JP7766049B2 - 安定性強化変異を含む免疫グロブリンＦｃ領域バリアント - Google Patents

Description

分野
本開示は、免疫グロブリンの分野に関し、特に、安定性強化変異を含む免疫グロブリンＦｃバリアントに関する。

背景
免疫グロブリンベースの薬物は、ますます重要な治療アプローチになりつつあり、モノクローナル抗体は、過去２５年間にわたって様々な疾患の主な治療様式として認識されている。

相当数の研究が、免疫グロブリンを操作して様々な機能を改善することを対象としている。例えば、抗体Ｆｃ領域に対して修飾を施し、薬物動態の改善、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性の強化もしくは低減、特異的Ｆｃγ受容体またはＦｃＲｎ受容体についての選択性の強化もしくは低減、または二重特異性抗体におけるヘテロ二量体Ｆｃ領域の形成の改善を行っている。しかしながら、そのような修飾は、熱安定性を含む抗体の他の特性に悪影響を及ぼし得る。

操作された抗体の安定性を改善するための取り組みとしては、新しいジスルフィド結合を提供する変異の導入（Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００９，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８４（２１）：１４２０３－１４２１０（非特許文献１）；Ｊａｃｏｂｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９２（５）：１８６５－１８７５（非特許文献２））、及び点突然変異の組み合わせの導入（国際特許出願公開第ＷＯ２０１２／０３２０８０号（特許文献１））などがある。抗体Ｆｃ領域のループ領域に様々なアミノ酸置換を導入することによって抗体Ｆｃ領域の安定性を改善するための方法も記載されている（米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６３号（特許文献２））。

この背景情報は、本開示に関連する可能性があると出願人によって考えられている既知の情報を提供する目的で提供される。先行する情報のいずれかが、特許請求される本発明に対する先行技術を構成することを意図すると必ずしも認めるものではなく、そう解釈されるべきであると認めるものでもない。

国際特許出願公開第ＷＯ２０１２／０３２０８０号 米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６３号

Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００９，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８４（２１）：１４２０３－１４２１０ Ｊａｃｏｂｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９２（５）：１８６５－１８７５

概要
安定性強化変異を含む免疫グロブリンＦｃ領域バリアントが本明細書に記載される。本開示の一態様は、２５０位における変異であって、該変異が２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である、２５０位における変異、２８７位における変異であって、該変異が２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、３０８位における変異であって、該変異が３０８位のアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、３０９位における変異であって、該変異が３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異、４２８位における変異であって、該変異が４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、４２８位における変異、ならびに２４２位及び３３６位における一対の変異であって、両方の変異がＣｙｓとの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含む、Ｆｃバリアントであって、Ｆｃバリアントが、１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まない親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有する、Ｆｃバリアントに関する。

本開示の別の態様は、１～３つの安定性強化アミノ酸変異を含むＦｃバリアントであって、該変異が、（ａ）Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または（ｂ）Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される、２つ以上の変異、または（ｃ）両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異を含み、Ｆｃバリアントが、１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まない親Ｆｃと比較して、増加したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有する、Ｆｃバリアントに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアント、及び該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントをコードするポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアント、及び該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含むベクターまたはベクターのセットに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアント、及び該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含むベクターまたはベクターのセットに関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む宿主細胞に関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアント、及び該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む宿主細胞に関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントを調製する方法であって、Ｆｃバリアントをコードする１つ以上のポリヌクレオチドで宿主細胞をトランスフェクトすることと、Ｆｃバリアントの発現に好適な条件下で宿主細胞を培養することとを含む方法に関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントと、該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドを調製する方法であって、ポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドで宿主細胞をトランスフェクトすることと、ポリペプチドの発現に好適な条件下で宿主細胞を培養することとを含む方法に関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアントを含む薬学的組成物に関する。

本開示の別の態様は、本明細書に記載されるＦｃバリアント、及び該Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分を含むポリペプチドを含む薬学的組成物に関する。

本開示の別の態様は、ＦｃのＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法であって、親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために親Ｆｃに１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、該変異が、２５０位における変異であって、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である、２５０位における変異、２８７位における変異であって、該変異が２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、３０８位における変異であって、該変異が３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、３０９位における変異であって、該変異が３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異、４２８位における変異であって、該変異が４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、４２８位における変異、ならびに２４２位及び３３６位における一対の変異であって、両方の変異がＣｙｓとの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される方法に関する。

本開示の別の態様は、ＦｃのＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法であって、親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために親Ｆｃに１～３つの安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、該変異が、（ａ）Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または（ｂ）Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される、２つ以上の変異、または（ｃ）両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異を含む方法に関する。
[本発明１００１]
２５０位における変異であって、前記変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である、前記２５０位における変異、
２８７位における変異であって、前記変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である、前記２８７位における変異、
３０８位における変異であって、前記変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、前記３０８位における変異、
３０９位における変異であって、前記変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、前記３０９位における変異、
４２８位における変異であって、前記変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記４２８位における変異、ならびに
２４２位及び３３６位における一対の変異であって、両方の変異が、Ｃｙｓとの置換である、前記２４２位及び３３６位における一対の変異
から選択される１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含む、Ｆｃバリアントであって、
前記Ｆｃバリアントが、前述の１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まない親Ｆｃと比較して、増加したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有し、
アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
前記Ｆｃバリアント。
[本発明１００２]
Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、から選択される単一の安定性強化アミノ酸変異を含む、本発明１００１のＦｃバリアント。
[本発明１００３]
Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異、から選択される２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含む、本発明１００１のＦｃバリアント。
[本発明１００４]
前記Ｆｃバリアントが、３つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含み、前記変異が、両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、本発明１００１のＦｃバリアント。
[本発明１００５]
１～３つの安定性強化アミノ酸変異を含むＦｃバリアントであって、前記変異が、
（ａ）Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または
（ｂ）Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異、から選択される、２つ以上の変異、または
（ｃ）両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異
を含み、
前記Ｆｃバリアントが、前述の１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まない親Ｆｃと比較して、増加したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有し、
アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
前記Ｆｃバリアント。
[本発明１００６]
Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異を含む、本発明１００１～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１００７]
前記２８７位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、本発明１００６のＦｃバリアント。
[本発明１００８]
Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異を含む、本発明１００１～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１００９]
ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異を含む、本発明１００１～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０１０]
前記３０９位における変異が、Ｇｌｎとの置換である、本発明１００９のＦｃバリアント。
[本発明１０１１]
Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、及びＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異を含む、本発明１００１及び本発明１００３～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０１２]
前記２５０位における変異が、Ｖａｌとの置換である、本発明１０１１のＦｃバリアント。
[本発明１０１３]
前記２８７位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、本発明１０１１または１０１２のＦｃバリアント。
[本発明１０１４]
Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、及びＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異を含む、本発明１００１及び本発明１００３～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０１５]
前記２５０位における変異が、Ｖａｌとの置換である、本発明１０１４のＦｃバリアント。
[本発明１０１６]
前記３０９位における変異が、Ｇｌｎとの置換である、本発明１０１４または１０１５のＦｃバリアント。
[本発明１０１７]
Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異を含む、本発明１００１及び本発明１００３～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０１８]
前記２５０位における変異が、Ｖａｌとの置換である、本発明１０１７のＦｃバリアント。
[本発明１０１９]
Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異を含む、本発明１００１及び本発明１００３～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０２０]
前記２８７位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、本発明１０１９のＦｃバリアント。
[本発明１０２１]
両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異を含む、本発明１００１及び本発明１００３～１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０２２]
両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異、ならびにＩｌｅとの置換である３０８位における変異を含む、本発明１００１、１００４または１００５のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０２３]
前記Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異が、２５０Ｖ、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、４２８Ｆ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから選択される、本発明１００１または１００５のＦｃバリアント。
[本発明１０２４]
前記Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異が、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから選択される、本発明１００１または１００５のＦｃバリアント。
[本発明１０２５]
ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃに基づく、本発明１００１～１０２４のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０２６]
ヒトＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃに基づく、本発明１０２５のＦｃバリアント。
[本発明１０２７]
ＩｇＧ Ｆｃに基づく、本発明１００１～１０２４のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０２８]
前記ＩｇＧ Ｆｃが、ＩｇＧ１ Ｆｃである、本発明１０２７のＦｃバリアント。
[本発明１０２９]
前記ＩｇＧ Ｆｃが、ヒトＩｇＧ Ｆｃである、本発明１０２７または１０２８のＦｃバリアント。
[本発明１０３０]
前記親ＦＣが、Ｆｃ領域の機能を改善する１つ以上のアミノ酸変異を含む、本発明１００１～１０２９のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０３１]
前記親Ｆｃが、
前記Ｆｃ領域の機能を改善し、かつ対応する野生型ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍを減少させる、１つ以上のアミノ酸変異
を含む、本発明１００１～１０２９のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０３２]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、前記親Ｆｃと比較して、少なくとも０．５℃増加する、本発明１００１～１０３１のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０３３]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、前記親Ｆｃと比較して、少なくとも１．０℃、少なくとも２．０℃、または少なくとも３．０℃増加する、本発明１０３２のＦｃバリアント。
[本発明１０３４]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、前記親Ｆｃと比較して、０．５℃～９．０℃増加する、本発明１００１～１０３１のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０３５]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、前記親Ｆｃと比較して、２．０℃～１０．５℃増加する、本発明１００１～１０３１のいずれかのＦｃバリアント。
[本発明１０３６]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアントと、前記Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分とを含む、ポリペプチド。
[本発明１０３７]
前記１つ以上のタンパク質性部分が、抗原結合ドメイン、リガンド、受容体、受容体断片、サイトカイン、または抗原を含む、本発明１０３６のポリペプチド。
[本発明１０３８]
前記１つ以上のタンパク質性部分のうちの少なくとも１つが、抗原結合ドメインである、本発明１０３７のポリペプチド。
[本発明１０３９]
前記抗原結合ドメインが、ＦａｂまたはｓｃＦｖである、本発明１０３７のポリペプチド。
[本発明１０４０]
抗体または抗原結合抗体断片である、本発明１０３６～１０３９のいずれかのポリペプチド。
[本発明１０４１]
治療用抗体または抗体断片である、本発明１０４０のポリペプチド。
[本発明１０４２]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアントをコードする、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
[本発明１０４３]
本発明１０３６～１０４１のいずれかのポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
[本発明１０４４]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアント、または本発明１０３６～１０４１のいずれかのポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む、ベクターまたはベクターのセット。
[本発明１０４５]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアント、または本発明１０３６～１０４１のいずれかのポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
[本発明１０４６]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアントを調製する方法であって、宿主細胞を、前記Ｆｃバリアントをコードする１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトすることと、前記Ｆｃバリアントの発現に好適な条件下で前記宿主細胞を培養することとを含む、前記方法。
[本発明１０４７]
本発明１０３６～１０４１のいずれかのポリペプチドを調製する方法であって、宿主細胞を、前記ポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトすることと、前記ポリペプチドの発現に好適な条件下で前記宿主細胞を培養することとを含む、前記方法。
[本発明１０４８]
本発明１００１～１０３５のいずれかのＦｃバリアント、または本発明１０３６～１０４１のいずれかのポリペプチドを含む、薬学的組成物。
[本発明１０４９]
ＦｃのＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法であって、親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために前記親Ｆｃに１つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、前記変異が、
２５０位における変異であって、前記変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である、前記２５０位における変異、
２８７位における変異であって、前記変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である、前記２８７位における変異、
３０８位における変異であって、前記変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、前記３０８位における変異、
３０９位における変異であって、前記変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、前記３０９位における変異、
４２８位における変異であって、前記変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記４２８位における変異、ならびに
２４２位及び３３６位における一対の変異であって、両方の変異が、Ｃｙｓとの置換である、前記２４２位及び３３６位における一対の変異
から選択され、
アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
前記方法。
[本発明１０５０]
前記親Ｆｃに単一の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、前記変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、本発明１０４９の方法。
[本発明１０５１]
前記親Ｆｃに２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、前記変異が、Ａｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される、本発明１０４９の方法。
[本発明１０５２]
前記親Ｆｃに３つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、前記変異が、両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、本発明１０４９の方法。
[本発明１０５３]
ＦｃのＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法であって、親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために前記親Ｆｃに１～３つの安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、前記変異が、
（ａ）Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または
（ｂ）Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異から選択される、２つ以上の変異、または
（ｃ）両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異
を含み、
アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
前記方法。
[本発明１０５４]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して少なくとも０．５℃増加する、本発明１０４９～１０５３のいずれかの方法。
[本発明１０５５]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して少なくとも１．０℃、少なくとも２．０℃、または少なくとも３．０℃増加する、本発明１０５４の方法。
[本発明１０５６]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して０．５℃～９．０℃増加する、本発明１０４９～１０５３のいずれかの方法。
[本発明１０５７]
前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して２．０℃～１０．５℃増加する、本発明１０４９～１０５３のいずれかの方法。
[本発明１０５８]
親Ｆｃに前記安定性強化アミノ酸変異を導入することにより、親Ｆｃ領域と比較して弱酸性条件下で減少した凝集を示すＦｃバリアントが提供される、本発明１０４９～１０５７のいずれかの方法。
[本発明１０５９]
前記安定性強化アミノ酸変異が、２５０Ｖ及び２８７Ｆを含む、本発明１０５８の方法。

（Ａ）ＩｇＧ１ Ｆｃ領域配列［配列番号１］の配列を提供する。（Ｂ）例示的な安定性強化設計Ｔ２５０Ｖ、Ａ２８７Ｆ及びＭ４２８Ｆの位置を示すＩｇＧ１ Ｆｃ領域（ＰＤＢ ＩＤ：４ＢＳＶ）の構造図を提供する。 種々のＦｃ骨格に例示的な安定性強化変異を導入することによって生じるＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）の改善を示す。（Ａ）ヘテロ二量体Ｆｃ形成を促進するための非対称変異を含む骨格３への変異導入。骨格１は、ホモ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃである。 種々のＦｃ骨格に例示的な安定性強化変異を導入することによって生じるＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）の改善を示す。（Ｂ）Ｎ２９７Ａ変異を含む骨格６への変異導入。骨格１は、ホモ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃである。 種々のＦｃ骨格に例示的な安定性強化変異を導入することによって生じるＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）の改善を示す。（Ｃ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ変異を含む骨格７への変異導入。骨格１は、ホモ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃである。 （Ａ）ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧのＣＨ２ドメインのＩｇＥ及びＩｇＭのＣＨ３ドメインとの配列アラインメントを示す。ＩｇＧ１ Ｔ２５０、Ａ２８７、及びＭ４２８に相当する位置は枠で囲まれている。 （Ｂ）ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧのＣＨ３ドメインのＩｇＥ及びＩｇＭのＣＨ４ドメインとの配列アラインメントを示す。ＩｇＧ１ Ｔ２５０、Ａ２８７、及びＭ４２８に相当する位置は枠で囲まれている。 安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆの有無にかかわらず、抗体バリアントについて、酸性または中性条件での４０℃での２週間のインキュベーションによって誘導される凝集と、ＣＨ２ドメインの熱安定性との間の相関を示す。（Ａ）標準スケールｘ軸、弱酸性条件下でのインキュベーションの下での相関を示す。研究を通じて凝集の変化が小さいか、または負の変化を示さないバリアントは省略される。親配列（非安定化）は丸で、安定化バリアントは四角形で示され、非安定化バリアント及び対応する安定化バリアントの各々は、矢印で結ばれている。 安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆの有無にかかわらず、抗体バリアントについて、酸性または中性条件での４０℃での２週間のインキュベーションによって誘導される凝集と、ＣＨ２ドメインの熱安定性との間の相関を示す。（Ｂ）標準スケールｘ軸、中性条件下でのインキュベーションの下での相関を示す。研究を通じて凝集の変化が小さいか、または負の変化を示さないバリアントは省略される。親配列（非安定化）は、丸で、安定化バリアントは四角形で示され、非安定化バリアント及び対応する安定化バリアントの各々は、矢印で結ばれている。 安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆの有無にかかわらず、抗体バリアントについて、酸性または中性条件での４０℃での２週間のインキュベーションによって誘導される凝集と、ＣＨ２ドメインの熱安定性との間の相関を示す。（Ｃ）対数スケールｘ軸、弱酸性条件下でのインキュベーションの下での相関を示す。研究を通じて凝集の変化が小さいか、または負の変化を示さないバリアントは省略される。親配列（非安定化）は、丸で、安定化バリアントは四角形で示され、非安定化バリアント及び対応する安定化バリアントの各々は、矢印で結ばれている。 安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆの有無にかかわらず、抗体バリアントについて、酸性または中性条件での４０℃での２週間のインキュベーションによって誘導される凝集と、ＣＨ２ドメインの熱安定性との間の相関を示す。（Ｄ）対数スケールｘ軸、中性条件下でのインキュベーションの下での相関を示す。研究を通じて凝集の変化が小さいか、または負の変化を示さないバリアントは省略される。親配列（非安定化）は、丸で、安定化バリアントは四角形で示され、非安定化バリアント及び対応する安定化バリアントの各々は、矢印で結ばれている。

詳細な説明
１つ以上のアミノ酸変異を含まない親Ｆｃと比較してＦｃバリアントの安定性を増加させる１つ以上のアミノ酸変異を含むＦｃバリアントが、本明細書に記載されている。これらの変異は、本明細書において「安定性強化アミノ酸変異」または「安定性強化変異」と称される。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントによって構成される１つ以上の安定性強化アミノ酸変異は、
２５０位における変異であって、該変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である、２５０位における変異、
２８７位における変異であって、該変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、
３０８位における変異であって、該変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、
３０９位における変異であって、該変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異、
４２８位における変異であって、該変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、４２８位における変異、及び
２４２位における変異及び３３６位における変異であって、両方の変異が、Ｃｙｓとの置換である、２４２位における変異及び３３６位における変異から選択される。

本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載のＦｃバリアントを含むポリペプチドに関する。そのようなポリペプチドの例としては、抗体、抗体断片、及びＦｃ融合タンパク質が挙げられるが、それらに限定されない。本明細書に記載されるＦｃバリアントを含むポリペプチドは、治療、診断、または研究ツールとして使用され得る。

本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載のＦｃバリアントをコードするポリヌクレオチド及び該Ｆｃバリアントを含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに該ポリヌクレオチドを含む宿主細胞、及びＦｃバリアントまたは該Ｆｃバリアントを含むポリペプチドを調製するために該ポリヌクレオチド及び宿主細胞を使用する方法に関する。

本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異をＦｃに導入することによってＦｃ（親Ｆｃ）を安定化させる方法に関する。本開示のいくつかの実施形態は、本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異をＦｃに導入することによってＦｃ（親Ｆｃ）のＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法に関する。親Ｆｃは、野生型Ｆｃか、または、例えば、Ｆｃ領域の機能を改善するために、１つ以上のアミノ酸変異をそれ自体にすでに含むバリアントＦｃであり得る。

定義
別段定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術的及び科学的用語は、当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。

本明細書で使用される場合、「約」という用語は、所与の値から約±１０％の変動を指す。そのような変動は常に、それが具体的に言及されているか否かにかかわらず、本明細書で提供される任意の所与の値に含まれることを理解するものとする。

「１つの（ａまたはａｎ）」という用語の使用は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語と併せて本明細書で使用される場合、「１つ」を意味し得るが、それはまた、「１つ以上」、「少なくとも１つ」または「１つまたは２以上」と同義である。

本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「含有する」という用語及びその文法的変化形は、包括的またはオープンエンドであり、追加の列挙されていない要素及び／または方法工程を排除しない。「～から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語は、組成物、使用、または方法に関連して本明細書で使用される場合、追加の要素及び／または方法ステップが存在し得るが、これらの追加は、列挙される組成物、方法、または使用が機能する様式に実質的に影響を与えないことを意味する。組成物、使用または方法に関連して本明細書で使用される場合、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語は、追加の要素及び／または方法工程の存在を除外する。ある特定の要素及び／または工程を含むものとして本明細書に記載される組成物、使用または方法はまた、ある特定の実施形態では、それらの要素及び／または工程から本質的になる場合もあり、他の実施形態では、それらの要素及び／または工程からなる場合もあり、これらの実施形態が特に言及されるか否かを問わない。

「単離された」という用語は、材料に関して本明細書で使用される場合、材料がその元の環境（例えば、それが天然に存在する場合、自然環境）から除去されることを意味する。例えば、生きている動物内に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されていないが、天然系内に共存する材料の一部または全てから分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されている。そのようなポリヌクレオチドは、ベクターの一部であり得るし、及び／またはそのようなポリヌクレオチドもしくはポリペプチドは、組成物の一部であり得るが、依然として、そのようなベクターもしくは組成物がその天然環境の一部ではないという点で単離されたと言える。

「Ｆｃ領域」及び「Ｆｃ」という用語は、本明細書で互換的に使用される場合、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を指す。ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域配列は、例えば、通常、２３９位から重鎖のＣ末端まで延在すると定義される。二量体Ｆｃの「Ｆｃポリペプチド」は、二量体Ｆｃドメインを形成する２つのポリペプチドのうちの１つ、すなわち、安定な自己会合が可能な免疫グロブリン重鎖のＣ末端定常領域を含むポリペプチドを指す。Ｆｃ領域は、通常は、ＣＨ２ドメイン及びＣＨ３ドメインを含む。Ｆｃ領域はまた、特定の実施形態において、ヒンジ領域を包含するとみなされ得る。

ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域の「ＣＨ２ドメイン」は、通常は、２３９位から３４０位まで延在すると定義される。「ＣＨ３ドメイン」は、通常は、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＣ末端アミノ酸残基、すなわち、３４１位から４４７位までのアミノ酸残基を含むと定義される。ヒトＩｇＧ１の「ヒンジ領域」は、一般に、２１６位から２３８位まで延在すると定義される（Ｂｕｒｔｏｎ，１９８５，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２２：１６１－２０６）。他のＩｇＧアイソタイプのヒンジ領域は、重鎖内ジスルフィド結合を形成する最初及び最後のシステイン残基を整列させることによってＩｇＧ１配列と整列され得る。

本明細書において別段の定めがない限り、Ｆｃ領域におけるアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）に記載される、ＥＵインデックスとも称されるＥＵ番号付けシステムに従う。

天然に存在するアミノ酸は、当該技術分野で一般的に受け入れられ、ＩＵＰＡＣ－ＩＵＢ生化学命名委員会によって推奨される、以下の表Ａに示される従来の３文字または１文字の略語によって全体を通して識別される。

一実施形態において特徴を積極的に列挙することが、代替的な実施形態において特徴を除外するための基礎として機能することが理解されるべきである。例えば、選択肢の一覧が所与の実施形態または特許請求の範囲について提示される場合、１つ以上の選択肢が一覧から削除される場合があり、特段言及されるか否かにかかわらず、そのような短縮された一覧が、代替的な実施形態を形成する場合があることが理解されるべきである。

本明細書で開示される任意の実施形態は、本明細書に開示される方法、使用または組成物に関して実施され得るが、逆もまた同様であり得ることが企図される。

Ｆｃバリアント
本開示のＦｃバリアントは、親Ｆｃと比較してＦｃバリアントの安定性を増加させる１つ以上のアミノ酸変異（「安定性強化変異」）を含む。安定性の増加は、ＣＨ２ドメインの熱安定性の増加、凝集の可能性の減少、血清半減期の増加、製造可能性の改善、またはそれらの組み合わせをもたらし得る。特定の実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる１つ以上の安定性強化変異は、親Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性（Ｔｍ）を増加させる。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる１つ以上の安定性強化変異は、親Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性（Ｔｍ）を増加させ、またＦｃ領域の凝集を減少させる。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる１つ以上の安定性強化変異は、親Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性（Ｔｍ）を増加させ、低いｐＨでのＦｃ領域の凝集を減少させる。この文脈における「低いｐＨ」は、約４．０～７．５のｐＨを指す。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる１つ以上の安定性強化変異は、親Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性（Ｔｍ）を増加させ、弱酸性条件下でＦｃ領域の凝集を減少させるが、その弱酸性条件は、中性を下回るｐＨを含む。いくつかの実施形態では、弱酸性条件は、約４．０～７．０のｐＨを含む。いくつかの実施形態では、弱酸性条件は、約４．０～６．５のｐＨを含む。

Ｆｃバリアントは、１つの安定性強化変異を含み得るか、または１つ以上の安定性強化変異を含み得る。特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、１～５つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、１～４つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、１～３つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、１、２、または３つの安定性強化変異を含む。

特定の実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、少なくとも０．５℃増加する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、少なくとも１．０℃、少なくとも１．５℃、少なくとも２．０℃、少なくとも２．５℃、または少なくとも３．０℃増加する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、少なくとも５．０℃、少なくとも５．５℃、少なくとも６．０℃、少なくとも６．５℃、または少なくとも７．０℃増加する。

特定の実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、約０．５℃～約６．５℃増加する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、約０．５℃～約９．０℃増加する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、約１．０℃～約９．０℃、約２．０℃～約９．０℃、または約３．０℃～約９．０℃増加する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親Ｆｃと比較して、約２．０℃～約１０．５℃、または約３．０℃～約１０．５℃増加する。

特定の実施形態では、ＣＨ２ドメインＴｍは、ＤＳＣまたはＤＳＦによって測定される。

親Ｆｃは、野生型Ｆｃであり得るか、または、例えば、Ｆｃ領域の機能を改善するために、１つ以上のアミノ酸変異をそれ自体にすでに含むバリアントＦｃであり得る。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、Ｆｃ領域を機能的に強化する１つ以上のアミノ酸変異を含むＦｃであり得る。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、Ｆｃ領域を機能的に強化するが、野生型Ｆｃと比較して安定性の減少をもたらす１つ以上のアミノ酸変異を含むＦｃであり得る。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、Ｆｃ領域を機能的に強化するが、野生型Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性を減少させる１つ以上のアミノ酸変異を含み得る。

Ｆｃ領域を機能的に強化するが、野生型Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性を減少させるアミノ酸変異の例としては、ヘテロ二量体Ｆｃ形成を促進する変異（例えば、Ａｔｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２７０：２６－３５及びＧｕｎａｓｅｋａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８５（２５）：１９６３７－１９６４６により記載されるｋｎｏｂｓ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅｓまたは静電ステアリング変異）、アグリコシル化Ｆｃを生成する変異（例えば、Ｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９５，ＦＡＳＥＢ，９（１）：１１５－１１９、Ｌｅａｂｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３，ｍＡｂｓ，５（６）：８９６－９０３及びＪａｃｏｂｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，ＪＢＣ，２９２（５）：１８６５－１８７５に記載されるＮ２９７Ａ変異）、ならびにＦｃγＲ選択性を変化させる変異（例えば、Ｌａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，２００６，ＰＮＡＳ，１０３（１１）：４００５－４０１０及びＯｇａｎｅｓｙａｎ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｍｏｌｅｃ Ｉｍｍｕｎｏｌ，４５（７）：１８７２－１８８２により記載されるＦｃγＲＩＩＩａへの親和性を増加させるＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２ＥもしくはＳ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ変異、またはＭｉｍｏｔｏ，ｅｔ ａｌ．，２０１３，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．Ｄｅｓ．Ｓｅｌ．，２６：５８９－５９８により記載されるＦｃγＲＩＩｂについての選択性を増加させるＥ２３３Ｄ／Ｇ２３７Ｄ／Ｐ２３８Ｄ／Ｈ２６８Ｄ／Ｐ２７１Ｇ／Ａ３３０Ｒ変異）が挙げられるが、それらに限定されない。Ｆｃ領域を機能的に強化するが、野生型または親Ｆｃと比較してＣＨ２ドメインの熱安定性を減少させるアミノ酸変異の追加の例を、本明細書の実施例に記載する。

安定性強化変異が導入される親Ｆｃは、ＩｇＧ Ｆｃ、ＩｇＡ Ｆｃ、ＩｇＤ Ｆｃ、ＩｇＥ Ｆｃ、またはＩｇＭ Ｆｃであり得る。本明細書で使用されるアミノ酸番号付けは、ＩｇＧ Ｆｃに関するが、当業者は、当該技術分野で既知のいくつかの配列アラインメントツールのうちの１つを使用して、配列アラインメントによって、他のＩｇ Ｆｃ配列における変異に相当する位置を容易に決定することができる。したがって、本明細書において、安定性強化変異のためのＦｃ領域における特定の位置を言及しているが、それはＩｇＧ Ｆｃにおける特定の位置、ならびにＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃ領域における対応する位置を包含することが意図される。ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧのＣＨ２ドメインとＩｇＥ及びＩｇＭのＣＨ３ドメインとの配列アラインメント、ならびにＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧのＣＨ３ドメインとＩｇＥ及びＩｇＭのＣＨ４ドメインとの配列アラインメントを図３Ａ及び３Ｂに示す。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧまたはＩｇＡ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧまたはＩｇＡ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧ Ｆｃに基づく。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃであり得るＩｇＧ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃに基づく。ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４のＣＨ２及びＣＨ３ドメインの配列アラインメントを、図３Ａ及び３Ｂに示す。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ１ Ｆｃに基づく。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃに基づく。

安定性強化変異
本明細書に記載されるように、インシリコ及びバイオインフォマティクスアプローチを用いて、Ｆｃの安定性を改善させるために変異させることができるＦｃ領域内の位置を特定した。これらのアプローチは、安定性強化変異として表１に示される変異を特定した。

特に、インシリコアプローチにより、単一の変異として導入されたときにＦｃの安定性を増加させる変異として、以下のアミノ酸変異が特定された。
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、ならびに
変異Ｍ４２８Ｆ。

また、バイオインフォマティクスアプローチにより、単一の変異として導入されたときにＦｃの安定性を増加させる変異として、以下のアミノ酸変異が特定された。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、
変異Ｖ３０８Ｉ、ならびに
Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異。

加えて、それぞれがＦｃ領域に追加のジスルフィド結合を導入する変異対Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ、Ｖ２４０Ｃ＿Ｉ３３２Ｃ及びＶ２６３Ｃ＿Ｖ３０２Ｃは、任意の追加の安定性強化変異の非存在の際に、Ｆｃの安定性を増加させることが示された。

表１に示される安定性強化変異の組み合わせはまた、Ｆｃバリアントの安定性をさらに増加させることも示された。

したがって、特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、少なくとも１つの変異が表１に示される変異から選択される１つ以上の安定性強化変異を含む。同じ実施形態では、Ｆｃバリアントは、表１に示される変異から選択される１つ以上の安定性強化変異を含む。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、１つ以上の安定性強化変異を含み、その少なくとも１つの変異は、以下から選択される。
２８７位における変異であって、該変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、
３０８位における変異であって、該変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、及び
３０９位における変異であって、該変異が３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、単一の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下選択される単一の安定性強化変異を含む。
２８７位における変異であって、変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、
３０８位における変異であって、変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、及び
３０９位における変異であって、変異が３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる２８７位における変異は、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる３０９位における変異は、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎとの置換である。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、一対の安定性強化変異を含み、その各々は、Ｆｃ領域において新しいジスルフィド結合の形成を可能にするシステイン残基を導入する。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２４０Ｃ＿３３２Ｃ及び２６３Ｃ＿３０２Ｃから選択される。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、２４２Ｃ＿３３６Ｃまたは２４０Ｃ＿３３２Ｃである。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、２４２Ｃ＿３３６Ｃである。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、２つ以上の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下から選択される２つ以上の安定性強化変異を含む。
２５０位における変異であって、変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である、２５０位における変異、
２８７位における変異であって、変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、
３０８位における変異であって、変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、
３０９位における変異であって、変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異、
４２８位における変異であって、変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、４２８位における変異、ならびに
２２４位及び３３６位における一対の変異であって、各々の変異が、Ｃｙｓへの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、２つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下を含む：
２５０位における変異、２８７位における変異、３０８位における変異、３０９位における変異、４２８位における変異から選択される２つの安定性強化変異であって、２５０位における変異は、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換であり、２８７位における変異は、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換であり、３０８位における変異は、Ｉｌｅとの置換であり、３０９位における変異は、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換であり、４２８位における変異は、Ｐｈｅとの置換である、２つの安定性強化変異、または
２４２位及び３３６位における一対の変異であって、各々の変異のが、Ｃｙｓとの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下を含む：
２５０位における変異及び２８７位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である、２５０位における変異及び３０８位における変異、
２５０位における変異及び３０８位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、３０８位における変異が、Ｉｌｅとの置換である、２５０における変異及び３０８位における変異、
２５０位における変異及び３０９位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、３０９位における変異が、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、２５０位における変異及び３０９位における変異、
２５０位における変異及び４２８位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、２５０位における変異及び４２８位における変異、
２８７位における変異及び３０８位における変異であって、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換であり、３０８位における変異が、Ｉｌｅとの置換である、２８７位における変異及び３０８位における変異、
２８７位における変異及び３０９位における変異であって、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換であり、３０９位における変異が、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、２８７位における変異及び３０９位における変異、
２８７位における変異及び４２８位における変異であって、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、２８７位における変異及び４２８位における変異、
３０８位における変異及び３０９位における変異であって、３０８位における変異が、Ｉｌｅとの置換であり、３０９位における変異が、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である、３０８位における変異及び３０９位における変異、
３０８位における変異及び４２８位における変異であって、３０８位における変異が、Ｉｌｅとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、３０８位における変異及び４２８位における変異、
３０９位における変異及び４２８位における変異であって、３０９位における変異が、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、３０９位における変異及び４２８位における変異、または
２４２位及び３３６位における一対の変異であって、各々の変異が、Ｃｙｓとの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下を含む：
２５０位における変異及び２８７位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である、２５０位における変異及び２８７位における変異、
２５０位における変異及び３０９位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、３０９位における変異が、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、２５０位における変異及び３０９位における変異、
２５０位における変異及び４２８位における変異であって、２５０位における変異が、Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、２５０位における変異及び４２８位における変異、
２８７位における変異及び４２８位における変異であって、２８７位における変異が、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換であり、４２８位における変異が、Ｐｈｅとの置換である、２８７位における変異及び４２８位における変異、または
２４２位及び３３６位における一対の変異であって、各々の変異が、Ｃｙｓとの置換である、２４２位及び３３６位における一対の変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる２５０位における変異は、Ｖａｌとの置換である。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる２８７位における変異は、Ｐｈｅとの置換である。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる３０９位における変異は、Ｇｌｎとの置換である。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０８Ｉ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、２８７Ｆ／３０８Ｉ、２８７Ｆ／３０９Ｑ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、３０８Ｉ／３０９Ｑ、３０８Ｉ／４２８Ｆ、３０９Ｑ／４２８Ｆまたは２４２Ｃ／３３６Ｃを含む。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、２８７Ｆ／４２８Ｆまたは２４２Ｃ＿３３６Ｃを含む。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆまたは２８７Ｆ／４２８Ｆを含む。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異は、２５０Ｖ、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、４２８Ｆ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから選択される。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異は、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから選択される。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、３つ以上の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下から選択される３つ以上の安定性強化変異を含む。
Ａｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、３つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、以下から選択される３つの安定性強化変異を含む。
Ａｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、
両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異、ならびに
Ａｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異
を含む。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、１～３つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、
Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、及びＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または
Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における一対の変異、から選択される、２つ以上の変異、または
両方ともＣｙｓとの置換である２４２位における変異及び３３６位における変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異
を含む。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ Ｆｃバリアントである。特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、１つ以上の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、１つ以上の安定性強化変異を含み、そのうちの少なくとも１つの変異は、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、
変異Ｖ３０８Ｉ、ならびに
Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異
から選択される。

特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、単一の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、
変異Ｖ３０８Ｉ、ならびに
Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異
から選択される、単一の安定性強化変異を含む。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントに含まれる２８７位における変異は、Ａ２８７Ｆである。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントに含まれる３０９位における変異は、Ｌ３０９Ｑである。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、一対の安定性強化変異を含み、その各々は、Ｆｃ領域への新しいジスルフィド結合の形成を可能にするシステイン残基を導入する。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ、Ｖ２４０Ｃ＿Ｉ３３２Ｃ、及びＶ２６３Ｃ＿Ｖ３０２Ｃから選択される。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６ＣまたはＶ２４０Ｃ＿Ｉ３３２Ｃである。いくつかの実施形態では、一対の安定性強化変異は、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃである。

特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、２つ以上の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下から選択される２つ以上の安定性強化変異を含む。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、
変異Ｖ３０８Ｉ、
Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、
変異Ｍ４２８Ｆ、ならびに
Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ変異。

特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、２つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下を含む。
２５０位における変異、２８７位における変異、３０８位における変異、３０９位における変異、及び４２８位における変異から選択される２つの安定性強化変異であって、２５０位における変異は、Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択され、２８７位における変異は、Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択され、３０８位における変異は、Ｖ３０８Ｉであり、３０９位における変異は、Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択され、かつ４２８位における変異は、Ｍ４２８Ｆである、２つの安定性強化変異、または
変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下を含む。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびにＡ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびに変異Ｖ３０８Ｉ、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびにＬ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆ、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、ならびに変異Ｖ３０８Ｉ、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、ならびにＬ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆ、
変異Ｖ３０８Ｉ、ならびにＬ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、
変異Ｖ３０８Ｉ、及び変異Ｍ４２８Ｆ、
Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆ、または
変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下を含む。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびにＡ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびにＬ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆ、
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆ、または
変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントに含まれる２５０位における変異はＴ２５０Ｖである。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントに含まれる２８７位における変異はＡ２８７Ｆである。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントに含まれる３０９位における変異はＬ３０９Ｑである。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ｖ３０８Ｉ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ、Ｔ２５０Ｖ／Ｍ４２８Ｆ、Ａ２８７Ｆ／Ｖ３０８Ｉ、Ａ２８７Ｆ／Ｌ３０９Ｑ、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ、Ｖ３０８Ｉ／Ｌ３０９Ｑ、Ｖ３０８Ｉ／Ｍ４２８Ｆ、Ｌ３０９Ｑ／Ｍ４２８ＦまたはＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃを含む。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ、Ｔ２５０Ｖ／Ｍ４２８Ｆ、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８ＦまたはＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃを含む。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、安定性強化変異Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ、Ｔ２５０Ｖ／Ｍ４２８ＦまたはＡ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆを含む。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異は、Ｔ２５０Ｖ、Ａ２８７Ｆ、Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ、Ｍ４２８Ｆ、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ、Ｔ２５０Ｖ／Ｍ４２８Ｆ及びＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ／Ｖ３０８Ｉから選択される。

いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異は、Ａ２８７Ｆ、Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ、Ｔ２５０Ｖ／Ｍ４２８Ｆ及びＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ／Ｖ３０８Ｉから選択される。

特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、３つ以上の安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下から選択される３つ以上の安定性強化変異を含む。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ、及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、変異Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、変異Ｍ４２８Ｆ、ならびに変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、３つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、以下から選択される、３つの安定性強化変異を含む。
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ、及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、変異Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、変異Ｍ４２８Ｆ、ならびに変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ。

いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃと、Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ、及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異；Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ、及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異；変異Ｖ３０８Ｉ；Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆから選択される変異を含む。

特定の実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは、１～３つの安定性強化変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃバリアントは以下を含む。
Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、変異Ｖ３０８Ｉ、ならびにＬ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、から選択される、１つ以上の変異、
Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、変異Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、変異Ｍ４２８Ｆ、ならびに変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃ、から選択される、２つ以上の変異、または
変異Ｌ２４２Ｃ及びＩ３３６Ｃと、Ｔ２５０Ａ、Ｔ２５０Ｉ及びＴ２５０Ｖから選択される２５０位における変異、Ａ２８７Ｆ、Ａ２８７Ｈ、Ａ２８７Ｍ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｙから選択される２８７位における変異、変異Ｖ３０８Ｉ、Ｌ３０９Ｑ及びＬ３０９Ｔから選択される３０９位における変異、ならびに変異Ｍ４２８Ｆから選択される変異とを含む、３つ以上の変異。

特定の安定性強化変異は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｆｃ領域内の変異Ｌ２４２Ｃ＿Ｋ３３４Ｃ、Ｌ２４０Ｃ＿Ｋ３３４Ｃ、Ａ２８７Ｃ＿Ｌ３０６Ｃ、Ｖ２５９Ｃ＿Ｌ３０６Ｃ、Ｒ２９２Ｃ＿Ｖ３０２ＣまたはＶ３２３Ｃ＿Ｉ３３２Ｃを含むことによる追加のジスルフィド結合の導入は、安定性を増加させることが示されている（Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００９，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８４（２１）：１４２０３－１４２１０、Ｊａｃｏｂｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｊ Ｂｏｉｌ Ｃｈｅｍ，２９２（５）：１８６５－１８７５）。他の安定性強化変異は、米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６３号に記載されている。本開示の特定の実施形態は、本明細書に開示される安定性強化変異のうちの１つ以上と、Ｆｃ領域の安定性を増加させることが以前に示された１つ以上の変異との組み合わせを含むＦｃバリアントを企図する。

方法
本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異を親Ｆｃに導入して、Ｆｃバリアントを提供することによって、Ｆｃ領域（親Ｆｃ）を安定化する方法に関する。

本開示のいくつかの実施形態は、親Ｆｃに本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異を導入して、親Ｆｃと比較して少なくとも０．５℃増加したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有するＦｃバリアントを提供することによって、Ｆｃ領域（親Ｆｃ）のＣＨ２ドメインＴｍを増加させる方法に関する。

本開示のいくつかの実施形態は、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍを増加させる方法に関するものであり、該方法は、本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異をＦｃに導入して、Ｆｃバリアントを提供することを含み、該Ｆｃバリアントは、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍより少なくとも０．５℃高いＣＨ２ドメインＴｍを有する。

親Ｆｃは、野生型Ｆｃか、または、例えば、Ｆｃ領域の機能を改善するための１つ以上のアミノ酸変異をすでにそれ自体に含むバリアントＦｃであり得る。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、Ｆｃ領域の機能を改善するが、同時にＣＨ２ドメインＴｍを減少させる、１つ以上のアミノ酸変異を含み得る。

本開示のいくつかの実施形態は、対応する野生型Ｆｃよりも低いＣＨ２ドメインＴｍを有する親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍを増加させる方法に関するものであり、該方法は、本明細書に記載される１つ以上の安定性強化変異をＦｃに導入して、Ｆｃバリアントを提供することを含み、Ｆｃバリアントは、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍより少なくとも０．５℃高いＣＨ２ドメインＴｍを有する。

いくつかの実施形態では、本方法は、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍよりも少なくとも１．０℃、少なくとも２．０℃、または少なくとも３．０℃高いＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供する。

いくつかの実施形態では、本方法は、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍよりも約０．５℃～約６．５℃高いＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供する。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍよりも約０．５℃～約９．０℃、約１．０℃～約９．０℃、約２．０℃～約９．０℃、または約３．０℃～約９．０℃高い。いくつかの実施形態では、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍは、親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍよりも約２．０℃～約１０．５℃、または約３．０℃～約１０．５℃高い。

特定の実施形態では、本方法は、ＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍを測定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＤＳＣまたはＤＳＦによってＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍを測定することをさらに含む。

特定の実施形態では、本方法は、本明細書に記載される１～５つの安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載される１～４つの安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載される１～３つの安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、１、２、または３つの安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。

いくつかの実施形態では、本方法は、親Ｆｃに、以下から選択される１つ以上安定性強化変異を導入することを含む。
２５０位における変異であって、変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、ＩｌｅまたはＶａｌとの置換である、２５０位における変異、
２８７位における変異であって、変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である、２８７位における変異、
３０８位における変異であって、変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、３０８位における変異、
３０９位における変異であって、変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、３０９位における変異、
４２８位における変異であって、変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、４２８位における変異、及び
２４２位における変異及び３３６位における変異であって、両方の変異が、Ｃｙｓとの置換である、２４２位における変異及び３３６位における変異。

いくつかの実施形態では、本方法は、親Ｆｃに、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐまたはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、から選択される単一の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含む。

いくつかの実施形態では、本方法は、親Ｆｃに、Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、またはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位及び３３６位における変異、から選択される２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含む。

いくつかの実施形態では、本方法は、親Ｆｃに、両方ともＣｙｓとの置換である２４２位における変異及び３３６位における変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含む。

特定の実施形態は、Ｆｃ領域（親Ｆｃ）のＣＨ２ドメインＴｍを増加させる方法であって、親Ｆｃ領域と比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために親Ｆｃに、１～３つの安定性強化アミノ酸変異を導入することを含む、方法に関するものであり、該１～３つの安定性強化変異は以下を含む。
（ａ）Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、ＴｒｐもしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異から選択される、１つ以上の変異、または
（ｂ）Ａｌａ、ＩｌｅもしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異、ならびに両方ともＣｙｓとの置換である２４２位における変異及び３３６位における変異、から選択される、２つ以上の変異、または
（ｃ）両方ともＣｙｓとの置換である２４２位における変異及び３３６位における変異と、Ａｌａ、Ｉｌｅ、もしくはＶａｌとの置換である２５０位における変異、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、もしくはＴｙｒとの置換である２８７位における変異、Ｉｌｅとの置換である３０８位における変異、ＧｌｎもしくはＴｈｒとの置換である３０９位における変異、及びＰｈｅとの置換である４２８位における変異、から選択される変異とを含む、３つ以上の変異。

いくつかの実施形態では、本方法は、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０８Ｉ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、２８７Ｆ／３０８Ｉ、２８７Ｆ／３０９Ｑ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、３０８Ｉ／３０９Ｑ、３０８Ｉ／４２８Ｆ、３０９Ｑ／４２８Ｆまたは２４２Ｃ＿３３６Ｃを親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ、２８７Ｆ／４２８Ｆまたは２４２Ｃ＿３３６Ｃを親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、安定性強化変異２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆまたは２８７Ｆ／４２８Ｆを親Ｆｃに導入することを含む。

特定の実施形態では、本方法は、２５０Ｖ、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、４２８Ｆ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから、選択される安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、２８７Ｆ、３０８Ｉ、３０９Ｑ、２４２Ｃ＿３３６Ｃ、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、２５０Ｖ／３０９Ｑ、２５０Ｖ／４２８Ｆ及び２４２Ｃ＿３３６Ｃ／３０８Ｉから、選択される安定性強化変異を親Ｆｃに導入することを含む。

特定の実施形態では、親Ｆｃは、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃ、例えば、ヒトＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ Ｆｃである。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、ＩｇＧまたはＩｇＡ Ｆｃ、例えば、ヒトＩｇＧまたはＩｇＡ Ｆｃである。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、ＩｇＧ Ｆｃ、例えば、ヒトＩｇＧ Ｆｃである。

特定の実施形態では、親Ｆｃは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃ、例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃである。いくつかの実施形態では、親Ｆｃは、ＩｇＧ１ Ｆｃ、例えば、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃである。

特定の実施形態では、本方法は、親Ｆｃと比較して少なくとも０．５℃増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供し、親Ｆｃと比較して減少したＦｃ領域の凝集を示す。いくつかの実施形態では、本方法によって産生されるＦｃバリアントは、親Ｆｃと比較して少なくとも０．５℃の増加したＣＨ２ドメインＴｍを有し、親Ｆｃと比較して低いｐＨでの減少したＦｃ領域の凝集を示す。いくつかの実施形態では、本方法によって産生されるＦｃバリアントは、親Ｆｃと比較して少なくとも０．５℃の増加したＣＨ２ドメインＴｍを有し、親Ｆｃと比較して弱酸性条件下での減少した凝集を示す。

アッセイ
本開示のＦｃバリアントは、親Ｆｃと比較して増加した安定性を有する。この増加した安定性は、増加したＣＨ２ドメインの熱安定性、凝集の減少、血清半減期の増加、製造可能性の増加、またはそれらの組み合わせをもたらし得る。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）によって決定される、親Ｆｃよりも増加した熱安定性を有する。Ｆｃバリアント及び親ＦｃのＣＨ２ドメインＴｍは、例えば、標準技術を使用して、円二色性（ＣＤ）、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、または示差走査蛍光測定（ＤＳＦ）によって測定され得る。特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＣＨ２ドメインＴｍによって決定される親Ｆｃよりも増加した安定性を有し、ＣＨ２ドメインＴｍは、ＤＳＣまたはＤＳＦによって測定される。

特定の実施形態では、安定性強化変異は、単一の変異としてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも少なくとも０．５℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、単一の変異としてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも少なくとも１．０℃、少なくとも１．５℃、少なくとも２．０℃、少なくとも２．５℃、または少なくとも３．０℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、単一の変異としてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも約０．５℃～約６．５℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。

特定の実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも少なくとも０．５℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも少なくとも１．０℃、少なくとも１．５℃、少なくとも２．０℃、少なくとも２．５℃、または少なくとも３．０℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも少なくとも５．０℃、少なくとも５．５℃、少なくとも６．０℃、少なくとも６．５℃、または少なくとも７．０℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも約０．５℃～約９．０℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも約１．０℃～約９．０℃、約２．０℃～約９．０℃、または約３．０℃～約９．０℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。いくつかの実施形態では、安定性強化変異は、２つ以上の変異の組み合わせとしてＦｃに導入されるときに、親Ｆｃよりも約２．０℃～約１０．５℃、または約３．０℃～約１０．５℃のＦｃバリアントのＣＨ２ドメインＴｍの増加をもたらす。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントの安定性の増加は、親Ｆｃと比較して、Ｆｃバリアントの凝集の減少及び／または血清半減期の増加をもたらす。凝集及び血清半減期は、当該技術分野で既知の様々な標準技術によって測定され得る。例えば、Ｆｃバリアント及び親Ｆｃの凝集は、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）または動的光散乱法（ＤＬＳ）によって評価され得る。Ｆｃバリアント及び親Ｆｃの血清半減期は、例えば、モデル動物における薬物動態研究によって評価され得る。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）によって決定される、親Ｆｃよりも増加した熱安定性を有し、凝集の減少も示す。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、親Ｆｃよりも増加した熱安定性（Ｔｍ）を有し、また、低ｐＨでの凝集の減少も示す。いくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、親Ｆｃよりも増加した熱安定性（Ｔｍ）を有し、弱酸性条件下での凝集の減少も示す。

Ｆｃバリアントをさらに特徴付けるために、標準的な技術を使用して、他のアッセイが、任意選択で、行われ得る。例えば、Ｆｃバリアントは、純度、ＦｃＲ結合、ＦｃＲｎ結合、凝集及び／またはＣ１ｑ結合について評価され得る。純度及び凝集は、例えば、それぞれ液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ）及びサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によって評価され得る。ＦｃＲ及びＦｃＲｎ結合は、例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、ＳＰＲイメージング（ＳＰＲｉ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）、ＥＬＩＳＡ、動態排除アッセイ（ＫｉｎＥｘＡ（登録商標））、またはＭｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（商標）（ＭＳＤ（商標））に基づく方法によって測定され得る（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ：Ｌｉｇａｎｄ－Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｅｄｓ．Ｊ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１８＆ｕｐｄａｔｅｓ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｃ．，Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ、及びＹａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ，５０８：７８－９６を参照されたい）。Ｃ１ｑ結合は、例えば、ＥＬＩＳＡまたはＳＰＲによって評価され得る。

特定の実施形態では、Ｆｃバリアントは、ＩｇＧ Ｆｃバリアントであり、ＦｃγＲ結合及び／またはＦｃＲｎ結合について評価され得る。典型的には、結合親和性は、ＦｃバリアントのＦｃγＲまたはＦｃＲｎへの結合のための解離定数（Ｋ_Ｄ）の観点で表される。ＦｃバリアントがＩｇＧ Ｆｃバリアントであるいくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、親Ｆｃと実質的に同じＦｃγ受容体の各々への結合を保持する。ＦｃバリアントがＩｇＧ Ｆｃバリアントであるいくつかの実施形態では、Ｆｃバリアントは、親Ｆｃと実質的に同じＦｃＲｎへの結合を保持する。この文脈における「実質的に同じ結合」は、親Ｆｃと比較して、Ｋ_Ｄにおける３倍以下の変化を意味する。

ポリペプチド
本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載のＦｃバリアントを含むポリペプチドに関する。典型的には、ポリペプチドは、例えば、リンカーによって、Ｆｃバリアントに融合されるか、またはＦｃバリアントに共有結合される１つ以上の追加のタンパク質性部分を含む。例えば、ポリペプチドは、Ｆｃ融合タンパク質または抗体もしくは抗体断片であり得る。Ｆｃバリアントに融合または結合され得るタンパク質性部分の例としては、抗原結合ドメイン、リガンド、受容体、受容体断片、サイトカイン及び抗原が挙げられるが、それらに限定されない。

ポリペプチドが２つ以上の追加のタンパク質性部分を含む場合、これらの部分は、同じものか、または異なるものであり得る。１つ以上の追加のタンパク質性部分は、Ｆｃポリペプチドの一方または両方のＮ末端、Ｃ末端、またはＮ末端及びＣ末端の両方で融合され得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃポリペプチドの一方または両方のＮ末端に融合された１つ以上の追加のタンパク質性部分を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃポリペプチドの一方のＮ末端に融合された１つの追加のタンパク質性部分を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、２つの追加のタンパク質性部分であって、第１のＦｃポリペプチドのＮ末端に融合された一方の部分、第２のＦｃポリペプチドのＮ末端に融合された他方の部分を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドによって含まれる２つの追加のタンパク質性部分は、タンデムで連結され得る。

いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、抗原結合ドメインである１つ以上のタンパク質性部分に融合されたＦｃバリアントを含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃバリアント及び１つ以上の抗原結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃバリアント及び２つ以上の抗原結合ドメイン、例えば、２、３、４、５、６、７または８つの抗原結合ドメインを含む。ポリペプチドがＦｃバリアント及び２つ以上の抗原結合ドメインを含む場合、抗原結合ドメインは、同じ抗原に結合し得る、またはそれらは、異なる抗原に結合し得る。

いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、抗原結合ドメインである１つ以上のタンパク質性部分、及び１つ以上の他のタンパク質性部分に融合されたＦｃバリアントを含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、抗原結合ドメイン及び１つ以上の他のタンパク質性部分に融合されたＦｃバリアントを含む。この文脈における他のタンパク質性部分の例としては、受容体、受容体断片（細胞外部分など）、リガンド及びサイトカインが挙げられるが、それらに限定されない。

いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、１つ以上のタンパク質性部分のうちの少なくとも１つが抗原結合ドメインである、抗体または抗体断片であり得る。例えば、抗原結合ドメインは、Ｆａｂ断片、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）または単一のドメイン抗体（ｓｄＡｂ）であり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、単一特異性抗体であり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、１つの抗原結合ドメインを含む単一特異性抗体であり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、２つの抗原結合ドメインを含む単一特異性抗体であり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、２つを超える抗原結合ドメインを含む単一特異性抗体であり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃバリアント及び２つ以上の抗原結合ドメインを含む二重特異性または多重特異性抗体であり得るが、それらにおける２つ以上の抗原結合ドメインは、異なる抗原に結合する。

いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、治療もしくは診断用抗体または抗体断片であり得るが、それらにおける１つ以上のタンパク質性部分のうちの少なくとも１つは、抗原結合ドメインである。

いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、Ｆｃバリアントと、腫瘍関連抗原または腫瘍特異的抗原に結合する１つ以上の抗原結合ドメインを含む。

Ｆｃバリアントの調製
本明細書に記載されるＦｃバリアント及び本明細書に記載されるＦｃバリアントを含むポリペプチドは、標準的な組換え方法を使用して調製され得る。Ｆｃバリアント及びポリペプチドの組換え産生は、概して、Ｆｃバリアントまたはポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを合成すること、１つ以上のポリヌクレオチドを１つまたは複数の適切なベクターにクローニングすること、及びＦｃバリアントまたはポリペプチドの発現のために、ベクター（複数可）を好適な宿主細胞に導入することを含む。タンパク質の組換え産生は、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（２００１）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，（１９８７＆ｕｐｄａｔｅｓ），Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ、及びＨａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９９０）に記載される標準技術を使用して達成され得る。

したがって、本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載されるＦｃバリアントをコードするか、または本明細書に記載のＦｃバリアントを含むポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットに関する。この文脈におけるポリヌクレオチドは、Ｆｃバリアントまたはポリペプチドの全部または一部をコードし得る。

用語「核酸」、「核酸分子」及び「ポリヌクレオチド」は、本明細書において互換的に使用され、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれか、またはそれらの類似体である、任意の長さのヌクレオチドの高分子形態を指す。ポリヌクレオチドの非限定的な例としては、遺伝子、遺伝子断片、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、単離されたＤＮＡ、単離されたＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマーが挙げられる。

所与のポリペプチドを「コードする」ポリヌクレオチドは、適切な調節配列の制御下に置かれるときに、（ＤＮＡの場合）転写され、（ｍＲＮＡの場合）インビボでポリペプチドに翻訳されるポリヌクレオチドである。コード配列の境界は、５’（アミノ）末端の開始コドン及び３’（カルボキシ）末端の翻訳停止コドンによって決定される。転写終結配列は、コード配列の３’に位置し得る。

Ｆｃバリアントまたはポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドは、標準的なライゲーション技術を使用して、直接または１つ以上のサブクローニングステップの後に、１つまたは複数の好適な発現ベクターに挿入され得る。好適なベクターの例としては、プラスミド、ファージミド、コスミド、バクテリオファージ、バキュロウイルス、レトロウイルスまたはＤＮＡウイルスが挙げられるが、それらに限定されない。ベクターは、典型的には、用いられる特定の宿主細胞において機能的であるように選択される、すなわち、該ベクターは、宿主細胞機構と適合し、ポリヌクレオチド（複数可）の増幅及び／または発現を可能にする。この点で適切なベクター及び宿主細胞の組み合わせの選択は、十分に当該技術分野の当業者の通常の技能範囲内である。

したがって、本開示の特定の実施形態は、ＦｃバリアントまたはＦｃバリアントを含むポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含むベクター（発現ベクターなど）に関する。該ポリヌクレオチド（複数可）は、単一のベクター、または１つを超えるベクターを構成し得る。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、マルチシストロン性ベクターに含まれる。

典型的には、発現ベクターは、プラスミド維持のため、及び外因性ポリヌクレオチド配列のクローニング及び発現のための１つ以上の調節エレメントを含有する。かかる調節エレメントの例としては、プロモーター、エンハンサー配列、複製起点、転写終結配列、ドナー及びアクセプタースプライス部位、ポリペプチド分泌のためのリーダー配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化配列、発現されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを挿入するためのポリリンカー領域、ならびに選択可能なマーカーが挙げられる。

調節エレメントは、相同（すなわち、宿主細胞と同じ種及び／または株由来）、異種（すなわち、宿主細胞種または株以外の種由来）、ハイブリッド（すなわち、２つ以上の供給源由来の調節エレメントの組み合わせ）、または合成であり得る。したがって、調節エレメントの供給源は、用いられる宿主細胞の機構において機能的であり、かつそれによって活性化され得ることを条件とする任意の原核生物または真核生物であり得る。

任意選択で、ベクターは「タグ」コード配列も含有し得る。タグコード配列は、ポリＨｉｓ（例えば、６×Ｈｉｓ）、ＦＬＡＧ（登録商標）、ＨＡ（ヘマグルチニンインフルエンザウイルス）、ｍｙｃ、金属親和性、アビジン／ストレプトアビジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはビオチンタグなどの異種ペプチド配列をコードする、コード配列の５’または３’末端に位置する核酸配列である。このタグは、典型的には、発現したポリペプチドに融合したままであり、ポリペプチドの親和性精製または検出のための手段として機能し得る。任意選択で、タグは、その後、切断のために特定のペプチダーゼを使用するなどの様々な手段によって、精製ポリペプチドから除去され得る。

様々な発現ベクターは、市販の供給源から容易に入手可能である。代替的に、全ての所望の調節エレメントを含有する市販のベクターが入手可能ではない場合には、発現ベクターは、市販の入手可能なベクターを出発ベクターとして使用して構築され得る。所望の調節エレメントのうちの１つ以上がベクター中にすでに存在していない場合、それらは、個々に入手し、ベクター中にライゲートされ得る。様々な調節エレメントを得るための方法及び供給源は、当業者に周知である。

Ｆｃバリアントまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（複数可）を含む発現ベクター（複数可）の構築後に、該ベクター（複数可）は、増幅及び／またはタンパク質発現のための好適な宿主細胞に挿入され得る。発現ベクターの選択された宿主細胞へのトランスフェクションは、トランスフェクション、感染、リン酸カルシウム共沈殿、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、及び他の既知の技術を含む周知の方法によって達成され得る。選択される方法は、部分的に、使用される宿主細胞の種類に応じて決まる。これらの方法及び他の好適な方法は、当業者に周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，同前書を参照されたい）。

宿主細胞は、適切な条件下で培養されるときに、ベクターによってコードされるポリペプチドを発現し、その後、ポリペプチドが培養培地から（宿主細胞がポリペプチドを分泌する場合）、またはそれを産生する宿主細胞から直接（ポリペプチドが分泌されない場合）、収集され得る。宿主細胞は、原核細胞（例えば、細菌細胞）または真核細胞（例えば、酵母、真菌、植物、または哺乳類細胞）であり得る。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性に所望のまたは必要なポリペプチド修飾（グリコシル化またはリン酸化など）、及び生物学的活性分子への折り畳みの容易さなどの様々な因子を考慮して、当業者によって容易に行われ得る。

したがって、本開示のある特定の実施形態は、ＦｃバリアントまたはＦｃバリアントを含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（複数可）、またはポリヌクレオチド（複数可）を含む１つ以上のベクターを含む宿主細胞に関する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、真核細胞である。

例えば、糸状菌または酵母などの真核微生物は、グリコシル化経路が「ヒト化」された真菌及び酵母株を含む宿主細胞として用いられ得る（例えば、Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，（２００４），Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２２：１４０９－１４１４、及びＬｉ ｅｔ ａｌ．，（２００６），Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２４：２１０－２１５を参照されたい）。植物細胞はまた、宿主細胞として利用され得る（例えば、ＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載する米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号及び同第６，４１７，４２９号を参照されたい）。

いくつかの実施形態では、真核宿主細胞は、哺乳類細胞である。様々な哺乳類細胞株が、宿主細胞として使用され得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の例としては、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ－７）、ヒト胎児腎臓株２９３（例えば、Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，（１９７７），Ｊ．Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．，３６：５９に記載されるようなＨＥＫ２９３）、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）、マウスセルトリ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ，（１９８０），Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．，２３：２４３－２５１に記載されるようなＴＭ４細胞）、サル腎臓細胞（ＣＶ１）、アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ－７６）、ヒト子宮頸癌細胞（ＨｅＬａ）、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ）、バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ３Ａ）、ヒト肺細胞（Ｗ１３８）、ヒト肝臓細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）、マウス乳房腫瘍細胞（ＭＭＴ０６０５６２）、ＴＲＩ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，３８３：４４－６８に記載されるような）、ＭＲＣ５細胞、ＦＳ４細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Ｕｒｌａｕｂ，ｅｔ ａｌ．，１９８０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７７：４２１６に記載されるようなＤＨＦＲ^－ＣＨＯ細胞を含む）、及び骨髄腫細胞系統（Ｙ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０など）が挙げられるが、それらに限定されない。また、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ，２００３，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８，ｐｐ．２５５－２６８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．）を参照されたい。

本開示の特定の実施形態は、本明細書に記載されるＦｃバリアントまたは本明細書に記載されるＦｃバリアントを含むポリペプチドを調製する方法であって、宿主細胞を、例えば、ポリヌクレオチド（複数可）を含む１つ以上のベクターの形態で、Ｆｃバリアントまたはポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトすることと、コードされたＦｃバリアントまたはポリペプチドの発現に好適な条件下で宿主細胞を培養することとを含む方法に関する。

典型的には、Ｆｃバリアントまたはポリペプチドは、発現後に宿主細胞から単離され、任意選択で、精製され得る。発現したタンパク質を単離及び精製する方法は、当該技術分野において周知である。標準的な精製方法には、例えば、ＦＰＬＣ、ＭＰＬＣ及びＨＰＬＣなどのシステムを使用して、大気圧または中圧もしくは高圧で実施され得る、イオン交換、疎水性相互作用、親和性、サイズ調整、ゲル濾過、または逆相などのクロマトグラフィー技術が含まれる。他の精製方法としては、電気泳動、免疫学的、沈殿、透析、及びクロマトフォーカシング技術が挙げられる。タンパク質濃度と組み合わせた限外濾過及び透析濾過技術も有用であり得る。

様々な天然タンパク質が、抗体のＦｃ領域に結合することが当該技術分野で既知であり、したがって、これらのタンパク質をＦｃ含有タンパク質の精製に使用することができる。例えば、細菌タンパク質Ａ及びＧは、Ｆｃ領域に結合する。精製は、多くの場合、上記のような特定の融合パートナーまたは親和性タグによって可能になり得る。例えば、抗体は、ＧＳＴ融合が用いられる場合には、グルタチオン樹脂、Ｈｉｓタグが用いられる場合には、Ｎｉ^＋２アフィニティークロマトグラフィー、またはＦＬＡＧタグが使用される場合には、固定化抗ｆｌａｇ抗体を使用して、精製され得る。有用な精製技術の例は、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９９０）、及びＰｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，３^ｒｄ Ｅｄ．，Ｓｃｏｐｅｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ（１９９４）に記載されている。

薬学的組成物
本開示の特定の実施形態は、ＦｃバリアントまたはＦｃバリアントを含むポリペプチドの療法的使用に関する。療法的使用のために、Ｆｃバリアント及びポリペプチドは、Ｆｃバリアントまたはポリペプチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、組成物の形態で提供され得る。組成物は、周知で容易に入手可能な成分を使用して、既知の手順によって調製され得る。例えば、経口（例えば、頬側もしくは舌下）、局所、非経口、直腸、もしくは膣経路、または吸入もしくは噴霧による患者への投与のために製剤化され得る。「非経口」という用語は、本明細書で使用される場合、皮下、皮内、関節内、静脈内、筋肉内、血管内、胸骨内、またはくも膜下腔内経路による注射または注入を含む。

組成物は、典型的に、選択された経路、例えば、シロップ、エリキシル、錠剤、トローチ、ロゼンジ、硬または軟カプセル、丸剤、坐剤、油性もしくは水性懸濁液、分散性粉末もしくは顆粒、乳剤、注射剤または溶液として、対象への投与のために好適な形式で製剤化される。組成物は、単位用量製剤として提供され得る。

薬学的に許容される担体は、一般に、使用される用量及び濃度でレシピエントに無毒である。そのような担体の例として、緩衝液、例えば、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸、酸化防止剤、例えば、アスコルビン酸及びメチオニン、保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルアルコール、ベンジルアルコール、アルキルパラベン（例えば、メチルもしくはプロピルパラベン）、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３－ペンタノール及びｍ－クレゾール）、低分子量（約１０アミノ酸未満）ポリペプチド、タンパク質、例えば、血清アルブミンもしくはゼラチン、親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン、アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジン、単糖類、二糖類、及び他の炭水化物、例えば、グルコース、マンノースもしくはデキストリン、キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ、糖類、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトール、塩形成対イオン、例えば、ナトリウム、金属錯体、例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体；ならびに非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれるが、これらに限定されない。

特定の実施形態では、組成物は、滅菌注射用水性もしくは油性溶液または懸濁液の形態であり得る。かかる懸濁液は、当該技術分野において既知の好適な分散剤もしくは湿潤剤及び／または懸濁剤を使用して製剤化され得る。滅菌注射用溶液または懸濁液は、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中にＦｃバリアントまたはポリペプチドを含み得る。使用され得る許容される希釈剤及び溶媒としては、例えば、１，３－ブタンジオール、水、リンガー溶液、または等張食塩水が挙げられる。加えて、減菌固定油は、溶媒または懸濁化剤として用いられ得る。この目的のために、合成モノグリセリドまたはジグリセリドを含む様々な穏やかな不揮発性油が用いられ得る。加えて、オレイン酸などの脂肪酸が注入可能な調製物中で使用されることが分かっている。当該技術分野で既知の局所麻酔剤、保存剤及び／または緩衝剤などのアジュバントがまた、注射用溶液または懸濁液に含まれ得る。

他の薬学的組成物及び薬学的組成物の調製方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ”（以前は“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ”）；Ｇｅｎｎａｒｏ，Ａ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ（２０００）を参照されたい。

使用方法
本開示の特定の実施形態は、療法、診断または研究ツールとしてのＦｃバリアントまたはＦｃバリアントを含むポリペプチドの使用に関する。いくつかの実施形態は、Ｆｃバリアント及びＦｃバリアントを含むポリペプチドの療法的使用に関する。

本明細書に記載されるＦｃバリアント及び１つ以上の抗原結合ドメイン、例えば、抗体または抗体断片を含むポリペプチドは、診断及び療法として特に有用である。したがって、いくつかの実施形態は、患者における疾患または障害の診断において、Ｆｃバリアント及び１つ以上の抗原結合ドメインを含むポリペプチドを使用する方法に関する。いくつかの実施形態は、Ｆｃバリアント及び１つ以上の抗原結合ドメインを含むポリペプチドを、それを必要とする患者の疾患または障害の治療において使用する方法に関する。

診断または治療される疾患または障害は、抗原結合ドメインによって標的化される抗原または複数の抗原に依存する。診断または治療され得る疾患及び障害の例として、炎症性疾患及び障害、自己免疫疾患及び障害、ならびに種々のがんなどの増殖性疾患及び障害が挙げられるが、それらに限定されない。

以下の実施例は、例証目的で提示され、決して請求項に係る本発明の範囲を限定するようには意図されていない。

一般的な方法
バリアントの調製
標準的な方法を使用して、部位特異的変異誘発及び／または制限／ライゲーションによりバリアント及び対照を調製した。最終ＤＮＡをベクターｐＴＴ５にサブクローニングした（米国特許第９，３５３，３８２号を参照されたい）。バリアントの調製のために使用した全ての骨格は、ＩｇＧ１ Ｆｃに基づいていた。ＩｇＧ１ Ｆｃ領域の配列を、図１Ａに提供する。特定のクローンにおいて、Ｃ末端リジン残基は、Ｆｃ配列から省かれた。

以下の骨格が使用された。

骨格１：ホモ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃ（配列番号１）を有するトラスツズマブに基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。

骨格２：トラスツズマブＦａｂと、以下の変異を含むヘテロ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃとを含む、一群武装化抗体（ＯＡＡ）骨格：
鎖Ａ：Ｔ３５０Ｖ＿Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ
鎖Ｂ：Ｔ３５０Ｖ＿Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｌ＿Ｔ３９４Ｗ

骨格３：骨格２と同じヘテロ二量体Ｆｃを含むトラスツズマブに基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。

骨格４：骨格２と同じヘテロ二量体Ｆｃを含む４Ｇ７抗ＣＤ１９抗体（Ｍｅｅｋｅｒ，ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，３：３０５－３２０、米国特許第８，５２４，８６７号）に基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。

骨格５：骨格２と同じヘテロ二量体Ｆｃを含むＣＰ－８７０，８９３抗ＣＤ４０抗体（Ｇｌａｄｕｅ，ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，６０：１００９－１０１７）に基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。可変ドメイン配列は、国際特許出願公開第ＷＯ２０１３／１３２０４４号から得た。

骨格６：アグリコシル化Ｆｃをもたらし、全てのＦｃγＲへの結合を抑制する、Ｎ２９７Ａ変異（Ｌｅａｂｍａｎ，ｅｔ ａｌ，２０１３，ｍＡｂ，５（６）：８９６－９０３）を含むトラスツズマブに基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。

骨格７：ＦｃγＲＩＩＩａ結合の増加をもたらす、Ｓ２３９Ｄ及びＩ３３２Ｅ変異（Ｌａｚａｒ，ｅｔ ａｌ，２００６，ＰＮＡＳ，１０３：４００５－４０１０）を含むトラスツズマブに基づくフルサイズ抗体（ＦＳＡ）。

骨格８：トラスツズマブＦａｂと、ＦｃγＲＩＩｂ選択性の増加をもたらす以下の変異を含むヘテロ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃとを含む、一群武装化抗体（ＯＡＡ）骨格：

「テンプレート１」は、３２５～３３１位のアミノ酸残基の以下の配列との置換を示す。ＳＴＷＦＤＧＧＹＡＴ［配列番号２］。

骨格９：トラスツズマブＦａｂと、ＦｃγＲＩＩｂ選択性の増加をもたらす以下の変異を含むヘテロ二量体ＩｇＧ１ Ｆｃとを含む、一群武装化抗体（ＯＡＡ）骨格：

発現－プロトコル１
発現を、２００ｍＬのＣＨＯ３Ｅ７細胞で行った。ＣＨＯ細胞を、水性の１ｍｇ／ｍＬの２５ｋＤａポリエチレンイミン（ＰＥＩ^ｐｒｏ、Ｐｏｌｙｐｌｕｓ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ ＳＡ，Ｉｌｌｋｉｒｃｈ，Ｆｒａｎｃｅ）を用いて、２．５：１のＰＥＩ：ＤＮＡ比で指数的増殖相（１５０～２００万個の細胞／ｍＬ）でトランスフェクトした（Ｄｅｌａｆｏｓｓｅ，ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２２７：１０３－１１１）。ヘテロ二量体を形成するための最適な濃度範囲を決定するために、ＤＮＡを、ヘテロ二量体形成を可能にする重鎖Ａ（ＨＣ－Ａ）、軽鎖（ＬＣ）、及び重鎖Ｂ（ＨＣ－Ｂ）の最適なＤＮＡ比（例えば、ＨＣ－Ａ／ＨＣ－Ｂ／ＬＣ比＝３０：３０：４０％）でトランスフェクトした。ホモ二量体を発現する場合、ＨＣ：ＬＣについて５０：５０％の比を使用した。トランスフェクトした細胞を、遠心分離後に４０００ｒｐｍで収集した培地で５～６日後に採取し、０．４５μｍフィルターを使用して清澄化した。

清澄化した培地を、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ（商標）ＳｕＲｅ（商標）（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｂａｉｅ－ｄ’Ｕｒｆｅ，ＱＣ，Ｃａｎａｄａ）Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ａカラムにロードし、ｐＨ７．２で１０カラム体積のＰＢＳ緩衝液で洗浄した。抗体を、ｐＨ３．６で１０カラム体積のクエン酸緩衝液で、中和した抗体を含有するプールされた画分を用いてｐＨ１１でのＴＲＩＳで溶出した。次いで、試料を、ＰＢＳ ｐＨ７．４に緩衝液交換し、－８０℃で保存した。

発現－プロトコル２
発現を、ＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞（ＮＲＣ，Ｃａｎａｄａ）を用いて、小さいスケール（１ｍＬ）または大きいスケール（３０ｍＬ以上）のいずれかで行った。

１ｍＬスケールの発現のために、ＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞を、カチオン性脂質２９３Ｆｅｃｔｉｎ（商標）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｉｓｌｅｙ，Ｕ．Ｋ．）と予め複合体化されたＤＮＡを使用して、１μｇ ＤＮＡ／ｍＬの細胞を用いて、指数的増殖期（１５０～２００万個の細胞／ｍＬ）にトランスフェクトした。重鎖及び軽鎖ＤＮＡを、４７．５：５２．５％の比で混合し、ＤＮＡを、最終濃度１１．７μｇ／ｍＬのＤＮＡ、１．６５％（ｖ／ｖ）の２９３Ｆｅｃｔｉｎ（商標）で２９３Ｆｅｃｔｉｎ（商標）と複合体化し、次いで、細胞への添加前に周囲温度において３０分間インキュベートした。最適なヘテロ二量体形成を達成するためのトランスフェクション混合物のＨＣ－Ａ及びＨＣ－ＢのＤＮＡ比は、５０：５０％、またはそれがわずかに変化したもののいずれかであった。細胞を、ガス透過性シールで密封された９６ウェルディープウェルプレート中で、３７℃及び５％の二酸化炭素濃度で、加湿されたシェーキングインキュベーター中で５～６日間培養した。次いで、１６００×ｇでの遠心分離後に、培地を回収した。

大きいスケールの発現については、ＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞を、Ｇｅｍｉｎｉ陽イオン性脂質と予め複合体化されたＤＮＡを使用して、１μｇ ＤＮＡ／ｍＬの細胞で指数的増殖期（１５０～２００万個の細胞／ｍＬ）にトランスフェクトした（Ｃａｍｉｌｌｅｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１２５３－１２５４）。重鎖及び軽鎖ＤＮＡを、５０：５０％の比率で混合し、ＤＮＡを、１０μｇ／ｍＬのＤＮＡ、４０μｇ／ｍＬのＧｅｍｉｎｉの最終濃度でＧｅｍｉｎｉと複合体化し、次いで、細胞への添加前に周囲温度で１５～３０分間インキュベートした。トランスフェクション混合物のＨＣ－Ａ及びＨＣ－Ｂ ＤＮＡの比は上記の通りであった。細胞を、適切なサイズのＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒフラスコまたはＢｉｏＲｅａｃｔｏｒチューブ内に入れ、３７℃及び５％の二酸化炭素濃度で、加湿シェーキングインキュベーター内で最大１０日間培養した。次いで、培養液を、２７５０ｘｇでの遠心分離後に回収し、０．２２μｍフィルターを使用して清澄化した。

清澄化した培養液を、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ（商標）ＳｕＲｅ（商標）（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）タンパク質Ａカラムにロードし、ｐＨ７．５で３～１０カラム体積のＴｒｉｓ－Ａｃｅｔａｔｅ緩衝液で洗浄し、次いで、ＴＲＩＳで中和した溶出画分を用いて、ｐＨ２．６で２～５カラム体積の酢酸で溶出した。サイズ排除クロマトグラフィー（ＰＢＳランニングバッファーを用いたＳｕｐｅｒｄｅｘ（商標）２００カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．））及び／またはカチオン交換（ＲｅＳｏｕｒｃｅ（商標）Ｓカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．））によるさらなる精製を、選択された試料に関して利用した。タンパク質Ａ精製抗体を、ＰＢＳに緩衝液交換した。

Ｆｃγ及びＦｃＲｎ受容体の調製
プロトコル１
ＦｃγＲＩＩａＨ、ＩＩａＲ、ＩＩｂ、ＩＩＩａＦ及びＩＩＩａＶは、ＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞において産生され、一方、ＦｃγＲＩａは、前述のように、ＣＨＯ－３Ｅ７細胞において産生された（Ｄｏｒｉａｎ－Ｔｈｉｂａｕｄｅａｕ，ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，４０８：２４－３４を参照されたい）。また、ヒトＦｃＲｎを、ＴＥＶ切断可能Ｃ末端Ｈｉｓタグを含有するアルファサブユニット（ｐ５１）細胞外ドメインとβ２－マイクログロブリンを１：１の比で同時トランスフェクションすることによって、ＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞において発現した。Ｄｏｒｉｏｎ－Ｔｈｉｂａｕｄｅａｕ ｅｔ ａｌ．（同前書）に記載されるような精製の後、Ｃ末端Ｈｉｓタグを、ＴＥＶ切断によって除去した。

プロトコル２
Ｃ末端６ｘＨｉｓタグを有する可溶性ＦｃγＲＩ細胞外ドメインを、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（カタログ番号１２５７－Ｆｃ）から購入した。可溶性ＦｃγＲＩＩａＨ、ＩＩａＲ、ＩＩｂ、ＩＩＩａＦ及びＩＩＩａＶ細胞外ドメインを、Ｃ末端１０ｘＨｉｓタグを有するＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞において産生した。細胞を、Ｇｅｍｉｎｉ陽イオン性脂質と予め複合体化されたＤＮＡを使用して、１μｇ ＤＮＡ／ｍＬの細胞で指数的増殖期（１５０～２００万個の細胞／ｍＬ）にトランスフェクトした（Ｃａｍｉｌｌｅｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１２５３－１２５４．）。細胞を、適切なサイズのＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒフラスコ内に入れ、３７℃及び５％の二酸化炭素濃度で、加湿シェーキングインキュベーター内で最大７日間培養した。収穫時間は、細胞生存率が５０％未満に低下したときに決定した。次いで、培養液を、２７５０ｘｇでの遠心分離後に回収し、０．２２μｍフィルターを使用して清澄化した。

清澄化した培養液を、透析またはタンジェンシャルフロー濾過によって、２５ｍＭのイミダゾールを含有するｐＨ７．７の負荷緩衝液に交換し、Ｎｉ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ６カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）に供し、次いで、緩衝液イミダゾール濃度を３００ｍＭに増加させることによって溶出した。溶出したタンパク質を、濃縮し、ダイアフィルトレーションによってＰＢＳに緩衝液交換し、次いで、サイズ排除クロマトグラフィー（Ｓｕｐｅｒｄｅｘ（登録商標）７５カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．））によってさらに精製した。

可溶性ヒトＦｃＲｎ細胞外ドメインを、Ｃ末端６×Ｈｉｓタグを含有するアルファサブユニットとβ２マイクログロブリンを１：１の比で同時トランスフェクションすることによってＨＥＫ２９３－６Ｅ細胞において発現し、ＦｃγＲについては別途記載されているように発現した。清澄化した培養液のｐＨを、クエン酸塩でｐＨ５．３に調整し、次いで、ＩｇＧ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）にロードした。結合したタンパク質を、ｐＨ７．７のＨＥＰＥＳ緩衝液で溶出した。溶出したタンパク質を、濃縮し、ダイアフィルトレーションによってＰＢＳに緩衝液交換し、次いで、サイズ排除クロマトグラフィー（Ｓｕｐｅｒｄｅｘ（登録商標）７５カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．））によってさらに精製した。

Ｆｃγ受容体結合（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ））
プロトコル１
ＦｃγＲの抗体Ｆｃに対する親和性は、ｐＨ７．４で１５０ｍＭのＮａＣｌ、３．４ｍＭのＥＤＴＡ、及び０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含有するＰＢＳをランニングバッファーとして、２５℃でＰｒｏｔｅＯｎ（商標）ＸＰＲ３６を使用してＳＰＲによって測定した。トラスツズマブバリアントについては、組換えＨＥＲ２を、ＢｉｏＲａｄアミンカップリングキットで標準的なアミンカップリングを使用してＧＬＭセンサーチップ上に固定化した。簡潔に述べると、ＧＬＭセンサーチップを、ＮＨＳ／ＥＤＣで活性化し、続いて、約３０００個の共鳴単位（ＲＵ）が固定化されるまで、１０ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ４．５）中に調製したＨＥＲ２を４．０μｇ／ｍＬで注入した。続いて、残りの活性基をエタノールアミンでクエンチした。野生型トラスツズマブバリアントは、２５μＬ／分でリガンド方向に２４０秒間、４０μｇ／ｍＬの溶液精製抗体を注入することにより、それらのＳＰＲ表面上に間接的に捕捉され、表面上に約５００ＲＵをもたらした。分析物方向に安定したベースラインを確立するための緩衝液注入に続いて、分析物を、５０μＬ／分で１２０秒間、１８０秒の解離相とともに注入して、結合センサーグラムのセットを得た。ＦｃγＲ１ａについて３０ｎＭだったのを除いて、全ての受容体について、１０μＭの最上位公称濃度を有する３倍希釈系列のＦｃγＲを５つの濃度で使用し、さらに緩衝液を二重参照のために含めた。結果として得られるＫｄ（親和性）値をＰｒｏｔｅＯｎ（商標）マネージャーｖ３．１．０における平衡適合モデルを使用して、アラインメント及び参照センサーグラムから測定し、２つまたは３つの独立した実行の平均値として報告した。

プロトコル２
ＦｃγＲの抗体Ｆｃへの親和性を、ＰＢＳＴＥ（０．０５％のＴｗｅｅｎ－２０及び３．４ｍＭのＥＤＴＡを有するＰＢＳ）をランニングバッファーとして、２５℃でＢｉａｃｏｒｅ（商標）４０００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）を使用してＳＰＲによって測定した。抗ＨＥＲ２抗体については、ＣＭ５チップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）を、アミンカップリング（ＥＤＣ／ＮＨＳ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）を利用して、組換えＨＥＲ２細胞外ドメイン（Ｍｅｒｃｋ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ、またはＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ，Ｕ．Ｋ．）で固定化した。簡潔に述べると、ＣＭ５センサーチップを、ＮＨＳ／ＥＤＣで活性化し、続いて、１０ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ４．５）中に調製したＨＥＲ２を１０．０μｇ／ｍＬで注入した。固定化レベルは、１０００～４０００ＲＵの範囲であった。次いで、任意の残りの活性基を、エタノールアミンでクエンチした。抗体は、まず、約１５μｇ／ｍｌでスポット及びフローセルにわたって１０μｌ／分の流速で３５秒間注入することによって、チップの固定化された表面上で捕捉した。基準減算のためにスポット３を空白のままにした。受容体を、ＰＢＳＴＥ緩衝液で、予想される親和性に依存する規定の濃度範囲まで希釈した。ゼロを含む１分析物当たり６つの濃度を使用した。分析物の接触時間は、使用される受容体及びその予想される動態に応じて最適化された。例えば、ＦｃγＲＩＩＢ及びＦｃγＲＩＩａＲの接触時間は、３０μｌ／分で１８秒であった。チップ表面を、各分析物の濃度注入後に８７ｍＭのリン酸で再生した。試験前に、８７ｍＭのリン酸を３×１８ｓで注射してチップを調製した。二重参照減算を実行し（参照スポット３及び０受容体濃度）、結合応答を抗体捕捉レベルによって正規化した。試料を、動態及び／または定常状態（平衡）適合モデルのいずれかを使用して、分析した。

ＦｃＲｎ結合（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ））
プロトコル１
抗体バリアントＦｃに対するＦｃＲｎの親和性を、ｐＨ７．４またはｐＨ６．０のＨＢＳ－ＥＰ＋（１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、０．００３％ＭのＥＤＴＡ、及び０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｐ２０（Ｔｅｋｎｏｖａ，Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ，Ｕ．Ｓ．Ａ．））をランニングバッファーとして、２５℃でＰｒｏｔｅＯｎ（商標）ＸＰＲ３６を使用してＳＰＲによって測定した。プロテインＬ（ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ，Ｕ．Ｋ．）を、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅカップリングキットで標準的なアミンカップリングを使用してＧＬＭセンサーチップ上に固定した。簡潔に述べると、ＧＬＭセンサーチップを、ＮＨＳ／ＥＤＣで活性化し、続いて、約３０００共鳴単位（ＲＵ）が固定化されるまで、１０ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ４．５）中に調製したタンパク質Ｌを５０μｇ／ｍＬで注入し、続いて、残りの活性基をエタノールアミンでクエンチした。抗体バリアントを、３０μＬ／分でリガンド方向に５０μｇ／ｍＬの精製抗体溶液を１２０秒間注入することによって、ＳＰＲ表面上に間接的に捕捉した。安定したベースラインを分析物方向に確立するための緩衝液注入に続いて、分析物を４０μＬ／分で３００秒間、６００秒の解離相とともに注入して、結合センサーグラムのセットを得た。２０４８ｎＭの最上位公称濃度を有するＦｃＲｎの４倍希釈系列の５つの濃度を使用した。そして、緩衝液を二重参照のために含めた。得られたＫｄ（親和性）値は、ＰｒｏｔｅＯｎ（商標）マネージャーｖ３．１．０の平衡適合モデルを使用して、アラインメント及び参照センサーグラムから決定した。

プロトコル２
抗体バリアントＦｃに対するＦｃＲｎの親和性を、ＨＢＳ－ＥＰ＋ｐＨ７．４またはＭＥＳ ｐＨ６．０をランニングバッファーとして、２５℃でＢｉａｃｏｒｅ（商標）Ｔ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）を使用して、ＳＰＲによって測定した。試料を固定化されたタンパク質Ｌ ＣＭ５チップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上で捕捉したが、４Ｇ７抗ＣＤ１９抗体は捕捉に失敗した。抗体を、まず、スポット及びフローセルに約１５μｇ／ｍｌで、５μｌ／分の流速で６０秒間注入することによって、チップの固定化された表面上で捕捉した。受容体を、ＨＢＳ－ＥＰ＋ｐＨ７．４またはＭＥＳ ｐＨ６．０緩衝液で所定の濃度範囲に希釈した。ｐＨ７．４では検体ごとに３つの濃度（４０９６、５１２、及び０ｎＭ）を使用し、ｐＨ６．０では検体ごとに４つ（５１２、６４、８、及び０ｎＭ）を使用した。チップ表面を、各分析物濃度注入後に、１０ｍＭのグリシンｐＨ１．５を用いて再生した。結果を、Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｖ２ソフトウェア及び１：１結合動態モデルを使用して、分析した。

プロトコル３
ＦｃＲｎの親和性は、ＨＢＳ－ＥＰ＋ｐＨ７．４またはＭＥＳ ｐＨ６．０をランニングバッファーとして、２５℃でＩＢＩＳ ＭＸ９６（ＩＢＩＳ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｅｎｓｃｈｅｄｅ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）を使用して、ＳＰＲによって測定した。試料をｐＨ４．５の酢酸緩衝液で希釈し、次いで、連続フローマイクロスポッター（Ｃａｒｔｅｒｒａ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＳＡ）を使用して、ＳｅｎｓＥｙｅ（登録商標）Ｇ Ｅａｓｙ２Ｓｐｏｔ（登録商標）センサーチップ（ＳｅｎｓＥｙｅ，Ｅｎｓｃｈｅｄｅ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）上に捕捉した。受容体を、ＨＢＳ－ＥＰ＋ｐＨ７．４またはＭＥＳ ｐＨ６．０緩衝液で所定の濃度範囲に希釈した。ｐＨ７．４では検体ごとに３つの濃度（４０９６、５１２、及び０ｎＭ）を使用し、ｐＨ６．０では検体ごとに４つ（５１２、６４、８、及び０ｎＭ）を使用した。チップ表面を、各分析物濃度注入後に、１０ｍＭのグリシンｐＨ２．０を用いて再生した。結果を、Ｓｃｒｕｂｂｅｒ Ｖ２（ＢｉｏＬｏｇｉｃ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）及び動態適合モデルを使用して、分析した。

プロトコル４
抗体を、Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）Ｔ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）表面プラズモン共鳴器具を使用して、ＦｃＲｎ結合についてスクリーニングした。実験は、ＰＨ６で０．０５％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０及び３．４ｍＭのＥＤＴＡを有するＰＢＳを含有するランニングバッファーを使用して、２５℃で行った。ビオチン化ＦｃＲｎ（上記プロトコル１によって産生された）を、標準的なアミンカップリングを使用して以前にブランク表面及び捕捉表面上に固定化されたニュートラビジン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ ＭＡ）を有したＣＭ－５センサーチップ上に捕捉した。次いで、抗体希釈液を、ＦｃＲｎ表面及び対照表面上に流した。Ｂｉａｃｏｒｅコントロールソフトウェア内の固定化ウィザードを使用して、１０ｍＭの酢酸ナトリウムｐＨ４．５緩衝液に調製したニュートラビジンを、２０００ＲＵに達するまで各ＮＨＳ／ＥＤＣ活性化表面に２５ｕｇ／ｍＬで添加した。ＦｃＲｎ表面を作製するために、ビオチン化ＦｃＲｎを、ｐＨ７．４で０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標）２０及び３．４ｍＭのＥＤＴＡを含有するＰＢＳで２ｕｇ／ｍＬに希釈し、３２ＲＵを捕捉するまで、捕捉表面上に２５ｕｇ／ｍＬの流量で１１０秒間注入した。このＦｃＲｎ表面を、全ての抗体に対して使用した。抗体を、シングルサイクル動態を使用して、二重にスクリーニングした。９００～１１．１ｎＭの間の５つの濃度を、ｐＨ６ランニングバッファーで３倍希釈したものを使用して、９０秒の会合及び１８０秒の解離を伴った２５ｕＬ／分の流量で注入した。ＦｃＲｎ表面を、異なる抗体バリアント間で、３０ｕＬ／分でｐＨ７．４緩衝液を３０秒注入することで再生した。センサーグラムがブランク対照表面に対して二重に参照され、親和性結合モデルを使用して適合させて、各抗体－ＦｃＲｎ相互作用のＫＤ値を生成した。

示差走査熱量測定
プロトコル１
各抗体構築物をＰＢＳで０．２ｍｇ／ｍＬに希釈し、合計４００μＬをＶＰ－Ｃａｐｉｌｌａｒｙ ＤＳＣ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いたＤＳＣ分析に使用した。各ＤＳＣ実行の開始時に、５回の緩衝液ブランク注入を実行してベースラインを安定させ、参照のために緩衝液注入を各試料注入前に設定した。各試料を、低フィードバック、８秒フィルター、５分のプレ走査サーモスタット、及び７０ｐｓｉの窒素圧を用いて、６０℃／時間の速度で２０～１００℃で走査した。得られたサーモグラムを参照し、Ｏｒｉｇｉｎ７ソフトウェア（ＯｒｉｇｉｎＬａｂ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｎｏｒｔｈａｍｐｔｏｎ，ＭＡ）を使用して分析した。

プロトコル２
０．１～１．０ｍｇ／ｍｌの抗体濃度好ましくは０．４ｍｇ／ｍｌ以上の濃度を使用したことを除いて、上記のプロトコル１について記載したのと同じ方法によって抗体構築物を評価した。

示差走査型蛍光定量法
プロトコル１
２０μＬの精製試料（０．２～１．０ｍｇ／ｍＬ）を、１０μＬのＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｏｒａｎｇｅ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｐａｉｓｌｅｙ，Ｕ．Ｋ．）に添加し、逆浸透（ＲＯ）水で５０００倍ストックから２０倍に希釈し、透明な壁付き９６ウェルＰＣＲプレートに入れた。試料を、４０℃で５分間インキュベートし、次いで、ＢｉｏＲａｄ ＣＦＸ Ｃｏｎｎｅｃｔ（商標）ＲＴ－ＰＣＲマシン（ＢｉｏＲａｄ，Ｗａｔｆｏｒｄ，Ｕ．Ｋ．）を使用して、１５℃／ｈの速度で、ＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｏｒａｎｇｅの蛍光発光を４０～９５℃で測定した。Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＣＦＸ Ｍａｎａｇｅｒ（商標）バージョン３．１を使用して、タンパク質内の既知のドメインの展開と相関したタンパク質展開イベントのピークを分析し、かつ温度を導出した。

プロトコル２
１０μＬの精製試料（０．２～１．０ｍｇ／ｍＬ）を、Ｐｒｏｍｅｔｈｅｕｓ ＮＴ．Ｐｌｅｘ ｎａｎｏＤＳＦ標準グレードのガラスキャピラリー（ＰＲ－ＡＣ００２、ＮａｎｏＴｅｍｐｅｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，Ｕ．Ｋ．）に充填し、６０℃／時の速度を使用して、２０～９５℃で、Ｐｒｏｍｅｔｈｅｕｓ ＮＴ．Ｐｌｅｘ ｎａｎｏＤＳＦ（ＮａｎｏＴｅｍｐｅｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，Ｕ．Ｋ．）中で分析した。ＰＲ．ｓｔａｂｉｌｉｔｙ Ａｎａｌｙｓｉｓソフトウェアバージョン１．０２を使用して、タンパク質内の既知のドメインの展開と相関したタンパク質展開イベントのピークを分析し、温度を導出した。

サイズ排除クロマトグラフィー：
１０μＬの精製試料（０．２～２ｍｇ／ｍＬの濃度範囲内）を、１試料当たり１５分間の実行時間で１．０ｍＬ／分の一定速度で４００ｍＭのリン酸ナトリウム、２００ｍＭのＮａＣｌ、ｐＨ６．８移動相を流れるＡｇｉｌｅｎｔ１１００ ＨＰＬＣシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓｔｏｃｋｐｏｒｔ，Ｕ．Ｋ．）を使用して、Ｓｕｐｅｌｃｏ ＴＳＫｇｅｌ（登録商標）Ｇ３０００ ＳＷＸＬサイズ排除カラム（Ｔｏｓｏｈ，Ｒｅａｄｉｎｇ，Ｕ．Ｋ．）に注入した。ダイオードアレイ検出器は、カラム及び２１０ｎｍ及び２８０ｎｍでのＵＶ／ｖｉｓ吸収が記録された後の流れに沿って接続された。得られたトレースをＣｈｅｍｓｔａｔｉｏｎソフトウェア（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓｔｏｃｋｐｏｒｔ，Ｕ．Ｋ．）を使用して統合し、続いて、ＣｈｒｏｍＶｉｅｗ（商標）ソフトウェアを使用して分析した。試料純度は、メインピークよりも高い分子量を有するピークの総面積％とメインピークよりも低い分子量を有するピークの総面積％と比較して、メインピークの面積％の分類によって記録された。

液体クロマトグラフィー質量分析
質量分析を使用して、試料の同一性を確認した。Ｎ結合グリコシル化を除去するため、５％のグリセロール中の１０μｌの８０μｇ／ｍＬのＰＮＧａｓｅ Ｆを５０μＬの抗体試料（０．２～２ｍｇ／ｍＬの濃度範囲内）に添加し、混合物を３０℃で一晩インキュベートした。ＭＳ分析の直前に、５μＬの０．５ＭのＤＴＴを各試料に添加した。Ａｇｉｌｅｎｔ１２００ ＨＰＬＣシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓｔｏｃｋｐｏｒｔ，Ｕ．Ｋ．）を使用して、３～５μｇの試料を、逆相ガードカラムに注入し、０．１％のギ酸塩、５％アセトニトリルで洗浄した後、試料を０．１％のギ酸塩、９０％のアセトニトリルで０．５ｍＬ／分の流量で溶出させた。溶出液は、ＭａｓｓＨｕｎｔｅｒソフトウェア（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を実行しているＰＣから制御された６２２４ Ａｃｃｕｒａｔｅ－Ｍａｓｓ ＴＯＦ ＬＣ／ＭＳ質量分析計（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に向けられた。試料の質量を、ＭａｓｓＨｕｎｔｅｒを使用して電荷エンベロープのデコンボリューションにより決定した。

Ｃ１ｑ結合
抗体構築物のヒトＣ１ｑへの結合を、ＥＬＩＳＡによって評価した。試験抗体構築物を、ＰＢＳ中に溶解した１０μｇ／ｍｌの試験抗体を１ウェル当たり１００μｌ添加することによって、９６ウェル平底Ｎｕｎｃ Ｍａｘｉｓｏｒｐ（登録商標）プレート（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｐａｉｓｌｅｙ，Ｕ．Ｋ．）のウェル上にコーティングした。プレートを、密封し、４℃で１６時間インキュベートした。プレートを、０．０５％（ｖ／ｖ）のＴｗｅｅｎ（登録商標）２０を含有する３００μｌのＰＢＳで３回洗浄した。次いで、プレート表面を、ウェルごとに２００μｌの１％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンの添加によってブロッキングした。プレートを、周囲温度で１時間インキュベートし、前述のように洗浄した。組換えヒトＣ１ｑ（Ｃ１７４０、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｇｉｌｌｉｎｇｈａｍ，Ｕ．Ｋ．）を、最終アッセイ濃度まで、５０ｍＭの炭酸塩／重炭酸塩緩衝液（Ｃ３０４１、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）で希釈し、1ウェル当たり１００μｌ添加した。試料を周囲温度で２時間インキュベートし、プレートを前述のように洗浄した。次いで、ＰＢＳで２μｇ／ｍｌまで希釈した１００μｌのヒツジ抗ヒトＣ１ｑ－ＨＲＰ（Ａｂ４６１９１、ＡｂＣａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｕ．Ｋ．）をウェルごとに添加し、試料を周囲温度で１時間インキュベートし、次いで、プレートを前と同様に洗浄した。検出のために、１ウェル当たり１００μｌのＳｕｒｅｂｌｕｅ（商標）ＴＭＢ（５２－００－０１、Ｓｅｒａｃａｒｅ，Ｍｉｌｆｏｒｄ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）を添加し、試料を、周囲温度で２０分間撹拌しながらインキュベートした。１００μｌの１ＭのＨＣｌの各ウェルへの添加によって、反応を停止させた。次いで、Ｍ５ｅ ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ（登録商標）プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ，Ｗｏｋｉｎｇｈａｍ，Ｕ．Ｋ．）を使用して、各試料ウェルの吸光度を４５０ｎｍで測定した。各抗体バリアント７Ｃ１ｑ濃度について、２μｇ／ｍＬ～６ｎｇ／ｍＬのハーフログステップとｎｏ Ｃ１ｑ対照とを二重に試験した。データを、Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）を使用して、分析した。結合曲線を、吸光度及び対数変換Ｃ１ｑ濃度の４パラメータ非線形回帰モデルを使用して、適合させた。結合が閾値吸光度を超えたＣ１ｑの濃度を、適合曲線から補間した。

実施例１：インシリコ予測ツールで識別された安定性変異
ＩｇＧ１ Ｆｃに結合したＦｃγＲＩＩｂの三次元構造を使用して、単一の変異を、ＣＨ２ドメイン内の各位置、及びＣＨ２ドメインの２つのシェル内にあるＣＨ３ドメイン内の特定の位置でインシリコで作製した。第１のシェル残基は、ＣＨ２ドメインと直接相互作用する残基であり、第２のシェル残基は、少なくとも１つの第１のシェル残基と相互作用する残基である。プロリンまたはシステインを除く全ての可能なアミノ酸との置換を、各位置で行った。Ｆｃの熱安定性を強化する特定された変異は、安定性強化変異と称される。

まず、安定性強化変異のＦｃγＲＩＩｂに対する選択的なＦｃバリアントとの関連を調べた。ＦｃγＲＩＩｂのＩｇＧ Ｆｃへの結合は不斉複合体をもたらすため、Ｆｃの両方の鎖についてのインシリコでの安定性を改善した変異のみを試験のために選択して、安定性変異が、確実にＦｃγＲＩＩｂについて選択的なバリアント、ならびに他の抗体治療薬と適合するようにした。

インシリコで生成された全てのモデルを、インシリコ変異誘発及びインハウスソフトウェアツールによるパッキングモデリングを含む複数の分子モデリングツールを使用して分析した。全てのモデルを、フォールディング及び複合体形成のための知識ベース及び物理ベースの可能性、ならびに静電学、溶媒スクリーニング、Ｌｅｎｎａｒｄ－Ｊｏｎｅｓ及び疎水性相互作用を組み合わせたエネルギー寄与を含む、複数の因子に基づいて、スコア付け及びランク付けした。

結果をさらにフィルタリングして、好ましくは以下の特徴を有する最良の安定性強化変異を選択した。
●溶剤にさらされていない（３０％未満の溶媒接触可能表面積（ＳＡＳＡ）が好ましく、５０％未満が受け入れられる）
●ＦｃγＲ界面から離れている
●ＦｃＲｎ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｃ１ｑ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｎ２９７位でのＦｃのＮ－グリコシル化には影響しない。

上記のプロセスにより、可能性のある安定性強化変異として、変異Ａ２８７Ｆ、Ｔ２８９Ｗ、Ａ３３９Ｗ、Ａ３３９Ｑ、Ａ３７８Ｗ及びＭ４２８Ｆが特定された。トラスツズマブの６つのバリアント（骨格１）を、各々が上記の特定された変異の１つを含むように、一般的な方法に記載されているように構築した。各バリアントを、一般的な方法に記載されているように、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃＲｎについての発現、凝集、熱安定性及び結合親和性について評価した。具体的には、凝集を分析的ＳＥＣによって評価し、熱安定性をＤＳＣ（プロトコル２）及びＤＳＦ（プロトコル１）によって評価し、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩｂ結合をＢｉａｃｏｒｅ結合（プロトコル２）によって評価し、ＦｃＲｎ結合をプロトコル１によって評価した。結果を、表１．１及び表１．２に示す。

変異Ａ２８７Ｆ及びＭ４２８Ｆを選択し、以下の基準に基づいてさらに評価した：
●点変異に対する２℃を超えるＤＳＣによるＴ_ｍの増加
●ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩａ結合に関しての野生型様特性の保持（ＷＴ値±３０％）
●ＦｃＲｎへの結合の保持（ＷＴに対するＫ_Ｄにおける２倍未満の差）
●分析ＳＥＣによる９５％を超える単量体含有量。

変異Ａ２８７Ｆによる安定化は、エネルギー的に好ましく、Ｗ２７７位とのスタッキングΠ－Π相互作用の生成、及びＷ２７７とＳ３０４との間の水素結合の埋め込みから生じる可能性が高い。したがって、芳香族性及び疎水性の点で類似の特性を有するアミノ酸とのこれらの位置における交互の変異は、安定性を増加させ、かつ安定性を強化する変異であると予測される。これらには、変異Ａ２８７Ｙ、Ａ２８７Ｗ及びＡ２８７Ｈ、ならびにＡ２８７Ｍが含まれる。後者の変異は、水素結合を埋め込むことが予測されるが、Π－Πスタッキング相互作用の損失に起因して、より低い安定化をもたらす可能性が高い。

図１Ｂは、ＩｇＧ Ｆｃ領域におけるＡ２８７位及びＭ４２８位を示す。

実施例２：バイオインフォマティクス解析により特定された安定性変異
複数の生物由来の配列及びＩｇＧのサブタイプ（Ｕｎｉｐｒｏｔから抽出された５９個の非冗長配列）をＣｌｕｓｔａｌＸとアラインメントして（Ｌａｒｋｉｎ，ｅｔ ａｌ．，２００７，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２３：２９４７－２９４８）、フォールディングのために保存されるか、または置換され得る残基から機能する残基を分化させた。全てのＩｇＧにわたるいくつかの配列同一性を有する非表面曝露位置を、他の種またはサブタイプに見出される代替の共通残基（複数可）とともに特定した。選択された位置（複数可）での相対ＳＡＳＡに基づく追加のフィルタリングを含めて、免疫原性のリスクを低減させた。

結果をフィルタリングして、好ましくは、以下の特徴を有する最良の安定性強化変異を選択した。
●溶剤にさらされていない（３０％未満の溶媒接触可能表面積（ＳＡＳＡ）が好ましく、５０％未満が受け入れられる）
●部分的に保存されている（全てのＣＨ_２ ＩｇＧにわたる配列同一性は８５％未満が好ましく、９５％未満が受け入れられる）
●ＦｃγＲ界面から離れている
●ＦｃＲｎ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｃ１ｑ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｎ２９７位でのＦｃのＮ－グリコシル化には影響しない。

マウスＩｇＧ２ａに見られるアミノ酸置換は、ＣＨ２ドメインＴ_ｍがマウスＩｇＧ２ａ（Ｔ_ｍ＝約８０℃）においてヒトＩｇＧ１（Ｔ_ｍ＝７２℃）よりも高いため、他の種よりも好ましかった。他の種についてのＣＨ２ドメインの安定性は、考慮されなかった。

上記アプローチは、可能性のある安定性強化変異として、変異Ｌ２４２Ｉ、Ｔ２５０Ｖ、Ｆ２７５Ｉ、Ｖ２７９Ｉ、Ｖ３０８Ｉ、Ｙ３１９Ｆ、Ｐ２４７Ｉ、Ｍ２５２Ｓ、Ｌ３０９Ｑ、Ｌ３１４Ｍ及びＫ３３４Ｒを特定した。トラスツズマブ（骨格１）の１１個のバリアントが、各々が特定された変異のうちの１つを含むように一般的な方法に記載されているように構築した。各バリアントを、実施例１に記載されるように、哺乳動物細胞における発現、精製後の凝集、熱安定性、ならびにＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃＲｎについての結合親和性について評価した。結果を、表２．１及び表２．２に示す。

変異Ｔ２５０Ｖ、Ｌ３０９Ｑ及びＶ３０８Ｉを、以下の基準に基づいて選択し、さらなる評価を行った：
●点変異に対する２℃を超えるＤＳＣによるＴ_ｍの増加
●ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩａ結合に関しての野生型様特性の保持（ＷＴ値±３０％）
●ＦｃＲｎへの結合の保持（ＷＴ未満に対するＫ_Ｄにおける２倍の差）
●９５％を超える分析ＳＥＣによる単量体含有量。

Ｔ２５０Ｉ、Ｔ２５０ＡまたはＬ３０９Ｔなどのこれらの位置における交互変異は、サイズ及び疎水性の点で同様のアミノ酸特性により安定性を増加させることが予測される。アミノ酸サイズ（Ｖ対ＩまたはＡ）及び側鎖分岐（Ｃβ分岐残基対非分岐残基）の小さな差異は、安定化効果における小さな変動をもたらし得る。

図１Ｂは、ＩｇＧ Ｆｃ領域におけるＴ２５０位の場所を示す。

実施例３：非天然ジスルフィド結合を含む安定性変異
ＩｇＧ１ Ｆｃに結合したＦｃγＲＩＩｂの三次元構造を使用して、ジスルフィド結合が導入され得る場所を決定するために、ＣＨ２ドメインの全てのＣα及びＣβ原子対間の距離を計算し、Ｆｃの両方の鎖について平均化した。フィルタリングは、Ｃα－Ｃα対についての最大距離７．５Å及びＣβ－Ｃβ対についての最大距離５．０Åに基づいていた。

ＦｃγＲＩＩｂのＩｇＧ Ｆｃへの結合は、非対称複合体をもたらすため、Ｆｃの両方の鎖のためのインシリコでの安定性を改善した変異のみが、試験のために選択された。この選択により、ＦｃγＲＩＩｂ及び非結合Ｆｃについての選択的なバリアントと適合する変異に安定性変異が付与される。

全ての可能な人工ジスルフィド結合についてインシリコモデルが生成され、最低エネルギーをもつものを決定するためにエネルギーが最小化された。モデルが、目視検査され、両方の鎖におけるシステイン残基の相対的な溶媒接触可能表面積（ＳＡＳＡ）、野生型構造に対する主鎖、骨格及び側鎖の平均二乗偏差（ＲＭＳＤ）、親和性及び安定性のための知識ベース及び物理ベースの可能性における改善、立体衝突及び二硫化物ひずみエネルギー（ＤＳＥ）スコアに基づいて、スコア付けされた（Ｋａｔｚ＆Ｋｏｓｓｉａｋｏｆｆ，１９８６，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２６１（３３）：１５４８０－１５４８５）。

結果をフィルタリングして、好ましくは、以下の特徴を有する最良の安定性強化変異を選択した。
●溶媒にさらされていない（３０％を超える相対ＳＡＳＡが好ましく、５０％未満が受け入れられる）
●ＦｃγＲ界面から離れている
●ＦｃＲｎ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｃ１ｑ結合に悪影響を与えることが知られていない
●Ｎ２９７位でのＦｃのＮ－グリコシル化には影響しない
●低い骨格及び側鎖ＲＭＳＤ（骨格についてはＲＭＳＤ＜０．５Å、側鎖についてはＲＭＳＤ＜１．０Å）
●安定性のための同等のまたは改善された知識ベース及び物理ベースの可能性
●低いＤＳＥスコア（３０（ＤＳＥ）未満が好ましく、５０未満が受け入れられる）。

上記のプロセスによって、可能性のある安定性強化変異として、変異対Ｄ２４９Ｃ－Ｐ２５７Ｃ、Ｆ２７５Ｃ－Ｓ３０４Ｃ、Ｖ２６３Ｃ－Ｖ３０２Ｃ、Ｌ２４２Ｃ－Ｉ３３６Ｃ、Ｔ２８９Ｃ－Ｓ３０４Ｃ、Ｆ２４３Ｃ－Ｔ２６０Ｃ、Ｖ２６６Ｃ－Ｙ３００Ｃ、Ｖ２４０Ｃ－Ｉ３３２Ｃ及びＷ２７７Ｃ－Ｖ２８４Ｃが特定された。トラスツズマブ（骨格１）の１３個のバリアントを一般的な方法に記載されるように構築し、各々がジスルフィド結合の導入を通して安定性を改善させるために文献に以前に報告された、特定された複数の変異対のうちの１つまたは１つの変異対を含むようにした（Ｊａｃｏｂｓｅｎ，ｅｔ ａｌ，２０１７，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９２（５）：１８６５－１８７５、Ｇｏｎｇ，ｅｔ ａｌ，２００９，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８４（２１）：１４２０３－１４２１０、Ｇｏｎｇ，ｅｔ ａｌ，２０１１，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２８６（３１）：２７２８８－２７２９３）。各バリアントを、実施例１に記載されるＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃＲｎについての哺乳動物細胞における発現、凝集、熱安定性、及び結合親和性について評価した。ＦｃＲｎ受容体についての親和性をまた、成功したバリアントのサブセットにおいて評価した。結果を、表３．１及び表３．２に示す。

特定されたジスルフィド結合のうち、Ｌ２４２Ｃ－Ｉ３３６Ｃのみを選択し、以下の基準に基づいてさらに評価した：
●単一の対の変異に対する２℃を超えるＤＳＣによるＴ_ｍの増加
●ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩａ結合に関しての野生型様特性の保持（ＷＴ値±３０％）
●９５％を超える分析ＳＥＣによる単量体含有量。

変異対当該技術分野で既知の変異対Ｌ２４２Ｃ－Ｋ３３４Ｃ、Ａ２８７Ｃ－Ｌ３０６Ｃ及びＶ２５９Ｃ－Ｌ３０６Ｃは、以下の基準を満たした。
●単一の対の変異に対する２℃を超えるＤＳＣによるＴ_ｍの増加
●ＦｃγＲＩＩｂ及びＦｃγＲＩＩａ結合に関しての野生型様特性の保持（ＷＴ値±３０％）

ジスルフィド結合Ｖ２４０Ｃ－Ｉ３３２Ｃは、Ｔｍを改善したが、ＦｃγＲ結合を部分的に抑制した。このジスルフィド結合は、結合の抑制が所望されるか、または１つ以上のＦｃγＲへの結合を促進する他の変異を含むことによって結合の抑制が緩和され得る特定の状況において依然として有用であり得ると考えられる。

実施例４：ＦｃγＲＩＩＢ選択的Ｆｃバリアントの安定化
実施例１～３に記載されるトラスツズマブホモ二量体において特定された６つの最良の個体変異（Ａ２８７Ｆ、Ｍ４２８Ｆ、Ｔ２５０Ｖ、Ｌ３０９Ｑ、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ及びＶ３０８Ｉ）を、２つの異なるヘテロ二量体トラスツズマブＦｃγＲＩＩｂ選択的バリアント（骨格８及び骨格９）に移行させ、他のＣＨ２ドメイン変異との適合性を評価した。さらに、２つまたは３つの安定性強化変異（Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ、Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｔ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ及びＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ／Ｖ３０８Ｉ）の６つの組み合わせを試験して、加算的または相乗的効果によって安定性の増加が得られるかどうかを評価した。

一群武装化抗体フォーマットにおけるトラスツズマブの２４個のバリアントを、一般的な方法に記載されるように構築した。各バリアントは、表４．２～４．４に示される安定性強化変異とともに、２組のＦｃγＲＩＩｂ選択性強化変異（骨格８または骨格９、表４．１を参照）のうちの１組を含んだ。各バリアントを、実施例１に記載されるように、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩについての発現、凝集、熱安定性及び結合親和性について評価した。結果を、表４．２～４．４に示す。

第１の層のフィルタリングを、分析的ＳＥＣプロファイルに基づいて精製後に行った適。クロマトグラムの曲線下の面積を、存在する全てのシグナルについて統合し、バリアント試料中に存在する各種の割合に変換した。分析的ＳＥＣプロファイルで観察される高分子量（ＨＭＷ）種の割合は、発現のために単一のＤＮＡ比を使用して各バリアントについて形成されるフルサイズ抗体の存在量を示す。単一のＤＮＡ比での発現時に２０％未満のＨＭＷ種を有するバリアントは、成功したとみなされた。３つのバリアントのみが、２０％を超えるＨＭＷ種を有した（表４．２を参照）ので、さらなる特徴付けには含めなかった。低分子量（ＬＭＷ）種は、Ｔｍの決定、またはいずれかのＦｃγＲについての結合親和性に干渉しない、誤対合Ｆｃホモ二量体の存在を示す。

変異を、以下の基準に基づいて評価した。
●単一の点変異についてのＤＳＦ＞１℃によるＴ_ｍの増加、及び組み合わせた場合の最小限の添加物の効果
●ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩ結合に関しての野生型様特性の保持（親バリアントと比較して２倍未満の差）
●分析ＳＥＣによる７５％を超えるヘテロ二量体含有量。

上記に基づく最も有効な単一変異は、Ａ２８７Ｆ（＋３．５－４℃）、Ｔ２５０Ｖ（＋５．５℃）、Ｌ３０９Ｑ（＋２－２．５℃）及びＭ４２８Ｆ（＋２℃）であった。単一の変異としてのＶ３０８Ｉはまた、Ｔｍのわずかな増加（＋０．５～１．０℃）をもたらした。

加算的寄与または相乗的寄与を有する安定性強化設計には、Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ（＋６．５－７℃）、Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ（＋９．０－９．５℃）、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ（＋８．５℃）及びＴ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑ（＋８．５－９．０℃）が含まれる。Ａ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ、Ｍ４２８／Ｔ２５０Ｖ及びＴ２５０Ｖ／Ｌ３０９Ｑの組み合わせは、加算的効果よりもわずかに高いＴ_ｍの増加をもたらし、Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖは、加算的効果をもたらした。組み合わせＬ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ／Ｖ３０８Ｉはまた、Ｌ２４２Ｃ＿Ｉ３３６Ｃ変異単独に比べて、Ｔｍにおけるわずかな増加をもたらした。

実施例５：追加のフルサイズ抗体試験系の安定化
安定性強化設計のうちの３つを、３つのＦｃγＲＩＩｂ選択性強化設計と各々組み合わせ、３つの異なるフルサイズ抗体系に移し、抗体間で設計のトランスファラビリティーを評価した。該設計物を、一般的な方法に記載されるようにヘテロ二量体トラスツズマブ、抗ＣＤ１９及び抗ＣＤ４０抗体（骨格３～５）にクローニングした。３つのＦｃγＲＩＩｂ選択性強化設計を、表５．１に示し、３つの選択された安定性強化設計を、表５．２～５．５に示す。

各バリアントを、実施例１に記載されるように、哺乳類細胞における発現、精製後の凝集及び熱安定性について評価した。トラスツズマブベースのバリアントについてのＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩＩａについての結合親和性を、実施例１に記載されるように、評価した。トラスツズマブベースのバリアントについてのＣ１ｑ結合を、一般的な方法に記載されるように、評価した。熱安定性を、複数の抗体にわたるＤＳＦによって及びトラスツズマブベースのバリアントについてのＤＳＣによって、評価した。結果を、表５．２～５．６に示す。

分析ＳＥＣプロファイルを、一般方法に記載されるように回収し、フルサイズ抗体種については以下の修飾を行った。クロマトグラムの曲線下の面積を、存在する全てのシグナルについて統合し、各種の割合に変換した。ａＳＥＣプロファイルにおいて観察される高分子量（ＨＭＷ）種の割合は、安定性強化変異の導入時に各バリアントについて形成される凝集体の量を示し、各抗体系にわたって親バリアントと比較した。複数の抗体にわたる親様特性（＋／－５％のＨＭＷ種）を有するバリアントが好ましかった。低分子量（ＬＭＷ）種は、ハーフ抗体をもたらす誤対合ヘテロ二量体重鎖の存在を示し、発現中の非最適化ＤＮＡ比の使用によるものである。その結果を、表５．２に示す。

ＬＣ－ＭＳによる純度を、一般的な方法に記載されているように評価して、モノマー含有量が主に所望のヘテロ二量体種であることを確認した。半身Ａ及び半身Ｂの累積割合は、発現に使用される所与のＤＮＡ比についての各試料中に存在する誤対ホモ二量体の量を示す。安定性強化変異は対称的であるため、ＣＨ２ドメインＴｍ、ＦｃＲｎ及びＣ１ｑ結合は、誤対合種の存在によって影響を受けない。しかしながら、誤対合ホモ二量体の高い含有量は、ＳＰＲによって観察されるＦｃγＲＩＩｂの選択性に影響を与えるであろう。ほとんどの試料は、１０％未満の誤対合ホモ二量体を示した。表５．３を参照されたい。

試験した３つの安定性強化設計（Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ及びＡ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ）は全て、評価した他の全ての態様において親様特性を維持しながら、６～１０℃の熱安定性を増加させることに成功した。具体的には、設計は、以下の基準を満たしていた。
●３つ全ての抗体にわたる、ＤＳＦ＞５℃のＴ_ｍにおける増加。
●ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａＨ、ＦｃγＲＩＩａＲ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩＩａ及びＣ１ｑ結合に関して野生型様特性の保持（親バリアントとの２倍未満の差）。
●ＬＣ－ＭＳによる親バリアントと同等以上のヘテロ二量体含有量。
●ａＳＥＣによる親バリアントに類似した、またはそれよりも優れたモノマー含有量。

実施例６：安定性強化設計を含むフルサイズ抗体のＦｃＲｎ結合
安定性強化設計のうちの３つは各々、３つのＦｃγＲＩＩｂ選択性強化設計と組み合わせ、実施例５に記載されるように、３つの異なるフルサイズ抗体系（トラスツズマブ、抗ＣＤ１９抗体、及び抗ＣＤ４０抗体；骨格３～５）に移行した。得られたバリアントを、一般的な方法（骨格３／５についてのプロトコル２及び骨格３～５についてのプロトコル３）に記載されるように、ＦｃＲｎ結合について評価した。その結果を、表６．１に示す。

試験した全ての抗体について、安定性強化設計は、それぞれの親バリアント（親バリアントのＫ_Ｄ＜３倍）と比較して、ＦｃＲｎ結合を変化させず、設計が異なる抗体にわたって移行可能であることが示された。

実施例７：安定性損失を引き起こす他の変異との安定性強化設計の適合性
最良の安定性強化設計のうちの３つ（Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ及びＡ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ）の移行性及び適合性をさらに評価するために、これらの設計を各々、以下の３組のＣＨ２またはＣＨ３変異（骨格３、６及び７；一般的な方法を参照されたい）と組み合わせた：
●骨格３：ヘテロ二量体Ｆｃ形成を促進するためのＣＨ３ドメインにおける不斉変異。
●骨格６：アグリコシル化抗体を産生し、抗体のエフェクター機能を抑止するＮ２９７Ａ変異。Ｎ２９７Ａ変異の導入は、野生型抗体と比較して、バリアント抗体の熱安定性を１０℃低減させる。
●骨格７：ＦｃγＲＩＩＩａ受容体についての抗体の親和性を増加させるＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ変異。Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ変異の導入は、野生型抗体と比較して、バリアント抗体の熱安定性を２０℃低減させる。

それぞれの親バリアント及び変異体を、一般的な方法に記載されるように、トラスツズマブ骨格にクローニングした。各バリアントを、哺乳類細胞（プロトコル１）における発現、熱安定性、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩａ及びＦｃγＲＩＩＩａについての結合親和性（プロトコル１）、ならびに一般的な方法に記載されるＦｃＲｎ結合（プロトコル４）について、評価した。熱安定性は、ＤＳＣ（プロトコル１）によって評価した。結果を、表７．１～７．４及び図２Ａ～Ｃに示す。

試験した３つの安定性強化設計（Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ及びＡ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ）は全て、評価した他の全ての態様において親様特性を維持しながら、試験した骨格の各々の熱安定性を６～１０℃増加させることに成功した。具体的には、３つの設計は全て、以下の基準を満たしていた。
●３つの骨格全てにわたるＤＳＣ＞５℃のＴ_ｍにおける増加
●ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａＨ、ＦｃγＲＩＩａＲ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩＩａ及びＦｃＲｎ結合に関して野生型様特性の保持（親バリアントとの２倍未満の差）。

したがって、安定性強化設計は、抗体の機能的及び生物学的特性を変化させるＣＨ２ドメイン及びＣＨ３ドメインにおける変異と適合し、かつ安定化させることができる。

上記のＣＨ２変異またはＣＨ３変異のセット（骨格３、６及び７によって例示される）は、現在臨床的に評価されている療法分子に含まれる変異の例である（Ｓａｘｅｎａ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ，７：５８０）。ｋｎｏｂｓ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅｓ（Ｒｉｄｇｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．，９：６１７－６２１）、静電ステアリング（Ｇｕｎａｓｅｋａｒａｎ ｅｔ ａｌ，２０１０，ＪＢＣ，２８５，１９６３７－１９６４６）、または当該技術分野で既知である他のものなどの、抗体機能及び安定性に影響を与える他のＣＨ２及び／またはＣＨ３変異も、安定性強化変異と適合し、かつそれによって安定化されることが予想される。

実施例８：他の免疫グロブリンクラスとの安定性強化設計の互換性
ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ及びＩｇＭ定常ドメインの配列及びトポロジーを評価し、上記で識別された安定性強化設計のうちの最も効果的なものが、他の免疫グロブリン（Ｉｇ）クラス及び／またはサブタイプに移行され得るかどうかを判定した。

種々のＩｇクラスは、異なる機能及び生物学的活性を有するが、共通のトポロジーを共有する。ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ及びＩｇＭは全て、重鎖及び軽鎖からなる。ＩｇＧ、ＩｇＡ、及びＩｇＤ定常領域は、共通のＩｇフォールドを共有するＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有し、ＩｇＧの安定性を増加させる変異は、ＩｇＡ及びＩｇＤクラスへ移行可能であり得ることを示唆する。ＩｇＥ及びＩｇＭは、他のＩｇクラスとは異なり、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３及びＣＨ４ドメインからなる。配列同一性に基づいて、ＩｇＭ及びＩｇＥのＣＨ３及びＣＨ４ドメインは、他のＩｇクラスのＣＨ２及びＣＨ３ドメインと等価であるとみなされ得る（図３Ａ及び３Ｂを参照されたい）。タンパク質データバンク（ＰＤＢ）（それぞれＰＤＢ ＩＤ：２ＱＥＪ、２ＷＡＨ及び６ＫＸＳ）から得られたＩｇＧ、ＩｇＡ及びＩｇＭ Ｉｇドメインの構造のレビューは、構造的観点から、これらのドメインが、類似のフォールディングを有することを示し、ＩｇＧの安定性を増加させる変異は、ＩｇＭクラス、及びＩｇＥクラスに移行可能であり得ることを示唆する。

ＣＨ２ドメイン及びＣＨ３ドメイン内のＴ２５０Ｖ、Ａ２８７Ｆ、及びＭ４２８Ｆ変異の各々の特異的相互作用のさらなる分析により、安定性強化変異が他のＩｇクラスへ移行可能であるはずだという命題がさらに指示された。

残基Ｔ２５０は、ＣＨ２ドメインのＦｃＲｎ結合部位に近く、かつＣＨ３ドメインに空間的に近いＩｇＧ１の螺旋領域内に位置する。スレオニン残基は、この位置で全てのＩｇＧサブタイプにわたって保存され、ＩｇＭにおける同様の極性残基（セリン）、ならびにＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥにおける荷電残基（アスパラギン酸）によって置換される（図３Ａを参照されたい）。ＩｇＡ、ＩｇＭ及びＩｇＧにおけるこの領域の構造解析は、ＩｇＡ及びＩｇＭにおける螺旋が、ＩｇＧ１（ＰＤＢ ＩＤ：２ＷＡＨ）におけるよりも、埋め込みが少ない（ＰＤＢ ＩＤ：２ＱＥＪ及び６ＫＸＳ）ことを示した。したがって、他のＩｇクラスにおいてＴ２５０に相当する位置での荷電残基または極性残基のより小さな疎水性残基への変異は、第２の螺旋（３０９～３１６）に対する第１の螺旋（２４６～２５４）の充填及びＣＨ２－ＣＨ３ドメインの接合を改善し、増加した埋め込み界面を有するよりコンパクトな構造をもたらし得る。これは、次いで、ＣＨ２ドメインを熱変性に対して安定化させ得る。したがって、安定性強化変異Ｔ２５０Ｖは、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧ抗体のＣＨ２ドメイン、ならびにＩｇＥ及びＩｇＭ抗体のＣＨ３ドメインの安定性を増加させるのに有効であると予測される。

残基Ａ２８７は、ＩｇＧ１のＣＨ２ドメインのＩｇフォールドの外側の露出したβ鎖領域に位置する。アラニン残基は、ＩｇＧサブタイプ及びＩｇＡの全てにわたって２８７位に保存されるが、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭ中のバリン、ヒスチジン及びスレオニンなどの残基によって置換される。しかしながら、この位置に存在する異なる残基にかかわらず、局所環境及びフォールドは、構造が利用可能である全てのＩｇクラスにわたって類似している。実施例１に記載されるように、ＩｇＧ１における変異Ａ２８７Ｆによる安定化は、エネルギー的に好ましく、Ｗ２７７位と積み重ねられたΠ－Π相互作用の生成、ならびにＷ２７７及びＳ３０４位間の水素結合の埋め込みから生じる可能性が高い。残基Ｗ２７７は、全てのＩｇクラスにわたって保存され、残基Ｓ３０４は、ＩｇＭを除く全てのＩｇにわたって保存される（図３Ａ及び図３Ｂを参照されたい）。したがって、Ａ２８７Ｆ変異はまた、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧ抗体のＣＨ２ドメイン、ならびにＩｇＥ及びＩｇＭ抗体のＣＨ３ドメインの安定性を増加させるのに有効であると予測される。

残基Ｍ４２８は、ＩｇＧ１のＣＨ３ドメインの露出したβ鎖領域に位置し、ＣＨ２ドメインとの界面に空間的に位置する。４２８位におけるメチオニンは、全てのＩｇＧサブタイプにわたって保存されているが、他のＩｇクラスは、グリシン、バリン、アラニン、またはセリンなどのより小さい残基をこの位置に含有する（図３Ａ及び３Ｂを参照されたい）。この位置におけるフェニルアラニンなどのより大きい残基の導入は、ＣＨ２ドメインからの螺旋に対して疎水性側鎖を埋め込み、ＣＨ２－ＣＨ３ドメインの接合部における埋め込み表面の増加がもたらされ、柔軟性が低下し、ＣＨ２ドメインの安定性を増加させる可能性が高い。ＩｇＡ及びＩｇＭにおける局所構造環境は、この領域におけるＩｇＧと類似しており、フェニルアラニン、チロシンまたはトリプトファンなどの大きい芳香族残基の導入は、周囲の芳香族残基とさらに積み重ねられたΠ－Π相互作用を形成することが予想される。したがって、変異Ｍ４２８Ｆは、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＧ抗体のＣＨ２ドメイン、ならびにＩｇＥ及びＩｇＭ抗体のＣＨ３ドメインの安定性を増加させることも予測される。

実施例４～７に示されるように、Ｔ２５０Ｖ、Ａ２８７Ｆ及びＭ４２８Ｆの安定性強化変異は、対として適合性があり、追加の安定化効果をもたらすように組み合わせることができる。これらの安定性強化設計（Ａ２８７Ｆ／Ｔ２５０Ｖ、Ｍ４２８Ｆ／Ｔ２５０Ｖ及びＡ２８７Ｆ／Ｍ４２８Ｆ）については、他のＩｇクラスにわたって、同様の適合性が期待される。

実施例９：ストレス条件下での凝集傾向に対する安定性変異の影響
安定性強化変異の組み込みによって達成された増加した熱安定性が抗体の凝集傾向を低減させ得るかどうかを評価するために、Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ安定性強化設計の有無にかかわらず、ある程度の熱安定性を有するバリアントＦｃ領域を有する１５個の抗体を調製した。次いで、得られた抗体バリアントでストレス実験を行い、中性または弱酸性条件下で４０℃で２週間のインキュベーションの後に凝集割合の変化について評価した。

各抗体バリアントは、骨格３に基づいており、表９．１に示されるように、ＣＨ２ドメインにおける変異の様々な組み合わせを含んでいた。それぞれの親バリアント及び安定性変異体を、一般的な方法に記載されるように骨格３にクローニングした。各バリアントを、哺乳動物細胞内での発現（プロトコル２）、サイズ排除クロマトグラフィーによる凝集、及びＤＳＦによる熱安定性について評価した（プロトコル２）。結果を、表９．１及び９．２に示す。

その後、各バリアントを１０ｍｇ／ｍｌに正規化し、酢酸緩衝液またはリン酸塩系緩衝液のいずれかに透析して、それぞれ弱酸性または中性条件下で試験し、４℃または４０℃のいずれかで２週間インキュベートした。次いで、バリアントを、サイズ排除クロマトグラフィーによって、凝集体、モノマー及び断片の割合について各々評価し、４℃及び４０℃の試料を比較した。結果を表９．３及び図４に示す。

^１ Ｍｉｍｏｔｏ， ｅｔ ａｌ．， ２０１３， Ｐｒｏｔ． Ｅｎｇ． Ｄｅｓ． Ｓｅｌ．， ２６：５８９－５９８
^２ Ｃｈｕ， ｅｔ ａｌ．， ２００８， Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， ４５：３９２６－３９３３
^３ Ｌａｚａｒ， ｅｔ ａｌ．， ２００６， ＰＮＡＳ， １０３：４００５－４０１０
^４ 「テンプレート１．１」は、鎖Ｂの３２５～３３１位のアミノ酸残基の、配列：ＳＴＷＦＩＧＧＹＡＴ［配列番号３］との置換を示す。
^５ 「テンプレート１．２」は、鎖Ｂの３２５～３３１位のアミノ酸残基の、配列：ＳＴＷＦＤＫＧＹＡＴ［配列番号５］との置換を示す。
^６ 「テンプレート７．１」は、鎖Ｂの３２５～３３１位のアミノ酸残基の、配列：ＧＬＤＨＲＧＫＧＹＶ［配列番号４］との置換を示す。

表９．２から分かるように、Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ安定性強化変異の組み込みは、１５個のバリアントの熱安定性を７．７℃～１０．６℃の間で正常に増加させた。したがって、これらの安定性強化変異は、抗体構築物の開始安定性に依存しないＣＨ２安定性を増加させることができる。

表９．３の結果は、酸性条件下４０℃での２週間のインキュベーション後に、最も低いＣＨ２ Ｔｍを有するバリアントのうちの３つ（バリアントｖ３１１８６、ｖ３２２１０及びｖ３２２４２）が、分析ＳＥＣにより高レベルの観察された凝集を示したことを示している。これらのバリアントに安定性強化Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆ変異を添加したとき、バリアントのＴｍが増加し、ストレス実験後に最小量のＨＭＷ種が検出された。これらのバリアントについて、ＣＨ２ Ｔｍと弱酸性条件下で観察された凝集との間に強くかつほぼ指数関数的な相関があることが、図４を見ても分かる。６０℃を超える初期（非安定化）ＣＨ２ Ｔｍを有するバリアントについては、高分子量種における変化がほとんど観察されなかった（２％未満）。中性条件下でのインキュベーション後に観察される高分子量種における小さな変化は、ＣＨ２ Ｔｍとは無関係に見える。

全体として、これらの結果は、一般に、安定化変異、具体的には、Ｔ２５０Ｖ／Ａ２８７Ｆの組み込みが、弱酸性条件下での凝集傾向を低下させ得ることを示している。

本明細書で参照される全ての特許、特許出願、刊行物及びデータベースエントリーの開示は、そのような個々の特許、特許出願、刊行物及びデータベースエントリーの各々が、参照によって組み込まれると具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、その全体が参照によって特に本明細書に組み込まれる。

当業者には明らかであると思われる本明細書に記載される特定の実施形態の改変は、以下の特許請求の範囲内に含まれることを意図する。

Claims (33)

1. ２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含む、Ｆｃバリアントであって、該安定性強化アミノ酸変異が、
   ２８７位における変異であって、前記変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記２８７位における変異、
   ならびに、
   ２５０位における変異であって、前記変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である、前記２５０位における変異、および、
   ４２８位における変異であって、前記変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記４２８位における変異
   から選択される１つ以上の追加の変異
   を含み、
   前記Ｆｃバリアントが、前記２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まず、かつ対応する野生型ＩｇＧ Ｆｃと比較して減少したＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を有する、親ＩｇＧ Ｆｃに基づき、
   前記Ｆｃバリアントが、前記２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を含まない親ＩｇＧ Ｆｃと比較して、増加したＣＨ２ドメインＴｍを有し、かつ、
   アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
   前記Ｆｃバリアント。
2. 前記追加の変異が、Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異を含む、請求項１に記載のＦｃバリアント。
3. 前記２５０位における変異が、Ｖａｌとの置換である、請求項２に記載のＦｃバリアント。
4. 前記追加の変異が、４２８位における変異であって、該変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、請求項１～３のいずれか一項に記載のＦｃバリアント。
5. 前記Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異が、２８７Ｆ／４２８Ｆ、２５０Ｖ／２８７Ｆ、および２５０Ｖ／２８７Ｆ／４２８Ｆから選択される、請求項１に記載のＦｃバリアント。
6. 前記Ｆｃバリアントに含まれる安定性強化変異が、２８７Ｆ／４２８Ｆ、または２５０Ｖ／２８７Ｆである、請求項１に記載のＦｃバリアント。
7. 前記親ＩｇＧ Ｆｃが、ＩｇＧ１ Ｆｃである、請求項１～６のいずれか一項に記載のＦｃバリアント。
8. 前記親ＩｇＧ Ｆｃが、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃである、請求項７に記載のＦｃバリアント。
9. 前記親Ｆｃが、Ｆｃ領域の機能を改善する１つ以上のアミノ酸変異を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
10. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、前記親ＩｇＧ Ｆｃと比較して、少なくとも３．０℃、増加する、請求項１～９のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
11. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親ＩｇＧ Ｆｃと比較して、３．０℃～９．０℃増加する、請求項１～９のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
12. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親ＩｇＧ Ｆｃと比較して、３．０℃～１０．５℃増加する、請求項１～９のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
13. 前記Ｆｃバリアントが、親ＩｇＧ Ｆｃと比較して、弱酸性条件下で凝集の減少を示す、請求項１～１２のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
14. 前記２つ以上の安定性強化アミノ酸変異が、
    ３０８位における変異であって、該変異が、３０８位におけるアミノ酸のＩｌｅとの置換である、前記３０８位における変異、
    ３０９位における変異であって、該変異が、３０９位におけるアミノ酸のＧｌｎまたはＴｈｒとの置換である、前記３０９位における変異、ならびに
    ２４２位および３３６位における一対の変異であって、両方の変異が、Ｃｙｓとの置換である、前記２４２位および３３６位における一対の変異
    から選択される１つ以上の変異をさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載のＦｃバリアント。
15. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアントと、前記Ｆｃバリアントに融合または共有結合した１つ以上のタンパク質性部分とを含む、ポリペプチドであって、該１つ以上のタンパク質性部分が、抗原結合ドメイン、リガンド、受容体、受容体断片、サイトカイン、または抗原を含む、ポリペプチド。
16. 前記１つ以上のタンパク質性部分のうちの少なくとも１つが、抗原結合ドメインである、請求項１５に記載のポリペプチド。
17. 前記抗原結合ドメインが、ＦａｂまたはｓｃＦｖである、請求項１６に記載のポリペプチド。
18. 抗体または抗原結合抗体断片である、請求項１５～１７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
19. 治療用抗体または抗体断片である、請求項１８に記載のポリペプチド。
20. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアント、または請求項１５～１９のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
21. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアント、または請求項１５～１９のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む、ベクターまたはベクターのセット。
22. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアント、または請求項１５～１９のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
23. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアント、または請求項１５～１９のいずれか１項に記載のポリペプチドを調製する方法であって、宿主細胞を、前記Ｆｃバリアントまたはポリペプチドをコードする１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトすることと、前記Ｆｃバリアントまたはポリペプチドの発現に好適な条件下で前記宿主細胞を培養することとを含む、前記方法。
24. 請求項１～１４のいずれか１項に記載のＦｃバリアント、または請求項１５～１９のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む、薬学的組成物。
25. ＦｃのＣＨ２ドメイン融解温度（Ｔｍ）を増加させる方法であって、該方法が、親Ｆｃと比較して増加したＣＨ２ドメインＴｍを有するＦｃバリアントを提供するために前記親Ｆｃに２つ以上の安定性強化アミノ酸変異を導入することを含み、該安定性強化アミノ酸変異が、
    ２８７位における変異であって、前記変異が、２８７位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記２８７位における変異、
    ならびに、
    ２５０位における変異であって、前記変異が、２５０位におけるアミノ酸のＡｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である、前記２５０位における変異、および、
    ４２８位における変異であって、前記変異が、４２８位におけるアミノ酸のＰｈｅとの置換である、前記４２８位における変異
    から選択される１つ以上の追加の変異
    を含み、
    前記親Ｆｃが、対応する野生型ＩｇＧ Ｆｃと比較して、減少したＣＨ２ドメインＴｍを有するＩｇＧ Ｆｃであり、
    アミノ酸の番号付けが、ＥＵインデックスによる、
    前記方法。
26. 前記Ｆｃバリアントが、Ａｌａ、Ｉｌｅ、またはＶａｌとの置換である２５０位における変異を含む、請求項２５に記載の方法。
27. 前記２５０位における変異が、Ｖａｌとの置換である、請求項２６に記載の方法。
28. 前記Ｆｃバリアントが、Ｐｈｅとの置換である４２８位における変異を含む、請求項２５～２７のいずれか一項に記載の方法。
29. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して少なくとも３．０℃、増加する、請求項２５～２８のいずれか一項に記載の方法。
30. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して、３．０℃～９．０℃増加する、請求項２５～２８のいずれか１項に記載の方法。
31. 前記Ｆｃバリアントの前記ＣＨ２ドメインＴｍが、親Ｆｃと比較して、３．０℃～１０．５℃増加する、請求項２５～２８のいずれか１項に記載の方法。
32. 親Ｆｃに前記安定性強化アミノ酸変異を導入することにより、親Ｆｃと比較して弱酸性条件下で減少した凝集を示すＦｃバリアントが提供される、請求項２５～３１のいずれか１項に記載の方法。
33. 前記安定性強化アミノ酸変異が、２５０Ｖ及び２８７Ｆを含む、請求項３２に記載の方法。