JP2023536840A - ユニバーサル抗原特異的t細胞バンク及びそれを製造する方法並びにそれを治療に使用する方法 - Google Patents
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Abstract
本開示の実施形態は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物、並びにそれを作製及び使用する方法を含む。本開示の実施形態はまた、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクの構築において使用するための適切なドナーを同定及び選択する方法;抗原特異的T細胞株のドナーミニバンク;そのようなドナーミニバンク由来の複数の抗原特異的T細胞株を含むユニバーサル抗原特異的T細胞組成物、及び複数のそのようなミニバンクから構成されるドナーバンクを含む。本開示は、本明細書に開示される少なくとも1つのユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を患者に投与することを含む、疾患又は状態を処置する方法を含む。【選択図】図1
Description
(関連出願の相互参照)
本出願は、2020年7月29日に出願された特許協力条約出願PCT/US2020/044080号の優先権を主張し、これらの出願はそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2020年7月29日に出願された特許協力条約出願PCT/US2020/044080号の優先権を主張し、これらの出願はそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
(技術分野)
本開示の実施形態は、少なくとも細胞生物学、分子生物学、免疫学、及び医学の分野に関するものである。
本開示の実施形態は、少なくとも細胞生物学、分子生物学、免疫学、及び医学の分野に関するものである。
ウイルス感染は、様々な疾患の治療法として選択される同種造血幹細胞移植(allo-HSCT)後の罹患率と死亡率の重大な原因である。しかし、移植後においても、移植片対宿主病(GVHD)、原疾患の再発、ウイルス感染症は、依然として罹患率と死亡率の主要な原因である。ウイルス性病原体に関連する感染症には、CMV、BKウイルス(BKV)、及びアデノウイルス(AdV)などがあるが、これらに限定されるものではない。ウイルス感染は、同種移植片のレシピエントの大部分で検出される。一部のウイルスには抗ウイルス剤が使用されているが、必ずしも有効ではなく、新しい治療法の必要性が強調されている。これらのウイルス感染症を処置する一つの戦略は、養子免疫療法、例えば、ドナー由来のウイルス特異的T細胞の少なくとも輸注を含む養子T細胞移植である。このアプローチでは、ドナーから細胞を抽出し、生体外でウイルス特異的集団を拡大し、最後に、T細胞製品を幹細胞移植のレシピエントに注入することができる。同様のアプローチで、腫瘍関連抗原に特異性を持つT細胞を養子移入して、がんを処置することも可能である。
養子免疫療法は、疾患特異的細胞や操作されたT細胞(抗原特異的T細胞、キメラ抗原受容体(CAR)発現T細胞など)を個体に移植・注入し、疾患関連細胞を認識・標的化し、破壊することを目的とした治療法である。養子免疫療法は、がん、移植後リンパ増殖性疾患、感染症(ウイルスなどの病原体感染症)、自己免疫疾患など、多くの疾患や障害の治療法として期待されている。例えば、Adv、EBV、CMV、BK、HHV6を標的とするin vitroで増幅したドナー由来及び第三者のウイルス特異的T細胞は、ウイルス感染症を有する幹細胞移植患者に養子移入しても安全であることが示されている。ウイルス特異的T細胞は、Adv、EBV、CMV、BK、HHV6に対する抗ウイルス免疫を再構成し、病変の除去に有効であり、生体内でかなりの拡大性を示すことがわかった。
養子免疫療法には、主に2つのタイプがある。自己免疫療法は、患者からT細胞のような細胞(例えば、抗原特異的T細胞)を分離、生産、及び/又は拡大し、必要に応じてその同じ患者に再投与するために患者から採取した細胞を保存することを含む。同種免疫療法は、患者と健康なドナーの2名が関与する。T細胞(例えば、抗原特異的T細胞)などの細胞は、健康なドナーから分離され、その後、いくつかのHLAアレルに基づくヒト白血球抗原(HLA)タイプが一致する(又は部分的に一致する)患者への投与用に製造、及び/又は拡大、保管される。HLAは、ヒト主要組織適合性複合体(MHC)とも呼ばれる。HLA分子は、臓器移植のためのマッチングや、ウイルスに対する適応免疫反応において重要な役割を担っている移植免疫学において重要な役割を担っている。HLAクラスI分子はCD8+ T細胞にウイルスペプチドを提示し、HLAクラスII分子はCD4+ T細胞にウイルスペプチドを提示する。
Allo-HSCTは、様々な悪性及び非悪性の血液疾患に対して治癒的であるが、T細胞免疫不全の期間があり、患者はサイトメガロウイルス、アデノウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒトヘルペスウイルス6及びBKウイルスなどの一連のウイルスに対して脆弱な状態にある。いくつかの研究により、養子的に移植された同種T細胞が共通のHLAアレルを介して抗ウイルス活性を持つことが確認されており、T細胞の抗ウイルス反応におけるHLA相互作用の重要な役割が強調されている。同種幹細胞移植のドナーは、血縁者(通常、HLAが厳密に適合した同胞又はHLAが半分適合したハプロアイデンティカル・ドナー(例えば、子供のための親ドナー))又は非血縁者(血縁者以外のドナーでHLAの適合度が非常に近いことが判明したドナー)でなければならない。しばしば、患者がドナーと高度にHLAが一致した場合でも、レシピエントは移植片対宿主病(GVHD)を軽減するために免疫抑制剤を必要とする。
移植片対宿主病(GVHD)は、同種移植に特有の炎症性疾患である。移植された白血球又は再構成された白血球によるレシピエントの組織に対する攻撃である。これは、ドナーとレシピエントがHLA同一であっても、免疫系が細胞/組織間の他の相違を認識することができるため、起こり得る。急性GVHDは通常、移植後3ヵ月以内に起こり、皮膚、腸、肝臓を侵すことがある。プレドニゾンのようなコルチコステロイドが標準的な治療法である。
慢性GVHDは同種移植の後にも発症することがあり、晩期合併症の主な原因となっている。炎症に加えて、慢性GVHDは、線維症、又は強皮症と同様の瘢痕組織の発生、又は他の自己免疫疾患を引き起こし、機能障害や長期の免疫抑制療法の必要性を引き起こす可能性がある。GVHDは通常、T細胞が宿主のMHC上に提示された外来ペプチドに反応する際に介在する。したがって、養子T細胞療法の使用は、しばしば、MHCの不一致によって課される障壁によって制限される。本開示は、これらの障壁に対する解決策を提供する。
どちらが「最良の」部分的HLA適合ドナー製品であるかを決定するための、HLAタイピング患者の時間のかかるプロセスは、養子免疫療法の有用性及び安全性を低下させる。さらに、第三者ドナー製品については、HLA一致度が高い状況でも、治療される疾患又は状態を治療又は予防するために最も重要な養子移入細胞が速やかに拒絶される可能性がある。容易に生成及び/又はそれを必要とする患者に投与することができる安全な細胞療法が、当分野において長年必要とされてきた。本開示は、このようなニーズに対応するものである。
一態様では、本開示は、抗原特異的T細胞株などの細胞療法製品を含むドナーミニバンクを開発するための方法を含む。本開示はさらに、そのようなドナーミニバンク、又はそのようなドナーミニバンクに含まれる製品を一緒に組み合わせて、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品(例えば、ユニバーサルウイルス特異的T細胞製品)を生成する組成物及び方法を提供する。本明細書で提供されるユニバーサルな抗原特異的T細胞製品は、抗原特異的T細胞の集団を含む。本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品を含む組成物、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品の作製方法、及びユニバーサル抗原特異的T細胞製品の使用による治療方法を提供する。
態様において、本開示は、複数の異なるドナーに由来する複数の抗原特異的T細胞株を含む抗原特異的T細胞の集団を提供し、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも2つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも3つのHLAアレルにおいて他の少なくとも1名のドナーとは異なる。
実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのクラスI HLAにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、2つ以上のクラスI HLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-Aアレル及び少なくとも1つのHLA-Bアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のクラスII HLAアレル上において少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、2つ以上のクラスII HLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態では、各ドナーのHLA型が、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、及びHLA-DRB1のうちの1つ以上において、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態では、各ドナーのHLA型が、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA及びHLA-DRB1からなる群から独立して選択される2つ以上のアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-DRB1アレル及び少なくとも1つのHLA-DQB1アレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、複数のドナーは、少なくとも2つの異なるHLA-Aアレル、少なくとも2つの異なるHLA-Bアレル、少なくとも2つの異なるDRB1アレル、及び/又は少なくとも2つの異なるDQB1アレルを有する。
実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は、3名以上の異なるドナー、4名以上の異なるドナー、又は5名以上の異なるドナーに由来する。実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は15名以下のドナー、14名以下のドナー、13名以下のドナー、12名以下のドナー、11名以下のドナー、10名以下のドナー、9名以下のドナー、8名以下のドナー、7名以下のドナー、6名以下のドナー、又は5名以下のドナー(例えば、2~5名のドナー)に由来する。実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20名の異なるドナーに由来する。
実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて、少なくとも2名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも2つのHLAアレルにおいて少なくとも2名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも3つのHLAアレルにおいて少なくとも2名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも3つのHLAアレルにおいて少なくとも3名の他のドナーとは異なる。実施形態では、各ドナーのHLA型が少なくとも1つのHLAアレルにおいて、他の各ドナーと異なる。互いに異なる。実施形態において、複数のドナーは、互いに血縁がない。実施形態において、複数のドナーにおける1つ以上のドナーは、互いに血縁がある。実施形態において、複数のドナーは、血縁があるドナー及び血縁がないドナーの両方を含む。
実施形態では、複数の異なるドナーのうちの少なくとも1名が少なくとも2つのHLAアレルにおいて、見込み患者集団において取り得る最大数の患者と一致する。実施形態では、複数の異なるドナーのうちの少なくとも1名が少なくとも3つのHLAアレルにおいて、見込み患者集団において取り得る最大数の患者と一致する。実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株を含む抗原特異的T細胞の集団が、各HLAアレルにおいて、見込み患者集団における1名以上の患者と一致するT細胞を含む。
態様において、抗原特異的T細胞の集団は、クローン性、オリゴクローナル、及び/又はポリクローナルである抗原特異的T細胞株を含む。実施形態において、抗原特異的T細胞の集団が抗原特異的T細胞株を含み、ここで、T細胞株の1つ以上はポリクローナルである。実施形態では、集団中の抗原特異的T細胞株の全てがポリクローナルである。
実施形態において、各ドナー由来の抗原特異的T細胞株は、各細胞株が作製された後に一緒にプールされる。実施形態において、抗原特異的T細胞株は、細胞株の同一性(identity)、生存率、無菌性、表現型、効力(potency)、及び/又は同種反応性について評価される。実施形態において、抗原特異的T細胞株はプール前に、細胞株の同一性、生存性、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性について個々に評価される。実施形態において、細胞株の効力は、表現型、エフェクター分子の産生、及び/又は細胞溶解機能によって評価される。例えば、実施形態において、細胞株の効力は、IFNγ、TNFα、IL-2、及び/又はグランザイムBの産生によって評価される。実施形態において、細胞株の効力は例えば、標的細胞に対する細胞溶解活性を測定することによって(例えばクロム放出アッセイによって)評価される。実施形態において、細胞株の効力は、細胞の表現型を決定することによって評価される。例えば、実施形態において、細胞株の効力は、活性化及び/又は脱顆粒マーカー(例えば、CD25、CD69、CD62L、CD44、CD28、及び/又はCD107a)のアップレギュレーションを測定することによって評価される。実施形態において、表現型は、フローサイトメトリーによって決定される。実施形態において、各細胞株は、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、又は少なくとも95%のCD3+ T細胞を含む。実施形態において、各細胞株は、少なくとも90%のCD3+ T細胞を含む。実施形態において、各細胞株の無菌性は、細菌汚染、真菌汚染、マイコプラズマ、及び/又はエンドトキシンレベルについて試験することによって決定される。さらなる実施形態では、各細胞株は、5EU/mL未満のエンドトキシンレベルを有する。実施形態において、非血縁及び/又は部分的にHLA適合及び/又はHLA不適合標的細胞に対する各抗原特異的T細胞株の同種反応性は、クロム放出アッセイによって評価される。実施形態において、抗原特異的T細胞株がプールされた後、細胞株のプールはHLAタイピングされる。実施形態において、細胞株のプールは、HLA拘束性エピトープを用いて機能的応答について試験される。
実施形態において、抗原特異的T細胞株は、約1:1の比で一緒にプールされる。実施形態では、抗原特異的細胞の集団が2つの異なる抗原特異的T細胞株を含み、T細胞株が別の細胞株に対して各細胞株について約10:1~約1:10の範囲の比、例えば、約10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、又は1:10である。実施形態では、抗原特異的T細胞の集団が2つを超える異なるT細胞株を含み、前述の範囲内の任意の比を利用され得る。例えば、実施形態において、抗原特異的T細胞の集団は、約4:3:2:1の比で一緒にプールされた4つの異なるT細胞株を含み得る。実施形態では、抗原特異的T細胞株は、集団中の各T細胞株について、例えば、4つの異なるT細胞株を含む集団について、約1:1:1:1の比で一緒にプールされる。
実施形態において、各ドナー由来の抗原特異的T細胞株は、凍結解凍又は凍結保存の工程なしに、新鮮な細胞株として一緒にプールされる。さらなる実施形態では、プールされた製品は凍結保存される。実施形態において、各ドナー由来の抗原特異的T細胞株は、各細胞株が個々に凍結保存された後解凍され、その後に一緒にプールされる。実施形態において、各ドナー由来の抗原特異的T細胞株は、細胞株の同一性、生存率、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性について試験され;次いで、個々の細胞株として凍結保存され;その後、解凍され;次いで、一緒にプールされて、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成している。場合により、得られたユニバーサル抗原特異的T細胞治療製品は、さらなる凍結解凍工程を経ずに細胞療法として利用されてもよく、又は細胞療法製品として後に使用するために凍結保存されてもよい。
実施形態において、抗原特異的T細胞の集団は、約10×106~約100×106個のT細胞を含む。実施形態では、集団が約10×106、約20×106、約30x106、約40×106、約50×106、約60×106、約70×106、約80×106、約90×106、又は約100×106個のT細胞を含む。実施形態において、集団は、約45×106個のT細胞を含む。実施形態において、本開示は、約2.5×106T細胞/mL~約25×106T細胞/mLを含む抗原特異的T細胞の集団を含む組成物を提供する。
実施形態において、抗原特異的T細胞の集団は、1つ以上のウイルス抗原又は1つ以上の腫瘍関連抗原に特異的なT細胞を含む。実施形態において、抗原特異的T細胞は、ウイルス特異的T細胞(VST)である。実施形態では、本開示は、本明細書でUVSTと呼ばれるユニバーサルVST製品を提供する。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、エプスタイン・バーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(Adenovirus)、アデノウイルス(AdV)、BKウイルス(BKV)、JCウイルス、ヒトヘルペスウイルス6(HHV6)、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、リンパ球脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス(hMPV)、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、単純ヘルペスウイルス(HSV)、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、D型肝炎ウイルス(HDV)、ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、ヒトT細胞白血病ウイルス1型(HTLV1)、ヒトヘルペスウイルス8型(HHV8)、西ナイルウイルス、ジカウイルス、及びエボラウイルスからなる群から選択される。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、BKV、CMV、AdV、EBV及びHHV-6由来の抗原を含む。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ及びhMPV由来の抗原を含む。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、コロナウイルス由来の抗原を含む。実施形態において、コロナウイルスは、SARS-Cov-2である。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、HBV由来の抗原を含む。実施形態において、1つ以上のウイルス抗原は、HHV-8由来の抗原を含む。
実施形態において、1つ以上の腫瘍関連抗原は、CEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRα、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α.WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp 100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE1、B7H3、レグマイン、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1から選択される。
本開示は、本明細書で提供される抗原特異的T細胞の集団を含む組成物を提供する。実施形態において、本開示は、本明細書に提供される抗原特異的T細胞の集団を含む、及び/又は本明細書に提供される抗原特異的T細胞株を含む、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を提供する。例えば、実施形態において、本開示は、ユニバーサルVST(UVST)を提供する。実施形態において、提供される組成物は、凍結保存されるか、又は凍結保存されている。実施形態において、組成物は、凍結保存培地を含む。実施形態において、凍結保存培地は、ヒト血清アルブミン、ハンクス平衡塩類溶液(HBSS)、及びジメチルスルホキシド(DMSO)を含む。実施形態において、培地は、約10%(v/v)のDMSOを含む。実施形態において、凍結保存培地は、約50%(v/v)の25%ヒト血清アルブミン及び約40%(v/v)のHBSSを含む。
実施形態において、抗原特異的T細胞の集団は、外来性分子を発現するように改変されている。例えば、実施形態において、外来性分子は治療剤である。さらなる実施形態では、治療剤は、化学療法薬、サイトカイン、ケモカイン、腫瘍増殖の小分子阻害剤、又は免疫阻害剤分子を隔離(sequester)する分子である。実施形態において、外来性分子はトランスジェニック分子である。したがって、実施形態において、本開示は、抗原特異的T細胞の集団を提供し、ここで、集団内の抗原特異的T細胞は、外来性分子をコードする導入遺伝子で形質導入されている。実施形態において、トランスジェニック分子は、細胞外結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む。実施形態において、細胞外結合ドメインは、癌抗原に特異的である。実施形態において、トランスジェニック分子はキメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、又はNK細胞受容体(例えば、NKG2D)である。実施形態において、1つ以上の抗原特異的T細胞株内のT細胞は、外来性分子を発現するように改変されている。実施形態において、集団中の全ての抗原特異的T細胞株内のT細胞は、外来性分子を発現するように改変されている。実施形態において、プールされた集団内のT細胞は、外来性分子を発現するように改変されている。実施形態では、T細胞株及び/又はT細胞株の集団中のT細胞の少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、又は少なくとも約90%が外来性分子を発現する。
実施形態では、本開示は、本明細書で提供される抗原特異的T細胞の集団を含むユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を提供する。実施形態では、前記製品は、部分的にHLA適合及び/又はHLA不適合標的細胞に対する同種反応性の欠如を示す。実施形態において、前記製品は、標的集団における細胞に対する同種反応性の欠如を示す。実施形態において、前記製品は、前記製品を構成する抗原特異的T細胞の集団を含む組成物の形態であってもよい。実施形態において、前記製品は、各々が1つ以上の抗原特異的T細胞株を含む別々の組成物の形態であってもよい。このような実施形態では、別個の組成物が本明細書にさらに記載されるように、単一の投与セッションで患者に投与するためのものである。
実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品は、それらがまとめて、見込み患者集団の少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又は少なくとも約99%と少なくとも2つのHLAアレルにおいて一致する少なくとも1つの抗原特異的T細胞株を提供する、互いに対して十分なHLA多様性の抗原特異的T細胞株を含む。
態様において、本開示は、患者の疾患又は状態を処置するための方法であって、本明細書で提供される抗原特異的T細胞株の集団、組成物、又はユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を患者に投与することを含む、方法を提供する。実施形態において、集団、組成物、又はT細胞療法製品は、T細胞の混合物を含み、T細胞の混合物は、患者のHLA型に対して、部分的にHLA適合であるT細胞、部分的にHLA不適合であるT細胞、及び完全に不適合であるT細胞を含む。
態様において、本開示は、患者における疾患又は状態を処置するための方法であって、単回の投与セッションで、患者にユニバーサル抗原特異的T細胞療法を投与する工程を含む、方法を提供する。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法は、抗原特異的T細胞の集団を含む1つの組成物の形態である。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法は、別個の組成物の形態であり、各組成物は、1つ以上の個々のT細胞株を含む。そのような実施形態では、前記方法は、複数の異なるドナー由来の複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含み、各ドナーのHLA型は少なくともHLAアレルにおいて他の少なくとも1名のドナーとは異なり、前記方法は、単回の投与セッションで複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含む。
実施形態では、単回の投与セッションで投与することが、複数の抗原特異的T細胞株を同じ組成物中で同時に患者に投与することを含む。実施形態において、単回の投与セッションで投与することが、連続的に投与される別々の組成物中において複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含む。実施形態において、連続投与は、互いに5分以内、又は互いに30分以内、又は互いに1時間以内に実施される。実施形態において、連続投与は患者が同じ日に全ての投与を受け、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法の1つ以上の追加のT細胞株の投与の前に1つ以上のT細胞株の有効性及び/又は寿命についての試験を受けないように、単回の投与セッションで投与される。
実施形態において、本明細書で提供される方法は、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法を対象に投与することを含み、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法は、患者のHLA型と部分的に一致するT細胞と、患者のHLA型と完全に不一致であるT細胞とを含むT細胞の混合物を含む。
実施形態において、本明細書に提供される方法は、約10×106~約100×106個の抗原特異的T細胞、又は約20×106~約80×106個の抗原特異的T細胞、又は約30×106~約60×106個の抗原特異的T細胞、又は約40×106~約50×106個の抗原特異的T細胞の用量を患者に投与することを含む。実施形態において、前記方法は、約45×106個のT細胞の用量を患者に投与することを含む。
実施形態において、前記方法は、2つ以上の個別抗原特異的T細胞製品を一緒にプールするか、1回の投与セッションで患者に投与すること、又は1つ以上の個別抗原特異的T細胞株を1つ以上のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を一緒にプールするか、1回の投与セッションで患者に投与することを含む。
実施形態において、疾患又は状態は、ウイルス感染である。実施形態において、抗原特異的T細胞は、ウイルス特異的T細胞(VST)である。実施形態において、本方法は、患者におけるウイルス量の減少及び/又はウイルス感染に関連する疾患の症状の減少又は排除を達成する。実施形態において、本方法は、VSTを受けなかった患者と比較して、ウイルス感染のより速い解消を達成する。
実施形態において、患者は免疫無防備状態である。実施形態において、患者は、疾患若しくは状態又は別の疾患若しくは状態を処置するために患者が受けた処置に起因して免疫無防備状態である。実施形態において、患者は、年齢に起因して免疫欠陥を有する。実施形態において、患者は、若年又は高齢のために免疫無防備状態である。
実施形態において、状態は免疫不全である。実施形態において、免疫不全は、原発性免疫不全である。実施形態において、患者は、移植を必要としている。実施形態において、患者は、移植を受けたことがある。
実施形態において、疾患又は状態は癌である。実施形態において、癌は、肺癌、腸癌、結腸癌、直腸癌、胆管癌、膵臓癌、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、黒色腫、軟部組織肉腫、リンパ腫、白血病、及び多発性骨髄腫からなる群から選択される。
態様において、本開示は、抗原特異的T細胞の集団を含むユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成するための方法を提供し、該方法は、(i)複数のドナー(例えば、各ドナーのHLA型が少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる複数のドナー、及び/又は本明細書に記載されるドナーミニバンクに含めるのに適した複数のドナー)の各ドナーから単核細胞を培養することを含み、各々が1つ以上のサイトカイン及び1つ以上の抗原の存在下での別個の培養で、増殖した抗原特異的T細胞の複数の個別細胞株を生成すること、及び(ii)個別細胞株を一緒にプールして、複数のユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成すること、を含む。実施形態において、単核細胞は、末梢血単核細胞(PBMC)である。実施形態において、前記方法は、1つ以上の凍結解凍工程をさらに含む。例えば、実施形態において、各細胞株は、(ii)のプールの前に凍結保存され、次いで解凍される。他の実施形態では、各細胞系は、(ii)のプールの前に凍結融解工程を行わず、新たに調製された細胞系として一緒にプールされる。実施形態では、前記方法は、(ii)で得られた細胞系のプールを凍結することを含む。実施形態では、前記方法は、(i)で提供されるように複数の個々の細胞株を作製すること、細胞株の同一性、生存性、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性を決定すること、個々の細胞株を凍結すること、その後、個々の細胞株を解凍すること、及び細胞株を一緒にプールして、ユニバーサルな抗原特異的T細胞療法製品を形成することを含む。あるいは、前記方法は、(i)で提供されるように、複数の個々の細胞株を生成すること、個々の細胞株を凍結すること、個々の細胞株を解凍すること、次いで、細胞株の同一性、生存性、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性を決定すること、次いで、個々の細胞株を一緒にプールしてユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を形成すること、又はその後の解凍前に個々の細胞株を再凍結して一緒にプールし、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を形成すること、のいずれかを含む。実施形態では、本開示は、抗原特異的T細胞の集団を含むユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成するための方法を提供し、該方法は(i)複数のドナー(例えば、各ドナーのHLA型が少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1つの他のドナーとは異なる複数のドナー、及び/又は本明細書に記載されるドナーミニバンクに含めるのに適した複数のドナー)の各ドナーからの単核細胞をプールすること、(ii)1つ以上のサイトカイン及び1つ以上の抗原の存在下で単核細胞のプールを培養して、増殖した抗原特異的T細胞の集団を生成すること、を含む。実施形態において、単核細胞は末梢血単核細胞(PBMC)である。実施形態において、プールされた細胞の細胞株同一性、生存率、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性は、本明細書において提供されるように決定される。実施形態において、プールされた細胞は、工程(i)及び/又は(ii)の後に凍結され得る。
したがって、実施形態において、本明細書に提供される方法は、個々の抗原特異的T細胞株及び/又はプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を凍結保存培地中で凍結させることを含む。実施形態において、凍結保存培地は、ヒト血清アルブミン、ハンクス平衡塩類溶液(HBSS)、及びジメチルスルホキシド(DMSO)を含む。実施形態において、培地は、約10%(v/v)のDMSOを含む。実施形態において、培地は、約50%(v/v)の25%ヒト血清アルブミン及び約40%(v/v)のHBSSを含む。実施形態において、プールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品は、患者の疾患又は状態を処置するための方法において使用するために選択されるまで、凍結保存及び保存される。したがって、本開示は、凍結保存培地中に抗原特異的T細胞株及び/又はプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を含む組成物を提供する。実施形態において、前記方法は、1つ以上の濾過工程をさらに含む。実施形態では、前記方法が前項の工程(i)で得られた各細胞株を濾過することをさらに含む。実施形態において、本方法は、前項の(ii)で得られたプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を濾過することをさらに含む。実施形態において、本方法は凍結融解工程の前及び/又は後に、各細胞株を濾過すること、及び/又はプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を濾過することをさらに含む。
実施形態において、前記方法は、前2項の(i)で得られた1つ以上の個々の細胞株を導入遺伝子でトランスフェクトすることをさらに含む。実施形態において、前記方法は、前2項の(ii)で得られたプールされた細胞株を導入遺伝子でトランスフェクトすることをさらに含む。実施形態において、導入遺伝子は、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、又はNK細胞受容体をコードする。
実施形態において、本明細書に提供される製造方法の培養工程は、ガス透過性培養表面を含む容器中で実施される。実施形態では、容器はGRexバイオリアクターである。実施形態では、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。実施形態では、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインが、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、ここでサイトカインはIL-2を含まない。実施形態において、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインは、IL-4及び/又はIL-7である。実施形態において、サイトカインはIL-4及びIL-7を含み、IL-2を含まない。
実施形態では、1つ以上の抗原が(a)全タンパク質、(b)各抗原の一部又は全配列にわたる一連の重複ペプチドを含むペプミックス(pepmix)、又は(c)(a)及び(b)の組み合わせの形態である。実施形態において、抗原は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上の異なるペプミックスを含む。
実施形態において、1つ以上の抗原は、ウイルス抗原又は腫瘍関連抗原である。実施形態において、培養物中の各抗原は、ウイルス抗原である。実施形態において、ウイルス抗原は、EBV、CMV、アデノウイルス、BK、JCウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、HSV、HBV、HCV、HDV、HPV、HIV、HTLV1、HHV8、西ナイルウイルス、ジカウイルス、及びエボラウイルスから選択されるウイルス由来である。
実施形態において、培養物中の各抗原は、腫瘍関連抗原である。実施形態において、腫瘍関連抗原は、CEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRα、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α.WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE1、B7H3、レグマイン、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1の1つ以上である。
一態様では、本開示は、本明細書に提供される抗原特異的T細胞株及びユニバーサル抗原特異的T細胞製品などの細胞療法製品を含む、ドナーミニバンクを開発するための方法を含む。実施形態において、本開示は、見込み患者の大部分と適合する様々なHLA(ヒト白血球抗原)アレル型を有する少なくとも1つのドナープールから1名以上の適切なドナーを特定するための方法を含む。いくつかの実施形態では、見込み患者は、同種造血幹細胞移植(HSCT)を受けたことがある。いくつかの実施形態では、見込み患者は、抑制された免疫を有するか、又は免疫不全に陥っている。様々な実施形態において、本開示における方法は、免疫不全である患者のT細胞免疫の回復に関係する。
いくつかの実施形態では、本開示の方法における1名以上の適切なドナーの特定は、複数の細胞療法製品を含む第1のドナーミニバンクの構築に関する。いくつかの実施形態では、第1のドナーミニバンクは、抗原特異的T細胞株を含む。いくつかの実施形態では、本開示における方法は、ドナー選択方法を含む。いくつかの実施形態では、ドナー選択方法は、(a)第1のドナープールからの第1の複数のドナー候補の各々のHLA型を、第1の見込み患者集団からの第1の複数の見込み患者の各々と比較する工程、(b)上記工程(a)における比較に基づいて、第1の最適合ドナーを決定することを含み、ここで、第1の最適合ドナーは、第1の複数の見込み患者における最大数の患者と2以上のHLAアレル一致を有する、第1のドナープールからのドナーとして定義することができ、(c)第1のドナーミニバンクに含めるために第1の最適合ドナーを選択し、(d)第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去することを含む。ここで、上記工程(d)は、第1ドナープールから第1の最適合ドナーを除く第1複数のドナー候補の各々からなる第2ドナープールを生成し得る;(e)第1複数の見込み患者から、第1最適合ドナーと2以上のアレル一致を有する各見込み患者を除去し、ここで上記工程(e)は、第1最適合ドナーと2以上のアレル一致を有する各見込み患者以外の第1複数の見込み患者の各々からなる第2の複数の見込み患者を生成することを含み、ここで、第1複数の見込み患者から、第1最適合ドナーを除く第1複数のドナー候補の各々のアレルを有する見込みドナーのみを除去し、ここで、上記工程(e)は、第1複数のドナー候補から、第1最適合ドナーのアレルを有する見込みドナーのみを除去することを含む。そして、(f)前述の工程(d)及び(e)に従ってまだ除去されていない全てのドナー及び見込み患者について前述の工程(a)~(e)を1回以上追加で繰り返す工程と、を含む。いくつかの実施形態では、追加の最適合ドナーが前述の工程(c)に従って選択されるたびに、その追加の最適合ドナーは、前述の工程(d)に従って、それぞれのドナープールから除去される。いくつかの実施形態では、後続の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、前述の工程(e)に従って、その後続の最適合ドナーと2以上のアレル一致を有する各見込み患者がそれぞれの複数の見込み患者から除去される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、第1のドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数を、方法の各サイクルの後に1つずつ順次増加させることができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、方法の各サイクルの後に、選択された最適合ドナーへのそれらのHLA一致に従って、患者集団における複数の見込み患者の数を減少させることができる。他の実施形態では、前述の工程(a)~(e)は、第1の見込み患者集団の所望の割合が複数の見込み患者集団に残るまで繰り返すことができる。他の実施形態では、前述の工程(a)~(e)は、ドナープールにドナーが残らなくなるまで繰り返すことができる。
本開示は、本明細書に記載の方法の前述の工程(a)~(e)が、第1の見込み患者集団の5%以下が複数の見込み患者の中に残るまで、前述の工程(f)に従って循環され得ることを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第1のドナーミニバンクは、10名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第1のドナーミニバンクは、10、9、8、7、6、5、4、3、又は2のドナーに由来する抗原特異的T細胞株から構成されることができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第1のドナーミニバンクは、第1の見込み患者集団の95%超に、少なくとも2つのHLAアレル上で患者のHLA型に一致する1つ以上の抗原特異的T細胞株を提供するのに十分なHLA変動性を含むことができる。他の実施形態では、本明細書に記載の第1のドナーミニバンクは、5名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株から構成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第1のドナーミニバンクは、第1の見込み患者集団の95%超に、少なくとも2つのHLAアレル上の患者のHLA型に一致する1つ以上の抗原特異的T細胞株を提供するのに十分なHLA変動性を提供することができる。いくつかの実施形態では、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIアレルを含むことができる。いくつかの実施形態では、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIIアレルから構成され得る。いくつかの実施形態では、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも1つのHLAクラスIアレル及び少なくとも1つのHLAクラスIIアレルから構成され得る。いくつかの実施形態では、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、HLAアレルHLA A、HLA B、DRB1、及びDQB1を含むことができる。
いくつかの実施形態では、本開示で使用される第1のドナープールは、少なくとも10名のドナーを含むことができる。いくつかの実施形態では、本開示で提供される第1の見込み患者集団は、少なくとも100名の患者から構成され得る。いくつかの実施形態では、第1の見込み患者集団は、全世界の同種造血幹細胞移植(HSCT)集団全体を構成することができる。いくつかの実施形態では、第1の見込み患者集団は、米国の同種造血幹細胞移植集団の全体を構成することができる。いくつかの実施形態では、第1の見込み患者集団は、世界的なウェブアドレスbioinformatics.bethematchclinical.orgで利用できる全米骨髄バンク(NMDP)データベースに含まれる全ての患者を構成することができる。いくつかの実施形態では、第1の見込み患者集団は、世界的なウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryで利用可能な欧州血液骨髄移植学会(EBMT)データベースに含まれる全ての患者から構成され得る。いくつかの実施形態では、全世界の同種造血幹細胞移植集団全体は、16歳以下の小児を含むことができる。いくつかの実施形態では、米国の同種造血幹細胞移植集団全体は、16歳以下の小児を含むことができる。いくつかの実施形態では、全世界の同種造血幹細胞移植集団全体は、65歳以上の個人を含むことができる。いくつかの実施形態では、米国の同種造血幹細胞移植集団全体は、65歳以上の個人を含むことができる。いくつかの実施形態では、全世界の同種造血幹細胞移植集団全体は、5歳以下の小児を含むことができる。いくつかの実施形態では、米国の同種造血幹細胞移植集団全体は、年齢5歳以下の小児を含むことができる。
本開示は、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクからなるドナーバンクを構築する際に使用するための適切なドナーを特定する方法を提供する。いくつかの実施形態では、ドナーバンクを構築することは、本明細書に記載されるように、最初に第1のミニバンクを開発することを含み得る。いくつかの実施形態では、第1のミニバンクを開発することは、前述の工程(a)~(f)の全てを実行することを含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるドナーバンクのための第1のミニバンクを開発することは、1つ以上の第2のラウンドを含む前述の工程(a)~(f)を繰り返して、1つ以上の第2のミニバンクを構築することを含むことができる。
いくつかの実施形態では、バンクを構築するための各第2ラウンドを開始する前に、新しいドナープールを生成することを含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の新しいドナープールは、第1のドナープールから、第1のラウンド及び任意の前の第2のラウンドから前述の工程(d)の各前のサイクルに従って除去された任意の最適合ドナーを差し引いたものから構成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の新たなドナープールは、第1のドナープールに含まれないドナー候補の全く新しい集団から構成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の新規ドナープールは、第1ドナープールから、第1ラウンド及び任意の先行する第2ラウンドからの前述の工程(d)の各サイクルにしたがって除去された任意の最適合ドナーと、第1ドナープールに含まれないドナー候補の全く新しい集団との組み合わせからなることが可能である。いくつかの実施形態では、本方法に記載のバンクを構築することは、本方法の第1ラウンド及び任意の先行する第2ラウンドから前述の工程(e)の各先行サイクルに従って以前に除去された全ての見込み患者を戻すことにより、第1見込み患者集団から第1複数の見込み患者を再構成することを含むことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の1つ以上のミニバンクを構築するための各ラウンドは、複数の見込み患者のうち第1の見込み患者の5%以下が残るまで、上記工程(a)~(e)を上記工程(f)に従って循環させることを含み得る。いくつかの実施形態では、各ドナーミニバンクは、少なくとも2つのHLAアレル上で患者のHLA型に適合する少なくとも1つの抗原特異的T細胞株を第1の見込み患者集団の95%超提供するために、1つ以上の最適合ドナーの間の十分なHLA変動を含み得る。いくつかの実施形態では、結果として得られる各ドナーミニバンクは、10名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株から構成され得る。いくつかの実施形態では、各結果ドナーミニバンクは、5名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含み得る。いくつかの実施形態において、得られる各ドナーミニバンクは、5名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含み得る。いくつかの実施形態において、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIIアレルを含み得る。他の実施形態において、前述の工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも1つのHLAクラスIアレル及び少なくとも1つのHLAクラスIIアレルを含み得る。
いくつかの実施形態において、ドナーバンクを構築するために用いられる第1のドナープールは、少なくとも10名のドナーを含み得る。いくつかの実施形態において、ドナーバンクを構築するために用いられる第1の見込み患者集団は、少なくとも100名の患者を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、全世界の同種異系HSCT集団を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、全米の同種異系HSCT集団を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレスbioinformatics.bethematchclinical.orgにおいて利用可能なNational Marrow Donor Program(NMDP)データベースに含まれるすべての患者を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryにおいて利用可能なEuropean Society for Blood and Marrow Transplantation(EBMT)データベースに含まれるすべての患者を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーバンクに含まれる各ドナーから血液を収集する工程を含み得る。他の実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーバンクに含まれる各ドナーから収集した血液を手に入れる工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーバンクに含まれる各ドナーから単核球(MNC)を収集する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーバンクに含まれる各ドナーから収集したMNCを手に入れる工程を含み得る。いくつかの実施形態において、各ドナーからMNCを収集する工程は、MNCを単離する工程又は単離されたMNCを手に入れる工程を含み得る。1つの実施形態において、MNCは、末梢血単核球(例えば、PBMC)を含む。1つの実施形態において、MNCは、血液アフェレーシス単核球を含む。いくつかの実施形態において、各ドナーからMNCを収集する工程は、PBMCを単離する工程又は単離されたPBMCを手に入れる工程を含み得る。いくつかの実施形態において、MNCを単離する工程は、フィコール勾配によって行われ得る。いくつかの実施形態において、MNCを単離する工程は、密度勾配によって行われ得る。他の実施形態において、本明細書中に開示されるようなMNCを収集する工程は、その細胞を培養する工程を含み得る。他の実施形態において、本明細書中に開示されるようなMNCを収集する工程は、その細胞を凍結保存する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、培養されたMNC又は凍結保存されたMNCは、培養中の細胞を1つ以上の抗原と好適な培養条件下で接触させて、抗原特異的T細胞を刺激し、拡大することを含み得る。他の実施形態において、細胞と接触させる1つ以上の抗原は、1つ以上のウイルス抗原を含み得る。他の実施形態において、細胞と接触させる1つ以上の抗原は、1つ以上の腫瘍関連抗原を含み得る。いくつかの実施形態において、細胞と接触させる1つ以上の抗原は、1つ以上のウイルス抗原と1つ以上の腫瘍関連抗原との組み合わせを含み得る。
本開示は、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の複数の各ドナー候補のHLA型と第1の複数の各見込み患者のHLA型とを比較する工程(a)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、このパラグラフに記載されている方法の工程(a)における比較に基づいて、第1の最適合ドナーを決定する工程(b)を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の最適合ドナーは、第1の複数の見込み患者の中で最も多くの患者と2つ以上のアレルが適合する第1のドナープール由来のドナーと定義され得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナーミニバンクに含めるために第1の最適合ドナーを選択する工程(c)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去する工程(d)を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法の工程(d)は、第1の最適合ドナーを除く第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補からなる第2のドナープールを作製する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、その方法は、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去する工程(e)を含み得る。いくつかの実施形態において、このパラグラフに記載されているような工程(e)は、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除く第1の複数の各見込み患者からなる第2の複数の見込み患者を得る工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法は、本明細書中に開示されるような工程(d)及び(e)に従って、まだ除去されていないすべてのドナー及び見込み患者を用いて、本明細書中に開示されるような工程(a)~(e)をさらに1回以上反復する工程を含み得る。いくつかの実施形態では、工程(c)に従って追加の最適合ドナーが選択されるたびに、その最適合ドナーは、工程
(d)に従ってそれぞれのドナープールから除去される。いくつかの実施形態では、次の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、工程(e)に従って次の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者がそれぞれの複数の見込み患者から除去される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数を、その方法の各サイクル後に1ずつ増加させ得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、選択された最適合ドナーとのHLA適合に従ってその方法の各サイクル後に患者集団内の複数の見込み患者の数を減少させ得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための工程(a)~(e)は、第1の見込み患者集団の所望のパーセンテージが複数の見込み患者に残るまで反復され得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための工程(a)~(e)は、ドナープールにドナーが残らなくなるまで反復され得る。
(d)に従ってそれぞれのドナープールから除去される。いくつかの実施形態では、次の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、工程(e)に従って次の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者がそれぞれの複数の見込み患者から除去される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数を、その方法の各サイクル後に1ずつ増加させ得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、選択された最適合ドナーとのHLA適合に従ってその方法の各サイクル後に患者集団内の複数の見込み患者の数を減少させ得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための工程(a)~(e)は、第1の見込み患者集団の所望のパーセンテージが複数の見込み患者に残るまで反復され得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための工程(a)~(e)は、ドナープールにドナーが残らなくなるまで反復され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ドナーミニバンクに含まれるそれぞれの各ドナーから得られた血液からMNCを単離するか、又はその血液から単離されたMNCを手に入れる工程(g)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法の工程(h)は、それぞれの各ドナーから得られたMNCを培養する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、培養中のMNCを1つ以上の抗原と好適な培養条件下で接触させて、それぞれの各ドナーのMNC由来の抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を刺激し、拡大する工程(i)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、培養中のMNCを1つ以上の抗原由来の1つ以上のエピトープと好適な培養条件下で接触させて、それぞれの各ドナーのMNC由来の抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を刺激し、拡大する工程(i)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、複数の抗原特異的T細胞株を作製する工程を含む。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の各々は、それぞれの各ドナーのMNCに由来する抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような工程(g)~(i)のMNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、上記方法の工程(j)は、複数の抗原特異的T細胞株を凍結保存する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法は、工程(f)に従って、第1の見込み患者集団の5%以下が複数の見込み患者に残るまで工程(a)~(e)を繰り返す工程を含み得る。いくつかの実施形態において、各ドナーミニバンクは、第1の見込み患者集団の>95%に、少なくとも2つのHLAアレルにおいて患者のHLA型に適合する少なくとも1つの抗原特異的T細胞株を提供するのに十分なHLA多様性を1名以上の最適合ドナーの間に含み得る。いくつかの実施形態において、得られる各ドナーミニバンクは、10名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含み得る。いくつかの実施形態において、得られる各ドナーミニバンクは、5名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含み得る。いくつかの実施形態において、工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIIアレルを含み得る。他の実施形態において、工程(b)及び(e)からの2つ以上のアレルは、少なくとも1つのHLAクラスIアレル及び少なくとも1つのHLAクラスIIアレルを含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法において用いられる第1のドナープールは、少なくとも10名のドナーを含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法において用いられる第1のドナープールは、少なくとも100名のドナーを含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、全世界の同種異系HSCT集団を含み得る。いくつかの実施形態において、上記方法において用いられる第1の見込み患者集団は、全米の同種異系HSCT集団を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレスbioinformatics.bethematchclinical.orgにおいて利用可能なNational Marrow Donor Program(NMDP)データベースに含まれるすべての患者を含み得る。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryにおいて利用可能なEuropean Society for Blood and Marrow Transplantation(EBMT)データベースに含まれるすべての患者を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含み得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含み得る。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含み得る。
いくつかの実施形態において、MNCの培養は、気体透過性の培養表面を備える容器において行われ得る。1つの実施形態において、その容器は、気体透過性の部分を備える注入バッグであり得る。1つの実施形態において、その容器は、剛性容器であり得る。1つの実施形態において、その容器は、GRexバイオリアクターであり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するためのPBMCを培養する工程は、1つ以上のサイトカインの存在下において行われ得る。1つの実施形態において、そのサイトカインには、IL4が含まれ得る。1つの実施形態において、そのサイトカインには、IL7が含まれ得る。1つの実施形態において、そのサイトカインには、IL4及びIL7が含まれ得る。1つの実施形態において、そのサイトカインには、IL4及びIL7が含まれ得るが、IL2は含まれない。
抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法は、MNCを1つ以上の抗原の存在下において培養する工程を含み得る。1つの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、ホールタンパク質
(whole protein)の形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、ホールタンパク質の形態と、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態との組み合わせの形態であり得る。
(whole protein)の形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、ホールタンパク質の形態と、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態との組み合わせの形態であり得る。
抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法は、MNCを複数のペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。1つの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、複数のペプミックス由来の各ペプミックスは、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための各抗原は、腫瘍関連抗原であり得る。いくつかの実施形態において、各抗原は、ウイルス抗原であり得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するための少なくとも1つの抗原は、ウイルス抗原であり得、少なくとも1つの抗原は、腫瘍関連抗原であり得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のMNCを少なくとも2つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも3つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも4つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも5つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも6つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも7つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも8つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも9つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも10個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも11個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも12個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも13個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも14個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも15個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも16個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも17個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも18個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも19個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも20個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも20個を超える異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、ある抗原の一部を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、ある抗原の配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のMNCを複数のペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、複数のペプミックス中の他の各ペプミックスによってカバーされる抗原とは異なる少なくとも1つの抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20個の異なる抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。いくつかの実施形態において、少なくとも20個を超える異なる抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。いくつかの実施形態において、少なくとも2つの異なるウイルス由来の少なくとも1つの抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための方法において使用される抗原は、EBV(エプスタイン・バーウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、CMV(サイトメガロウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、アデノウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、BKウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、JC(John Cunninghamウイルス)ウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HHV6(ヘルペスウイルス6)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HHV8(ヘルペスウイルス8)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HBV(B型肝炎ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、RSV(ヒト呼吸器合胞体ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、インフルエンザ由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、パラインフルエンザ由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ボカウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、コロナウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、LCMV(リンパ球脈絡髄膜炎ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ムンプス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、麻疹由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ヒトメタニューモウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、パルボウイルスB由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ロタウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、メルケル細胞ウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、単純ヘルペスウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HPV(ヒトパピローマウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HIV(ヒト免疫不全ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HTLV1(ヒトT細胞白血病ウイルス1型)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、西ナイルウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ジカウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、エボラ由来であり得る。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのペプミックスが、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ及びHMPV(ヒトメタニューモウイルス)の各々由来の抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザA抗原NP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザA MP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザA抗原であるNP1及びMP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質及びRSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV M2-1タンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質とhMPV Nタンパク質とhMPV M2-1とhMPV Mタンパク質との組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV HNタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質とPIV HNタンパク質とPIV Nタンパク質とPIV Fタンパク質との組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、インフルエンザA抗原NP1及びインフルエンザA抗原MP1を網羅するペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、RSV抗原N及びRSV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原M2-1を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原HNを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、EBV、CMV、アデノウイルス、BK及びHHV6の各々由来の抗原をカバーするペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのペプミックスが、EBV由来の抗原をカバーし得、少なくとも1つのペプミックスが、CMV由来の抗原をカバーし得、少なくとも1つのペプミックスが、アデノウイルス由来の抗原をカバーし得、少なくとも1つのペプミックスが、BK由来の抗原をカバーし得、少なくとも1つのペプミックスが、HHV6由来の抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、LMP2であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、EBNA1であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、BZLF1であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、CMV抗原の組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、IE1由来であり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、pp65由来であり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、IE1とpp65との組み合わせ由来であり得る。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ヘキソン由来であり得る。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ペントン由来であり得る。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ヘキソンとペントンとの組み合わせ由来であり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、VP1由来であり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、ラージT由来であり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、VP1とラージTとの組み合わせ由来であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U90由来であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U11由来であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U14由来であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U90とU11とU14との組み合わせ由来であり得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、EBV抗原であるLMP2を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、EBV抗原であるEBNA1を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、EBV抗原であるBZLF1を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、CMV抗原であるIE1を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、CMV抗原であるpp65を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、アデノウイルス抗原であるヘキソンを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、ペントンを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、BKウイルス抗原であるVP1を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、BKウイルス抗原であるラージTを網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、HHV6抗原であるU90を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、HHV6抗原であるU11を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、HHV6抗原であるU14を網羅するペプミックスの存在下においてPBMCを培養する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、コロナウイルス由来の抗原をカバーするペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、β-コロナウイルス(β-CoV)である。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、α-コロナウイルス(α-CoV)である。いくつかにおいて、β-CoVは、SARS-CoV、MERS-CoV、HCoVHKUl及びHCoV-OC43から選択される。いくつかの実施形態において、HCoV-E229及びHCoV-NL63から選択されるα-CoV。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、PBMCを複数のペプミックスライブラリーと培養する工程を含み得、各ペプミックスライブラリーは、SARS-CoV2抗原又は1つ以上の追加のウイルス由来の抗原の全部若しくは一部を網羅する複数の重複ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、VSTは、複数のペプミックスライブラリーでプライミングされたDCなどのAPCとT細胞を接触させることによって作製され、各ペプミックスライブラリーは、ウイルス抗原の全部又は一部を網羅する複数の重複ペプチドを含み、その複数のペプミックスライブラリーの少なくとも1つは、SARS-CoV2由来の第1の抗原を網羅し、その複数のペプミックスライブラリーの少なくとも1つの追加のペプミックスライブラリー(又は1つの追加のペプミックスライブラリーの一部)は、それぞれ第2の抗原を網羅する。いくつかの実施形態において、VSTは、少なくとも1つのSARS-CoV2抗原をコードする少なくとも1つのDNAプラスミド又はその一部及び各第2の抗原をコードする少なくとも1つのDNAプラスミド又はその一部でヌクレオフェクトされたDCなどのAPCとT細胞を接触させることによって作製される。いくつかの実施形態において、そのプラスミドは、少なくとも1つのSARS-CoV2抗原又はその一部、及び少なくとも1つの追加の抗原又はその一部をコードする。いくつかの実施形態において、VSTは、CD4+Tリンパ球及びCD8+Tリンパ球を含む。いくつかの実施形態において、VSTは、αβT細胞レセプターを発現する。いくつかの実施形態において、VSTは、MHC拘束性である。いくつかの実施形態において、SARS-CoV2抗原は、nsp1;nsp3;nsp4;nsp5;nsp6;nsp7a、nsp8、nsp10;nsp12;nsp13;nsp14;nsp15;及びnsp16からなる群より選択される1つ以上の抗原を含む。いくつかの実施形態において、SARS-CoV2抗原は、スパイク(S);エンベロープタンパク質(E);マトリックスタンパク質(M);及びヌクレオカプシドタンパク質(N)からなる群より選択される1つ以上の抗原を含む。いくつかの実施形態において、SARS-CoV2抗原は、SARS-CoV-2(AP3A);SARS-CoV-2(NSS);SARS-CoV-2(ORFlO);SARS-CoV-2(ORF9B);及びSARS-CoV-2(Yl4)からなる群より選択される1つ以上の抗原を含む。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、1つ以上のSARS-CoV2抗原、並びにPIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NPl、インフルエンザ抗原MPl、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N及びAdV抗原ヘキソン、AdV抗原ペントン並びにそれらの組み合わせからなる群より選択される1つ以上の追加の抗原をカバーするペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、追加の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NPl、インフルエンザ抗原MPl、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原N、AdV抗原ヘキソン、AdV抗原ペントン及びそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、B型肝炎ウイルス(HBV)由来の抗原をカバーするペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、HBV抗原は、HBVコア抗原、HBV表面抗原、並びにHBVコア抗原及びHBV表面抗原の各々から選択される。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、選択されたドナー由来のPBMCを、ヒトヘルペスウイルス-8(HHV-8)由来の抗原をカバーするペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、HHV-8抗原は、潜在性抗原を含む。いくつかの実施形態において、HHV-8抗原は、溶解性抗原を含む。いくつかの実施形態において、HHV-8抗原は、LANA-1(ORF3);LANA-2(vIRF3、K10.5);vCYC(ORF72);RTA(ORF50);vFLIP
(ORF71);Kaposin(ORF12、K12);gB(ORF8);MIR1
(K3);SSB(ORF6);TS(ORF70)及びそれらの組み合わせから選択される。
(ORF71);Kaposin(ORF12、K12);gB(ORF8);MIR1
(K3);SSB(ORF6);TS(ORF70)及びそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株(例えば、VST)のドナーミニバンクを構築するための本明細書中に記載されるような方法は、抗原特異的T細胞株をIL-7とIL-4の両方の存在下においてエクスビボで培養する工程を含む。いくつかの実施形態において、VSTは、患者への投与の準備が整うように、9~18日以内の培養で十分に拡大されたものである。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスは、15merのペプチドを含み得る。1つの実施形態において、抗原を網羅するペプミックス中のペプチドは、順に11アミノ酸重複し得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクの構築は、抗原特異的T細胞を拡大することを含み得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクの構築は、抗原特異的T細胞を抗原特異的細胞傷害性について試験することを含み得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のミニバンクは、本明細書中に開示されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法を介して作製され得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のミニバンクは、本明細書中に記載されるような方法を介して選択された複数のドナーに由来し得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株のバンクは、本明細書中に記載されるような方法を介して選択された複数のドナーに由来する複数のミニバンクを含み得る。
実施形態では、本明細書で提供される方法のいずれかによって生成されたドナーミニバンクの2つ以上の細胞株を一緒にプールして、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品を生成することができる。実施形態において、本明細書に記載されるように生成されたドナーミニバンクの2つ以上の細胞株は、例えば、単回の投与セッションにおいて患者に投与することによって、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品として使用され得る。
本開示は、本明細書に記載されるようなミニバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株(例えば、2つ以上のそのようなT細胞株)、及び/又は本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することによって、疾患又は状態を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態において、患者に投与するために抗原特異的T細胞株を選択する場合の唯一の基準は、その患者が、抗原特異的T細胞株の製造において使用されるMNCを単離してきたドナーと少なくとも2つのHLAアレルを共有していることである。一実施形態では、MNCはPBMCであり得る。いくつかの実施形態では、患者が事前のHLAタイピングなしに、及び/又は患者のHLA型を考慮することなく、本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与され得る。いくつかの実施形態では、患者が事前のHLAタイピングなしに、及び/又は患者のHLA型を考慮することなく、本明細書に記載のミニバンクに含まれる抗原特異的T細胞株のうちの2つ以上を単回投与セッションで投与され得る。いくつかの特定の実施形態では、患者が事前のHLAタイピングなしで、及び/又は患者のHLA型を考慮することなく、本明細書に記載のミニバンクに含まれる抗原特異的T細胞株の全てを単回の投与セッションで投与され得る。いくつかの実施形態において、処置される疾患は、ウイルス感染症又はウイルス関連疾患であり得る。いくつかの実施形態において、処置される疾患は、癌であり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなミニバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株(例えば、2つ以上のそのようなT細胞株)、及び/又は本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞製品によって処置される患者は、免疫無防備状態であり得る。いくつかの実施形態において、それらの患者は、その疾患若しくは状態又は別の疾患若しくは状態を処置するために患者が受けた処置に起因して免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、それらの患者は、年齢に起因して免疫無防備状態である。1つの実施形態において、患者は、低年齢に起因して免疫無防備状態である。1つの実施形態において、患者は、高齢に起因して免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、処置される状態は、免疫不全であり得る。1つの実施形態において、免疫不全は、原発性免疫不全である。いくつかの実施形態において、患者は、移植治療を必要としている。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、幹細胞を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、実質臓器を含み得る。いくつかの実施形態において、実質臓器は、腎臓である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、骨髄を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、幹細胞、実質臓器及び骨髄を含み得る。いくつかの実施形態において、上記方法は、直前のパラグラフに記載されているように工程(g)において選択された第1の抗原特異的T細胞株を患者に投与する工程を含む。
いくつかの実施形態において、患者への投与は、ウイルス感染症を処置するための投与であり得る。いくつかの実施形態において、患者への投与は、腫瘍を処置するための投与であり得る。いくつかの実施形態において、患者への投与は、移植前の原発性免疫不全に対する投与であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法は、複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与する工程を含み、ここで第2の抗原特異的T細胞株は、前記第1の抗原特異的T細胞株と同じミニバンクから選択され得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原特異的T細胞株は、第1の抗原特異的T細胞株が得られたミニバンクとは異なるミニバンクから選択され得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原特異的T細胞株は、第1の抗原特異的T細胞株以外のドナーバンクに残っているすべての抗原特異的T細胞株を用いて、本明細書に記載のミニバンク、又は本明細書に記載のバンクに含まれるミニバンクから第1の抗原特異的T細胞株を選択する方法を繰り返すことによって選択され得る。実施形態では、本明細書に記載の方法は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することを含むことができ、製品は抗原特異的T細胞の集団を含み、抗原特異的T細胞の集団は少なくとも2つの細胞株を含み、各細胞株は別々のドナーから生成され、各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1つの他のドナーとは異なっている。ユニバーサル抗原特異的T細胞は、1つ以上のドナーミニバンクから細胞株をプールすることによって得ることができ、及び/又はドナーミニバンクからの個々の抗原特異的T細胞として単回の投与セッションで投与することができる。
本開示は、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクで構成されたドナーバンクを構築する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法に示された工程(a)~(j)を行う工程A)を含み得る。いくつかの実施形態において、第1のミニバンクが構築される。いくつかの実施形態において、その方法は、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法に示された工程(a)~(j)を反復する工程B)を含み得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のミニバンクを構築するために、1回以上の第2ラウンドが行われ得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法の各第2ラウンドを開始する前に、新しいドナープールが作製され得る。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから先の各サイクルの工程(d)に従って除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープールを含み得る。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団を含み得る。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから先の各サイクルの工程(d)に従って除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープールを含む新しいドナープールと、第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団との組み合わせを含み得る。
いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法に示されている先の各サイクルの工程
(e)に従って第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから以前に除去されたすべての見込み患者を戻すことによって第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者を再構成する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法に示されている工程(g)~(j)は、必要に応じて、その方法の各ラウンド後に行われてもよいし、直前のパラグラフに記載されたように工程A)の後の任意の時点において行われてもよい。
(e)に従って第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから以前に除去されたすべての見込み患者を戻すことによって第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者を再構成する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法に示されている工程(g)~(j)は、必要に応じて、その方法の各ラウンド後に行われてもよいし、直前のパラグラフに記載されたように工程A)の後の任意の時点において行われてもよい。
いくつかの実施形態において、MNCの培養は、気体透過性の培養表面を備える容器において行われ得る。1つの実施形態において、その容器は、気体透過性の部分を備える注入バッグであり得る。1つの実施形態において、その容器は、剛性容器であり得る。1つの実施形態において、その容器は、GRexバイオリアクター(Wilson Wolf,St Paul,MN)であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築するためのMNCの培養は、1つ以上のサイトカインの存在下において行われ得る。1つの実施形態において、MNCは、PMBCであり得る。1つの実施形態において、サイトカインには、IL4が含まれ得る。1つの実施形態において、サイトカインには、IL7が含まれ得る。1つの実施形態において、サイトカインには、IL4及びIL7が含まれ得る。1つの実施形態において、サイトカインには、IL4及びIL7が含まれ得るが、IL2は含まれない。
いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、ホールタンパク質の形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原は、ホールタンパク質の形態と、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスの形態との組み合わせの形態であり得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクで構成されたドナーバンクを構築するための方法は、MNCを複数のペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。1つの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、複数のペプミックス由来の各ペプミックスは、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。抗原は、樹状細胞上に提示され得る。抗原は、本明細書中に開示される方法を介して選択されたドナー由来のMNC(例えば、PBMC)と直接接触され得る。
他の実施形態において、上記細胞と接触される各抗原は、腫瘍関連抗原を含み得る。他の実施形態において、各抗原は、ウイルス抗原であり得る。いくつかの実施形態において、上記細胞と接触される少なくとも1つの抗原は、ウイルス抗原であり得、上記細胞と接触される少なくとも1つの抗原は、腫瘍関連抗原であり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクで構成されたドナーバンクを構築する方法は、MNCを少なくとも2つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも3つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも4つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも5つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも6つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも7つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも8つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも9つの異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも10個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも11個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも12個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも13個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも14個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも15個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも16個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも17個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも18個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも19個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも20個の異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを少なくとも20個を超える異なるペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、ある抗原の一部を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、ある抗原の配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、MNCを複数のペプミックスの存在下において培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスは、複数のペプミックス中の他の各ペプミックスによってカバーされる抗原とは異なる少なくとも1つの抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20個の異なる抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。いくつかの実施形態において、少なくとも20個を超える異なる抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。いくつかの実施形態において、少なくとも2つの異なるウイルス由来の少なくとも1つの抗原が、複数のペプミックスによってカバーされ得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、EBV(エプスタイン・バーウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、CMV(サイトメガロウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、アデノウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、BKウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、JCウイルス(John Cunninghamウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HHV6(ヘルペスウイルス6)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、RSV(ヒト呼吸器合胞体ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、インフルエンザ由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、パラインフルエンザ由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ボカウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、コロナウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、SARS-CoV2由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、LCMV(リンパ球脈絡髄膜炎ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ムンプス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、麻疹由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ヒトメタニューモウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、パルボウイルスB由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ロタウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、メルケル細胞ウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、単純ヘルペスウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HPV(ヒトパピローマウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HIV(ヒト免疫不全ウイルス)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HTLV1(ヒトT細胞白血病ウイルス1型)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、HHV8(ヘルペスウイルス8)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、B型肝炎ウイルス(HBV)由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、西ナイルウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、ジカウイルス由来であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法において使用される抗原は、エボラ由来であり得る。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つのペプミックスは、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ及びHMPV(ヒトメタニューモウイルス)の各々由来の抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザA抗原NP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザA MP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるインフルエンザ抗原は、インフルエンザAインフルエンザA抗原NP1及びインフルエンザA
MP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質及びRSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV M2-1タンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質とhMPV Nタンパク質とhMPV M2-1とhMPV Mタンパク質との組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV HNタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質とPIV HNタンパク質とPIV Nタンパク質とPIV Fタンパク質との組み合わせであり得る。
MP1であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるRSV抗原は、RSV Nタンパク質及びRSV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV M2-1タンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるhMPV抗原は、hMPV Fタンパク質とhMPV Nタンパク質とhMPV M2-1とhMPV Mタンパク質との組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV HNタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Nタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Fタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスにおいて使用されるPIV抗原は、PIV Mタンパク質とPIV HNタンパク質とPIV Nタンパク質とPIV Fタンパク質との組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、インフルエンザA抗原NP1及びインフルエンザA抗原MP1を網羅するペプミックスの存在下においてMNC又はPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、RSV抗原N及びRSV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原M2-1を網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原HNを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、インフルエンザA抗原NP1及びインフルエンザA抗原MP1を網羅するペプミックスの存在下においてMNC又はPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、RSV抗原N及びRSV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原M2-1を網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、hMPV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Mを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原HNを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Nを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、PIV抗原Fを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような少なくとも1つのペプミックスは、EBV、CMV、アデノウイルス、BK及びHHV6由来の抗原をカバーし得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、LMP2であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、EBNA1であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、BZLF1であり得る。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、LMP2、EBNA1及びBZLF1であり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、IE1であり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、pp65であり得る。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、IE1及びpp65であり得る。
いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ヘキソンであり得る。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ペントンであり得る。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ヘキソン及びペントンであり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、VP1であり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、ラージTであり得る。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、VP1及びラージTであり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U90であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U11であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U14であり得る。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U90、U11及びU14であり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、EBV抗原であるLMP2、EBV抗原であるEBNA1及びEBV抗原であるBZLF1を網羅するペプミックスの存在下においてMNC又はPBMCを培養する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、CMV抗原IE1及びCMV抗原pp65を網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、アデノウイルス抗原であるヘキソン及びアデノウイルス抗原であるペントンを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、BKウイルス抗原であるVP1及びラージTを網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、HHV6抗原であるU90、HHV6抗原であるU11及びHHV6抗原であるU14を網羅するペプミックスの存在下における培養を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、HBVコア抗原、HBV表面抗原、並びにHBVコア抗原及びHBV表面抗原の各々を網羅するペプミックスの存在下においてMNC又はPBMCを培養する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、LANA-1(ORF3);LANA-2(vIRF3、K10.5);vCYC(ORF72);RTA(ORF50);vFLIP(ORF71);Kaposin(ORF12、K12);gB(ORF8);MIR1(K3);SSB(ORF6);TS(ORF70)及びそれらの組み合わせから選択されるHHV-8抗原を網羅するペプミックスの存在下においてMNC又はPBMCを培養する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなペプミックスは、15merのペプチドを含み得る。1つの実施形態において、抗原を網羅するペプミックス中のペプチドは、順に11アミノ酸重複し得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクの構築は、抗原特異的T細胞を拡大することを含み得る。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクの構築は、抗原特異的T細胞を抗原特異的細胞傷害性について試験することを含み得る。
本開示は、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクを含み得るドナーバンクを提供する。いくつかの実施形態において、そのドナーバンクは、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクで構成されたドナーバンクを構築する方法を介して作製され得る。本開示は、本明細書中に記載されるようなドナーバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株を患者に投与する工程を含む、疾患又は状態を処置する方法を提供する。
本開示は、本明細書中に記載されるようなドナーバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株(例えば、2つ以上の適切な抗原特異的T細胞株)及び/又は本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することによって疾患又は状態を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態において、患者への抗原特異的T細胞株の投与に対する唯一の基準は、患者が、抗原特異的T細胞株の製造において使用されるMNCを単離してきたドナーと少なくとも2つのHLAアレルを共有していることである。1つの実施形態において、MNCは、PBMCであり得る。いくつかの実施形態では、患者は、本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与される。そのような実施形態では、患者が事前のHLAタイピングなしで、及び/又は患者のHLA型を考慮することなく処置される。いくつかの実施形態において、処置される疾患は、ウイルス感染症であり得る。いくつかの実施形態において、処置される疾患は、癌であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなドナーバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株によって処置される患者は、免疫無防備状態であり得る。いくつかの実施形態では、患者が疾患若しくは状態又は別の疾患若しくは状態を処置するために受けた処置に起因して免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、それらの患者は、年齢に起因して免疫無防備状態である。1つの実施形態において、患者は、低年齢に起因して免疫無防備状態である。1つの実施形態において、患者は、高齢に起因して免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、処置される状態は、免疫不全であり得る。1つの実施形態において、免疫不全は、原発性免疫不全である。いくつかの実施形態において、患者は、移植治療を必要としている。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、幹細胞を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、実質臓器を含み得る。いくつかの実施形態において、実質臓器は、腎臓である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、骨髄を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような患者によって受け取られた移植材料は、幹細胞、実質臓器及び骨髄を含み得る。
いくつかの実施形態では、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与することは既存の移植片対宿主病(GVHD)をもたらさず、又は悪化させない。いくつかの実施形態では、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与することは、ウイルス感染症の処置のためであり得る。いくつかの実施形態では、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与することは、腫瘍の処置のためであり得る。いくつかの実施形態では、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品を投与することは、移植前の原発性免疫不全のためであり得る。いくつかの実施形態では、前記方法は、第1及び第2の抗原特異的T細胞株を単回の投与セッションで患者に投与することを含むことができる。いくつかの実施形態において、第2の抗原特異的T細胞株は、第1の抗原特異的T細胞株と同じドナーバンクから選択され得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原特異的T細胞株は、第1の抗原特異的T細胞株とは異なるドナーミニバンクから選択され得る。いくつかの実施形態では、第2の抗原特異的T細胞株は、同じ投与セッションで患者に投与することができる。いくつかの実施形態では、前記方法は、複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含むことができる。いくつかの実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は、ドナーミニバンク中の全ての抗原特異的T細胞株を含む。いくつかの実施形態では、第2の抗原特異的T細胞株は同じ投与セッションで患者に投与され得る。
いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者からの感染のウイルス血症の消失に基づいて計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者からの感染のウイルス尿症の消失(viruric resolution)に基づいて計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者由来のサンプル中のウイルス量の消失に基づいて計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、感染のウイルス血症の消失、感染のウイルス尿症の消失、及び患者由来のサンプル中のウイルス量の消失に基づいて計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、抗原特異的T細胞株の投与後に計測され得る。
いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の組織サンプルから選択され得る。いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の体液サンプルから選択され得る。いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の脳脊髄液(CSF)から選択され得る。いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の気管支肺胞洗浄(BAL)から選択され得る。いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の便から選択され得る。いくつかの実施形態において、サンプルは、患者由来の組織サンプル、体液サンプル、CSF、BAL及び便から選択され得る。
いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血中の検出可能なウイルス量をモニタリングすることによって計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、肉眼的血尿の消失を含み得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、CTCAE-PRO又は患者及び/若しくは臨床医が報告するアウトカムを調べる類似の評価ツールによって計測される出血性膀胱炎症状の低減を含み得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、癌に対するものである。いくつかの実施形態において、処置有効性は、抗原特異的T細胞株の投与後の腫瘍サイズの減少に基づいて計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、疾患負荷のマーカーをモニタリングすることによって計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血/血清中の検出可能な腫瘍溶解をモニタリングすることによって計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血/血清中の検出可能な疾患負荷及び腫瘍溶解のマーカーをモニタリングすることによって計測され得る。いくつかの実施形態において、処置有効性は、画像診断を介して腫瘍の状態をモニタリングすることによって計測され得る。他の実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血/血清中の検出可能な疾患負荷のマーカーと腫瘍溶解と、画像診断を介した腫瘍の状態との組み合わせをモニタリングすることによって計測され得る。
いくつかの実施形態において、炎症反応は、1つ以上の症状又は徴候を観察することによって検出され得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、全身症状が含まれ得る。いくつかの実施形態において、全身症状は、発熱、悪寒、頭痛、倦怠感、疲労、悪心、嘔吐又は関節痛であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、低血圧を含む血管症状が含まれ得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、心臓症状が含まれ得る。1つの実施形態において、心臓症状は、不整脈である。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、呼吸困難が含まれ得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、腎症状が含まれ得る。1つの実施形態において、腎症状は、腎不全である。1つの実施形態において、腎症状は、尿毒症である。いくつかの実施形態において、1つ以上の症状又は徴候には、検査症状(laboratory symptoms)が含まれ得る。1つの実施形態において、検査症状は、凝固障害及び血球貪食性リンパ組織球症様症候群であり得る。
本開示は、抗原特異的T細胞の第1のドナーミニバンクの構築において使用するのに適したドナーを特定する方法を提供する。本開示は、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型を決定するか又は決定されている工程(a)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者のHLA型を決定するか又は決定されている工程(b)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型と、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者のHLA型とを比較する工程(c)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、このパラグラフに記載されているような工程(d)における比較に基づいて、第1の複数の見込み患者の中で最も多くの患者と2つ以上のアレルが適合する第1のドナープール由来のドナーと定義される第1の最適合ドナーを決定する工程(d)を含み得る。
いくつかの実施形態において、上記方法は、第1のドナーミニバンクに含めるために第1の最適合ドナーを選択する工程(e)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去し、それにより、第1の最適合ドナーを除く第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補からなる第2のドナープールを作製する工程(f)を含み得る。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去する工程(g)を含み得る。いくつかの実施形態において、工程(g)は、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除く第1の複数の各見込み患者からなる第2の複数の見込み患者を得ることを含み得る。
いくつかの実施形態において、上記方法は、工程(f)及び(g)に従って、まだ除去されていないすべてのドナー及び見込み患者を用いて、工程(c)~(g)をさらに1回以上反復する工程(h)を含み得る。いくつかの実施形態において、追加の最適合ドナーが、工程(e)に従って選択されるたびに、その最適合ドナーが、工程(f)に従ってそれぞれのドナープールから除去される。いくつかの実施形態において、次の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、工程(g)に従って次の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者がそれぞれの複数の見込み患者から除去される。いくつかの実施形態において、工程(h)は、第1のドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数を、その方法の各サイクル後に1ずつ増加させる。いくつかの実施形態において、工程(h)は、選択された最適合ドナーとのHLA適合に従ってその方法の各サイクル後に患者集団内の複数の見込み患者の数を減少させることを含み得る。いくつかの実施形態において、工程(c)~(g)は、第1の見込み患者集団の所望のパーセンテージが複数の見込み患者に残るまで反復され得る。いくつかの実施形態において、工程(c)~(g)は、ドナープールにドナーが残らなくなるまで反復され得る。
いくつかの実施形態において、本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品、又はパラインフルエンザウイルス3型(PIV)由来の少なくとも1つの第1の抗原及び1つ以上の第2のウイルス由来の少なくとも1つの第2の抗原を含む複数のウイルス抗原を含むドナーミニバンク又は複数のドナーミニバンクでできたドナーバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株を患者に投与することを提供する。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの第2の抗原は、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)である。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの第2の抗原は、インフルエンザである。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの第2の抗原は、ヒトメタニューモウイルス(hMPV)である。
本発明の詳細を下記の添付の説明に示す。本明細書中に記載される方法及び材料と類似又は等価な方法及び材料を本発明の実施又は試験において使用することができるが、ここでは例証的な方法及び材料を説明する。本発明の他の特徴、目的及び利点は、この説明及び請求項から明らかになるだろう。明細書及び添付の請求項では、文脈が明らかに他のことを指示しない限り、単数形は、複数形も含む。別段定義されない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者が通常理解している意味と同じ意味を有する。本明細書において引用されるすべての特許及び刊行物は、その全体が参照により本明細書中に援用される。
(一般的な方法)
本発明の実施は、別段示されない限り、当該分野の技術範囲内である、細胞培養、分子生物学(組換え手法を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の手法を用いる。そのような手法は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,third edition(Sambrook et al.,2001)Cold Spring Harbor Press;Oligonucleotide Synthesis(P.Herdewijn,ed.,2004);Animal Cell Culture(R.I.Freshney),ed.,1987);Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.);Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir & C.C.Blackwell,eds.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller & M.P.Calos,eds.,1987);Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.,eds.,1987);PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994);Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999);Manual of Clinical Laboratory Immunology(B.Detrick,N.R.Rose,and J.D.Folds eds.,2006);Immunochemical Protocols(J.Pound,ed.,2003);Lab Manual in Biochemistry:Immunology and Biotechnology(A.Nigam and A.Ayyagari,eds.2007);Immunology Methods Manual:The Comprehensive Sourcebook of Techniques(Ivan Lefkovits,ed.,1996);Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane,eds.,1988)などの文献において十分に説明されている。
本発明の実施は、別段示されない限り、当該分野の技術範囲内である、細胞培養、分子生物学(組換え手法を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の手法を用いる。そのような手法は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,third edition(Sambrook et al.,2001)Cold Spring Harbor Press;Oligonucleotide Synthesis(P.Herdewijn,ed.,2004);Animal Cell Culture(R.I.Freshney),ed.,1987);Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.);Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir & C.C.Blackwell,eds.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller & M.P.Calos,eds.,1987);Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.,eds.,1987);PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994);Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999);Manual of Clinical Laboratory Immunology(B.Detrick,N.R.Rose,and J.D.Folds eds.,2006);Immunochemical Protocols(J.Pound,ed.,2003);Lab Manual in Biochemistry:Immunology and Biotechnology(A.Nigam and A.Ayyagari,eds.2007);Immunology Methods Manual:The Comprehensive Sourcebook of Techniques(Ivan Lefkovits,ed.,1996);Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane,eds.,1988)などの文献において十分に説明されている。
(定義)
別段定義されない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者が通常理解している意味と同じ意味を有する。本明細書中に記載される方法及び材料と類似又は等価な方法及び材料を本発明の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を説明する。本発明のために、以下の用語を下記で定義する。
別段定義されない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者が通常理解している意味と同じ意味を有する。本明細書中に記載される方法及び材料と類似又は等価な方法及び材料を本発明の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を説明する。本発明のために、以下の用語を下記で定義する。
本明細書中で使用されるとき、語「a」又は「an」の使用は、請求項及び/又は明細書において用語「~を含む」とともに使用されるとき、「1つ」を意味し得るが、「1つ以上」、「少なくとも1つ」及び「1つ又は1つより多い」の意味とも一致する。例としては、「エレメント(an element)」は、1つのエレメント又は1つより多いエレメントを意味する。本発明のいくつかの実施形態は、本発明の1つ以上のエレメント、方法工程及び/又は方法からなり得るか又は本質的になり得る。本明細書中に記載される任意の方法又は組成物が、本明細書中に記載される他の任意の方法又は組成物に関して実行され得ることが企図される。
ある数値の直前の用語「約」は、その数値の±0%~10%、±0%~10%、±0%~9%、±0%~8%、±0%~7%、±0%~6%、±0%~5%、±0%~4%、±0%~3%、±0%~2%、±0%~1%、±0%~1%未満、又はこれらの中の他の任意の値若しくは値の範囲を意味する。例えば、「約40」は、40の±0%~10%(すなわち、36~44)を意味する。
用語「及び/又は」は、別段示されない限り、「及び」又は「又は」のいずれかを意味するために本開示において使用される。
本明細書全体にわたって、文脈が他のことを要求しない限り、語「~を含む(comprise)」、「~を含む(comprises)」及び「~を含む(comprising)」は、記載の工程若しくはエレメント又は工程群若しくはエレメント群を包含するが、他の任意の工程若しくはエレメント又は工程群若しくはエレメント群を排除しないことを暗に示すと理解される。「~からなる」は、句「~からなる」の前に何が置かれたとしても、「~を含み、それらに限定される」ことを意味する。したがって、句「~からなる」は、列挙されたエレメントが、不可欠又は必須であること、及び他のエレメントが存在しない可能性があることを示す。「~から本質的になる」は、この句の前に列挙される任意のエレメント、及び列挙されたエレメントについて本開示に明示される活性又は作用を干渉しない又はそれらに寄与しない他のエレメントに限定されるエレメントを含むことを意味する。したがって、句「~から本質的になる」は、列挙されたエレメントが、不可欠又は必須であるが、他のエレメントは自由選択であり、それらが列挙されたエレメントの活性又は作用に実質的に影響するか否かに応じて、存在してもよいか、又は存在してはならないことを示す。
用語「障害」は、疾患、状態又は疾病を意味するために本開示において使用され、別段示されない限り、それらの用語と交換可能に使用される。
「有効量」は、治療薬(例えば、本明細書中に開示される抗原特異的T細胞製品又は抗原特異的T細胞株)に関連して使用されるとき、本明細書中に記載されるような被験体における疾患又は障害を処置又は予防するために有効な量である。
用語「例えば(e.g.)」は、「例えば(for example)」を意味するために本明細書中で使用され、記載の工程若しくはエレメント又は工程群若しくはエレメント群を包含するが、他の任意の工程若しくはエレメント又は工程群若しくはエレメント群を排除しないことを暗に示すと理解される。
「自由選択の」又は「必要に応じて」は、その後に記載される事象又は状況が起きるかもしれないし、起きないかもしれないこと、及びその説明にはその事象又は状況が起きる場合及び起きない場合が含まれることを意味する。
本明細書中で使用される用語「腫瘍関連抗原」とは、腫瘍細胞上で産生/発現され、かつ宿主において免疫応答を引き起こす、抗原性物質のことを指す。
例示的な腫瘍抗原としては、少なくとも以下が挙げられる:腸癌の場合の癌胎児抗原(CEA);卵巣癌の場合のCA-125;乳癌の場合のMUC-1又は上皮性腫瘍抗原(ETA)又はCA15-3;悪性黒色腫の場合のチロシナーゼ又はメラノーマ関連抗原(MAGE);及び種々のタイプの腫瘍の場合の、rasの異常産物であるp53;ヘパトーマ、卵巣癌又は精巣癌の場合のアルファフェトプロテイン;精巣癌を有する男性の場合の、hCGのベータサブユニット;前立腺癌の場合の前立腺特異抗原;複数のミエローマ及び一部のリンパ腫の場合のベータ2ミクログロブリン;直腸結腸癌、胆管癌及び膵癌の場合のCA19-9;肺癌及び前立腺癌の場合のクロモグラニンA;メラノーマ、軟部組織肉腫並びに乳癌、結腸癌及び肺癌の場合のTA90。腫瘍抗原の例は、当該分野で、例えばCheever et al.,2009(その全体が参照により本明細書中に援用される)において、公知である。
腫瘍抗原の具体例としては、例えば少なくともCEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRアルファ、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α.WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲンレセプター、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE1、B7H3、レグマイン(Legumain)、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1が挙げられる。
用語「ウイルス抗原」は、本明細書中で使用されるとき、天然におけるタンパク質である抗原のことを指し、ウイルス粒子と密接に関連する。具体的な実施形態において、ウイルス抗原は、コートタンパク質である。
ウイルス抗原の具体例としては、EBV、CMV、アデノウイルス、BK、JCウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、単純ヘルペスウイルス、HPV、HBV、HIV、HTLV1、HHV8及び西ナイルウイルス、ジカウイルス、エボラから選択されるウイルスが少なくとも挙げられる。
用語「ウイルス特異的T細胞」又は「VST」又は「ウイルス特異的T細胞株」又は「VST細胞株」は、被験体の外で拡大及び/又は製造された、かつ目的のウイルスに対して特異性及び効力を有する、T細胞株、例えば、本明細書中に記載されるようなT細胞株のことを指すために本明細書中で交換可能に使用される。VSTは、いくつかの実施形態において、モノクローナル又はオリゴクローナルであり得る。特定の実施形態において、VSTは、ポリクローナルである。本明細書中に記載されるとき、いくつかの実施形態では、あるウイルス抗原又はいくつかのウイルス抗原が、末梢血単核球中の天然のT細胞又はメモリーT細胞に対して提示され、それに応答して、それらのウイルス抗原に対して特異性を有する天然のCD4+及び/又はCD8+T細胞集団が拡大する。例えば、好適なドナーから得られたPBMCのサンプル中のEBVに対するウイルス特異的T細胞は、EBV抗原(例えば、必要に応じてMHCによって提示される、EBV抗原由来のペプチドエピトープ)を認識(に結合)でき、これは、EBVに特異的なT細胞の拡大を引き起こし得る。別の例では、好適なドナーから得られたPBMCのサンプル中のBKウイルスに対するウイルス特異的T細胞、PBMCのサンプル中のアデノウイルスに対するウイルス特異的T細胞は、それぞれ、BKウイルス抗原及びアデノウイルス抗原(例えば、必要に応じてMHCによって提示される、それぞれ、BKウイルス抗原及びアデノウイルス抗原由来のペプチドエピトープ)を認識し、それらに結合でき、これは、BKウイルスに特異的なT細胞及びアデノウイルスに特異的なT細胞の拡大を引き起こし得る。
本明細書中で使用されるとき、用語「細胞療法製品」とは、被験体の外で拡大及び/又は製造された細胞株、例えば、本明細書中に記載されるような細胞株のことを指す。例えば、用語「細胞療法製品」は、培養において作製された細胞株を包含する。その細胞株は、エフェクター細胞を含み得るか、又はエフェクター細胞から本質的になり得る。その細胞株は、NK細胞を含み得るか、又はNK細胞から本質的になり得る。その細胞株は、T細胞を含み得るか、又はT細胞から本質的になり得る。例えば、用語「細胞療法製品」は、培養において作製された抗原特異的T細胞株を包含する。そのような抗原特異的T細胞株には、場合によっては、メモリーT細胞の拡大集団、ナイーブT細胞を刺激することによって作製されたT細胞の拡大集団、及び操作されたT細胞(例えば、キメラT細胞レセプター又は組換えT細胞レセプター、共刺激レセプターなどのような外来性タンパク質を発現するCAR-T細胞及びT細胞)の拡大集団が含まれる。特に、用語「細胞療法製品」は、いくつかの実施形態において、ウイルス特異的T細胞株又は腫瘍特異的T細胞株(例えば、TAA特異的T細胞株)を含む。その細胞株は、モノクローナル又はオリゴクローナルであり得る。特定の実施形態において、その細胞株は、ポリクローナルである。そのようなポリクローナル細胞株は、いくつかの実施形態において、多様な抗原特異性を有する細胞(例えば、抗原特異的T細胞)の複数の拡大集団を含む。例えば、用語「細胞療法製品」に包含される細胞株の非限定的な1つの例としては、T細胞の複数の拡大クローン集団(それらの少なくとも2つが、異なるウイルス抗原に対して特異性を有する)を含むウイルス特異的T細胞のポリクローナル集団が挙げられる。ポリクローナルウイルス特異的T細胞を含む、本開示の組成物及び方法における使用に適したそのような抗原特異的T細胞は、WO2011028531、WO2013119947、WO2017049291、WO2013/008147、PCT/US2020/046389、及びPCT/US2020/024726に開示された任意の方法を少なくとも含む、当技術分野で公知の任意の方法に従って作製することができ、その各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「ドナーミニバンク」という用語は、ドナーミニバンク内の細胞療法製品は、集合的に、標的患者集団において、定義された割合の患者(例えば、>70%、>75%、>80%、>85%、>90%、又は>95%)を提供するように、異なるドナーに由来する複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を意味する。
本明細書中で使用される用語「ドナーミニバンク」は、そのドナーミニバンクが、標的患者集団内の規定のパーセンテージの患者に対して十分に適合する少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含むように、多様なドナープールから集合的に得られる複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含む細胞バンクのことを指す。例えば、ある特定の実施形態において、本明細書中に記載されるドナーミニバンクは、標的患者集団(例えば、同種異系の造血幹細胞移植レシピエント又は免疫無防備状態の被験体)の少なくとも95%に対して少なくとも1つの十分に適合する細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含む。本明細書中で使用される用語「ドナーバンク」は、複数のドナーミニバンクのことを指す。様々な実施形態では、「ドナーバンク」に含めるためのいくつかの冗長でないミニバンクを作製して、確実に1名の見込み患者が2つ以上の十分に適合する細胞療法製品を利用できるようにすることが有益である。細胞バンクは、凍結保存され得る。凍結保存の方法は、当該分野で公知であり、例えば、-70℃での、例えば、アクセスが規制されている領域における気相の液体窒素中での、細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)の貯蔵が挙げられ得る。細胞療法製品の別個のアリコートが、複数の有効な液体窒素デュアーの中の容器(例えば、バイアル)において調製され、保存され得る。容器(例えば、バイアル)は、検索を可能にするユニークな識別番号でラベルされ得る。
本明細書中で使用されるとき、用語「患者」又は「被験体」は、ヒト、飼育動物及び家畜並びに動物園の動物、競技用動物及びペット動物(例えば、イヌ、ウマ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ラット、モルモット又は非ヒト霊長類(例えば、サル、チンパンジー、ヒヒ又はアカゲザル))をはじめとした任意の哺乳動物のことを指すために交換可能に使用される。1つの好ましい哺乳動物は、成人、小児及び高齢者を含むヒトである。
本明細書中で使用されるとき、用語「ドナー候補」とは、本明細書中に開示される細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞)によって標的とされる抗原に対して血清陽性である個体(例えば、健康個体)のことを指す。いくつかの実施形態において、ドナープールに含めるのに適格であるすべてのドナー候補が、標的抗原についてプレスクリーニングされ、かつ/又は標的抗原に対して血清陽性とみなされる。
用語「標的患者集団」は、いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞製品)を必要とする複数の患者(又は交換可能に「被験体」)を説明するために使用される。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、ワールドワイドウェブアドレスbioinformatics.bethematchclinical.orgにおいて利用可能なNational Marrow Donor
Program(NMDP)データベースに含まれるすべての患者を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、ワールドワイドウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryにおいて利用可能なEuropean Society for Blood and Marrow Transplantation(EBMT)データベースに含まれるすべての患者を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の16歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の16歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の5歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の5歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の65歳以上の個体の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の65歳以上の個体の同種異系HSCT集団を包含する。
Program(NMDP)データベースに含まれるすべての患者を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、ワールドワイドウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryにおいて利用可能なEuropean Society for Blood and Marrow Transplantation(EBMT)データベースに含まれるすべての患者を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の16歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の16歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の5歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の5歳以下の小児の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全世界の65歳以上の個体の同種異系HSCT集団を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、全米の65歳以上の個体の同種異系HSCT集団を包含する。
本明細書中で使用される用語「処置する(treat)」、「処置する(treating)」、「処置」などは、別段示されない限り、そのような用語が適用される疾患、障害若しくは状態のプロセス又はそのような疾患、障害若しくは状態の1つ以上の症状を逆転させる、軽減する、阻害する、あるいはその疾患、障害若しくは状態又はそのような疾患、障害若しくは状態の1つ以上の症状を予防することを指し、その症状若しくは合併症の発生を予防するための本明細書中に記載される組成物、薬学的組成物若しくは剤形のいずれかを投与すること、又はその症状若しくは合併症を軽減すること、又はその疾患、状態若しくは障害を無くすことを含む。場合によっては、処置は、治癒的又は回復的である。
いくつかの実施形態における用語「第三者」への本明細書中での言及は、ドナーと同じではない被験体(例えば、患者)を意味する。したがって、例えば、「第三者の抗原特異的T細胞製品」(例えば、第三者のVST製品)で被験体を処置するという言及は、その製品がドナー組織(例えば、ドナーの血液から単離されたPBMC)に由来すること、及び被験体(例えば、患者)がドナーと同じ被験体ではないことを意味する。様々な実施形態において、同種異系細胞治療(例えば、同種異系抗原特異的T細胞治療)は、「第三者」細胞治療である。
被験体に関する用語「予防する(prevent)」又は「予防する(preventing)」とは、疾患又は障害が被験体を苦しめないようにすることを指す。予防には、予防的処置が含まれる。例えば、予防は、ある被験体が疾患に苦しむ前に本明細書中に開示される化合物をその被験体に投与することを含み得、その投与は、被験体がその疾患に苦しめられないようにする。例えば、予防は、同種異系T細胞療法設定において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品の予防的投与を介して、ウイルス感染又は潜伏ウイルスの再活性化を予防又は制御するための方法を含む。
本明細書中で使用される用語「投与する(administering)」、「投与する(administer)」、「投与」などは、治療薬による処置を必要とする被験体にそのような作用物質を移す、送達する、導入する又は輸送する任意の様式のことを指す。そのような様式としては、眼内投与、経口投与、局所投与、静脈内投与、腹腔内投与、筋肉内投与、皮内投与、鼻腔内投与及び皮下投与が挙げられるが、これらに限定されない。
「UVST」という語は、本明細書で提供されるユニバーサルVSTを指す。
用語「ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物」、「ユニバーサル細胞療法製品」、「ユニバーサル抗原特異的細胞療法製品」などは、本明細書で互換的に使用され、本明細書に記載されるような抗原特異的T細胞の集団を含む2つ以上の抗原特異的T細胞株を含む細胞療法組成物を指し、前記抗原特異的T細胞株は少なくとも2つの別々のドナーに由来するドナー材料(例えば、MNC又はPBMC)に由来する。ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品及び/又は複数の抗原特異的T細胞株は、製品を構成する各抗原特異的T細胞株(すなわち、2つ以上の抗原特異的T細胞株)を含む組成物の形態であってもよく、又は単一の投与セッションでの投与のための個別抗原特異的T細胞株の複数の組成物の形態であってもよい。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品は、適切なドナー集団から生成された複数の個別抗原特異的T細胞株を含む。適切なドナー集団は、複数の異なるドナーを含んでもよく、ここで、各ドナーのHLA型は本明細書にさらに記載されるように、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1つの他のドナーとは異なる。いくつかの実施形態では、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品(例えば、UVST)は、本明細書に記載のドナーミニバンク又は本明細書に記載のドナーバンクに存在する複数の細胞株を含む。特定の実施形態では、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品(例えば、UVST)は、本明細書に記載のドナーミニバンク又は本明細書に記載のドナーバンクに存在する細胞株の一部又は全部を含む。
様々な実施形態において、用語「十分に一致した」は、本明細書において、所定の患者及び所定の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)に関して使用され、患者及び細胞療法製品が予め設定された閾値数のHLAアレルを共有する(すなわち、一致する)場合を記述する。例えば、実施形態において、細胞療法製品は、患者及び細胞療法製品が少なくとも2つのHLAアレル上で一致する場合、患者と十分に一致する。
本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の詳細な説明から明らかになるだろう。しかしながら、この詳細な説明から当業者には本発明の趣旨及び範囲内での様々な変更及び改変が明らかになるので、その詳細な説明及び具体例は、本開示の具体的な実施形態を示すが、単に例証として与えられることを理解するべきである。
以下の議論は、本発明の様々な実施形態を対象にしている。用語「発明」は、任意の特定の実施形態のことを指すと意図されていないし、本開示の範囲を限定すると意図されていない。これらの実施形態のうちの1つ以上が好ましい場合もあるが、開示された実施形態は、請求項を含む本開示の範囲を限定するものとして解釈又は使用されるべきでない。さらに、当業者であれば、以下の説明が広範な適用を有し、任意の実施形態の議論が、その実施形態を例示することだけを意味し、請求項を含む本開示の範囲がその実施形態に限定されることを暗示すると意図されていないことを理解するだろう。
(概要)
本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品(例えば、ユニバーサルVST組成物及びユニバーサルVST製品)、並びにそれらの作製及び使用のための方法を提供する。ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品は、複数の異なるドナーに由来する抗原特異的T細胞の集団を含む。複数の異なるドナーにおいて、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。一態様では、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品が、組成物及び製品が患者集団全体にわたって高度の一致を達成するように、HLAアレルの多様性を有する十分な多様性のドナー由来のT細胞を含む。様々な実施形態では、複数の異なるドナーがHLAアレルの十分な多様性(互いに対して)を有し、その結果、組成物及び製品が少なくとも1つのHLAアレルにおいて患者集団全体にわたる患者の大部分(例えば、所与の患者集団の95%以上)と一致し、例えば、特定の態様ではそのような組成物及び製品が少なくとも2つのHLAアレルにおいて患者集団全体にわたる患者の95%以上と一致する。したがって、態様において、複数の異なるHLAアレルがユニバーサル抗原特異的T細胞組成物において表れ、その結果、組成物及び製品がHLAタイピングを必要とせずに、レシピエントに普遍的に投与され得る。これは、十分に一致した患者にのみ投与され、したがって、患者の事前のHLAタイピングを必要とする、従来の抗原特異的T細胞組成物及び製品とは対照的である。
本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品(例えば、ユニバーサルVST組成物及びユニバーサルVST製品)、並びにそれらの作製及び使用のための方法を提供する。ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品は、複数の異なるドナーに由来する抗原特異的T細胞の集団を含む。複数の異なるドナーにおいて、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。一態様では、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品が、組成物及び製品が患者集団全体にわたって高度の一致を達成するように、HLAアレルの多様性を有する十分な多様性のドナー由来のT細胞を含む。様々な実施形態では、複数の異なるドナーがHLAアレルの十分な多様性(互いに対して)を有し、その結果、組成物及び製品が少なくとも1つのHLAアレルにおいて患者集団全体にわたる患者の大部分(例えば、所与の患者集団の95%以上)と一致し、例えば、特定の態様ではそのような組成物及び製品が少なくとも2つのHLAアレルにおいて患者集団全体にわたる患者の95%以上と一致する。したがって、態様において、複数の異なるHLAアレルがユニバーサル抗原特異的T細胞組成物において表れ、その結果、組成物及び製品がHLAタイピングを必要とせずに、レシピエントに普遍的に投与され得る。これは、十分に一致した患者にのみ投与され、したがって、患者の事前のHLAタイピングを必要とする、従来の抗原特異的T細胞組成物及び製品とは対照的である。
態様において、本開示は、いくつかの驚くべき臨床的及び前臨床的観察に基づく。第1に、部分的に一致したVST組成物は患者において有効であり、場合によっては、1つの一致したアレルしかないほど低い製品で患者を処置した場合でさえ、完全又は部分的応答が観察された(図35)。したがって、これらの予備データは、低適合製品が治療上の利益を提供することを支持する。第2に、異なるHLA型を有するドナーから作製された2つ以上のVST細胞株を所定の患者に投与すると、処置の6週間以内に急性移植片対宿主病(aGVHD)又は処置後1年以内に慢性GVHD(cGVHD)を伴わず、又はほとんど伴わずに処置応答をもたらす(表7)(表8)。したがって、これらの予備データは、多様なHLAプロファイルを有する複数のVST細胞製品による処置が安全であり、製品の治療可能性を低下させない可能性があることを裏付けている。第3に、本明細書に提示されるインビトロデータは、個々のVST細胞株がユニバーサルVST細胞製品へのプール後にも効力を維持し(表11及び13)、自己反応性又は同種反応性を有しないことを実証している(図40~41)。したがって、これらのデータをまとめると、本明細書に開示されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品は、他のT細胞製品よりも非常に有利であることが裏付けられる;例えば、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物又は製品はHLA型を患者に投与する必要なしに(但し、事前のHLA型決定の採用は排除しない)、かつ患者に投与するためのHLA適合抗原特異的T細胞株を選択及び/又は生成する必要なしに、又は患者に投与するための自己抗原特異的T細胞株を生成する必要なしに、それを必要とする患者に投与され得る。したがって、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品、並びにその使用方法は、任意の患者に投与することができる既製の製品で患者を迅速に処置することを可能にする。これはパンデミック状況(SARS-CoV2パンデミックなど)における既製のウイルス特異的T細胞によるウイルス感染の治療に特に有利であり得、1日以上療法へのアクセスを遅らせる可能性があるHLAタイピングを待たずに患者に迅速に療法を施し得る。したがって、実施形態では、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品は、T細胞のより速い応答速度、疾患改善に関して優れた速度及び有効性、並びに/又は治療利益の改善された持続性を含めて、従来の抗原特異的T細胞組成物と比較して優れた効果を提供し得る。
実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品は、従来のHLAマッチングを用いることによって得られるカバー率と比較して、特定の患者についてHLAアレルのカバー率がより良好なものを提供するという点で、他のT細胞製品よりも優れていてもよい。例えば、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品は、レシピエントと少なくとも部分的に適合するか又は十分に適合する複数のドナー由来の複数の抗原特異的T細胞株(例えば、VST細胞株)を含んでもよく、従来の治療パラダイムでは、これらの十分に一致するT細胞株のうちの1つのみが患者に投与され、効果的な処置を行うことができたであろう。しかしながら、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物及び製品では、製品は利用可能な最もよく適合した抗原特異的T細胞製品を含むだけでなく、レシピエントにあまり最適に適合しない可能性があるが、それにもかかわらず、本明細書で提供される本発明者らの結果に基づいて治療的に活性である可能性が高い複数の異なるドナーからの1つ以上のさらなるT細胞株も含むことになるであろう。すなわち、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、患者と部分的にHLAが一致する組成物のうちの2つ以上の製品を含有する可能性が高く、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物内の異なる部分的HLA一致製品は、異なるアレルで患者と一致し得る。したがって、本明細書に開示されるユニバーサルな抗原特異的T細胞組成物及び製品は、単一のT細胞製品よりも広い抗原特異的活性を提供する可能性が高い。したがって、推測によって限定されるものではないが、相加的又は相乗的な応答が観察され得る。さらに、実施形態において、本明細書で提供される組成物及び方法は、細胞製品のレシピエントのHLAタイピングを必要とせずに、この優れたカバー率が達成されるという点で有利である。実施形態では、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞製品は、すべてのアレル上のレシピエントと適合される。
実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物が単一の組成物に一緒にプールされた複数のドナー由来の抗原特異的T細胞株を含む。実施形態において、患者は、プールされた組成物を投与される。実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、個々のドナー由来の個々の抗原特異的T細胞株を含み、組成物は単回の投与セッションで患者に投与される。したがって、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、投与前に個々の細胞株を混合したプール製品として投与してもよい。実施形態において、細胞株は、組成物を凍結する前に一緒にプールされてもよく、ここで、プールされた組成物は患者への投与の前に解凍され;又は個々の細胞株が凍結保存された(すなわち、非常に低温、典型的には約-80℃に冷却された)後、一緒にプールされ、投与され得る。代替的に、実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、一緒にプールされ、凍結又は解凍工程を受けていないプールされた製品として投与され得る。実施形態において、抗原特異的T細胞組成物は、個々のT細胞株の個々の投与として、単回の投与セッションにおいて同時に又は連続して患者に投与され得る。本明細書で使用される「投与セッション」は、組成物を投与する医療専門家とのセッション又は訪問を指す。実施形態において、単回投与セッションは、数時間又は数日を包含し得る。実施形態において、単回投与セッションで投与される組成物は、互いに数分以内、又は互いに1、2、3、4、5、6、12、若しくは18時間以内、又は約1、2、3、4、5、6、若しくは7日以内に投与される。例えば、実施形態において、投与セッションは、2つ以上の個々の細胞株組成物の投与を含み、患者は投与の間に組成物が投与される施設又は場所を離れず、及び/又は患者は投与間の安全性モニタリング(そのようなモニタリングが開始又は必要とされる場合)以外に、インビボでの細胞の有効性又は寿命の評価などの試験又は評価を受けない。いくつかの投与セッションでは、組成物が投与される時点で、例えば、投与のためにシリンジ上に混合組成物を引き上げる前に個々のバイアルを混合することによって、個々の細胞株を一緒にプールする。いくつかの投与セッションでは、個々の細胞株をシリンジ内に一緒にプールし、例えば、個々の細胞株組成物の2つ以上のバイアルからシリンジ内に細胞を引き込む。いくつかの投与セッションにおいて、個々の細胞株は、単回の投与セッションにおいて患者に別々に投与される。
実施形態において、本明細書で提供される細胞療法製品は、一緒にプールされた2つ以上のユニバーサル抗原特異的T細胞製品を含む。実施形態において、本明細書で提供される細胞療法製品は、1つ以上の追加の個々の抗原特異的T細胞株が添加されたユニバーサル抗原特異的T細胞製品を含む。実施形態において、本開示は、T細胞療法製品の個別化投与のための方法を提供し、患者は患者のニーズ及び/又は遺伝子プロファイルに高度に個別化されたユニバーサル抗原特異的T細胞製品を受け取るように、患者はユニバーサル抗原特異的T細胞製品を、追加のユニバーサル抗原特異的T細胞製品と組み合わせて、及び/又は1つ以上の追加の個々の抗原特異的T細胞株と組み合わせて投与される。例えば、実施形態において、本開示は、患者のHLA型が既知であり、患者のHLAアレルの全て又は大部分をカバーする高度に個別化された抗原特異的T細胞製品が、2つ以上のユニバーサル抗原特異的T細胞製品、2つ以上の個々の抗原特異的T細胞株、及び/又は1つ以上のユニバーサル抗原特異的T細胞製品と1つ以上の個々の抗原特異的T細胞株と一緒にプールすることによって準備する、方法を提供する。実施形態において、本開示は高度に個別化された抗原特異的T細胞製品で患者を処置するための方法を提供し、この方法は、2つ以上の個々の抗原特異的T細胞株を単回の投与セッションにおいて患者に同時に又は順次投与する工程を包含する。
態様において、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は病原体特異的T細胞及び/又は腫瘍特異的(例えば、腫瘍抗原、又はTAA)T細胞を含む。特定の態様では、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、ウイルス特異的T細胞及び/又は腫瘍特異的(例えば、腫瘍抗原、又はTAA)T細胞を含む。実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞療法は、ユニバーサルウイルス特異的T細胞(UVST)組成物である。
実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を構成する細胞株は、モノクローナル、オリゴクローナル、及び/又はポリクローナルである。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物中の細胞株のそれぞれは、ポリクローナル細胞株である。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、1つ以上のオリゴクローナル細胞株と組み合わせた1つ以上のモノクローナル細胞株;1つ以上のポリクローナル細胞株と組み合わせた1つ以上のモノクローナル細胞株;又は1つ以上のポリクローナル細胞株と組み合わせた1つ以上のオリゴクローナル細胞株を含む。
(ドナーとHLA型)
本明細書において提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、複数の異なるドナーに由来する複数の抗原特異的T細胞株を含む抗原特異的T細胞の集団を含み、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1、2、3、4、5、6、7又は8個のHLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、ドナーミニバンクに細胞をプールすることによって生成される。実施形態において、複数の異なるドナーは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15名、又はそれ以上のドナーのドナーの集団である。実施形態において、複数の異なるドナーは、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団にある。実施形態において、各ドナーのHLA型(例えば、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団における)は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも2つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも3つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも4つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも5つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、6つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又はすべてと異なる。
本明細書において提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、複数の異なるドナーに由来する複数の抗原特異的T細胞株を含む抗原特異的T細胞の集団を含み、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1、2、3、4、5、6、7又は8個のHLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、ドナーミニバンクに細胞をプールすることによって生成される。実施形態において、複数の異なるドナーは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15名、又はそれ以上のドナーのドナーの集団である。実施形態において、複数の異なるドナーは、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団にある。実施形態において、各ドナーのHLA型(例えば、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団における)は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも2つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも3つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも4つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てと異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも5つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又は全てとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、6つのHLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2名、少なくとも3名、少なくとも4名、少なくとも5名、少なくとも6名、少なくとも7名、少なくとも8名、少なくとも9名、少なくとも10名、又はすべてと異なる。
実施形態において、各ドナーのHLA型(例えば、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団)は、1つ以上のクラスI HLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のクラスI HLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名、又はすべてとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のHLA-A、HLA-B、及び/又はHLA-Cアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のHLA-A、HLA-B、及び/又はHLA-Cアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名、又はすべてとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-A及び少なくとも1つのHLA-Bアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-A及び少なくとも1つのHLA-Bアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名、又はすべてとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-A及び少なくとも1つのHLA-Bアレル並びに少なくとも1つのHLA-Cアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLA-A及び少なくとも1つのHLA-Bアレル及び少なくとも1つのHLA-Cアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名、又はすべてとは異なる。
実施形態において、各ドナーのHLA型(例えば、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団)は、1つ以上のクラスII HLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。各ドナーのHLA型は、1つ以上のクラスII HLAアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名又は少なくとも1つの他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のDP、DQ、及び/又はDRアレル上の少なくとも1つの他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1つ以上のDP、DQ、及び/又はDRアレルにおいて、他のドナーの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10名、又はすべてとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型がHLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、及び/又はHLA-DRBのうちの1つ以上において、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、及びHLA-DRBのうちの1つ以上において、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。実施形態では、各ドナーのHLA型は、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、及び/又はHLA-DRBのうちの1つ以上において、少なくとも1名の他のドナーとは異なる。
実施形態において、各ドナーのHLA型(例えば、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーのドナー集団)は、少なくとも1つのクラスI HLAアレル及び少なくとも1つのクラスII HLAアレルにおいて、少なくとも1つの他のドナーとは異なる。実施形態において、各ドナーのHLA型は、1名以上の他のドナーにおいて、少なくとも2つのクラスI HLAアレル及び少なくとも2つのクラスII HLAアレルとは異なる。実施形態において、ドナーは、少なくとも2つの異なるHLA-Aアレル、少なくとも2つの異なるHLA-Bアレル、少なくとも2つの異なるDRB1アレル、及び/又は少なくとも2つの異なるDQB1アレルを有する。
(外来性(トランスジェニック)分子を発現する細胞)
実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、外来性分子を発現するT細胞を含む。実施形態において、そのようなT細胞は、本明細書に記載されるようなUVSTである。外来性分子の発現は、エレクトロポレーション、ヌクレオフェクション、リポソーム又は塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、DEAE-デキストラン、又は他の物質を用いるトランスフェクション;微粒子銃;リポフェクション;トランスポゾン又はトランスポザーゼ;及び感染(例えば、ベクターがウイルスなどの感染性因子である場合)を含む、当技術分野で公知の多くの適切な手段のいずれかによって達成され得る。実施形態において、外来性分子は、DNA又はRNAによってコードされる。実施形態において、DNA又はRNAは、修飾DNA又は修飾RNAであり得る。実施形態において、外来性分子は、発現カセット又は発現ベクター(例えば、プラスミド、ウイルス(例えば、レンチウイルス)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、又はコスミドを含むウイルスベクター)中に存在し得るmRNA又はポリヌクレオチドによってコードされ、T細胞は、外来性分子の発現を達成するためにmRNA又はベクターでトランスフェクトされる。実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、外来性分子をコードする導入遺伝子を含有するレトロウイルス又はレンチウイルスベクターで形質導入されたT細胞を含み、外来性分子は、CAR、トランスジェニックTCR、NK細胞受容体、又は治療剤である。実施形態において、外来性分子は、CAR又はTCRである。実施形態において、外来性分子は、癌抗原に特異的な抗原結合ドメインを含むCARである。
実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、外来性分子を発現するT細胞を含む。実施形態において、そのようなT細胞は、本明細書に記載されるようなUVSTである。外来性分子の発現は、エレクトロポレーション、ヌクレオフェクション、リポソーム又は塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、DEAE-デキストラン、又は他の物質を用いるトランスフェクション;微粒子銃;リポフェクション;トランスポゾン又はトランスポザーゼ;及び感染(例えば、ベクターがウイルスなどの感染性因子である場合)を含む、当技術分野で公知の多くの適切な手段のいずれかによって達成され得る。実施形態において、外来性分子は、DNA又はRNAによってコードされる。実施形態において、DNA又はRNAは、修飾DNA又は修飾RNAであり得る。実施形態において、外来性分子は、発現カセット又は発現ベクター(例えば、プラスミド、ウイルス(例えば、レンチウイルス)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、又はコスミドを含むウイルスベクター)中に存在し得るmRNA又はポリヌクレオチドによってコードされ、T細胞は、外来性分子の発現を達成するためにmRNA又はベクターでトランスフェクトされる。実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、外来性分子をコードする導入遺伝子を含有するレトロウイルス又はレンチウイルスベクターで形質導入されたT細胞を含み、外来性分子は、CAR、トランスジェニックTCR、NK細胞受容体、又は治療剤である。実施形態において、外来性分子は、CAR又はTCRである。実施形態において、外来性分子は、癌抗原に特異的な抗原結合ドメインを含むCARである。
実施形態において、本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、外来性分子のための担体として使用され、当該組成物は、複数の異なるドナー由来の細胞株の混合物を有利に含有するT細胞療法のための安全な送達ビヒクルを提供する。実施形態において、外来性分子のための担体として使用するためのそのようなユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、UVSTである。抗原特異的T細胞組成物は、複数の異なるドナー由来の細胞株の混合物を含み、一部の細胞は不適合である一方で、一部の細胞はレシピエント患者に部分的に適合される。異なる細胞株のそのような混合物は、レシピエントへの投与時に迅速な拒絶反応を防止するために細胞のさらなる改変を必要とせずに、レシピエントにおいて持続することができる組成物を提供する。実施形態において、外来性分子を発現するように改変されたユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、宿主細胞に対する同種反応性を欠き、患者において持続することができる改変T細胞を含む。実施形態では、組成物は、所望の機能、例えば、癌細胞を標的とし、根絶することを行うのに十分な期間、患者内に存続する改変T細胞を含む。
実施形態において、外来性分子を発現する本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、二重の機能を果たす。例えば、実施形態において、第1の機能は、外来性分子に関連するエフェクター活性(例えば、腫瘍細胞上の腫瘍抗原に特異的なCARを発現するT細胞の抗腫瘍細胞活性)であり、第2の機能は、T細胞自体によって発現されるネイティブT細胞受容体の特異性(例えば、複数の腫瘍抗原及び/又は複数のウイルス抗原に対する)に関連するエフェクター活性である。例えば、実施形態において、本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を提供し、ここで、T細胞はCARを発現するように改変され、CARを介して抗腫瘍活性を有するとともに、又は処置を受けている患者において、ウイルス感染を予防若しくは低減するための、又は、ウイルス再活性化若しくは溶解性ウイルス感染を予防若しくは処置するための、抗ウイルス活性を有する。
他の実施形態において、外来性分子を発現する本明細書で提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、T細胞の特異的抗原特異性に関連する機能を果たさないが、上記で提供されるような外来性分子の安全な担体として適している。そのような実施形態では、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、細胞がエフェクター機能を果たす炎症部位に移動してもよい。
実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物のT細胞は、CARを発現するように操作されている。本明細書で使用される「キメラ抗原受容体」(「CAR」)という用語は、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインを含む組換えポリペプチド構築物を指す。実施形態において、細胞質ドメインは、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、刺激分子(例えば、刺激方法でTCR複合体の一次活性化を調節又は誘導するための一次細胞質シグナル伝達配列を提供する分子)に由来する機能的シグナル伝達ドメインを含む。実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子をさらに含む。例えば、実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは一次シグナル伝達ドメイン(例えば、例えば、CD3-ζなどのimmmunoreceptor tyrosine-based activation motif(ITAM)を含む一次シグナル伝達ドメイン)、及び任意に、少なくとも1つの共刺激分子に由来する1つ以上の機能的シグナル伝達ドメインを含む。CD27、ICOS、及び/又はCD28)。例示的な一次シグナル伝達ドメインとしては、TCRζ、FcRγ、FcRβ、FcRε、CD3γ、CD3ζ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b及びCD66dが挙げられる。例示的な共刺激分子には、CD27、CD28、CD8、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、MHCクラスI分子、BTLA、TLR、及びB7-H3が含まれる。T細胞上の同種の共刺激シグナル分子に結合する例示的な共刺激リガンドは、CD7、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、誘導性共刺激リガンド(ICOS-L)、細胞間接着分子(ICAM、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、M1CB、HVEM、リンホトキシンβ受容体、3/TR6、ILT3、ILT4、TLRに径都合するアゴニスト又は抗体、及びB7-H3に特異的に結合するリガンドを含む。共刺激リガンドは、とりわけ、例えば限定はされないが、CD27、CD28、4-1BB、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LTGHT、NKG2C、B7-H3、及びCD83と特異的に結合するリガンドなどの、T細胞上に存在する共刺激分子と特異的に結合する抗体を包含する。
実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物のT細胞は、外来性TCR(例えば、αβTCR又はγδTCR)を発現するように操作されている。実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物のT細胞は、NK細胞受容体を発現するように操作されている。例示的なNKT又はNK細胞受容体としては、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46.KIR2DS1、KIR2DS2/3、KIR2DL4、KIR2DS4、KIR2DS5、KIR3DS1、及びNKG2Cが挙げられる。実施形態では、CARのような外来性TCR又はNK細胞受容体は、細胞におけるエフェクター機能を誘発する細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
実施形態において、T細胞は、1つ以上の炎症誘発性サイトカイン及び/又はリガンド、又は1つ以上の化学療法剤などの1つ以上の治療剤又は分子を発現する。例えば、実施形態において、T細胞は、IL-2、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL-l5、IL-15/IL-15RA、IL-18、IL-21、TNFα、IFNγ、キメラ受容体、キメラサイトカイン受容体、メトトレキサート、アミノプテリン、6-メルカプトプリン、シタラビン、5-フルオロウラシルデカルバジン、メクロレタミン、チオエパ クロラムブシル、メルファラン、カルムスチン(BSNU)、マイトマイシンC、ロムスチン(CCNU)、1-メチルニトロソウレア、シクロホスファミド、メクロレタミン、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンC、シス-ジクロロジアミン白金(II)(DDP)、シスプラチン、カルボプラチン、シスプラチン及びカルボプラチン(パラプラチン);ダウノルビシン、ドキソルビシン(アドリアマイシン)、デトルビシン、カルミノマイシン、イダルビシン、エピルビシン、ミトキサントロン及びビサントレン;抗生物質としてはダクチノマイシン(アクチノマイシンD)、ブレオマイシン、カリケアマイシン、ミトラマイシン、アントラマイシン(AMC)、ビンカアルカロイド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、パクリタキセル(タキソール)、リシン、シュードモナス外毒素、ゲムシタビン、サイトカラシンB、グラミシジンD、臭化エチジウム、エメチン、エトポシド、テノポシド、コルヒチン、ジヒドロキシアントラシンジオン、1-デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、プロカルバジン、ヒドロキシウレア、アスパラギナーゼ、コルチコステロイド又はミトタン(O,P’-(DDD))の1以上を発現するように遺伝的に修飾されたものである。
実施形態において、外来性分子は、1つ以上の小分子キナーゼ阻害剤、又は腫瘍微小環境の要素の阻害剤である。実施形態において、外来性分子は、腫瘍部位で阻害剤分子を隔離(sequester)する1つ以上の受容体である。
実施形態において、本開示は組成物中のT細胞の1つ以上が外来性分子(例えば、治療剤、CAR、外来性TCR、NKT又はNK細胞受容体)を発現する、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を作製するための方法を提供する。実施形態において、本明細書に記載されるように作製された個々のT細胞株は、外来性分子を発現するように操作される。他の実施形態において、個々のT細胞株は、本明細書に提供されるように一緒にプールされ、プールされた細胞製品は、外来性分子を発現するように操作される。実施形態において、個々のT細胞株及び/又はプールされた細胞製品は、本明細書において提供される治療方法において細胞株及び/又はプールされた細胞製品を使用する前に、外来性分子の発現率を評価するために試験される。
(ドナーミニバンク)
本開示の実施形態は、複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含むドナーミニバンク及び複数のそのようなドナーミニバンクから構成されるドナーバンク、並びに疾患又は障害を処置するための養子免疫療法において使用するために、そのようなドナーミニバンク、ドナーバンク、及びそれらに含まれる細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を作製し、使用する(単独で、又はユニバーサル細胞療法製品として一緒に)方法を含む。
本開示の実施形態は、複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含むドナーミニバンク及び複数のそのようなドナーミニバンクから構成されるドナーバンク、並びに疾患又は障害を処置するための養子免疫療法において使用するために、そのようなドナーミニバンク、ドナーバンク、及びそれらに含まれる細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を作製し、使用する(単独で、又はユニバーサル細胞療法製品として一緒に)方法を含む。
実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞製品は、ドナーミニバンクのいくつか又は全ての細胞株を一緒にプールすることによって生成される。例えば、実施形態において、本明細書に提供されるユニバーサル抗原特異的T細胞製品は、ドナーミニバンク中の細胞株の全てを一緒にプールすることによって生成される。実施形態において、ミニバンク中の全ての細胞株を一緒にプールすることは、患者集団に対して>95%のカバー率を提供する組成物をもたらす。実施形態において、本開示は、ミニバンクにおける細胞株のサブセットを一緒にプールすること、及び/又は個々の抗原特異的T細胞株を一緒にプールすることを含み、プールされた組成物は、患者集団の>75%、>80%、>85%、>90%、又は>95%のカバー率を提供する。実施形態において、本開示は、ドナーミニバンクの細胞株を含む組成物を提供する。
特定の実施形態において、本発明は、細胞療法製品を構築する際に使用するための(そのHLA型に関して)適切に多様なドナーのセットを識別及び選択する方法及びコンピュータ実装アルゴリズムを含む(例えば、以下の通り。各ドナーミニバンクが標的集団の所望の割合に対して少なくとも1つの十分に適合した細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含むことを確実にするために、ドナーミニバンクに含まれるか、又はドナーミニバンクから生成される細胞療法製品(複数の抗原特異的T細胞株及びユニバーサル抗原特異的T細胞製品)を構築するために、(そのHLA型の観点から)適切に多様なドナーのセットを識別及び選択するための、方法及びコンピュータ実装アルゴリズムが挙げられる。本明細書中でさらに議論されるように、所与のミニバンクに含まれる、又はドナーミニバンクから生成される細胞療法製品(例えば、複数の抗原特異的T細胞株及びユニバーサル抗原特異的T細胞製品)に十分に適合する標的集団のパーセンテージは、そのミニバンクを構築するとき予め決定され得るパラメータであって、標的集団のHLA型及びドナーミニバンクに含まれる細胞療法製品の数に基づき得るパラメータである。場合によっては、各ドナーミニバンクは、標的集団内の見込み患者の少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)と十分に適合する少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含む。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書中に開示される方法は、確実にドナーミニバンク内の少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)が所与の標的集団の95%以上と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合するように、好適なドナー多様性(HLAタイピングに関して)を備えたそのようなドナーミニバンクの構築を可能にする。
特定の実施形態において、そのようなドナーミニバンクに含まれるそのような細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)の作製において利用されるドナーは、標的患者集団の少なくとも95%が、ミニバンク内の少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)と2つ以上のHLAアレルにおいて適合するようにドナー間で十分なHLA多様性を確保するために、本明細書中に開示されるドナー選択方法を用いて慎重に選択される。本開示は、抗原特異的T細胞株(例えば、VST細胞株)などの、部分的にしかHLAが適合しない細胞治療が第三者において安全かつ有効であるという驚くべき発見に部分的に基づく。実際に、実施例1~3に示されるように、本発明者らの臨床試験では、わずか1つというHLAアレルしか適合しない被験体に投与されても、第三者のVSTが安全であり、有効であることが実証された(例えば、図35~37を参照のこと)。
本開示は、ドナーミニバンク(及び複数のそのようなドナーミニバンクを含むドナーバンク)を含み、そのドナーミニバンクは、本明細書中に開示されるドナー選択方法、並びに疾患又は障害を処置又は予防するためにそのような細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株製品、例えば、VST製品を含む)を作製、投与及び使用する方法を介して特定されたそのような好適な第三者供血者から回収された血液サンプルに由来するそのような細胞療法製品を含む。したがって、様々な実施形態において、そのようなドナーミニバンクは、本明細書中に開示されるドナー選択方法を用いて慎重に選択されたドナーから得られるサンプル(例えば、PBMCなどの単核球)に由来する複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含み、そのための細胞療法製品は、標的患者集団の少なくとも95%が、ミニバンク内の少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)と2つ以上のHLAアレルにおいて適合するように、互いの間に十分なHLA多様性を備える。
様々な実施形態において、本明細書中に開示されるドナーミニバンクに含まれる1つ以上の細胞療法製品が、本明細書中に開示される患者適合方法に基づいて、そのような治療を必要とする、十分に適合する被験体に投与される。いくつかの実施形態において、ドナーミニバンクに含まれる複数のそのような細胞療法製品は、本明細書中に開示される患者適合方法に基づいて、十分に適合する被験体に投与される。いくつかの実施形態では、ドナーミニバンクに含まれる複数のそのような細胞療法製品は、被験体のHLA型が既知であるか否かに関係なく、被験体に投与される。例えば、下記でさらに議論されるように、いくつかのそのような実施形態では、被験体には、ドナーミニバンクに含まれる各細胞療法製品が投与され得、そのミニバンクは、本明細書中に開示されるドナー選択方法を用いて慎重に選択されたドナーから得られたサンプル(例えば、PBMC)に由来する複数の細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)を含むので、その細胞療法製品は、標的患者集団の少なくとも95%がそのミニバンク内の少なくとも1つの細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)と2つ以上のHLAアレルにおいて適合するように互いの間に十分なHLA多様性を備える。このように、ドナーミニバンクは、標的患者集団の>95%と適合性である(すなわち、十分に適合する)ユニバーサル細胞療法製品として働く。被験体に一緒に投与される複数の細胞療法製品は、連続的に投与されてもよいし、同時に投与されてもよい。いくつかの実施形態において、複数の細胞療法製品は、合わせてプールされており、単一のユニバーサル細胞療法製品として被験体に投与される。ドナーミニバンクに含まれるそのような細胞療法製品(例えば、抗原特異的T細胞株)のプールは、それを必要とする被験体への後の投与のために、細胞バンクに(例えば、凍結保存で)保存され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に開示されるドナーミニバンクの構築において利用されるドナーは、血清陽性についてプレスクリーニングされ、かつ/又はそれらのドナーは、健康である。本開示は、これらの抗原特異的T細胞株を、将来を見越して作製し、次いで凍結保存することで、感染ウイルス又は複数のウイルスに対して実証できるほどの免疫活性を有する「既製品」としてすぐに利用できるようにする。
本開示は、いくつかの実施形態において、ポリクローナルVSTが、製造プロセスにおいて生ウイルスの存在又は組換えDNA技術を必要とすることなく作製され得ることを提供する。いくつかの実施形態では、T細胞集団を拡大し、ウイルス特異性について濃縮して、その結果、同種反応性T細胞が減少する。本開示は、細胞治療(例えば、VST)ドナーバンクよびドナーミニバンクが、いくつかの実施形態において、同種異系HSCT患者集団(例えば、米国の同種異系HSCT患者集団)の>95%に対応できるようにデザインされ得ることも提供する。さらに、細胞治療(例えば、VST)ドナーバンク及びドナーミニバンクは、ウイルス感染細胞に対して抗ウイルス効果を媒介するほど十分にHLAが適合している。例えば、十分にHLAが適合しているとは、少なくとも2つのアレルが適合していることを指す。本開示は、いくつかの実施形態において、被験体の幹細胞ドナーと部分的にだけ適合している細胞療法製品、例えばVSTを提供するが、そのような細胞療法製品(例えば、VST)は結果的に、幹細胞ドナーの細胞がレシピエント内で完全に再増殖する時点(この時点においてその細胞療法製品(例えばVST)は、再構成された患者の免疫系によって拒絶される)までしか循環しないと予想される。
いくつかの実施形態において、VSTは、レシピエント内を最大1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、13週間、14週間、15週間、16週間、17週間、18週間(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)循環する。1つの実施形態において、VSTは、レシピエント内を最大12週間循環する。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクの構築において使用するのに適したドナーを特定する方法は、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型を第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者と比較する工程(a)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような工程(a)における比較に基づいて、第1の複数の見込み患者の中で最も多くの患者と2つ以上のHLAアレルが適合する第1のドナープール由来のドナーと定義される第1の最適合ドナーを決定する工程(図2)。いくつかの実施形態において、患者の大部分に対応するドナーは、(i)抗原特異的T細胞株作製の一次選考を通過し、(ii)全体のドナープールから除去され、(iii)このドナーによって対応されるすべての患者が、患者集団から除去される(図3)。いくつかの実施形態において、第1の最適合ドナーは、第1のドナーミニバンクのために選択される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去し、それにより、第1の最適合ドナーを除く第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補からなる第2のドナープールを作製する工程(d)を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような方法は、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去し、それにより、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除く第1の複数の各見込み患者からなる第2の複数の見込み患者を得る工程(e)を含む。
いくつかの実施形態において、第1のドナーミニバンクは、10名以下、9名以下、8名以下、7名以下、6名以下、5名以下、4名以下、3名以下又は2名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含み、第1の見込み患者集団の>95%に、少なくとも2つのHLAアレルにおいて患者のHLA型に適合する1つ以上の抗原特異的T細胞株を提供するのに十分なHLA多様性を備える。いくつかの実施形態において、第1のドナーミニバンクは、10名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含む。いくつかの実施形態において、第1のドナーミニバンクは、5名以下のドナーに由来する抗原特異的T細胞株を含む。
いくつかの実施形態において、図4~図10に示されているように、本方法は、工程(d)及び(e)に従って、まだ除去されていないすべてのドナー及び見込み患者を用いて、本明細書中に記載されるような工程(a)~(e)をさらに少なくとも1回、少なくとも2回、少なくとも3回、少なくとも4回、少なくとも5回、少なくとも6回、少なくとも7回、少なくとも右回、少なくとも9回、少なくとも10回又はそれ以上反復する工程(f)を含む。いくつかの実施形態において、工程(a)~(e)は、第1の見込み患者集団の所望のパーセンテージが複数の見込み患者に残るまで、又はドナープールにドナーが残らなくなるまで、反復される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような工程(a)~(e)は、第1の見込み患者集団の5%以下が複数の見込み患者に残るまで、工程(f)に従って繰り返される。図11に示されているように、選択されたドナーが、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%の見込み患者(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)に相当し得るとき、第1のドナーミニバンクは完成となる。
いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、少なくとも95名、少なくとも97名、少なくとも99名、少なくとも100名、少なくとも105名、少なくとも110名、少なくとも115名、少なくとも120名の患者を含む。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、少なくとも100名の患者を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されるような工程(c)に従って追加の最適合ドナーが選択されるたびに、工程(d)に従ってそれぞれのドナープールからその追加の最適合ドナーが除去される。いくつかの実施形態では、次の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、工程(e)に従ってそれぞれの複数の見込み患者から次の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者が除去される。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されるような工程(a)~(e)を反復することにより、第1のドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数が、上記方法の各サイクル後に1ずつ増加し、それにより、選択された最適合ドナーとのHLA適合に従って上記方法の各サイクル後に患者集団内の複数の見込み患者の数が減少する。いくつかの実施形態では、選択されたドナー集団が患者の少なくとも95%をカバーできたら、第1のドナーミニバンクは完成となる。いくつかの実施形態において、確実に各患者が複数の抗原特異的T細胞株の選択肢を有するように、本明細書中に記載されるのと同じストラテジーを用いて追加のミニバンクが構築され得る。
いくつかの実施形態において、上記の2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIアレルを含む。いくつかの実施形態において、上記の2つ以上のアレルは、少なくとも2つのHLAクラスIIアレルを含む。いくつかの実施形態において、上記の2つ以上のアレルは、少なくとも1つのHLAクラスIアレル及び少なくとも1つのHLAクラスIIアレルを含む。
いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、全世界の同種異系HSCT集団を含む。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、全米の同種異系HSCT集団を含む。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレスbioinformatics.bethematchclinical.orgにおいて利用可能なNational Marrow Donor Program(NMDP)データベースに含まれるすべての患者を含む。いくつかの実施形態において、第1の見込み患者集団は、ワールドワイドウェブアドレス:ebmt.org/ebmt-patient-registryにおいて利用可能なEuropean Society for Blood and Marrow Transplantation(EBMT)データベースに含まれるすべての患者を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、代用物を使用することによって決定することができ、ここで、前記代用物のサンプルサイズは、十分大きく、米国の同種異系のHSCT集団の代表でもある。例として、Baylor College of Medicine(Houston,TX)における666名の同種異系のHSCTレシピエントが、全米の同種異系HSCT集団の好適な代用物であり得る。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、代用物を使用することによって決定することができ、ここで、前記代用物のサンプルサイズは、十分大きく、全世界の同種異系のHSCT集団の代表である。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、3歳以下、4歳以下、5歳以下、6歳以下、7歳以下、8歳以下、9歳以下、10歳以下、11歳以下、12歳以下、13歳以下、14歳以下、15歳以下、16歳以下、17歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、65歳以上、70歳以上、75歳以上、80歳以上、85歳以上、90歳以上の個体を含む。いくつかの実施形態において、全世界の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、3歳以下、4歳以下、5歳以下、6歳以下、7歳以下、8歳以下、9歳以下、10歳以下、11歳以下、12歳以下、13歳以下、14歳以下、15歳以下、16歳以下、17歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、5歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、16歳以下の小児を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、65歳以上、70歳以上、75歳以上、80歳以上、85歳以上、90歳以上の個体を含む。いくつかの実施形態において、全米の同種異系HSCT集団は、65歳以上の個体を含む。
いくつかの実施形態において、ドナーバンクは、本明細書中に記載されるような抗原特異的T細胞株の第1のミニバンクを構築することによって作製され得る。いくつかの実施形態において、ドナーバンクの作製は、本明細書中に記載されるような第1のミニバンクを構築するすべての工程を反復することを含む。いくつかの実施形態において、ドナーバンクの作製は、1つ以上の第2のミニバンクを構築するための1回以上の第2ラウンドを含む。
各第2ラウンドを始める前に、新しいドナープールが作製される。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、上記方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから、第1のドナーミニバンクを構築する先の各サイクルの工程(d)に従って除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープールを含む。いくつかの実施形態において、新しいドナープールは、第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団を含む。例えば、新しいドナープールは、第1のドナープールとは全く異なるドナー候補を含み得る。いくつかの実施形態において、新しいドナープールは、上記方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから、第1のドナーミニバンクを構築する先の各サイクルの工程(d)に従って除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープールと、第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団との組み合わせを含み得る。例として、新しいドナープールは、第1のドナープール由来の3名のドナー及び第1のドナープールに含まれない7名の新しいドナーを含み得る。
いくつかの実施形態において、各第2ラウンドを始める前に、ドナーバンクを構築する方法は、第1の見込み患者集団から第1の複数の見込み患者を再構築する工程を含む。いくつかの実施形態において、再構築は、先の各サイクルの工程(e)(すなわち、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去し、それにより、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除く第1の複数の各見込み患者からなる第2の複数の見込み患者を得る工程)に従って上記方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから以前に除去されたすべての見込み患者を戻すことを含む。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株の第1のドナーミニバンクを構築する方法は、ドナーミニバンクに含まれるそれぞれの各ドナーから得られた血液からMNCを単離するか、又はその血液から単離されたMNCを手に入れる工程を含む。ドナーバンクに含まれる各ドナー由来の血液が、収集され得る。いくつかの実施形態では、ドナーバンクに含まれる各ドナー由来の収集された血液中の単核球(MNC)が回収される。MNC及びPBMCは、当業者に公知の方法を用いることによって単離される。例として、密度遠心分離(勾配)(フィコール-パーク)が、PBMCを単離するため使用され得る。他の例では、回収されたばかりの血液を含む細胞調製チューブ(CPT)及びSepMateチューブが、PBMCを単離するために使用され得る。
いくつかの実施形態において、MNCは、PBMCである。例として、PBMCには、リンパ球、単球及び樹状細胞が含まれ得る。例として、リンパ球には、T細胞、B細胞及びNK細胞が含まれ得る。いくつかの実施形態において、本明細書中で使用されるMNCは、培養又は凍結保存される。いくつかの実施形態において、それらの細胞を培養又は凍結保存するプロセスは、培養中の細胞を1つ以上の抗原と好適な培養条件下で接触させて、抗原特異的T細胞を刺激し、拡大することを含み得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原には、1つ以上のウイルス抗原が含まれ得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の抗原には、1つ以上の腫瘍関連抗原が含まれ得る。他の実施形態において、1つ以上の抗原には、1つ以上のウイルス抗原と1つ以上の腫瘍関連抗原との組み合わせが含まれ得る。例えば、培養又は凍結保存されたMNC又はPMBCを、1つのアデノウイルス、CTLA-4及びgp100と接触させ得る。他の実施形態において、各抗原は、腫瘍関連抗原である。他の実施形態において、各抗原は、ウイルス抗原である。他の実施形態では、少なくとも1つの抗原がウイルス抗原であり、少なくとも1つの抗原が腫瘍関連抗原である。
いくつかの実施形態において、上記細胞を培養又は凍結保存するプロセスは、培養中の細胞を1つ以上の抗原由来の1つ以上のエピトープと好適な培養条件下で接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、MNC又はPBMCを1つ以上の抗原又は1つ以上の抗原由来の1つ以上のエピトープと接触させることにより、それぞれの各ドナーのMNC又はPMBC由来の抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を刺激し、拡大する。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞株は、凍結保存され得る。
いくつかの実施形態において、上記の1つ以上の抗原は、ホールタンパク質の形態であり得る。いくつかの実施形態において、上記の1つ以上の抗原は、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスであり得る。いくつかの実施形態において、上記の1つ以上の抗原は、ホールタンパク質と、各抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含むペプミックスとの組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、PBMC又はMNCの培養は、気体透過性の培養表面を備える容器において行われる。1つの実施形態において、その容器は、気体透過性の部分を備える注入バッグ、又は剛性容器である。1つの実施形態において、その容器は、GRexバイオリアクターである。1つの実施形態において、その容器は、本明細書中に記載されるようなPBMC又はMNCの培養に適した任意の容器、バイオリアクターなどであり得る。
いくつかの実施形態において、PBMC又はMNCは、1つ以上のサイトカインの存在下で培養される。実施形態では、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインは、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18 IL-21、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。実施形態では、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインは、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18、IL-21、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。実施形態では、単核細胞及び抗原と共に培養される1つ以上のサイトカインは、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18、IL-21、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、IL-2を含まない。いくつかの実施形態では、サイトカインはIL-4である。いくつかの実施形態では、サイトカインはIL-7である。いくつかの態様において、サイトカインはIL-4及びIL-7である。いくつかの実施形態において、サイトカインはIL-4及びIL-7を含むが、IL-2は含まない。いくつかの実施形態では、サイトカインは、本明細書に記載されるように、PBMC又はMNCを培養するのに適したサイトカインの任意の組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、MNC又はPBMCの培養は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれ以上の異なるペプミックスの存在下において行われ得る。複数のペプチドであるペプミックスは、ある抗原の一部又は配列全体を網羅する一連の重複ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、MNC又はPBMCは、複数のペプミックスの存在下において培養され得る。この場合、各ペプミックスは、複数のペプミックス中の他の各ペプミックスによってカバーされる抗原とは異なる少なくとも1つの抗原をカバーする。いくつかの実施形態では、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれ以上の異なる抗原が、複数のペプミックスによってカバーされる。いくつかの実施形態では、少なくとも2つの異なるウイルス由来の少なくとも1つの抗原が、複数のペプミックスによってカバーされる。図11及び図12は、抗原特異的T細胞株を構築する一般的なGMP製造プロトコルの例を示している。いくつかの実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は、この方法に従って個々に調製され、ここで、本発明のユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を作製するために、それぞれの株は、選択されたドナーが互いに異なるHLA型を有するように、本開示に従って選択されたドナーから得られたドナー材料(例えば、MNC又はPBMC)から調製され、次いで、(場合により、凍結保存され、続いて解凍された後)これらの株はプールされる。本明細書においてさらに考察されるように、いくつかの実施形態において、複数の抗原特異的T細胞株は、所与の集団の大部分を有する少なくとも2つのHLAアレル上において一致する少なくとも1つの細胞株を含有するユニバーサル抗原特異的T細胞組成物(例えば、UVST組成物)をもたらすのに十分な数及び多様性のドナーから調製される。いくつかの実施形態では、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物(例えば、UVST組成物)は、所与の患者集団(例えば、本明細書に記載の患者集団)の>80%、>85%、>90%、又は>95%と少なくとも2つのHLAアレルにおいて一致する少なくとも1つの細胞株を含有する。
いくつかの実施形態において、ペプミックスは、15merのペプチドを含む。いくつかの実施形態において、ペプミックスは、本明細書中に記載されるような方法に適したペプチドを含む。いくつかの実施形態において、抗原を網羅するペプミックス中のペプチドは、順に8アミノ酸、9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、13アミノ酸、14アミノ酸、15アミノ酸重複する。いくつかの実施形態において、抗原を網羅するペプミックス中のペプチドは、順に11アミノ酸重複する。
いくつかの実施形態において、1つ以上のペプミックス中のウイルス抗原は、EBV、CMV、アデノウイルス、BK、JCウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、単純ヘルペスウイルス、HPV、HIV、HTLV1、HHV8及び西ナイルウイルス、ジカウイルス、エボラから選択されるウイルスに由来する。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのペプミックスは、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ヒトメタニューモウイルス(HMPV)由来の抗原をカバーする。いくつかの実施形態において、ウイルスは、任意の好適なウイルスであり得る。
いくつかの実施形態において、インフルエンザ抗原は、インフルエンザA抗原NP1であり得る。いくつかの実施形態において、インフルエンザ抗原は、インフルエンザA抗原MP1であり得る。いくつかの実施形態において、インフルエンザ抗原は、NP1とMP1との組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、RSV抗原は、RSV Nであり得る。いくつかの実施形態において、RSV抗原は、RSV Fであり得る。いくつかの実施形態において、RSV抗原は、RSV NとFとの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、hMPV抗原は、Fであり得る。いくつかの実施形態において、hMPV抗原は、Nであり得る。いくつかの実施形態において、hMPV抗原は、M2-1であり得る。いくつかの実施形態において、hMPV抗原は、Mであり得る。いくつかの実施形態において、hMPV抗原は、FとNとM2-1とMとの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、PIV抗原は、Mであり得る。いくつかの実施形態において、PIV抗原は、HNであり得る。いくつかの実施形態において、PIV抗原は、Nであり得る。いくつかの実施形態において、PIV抗原は、Fであり得る。いくつかの実施形態において、PIV抗原は、MとHNとNとFとの組み合わせであり得る。
他の実施形態において、少なくとも1つのペプミックスは、EBV、CMV、アデノウイルス、BK及びHHV6由来の抗原をカバーする。いくつかの実施形態において、EBV抗原は、LMP2、EBNA1、BZLF1及びそれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態において、CMV抗原は、IE1、pp65及びそれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態において、アデノウイルス抗原は、ヘキソン、ペントン及びそれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態において、BKウイルス抗原は、VP1、ラージT及びそれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態において、HHV6抗原は、U90、U11、U14及びそれらの組み合わせに由来する。
いくつかの実施形態において、PBMC又はMNCは、インフルエンザA抗原NP1及びインフルエンザA抗原MP1、RSV抗原N及びF、hMPV抗原F、N、M2-1及びM、並びにPIV抗原M、HN、N及びFを網羅するペプミックスの存在下において培養される。いくつかの実施形態において、PBMC又はMNCは、EBV抗原LMP2、EBNA1及びBZLF1、CMV抗原IE1及びpp65、アデノウイルス抗原ヘキソン及びペントン、BKウイルス抗原VP1及びラージT、並びにHHV6抗原U90、U11及びU14を網羅するペプミックスの存在下において培養される。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、抗原特異的細胞傷害性について試験される。
図13は、アデノウイルス、CMV、EBV、BKV及びHHV6に対する抗原特異的T細胞株のそれぞれの効力を、効力閾値より低いネガティブコントロールと比べて示している。これらのT細胞は、特異的なT細胞株の合格と不合格とを区別するための閾値である>30SFC/2×105投入VSTによって指摘されるように、5つすべてのウイルスに特異的である。>30SFC/2×105投入VSTという効力閾値は、内部ネガティブコントロールとして働く、標的ウイルスの1つ以上について血清陰性の(血清学的スクリーニングに基づいて)ドナーから作製されたT細胞株を用いた実験データに基づいて確立された(図14)。
本開示は、本明細書中に記載されるようなミニバンク由来の1つ以上の好適な抗原特異的T細胞株を患者に投与する工程を含む、疾患又は状態を処置する方法を提供する。実施形態において、本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することを含む、疾患又は状態を処置するための方法を含む。実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品は、本明細書に記載のミニバンク由来の細胞株を含み、ここで、ミニバンク由来の細胞株は一緒にプールされている。実施形態において、本方法は、本明細書に記載のミニバンク由来の複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含み、ミニバンクを形成する細胞株が、単回の投与セッションで患者に投与される。
いくつかの実施形態では、患者は、造血幹細胞移植を受けている。実施形態において、患者は、造血幹細胞移植を受けており、本方法は本明細書に記載のミニバンク由来の細胞株を含むユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することを含み、ここでミニバンク由来の細胞株は一緒にプールされている。いくつかのそのような実施形態では、ミニバンク由来の細胞株の一部が一緒にプールされている。いくつかのそのような実施形態では、ミニバンク中の細胞株の全てが一緒にプールされている。実施形態において、患者は造血幹細胞移植を受けており、本方法が本明細書に記載のミニバンク由来の複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含み、ミニバンクを形成する細胞株が単回の投与セッションで患者に投与される。したがって、実施形態において、患者のHLA型は、治療前に決定されてもよいし、決定されなくてもよい。
いくつかの実施形態において、処置される疾患は、ウイルス感染症である。いくつかの実施形態において、処置される疾患は、癌である。いくつかの実施形態において、処置される状態は免疫不全である。いくつかの実施形態において、免疫不全は、原発性免疫不全である。実施形態において、患者は、ウイルス感染症、癌、又は免疫不全を有し、本方法は、本明細書に記載のミニバンク由来の細胞株を含むユニバーサル抗原特異的T細胞製品を患者に投与することを含み、ミニバンク由来の細胞株は一緒にプールされている。いくつかのそのような実施形態では、ミニバンク由来の細胞株の一部が一緒にプールされている。いくつかのそのような実施形態では、ミニバンク中の細胞株のすべてが一緒にプールされている。実施形態において、患者は、ウイルス感染、癌、又は免疫不全を有し、本方法は、本明細書に記載のミニバンク由来の複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含み、ミニバンクを形成する細胞株は、単回の投与セッションで患者に投与される。したがって、実施形態において、患者のHLA型が処置前に決定されてもよいし、決定されなくてもよい。
いくつかの実施形態において、患者は、免疫無防備状態である。本明細書中で使用されるとき、免疫無防備状態は、免疫系が弱くなっていることを意味する。例えば、免疫無防備状態の患者は、感染症及び他の疾患と戦う能力が低下している。いくつかの実施形態において、患者は、その疾患若しくは状態又は別の疾患若しくは状態を処置するためにその患者が受けた処置に起因して免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、免疫無防備状態の原因は、年齢に起因する。1つの実施形態において、免疫無防備状態の原因は、低年齢に起因する。1つの実施形態において、免疫無防備状態の原因は、高齢に起因する。いくつかの実施形態において、患者は、移植治療を必要としている。
本開示は、移植手技において移植ドナーから移植材料を受け取った患者に同種異系T細胞治療において投与するために、ミニバンク又はドナーバンクに含まれるミニバンクから第1の抗原特異的T細胞株を選択する方法を提供する。1つの実施形態において、投与は、ウイルス感染症を処置するための投与である。1つの実施形態において、投与は、腫瘍を処置するための投与である。1つの実施形態において、投与は、ウイルス感染症及び腫瘍を処置するための投与である。1つの実施形態において、投与は、移植前の原発性免疫不全に対する投与である。いくつかの実施形態において、移植材料には、幹細胞が含まれる。いくつかの実施形態において、移植材料には、実質臓器が含まれる。いくつかの実施形態において、移植材料には、骨髄が含まれる。いくつかの実施形態において、移植材料には、幹細胞、実質臓器及び骨髄が含まれる。
本開示は、抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクで構成されたドナーバンクを構築する方法を提供する。本明細書中で使用されるとき、「複数のミニバンク」は、抗原特異的T細胞株の1つより多いミニバンクを意味する。例えば、ドナーバンクは、2、3、4、5又は6つのミニバンクを含み得る。いくつかの実施形態において、ドナーバンクの構築は、本明細書中に記載されるような第1のドナーミニバンクを構築するための工程及び手順を含む。それらの工程及び手順には、1回以上の第2ラウンドを行って、1つ以上の第2のミニバンクを構築することが含まれる。いくつかの実施形態において、その方法の各第2ラウンドを始める前に、その新しいドナープールが作製され得る。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、本明細書中に開示されるような方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープールを含む。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団を含む。いくつかの実施形態において、その新しいドナープールは、本明細書中に開示されるような方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから除去された任意の最適合ドナーを差し引いた第1のドナープール並びに第1のドナープールに含まれていない全く新しいドナー候補集団を含む。いくつかの実施形態において、新しいドナープールの作製は、本明細書中に記載されるような方法の第1ラウンド及び先の任意の第2ラウンドから以前に除去されたすべての見込み患者を戻すことによって第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者を再構築することを含む。いくつかの実施形態において、選択及び除去の各ラウンドの後に、ドナーミニバンクに含まれるそれぞれの各ドナーから得られた血液からMNCが単離される。いくつかの実施形態において、そのMNCは、好適な培養条件下で1つ以上の抗原又は1つ以上の抗原由来の1つ以上のエピトープとともに培養及び接触される。いくつかの実施形態において、MNCは、刺激され、抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を拡大する。いくつかの実施形態では、複数のT細胞株が作製される。培養する方法、抗原を接触させる方法、及びペプミックスを調製する方法は、本明細書中に記載されるような第1のドナーミニバンクを構築するためのプロセスと同じである。
本開示は、本明細書に記載の抗原特異的T細胞株の複数のミニバンクを含む、ドナーバンク由来の2つ以上の適切な抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含む、疾患又は状態を処置する方法を提供する。様々な実施形態において、ドナーバンク由来の2つ以上の適切な抗原特異的T細胞株は、単回の投与セッションで患者に投与される。いくつかの実施形態において、ドナーバンク由来の抗原特異的T細胞株の全てが、任意選択で単回の投与セッションで患者に投与される。
炎症反応は、(i)発熱、悪寒、頭痛、倦怠感、疲労、悪心、嘔吐、関節痛から選択される全身症状;(ii)低血圧を含む血管症状;(iii)不整脈を含む心臓症状;(iv)呼吸困難;(v)腎不全及び尿毒症を含む腎症状;並びに(vi)凝固障害及び血球貪食性リンパ組織球症様症候群を含む検査症状のうちの1つ以上の症状又は徴候を観察することによって検出され得る。いくつかの実施形態において、炎症反応は、既知の又は一般的な任意の徴候を観察することによって検出され得る。
いくつかの実施形態において、処置有効性は、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品の投与後に計測される。他の実施形態において、処置有効性は、感染のウイルス血症の消失に基づいて計測される。他の実施形態において、処置有効性は、感染のウイルス尿症の消失に基づいて計測される。他の実施形態において、処置有効性は、患者由来のサンプル中のウイルス量の消失に基づいて計測される。他の実施形態において、処置有効性は、感染のウイルス血症の消失、感染のウイルス尿症の消失及び患者由来のサンプル中のウイルス量の消失に基づいて計測される。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血中の検出可能なウイルス量をモニタリングすることによって計測される。いくつかの実施形態において、処置有効性は、肉眼的血尿の消失を含む。いくつかの実施形態において、処置有効性は、CTCAE-PRO又は患者及び/若しくは臨床医が報告するアウトカムを調べる類似の評価ツールによって計測されるような出血性膀胱炎症状の低減を含む。いくつかの実施形態において、処置有効性は、その処置が癌に対する処置であるとき、複数の抗原特異的T細胞株及び/又はユニバーサル抗原特異的T細胞製品の投与後の腫瘍サイズの減少に基づいて計測される。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血/血清中の検出可能な疾患負荷のマーカーをモニタリングすることによって計測される。いくつかの実施形態において、処置有効性は、患者の末梢血/血清中の検出可能な腫瘍溶解のマーカーをモニタリングすることによって計測される。いくつかの実施形態において、処置有効性は、画像診断を介して腫瘍の状況をモニタリングすることによって計測される。
実施形態において、試料は、患者由来の組織試料から選択される。実施形態において、試料は、患者由来の体液試料から選択される。実施形態において、試料は、患者由来の脳脊髄液(CSF)から選択される。実施形態において、試料は、患者由来のBALから選択される。実施形態において、試料は、患者由来の便から選択される。
本開示は、抗原特異的T細胞の第1のドナーミニバンクの構築において使用するのに適したドナーを特定する方法を提供する。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型を決定する工程又は決定した状態である工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者のHLA型を決定する工程又は決定した状態である工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型を第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者と比較する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の複数の見込み患者の中で最も多くの患者と2つ以上のHLAアレルが適合する第1のドナープール由来のドナーと定義される第1の最適合ドナーを決定する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、第1のドナーミニバンクに含めるために第1の最適合ドナーを選択する工程を含む。
いくつかの実施形態において、上記方法は、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去し、それにより、第1の最適合ドナーを除く第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補からなる第2のドナープールを作製する工程を含む。いくつかの実施形態において、その方法は、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去する工程を含む。次いで、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除く第1の複数の各見込み患者からなる第2の複数の見込み患者が得られる。いくつかの実施形態において、その方法は、まだ除去されていないすべてのドナー及び見込み患者に対して、本明細書中に記載されるような工程及びプロセスを反復する工程(例えば、第1のドナープール由来の第1の複数の各ドナー候補のHLA型と、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の各見込み患者のHLA型とを比較する工程、最も適合するものを決定し、ドナーミニバンクのために選択する工程、第1のドナープールから第1の最適合ドナー及び見込み患者を除去する工程)を含む。
プロセスを反復する毎に、追加の最適合ドナーを選択することができ、その次の最適合ドナーと2つ以上のアレルが適合する各見込み患者を除去することができる。本明細書中に記載されるようなプロセスは、第1のドナーミニバンク内の選択された最適合ドナーの数を、その方法の各サイクル後に1ずつ増加させる。次いで、そのプロセスは、選択された最適合ドナーとのHLA適合に従ってその方法の各サイクル後に患者集団内の複数の見込み患者の数を減少させる。そのプロセスは、第1の見込み患者集団の所望のパーセンテージ(例えば、5%未満)が複数の見込み患者に残るまで又はドナープールにドナーが残らなくなるまで反復される。いくつかの実施形態において、そのプロセスは、見込み患者の95%超が適合し、カバーされるまで反復される。
特定の実施形態において、抗原特異的T細胞の第1のドナーミニバンクを構築する際に使用するための適切なドナーを特定するそのような方法は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を構築する際に使用するための適切なドナーを特定する際に同様に利用される。例えば、いくつかの実施形態では、本方法は、第1のドナープールからの第1の複数のドナー候補の各々のHLA型を決定すること、又は決定したことを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者のそれぞれのHLA型を決定すること、又は決定したことを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、第1のドナープール由来の第1の複数のドナー候補の各々のHLA型を、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者の各々と比較することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、第1の複数の見込み患者における最大数の患者と2つ以上のアレルの一致を有する第1のドナープール由来のドナーとして定義される、第1の最適合ドナーを決定することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物に含めるために、第1の最適合ドナーを選択することを含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除去し、それによって、第1のドナープールから第1の最適合ドナーを除く第1の複数のドナー候補の各々からなる第2のドナープールを生成することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、第1の複数の見込み患者から、第1の最適合ドナーと2つ以上のアレルの一致を有する各見込み患者を除去することを含む。次いで、第1の最適合ドナーとの2つ以上のアレル一致を有する各見込み患者を除く第1の複数の見込み患者の各々からなる第2の複数の見込み患者が生成される。いくつかの実施形態では、本方法は、まだ除去されていない全てのドナー及び見込み患者について、本明細書に記載される工程及びプロセス(例えば、第1のドナープール由来の第1の複数のドナー候補の各々のHLA型を、第1の見込み患者集団由来の第1の複数の見込み患者の各々と比較すること、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物について最大一致を決定及び選択すること、第1のドナープールから、第1の最適合ドナー及び見込み患者を除去すること)を繰り返すことを含む。
各反復プロセスは、追加の最適合ドナーの選択、及びその後の最適合ドナーと2つ以上のアレル一致を有する各見込み患者の除去を可能にする。本明細書に記載されるプロセスは、ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物における使用のための選択された最適合ドナーの数を、方法の各サイクル後に1つずつ順次増加させる。次いで、本プロセスは、選択された最適合ドナーとのそれらのHLA適合に従って、方法の各サイクル後に患者集団における複数の見込み患者の数を枯渇させる。本プロセスは、第1の見込み患者集団の所望の割合(例えば、5%未満)が複数の見込み患者に残るまで、又はドナープールにドナーが残らなくなるまで、繰り返される。いくつかの実施形態では、見込み患者の95名%超が適合され、カバーされるまで、プロセスが繰り返される。ドナー細胞は、次いで、例えば、当技術分野において公知の又は本明細書において開示される方法を使用して、抗原特異的T細胞株を産生するために処理され得る。いくつかの実施形態では、次いで、そのような抗原特異的T細胞株を一緒にプールして、本明細書に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を生成することができる。
ウイルス感染症は、同種異系造血幹細胞移植(アロHSCT)の後の罹患及び死亡の重大な原因である。ウイルスの再活性化は、無形成の相対免疫不全又は絶対免疫不全の間、及びアロHSCT後の免疫抑制療法中に起きる可能性が高い。サイトメガロウイルス(CMV)、BKウイルス(BKV)及びアデノウイルス(AdV)をはじめとしたウイルス病原体に関連する感染症は、アロHSCT後にますます問題になり、有意な罹患及び死亡に関連する。
一般的な感染症のうち、依然としてCMVが、同種異系造血幹細胞移植(HSCT)後の最も臨床的に有意な感染症である。Center for International Blood and Marrow Transplant Research(CIBMTR)データは、CMV血清陽性のHSCTレシピエントの30%超において、移植後初期のCMVの再活性化が起き、その結果、大腸炎、網膜炎、肺臓炎及び死亡がもたらされ得ることを示している。ガンシクロビル、バルガンシクロビル、レテルモビル、ホスカルネット及びシドフォビルをはじめとした抗ウイルス剤は、予防的と治療的の両方で使用されているが、それらは必ずしも有効でなく、骨髄抑制、腎毒性及び究極的には非再発死亡を含む有意な毒性と関連する。依然として免疫再構成が感染制御にとって最も重要であるので、エクスビボで拡大/単離されたCMV特異的T細胞(CMVST)の養子移入が、抗ウイルスの利点を提供する有効な手段として台頭してきた。
CMVを標的とする初期の免疫療法は、幹細胞ドナー由来のT細胞製品に焦点が当てられ、20年を超える一連の学術的な第I/II相試験において、安全性と有効性の両方が証明された。しかしながら、その治療の個別性並びにウイルス免疫ドナー(virus-immune donors)の必要性(ウイルス無感作である可能性が高いより若いドナーを用いる利点を考えると重要な課題)が、広く実施することを妨げる障害として現れてきた。したがって、より最近では、臨床で必要になる前に将来を見越して調製し、バンク化(banked)できる、部分的にHLAが適合する第三者由来のウイルス特異的T細胞(VST)が治療様式の1つとして研究されている。これらのVSTは、薬物抵抗性の感染症/疾患を有する150名を超えるHSCTレシピエント又は臓器移植(SOT)レシピエントにおいて、エプスタイン・バーウイルス、CMV、アデノウイルス、HHV6及びBKウイルスを含む範囲のウイルスに対して完全かつ効果的であると証明されている。これらの研究により、重要な研究及びその後の商品化に向けて「既製」のウイルス特異的T細胞を前進させることへの関心が促され、残った疑問は、(i)多様な移植集団に対応するために必要な細胞株の数、及び(ii)臨床的有用性を保証するための株選択の基準の確立に関するものだった。
さらに、潜伏BKV(ポリオーマウイルス科のメンバー)の再活性化によって引き起こされる感染症の出現は、HSCT患者では重症の臨床疾患の原因となる。同種異系HSCT後のBKV感染の主な臨床症状は、出血性膀胱炎(BK-HC)である。これは、同種異系HSCTレシピエントの最大25%に起き、持続的な麻酔薬注入を必要とする重症のしばしば消耗性の腹痛を伴う肉眼的血尿として現れる。健康個体では、T細胞免疫が、ウイルスから防御する。アロHSCTレシピエントでは、強力な免疫抑制性レジメン(及びその後の関連する免疫低下)を使用すると、患者は重症のウイルス感染症にかかりやすくなる。
呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、インフルエンザ、パラインフルエンザウイルス(PIV)及びヒトメタニューモウイルス(hMPV)をはじめとした市中感染の呼吸器系ウイルス(CARV)に起因する呼吸器系ウイルス感染症は、同種異系造血幹細胞移植(アロHSCT)レシピエントの最大40%において検出され、それらのレシピエントでは、それらのウイルスは、致死的であり得る細気管支炎及び肺炎などの重度の疾患を引き起こす恐れがある。RSV誘発性の細気管支炎は、1歳未満の小児における入院の最も一般的な理由であるが、疾病管理センター(CDC)は、インフルエンザが毎年、世界中で最大3560万人が罹患し、140,000~710,000人が入院し、米国だけでもおよそ871億ドルの年間コストが疾患管理にかかり、12,000~56,000人が死亡していると推定している。
本開示は、エクスビボで拡大された遺伝的に改変されていないウイルス特異的T細胞(VST)を投与することによってT細胞免疫の修復を提供して、移植患者自身の免疫系が回復するまでの期間にわたってウイルス感染症を制御し、症状を除去する。いかなる理論にも拘束されることを望むものではないが、VSTは、ウイルス由来のペプチドを提示している標的細胞上に発現された主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子に結合する天然のT細胞レセプター(TCR)を介してウイルス感染細胞を認識し、殺傷する。特定の実施形態において、本開示は、本明細書に記載のUVSTの投与によるT細胞免疫の回復を提供する。本明細書に記載のVST組成物のいずれも、十分なHLA多様性を有する2つ以上のVST組成物を一緒にプールすることによって、単にUVST組成物に製剤化することもできる(例えば、前記VST株は少なくとも2つの別々のドナーに由来するドナー材料に由来し、各ドナーのHLA型は、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なる)。
いくつかの実施形態において、プレスクリーニングされた血清陽性の健康ドナーから獲得された末梢血単核球(PBMC)由来のVSTが提供される。いくつかの実施形態では、部分的にHLAに適合する「既製」製品として入手可能で健康な、事前スクリーニングされた血清陽性ドナーから入手された末梢血単核細胞(PBMC)由来のUVSTが提供され、これらはHLA部分適合の「既製」品として入手可能である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のUVSTは、少なくともEBV、CMV、アデノウイルス、BKウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、メタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、西ナイルウイルス、スペインインフルエンザ、又はそれらの組み合わせに応答する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のVSTは、少なくともEBV、CMV、AdV、BKV及びHHV6に応答する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のUVSTは、少なくともRSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、及びメタニューモウイルスに応答する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のUVSTは、少なくともコロナウイルス(例えば、SARS-CoV2)に応答する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のUVSTは、少なくともRSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、メタニューモウイルス及びコロナウイルス(例えば、SARS-CoV2)に応答する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のUVSTは、少なくともB型肝炎(HBV)に応答する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のUVSTは、少なくともヒトヘルペスウイルス-8に応答する。
いくつかの実施形態において、VSTは、HSCTが生着し、免疫系が再配置された後、患者が免疫能を回復するまでだけ循環するようにデザインされる。理論に拘束されることを望むものではないが、本明細書中に記載されるようなVST及び方法は、患者が移植を受けて、内在性の免疫応答を開始させることができるようになるまで、免疫無防備状態の患者にT細胞免疫を提供する「免疫学的な橋渡し治療」である。
実施形態において、本明細書に提供される方法は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品及び/又は多様なHLA型のドナーから生成された2つ以上の抗原特異的T細胞株(例えば、本明細書に提供されるドナーミニバンク又はドナーバンクからの2つ以上の抗原特異的T細胞株)を患者に予防的に投与することを含む。実施形態において、2つ以上の抗原特異的T細胞株の予防的投与は、単回の投与セッションで行われる。実施形態において、本方法は、UVSTを予防的に投与することを含む。予防的投与は、T細胞製品を投与されたときに、患者が活性ウイルス感染又は潜伏ウイルスの再活性化の証拠を示さないような投与である。例えば、実施形態において、患者は、1つ以上のウイルスに特異的なUVST製品を投与され、ここで、患者は1つ以上のウイルスに関して活動性感染を有さないか、又は患者はいかなる活動性ウイルス感染も有さない。実施形態において、患者は、T細胞株が投与されたときに、検出可能なウイルス血症又はウイルス尿症を有さない。
実施形態において、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品及び/又は多様なHLA型のドナーから生成された2つ以上の抗原特異的T細胞株(例えば、本明細書において提供されるドナーミニバンク又はドナーバンク由来の2つ以上の抗原特異的T細胞株)は、T細胞が特異性を有する活動性ウイルス感染の非存在下で、レシピエント患者において持続し、増殖能力を保持することができる。さらに、実施形態において、T細胞株は、患者への投与後数週間持続することができ、次いで、それらが特異的である1つ以上のウイルスに感染するか、又はそれを再活性化するとすぐに増殖することができる。いくつかの実施形態では患者におけるユニバーサル抗原特異的T細胞製品及び/又は多様なHLA型のドナーから生成された2つ以上の抗原特異的T細胞株(例えば、本明細書に提供されるドナーミニバンク又はドナーバンクからの2つ以上の抗原特異的T細胞株)の持続性は、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品及び/又は2つ以上の抗原特異的T細胞株を作製する際に利用した1つ以上の抗原を含有するブースターワクチンを患者に投与することによって増加する。したがって、本開示は、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品及び/又は本明細書に提供されるドナーミニバンク又はドナーバンク由来のT細胞株を使用して、同種異系環境におけるウイルス感染又は潜在性ウイルスの再活性化を予防又は制御するための非常に効率的な方法を提供する。特に、本明細書において提供される方法及び組成物は、高リスクの患者、例えば同種異系HSCTのレシピエントである患者において、危険なウイルス感染に対して、即時利用可能で、安全で、かつ有効な防御を提供する。
(ウイルス抗原)
本開示のいくつかの実施形態では、生成された抗原特異的T細胞は、ウイルス感染症、細菌感染症、又は真菌感染症を含む病原性の感染症を有するか又は有するリスクがある個体に提供される。本開示のいくつかの実施形態において、生成されたユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、ウイルス感染症、細菌感染症又は真菌感染症をはじめとした病原性の感染症を有するか又は有するリスクがある個体に提供される。その個体は、免疫系に欠陥を有しているかもしれないし、有していないかもしれない。場合によっては、その個体は、器官移植又は幹細胞移植(造血幹細胞移植を含む)の後のウイルス感染症、細菌感染症又は真菌感染症を有するか、又は癌を有するか、又は例えば癌の処置に供されたことがある。場合によっては、その個体は、後天性免疫系不全の後の感染症を有する。
本開示のいくつかの実施形態では、生成された抗原特異的T細胞は、ウイルス感染症、細菌感染症、又は真菌感染症を含む病原性の感染症を有するか又は有するリスクがある個体に提供される。本開示のいくつかの実施形態において、生成されたユニバーサル抗原特異的T細胞組成物は、ウイルス感染症、細菌感染症又は真菌感染症をはじめとした病原性の感染症を有するか又は有するリスクがある個体に提供される。その個体は、免疫系に欠陥を有しているかもしれないし、有していないかもしれない。場合によっては、その個体は、器官移植又は幹細胞移植(造血幹細胞移植を含む)の後のウイルス感染症、細菌感染症又は真菌感染症を有するか、又は癌を有するか、又は例えば癌の処置に供されたことがある。場合によっては、その個体は、後天性免疫系不全の後の感染症を有する。
上記個体における感染症は、任意の種類であり得るが、具体的な実施形態では、その感染症は、1つ以上のウイルスの結果である。病原性のウイルスは、任意の種類であり得るが、具体的な実施形態では、それは、以下の科のうちの1つに由来する:アデノウイルス科、ピコルナウイルス科、ヘルペスウイルス科、ヘパドナウイルス科、フラビウイルス科、レトロウイルス科、オルトミクソウイルス科、パラミクソウイルス科、パポバウイルス科、ポリオーマウイルス科、ラブドウイルス科又はトガウイルス科。いくつかの実施形態において、ウイルスは、免疫優性の抗原又は準優位な抗原を生成するか、又は両方の種類を生成する。具体的な場合において、ウイルスは、EBV、CMV、アデノウイルス、BKウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、メタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、西ナイルウイルス、スペインインフルエンザ及びそれらの組み合わせからなる群より選択される。
いくつかの態様において、感染症は、ある病原菌の結果であり、本発明は、任意のタイプの病原菌に適用可能である。例示的な病原菌としては、少なくともMycobacterium tuberculosis、Mycobacterium leprae、Clostridium botulinum、Bacillus anthracis、Yersinia pestis、Rickettsia prowazekii、連鎖球菌属、シュードモナス属、シゲラ属、カンピロバクター属及びサルモネラ属が挙げられる。
いくつかの態様において、感染症は、病原性真菌の結果であり、本発明は、任意のタイプの病原性真菌に適用可能である。例示的な病原性真菌としては、少なくともカンジダ属、アスペルギルス属、クリプトコッカス属、ヒストプラズマ属、ニューモシスチス属又はスタキボトリス属が挙げられる。いくつかの実施形態において、ウイルス抗原は、本開示に記載されるような使用に適した任意の抗原であり得る。
(腫瘍抗原)
癌の処置及び/又は予防のためにTAA特異的又はマルチTAA特異的な抗原特異的T細胞を使用する実施形態では、種々のTAAが標的とされ得る。TAA特異的又は多重TAA特異的ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物が癌の処置及び/又は予防のために使用される実施形態では、様々なTAAが標的化され得る。腫瘍抗原は、宿主において免疫応答を引き起こす、腫瘍細胞において産生される物質である。腫瘍抗原は、宿主において免疫応答を引き起こす、腫瘍細胞において産生される物質である。本明細書中で使用されるとき、用語「腫瘍抗原」と「腫瘍関連抗原」と「TAA」とは交換可能に使用される。したがって、これらの用語は、腫瘍特異的抗原(腫瘍細胞上でのみ発現されている抗原であって、健康な細胞上では発現されていない抗原)と、腫瘍細胞上でアップレギュレート/過剰発現されていて、腫瘍細胞に特異的ではない腫瘍関連抗原の両方を包含する。
癌の処置及び/又は予防のためにTAA特異的又はマルチTAA特異的な抗原特異的T細胞を使用する実施形態では、種々のTAAが標的とされ得る。TAA特異的又は多重TAA特異的ユニバーサル抗原特異的T細胞組成物が癌の処置及び/又は予防のために使用される実施形態では、様々なTAAが標的化され得る。腫瘍抗原は、宿主において免疫応答を引き起こす、腫瘍細胞において産生される物質である。腫瘍抗原は、宿主において免疫応答を引き起こす、腫瘍細胞において産生される物質である。本明細書中で使用されるとき、用語「腫瘍抗原」と「腫瘍関連抗原」と「TAA」とは交換可能に使用される。したがって、これらの用語は、腫瘍特異的抗原(腫瘍細胞上でのみ発現されている抗原であって、健康な細胞上では発現されていない抗原)と、腫瘍細胞上でアップレギュレート/過剰発現されていて、腫瘍細胞に特異的ではない腫瘍関連抗原の両方を包含する。
例示的な腫瘍抗原としては、少なくとも以下が挙げられる:腸癌の場合の癌胎児抗原(CEA);卵巣癌の場合のCA-125;乳癌の場合のMUC-1又は上皮性腫瘍抗原(ETA)又はCA15-3;悪性黒色腫の場合のチロシナーゼ又はメラノーマ関連抗原(MAGE);及び種々のタイプの腫瘍の場合の、rasの異常産物であるp53;ヘパトーマ、卵巣癌又は精巣癌の場合のアルファフェトプロテイン;精巣癌を有する男性の場合の、hCGのベータサブユニット;前立腺癌の場合の前立腺特異抗原;複数のミエローマ及び一部のリンパ腫の場合のベータ2ミクログロブリン;直腸結腸癌、胆管癌及び膵癌の場合のCA19-9;肺癌及び前立腺癌の場合のクロモグラニンA;メラノーマ、軟部組織肉腫並びに乳癌、結腸癌及び肺癌の場合のTA90。腫瘍抗原の例は、当該分野で、例えばCheever et al.,2009(その全体が参照により本明細書中に援用される)において、公知である。
腫瘍抗原の具体例としては、例えば少なくともCEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRアルファ、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α.WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲンレセプター、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE1、B7H3、レグマイン、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1が挙げられる。いくつかの実施形態において、腫瘍抗原は、本開示に記載されるような使用に適した任意の抗原であり得る。
例示的な癌としては、固形腫瘍又は血液悪性腫瘍である癌が挙げられる。実施形態において、癌は、肺癌(例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、扁平上皮肺癌、又は大細胞肺癌)、頭頸部癌、中皮腫(例えば、悪性胸膜中皮腫)、膵臓癌(例えば、膵管腺癌、又は転移性膵管腺癌(PDA))、食道癌、卵巣癌、子宮頸癌、卵管癌、乳癌、胃癌、結腸直腸癌、又は膀胱癌、黒色腫、又はそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。実施形態において、癌は、白血病又はリンパ腫である。実施形態において、癌は、慢性リンパ性白血病(CLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、多発性骨髄腫、急性リンパ性白血病(ALL)、ホジキンリンパ腫、B細胞急性リンパ性白血病(BALL)、T細胞急性リンパ性白血病(TALL)、小リンパ球性性白血病(SLL)、B細胞性前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞性樹状細胞新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、慢性炎症を伴うBCL、慢性骨髄性白血病、骨髄増殖性新生物、濾胞性リンパ腫、小児濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞性又は大細胞濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性疾患、MALTリンパ腫(粘膜関連リンパ組織の節外辺縁帯リンパ腫)、辺縁帯リンパ腫、骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞性樹状細胞新生物、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、脾臓辺縁帯リンパ腫、脾臓リンパ腫/白血病、脾びまん性赤脾髄小型B細胞リンパ腫、有毛細胞白血病変異型、リンパ形質細胞性リンパ腫、重鎖疾患、形質細胞骨髄腫、骨の孤立性形質細胞腫、髄外性形質細胞腫、結節性辺縁帯リンパ腫、小児結節性辺縁帯リンパ腫、原発性皮膚濾胞中心リンパ腫、リンパ腫様肉芽腫症、原発性縦隔(胸腺)大B細胞リンパ腫、血管内大B細胞リンパ腫、ALK+大B細胞リンパ腫、HHV8関連多中心性キャッスルマン病に生じる大B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、B細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)、及び分類不能リンパ腫からなる群より選択される。
(ペプミックスライブラリーの作製)
本発明のいくつかの実施形態では、ペプチドのライブラリーがPBMCに提供されて、抗原特異的T細胞が最終的に作製される。そのライブラリーは、特定の場合において、同じ抗原の一部又は全部を網羅するペプチドの混合物(「ペプミックス」)を含む。本発明において利用されるペプミックスは、ある特定の態様において、15アミノ酸長のペプチドであって、互いに11アミノ酸重複しているペプチドで構成されている、商業的に入手可能なペプチドライブラリー由来であり得る。場合によっては、それらは、合成的に作製され得る。例としては、JPT Technologies(Springfield,VA)製又はMiltenyi Biotec(Auburn,CA)製のものが挙げられる。特定の実施形態において、それらのペプチドは、例えば、少なくとも7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34若しくは35アミノ酸長又はそれ以上であり、具体的な実施形態において、例えば、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33又は34アミノ酸長の重複がある。
本発明のいくつかの実施形態では、ペプチドのライブラリーがPBMCに提供されて、抗原特異的T細胞が最終的に作製される。そのライブラリーは、特定の場合において、同じ抗原の一部又は全部を網羅するペプチドの混合物(「ペプミックス」)を含む。本発明において利用されるペプミックスは、ある特定の態様において、15アミノ酸長のペプチドであって、互いに11アミノ酸重複しているペプチドで構成されている、商業的に入手可能なペプチドライブラリー由来であり得る。場合によっては、それらは、合成的に作製され得る。例としては、JPT Technologies(Springfield,VA)製又はMiltenyi Biotec(Auburn,CA)製のものが挙げられる。特定の実施形態において、それらのペプチドは、例えば、少なくとも7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34若しくは35アミノ酸長又はそれ以上であり、具体的な実施形態において、例えば、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33又は34アミノ酸長の重複がある。
いくつかの実施形態において、ペプミックスにおいて使用されるようなアミノ酸は、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99、少なくとも99.9%の純度(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)を有する。いくつかの実施形態において、ペプミックスにおいて本明細書中で使用されるようなアミノ酸は、少なくとも90%の純度を有する。
異なるペプチドの混合物は、任意の比の異なるペプチドを含み得るが、いくつかの実施形態において、特定の各ペプチドは、別の特定のペプチドと実質的に同じ数でその混合物中に存在する。広範な特異性を有するマルチウイルス抗原特異的T細胞用のペプミックスを調製及び生成する方法は、US2018/0187152(この全体が参照により援用される)に記載されている。
(ユニバーサルウイルス特異的T細胞組成物)
本開示は、臨床的に有意なウイルスに対する特異性を有する、血清陽性ドナー(例えば、本明細書中に開示されるドナー選択方法を介して選択されたドナー)から作製される、ポリクローナルなウイルス特異的T細胞組成物を含む。本開示はまた、複数のそのようなドナーから生成された複数のそのようなポリクローナルウイルス特異的T細胞組成物を含む、本明細書に開示されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を含む。いくつかの実施形態において、臨床的に有意なウイルスとしては、EBV、CMV、AdV、BKV及びHHV6が挙げられ得るがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、ウイルス抗原は、BKウイルス(VP1及びラージT)、AdV(ヘキソン及びペントン)、CMV(IE1及びpp65)、EBV(LMP2、EBNA1、BZLF1)及びHHV6(U90、U11及びU14)由来の免疫原性抗原を網羅する。
本開示は、臨床的に有意なウイルスに対する特異性を有する、血清陽性ドナー(例えば、本明細書中に開示されるドナー選択方法を介して選択されたドナー)から作製される、ポリクローナルなウイルス特異的T細胞組成物を含む。本開示はまた、複数のそのようなドナーから生成された複数のそのようなポリクローナルウイルス特異的T細胞組成物を含む、本明細書に開示されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物を含む。いくつかの実施形態において、臨床的に有意なウイルスとしては、EBV、CMV、AdV、BKV及びHHV6が挙げられ得るがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、ウイルス抗原は、BKウイルス(VP1及びラージT)、AdV(ヘキソン及びペントン)、CMV(IE1及びpp65)、EBV(LMP2、EBNA1、BZLF1)及びHHV6(U90、U11及びU14)由来の免疫原性抗原を網羅する。
本開示は、抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞のポリクローナル集団は、複数のウイルス抗原を認識し得る。いくつかの実施形態において、複数のウイルス抗原は、パラインフルエンザウイルス3型(PIV)由来の少なくとも1つの第1の抗原を含み得る。いくつかの実施形態において、複数のウイルス抗原は、1つ以上の第2のウイルス由来の少なくとも1つの第2の抗原を含み得る。いくつかの実施形態では、本開示はまた、本明細書に開示されるユニバーサル抗原特異的T細胞組成物であって、複数のそのようなドナーから生成された複数のそのような抗原特異的T細胞を含む、組成物を含む。
いくつかの実施形態において、ポリクローナルなウイルス特異的T細胞組成物は、任意の臨床的に有意なウイルス又は臨床的に関連性のあるウイルスに対する特異性を有する。例えば、ポリクローナルなウイルス特異的T細胞組成物は、CMV、BKV、PIV及びRSVを含むウイルス抗原に特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態において、UVST組成物は、任意の臨床的に有意な又は関連するウイルスに対して特異性を有する。例えば、UVST組成物は、CMV、BKV、PIV、及びRSVを含むウイルス抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。
いくつかの実施形態では、第1の抗原は、PIV抗原Mであり得る。いくつかの実施形態では、第1の抗原は、PIV抗原HNであり得る。いくつかの実施形態では、第1の抗原は、PIV抗原Nであり得る。いくつかの実施形態では、第1の抗原は、PIV抗原Fであり得る。いくつかの実施形態では、第1の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、及びPIV抗原Fの任意の組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、組成物は、1つの第1の抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、2つの第1の抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、3つの第1の抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、4つの第1の抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態において、4つの第1の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、及びPIV抗原Fを含み得る。
いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、インフルエンザであり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、ヒトメタニューモウイルス(hMPV)であり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、インフルエンザ及びヒトメタニューモウイルスを含み得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、インフルエンザ及びヒトメタニューモウイルスからなり得る。いくつかの実施形態において、1つ以上の第2のウイルスは、本明細書中に記載されるような任意の好適なウイルスから選択され得る。いくつかの実施形態では、UVST組成物は、RSV、インフルエンザ、又はhMPVのうちの1つ以上に対して特異性を有する。
いくつかの実施形態では、組成物は、2つ又は3つの第2のウイルスに対する特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、3つの第2のウイルスに対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態において、3つの第2のウイルスは、インフルエンザ、RSV、及びhMPVを含み得る。いくつかの実施形態では、組成物は、各第2のウイルスあたり少なくとも2つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、1つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、2つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、3つの第2のの抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、4つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、5つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、6つの第2の抗原を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、7つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、8つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、9つの第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、10個の第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、11個の第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、12個の第2の抗原に対して特異性を有するVSTを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載の組成物に適しているであろう任意の数の第2の抗原に対する特異性を有するVSTを含む。
いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原NP1であり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原MP1であり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、RSV抗原Nであり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、RSV抗原Fであり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Mであり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原M2-1であり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Fであり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Nであり得る。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及びhMPV抗原Nの任意の組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原NP1を含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原MP1を含む。いくつかの実施形態において、いくつかの実施形態において、第2の抗原は、インフルエンザ抗原NP1とインフルエンザ抗原MP1の両方を含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、RSV抗原Nを含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、RSV抗原Fを含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、RSV抗原NとRSV抗原Fの両方を含む。
いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Mを含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原M2-1を含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Fを含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原Nを含む。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、hMPV抗原MとhMPV抗原M2-1とhMPV抗原FとhMPV抗原Nとの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、第2の抗原は、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、hMPV抗原Nのそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、複数の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F及びhMPV抗原Nを含む。いくつかの実施形態では、複数の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、及びhMPV抗原Nを含む。いくつかの実施形態では、複数の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、及びhMPV抗原Nから本質的になる。いくつかの実施形態において、第2の抗原は、本明細書に記載の組成物のための任意の適切な抗原を含み得る。
いくつかの実施形態において、臨床的に有意なウイルスとしては、HHV8が挙げられ得るがこれに限定されない。いくつかの実施形態において、ウイルス抗原は、HHV8由来の免疫原性抗原を網羅する。いくつかの実施形態において、HHV8由来の抗原は、LANA-1(ORF3);LANA-2(vIRF3、K10.5);vCYC(ORF72);RTA(ORF50);vFLIP(ORF71);Kaposin(ORF12、K12);gB(ORF8);MIR1(K3);SSB(ORF6);TS(ORF70)及びそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態において、臨床的に有意なウイルスとしては、HBVが挙げられ得るがこれに限定されない。いくつかの実施形態において、ウイルス抗原は、HBV由来の免疫原性抗原を網羅する。いくつかの実施形態において、HBV由来の抗原は、(i)HBVコア抗原、(ii)HBV表面抗原、並びに(iii)HBVコア抗原及びHBV表面抗原から選択される。
実施形態において、UVST組成物は、任意の臨床的に有意な又は関連するウイルスに対して特異性を有する。例えば、UVST組成物は、HHV8及び/又はHBV由来の抗原を含むウイルス抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。
いくつかの実施形態において、臨床的に有意なウイルスとしては、コロナウイルスが挙げられ得るがこれに限定されない。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、α-コロナウイルス(α-CoV)である。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、β-コロナウイルス(β-CoV)である。いくつかの実施形態において、β-CoVは、SARS-CoV、SARS-CoV2、MERS-CoV、HCoV-HKU1及びHCoV-OC43から選択される。いくつかの実施形態において、コロナウイルスは、SARS-CoV2である。いくつかの実施形態において、SARS-CoV2抗原は、(i)nsp1;nsp3;nsp4;nsp5;nsp6;nsp10;nsp12;nsp13;nsp14;nsp15;及びnsp16;(ii)スパイク(S);エンベロープタンパク質(E);マトリックスタンパク質(M);及びヌクレオカプシドタンパク質(N);並びに(iii)SARS-CoV-2(AP3A);SARS-CoV-2(NS7);SARS-CoV-2(NS8);SARS-CoV-2(ORF10);SARS-CoV-2(ORF9B);及びSARS-CoV-2(Y14)からなる群より選択される1つ以上の抗原を含む。実施形態において、UVST組成物は、コロナウイルス由来の抗原、例えば、SARS-CoV2を含むウイルス抗原に対して特異性を有するVSTを含むことができる。
いくつかの実施形態では、組成物中の抗原特異的T細胞は、単核細胞(MNC)を複数のペプミックスライブラリーと接触させることによって作製することができる。いくつかの実施形態において、組成物中の抗原特異的T細胞は、末梢血単核球(PBMC)を複数のペプミックスライブラリーと接触させることによって作製され得る。いくつかの実施形態において、各ペプミックスライブラリーは、ウイルス抗原の少なくとも一部を網羅する複数の重複ペプチドを含む。いくつかの実施形態において、複数のペプミックスライブラリーのうちの少なくとも1つは、PIV由来の第1の抗原を網羅する。いくつかの実施形態において、複数のペプミックスライブラリーのうちの少なくとも1つの追加のペプミックスライブラリーは、第2の各抗原を網羅する。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、少なくとも1つのDNAプラスミドでヌクレオフェクトされた樹状細胞(DC)とT細胞を接触させることによって作製され得る。いくつかの実施形態において、そのDNAプラスミドは、PIV抗原をコードし得る。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのDNAプラスミドは、第2の各抗原をコードする。いくつかの実施形態において、プラスミドは、少なくとも1つのPIV抗原及び少なくとも1つの第2の抗原をコードする。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、CD4+Tリンパ球及びCD8+Tリンパ球を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、αβT細胞レセプターを発現している抗原特異的T細胞を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、MHC拘束性の抗原特異的T細胞を含む。
いくつかの実施形態において、T細胞は、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18及びIL-21から選択される1つ以上のサイトカインの存在下でエクスビボで培養され得る。実施形態において、T細胞は、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18及びIL-21から選択される1つ以上のサイトカインの存在下でエクスビボで培養され得る。実施形態において、T細胞は、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15、IL17、IL18及びIL-21から選択される1つ以上のサイトカインの存在下でエクスビボで培養することができ、ここでサイトカインはIL-2を含まない。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、IL-7とIL-4の両方の存在下においてエクスビボで培養され得る。いくつかの実施形態において、マルチウイルス抗原特異的T細胞は、培養の9日以内、10日以内、11日以内、12日以内、13日以内、14日以内、15日以内、16日以内、17日以内、18日以内、19日以内、20日以内(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)に十分に拡大し、患者への投与の準備が整う。いくつかの実施形態において、マルチウイルス抗原特異的T細胞は、本明細書中に記載されるような組成物に適した任意の日数以内に十分に拡大した。
本開示は、無視できる同種反応性を示す抗原特異的T細胞を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、より活性化を示さない抗原特異的T細胞を含む組成物は、ある患者から収集された抗原特異的T細胞の細胞死を、同じ患者から収集された対応する抗原特異的T細胞の細胞死よりも誘導した。いくつかの実施形態において、その組成物は、IL-7とIL-4の両方の存在下において培養されない。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞を含む組成物は、70%を超える生存能を示す。
いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも1日間、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも4日間、少なくとも5日間、少なくとも6日間、少なくとも7日間、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、細菌及び真菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも7日間、細菌及び真菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、組成物は、1EU/ml未満、2EU/ml未満、3EU/ml未満、4EU/ml未満、5EU/ml未満、6EU/ml未満、7EU/ml未満、8EU/ml未満、9EU/ml未満、10EU/ml未満のエンドトキシンを示す。いくつかの実施形態において、組成物は、5EU/ml未満のエンドトキシンを示す。いくつかの実施形態において、組成物は、マイコプラズマに対して陰性である。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を構築するために使用されるペプミックスは、化学的に合成される。いくつかの実施形態において、ペプミックスは、必要に応じて>10%、>20%、>30%、>40%、>50%、>60%、>70%、>80%、>90%(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)純粋である。いくつかの実施形態において、ペプミックスは、必要に応じて>90%純粋である。
いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、Th1に極性化している。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、ウイルス抗原を発現している標的細胞を溶解することができる。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞は、他の好適なタイプの、抗原を発現している標的細胞を溶解することができる。いくつかの実施形態において、組成物中の抗原特異的T細胞は、感染していない標的自己細胞を有意に溶解しない。いくつかの実施形態において、組成物中の抗原特異的T細胞は、感染していない同種異系の自己標的細胞を有意に溶解しない。
本開示は、静脈内送達用に製剤化された任意の組成物を含む薬学的組成物(例えば、静脈内送達用に製剤化された本明細書中に記載されるドナーミニバンク由来の抗原特異的T細胞株を含む薬学的組成物)を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、細菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも7日間、細菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、真菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、組成物は、培養中の少なくとも7日間、真菌に対して陰性である。
本薬学的組成物は、1EU/ml未満、2EU/ml未満、3EU/ml未満、4EU/ml未満、5EU/ml未満、6EU/ml未満、7EU/ml未満、8EU/ml未満、9EU/ml未満又は10EU/ml未満のエンドトキシンを示す。いくつかの実施形態において、本薬学的組成物は、マイコプラズマに対して陰性である。
本開示は、標的細胞を溶解する方法を提供し、その方法は、標的細胞を、本明細書中に記載されるような組成物又は薬学的組成物(例えば、本明細書中に記載されるドナーミニバンク由来の抗原特異的T細胞株又は静脈内送達用に製剤化されたそのようなT細胞株を含む薬学的組成物)と接触させる工程を含む。いくつかの実施形態において、標的細胞と組成物又は薬学的組成物との接触は、被験体内のインビボで行われる。いくつかの実施形態において、標的細胞と組成物又は薬学的組成物との接触は、被験体への抗原特異的T細胞の投与を介してインビボで行われる。いくつかの実施形態において、被験体は、ヒトである。
本開示は、ウイルス感染症を処置又は予防する方法を提供し、その方法は、それを必要とする被験体に、本明細書中に記載されるような組成物又は薬学的組成物(例えば、本明細書中に記載されるドナーミニバンク由来の抗原特異的T細胞株又は静脈内送達用に製剤化されたそのようなT細胞株を含む薬学的組成物)を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、投与される抗原特異的T細胞の量は、5×103~5×109抗原特異的T細胞/m2、5×104~5×108抗原特異的T細胞/m2、5×105~5×107抗原特異的T細胞/m2、5×104~5×108抗原特異的T細胞/m2、5×106~5×109抗原特異的T細胞/m2(これらの間のすべての範囲及び部分的な範囲を含む)の範囲である。いくつかの実施形態において、抗原特異的T細胞が、被験体に投与される。いくつかの実施形態において、被験体は、免疫無防備状態である。いくつかの実施形態において、被験体は、急性骨髄性白血病を有する。いくつかの実施形態において、被験体は、急性リンパ芽球性白血病を有する。いくつかの実施形態において、被験体は、慢性肉芽腫症を有する。
いくつかの実施形態において、被験体は、1つ以上の病状を有し得る。いくつかの実施形態において、被験体は、抗原特異的T細胞を投与される前に、強度軽減移植前治療とともに適合血縁ドナー移植を受ける。いくつかの実施形態において、被験体は、抗原特異的T細胞を投与される前に、骨髄破壊的移植前治療とともに適合非血縁ドナー移植を受ける。いくつかの実施形態において、被験体は、抗原特異的T細胞を投与される前に、強度軽減移植前治療とともにハプロタイプ一致の移植を受ける。いくつかの実施形態において、被験体は、抗原特異的T細胞を投与される前に、骨髄破壊的移植前治療とともに適合血縁ドナー移植を受ける。いくつかの実施形態において、被験体は、臓器移植を受けたことがある。いくつかの実施形態において、被験体は、化学療法を受けたことがある。いくつかの実施形態において、被験体は、HIVに感染している。いくつかの実施形態において、被験体は、遺伝性免疫不全を有する。いくつかの実施形態において、被験体は、同種異系幹細胞移植を受けたことがある。いくつかの実施形態において、被験体は、このパラグラフに記載されているような1つより多い病状を有する。いくつかの実施形態において、被験体は、このパラグラフに記載されているようなすべての病状を有する。
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に複数回投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に1回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に2回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に3回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に4回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に5回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に6回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に7回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に8回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に9回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に10回より多く投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、被験体に適した回数だけ被験体に投与される。
いくつかの実施形態において、組成物の投与は、被験体のウイルス感染症を効果的に処置又は予防する。いくつかの実施形態において、そのウイルス感染症は、パラインフルエンザウイルス3型である。いくつかの実施形態において、そのウイルス感染症は、呼吸器合胞体ウイルスである。いくつかの実施形態において、そのウイルス感染症は、インフルエンザである。いくつかの実施形態において、そのウイルス感染症は、ヒトメタニューモウイルスである。
本開示は、複数のウイルス抗原を認識する抗原特異的T細胞のポリクローナル集団を含む組成物、及びそのような抗原特異的T細胞を含む複数の細胞株を含む本明細書中に記載されるようなドナーミニバンクを提供する。本開示は、複数のウイルス抗原が少なくとも1つの抗原を含むことを提供する。いくつかの実施形態において、その少なくとも1つの抗原は、パラインフルエンザウイルス3型(PIV)であり得る。いくつかの実施形態において、その少なくとも1つの抗原は、呼吸器合胞体ウイルスであり得る。いくつかの実施形態において、その少なくとも1つの抗原は、インフルエンザであり得る。いくつかの実施形態において、その少なくとも1つの抗原は、ヒトメタニューモウイルスであり得る。
一部の実施形態では、本開示は、パラインフルエンザウイルス3型(PIV)呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザ、及びヒトメタニューモウイルスのそれぞれからの少なくとも1つの抗原を含む複数のウイルス抗原を認識する抗原特異的T細胞のポリクローナル集団、並びにかかる抗原特異的T細胞を含む複数の細胞株を含む本明細書に記載のドナーミニバンクを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のウイルス抗原が、パラインフルエンザウイルス3型(PIV)呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザ、及びヒトメタニューモウイルスのそれぞれからの少なくとも2つの抗原を含んでなる、複数のウイルス抗原を認識する抗原特異的T細胞のポリクローン集団、並びに、そのような抗原特異的T細胞を含む複数の細胞株を含む本明細書に記載のドナーミニバンクを提供する。
いくつかの実施形態では、複数の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、及びhMPV抗原Nから構成される。いくつかの実施形態では、複数の抗原は、PIV抗原M、PIV抗原HN、PIV抗原N、PIV抗原F、インフルエンザ抗原NP1、インフルエンザ抗原MP1、RSV抗原N、RSV抗原F、hMPV抗原M、hMPV抗原M2-1、hMPV抗原F、及びhMPV抗原Nのいずれかから選択されることができる。
いくつかの実施形態において、本開示は、静脈内送達用に製剤化された本明細書中に記載されるような組成物を含む薬学的組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、細菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、真菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、培養中の少なくとも1日間、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも4日間、少なくとも5日間、少なくとも6日間、少なくとも7日間、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、細菌又は真菌に対して陰性である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるような組成物は、培養中の少なくとも7日間、細菌又は真菌に対して陰性である。
いくつかの実施形態において、静脈内送達用に製剤化された薬学的組成物は、1EU/ml未満、2EU/ml未満、3EU/ml未満、4EU/ml未満、5EU/ml未満、6EU/ml未満、7EU/ml未満、8EU/ml未満、9EU/ml未満又は10EU/ml未満のエンドトキシンを示す。いくつかの実施形態において、静脈内送達用に製剤化された薬学的組成物は、マイコプラズマに対して陰性である。
実施例1.CMV特異的VST(CMVST)のドナーバンクの構築
CMVST作製用のドナーの選択:臨床的に有効な株を同種異系HSCT患者集団の大部分に提供できることを確実なものとするために、本発明者らは、所与の患者集団用の細胞療法製品を作製するために所与のドナープールから最良のドナーになり得るドナーを選択するためのドナー選択アルゴリズムを開発した。概して米国と類似の多様な人種構成を有するヒューストン地方(Houston Methodist又はTexas Children’s Hospital)において処置された666人の同種異系HSCTレシピエントのHLA型を解析した。次いで、これらのHSCTレシピエントのHLAを、多様で健康な適格のCMV血清陽性ドナーのプールのHLA型と比較した。最初の工程(図2、工程#1)において、全体のドナープール内の各健康ドナーのHLA型を、患者プール内の各患者のHLA型と個別に比較し、最も適合度の高いドナー(本明細書中で「最適合ドナー」とも呼ぶ)を、患者プール内の最も多くの患者と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合するドナーであると特定した(図2、工程#2)。このドナーを全体のドナープールから除去し、また、このドナーによって対応される(すなわち、そのドナーと少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する)すべての患者を、患者集団内の他の非適合患者から除去した。これにより、ドナープールは、ドナーが1名減り、非適合患者集団は、2つ以上のHLAアレルにおいて第1のドナーと適合する患者の数だけ患者が減った(図2、工程#3)。続いて、これらの工程を2回目、3回目などと、解析される患者集団内の患者の少なくとも95%をカバーする(すなわち、それらの患者の少なくとも95%と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する)ドナーのパネルが作製されるまで反復し(図10)、その都度、その時点において非適合患者集団内に残っている最も多くの患者と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する、残りのドナープール内のドナーを特定し、その後の考慮からそのドナーと、そのドナーと適合するそれらのすべての患者の両方を除去した(図4~9)。その第1のドナーパネルを、ウイルス特異的T細胞の第1のミニバンクの構築において使用するために取っておいた。
CMVST作製用のドナーの選択:臨床的に有効な株を同種異系HSCT患者集団の大部分に提供できることを確実なものとするために、本発明者らは、所与の患者集団用の細胞療法製品を作製するために所与のドナープールから最良のドナーになり得るドナーを選択するためのドナー選択アルゴリズムを開発した。概して米国と類似の多様な人種構成を有するヒューストン地方(Houston Methodist又はTexas Children’s Hospital)において処置された666人の同種異系HSCTレシピエントのHLA型を解析した。次いで、これらのHSCTレシピエントのHLAを、多様で健康な適格のCMV血清陽性ドナーのプールのHLA型と比較した。最初の工程(図2、工程#1)において、全体のドナープール内の各健康ドナーのHLA型を、患者プール内の各患者のHLA型と個別に比較し、最も適合度の高いドナー(本明細書中で「最適合ドナー」とも呼ぶ)を、患者プール内の最も多くの患者と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合するドナーであると特定した(図2、工程#2)。このドナーを全体のドナープールから除去し、また、このドナーによって対応される(すなわち、そのドナーと少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する)すべての患者を、患者集団内の他の非適合患者から除去した。これにより、ドナープールは、ドナーが1名減り、非適合患者集団は、2つ以上のHLAアレルにおいて第1のドナーと適合する患者の数だけ患者が減った(図2、工程#3)。続いて、これらの工程を2回目、3回目などと、解析される患者集団内の患者の少なくとも95%をカバーする(すなわち、それらの患者の少なくとも95%と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する)ドナーのパネルが作製されるまで反復し(図10)、その都度、その時点において非適合患者集団内に残っている最も多くの患者と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する、残りのドナープール内のドナーを特定し、その後の考慮からそのドナーと、そのドナーと適合するそれらのすべての患者の両方を除去した(図4~9)。その第1のドナーパネルを、ウイルス特異的T細胞の第1のミニバンクの構築において使用するために取っておいた。
この時点において、第1のドナーミニバンクの構築において非適合患者集団から除去された患者のすべてを患者集団に再導入し(しかし、先に除去されたどのドナーも全体のドナー集団に再導入しなかった)、次いで、この手順を2回目として反復して、解析される患者集団内の患者の少なくとも95%をカバーする(すなわち、それらの患者の少なくとも95%と少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合する)第2のドナーパネルを特定し、それにより、第2のドナーミニバンクを作製した。これにより、患者は、別個のドナーミニバンクにおいて1名より多い十分に適合するドナー候補オプションが手に入ることが確実になった。このモデルを使用すれば、たった8名の十分に選択されたドナーで、少なくとも2つのHLA抗原において適合するT細胞製品が患者集団の>95%に提供され得ることが見出され;この場合、ドナープールをさらに大きくしても、適合数は有意に増加しなかった。次いで、この多様な同種異系HSCTレシピエント集団の≧95%に対してCMV活性が確認された、カバー度が好適なCMVST株(≧2の共有HLA抗原)を提供する目的で、これらの8名のドナーを選択した。
第三者CMVSTバンクの調製:すべてのドナーに、IRBが承認したプロトコルについて書面によるインフォームドコンセントを行い、これらの全ドナーが血液バンクの適格基準を満たした。製造に向けて、末梢血の採血によって血液単位を回収し、フィコール勾配によってPBMCを単離した。10×106個のPBMCをG-Rex5バイオリアクター(Wilson Wolf,Minneapolis,MN)に播種し、800U/mlのIL4及び20ng/mlのIL7(R&D Systems,Minneapolis,MN)及びIE1、pp65ペプミックス(2ng/ペプチド/ml)(JPT Peptide Technologies Berlin,Germany)を含むT細胞培地[Advanced RPMI 1640(HyClone Laboratories Inc.Logan,Utah)、45%Click’s(Irvine Scientific,Santa Ana,CA)、2mM GlutaMAXTM]TM-I(Life Technologies Grand Island,NY)及び10%ウシ胎児血清(Hyclone)]中で培養した。開始後9~12日目に、T細胞を収集し、計数し、G-Rex-100MにおいてIL4(800U/ml)及びIL7(20ng/ml)とともに、ペプミックスでパルスされた照射済みの自己PBMC[1:4エフェクター:ターゲット(E:T)-4×105CMVST:1.6×106照射PBMC/cm2]で再刺激した。培養の3~4日目に、細胞に200ng/mlのIL2(Prometheus Laboratories,San Diego,CA)を供給し、2回目の刺激の9~12日後に、T細胞を凍結保存に向けて収集した。凍結保存時に、各株を微生物学的に試験し、免疫表現型を決定し[CD3、CD4、CD8、CD14、CD16、CD19、CD25、CD27、CD28、CD45、CD45RA、CD56、CD62L CD69、CD83、HLA DR及び7AAD(Becton Dickinson,Franklin Lakes,NJ)]、IFNγ酵素結合イムノスポット(ELISpot)アッセイによってウイルス特異性について評価した。IFNγ ELISpotアッセイによって計測した反応性細胞の頻度が、>30スポット形成細胞(SFC)/2×105投入ウイルス特異的T細胞だったとき、その細胞株を「反応性」と定義した。
臨床試験デザイン:これは、食品医薬品局(FDA)のINDの下で行われ、Baylor College of Medicine Institutional Review Board(IRB)によって承認された、単一施設第I相試験(NCT02313857)だった。この試験は、ガンシクロビル、ホスカルネット又はシドフォビルによる処置と定義される標準的治療にもかかわらずCMV感染症又は少なくとも7日間持続していた疾患を有する同種異系HSCTレシピエントに対して門戸が開かれた試験だった。除外規準には、≧0.5mg/kgのプレドニゾン(又は等価物)による処置、室内空気において酸素飽和が<90%の呼吸不全、他の制御されない感染症及び≧グレードIIの活動性GVHDが含まれた。投与予定日の28日以内にATG、Campath、他のT細胞免疫抑制性モノクローナル抗体、又はドナーリンパ球注入(DLI)を投与された患者も、参加から除外した。まず患者に、好適なVST株(≧2個の共有HLA抗原を有する)の探索について同意を得て、利用可能であった場合、及び患者が適格基準を満たした場合、それらの患者を本研究の処置部分に登録できた。各患者に、2×107個のHLA部分適合VST/m2の静脈内注入を1回行い、4週間後に2回目の注入を行い、その後隔週で追加の注入を行うオプションがあった。処置担当の医師の判断で、標準的な抗ウイルス薬剤による治療を行うことができた。
安全性評価項目:このパイロット研究の主目的は、持続的なCMV感染症/疾患を有するHSCTレシピエントにおいてCMVSTの安全性を判断することだった。NCI Common Terminology Criteria for Adverse Events(CTCAE),バージョン4.Xによって毒性を段階分けした。安全性評価項目には、最後のCMVST投与の42日以内の急性GvHDグレードIII~IV、注入の24時間以内の注入関連毒性、又は最後のCMVST投与の28日以内の、T細胞製品に関連し、かつ元々の悪性疾患又は既存の併存症である既存の感染に起因し得ない、グレード3~5の造血系有害事象が含まれた。急性及び慢性GVHDが存在した場合、標準的な臨床上の定義に従ってそれらを段階分けした。1,2本研究は、Dan L.Duncan Cancer Center Data Review Committeeがモニターした。
アウトカムの評価:末梢血中のCMV量を、臨床検査改善修正法案(Clinical
Laboratory Improvement Amendments)(CLIA)によって承認された研究室において定量的PCR(qPCR)によってモニターした。処置に対するウイルスの完全奏効(CR)は、qPCRによる検出閾値未満へのウイルス量の減少、並びに組織疾患の臨床的徴候及び症状(ベースライン時に存在した場合)の消失と定義された。部分奏効(PR)は、ベースラインからの少なくとも50%のウイルス量の減少と定義された。臨床応答及びウイルス学的応答は、CMVST注入後の6週目に割り当てられた。
Laboratory Improvement Amendments)(CLIA)によって承認された研究室において定量的PCR(qPCR)によってモニターした。処置に対するウイルスの完全奏効(CR)は、qPCRによる検出閾値未満へのウイルス量の減少、並びに組織疾患の臨床的徴候及び症状(ベースライン時に存在した場合)の消失と定義された。部分奏効(PR)は、ベースラインからの少なくとも50%のウイルス量の減少と定義された。臨床応答及びウイルス学的応答は、CMVST注入後の6週目に割り当てられた。
免疫モニタリング:ELISpot解析を使用して、CMV抗原及びCMVペプチドに応答してIFNγを分泌する循環T細胞の頻度を求めた。注入前並びに注入後の1、2、3、4、6及び12週目に臨床サンプルを回収した。ポジティブコントロールとして、PBMCをブドウ球菌エンテロトキシンB(1μg/ml)(Sigma-Aldrich Corporation,St Louis,MO)で刺激した。1000ng/ペプチド/mlに希釈したIE1及びpp65ペプミックス(JPT Technologies,Berlin,Germany)を使用して、注入後のドナー由来CMVSTを追跡した。利用可能であるとき、公知のエピトープを表しているペプチド(Genemed Synthesis Inc.,San Antonio,TX、1250ng/mlに希釈されたもの)もELISpotアッセイにおいて使用した。ELISpot解析に向けて、PBMCを5×106/mlでT細胞培地に再懸濁し、96ウェルELISpotプレートにプレーティングした。各条件を2つ組で行った。20時間のインキュベーションの後に、プレートを、先に記載されたように展開し、室温の暗所において一晩乾燥させ、次いで、定量のためにZellnet Consulting(New York,NY)に送った。インターフェロン-γスポット形成細胞(SFC)及び投入した細胞の数をプロットし、各抗原に特異的なT細胞の頻度を特異的SFC/投入細胞数として表現した。
統計解析:記述統計量を計算して、データを要約した。抗ウイルス応答を要約し、正確な95%二項信頼区間とともに奏効率を推定した。ウイルス量及びT細胞頻度のデータをプロットして、免疫応答のパターンを経時的に図示した。注入前と注入後のウイルス量及びT細胞頻度の変化の比較を、ウィルコクソン符号順位検定を用いて行った。SASシステム(Cary,NC)バージョン9.4及びRバージョン3.2.1を用いてデータを解析した。P値<0.05を統計学的に有意とみなした。
結果
第三者CMVSTバンク:CMVSTのバンクを、移植集団の多様なHLAプロファイルを代表するように選択された8名のCMV血清陽性ドナーから作製した(表1)。7.7×108PBMCという中央値(範囲4.6~8.8×108)が、1回の採血(425mlという中央値)から単離された。CMVSTを拡大するために、PBMCを、pp65及びIE1を網羅するペプミックスに、培養中の20日超にわたって曝露したところ、102±12という平均拡大倍率(図17A)が達成された。得られた細胞はほぼ例外なく、セントラルCD45RA-/62L+(58.5±4.8%)及びエフェクターCD45RA-/62L-(35.3±4.6%)メモリマーカーを発現する、CD4+(21.3±7.5%)サブセットとCD8+(74.7±7.8%)サブセットの両方を含むCD3+(99.3±0.4%)だった(図17B)。8つすべての株が、刺激性のCMV抗原に対して反応性だった(IE1 419±100SFC/2×105及びpp65 1069±230、図17C)。表1に細胞株の特色が要約されている。これらの8つの株のうち、6つの製品を、処置される10名の試験患者に投与した。
スクリーニング:CMVに感染している29名の同種異系HSCTレシピエントが、主要BMT提供者から試験参加にまわされ、8つの株のバンクから、28例における注入に適した製品(最低2/8のHLA適合閾値)が特定された(96.6%;95%CI:82.2%~99.9%)。そのようなHLA適合製品の投与に関連する臨床的有用性を実証した以前の第三者試験において行われた遡及的解析に基づいて、2/8のHLA適合閾値を確立した。HLAクラスIの適合であるかクラスIIの適合であるかは、アウトカムに影響しないとみられた。注目すべきことに、本研究では、ほとんどの製品が≧4の抗原で適合した(図18D)。株が利用可能な28名の患者のうち、17名の患者が標準的な抗ウイルス処置に応答したこと、及び1名の患者が最近のDLIに起因して不適格だったことを理由に、細胞を投与されなかった。
処置患者の特色:持続的な感染に対して処置される10名の患者(小児n=7及び成人n=3)の特色が表2に要約されており、それらの患者には、2名のアフリカ系アメリカ人レシピエント、3名のヒスパニック起源の白人患者及び5名の非ヒスパニック系コーカサス人レシピエントが含まれた。それらの10名の患者のうちの3名は、確定されたウイルス関連疾患[CMV網膜炎(n=1)、CMV大腸炎が原因の下痢(n=2)]を有した。移植後46~365日目(中央値、133日目)に、CMVST(2~6/8のHLA抗原で適合)を投与した。7名の患者は、24日間という中央値(48日間という平均値;範囲14~211日間)にわたって、標準的な抗ウイルス処置に抵抗性の感染症を有し、それらの患者のうちの3名が、従来の抗ウイルス薬に対する抵抗性を付与する変異があるウイルスを有した。免疫療法の介入前に、これらの患者のうちの6名が、従来の抗ウイルス薬に関連する重症有害事象(SAE)を経験し、それには急性腎傷害(n=4)、ホスカルネット誘発性の腎細尿管症(n=1)及び重症のホスカルネット関連膵炎
(n=1)が含まれ、3例で、任意の従来の薬物によるさらなる処置が不可能になった。
(n=1)が含まれ、3例で、任意の従来の薬物によるさらなる処置が不可能になった。
臨床上の安全性:すべての注入が良好な耐容性を示した。注入の8時間後に一過性の単発的な発熱を呈した1名の患者を除いて、即時型の毒性は観察されなかった。1名の患者が、体幹に軽度の斑状丘疹状皮疹を呈したが、これはウイルス性発疹を示唆するとみられ、局所処置又は全身処置なしに数日以内に自然に消失した。サイトカイン放出症候群(CRS)又は注入したCMVSTに関連する他の毒性の症例は観察されず、移植片不全、自己免疫性溶血性貧血又は移植関連微小血管障害を発症した患者もいなかった。患者を、急性GvHDについて6週間追跡し、慢性GvHDについて12ヶ月間追跡した。患者と注入細胞との間でHLAが異なるにもかかわらず、急性GvHDの前病歴[グレードII(n=2)又はIII(n=1)]を有する3名の患者を含む患者で、処置後に再発性又は新規の急性若しくは慢性のGvHDを発症した患者はいなかった(表3)。
臨床応答:注入された10名すべての患者がCMVSTに応答し、7名がCRであり、3名がPRであり、6週目までに、100%の累積奏効率だった(95%CI:69.2~100.0%)。6週目における平均血漿ウイルス量の減少は、89.8%(+/-21.4%)だった。処置されたすべての患者の連続的なウイルス量計測値に基づくウイルス学的アウトカムが図18に要約されている。著しいことに、難治性感染症を有する患者だけでなく、組織疾患を有する3名の個体[CMV網膜炎(n=1)、CMV大腸炎が原因の下痢(n=2)]においても、臨床的有用性が達成された。
8名の患者に、CMVSTの注入を1回行い、1名の患者(3976)には、注入を2回行い、1名(4201)には、CMVSTの注入を3回行った。患者3976は、6週目にCRを達成したが、10週目にウイルス量が増えて再発した。その患者に、1回目の注入の80日後に同じCMVST株で2回目の注入を行ったところ、持続的なCRがもたらされた。患者4201には、最初の投与の28日後に同じCMVSTの2回目の注入を行ったが応答しなかったので、2週間後に異なるCMVST株で3回目の注入を行ったところ、持続的なCRが達成された。これらの患者において達成された臨床応答及びウイルス学的応答は、10名の処置患者のうち8名においてウイルス反応性CMVSTの増加
[注入前の平均値126±84SFCから443±178/5×105PBMCというピークに増加(p=0.023;図19A)]を伴った。
[注入前の平均値126±84SFCから443±178/5×105PBMCというピークに増加(p=0.023;図19A)]を伴った。
T細胞の持続性:CMVST注入がこれらの患者において見られた防御作用に寄与したかを評価するため、及びこれらのHLA部分適合VSTのインビボ寿命を評価するために、注入される細胞株に限定されるHLA拘束性エピトープペプチドを用いて、注入前及び注入後の患者PBMCにおけるCMVSTの特異性を調べた。確認された第三者起源の機能的T細胞が、HLA拘束性ペプチド試薬が利用可能であった5名の患者において検出され、これは最大12週間持続し;8名すべての患者において、患者とCMVST株との間で共有されるHLAアレルに限定される抗ウイルス応答(図19B)が観察された。したがって、注入されたCMVSTが、CMV感染を制御する抗ウイルス効果を誘導したと推測された。
上記の第I相試験では、少なくとも14日間のガンシクロビル及び/又はホスカルネットによる処置を失敗していた又は標準的な抗ウイルス薬剤を許容できなかった同種異系HSCTレシピエントにおけるCMV感染症/疾患を処置するために第三者CMVSTを投与した。注目すべき除外規準は、活動性GvHDを有する患者又はコルチコステロイドを中用量若しくは高用量で投与された患者だった。人種的かつ民族的に多様な同種異系HSCT患者集団を幅広くカバーするように、HLAプロファイルに基づいて慎重に選択されたたった8名の健康ドナーからCMVSTのバンクを作製した。実際に、試験参加についてスクリーニングされた29名の患者のうち、28名に対して好適な株(最低2つの共有HLA抗原閾値)(96.6%;95%CI:82.2~99.9%)が特定されたことから、十分に選択された小さな細胞バンクで幅広い患者をカバーできるという実現可能性が証明された。これらの28名の患者のうち、多様なバックグラウンドの10名
(2名のアフリカ系アメリカ人、3名のヒスパニック起源の白人及び5名の非ヒスパニック系コーカサス人)を処置したところ、全員が急性若しくは慢性GvHD又は他の毒性を経験せずにウイルス学的有用性及び臨床的有用性を達成した。6名が、従来の抗ウイルス薬に関係する急性腎傷害、腎細尿管症及び膵炎をはじめとした重症有害事象を以前に経験していたので、これは注目すべきことであった。この第I相試験は、難治性CMV感染症を処置するための、慎重にデザインされた小さなドナーバンクを起源とする第三者のウイルス反応性T細胞の投与に関連する安全性及び臨床的有用性を示す。
(2名のアフリカ系アメリカ人、3名のヒスパニック起源の白人及び5名の非ヒスパニック系コーカサス人)を処置したところ、全員が急性若しくは慢性GvHD又は他の毒性を経験せずにウイルス学的有用性及び臨床的有用性を達成した。6名が、従来の抗ウイルス薬に関係する急性腎傷害、腎細尿管症及び膵炎をはじめとした重症有害事象を以前に経験していたので、これは注目すべきことであった。この第I相試験は、難治性CMV感染症を処置するための、慎重にデザインされた小さなドナーバンクを起源とする第三者のウイルス反応性T細胞の投与に関連する安全性及び臨床的有用性を示す。
CMVは、最近数十年において疾患の割合が低下しているにもかかわらず、依然として同種異系HSCT後の主な罹患原因のままであり;最近のCIBMTR報告では、9469名の患者[2003~2010年にAML(n=5310)、ALL(n=1883)、CML(n=1079)及びMDS(n=1197)のために移植された患者]から得たデータを調べたところ、CMVの再活性化が、4つすべての疾患カテゴリーの間で、より高い非再発死亡率並びにより低い全生存率に関連した。さらに、2008~2013年に移植された208名の患者の最近の研究では、CMVが再活性化した患者において平均の入院期間が26日延長することが見出され、1つより多いCMV再活性化エピソードの発生が、同種異系HSCTのコストを25~30%上昇させた(p<0.0001)ことから、CMV管理の経済的負担が強調されることとなった。
ホスカルネット及びガンシクロビルは、HSCT後のCMV感染症を処置するために頻繁に使用されている。しかしながら、CMV網膜炎に対するガンシクロビルを除いて、その使用は適応外であり、両方の薬物が、有意な副作用、特に腎疾患及び移植片抑制に関連する。サイトメガロウイルスDNAターミナーゼ複合体阻害剤であるレテルモビルは、予防的に使用されたとき、移植後のCMV感染/再活性化の発生率を低下させ6、2017年のFDA承認(成人HSCT患者におけるCMV予防のため)以来、高リスク患者においてますます使用されている。しかしながら、集学的なCMV Drug Development ForumのCMV Resistance Working Groupは、レテルモビルをより広範に予防的に使用すると、CMVのブレークスルー感染が起きた場合に、従来の抗ウイルス薬に抵抗性である生物の出現が増加すると予想している。実際に、レテルモビル抵抗性CMV株がますます報告されており、抵抗性疾患を有する患者の臨床成績は不良で、進行性の組織疾患及び死亡に関連する。
CMVSTは、本発明者らのグループなどが以前に報告したように、最初の再活性化と薬物抵抗性ウイルス株の両方を標的とする代替ストラテジーを提供する。実際に、本研究においてCMVSTで処置された患者の30%が、1つ以上の従来の抗ウイルス薬に抵抗性であると確認されたウイルス株に感染した。
本研究の目標の1つは、処置にまわされる同種異系HSCTレシピエントの大部分をカバーするのに十分な多様性を有するCMV特異的T細胞バンクを調製することだった。したがって、>600名の同種異系HSCTレシピエントのHLA型を、将来を見越して、CMVSTを作製できる多様で健康な適格の(CMV血清陽性の)ドナーのプールと比較して、十分に適合する製品を患者に提供し得る最小のコホートを特定した。このモデルを用いて、十分に選択されたたった8名のドナーで、少なくとも2つのHLA抗原において適合するT細胞製品を患者集団の>95%に提供できることが見出された。ドナープールをさらに増加させても、適合数は有意に増加しない。臨床参加についてスクリーニングされた29名の患者のうち28名(96.5%)に対して好適な株が特定された本研究は、そのようなドナーバンクが同種異系HSCT患者集団の大部分に効果的に供給できるという理論を裏付ける。
移植患者集団内の人種的及び民族的多様性を米国の移植集団のそれと比較した(表4)。これにより、本発明者らの患者集団内の多様性が、米国集団よりもわずかに多様でないが類似していることが明らかになった。これは、本研究のために開発された小さな細胞バンクを、この国全体にわたって臨床で使用するのに広く適用できることを示唆している。単一のドナーコレクションから>2,000回注入するための細胞を作製するのに十分な材料を生成できることにより、移植センターにわたって、試験されたCMVSTをユニバーサルに使用することが、より実現可能になっている。したがって、「既製」の第三者のウイルス反応性T細胞の分散化分布モデルを想定することができ、細胞がオンデマンドで入手可能になることが確実になった。
まとめると、上記データは、十分に選択されたたった8名の第三者ドナーから調製されたCMV反応性T細胞の十分に特徴付けられたバンクが、難治性CMV感染症を有する患者の大部分に、安全かつ有効な抗ウイルス活性を提供できる適切に適合した株を供給できることを示している。
実施例2.呼吸器系ウイルス感染症を予防及び処置するためのマルチウイルス特異的Tリンパ球の作製
本発明者らのグループは以前に、インビトロで拡大されたウイルス特異的T細胞(VST)の養子移入によって、同種異系HSCTレシピエントにおいて潜伏ウイルス[エプスタイン・バーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(CMV)、BKウイルス(BKV)、ヒトヘルペスウイルス6(HHV6)と溶菌ウイルス[アデノウイルス(AdV)]の両方に関連する感染症を安全かつ効果的に予防及び処置できることを実証した。CARVに対する感受性が、基本的な細胞免疫不全に関連することから、本研究において本発明者らは、インフルエンザ、RSV、hMPV及びPIVを含むようにVST療法の治療範囲を拡大することの実現可能性を探索した。
本発明者らのグループは以前に、インビトロで拡大されたウイルス特異的T細胞(VST)の養子移入によって、同種異系HSCTレシピエントにおいて潜伏ウイルス[エプスタイン・バーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(CMV)、BKウイルス(BKV)、ヒトヘルペスウイルス6(HHV6)と溶菌ウイルス[アデノウイルス(AdV)]の両方に関連する感染症を安全かつ効果的に予防及び処置できることを実証した。CARVに対する感受性が、基本的な細胞免疫不全に関連することから、本研究において本発明者らは、インフルエンザ、RSV、hMPV及びPIVを含むようにVST療法の治療範囲を拡大することの実現可能性を探索した。
本発明者らは、本発明者らの4つの標的ウイルスに由来する12個の免疫優性抗原に対して特異性を有するポリクローナル(CD4+及びCD8+)VSTの単一調製物を、GMP準拠の製造方法を用いて迅速に作製できる機構を説明した。刺激のために使用したウイルスタンパク質は、T細胞に対する免疫原性とそれらの配列保存の両方に基づいて選択した。拡大された細胞は、Th1に極性化しており、多機能であり、感染していない自己又は同種異系の標的に対しては活性を示さずに、ウイルス抗原を発現している標的細胞に選択的に反応し、殺傷することができることから、ウイルス標的に対する選択性と臨床での使用に対する安全性の両方が証明された。
本研究において、本発明者らは、健康ドナー由来のPBMCを、ある特定の標的ウイルス由来の免疫原性抗原[インフルエンザ-NP1及びMP1;RSV-N及びF;hMPV-F、N、M2-1及びM;PIV-M、HN、N及びF]を網羅するペプミックス(重複ペプチドライブラリー)のカクテルに曝露した後、G-Rexにおいて活性化サイトカインの存在下で拡大した。10~13日間にわたって、本発明者らは、平均8.5倍の拡大を達成した(0.25×107PBMC/cm2から平均1.9±0.2×107細胞/cm2への増加;n=12)。
手短に言えば、Baylor College of Medicine IRBが承認したプロトコル(H-7634、H-7666)を用いてインフォームドコンセントを受けた健康志願者及びHSCTレシピエントからPBMCを得て、それを使用してフィトヘマグルチニン(PHA)芽球及びマルチ-R-VSTを作製した。PHA芽球は、以前に報告したように作製し、インターロイキン2(IL2)(100U/mL;NIH,Bethesda,Maryland)(2日ごとに補充する)が補充されたVST培地[45%RPMI1640(HyClone Laboratories,Logan,Utah)、45%Click’s培地(Irvine Scientific,Santa Ana,California)、2mM GlutaMAX TM-I(Life Technologies,Grand Island,New York)及び10%ヒトAB血清(Valley Biomedical,Winchester,Virginia)]中で培養した。
マルチ-R-VSTの作製に向けて、ペプミックスを作製した。手短に言えば、インフルエンザA(NP1、MP1)、RSV(N、F)、hMPV(F、N、M2-1、M)
(JPT Peptide Technologies,Berlin,Germany)及びPIV抗原(M、HN、N、F)(Genemed Synthesis,San Antonio,TX)を網羅するペプチドライブラリー(11aa重複する15mer)でPBMCを刺激した。凍結乾燥されたペプミックスをジメチルスルホキシド
(DMSO)(Sigma-Aldrich)で再構成し、-80℃で保存した。マルチ-R-VSTの作製に向けて、PBMC(2.5×107)を、IL7(20ng/ml)、IL4(800U/ml)(R&D Systems,Minneapolis,MN)及びペプミックス(2ng/ペプチド/ml)が補充された100mlのVST培地が入ったG-Rex10(Wilson Wolf Manufacturing Corporation,St.Paul,MN)に移し、10~13日間、37℃、5%CO2において培養した。
(JPT Peptide Technologies,Berlin,Germany)及びPIV抗原(M、HN、N、F)(Genemed Synthesis,San Antonio,TX)を網羅するペプチドライブラリー(11aa重複する15mer)でPBMCを刺激した。凍結乾燥されたペプミックスをジメチルスルホキシド
(DMSO)(Sigma-Aldrich)で再構成し、-80℃で保存した。マルチ-R-VSTの作製に向けて、PBMC(2.5×107)を、IL7(20ng/ml)、IL4(800U/ml)(R&D Systems,Minneapolis,MN)及びペプミックス(2ng/ペプチド/ml)が補充された100mlのVST培地が入ったG-Rex10(Wilson Wolf Manufacturing Corporation,St.Paul,MN)に移し、10~13日間、37℃、5%CO2において培養した。
次いで、CD3、CD25、CD28、CD45RO、CD279(PD-1)[Becton Dickinson(BO),Franklin Lakes,NJ]、CD4、CD8、CD16、CD62L、CD69(Beckman Coulter,Brea,CA)及びCD366(TIM-3)(Biolegend,San Diego,CA)に対するモノクローナル抗体で表面染色したマルチ-R-VSTに対してフローサイトメトリーを行った。細胞をGalliosTMFlow Cytometerにおいて取得し、Kaluza(登録商標)Flow Analysis Software(Beckman Coulter)で解析した。詳細には、細胞をリン酸緩衝食塩水
(PBS)(Sigma-Aldrich)中でペレットにし、次いで、抗体を飽和量(5μl)で加えた後、4℃で15分間インキュベーションした。続いて、細胞を洗浄し、300μlのPBSに再懸濁し、少なくとも20,000個の生細胞をGalliosTMFlow Cytometerにおいて取得し、Kaluza(登録商標)Flow Analysis Software(Beckman Coulter)で解析した。
(PBS)(Sigma-Aldrich)中でペレットにし、次いで、抗体を飽和量(5μl)で加えた後、4℃で15分間インキュベーションした。続いて、細胞を洗浄し、300μlのPBSに再懸濁し、少なくとも20,000個の生細胞をGalliosTMFlow Cytometerにおいて取得し、Kaluza(登録商標)Flow Analysis Software(Beckman Coulter)で解析した。
細胞内サイトカイン染色に向けて、マルチ-R-VSTを収集し、VST培地に再懸濁し(2×106/ml)、96ウェルプレートの1ウェルあたり200μLを加えた。細胞を、ブレフェルジンA(1μg/ml)、モネンシン(1μg/ml)、CD28及びCD49d(1μg/ml)(BD)とともに200ngの個々の試験ペプミックス又はコントロールペプミックスと一晩インキュベートした。次に、VSTをPBSで洗浄し、ペレットにし、CD8及びCD3(5μ1/抗体/チューブ)で15分間、4℃にて表面染色し、次いで、洗浄し、ペレットにし、固定し、4℃の暗所において20分間、Cytofix/Cytoperm溶液(BD)で透過処理した。Perm/Wash Buffer(BD)で洗浄した後、細胞を4℃の暗所において30分間、10μLのIFNγ抗体及びTNFα抗体(BD)とインキュベートした。次いで、細胞をPerm/Wash Bufferで2回洗浄し、少なくとも50,000個の生細胞をGalliosTMFlow Cytometerにおいて取得し、Kaluza(登録商標)Flow Analysis Softwareで解析した。
eBioscience FoxP3キット(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)を製造者の指示書に従って用いて、FoxP3染色を行った。簡潔には、1×106個の細胞をCD3、CD4及びCD25抗体で表面染色し、次いで、洗浄し、1mlの固定/透過処理緩衝液に再懸濁し、4℃の暗所において1時間インキュベートした。PBSで洗浄した後、細胞を透過処理緩衝液に再懸濁し、5μLのアイソタイプ抗体又はFoxP3抗体(Clone PCH101)と4℃で30分間インキュベートし、次いで、洗浄し、GalliosTMFlow Cytometerにおいて取得した後、Kaluza(登録商標)Flow Analysis Softwareで解析した。
酵素結合イムノスポット(ELIspot)スポット解析を用いて、IFNγ及びグランザイムBを分泌する細胞の頻度を定量化した。簡潔には、PBMC、磁気的に選択されたT細胞部分集団及びマルチ-R-VSTを、5×106又は2×106細胞/mlでVST培地に再懸濁し、100μlの細胞を各ELIspotウェルに加えた。磁気ビーズ及びLS分離カラム(Miltenyi Biotec,GmbH)を製造者の指示書に従って用いて、細胞選択を行った。個々の刺激ペプミックス[NP1、MP1(インフルエンザ);N、F(RSV);F、N、M2-1、M(hMPV);M、HN、N、F(PIV)]又はコントロールペプミックス(サバイビン、WT1)による直接刺激(500ng/ペプチド/ml)の後、抗原特異的活性を計測した。ブドウ球菌エンテロトキシンB(SEB)(1μg/ml)及びPHA(1μg/ml)を、それぞれPBMC及びVSTに対するポジティブコントロールとして使用した。20時間のインキュベーションの後、プレートを先に記載されたように展開し、室温で一晩乾燥させ、次いで、定量のためにZellnet Consulting(New York)に送った。スポット形成細胞(SFC)及び投入した細胞の数をプロットし、VSTに対する特異性閾値を≧30SFC/2×105投入細胞と定義した。
マルチ-R-VSTサイトカインプロファイルを、MILLIPLEX High Sensitivity Human Cytokine Panel(Millipore,Billerica,MA)を用いて評価した。2×105個のVSTをペプミックス(NP1、MP1、N、F、F、N、M2-1、M、M、HN、N及びF)(1μg/ml)で一晩刺激した。続いて、上清を回収し、2つ組のウェルにプレーティングし、抗体が固定化されたビーズとともに4℃で一晩インキュベートし、次いで、洗浄し、ビオチン化検出抗体とともに室温で1時間プレーティングした。最後に、ストレプトアビジン-フィコエリトリンを室温で30分間加えた。サンプルを洗浄し、xPONENTソフトウェアを用いてLuminex 200(XMAP Technology)において解析した。
クロム放出アッセイを用いた。手短に言えば、標準的な4時間のクロム(Cr51)放出アッセイを使用し、自己抗原を負荷されたPHA芽球を標的として用いて(20ng/ペプミックス/1×106標的細胞)、マルチ-R-VSTの特異的細胞溶解活性を計測した。40:1、20:1、10:1及び5:1というエフェクター:ターゲット(E:T)比を用いて、特異的溶解を解析した。特異的溶解のパーセンテージを計算した[(実験上の放出-自発的放出)/(最大放出-自発的放出)]×100。マルチ-R-VST株の自己反応性及び同種反応性の能力を計測するために、自己PHA芽球及び同種異系PHA芽球だけを標的として使用した。
健康ドナー由来のポリクローナルなマルチ-R-VSTの作製
インフルエンザ、RSV、hMPV及びPIVに対して反応性の細胞の部分集団を含むVST特異的T細胞株を作製することの実現可能性を検討するために、本発明者らは、各標的ウイルス由来の免疫原性抗原[インフルエンザ-NP1及びMP1;RSV-N及びF;hMPV-F、N、M2-1及びM;PIV-M、HN、N及びF]を網羅する重複ペプチドライブラリーのプールを利用してPBMCを刺激した後、サイトカインが補充されたVST培地が入ったG-Rex10において培養した[図20A]。10~13日間にわたって、本発明者らは、平均8.5倍の細胞増加を達成した[図20B][0.25×107PBMC/cm2から平均値1.9±0.2×107細胞/cm2への増加(中央値:2.05×107、範囲:0.6~2.82×107細胞/cm2 n=12)。これはほぼ例外なく、CD3+T細胞(96.2±0.6%;平均値±SEM)、及び細胞傷害性T細胞(CD8+;18.1±1.3%)とヘルパーT細胞(CD4+;74.4±1.7%)との混合物[図20C]からなり、CD4/CD25/FoxP3+染色によって評価したとき、制御性T細胞の増殖のエビデンスはなかった(図21)。
さらに、拡大された細胞は、活性化マーカーCD25(50.2±3.8%)、CD69(52.8±6.3%)、CD28(85.8±2%)のアップレギュレーション、並びにセントラルメモリーマーカー(CD45RO+/CD62L+:61.4±3%)及びエフェクターメモリーマーカー(CD45RO+/CD62L-:20.3±2.3%)の発現、並びに最小のPD1(6.9±1.4%)又はTim3(13.5±2.3%)の表面発現によって証明されるように、エフェクター機能及び長期メモリーと一致する表現型を示した(図20C~D]。
マルチ-R-VSTの抗ウイルス特異性
次に、拡大集団が抗原特異的であるかを判定するために、免疫原として個々の各刺激抗原を用いてIFNy Ellspotアッセイを行った。作製された12個の株がすべて、標的ウイルスのすべてに対して反応性であることが判明した[表1、図23]。図22Aには、各刺激抗原に対する活性の規模が要約されており、図24は、漸増濃度のウイルス抗原に対する本発明者らの拡大VSTの応答を示している。著しいことに、培養中の10~13日間にわたって、本発明者らは、14.6±4.3(PIV-HN)~50.4±9.9倍(RSV-N)というウイルス特異的T細胞の濃縮を達成した[図22B;ドナーPBMC内でのCARV反応性T細胞の前駆体頻度が図26及び27に要約されている]。まとめると、これらのデータは、呼吸器系ウイルス特異的T細胞がメモリープールに存在し、GMP準拠の製造方法を用いてエクスビボで容易に増幅できることを示唆している。
次に、ウイルス特異性が、CD4+T細胞サブセット又はCD8+T細胞サブセット又は両T細胞サブセットとともに含まれているのかを評価するために、CD4+及びCD8+IFNy産生細胞に対してゲーティングするICSを行った。図22Cは、4つすべてのウイルスに対する活性が両方のT細胞コンパートメントにおいて検出された、1名のドナーからの代表的な結果を示しており[(CD4+:インフルエンザ-5.28%;RSV-11%;hMPV-6.57%;PIV-3.37%)、(CD8+:インフルエンザ-2.26%;RSV-4.36%;hMPV-2.69%;PIV-2.16%)]、図22Dは、スクリーニングされた9名のドナーに対する要約結果を示しており、本発明者らのマルチ-R-VSTがポリクローナルであり、多特異的であることが確認された。
マルチ-R-VSTの機能的特性
複数の炎症促進性サイトカインの産生及びエフェクター分子の発現は、細胞溶解機能の増大及びインビボでのT細胞活性の改善と相関すると示されている。ゆえに、本発明者らは次に、抗原曝露後の本発明者らのマルチ-R-VSTのサイトカインプロファイルを調べた。図27A~Dに示されているように、Luminexアレイ[図27C-左のパネル]及びプロトタイプのTh2/抑制性サイトカインのベースラインレベル[図27C-右のパネル]によって計測したとき、IFNy産生細胞の大部分は、GM-CSFに加えて、TNFaも産生した[図27A-1名のドナーからの詳細なICS結果;9名のドナーに対する要約結果;図27B]。さらに、抗原刺激を行うと、本発明者らの細胞は、エフェクター分子のグランザイムBを産生したことから、これらの拡大された細胞の細胞溶解能力が示唆された[図27D、n=9]。まとめると、このデータから、本発明者らのマルチ-R-VSTの、Th1に極性化した多機能な特色が実証された。
マルチ-R-VSTは細胞溶解性であり、ウイルス負荷標的を殺傷する
これらの拡大した細胞の細胞溶解能力をインビトロで検討するために、マルチ-R-VSTを、ウイルスペプミックスで負荷された自己のCr51標識PHA芽球及びコントロールとして働く負荷されていないPHA芽球と共培養した。図28A及び図29に示されているように、ウイルス抗原を負荷された標的は、本発明者らの拡大されたマルチ-R-VSTによって特異的に認識され、溶解された(40:1 E:T-インフルエンザ:13±5%、RSV:36±8%、hMPV:26±7%、PIV:22±5%、n=8)。最後に、これらのVSTは、1回だけ刺激を受けていたが、HLA不適合のPHA芽球を標的として用いたとき、感染していないの自己標的に対する活性の証拠もなかったし、これらの細胞が同種異系HSCTレシピエントに投与される場合に考慮すべき重要な事柄である同種反応性(移植片対宿主の可能性)の証拠もなかった(図28B)。
HSCTレシピエントにおけるCARV特異的T細胞の検出
最後に、マルチ-R-VSTの潜在的な臨床的関連性を評価するために、活動性/最近のCARV感染症を有する同種異系HSCTレシピエントが、活動性のウイルスエピソード中/後に高レベルの反応性T細胞を示すかを検討した。図30Aは、強度軽減移植前治療とともに適合血縁ドナー(MRD)移植を受けた、急性骨髄性白血病(AML)を有する64歳男性である患者#1の結果を示している。この患者は、HSCTの9ヶ月後に重症のURTIを発症し、これは、PCR解析によってRSVに関係すると確かめられた。この患者は、感染時には何らの免疫抑制も受けていなかったが、感染の診断当日に肺の炎症を制御するためにプレドニゾンを投与した。
4週間以内に、その患者の症状は、具体的な抗ウイルス処置なしに消失した。T細胞免疫がウイルスのクリアランスに寄与したかを評価するために、その患者の感染経過にわたってRSV特異的T細胞の循環頻度を解析した。感染の直前に、この患者は、RSV抗原N及びFに対して非常に弱い応答しか示していなかった(6.5SFC/5×105PBMC)。しかしながら、ウイルス曝露の1ヶ月以内に、RSV特異的T細胞がインビボにおいて拡大し(527SFC/5×105PBMC)、図30Aに見られるように、反応性細胞が81倍増加し、その後ウイルスクリアランスと同時に減少した。著しいことに、観察されたRSV特異的応答は、リンパ球/CD4+数の全体的な増加を伴わなかったので、T細胞の拡大が、全般的な免疫再構成に起因するのではなく、ウイルスによって引き起こされたことが示唆される。同様に、骨髄破壊的移植前治療とともに適合非血縁ドナー(MUD)移植を受けた急性リンパ芽球性白血病(ALL)を有する23歳男性である患者#2も、漸減用量のタクロリムス投与中の、HSCTの5ヶ月後に重症のRSV関連URTIを発症した。この患者の感染は、リバビリンの投与と同時に1週間以内に症候が消失した。内因性の免疫もウイルスクリアランスにおいて役割を果たすかを検討するために、反応性のT細胞の数を経時的にモニターした。
図30Bに見られるように、ウイルスクリアランスは、RSV特異的T細胞の循環頻度の上昇(ピークは93SFC/5×105PBMC)と同時に起き、この循環頻度はその後ベースラインレベルに戻った。当該患者は、その後の肺炎球菌性肺炎のために移植の7ヶ月後に入院し、同時に痰の中にhMPVが検出された(PCRによって)。この肺炎は、抗生物質で処置され、その後、hMPV特異的T細胞(F、N、M2-1及びMに対して反応性)の顕著な拡大(4SFCから70SFCのピークに増加した)と同時に疾患の消失及びウイルスのクリアランスが生じ、
その後、ベースラインレベルに低下した(図30C)。この場合もまた、観察されたRSV特異的応答及びhMPV特異的応答は、リンパ球/CD4+数の全体的な増加と無関係だった。
図31は、CARV感染症を発症した追加の3名のHSCTレシピエントの結果を示している。患者#3は、強度軽減移植前治療とともにハプロタイプ一致の移植を受けた、AMLを有する15歳女性であり、移植の5週間後のタクロリムス投与中にRSV誘発性のURTI及びLRTIを発症した。この患者には、リバビリンが投与され、4週間以内に感染は消失した。RSV反応性T細胞を経時的にモニターしたところ、図31Aに見られるように、RSV特異的T細胞の頻度の急上昇(0から506SFC/5×105PBMCへ)と同時にウイルスクリアランスが起きた。同様に、骨髄破壊的移植前治療とともにMUD移植を受けたALLを有する10歳男性患者である患者#4は、タクロリムス投与中のHSCTの1ヶ月後に、PIVに関係するURTI及びLRTIを発症した。この患者の感染は、リバビリンの投与と同時に5週間以内に症候が消失した。
内因性の免疫もウイルスのクリアランスにおいて役割を果たすかを検討するために、PIV反応性のT細胞数を経時的にモニターした。図31Bに見られるように、ウイルスのクリアランスは、PIV抗原M、HN、N及びFに特異的なT細胞の循環頻度の上昇(ピークは38SFC/5×105PBMC)と同時に起き、この循環頻度はその後ベースラインレベルに戻った。最後に、骨髄破壊的移植前治療とともにMRD移植を受けた慢性肉芽腫症を有する3歳男性である患者#5を示す。この患者は、シクロスポリン投与中のHSCTの4ヶ月後に、PIVに関係する重症のURTIを発症した。この患者は、リバビリンを投与されていたが(評価された最後の時点において)、疾患症状を示し続け、PIV特異的T細胞を示さなかった(図31C)。まとめると、これらのデータは、免疫無防備状態患者におけるウイルス感染の制御におけるCARV特異的T細胞のインビボにおける関連性を示唆している。
本発明者らは、エクスビボで拡大されたT細胞を使用して、臨床上問題になる複数の呼吸器系ウイルスを標的とする実現可能性を探索した。本発明者らは、免疫無防備状態の宿主における上気道・下気道感染症に関与する4つの季節性CARV[インフルエンザ、RSV、hMPV及びPIV]に由来する合計12個の抗原に対して特異性を有するポリクローナルなCD4+及びCD8+T細胞を迅速に作製できることを示した。GMP準拠の方法を用いて作製されるこれらの広範なVSTは、Th1に極性化しており、刺激されると複数のエフェクターサイトカインを産生し、自己反応性又は同種反応性なしに、ウイルスに感染した標的を殺傷した。最後に、活動性のCARV感染症の排除に成功した同種異系HSCTレシピエントの末梢血中に反応性T細胞集団が検出されたことから、そのようなマルチ-R-VSTの養子移入後の臨床的有用性の可能性が示唆される。
CARVに関連する急性のURTI及びLRTIは、公衆衛生上の大きな問題であり、低年齢小児、高齢者、及び免疫系が抑制されている又は損なわれている人が最もかかりやすい。これらの感染症は、咳、呼吸困難及び喘鳴をはじめとした症状を伴い、二重/複数の併存感染症が一般的であり、5歳未満の小児では40%を超え得る頻度であり、罹患及び入院のリスク上昇に関連する。免疫無防備状態の同種異系HSCTレシピエントのうち、最大40%が、軽度(鼻漏、咳及び発熱を含む関連症状)から重度(細気管支炎及び肺炎)まで様々であり得るCARV感染症を経験し、LRTIを有するレシピエントでは、関連死亡率が50%にも達する。治療法の選択肢は限られている。hMPV及びPIVの場合、現在、承認された予防用ワクチンも治療用の抗ウイルス薬も無く、ヌクレオシドアナログRBVの適応外使用及びDAS-181(組換えシアリダーゼ融合タンパク質)の調査的使用の臨床的影響は限定的である。年1回の予防用インフルエンザワクチンは、同種異系HSCTレシピエントに対しては移植後少なくとも6ヶ月まで推奨されず(及び強化化学療法又は抗B細胞抗体のレシピエントでは除外される)、ノイラミニダーゼ阻害剤は、活動性感染症の処置に必ずしも有効ではない。
RSVについては、エアロゾル化RBVが、乳児及び小児における重症の細気管支炎を処置するためにFDAの承認を受けており、また、URTI又はLRTIを予防するため、及びHSCTレシピエントにおいてRSV肺炎を処置するために適応外使用されている。しかしながら、薬物送達のために必要な扱いにくい噴霧化デバイス及び換気システム、並びにかなりの関連コストのせいで、その普及には限界がある。例えば、2015年において、エアロゾル化RBVは、5日間が通常の処置コースで1日あたり29,953ドルのコストがかかる。したがって、承認済みの処置が無いことと、抗ウイルス剤が高コストであることから、本発明者らは養子移入T細胞を使用して、この患者集団においてCARV感染症を予防及び/又は処置する可能性を探索することにした。
CARVのウイルス制御を媒介する際の機能的なT細胞免疫の中心的役割は、ごく最近になって注目を集めるようになった。例えば、RSV URTIを有する181名のHSCT患者の遡及研究によって、LRTIに進行し得る感染症を有する患者を特定する際の鍵となる決定因子としてリンパ球減少症(ALC≦100/mm3と定義される)が報告されたが、RSV中和抗体レベルは、疾患の進行と有意に関連しなかった。さらに、RSV LRTIを処置された、HSCTを受けた又は受けていない血液悪性腫瘍を有する154名の成人患者の最近の遡及的解析では、リンパ球減少症は、高死亡率と有意に関連した。これらの両研究が、インビボでの防御免疫の媒介における細胞性免疫の重要性を示唆している。
本発明者らのグループは以前に、潜伏ウイルスであるCMV、EBV、BKV、HHV-6及びAdVをはじめとした一連の臨床上問題になるウイルスを処置するための、エクスビボで拡大されたVSTの実現可能性及び臨床的有用性を実証した。本発明者らの最初の研究(及び他の研究者らの研究)は、ドナー由来のT細胞株の安全性及び活性を探索したが、より最近、本発明者らは「既製」のユニバーサルT細胞プラットフォームを開発した。これにより、5つすべてのウイルス(CMV、EBV、BKV、HHV-6、AdV)に特異的なVSTが、将来を見越して作製され、バンク化されたので、制御されていない感染症を有する免疫無防備状態の患者への投与に直ちに利用可能になることが確実になった。
実際に、本発明者らの最近の第II相臨床試験では、従来の抗ウイルス剤に抵抗性であると判明していた合計45の感染を含む38名の患者にこれらのHLA部分適合VSTを投与したところ、有意な毒性無しに92%という全奏効率が達成された。養子移入されたT細胞を使用した臨床での成功というこの前例、並びに一連のCARVに対して有効な治療が無いということから、本発明者らはすぐに、VST治療の治療範囲をHSCT後のインフルエンザ、RSV、hMPV及びPIV感染症にまで広げる可能性を探索した。この文脈では、高リスク患者[例えば、低年齢(<5歳)及び高齢者、免疫系が損なわれている患者]に周期的に予防的にVSTを投与するという選択肢も考慮され得る。
あるいは、これらの細胞は、LRTへの進行を予防するために、従来の抗ウイルス薬剤が失敗に終わったURTIを有する患者において治療的に使用され得る。したがって、本発明者らが確立したGMP準拠のVST製造方法を用いて、本発明者らは、多様なハプロタイプを有する12名のドナー由来の、T細胞に対する免疫原性とそれらの配列保存の両方に基づいて選択された一連のCARV由来抗原[インフルエンザ-NP1及びMP1;RSV-N及びF;hMPV-F、N、M2-1及びM;PIV-M、HN、N及びF]に対して反応性であるVSTを作製することの実行可能性を実証した。拡大された細胞は、ポリクローナル(CD4+及びCD8+)であり、Th1に極性化しており、多機能であり、感染していない自己又は同種異系の標的は逃れさせるがウイルス抗原を発現している標的は溶解することができたことから、臨床で使用するためのウイルス特異性と安全性の両方が証明された。
最後に、これらの知見の臨床的有意性を評価するために、活動性のRSV、hMPV及びPIV感染症を有する5名の同種異系HSCTレシピエントの末梢血を調べた。これらの患者のうち4名が1~5週間以内にウイルスの制御に成功し、これは内因性の反応性T細胞の増幅と同時発生的であり、その後ウイルスがクリアランスされるとベースラインレベルに戻ったが、1名の患者は、感染ウイルスに対する免疫応答を開始せず、現在までに感染は排除されていない。このデータは、エクスビボで拡大された細胞の養子移入が、自身の細胞性免疫が欠けている患者において臨床的に有益であるはずであることを示唆している。
結論として、本発明者らは、インフルエンザ、RSV、hMPV及びPIVに対して特異性を有するポリクローナルマルチ呼吸器系(マルチ-R)VSTの単一の調製物を、GMP準拠の製造方法を用いて臨床的に妥当な数で迅速に作製することが実現可能であることを示した。このデータは、免疫無防備状態の患者においてCARV感染症を予防又は処置するために養子移入されるマルチ-R-VSTの将来の臨床試験に対する理論的根拠を提供する。
(実施例3.アロHSCT後の感染症を予防及び処置するためのマルチウイルス特異的Tリンパ球のドナーミニバンクの作製)
健康個体では、T細胞免疫がBKV及び他のウイルスから防御する。アロHSCTレシピエントでは、強力な免疫抑制性レジメン(及びその後の関連する免疫低下)を使用すると、患者は重症のウイルス感染症にかかりやすくなる。ゆえに、本発明者らのアプローチは、移植患者自身の免疫系が回復するまでの期間にわたってウイルス感染を制御するため及び症状を無くすために、エクスビボで拡大された遺伝的に改変されていないウイルス特異的T細胞(VST)を投与することによってT細胞免疫を回復させることである。この目標を達成するために、本発明者らは将来を見越して、HLA部分適合の「既製」品として入手可能である、プレスクリーニングされた(21 CFR Part 1271,subpart Cによって義務づけられているような感染性物質及び疾患の危険因子について)血清陽性の健康ドナー由来の末梢血単核球(PBMC)からVSTを製造した。
健康個体では、T細胞免疫がBKV及び他のウイルスから防御する。アロHSCTレシピエントでは、強力な免疫抑制性レジメン(及びその後の関連する免疫低下)を使用すると、患者は重症のウイルス感染症にかかりやすくなる。ゆえに、本発明者らのアプローチは、移植患者自身の免疫系が回復するまでの期間にわたってウイルス感染を制御するため及び症状を無くすために、エクスビボで拡大された遺伝的に改変されていないウイルス特異的T細胞(VST)を投与することによってT細胞免疫を回復させることである。この目標を達成するために、本発明者らは将来を見越して、HLA部分適合の「既製」品として入手可能である、プレスクリーニングされた(21 CFR Part 1271,subpart Cによって義務づけられているような感染性物質及び疾患の危険因子について)血清陽性の健康ドナー由来の末梢血単核球(PBMC)からVSTを製造した。
本発明者らのVST製品の1つ(Viralym-M)は、5つのウイルス[EBV、CMV、AdV、BKV及びヒトヘルペスウイルス6(HHV6)]に特異的である。本発明者らはまず、Viralym-M細胞株を作製するために、実施例1に記載されたようなドナーミニバンクを構築しようと試みた。本発明者らの目標は、処置にまわされた同種異系HSCTレシピエントの大部分をカバーするのに十分な多様性を有するミニバンクを作製することだった。したがって、上記の実施例におけるように、本発明者らはまず、米国の移植集団の人種的及び民族的多様性を調べ、それをBaylor CCGTにおいて同種異系幹細胞移植を受けた患者と比較した(表4及び表5)。これにより、Baylor CCGT患者集団内の多様性は、米国集団よりもわずかに多様ではないにしても類似していることが実証された。
実施例1に記載された本発明者らのドナー選択モデルを検証するために、本発明者らは、実施例1における方法に従って見込みドナーのHLA型を同種異系HSCTレシピエントと比較し、これにより、標的患者の>95%をカバーし得る冗長でない5つのドナーミニバンクに含めるための25名の個体(ミニバンク1つあたり5名のドナー)を特定するシミュレーションを行った。これらの5つのミニバンクを構築することによって、本発明者らは、各患者に対する冗長性を確保した(すなわち、各患者は、5つの各ミニバンクの中に好適な適合をおそらく有した)。
表6は、この方法に基づいてドナーミニバンクに含めるために特定されたViralym-MドナーのHLA型を示している。
表6は、この方法に基づいてドナーミニバンクに含めるために特定されたViralym-MドナーのHLA型を示している。
シミュレートされた本発明者らのViralym-Mドナーバンク(表6)が、記載のカバー度を実際に提供し得るかを正式に評価するために、本発明者らはまず、このバンクが、少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合した効力のあるT細胞製品を用いる本発明者らのPOC第II相試験に登録された患者に対応する能力を評価した。図32に示されているように、本発明者らは実際に、少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合した製品で54名すべての患者(100%)に対応することができ、5±1つの共有アレルという平均値を達成した(範囲2~7/8の適合アレル)。さらに、この解析を本発明者らの>650名のBaylor CCGT同種異系HSCT患者集団全体にまで広げたときも、少なくとも2つのHLAアレルにおいて適合した製品ですべての見込み患者の100%に対応することができ、また、5±1つの共有アレルという平均値も達成した(範囲2~8/8の適合アレル)(図33)。
まとめると、これらのデータは、本発明者らのドナーミニバンク(慎重に選択されたドナーから作製されたウイルス特異的T細胞株を含む)が、最低2つのHLAアレルにおいて適合した製品で米国の同種異系HSCT患者集団の少なくとも95%をカバーできることを裏付けた。
Viralym-M製造プロセスは、本発明者らによってWO2013/119947に、及びTzannou et al.,J Clin Oncol.2017 Nov 1;35(31:3547-3557(これらの各々は、その全体が参照により本明細書中に援用され、図12に概説されている)に、先に記載されたとおりだった。簡潔には、血清陽性の健康ドナーからPBMCを単離し、250×106個のPBMCを、完全培地、Viralym M抗原をカバーするペプミックス(アデノウイルス、CMV、EBV、BKV及びHHV6)、IL-4及びIL-7の存在下、G-Rex 100M培養システム(Wilson Wolf,Saint Paul,MN)において、およそ7~14日間、37℃、5%CO2で培養した(場合によっては培養時間がおよそ18日間まで延長し得る)。培養の後、Viralym M細胞株を収集し、洗浄し、品質管理の検査において又は治療薬として使用するまで液体窒素中で凍結保存するために分注した。
図13は、アデノウイルス、CMV、EBV、BKV及びHHV6に対する抗原特異的T細胞株のそれぞれの効力を、効力閾値未満のネガティブコントロールと比べて示している。これらのT細胞は、特異的なT細胞株の合格と不合格とを区別するための閾値である>30SFC/2×105投入VSTによって指摘されるように、5つすべてのウイルスに特異的である。>30SFC/2×105投入VSTという効力閾値は、内部ネガティブコントロールとして働く、標的ウイルスの1つ以上について血清陰性の(血清学的スクリーニングに基づいて)ドナーから生成されたT細胞株を用いた実験データに基づいて確立された(図14)。
本発明者らは、処置抵抗性感染症を有する58名の同種異系HSCT患者にVSTを投与した第2相オープンラベル概念実証試験においてViralym-Mを評価した。本発明者らは、この試験をCHARMSと呼ぶ。この研究のデータは、(Tzannou et al,JCO,2017)に報告している。
CHARMSは、優位性又は有意性に対する統計的検出力が不足していたが、その主目的は、5つのウイルスに特異的なHLA部分適合マルチVST治療の実行可能性及びその投与の安全性を、持続的なウイルス再活性化又はウイルス感染を有するHSCT患者において判定することだった。患者は、標準的な抗ウイルス治療にもかかわらず、再発性であるか、再活性化されたか又は持続的である、BKV、CMV、AdV、EBV、HHV-6及び/又はJCV感染症を有した場合、任意のタイプの同種異系移植後に適格となった。
マルチウイルス特異的T細胞(Viralym-M細胞)の同種反応性の可能性を評価するために、本発明者らはまず、各ウイルス;Adv(ヘキソン及びペントン)、CMV(IE1及びpp65)、EBV(LMP2、EBNA1、BZLF1)、BKウイルス(VP1及びラージT)及びHHV6(U90、U11及びU14)に由来する免疫原性抗原を網羅するペプチド混合物でPBMCを直接活性化した。次いで、IL4+7(図12に記載されているように)が補充されたT細胞培地が入ったG-Rexデバイスに細胞を移し、HLA不適合の標的に対する細胞傷害活性を評価した。図34に示されているように、これらの細胞は、最小の/検出不可能な同種反応性しか示さなかったことから、HLA部分適合の「既製」品として投与したときのこれらの細胞の潜在的な安全性が裏付けられた。
続いて、同種異系HSCT後の小児及び成人における難治性ウイルス感染症を処置するために、部分的にHLAが適合するViralym-M細胞の安全性及び臨床効果を探索した(Tzannou et al,JCO,2017)。
すべての注入が良好な耐容性を示した。注入の24時間以内に一過性の発熱を呈した3名の患者及びリンパ節疼痛を呈した1名を除いて、急性毒性は観察されなかった。サイトカイン放出症候群(CRS)を発症した患者はいなかった。注入後の数週間において、1名の患者が、急速なステロイド漸減の後に反復性のグレードIII消化管(GI)GVHDを発症し、8名の患者が、反復性(n=4)又は新規(n=4)のグレードI~II皮膚GVHDを発症したが、コルチコステロイドの局所処置(n=7)及び漸減後の再開(n=1)を行うことによって消失した。
臨床効果:
評価可能なデータを提供した52名の処置患者における60の感染症について、下記に要約されるように、Viralym-M注入後の6週目までの累積臨床奏効率は93%だった:
・BKV:持続的なウイルスBKV感染及び組織疾患を処置するために、22名の患者にViralym-Mを投与した(20名がBK-出血性膀胱炎を有し、2名がBKV関連腎炎を有した)。20名すべてのBK-HC患者が、Viralym-Mを投与された後、臨床症状を消失させ、9名が完全奏効(CR)、11名が部分奏効(PR)で、6週間の累積奏効は100%だった。
・CMV:持続的CMVに対して20名の患者にViralym-Mを投与した。19名の患者が、Viralym-Mに応答し、7名がCR、12名がPR、1名が非応答者(NR)で、6週間の累積奏効率は95%だった。応答者には、大腸炎を有した3名の患者のうちの2名及び脳炎を有した1名の患者が含まれた。
・AdV:持続的AdVに対して11名の患者にViralym-Mを投与し、注入によって、7名のCR、2名のPR及び2名のNRがもたらされ、6週間の累積奏効率は81.8%だった。
・EBV:持続的EBVを処置するために、3名の患者にViralym-Mを投与した。2名の患者がウイルス学的CRを達成し、1名の患者がPRを達成した。
・HHV6:HHV6再活性化を処置するために、難治性脳炎を有する1名の患者を含む4名の患者にViralym-Mを投与したところ、3名の患者が、注入の6週間以内にPRを示した(脳炎を有した患者を含む)が、1名は処置に応答しなかった。
・二重感染:2つのウイルス感染に対して、8名の患者にViralym-Mを投与したところ、1回の注入後に、全体として12名のCR及び4名のPRが認められた。すべての症例においてCMV、AdV及びEBVが排除され、BKV HCを有したすべての患者が、臨床上の改善(n=3)又は疾患の消失(n=2)を示し、HHV6脳炎を有した患者も臨床上の改善を示した。
評価可能なデータを提供した52名の処置患者における60の感染症について、下記に要約されるように、Viralym-M注入後の6週目までの累積臨床奏効率は93%だった:
・BKV:持続的なウイルスBKV感染及び組織疾患を処置するために、22名の患者にViralym-Mを投与した(20名がBK-出血性膀胱炎を有し、2名がBKV関連腎炎を有した)。20名すべてのBK-HC患者が、Viralym-Mを投与された後、臨床症状を消失させ、9名が完全奏効(CR)、11名が部分奏効(PR)で、6週間の累積奏効は100%だった。
・CMV:持続的CMVに対して20名の患者にViralym-Mを投与した。19名の患者が、Viralym-Mに応答し、7名がCR、12名がPR、1名が非応答者(NR)で、6週間の累積奏効率は95%だった。応答者には、大腸炎を有した3名の患者のうちの2名及び脳炎を有した1名の患者が含まれた。
・AdV:持続的AdVに対して11名の患者にViralym-Mを投与し、注入によって、7名のCR、2名のPR及び2名のNRがもたらされ、6週間の累積奏効率は81.8%だった。
・EBV:持続的EBVを処置するために、3名の患者にViralym-Mを投与した。2名の患者がウイルス学的CRを達成し、1名の患者がPRを達成した。
・HHV6:HHV6再活性化を処置するために、難治性脳炎を有する1名の患者を含む4名の患者にViralym-Mを投与したところ、3名の患者が、注入の6週間以内にPRを示した(脳炎を有した患者を含む)が、1名は処置に応答しなかった。
・二重感染:2つのウイルス感染に対して、8名の患者にViralym-Mを投与したところ、1回の注入後に、全体として12名のCR及び4名のPRが認められた。すべての症例においてCMV、AdV及びEBVが排除され、BKV HCを有したすべての患者が、臨床上の改善(n=3)又は疾患の消失(n=2)を示し、HHV6脳炎を有した患者も臨床上の改善を示した。
本発明者らは、臨床的有効性に関連するHLA適合の閾値が存在するかを判断するために、本発明者らの第I/II相Viralym-M研究から入手可能なデータを調べた。本発明者らの臨床試験において、臨床で使用された製品は、1/8(n=2)、2/8(n=10)、3/8(n=11)、4/8(n=14)、5/8(n=14)、6/8(n=4)又は7/8(n=5)のHLAアレルにおいて適合した。臨床成績とHLA適合の程度との間に相関関係があるかを判定するために、患者を完全奏効(CR)、部分奏効(PR)及び非応答者(NR)に区分したが、図35に要約されているように、結果から、HLA適合アレルの数に基づいてはアウトカムに差がなかったと示唆された。
本発明者らは次に、HLAクラスIのみ、クラスIIのみ又はその両方の組み合わせにおいて適合する株の投与に基づいてアウトカムに差があったかを調べた。著しいことに、患者の大部分が、クラスIアレルとクラスIIアレルの両方において適合する株を投与されており(図36)、その結果から、この場合もまた、アウトカムはアレルの適合の程度に影響されなかったことが示唆された(図37)。
上記のように、同種HSCT後のBKV感染の主要な臨床症状は出血性膀胱炎(BK-HC)である。CHARMS研究では、ウイルス誘発性出血性膀胱炎を有する26名の患者を、上記のようにVSTで処置し、患者を、注入後0、2、4、及び6週目に回出血性膀胱炎について等級分けした。注入前の膀胱炎グレードの平均は2.81±0.08であった。膀胱炎グレーディングに適格であった試験の全24名の患者で、BK-HCは急速に消散した。消散は≦グレード1と定義した。図37に示されるように、消散は、注入後2週間までにVSTレシピエント患者の50名%において、注入後6週間までに患者の75名%において達成された。図38は、標準治療を受けた(VSTなし)グレード3のBK-HCの平均を有する33名のHSCT患者からの履歴データと比較した、20名の患者における膀胱炎の経時的な迅速な消散を示す。特に、VSTレシピエントを低レベルHLA一致群(6つのうちの1~2つ一致)及び高レベルHLAマッチ群(6つの一致うちの3~4つ一致)に分けた場合、平均膀胱炎グレードの低下は、両方の群において同程度であった(図39)。したがって、VSTは、低レベルのHLA一致の設定においても有効である。
さらに、重要なことには、CHARMS研究は、第2の株が高度に不適合であったとしても、1つより多い異なるVST製品(Viralym M)の投与が安全であり、効果があることを実証した。例えば、Tzannou(2017)の表2に報告されているように、数人の患者に2つの別個の細胞株の投与したところ、有益な応答があった:
さらに、下記の表8において改変されたTzannou(2017)の表A7に示されているように、少なくとも2つの細胞株の投与を受けたこれらの患者は、6週目までにaGVHDを、又は処置の1年以内にcGVHDを全く又はほとんど示さなかった。
したがって、この第I/II相のデータからのこれらの結果は、患者の>95%が≧2のHLAアレルにおいて適合した製品を投与され、それが臨床的有用性に関連したことを実証した。HLAクラスIにおける適合かクラスIIにおける適合かは、アウトカムに影響しないとみられ、細胞の安全性プロファイルに影響しなかったし、第2の株が非常に不適合だったときでさえ、所与の患者に1つより多い細胞株を投与することにも影響しなかった。
(実施例4.ユニバーサル細胞療法製品)
上で論じられたように、株選択のための判定基準としてHLA適合(≧2アレル閾値)を用いて同種異系HSCTレシピエントに投与したとき、これらの細胞は、安全であることが判明し、本発明者らのPOC臨床試験(実施例3及び臨床試験識別子NCT02108522)における5つすべての標的ウイルスに対して抗ウイルス活性を提供した。さらに、複数の異なる細胞株製品の注入は、その細胞株が高い不適合の程度を有したときでさえ、良好な耐容性を示した(例えば、2つのアレルにおいてしか適合しない第2の細胞株を注入された患者番号3755を参照のこと(対 5つのアレルにおいて適合する第1の株)。
上で論じられたように、株選択のための判定基準としてHLA適合(≧2アレル閾値)を用いて同種異系HSCTレシピエントに投与したとき、これらの細胞は、安全であることが判明し、本発明者らのPOC臨床試験(実施例3及び臨床試験識別子NCT02108522)における5つすべての標的ウイルスに対して抗ウイルス活性を提供した。さらに、複数の異なる細胞株製品の注入は、その細胞株が高い不適合の程度を有したときでさえ、良好な耐容性を示した(例えば、2つのアレルにおいてしか適合しない第2の細胞株を注入された患者番号3755を参照のこと(対 5つのアレルにおいて適合する第1の株)。
これらの結果は、アレルの適合の程度が様々である複数の細胞株を1名の患者に投与するリスクがほとんどないか全くないことを示唆している。これらの結果に基づいて、所与のドナーミニバンク内のすべての細胞株をプールすることによってユニバーサル細胞療法製品が調製される。各ミニバンクが、標的患者集団の>95%をカバーするので、そのようなユニバーサル細胞療法製品は、見込み患者の>95%に適合する細胞療法製品を含む。したがって、場合によっては、ユニバーサル細胞療法製品は、被験体のHLA型に関係なくそれを必要とする被験体に投与される。場合によっては、ユニバーサル細胞療法製品は、ユニバーサル細胞療法製品内の少なくとも1つの細胞株と少なくとも2つのアレルにおいてHLAが適合している、それを必要とする被験体に投与される。被験体は、HSCTレシピエントであり得る。
場合によっては、ドナーミニバンク内の複数の細胞療法製品が被験体に連続的に投与される。例えば、1つの場合においては、ドナーミニバンク内のすべての細胞療法製品がそれを必要とする1名の被験体に投与される。
(実施例5.患者をドナーミニバンク内の最適な細胞株とマッチさせる方法)
ドナーミニバンク内の考えられる最良の細胞療法製品が所与の患者に投与されるのを確実なものにするために、本発明者らは、図1に要約されているような、バンク化されたViralym-M細胞と(a)HSCT患者及び(b)幹細胞ドナーとの間でHLA適合の総合レベルが最も高いものを選択する患者マッチアルゴリズムを開発した。詳細には、このアルゴリズムは、以下の段階的なプロセスを実行する:
工程:1.当該患者のHLA型を含む文書を入手する;
2.幹細胞ドナーのHLA型(以後「移植HLA」と呼ぶ)を含む文書を入手する;
3.患者のHLA(工程1)と移植HLA(工程2)のタイプを比較し、共有HLAアレルを特定する;
4.ドナーミニバンクを構成している個別の株(例えば、Viralym-M)のHLA型にアクセスする;
5.1次スコア:ミニバンク内の各細胞株(例えば、Viralym-M)のHLA型を工程3において特定された共有HLAアレルと比較する。共有HLAアレルの数に基づいて各比較に数値スコアを割り当てる;共有されるアレルが多いほど、スコアが高くなる;
6.2次スコア:ミニバンク内の各細胞株(例えば、Viralym-M)のHLA型を工程1において特定された患者HLA(感染組織に相当する)と比較する。共有HLAアレルの数に基づいて各比較にスコアを割り当てる。共有されるアレルが多いほど、スコアが高くなる。この2次スコアに1次スコアの50%の重みを付ける;
7.細胞バンク内の各株に対する1次スコア(工程5)及び2次スコア(工程6)を合算する;
8.次いで、上記の順位(工程7)に基づいて、スコアが最も高い細胞株(例えば、Viralym-M)を当該患者の処置のために選択する。
ドナーミニバンク内の考えられる最良の細胞療法製品が所与の患者に投与されるのを確実なものにするために、本発明者らは、図1に要約されているような、バンク化されたViralym-M細胞と(a)HSCT患者及び(b)幹細胞ドナーとの間でHLA適合の総合レベルが最も高いものを選択する患者マッチアルゴリズムを開発した。詳細には、このアルゴリズムは、以下の段階的なプロセスを実行する:
工程:1.当該患者のHLA型を含む文書を入手する;
2.幹細胞ドナーのHLA型(以後「移植HLA」と呼ぶ)を含む文書を入手する;
3.患者のHLA(工程1)と移植HLA(工程2)のタイプを比較し、共有HLAアレルを特定する;
4.ドナーミニバンクを構成している個別の株(例えば、Viralym-M)のHLA型にアクセスする;
5.1次スコア:ミニバンク内の各細胞株(例えば、Viralym-M)のHLA型を工程3において特定された共有HLAアレルと比較する。共有HLAアレルの数に基づいて各比較に数値スコアを割り当てる;共有されるアレルが多いほど、スコアが高くなる;
6.2次スコア:ミニバンク内の各細胞株(例えば、Viralym-M)のHLA型を工程1において特定された患者HLA(感染組織に相当する)と比較する。共有HLAアレルの数に基づいて各比較にスコアを割り当てる。共有されるアレルが多いほど、スコアが高くなる。この2次スコアに1次スコアの50%の重みを付ける;
7.細胞バンク内の各株に対する1次スコア(工程5)及び2次スコア(工程6)を合算する;
8.次いで、上記の順位(工程7)に基づいて、スコアが最も高い細胞株(例えば、Viralym-M)を当該患者の処置のために選択する。
臨床で適用すると、このアプローチは、許容され得る安全性プロファイル(4例の新規のグレードI~II皮膚GVHD及び1例のグレード3 GI GVHD発赤)並びに感染及び疾患の処置に対する概念証明を示し、現在までに処置された54名の患者において93%の奏効率が達成された。表9には、本発明者らの第I/II相臨床試験において第三者Viralym-M細胞で処置された54名すべての患者の安全性及び臨床成績が要約されている。
このように、これらのデータは、本発明者らのミニバンク由来のViralym M製品が、本発明者らの患者適合アルゴリズムを用いて十分に適合する患者に投与されたとき、良好な耐容性を示し、有効であったことを実証している。
実施例6.ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品の生成及び試験
図40は、個々の抗原特異的T細胞療法製品を調製及び使用するための従来の方法と比較した、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品の生成及び使用の概略図を提供する。
図40は、個々の抗原特異的T細胞療法製品を調製及び使用するための従来の方法と比較した、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品の生成及び使用の概略図を提供する。
異なるHLA型を有するドナー由来の個々のVST製品をプールすることによって、ユニバーサル抗原特異的T細胞製品を調製するための研究を行った。この研究では、プールされた製品(本明細書ではUVSTと呼ぶ)の効力及び安全性を確立するために実験を行った。例えば、効力は、IFNγ ELISPOTによって測定した。さらに、IFNγ ELISPOTを用いて、プールされた製品が、個々の系統に特有のHLA拘束性エピトープペプチドを認識する個々のVST株のそれぞれからの細胞を含有することを確認した。最後に、安全性を、同種反応性の欠如によって測定した。また、自己反応性も測定した。
以下の表10に示すように、異なるHLA型を有する3名のドナーについて、個々のドナー製品を調製した。個々の細胞株は、例えば、以前にWO2013/119947及びTzannou et al, J Clin Oncol. Nov 1;35(31:3547-3557)(これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、図12に概説される)に記載されたように調製した。簡単に述べると、PBMCを健康な血清陽性ドナーから単離し、250×106 PBMCを、完全培地と、アデノウイルス、CMV、EBV、BKV及びHHV6抗原をカバーするペプミックスと、IL-4及びIL-7とを含むG-Rex 100M培養系(Wilson Wolf, Saint Paul, MN)中で、37℃、5%CO2で14日間培養した。
一旦細胞株がプールされると、各株の追跡を容易にするために、特有の免疫原性HLA制限エピトープ(UE)を各ドナーについて特定した:
UE1-HHV6:U11:エピトープペプチド168(HLA-A1制限-ドナー1に特有)
UE2-HHV6:U14:エピトープペプチド102(HLA-A2-DR15制限-ドナー2に特有)
UE3-HHV6:U14:エピトープペプチド40(HLA-A2-DR11制限-ドナー3に特有)
UE1-HHV6:U11:エピトープペプチド168(HLA-A1制限-ドナー1に特有)
UE2-HHV6:U14:エピトープペプチド102(HLA-A2-DR15制限-ドナー2に特有)
UE3-HHV6:U14:エピトープペプチド40(HLA-A2-DR11制限-ドナー3に特有)
15×10e6 VSTを各ドナー製品からプールし、トータル45×10e6VST/バイアル(1:1:1比)でUVST製品として凍結するために組み合わせた。同時に、各ドナーからの個々の細胞株製品を15×10e6 VST/バイアルで凍結した。
プールしたUVST製品及び個々のVST細胞株のバイアルを解凍し、一晩静置し、次いで、IFNγ ELISpotによって同一性及び効力について、並びにクロム放出アッセイによって自己反応性及び同種反応性について試験した。
IFNγ ELISpotを、解凍された(個体及びプールされた)VSTに対して行い、以下のウイルス抗原及び特有のエピトープ(UE)ペプチドに対する効力を評価した:
ウイルス(抗原)-ADV、BKV、CMV、EBV、HHV6
特有の(トラッキング)エピトープペプチド-UE1、UE2、UE3
コントロール:
無関係な抗原-サバイビン
無関係なペプチド-ペプチド183;
陰性対照-培地のみ
陽性対照-PHA
ウイルス(抗原)-ADV、BKV、CMV、EBV、HHV6
特有の(トラッキング)エピトープペプチド-UE1、UE2、UE3
コントロール:
無関係な抗原-サバイビン
無関係なペプチド-ペプチド183;
陰性対照-培地のみ
陽性対照-PHA
UEウェルについては、UVSTを6×10e5/ウェルでプレーティングした。5つのウイルス抗原及び対照について、UVSTを2×10e5/ウェルでプレーティングした。個々のドナー製品の効力を試験するために、個々のドナー製品を、5つのウイルス抗原、対照、及びUEのそれぞれについて2×10e5/ウェルでプレーティングした。スポット形成単位(SFU)/2x10e5 VST/ウェルを、Mabtech IRISリーダーを用いて定量した。試験の結果を表11に示す。UVSTは、各ウイルス抗原及び各ドナーUEに応答してIFNγを産生した。したがって、個々のVST細胞株のそれぞれの同一性は、IFNγ ELISpotアッセイによってUVST製品中で確認され、ユニバーサルVSTが解凍後に効力を発揮することを示した。
自己PHA芽球又は同種PHA芽球に対するUVSTの自己及び同種反応性を評価するために、クロム放出アッセイを実施した。PHA芽球を作製するために、PBMCをIL-2の存在下でヒトヘマグルチニン(PHA)で刺激した。UVST細胞をエフェクターとして使用した。標的は、各ドナー別々(ドナー1、2、及び3)由来の自己PHA芽球、又は非血縁ドナー由来のPHA芽球(ドナー4、上記で提供された3名のドナーと共に以下の表12に示される)であった。細胞を、エフェクター対標的比40:1(6×10e5 UVSTエフェクター対5×10e3標的)でプレーティングした。
結果を図41に示す。自己芽球に対する自己反応性はなかった。さらに、非血縁ドナーに対する同種反応性はなかった
したがって総合すると、本研究の結果は、UVSTが抗原特異性横断的に強力であり、非血縁ドナー細胞を含むドナー細胞に対して同種反応性がなく、したがって、ユニバーサル細胞療法製品としての使用に適していることを実証した。
実施例7.製品の再凍結後のUVSTの安全性及び効力
解凍されたUVST製品が凍結及び解凍された細胞株からプールされて組み合わされたユニバーサル製品として再凍結した後に、安全かつ有効であるかどうかを決定するために、研究を行った。安全性は、同種反応性によって評価した;そして有効性は製品中のT細胞の生存率及び特異性によって評価した。
解凍されたUVST製品が凍結及び解凍された細胞株からプールされて組み合わされたユニバーサル製品として再凍結した後に、安全かつ有効であるかどうかを決定するために、研究を行った。安全性は、同種反応性によって評価した;そして有効性は製品中のT細胞の生存率及び特異性によって評価した。
製品の製造は、表12に提供されるものと同じドナーを用いて、実施例6に記載されるように行った。3つの個々のVST細胞株(ドナー1、2、及び3由来)の作製後、個々の細胞株を15×10e6 VST/バイアルで凍結保存した。翌日、3つのドナー製品のそれぞれからのバイアルを解凍し、一晩静置した。細胞をVST培地に再懸濁し、10ng/mLのIL-7及び400U/mLのIL-4を添加し、24ウェルプレートに移して37℃、5%CO2で一晩インキュベートした。静置後、各ドナーからのVST(それぞれ5x10e6細胞)を1:1:1の比率で一緒にプールし、合計15×10e6 VST/sバイアルとした。次いで、プールされた製品を、組み合わせたユニバーサル製品(UVST)として凍結保存した。
続いて、プールされたUVST製品のバイアル、並びに凍結された個々のVSTを解凍した。効力及び同一性は、IFNγ ELISPOTによって評価した。UVSTを、5つのウイルス抗原(ADV、BKV、CMB、EBV、及びHHV6)、特有のトラッキングエピトープペプチド(UE1、UE2、及びUE3)、並びに実施例6で上述したような対照と共にプレーティングした。表13は、プールされ、再凍結され、解凍されたUVSTが各ウイルス抗原及び各ドナーUEに応答してIFNγを産生したことを示す、研究の結果を提供する。したがって、個々のVST株の各々の同一性及び効力は、解凍された個々の細胞株から生成された凍結及び解凍されたUVST製品内で維持された。
本試験の結果は、個々のVST株を作製し、同一性、効力、及び/又は他の品質管理パラメーターを確認するために評価し、次いで、プールする前に凍結することができ;その後、個々の細胞株を解凍し、一緒にプールして、ユニバーサルなVST製品を作製して、その後これを後の使用のために凍結することができることを示す。したがって、個々のVST製品の既存のバンクを解凍し、一緒にプールしてUVSTを生成することができ、その後、これを後の使用のために凍結保存することができる。
Claims (108)
- 複数の異なるドナーに由来する複数の抗原特異的T細胞株を含む抗原特異的T細胞の集団であって、各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーと異なる、集団。
- 前記抗原特異的T細胞株が、クローン性、オリゴクローナル、又はポリクローナルである、請求項1に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも2つのHLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項1又は請求項2に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも3つのHLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項1~3のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、1つ以上のクラスI HLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項1~4のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、2つ以上のクラスI HLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーのHLA型と異なる、請求項5に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLA-A及び1つのHLA-Bアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項6に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、1つ以上のクラスII HLAアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項1に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、及びHLA-DRB1からなる群から独立して選択される2つ以上のアレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項8に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLA-DRB1アレル及び1つのHLA-DQB1アレルにおいて、少なくとも1名の他のドナーと異なる、請求項9に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数のドナーが、少なくとも2つの異なるHLA-Aアレル、少なくとも2つの異なるHLA-Bアレル、少なくとも2つの異なるDRB1アレル、及び/又は少なくとも2つの異なるDQB1アレルを有する、請求項1~10のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数の抗原特異的T細胞株が、3名以上の異なるドナーに由来する、請求項1~11のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数の抗原特異的T細胞株が、5名以上の異なるドナーに由来する、請求項1~12のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLAアレルにおいて、少なくとも2名の他のドナーと異なる、請求項12又は13に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナーのHLA型が、少なくとも1つのHLAアレルにおいて、それぞれ他のドナーと異なる、請求項1~14のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数の異なるドナーのうちの少なくとも1名が、少なくとも2つのHLAアレルにおいて、見込み患者集団において取り得る最大数の患者と一致する、請求項1~15のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数の異なるドナーのうちの少なくとも1つが、少なくとも4つのHLAアレルにおいて、見込み患者集団において取り得る最大数の患者と一致する、請求項1~16のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記集団が、各HLAアレルにおいて見込み患者集団における1名以上の患者と一致するT細胞を含む、請求項1~16のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記複数の抗原特異的T細胞株が、15名以下のドナー、10名以下のドナー、又は5名以下のドナーに由来する、請求項1~18のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記各ドナー由来の抗原特異的T細胞株が、各細胞株が生成された後に一緒にプールされた、請求項1~19のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナー由来の抗原特異的T細胞株が、各細胞株が細胞株の同一性、生存率、無菌性、表現型、効力、及び/又は同種反応性について個別に評価された後に一緒にプールされた、請求項1~20のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各細胞株の効力が、IFNγ産生によって評価された、請求項21に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- IFNγ産生が、IFNγ ELISPOTアッセイによって決定された、請求項22に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各細胞株の無菌性が、細菌汚染、真菌汚染、マイコプラズマ、及び/又はエンドトキシンレベルについて試験することによって決定された、請求項21に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各細胞株が、5EU/mL未満のエンドトキシンレベルを有する、請求項24に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各細胞株の表現型が、フローサイトメトリーによって評価された、請求項21に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各細胞株が、少なくとも90%のCD3+細胞を含む、請求項21に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 非血縁及び/又は部分的にHLA適合及び/又はHLA不適合標的細胞に対する各抗原特異的T細胞株の同種反応性が、クロム放出アッセイによって評価された、請求項21に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記細胞株のプールが、HLA型でタイピングされた、請求項20に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記細胞株のプールが、HLA拘束性エピトープを使用して機能的応答について試験されている、請求項20に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 各ドナー由来の抗原特異的T細胞株が、各細胞株を個別に凍結保存してその後解凍した後に一緒にプールされている、請求項1~30のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記プールされた抗原特異的T細胞株が凍結保存されている、請求項20~31のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記T細胞株が、約1:1の比で一緒にプールされている、請求項20~31のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 約10×106~約100×106個のT細胞を含む、請求項1~32のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 約45×106個のT細胞を含む、請求項34に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記T細胞が、1つ以上のウイルス抗原又は1つ以上の腫瘍関連抗原に特異的である、請求項1~35のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 1つ以上のウイルス抗原が、エプスタイン・バーウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(CMV)、アデノウイルス(AdV)、BKウイルス(BKV)、JCウイルス、ヒトヘルペスウイルス6(HHV6)、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、リンパ球脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス(hMPV)、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、単純ヘルペスウイルス(HSV)、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、D型肝炎ウイルス(HDV)、ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、ヒトT細胞白血病ウイルス1型(HTLV1)、ヒトヘルペスウイルス8(HHV8)、西ナイルウイルス、ジカウイルス、及びエボラウイルスからなる群より選択される1つ以上のウイルスに由来する、請求項36に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上のウイルス抗原が、BKV、CMV、AdV、EBV、及びHHV-6由来の抗原を含む、請求項36又は37に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上のウイルス抗原が、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、及びhMPV由来の抗原を含む、請求項36又は37に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上のウイルス抗原が、コロナウイルス由来の抗原を含む、請求項36、37、又は38に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記コロナウイルスが、SARS-Cov-2である、請求項40に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上のウイルス抗原が、HBV由来の抗原を含む、請求項36又は37に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上のウイルス抗原が、HHV-8由来の抗原を含む、請求項36又は37に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記1つ以上の腫瘍関連抗原が、CEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRα、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α、WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE1、B7H3、レグマイン、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1からなる群から選択される、請求項36に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記集団中の1つ以上のT細胞が、外来性分子を発現する、請求項1~44のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記外来性分子が治療剤である、請求項45に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記治療剤が、化学療法薬、サイトカイン、ケモカイン、腫瘍増殖の小分子阻害剤、又は免疫阻害剤分子を隔離する分子である、請求項46に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記外来性分子が、トランスジェニック分子である、請求項45~47のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記トランスジェニック分子が、細胞外結合ドメイン、膜貫通ドメイン及びシグナル伝達ドメインを含む、請求項48に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記細胞外結合ドメインが、癌抗原に特異的である、請求項49に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 前記トランスジェニック分子が、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)又はNK細胞受容体である、請求項48に記載の抗原特異的T細胞の集団。
- 請求項1~51のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞株の集団を含む、組成物。
- 凍結保存培地を含む、請求項52に記載の組成物。
- 前記凍結保存培地が、ヒト血清アルブミン、ハンクス平衡塩類溶液(HBSS)及び約10%(vv)ジメチルスルホキシド(DMSO)を含む、請求項53に記載の組成物。
- 前記凍結保存培地が、約50%(v/v)の25%ヒト血清アルブミン及び約40%(v/v)のHBSSを含む、請求項54に記載の組成物。
- 請求項1~51のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞の集団を含むユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品であって、該製品が、部分的にHLA適合標的細胞及び/又はHLA不適合標的細胞に対する同種反応性の欠如を示す、製品。
- 前記複数の抗原特異的T細胞株が、少なくとも2つのHLAアレルにおいて、見込み患者集団の>95%と一致する少なくとも1つの抗原特異的T細胞株を集合的に提供する、互いに対する十分なHLA多様性を含む、請求項56に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品。
- 請求項1~51のいずれか一項に記載の抗原特異的T細胞株の集団、請求項52~55のいずれか一項に記載の組成物、又は請求項56若しくは57に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を、それを必要とする患者に投与することを含む、疾患又は状態を処置するための方法。
- 前記集団、組成物、又はT細胞療法製品がT細胞の混合物を含み、前記T細胞の混合物が、前記患者のHLA型と部分的に一致するT細胞と、前記患者のHLA型と完全に不一致であるT細胞とを含む、請求項58に記載の方法。
- ユニバーサル抗原特異的T細胞療法を、それを必要とする患者に投与することを含む、疾患又は状態を処置するための方法であって、複数の異なるドナー由来の複数の抗原特異的T細胞株を対象に投与することを含み、各ドナーのHLA型が、少なくともHLAアレルにおいて少なくとも1名の他のドナーとは異なり、
前記方法が、前記複数の抗原特異的T細胞株を単回の投与セッションで前記患者に投与することを含む、方法。 - 単一の投与セッションでの投与が、同じ組成物で前記複数の抗原特異的T細胞株を同時に患者に投与することを含む、請求項60に記載の方法。
- 単一の投与セッションでの投与が、連続的に投与される別々の組成物で前記複数の抗原特異的T細胞株を患者に投与することを含む、請求項60に記載の方法。
- 前記連続投与が、互いに1時間以内に行われる、請求項62に記載の方法。
- 前記集団又は複数の抗原特異的T細胞が、前記患者のHLA型と部分的に一致するT細胞と、前記患者のHLA型と完全に不一致のT細胞とを含むT細胞の混合物を含む、請求項58~63のいずれか一項に記載の方法。
- 約10×106~約100×106個の抗原特異的T細胞の用量で患者に投与することを含む、請求項58~64のいずれか一項に記載の方法。
- 約45×106個のT細胞の用量で患者に投与することを含む、請求項65に記載の方法。
- 前記疾患が、ウイルス感染症である、請求項58~66のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗原特異的T細胞が、ウイルス特異的T細胞(VST)であり、
前記方法が、前記患者におけるウイルス負荷の低減及び/又は前記ウイルス感染に関連する疾患の症状の低減若しくは排除を達成する、請求項67に記載の方法。 - 前記抗原特異的T細胞がVSTであり、
前記方法が、前記VSTを受けなかった患者と比較して、ウイルス感染のより速い消散を達成する、請求項67に記載の方法。 - 患者が免疫無防備状態である、請求項58~69のいずれか一項に記載の方法。
- 前記患者が、前記疾患若しくは状態又は別の疾患若しくは状態を処置するために受けた処置に起因して免疫無防備状態である、請求項70に記載の方法。
- 前記患者が、年齢により免疫無防備状態である、請求項70に記載の方法。
- 前記患者が、若年又は高齢のために免疫無防備状態である、請求項72に記載の方法。
- 前記状態が免疫不全である、請求項71に記載の方法。
- 前記免疫不全が、原発性免疫不全である、請求項74に記載の方法。
- 前記患者が移植を必要としている状態である、請求項71に記載の方法。
- 前記疾患が癌である、請求項71に記載の方法。
- 前記癌が、肺癌、腸癌、結腸癌、直腸癌、胆管癌、膵臓癌、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、黒色腫、軟部組織肉腫、リンパ腫、白血病、及び多発性骨髄腫からなる群から選択される、請求項77に記載の方法。
- 抗原特異的T細胞の集団を含むユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成するための方法であって、
(i)1つ以上のサイトカイン及び1つ以上の抗原の存在下で複数のドナーの各ドナーに由来する単核細胞を培養して、増殖した抗原特異的T細胞の複数の個別細胞株を作製すること、及び
(ii)前記個別細胞株を一緒にプールして、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を生成すること
を含む、方法。 - 前記単核細胞が、末梢血単核細胞(PBMC)である、請求項79に記載の方法。
- 前記集団が、クローン性、オリゴクローナル、又はポリクローナル集団である、請求項79に記載の方法。
- 凍結融解をさらに含み、各細胞株が凍結保存され、次いで(ii)のプールの前に解凍される、請求項79に記載の方法。
- (ii)で得られた細胞株の前記プールを凍結することをさらに含む、請求項79~82のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞株のプールが、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品として凍結保存される、請求項83に記載の方法。
- 前記細胞株又はユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品が、凍結保存培地中で凍結保存される、請求項82~84のいずれか一項に記載の方法。
- 前記凍結保存培地が、ヒト血清アルブミン、ハンクス平衡塩類溶液(HBSS)、及び約10%(vv)ジメチルスルホキシド(DMSO)を含む、請求項85に記載の方法。
- 前記凍結保存培地が、約50%(v/v)の25%ヒト血清アルブミン及び約40%(v/v)のHBSSを含む、請求項86に記載の方法。
- 濾過工程をさらに含む、請求項79に記載の方法。
- (i)で得られた各細胞株を濾過することを含む、請求項88に記載の方法。
- (ii)で得られたプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を濾過することを含む、請求項88に記載の方法。
- 凍結融解工程の前及び/又は後に、各細胞株を濾過すること、及び/又はプールされたユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を濾過することを含む、請求項88に記載の方法。
- (i)で得られた1つ以上の個別細胞株に導入遺伝子でトランスフェクトすることをさらに含む、請求項79に記載の方法。
- (ii)で得られたプールされた細胞株を導入遺伝子でトランスフェクトすることをさらに含む、請求項79に記載の方法。
- 前記導入遺伝子が、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、又はNK細胞受容体をコードする、請求項93に記載の方法。
- 前記培養が、ガス透過性培養表面を含む容器中で行われる、請求項79に記載の方法。
- 前記容器がGRexバイオリアクターである、請求項95に記載の方法。
- 前記1つ以上のサイトカインが、IL4及び/又はIL7である、請求項79に記載の方法。
- 前記サイトカインが、IL4及びIL7を含み、IL2を含まない、請求項97に記載の方法。
- 前記1つ以上の抗原が、(i)全タンパク質、(ii)各抗原の一部若しくは全配列にわたる一連の重複ペプチドを含むペプミックス、又は(iii)(i)及び(ii)の組み合わせの形態である、請求項79に記載の方法。
- 前記抗原が、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上の異なるペプミックスを含む、請求項99に記載の方法。
- 前記1つ以上の抗原が、ウイルス抗原又は腫瘍関連抗原である、請求項79に記載の方法。
- 前記培養物中の各抗原が、ウイルス抗原である、請求項100に記載の方法。
- 前記ウイルス抗原が、EBV、CMV、アデノウイルス、BK、JCウイルス、HHV6、RSV、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ボカウイルス、コロナウイルス、LCMV、ムンプス、麻疹、ヒトメタニューモウイルス、パルボウイルスB、ロタウイルス、メルケル細胞ウイルス、HSV、HBV、HCV、HDV、HPV、HIV、HTLV1、HHV8、西ナイルウイルス、ジカウイルス、及びエボラウイルスから選択される、請求項101に記載の方法。
- 前記培養物中の各抗原が、腫瘍関連抗原である、請求項100に記載の方法。
- 前記腫瘍関連抗原が、CEA、MHC、CTLA-4、gp100、メソテリン、PD-L1、TRP1、CD40、EGFP、Her2、TCRα、trp2、TCR、MUC1、cdr2、ras、4-1BB、CT26、GITR、OX40、TGF-α、WT1、MUC1、LMP2、HPV E6 E7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、NY-ESO-1、PSMA、GD2、Melan A/MART1、Ras変異体、gp100、p53変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、EphA2、PAP、ML-IAP、AFP、EpCAM、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、ALK、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、ポリシアル酸、MYCN、RhoC、TRP-2、GD3、フコシルGM1、メソテリン、PSCA、MAGE A1、sLe(a)、CYP1B1、PLAC1、GM3、BORIS、Tn、GloboH、ETV6-AML、NY-BR-1、RGS5、SART3、STn、炭酸脱水酵素IX、PAX5、OY-TES1、精子タンパク質17、LCK、HMWMAA、AKAP-4、SSX2、XAGE 1、B7H3、レグマイン、Tie2、Page4、VEGFR2、MAD-CT-1、FAP、PDGFR-β、MAD-CT-2及びFos関連抗原1の1つ以上である、請求項103に記載の方法。
- 前記複数のドナーが、以下を含む方法によって選択される、請求項79~104のいずれか一項に記載の方法:
(a)第1のドナープールからの第1の複数のドナー候補の各々のHLA型を、第1の見込み患者集団からの第1の複数の見込み患者の各々と比較する工程;
(b)工程(a)における比較に基づいて第1の最適合ドナーを決定する工程であって、前記第1の最適合ドナーが、前記第1の複数の見込み患者における最大数の患者と2以上のHLAアレル一致を有する、第1のドナープールからのドナーとして定義される、工程;
(c)ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品に含めるために、前記第1の最適合ドナーを選択する工程;
(d)前記第1のドナープールから前記第1の最適合ドナーを除去し、それによって、前記第1の最適合ドナーを除く前記第1のドナープールに由来する前記第1の複数のドナー候補の各々からなる、第2のドナープールを生成する工程;
(e)前記第1の複数の見込み患者から、前記第1の最適合ドナーと2つ以上のアレル一致を有する各見込み患者を除去し、それによって、前記第1の最適合ドナーと2つ以上のアレル一致を有する各見込み患者を除く前記第1の複数の見込み患者の各々からなる、第2の複数の見込み患者を生成する工程;及び
(f)工程(d)及び(e)に従って、まだ除去されていないドナー及び見込み患者の全てについて工程(a)~(e)を1回以上追加で繰り返す工程であって、
ここで、追加の最適合ドナーが工程(c)に従って選択されるたびに、その追加の最適合ドナーが工程(d)に従ってそれぞれのドナープールから除去され;後続の最適合ドナーがそれぞれのドナープールから除去されるたびに、工程(e)に従って、その後続の最適合ドナーと2つ以上のアレル一致を有する各見込み患者がそれぞれの複数の見込み患者から除去され;それによって、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品に含めるための選択された最適合ドナーの数を、前記方法の各サイクルの後に1つずつ順次増加させ、それによって、前記方法の各サイクルの後に、前記選択された最適合ドナーへのそれらのHLA一致に従って、前記患者集団における複数の見込み患者の数を減少させ;工程(a)~(e)を、前記第1の見込み患者集団の所望の割合が前記複数の見込み患者の中に残るまで、又はドナーがドナープールに残らなくなるまで繰り返す、工程。 - 請求項79~105のいずれか一項に記載の方法によって製造された、ユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品。
- 請求項10に記載のユニバーサル抗原特異的T細胞療法製品を含む、組成物。
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