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HK1039355A1 - Dna-protein fusions and uses thereof - Google Patents

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HK1039355A1
HK1039355A1 HK02100680A HK02100680A HK1039355A1 HK 1039355 A1 HK1039355 A1 HK 1039355A1 HK 02100680 A HK02100680 A HK 02100680A HK 02100680 A HK02100680 A HK 02100680A HK 1039355 A1 HK1039355 A1 HK 1039355A1
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Peter Lohse
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Bristol-Myers Squibb Company
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Claims (55)

  1. Verfahren zum Erzeugen einer DNA-Protein-Fusion, wobei das Verfahren umfasst:
    (a) Vernetzen eines Nukleinsäure-Primers mit einem RNA-Molekül, wobei der Primer an einen Peptidakzeptor gebunden ist;
    (b) Translatieren der RNA, um ein Protein-Produkt zu erzeugen, wobei das Protein-Produkt kovalent an den Nukleinsäure-Primer gebunden ist, und
    (c) reverses Transkribieren der RNA ausgehend von dem Nukleinsäure-Primer, um eine DNA-Protein-Fusion herzustellen.
  2. Verfahren zum Erzeugen einer DNA-Protein-Fusion, wobei das Verfahren umfasst:
    (a) Erzeugen einer RNA-Protein-Fusion;
    (b) Hybridisieren eines Nukleinsäure-Primers an die Fusion;
    (c) Vernetzen des Nukleinsäure-Primers mit der Fusion; und
    (d) reverses Transkribieren der RNA der RNA-Protein-Fusion ausgehend von dem Nukleinsäure-Primer, um eine DNA-Protein-Fusion herzustellen.
  3. Verfahren zum Erzeugen einer DNA-Protein-Fusion, wobei das Verfahren umfasst:
    (a) Ligieren eines Nukleinsäure-Primers an ein RNA-Molekül, wobei der Primer an einen Peptidakzeptor gebunden ist und eine Haarnadelstruktur aufweist;
    (b) Translatieren der RNA, um ein Proteinprodukt herzustellen, wobei das Proteinprodukt kovalent an den Nukleinsäure-Primer gebunden ist; und
    (c) reverses Transkribieren der RNA ausgehend von dem Nukleinsäure-Primer, um eine DNA-Protein-Fusion herzustellen.
  4. Verfahren nach Anspruch 1, 2 oder 3, wobei das Verfahren zusätzlich das Behandeln des Produkts aus Schritt (c) der Ansprüche 1 oder 3 oder aus Schritt (d) des Anspruchs 2 zum Entfernen besagter RNA umfasst.
  5. Verfahren nach Anspruch 4, wobei besagtes Behandeln das In-Kontakt-Bringen des Produkts aus Schritt (c) der Ansprüche 1 oder 3 oder aus Schritt (d) des Anspruchs 2 mit RNase H unter Bedingungen umfasst, die ausreichend sind, um RNA zu verdauen.
  6. Verfahren nach Anspruch 1, 2 oder 3, wobei der Nukleinsäure-Primer ein DNA-Primer ist.
  7. Verfahren nach Anspruch 1, 2 oder 3, wobei der Translationsschritt in vitro ausgeführt wird.
  8. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei der Nukleinsäure-Primer eine Haarnadelstruktur aufweist.
  9. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei der Primer zusätzlich ein Photovernetzungsmittel umfasst.
  10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei das Photovernetzungsmittel Psoralen ist.
  11. Verfahren nach Anspruch 9, wobei der Primer mit einem Oligonukleotid vernetzt ist, das an einen Peptidakzeptor gebunden ist.
  12. Verfahren nach Anspruch 9, wobei der Primer an das RNA-Molekül hybridisiert ist und wobei der Vernetzungsschritt durch Photovernetzen ausgeführt wird.
  13. Verfahren für die Selektion eines gewünschten Proteins oder seiner kodierenden DNA, umfassend die Schritte:
    a) Bereitstellen einer Population an DNA-Protein-Fusionen, die jeweils eine DNA, die kovalent an ein Kandidatenprotein gebunden ist, umfassen, wobei das Protein durch die kovalent gebundene DNA kodiert wird; und
    b) Auswählen einer gewünschten DNA-Protein-Fusion, wodurch das gewünschte Protein oder die gewünschte DNA ausgewählt wird.
  14. Verfahren nach Anspruch 13, wobei das Protein relativ zu einem Referenzprotein eine geänderte Funktion aufweist.
  15. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei das Molekül oder die DNA-Protein-Fusion zusätzlich eine Ribonukleinsäure umfasst, die kovalent an die DNA gebunden ist.
  16. Verfahren nach Anspruch 15, wobei das Protein durch die Ribonukleinsäure kodiert wird.
  17. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei das Protein wenigstens 10 Aminosäuren, vorzugsweise 30 Aminosäuren, oder mehr bevorzugt 100 Aminosäuren umfasst.
  18. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei die DNA über einen Peptidakzeptor kovalent an das Protein gebunden ist.
  19. Verfahren nach Anspruch 18, wobei der Peptidakzeptor Puromycin ist.
  20. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei die Population an Kandidaten-DNA-Protein-Fusionen wenigstens 105 unterschiedliche DNA-Moleküle, vorzugsweise wenigstens 1014 unterschiedliche DNA-Moleküle umfasst.
  21. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei der Selektionsschritt das Binden des gewünschten Proteins an einen immobilisierten Bindungspartner umfasst.
  22. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei das Verfahren zusätzlich das Wiederholen der Schritte (a) und (b) umfasst.
  23. Verfahren nach Anspruch 13 oder 14, wobei die DNA doppelsträngig ist.
  24. Verfahren zum Erzeugen einer DNA-Protein-Fusion, wobei das Verfahren umfasst:
    (a) Bereitstellen einer RNA, die kovalent an einen Peptidakzeptor gebunden ist;
    (b) Vernetzen eines Nukleinsäure-Primers mit dem Molekül aus Schritt (a);
    (c) Translatieren des RNA-Moleküls, um ein Protein herzustellen, wobei das Protein kovalent an den Peptidakzeptor gebunden ist; und
    (d) reverses Transkribieren der RNA durch Verlängern des Primers, um eine DNA-Protein-Fusion herzustellen.
  25. Verfahren nach Anspruch 2 oder 24, wobei das Protein der DNA-Protein-Fusion über einen Linker, der eine DNA umfasst, kovalent an die RNA gebunden ist, und wobei der Nukleinsäureprimer kovalent an den Linker gebunden ist.
  26. Verfahren nach Anspruch 24, wobei das Verfahren zusätzlich das Behandeln des Produkts aus Schritt (d) zum Entfernen der RNA umfasst.
  27. Verfahren nach Anspruch 26, wobei das Behandeln das In-Kontakt-Bringen des Produkts aus Schritt (d) mit RNase H unter Bedingungen umfasst, die ausreichend sind, um die RNA zu verdauen.
  28. Verfahren nach Anspruch 24, wobei der Nukleinsäure-Primer ein DNA-Primer ist.
  29. Verfahren nach Anspruch 24, wobei der Translationsschritt in vitro ausgeführt wird.
  30. Verfahren nach Anspruch 24, wobei der Peptidakzeptor Puromycin ist.
  31. Verfahren nach Anspruch 24, wobei der Nukleinsäure-Primer zusätzlich ein Photovernetzungsmittel umfasst.
  32. Verfahren nach Anspruch 31, wobei das Photovernetzungsmittel Psoralen ist.
  33. Verfahren nach Anspruch 31, wobei der Nukleinsäure-Primer mit einem Oligonukleotid vernetzt ist, das an einen Peptidakzeptor gebunden ist.
  34. Verfahren nach Anspruch 31, wobei der Nukleinsäure-Primer an das RNA-Molekül hybridisiert ist und wobei der Vernetzungsschritt durch Photovernetzung ausgeführt wird.
  35. Verfahren nach Anspruch 25, wobei der Linker zusätzlich ein Polymer umfasst.
  36. Molekül, umfassend eine DNA, die über einen Peptidakzeptor kovalent an ein Protein gebunden ist, wobei das Protein durch besagte, kovalent gebundene DNA kodiert wird.
  37. Molekül nach Anspruch 36, wobei das Protein wenigstens 10 Aminosäuren umfasst.
  38. Molekül umfassend eine DNA, die kovalent an ein Protein gebunden ist, wobei das Protein wenigstens 10 Aminosäuren umfasst, wobei das Protein durch die kovalent gebundene DNA kodiert wird.
  39. Molekül nach Anspruch 36 oder 38, wobei das Protein vollständig durch die kovalent gebundene DNA kodiert wird.
  40. Molekül nach Anspruch 36 oder 38, wobei das Protein wenigstens 30 Aminosäuren oder vorzugsweise wenigstens 100 Aminosäuren umfasst.
  41. Molekül nach Anspruch 36 oder 38, wobei das Molekül zusätzlich eine Ribonukleinsäure umfasst, die kovalent an die DNA gebunden ist.
  42. Molekül nach Anspruch 41, wobei das Protein durch die Ribonukleinsäure kodiert wird.
  43. Molekül nach Anspruch 36 oder 38, wobei der Peptidakzeptor Puromycin ist.
  44. Molekül nach Anspruch 36 oder 38, wobei die DNA doppelsträngig ist.
  45. Population aus wenigstens 105 DNA-Protein-Fusionen, wobei jede Fusion eine DNA umfasst, die kovalent an ein Protein gebunden ist, wobei das Protein durch die kovalent gebundene DNA kodiert wird.
  46. Population nach Anspruch 45, wobei die Population wenigstens 1014 Fusionen umfasst.
  47. Population nach Anspruch 45, wobei das Protein vollständig durch die kovalent gebundene DNA kodiert wird.
  48. Population nach Anspruch 45, wobei das Molekül oder die DNA-Protein-Fusion zusätzlich eine Ribonukleinsäure umfasst, die kovalent an die DNA gebunden ist.
  49. Population nach Anspruch 48, wobei das Protein durch die Ribonukleinsäure kodiert wird.
  50. Population nach Anspruch 45, wobei das Protein wenigstens 10 Aminosäuren, vorzugsweise 30 Aminosäuren oder mehr bevorzugt 100 Aminosäuren umfasst.
  51. Population nach Anspruch 45, wobei die DNA über einen Peptidakzeptor kovalent an das Protein gebunden ist.
  52. Population nach Anspruch 51, wobei der Peptidakzeptor Puromycin ist.
  53. Population nach Anspruch 45, wobei die DNA doppelsträngig ist.
  54. Fester Träger umfassend ein Array aus immobilisierten Molekülen, die jeweils eine DNA umfassen, die kovalent an ein Protein gebunden ist, wobei das Protein durch die DNA kodiert wird.
  55. Fester Träger nach Anspruch 54, wobei der feste Träger ein Mikrochip ist.
HK02100680.3A 1998-12-02 1999-12-02 Dna-protein fusions and uses thereof HK1039355B (en)

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