HK40081866B - Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens - Google Patents

Claims (15)

1. Composition comprenant :

   une pluralité de sondes d'acide nucléique sur un support solide, dans laquelle les sondes d'acide nucléique sont situées et fixées de manière aléatoire sur une population de caractéristiques sur le support solide, et

   dans laquelle une sonde d'acide nucléique de la pluralité de sondes d'acide nucléique comprend :

   i) une séquence de liaison d'amorce universelle, et

   ii) une séquence de codes-barres spatiaux qui est différente de la séquence de codes-barres spatiaux d'autres sondes d'acide nucléique sur le support solide ;

   à condition que le support solide ne comprenne pas une pluralité de billes synthétiques associées à la pluralité de codes-barres spatiaux.
2. Composition selon la revendication 1, dans laquelle la population de caractéristiques sur le support solide est un motif de caractéristiques discrètes, dans laquelle une caractéristique dans le motif de caractéristiques discrètes est sélectionnée dans le groupe consistant en : des creux, des puits, des canaux, des crêtes, des régions surélevées, des piquets, et des poteaux, et dans laquelle les caractéristiques dans le motif de caractéristiques discrètes sur le support solide présentent un pas moyen inférieur à 1 micron.
3. Composition selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle le support solide comprend en outre des marqueurs de repère et dans laquelle le support solide est une cellule à circulation ou une lame.
4. Composition selon la revendication 1, dans laquelle le support solide comprend un revêtement en gel, et dans laquelle les sondes d'acide nucléique sont fixées au revêtement en gel.
5. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, dans laquelle la sonde d'acide nucléique comprend en outre une ou plusieurs parmi une séquence de capture et une séquence d'identification moléculaire unique.
6. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, dans laquelle la sonde d'acide nucléique est décodée et comprend une séquence de capture poly (T) qui s'hybride à une séquence d'acide nucléique provenant d'un spécimen biologique perméabilisé.
7. Composition selon la revendication 6, dans laquelle le spécimen biologique se trouve à la surface du support solide.
8. Composition selon la revendication 7, comprenant la séquence d'acide nucléique provenant du spécimen biologique hybridée à la séquence de capture.
9. Composition selon la revendication 8, comprenant en outre une polymérase, dans laquelle la polymérase est une ADN polymérase, une ARN polymérase, ou une transcriptase inverse.
10. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans laquelle le spécimen biologique est un mélange de cellules ou une coupe de tissu, dans laquelle la coupe de tissu est une coupe de tissu fraîchement congelée ou une coupe de tissu fixée, et facultativement, dans laquelle la coupe de tissu fixé est un tissu déparaffiné enrobé dans la paraffine et fixé au formol.
11. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans laquelle le spécimen biologique provient d'une plante, d'une algue, d'un insecte, d'un nématode, d'un poisson, d'un reptile, d'un champignon, ou d'un mammifère, et facultativement dans laquelle le mammifère est un humain.
12. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 11, dans laquelle la séquence d'acide nucléique provenant du spécimen biologique est un ARNm.
13. Composition selon l'une quelconque des revendications 1 à 11, dans laquelle la séquence d'acide nucléique provenant du spécimen biologique un ADN génomique.
14. Procédé de production d'un réseau spatial sur un support solide comprenant une pluralité de sondes d'acide nucléique qui sont situées et fixées de manière aléatoire sur une population de caractéristiques sur le support solide, ledit procédé comprenant :

    a) la répartition aléatoire de la pluralité de sondes d'acide nucléique sur le support solide, dans lequel une sonde d'acide nucléique de la pluralité comprend ; (i) une séquence de liaison d'amorce universelle, et (ii) une séquence de codes-barres spatiaux qui est différente de la séquence de codes-barres spatiaux d'autres sondes d'acide nucléique sur le support solide, et

    b) le décodage de la séquence de codes-barres spatiaux de la pluralité de sondes d'acide nucléique fixées sur la population de caractéristiques sur le support solide pour ainsi identifier l'emplacement des séquences de codes-barres spatiaux sur le support solide et produire le réseau spatial,

    à condition que le support solide ne comprenne pas une pluralité de billes synthétiques associées à la pluralité de codes-barres spatiaux.
15. Composition selon la revendication 1, dans laquelle la séquence de liaison d'amorce universelle est un site de liaison d'amorce de séquençage.