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JP7068183B2 - 単一洗浄溶出バッファー溶液を使用する核酸精製システム - Google Patents

単一洗浄溶出バッファー溶液を使用する核酸精製システム Download PDF

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Description

本発明は、国防高等研究計画局により授与されたHR0011-12-C-0007の下、米国政府のサポートによってなされたものである。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
本発明の分野
本発明は、単一洗浄溶出バッファー溶液を使用して核酸を精製するための方法またはキットに、より具体的には小型化された環境におけるものに関する。本発明はさらに、核酸を精製するのに比較的高いpHおよび低塩濃度を有するバッファー溶液の使用に関する。
本発明の背景
核酸は、多くの異なる研究分野において重要な役割を担う。工業環境において、核酸は製品品質管理内で検出され得、臨床環境においては、核酸は診断のためにおよび/または治療のために使用され得る。上記の用途の多くにおけるそれらの使用の前に、核酸を精製する必要がある。
核酸精製は、通常、例えば核酸を含むサンプルを曝露し、核酸を核酸結合相に選択的に結合させ、結合した核酸を不純物から精製して、精製された核酸を得るなどのいくつかのステップを含む。異なるバッファーがサンプル調製、核酸結合、洗浄および溶出ステップの間で広く使用されている。
最も広く使用される精製方法は、結合/洗浄および、異なるバッファーを使用することによる塩濃度の変化に基づくか、またはpH変化に基づく、いずれかの核酸の後続の溶出を達成する。
QiagenのChargeSwitch(登録商標)技術は、例えば核酸結合相上で負に帯電した核酸を結合して洗浄などするものに基づくものであり、これは、pH<6.5のバッファー溶液中に浸漬される場合には正に帯電する。核酸の溶出のために、pH 8.5のバッファー溶液が使用され、pHの上昇および核酸結合相の正の電荷の中性化をもたらし、これにより、結合した核酸の放出をもたらす。
Boomら(EP 0 389 063)により開発された別の広く使用される方法は、核酸の溶解と、例えば正に帯電したイオンが負に帯電した核酸および負に帯電した結合相間で塩橋を形成することができるグアニジニウムチオシアネートなどの高濃度のカオトロピック塩の存在下での、例えば珪藻、ガラスまたはシリカなどの核酸結合相への結合に基づくものである。結合した核酸を、最初に高塩濃度バッファー溶液の存在下で洗浄し、次いでアルコール-水溶液で洗浄して、例えばTEバッファーなどの低塩濃度非アルコールバッファー溶液に切り替えることにより溶出する。
上記の概説のとおり、現在の核酸精製方法は、異なる塩濃度および/または異なるpHにより特徴付けられる多数のバッファーを使用する、複数の洗浄ステップ、その後の溶出ステップを含み、これは、これらの方法を時間のかかる高コストなものにする。
さらに、結合および洗浄バッファー溶液の残部は、時に、最終溶出ステップの間に除去し難く、それに続く、例えばPCR分析またはシーケンス反応などの下流の手順に干渉し得る。
発明の要約
よって、簡易化され、迅速で、低コストで効率の良い核酸の精製のための改善された手段および方法に対する必要性が存在する。
核酸精製のための存在する方法は、それらが、しばしば異なる洗浄バッファー溶液を使用する複数の洗浄ステップ、その後の溶出バッファーを使用する結合した核酸を溶出する最終ステップを含むので、骨が折れ、時間のかかるものである。
本発明は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含む核酸を精製するための方法を提供することによりこの問題を解決する。
本発明の目的は、多量の核酸の簡易化されて迅速な精製を達成することである。特に、これらの多量により、一般的に、特定の用途には不利であり得る大容量(≧50μlの溶出体積)で実行するように設計された、存在する核酸精製方法が一般的に改善される。
本発明によれば、これを、核酸結合相に結合した核酸を洗浄して、続いてこれらの核酸を核酸結合相から溶出するための単一バッファー溶液を用いる方法により達成することができる。
本発明による方法の利点は、従来技術において記載されるとおり、サンプルを洗浄するための、および溶出するための異なるバッファーとは反対に、前記方法を実行するために、1種のバッファーのみが提供される必要があることである。これにより次いで、従来技術とは反対に、より簡易化された方法がもたらされ、よって、より経済的でより再現性が高いものとなる。
本発明によれば、これをまた、核酸を洗浄して溶出するための単一バッファー溶液を使用することにより達成することができ、これは、≦100mMの比較的低塩濃度および比較的高いpH≧7.5により特徴付けられる。
本発明による単一バッファーの利点は、極めて小さな体積の該バッファーを用いることにより高溶出効率を達成することが可能なことであり;さらには、1種の単一バッファーを使用することにより、核酸のより迅速なプロセシングを達成することが可能なことであり、これは特に小型化された環境において有利である。
ステップ(ii)の態様において、核酸結合相に結合した核酸を、少なくとも1回、好ましくは2回バッファー溶液で洗浄する。
態様において、核酸は、DNAまたはRNA、好ましくはウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
さらに態様において、サンプルは、真核生物細胞、好ましくはヒト細胞、より好ましくは上皮細胞を含む。
態様において、サンプルは、細菌および/またはウイルスをさらに含む。
本発明によれば、この簡易化されて迅速な核酸の精製を、以下:
- 核酸結合相、
洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液、
- 核酸の溶出のための≦50μlのバッファー溶液であって、ここで、洗浄のためのおよび溶出のためのバッファー溶液は同一の溶液である、バッファー溶液、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含むキットによりさらに達成することができる。
態様において、核酸を精製するためのキットは、小型化されたラブオンチップ形式の環境を含む。
態様において、キットは、診断試験としての使用のための、好ましくは分子診断のための携帯用総合試験としての使用に適合されている。
本発明によれば、この簡易化されて迅速な核酸の精製を、以下:
- 核酸結合相を含む第1チャンバ、
- 第1チャンバに接続された第2チャンバであって、前記チャンバは、洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液を含み、核酸の溶出のための≦50μlの同一のバッファー溶液を含む、第2チャンバ、
- 第2チャンバに接続された第3チャンバであって、前記チャンバは、第2チャンバのバッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む、第3チャンバ、
を含むカートリッジによりさらに達成することができる。
態様において、核酸結合相は、磁性粒子を含む。
態様において、カートリッジは、マイクロ流体デバイスにおける使用に適合されている。
さらに態様において、カートリッジは、マグネトキャピラリーバルブを含む。
態様において、カートリッジは、第3チャンバに接続された第4チャンバを含み、前記チャンバは、第2チャンバのバッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む。
本発明のキットおよびカートリッジは、従来技術と比較して、それらがより容易に調製されて、それにより、特に大規模製造のためにより経済的である点で有利である。さらに、キットにまたはカートリッジに含まれる、異なる成分の数を減らすことにより、相互変動性(intervariability)がまたかなり減少する。
本発明の目的は、本発明のバッファー溶液を使用して、核酸結合相からの核酸洗浄および溶出を達成することであり、これにより、例えば増幅またはシーケンス反応におけるなどの、溶出後の直接的および即座の精製された核酸のさらなるプロセシングが可能になるであろう。
核酸精製のための存在する方法をスケールダウンして、例えばマイクロ流体デバイスなどの小型化された環境において実行することは困難である。
したがって、本発明の目的は、例えばマイクロ流体デバイスにより、またはマグネトキャピラリーバルブなどにより、小型化された環境において効率の良い核酸精製を達成することであり、ここで、洗浄および溶出ステップを、それぞれ≦500μlまたは≦50μlで行う。
本発明のこれらおよび他の側面は、以下で記載される態様(単数または複数)を参照して明らかとなり、説明されるであろう。
図面の簡単な説明
図1は、マグネトキャピラリーバルブカートリッジであり、左:分解されたマグネトキャピラリーバルブカートリッジのスキーム(上側)および組立図(下側)であり、番号1~4は、異なるチャンバを描き;右:組み立てられたカートリッジである。 図2は、MCVを使用したivRNA収率比較であり、黒色カラム:参照法によって得られたRNA収率;灰色カラム:単一バッファー溶液法により得られたRNA収率である。 図3は、エッペンドルフ管を使用したivRNA収率比較であり、(a)黒色カラム:NucliSENS(登録商標)ビーズを使用して参照法によって得られたRNA収率;灰色カラム:NucliSENS(登録商標)ビーズを使用して単一バッファー溶液法により得られたRNA収率;(b)異なる画分で検出されたRNAのパーセンテージであり、参照法(黒色カラム)または単一バッファー法(灰色カラム)によりNucliSENS(登録商標)ビーズを使用する場合がx軸上に示される;(c)黒色カラム:MagPrep(登録商標)Silica粒子を使用して参照法により得られたRNA収率;灰色カラム:MagPrep(登録商標)Silica粒子を使用して単一バッファー溶液法により得られたRNA収率;(d)異なる画分で検出されたRNAのパーセンテージであり、参照法(黒色カラム)または単一バッファー法(灰色カラム)によりMagPrep(登録商標)Silica粒子を使用する場合がx軸上に示される;
態様の詳細な説明
本発明は、バッファー溶液および、核酸分子を洗浄して溶出するための、これによる核酸分子の高効率な精製のための単一バッファー溶液を使用する方法およびキットを記載する。
本発明は、特定の態様に関して記載されるが、この記載は限定の意味に解釈されてはならない。
詳細に本発明の例示的態様を説明する前に、本発明を理解するのに重要な定義を提供する。
本明細書においておよび特許請求の範囲において使用されるとおり、単数形「a」、「an」および「the」はまた、文脈が明確に指示しない限り、それぞれの複数形を含む。
さらに、用語「含む(comprising)」、「例えば/例えば(for example/e.g.)」および「例えば~などの」は限定するものではないことが理解されなければならない。用語「してもよい」は、必須のものとしてもまたは限定するものとしても、いずれにも理解されてはならない。
用語「任意に」は、代替物または明確化するものとして理解されなければならない。用語「特に」は、本発明の好ましい態様とみなされなければならない。
本願において使用される用語「単一バッファー溶液」または「単一洗浄溶出バッファー」は、同一組成、構成成分の比および特性を有するバッファー溶液を指す。
用語「曝露/曝露している(expose/exposing)」および「結合/結合している(bind/binding)」は、サンプルの核酸が核酸結合相に結合できる条件下でサンプルを核酸結合相に接触させることを指す。本発明の特定の態様において、「結合/結合している」は、サンプル中に存在する≧25%の核酸が結合され、またはサンプル中に存在する≧50%の、または≧75%の、または≧85%の、または≧95%の核酸が結合されていることを意味する。
用語「洗浄/洗浄している」または「洗浄/洗浄するステップ」は、結合後の状況を指し、ここで、例えばオルガネラ、細胞壁の一部または細菌またはウイルス粒子、タンパクなどの残骸および/または例えば溶解または結合手順からの塩または洗浄剤などの残存物などの不純物は、核酸結合相に結合した核酸から大部分が除去される。本発明の特定の態様において、「洗浄/洗浄している」または「洗浄/洗浄するステップ」は、核酸結合相に結合している≦25%の核酸が除去され、または核酸結合相に結合している≦20%の、または≦15%の、または≦10%の、または≦5%の核酸が除去されることを意味する。
用語「溶出/溶出している」または「溶出ステップ」は、結合した核酸が最終的に核酸結合相から放出される状況を指す。本発明の特定の態様において、「溶出/溶出している」または「溶出ステップ」は、最初に核酸結合相に結合していた≧25%の核酸が溶出され、または最初に核酸結合相に結合していた≧35%の、または≧45%の、または≧55%の、または≧65%の、または≧75%の、または≧85%の、または≧95%の核酸が溶出されることを意味する。
本発明の特定の態様において、「洗浄/洗浄している」または「洗浄/洗浄するステップ」は、核酸結合相に結合していた≦25%の核酸が除去され、または核酸結合相に結合していた≦20%の、または核酸結合相に結合していた≦15%の、または≦10%の、または≦5%の核酸が除去されることを意味し、「溶出/溶出している」または「溶出ステップ」は、最初に核酸結合相に結合していた≧25%の核酸が溶出され、または最初に核酸結合相に結合していた≧35%の、または≧45%の、または≧55%の、または≧65%の、または≧75%の、または≧85%の、または≧95%の核酸が溶出されることを意味する。
本願において使用される「室温」は、摂氏18°~26°、好ましくは摂氏20°~23°の温度を指す。
本願において使用される記号「≒」は、典型的には、示された数値の±20%、好ましくは±15%、より好ましくは±10%、なおより好ましくは±5%の偏差を示す。
本発明は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含む核酸を精製するための方法を提供する。
本発明の一態様において、核酸を精製するための方法は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(i)および(ii)の間では、1つまたは2つ以上のさらなるステップは行われない。
本発明の別の態様において、核酸を精製するための方法は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(ii)および(iii)の間では、1つまたは2つ以上のさらなるステップは行われない。
本発明のさらなる態様において、核酸を精製するための方法は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(i)および(ii)の間およびステップ(ii)および(iii)では、さらなるステップは行われない。
本発明の一態様において、核酸を精製するための方法は、以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
からなる。
本発明の意味において、本発明の方法のステップ(iii)においてステップ(ii)のバッファー溶液を使用することは、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)における同一組成、構成成分の比および特性を有するバッファー溶液を使用することを意味する。物事を簡易化するために、用語「単一バッファー溶液」または「単一洗浄溶出バッファー溶液」を、本願を通して、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において使用されるバッファー溶液を描写するために使用する。
任意に、本発明の態様において記載されるとおりの方法において、または本発明のキットにより提供されるとおり、核酸を洗浄して溶出させるための単一バッファー溶液を使用することは、核酸の精製を迅速で単純で低コストなものにする。
核酸を含むサンプルを曝露し、核酸を核酸結合相に結合させることは、サンプルを核酸結合相に添加して、任意にサンプルを核酸結合相中を通過させるか、または流すことにより達成され得る。曝露をまた、サンプルを核酸結合相に浸漬するか、サンプルを核酸結合相に再懸濁させるか、またはサンプルを核酸結合相と混合することにより達成してもよい。核酸結合相上で、または核酸結合相と、1~30分間、室温で、およびpH 4~8で、あらゆる好適な結合のためのバッファー溶液とサンプルをインキュベートしてもよい。核酸を、例えばグアニジニウム(イソ)チオシアネート、グアニジンヒドロクロリド、ナトリウムヨージド、カリウムヨージド、ナトリウム(イソ)チオシアネート、尿素またはこれらの組み合わせなどのカオトロピック物質の存在下で、またはカオトロピック物質なしで、結合させてもよい。
本発明の一態様において、核酸結合相上で、または核酸結合相と、1~30分間、室温で、およびpH≒4で、サンプルをインキュベートする。
本発明の別の態様において、グアニジニウムイソチオシアネートを含むバッファー溶液を使用して、核酸を核酸結合相に結合させる。
本発明のさらなる態様において、グアニジニウムイソチオシアネートを含むバッファー溶液を使用して、1~30分間、室温で、およびpH 4で、核酸を核酸結合相に結合させる。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(i)を、例えばモルから高ミリモル範囲(in the molar and high millimolar range)などの高塩濃度の存在下で行う。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)を、1M~6Mの高塩濃度の存在下で行う。
理想的には、洗浄バッファー溶液は、所望されない、例えば細胞、細菌、ウイルスの残骸などの細胞構成成分;以前の溶解または結合ステップ由来であり得る、タンパクおよび例えば洗浄剤およびカオトロピック塩などの残留量などを除去する。
結合した核酸を、≦500mM、≦400mM、≦300mM、≦200mM、≦100mM、≦75mM、≦50mM、≦40mM、≦30mM、≦20mM、≦10mM、≦7.5mM、≦5mM、≦2.5mMの塩濃度を有するバッファー溶液を使用して、洗浄して溶出してもよい。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
結合した核酸を、≧7.5、≧8、≧8.5、≧9、≧9.5または≧10のpHを有するバッファー溶液を使用して、さらに洗浄して溶出してもよい。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpH値を有する。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
結合した核酸を、例えばシトレート、マレート、ホルメート、シトレート、スクシネート、アセテート、プロピオネート、マレート、ピリジン、カコジレート、スクシネート、ヒスチジン、ビス-トリス、エタノールアミン、ADA、ACES、PIPES、MOPSP、イミダゾール、ビス-トリスプロパン、BES、MOPS、HEPES、TES、MOBS、DIPSO、TAPSO、トリエチルアミン(TEA)、ピロホスフェート、HEPPSO、トリス-HCl、POPSO、トリシン、ヒドラジン、グリシルグリシン、Trizma、EPPS、HEPPS、BICINE HEPBS、TAPS、2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオール(AMPD)、TABS、AMPSO、タウリン(AES)、ボレート、CHES、2-アミノ-2-メチル-1-プロパノール(AMP)、グリシン、アンモニウムヒドロキシド、CAPSO、カーボネート、メチルアミン、ピペラジン、CAPSおよびホスフェートなどのバッファー剤を含むバッファー溶液を使用して、さらに洗浄して溶出してもよい。
結合した核酸を、例えば、DIPSO、TAPSO、トリエチルアミン(TEA)、ピロホスフェート、HEPPSO、トリス-HCl、POPSO、トリシン、ヒドラジン、グリシルグリシン、Trizma、EPPS、HEPPS、BICINE HEPBS、TAPS、2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオール(AMPD)、TABS、AMPSO、タウリン(AES)、ボレート、CHES、2-アミノ-2-メチル-1-プロパノール(AMP)、グリシン、アンモニウムヒドロキシド、CAPSO、カーボネート、メチルアミン、ピペラジン、CAPSおよびホスフェート、MES(2-(N-モルホリノ)エタンスルホン酸)またはTE(トリス-EDTA)などのバッファー剤を含むバッファー溶液を使用して、好ましく洗浄して溶出してもよい。
結合した核酸を、最も好ましくは、pH 7~11のバッファー範囲を有する、例えば、DIPSO、TAPSO、トリエチルアミン(TEA)、ピロホスフェート、HEPPSO、トリス-HCl、POPSO、トリシン、ヒドラジン、グリシルグリシン、Trizma、EPPS、HEPPS、BICINE HEPBS、TAPS、2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオール(AMPD)、TABS、AMPSO、タウリン(AES)、ボレート、CHES、2-アミノ-2-メチル-1-プロパノール(AMP)、グリシン、アンモニウムヒドロキシド、CAPSO、カーボネート、メチルアミン、ピペラジン、CAPS、ホスフェートおよびTEなどのバッファー剤を含むバッファー溶液を使用して、洗浄して溶出してもよい。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液中のバッファー剤は、TEまたはトリス-HClである。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度を有する。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液のバッファー剤はトリス-HClであり、バッファー溶液は、≧7.5または好ましくは≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5または好ましくは≧9のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明のなおより好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度、およびpH 9を有する。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行う。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行う。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の一態様において、結合した核酸を、本発明の方法のステップ(ii)において少なくとも1回洗浄する。
好ましい態様において、結合した核酸を、本発明の方法のステップ(ii)において少なくとも2回、好ましくは2回洗浄する。
本発明のより好ましい態様において、結合した核酸を、前記方法のステップ(ii)において2回洗浄し、ここで、ステップ(ii)を≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、結合した核酸を、ステップ(ii)において2回洗浄し、ここで、ステップ(ii)を≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、結合した核酸を、ステップ(ii)において2回洗浄し、ここで、ステップ(ii)を≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度およびpH 9を有する。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(iii)を、≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μl、≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、結合した核酸を、本発明のすぐ上の態様のいずれかのステップ(ii)において少なくとも2回、好ましくは2回洗浄する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法のステップ(i)を高塩濃度の存在下で行ってもよく、ここで、上記の態様において記載されたとおりに結合した核酸を洗浄して溶出する。
本発明の一態様において、少なくとも25%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または100%の、核酸を含むサンプル中に存在する核酸が、本発明のバッファー溶液を使用して、本発明の方法のステップ(iii)の溶出液において、または本発明のキットにより、得られる。
本発明の別の態様において、異なる核酸が同時に精製される。例えばRNAまたはDNAなどを得る一般的な方法は、RNAsesまたはDNAsesを精製された核酸にそれぞれ加えることである。
本発明のさらなる態様において、核酸を含むサンプルを、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解する。細胞溶解についての既知の方法は、本発明の範囲内の使用に好適であり、それらは、例えばブレンドによるもの、すりつぶし、せん断力を介するもの、超音波処理によるもの、超音波、加圧、ビーズ破砕または凍結および解凍などによる物理的破壊;および例えばカオトロピックまたはコスモトロピック塩、例えばTriton X、NP40、TweenまたはSDSなどの洗浄剤などによる化学的破壊;または例えばリソチーム、プロテイナーゼ Kまたはサブチリシンによる酵素的破壊である。
本発明の一態様において、核酸を含むサンプルは、カオトロピック塩または洗浄剤により溶解されない。
本発明の別の態様において、核酸を含むサンプルは、コスモトロピック塩により溶解される。
本発明の好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明のさらに好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別のより好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、核酸を含むサンプルは、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解され;本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の別の態様によれば、結合した核酸を、本発明のすぐ上の態様のいずれかにおける本発明の方法のステップ(ii)において少なくとも2回、好ましくは2回洗浄する。
本発明のなお別の態様によれば、本発明の方法のステップ(i)を高塩濃度の存在下で行い、ここで、上記の態様において記載したとおり、結合した核酸を洗浄して(ステップ(ii))溶出する(ステップ(iii))。
本願において使用される核酸を含むサンプルは、例えば細菌、酵母、ウイルス、真核生物細胞、動物細胞、哺乳動物細胞、ヒト細胞、全血、血清、多血小板血漿、バフィーコート、鼻腔、口腔、膣または直腸綿棒からのサンプル、鼻咽頭または気管支吸引物および洗浄液、脳脊髄液、唾液、糞便、尿、精液および組織などの生物学的サンプルを含む。核酸を含むサンプルはまた、例えば増幅反応混合物および(融解)アガロースゲルプローブなどの実験サンプルであってもよい。核酸を含むサンプルはさらに、食品または土壌サンプルであってもよい。可能な場合には、サンプルを溶解し、例えば遠心分離、沈殿および/またはろ過などにより部分的に清浄化するかまたは精製したものであってもよい。
本発明の態様において、核酸を含むサンプルは、真核生物細胞、好ましくはヒト細胞、より好ましくは上皮細胞を含む。
本発明の好ましい態様において、核酸を含むサンプルは上皮細胞を含む。
本発明の別の態様において、核酸を含むサンプルは細菌および/またはウイルスをさらに含む。
例えば、細菌は、バチルス、バルトネラ、ボルデテラ、ボレリア、ブルセラ、カンピロバクター、クラミジア、クロストリジウム、コリネバクテリウム、例えばコリネバクテリウム ジフテリア、エンテロコッカス、エシェリキア、フランシェラ、ヘモフィルス、ヘリオバクター、レジオネラ、レプトスピラ、リステリア、マイコバクテリウム、マイコプラズマ、ナイセリア、シュードモナス、リケッチア、スタフィロコッカス、サルモネラ、シガエラ、ストレプトコッカス、トレポネーマ、ウレアプラズマ、ビブリオまたはエルシニアなどを含む。ウイルスは、例えばエプスタイン-バーウイルス、肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ヒトパピローマウイルス、フィロウイルス、インフルエンザウイルスまたは狂犬病ウイルスなどを含んでもよい。
本発明の方法により精製される核酸は、デオキシリボ核酸(DNA)、リボ核酸(RNA)およびそれらのハイブリッドを含む。DNAおよびRNAは、一本鎖または二本鎖で存在してもよい。
DNAは、ゲノムDNA、cDNAまたは例えば超らせん、らせんおよび弛緩プラスミドDNAなどの環状形態として存在してもよく、さらにA-DNA、B-DNAまたはZ-DNAとして存在してもよい。
用語「RNA」には、細菌RNA、ウイルスRNA、レトロウイルスRNA、メッセンジャーRNA(mRNA)、リボソームRNA(rRNA)、リボザイム、アプタマ―、リボスイッチ、転移RNA(tRNA)、低分子干渉RNA(siRNA)、アンチセンスRNA、核内低分子RNA(snRNA)、核小体低分子RNA(snoRNA)、マイクロRNA(miRNA)、PIWIタンパク質群と結合する小分子RNA(piRNA)、CRISPR RNAおよび免疫賦活性RNAが含まれる。DNAおよびRNAは、例えば≦0.05kb~≧100kbなどの異なる長さで存在してもよい。
精製される核酸はまた、糖部位、ホスフェート骨格またはベース部位が修飾された核酸を含む。
精製される核酸はさらに、例えば、任意に蛍光または放射性標識されたin vitro転写RNA(in vitro RNA)などの合成核酸を含む。
本発明の好ましい態様において、精製される核酸は、ウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
本発明の方法内で使用される核酸結合相は、核酸を結合させることができる可溶性または固体の、多孔性のまたは非多孔性の基材を含む。
上記基材は、例えばアミン基またはアミン官能化基などの化学官能基を含んでもよい。好ましい基材は、珪藻、ガラス、シリコーン、シリカおよび任意に例えばポリエチレングリコール、アミン、エポキシド、イソチオシアネートなどの官能基を含むシランでコーティングされた基材、ならびにポリ-L-リシンまたは例えばニトロセルロース、ポリスチレン、環状オレフィンコポリマー(COC)、環状オレフィンポリマー(COP)、ポリプロピレン、ポリエチレンまたはポリカーボネートでコーティングされた基材である。官能化されたシランは、分岐状または非分岐状であってもよい。
本発明の一態様により、シリカを含む核酸結合相が提供される。
本発明のさらなる態様により、シランを含む核酸結合相が提供される。
少量で使用でき、容易におよび定量的に回収できるので、固体核酸結合基材についての例は、取扱いに関して特に有利な磁性粒子である(US 14/0272999)。磁性粒子は、鉄、鉄酸化物、シリカ、アモルファスシリコン酸化物を含むシリコン酸化物、ガラス粉末、石英、珪藻土、アルキルシリカ、ゼオライト、ラテックス粒子または例えばニトロセルロース、ポリスチレン、環状オレフィンコポリマー(COC)、環状オレフィンポリマー(COP)、ポリプロピレン、ポリエチレンまたはポリカーボネートまたは任意に例えばポリエチレングリコール、アミン、エポキシド、またはイソチオシアネートなどの官能基を含むシランでコーティングされたもの、またはポリ-L-リシンでコーティングされたものからなってもよい。
本発明の一態様において、磁性粒子は、鉄、鉄酸化物、シリカ、アモルファスシリコン酸化物を含むシリコン酸化物、ガラス粉末、石英、珪藻土、アルキルシリカ、ゼオライト、ラテックス粒子または任意に例えばポリエチレングリコール、アミン、エポキシド、またはイソチオシアネートなどの官能基を含むシランでコーティングされたもの、またはポリ-L-リシンでコーティングされたものを含んでもよい。
磁性粒子サイズは、0.05μm~500μmの範囲であってもよい。好ましい粒径は、1μm~200μmの範囲である。
本発明の好ましい態様において、核酸結合相は、磁性粒子を含む。本発明のなおより好ましい態様において、それらの磁性粒子はシリカでコーティングされている。本発明の等しく好ましい態様において、磁性粒子はシランでコーティングされている。
本発明の好ましい態様において、核酸結合相は、負に帯電した粒子、より好ましくは負に帯電した磁性粒子を含み、ここで、粒子は、ガラス、シリカ、シリカの誘導体またはシリカでコーティングされたものを含んでもよく、核酸は、カオトロピック塩の高濃度の存在下で核酸結合相に結合している。
本発明の意味における小型化された環境は、サブミリリットル空間を指す。かかる小型化された環境についての例は、マイクロ流体デバイスであり、これは、これらの流体の正確な制御および操作を可能にするサブミリリットル空間において液体の工学的(engineered)操作により特徴付けられる。典型的には、マイクロ流体デバイスは、例えばμl範囲などの小体積で導入され、および/または全体として小さなサイズで導入されてもよい。さらに、本発明のマイクロ流体デバイスは、使い捨てまたは再利用可能なものであってもよく、低エネルギー消費のものであってもよい。マイクロ流体デバイスにおいて、例えば層流、特定の表面張力、撥水性誘電、迅速な熱的緩和、表面電荷(electrical surface charge)の存在および拡散などの効果を付与してもよい。特定の態様において、マイクロ流体デバイスは、再利用の目的のための例えば分離器またはリザーバまたは容器などの外部要素または外部ソースとの連結部を有してもよい。さらにマイクロ流体デバイスは、デバイス中の作用の制御および操作、および反応結果物または生成物の検出または決定を可能にする、電子的またはコンピュータインターフェースを含んでもよい。マイクロ流体デバイスは、例えば全ての試薬が既にデバイス中に存在するラブオンチップ(lab-on-chip)アプローチの一部などとして手動でまたは自動で操作されてもよい。
マイクロ流体デバイスは、用語「マグネトキャピラリーバルブ」または「マグネトキャピラリーバルブカートリッジ」を含み、これは、液体の離散ユニットが毛管力(capillary force)によりデバイス中で固定位置に制限され得るような相互距離の2つの平坦な表面からなる。デバイスの内側の液体ユニットを、気体または適用される温度で融解して固化し得る例えばパラフィンなどの相変化材料により分離してもよい。磁気粒子は、例えば1つの液体ユニットから別のものへ磁力により輸送されるなどしてもよい(den Dulk,Lab Chip,2013)。
本発明の一態様は、本発明の方法をマイクロ流体デバイスにより行うことを想定する。
本発明のさらなる態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明のさらなる態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別のさらに好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、マイクロ流体デバイスにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の一態様によれば、本発明の方法は、上記の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解ステップを含む。
本発明の一態様によれば、結合した核酸を、少なくとも2回、好ましくは本発明のすぐ上の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(ii)において2回洗浄する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法をマグネトキャピラリーバルブにより行う。
本発明のさらなる態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、結合した核酸の本発明の方法のステップ(ii)を(bound nucleic acids step (ii) of the method of the invention)、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、結合した核酸は、本発明の方法のステップ(ii)を(bound nucleic acids are step (ii) of the method of the invention is)、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明のさらなる態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別のさらに好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度、およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法は、上記の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解ステップを含む。
本発明の一態様によれば、結合した核酸を、少なくとも2回、好ましくは本発明のすぐ上の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(ii)において2回洗浄する。
本発明のさらなる態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
本発明のさらなる態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、シリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明のさらに好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、シリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度、およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法は、すぐ上の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解ステップを含む。
本発明の一態様によれば、結合した核酸を、少なくとも2回、好ましくは本発明のすぐ上の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(ii)において2回洗浄する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法のステップ(i)~(iii)を室温で行う。
本発明の別の態様によれば、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を≧摂氏40°の温度で行う。
好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を摂氏50°~70°の温度で行う。
より好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を摂氏60°~70°の温度で行う。
最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、本発明の方法のステップ(iii)を摂氏65°で行う。
本発明のさらなる態様により、本発明の方法を使用して精製された核酸を検出する追加のステップが提供される。本願において使用される精製された核酸の検出は、精製された核酸の酵素限定分析(enzymatic restriction analysis)、例えば定量リアルタイムPCR、ネスティッド(nested)PCRおよび当業者に既知の他の増幅変形などの例えばPCRを介するものなどの増幅、逆転写、ハイブリダイゼーション、例えばサザン、ノーザンブロット、マイクロアレイ分析またはシーケンシグなど、例えばピロシーケンス、IlluminaまたはSolexaシーケンシング、SOLiD技術(Applied Biosystems)、Heliscope技術(Helicos)またはFTIR(Magnotech)によるものなどを含む。
本発明の別の側面は、核酸を精製するためのバッファー溶液の使用7に関し、ここでバッファー剤を含むバッファー溶液は、≦500mM、≦400mM、≦300mM、≦200mM、≦100mM、≦75mM、≦50mM、≦40mM、≦30mM、≦20mM、≦10mM、≦7.5mM、≦5mM、≦2.5mMの塩濃度、および≧7.5、≧8、≧8.5、≧9、≧9.5または≧10のpHを有する。
本発明の一態様において、使用するバッファー溶液は、≦100mM、好ましくは≦50mM、より好ましくは≦30mM、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5、≧8、≧8.5、≧9、≧9.5または≧10のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、使用するバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、使用するバッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明のさらなる態様において、上記のバッファー溶液は、核酸を洗浄して溶出するために使用される。
本発明の別の態様において、上記のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の好ましい態様において、使用するトリス-HClバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のより好ましい態様において、使用するトリス-HClバッファー溶液は、10mMの塩濃度、およびpH 9を有する。
本発明のさらなる態様において、上記のバッファー溶液で精製される核酸は、DNAまたはRNAである。
本発明の別の態様において、核酸は、細菌DNAまたは細菌RNAである。
本発明の好ましい態様において、精製される核酸は、ウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
本発明のさらなる側面は、核酸を精製するためのキットに関し、以下:
- 核酸結合相、
- バッファー剤を含む、核酸の洗浄および溶出のためのバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含む。
キットのバッファー溶液は、好ましくは本発明の上記の態様において記載されたとおりの本発明のバッファー溶液である。
本願において使用される精製された核酸の検出は、精製された核酸の酵素限定分析、例えば定量リアルタイムPCR、ネスティッドPCRおよび当業者に既知の他の増幅変形などの例えばPCRを介するものなどの増幅、逆転写、ハイブリダイゼーション、例えばサザン、ノーザンブロット、マイクロアレイ分析またはシーケンシングなど、例えばピロシーケンス、IlluminaまたはSolexaシーケンシング、SOLiD技術(Applied Biosystems)、Heliscope技術(Helicos)またはFTIR(Magnotech)によるものなどを含む。
本発明の別の態様において、キットは、上記で定義したとおりの小型化された環境をさらに含む。
本発明のさらなる態様において、小型化された環境は、
- 核酸結合相、
- バッファー剤を含む、核酸の洗浄および溶出のためのバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含む。
本発明の別の態様において、小型化された環境はカートリッジ中に含まれる。
本発明の好ましい態様において、キットは、マイクロ流体デバイスをさらに含む。
本発明の別の態様において、キットは、カートリッジを含む。
本発明のより好ましい態様において、キットは、マグネトキャピラリーバルブカートリッジを含む。
本発明のさらなる態様において、キットは、例えばカオトロピックまたはコスモトロピック塩などの溶解剤、例えばTriton X、NP40、TweenまたはSDSなどの洗浄剤、または例えばリソチーム、プロテイナーゼ Kまたはサブチリシンなどの酵素などをさらに含む。
本発明の別の態様において、キットは、カオトロピック塩または洗浄剤ではない溶解剤をさらに含む。
本発明のなお別の態様において、キットは、アンモニウムスルフェートまたはリチウムクロリドである溶解剤をさらに含む。
本発明のさらなる態様において、本発明のキットは、キットの構成要素を使用して核酸精製を行うための使用説明書を含んでもよい。
一態様により、キットが入れられた容器の別々の区画に保管されるか、または別々に包装されたキットの構成要素を有する本発明のキットが提供される。
本発明の別の態様は、診断試験として使用するための本発明のキットを提供する。診断試験は、例えば細菌、酵母またはウイルスなどの病原体により引き起こされるか、またはこれらに関連する疾患、または例えば遺伝性疾患、出生前検査または親子鑑定などについての遺伝学的検査を検出するための試験を含んでもよい。
本発明の好ましい態様において、本発明のキットは、分子診断のための携帯用総合(handheld,integrated)試験として使用される。分子診断のための携帯用試験は、小さい使い捨てのキットまたは器具であってもよく、これは携帯可能で患者の近くでの試験に好適である。

核酸を精製するための本発明の方法は、以下の例を参照することによりサポートされ、例示される。これらの例により、いかなる意味においても本発明の範囲が限定されるとみなされてはならないことが強調されなければならない。
例1:参照法またはマグネトキャピラリーバルブ(MCV)による単一バッファー溶液法による精製後の核酸収率の比較
核酸/RNA収率を比較するために、in vitro RNAを、参照法または本発明の単一バッファー溶液法のいずれかにより精製した。参照法または単一バッファー溶液法のそれぞれについて以下のプロトコルを使用した(概要については表1を参照)。
Figure 0007068183000001
MCV中での参照法
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで(on vortex)混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸を磁性ビーズに結合させた。
溶解バッファーおよび磁性ビーズを有するサンプルのインキュベートの後、den Dulk,et al.,2013に記載のとおり、および図1に示されるとおり、サンプルをピペットでマグネトキャピラリーバルブ(MCV)カートリッジ中へ移した。第1および第2洗浄チャンバ中で、MCVカートリッジに予め20μlの洗浄バッファー2で満たした。第3チャンバを20μlの洗浄バッファー3で満たし、10mMのトリス-HClの低塩濃度を含み、高pH 9を含む3.5μlで溶出チャンバを満たした。
den Dulk,et al.,2013により記載のとおり、磁石を使用して磁性ビーズを回収して移動させた。まず、NucliSENS(登録商標)ビーズをサンプルが位置された濃縮部で回収した。次いで磁石は、バルブを通って第1洗浄チャンバへ磁性ビーズを移動させる。そのチャンバ中で、磁石を使用して磁性ビーズを洗浄した。このプロセスを、第2および第3チャンバ中で繰り返した。溶出チャンバ中で、2分間温度を65℃まで上昇させて、続いて磁石を使用して混合することにより、核酸をビーズから溶出させた。
MCV中での単一バッファー溶液法
前記方法は、上記のとおりの「MCV中での参照法」と同様だった。唯一の違いは、洗浄ステップおよび最終溶出ステップの両方については同一だった、バッファー溶液の組成であった(pH 9での10mM トリス-HCl)。
図2から導かれるとおり、MCVを使用する単一バッファー溶液法により得られたRNA収率は、参照法により得られる収率より有意に高く、平均RNA収率は、単一バッファー溶液法により得られる最初に磁性ビーズに結合したRNAの64%であり、これに対して、参照法により得られる最初に磁性ビーズに結合したRNAの26%であった。
例2:エッペンドルフ管による参照法または単一バッファー溶液法による精製後の核酸収率の比較
核酸/RNA収率を比較するために、in vitro RNAを、参照法または本発明の単一バッファー溶液法のいずれかにより精製した。参照法または単一バッファー溶液法のそれぞれについて以下のプロトコルを使用した(概要については表2を参照)。
Figure 0007068183000002
参照法:
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)ビーズまたは8μlのMagPrep(登録商標)Silica粒子(同一の最終濃度)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸をビーズまたは粒子にそれぞれ結合させた。
溶解バッファーおよび磁性ビーズまたは粒子でのサンプルのインキュベートの後、管を磁性ラック上に置き、結合した核酸を有するビーズまたは粒子を管側に引き付けた。ピペットを使用して液体を除去することにより、例えば残骸およびタンパクなどの不純物を除去した。
続いて、核酸を磁性ビーズまたは粒子に結合させた状態を維持しながら、磁性粒子を、室温で、pH 4のMES水和物塩を含む50μlの洗浄バッファー2で洗浄し、GITCの量を希釈した/置き換えた。各洗浄ステップにおいて、洗浄液体を管に加え、続いて磁性ビーズまたは粒子を液体と混合し、管を磁性ラックに置いて、結合した核酸を有するビーズまたは粒子を管側に引き付け、最後に液体を除去した。
第2洗浄ステップを、室温で、pH 7のトリス-HClを含む50μlの洗浄バッファー3を使用して行い、MES水和物塩の量を希釈して/置き換えて、より良好な溶出のためにpHを上昇させた。
最後に、pH 7のトリス-HClを含む50μlの溶出バッファー溶液を添加し、エッペンドルフサーモヒータ上で5分間、摂氏65℃で磁性ビーズまたは粒子と共にインキュベートし、続いて10秒間ボルテックスして、磁性ビーズまたは粒子から核酸を溶出させた。
単一バッファー溶液法:
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)ビーズまたは8μlのMagPrep(登録商標)Silica粒子(同一の最終濃度)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸をビーズまたは粒子にそれぞれ結合させた。
溶解バッファーおよび磁性ビーズまたは粒子でのサンプルのインキュベートの後、管を磁性ラック上に置き、結合した核酸を有するビーズまたは粒子を管側に引き付けた。ピペットを使用して液体を除去することにより、例えば残骸およびタンパクなどの不純物を除去した。
続いて、核酸を磁性ビーズまたは粒子に結合させた状態をなお維持しながら、磁性粒子を、室温で、pH 9のトリス-HClを含む50μlのバッファー溶液で2回洗浄し、GITCの量を希釈して/置き換えて、後続の溶出のためにpHを上昇させた。各洗浄ステップにおいて、洗浄液体を管に加え、続いて磁性ビーズまたは粒子を液体と混合し、管を磁性ラックに置いて、結合した核酸を有するビーズまたは粒子を管側に引き付け、液体を除去した。
最後に、pH 9のトリス-HClを含む50μlのバッファー溶液を添加し、エッペンドルフサーモヒータ上で5分間、摂氏65℃で磁性ビーズまたは粒子と共にインキュベートし、続いて10秒間ボルテックスして、磁性ビーズまたは粒子から核酸を溶出させた。
図3aおよび図3cから導かれ得るとおり、50μlの洗浄溶出体積を使用して、参照法(黒色カラム)および単一バッファー法(灰色カラム)により得られたRNA収率は類似している。NucliSENS(登録商標)ビーズを使用する場合には、精製前にサンプル中に存在するRNA量のおよそ99%が精製形態で得られ(図3a)、MagPrep(登録商標)Silica粒子を使用する場合には、精製前にサンプル中に存在するRNA量のおよそ82%が精製形態で得られた(図3c)。
図3bおよび3dにおいて、精製前にサンプル中に存在するRNA量のパーセンテージを、異なる画分で検出した(Sup LB、第1回洗浄、第2回洗浄および溶出画分)。
溶解して磁性ビーズまたは粒子に結合した後の上澄み画分中で検出され得たRNAのパーセンテージ(Sup LB)は、NucliSENS(登録商標)ビーズ(図3b)およびMagPrep(登録商標)Silica粒子(図3d)の両方を使用する、参照法および単一バッファー溶液法を使用するものと同様であった。したがって、未結合RNAのパーセンテージ量は、異なる核酸結合相を使用する場合に両方の方法についてほぼ同一である。
いずれかの方法を使用する第1および第2洗浄ステップの間に、NucliSENS(登録商標)ビーズ(図3b)またはMagPrep(登録商標)Silica粒子から、結合したいかなるRNAもほとんど失なわれないことも示された(図3bおよび図3dの中間のカラムを参照)。
結果として、NucliSENS(登録商標)ビーズについておよそ99%、およびMagPrep(登録商標)Silica粒子についておよそ80%の、最初に磁性ビーズまたは粒子に結合したRNAのほとんどが、溶出画分中に見出された(図3bおよび図3dの一番右のカラムを参照)
要約すると、上記の結果は、単一洗浄溶出バッファーを使用する一方で、エッペンドルフ管における単一バッファー溶液法により、同一の小さな洗浄溶出体積が用いられる場合に参照法と同様の核酸収率が達成されることを示す。
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4. den Dulk et al., 2013, “Magneto-capillary valve for integrated purification and enrichment of nucleic acids and proteins”, Lab Chip, 13, 106-118

Claims (13)

  1. 以下のステップ:
    (i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、前記核酸を前記核酸結合相に結合させるステップ、
    (ii)前記核酸結合相に結合した前記核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
    (iii)≦50μlのステップ(ii)の前記バッファー溶液を使用して、前記核酸結合相から前記核酸を溶出させるステップ、
    を含み、
    ステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を≧摂氏40°の温度で行い、
    ステップ(ii)およびステップ(iii)の前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、
    核酸を精製するための方法。
  2. ステップ(ii)およびステップ(iii)の前記バッファー溶液中の前記バッファー剤が、トリス-HClである、請求項1に記載の方法。
  3. ステップ(ii)を、≦200μlの前記バッファー溶液中で行う、請求項1または請求項2に記載の方法。
  4. ステップ(iii)を、≦15μlの前記バッファー溶液中で行う、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記サンプルが、ステップ(i)の前に溶解された細胞を含む、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記核酸結合相が、シリカを含む、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記核酸結合相が、磁性粒子を含む、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記方法を、マイクロ流体デバイスにより行う、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記方法を、マグネトキャピラリーバルブにより行う、請求項1~のいずれか一項に記載の方法。
  10. ステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を摂氏50°~70°の温度で行う、請求項1に記載の方法。
  11. ≦50μlの溶出体積に核酸を精製するためのキットであって、以下:
    - 核酸結合相、
    - 洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液、
    - 前記核酸の溶出のための≦50μlのバッファー溶液であって、ここで、洗浄のためのおよび溶出のための前記バッファー溶液は同一の溶液である、バッファー溶液、
    - 前記精製された核酸を検出するための手段、
    を含み、
    前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、キット。
  12. 前記キットが、溶解剤をさらに含む、請求項11に記載の核酸を精製するためのキット。
  13. 請求項1~10のいずれか一項に記載の方法を行うためのカートリッジであって、以下:
    - 核酸結合相を含む第1チャンバ、
    - 前記第1チャンバに接続された第2チャンバであって、前記チャンバは、洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液を含み、前記核酸の溶出のための≦50μlの同一のバッファー溶液を含む、第2チャンバ、
    - 前記第2チャンバに接続された第3チャンバであって、前記チャンバは、前記第2チャンバの前記バッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む、第3チャンバ、
    を含み、
    前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、カートリッジ。
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