号５）、ＧＧＳＧＧ（配列番号６）、ＧＳＧＳＧ（配列番号７）、ＧＳＧＧＧ（配列番号：８）、ＧＧＧＳＧ（配列番号９）、ＧＳＳＳＧ（配列番号１０）、ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１１）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１２）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１３）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１４）、ＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１６）、またはＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳ（配列番号１７）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１８）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号：１９）、ＧＣＧＧＳ（配列番号２０）、ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）、ＧＧＧＧＳＥＮＬＹＦＱＧＧＧＧＳ（配列番号４７）などのアミノ酸配列から本質的になることができる。いくつかの実施形態では、例示的なリンカーは、限定されないが、ＧＧＳＧ（配列番号５）、ＧＧＳＧＧ（配列番号６）、ＧＳＧＳＧ（配列番号７）、ＧＳＧＧＧ（配列番号：８）、ＧＧＧＳＧ（配列番号９）、ＧＳＳＳＧ（配列番号１０）、ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１１）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１２）、ＧＣＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１３）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１４）、ＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１６）、またはＧＧＧＡＳＧＧＧＧＳ（配列番号１７）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号１８）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号：１９）、ＧＣＧＧＳ（配列番号２０）、ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）、ＧＧＧＧＳＥＮＬＹＦＱＧＧＧＧＳ（配列番号４７）などのアミノ酸配列からなることができる。例示的な実施形態では、リンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するリンカー）は、ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）を含む。例示的な実施形態では、リンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するリンカー）は、本質的にＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）からなる。例示的な実施形態では、リンカー（例えば、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に連結するリンカー）は、ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）からなる。
リンカーのいくつかの実施形態では、リンカーポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成できるシステイン残基を含む。例示的な実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成できるシステイン残基を含むことができる。非限定的な例として、システインは、リンカーの第１、第２、第３、または第４のアミノ酸（例えば、限定されないが、リンカーの第２のアミノ酸）とすることができる。
上記のリンカーは、ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）をＭＨＣリガンドペプチドと連結するためのものとして記載されているが、これらのリンカーはまた、リンカーが使用される本明細書に記載の他の任意の状況でも使用できる。
（２）ジスルフィド架橋
複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドまたはＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に接続するリンカーは、ジスルフィド架橋（すなわち、酸化されたシステインの対の間で延びるジスルフィド結合）を介して、ＭＨＣクラスＩＩ分子またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの少なくとも１つの鎖に結合する。例示的な実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、第１のシステインを含むことができ、またはリンカーは、第１のシステインを含むことができ、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、複合体の三次構造における第１のシステインの近位位置に第２のシステインを含むことができ、それにより、ジスルフィド架橋が形成され、ＭＨＣリガンドペプチドがＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチドを結合溝内に連結される。三次構造とは、タンパク質のフォールディングおよび共有結合による架橋から生じる三次元構造を指す。近接性は、例えば、利用可能な結晶構造に基づいて決定できる。かかるジスルフィド結合は、ＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝へのＭＨＣリガンドペプチドの配置に役立つ。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、第１のシステインを含み、他のシステインを含まないものとすることができ、またはリンカーは、第１のシステインを含み、他のシステインを含まないものとすることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドが第１のシステインを含む場合、リンカーは他のシステインを含まない。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーが第１のシステインを含む場合、ＭＨＣリガンドペプチドは、他のシステインを含まない。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、第２のシステインのみを含み、他のシステインまたは他の対を形成しないシステインを含まない（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子内でジスルフィド結合を形成できるＣｙｓがない）。任意選択的に、いくつかの実施形態では、第２のシステインがＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントにある場合、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、他のシステインまたは他の対を形成しないシステインを含まない（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子内でジスルフィド結合を形成できるＣｙｓがない）。任意選択的に、いくつかの実施形態では、第２のシステインがＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントにある場合、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントは、他のシステインまたは他の対を形成しないシステインを含まない（例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子内でジスルフィド結合を形成できるＣｙｓがない）。ＭＨＣクラスＩＩ分子のシステインは、天然に存在するシステイン（つまり、未修飾の（つまり、野生型の）ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在する）とすることができ、または、未修飾の（つまり、野生型の）ＭＨＣクラスＩＩ分子に対する変異とすることができる。同様に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチド中のシステインは、天然に存在するシステインとすることができ、またはＭＨＣリガンドペプチドにおける変異（付加または置換）とすることができる。それがＭＨＣリガンドペプチドの変異である場合、好ましくは、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体によって形成されるエピトープとは反対側を向いている。ジスルフィド架橋を形成する、リンカーが接続されている（すなわち、共有結合されている）ＭＨＣクラスＩＩ分子の鎖（またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）およびＭＨＣクラスＩＩ分子の鎖（またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の同じ鎖または異なる鎖とすることができる。例示的な実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のβ鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）に接続することができ、ジスルフィド架橋は、ＭＨＣリガンドペプチドまたはリンカーと、ＭＨＣクラスＩＩ分子のα鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）との間に形成されることができる。例示的な実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のα鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）に接続することができ、ジスルフィド架橋は、ＭＨＣリガンドペプチドまたはリンカーと、ＭＨＣクラスＩＩ分子のβ鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）との間に形成されることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のα鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）に接続することができ、ジスルフィド架橋は、ＭＨＣリガンドペプチドまたはリンカーと、ＭＨＣクラスＩＩ分子のα鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）との間に形成されることができる。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のβ鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）に接続することができ、ジスルフィド架橋は、ＭＨＣリガンドペプチドまたはリンカーと、ＭＨＣクラスＩＩ分子のβ鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）との間に形成されることができる。
ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の未修飾（すなわち、野生型）α鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）の、またはＭＨＣクラスＩＩ分子の未修飾（すなわち、野生型）β鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）の、システインではない残基は、複合体の三次構造において、ＭＨＣリガンドペプチド、またはＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に接続するリンカーにおける、システインに近接していることに基づき、システインに変異させることができる。いくつかの実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、システイン残基は、複合体の三次構造において、ＭＨＣリガンドペプチド、またはＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に接続するリンカーにおける、システインに近接していることに基づき、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントに挿入されることができる。すなわち、複合体中のＭＨＣクラスＩＩ分子は、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に対して、複合体の三次構造における第１のシステインに近接する位置（すなわち、ＭＨＣリガンドペプチドまたはリンカー）において、第２のシステインを含むよう、変異させることができる。近接性は、例えば、利用可能な結晶構造に基づいて決定できる。例示的な実施形態では、配列番号４９または配列番号５５または５６に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の位置１０１をシステインに変異（Ｒ１０１Ｃ）させることができる。この位置がシステインに変異したＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の非限定的な例は、配列番号５３、配列番号５４、および配列番号５７に記載されている。いくつかの実施形態では、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置は、システインに変異させることができる（例えば、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントにおける、ＤＱＡ１ Ｒ１０１と表示される位置に対応する位置は、システインに変異させることができる）。例えば、配列番号５１の位置１０７、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５１と最適に整列されたとき、配列番号５１の位置１０７に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。別の例として、配列番号５２の位置１０１、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５２と最適に整列されたとき、配列番号５２の位置１０１に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号５９の位置７８、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５９と最適に整列されたとき、配列番号５９の位置７８に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号６１の位置７９、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６１と最適に整列されたとき、配列番号６１の位置７９に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号６２の位置７６、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６２と最適に整列されたとき、配列番号６２の位置７６に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。別の実施形態として、配列番号５２（ＨＬＡクラスＩＩ組織適合性抗原、ＤＲα鎖；ＮＣＢＩアクセッション番号Ｐ０１９０３．１）に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の位置７９は、システイン（Ｆ７９Ｃ）に変異させることができる。この位置がシステインに変異したＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の非限定的な例は、配列番号５８に記載されている。いくつかの実施形態では、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５２と最適に整列されたとき、配列番号５２に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７９位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置は、システインに変異させることができる（例えば、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の全長配列のアラインメントにおける、ＤＲＡ１ Ｆ７９と表示される位置に対応する位置は、システインに変異させることができる）。例えば、配列番号４９の位置７９、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９の位置７９に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。別の例として、配列番号５１の位置８５、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５１と最適に整列されたとき、配列番号５１の位置８５に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号５９の位置５６、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５９と最適に整列されたとき、配列番号５９の位置５６に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号６１の位置５７、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６１と最適に整列されたとき、配列番号６１の位置５７に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。さらに別の例として、配列番号６２の位置５４、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６２と最適に整列されたとき、配列番号６２の位置５４に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列の位置は、システインに変異させることができる。
ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のいくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の未修飾（すなわち、野生型）α鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）、または、ＭＨＣクラスＩＩ分子の未修飾（すなわち野生型）β鎖（すなわち、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）のシステイン残基を、非システイン残基に変異させて、ジスルフィドスクランブル（すなわち、使用することを意図したもの以外の、システイン残基間に形成されるジスルフィド結合）を最小限に抑えることができる。システインの代わりに使用されるアミノ酸は、ＭＨＣ複合体の適切なフォールディングを可能にするように選択することができる。これは、例えば、利用可能な結晶構造に基づいて、または密接に関連するＭＨＣ配列の配列アラインメントの評価によって、決定することができる。１つの例示的な実施形態では、システインは、最小の側鎖を有し、したがって立体的に最も破壊的でないという理由で、アラニンに変異させる。例示的な一実施形態では、配列番号４９（ＨＬＡクラスＩＩ組織適合性抗原、ＤＱα１鎖；ＮＣＢＩアクセッション番号Ｐ０１９０９．１）に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７０位のシステインを変異させることができる。非限定的な例として、それをＡｌａ、Ｔｒｐ、Ａｒｇ、またはＧｌｎに変異させる（ＤＱＡ１＊０５０１の対を形成しないＣｙｓを、配列アラインメントに基づいて、他の種由来の最も近いＭＨＣ配列のＴｒｐ、Ａｒｇ、またはＧｌｎに置換する）ことができる。例示的な実施形態では、配列番号４９または５３に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の位置７０のシステインを、アラニン（Ｃ７０Ａ）に変異させることができる。この位置がアラニンに変異したＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の非限定的な例は、配列番号５６および５４に記載されている。例示的な実施形態では、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の位置７０のシステインを、グルタミン（Ｃ７０Ｑ）に変異させることができる。この位置がグルタミンに変異したＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の非限定的な例は、配列番号５５および５７に記載されている。いくつかの実施形態では、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列中の位置７０に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖配列、またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中のシステインを、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが配列番号４９と最適に整列されたとき、（例えば、限定されないが、アラニンまたはグルタミンに）変異させることができる（例えば、図３のＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、およびＨＬＡ－ＤＲＡ１の完全長配列のアラインメントにおける、ＤＱＡ１ Ｃ７０と標識された位置に対応する位置）。例えば、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５１と最適に整列されたとき、配列番号５１の位置７５に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置を、変異させることができる。別の例として、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５２と最適に整列されたとき、配列番号５２の位置６９に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置を、変異させることができる。さらに別の例として、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号５９と最適に整列されたとき、配列番号５９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の位置４７のシステイン、または配列番号５９の位置４７に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置を、変異させることができる。さらに別の例として、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６１と最適に整列されたとき、配列番号６１の位置４７に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置を、変異させることができる。さらに別の例として、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が、配列番号６２と最適に整列されたとき、配列番号６２の位置４４に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの位置を、変異させることができる。
１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子に接続するリンカーは、第１のシステインを含むことができ、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ジスルフィド架橋が形成されてＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝に連結するように、近位位置に第２のシステインを含むことができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列中の位置１０１は、システイン（Ｒ１０１Ｃ）に変異させることができ、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置を、システインに変異させることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７０位のシステインを（例えば、限定されないが、Ａｌａ、Ｔｒｐ、Ａｒｇ、またはＧｌｎに）変異させることができ、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７０位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中のシステインを、（例えば、限定されないが、アラニンまたはグルタミンに）変異させることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、第１の残基、第２の残基、第３の残基、または第４の残基におけるシステインなどの、第１の３つまたは４つの残基にシステインを含む（そして、任意選択的に、いくつかの実施形態では、追加のシステインを含まない）。例示的な実施形態では、リンカーは、位置３にシステインを含むことができる。別の例示的な実施形態では、リンカーは、位置２にシステインを含むことができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）を含む。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）から本質的になる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）からなる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱ ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＱ２に）、ＨＬＡ－ＤＲ ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＲ２に）、またはＨＬＡ－ＤＰ ＭＨＣクラスＩＩ分子である。
別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、第１のシステインを含むことができ、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ジスルフィド架橋が形成され、ＭＨＣリガンドペプチドをＭＨＣクラスＩＩ分子のペプチド結合溝に連結するように、近位位置に第２のシステインを含むことができる。１つの例示的な実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドにおけるＰ１アンカー位置は、システインとすることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドにおけるＰ４アンカー位置は、システインとすることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドにおけるＰ６アンカー位置は、システインとすることができる。別の実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドにおけるＰ９アンカー位置は、システインとすることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７０位のシステインを（例えば、限定されないが、Ａｌａ、Ｔｒｐ、Ａｒｇ、またはＧｌｎに）変異させることができ、または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列が配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の７０位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中のシステインを、（例えば、限定されないが、アラニンまたはグルタミンに）変異させることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣリガンドペプチドは、第１の残基、第２の残基、第３の残基、または第４の残基におけるシステインなどの、第１の３つまたは４つの残基にシステインを含む（そして、任意選択的に、いくつかの実施形態では、追加のシステインを含まない）。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）を含む。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）から本質的になる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＭＨＣクラスＩＩα鎖の位置１０１（または、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントが、配列番号４９と最適に整列されたとき、配列番号４９に記載のＭＨＣクラスＩＩα鎖配列の１０１位に対応する、対象となるＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアントの配列中の位置）へのジスルフィド結合のためのＣｙｓを含む、１５個のアミノ酸（ＧＣＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２１）など）からなる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＱ ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＱ２に）、ＨＬＡ－ＤＲ ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ＨＬＡ－ＤＲ２に）、またはＨＬＡ－ＤＰ ＭＨＣクラスＩＩ分子である。
Ｃ．その他の成分
本発明のいくつかの実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物はまた、他の成分を含むことができる。非限定的な例として、組成物はまた、Ｔヘルパー細胞を刺激できる１つ以上のペプチドまたは１つ以上の他の分子を含み得、または免疫応答を高めることができる１つ以上の免疫刺激分子を含み得る。かかるＴヘルパー細胞エピトープまたは免疫刺激分子は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に連結（例えば、限定されないが、共有結合）され得、またはそれらは、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体と物理的に連結されないが、組成物に混合され得る。例示的な実施形態では、かかるＴヘルパー細胞エピトープまたは免疫刺激分子は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体（例えば、限定されないが、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のＣ末端）に連結（例えば、限定されないが、共有結合）され得る。非限定的な例として、Ｔヘルパー細胞エピトープまたは免疫刺激分子は、間接的または直接的に、ＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、限定されないが、ＭＨＣクラスＩＩα鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント、および／あるいはＭＨＣクラスＩＩβ鎖またはその一部もしくは断片もしくはバリアント）のＣ末端に連結され得る。共有結合は、直接的に、またはペプチドリンカーなどのリンカーを介して行うことができる。いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適するリンカーの非限定的な例は、本明細書の他の場所に記載されている。
いくつかの実施形態の非限定的な例として、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体での使用に適するＴヘルパー細胞エピトープは、それらのほとんどのＨＬＡ－ＤＲ（ヒトＭＨＣクラスＩＩ）分子への結合活性に基づいて設計された汎ＤＲ結合エピトープ（ＰＡＤＲＥ）ペプチドまたは分子である。ＰＡＤＲＥは「汎ＤＲ結合エピトープ」であり、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４（３）：１６２５－１６３３に記載されているように、マウスＭＨＣ Ｉ－Ａｂハプロタイプによって提示される「ユニバーサル」ＭＨＣ－ＩＩエピトープの提供に基づいて免疫応答を高めるために使用されるマウスＭＨＣ－ＩＩ結合配列である。それは、免疫化に使用される抗原の末端と融合させることができ、抗原提示細胞によるその取り込みおよびＭＨＣ－ＩＩによる提示により、全体的な免疫応答が改善される。例えば、ＵＳ６，４１３，９３５、ＵＳ５，７３６，１４２およびＡｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １（９）：７５１－７６１を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。これらのペプチドは、抗原に対する様々な免疫応答の発生に役立つことが示されている。いくつかの実施形態では、ＰＡＤＲＥペプチドは、ＡＫＦＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号２５）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＡＤＲＥペプチドは、本質的にＡＫＦＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号２５）からなることができる。いくつかの実施形態では、ＰＡＤＲＥペプチドは、ＡＫＦＶＡＡＷＴＬＫＡＡＡ（配列番号２５）からなることができる。
ＰＡＤＲＥと同様、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）由来のペプチド（例えば、ＬＣＭＶ糖タンパク質（ＧＰ）、核タンパク質（ＮＰ）、または亜鉛結合タンパク質（Ｚ））は、免疫応答を高めるために使用できる代替的なＭＨＣ－ＩＩ結合できる小分子ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、かかるペプチドは、ＰＡＤＲＥに加えて、またはその代替として使用できる。いくつかの実施形態では、使用されるＬＣＭＶペプチドは、ＬＣＭＶ特異的ＭＨＣクラスＩＩ制限型ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープとすることができる。いくつかの実施形態では、使用されるＬＣＭＶペプチドは、以下の配列のうちの１つ以上を含むことができる：ＴＭＦＥＡＬＰＨＩＩＤＥＶＩＮ（エピトープＧＰ６－２０、配列番号２６）、ＧＩＫＡＶＹＮＦＡＴＣＧＩＦＡ（エピトープＧＰ３１－４５、配列番号２７）、ＤＩＹＫＧＶＹＱＦＫＳＶＥＦＤ（エピトープＧＰ６６－８０、配列番号２８）、ＴＳＡＦＮＫＫＴＦＤＨＴＬＭＳ（エピトープＧＰ１２６－１４０、配列番号２９）、ＤＡＱＳＡＱＳＱＣＲＴＦＲＧＲ（エピトープＧＰ１７６－１９０、配列番号３０）、ＴＦＲＧＲＶＬＤＭＦＲＴＡＦＧ（エピトープＧＰ１８６－２００、配列番号３１）、ＣＤＭＬＲＬＩＤＹＮＫＡＡＬＳ（エピトープＧＰ３１６－３３０、配列番号３２）、ＩＥＱＥＡＤＮＭＩＴＥＭＬＲＫ（エピトープＧＰ４０９－４２３、配列番号３３）、ＥＶＫＳＦＱＷＴＱＡＬＲＲＥＬ（エピトープＮＰ６－２０、配列番号３４）、ＫＮＶＬＫＶＧＲＬＳＡＥＥＬＭ（エピトープＮＰ８６－１００、配列番号３５）、ＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（エピトープＮＰ１１６－１３０、配列番号３６）、ＰＳＬＴＭＡＣＭＡＫＱＳＱＴＰ（エピトープＮＰ１７６－１９０、配列番号３７）、ＥＧＷＰＹＩＡＣＲＴＳＩＶＧＲ（エピトープＮＰ３１１－３２５、配列番号３８）、ＳＱＮＲＫＤＩＫＬＩＤＶＥＭＴ（エピトープＮＰ４６６－４８０、配列番号３９）、ＧＷＬＣＫＭＨＴＧＩＶＲＤＫＫ（エピトープＮＰ４９６－５１０、配列番号４０）およびＳＣＫＳＣＷＱＫＦＤＳＬＶＲＣ（エピトープＺ３１－４５、配列番号４１）。いくつかの実施形態では、使用されるＬＣＭＶペプチドは、以下の配列のうちの１つ以上から本質的になることができる：ＴＭＦＥＡＬＰＨＩＩＤＥＶＩＮ（エピトープＧＰ６－２０、配列番号２６）、ＧＩＫＡＶＹＮＦＡＴＣＧＩＦＡ（エピトープＧＰ３１－４５、配列番号２７）、ＤＩＹＫＧＶＹＱＦＫＳＶＥＦＤ（エピトープＧＰ６６－８０、配列番号２８）、ＴＳＡＦＮＫＫＴＦＤＨＴＬＭＳ（エピトープＧＰ１２６－１４０、配列番号２９）、ＤＡＱＳＡＱＳＱＣＲＴＦＲＧＲ（エピトープＧＰ１７６－１９０、配列番号３０）、ＴＦＲＧＲＶＬＤＭＦＲＴＡＦＧ（エピトープＧＰ１８６－２００、配列番号３１）、ＣＤＭＬＲＬＩＤＹＮＫＡＡＬＳ（エピトープＧＰ３１６－３３０、配列番号３２）、ＩＥＱＥＡＤＮＭＩＴＥＭＬＲＫ（エピトープＧＰ４０９－４２３、配列番号３３）、ＥＶＫＳＦＱＷＴＱＡＬＲＲＥＬ（エピトープＮＰ６－２０、配列番号３４）、ＫＮＶＬＫＶＧＲＬＳＡＥＥＬＭ（エピトープＮＰ８６－１００、配列番号３５）、ＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（エピトープＮＰ１１６－１３０、配列番号３６）、ＰＳＬＴＭＡＣＭＡＫＱＳＱＴＰ（エピトープＮＰ１７６－１９０、配列番号３７）、ＥＧＷＰＹＩＡＣＲＴＳＩＶＧＲ（エピトープＮＰ３１１－３２５、配列番号３８）、ＳＱＮＲＫＤＩＫＬＩＤＶＥＭＴ（エピトープＮＰ４６６－４８０、配列番号３９）、ＧＷＬＣＫＭＨＴＧＩＶＲＤＫＫ（エピトープＮＰ４９６－５１０、配列番号４０）およびＳＣＫＳＣＷＱＫＦＤＳＬＶＲＣ（エピトープＺ３１－４５、配列番号４１）。いくつかの実施形態では、使用されるＬＣＭＶペプチドは、以下の配列のうちの１つ以上からなることができる：ＴＭＦＥＡＬＰＨＩＩＤＥＶＩＮ（エピトープＧＰ６－２０、配列番号２６）、ＧＩＫＡＶＹＮＦＡＴＣＧＩＦＡ（エピトープＧＰ３１－４５、配列番号２７）、ＤＩＹＫＧＶＹＱＦＫＳＶＥＦＤ（エピトープＧＰ６６－８０、配列番号２８）、ＴＳＡＦＮＫＫＴＦＤＨＴＬＭＳ（エピトープＧＰ１２６－１４０、配列番号２９）、ＤＡＱＳＡＱＳＱＣＲＴＦＲＧＲ（エピトープＧＰ１７６－１９０、配列番号３０）、ＴＦＲＧＲＶＬＤＭＦＲＴＡＦＧ（エピトープＧＰ１８６－２００、配列番号３１）、ＣＤＭＬＲＬＩＤＹＮＫＡＡＬＳ（エピトープＧＰ３１６－３３０、配列番号３２）、ＩＥＱＥＡＤＮＭＩＴＥＭＬＲＫ（エピトープＧＰ４０９－４２３、配列番号３３）、ＥＶＫＳＦＱＷＴＱＡＬＲＲＥＬ（エピトープＮＰ６－２０、配列番号３４）、ＫＮＶＬＫＶＧＲＬＳＡＥＥＬＭ（エピトープＮＰ８６－１００、配列番号３５）、ＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（エピトープＮＰ１１６－１３０、配列番号３６）、ＰＳＬＴＭＡＣＭＡＫＱＳＱＴＰ（エピトープＮＰ１７６－１９０、配列番号３７）、ＥＧＷＰＹＩＡＣＲＴＳＩＶＧＲ（エピトープＮＰ３１１－３２５、配列番号３８）、ＳＱＮＲＫＤＩＫＬＩＤＶＥＭＴ（エピトープＮＰ４６６－４８０、配列番号３９）、ＧＷＬＣＫＭＨＴＧＩＶＲＤＫＫ（エピトープＮＰ４９６－５１０、配列番号４０）およびＳＣＫＳＣＷＱＫＦＤＳＬＶＲＣ（エピトープＺ３１－４５、配列番号４１）。例えば、Ｂｏｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．７４（２）：１５７－１７０およびＭｏｔｈｅ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７９（２）：１０５８－１０６７を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ペプチドは、ＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（配列番号３６）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ペプチドは、本質的にＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（配列番号３６）からなることができる。いくつかの実施形態では、ペプチドは、ＳＥＲＰＱＡＳＧＶＹＭＧＮＬＴ（配列番号３６）からなることができる。
いくつかの実施形態では、１つのＴ細胞エピトープ（例えば、ＬＣＭＶペプチド）が、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加される。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープ（例えば、限定されないが、２つのＴ細胞エピトープ、３つのＴ細胞エピトープ、４つのＴ細胞エピトープ、５つのＴ細胞エピトープ、６つのＴ細胞エピトープ、７つのＴ細胞エピトープ、８つのＴ細胞エピトープ、９つのＴ細胞エピトープ、または１０個のＴ細胞エピトープ）が、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加される。いくつかの実施形態では、約１つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約２つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約３つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約４つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約５つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約６つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約７つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約８つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約９つ～約１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約９つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約８つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約７つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約６つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約５つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約４つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約３つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約１つ～約２つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約２つ～約９つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約３つ～約８つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約４つ～約７つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約４つ～約６つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、約２つ～約４つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかを含むことができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかから本質的になることができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかからなることができる。
いくつかの実施形態では、１つのＴ細胞エピトープ（例えば、ＬＣＭＶペプチド）が、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加される。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープ（例えば、限定されないが、２つのＴ細胞エピトープ、３つのＴ細胞エピトープ、４つのＴ細胞エピトープ、５つのＴ細胞エピトープ、６つのＴ細胞エピトープ、７つのＴ細胞エピトープ、８つのＴ細胞エピトープ、９つのＴ細胞エピトープ、または１０個のＴ細胞エピトープ）が、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加される。いくつかの実施形態では、１つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、２つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、３つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、４つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、５つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、６つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、７つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、８つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、９つ～１０個のＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～９つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～８つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～７つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～６つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～５つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～４つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～３つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、１つ～２つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、２つ～９つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、３つ～８つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、４つ～７つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、４つ～６つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、２つ～４つのＴ細胞エピトープを、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物に添加することができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかを含むことができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかから本質的になることができる。いくつかの実施形態では、複数のＴ細胞エピトープのそれぞれは、限定されないが、ＬＣＭＶペプチドとすることができ、各ＬＣＭＶペプチドは、上記の配列のいずれかからなることができる。
いくつかの実施形態では、他のペプチドまたは分子もまた、免疫応答を改善するために、本明細書で提供される組成物において使用できる。非限定的な例としては、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）などの免疫刺激剤、または免疫する宿主（例えば、限定されないが、マウスまたはラット）の複数のハプロタイプによって交差提示されるポリペプチドが挙げられる。かかるペプチドは、例えば、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に融合させることができるか、または別々に提供する（例えば、限定されないが、同じ組成物に混合させる）分子とすることができる。
いくつかの実施形態では、ペプチドまたは他のタグもまた、例えば、精製を容易にするために、組成物において使用できる。いくつかの実施形態では、開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体における使用に適するタグの非限定的な例としては、限定されないが、Ｅ．ｃｏｌｉビオチンリガーゼ（ＢｉｒＡ）、ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジン（ｍｍＨ）、グルタチオン－ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、ＦＬＡＧ、および１Ｄ４（すなわち、ウシロドプシンのＣ末端に由来する９アミノ酸の１Ｄ４エピトープ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＢｉｒＡタグの配列は、ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ（配列番号４２）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢｉｒＡタグの配列は、ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ（配列番号４２）から本質的になることができる。いくつかの実施形態では、ＢｉｒＡタグの配列は、ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ（配列番号４２）からなることができる。いくつかの実施形態では、ｍｍＨタグの配列は、ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４３）またはＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＧＧＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４８）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ｍｍＨタグの配列は、ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４３）またはＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＧＧＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４８）から本質的になることができる。いくつかの実施形態では、ｍｍＨタグの配列は、ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４３）またはＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＧＧＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＨＨＨＨＨＨ（配列番号４８）からなることができる。
ＩＩＩ．ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体をコードする核酸
本明細書の本発明のいくつかの実施形態に開示されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体をコードする核酸も提供される。かかる核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、またはＤＮＡもしくはＲＮＡのいずれかのハイブリッドもしくは誘導体とすることができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩをコードする核酸は、特定の細胞または生物におけるタンパク質への効率的な翻訳のためにコドン最適化することができる。非限定的な例として、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩをコードする核酸は、天然に存在するポリヌクレオチド配列と比較して、哺乳動物細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、または任意の他の目的の宿主細胞においてより頻度高く使用される代替コドンへと改変できる。核酸分子の任意の部分または断片は、以下によって作製することができる：（１）分子をその天然の環境から分離する、（２）組換えＤＮＡ技術を使用する（例えば、ＰＣＲ増幅またはクローニング）、または（３）化学合成法を使用する。ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体をコードする核酸は、安定性の改善または免疫原性の低下のための修飾を含むことができる。修飾の非限定的な例としては、（１）ホスホジエステル骨格結合における、非結合リン酸酸素の１つもしくは両方および／または結合リン酸酸素の１つ以上の改変もしくは置換、（２）リボース糖の２’ヒドロキシルの改変または置換などのリボース糖の成分の改変または置換、（３）リン酸部分の脱リン酸化リンカーによる置換、（４）天然に存在する核酸塩基の修飾または置換、（５）リボース－リン酸骨格の置換または修飾、（６）オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端の修飾（例えば、限定されないが、末端リン酸基の除去、修飾、もしくは置換、または部分の結合）、ならびに（７）糖の修飾が挙げられる。
いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書の他の場所で定義されるような発現構築物の形態とすることができる。非限定的な例として、核酸は、核酸分子の発現を制御する調節領域（例えば、転写または翻訳制御領域）、全長または部分的なコード領域、およびそれらの組み合わせを含むことができる。非限定的な例として、核酸は、目的の細胞または生物において活性なプロモーターに作動可能に連結されることができる。かかる発現構築物で使用できるプロモーターとしては、例えば、げっ歯類細胞（例えば、限定されないが、マウス細胞、またはラット細胞）などの哺乳動物細胞（例えば、非ヒト哺乳動物細胞またはヒト細胞）などの真核細胞の１つ以上で活性なプロモーターが挙げられる。そのようなプロモーターは、例えば、条件付きプロモーター、誘導性プロモーター、構成的プロモーター、または組織特異的プロモーターであってよい。
いくつかの実施形態では、核酸は、ＭＨＣ分子またはペプチドをコードする、限定されないが、天然の対立遺伝子変異体および修飾核酸分子などの、天然の核酸分子の機能的等価物を含むことができ、そこにおいて、ヌクレオチドは、かかる修飾が、核酸分子の、本明細書の他の場所に記載されている（例えば、Ｔ細胞受容体によって認識されることができる）ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物を形成することができるタンパク質をコードする能力を実質的には妨げないような方法で、挿入され、欠失され、置換され、および／または反転されている。
ＩＶ．ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体の使用方法
有効量の本明細書の他の場所に記載されているペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を含む組成物を対象に投与することを含む、対象において免疫応答を誘発する方法も提供される。
本発明のいくつかの実施形態では、対象として、例えば、任意のタイプの動物または哺乳動物を挙げることができる。哺乳動物としては、例えば、ヒト、非ヒト哺乳類、非ヒト霊長類、サル、類人猿、ネコ、イヌ、ウマ、雄ウシ、シカ、バイソン、ヒツジ、ウサギ、げっ歯類（例えば、限定されないが、マウス、ラット、ハムスター、およびモルモット）、および家畜（例えば、限定されないが、ウシおよび去勢牛などのウシ種、ヒツジおよびヤギなどのヒツジ種、ならびにブタおよびイノシシなどのブタ種）が挙げられる。鳥類には、例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、ダチョウ、ガチョウ、およびアヒルが含まれる。飼育動物および農業用動物も含まれる。「非ヒト動物」という用語は、ヒトを除外するものである。非ヒト動物の具体的な非限定的な例としては、マウスおよびラットなどのげっ歯類が挙げられる。
投与という用語は、対象または系（例えば、限定されないが、細胞、器官、組織、生物、またはそれらの関連する構成要素もしくは構成要素のセット）への組成物の投与を指す。投与経路は、例えば、組成物が投与される対象または系、組成物の性質、投与の目的などに応じて変化し得る。「投与」または「投与すること」という用語は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を対象に導入して、それらの意図された機能を実行させる（例えば、免疫応答を誘導または調節する）経路を含むことを意図している。いくつかの実施形態では、使用できる投与経路の非限定的な例として、注射（皮下、静脈内、非経口、腹腔内、髄腔内）、経口、吸入、直腸および経皮が挙げられる。非限定的な例として、対象への投与（例えば、限定されないが、ヒトまたはげっ歯類への投与を含む）は、気管支（気管支点滴によるものを含む）、頬側、経腸、皮間、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、粘膜、鼻、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管（気管内注入を含む）、経皮、膣内および／または硝子体内であり得る。ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、錠剤またはカプセルの形態で（例えば、限定されないが、注射、吸入、アイローション、軟膏、坐剤などによって）、局所的にローションまたは軟膏によって、または直腸内に坐剤によって、投与できる。投与は、ボーラスで行うことも、持続注入で行うこともできる。投与は、少なくとも選択された期間における間欠的投薬または連続的投薬（例えば、限定されないが、灌流）を含み得る。投与経路に応じて、選択された材料によりペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体をコーティングまたは配置して、意図した機能を実行する能力に悪影響を与える可能性のある天然の条件からペプチドを保護することができる。ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、単独で、あるいは別の薬剤（例えば、免疫刺激剤）、もしくは薬学的に許容される担体、またはその両方、との組み合わせで、投与できる。ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、他の薬剤の投与前、薬剤と同時に、または薬剤の投与後に、投与できる。さらに、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、インビボで、その活性代謝物またはより活性な代謝物に変換されるプロフォームで投与することもできる。
非ヒト動物を、本明細書の他の場所に記載されるペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で免疫すること、非ヒト動物がペプチドＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫応答を開始することを可能にすること、および非ヒト動物から細胞（例えば、限定されないが、リンパ球）または核酸を単離することを含む、抗原結合タンパク質を作製する方法も提供され、細胞または核酸は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的に結合する抗原結合タンパク質を含むかまたはコードする。非限定的な例として、抗原結合ドメインは、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体のエピトープに特異的に（例えば、限定されないが、マイクロモル、ナノモル、またはピコモル範囲の平衡解離定数（ＫＤ）で）結合できる。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、（例えば、患者における使用のための）治療用抗原結合タンパク質または抗体とすることができる。
１つの例示的な実施形態では、細胞は、Ｂ細胞であって、非ヒト動物から単離されたものであり、その方法は、免疫グロブリン重鎖および軽鎖可変ドメインをコードし、対を形成すると、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的に結合する、免疫グロブリン重鎖および軽鎖可変領域の核酸配列を同定することをさらに含む。かかる方法は、抗原結合タンパク質を発現するのに適した発現系で、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に結合する重鎖および軽鎖可変ドメインの二量体を含む抗原結合タンパク質を形成するように、核酸配列を発現することをさらに含むことができる。
別の実施形態では、その方法は、非ヒト動物から核酸を単離すること、ならびに、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的に結合する抗体の免疫グロブリン重鎖可変ドメインおよび／または免疫グロブリン軽鎖可変ドメインをそれぞれコードする、免疫グロブリン重鎖可変領域配列および／または免疫グロブリン軽鎖可変領域配列を取得することを含む。かかる方法は、免疫グロブリン重鎖可変領域配列および／または免疫グロブリン軽鎖可変領域配列を使用して、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に結合する抗体を産生することをさらに含むことができる。
方法のいくつかの実施形態では、細胞（Ｂ細胞など）は、非ヒト動物から（例えば、限定されないが、脾臓またはリンパ節から）回収される。細胞を骨髄腫細胞株と融合させて不死化ハイブリドーマ細胞株を調製し得、免疫化のために使用される抗原に特異的なハイブリッド重鎖を含む抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定するために、かかるハイブリドーマ細胞株をスクリーニングおよび選抜する。
方法のいくつかの実施形態では、免疫化は、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で非ヒト動物をプライミング（例えば、限定されないが、投与）すること、非ヒト動物を一定期間休ませること、およびペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で非ヒト動物を再度免疫すること（例えば、限定されないが、免疫応答のブースト）を含む。方法のいくつかの実施形態では、方法は、ヘルパーＴ細胞エピトープ、例えば、限定されないが、汎ＤＲ Ｔヘルパーエピトープ（ＰＡＤＲＥ）と同時に、非ヒト動物を免疫化および／または追加免疫することを含む。例えば、米国特許第６，４１３，９３５号およびＡｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １：７５１－６１を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。その方法のいくつかの実施形態では、その方法は、非ヒト動物をペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体でプライミングし、免疫化された動物をヘルパーＴ細胞エピトープ（例えば、限定されないが、ＰＡＤＲＥ）に連結されたペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体でブーストすることを含む。方法のいくつかの実施形態では、方法は、ヘルパーＴ細胞エピトープに連結されたペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を用いて、非ヒト動物をプライミングおよび追加免疫することの両方を含む。ＰＡＤＲＥによるプライミングおよび／またはブーストを含む方法では、非ヒト動物は、Ｃ５７／ＢＬ６遺伝子バックグラウンドを含むマウスとすることができる。いくつかの実施形態では、Ｃ５７ＢＬ系統のマウスは、Ｃ５７ＢＬ／Ａ、Ｃ５７ＢＬ／Ａｎ、Ｃ５７ＢＬ／ＧｒＦａ、Ｃ５７ＢＬ／ＫａｌＬｗＮ、Ｃ５７ＢＬ／６、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ、Ｃ５７ＢＬ／６ＢｙＪ、Ｃ５７ＢＬ／６ＮＪ、Ｃ５７ＢＬ／１０、Ｃ５７ＢＬ／１０ＳｃＳｎ、Ｃ５７ＢＬ／１０Ｃ、およびＣ５７ＢＬ／Ｏｌａ、または、前述のＣ５７ＢＬ／６系統と別の系統（例えば、１２９、ＢＡＬＢなど）との雑種とすることができる。方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物をプライミングしてから非ヒト動物を追加免疫するまでの期間は、数日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、または少なくとも１か月である。
方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒトもしくはヒト化した免疫グロブリンの重鎖および／または軽鎖遺伝子座を含むことができ、それにより、非ヒト動物は、ヒトもしくはヒト化した抗原を含むヒトもしくはヒト化抗原結合タンパク質－結合ドメイン（例えば、ヒトもしくはヒト化可変ドメイン）を提供できる。ヒト可変領域遺伝子セグメントを含む免疫グロブリン遺伝子座は当技術分野で知られており、非限定的な例として、米国特許第５，６３３，４２５号、第５，７７０，４２９号、第５，８１４，３１８号、第６，０７５，１８１号、第６，１１４，５９８号、第６，１５０，５８４号、第６，９９８，５１４号、第７，７９５，４９４号、第７，９１０，７９８号、第８，２３２，４４９号、第８，５０２，０１８号、第８，６９７，９４０号、第８，７０３，４８５号、第８，７５４，２８７号、第８，７９１，３２３号、第８，８０９，０５１号、第８，９０７，１５７号、第９，０３５，１２８号、第９，１４５，５８８号、第９，２０６，２６３号、第９，４４７，１７７号、第９，５５１，１２４号、第９，５８０，４９１号および第９，４７５，５５９号、ならびに、すべての目的のために全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１００１４６６４７号、第２０１１０１９５４５４号、第２０１３０１６７２５６号、第２０１３０２１９５３５号、第２０１３０３２６６４７号、第２０１３００９６２８７号および第２０１５０１１３６６８号、ならびに、すべての目的のために全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ国際公開第２００７／１１７４１０号、第２００８／１５１０８１号、第２００９／１５７７７１号、第２０１０／０３９９００号、第２０１１／００４１９２号、第２０１１／１２３７０８号、および第２０１４／０９３９０８号に概説され得、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。非限定的な例として、非ヒト動物は、そのゲノム中に、再配列されていない、または再配列された、ヒトもしくはヒト化免疫グロブリン重鎖、および／あるいは、再配列されていない、または再配列された、ヒトもしくはヒト化免疫グロブリン軽鎖遺伝子座を含むことができ、それにより、非ヒト動物は、ヒトもしくはヒト化抗原結合ドメイン（例えば、ヒトもしくはヒト化免疫グロブリン可変ドメイン）を含むヒトもしくはヒト化抗原結合タンパク質を提供することが可能となり、任意選択的に、いくつかの実施形態では、ヒトもしくはヒト化免疫グロブリンの重鎖遺伝子座および／またはヒトもしくはヒト化免疫グロブリン軽鎖遺伝子座の少なくとも１つは再配列されていない。
いくつかの実施形態では、かかる方法は、ヒト重鎖または軽鎖可変領域配列をコードする（ヒスチジン修飾ヒト重鎖可変ドメインおよび／またはヒスチジン修飾ヒト軽鎖可変ドメインをコードし得、それはまた、または独立して、ユニバーサル軽鎖可変ドメインである）ヌクレオチド配列を、ヒト重鎖定常領域（ＣＨ）または軽鎖定常領域（ＣＬ）をコードする遺伝子とインフレームでクローニングして、ヒト結合タンパク質配列を形成し、ヒト結合タンパク質配列を適切な細胞で発現させることをさらに含むことができる。
抗原性ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に対して特異性を有するＴ細胞を同定する方法も提供され、その方法は、本明細書の他の場所に記載されるように非ヒト動物をペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で免疫すること、非ヒト動物においてペプチドＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫応答を開始させること、およびペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に反応するＴ細胞を単離することを含む。
ＴＣＲ可変ドメイン（例えば、ＴＣＲαおよび／またはβ可変ドメイン）をコードする核酸配列を作製する方法も提供される。いくつかの実施形態では、かかる方法は、本明細書の他の場所に記載されるように、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で非ヒト動物を免疫すること、非ヒト動物がペプチドＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫応答を開始することを可能にすること、およびそこからペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に結合するヒトＴＣＲ可変ドメインをコードする核酸配列を得ることを含むことができる。一実施形態では、その方法は、ＴＣＲ定常領域に作動可能に連結されたＴＣＲ可変ドメインをコードする核酸配列を作製すること、本明細書の非ヒト動物からＴ細胞を単離すること、およびそこからＴＣＲ定常領域に連結されたＴＣＲ可変ドメインをコードする核酸配列を得ることをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒト化Ｔ細胞受容体可変遺伝子遺伝子座を含むことができ、その方法は、Ｔ細胞によって発現されるヒトＴＣＲ可変領域の核酸配列を決定すること、およびヒトＴＣＲ可変領域を、ヒトＴＣＲ可変領域がヒトＴＣＲ定常領域に作動可能に連結されるように、ヒトＴＣＲ定常領域の核酸配列を含むヌクレオチド構築物にクローニングすることを含むことができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、その方法は、ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的なヒトＴＣＲを構築物から（例えば、細胞内で）発現させることをさらに含むことができる。
抗原性ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を作製する方法も提供され、その方法は、本明細書の他の場所に記載されるように非ヒト動物をペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で免疫すること、非ヒト動物においてペプチドＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫応答を開始させること、およびペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に反応するＴ細胞を単離することを含む。いくつかの実施形態では、かかる方法は、Ｔ細胞によって発現されるＴＣＲ可変領域の核酸配列を決定すること、ＴＣＲ可変領域がＴＣＲ定常領域に作動可能に連結されるよう、ＴＣＲ可変領域をＴＣＲ定常領域の核酸配列を含むヌクレオチド構築物にクローニングすること、および任意選択的に、構築物からペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的なＴＣＲを発現させる（例えば、細胞内で発現させる）ことをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒト化Ｔ細胞受容体可変遺伝子遺伝子座を含むことができ、その方法は、Ｔ細胞によって発現されるヒトＴＣＲ可変領域の核酸配列を決定すること、およびヒトＴＣＲ可変領域を、ヒトＴＣＲ可変領域がヒトＴＣＲ定常領域に作動可能に連結されるように、ヒトＴＣＲ定常領域の核酸配列を含むヌクレオチド構築物にクローニングすることを含むことができる。任意選択的に、いくつかの実施形態では、その方法は、構築物から（例えば、細胞内で）ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的なヒトＴＣＲを発現させることをさらに含むことができる。
いくつかの実施形態では、抗原性ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に特異的な同定されたＴ細胞またはＴＣＲは、対象における治療（例えば、養子Ｔ細胞療法）に使用できる。いくつかの実施形態では、例えば、かかる方法は、本明細書の他の場所に記載されるようなペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体で非ヒト動物を免疫すること、非ヒト動物にペプチドＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫応答を開始させること、ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に反応するＴ細胞（すなわち、抗原特異的Ｔ細胞）単離すること、Ｔ細胞によって発現されるＴＣＲの核酸配列を決定すること、ＴＣＲの核酸配列を発現ベクター（例えば、レトロウイルスベクター）にクローニングすること、Ｔ細胞が抗原特異的Ｔ細胞受容体を発現するよう、対象に由来するＴ細胞にベクターを導入すること、およびＴ細胞を対象に注入することを含むことができる。いくつかの実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞集団は、対象に注入する前に増殖させる。いくつかの実施形態では、対象の免疫細胞集団は、抗原特異的Ｔ細胞の注入の前には免疫枯渇している。
方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒト化Ｔ細胞受容体を発現できる。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９，１１３，６１６号を参照されたい。非限定的な例として、方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒト化されたＴ細胞受容体可変遺伝子座を含むことができる。非限定的な例として、非ヒト動物は、ヒト化ＴＣＲαおよびβポリペプチド（および／またはヒト化ＴＣＲδおよびＴＣＲγポリペプチド）を発現できる。一実施形態では、非ヒト動物は、そのゲノム中に、再構成されていないヒトＴＣＲ可変遺伝子座を含む。
方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物は、少なくとも１つの空のヒトもしくはヒト化ＭＨＣクラスＩＩ分子、または少なくともその空のヒトペプチド結合溝に対して、それが抗原性（例えば、限定されないが、異種）ペプチドと複合体を形成する場合には、寛容化されるが、ヒト（化）ＭＨＣ分子に対する抗原結合タンパク質（例えば、限定されないが、ヒトもしくはヒト化可変ドメインを含む抗原結合タンパク質）を生成できる。方法のいくつかの実施形態では、空のヒト（化）ＭＨＣクラスＩＩ分子への非ヒト動物の寛容化は、ゲノム中にヒト（化）ＭＨＣ分子、または少なくともそのヒトペプチド結合溝をコードするヌクレオチド配列を含むように非ヒト動物を遺伝子改変することによって達成され、それにより、非ヒト動物は、ヒト（化）ＭＨＣ分子、または少なくともそのヒトペプチド結合溝を、空のヒト（化）ＭＨＣ分子、またはその空のヒトペプチド結合溝として発現する。ヒト（化）ＭＨＣ分子をコードするヌクレオチドを含むように遺伝子改変された同じ動物は、ヒトもしくはヒト化抗原結合タンパク質（例えば、限定されないが、ヒトもしくはヒト化可変ドメインを有する抗原－結合タンパク質）を発現するヒト化免疫グロブリン重鎖および／もしくは軽鎖遺伝子座を含むようにさらに改変され得、ならびに／または、ヒト化Ｔ細胞受容体可変遺伝子遺伝子座を含むようにさらに改変され得る。方法のいくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ヒトもしくはヒト化ＭＨＣ ＩＩαポリペプチド、および／または、ヒトもしくはヒト化ＭＨＣ ＩＩβポリペプチドをコードする核酸を含む。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＵＳ２０１９／０２９２２６３を参照されたい。ＭＨＣ ＩＩヌクレオチド配列は、完全にヒトであるＭＨＣ ＩＩタンパク質（例えば、限定されないが、ヒトＨＬＡクラスＩＩ分子）、または部分的にヒトかつ部分的に非ヒトであるヒト化ＭＨＣクラスＩＩタンパク質（例えば、限定されないが、キメラヒト／非ヒトＭＨＣ ＩＩタンパク質、例えば、キメラヒト／非ヒトＭＨＣ ＩＩαおよびβポリペプチドを含む）をコードし得る。ヒト化（例えば、キメラヒト／非ヒト）ＭＨＣ ＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列をそのゲノム（例えば、内因性遺伝子座に限定されない）に含む遺伝子改変された非ヒト動物は、米国特許第８，８４７，００５号および第９，０４３，９９６号に開示され、これらの各刊行物は、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
キメラヒト／非ヒトＭＨＣ分子のヒトペプチド結合ドメインへの寛容化は、内因性ＭＨＣ遺伝子座からの発現によって達成できるが、いくつかの実施形態では、かかる寛容化は、異所性遺伝子座からのヒトＭＨＣクラスＩＩ分子（またはその機能的ペプチド結合ドメイン）を発現する非ヒト動物においても生じる。さらに、いくつかの実施形態では、異所性遺伝子座由来の空のヒトＭＨＣクラスＩＩ分子（または、その空のペプチド－結合ドメイン）を発現し、それに寛容化した非ヒト動物は、抗原性のペプチド（例えば、限定されないが、非ヒト動物にとって異種のペプチド）と複合体を形成したヒトＨＬＡ分子（または、そのペプチド結合－ドメインおよび／もしくはその誘導体）によって、非ヒト動物が免疫されたとき、発現されたヒトＭＨＣクラスＩＩ分子が由来するヒトＨＬＡ分子（または、そのペプチド結合－ドメインもしくはその誘導体）に対して特異的な免疫応答を発生させることができる。理論に拘束されることを望まないが、非ヒト動物の寛容化は、ヒトもしくはヒト化されたＭＨＣクラスＩＩ分子の発現時に起こると考えられている。したがって、ヒトもしくはヒト化ＭＨＣクラスＩＩ分子が内因性遺伝子座から発現される必要はない。
いくつかの実施形態では、かかる方法は、内因性ペプチドに対する耐性を破壊することをさらに含むことができる。特定のペプチド－ＭＨＣ－クラス－ＩＩ結合タンパク質およびペプチド－ＭＨＣ－クラス－ＩＩ特異的Ｔ細胞を得るための、抗原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体による非ヒト動物（例えば、限定されないが、マウスまたはラットなどのげっ歯類）の免疫化は、非ヒト動物の免疫系がペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体を非自己（すなわち外来物質）として認識できるようにする、非ヒト動物の内因性タンパク質と、提示される異種タンパク質との間の配列の相違に依存する。自己ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体と高い相同性を有するペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する抗体およびＴ細胞／ＴＣＲの生成は、自己ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ複合体に対する免疫寛容のために、困難となり得る。目的のペプチドに相同である自己ペプチドに対する耐性を破壊する方法は周知である。例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１７／０３３２６１０号を参照されたい。かかる方法のいくつかの実施形態では、内因性ペプチドに対する耐性を破壊する方法は、本明細書において非ヒト動物を改変して、目的のペプチドとの高い相同性を有する自己ペプチドの欠失（例えば、ノックアウト変異）を含ませることを含む。
本明細書のいくつかの実施形態で開示される方法における非ヒト動物としては、例えば、哺乳動物などの任意のタイプの非ヒト動物を挙げることができる。哺乳動物としては、例えば、ヒト、非ヒト哺乳類、非ヒト霊長類、サル、類人猿、ネコ、イヌ、ウマ、雄ウシ、シカ、バイソン、ヒツジ、ウサギ、げっ歯類（例えば、限定されないが、マウス、ラット、ハムスター、およびモルモット）、および家畜（例えば、限定されないが、ウシおよび去勢牛などのウシ種、ヒツジおよびヤギなどのヒツジ種、ならびにブタおよびイノシシなどのブタ種）が挙げられる。鳥類には、例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、ダチョウ、ガチョウ、およびアヒルが含まれる。飼育動物および農業用動物も含まれる。「非ヒト動物」という用語は、ヒトを除外するものである。非ヒト動物の具体的な非限定的な例としては、マウスおよびラットなどのげっ歯類が挙げられる。
上記または下記で引用されているすべての特許出願、ウェブサイト、他の刊行物、アクセッション番号などは、各項目が、参照により組み込まれることが具体的にかつ個別に示されたのと同じ程度に、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。別段に他の指示がない限り、本発明の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様を、任意の他のものと組み合わせて使用することができる。本発明は、明瞭さおよび理解の目的に対し図表および例を介していくつかの詳細が記載されているが、添付の特許請求の範囲内で、ある特定の変化および修正を実施することができることが明らかになろう。
配列の簡単な説明
添付の配列表に列記されているヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基のための標準的な文字略語、およびアミノ酸のための三文字表記を使用して示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端から始まって先へ（すなわち、各行で左から右へ）進み３’末端に至る標準規則に従っている。各ヌクレオチド配列の１本の鎖のみが示されているが、相補的鎖は、示されている鎖を任意に参照することによって含まれると理解される。アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列が提供される場合、同じアミノ酸配列をコードするそのコドン縮重バリアントもまた提供されることが理解される。アミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列が提供される場合、同じアミノ酸配列をコードするＲＮＡ配列もまた提供されることが理解される（チミンをウラシルで置き換えることにより）。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端から始まって先へ（すなわち、各行で左から右へ）進みカルボキシ末端に至る標準規則に従っている。
実施例１．ペプチド－ＭＨＣ ＩＩタンパク質構築物の設計
可溶性ペプチド－ＭＨＣ Ｉタンパク質構築物の例は、以前に記載されている。かかる構築物は、ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（登録商標）げっ歯動物を免疫して抗ペプチドイングルーブ抗体を生成するなど、様々な用途に使用できる。本実施例では、ＭＨＣ ＩＩ分子のα鎖およびβ鎖が一緒に固定されているペプチド－ＭＨＣ ＩＩタンパク質構築物の設計について説明する。これらは、免疫原として機能する可溶性ＭＨＣ ＩＩ構築物や、ＭＨＣクラスＩＩペプチド特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するＴ細胞の動員を含む、他の用途向けの膜アンカー型ＭＨＣ ＩＩタンパク質の生成など、様々な用途に使用できる。可溶性または膜に固定されたＭＨＣ ＩＩタンパク質は、ＭＨＣクラスＩＩペプチド特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するＴ細胞の特異的ターゲティングに使用して、様々な疾患の条件においてＴ細胞の活性または生存率を調節することもできる。
図１に示すように、様々な可溶性ペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物を設計した。可溶性ペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物の説明を表２に示す。いくつかの構築物には、Ｅ．ｃｏｌｉビオチンリガーゼ（ＢｉｒＡ）およびｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジン（ｍｍＨ）タグが含まれるが、他のタグ（例えば、限定されないが、グルタチオン－ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、ＦＬＡＧ、または１Ｄ４）も使用できる。構築物で使用される完全長のＤＱ２α鎖セグメントのアラインメント（Ｃ７０Ｑ変異またはＲ１０１ＣおよびＣ７０Ａの両方の変異を含む）を図２に示す。Ｃ７０変異に関して、番号付けは、参照配列または所与の構築物について選択されたシグナル配列に基づいて変化し得る。Ｃ７０は、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ０１９０９－１（配列番号４９）として指定された完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱα１鎖配列内の位置である。Ｃ７０Ｑ変異を有する完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱα１鎖配列のバージョンは、配列番号５５に記載されており、Ｒ１０１ＣおよびＣ７０Ａ変異の両方を有する完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱα１鎖配列のバージョンは、配列番号５４に記載されている。以下で試験される可溶性ＨＬＡ－ＤＱ２構築物に含まれる完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱα１鎖の部分には、配列番号４９（Ｒ１０１またはＣ７０変異なし）、配列番号５５（Ｃ７０Ｑ変異）、または配列番号５４（Ｒ１０１ＣおよびＣ７０Ａ変異）の残基２４～２１６が含まれた。全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱβ１鎖配列のバージョンは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００１２３０８９１．１（配列番号５０）として指定されている。以下で試験される可溶性ＨＬＡ－ＤＱ２構築物に含まれる完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱβ１鎖の部分には、配列番号５０の残基３３～２３０が含まれた。異なるＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子からの完全長α鎖セグメントのアラインメントを図３に示す。
構築物Ａ～Ｃで良好な収量が観察された。タンパク質は、アフィニティーおよびサイズ排除クロマトグラフィーを含む標準的な手順を使用して精製した。精製後に得られた最終タンパク質量は、ＵＶ吸光度と、タンパク質のアミノ酸組成に基づいて計算された吸光係数によって決定した。産生収量は、精製タンパク質の質量を培地の量で割ることによって計算した。構築物Ａは、ＱＬＱＰＦＰＱＰＥＬＰＹ（配列番号４４、「ＱＬＱ」ペプチド）ペプチドに共有結合した場合、１４ｍｇ／Ｌの精製収量をもたらした。構築物Ｃは、ＱＬＱペプチド（配列番号４４）に共有結合した場合、２．４ｍｇ／Ｌの精製収量をもたらした。構築物Ｂは、ＱＬＱペプチド（配列番号４４）、ＦＰＱＰＥＱＰＦＰＷＱＰ（配列番号４５；「ＦＰＱ」ペプチド）、およびＰＱＰＥＬＰＹＰＱＰＱＬ（配列番号４６；「ＰＱＰ」ペプチド）に別々に共有結合した場合、それぞれ２０４ｍｇ／Ｌ、３６ｍｇ／Ｌ、０．９ｍｇ／Ｌの精製収量をもたらした。結果の要約を表３に示す。
可溶性タンパク質の測定可能な収量が、以下を含むペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物によって一貫して得られた：
（１）ＳＧＧＧＧＧ（配列番号１）リンカーにより、ＭＨＣ ＩＩのαおよびβ鎖に接続されたＣ末端のｊｕｎ／ｆｏｓジッパー、
（２）ＭＨＣ ＩＩのα鎖に導入されたＲ１０１Ｃ変異、
（３）ペプチドに接続されたβ鎖のＮ末端にあるリンカー（リンカーには追加のＣｙｓ変異が含まれており、リンカーのＣｙｓとＭＨＣ ＩＩのα鎖に導入されたＲ１０１Ｃ変異との間にジスルフィド結合を形成できる）、ならびに
（４）α鎖の対を形成しないＣｙｓの除去（Ｃ７０Ａ変異）。
ＤＱＡ１＊０５０１の対を形成しないＣｙｓは、配列アラインメントに基づいて他の種からの最も近いＭＨＣ配列のＴｒｐ、Ａｒｇ、またはＧｌｎに置換されるため、代わりにこれらの残基への変異を使用できる。
ＭＨＣ構築物を用い、２つの異なるＢｉａｃｏｒｅアッセイを介して、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質に対する抗体に結合する能力について試験した。両方のアッセイフォーマットで、使用した機器はＯｃｔｅｔ ＨＴＸであり、チップのタイプは抗マウスまたは抗ヒトＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーであり、アッセイは２５℃の温度で実行し、ランニングバッファーはＨＢＳ－ＥＴ＋１ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、キャプチャ混合速度および時間は１０００ｒｐｍおよび１分、サンプル注入混合速度および時間は１０００ｒｐｍおよび２分とした。
構築物Ｃを分析して、モノクローナル抗体への結合を検証した。第１の実験では、１００ｎＭのｍＡｂを含むウェルに、抗ｍＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸漬することにより、約０．８ｎｍの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを捕捉した。次に、ｍＡｂで捕捉されたセンサーを、２００ｎＭの構築物Ｃを含むウェルに沈めた。図４および表４に示すように、可溶性構築物Ｃは、抗ｍＦｃセンサー表面で捕捉された両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合したが、アイソタイプ対照ｍＡｂには結合しなかった。第２の実験では、２００ｎＭの構築物Ｃを含むウェルに抗ｈＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸漬することにより、約１ｎｍの構築物Ｃを捕捉した。次に、構築物Ｃを捕捉したセンサーを、１００ｎＭの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを含むウェルに沈めた。図５および表５に示すように、抗ｈＦｃセンサー表面に捕捉された可溶性構築物Ｃは、両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合したが、アイソタイプ対照ｍＡｂには結合しなかった。汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ抗体は、適切にフォールディングされたＨＬＡタンパク質にのみ結合することから、生成および精製されたタンパク質のコンフォメーションの完全性を検証できた。
構築物Ｂを分析して、モノクローナル抗体への結合を検証する。第１の実験では、１００ｎＭのｍＡｂを含むウェルに、抗ｍＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸漬することにより、約０．８ｎｍの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを捕捉する。次に、ｍＡｂで捕捉されたセンサーを、２００ｎＭの構築物Ｂを含むウェルに沈める。可溶性構築物Ｂは、抗ｍＦｃセンサー表面で捕捉された両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合するが、アイソタイプ対照ｍＡｂには結合しない。第２の実験では、２００ｎＭの構築物Ｂを含むウェルに抗ｈＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸漬することにより、約１ｎｍの構築物Ｂを捕捉する。次に、構築物Ｂを捕捉したセンサーを、１００ｎＭの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを含むウェルに沈める。抗ｈＦｃセンサー表面に捕捉される可溶性構築物Ｂは、両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合するが、アイソタイプ対照ｍＡｂには結合しない。汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ抗体は、適切にフォールディングされたＨＬＡタンパク質にのみ結合することから、生成および精製されたタンパク質のコンフォメーションの完全性を検証できる。
実施例２．マウスの寛容化
空のＭＨＣクラスＩＩ分子に寛容化したマウスが生成または提供されるが、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、マウスに由来しない（例えば、限定されないがヒトである）。例えば、対応する内因性遺伝子座または対応する内因性遺伝子座以外の遺伝子座（例えば、限定されないが、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）由来のＭＨＣクラスＩＩ分子を発現する第１のマウスは、空のＭＨＣクラスＩＩ分子に寛容化される。次に、これらの寛容化されたマウスに免疫原（例えば、実施例１からの構築物Ａ、構築物Ｂ、または構築物Ｃなどの、溝に免疫原性ペプチドを含むＭＨＣクラスＩＩ分子）を注射する。これらの免疫化されたマウスは、空のＭＨＣクラスＩＩ分子に寛容化されていないマウスと比較し、この特定の免疫原に対する特異的な抗体力価を生成する。代わりに、対象となるＭＨＣクラスＩＩ分子で寛容化および免疫化されていないマウスは、免疫原性ペプチドを認識するだけでなく、ＭＨＣクラスＩＩ分子も認識する抗体を生成する。したがって、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩＩ分子で免疫化された寛容化マウスは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のみに対する抗体を生成することなく、抗原に特異的な免疫応答を生成できる。
実施例３．ＭＨＣタンパク質構築物による寛容化マウスの免疫化
ＤＮＡおよび可溶性二量体タンパク質としてＨＬＡ－ＤＱＢ鎖につなぐためのペプチドを、免疫化およびスクリーニングのために選択する。免疫化およびスクリーニングのためにＨＬＡ－ＤＱＢ鎖につながれたペプチドを含む構築物の例の概略図を、図６Ａおよび６Ｂに示す。
マウス（例えば、ヒト化免疫グロブリン重鎖および／または軽鎖可変領域遺伝子座を含むマウス）を、マウスに対して抗原性であるペプチドと、マウスを寛容化させようとするヒトもしくはヒト化ＭＨＣクラスＩＩ分子と、を含む目的のペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体で免疫化する。マウスに対し、追加的かつ任意的に、目的のｐＭＨＣ複合体で追加免疫し、この追加免疫源は、任意選択的に、ヘルパーＴ細胞エピトープに連結されている。抗体（例えば、ヒト化免疫グロブリン重鎖および／または軽鎖遺伝子座から発現されるヒトもしくはヒト化抗体）を免疫化マウスから単離し、ｐＭＨＣ複合体への結合特異性について試験する。
ヒトＭＨＣ ＩＩ分子に対して寛容化され、ヒト化免疫グロブリン重鎖遺伝子座（例えば、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｍａｃｄｏｎａｌｄ（２０１４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １１１：５１４７－５１５２を参照）、およびヒト化共通軽鎖遺伝子座（例えば、米国特許第１０，１４３，１８６号、第１０，１３０，０８１号および第９，９６９，８１４号；米国特許出願公開第２０１２／００２１４０９号、第２０１２／０１９２３００号、第２０１３／００４５４９２号、第２０１３／０１８５８２１号、第２０１３／０３０２８３６号、および第２０１５／０３１３１９３号を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる）をコードするヌクレオチド配列を含む試験マウスが提供される。これらの試験マウス、および機能的（例えば、マウスの）ＡＤＡＭ６遺伝子（例えば、米国特許第８，６４２，８３５号および第８，６９７，９４０号を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる）およびヒト化免疫グロブリン重鎖および軽鎖遺伝子座を含む非寛容化対照マウスを、ＨＬＡ－ＤＱ分子の前後関係で提示される異種ペプチドイングルーブを含むｐＭＨＣ複合体で免疫化する際、免疫原はタンパク質免疫原またはｐＭＨＣ複合体をコードするＤＮＡとして投与する。マウスは、標準的なアジュバントを含むｐＭＨＣ複合免疫原を使用するか、Ｔヘルパー汎ＤＲエピトープ（ＰＡＤＲＥ）ペプチドに結合したｐＭＨＣ複合免疫原を使用して、様々な時間間隔で様々な経路を介して追加免疫される。免疫前の血清を、免疫の開始前にマウスから収集する。マウスは定期的に採血され、抗血清力価をそれぞれの抗原に関して分析する。
無関係な抗原（すなわち、マウスが経験したことがなく、したがって力価測定時に顕著な応答を誘発するとは予想されない抗原）、およびＨＬＡ－ＤＱ（溝内ペプチド）の前後関係で提示される関係のある抗原に対する、血清中の抗体力価を、ＥＬＩＳＡを使用して測定する。９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中のＨＬＡ－ＤＱの前後関係で提示される、関連するペプチドイングルーブまたは無関係な抗原を含む、タグ付きｐＭＨＣ複合体で、一晩コーティングする。プレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ（登録商標） ２０（ＰＢＳ－Ｔ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を含むリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、ＰＢＳ中のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）でブロックする。
免疫前および免疫後の抗血清をＢＳＡ－ＰＢＳで段階希釈し、プレートに添加する。プレートを洗浄し、抗マウスＩｇＧ－Ｆｃ－西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）標識二次抗体をプレートに添加する。プレートは、３，３’，５，５’－テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）／Ｈ２Ｏ２を基質として、製造元の推奨する手順に従って洗浄および発色させ、４５０ｎｍでの吸光度を分光光度計（Ｖｉｃｔｏｒ、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して記録する。抗体価は、Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを使用して計算する。抗体価は、結合シグナルがバックグラウンドの２倍である補間血清希釈係数として計算する。
マウスをヒトＨＬＡクラスＩＩ分子もしくはその一部に寛容化することにより、ヒトＨＬＡクラスＩＩ分子に寛容化されていない対照マウスと比較して、目的のｐＭＨＣに対する特異的抗体応答を生成するマウスの能力が向上する。
実施例４．ペプチド－ＭＨＣ ＩＩタンパク質構築物における様々なペプチドの試験
グリアジン免疫原の様々なバリエーションを有する様々な可溶性ペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物を設計して、ＭＨＣリガンドペプチドの様々なパラメーターを試験し、様々なリガンドペプチドを有する構築物の発現を確認した。具体的には、αＩグリアジン、αＩＩグリアジン、およびω２グリアジンのバリエーション（表６）を試験した。
以下で試験される可溶性ＨＬＡ－ＤＱ２構築物に含まれる完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱα１鎖の部分には、配列番号５４の残基２４～２１６（Ｒ１０１ＣおよびＣ７０Ａ変異、配列番号６４）が含まれた。以下で試験される可溶性ＨＬＡ－ＤＱ２構築物に含まれる完全長ＨＬＡ－ＩＩ ＤＱβ１鎖の部分には、配列番号５０の残基３３～２３０（配列番号６０）が含まれた。可溶性ペプチド－ＭＨＣ ＩＩ構築物の説明を表７に示す。一部の構築物にはＰＡＤＲＥが含まれていたが、他のＴ細胞エピトープも使用できる。表７に示すように、すべての構築物で良好な収量が観察された。
タンパク質は、アフィニティーおよびサイズ排除クロマトグラフィーを含む標準的な手順を使用して精製する。精製後に得られる最終的なタンパク質量は、ＵＶ吸光度と、タンパク質のアミノ酸組成に基づいて計算された吸光係数によって決定する。産生収量は、精製タンパク質の質量を培地の量で割ることによって計算する。
ペプチド－ＭＨＣ構築物を用い、２つの異なるＢｉａｃｏｒｅアッセイを介して、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質に対する抗体に結合する能力について試験する。両方のアッセイフォーマットで、使用する機器はＯｃｔｅｔ ＨＴＸであり、チップのタイプは抗マウスまたは抗ヒトＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーであり、アッセイは２５℃の温度で実行し、ランニングバッファーはＨＢＳ－ＥＴ＋１ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡ、キャプチャ混合速度および時間は１０００ｒｐｍおよび１分、サンプル注入混合速度および時間は１０００ｒｐｍおよび２分である。
各構築物を分析して、モノクローナル抗体への結合を検証する。第１の実験では、１００ｎＭのｍＡｂを含むウェルに抗ｍＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸すことにより、約０．８ｎｍの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを捕捉する。次に、ｍＡｂで捕捉されたセンサーを、２００ｎＭのペプチド－ＭＨＣ構築物を含むウェルに沈める。可溶性ペプチド－ＭＨＣ構築物は、抗ｍＦｃセンサー表面に捕捉された両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合するが、アイソタイプコントロールｍＡｂには結合しない。第２の実験では、２００ｎＭのペプチド－ＭＨＣ構築物を含むウェルに抗ｈＦｃコーティングされたオクテットバイオセンサーを１分間浸漬することにより、約１ｎｍのペプチド－ＭＨＣ構築物を捕捉する。次に、ペプチド－ＭＨＣ－構築物で捕捉されたセンサーを、１００ｎＭの汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ ｍＡｂまたは抗ＤＲ／ＤＱ ｍＡｂを含むウェルに沈める。抗ｈＦｃセンサー表面に捕捉された可溶性ペプチド－ＭＨＣ構築物は、両方の抗クラスＩＩモノクローナル抗体に結合するが、アイソタイプコントロールｍＡｂには結合しない。汎クラスＩＩ抗ＨＬＡ抗体は、適切にフォールディングされたＨＬＡタンパク質にのみ結合することから、生成および精製されたタンパク質のコンフォメーションの完全性を検証できる。
次に、空のＭＨＣクラスＩＩ分子に寛容化したマウスが生成または提供されるが、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、マウスに由来しない（例えば、限定されないがヒトである）。例えば、対応する内因性遺伝子座または対応する内因性遺伝子座以外の遺伝子座（例えば、限定されないが、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）由来のＭＨＣクラスＩＩ分子を発現する第１のマウスは、空のＭＨＣクラスＩＩ分子に寛容化される。次に、これらの寛容化されたマウスに免疫原（例えば、実施例４のペプチド－ＭＨＣ構築物のいずれかなどの免疫原性ペプチドを溝に含むＭＨＣクラスＩＩ分子）を注射する。これらの免疫化されたマウスは、空のＭＨＣクラスＩＩ分子に耐えられないマウスと比較した場合、この特定の免疫原に対する特定の抗体力価を生成する。代わりに、対象となるＭＨＣクラスＩＩ分子で寛容化および免疫化されていないマウスは、免疫原性ペプチドを認識するだけでなく、ＭＨＣクラスＩＩ分子も認識する抗体を生成する。したがって、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩＩ分子で免疫化された寛容化マウスは、ＭＨＣクラスＩＩ分子のみに対する抗体を生成することなく、抗原に特異的な免疫応答を生成できる。
ＤＮＡとしてＨＬＡ－ＤＱＢ鎖につなぐための、実施例４に記載されているようなペプチドおよび可溶性二量体タンパク質を、免疫化およびスクリーニングのために選択する。
マウス（例えば、ヒト化免疫グロブリン重鎖および／または軽鎖可変領域遺伝子座を含むマウス）を、マウスに対して抗原性であるペプチドと、マウスを寛容化させようとするヒトもしくはヒト化ＭＨＣクラスＩＩ分子と、を含む目的のペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体で免疫化する。マウスに対し、追加的かつ任意的に、目的のｐＭＨＣ複合体で追加免疫し、この追加免疫源は、任意選択的に、ヘルパーＴ細胞エピトープに連結されている。抗体（例えば、ヒト化免疫グロブリン重鎖および／または軽鎖遺伝子座から発現されるヒトもしくはヒト化抗体）を免疫化マウスから単離し、ｐＭＨＣ複合体への結合特異性について試験する。
ヒトＭＨＣ ＩＩ分子に対して寛容化され、ヒト化免疫グロブリン重鎖遺伝子座（例えば、参照により全体としてすべての目的のために本明細書に組み込まれる、Ｍａｃｄｏｎａｌｄ（２０１４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １１１：５１４７－５１５２を参照）、およびヒト化共通軽鎖遺伝子座（例えば、米国特許第１０，１４３，１８６号、第１０，１３０，０８１号および第９，９６９，８１４号；米国特許出願公開第２０１２／００２１４０９号、第２０１２／０１９２３００号、第２０１３／００４５４９２号、第２０１３／０１８５８２１号、第２０１３／０３０２８３６号、および第２０１５／０３１３１９３号を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる）をコードするヌクレオチド配列を含む試験マウスが提供される。これらの試験マウス、および機能的（例えば、マウスの）ＡＤＡＭ６遺伝子（例えば、米国特許第８，６４２，８３５号および第８，６９７，９４０号を参照されたく、それらの各々は、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれる）およびヒト化免疫グロブリン重鎖および軽鎖遺伝子座を含む非寛容化対照マウスを、ＨＬＡ－ＤＱ分子の前後関係で提示される異種ペプチドイングルーブを含むｐＭＨＣ複合体で免疫化する際、免疫原はタンパク質免疫原またはｐＭＨＣ複合体をコードするＤＮＡとして投与する。マウスは、標準的なアジュバントを含むｐＭＨＣ複合免疫原を使用するか、Ｔヘルパー汎ＤＲエピトープ（ＰＡＤＲＥ）ペプチドに結合したｐＭＨＣ複合免疫原を使用して、様々な時間間隔で様々な経路を介して追加免疫される。免疫前の血清を、免疫の開始前にマウスから収集する。マウスは定期的に採血され、抗血清力価をそれぞれの抗原に関して分析する。
無関係な抗原（すなわち、マウスが経験したことがなく、したがって力価測定時に顕著な応答を誘発するとは予想されない抗原）、およびＨＬＡ－ＤＱ（溝内ペプチド）の前後関係で提示される関係のある抗原に対する、血清中の抗体力価を、ＥＬＩＳＡを使用して測定する。９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中のＨＬＡ－ＤＱの前後関係で提示される、関連するペプチドイングルーブまたは無関係な抗原を含む、タグ付きｐＭＨＣ複合体で、一晩コーティングする。プレートを０．０５％Ｔｗｅｅｎ（登録商標） ２０（ＰＢＳ－Ｔ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を含むリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、ＰＢＳ中のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）でブロックする。
免疫前および免疫後の抗血清をＢＳＡ－ＰＢＳで段階希釈し、プレートに添加する。プレートを洗浄し、抗マウスＩｇＧ－Ｆｃ－西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）標識二次抗体をプレートに添加する。プレートは、３，３’，５，５’－テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）／Ｈ２Ｏ２を基質として、製造元の推奨する手順に従って洗浄および発色させ、４５０ｎｍでの吸光度を分光光度計（Ｖｉｃｔｏｒ、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して記録する。抗体価は、Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを使用して計算する。抗体価は、結合シグナルがバックグラウンドの２倍である補間血清希釈係数として計算する。
マウスをヒトＨＬＡクラスＩＩ分子もしくはその一部に寛容化することにより、ヒトＨＬＡクラスＩＩ分子に寛容化されていない対照マウスと比較して、目的のｐＭＨＣに対する特異的抗体応答を生成するマウスの能力が向上する。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部と、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部と、を含むＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む組成物であって、
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、ペプチドリンカーによって前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合し、
前記ＭＨＣリガンドペプチドまたは前記ペプチドリンカーが、第１のシステインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、第２のシステインを含み、
前記第１のシステインおよび前記第２のシステインが、前記ＭＨＣリガンドペプチドが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部によって形成されるペプチド結合溝に結合するよう、ジスルフィド結合を形成する、組成物。
(項目２)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部がα１ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部がβ１ドメインを含む、項目１に記載の組成物。
(項目３)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部がＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部がＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含む、項目２に記載の組成物。
(項目４)
（１）前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記α１ドメインと、α２ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞質ドメインと、を含み、
（２）前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記β１ドメインと、β２ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞質ドメインと、を含む、項目２または３に記載の組成物。
(項目５)
前記組成物が膜に固定されている、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目６)
前記組成物が可溶性である、項目１～３のいずれか一項に記載の組成物。
(項目７)
（１）前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
（２）前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記β１ドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない、項目６に記載の組成物。
(項目８)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパー、静電気的エンジニアリング、ノブイントゥホール、免疫グロブリン足場、免疫グロブリンＦｃ領域、またはリンカーによって連結されている、項目６または７に記載の組成物。
(項目９)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結され、
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、項目８に記載の組成物。
(項目１０)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、項目９に記載の組成物。
(項目１１)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーによって前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーによって前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーによって前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーによって前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、項目９または１０に記載の組成物。
(項目１２)
前記ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーおよび前記ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーがそれぞれ、配列番号１に記載の配列を含む、項目１１に記載の組成物。
(項目１３)
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、約１０～約１８アミノ酸長であるか、約１０～約１５アミノ酸長であるか、もしくは約１０～約１２アミノ酸長であるか、または
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、残基Ｐ－１～Ｐ９もしくは残基Ｐ－３～Ｐ９を含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１４)
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、抗原性ＭＨＣリガンドペプチドである、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１５)
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、Ｔ細胞媒介性疾患に関連している、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１６)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、柔軟性リンカーである、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１７)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、１つ以上の柔軟性アミノ酸および１つ以上の極性アミノ酸を含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１８)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、いかなる荷電アミノ酸も含まない、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目１９)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、切断部位を含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２０)
前記切断部位が、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼ切断部位である、項目１９に記載の組成物。
(項目２１)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、非免疫原性である、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２２)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されている、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２３)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されている、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２４)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、少なくとも約９アミノ酸長である、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２５)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、約９～約５０アミノ酸長である、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２６)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２７)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記第１のシステインを含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目２８)
前記第１のシステインが、前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカー中の唯一のシステインである、項目２７に記載の組成物。
(項目２９)
前記第１のシステインが、前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーの最初の４つのアミノ酸にある、項目２７または２８に記載の組成物。
(項目３０)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含み、前記繰り返しのうちの１つの中の１つのアミノ酸がシステインに変異している、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目３１)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号２１に記載の配列を含む、項目３０に記載の組成物。
(項目３２)
前記ＭＨＣリガンドペプチドが、前記第１のシステインを含む、項目１～２６のいずれか一項に記載の組成物。
(項目３３)
前記第１のシステインが、前記組成物によって形成されたエピトープとは反対側を向いている、項目３２に記載の組成物。
(項目３４)
前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部にある、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目３５)
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されている、項目３４に記載の組成物。
(項目３６)
前記第２のシステインが、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在しない、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目３７)
前記第２のシステインが、前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子中の非システインアミノ酸の代わりに存在する、項目３６に記載の組成物。
(項目３８)
前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部にあり、
前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置１０１に対応する位置にある、項目３７に記載の組成物。
(項目３９)
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインを欠いている、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目４０)
前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在する前記システインが、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩ分子においてアラニンまたはグルタミンで置換されている、項目３９に記載の組成物。
(項目４１)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在するシステインを欠いている、項目１～３８のいずれか一項に記載の組成物。
(項目４２)
前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在する前記システインが、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部においてアラニンまたはグルタミンで置換されている、項目４１に記載の組成物。
(項目４３)
前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖中の前記システインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置７０に対応する位置にある、項目４１または４２に記載の組成物。
(項目４４)
前記組成物が１つ以上の免疫刺激分子をさらに含む、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目４５)
前記１つ以上の免疫刺激分子が、汎ＤＲ－結合エピトープ（ＰＡＤＲＥ）および／またはリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）由来のペプチドを含む、項目４４に記載の組成物。
(項目４６)
前記１つ以上の免疫刺激分子が、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に直接的または間接的に共有結合している、項目４４または４５に記載の組成物。
(項目４７)
前記１つ以上の免疫刺激性分子が、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部、および／または、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部に直接的または間接的に共有結合している、項目４４～４６のいずれか一項に記載の組成物。
(項目４８)
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子である、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目４９)
前記ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、およびＨＬＡ－ＤＰからなる群から選択される、項目４８に記載の組成物。
(項目５０)
前記ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＱ２分子である、項目４９に記載の組成物。
(項目５１)
前記ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＲ２分子である、項目４９に記載の組成物。
(項目５２)
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含み、
前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、第１のシステインを含む約９～約５０アミノ酸長の柔軟性リンカーであり、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続され、
前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部にあり、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子には存在せず、
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在するシステインを欠いている、先行項目のいずれか一項に記載の組成物。
(項目５３)
前記組成物が可溶性であり、
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記β１ドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結されている、項目５２に記載の組成物。
(項目５４)
前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置１０１に対応する位置にあり、
前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子中の前記システインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置７０に対応する位置にある、項目５２または５３に記載の組成物。
(項目５５)
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＰ、およびＨＬＡ－ＤＲからなる群から選択されるヒトＭＨＣクラスＩＩ分子である、項目５２～５４のいずれか一項に記載の組成物。
(項目５６)
前記ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子がＨＬＡ－ＤＱである、項目５５に記載の組成物。
(項目５７)
先行項目のいずれか一項に記載の組成物をコードする、核酸。
(項目５８)
対象において免疫応答を誘発する方法であって、有効量の、項目１～５６のいずれか一項に記載の組成物または前記組成物をコードする核酸を前記対象に投与することを含む、方法。
(項目５９)
ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原性組成物に特異的に結合する抗原結合タンパク質を生成する方法であって、
（ａ）項目１～５６のいずれか一項に記載の組成物または前記組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、
（ｂ）前記非ヒト動物が前記組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に非ヒト動物を維持することと、を含む、方法。
(項目６０)
抗原結合タンパク質を生成する方法であって、
（ａ）項目１～５６のいずれか一項に記載の組成物または前記組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、
（ｂ）前記非ヒト動物が前記組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に非ヒト動物を維持することと、を含む、方法。
(項目６１)
前記抗原結合タンパク質が、ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合されたＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原性組成物に特異的に結合する、項目６０に記載の方法。

Claims (26)

  1. ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくはその一部と、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくはその一部と、を含むＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む組成物であって、
    前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子であり、前記ヒトＭＨＣクラスＩＩ分子が、ＨＬＡ－ＤＱ２分子であり、
    前記ＭＨＣリガンドペプチドが、ペプチドリンカーによって前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合し、
    前記ペプチドリンカーが、第１のシステインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子が、第２のシステインを含み、
    前記第１のシステインが、前記ペプチドリンカー中の唯一のシステインであり、
    前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部にあり、
    前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置１０１に対応する位置にあり、
    前記第１のシステインおよび前記第２のシステインが、前記ＭＨＣリガンドペプチドが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部によって形成されるペプチド結合溝に結合するよう、ジスルフィド結合を形成し、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在するシステインを欠いており、前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖中の前記システインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が配列番号４９と最適に整列された場合、配列番号４９に記載の配列の位置７０に対応する位置にある、
    組成物。
  2. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部がα１ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部がβ１ドメインを含む、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部がＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部がＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含む、請求項２に記載の組成物。
  4. （１）前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記α１ドメインと、α２ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞質ドメインと、を含み、
    （２）前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記β１ドメインと、β２ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞質ドメインと、を含む、請求項２または３に記載の組成物。
  5. 前記組成物が膜に固定されているか、または可溶性である、請求項１～４のいずれか一項に記載の組成物。
  6. 前記組成物が可溶性であり、
    （１）前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
    （２）前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、β１ドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない、請求項５に記載の組成物。
  7. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎ－Ｆｏｓジッパー、静電気的エンジニアリング、ノブイントゥホール、免疫グロブリン足場、免疫グロブリンＦｃ領域、またはリンカーによって連結されている、請求項５または６に記載の組成物。
  8. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結され、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、請求項７に記載の組成物。
  9. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＣ末端が、前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、請求項８に記載の組成物。
  10. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーによって前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーによって前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されているか、または、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、前記ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーによって前記Ｆｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフに連結され、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、前記ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーによって前記Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフに連結されている、請求項８または９に記載の組成物。
  11. 前記ＭＨＣ－Ｊｕｎリンカーおよび前記ＭＨＣ－Ｆｏｓリンカーがそれぞれ、配列番号１に記載の配列を含む、請求項１０に記載の組成物。
  12. 前記ＭＨＣリガンドペプチドが、
    （Ｉ）１０～１８アミノ酸長であるか、１０～１５アミノ酸長であるか、もしくは１０～１２アミノ酸長であるか、
    （ＩＩ）残基Ｐ－１～Ｐ９もしくは残基Ｐ－３～Ｐ９を含むか、
    （ＩＩＩ）抗原性ＭＨＣリガンドペプチドであるか、または
    （ＩＶ）Ｔ細胞媒介性疾患に関連している、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組成物。
  13. （Ｉ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、柔軟性リンカーであるか、
    （ＩＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、１つ以上の柔軟性アミノ酸および１つ以上の極性アミノ酸を含むか、
    （ＩＩＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、いかなる荷電アミノ酸も含まないか、
    （ＩＶ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、切断部位を含み、前記切断部位が、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼ切断部位であるか、
    （Ｖ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、非免疫原性であるか、
    （ＶＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されているか、
    （ＶＩＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されているか、
    （ＶＩＩＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、少なくとも９アミノ酸長であるか、
    （ＩＸ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、９～５０アミノ酸長であるか、または
    （Ｘ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含む、
    請求項１～１２のいずれか一項に記載の組成物。
  14. （Ｉ）前記第１のシステインが、前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーの最初の４つのアミノ酸にあるか、または
    （ＩＩ）前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号４に記載の配列の２～４回の繰り返しを含み、前記繰り返しのうちの１つの中の１つのアミノ酸がシステインに変異しており、前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、配列番号２１に記載の配列を含む、
    請求項１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
  15. 前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続されている、請求項１～１４のいずれか一項に記載の組成物。
  16. 前記第２のシステインが、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子に存在せず、前記第２のシステインが、前記野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子中の非システインアミノ酸の代わりに存在する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
  17. 前記対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩα鎖に存在する前記システインが、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部においてアラニンまたはグルタミンで置換されている、請求項１～１６のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 前記組成物が１つ以上の免疫刺激分子をさらに含む、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組成物。
  19. （Ｉ）前記１つ以上の免疫刺激分子が、汎ＤＲ－結合エピトープ（ＰＡＤＲＥ）および／またはリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）由来のペプチドを含むか、
    （ＩＩ）前記１つ以上の免疫刺激分子が、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に直接的または間接的に共有結合しているか、または
    （ＩＩＩ）前記１つ以上の免疫刺激分子が、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部、および／または、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部に直接的または間接的に共有結合している、
    請求項１８に記載の組成物。
  20. 前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣクラスＩＩα鎖細胞外ドメインを含み、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、ＭＨＣクラスＩＩβ鎖細胞外ドメインを含み、
    前記ＭＨＣリガンドペプチドを前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に連結する前記ペプチドリンカーが、前記第１のシステインを含む９～５０アミノ酸長の柔軟性リンカーであり、前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部のＮ末端に接続され、
    前記第２のシステインが、前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部にあり、前記組成物中の前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する野生型ＭＨＣクラスＩＩ分子には存在しない、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
  21. 前記組成物が可溶性であり、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部が、α１ドメインおよびα２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
    前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、β１ドメインおよびβ２ドメインを含むが、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まず、
    前記ＭＨＣクラスＩＩα鎖もしくは前記その一部および前記ＭＨＣクラスＩＩβ鎖もしくは前記その一部が、Ｊｕｎロイシンジッパー二量体化モチーフおよびＦｏｓロイシンジッパー二量体化モチーフを含むＪｕｎ－Ｆｏｓジッパーによって連結されている、請求項２０に記載の組成物。
  22. 請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物をコードする、核酸。
  23. 対象において免疫応答を誘発する方法における使用のための、有効量の、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物または請求項２２に記載の核酸を含む組成物。
  24. ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合したＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原性組成物に特異的に結合する抗原結合タンパク質を生成する方法であって、
    （ａ）請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物または前記組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、
    （ｂ）前記非ヒト動物が前記組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に前記非ヒト動物を維持することと、を含む、方法。
  25. 抗原結合タンパク質を生成する方法であって、
    （ａ）請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物または前記組成物をコードする核酸で非ヒト動物を免疫することと、
    （ｂ）前記非ヒト動物が前記組成物に対する免疫応答を開始するのに十分な条件に前記非ヒト動物を維持することと、を含む、方法。
  26. 前記抗原結合タンパク質が、ＭＨＣクラスＩＩ分子に共有結合されたＭＨＣリガンドペプチドを含む抗原性組成物に特異的に結合する、請求項２５に記載の方法。
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