JP7068183B2 - 単一洗浄溶出バッファー溶液を使用する核酸精製システム - Google Patents
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Description
本発明は、単一洗浄溶出バッファー溶液を使用して核酸を精製するための方法またはキットに、より具体的には小型化された環境におけるものに関する。本発明はさらに、核酸を精製するのに比較的高いpHおよび低塩濃度を有するバッファー溶液の使用に関する。
核酸は、多くの異なる研究分野において重要な役割を担う。工業環境において、核酸は製品品質管理内で検出され得、臨床環境においては、核酸は診断のためにおよび/または治療のために使用され得る。上記の用途の多くにおけるそれらの使用の前に、核酸を精製する必要がある。
さらに、結合および洗浄バッファー溶液の残部は、時に、最終溶出ステップの間に除去し難く、それに続く、例えばPCR分析またはシーケンス反応などの下流の手順に干渉し得る。
よって、簡易化され、迅速で、低コストで効率の良い核酸の精製のための改善された手段および方法に対する必要性が存在する。
核酸精製のための存在する方法は、それらが、しばしば異なる洗浄バッファー溶液を使用する複数の洗浄ステップ、その後の溶出バッファーを使用する結合した核酸を溶出する最終ステップを含むので、骨が折れ、時間のかかるものである。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含む核酸を精製するための方法を提供することによりこの問題を解決する。
本発明によれば、これを、核酸結合相に結合した核酸を洗浄して、続いてこれらの核酸を核酸結合相から溶出するための単一バッファー溶液を用いる方法により達成することができる。
本発明による単一バッファーの利点は、極めて小さな体積の該バッファーを用いることにより高溶出効率を達成することが可能なことであり;さらには、1種の単一バッファーを使用することにより、核酸のより迅速なプロセシングを達成することが可能なことであり、これは特に小型化された環境において有利である。
ステップ(ii)の態様において、核酸結合相に結合した核酸を、少なくとも1回、好ましくは2回バッファー溶液で洗浄する。
態様において、核酸は、DNAまたはRNA、好ましくはウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
さらに態様において、サンプルは、真核生物細胞、好ましくはヒト細胞、より好ましくは上皮細胞を含む。
態様において、サンプルは、細菌および/またはウイルスをさらに含む。
- 核酸結合相、
- 洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液、
- 核酸の溶出のための≦50μlのバッファー溶液であって、ここで、洗浄のためのおよび溶出のためのバッファー溶液は同一の溶液である、バッファー溶液、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含むキットによりさらに達成することができる。
態様において、核酸を精製するためのキットは、小型化されたラブオンチップ形式の環境を含む。
態様において、キットは、診断試験としての使用のための、好ましくは分子診断のための携帯用総合試験としての使用に適合されている。
- 核酸結合相を含む第1チャンバ、
- 第1チャンバに接続された第2チャンバであって、前記チャンバは、洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液を含み、核酸の溶出のための≦50μlの同一のバッファー溶液を含む、第2チャンバ、
- 第2チャンバに接続された第3チャンバであって、前記チャンバは、第2チャンバのバッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む、第3チャンバ、
を含むカートリッジによりさらに達成することができる。
態様において、核酸結合相は、磁性粒子を含む。
態様において、カートリッジは、マイクロ流体デバイスにおける使用に適合されている。
さらに態様において、カートリッジは、マグネトキャピラリーバルブを含む。
態様において、カートリッジは、第3チャンバに接続された第4チャンバを含み、前記チャンバは、第2チャンバのバッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む。
核酸精製のための存在する方法をスケールダウンして、例えばマイクロ流体デバイスなどの小型化された環境において実行することは困難である。
本発明のこれらおよび他の側面は、以下で記載される態様(単数または複数)を参照して明らかとなり、説明されるであろう。
図面の簡単な説明
本発明は、バッファー溶液および、核酸分子を洗浄して溶出するための、これによる核酸分子の高効率な精製のための単一バッファー溶液を使用する方法およびキットを記載する。
本発明は、特定の態様に関して記載されるが、この記載は限定の意味に解釈されてはならない。
詳細に本発明の例示的態様を説明する前に、本発明を理解するのに重要な定義を提供する。
さらに、用語「含む(comprising)」、「例えば/例えば(for example/e.g.)」および「例えば~などの」は限定するものではないことが理解されなければならない。用語「してもよい」は、必須のものとしてもまたは限定するものとしても、いずれにも理解されてはならない。
用語「任意に」は、代替物または明確化するものとして理解されなければならない。用語「特に」は、本発明の好ましい態様とみなされなければならない。
用語「曝露/曝露している(expose/exposing)」および「結合/結合している(bind/binding)」は、サンプルの核酸が核酸結合相に結合できる条件下でサンプルを核酸結合相に接触させることを指す。本発明の特定の態様において、「結合/結合している」は、サンプル中に存在する≧25%の核酸が結合され、またはサンプル中に存在する≧50%の、または≧75%の、または≧85%の、または≧95%の核酸が結合されていることを意味する。
本願において使用される記号「≒」は、典型的には、示された数値の±20%、好ましくは±15%、より好ましくは±10%、なおより好ましくは±5%の偏差を示す。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含む核酸を精製するための方法を提供する。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(i)および(ii)の間では、1つまたは2つ以上のさらなるステップは行われない。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(ii)および(iii)の間では、1つまたは2つ以上のさらなるステップは行われない。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ここで、ステップ(i)および(ii)の間およびステップ(ii)および(iii)では、さらなるステップは行われない。
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、核酸を核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)核酸結合相に結合した核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)ステップ(ii)のバッファー溶液を使用して、核酸結合相から核酸を溶出させるステップ、
からなる。
本発明の別の態様において、グアニジニウムイソチオシアネートを含むバッファー溶液を使用して、核酸を核酸結合相に結合させる。
本発明のさらなる態様において、グアニジニウムイソチオシアネートを含むバッファー溶液を使用して、1~30分間、室温で、およびpH 4で、核酸を核酸結合相に結合させる。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)を、1M~6Mの高塩濃度の存在下で行う。
理想的には、洗浄バッファー溶液は、所望されない、例えば細胞、細菌、ウイルスの残骸などの細胞構成成分;以前の溶解または結合ステップ由来であり得る、タンパクおよび例えば洗浄剤およびカオトロピック塩などの残留量などを除去する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
結合した核酸を、≧7.5、≧8、≧8.5、≧9、≧9.5または≧10のpHを有するバッファー溶液を使用して、さらに洗浄して溶出してもよい。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpH値を有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度を有する。
本発明の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5または好ましくは≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のなおより好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)および(iii)において用いられるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度、およびpH 9を有する。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行う。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度を有する。
好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦50μlまたは≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧7.5のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の一態様において、結合した核酸を、本発明の方法のステップ(ii)において少なくとも1回洗浄する。
本発明のより好ましい態様において、結合した核酸を、前記方法のステップ(ii)において2回洗浄し、ここで、ステップ(ii)を≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、≦10mMの塩濃度および≧9のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、結合した核酸を、ステップ(ii)において2回洗浄し、ここで、ステップ(ii)を≦20μlのバッファー溶液中で行い、前記バッファー溶液は、10mMの塩濃度およびpH 9を有する。
本発明の一態様において、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の別の態様において、本発明の方法のステップ(iii)を、≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明のさらなる態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明のさらに好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度および≧7.5のpHを有する。
本発明の最高に好ましい態様において、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、10mMのトリス-HCl濃度およびpH 9を有する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法のステップ(i)を高塩濃度の存在下で行ってもよく、ここで、上記の態様において記載されたとおりに結合した核酸を洗浄して溶出する。
本発明の別の態様において、異なる核酸が同時に精製される。例えばRNAまたはDNAなどを得る一般的な方法は、RNAsesまたはDNAsesを精製された核酸にそれぞれ加えることである。
本発明の別の態様において、核酸を含むサンプルは、コスモトロピック塩により溶解される。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明のなお別の態様によれば、本発明の方法のステップ(i)を高塩濃度の存在下で行い、ここで、上記の態様において記載したとおり、結合した核酸を洗浄して(ステップ(ii))溶出する(ステップ(iii))。
本発明の好ましい態様において、核酸を含むサンプルは上皮細胞を含む。
本発明の別の態様において、核酸を含むサンプルは細菌および/またはウイルスをさらに含む。
DNAは、ゲノムDNA、cDNAまたは例えば超らせん、らせんおよび弛緩プラスミドDNAなどの環状形態として存在してもよく、さらにA-DNA、B-DNAまたはZ-DNAとして存在してもよい。
精製される核酸はさらに、例えば、任意に蛍光または放射性標識されたin vitro転写RNA(in vitro RNA)などの合成核酸を含む。
本発明の好ましい態様において、精製される核酸は、ウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
上記基材は、例えばアミン基またはアミン官能化基などの化学官能基を含んでもよい。好ましい基材は、珪藻、ガラス、シリコーン、シリカおよび任意に例えばポリエチレングリコール、アミン、エポキシド、イソチオシアネートなどの官能基を含むシランでコーティングされた基材、ならびにポリ-L-リシンまたは例えばニトロセルロース、ポリスチレン、環状オレフィンコポリマー(COC)、環状オレフィンポリマー(COP)、ポリプロピレン、ポリエチレンまたはポリカーボネートでコーティングされた基材である。官能化されたシランは、分岐状または非分岐状であってもよい。
本発明のさらなる態様により、シランを含む核酸結合相が提供される。
本発明の好ましい態様において、核酸結合相は、磁性粒子を含む。本発明のなおより好ましい態様において、それらの磁性粒子はシリカでコーティングされている。本発明の等しく好ましい態様において、磁性粒子はシランでコーティングされている。
本発明の一態様は、本発明の方法をマイクロ流体デバイスにより行うことを想定する。
本発明の一態様によれば、すぐ上の態様のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の一態様によれば、結合した核酸を、少なくとも2回、好ましくは本発明のすぐ上の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(ii)において2回洗浄する。
本発明のさらなる態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、結合した核酸の本発明の方法のステップ(ii)を(bound nucleic acids step (ii) of the method of the invention)、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMの塩濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の別のさらに好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦100mMの、好ましくは≦50mMの、より好ましくは≦30mMの、最も好ましくは≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧7.5または≧9のpHを有する。
本発明の別の好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦30mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の別の最も好ましい態様において、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦20μlの中で行い、ステップ(iii)を、≦5μlの中で行い、ここで、ステップ(ii)およびステップ(iii)において使用されるバッファー溶液は、≦10mMのトリス-HCl濃度、および≧9のpHを有する。
本発明の一態様によれば、本発明の方法は、上記の態様のいずれかにおいて、本発明の方法のステップ(i)の前に溶解ステップを含む。
本発明のさらなる態様において、核酸はシリカコーティングされた磁性粒子に結合され、マグネトキャピラリーバルブにより、本発明の方法のステップ(ii)を、≦500μl、≦400μl、≦300μl、≦200μl、≦100μl、≦50μlまたは≦20μlの中で行い、本発明の方法のステップ(iii)を、≦50μl、≦40μl、≦30μl、≦20μl、≦15μl、≦10μlまたは≦5μlのバッファー溶液中で行う。
本発明の一態様によれば、本発明の方法のステップ(i)~(iii)を室温で行う。
好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を摂氏50°~70°の温度で行う。
最も好ましい態様において、本発明の方法のステップ(i)および(ii)を室温で行い、本発明の方法のステップ(iii)を摂氏65°で行う。
本発明のより好ましい態様において、使用するバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のさらなる態様において、上記のバッファー溶液は、核酸を洗浄して溶出するために使用される。
本発明の別の態様において、上記のバッファー溶液中のバッファー剤は、トリス-HClである。
本発明の好ましい態様において、使用するトリス-HClバッファー溶液は、≦10mMの塩濃度、および≧9のpHを有する。
本発明のさらなる態様において、上記のバッファー溶液で精製される核酸は、DNAまたはRNAである。
本発明の別の態様において、核酸は、細菌DNAまたは細菌RNAである。
本発明の好ましい態様において、精製される核酸は、ウイルスDNAまたはウイルスRNAである。
- 核酸結合相、
- バッファー剤を含む、核酸の洗浄および溶出のためのバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含む。
キットのバッファー溶液は、好ましくは本発明の上記の態様において記載されたとおりの本発明のバッファー溶液である。
- 核酸結合相、
- バッファー剤を含む、核酸の洗浄および溶出のためのバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態、
- 精製された核酸を検出するための手段、
を含む。
本発明の別の態様において、小型化された環境はカートリッジ中に含まれる。
本発明の別の態様において、キットは、カートリッジを含む。
本発明のより好ましい態様において、キットは、マグネトキャピラリーバルブカートリッジを含む。
本発明のさらなる態様において、キットは、例えばカオトロピックまたはコスモトロピック塩などの溶解剤、例えばTriton X、NP40、TweenまたはSDSなどの洗浄剤、または例えばリソチーム、プロテイナーゼ Kまたはサブチリシンなどの酵素などをさらに含む。
本発明のなお別の態様において、キットは、アンモニウムスルフェートまたはリチウムクロリドである溶解剤をさらに含む。
本発明のさらなる態様において、本発明のキットは、キットの構成要素を使用して核酸精製を行うための使用説明書を含んでもよい。
本発明の別の態様は、診断試験として使用するための本発明のキットを提供する。診断試験は、例えば細菌、酵母またはウイルスなどの病原体により引き起こされるか、またはこれらに関連する疾患、または例えば遺伝性疾患、出生前検査または親子鑑定などについての遺伝学的検査を検出するための試験を含んでもよい。
核酸を精製するための本発明の方法は、以下の例を参照することによりサポートされ、例示される。これらの例により、いかなる意味においても本発明の範囲が限定されるとみなされてはならないことが強調されなければならない。
例1:参照法またはマグネトキャピラリーバルブ(MCV)による単一バッファー溶液法による精製後の核酸収率の比較
核酸/RNA収率を比較するために、in vitro RNAを、参照法または本発明の単一バッファー溶液法のいずれかにより精製した。参照法または単一バッファー溶液法のそれぞれについて以下のプロトコルを使用した(概要については表1を参照)。
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで(on vortex)混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸を磁性ビーズに結合させた。
前記方法は、上記のとおりの「MCV中での参照法」と同様だった。唯一の違いは、洗浄ステップおよび最終溶出ステップの両方については同一だった、バッファー溶液の組成であった(pH 9での10mM トリス-HCl)。
核酸/RNA収率を比較するために、in vitro RNAを、参照法または本発明の単一バッファー溶液法のいずれかにより精製した。参照法または単一バッファー溶液法のそれぞれについて以下のプロトコルを使用した(概要については表2を参照)。
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)ビーズまたは8μlのMagPrep(登録商標)Silica粒子(同一の最終濃度)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸をビーズまたは粒子にそれぞれ結合させた。
最後に、pH 7のトリス-HClを含む50μlの溶出バッファー溶液を添加し、エッペンドルフサーモヒータ上で5分間、摂氏65℃で磁性ビーズまたは粒子と共にインキュベートし、続いて10秒間ボルテックスして、磁性ビーズまたは粒子から核酸を溶出させた。
5μlのin vitro RNAを、2mlのエッペンドルフ管中に3.3M グアニジニウムイソチオシアネート(GITC)、トリス-HCl、Triton-X100およびEDTAを含む995μlの溶解バッファーに添加した。溶解のために、10秒間サンプルをボルテックスで混合した。混合ステップの後に20μlのNucliSENS(登録商標)ビーズまたは8μlのMagPrep(登録商標)Silica粒子(同一の最終濃度)をサンプルに添加し、エッペンドルフ管を上向きおよび下向きに一度反転して、室温で3~5分間インキュベートして、核酸をビーズまたは粒子にそれぞれ結合させた。
図3bおよび3dにおいて、精製前にサンプル中に存在するRNA量のパーセンテージを、異なる画分で検出した(Sup LB、第1回洗浄、第2回洗浄および溶出画分)。
結果として、NucliSENS(登録商標)ビーズについておよそ99%、およびMagPrep(登録商標)Silica粒子についておよそ80%の、最初に磁性ビーズまたは粒子に結合したRNAのほとんどが、溶出画分中に見出された(図3bおよび図3dの一番右のカラムを参照)
1. Boom et al., 1990, “Rapid and Simple Method for Purification of Nucleic Acids”, Journal of Clinical Microbiology, 28, 495-503
2. EP 0 389 063
3. US 14/0272999
4. den Dulk et al., 2013, “Magneto-capillary valve for integrated purification and enrichment of nucleic acids and proteins”, Lab Chip, 13, 106-118
Claims (13)
- 以下のステップ:
(i)核酸を含むサンプルを核酸結合相に曝露し、前記核酸を前記核酸結合相に結合させるステップ、
(ii)前記核酸結合相に結合した前記核酸を少なくとも1回バッファー剤を含むバッファー溶液で洗浄するステップ、
(iii)≦50μlのステップ(ii)の前記バッファー溶液を使用して、前記核酸結合相から前記核酸を溶出させるステップ、
を含み、
ステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を≧摂氏40°の温度で行い、
ステップ(ii)およびステップ(iii)の前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、
核酸を精製するための方法。 - ステップ(ii)およびステップ(iii)の前記バッファー溶液中の前記バッファー剤が、トリス-HClである、請求項1に記載の方法。
- ステップ(ii)を、≦200μlの前記バッファー溶液中で行う、請求項1または請求項2に記載の方法。
- ステップ(iii)を、≦15μlの前記バッファー溶液中で行う、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルが、ステップ(i)の前に溶解された細胞を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記核酸結合相が、シリカを含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記核酸結合相が、磁性粒子を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法を、マイクロ流体デバイスにより行う、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記方法を、マグネトキャピラリーバルブにより行う、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(i)および(ii)を室温で行い、ステップ(iii)を摂氏50°~70°の温度で行う、請求項1に記載の方法。
- ≦50μlの溶出体積に核酸を精製するためのキットであって、以下:
- 核酸結合相、
- 洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液、
- 前記核酸の溶出のための≦50μlのバッファー溶液であって、ここで、洗浄のためのおよび溶出のための前記バッファー溶液は同一の溶液である、バッファー溶液、
- 前記精製された核酸を検出するための手段、
を含み、
前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、キット。 - 前記キットが、溶解剤をさらに含む、請求項11に記載の核酸を精製するためのキット。
- 請求項1~10のいずれか一項に記載の方法を行うためのカートリッジであって、以下:
- 核酸結合相を含む第1チャンバ、
- 前記第1チャンバに接続された第2チャンバであって、前記チャンバは、洗浄のためのバッファー剤を含むバッファー溶液を含み、前記核酸の溶出のための≦50μlの同一のバッファー溶液を含む、第2チャンバ、
- 前記第2チャンバに接続された第3チャンバであって、前記チャンバは、前記第2チャンバの前記バッファー溶液を含むバッファー溶液、または該バッファー溶液の乾燥形態を含む、第3チャンバ、
を含み、
前記バッファー溶液が、≦10mMの塩濃度および≧9のpHにより特徴付けられる、カートリッジ。
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