JP7773239B2 - Pd-l1及びcd47に対する二重特異性単一ドメイン抗体及びその用途 - Google Patents
Pd-l1及びcd47に対する二重特異性単一ドメイン抗体及びその用途Info
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Description
(a)二重特異性抗体を発現させる条件下で前記宿主細胞を培養するステップと、
(b)発現された二重特異性抗体を回収するステップと、
を含む、PD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性抗体を産生する方法を提供する。
「定常ドメイン」なる用語は、抗原結合部位を含む免疫グロブリンの他の部分、可変ドメインと比較して保存されたアミノ酸配列をより多く有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインには、重鎖のCH1、CH2及びCH3ドメイン(総称してCH)及び軽鎖のCHL(またはCL)ドメインが含まれる。
配列番号13及び17のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号14及び18のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号15及び19のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR3;並びに
配列番号16及び20のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR4。
(1)配列番号13で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号14で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号15で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるFR4
または
(2)配列番号17で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号18で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号19で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号20で表されるアミノ酸配列からなるFR4。
配列番号13で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号14で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号15で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるFR4。
配列番号13及び17のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号14及び18のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号15及び19のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR3;並びに
配列番号16及び20のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるFR4。
(1)配列番号13で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号14で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号15で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるFR4
または
(2)配列番号17で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号18で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号19で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号20で表されるアミノ酸配列からなるFR4。
配列番号17で表されるアミノ酸配列からなるFR1;
配列番号18で表されるアミノ酸配列からなるFR2;
配列番号19で表されるアミノ酸配列からなるFR3;及び
配列番号20で表されるアミノ酸配列からなるFR4。
免疫抗原としてヒトPD-L1タンパク質またはヒトCD47タンパク質を免疫アジュバント(GERBU)と混合し、1頭のアルパカに3回にかけて筋肉注射により免疫した。3次にわたって免疫を行い、最後の免疫から14日目にアルパカから血液を10mLずつ採血し、ELISAによって免疫応答を解析した。抗体産生の有無を測定するため、1μg/mLの濃度で免疫抗原をコーティングバッファーを用いて96ウェルマイクロプレートに分注し、4℃で一晩コーティングした。96ウェルマイクロプレートをPBSTで3回洗浄し、次いで、非特異的結合を阻害するために5%スキームミルク(skim milk)を室温で2時間処理してブロッキング(blocking)した。その後、PBSTで3回洗浄後、免疫前(day 0)、免疫後14日(day 14)、28日(day 28)、42日(day 42)に確保した血清試料をステップごとの希釈濃度で処理した。その後、96ウェルマイクロプレートをPBSTで5回洗浄し、次いで、goat anti-Llama IgG HRP抗体と室温で1時間反応させ、TMB反応で免疫抗原に結合した抗体有無を確認した。
<実施例1>で確認した免疫抗原に結合する単一ドメイン抗体をコードする遺伝子の増幅により免疫ライブラリーを構築した。ライブラリー構築のために、血液からフィコール(Ficoll)を用いて末梢血単核球細胞(PBMC)を単離した。単離された末梢血単核球細胞(PBMC)から抽出した全RNA(Total RNA)から特異的プライマー(specific primer)を用いて単一ドメイン抗体をコードする遺伝子断片を増幅し、pComb3×ベクターにクローニングした。作製された免疫ライブラリーのサイズは5.4×108であった。
<実施例2>で作製した免疫ライブラリーをXL1-blue株に形質転換(transformation)した。形質転換したXL1-blue株を、2%のグルコース、100μg/mLのアンピシリンを含む10mLの2×YT培地に加え、37℃の振とう攪拌機で培養した。OD600で吸光度が0.5になるまで培養し、M13K07ファージ(Invitrogen)を1×1011 pfu/mLになるように添加した。その後、37℃で30分間静置培養後、37℃の振とう攪拌機で200rpmで30分間追加培養した。培養液を常温下、4,000rpmで15分間遠心分離して上清を除去した。その後、100μg/mLのアンピシリン、50μg/mLのカナマイシンを含む2×YT培地10mLを添加することで培養液のペレットを再懸濁し、30℃の振とう培養器で250rpmで一晩培養した。その後、4℃、4,000rpmで30分間遠心分離した。上清をPEG沈殿法を用いて沈殿し、4℃、12,000rpmで30分間遠心分離した。ペレットをPBSで再懸濁し、4℃、13,000rpmで5分間遠心分離し、上清を新しいチューブに移して用いるまで4℃で保存した。
免疫抗原に特異的な単一ドメイン抗体を選別するために、96ウェルマイクロプレートに5μg/mLの濃度でコーティングバッファーを用いて免疫抗原を分注し、4℃で一晩コーティングした。単一ドメイン抗体を選別するために用いられるライブラリー(<実施例3>のライブラリー)を96ウェルマイクロプレートに分注し、室温で30分間反応させた。その後、新しいウェルにライブラリーを移し、常温で30分間反応させる作業を4回繰り返した。そのような操作は、マイクロプレートウェルに非特異的に結合するライブラリーを減少させるために行われた。ライブラリーを1.7mLチューブに移し、使用するまでは4℃で保存した。免疫抗原でコーティングされたマイクロプレートをPBSTで5回洗浄し、次いで、5%のスキームミルクを加えて室温で2時間ブロッキングした。その後、PBSTで5回洗浄し、次いで、非特異的結合率が減少したライブラリーをバインディング溶液(2.5%のスキームミルク、0.5%のtween 20)と共に5×1012 virions/ウェルで分注し、常温で30分間反応した。その後、洗浄溶液(PBS、0.5%のtween 20)で10回洗浄し、次いで、さらにPBSTで3回洗浄した。免疫抗原に特異的に結合した単一ドメイン抗体は、1ウェル当たり5μgの免疫抗原を添加し、次いで、室温、500rpmで30分間反応して選択的に溶出した。溶出したファージを対数増殖期のXL-1 blue細胞に感染させた後、2×YT寒天培地に塗抹した。第2の選別目的のパニングのために、前記と同じ条件下で繰り返した。寒天培地で生成された単一のファージクローンをそれぞれ増幅し、FACSを用いてスクリーニングした。
Expi-CHO細胞における免疫抗原の一時的な過剰発現を誘導するために、免疫抗原をコードする遺伝子をpCMV6-GFPベクターに挿入してpCMV6-免疫抗原-GFPプラスミドを構築した。Expi-CHO細胞をDPBSで洗浄し、次いで、室温、1,200rpmで3分間遠心分離した。上清を除去し、2%のスキームミルクで細胞を再懸濁して4℃、30分間ブロッキングした。細胞を室温、1200rpmで3分間遠心分離して上清を除去してからDPBSで2回洗浄し、96ウェルマイクロプレートに3×105細胞/100μL/ウェルとなるように分注した。各ウェルにモノクローナルファージを加えて4℃で1時間反応させた後、DPBSで2回洗浄した。細胞に、ファージに特異的に結合する抗体(M13 major coat protein Alexa Flour 647(Santacruz))を分注し、光を遮断したまま4℃で30分間反応する。細胞をDPBSで2回洗浄し、次いで、新しいDPBSで再懸濁し、Accuri C6(BD)装置を用いてFACS解析した。FACSシステムを用いてスクリーニングされたクローンを選別し、塩基配列解析を行った。
<6-1>ヒトIgG Fcドメインが融合した一価単一ドメイン抗体の発現及び精製
<実施例5>で選別したクローンをTGEX-Fc(IgG1)またはTGEX-Fc(IgG4)発現ベクターにクローニングした。ヒトIgG Fcドメインを融合した単一ドメイン抗体の発現のために、95~99%の生存率のExpi-CHO細胞を計数し、7×106細胞を25mLの培地(Expi-CHO expression medium(Gibco))に添加する。そして、8%CO2が維持された37℃の振とう培養器で、125rpm、一晩培養した。その後、80μLのExpiFectamineTM CHO Reagent(Gibco,100033021)と920μLのOptiPROTM medium混合液に、ヒトIgG Fcドメインが融合した単一ドメイン抗体をコードする20μgのプラスミドDNAと、1mLのOptiPROTM medium混合液を加え、室温で5分間反応させた後、培養細胞に添加した。細胞を8%CO2が維持された振とう培養器中で125rpm、20時間培養した。その後、ヒトIgG Fcドメインが融合した単一ドメイン抗体の発現を増強する150μLのExpiFectamineTM CHO enhancer(Gibco)と、6mLのExpiCHO Feed(Gibco)を入れ、5%のCO2が維持される32℃の振とう培養器で125rpm、5日間培養した。培養した細胞を4℃、4,000rpmで30分間遠心分離し、上清を0.2μmのシリンジフィルターを用いてろ過した。その後、HiTrap protein G HP column(GE Healthcare)に上清をロードし、PBSで洗浄してから、IgG elutionバッファー(Thermo)を用いてヒトIgG Fcドメインが融合した単一ドメイン抗体をcolumnから溶出した。溶出した試料を1M Tris-HCl(pH9.0)を加えて中和し、次いで、使用するまでは4℃で保存した。
<実施例5>で選別したクローンを2つのG2Sリンカー(GGSGGS)を用いて連結することにより、二価単一ドメイン抗体を作製した。前記二価単一ドメイン抗体をコードするヌクレオチドは、遺伝子合成(マクロジェン,韓国)によって確保した。ヒトIgG4 Fcドメインが融合した単一ドメイン抗体の発現及び精製のために合成された遺伝子を、TGEX-Fc(IgG4)発現ベクターにクローニングした。その後、実施例<6-1>に記載のものと同様の方法で発現及び精製した。
<実施例5>で選別したクローンのうち、PD-L1とCD47抗原のそれぞれに特異的に結合する単一ドメイン抗体を各1種ずつ選別した。それぞれの単一ドメイン抗体をコードするヌクレオチド配列はペプチドリンカーを用いて連結し、PD-L1に特異的に結合する単一ドメイン抗体2つと、CD47に特異的に結合する単一ドメイン抗体とを順に連結した(抗-PD-L1 sdAb×抗PD-L1 sdAb×抗CD47 sdAb)。それらの三価二重特異性単一ドメイン抗体をコードするヌクレオチド配列は、遺伝子合成(マクロジェン,韓国)によって確保した。ヒトIgG4 Fcドメインが融合した二重特異性単一ドメイン抗体の発現及び精製のために、合成された遺伝子をTGEX-Fc(IgG4)発現ベクターにクローニングし、実施例<6-1>に記載のものと同様の方法で発現及び精製した。
<実施例6>及び<実施例7>で精製した抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)、抗-PD-L1二価HCAb(PP Nb-IgG4)、抗-CD47 HCAb(CD47 Nb-IgG4)、抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)と免疫抗原の結合能を、FACSにより確認した。
<実施例6>及び<実施例7>で精製した抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)、抗-PD-L1二価HCAb(PP Nb-IgG4)、抗-CD47 HCAb(CD47 Nb-IgG4)、抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)が、PD-1/PD-L1またはCD47/SIRPalphaの相互作用に及ぼす阻害能を評価した。
Octet RED 96e(ForteBio)装置を用いて、<実施例6>及び<実施例7>で精製した抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)、抗-PD-L1二価HCAb(PP Nb-IgG4)、抗-CD47 HCAb(CD47 Nb-IgG4)、抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)と免疫抗原タンパク質の親和性(Kd)を測定した。
<11-1>PD-L1抗原に対するin vitroの有効性評価
CHO-K1_PD-L1細胞(PD-L1抗原の過剰発現を誘導したCHO-K1細胞)と、PD-1が発現するJurkat細胞を用いて、<実施例7>で精製した抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)のin vitroの有効性を評価した。
<実施例7>で精製した抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)のin vitroの有効性は、CD47抗原特異的結合によるマクロファージ(macrophage)の食作用(Phagocytosis)の活性化の程度と、ヒトRBC結合(Human RBC binding)、赤血球凝集反応(Hemagglutination)を確認することで評価した。
<実施例7>で精製した抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)のin vivoの有効性は、ヒトPD-L1と、ヒトCD47発現を誘導した腫瘍細胞株(B16F10細胞)とをC57BL/6マウスに注入して、抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)による抗腫瘍効果を評価した。
<1-1>抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)の作製
免疫抗原としてヒトPD-L1抗原を用いて、<実施例5>に記載のものと同様の方法で、PD-L1抗原に特異的な単一ドメイン抗体クローンを選別して塩基配列解析を行った。前記の選別された抗PD-L1 sdAb(PDL1 Nb#01)のアミノ酸配列を下記表5及び表6に示す。
<実施例8>及び<実施例9>に記載の方法と同様に、FACSを用いて<実験例1>で精製した抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)及び抗PD-L1二価HCAb(PP Nb-IgG4)の抗原結合能(図1A及び図2A)、並びにPD-1/PD-L1の相互作用に及ぼす阻害能(図1B及び図2B)を評価した。
<実験例1>で精製した抗PD-L1 HCAb(PDL1 Nb#01-IgG1)及び抗-PD-L1二価HCAb(PP Nb-IgG4)において、それぞれPD-L1抗原との親和性を<実施例9>に記載のものと同様の方法で評価した。
<2-1>抗C47 HCAb(CD47 Nb-IgG4)の作製
免疫抗原としてヒトCD47抗原を用いて、<実施例5>に記載のものと同様の方法で、CD47抗原に特異的な単一ドメイン抗体クローンを選別して塩基配列解析を行った。前記の選別された抗CD47 sdAb(CD47 Nb#01)のアミノ酸配列を下記表11及び表12に示す。
<実施例8>及び<実施例9>に記載の方法と同様に、FACSを用いて実験例<2-1>で精製した抗CD47 HCAb(CD47 Nb-IgG4)の抗原結合能(図3A)と、CD47/SIRPalphaの相互作用に及ぼす阻害能(図3b)とを評価した。
<実験例2-1>で精製した抗CD47 HCAb(CD47Nb-IgG4)とCD47抗原との親和性を、<実施例10>に記載のものと同様の方法で評価した。
<3-1>抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)の作製
実験例<1-1>で選別したクローンを用いて、ヒトIgG4 Fcドメインを含み、免疫抗原としてPD-L1及びCD47抗原に二重特異的な単一ドメイン抗体を作製した。実験例<1-1>で選別した抗PD-L1 sdAb(PDL1 Nb#01)をコードするヌクレオチド配列と、実験例<2-1>で選別した抗CD47 sdAb(CD47 Nb#01)をコードするヌクレオチド配列とを用いて、<実施例7>に記載のものと同様の方法で遺伝子合成し、TGEX-Fc(IgG4)発現ベクターにクローニングしてから、発現及び精製して抗PD-L1×CD47 HCAb(PPC Nb-IgG4)と命名した。
<実施例8>に記載のものと同様の方法で、FACSを用いて実験例<3-1>で精製した抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)のPD-L1抗原及びCD47抗原の結合能があることを確認した。
<実施例9>に記載のものと同様の方法で、FACSを用いて実験例<3-1>で精製した抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)のPD-1/PD-L1及びCD47/SIRPalphaの相互作用に対する阻害能を評価した。
実験例<3-1>で精製した抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)と、PD-L1抗原及びCD47抗原との親和性を<実施例10>に記載のものと同様の方法で評価した。
実験例<3-1>で精製した抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)を用いてin vitroの有効性及び安全性評価を行った。
抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)のPD-L1抗原に対するin vitroの有効性を確認するために、実施例<11-1>に記載のものと同様の方法でCHO-K1_PD-L1細胞(PD-L1を一定に発現するCHO-K1細胞)と、PD-1を発現するjurkat細胞との相互作用を、抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)が阻害して、jurkat細胞から発現されたIL-2の濃度を測定することによって、in vitroの有効性を評価した。
抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)のCD47抗原に対するin vitroの有効性確認は、実施例<11-2>に記載のものと同様の方法でPMAによりTHP-1細胞をマクロファージ化した。その後、CD47抗原が発現するprey細胞(Raji細胞)に選別的結合を介してマクロファージによる食作用の程度を評価した。
ヒトRBCは、CD47を発現する特徴のため、CD47抗原に特異的に結合する抗体の場合、ヒトRBC結合を介して貧血などの副作用を引き起こす可能性がある。よって、抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)とヒトRBCとの結合能を確認し、抗体の安全性を評価した。FACSを用いて、実施例<11-2>に記載のものと同様の方法でヒトRBCとの結合能を評価した。
ヒトRBCとCD47抗原特異的抗体との結合は、赤血球凝集反応を引き起こす。よって、赤血球と抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)との結合を、実施例<11-2>に記載のものと同様の方法で赤血球凝集反応を評価することにより、抗体の安全性を確認した。
実験例<3-1>で精製した抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)のin vivoの有効性評価は、マウス腫瘍モデルを用いて行った。
<実施例12>に記載のものと同様の方法で、抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)にPD-L1とCD47抗原が発現する腫瘍細胞(B16F10細胞)を注入し、腫瘍が形成されたマウスモデルにおける腹腔投与による抗腫瘍効果を観察した。
<実施例12>に記載のものと同様の方法で、抗PD-L1×CD47三価HCAb(PPC Nb-IgG4)にPD-L1とCD47抗原が発現する腫瘍細胞(B16F10細胞)を注入し、腫瘍が形成されたマウスモデルにおける静脈内投与による抗腫瘍効果を観察した。
Claims (15)
- PD-L1に特異的に結合する第1のVHHドメインまたはその抗原結合断片と、CD47に特異的に結合する第2のVHHドメインまたはその抗原結合断片と、を含む、PD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体であって、
前記第1のVHHドメインまたはその抗原結合断片が、ペプチドリンカーを介して第2のVHHドメインまたはその抗原結合断片と互いに融合され、
前記ペプチドリンカーを介して互いに融合した第1のVHHドメイン及び第2のVHHドメインが、配列番号11で表されるアミノ酸配列からなる、二重特異性単一ドメイン抗体。 - 前記第1のVHHドメインまたはその抗原結合断片、あるいは第2のVHHドメインまたはその抗原結合断片にFc断片が融合した重鎖のみの抗体(HCAb)である、請求項1に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 前記HCAbが単量体性または多量体性である、請求項2に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 前記Fc断片が、ヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4である、請求項2に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 前記第1のVHHドメインまたはその抗原結合断片及び第2のVHHドメインまたはその抗原結合断片が、ペプチドリンカーを介してFc断片に融合されている、請求項2に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 前記HCAbが、配列番号12で表されるアミノ酸配列からなる、請求項2に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 免疫調節剤、サイトカイン、細胞毒性剤、化学療法剤、診断剤、抗ウイルス剤、抗微生物剤または薬物に結合している、請求項1に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体。
- 免疫調節剤、サイトカイン、細胞毒性剤、化学療法剤、診断剤、抗ウイルス剤、抗微生物剤または薬物に結合している、請求項1に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体を含む、抗体複合体。
- 請求項1に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体をコードする、核酸分子。
- 請求項9に記載の核酸分子を含む、発現ベクター。
- 請求項10に記載の発現ベクターで形質転換された宿主細胞。
- (a)二重特異性単一ドメイン抗体を発現させる条件下で請求項11に記載の宿主細胞を培養するステップと、
(b)発現された二重特異性単一ドメイン抗体を回収するステップと、
を含む、PD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体を産生する方法。 - 請求項1に記載のPD-L1及びCD47に二重特異的に結合する二重特異性単一ドメイン抗体、あるいは請求項8に記載の抗体複合体を有効成分として含有する、癌の予防または治療用薬学的組成物。
- 前記癌が、黒色腫、肺癌、肝臓癌、神経膠腫、卵巣癌、大腸癌、頭頸部癌、膀胱癌、腎細胞癌、胃癌、乳癌、転移癌、前立腺癌、膵臓癌、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、白血病、リンパ腫、骨髄異形成症候群、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、孤立性骨髄腫及び再生不良性貧血からなる群から選択されることを特徴とする、請求項13に記載の薬学的組成物。
- 前記薬学的組成物が、薬学的に許容される担体をさらに含むことを特徴とする、請求項13に記載の薬学的組成物。
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