JP2007011977A - 画像処理方法、コンピュータ実行可能なプログラム、及び顕微鏡システム - Google Patents
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Abstract
【解決手段】本発明の顕微鏡システムは、顕微鏡観察物(11A)から画像データを取得することの可能な顕微鏡装置(11)と、前記顕微鏡装置(11)が同一の顕微鏡観察物の同一の観察ポイントから取得した複数の画像データを、フレーム間符号化して圧縮する画像処理装置(13)とを備えたことを特徴とする。これらの複数の画像画像データには一定の相関があるので、フレーム間符号化すれば、記録すべきデータ量を抑えることができる。特に、その圧縮を、フォーカス軸方向に亘って行えば、データ量は効率的に抑えられる。
【選択図】 図1
Description
それらの観察データの量は、培養期間や撮影頻度の分だけ増える。しかも、同一の培養細胞のデータを複数人で共有しようとした場合、人数の分だけ観察データの量は増える。同一の培養細胞であっても、観察ポイントや観察すべきフォーカス面などは観察目的によって様々だからである。
そこで本発明は、顕微鏡観察に関わるデータを効率よく管理することのできる画像処理方法、コンピュータ実行可能なプログラム、及び顕微鏡システムを提供することを目的とする。
また、本発明のコンピュータ実行可能なプログラムは、同一の顕微鏡観察物の同一の観察ポイントから取得された複数の画像データを、フレーム間符号化して圧縮する手順を含むことを特徴とする。
以下、図面を参照して本発明の第1実施形態を説明する。本実施形態は、培養細胞の変化を観察するための顕微鏡システムの実施形態である。
図1は、本システムの全体構成を示す図である。図1に示すように、本システムには、顕微鏡装置11、培養装置12、コンピュータ13、表示装置14、入力器15などが備えられる。このうち、顕微鏡装置11,培養装置12,表示装置14,及び入力器15は、それぞれコンピュータ13に接続される。
制御プログラムは、コンピュータ13に対し、顕微鏡装置11及び培養装置12を駆動制御させるものである。このプログラムに従い、コンピュータ13は、顕微鏡装置11内の各部を適切に動作させ、ディッシュ11A内の培養細胞の顕微鏡画像を、所定の培養期間内(例えば、3日以内)に、所定頻度(例えば、5回/日)で撮影する。その撮影は、複数の観察ポイント、複数の撮影倍率、複数のフォーカス面についてそれぞれ行われる。
この付帯情報には、撮影情報と培養情報との2種類がある。撮影情報には、撮影時間(撮影日時)、撮影倍率(撮影時に顕微鏡装置11にセットされた対物レンズの倍率)、フォーカス面座標(撮影時における顕微鏡装置11にセットされた対物レンズの座標)、観察ポイント座標(撮影時における顕微鏡装置11のステージ面内の座標)などが含まれる。
以下、データ処理プログラムの詳細(コンピュータ13の動作)を説明する。なお、このデータ処理プログラムの処理対象となる観察データは、撮影倍率と観察ポイントとの双方が共通の一連の画像データに関するものである。よって、以下の処理は、撮影倍率と観察ポイントとの組み合わせの数だけ、実行される。
(フォーカス軸圧縮プログラムS1)
図3(A)に示す各画像データIt,Zのうち、画像データ群(I0-2,I0-1,I00,I01,I02)の間では、撮影時間tが同じ(t=0)なので、相関が高い。そこで、その画像データ群(I0-2,I0-1,I00,I01,I02)を、フレーム間符号化して圧縮する。その圧縮の基準は、例えば、基準フォーカス面の画像データI00である。
この圧縮後の画像データ群(Δ0-2,Δ0-1,I00,Δ01,Δ02)は、圧縮前の画像データ群(I0-2,I0-1,I00,I01,I02)と比較して、そのデータ量が格段に抑えられている。
以下、或る撮影時間tについて取得された圧縮後の画像データ群(Δt-2,Δt-1,It0,Δt1,Δt2)を、圧縮画像パッケージPtという。このステップでは、複数の圧縮画像パッケージP0,P1,P3,・・・が取得されることになる。
図3(B)に示す各圧縮画像パッケージP0,P1,P3,・・・の各々に個別に含まれる画像データI00,I10,I20・・・は、何れもフォーカス面座標Zが同じ(Z=0)なので、一定の相関がある。そこで、それらの画像データ群(I00,I10,I20・・・)を、フレーム間符号化して圧縮する。その圧縮の基準は、例えば、撮影時間tが最新(t=0)の画像データI00である。
この圧縮後の画像データ群(I00,Δ10,Δ20,・・・)は、圧縮前の画像データ群(I00,I10,I20・・・)と比較して、そのデータ量が抑えられている。
(パッケージプログラムS3)
図3(D)に示すとおり、圧縮画像パッケージP0,P1,P2,・・・と、それに含まれる各画像データの各付帯情報(撮影情報及び培養情報)とを、タグ付き言語の一種であるXMLで互いに関連付けて1つのパッケージファイルに纏める。
パッケージファイルF1内において、圧縮画像パッケージP0に関する情報は、要素D0に纏めて格納され、圧縮画像パッケージP1に関する情報は、要素D1に纏めて格納される。同様に圧縮画像パッケージP2,P3,・・・に関する各情報は、要素D2,D3,・・・にそれぞれ纏めて格納される。
また、圧縮画像パッケージP0(要素D0)内の全画像データ(I00,Δ01,Δ02,Δ0-1,Δ0-2)に共通する付帯情報、つまり、撮影時間tの情報(t=0)と、その撮影時間における培養情報(PH,温度,湿度,CO2濃度など)とは、要素D0の直下の要素B0に格納される。
また、画像データΔ01(要素D01)に固有の付帯情報、つまり、撮影時のフォーカス面座標Zの情報(Z=1)と圧縮情報とは、要素D01の直下の要素に格納される。同様に、画像データΔ02(要素D02),Δ0-1(要素D0-1),・・・の付帯情報も、各々の要素D02,D0-1,・・・の直下の要素に格納される。
以上、パッケージファイルF1においては、各種の付帯情報が、それぞれの付帯先の画像データ(又は画像データ群)と同じ要素に纏めて格納される。これによって、各種の付帯情報の付帯先の情報(関連付けの情報)が、パッケージファイルF1上で明確となる。
なお、複数のパッケージファイルの管理を容易にするため、コンピュータ13は、複数のパッケージファイルを同様のタグ付き言語で互いに関連付けて1つのパッケージファイル(グローバルパッケージファイル)に纏めてもよい。
しかも、その圧縮は、時間軸方向だけでなく、フォーカス軸方向に亘っても行われるので、データ量はより少なく抑えられる。
また、本システムでは、その関連付けを示すために、タグ付き言語(ここではXML)を用いるので、別のコンピュータでパッケージファイルを参照するときであっても、特別なソフトウエアを使用せずにその関連づけの情報を読み取ることができるので、便利である。
(その他)
なお、本システムでは、各画像データと各付帯情報とを、互いに関連づけて1ファイル(パッケージファイル)に纏めたが、各付帯情報とその関連づけの情報のみを1ファイル(リレーションファイル)に纏め、各画像データについては別のファイルに格納することとしてもよい。その場合も、リレーションファイルについては、タグ付き言語を用いることが望ましい。
また、フォーカス軸方向の圧縮においては、「ボケ補償予測」をして圧縮の効率をさらに向上させてもよい。ここでいう「ボケ補償予測」とは、或る画像データとそれに隣接する画像データとの差分をとる代わりに、或る画像データと予測画像データとの差分をとるものである。その予測画像データは、別のフォーカス面(例えば、基準フォーカス面)の画像データから予測されたものである。その予測は、フォーカス面の座標の変位と顕微鏡画像の変化(ボケ)との関係に基づいて行われる。その関係は、予めの測定や、顕微鏡装置11の設計値に基づくシミュレーションによって、既知となる。
[第2実施形態]
以下、図面を参照して本発明の第2実施形態を説明する。本実施形態も、培養細胞の変化を観察するための顕微鏡システムの実施形態である。ここでは、第1実施形態との相違点のみ説明する。相違点は、観察物の周辺にある。
多数のマイクロプレート111Aは、収容棚112bの各収容部に収められている。収容棚112bの全体は、1つのチャンバー112a内に収められており、その内部環境(CO2濃度、温度、湿度など)は、不図示の培養装置により監視され、かつ制御されている。
但し、本システムの観察ポイントの数は、(マイクロプレート111Aの総数)×(マイクロプレート111A内のウェル数)×(ウェル内の観察ポイントの数)であって、第1実施形態のシステムの観察ポイントの数よりも多い。よって、パッケージファイルの数もその分だけ多くなる。
(その他)
なお、本システムでは、複数のパッケージファイルを、マイクロプレートの番号毎、かつウェルの番号毎に纏めたが、例えば、観察目的毎に観察内容が決まっている場合には、その観察目的毎にパッケージファイルを纏めてもよい。
また、上述した各実施形態のシステムの観察物は、培養細胞であったが、他の観察物であってもよい。例えば、生体試料など、状態変化したり、透過性があって深さ方向にも観察すべきポイントがある観察物である。このような観察物の同じ観察ポイントを複数の撮影時間について撮影するときや、同じ観察ポイントを複数のフォーカス面について撮影するときに、本発明が有効となる。
Claims (10)
- 同一の顕微鏡観察物の同一の観察ポイントから取得された複数の画像データを、フレーム間符号化して圧縮する手順を含む
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項1に記載の画像処理方法において、
前記複数の画像データには、1つの被検物中の異なるフォーカス面から取得された複数の画像データが含まれる
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項2に記載の画像処理方法において、
前記フレーム間符号化圧縮は、
前記被検物の略中央部のフォーカス面を基準とし、これと隣接するフォーカス面との差分をとる
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項1〜請求項3の何れか一項に記載の画像処理方法において、
前記複数の画像データには、互いに異なる時間に取得された複数の画像データが含まれる
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項1〜請求項4の何れか一項に記載の画像処理方法において、
前記複数の画像データの各々に付帯する複数の付帯情報を、前記複数の画像データの各々に関連付けて1ファイルに纏める
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項5に記載の画像処理方法において、
前記付帯情報には、
前記画像データの取得条件を示す情報と、その取得時における前記顕微鏡観察物の環境を示す情報とが含まれる
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項5又は請求項6に記載の画像処理方法において、
前記複数の付帯情報を、圧縮後の前記複数の画像データと共に、1ファイルに纏める
ことを特徴とする画像処理方法。 - 請求項5〜請求項7の何れか一項に記載の画像処理方法において、
前記ファイルを、タグ付き言語で記述する
ことを特徴とする画像処理方法。 - 同一の顕微鏡観察物の同一の観察ポイントから取得された複数の画像データを、フレーム間符号化して圧縮する手順を含む
ことを特徴とするコンピュータ実行可能なプログラム。 - 顕微鏡観察物から画像データを取得することの可能な顕微鏡装置と、
前記顕微鏡装置が同一の顕微鏡観察物の同一の観察ポイントから取得した複数の画像データを、フレーム間符号化して圧縮する画像処理装置と
を備えたことを特徴とする顕微鏡システム。
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