JP7693253B2 - トランスポゾンシステムおよびその用途 - Google Patents
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Description
本発明は、2021年7月9日に出願された韓国特許出願第10-2021-0090133号および2022年7月11日に出願された韓国特許出願第10-2022-0085306号に基づく優先権を主張し、当該出願の明細書および図面に開示されたすべての内容は本出願に援用される。
配列番号1で表される核酸配列を有する5’ITR;
配列番号5で表される核酸配列を有する5’ITR;または
配列番号6で表される核酸配列を有する5’ITR、
前記3’ITRは、以下の中から選択されるが、これに限定されない:
配列番号2で表される核酸配列を有する3’ITR;
配列番号9で表される核酸配列を有する3’ITR;
配列番号10で表される核酸配列を有する3’ITR;または
配列番号11で表される核酸配列を有する3’ITR。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を含む、標的DNA伝達用トランスポゾンシステムを提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子が導入された細胞を提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を細胞に導入する段階を含む、標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法を提供する。前記方法は、in vitroで行われるものであってもよいが、これに限らない。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子が導入された免疫細胞を有効成分として含む、がんの予防または治療用薬学的組成物であって、
前記標的DNAは、腫瘍抗原特異的CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列またはその断片、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列またはその断片、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCR(T-cell receptor)コーディング配列またはその断片からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がんの予防または治療用薬学的組成物を提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を含むトランスポゾンシステムを含む、がんの予防または治療用キットであって、
前記標的DNAは、腫瘍抗原特異的CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列またはその断片、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列またはその断片、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCR(T-cell receptor)コーディング配列またはその断片からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がんの予防または治療用キットを提供する。
5’ITRの核酸配列は、その5’から3’方向の配列がトランスポゾンベクター(あるいはトランスポゾンコーディングポリヌクレオチド分子)の5’末端内に5’から3’方向に含まれ、および/または3’ITRの核酸配列は、その5’から3’方向の配列がトランスポゾンベクターの3’末端内に5’から3’方向に含まれ得る。換言すれば、5’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクター内の標的DNAが挿入される位置の上部(upstream)に5’から3’方向に含まれたり、および/または3’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクター内の標的DNAが挿入される位置の下部(downstream)に5’から3’方向に含まれ得る。前記ベクターの5’末端または3’末端内に5’から3’方向に含まれるというのは、好ましくは、ポリヌクレオチド分子のsense鎖の5’から3’方向に含まれることを意味する。
a)配列番号1で表される核酸配列を有する5’ITR;
b)配列番号5で表される核酸配列を有する5’ITR;および
c)配列番号6で表される核酸配列を有する5’ITR。
a)配列番号2で表される核酸配列を有する3’ITR;
b)配列番号9で表される核酸配列を有する3’ITR;
c)配列番号10で表される核酸配列を有する3’ITR;および
d)配列番号11で表される核酸配列を有する3’ITR。
前記5’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクターの5’末端内に5’から3’方向に含まれたり、または上述した配列番号で表示した5’ITRの核酸配列の逆相補的(reverse complement)配列を有するアンチセンスDNA(antisense DNA)の5’から3’方向の配列がトランスポゾンベクターの5’末端内に5’から3’方向に含まれることもできる。言い換えれば、前記5’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクター内の標的DNAが挿入される位置の上部(upstream)に5’から3’方向に含まれたり、前記5’ITRの核酸配列の逆相補的配列としてトランスポゾンベクター内の標的DNAが挿入される位置の上部に5’から3’方向に含まれ得る。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を含む、標的DNA伝達用トランスポゾンシステムを提供する。
i)配列番号18で表されるアミノ酸配列を含むトランスポザーゼタンパク質;
ii)配列番号19の核酸配列を含むベクター(「トランスポザーゼベクター」あるいは「トランスポザーゼプラスミド」)、および
iii)配列番号20の核酸配列を含むmRNA分子。
すなわち、前記トランスポザーゼベクターは、配列番号19で表される核酸配列を有することができるが、これに限らず、例えば、ThyPLGMH、mycPBase、TPLGMH、またはHAhyPBaseの配列を含むこともできる。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子が導入された細胞を提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を細胞に導入する段階を含む、標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法を提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子が導入された免疫細胞を有効成分として含む、がんの予防または治療用薬学的組成物であって、
前記標的DNAは、腫瘍抗原特異的CARコーディング配列またはその断片、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列またはその断片、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCRコーディング配列または断片からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がんの予防または治療用薬学的組成物を提供する。
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼをコード化する配列を含む核酸分子を含むトランスポゾンシステムを含む、がんの予防または治療用キットであって、
前記標的DNAは、腫瘍抗原特異的CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列またはその断片、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列またはその断片、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCR(T-cell receptor)コーディング配列またはその断片からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がんの予防または治療用キットを提供する。
実施例A.ITR探索および機能の確認
1.Bioinformatics
Transposable element(TE or transposon)の場合、種間の変異が大きいので、Myotis lucifugus 7x assembly(myoLuc2)でRepeatModeler software version 2.0.1を用いてde novo方式でrepeat familyを探索し、モデリングして、コウモリ種の特異的なrepeat libraryを生成した。このように得られたrepeat libraryとRepeatMaskerにあるmammalia library情報を合わせた後、rmblast 2.10.0+検索エンジンと共にRepeatMasker software version 4.1.1を用いてtransposable elementsに対してマスキングをし、マスキングしたDNA transposons配列を確保した。
a.5’ITR_157(配列番号1)
5’-ttaacacttggattgcgggaaacgagttaagtcggctcgcgtgaattgcgcgtactccgcgggagccgtcttaactcggttcatatagatttgcggtggagtgcgggaaacgtgtaaactcgggccgattgtaactgcgtattaccaaatatttgtt-3’
b.3’ITR_212(配列番号2)
5’-aattatttatgtactgaatagataaaaaaatgtctgtgattgaataaattttcattttttacacaagaaaccgaaaatttcatttcaatcgaacccatacttcaaaagatataggcattttaaactaactctgattttgcgcgggaaacctaaataattgcccgcgccatcttatattttggcgggaaattcacccgacaccgtagtgttaa-3’
Bioinformaticsを通じて確保したDNA transposonの5’ITRと3’ITRそれぞれをpCAG-EGFP vector内にクローニングし、5’ITRは、ベクター内chicken beta-actin promoterの前に、かつ3’ITRは、SV40 poly(A)signalの後に位置するように製作した(図1)。
T細胞株であるJurkat cellをPBSでwashingした後に、細胞1×105当たりresuspension buffer 90μLで懸濁した。Neon tubeにelectrolytic buffer 3mLを入れ、Neon pipette stationに刺した。細胞にpCAG-EGFP-ITRプラスミドDNAとtransposaseプラスミドDNA(ここで、トランスポザーゼは、配列番号19の核酸配列を有する)を細胞1×105当たりそれぞれ1μgを入れ、総ボリュームを細胞1×105当たり100μLに合わせた。対照群としては、ITRを含まないpEGFPプラスミドDNAを使用した。Neon pipetteで細胞1×105を取って、1,600V、10ms、3pulsesのelectroporationをし、24well plateの400μL培地(RPMI、10% FBS、No P/S)が入っているwellに細胞を入れた。37℃、CO2培養器で1日培養し、抗生剤が含まれた培地をwell当たり500μLずつ追加した。Transfection 1日、7日、14日後に細胞におけるGFP発現程度を蛍光顕微鏡とFACSで確認した。
atgtcgcaacactcagattactccgacgatgaattttgtgctgacaaactgtccaattattcatgcgatagcgacctcgaaaacgcttccacgtctgatgaagatagcagcgatgatgaagtaatggtgaggcctcgcaccctccgccgtcgccgcatcagctcttcgagctctgattctgaatccgatattgagggtggccgcgaggagtggtcccacgtagacaatccgccggtgctggaggacttcctaggccaccaaggtctgaacactgacgcagtaatcaacaatatcgaagatgcagttaaactgtttatcggtgacgatttcttcgagtttctggtggaggaatctaaccggtactataaccagaatcgtaataacttcaagctctctaaaaagtctctgaagtggaaggacatcacccctcaggagatgaaaaagttcctcggtctgatcgttctgatgggccaagttcgcaaggatcgtcgtgacgactattggactaccgaaccgtggacggaaactccatactttggcaagaccatgactcgtgaccgtttccgtcagatctggaaggcctggcacttcaataacaacgctgacattgtcaacgagtctgatcgtctgtgtaaggttcgccctgtgctggattacttcgttccaaaattcattaacatttacaaaccacatcagcagctgtccctggatgagggcatcgtgccgtggcgcggccgcctgttcttccgtgtctataatgctggcaagattgtgaagtacggtatcctggttcgcctgctgtgcgaaagcgacactggctacatctgtaacatggagatctactgcggcgagggcaaacgtctcctcgaaactatccagaccgtcgtgtctccatacacggattcctggtatcatatttacatggataactattataacagcgtggctaactgtgaagctctgatgaaaaataagttccgtatttgcggtactatccgtaagaatcgtggaattccgaaagatttccagaccatctccctgaaaaagggtgaaactaagttcattcgcaaaaacgacatcctcctgcaagtctggcagtctaaaaagcctgtatatctgatctcatctattcacagcgctgaaatggaagaatctcagaacattgatcgcacctccaagaaaaagatcgtcaaaccgaatgcattgattgattacaacaagcacatgaagggcgttgatcgtgctgaccagtacctgtcttattactctatcctgcgccgtactgtgaagtggactaaacgtctcgctatgtacatgattaattgtgcgctgttcaattcttacgctgtgtataaaagcgtgcgtcagcgcaaaatgggctttaaaatgttcctgaagcagacggctattcactggctgaccgacgatattccggaagatatggacattgtcccggatctccagccggtaccgagcaccagcggtatgcgtgctaaacctccgactagtgatccgccttgccgtctgtctatggatatgcgtaagcataccctgcaggcaattgtgggctctggcaaaaagaaaaatatcctgcgtcgttgccgcgtatgctctgtacacaaactgcgttctgagactcgttatatgtgtaaattttgcaatattccactccacaagggtgcgtgcttcgagaagtaccatacgctgaagaactat
augucgcaacacucagauuacuccgacgaugaauuuugugcugacaaacuguccaauuauucaugcgauagcgaccucgaaaacgcuuccacgucugaugaagauagcagcgaugaugaaguaauggugaggccucgcacccuccgccgucgccgcaucagcucuucgagcucugauucugaauccgauauugaggguggccgcgaggaguggucccacguagacaauccgccggugcuggaggacuuccuaggccaccaaggucugaacacugacgcaguaaucaacaauaucgaagaugcaguuaaacuguuuaucggugacgauuucuucgaguuucugguggaggaaucuaaccgguacuauaaccagaaucguaauaacuucaagcucucuaaaaagucucugaaguggaaggacaucaccccucaggagaugaaaaaguuccucggucugaucguucugaugggccaaguucgcaaggaucgucgugacgacuauuggacuaccgaaccguggacggaaacuccauacuuuggcaagaccaugacucgugaccguuuccgucagaucuggaaggccuggcacuucaauaacaacgcugacauugucaacgagucugaucgucuguguaagguucgcccugugcuggauuacuucguuccaaaauucauuaacauuuacaaaccacaucagcagcugucccuggaugagggcaucgugccguggcgcggccgccuguucuuccgugucuauaaugcuggcaagauugugaaguacgguauccugguucgccugcugugcgaaagcgacacuggcuacaucuguaacauggagaucuacugcggcgagggcaaacgucuccucgaaacuauccagaccgucgugucuccauacacggauuccugguaucauauuuacauggauaacuauuauaacagcguggcuaacugugaagcucugaugaaaaauaaguuccguauuugcgguacuauccguaagaaucguggaauuccgaaagauuuccagaccaucucccugaaaaagggugaaacuaaguucauucgcaaaaacgacauccuccugcaagucuggcagucuaaaaagccuguauaucugaucucaucuauucacagcgcugaaauggaagaaucucagaacauugaucgcaccuccaagaaaaagaucgucaaaccgaaugcauugauugauuacaacaagcacaugaagggcguugaucgugcugaccaguaccugucuuauuacucuauccugcgccguacugugaaguggacuaaacgucucgcuauguacaugauuaauugugcgcuguucaauucuuacgcuguguauaaaagcgugcgucagcgcaaaaugggcuuuaaaauguuccugaagcagacggcuauucacuggcugaccgacgauauuccggaagauauggacauugucccggaucuccagccgguaccgagcaccagcgguaugcgugcuaaaccuccgacuagugauccgccuugccgucugucuauggauaugcguaagcauacccugcaggcaauugugggcucuggcaaaaagaaaaauauccugcgucguugccgcguaugcucuguacacaaacugcguucugagacucguuauauguguaaauuuugcaauauuccacuccacaagggugcgugcuucgagaaguaccauacgcugaagaacuau
Transfectionされた細胞をwell別に1.5mLチューブに移した。1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去し、PBS(2%FBS)500μLでwashingした。2回さらにwashingを繰り返した後、PBS(2%FBS、1xDAPI)で細胞を懸濁してFACS tubeに移し、FACS分析をした。生細胞(DAPI negative)のうちGFPを発現する細胞の割合(%)をグループ別に比較した。
Carl Zeiss蛍光顕微鏡を用いて100倍の倍率でGFPを発現する細胞を観察した。
Transfection 7日後、GFPを発現する細胞をBD社のFACSAria(アリア)装備を用いてsingle cellにsortingし、96wellプレートに10%FBSが含まれたRPMI培地を添加し、37℃、5%CO2培養器で培養した。そして、10日後、細胞内でGFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察し、integration位置を確認するために、Splinkerette PCRを行った。
Single cellにsortingされて培養された細胞を回収し、PBSでwashingした。細胞ペレットからgenomic DNA(gDNA)キットを用いてgDNAを抽出し、定量した。100ngのgDNAをSau3AI制限酵素を用いて37℃で1時間digestionした。Single strand DNA 2個(GATCCCACTAGTGTCGACACCAGTCTCTAATTTTTTTTTTCAAAAAAA、CGAAGAGTAACCGTTGCTAGGAGAGACCGTGGCTGAATGAGACTGGTGTCGACACTAGTGG、それぞれ配列番号21および22)をannealingし(95℃で3分間放置した後、常温まで温度を下げる)、Sau3AI adaptorを作った。Sau3AIでdigestionされたgDNA 20ngとannealingされたSau3AI adaptorを16℃で8時間反応させた後、1st PCR(98℃20秒、55℃15秒、72℃2分、29 cycle)と2nd PCR(98℃20秒、55℃15秒、72℃2分、29 cycle)を行った。電気泳動で確認した後、シーケンシングを進めた。
5’1st F -CGAAGAGTAACCGTTGCTAGGAGAGACC(配列番号23)、5’1st R-CCCTATAGTGAGTCGTATTACCAA(配列番号24)、3’1st F-CATTACCCTGTTATCCCTAGCTAGCA(配列番号25)、3’1st R-CGAAGAGTAACCGTTGCTAGGAGAGACC(配列番号26)。
5’2nd F-GTGGCTGAATGAGACTGGTGTCGAC(配列番号27)、5’2nd R-GGTCATAGCTGTTTCCTGCT(配列番号28)、3’2nd F-CATTTCAATCGAACCCATACTTCAAAA(配列番号29)、3’2nd R-GTGGCTGAATGAGACTGGTGTCGAC(配列番号30)。
1.細胞およびベクター
後述するように、pBatトランスポゾンmutant formプラスミドを製作して実験に使用し、遺伝子伝達効率を確認するための細胞としてJukat cells(ATCC、Cat no.TIB-152、Lot no.70017560)を使用した。
ITR mutantの製作のためにoriginalトランスポゾンプラスミドベクターの5’ITRの前にBamHIサイトを挿入し、3’ITRの後にSalIサイトを挿入して、backboneトランスポゾンプラスミドベクター(plasmid vector)を製作した。
5’ITRと3’ITRのmutantを製作するためにpCAG-GFP-ITRベクターにおいて5’ITRの前にBamHI siteを追加し、3’ITRの後にSalI siteを追加した。5’ITRの場合、transposonベクターとpUC57-5’ITR mutantベクターそれぞれにBamHIとEcoRVを入れ、37℃で2時間、50℃で2時間反応させてdigestionした。3’ITRの場合は、transposonベクターとpUC57-3’ITR mutantベクターそれぞれにBmtIとSalIを入れ、37℃で2時間反応させてdigestionした。Digestion後、gel extractionし、T4 DNA ligaseを用いてligationし、DH5αにtransformationさせて、LB plate(Ampicillinを含む)にspreadingした。形成されたコロニーをLB broth(Ampicillinを含む)に成長させて、mini-prepでplasmidを得、シーケンシングをし、シーケンスを確認した。シーケンスが確認されたmutantベクターは、midi-prepをし、transfectionするDNAを準備した。
T細胞株であるJurkat cellをPBSでwashingした後に、細胞1×105当たりresuspension buffer 90μLで懸濁した。Neon tubeにelectrolytic buffer 3mLを入れ、Neon pipette stationに刺した。細胞にmutant DNAとtransposase DNAを細胞1×105当たりそれぞれ1μgを入れ、総ボリュームを細胞1×105当たり100μLに合わせた。Neon pipetteで細胞1×105を取って、1,600V、10ms、3pulsesのelectroporationをし、24well plateの400μL培地(RPMI、10%FBS、No P/S)が入っているwellに細胞を入れた。37℃、CO2培養器で1日培養し、抗生剤が含まれた培地をwell当たり500μLずつ追加した。Transfection 1日、7日、14日後に細胞におけるGFP発現程度を蛍光顕微鏡とFACSで確認した。
Transfectionされた細胞をwell別に1.5mLチューブに移した。1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去し、PBS(2%FBS)500μLでwashingした。2回さらにwashingを繰り返した後、PBS(2%FBS、1xDAPI)で細胞を懸濁してFACS tubeに移し、FACS分析をした。生細胞(DAPI negative)のうちGFPを発現する細胞の割合(%)をグループ別に比較した。
Carl Zeiss蛍光顕微鏡を用いて100倍の倍率でGFPを発現する細胞を観察した。
Transfection 14日後、GFPを発現するJurkat cellをsingle cell sortingした。各well別に細胞をconical tubeに移し、1,500rpmで5分間遠心分離して上清を除去した後、washing buffer(PBS+2%FBS)で細胞ペレットを懸濁して洗浄し、washing bufferを用いて2回さらに細胞を洗浄した。次に、1xDAPIが含まれているwashing buffer 200μLを各wellに入れて細胞を懸濁し、FACS filter tubeに移した。そして、1xDAPIが入っているwashing buffer 1mLを追加した。96well plateの各wellに完全培地100μLを入れ、well当たりcellを1個ずつsingle cell sortingをした。Sortingしたplateは、37℃およびCO2培養器に培養した。3日後に、各wellに完全培地を100μLを追加し、2~3日間隔で完全培地100μLずつ各wellを交替して培養した。96 well plateでcellが成長すると、24 well plateに移し、各wellに完全培地で体積を500μLになるように合わせた。2~3日後に、24 well plateの各wellに完全培地500μLを追加し、2~3日後に、各wellに完全培地1mLを追加し、合計2mLに作った。2~3日間隔で完全培地1mLを交替しながら培養した。
1.細胞およびベクター
後述するように、pBatトランスポゾンmutant formプラスミドを製作して実験に使用し、遺伝子伝達効率を確認するための細胞としてJukat cells(ATCC、Cat no.TIB-152、Lot no.70017560)を使用した。
ITR mutantは、実施例Bと同じ方法で製作した。
実施例Bと同様の方法で細胞にmutant DNAとtransposase DNAをTransfection(electroporation)した。Transfectionを行った後、7日および14日が経過したとき、蛍光顕微鏡で細胞のGFP発現程度を観察し、FACS分析を通じて生細胞(DAPI negative)のうちGFP発現細胞の割合を確認した。また、実施例Bと同じ方法でSingle cell sortingおよび培養を行った。
Transfectionグループは、下記表1のように準備した。
上記の実施例において、Jurkat細胞株におけるpBat transposon(トランスポゾン)システムによる遺伝子伝達効率を確認するときには、Neon装備を用いてelectroporation(電気穿孔法)を行った。しかしながら、Neon装備を用いたelectroporationの場合、primary T細胞では効率が非常に低く、small scaleの細胞数(最大106個)で進行されなければならないという制限点がある。したがって、本実施例では、Maxcyte装備を用いてPBMCにおけるpBat transposonシステムによる遺伝子伝達効率を確認した。このために、GFP遺伝子を含むtransposon(Naive-GFP、3M3-5M3-GFP)と1G4 TCR遺伝子を含むtransposon(B3IS-B5IE-1G4、3M3-5M3-1G4)を用いてmutant form transposonの遺伝子伝達効率を比較した。Transposaseは、プラスミドDNAで発現させた。
1-1.DNAおよびRNA分子
pBatトランスポゾンプラスミドベクターは、下記の4種を使用し、対照群としては、pEGFP(pBat B3IS-B5IE)を使用した。トランスポザーゼの発現のために、pBat transposaseプラスミドを共に導入させた(配列番号19)。
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、ヒトから採血して収得した新鮮なPBMCおよびA375細胞(ATCC、Cat no.CRL-1619、Lot no.70032966)を使用した。
下記過程を通じてヒトから採血して収得した血液からPBMCを収得した:Ficoll-Paqueを4個の50mL conical tubeにそれぞれ15mLずつ分注した後、健常者から収得した全血80mL中30mLを各チューブのFicoll-Paque層上に混ざらないようにゆっくり追加した。次に、1000xg、Break 0条件で15分間遠心分離した。遠心分離を終えたチューブからピペットを用いてPBMC層だけを注意深く吸い取り、新しい50mL cornical tubeに移した。前記チューブにwashing buffer(DPBS+2%FBS)を総体積が50mLになるように充填した後、invertingし、450xgで10分間遠心分離を行った後、上清を除去した。次に、ペレットにwashing buffer 50mLを添加してペレットを再懸濁させた後、450xgで10分間遠心分離後、上清を除去した。さらに、ペレットにwashing buffer 50mLを添加してペレットを再懸濁した後、PBMCの個数および生存率(viability)を確認した。次に、さらに450xgで10分間遠心分離後、上清を除去し、収得した細胞ペレットをPBMCを20mLのRPMI mediaで再懸濁させた後(合計8×107個の細胞)、T75 flaskに移した。その後、実験を進めるまで細胞は常温で保管した。
細胞への遺伝子伝達は、電気穿孔法を用いて行われた。まず、ヒト血液から分離したPBMCをcornicalチューブに集めた後、1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去した後に、50mLのPBSで細胞を懸濁した。懸濁した細胞に対してcell countingを行い、1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去した。収得した細胞ペレットには、Opti-MEM bufferを添加し、濃度が4×106個/50μLになるように細胞を懸濁させた。次に、1.5mLチューブをelectroporation条件ごとに(表3)準備した。各チューブにトランスポゾンベクターをPBMC 4×106個当たり5μgになるように入れ、4×106個のPBMCをトランスポゾンベクターが入っている各チューブに追加した。次に、前記細胞懸濁液(4×106個/50μL)をOC100X2 assemblyにバブルが生じないように気を付けて入れた。ElectroporationのためにMaxcyte GTxでResting T cell 14-3プロトコルを行った。前記OC100x2 assemblyをGTxに刺してプロトコルを行い、electroporationを進めた。Electroporationが終わった後、OC100x2 assemblyから細胞懸濁液を12wellプレートに移した(4×106個/50μL/well)。Opti-MEM培地50μLでOC100X2wellを洗浄し、プレートの各wellに追加し、37℃およびCO2培養器で20分間回復時間を有した。回復時間が終わった後、完全培地(AIM-V+3%HS+200IU/mL IL-2)800μLずつを6well plateの各wellに注意深く追加した後、さらに37℃およびCO2培養器に入れ、1日間培養した。
Electroporation 1日後に、50Gy放射線照射されたfeeder cellとしてA375を電気穿孔されたPBMC(electroporated PBMC)に追加した。具体的には、150πディッシュ8個で培養中のA375(p8)細胞の培地を除去した後、5mLのPBSでディッシュを洗浄し、0.05% Trypsin-EDTA 2mLを添加した。37℃およびCO2培養器に3分間インキュベートした後、新培地(DMEM+10%FBS+1x P/S)10mLを入れ、ディッシュの底部から離脱した細胞を回収した。次に、細胞懸濁液を1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去し、新培地(DMEM+10%FBS+1x P/S)30mLで沈殿した細胞を懸濁させた。収得したA375細胞は、9×107個/20mLの濃度で1個のT75フラスコに入れ、50Gyで放射線照射をした。放射線照射されたA375細胞は、新しい50mL conicalチューブに回収し、1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去した。PBS 50mLで細胞ペレットを懸濁した後、1,500rpmで5分間追加遠心分離し、次に、上清を除去した後、PBS 50mLで細胞ペレットを再懸濁し、cell countingを行った。Cell countingを終えた細胞サンプルは、1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去し、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)で2×106個/100μLになるように細胞ペレットを懸濁した。準備したFeeder cell懸濁液は、電気穿孔1日後に培養されたPBMCに100μL(2×106個)ずつ追加し、37℃およびCO2培養器で培養した。
Electroporation 3日後、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)1mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した(1次培地添加)。Electroporation 6日後、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)2mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した(2次培地添加)。Electroporation 7日後、培養中の細胞を懸濁させた後、細胞懸濁液2.5mLは、FACS分析のために新しいチューブに移し、残りの1.5mLの細胞懸濁液には、新培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)1.5mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。Electroporation 10日後、培養中の細胞を懸濁させた後、各wellごとに1.5mLの細胞懸濁液を新しいwellに移し(1:1 split)、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)1.5mLずつを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。Electroporation 14日後、各wellの細胞を新しいチューブに移し、FACS分析を進めた。
GFP遺伝子を含むpBatトランスポゾンベクターグループは、electroporation 1日、7日後に、蛍光顕微鏡を通じてGFPの発現を観察した。
FACS分析は、electroporation 7日および14日後に進め、electroporation 7日後には、蛍光顕微鏡でGFP発現観察後にFACS分析を進めた。具体的には、各well別に細胞を懸濁させた後、16個の1.5mLチューブに移した。各チューブを1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去した後、washing buffer(PBS+2%FBS)1mLで細胞を懸濁した。遠心分離および上清除去過程を2回さらに行い、細胞を洗浄した。各チューブ当たりhuman TruStain FcX 1μL+washing buffer 30μLずつを添加後、室温で5分間反応させた。抗体を表4のように各tube当たり各1μLずつ追加した後、4℃で30分間反応させた。反応を終えた細胞は、washing bufferで洗浄し、1xDAPIが入っているwashing buffer 200μLで懸濁してFACSチューブに移し、FACS分析を進めた。
1.試験物質および細胞
pBatトランスポゾンプラスミドとしてGFP遺伝子を含むpBat transposon 3M3-5M3-GFPおよび1G4 TCR遺伝子を含むpBat transposon 3M3-5M3-1G4 TCRを使用し、トランスポザーゼの発現のためにpBat transposaseプラスミドを共に導入させた。
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、ヒトから採血して収得した新鮮なPBMCおよびA375細胞(ATCC、Cat no.CRL-1619、Lot no.70032966)を使用した。A375細胞は、放射線(50Gy)照射後に凍結保管されたものを使用した。実施例Dと同じ方法でヒト全血から新鮮なPBMCを分離した。
トランスポゾンおよびトランスポザーゼプラスミドをPBMCに導入するために電気穿孔法を行った。全体的な過程は、実施例Dと同一に進め、サンプル別の具体的なElectroporation条件は、下記表5の通りである。
T細胞の活性化方法として1G4 TCRのターゲット抗原であるNY-ESO-1抗原を発現するA375細胞(50Gy放射線が照射されたもの)をfeeder cellに追加し、特異的に1G4 TCR-T細胞を活性化する方法を行った。この際、T細胞の活性化時期をelectroporation直後または1日後に分けて進め、活性化時期による結果を比較した。表6のように「3M3-5M3-1G4+DNA(直後)群」には、electroporation直後、「3M3-5M3-1G4+DNA(直後)群」を除いたすべての群には、electroporation 1日後に50Gy放射線照射されたA375細胞をfeeder cellとしてelectroporated PBMCに追加した。
electroporation直後にfeeder cellを添加してT細胞を活性化する3M3-5M3-1G4+DNA(直後)グループは、下記方法でT細胞を活性化し、培養した:
凍結保管中の50Gy放射線照射されたA375バイアル1個を37℃ water bathで解凍させた。50mLチューブにALyS培地を9mLを入れ、解凍したA375細胞懸濁液1mLをゆっくり追加した。前記チューブを常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、細胞ペレットは、10mLのALyS培地で懸濁して細胞計数を進めた後、5×106個のA375細胞を15mLチューブに移し、1,500rpmで5分間遠心分離後、上清を除去した。細胞ペレットは、培地(ALyS+3%HS+200IU/mL IL-2)800μLで懸濁し、前記表6のようにElectroporation後に回復を終えた3M3-5M3-1G4+DNA(直後)群に追加し、37℃およびCO2培養器で培養した。1日後、培地(ALyS+3%HS+200IU/mL IL-2)1.5mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。2日後、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)5mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した。3日後、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)10mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した。6日後、T25 flaskで培養中の細胞を懸濁させた後、T75 flaskに移し、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)30mLを添加した後、flaskを37℃およびCO2培養器で培養した。8日後、T75 flaskに培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)20mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。10日後、ピペットを用いてT75 flaskから培地40mLを除去し、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)を30mL添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した。
前記表6においてグループ1、2、4、および5は、下記の方法でT細胞を活性化し、培養した:
Electroporation 1日後、凍結保管中の50Gy放射線照射されたA375バイアル1個を37℃water bathで解凍させた。50mLチューブにALyS培地を9mL入れ、解凍したA375細胞懸濁液1mLをゆっくり追加した。前記チューブを常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、細胞ペレットを10mLのALyS培地で懸濁し、細胞計数を進めた後、5×106個のA375細胞を15mLチューブに移し、1,500rpmで5分間遠心分離した。上清を除去し、細胞ペレットを2×106個/500μLになるように培地(ALyS+3%HS+200IU/mL IL-2)で懸濁した後、表6においてT細胞活性化方法が「放射線照射されたA375細胞」である条件のうち「3M3-5M3-1G4+DNA(直後)群」を除いた群のflaskに追加した。次に、培地(ALyS+3%HS+200IU/mL IL-2)1mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。3日後、T25 flaskに培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)5mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。6日後、T25 flaskに培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)5mLを添加し、37℃およびCO2培養器で培養した。8日後、「EP only(1日後)放射線照射されたA375細胞群とNo EP群」は、T25 flaskで培養中の細胞を懸濁させた後、T75 flaskに移し、培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)10mLずつ添加し、他の群のflaskには培地5mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した。10日後、ピペットを用いてflaskから10mLを除去し、新培地(AIM-V+3%HS+1x P/S+200IU/mL IL-2)10mLを添加した後、37℃およびCO2培養器で培養した。
トランスポゾンシステムによる遺伝子伝達効率を分析するためにFACSを進め、全体的に実施例Dに記述されたFACS方法と同一に行った。
1.試験物質および細胞
pBatトランスポゾンプラスミドとしてCD19 CAR遺伝子を含むpBat transposon 3M3-5M3-CD19 CARを使用し、トランスポザーゼの発現のためにpBat transposaseプラスミドを共に導入させた。
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、健常者から分離して凍結保管されたLK053 PBMCを使用した。
2-1.PBMCのelectroporationおよび培養
LN2に保管中のLK053 PBMC細胞バイアル2個を37℃ water bathで解凍させた後、50mLチューブに培地(AIM-V+3%HS)18mLを入れ、解凍した細胞懸濁液2mLをゆっくり追加した。前記チューブを常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、細胞ペレットを20mLの培地(AIM-V+3%HS)で懸濁し、細胞計数を進めた。3.5×107個のPBMCを常温で1,500rpmで5分間遠心分離した後、上清を除去し、細胞ペレットをPBS 10mLで懸濁した。次に、細胞懸濁液を常温で1,500rpmで5分間遠心分離した後、上清を完全に除去し、細胞ペレットを5×106個/50μLになるようにwarm opti-MEM 350μLで懸濁した。
Electroporation 1日後、T25 flaskに完全培地(AIM-V+3%HS+200IU/mL IL-2)を1.5mLずつ追加し、transactを50μLずつ添加した後、37℃およびCO2培養器で2日間培養し、T細胞を活性化させた。Electroporation 3日後、T25 flaskに完全培地(AIM-V+3%HS+200IU/mL IL-2)を2.5mLずつ追加し、37℃およびCO2培養器でT25 flaskを立てた状態で培養し続けた。Electroporation 6日後、T25 flaskに完全培地(AIM-V+3%HS+200IU/mL IL-2)を3mLずつ追加し、37℃およびCO2培養器でT25 flaskを立てた状態で培養し続けた。Electroporation 7日後、細胞を懸濁し、1mLずつFACSチューブに移し、FACS分析を進め、残った細胞は、37℃およびCO2培養器でT25 flaskを立てた状態で培養し続けた。
トランスポゾンシステムによる遺伝子伝達効率を分析するために、electroporation 7日後にFACSを進め、全体的に実施例Dに記述されたFACS方法と同一に行った。
1.試験物質および細胞
pBatトランスポゾンプラスミドとしてCD19 CAR遺伝子を含むpBat transposon 3M3-5M3-CD19 CARを使用し、トランスポザーゼの発現のためにpBat transposaseプラスミドを共に導入させた。
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、健常者から分離して凍結保管されたLK053 PBMCを使用した。
Electroporationを用いたPBMCへの3M3-5M3-CD19 CARトランスポゾンおよびトランスポザーゼプラスミドの導入およびElectroporation後のT細胞の活性化は、実施例Fに記載されたのと同じ方法で行った。
トランスポゾンシステムによる遺伝子伝達効率を分析するために、electroporation 7日後にFACSを進め、全体的に実施例Dに記述されたFACS方法と同一に行った。
1.細胞
実施例FまたはGと同じ方法でpBatトランスポゾンシステムでCD19 CAR遺伝子を導入させて2週間培養したCAR-T細胞(LK053 CAR-T)を使用した。対照群としては、CD19 CAR-T細胞の製作時に同一にelectroporationおよび2週培養を行った細胞(LK053 control)を使用した。
LN2に保管中のLK053 control T細胞およびトランスポゾンシステムで製作されたCD19 CAR-Tバイアル2個ずつを37℃ water bathで解凍させた。50mLチューブ2個に培地(ALyS+3%HS)を18mLずつ入れ、解凍した細胞懸濁液をそれぞれ2mLずつゆっくり追加した。常温で1,500rpmで5分間遠心分離した後、上清を除去し、細胞ペレットを10mLの培地(ALyS+3%HS)で懸濁して細胞計数を進めた。次に、細胞をT75 flaskに移し、1×107個/10mLになるように培地(ALyS+3% serum)を合計50mLで添加した後、37℃およびCO2培養器で1日間培養して安定化させた。
CD19発現B細胞株であるBJAB細胞を培養後、15mLチューブに回収し、常温で1,500rpmで5分間遠心分離して上清を除去し、細胞ペレットをALyS培地2mLで懸濁して細胞計数を進めた。さらに細胞懸濁液を常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を完全に除去し、1×105個/100μLになるように培地(ALyS+3%HS)で細胞ペレットを懸濁した。懸濁したBJAB細胞を表8の条件によって96wellプレートにwell当たり1×105個ずつ入れた。上記の実施例で安定化させたcontrol T細胞およびCD19 CAR-T細胞をそれぞれ50mLチューブに回収し、常温で1,500rpmで5分間遠心分離して上清を除去し、細胞ペレットを培地(ALyS+3%HS)10mLで懸濁した後、細胞計数を進めた。control T細胞およびCD19 CAR-T細胞をそれぞれ2個ずつの15mLチューブに2×106個と6×106個に分けて入れた。次に、各細胞懸濁液を常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を完全に除去した。2×106個の細胞ペレットは、1×105個/100μLになるように培地(ALyS+3%HS)2mLで懸濁し、6×106個の細胞ペレットは、4×105個/100μLになるように培地(ALyS+3%HS)1.5mLで懸濁した。
Human IFN-gamma ELISA assayキットのプロトコルにより進めた。上記の実施例で-80℃に保管された培養液を氷でゆっくり解凍させ、Standard IFN-γをnuclease-free water 100μLで溶かして、20,000pg/mLの濃度で準備した。20,000pg/mLのIFN-γをassay diluentで希釈して、1,500、750、375、187.5、93.75、46.875、および23.438pg/mLの濃度のstandard IFN-γをそれぞれ作成した。20x wash bufferを滅菌蒸留水1/20希釈して、1x wash bufferを作成し、IFN-γELISAプレートに200μLずつ入れ、プレートをひっくり返して溶液を除去した(1番目の洗浄)。次に、1x wash bufferを300μL入れ、プレートをひっくり返して溶液を除去した(2番目の洗浄)。前記2つの洗浄過程を2回繰り返して合計4回の洗浄を進めた。最後の溶液の除去時にペーパータオルを用いて溶液を完全に除去した。解凍した培養液は、洗浄を終えたIFN-γELISAプレートに100μLずつ入れた。次に、各濃度のstandard IFN-γを100μLずつ2個のwellに入れた。他の2個のwellには、ALyS培地を100μLずつ入れ、blankを準備した。プレートカバーを付着し、常温で2時間反応させ、反応を終えたプレートは、ひっくり返して培養液を除去し、1x wash bufferを200μL入れた後、プレートをひっくり返して溶液を除去した(1番目の洗浄)。次に、1x wash bufferを300μLを入れ、プレートをひっくり返して溶液を除去した(2番目の洗浄)。洗浄過程を2回繰り返して合計4回の洗浄を進めた。最後の溶液の除去時にペーパータオルを用いて溶液を完全に除去した。洗浄過程中にdetection antibodyをnuclease-free water 300μLで溶かし、assay diluentで1/20希釈して準備した。洗浄したプレートの各wellに希釈したdetection antibodyを100μLずつ分注し、プレートカバーを付着し、常温で2時間反応させた。プレートをひっくり返して培養液を除去し、1x wash bufferを200μL入れた後、プレートをひっくり返して溶液を除去した(1番目の洗浄)。次に、1x wash bufferを300μLを入れ、プレートをひっくり返して溶液を除去した(2番目の洗浄)。洗浄過程を2回繰り返して合計4回の洗浄を進めた。最後の溶液の除去時にペーパータオルを用いて溶液を完全に除去した。洗浄過程中にstreptavidin-HRPをassay diluentで1/20希釈して準備した。洗浄したプレートの各wellに希釈したstreptavidin-HRPを100μLずつ添加した。プレートカバーを付着し、常温で30分間反応させた。反応を終えたプレートは、ひっくり返して培養液を除去し、1x wash bufferを200μLを入れた後、プレートをひっくり返して溶液を除去した(1番目の洗浄)。次に、1x wash bufferを300μLを入れ、プレートをひっくり返して溶液を除去した(2番目の洗浄)。洗浄過程を2回繰り返して合計4回の洗浄を進めた。最後の溶液の除去時にペーパータオルを用いて溶液を完全に除去した。洗浄したプレートの各wellにTMBを100μLずつ入れ、常温で5分間反応させた。Stop solutionを100μLずつ各wellに入れ、反応を中止させた。Multiscan sky装備で450nmの吸光度を測定し、濃度を計算した。
1.細胞およびDNA分子
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、Jurkat cell(ATCC、Cat No.TIB-152、Lot no.70017560)を使用した。
トランスポゾンシステムの場合、対照群としてpEGFP-C1プラスミドを使用し、トランスポゾン伝達形態による遺伝子伝達効率を確認するために、下記3つのトランスポゾンを使用した:i)Transposon 3M3-5M3-GFPプラスミド(plasmid形態)、ii)Transposon 3M3-5M3-GFP linear dsDNA(線状dsDNA形態)、およびiii)Transposon 3M3-5M3-GFP minicircle dsDNA(minicircle dsDNA形態)。
また、トランスポザーゼの発現のために、pBat transposaseプラスミドを共に導入させた。
培養中のJurkat細胞を50mLチューブに回収し、常温で1,500rpmで5分間遠心分離した。上清の除去後、細胞ペレットを10mLの培地(RPMI+10%FBS)で懸濁した後、細胞計数を進めた。細胞4×106個を15mLチューブに移し、培地(RPMI+10%FBS)を最終体積が2mLになるように追加した後、常温で1,500rpmで5分間遠心分離した。遠心分離を終えたサンプルから上清を除去し、細胞ペレットをOpti-MEM 5mLで懸濁させた後、さらに常温で1,500rpmで5分間遠心分離した。次に、Neonチューブにelectrolytic bufferを3mLずつ入れ、24wellプレートにwell当たり400μLの培地(RPMI+10%FBS)を入れた。遠心分離を終えたJurkat細胞サンプルから上清を除去し、1×105個/100μLになるように細胞ペレットをOpti-MEMで懸濁した。再懸濁した細胞のうち4.2×105個の細胞を1.5mLチューブに移した。それぞれの1.5mLチューブに表9のように各条件別にDNAあるいはmRNAを細胞1×105個当たり1μgずつ追加した。この際、追加されるDNAあるいはmRNAの総volumeは、electroporation volume(100μL)の10%(10μL)が超えないようにした。
Jurkat細胞で発現するGFP蛍光は、electroporation 1日、7日、14日後に蛍光顕微鏡を用いて観察した。
FACS分析は、electroporation後、1、7、および14日目に蛍光顕微鏡でGFP発現を観察して進め、上記の実施例と同じ方法で行った。
1.細胞およびDNA分子
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、HEK293細胞株(韓国細胞株銀行、Cat no.KCLB21573 T、Lot no.46269)を使用した。
HEK293細胞を3日間培養した100πプレートから培地を除去した後、PBSを4mL追加してプレートを洗浄し、除去した。次に、Trypsin-EDTAを1mL追加し、37℃およびCO2培養器で2分間反応させた。培養を終えた細胞は、培養培地(DMEM+10%FBS、1x P/S)を用いて15mLチューブに回収し、常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去した後、PBS 5mLで細胞を懸濁し、細胞計数を進めた。さらに、常温で1,500rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、resuspension bufferで4×105個/90μLとなるように細胞を懸濁した。1.5mLチューブ1個には、細胞26×105個、6個には、細胞18×105個ずつ移した。6 well plateにwell当たり900μL培地(DMEM+10%FBS)を入れ、Neonチューブには、electrolytic bufferを3mLずつ分注した。次に、上記で準備したチューブに各条件別に細胞4×105個当たり1μgずつ下記の表のように追加した。
Jurkat細胞に発現するGFP蛍光は、electroporation 1日、7日、10日後に蛍光顕微鏡を用いて観察した。蛍光顕微鏡を用いたタンパク質観察およびFACS分析は、上記の実施例と同じ方法で行った。
Electroporation 1日および7日後、回収したHEK293細胞からRneasy kitを用いてtotal RNAをマニュアルの通り抽出した。cDNA合成キットを用いて各premixチューブ当たり1.0μgのtotal RNAを入れ、マニュアルの通りcDNAを合成した。下記のようにqPCRのためのmixtureを製造した。
electroporation 3日後および10日後に回収し、凍結保管した培地を氷でゆっくり溶かし、4℃で1,600rpmで5分間遠心分離した。上清を注意深く取って、新しい1.5mLチューブに移した。IgG1標準品バイアルに600μLの1X assay diluentを添加して300ng/mL standardを作成し、下記のように1X assay diluentで希釈し、濃度別に準備した。
1.細胞およびDNA分子
トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するための対象細胞としては、Jurkat(ATCC、Cat No.TIB-152、Lot no.70017560)を使用した。
トランスポゾンのベクターサイズによる遺伝子伝達効率を確認するために、Transposon wild-type(野生型)、Transposon B3IS-B5IE(7,562bp)、およびTransposon EF1α-B3IS-B5IE-EGFP-KanR(4,149bp)を使用し、対照群としてpEGFP-C1プラスミドを使用した。
また、トランスポザーゼの発現のために、pBat transposaseプラスミドを共に導入させた。
Jurkat細胞にトランスポゾンベクターを導入させるために、実施例B等と同じ方法でNeon electroporationを行った。実験条件は、下記の表と同じである。
トランスポゾン別の遺伝子伝達効率を確認するために、上記の実施例と同じ方法で蛍光顕微鏡観察およびFACS分析を行った。
実験例A.ITR探索および機能の確認
1.蛍光顕微鏡観察(図2a~図2d)
配列番号1と配列番号2を含むIntactトランスポゾンとトランスポザーゼを単独または一緒にT細胞にtransfection(electroporation)後、1、2、3、6日目に蛍光顕微鏡でGFP発現を確認した。その結果、3日目までは、ITRを含まないGFP controlでも発現することから見て、transientに発現することが判断された。しかしながら、6日目には、GFP controlでは、GFPを発現する細胞は観察されなかったが、transposonとtransposaseが一緒にco-transfectionされた細胞では、GFPが弱く発現することを確認し、これにより、ITRを通じて細胞の染色体内にintegrationされたことが分かった。
蛍光顕微鏡で観察された細胞をFACSでGFP発現割合を確認した。その結果、蛍光顕微鏡観察結果と同様に、7日目にITRを含まないGFP controlでは、GFPがほとんど発現しなかったが、transposonとtransposaseが一緒にco-transfectionされた細胞では、GFPが発現することを確認した。
Transfection 3日後までは、程度の差はあったが、pCAG-EGFP-ITR transposonだけでなく、ITRを含まないGFP controlでもGFPが発現することから見て、transientに発現することが判断された。しかしながら、6日後の場合、ITRを含まないGFP controlでは、GFPがほとんど発現せず、pCAG-EGFP-ITR transposonとtransposaseを一緒にco-transfectionした細胞だけでGFPが発現することから見て、染色体内にintegrationされたことが分かった。
pCAG-EGFP-ITR transposonおよびtransposaseを一緒にco-transfectionした後、7日目にGFPを発現する細胞を分離(sorting)し、分離した細胞を10日間さらに培養した後、蛍光顕微鏡でGFP発現を確認した。その結果、pCAG-EGFP-ITR transposonおよびtransposaseを一緒にco-transfectionした細胞で持続的にGFPが発現することを確認し、染色体内にintegrationによってstableにGFPを発現することが分かった。
Sorting後、GFPを発現する細胞において実際ITRによって染色体内に挿入されたかを確認するために、3個のcloneに対してsplinkerette PCRを用いて分析した。PCR結果、single bandのみが確認され、このsingle bandのPCR productをsequencingして分析した結果、それぞれ染色体(chromosome)2、12、および14番に挿入されたことを確認した。
上記の実験例を通じて本発明者らが発掘したトランスポゾンが対象細胞の染色体内に遺伝子を伝達および挿入させることができることを確認した。これより、本実験例では、前記トランスポゾンの3’ITRおよび5’ITR領域に対するdeletion mutantを製作し、各mutant formの遺伝子伝達効率を比較することによって、機能がさらに改善された突然変異トランスポゾンを製作しようとした。
本発明によるトランスポゾン突然変異を製作するためのoriginal transposon backboneベクターマップは、図7aに示した。また、pBat transposonの5’ITRおよび3’ITRを改変して得られるtransposon mutantベクターの種類を図7bに全体的に示した(3’ITR mutant(reverse)をも含む)。
Transfection 7日後、Jurkat cellにおけるGFP発現を蛍光顕微鏡を用いて観察し、FACSで分析した。図8aに示されたように、プラスミドなしにelectroporationだけを行った陰性対照群では、GFP発現が観察されず、GFPを含むプラスミド(pEGFP)をelectroporationした陽性対照群では、非常に弱くGFP発現されることを確認した。TransposaseなしにpBatトランスポゾンのみをtransfectionした群でも、GFP発現が非常に低く、piggyBacトランスポゾンなしにtransposaseのみをtransfectionした群(pBac)では、GFP発現が観察されなかった。一方、図8b~図8eに示されたように、5M4 mutant formを含むすべてのグループにおいて高レベルのGFP発現が確認され、残りのトランスポゾンmutant form(逆に)でも、GFP発現が観察された。
また、transfection 7日後、GFPを発現するJurkat cellの割合を確認するために、FACS分析を行った。分析方法は、図9aのように、singlets→cells→live cells→GFP+ cellsの順にgatingして分析した。そして、Live cellにおけるGFP+ cellの割合は、histogramで分析した。分析結果、transfection 7日後、pEGFP群およびpBatトランスポゾンのみをtransfectionした群では、GFP発現細胞の割合がそれぞれ0.5%と1.6%に過ぎず、pBac群のGFP発現細胞の割合は0%であったところ、GFPを発現するstable cellが殆どないことを確認することができた(図9aおよび表13)。一方、本発明によるpBat mutantトランスポゾンを導入したグループでは、transfection後、7日が経過した後にも、GFP発現細胞が存在することを確認した(図9b~図9e)。
Transfection 14日後、GFPを発現するJurkat cellの割合を確認するために、FACS分析を行った。分析結果、transfection 14日後、pEGFP群およびpBatトランスポゾンのみをtransfectionした群では、GFPを発現する細胞の割合がそれぞれ0.4%および0.8%であり、pBac群のGFP陽性細胞の割合は、0%であり、GFPを発現する細胞が殆どないことが明らかにされた(図10a)。一方、本発明によるpBat mutantトランスポゾンを導入したグループでは、transfection後、14日が経過した後にも、GFP発現細胞が存在することを確認した(図10b~図10e)。
Transfection 14日後、r3M1-B5IE、r3M1-5M3、r3M1-5M4、r3M3-B5IE、およびr3M3-M4処理群においてGFPを発現するJurkat cellをそれぞれ96 well plateに移した後、single cell sortingした(図12a)。次に、single cellにsortingされた細胞を14日間さらに培養した後、GFP発現を観察した。その結果、r3M1-B5IE群の細胞は、トランスポゾンのtransfection後、31日が経過した後にも、GFPを安定的に発現することを確認した(図12b)。
本実験例では、実験例Bと同様に、本発明者らが発掘したトランスポゾンの突然変異体を製作し、染色体内挿入効率および遺伝子発現効率がさらに増進された突然変異(mutant)を製作した。特に、本実験例では、実験例Bとは異なって、3’ITR mutantをsense鎖配列でクローニングし、突然別がベクターを製作した。
Mutant formは、全体的に実験例Bと同じ方式でデザインした(図13aおよび図13b)。pBatおよびpiggyBacそれぞれのITR配列のalignment分析結果を基に4種の5’ITR突然変異および4種類の3’ITR突然変異を製作した。
製作されたトランスポゾンベクターは、electroporation(Neon transfection)を通じてJurkat cell内に導入させた。Electroporation 7日後、トランスポゾンの遺伝子伝達効率を確認するために、Jurkat cellにおけるGFP発現を蛍光顕微鏡を用いて観察し、FACSで分析した。分析結果、図14aのように、プラスミドなしにelectroporationだけを行った陰性対照群(Control)では、GFP発現が観察されず、GFP発現プラスミド(pEGFP)をelectroporationした陽性対照群では、弱くGFP発現することを確認した。TransposaseなしにpBatトランスポゾンのみをtransfectionした群でも、GFP発現が非常に低く、transposaseおよびintact pBat(original)を共にelectroporationした群(pBat control)でも、GFP発現は低く観察された。一方、本発明によるmutant transposonをelectroporationした群では、概してGFPが検出され、特に5M3または5M4 mutant formを含むグループにおいて高レベルのGFP発現が観察された(図14b~図14f)。
Transfection 14日後、Jurkat cellにおけるGFP発現を蛍光顕微鏡を用いて観察し、FACSで分析した。分析結果、図16aのように、プラスミドなしにelectroporationだけを行った陰性対照群では、GFP発現が観察されず、GFPを含むプラスミド(pEGFP)をelectroporationした陽性対照群、およびtransposaseなしにpBatトランスポゾンのみをtransfectionした群でも、GFPがほとんど観察されなかった。transposaseとintact pBat(original)を共にtransfectionした群(pBat control)では、GFPが非常に低い水準で観察された。一方、本発明によるトランスポゾンmutantをelectroporationしたグループは、概してGFPが発現したことが確認され、特に、5M3または5M4 mutant formを含むグループにおいて高レベルのGFPの発現が確認された(図16b~図16f)。
実施例Dで記述したように、Maxcyte装備を用いてPBMCにおけるpBat transposonシステムによる遺伝子伝達効率を確認しようとした。このために、GFP遺伝子を含むtransposon(Naive-GFP、3M3-5M3-GFP)および1G4 TCR遺伝子を含むtransposon(B3IS-B5IE-1G4、3M3-5M3-1G4)を用いてmutant form transposonの遺伝子伝達効率を比較した。
Electroporation 1日後および7日後にpBat-GFPグループにおいてGFPが発現することか蛍光顕微鏡で観察した。Electroporation 1日後にpEGFPとpBat-GFPグループの全部でGFPが発現することを図18aのように確認した。Electroporation 7日後には、図18bのように、pEGFPグループではGFPが観察されなかったが、pBat-GFPグループでは、GFPが発現することを観察し、これは、transposaseによってトランスポゾンベクターのITR内にあるGFP遺伝子がPBMCの染色体内に挿入(integration)されて安定(stable)に発現するためであると判断される。また、Naive-GFP群より3M3-5M3-GFP群においてGFPが強く発現することから見て、ITR配列を改変(mutation)した3M3-5M3ベクターが遺伝子挿入および発現効率が高いと思われる。
Maxcyte electroporation後、細胞生存率および細胞数の変化を確認するために、electroporation 1日後および14日後に細胞計数を進めた。下記の表16のように、electroporation 1日後にNO EP群(electroporationしない群)とcontrol群(electroporationだけを行った群)では、90%以上の高い生存率を示したが、pEGFP群では、69.5%の生存率を示し。pBatトランスポゾンを導入したグループでは、全部約33%~62%の低い生存率を示した。細胞数も、pEGFP群とpBatトランスポゾン群(3M3-5M3-1G4+DNA群除外)において全部1×106個以下計数されたところ、最初seedingされたPBMC細胞数(4×106個)に比べて75%以上減少したことが示された。一方、electroporation 14日後には、すべてのグループにおいて88%以上の良好な生存率を確認し、細胞数も、pBat-GFP群が、約2×106~6×106個、pBat-1G4グループが、約3.8×106~12×106個であることが確認されたところ、培養期間中に細胞が増殖するにつれて全体的に細胞数が増加したことを確認した。特に、pBat-1G4グループにおいて細胞が多く増殖したことが示された。前記結果は、electroporationによって細胞が損傷を受けて1日後に生存率が大きく低下したが、培養期間中に回復しながら増殖し、14日後には、細胞生存率と数が共に増加したためであると判断される。また、添加されたfeeder cell(放射線照射されたA375細胞)が1G4 TCRのcounter partnerであるHLA*02:01およびNY-ESO1を発現しているので、feeder cellによって1G4 TCRを発現するT細胞が活性化して増殖したと判断される。
Electroporation 7日後、FACS分析を通じてGFPの発現割合を確認した。図19aに示されたように、singlets→lymphocyte→live細胞→CD3+T細胞→GFP+T細胞→CD8+T細胞の順にgatingして、CD3+T細胞への遺伝子伝達効率を確認し、遺伝子が伝達されたT細胞のうちCD8+ cytotoxic T細胞の割合も分析した。
Electroporation 7日後、FACS分析を通じて1G4 TCRの発現割合を確認した。分析方法は、図21aに示されたように、singlets→lymphocyte→live細胞→CD3+T細胞→mTCRβ+T細胞→CD8+T細胞の順にgatingしてCD3+T細胞への遺伝子伝達効率を確認し、遺伝子が伝達されたT細胞のうちCD8+ cytotoxic T細胞の割合も分析した。
Electroporation 14日後、CD3+T細胞のうちGFPを発現する細胞の割合は、controlおよびpEGFP群が全部0%であった。一方、Naive-GFP+DNA群では、GFPを発現するCD3+T細胞の割合が1.62%および5.24%であり、3M3-5M3-GFP+DNA群では、0.81%および4.31%であったところ、electroporation 7日後に観察したのと同様の傾向が確認された(図23aおよび図23b)。pBat naiveグループおよびpBat 3M3-5M3グループ間に有意差が観察されず、GFP+T細胞のうちCD8+T細胞の割合は、pBat naiveグループでは約41%であり、pBat 3M3-5M3グループでは約60%であることが確認された。また、Electroporation 14日後、CD3+CD8+T細胞とCD3+CD8-T細胞における遺伝子伝達効率を分析した結果、図24aおよび図24bに示されたように、CD3+CD8+T細胞およびCD3+CD8-T細胞におけるGFP+細胞の割合は、約1%~10%であり、差異がなかった。
Electroporation 14日後、FACS分析を通じて1G4 TCRの発現割合を確認した。分析方法は、図25aのように、singlets→lymphocyte→live細胞→CD3+T細胞→mTCRβ+T細胞→CD8+T細胞の順にgatingして、CD3+T細胞への遺伝子伝達効率を確認し、遺伝子が伝達されたT細胞のうちCD8+ cytotoxic T細胞の割合も分析した。
健常者のPBMCにpBatトランスポゾンシステムで1G4 TCR遺伝子を伝達して1G4 TCR-T細胞を製作するに際して、T細胞の活性化時期によって1G4 TCR遺伝子の伝達および発現効率に差異があるかを確認した。
実験に使用したTCRのconstant regionがmouse constant regionであるから、これに対する抗体を用いたFACS分析を通じて1G4 TCRの発現割合を確認し、分析方法は、図27のように、singlets→live細胞→lymphocyte→CD3+T細胞→mTCRβ+T細胞の順にgatingして、CD3+T細胞への遺伝子伝達効率を確認した。
Electroporation 7日後、放射線照射されたA375細胞を用いてT細胞を活性化させたグループは、全部、目視で観察時に細胞増殖率が低く、図27に示されたように、CD3+T細胞のうちmTCRβ+T細胞がほとんど観察されなかった。
Electroporation 10日後、CD3+T細胞のうち1G4 TCR遺伝子発現効率を確認し、CD8とCD4マーカーを用いて1G4 TCRを発現するT細胞(CD3+mTCRβ+T細胞)のうちCD8+あるいはCD4+T細胞の割合を分析し、また、CD45RAとCD62Lマーカーを用いてmemoryタイプT細胞の割合も分析した。
Electroporation 14日後、CD3+T細胞のうちmTCRβを発現する細胞の割合は、図29のように、No EP、EP only、および3M3-5M3-GFP+DNA(1日後)グループにおいて全部0%であった。一方、3M3-5M3-1G4+DNA(直後)グループおよび3M3-5M3-1G4+DNA(1日後)グループは、CD3+T細胞のうちmTCRβ発現細胞の割合がそれぞれ73%および15%であったところ、Electroporation後、10日後の結果と同様に、放射線照射されたA375細胞をelectroporation直後に追加したグループにおいてmTCRβ発現細胞の割合がさらに高いことを確認した。
上記の実験例でpBatトランスポゾンシステムでPBMCにTCR遺伝子を伝達してTCR-T細胞を製作することができることを確認したところ、次に、本発明のトランスポゾンシステムがTCR遺伝子の他に他の遺伝子も効果的に伝達して遺伝子組み換えT細胞を製作できるかを確認しようとした。このために、本実施例では、3M3-5M3 transposonベクターにおいて5’ITRおよび3’ITRの間のTCR遺伝子をCD19 CAR遺伝子に代替して、3M3-5M3-CD19 CARベクターを製作した。遺伝子伝達のために、Maxcyte装備を用いて3M3-5M3-CD19 CAR transposonベクターおよびtransposaseベクターを共にPBMCにelectroporationし、培養する中に、CD19を発現するCAR-T細胞の割合を確認し、pBatトランスポゾンシステムによるCAR-T製作効率を確認しようとした。
Electroporation 7日後、FACS分析を通じてCD19 CARの発現を確認した。分析方法は、図31のようにsinglets→live細胞→lymphocyte→CD3+T細胞→FLAG+T細胞→CD8+あるいはCD4+T細胞の順にgatingして、CD3+T細胞へのCD19 CAR遺伝子伝達効率を確認し、遺伝子が伝達されたT細胞のうちCD8+またはCD4+T細胞の割合も分析した。TransposonベクターのCD19 CAR遺伝子においてleader配列およびCD19scFvの間にFLAG tag配列が位置しているので、CD19 CARタンパク質の発現は、anti-FLAG tag抗体で確認した。
Electroporation 7日後、3M3-5M3-CD19 CARグループにおけるCD19 CAR発現T細胞の割合を確認した結果、図32aに示されたように、3M3-5M3-CARを導入したグループにおいて約59%と非常に高レベルが確認された。また、CD19 CAR発現T細胞内CD8+あるいはCD4+細胞の割合を比較した結果、CD4+細胞の割合がCD8+細胞に比べて高いことが分かった(図32b)。
前記結果を通じて、本発明によるトランスポゾンシステムは、TCRだけでなく、CAR遺伝子も効果的に細胞内に伝達して発現させることができることが確認された。特に、electroporationでトランスポゾンおよびトランスポザーゼを導入した後、T細胞を活性化すると、遺伝子伝達および発現効率がさらに向上することができると判断される。
上記の実施例と同様に、CAR遺伝子を含む本発明のトランスポゾンシステムを用いてPBMCに前記遺伝子を導入し、CAR-T細胞が効果的に製作されたかをさらに検証した。
Electroporation 7日後、培養された細胞の生存率と総細胞数を確認した結果は、下記の表19に示した。
transposonベクターに挿入されたCD19 CAR遺伝子においてleader配列およびCD19scFvの間にFLAG tag遺伝子が存在するので、前記遺伝子が導入されて発現する細胞は、anti-FLAG tag抗体を用いたFACSで確認した。分析方法は、図33のように、singlets→live細胞→lymphocyte→CD3+T細胞→FLAG+T細胞の順にgatingして、CD3+T細胞内へのCD19 CAR遺伝子の伝達効率を確認した。また、CD8およびCD4マーカーを用いてCD19 CARを発現するT細胞(CD3+FLAG+T細胞)のうちCD8+あるいはCD4+T細胞の割合を分析し、CD45RAとCCR7マーカーを用いてmemoryタイプT細胞の割合も分析した。CD45RAとCCR7マーカーを用いたmemoryタイプT細胞の区分時に、CD45RA+CCR7-T細胞は、Teff(Effector T cell)、CD45RA-CCR7+T細胞は、Tem(Effect memory T cell)、CD45RA-CCR7+T細胞は、Tcm(Central memory T cell)、CD45RA+CCR7+T細胞は、Tscm(Stem cell like memory T cell)に区分される。
Electroporation 7日後、CD3+T細胞のうちFLAGを発現する細胞の割合は、図33のように、プラスミドなしにelectroporation(EP)だけを進めた陰性対照群であるEP only群では0%であった。一方、CD19 CAR遺伝子を含んだトランスポゾンおよびトランスポザーゼベクターを導入させた3M3-5M3 CD19 CAR群(「CD19 CAR+DNA」)の場合、FLAG発現細胞の割合が65%に達した。そして、CD19 CAR+DNA群においてFLAG発現T細胞内CD8+T細胞およびCD4+T細胞の割合は、それぞれ27%と71%であり、CD4+T細胞が相対的にさらに多く存在することを確認した。また、CD19 CAR+DNA群においてFLAG発現T細胞内memoryタイプT細胞の割合は、Teff 3%、Tem 12%、Tcm 76%、およびTscm 10%であり、Tcm細胞が最も多く存在し、Tscm細胞も10%程度存在することを確認した。
前記結果を通じて、本発明によるトランスポゾンシステムは、TCRだけでなく、CAR遺伝子も効果的に細胞内に効果的に伝達することができ、また、伝達された遺伝子が正常に発現することが確認された。したがって、本発明のトランスポゾンシステム利用時に高収率でCAR-T細胞を製作できることが期待される。
上記の実施例を通じて、pBatトランスポゾンシステムが対象細胞にTCRまたはCAR遺伝子等を効果的に伝達することができ、これを用いて優れた収率でCAR-T細胞等を製作することができることを確認した。したがって、本実施例では、pBatトランスポゾンシステムで製作されたCAR-T細胞のターゲット抗原に対する反応性を確認して、本発明によるトランスポゾンシステムで製作されたCAR-T細胞が実際に正常な機能を行うかを確認した。
具体的には、CD19を発現するB細胞であるBJAB細胞株とともに、control T細胞またはCD19 CAR-T細胞を24時間共培養した後、100μLの培養液でIFN-γELISA assayを進めて、CAR-T細胞の抗原に対する反応性を確認した。図35から確認できるように、control T細胞だけを単独で培養したりまたはBJABだけを単独で培養したときには、IFN-γが測定されなかった。また、control T細胞とBJAB細胞を共培養したグループは、IFN-γ測定されたが、その濃度は、40pg/mL以下と非常に低かった。一方、本発明によるトランスポゾンシステムで製作されたCD19 CAR-T細胞およびBJAB細胞を共培養したときには、IFN-γ濃度が顕著に増加したことが分かった。特に、BJAB細胞に比べてCAR-T細胞の割合が1:1であるとき、IFN-γの平均濃度は、385pg/mLであり、1:4の割合では、平均535pg/mLであることが確認されたところ、CAR-T細胞の割合が増加するほどIFN-γの濃度が増加したことが分かった。
上記の実験例を通じて本発明によるトランスポゾンシステムが効果的に遺伝子を伝達することができ、これを通じて、CAR-T細胞等外来遺伝子が導入された細胞を製作することができることを確認した。これより、本実施例では、様々な形態のトランスポゾンを用いてトランスポゾンの形態による遺伝子伝達の効率に差異があるかを確認した。
Electroporationを通じて様々なトランスポゾンを細胞内に導入させた後、7日後にGFPを含むtransposonを導入させたグループにおいてGFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察した。図36aに示されたように、electroporation(EP)しないNo EP群(陰性対照群)では、1日目と同一にGFPが発現せず、GFPプラスミドを導入させたpEGFP群(陽性対照群1)では、非常に弱くGFPが発現したが、GFP mRNAを導入させたGFP mRNA群(陽性対照群2)では、GFPシグナルが全く検出されなかった。GFPを含むtransposonを導入させたグループ(3M3-5M3-GFP plasmid、3M3-5M3-GFP linear dsDNA、3M3-5M3-GFP minicircle dsDNA)では、弱いGFPシグナルが検出された。
また、Electroporation 7日後、Jurkat細胞におけるGFP発現をFACS分析で確認した。具体的には、図36bのように、singlets→cells→live cells→GFP+ cellsの順にgatingして、分析した。GFP-(negative)に近く基準を定めてGFP発現細胞の割合を分析した結果、図36bのように、No EP群では、GFP発現細胞がなく、pEGFP群では、GFP発現細胞の割合が8%であり、GFP mRNA群では、0%であった。3M3-5M3-GFP transposonを導入させたグループの場合、GFP発現細胞の割合がプラスミド群では、15%、linear dsDNA群では、5%、minicircle dsDNA群では、4%と観測されたところ、プラスミド形態のトランスポゾンを導入したグループにおいてGFP発現細胞の割合が最も高いことを確認した。
次に、Electroporation 14日後、GFP遺伝子を含むtransposonが導入されたグループにおいてGFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察した。図37aに示されたように、No EP群およびGFP mRNA群では、GFPが検出されず、pEGFP群でもGFPがほとんど観察されなかった。一方、3M3-5M3-GFP transposonを導入させたグループは、全部高レベルのGFPシグナルが検出された。特に、GFPは、プラスミド群において最も高レベルで発現し、linear dsDNA群およびminicircle dsDNA群は、プラスミド群に比べて、相対的に弱く発現することを確認した。
Electroporation 7日、または14後、GFP-transposonグループにおけるGFP発現細胞の割合をGFP-(negative)に近く基準を定めて比較した結果、7日後には、4%~24%、14日後には、3%~19%と確認されたところ、GFP発現細胞の割合が次第に減少することを確認した(図38a)。3M3-5M3-GFP transposonの伝達形態によるGFP発現細胞の割合を比較した結果、linear dsDNA群およびminicircle dsDNA群に比べて、プラスミド群においてGFP発現細胞の割合が約2.5倍さらに高いことが明らかにされたところ、プラスミド形態でtransposonを伝達するとき、遺伝子伝達効率が最も良いことが分かった。
上記の実施例を通じて、pBat transposon突然変異の遺伝子伝達および発現効率を確認した結果、本発明によるトランスポゾンシステムがGFP遺伝子はもちろん、TLR等の受容体タンパク質の遺伝子あるいはCARのようなキメラ抗体の遺伝子も効果的にターゲット細胞(Jurkat細胞、PBMC等)に伝達することができることを確認した。さらに、3M3-5M3あるいは3M3-5M4のmutant transposonの遺伝子伝達効率が特に高いことが分かった。したがって、これらの改良されたmutant transposon伝達体が、JWW-2抗体遺伝子のようなその他の抗体遺伝子も効果的に伝達することができるかを確認し、特にタンパク質の大量生産に多く用いられるHEK293細胞でも遺伝子の伝達および発現効率が高いかを確認しようとした。
Electroporation 1日、7日、および10日後、GFP発現を蛍光顕微鏡を用いて観察した。分析結果、図39aのように、プラスミドなしにelectroporation(EP)だけを行った陰性対照群であるNo EP群では、すべての時期にGFP発現が観察されず、pEGFPプラスミドをelectroporationした陽性対照群(pEGFP群)では、electroporation 1日後には、GFPが良好に発現したが、7日と10日後には多く減少することを確認した。GFP遺伝子を含むtransposonグループを確認した結果、B3IS-B5IE-GFP群は、1日後にGFP発現が良好に行われたが、7日と10日後には、GFP発現レベルが多少減少したのに対し、突然変異トランスポゾンである3M3-5M3-GFPを処理した群(3M3-5M3-GFP群)は、1日後から10日後まですべての期間にわたって高レベルのGFP発現を示すことを確認した。前記結果は、本発明によるトランスポゾンシステムが優れた遺伝子伝達機能を発揮することを示す。
Electroporation 1日後および7日後、HEK293細胞からtotal RNAを分離し、qPCRでJWW-2のmRNA発現を確認した。分析結果、図40aのように、JWW-2遺伝子を含むtransposonグループのみにおいてJWW-2遺伝子が増幅されることを確認した。Electroporation 1日後には、B3IS-B5IE-JWW-2群においてJWW-2遺伝子のmRNA発現が最も高く、次に、3M3-5M3-JWW-2群、3M3-5M4-JWW-2群の順に高かった。しかしながら、Electroporation 7日後には、3M3-5M3-JWW-2群においてJWW-2 mRNA発現レベルが最も高く、次に3M3-5M4-JWW-2群、B3IS-B5IE-JWW-2群の順に高いことを確認した。
Electroporation 3日後および10日後、HEK293細胞を培養した培地を回収し、HEK293細胞から分泌されたJWW-2抗体タンパク質を定量した。具体的には、JWW-2抗体のFc regionであるhuman IgG1をターゲットとする抗体を用いたELISA assayを進めた。図40bに示されたように、electroporation 3日後、EP only群を除いて、JWW-2抗体遺伝子を含むtransposonグループにおいて全部human IgG1が検出された。特に3M3-5M3-JWW-2群の場合、JWW-2タンパク質レベルがelectroporation 3日後は1.6ng/mL、10日後は0.9ng/μLと最も高く、3M3-5M4-JWW-2群は、3日後に1.2ng/mL、10日後に0.5ng/mLであることが確認された。そして、B3IS-B5IE-JWW-2群は、3日後に0.5ng/mL、10日後に0ng/mLであることが確認された。したがって、本発明によるトランスポゾンシステムを用いてJWW-2遺伝子を伝達した細胞は、全部高レベルでJWW-2抗体を発現し、特に突然変異トランスポゾンを用いたグループにおいて遺伝子伝達効率が高いことを確認することができた。
上記の実験例を通じて、本発明によるトランスポゾンベクターが抗体遺伝子、受容体遺伝子、およびCAR遺伝子等様々な遺伝子をターゲット細胞内に効果的に伝達し、その発現を誘導することができることを確認した。
Electroporation 1日後、GFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察した。その結果、図41aのように、プラスミドなしにelectroporation(EP)だけを進めたEP only群を除いたすべての群においてGFPが発現することを確認した。
また、Electroporation 1日後、Jurkat細胞におけるGFP発現をFACS分析で確認した。図41bのように、singlets→cells→live cells→GFP+ cellsの順にgatingして、分析した。分析結果、EP only群では、GFPが全く観察されず、pEGFP群では、GFP発現細胞の割合が約31.8%であることを確認した。pBat transposonベクターおよびtransposaseベクターをelectroporationした群では、transposonベクターのサイズによって差異が現れたが、wild-type transposonベクターをelectroporationした群(wild-type)では、GFP発現細胞の割合が14.9%であることが確認され、transposonベクターの5’ITRと3’ITR外側遺伝子にenzyme siteを追加したベクターをelectroporationした群(B3IS-B5IE)では、20.7%であり、transposonベクターのサイズを7,562bpから4,149bpに減らしたベクターをelectroporationした群(B3IS-B5IE small)では、47.8%であることが確認された。すなわち、transposonベクターのサイズが小さいとき、GFP発現細胞の割合が高いことを確認した。
Electroporation 7日後、GFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察した。その結果、図42aのように、EP only群を除いたすべての群においてGFPが発現することを確認した(図42a)。
Electroporation 7日後、Jurkat細胞におけるGFP発現をFACS分析で確認した結果(図42b)、EP only群では、GFPが観察されず、pEGFP群では、GFP発現細胞の割合が約1.3%であることを確認した。一方、Wild-type群では、GFP発現細胞の割合が2.9%であり、B3IS-B5I E群では、3.2%、B3IS-B5IE small群では、8.2%であることを確認したところ、対照群に比べてGFP発現レベルがさらに高いことが分かった。特に、transposonベクターのサイズが小さいB3IS-B5IE small群においてGFP発現細胞の割合が高いことが分かった。
Electroporation 14日後、GFPが発現するかを蛍光顕微鏡で観察した。その結果、図43aのように、EP only群とpEGFP群では、GFP発現が観察されず、トランスポゾンを使用したグループでは、全部GFP発現細胞が確認された。
Electroporation 14日後、Jurkat細胞におけるGFP発現をFACS分析で確認した(図43b)。分析結果、EP only群とpEGFP群では、GFP発現が観察されなかった。一方、トランスポゾンを使用したグループでは、全部GFP発現が確認されたところ、トランスポゾンによって遺伝子が細胞の染色体内に挿入され、安定的に発現していることが分かった。特に、Wild-type群では、GFP発現細胞の割合が2.0%、B3IS-B5IE群では、2.0%であったが、B3IS-B5IE small群では、8.0%であったところ、transposonベクターのサイズが小さいとき、GFP発現細胞の割合が最も多いことを確認した。
Electroporation後、経時的なGFP発現細胞の割合を比較してみると、図44aのように、すべての群において1日後に10%~32%、7日後に4%~17%、14日後に0%~10%のように次第に減少する傾向はあるが、トランスポゾンを処理したグループは、全部electroporation後に14日が経過したときにも、GFP遺伝子が安定的に発現することを確認することができた。特に、1日、7日、14日全部トランスポゾンベクターサイズが相対的に小さいB3IS-B5IE small群においてGFP発現細胞の割合が最も高いことを確認した。また、high intensity GFP発現細胞の割合も、対照群に比べてトランスポゾンを使用したグループにおいて顕著に高いことを確認することができた(図44b)。
下記表20は、本明細書に記載された主な配列情報を示す。
Claims (28)
- 配列番号1で表される核酸配列のうち5’末端から3’方向に71個以上157個以下の連続した核酸配列からなる5’ITR(5’Inverted terminal repeat);および配列番号2で表される核酸配列のうち3’末端から5’方向に66個以上212個以下の連続した核酸配列からなる3’ITR(3’Inverted terminal repeat)を含むトランスポゾンベクター。
- 請求項1に記載のトランスポゾンベクターであって、該ベクターは以下の(i)または(ii):
(i)前記5’ITRは、以下:
配列番号1で表される核酸配列からなる5’ITR;
配列番号5で表される核酸配列からなる5’ITR;または
配列番号6で表される核酸配列からなる5’ITR、から選択される、または
(ii)前記3’ITRは、以下:
配列番号2で表される核酸配列からなる3’ITR;
配列番号9で表される核酸配列からなる3’ITR;
配列番号10で表される核酸配列からなる3’ITR;または
配列番号11で表される核酸配列からなる3’ITR、から選択される、
である、トランスポゾンベクター。 - 前記5’ITRは、配列番号7、5’-ACACTTGG-3’、または配列番号8で表される核酸配列のうち1つ以上を含むことを特徴とする請求項1または2に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記3’ITRは、配列番号13または配列番号14で表される核酸配列のうち1つ以上を含むことを特徴とする請求項1または2に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記5’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクター内の外因性DNA分子が挿入される位置の上部(upstream)に5’から3’方向に含まれることを特徴とする、請求項1または2に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記3’ITRの核酸配列は、トランスポゾンベクター内の外因性DNA分子が挿入される位置の下部(downstream)に5’から3’方向に含まれることを特徴とする請求項1または2に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記トランスポゾンベクターは、前記5’ITRの下部および3’ITRの上部に1つ以上の外因性DNA分子配列を含むことを特徴とする請求項1に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記外因性DNA分子配列は、治療用ポリペプチドコーディング配列、siRNAコーディング配列、miRNAコーディング配列、レポータタンパク質コーディング配列、抗原特異的受容体コーディング配列、組換え抗体コーディング配列、中和抗体コーディング配列、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、サイトカイン受容体コーディング配列、CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列、およびTCR(T-cell receptor)コーディング配列からなる群から選択されたいずれか1つ以上であることを特徴とする請求項7に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記トランスポゾンベクターは、プロモーター、1つ以上の外因性DNA分子、およびポリAシグナルを含むものであり、前記5’ITR、前記プロモーター、前記外因性DNA分子、前記ポリAシグナル、および前記3’ITRが順次に作動可能に連結されたことを特徴とする請求項1に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記トランスポゾンベクターは、環状プラスミド、線状化dsDNA(double stranded DNA)、ヘアピンdsDNA、またはミニサークルdsDNAであることを特徴とする請求項1に記載のトランスポゾンベクター。
- 前記トランスポゾンベクターは、サイズが1,000~5,000bpであることを特徴とする請求項1に記載のトランスポゾンベクター。
- 配列番号1で表される核酸配列のうち5’末端から3’方向に71個以上157個以下の連続した核酸配列からなる5’ITR(5’Inverted terminal repeat);および配列番号15~17のうちいずれか1つで表される核酸配列からなる3’ITRを含む、トランスポゾンベクター。
- a)外因性DNA分子が挿入された請求項1に記載のトランスポゾンベクター;および
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼタンパク質をコード化する配列を含む核酸分子を含む、外因性DNA分子伝達用トランスポゾンシステム。 - 前記トランスポザーゼタンパク質は、配列番号18で表されるアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項13に記載の標的DNA伝達用トランスポゾンシステム。
- a)外因性DNA分子が挿入された請求項1に記載のトランスポゾンベクター;および
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼタンパク質をコード化する配列を含む核酸分子が導入された細胞。 - 前記トランスポザーゼによって前記トランスポゾンベクターから前記外因性DNA分子が切除され、切除された前記外因性DNA分子が前記細胞のゲノム内に挿入されることを特徴とする請求項15に記載の細胞。
- 前記細胞は、T細胞、NK細胞、B細胞、樹状細胞、マクロファージ、および肥満細胞からなる群から選ばれたことを特徴とする請求項15に記載の細胞。
- 前記細胞は、前記トランスポゾンベクターが導入された後、支持細胞(feeder cells)と共培養されたことを特徴とする請求項15に記載の細胞。
- 前記支持細胞は、放射線で照射された細胞であることを特徴とする請求項18に記載の細胞。
- 前記細胞は、前記トランスポゾンベクターの導入後7日以上前記外因性DNA分子を発現することを特徴とする請求項15に記載の細胞。
- a)外因性DNA分子が挿入された請求項1に記載のトランスポゾンベクター;および
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼタンパク質をコード化する配列を含む核酸分子を単離された細胞に導入する段階を含む、外因性DNA分子配列を細胞のゲノム内に挿入する方法。 - 前記導入は、電気穿孔法(electroporation)を用いて行われる、請求項21に記載の標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法。
- 前記方法は、前記導入段階後、前記トランスポゾンベクターが挿入された前記細胞を支持細胞と共培養する段階をさらに含むことを特徴とする請求項21に記載の標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法。
- 前記支持細胞と共培養する段階は、前記導入段階直後に行われる、請求項23に記載の標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法。
- 前記トランスポゾンベクターは、環状プラスミド、線状化dsDNA(double stranded DNA)、ヘアピンdsDNA、またはミニサークルdsDNAであることを特徴とする請求項21に記載の標的DNA配列を細胞のゲノム内に挿入する方法。
- a)外因性DNA分子が挿入された請求項1に記載のトランスポゾンベクター;および
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼタンパク質をコード化する配列を含む核酸分子が導入された免疫細胞を有効成分として含む、がんの予防または治療用薬学的組成物であって、
前記外因性DNA分子は、腫瘍抗原特異的CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCR(T-cell receptor)コーディング配列からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がんの予防または治療用薬学的組成物。 - 前記腫瘍抗原は、CD19、NY-ESO-1、EGFR、TAG72、IL13Rα2(Interleukin 13 receptor alpha-2 subunit)、CD52、CD33、CD20、TSLPR、CD22、CD30、GD3、CD171、NCAM(Neural cell adhesion molecule)、FBP(Folate binding protein)、Le(Y)(Lewis-Y antigen)、PSCA(Prostate stem cell antigen)、PSMA(Prostate-specific membrane antigen)、CEA(Carcinoembryonic antigen)、HER2(Human epidermal growth factor receptor 2)、Mesothelin、CD44v6(Hyaluronate receptor variant 6)、B7-H3、Glypican-3、ROR1(receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1)、Survivin、FOLR1(folate receptor)、WT1(Wilm’s tumor antigen)、VEGFR2(Vascular endothelial growth factor 2)、腫瘍ウイルス抗原、TP53、KRAS、および新抗原(neoantigen)からなる群から選ばれた1つ以上であることを特徴とする請求項26に記載のがんの予防または治療用薬学的組成物。
- a)外因性DNA分子が挿入された請求項1に記載のトランスポゾンベクター;および
b)トランスポザーゼタンパク質またはトランスポザーゼタンパク質をコード化する配列を含む核酸分子が導入された免疫細胞のがん治療用薬剤の製造のための使用であって、
前記外因性DNA分子は、腫瘍抗原特異的CAR(Chimeric Antigen Receptor)コーディング配列、腫瘍ウイルス特異的中和抗体コーディング配列、免疫チェックポイント阻害剤コーディング配列、および腫瘍抗原特異的TCR(T-cell receptor)コーディング配列からなる群から選択された1つ以上であることを特徴とする、がん治療用薬剤の製造のための使用。
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