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JP6796593B2 - 細菌核酸を検出し細菌性膣炎を診断するための方法および組成物 - Google Patents

細菌核酸を検出し細菌性膣炎を診断するための方法および組成物 Download PDF

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Description

配列表への言及
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で、ＡＳＣＩＩ形式で提出した配列表を含み、配列表は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０１６年３月１６日に作成した前記ＡＳＣＩＩコピーは、「ＤＩＡ−０００２−ＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という名であり、サイズは３１ＫＢである。
関連出願への相互参照
本出願は、米国特許法下における、２０１５年３月１６日に出願された仮出願６２／１３３，８８１号、２０１５年３月２９日に出願された仮出願６２／１６８，４０５号および２０１５年３月２９日に出願された仮出願６２／１６８，６８８号の利益を主張し、そのそれぞれを参照として本明細書に援用する。
米国国民健康栄養調査によると、１４歳〜４９歳の女性のほぼ３分の１は細菌性膣炎（ＢＶ）を有する。（AllsworthおよびPeipert、Obstetrics and Gynecology １０９巻：１１４〜１２０頁、２００７年を参照されたい）。ＢＶは、膣分泌物の最も一般的な原因であり、多くの女性が病院に駆けつける理由である。ＢＶは、早産、低出生体重、骨盤内炎症性疾患、ＨＩＶを含むＳＴＤ感染症の増加、および性交渉相手にＨＩＶを移すより大きなリスクにも関連する。（SrinivasanおよびFredricks、Interdisciplinary Perspectives on Infectious Diseases、２００８巻、Article ID 750479、２２頁、２００８年を参照されたい）細菌性膣炎を有する女性は、悪臭を放つ膣分泌物または痛みを含む症状を有し得るが、診断可能なＢＶを有する女性のおよそ半数には明確な症状がない（SrivinvasanおよびFredricks、前掲を参照されたい）。
単独でＢＶの原因となることが公知である病因因子はない。大部分の研究者およびＣＤＣは、細菌性膣炎は膣の正常な細菌叢の破壊の結果であると考えている。よくある感染症とは異なり、この腸内毒素症は、個々の細菌種の結果ではない。CDC Factsheet、２０１４年（ＣＤＣウェブサイトからのBV-Fact-Sheet-March-2014.pdf）を参照されたい。腸内毒素症は、膣などの身体環境の中での正常な微生物叢の破壊である。Nibaliら、Journal of Oral Microbiology ６巻：２２９６２頁、２０１４年を参照されたい。
ＢＶは、診療所ではＡｍｓｅｌ判定基準を使用して、および検査室ではＮｕｇｅｎｔスコアリングシステムを使用して診断される。後者は、グラム染色を活用する細菌形態型の計数に依拠する。この方法では、Ｎｕｇｅｎｔスコアは、腸内毒素症の視覚的評価である−それは悪い細菌を良い細菌に対して採点する。Nugentら、Journal of Clinical Microbiology ２９巻：２９７〜３０１頁、１９９１年を参照されたい。Ａｍｓｅｌ判定基準は、ＢＶに関連する主な徴候である、クルー細胞の存在、ｐＨ、色および匂いについて試料を評価する。Amselら、Am. J. Med.７４巻：１４〜２２頁、１９８３年を参照されたい。試料の湿式マウントを顕微鏡で検査して、主にＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓからなると考えられる細菌で覆われたヒト上皮細胞であるクルー細胞を検出する。
分子試験は、一般に、細菌性膣炎と強い相関関係がある複数の生物を標的とする。どの生物が標的とされるかは試験によって異なる。ほぼ全ての場合、存在量の多い嫌気性菌、例えば、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、ＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａおよびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種が標的とされる。
ＦＤＡによって唯一承認されているＢＶ試験（ＢＤ Ａｆｆｉｒｍ ＶＰＩＩＩ ２０１０）は、Ｃａｒｔｗｒｉｇｈｔら（Journal of Clinical Microbiology ５１巻：３６９４〜３６９９頁、２０１３年）による研究において６７．６％の感度および７６．４％の特異度を有することが判明した。ＢＶを診断するために、Ａｆｆｉｒｍ製品は、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓをその唯一の指標として検出する。製品の添付文書には、Ａｆｆｉｒｍ製品が、採点型のグラム染色法と比較して９５．１％の感度および８３．３％の特異度があることが示されている。
Ｃａｒｔｗｒｉｇｈｔら、前掲は、ＢＶの診断のためのＡｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、ＢＶＡＢ−２およびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ−１の検出に多重アッセイを使用した。彼らは、このアッセイの性能を、女性３２３名の集団（９３％アフリカ系アメリカ人、７％非ヒスパニック系白人）でＮｕｇｅｎｔ結果とＡｍｓｅｌ結果の組合せに対して測定した。彼らは、この試験には、ＮｕｇｅｎｔスコアとＡｍｓｅｌスコアの組合せと比較して９６．９％の感度および９２．６％の特異度があると報告した。彼らは、単独でのＮｕｇｅｎｔスコアに関するこのアッセイの結果を報告しなかった。
AllsworthおよびPeipert、Obstetrics and Gynecology １０９巻：１１４〜１２０頁、２００７年 SrinivasanおよびFredricks、Interdisciplinary Perspectives on Infectious Diseases、２００８巻、Article ID 750479、２２頁、２００８年 Nibaliら、Journal of Oral Microbiology ６巻：２２９６２頁、２０１４年 Nugentら、Journal of Clinical Microbiology ２９巻：２９７〜３０１頁、１９９１年 Amselら、Am. J. Med.７４巻：１４〜２２頁、１９８３年 Journal of Clinical Microbiology ５１巻：３６９４〜３６９９頁、２０１３年
一態様では、本発明は、被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）の存在または非存在を決定するための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、一般に以下のステップ：（ａ）ＢＶを有することが疑われる被験体からの試料を用意するステップ；（ｂ）試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出のためのアッセイを行うステップ；（ｃ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれに陽性または陰性のいずれかのステータスを検出アッセイに基づいて割り当てるステップ；ならびに（ｄ）ステップ（ｃ）からの割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータス、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータスおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ステータスの組合せに基づいて被験体におけるＢＶの存在または非存在を決定するステップであって、（ｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、（ｉｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陽性のステータスは、被験体におけるＢＶの存在を示し、（ｉｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陽性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、（ｉｖ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陰性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陽性のステータスは、被験体におけるＢＶの存在を示す、ステップを含む。他の実施形態では、方法は、一般に以下のステップ：（ａ）ＢＶを有することが疑われる被験体からの試料を用意するステップ；（ｂ）試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出のためのアッセイを行うステップ；（ｃ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれに陽性または陰性のいずれかのステータスを検出アッセイに基づいて割り当てるステップ；ならびに（ｄ）ステップ（ｃ）からの割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータスおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータスの組合せに基づいて被験体におけるＢＶの存在または非存在を決定するステップであって、（ｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについて陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、（ｉｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのステータスが陽性である場合には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陽性のステータスは被験体におけるＢＶの非存在を示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陰性のステータスは被験体におけるＢＶの存在を示す、ステップを含む。
上記のとおりのＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出のためのアッセイ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出のためのアッセイは、核酸に基づく検出アッセイである。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．は、膣マイクロバイオームからのものである。一部の実施形態では、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．は、膣マイクロバイオームからのものである。特に適切な核酸に基づく検出アッセイには、例えば、リアルタイムで行われ得る、等温増幅反応（例えば、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応）を含むアッセイなどの、増幅に基づくアッセイが含まれる。ある特定の実施形態では、核酸に基づく検出アッセイは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６Ｓ ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの１６Ｓ ｒＲＮＡを標的とする。特定のバリエーションでは、核酸に基づく検出アッセイは、（ｉ）配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域、（ｉｉ）配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域、および／または（ｉｉｉ）配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする。
核酸に基づく検出アッセイを含む上記のとおりのＢＶを診断するための方法の、ある特定の実施形態では、アッセイは、以下のステップ：
（１）試料を、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列（target-hybridizing sequence）を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、
Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出するステップ
を含む、増幅に基づくアッセイである。
核酸に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の他の実施形態では、アッセイは、以下のステップ：
（１）試料を、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出するステップ
を含む、増幅に基づくアッセイである。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含み；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む。一部のそのような実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、ここで、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む。一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む。特定のバリエーションでは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーの少なくとも一方）は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列（the respective target-hybridizing sequence）の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる、一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する。試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる上記のとおりの一部の実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の、ある特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に試料中の他の構成成分から、存在する場合には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸を精製するまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸を精製するステップをさらに含む。一部のそのような実施形態では、精製するステップは、試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した（covalently attached）、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む。例えば、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列（capture probe target-hybridizing sequence）をそれぞれ含み、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出を対象とする一部の実施形態では、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓまたはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと、接触させるステップ、ならびに（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出のための増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブと、接触させるステップ、ならびに（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的および／またはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する。上記のとおりの一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、ここで、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み；一部のそのような実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイと第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの使用（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの使用）とを含む、ＢＶを診断するための方法の、ある特定の実施形態では、前記プローブのそれぞれは標識を含む。１つまたは複数の増幅産物を第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させることをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイと標識された検出プローブの使用とを含む、ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、増幅するステップ（２）の間に行われる。一部のそのようなバリエーションでは、各検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイと検出プローブの使用とを含む、ＢＶを診断するための方法の、ある特定の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの少なくとも一方）は、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。１つまたは複数の増幅産物を第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させることをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、標識にハイブリダイズしない配列をさらに含む。上記のとおりの一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブのいずれか１つ（例えばそれぞれ）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
上記のとおりの増幅に基づく検出アッセイを含む、ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。特定のバリエーションでは、等温増幅反応は、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である。ある特定の実施形態では、等温増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
上記のとおりのＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、方法は、ＢＶに関連する１０以下の細菌属の検出を含む。例えば、ある特定のバリエーションでは、方法は、ＢＶに関連する５以下の細菌属の検出を含む。具体的なバリエーションでは、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、ＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。別の具体的なバリエーションでは、方法は、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓおよびＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａ以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。
上記のとおりのＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、ＢＶの存在が被験体において示された場合には、方法は、ＢＶのための処置レジメン（treatment regime）を被験体に施すステップをさらに含む。
上記のとおりのＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、方法は、被験体におけるＢＶを監視するための方法であり、被験体は、ステップ（ａ）の前にＢＶのための処置レジメンを受けている。一部のそのようなバリエーションでは、ＢＶの存在が被験体において示された場合には、方法は、（ｉ）ＢＶのための処置レジメンを被験体に施すステップまたは（ｉｉ）ＢＶのための異なる処置レジメンを被験体に施すステップのいずれかをさらに含む。
別の態様では、本発明は、多重検出方法を提供する。一部の実施形態では、多重検出方法は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのものである。方法は、一般に以下のステップ：
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の少なくとも１つを含有することが疑われる試料を、
（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、
（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
（ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
を含む。
他の実施形態では、多重検出方法は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのものである。方法は、一般に以下のステップ：
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの少なくとも一方を含有することが疑われる試料を、
（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するステップ
を含む。
上記のとおりの多重方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含み；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む。一部のそのような実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりの多重方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、ここで、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む。一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む。特定のバリエーションでは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりの多重方法の一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つ（第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーの少なくとも一方）は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる、一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する。試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる上記のとおりの一部の実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの多重方法の、ある特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に試料中の他の構成成分から、存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸を精製するまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸を精製するステップをさらに含む。一部のそのような実施形態では、精製するステップは、試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む。例えば、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出を対象とする一部の実施形態では、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓまたはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの多重方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと接触させるステップ、ならびに（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出のための多重方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブと接触させるステップ、ならびに（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的および／またはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する。上記のとおりの一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み；一部のそのような実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの使用（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの使用）を含む多重方法の、ある特定の実施形態では、プローブのそれぞれは標識を含む。１つまたは複数の増幅産物を第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させることをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりの標識された検出プローブの使用を含む多重方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、増幅するステップ（２）の間に行われる。一部のそのようなバリエーションでは、各検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりの検出プローブの使用を含む多重方法の、ある特定の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの少なくとも一方）は、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。１つまたは複数の増幅産物を第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させることをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、標識にハイブリダイズしない配列をさらに含む。上記のとおりの一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブのいずれか１つ（例えばそれぞれ）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
上記のとおりの多重方法の一部の実施形態では、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。特定のバリエーションでは、等温増幅反応は、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である。ある特定の実施形態では、等温増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
別の態様では、本発明は、オリゴマーの組合せを提供する。一部の実施形態では、オリゴマーの組合せは、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのものである。オリゴマーの組合せは、一般に以下のオリゴマー：
（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、
（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
（ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
を含む。
他の実施形態では、オリゴマーの組合せは、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのものである。オリゴマーの組合せは、一般に以下のオリゴマー：
（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー
を含む。
上記のとおりのオリゴマーの組合せの一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含み；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む。一部のそのような実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりのオリゴマーの組合せの一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーをさらに含み、ここで、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む。一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む。特定のバリエーションでは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる。
上記のとおりのオリゴマーの組合せの一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーの少なくとも一方）は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる、一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する。試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる上記のとおりの一部の実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのオリゴマーの組合せの、ある特定の実施形態では、オリゴマーの組合せは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含む。例えば、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーを含んでもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せを対象とする一部の実施形態では、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーを含んでもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれは、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓまたはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのオリゴマーの組合せの一部の実施形態では、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブをさらに含む。上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれ（each of each of）についての存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せの一部の実施形態では、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブをさらに含む。一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９のヌクレオチド配列を有し、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し、および／または第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する。上記のとおりの一部の実施形態では、オリゴマーの組合せは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブをさらに含み、ここで、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み；一部のそのような実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりの第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ）を含むオリゴマーの組合せの、ある特定の実施形態では、プローブのそれぞれは標識を含む。第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりの標識された検出プローブを含むオリゴマーの組合せの一部の実施形態では、各検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりの検出プローブを含むオリゴマーの組合せの、ある特定の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つ（または第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブおよび第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの少なくとも一方）は、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。上記のとおりの一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブのいずれか１つ（例えばそれぞれ）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
なお別の態様では、本発明は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法を提供する。方法は、一般に以下のステップ：
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を含有することが疑われる試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、ここで、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
を含む。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部のそのような実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、またはそれからなり、および／または第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含む、またはそれからなる。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、ここで、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む。一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、またはそれからなる。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、第１のＬａｃｔａｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含む。第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる、一部のそのような実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列を有する。試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させる上記のとおりの一部の実施形態では、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前にＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的核酸を、存在する場合、試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む。一部のそのような実施形態では、精製するステップは、試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む。例えば、試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号５のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップ、および（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。一部のそのような実施形態では、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号９のヌクレオチド配列を有する。上記のとおりの一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、１つまたは複数の増幅産物を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、ここで、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み；一部のそのような実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法が第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブの使用を含む場合、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは標識を含む。１つまたは複数の増幅産物を第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させることをさらに含む一部の実施形態では、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、検出するステップ（３）は、増幅するステップ（２）の間に行われる。一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。方法の一部のバリエーションでは、第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
なお別の態様では、本発明は、試料中のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するための方法を提供する。方法は、一般に以下のステップを含む：
（１）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを含有することが疑われる試料を、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、ここで、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、ここで、任意のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより試料中のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するステップ。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の一部のバリエーションでは、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部のそのような実施形態では、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、もしくはそれからなり、および／または第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の一部の実施形態では、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーターは、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前にＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸を、存在する場合、試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む。一部の実施形態では、精製するステップは、試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップをさらに含む。例えば、試料を、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１１のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブと接触させるステップ、および（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。一部のそのような実施形態では、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号１４のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の、ある特定の実施形態では、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ（detection probe detection probe）は、標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の一部の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、検出するステップ（３）は、増幅するステップ（２）の間に行われる。一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。方法の一部のバリエーションでは、第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
さらに別の態様では、本発明は、試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法を提供する。方法は、一般に以下のステップを含む：
（１）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を含有することが疑われる試料を、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、ここで、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、ここで、第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、試料中に存在する場合、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の一部のバリエーションでは、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部のそのような実施形態では、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み、もしくはそれからなり、および／または第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などの、Ｔ７プロモーター配列である。具体的なバリエーションでは、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前にＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸を、存在する場合、試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む。一部の実施形態では、精製するステップは、試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップをさらに含む。例えば、試料を、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させてもよく、ここで、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合されている。具体的なバリエーションでは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する。一部の実施形態では、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、検出するステップ（３）は、（ｉ）１つまたは複数の増幅産物を、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと接触させるステップ、および（ｉｉ）標的にハイブリダイズした任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む。一部のそのような実施形態では、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。具体的なバリエーションでは、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブ（detection probe detection probe）は、標識を含む。特に適切な標識には、化学発光標識および蛍光標識が含まれる。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の一部の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、検出するステップ（３）は、増幅するステップ（２）の間に行われる。一部のそのようなバリエーションでは、検出プローブは、蛍光標識およびクエンチャーを含む。蛍光標識およびクエンチャーを含む、特に適切な検出プローブには、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブが含まれる。
上記のとおりのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するための方法の、ある特定の実施形態では、方法が標識された検出プローブの使用を含む場合、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む。方法の一部のバリエーションでは、第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
上記のとおりのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のいずれか１つを検出するための方法の一部の実施形態では、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。特定のバリエーションでは、等温増幅反応は、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である。ある特定の実施形態では、等温増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
さらに他の態様では、本発明は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のいずれか１つの存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せを提供する。様々な実施形態では、オリゴマーの組合せは、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法について上で述べたとおりのオリゴマーを含む。
なお他の態様では、本発明は、被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）の存在または非存在を決定するための組成物またはキットを提供する。組成物またはキットは、一般に、（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の検出プローブ、および（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸に特異的にハイブリダイズする第２の検出プローブを含み、ここで、第１および第２の検出プローブの少なくとも一方は標識を含み、ここで、組成物またはキットは、（ｉ）いずれの真菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まず、（ｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．またはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ以外のいずれの細菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まない。一部の実施形態では、第１の検出プローブは、Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ標的核酸、Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ標的核酸およびＬ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ標的核酸の少なくとも１つに特異的にハイブリダイズする。一部の実施形態では、第１の検出プローブは、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とし、および／または第２の検出プローブは、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする。特定のバリエーションでは、第１の検出プローブは、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の検出プローブは、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み；一部のそのような実施形態では、第１の検出プローブは、配列番号９のヌクレオチド配列を有し、および／または第２の検出プローブは、配列番号１４のヌクレオチド配列を有する。ある特定の実施形態では、組成物またはキットは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸に特異的にハイブリダイズする第３の検出プローブ、例えば、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、第３の検出プローブをさらに含む。具体的なバリエーションでは、第３の検出プローブは、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する。
本発明のこれらの態様および他の態様は、本発明の以下の詳細な記載を参照することにより明らかになる。
定義
他に定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、記載される方法および組成物に関係する当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で使用するとき、以下の用語および語句は、他に特定されない限り、それらに帰する意味を有する。
用語「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が他に明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。
「試料」は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．， Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ，もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．またはその構成成分、例えば、核酸または核酸断片を含み得る任意の検体を含む。
試料には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓもしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．またはそれらの構成成分（例えば、それら由来の標的核酸）を含有し得る、生きているまたは死亡したヒト由来の任意の組織または材料を含む「生物学的試料」が含まれ、例えば、膣スワブ試料、子宮頸部ブラシ試料、気管支鏡検査、気管支肺胞洗浄物（ＢＡＬ）もしくは肺生検などの呼吸器組織もしくは呼吸器滲出物、痰、唾液、末梢血、血漿、血清、リンパ節、胃腸組織、糞便、尿、精液または他の体液もしくは材料を含む。生物学的試料を処理して、物理的または機械的に組織または細胞構造を破壊し、こうして細胞内の構成成分を、酵素、緩衝剤、塩、界面活性剤などをさらに含有してもよい溶液中に放出してもよく、それらは、標準的な方法を用いて、分析用に生物学的試料を調製するために使用される。また、試料は、加工された試料、例えば、試料を濾過デバイス上でもしくは濾過デバイスを通過させて得られたもの、または続く遠心分離、または媒体、マトリックスもしくは支持体への付着によって得られたものを含んでもよい。
「核酸」は、窒素含有複素環塩基または塩基類似体を有する、２つまたはそれ超の共有結合したヌクレオシドまたはヌクレオシド類似体を含み、該ヌクレオシドがホスホジエステル結合または他の連結によってともに連結されてポリヌクレオチドを形成している、多量体化合物を指す。核酸には、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはキメラＤＮＡ−ＲＮＡポリマーもしくはオリゴヌクレオチド、およびそれらの類似体が含まれる。核酸「主鎖」は、多様な連結で構成されてもよく、該連結には、糖−ホスホジエステル連結、ペプチド−核酸結合（「ペプチド核酸」またはＰＮＡにおいて、PCT番号ＷＯ９５／３２３０５号を参照されたい）、ホスホロチオエート連結、メチルホスホネート連結またはそれらの組合せの１つまたは複数が含まれる。核酸の糖部分は、リボースもしくはデオキシリボース、または公知の置換、例えば、２’−メトキシ置換および２’−ハロゲン化物置換（例えば２’−Ｆ）などを有する同様の化合物であってもよい。窒素含有塩基（nitrogenous base）は、慣用的な塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、それらの類似体（例えば、イノシン、５−メチルイソシトシン、イソグアニン；The Biochemistry of the Nucleic Acids ５〜３６頁、Adamsら、編集、第１１版、１９９２年；Abrahamら、２００７年、BioTechniques ４３巻：６１７〜２４頁）であってもよく、これにはプリンまたはピリミジン塩基の誘導体（例えば、Ｎ４−メチルデオキシグアノシン（deoxygaunosine）、デアザプリンまたはアザプリン、デアザピリミジンまたはアザピリミジン、５位または６位に置換基を有するピリミジン塩基、２位、６位および／または８位に変更された置換基または置き換えられた置換基を有するプリン塩基、例えば、２−アミノ−６−メチルアミノプリン、Ｏ６−メチルグアニン、４−チオ−ピリミジン、４−アミノ−ピリミジン、４−ジメチルヒドラジン−ピリミジンおよびＯ４−アルキル−ピリミジン、およびピラゾロ化合物、例えば未置換または３−置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン；米国特許第５，３７８，８２５号、同第６，９４９，３６７号およびPCT番号ＷＯ９３／１３１２１号）が含まれる。核酸には、主鎖が、１つまたは複数の残基に関して窒素含有塩基を含まない「無塩基の」残基が含まれてもよい（米国特許第５，５８５，４８１号）。核酸は、ＲＮＡおよびＤＮＡにおいて見出されるような、慣用的な糖、塩基および連結のみを含んでもよく、または慣用的な構成成分および置換を含んでもよい（例えば、２’−メトキシ主鎖によって連結された慣用的な塩基、または慣用的な塩基および１つまたは複数の塩基類似体の混合物を含む核酸）。核酸には、１つまたは複数のヌクレオチド単量体が、ＲＮＡ模倣糖コンホメーションにロックされた二環フラノース単位を有する「ロックド核酸」（ＬＮＡ）が含まれてもよく、これは一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）または二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）中の相補配列に対するハイブリダイゼーション親和性を増進する（Vesterら、Biochemistry ４３巻：１３２３３〜４１頁、２００４年）。核酸には、核酸の機能または挙動を変える修飾塩基が含まれてもよく、例えば、さらなるヌクレオチドが核酸に付加されるのをブロックするため、３’末端にジデオキシヌクレオチドが付加されてもよい。ｉｎ ｖｉｔｒｏで核酸を作製するための合成法は、当該技術分野において周知であるが、ルーチンの技術を用いて、核酸を天然供給源から精製してもよい。
用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用するとき、核酸鎖を指す。本出願全体を通じて、核酸は５’末端から３’末端までで表される。標準核酸、例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡは、典型的には、「５’から３’」に、すなわち、成長中の核酸の３’末端へのヌクレオチドの付加によって合成される。
「ヌクレオチド」は、本明細書で使用するとき、リン酸基、５炭糖（5-carbon sugar）および窒素含有塩基からなる核酸のサブユニットである。ＲＮＡ中で見出される５炭糖はリボースである。ＤＮＡにおいて、５炭糖は２’−デオキシリボースである。該用語にはまた、このようなサブユニットの類似体、例えば、リボースの２’位でのメトキシ基（２’−Ｏ−Ｍｅ）も含まれる。
「核酸に基づく検出アッセイ」は、本明細書で使用するとき、標的核酸内の標的配列を検出するためのアッセイであって、標的配列に特異的にハイブリダイズするもう１つのオリゴヌクレオチドを利用するアッセイである。
本発明によるある特定の実施形態では、核酸に基づく検出アッセイは、「増幅に基づくアッセイ」、すなわち、核酸標的配列を増幅させるための１つまたは複数のステップを利用するアッセイである。検出アッセイで使用するための様々な増幅方法が当該技術分野において公知であり、そのうちのいくつかを本明細書中にさらに要約する。明確にするために、増幅に基づくアッセイは、例えば増幅に基づかないアッセイ方法（例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ、または切断に基づくアッセイ）で使用されるステップなどの、標的配列を増幅させない１つまたは複数のステップを含み得る。
他の実施形態では、核酸に基づく検出アッセイは、「増幅に基づかないアッセイ」、すなわち、核酸標的配列を増幅させるいかなるステップにも依拠しないアッセイである。明確にするために、一切の対応する下流増幅オリゴマーの非存在下でのプライマーの伸長反応（例えば、結果としてＲＮＡ標的に相補的な一本鎖ｃＤＮＡを生ずるがｃＤＮＡのコピーを生成しない、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖を生成するための逆転写酵素によるプライマーの伸長、続いてのＲＮＡのＲＮアーゼ消化）を含む、核酸に基づく検出アッセイは、増幅に基づかないアッセイであると理解される。
例示的な、増幅に基づかないアッセイは、オーバーラップオリゴヌクレオチドの標的核酸への特異的ハイブリダイゼーションによって形成された線状二重鎖切断構造（linear duplex cleavage structure）の、フラップエンドヌクレアーゼによる、特異的切断に依拠するアッセイである、「切断に基づくアッセイ」である。これらのアッセイでは、標的にハイブリダイズしないフラップ領域を含有するプローブオリゴヌクレオチドは、フラップエンドヌクレアーゼによってオーバーラップ依存的な方法で切断されて切断産物を放出し、それは次に検出される。切断に基づくアッセイの原理は当該技術分野において周知であり、例示的なアッセイは、例えば、Lyamichevら（Nat. Biotechnol.１７巻：２９２〜２９６頁、１９９９年）、Ryanら（Mol. Diagn.４巻：１３５〜１４４頁、１９９９年）、Allawiら（J. Clin. Microbiol.４４巻：３４４３〜３４４７頁、２００６年）、Ｂｒｏｗらへの米国特許第５，８４６，７１７号および同第６，７０６，４７１号ならびにＤａｈｌｂｅｒｇらへの米国特許第５，６１４，４０２号に記載されている。切断に基づくアッセイには、例えば、市販のＩｎｖａｄｅｒ（登録商標）アッセイ（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）が含まれる。
「標的核酸」は、本明細書で使用するとき、検出されるべき標的配列を含む核酸である。標的核酸は、本明細書で記載されるＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、一本鎖または二本鎖のいずれであってもよい。標的核酸には、標的配列に加えて、他の配列が含まれてもよい。
「単離される」は、標的核酸を含有する試料が、その天然の環境から採取されることを意味するが、その用語は、精製のいかなる程度も意味しない。
用語「標的配列」は、本明細書で使用するとき、検出しようとする標的核酸の特定のヌクレオチド配列を指す。「標的配列」には、オリゴヌクレオチド（例えば、プローブオリゴヌクレオチド、プライミングオリゴヌクレオチドおよび／またはプロモーターオリゴヌクレオチド）が検出プロセス（例えば、増幅に基づく検出アッセイ、例えばＴＭＡもしくはＰＣＲなど、または増幅に基づかない検出アッセイ、例えば切断に基づくアッセイなど）中に複合体を形成する複合体形成配列が含まれる。標的核酸が元々一本鎖である場合、用語「標的配列」はまた、標的核酸に存在するような「標的配列」に相補的である配列も指す。標的核酸が元々二本鎖である場合、用語「標的配列」は、センス（＋）鎖およびアンチセンス（−）鎖の両方を指す。標的配列を選択する際、当業者は、無関係の標的核酸間または近縁の標的核酸間の区別のために「固有の」配列を選択すべきであることを理解されたい。
「標的にハイブリダイズする配列（target-hybridizing sequence）」は、標的核酸配列とハイブリダイズするように構成されているオリゴマーの部分を指すように本明細書で使用される。好ましくは、標的にハイブリダイズする配列は、標的核酸配列と特異的にハイブリダイズするように構成されている。標的にハイブリダイズする配列は、それらがハイブリダイズするように構成されている標的配列の部分に１００％相補的であってもよいが、必ずしもそうではない。標的にハイブリダイズする配列はまた、標的配列に対して、挿入、欠失および／または置換されたヌクレオチド残基を含んでもよい。標的配列への、標的にハイブリダイズする配列の１００％未満の相補性は、例えば、標的核酸が種内の複数の株である場合に生じ得、例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの種々の株にハイブリダイズするように構成されているオリゴマーに関する場合が挙げられる。標的核酸に１００％未満の相補性を有するように、標的にハイブリダイズする配列を構成することについて他の理由があることは理解される。
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸の領域に言及した用語「配列を標的とする」は、本明細書で使用するとき、オリゴヌクレオチドが、本明細書に記載する検出を可能にする方式で標的配列にハイブリダイズするプロセスを指す。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化されたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸配列と相補的であり、ミスマッチを含有しない。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化されたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸配列と相補的であるが、該配列と１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのミスマッチを含有する。好ましくは、標的核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドには、標的配列に相補的な少なくとも１０個から最大５０個のヌクレオチドが含まれる。少なくとも１０個および最大５０個は、１０個、５０個およびそれらの間のそれぞれの整数を含むような包括的範囲であると理解される。好ましくは、オリゴマーは、標的配列に特異的にハイブリダイズする。
用語「するよう構成される」は、言及されるオリゴヌクレオチド標的にハイブリダイズする配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。例えば、標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されているオリゴヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で言及された配列に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を有する。
用語「に特異的にハイブリダイズするように構成されている」とは、本明細書で使用するとき、オリゴヌクレオチドの、標的にハイブリダイズする領域が、言及されたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域の配列を標的とし得るポリヌクレオチド配列を有するように設計されていることを意味する。このようなオリゴヌクレオチドは、その配列だけを標的化することに限定されるものではなく、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸を標的化するための組成物として、キットにおいて、または方法においてむしろ有用である。オリゴヌクレオチドは、試料からのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を増幅および検出するためのアッセイの構成成分として機能するように設計され、したがって、試験試料中に一般的に見出される他の核酸の存在下でＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を標的化するように設計される。「に特異的にハイブリダイズする」とは、当該技術分野において理解されるように、非標的核酸へのいくらかの小レベルのハイブリダイゼーションが生じ得るため、排他的にハイブリダイズすることを意味しない。むしろ、「に特異的にハイブリダイズする」とは、試料中の標的核酸の正確な検出が決定され得るように、主に標的にハイブリダイズするようにアッセイにおいて機能するようにオリゴヌクレオチドが構成されることを意味する。用語「するように構成されている」は、オリゴヌクレオチドの標的にハイブリダイズする配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。
用語「断片」は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的化核酸に言及して本明細書で使用するとき、連続する核酸の小片を指す。ある特定の実施形態では、断片には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ． ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６ＳリボソームＲＮＡ由来の連続するヌクレオチドが含まれ、ここで、断片中の１６Ｓの連続するヌクレオチドの数は、全１６Ｓについてのものよりも少ない。
用語「領域」は、本明細書で使用するとき、全核酸より小さい核酸の部分を指す。例えば、言及される核酸がオリゴヌクレオチドプロモータープライマーである場合、用語「領域」は、全オリゴヌクレオチドのより小さいプロモーター部分を指すように使用されてもよい。同様におよび例のみとして、核酸が１６ＳリボソームＲＮＡである場合、用語「領域」は、核酸のより小さい領域を指すように使用されてもよく、ここで、より小さな領域は本発明の１つまたは複数のオリゴヌクレオチドによって標的化される。別の非限定的な例として、言及される核酸がアンプリコンである場合、領域なる用語は、プローブの標的にハイブリダイズする配列によるハイブリダイゼーションのために同定されるより小さいヌクレオチド配列を指すように使用されてもよい。
交換可能な用語「オリゴマー」、「オリゴ」および「オリゴヌクレオチド」は、一般的に１，０００ヌクレオチド（ｎｔ）残基未満を有する核酸を指し、約５ｎｔ残基の下限および約５００〜９００ｎｔ残基の上限を有する範囲のポリマーを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約１２〜１５ｎｔの下限および約５０〜６００ｎｔの上限を有するサイズ範囲にあり、そして他の実施形態は、約１５〜２０ｎｔの下限および約２２〜１００ｎｔの上限を有する範囲にある。オリゴヌクレオチドは、天然に存在する供給源から精製されてもよく、または多様な周知の酵素的もしくは化学的方法のいずれかを用いて合成されてもよい。オリゴヌクレオチドなる用語は、試薬に対するいかなる特定の機能も示さない；むしろ、一般的に、本明細書に記載される全てのこのような試薬を包括するように使用される。オリゴヌクレオチドは、多様な異なる機能を果たし得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、相補鎖に特異的であり、それにハイブリダイズすることができ、さらに核酸ポリメラーゼの存在下で伸長することができる場合には、プライマーとして機能し得る；オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼによって認識される配列を含み、転写を可能にする場合には、プライマーとして機能し、プロモーターを提供することができる（例えば、Ｔ７プライマー）；オリゴヌクレオチドは、標的核酸またはそのアンプリコンにハイブリダイズすることができ、検出可能な部分（例えば、アクリジニウム−エステル化合物）をさらに提供する場合、標的核酸を検出するために機能することができる。
本明細書で使用するとき、特定の参照核酸配列に「実質的に対応する」オリゴヌクレオチドとは、オリゴヌクレオチドが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で同じ標的核酸配列とハイブリダイズするという点で、オリゴヌクレオチドが参照核酸配列と類似したハイブリダイゼーション特性を有するように、参照核酸配列に十分に類似していることを意味する。当業者は、「実質的に対応するオリゴヌクレオチド」が、参照配列と異なるが、同じ標的核酸配列になおもハイブリダイズし得ることを理解する。また、第２の核酸に対応する第１の核酸が、そのＲＮＡおよびＤＮＡを含み、文脈が明確に他に指示しない限り、その相補体を含むことが理解される。核酸からのこの変化は、配列内の同一塩基の割合、またはプローブもしくはプライマーとその標的配列との間の完全に相補的な塩基の割合の観点で記述されてもよい。したがって、ある特定の実施形態では、塩基同一性または相補性のこれらの割合が１００％から約８０％である場合、オリゴヌクレオチドは、参照核酸配列に「実質的に対応する」。好ましい実施形態では、割合は１００％から約８５％である。より好ましい実施形態では、この割合は、１００％から約９０％である；他の好ましい実施形態では、この割合は、１００％から約９５％である。同様に、核酸または増幅された核酸の領域は、参照核酸配列に対応するものとして、本明細書において言及され得る。当業者は、許容できないレベルの非特異的なハイブリダイゼーションを引き起こすことなしに、特異的な標的配列に対するハイブリダイゼーションを可能にする相補性の様々な割合で要求され得るハイブリダイゼーション条件への様々な改変を理解する。
「増幅オリゴマー」は、少なくともその３’末端が標的核酸に相補的であり、標的核酸またはその相補体にハイブリダイズし、核酸増幅反応に関与するオリゴマーである。増幅オリゴマーの例は、標的核酸にハイブリダイズし、増幅プロセスにおいてポリメラーゼによって伸長される３’ＯＨ末端を含有する「プライマー」である。増幅オリゴマーの別の例は、（例えば、３’がブロックされた末端を有するため）ポリメラーゼによって伸長されないが、増幅に関与しまたは促進するオリゴマーである。例えば、増幅オリゴヌクレオチドの５’領域は、標的核酸に相補的でないプロモーター配列（「プロモータープライマー」または「プロモータープロバイダー」と称されてもよい）を含み得る。当業者は、プライマーとして機能する増幅オリゴマーが、５’プロモーター配列を含むように改変されてもよく、したがってプロモータープライマーとして機能し得ることを理解する。３’がブロックされた末端の組み込みは、プロモータープライマーをさらに改変し、ここでは、プロモータープライマーは標的核酸にハイブリダイズし、転写を開始させる働きをする上流プロモーター配列を提供することができるが、オリゴ伸長のためのプライマーを提供しない。このような改変されたオリゴは、本明細書において「プロモータープロバイダー」オリゴマーと称される。増幅オリゴヌクレオチドのサイズ範囲には、長さが約１０〜約７０ｎｔであり（いかなるプロモーター配列もポリＡテールも含まない）、標的核酸配列の領域（またはその相補鎖）に相補的である少なくとも約１０個の連続する塩基またはさらに少なくとも１２個の連続する塩基を含有するものが挙げられる。連続する塩基は、増幅オリゴマーが結合する標的配列に少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または完全に相補的である。増幅オリゴマーは、増幅反応に関与するが、標的核酸もしくは鋳型配列に相補的でなく、それに含有されない、改変されたヌクレオチドもしくは類似体、または追加のヌクレオチドを任意選択で含んでもよい。オリゴヌクレオチド、アンプリコンまたは他の核酸の長さに関する範囲について言及する場合、その範囲は全ての整数を含む（例えば、長さが１９〜２５個の連続するヌクレオチドには１９、２０、２１、２２、２３、２４および２５が含まれる）ことが理解される。
本明細書で使用するとき、「プロモーター」は、特定の部位で核酸に結合し、ＲＮＡの転写を開始するためのシグナルとして、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（「転写酵素」）によって認識される特異的核酸配列である。
本明細書で使用するとき、「プロモータープロバイダー」または「プロバイダー」は、第１および第２の領域を含み、その３’末端からのＤＮＡ合成の開始を防止するよう改変されたオリゴヌクレオチドを指す。プロモータープロバイダーオリゴヌクレオチドの「第１の領域」は、ＤＮＡ鋳型にハイブリダイズする塩基配列を含み、該ハイブリダイズする配列（hybridizing sequence）は、プロモーター領域の３’に位置するが、必ずしもこれに隣接しない。プロモーターオリゴヌクレオチドのハイブリダイズする部分は、典型的には、長さが少なくとも１０ヌクレオチドであり、長さは最長５０またはそれ超のヌクレオチドまで伸長可能である。「第２の領域」は、ＲＮＡポリメラーゼのためのプロモーター配列を含む。プロモーターオリゴヌクレオチドは、好ましくは上記のようにその３’末端でブロッキング部分を含む、ＲＮＡまたはＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、逆転写酵素によって伸長不能であるように操作される。本明細書で言及されるように、「Ｔ７プロバイダー」は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるオリゴヌクレオチド配列を提供するブロックされたプロモータープロバイダーオリゴヌクレオチドである。
「増幅」は、標的核酸配列またはその相補体もしくはその断片の複数コピーを得るための任意の公知の手技を指す。複数コピーは、アンプリコンまたは増幅産物と称され得る。公知の増幅方法には、熱サイクリング増幅方法と等温増幅方法の両方が含まれる。一部の実施形態では、等温増幅方法が好ましい。レプリカーゼ媒介性増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介性または転写関連増幅は、核酸増幅方法の非限定的な例である。レプリカーゼ媒介性増幅は、自己複製ＲＮＡ分子、およびＱＢ−レプリカーゼなどのレプリカーゼを用いる（例えば、米国特許第４，７８６，６００号）。ＰＣＲ増幅は、ＤＮＡポリメラーゼ、プライマー対およびサーマルサイクリングを用いて、ｄｓＤＮＡの２つの相補鎖の、またはｃＤＮＡから、複数コピーを合成する（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号および同第４，８００，１５９号）。ＬＣＲ増幅は、複数のサイクルのハイブリダイゼーション、ライゲーションおよび変性を用いることによって、４つまたはそれ超の異なるオリゴヌクレオチドを用いて、標的およびその相補鎖を増幅する（例えば、米国特許第５，４２７，９３０号および同第５，５１６，６６３号）。ＳＤＡは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を含有するプライマー、および標的配列を含む半改変ＤＮＡ二重鎖の一方の鎖にニックを入れるエンドヌクレアーゼを用いて、それにより一連のプライマー伸長および鎖置換ステップで増幅が起こる（例えば、米国特許第５，４２２，２５２号、同第５，５４７，８６１号；および同第５，６４８，２１１号）。好ましい実施形態は、ＲＮＡ標的核酸の増幅に適した増幅方法、例えば、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）またはＮＡＳＢＡを使用するが、本明細書に開示されるオリゴマーが他の増幅方法においてプライマーとして容易に使用され得ることは当業者には明らかである。
「転写関連増幅」（本明細書において「転写媒介性増幅」（ＴＭＡ）ともいう）は、ＲＮＡポリメラーゼを用いて、核酸鋳型から複数のＲＮＡ転写物を産生する核酸増幅を指す。これらの方法は、一般的に、ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、リボヌクレオシド三リン酸、およびプロモーター配列を含む鋳型相補性オリゴヌクレオチドを使用し、任意選択で、１つまたは複数の他のオリゴヌクレオチドを含んでもよい。ＴＭＡは、本明細書に記載するようなＨＳＶ標的配列を増幅および検出するために使用される増幅法の実施形態である。転写関連増幅の変形は、先に詳細に開示されるように、当該技術分野において周知である（例えば、米国特許第４，８６８，１０５号；同第５，１２４，２４６号；同第５，１３０，２３８号；同第５，３９９，４９１号；同第５，４３７，９９０号；同第５，５５４，５１６号；および同第７，３７４，８８５号；ならびにＰＣＴ公報第ＷＯ８８／０１３０２号；同第ＷＯ８８／１０３１５号および同第ＷＯ９５／０３４３０号）。当業者は、ポリメラーゼによるオリゴマー配列の伸長に基づく増幅法において、開示される組成物を用いてもよいことを理解する。
本明細書で使用するとき、用語「リアルタイムＴＭＡ」は、リアルタイム検出手段によって監視される標的核酸の単一プライマー転写媒介性増幅（「ＴＭＡ」）を指す。
「増幅産物」と交換可能に使用される用語「アンプリコン」は、標的配列内に含有される配列に相補的または相同である、増幅手技中に生成される核酸分子を指す。これらの用語は、一本鎖増幅産物、二本鎖増幅産物、または二本鎖増幅産物の鎖の一方を指すために使用され得る。
「プローブ」、「検出プローブ」、「検出オリゴヌクレオチド」および「検出プローブオリゴマー」は、本明細書において交換可能に使用され、ハイブリダイゼーションを促進して標的配列または増幅された核酸の検出を可能にする条件下で、核酸中または増幅された核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズする核酸オリゴマーを指す。検出は、直接的（例えば、その標的配列に直接ハイブリダイズするプローブ）または間接的（例えば、中間分子構造を介してその標的に連結されるプローブ）のいずれであってもよい。プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらの類似体、またはそれらの組合せであってもよく、これらは標識されていてもよくまたは標識されていなくてもよい。プローブの「標的配列」は、一般的に、標準的塩基対形成によってプローブオリゴマーの少なくとも一部に特異的にハイブリダイズする、より大きい核酸配列内のより小さい核酸配列を指す。プローブは、プローブの三次元立体構造に寄与する標的特異的配列および他の配列を含んでもよい（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，１１８，８０１号；同第５，３１２，７２８号；同第６，８４９，４１２号；同第６，８３５，５４２号；同第６，５３４，２７４号；および同第６，３６１，９４５号；ならびに米国公開第２００６００６８４１７号）。好ましい実施形態では、検出プローブは２’メトキシ主鎖を含み、その結果、より強いシグナルを得ることができる。
用語「ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ」は、蛍光色素を典型的に５’塩基上に、および非蛍光性の消光色素（クエンチャー）を典型的に３’塩基上に含有する、検出オリゴヌクレオチドを指す。照射されると、励起した蛍光色素は、蛍光を発するのではなく、近くの消光色素分子にエネルギーを伝達し、非蛍光基質を生じる。増幅中、ポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性がＴａｑＭａｎプローブを切断してフルオロフォアをクエンチャーから分離し、それにより未消光シグナルを増幅の指標としてフルオロフォアから発光させる。
本明細書で使用するとき、「標識」は、検出されるまたは検出可能シグナルをもたらす、プローブに直接的または間接的に繋がれた部分または化合物を指す。直接標識は、共有結合または非共有相互作用、例えば、水素結合、疎水性相互作用およびイオン性相互作用、またはキレートもしくは配位錯体の形成を含む、標識をプローブに連結する結合または相互作用を通じて起こってもよい。間接標識は、直接的または間接的のいずれかで標識され、検出可能シグナルを増幅することができる、橋架け部分または「リンカー」、例えば結合対メンバー、抗体またはさらなるオリゴマーの使用を通じて起こってもよい。標識には、任意の検出可能な部分、例えば、放射性核種、リガンド（例えば、ビオチン、アビジン）、酵素または酵素基質、反応性基、または発色団（例えば、色素、粒子、または検出可能な色を与えるビーズ）、発光化合物（例えば、生物発光、燐光または化学発光標識）、またはフルオロフォアが含まれる。標識は、混合物中の結合した標識プローブが、未結合標識プローブのものと異なる検出可能な変化、例えば、不安定性または示差的な分解特性を示す、ホモジニアスアッセイにおいて検出可能であり得る。標識または標識プローブの未結合型から結合型を物理的に除去せずに、「ホモジニアス検出可能標識」を検出してもよい（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号；同第５，６５６，２０７号；および同第５，６５８，７３７号）。標識には、化学発光化合物、例えば、標準的アクリジニウムエステル（「ＡＥ」）および誘導体を含むＡＥ化合物が含まれる（例えば、米国特許第５，６５６，２０７号；同第５，６５８，７３７号および同第５，６３９，６０４号）。合成および核酸に標識を結合させ、標識を検出する方法は周知である。（例えば、Sambrookら、Molecular Cloning、A Laboratory Manual、第２版(Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、NY、１９８９年)、第１０章、米国特許第５，６５８，７３７号、同第５，６５６，２０７号、同第５，５４７，８４２号、同第５，２８３，１７４号、および同第４，５８１，３３３号）。１を超える標識、および１を超える標識タイプは、特定のプローブ上に存在してもよく、または検出は、検出可能シグナルを生じる化合物で各プローブが標識されている、プローブの混合物を用いてもよい（例えば、米国特許第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号）。
本明細書で使用するとき、「分子トーチ」と称される構造は、別個の自己相補性領域（「閉鎖ドメイン」）を含むように設計され、これらの領域は、繋ぐ領域（joining region）（「標的結合ドメイン」）によって接続されており、所定のハイブリダイゼーションアッセイ条件下で互いにハイブリダイズする。標的閉鎖ドメインを含むヌクレオチド配列の全てまたは一部は、標的結合ドメインとしても機能し得る。したがって、標的閉鎖配列は、標的結合配列、標的に結合しない配列、およびそれらの組合せを含むことができる。
「捕捉プローブ」、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「標的補足オリゴヌクレオチド」および「捕捉プローブオリゴマー」は、本明細書において交換可能に使用され、標準的塩基対形成によって、標的核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズし、固定されたプローブ上の結合パートナーに繋ぎ、標的核酸を支持体に捕捉する核酸オリゴマーを指す。捕捉オリゴマーの一例には、２つの結合領域を含むオリゴヌクレオチド：標的ハイブリダイジング配列および固定化プローブ結合領域を含む。この例のバリエーションでは、該２つの領域は、１つまたは複数のリンカーによって一緒に繋がれた２種の異なるオリゴマーに存在し得る。捕捉オリゴマーの別の実施形態は、標的ハイブリダイジング配列は、標的核酸に非特異的に結合し、該核酸を支持体上の固定化プローブに連結する、ランダムまたは非ランダムのポリＧＵ配列、ポリＧＴ配列またはポリＵ配列を含む配列である。固定化プローブ結合領域は、テールと称される核酸配列であり得る。テールには、約１０〜４０ヌクレオチド（例えば、Ａ１０〜Ａ４０）の、または支持粒子もしくは支持マトリックスに結合された相補的な固定化配列に結合している約１４〜３３ｎｔ（例えば、Ｔ３Ａ１４〜Ｔ３Ａ３０）の、実質的にホモポリマーのテールが含まれる。したがって、好ましい核酸テールの非限定的な例は、一部の実施形態では、Ｔ０〜４Ａ１０〜４０配列を含み得る。捕捉オリゴマーの別の例は、標的にハイブリダイズする配列、および核酸配列でない結合対メンバーである、２つの領域を含む。
本明細書で使用するとき、「固定化オリゴヌクレオチド」、「固定化プローブ」または「固定化核酸」は、捕捉オリゴマーを支持体に、直接的または間接的に繋ぐ核酸結合パートナーを指す。支持体に繋がれた固定化プローブは、試料中の未結合物質から捕捉プローブに結合した標的の分離を容易にする。固定化プローブの一実施形態は、試料中の未結合物質からの結合標的配列の分離を容易にする、支持体に繋がれるオリゴマーである。支持体には、公知の物質、例えば、マトリックスおよび溶液中の遊離粒子が含まれてもよく、これは、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、ポリアクリレート、混合ポリマー、ポリスチレン、シラン、ポリプロピレン、金属または他の組成物からできていてもよく、その一実施形態は磁気誘引可能粒子（magnetically attractable particle）である。支持体は、固定化プローブが直接的（共有結合、キレート化もしくはイオン性相互作用を介して）または間接的に（１つまたは複数のリンカーを介して）繋がれる、単分散磁気球体（例えば、均一サイズ±５％）であってもよく、この場合、プローブと支持体との間の連結または相互作用は、ハイブリダイゼーション条件中、安定である。
図１Ａは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋで受託番号ＮＲ＿０４１８００．１ ＧＩ：３４３２０１１０３に見出されるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ株ＡＴＣＣ ３３８２０ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列）の参照配列（配列番号１）を示す。図１Ｂは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＲ＿０２５０８７．１ ＧＩ：２１９８５７４９９の参照配列（配列番号８８）を示す。 図１Ａは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋで受託番号ＮＲ＿０４１８００．１ ＧＩ：３４３２０１１０３に見出されるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ株ＡＴＣＣ ３３８２０ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列）の参照配列（配列番号１）を示す。図１Ｂは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＲ＿０２５０８７．１ ＧＩ：２１９８５７４９９の参照配列（配列番号８８）を示す。
図２は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋで受託番号ＨＥ５７３９１４．１ ＧＩ：３４１５９９７８８に見出されるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ部分的１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子、標準菌株ＣＩＰ １０２９９１Ｔ株）の参照配列（配列番号２）を示す。
図３は、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋで受託番号ＮＲ＿０４４６９４．２ ＧＩ：５４５５８９０７１に見出されるＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ株５９４ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、完全配列）の参照配列（配列番号３）を示す。
図４は、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋで受託番号ＡＹ７３８６５６．１ ＧＩ：５２２２２１４５に見出される無培養Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．クローン１２３−ｆ２ ６８ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列）の参照配列（配列番号４）を示す。
本発明は、一般に、試料中の選ばれた細菌生物の存在または非存在を決定するための方法および組成物を対象とする。一部の実施形態では、本発明は、被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）を診断するための方法および組成物を提供する。他の、非相互排他的実施形態では、本発明は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のいずれか１つまたは複数の検出のための方法であって、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１つまたは複数からの１６Ｓ ｒＲＮＡ標的核酸（target nucleic）の、増幅に基づく検出を行うステップを含む方法を提供する。本発明は、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のいずれか１つまたは複数を検出するためのオリゴマーの組合せを含む、組成物（反応混合物を含む）およびキットをさらに提供する。オリゴマーの組合せは、一般に、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１つまたは複数を検出するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、例えば捕捉プローブおよび／または検出プローブなどの、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の増幅に基づく検出を行うための本明細書に記載される１つまたは複数の追加のオリゴマーをさらに含み得る。
ＢＶを診断するための方法は、一般に、ＢＶを有することが疑われる被験体からの試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１つまたは複数の存在または非存在を検出するステップを含む。詳細には、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれについての特異的検出、または試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれについての特異的検出のためにアッセイが行われる。検出アッセイからの結果に基づいて、陽性または陰性のいずれかのステータスが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれに割り当てられ、割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータス、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータスおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ステータスの組合せに基づいて、または割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータスおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータスの組合せに基づいて、被験体におけるＢＶの存在または不在が決定される。
詳細には、陽性または陰性のいずれかのステータスがＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれに割り当てられた場合、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陽性のステータスは、被験体におけるＢＶの存在を示す。さらに、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陽性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陰性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陽性のステータスは、被験体におけるＢＶの存在を示す。下の表１は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａについての複合ステータスに基づくＢＶ指標マトリックスを示す。
あるいは、陽性または陰性のいずれかのステータスが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれに割り当てられた場合、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについて陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示す。さらに、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのステータスが陽性である場合には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陽性のステータスは、被験体におけるＢＶの非存在を示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陰性のステータスは、被験体におけるＢＶの存在を示す。しかし、試料中のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの高コピー数（例えば、≧１．４×１０１０コピー／ｍＬ）の存在は、被験体におけるＢＶの陽性指標であることに留意されたい。下の表２は、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについての複合ステータスに基づくＢＶ指標マトリックスを示す。
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．をいずれの適切な方法を使用して検出してもよいが、核酸に基づく検出アッセイを使用してこれらの細菌を検出するのが現在は好ましい。本発明による核酸に基づく検出アッセイは、試料中に存在することが疑われる他の核酸と最小の交差反応性でＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の標的核酸に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを一般に利用する。したがって、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の選ばれた種についての核酸に基づく検出のためのオリゴヌクレオチドは、例えば、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．；Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ；Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐ．；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ目からの細菌；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ様ｓｐ．；Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｓｐ．；Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ；腸内細菌；Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｃｒｏｓ；Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ａｍｎｉｏｎｉｉ；Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．；Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｓｐ．；Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｈｏｍｉｎｉｓ；Ｓｎｅａｔｈｉａ ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ；Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｔｅｔｒａｄｉｕｓ；Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｓｐ．；Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ；Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐ．；Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ；およびＦｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａを含む、他の細菌属内の種と最小の交差反応性を有する。一態様では、本発明による核酸に基づく検出アッセイは、これらの生物の１つもしくは複数（one of more）、またはＢＶに関連する他の細菌属、を検出するための構成成分をさらに含む。
特定の実施形態では、核酸に基づく検出アッセイは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６Ｓ ｒＲＮＡ、または１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を標的とする。１６Ｓ ｒＲＮＡまたはコードする遺伝子の特に適切な標的領域は、（ｉ）配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域、（ｉｉ）配列番号２の約９０位のヌクレオチドから約２６３位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域、（ｉｉｉ）配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域、および（ｉｖ）配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域である。上記のとおりの１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする核酸に基づく検出アッセイの具体的なバリエーションでは、（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号６に示される配列に実質的に対応する配列、配列番号７の残基２８〜４５に示される配列に実質的に対応する配列、配列番号８の残基２８〜４５に示される配列に実質的に対応する配列、配列番号９に示される配列に実質的に対応する配列、もしくは配列番号１０の残基６〜２１に示される配列に実質的に対応する配列を含む、標的にハイブリダイズする領域を含み、（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１２に示される配列に実質的に対応する配列、配列番号１３の残基２８〜４５に示される配列に実質的に対応する配列、もしくは配列番号１４の残基１〜１９に示される配列に実質的に対応する配列を含む、標的にハイブリダイズする領域を含み、および／または（ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１６に示される配列に実質的に対応する配列、配列番号１７の残基２８〜５１に示される配列に実質的に対応する配列、もしくは配列番号１８に示される配列に実質的に対応する配列を含む、標的にハイブリダイズする領域を含む。一部のそのような実施形態では、（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号６に示される配列、配列番号７の残基２８〜４５に示される配列、配列番号８の残基２８〜４５に示される配列、もしくは配列番号９に示される配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする領域を含み、（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１２に示される配列、配列番号１３の残基２８〜４５に示される配列、もしくは配列番号１４の残基１〜１９に示される配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする領域を含み、および／または（ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１６に示される配列、配列番号１７の残基２８〜５１に示される配列、もしくは配列番号１８に示される配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする領域を含む。ある特定の実施形態では、核酸に基づく検出アッセイは、上記で特定したものから選択されるオリゴヌクレオチドであり得る、少なくとも２つもしくは３つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチド、少なくとも２つもしくは３つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチド、および／または少なくとも２つもしくは３つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドを利用する。
核酸に基づく検出アッセイの使用を含む方法の一部の実施形態では、増幅に基づくアッセイが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するために使用される。そのようなバリエーションは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を利用して細菌標的核酸内の標的配列を増幅させるステップ、および増幅産物を、例えば、増幅産物と試料中の細菌標的の存在を示すシグナルを提供する核酸検出プローブとを特異的にハイブリダイズさせることによって、検出するステップを、一般に含む。増幅ステップは、標的核酸が試料中に存在する場合に、標的核酸中の標的配列（例えば、１６ＳｒＲＮＡ宙の標的配列）に特異的な２つまたはそれより多くの増幅オリゴマーと試料とを接触させて増幅産物を生成するステップを含む。増幅は、例えば、鋳型鎖を使用して、増幅オリゴマー（プライマー）からの配列を伸長するための少なくとも１つの核酸ポリメラーゼととを用いることなどによって、標的配列またはその相補体の追加コピーを合成する。増幅産物を検出するための一実施形態は、選択された増幅オリゴマーによって増幅された配列、例えば、選択された増幅オリゴマー対によって挟まれた標的配列に含まれる配列に特異的な少なくとも１つのプローブと増幅産物とを接触させるステップを含むハイブリダイゼーションステップを使用する。適切な増幅法としては、例えば、レプリカーゼ媒介性増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）および転写媒介性増幅または転写関連増幅（ＴＭＡ）が挙げられる。このような増幅法は、当該技術分野において周知であり（例えば、定義セクションの増幅方法の議論、前掲を参照されたい）、本発明の方法に従って容易に使用される。
例えば、ＴＭＡ増幅を使用するいくつかの増幅法は、以下のステップを含む。簡単には、増幅される配列を含有する標的核酸は、一本鎖核酸（例えば、ｓｓＲＮＡまたはｓｓＤＮＡ）として提供される。当業者は、二本鎖核酸（例えば、ｄｓＤＮＡ）の従来の融解が一本鎖標的核酸を提供するために使用され得ることを理解する。プロモータープライマーは、その標的配列で標的核酸に特異的に結合し、逆転写酵素（ＲＴ）は、鋳型として標的鎖を用いて、プロモータープライマーの３’末端を伸長し、標的配列鎖のｃＤＮＡコピーを作製し、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖をもたらす。ＲＮアーゼはＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を消化し、第２のプライマーは、プロモータープライマー末端から下流のｃＤＮＡ鎖上に位置するその標的配列に特異的に結合する。ＲＴは、第１のｃＤＮＡ鋳型を用いて、第２のプライマーの３’末端を伸長することによって新たなＤＮＡ鎖を合成して、機能的プロモーター配列を含有するｄｓＤＮＡを作製する。次に、プロモーター配列に特異的なＲＮＡポリメラーゼは転写を開始して、反応における最初の標的鎖の約１００〜１０００個の増幅されたコピー（「アンプリコン」）であるＲＮＡ転写物を生成する。第２のプライマーがアンプリコンのそれぞれにおいてその標的配列に特異的に結合し、ＲＴがアンプリコンＲＮＡ鋳型からＤＮＡコピーを作製してＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖を生成する場合に、増幅は継続する。反応混合物中のＲＮアーゼは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖からアンプリコンＲＮＡを消化し、プロモータープライマーは、新たに合成されたＤＮＡにおいてその相補的配列に特異的に結合する。ＲＴはプロモータープライマーの３’末端を伸長して、ＲＮＡポリメラーゼが標的鎖に相補的である付加的なアンプリコンに結合して転写するための機能的プロモーターを含有するｄｓＤＮＡを作製する。より多くのアンプリコンのコピーを作製する自己触媒サイクルは、反応の過程で繰り返し、試料中に存在する標的核酸の約１０億倍の増幅をもたらす。増幅産物は、増幅産物に含有される標的配列に特異的に結合するプローブを用いて、増幅中にリアルタイムで、または増幅反応の終了時に検出することができる。結合したプローブから生じるシグナルの検出は、試料中の標的核酸の存在を示す。
一部の実施形態では、方法は、「リバース」ＴＭＡ反応を利用する。このようなバリエーションでは、最初のまたは「フォワード」の増幅オリゴマーは、標的領域の３’末端付近で標的核酸にハイブリダイズするプライミングオリゴヌクレオチドである。逆転写酵素（ＲＴ）は、鋳型として標的核酸を用いて、プライマーの３’末端を伸長することによってｃＤＮＡ鎖を合成する。第２のまたは「リバース」の増幅オリゴマーは、合成されたｃＤＮＡ鎖内に含有される標的配列にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を有するプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第２の増幅オリゴマーがプロモータープライマーである場合、ＲＴは、鋳型としてｃＤＮＡ鎖を用いてプロモータープライマーの３’末端を伸長し、標的配列鎖の第２のｃＤＮＡコピーを作製し、それにより、機能的プロモーター配列を含有するｄｓＤＮＡを作製する。次に、増幅は、ＲＮＡポリメラーゼを利用したプロモーター配列からの転写の開始について、上述したように本質的に継続する。あるいは、第２の増幅オリゴマーがプロモータープロバイダーである場合、標的領域の５’末端付近にある標的配列にハイブリダイズする終結オリゴヌクレオチドは、典型的には、終結オリゴヌクレオチドの３’末端でプライミングオリゴマーの伸長を終結させるために利用され、それにより、プライミングオリゴマーからの伸長によって合成された最初のｃＤＮＡ鎖について定義された３’末端を提供する。次に、プロモータープロバイダーの標的にハイブリダイズする配列は、最初のｃＤＮＡ鎖の定義された３’末端にハイブリダイズし、ｃＤＮＡ鎖の３’末端は、プロモータープロバイダーのプロモーター配列に相補的な配列を付加するように伸長され、その結果、二本鎖プロモーター配列を形成する。その後、最初のｃＤＮＡ鎖は鋳型として使用し、二本鎖プロモーターを認識し、そこから転写を開始するＲＮＡポリメラーゼを用いて、プロモーター部分を含まない最初のｃＤＮＡ鎖に相補的な複数のＲＮＡ転写物を転写する。次いで、これらのＲＮＡ転写物のそれぞれは、第１のプライミング増幅オリゴマーからさらなる増幅のための鋳型として機能するために利用可能である。
増幅に基づく検出アッセイを含むある特定の実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組合せが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組合せは、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．核酸標的領域、および／または配列番号２の約９０位のヌクレオチドから約２６３位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．核酸標的領域、を増幅させるための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、一部の実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。より特定のバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含む。一部の実施形態では、第１の増幅オリゴマーが、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む場合、増幅検出アッセイは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、第３の増幅オリゴマーをさらに利用し、一部のそのようなバリエーションでは、第３の増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、またはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含む。上記のとおりの一部の実施形態では、少なくとも１つの増幅は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列（例えば、Ｔ７プロモーター配列、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列など）をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダー（promoter provide）であり；一部のそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーもしくはプロモータープロバイダーであり、および／または、存在する場合、第３の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーもしくはプロモータープロバイダーである。より具体的なバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、第２の増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列からなり、および／または、存在する場合、第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列からなる。
増幅に基づく検出アッセイを含むある特定の実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組合せが、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡまたはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組合せは、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ核酸標的領域を増幅させるための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、一部の実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。より特定のバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含む。上記のとおりの一部の実施形態では、少なくとも１つの増幅は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列（例えば、Ｔ７プロモーター配列、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列など）をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダー（promoter provide）であり；一部のそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。より具体的なバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列からなる。
増幅に基づく検出アッセイを含むある特定の実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組合せが、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組合せは、配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸標的領域を増幅させるための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、一部の実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む。より特定のバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる、標的にハイブリダイズする配列を含む。上記のとおりの一部の実施形態では、少なくとも１つの増幅は、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列（例えば、Ｔ７プロモーター配列、例えば、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列など）をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダー（promoter provide）であり；一部のそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。より具体的なバリエーションでは、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる。
増幅産物の検出は、増幅された標的配列に特に関連するシグナルを検出するための様々な方法によって達成され得る。核酸は、検出可能な電気的変化などの物理的な変化をもたらす表面に会合し得る。増幅された核酸は、マトリックス中でもしくはその上で該核酸を濃縮し、該核酸もしくはそれらと会合した色素（例えば、臭化エチジウムもしくはサイバーグリーンなどのインターカレーティング剤）を検出することによって、または溶液相にある核酸と会合した色素の増加を検出することによって検出され得る。検出の他の方法は、増幅産物の配列に特異的にハイブリダイズするように構成されている核酸検出プローブを使用して、プローブ：産物複合体の存在を検出することができるか、または増幅産物と関連した検出可能なシグナルを増幅し得るプローブの複合体を用いることによる（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，４２４，４１３号；同第５，４５１，５０３号；および同第５，８４９，４８１号）。増幅産物と特異的に会合する直接的または間接的に標識されたプローブは、試料中の標的核酸の存在を示す検出可能なシグナルを提供する。具体的には、増幅産物は、ＨＥＶゲノムＲＮＡの配列中の標的配列またはＨＥＶゲノムＲＮＡの配列に相補的な標的配列を含み、プローブは、試験される試料中にＨＥＶ核酸の存在を示す増幅産物に含有される配列に直接的または間接的に結合する。例えば、標的核酸が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６Ｓ ｒＲＮＡである場合、増幅産物は、１６Ｓ ｒＲＮＡ中の標的配列を含有するか、または１６Ｓ ｒＲＮＡ中の配列に相補的な標的配列を含有し、プローブは、増幅産物に含有される配列に直接的または間接的に結合して、試験される試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６Ｓ ｒＲＮＡの存在を示す。
相補的な増幅された配列にハイブリダイズする検出プローブは、ＤＮＡもしくはＲＮＡオリゴマー、またはＤＮＡヌクレオチドとＲＮＡヌクレオチドとの組合せを含有するオリゴマー、または改変された主鎖を用いて合成されたオリゴマー、例えば、１つまたは複数の２’−メトキシ置換されたリボヌクレオチドを含むオリゴマーであり得る。増幅された配列を検出するために使用されるプローブは、標識されていなくてもよく、間接的に（例えば、プローブ上の部分に別の結合パートナーを結合させることによって）検出され得、または様々な検出可能な標識で標識され得る。ＢＶを診断するための一部の実施形態において、例えば、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）を用いたある特定の実施形態では、検出プローブは、線状化学発光標識されたプローブ、例えば、線状アクリジニウムエステル（ＡＥ）標識されたプローブなどである。
検出するステップはまた、増幅された配列、例えば、その核酸塩基配列の全てまたは一部などに関する追加情報を提供することができる。検出は、増幅反応が終了した後に行ってもよく、または標的領域を増幅させるのと同時に、例えばリアルタイムで行ってもよい。一実施形態では、検出するステップは、ホモジニアス検出、例えば、混合物からのハイブリダイズしていないプローブの除去を伴わずに、ハイブリダイズしたプローブの検出を可能にする（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，６３９，６０４号および同第５，２８３，１７４号を参照されたい）。
増幅産物を増幅ステップ終了間近または終了時に検出する実施形態では、線状検出プローブを使用して、増幅産物に対するプローブのハイブリダイゼーションを示すシグナルを得ることができる。このような検出の一例は、標的核酸にハイブリダイズする、発光的に標識されたプローブを使用する。次に、発光標識は、ハイブリダイズしていないプローブから加水分解される。検出は、ルミノメーターを使用して化学発光によって行われる。（例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際特許出願公開第ＷＯ８９／００２４７６号を参照されたい）。リアルタイム検出を使用する他の実施形態では、検出プローブは、ヘアピンプローブ、例えば、分子ビーコン、分子トーチ、またはプローブが増幅産物に結合するときに検出されるレポーター部分で標識されるハイブリダイゼーションスイッチプローブなどであってもよい。このようなプローブは、標的にハイブリダイズする配列および標的にハイブリダイズしない配列を含むことができる。このようなプローブの多様な形態は先に記載されている（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，１１８，８０１号；同第５，３１２，７２８号；同第５，９２５，５１７号；同第６，１５０，０９７号；同第６，８４９，４１２号；同第６，８３５，５４２号；同第６，５３４，２７４号；および同第６，３６１，９４５号；ならびに米国特許出願公開第２００６００６８４１７Ａ１号および同第２００６０１９４２４０Ａ１号を参照されたい）。
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を標的とする増幅に基づく検出アッセイを含むある特定の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ増幅産物に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数の検出プローブを利用する。特定のバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブは、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に、および／もしくは配列番号２の約９０位のヌクレオチドから約２６３位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブは、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、ならびに／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プローブは、配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズする。例えば、一部のバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号９の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列、または配列番号１０の残基６〜２１の配列に実質的に対応する配列を含む（例えば、配列番号９の標的にハイブリダイズする配列または配列番号１０の残基６〜２１を含むプローブ）。一部のバリエーションでは、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号１４の残基１〜１９の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む（例えば、配列番号１４の残基１〜１９の標的にハイブリダイズする配列を含むプローブ）。一部のバリエーションでは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号１８の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む（例えば、配列番号１８の標的にハイブリダイズする配列を含むプローブ）。ある特定の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号９もしくは配列番号１０の配列を含み、もしくはそれからなり、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号１４の配列を含み、もしくはそれからなり、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．増幅産物の検出のためのプローブは、配列番号１８の配列を含む、もしくはそれからなる。
核酸に基づく検出アッセイの使用を含む方法の一部の実施形態では、増幅に基づかないアッセイが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を検出するために使用される。一部のそのような実施形態では、増幅に基づかないアッセイは、標的核酸に対する特異的検出プローブのハイブリダイゼーションを含むハイブリダイゼーションアッセイである。ポリヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイを行うための方法は、当該技術分野において十分に開発されている。ハイブリダイゼーションアッセイ手順および条件は用途によって異なり、例えば、Maniatisら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual（３版、Cold Spring Harbor、N.Y.、２００２年）、ならびにBergerおよびKimmel、Methods in Enzymology、１５２巻、Guide to Molecular Cloning Techniques（Academic Press, Inc.、San Diego、Calif．、１９８７年）において言及されたものを含む、公知の一般的結合方法に従って選択される。一般に、プローブおよび試料は、特異的核酸ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で混合され、そしてその後、プローブのそのそれぞれの標的に対する特異的ハイブリダイゼーションが検出される。核酸ハイブリダイゼーションは、様々なアッセイ形式に適応できる。１つの適切な形式は、非変性条件下でのハイブリダイゼーションに特に適応できるサンドイッチアッセイ形式である。サンドイッチ型アッセイの主構成成分は、固体支持体であり、この固体支持体に、標識されておらず、かつ、ＤＮＡ配列の一部分に相補的である、固定化核酸プローブが吸着しているまたは共有結合している。標的核酸を固定化プローブにハイブリダイズさせ、そして第２の、標識された検出プローブ−固定化された、標識されていない核酸プローブがハイブリダイズされるのと同じＤＮＡ鎖の第２の、異なる領域に相補的であるプローブ−を［標的核酸］：［固定化プローブ］二重鎖にハイブリダイズさせて、標的核酸を検出する。別の例示的な形式は、シグナル伝達因子として適切な電極表面に固定化された標識されていない検出プローブにハイブリダイズされた標的核酸の電気化学的検出を利用する。例えば、Drummondら、Nat. Biotechnol.２１巻：１１９２頁、２００３年；Gooding、Electroanalysis １４巻：１１４９頁、２００２年；Wang、Anal. Chim. Acta ４６９巻：６３頁、２００２年；Cagninら、Sensors ９巻：３１２２頁、２００９年；KatzおよびWillner、Electroanalysis １５巻：９１３頁、２００３年；DanielsおよびPourmand、Electroanalysis １９巻：１２３９頁、２００７年を参照されたい。
ハイブリダイゼーションアッセイを含むある特定の実施形態では、検出プローブは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。そのような実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡもしくはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に、および／もしくは配列番号２の約９０位のヌクレオチドから約２６３位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡもしくはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、ならびに／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡもしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズする。例えば、一部のバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号９の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列、または配列番号１０の残基６〜２１の配列に実質的に対応する配列を含む（例えば、配列番号９の標的にハイブリダイズする配列または配列番号１０の残基６〜２１を含むプローブ）。一部のバリエーションでは、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡまたはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１４の残基１〜１９の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む（例えば、配列番号１４の残基１〜１９の標的にハイブリダイズする配列を含むプローブ）。一部のバリエーションでは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１８の配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む（例えば、配列番号１８の標的にハイブリダイズする配列を含むプローブ）。ある特定の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡまたはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号９もしくは配列番号１０の配列を含み、もしくはそれからなり、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡもしくはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１４の配列を含み、もしくはそれからなり、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡもしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１８の配列を含む、もしくはそれからなる。
一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出のための増幅に基づかないアッセイは、標的にハイブリダイズしないフラップ領域を含有するプローブオリゴヌクレオチドがフラップエンドヌクレアーゼによってオーバーラップ依存的方法で切断されて切断産物を放出し、その結果、その切断産物が検出される、切断に基づくアッセイである。例示的な、切断に基づくアッセイ試薬は、例えば、Lyamichevら、（Nat. Biotechnol.１７巻：２９２〜２９６頁、１９９９年）、Ryanら（Mol. Diagn.４巻：１３５〜１４４頁、１９９９年）、およびAllawiら（J. Clin. Microbiol.４４巻：３４４３〜３４４７頁、２００６年）に記載されている。フラップエンドヌクレアーゼ反応の適切な条件は公知であり、または当該技術分野において公知の方法（例えば、Kaiserら、J. Biol. Chem.２７４巻：２１３８〜７２１３９４頁、１９９９年を参照されたい）を使用して容易に決定することができる。方法において使用され得る例示的なフラップエンドヌクレアーゼには、Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ ＤＮＡポリメラーゼＩ、Ｔｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ ＤＮＡポリメラーゼＩ、哺乳動物ＦＥＮ−１、Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ ｆｕｌｇｉｄｕｓ ＦＥＮ−１、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｕｓ ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ ＦＥＮ−１、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆｕｒｉｏｓｕｓ ＦＥＮ−１、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ ＦＥＮ−１、Ｔｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ ＦＥＮ−１、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ＲＴＨ１、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ＲＡＤ２７、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ ｒａｄ２、バクテリオファージＴ５ ５’−３’エキソヌクレアーゼ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｏｒｉｋｏｓｈｉｉ ＦＥＮ−１、ヒトエンドヌクレアーゼ１、仔牛胸腺５’−３’エキソヌクレアーゼが含まれ、真正細菌、真核生物および古細菌におけるそれらのホモログ、例えば、構造特異的酵素のクラスＩＩファミリーのメンバー、ならびにそれらの酵素的に活性な変異体またはバリアントを含む。フラップエンドヌクレアーゼの説明は、例えば、Lyamichevら、Science ２６０巻：７７８〜７８３頁、１９９３年；Eisら、Nat. Biotechnol.１９巻：６７３〜６７６頁、２００１年；Shenら、Trends in Bio. Sci.２３巻：１７１〜１７３頁、１９９８年；Kaiserら、J. Biol. Chem.２７４巻：２１３８７〜２１３９４頁、１９９９年；Maら、J. Biol. Chem.２７５巻：２４６９３〜２４７００頁、２０００年；Allawiら、J. Mol. Biol.３２８巻：５３７〜５５４頁、２００３年；Sharmaら、J. Biol. Chem.２７８巻：２３４８７〜２３４９６頁、２００３年；およびFengら、Nat. Struct. Mol. Biol.１１巻：４５０〜４５６頁、２００４年において見出され得る。
ある特定のバリエーションでは、切断に基づくアッセイは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のＲＮＡ標的核酸を検出し、切断に基づくアッセイは、ＲＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する。一部の代替実施形態では、切断に基づくアッセイは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のＤＮＡ標的核酸を検出し、前記切断に基づくアッセイは、ＤＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する。ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖を切断することができる例示的なフラップエンドヌクレアーゼには、Ｔｈｅｒｍｕｓ属のポリメラーゼ欠損５’ヌクレアーゼ、ならびにある特定のＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）酵素（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、例えば、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＢＮ（ＴａｑポリメラーゼのＢｓｔＸ−ＮｏｔＩ欠失、米国特許第５，６１４，４０２号を参照されたい）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＩＩ（完全長Ｔａｑポリメラーゼの「ＡＧ」変異体、米国特許第５，６１４，４０２号を参照されたい）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＶＩＩ（完全長Ｔｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓポリメラーゼの合成不全変異）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＩＸ（Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼのポリメラーゼ欠損変異体）、およびＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＸＩＩ（ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼおよびＴｔｈ ＤＮＡポリメラーゼの断片から構築されたポリメラーゼ欠損キメラポリメラーゼ）などが含まれる。ＤＮＡ：ＤＮＡ二重鎖を切断することができる例示的なフラップエンドヌクレアーゼには、上記で示されるフラップエンドヌクレアーゼ、ならびにＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）２．０（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ ｆｕｌｇｉｄｕｓ ＦＥＮ−１）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）２．１（Ｃ末端に６つのヒスチジンを有するＡｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ ｆｕｌｇｉｄｕｓ ＦＥＮ−１）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）３．０（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ ｖｅｎｅｆｉｃｕｓ ＦＥＮ−１）、およびＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）３．１（Ｃ末端に６つのヒスチジンを有するＡｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ ｖｅｎｅｆｉｃｕｓ ＦＥＮ−１）が含まれる。
一部の実施形態では、切断に基づくアッセイは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のＲＮＡ標的核酸を検出し、アッセイは、ＲＮＡ標的領域のＤＮＡ相補体を合成するためのステップを含み、そのときｃＤＮＡ鎖を、オーバーラップしている第１および第２のプローブオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせて、フラップエンドヌクレアーゼによる切断のための線状二重鎖切断構造を形成する。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ（逆転写酵素）を使用して、ＲＮＡ鋳型からｃＤＮＡを合成するための反応条件は、当該技術分野において周知である。
核酸に基づく検出アッセイを利用するある特定の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸を試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む。このような精製は、他の試料構成成分から試料中に含有される生物を分離および／または濃縮する方法を含み得る（may include may include）。特定の実施形態では、標的核酸を精製することは、他の試料構成成分から標的核酸を特異的にまたは非特異的に分離するために標的核酸を捕捉することを含む。非特異的な標的捕捉法は、実質的に水性の混合物からの核酸の選択的沈殿、支持体へ核酸を付着させ、支持体を洗浄して他の試料構成成分を取り除くこと、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／もしくはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸と他の試料構成成分を含有する混合物から核酸を物理的に分離する他の手段を伴い得る。
一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の標的核酸（例えば、１６Ｓ ｒＲＮＡ標的核酸、または１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子）は、標的核酸を捕捉プローブオリゴマーにハイブリダイズさせることによって他の試料構成成分から分離される。捕捉プローブオリゴマーは、他の試料構成成分から分離される［標的核酸］：［捕捉プローブ］複合体が形成されるように、標的核酸に特異的にまたは非特異的にハイブリサイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列を含む。標的核酸の非特異的捕捉に適した標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブは、例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際ＰＣＴ公開第ＷＯ２００８／０１６９８８号に記載されている。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ標的核酸に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列（複数可）を含む、一部の具体的なバリエーションでは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブは、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列（例えば、配列番号５の残基１〜１２の標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブ）を含み；Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブは、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列（例えば、配列番号１１の残基１〜１７の標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブ）を含み；および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブは、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む（例えば、配列番号１５の残基１〜２１の標的にハイブリダイズする配列を含む捕捉プローブ）。好ましいバリエーションでは、捕捉プローブは、［標的核酸］：［捕捉プローブ］複合体を固定化プローブに結合させて、［標的核酸］：［捕捉プローブ］：［固定化プローブ］複合体を形成し、それを試料から分離し、任意選択で洗浄して、標的でない試料構成成分を除去する（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，１１０，６７８号、同第６，２８０，９５２号および同第６，５３４，２７３号を参照されたい）。このようなバリエーションでは、捕捉プローブオリゴマーは、捕捉プローブを結合させる、付着させる、配列または部分をさらに含み、固体支持体に結合した固定化プローブにその標的配列を結合させ、それにより、ハイブリダイズした標的核酸を他の試料構成成分から分離することができる。
より具体的な実施形態では、捕捉プローブオリゴマーは、標的核酸に相補的でないが、固定化プローブ上の配列に特異的にハイブリダイズし、それにより、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，１１０，６７８号において先に記載されているような、標的核酸を他の試料構成成分から分離することを可能にする部分として機能する、テール部分（例えば、３’テール）を含む。任意の配列は、一般的に長さが約５〜５０ｎｔであるテール領域において使用することができ、好ましい実施形態は、固体支持体、例えばマトリックスまたは粒子に結合した相補的な固定化配列（例えば、ポリ−Ｔ）に結合する約１０〜４０ｎｔ（例えば、Ａ１０〜Ａ４０）、より好ましくは、約１４〜３３ｎｔ（例えば、Ａ１４〜Ａ３０またはＴ３Ａ１４〜Ｔ３Ａ３０）の、実質的にホモポリマーであるテールを含む。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ標的核酸に特異的にハイブリダイズするように構成されている、標的にハイブリダイズする配列（複数可）を含む一部のそのような実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブは、配列番号５のヌクレオチド配列を含み、もしくはそれからなり、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブは、配列番号１１のヌクレオチド配列を含み、もしくはそれからなり、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む、もしくはそれからなる。
標的捕捉は、ハイブリダイズする条件下で、通常は「テール配列」：「固定化プローブ配列」二重鎖のＴｍより高い温度で、標的核酸にハイブリダイズする１つまたは複数の捕捉プローブオリゴマーを含有する溶液相混合物中で典型的に行われる。捕捉プローブテールを含む実施形態に関しては、［標的核酸］：［捕捉プローブ］複合体は、捕捉プローブテールが固定化プローブにハイブリダイズするようにハイブリダイゼーション条件を調整することによって捕捉され、次に、固体支持体上の全複合体が他の試料構成成分から分離される。［固定化プローブ］：［捕捉プローブ］：［標的核酸］が結合した支持体を１回または複数回洗浄して、他の試料構成成分をさらに除いてもよい。好ましい実施形態は、常磁性ビーズなどの粒子状固体支持体を使用し、その結果、［標的核酸］：［捕捉プローブ］：［固定化プローブ］複合体が結合した粒子を洗浄溶液に懸濁させ、洗浄溶液から、好ましくは磁気引力の使用によって、取り出すことができる。増幅に基づく検出アッセイの使用を含む方法の実施形態では、処理ステップの数を制限するために、支持体上の複合体中の標的核酸を増幅オリゴマーと単に混合し、増幅ステップを進めることによって、標的核酸を増幅してもよい。
ＢＶを診断するための方法の一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出が被験体におけるＢＶを示す場合、方法は、被験体におけるＢＶを処置するステップをさらに含む。ＢＶのための処置レジメンは当該技術分野において一般に公知であり、例えば、抗生物質薬、例えばメトロニダゾール（例えば、ＦＬＡＧＹＬ、ＭＥＴＲＯＧＥＬ−ＶＡＧＩＮＡＬ）、クリンダマイシン（例えば、ＣＬＥＯＣＩＮ、ＣＬＩＮＤＥＳＳＥ）、およびチニダゾール（例えば、ＴＩＮＤＡＭＡＸ）、の投与を含む。ある特定のバリエーションでは、被験体は、前にＢＶと診断されたことがない。他の実施形態では、被験体は、前にＢＶと診断されたことがあり、本開示の診断方法が行われる時点でＢＶのための処置を受けている。このようなバリエーションは、被験体におけるＢＶの処置のモニタリングに特に有用である。例えば、方法が、ＢＶが被験体になお存在することを示す場合には、被験体は、処置を継続し得る。一部の実施形態では、同じ処置レジメン（すなわち、本診断方法が行われる時点で被験体が受けている同じ処置）が被験体に再び施される。あるいは、処置を受けている被験体におけるＢＶの存在継続は、進行中の処置の変更が必要であることを示し得、異なる処置レジメン（例えば、異なる薬物療法、または薬物の投薬量および／もしくは頻度の増加）が被験体に施される。
本発明によるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在の検出を、各標的について別々に（例えば、別々の反応容器で、逐次的にまたは並行して）行っても、または多重反応システムとして一緒に行ってもよい。したがって、一部の実施形態では、本明細書に記載される方法（例えば、ＢＶを診断するための方法）は、反応混合物が複数（例えば、少なくとも２つ、３つ、４つまたはそれ超）の異なる標的配列を並行してアッセイするための試薬を含有する、多重反応を利用する。これらの場合、反応混合物は、検出アッセイを行うための複数の異なる標的特異的オリゴヌクレオチドを含有し得る。例えば、増幅に基づく検出アッセイを利用する方法では、多重反応は、増幅オリゴマーの複数のセット（例えば、複数の対）（例えば、ＰＣＲプライマーの複数の対、またはＴＭＡ増幅オリゴマーの複数の対（例えば、ＴＭＡのための、プロモータープライマーと非プロモータープライマーの複数の対、またはプロモータープロバイダーと非プロモータープライマーの複数の対））を含有し得る。切断に基づく検出アッセイを利用する他の実施形態では、多重反応は、異なるフラップを有する複数のプローブオリゴヌクレオチド、複数の異なるオーバーラッププローブオリゴヌクレオチド、および異なるフラップを、それらが切断され次第、検出するための複数の異なるＦＲＥＴカセットを含有し得る。
さらなる微生物検出アッセイを、ＢＶに関係づけられる複数の微生物の存在および／または相対量を決定するために、同様に行うことができる。単なる例として、そのような複数の微生物は、嫌気性グラム陽性球菌；Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．；Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ；Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐ．；Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ目からの細菌；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ様ｓｐ．；Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｓｐ．；Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ；腸内細菌；Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｃｒｏｓ；Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ａｍｎｉｏｎｉｉ；Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．；Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｓｐ．；Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｈｏｍｉｎｉｓ；Ｓｎｅａｔｈｉａ ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ；Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｔｅｔｒａｄｉｕｓ；Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｓｐ．；Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｈｏｍｉｎｉｓ；Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ；Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．；Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐ．；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓおよびＦｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａのうちの１つまたは複数を含むことができる。アッセイを別々に行っても、または多重化してもよい。したがって、ＢＶの診断は、複数の微生物を同定すること、および任意選択で、試料中のそれらの相対存在量を決定することを含むことができる。
ある特定の実施形態では、ＢＶを診断するための方法は、ＢＶに関連する１０以下の細菌属の検出を含む。他の実施形態では、方法は、ＢＶに関連する９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、または４以下の細菌属の検出を含む。一部のバリエーションでは、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、ＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。
また、本発明によって、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のいずれか１つまたは複数の存在または非存在を決定するためのオリゴマーが提供される。様々な実施形態では、オリゴマーの組合せは、試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法について本明細書中で述べるとおりのオリゴマーを含む。一部のバリエーションでは、オリゴマーの組合せは、少なくとも１つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも２つまたは３つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチド）；少なくとも１つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも２つまたは３つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチド）；および少なくとも１つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも２つまたは３つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド）を含む。一部のバリエーションでは、オリゴマーの組合せは、少なくとも２つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも３つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチド）；少なくとも２つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも３つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的オリゴヌクレオチド）；および／または少なくとも２つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド（例えば、異なる標的配列にそれぞれが結合する、少なくとも３つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド）を含む。一部の実施形態では、オリゴマーの組合せ Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．核酸標的領域を増幅させるための少なくとも２つのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴヌクレオチド；Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ核酸標的領域を増幅させるための少なくとも２つのＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴヌクレオチド；および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．核酸標的領域を増幅させるための少なくとも２つのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴヌクレオチド。オリゴマーの組合せは、反応混合物の、またはオリゴマーを含むキットの形態であってもよい。反応混合物またはキットは、多数の任意選択の構成成分、例えば、捕捉プローブ核酸、または捕捉プローブ核酸のアレイなどをさらに含み得る。増幅反応混合物に関して、反応混合物は、典型的には、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増幅を行うのに適した他の試薬、例えば、バッファ、塩溶液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ）、および／または酵素（例えば、逆転写酵素および／またはＲＮＡポリメラーゼ）などを含み、典型的には、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａおよび／またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的核酸が存在してもよくまたは存在しなくてもよい試験試料の構成成分を含む。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよび／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１つまたは複数の標的核酸領域の増幅のためのオリゴマーの組合せを含むキットは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで増幅を行うのに適した他の試薬、例えば、バッファ、塩溶液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ）、および／または酵素（例えば、逆転写酵素および／またはＲＮＡポリメラーゼ）なども含み得る。共通の標的核酸を標的とする増幅オリゴマーの組合せと一緒に検出プローブを含む、オリゴマーの組合せ（例えば、反応混合物またはキット）に関して、増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的領域によって結びつけられる（すなわち、組合せは、増幅オリゴマーの組合せによって増幅可能な配列に結合するプローブを含む）。
本発明は、以下の非限定的な実施例によってさらに例証される。
（実施例１）
ＲＴ−ＴＭＡに基づくアッセイのための試薬
別段の指定がない限り、本明細書に記載するＲＴ−ＴＭＡに基づくアッセイで一般に使用する試薬は、以下のものを含む。標的捕捉試薬（ＴＣＲ）、汎用試薬処方：２５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１．８８Ｍ ＬｉＣｌ、３１０ｍＭ ＬｉＯＨ、１００ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ６．４、および（ｄＴ）１４オリゴマーが共有結合している２５０μｇ／ｍｌの常磁性粒子（０．７〜１．０５マイクロメートル粒子、Ｓｅｒａ−Ｍａｇ（商標）ＭＧ−ＣＭ）。洗浄溶液：１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、６．５ｍＭ ＮａＯＨ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．３％（ｖ／ｖ）エタノール、０．０２％（ｗ／ｖ）メチルパラベン、０．０１％（ｗ／ｖ）プロピルパラベン、および０．１％（ｗ／ｖ）ラウリル硫酸ナトリウム、ｐＨ７．５。増幅試薬、リアルタイム試薬処方：１１．６１ｍＭ Ｔｒｉｓ塩基、１４．９４ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、２８．５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２３．３０ｍＭ ＫＣｌ、３．３％グリセロール、０．０２％ＰＲＯ ＣＬＩＮ ３００、０．０５ｍＭ 酢酸亜鉛二水和物、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＴＴＰ各０．７６ｍＭ、ＡＴＰ、ＣＴＰおよびＧＴＰ各６．５０ｍＭ、７．５０ｍＭ ＵＴＰ、を含有する溶液。これにプライマーを添加してもよい。ＲＴ−ＴＭＡ酵素：５７．４６ｍＭ ＨＥＰＥＳ、４９．５８ｍＭ Ｎ−アセチル−Ｌ−システイン、０．９８ｍＭ ＥＤＴＡ遊離酸、０．０３９ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム二水和物、０．１０ｖ／ｖ ＴＲＩＴＯＮ Ｘ−１００、４９．６１ｍＭ ＫＣｌ、０．２０ｖ／ｖグリセロール、０．０３ｗ／ｖトレハロース二水和物、ＭＭＬＶ逆転写酵素（ＲＴ）およびＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ。プロモーター試薬、リアルタイム試薬処方：増幅試薬と同じ試薬処方。
増幅オリゴおよびトーチについてのオリゴスクリーニング実験を、二相リアルタイムＴＭＡ形式を使用してＯＥＭプラットフォーム（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｍｘ３０００）で行った。簡単に言うと、標的特異的捕捉オリゴ（１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ）およびＴ７オリゴ（５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ）を含有する１００μｌのＴＣＲ試薬と共に試料を６２℃で３０分間インキュベートし、次に、２０分間室温に下げた。ＴＣＯおよび標的ｒＲＮＡと結合した磁気ビーズを洗浄し、１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ ＮＴ７オリゴを含有する増幅試薬中に溶出させた。酵素試薬（２５μｌ）の添加およびプロモーター試薬（２５μｌ）のその後の添加中、試料を４３℃でインキュベートした。プロモーター試薬は、１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ Ｔ７オリゴおよび１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎトーチオリゴを含有した。標的アンプリコンｒＲＮＡへのトーチの結合および結果として起こるクエンチャーからの色素分離を示す蛍光発光を、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ装置で３０秒ごとに１時間、リアルタイムで測定した。蛍光曲線プロファイルを標的の増幅について分析した。
いくつかのＴ７オリゴをＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的系についてスクリーニングして、これらのオリゴのアッセイでの全Ｌ．ｓｐｐ標的検出に最適な組合せを同定した。２つのＴ７オリゴをアッセイへ組み入れるために選択した。特にＬ．ｇａｓｓｅｒｉの検出を改善する、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ（非標的Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種）の交差検出を低減させるために、追加のトーチオリゴを開発し、試験した。いくつかのトーチは、Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉについて良好な性能を示し、１つは、Ｌ．ｉｎｅｒｓ交差検出について最高の低減を示した。Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについては２つの異なるＴ７オリゴをアッセイのための競合内部対照の組み入れの可能性についてスクリーニングし、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓにはＴ７／ＮＴ７オリゴを、およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ対ＩＣ検出にはトーチ特異的オリゴを利用した。異なる標的特異的標的捕捉オリゴを設計し、スクリーニングして、共通のＢＶ標的捕捉オリゴに対する各標的系についてのアッセイの性能を比較した。各ＢＶ標的系について１つの標的特異的ＴＣＯを選択した。追加のＴＣＯをＬ．ｓｐｐ標的についてスクリーニングし、３つのＬ．ｓｐｐ標的の検出に関して全体的に最高のバランスを提供する１つのＴＣＯを選択した。多重細菌性膣炎アッセイの最適化ついてスクリーニングしたプライマーのリストを表１に列挙する。
標的増幅および検出の最適化後、オリゴを各ＢＶ標的のために選択し、後続の実験をＰａｎｔｈｅｒ装置プラットフォーム（Panther instrument platform）で実施した。増幅および検出反応は、特定された全てのＢＶ標的はもちろん核酸内部対照も増幅し、検出するように構成した。簡単に言うと、溶解した標的を、標的捕捉オリゴ、固定化プローブに繋がれた磁気ビーズ、およびＴ７プライマーと組み合わせた。標的捕捉オリゴおよびＴ７プライマーをそれらの意図された標的にハイブリダイズさせるように反応条件を規定した。一連の洗浄ステップを行って、細胞構成成分、培養培地および輸送培地などを除去した。洗浄ステップ後、洗浄され、捕捉された標的核酸に第１の増幅試薬を添加した。第１の増幅試薬は、非Ｔ７プライマーのみを含有した。酵素添加前にプライマーアニーリングステップはなく、増幅の開始は酵素の添加時に起こり、その後、４２℃で５分間のインキュベーションステップを行った。Ｔ７プライマーと検出プローブとしてのトーチとを含有する第２の増幅試薬を、５分間４２℃でのインキュベーション反応後に第１の増幅試薬に添加した。リアルタイム検出をこのステップの間に行い、それぞれの異なる検出プローブ上のＦａｍ、Ｈｅｘ、ＲｏｘおよびＣｙ５．５色素標識を検出するために使用した４つの別個の蛍光光度計によって測定した。
（実施例２）
ＢＶ標的核酸の増幅および検出のためのオリゴマーの組合せの感度および特異度の試験
Ａｐｔｉｍａ検体輸送培地（ＳＴＭ）にスパイクした、半対数（ｈａｌｆ ｌｏｇ）漸増量の溶解物（Ｌ．ｓｐｐ標的およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについて）またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａについてのｉｎ ｖｉｔｒｏ転写物（ＩＶＴ）を試験して、ＢＶ標的の分析感度を評価した。Ｐａｎｔｈｅｒ装置において各パネル濃度（各標的について、合計Ｎ＝１０の濃度）で１５回繰り返してスクリーニングした。オリゴを多重キット形式で試験したが、各ＢＶ標的を別々にスクリーニングした。アッセイは、ＴＣＯプライマー（１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ）、Ｔ７プライマー（５または１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎのいずれかで）、ＮＴ７プライマー（１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ）、およびトーチプライマー（１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎ）を使用した。Ｐｒｏｂｉｔ分析を行って、ＢＶ標的のそれぞれについて９５％および５０％検出レベルを決定した。９５％の確率（９５％ＣＬ）で、検出限界（ＬｏＤ）を決定した：Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、３．４×１０４（３．２×１０４〜３．５×１０４）ＣＦＵ／ｍｌ；Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ、３．１×１０３（３．０×１０３〜３．２×１０３）ＣＦＵ／ｍｌ；Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ、３．２×１０３（３．１×１０３〜３．２×１０３）ＣＦＵ／ｍｌ；Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、１０７（１０３〜１１０）ＣＦＵ／ｍｌ；Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、１．１×１０８（１．０×１０８〜１．２×１０８）コピー／ｍｌ。
各ＢＶ標的に対する最適プライマーセットの交差反応性を、それぞれ４〜５生物の１６のプールパネルに対して試験した。Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを検出するために最適化したプライマーセットに関して、いずれの生物についても有意な交差検出は観察されなかった。Ｌ．ｓｐｐ標的を検出するために最適化したプライマーセットは、スクリーニングしたプールパネルの１つと交差反応した。追加実験により、交差反応する生物がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓであることを決定した。Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓは、腸内微生物であり、アッセイに対してリスクがないと決定した。Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的を検出するために最適化したプライマーセットは、スクリーニングしたプールパネルの１つと交差反応した。追加実験により、交差反応する生物がＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅであることを決定した。Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、高リスク交差検出であり、追加のプライマーをＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａについてスクリーニングした。最適化された新たなプライマーセットは、１×１０７ＣＦＵ／ｍｌまでＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの検出をうまく排除した。
（実施例３）
ＢＶ標的核酸を検出するためのＲＴ−ＴＭＡアッセイの臨床的感度
膣スワブ患者検体（ｎ＝２００、４カ所の異なる臨床現場から収集したもの）を使用して細菌性膣炎アッセイの臨床性能を評価し、これは、およそ１００の陽性および１００の陰性試料（Ｃａｒｔｗｒｉｇｈｔ判定基準を利用）を含んだ。標的検出に利用した各蛍光チャネル（Ｆａｍ、Ｈｅｘ、Ｃｙ５．５）におけるカットオフとしてＴＴｉｍｅを使用した：Ｌ．ｓｐｐ、２５分間；Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、１２．５分間；Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、４０分間。細菌性膣炎アッセイ臨床性能を感度について分析し：９３．８％（８６．２〜９７．３）、特異度について分析した：８８．６％（７９．７〜９３．９）。
およそ同量の陽性および陰性試料（Ｃａｒｔｗｒｉｇｈｔ判定基準を利用）を含む、９８のＴｈｉｎＰｒｅｐ／膣スワブペア試料も、臨床的実行可能性および細菌性膣炎アッセイ性能について評価した。陽性試料の全体一致率＝９３．８％；陰性試料の全体一致率＝１００％；中間試料の全体一致率＝８７．５％。
（実施例４）
ＢＶ標的核酸を検出するためのＲＴ−ＴＭＡアッセイの臨床的感度
この試験に関しては、前に実施例１で説明したものと比較して増幅およびプロモーター試薬処方を調整した。増幅試薬、リアルタイム試薬処方：１１．６１ｍＭ Ｔｒｉｓ塩基、１４．９４ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、３１．０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２３．３０ｍＭ ＫＣｌ、３．３％グリセロール、０．０２％ＰＲＯ ＣＬＩＮ ３００、０．０５ｍＭ 酢酸亜鉛二水和物、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＴＴＰ各０．８３ｍＭ、ＡＴＰ、ＣＴＰおよびＧＴＰ各７．００ｍＭ、８．００ｍＭ ＵＴＰ、を含有する溶液。これにプライマーを添加してもよい。ＲＴ−ＴＭＡ酵素：５７．４６ｍＭ ＨＥＰＥＳ、４９．５８ｍＭ Ｎ−アセチル−Ｌ−システイン、０．９８ｍＭ ＥＤＴＡ遊離酸、０．０３９ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム二水和物、０．１０ｖ／ｖ ＴＲＩＴＯＮ Ｘ−１００、４９．６１ｍＭ ＫＣｌ、０．２０ｖ／ｖグリセロール、０．０３ｗ／ｖトレハロース二水和物、ＭＭＬＶ逆転写酵素（ＲＴ）およびＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ。プロモーター試薬、リアルタイム試薬処方：増幅試薬と同じ試薬処方。
オリゴ濃度最適化実験を実施して、細菌性膣炎アッセイの各オリゴについて最適な濃度を決定した。オリゴ濃度を滴定し、性能の差を実証する濃度でＳＴＭにスパイクした標的ＩＶＴに対してスクリーニングした。この試験から、アッセイの性能を最適化するためにオリゴ濃度を調整することを決定した。ＴＣＲ試薬に関しては、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａについてのＴＣＯを１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから１０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整した。全てのＴ７プライマーをＴＣＲ試薬から除去した。増幅試薬に関しては、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａのためのＮＴ７を１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから１０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整し、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓおよびＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａのためのＮＴ７を１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから５ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整した。プロモーター試薬中のＴ７オリゴに関しては、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｔ７オリゴ配列番号７を処方から除去し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ Ｔ７オリゴ配列番号８は処方中に残存し、それを１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから４ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整し、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ Ｔ７を１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから１０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整し、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ Ｔ７を１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから５ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整した。プロモーター試薬中のトーチオリゴに関しては、Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ検出のためにＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．トーチ（配列番号１０）を１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから１０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整し、Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓおよびＬ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ検出のためにＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．トーチを１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから２０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整し、ＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａトーチおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａトーチを１５ｐｍｏｌ／ｒｘｎから２０ｐｍｏｌ／ｒｘｎに調整した。
膣スワブ患者検体（ｎ＝３５３、３カ所の異なる臨床現場から収集したもの）を使用して細菌性膣炎アッセイの臨床性能を評価し、これは、培養結果に従って７８の陽性、４１の中間、および２３４の陰性を含んだ。Ａｍｓｅｌ判定基準を用いて中間ステータスを分けて、４の陽性および３７の陰性を得た。試料が、ＦＡＭに関して２０００ＲＦＵ、ＨＥＸに関して２０００ＲＦＵ、および／またはＲＯＸに関して１６００ＲＦＵを超えるＲＦＵシグナルを有していれば、陽性判定基準が決定された。ＦＡＭチャネルでの陽性結果は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．についての陽性結果に対応し、ＨＥＸでの陽性結果は、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａについての陽性結果に対応し、ＲＯＸチャネルでの陽性結果は、全てＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａについての陽性に対応した。陽性結果を決定するためにＴＴｉｍｅカットオフを利用しなかった。細菌性膣炎アッセイ臨床性能を、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的を含めておよび含めずに感度および特異度について分析した。アッセイの感度は、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａありで９６．３（８９．７〜９９．２）およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａなしで９６．３（８９．７〜９９．２）であった。アッセイの特異度は、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａありで８６．７（８２．１〜９０．５）およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａなしで８７．５（８２．９〜９１．２）であった。試料試験結果からＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ検出を含めないほうが良好な特異度が得られる（特異度向上は偽陽性の除去に起因した）。さらに、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの結果は、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａも陽性の結果であることが決定されたときにのみ陽性であることが判明し、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａステータスを単独で使用することによって決定されたＢＶ陽性試料はなかった。結果は、特異度向上がＢＶアッセイ処方からのＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの排除によって得られ、したがって、アッセイからの除去を支持することを実証する。
以上のことから、本発明の具体的な実施形態が例示の目的のために本明細書に記載されているが、種々の改変が本発明の趣旨および範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解される。したがって、本発明は、添付の特許請求の範囲による場合を除き、限定されるものではない。本明細書において引用された全ての刊行物、特許および特許出願は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれについての存在または非存在を決定するための多重方法であって、
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の少なくとも１つを含有することが疑われる試料を、
（ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７の残基２８〜４５または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、
（ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
（ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
（項目２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号６のヌクレオチド配列を含み；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、
項目１に記載の方法。
（項目４）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１または３に記載の方法。
（項目５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる、
項目１または３に記載の方法。
（項目６）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１、３および５のいずれかに記載の方法。
（項目７）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つが、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含む、
項目１、３、５および７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目２、４および６のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目７または９に記載の方法。
（項目１１）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する、
項目７に記載の方法。
（項目１３）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８のヌクレオチド配列を有する、項目９に記載の方法。
（項目１４）
ステップ（２）の前に前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸を、存在する場合、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む、項目１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させ、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれが、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、
項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、
項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する、
項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記検出するステップ（３）が、
前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、および前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと接触させるステップ、ならびに
標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップ
を含む、項目１〜１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する、
項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記検出するステップ（３）が、前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２３）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが標識を含む、項目１９または２０に記載の方法。
（項目２５）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが標識を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２７）
前記検出するステップ（３）が、前記増幅するステップ（２）の間に行われる、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２８）
各検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
各検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目１９または２０に記載の方法。
（項目３１）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目３３）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
ステップ（２）での前記増幅反応が、等温増幅反応である、項目１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記増幅反応が、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記増幅反応が、リアルタイム増幅反応である、項目３４または３５に記載の方法。
（項目３７）
試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれについての存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せであって、
(a)Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１お
よび第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー；
(b)Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ
．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
(c)Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および
第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
を含む、オリゴマーの組合せ。
（項目３８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記オリゴマーの組合せが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーをさらに含み、
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目３７に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目３９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含み； 前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み； 前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または 前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、項目３７に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記オリゴマーの組合せが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーをさらに含み、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目３７または３９に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４１）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる、
項目３７または３９に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記オリゴマーの組合せが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーをさらに含み、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目３７、３９および４１のいずれかに記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４３）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つが、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目３７〜４２のいずれか一項に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４４）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、オリゴマーの組合せが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーをさらに含み、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含む、
項目３７、３９、４１および４３のいずれか一項に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４５）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目３８、４０および４２のいずれかに記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４６）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目４３または４５に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４７）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目４６に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する、
４３に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目４９）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８のヌクレオチド配列を有する、項目４５に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５０）
固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含む、項目３７〜４９のいずれかに記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５１）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーを含み、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれが、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、
項目５０に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５２）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、
項目５１に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５３）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する、
項目５２に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５４）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、および前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブをさらに含む、項目３７〜５３のいずれかに記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目５４に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５６）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する、
項目５５に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５７）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブをさらに含み、該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目５５または５６に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５８）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する、項目５７に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目５９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが標識を含む、項目５４または５５に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６０）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが標識を含む、項目５７に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６１）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目５９または６０に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６２）
各検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目５９または６０に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６３）
各検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目６２に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６４）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目５４または５５に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目６４に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６６）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目５７に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６７）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目６６に記載のオリゴマーの組合せ。
（項目６８）
被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）ＢＶを有することが疑われる被験体からの試料を用意するステップ；
（ｂ）該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出のためのアッセイを行うステップ；
（ｃ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれに陽性または陰性のいずれかのステータスを該検出アッセイに基づいて割り当てるステップ；ならびに
（ｄ）ステップ（ｃ）からの該割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータス、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータス、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ステータスの組合せに基づいて該被験体におけるＢＶの存在または非存在を決定するステップであって、
（ｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陰性のステータスが、該被験体におけるＢＶの非存在を示し、
（ｉｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陽性のステータスが、該被験体におけるＢＶの存在を示し、
（ｉｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陽性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陰性のステータスが、該被験体におけるＢＶの非存在を示し、
（ｉｖ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陰性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陽性のステータスが、該被験体におけるＢＶの存在を示す、ステップ
を含む方法。
（項目６９）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の検出のための前記アッセイが、核酸に基づく検出アッセイである、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記核酸に基づく検出アッセイが、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の１６Ｓ ｒＲＮＡを標的とする、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域、
（ｉｉ）配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｉｉｉ）配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域
を標的とする、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記核酸に基づく検出アッセイが、増幅に基づくアッセイである、項目７０〜７１のいずれかに記載の方法。
（項目７３）
前記増幅に基づくアッセイが、等温増幅反応を含む、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記増幅反応が、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記増幅反応が、リアルタイム増幅反応である、項目７３または７４に記載の方法。
（項目７６）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（１）前記試料を、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー；Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
と接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出するステップ
を含む、増幅に基づくアッセイである、項目７０に記載の方法。
（項目７７）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含み；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含み；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、
項目７６に記載の方法。
（項目７９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目７６または７８に記載の方法。
（項目８０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなり；
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる、
項目７６または７８に記載の方法。
（項目８１）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目７６、７８および８０のいずれかに記載の方法。
（項目８２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーの少なくとも１つが、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目７６〜８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含む、
項目７６、７８、８０および８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目７７、７９および８１のいずれかに記載の方法。
（項目８５）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目８２または８４に記載の方法。
（項目８６）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する、
項目８２に記載の方法。
（項目８８）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８のヌクレオチド配列を有する、項目８４に記載の方法。
（項目８９）
ステップ（２）の前に前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸を、存在する場合、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む、項目７６〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマー、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させ、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーのそれぞれが、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓまたはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列のそれぞれが、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、
項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、
項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号５のヌクレオチド配列を有し、
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１１のヌクレオチド配列を有し、および／または
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する、
項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記検出するステップ（３）が、
前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、および前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと接触させるステップ、ならびに
標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップ
を含む、項目７６〜９３のいずれかに記載の方法。
（項目９５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９のヌクレオチド配列を有し；
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４のヌクレオチド配列を有し；および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する、
項目９５に記載の方法。
（項目９７）
前記検出するステップ（３）が、前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目９５または９６に記載の方法。
（項目９８）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが標識を含む、項目９４または９５に記載の方法。
（項目１００）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが標識を含む、項目９７に記載の方法。
（項目１０１）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目９９または１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記検出するステップ（３）が、前記増幅するステップ（２）の間に行われる、項目９９または１００に記載の方法。
（項目１０３）
各検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
各検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの少なくとも１つが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目９４または９５に記載の方法。
（項目１０６）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブおよび前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目９７に記載の方法。
（項目１０８）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
ステップ（２）での前記増幅反応が、等温増幅反応である、項目７６〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記増幅反応が、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記増幅反応が、リアルタイム増幅反応である、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
ＢＶに関連する１０以下の細菌属の検出を含む、項目６８〜１１１のいずれかに記載の方法。
（項目１１３）
ＢＶに関連する５以下の細菌属の検出を含む、項目６８〜１１１のいずれかに記載の方法。
（項目１１４）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、ＧａｒｄｎｅｒｅｌｌａおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない、項目６８〜１１１のいずれかに記載の方法。
（項目１１５）
ＢＶの存在が前記被験体において示された場合には、ＢＶのための処置レジメンを該被験体に施すステップをさらに含む、項目６８〜１１４のいずれかに記載の方法。
（項目１１６）
該被験体におけるＢＶを監視するための方法であり、該被験体がステップ（ａ）の前にＢＶのための処置レジメンを受けている、項目６８〜１１４のいずれかに記載の方法。
（項目１１７）
ＢＶの存在が前記被験体において示された場合には、（ｉ）ＢＶのための前記処置レジメンを該被験体に施すステップまたは（ｉｉ）ＢＶのための異なる処置レジメンを該被験体に施すステップのいずれかをさらに含む、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法であって、
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．を含有することが疑われる試料を、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、該第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、該第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
（項目１１９）
（ｉ）前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、（ｉｉ）前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１１８または１１９に記載の方法。
（項目１２１）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み；および／または前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列を含む、項目１１８または１１９に記載の方法。
（項目１２２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１１８、１１９または１２１に記載の方法。
（項目１２３）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号７の残基２８〜４５もしくは配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号６のヌクレオチド配列からなる、
項目１１８、１１９または１２１に記載の方法。
（項目１２４）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる、第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目１１８、１１９、１２１または１２３のいずれかに記載の方法。
（項目１２５）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第１のＬａｃｔａｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目１１８〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域を増幅させるための第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーとさらに接触させ、
該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含む、
項目１１８、１１９、１２１、１２３および１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目１２０、１２２および１２４のいずれかに記載の方法。
（項目１２８）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目１２５または１２７に記載の方法。
（項目１２９）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７のヌクレオチド配列を有する、
項目１２５に記載の方法。
（項目１３１）
前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８のヌクレオチド配列を有する、項目１２７に記載の方法。
（項目１３２）
ステップ（２）の前に前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的核酸を、存在する場合、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む、項目１１８〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３３）
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目１３２に記載の方法。
（項目１３４）
前記試料を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させ、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、項目１３３に記載の方法。
（項目１３５）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号５の残基１〜１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号５のヌクレオチド配列を有する、
項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記検出するステップ（３）が、
前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップ、および
標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップ
を含む、項目１１８〜１３６のいずれかに記載の方法。
（項目１３８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９のヌクレオチド配列を有する、項目１３８に記載の方法。
（項目１４０）
前記検出するステップ（３）が、前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブと接触させるステップをさらに含み、前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目１３８または１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが標識を含む、項目１３７または１３８に記載の方法。
（項目１４３）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが標識を含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４４）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目１４２または１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記検出するステップ（３）が、前記増幅するステップ（２）の間に行われる、項目１４２または１４３に記載の方法。
（項目１４６）
各検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
各検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目１４６に記載の方法。
（項目１４８）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目１３７に記載の方法。
（項目１４９）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１３７または１３８に記載の方法。
（項目１５０）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１５１）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１４０または１５０に記載の方法。
（項目１５２）
試料中のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するための方法であって、
（１）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓを含有することが疑われる試料を、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、該第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、該第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
（項目１５３）
（ｉ）前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応し、（ｉｉ）前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含む；および／または
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む、項目１５２または１５３に記載の方法。
（項目１５５）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１２のヌクレオチド配列からなる、項目１５２〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５５）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目１５２〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５６）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目１５６に記載の方法。
（項目１５８）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３のヌクレオチド配列を有する、項目１５５に記載の方法。
（項目１５９）
ステップ（２）の前に前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸を、存在する場合、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む、項目１５２〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６０）
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
前記試料を、前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させ、該Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、項目１６０に記載の方法。
（項目１６２）
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１１のヌクレオチド配列を有する、項目１６２に記載の方法。
（項目１６４）
前記検出するステップ（３）が、
前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブと接触させるステップ、および
標的にハイブリダイズした任意のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップ
を含む、項目１５２〜１６３のいずれかに記載の方法。
（項目１６５）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４のヌクレオチド配列を有する、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ検出プローブが標識を含む、項目１６４または１６５に記載の方法。
（項目１６８）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目１６７に記載の方法。
（項目１６９）
前記検出するステップ（３）が、前記増幅するステップ（２）の間に行われる、項目１６７に記載の方法。
（項目１７０）
前記検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目１７０に記載の方法。
（項目１７２）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目１６４または１６５に記載の方法。
（項目１７３）
前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１６４または１７２に記載の方法。
（項目１７４）
試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するための方法であって、
（１）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．を含有することが疑われる試料を、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーと接触させるステップであって、該第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列をそれぞれ含み、該第１および第２の増幅オリゴマーが、配列番号４の約１６５位のヌクレオチドから約２５９位のヌクレオチドの領域に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、ステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
（３）前記１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより前記試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
（項目１７５）
（ｉ）前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、（ｉｉ）前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１６のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列を含み；および／または 前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列を含む、
項目１７４または１７５に記載の方法。
（項目１７７）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなり；および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列は、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる、
項目１７４〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７８）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、前記それぞれの標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、項目１７４〜１７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７９）
前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列である、項目１７８に記載の方法。
（項目１８０）
前記プロモーター配列が、配列番号７の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７のヌクレオチド配列を有する、項目１７８に記載の方法。
（項目１８２）
ステップ（２）の前に前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸を、存在する場合、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含む、項目１７４〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８３）
前記精製するステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した、標的にハイブリダイズする配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させるステップを含む、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記試料を、前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする、捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーと接触させ、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、前記固定化プローブに結合する前記配列または部分に共有結合されている、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブの標的にハイブリダイズする配列が、配列番号１５の残基１〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する、項目１８４に記載の方法。
（項目１８６）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的捕捉プローブオリゴマーが、配列番号１５のヌクレオチド配列を有する、項目１８５に記載の方法。
（項目１８７）
前記検出するステップ（３）が、
前記１つまたは複数の増幅産物を、前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブと接触させるステップ、および
標的にハイブリダイズした任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップ
を含む、項目１７４〜１８６のいずれかに記載の方法。
（項目１８８）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８のヌクレオチド配列を有する、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが標識を含む、項目１８７または１８８に記載の方法。
（項目１９１）
前記標識が、化学発光標識または蛍光標識である、項目１９０に記載の方法。
（項目１９２）
前記検出するステップ（３）が、前記増幅するステップ（２）の間に行われる、項目１９０に記載の方法。
（項目１９３）
前記検出プローブが、蛍光標識およびクエンチャーを含む、項目１９２に記載の方法。
（項目１９４）
前記検出プローブが、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである、項目１９３に記載の方法。
（項目１９５）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、標的にハイブリダイズしない配列をさらに含む、項目１８７に記載の方法。
（項目１９６）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、分子トーチまたは分子ビーコンである、項目１８７または１９５に記載の方法。
（項目１９７）
ステップ（２）での前記増幅反応が、等温増幅反応である、項目１１８〜１９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９８）
前記増幅反応が、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）反応である、項目１９７に記載の方法。
（項目１９９）
前記増幅反応が、リアルタイム増幅反応である、項目１９７または１９８に記載の方法。
（項目２００）
試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれについての存在または非存在を決定するための多重方法であって、
（１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの少なくとも一方を含有することが疑われる試料を、
(a)Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１お
よび第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー；ならびに
(b)Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ
．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー
と、接触させるステップ；
（２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；な
らびに
（３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの存在または非存在を決定するステップ
を含む方法。
（項目２０１）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．が前記試料中で検出されず、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓが該試料中で検出される、項目２００に記載の方法。
（項目２０２）
Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓが、前記試料中で１．４×１０ １０ コピー／ｍＬより多く検出される、項目２００に記載の方法。
（項目２０３）
試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれについての存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せであって、
(a)Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１お
よび第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列または配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー；ならびに
(b)Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ
．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー
を含む、オリゴマーの組合せ。
（項目２０４）
被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）ＢＶを有することが疑われる被験体からの試料を用意するステップ；
（ｂ）該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓの検出のためのアッセイを行うステップ；
（ｃ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．およびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのそれぞれに陽性または陰性のいずれかのステータスを該検出アッセイに基づいて割り当てるステップ；ならびに
（ｄ）ステップ（ｃ）からの該割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータスおよびＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータスの組合せに基づいて該被験体におけるＢＶの存在または非存在を決定するステップであって、
（ｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓについて陰性のステータスが、該被験体におけるＢＶの非存在を示し、
（ｉｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓのステータスが陽性である場合には、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陽性のステータスが該被験体におけるＢＶの非存在を示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．について陰性のステータスが該被験体におけるＢＶの存在を示す、ステップ
を含む方法。
（項目２０５）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の検出プローブ、および
Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸に特異的にハイブリダイズする第２の検出プローブ
を含む組成物であって、
該第１および第２の検出プローブの少なくとも一方が標識を含み、
（ｉ）いずれの真菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まず、（ｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．またはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ以外のいずれの細菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まない、組成物。
（項目２０６）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸に特異的にハイブリダイズする第１の検出プローブ、および
Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸に特異的にハイブリダイズする第２の検出プローブ
を含むキットであって、
該第１および第２の検出プローブの少なくとも一方が標識を含み、
（ｉ）いずれの真菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まず、（ｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．またはＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ以外のいずれの細菌種からの標的核酸に特異的にハイブリダイズする検出プローブも含まない、キット。
（項目２０７）
前記第１の検出プローブが、Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ標的核酸、Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ標的核酸およびＬ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ標的核酸の少なくとも１つに特異的にハイブリダイズする、項目２０５に記載の組成物または項目２０６に記載のキット。
（項目２０８）
前記第１の検出プローブが、配列番号１の約９１位のヌクレオチドから約２６５位のヌクレオチドの領域に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．１６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とし、および／または
前記第２の検出プローブが、配列番号３の約９６４位のヌクレオチドから約１０３６位のヌクレオチドの領域に対応するＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ １６Ｓ ｒＲＮＡ領域を標的とする、
項目２０５に記載の組成物または項目２０６に記載のキット。
（項目２０９）
前記第１の検出プローブが、配列番号９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含み、および／または
前記第２の検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、
項目２０５に記載の組成物または項目２０６に記載のキット。
（項目２１０）
前記第１の検出プローブが、配列番号９のヌクレオチド配列を有し、および／または
前記第２の検出プローブが、配列番号１４のヌクレオチド配列を有する、
項目２０５に記載の組成物または項目２０６に記載のキット。
（項目２１１）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸に特異的にハイブリダイズする第３の検出プローブをさらに含み、該第３の検出プローブが、配列番号１０の残基６〜２１に実質的に対応する、標的にハイブリダイズする配列を含む、項目２０９または２１０に記載の組成物またはキット。
（項目２１２）
前記第３の検出プローブが、配列番号１０のヌクレオチド配列を有する、項目２１１に記載の組成物またはキット。

Claims (13)

  1. 臨床試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれについての存在または非存在を決定するための多重方法であって、
    （１）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の少なくとも１つを含有することが疑われる臨床試料を、
    （ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１、第２、及び第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号７の残基２８〜４５からなる第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号６のヌクレオチド配列からなる第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉｉ）該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１、第２、及び第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、
    （ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１２のヌクレオチド配列からなる第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
    （ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなる第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーが、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
    と接触させるステップであって、前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、及び前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーのそれぞれは、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、ステップ；
    （２）ｉｎ ｖｉｔｒｏ核酸増幅反応を行うステップであって、任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸が、該試料中に存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を生成するための鋳型として使用される、ステップ；ならびに
    （３）該１つまたは複数の増幅産物の存在または非存在を検出し、それにより該試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．の存在または非存在を決定するステップ
    を含む方法。
  2. 前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号７からなり；
    前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号８からなり；
    前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号１３からなり；および／または
    前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号１７からなる、請求項１に記載の方法。
  3. Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータス、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータス、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ステータスのそれぞれに割り当てられた存在または非存在の決定を、被験体における細菌性膣炎（ＢＶ）の存在または非存在の指標とする方法であって、前記割り当てられたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．ステータス、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓステータス、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．ステータスの組合せが、
    （ａ）ＢＶを有することが疑われる被験体からの臨床試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれの存在または非存在を決定するために、請求項１に記載の多重方法を行うステップ；及び
    （ｂ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれに陽性または陰性のいずれかのステータスをステップ（ａ）に基づいて割り当てるステップであって、
    （ｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陰性のステータスが、前記被験体におけるＢＶの非存在を示し、
    （ｉｉ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓとＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．両方について陽性のステータスが、前記被験体におけるＢＶの存在を示し、
    （ｉｉｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陽性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陰性のステータスが、前記被験体におけるＢＶの非存在を示し、及び
    （ｉｖ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．のステータスが陰性である場合には、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの少なくとも一方について陽性のステータスが、前記被験体におけるＢＶの存在を示す、ステップ
    によって決定される、方法。
  4. 臨床試料中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓおよびＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．のそれぞれについての存在または非存在を決定するためのオリゴマーの組合せであって、
    （ａ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１、第２、及び第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号７の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列からなる第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉｉ）該第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１、第２、及び第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー；
    （ｂ）Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１３の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなる第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１２のヌクレオチド配列からなる第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、ならびに
    （ｃ）Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的核酸の標的領域を増幅させるための第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーであって、（ｉ）該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７の残基２８〜５１のヌクレオチド配列からなる第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含み、（ｉｉ）該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーは、配列番号１６のヌクレオチド配列からなる第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的な標的にハイブリダイズする配列を含む、第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマー
    を含み、前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマー、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマー、及び前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーのそれぞれは、それぞれの、標的にハイブリダイズする配列の５’側に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである、オリゴマーの組合せ。
  5. 前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号７からなり；
    前記第３のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号８からなり；
    前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号１３からなり；および／または
    前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的増幅オリゴマーのヌクレオチド配列が、配列番号１７からなる、請求項４に記載のオリゴマーの組合せ。
  6. Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ、及びＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的核酸が存在する場合には、前記試料中の他の構成成分から精製するステップをさらに含み、前記精製するステップはステップ（２）の前に行われる、請求項１に記載の方法。
  7. ステップ（３）の検出が、前記１つまたは複数の増幅産物を、
    Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、及びＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ ｓｐ．標的領域に特異的にハイブリダイズする第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブに接触させるステップ、及び
    標的にハイブリダイズした任意のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的、Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的、および／またはＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブの存在または非存在を検出するステップを含む、請求項１に記載の方法。
  8. 前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブが、配列番号９からなる、標的にハイブリダイズする配列を含み、
    前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブが、配列番号１４の残基１〜１９からなる、標的にハイブリダイズする配列を含み、及び／または
    前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブが、配列番号１８からなる、標的にハイブリダイズする配列を含む、請求項７に記載の方法。
  9. 前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、及び前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが標識を含む、請求項７に記載の方法。
  10. 前記標識が化学発光標識または蛍光標識である、請求項９に記載の方法。
  11. 配列番号９からなる、標的にハイブリダイズする配列を含む第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、配列番号１４の残基１〜１９からなる、標的にハイブリダイズする配列を含む第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、及び／または配列番号１８からなる、標的にハイブリダイズする配列を含む第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブをさらに含む、請求項４に記載のオリゴマーの組合せ。
  12. 前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的検出プローブ、前記第１のＧ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ特異的検出プローブ、及び前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的検出プローブのそれぞれが標識を含む、請求項１１に記載のオリゴマーの組合せ。
  13. 前記標識が化学発光標識または蛍光標識である、請求項１２に記載のオリゴマーの組合せ。
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