JP2005514940A - 1435分子、559分子、34021分子、44099分子、25278分子、641分子、260分子、55089分子、21407分子、42032分子、46656分子、62553分子、302分子、323分子、12303分子、985分子、13237分子、13601分子、18926分子、318分子、2058分子または6351分子を用いる泌尿器疾患を処置するための方法および組成物 - Google Patents
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Abstract
本発明は、泌尿器系障害の診断および処置のための方法に関する。特に、本発明は、泌尿器系障害に関連する組織において、正常でのそれらの発現もしくは非泌尿器系障害状態での発現に対する、および/または泌尿器系障害に関連する処置に応答する、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子および6351遺伝子の差示的な発現を同定する。本発明は、種々の泌尿器系疾患の診断的評価および予後のための方法、ならびにこのような状態についての素因を示す被験体を同定するための方法を記載する。
Description
(関連出願)
本出願は、米国仮出願番号60/349,511(2002年1月18日出願)、米国仮出願番号60/360,500(2002年2月28日出願)、米国仮出願番号60/365,041(2002年3月15日出願)、米国仮出願番号60/374,063(2002年4月19日出願)、米国仮出願番号60/403,468(2002年8月14日出願)、米国仮出願番号60/414,262(2002年9月27日出願)、米国仮出願番号60/419,986(2002年10月21日出願)、米国仮出願番号60/423,809(2002年11月5日出願)および米国仮出願番号60/429,797(2002年11月26日出願)の利益を主張する。これらの仮特許出願の内容全体は、参考として援用される。
本出願は、米国仮出願番号60/349,511(2002年1月18日出願)、米国仮出願番号60/360,500(2002年2月28日出願)、米国仮出願番号60/365,041(2002年3月15日出願)、米国仮出願番号60/374,063(2002年4月19日出願)、米国仮出願番号60/403,468(2002年8月14日出願)、米国仮出願番号60/414,262(2002年9月27日出願)、米国仮出願番号60/419,986(2002年10月21日出願)、米国仮出願番号60/423,809(2002年11月5日出願)および米国仮出願番号60/429,797(2002年11月26日出願)の利益を主張する。これらの仮特許出願の内容全体は、参考として援用される。
(発明の背景)
尿失禁(UI)には何種類かあり、そのうち最も一般的な2つの尿失禁は、緊張性尿失禁(SUI)および急迫性尿失禁(UUI)である。SUIは、UUIと共存し得、それゆえ、混合型尿失禁と呼ばれる。UUIは、過活動性または過敏性膀胱として公知の複合物の一部であり、これは、UUIを伴うかまたは伴わない、頻尿(frequency)および/または尿意促迫の症状を包含する。失禁を有する患者の75%は、高齢の女性である。
尿失禁(UI)には何種類かあり、そのうち最も一般的な2つの尿失禁は、緊張性尿失禁(SUI)および急迫性尿失禁(UUI)である。SUIは、UUIと共存し得、それゆえ、混合型尿失禁と呼ばれる。UUIは、過活動性または過敏性膀胱として公知の複合物の一部であり、これは、UUIを伴うかまたは伴わない、頻尿(frequency)および/または尿意促迫の症状を包含する。失禁を有する患者の75%は、高齢の女性である。
膀胱の過活動は、排尿筋の不安定性または反射亢進から生じ得る。きっかけは、膀胱における求心性末梢神経末端の活性増大または中枢神経系および/もしくは末梢神経節における阻害制御の低減を包含し得る。排尿筋の筋肉の構造または機能における変化(例えば、脱神経に起因した筋肉細胞の興奮性増大)はまた、この充填障害(filling disorder)の病因において役割を果たし得る。
良性前立腺肥大(BPH)は、世界中のヒトに罹患する一般的な加齢性病理状態である。60歳では、少なくとも25%は、BPHの症状を有する。BPHの症状は現在、下部尿路症状(LUTS)と呼ばれる。LUTSは、伝統的に、閉塞性症状(流量低下(weak stream)、間欠性、緊張(straining)など)および刺激性症状(頻尿、夜間多尿症、尿意促迫など)に分けられる。これらは、少なくとも3つの病態生理学的要素(すなわち、静的排尿筋関連要素、動的排尿筋関連要素および膀胱排尿筋関連要素)によって引き起こされる。前立腺腫脹、またはより具体的には良性前立腺結節腫脹は、静的閉塞性要素の多くの原因であり、そして高齢の男性においては、移行帯および尿道周囲腺組織に主に制限されている。対照的に、動的成分は、前立腺および膀胱頸部における平滑筋緊張の反映である。筋緊張における変動は、出口の閉塞程度において対応する変化を引き起こす。膀胱および排尿筋関連成分は、主に刺激性症状を有する人において優勢であると考えられる。これらは、阻害されない排尿筋収縮の発生の増大および同時に、膀胱の収縮能力の喪失を反映し、これらは両方とも、既存の閉塞に対する応答である。
UIおよびBPHに有用な治療に関して、未だ満たされていない医学的必要性が存在する。
(発明の詳細な説明)
本発明は、UIおよびBPHを含むがこれらに限定されない泌尿器系障害の診断および処置のための方法および組成物を提供する。本明細書中で使用される場合、泌尿器系障害は、膀胱、尿道または中枢神経系/末梢神経系の機能不全によって引き起こされる、尿失禁(過活動膀胱/過敏膀胱を含む)、溢流性尿失禁、緊張性尿失禁を含むがこれらに限定されない、膀胱の疾患であり得る。
本発明は、UIおよびBPHを含むがこれらに限定されない泌尿器系障害の診断および処置のための方法および組成物を提供する。本明細書中で使用される場合、泌尿器系障害は、膀胱、尿道または中枢神経系/末梢神経系の機能不全によって引き起こされる、尿失禁(過活動膀胱/過敏膀胱を含む)、溢流性尿失禁、緊張性尿失禁を含むがこれらに限定されない、膀胱の疾患であり得る。
本明細書中で使用される場合、泌尿器系障害は、雄性骨盤領域において生じた、例えば、雄性性機能不全および/または尿症状によって特徴付けられる、異常な状態を言及する「前立腺障害」を含むがこれらに限定されない、前立腺の障害であり得る。この障害は、前立腺炎、良性前立腺肥大および前立腺の癌(例えば、腺癌または癌腫)を含む、前立腺のいくつかの一般的疾患においてのように、尿生殖器炎症(例えば、平滑筋細胞の炎症)の形態で症状発現し得る。
本明細書中で使用される場合、泌尿器系障害は、以下を含むがこれらに限定されない腎臓の障害であり得る:先天異常(腎臓の嚢胞疾患(嚢胞腎臓形成異常、常染色体優性(成人)多発性嚢胞腎疾患、常染色体劣性(小児期)多発性嚢胞腎疾患、および腎髄質の嚢胞疾患(髄質海綿腎、および複合型腎ろう−尿毒症髄質嚢胞疾患(nephronophthisis−uremic medullary cystic disease complex)、後天性(透析関連)嚢胞疾患(例えば、単純嚢腫)を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されない);糸球体疾患(インサイチュ免疫複合体沈着(抗GBM腎炎、ヘイマン腎炎、および移植した抗原に対する抗体を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されない糸球体傷害の病理を含む)、循環免疫複合体腎炎、糸球体細胞に対する抗体、糸球体腎炎における細胞媒介免疫、第2補体経路の活性化、上皮細胞傷害、および糸球体傷害のメディエーター(細胞メディエーターおよび可溶性メディエーターを含む)を含む病理、急性糸球体腎炎(例えば、急性増殖(溶連菌後(poststreptococcal)、感染後)糸球体腎炎(溶連菌感染後糸球体腎炎および非溶連菌性急性糸球体腎炎、急速進行性(半月体)糸球体腎炎、ネフローゼ症候群、膜性糸球体腎炎(膜性腎症)、微少変化疾患(minimal change disease)(リポイドネフローゼ)、巣状分節状糸球体硬化症、膜性増殖性糸球体腎炎、IgA腎症(バーガー疾患)、巣状増殖性および壊死性糸球体腎炎(巣状糸球体腎炎)を含むがこれらに限定されない)、遺伝性腎炎(アルポート症候群および薄膜疾患(良性家族性血尿)を含むがこれらに限定されない)、慢性糸球体腎炎、全身性疾患(全身性エリテマトーデス、ヘーノホ−シェーンライン紫斑病、細菌性心内膜炎、糖尿病性糸球体硬化症、アミロイドーシス、線維性およびイムノタクトイド(immunotactoid)糸球体腎炎、および他の全身性障害を含むがこれらに限定されない)に関連した糸球体損傷;細管および間隙に罹患する疾患(急性細管壊死および尿細管間質性腎炎(腎盂腎炎および尿路感染症を含むがこれらに限定されない)を含む)、急性腎盂腎炎、慢性腎盂腎炎および逆流性腎症、ならびに薬物および毒素によって誘導される尿細管間質性腎炎(急性薬物誘発性間質性腎炎、鎮痛薬濫用腎症、非ステロイド性抗炎症薬物に関連した腎症、および他の尿細管間質性疾患(尿酸腎症、高カルシウム血症および腎石灰症、および多発性骨髄腫を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されない);血管の疾患(良性腎硬化症、悪性高血圧症および加速性腎硬化症を含む)、腎動脈狭窄、および血栓性細小血管症(古典的(小児期)溶血性尿毒症症候群、成人溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、特発性HUS/TTP、および他の血管障害(アテローム硬化性虚血性腎臓疾患、アテローム塞栓性腎臓疾患、鎌状赤血球疾患腎症、びまん性皮質壊死、および腎臓梗塞を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されない);尿路閉塞(閉塞性尿路疾患);尿石症(腎石、結石);ならびに腎臓の腫瘍(良性腫瘍(例えば、腎乳頭腺腫、腎線維腫または過誤腫(線維過誤腫)、血管筋脂肪腫、および膨大細胞腫)および悪性腫瘍(腎盂の尿路上皮癌を含む腎細胞癌(副腎腫、腎臓の腺癌)を含む))を含むがこれらに限定されない)。
「処置」は、本明細書中で使用される場合、疾患もしくは障害、疾患もしくは障害の少なくとも1つの症状、または疾患もしくは障害に対する素因の治療(curing)、治癒(healing)、緩和(alleviating)、軽減(relieving)、変更(altering)、救済(remedying)、改善(ameliorating)、向上(improving)または影響(affecting)を目的とする、疾患もしくは障害、疾患もしくは障害の症状または疾患もしくは障害に対する素因を有する患者への治療薬剤の適用もしくは投与、またはこの患者由来の単離された組織もしくは細胞株への治療薬剤の適用もしくは投与と定義される。治療薬剤としては、低分子、ペプチド、抗体、リボザイムおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。代表的な分子は、本明細書中に記載される。
本発明は少なくとも一部、核酸分子およびタンパク質分子(以下に記載される)が、疾患状態においては、正常な状態、すなわち疾患でない状態におけるそれらの発現と比較して示差的に発現されるという知見に基づく。本発明の方法に従って同定される本発明の分子のモジュレーターは、UIおよびBPHを含むがこれらに限定されない疾患を調節(例えば、阻害、処置または予防)または診断するために用いられ得る。
「示差的発現」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子の時間的発現パターンおよび/または組織発現パターンにおける定量的相違および定性的相違の両方を包含する。従って、示差的に発現される遺伝子は、その発現が、疾患状態と比較して、正常な状態において活性化または不活化されていてもよい。発現が、正常状態と疾患状態とで、またはコントロール状態と実験状態とで異なる程度は、標準的な特徴付け技術(例えば、定量的PCR、ノーザン分析、差引きハイブリダイゼーション)を介して可視化されるに充分に大きいことのみを必要とする。示差的に発現される遺伝子の発現パターンは、疾患(例えば、UIおよびBPH)評価の予後判定もしくは診断の一部として用いられ得るか、または疾患(例えば、UIまたはBPH)の処置に有用な化合物を同定するための方法において用いられ得る。さらに、疾患に関与する示差的に発現される遺伝子は、標的遺伝子発現のレベルまたは標的遺伝子産物の活性のレベルの調節が、疾患状態(例えば、UIおよび/またはBPH)を治療、治癒、緩和、軽減、変更、救済、改善、向上または影響するように作用するように、標的遺伝子を提示し得る。標的遺伝子の発現または標的遺伝子産物の活性を調節する化合物は、疾患の処置において用いられ得る。本明細書中に記載される遺伝子は、疾患に関して示差的に発現され得、そして/またはそれらの産物は、疾患に対して重要な遺伝子産物と相互作用し得るが、これらの遺伝子はまた、さらなる疾患細胞プロセスに重要な機構に関与し得る。
(本発明の分子)
本発明の分子としては、以下の分類が挙げられるがこれらに限定されない:Gタンパク質共役レセプター(GPCR)。脂質メディエーターおよびリガンド型イオンチャネルのGPCRは、(特に、c線維における)増大した求心性神経活性に関連している。神経伝達物質を異化/代謝する酵素、神経伝達物質/ペプチドホルモンGPCR、プロテアーゼ/ペプチダーゼおよびトランスポーターは、以下に関与することが示されている:a)CNS/末梢神経節における低減した阻害コントロール、b)CNS/末梢神経節における増大した興奮性神経伝達、およびc)排尿筋における遠心性刺激に対する増大した感度。cAMP/cGMPを異化/代謝する酵素、リガンド型イオンチャネル、Ca2+/K+チャネル、Ser/Thr−キナーゼおよびATPaseは、膀胱平滑筋収縮の筋原性調節に関係している。神経伝達物質GPCRおよびcAMP/cGMPを異化/代謝する酵素の関与は、膀胱の貯蔵反射の神経学的調節および筋原性の調節において実証されている。
本発明の分子としては、以下の分類が挙げられるがこれらに限定されない:Gタンパク質共役レセプター(GPCR)。脂質メディエーターおよびリガンド型イオンチャネルのGPCRは、(特に、c線維における)増大した求心性神経活性に関連している。神経伝達物質を異化/代謝する酵素、神経伝達物質/ペプチドホルモンGPCR、プロテアーゼ/ペプチダーゼおよびトランスポーターは、以下に関与することが示されている:a)CNS/末梢神経節における低減した阻害コントロール、b)CNS/末梢神経節における増大した興奮性神経伝達、およびc)排尿筋における遠心性刺激に対する増大した感度。cAMP/cGMPを異化/代謝する酵素、リガンド型イオンチャネル、Ca2+/K+チャネル、Ser/Thr−キナーゼおよびATPaseは、膀胱平滑筋収縮の筋原性調節に関係している。神経伝達物質GPCRおよびcAMP/cGMPを異化/代謝する酵素の関与は、膀胱の貯蔵反射の神経学的調節および筋原性の調節において実証されている。
ペプチドホルモンGPCR、プロテイナーゼ/ペプチダーゼ、ステロイドおよび核ホルモンレセプターを異化/代謝する酵素は、テストステロン産生の内分泌調節に関与することが示されている。レセプターチロシンキナーゼおよびSer/Thr−キナーゼは、支質細胞由来増殖因子および局所因子を通して、BPHにおける初期上皮増殖を媒介することに関連している。ペプチドホルモン/神経伝達物質GPCRおよびトランスポーターは、平滑筋緊張の神経学的調節を媒介することが実証されている。cAMP/cGMPを異化/代謝する酵素、リガンド型イオンチャネル、Ca2+/K+チャネル、ATPaseは、前立腺における平滑筋緊張の筋原性調節に関連している。
(遺伝子番号1435)
ヒト1435配列(配列番号1)(GI:183931、ヒトレセプターチロシンキナーゼであるeph−A3としても公知である)(これは、非翻訳領域を含めて、約3149ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約2952ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号1のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号3)を含む。このコード配列(配列番号1の核酸約101〜3052に位置する)は、983アミノ酸のタンパク質(配列番号2)(GI:183932)をコードする。
ヒト1435配列(配列番号1)(GI:183931、ヒトレセプターチロシンキナーゼであるeph−A3としても公知である)(これは、非翻訳領域を含めて、約3149ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約2952ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号1のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号3)を含む。このコード配列(配列番号1の核酸約101〜3052に位置する)は、983アミノ酸のタンパク質(配列番号2)(GI:183932)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、1435 mRNAは、前立腺(良性の前立腺肥大(BPH)を含む)および脳に限定されない正常組織において、非常に限定した発現を示した。TaqMan分析は、1435のmRNAが、3つの正常前立腺サンプルと比べて4つの異なるBPHサンプルにおいてアップレギュレートされたことを示した。さらなるTaqMan研究は、1435のmRNAは間質性成分に主に局在するが、前立腺の上皮にもいくぶん発現したことを示した。1435は、チロシンキナーゼレセプターである。チロシンキナーゼレセプターは、正常細胞および腫瘍細胞の増殖および分化において重要な役割を果たす。レセプターとの相互作用が発見された多くのタンパク質は、骨格の組織化および細胞接着の周知の調節因子である。エフリン(ephrin)−A(1435に対するリガンド)に対する応答において、GTPase、エフェキン(ephexin)のRhoファミリーについての新規のグアニンヌクレオチド交換因子は、Rhoキナーゼを順に活性化するRhoAを活性化する。Rhoキナーゼ活性化は、ミオシン活性における増加を導き、そしてアクチンミオシンネットワークの収縮を促進するミオシン軽鎖ホスファターゼを阻害する。1435(eph−A3)をアンタゴナイズすることは、rhoキナーゼの活性化(antivation)を遮断し、従って、BPHにおける間質性成分の収縮特性を遮断する。1435活性をアンタゴナイズする薬剤は、前立腺肥大を抑制し、そしてBPHに対する治療に有用である。
(遺伝子番号559)
ヒト559配列(配列番号4)(GI:31657、GAT1 GABAトランスポーターとしても公知である)(これは、非翻訳領域を含めて、約2298ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約1800ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号4のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号6)を含む。このコード配列(配列番号4の核酸約235〜2034に位置する)は、599アミノ酸のタンパク質(配列番号5)(GI:31658)をコードする。
ヒト559配列(配列番号4)(GI:31657、GAT1 GABAトランスポーターとしても公知である)(これは、非翻訳領域を含めて、約2298ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約1800ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号4のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号6)を含む。このコード配列(配列番号4の核酸約235〜2034に位置する)は、599アミノ酸のタンパク質(配列番号5)(GI:31658)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、559 mRNAは、2つの正常前立腺と比べて4/4BPH前立腺において4〜25倍までアップレギュレートした。正常ヒト組織に関するさらなるTaqMan分析は、神経組織および肝臓において、高レベルの559 mRNA発現を示す。
559は、GABAトランスポーターGAT−1である。GABA AレセプターでのGABA作用は、Clイオン流入によるシナプスの過分極を生じる。GABAトランスポーターは細胞内へ外側からGABAを汲み上げる。GABAトランスポーターを遮断することは、シナプス/筋肉−神経接続でのGABA量の増加を誘導し、これは、過分極、つまり平滑筋細胞収縮への阻害効果を生じる。この機能的役割および発現パターンに起因して、559活性のモジュレーターは、泌尿器疾患(BPHを含むが、これに限定されない)を処置するために有用である。本発明の559ポリペプチドは、559活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号34021)
ヒト34021配列(配列番号7)(これは、非翻訳領域を含めて、約1559ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約1104ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号7のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号9)を含む。このコード配列(配列番号7の核酸約85〜1188に位置する)は、367アミノ酸のタンパク質(配列番号8)をコードする。
ヒト34021配列(配列番号7)(これは、非翻訳領域を含めて、約1559ヌクレオチド長である)は、終結コドンを含めて約1104ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号7のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号9)を含む。このコード配列(配列番号7の核酸約85〜1188に位置する)は、367アミノ酸のタンパク質(配列番号8)をコードする。
34021は、TSK−1と称されるプロテインキナーゼである。TaqMan分析によって評価された場合、34021 mRNAは、良性の前立腺肥大(BPH)および前立腺腫瘍サンプルにおいて最も高い発現レベルを伴って、低〜中程度のレベルで発現した。さらなるTaqMan分析は、34021 mRNAが、正常前立腺に対してBPH前立腺の大部分においてアップレギュレートされたことを示した。その発現パターンに起因して、34021活性のモジュレーターは、泌尿器障害(BPHおよび尿失禁を含むが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の34021ポリペプチドは、34021活性のモジュレーターのスクリーニングに有用である。
(遺伝子番号 44099)
ヒト44099配列(配列番号10)(これは、非翻訳領域を含めて、約1389ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1380ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号10のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号12)を含む。このコード配列(配列番号10の核酸約1〜1380に位置する)は、459アミノ酸のタンパク質(配列番号11)をコードする。
ヒト44099配列(配列番号10)(これは、非翻訳領域を含めて、約1389ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1380ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号10のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号12)を含む。このコード配列(配列番号10の核酸約1〜1380に位置する)は、459アミノ酸のタンパク質(配列番号11)をコードする。
44099は、P2X2レセプターとして公知のイオンチャンネルである。TaqMan分析によって評価された場合、正常な前立腺において、44099のmRNAの低度から中程度の発現が示され、そしてBPHサンプルの大部分においてアップレギュレートされた。さらなるTaqMan分析は、44099のmRNAが、5/5BPHサンプルにおいて、正常な前立腺と比較してアップレギュレートされ、そして44099が、前立腺BPHの間質成分において発現されることを示した。
P2Xレセプターは、リガンドゲートイオンチャンネルである(この場合のリガンド:ATP)。これらは、ニューロン間およびニューロンから平滑筋へのシナプス伝達を媒介するとして知られている。その機能および発現パターンに起因して、44099の活性を調節することは、BPHの前立腺において平滑筋の緊張を調節する。44099の活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHが挙げられるが、これに限定されない)の処置において有用である。本発明の44099ポリペプチドは、44099活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号25278)
ヒト25278配列(配列番号13)(これは、非翻訳領域を含めて、約2940ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1710ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号13のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号15)を含む。このコード配列(配列番号13の核酸約334〜2043に位置する)は、569アミノ酸のタンパク質(配列番号14)をコードする。
ヒト25278配列(配列番号13)(これは、非翻訳領域を含めて、約2940ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1710ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号13のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号15)を含む。このコード配列(配列番号13の核酸約334〜2043に位置する)は、569アミノ酸のタンパク質(配列番号14)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、25278のmRNAは、UIに関するラットモデル、脊椎損傷(SCI)モデルにおいてアップレギュレートされた。さらなるTaqMan研究は、25278のmRNAは、全てのBPHサンプル対正常の前立腺において、アップレギュレートされたことを示した。その発現パターンに起因して、25278活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよびUIが挙げられるが、これに限定されない)の処置において有用である。本発明の25278ポリペプチドは、25278活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号641)
ヒト641配列(配列番号16)(カリウムチャンネル(KCNQ2)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3232ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2619ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号16のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号18)を含む。このコード配列(配列番号16の核酸約128〜2746に位置する)は、872アミノ酸のタンパク質(配列番号17)をコードする。
ヒト641配列(配列番号16)(カリウムチャンネル(KCNQ2)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3232ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2619ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号16のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号18)を含む。このコード配列(配列番号16の核酸約128〜2746に位置する)は、872アミノ酸のタンパク質(配列番号17)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、641のmRNAは、正常な前立腺組織における発現レベルと比較した場合、BPH前立腺において有意にアップレギュレートされた。641は、KCNQ2としても公知なカリウムチャンネルである。出版された文献は、641またはKCNQ2の活性化は、カリウムをポンピングして、細胞を過分極することにより、細胞の膜電位を安定化したことを示す。従って、カリウムチャンネルの活性化により、前立腺平滑筋が過分極され、これらの筋肉の弛緩を誘導する。前立腺平滑筋の過分極化は、BPH患者の前立腺の閉塞を減少するために有益である。BPHにおける641の発現に起因して、641活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび切迫尿失禁が挙げられるが、これに限定されない)の処置において有用である。本発明の641ポリペプチドは、641活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号260)
ヒト260配列(配列番号19)(κオピオイドレセプター1(KOR)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約1182ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1143ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号19のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号21)を含む。このコード配列(配列番号19の核酸約14〜1156に位置する)は、380アミノ酸のタンパク質(配列番号20)をコードする。
(遺伝子番号260)
ヒト260配列(配列番号19)(κオピオイドレセプター1(KOR)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約1182ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1143ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号19のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号21)を含む。このコード配列(配列番号19の核酸約14〜1156に位置する)は、380アミノ酸のタンパク質(配列番号20)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、260のmRNAは、脊髄神経節(DRG)および肺組織とともにヒトの脳組織(すなわち、皮質および視床下部)において有意にアップレギュレートされた。さらなるTaqMan分析は、260のmRNAが、正常な前立腺および全てのBPHサンプルにおいて発現されることを示した。260のmRNAはまた、上皮および前立腺の間質細胞において発現された。
260またはκオピオイドレセプター(KOR)は、レセプターのオピオイドファミリーのメンバーである。Fas/FasLアポトーシス経路は、ヒト子宮内膜間質細胞のκオピオイド誘導アポトーシスに関連する(Mol Hum Reprod.2001 Sep;7(9):867−74)。κオピオイドレセプターは、CNE2ヒト上皮腫瘍細胞株における、ホスホリパーゼC経路を介したアポトーシスを増強する(Biochim Biophys Acta.2000 Dec 11;1499(1−2):49−62)。κオピオイドレセプターのアゴニスト活性化は、平滑筋細胞弛緩に関連する。加えて、κオピオイドレセプターは、間質細胞および上皮細胞のアポトーシスにおいて、重要な役割を果たす。従って、アゴニストを用いた260の活性化は、平滑筋弛緩または間質細胞、上皮細胞アポトーシスのいずれか、またはその両方を生じ、BPHの病徴の減少において有用である。脳皮質、脳視床下部および脊髄神経節(DRG)ならびに肺組織における260の発現に起因して、260活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の260ポリペプチドは、260活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号55089)
ヒト55089配列(配列番号22)(可溶性ホスホリパーゼA2としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2270ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約636ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号22のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号24)を含む。このコード配列(配列番号22の核酸約93〜728に位置する)は、211アミノ酸のタンパク質(配列番号23)をコードする。
ヒト55089配列(配列番号22)(可溶性ホスホリパーゼA2としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2270ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約636ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号22のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号24)を含む。このコード配列(配列番号22の核酸約93〜728に位置する)は、211アミノ酸のタンパク質(配列番号23)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、55089のmRNAは、扁桃腺、続いて結腸、膀胱および腎臓組織において有意にアップレギュレートされた。さらなるTaqMan分析は、55089のmRNAが、心臓、肝臓、腎臓または脳よりも高いレベルで膀胱において発現されていることを示した。ヒトプローブを用いて行った、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)実験により評価された場合、55089が、ヒト、サル、ウサギおよびラットの膀胱において、平滑筋細胞および上皮細胞の両方において発現されることが示された。膀胱中の55089の発現は、平滑筋細胞と比べると、上皮細胞においての方が比較的高い。55089はまた、サルおよびラットのDRGにおいて発現することが、ISHにより示された。
55089は、可溶性ホスホリパーゼA2のファミリーのメンバーである。一般的に、ホスホリパーゼA2は、脂質二重層において、C2位の脂肪酸を放出することにより、リン脂質を分解し、このC2位は、高等生物では、アラキドン酸エステルのような不飽和脂肪酸により通常占有される。可溶性ホスホリパーゼA2の大部分は、2つの生物学的機能を有する。1つは、細菌性脂質二重層の完全性を乱すことによる殺菌活性であり、もう1つは、アラキドン酸エステルを供給するための、プロスタグランジンおよびロイコトリエンのような生物活性脂質の供給源である。他のメンバーとは異なり、55089は、インビトロ実験において、グラム+およびグラム−の両方に対する細菌活性を有さない。この結果は、55089の主要な役割は、アラキドン酸エステル放出の調節であること意味する。加えて、外因性ロイコトリエンおよび外因性プロスタグランジンは、器官浴実験において、膀胱収縮を刺激することが報告されている。55089は、膀胱内でアラキドン酸エステルの放出において役割を果たすので、55089の阻害は、膀胱平滑筋緊張を潜在的に調節し、そして過活動膀胱の制御において有用である。扁桃腺、結腸、膀胱および腎臓における55089の発現に起因して、55089活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これに限定されない)の処置において有用である。本発明の55089ポリペプチドは、55089活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号21407)
ヒト21407配列(配列番号25)(CNGチャンネルα3カリウムチャンネル(KCNQ2)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3486ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2085ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号25のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号27)を含む。このコード配列(配列番号25の核酸約40〜2124に位置する)は、694アミノ酸のタンパク質(配列番号26)をコードする。
ヒト21407配列(配列番号25)(CNGチャンネルα3カリウムチャンネル(KCNQ2)としても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3486ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2085ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号25のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号27)を含む。このコード配列(配列番号25の核酸約40〜2124に位置する)は、694アミノ酸のタンパク質(配列番号26)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、21407のmRNAは、下垂体、続いて脳皮質、脳視床下部、脊髄、膀胱、小腸および結腸、において発現された。さらなるTaqMan分析は、21407のmRNAが、9つの膀胱のうち7つの膀胱で発現されることを示した。インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)により評価された場合、ヒトプローブを用いて行った実験は、ヒトおよびウサギの膀胱における、21407の発現を示した。全体的に、陽性上皮シグナルは、ヒト膀胱サンプルおよびウサギ膀胱サンプルにおいて見られた。
21407またはCNG3は、環状ヌクレオチドゲート(CNG)カチオンチャンネルファミリーのメンバーである。CNG3は、αサブユニットの1つであり、βサブユニットとともにか、またβサブユニットなしで、機能的イオンチャンネルを形成する。Ca2+流入の減少および過分極を引き起こすcGMPの減少がある場合、CNGチャンネルは閉じる。光伝達におけるCNGチャンネルの役割は、よく確立されている。CNG3は、光受容の錐状体機能において、重要な役割を果たすことが示されている。従って、アンタゴニストを用いた21407の阻害は、膀胱平滑筋の緊張における弛緩または減少の両方を引き起こす、Ca2+流入の減少および過分極を潜在的に引き起こし、そして過活動膀胱の制御に有用となり得る。脳下垂体、脳皮質、脳視床下部、脊髄、膀胱、小腸および結腸における21407の発現に起因して、21407活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の21407ポリペプチドは、21407活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号42032)
ヒト42032配列(配列番号28)(カルシウム活性化クロライドチャンネルとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2970ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2832ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号28のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号30)を含む。このコード配列(配列番号28の核酸約109〜2940に位置する)は、943アミノ酸のタンパク質(配列番号29)をコードする。
ヒト42032配列(配列番号28)(カルシウム活性化クロライドチャンネルとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2970ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2832ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号28のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号30)を含む。このコード配列(配列番号28の核酸約109〜2940に位置する)は、943アミノ酸のタンパク質(配列番号29)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、42032のmRNAは、肺腫瘍に続いて、脳皮質、正常な膀胱、BPH、前立腺癌、正常な乳房および正常な扁桃腺において高いレベルで発現されることを示した。さらなるTaqMan分析は、42032のmRNAが、7/9の膀胱および正常な前立腺およびBPH前立腺で発現されることを示した。
42032(CLCA2/CaCC3)は、カルシウム活性化クロライド(CLCA)チャンネルのクラスに属する。CLCAチャンネルは、膜電位に寄与する。CLCAチャンネルは、カルシウムによって活性化され、最終的に平滑筋緊張を増やす、Ca2+流入の増加をもたらす膜脱分極を引き起こす。CLCAチャンネルをブロッキングすることは、過分極および平滑筋弛緩を引き起こし得る。従って、アンタゴニストを用いた42032のブロッキングは、膜の過分極を引き起こし得、続いてこれは、膀胱の平滑筋緊張の弛緩または減少を引き起こすCa2+流入を減少し、そして過活動膀胱の制御に潜在的に有用である。肺腫瘍、脳皮質、正常な膀胱、BPH、前立腺癌、正常な乳房および正常な扁桃腺における42032の発現に起因して、42032活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の42032ポリペプチドは、42032活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号46656)
ヒト46656配列(配列番号31)(カルシウム依存性クロライドチャンネルとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3204ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2754ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号31のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号33)を含む。このコード配列(配列番号31の核酸約29〜2782に位置する)は、917アミノ酸のタンパク質(配列番号32)をコードする。
ヒト46656配列(配列番号31)(カルシウム依存性クロライドチャンネルとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約3204ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2754ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号31のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号33)を含む。このコード配列(配列番号31の核酸約29〜2782に位置する)は、917アミノ酸のタンパク質(配列番号32)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、46656のmRNAは、結腸組織に続いて、脳皮質、肺腫瘍および膀胱組織において高いレベルで発現された。さらなるTaqMan分析は、8/9の膀胱および、正常な前立腺およびBPH前立腺における46656の発現を示した。
46656(CLCA4/CaCC2)は、カルシウム依存性クロライド(CLCA)チャンネルのクラスに属する。CLCAチャンネルは、膜電位に寄与する。CLCAチャンネルは、カルシウムによって活性化され、最終的に平滑筋緊張を増やす、Ca2+流入の増加をもたらす膜脱分極を引き起こす。CLCAチャンネルをブロッキングすることは、過分極および平滑筋弛緩を引き起こし得る。従って、アンタゴニストを用いた46656のブロッキングは、膜の過分極を引き起こし得、これに次いで、膀胱の平滑筋緊張の弛緩または減少を引き起こすCa2+流入を減少し、そして過活動膀胱の制御に潜在的に有用となる。結腸、脳皮質、肺腫瘍および膀胱組織における46656の発現およびその機能的役割に起因して、46656活性の調節は、BPH前立腺において、平滑筋緊張を調節する。46656活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の46656ポリペプチドは、46656活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号62553)
ヒト62553配列(配列番号34)(GPCRとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約1170ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1170ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号34のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号36)を含む。このコード配列(配列番号34の核酸約1〜1170に位置する)は、389アミノ酸のタンパク質(配列番号35)をコードする。
ヒト62553配列(配列番号34)(GPCRとしても公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約1170ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1170ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号34のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号36)を含む。このコード配列(配列番号34の核酸約1〜1170に位置する)は、389アミノ酸のタンパク質(配列番号35)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、62553のmRNAは、精巣、脊髄神経節(DRG)、脳および脊髄において発現された。ラットおよびマウスのTaqManパネルは、62553のmRNAが、DRGにおいて最も高いレベルで発現されることを示した。インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)によって評価される場合、ヒトプローブを用いた実験は、サルおよびラットの脳、脊髄およびDRGにおける発現を示した。脳において、62553は、皮質および視床核で主に発現される。脊髄において、62553は、最も表面のラミナ、およびDRGに由来するAδ線維およびC線維が終わる中心管のまわり、ならびに運動ニューロンにおいてもまた発現される。サルおよびラットのDRGにおいて、発現は小さな直径のニューロンの非常に限られた亜集団において観察される。
末梢経路(DRG中の感覚ニューロンおよび脊髄内のそれらの標的が挙げられる)における巧かつ制限された62553の発現に基づいて、62553の活性を調節することは、膀胱反射亢進を変化させ得、そして尿失禁のために使用され得る。62553活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHおよび尿失禁が挙げられるが、これらに限定されない)の処置において有用である。本発明の62553ポリペプチドは、62553活性のモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
(遺伝子番号302)
ヒト302配列(配列番号37)(これは、非翻訳領域を含めて、約1159ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1074ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号37のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号39)を含む。このコード配列(配列番号37の核酸約64〜1137に位置する)は、357アミノ酸のタンパク質(配列番号38)をコードする。
ヒト302配列(配列番号37)(これは、非翻訳領域を含めて、約1159ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1074ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号37のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号39)を含む。このコード配列(配列番号37の核酸約64〜1137に位置する)は、357アミノ酸のタンパク質(配列番号38)をコードする。
302は、5−ヒドロキシトリプタミン 5A(5−HT−5A)(セロトニンレセプター)として公知のGPCRである。TaqMan分析によって評価される場合、302 mRNAは、脳において高いレベルの発現を示し、これに後根神経節(DRG)および脊髄が続いた。さらなるTaqMan分析は、302 mRNAが、UIについての、脊髄損傷(SCI)についての、および加齢したラットモデルにおけるDRGにおいて、ならびに膀胱出口閉塞症(BOO)モデルにおいてアップレギュレートされたことを示した。
セロトニンレセプターが、平滑筋収縮/弛緩を調節するのに関与してきた。その機能および発現パターンに起因して、302の活性を調節することは、膀胱反射および/または反射亢進を調節する。302活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(尿失禁を含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の302ポリペプチドは、302活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号323)
ヒト323配列(配列番号40)(これは、非翻訳領域を含めて、約1984ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1323ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号40のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号42)を含む。このコード配列(配列番号40の核酸約468〜1790に位置する)は、440アミノ酸のタンパク質(配列番号41)をコードする。
ヒト323配列(配列番号40)(これは、非翻訳領域を含めて、約1984ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1323ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号40のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号42)を含む。このコード配列(配列番号40の核酸約468〜1790に位置する)は、440アミノ酸のタンパク質(配列番号41)をコードする。
323は、5−ヒドロキシトリプタミン6レセプター(5−HT−6)(セロトニンレセプター)と呼ばれるGPCRである。TaqMan分析によって評価された場合、323 mRNAは、脳、皮膚および正常前立腺において最も高いレベルを持つ低いレベルで発現された。さらなるTaqMan分析は、正常前立腺サンプルと比較したときに末梢領域サンプルおよび転移領域サンプルを含む10/11BPHサンプルにおいて323 mRNAがアップレギュレートされることを示した。ラットTaqManパネルは、ラット膀胱におけるおよび脊髄損傷(SCI)ラットモデルにおける323のアップレギュレートを示した。その機能および発現パターンに起因して、323の活性を調節することは、BPH前立腺における平滑筋緊張を調節する。323活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHを含むが、これに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の323ポリペプチドは、323活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号12303)
ヒト12303配列(配列番号43)(非翻訳領域を含めて、約2772ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1260ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号43のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号45)を含む。このコード配列(配列番号43の核酸約64〜1323に位置する)は、419アミノ酸のタンパク質(配列番号44)をコードする。
ヒト12303配列(配列番号43)(非翻訳領域を含めて、約2772ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1260ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号43のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号45)を含む。このコード配列(配列番号43の核酸約64〜1323に位置する)は、419アミノ酸のタンパク質(配列番号44)をコードする。
12303は、KCNK4(またはTRAAK)として知られるカリウムチャネルである。TaqMan分析によって評価されるように、12303 mRNAは、脳において高度に発現され、これにDRGおよび脊髄が続いた。
KCNKチャネルは、膜電位に貢献する。チャネルの活性化が、ニューロン発射の回数およびパターンに作用する膜過分極を導く。12303活性のモジュレーターは、ニューロン膜過分極、膀胱反射亢進の変化を引き起こす。12303活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(UIを含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の12303ポリペプチドは、12303活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号985)
ヒト985配列(配列番号46)(神経内分泌コンバターゼ2として公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2223ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1917ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号46のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号48)を含む。このコード配列(配列番号46の核酸約88〜2004に位置する)は、638アミノ酸のタンパク質(配列番号47)をコードする。
ヒト985配列(配列番号46)(神経内分泌コンバターゼ2として公知)(これは、非翻訳領域を含めて、約2223ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1917ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号46のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号48)を含む。このコード配列(配列番号46の核酸約88〜2004に位置する)は、638アミノ酸のタンパク質(配列番号47)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、985 mRNAは、ヒト脳において高いレベルで発現され、これに後根神経節(DRG)および膵臓が続いた。985 mRNAはまた、ラット脳、脊髄およびDRG中で発現された。さらなるTaqMan分析が、985 mRNAが、脊髄損傷(SCI)についてのラットモデルにおけるDRGにおいてアップレギュレートされたことを示した。
神経内分泌コンバターゼ2前駆体(NEC2)はまた、プロホルモンコンバターゼ2(PC2)またはプロポチエン(Propotien)コンバターゼ2としても知られる。PC2は、ダイノルフィンの生成のためのプロダイノルフィン前駆体のプロセスに関与する。ダイノルフィンは、イオン電流を変えることにより、DRGにおけるニューロン活性を阻害することが知られている。その機能および発現パターンに起因して、985活性のモジュレーターは、ダイノルフィンの生成を調節し、これによって、膀胱機能、膀胱反射および/または反射亢進に関与するニューロン経路の活性を変える。985のモジュレーターは、泌尿器系障害(尿失禁を含むが、これに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の985ポリペプチドは、985活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号13237)
ヒト13237配列(配列番号49)(非翻訳領域を含めて、約3637ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約3201ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号49のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号51)を含む。このコード配列(配列番号49の核酸約77〜3277に位置する)は、1066アミノ酸のタンパク質(配列番号50)をコードする。
ヒト13237配列(配列番号49)(非翻訳領域を含めて、約3637ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約3201ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号49のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号51)を含む。このコード配列(配列番号49の核酸約77〜3277に位置する)は、1066アミノ酸のタンパク質(配列番号50)をコードする。
13237は、RSK様プロテインキナーゼとして知られるタンパク質キナーゼである。TaqMan分析によって評価された場合、13237 mRNAは、脳において高いレベルで発現され、DRGおよび前立腺が続いた。さらなるTaqMan分析は、13237 mRNAが、正常前立腺サンプルと比較した場合に末梢領域サンプルおよび転移領域サンプルを含む全てのBPHサンプルにおいてアップレギュレートされたことを示した。
RSKは、ERKによって活性化され、そして細胞内シグナルを媒介することが知られている。RSKは、細胞増殖に関与するサイトゾルタンパク質をリン酸化する。RSKはまた、Na+/H+交換体(NHE)を活性化するとして知られている。NHEは、平滑筋緊張を調節する役割を果たす。その機能および発現パターンに起因して、13237の活性を調節することは、BPH前立腺における、間質細胞アポトーシスもしくは上皮細胞アポトーシスのいずれか、または平滑筋緊張を調節する。13237活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHを含むが、これに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の13237ポリペプチドは、13237活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号13601)
ヒト13601配列(配列番号52)(非翻訳領域を含めて、約1557ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1290ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号52のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号54)を含む。このコード配列(配列番号52の核酸約1〜1290に位置する)は、429アミノ酸のタンパク質(配列番号53)をコードする。
ヒト13601配列(配列番号52)(非翻訳領域を含めて、約1557ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1290ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号52のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号54)を含む。このコード配列(配列番号52の核酸約1〜1290に位置する)は、429アミノ酸のタンパク質(配列番号53)をコードする。
13601は、亜鉛輸送体4として知られる輸送体である。TaqMan分析によって評価された場合、13601 mRNAは、BPHおよび前立腺腫瘍サンプルにおいて最も高い発現レベルを持つ低いレベルで発現され、これに、脳、衝動尿失禁(UUI)膀胱およびDRGが続いた。さらなるTaqMan研究は、13601 mRNAが、正常な前立腺と比較した場合に末梢領域サンプルおよび転移領域サンプルを含む、8/11BPHサンプルにおいてアップレギュレートされたことを示した。
亜鉛輸送体は、細胞亜鉛ホメオスタシスを保つことに関与する。細胞質亜鉛の高いレベルが、細胞アポトーシスを引き起こすことが、公知である。高いレベルの細胞内亜鉛の蓄積が、ミトコンドリアに作用し、シトクロムCの放出を引き起こすことによって前立腺細胞のアポトーシスにおいて関与した。その機能および発現パターンに起因して、13601の活性のモジュレーターは、細胞質中の亜鉛濃度を調節し、BPH前立腺中の細胞アポトーシスを導く。13601のモジュレーターは、泌尿器系障害(BPHを含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の13601ポリペプチドは、13601活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号18926)
ヒト18926配列(配列番号55)(非翻訳領域を含めて、約1746ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1596ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号55のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号57)を含む。このコード配列(配列番号55の核酸28〜1623に位置する)は、531アミノ酸のタンパク質(配列番号56)をコードする。
(遺伝子番号18926)
ヒト18926配列(配列番号55)(非翻訳領域を含めて、約1746ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1596ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号55のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号57)を含む。このコード配列(配列番号55の核酸28〜1623に位置する)は、531アミノ酸のタンパク質(配列番号56)をコードする。
TaqMan分析によって評価された場合、18926 mRNAは、ヒト脳において高いレベルで発現され、これに、DRG、脊髄、下垂体腺および膀胱が続いた。ラットにおける発現は、DRGに制限された。さらなるTaqMan研究は、18926 mRNAが、SCIに対するラットモデル中のDRGにおいてアップレギュレートされたことを示した。
18926は、DRASICとしても知られるASICファミリーに属する酸感知イオンチャネル3(ASIC3/ACCN3)である。ASICチャネルは、プロトンでゲート開閉されるカチオンチャネルである。これらのチャネルは、求心性のニューロンにおいて同定されてきており、そして機械受容および侵害受容において関係付けられる。その機能および発現パターンに起因して、18926の活性のモジュレーターは、膀胱反射および/または反射亢進を調節する。18926のモジュレーターは、泌尿器系障害(UIを含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の18926ポリペプチドは、18926活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号318)
ヒト318配列(配列番号58)(非翻訳領域を含めて、約1670ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1107ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号58のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号60)を含む。配列番号58の核酸約69〜1175に位置するコード配列は、368アミノ酸のタンパク質(配列番号59)をコードする。
ヒト318配列(配列番号58)(非翻訳領域を含めて、約1670ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1107ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号58のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号60)を含む。配列番号58の核酸約69〜1175に位置するコード配列は、368アミノ酸のタンパク質(配列番号59)をコードする。
318は、C−X−Cケモカインレセプター3型(CXCR−3またはCXC−R3)として知られるGPCRである。TaqMan分析によって評価された場合、318 mRNAは、ヒト非感染末梢血白血球(PBL)において高いレベルの発現を示し、これに、正常な扁桃、リンパ節、胸、卵巣、結腸腫瘍およびBPH前立腺が続いた。ラット泌尿器系パネルにおけるTaqMan分析は、脾臓における発現を示し、これに、膀胱、腎臓、卵巣、後根神経節(DGR)、脳および脊髄が続いた。さらなるTaqMan分析が、318 mRNAが、UIについての、加齢した膀胱出口閉塞症(BOO)ラットモデル中のDRGにおいてアップレギュレートされたことを示した。
ケモカインレセプターが、神経学的発達、侵害受容および免疫機能において関与する。侵害受容において、これらはニューロンの感度を増加する。その機能および発現パターンに起因して、318の活性の調節は、泌尿器系機能、膀胱反射および/または反射亢進に関与するニューロン経路を調節する。318活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(尿失禁を含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の318ポリペプチドは、318活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号2058)
ヒト2058配列(配列番号61)(非翻訳領域を含めて、約3614ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2760ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号61のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号63)を含む。このコード配列(配列番号61の核酸約19〜2778に位置する)は、919アミノ酸のタンパク質(配列番号62)をコードする。
ヒト2058配列(配列番号61)(非翻訳領域を含めて、約3614ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約2760ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号61のコーディングとして示されるヌクレオチド、配列番号63)を含む。このコード配列(配列番号61の核酸約19〜2778に位置する)は、919アミノ酸のタンパク質(配列番号62)をコードする。
2058は、イオンチャネル型カイナイト3前駆体(EAA5)またはグルタミン酸レセプター7(GLUR7)として知られるリガンドでゲート開閉するカチオンチャネルである。TaqMan分析によって評価された場合、2058 mRNAは、ヒト脳における高いレベルの発現を示し、これに、DRG、下垂体腺および脊髄が続いた。ラット泌尿器系パネルにおけるTaqMan分析は、脳、脊髄およびDRGにおいて制限された発現を示した。
カイニン酸レセプターは、シナプス伝達に関与することが知られている。このレセプターを活性化することは、脱分極を引き起こし、ニューロンの活性を増加する。その機能および発現パターンに起因して、2058の活性の調節は、泌尿器系機能、膀胱反射および/または反射亢進に関与するニューロン経路を調節する。2058活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(UIを含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の2058ポリペプチドは、2058活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
(遺伝子番号6351)
ヒト6351配列(配列番号64)(非翻訳領域を含めて、約1380ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1260ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号64のコードとして示されるヌクレオチド、配列番号66)を含む。配列番号64の核酸約8〜1267に位置するコード配列は、419アミノ酸のタンパク質(配列番号65)をコードする。
(遺伝子番号6351)
ヒト6351配列(配列番号64)(非翻訳領域を含めて、約1380ヌクレオチド長である)は、終止コドンを含めて、約1260ヌクレオチドの推定メチオニン開始コード配列(配列番号64のコードとして示されるヌクレオチド、配列番号66)を含む。配列番号64の核酸約8〜1267に位置するコード配列は、419アミノ酸のタンパク質(配列番号65)をコードする。
6351は、カルボキシペプチダーゼA1前駆体(CPA1)として知られるカルボキシペプチダーゼである。TaqMan分析によって評価された場合、6351 mRNAは、ヒト膵臓において高度に発現され、これに、DRGおよび視床下部が続いた。ラット泌尿器系パネルにおけるTaqMan分析が、副腎において最も高い発現を示し、これに、結腸、腎臓、卵巣、DGR、脳および脊髄が続いた。さらなるTaqMan分析が、6351 mRNAが、UIについての、加齢した脊髄損傷(SCI)ラットモデル中のDRGにおいてアップレギュレートされたことを示した。
CPA1の主要な機能はペプチドを分解することである。ニューロペプチド、エンケファリンおよびアヘン様ペプチドが、ニューロン活性を減少させ、またはDRG中のシナプス伝達を阻害することが知られている。その機能および発現パターンに起因して、6351の活性の調節は、泌尿器系機能、膀胱反射および/または反射亢進に関与するニューロン経路に作用するDRG中のペプチド活性および/またはペプチド濃度を調節する。6351活性のモジュレーターは、泌尿器系障害(UIを含むがこれに限定されない)を処置するのに有用である。本発明の6351ポリペプチドは、6351活性のモジュレーターをスクリーニングするのに有用である。
本発明の種々の局面が、以下の小節でより詳細に記載される。
(スクリーニングアッセイ:)
本発明は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質に結合し、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性に対して刺激効果または阻害効果を有するか、あるいは例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の基質の発現または活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、モジュレーター(すなわち、候補化合物もしくは試験化合物または候補薬剤もしくは試験薬剤)を同定するための方法(これはまた、本明細書中で「スクリーニングアッセイ」として述べられている)を提供する。本明細書中に記載のアッセイを使用して同定される化合物は、泌尿器系障害を処置するのに有用であり得る。
本発明は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質に結合し、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性に対して刺激効果または阻害効果を有するか、あるいは例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の基質の発現または活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、モジュレーター(すなわち、候補化合物もしくは試験化合物または候補薬剤もしくは試験薬剤)を同定するための方法(これはまた、本明細書中で「スクリーニングアッセイ」として述べられている)を提供する。本明細書中に記載のアッセイを使用して同定される化合物は、泌尿器系障害を処置するのに有用であり得る。
これらのアッセイは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質と結合する化合物、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質と相互作用する他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質と結合する化合物、および他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質と1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質との相互作用を妨害する化合物を同定するように設計されている。例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質(これは、膜貫通レセプター型タンパク質である)の場合、このような技術は、このようなレセプターのためのリガンドを同定し得る。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質のリガンドまたは基質は、例えば、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状を改善するために使用され得る。このような化合物としては、ペプチド、抗体、または有機低分子もしくは無機低分子が挙げられ得るがこれらに限定されない。このような化合物はまた、他の細胞性タンパク質を含み得る。
アッセイによって同定される化合物(例えば、本明細書に記載の化合物)は、例えば、泌尿器系障害を処置するのに有用であり得る。泌尿器系障害状態が、細胞または組織における、全体的に低いレベルの1435遺伝子発現、559遺伝子発現、34021遺伝子発現、44099遺伝子発現、25278遺伝子発現、641遺伝子発現、260遺伝子発現、55089遺伝子発現、21407遺伝子発現、42032遺伝子発現、46656遺伝子発現、62553遺伝子発現、302遺伝子発現、323遺伝子発現、12303遺伝子発現、985遺伝子発現、13237遺伝子発現、13601遺伝子発現、18926遺伝子発現、318遺伝子発現、2058遺伝子発現、もしくは6351遺伝子発現および/または1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質により生じる場合において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用する化合物は、結合した1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性を強調するかまたは増幅する化合物を含み得る。このような化合物は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性のレベルの効果的な増大を引き起し、そのようにして、症状を改善する。
他の場合において、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、もしくは6351遺伝子における変異は、泌尿器系障害にいたる有害な効果を有する、異常型または過剰量の、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質を生じさせ得る。同様に、生理学的状態は、泌尿器系障害に至る、1435遺伝子発現、559遺伝子発現、34021遺伝子発現、44099遺伝子発現、25278遺伝子発現、641遺伝子発現、260遺伝子発現、55089遺伝子発現、21407遺伝子発現、42032遺伝子発現、46656遺伝子発現、62553遺伝子発現、302遺伝子発現、323遺伝子発現、12303遺伝子発現、985遺伝子発現、13237遺伝子発現、13601遺伝子発現、18926遺伝子発現、318遺伝子発現、2058遺伝子発現、もしくは6351遺伝子発現の過剰な増大を引き起こし得る。このような場合、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質に結合する化合物は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性を阻害するタンパク質として同定され得る。本節で記載されるような技術によって同定される化合物の効果を試験するためのアッセイは、本明細書中に議論されている。
1つの実施形態において、本発明は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、46656ポリペプチド、62553ポリペプチド、302ポリペプチド、323ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチド、13601ポリペプチド、18926ポリペプチド、318ポリペプチド、2058ポリペプチド、もしくは6351ポリペプチドあるいはそれらの生物学的に活性な部分の基質である候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態において、本発明は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、46656ポリペプチド、62553ポリペプチド、302ポリペプチド、323ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチド、13601ポリペプチド、18926ポリペプチド、318ポリペプチド、2058ポリペプチド、もしくは6351ポリペプチドまたはその生物学的活性な部分に結合するかまたはその活性を調節するための候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、以下に挙げられる当該分野で公知のコンビナトリアルライブラリー法における多くのアプローチのうちの任意のものを使用して得られ得る:生物学的ライブラリー;空間的にアドレス可能な並列固相ライブラリーまたは液相ライブラリー;デコンボルーション処理を必要とする合成ライブラリー法;「1ビーズ1化合物」ライブラリー法;およびアフィニティクロマトグラフィー選択法を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されるが、その一方で、他の4つのアプローチは、化合物の、ペプチドライブラリー、非ペプチドオリゴマーライブラリー、または低分子ライブラリーに適用可能である(Lam、K.S.(1997)Anticancer Drug Des.12:145)。
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、例えば、以下において、当該分野で見出され得る:DeWittら(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6909;Erbら(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:11422;Zuckermannら(1994)、J.Med.Chem.37:2678;Choら(1993)Science 261:1303;Carrellら(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2059;Carellら(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2061;およびGallopら(1994)J.Med.Chem.37:1233。
化合物のライブラリーは、溶液中(例えば、Houghten(1992)Biotechniques 13:412〜421)、ビーズ上(Lam(1991)Nature 354:82〜84)、チップ上(Fodor(1993)Nature 364:555〜556)、細菌上(Ladner、米国特許第5,223,409号)、芽胞上(Ladner、USP’409号)、プラスミド上(Cullら(1992)ProcNatl Acad Sci USA 89:1865〜1869)またはファージ上(ScottおよびSmith(1990)Science 249:386〜390);(Devlin(1990)Science 249:404〜406);(Cwirlaら(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.87:6378〜6382);(Felici(1991)J.Mol.Biol.222:301〜310);(Ladner 前出)に提示され得る。
1つの実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、ここで1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分を発現する細胞を、試験化合物と接触させ、そして試験化合物が1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性、もしくは6351活性を調節する能力を決定する。試験化合物が1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性、もしくは6351活性を調節する能力の決定を、例えば、細胞内カルシウム濃度、細胞内IP3濃度、細胞内cAMP濃度、または細胞内ジアシルグリセロール濃度、細胞内タンパク質のリン酸化プロフィール、細胞増殖および/または細胞移動、例えば、細胞表面接着分子もしくはUIおよび/もしくはBPHに関連する遺伝子の遺伝子発現、または1435調節転写因子、559調節転写因子、34021調節転写因子、44099調節転写因子、25278調節転写因子、641調節転写因子、260調節転写因子、55089調節転写因子、21407調節転写因子、42032調節転写因子、46656調節転写因子、62553調節転写因子、302調節転写因子、323調節転写因子、12303調節転写因子、985調節転写因子、13237調節転写因子、13601調節転写因子、18926調節転写因子、318調節転写因子、2058調節転写因子、もしくは6351調節転写因子の活性をモニタリングすることによって達成し得る。この細胞は、哺乳動物起源(例えば、神経細胞起源)であり得る。1つの実施形態において、レセプタードメインと相互作用する化合物が、リガンドとして(すなわち、レセプターに結合し、シグナル伝達経路を調節するよう)機能するそれらの能力についてスクリーニングされ得る。リガンドの同定、およびリガンド−レセプター複合体の活性の測定は、この相互作用のモジュレーター(例えば、アンタゴニスト)の同定を導く。このようなモジュレーターは、泌尿器系障害の処置に有用であり得る。
試験化合物が、基質への1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の結合を調節する能力、または1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351に結合する能力もまた、決定し得る。基質への1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の結合を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質、もしくは6351基質を、放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることによって達成され得、その結果、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351への1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質、もしくは6351基質の結合は、複合体中の標識された1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質、もしくは6351基質を検出することによって、決定され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351はまた、放射性同位体または酵素標識とカップリングされて、複合体中の1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質、もしくは6351基質への1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の結合を調節する試験化合物の能力をモニタリングし得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351と結合する試験化合物の能力の決定は、例えば、その化合物と、放射性同位体または酵素標識とをカップリングさせることによって達成され、その結果、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351へのこの化合物の結合は、複合体中の標識された1435化合物、559化合物、34021化合物、44099化合物、25278化合物、641化合物、260化合物、55089化合物、21407化合物、42032化合物、46656化合物、62553化合物、302化合物、323化合物、12303化合物、985化合物、13237化合物、13601化合物、18926化合物、318化合物、2058化合物、もしくは6351化合物を検出することによって決定され得る。例えば、化合物(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351のリガンドまたは基質)を、125I、35S、14C、または3Hで、直接的または間接的のいずれかで標識し得、そしてこの放射性同位体が、放射線照射の直接的な計数によってか、またはシンチレーション計数によってかで検出され得る。化合物はさらに、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素標識され得、そして適切な基質から産物への変換を測定することによって、この酵素標識を検出し得る。
化合物(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351のリガンドまたは基質)が、相互作用物質(interactant)のうちのいずれの標識をも伴わずに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351と相互作用する能力を、決定することもまた、本発明の範囲内である。例えば、マイクロフィジオメーター(microphysiometer)を使用して、化合物または1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351のいずれの標識をも伴わずに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351との化合物の相互作用を検出し得る(McConnell,H.M.ら(1992)Science 257:1906−1912)。本明細書中で使用される場合、「マイクロフィジオメーター」(例えば、Cytosensor)は、光アドレス可能な電位差測定センサー(LAPS)を使用して、細胞がその環境を酸性化する速度を測定する、分析装置である。この酸性化速度の変化は、化合物と1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351との間の相互作用の指標として使用され得る。
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子(例えば、1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質、もしくは6351基質)を発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、および1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子の活性を調節する(例えば、刺激または阻害)する試験化合物の能力を決定する工程を包含する。1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に結合するかまたは1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子と相互作用する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力を決定することによって達成され得る。
1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に結合するかまたはそれと相互作用する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性なフラグメントの能力の決定は、直接結合の決定についての上記方法の1つにより達成され得る。好ましい実施形態において、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に結合するかまたはそれと相互作用する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力の決定は、その標的分子の活性を決定することによって達成され得る。例えば、標的分子の活性は、標的の細胞性セカンドメッセンジャー(すなわち、細胞内Ca2+、ジアシルグリセロール、IP3、cAMP)の誘導を検出するか、適切な基質に対するその標的の触媒/酵素活性を検出するか、レポーター遺伝子(検出マーカー(例えば、ルシフェラーゼ)をコードする核酸に作動可能に連結された標的応答性調節エレメントを含む)の誘導を検出するか、または標的により調節される細胞応答(例えば、遺伝子発現)を検出することによって、決定され得る。
さらに別の実施形態において、本発明のアッセイは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分が、試験化合物と接触され、そして1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。本発明のアッセイにおいて使用される1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の好ましい生物学的に活性な部分としては、非1435分子、非559分子、非34021分子、非44099分子、非25278分子、非641分子、非260分子、非55089分子、非21407分子、非42032分子、非46656分子、非62553分子、非302分子、非323分子、非12303分子、非985分子、非13237分子、非13601分子、非18926分子、非318分子、非2058分子、もしくは非6351分子との相互作用に関与するフラグメント(例えば、高い表面確率スコアを有するフラグメント)が挙げられる。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質への試験化合物の結合は、上記のように直接的かまたは間接的かのいずれかで決定され得る。好ましい実施形態において、このアッセイは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分と、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351に結合する既知の化合物とを接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物と、試験化合物を接触させる工程、および1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程(1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、既知の化合物と比較して1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する試験化合物の能力を決定する工程を包含する)を包含する。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351と、既知の標的タンパク質との相互作用を調節する化合物は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質(特に、変異1435タンパク質、変異559タンパク質、変異34021タンパク質、変異44099タンパク質、変異25278タンパク質、変異641タンパク質、変異260タンパク質、変異55089タンパク質、変異21407タンパク質、変異42032タンパク質、変異46656タンパク質、変異62553タンパク質、変異302タンパク質、変異323タンパク質、変異12303タンパク質、変異985タンパク質、変異13237タンパク質、変異13601タンパク質、変異18926タンパク質、変異318タンパク質、変異2058タンパク質、もしくは変異6351タンパク質)の活性を調節するのに有用であり得る。
別の実施形態において、アッセイは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分が試験化合物と接触され、そして1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節(例えば、刺激または阻害)する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、直接結合の決定についての上記の方法の1つにより、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に結合する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力を決定することによって達成され得る。1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に結合する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力の決定はまた、リアルタイムBiomolecular Interaction Analysis(BLA)(Sjolander,S.およびUrbaniczky,C.(1991)Anal.Chem.63:2338−2345ならびにSzaboら(1995)Curr.Opin.Struct.Biol.5:699−705)のような技術を用いて達成され得る。本明細書中で使用する場合、「BIA」は、いかなる相互作用物質も標識することなく、生物特異的相互作用をリアルタイムで研究するための技術である(例えば、BIAcore)。表面プラズモン共鳴(SPR)の光学的現象の変化は、生物学的分子間のリアルタイムの反応の指標として使用され得る。
別の実施形態において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子の下流エフェクターの活性をさらに調節する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力を決定することにより達成され得る。例えば、適切な標的に対するエフェクター分子の活性が決定され得るか、または適切な標的へのエフェクターの結合が、以前に記載されたように決定され得る。
なお別の実施形態において、無細胞アッセイは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分と、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質に結合する既知の化合物とを接触させてアッセイ混合物を形成させる工程、そのアッセイ混合物と試験化合物を接触させる工程、および1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程(1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に優先的に結合するかまたはその活性を調節する1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の能力を決定する工程を包含する)を包含する。
本発明の上記アッセイ方法の1つより多くの実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351またはその標的分子のいずれかを固定化して、そのタンパク質の1つまたは両方の複合体化形態と非複合体化形態との分離を容易にすること、およびこのアッセイの自動化に適応させることが望ましくあり得る。候補化合物の存在下および非存在下での、試験化合物と、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質との結合、または1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と、標的分子との相互作用は、反応物を収容するのに適した任意の容器で達成され得る。このような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心分離管が挙げられる。1つの実施形態において、1つまたは両方のタンパク質がマトリクスに結合することを可能にするドメインを付加した融合タンパク質が、提供され得る。例えば、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ/1435融合タンパク質、559融合タンパク質、34021融合タンパク質、44099融合タンパク質、25278融合タンパク質、641融合タンパク質、260融合タンパク質、55089融合タンパク質、21407融合タンパク質、42032融合タンパク質、46656融合タンパク質、62553融合タンパク質、302融合タンパク質、323融合タンパク質、12303融合タンパク質、985融合タンパク質、13237融合タンパク質、13601融合タンパク質、18926融合タンパク質、318融合タンパク質、2058融合タンパク質、もしくは6351融合タンパク質またはグルタチオン−S−トランスフェラーゼ/標的融合タンパク質が、グルタチオンセファロースビーズ(Sigma Chemical、St.Louis、MO)またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、これらは、次いで、試験化合物、または試験化合物および非吸着標的タンパク質もしくは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質のいずれかと合わされ、そしてこの混合物は、複合体形成が生じる条件下(例えば、塩およびpHについての生理学的条件)でインキュベートされる。インキュベーション後、このビーズまたはマイクロタイタープレートウェルは、全ての非結合成分を除去するために洗浄され、ビーズの場合、マトリクスが固定化され、複合体が、例えば、上記のように、直接的にかまたは間接的にかのいずれかで決定される。あるいは、複合体は、マトリクスから解離され得、そして標準的な技術を用いて、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の結合または活性のレベルが決定される。
タンパク質をマトリクス上に固定化するための他の技術がまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子のいずれかは、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体を使用して固定化され得る。ビオチン化された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子を、当該分野において公知の技術を使用して、ビオチン−NHS(N−ヒドロキシ−スクシンイミド)から調製し得(例えば、ビオチン化キット、Pierce Chemicals、Rockford、IL)、そしてストレプトアビジンでコーティングした96ウェルのプレート(Pierce Chemical)のウェル中に固定し得る。あるいは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子と反応性であるが、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質のその標的への結合と干渉しない抗体を、プレートのウェルに誘導体化し得、そして非結合標的または1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質が、抗体結合によってウェルに捕捉される。このような複合体を検出する方法としては、GST固定化複合体についての上記方法に加えて、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子と反応性の抗体を用いる複合体の免疫検出、および1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的分子、559標的分子、34021標的分子、44099標的分子、25278標的分子、641標的分子、260標的分子、55089標的分子、21407標的分子、42032標的分子、46656標的分子、62553標的分子、302標的分子、323標的分子、12303標的分子、985標的分子、13237標的分子、13601標的分子、18926標的分子、318標的分子、2058標的分子、もしくは6351標的分子に関連する酵素活性の検出に基づく酵素連結アッセイが挙げられる。
別の実施形態において、1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現、もしくは6351発現のモジュレーターは、細胞が候補化合物と接触され、そして細胞中での1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現が決定される方法が同定される。候補化合物の存在下での1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現のレベルは、候補化合物の非存在下での1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づき、1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現、もしくは6351発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下で多い(統計的に有意に多い)場合、候補化合物は、1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下でより低い(統計学的に有意に低い)場合、候補化合物は、1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中での1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351 mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質のレベルは、1435 mRNA、559 mRNA、34021 mRNA、44099 mRNA、25278 mRNA、641 mRNA、260 mRNA、55089 mRNA、21407 mRNA、42032 mRNA、46656 mRNA、62553 mRNA、302 mRNA、323 mRNA、12303 mRNA、985 mRNA、13237 mRNA、13601 mRNA、18926 mRNA、318 mRNA、2058 mRNA、もしくは6351mRNAまたは1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の検出について本明細書中に記載される方法により決定され得る。
本発明のなお別の局面において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ(例えば、米国特許第5,283,317号;Zervosら、(1993)Cell 72:223〜232;Maduraら(1993)J.Biol.Chem.268:12046〜12054;Bartelら(1993)Biotechniques 14:920〜924;Iwabuchiら(1993)Oncogene 8:1693−1696;およびBrent WO94/10300を参照のこと)において「ベイト(bait)タンパク質」として使用されて、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351(「1435結合タンパク質、559結合タンパク質、34021結合タンパク質、44099結合タンパク質、25278結合タンパク質、641結合タンパク質、260結合タンパク質、55089結合タンパク質、21407結合タンパク質、42032結合タンパク質、46656結合タンパク質、62553結合タンパク質、302結合タンパク質、323結合タンパク質、12303結合タンパク質、985結合タンパク質、13237結合タンパク質、13601結合タンパク質、18926結合タンパク質、318結合タンパク質、2058結合タンパク質、もしくは6351結合タンパク質」または「1435−bp、559−bp、34021−bp、44099−bp、25278−bp、641−bp、260−bp、55089−bp、21407−bp、42032−bp、46656−bp、62553−bp、302−bp、323−bp、12303−bp、985−bp、13237−bp、13601−bp、18926−bp、318−bp、2058−bp、もしくは6351−bp」)と結合または相互作用し、そして1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性、もしくは6351活性に関連する他のタンパク質を同定し得る。このような1435結合タンパク質、559結合タンパク質、34021結合タンパク質、44099結合タンパク質、25278結合タンパク質、641結合タンパク質、260結合タンパク質、55089結合タンパク質、21407結合タンパク質、42032結合タンパク質、46656結合タンパク質、62553結合タンパク質、302結合タンパク質、323結合タンパク質、12303結合タンパク質、985結合タンパク質、13237結合タンパク質、13601結合タンパク質、18926結合タンパク質、318結合タンパク質、2058結合タンパク質、もしくは6351結合タンパク質はまた、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の媒介性シグナル伝達経路の下流エレメントのような、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質または1435標的、559標的、34021標的、44099標的、25278標的、641標的、260標的、55089標的、21407標的、42032標的、46656標的、62553標的、302標的、323標的、12303標的、985標的、13237標的、13601標的、18926標的、318標的、2058標的、もしくは6351標的によるシグナル伝達に関連する可能性がある。あるいは、このような1435結合タンパク質、559結合タンパク質、34021結合タンパク質、44099結合タンパク質、25278結合タンパク質、641結合タンパク質、260結合タンパク質、55089結合タンパク質、21407結合タンパク質、42032結合タンパク質、46656結合タンパク質、62553結合タンパク質、302結合タンパク質、323結合タンパク質、12303結合タンパク質、985結合タンパク質、13237結合タンパク質、13601結合タンパク質、18926結合タンパク質、318結合タンパク質、2058結合タンパク質、もしくは6351結合タンパク質は、1435インヒビター、559インヒビター、34021インヒビター、44099インヒビター、25278インヒビター、641インヒビター、260インヒビター、55089インヒビター、21407インヒビター、42032インヒビター、46656インヒビター、62553インヒビター、302インヒビター、323インヒビター、12303インヒビター、985インヒビター、13237インヒビター、13601インヒビター、18926インヒビター、318インヒビター、2058インヒビター、もしくは6351インヒビターである可能性がある。
ツーハイブリッドシステムは、別個のDNA結合ドメインおよび活性化ドメインからなる大半の転写因子のモジュラー性質に基づく。手短には、このアッセイは、2つの異なるDNA構築物を利用する。1つの構築物において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子(例えば、GAL−4)のDNA結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。もう一方の構築物において、同定されていないタンパク質(「プレイ(prey)」または「サンプル」)をコードするDNA配列のライブラリー由来のDNA配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、もしくは6351の依存性複合体を形成し得る場合、転写因子のDNA結合ドメインおよび活性化ドメインは、近接する。このように近接することにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結したレポーター遺伝子(例えば、LacZ)の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現は検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーは、単離され得、そして1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイの2つ以上の組み合わせに関する。例えば、調節剤は、細胞ベースのアッセイまたは無細胞アッセイを用いて同定され得、そして1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、もしくは6351タンパク質の活性を調節する因子の能力は、例えば、動物(例えば、本明細書中に記載される、泌尿器系障害の動物モデル)においてインビボで確認され得る。
本発明は、さらに上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤に関する。従って、適切な動物モデルにおいて、本明細書中で記載されるように同定された薬剤をさらに使用することは本発明の範囲内である。例えば、本明細書中に記載されるように同定された薬剤(例えば、1435調節剤、559調節剤、34021調節剤、44099調節剤、25278調節剤、641調節剤、260調節剤、55089調節剤、21407調節剤、42032調節剤、46656調節剤、62553調節剤、302調節剤、323調節剤、12303調節剤、985調節剤、13237調節剤、13601調節剤、18926調節剤、318調節剤、2058調節剤、もしくは6351調節剤、アンチセンス1435核酸分子、アンチセンス559核酸分子、アンチセンス34021核酸分子、アンチセンス44099核酸分子、アンチセンス25278核酸分子、アンチセンス641核酸分子、アンチセンス260核酸分子、アンチセンス55089核酸分子、アンチセンス21407核酸分子、アンチセンス42032核酸分子、アンチセンス46656核酸分子、アンチセンス62553核酸分子、アンチセンス302核酸分子、アンチセンス323核酸分子、アンチセンス12303核酸分子、アンチセンス985核酸分子、アンチセンス13237核酸分子、アンチセンス13601核酸分子、アンチセンス18926核酸分子、アンチセンス318核酸分子、アンチセンス2058核酸分子、もしくはアンチセンス6351核酸分子、1435特異的抗体、559特異的抗体、34021特異的抗体、44099特異的抗体、25278特異的抗体、641特異的抗体、260特異的抗体、55089特異的抗体、21407特異的抗体、42032特異的抗体、46656特異的抗体、62553特異的抗体、302特異的抗体、323特異的抗体、12303特異的抗体、985特異的抗体、13237特異的抗体、13601特異的抗体、18926特異的抗体、318特異的抗体、2058特異的抗体、もしくは6351特異的抗体、または1435結合パートナー、559結合パートナー、34021結合パートナー、44099結合パートナー、25278結合パートナー、641結合パートナー、260結合パートナー、55089結合パートナー、21407結合パートナー、42032結合パートナー、46656結合パートナー、62553結合パートナー、302結合パートナー、323結合パートナー、12303結合パートナー、985結合パートナー、13237結合パートナー、13601結合パートナー、18926結合パートナー、318結合パートナー、2058結合パートナー、もしくは6351結合パートナー)は、このような薬剤を用いる処置の効果、毒性、または副作用を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。あるいは、本明細書中に記載されるように同定される薬剤は、このような薬剤の作用の機構を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。さらに、本発明は、本明細書中に記載されるような処置のための上記スクリーニングアッセイによって同定された新規薬剤の使用に関する。
任意の化合物(上記アッセイ系において同定されるような化合物が挙げられるがこれらに限定されない)が、泌尿器系障害の少なくとも1つの徴候を改善する能力について試験され得る。泌尿器系障害の少なくとも1つの徴候を改善するこのような能力を示す化合物の同定のための細胞ベースのアッセイおよび動物モデルベースのアッセイは、本明細書中に記載される。
さらに、泌尿器系障害の動物ベースのモデル(例えば、本明細書中に記載されるようなモデル)は、泌尿器系障害を処置し得る化合物を同定するために使用され得る。このような動物モデルは、泌尿器系障害を処置する上で有効であり得る薬物、医薬品、治療、および介入の同定のための試験基質として使用され得る。例えば、動物モデルは、泌尿器系障害を処置する能力を示すことが予測される化合物に、曝露された動物における泌尿器系障害の少なくとも1つの徴候のこのような改善を導くのに十分な濃度および十分な時間、曝露され得る。この曝露に対する動物の応答は、処置の前および後の泌尿器系障害の徴候の逆転を評価することによりモニタリングされ得る。
本発明に関して、泌尿器系障害の任意の局面を逆転する(すなわち、UIおよび/またはBPHに対する効果を有する)任意の処置が、ヒト泌尿器系障害治療介入の候補として考慮されるべきである。試験薬剤の用量は、用量応答曲線を得ることによって決定され得る。
さらに、遺伝子発現パターンは、泌尿器系障害の少なくとも1つの徴候を改善する化合物の能力を評価するために使用され得る。例えば、1つ以上の遺伝子の発現パターンは、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」の一部を形成し得、次いで、このような評価において使用され得る。本明細書中で使用される場合、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」は、所定のセットの条件下で、所定の組織または細胞型について獲得されるmRNA発現のパターンを含む。遺伝子発現プロフィールは、例えば、ディファレンシャルディスプレイ手順、ノーザン分析、および/またはRT−PCRを使用することによって、生成され得る。1つの実施形態において、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、もしくは6351遺伝子配列は、このような遺伝子発現プロフィールの作製および裏付けのためのプローブおよび/またはPCRプライマーとして使用され得る。
遺伝子発現プロフィールは、細胞および/または動物ベースのモデル系における、既知の状態(心臓血管疾患または正常のいずれか)について特徴付けられ得る。その後、これらの既知の遺伝子発現プロフィールは、効果を確認するために比較され得、試験化合物は、このような遺伝子発現プロフィールを改変する必要があり、そしてそのプロフィールがより望ましいプロフィールの化合物とより緊密に類似させる必要がある。
例えば、化合物の投与は、泌尿器系障害疾患モデル系の遺伝子発現プロフィールを、コントロール系とより緊密に類似させ得る。あるいは、化合物の投与は、コントロール系の遺伝子発現プロフィールに、泌尿器系障害または泌尿器系障害疾患状態を模倣させ得る。このような化合物は、例えば、目的の化合物のさらなる特徴付けにおいて使用され得るか、または、さらなる動物モデルの作製において使用され得る。
(細胞ベースおよび動物ベースのモデル系)
泌尿器系障害のためのモデルとしての役割を果たす、細胞ベースおよび動物ベースの系が、本明細書中に記載される。これらの系は、種々の適用において使用され得る。例えば、細胞ベースおよび動物ベースのモデル系を使用して、泌尿器系障害に関連する、差次的に発現される遺伝子(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351)をさらに特徴付けし得る。さらに動物ベースおよび細胞ベースのアッセイは、以下に記載されるような泌尿器系障害の少なくとも1つの症状を回復させ得る化合物を同定するように設計された、スクリーニングストラテジーの一部として使用され得る。従って、動物ベースおよび細胞ベースのモデルを使用して、泌尿器系障害を処置する際に有効であり得る薬物、医薬品、治療およびインターベンションを同定し得る。さらに、このような動物モデルを使用して、動物被験体におけるLD50およびED50を決定し得、そしてこのようなデータを使用して、潜在的な泌尿器系障害処置のインビボでの効力を決定し得る。
泌尿器系障害のためのモデルとしての役割を果たす、細胞ベースおよび動物ベースの系が、本明細書中に記載される。これらの系は、種々の適用において使用され得る。例えば、細胞ベースおよび動物ベースのモデル系を使用して、泌尿器系障害に関連する、差次的に発現される遺伝子(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351)をさらに特徴付けし得る。さらに動物ベースおよび細胞ベースのアッセイは、以下に記載されるような泌尿器系障害の少なくとも1つの症状を回復させ得る化合物を同定するように設計された、スクリーニングストラテジーの一部として使用され得る。従って、動物ベースおよび細胞ベースのモデルを使用して、泌尿器系障害を処置する際に有効であり得る薬物、医薬品、治療およびインターベンションを同定し得る。さらに、このような動物モデルを使用して、動物被験体におけるLD50およびED50を決定し得、そしてこのようなデータを使用して、潜在的な泌尿器系障害処置のインビボでの効力を決定し得る。
(動物ベースの系)
泌尿器系障害の動物ベースのモデル系としては、非組換え動物および操作されたトランスジェニック動物が挙げられ得るがこれらに限定されない。
泌尿器系障害の動物ベースのモデル系としては、非組換え動物および操作されたトランスジェニック動物が挙げられ得るがこれらに限定されない。
泌尿器系障害のための非組換え動物モデルとしては、例えば、遺伝的モデルが挙げられ得る。
さらに、泌尿器系障害を示す動物モデルは、例えば、当業者に周知であるトランスジェニック動物を作製するための技術とともに、上記の1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列を使用して操作され得る。例えば、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列は、目的の動物のゲノムに導入され得、そしてこの目的の動物のゲノムにおいて過剰発現され得るか、あるいは内因性の1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列が存在する場合、これらは、過剰発現され得るか、またはあるいは、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列を過少発現させるかまたはこれらの遺伝子発現を不活化させるために破壊され得るかのいずれかであり得る。
本発明の宿主細胞をまた使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得る。例えば、1つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、1435コード配列、559コード配列、34021コード配列、44099コード配列、25278コード配列、641コード配列、260コード配列、55089コード配列、21407コード配列、42032コード配列、46656コード配列、62553コード配列、302コード配列、323コード配列、12303コード配列、985コード配列、13237コード配列、13601コード配列、18926コード配列、318コード配列、2058コード配列、または6351コード配列が導入された、受精卵または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞を使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得、この非トランスジェニック動物において、外因性の1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列、または6351配列は、内因性の1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列、または6351配列が変更された、それらのゲノムまたは相同組み換え動物に導入されている。このような動物は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の機能および/または活性を研究するため、ならびに1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性、または6351活性のモジュレーターを同定および/または評価するために、有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのようなげっ歯類であり、ここで、この動物の1つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、外因性DNAであり、この外因性DNAは、トランスジェニック動物が成長する細胞のゲノムに取り込まれ、かつ成熟動物のゲノムにおいて維持され、それによってこのトランスジェニック動物の1つ以上の細胞型または組織における、コードされた遺伝子産物の発現を指向する。本明細書中で使用される場合、「相同な組換え動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、マウスであり、ここで、内因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子は、この内因性遺伝子と、この動物の発生前にこの動物の細胞(例えば、動物の胚細胞)に導入される外因性DNA分子との間の相同組換えによって変更されている。
本発明の方法において使用されるトランスジェニック動物は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のコード核酸を、受精卵の雄前核に、例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって導入し、そしてこの卵母細胞を偽妊娠雌養母動物において発生させることによって作製され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のcDNA配列は、導入遺伝子として、非ヒト動物のゲノムに導入され得る。あるいは、ヒトの1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子の非ヒトホモログ(例えば、マウスまたはラットの1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子)が、導入遺伝子として使用され得る。あるいは、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の遺伝子ホモログ(例えば、別の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のファミリーメンバー)は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のcDNA配列へのハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、導入遺伝子の発現の効率を増加させるように、この導入遺伝子に含まれ得る。組織特異的調節配列は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の導入遺伝子に作動可能に連結されて、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質の発現を特定の細胞に指向し得る。胚操作およびマイクロインジェクションを介して、トランスジェニック動物(特に、マウスのような動物)を作製するための方法は、当該分野において慣習的であり、例えば、以下に記載されている:米国特許第4,736,866号および同第4,870,009号(両方が、Lederらによる)、米国特許第4,873,191号(Wagnerらによる)、ならびにHogan,B.,Manipulating the Mouse Embryo(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1986)。類似の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニックファウンダー(founder)動物は、そのゲノムにおける1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の導入遺伝子の存在、および/あるいはその動物の組織または細胞における1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のmRNAの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニックファウンダー動物を使用して、導入遺伝子を保有するさらなる動物を産出し得る。さらに、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物はさらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物と交配され得る。
相同な組換え動物を作製するために、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子の少なくとも一部を含むベクターが調製され、このベクターには、欠失、付加または置換が導入されており、それによって、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子が変更される(例えば、機能的に破壊される)。この1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子は、ヒト遺伝子であり得るが、より好ましくは、ヒトの1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、ラットの1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子を使用して、マウスゲノムにおいて内因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子を変更するのに適切な、相同な組換え核酸分子(例えば、ベクター)を構築し得る。好ましい実施形態において、相同な組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子が機能的に破壊される(すなわち、もはや機能的タンパク質をコードしない;「ノックアウト」ベクターとも呼ばれる)ように、設計される。あるいは、相同な組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子が変異されるか、さもなければ変更されるが依然として機能的タンパク質をコードする(例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性の1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質の発現を変更し得る)ように、設計され得る。相同な組換え核酸分子において、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子の変更された部分は、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子のさらなる核酸配列と、その5’末端および3’末端において隣接し、相同な組換え核酸分子によって保有される外因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子と、細胞(例えば、胚性幹細胞)における内因性1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子との間に、相同組換えが生じることを可能にする。さらなる隣接の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の核酸配列は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えに十分な長さの核酸配列である。代表的には、隣接したDNA(5’末端と3’末端との両方)の数キロベースが、この相同組換え核酸分子に含まれる(例えば、相同組換えベクターの記載については、Thomas,K.R.およびCapecchi,M.R.(1987)Cell 51:503を参照のこと)。相同組換え核酸分子は、細胞(例えば、胚性幹細胞株)に(例えば、エレクトロポーションによって)導入され、そして導入された1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子が内因性の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子、または6351遺伝子と相同に組み換わる細胞が、選択される(例えば、Li,E.ら(1992)Cell 69:915を参照のこと)。次いで、この選択された細胞は、動物(例えば、マウス)の胚盤胞に注射され、凝集キメラを形成し得る。(例えば、Bradley,A.Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells:A Practical Approach,E.J.Robertson編(IRL,Oxford,1987)113−152頁)を参照のこと)。次いで、キメラ胚は、適切な偽妊娠雌養母動物に移植され得、そしてこの胚は、生殖(term)され得る。生殖細胞において相同組換えされたDNAを含む子孫を使用して、動物を繁殖させ得、この動物において、この動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって相同組換えされたDNAを含む。相同な組換え核酸分子(例えば、ベクター)または相同な組換え動物を構築するための方法は、以下にさらに記載される:Bradley,A.(1991)Current Opinion in Biotechnology 2:823−829、およびLe Mouellecらによる、PCT国際公開番号WO 90/11354;Smithiesらによる、WO 91/01140;Zijlstraらによる、WO 92/0968;およびBernsらによる、WO 93/04169。
別の実施形態において、本発明の方法において使用するためのトランスジェニック非ヒト動物が作製され得、この動物は、導入遺伝子の調節された発現を可能にする、選択された系を含む。このような系の1つの例は、バクテリオファージP1のcre/loxPリコンビナーゼ系である。cre/loxPリコンビナーゼ系の記載については、例えば、Laksoら(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:6232−6236を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Saccharomyces cerevisiaeのFLPリコンビナーゼ系である(O’Gormanら(1991)Science 251:1351−1355)。cre/loxPリコンビナーゼ系を使用して導入遺伝子の発現を調節する場合、Creリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が、必要とされる。このような動物は、「二重」トランスジェニック動物の構築によって(例えば、2種のトランスジェニック動物(一方は、選択されたタンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方は、リコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む)を交配させることによって)提供され得る。
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンはまた、以下に記載される方法に従って作製され得る:Wilmut,I.ら(1997)Nature 385:810−813およびPCT国際公開番号WO 97/07668およびWO 97/07669。簡潔には、トランスジェニック動物由来の細胞(例えば、体細胞)が単離され得、そして増殖周期を出てGo期に入るように誘導され得る。次いで、休止細胞は、例えば、電気パルスの使用により、この休止細胞が単離される種と同じ種の動物由来の除核された卵母細胞に融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は、発生して、桑実胚または未分化胚芽細胞になるように培養され、次いで、偽妊娠雌養母動物に移される。この雌養母動物の子孫は、細胞(例えば、体細胞)が単離される動物のクローンである。
次いで、容易に検出可能なレベルの1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のmRNAあるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のペプチド(1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のエピトープに対する抗体を使用して、免疫細胞化学的に検出される)を発現する、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のトランスジェニック動物は、特徴的な泌尿器系障害を表示する動物を同定するために、さらに評価されるべきである。
(細胞ベースの系)
1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質をコードする、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列を含み、かつこれらを発現し、そしてさらにBPHおよび/またはUIに関連する細胞表現型を示す細胞を使用して、泌尿器系障害に対する効果を示す化合物を同定し得る。このような細胞としては、以下が挙げられ得る:非組換え単球細胞株(例えば、U937(ATCC番号CRL−1593)、THP−1(ATCC番号TIB−202)、およびP388D1(ATCC番号TIB−63));内皮細胞(例えば、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)、ヒト微小血管内皮細胞(HMVEC)、およびウシ大動脈内皮細胞(BAEC));ならびに、一般的な哺乳動物細胞株(例えば、HeLa細胞およびCOS細胞(例えば、COS−7(ATCC番号CRL−1651)、前立腺細胞株および膀胱細胞株))。さらに、このような細胞としては、組換え細胞株、トランスジェニック細胞株が挙げられ得る。例えば、上で議論される、本発明の泌尿器系障害の動物モデルを使用して、この障害に対する細胞培養モデルとして使用され得る細胞株(これは、BPHおよび/またはUIに関与する1種以上の細胞型を含有する)を作製し得る。本発明の泌尿器系障害モデルのトランスジェニック動物由来の一次培養物が利用され得るが、連続した細胞株の作製が、好ましい。トランスジェニック動物から連続した細胞株を誘導するために使用され得る技術の例については、Smallら(1985)Mol.Cell Biol.5:642−648を参照のこと。
1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質をコードする、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列、または6351遺伝子配列を含み、かつこれらを発現し、そしてさらにBPHおよび/またはUIに関連する細胞表現型を示す細胞を使用して、泌尿器系障害に対する効果を示す化合物を同定し得る。このような細胞としては、以下が挙げられ得る:非組換え単球細胞株(例えば、U937(ATCC番号CRL−1593)、THP−1(ATCC番号TIB−202)、およびP388D1(ATCC番号TIB−63));内皮細胞(例えば、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)、ヒト微小血管内皮細胞(HMVEC)、およびウシ大動脈内皮細胞(BAEC));ならびに、一般的な哺乳動物細胞株(例えば、HeLa細胞およびCOS細胞(例えば、COS−7(ATCC番号CRL−1651)、前立腺細胞株および膀胱細胞株))。さらに、このような細胞としては、組換え細胞株、トランスジェニック細胞株が挙げられ得る。例えば、上で議論される、本発明の泌尿器系障害の動物モデルを使用して、この障害に対する細胞培養モデルとして使用され得る細胞株(これは、BPHおよび/またはUIに関与する1種以上の細胞型を含有する)を作製し得る。本発明の泌尿器系障害モデルのトランスジェニック動物由来の一次培養物が利用され得るが、連続した細胞株の作製が、好ましい。トランスジェニック動物から連続した細胞株を誘導するために使用され得る技術の例については、Smallら(1985)Mol.Cell Biol.5:642−648を参照のこと。
あるいは、BPHおよび/またはUIに関与することが知られている細胞型の細胞は、細胞内での1435遺伝子発現、559遺伝子発現、34021遺伝子発現、44099遺伝子発現、25278遺伝子発現、641遺伝子発現、260遺伝子発現、55089遺伝子発現、21407遺伝子発現、42032遺伝子発現、46656遺伝子発現、62553遺伝子発現、302遺伝子発現、323遺伝子発現、12303遺伝子発現、985遺伝子発現、13237遺伝子発現、13601遺伝子発現、18926遺伝子発現、318遺伝子発現、2058遺伝子発現または6351遺伝子発現の量を増加または低下させ得る配列でトランスフェクトされ得る。例えば、1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列または6351遺伝子配列は、目的の細胞のゲノムに導入され得、そしてこの目的の動物のゲノムにおいて過剰発現され得るか、あるいは内因性の1435遺伝子配列、559遺伝子配列、34021遺伝子配列、44099遺伝子配列、25278遺伝子配列、641遺伝子配列、260遺伝子配列、55089遺伝子配列、21407遺伝子配列、42032遺伝子配列、46656遺伝子配列、62553遺伝子配列、302遺伝子配列、323遺伝子配列、12303遺伝子配列、985遺伝子配列、13237遺伝子配列、13601遺伝子配列、18926遺伝子配列、318遺伝子配列、2058遺伝子配列または6351遺伝子配列が存在する場合、これらは、過剰発現され得るか、またはあるいは、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子を過少発現させるかまたはこれらの遺伝子発現を不活化させるために破壊され得るかのいずれかであり得る。
1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子を過剰発現させるために、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子のコード部分は、目的の細胞型(例えば、内皮細胞)において遺伝子発現を駆動し得る調節配列に連結され得る。このような調節領域は、当業者に周知であり、そして過度な実験を行うことなく利用され得る。標的遺伝子を発現させるための組換え方法は、上に記載されている。
内因性の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の遺伝子配列の過少発現のために、このような配列は、単離され得、そして目的の細胞型のゲノムに再導入された場合、内因性の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の対立遺伝子が不活化されるように、操作され得る。好ましくは、この操作された1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の配列は、遺伝子ターゲティングを介して導入され、その結果、内因性の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の配列は、操作された1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の配列を、細胞のゲノムに組み込む際に破壊される。1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子を用いた、宿主細胞のトランスフェクションは、上に記載されている。
化合物で処置されたかあるいは1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子を用いてトランスフェクトされた細胞は、BPHおよび/またはUIに関連する表現型について試験され得る。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸のトランスフェクションは、標準的な技術(例えば、Ausubel(1989)前出、に記載される)を使用することによって、達成され得る。トランスフェクトされた細胞は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の組換え遺伝子配列の存在について、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAの発現および蓄積について、ならびに1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の組換えタンパク質産物の存在について、評価されるべきである。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の遺伝子発現の減少が望ましい例において、標準的な技術を使用して、内因性の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の遺伝子発現および/あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質産生の低下が達成されるか否かを、実証し得る。
(予測医学)
本発明はまた、予測医学の分野に関し、ここにおいて、診断アッセイ、予後アッセイ、モニタリング臨床試験が、診断(予測)目的のために使用され、それによって個体を予防的に処置する。従って、本発明の1つの局面は、生物学的サンプル(例えば、血液、血清、細胞(例えば、内皮細胞)、または組織(例えば、血管組織、膀胱組織または前立腺組織))の状況において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質および/または核酸の発現、ならびに1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の活性を決定し、それによって、個体が、泌尿器系障害の素因に罹患しているかまたは泌尿器系障害を被っているか否かを決定するための診断アッセイに関する。本発明はまた、個体が泌尿器系障害を発病する危険性があるか否かを決定するための、診断(または予測)アッセイを提供する。例えば、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後目的または予測目的のために使用され得、それによって個体は、泌尿器系障害の発症前に、予防的に(phophylactically)処置される。
本発明はまた、予測医学の分野に関し、ここにおいて、診断アッセイ、予後アッセイ、モニタリング臨床試験が、診断(予測)目的のために使用され、それによって個体を予防的に処置する。従って、本発明の1つの局面は、生物学的サンプル(例えば、血液、血清、細胞(例えば、内皮細胞)、または組織(例えば、血管組織、膀胱組織または前立腺組織))の状況において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質および/または核酸の発現、ならびに1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の活性を決定し、それによって、個体が、泌尿器系障害の素因に罹患しているかまたは泌尿器系障害を被っているか否かを決定するための診断アッセイに関する。本発明はまた、個体が泌尿器系障害を発病する危険性があるか否かを決定するための、診断(または予測)アッセイを提供する。例えば、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後目的または予測目的のために使用され得、それによって個体は、泌尿器系障害の発症前に、予防的に(phophylactically)処置される。
本発明の別の局面は、臨床試験における、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性に対する、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーター(例えば、抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体、または抗6351抗体、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のリボザイム)の影響のモニタリングに関する。
これらの因子および他の因子は、以下の節で、さらに詳細に記載される。
(診断アッセイ)
被験体が疾患に罹患しているか否かを決定するために、生物学的サンプルが被験体から得られ得、そしてこの生物学的サンプルは、この生物学的サンプル中で、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質をコードする核酸(例えば、mRNAまたはゲノムDNA)を検出することができる、化合物または因子と接触され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAを検出するために好ましい因子は、標識核酸プローブであり、このプローブは、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAにハイブリダイズし得る。この核酸プローブは、例えば、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64に示される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸またはそれらの一部(例えば、少なくとも15ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、30ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、40ヌクレオチド長、45ヌクレオチド長、50ヌクレオチド長、100ヌクレオチド長、250ヌクレオチド長または500ヌクレオチド長であり、かつストリンジェントな条件下で、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAに特異的にハイブリダイズするに十分であるオリゴヌクレオチド)であり得る。本発明の診断アッセイにおいて使用するのに適切な他のプローブが、本明細書中に記載されている。
被験体が疾患に罹患しているか否かを決定するために、生物学的サンプルが被験体から得られ得、そしてこの生物学的サンプルは、この生物学的サンプル中で、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質をコードする核酸(例えば、mRNAまたはゲノムDNA)を検出することができる、化合物または因子と接触され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAを検出するために好ましい因子は、標識核酸プローブであり、このプローブは、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAにハイブリダイズし得る。この核酸プローブは、例えば、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64に示される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸またはそれらの一部(例えば、少なくとも15ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、30ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、40ヌクレオチド長、45ヌクレオチド長、50ヌクレオチド長、100ヌクレオチド長、250ヌクレオチド長または500ヌクレオチド長であり、かつストリンジェントな条件下で、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAまたはゲノムDNAに特異的にハイブリダイズするに十分であるオリゴヌクレオチド)であり得る。本発明の診断アッセイにおいて使用するのに適切な他のプローブが、本明細書中に記載されている。
サンプル中で、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質を検出するのに好ましい因子は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体であり得、より好ましくは、モノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体、またはそのフラグメント(例えば、FabまたはF(ab’)2)が、使用され得る。プローブまたは抗体に関して、用語「標識(された)」は、検出可能な物質をそのプローブまたは抗体にカップリング(すなわち、物理的に連結する)し、そして直接的に標識される別の試薬との反応性によってこのプローブまたは抗体を間接的に標識することによる、プローブまたは抗体の直接的な標識を含むことが意図される。間接的な標識の例は、蛍光標識された二次抗体を使用し、そして蛍光標識されたストレプトアビジンで検出され得るように、ビオチンでDNAプローブを末端標識する、一次抗体の検出を含む。
用語「生物学的サンプル」は、被験体から単離された組織、細胞、および生物学的流体、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を使用して、インビトロおよびインビボで、生物学的サンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNA、タンパク質、またはゲノムDNAを検出し得る。例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のmRNAを検出するためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合イムノソルベント検定法(ELISA)、ウエスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光検査法が挙げられる。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のゲノムDNAを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質を検出するためのインビボ技術は、被験体に、標識された抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体、または抗6351抗体を導入することを含む。例えば、抗体は、被験体における存在および位置が、標準的な画像化技術によって検出され得る放射標識マーカーで、標識され得る。
別の実施形態において、本発明はさらに、以下の工程を包含する:コントロール被験体から、コントロールの生物学的サンプルを得る工程;このコントロールサンプルを、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNAまたはゲノムDNAを検出することができる化合物または因子と接触させる工程であって、その結果、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNAまたはゲノムDNAの存在が、生物学的サンプル中で検出される、工程;ならびに、コントロールサンプルにおける1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNAまたはゲノムDNAの存在を、試験サンプルにおける1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNAまたはゲノムDNAの存在と比較する工程。
(予後アッセイ)
本発明はさらに、異常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性に関連する疾患を有するかまたはそのような疾患を発症する危険性のある被験体を同定するための方法に関する。
本発明はさらに、異常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性に関連する疾患を有するかまたはそのような疾患を発症する危険性のある被験体を同定するための方法に関する。
本明細書中で使用される場合、用語「異常な」は、野生型の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性から逸脱した、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性を含む。異常な発現または活性は、発現または活性の増加または減少、ならびに野生型の発生的な発現のパターンまたは亜細胞の発現パターンに従わない、発現または活性を含む。例えば、異常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性は、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異により、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子が、過少発現または過剰発現される場合、ならびにこのような変異によって、非機能的な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質または野生型様式で機能しないタンパク質(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の基質と相互作用しないタンパク質、または非1435基質、非559基質、非34021基質、非44099基質、非25278基質、非641基質、非260基質、非55089基質、非21407基質、非42032基質、非46656基質、非62553基質、非302基質、非323基質、非12303基質、非985基質、非13237基質、非13601基質、非18926基質、非318基質、非2058基質、または非6351基質と相互作用するタンパク質)が生じる状況、を含むことが意図される。
本明細書中に記載されるアッセイ(例えば、前述の診断アッセイまたは以下のアッセイ)を使用して、疾患を有する被験体または疾患が発症する危険性のある被験体を同定し得る。生物学的サンプルを、被験体より取得し得、そして遺伝的変更の存在または非存在について試験し得る。例えば、このような遺伝的変更は、以下の少なくとも1つの存在を確認することにより検出され得る:1)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子からの1つ以上のヌクレオチドの欠失、2)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子への1つ以上のヌクレオチドの付加、3)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の1つ以上のヌクレオチドの置換、4)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の染色体再構築、5)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子のメッセンジャーRNA転写物のレベルにおける変更、6)ゲノムDNAのメチル化パターンのような、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の異常な改変、7)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子のメッセンジャーRNA転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、8)1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の非野生型レベル、9)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の対立遺伝子喪失、および10)1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の不適切な翻訳後修飾。
本明細書中で記載されるように、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における遺伝的変更を検出するために使用され得る当該分野において公知の多くのアッセイが、存在する。例えば、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における遺伝的変更は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)(例えば、米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号を参照のこと)(例えば、アンカーPCRまたはRACE PCR)あるいは、ライゲーション連鎖反応(LCR)(例えば、Landegranら(1988)Science 241:1077−1080;およびNakazawaら(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:360−364を参照のこと)においてプローブ/プライマーを使用して検出され得、これらのうちの後者は、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る(Abravayaら(1995)Nucleic Acids Res.23:675−682を参照のこと)。この方法は、被験体から生物学的サンプルを収集する工程、このサンプルから核酸(例えば、ゲノムDNA、mRNAまたはこれらの両方)を単離する工程、(存在するならば)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で、この核酸サンプルを、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子に特異的にハイブリダイズする1つ以上のプライマーと接触させる工程;ならびに増幅産物の存在または非存在を検出するかまたは増幅産物のサイズを検出しそしてコントロールサンプルと長さを比較する工程を包含する。PCRおよび/またはLCRが、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される任意の技術と組み合わせて予備的増幅工程として使用するに望ましくあり得ることは、明白である。
代替の増幅法としては以下が挙げられる:持続的配列増幅(Guatelli,J.C.ら(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874−1878)、転写増幅系(Kwoh,D.Y.ら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173−1177)、Q−βレプリカーゼ(Lizardi,P.M.ら(1988)Bio−Technology 6:1197)、または他の核酸増幅法のいずれか、その後の当業者に周知の技術を使用する増幅分子の検出。これらの検出スキームは、このような分子が非常に少数で存在する場合に、核酸分子の検出に特に有用である。
代替の実施形態において、生物学的サンプル由来の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールDNAが、単離され、(必要に応じて)増幅され、1つ以上の制限エンドヌクレアーゼで消化され、そしてフラグメント長サイズが、ゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルとコントロールDNAとの間のフラグメント長サイズの差異は、サンプルDNA中の変異を示す。さらに、配列特異的リボザイム(例えば、米国特許第5,498,531号)の使用は、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特異的変異の存在についてスコア付けられ得る。
他の実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351における遺伝的変異は、生物学的サンプル由来の核酸およびコントロール核酸(例えば、DNAまたはRNA)を、何百個または何千個のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイにハイブリダイズさせることによって同定され得る(Cronin,M.T.ら(1996)Human Mutation 7:244−255;Kozal,M.J.ら(1996)Nature Medicine 2:753−759)。例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351における遺伝的変異は、Cronin,M.T.ら(1996)(上述)に記載されるような光生成DNAプローブを含む2次元アレイにおいて同定され得る。簡単には、プローブの第1のハイブリダイゼーションアレイを使用して、連続的で重複するプローブの線状アレイを作製することによって、サンプルおよびコントロールにおけるDNAの長鎖を通して走査して配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能とする。この工程の後、検出される全ての改変体または変異に相補的なより小さな特定化されたプローブアレイを使用することによって、特異的変異の特徴付けを可能にする第2のハイブリダイゼーションアレイが続く。各変異アレイは、パラレルプローブセット、野生型遺伝子に対するある相補体および変異遺伝子に対する他の相補体から構成される。
なお別の実施形態において、当該分野において公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、生物学的サンプル中の1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子を直接的に配列決定し得、そして生物学的サンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の配列を、対応する野生型(コントロール)配列と比較することによって変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、MaxamおよびGilbert(1977)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74:560またはSanger(1977)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74:5463によって開発された技術に基く反応が挙げられる。種々の自動化配列決定手順が、質量分析法による配列決定(例えば、PCT国際公開番号WO94/16101;Cohenら(1996)Adv.Chromatogr.36:127−162;およびGriffinら(1993)Appl.Biochem.Biotechnol.38:147−159を参照のこと)を含む診断アッセイ(Naeve,C.W.(1995)Biotechniques 19:448−53)を行う場合に利用され得ることもまた、企図される。
1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護がRNA/RNA異種二重鎖またはRNA/DNA異種二重鎖中でミスマッチした塩基を検出するために使用される方法が挙げられる(Myersら(1985)Science 230:1242)。一般に、「ミスマッチ切断」の分野の技術は、野生型1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列を含む(標識された)RNAまたはDNAを、組織サンプルより得られた潜在的変異RNAまたはDNAとハイブリダイズさせることによって形成される異種二重鎖を提供することによって開始する。二本鎖二重鎖は、コントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するような二本鎖の一本鎖領域を切断する因子で処理される。例えば、ミスマッチ領域を酵素的に消化するために、RNA/DNA二重鎖はRNaseで処理され得、DNA/DNAハイブリッドはS1ヌクレアーゼで処理され得る。他の実施形態において、DNA/DNA二重鎖またはRNA/DNA二本鎖のいずれかが、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで処理され、そして、ミスマッチ領域を消化するためにピペリジンで処理される。ミスマッチ領域の消化後、次いで、生じた物質が、変異部位を決定するために変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズで分けられる。例えば、Cottonら(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:4397およびSaleebaら(1992)Methods Enzymol.217:286−295を参照のこと。好ましい実施形態において、コントロールDNAまたはRNAが、検出のために標識され得る。
さらに別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、細胞のサンプルより得られた1435 cDNA、559 cDNA、34021 cDNA、44099 cDNA、25278 cDNA、641 cDNA、260 cDNA、55089 cDNA、21407 cDNA、42032 cDNA、46656 cDNA、62553 cDNA、302 cDNA、323 cDNA、12303 cDNA、985 cDNA、13237 cDNA、13601 cDNA、18926 cDNA、318 cDNA、2058 cDNAまたは6351 cDNA中の点変異を検出およびマッピングするために規定された系において二本鎖DNA中のミスマッチ塩基対を認識する1つ以上のタンパク質(「DNAミスマッチ修復」酵素と呼ばれる)を使用する。例えば、E.coliのmutY酵素は、G/AミスマッチでAを切断し、そしてHeLa細胞由来のチミジンDNAグリコシラーゼは、G/TミスマッチでTを切断する(Hsuら(1994)Carcinogenesis 15:1657−1662)。例示的実施形態に従って、1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列(例えば、野生型の1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列)に基くプローブは、試験細胞からのcDNA産物または他のDNA産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、DNAミスマッチ修復酵素で処理され、そして存在する場合、切断産物は、電気泳動的プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第5,459,039号を参照のこと。
他の実施形態において、電気泳動的移動度の変更を使用して、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子における変異を同定する。例えば、一本鎖コンフォーメーション多型(SSCP)を使用して、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動的移動度の差異を検出し得る(Oritaら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA:86:2766;Cotton(1993)Mutat.Res.285:125−144およびHayashi(1992)Genet.Anal.Tech.Appl.9:73−79もまた参照のこと)。サンプルおよびコントロールの1435核酸、559核酸、34021核酸、44099核酸、25278核酸、641核酸、260核酸、55089核酸、21407核酸、42032核酸、46656核酸、62553核酸、302核酸、323核酸、12303核酸、985核酸、13237核酸、13601核酸、18926核酸、318核酸、2058核酸または6351核酸の一本鎖DNAフラグメントは変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動的移動度において生じた変更は、単一の塩基変化の検出さえ可能にする。DNAフラグメントは、標識されたプローブで標識されても検出されてもよい。このアッセイの感度は、(DNAではなく)RNAを用いることにより増強され、ここで二次構造は、配列の変化により感受性である。好ましい実施形態において、目的の方法は、電気泳動的移動度の変化に基いて二本鎖へテロ二重鎖分子を分離するためにヘテロ二重鎖分析を利用する(Keenら(1991)Trends Genet 7:5)。
なお別の実施形態において、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中での変異体フラグメントまたは野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)(Myersら(1985)Nature 313:495)を使用してアッセイされる。DGGEが分析法として使用される場合、DNAは、例えば、PCRによって約40bpの高温融解GCリッチDNAのGCクランプを付加することにより完全には変性していないことを確認するために改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールDNAおよびサンプルDNAの移動度の差異を同定するための変性勾配の代わりに使用される(RosenbaumおよびReissner(1987)Biophys Chem 265:12753)。
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない:選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーが調製され得、ここで、公知の変異が中心におかれ、次いで、完全な一致が見出される場合にのみハイブリダイゼーションを可能にする条件下で標的DNAにハイブリダイズする(Saikiら(1986)Nature 324:163);Saikiら(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6230)。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に結合しそして標識標的DNAとハイブリダイズする場合に、PCR増幅標的DNAまたは多くの種々の変異にハイブリダイズされる。
あるいは、選択的PCR増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と組合わせて使用され得る。増幅に特異的なプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心に目的の変異を保有し得るか(その結果、増幅は、差示的ハイブリダイゼーションに依存する)(Gibbsら(1989)Nucleic Acids Res.17:2437−2448)、または適切な条件下で、ミスマッチが、防がれ得るかまたはポリメラーゼ伸長を低減され得る場合、一方のプライマーの3’末端で目的の変異を保有し得る(Prossner(1993)Tibtech 11:238)。さらに、切断ベース検出を作製するために、変異領域中に新規の制限部位を導入することが、好ましくあり得る(Gaspariniら(1992)Mol.Cell Probes 6:1)。特定の実施形態において、増幅のためにTaqリガーゼを使用して増幅が行われ得ることもまた、明らかである(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189)。このような場合に、連結は、5’配列の3’末端で完全なミスマッチが存在する場合にのみ生じ、これにより、増幅の存在または非存在を探索することによって特定の部位で既知の変異の存在を検出し得る。
さらに、本明細書中に記載される診断アッセイを使用して、疾患を効果的に処置するために、被験体が1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーター(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸または低分子)を投与され得るか否かを、決定し得る。
(臨床試験の間の効果のモニタリング)
本発明はさらに、1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーター(例えば、本明細書中において同定された1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーター)の、疾患の処置に対する有効性を決定するための方法を提供する。例えば、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現増加、タンパク質レベル増加、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のアップレギュレートにおいて、1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーターは、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のダウンレギュレートを示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。あるいは、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のダウンレギュレートにおける1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーターの有効性は、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現増加、タンパク質レベル増加、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の増加を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子、好ましくは、痛覚に関与する任意の遺伝子の発現または活性が、「読み出し」すなわち特定の細胞の表現型のマーカーとして使用され得る。
本発明はさらに、1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーター(例えば、本明細書中において同定された1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーター)の、疾患の処置に対する有効性を決定するための方法を提供する。例えば、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現増加、タンパク質レベル増加、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のアップレギュレートにおいて、1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーターは、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のダウンレギュレートを示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。あるいは、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性のダウンレギュレートにおける1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーターの有効性は、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現増加、タンパク質レベル増加、あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の増加を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子、好ましくは、痛覚に関与する任意の遺伝子の発現または活性が、「読み出し」すなわち特定の細胞の表現型のマーカーとして使用され得る。
例えば(限定のためではなく)、(例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される)1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する因子での処置によって細胞において調節される、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351を含む遺伝子が、同定され得る。よって、泌尿器系障害を罹患する被験体に対する1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する因子の効果を(例えば、臨床試験において)研究するために、細胞が単離され得、そしてRNAが調製され得、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351、および泌尿器系障害に関連する他の遺伝子の発現レベルについて分析され得る。遺伝子発現レベル(例えば、遺伝子発現パターン)は、本明細書中に記載されるようなノザンブロット分析またはRT−PCRによって、あるいは本明細書中に記載される方法の1つによって生成されるタンパク質の量を測定することによって、または1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058もしくは6351、または他の遺伝子の活性レベルを測定することによって、定量され得る。この方法において、遺伝子発現パターンは、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する因子に対する細胞の生理学的応答を示すマーカーとして働き得る。この応答状態は、個体を1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する因子で処置する前、あるいはその間の種々の時点で測定され得る。
好ましい実施形態において、本発明は、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する因子(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される低分子)での被験体の処置の有効性をモニタリングするための方法を提供し、以下の工程を包含する:(i)この因子の投与前に予め投与するサンプルを被験体から得る工程;(ii)この予め投与するサンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルを検出する工程;(iii)1つ以上の後に投与するサンプルを被験体から得る工程;(iv)これらの後に投与するサンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルを検出する工程;(v)予め投与するサンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルを、後に投与するサンプル中の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質、mRNA、またはゲノムDNAの発現レベルまたは活性レベルと比較する工程;ならびに(vi)よって被験体に対する因子の投与を変更する工程。例えば、因子の投与増加は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性を、検出された(すなわち、因子の有効性を増加させる)レベルよりも高いレベルに増加することが、好ましくあり得る。あるいは、因子の投与減少は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性を、検出された(すなわち、因子の有効性を減少させる)レベルよりも低いレベルに減少することが、好ましくあり得る。この実施形態に従って、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性は、観察可能な表現型応答の非存在下ですら、因子の有効性の指標として使用され得る。
(処置方法)
本発明は、被験体(例えば、疾患の危険性のある(または疾患を罹患しそうな)ヒト)を処置する予防法および治療法を提供する。処置の予防法および治療法の両方の観点で、このような処置は、薬理ゲノム学(pharmacogenomics)の分野から得られる知識に基いて、特異的に仕立てられ(tailore)得るかまたは改変され得る。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノム学」は、遺伝子配列決定、統計的遺伝学および遺伝子発現分析のようなゲノム技術の、臨床開発および市場での薬物に対する適用をいう。より詳細には、この用語は、患者の遺伝子がどのように薬物に対する患者の応答(例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」)を決定するのかについての研究をいう。
本発明は、被験体(例えば、疾患の危険性のある(または疾患を罹患しそうな)ヒト)を処置する予防法および治療法を提供する。処置の予防法および治療法の両方の観点で、このような処置は、薬理ゲノム学(pharmacogenomics)の分野から得られる知識に基いて、特異的に仕立てられ(tailore)得るかまたは改変され得る。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノム学」は、遺伝子配列決定、統計的遺伝学および遺伝子発現分析のようなゲノム技術の、臨床開発および市場での薬物に対する適用をいう。より詳細には、この用語は、患者の遺伝子がどのように薬物に対する患者の応答(例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」)を決定するのかについての研究をいう。
従って、本発明の別の局面は、個々の薬物応答遺伝子型に従って、本発明の1435分子、559分子、34021分子、44099分子、25278分子、641分子、260分子、55089分子、21407分子、42032分子、46656分子、62553分子、302分子、323分子、12303分子、985分子、13237分子、13601分子、18926分子、318分子、2058分子または6351分子、あるいは、1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーターまたは6351モジュレーターのいずれかを用いる被験体の予防処置または治療処置を仕立てるための方法を提供する。薬理ゲノム学によって、臨床医(clinician)または内科医(physician)は、この処置から最も利益を得る患者に対して予防処置または治療処置を標的化することが可能になり、そして毒性薬物関連副作用を被る患者の処置を避けることが可能になる。
(予防方法)
一局面において、本発明は、1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現または6351発現あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を被験体に投与することによって、被験体において疾患を防ぐ方法を提供する。泌尿器系障害(例えば、BPHおよび/またはUI)に対する危険性のある被験体は、例えば、本明細書中に記載の任意の診断的または予後的なアッセイまたはそれらの組み合わせによって同定され得る。予防薬の投与は、異常な1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現または6351発現あるいは異常な1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の特徴的症状の発生に先立って生じ得、これによって疾患が予防されるか、あるいは、その進行が遅延される。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の異常の型に依存して、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351、1435アゴニスト、559アゴニスト、34021アゴニスト、44099アゴニスト、25278アゴニスト、641アゴニスト、260アゴニスト、55089アゴニスト、21407アゴニスト、42032アゴニスト、46656アゴニスト、62553アゴニスト、302アゴニスト、323アゴニスト、12303アゴニスト、985アゴニスト、13237アゴニスト、13601アゴニスト、18926アゴニスト、318アゴニスト、2058アゴニストまたは6351アゴニストあるいは1435アンタゴニスト薬剤、559アンタゴニスト薬剤、34021アンタゴニスト薬剤、44099アンタゴニスト薬剤、25278アンタゴニスト薬剤、641アンタゴニスト薬剤、260アンタゴニスト薬剤、55089アンタゴニスト薬剤、21407アンタゴニスト薬剤、42032アンタゴニスト薬剤、46656アンタゴニスト薬剤、62553アンタゴニスト薬剤、302アンタゴニスト薬剤、323アンタゴニスト薬剤、12303アンタゴニスト薬剤、985アンタゴニスト薬剤、13237アンタゴニスト薬剤、13601アンタゴニスト薬剤、18926アンタゴニスト薬剤、318アンタゴニスト薬剤、2058アンタゴニスト薬剤または6351アンタゴニスト薬剤が、被験体の処置に関して使用され得る。適切な薬剤は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。
一局面において、本発明は、1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現または6351発現あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を被験体に投与することによって、被験体において疾患を防ぐ方法を提供する。泌尿器系障害(例えば、BPHおよび/またはUI)に対する危険性のある被験体は、例えば、本明細書中に記載の任意の診断的または予後的なアッセイまたはそれらの組み合わせによって同定され得る。予防薬の投与は、異常な1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現または6351発現あるいは異常な1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の特徴的症状の発生に先立って生じ得、これによって疾患が予防されるか、あるいは、その進行が遅延される。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の異常の型に依存して、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351、1435アゴニスト、559アゴニスト、34021アゴニスト、44099アゴニスト、25278アゴニスト、641アゴニスト、260アゴニスト、55089アゴニスト、21407アゴニスト、42032アゴニスト、46656アゴニスト、62553アゴニスト、302アゴニスト、323アゴニスト、12303アゴニスト、985アゴニスト、13237アゴニスト、13601アゴニスト、18926アゴニスト、318アゴニスト、2058アゴニストまたは6351アゴニストあるいは1435アンタゴニスト薬剤、559アンタゴニスト薬剤、34021アンタゴニスト薬剤、44099アンタゴニスト薬剤、25278アンタゴニスト薬剤、641アンタゴニスト薬剤、260アンタゴニスト薬剤、55089アンタゴニスト薬剤、21407アンタゴニスト薬剤、42032アンタゴニスト薬剤、46656アンタゴニスト薬剤、62553アンタゴニスト薬剤、302アンタゴニスト薬剤、323アンタゴニスト薬剤、12303アンタゴニスト薬剤、985アンタゴニスト薬剤、13237アンタゴニスト薬剤、13601アンタゴニスト薬剤、18926アンタゴニスト薬剤、318アンタゴニスト薬剤、2058アンタゴニスト薬剤または6351アンタゴニスト薬剤が、被験体の処置に関して使用され得る。適切な薬剤は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。
(治療的方法)
本明細書中に記載したのは、泌尿器系障害を回復し得る方法および組成物である。特定の泌尿器系障害は、少なくとも部分的に、遺伝子産物の過度のレベルによって、あるいは異常または過剰な活性を示す遺伝子産物の存在によって、もたらされる。このように、このような遺伝子産物のレベルおよび/または活性の減少は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状の回復をもたらす。遺伝子発現のレベルまたはタンパク質の活性の減少に関する技術は、以下に議論される。
本明細書中に記載したのは、泌尿器系障害を回復し得る方法および組成物である。特定の泌尿器系障害は、少なくとも部分的に、遺伝子産物の過度のレベルによって、あるいは異常または過剰な活性を示す遺伝子産物の存在によって、もたらされる。このように、このような遺伝子産物のレベルおよび/または活性の減少は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状の回復をもたらす。遺伝子発現のレベルまたはタンパク質の活性の減少に関する技術は、以下に議論される。
あるいは、特定の他の泌尿器系障害は、少なくとも一部、遺伝子発現のレベルの欠損もしくは減少、またはタンパク質の活性のレベルの減少によってもたらされる。このように、遺伝子の発現レベルおよび/またはこのようなタンパク質の活性の増加は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状の回復をもたらす。
いくつかの場合において、疾患状態における遺伝子の上方調節は、疾患状態に対しての応答において、その遺伝子産物に対する保護的な役割を反映する。このような遺伝子発現または遺伝子産物の活性の促進は、それが発揮する保護的な効果を強固にする。いくつかの泌尿器系疾患の状態は、このような保護的遺伝子の活性のレベルの異常に低いレベルに起因し得る。これらの場合において、また、遺伝発現のレベルおよび/またはこのような遺伝子産物の活性の増加は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状の回復をもたらす。標的遺伝子発現レベルまたは標的遺伝子産物活性レベルを増加させるための技術は本明細書中に議論される。
従って、本発明の別の局面は、治療的目的での1435発現、559発現、34021発現、44099発現、25278発現、641発現、260発現、55089発現、21407発現、42032発現、46656発現、62553発現、302発現、323発現、12303発現、985発現、13237発現、13601発現、18926発現、318発現、2058発現または6351発現あるいは1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の調節方法に関する。従って、例示的な実施形態において、本発明の調節方法は、細胞に、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351、あるいは細胞(例えば、内皮細胞、卵巣細胞、膀胱細胞および前立腺細胞)に関連する1435タンパク質活性、559タンパク質活性、34021タンパク質活性、44099タンパク質活性、25278タンパク質活性、641タンパク質活性、260タンパク質活性、55089タンパク質活性、21407タンパク質活性、42032タンパク質活性、46656タンパク質活性、62553タンパク質活性、302タンパク質活性、323タンパク質活性、12303タンパク質活性、985タンパク質活性、13237タンパク質活性、13601タンパク質活性、18926タンパク質活性、318タンパク質活性、2058タンパク質活性または6351タンパク質活性の1つ以上の活性を調節する薬剤を接触させる工程を包含する。1435タンパク質活性、559タンパク質活性、34021タンパク質活性、44099タンパク質活性、25278タンパク質活性、641タンパク質活性、260タンパク質活性、55089タンパク質活性、21407タンパク質活性、42032タンパク質活性、46656タンパク質活性、62553タンパク質活性、302タンパク質活性、323タンパク質活性、12303タンパク質活性、985タンパク質活性、13237タンパク質活性、13601タンパク質活性、18926タンパク質活性、318タンパク質活性、2058タンパク質活性または6351タンパク質活性を調節する薬剤は、本明細書中に記載されるような薬剤であり得、例えば、核酸またはタンパク質、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在する標的分子(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のリガンドまたは基質)、1435抗体、559抗体、34021抗体、44099抗体、25278抗体、641抗体、260抗体、55089抗体、21407抗体、42032抗体、46656抗体、62553抗体、302抗体、323抗体、12303抗体、985抗体、13237抗体、13601抗体、18926抗体、318抗体、2058抗体または6351抗体、1435アゴニスト、559アゴニスト、34021アゴニスト、44099アゴニスト、25278アゴニスト、641アゴニスト、260アゴニスト、55089アゴニスト、21407アゴニスト、42032アゴニスト、46656アゴニスト、62553アゴニスト、302アゴニスト、323アゴニスト、12303アゴニスト、985アゴニスト、13237アゴニスト、13601アゴニスト、18926アゴニスト、318アゴニスト、2058アゴニストまたは6351アゴニストあるいは1435アンタゴニスト、559アンタゴニスト、34021アンタゴニスト、44099アンタゴニスト、25278アンタゴニスト、641アンタゴニスト、260アンタゴニスト、55089アンタゴニスト、21407アンタゴニスト、42032アンタゴニスト、46656アンタゴニスト、62553アンタゴニスト、302アンタゴニスト、323アンタゴニスト、12303アンタゴニスト、985アンタゴニスト、13237アンタゴニスト、13601アンタゴニスト、18926アンタゴニスト、318アンタゴニスト、2058アンタゴニストまたは6351アンタゴニスト、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のアゴニストまたはアンタゴニストのペプチド模倣物、あるいは他の低分子である。一実施形態において、薬剤は、1つ以上の1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を刺激する。このような刺激薬剤の例として、活性な1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質および細胞内に導入されている、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、薬剤は、1つ以上の1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を阻害する。このような阻害薬剤の例としては、アンチセンス1435核酸分子、アンチセンス559核酸分子、アンチセンス34021核酸分子、アンチセンス44099核酸分子、アンチセンス25278核酸分子、アンチセンス641核酸分子、アンチセンス260核酸分子、アンチセンス55089核酸分子、アンチセンス21407核酸分子、アンチセンス42032核酸分子、アンチセンス46656核酸分子、アンチセンス62553核酸分子、アンチセンス302核酸分子、アンチセンス323核酸分子、アンチセンス12303核酸分子、アンチセンス985核酸分子、アンチセンス13237核酸分子、アンチセンス13601核酸分子、アンチセンス18926核酸分子、アンチセンス318核酸分子、アンチセンス2058核酸分子またはアンチセンス6351核酸分子、抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体、1435インヒビター、559インヒビター、34021インヒビター、44099インヒビター、25278インヒビター、641インヒビター、260インヒビター、55089インヒビター、21407インヒビター、42032インヒビター、46656インヒビター、62553インヒビター、302インヒビター、323インヒビター、12303インヒビター、985インヒビター、13237インヒビター、13601インヒビター、18926インヒビター、318インヒビター、2058インヒビターまたは6351インヒビターが挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで(例えば、細胞を薬剤と共に培養することによって)、あるいは、インビボで(例えば、被験体に薬剤を投与することによって)実行され得る。このように、本発明は、異常なまたは望まない1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質あるいは1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子の発現または活性によって特徴付けられる、疾患または障害で悩む個体を処置する方法を提供する。一実施形態において、この方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現または活性を調節(例えば、上方調節または下方調節)する薬剤(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される薬剤)または薬剤の組み合わせの投与を含む。別の実施形態において、この方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の、減少したか、異常であるかまたは望まない発現または活性の補償のための治療としての1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質あるいは1435核酸分子、559核酸分子、
34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子の投与を包含する。
34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子の投与を包含する。
1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の刺激は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351が異常に下方調節され、および/あるいは増加した1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性が利益的な効果を有するようである状況において所望される。同様に、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性の阻害は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351が異常に上方調節される状況においておよび/あるいは減少した1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性が、利益的な効果を有するようである状況において所望される。
(標的遺伝子の発現、合成、または活性を阻害する方法)
上記のように、心臓血管の障害に関与する遺伝子は、遺伝子活性のレベルの上昇を介して、このような障害を起こし得る。いくつかの場合において、このような上方調節は、疾患状態に対する原因的効果または悪化効果を有し得る。種々の技術が、このような遺伝子および/またはタンパク質の発現、合成、または活性を阻害するために使用され得る。
上記のように、心臓血管の障害に関与する遺伝子は、遺伝子活性のレベルの上昇を介して、このような障害を起こし得る。いくつかの場合において、このような上方調節は、疾患状態に対する原因的効果または悪化効果を有し得る。種々の技術が、このような遺伝子および/またはタンパク質の発現、合成、または活性を阻害するために使用され得る。
例えば、上記のアッセイを通して同定したような化合物は、阻害活性を示し、本発明に従って、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状を緩和するために使用され得る。このような分子として、有機低分子、ペプチド、抗体など挙げられ得るが、それに限定されない。
例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質に対する内因性のリガンドと競合する化合物が、投与され得る。生じるリガンド結合性1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の量の減少は、内皮細胞の生理学を調節する。この目的に対して特に有用であり得る化合物としては、例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の可溶性タンパク質またはペプチド(例えば、1つ以上の細胞外ドメインを含むペプチド)、あるいはそれらの部分および/またはアナログ(例えば、Igテールド融合タンパク質のような可溶性融合タンパク質が挙げられる)が挙げられる(Ig−テールド融合タンパク質の産生についての考察について、例えば、米国特許第5,116,964号を参照のこと)。あるいは、1435レセプター部位、559レセプター部位、34021レセプター部位、44099レセプター部位、25278レセプター部位、641レセプター部位、260レセプター部位、55089レセプター部位、21407レセプター部位、42032レセプター部位、46656レセプター部位、62553レセプター部位、302レセプター部位、323レセプター部位、12303レセプター部位、985レセプター部位、13237レセプター部位、13601レセプター部位、18926レセプター部位、318レセプター部位、2058レセプター部位または6351レセプター部位に結合するが、タンパク質を活性化しない、リガンドアナログまたは抗体のような化合物(例えば、レセプター−リガンドアンタゴニスト)は、1435タンパク質活性、559タンパク質活性、34021タンパク質活性、44099タンパク質活性、25278タンパク質活性、641タンパク質活性、260タンパク質活性、55089タンパク質活性、21407タンパク質活性、42032タンパク質活性、46656タンパク質活性、62553タンパク質活性、302タンパク質活性、323タンパク質活性、12303タンパク質活性、985タンパク質活性、13237タンパク質活性、13601タンパク質活性、18926タンパク質活性、318タンパク質活性、2058タンパク質活性または6351タンパク質活性を阻害するのに有効であり得る。
さらに、1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の発現を阻害するアンチセンス分子およびリボザイム分子もまた、本発明に従って、異常な1435遺伝子活性、559遺伝子活性、34021遺伝子活性、44099遺伝子活性、25278遺伝子活性、641遺伝子活性、260遺伝子活性、55089遺伝子活性、21407遺伝子活性、42032遺伝子活性、46656遺伝子活性、62553遺伝子活性、302遺伝子活性、323遺伝子活性、12303遺伝子活性、985遺伝子活性、13237遺伝子活性、13601遺伝子活性、18926遺伝子活性、318遺伝子活性、2058遺伝子活性または6351遺伝子活性を阻害するために使用され得る。なおさらに、3重らせん分子は、異常な1435遺伝子活性、559遺伝子活性、34021遺伝子活性、44099遺伝子活性、25278遺伝子活性、641遺伝子活性、260遺伝子活性、55089遺伝子活性、21407遺伝子活性、42032遺伝子活性、46656遺伝子活性、62553遺伝子活性、302遺伝子活性、323遺伝子活性、12303遺伝子活性、985遺伝子活性、13237遺伝子活性、13601遺伝子活性、18926遺伝子活性、318遺伝子活性、2058遺伝子活性または6351遺伝子活性を阻害する際に利用され得る。
本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、典型的に、被験体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果、それらは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質をコードする細胞mRNAおよび/またはゲノムDNAにハイブリダイズまたは結合し、それによってこれらのタンパク質の発現を阻害する(例えば、転写および/または翻訳を阻害することによって)。このハイブリダイゼーションは安定な二重鎖を形成するための従来のヌクレオチド相補性により得るか、あるいは、例えばDNA二重鎖と結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介し得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位での直接的な注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的とするように改変され得、次いで、全身投与され得る。例えば、全身投与に関して、アンチセンス分子は、調節され得、その結果、アンチセンス分子は、(例えば、アンチセンス核酸分子を細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に結合することによって)選択された細胞表面上に発現するレセプターまたは抗原に特異的に結合するように改変され得る。アンチセンス核酸分子はまた、本明細書中に記載のベクターを使用して細胞に送達され得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なpolIIまたはpolIIIプロモーターの制御下に置かれるベクター構築物が、好ましい。
さらに別の実施形態において、本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、α−アノマー型核酸分子である。α−アノマー型核酸分子は、相補的なRNAと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、ここで、通常のβユニットに反して、鎖は互いに平行に走る(Gaultierら、(1987)Nucleic Acids.Res.15:6625−6641)。アンチセンス核酸分子はまた、2’−o−メチルリボヌクレオチド(Inoueら、(1987)Nucleic Acids Res.15:6131−6148)またはキメラRNA−DNAアナログ(Inoueら(1987)FEBS Lett.215:327−330)を含み得る。
なお別の実施形態において、本発明の方法に使用されるアンチセンス核酸は、リボザイムである。リボザイムは、これらのリボザイムが相補的領域を有する、一本鎖核酸(例えば、mRNA)を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNA分子である。従って、リボザイム(例えば、ハンマーヘッドリボザイム(HaselhoffおよびGerlach(1988)Nature 334:585−591に記載される))は、1435mRNA転写物、559mRNA転写物、34021mRNA転写物、44099mRNA転写物、25278mRNA転写物、641mRNA転写物、260mRNA転写物、55089mRNA転写物、21407mRNA転写物、42032mRNA転写物、46656mRNA転写物、62553mRNA転写物、302mRNA転写物、323mRNA転写物、12303mRNA転写物、985mRNA転写物、13237mRNA転写物、13601mRNA転写物、18926mRNA転写物、318mRNA転写物、2058mRNA転写物または6351mRNA転写物を触媒的に切断するために使用されて、それによって、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAの翻訳を阻害し得る。1435コード核酸、559コード核酸、34021コード核酸、44099コード核酸、25278コード核酸、641コード核酸、260コード核酸、55089コード核酸、21407コード核酸、42032コード核酸、46656コード核酸、62553コード核酸、302コード核酸、323コード核酸、12303コード核酸、985コード核酸、13237コード核酸、13601コード核酸、18926コード核酸、318コード核酸、2058コード核酸または6351コード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示される1435cDNA、559cDNA、34021cDNA、44099cDNA、25278cDNA、641cDNA、260cDNA、55089cDNA、21407cDNA、42032cDNA、46656cDNA、62553cDNA、302cDNA、323cDNA、12303cDNA、985cDNA、13237cDNA、13601cDNA、18926cDNA、318cDNA、2058cDNAまたは6351cDNAのヌクレオチド配列(すなわち、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64)に基づいて設計され得る。例えば、Tetrahymena L−19 IVS RNAの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列が、1435コードmRNA、559コードmRNA、34021コードmRNA、44099コードmRNA、25278コードmRNA、641コードmRNA、260コードmRNA、55089コードmRNA、21407コードmRNA、42032コードmRNA、46656コードmRNA、62553コードmRNA、302コードmRNA、323コードmRNA、12303コードmRNA、985コードmRNA、13237コードmRNA、13601コードmRNA、18926コードmRNA、318コードmRNA、2058コードmRNAまたは6351コードmRNA中の切断されるべきヌクレオチド配列に対して相補的であるように構築され得る(例えば、Cechら、米国特許第4,987,071号;およびCechら、米国特許第5,116,742号を参照のこと)。あるいは、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAを使用して、RNA分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNAを選択し得る(例えば、Bartel,D.およびSzostak,J.W.(1993)Science 261:1411−1418を参照のこと)。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の遺伝子の発現はまた、標的細胞中で1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の遺伝子の転写を阻害する三重ヘリックス構造を形成するために、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の調節領域(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のプロモーターおよび/またはエンハンサー)に相補的なヌクレオチド配列を標的化することによって阻害され得る(例えば、Helene,C.(1991)Anticancer Drug Des.6(6):569−84;Helene,C.ら(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.660:27−36;およびMaher,L.J.(1992)Bioassays 14(12):807−15を参照のこと)。
1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質に特異的であり、かつその活性を妨害する抗体もまた、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質機能を調節または阻害するために使用され得る。このような抗体は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質自体、あるいはこのタンパク質の部分に対応するペプチドに対して、本明細書中に記載される標準的技術を使用して作製され得る。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、Fabフラグメント、単鎖抗体、またはキメラ抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
標的遺伝子タンパク質が細胞内であり、かつ全抗体が使用される例において、内部移行(internalizing)抗体が好ましくあり得る。リポフェクチンリポソームは、標的エピトープを細胞に結合する抗体またはFab領域のフラグメントを送達するために使用され得る。抗体のフラグメントが使用される場合、標的タンパク質の結合ドメインに結合する最小の阻害性フラグメントが、好ましい。例えば、標的遺伝子タンパク質に結合する抗体の可変領域のドメインに対応するアミノ酸配列を有するペプチドが使用され得る。このようなペプチドは、当該分野で周知の方法を使用して、化学的に合成され得るかまたは組換えDNA技術を介して産生され得る(例えば、Creighton(1983)、上記;およびSambrookら、(1989)上記に記載される)。細胞内標的遺伝子エピトープに結合する単鎖中和抗体もまた、投与され得る。このような単鎖抗体は、例えば、Marascoら、(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:7889−7893に記載されるような技術を利用することにより、例えば、標的細胞集団内で単鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって、投与され得る。
いくつかの例において、標的遺伝子タンパク質は、細胞外であるか、または膜貫通タンパク質(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質)である。例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質の1つ以上の細胞外ドメインに特異的であり、かつその活性を妨害する抗体は、泌尿器系障害(urological disorder)または泌尿器系障害(a urological disorder)の処置に特に有用である。このような抗体は、特に効率的である。なぜなら、これらは、血流から直接的に標的ドメインにアクセスし得るからである。ペプチド投与に適切な、以下に記載される任意の投与技術が、阻害性標的遺伝子抗体をそれらの作用部位に効率的に投与するために利用され得る。
(標的遺伝子活性を再生または増大させる方法)
泌尿器系障害を生じる遺伝子は、BPHおよび/またはUI内で過小発現され得る。あるいは、このような遺伝子のタンパク質産物の活性は、低下され得、泌尿器系障害の発症を導く。このような遺伝子発現のダウンレギュレートまたはタンパク質活性の低下は、疾患状態に対する原因的影響または悪化させる影響を有し得る。
泌尿器系障害を生じる遺伝子は、BPHおよび/またはUI内で過小発現され得る。あるいは、このような遺伝子のタンパク質産物の活性は、低下され得、泌尿器系障害の発症を導く。このような遺伝子発現のダウンレギュレートまたはタンパク質活性の低下は、疾患状態に対する原因的影響または悪化させる影響を有し得る。
いくつかの場合、疾患状態においてアップレギュレートされる遺伝子は、予防効果を発揮し得る。種々の技術が、泌尿器系障害に対する予防効果を発揮する、遺伝子および/またはタンパク質の発現、合成、または活性を増大させるために用いられ得る。
この節に記載されるものは、泌尿器系障害の症状が改善されるレベルまで、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性のレベルが増大され得る方法である。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性のレベルは、例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の遺伝子発現のレベルを増加させるか、または存在する活性な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質のレベルを増加させることのいずれかによって、増加され得る。
例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状を改善するのに十分なレベルで、このような症状を示す患者に投与され得る。以下で議論される技術のいずれかが、このような投与のために用いられ得る。当業者は、以下に記載されるような技術を利用して、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質の有効な、非毒性用量の濃度を決定する方法を容易に知る。
さらに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質をコードするRNA配列は、泌尿器系障害を示す患者に、泌尿器系障害が改善される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質のレベルを生じるのに十分な濃度で、直接投与され得る。化合物の細胞内投与を達成する以下に記載される技術(例えば、リポソーム投与)のいずれかは、このようなRNA分子の投与のために用いられ得る。RNA分子は、例えば、本明細書中に記載されるような組換え技術により作製され得る。
さらに、被験体は、遺伝子置換治療により処置され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の機能を有する、正常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質の産生を指向する、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の遺伝子、あるいはその部分の1以上のコピーは、DNAを細胞へと導入する他の粒子(例えば、リポソーム)に加えて、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、およびレトロウイルスベクターを含むが、これらに限定されない、ベクターを用いて細胞へと挿入され得る。さらに、上記のような技術は、ヒト細胞への、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の遺伝子配列の導入のために用いられ得る。
次いで、細胞、好ましくは、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現遺伝子配列を含む自系の細胞は、泌尿器系障害の少なくとも1つの症状の改善を可能にする位置で被験体へと導入または再導入され得る。このような細胞置換技術は、例えば、遺伝子産物が、分泌された、細胞外遺伝子産物である場合、好適であり得る。
(薬学的組成物)
本発明の別の局面は、疾患に罹患した被験体を処置するための方法に関する。これらの方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現または活性を調節する因子(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイにより同定される因子)、またはこのような因子の組み合わせを、被験体に投与することを包含する。別の実施形態では、この方法は、低下した、異常な、または望ましくない、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現または活性を補償するための治療として、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質または核酸分子を、被験体に投与することを包含する。
本発明の別の局面は、疾患に罹患した被験体を処置するための方法に関する。これらの方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現または活性を調節する因子(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイにより同定される因子)、またはこのような因子の組み合わせを、被験体に投与することを包含する。別の実施形態では、この方法は、低下した、異常な、または望ましくない、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の発現または活性を補償するための治療として、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質または核酸分子を、被験体に投与することを包含する。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性の刺激は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351が異常にダウンレギュレートされる、そして/あるいは増大した1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性が、有益な効果を有すると考えられる状況において好適である。同様に、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性の阻害は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351が、異常にアップレギュレートされる、そして/あるいは減少した1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性が、有益な効果を有すると考えられる状況において好適である。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性を調節する因子は、このような投与に適切な薬学的組成物を用いて、被験体に投与され得る。このような組成物は、代表的には、因子(例えば、核酸分子、タンパク質、または抗体)および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、語「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌性および抗真菌性の薬剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことが意図される。このような媒体および薬剤の、薬学的に活性な物質のための使用は、当該分野で周知である。活性な化合物と非適合性の任意の従来の媒体または薬剤の範囲を除いて、このような媒体の本発明の組成物における使用が意図される。補助的な活性化合物もまた、この組成物に組み込まれ得る。
本発明の治療方法において用いられる薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性となるように処方される。投与経路の例としては、非経口的(例えば、静脈内)、皮内、皮下、経口(例えば、吸入)、経皮(局所的)、経粘膜、および直腸投与が挙げられる。非経口、皮内、または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る:滅菌希釈剤(例えば、注射のための水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒);抗菌剤(例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン);抗酸化剤(例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム);キレート剤(例えば、エチレンジアミン四酢酸);緩衝液(例えば、酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩)、および張性を調整するための薬剤(例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース)。pHは、酸または塩基(例えば、塩酸または水酸化ナトリウム)を用いて調整され得る。非経口的調製物は、ガラス製またはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または複数用量のバイアルに封入され得る。
注射用途に適切な薬学的組成物は、滅菌注射溶液または分散液の即時調製物のための滅菌水溶液(水溶性の場合)または分散液、および滅菌粉末を含む。静脈内投与については、適切なキャリアには、生理学的生理食塩水、静菌水、Cremophor ELTM(BASF;Parsippany、NJ)またはリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)が挙げられる。全ての場合において、この組成物は、滅菌されなければならず、そして容易なシリンジ能力(syringability)が存在する程度にまで流動的にされるべきである。これは製造および貯蔵の条件下で安定でなければならず、そして微生物(例えば、細菌および真菌)の汚染作用に対して保護されなければならない。このキャリアは、溶媒または分散媒体(例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど)を含む)、ならびにそれらの安定な混合物であり得る。適切な流動性は、例えば、コーティング(例えば、レシチン)の使用によって、分散の場合に必要とされる粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の作用の予防は、種々の抗菌剤および抗真菌剤(例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど)によって達成され得る。多くの場合、等張剤(例えば、糖、ポリアルコール(例えば、マンニトール、ソルビトール)、および塩化ナトリウム)をこの組成物中に含むことが好ましい。注射用組成物の延長した吸収は、吸収を遅延させる薬剤(例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン)をこの組成物中に含むことによって、もたらされ得る。
滅菌注射用溶液は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性を調節する因子(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351のタンパク質のフラグメント、あるいは抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体、または抗6351抗体)を、上記で列挙した成分の1以上の組合せを用いて、必要とされる量で、適切な溶媒中に取り込ませ、必要に応じて、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般に、分散剤は、活性化合物を、塩基性分散媒体および上記に列挙された成分のうちの必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中に取り込むことによって調製される。滅菌注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合、調製の好ましい方法は、減圧乾燥および凍結乾燥であり、これらによって、予め滅菌濾過された溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末が生じる。
経口組成物は、一般に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤に加圧され得る。経口治療投与の目的で、この活性化合物は、賦形剤と共に組み込まれ、そして錠剤、トローチ、またはカプセルの形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての使用のための流体キャリアを使用して調製され得、ここで、流体キャリア中の化合物は、経口的に適用され、そしてスウィッシュ(swish)されて、吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および/またはアジュバント材料が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分のいずれかまたは同様の性質を有する化合物を含み得る:結合剤(例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン);賦形剤(例えば、デンプンまたはラクトース)、崩壊剤(例えば、アルギン酸、Primogel、またはコーンスターチ);滑沢剤(例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはSterotes);グライダント(glidant)(例えば、コロイド状二酸化ケイ素);甘味剤(例えば、スクロースまたはサッカリン);あるいは矯味矯臭剤(例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー)。
吸入による投与のために、化合物は、適切な噴霧剤(例えば、二酸化炭素のような気体)を含む加圧容器もしくはディスペンサー、またはネブライザーからのエアロゾルスプレーの形態で送達される。
全身投与もまた、経粘膜手段または経皮手段によってなされ得る。経粘膜投与または経皮投与のために、透過されるべき障壁に対して適切な透過剤が、処方物中に使用される。そのような透過剤は、当該分野で一般的に公知であり、そのような透過剤としては、例えば、経粘膜投与のためには、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、経鼻スプレーまたは坐剤の使用を介して達成され得る。経皮投与のために、活性化合物は、当該分野で一般的に公知であるような、軟膏、軟膏剤、ゲル、またはクリームへと処方される。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性を調節する薬剤もまた、(例えば、カカオ脂および他のグリセリドのような、従来の坐剤基剤を用いて)坐剤の形態で調製され得るか、または経直腸送達のために保持浣腸の形態で調製され得る。
1つの実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性を調節する薬剤は、その化合物が身体から迅速に排出されるのを防ぐキャリアを用いて調製される(例えば、移植物および微小カプセル化送達システムを含む、徐放性処方物)。生分解性の生体適合性ポリマー(例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸)が、使用され得る。そのような処方物の調製方法は、当業者にとって明らかである。それらの物質はまた、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals,Inc.から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物(ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を含む、感染細胞標的化リポソームを含む)もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第4,522,811号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
投与の容易さおよび投与量の均一さのために、単位投与形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有利である。本明細書中で使用される場合、単位投与形態とは、処置される被験体にとっての単位投与量として適切な、物理的に別個の単位を指す;各単位は、必要な薬学的キャリアに付随した状態で、所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の単位投薬形態についての説明は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058、または6351の活性を調節する薬剤の独特の特徴、ならびに達成されるべき特定の治療効果、ならびに被験体の処置のためにそのような薬剤を配合する分野に固有の制限により決定され、直接依存する。
そのような薬剤の毒性および治療効力は、例えば、LD50(集団の50%に対して致死生である用量)およびED50(集団のうちの50%において治療上有効な用量)を決定するための、細胞培養物または実験動物における標準的薬学的手順によって決定され得る。毒性効果と治療効果との間の用量比は、治療指数であり、そしてそれは、比LD50/ED50として表され得る。大きな治療指数を示す薬剤が、好ましい。毒性副作用を示す薬剤が使用され得るが、非感染細胞に対して生じ得る損傷を最小にして副作用を低減するために、罹患した組織部位にそのような薬剤を標的とする送達システムを設計するために注意が払われるべきである。
細胞培養アッセイおよび動物実験から得られるデータは、ヒトにおける使用のために一定範囲の投与量を処方する際に使用され得る。そのような1435調節薬剤、559調節薬剤、34021調節薬剤、44099調節薬剤、25278調節薬剤、641調節薬剤、260調節薬剤、55089調節薬剤、21407調節薬剤、42032調節薬剤、46656調節薬剤、62553調節薬剤、302調節薬剤、323調節薬剤、12303調節薬剤、985調節薬剤、13237調節薬剤、13601調節薬剤、18926調節薬剤、318調節薬剤、2058調節薬剤または6351調節薬剤の投与量は、好ましくは、毒性をほとんど伴わないかまたは全く伴わない、ED50を含む一定範囲の循環濃度内に存在する。その投与量は、使用される投薬量および利用される投与経路に依存して、この範囲内で変動し得る。本発明の治療方法において使用されるどの薬剤についても、治療上有効な用量は、細胞培養アッセイからまず推定され得る。細胞培養において決定されるようなIC50(すなわち、症状の最大阻害半分を達成する試験化合物濃度)を含む循環血漿濃度範囲を達成するための用量が、動物モデルにおいて処方され得る。そのような情報は、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために、使用され得る。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
本明細書中で規定される場合、タンパク質またはポリペプチドの治療上有効な量(すなわち、有効投与量)は、約0.001〜30mg/kg体重、好ましくは、約0.01〜25mg/kg体重、より好ましくは、約0.1〜20mg/kg体重、およびなおより好ましくは、約1〜10mg/kg体重、2〜9mg/kg体重、3〜8mg/kg体重、4〜7mg/kg体重、または5〜6mg/kg体重の範囲である。特定の要因が、被験体を有効に処置するために必要な投与量に影響し得ることを当業者は認識し、そのような要因としては、疾患もしくは障害の重篤度、以前の処置、被験体の全身の健康および/または年齢、ならびに存在する他の疾患が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、治療上有効な量のタンパク質、ポリペプチド、または抗体を用いる被験体の処置は、単回処置を包含し得、好ましくは、一連の処置を包含し得る。
好ましい例において、被験体は、約0.1mg/kg体重〜20mg/kg体重の間の範囲にある抗体、タンパク質、またはポリペプチドを用いて、1週間に1回、約1〜10週間の間、好ましくは2〜8週間の間、より好ましくは約3〜7週間の間、なおより好ましくは約4週間、5週間、または6週間の間、処置される。処置に使用される抗体、タンパク質、またはポリペプチドの有効投与量は、特定の処置経過にわたって増加または減少し得ることもまた、認識される。投与量の変化は、本明細書中に記載される診断アッセイの結果から生じ得、そしてその結果から明らかになり得る。
本発明は、発現または活性を調節する薬剤を包含する。薬剤は、例えば、低分子であり得る。例えば、そのような低分子としては、ペプチド、ペプチド模倣物、アミノ酸、アミノ酸アナログ、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、約10,000グラム/モル未満の分子量を有する有機化合物もしくは無機化合物(すなわち、ヘテロ有機化合物および有機金属化合物を含む)、約5,000グラム/モル未満の分子量を有する有機化合物もしくは無機化合物、約1,000グラム/モル未満の分子量を有する有機化合物もしくは無機化合物、約500グラム/モル未満の分子量を有する有機化合物もしくは無機化合物、ならびにそのような化合物の塩、エステル、および他の薬学的に受容可能な形態が挙げられるが、これらに限定されない。低分子薬剤の適切な用量は、当業者である医師、獣医師、または研究者の知識内にある多数の要因に依存することが理解される。この低分子の用量は、例えば、処置される被験体またはサンプルの身元、サイズおよび状態に依存して変化し、さらに、該当する場合は、その組成物が投与される経路、ならびに本発明の核酸もしくはポリペプチドに対してその低分子が有することを実施者が望む効果に依存して変化する。
例示的な用量としては、被験体またはサンプルの重量1kgあたり、ミリグラム量またはマイクログラム量の低分子(例えば、約1μg/kg〜約500mg/kg、約100μg/kg〜約5mg/kg、または約1μg/kg〜約50μg/kg)が挙げられる。
低分子の適切な用量は、調節されるべき発現または活性に関するその低分子の能力に依存することが、さらに理解される。そのような適切な用量は、本明細書中に記載されるアッセイを使用して決定され得る。これらの低分子のうちの1つ以上が、本発明のポリペプチドまたは核酸の発現もしくは活性を調節するために動物(例えば、ヒト)に投与される場合、医師、獣医師、または研究者は、例えば、最初に比較的低用量を処方し、その後、適切な応答が得られるまでその用量を増加させ得る。さらに、特定の任意の動物被験体についての特定の用量レベルは、種々の要因(使用される特定の化合物の活性、被験体の年齢、被験体の体重、被験体の全身の健康、被験体の性別、および被験体の食餌、投与時期、投与経路、排出速度、任意の薬物組み合わせ、ならびに調節されるべき発現または活性の程度を含む)に依存することが、理解される。
さらに、抗体(またはそのフラグメント)は、治療部分(例えば、サイトトキシン)、治療剤、または放射性金属イオンに結合体化され得る。サイトトキシンまたは細胞傷害性薬剤は、細胞に対して有害な任意の薬剤を包含する。例としては、タキソール、サイトカラシンB、グラミシジンD、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンD、1−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロパロノール、およびピューロマイシン、ならびにそれらのアナログまたはホモログが挙げられる。治療剤としては、代謝拮抗物質(例えば、メトトレキサート、6−メルカプトプリン、6−チオグアニン、シタラビン、5−フルオロウラシル、ダカルバジン)、アルキル化剤(例えば、メクロレタミン、チオエパクロラムブシル、メルファラン、カルムスチン(BSNU)、およびロムスチン(CCNU)、シクロホスファミド(cyclothosphamide)、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンC、およびcis−ジクロロジアミン白金(II)(DDP)シスプラチン)、アントラサイクリン(例えば、ダウノルビシン(前名ダウノマイシン)およびドキソルビシン)、抗生物質(例えば、ダクチノマイシン(前名アクチノマイシン)、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン(AMC))、ならびに抗有糸分裂薬(例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン)が挙げられるが、これらに限定されない。
本発明の結合体は、所定の生物学的応答を改変するために使用され得、その薬物部分は、古典的な化学的治療剤に限定するように解釈されるべきではない。例えば、その薬物部分は、所望の生物学的活性を保有するタンパク質またはポリペプチドであり得る。そのようなタンパク質としては、例えば、トキシン(例えば、アブリン、リシンA、シュードモナス外毒素、またはジフテリアトキシン);タンパク質(例えば、腫瘍壊死因子、α−インターフェロン、β−インターフェロン、神経成長因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲン活性化因子);または生物学的応答改変因子(例えば、リンホカイン、インターロイキン−1(「IL−1」)、インターロイキン−2(「IL−2」)、インターロイキン−6(「IL−6」)、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(「GM−CSF」)、顆粒球コロニー刺激因子(「G−CSF」)、あるいは他の増殖因子が挙げられ得る。
そのような治療部分を抗体に結合体化するための技術は、周知である。例えば、Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy,Reisfeldら編(Alan R.Liss,Inc.,1985)、pp.243〜56のArnonら、「Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy」;Controlled Drug Delivery(第2版)、Robinsonら編(Marcel Dekker,Inc.,1987)pp.623〜53のHellstromら「Antibodies For Drug Delivery」;Monoclonal Antibodies ’84:Biological And Clinical Applications,Pincheraら編,pp.475〜506(1985)のThorpe,「Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy:A Review」,Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy,Baldwinら編(Academic Press 1985)pp.303〜16の「Analysis,Results,And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy」;ならびにThorpeら「The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody−Toxin Conjugates」Immunol.Rev.62:119〜58(1982)を参照のこと。あるいは、抗体は、Segalによって米国特許第4,676,980号中に記載されるように、抗体へテロ結合体を形成するために二次抗体と結合され得る。
本発明の方法において使用される核酸分子は、ベクター中に挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与(米国特許第5,328,470号を参照のこと)または定位注射(例えば、Chenら、(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:3054〜3057を参照のこと)によって、被験体に送達され得る。その遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが組み込まれた徐放マトリクスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクター(例えば、レトロウイルスベクター)が組換え細胞からインタクトで産生され得る場合、その薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する1つ以上の細胞を含み得る。
(薬理ゲノム学(pharmacogenomics))
本発明の治療法と組み合わせて、薬理ゲノム学(すなわち、被験体の遺伝子型と、外来化合物または外来薬物に対するその被験体の応答との間の関連性の研究)が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗をもたらし得る。従って、医師または臨床医は、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を投与するか否か、ならびに1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を用いる処置の投与量および/もしくは治療レジメンを変更するか否かを決定する際に、適切な薬理ゲノム学研究において得られる知識を適用することを考慮し得る。
本発明の治療法と組み合わせて、薬理ゲノム学(すなわち、被験体の遺伝子型と、外来化合物または外来薬物に対するその被験体の応答との間の関連性の研究)が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗をもたらし得る。従って、医師または臨床医は、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を投与するか否か、ならびに1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を用いる処置の投与量および/もしくは治療レジメンを変更するか否かを決定する際に、適切な薬理ゲノム学研究において得られる知識を適用することを考慮し得る。
薬理ゲノム学は、罹患した個人における変化した薬物の性質および異常な作用に起因する、薬物に対する応答における臨床学的に有意な遺伝的変動を取り扱う。例えば、Eichelbaum,M.ら、(1996)Clin.Exp.Pharmacol.Physiol.23(10〜11):983〜985およびLinder,M.W.ら、(1997)Clin.Chem.43(2):254〜266を参照のこと。一般に、2つの型の薬理遺伝学的条件は、区別され得る。遺伝的条件は、薬物が身体に作用する様式を変更する(変化した薬物作用)単一因子として伝達したか、または遺伝的条件は、身体が薬物に作用する様式を変更する(変化した薬物代謝)単一因子として伝達した。これらの薬理遺伝学的条件は、稀な遺伝子欠損または天然に存在する多型のいずれかとして、存在し得る。例えば、グルコース−6−リン酸アミノペプチダーゼ欠損(G6PD)は、一般的な遺伝性酵素病であり、ここで、主な臨床学的合併症は、酸化剤薬物(抗マラリア薬、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン)の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
「ゲノムワイド相関解析(genome−wide association)」として知られている、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための1つの薬理ゲノム学的アプローチは、すでに知られている遺伝子関連マーカー(例えば、「二座対立遺伝子」マーカーマップ(これは、ヒトゲノム上の60,000〜100,000の多型部位または変動部位からなり、その部位の各々は、2つの改変体を有する))からなるヒトゲノムの高分離度マップに、主に依存する。このような高分離度ゲノムマップは、特定の観察された薬物応答または副作用に関連したマーカーを同定するために、フェーズII/フェーズIIIの薬物試験に参加した統計学的に有意な数の患者の各々のゲノムのマップと比較され得る。あるいは、このような高分離度マップは、ヒトゲノムにおいて、数千万個の公知の一塩基多型(SNP)の組み合わせから生じ得る。本明細書中で使用される場合、「SNP」とは、DNAストレッチにおいて、単一のヌクレオチド塩基において生じる共通の変化である。例えば、SNPは、1000塩基のDNAごとに1回生じ得る。SNPは、疾患プロセスに関与し得るが、大部分は、疾患に関連していないかもしれない。このようなSNPの発生に基づく遺伝地図を考慮すると、個体は、個々のゲノムにおける特定のSNPパターンに依存して、複数の遺伝カテゴリーへと分類され得る。このような様式において、処置レジメンは、遺伝的に類似する個体の間で共通であり得る特性を考慮して、そのような遺伝的に類似する個体の群に合わせて変更され得る。
あるいは、「候補遺伝子アプローチ」と呼ばれる方法が、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。この方法に従って、薬物標的をコードする遺伝子が既知である場合(例えば、本発明の方法において使用される1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質、または6351タンパク質)、その遺伝子の共通のすべての改変体は、その集団においてかなり容易に同定され得、そして別の遺伝子バージョンに対する1つの遺伝子バージョンを有することが特定の薬物応答に関連するか否かが決定され得る。
例示的実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続時間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素(例えば、N−アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)およびシトクロムP450酵素であるCYP2D6およびCYP2C19)の遺伝子多型の発見は、標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に、予測される薬物効果を得ることも過大な薬物応答および重篤な毒性を示すこともない患者が存在する理由に関する説明を提供した。これらの多型は、その集団中で2つの表現型(代謝が速い者(EM)および代謝が遅い者(PM))の状態で発現される。PMの普及率は、種々の集団間で異なる。例えば、CYP2D6をコードする遺伝子は、非常に多型性であり、いくつかの変異が、PMにおいて同定されており、そのすべてが、機能的CYP2D6の不在をもたらす。CYP2D6およびCYP2C19の代謝速度が遅い者は、標準的用量を受けたときに、過大な薬物応答および副作用を非常に頻繁に経験する。代謝物が活性な治療部分である場合、PMは、CYP2D6が形成した代謝物であるモルヒネにより媒介されるコデインの鎮痛効果について示されるような、治療応答を示さない。その他の極端な者は、標準的用量に対して応答しない、いわゆる代謝が著しく速い者である。最近、著しく速い代謝の分子的基礎が、CYP2D6遺伝子増幅に起因することが同定された。
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ばれる方法が、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。例えば、薬物(例えば、本発明の方法において使用される1435分子、559分子、34021分子、44099分子、25278分子、641分子、260分子、55089分子、21407分子、42032分子、46656分子、62553分子、302分子、323分子、12303分子、985分子、13237分子、13601分子、18926分子、318分子、2058分子もしくは6351分子、または1435モジュレーター、559モジュレーター、34021モジュレーター、44099モジュレーター、25278モジュレーター、641モジュレーター、260モジュレーター、55089モジュレーター、21407モジュレーター、42032モジュレーター、46656モジュレーター、62553モジュレーター、302モジュレーター、323モジュレーター、12303モジュレーター、985モジュレーター、13237モジュレーター、13601モジュレーター、18926モジュレーター、318モジュレーター、2058モジュレーター、もしくは6351モジュレーター)を投薬された動物の遺伝子発現は、毒性に関連する遺伝子経路が作動するかの指標を与え得る。
上記薬理ゲノム学的アプローチのうちの1つより多くから得られる情報が、被験体の予防的処置または治療的処置のための、適切な投薬量および処置レジメンを決定するために使用され得る。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、それによって、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性もしくは6351活性を調節する薬剤で、心血管疾患(例えば、アテローム性動脈硬化症)に罹患している被験体を処置する場合、治療効果または予防効果を増強し得る。
(本発明の方法において使用される、組換え発現ベクターおよび宿主細胞)
本発明の方法(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイ)は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質(もしくはその一部)をコードする核酸を含むベクター(好ましくは発現ベクター)の使用を包含する。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」とは、連結された別の核酸を輸送可能である、核酸分子を指す。1つの型のベクターは、「プラスミド」であり、「プラスミド」とは、さらなるDNAセグメントが連結され得る、環状の二本鎖DNAの輪を指す。別の型のベクターは、ウイルスベクターであり、そのベクターにおいて、さらなるDNAセグメントが、ウイルスゲノム中に連結され得る。特定のベクターは、導入される宿主細胞中で自律複製可能である(例えば、細菌複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター)。他のベクター(例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター)は、宿主細胞中に導入された際に、宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、それによって、その宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、作動可能に連結された遺伝子の発現を指向可能である。そのようなベクターは、本明細書中で「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えDNA技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」と「ベクター」とは、互換可能に使用され得る。なぜなら、プラスミドは、ベクターの最も一般的に使用される形態であるからである。しかし、本発明は、等価な機能を提供する、そのような他の形態の発現ベクター(例えば、ウイルスベクター(例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス))を包含することが意図される。
本発明の方法(例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイ)は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質(もしくはその一部)をコードする核酸を含むベクター(好ましくは発現ベクター)の使用を包含する。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」とは、連結された別の核酸を輸送可能である、核酸分子を指す。1つの型のベクターは、「プラスミド」であり、「プラスミド」とは、さらなるDNAセグメントが連結され得る、環状の二本鎖DNAの輪を指す。別の型のベクターは、ウイルスベクターであり、そのベクターにおいて、さらなるDNAセグメントが、ウイルスゲノム中に連結され得る。特定のベクターは、導入される宿主細胞中で自律複製可能である(例えば、細菌複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター)。他のベクター(例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター)は、宿主細胞中に導入された際に、宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、それによって、その宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、作動可能に連結された遺伝子の発現を指向可能である。そのようなベクターは、本明細書中で「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えDNA技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」と「ベクター」とは、互換可能に使用され得る。なぜなら、プラスミドは、ベクターの最も一般的に使用される形態であるからである。しかし、本発明は、等価な機能を提供する、そのような他の形態の発現ベクター(例えば、ウイルスベクター(例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス))を包含することが意図される。
本発明の方法において使用される組換え発現ベクターは、宿主細胞中での核酸の発現に適切な形態にある本発明の核酸を含む。このことは、その組換え発現ベクターが、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結された1つ以上の調節配列(発現のために使用される宿主細胞に基いて選択される)を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結された」とは、目的のヌクレオチド配列が、(例えば、インビトロでの転写/翻訳系において、またはそのベクターが宿主細胞中に導入される場合は、その宿主細胞において)そのヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で調節配列に連結されていることを意味することが意図される。用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサー、および他の発現制御エレメント(例えば、ポリアデニル化シグナル)を含むことが意図される。そのような調節配列は、例えば、Goeddel(1990)Methods Enzymol.185:3〜7に記載される。調節配列とは、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、および特定の宿主細胞においてのみそのヌクレオチド配列の発現を指向する配列(例えば、組織特異的調節配列)を包含する。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望されるタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得ることが、当業者により認識される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞内に導入され得、それにより本明細書中に記載されるような核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド(融合タンパク質または融合ペプチドを含む)(例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質もしくは6351タンパク質、1435タンパク質の変異体形態、559タンパク質の変異体形態、34021タンパク質の変異体形態、44099タンパク質の変異体形態、25278タンパク質の変異体形態、641タンパク質の変異体形態、260タンパク質の変異体形態、55089タンパク質の変異体形態、21407タンパク質の変異体形態、42032タンパク質の変異体形態、46656タンパク質の変異体形態、62553タンパク質の変異体形態、302タンパク質の変異体形態、323タンパク質の変異体形態、12303タンパク質の変異体形態、985タンパク質の変異体形態、13237タンパク質の変異体形態、13601タンパク質の変異体形態、18926タンパク質の変異体形態、318タンパク質の変異体形態、2058タンパク質の変異体形態もしくは6351タンパク質の変異体形態、融合タンパク質など)を産生し得る。
本発明の方法において使用される組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の発現のために設計され得る。例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、E.coliのような細菌細胞、昆虫細胞(バキュロウイルス発現ベクターを使用する)、酵母細胞、または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Goeddel(1990)前出においてさらに記載される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、T7プロモーター調節配列およびT7ポリメラーゼを使用して、インビトロで転写および翻訳され得る。
原核生物におけるタンパク質の発現は、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成性プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを使用して、E.coliにおいて最も頻繁に行われる。融合ベクターは、ベクター中にコードされるタンパク質に、通常は、組換えタンパク質のアミノ末端に、多くのアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の3つの目的を果たす:1)組換えタンパク質の発現を増加すること;2)組換えタンパク質の可溶性を増大させること;および3)アフィニティー精製におけるリガンドとして作用することにより、組換えタンパク質の精製を補助すること。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解性切断部位は、融合部分と組換えタンパク質の接合部に導入され、融合タンパク質の精製に続いて、組換えタンパク質を融合部分から分離することを可能にする。このような酵素、およびそれらのコグネイト認識配列は、第Xa因子、トロンビンおよびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、それぞれ、グルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST)、マルトースE結合タンパク質、またはプロテインAを、標的組換えタンパク質に融合させる、pGEX(Pharmacia Biotech Inc;Smith,D.B.およびJohnson,K.S.(1988)Gene 67:31−40)、pMAL(New England Biolabs,Beverly,MA)およびpRIT5(Pharmacia,Piscataway,NJ)が挙げられる。
精製融合タンパク質は、1435活性アッセイ、559活性アッセイ、34021活性アッセイ、44099活性アッセイ、25278活性アッセイ、641活性アッセイ、260活性アッセイ、55089活性アッセイ、21407活性アッセイ、42032活性アッセイ、46656活性アッセイ、62553活性アッセイ、302活性アッセイ、323活性アッセイ、12303活性アッセイ、985活性アッセイ、13237活性アッセイ、13601活性アッセイ、18926活性アッセイ、318活性アッセイ、2058活性アッセイまたは6351活性アッセイ(例えば、以下に詳細に記載される直接的アッセイまたは競合アッセイ)において、または1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質に特異的な抗体を生成するために利用され得る。好ましい実施形態において、本発明のレトロウイルス発現ベクターにおいて発現される1435融合タンパク質、559融合タンパク質、34021融合タンパク質、44099融合タンパク質、25278融合タンパク質、641融合タンパク質、260融合タンパク質、55089融合タンパク質、21407融合タンパク質、42032融合タンパク質、46656融合タンパク質、62553融合タンパク質、302融合タンパク質、323融合タンパク質、12303融合タンパク質、985融合タンパク質、13237融合タンパク質、13601融合タンパク質、18926融合タンパク質、318融合タンパク質、2058融合タンパク質または6351融合タンパク質は、骨髄細胞に感染させるために利用され得、続いて、この骨髄細胞は、照射されたレシピエントに移植される。次いで、被験体レシピエントの病態は、十分な時間(例えば、6週間)が経過した後に試験される。
別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞において発現される。哺乳動物発現ベクターの例としては、pCDM8(Seed,B.(1987)Nature 329:840)およびpMT2PC(Kaufmanら(1987)EMBO J.6:187−195)が挙げられる。哺乳動物細胞において使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルス調節エレメントにより提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマウイルス、アデノウイルス2、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス40に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞両方について適切な他の発現系については、Sambrook,J.ら,Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第2版、Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989の第16章および第17章を参照のこと。
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型においてこの核酸の発現を優先的に指向し得る(例えば、組織特異的調節エレメントがこの核酸を発現させるために使用される)。
本発明の方法は、本発明のDNA分子を含む組換え発現ベクター(このDNA分子は、この発現ベクターにアンチセンス方向にてクローニングされる)をさらに使用し得る。すなわち、このDNA分子は、(このDNA分子の転写による)1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAに対してアンチセンスであるRNA分子の発現を可能にする様式にて、調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型におけるアンチセンスRNA分子の連続的発現を指向する、アンチセンス方向にクローニングされる核酸に作動可能に連結される調節配列(例えば、ウイルスプロモーターおよび/またはエンハンサー)が選択され得るか、またはアンチセンスRNAの構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指向する調節配列が、選択され得る。このアンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化ウイルスの形態にあり得、この中でアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で生成され、その活性は、ベクターが導入される細胞型により決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の議論については、Weintraub,H.ら,Antisense RNA as a molecular tool for genetic analysis,Reviews−Trends in Genetics,Vol.1(1)1986を参照のこと。
本発明の別の局面は、本発明の1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子(例えば、組換え発現ベクター内の1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子、あるいは宿主細胞ゲノムの特定の部位への相同組換えを可能にする配列を含む、1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子)が導入される宿主細胞の使用に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で交換可能に使用される。このような用語は、特定の被験体細胞のみならず、このような細胞の子孫または潜在的子孫もまた言及することが理解される。特定の改変が、変異または環境的影響のいずれかに起因して、次の世代に生じ得るので、このような子孫は、実際に、親細胞と同一でなくてもよいが、本明細書中で使用される用語の範囲内になお含まれる。
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、細菌細胞(例えば、E.coli)、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞(例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)またはCOS細胞)で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
ベクターDNAは、従来の形質転換技術またはトランスフェクション技術を介して、原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸(例えば、DNA)を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらとしては、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウムの共沈殿、DEAEデキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが挙げられる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、Sambrookら(Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第2版,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989)および他の実験室マニュアルに見出され得る。
本発明の方法において使用される宿主細胞(例えば、培養物中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞)を使用して、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質を産生(すなわち、発現)し得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質を産生するための方法を提供する。1つの実施形態において、本方法は、本発明の宿主細胞(この細胞中に1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている)を適切な培地中で培養し、その1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質が産生される工程を、包含する。別の実施形態において、本方法はさらに、培地または宿主細胞から1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質を単離する工程を包含する。
(本発明の方法において使用される、単離された核酸分子)
本発明の方法は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分をコードする、単離された核酸分子、ならびに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードする核酸分子(例えば、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNA)を同定するための、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用に足りる核酸フラグメント、および1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子を増幅または変異誘発するためのPCRプライマーとしての使用のためのフラグメントの使用を、包含する。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、DNA分子(例えば、cDNAまたはゲノムDNA)およびRNA分子(例えば、mRNA)、ならびにヌクレオチドアナログを使用して生成されたDNAアナログまたはRNAアナログを含むことを意図される。この核酸分子は一本鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖DNAである。
本発明の方法は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質またはその生物学的に活性な部分をコードする、単離された核酸分子、ならびに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードする核酸分子(例えば、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNA)を同定するための、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用に足りる核酸フラグメント、および1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子を増幅または変異誘発するためのPCRプライマーとしての使用のためのフラグメントの使用を、包含する。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、DNA分子(例えば、cDNAまたはゲノムDNA)およびRNA分子(例えば、mRNA)、ならびにヌクレオチドアナログを使用して生成されたDNAアナログまたはRNAアナログを含むことを意図される。この核酸分子は一本鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖DNAである。
本発明の方法において使用される核酸分子(例えば、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64、またはその部分のヌクレオチド配列を有する核酸分子)を、標準的な分子生物学的技術および本明細書中に提供される配列情報を使用して単離し得る。ハイブリダイゼーションプローブとして、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64の核酸配列の全部または一部を使用して、1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子を、(例えば、Sambrook,J.Fritsh,E.F.,およびManiatis,T.Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第2版,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY,1989に記載されるような)標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術を使用して単離し得る。
さらに、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64の全部または一部を含む核酸分子を、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64の配列に基づいて設計した合成オリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、単離し得る。
本発明の方法において使用される核酸を、標準的なPCR増幅技術に従って、テンプレートとしてのcDNA、mRNAあるいはゲノムDNA、および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、増幅し得る。さらに、1435ヌクレオチド配列、559ヌクレオチド配列、34021ヌクレオチド配列、44099ヌクレオチド配列、25278ヌクレオチド配列、641ヌクレオチド配列、260ヌクレオチド配列、55089ヌクレオチド配列、21407ヌクレオチド配列、42032ヌクレオチド配列、46656ヌクレオチド配列、62553ヌクレオチド配列、302ヌクレオチド配列、323ヌクレオチド配列、12303ヌクレオチド配列、985ヌクレオチド配列、13237ヌクレオチド配列、13601ヌクレオチド配列、18926ヌクレオチド配列、318ヌクレオチド配列、2058ヌクレオチド配列または6351ヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドを、標準的な合成技術(例えば、自動DNA合成機を使用すること)によって、調製し得る。
好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される単離された核酸分子は、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64に示されるヌクレオオチド配列、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64に示されるヌクレオオチド配列の相補体、またはこれらのヌクレオチド配列の任意の部分を含む。配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子とは、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64に示されるヌクレオチド配列に十分に相補的である核酸分子であり、その結果、この核酸分子は配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし得、それによって安定な二重鎖を形成する。
なお別の好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される単離された核酸分子は、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61もしくは配列番号64に示されるヌクレオチド配列の全長、またはこのヌクレオオチド配列の任意の部分に、少なくとも約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%以上同一であるヌクレオチド配列を含む。
さらに、本発明の方法において使用される核酸分子は、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64の核酸配列の部分(例えば、プローブもしくはプライマーとして使用され得るフラグメント)、または1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の部分(例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の生物学的に活性な部分)をコードするフラグメント)のみを含み得る。代表的に、プローブ/プライマーは、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。代表的に、オリゴヌクレオチドは、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64のセンス配列、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64のアンチセンス配列、あるいは配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64の天然に存在する対立遺伝子の改変体または変異体の、少なくとも約12または15、好ましくは約20または25、より好ましくは約30、35、40、45、50、55、60、65または75個連続したヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。1つの実施形態において、本発明の方法において使用される核酸分子は、100、100〜200、200〜300、300〜400、400〜500、500〜600、600〜700、700〜800、800〜900、900〜1000、1000〜1100、1100〜1200、1200〜1300以上のヌクレオチド長よりも長く、かつストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64の核酸分子にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む。
本明細書中で使用される場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、お互いに有意に同一または相同であるヌクレオチ配列が、お互いにハイブリダイズされたままである状態でハイブリダイゼーションおよび洗浄するための条件を記載することを意図する。好ましくは、この条件は、少なくとも約70%、より好ましくは少なくとも約80%、なおより好ましくは少なくとも約85%または90%で、互いに同一な配列が、互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。このようなストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてCurrent Protocols in Molecular Biology,Ausubelら編、John Wiley & Sons,Inc.(1995),2節,4節および6節に見出され得る。さらなるストリンジェントな条件は、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Sambrookら、Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NY(1989),7節、9節および11節に見出され得る。好ましい、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、約65〜70℃での、4×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)中でハイブリダイゼーション(または約42〜50℃での、4×SSC+50%ホルムアミド中でハイブリダイゼーション)、次いで約65℃〜70℃での、1×SSCで1回以上の洗浄が挙げられる。好ましい、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、約65〜70℃での、1×SSC中でハイブリダイゼーション(または約42〜50℃での、1×SSC+50%ホルムアミド中でハイブリダイゼーション)、次いで約65℃〜70℃での、0.3×SSCで1回以上の洗浄が挙げられる。好ましい、低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、約50〜60℃での、4×SSC中でハイブリダイゼーション(あるいは約40〜45℃での、6×SSC+50%ホルムアミド中でハイブリダイゼーション)、次いで約50℃〜60℃での、2×SSCで1回以上の洗浄が挙げられる。上記の値の中間の範囲(例えば、65〜70℃または42〜50℃)もまた、本発明に含まれることが意図される。SSPE(1×SSPEは、0.15M NaCl、10mM NaH2PO4および1.25mM EDTA、pH 7.4である)は、ハイブリダイゼーション緩衝液および洗浄緩衝液中でSSC(1×SSCは、0.15M NaClおよび15mMクエン酸ナトリウムである)に代わり得る;洗浄は、各ハイブリダイゼーションが終了した後で、15分間実行される。50塩基対長未満であることが予測されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの融解温度(Tm)より5〜10℃低くあるべきであり、ここでTmが以下の式に従って決定される。18塩基対長未満であるハイブリッドについて、Tm(℃)=2(A+T塩基の数)+4(G+C塩基の数)。18塩基対長と49塩基対長の間であるハイブリッドについて、Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)−(600/N)、ここで、Nはハイブリッド中の塩基の数であり、そして[Na+]は、ハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオンの濃度である(1×SSCに対する[Na+]=0.165M)。膜(例えば、ニトロセルロース膜、またはナイロン膜)への核酸分子の非特異的ハイブリダイゼーションを減少させるために、さらなる試薬が、ハイブリダイゼーション緩衝液および/または洗浄緩衝液に添加され得ることが当業者によってまた認識され、この試薬としては、限定されないが以下が挙げられる:ブロッキング剤(例えば、BSA、もしくはサケまたはニシンの精子キャリアDNA)、界面活性剤(例えば、SDS)、キレート剤(例えば、EDTA)、Ficoll、PVPなど。ナイロン膜が使用される場合、特にさらなる好ましい、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、約65℃での、0.25〜0.5M NaH2PO4、7% SDS中でハイブリダイゼーション、次いで65℃での、0.02M NaH2PO4、1% SDS(あるいは、0.2×SSC、1% SDS)で1回以上の洗浄である(例えば、ChurchおよびGilbert(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:1991−1995を参照のこと。
好ましい実施形態において、プローブは、プローブに結合した標識基をさらに含む(例えば、標識基は放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る)。このようなプローブは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質を誤発現する細胞や組織を同定するための診断試験キットの一部として使用され得る(例えば、被験体由来の細胞サンプル中の1435コード核酸、559コード核酸、34021コード核酸、260コード核酸、55089コード核酸、21407コード核酸、42032コード核酸、46656コード核酸、62553コード核酸、302コード核酸、323コード核酸、12303コード核酸、985コード核酸、13237コード核酸、13601コード核酸、18926コード核酸、318コード核酸、2058コード核酸または6351コード核酸のレベルを測定すること、例えば、1435mRNAレベル、559mRNAレベル、34021mRNAレベル、44099mRNAレベル、25278mRNAレベル、641mRNAレベル、260mRNAレベル、55089mRNAレベル、21407mRNAレベル、42032mRNAレベル、46656mRNAレベル、62553mRNAレベル、302mRNAレベル、323mRNAレベル、12303mRNAレベル、985mRNAレベル、13237mRNAレベル、13601mRNAレベル、18926mRNAレベル、318mRNAレベル、2058mRNAレベルまたは6351mRNAレベルを検出するか、またはゲノムの1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子が変異されているか除去されているかを測定することによって)。
本発明の方法は、遺伝暗号の縮重に起因して、配列番号1、4、7,10、13,16、19、22、25、28、31、34、37、40、43、46、49、52、55、58、61または64に示されるヌクレオチド配列とは異なり従って、配列番号1、4、7,10、13,16、19、22、25、28、31、34、37、40、43、46、49、52、55、58、61または64に示される核酸配列によってコードされるタンパク質を同じ1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質をコードする核酸分子の使用をさらに含む。別の実施形態において、本発明の方法に含まれる単離された核酸分子は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65に示されたアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
本発明の方法は、ヒト1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の対立遺伝子改変体(例えば、機能的対立遺伝子改変体および非機能的対立遺伝子改変体)の使用をさらに含む。機能的対立遺伝子改変体は、ヒト1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体であって、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を維持するアミノ酸配列改変体である。機能的対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65の1つ以上のアミノ酸の保存的置換、またはそのタンパク質の非必須領域における非必須残基の置換、欠失、もしくは挿入のみを含む。
非機能的対立遺伝子改変体は、ヒト1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体であって、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、6255活性3、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を有さない自発的アミノ酸配列改変体である。非機能的対立遺伝子改変体は、代表的には、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65のアミノ酸配列の非保存的置換、欠失、もしくは未成熟短縮化(premature truncation)、あるいはこのタンパク質の必須残基または必須領域の置換、挿入、または欠失を含む。
本発明の方法は、ヒト1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の非ヒトオルソログをさらに使用し得る。ヒト1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のオルソログは、非ヒト生物から単離され、そして同じ1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351活性を有するタンパク質である。
本発明の方法は、配列番号1、4、7,10、13,16、19、22、25、28、31、34、37、40、43、46、49、52、55、58、61または64のヌクレオチド配列またはそれらの一部を含む核酸分子であって、変異が導入されている核酸分子の使用をさらに包含する。変異は、「非必須」アミノ酸残基または「必須」アミノ酸残基でのアミノ酸置換を導き得る。「非必須」アミノ酸残基とは、その生物学的活性を変化することなく、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の野生型配列(例えば、配列番号2、配列番号5、配列番号8、配列番号11、配列番号14、配列番号17、配列番号20、配列番号23、配列番号26、配列番号29、配列番号32、配列番号35、配列番号38、配列番号41、配列番号44、配列番号47、配列番号50、配列番号53、配列番号56、配列番号59、配列番号62または配列番号65の配列)から変化され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、生物学的活性のために必要とされる。例えば、本発明の1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の間で保存されたアミノ酸残基は、変化を受容する可能性は低い。
変異は、標準技術(例えば、部位特異的変異誘発およびPCR媒介変異誘発)により配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、または配列番号13、配列番号16,配列番号19,配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列64に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、1つ以上の予想される非必須アミノ酸残基でなされる。「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当該分野において規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電の極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β−分枝鎖を有するアミノ酸(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)および芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)が挙げられる。従って、好ましくは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質において予想される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリーからの別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、例えば、飽和変異誘発(saturation mutagenesis)によって、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のコード配列の全てまたは一部に沿って、ランダムに導入され得、そして得られた変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の生物学的活性についてスクリーニングされ得る。配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、または配列番号13、配列番号16,配列番号19,配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列64の変異誘発の後、コードされたタンパク質が、組換え発現され得、そしてそのタンパク質の活性が、本明細書中に規定されたアッセイを用いて決定され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、1つ以上の予想される非必須アミノ酸残基でなされる。「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当該分野において規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電の極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β−分枝鎖を有するアミノ酸(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)および芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)が挙げられる。従って、好ましくは、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351において予想される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリーからの別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、例えば、飽和変異誘発(saturation mutagenesis)によって、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のコード配列の全てまたは一部に沿って、ランダムに導入され得、そして得られた変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の生物学的活性についてスクリーニングされ得る。1、4、7,10、13,16、19、22、25、28、31、34、37、40、43、46、49、52、55、58、61または64の変異誘発の後、コードされたタンパク質が、組換え発現され得、そしてそのタンパク質の活性が、本明細書中に規定されたアッセイを用いて決定され得る。
本発明の別の局面は、配列番号1、配列番号4、配列番号7,配列番号10、配列番号13,配列番号16、配列番号19、配列番号22、配列番号25、配列番号28、配列番号31、配列番号34、配列番号37、配列番号40、配列番号43、配列番号46、配列番号49、配列番号52、配列番号55、配列番号58、配列番号61または配列番号64のヌクレオチド配列に対するアンチセンスである単離された核酸分子の使用に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である(例えば、二本鎖cDNA分子のコード鎖に相補的であるかまたはmRNA配列に相補的である)ヌクレオチド配列を含む。従って、アンチセンス核酸は、センス核酸に水素結合し得る。アンチセンス核酸は、全1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のコード鎖または、それらの一部のみに相補的であり得る。1実施形態において、アンチセンス核酸分子は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対するアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態において、このアンチセンス核酸分子は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する5’配列および3’配列であって、アミノ酸に翻訳されない配列をいう(5’および3’の非翻訳領域ともいう)。
本明細書中に開示される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードするコード鎖配列を考慮して、本発明のアンチセンス核酸は、WatsonおよびCrickの塩基対形成の法則に従って、設計され得る。アンチセンス核酸分子は、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、4409mRNA9、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAの全コード領域に相補的であり得るが、より好ましくは、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、42032mRNA、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAのコード領域または非コード領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、1435mRNA、559mRNA、34021mRNA、44099mRNA、25278mRNA、641mRNA、260mRNA、55089mRNA、21407mRNA、4203mRNA2、46656mRNA、62553mRNA、302mRNA、323mRNA、12303mRNA、985mRNA、13237mRNA、13601mRNA、18926mRNA、318mRNA、2058mRNAまたは6351mRNAの翻訳開始部位の周辺領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約5、10、15、20、25、30、35、40、45または50ヌクレオチド長であり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を使用して、化学的合成および酵素的連結反応を使用して構築され得る。例えば、アンチセンス核酸(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド)は、天然に存在するヌクレオチド、あるいは分子の生物学的安定性を増大するように、またはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二重鎖の物理的安定性を増大するように設計された、種々に改変されたヌクレオチドを使用して、化学的に合成され得る。例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが使用され得る。アンチセンス核酸を生成するために使用され得る改変ヌクレオチドの例としては、以下が挙げられる:5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4−アセチルシトシン、5−(カルボキシヒドロキシルメチル)ウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−D−ガラクトシルキューオシン、イノシン、N6−イソペンテニルアデニン、1−メチルグアニン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアニン、2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、3−メチルシトシン、5−メチルシトシン、N6−アデニン、7−メチルグアニン、5−メチルアミノメチルウラシル、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、β−D−マンノシルキューオシン、5’−メトキシカルボキシメチルウラシル、5−メトキシウラシル、2−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、ワイブトキソシン(wybutoxosine)、プソイドウラシル、キューオシン、2−チオシトシン、5−メチル−2−チオウラシル、2−チオウラシル、4−チオウラシル、5−メチルウラシル、ウラシル−5−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、5−メチル−2−チオウラシル、3−(3−アミノ−3−N−2−カルボキシプロピル)ウラシル、(acp3)wおよび2,6−ジアミノプリン。あるいは、アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向でサブクローニングされた発現ベクターを使用して、生物学的に生成され得る(すなわち、挿入された核酸から転写されるRNAは、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向のRNAである)。本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、さらに、上記の第IV節において記載される。
なお別の実施形態において、本発明の方法において使用される1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格において改変されて、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性を改善し得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースリン酸骨格は、ペプチド核酸を生成するために改変され得る(Hyrup B.ら、(1996)Bioorganic&Medicinal Chemistry 4(1):5−23を参照のこと)。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」すなわち「PNA」は、核酸模倣物(例えば、DNA模倣物)をいい、ここで、デオキシリボースリン酸骨格は、偽ペプチド骨格によって置換され、そして4種の天然の核酸塩基だけが維持される。PNAの天然の骨格は、低イオン強度の条件下で、DNAおよびRNAへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。PNAオリゴマーの合成は、標準的な固相ペプチド合成プロトコルを使用して、Hyrup B.ら、(1996)前出;Perry−O’Keefeら、(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.93:14670−675に記載されるように実施され得る。
1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子のPNAは、本明細書中に記載される治療適用および診断適用において使用され得る。例えば、PNAは、例えば、転写もしくは翻訳の停止を誘導するか、または複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンス因子またはアンチ遺伝子(antigene)因子として使用され得る。1435核酸分子、559核酸分子、3402核酸分子1、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子のPNAはまた、遺伝子中の単一塩基対の変異の分析において(例えば、PNA指向性のPCRクランピングによって);他の酵素と組み合わせて使用する場合には、「人工制限酵素」として(例えば、S1ヌクレアーゼ(Hyrup B.ら、(1996)前出));またはDNA配列決定もしくはハイブリダイゼーションのためのプローブもしくはプライマーとして(Hyrup B.ら、(1996)前出;Perry−O’Keefeら、(1996)前出)、使用され得る。
別の実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のPNAは、(例えば、PNAの安定性または細胞取り込みを増強するために)、PNAに新油性もしくは他のヘルパー基を結合させることによってか、PNA−DNAキメラの形成によってか、またはリポソームもしくは当該分野で公知の他の薬物送達技術の使用によって、改変され得る。例えば、PNAおよびDNAの有利な特性を組み合わせ得る1435核酸分子、559核酸分子、34021核酸分子、44099核酸分子、25278核酸分子、641核酸分子、260核酸分子、55089核酸分子、21407核酸分子、42032核酸分子、46656核酸分子、62553核酸分子、302核酸分子、323核酸分子、12303核酸分子、985核酸分子、13237核酸分子、13601核酸分子、18926核酸分子、318核酸分子、2058核酸分子または6351核酸分子のPNA−DNAキメラが、生成され得る。このようなキメラは、DNA認識酵素(例えば、RNAse HおよびDNAポリメラーゼ)に、DNA部分と相互作用させ、一方、PNA部分は、高い結合親和性および結合特異性を提供する。PNA−DNAキメラは、塩基スタッキング、核酸塩基間の結合の数および方向に関して選択される、適切な長さのリンカーを使用して、連結され得る(Hyrup B.ら、(1996)前出)。PNA−DNAキメラの合成は、Hyrup B.ら、(1996)前出およびFinn P.J.ら、(1996)Nucleic Acids Res.24(17):3357−63に記載されるように実施され得る。例えば、DNA鎖は、標準的なホスホロアミダイトカップリング化学および改変ヌクレオシドアナログを使用して、固体支持体上で合成され得る。例えば、5’−(4−メトキシトリチル)アミノ−5’−デオキシ−チミジンホスホラミダイトが、PNAとDNAの5’末端との間として使用され得る(Mag、M.ら、(1989)Nucleic Acid Res.17:5973−88)。次いで、PNAモノマーは、段階的な様式でカップリングされて、5’PNAセグメントおよび3’DNAセグメントを有するキメラ分子を生成する(Finn P.J.ら、(1996)前出)。あるいは、キメラ分子は、5’DNAセグメントおよび3’PNAセグメントを用いて合成され得る(Peterser、K.H.ら、(1975)Bioorganic Med.Chem.Lett.5:1119−11124)。
他の実施形態において、本発明の方法において使用されるオリゴヌクレオチドは、他の付随的な基(例えば、(例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するための)ペプチド、または細胞膜(例えば、Letsingerら、(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6553−6556;Lemaitreら、(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:648−652;PCT公開番号W088/09810を参照のこと)もしくは血液−脳関門(例えば、PCT公開番号W089/10134を参照のこと)を横切る輸送を促進するための因子を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが引き金を引く切断因子(例えば、Krolら、(1988)Bio−Techniques 6:958−976を参照のこと)またはインターカレート因子を用いて改変され得る(例えば、Zon(1988)Pharm. Res.5:539−549を参照のこと)。最後に、オリゴヌクレオチドは、別の分子(例えば、ペプチドハイブリダイゼーションが引き金を引く架橋剤、輸送因子またはハイブリダイゼーションが引き金を引く切断因子)に結合体化され得る。
(本発明の方法において使用される、単離された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質、および抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体)
本発明の方法は、単離された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質およびこれらの生物学的に活性な部分、ならびに抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または6351抗体を惹起するための免疫原として使用されるのに適切なポリペプチドフラグメントの使用を包含する。1つの実施形態において、ネイティブの1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用する、適切な精製スキームによって、細胞供給源または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、組換えDNA技術によって生成される。組換え発現と代替的に、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を使用して、化学的に合成され得る。
本発明の方法は、単離された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質およびこれらの生物学的に活性な部分、ならびに抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または6351抗体を惹起するための免疫原として使用されるのに適切なポリペプチドフラグメントの使用を包含する。1つの実施形態において、ネイティブの1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用する、適切な精製スキームによって、細胞供給源または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、組換えDNA技術によって生成される。組換え発現と代替的に、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を使用して、化学的に合成され得る。
本明細書中で使用する場合、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の「生物学的に活性な部分」は、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を有する、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のフラグメントを含む。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の生物学的に活性な部分は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のアミノ酸配列に十分に同一であるか、あるいはこれらに由来するアミノ酸配列(例えば、全長の1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260v、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質より少ないアミノ酸を含み、かつ1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260v、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323v、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の少なくとも1つの活性を示す、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、53、56、59、62、または65に示されるアミノ酸配列)を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の少なくとも1つの活性を有するドメインまたはモチーフ(例えば、アポトーシス活性の調節に関与すると考えられている、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のN末端領域)を含む。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、25、50、75、100、125、150、175、200、250、300以上のアミノ酸長である、ポリペプチドであり得る。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の生物学的に活性な部分は、1435活性、559活性、34021活性、44099活性、25278活性、641活性、260活性、55089活性、21407活性、42032活性、46656活性、62553活性、302活性、323活性、12303活性、985活性、13237活性、13601活性、18926活性、318活性、2058活性または6351活性を調節する薬剤を開発するための標的として使用され得る。
好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351タンパク質は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65に対して実質的に同一であり、そして配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65のタンパク質の機能的活性を保持するが、上記第V節において詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子改変体または変異誘発に起因して、アミノ酸配列が異なる。従って、別の実施形態において、本発明の方法において使用される1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65に対して少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれ以上同一なアミノ酸配列を含むタンパク質である。
2つのアミノ酸配列、または2つの核酸配列のパーセント同一性を決定するために、これらの配列は、最適な比較目的で整列される(例えば、ギャップは、最適な整列のために、第1および第2のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非相同配列は、比較目的で無視され得る)。好ましい実施形態において、比較目的で整列される参照配列の長さは、参照配列の少なくとも30%、好ましくは少なくとも40%、より好ましくは少なくとも50%、なおより好ましくは少なくとも60%、およびさらにより好ましくは、少なくとも70%、80%または90%の長さである(例えば、500アミノ酸残基を有する、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の第二の配列を整列させる場合、少なくとも75、好ましくは少なくとも150、より好ましくは少なくとも225、なおより好ましくは少なくとも300およびなおより好ましくは少なくとも400またはそれ以上のアミノ酸残基が整列される)。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第1の配列における位置が、第2の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、これらの分子は、その位置で同一である(本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい)。2つの配列間のパーセント同一性は、それらの配列により共有される同一の位置の数の関数である(ギャップの数、および、2つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要のある各ギャップの長さが考慮される)。
配列の比較および2つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。好ましい実施形態において、2つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、GCGソフトウェアパッケージ(http://www.gcg.comから入手可能)中のGAPプログラムに組み込まれたNeedlemanおよびWunsch(J.Mol.Biol.48:444−453(1970))のアルゴリズムを用い、Blosum 62マトリクスまたはPAM250マトリクスのいずれか、ならびにギャップウェイト16、14、12、10、8、6、または4およびレングスウェイト(length weight)1、2、3、4、5、または6を用いて決定される。さらに別の好ましい実施形態において、2つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、GCGソフトウェアパッケージ中のGAPプログラムを用い、NWSgapdna.CMPマトリクスならびにギャップウェイト40、50、60、70、または80およびレングスウェイト1、2、3、4、5、または6を用いて決定される。別の実施形態において、2つのアミノ酸配列間または2つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ALIGNプログラム(バージョン2.0または2.0U)に組みこまれたE.MeyersおよびW.Miller(Comput.Appl.Biosci.4:11−17(1988))のアルゴリズムを使用し、のアルゴリズムを用い、PAM120ウェイトレジデューテーブル(weight redidue table)、ギャップレングスペナルティー12、およびギャップペナルティー4を用いて決定され得る。
本発明の方法はまた、31435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のキメラタンパク質または融合タンパク質を使用し得る。本明細書中で使用される場合、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非1435ポリペプチド、非559ポリペプチド、非34021ポリペプチド、非44099ポリペプチド、非25278ポリペプチド、非641ポリペプチド、非260ポリペプチド、非55089ポリペプチド、非21407ポリペプチド、非42032ポリペプチド、非46656ポリペプチド、非62553ポリペプチド、非302ポリペプチド、非323ポリペプチド、非12303ポリペプチド、非985ポリペプチド、非13237ポリペプチド、非13601ポリペプチド、非18926ポリペプチド、非318ポリペプチド、非2058ポリペプチドまたは非6351ポリペプチドに作動可能に連結された、1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、46656ポリペプチド、62553ポリペプチド、302ポリペプチド、323ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチド、13601ポリペプチド、18926ポリペプチド、318ポリペプチド、2058ポリペプチドまたは6351ポリペプチドを含む。「313ポリペプチド、333ポリペプチド、5464ポリペプチド、18817ポリペプチドまたは33524ポリペプチド」は、1435分子、559分子、34021分子、44099分子、25278分子、641分子、260分子、55089分子、21407分子、42032分子、46656分子、62553分子、302分子、323分子、12303分子、985分子、13237分子、13601分子、18926分子、318分子、2058分子または6351分子に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、一方、「非1435ポリペプチド、非559ポリペプチド、非34021ポリペプチド、非44099ポリペプチド、非25278ポリペプチド、非641ポリペプチド、非260ポリペプチド、非55089ポリペプチド、非21407ポリペプチド、非42032ポリペプチド、非46656ポリペプチド、非62553ポリペプチド、非302ポリペプチド、非323v、非12303ポリペプチド、非985ポリペプチド、非13237ポリペプチド、非13601ポリペプチド、非18926ポリペプチド、非318ポリペプチド、非2058ポリペプチドまたは非6351ポリペプチド」は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質に実質的に相同でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチド(例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、64タンパク質1、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質とは異なり、かつ同じ生物または異なる生物由来のタンパク質)をいう。タンパク質好ましい実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351融合タンパク質は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351タンパク質の生物学的に活性な部分のうち少なくとも1つを含む。別の好ましい実施形態において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351融合タンパク質は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351タンパク質の生物学的に活性な部分のうち少なくとも2つを含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結した」は、1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチドまたは6351ポリペプチドおよび非1435ポリペプチド、非559ポリペプチド、非34021ポリペプチド、非44099ポリペプチド、非25278ポリペプチド、非641ポリペプチド、非260ポリペプチド、非55089ポリペプチド、非21407ポリペプチド、非42032ポリペプチド、非46656ポリペプチド、非62553ポリペプチド、非302ポリペプチド、非323ポリペプチド、非12303ポリペプチド、非985ポリペプチド、非13237ポリペプチド、非1360ポリペプチド1、非18926ポリペプチド、非318ポリペプチド、非2058ポリペプチドまたは非6351ポリペプチドは、互いにインフレームで融合される。非1435ポリペプチド、非559ポリペプチド、非34021ポリペプチド、非44099ポリペプチド、非25278ポリペプチド、非641ポリペプチド、非260ポリペプチド、非55089ポリペプチド、非21407ポリペプチド、非42032ポリペプチド、非46656ポリペプチド、非62553ポリペプチド、非302ポリペプチド、非323ポリペプチド、非12303ポリペプチド、非985ポリペプチド、非13237ポリペプチド、非13601ポリペプチド、非18926ポリペプチド、非318ポリペプチド、非2058ポリペプチドまたは非6351ポリペプチドは、1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、46656ポリペプチド、62553ポリペプチド、302ポリペプチド、323ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチド、13601ポリペプチド、18926ポリペプチド、318ポリペプチド、2058ポリペプチドまたは6351ポリペプチドのN末端またはC末端に融合され得る。
例えば、1つの実施形態において、融合タンパク質は、GST−1435融合タンパク質、GST−559融合タンパク質、GST−34021融合タンパク質、GST−44099融合タンパク質、GST−25278融合タンパク質、GST−641融合タンパク質、GST−260融合タンパク質、GST−55089融合タンパク質、GST−21407融合タンパク質、GST−42032融合タンパク質、GST−46656融合タンパク質、GST−62553融合タンパク質、GST−302融合タンパク質、GST−323融合タンパク質、GST−12303融合タンパク質、GST−985融合タンパク質、GST−13237融合タンパク質、GST−13601融合タンパク質、GST−18926融合タンパク質、GST−318融合タンパク質、GST−2058融合タンパク質、GST−6351融合タンパク質であり、ここで、1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列、6351配列は、GST配列のC末端に融合されている。このような融合タンパク質は、組換え1435、組換え559、組換え34021、組換え44099、組換え25278、組換え641、組換え260、組換え55089、組換え21407、組換え42032、組換え46656、組換え62553、組換え302、組換え323、組換え12303、組換え985、組換え13237、組換え13601、組換え18926、組換え318、組換え2058、組換え6351の精製を容易にし得る。
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのN末端において異種シグナル配列を含む1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質である。特定の宿主細胞(例えば、哺乳動物宿主細胞)において、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の発現および/または分泌は、異種シグナル配列の使用によって増大され得る。
本発明の方法において使用される1435融合タンパク質、559融合タンパク質、34021融合タンパク質、44099融合タンパク質、25278融合タンパク質、641融合タンパク質、260融合タンパク質、55089融合タンパク質、21407融合タンパク質、42032融合タンパク質、46656融合タンパク質、62553融合タンパク質、302融合タンパク質、323融合タンパク質、12303融合タンパク質、985融合タンパク質、13237融合タンパク質、13601融合タンパク質、18926融合タンパク質、318融合タンパク質、2058融合タンパク質または6351融合タンパク質は、薬学的組成物中に組み込まれ得、そして被験体にインビボで投与され得る。1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032v、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601v、18926基質、318基質、2058基質または6351基質のバイオアベイラビリティーに影響を与えるために使用され得る。1435融合タンパク質、559融合タンパク質、34021融合タンパク質、44099融合タンパク質、25278融合タンパク質、641融合タンパク質、260融合タンパク質、55089融合タンパク質、21407融合タンパク質、42032融合タンパク質、46656融合タンパク質、62553融合タンパク質、302融合タンパク質、323融合タンパク質、12303融合タンパク質、985融合タンパク質、13237融合タンパク質、13601融合タンパク質、18926融合タンパク質、318融合タンパク質、2058融合タンパク質または6351融合タンパク質の使用は、例えば、以下によって引き起こされる障害の処置のために治療的に有用であり得る:(i)1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質をコードする遺伝子の異常な改変または変異;(ii)1435遺伝子、559遺伝子、34021遺伝子、44099遺伝子、25278遺伝子、641遺伝子、260遺伝子、55089遺伝子、21407遺伝子、42032遺伝子、46656遺伝子、62553遺伝子、302遺伝子、323遺伝子、12303遺伝子、985遺伝子、13237遺伝子、13601遺伝子、18926遺伝子、318遺伝子、2058遺伝子または6351遺伝子の誤調節;ならびに(iii)1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の異常な翻訳後修飾。
さらに、本発明の方法において使用される1435融合タンパク質、559融合タンパク質、34021融合タンパク質、44099融合タンパク質、25278融合タンパク質、641融合タンパク質、260融合タンパク質、55089融合タンパク質、21407融合タンパク質、42032融合タンパク質、46656融合タンパク質、62553融合タンパク質、302融合タンパク質、323融合タンパク質、12303融合タンパク質、985融合タンパク質、13237融合タンパク質、13601融合タンパク質、18926融合タンパク質、318融合タンパク質、2058融合タンパク質または6351融合タンパク質は、被験体において抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体を産生するための免疫原として、1435リガンド、559リガンド、34021リガンド、44099リガンド、25278リガンド、641リガンド、260リガンド、55089リガンド、21407リガンド、42032リガンド、46656リガンド、62553リガンド、302リガンド、323リガンド、12303リガンド、985リガンド、13237リガンド、13601リガンド、18926リガンド、318リガンド、2058リガンドまたは6351リガンドを精製するために、そして1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、32、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の、1435基質、559基質、34021基質、44099基質、25278基質、641基質、260基質、55089基質、21407基質、42032基質、46656基質、62553基質、302基質、323基質、12303基質、985基質、13237基質、13601基質、18926基質、318基質、2058基質または6351基質との相互作用を阻害する分子を同定するためのスクリーニングアッセイにおいて、使用され得る。
好ましくは、本発明の方法において使用される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のキメラタンパク質または融合タンパク質は、標準的な組換えDNA技術によって産生される。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするDNAフラグメントは、従来技術に従って、例えば、連結のために平滑末端または付着末端を使用し、適切な末端を提供するための制限酵素消化を使用し、適切な場合粘着末端をフィルインし、所望でない連結を回避するためのアルカリホスファターゼ処理を使用し、そして酵素的連結を使用することによって一緒にインフレームで連結される。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化DNA合成機を含む従来技術によって合成され得る。あるいは、遺伝子フラグメントのPCR増幅は、引き続いてアニーリングおよび再増幅されてキメラ遺伝子配列を生成し得る2つの連続遺伝子フラグメント間の相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して実施され得る(例えば、Current Protocols in Molecular Biology、Ausubelら、編、John Wiley&Sons:1992を参照のこと)。さらに、すでに融合部分(例えば、GSTポリペプチド)をコードしている多くの発現ベクターが市販されている。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351をコードする核酸は、この融合部分が、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質にインフレームで連結されるように、このような発現ベクター中にクローニングされ得る。
本発明はまた、1435アゴニスト、559アゴニスト、34021アゴニスト、44099アゴニスト、25278アゴニスト、641アゴニスト、260アゴニスト、55089アゴニスト、21407アゴニスト、42032アゴニスト、46656アゴニスト、62553アゴニスト、302アゴニスト、323アゴニスト、12303アゴニスト、985アゴニスト、13237アゴニスト、13601アゴニスト、18926アゴニスト、318アゴニスト、2058アゴニストまたは6351アゴニスト(模倣物)、または1435アンタゴニスト、559アンタゴニスト、34021アンタゴニスト、44099アンタゴニスト、25278アンタゴニスト、641アンタゴニスト、260アンタゴニスト、55089アンタゴニスト、21407アンタゴニスト、42032アンタゴニスト、46656アンタゴニスト、62553アンタゴニスト、302アンタゴニスト、323アンタゴニスト、12303アンタゴニスト、985アンタゴニスト、13237アンタゴニスト、13601アンタゴニスト、18926アンタゴニスト、318アンタゴニスト、2058アンタゴニストまたは6351アンタゴニストのいずれかとして機能する、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の改変体の使用に関する。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の改変体は、変異誘発(例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の別個の点変異または短縮)によって生成され得る。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のアゴニストは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性と実質的に同じ生物学的活性またはそのサブセットを保持し得る。1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のアンタゴニストは、例えば、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351媒介性の活性を拮抗的に調節することによって、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在する形態の活性の1以上を阻害し得る。従って、特定の生物学的効果は、機能が限定された改変体を用いる処置によって排除され得る。1つの実施形態において、タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性のサブセットを有する改変体を用いる被験体の処置は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の天然に存在する形態を用いた処置と比較して、被験体における副作用がより小さい。
1つの実施形態において、1435アゴニスト、559アゴニスト、34021アゴニスト、44099アゴニスト、25278アゴニスト、641アゴニスト、260アゴニスト、55089アゴニスト、21407アゴニスト、42032アゴニスト、46656アゴニスト、62553アゴニスト、302アゴニスト、323アゴニスト、12303アゴニスト、985アゴニスト、13237アゴニスト、13601アゴニスト、18926アゴニスト、318アゴニスト、2058アゴニストもしくは6351アゴニスト(模倣物)、または1435アンタゴニスト、559アンタゴニスト、34021アンタゴニスト、44099アンタゴニスト、25278アンタゴニスト、641アンタゴニスト、260アンタゴニスト、55089アンタゴニスト、21407アンタゴニスト、42032アンタゴニスト、46656アンタゴニスト、62553アンタゴニスト、302アンタゴニスト、323アンタゴニスト、12303アンタゴニスト、985アンタゴニスト、13237アンタゴニスト、13601アンタゴニスト、18926アンタゴニスト、318アンタゴニスト、2058アンタゴニストもしくは6351アンタゴニストのいずれかとして機能する、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の改変体は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のアゴニスト活性またはアンタゴニスト活性について、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の変異体(例えば、短縮変異体)のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって、同定され得る。1つの実施形態において、1435改変体、559改変体、34021改変体、44099改変体、25278改変体、641改変体、260改変体、55089改変体、21407改変体、42032改変体、46656改変体、62553改変体、302改変体、323改変体、12303改変体、985改変体、13237改変体、13601改変体、18926改変体、318改変体、2058改変体または6351改変体の多様なライブラリーは、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発によって生成され、そして多様な遺伝子ライブラリーによってコードされる。1435改変体、559改変体、34021改変体、44099改変体、25278改変体、641改変体、260改変体、55089改変体、21407改変体、42032改変体、46656改変体、62553改変体、302改変体、323改変体、12303改変体、985改変体、13237改変体、13601改変体、18926改変体、318改変体、2058改変体または6351改変体の多様なライブラリーは、例えば、合成オリゴヌクレオチドの混合物を遺伝子配列に酵素的に連結することによって生成され得、その結果、潜在的な1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列の縮重セットは、個々のポリペプチドとしてか、あるいはその中に1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列のセットを含む、より大きい融合タンパク質のセットとして(例えば、ファージディスプレイについて)発現可能である。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的な1435改変体、559改変体、34021改変体、44099改変体、25278改変体、641改変体、260改変体、55089改変体、21407改変体、42032改変体、46656改変体、62553改変体、302改変体、323改変体、12303改変体、985改変体、13237改変体、13601改変体、18926改変体、318改変体、2058改変体または6351改変体のライブラリーを生成するために、種々の方法が使用され得る。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化DNA合成機において実施され得、次いで、この合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結され得る。遺伝子の縮重セットの使用は、潜在的な1435配列、559配列、34021配列、44099配列、25278配列、641配列、260配列、55089配列、21407配列、42032配列、46656配列、62553配列、302配列、323配列、12303配列、985配列、13237配列、13601配列、18926配列、318配列、2058配列または6351配列の所望のセットをコードする全ての配列を1つの混合物中で準備することを可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成するための方法は、当該分野で公知である(例えば、Narang、S.A.(1983)Tetrahedron 39:3;Itakuraら、(1984)Annu.Rev.Biochem.53:323;Itakuraら、(1984)Science 198:1056;Ikeら、(1983)Nucleic Acid Res.11:477を参照のこと)。
さらに、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーは、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のために、1435フラグメント、559フラグメント、34021フラグメント、44099フラグメント、25278フラグメント、641フラグメント、260フラグメント、55089フラグメント、21407フラグメント、42032フラグメント、46656フラグメント、62553フラグメント、302フラグメント、323フラグメント、12303フラグメント、985フラグメント、13237フラグメント、13601フラグメント、18926フラグメント、318フラグメント、2058フラグメントまたは6351フラグメントの多様な集団を生成するために使用され得る。1つの実施形態において、コード配列フラグメントのライブラリーは、1435コード配列、559コード配列、34021コード配列、44099コード配列、25278コード配列、641コード配列、260コード配列、55089コード配列、21407コード配列、42032コード配列、46656コード配列、62553コード配列、302コード配列、323コード配列、12303コード配列、985コード配列、13237コード配列、13601コード配列、18926コード配列、318コード配列、2058コード配列または6351コード配列の二本差PCRフラグメントを、ニック形成が1分子当たりほぼ1回だけ生じるような条件下でヌクレアーゼで処理し、二重鎖DNAを変性し、異なるニック形成産物由来のセンス/アンチセンス対を含み得る二重鎖DNAを形成するためにDNAを再生し、S1ヌクレアーゼでの処理によって、再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去し、そして得られたフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することによって、生成され得る。この方法によって、種々のサイズの1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のN末端フラグメント、C末端フラグメントおよび内部フラグメントをコードする、発現ライブラリーが誘導され得る。
点変異または短縮によって作成されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするためのいくつかの技術、および選択された特性を有する遺伝子産物についてのcDNAライブラリーをスクリーニングするためのいくつかの技術が、当該分野で公知である。このような技術は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングのために適合可能である。大きい遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための高スループットの分析に使用されやすい、最も広く使用される技術は、代表的に、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングする工程、ベクターの得られたライブラリーで適切な細胞を形質転換する工程、および所望の活性の検出が、産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にするような条件下でコンビナトリアル遺伝子を発現する工程を包含する。再帰的アンサンブル変異誘発(recursive ensemble mutagenesis (REM))(これは、ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増強する新たな技術である)は、1435改変体、559改変体、34021改変体、44099改変体、25278改変体、641改変体、260改変体、55089改変体、21407改変体、42032改変体、46656改変体、62553改変体、302改変体、323改変体、12303改変体、985改変体、13237改変体、13601改変体、18926改変体、318改変体、2058改変体または6351改変体を同定するためのスクリーニングアッセイと組み合わせて使用され得る(ArkinおよびYourvan(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7811−7815;Delgraveら、(1993)Protein Engineering 6(3):327−331)。
本発明の方法はさらに、抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体の使用を包含する。単離された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質、またはそれらの一部分もしくはフラグメントは、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的な技術を用いて、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351に結合する抗体を生成するための免疫原として使用され得る。全長の1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質が使用され得るか、あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の抗原性ペプチドフラグメントが免疫原として使用され得る。1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の抗原性ペプチドは、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32、35、38、41、44、47、50、53、56、59、62または65に示されるアミノ酸配列の少なくとも8アミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体が、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質と特異的に免疫複合体を形成するように、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のエピトープを含む。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも10アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも15アミノ酸残基、さらにより好ましくは、少なくとも20アミノ酸残基、そして最も好ましくは、少なくとも30アミノ酸残基を含む。
抗原性ペプチドにより含まれる、好ましいエピトープは、タンパク質の表面に局在される1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の領域(例えば、親水性領域)、および高抗原性を有する領域である。
1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の免疫原は、代表的に、適切な被験体(例えば、ウサギ、ヤギ、マウス、または他の哺乳動物)を、免疫原を用いて免疫することにより抗体を調製するために使用される。適切な免疫原性調製物は、例えば、組換え的に発現された1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質、あるいは化学的に合成された1435ポリペプチド、559ポリペプチド、34021ポリペプチド、44099ポリペプチド、25278ポリペプチド、641ポリペプチド、260ポリペプチド、55089ポリペプチド、21407ポリペプチド、42032ポリペプチド、46656ポリペプチド、62553ポリペプチド、302ポリペプチド、323ポリペプチド、12303ポリペプチド、985ポリペプチド、13237ポリペプチド、13601ポリペプチド、18926ポリペプチド、318ポリペプチド、2058ポリペプチドまたは6351ポリペプチドを含み得る。この調製物はさらに、アジュバント(例えば、フロイントの完全アジュバントもしくは不完全アジュバント)、あるいは類似の免疫刺激剤を含み得る。免疫原性の1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の調製物を用いる、適切な被験体の免疫は、ポリクローナルの抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体の応答を誘導する。
本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原(例えば、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351)に、(免疫反応を伴って)特異的に結合する抗原結合部位を含む分子をいう。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例としては、ペプシンのような酵素で抗体を処理することによって生成され得るF(ab)フラグメントおよびF(ab’)2フラグメントが挙げられる。本発明は、1435分子、559分子、34021分子、44099分子、25278分子、641分子、260分子、55089分子、21407分子、42032分子、46656分子、62553分子、302分子、323分子、12303分子、985分子、13237分子、13601分子、18926分子、318分子、2058分子または6351分子に結合するポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を提供する。本明細書中で使用される場合、用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の特定のエピトープと免疫反応し得る抗原結合部位の1つの種のみを含む抗体分子の集団をいう。従って、モノクローナル抗体組成物は、代表的に、その抗体が免疫反応する、特定の1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058タンパク質または6351タンパク質に対して単一結合親和性を示す。
ポリクローナル抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の免疫原を用いて適切な被験体を免疫することによって、上記のように調製され得る。免疫された被験体における、抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体の力価は、標準的な技術(例えば、免疫した1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351を用いる、酵素結合免疫吸着検出法(ELISA))によって、経時的にモニターされ得る。所望の場合、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351に対して指向される抗体分子は、哺乳動物(例えば、その血液)から単離され得、そしてさらに、周知の技術(例えば、IgG画分を得るためのプロテインAクロマトグラフィー)によって精製され得る。免疫後の適切なとき(例えば、抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体の力価が最も高いとき)に、抗体産生細胞は被験体から入手され得、そして標準的な技術(例えば、KohlerおよびMilstein(1975)Nature 256:495−497)(Brownら(1981)J.Immunol.127:539−46;Brownら(1980)J.Biol.Chem.255:4980−83;Yehら(1976)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 76:2927−31;ならびにYehら(1982)Int.J.Cancer 29:269−75もまた参照のこと)によってもともと記載されるハイブリドーマ技術、つい最近のヒトB細胞ハイブリドーマ技術(Kozborら(1983)Immunol Today 4:72)、EBV−ハイブリドーマ技術(Coleら(1985)Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,Inc.,pp.77−96)またはトリーマ技術)によってモノクローナル抗体を調製するために使用され得る。モノクローナル抗体ハイブリドーマを生成するための技術は周知である(一般的に、Kenneth,R.H.in Monoclonal Antibodies:A New Dimension In Biological Analyses,Plenum Publishing Corp.,New York,New York(1980);Lerner,E.A.(1981)Yale J.Biol.Med.54:387−402;Gefter,M.L.ら(1977)Somatic Cell Genet.3:231−36を参照のこと)。簡単に言えば、不死化した細胞株(代表的に黒色腫)は、上記のような1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の免疫原で免疫した哺乳動物に由来するリンパ球(代表的に脾細胞)と融合され、そして得られたハイブリドーマ細胞の、細胞培養上清は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351に結合するモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマを同定するためにスクリーニングされる。
リンパ球と不死化細胞株との融合のために使用される、任意の多くの周知のプロトコルが、抗1435モノクローナル抗体、抗559モノクローナル抗体、抗34021モノクローナル抗体、抗44099モノクローナル抗体、抗25278モノクローナル抗体、抗641モノクローナル抗体、抗260モノクローナル抗体、抗55089モノクローナル抗体、抗21407モノクローナル抗体、抗42032モノクローナル抗体、抗46656モノクローナル抗体、抗62553モノクローナル抗体、抗302モノクローナル抗体、抗323モノクローナル抗体、抗12303モノクローナル抗体、抗985モノクローナル抗体、抗13237モノクローナル抗体、抗13601モノクローナル抗体、抗18926モノクローナル抗体、抗318モノクローナル抗体、抗2058モノクローナル抗体または抗6351モノクローナル抗体を生成する目的のために適用され得る(例えば、G.Galfreら(1977)Nature 266:550-52;Gefterら(1977)前出;Lerner(1981)前出;およびKenneth(1980)前出を参照のこと)。さらに、通常の当業者は、このような方法の多くのバリエーションもまた有用であることを理解する。代表的に、不死化細胞株(例えば、黒色腫細胞株)は、リンパ球のような同一の哺乳動物種由来である。例えば、マウスハイブリドーマは、本発明の免疫原性調製物で免疫したマウスに由来するリンパ球を、不死化マウス細胞株と融合させることによって作製され得る。好ましい不死化細胞株は、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジン(「HAT培地」)を含む培養培地に感受性である、マウス黒色腫細胞株である。任意の多くの黒色腫細胞株が、標準的な技術に従う融合パートナー(例えば、P3−NS1/1−Ag4−1黒色種細胞株、P3−x63−Ag8.653黒色種細胞株またはSp2/O−Ag14黒色種細胞株)として使用され得る。これらの黒色種細胞株は、ATCCから入手可能である。代表的に、HAT感受性マウス黒色種細胞は、ポリエチレングリコール(「PEG」)を用いてマウス脾細胞に融合される。次いで、融合によって得られたハイブリドーマ細胞は、HAT培地を用いて選択される(これは、融合していない黒色腫細胞および非生産性融合黒色腫細胞を殺傷する(融合していない脾細胞は形質転換されないので、数日後に死滅する))。本発明のモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマ細胞は、例えば、標準的なELISAアッセイを用いて、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351に結合する抗体について、ハイブリドーマ培養物の上清をスクリーニングすることによって検出される。
あるいは、モノクローナル抗体スクリーニングハイブリドーマを調製するために、モノクローナル抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058抗体または抗6351抗体は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351を用いて、組換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリー(例えば、抗体ファージディスプレイライブラリー)をスクリーニングすることによって同定および単離され得、それによって、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351に結合する免疫グロブリンライブラリーメンバーを単離する。ファージディスプレイライブラリーを生成およびスクリーニングするためのキットは、市販されている(例えば、the Pharmacia Recombinant Phage Antibody System、カタログ番号27−9400−01;およびthe Stratagene SurfZAPTM Phage Display Kit、カタログ番号240612)。さらに、抗体ディスプレイライブラリーの生成およびスクリーニングにおける使用のために特に適切な方法および試薬の例は、以下において見出され得る:例えば、Ladnerら、米国特許第5,223,409号;Kangら、PCT国際公開番号WO92/18619;Dowerら、PCT国際公開番号WO91/17271;Winterら、PCT国際公開WO92/20791;Marklandら、PCT国際公開番号WO92/15679;Breitlingら、PCT国際公開WO93/01288;McCaffertyら、PCT国際公開番号WO92/01047;Garrardら、PCT国際公開番号WO92/09690;LadnerらPCT国際公開番号WO90/02809;Fuchsら(1991)Bio/Technology 9:1370−1372;Hayら(1992)Hum.Antibod.Hybridomas 3:81−85;Huseら(1989)Science 246:1275−1281;Griffithsら(1993)EMBO J 12:725−734;Hawkinsら(1992)J.Mol.Biol.226:889−896;Clarksonら(1991)Nature 352:624−628;Gramら(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:3576−3580;Garradら(1991)Bio/Technology 9:1373−1377;Hoogenboomら(1991)Nuc.Acid Res.19:4133−4137;Barbasら(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7978−7982;およびMcCaffertyら(1990)Nature 348:552−554。
さらに、標準的な組換えDNA技術を用いて作製され得る、組換え抗1435抗体、組換え抗559抗体、組換え抗34021抗体、組換え抗44099抗体、組換え抗25278抗体、組換え抗641抗体、組換え抗260抗体、組換え抗55089抗体、組換え抗21407抗体、組換え抗42032抗体、組換え抗46656抗体、組換え抗62553抗体、組換え抗302抗体、組換え抗323抗体、組換え抗12303抗体、組換え抗985抗体、組換え抗13237抗体、組換え抗13601抗体、組換え抗18926抗体、組換え抗318抗体、組換え抗2058または6351抗体(例えば、ヒトおよび非ヒトの両方の部分を含むキメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体)は、本発明の方法の範囲内にある。このようなキメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、例えば、以下に記載される方法を用いて、当該分野に公知の組換えDNA技術によって作製され得る:Robinsonら国際出願番号PCT/US86/02269;Akiraら、欧州特許出願第184,187号;Taniguchi,M.,欧州特許出願第171,496号;Morrisonら、欧州特許出願第173,494号;Neubergerら、PCT国際出願番号WO86/01533;Cabillyら、米国特許第4,816,567号;Cabillyら、欧州特許出願第125,023号;Betterら(1988)Science 240:1041−1043;Liuら(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:3439−3443;Liuら(1987)J.Immunol.139:3521−3526;Sunら(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:214−218;Nishimuraら(1987)Canc.Res.47:999−1005;Woodら(1985)Nature 314:446−449;Shawら(1988)J.Natl.Cancer Inst.80:1553−1559;Morrison,S.L.(1985)Science 229:1202−1207;Oiら(1986)BioTechniques 4:214;Winter、米国特許第5,225,539号;Jonesら(1986)Nature 321:552−525;Verhoeyanら(1988)Science 239:1534;およびBeidlerら(1988)J.Immunol.141:4053−4060。
抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058または6351抗体は、1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058または6351タンパク質の存在量および発現パターンを評価するために、(例えば、細胞溶解物または細胞上清において)1435タンパク質、559タンパク質、34021タンパク質、44099タンパク質、25278タンパク質、641タンパク質、260タンパク質、55089タンパク質、21407タンパク質、42032タンパク質、46656タンパク質、62553タンパク質、302タンパク質、323タンパク質、12303タンパク質、985タンパク質、13237タンパク質、13601タンパク質、18926タンパク質、318タンパク質、2058または6351タンパク質を検出するために使用され得る。抗1435抗体、抗559抗体、抗34021抗体、抗44099抗体、抗25278抗体、抗641抗体、抗260抗体、抗55089抗体、抗21407抗体、抗42032抗体、抗46656抗体、抗62553抗体、抗302抗体、抗323抗体、抗12303抗体、抗985抗体、抗13237抗体、抗13601抗体、抗18926抗体、抗318抗体、抗2058または6351抗体は、臨床試験手順(例えば、所定の処置レジメンの効率を決定するために)の一部として、組織においてタンパク質のレベルをモニタリングするために診断的に使用され得る。検出は、検出可能な物質に抗体を結合させる(すなわち、物理的連結)ことによって促進され得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射活性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、□−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ;適切な補欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/ビオチンが挙げられ;適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ;発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ;生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられ;そして適切な放射活性物質の例としては、125I、131I、35Sまたは3Hが挙げられる。
本発明はさらに、限定と解釈されるべきではない以下の実施例によって例示される。本出願、ならびに図面および配列表を通して引用される全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容は、本明細書中に参考として援用される。
(実施例1 TaqManTM分析を用いた組織の配置)
本実施例は、TaqManTM手順を記載する。TaqmanTM手順は、mRNAを検出するための、定量的な逆転写PCRベースのアプローチである。このRT−PCR反応は、PCRの間に、TaqManTMプローブを切断するために、AmpliTaq GoldTM DNAポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性を活用する。簡単に言えば、cDNAを目的のサンプル(例えば、心臓、腎臓、肝臓、骨格筋、および種々の管)から生成し、そしてPCR増幅のための出発物質として使用した。5’遺伝子特異的プライマーおよび3’遺伝子特異的プライマーに加えて、遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ(増幅されている領域に相補的である)を、この反応物(すなわち、TaqmanTMプローブ)に含めた。TaqmanTMプローブは、プローブの5’末端に共有結合した蛍光レポーター色素(例えば、FAM(6−カルボキシフルオレセイン)、TET(6−カルボキシ−4,7,2’,7’−テトラクロロフルオレセイン)、JOE(6−カルボキシ−4,5−ジクロロ−2,7−ジメチルオキシフルオレセイン)、もしくはVIC)、およびこのプローブの3’末端にクエンチャー色素(TAMRA(6−カルボキシ−N,N,N’,N’−テトラメチルローダミン)を有するオリゴヌクレオチドを含む。
本実施例は、TaqManTM手順を記載する。TaqmanTM手順は、mRNAを検出するための、定量的な逆転写PCRベースのアプローチである。このRT−PCR反応は、PCRの間に、TaqManTMプローブを切断するために、AmpliTaq GoldTM DNAポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性を活用する。簡単に言えば、cDNAを目的のサンプル(例えば、心臓、腎臓、肝臓、骨格筋、および種々の管)から生成し、そしてPCR増幅のための出発物質として使用した。5’遺伝子特異的プライマーおよび3’遺伝子特異的プライマーに加えて、遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ(増幅されている領域に相補的である)を、この反応物(すなわち、TaqmanTMプローブ)に含めた。TaqmanTMプローブは、プローブの5’末端に共有結合した蛍光レポーター色素(例えば、FAM(6−カルボキシフルオレセイン)、TET(6−カルボキシ−4,7,2’,7’−テトラクロロフルオレセイン)、JOE(6−カルボキシ−4,5−ジクロロ−2,7−ジメチルオキシフルオレセイン)、もしくはVIC)、およびこのプローブの3’末端にクエンチャー色素(TAMRA(6−カルボキシ−N,N,N’,N’−テトラメチルローダミン)を有するオリゴヌクレオチドを含む。
PCR反応の間、プローブの切断は、レポーター色素およびクエンチャー色素を分離し、結果としてレポーターの蛍光を増強する。PCR産物の蓄積は、レポーター色素の蛍光増強をモニタリングすることによって検出する。プローブがインタクトな場合、クエンチャー色素に対してレポーター色素の近位にレポーター蛍光の抑制が生じる。PCRの間、目的の標的が存在する場合、このプローブは順方向プライマーと逆方向プライマーとの間の部位に特異的アニールする。AmpliTaqTMGold DNAポリメラーゼの5’−3’ヌクレオチド分解性(nucleolytic)活性は、プローブが標的にハイブリダイズする場合のみ、レポーターとクエンチャーとの間でプローブを切断する。次いで、プローブフラグメントを、標的と置換し、そして鎖の重合を続ける。PCRの間、プローブの伸長を防ぐように、このプローブの3’末端をブロックする。このプロセスは全てのサイクルで生じ、そして産物の指数関数的な蓄積を妨害しない。RNAを、トリゾール方法を使用して調製し、そして汚染したゲノムDNAを除去するためにDNaseで処理した。標準的な方法を使用してcDNAを合成した。逆転写酵素の非存在下において、コントロール遺伝子の検出可能なPCR増幅を有さないサンプルに生じるMock cDNA合成は、ゲノムDNA汚染の有効な除去を確証する。
(等価物)
当業者は、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態の多くの等価物を認識するか、または慣用的にすぎない実験法を使用してこれらの等価物を確認し得る。このような等価物は、添付の特許請求の範囲に含まれるべきであることが意図される。
(等価物)
当業者は、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態の多くの等価物を認識するか、または慣用的にすぎない実験法を使用してこれらの等価物を確認し得る。このような等価物は、添付の特許請求の範囲に含まれるべきであることが意図される。
Claims (13)
- 泌尿器系障害を処置し得る化合物を同定するための方法であって、該方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸発現あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のペプチド活性を調節する化合物の能力を評価し、それによって、泌尿器系障害を処置し得る化合物を同定する工程を包含する、方法。
- 過形成を調節し得る化合物を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程:
a)1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351を発現する細胞と、試験化合物とを接触させる工程;および
b)1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸発現あるいは1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のポリペプチド活性を調節する試験化合物の能力をアッセイし、それによって、過形成を調節し得る化合物を同定する工程、
を包含する、方法。 - 細胞と、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターとを接触させ、それによって、細胞における過形成を調節する工程を包含する、細胞における過形成を調節するための、方法。
- 前記細胞が、膀胱細胞または前立腺細胞である、請求項2に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、有機低分子、ペプチド、抗体またはアンチセンス核酸分子である、請求項3に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のポリペプチド活性を調節し得る、請求項3に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、有機低分子、ペプチド、抗体またアンチセンス核酸分子である、請求項6に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸発現を調節し得る、請求項6に記載の方法。
- 異常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のポリペプチド活性、あるいは異常な1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351の核酸発現によって特徴付けられる泌尿器系障害を有する被験体を処置するための方法であって、該方法は、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターを被験体に投与し、それによって、泌尿器系疾患を有する該被験体を処置する工程を包含する、方法。
- 請求項9に記載の方法であって、前記泌尿器系障害が、過剰活性/過剰感受性の膀胱を含む尿失禁、溢流尿失禁、膀胱、尿道もしくは中枢神経系/末梢神経系の機能不全によって引き起こされる腹圧性尿失禁、前立腺炎,良性前立腺肥大、前立腺癌、および腎臓障害を含む、方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが薬学的に受容可能な処方物において投与される、請求項9に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、有機低分子、ペプチド、抗体またアンチセンス核酸分子である、請求項9に記載の方法。
- 前記1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のモジュレーターが、1435、559、34021、44099、25278、641、260、55089、21407、42032、46656、62553、302、323、12303、985、13237、13601、18926、318、2058または6351のペプチド活性を調節し得る、請求項9に記載の方法。
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