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JP6600367B2 - 分析装置 - Google Patents

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Description

本発明は分析装置に関わる。より具体的には、DNAあるいはRNAなどの核酸の塩基配列を解読するため試薬をフローセルに供給する方法および核酸配列解析装置に関わる。
微小反応場を有するフローセル上で遂行されるケミストリにはさまざまな方式が採用されている。それらは、蛍光、pH、化学発光、あるいは電気計測などであるが、その中でも最も有力であるのが蛍光法を用いるSBS (Sequencing By Synthesis)と呼ばれる方式である。SBSは異なる4種類の蛍光色素でそれぞれ標識された4種類のヌクレオチド(dATP, dTTP, dCTP, dGTP)を、基板上に形成された微小反応場に逐次的に、すなわち1塩基ずつポリメラーゼを用いて取り込ませる方式である。1塩基が取り込まれた後、浮遊する蛍光ヌクレオチドを洗浄により除去した後、蛍光計測を行う。2塩基目の伸長が発生しないのは、1塩基目の蛍光色素に2塩基目の色素の伸長を阻害する物質が結合しているからである。なお、以降の最小ユニットの反応を行うために、蛍光計測後、解離溶液により塩基から蛍光色素および伸長阻害物質を切断する工程が必須である。この工程により、次の塩基伸長反応の逐次的継続が可能となる。再び蛍光ヌクレオチドをフローセル内に送液し、反応を繰り返すことにより、逐次的なシーケンスが可能となる。
通常SBS反応過程では、微小反応場が多数配置されている基板表面がウェットな状態で化学反応を進行させる。しかし、基板表面をいったん乾燥状態にしても、その後の化学反応を円滑に進めることができることが特許文献1で報告されている。特許文献1では微小反応場に蛍光標識されたヌクレオチドを用いてSBS反応を行っているが、蛍光標識の取り込み後、マイクロアレイ用のスキャナで蛍光計測を行うため、基板から溶液を除去するために乾燥させ、1塩基分の蛍光計測を行っている。その後、再び2塩基目についてのSBS反応を基板に試薬を滴下することで再開している。2塩基目の反応が完了したところで、さらに基板を乾燥させ、2塩基目の蛍光信号をスキャナで計測している。これを繰り返すことで蛍光信号を取得し、それより微小反応場に固定された鋳型DNAの塩基配列を26塩基まで精度よく判定できることを示した。
同様に基板上において微小反応場を増幅する工程においても、ウェットな状態であるフローセルの表面をいったん乾燥させても、後段の化学反応に関してなんら問題が発生しないことについて特許文献2に報告されている。特許文献2は基板上でサンプルDNAを増幅する方法について記載している。より具体的には実施例の中でDNAサンプルをフローセル表面に固定した後、フローセル内の試薬をバキュームポンプで吸引し、フローセル流内路を乾燥させる。その後増幅試薬をフローセルに注入し、至適反応温度で一定時間反応を進行させ、さらに増幅試薬をバキュームポンプで吸引する。上述したようにフローセル表面を複数回繰り返してフローセル基板上の増幅反応を達成している。すなわち増幅反応においてもフローセル内流路を乾燥させる工程を経ても、化学反応を進行できることについて報告している。
WO2008/069973 US2013/0225421
次世代シーケンサにおける従来の試薬交換方法はフローセル内の試薬Aを新たな試薬Bに置換するために、フローセル内流路体積の3倍以上の試薬量を必要としていた。このため試薬の消費量が増加し、高コストであった。
本発明の分析装置は、試料の分析に用いるフローセルと、試料を含む試料容器と、試薬を含む試薬容器と、試料及び試薬を流路を介してフローセルへ送液する圧力発生機構を備え、フローセルの上流側の流路上に大気開放部を有している。
本発明により、試薬消費量および試薬コストを低減できる。結果として試薬キットおよび装置サイズを小さくできるという効果をもたらす。
本発明の分析装置の構成を示す図。 図1に示す分析装置のうちフローセル周辺の構成を示す図。 図2に示すフローセルへの送液のステップを説明するための図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図2に示すフローセル周辺の構成の他のバリエーションを示す図。 図11に示すフローセルへの送液のステップを説明するための図。 図11に示すフローセルへの送液のステップを説明するための図。
本発明の第1の実施例として、フローセル内流路を満たす試薬を選択的に気体で置換した後、次の反応に必要となる試薬をフローセル内流路に送液・注入することにより、試薬置換効率を向上させ、試薬量を低減するシーケンス方法について図1を用いて説明する。
フローセル101の下面には微小反応場102が複数配置されている。フローセル101はヒートブロック103に固定される。ヒートブロック103の下面にはペルチェ素子104が配置され、フローセル101の温調を行う。温度制御範囲は10〜80℃である。温度制御はフローセル101上の微小反応場102における反応開始点となるプライマの結合、プライマを足場とした基質の取り込み反応、および反応基質の保護基の切断などの化学反応における温度調節に必要となる。ヒートブロック103内部には温度センサとして測温抵抗体(不図示)が挿入され、温度制御のフィードバックに使用される。ペルチェ素子104に熱伝導シート105を介して接触するヒートシンク106は、ペルチェ素子104の駆動に伴って発生した熱を放熱する。ヒートシンク106の放熱はヒートシンク106に対してファンを用いて空気を送風することにより達成される。さらにフローセル101はXYステージ107に保持されており、フローセル101を対物レンズ130の光軸が垂直に入射する面内について水平に移動することができる。対物レンズ130はZステージ131に固定され、フローセル101表面に固定された複数の微小反応場102にフォーカスを合わせるために上下に移動することができる。対物レンズ130は通常エアーギャップであるが、より高い分解能を達成するためフローセル101と対物レンズ130の間に純水あるいは油を満たす液浸方式を採用することも可能である。
プライマのハイブリダイゼーションを行うための試薬、4種類の蛍光ヌクレオチドを含んだ伸長試薬、蛍光ヌクレオチドの保護基を解離させるための切断試薬、保護基が切断された後の反応基の不要な反応を防止するためのキャップ試薬および洗浄試薬などが試薬カートリッジ112にあらかじめ配置・注入されている。試薬カートリッジ112は試薬ラック111に設置され、約4℃に冷却される。ペルチェ素子118は試薬カートリッジ112内に設置されたヒートブロック114を冷却し、ファン115は試薬ラック111庫内の空気をフィン113に送風する。冷却された空気は試薬ラック111庫内を循環し、間接的に試薬カートリッジ112内に設置された複数の試薬を4℃に冷却する。
試薬カートリッジ112に保持されたそれぞれの試薬ウェルの底まで、シッパーチューブが挿入される。これらのシッパーチューブの先端より試薬を吸引することが可能となる。シッパーチューブは切り替えバルブ116に接続される。切り替えバルブ116で選択し、任意の試薬を流路117に接続することができる。切り替えバルブ116により選択された試薬は流路117を経て、微小反応場102を保持するフローセル101に送液される。試薬を吸引する動力源となるシリンジポンプ126はフローセル101下流に配置される。シリンジポンプ126の上流には三方弁122、下流には二方弁125が配置される。試薬の吸引を行うときは三方弁122を制御して、フローセル101流路とシリンジポンプ126間を接続させ、かつ二方弁125を閉状態にしてシリンジポンプ126を駆動させる。また、試薬を廃棄する場合、三方弁122を閉状態、125を開状態にしてシリンジポンプ126を駆動させ、試薬を廃液タンク127に送液する。この動作により、複数の試薬の送液を1つのシリンジポンプ126で行うことが可能となる。また、廃液タンク127がないと装置庫内に廃液がこぼれ、電気感電、装置の錆び、異臭の発生といった問題が発生する可能性がある。これを回避するためには廃液タンク127を装置内に配置することが必要であり、これを検知するために廃液タンク127の有無を監視するマイクロフォトセンサ129を設置する。さらに安全のため、廃液が漏れた場合のために廃液タンク127の下に液受けトレイ128を設置する。
DNA鎖の伸長反応はそれぞれ異なる蛍光色素でラベルされた4種類のヌクレオチドおよびポリメラーゼをフローセルで反応させることで行う。各ヌクレオチドはそれぞれ FAM-dCTP, Cy3-dATP, Texas Red -dGTP, Cy5-dTTPである。各ヌクレオチドの濃度は200nMである。また、反応液は伸張反応が効率よく行なわれるように塩濃度、マグネシウム濃度およびpHが最適化されている。反応溶液中にはポリメラーゼが含まれており、DNA断片に相補的な蛍光ヌクレオチドが1塩基だけ取り込まれる。2塩基目の伸長が発生しないのは、1塩基目の蛍光色素に2塩基目の色素の伸長を阻害する物質が結合しているからである。1塩基が取り込まれた後、浮遊する蛍光ヌクレオチドを洗浄により除去した後、蛍光計測を行う。なお、以降の最小ユニットの反応を行うために、蛍光計測後、解離溶液により塩基から蛍光色素を切断する工程および伸長阻害物質を切断する工程が必須である。これらの工程により、次の塩基伸長反応の逐次的継続が可能となる。再び蛍光ヌクレオチドをフローセル内に送液し、反応を繰り返すことにより、の逐次的なシーケンスが可能となる。本実施例で採用している反応方式はSequence By Synthesisと呼ばれる。
2つのLED132、133は蛍光色素を励起するための光源である。LED132、133の中央波長はそれぞれ490、595nmである。LED132はFAM−dCTP, Cy3−dATPを、LED133はTexas Red -dGTP, Cy5-dTTPの励起光照射に用いる。ダイクロイックミラー134はLED132、133からの光を同一光軸上に揃える役割を持つ。さらにダイクロイックミラー135により励起光は対物レンズ130の瞳面に入射させられる。対物レンズ130を介して励起光はフローセル101内の微小反応場102に照射される。微小反応場102内に取り込まれた蛍光色素には励起され、等方的に蛍光を発する。等方的に発光した蛍光の一部分は対物レンズ130で集光される。対物レンズ130を経た光は平行光となり、ダイクロイックミラー135およびエミッションフィルタ136を通過し、ダイクロイックミラー137まで直進する。ダイクロイックミラー137は4色の蛍光波長領域について緩やかな反射特性を持つため、色素の蛍光波長に応じて異なる比率で蛍光が透過光と反射光に分割される。ダイクロイックミラー137を透過した蛍光は集光レンズ138を経てCMOSカメラ139のセンサ面に微小反応場の像を結ぶ。同様にダイクロイックミラー137を反射した蛍光は集光レンズ140を経てCMOSカメラ141のセンサ面に微小反応場の像を結ぶ。2つのCMOSカメラに結像する複数の微小反応場を対応付け、蛍光強度比を算出することにより、それぞれの微小反応場に取り込まれた蛍光色素が4色のいずれであるかを特定することが可能となる。
また、一回の蛍光画像の取得で観察できる面積はフローセル101上の微小反応場がある領域の一部であり、具体的には高々1mm角に過ぎない。これは対物レンズの視野数に由来する制約であり、1回の撮像について計測できる微小反応場数の制約ともなる。このため、より広いフローセル101領域を観察するためにXYステージ107を用いる。フローセル101を対物レンズ130の光軸について垂直な面方向に、たとえば1mmピッチで移動させる。1mm離れた視野について再度蛍光検出を行い、これを隣接した視野について繰り返し、フローセル101全域をスキャンできる。これにより多くの微小反応場について蛍光情報、つまり塩基配列情報を取得することができる。フローセル101全面について蛍光計測を行った後、フローセル101に次の一塩基分の伸長反応を行う。具体的にはフローセル101内における微小反応場102内の蛍光色素を切断試薬で切断し、洗浄液でフローセル内を洗浄した後、再度蛍光ヌクレオチドおよびポリメラーゼを含んだ試薬をフローセル内に送液する。化学反応を完了させた後に、再度フローセル101全面について蛍光計測を行う。これら化学反応と蛍光計測を必要な塩基分行うことで計測対象となるDNAの大量の塩基配列解析を取得することが可能となる。
ここまでの説明は蛍光検出を用いたシーケンス方法についてであるが、以下に本実施例の特徴である試薬の置換効率を向上し、試薬量を低減するための装置構成について説明する。より具体的には、試薬送液系のチューブ内のすでに送液した試薬の配置・配列に影響を与えずに、フローセル101流路内の試薬のみを選択的に回収・廃棄するためのバイパス流路152、153を有する。また、バイパス流路と従来の試薬送液系との交点に三方弁121、122を配置する。三方弁121、122はフローセル101の上流および下流に位置する。バイパス流路153の下流にはバキュームポンプ156が接続されており、フローセル101流路内の試薬を気体で置換したいときに稼働する。なお、バイパス流路152の上流側には、気体中の異物の吸引を防止するため、フィルタ151が設置される。バキュームポンプ156により吸引された廃液タンク157へ試薬を廃棄する。試薬送液系と同様に、バイパス流路156についても液漏れを防止するためにマイクロフォトセンサ159および液受けトレイ158を設置する。
次に本発明の第2の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その下流にバキュームポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図2および3を用いて説明する。
複数の試薬301はシッパーチューブ321を介して切り替えバルブ302に接続している。切り替えバルブ302は流路303を介してフローセル304に接続し、さらに下流の流路311に接続する。流路311はシリンジポンプ305に接続し、廃液タンク308へと使用済みの試薬を廃液する。ここで大気開放チューブ310は、異なる試薬の直接接触により発生する試薬間のコンタミを防止するための分節空気を試薬間に挟むためのものである。ここでシリンジポンプ305を用いてフローセル304に試薬301を吸引するためには、二方弁307を閉じ、三方弁306を操作してフローセル304内流路と流路311を接続した状態でシリンジポンプ305を動作させることで陰圧を発生させる。また、使用済みの試薬を廃液タンク308に廃棄する場合は、逆に三方弁306を閉じ、二方弁307を開放した状態でシリンジポンプ305を駆動し、陽圧を発生させることで試薬の廃棄を実現することができる。
上記構成に加え、本実施例では、フローセル304近傍の上流に新たに三方弁309を配置する。さらに二つの三方弁309、306についてバイパス流路314および315を接続し、従来の送液に用いる流路とは別に、バイパス流路を配置し、これを用いてフローセル304を満たしている試薬のみを選択的に気体と置換できるようにする。またバイパス流路314の大気開放端には防塵用のフィルタが装着されている。これによりフローセル304内に対する異物の混入を防止することが可能となる。
ここで特筆すべきは従来の試薬送液流路303に分節空気を介して配置された複数の試薬の状態はそのままで、フローセル304を満たしている試薬のみを選択的に廃棄できるという点である。より具体的な方法について図3を用いて説明する。
図3(a)においてはチューブおよびフローセル401流路内に試薬A406、試薬B402、試薬C405が分節空気403および404を介して配置されている。フローセル401内流路を試薬B402が満たしたときに分節空気403および404が三方弁409および406上に配置するように送液を行う。三方弁409および406は通常の送液を行うための流路の他に、バイパス流路414および415にそれぞれ接続している。
次に具体的にフローセル401流路内の試薬B402を選択的に排出することでフローセル401内の試薬置換率を向上させる方法について説明する。図3(b)において三方弁409および406を切り替えることで、試薬C405および試薬A406が存在する送液用流路と接続していたフローセル401の上流側流路と下流側流路を、バイパス流路414および415に接続する。次に、図3(c)においてバイパス流路415下流に接続されたバキュームポンプを使用することによりフローセル401内の試薬B402を吸引し、試薬Bを回収し、廃棄する。(c)においてフローセル401内流路は完全に空気で置換される。この際に使用するバキュームポンプの液体吸引速度は約4000uL/secである。これはシリンジポンプなどにおける吸引速度である10uL/secと比較して高速かつ大容量であり、また試薬B402吸引後にフローセル401流路底面に残る試薬B402のストリーク(streak)を完全に乾燥させるのに有効である。試薬B402のストリークが残った状態で試薬C405をフローセル401内に送液すると、試薬C405が空気を包み込み、結果としてフローセル401流路内に気泡を発生させる要因となるため、ストリークは可能な限り完全に乾燥させることが望ましい。次に、図3(d)で三方弁409および406を試薬C405および試薬A406が存在する送液用流路に再び接続する。次に(e)の状態で送液用流路下流のあるシリンジポンプ305を用いて試薬A406および試薬C405の吸引を行う。試薬C405は完全に乾燥したフローセル401流路内に浸入し、気泡を噛むことなくフローセル401内を満たす。本実施例の場合に置換前に存在していた試薬B402は完全に吸引されているため、試薬B402の試薬C405へのコンタミネーションは発生しない。従来フローセルにおける試薬の置換には、液体と液体の接触が発生していた。しかしながらフローセル内における流体の挙動は層流であり、2つの異なる液体間の置換が極めて混ざりにくいことがわかっている。しかも本実施例では反応が進行する微小反応場は基板表面に固定されているため、特に試薬置換の効率が悪かった。このため、従来ではフローセル内流路における試薬置換では通常経験的にフローセル内容量の少なくとも3倍量の試薬量を持って試薬置換が行われている。一般に試薬の置換に必要な送液量を解析的に算出することはきわめて難しい。これは、フローセルの形状(流路の幅、長さ、高さ)や、用いる試薬の粘性や表面張力、さらに送液時の流体の速度、温度条件などにも依存するためである。したがって実際にはそれぞれ固有の系で試薬置換に必要な液量を実験的に見積もることが必要であり、経験的にはこれに必要とされる試薬置換量は3倍以上とされている。
結果として、フローセル容量が10uLである場合、従来方では試薬の置換に60uL(=10+10+30+10uL)必要であるのに対して、本実施例ではこれを半分の30uL(=10+10+10uL)まで低減できる。一方、フローセル容量が10uLより大きくなるに従い、試薬消費量の低減効果は1/4に漸近する。
本実施例で述べた、フローセル流路の近傍にバイパス流路を設け、それを介してフローセル内流路の試薬のみを選択的に気体で置換することができれば、フローセル表面の試薬置換が進行しにくいフローセル表面の試薬も気体で置換することが可能となる。その後に改めて次の反応に必要となる試薬を実質的にフローセル内流路の液量分送液すればよい。結果として試薬置換に必要となる試薬量を低減することが可能となる。
なお、フローセル流路表面の化学処理状態にも依存するが、表面の化学修飾へのダメージを考慮し、バキュームポンプによる吸引は35KPa未満で吸引することが望ましい。また、フローセル流路内に試薬の液滴を残さないためにも本実施例で報告したようにフローセル流路の下流に陰圧を発生できる圧力発生装置を配置し、試薬を吸引することが望ましい。逆にフローセル流路の上流側に圧力発生装置を配置し、陽圧をフローセル流路に対してかける場合、フローセル流路内の試薬が割れ、液滴状態となってフローセル流路表面に残るという問題も発生し得る。
また、対物レンズを介した光学検出系でフローセル流路内の乾燥状態をモニタし、確認することもできる。具体的には残存試薬の散乱像によりこれを確認することができる。また、検出感度を向上させるために、シーケンシングに用いる4種類の蛍光色素とは励起および検出波長が異なる蛍光色素を試薬内にあらかじめ溶解させることでより確実にフローセル上における試薬から気体への置換状態をモニタすることが可能となる。また、試薬の乾燥を早めるためにフローセルを固定するヒートブロックの温度を35から65℃の範囲内で加熱することもできる。
次に本発明の第3の実施例として、フローセル近傍の上流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その下流に従来の試薬送液用に配置されるシリンジポンプを用いることで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図4を用いて説明する。
複数の試薬501はシッパーチューブ509を介して切り替えバルブ502に接続している。切り替えバルブ502は流路503を介してフローセル504に接続し、さらに下流の流路511に接続する。流路511はシリンジポンプ505に接続し、廃液タンク508へと使用済みの試薬を廃液する。ここで大気開放チューブ521は、異なる試薬の直接接触により発生する試薬間のコンタミを防止するための分節空気を試薬間に挟むためのものである。またシリンジポンプ502を用いてフローセル504に試薬501を吸引させるためには、二方弁507を閉じ、二方弁506を開放し、かつ三方弁509が流路503とフローセル504内流路を接続した状態で、シリンジポンプ505を動作させることで陰圧を発生させる。また、使用済みの試薬を廃液タンク508に廃棄する場合は、逆に二方弁506を閉じ、二方弁507を開放し、シリンジポンプ505で陽圧を発生させることで試薬の廃棄を実現することができる。ここで三方弁509はフローセル504の近傍に配置され、通常の送液用流路503とバイパス流路514を接続し、自在に切り替えを行うことができる。いま、フローセル504流路内に高価な試薬Aが満たされている。また、高価な試薬Bが試薬Aと分節空気を介して流路503中に滞留している。次にフローセル504内流路の試薬を試薬Aから試薬Bへの置換することによりフローセル504内の流路底面に固定された微小反応場における化学反応を進行させることが可能となる。このときに三方弁509を操作して、フローセル504内流路とバイパス流路514とを接続することで、フローセル504上流を大気開放とすることができる。この状態で二方弁506および507を開放し、シリンジポンプ505を吸引することによりフローセル504内の試薬Aを気体、具体的には空気で置換することが可能となる。フローセル504流路内を空気で置換した後、三方弁509を切り替えることで送液用流路503とフローセル504内流路を接続し、シリンジポンプをさらに駆動することによりフローセル504内流路に試薬Bを導入することができる。フローセル504底面の表面にある微小反応場の試薬Aは完全に空気で置換されているため、試薬Bは試薬Aとのコンタミネーションや試薬Bの濃度低下など反応に支障をもたらす要因を排除した形でフローセル504流路内に試薬Bを供給することが可能となる。特筆すべき効果は試薬Bの供給量をフローセル504流路内の溶液保持ボリュームに装置の送液誤差量を加えた分まで試薬Bの量を低減できるという効果である。従来法ではフローセル504内の試薬は層流としてふるまうため、試薬Aと試薬Bの置換が円滑に進行しない。このため一般に試薬の置換には、送液誤差量×2+フローセル504流路内の試薬保持ボリューム×4の試薬量(フローセル容量が10uLであるときは(60uL=10×2uL+10×4uL)が必要であったが、本実施例では送液誤差量×2+フローセル504流路内の試薬保持ボリューム×1の試薬量まで低減することができる。さらに本実施例の特徴は、実施例2で説明した従来の構成に三方弁509、バイパス流路514および防塵用のフィルタ510を付加しただけの簡便で安価な装置構成で試薬量の低減を達成できる。
次に本発明の第4の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その下流にシリンジポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図5を用いて説明する。
本実施例は実施例2における図2で説明した装置構成に類似した構成を持つ。具体的にはバイパス流路下流に配置した圧力発生装置について実施例2ではバキュームポンプを採用しているのに対して、本実施例(図5)ではシリンジポンプ615を採用している。より具体的には複数の試薬601はシッパーチューブ609を介して切り替えバルブ602に接続している。切り替えバルブ602は流路603を介してフローセル604に接続し、さらに下流の流路611に接続する。流路611はシリンジポンプ605に接続し、廃液タンク608へと使用済みの試薬を廃液する。ここで大気開放チューブ621は、異なる試薬の直接接触により発生する試薬間のコンタミを防止するための分節空気を試薬間に挟むためのものである。ここでシリンジポンプ605を用いてはフローセル604に試薬601を吸引させるためには、二方弁607を開放し、三方弁606をフローセル604内流路に接続した状態でシリンジポンプ605を動作させることで陰圧を発生させる。また、使用済みの試薬を廃液タンク608に廃棄する場合は、逆に三方弁606を閉じ、二方弁607を開放し、シリンジポンプ305で陽圧を発生させることで試薬の廃棄を実現することができる。
次に流路603内に分節空気を介して隣接した複数の試薬の配列状態を維持したまま、フローセル604内の試薬のみ廃棄し、フローセル604内を空気で置換する方法について以下に説明する。三方弁609を操作し、バイパス流路614とフローセル604内流路を接続する。同様に三方弁606を操作し、フローセル604内流路とバイパス流路616とを接続する。二方弁612を閉じた状態でシリンジポンプ615を吸引することでバイパス流路616内を陰圧にし、フローセル604内の試薬を選択的に吸引し、回収することができる。これによりフローセル604内の流路は空気で置換され、乾燥状態となる。なお、空気はフィルタ610を介して吸引されるため、フローセル604に空気中に浮遊する異物が混入することはない。次に三方弁609および606を操作し、流路603とフローセル604内流路、フローセル604内流路と流路611をそれぞれ接続する。二方弁607を閉じた状態でシリンジポンプ605を駆動することにより、流路603にあらかじめすでに配置されていた試薬を、乾燥状態となったフローセル604内流路に吸引することができる。乾燥状態となっているフローセル604上では表面に試薬の置換を妨げる前試薬が残存していないため、試薬の置換を効率よく行うことが可能となる。
次に本発明の第5の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その上流にバキュームポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図6を用いて説明する。
本実施例は実施例2における図2で説明した装置構成に類似した構成を持つ。具体的には実施例2ではバイパス流路下流にバキュームポンプを配置しているが、本実施例ではバイパス流路上流にバキュームポンプを配置している。
実施例2における図2で説明した装置と同様に、複数の試薬701はシッパーチューブ709を介して切り替えバルブ702に接続している。切り替えバルブ702は流路703を介してフローセル704に接続し、さらに下流の流路711に接続する。流路711はシリンジポンプ705に接続し、廃液タンク708へと使用済みの試薬を廃液する。ここで大気開放チューブ721は、異なる試薬の直接接触により発生する試薬間のコンタミを防止するための分節空気を試薬間に挟むためのものである。またシリンジポンプ707を用いてフローセル704に試薬701を吸引させるためには、二方弁707を閉じ、三方弁706を操作してフローセル704内流路と流路711を接続詞、同様に三方弁709を操作して流路703とフローセル704内流路を接続し、シリンジポンプ705を動作させることで陰圧を発生させる。また、使用済みの試薬を廃液タンク708に廃棄する場合は、逆に三方弁706を閉じ、二方弁707を開放し、シリンジポンプ705で陽圧を発生させることで試薬の廃棄を実現することができる。ここで三方弁709はフローセル704の近傍に配置され、通常の送液用流路703とバイパス流路714を接続し、自在に切り替えを行うことができる。同様に三方弁706はフローセル704の近傍に配置され、通常のフローセル704内流路と送液用流路711あるいはバイパス流路716との接続を操作することができる。いま、フローセル704流路内に高価な試薬Aが満たされている。また、高価な試薬Bが試薬Aと分節空気を介して流路703中に滞留している。次にフローセル704内流路の試薬を試薬Aから試薬Bへの置換することによりフローセル704内の流路底面に固定された微小反応場における化学反応を進行させることが可能となる。このときに三方弁709を操作して、フローセル704内流路とバイパス流路714とを接続することで、フローセル704上流を大気開放とすることができる。同様に三方弁706を操作し、フローセル704内流路とバイパス流路716を接続する。このバキュームポンプ760を駆動させることによりフローセル704内の試薬Aを気体、具体的には空気で置換することが可能となる。フローセル704流路内を空気で置換した後、三方便709、706を切り替えることで送液用流路703とフローセル704内流路および流路711とフローセル704内流路を接続し、シリンジポンプ705をさらに駆動することによりフローセル704内流路に試薬Bを導入することができる。フローセル704底面の表面にある微小反応場の試薬Aは完全に空気で置換されているため、試薬Bは試薬Aとのコンタミネーションや試薬Bの濃度低下など反応に支障をもたらす要因を排除した形でフローセル704流路内に試薬Bを供給することが可能となる。特筆すべき効果は試薬Bの供給量をフローセル704流路内の溶液保持ボリュームに装置の送液誤差量を加えた分まで試薬Bの量を低減できるという効果である。従来法ではフローセル704内の試薬は層流としてふるまうため、試薬Aと試薬Bの置換が円滑に進行しない。このため一般に試薬の置換には、送液誤差量×2+フローセル704流路内の試薬保持ボリューム×4の試薬量(フローセル容量が10uLであるときは(60uL=10×2uL+10×4uL)が必要であったが、本実施例では送液誤差量×2+フローセル704流路内の試薬保持ボリューム×1の試薬量まで低減することができる。
次に本発明の第6の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その上流にシリンジポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図7を用いて説明する。
本実施例は実施例2における図2で説明した装置構成に類似した構成を持つ。具体的には実施例2ではバイパス流路下流にバキュームポンプを配置しているが、本実施例ではバイパス流路上流にシリンジポンプを配置している。本実施例を用いることで、フローセル804内流路の試薬を選択的に空気で置換し、流路803に配置した試薬をフローセル804内流路に送液することで、フローセル804流路内においてより少ない試薬量で試薬置換を行うことが可能となる。
次に本発明の第7の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その上流にバキュームポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図8を用いて説明する。
本実施例は実施例3における図4で説明した装置構成に類似した構成を持つ。具体的には実施例3では上流のバイパス流路に圧力発生機構を配置していないが、本実施例ではフローセル904近傍に三方弁909と二方弁906を配置する。また、三方弁909に接続するバイパス流路912、およびバイパス流路912の上流にバキュームポンプ910を配置する。これにより積極的にフローセル904内流路の試薬を気体で置換できる構成を実現している。
次に本発明の第8の実施例として、フローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置することで、バイパス流路を形成し、その下流にバキュームポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図9を用いて説明する。
本実施例は実施例2における図2で説明した装置構成に類似した構成を持つ。具体的には実施例2では試薬201に対してシッパーチューブ209を浸し、切り替えバルブ309を駆動することにより流路303に吸引する試薬の種類を決定している。本実施例ではこれに代わってノズル1021により試薬を吸引・送液する方法を採用している。
より具体的には試薬カートリッジ1001は複数の試薬1002を保持できる構造となっている。試薬カートリッジ1001はその円周方向に複数の試薬1002を配置し、モーターにより円周方向に回転することができる。ノズル1021はモーターによりZ方向に駆動することができる。したがってノズル1021は複数の異なる試薬1002にアクセスでき、流路下流のシリンジポンプ1005を介して任意の試薬1002を流路1022に吸引・送液することが可能である。異なる組成の試薬1021を吸引する場合はノズル1021外壁に付着した試薬1002を異なる試薬1002へと持ち込んでしまうコンタミネーションの発生が懸念される。このため、複数の洗浄槽1023、1024を試薬カートリッジ1001に配置し、ノズル1021を洗浄槽に複数回浸すことにより、異なる試薬1002に対する前試薬の持ち込み量を0.1%以下にすることが可能である。結果として試薬1002間のコンタミネーションは分析性能に影響を与えない濃度まで低減することができる。また、送液中における流路1022内の異なる試薬1002間の接触を回避するために分節空気を試薬の間に挟むことができる。より具体的にはノズル1021を空中に保持した状態で、任意の量の空気を吸い込み、その後異なる試薬1002を吸引する。これにより、実施例2と同様の送液機能を、本実施例の構成で実現することができる。
さらに実施例2における図2で説明した装置と同様に、ノズル1021以降の流路1022はフローセル1004内流路に接続する。フローセル1004内流路はさらに下流の流路1021に接続する。流路1021はシリンジポンプ1005に接続し、廃液タンク1008へと使用済みの試薬1002を廃液することができる。シリンジポンプ1005を用いてフローセル1004に試薬1002を吸引するためには、ノズル1021を試薬1002内に接触させ、かつ三方弁1009を駆動させることで、流路1022とフローセル1004内流路を接続し、さらに三方弁1006を駆動することでフローセル1004内流路と流路1021を接続し、かつ二方弁1007を閉じた状態にする。この状態でシリンジポンプ1005を動作させることで陰圧を発生することで試薬1002を吸引することができる。また、使用済みの試薬1002を廃液タンク1008に廃棄する場合は、逆に三方弁1006を閉じ、二方弁1007を開放した状態で、シリンジポンプ1005で陽圧を発生させることで使用済みの試薬1002の廃棄を実現することができる。
流路1022に分節空気を介して送液・配列させた複数の試薬の状態に変更を加えず、フローセル1004内流路にある試薬のみを選択的に回収・廃棄するためには以下の方法を用いる。すなわちフローセル1004内の試薬は分節空気により隣接する試薬と仕切られている。フローセル1004内流路に試薬が滞留しているときには、試薬の両端に隣接した分節空気はそれぞれ流路の分岐点である三方弁1009および三方弁1006に滞留している。上記の状態で三方弁1009を駆動してバイパス流路1014とフローセル1004内流路とを接続し、さらに三方弁1006を駆動してバイパス流路1013とフローセル1004内流路とを接続する。この状態でバイパス流路1013の下流に配置したバキュームポンプ1011を駆動することで、流路1022にすでにあらかじめ吸引・送液されている複数の試薬1002の配列状態に変更を加えず、フローセル1004内試薬のみを選択的に吸引・回収ことができる。回収された試薬は廃液タンク1012に廃棄される。なお、フローセル1004内流路はいったん完全に気体で置換される。その後、三方弁1009を駆動して流路1022とフローセル1004内流路とを再度接続し、さらに三方弁1006を駆動して流路1021とフローセル1004内流路とを再度接続する。かつ二方弁1007を閉じた状態でシリンジポンプ1005を駆動することによりフローセル1004内流路に新たな試薬を導入することができる。フローセル1004底面の表面にある微小反応場は完全に空気で置換されているため、新たな試薬は前試薬とのコンタミネーションあるいは新たな試薬の濃度低下など反応に支障をもたらす要因を排除した形でフローセル1004流路内に新たな試薬を供給することが可能となる。特筆すべき効果は新たな試薬の供給量をフローセル1004流路内の溶液保持ボリュームに装置の送液誤差量を加えた分まであらたな試薬の量を低減できるという効果である。従来法ではフローセル1004内の試薬は層流としてふるまうため、古い試薬と新たな試薬の置換が円滑に進行しない。このため一般に試薬の置換には、送液誤差量×2+フローセル1004流路内の試薬保持ボリューム×4の試薬量(フローセル容量が10uLであるときは(60uL=10×2uL+10×4uL)が必要であったが、本実施例では送液誤差量×2+フローセル1004流路内の試薬保持ボリューム×1の試薬量まで低減することができる。
本実施例を生化学自動分析装置、免疫自動分析装置に適用することも可能である。特に免疫自動分析装置は、生体サンプル中の抗原を、抗原・抗体反応を利用して検出するものである。例えば、小型の反応容器中で蛍光分子あるいは錯体などの標識をつけた固体をサンプル中の抗原と反応させ、マイクロメートルオーダーの磁性粒子懸濁液を加えて混合し、反応物を粒子表面に保持する。次に前記反応液を検出用の流路に吸引し、流路途中に設けたフローセルに磁石を近接し、フローセル内面の検出位置の粒子を洗い流して下流側の廃液タンクに排出する。フローセル内の試薬を置換する場合、試薬間に分節空気を吸引し、前後の試薬が相互に混合しないようにしている。現状の免疫自動分析装置においてもフローセル内の試薬置換にはフローセル容量の3倍以上の試薬量を必要としているが、本実施例で説明したバイパス流路を設け、フローセル内の試薬を選択的に置換することにより試薬量を低減することができる。
次に本発明の第9の実施例として、ノズルを用いたダイレクトインジェクション方式によりフローセルに直接試薬を注入し、フローセル近傍の下流に切り替えバルブを配置し、バイパス流路を形成し、その下流にバキュームポンプを配置することで試薬置換効率を向上させる装置および方法について図10を用いて説明する。
試薬カートリッジ1301は複数の試薬1302を保持できる構造となっている。試薬カートリッジ1301はその円周方向に複数の試薬1302を配置し、モーターにより円周方向に回転することができる。本実施例ではダイレクトインジェクション方式を採用する。ダイレクトインジェクション方式とは、ノズル1321を直接フローセル1304の試薬注入口1310に挿入することで試薬1302をフローセル1304流路内に注入する方式のことである。ノズル1321はモーターにより上下方向に駆動することができる。また、ノズル1321は回転機構1314により水平方向に移動することができる。この上下および回転運動により、ノズル1321は試薬カートリッジ1301の試薬1302とフローセル1304の注入口1310の間を移動することで、任意の試薬1302をフローセル1303の注入口1310に注入することができる。また、異なる組成の試薬1302を吸引する場合はノズル1321外壁に付着した試薬1302を異なる試薬1302へと持ち込んでしまうコンタミネーションの発生が懸念される。このため、複数の洗浄槽1323、1324を試薬カートリッジ1301に配置し、ノズル1321を洗浄槽に複数回浸すことにより、異なる試薬1302に対する前試薬の持ち込み量を0.1%以下にすることが可能である。結果として試薬1302間のコンタミネーションは分析性能に影響を与えない濃度まで低減することができる。
さらに二方弁1323の開閉を操作することでノズル1321による試薬1302の吸引・吐出を行うことができる。また、シリンジポンプ1305はポンプ1309が駆動してシステム水を継続的に循環させる流路1322に接続している。システム水を用いることによりノズル流路内を純水で満たすことができるため、弾性体である気体によるダンパの影響を排除し、高い吸引精度、吸引再現性を達成することができる。また、ノズル内部の洗浄を簡便に行うことが可能となり、試薬1302吸引時に発生する可能性があるコンタミを防止することができる。フローセル1304流路内に挿入された試薬1302は、試薬コストに応じて流路1316あるいは流路1307に廃棄される。試薬1302が高価な場合、三方弁1306を操作してフローセル内流路1304と流路1316を接続する。この状態でバキュームポンプ1311を駆動することによりフローセル1304内流路を満たしている試薬1302を空気で選択的に置換することが可能となる。また、安価な試薬である場合、三方弁1306を用いてフローセル1304内流路と流路1307を接続する。この場合ノズル1321より安価な試薬を注入口1310より注入し、フローセル1304内流路における試薬置換を達成することができる。なお、ノズル1321の吐出速度は高々10uL/sec度であるのに対して、バキュームポンプ1311の液体および気体吸引速度は約4000uL/secである。したがってノズル1321と比較してバキュームポンプ1316を介した試薬置換のほうが高速であり、かつフローセル1304表面を液滴などの残留物なく、さらに完全に乾燥させることができるため、より高い試薬置換効率を達成することが可能となる。つまり、バキュームポンプ1316を用いることにより、試薬消費量、特に高価な試薬の消費量を低減することが可能となる。
本実施例の特に有効な点は、フローセル1304流路より上流の流路に付着する微量サンプルのコンタミを回避できる点である。従来チューブなどの流路を介してサンプルDNAをフローセル1304上に送液し、増幅反応をフローセル1304上で行う場合、サンプルDNAが流路壁面内に吸着してしまう問題があった。これが次の新規計測を行う場合にコンタミとしてフローセル1304流路内に送液され、増幅されてしまい、深刻なノイズとなる。これを計測毎の流路洗浄によって除去するためのプロトコルが開発されてきたが、本問題は依然として深刻な問題として計測者を悩ましている。このコンタミの問題について、従来の切り替えバルブを用いる方式であると、フローセルまでの流路が少なくとも300mm以上と長くなる。また、シッパーチューブをサンプルDNA溶液内に計測時間中に挿入する必要があるが、これを消耗品として計測毎の交換が困難であるため、コンタミの原因ともなっている。本実施例ではノズル1321近傍の短い流路系のみを介してサンプルを送液するため、コンタミを極めて少なく抑えることが可能となる。またサンプルDNAおよび試薬吸引後には直ちにそれらをシステム水で排出するノズル内洗動作も加わるため、コンタミを極めて少なく保つことができる。また、洗浄についてもノズル1321近傍の流路に限定して行えばよいため、前サンプルの残存により発生する増幅ノイズを低減することが可能となる。また、従来の流路が樹脂製のチューブであるのに対して、ノズルは金属製であるため、計測終了後のメンテナンス時の洗浄において、より強度の高い洗浄、例えばより強いアルカリ洗浄などを適用することができる。
次に本発明の第10の実施例としてフローセル近傍の上流および下流に切り替えバルブを配置し、フローセル流路と試薬を循環することができるバイパス流路を形成し、かつ下流にシリンジポンプを配置することで試薬置換効率を向上し、試薬を再利用できる装置および方法について図11、12A、12Bを用いて説明する。
本実施例は実施例8における図9で説明した装置構成に類似した構成を持つ。図11で示されるように本実施例に特徴的な点は、フローセル1106内流路に対して試薬を循環できるバイパス流路を形成している点である。この循環バイパス流路は流路1122、1118、1123から構成される。この循環バイパス流路はいったんフローセル1106内で反応が完了した試薬を選択的に廃棄するのみならず再利用するために使用される。
より具体的な動作について図12A,12Bを用いて説明する。図12A(a)において灰色で示される試薬はフローセル1251内流路で微小反応場に対する反応を完了する。このとき試薬内に含有される反応成分、具体的には4種類の蛍光ヌクレオチド、塩基伸長を促進する酵素であるポリメラーゼ、あるいは増幅反応に必要となるポリメラーゼ、プライマ、ヌクレオチドなどの濃度は初期状態の99%以上を反応後も保持している。いま三方弁1221はフローセル1251内流路および流路1228を接続し、三方弁1222は流路1228と1229とを接続している。また、二方弁1211は閉じた状態である。次に図12A(b)でシリンジポンプ1212を吸引する。すると発生した陰圧により、試薬は流路1229内へと移動する。次に図12A(c)において三方弁1222を操作し、流路1229と流路1226を接続する。また、三方弁1223を操作し、流路1225と流路1226とを接続する。流路1225は大気開放されており、したがって流路1225を介して空気の流入が可能である。この状態でシリンジポンプ1213を押し込むことで陽圧を発生させ、試薬を流路1226へと送液することが可能となる。次に図12B(d)において三方弁1223を操作し、流路1226と流路1227を接続する。同様に三方弁1224を介して、流路1227とフローセル1251内流路とが接続している。さらに三方弁1221を操作し、フローセル1251内流路と流路1252とを接続する。また、二方弁1210を閉じる。この状態でシリンジポンプ1212を吸引することにより、試薬をふたたびフローセル1251内流路に送液することができる。(b)〜(c)に示されるように、いったん試薬を流路1226に迂回させている間は、通常の流路を介して反応を滞りなく進めることができる。再度流路1226に滞留させた試薬を使用する場合には図12B(d)の手続きを踏み、試薬を再利用することが可能となる。この再利用は原理的に基質濃度がある基準以下に低減するまで繰り返すことが可能である。この方法を用いることにより、試薬の消費量を低減することが可能となる。
最終的に試薬を廃棄する場合には、図12B(e)に示されるように三方弁1224を操作し、従来の送液流路1253とフローセル1251内流路とを接続する。さらにフローセル1251内流路と流路1252とを接続した状態でシリンジポンプ1212を吸引する。これにより試薬を流路1252へと吸引し、同様に黒色で示される新規試薬をフローセル1251内流路に導入することが可能となる。
101、204、210、304、401、504、604、754、804、904、1004、1106、1251、1304 フローセル
102 微小反応場
103 ヒートブロック
104 ペルチェ素子
105 熱伝導シート
106 ヒートシンク
107 XYステージ
130 対物レンズ
112、1001、1101、1301 試薬カートリッジ
113 フィン
116、202,302、502、602、702、802、902 切り替えバルブ
117、203、211、303、311、503、511、603、614、611、616、703、714、716、711、803、814、811、903、912、911、1022、1014、1021、1013、1124、1116、1118、1125、1121、1322、1307、1226、1227、1228、1229、1229、1252、1253 流路
126,205、305、505、605、615、705、805、810、905、1005、1212、1213 シリンジポンプ
121、122 、306、309、509、606、609、706、709、806、809、906、909、1006、1009、1106、1107、1109、1116、1221、1222、1223、1224 三方弁
125、206、207、307、506、507、607、612、707、807、812、907、1007、1110、1111、1210、1211 二方弁
127、208、308、508、608、621、708、761、808、811、908、1008、1012、1114、1115、1214、1215、1308、1312 廃液タンク
129、159 マイクロフォトセンサ
128、158 液受けトレイ
132、133 LED
134、135、137 ダイクロイックミラー
136 エミッションフィルタ
138、140 集光レンズ
139、141 CMOSカメラ
152、153、314、315、514 バイパス流路
156、316、760、910、1011、1311 バキュームポンプ
201、221、222、223、224、225、230、226、301、402、405、406、501 試薬
209、321、509、609、709、809、909 シッパーチューブ
210、310、521 大気開放チューブ
151、313、510 フィルタ
231、232、233、234、235、236、403、404 分節空気
222、223、224 流体部
1310 注入口

Claims (6)

  1. 試料の分析に用いるフローセルと、試料を含む試料容器と、試薬を含む試薬容器と、試料及び試薬を流路を介してフローセルへ送液する圧力発生機構を備え、
    フローセルの上流側の流路上に大気開放部を有し、
    フローセルの下流側には流路を分岐する分岐部が設けられ、前記分岐部により分岐された流路の一方には前記圧力発生機構が備えられ、他方には第2の圧力発生機構を備え、
    分節空気を試薬間に挟み試薬を送液し、
    前記フローセルを固定するヒートブロックをさらに備え、
    前記圧力発生機構が前記フローセルを乾燥させるときに前記ヒートブロックが加熱されることを特徴とする、分析装置。
  2. 請求項1において、
    前記フローセルの乾燥状態をモニタする光学検出部をさらに備える、分析装置。
  3. 請求項1において、
    フローセルの下流側から上流側へ循環する循環流路をさらに備え、前記循環流路を介して試薬を再利用する、分析装置。
  4. 請求項において、
    前記循環流路の一方は、前記分岐部と前記第2の圧力発生機構との間に設けられる三方弁に接続され、
    前記三方弁が前記分岐部と前記第2の圧力発生機構とを接続しているときに前記第2の圧力発生機構によって吸引された試薬が再利用される、分析装置。
  5. 請求項において、
    前記循環流路の他方は、前記フローセルの上流側に設けられる合流部に接続され、
    前記三方弁と前記合流部との間には、前記大気開放部が接続される第2の三方弁が設けられ、
    前記第2の三方弁が前記大気開放部と前記合流部とを接続しているときに流入する空気によって、再利用される試薬が分節される、分析装置。
  6. 請求項において、
    再利用される試薬が前記循環流路に滞留する間に、前記フローセルは新たな試薬と試料との反応を進める、分析装置。
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