JP2007527995A - 分子上のエピトープの免疫検出のための試薬、キット及び方法 - Google Patents

Abstract

サンプル中の選択されたエピトープを発現する分子を検出するか及び／又は定量する方法が開示される。細胞溶解物の中の蛋白質をプロファイルする方法も開示される。サンプル中の選択されたエピトープを発現する分子を検出するか及び／又は定量するためのキット及び細胞溶解物の中の蛋白質をプロファイルするためのキットも開示される。

Description

発明の分野
本発明は、増幅産物が蛍光染料により染色されてそれによるＲＮＡ増幅の応用においての使用に適している、核酸鋳型に連結された抗体を用いて分子上のエピトープを検出することによりそれを検出及び提要する方法に関する。発明は、さらに、上記方法を実施するために有用な試薬及びキットに関する。
発明の背景
この出願は、引用により本明細書に編入される、２００４年２月２０日に出願された米国仮出願連続番号６０／５４６，２２５に対して優先権を主張する。この出願は、各々が引用により本明細書に編入される、２００１年１０月１５日に出願された米国特許０９／９７７，７１６、２００１年２月１５日に出願された米国特許０９／９８３，８９６、及び２０００年７月２５日に出願された米国特許出願連続番号０９／６２４，９４６に関連する。

蛋白質の検出及び定量のための伝統の方法論は、二次元電気泳動、質量分光分析及び抗体結合を含む。各方法論は、相対的に大量の組織から蛋白質のレベルを測定するために使用されたが、各々は感度の欠如をこうむる。

低富裕性抗原及びそれらの修飾物の検出は、体内の細胞事象のため並びに感染及びその他の病理状態の臨床診断のために必須の多数の制御蛋白質の機能を理解するための鍵である。免疫学上抗原を検出するときの限界は、抗原の濃度と抗体の親和性に関する。一般に、高い親和性のモノクローナル抗体は低濃度において抗原を検出することができる。しかしながら、検出において抗体を使用する場合の感度は、結合した抗体の検出により制限される。稀な相互作用の結合シグナルの増幅が直線の一貫した様式において生成できるなら、検出に対する障壁は克服され得る。

ＥＬＩＳＡタイプのアッセイに関する検出限界は、０．１−５０ｎｇ／ｍｌであり、抗体の親和性、特に移用される捕捉抗体の親和性に依存する。「サンドイッチ」又は二カ所ＥＬＩＳＡアッセイにおいては、抗原を捕捉するための高親和性抗体の使用が高感度に相関する（Ｐｏｒｓｔｍａｎｎ，Ｔ．＆Ｋｉｅｓｓｉｇ，Ｓ．Ｔ．Ｅｎｚｙｍｅ ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．Ａｎ ｏｖｅｒｖｉｅｗ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．１５０，５−２１（１９９２））。検出用抗体は、ときに、感度を増幅するために、酵素、通常はペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼにコンジュゲートされる。発色生成物を蛍光原基質で置き換えることで、１桁の規模を超えない程度、ほんのわずかにアッセイ感度を改善する（Ｐｏｒｓｔｍａｎｎ，Ｂ．，Ｐｏｒｓｔｍａｎｎ，Ｔ．，Ｎｕｇｅｌ，Ｅ．＆ Ｅｖｅｒｓ，Ｕ．Ｗｈｉｃｈ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｍｍｏｎｌｙ ｕｓｅｄ ｍａｒｋｅｒ ｅｎｚｙｍｅｓ ｇｉｖｅｓ ｔｈｅ ｂｅｓｔ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎ ｃｏｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ ａｎｄ ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｒｉｃ ｅｎｚｙｍｅ ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ：ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ ｐｅｒｏｋｉｓｉｄａｓｅ，ａｌｋａｌｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ ｏｒ ｂｅｔａ−ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ？ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．７９，２７−３７）。さらに、増加したバックグラウンドは、一般に、ペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼ並びに他の直鎖状酵素を用いるＥＬＩＳＡアッセイの感度に付随する。

蛋白質、脂質、糖及び代謝物レベル及びそれらの修飾物を監視する能力の改善は、細胞生物学及び医学において求められている。これらの分子を検出する感度を改善するために、様々な技術が用いられた。検出方法の最近の例は、免疫−ＰＣＲ，ＲＣＡ及び免疫−ａＲＮＡを含む。

免疫−ＰＣＲ（米国特許５，６６５，５３９，引用により本明細書に編入される）は、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）技術と慣用の検出方法を組み合わせることにより蛋白質を検出する感度を増加させる。しかしながら、免疫−ＰＣＲの主要な限界は、ＰＣＲ反応の非直線増幅能力であり、この技術を定量性検出法にとどめさせる。即ち、この方法は、シグナルの量と存在する蛋白質の量の間の直接的相関を提供しない。

相対的に恒温の回転循環ＤＮＡ増幅技術（ＲＣＡ；Ｓｃｈｗｉｅｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７，１０１１３，２０００，引用により本明細書に編入される）は、この技術が免疫−ＰＣＲに付随した定量の問題のいくつかを克服するように、免疫−ＰＣＲを超える改善を提供する。回転循環増幅（ＲＣＡ）は免疫ＲＣＡとも呼ばれてきた。増幅されたシグナル（一本鎖ＤＮＡ）は、抗原−抗体複合体と共にある。免疫ＲＣＡは蛋白質マイクロアレイに関しての興味を引くアプローチである。フェムトモラー感度は免疫ＲＣＡアプローチに関して記載されたが、免疫ＲＣＡにより研究されたサイトカインの現実の検出感度は１〜１０００ｐｇ／ｍｌの範囲であり、既に利用可能なＥＬＩＳＡ検出に匹敵するレベルであった。

Ｔａｎｎｏｕｓ ｅｔ ａｌ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓａｒｃｈ．３０，ｅ１４０（２００２））は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを用いた抗原定量系を報告した。それらの系においては、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを検出抗体と複合体形成させ、そしてＤＮＡ鋳型が増幅のために供給された。増幅されたＲＮＡはＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ又はルシフェラーゼの何れかをコードしたため、次に、インビトロ翻訳系を用いて酵素を生産し、そして最終酵素活性が最初の抗原濃度を反映した。

引用により本明細書に編入される米国特許５，９２２，５５３は、免疫−ａＲＮＡと呼ばれる技術により選択された蛋白質のレベルを定量する方法を開示する。この方法においては、選択された蛋白質に対する１次抗体を固相支持体に固定化する。当該支持体を次に選択された蛋白質に接触させることにより、選択された蛋白質が１次抗体に固定化される。固相支持体を、次に、選択された蛋白質を標的とする２次抗体に共有結合されたＲＮＡプロモーター−推進性ｃＤＮＡ配列に接触させることにより、２次抗体が、結合した選択された蛋白質に結合する。選択された蛋白質の量は、増幅されたＲＮＡ技術により結合した１次抗体に共有結合されたプロモーター推進ｃＤＮＡ配列のレベルを定量することにより測定される。好ましい態様においては、Ｔ７プロモーター推進ｃＤＮＡ配列を２次抗体に共有結合させる。従って、目的の抗原は、プレートに結合された抗体により捕捉されて、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ酵素の結合に適合させた二重鎖オリゴヌクレオチドと直接結合された抗体により検出される。抗原の最初の濃度は、電気泳動後のＲＮＡ種のオートラジオグラフにより測定される。検出感度はＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ増幅と放射性アイソトープの使用の組み合わせのために高いが、顕著な欠点も有する。増幅産物（ＲＮＡ）の放射性アイソトープによる標識及びＲＮＡ種の電気泳動による分離は、広範囲の用途を排除する、長々しく、時に困難な一連の工程を創製する。共有グルタルアルデヒド結合条件は本質的に可変性であり、抗体の親和性と機能に対して予測不可能な効果を有する。

単鎖断片並びに環外ペプチドに基づく相補性決定領域（ＣＤＲ）サブユニットは、この免疫−ａＲＮＡ技術において有用であることがわかった。さらに、ＰＣＲ並びに増幅されたＲＮＡ技術を用いて、結合した単鎖断片又はＣＤＲサブユニットに共有結合されたプロモーター推進ｃＤＮＡ配列を定量することができる。小さな抗体結合ユニットと既存の大きな単鎖又は環外ペプチドライブラリーと結合された断片の使用及びロボットによる補助の使用は、この方法を、医学の目的及び研究目的の両方に関して広く有用にさせる。さらに、単一の第３の検出器種（ｄｅｔｅｃｔｏｒ ｓｐｅｃｉｅｓ）を二重鎖ＤＮＡと結合させて、単鎖Ｆｖ又はＣＤＲｓの何れかに結合できるため、検出を均一且つ単純にさせる。
発明の概要
本発明は、サンプル中の選択されたエピトープを発現する分子を検出及び／又は定量するための方法に関する。当該方法は、サンプル中の選択されたエピトープを発現する分子を固相支持体に固定化することを含む。固相支持体を上記の選択されたエピトープに特異的に結合する分子、ストレプトアビジン及びビオチン化オリゴヌクレオチドに接触させる。選択されたエピトープに特異的に結合する分子は、ビオチン化されたモノクローナル抗体、ビオチン化されたＦＡｂ、ビオチン化されたＦ（Ａｂ）_２、ビオチン化されたヒト化又はキメラ抗体、好ましくはヒトＦｃを含み、ビオチン化された抗体、ビオチン化されたＦＡｂ、ビオチン化されたＦ（Ａｂ）_２、ビオチン化された単鎖Ｆｖ、ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ビオチン化されたＣＤＲ模倣物、ビオチン化された操作されたＣＤＲ構造、ユニバーサルエピトープを含む抗体、ユニバーサルエピトープを含むＦＡｂ、ユニバーサルエピトープを含むＦ（Ａｂ）_２、ユニバーサルエピトープを含む単鎖Ｆｖ、ユニバーサルエピトープを含むＣＤＲ模倣物、又はユニバーサルエピトープを含む操作されたＣＤＲ構造であってよい。選択されたに特異的に結合する分子がユニバーサルエピトープを含むのなら、固相支持体をさらにユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子に接触させる。ユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子は、ビオチン化抗体、ビオチン化ＦＡｂ、ビオチン化Ｆ（Ａｂ）_２、ビオチン化ヒト化又はキメラ抗体であって好ましくはヒト化抗体を含み、ビオチン化単鎖Ｆｖ、ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ビオチン化ＣＤＲ模倣物、又はビオチン化された操作されたＣＤＲ構造である。ビオチン化されているなら、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドに結合するストレプトアビジンに結合する。ユニバーサルエピトープを含むなら、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドに結合するストレプトアビジンがユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子に結合する。次に、ＲＮＡ増幅産物を生産するための鋳型としてオリゴヌクレオチドを用いて、ＲＮＡ増幅を実施する。ＲＮＡ増幅産物を、ＲＮＡ増幅産物を染色する染料に接触させ、そして染色されたＲＮＡ増幅産物から放射される蛍光を検出するか又は定量する。いくつかの好ましい態様において、当該オリゴヌクレオチドは少なくとも５００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである。いくつかの好ましい態様において、当該オリゴヌクレオチドはＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む。好ましくは、当該オリゴヌクレオチドはＴ７ ＲＮＡプライマーとＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む。

本発明の別の側面は、細胞溶解物中の蛋白質をプロファイリングする方法を提供する。当該方法は、別々のエピトープに結合する分子の混合物に溶解物を接触させることを含む。別々の分子を別々のオリゴヌクレオチドに結合させる。ＲＮＡ増幅において使用する場合は、存在する別々のオリゴヌクレオチドは、溶解物の中に存在する分子上の別々の分子に相当する存在し、溶解物のプロファイルを決定するために識別可能な別々のＲＮＡ増幅産物を生じる。

本発明は、発明の方法を実施するためのキットを提供する。当該キットは上記方法を実施するために必要な様々な試薬を含む。
発明の詳細な説明
本発明は、特定のエピトープ及び試薬を含む分子のレベルを検出及び／又は定量するための改良方法、これらの改良方法を実施するための系及び試薬に関する。発明のいくつかの側面によれば、ＲＮＡ増幅プロトコルにおいて鋳型として使用される核酸分子は、少なくとも５００ｂｐを含む。発明のいくつかの側面によれば、ＲＮＡ増幅プロトコルにおいて鋳型として使用される核酸分子は、５’末端にＴ７プロモーター及び３’末端にＴ７終結配列を含む。発明のいくつかの側面によれば、ＲＮＡ増幅プロトコルにおいて鋳型として使用される核酸分子はビオチン化されており、鋳型に連結されている、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造である。２つのビオチン化成分の連結はストレプトアビジンブリッジにより達成される。

発明によれば、検出される特定のエピトープを含む分子は、固相支持体又は表面に固定化されるのが好ましい。いくつかの態様においては、検出されるエピトープ以外の部位において分子に結合するアンカーの使用により上記分子が固定化される。そのような態様においては、アンカーを固相支持体に固定する。いくつかの態様において、アンカーは、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造である。いくつかの態様において、固相支持体は、ガラススライド、チップ、試験管又はマルチタイタープレート、例えば９６又は３８４ウエルプレートもウエルである。好ましい態様においては、エピトープアンカーを表面上の示されたスポットに結合させる。例えば、表面はチップを含んでよく、エピトープアンカーをチップ上の示されたスポットに結合させる。一つの態様において、エピトープアンカーを表面又はプレートに、ピペッター又は単一の部位への塗布を許容する類似のデバイスの助けを借りて被覆する。結合したエピトープアンカーを有する表面を、次に、選択されたエピトープを発現する分子を含む疑いのあるサンプルと、当該分子がエピトープアンカーに結合するように、接触させる。別の態様においては、エピトープアンカーを使用せずに当該分子を表面に直接付着させる。

いくつかの態様において、上記分子は、蛋白質、糖質、又はグリコシル化された蛋白質である。本発明の方法によりアッセイ可能なサンプルの例は、限定ではないが、細胞及び生物の流体、例えば血清を含む個々の溶液を含む。

発明によれば、検出される特定のエピトープを含む分子は、エピトープ検出器を用いて検出されるのが好ましい。いくつかの態様において、エピトープ検出器は、ＲＮＡ増幅鋳型として作用する核酸分子に連結された、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造である。いくつかの態様において、エピトープ検出器は、上記エピトープを含む分子に結合する、一次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造、及びＲＮＡ増幅鋳型として作用する核酸分子に連結された一次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造に結合する二次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造である。いくつかの態様において、上記エピトープを含む分子に結合する、一次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造は、二次抗体、好ましくは普遍的（ｇｅｎｅｒａｌ）エピトープ又はユニバーサルエピトープにより認識されるエピトープを含む。本発明の好ましい態様において、普遍的エピトープ又はユニバーサルエピトープは、ヘマグルチニンタグ又はポリヒスチジンタグである。普遍的エピトープ又はユニバーサルエピトープの例は、ポリ−Ｈｉｓ−タグ、例えば、蛋白質の生成のためにデザインされたものである。いくつかの態様において、一次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造に結合する二次抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ抗体断片、ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造は、ビオチン化されており、そしてストレプトアビジンブリッジによりＲＮＡ増幅鋳型として作用するビオチン化核酸分子に連結される。

抗体は、好ましくは分子上の特定のエピトープに結合するモノクローナル抗体である。そのようなモノクローナル抗体は日常的に作成できる。いくつかの態様において、抗体は、ヒト化抗体又はキメラ抗体である。

あるいは、結合活性を有する抗体断片、ｓｃＦｖ又はＣＤＲペプチドを用いてこの技術において抗体を置き換えることができる。エピトープ選択のためのＦｖ断片は、組換えＤＮＡ技術の使用により細胞内又は微生物上で生産することができる。例えば、Ｓｋｅｒｒａ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｍ（Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８８ ２４０：１０３８−１０４４）は、エシェリヒアコリにおける機能性Ｆｖ断片の生産のための発現系を記載する。

抗体の軽鎖又は重鎖の可変ドメインのみをコードするＤＮＡ配列を有するオペロンを有する真核発現ベクターにより真核宿主細胞においてＦｖ断片を生産する方法も記載された（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９８８ ２０３：８２５−８２８）。完全に機能するＦｖ断片が培養上清にて生産されるように、Ｆｖ断片の鎖は宿主細胞から分泌されて正確に集合する。加えて、当該ＤＮＡ配列は、アミノ末端エンドがオリゴヌクレオチドの共有結合に適した表面を有する一つ又は複数の残基を発現するように、その５’エンドに向かって変更されてよい。加えて、システイン残基が各可変ドメインのＣ末端エンドに向かって生産されて、ダイマー中で可変ドメインがジスルフィド結合により一緒になって結合するようになることを許容するように、３’末端エンドが変更されてよい。これは、Ｆｖ断片の集合をも促進するかもしれない。あるいは、第１可変ドメインをコードする第１ＤＮＡ配列及び第２可変ドメインをコードする第２ＤＮＡ配列を有するベクターを用いてＦｖ断片が安定化されてよく、第１配列と第２配列は連結ペプチド配列をコードする第３ＤＮＡ配列により連結される。この場合、連結ペプチド配列は、機能性単鎖Ｆｖへの２つのポリペプチドのフォールディングを許容するのに十分長くて柔軟である。好ましくは、宿主細胞が骨髄腫細胞系であって、形質転換前には、完全な抗体又は軽鎖を分泌しない。そのような細胞系はよく知られており広く利用可能である（Ｒｅｉｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９８８ ２０３：８２５−８２８）。

あらゆるハプテン又は化学化合物に対するランダムファージ技術もＦｖｓを分泌させるのに使用することができる（Ｈａｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａ．Ｌｔｄ．（欧州）、ワットフォード、大英帝国）。

ＣＤＲ技術はよく知られており、米国特許５，３３４，７０２、米国特許５，６６３，１４４、及び米国特許５，９１９，７６４において記載されており、引用により本明細書に編入される。抗体分子は、相補決定領域（ＣＤＲｓ）と呼ばれる６つの可変ループによりそれらの抗原に結合する。重鎖からのＣＤＲ３はその特異性にしばしば媒介する。制約されたＣＤＲ模倣物のデザインのための一般的方法論は、Ｗｉｌｌｉａｍｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １９８９ ８６：５５３７−５５４１）、Ｓａｒｇｏｖｅら（Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９１ ２５３：７９２−７９５）及びＭｕｒａｌｉら（Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．１９９８ １７：１６３−１６９）により記載される。通常、ＣＤＲｓは、環状になるように制約されて芳香族残基により修飾された６から１５マーのペプチドを含む。ＣＤＲ模倣物は小さな分子であって（約１ｋＤａ）、特異性、親和性及び生物学的な活性に関してそれらの親抗体を模倣することができる。ＣＤＲ模倣物の環状形態は約５から１３の制約されたアミノ酸を含む。

本発明のためには、ＣＤＲを含むエピトープ検出器又はエピトープアンカーが、ＣＤＲ又はＣＤＲ模倣物から本質的になってよい。あるいは、エピトープ検出器又はエピトープアンカーが、ヒト化抗体フレームワークに再挿入されるか又はＦｃに付着される結合として規定されたＣＤＲ又はＣＤＲ模倣物を含んでよい。ＣＤＲｓ又はＣＤＲ模倣物は、ヒト化抗体フレームワークに再挿入されるか又はＦｃに付着される。ヒト化抗体フレームワークに再挿入されるか又はＦｃに付着されるＣＤＲｓ又はＣＤＲ模倣物は、本明細書において、操作されたＣＤＲ構造とも呼ばれる。しかしながら、この開示を読んだ当業者には理解されるとおり、用語「操作されたＣＤＲ構造」は、ＣＤＲ又はＣＤＲ模倣物が挿入されるあらゆる蛋白質をも包含する。そのような蛋白質の例は、限定ではないが、イムノグロブリンファミリーのメンバー、ミニボディ又は小抗体様分子、又はＣＤＲを抗原結合表面として機能するようにするあらゆる他のネットワークを含む。

ＣＤＲｓ、ＣＤＲ模倣物及び操作されたＣＤＲ構造の本発明における使用のためのデザインにおける重要な工程は、活性に重要な残基の描写である。これは、最初に別々の長さのオリジナルの抗体又は受容体又はリガンドの生物活性ドメインからアナログのセットを合成し、そして完全活性及び部分活性に関して最小の鎖の長さを立証することにより、一般には達成される。最小の鎖の長さが立証されたなら、各側鎖を系統的に変化させることにより、各位置における電荷、立体容積、疎水性、芳香性及びキラル性の重要性を決定することができる。大きなアナログセットの特性の評価の後で、結合に関与する官能基（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｒｏｕｐｓ）とコンフォメーションの特徴を同定することができる。別のコンフォメーショナル上制約されたアナログが次に開発できる。ペプチドを制約するための様々な手段が開発されている。

一つの手段は、コンフォメーショナル上制約されたアミノ酸を導入することを含む。Ｈｒｕｂｙ（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．１９８２ ３１：１８９−１９９）は、多数のアミノ酸とビルトインコンフォメーショナル制約物を伴うジペプチド誘導体の合成、並びにそれらの生物学上活性なペプチドへの取り込みを記載する。Ｐｒａｓａｄら（Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ １９９５ ３５：１１−２０）も、ジアルキルアミノ酸を生産するためにα−炭素の水素原子をメチル基により置換することによりアミノ酸ユニットを制約する方法を記載する。米国特許６，０２２，５２３は、Ｃ−α及びＣ−β原子に二重結合を導入することによりアミノ酸のコンフォメーショナルな自由度を制限する方法を記載する。

ペプチドを制約するための別の方法は、共有架橋結合の導入を含む。共有架橋結合の導入によるペプチドバックボーンの制約は、非通常のアミノ酸の取り込みよりも劇的な効果を提供する。マクロ環状化は、しばしば、ペプチドＮ末端とＣ末端の間、側鎖とＮ又はＣ末端の間、又は２つの側鎖間でアミド結合を形成することにより達成される。第１ジェネレーションのジアルコキシ−ベンジル結合剤である４−ヒドロキシメチル−３−メトキシフェノキシ酢酸により誘導されたポリスチレン樹脂上でＦｍｏｃ／ｔ−ブチル固相手法により合成された側鎖保護されたペプチドのヘッドトゥーテイル環状化が、Ｓｈｅｐｐａｒｄ，Ｒ．Ｃ．（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｒｅｓ．１９８２ ２０：４５１−４５４）により記載された。加えて、類似の結合剤、４−（４−ヒドロキシメチル−３−メトキシフェノキシ）−ブチル酸（ＨＡＭＡ）が、最近、これらの酸性高感受性のリンカーによるペプチドの断片濃縮及び固相合成において用いられた（Ｉｎ Ｐｅｐｔｉｄｅ，Ｅ．Ｇｉｒａｌｔ ａｎｄ Ｄ．Ａｎｄｒｅｕ編纂、ＥＳＣＯＭ，Ｌｅｉｄｅｎ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ １９９１，１３１−１３３）。Ｓｃｈｉｌｌｅｒにより記載されたエンケファリンアナログは、Ｄ−ｌｙｓ残基のｅ−アミノ基のＬｅｕのＣ末端バックボーンのカルボキシレート基への付着が高い潜在性並びに顕著なμ受容体選択性を有する環状の１６員環アナログを生成する、側鎖のバックボーン共有環状化の例を提供する（Ｓｃｈｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐ．Ｐｒｏｔ．Ｒｅｓ．１９８５；２５：１７１−１７７）。ＢＯＰ−試薬とカルボジイミド／１−ヒドロキシ−ベンゾトリアゾルの組み合わせも、環状ペプチドの形成において有用であることが報告された（Ｆｅｌｉｘ，Ａ．Ｍ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐ．Ｐｒｏｔ．Ｒｅｓ．１９８８ ３１：２３１−２３８）。Ｄｅｇｒａｄｏらも、ｍ−アミノメチル安息香酸をリンカーとして用いたＧＰ ＩＩｂ／ＩＩＩａ複合体の生物学上活性な環状化されたペプチドアナログを開発した（米国特許６，０２２，５２３）。

特定の位置におけるシステインの導入による酸化により、ジスルフィドを形成することもできる。例えば、Ｒｏｍａｎｉ，Ｓ．（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐ．Ｐｒｏｔ．Ｒｅｓ．１９８７ ２９：１０７−１１７）は、アゾジカルボキシル酸のジ第三ブチル酸アスターの助けを借りて非対称性ジスルフィドを構築することができる。Ｐｌｏｕｘ，Ｏ．（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐ．Ｐｒｏｔ．Ｒｅｓ．１９８７ ２９：１６２−１６９）も、３Ｓ−３−ニトロ−２−ピリジンスルフェニル基のチオール置換による非対称性ジスルフィドの形成のための方法を記載する。

好ましい態様において、本発明において使用されるオリゴヌクレオチドは、二重鎖であって、Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼを用いて増幅できるようにＴ７プロモーターにより推進されるｃＤＮＡ配列を含む。この態様において、二重鎖ｃＤＮＡはＴ７のＲＮＡポリスチレン転写のための鋳型としての使用のために合成される。Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼはそのプロモーター部位が二重鎖であることを要求する。好ましい態様において、当該オリゴヌクレオチドは、Ｔ７プロモーターとＴ７終結配列を含む。

好ましい態様において、当該オリゴヌクレオチドは、少なくとも５０、好ましくは少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、より好ましくは少なくとも３００、より好ましくは少なくとも４００、より好ましくは少なくとも５００、そしてより好ましくは少なくとも６００塩基対の長さである。

一つの態様において、オリゴヌクレオチドが付着する抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ又はＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造上の部位は、化学物質、例えばヘテロダイマーカップリング剤からなるリンカー又は他のリンカーの付着を許容する一連の残基を含む。これらの残基は、リンカーの付着のための均一な結合部位を提供する。当該リンカーは、この部位に付着し、そしてまた、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ又はＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造にオリゴヌクレオチドを連結する。オリゴヌクレオチドは未修飾でも修飾されていてもよい。例えば、エピトープ発現分子の迅速なセミ定量評価を許容する、混合物中へのビーコン又は蛍光標識されたオリゴヌクレオチドの取り込みにより、増幅されたオリゴヌクレオチドの存在が増強され得る（Ｔｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０００ ６：１１０７−１１１１；Ｌｅｏｎｅ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９８ ２６（９）：２１５０−２１５５）。

別の態様において、エピトープ検出器のオリゴヌクレオチドがビオチンにカップリングされ、そしてモノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ヒトＦｃを伴うか又は伴わないキメラ抗体、単鎖Ｆｖ又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造がストレプトアビジンにカップリングされ、そしてモノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ヒトＦｃを伴うか又は伴わないキメラ抗体、単鎖Ｆｖ又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造へのオリゴヌクレオチドの付着は、ビオチンのストレプトアビジンに対する複合体形成により起こる。いくつかの態様によれば、エピトープ検出器のオリゴヌクレオチドがビオチンにカップリングされ、そしてモノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ヒトＦｃを伴うか又は伴わないキメラ抗体、単鎖Ｆｖ又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造がビオチンにカップリングされ、そしてオリゴヌクレオチドと、モノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ヒトＦｃを伴うか又は伴わないキメラ抗体、単鎖Ｆｖ又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造が各ビオチンのストレプトアビジンへの相互作用により互いに連結され、それにより、オリゴヌクレオチドを、モノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，好ましくはヒトＦｃを伴うか又は伴わないキメラ抗体、単鎖Ｆｖ又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造に付着させる。

いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、５’と３’の両エンドにてビオチン化されて、ストレプトアビジンと接触したときに、エピトープ検出器への結合に加えて、２つ又はそれより多いオリゴヌクレオチドが互いに結合してよい。

結合したエピトープ検出器は、慣用のＰＣＲ又はａＲＮＡ技術による増幅のような方法により定量されてよい。使用される検出方法が免疫ａＲＮＡなら、二重鎖ｃＤＮＡをエピトープ検出器において用いるのが好ましい。この態様においては、ａＲＮＡを、ポリメラーゼ、未標識リボヌクレオチド、及び蛍光標識されたリボヌクレオチドを用いて固相上で転写する。本発明のための「ポリメラーゼ」は、特定のプロモーターを認識するポリメラーゼを意味する。本発明において有用なポリメラーゼの例は、限定ではないが、Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ３のＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６のＲＮＡポリメラーゼ、２９ポリメラーゼ及びＴａｑポリメラーゼを含む。別の態様においては、感度を増加させるための逆転写酵素又は複製酵素によるさらなる増幅のための鋳型として、増幅された産物が作用し得る。

選択されたエピトープに結合する分子は、オリゴヌクレオチドに対して非共有結合される。いくつかの態様において、選択されたエピトープに結合するビオチン化された分子を、ストレプトアビジン、及びビオチン化オリゴヌクレオチドと共に同時に加えてよい。いくつかの態様において、試薬は予め混合される。いくつかの態様において、試薬はシグナルを増強するために繰り返し加えられる。いくつかの態様において、過剰のストレプトアビジン及びビオチン化オリゴヌクレオチドは、選択されたエピトープに結合するビオチン化分子あたり一つより多いビオチン化オリゴヌクレオチドを連結するのに十分な量にて提供され、それによりシグナルを増強する。

様々な手段が上記エピトープ検出器の増幅産物の検出のために利用可能である。一つの態様において、上記核酸配列は検出可能に標識され、例えば、放射性標識又は蛍光標識を用いる。好ましい態様において、核酸配列は標識されないで、どちらかと言えば、蛍光染料により染色される。他の方法、例えば、ゲル電気泳動、高速液体クロマトグラフィー、ハイブリダイゼーションアッセイ、免疫組織化学アッセイ及び／又は特異的結合蛋白質アッセイを検出に使用することもできる。加えて、配列特異的プローブとのハイブリダイゼーションにより、ＲＮＡ増幅産物の濃度を測定してよい。そのようなプローブは蛍光オリゴであるか又は蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）に基づく分子ビーコンであり得る。

本発明の方法は、医学の目的と研究の目的の両方に広く適用可能である。
本発明における検出のための好ましい手段は、蛍光染料により染色することを含む。この態様においては、ポリメラーゼ、例えば、Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ３のＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６のＲＮＡポリメラーゼ、２９ポリメラーゼ又はＴａｑポリメラーゼによるＲＮＡ増幅の後に、反応混合物の一部を、蛍光染料、例えば、溶液中で直接ＲＮＡに結合して次に蛍光シグナルを放出する非対称性シアニン染料であるＲｉｏＧｒｅｅｎ試薬（モリキュラープローブス社）（米国特許５，４３６，１３４）と混合することができる。この方法において有用な類似の特性を備えた他の蛍光染料の例は、限定ではないが、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ，ＴＯＴＯ−１又はＹＯＹＯ−１を含む。反応はマイクロプレート中で実施するのが好ましく、蛍光はＳｐｅｃｔｒａ Ｆｌｕｏｒａのようなフルオリメーターを用いてＲＮＡ溶液とＲｉｂｏＧｒｅｅｎ染料の混合の５分から１５分後に読む。蛍光の読みは５３５ｎｍにおいて回収される。

本発明のいくつかの方法において、選択されたエピトープに対するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに対するＦＡｂ、選択されたエピトープに対するＦ（Ａｂ）_２、選択されたエピトープに対するヒト化された抗体か又はキメラ抗体、選択されたエピトープに関する単鎖Ｆｖ、又は制約されたエピトープに特異的なＣＤＲｓ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造の何れかを含むエピトープ検出器を別々の長さのオリゴヌクレオチドとコンジュゲートして含む混合物を、単一の反応において用いることにより、自動化配列決定によって細胞溶解物中の蛋白質のプロファイルを提供することができる。この方法においては、増幅及び増幅産物の蛍光染料による染色の後に、反応混合物を電気泳動により分離し、そしてＲＮＡ産物のサイズを蛍光染料又はプローブにより可視化する。さらに、特異的プローブが反応混合物とハイブリダイズすることができて対応する抗原の存在及び富裕さを明らかにするように、別々のエピトープに特異的な別々の分子に連結された別々のオリゴヌクレオチドを別々の配列と共に提供してよい。

ビオチン化オリゴヌクレオチドに非共有連結されたビオチン化検出用抗体（又は抗体断片、ＣＤＲ，ファージ抗体）を用いて、発明の方法は、限定ではないが、蛋白質、翻訳後修飾（リン酸化、ユビキチン化、等）、糖質等を含む、抗体により認識されるあらゆる種類の抗原を検出することができる。あるいは、当該方法は、ビオチン化蛋白質、ペプチド、有機構造等を用いることにより相互作用のパートナーを検出するために使用できる。ビオチン化分子対非標識分子を用いることにより、標的分子の定量のための競合結合アッセイにも、当該方法を適用することができる。

本発明は、免疫ＰＣＲ技術の非定量性の性質についての心配ごとを排除し、そしてプロテオミクスの分野における莫大な可能性を提供する感度の良い検出方法を提供する。特定のプロモーターを認識するポリメラーゼ、例えばＴ７のＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ３のＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６のＲＮＡポリメラーゼ、２９のポリメラーゼ又はＴａｑポリメラーゼ、並びに増幅工程における特異的プロモーターを用いることにより、この方法により実施されるアッセイは、生物学アッセイ及び医学アッセイにおいて関連する直線増幅及び正確な定量を所有する。検出感度に影響する因子の数も減る。抗原とそれらの抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ又は単価ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造の間の特異的結合が、この方法の唯一の決定的なパラメーターである。

ユニバーサルエピトープを提供する能力は、複数の追加の利点と共に本発明の方法を提供する。最初に、モノクローナル抗体へｄｓ−オリゴと共に最初にカップリングされることなく、あらゆる細胞抗原が検出できる。ユニバーサルプローブなしに、当該方法は、一つ又はいくつかの特定の抗原を一度に観察することにおいてのみ有用なはずである。他方、有用プローブは、あらゆる細胞又は液体に存する抗原を、エピトープ検出器の利用可能な抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造により検出することを可能にする。加えて、プロトコルにおいてわずかに修飾することにより、別々のサイズのオリゴヌクレオチドがエピトープ検出器の利用可能な抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造に付着されたときに、別々の蛋白質が単一の電気泳動レーンにおいて同時に検出可能である。即ち、本明細書において証明されるとおり、本発明の方法は、蛋白質抗原の同定並びにポリペプチド及び他の構造、例えば、糖又は脂質の翻訳後修飾に適用可能な用途の広い技術を検出の単一細胞レベルにおいて提供する。

同様に、ストレプトアビジンブリッジの使用は、本発明の方法において使用される存在する抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造の容易な適合を可能にする。そのような抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造は、本発明においてビオチン化されて使用され得る。本発明における使用のための存在する抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造の適合の容易性は、本発明を、他の方法に比べて特に有利にさせる。

本発明の方法は、分子の相互作用の分析及び小さな分子の検出においても有用である。例えば、エピトープ特異的分子を組織サンプル上でエピトープ検出器として用いることにより、特定の受容体の発現を同定することもその逆も可能である。利用可能な抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造、又は結合蛋白質、小分子、例えば毒素又はドラッグ代謝物は、限定ではないが水、食物、及び体液を含む如何なる溶液中でも検出することができる。

分子の相互作用を研究するために、２つの成分（分子Ａ／分子Ｂ）の相互作用系を開発する。２つの成分、分子Ａ及び分子Ｂは、蛋白質、糖、又はあらゆる種類の化学的実在物、限定ではないが糖質、ＤＮＡ又はＲＮＡ、又はアルファヘリックス又はベータシートのような構造上のコンフォメーションを有するペプチドを含むものを含んでよい。この２成分系を開発するために、エピトープ検出器、例えば第１分子の抗体、以後分子Ａと呼ぶ、を、分子Ａを含むサンプルと近接させることにより、分子Ａをエピトープ検出器に結合させる。各発現蛋白質がＨＡタグ又は類似のタグをも含むように構築された発現ライブラリーの産物を含む溶液を次に加えることにより、分子Ａに相互作用する分子を同定することができる。本発明のためには、これらの分子を分子Ｂ又は第２分子と呼ぶ。あるいは、正常な細胞抽出物又は溶解物又は可能性のある分子Ｂを含むあらゆる液体を使用することができる。

ライブラリー産物又は細胞抽出物又は溶解物の中の第２分子、分子Ｂが、エピトープ検出器により結合された第１分子Ａに結合したら、タグに結合するユニバーサル検出器又はマーカーの何れかによるか又は分子Ｂに対して特異的なＣＤＲライブラリー又はｓｃＦｖライブラリーを用いることにより、新規な分子が検出できる。好ましい態様においては、ユニバーサル検出器にコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドからの増幅された核酸配列を検出する蛍光に基づく定量可能なアッセイにより、分子Ａと分子Ｂの間の相互作用の監視を実施する。

２成分（分子Ａ／分子Ｂ）相互作用系の分子の一つがリガンド又は薬剤ドラッグに結合したら、２成分系を用いることにより、分子Ａの分子Ｂに対する結合に対してのリガンド又はドラッグの効果を調査することができる。従って、本発明は、分子の相互作用に対するドラッグの影響を監視するためのインビトロ系も提供する。リガンド又はドラッグは、分子Ａの分子Ｂに対する結合をリガンド又は薬剤ドラッグが如何にして変化させるかを決定するアッセイにおいて如何なる工程において付加することもできる。加えて、一つより多くのドラッグを２成分系に付加することができる。例えば、第２ドラッグ、例えば第１ドラッグのアンタゴニストを加え、そして、ＡのＢに対する結合のレベル並びにＡのＢとの複合体形成を測定することができる。さらに、公知のリガンド又はドラッグの代わりに、他のタグで標識された分子Ｃの別のライブラリーの産物を含む第３の溶液をＡとＢの複合体に加えて、そしてこの第３溶液の結合に対する効果を測定することができる。

即ち、本発明は、生物学的リードアウト、即ち複合体相互作用の形成による迅速なインビトロスクリーニングアッセイを提供する。さらに、この種の系を用いることにより、その出力が各累進的付加により発展した事象の数に依存する有機的アナログコンピューターのように作用するスクリーニング系を構築することが可能である。これらの累進的事象は、この集合体を干渉する薬剤ドラッグ又はリガンドのような第３の分子の添加と同時に妨害される。第３分子の添加の前と後のシグナルの定量が出力の変化を規定する。正の変化は、薬剤ドラッグ又はリガンドが分子Ａの分子Ｂへの結合を促進させることを意味し、対するに、負の変化は、薬剤ドラッグ又はリガンドが分子Ａの分子Ｂへの結合を阻害することを意味する。

本発明は、活性なＣＤＲｓ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造を同定するため及び本発明を通して特定の疾患状態に付随した蛋白質のファミリー、即ちｅｒｂＢファミリー及びそのオリジンとの関連並びに悪性腫瘍の早期の検出を研究するためにも使用することができる。例えば、制約されたターンに発展してしかも芳香的に修飾された末端を有する単一の環状リングのＣＤＲ模倣物（＞１０６）の大きくて多様な集団を含むライブラリーが開発された。この特定のライブラリーはＭ１３ファージシステムを用いて製作され、そしてランダム化を通して６員環のＡＨＮＰペプチドに由来するＣＤＲ−ストレプトアビジン結合モイエティの大きなレパートリーを含む。ランダム化の誘導化のためには、ランダム化されたＣＤＲ領域をコードするものであって固定された制約フレームワーク領域を伴う合成オリゴヌクレオチドライブラリーを、大きく変化したＣＤＲストレプトアビジン融合蛋白質の発現を導くファージ構築物に挿入する。

ＣＤＲ−ＳＡライブラリーを本発明において使用することにより、例えば、腫瘍表面マーカーに関して形質転換された細胞系と腫瘍細胞をスクリーニングすることができる。この態様において、初期スクリーニングは、好ましくは、細胞への結合に関して蛍光に基づくマイクロフルオリメトリーを用いて、次に細胞溶解物に由来する捕捉された蛋白質への結合に関してＥＬＩＳＡタイプのアッセイを用いる。例えば、モノクローナル抗体をＰ１３−キナーゼ又はｒａｓに付着させることができ、そしてあらゆる結合したＣＤＲ−ＳＡ携帯を検出することができる。腫瘍特異的な選択されたＣＤＲ−ＳＡ分子の如何なる未知の標的の配列も、のちに決定することができる。ひとつの態様において、精製されたＣＤＲ−ＳＡを用いることにより、細胞、例えばＣＯＳ７細胞中にて及び悪性腫瘍の様々なステージからの新規に単離された腫瘍組織から調製された発現ライブラリーにおいて構築されたｃＤＮＡ発現ライブラリーをスクリーニングする。

ＣＤＲｓ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造のライブラリーは、受容体、当該受容体の活性化に際して関連する蛋白質、及び当該受容体に付随した経路に関与する蛋白質を検出するためのプローブのスペクトラムを生じさせるためにも使用することができる。例えば、ＣＤＲ模倣物ライブラリーを用いて、ｅｒｂＢ受容体、ｅｒｂＢ受容体の活性化に際して関連する蛋白質。及びｅｒｂＢ受容体に付随する経路、例えばＰＩ−３キナーゼ経路に関与する蛋白質に対するプローブのスペクトラムを生じさせることができる。

受容体、受容体の活性化に際して付随する蛋白質、当該受容体に付随する経路に関与する蛋白質に対する結合として規定されたライブラリーのＣＤＲｓ又はＣＤＲ模倣物を、受容体又は蛋白質を標的とするように治療にて使用することもできる。治療用途のための好ましい態様においては、ＣＤＲ及びＣＤＲ模倣物をヒト化された抗体フレームワークに再度挿入するか又はＦｃに付着させる。この態様においては、操作されたＣＤＲ構造を単独で投与するか又は放射性標識又はサイトトキシンを付着させて含んでよい。

いくつかのランダムに変化させたＣＤＲｓによりｓｃＦＹライブラリーを作成する方法は、Ｗｉｎｔｅｒらにより、米国特許６，２９１，６５０、米国特許６，２２５，４４７、米国特許６，１７２，１９７及び米国特許６，１４０，４７１において記載されている。しかしながら、ＣＤＲ−ＳＡライブラリーの生産はＷｉｎｔｅｒらにより記載されていない。

本発明の方法を実施するためのキットも、本発明において提供される。一つの態様において、選択されたエピトープを発現する分子の検出のためのキットが提供される。好ましい態様において、当該分子の検出は、核酸配列を染色する蛍光染料により実施される。いくつかの態様において、上記キットは、オリゴヌクレオチド、好ましくは１から少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、より好ましくは少なくとも３００、より好ましくは少なくとも４００、より好ましくは少なくとも５００、そしてより好ましくは少なくとも６００塩基対のオリゴヌクレオチドを含むコンテナを含む。当該オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼプロモーター及び好ましくはＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む。いくつかの好ましい態様において、当該オリゴヌクレオチドは、Ｔ７プロモーター及びＴ７終結配列を含む。当該オリゴヌクレオチドは、好ましくはビオチン化される。上記キットは、上記オリゴヌクレオチドをビオチン化するための試薬を任意に供給してよい。いくつかの態様において、当該キットは、ストレプトアビジン又はアビジンを供給する。いくつかの態様において、当該キットは、エピトープに対して特異的に結合する分子、例えば、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造を供給する。いくつかの態様において、上記の抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造は、ビオチン化される。いくつかの態様において、エピトープに結合する分子は、抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造と結合するユニバーサルエピトープを含む。そのような抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造はビオチン化されていてよい。キットは、ＲＮＡポリメラーゼを含むコンテナ及び／又は増幅反応バッファーを含むコンテナ及び／又はＲＮＡポリメラーゼと蛍光染料を含むコンテナを供給してもよい。ＲＮＡポリメラーゼは好ましくはＴ７のポリメラーゼである。

別の態様において、混合物、例えば細胞溶解物の中の蛋白質をプロファイルするキットが提供される。この態様においては、キットが、選択されたエピトープに対するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに対するＦＡｂｓ、選択されたエピトープに対するＦ（Ａｂ）_２ｓ、選択されたエピトープに対するヒト化された抗体か又はキメラ抗体、選択されたエピトープに関する単鎖Ｆｖ、又は制約されたエピトープに特異的なＣＤＲｓを含むエピトープ検出器の混合物を含むことが好ましい。当該エピトープ検出器は、好ましくはビオチン化されているか、又はキットがそれらをビオチン化する試薬を供給する。当該キットは、複数の別々のオリゴヌクレオチドを供給し、各々が別々の長さを有する。長さは変化し、そして好ましくは０から少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、より好ましくは少なくとも３００、より好ましくは少なくとも４００、より好ましくは少なくとも５００、そしてより好ましくは少なくとも６００塩基対である。当該オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼプロモーター及び好ましくはＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む。いくつかの好ましい態様において、オリゴヌクレオチドはＴ７プロモーターを含む。いくつかの好ましい態様において、オリゴヌクレオチドはＴ７プロモーターとＴ７終結配列を含む。オリゴヌクレオチドは、好ましくはビオチン化される。キットは、任意にオリゴヌクレオチドをビオチン化するための試薬を供給してよい。キットは、どのオリゴヌクレオチドが増幅されたかを確認するために使用することができる様々なオリゴヌクレオチドのサイズに対応するサイズマーカーを含んでよい。キットは、任意に、ストレプトアビジン又はアビジン及び／又はＲＮＡポリメラーゼ及び／又は増幅反応バッファー及び／又は蛍光染料も含んでよい。

オリジナルの免疫ＰＣＲは上記アッセイにおいて純粋な抗原を使用した。免疫ＰＣＲののちの繰り返しは混合された抗原を試験した（Ｈｅｎｄｅｒｉｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓａｒｃｈ １９９９ ２３（３）：５２２−５２９）が、しかしＥＬＩＳＡよりも２から３桁高い規模の感度を示したにすぎなかった。莫大な多様性の抗原を含むバックグラウンドを伴うリアルワールドアッセイにおいては、感度がいつもアッセイの特異性により制限される。抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，Ｆｖｓ，又はＣＤＲ断片により結合されたエピトープは、より大きなポリペプチドを同定すると予測され、細胞又は細菌又はあらゆる他の真核生物の上清、流体、抽出物の中のモチーフを同定するために使用することができる。さらに、ポリペプチド、有機分子又は糖構造の現実の同定は、Ｆｖｓによるいくつかのエピトープの結合をガイドとして用いるデータベースのコンピューターにより補助された分析により決定することができる。例えば、Ｆｖ ａ，ｄ，ｅ，及びｆによる結合は、側鎖ａ，ｄ，ｅ，及びｆを有する物として糖のファミリーを同定するはずであり、よって、これらの同じ側鎖を有する糖のファミリーに属する。この様式において、本発明は、如何なる特定の一時において細胞内に全ての分子が存在しないなら、多くの明確な特定及び同定を可能にする。さらに、このアプローチは、活性細胞又は細胞上清内で翻訳される別の転写形態を同定するために使用することができる。この手法は、１）非放射性検出方法、もっとも好ましくは蛍光染料を伴う使用、２）マイクロタイズされた液体操作手法、３）低サンプル容量検出、例えば「プロテインチップ」分析及び４）ロボット化に基づいて容易に分析される（ａｍｅｎａｂｌｅ ｔｏ）。例えば、複数の結合要素又はユニット及び単一のユニバーサルエピトープ検出器を含むチップを開発することができる。モノクローナル抗体、ＦＡｂ，Ｆ（Ａｂ）_２，ヒト化又はキメラ抗体、単鎖Ｆｖ、又はＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造の上の普通の表面を認識する結合要素、例えばユニバーサル抗体を使用することができる。あるいは、アビジンは、各抗体、単鎖Ｆｖ又はＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は操作されたＣＤＲ構造内に組み込むこと（ｂｙ ｂｕｉｌｔ ｉｎｔｏ）ができ、そしてビオチンをオリゴヌクレオチドにカップリングさせることができる。これらのチップはより迅速で高い親和性の利点を提供し、それによりシグナルを増加させる。

以下の非限定実施例は本発明をさらに例示するために提供される。
実施例
恒温であって、且つ直線的定量及び容易な工業的採用を可能にさせる新規な検出手法が本明細書に記載される。当該手法は、二重鎖鋳型を検出抗体に架橋するためにストレプトアビジンを使用する。蛍光ＲＮＡインターカレート染料（ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ，モリキュラープローブス）を用いることにより、増幅されたＲＮＡの収量を定量し、即ち、放射活性並びに長くて飽き飽きする電気泳動の使用を排除する。全ての反応は９６−又は３８４−ウエルプレートにおいて実施することができる。上記の新規なアプローチはＴ７ポリメラーゼ技術により触媒される蛍光増幅（ＦＡＣＴＴ）と呼ばれて、血清中の低富裕性蛋白質を分析して、広く実施されているＥＬＩＳＡ技術との比較を提供するために使用される。

インターカレート染料ＲｉｂｏＧｒｅｅｎの蛍光は、ＲＮＡ断片への結合に際して１０００倍より高くなるが、遊離のヌクレオチドの存在によっては増強されない。溶液中の１ｎｇ／ｍｌのＲＮＡの検出限界のため、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎはエチジウムブロミドに基づくアッセイよりも２００倍以上感度が高い。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎの用途は現在の方法論において最適化される。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎの容易な使用は短いｄｓ−ｏｌｉｇｏ（５０−６０ｂｐ）の断片からの実質上の蛍光の読取りを生成しそこなった。染料と相互作用するような大きな表面を提供する長いＲＮＡ鎖が開発されて、強いシグナルを生じることがわかった。このため、ＰＣＲによる約６００ｂｐの新規のｄｓ−ＤＮＡ鋳型（Ｄ２）を使用する。ストレプトアビジンへの結合を促進するため、ビオチン化された５’ＰＣＲプライマーを単に用いることにより、ビオチン化をｄｓ−ＤＮＡに導入した。Ｄ２は、５’エンドにＴ７プロモーター配列を、そして３’エンドにＴ７終結配列を含む。Ｄ２鋳型は、３’Ｔ７プロモーター配列を欠く対照ｄｓ−ＤＮＡに比較して良好なＴ７増幅効率を提供することから、Ｔ７終結配列が直鎖状鋳型に関するＴ７ ＲＮＡポリメラーゼの転写効率を改善することが示唆される。ビオチンにカップリングされたＤ２鋳型は、増幅モジュール（ＡＭ）と呼んでよい。

ＡＭはビオチン化された抗体に相互作用したストレプトアビジンに結合する。ストレプトアビジンは４価であり、そしてビオチン化されたＡＭは従ってストレプトアビジンを通して検出抗体に架橋することができた（図１参照）。増幅モジュールが本当にストレプトアビジンを結合できるか否かを試験するため、５μｇ／ｍｌから０．５ｆｇ／ｍｌほどまでの範囲のストレプトアビジンを直接３８４−ウエルのプレートに固定化して、単純化されたＦＡＣＴＴアッセイにおいて使用した。

増幅モジュールをストレプトアビジンと１時間インキュベートした後、未結合のモジュールを除去して、６回ＰＢＳＴで洗浄した。Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼを直接上記３８４−ウエルに反応バッファー及びＮＴＰ混合物と共に加えた。図２に示すとおり、ストレプトアビジンは５μｇ／ｍｌから０．５ｆｇ／ｍｌほどまでの範囲であり、９桁の規模の動的範囲を超えた用量依存様式において検出に成功した。ストレプトアビジンサンプルからの全ての読みは統計計算によると対照とは顕著に異なった。ＦＡＣＴＴ曲線のスロープ範囲１より少ない。事実、ＦＡＣＴＴ曲線のスロープは変化した。Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼにより指向された反応を上記ＤＮＡ鋳型を用いて試験した場合、鋳型濃度の１０倍の増加が蛍光の読みにおいて約２倍の上昇を導いたにすぎなかった。増幅のこの特性は、ＦＡＣＴＴが広い範囲の濃度にわたり用量依存性の読みを生じることを可能にさせる。

包括的なＦＡＣＴＴをＥＬＩＳＡと比較するため、我々は、ビオチン化されたＨＲＰを用いてコートされたストレプトアビジンを検出するようなＥＬＩＳＡアッセイを平行して設定した。予測されたとおり、バックグラウンドを超える３ ＳＤをカットオフとして使用した場合、５ｎｇ／ｍｌを超える濃度のストレプトアビジンサンプルのみが対照に比較して統計上優位な差異を示すことができた。当該データは、包括的には、ＦＡＣＴＴがＥＬＩＳＡの全ての１０^５倍感度が高いことを示唆する。

図２の各ウエル中の全てのストレプトアビジン分子がプレート上に固定化されて活性のままであると仮定すれば、最低検出可能濃度（５ｆｇ／ｍｌ又は０．６ｆＭ）は１．２ｘ１０^−２１モラーのウエル中のテトラマーストレプトアビジン、又は約７００分子に相当する。典型的なＦＡＣＴＴ反応においては、捕捉抗体の親和性に依存して、目的の抗原をある一定の程度に固定化することができる。各検出抗体は一つより多くのビオチン部位を有することから、抗原の数の現実の検出限界はいっそう低いことが示唆される。

このセットの研究を広げるため、３０％を超える胸部腫瘍、卵巣腫瘍及び膵臓腫において過剰発現される治療上及び診断上の標的である、の受容体チロシンキナーゼｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕを選択した。特に、組換えＨｅｒ２−Ｆｃ融合蛋白質を抗原として、そして４Ｄ５をビオチン化された検出用抗体として用いた。Ｈｅｒ２−Ｆｃを０．１％ＦＢＳを含むＰＢＳ中の１０倍の連続希釈に供し、そして捕捉用ｍＡｂ（アンカー）１Ｅ１に提示した。１Ｅ１とビオチン化検出用抗体ｈ４Ｄ５はｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕ受容体の細胞外ドメイン上の異なるエピトープに結合する。ビオチン化４Ｄ５をプレートに加えて捕捉用抗体を結合した後に、ストレプトアビジンと増幅モジュールを連続して加えた。結合しない分子を次に洗い流し、そしてＴ７のＲＮＡポリメラーゼを用いて、抗体−抗原−抗体複合体に結合した増幅モジュールを増幅した。Ｈｅｒ２−Ｆｃの結合と検出の代表的な研究は、この技術がＨｅｒ２−Ｆｃ蛋白質の極めて感度の高い検出を可能にしたことを示した（図３）。０．５μｇ／ｍｌから０．０５ｏｇ／ｍｌ（約０．５ｆＭ）ほどまでのＨｅｒ２−Ｆｃにて、ＦＡＣＴＴは用量依存性蛍光シグナルを生じ、対照とは有意に異なる読みを伴い、そして３ ＳＤによれば対照よりも高かった。二次抗体として同じペアのｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕ特異的抗体とＨＲＰ−抗ヒトＩｇＧを用いる対照のＥＬＩＳＡアッセイにおいては、検出限界が５ｎｇ／ｍｌである（図３）。ＦＡＣＴＴのこの感度は、ＥＬＩＳＡよりもさらに（ａｇａｉｎ）５桁の規模の感度及び特異性である。

細胞表面から分離された（ｓｈｅｄ ｆｒｏｍ）Ｈｅｒ２のエクトドメインが胸部癌患者の血清から検出された。Ｈｅｒ２の血清中高濃度は、ホルモン／化学治療に対する遅い応答速度と再発（ｒｅｌａｐｓｅ）後の短い生存と相関する。ここで、時間経過の研究において、ＦＡＣＴＴを実施して、過剰発現されるが変異はしていないＨｅｒ２／ｎｅｕにより単独で推進された腫瘍を有するヌードマウスからの血清においてＨｅｒ２を検出できるか否かを試験した。図４は、５匹の動物から回収されたデータを示す。腫瘍のサイズをマニュアル測定し（図４パネルＡ）、そして血清サンプルを接種から２、４、７そして９日目に回収した。血清中のＨｅｒ２のレベルをＦＡＣＴＴにより市販のＨｅｒ２ ＥＣＤ標準（オンコジーンサイエンセズ）を用いて検出し、そして対照の正常血清を超える相対濃度として提示された（図４、パネルＢ）。一般に、血清Ｈｅｒ２レベルの増加のトレンドは腫瘍の成長と相関した。全ての計算された血清Ｈｅｒ２濃度のそれらの対応する腫瘍のサイズに対するプロットは０．５５の相関係数（ｐ＜０．０１）示したことから、血清のＨｅｒ２レベルと腫瘍のサイズの間の妥当な相関を指示している。腫瘍が１０ｍｍ^３よりも大きいときに良好な相関が存在した。接種から９日後に、最小の腫瘍を有した＃４を除く全てのマウスが上昇した血清Ｈｅｒ２レベルを示した（基底レベルを超える＞３ ＳＤ）。注目すべきは、ＥＬＩＳＡの使用では、１１日目においてさえも血清中のＨｅｒ２／ｎｅｕを検出できなかった。これらのデータは、血清サンプル上でＦＡＣＴＴを使用することにより、極めて初期の腫瘍の質量の検出を支持する。

ＦＡＣＴＴは一般的なアプローチであることを証明するために、ＦＡＣＴＴを用いてＴＮＦαとＧ−ＣＳＦを検出したが、２つのサイトカインは免疫−ローリング−サークル増幅（ＲＣＡ）により以前に研究されている。対照のＥＬＩＳＡアッセイにおいては、ＴＮＦαとＧ−ＣＳＦは共に１０ｐｇ／ｍｌの検出限界を有した（図５）。免疫−ＲＣＡアッセイにおいては。ＴＮＦαの検出限界がＥＬＩＳＡに匹敵した（１０ｐｇ／ｍｌ）のに対して、Ｇ−ＣＳＦの感度は遥かに低かった（１０００ｐｇ／ｍｌ）。我わおＦＡＣＴＴアッセイにおいては、ＴＮＦαとＧ−ＣＳＦの両者の検出限界が０．０１ｐｇ／ｍｌであり、ＥＬＩＳＡ又は免疫−ＲＣＡよりも３桁高い規模の感度である（図５）。

ストレプトアビジンとＨｅｒ２−Ｆｃに加えて、血清中の組換えプリオン蛋白質もＦＡＣＴＴにより検出された。全ての蛋白質がＥＬＩＳＡよりも約１０^４倍の感度をもって検出された。加えて、用量依存性シグナルが遥かに広い範囲の標的濃度にわたって観察できた。増加した感度及び広い範囲は、Ｔ７のＲＮＡポリメラーゼによるＲＮＡ分子の直鎖状生産に帰するのかもしれず、秒あたり９７−１１５ヌクレオチドの翻訳速度にて鋳型により堅実に進行する。増幅モジュールと非共有ストレプトアビジン相互作用を組み合わせることは、このアプローチに対する感度及び再現性を提供するのに必要不可欠である。

増幅されたＲＮＡの蛍光検出に関してのアプローチがいくつか存在する。この報告においては、インターカレート染料のＲｉｂｏＧｒｅｅｎを用いた。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎはＲＮＡ濃度を分析するのにもっとも感度が高くないのかもしれないが、３８４ウエルのプレートフォーマットを実施するためにＦＡＣＴＴアッセイを単純化する。加えて、ＲＮＡ検出は、標準フルオリメーターを用いて増幅されたＲＮＡの量を測定するのに５−１０分しか必要としない。ＦＡＣＴＴをマニュアルにより実施したが、本フォーマットは利用可能な高処理量のロボットサンプル操作に完全に匹敵する。ＦＡＣＴＴアプローチの容易な自動化は、複数の抗原を研究する場合に将来期待される。

別々の抗体コンジュゲート又は検出用試薬を用いることにより、ＦＡＣＴＴはさらに最適化できる。例えば、ＦＡＣＴＴの感度は、高密度のＤＮＡナノ粒子に連結された抗体を用いて数桁規模で増加させることができる可能性がある。加えて、ファージライブラリーから生産された組換え抗体はＦＡＣＴＴ検出を促進させるために広いレパートリーの試薬を提供することもできる。

もっとも広く使用される臨床Ｈｅｒ２試験は、ＩＨＣ（免疫組織化学）及びＦＩＳＨ（蛍光インサイチュハイブリダイゼーション）である。ＩＨＣはＨｅｒ２蛋白質発現レベルを測定するが、ＦＩＳＨは増幅された遺伝子のコピー数を検出する。ＦＩＳＨ陽性及びＩＨＣ陽性（等級＋３）として試験された患者はハーセプチン（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ）治療に匹敵する応答率（３４〜３５％）を有する。しかしながら、多くの場合、ＩＨＣとＦＩＳＨの結果の間には高い不一致（ｄｉｓｃｏｎｃｏｒｄａｎｃｅ）が存在する。固定された組織スライド中の蛋白質抗原の損失及びＩＨＣ法の間の主観的観察（ＩＨＣ−，ＦＩＳＨ＋）並びに遺伝子増幅の間の蛋白質過剰発現（ＩＨＣ＋，ＦＩＳＨ−）がそのような矛盾の原因である。

Ｈｅｒ２は胸部癌患者の血清から検出することもできる。前処理血清Ｈｅｒ２レベルは、腫瘍サイズ、侵入されたリンパ節の数、及び組織学的スコアに正に相関した。別の研究においては、血清Ｈｅｒ２レベルがＩＨＣスコアよりも良好なステージＩＶの胸部癌の指標であった。処理後Ｈｅｒ２血清レベルも、転移なしの生存及び疾患特異的生存の予後的な値であった。血清Ｈｅｒ２のための臨床ＥＬＩＳＡアッセイも開発された。このアッセイは特別な機会を必要とする。このアッセイにおいては、陽性サンプルと陰性サンプルを識別するためのカットオフレベルが１５ｎｇ／ｍｌであい、ＥＬＩＳＡの検出限界に極めて近い。

ＥＬＩＳＡよりも遥かに高い感度及び高処理量技術への適合性により、ＦＡＣＴＴは低富裕性抗原の臨床検出のためにＥＬＩＳＡを置換し得る。多くの臨床上の標的、例えば、病原体及び診断用蛋白質（例えば、ヘリコバクターピロリ、レプチン、インスリン及びｃ−ペプチド）のための現在の検出アッセイは、すでにＥＬＩＳＡフォーマットにおいて確立された。ＦＡＣＴＴの利用可能なＥＬＩＳＡ試薬（抗体ペア）との単純な適合性は、初期ステージにおける微量な臨床サンプル及びモニター抗原レベルからの抗原の検出を可能にさせ得る。

ＦＡＣＴＴは抗体アレイにも適用可能である。現在、いくつかのＥＬＩＳＡに基づく抗体アレイがサイトカインのため及びシグナル蛋白質のリン酸化を同定するために開発されてきた。ＥＬＩＳＡよりも高い感度を伴って、ＦＡＣＴＴは、これらの値を増強することができる。ＦＡＣＴＴは特定の生化学特性に関して親和性により単離されて研究された機能性細胞集団を分析するのにも有用となる。そのような集団に関する細胞の数は一般に低く、そして他の感度の低い方法では検出不可能となる。

最後に、ＦＡＣＴＴは２Ｄ電気泳動マススペクトロメトリー（２Ｄ−ＭＳ）に現在大きく依存しているプロテオミクスの別のアプローチとしても使用することができる。富裕な蛋白質に関するその偏りに加えて、２Ｄ−ＭＳは疎水性蛋白質及び低分子量又は高分子量の蛋白質、並びに蛋白質翻訳後愁色を同定する際にも一般的には成功しない。ＦＡＣＴＴの診断エリアへの適用は、健康及び疾患に関与する正常及び異常な蛋白質、糖質、及び脂質の我々の生化学上の理解を改善するのに有用となる。
材料と方法
抗体：
抗−ｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕ抗体１Ｅ１，６Ｅ２及びＡ１８をヒトｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕ発現細胞系Ｔ６−１７を用いて開発した。ヒト化された４Ｄ５（ｈ４Ｄ５，ａ．ｋ．ａ．ハーセプチン）はジェネンテックの好意により提供された。１Ｅ１／ビオチン化４Ｄ５セットを用いてＨｅｒ２−Ｆｃを検出し、一方６Ｅ２／ビオチン化Ａ１８セットを用いて血清Ｈｅｒ２を検出したが、市販のＨｅｒ２ ＥＣＤ標準（オンコジーンサイエンセズ）は１Ｅ１／ビオチン化４Ｄ５により認識されなかったからである。ＴＮＦα及びＧ−ＣＳＦに対する抗体（ＤｕｏＳｅｔ ＥＬＩＳＡ開発システム）をＲ＆Ｄシステムズから購入した。
ＤＮＡ構築物：
Ｈｅｒ２のドメインＩＩとＴ７のターミネーター終結配列を含んだｐＣａｌ−ｎ−ＥＫ Ｄ２のＥｃｏＲＩ／ＡａｔＩＩ（平滑化された）断片をｐｃＤＮＡベクターｐＨＡ２のＥｃｏＲＩ／ＥｃｏＲＶ部位にサブクローニングすることによりプラスミドｐＴＤ２Ｔを構築した。ＩＤＡＴのためのビオチン−ＤＮＡ鋳型を用意するため、ビオチン化された上流プライマー（ビオチン５’，配列：５’ｇｇｃｔａａｃｔａｇａｇａａｃｃｃａｃｔ３’）と下流プライマー（Ｔ７ｔｅｒＲ，配列：５’ｔｔｇｇｔｔａｔｇｃｃｇｇｔａｃｔ３’）をｐＴＤ２Ｔと共にＰＣＲ反応において用いた。あるいは、Ｔ７ターミネーターの５’に位置する、リバースプライマーＧＳＴ２ｒ（５’ｃｃｇｃｔｃｇａｇｔｃａｇｇｃａｃａｇｇｇｃｔｔｇｃｔｇｃａｃｔｔｃ３’）をビオチン５’と共にＰＣＲにおいて用いることにより、対照鋳型Ｄ２Ｘを生成した。全てのプライマーはペンシルバニア大学化学部門の核酸設備において合成した。
抗体のビオチン化：
ｈ４Ｄ５は、直接、ＰｉｅｒｃｅのＥＺ−リンク スルフォ−ＮＨＳ−ＬＣ−ビオチンを用いてビオチン化した。簡単に言えば、ｈ４Ｄ５（０．２５ｍｇ／ｍｌ，１００μｌ）をスルフォ−ＮＨＳ−ＬＣ−ビオチン（１ｍｇ／ｍｌ，１．８５μｌ，使用直前に蒸留水に溶解した）と混合した。氷の上でのインキュベーション２時間後に、反応混合物をＰＢＳに対して一晩透析することにより遊離のビオチンを除去した。ビオチン化された抗体を４℃に保存した。
ＦＡＣＴＴ反応：
典型的なＦＡＣＴＴアッセイは、サンドイッチタイプの検出において各抗原について抗体のペアを必要とする。一般に、捕捉用抗体は炭酸塩−重炭酸塩バッファー（ｐＨ９．６）中で５μｇ／ｍｌにて３８４ウエルプレートニタイシテ１５μｌ／ウエルにて一晩４℃においてコートした。ＦＢＳ（対照を含む全てのサンプルに関して０．１％）の存在下での抗原の連続希釈を上記のコートされたプレートに加えた。１５μｌの希釈されたビオチン化検出用抗体（１８０ｎｇ／ｍｌ）を各ウエルに関して使用した。ストレプトアビジンとビオチン−ＤＮＡ鋳型（増幅されたモジュール、ＡＭ）を連続してそれぞれ５μｇ／ｍｌと２５０ｎｇ／ｍｌにて加えた。我々は、プレートを６回ＰＢＳＴ（ＰＢＳ中０．１％のＴｗｅｅｎ２０）で各結合インキュベーションの合間に洗浄した。過剰のＡＭと蛋白質を洗浄により除去した後に、２０μｌの反応混合物（６０ユニットのＴ７ ＲＮＡポリメラーゼプラス（Ａｍｂｉｏｎ）、１．２５μＭのＮＴＰ，１ｘＴ７バッファー（Ａｍｂｉｏｎ））を各ウエルに加えた。ＲＮＡ増幅は３７℃において３時間実施した。ＲＮＡインキュベート染料ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（モリキュラープローブス）を反応混合物に加えて（２０μｌ；製造者により供給されるとおりＴＥバッファー中で１：２００希釈された）、そしてプレートをＥｘ ４８５ｎｍ／Ｅｍ ５３５ｎｍにおいてＴＥＣＡＮスペクトラフルオリーダー中で読んだ。ストレプトアビジン検出の場合、ストレプトアビジンを、３８４ウエルプレートに対して炭酸塩−重炭酸塩バッファーを異なる濃度で用いて直接コートした。プレートは、次に、カゼインでブロックして、そしてＡＭに暴露した。そのあと、標準ＦＡＣＴＴプロトコルを続けた。
ＥＬＩＳＡ：
ＦＡＣＴＴによる感度のパターンを比較するために、ＥＬＩＳＡｓも実施した。９６ウエルプレートをＥＬＩＳＡにおいて行い、４倍容量のＩＤＡＴ試薬を用いる以外は、ＦＡＣＴＴに類似のプロトコルを続けて行うことにより、抗原をプレートに捕捉した。ｐ１８５ｈｅｒ２／ｎｅｕに関しては、未標識のｈ４Ｄ５を検出用抗体として用いて、ＰＢＳＴで６回洗浄し、そしてＨＲＰをコンジュゲートされた抗−マウス二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ，１：５，０００希釈）とインキュベートした。ストレプトアビジン検出に関しては、ビオチン化された抗体のみを二次抗体として用いた（Ｚｙｍｅｄ，１：１０００希釈）。ＰＢＳＴによる再度の６回の洗浄の後に、１００μｌのＴＭＢ基質（０．１ｍｇ／ｍｌ，０．０５Ｍリン酸−クエン酸バッファー、ｐＨ５．０）を各ウエル中において室温にてインキュベートした。反応は１５分以内で２０μｌの２ＭのＨ_２ＳＯ_４により停止し、そしてＴＥＣＡＮスペクトラフルオラリーダーを用いて、データを４５０ｎｍにおいて回収した（吸収フィルター）。
マウス：
ＮＣＲ同型接合無胸腺（ヌード）マウス（６から８週齢）をナショナルキャンサーインスティチュートから購入した。１ｘ１０^６の形質転換されたＴ６−１７細胞を１００μｌのＰＢＳに懸濁して、各動物のわき腹に皮下注射した。ペンシルバニア大学の公共機関における動物の世話と使用の委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）（ＩＡＣＵＣ）のガイドラインに従い動物を維持した。腫瘍の容量は式：π＊長さ＊幅＊高さ／６により計算した。
統計分析：
検出に関するカットオフラインをバックグラウンド又は対照を超える（ｏｖｅｒ）３ ＳＤと規定する。用量依存性の読みを示す連続希釈における分析物のもっとも低い濃度を検出限界として考える。スチューデントテストを用いることにより、実験値対対照値の統計上の差を計算した。Ｐ＜０．０５ならば、差が統計上有意であると考える。プリズムプログラム（ＧｒａｐｈＰａｄソフトウエア社）を用いて、相関を計算して、標準曲線を描くことにより、抗原の濃度を計算した。

図１は、発明の好ましい態様の描写を提供する（ＦＡＣＴＴ）。捕捉用抗体が最初にサンプルからの目的の抗原（Ａｇ）に結合する。検出用抗体は、抗原中の離れた非オーバーラップエピトープに結合し、ビオチン化されてストレプトアビジンによりビオチン−二重鎖ＤＮＡ鋳型に連結される。Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを次に用いて、ＤＮＡ鋳型から直線的に多コピーのＲＮＡ産物を増幅するが、その量がサンプル中の抗原の初期量の指標である。 図２は、本発明（ＦＡＣＴＴ）と（ＥＬＩＳＡ）の態様を用いたストレプトアビジンの検出を比較する実験からのデータを提供する。ストレプトアビジンを３８４−ウエル（ＦＡＣＴＴ）又は９６−ウエルプレート（ＥＬＩＳＡ）に対して示されたとおりの異なる濃度にて予めコートした。ストレプトアビジンを検出するため、ビオチン−ＤＮＡをＦＡＣＴＴ（左の軸）において使用し、ビオチン−ＨＲＰをＥＬＩＳＡにおいて使用した（右の軸）。値は３つの別個の実験の平均として示す。棒、ＳＥ。 図３は、本発明（ＦＡＣＴＴ）と（ＥＬＩＳＡ）の態様を用いたｐ１８５ｈｅｒ２の検出を比較する実験からのデータを含む。ｐ１８５ｈｅｒ２の細胞外ドメインは、ｍＡｂ ４Ｄ５のエピトープを含み、Ｆｃ−機能性蛋白質として発現されて、Ｈｅｒ２−Ｆｃと命名された。１Ｅ１は４Ｄ５のエピトープとは異なるエピトープを認識し、３８４ウエルプレート上に５μｇ／ｍｌと２０μｌ／ウエルにてコートされた。Ｈｅｒ２−Ｆｃの０．１％血清中の５ｘ１０^５から５ｘ１０^−２ｐｇ／ｍｌまでの連続希釈を各ウエルに加えた。ストレプトアビジンとビオチン化ＤＮＡ鋳型（ＡＭ）を続けてそれぞれ５μｇ／ｍｌと２５０ｎｇ／ｍｌにて加えた。ＦＡＣＴＴ（左の軸）により、Ｈｅｒ２−Ｆｃが５ｐｇ／ｍｌほどの濃度において（７．５フェトグラム／ウエル）検出でき、スチューデントテストによれば対照に対して統計上有意な差異があった（＜０．０５）。相対蛍光強度を、対照の読みに対する各サンプルの蛍光の読みとして測定した。値を３つの別個の実験の平均として示す。棒。対照ＥＬＩＳＡ実験も含まれる（右の軸）。 図４、パネルＡ及びＢ：血清Ｈｅｒ２の検出。図３に記載されたのと類似のＦＡＣＴＴアッセイを、指示された時間に回収された血清サンプルに関して実施した。０日目、１０^６のＨｅｒ２発現Ｔ６−１７細胞を各マウスの背面わき腹に皮下接種した。パネルＡ．可視可能な腫瘍のサイズをサンプルを回収するときに測定した。パネルＢ．ＦＡＣＴＴにより検出された血清Ｈｅｒ２濃度。マウスの血清をＰＢＳ中において１：５０に希釈して、希釈されたサンプルを各ＦＡＣＴＴ試験のために用いた。３ＳＤにより基底ライン（「０」、正常のマウス血清）よりも高いサンプルを「＊」で示した。 図５、パネルａ及びｂ。ＴＮＦα及びＧ−ＣＳＦのＦＡＣＴＴによる検出。ＴＮＦα（パネルａ）とＧ−ＣＳＦ（パネルｂ）の連続希釈物をＦＡＣＴＴにより（実線、左の軸）又はＥＬＩＳＡ（破線、右の軸）により、Ｒ＆ＤシステムズのＤｕｏＳｅｔ抗体を用いて検出した。矢印は各アッセイにおける検出の限界を指し示す。

Claims (27)

1. 選択されたエピトープを発現する分子をサンプル中で検出する方法であって、
   （ａ）サンプル中の選択されたエピトープを発現する分子を固相支持体に固定化し；
   （ｂ）固相支持体を、選択されたエピトープ、ストレプトアビジン及びビオチン化されたオリゴヌクレオチドに特異的に結合した分子に接触させるが、但し、選択されたエピトープに特異的に結合する分子は、ビオチン化された抗体、ビオチン化されたＦＡｂ，ビオチン化されたＦ（Ａｂ）_２，ヒトＦｃを伴うか又は伴わないビオチン化されたヒト化抗体又はキメラ抗体、ビオチン化された単鎖Ｆｖｓ，ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ビオチン化されたＣＤＲ模倣物、ビオチン化された操作されたＣＤＲ構造、ユニバーサルエピトープを含むモノクローナル抗体、ユニバーサルエピトープを含むＦＡｂ、ユニバーサルエピトープを含むＦ（Ａｂ）_２、ユニバーサルエピトープを含むヒト化抗体又はキメラ抗体、ユニバーサルエピトープを含む単鎖Ｆｖ、ユニバーサルエピトープを含む制約されたエピトープに特異的なＣＤＲ、ユニバーサルエピトープを含むＣＤＲ模倣物、又はユニバーサルエピトープを含む操作されたＣＤＲ構造であって、但し、選択されたエピトープに特異的に結合する分子がユニバーサルエピトープを含むモノクローナル抗体、ユニバーサルエピトープを含むＦＡｂ、ユニバーサルエピトープを含むＦ（Ａｂ）_２、ユニバーサルエピトープを含むヒト化抗体又はキメラ抗体、ユニバーサルエピトープを含む単鎖Ｆｖ、ユニバーサルエピトープを含む制約されたエピトープに特異的なＣＤＲ、ユニバーサルエピトープを含むＣＤＲ模倣物、又はユニバーサルエピトープを含むビオチン化された操作されたＣＤＲ構造であるなら、固相支持体をさらにユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子に接触させ、その際、ユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子は、ビオチン化された抗体、ビオチン化されたＦＡｂ，ビオチン化されたＦ（Ａｂ）_２，好ましくはヒトＦｃを伴うか又は伴わないビオチン化されたヒト化抗体又はキメラ抗体、ビオチン化された単鎖Ｆｖｓ，ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ビオチン化されたＣＤＲ模倣物、又はビオチン化された操作されたＣＤＲ構造であり、
   それにより、選択されたエピトープに特異的に結合する分子は固相支持体に固定化された分子の選択されたエピトープに結合し、そしてそれがビオチン化されているなら、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドに結合するストレプトアビジンに結合し、そしてＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドに結合するストレプトアビジンのユニバーサルエピトープに結合するビオチン化分子に結合し；
   （ｃ）オリゴヌクレオチドをＲＮＡ増幅により増幅することによりＲＮＡ増幅産物を生成し；
   （ｄ）増幅されたオリゴヌクレオチドを、ＲＮＡ増幅産物を染色する蛍光染料に接触させ；そして
   （ｅ）選択されたエピトープを含む分子がサンプル中に存在することの指標である、染色されたＲＮＡ増幅産物から発せられた蛍光を検出する
   ことを含む方法。
2. サンプル中に存在する選択されたエピトープを含む分子が染色されたＲＮＡ増幅産物から発せられた蛍光を測定することにより定量され、それにより発せられた蛍光の量をサンプル中に存在する選択されたエピトープを含む分子の量に相関させる、請求項１記載の方法。
3. オリゴヌクレオチドが二重鎖ＤＮＡである、請求項１記載の方法。
4. オリゴヌクレオチドが少なくとも１００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１記載の方法。
5. オリゴヌクレオチドが少なくとも５００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１記載の方法。
6. オリゴヌクレオチドがＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１乃至５の何れか１項記載の方法。
7. オリゴヌクレオチドがＴ７のＲＮＡポリメラーゼプロモーター及び７のＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１乃至６の何れか１項記載の方法。
8. 固相支持体が、チップ、ビーズ又はマルチウエルプレートのウエル内の表面である、請求項１乃至７の何れか１項記載の方法。
9. 固相支持体が、選択されたエピトープを発現する分子に結合する固定化分子を含む、請求項１乃至８の何れか１項記載の方法。
10. 細胞溶解物の中の蛋白質をプロファイルする方法であって、
    （ａ）細胞溶解物を、別々の選択されたエピトープに特異的に結合するビオチン化分子の混合物に加えるが、その際、選択されたエピトープに特異的に結合するビオチン化分子が、ビオチン化されたモノクローナル抗体、ビオチン化されたＦＡｂ断片、ビオチン化されたＦ（Ａｂ）_２断片、ビオチン化されたヒト化抗体又はキメラ抗体、ビオチン化された単鎖Ｆｖｓ，ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲｓ，ビオチン化されたＣＤＲ模倣物、ビオチン化された操作されたＣＤＲ構造であって、但し、選択されたエピトープに特異的に結合するビオチン化分子がＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドに連結されたストレプトアビジンに連結され、但し、別々の選択されたエピトープに特異的に結合するビオチン化分子が別々の長さのオリゴヌクレオチドに連結され；
    （ｂ）上記オリゴヌクレオチドをＲＮＡ増幅により増幅して、ＲＮＡ増幅して産物を生成し；
    （ｃ）上記ＲＮＡ増幅産物を、ＲＮＡ増幅産物を染色する蛍光染料に接触させ、そしてＲＮＡ増幅産物を電気泳動により分離し；そして
    （ｄ）溶解物の中の蛋白質のプロファイルが決定できるように蛍光によりＲＮＡ増幅産物を可視化する
    ことを含む方法。
11. サンプル中に存在する選択されたエピトープを含む分子が染色されたＲＮＡ増幅産物から発せられた蛍光を測定することにより定量され、それにより発せられた蛍光の量をサンプル中に存在する選択されたエピトープを含む分子の量に相関させる、請求項１０記載の方法。
12. オリゴヌクレオチドが二重鎖ＤＮＡである、請求項１０記載の方法。
13. オリゴヌクレオチドが少なくとも１００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１０記載の方法。
14. オリゴヌクレオチドが少なくとも５００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１０記載の方法。
15. オリゴヌクレオチドがＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１０乃至１４記載の方法。
16. オリゴヌクレオチドがＴ７のＲＮＡポリメラーゼプロモーター及びＴ７のＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１０乃至１５の何れか１項記載の方法。
17. 選択されたエピトープを含む分子を検出及び／又は定量するためのキットであって、
    （ａ）選択されたエピトープに関するビオチン化モノクローナル抗体、選択されたエピトープに関するビオチン化ＦＡｂｓ、選択されたエピトープに関するビオチン化Ｆ（Ａｂ）_２ｓ、選択されたエピトープに関するビオチン化されたヒト化抗体か又はキメラ抗体、選択されたエピトープに関するビオチン化単鎖Ｆｖ、ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、選択されたエピトープに関するビオチン化ＣＤＲ模倣物又は選択されたエピトープに関するビオチン化された操作されたＣＤＲ構造を含むコンテナ；
    （ｂ）ストレプトアビジンを含むコンテナ；
    （ｃ）ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドを含むコンテナ；
    （ｄ）ＲＮＡポリメラーゼを含むコンテナ；及び
    （ｅ）蛍光染料を含むコンテナ；
    又は
    （ａ）モノクローナル抗体、ＦＡｂｓ、Ｆ（Ａｂ）_２ｓ、ヒト化抗体か又はキメラ抗体、単鎖Ｆｖ、又は制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又はＣＤＲ構造をビオチン化するための試薬を含むコンテナ；
    （ｂ）ストレプトアビジンを含むコンテナ；
    （ｃ）ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドを含むコンテナ；
    （ｄ）ＲＮＡポリメラーゼを含むコンテナ；及び
    （ｅ）蛍光染料を含むコンテナ；
    又は
    （ａ）ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関するモノクローナル抗体、ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関するＦＡｂｓ、ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関するＦ（Ａｂ）_２ｓ、ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関するヒト化抗体か又はキメラ抗体、ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関する単鎖Ｆｖ、ユニバーサルエピトープを含む制約されたエピトープ特異的ＣＤＲ、ユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関するＣＤＲ模倣物又はユニバーサルエピトープを含む選択されたエピトープに関する操作されたＣＤＲ構造を含むコンテナ；
    （ｂ）ユニバーサルエピトープに関するビオチン化モノクローナル抗体、ユニバーサルエピトープに関するビオチン化ＦＡｂｓ、ユニバーサルエピトープに関するビオチン化Ｆ（Ａｂ）_２ｓ、ユニバーサルエピトープに関するビオチン化ヒト化抗体か又はキメラ抗体、ユニバーサルエピトープに関するビオチン化単鎖Ｆｖ、ビオチン化された制約されたユニバーサルエピトープ特異的ＣＤＲ、ユニバーサルエピトープに関するビオチン化ＣＤＲ模倣物又はユニバーサルエピトープに関するビオチン化された操作されたＣＤＲ構造を含むコンテナ；
    （ｃ）ストレプトアビジンを含むコンテナ；
    （ｄ）ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むビオチン化オリゴヌクレオチドを含むコンテナ；
    （ｅ）ＲＮＡポリメラーゼを含むコンテナ；及び
    （ｆ）蛍光染料を含むコンテナ
    を含むキット。
18. 固相支持体をさらに含む、請求項１７記載のキット。
19. 固相支持体、及び選択されたエピトープを発現する分子に結合する分子を含むコンテナをさらに含む、請求項１７記載のキット。
20. チップ、ビーズ又はマルチウエルプレートのウエル内の表面である固相支持体をさらに含む、請求項１７記載のキット。
21. チップ、ビーズ又はマルチウエルプレートのウエル内の表面である固相支持体、及び選択されたエピトープを発現する分子に結合する分子を含むコンテナをさらに含む、請求項１７記載のキット。
22. 蛋白質をプロファイルするためのキットであって、
    （ａ）ストレプトアビジンブリッジにより別々の長さのビオチン化オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた、選択されたエピトープに関するビオチン化モノクローナル抗体、選択されたエピトープに関するビオチン化ＦＡｂ、選択されたエピトープに関するビオチン化Ｆ（Ａｂ）_２ｓ、選択されたエピトープに関するビオチン化されたヒト化抗体か又はキメラ抗体、選択されたエピトープに関するビオチン化単鎖Ｆｖｓ、ビオチン化された制約されたエピトープ特異的ＣＤＲｓ、ビオチン化ＣＤＲ模倣物又はビオチン化された操作されたＣＤＲ構造の混合物を含むコンテナ；
    （ｂ）ＲＮＡポリメラーゼを含むコンテナ；及び
    （ｃ）蛍光染料を含むコンテナ
    を含むキット。
23. オリゴヌクレオチドが二重鎖ＤＮＡである、請求項１７乃至２２の何れか１項記載のキット。
24. オリゴヌクレオチドが少なくとも１００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１７乃至２２の何れか１項記載のキット。
25. オリゴヌクレオチドが少なくとも５００塩基対を有する二重鎖ＤＮＡである、請求項１７乃至２２の何れか１項記載のキット。
26. オリゴヌクレオチドがＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１７乃至２５の何れか１項記載のキット。
27. オリゴヌクレオチドがＴ７のＲＮＡポリメラーゼプロモーター及びＴ７のＲＮＡポリメラーゼ終結配列を含む、請求項１７乃至２６の何れか１項記載のキット。

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