HK40081866B - Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens - Google Patents

Claims (15)

1. Eine Zusammensetzung umfassend: eine Vielzahl von Nukleinsäuresonden auf einem festen Träger, wobei die Nukleinsäuresonden über eine Population von Merkmalen auf dem festen Träger zufällig verteilt und angebracht sind, und wobei eine Nukleinsäuresonde aus der Vielzahl von Nukleinsäuresonden Folgendes umfasst:

   i) eine universelle Primerbindungssequenz und

   ii) eine räumliche Strichcodesequenz, die sich von der räumlichen Strichcodesequenz anderer Nukleinsäuresonden auf dem festen Träger unterscheidet,

   mit der Maßgabe, dass der feste Träger keine Vielzahl synthetischer Kügelchen, die mit der Vielzahl räumlicher Strichcodes assoziiert sind, umfasst.
2. Die Zusammensetzung aus Anspruch 1, wobei die Population von Merkmalen auf dem festen Träger ein Muster diskreter Merkmale ist, wobei ein Merkmal in dem Muster diskreter Merkmale ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus: Gruben, Vertiefungen, Kanälen, Graten, erhöhten Bereichen, Stiften und Pfosten, und wobei die Merkmale in dem Muster diskreter Merkmale auf dem festen Träger einen durchschnittlichen Abstand von weniger als 1 Mikrometer haben.
3. Die Zusammensetzung aus Anspruch 1 oder 2, wobei der feste Träger weiter Passermarken umfasst und wobei der feste Träger eine Durchflusszelle oder ein Objektträger ist.
4. Die Zusammensetzung aus Anspruch 1, wobei der feste Träger eine Gelbeschichtung umfasst, und wobei die Nukleinsäuresonden an der Gelbeschichtung angebracht sind.
5. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-4, wobei die Nukleinsäuresonde weiter eines oder mehr aus einer Einfangsequenz und einem einzigartigen molekularen Identifikationssequenz umfasst.
6. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-5, wobei die Nukleinsäuresonde dekodiert ist und eine poly-(T)-Einfangsequenz umfasst, die mit einer Nukleinsäuresequenz aus einer permeabilisierten biologischen Probe hybridisiert.
7. Die Zusammensetzung aus Anspruch 6, wobei die biologische Probe auf der Oberfläche des festen Trägers ist.
8. Die Zusammensetzung aus Anspruch 7, umfassend die Nukleinsäuresequenz aus der biologischen Probe hybridisiert an die Einfangsequenz.
9. Die Zusammensetzung aus Anspruch 8, weiter umfassend eine Polymerase, wobei die Polymerase eine DNA-Polymerase, eine RNA-Polymerase oder eine reverse Transkriptase ist.
10. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-9, wobei die biologische Probe eine Mischung von Zellen oder ein Gewebeschnitt ist, wobei der Gewebeschnitt ein frisch eingefrorener Gewebeschnitt oder ein fixierter Gewebeschnitt ist, und optional wobei der fixierte Gewebeschnitt ein deparaffinisiertes Formalin-fixiertes Paraffin-eingebettetes Gewebe ist.
11. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-10, wobei die biologische Probe aus einer Pflanze, einer Alge, einem Insekt, einem Nematoden, einem Fisch, einem Reptil, einem Pilz oder einem Säugetier ist, und optional wobei das Säugetier ein Mensch ist.
12. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-11, wobei die Nukleinsäuresequenz aus der biologischen Probe mRNA ist.
13. Die Zusammensetzung aus irgendeinem der Ansprüche 1-11, wobei die Nukleinsäuresequenz aus der biologischen Probe genomische DNA ist.
14. Ein Verfahren zur Herstellung einer räumlichen Anordnung auf einem festen Träger umfassend eine Vielzahl von Nukleinsäuresonden, die über eine Population von Merkmalen auf dem festen Träger zufällig verteilt und angebracht sind, jenes Verfahren umfassend:

    a) zufälliges Verteilen der Vielzahl von Nukleinsäuresonden auf dem festem Träger, wobei eine Nukleinsäuresonde der Vielzahl Folgendes umfasst: (i) eine universelle Primerbindungssequenz und (ii) eine räumliche Strichcodesequenz, die sich von der räumlichen Strichcodesequenz anderer Nukleinsäuresonden auf dem festen Träger unterscheidet, und

    b) Dekodieren der räumlichen Strichcodesequenz der Vielzahl von Nukleinsäuresonden, die über die Vielzahl von Merkmalen auf dem festen Träger angebracht sind, wobei die Position der räumlichen Strichcodesequenzen auf dem festen Träger identifiziert und eine räumliche Anordnung erzeugt wird,

    mit der Maßgabe, dass der feste Träger keine Vielzahl synthetischer Kügelchen, die mit der Vielzahl räumlicher Strichcodes assoziiert sind, umfasst.
15. Die Zusammensetzung aus Anspruch 1, wobei die universale Primerbindungssequenz eine Sequenzierprimer-Bindungsstelle ist.