JP6262868B2 - テブコナゾール、メフェナセット及びイナベンフィドに特異的に結合できる核酸アプタマー及びその用途 - Google Patents
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Description
本発明の詳細な説明などにおいて使用される主な用語の定義は、下記の通りである。
アプタマー T1:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCAGCGTCCACGAGTGTGGTGTGGATCCGAGCTCCACGAT-3'(配列番号3)
アプタマー T3:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTGTGGTGCGAGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号4)
アプタマー T4:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTGTGGTGGAGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号5)
アプタマー T10:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCGAGTCATGTACCGTCCCTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号6)
アプタマー Tn1:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTGTGGGCGAGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号7)
アプタマー Tn3:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCGTGTCAATAATGGTCCTCTGGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号8)
アプタマー Tc2:5'-CACGTGGAGCTCGGATCCACGCGCAGTGGGACCAACCCAAGCCGTGGCCTGCCGGGGGGCTAGCGAATTCCGTACG-3'(配列番号9)
アプタマー Tc3:5'-CACGTGGAGCTCGGATCCACACAACACTCGCACCACAACCGGGCACCAGCGTCAACGTGCTAGCGAATTCCGTACG-3'(配列番号10)
アプタマー i11:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTTGGTGCGAGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号11)
*アプタマー i13:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTGTGGGTGCGAGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号12)
アプタマー i18:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCACGTTGACGCTGGTGCCCGGTTGTGGTGCGGGTGTTGTGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号 13)
アプタマー MBA:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCCCCCCGGCAGGCCACGGCTTGGGTTGGTCCCACTGCGCGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号14)
アプタマー T2:5'-CGTACGGAATTCGCTAGCCCCCCGGCAGGCCACGGCTTGGGTTGGTCCCTCTGCGCGTGGATCCGAGCTCCACGTG-3'(配列番号15)
a)両端にPCR用プライマー領域を含み中央に30〜50個の任意の塩基を持つ一本鎖核酸プール(pool)とターゲット物質またはカウンターターゲット物質を緩衝溶液で混合して常温で結合を誘導する段階;
b)前記混合液とグラフェンを反応させてターゲット物質と結合したまたはカウンターターゲット物質に結合しない一本鎖核酸を除去する段階;
c)前記段階で得られたターゲット物質に特異的に結合する一本鎖核酸に対して前記PCR用プライマー領域を利用してPCRを行って増幅させる段階;
d)前記ターゲット物質に特異的に結合する一本鎖核酸に対してターゲット物質とカウンターターゲット物質を利用してグラフェン基盤選別(selection)及びカウンター選別(counterselection)する過程を繰り返し行う段階;及び
e)前記グラフェン基盤カウンター選別段階でカウンターターゲット物質に結合するターゲット非特異的な一本鎖核酸を除去し、グラフェンに結合されたターゲット特異的な一本鎖核酸に対してターゲットによる配座変位(Conformational change)を誘発させてグラフェンからターゲット特異的なアプタマーを分離する段階。
本発明のアプタマーは、テブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドに対する結合性、安定性などを高めるために、各ヌクレオチドの糖残基(例、リボースやデオキシリボース)が修飾されたものを使うことができる。糖残基において修飾される部位は、例えば糖残基の2’部位、3’部位及び/または4’部位の酸素源者を他の原子で置き換えたもの等が挙げられる。修飾の種類としては、例えばフルオロ化、O−アルキル化(例、O−メチル化、O−エチル化)、O−アリル化、S−アルキル化(例、S−メチル化、S−エチル化)、S−アリル化、アミノ化(例、−NH)が挙げられる。このような糖残基の変形は、公示の方法によって自ら行うことができる(例えば、Sproatet al.,(1991) Nucle.Acid.Res.19,733−738;Cotton et al.,(1991) Nucl.Acid.Res.19,2629−2635;Hobbs et al.,(1973) Biochemistry 12,5138−5145参照)。
テブコナゾール、メフェナセットまたはイナベンフィドに特異的に結合する前記アプタマーを含有する検出用センサーは、キット(kit)の形態で提供されてもよい。
56mer DNA poolとして両端にPCRのためのプライマー領域(primer region)があり、中央に任意の塩基を持つDNA poolを以下のような方法で合成した。本発明に使用されたDNA poolは、Genotech Inc.Koreaに化学的に合成を依頼した。
CGTACGGAATTCGCTAGC-random region-GGATCCGAGCTCCACGTG
配列番号1:CGTACGGAATTCGCTAGC
配列番号2:GGATCCGAGCTCCACGTG
ランダムDNA poolをカウンターターゲット[ペンシキュロン(pencycuron)、ブタクロ(Butachlor)]とバッファー溶液(20mM Tris−Cl buffer、pH7.6 contained 100mM NaCl、2mM MgCl2、5mM KCl、1mM CaCl2、0.02% Tween 20、10% MeOH)に入れて混合して30分間常温で反応させた後、カウンターターゲットと結合しなかったDNAを確保するために前記の混合液とグラフェンオキシド溶液を30分間常温で反応させる。この時、カウンターターゲットと結合しなかった一本鎖DNAは、グラフェンの表面にπ−スタッキングを介して強力に吸着するようになる。遠心分離によりカウンターターゲットと結合したDNAを除去する。テブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドに特異的に結合するDNAを確保するために、グラフェンマンだけある上チューブにテブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドを添加した後、30分間常温で反応させることで、配座変化(Conformational change)を誘発させて、グラフェンからターゲット特異的なアプタマーを分離した後、エタノール沈殿法でターゲット特異的DNAを確保した。このように得られたテブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドに特異的に結合するDNAの量を測定した。
実施例2で得られたDNA poolをカウンターターゲット[ペンシキュロン(pencycuron)、ブタクロ(Butachlor)、メフェナセット(Mefenacet)、イナベンフィド(Inabenfide)]とバッファー溶液(20m MTris−Cl buffer、pH7.6 contained 100mM NaCl、2mM MgCl2、5mM KCl、1mM CaCl2、0.02% Tween 20、10% MeOH)に入れて混合して30分間常温で反応させた後、カウンターターゲットと結合しなかったDNAを確保するために前記の混合液とグラフェンオキシド溶液を30分間常温で反応させる。この時、カウンターターゲットと結合しなかった一本鎖DNAは、グラフェンの表面にπ−スタッキングを介して強力に吸着するようになる。遠心分離によりカウンターターゲットと結合したDNAを除去する。テブコナゾールに特異的に結合するDNAを確保するために、グラフェンだけある上チューブにテブコナゾールを添加した後、30分間常温で反応させることで、配座変化(Conformational change)を誘発させて、グラフェンからターゲット特異的なアプタマーを分離した後、エタノール沈殿法でターゲット特異的DNAを確保した。このように得られたテブコナゾールに特異的に結合するDNAの量を測定した。図2では各選別段階(selection round)で得られたテブコナゾールに結合するDNAの量が増加していることを示す。
実施例2で合成されたランダムDNA poolをカウンターターゲット[ペンシキュロン(pencycuron)、ブタクロ(Butachlor)、テブコナゾール(Tebuconazole)、イナベンフィド(Inabenfide)]とバッファー溶液(20m MTris−Cl buffer、pH7.6 contained 100mM NaCl、2mM MgCl2、5mM KCl、1mM CaCl2、0.02% Tween 20、10% MeOH)に入れて混合して30分間常温で反応させた後、カウンターターゲットと結合しなかったDNAを確保するために、前記の混合液とグラフェンオキシド溶液を30分間常温で反応させる。この時、カウンターターゲットと結合しなかった一本鎖DNAは、グラフェンの表面にπ−スタッキングを介して強力に吸着するようになる。遠心分離によりカウンターターゲットと結合したDNAを除去する。メフェナセットに特異的に結合するDNAを確保するために、グラフェンだけある上チューブにメフェナセットを添加した後、30分間常温で反応させることで、配座変化(Conformational change)を誘発させて、グラフェンからターゲット特異的なアプタマーを分離した後、エタノール沈殿法でターゲット特異的DNAを確保した。このように得られたメフェナセットに特異的に結合するDNAの量を測定した。図2では各選別段階(selection round)で得られたメフェナセットに結合するDNAの量が増加していることを示す。
実施例2で合成されたランダムDNA poolをカウンターターゲット[ペンシキュロン(pencycuron)、ブタクロ(Butachlor)、テブコナゾール(Tebuconazole)、メフェナセット(Mefenacet)]とバッファー溶液(20m MTris−Cl buffer、pH7.6 contained 100mM NaCl、2mM MgCl2、5mM KCl、1mM CaCl2、0.02% Tween 20、10% MeOH)に入れて混合して30分間常温で反応させた後、カウンターターゲットと結合しなかったDNAを確保するために、前記の混合液とグラフェンオキシド溶液を30分間常温で反応させる。この時、カウンターターゲットと結合しなかった一本鎖DNAは、グラフェンの表面にπ−スタッキングを介して強力に吸着するようになる。遠心分離によりカウンターターゲットと結合したDNAを除去する。イナベンフィドに特異的に結合するDNAを確保するために、グラフェンだけある上チューブにイナベンフィドを添加した後、30分間常温で反応させることで、配座変化(Conformational change)を誘発させて、グラフェンからターゲット特異的なアプタマーを分離した後、エタノール沈殿法でターゲット特異的DNAを確保した。このように得られたイナベンフィドに特異的に結合するDNAの量を測定した。図2では各選別段階(selection round)で得られたイナベンフィドに結合するDNAの量が増加していることを示す。
テブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィド結合特異的なDNAの量を増やすために既知のプライマー領域を利用してPCRを行った。
PCR生産物は、二本鎖のDNAであり、これを一本鎖に分離するための過程のために、下記のように一つのプライマーにはフルオレセイン(fluorescein)を固定した。
forward(APTFf)5'-fluorescein-CGTACGGAATTCGCTAGC:配列番号16
reverse(APTR)5'-CACGTGGAGCTCGGATCC-3':配列番号17
テブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドに高い親和度を持って特異的に結合する互いに異なる13種のDNAの塩基配列を分析した結果を下記の表1に提示した。また、この13種のテブコナゾール、メフェナセット、イナベンフィドに特異的なアプタマーの2次構造をm−foldプログラムを利用して予測した結果を図4〜図16に示した。
テブコナゾールに特異的に結合する互いに異なる13種のアプタマー中最も特異度が高い一つのアプタマーであるT1と様々な濃度のテブコナゾールとの結合力を分析した。
Claims (11)
- 配列番号3、6、及び8〜10で構成された群で選択される塩基配列を持つ、テブコナゾール(Tebuconazole)、メフェナセット(Mefenacet)またはイナベンフィド(Inabenfide)に特異的に結合できる核酸アプタマー、
ここで、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである。 - 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを試料と接触させる段階を含む、テブコナゾール(Tebuconazole)、メフェナセット(Mefenacet)またはイナベンフィド(Inabenfide)の検出方法であって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、検出方法。
- 前記試料は、水、土壌、廃棄物、食品、動物腸内及び動植物組織のうちいずれか一つ以上で採取された試料であることを特徴とする請求項2に記載のテブコナゾール(Tebuconazole)、メフェナセット(Mefenacet)またはイナベンフィド(Inabenfide)の検出方法。
- 前記検出は、金ナノ粒子に基づいた色度分析法によって行われることを特徴とする請求項2又は3に記載のテブコナゾール(Tebuconazole)、メフェナセット(Mefenacet)またはイナベンフィド(Inabenfide)の検出方法。
- 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを含有する、テブコナゾール、メフェナセットまたはイナベンフィドの検出用組成物であって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、検出用組成物。
- 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを含有する、テブコナゾール、メフェナセット及び/またはイナベンフィドの検出用センサーであって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、検出用センサー。
- 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを含有する、テブコナゾール、メフェナセット及び/またはイナベンフィドの検出用キットであって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、検出用キット。
- 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを利用することを特徴とする試料からテブコナゾール、メフェナセットまたはイナベンフィドを分離する方法であって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、分離方法。
- 前記核酸アプタマーが固定化されたビーズが充填されたカラムに試料を通過させる段階を含むことを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 前記試料は、水、土壌、廃棄物、食品、動物腸内及び動植物組織のうちいずれか一つ以上で採取された試料であることを特徴とする請求項8又は9に記載の方法。
- 配列番号3〜15で構成された群で選択される塩基配列を持つ核酸アプタマーを含有する、テブコナゾール、メフェナセット及び/またはイナベンフィドの分離用キットであって、前記核酸がRNAである場合には、前記塩基配列で、TはUである、分離用キット。
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