JP5155845B2 - 構造推定装置、構造推定方法、構造推定プログラムおよび記録媒体 - Google Patents
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Description
V.I.Avdeev and G.M.Zhidomirov, Journal of Structural Chemistry, Vol.46, No.4, P577-590 (2005)
反応溶液中で、遷移金属錯体触媒によって反応が進行する場合、幾つかの反応遷移状態を経て生成物が得られる。通常、その際に反応物や生成物とは構造が異なる反応中間体が複数存在する(図2参照)。
反応系中に比較的安定に存在する金属錯体は、その吸収がMLCT(Metal to ligand Charge Transfer)と言われる特徴的な吸収に由来している。系中に錯体から壊れた有機化合物が多く存在していても、有機金属錯体由来の吸収波長とは大きく異なるため重なることはなく、有機化合物とは区別できる。これは実測データおよびTD-DFT計算結果から示されている。
(構造推定装置1の構成)
次に、本発明の実施の一形態について図1〜図4に基づいて説明する。図1は、構造推定装置1の構成を示す概略図である。
取得部2は、入力部11を介して、上記特定情報を取得し、取得した特定情報を配位子特定部3および候補決定部4へ出力する。
配位子特定部3は、取得部2が取得した特定情報が示す遷移金属錯体が予め有している配位子(第1配位子)、上記特定情報が示す反応物から生じる可能性のある配位子(第2配位子)、および第2配位子が反応物から脱離した後の化合物である脱離後反応物(脱離後化合物)を特定する。
候補決定部4は、取得部2が取得した特定情報が示す有機溶媒の分子、反応物、配位子特定部3が特定した第1、第2配位子および脱離後反応物からなる群から選ばれる少なくとも1種類の物質が、特定情報が示す遷移金属錯体が含む遷移金属に配位または結合することよって生じる遷移金属錯体を、遷移金属錯体候補(以下、錯体候補と略称する)として複数決定する。
3次元構造決定部5は、候補決定部4が決定した錯体候補の構造を、量子化学計算するための3次元座標(初期3次元座標)として表現する。3次元構造決定部5における初期3次元座標の生成方法は、公知のものでよく、3次元構造決定部5として市販のソフトであるCORINA(www.molecular-networks.com)またはCONCORD(www.tripos.com)を用いることもできる。幾つかのコンフォメーションをとり得る可能性がある場合には、全ての構造を発生させる。
構造最適化部6は、量子化学計算により、3次元構造決定部5が決定した構造(すなわち、候補決定部4が決定した錯体候補の構造)の最適構造(化学的に最も安定な構造)をそれぞれ決定する。
スペクトル推算部7は、候補決定部4が決定した錯体候補の少なくとも一部について、TD-DFT計算により、そのUVスペクトルの吸収波長ごとの強度を推算する。TD-DFT計算を実施する場合には、上述の溶媒効果を考慮した計算を実施することが好ましい。
吸収曲線作成部8は、スペクトル推算部7によって得られた不連続なUVスペクトル波長の強度を示す離散値(励起スペクトル推算値)を、ガウス関数やローレンツ関数、あるいは2つの関数の組合せを用いて平滑化し、遷移金属錯体の実測の紫外可視吸収スペクトルと類似するように、連続的なスペクトル波形に変換する。
比較部9は、吸収曲線作成部8が作成したUVスペクトル(推算UVスペクトル)と、特定情報が示す遷移金属錯体、有機溶媒および反応物の混合物を実測することによって得られた実測UVスペクトルとを比較し、当該実測UVスペクトルに最も似た推算UVスペクトルを特定する。実測UVスペクトルを示すデータ(実測UVスペクトルデータ13c)は、予め記憶部13に格納されている。
候補選別部10は、比較部9が絞り込んだ錯体候補が複数存在する場合に、これらの錯体候補から、実在する可能性の低い錯体候補を除去する。換言すれば、候補選別部10は、比較部9が特定した複数の錯体候補をさらに絞り込む。候補選別部10における処理の詳細については後述する。候補選別部10は、絞り込んだ錯体候補を示す情報を出力部12へ出力する。
TD-DFT計算を実施する錯体候補は、(1)反応系に加える反応物そのもの、(2)上記反応物から生じる配位子(第2配位子)、(3)上記反応物から配位子を脱離させることによって生じる化合物(脱離後反応物)および(4)反応系の溶媒分子、(5)遷移金属錯体が予め有している配位子(第1配位子)のうちの一部または全部からなる組合せで遷移金属に結合または配位させた錯体の全てとする。
比較部9は、表1に示すM1〜4、M6の手法のうちの少なくとも一部の手法を用いて錯体候補の絞込みを行う。
表1の絞込み方法M6では、実測UVスペクトルの特徴的な吸収極大のピークと、TD-DFT計算から求めた推算UVスペクトルの吸収極大のピークとを合わせるように全体の吸収強度を補正する。この際の特徴的な吸収極大としては、例えば最も短波長側の吸収を選択することができる。また、比較する範囲の波長を例えば300nmから800nmに限定する。
候補選別部10は、比較部9が特定した推算UVスペクトルが複数存在する場合、すなわち、比較部9によって錯体候補が1つに絞り込めなかった場合に、比較部9が特定した複数の錯体候補について、これらの錯体候補の安定性を比較することで錯体候補をさらに絞り込む。候補選別部10における錯体候補絞込み方法について以下に説明する。
次に、構造推定装置1における処理の流れの一例について、図3を参照しつつ説明する。図3は、構造推定装置1における処理の流れの一例を示すフローチャートである。
次に、候補決定部4における処理(図3のステップS3)の詳細について、図4を参照しつつ説明する。図4は、候補決定部4における処理の流れの一例を示すフローチャートである。
本発明は上述した実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、各実施形態に開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。
本発明の他の実施形態について図11〜図12に基づいて説明すれば、以下のとおりである。なお、実施の形態1と同様の部材に関しては、同じ符号を付し、その説明を省略する。
図12は、構造推定装置30における処理の流れの一例を示すフローチャートである。同図に示すステップS41からS44までの処理は、図3に示したステップS1からS4までの処理の流れと同じであるため、その説明を省略する。
本発明は上述した実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、各実施形態に開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。
なお、本発明は、以下のようにも表現できる。
2 取得部(取得手段)
3 配位子特定部(配位子特定手段)
4 候補決定部(候補決定手段)
7 スペクトル推算部(スペクトル推算手段)
9 比較部(比較手段)
10 候補選別部(候補選別手段)
11 入力部
12 出力部
13 記憶部
13a 構造データファイル
13b 推算UVスペクトルデータ
13c 実測UVスペクトルデータ
30 構造推定装置
32 構造最適化部(構造最適化手段)
33 スピン多重度選択部(電子状態選択手段)
Claims (12)
- 有機溶媒を含む反応系において化学反応を触媒する遷移金属錯体の構造を推定する構造推定装置であって、
上記遷移金属錯体、上記有機溶媒、および上記遷移金属錯体の触媒対象となる少なくとも1つの対象化合物をそれぞれ特定する特定情報を取得する取得手段と、
上記取得手段が取得した特定情報が示す遷移金属錯体、有機溶媒、および対象化合物を混合することによって生じる可能性のある遷移金属錯体を、遷移金属錯体候補として複数決定する候補決定手段と、
上記候補決定手段が決定した遷移金属錯体候補の少なくとも一部の紫外可視吸収スペクトルを推算するスペクトル推算手段と、
上記スペクトル推算手段が推算した推算紫外可視吸収スペクトルと、上記特定情報が示す遷移金属錯体、有機溶媒および対象化合物の混合物の紫外可視吸収スペクトルを実測することによって得られた実測紫外可視吸収スペクトルとを比較し、当該実測紫外可視吸収スペクトルに似た推算紫外可視吸収スペクトルを特定する比較手段とを備えることを特徴とする構造推定装置。 - 上記取得手段が取得した特定情報が示す遷移金属錯体が有している第1配位子、上記特定情報が示す対象化合物から生じる可能性のある第2配位子、および当該第2配位子が上記対象化合物から脱離した後の脱離後化合物を特定する配位子特定手段をさらに備え、
上記候補決定手段は、上記特定情報が示す有機溶媒、対象化合物、上記配位子特定手段が特定した第1、第2配位子、および脱離後化合物からなる群から選ばれる少なくとも1種類の物質が、上記特定情報が示す遷移金属錯体に含まれる遷移金属に配位または結合することによって生じる遷移金属錯体を、遷移金属錯体候補として複数決定することを特徴とする請求項1に記載の構造推定装置。 - 上記比較手段が特定した推算紫外可視吸収スペクトルが複数存在する場合に、当該複数の推算紫外可視吸収スペクトルが推算された複数の遷移金属錯体候補から、化学的に不安定な遷移金属錯体候補を除去する候補選別手段をさらに備えることを特徴とする請求項1または2に記載の構造推定装置。
- 上記候補決定手段が決定した遷移金属錯体候補から、化学的に不安定な遷移金属錯体候補を除去する候補選別手段をさらに備え、
上記スペクトル推算手段は、上記候補選別手段によって絞り込まれた遷移金属錯体候補の紫外可視吸収スペクトルをそれぞれ推算することを特徴とする請求項1または2に記載の構造推定装置。 - 量子化学計算により、上記候補決定手段が決定した遷移金属錯体候補の、化学的に最も安定な構造を決定する構造最適化手段をさらに備え、
上記スペクトル推算手段は、上記構造最適化手段が決定した構造の紫外可視吸収スペクトルを推算することを特徴とする請求項1〜4のいずれか1項に記載の構造推定装置。 - 上記スペクトル推算手段は、時間依存型密度汎関数法によって推算紫外可視吸収スペクトルを算出することを特徴とする請求項1〜5のいずれか1項に記載の構造推定装置。
- 上記候補決定手段は、Ni、Cu、Fe、Cr、Co、V、Mn、Mo、RuまたはAgを含む遷移金属錯体候補のうちの少なくとも1つを決定するための情報を取得することを特徴とする請求項1〜6のいずれか1項に記載の構造推定装置。
- 請求項1〜7のいずれか1項に記載の構造推定装置を動作させる構造推定プログラムであって、コンピュータを上記各手段として機能させるための構造推定プログラム。
- 請求項8に記載の構造推定プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
- 有機溶媒を含む反応系において化学反応を触媒する遷移金属錯体の構造を推定する構造推定装置における構造推定方法であって、
上記遷移金属錯体、上記有機溶媒、および上記遷移金属錯体の触媒対象となる少なくとも1つの対象化合物をそれぞれ特定する特定情報を取得する取得工程と、
上記取得工程において取得された特定情報が示す遷移金属錯体、有機溶媒、および対象化合物を混合することによって生じる可能性のある遷移金属錯体を、遷移金属錯体候補として複数決定する候補決定工程と、
上記候補決定工程において決定された遷移金属錯体候補の少なくとも一部の紫外可視吸収スペクトルを推算するスペクトル推算工程と、
上記スペクトル推算工程において推算された推算紫外可視吸収スペクトルと、上記特定情報が示す遷移金属錯体、有機溶媒および対象化合物の混合物の紫外可視吸収スペクトルを実測することによって得られた実測紫外可視吸収スペクトルとを比較し、当該実測紫外可視吸収スペクトルに似た推算紫外可視吸収スペクトルを特定する比較工程とを含むことを特徴とする構造推定方法。 - 上記構造最適化手段は、上記遷移金属錯体候補が取り得る複数の電子状態のそれぞれについて、化学的に最も安定な構造を決定することを特徴とする請求項5に記載の構造推定装置。
- 上記構造最適化手段は、上記電子状態のそれぞれについて、当該遷移金属錯体候補のエネルギーの値を算出し、
上記構造最適化手段が算出したエネルギーの値を上記遷移金属錯体候補ごとに比較し、上記エネルギーの値が最も小さい電子状態の遷移金属錯体候補を上記スペクトル推算手段による紫外可視吸収スペクトルの推算対象として選択する電子状態選択手段をさらに備えることを特徴とする請求項11に記載の構造推定装置。
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