JP2018171035A - 核酸分子およびその用途 - Google Patents
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Abstract
【課題】卵由来オボムコイドに結合する新たな核酸分子を提供する。【解決手段】下記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドを含む核酸分子を、卵由来オボムコイドに結合する核酸分子とする。（ａ）特定の塩基配列または前記塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド、（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド【選択図】図２
Description
本発明は、卵由来オボムコイドに結合する核酸分子およびその用途に関する。
卵は、日常的に頻繁に摂取される食品であるが、近年、卵アレルギーの患者が増加しており、問題視されている。加工食品等は、卵を使用するものが多く存在するため、加工食品やその製造ライン等においては、原料として卵が混入しているか否かを分析することは、極めて重要である。
アレルギーのアレルゲンは、一般的に、タンパク質やその分解物（ペプチド）であり、これらを抗原とする抗体を使用した分析方法が、主流である。卵に関しても、例えば、卵白タンパク質であるオボムコイドがアレルゲンとして知られている。
しかし、抗体は、タンパク質であり、安定性に問題があるため、低コストで簡易な検査法に抗体を用いることが難しい。また、電気泳動やニトロセルロース膜へのブロッティング等が必要であり、操作が煩雑である。このため、近年、抗体に代えて、抗原と特異的に結合する核酸分子が注目されている。
そこで、本発明の目的は、卵由来オボムコイドに結合する新たな核酸分子を提供することにある。
本発明の核酸分子は、下記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、オボムコイドに結合する核酸分子である。
（ａ）配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
（ａ）配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
本発明の卵由来オボムコイドの検出試薬は、前記本発明の核酸分子を含むことを特徴とする。
本発明の卵由来オボムコイドの検出方法は、前記本発明の核酸分子、または前記本発明の検出試薬と、試料とを接触させ、前記試料中の卵由来オボムコイドと、前記核酸分子または前記検出試薬との複合体を形成させる工程、および、
前記複合体を検出する工程を含むことを特徴とする。
前記複合体を検出する工程を含むことを特徴とする。
本発明の核酸分子は、卵由来オボムコイドに結合可能である。このため、本発明の核酸分子によれば、試料中のアレルゲンとの結合の有無によって、卵由来オボムコイドを検出できる。したがって、本発明の核酸分子は、例えば、食品製造、食品管理、食品の流通等の分野において、例えば、卵に由来するアレルゲンの検出に、極めて有用なツールといえる。
（１）核酸分子
本発明の核酸分子は、前述のように、下記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、卵由来オボムコイドに結合する核酸分子である。
（ａ）配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
本発明の核酸分子は、前述のように、下記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、卵由来オボムコイドに結合する核酸分子である。
（ａ）配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
本発明において、ターゲットは、卵由来オボムコイドである。前記卵は、例えば、鶏卵、ウズラの卵である。卵由来オボムコイドは、例えば、鶏卵由来オボムコイドであり、具体的には、例えば、鶏卵の卵白由来オボムコイドである。本発明の核酸について、例えば、結合能を確認するためのオボムコイドとして、市販のオボムコイドが使用でき、具体例として、鶏卵の卵白由来のオボムコイド（トリプシンインヒビター ニワトリ卵白由来 T2011、シグマ社製）が例示できる。オボムコイドは、例えば、変性が生じていない未変性アレルゲンでもよいし、加熱等による変性が生じた変性アレルゲンでもよい。本発明において、以下、卵由来オボムコイドは、単にオボムコイドともいう。
卵由来オボムコイドは、例えば、トリプシンインヒビター活性を有する。
本発明の核酸分子は、前述のように、オボムコイドに結合可能である。本発明において、「オボムコイドに結合する」とは、例えば、オボムコイドに対する結合性を有している、または、オボムコイドに対する結合活性を有しているともいう。本発明の核酸分子とオボムコイドとの結合は、例えば、表面プラズモン共鳴分子相互作用（ＳＰＲ；Ｓｕｒｆａｃｅ Ｐｌａｓｍｏｎ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ）解析等により決定できる。前記解析は、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ３０００（商品名、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ＵＫ Ｌｔｄ．）が使用できる。本発明の核酸分子は、オボムコイドに結合することから、例えば、オボムコイドの検出に使用できる。
本発明の核酸分子は、ＤＮＡ分子、またはＤＮＡアプタマーともいう。本発明の核酸分子は、例えば、前記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドからなる分子でもよいし、前記ポリヌクレオチドを含む分子でもよい。
前記（ａ）のポリヌクレオチドは、前述のように、前記配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または前記配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチドである。前記配列番号１〜３のポリヌクレオチドを以下に示す。
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ１（配列番号１）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２（配列番号２）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３（配列番号３）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２（配列番号２）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３（配列番号３）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
前記部分配列は、特に制限されないが、例えば、前記配列番号１〜３の塩基配列のそれぞれの部分配列として、配列番号４〜６の塩基配列があげられる。
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ１ｓ６６（配列番号４）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTC
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２ｓ７６（配列番号５）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGC
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３ｓ６７（配列番号６）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCG
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTC
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２ｓ７６（配列番号５）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGC
Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３ｓ６７（配列番号６）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCG
前記（ｂ）において、「同一性」は、特に制限されず、例えば、前記（ｂ）のポリヌクレオチドが、オボムコイドに結合する範囲であればよい。前記同一性は、例えば、８０％以上、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、さらに好ましくは９５％以上、９６％以上、９７％以上、特に好ましくは９８％以上、最も好ましくは９９％以上である。前記同一性は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる（以下、同様）。
本発明の核酸分子における前記ポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドでもよい。この場合、本発明の核酸分子は、例えば、前記（ｃ）または（ｄ）のポリヌクレオチドからなる分子でもよいし、前記ポリヌクレオチドを含む分子でもよい。
（ｃ）前記（ａ）の塩基配列からなるポリヌクレオチドに対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドに相補的な塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
（ｄ）前記（ａ）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
（ｃ）前記（ａ）の塩基配列からなるポリヌクレオチドに対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドに相補的な塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
（ｄ）前記（ａ）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド
前記（ｃ）において、「ハイブリダイズするポリヌクレオチド」は、特に制限されず、例えば、前記（ａ）の塩基配列に対して、完全または部分的に相補的なポリヌクレオチドである。前記ハイブリダイズは、例えば、各種ハイブリダイゼーションアッセイにより検出できる。前記ハイブリダイゼーションアッセイは、特に制限されず、例えば、ザンブルーク（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら編「モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリーマニュアル第２版（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ Ｅｄ．）」〔Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （１９８９）〕等に記載されている方法を採用することもできる。
前記（ｃ）において、「ストリンジェントな条件」は、例えば、低ストリンジェントな条件、中ストリンジェントな条件、高ストリンジェントな条件のいずれでもよい。「低ストリンジェントな条件」は、例えば、５×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、３２℃の条件である。「中ストリンジェントな条件」は、例えば、５×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、４２℃の条件である。「高ストリンジェントな条件」は、例えば、５×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、５０℃の条件である。ストリンジェンシーの程度は、当業者であれば、例えば、温度、塩濃度、プローブの濃度および長さ、イオン強度、時間等の条件を適宜選択することで、設定可能である。「ストリンジェントな条件」は、例えば、前述したザンブルーク（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら編「モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリーマニュアル第２版（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ Ｅｄ．）」〔Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （１９８９）〕等に記載の条件を採用することもできる。
前記（ｄ）において、「１もしくは数個」は、例えば、前記（ｄ）のポリヌクレオチドが、卵由来オボムコイドに結合する範囲であればよい。前記「１もしくは数個」は、前記（ａ）の塩基配列において、例えば、１〜１０個、好ましくは１〜７個、より好ましくは１〜５個、さらに好ましくは１〜３個、特に好ましくは１または２個である。
本発明の核酸分子は、例えば、前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかのポリヌクレオチドの配列を１つ含んでもよいし、前記ポリヌクレオチドの配列を複数含んでもよい。後者の場合、複数のポリヌクレオチドの配列が連結して、一本鎖のポリヌクレオチドを形成していることが好ましい。前記複数のポリヌクレオチドの配列は、例えば、それぞれが直接的に連結してもよいし、リンカーを介して、それぞれが間接的に連結してもよい。前記ポリヌクレオチドの配列は、それぞれの末端において、直接的または間接的に連結していることが好ましい。前記複数のポリヌクレオチドの配列は、例えば、同じでもよいし、異なってもよいが、好ましくは同じである。前記ポリヌクレオチドの配列を複数含む場合、前記配列の数は、特に制限されず、例えば、２以上であり、好ましくは２〜１２であり、より好ましくは２〜６であり、さらに好ましくは２である。
前記リンカーは、例えば、ポリヌクレオチドがあげられ、その構成単位は、例えば、ヌクレオチド残基があげられる。前記ヌクレオチド残基は、例えば、リボヌクレオチド残基、デオキシリボヌクレオチド残基があげられる。前記リンカーの長さは、特に制限されず、例えば、１〜２４塩基長であり、好ましくは１２〜２４塩基長であり、より好ましくは１６〜２４塩基長であり、さらに好ましくは２０〜２４塩基長である。
本発明の核酸分子において、前記ポリヌクレオチドは、一本鎖ポリヌクレオチドであることが好ましい。前記一本鎖ポリヌクレオチドは、例えば、自己アニーリングによりステム構造およびループ構造を形成可能であることが好ましい。前記ポリヌクレオチドは、例えば、ステムループ構造、インターナルループ構造および／またはバルジ構造等を形成可能であることが好ましい。
本発明の核酸分子は、例えば、二本鎖でもよい。二本鎖の場合、例えば、一方の一本鎖ポリヌクレオチドは、前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかのポリヌクレオチドであり、他方の一本鎖ポリヌクレオチドは、制限されない。前記他方の一本鎖ポリヌクレオチドは、例えば、前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかのポリヌクレオチドに相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。本発明の核酸分子が二本鎖の場合、例えば、使用に先立って、変性等により、一本鎖ポリヌクレオチドに解離させることが好ましい。また、解離した前記（ａ）〜（ｄ）のいずれかの一本鎖ポリヌクレオチドは、例えば、前述のように、ステム構造およびループ構造を形成していることが好ましい。
本発明において、「ステム構造およびループ構造を形成可能」とは、例えば、実際にステム構造およびループ構造を形成すること、ならびに、ステム構造およびループ構造が形成されていなくても、条件によってステム構造およびループ構造を形成可能なことも含む。「ステム構造およびループ構造を形成可能」とは、例えば、実験的に確認した場合、および、コンピュータ等のシミュレーションで予測した場合の双方を含む。
本発明の核酸分子の構成単位は、例えば、ヌクレオチド残基である。前記核酸分子の長さは、特に制限されず、その下限は、例えば、１５塩基長であり、好ましくは７５塩基長または８０塩基長であり、その上限は、例えば、１０００塩基長であり、好ましくは２００塩基長、１００塩基長または９０塩基長である。
前記ヌクレオチド残基は、例えば、デオキシリボヌクレオチド残基およびリボヌクレオチド残基があげられる。本発明の核酸分子は、例えば、デオキシリボヌクレオチド残基のみから構成されるＤＮＡ、１もしくは数個のリボヌクレオチド残基を含むＤＮＡ等があげられる。後者の場合、「１もしくは数個」は、特に制限されず、例えば、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜３個である。本発明において、塩基数および配列数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「１〜３塩基」との記載は、「１、２、３塩基」の全ての開示を意味する（以下、同様）。
前記ポリヌクレオチドは、例えば、少なくとも１個の修飾塩基を含む。前記修飾塩基は、特に制限されず、例えば、天然塩基（非人工塩基）が修飾された塩基があげられ、前記天然塩基と同様の機能を有することが好ましい。前記天然塩基は、特に制限されず、例えば、プリン骨格を有するプリン塩基、ピリミジン骨格を有するピリミジン塩基等があげられる。前記プリン塩基は、特に制限されず、例えば、アデニン（ａ）、グアニン（ｇ）があげられる。前記ピリミジン塩基は、特に制限されず、例えば、シトシン（ｃ）、チミン（ｔ）、ウラシル（ｕ）等があげられる。前記塩基の修飾部位は、特に制限されない。前記塩基がプリン塩基の場合、前記プリン塩基の修飾部位は、例えば、前記プリン骨格の７位および８位があげられる。前記塩基がピリミジン塩基の場合、前記ピリミジン塩基の修飾部位は、例えば、前記ピリミジン骨格の５位および６位があげられる。前記ピリミジン骨格において、４位の炭素に「＝Ｏ」が結合し、５位の炭素に「−ＣＨ３」または「−Ｈ」以外の基が結合している場合、修飾ウラシルまたは修飾チミンということができる。
前記修飾塩基の修飾基は、特に制限されず、例えば、メチル基、フルオロ基、アミノ基、チオ基、下記式（１）のベンジルアミノカルボニル基（benzylaminocarbonyl）、下記式（２）のトリプタミノカルボニル基（tryptaminocarbonyl）およびイソブチルアミノカルボニル基（isobutylaminocarbonyl）等があげられる。
前記修飾塩基は、特に制限されず、例えば、アデニンが修飾された修飾アデニン、チミンが修飾された修飾チミン、グアニンが修飾された修飾グアニン、シトシンが修飾された修飾シトシンおよびウラシルが修飾された修飾ウラシル等があげられ、前記修飾チミン、前記修飾ウラシルおよび前記修飾シトシンが好ましい。
前記修飾アデニンの具体例としては、例えば、７’−デアザアデニン等があげられる。
前記修飾グアニンの具体例としては、例えば、７’−デアザグアニン等があげられる。
前記修飾シトシンの具体例としては、例えば、５’−メチルシトシン等があげられる。
前記修飾チミンの具体例としては、例えば、５’−ベンジルアミノカルボニルチミン、５’−トリプタミノカルボニルチミン、５’−イソブチルアミノカルボニルチミン等があげられる。
前記修飾ウラシルの具体例としては、例えば、５’−ベンジルアミノカルボニルウラシル（ＢｎｄＵ）、５’−トリプタミノカルボニルウラシル（ＴｒｐｄＵ）および５’−イソブチルアミノカルボニルウラシル等があげられる。
前記ポリヌクレオチドは、特に制限されず、例えば、いずれか１種類の前記修飾塩基のみを含んでもよいし、２種類以上の前記修飾塩基を含んでもよい。
前記修飾塩基の個数は、特に制限されない。前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾塩基の個数は、例えば、１個以上である。前記修飾塩基は、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２０個であり、また、全ての塩基が、前記修飾塩基でもよい。前記修飾塩基の個数は、例えば、いずれか１種類の前記修飾塩基の個数であってもよいし、２種類以上の前記修飾塩基の個数の合計であってもよい。また、前記ポリヌクレオチドを含む前記核酸分子の全長における前記修飾塩基も、特に制限されず、例えば、１〜８０個、１〜５０個、１〜２０個であり、好ましくは、前述の範囲と同様である。
前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾塩基の割合は、特に制限されない。前記修飾塩基の割合は、前記ポリヌクレオチドの全塩基数のうち、例えば、１／１００以上、好ましくは１／４０以上、より好ましくは１／２０以上、さらに好ましくは１／１０以上、特に好ましくは１／４以上、最も好ましくは１／３以上である。また、前記ポリヌクレオチドを含む前記核酸分子の全長における前記修飾塩基の割合も、特に制限されず、前述の範囲と同様である。ここで、前記全塩基数は、例えば、前記ポリヌクレオチドにおける天然塩基の個数と前記修飾塩基の個数の合計である。前記修飾塩基の割合を分数で示すが、これを満たす全塩基数と修飾塩基数とは、それぞれ正の整数である。
前記ポリヌクレオチドにおける前記修飾塩基が、前記修飾チミンの場合、前記修飾チミンの個数は、特に制限されない。前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、天然チミンは、前記修飾チミンに置換できる。前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾チミンの個数は、例えば、１個以上である。前記修飾チミンは、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２１個であり、また、全てのチミンが、前記修飾チミンでもよい。
前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾チミンの割合は、特に制限されない。前記修飾チミンの割合は、前記天然チミンの個数と前記修飾チミンの個数との合計のうち、例えば、１／１００以上、好ましくは１／４０以上、より好ましくは１／２０以上、さらに好ましくは１／１０以上、特に好ましくは１／４以上、最も好ましくは１／３以上である。
前記ポリヌクレオチドにおける前記修飾塩基が、前記修飾ウラシルの場合、前記修飾ウラシルの個数は、特に制限されない。前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、天然チミンは、前記修飾ウラシルに置換できる。前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾ウラシルの個数は、例えば、１個以上である。前記修飾ウラシルは、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２１個であり、また、全てのウラシルが、前記修飾ウラシルでもよい。
前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾ウラシルの割合は、特に制限されない。前記修飾ウラシルの割合は、前記天然チミンの個数と前記修飾ウラシルの個数との合計のうち、例えば、１／１００以上、好ましくは１／４０以上、より好ましくは１／２０以上、さらに好ましくは１／１０以上、特に好ましくは１／４以上、最も好ましくは１／３以上である。
前記修飾チミンと前記修飾ウラシルの個数の例示は、例えば、両者をあわせた個数であってもよい。
前記ポリヌクレオチドにおける前記修飾塩基が、前記修飾シトシンの場合、前記修飾シトシンの個数は、特に制限されない。前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、天然シトシンは、前記修飾シトシンに置換できる。前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾シトシンの個数は、例えば、１個以上である。前記修飾シトシンは、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２１個であり、であり、また、全てのシトシンが、前記修飾シトシンでもよい。
前記ポリヌクレオチドにおいて、前記修飾シトシンの割合は、特に制限されない。前記修飾シトシンの割合は、前記天然シトシンの個数と前記修飾シトシンの個数との合計のうち、例えば、１／１００以上、好ましくは１／４０以上、より好ましくは１／２０以上、さらに好ましくは１／１０以上、特に好ましくは１／４以上、最も好ましくは１／３以上である。
前記修飾塩基が、前記修飾アデニンまたは前記修飾グアニンの場合、前記修飾シトシンの個数および割合の説明において、「シトシン」および「修飾シトシン」を、それぞれ「アデニン」および「修飾アデニン」または「グアニン」および「修飾グアニン」に読み替えて援用できる。前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、天然アデニンは、前記修飾アデニンに置換でき、例えば、天然グアニンは、前記修飾グアニンに置換できる。
本発明の核酸分子は、修飾ヌクレオチドを含んでもよい。前記修飾ヌクレオチドは、前述の前記修飾塩基を有するヌクレオチドでもよいし、糖残基が修飾された修飾糖を有するヌクレオチドでもよいし、前記修飾塩基および前記修飾糖を有するヌクレオチドでもよい。
前記糖残基は、特に制限されず、例えば、デオキシリボース残基またはリボース残基があげられる。前記糖残基における修飾部位は、特に制限されず、例えば、前記糖残基の２’位または４’位があげられ、いずれか一方でも両方が修飾されてもよい。前記修飾糖の修飾基は、例えば、メチル基、フルオロ基、アミノ基、チオ基等があげられる。
前記修飾ヌクレオチド残基において、塩基がピリミジン塩基の場合、例えば、前記糖残基の２’位および／または４’位が修飾されていることが好ましい。前記修飾ヌクレオチド残基の具体例は、例えば、デオキシリボース残基またはリボース残基の２’位が修飾された、２’−メチル化−ウラシルヌクレオチド残基、２’−メチル化−シトシンヌクレオチド残基、２’−フルオロ化−ウラシルヌクレオチド残基、２’−フルオロ化−シトシンヌクレオチド残基、２’−アミノ化−ウラシルヌクレオチド残基、２’−アミノ化−シトシンヌクレオチド残基、２’−チオ化−ウラシルヌクレオチド残基、２’−チオ化−シトシンヌクレオチド残基等があげられる。
前記修飾ヌクレオチドの個数は、特に制限されず、例えば、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２１個である。また、前記ポリヌクレオチドを含む前記核酸分子の全長における前記修飾ヌクレオチドも、特に制限されず、例えば、１〜８０個、１〜５０個、１〜２０個であり、好ましくは、前述の範囲と同様である。
本発明の核酸分子は、例えば、１もしくは数個の人工核酸モノマー残基を含んでもよい。前記「１もしくは数個」は、特に制限されず、例えば、前記ポリヌクレオチドにおいて、例えば、１〜８０個、好ましくは１〜７０個、より好ましくは１〜５０個、さらに好ましくは１〜４０個、特に好ましくは１〜３０個、最も好ましくは１〜２１個である。前記人工核酸モノマー残基は、例えば、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、ＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）、ＥＮＡ（２’−Ｏ，４’−Ｃ−Ｅｔｈｙｌｅｎｅｂｒｉｄｇｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ）等があげられる。前記モノマー残基における核酸は、例えば、前述と同様である。また、前記ポリヌクレオチドを含む前記核酸分子の全長における前記人工核酸モノマー残基も、特に制限されず、例えば、１〜８０個、１〜５０個、１〜２０個であり、好ましくは、前述の範囲と同様である。
本発明の核酸分子は、例えば、ヌクレアーゼ耐性であることが好ましい。本発明の核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性のため、例えば、前記修飾ヌクレオチド残基および／または前記人工核酸モノマー残基を有することが好ましい。本発明の核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性のため、例えば、５’末端または３’末端に、数１０ｋＤａのＰＥＧ（ポリエチレングリコール）またはデオキシチミジン等が結合してもよい。
本発明の核酸分子は、例えば、さらに付加配列を有してもよい。前記付加配列は、例えば、前記核酸分子の５’末端および３’末端の少なくとも一方に結合していることが好ましく、より好ましくは３’末端である。前記付加配列は、特に制限されない。前記付加配列の長さは、特に制限されず、例えば、１〜２００塩基長であり、好ましくは１〜５０塩基長であり、より好ましくは１〜２５塩基長、さらに好ましくは１８〜２４塩基長である。前記付加配列の構成単位は、例えば、ヌクレオチド残基であり、デオキシリボヌクレオチド残基およびリボヌクレオチド残基等があげられる。前記付加配列は、特に制限されず、例えば、デオキシリボヌクレオチド残基からなるＤＮＡ、リボヌクレオチド残基を含むＤＮＡ等のポリヌクレオチドがあげられる。前記付加配列の具体例として、例えば、ポリｄＴ、ポリｄＡ等があげられる。
本発明の核酸分子は、例えば、担体に固定化して使用できる。前記本発明の核酸分子は、例えば、５’末端および３’末端のいずれかを固定化することができる。本発明の核酸分子を固定化する場合、例えば、前記核酸分子は、前記担体に、直接的に固定化してもよいし、間接的に固定化してもよい。後者の場合、本発明の核酸分子は、例えば、前記付加配列を介して、前記担体に固定化する。前記担体は、例えば、ビーズ、プレート、フィルター、カラム、基板、容器等があげられる。
本発明の核酸分子は、例えば、さらに標識物質を有してもよく、具体的には、前記核酸分子に前記標識物質が結合してもよい。前記標識物質が結合した前記核酸分子は、例えば、本発明の核酸センサということもできる。前記標識物質は、例えば、前記核酸分子の５’末端および３’末端の少なくとも一方に結合させてもよい。前記標識物質による標識化は、例えば、結合でもよいし、化学修飾でもよい。前記標識物質は、特に制限されず、例えば、酵素、蛍光物質、色素、同位体、薬物、毒素および抗生物質等があげられる。前記酵素は、例えば、ルシフェラーゼ、ＳＡ−Ｌｕｃｉａルシフェラーゼ等があげられる。前記蛍光物質は、例えば、ピレン、ＴＡＭＲＡ、フルオレセイン、Ｃｙ３色素、Ｃｙ５色素、ＦＡＭ色素、ローダミン色素、テキサスレッド色素、ＪＯＥ、ＭＡＸ、ＨＥＸ、ＴＹＥ等の蛍光団があげられ、前記色素は、例えば、Ａｌｅｘａ４８８、Ａｌｅｘａ６４７等のＡｌｅｘａ色素等があげられる。前記標識物質は、例えば、前記核酸分子に直接的に連結してもよいし、リンカーを介して、間接的に連結してもよい。前記リンカーは、特に制限されず、例えば、ポリヌクレオチドのリンカー等である。
本発明の核酸分子の製造方法は、特に制限されず、例えば、化学合成を利用した核酸合成方法、遺伝子工学的手法等の公知の方法等により合成できる。
本発明の核酸分子は、前述のように、オボムコイドに結合性を示す。このため、本発明の核酸分子の用途は、オボムコイドへの結合性を利用する用途であれば、特に制限されない。本発明の核酸分子は、例えば、オボムコイドに対する抗体に代えて、種々の方法に使用できる。
本発明の核酸分子によれば、オボムコイドを検出できる。オボムコイドの検出方法は、特に制限されず、オボムコイドと前記核酸分子との結合を検出することによって行える。
（２）検出試薬およびキット
本発明の検出試薬は、前述のように、卵由来オボムコイドの検出試薬であって、前記本発明の核酸分子を含むことを特徴とする。本発明の検出試薬は、前記本発明の核酸分子を含んでいればよく、その他の構成は何ら制限されない。本発明の検出試薬を使用すれば、前述のように、例えば、卵由来オボムコイドの検出等を行うことができる。本発明の検出試薬は、例えば、卵由来オボムコイドへの結合剤ともいえる。
本発明の検出試薬は、前述のように、卵由来オボムコイドの検出試薬であって、前記本発明の核酸分子を含むことを特徴とする。本発明の検出試薬は、前記本発明の核酸分子を含んでいればよく、その他の構成は何ら制限されない。本発明の検出試薬を使用すれば、前述のように、例えば、卵由来オボムコイドの検出等を行うことができる。本発明の検出試薬は、例えば、卵由来オボムコイドへの結合剤ともいえる。
本発明の検出試薬は、例えば、さらに、標識物質を有し、前記標識物質が、前記核酸分子に結合されてもよい。前記標識物質は、例えば、前記本発明の核酸分子における説明を援用できる。また、本発明の検出試薬は、例えば、担体を有し、前記担体に前記核酸分子が固定化されてもよい。前記担体は、例えば、前記本発明の核酸分子における説明を援用できる。
本発明の検出キットは、前記本発明の核酸分子または前記本発明の検出試薬を含む。本発明の検出キットは、例えば、さらに、その他の構成要素を含んでもよい。前記構成要素は、例えば、前記試料を調製するための緩衝液、使用説明書等があげられる。また、後述する本発明の検出方法に示す、前記核酸分子に標識物質であるルシフェラーゼを結合させた核酸センサと、アレルゲン標識化担体とを用いる方法の場合、本発明の検出キットは、例えば、前記核酸センサと、アレルゲン標識化担体（オボムコイド標識化担体）を含むキットとすることができる。
本発明の検出試薬および検出キットは、例えば、前記本発明の核酸分子の説明を援用でき、また、その使用方法についても、前記本発明の核酸分子および後述する前記本発明の検出方法を援用できる。
（３）検出方法
本発明の卵由来オボムコイドの検出方法は、前述のように、前記本発明の核酸分子、または前記本発明の検出試薬と、試料とを接触させ、前記試料中の卵由来オボムコイドと、前記核酸分子または前記検出試薬との複合体を形成させる工程、および、前記複合体を検出する工程を含むことを特徴とする。本発明の検出方法は、前記本発明の核酸分子または前記検出試薬を使用することが特徴であって、その他の工程および条件等は、特に制限されない。以下、本発明の核酸分子の使用を例にあげて説明するが、本発明の核酸分子は、本発明の検出試薬と読み替え可能である。
本発明の卵由来オボムコイドの検出方法は、前述のように、前記本発明の核酸分子、または前記本発明の検出試薬と、試料とを接触させ、前記試料中の卵由来オボムコイドと、前記核酸分子または前記検出試薬との複合体を形成させる工程、および、前記複合体を検出する工程を含むことを特徴とする。本発明の検出方法は、前記本発明の核酸分子または前記検出試薬を使用することが特徴であって、その他の工程および条件等は、特に制限されない。以下、本発明の核酸分子の使用を例にあげて説明するが、本発明の核酸分子は、本発明の検出試薬と読み替え可能である。
本発明によれば、前記本発明の核酸分子が、オボムコイドに特異的に結合することから、例えば、オボムコイドと、前記核酸分子または前記検出試薬との結合を検出することによって、試料中のオボムコイドを特異的に検出可能である。具体的には、例えば、試料中のオボムコイドの量を分析可能であることから、定性分析または定量分析も可能といえる。
本発明において、前記試料は、特に制限されない。前記試料は、例えば、食品、食品原料、食品添加物等があげられる。また、前記試料は、例えば、食品加工場または調理場等における付着物、洗浄後の洗浄液等があげられる。
前記試料は、例えば、液体試料でもよいし、固体試料でもよい。前記試料は、例えば、前記核酸分子と接触させ易く、取扱いが簡便であることから、液体試料が好ましい。前記固体試料の場合、例えば、溶媒を用いて、混合液、抽出液、溶解液等を調製し、これを使用してもよい。前記溶媒は、特に制限されず、例えば、水、生理食塩水、緩衝液等があげられる。
本発明の検出方法について、本発明の核酸分子として、標識物質で標識化された本発明の核酸センサを使用し、オボムコイドを検出する方法を例にあげて説明する。なお、本発明は、これらの例示には制限されない。
前記検出工程は、例えば、さらに、前記複合体の検出結果に基づいて、前記試料中のオボムコイドの有無または量を分析する工程を含む。
前記複合体形成工程において、前記試料と前記核酸分子との接触方法は、特に制限されない。前記試料と前記核酸分子との接触は、例えば、液体中で行われることが好ましい。前記液体は、特に制限されず、例えば、水、生理食塩水、緩衝液等があげられる。
前記複合体形成工程において、前記試料と前記核酸分子との接触条件は、特に制限されない。接触温度は、例えば、４〜３７℃であり、好ましくは１８〜２５℃であり、接触時間は、例えば、１０〜１２０分であり、好ましくは３０〜６０分である。
前記複合体形成工程において、前記核酸分子は、例えば、担体に固定化された固定化核酸分子（固相担体）でもよいし、未固定の遊離した核酸分子でもよい。後者の場合、例えば、容器内で、前記試料と接触させる。前者の場合、前記担体は、特に制限されず、例えば、プレート、フィルター、カラム、基板、ビーズ、容器等があげられ、前記容器は、例えば、マイクロプレート、チューブ等があげられる。前記核酸分子の固定化は、例えば、前述の通りである。
前記検出工程は、前述のように、前記試料中のオボムコイドと前記核酸分子との結合を検出する工程である。前記両者の結合の有無を検出することによって、例えば、前記試料中のオボムコイドの有無を分析（定性）でき、また、前記両者の結合の程度（結合量）を検出することによって、例えば、前記試料中のオボムコイドの量を分析（定量）できる。
オボムコイドと前記核酸分子との結合の検出方法は、特に制限されない。前記方法は、例えば、物質間の結合を検出する従来公知の方法が採用でき、具体例として、前述のＳＰＲ等があげられる。
そして、オボムコイドと前記核酸分子との結合が検出できなかった場合は、前記試料中にオボムコイドは存在しないと判断でき、前記結合が検出された場合は、前記試料中にオボムコイドが存在すると判断できる。また、予め、オボムコイドの濃度と結合量との相関関係を求めておき、前記相関関係に基づいて、前記結合量から、前記試料中のオボムコイドの濃度を分析することもできる。
オボムコイドと前記核酸分子との結合の検出について、一例として、前記核酸分子に標識物質であるルシフェラーゼを結合させた核酸センサと、卵由来オボムコイド標識化担体とを用いる方法を、以下に示す。
まず、前記核酸センサと前記試料とを混合する。これにより、前記試料中に卵由来オボムコイドが存在する場合、前記核酸センサにおける前記核酸分子は、ターゲットである卵由来オボムコイドと結合する。他方、前記試料中に卵由来オボムコイドが存在しない場合、前記核酸センサにおける核酸分子は、ターゲットと未結合の状態となる。
つぎに、前記混合物を、前記卵由来オボムコイド標識化担体に接触させた後、前記オボムコイド標識化担体を除去する。前記担体は、例えば、ビーズがあげられる。前記混合物において、前記核酸センサが卵由来オボムコイドと結合している場合、前記核酸センサにおける前記核酸分子は、前記オボムコイド標識化担体における卵由来オボムコイドとは結合できない。このため、前記オボムコイド標識化担体を除去した画分に対して、ルシフェラーゼの基質を添加して発光反応を行った場合、前記核酸センサにおけるルシフェラーゼの触媒反応によって、発光が生じる。他方、前記混合物において、前記核酸センサが卵由来オボムコイドと結合していない場合、前記核酸センサにおける前記核酸分子は、前記オボムコイド標識化担体における卵由来オボムコイドと結合する。このため、前記オボムコイド標識化担体の除去により、前記核酸センサも、前記オボムコイド標識化担体に結合した状態で除去されることになる。このため、前記オボムコイド標識化担体を除去した画分に対して、ルシフェラーゼの基質を添加して発光反応を行った場合、前記核酸センサが存在していないことから、ルシフェラーゼの触媒反応による発光は生じない。このため、発光の有無によって、試料中の卵由来オボムコイドの有無を分析（定性分析）することができる。また、試料中の卵由来オボムコイドの量と、前記オボムコイド標識化担体を除去した後の前記画分に残存する前記核酸センサの量とは、相関関係を有するため、発光の強弱によって、試料中の卵由来オボムコイドの量も分析（定量分析）することができる。
本発明によれば、前述のように、アレルゲンである卵由来オボムコイドを検出できる。また、本発明によれば、前記アレルゲンである卵由来オボムコイドの検出により、例えば、間接的に、卵または卵白の有無を検出することも可能である。
つぎに、本発明の実施例について説明する。ただし、本発明は、下記実施例により制限されない。市販の試薬は、特に示さない限り、それらのプロトコルに基づいて使用した。
［実施例１］
本発明のアプタマーについて、鶏卵の卵白由来オボムコイドに対する結合性を、ＳＰＲ解析により確認した。
本発明のアプタマーについて、鶏卵の卵白由来オボムコイドに対する結合性を、ＳＰＲ解析により確認した。
（１）アプタマー
下記ポリヌクレオチドのアプタマー１〜３を、実施例のアプタマーとして合成した。下記ポリヌクレオチドの下線部において、「Ｔ」は、全て、天然チミン（Ｔ）に代えて、チミンの５位が置換された５’−トリプタミノカルボニルウラシル（ＴｒｐｄＵ）を有するデオキシリボヌクレオチド残基とし、「Ｃ」は、全て、天然シトシン（Ｃ）に代えて、シトシンの５位が置換された５’−メチルシトシンを有するデオキシリボヌクレオチド残基とした。
下記ポリヌクレオチドのアプタマー１〜３を、実施例のアプタマーとして合成した。下記ポリヌクレオチドの下線部において、「Ｔ」は、全て、天然チミン（Ｔ）に代えて、チミンの５位が置換された５’−トリプタミノカルボニルウラシル（ＴｒｐｄＵ）を有するデオキシリボヌクレオチド残基とし、「Ｃ」は、全て、天然シトシン（Ｃ）に代えて、シトシンの５位が置換された５’−メチルシトシンを有するデオキシリボヌクレオチド残基とした。
アプタマー１：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ１（配列番号１）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
アプタマー２：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２（配列番号２）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
アプタマー３：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３（配列番号３）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
アプタマー２：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２（配列番号２）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
アプタマー３：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３（配列番号３）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCGAATGATTTGCCCGCTACGATATG
アプタマー１〜３の推定二次構造を、それぞれ、図１（Ａ）〜（Ｃ）に示す。ただし、これには限定されない。
前記アプタマーは、その３’末端に、２０塩基長のポリデオキシアデニン（ポリｄＡ）を付加し、ポリｄＡ付加アプタマーとして、後述するＳＰＲに使用した。前記ポリｄＡ付加アプタマーは、９５℃、５分の条件で熱変性させたものを使用した。
（２）試料
鶏卵の卵白由来のオボムコイド（T2011、シグマ社製）を、ＳＢ１Ｔバッファーに懸濁し、一晩溶解させた後、遠心（１２，０００ｒｐｍ、１５分、室温）し分離した。前記分離した上清を、未変性オボムコイドを含む抽出液として得た。これをオボムコイド試料とした。前記ＳＢ１Ｔバッファーの組成は、４０ｍｍｏｌ／Ｌ ＨＥＰＥＳ、１２５ｍｍｏｌ／Ｌ ＮａＣｌ、５ｍｍｏｌ／Ｌ ＫＣｌ、１ｍｍｏｌ／Ｌ ＭｇＣｌ２および０．０１％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０とし、ｐＨは、７．５とした。さらに、前記オボムコイド試料を、９５℃、１０分の条件で加熱処理し、加熱オボムコイド試料とした。
鶏卵の卵白由来のオボムコイド（T2011、シグマ社製）を、ＳＢ１Ｔバッファーに懸濁し、一晩溶解させた後、遠心（１２，０００ｒｐｍ、１５分、室温）し分離した。前記分離した上清を、未変性オボムコイドを含む抽出液として得た。これをオボムコイド試料とした。前記ＳＢ１Ｔバッファーの組成は、４０ｍｍｏｌ／Ｌ ＨＥＰＥＳ、１２５ｍｍｏｌ／Ｌ ＮａＣｌ、５ｍｍｏｌ／Ｌ ＫＣｌ、１ｍｍｏｌ／Ｌ ＭｇＣｌ２および０．０１％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０とし、ｐＨは、７．５とした。さらに、前記オボムコイド試料を、９５℃、１０分の条件で加熱処理し、加熱オボムコイド試料とした。
（３）ＳＰＲによる結合性の解析
結合性の解析には、ProteON XPR36（BioRad社）を、その使用説明書にしたがって使用した。
結合性の解析には、ProteON XPR36（BioRad社）を、その使用説明書にしたがって使用した。
まず、前記ProteON専用のセンサーチップとして、ストレプトアビジンが固定化されたチップ（商品名 ProteOn NLC Sensor Chip、BioRad社）を、前記ProteON XPR36にセットした。前記センサーチップのフローセルに、超純水（ＤＤＷ）を用いて、１０μｍｏｌ／Ｌのビオチン化ポリｄＴをインジェクションし、シグナル強度（ＲＵ：Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ Ｕｎｉｔ）が飽和するまで結合させた。前記ビオチン化ポリｄＴは、２０塩基長のデオキシチミジンの５’末端をビオチン化して調製した。そして、前記チップの前記フローセルに、０．１ｍＭのSodium Dextran sulfate 5000（196-13401、Wako社）を含むＳＢ１Ｔバッファーを用いて、２００ｎｍｏｌ／Ｌの前記ポリｄＡ付加アプタマーを、流速２５μＬ／ｍｉｎで８０秒間インジェクションし、シグナル強度が飽和するまで結合させた。続いて、所定のタンパク質濃度（１００ｐｐｍ）の前記試料を、それぞれ、１ｍＭのSodium Dextran sulfate 5000を含むＳＢ１Ｔバッファーを用いて、流速２５μＬ／ｍｉｎで１２０秒間インジェクションし、引き続き、同じ条件で、１ｍＭのSodium Dextran sulfate 5000を含むＳＢ１Ｔバッファーを流して、洗浄を行った。
これらの結果を図２に示す。図２は、１００ｐｐｍの卵由来オボムコイドに対するアプタマー１〜３の結合性を示すグラフであり、（Ａ）は、アプタマー１、（Ｂ）は、アプタマー２、（Ｃ）は、アプタマー３の結果を示す。横軸は、前記試料のインジェクション開始後の経過時間（秒）を示し、縦軸は、シグナル強度（ＲＵ）を示す。
図２に示すように、アプタマー１〜３は、いずれも、加熱および非加熱の卵由来オボムコイド試料に対して、結合性を示した。
［実施例２］
本発明の小型化アプタマーについて、卵由来オボムコイドに対する結合性を、ＳＰＲ解析により確認した。
本発明の小型化アプタマーについて、卵由来オボムコイドに対する結合性を、ＳＰＲ解析により確認した。
アプタマーとして、下記小型化アプタマー４〜６を使用した以外は、実施例１と同様にして、ＳＰＲによる結合性の解析を行った。
下記ポリヌクレオチドのアプタマー４〜６を、実施例の小型化アプタマーとして合成した。前記アプタマー４〜６は、前記実施例１のアプタマー１〜３（配列番号１〜３）を小型化したアプタマーである。下記ポリヌクレオチドの下線部において、「Ｔ」は、全て、天然チミン（Ｔ）に代えて、チミンの５位が置換された５’−ベンジルアミノカルボニルウラシル（ＢｎｄＵ）を有するデオキシリボヌクレオチド残基とし、「Ｃ」は、全て、天然シトシン（Ｃ）に代えて、シトシンの５位が置換された５’−メチルシトシンを有するデオキシリボヌクレオチド残基とした。
アプタマー４：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ１ｓ６６（配列番号４）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTC
アプタマー５：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２ｓ７６（配列番号５）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGC
アプタマー６：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３ｓ６７（配列番号６）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCG
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACTGGGTTGGCTGTGGTTGGAATGCCGATGTGAAAAGGGGGTC
アプタマー５：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ２ｓ７６（配列番号５）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGGGGTCGACATGCGTGGGGTTGTAAGCATACTTTCTAAGCGAATGATTTGC
アプタマー６：Ｏｖｏ９５Ｃ_７５７ＴＲ９ｍ３ｓ６７（配列番号６）
GGATAGCAGCAGGGACCTCTTATACGCGCTGTGGCTGGATGTTATGTTACCTTTTGCCTAACTCGCG
アプタマー４〜６の推定二次構造を、それぞれ、図３に示す。ただし、これには限定されない。
この結果を図４に示す。図４は、１００ｐｐｍのオボムコイド試料に対するアプタマー４〜６の結合性を示すグラフであり、（Ａ）は、小型化アプタマー４、（Ｂ）は、小型化アプタマー５、（Ｃ）は、小型化アプタマー６の結果を示す。横軸は、前記試料のインジェクション開始後の経過時間（秒）を示し、縦軸は、シグナル強度（ＲＵ）を示す。図４に示すように、アプタマー１〜３を小型化した小型化アプタマー４〜６は、いずれも、加熱および非加熱の卵由来オボムコイド試料に対して、結合性を示した。
以上の結果から、本発明のアプタマーは、卵由来オボムコイドに結合し、それを測定により検出できることがわかった。
［実施例３］
本発明のアプタマーについて、交差反応性を、ＳＰＲ解析により確認した。
本発明のアプタマーについて、交差反応性を、ＳＰＲ解析により確認した。
以下の結合性試験において、前記アプタマーの交差反応の確認のため、以下に示す材料から、それぞれの試料を調製した。卵試料の調製は、鶏卵の全卵を、フードプロセッサで破砕後、ＳＢ１Ｔバッファーに懸濁し、一晩溶解させた後、遠心（１０，０００ｇ、３０分、室温）し分離し、前記分離した上清を、０．８ｍｍのフィルターでろ過し、得られた抽出液を、卵試料とした。さらに、前記卵試料を、９５℃、１０分の条件で加熱処理し、遠心（１２，０００ｒｐｍ、１０分）し分離し、前記分離した上清を、加熱卵試料とした。グルテン試料の調製は、前記オボムコイド試料の調製と同様にして行った。牛乳試料、およびピーナッツ試料は、前記卵試料の調製と同様にして行った。
小麦由来グルテン（073-00575、和光純薬社製）
牛乳（足柄乳業株式会社製）
ピーナッツ（インドカレーの店アールティー社製）
小麦由来グルテン（073-00575、和光純薬社製）
牛乳（足柄乳業株式会社製）
ピーナッツ（インドカレーの店アールティー社製）
アプタマーとして、前記アプタマー２および３を使用し、試料として、前記非加熱卵試料、前記加熱卵試料、前記グルテン試料、前記牛乳試料、および前記ピーナッツ試料を使用した以外は、実施例１と同様にして、ＳＰＲによる結合性の解析を行った。各試料における濃度（１００ｐｐｍ）は、グルテン試料については、タンパク質の濃度を示し、卵試料、牛乳試料、およびピーナッツ試料については、各試料に含まれる全タンパク質の濃度を示す。
これらの結果を図５に示す。図５は、アプタマー２および３の交差反応を示すグラフであり、横軸は、前記試料のインジェクション開始後の経過時間（秒）を示し、縦軸は、シグナル強度（ＲＵ）を示す。
図５（Ａ）に示すように、アプタマー２は、加熱卵試料に対して、結合性を示した。一方、グルテン試料、および牛乳試料に対しては、シグナル強度が１００以下であり、結合性が弱かった。また、図５（Ｂ）に示すように、アプタマー３は、非加熱卵試料に対して、結合性を示した。一方、グルテン試料、牛乳試料、およびピーナッツ試料に対しては、シグナル強度が約１００以下であり、結合性が弱かった。これらの結果から、アプタマー２および３は、卵試料に対して優れた特異性で結合することがわかった。アプタマー２および３は、卵由来オボムコイドに対して選択的に結合するため、卵試料に対する結合性を示したことは、前記卵試料に含まれる卵由来オボムコイドに対して結合性を示したといえる。
［実施例４］
本発明の小型化アプタマーについて、交差反応性を、ＳＰＲ解析により確認した。
本発明の小型化アプタマーについて、交差反応性を、ＳＰＲ解析により確認した。
アプタマーとして、前記小型化アプタマー４〜６を使用した以外は、実施例３と同様にして、ＳＰＲによる結合性の解析を行った。
この結果を図６に示す。図６は、小型化アプタマー４〜６の交差反応を示すグラフであり、（Ａ）は、小型化アプタマー４、（Ｂ）は、小型化アプタマー５、（Ｃ）は、小型化アプタマー６の結果を示す。横軸は、前記試料のインジェクション開始後の経過時間（秒）を示し、縦軸は、シグナル強度（ＲＵ）を示す。
図６（Ａ）に示すように、アプタマー１を小型化した小型化アプタマー４は、加熱および非加熱卵試料に対して、高い結合性を示した。一方、グルテン試料、および牛乳試料に対しては、シグナル強度が１０以下であり、結合性が弱かった。また、図６（Ｂ）に示すように、アプタマー２を小型化した小型化アプタマー５は、加熱卵試料に対して、高い結合性を示した。一方、グルテン試料、牛乳試料、およびピーナッツ試料に対しては、シグナル強度が４０以下であり、結合性が弱かった。さらに、図６（Ｃ）に示すように、アプタマー３を小型化した小型化アプタマー６は、非加熱卵試料に対して、高い結合性を示した。一方、グルテン試料、牛乳試料、およびピーナッツ試料に対しては、いずれも、シグナル強度が６０以下であり、結合性が弱かった。これらの結果から、小型化アプタマー４〜６は、卵由来オボムコイドに対して優れた特異性で結合することがわかった。小型化アプタマー４〜６は、卵由来オボムコイドに対して選択的に結合するため、卵試料に対する結合性を示したことは、前記卵試料に含まれる卵由来オボムコイドに対して結合性を示したといえる。
以上の結果から、本発明のアプタマーは、卵由来オボムコイドに特異的に結合し、それを測定により検出できることがわかった。
以上、実施形態および実施例を参照して本願発明を説明したが、本願発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本願発明の構成や詳細には、本願発明のスコープ内で当業者が理解しうる様々な変更をできる。
本発明の核酸分子は、卵由来オボムコイドに結合可能である。このため、本発明の核酸分子によれば、試料中のアレルゲンとの結合の有無によって、卵由来オボムコイドを検出できる。このため、本発明の核酸分子は、例えば、食品製造、食品管理、食品の流通等の分野において、例えば、卵に由来するアレルゲンの検出に、極めて有用なツールといえる。
Claims (15)
- 下記（ａ）または（ｂ）のいずれか一方のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする、卵由来オボムコイドに結合する核酸分子。
（ａ）配列番号１〜３のいずれかの塩基配列または配列番号１〜３のいずれかの塩基配列の部分配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）前記（ａ）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、卵由来オボムコイドに結合するポリヌクレオチド - 前記配列番号１〜３の塩基配列の部分配列が、それぞれ、配列番号４〜６の塩基配列である、請求項１記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、少なくとも１個のチミンが、修飾塩基であり、前記チミンの修飾塩基が、修飾チミンおよび修飾ウラシルの少なくとも一方である、請求項１または２記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、チミンの全塩基数のうち、２０分の１以上が、修飾塩基であり、前記チミンの修飾塩基が、修飾チミンおよび修飾ウラシルの少なくとも一方である、請求項１から３のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、全チミンが、修飾塩基であり、前記チミンの修飾塩基が、修飾チミンおよび修飾ウラシルの少なくとも一方である、請求項１から４のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、少なくとも１個のシトシンが、修飾塩基である、請求項１から５のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、シトシンの全塩基数のうち、２０分の１以上が、修飾塩基である、請求項１から６のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドにおいて、全シトシンが、修飾塩基である、請求項１から７のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記ポリヌクレオチドが、ＤＮＡである、請求項１から８のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 請求項１から９のいずれか一項に記載の核酸分子を含むことを特徴とする、卵由来オボムコイドの検出試薬。
- さらに、標識物質を有し、
前記標識物質が、前記核酸分子に結合されている、請求項１０記載の検出試薬。 - 前記標識物質が、酵素である、請求項１１記載の検出試薬。
- 前記酵素が、ルシフェラーゼである、請求項１２記載の検出試薬。
- 請求項１から９のいずれか一項に記載の核酸分子、または請求項１０から１３のいずれか一項に記載の検出試薬と、試料とを接触させ、前記試料中の卵由来オボムコイドと、前記核酸分子または前記検出試薬との複合体を形成させる工程、および、
前記複合体を検出する工程を含むことを特徴とする、卵由来オボムコイドの検出方法。 - 前記検出が、定性分析または定量分析である、請求項１４記載の検出方法。
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| KR102759471B1 (ko) | 2021-02-05 | 2025-01-22 | 중앙대학교 산학협력단 | 오보뮤코이드에 특이적으로 결합하는 펩타이드 및 이의 용도 |
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