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FR3161748A1 - tool for collecting a sample of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues, collection method and associated collection device - Google Patents

tool for collecting a sample of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues, collection method and associated collection device

Info

Publication number
FR3161748A1
FR3161748A1 FR2404397A FR2404397A FR3161748A1 FR 3161748 A1 FR3161748 A1 FR 3161748A1 FR 2404397 A FR2404397 A FR 2404397A FR 2404397 A FR2404397 A FR 2404397A FR 3161748 A1 FR3161748 A1 FR 3161748A1
Authority
FR
France
Prior art keywords
sampling
tube
paraffin
formalin
fixed
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
FR2404397A
Other languages
French (fr)
Inventor
Pierre DEFRENAIX
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Excilone
Original Assignee
Excilone
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Excilone filed Critical Excilone
Priority to FR2404397A priority Critical patent/FR3161748A1/en
Priority to PCT/EP2025/061439 priority patent/WO2025224347A1/en
Publication of FR3161748A1 publication Critical patent/FR3161748A1/en
Pending legal-status Critical Current

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    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/02—Devices for withdrawing samples
    • G01N1/04—Devices for withdrawing samples in the solid state, e.g. by cutting
    • G01N1/08—Devices for withdrawing samples in the solid state, e.g. by cutting involving an extracting tool, e.g. core bit
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/286—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q involving mechanical work, e.g. chopping, disintegrating, compacting, homogenising
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Abstract

L’invention porte sur un outil de prélèvement (1) d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, comprenant un tube(2), une tige (3) comprenant un corps de tige (3-1), une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension (3-2) s’étendant hors de la première extrémité du tube (2), de manière à permettre un mouvement de la tige (3) selon un axe longitudinal du tube (2), l’outil de prélèvement (1) étant agencé pour passer d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) occupe en partie la deuxième extrémité (2-2), à une configuration d’éjection dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) est déployée hors de la deuxième extrémité (2-2) du tube (2). L’invention porte en outre sur un dispositif (6) et un procédé de prélèvement d’un échantillon associé, adapté à une analyse moléculaire. Figure à publier avec l’abrégé : Figure 1A The invention relates to a sample collection tool (1) adapted for molecular analysis, comprising a tube (2), a rod (3) including a rod body (3-1), an ejection tip, and a gripping tip (3-2) extending from the first end of the tube (2) so as to allow movement of the rod (3) along a longitudinal axis of the tube (2). The sample collection tool (1) is arranged to move from a collection configuration in which the ejection tip of the rod body (3-1) partially occupies the second end (2-2), to an ejection configuration in which the ejection tip of the rod body (3-1) is deployed from the second end (2-2) of the tube (2). The invention further relates to a device (6) and an associated sample collection method adapted for molecular analysis. Figure to be published with the abstract: Figure 1A

Description

outil de prélèvement d’un échantillon de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, procédé de prélèvement et dispositif de prélèvement associéstool for collecting a sample of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues, collection method and associated collection device

Le secteur technique de la présente invention concerne les dispositifs pour le prélèvement d’échantillons et en particulier des échantillons biologiques destinées à subir une analyse moléculaire.The technical sector of the present invention relates to devices for the collection of samples and in particular biological samples intended to undergo molecular analysis.

Ci-après, nous décrivons l’art antérieur connu à partir duquel l’invention a été développée.Below, we describe the known prior art from which the invention was developed.

On connait la technique dite « tissue microarray » (TMA) qui est une technique de montage de coupes de tissus biologiques sur lame de microscope en vue de leur analyse visuelle ou électronique. Le TMA autorise le montage d’un grand nombre de coupes de tissus sur une même lame contrairement à la technique traditionnellement pratiquée dans les laboratoires de pathologie avec laquelle une à trois coupes peuvent être montées ensemble.The tissue microarray (TMA) technique is well-known; it involves mounting sections of biological tissue on a microscope slide for visual or electronic analysis. Unlike the traditional technique used in pathology laboratories, which typically mounts only one to three sections at a time, TMA allows for mounting a large number of tissue sections on a single slide.

La technique TMA consiste à prélever une ou plusieurs galettes ou carottes dans plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines de blocs différents contenant des prélèvements biologiques soit inclus dans de la paraffine, soit congelés. L’ensemble des galettes ou carottes est ensuite assemblé dans un milieu d’inclusion congelé ou paraffiné dans lequel ont été pratiqués des évidements.The TMA technique involves taking one or more patties or cores from several dozen, or even several hundred, different blocks containing biological samples either embedded in paraffin or frozen. All the patties or cores are then assembled in a frozen or paraffin-embedded embedding medium in which cavities have been made.

On peut se reporter par exemple au brevet US7572410 qui décrit un dispositif de carottage comportant un poinçon de carottage, un poinçon de prélèvement de carottes d’échantillon et un moyen d’éjection dans un ou plusieurs blocs receveurs en paraffine ou en tout milieu congelé ou non des carottes prélevées, le poinçon de carottage étant monté de manière sensiblement coaxiale dans le poinçon de prélèvement, le poinçon de prélèvement étant en position externe, les deux poinçons étant mobiles en translation et/ou rotation l’un par rapport à l’autre, et le moyen d’éjection étant agencé pour éjecter les carottes de chaque poinçon.One can refer, for example, to US patent 7572410, which describes a coring device comprising a coring punch, a sample core removal punch, and an ejection means for removing the cores into one or more receiving blocks of paraffin or any frozen or unfrozen medium, the coring punch being mounted substantially coaxially in the sample punch, the sample punch being in an external position, the two punches being movable in translation and/or rotation relative to each other, and the ejection means being arranged to eject the cores from each punch.

Ce dispositif ne permet de réaliser que des prélèvements sur toute l’épaisseur du bloc d’échantillon. Les zones d’intérêt étant repérées par une prise de vue zénithale, il est alors possible de prélever dans une carotte du tissu désiré mélangé à d’autres éléments impossibles à voir avant le prélèvement.This device only allows sampling across the entire thickness of the sample block. Since areas of interest are identified by a zenithal view, it is then possible to extract the desired tissue from a core sample, mixed with other elements that were impossible to see before sampling.

C’est le but de la présente invention que de fournir des moyens permettant de prélever des échantillons de profondeur contrôlée de manière simple et facile à mettre en œuvre pour l’utilisateur dans un objectif d’analyses moléculaires.The aim of the present invention is to provide means for taking samples of controlled depth in a simple and easy-to-implement manner for the user for the purpose of molecular analysis.

Les prélèvements de profondeur contrôlée permettent de réaliser des profils d’activité biologique ou des profils d’expression localisés en trois dimensions.Controlled depth sampling allows for the creation of biological activity profiles or localized expression profiles in three dimensions.

Les applications sont multiples dans le domaine du diagnostic médical et de la recherche médicale. On peut par exemple mentionner la détermination précise de la vascularisation des tumeurs ou la cartographie du cerveau pour les maladies rares.The applications are numerous in the field of medical diagnostics and medical research. Examples include the precise determination of tumor vascularization or brain mapping for rare diseases.

L’invention vise à pallier ces inconvénients. Ce qui suit présente un résumé simplifié d'aspects, de modes de réalisation et d'exemples sélectionnés de la présente invention dans le but de fournir une compréhension de base de l'invention. Cependant, ce résumé ne constitue pas un aperçu exhaustif de tous les aspects, modes de réalisation et exemples de l'invention. Son seul but est de présenter des aspects, modes de réalisation et exemples sélectionnés de l'invention sous une forme concise en guise d'introduction à la description plus détaillée des aspects, modes de réalisation et exemples de l'invention qui suivent le résumé.The invention aims to overcome these drawbacks. The following presents a simplified summary of selected aspects, embodiments, and examples of the present invention in order to provide a basic understanding of the invention. However, this summary does not constitute an exhaustive overview of all aspects, embodiments, and examples of the invention. Its sole purpose is to present selected aspects, embodiments, and examples of the invention in a concise form as an introduction to the more detailed description of the aspects, embodiments, and examples of the invention that follows the summary.

Selon un premier aspect, l’invention concerne un outil de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine pour un dispositif de prélèvement d’échantillons, caractérisé en ce que l’outil de prélèvement comprend :

  • un tube comportant un évidement débouchant sur une première et une deuxième extrémité du tube,
  • une tige comprenant un corps de tige, une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension s’étendant hors de la première extrémité du tube, de manière à permettre un mouvement de la tige selon un axe longitudinal du tube,
dans lequel :
  • la première extrémité du tube est agencée pour former une liaison mécanique réversible avec un moyen de préhension d’une unité de prélèvement d’un dispositif de prélèvement d’échantillons de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube selon l’axe longitudinal dudit tube,
  • la deuxième extrémité du tube est adaptée pour prélever un échantillon du bloc de tissus inclus en paraffine,
  • l’extrémité de préhension de la tige est agencée pour former une liaison mécanique réversible avec le moyen de préhension de l’unité de prélèvement du dispositif de prélèvement d’échantillons de manière à permettre un mouvement en translation de la tige selon l’axe longitudinal du tube,
l’outil de prélèvement étant en outre agencé pour passer d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité du tube, à une configuration d’éjection de l’échantillon dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige est déployée hors de la deuxième extrémité du tube.According to a first aspect, the invention relates to a sample collection tool, adapted for molecular analysis, from a block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue for a sample collection device, characterized in that the collection tool comprises:
  • a tube having a recess opening onto a first and a second end of the tube,
  • a rod comprising a rod body, an ejection end and a gripping end extending out of the first end of the tube, so as to allow movement of the rod along a longitudinal axis of the tube,
in which:
  • the first end of the tube is arranged to form a reversible mechanical link with a gripping means of a sampling unit of a sampling device so as to allow rotational and/or translational movement of the tube along the longitudinal axis of said tube,
  • The second end of the tube is adapted to take a sample from the paraffin-embedded tissue block.
  • The gripping end of the rod is arranged to form a reversible mechanical link with the gripping means of the sampling unit of the sampling device so as to allow translational movement of the rod along the longitudinal axis of the tube,
the sampling tool being further arranged to transition from a sampling configuration in which the ejection end of the rod body partially occupies the recess of the second end of the tube, to a sample ejection configuration in which the ejection end of the rod body is deployed out of the second end of the tube.

Selon d’autres caractéristiques optionnelles d’un outil de prélèvement selon l’invention, ce dernier peut inclure facultativement une ou plusieurs des caractéristiques suivantes, seules ou en combinaison:

  • la deuxième extrémité du tube est pointue et comporte une surface, destinée à entrer en contact avec le bloc de tissus inclus en paraffine, qui comprend une substance adhésive.
  • la tige est en laiton.
  • le diamètre interne du tube est compris entre 50 µm et 200 µm.
According to other optional features of a sampling tool according to the invention, the latter may optionally include one or more of the following features, alone or in combination:
  • the second end of the tube is pointed and has a surface, intended to come into contact with the paraffin-embedded tissue block, which includes an adhesive substance.
  • The stem is made of brass.
  • The internal diameter of the tube is between 50 µm and 200 µm.

Selon un deuxième aspect, l’invention concerne un dispositif de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, ledit dispositif comprenant:

  • une unité de prélèvement d’échantillons, montée sur une base centrale, dans au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, ladite unité de prélèvement étant mobile en translation le long d’un premier axe X, d’un deuxième axe Z et d’un troisième axe Y de la base centrale, le deuxième axe Z étant perpendiculaire au premier axe X et au troisième axe Y,
  • un plateau comprenant un ou plusieurs bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, ledit plateau étant mobile en translation le long du troisième axe Y de la base centrale,
dans lequel l’unité de prélèvement comprend :
  • un outil de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine comprenant :
    • un tube comportant un évidement débouchant sur une première et une deuxième extrémité du tube, la deuxième extrémité du tube étant adaptée pour prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine,
    • une tige comprenant un corps de tige, une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension s’étendant hors de la première extrémité du tube, de manière à permettre un mouvement de la tige selon un axe longitudinal du tube,
  • un moyen de préhension agencé pour former une liaison mécanique réversible avec la première extrémité du tube, de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube selon un axe longitudinal dudit tube, le moyen de préhension étant en outre agencé pour former une liaison mécanique réversible avec l’extrémité de préhension de la tige de manière à permettre un mouvement en translation de la tige selon l’axe longitudinal du tube,
l’unité de prélèvement étant en outre configurée pour permettre le passage, de l’outil de prélèvement, d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité du tube, à une configuration d’éjection de l’échantillon dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige est déployée hors de la deuxième extrémité du tube.According to a second aspect, the invention relates to a device for taking a sample, suitable for molecular analysis, from a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, said device comprising:
  • a sampling unit, mounted on a central base, in at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue, said sampling unit being translationally mobile along a first X-axis, a second Z-axis, and a third Y-axis of the central base, the second Z-axis being perpendicular to the first X-axis and the third Y-axis,
  • a tray comprising one or more blocks of tissue fixed in formaldehyde and embedded in paraffin, said tray being movable in translation along the third axis Y of the central base,
in which the sampling unit comprises:
  • a sample collection tool, suitable for molecular analysis, of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block comprising:
    • a tube having a recess opening onto a first and a second end of the tube, the second end of the tube being adapted to take a sample from the block of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue,
    • a rod comprising a rod body, an ejection end and a gripping end extending out of the first end of the tube, so as to allow movement of the rod along a longitudinal axis of the tube,
  • a gripping means arranged to form a reversible mechanical link with the first end of the tube, so as to allow rotational and/or translational movement of the tube along a longitudinal axis of said tube, the gripping means being further arranged to form a reversible mechanical link with the gripping end of the rod so as to allow translational movement of the rod along the longitudinal axis of the tube,
the sampling unit being further configured to allow the sampling tool to switch from a sampling configuration in which the ejection end of the rod body partially occupies the recess of the second end of the tube, to a sample ejection configuration in which the ejection end of the rod body is deployed out of the second end of the tube.

Selon d’autres caractéristiques optionnelles du dispositif de prélèvement selon l’invention, ce dernier peut inclure facultativement une ou plusieurs des caractéristiques suivantes, seules ou en combinaison:

  • un processeur configuré pour commander l’unité de prélèvement de manière à positionner la deuxième extrémité du tube de l’outil de prélèvement en contact d’une zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine et pour commander le passage en configuration de prélèvement de l’outil de prélèvement.
  • lorsque l’outil de prélèvement est en configuration de prélèvement, le processeur est configuré pour commander l’unité de prélèvement de sorte que la deuxième extrémité du tube de l’outil de prélèvement pénètre la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine d’une distance prédéterminée.
  • lorsque l’outil de prélèvement est en configuration de prélèvement, le processeur est configuré pour :
    • commander l’unité de prélèvement de sorte que l’extrémité de la tige de l’outil de prélèvement entre en contact avec la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine d’une distance prédéterminée,
    • commander un déplacement de l’unité de prélèvement selon le premier axe X et/ou le troisième axe Y de sorte que l’extrémité de la tige de l’outil de prélèvement racle la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.
  • le processeur est configuré pour commander l’unité de prélèvement de manière à positionner la deuxième extrémité du tube de l’outil de prélèvement au-dessus d’un tube d’analyse du plateau et pour commander le passage en configuration d’éjection de l’échantillon de l’outil de prélèvement.
  • Il comprend en outre un ou plusieurs moyens d’identification permettant d’identifier le au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.
  • Il comprend également au moins une caméra agencée pour enregistrer le passage, de l’outil de prélèvement, d’une configuration de prélèvement à une configuration d’éjection de l’échantillon.
  • Il comprend en outre une unité de palpage configurée pour déterminer une distance entre la deuxième extrémité du tube et une surface du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.
  • Il comprend en outre une unité mobile d’éjection de l’outil de prélèvement de l’unité de prélèvement, l’unité mobile d’éjection étant agencée pour permettre de désolidariser l’outil de prélèvement du moyen de préhension lorsque ledit outil est en configuration d’éjection.
According to other optional features of the sampling device according to the invention, the latter may optionally include one or more of the following features, alone or in combination:
  • a processor configured to control the sampling unit so as to position the second end of the sampling tool tube in contact with a predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block and to control the switching of the sampling tool to sampling configuration.
  • When the sampling tool is in sampling configuration, the processor is configured to command the sampling unit so that the second end of the sampling tool tube penetrates the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block from a predetermined distance.
  • When the sampling tool is in sampling mode, the processor is configured to:
    • order the sampling unit so that the end of the sampling tool's shaft comes into contact with the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block from a predetermined distance,
    • command a movement of the sampling unit along the first X axis and/or the third Y axis so that the end of the sampling tool's shaft scrapes the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block.
  • The processor is configured to control the sampling unit so as to position the second end of the sampling tool tube above an analysis tube on the tray and to control the switching of the sampling tool to sample ejection configuration.
  • It also includes one or more means of identification enabling the identification of at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue.
  • It also includes at least one camera arranged to record the passage of the sampling tool from a sampling configuration to a sample ejection configuration.
  • It also includes a probing unit configured to determine a distance between the second end of the tube and a surface of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block.
  • It further includes a mobile ejection unit for the sampling tool, the mobile ejection unit being arranged to allow the sampling tool to be detached from the gripping means when said tool is in ejection configuration.

Selon un troisième aspect, l’invention concerne un procédé de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, ledit procédé étant mis en œuvre par un dispositif de prélèvement selon l’invention, le procédé comprenant les étapes suivantes :

  • réception d’une image numérisée d’une coupe colorée d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, l’image numérisée comprenant au moins une zone prédéterminée annotée,
  • identification du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine dont l’image numérisée de la coupe de tissus fixés au formol et inclus en paraffine est issue,
  • capture d’une deuxième image numérisée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine identifié,
  • superposition de la première image numérisée à la deuxième image numérisée et transfert de la zone prédéterminée annotée sur la deuxième image numérisée,
  • commande de l’unité de prélèvement de manière à prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine selon le marquage de la deuxième image numérique.
According to a third aspect, the invention relates to a method for taking a sample, suitable for molecular analysis, from a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, said method being implemented by a sampling device according to the invention, the method comprising the following steps:
  • receipt of a digitized image of a colored section of a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, the digitized image including at least one predetermined annotated area,
  • identification of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block from which the digitized image of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue section originates,
  • capture of a second digitized image of the identified block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue,
  • superimposing the first scanned image onto the second scanned image and transferring the predetermined annotated area onto the second scanned image,
  • ordering the sampling unit to take a sample from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block according to the marking of the second digital image.

Selon d’autres caractéristiques optionnelles du procédé de prélèvement selon l’invention, ce dernier peut inclure facultativement une ou plusieurs des caractéristiques suivantes, seules ou en combinaison :

  • la zone prédéterminée annotée comprend des coordonnées de prélèvements, une typologie tissulaire et une pathologie associée, ledit procédé comprenant en outre une étape de détermination, avant l’étape de commande de l’unité de prélèvement, d’une longueur de prélèvement en fonction des coordonnées de prélèvements, de la typologie tissulaire et de la pathologie associée de la zone prédéterminée annotée.
  • une étape de préparation de prélèvement, l’étape de préparation comprenant :
    • une détermination, en fonction des coordonnées de prélèvement et de la typologie tissulaire, d’un nombre de coupe(s) du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine à réaliser,
    • au moins une coupe d’une épaisseur comprise entre 10 µm et 50 µm du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine,
    • fixation de chaque coupe sur un support, chaque coupe formant un sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine à prélever,
    • mise en œuvre des étapes de capture, de superposition et de commande à partir de chaque sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.
According to other optional features of the sampling method according to the invention, the latter may optionally include one or more of the following features, alone or in combination:
  • the predetermined annotated area includes sampling coordinates, a tissue typology and an associated pathology, said process further including a step of determining, before the step of ordering the sampling unit, a sampling length based on the sampling coordinates, the tissue typology and the associated pathology of the predetermined annotated area.
  • a sample preparation step, the preparation step including:
    • a determination, based on the sampling coordinates and tissue typology, of the number of sections to be made from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block,
    • at least one section with a thickness between 10 µm and 50 µm of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block,
    • Each section is fixed to a support, each section forming a sub-block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, ready for removal.
    • implementation of the capture, layering and ordering steps from each formalin-fixed and paraffin-embedded tissue subblock.

Un tout premier avantage de la présente invention réside dans la facilité d’extraction d’une galette ou carotte d’échantillon tout en contrôlant la profondeur de prélèvement.A primary advantage of the present invention lies in the ease of extracting a sample cake or core while controlling the sampling depth.

Un autre avantage de la présente invention réside dans la facilité d’analyse de l’échantillon prélevé puisqu’il n’est pas nécessaire de déparaffiner l’échantillon.Another advantage of the present invention lies in the ease of analysis of the sample taken since it is not necessary to deparaffinize the sample.

Un autre avantage encore de la présente invention réside dans la facilité de vérification du bon déroulé du prélèvement.Another advantage of the present invention lies in the ease of verifying that the sampling process is carried out correctly.

Un autre avantage encore de la présente invention réside dans la diminution voire l’annihilation des contaminations entre différents prélèvements puisque l’outil de prélèvement est à usage unique.Another advantage of the present invention lies in the reduction or even the elimination of contamination between different samples since the sampling tool is for single use only.

Un autre avantage encore de la présente invention réside dans la régularité et l’homogénéité des échantillons prélevés.Another advantage of the present invention lies in the regularity and homogeneity of the samples taken.

Un autre avantage réside dans le fait que cette invention permet de faire le lien et d’assurer la traçabilité entre le diagnostic réalisé sur une lame colorée de microscope par un pathologiste et l’analyse moléculaire d’une zone ciblée prélevée dans le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine correspondant avec le dispositif de prélèvement de l’invention.Another advantage lies in the fact that this invention makes it possible to link and ensure traceability between the diagnosis made on a stained microscope slide by a pathologist and the molecular analysis of a targeted area taken from the block of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue corresponding to the sampling device of the invention.

Un autre avantage encore de la présente invention réside l’automatisation complète du dispositif.Another advantage of the present invention lies in the complete automation of the device.

D’autres caractéristiques, avantages et détails de l’invention seront mieux compris à la lecture du complément de description qui va suivre en rapport avec les dessins dans lesquels :Other features, advantages, and details of the invention will be better understood upon reading the supplementary description that follows, in relation to the drawings in which:

FIG. 1LaFIG. 1représente un outil de prélèvement selon l’invention en configuration de prélèvement. FIG. 1 There FIG. 1 represents a sampling tool according to the invention in sampling configuration.

FIG. 1LaFIG. 1représente un outil de prélèvement selon l’invention en configuration d’éjection. FIG. 1 There FIG. 1 represents a sampling tool according to the invention in an ejection configuration.

FIG. 2LaFIG. 2représente une vue d’ensemble d’un dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 2 There FIG. 2 represents an overview of a sampling device according to the invention.

FIG. 3LaFIG. 3représente un mode de réalisation d’une unité de guidage le long de l’axe X de la base centrale d’un dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 3 There FIG. 3 represents an embodiment of a guidance unit along the X axis of the central base of a sampling device according to the invention.

FIG. 3LaFIG. 3représente un mode de réalisation d’une unité fonctionnelle mobile d’un dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 3 There FIG. 3 represents an embodiment of a mobile functional unit of a sampling device according to the invention.

FIG. 4LaFIG. 4représente un mode de réalisation d’une unité de guidage selon l’axe Y d’un dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 4 There FIG. 4 represents an embodiment of a guidance unit along the Y axis of a sampling device according to the invention.

[Fig 4B] La [Fig 4B] représente un mode de réalisation d’un plateau d’un dispositif de prélèvement selon l’invention.[Fig 4B] The [Fig 4B] represents an embodiment of a tray of a sampling device according to the invention.

FIG. 5LaFIG. 5représente un mode de réalisation d’une unité de guidage le long de l’axe Z de la base centrale du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 5 There FIG. 5 represents an embodiment of a guidance unit along the Z axis of the central base of the sampling device according to the invention.

FIG. 5LaFIG. 5représente une vue de face d’un mode de réalisation d’une unité fonctionnelle mobile en translation le long de l’axe Z du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 5 There FIG. 5 represents a front view of an embodiment of a functional unit moving in translation along the Z axis of the sampling device according to the invention.

FIG. 5LaFIG. 5représente une vue arrière d’un mode de réalisation d’une unité fonctionnelle mobile en translation le long de l’axe Z du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 5 There FIG. 5 represents a rear view of an embodiment of a functional unit moving in translation along the Z axis of the sampling device according to the invention.

FIG. 5LaFIG. 5représente une vue de côté d’un mode de réalisation d’une unité fonctionnelle mobile en translation le long de l’axe Z du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 5 There FIG. 5 represents a side view of an embodiment of a functional unit moving in translation along the Z axis of the sampling device according to the invention.

FIG. 6LaFIG. 6représente un mode de réalisation d’une unité de palpage du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 6 There FIG. 6 represents an embodiment of a probing unit of the sampling device according to the invention.

FIG. 7LaFIG. 7représente un mode de réalisation d’une unité de prélèvement du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 7 There FIG. 7 represents an embodiment of a sampling unit of the sampling device according to the invention.

FIG. 8LaFIG. 8représente un mode de réalisation d’une unité d’éjection mobile du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 8 There FIG. 8 represents an embodiment of a mobile ejection unit of the sampling device according to the invention.

FIG. 9LaFIG. 9représente un schéma d’une coupe d’une unité mobile d’éjection du dispositif de prélèvement selon l’invention. FIG. 9 There FIG. 9 represents a diagram of a cross-section of a mobile ejection unit of the sampling device according to the invention.

Des aspects de la présente invention sont décrits en référence à des schémas fonctionnels d'appareils (systèmes) selon des modes de réalisation de l'invention.Aspects of the present invention are described with reference to functional diagrams of devices (systems) according to embodiments of the invention.

Comme évoqué précédemment, l’invention concerne un outil de prélèvement d’échantillons à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine. Les échantillons prélevés sont préférentiellement des échantillons biologiques destinés à subir une analyse moléculaire, par exemple de recherche de mutations pour caractériser une tumeur, des analyses en transcriptomique, à partir de microquantités de matière, par exemple quelques dizaines ou centaines de cellules.As mentioned previously, the invention relates to a tool for collecting samples from a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block. The samples collected are preferably biological samples intended for molecular analysis, for example, the search for mutations to characterize a tumor, or transcriptomic analyses, using micro-quantities of material, for example, a few dozen or hundred cells.

Dans le cadre de la présente invention, on entend par « bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine » un bloc comprenant de la matière biologique à prélever.In the context of the present invention, "formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block" means a block comprising biological material to be harvested.

Dans le cadre de l’invention, un outil de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine pour un dispositif de prélèvement d’échantillons comprend un tube, une tige dont l’agencement permet le passage d’une configuration de prélèvement de l’échantillon à une configuration d’éjection de l’échantillon.Within the framework of the invention, a sample collection tool, adapted for molecular analysis, of a formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block for a sample collection device comprises a tube, a rod whose arrangement allows the transition from a sample collection configuration to a sample ejection configuration.

Comme illustré sur les figures 1A et 1B, l’outil de prélèvement 1 comprend un tube 2, de préférence stérile et à usage unique, comportant un évidement débouchant sur une première et une deuxième extrémité 2-1, 2-2 du tube 2.As illustrated in Figures 1A and 1B, the sampling tool 1 comprises a tube 2, preferably sterile and single-use, having a recess opening onto a first and a second end 2-1, 2-2 of the tube 2.

Dans l’invention, la première extrémité 2-1 du tube 2 est agencée pour former une liaison mécanique réversible avec un moyen de préhension d’une unité de prélèvement d’un dispositif de prélèvement 6 d’échantillons de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube 2 selon un axe longitudinal dudit tube. Plus particulièrement, la première extrémité 2-1 du tube 2 peut être adaptée au moyen de préhension de manière à permettre une liaison mécanique réversible.In the invention, the first end 2-1 of the tube 2 is arranged to form a reversible mechanical connection with a gripping means for a sampling unit of a sampling device 6, so as to allow rotational and/or translational movement of the tube 2 along a longitudinal axis of said tube. More particularly, the first end 2-1 of the tube 2 can be adapted to the gripping means so as to allow a reversible mechanical connection.

La deuxième extrémité 2-2 du tube 2 est adaptée pour prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10.The second end 2-2 of tube 2 is adapted to take a sample from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10.

A titre d’exemple, la deuxième extrémité 2-2 du tube 2 peut présenter une forme tubulaire adaptée pour prélever par carottage l’échantillon, à partir du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10.As an example, the second end 2-2 of tube 2 may have a tubular shape suitable for taking a sample by coring from the block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin 10.

Afin de permettre une récupération optimale d’une quantité d’échantillon suffisante pour une analyse moléculaire tout en évitant la présence d’une quantité trop importante de paraffine qui empêcherait une telle analyse, le diamètre interne du tube 2 peut être compris entre 50 µm et 200 µm. Cela permet également le prélèvement d’un échantillon dans tout type de blocs de paraffine, épais (de plusieurs mm) comme fins (d’un mm ou moins).To ensure optimal recovery of a sufficient sample quantity for molecular analysis while avoiding the presence of excessive paraffin that would prevent such analysis, the internal diameter of tube 2 can range from 50 µm to 200 µm. This also allows for sample collection from any type of paraffin block, whether thick (several mm) or thin (1 mm or less).

Toujours dans l’invention, l’outil de prélèvement 1 comprend une tige 3, de préférence stérile et à usage unique, comprenant un corps de tige 3-1, une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension 3-2 s’étendant hors de la première extrémité 2-1 du tube 2, de manière à permettre un mouvement de la tige 3 selon un axe longitudinal du tube 2. A l’instar de la première extrémité 2-1 du tube 2, l’extrémité de préhension 3-2 peut être adaptée au moyen de préhension de manière à permettre une liaison mécanique réversible. Afin de permettre un contrôle optimal de l’outil de prélèvement et donc faciliter le passage d’une configuration à une autre, l’extrémité de préhension 3-2 de la tige 3 peut présenter un diamètre supérieur au diamètre du corps de tige 3-1. Plus particulièrement, le diamètre de l’extrémité de préhension 3-2 peut être supérieur ou égal au diamètre interne du tube 2 de manière que l’extrémité de préhension 3-2 vient former une butée au niveau de la première extrémité 2-1 du tube 2 lorsque l’outil de prélèvement est en configuration d’éjection de l’échantillon.In the invention, the sampling tool 1 comprises a rod 3, preferably sterile and single-use, including a rod body 3-1, an ejection tip, and a gripping tip 3-2 extending from the first end 2-1 of the tube 2, so as to allow movement of the rod 3 along a longitudinal axis of the tube 2. Like the first end 2-1 of the tube 2, the gripping tip 3-2 can be adapted to the gripping means to allow a reversible mechanical connection. To allow optimal control of the sampling tool and thus facilitate switching between configurations, the gripping tip 3-2 of the rod 3 may have a diameter larger than the diameter of the rod body 3-1. In particular, the diameter of the gripping end 3-2 may be greater than or equal to the internal diameter of the tube 2 so that the gripping end 3-2 forms a stop at the first end 2-1 of the tube 2 when the sampling tool is in sample ejection configuration.

Comme mentionné précédemment, l’outil de prélèvement 1 selon l’invention est agencé pour passer d’une configuration de prélèvement à une configuration d’éjection de l’échantillon.As mentioned previously, the sampling tool 1 according to the invention is arranged to move from a sampling configuration to a sample ejection configuration.

Dans la configuration de prélèvement de l’échantillon, l’extrémité d’éjection du corps de tige 3-1 occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité 2-2 du tube 2. Cela permet ainsi de laisser une partie de l’évidement de la deuxième extrémité 2-2 du tube 2 libre pour permettre la récupération par carottage de l’échantillon.In the sample collection configuration, the ejection end of the rod body 3-1 partially occupies the recess of the second end 2-2 of the tube 2. This allows part of the recess of the second end 2-2 of the tube 2 to be left free to allow for the recovery of the sample by coring.

En outre, dans la configuration d’éjection de l’échantillon, l’extrémité d’éjection du corps de tige 3-1 est déployée hors de la deuxième extrémité 2-2 du tube 2.In addition, in the sample ejection configuration, the ejection end of the rod body 3-1 is deployed out of the second end 2-2 of the tube 2.

Dans un mode de réalisation particulier, l’extrémité d’éjection peut être pointue et peut comporter une surface, destinée à entrer en contact avec le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, qui comprend une substance adhésive. Cela permet d’améliorer la récupération de l’échantillon à partir du cloc de tissus inclus en paraffine 10.In one particular embodiment, the ejection tip may be pointed and may include a surface, intended to come into contact with the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10, which comprises an adhesive substance. This improves sample retrieval from the paraffin-embedded tissue block 10.

Afin de permettre un prélèvement de l’échantillon optimal, la tige 3 peut être en laiton. En effet, l’outil de prélèvement selon l’invention étant aussi adapté pour des prélèvements d’échantillons de petite taille, notamment de diamètre inférieur à 1 mm, de préférence inférieur à 500 µm et de manière encore plus préférée inférieur à 200 µm, l’utilisation d’une tige en laiton permet d’éviter le phénomène d’électricité statique qui empêcherait la collecte de l’échantillon.To allow for optimal sample collection, the rod 3 can be made of brass. Indeed, since the sampling tool according to the invention is also suitable for collecting small samples, in particular those with a diameter of less than 1 mm, preferably less than 500 µm and even more preferably less than 200 µm, the use of a brass rod avoids the phenomenon of static electricity which would prevent the collection of the sample.

Préférentiellement, l’outil de prélèvement 1 peut présenter une longueur L comprise entre 8 mm et 12 mm.Preferably, the sampling tool 1 can have a length L between 8 mm and 12 mm.

Cette configuration de l’outil de prélèvement 1 permet de définir des profondeurs de prélèvement très réduites, par exemple inférieures à la taille d’une cellule.This configuration of sampling tool 1 allows for the definition of very shallow sampling depths, for example less than the size of a cell.

L’outil de prélèvement 1 peut être réalisé en un matériau doté d’une bonne résistance mécanique apte à résister à sa mise en rotation et à perforer un bloc de paraffine comme cela sera expliqué ci-après. Par exemple, l’outil de prélèvement 1 peut être réalisé en un matériau inoxydable, tel l’acier inoxydable.The sampling tool 1 can be made of a material with good mechanical strength capable of withstanding rotation and perforating a paraffin block, as explained below. For example, sampling tool 1 can be made of a rust-resistant material, such as stainless steel.

L’outil de prélèvement 1 est mis en rotation au moyen d’un dispositif de prélèvement d’échantillon puis inséré dans un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine par la deuxième extrémité 2-2 du tube 2. La rotation de l’outil de prélèvement 1 combinée à son insertion dans le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine permet la perforation dudit bloc et le prélèvement de l’échantillon sur une très faible profondeur, par exemple de l’ordre de 20 µm, avec une précision de mouvement, de l’outil de prélèvement de l’ordre de 5 µm. L’échantillon reste ensuite dans l’évidement du tube 2 au niveau de la deuxième extrémité 2-2. La présence ou non de l’échantillon peut être ainsi facilement contrôlée.The sampling tool 1 is rotated by means of a sampling device and then inserted into a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block through the second end 2-2 of tube 2. The rotation of the sampling tool 1, combined with its insertion into the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, allows for perforation of the block and sampling to a very shallow depth, for example, on the order of 20 µm, with a movement accuracy of the sampling tool on the order of 5 µm. The sample then remains in the recess of tube 2 at the second end 2-2. The presence or absence of the sample can thus be easily checked.

Selon un mode de réalisation de l’invention, l’outil de prélèvement 1 permet de prélever des échantillons présentant un diamètre compris entre 0,15 mm et 0,25 mm et/ou une hauteur comprise entre 0,1 mm et 0,35 mm.According to one embodiment of the invention, the sampling tool 1 allows samples to be taken with a diameter between 0.15 mm and 0.25 mm and/or a height between 0.1 mm and 0.35 mm.

Comme illustré sur les figures 1A et 1B, la deuxième extrémité 2-2 de l’outil de prélèvement 1 peut être plate, c’est-à-dire que ladite extrémité peut ne pas être biseautée.As illustrated in Figures 1A and 1B, the second end 2-2 of the sampling tool 1 may be flat, i.e. that said end may not be beveled.

Selon un autre objet de l’invention, il est prévu que l’outil de prélèvement 1 décrit précédemment soit adapté pour être inséré dans un dispositif de prélèvement d’échantillons adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10.According to another object of the invention, it is provided that the sampling tool 1 described above is adapted to be inserted into a sampling device adapted for molecular analysis, from a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin 10.

Ainsi le dispositif de prélèvement selon l’invention comprend une unité de prélèvement, un plateau, une base centrale, un outil de prélèvement 1 selon l’invention et un moyen de préhension.Thus the sampling device according to the invention comprises a sampling unit, a tray, a central base, a sampling tool 1 according to the invention and a gripping means.

Le dispositif de prélèvement est conçu de telle sorte qu’il définit trois axes de translation, un axe X, un axe Y perpendiculaire à l’axe X et un axe Z perpendiculaire aux axes X et Y. Les axes X et Z se trouvent dans un même plan défini par la base centrale 9. L’axe Z se trouve quant à lui dans un plan perpendiculaire au plan défini par la base centrale 9.The sampling device is designed so that it defines three axes of translation: an X axis, a Y axis perpendicular to the X axis, and a Z axis perpendicular to the X and Y axes. The X and Z axes lie in the same plane defined by the central base 9. The Z axis, however, lies in a plane perpendicular to the plane defined by the central base 9.

Cette architecture particulière permet en outre au dispositif de prélèvement 6 d’être mobile dans trois directions de l’espace et de définir une zone de travail située sur l’axe Z. Ainsi, tous les éléments du plateau 8 peuvent être aptes à se retrouver dans la zone de travail.This particular architecture also allows the sampling device 6 to be mobile in three directions of space and to define a work zone located on the Z axis. Thus, all the elements of the platform 8 can be able to be found in the work zone.

La zone de travail correspond à la zone où toutes les actions sont effectuées comme le prélèvement de l’échantillon, la préhension ou le relargage de l’outil de prélèvement 1. Selon l’invention, l’unité de prélèvement est montée sur la base centrale et est mobile en translation le long d’un premier axe X, d’un deuxième axe Z et d’un troisième axe Y de la base centrale, le deuxième axe Z étant perpendiculaire au premier axe X et au troisième axe Y. Ainsi l’unité de prélèvement permet le prélèvement d’échantillons à partir d’au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.The working area corresponds to the area where all actions are performed, such as sample collection, grasping, or releasing the sampling tool 1. According to the invention, the sampling unit is mounted on the central base and is movable in translation along a first X axis, a second Z axis, and a third Y axis of the central base, the second Z axis being perpendicular to the first X axis and the third Y axis. Thus, the sampling unit allows the collection of samples from at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue.

Comme mentionné précédemment, l’unité de prélèvement comprend un outil de prélèvement 1 d’un échantillon selon l’invention.As mentioned previously, the sampling unit includes a sampling tool 1 for a sample according to the invention.

En outre, l’unité de prélèvement comprend un moyen de préhension agencé pour former une liaison mécanique réversible avec la première extrémité du tube 2, de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube 2 selon un axe longitudinal dudit tube.In addition, the sampling unit includes a gripping means arranged to form a reversible mechanical link with the first end of tube 2, so as to allow rotational and/or translational movement of tube 2 along a longitudinal axis of said tube.

Le moyen de préhension est en outre agencé pour former une liaison mécanique réversible avec l’extrémité de préhension 3-2 de la tige 3 de manière à permettre un mouvement en translation de la tige 3 selon l’axe longitudinal du tube 2. Pour cela, le moyen de préhension peut être traversé par un éjecteur actionnable, coopérant mécaniquement avec l’extrémité de préhension 3-2 de manière à permettre un mouvement longitudinal de la tige 3 indépendamment du tube 2.The gripping means is further arranged to form a reversible mechanical link with the gripping end 3-2 of the rod 3 so as to allow a translational movement of the rod 3 along the longitudinal axis of the tube 2. For this purpose, the gripping means can be traversed by an actuable ejector, cooperating mechanically with the gripping end 3-2 so as to allow a longitudinal movement of the rod 3 independently of the tube 2.

A titre d’exemple illustratif, le dispositif de prélèvement peut comprendre une unité mobile d’éjection de l’outil de prélèvement 1 de l’unité de prélèvement, l’unité mobile d’éjection peut être agencée pour permettre de désolidariser l’outil de prélèvement 1 du moyen de préhension lorsque ledit outil est en configuration d’éjection. Notamment, en configuration d’éjection, l’unité mobile d’éjection peut être agencée pour permettre de désolidariser le moyen de préhension de la première extrémité 2-1 du tube 2 et de l’extrémité de préhension 3-2 de la tige 3.By way of illustration, the sampling device may include a mobile ejection unit for the sampling tool 1. The mobile ejection unit may be arranged to allow the sampling tool 1 to be detached from the gripping means when said tool is in the ejection configuration. Specifically, in the ejection configuration, the mobile ejection unit may be arranged to allow the gripping means to be detached from the first end 2-1 of the tube 2 and from the gripping end 3-2 of the rod 3.

Le dispositif de prélèvement selon l’invention comprend en outre un plateau comprenant un ou plusieurs blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, le plateau 8 étant mobile en translation le long du troisième axe Y de la base centrale.The sampling device according to the invention further comprises a tray comprising one or more formalin-fixed tissue blocks embedded in paraffin 10, the tray 8 being movable in translation along the third axis Y of the central base.

Enfin, l’unité de prélèvement du dispositif de prélèvement selon l’invention est configurée pour permettre le passage, de l’outil de prélèvement 1, d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige 3-1 occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité 2-2 du tube 2, à une configuration d’éjection de l’échantillon dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige 3-1 est déployée hors de la deuxième extrémité 2-2 du tube 2.Finally, the sampling unit of the sampling device according to the invention is configured to allow the passage of the sampling tool 1 from a sampling configuration in which the ejection end of the rod body 3-1 partially occupies the recess of the second end 2-2 of the tube 2, to a sample ejection configuration in which the ejection end of the rod body 3-1 is deployed out of the second end 2-2 of the tube 2.

Dans un mode de réalisation du dispositif de prélèvement selon l’invention, ce dernier peut comprendre un processeur configuré pour commander l’unité de prélèvement de manière à positionner la deuxième extrémité du tube 2 de l’outil de prélèvement 1 en contact d’une zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 et pour commander le passage en configuration de prélèvement de l’outil de prélèvement 1. A titre d’exemple, la zone prédéterminée peut correspondre à une image numérisée du bloc de tissu fixé au formol et inclus en paraffine 10 sur laquelle des coordonnées d’image décrivent une zone à prélever.In one embodiment of the sampling device according to the invention, the latter may include a processor configured to control the sampling unit so as to position the second end of the tube 2 of the sampling tool 1 in contact with a predetermined area of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10 and to control the switching of the sampling tool 1 to the sampling configuration. By way of example, the predetermined area may correspond to a digitized image of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10 on which image coordinates describe an area to be sampled.

En outre, dans un mode de réalisation du dispositif de prélèvement selon l’invention, lorsque l’outil de prélèvement 1 est en configuration de prélèvement, le processeur peut être configuré pour commander l’unité de prélèvement de sorte que la deuxième extrémité du tube 2 de l’outil de prélèvement 1 pénètre la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 d’une distance prédéterminée. A titre d’exemple illustratif, la zone prédéterminée peut être annotée avec des informations relatives à la typologie tissulaire de ladite zone et le processeur peut ainsi déterminer une distance de prélèvement en fonction de la typologie tissulaire.Furthermore, in one embodiment of the sampling device according to the invention, when the sampling tool 1 is in sampling configuration, the processor can be configured to control the sampling unit so that the second end of the tube 2 of the sampling tool 1 penetrates the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 by a predetermined distance. By way of illustration, the predetermined area can be annotated with information relating to the tissue type of said area, and the processor can thus determine a sampling distance based on the tissue type.

Alternativement, lorsque l’outil de prélèvement 1 est en configuration de prélèvement, le processeur peut être configuré pour :

  • commander l’unité de prélèvement de sorte que l’extrémité de la tige 3 de l’outil de prélèvement 1 entre en contact avec la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 d’une distance prédéterminée,
  • commander un déplacement de l’unité de prélèvement selon le premier axe X et/ou le troisième axe Y de sorte que l’extrémité de la tige 3 de l’outil de prélèvement 1 racle la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10. Ce mode de réalisation est particulièrement adapté en lien avec le mode de réalisation de l’outil de prélèvement pour lequel la deuxième extrémité 2-2 du tube 2 est pointue et comprend une substance adhésive.
Alternatively, when sampling tool 1 is in sampling configuration, the processor can be configured to:
  • order the sampling unit so that the end of the shaft 3 of the sampling tool 1 comes into contact with the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 from a predetermined distance,
  • command a displacement of the sampling unit along the first X axis and/or the third Y axis so that the end of the rod 3 of the sampling tool 1 scrapes the predetermined area of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10. This embodiment is particularly suitable in connection with the embodiment of the sampling tool for which the second end 2-2 of the tube 2 is pointed and includes an adhesive substance.

Afin de permettre de connaitre la position et d’identifier un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, le dispositif de prélèvement peut comprendre un ou plusieurs moyens d’identification. Notamment, chaque bloc ou ensemble de blocs peut être identifié par un identifiant unique, inscrit par exemple dans une étiquette RFID positionnée sous le bloc, qui peut être lu par les moyens d’identification ou encore par un code à barres pouvant être lu par une caméra lorsque le dispositif de prélèvement en comprend une.To enable the position and identification of a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, the sampling device may include one or more means of identification. Specifically, each block or set of blocks may be identified by a unique identifier, for example, inscribed on an RFID tag positioned beneath the block, which can be read by the identification means, or by a barcode that can be read by a camera if the sampling device includes one.

Selon l’un quelconque des modes de réalisations évoqués précédemment, le processeur du dispositif selon l’invention peut en outre être configuré pour commander l’unité de prélèvement de manière à positionner la deuxième extrémité du tube 2 de l’outil de prélèvement 1 au-dessus d’un tube d’analyse 21 du plateau 8 et pour commander le passage en configuration d’éjection de l’échantillon de l’outil de prélèvement 1. L’échantillon peut alors être expulsé du tube 2 vers le tube d’analyse 21 ou l’ensemble de l’outil de prélèvement peut se désolidariser de l’unité de prélèvement vers le tube d’analyse 21.According to any one of the embodiments mentioned above, the processor of the device according to the invention can further be configured to control the sampling unit so as to position the second end of the tube 2 of the sampling tool 1 above an analysis tube 21 of the tray 8 and to control the switching of the sampling tool 1 to the sample ejection configuration. The sample can then be expelled from the tube 2 towards the analysis tube 21 or the entire sampling tool can detach from the sampling unit towards the analysis tube 21.

Afin d’assurer le suivi et la traçabilité du prélèvement, du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 jusqu’à son analyse, le dispositif de prélèvement selon l’invention peut comprendre un ou plusieurs moyens d’identification permettant d’identifier le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 sujet à un prélèvement. A titre d’exemple non limitatif, le dispositif de prélèvement peut comporter une mémoire de données dans laquelle sont associés un identifiant d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine et un identifiant d’un tube d’analyse 21 dans lequel le prélèvement expulsé. En complément, les identifiants du bloc et du tube d’analyse peuvent être associés à un identifiant de l’outil de prélèvement permettant ainsi un suivi et un contrôle des échantillons lorsque ces derniers sont utilisés pour effectuer des analyses moléculaires.To ensure the monitoring and traceability of the sampling process, from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 to its analysis, the sampling device according to the invention may include one or more identification means for identifying the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 from which a sample is taken. By way of non-limiting example, the sampling device may include a data memory in which an identifier for a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block and an identifier for an analysis tube 21 into which the sample is expelled are associated. In addition, the identifiers of the block and the analysis tube may be associated with an identifier for the sampling tool, thus enabling the tracking and control of samples when they are used for molecular analyses.

Afin d’améliorer le contrôle et le suivi d’un prélèvement, le dispositif de prélèvement peut en outre comprendre une caméra agencée pour enregistrer le passage, de l’outil de prélèvement 1, d’une configuration de prélèvement à une configuration d’éjection de l’échantillon.To improve the control and monitoring of a sample, the sampling device may also include a camera arranged to record the passage of the sampling tool 1 from a sampling configuration to a sample ejection configuration.

Dans un mode de réalisation du dispositif de prélèvement, ce dernier peut comprendre une unité de palpage configurée pour déterminer une distance entre la deuxième extrémité du tube 2 et une surface du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10. A titre d’exemples illustratifs, l’unité de palpage peut être mécanique ou bien prendre la forme d’un système de détermination d’une distance incluant un laser de type connu.In one embodiment of the sampling device, the latter may include a probing unit configured to determine a distance between the second end of the tube 2 and a surface of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10. By way of illustrative examples, the probing unit may be mechanical or take the form of a distance determination system including a known type of laser.

Un exemple illustratif et non limitatif d’un tel dispositif de prélèvement 6 est présenté en lien avec les figures 2 à 9.An illustrative and non-limiting example of such a sampling device 6 is presented in connection with figures 2 to 9.

Comme illustré enFIG. 2, le dispositif de prélèvement 6 comprend un plateau 8 comprenant au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 et une unité de prélèvement 7 qui reposent sur une base centrale 9 permettant en outre de les fixer et de les stabiliser.As illustrated in FIG. 2 , the sampling device 6 includes a tray 8 comprising at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue 10 and a sampling unit 7 which rest on a central base 9 which also allows them to be fixed and stabilized.

Afin de permettre le déplacement des différents éléments du dispositif de prélèvement 6 selon chaque axe X, Y et/ou Z, une unité de guidage peut être utilisée pour permettre la mise en mouvement de ces éléments. Ainsi on peut distinguer :

  • une unité de guidage le long de l’axe X,
  • une unité de guidage le long de l’axe Y,
  • une unité de guidage de long de l’axe Z.
To allow the movement of the various elements of the sampling device 6 along each X, Y, and/or Z axis, a guidance unit can be used to set these elements in motion. Thus, we can distinguish:
  • a guidance unit along the X-axis,
  • a guidance unit along the Y-axis,
  • a guidance unit along the Z-axis.

L’unité de prélèvement 7 peut être mobile en translation le long des axes X et Z. Le plateau 8 peut quant à lui être mobile en translation le long de l’axe Y.The sampling unit 7 can be moved in translation along the X and Z axes. The platform 8 can, on the other hand, be moved in translation along the Y axis.

LaFIG. 3illustre une unité de guidage permettant la mise en mouvement de l’unité de prélèvement 7 d’échantillons le long de l’axe X. L’unité de guidage peut comprendre en outre un premier rail 11 sur lequel repose un premier chariot à bille 12.There FIG. 3 illustrates a guide unit enabling the movement of the sample collection unit 7 along the X axis. The guide unit may further include a first rail 11 on which rests a first ball carriage 12.

Le premier rail 11 peut être fixé sur la base centrale (non représentée sur laFIG. 3) et constitue la référence de l’unité de guidage le long de l’axe X. Sa taille et sa capacité de charge procurent la rigidité et les qualités géométriques utiles au dispositif de prélèvement 6.The first rail 11 can be fixed to the central base (not shown on the FIG. 3 ) and constitutes the reference for the guidance unit along the X axis. Its size and load capacity provide the rigidity and geometric qualities useful to the sampling device 6.

Le premier charriot à bille 12 peut être mobile en translation sur le premier rail 11 et définit ainsi l’axe X sur lequel l’unité de prélèvement 7 peut se déplacer.The first ball carriage 12 can be mobile in translation on the first rail 11 and thus defines the X axis on which the sampling unit 7 can move.

L’unité de guidage, le long de l’axe X, peut également comprendre une première vis à bille motorisée 13 fixée sur la base centrale (non représentée sur laFIG. 3) et permettant de déplacer l’unité de prélèvement 7 le long de l’axe X. La première vis à bille motorisée 13 peut être parallèle au premier rail 11 et permettre un déplacement le long de l’axe X à une résolution inférieure à 0,005 mm et une répétabilité inférieure à 0,02 mm.The guide unit, along the X-axis, may also include a first motorized ball screw 13 fixed to the central base (not shown in the FIG. 3 ) and allowing the sampling unit 7 to be moved along the X axis. The first motorized ball screw 13 can be parallel to the first rail 11 and allow movement along the X axis with a resolution of less than 0.005 mm and a repeatability of less than 0.02 mm.

On distingue également sur laFIG. 3un deuxième charriot 14 qui peut être relié d’une part au premier charriot à bille 12 et d’autre part à la première vis à bille motorisée 13 par l’intermédiaire d’un organe de liaison 15. Le deuxième charriot 14 peut donc être mobile en translation le long de l’axe X par l’intermédiaire du premier rail 11 et de la première vis à bille motorisée 13. Le deuxième charriot 14 est en outre adapté pour permettre de recevoir l’unité de prélèvement 7.We can also distinguish on the FIG. 3 a second carriage 14 which can be connected on one side to the first ball carriage 12 and on the other side to the first motorized ball screw 13 by means of a connecting member 15. The second carriage 14 can therefore be movable in translation along the X axis by means of the first rail 11 and the first motorized ball screw 13. The second carriage 14 is further adapted to allow to receive the sampling unit 7.

Un organe de liaison 15, constitué par une plaque et un écrou, peut être monté sur l’unité de guidage le long de l’axe X pour conférer une rigidité en translation et une souplesse relative dans les autres directions. Cela permet en outre d’accepter et de compenser un éventuel défaut de parallélisme entre le premier rail 11 et la première vis à bille motorisée 13.A connecting element 15, consisting of a plate and a nut, can be mounted on the guide unit along the X-axis to provide translational rigidity and relative flexibility in other directions. This also allows for the acceptance and compensation of any potential parallelism between the first rail 11 and the first motorized ball screw 13.

Une zone d’appui 16, ou enclume, peut être présente sur le deuxième charriot 14 à l’aplomb du premier rail 11 et de la zone de travail définie par l’axe Z. Cette zone d’appui 16 permet en outre de faire le lien avec le plateau 8 en translation le long de l’axe Y en le stabilisant en rotation.A support area 16, or anvil, may be present on the second trolley 14 in line with the first rail 11 and the working area defined by the Z axis. This support area 16 also allows the connection with the platform 8 in translation along the Y axis by stabilizing it in rotation.

LaFIG. 3représente des moyens d’identification 17 optionnels configurés pour scanner et identifier l’ensemble des objets présents sur le plateau 8, par exemple les blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 mais également des tubes d’analyse 21 et le dispositif de prélèvement 1. Les moyens d’identification 17 peuvent être sur le deuxième charriot 14 de façon à permettre une identification des objets du plateau 8 par le dessous.There FIG. 3 represents optional identification means 17 configured to scan and identify all objects present on tray 8, for example formalin-fixed and paraffin-embedded tissue blocks 10 but also analysis tubes 21 and the sampling device 1. The identification means 17 can be on the second trolley 14 so as to allow identification of objects on tray 8 from below.

Les moyens d’identification 17 peuvent être de type lecteur optique. Ils sont préférentiellement implantés avec un axe optique de 45 degrés et peuvent comprendre une protection verticale (non représentée sur laFIG. 3) permettant de les protéger des éventuelles contaminations.The identification means 17 may be of the optical reader type. They are preferably installed with a 45-degree optical axis and may include vertical protection (not shown in the image). FIG. 3 ) allowing them to be protected from possible contamination.

Les moyens d’identification 17 peuvent par exemple être des caméras, avec éclairage intégré ou non.The means of identification 17 can, for example, be cameras, with or without integrated lighting.

LaFIG. 4illustre une unité de guidage optionnelle le long de l’axe Y permettant la mise en mouvement du plateau 8 le long de l’axe Y. L’unité de guidage le long de l’axe Y peut comprendre en outre une deuxième vis à bille motorisée 18 et un tiroir 19.There FIG. 4 illustrates an optional guide unit along the Y axis allowing movement of the plate 8 along the Y axis. The guide unit along the Y axis may further include a second motorized ball screw 18 and a slide 19.

La deuxième vis à bille motorisée 18 peut être fixée sur la base centrale 9 et permettre un déplacement du tiroir 19 le long de l’axe Y à une résolution inférieure à 0,005 mm et une répétabilité inférieure à 0,02 mm.The second motorized ball screw 18 can be fixed on the central base 9 and allow movement of the drawer 19 along the Y axis with a resolution of less than 0.005 mm and a repeatability of less than 0.02 mm.

La deuxième vis à bille motorisée 18 peut constituer l’axe principal de l’unité de guidage le long de l’axe Y. Elle peut assurer la perpendicularité de l’axe Y avec l’axe X. Elle est donc de préférence perpendiculaire au premier rail 11 et parallèle au deuxième charriot 14.The second motorized ball screw 18 can form the main axis of the guide unit along the Y axis. It can ensure the perpendicularity of the Y axis with the X axis. It is therefore preferably perpendicular to the first rail 11 and parallel to the second carriage 14.

Le tiroir 19 peut constituer l’élément central sur lequel sont effectuées les opérations de chargement et de déchargement nécessaires à l’exploitation du dispositif de prélèvement 6. Le tiroir peut en outre être destiné à recevoir le plateau 8 (non représenté sur laFIG. 4).Drawer 19 can serve as the central element on which the loading and unloading operations necessary for the operation of the sampling device 6 are carried out. The drawer can also be designed to receive tray 8 (not shown in the diagram). FIG. 4 ).

Le tiroir 19 peut être d’une part, relié à la deuxième vis à bille motorisée 18 par l’intermédiaire d’un écrou 48 et d’autre part, relié à la base centrale 9 par l’intermédiaire d’un point d’appui 20 muni d’un moyen de roulement du tiroir 19 sur la base centrale 9. Ainsi, le tiroir 19 peut définir le plan de travail sur lequel les opérations du dispositif de prélèvement 6 sont effectuées.The drawer 19 can be connected on the one hand to the second motorized ball screw 18 by means of a nut 48 and on the other hand to the central base 9 by means of a support point 20 provided with a means of rolling the drawer 19 on the central base 9. Thus, the drawer 19 can define the work surface on which the operations of the sampling device 6 are carried out.

La course du tiroir 19 le long de l’axe Y peut définir trois zones distinctes :

  • une zone de chargement et de déchargement permettant de charger et de décharger le plateau 8 et/ou les objets présents sur le plateau 8,
  • une zone de travail, et
  • une zone intermédiaire entre la zone de chargement/déchargement et la zone de travail.
The travel of drawer 19 along the Y axis can define three distinct zones:
  • a loading and unloading area allowing the loading and unloading of platform 8 and/or objects present on platform 8,
  • a work area, and
  • an intermediate zone between the loading/unloading zone and the work zone.

La zone d’appui 16 présente sur le deuxième charriot 14 peut ainsi permettre de stabiliser le tiroir 19 lorsqu’il se trouve dans la zone intermédiaire. En effet, la zone intermédiaire peut correspondre à l’endroit où s’opère un transfert d’appui du tiroir 19 qui est donc sujet à des oscillations.The support zone 16 on the second carriage 14 can thus stabilize the drawer 19 when it is in the intermediate zone. Indeed, the intermediate zone can correspond to the point where a transfer of support occurs for the drawer 19, which is therefore subject to oscillations.

La [Fig 4B] illustre un mode de réalisation d’un plateau 8, qui comprend des blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, monté sur un tiroir 19 en translation le long de l’axe Y.Figure 4B illustrates an embodiment of a tray 8, which includes blocks of fabric fixed with formaldehyde and embedded in paraffin 10, mounted on a drawer 19 in translation along the Y axis.

Selon le mode réalisation optionnel de l’invention représenté sur la [Fig 4B], le plateau 8 peut comprendre également au moins un tube d’analyse 21 apte à recevoir l’outil de prélèvement 1 comprenant l’échantillon. Cela permet en outre de larguer l’outil de prélèvement 1 contenant l’échantillon directement après le prélèvement. L’outil de prélèvement 1 est donc de préférence à usage unique, ce qui empêche toute contamination entre deux prélèvements.According to the optional embodiment of the invention shown in [Fig. 4B], the tray 8 may also include at least one analysis tube 21 suitable for receiving the sampling tool 1 containing the sample. This also allows the sampling tool 1 containing the sample to be released directly after sampling. The sampling tool 1 is therefore preferably single-use, which prevents any contamination between two samplings.

Selon le mode réalisation de l’invention représenté sur la [Fig 4B], la plateau 8 peut comprendre également un support 22 comprenant au moins un outil de prélèvement 1. Cela permet en outre de disposer d’un outil de prélèvement 1 pour effectuer un prélèvement.According to the embodiment of the invention shown in [Fig 4B], the platform 8 can also include a support 22 comprising at least one sampling tool 1. This also allows a sampling tool 1 to be available for taking a sample.

Ainsi, le plateau 8 peut être fixé au tiroir 19 de manière amovible. La face inférieure du plateau 8 peut être en appui sur la zone d’appui 16 ce qui le stabilise lors des différentes opérations effectuées par le dispositif de prélèvement 6.Thus, the tray 8 can be attached to the drawer 19 in a removable manner. The underside of the tray 8 can rest on the support area 16, which stabilizes it during the various operations performed by the picking device 6.

Les blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 peuvent être individuellement fixés de manière amovible sur le plateau 8 au moyen d’un verrou. Ce verrou individuel est conçu de telle sorte qu’il garantit l’absence de contact préjudiciable à l’intégrité desdits blocs.The formalin-fixed, paraffin-embedded tissue blocks 10 can be individually and removably attached to the tray 8 by means of a lock. This individual lock is designed to ensure that there is no contact that could compromise the integrity of the blocks.

Le plateau 8 peut accueillir au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10. Préférentiellement, le plateau 8 comprend seize blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10.Tray 8 can accommodate at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue 10. Preferably, tray 8 comprises sixteen formalin-fixed, paraffin-embedded tissue blocks 10.

Le plateau 8 peut comprendre également une barrette 23 permettant d’aligner les blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10. La barrette 23 permet de positionner de façon précise les blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 et de les stabiliser lors des opérations effectuées par le dispositif de prélèvement 6. En particulier, la barrette 23 permet de stabiliser en rotation le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 notamment lorsque l’outil de prélèvement 1 est en rotation durant le prélèvement de l’échantillon.The tray 8 can also include a bar 23 for aligning the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue blocks 10. The bar 23 allows for precise positioning of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue blocks 10 and for stabilizing them during operations performed by the sampling device 6. In particular, the bar 23 allows for stabilizing the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10 during rotation, especially when the sampling tool 1 is rotating during sample collection.

LaFIG. 5illustre une unité de guidage le long de l’axe Z. Cette unité de guidage peut directement être installée sur le deuxième charriot 14 de l’unité de guidage le long de l’axe X.There FIG. 5 illustrates a guidance unit along the Z axis. This guidance unit can be directly installed on the second carriage 14 of the guidance unit along the X axis.

L’unité de guidage le long de l’axe Z peut comprendre en outre un deuxième rail 24 relié au deuxième charriot 14 et à un troisième et quatrième charriot à billes 25.The guidance unit along the Z axis may further include a second rail 24 connected to the second carriage 14 and to a third and fourth ball carriage 25.

Sur les troisième et quatrième charriots à billes 25, peuvent être fixés un premier support 27 et un deuxième support 28 destinés à recevoir les différents éléments mobiles en translation le long de de l’axe Z.On the third and fourth ball carriages 25, a first support 27 and a second support 28 can be fixed, intended to receive the various moving elements in translation along the Z axis.

Une troisième vis à bille motorisée 26 peut être reliée au premier support 27 et permettre la mise en mouvement des premier et deuxième supports 27 et 28 sur le deuxième rail 24 de l’unité de guidage le long de l’axe Z. La troisième vis à bille motorisée 26 peut permettre en outre un déplacement le long de l’axe Z avec une résolution inférieure à 0,005 mm et une répétabilité inférieure à 0,2 mm.A third motorized ball screw 26 can be connected to the first support 27 and allow the first and second supports 27 and 28 to be moved on the second rail 24 of the guide unit along the Z-axis. The third motorized ball screw 26 can also allow movement along the Z-axis with a resolution of less than 0.005 mm and a repeatability of less than 0.2 mm.

L’unité de guidage le long de l’axe Z ainsi que les éléments mobiles en translation le long de l’axe Z peuvent être fixés sur le deuxième charriot 14. Ainsi les unités éléments mobiles en translation le long de l’axe z peuvent donc être mobiles en translation le long de l’axe Z mais également le long de l’axe X.The Z-axis guide unit and the Z-axis moving elements can be fixed on the second carriage 14. Thus the Z-axis moving elements can be translationally mobile along the Z-axis but also along the X-axis.

Les figures 5B à 5D illustrent des exemples non limitatifs d’éléments mobiles en translation le long l’axe Z qui peuvent comprendre en outre :Figures 5B to 5D illustrate non-limiting examples of moving elements translating along the Z-axis, which may also include:

Une caméra 29 de prise de vue. La caméra 29, possédant éventuellement un éclairage, est apte à enregistrer des images du plateau 8 et de l’outil de prélèvement 1.A camera 29 for image capture. The camera 29, possibly equipped with lighting, is capable of recording images of platform 8 and of the sampling tool 1.

Une unité de prélèvement 7 d’échantillons. L’unité de prélèvement 7 est destinée à recevoir l’outil de prélèvement 1 (non représentée sur la figure 5) et est apte à être mise en rotation au moyen d’un moyen mécanique tel un moteur.A sampling unit 7. The sampling unit 7 is intended to receive the sampling tool 1 (not shown in figure 5) and is capable of being rotated by means of a mechanical means such as a motor.

Ainsi, l’unité de prélèvement 7 est mobile en translation le long de l’axe X et le long de l’axe Z.Thus, the sampling unit 7 is mobile in translation along the X axis and along the Z axis.

Une unité mobile d’éjection 30 de l’outil de prélèvement 1 de l’unité de prélèvement 7.A mobile ejection unit 30 of the sampling tool 1 of the sampling unit 7.

Une unité de motorisation 31 de serrage de l’unité de prélèvement 7. L’unité de motorisation 31 permet en outre la préhension et le relargage de l’outil de prélèvement 1 de l’unité de prélèvement 7.A motorization unit 31 for clamping the sampling unit 7. The motorization unit 31 also enables the gripping and release of the sampling tool 1 from the sampling unit 7.

Une unité de palpage mécanique 32 escamotable dans le sens où elle est apte à être couplée ou désolidarisée de l’unité de guidage le long de l’axe Z. L’unité de palpage mécanique 32 permet en outre de palper la hauteur des blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 (non représentés) de façon à permettre de définir le point zéro pour le calcul de la longueur de la carotte ou de la galette.A retractable mechanical probing unit 32, in the sense that it is able to be coupled or detached from the guiding unit along the Z axis. The mechanical probing unit 32 also allows probing the height of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue blocks 10 (not shown) so as to allow defining the zero point for calculating the length of the core or the pancake.

LaFIG. 6représente un exemple non limitatif d’une unité de palpage mécanique 32. Elle comporte en outre deux unités :

  • Un mobile bloqueur 33 qui permet le blocage en position de l’unité de palpage mécanique 32 lui permettant ainsi d’être escamotable et d’être couplée ou désolidarisée des mouvements de translation le long de l’axe Z.
  • Un mobile détecteur composé d’un palpeur 34 et d’un switch de pression 35.
There FIG. 6 represents a non-limiting example of a mechanical probing unit 32. It further comprises two units:
  • A locking mobile 33 which allows the mechanical probing unit 32 to be locked in position, thus allowing it to be retractable and to be coupled or decoupled from translational movements along the Z axis.
  • A mobile detector consisting of a probe 34 and a pressure switch 35.

L’unité de palpage mécanique 32 est maintenue au moyen du ressort de compression 36. Elle permet de palper, avec un effort inférieur à 1 Newton, la hauteur d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine donné.The mechanical probing unit 32 is held by means of the compression spring 36. It allows probing, with an effort of less than 1 Newton, of the height of a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin given.

Globalement, le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 est modélisé à partir d’au moins trois points de mesure. Localement, la zone de travail est directement palpée.Overall, the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block is modeled from at least three measurement points. Locally, the working area is directly palpated.

Le switch de pression 35, associé ou non à la commande numérique de pilotage de l’unité de guidage le long de l’axe Z, assure une mesure de la hauteur du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 palpé avec une précision inférieure à 0,01 mm.The pressure switch 35, associated or not with the digital control of the guidance unit along the Z axis, ensures a measurement of the height of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10 palpated with an accuracy of less than 0.01 mm.

Lorsque le mobile bloqueur 33 est en position dégagée, l’unité de palpage mécanique 32 est liée à l’unité de guidage le long l’axe Z et est apte à prendre des points de mesure de la hauteur de bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10. De surcroit, l’unité de palpage mécanique 32 est activée avant l’unité de prélèvement 7.When the blocking mobile 33 is in the clear position, the mechanical probing unit 32 is linked to the guidance unit along the Z axis and is able to take measurement points of the height of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block 10. In addition, the mechanical probing unit 32 is activated before the sampling unit 7.

Lorsque le mobile bloqueur 33 est en position engagée, l’unité dé palpage 32 est désolidarisée de l’unité de guidage le long de l’axe Z et reste en position relevée sans interférence avec l’action de l’unité de prélèvement 7 qui reste mobile en translation le long de l’axe Z.When the locking mobile 33 is in the engaged position, the probing unit 32 is detached from the guiding unit along the Z axis and remains in the raised position without interfering with the action of the sampling unit 7 which remains mobile in translation along the Z axis.

LaFIG. 7représente un exemple non limitatif d’une unité de prélèvement 7 selon un mode de réalisation de l’invention. L’unité de prélèvement est ici représentée par une broche comprenant :

  • Une roue dentée 37 d’entrainement en rotation.
  • Un fourreau principal 38.
  • Une pince 39 de préhension et de relargage de l’outil de prélèvement 1. La préhension est en outre assurée par déformation élastique.
  • Un roulement principal 40 qui peut être un roulement à deux rangées à contact oblique.
  • Un roulement secondaire 41.
  • Un moyen de blocage 42 permettant de bloquer la pince 39.
  • Un ressort de blocage 43.
There FIG. 7 represents a non-limiting example of a sampling unit 7 according to an embodiment of the invention. The sampling unit is represented here by a pin comprising:
  • A rotating drive gear 37.
  • A main sheath 38.
  • A gripper 39 for gripping and releasing the sampling tool 1. The gripping is further ensured by elastic deformation.
  • A main bearing 40 which may be a double row angular contact bearing.
  • A secondary bearing 41.
  • A locking means 42 for locking the clamp 39.
  • A locking spring 43.

La roue dentée 37 est de préférence en relation avec un moteur d’entrainement (non représenté) du dispositif de prélèvement 6. Cela permet la mise en rotation de l’unité de prélèvement 7 et de l’outil de prélèvement 1.The toothed wheel 37 is preferably connected to a drive motor (not shown) of the sampling device 6. This enables the rotation of the sampling unit 7 and the sampling tool 1.

Les roulements 40 et 41 facilitent la rotation de l’unité de prélèvement 7.Bearings 40 and 41 facilitate the rotation of the sampling unit 7.

Le moyen de blocage 42 est ainsi remonté en position haute au moyen de l’unité de motorisation 31 de serrage de l’unité de prélèvement 7. Cela permet d’ouvrir la pince 39 de façon à permettre la préhension de l’outil de prélèvement 1. L’action inverse du ressort de blocage 43 permet de refermer la pince 39 et de bloquer l’outil de prélèvement 1 dans l’unité de prélèvement 7. L’outil de prélèvement 1 fait alors partie intégrante de l’unité de prélèvement 7 et le moyen de moyen de blocage 42 est en position basse.The locking means 42 is thus raised to the upper position by means of the motorization unit 31 for clamping the sampling unit 7. This allows the clamp 39 to open so as to allow the sampling tool 1 to be gripped. The reverse action of the locking spring 43 allows the clamp 39 to close and lock the sampling tool 1 in the sampling unit 7. The sampling tool 1 then becomes an integral part of the sampling unit 7 and the locking means 42 is in the lower position.

LaFIG. 8représente un exemple non limitatif d’une unité mobile d’éjection 30 de l’outil de prélèvement 1 qui comprend en outre :

  • Un moteur 44 comprenant une tige.
  • Un éjecteur 45 traversant toute l’unité de prélèvement 7.
  • Un entraineur 46 fixé d’une part au moteur 44 et, d’autre part, à l’éjecteur 45.
  • Un ressort de rappel 47 entourant l’éjecteur 45 et situé entre l’entraineur 46 et le haut de l’unité de prélèvement 7.
There FIG. 8 represents a non-limiting example of a mobile ejection unit 30 of the sampling tool 1 which further comprises:
  • A 44 motor including a rod.
  • An ejector 45 passing through the entire sampling unit 7.
  • A drive 46 fixed on one side to the motor 44 and, on the other side, to the ejector 45.
  • A return spring 47 surrounding the ejector 45 and located between the driver 46 and the top of the sampling unit 7.

Ainsi, l’éjection de l’outil de prélèvement 1 est possible lorsque le moyen de blocage 42 de l’unité prélèvement 7 est en position haute et que le moyen de préhension est ouvert.Thus, ejection of the sampling tool 1 is possible when the locking means 42 of the sampling unit 7 is in the high position and the gripping means is open.

Lorsque le moteur 44 est désactivé, le ressort de rappel 47 bloque l’éjecteur 45 en position haute par l’intermédiaire de l’entraineur 46.When the motor 44 is deactivated, the return spring 47 locks the ejector 45 in the raised position via the drive 46.

Lorsque le moteur 44 est activé, la tige descend vers le bas et entraine ainsi, vers le bas, l’entraineur 46 qui entraine à son tour l’éjecteur 45. L’extrémité de l’éjecteur 45 se trouvant dans l’unité de prélèvement 7 pousse alors l’outil de prélèvement 1 hors de l’unité de prélèvement 7.When the motor 44 is activated, the rod moves downwards and thus drives downwards the driver 46 which in turn drives the ejector 45. The end of the ejector 45 being in the sampling unit 7 then pushes the sampling tool 1 out of the sampling unit 7.

Afin d’assurer la prise de l’outil de prélèvement 1 par la pince 39 et plus généralement par le moyen de préhension, ledit outil de prélèvement peut être intégré dans un porte-outil 22-1 intégré dans le support 22, comme présenté enFIG. 9. Le porte-outil 22-1 présente avantageusement un rebord biseauté idoine au moyen de préhension facilitant ainsi la prise de l’extrémité de préhension 3-2 de l’outil de prélèvement 1 et son positionnement dans l’unité de prélèvement.To ensure that the sampling tool 1 is gripped by the clamp 39 and more generally by the gripping means, said sampling tool can be integrated into a tool holder 22-1 integrated into the support 22, as shown in FIG. 9 The tool holder 22-1 advantageously features a beveled edge suitable for the gripping means, thus facilitating the gripping of the gripping end 3-2 of the sampling tool 1 and its positioning in the sampling unit.

Selon un troisième aspect, l’invention porte sur un procédé de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, ledit procédé étant mis en œuvre par un dispositif de prélèvement selon l’invention, le procédé comprenant une étape de réception d’une image numérisée d’une coupe colorée d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, une étape d’identification du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, une étape de capture d’une deuxième image numérisée, une étape de superposition et de transfert et une étape de commande de l’unité de prélèvement.According to a third aspect, the invention relates to a method for taking a sample, suitable for molecular analysis, from a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin 10, said method being implemented by a sampling device according to the invention, the method comprising a step of receiving a digitized image of a colored section of a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, a step of identifying the block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, a step of capturing a second digitized image, a step of superimposing and transferring and a step of controlling the sampling unit.

Ainsi, le procédé de prélèvement selon l’invention comprend une étape de réception d’une image numérisée d’une coupe colorée d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, l’image numérisée comprenant au moins une zone prédéterminée annotée. En effet, comme mentionné précédemment, il est prévu que le dispositif de prélèvement comporte au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10, une image numérisée d’une coupe colorée de chacun de ces blocs est générée puis annotée. A titre d’exemples illustratifs, l’image peut encoder des informations relatives à une typologie tissulaire décrite par des coordonnées de l’image ou par une valeur ou un intervalle de valeurs RGB associée aux pixels de l’image numérisée et relatif à un composant tissulaire ou plus généralement à une typologie tissulaire.Thus, the sampling method according to the invention includes a step of receiving a digitized image of a colored section of a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, the digitized image comprising at least one predetermined annotated area. Indeed, as mentioned previously, the sampling device is intended to include at least one formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block; a digitized image of a colored section of each of these blocks is generated and then annotated. By way of illustrative examples, the image can encode information relating to a tissue type described by image coordinates or by an RGB value or range of values associated with the pixels of the digitized image and relating to a tissue component or, more generally, to a tissue type.

Le procédé de prélèvement selon l’invention comprend en outre une étape d’identification du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 dont l’image numérisée de la coupe de tissus fixés au formol et inclus en paraffine est issue. Afin de permettre une identification du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine correspondant, l’image numérisée peut comprendre un identifiant relatif au bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine dont elle est issue, l’identifiant de l’image numérisée peut être comparé à un identifiant de chaque bloc, lu via les moyens d’identification du dispositif de prélèvement lorsque celui-ci en comprend ou via une caméra dédiée, afin de déterminer à quel bloc correspond l’image numérisée. Pour faciliter une telle détermination, le dispositif de prélèvement peut comprendre une mémoire de données dans laquelle sont répertoriés les identifiants de chaque bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.The sampling method according to the invention further includes a step of identifying the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 from which the digitized image of the section of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue is derived. To enable identification of the corresponding formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, the digitized image may include an identifier relating to the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block from which it is derived. The identifier of the digitized image may be compared to an identifier of each block, read via the identification means of the sampling device, if so provided, or via a dedicated camera, in order to determine which block corresponds to the digitized image. To facilitate such determination, the sampling device may include a data memory in which the identifiers of each formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block are listed.

Une fois le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine identifié, le procédé de prélèvement selon l’invention comprend une étape de capture d’une deuxième image numérisée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 identifié suivie d’une étape de superposition de la première image numérisée à la deuxième image numérisée. L’étape de superposition peut inclure un ajustement de la résolution de la première image numérisée par rapport à la deuxième image numérisée.Once the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block has been identified, the sampling method according to the invention includes a step of capturing a second digitized image of the identified formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, followed by a step of superimposing the first digitized image onto the second digitized image. The superimposition step may include adjusting the resolution of the first digitized image relative to the second digitized image.

Le procédé de prélèvement selon l’invention comprend ensuite une étape de transfert de la zone prédéterminée annotée sur la deuxième image numérisée. Plus particulièrement, une correspondance entre les coordonnées, dans un plan en deux dimensions X, Y, des pixels relatifs à la zone prédéterminée annotée et des pixels de la deuxième image numérisée peut permettre de reporter la zone prédéterminée annotée.The sampling method according to the invention then includes a step of transferring the predetermined annotated area onto the second digitized image. More specifically, a correspondence between the coordinates, in a two-dimensional X, Y plane, of the pixels relating to the predetermined annotated area and the pixels of the second digitized image can be used to transfer the predetermined annotated area.

Le procédé de prélèvement comprend enfin une étape de commande de l’unité de prélèvement du dispositif de prélèvement de manière à prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 selon le marquage de la deuxième image numérique. En effet, tous les éléments du plateau 8, ou plus généralement du tiroir 19, sont identifiés et leur position est connue. Par exemple, les blocs de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 sont placés sur une partie du plateau 8 qui leur est dédiée. En outre, il est prévu que les moyens d’identification 17 puissent être configurés pour permettre de déterminer la position de chaque élément du plateau 8. En alternative ou en complément, l’unité de prélèvement peut comprendre une caméra agencée pour générer des images numériques du plateau 8 et le processeur de l’unité de prélèvement peut être configuré pour déterminer la position de chaque élément du plateau en temps réel.The sampling procedure includes a step of controlling the sampling unit of the sampling device to take a sample from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block 10 according to the markings of the second digital image. Indeed, all the elements of the tray 8, or more generally of the drawer 19, are identified and their positions are known. For example, the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue blocks 10 are placed on a dedicated section of the tray 8. Furthermore, the identification means 17 are designed to be configured to determine the position of each element of the tray 8. Alternatively, or in addition, the sampling unit may include a camera configured to generate digital images of the tray 8, and the processor of the sampling unit may be configured to determine the position of each element of the tray in real time.

Afin d’optimiser le prélèvement d’un échantillon adapté à une analyse moléculaire, la zone prédéterminée annotée peut comprendre des coordonnées de prélèvements, une typologie tissulaire et une pathologie associée. En outre, le procédé de prélèvement selon l’invention peut comprendre une étape de détermination, avant l’étape de commande de l’unité de prélèvement, d’une longueur de prélèvement en fonction de des coordonnées de prélèvements, de la typologie tissulaire et de la pathologie associée de la zone prédéterminée annotée. Pour cela le dispositif de prélèvement selon l’invention peut comprendre une mémoire de données dans laquelle est enregistrée une base de données de référence indiquant une longueur de prélèvement prédéterminée en fonction d’une typologie tissulaire, par exemple cela peut comprendre les tissus épithéliaux et leurs sous-groupes (épithéliums de surface, épithéliums glandulaires, épithéliums sensoriels) conjonctifs et de soutien et leurs sous-groupes (tissus conjonctifs collagéniques et réticulaires, les tissus adipeux, les tissus de soutien qui se divisent entre cartilages et os), musculaires et leurs sous-groupes (musculature striée, musculature cardiaque, musculature lisse) ou nerveux et leurs sous-groupes (les neurones, les cellules gliales) et d’une pathologie associée.To optimize the collection of a sample suitable for molecular analysis, the predetermined annotated area may include sampling coordinates, tissue typology, and associated pathology. Furthermore, the sampling method according to the invention may include a step, prior to the sampling unit ordering step, to determine a sampling length based on the sampling coordinates, tissue typology, and associated pathology of the predetermined annotated area. For this purpose, the sampling device according to the invention may include a data memory in which is recorded a reference database indicating a predetermined sampling length based on a tissue typology, for example this may include epithelial tissues and their subgroups (surface epithelia, glandular epithelia, sensory epithelia), connective and supporting tissues and their subgroups (collagenous and reticular connective tissues, adipose tissues, supporting tissues which are divided between cartilage and bone), muscular tissues and their subgroups (striated muscle, cardiac muscle, smooth muscle) or nervous tissues and their subgroups (neurons, glial cells) and an associated pathology.

Dans un mode de réalisation d’un procédé de prélèvement selon l’invention, celui-ci peut comprendre une étape de préparation de prélèvement comprenant :

  • Une détermination, en fonction des coordonnées de prélèvement et de la typologie tissulaire, d’un nombre de coupe(s) du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 à réaliser. La réalisation du ou de cette/ces coupes permet de préserver le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine puisque le prélèvement sera effectué sur cette ou ces coupes et non pas directement dans le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine 10 d’origine.
  • Au moins une coupe d’une épaisseur comprise entre 10 µm et 50 µm du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine. En complément, l’étape de détermination peut comprendre une étape de vérification de la typologie cellulaire, ladite étape de vérification comprenant la réalisation d’une coupe additionnelle aux mêmes coordonnées de prélèvement mais à une profondeur différente et une étape de fixation sur lame histologique et coloration afin de vérifier que la coupe comprend bien la typologie tissulaire d’intérêt en lien avec la pathologie. Si la typologie tissulaire identifiée dans la lame histologique diffère de la typologie cellulaire de la zone prédéterminée annotée, alors le prélèvement est invalidé et le procédé s’arrête.
  • Fixation de chaque coupe sur un support, chaque coupe formant un sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine à prélever. A partir de chaque coupe, il est possible de former un sous-bloc fixé sur un support adapté à la coupe, c’est-à-dire un support souple permettant le prélèvement par le dispositif de prélèvement selon l’invention, notamment un support souple peut correspondre à un bloc composé par de la paraffine.
  • Mise en œuvre des étapes de capture, de superposition et de commande à partir de chaque sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine. La mise en œuvre de ces étapes à partir de coupes d’un bloc de tissu fixés au formol et inclus en paraffine permet ainsi de limiter encore plus la récupération de composants non désirés, principalement de paraffine, dans l’échantillon ce qui pose souvent un problème dans le cadre d’analyse moléculaire.
In one embodiment of a sampling process according to the invention, the latter may include a sampling preparation step comprising:
  • Based on the sampling coordinates and tissue type, the number of sections to be prepared from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block is determined. Preparing these sections preserves the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block, as the sample will be taken from these sections and not directly from the original block.
  • At least one section, between 10 µm and 50 µm thick, of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block is required. Additionally, the identification step may include a cell typology verification step. This verification step involves preparing an additional section at the same sampling coordinates but at a different depth, followed by fixation on a histological slide and staining to verify that the section contains the tissue typology of interest relevant to the pathology. If the tissue typology identified in the histological slide differs from the cell typology of the predetermined annotated area, the sample is invalidated and the procedure is stopped.
  • Each section is fixed to a support, each section forming a sub-block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue to be extracted. From each section, it is possible to form a sub-block fixed to a support adapted to the section, i.e., a flexible support allowing extraction by the extraction device according to the invention; in particular, a flexible support may be a block composed of paraffin.
  • The capture, layering, and ordering steps are implemented from each subblock of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue. Performing these steps from sections of a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block further limits the recovery of unwanted components, primarily paraffin, from the sample, which is often a problem in molecular analysis.

Claims (16)

Outil de prélèvement (1) d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine pour un dispositif de prélèvement (6) d’échantillons, caractérisé en ce que l’outil de prélèvement comprend :
  • un tube(2) comportant un évidement débouchant sur une première et une deuxième extrémité (2-1, 2-2) du tube (2),
  • une tige (3) comprenant un corps de tige (3-1), une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension (3-2) s’étendant hors de la première extrémité du tube (2), de manière à permettre un mouvement de la tige (3) selon un axe longitudinal du tube (2),
dans lequel :
  • la première extrémité du tube (2) est agencée pour former une liaison mécanique réversible avec un moyen de préhension d’une unité de prélèvement d’un dispositif de prélèvement d’échantillons de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube (2) selon l’axe longitudinal dudit tube,
  • la deuxième extrémité du tube (2) est adaptée pour prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10),
  • l’extrémité de préhension (3-2) de la tige (3) est agencée pour former une liaison mécanique réversible avec le moyen de préhension de l’unité de prélèvement du dispositif de prélèvement d’échantillons de manière à permettre un mouvement en translation de la tige (3) selon l’axe longitudinal du tube (2),
l’outil de prélèvement (1) étant en outre agencé pour passer d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité (2-2) du tube (2), à une configuration d’éjection de l’échantillon dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) est déployée hors de la deuxième extrémité (2-2) du tube (2).A sampling tool (1) for collecting a sample, adapted for molecular analysis, from a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block for a sampling device (6), characterized in that the sampling tool comprises:
  • a tube (2) having a recess opening onto a first and a second end (2-1, 2-2) of the tube (2),
  • a rod (3) comprising a rod body (3-1), an ejection end and a gripping end (3-2) extending out of the first end of the tube (2), so as to allow movement of the rod (3) along a longitudinal axis of the tube (2),
in which:
  • the first end of the tube (2) is arranged to form a reversible mechanical link with a gripping means of a sampling unit of a sampling device so as to allow rotational and/or translational movement of the tube (2) along the longitudinal axis of said tube,
  • the second end of the tube (2) is adapted to take a sample from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10),
  • the gripping end (3-2) of the rod (3) is arranged to form a reversible mechanical link with the gripping means of the sampling unit of the sampling device so as to allow translational movement of the rod (3) along the longitudinal axis of the tube (2),
the sampling tool (1) being further arranged to move from a sampling configuration in which the ejection end of the rod body (3-1) partially occupies the recess of the second end (2-2) of the tube (2), to a sample ejection configuration in which the ejection end of the rod body (3-1) is deployed out of the second end (2-2) of the tube (2). Outil de prélèvement (1) selon la revendication 1, caractérisé en ce que la deuxième extrémité (2-2) du tube (2) est pointue et comporte une surface, destinée à entrer en contact avec le bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10), qui comprend une substance adhésive.Sampling tool (1) according to claim 1, characterized in that the second end (2-2) of the tube (2) is pointed and has a surface, intended to come into contact with the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block (10), which includes an adhesive substance. Outil de prélèvement (1) selon l’une des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que la tige (3) est en laiton.sampling tool (1) according to one of claims 1 or 2, characterized in that the rod (3) is made of brass. Outil de prélèvement (1) selon l’une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que le diamètre interne du tube (2) est compris entre 50 µm et 200 µm.sampling tool (1) according to any one of claims 1 to 3, characterized in that the internal diameter of the tube (2) is between 50 µm and 200 µm. Dispositif de prélèvement (6) d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10), ledit dispositif de prélèvement (6) comprenant :
  • une unité de prélèvement (7) d’échantillons, montée sur une base centrale (9), dans au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10), ladite unité de prélèvement (7) étant mobile en translation le long d’un premier axe X, d’un deuxième axe Z et d’un troisième axe Y de la base centrale (9), le deuxième axe Z étant perpendiculaire au premier axe X et au troisième axe Y,
  • un plateau (8) comprenant un ou plusieurs bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10), ledit plateau (8) étant mobile en translation le long du troisième axe Y de la base centrale (9),
dans lequel l’unité de prélèvement (7) comprend :
  • un outil de prélèvement (1) d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine comprenant :
    • un tube(2) comportant un évidement débouchant sur une première et une deuxième extrémité (2-1, 2-2) du tube (2), la deuxième extrémité du tube (2) étant adaptée pour prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10),
    • une tige (3) comprenant un corps de tige (3-1), une extrémité d’éjection et une extrémité de préhension (3-2) s’étendant hors de la première extrémité (2-1) du tube (2), de manière à permettre un mouvement de la tige (3) selon un axe longitudinal du tube (2),
  • un moyen de préhension agencé pour former une liaison mécanique réversible avec la première extrémité du tube (2), de manière à permettre un mouvement en rotation et/ou en translation du tube (2) selon un axe longitudinal dudit tube, le moyen de préhension étant en outre agencé pour former une liaison mécanique réversible avec l’extrémité de préhension (3-2) de la tige (3) de manière à permettre un mouvement en translation de la tige (3) selon l’axe longitudinal du tube (2),
l’unité de prélèvement (7) étant en outre configurée pour permettre le passage, de l’outil de prélèvement (1), d’une configuration de prélèvement dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) occupe en partie l’évidement de la deuxième extrémité (2-2) du tube (2), à une configuration d’éjection de l’échantillon dans laquelle l’extrémité d’éjection du corps de tige (3-1) est déployée hors de la deuxième extrémité (2-2) du tube (2).A sampling device (6) for taking a sample, suitable for molecular analysis, from a formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10), said sampling device (6) comprising:
  • a sampling unit (7), mounted on a central base (9), in at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue (10), said sampling unit (7) being translationally mobile along a first axis X, a second axis Z and a third axis Y of the central base (9), the second axis Z being perpendicular to the first axis X and the third axis Y,
  • a tray (8) comprising one or more blocks of tissue fixed in formaldehyde and embedded in paraffin (10), said tray (8) being movable in translation along the third axis Y of the central base (9),
in which the sampling unit (7) comprises:
  • a sampling tool (1) for a sample, suitable for molecular analysis, of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block comprising:
    • a tube (2) having a recess opening onto a first and a second end (2-1, 2-2) of the tube (2), the second end of the tube (2) being adapted to take a sample from the block of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue (10),
    • a rod (3) comprising a rod body (3-1), an ejection end and a gripping end (3-2) extending out of the first end (2-1) of the tube (2), so as to permit movement of the rod (3) along a longitudinal axis of the tube (2),
  • a gripping means arranged to form a reversible mechanical link with the first end of the tube (2), so as to allow rotational and/or translational movement of the tube (2) along a longitudinal axis of said tube, the gripping means being further arranged to form a reversible mechanical link with the gripping end (3-2) of the rod (3) so as to allow translational movement of the rod (3) along the longitudinal axis of the tube (2),
the sampling unit (7) being further configured to allow the passage of the sampling tool (1) from a sampling configuration in which the ejection end of the rod body (3-1) partially occupies the recess of the second end (2-2) of the tube (2), to a sample ejection configuration in which the ejection end of the rod body (3-1) is deployed out of the second end (2-2) of the tube (2). Dispositif de prélèvement (6) selon la revendication 5, caractérisé en ce qu’il comprend un processeur configuré pour commander l’unité de prélèvement (7) de manière à positionner la deuxième extrémité du tube (2) de l’outil de prélèvement (1) en contact d’une zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) et pour commander le passage en configuration de prélèvement de l’outil de prélèvement (1).Sampling device (6) according to claim 5, characterized in that it comprises a processor configured to control the sampling unit (7) so as to position the second end of the tube (2) of the sampling tool (1) in contact with a predetermined area of the formalin-fixed and paraffin-embedded tissue block (10) and to control the switching of the sampling tool (1) into sampling configuration. Dispositif de prélèvement (6) selon la revendication 6, dans lequel lorsque l’outil de prélèvement (1) est en configuration de prélèvement, le processeur est configuré pour commander l’unité de prélèvement (7) de sorte que la deuxième extrémité du tube (2) de l’outil de prélèvement (1) pénètre la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) d’une distance prédéterminée.Sampling device (6) according to claim 6, wherein when the sampling tool (1) is in sampling configuration, the processor is configured to control the sampling unit (7) so that the second end of the tube (2) of the sampling tool (1) penetrates the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10) from a predetermined distance. Dispositif de prélèvement (6) selon la revendication 6, dans lequel, lorsque l’outil de prélèvement (1) est en configuration de prélèvement, le processeur est configuré pour :
  • commander l’unité de prélèvement de sorte que l’extrémité de la tige (3) de l’outil de prélèvement (1) entre en contact avec la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) d’une distance prédéterminée,
  • commander un déplacement de l’unité de prélèvement selon le premier axe X et/ou le troisième axe Y de sorte que l’extrémité de la tige (3) de l’outil de prélèvement (1) racle la zone prédéterminée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10).
Sampling device (6) according to claim 6, wherein, when the sampling tool (1) is in sampling configuration, the processor is configured to:
  • order the sampling unit so that the end of the shaft (3) of the sampling tool (1) comes into contact with the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10) from a predetermined distance,
  • command a displacement of the sampling unit along the first X axis and/or the third Y axis so that the end of the shaft (3) of the sampling tool (1) scrapes the predetermined area of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10).
Dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 6 à 8, caractérisé en ce que le processeur est configuré pour commander l’unité de prélèvement (7) de manière à positionner la deuxième extrémité du tube (2) de l’outil de prélèvement (1) au-dessus d’un tube d’analyse (21) du plateau (8) et pour commander le passage en configuration d’éjection de l’échantillon de l’outil de prélèvement (1).Sampling device (6) according to any one of claims 6 to 8, characterized in that the processor is configured to control the sampling unit (7) so as to position the second end of the tube (2) of the sampling tool (1) above an analysis tube (21) of the tray (8) and to control the switching of the sampling tool (1) to the sample ejection configuration. Dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 5 à 9, caractérisé en ce qu’il comprend en outre un ou plusieurs moyens d’identification (17) permettant d’identifier le au moins un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10).Sampling device (6) according to any one of claims 5 to 9, characterized in that it further comprises one or more means of identification (17) enabling the identification of at least one block of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue (10). Dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 5 à 10, caractérisé en ce qu’il comprend également au moins une caméra (29) agencée pour enregistrer le passage, de l’outil de prélèvement (1), d’une configuration de prélèvement à une configuration d’éjection de l’échantillon.Sampling device (6) according to any one of claims 5 to 10, characterized in that it also includes at least one camera (29) arranged to record the passage of the sampling tool (1) from a sampling configuration to a sample ejection configuration. Dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 5 à 11, caractérisé en ce qu’il comprend en outre une unité de palpage configurée pour déterminer une distance entre la deuxième extrémité du tube (2) et une surface du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10).Sampling device (6) according to any one of claims 5 to 11, characterized in that it further comprises a probing unit configured to determine a distance between the second end of the tube (2) and a surface of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10). Dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 5 à 12, caractérisé en ce qu’il comprend en outre une unité mobile d’éjection (30) de l’outil de prélèvement (1) de l’unité de prélèvement (7), l’unité mobile d’éjection (30) étant agencée pour permettre de désolidariser l’outil de prélèvement (1) du moyen de préhension lorsque ledit outil est en configuration d’éjection.Sampling device (6) according to any one of claims 5 to 12, characterized in that it further comprises a mobile ejection unit (30) of the sampling tool (1) from the sampling unit (7), the mobile ejection unit (30) being arranged to allow the sampling tool (1) to be detached from the gripping means when said tool is in ejection configuration. Procédé de prélèvement d’un échantillon, adapté à une analyse moléculaire, à partir d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10), ledit procédé étant mis en œuvre par le dispositif de prélèvement (6) selon l’une quelconque des revendications 5 à 13, le procédé comprenant les étapes suivantes :
  • réception d’une image numérisée d’une coupe colorée d’un bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, l’image numérisée comprenant au moins une zone prédéterminée annotée,
  • identification du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) dont l’image numérisée de la coupe de tissus fixés au formol et inclus en paraffine est issue,
  • capture d’une deuxième image numérisée du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) identifié,
  • superposition de la première image numérisée à la deuxième image numérisée et transfert de la zone prédéterminée annotée sur la deuxième image numérisée,
  • commande de l’unité de prélèvement de manière à prélever un échantillon du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) selon le marquage de la deuxième image numérique.
Method for taking a sample, suitable for molecular analysis, from a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin (10), said method being carried out by the sampling device (6) according to any one of claims 5 to 13, the method comprising the following steps:
  • receipt of a digitized image of a colored section of a block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, the digitized image including at least one predetermined annotated area,
  • identification of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10) from which the digitized image of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue section is derived,
  • capture of a second digitized image of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10) identified,
  • superimposing the first scanned image onto the second scanned image and transferring the predetermined annotated area onto the second scanned image,
  • ordering the sampling unit so as to take a sample from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block (10) according to the marking of the second digital image.
Procédé de prélèvement selon la revendication 14, dans lequel la zone prédéterminée annotée comprend des coordonnées de prélèvements, une typologie tissulaire et une pathologie associée, ledit procédé comprenant en outre une étape de détermination, avant l’étape de commande de l’unité de prélèvement, d’une longueur de prélèvement en fonction de des coordonnées de prélèvements, de la typologie tissulaire et de la pathologie associée de la zone prédéterminée annotée.Sampling method according to claim 14, wherein the predetermined annotated area includes sampling coordinates, a tissue typology and an associated pathology, said method further comprising a step of determining, before the sampling unit control step, a sampling length as a function of the sampling coordinates, the tissue typology and the associated pathology of the predetermined annotated area. Procédé de prélèvement selon la revendication 15, ledit procédé comprenant une étape de préparation de prélèvement, l’étape de préparation comprenant :
  • une détermination, en fonction des coordonnées de prélèvement et de la typologie tissulaire, d’un nombre de coupe(s) du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (10) à réaliser,
  • au moins une coupe d’une épaisseur comprise entre 10 µm et 50 µm du bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine,
  • fixation de chaque coupe sur un support, chaque coupe formant un sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine à prélever,
  • mise en œuvre des étapes de capture, de superposition et de commande à partir de chaque sous-bloc de tissus fixés au formol et inclus en paraffine.
Sampling method according to claim 15, said method comprising a sampling preparation step, the preparation step comprising:
  • a determination, based on the sampling coordinates and tissue typology, of the number of sections (10) to be made from the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block,
  • at least one section with a thickness between 10 µm and 50 µm of the formalin-fixed, paraffin-embedded tissue block,
  • Each section is fixed to a support, each section forming a sub-block of tissue fixed in formalin and embedded in paraffin, ready for removal.
  • implementation of the capture, layering and ordering steps from each formalin-fixed and paraffin-embedded tissue subblock.
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