FR3017879A1 - CELLS AND METHODS FOR SELECTING ACTIVE COMPOUNDS AGAINST GAMMA HERPES VIRUS INFECTION - Google Patents
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Abstract
Procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, et les cellules de levure étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de ladite protéine recombinante par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de ladite protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence.An in vitro method for selecting active compounds against infection with a gamma herpesvirus, comprising the steps of: a) culturing yeast cells in the genome of which at least one copy of a nucleic acid has been inserted rendering said cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least a [GMP] moiety and at least a [REPORTER] moiety, wherein: [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, and the yeast cells being cultured in the presence of a candidate compound, b ) measuring the level of production of said recombinant protein by the cells cultured in step a), and c) comparing the level of production of said recombinant protein measured in step b) with a value of reference.
Description
DOMAINE DE L'INVENTION La présente invention se rapporte au domaine de l'identification de composés antiviraux, et en particulier de l'identification de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus.FIELD OF THE INVENTION The present invention relates to the field of the identification of antiviral compounds, and in particular the identification of active compounds against infection by a gamma herpes virus.
ART ANTERIEUR La famille des herpes virus représente un groupe de virus à ADN double brin qui est largement distribué au sein du règne animal. Les herpes virus représentent la seconde cause majeure de maladies virales chez l'homme, juste après les pathologies provoquées par les infections par les virus de l'influenza. Certaines pathologies provoquées par les herpes virus, et notamment par les gamma herpès virus, entraînent des conséquences importantes pour la vie des patients. A titre illustratif, une infection par le virus d'Epstein-Barr (EBV), qui est un gamma herpès virus, est l'agent causal du lymphome de Burkitt, du carcinome naso- pharyngé et de la mononucléose infectieuse. Or, il n'existe à ce jour aucun traitement thérapeutique à l'encontre d'EBV. Seuls des outils thérapeutiques du type vaccin sont actuellement en développement. Une autre illustration concerne les infections par le gamma herpès virus HHV8 (aussi appelé KSHV), lesquelles provoquent le syndrome de Kaposi. Le virus HHV8 est associé à des troubles lympho-prolifératifs associés à la maladie SIDA. Pour cet autre gamma herpès virus, l'arsenal thérapeutique est également limité, voire inexistant. A titre d'illustration de traitements contre les cancers induits par KSHV, on citera la chirurgie ou l'irradiation locale, le traitement anti-herpès par le ganciclovir, le traitement HAART chez les patients atteints du VIH, ou encore les anthracyclines liposomales telles que la daunorubicine, la doxorubicine, ou encore des associations doxorubicine/bleomycine/vinblastine ou bleomycine/vinblastine. Ces anthracyclines liposomales peuvent être également associées à une thérapie antiangiogénique à l'IL-12. Au sein des herpesvirus, on distingue les sous-familles des Alphaherpesvirinae, 30 des Betaherpesvirinae et des Gammaherpesvirinae (ou gamma herpès virus). L'une des principales caractéristiques des herpes virus est leur capacité à établir une infection latente de longue durée chez les hôtes. Les infections latentes sont établies après une étape initiale d'infection primaire, l'infection latente étant caractérisée par la persistance du virus dans des cellules hôtes spécifiques en l'absence de production détectable de virus infectieux. Deux caractéristiques fondamentales de ces infections latentes sont (i) la maintenance du génome viral dans la cellule hôte infectée et (ii) la capacité du virus à échapper à la détection par le système immunitaire. Les gamma herpès virus établissent des infections latentes dans les lymphocytes B ou T. Les mécanismes contribuant à la maintenance de la latence de cette sous-famille d'herpesvirus ont été bien caractérisés. Les études portant sur l'infection latente des gamma herpès virus ont mis en évidence le rôle essentiel d'une catégorie de protéines virales, dites « de stabilité », désignées GMP (pour « Genome Maintenance Protein »). La/les protéine(s) GMP joue(nt) un rôle essentiel (i) dans la persistance du génome viral au sein des cellules infectées de manière latente et (ii) dans la transmission du génome viral aux cellules filles lors des divisions cellulaires. De plus, des études récentes ont révélé les mécanismes qui permettent à la protéine virale GMP d'être exprimée dans les cellules infectées de manière latente et de simultanément échapper à la détection par les lymphocytes T cytotoxiques CD8+ de l'organisme hôte. Pendant la phase d'infection latente, la régulation négative de l'expression génique virale représente une caractéristique essentielle permettant aux gamma herpès virus d'échapper à la surveillance du système immunitaire. Cependant, du fait du rôle central de la protéine GMP dans la phase de latence à long terme, toute stratégie d'évasion du contrôle par le système immunitaire doit impliquer la protéine GMP elle-même. Au vu des connaissances actuelles, l'effet global des propriétés d'échappement au contrôle par le système immunitaire impliquant les protéines GMP constitue un mécanisme de régulation conservé chez les gamma herpès virus en général. Les études les plus nombreuses concernant les mécanismes d'action des protéines GMP ont trait au virus d'Epstein-Barr (ou EBV), pour lequel la protéine GMP est désignée EBNA1 (pour « Epstein-Barr Nuclear Antigen 1 »). L'Homme de l'Art pourra notamment se référer à Blake (« Immune evasion by gamma herpès virus genome maintenance proteins » ; Journal of General Virology (2010) ; 91, 829-846) pour une introduction sur les protéines dites « GMP ». Comme toutes les GMPs des gamma herpès virus, la protéine EBNA1 est essentielle pour le maintien de la persistance virale. Toutefois, en dépit de la forte antigénicité de la protéine EBNA1 et de la présence de cellules T spécifiques de peptides antigéniques dérivés d'EBNA1, le système immunitaire ne détecte pas et ne détruit pas les cellules exprimant EBNA1. Le caractère furtif de la protéine EBNA1 est dû à l'inhibition de la traduction de l'ARNm codant EBNA1 par un mécanisme agissant en cis (on parlera de « Cis-inhibition » ou « Inhibition en cis »), lequel mécanisme est induit par une séquence répétée d'acides aminés, dénommée le domaine GAr (ou encore « Glycine-Alanine repeat »). On entend par « partie [GAr] ») une séquence répétée Glycine-Alanine, laquelle consiste en une série d'Alanines, séparées par une, deux ou trois glycines localisées à la partie N-terminale d'EBNA1 du virus d'Epstein-Barr (voir Levitskaya et al., « Inhibition of antigen processing by the internal repeat region of the Epstein-Barr virus nuclear antigen-1 ; Nature (1995) ; 375, 685-8). Pour référence, la séquence peptidique de la protéine EBNA1 (souche B95-8) du virus d'Epstein-Barr, telle que publiée par Baer et al. (Nature, 1984, vol. 310) est représentée par la séquence SEQ ID N°1. Egalement pour référence, la séquence peptide complète du domaine GAr de la protéine EBNA1 de séquence SEQ ID N°1, également appelée « 239 GAr » car d'une longueur de 239 acides aminés, est représentée par la séquence SEQ ID N°2. Ainsi, selon un mode de réalisation, la partie [GAr] peut être un peptide de 20 séquence SEQ ID N° 2, également appelé « 239GAr », lequel est codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°3. Il est donc connu que le domaine GAr contenu dans la protéine GMP EBNA1 contrôle la traduction de son propre ARNm, minimisant ainsi la production de peptides 25 dérivés de EBNA1 susceptibles d'être présentés à la surface des cellules hôtes infectées en association avec un antigène de Classe I du CMI-I. L'obtention d'une réponse immunitaire efficace induite par les lymphocytes T CD8+ à l'encontre de cellules infectées par EBV dans lequel le domaine GAr de la protéine EBNA1 a été supprimé démontre l'importance du domaine GAr dans la stratégie du virus d'inhiber la présentation d'antigènes dérivés 30 d'EBNA1 aux cellules du système immunitaire (Apcher et al., 2010, PLoS Pathog, Vol. 6 : e100151 ; Levitskaya et al., 1995, Nature, Vol. 375 : 685-688 ; Yin et al., 2003, Science, Vol. 301 : 1371-1374).PRIOR ART The herpes virus family represents a group of double-stranded DNA viruses which is widely distributed within the animal kingdom. Herpes viruses are the second leading cause of viral diseases in humans, just after diseases caused by infections with influenza viruses. Certain pathologies caused by herpes viruses, and in particular gamma herpes viruses, have important consequences for the lives of patients. By way of illustration, infection with Epstein-Barr virus (EBV), which is a gamma herpesvirus, is the causative agent of Burkitt's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma and infectious mononucleosis. However, there is currently no therapeutic treatment against EBV. Only therapeutic tools of the vaccine type are currently under development. Another illustration concerns infections with gamma herpes virus HHV8 (also called KSHV), which cause Kaposi syndrome. The HHV8 virus is associated with lympho-proliferative disorders associated with the AIDS disease. For this other gamma herpes virus, the therapeutic arsenal is also limited or nonexistent. As an illustration of treatments against cancers induced by KSHV, mention may be made of surgery or local irradiation, anti-herpes treatment with ganciclovir, HAART treatment in patients with HIV, or liposomal anthracyclines such as daunorubicin, doxorubicin, or combinations of doxorubicin / bleomycin / vinblastine or bleomycin / vinblastine. These liposomal anthracyclines may also be associated with anti-angiogenic therapy with IL-12. Herpesviruses include subfamilies of Alphaherpesvirinae, Betaherpesvirinae and Gammaherpesvirinae (or gamma herpesvirus). One of the main features of herpes viruses is their ability to establish long-lasting latent infection in hosts. Latent infections are established after an initial stage of primary infection, the latent infection being characterized by the persistence of the virus in specific host cells in the absence of detectable production of infectious virus. Two fundamental features of these latent infections are (i) the maintenance of the viral genome in the infected host cell and (ii) the ability of the virus to escape detection by the immune system. Gamma herpes viruses establish latent infections in B or T lymphocytes. The mechanisms contributing to the maintenance of the latency of this herpesvirus subfamily have been well characterized. Studies on the latent infection of gamma herpes viruses have highlighted the essential role of a category of viral proteins, called "stability", designated GMP (for "Genome Maintenance Protein"). The GMP protein (s) play an essential role (i) in the persistence of the viral genome in latently infected cells and (ii) in the transmission of the viral genome to the daughter cells during cell divisions. In addition, recent studies have revealed the mechanisms that allow the GMP viral protein to be expressed in latently infected cells and simultaneously escape detection by CD8 + cytotoxic T lymphocytes from the host organism. During the latent infection phase, downregulation of viral gene expression is an essential feature that allows gamma herpes viruses to escape surveillance of the immune system. However, because of the central role of the GMP protein in the long-term latency phase, any escape strategy of control by the immune system must involve the GMP protein itself. In view of current knowledge, the overall effect of escape properties to immune system control involving GMP proteins is a conserved regulatory mechanism in gamma herpes viruses in general. The most numerous studies concerning the mechanisms of action of GMP proteins relate to Epstein-Barr virus (or EBV), for which the GMP protein is designated EBNA1 (for "Epstein-Barr Nuclear Antigen 1"). Those skilled in the art may particularly refer to Blake ("Immune evasion by gamma herpes virus genome maintenance proteins" Journal of General Virology (2010) 91, 829-846) for an introduction to the so-called "GMP" proteins. . Like all GMPs of gamma herpes viruses, EBNA1 protein is essential for maintaining viral persistence. However, despite the strong antigenicity of the EBNA1 protein and the presence of antigenic peptide-specific T cells derived from EBNA1, the immune system does not detect and destroy EBNA1-expressing cells. The stealthiness of the EBNA1 protein is due to the inhibition of the translation of the mRNA encoding EBNA1 by a cis-acting mechanism (referred to as "cis-inhibition" or "cis inhibition"), which mechanism is induced by a repeated amino acid sequence, called the GAr domain (or "Glycine-Alanine repeat"). "Portion [GAr]" is understood to mean a Glycine-Alanine repeat sequence, which consists of a series of Alanines, separated by one, two or three glycines located at the N-terminal portion of EBNA1 of the Epstein- Barr (see Levitskaya et al., "Inhibition of antigen processing by the internal region of the Epstein-Barr virus nuclear antigen-1; Nature (1995); 375, 685-8). For reference, the peptide sequence of the EBNA1 protein (B95-8 strain) of Epstein-Barr virus, as published by Baer et al. (Nature, 1984, vol 310) is represented by the sequence SEQ ID No. 1. Also for reference, the complete peptide sequence of the GAr domain of the EBNA1 protein of sequence SEQ ID No. 1, also called "239 GAr" because of a length of 239 amino acids, is represented by the sequence SEQ ID No. 2. Thus, according to one embodiment, the portion [GAr] may be a peptide of sequence SEQ ID No. 2, also called "239GAr", which is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 3. It is therefore known that the GAr domain contained in the GMP EBNA1 protein controls the translation of its own mRNA, thus minimizing the production of EBNA1-derived peptides which can be presented on the surface of the infected host cells in association with an antigen of Class I of the CMI-I. Obtaining an effective CD8 + T cell-mediated immune response against EBV-infected cells in which the GAr domain of the EBNA1 protein has been deleted demonstrates the importance of the GAr domain in the strategy of the virus. inhibit the presentation of EBNA1-derived antigens to cells of the immune system (Apcher et al., 2010, PLoS Pathog, Vol 6: e100151; Levitskaya et al., 1995, Nature, Vol 375: 685-688; Yin et al., 2003, Science, Vol 301: 1371-1374).
Comme cela a été mentionné précédemment, les outils thérapeutiques existants à l'encontre des pathologies provoquées par les gamma herpès virus sont aujourd'hui très limités. Pour l'essentiel, il s'agit de la mise au point de stratégies vaccinales, dont l'efficacité est incertaine du fait du caractère furtif de ces virus qui leur permet d'échapper au contrôle de l'infection virale par le système immunitaire, principalement par les lymphocytes T CD8+. Il existe donc un besoin pour la disponibilité de substances actives utiles à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, et notamment de procédés permettant de sélectionner de telles substances actives.As mentioned above, the existing therapeutic tools against pathologies caused by gamma herpes viruses are today very limited. Essentially, it is the development of vaccine strategies, whose effectiveness is uncertain because of the stealthiness of these viruses that allows them to escape the control of the viral infection by the immune system, mainly by CD8 + T cells. There is therefore a need for the availability of active substances useful against infection with a gamma herpes virus, including methods for selecting such active substances.
Il existe en particulier un besoin pour la mise en place de méthodes de criblage, afin d'identifier de nouveaux composés susceptibles d'agir sur la capacité de ces gamma herpès virus à échapper au système immunitaire de l'hôte. Il existe tout particulièrement un besoin d'identifier des composés susceptibles de traiter et/ou prévenir des pathologies associées à EBV, telles que les cancers associés à 15 EBV. L'invention a pour objet de satisfaire ces besoins. RESUME DE L'INVENTION La présente invention fournit un procédé in vitro de sélection de composés 20 actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie 25 [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, et 30 les cellules de levure étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de ladite protéine recombinante par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de ladite protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence La présente invention fournit en particulier un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],[GMP]-[REPORTER]- [TAG2]y-COOH (I), dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, les cellules de levures étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de la protéine de formule (I) par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de la protéine de formule (I) mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. Dans certains modes de réalisation du procédé, la protéine recombinante 25 comprend un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr. L'invention est aussi relative à un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par le virus d'Epstein-Barr comprenant les étapes 30 suivantes : 1) cultiver des cellules de mammifère ayant les caractéristiques suivantes : (i)) lesdites cellules expriment un antigène de Classe I du CMH, et (ii) lesdites cellules expriment une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de mammifère, les cellules de mammifère étant cultivées en présence d'un composé candidat, 2) mesurer le niveau d'expression de la protéine recombinante associée au CMH de classe I à la surface des cellules cultivées à l'étape a), et 3) comparer le niveau d'expression de la protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. L'invention est aussi relative au procédé in vitro de sélection ci-dessus (ou « second procédé »), dans lequel le composé candidat est sélectionné, ou présélectionné, par la mise en oeuvre du premier procédé. L'invention est aussi relative à une cellule de levure dans le génome de laquelle a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante telle que décrite ci-dessus. L'invention est aussi relative à une cellule de mammifère dans le génome de laquelle a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante telle que décrite ci-dessus ainsi qu'un antigène du CMH de classe I. L'invention est aussi relative à des cellules dans le génome desquelles a été inséré une unique copie d'un acide nucléique, rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante telle que décrite ci-dessus. L'invention est aussi relative à des procédés de sélection, tels que décrits ci-dessus, et mettant en oeuvre les dites cellules. DESCRIPTION DES FIGURES La Figure 1 illustre la mise au point d'un test d'inhibition de la traduction médiée par une région GAr dans des cellules de levure.In particular, there is a need for the implementation of screening methods to identify new compounds that may affect the ability of these gamma herpes viruses to escape the host's immune system. There is a particular need to identify compounds that can treat and / or prevent EBV-associated pathologies, such as EBV-associated cancers. The object of the invention is to satisfy these needs. SUMMARY OF THE INVENTION The present invention provides an in vitro method of selecting active compounds for infection with gamma herpesvirus, comprising the steps of: a) culturing yeast cells in the genome of which at least one copy of a nucleic acid making these cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least a portion [GMP] and at least a portion [REPORTER], wherein: [GMP] signifies a polypeptide comprising any or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, and the cells yeast being cultured in the presence of a candidate compound, b) measuring the level of production of said recombinant protein by the cells cultured in step a), and c) comparing the level of production of said The present invention provides in particular an in vitro method for the selection of active compounds against a gamma herpesvirus infection, comprising the following steps: a) a recombinant protein measured in step b) with a reference value; culturing yeast cells in the genome of which at least one copy of a nucleic acid has been inserted, making these cells capable of expressing a recombinant protein of following formula (I): NH2- [TAG1], [GMP] - [REPORTER] [TAG2] y-COOH (I), in which: [TAG1] and [TAG2] signify a peptide capable of binding to a ligand, - x and y, identical or different, represent an integer equal to 0 or 1 - [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such said yeast cells, the yeast cells being grown in the presence of a candidate compound, b) measuring the level of production of the protein of formula (I) by the cells cultured in step a), and c) comparing the level of production of the protein of formula (I) ) measured in step b) with a reference value. In some embodiments of the method, the recombinant protein comprises a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of Epstein-Barr virus. The invention also relates to an in vitro method of selecting active compounds against Epstein-Barr virus infection comprising the following steps: 1) culturing mammalian cells having the following characteristics: (i)) said cells express a MHC Class I antigen, and (ii) said cells express a recombinant protein comprising at least a portion [GMP] and at least a portion [REPORTER], wherein: - [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of an Epstein-Barr virus stability protein, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cells, mammalian cells being cultured in the presence of a candidate compound, 2) measuring the expression level of the class I MHC-associated recombinant protein on the surface of cells cultured in step a), and 3) comparing the level ofexpressing the recombinant protein measured in step b) with a reference value. The invention also relates to the in vitro method of selection above (or "second method"), wherein the candidate compound is selected, or preselected, by the implementation of the first method. The invention also relates to a yeast cell in the genome from which has been inserted at least one copy of a nucleic acid making these cells capable of expressing a recombinant protein as described above. The invention also relates to a mammalian cell in the genome from which has been inserted at least one copy of a nucleic acid making these cells capable of expressing a recombinant protein as described above, as well as a MHC antigen. The invention also relates to cells in the genome from which a single copy of a nucleic acid has been inserted, making these cells capable of expressing a recombinant protein as described above. The invention also relates to selection methods, as described above, and implementing said cells. DESCRIPTION OF THE FIGURES Figure 1 illustrates the development of a GAr-mediated translation inhibition test in yeast cells.
Figure IA : schémas représentant des constructions d'acides nucléiques codant des protéines de fusion comprenant l'enzyme Ade2p dont l'extrémité N-terminale est fusionnée à un domaine GAr de longueur spécifiée. pADH : promoteur du gène ADH ; HA : polynucléotide codant le peptide HA ; xxGAr : polynucléotide codant un domaine GAr ayant « xx » acides aminés de longueur ; Figure IB Analyse en gel SDS PAGE et Western Blot des extraits protéiques des cellules des clones ADE2, ade24, 2IGArADE2, 43GArADE2 et 235GArADE2 ; Figure IC : analyse en gel SDS PAGE et Western Blot des extraits protéiques des cellules des clones ADE2, ade2A et Papio-30GArDE2; Figure ID : Détermination du temps de demi-vie des protéines de fusion HA- Ade2p et HA-43GAr-Ade2p par la méthode de chasse à la cycloheximide. Résultats représentatifs de cinq essais indépendants. Figure 1E : niveaux relatifs des ARNm de HA-ADE2, ade24, 43GArADE2 et Papio-30GArDE2 en utilisant la technique de qRT-PCR. Ce schéma représente la moyenne des résultats de trois essais indépendants. La Figure 2 illustre sur l'effet du domaine GAr sur la traduction dans les cellules de levure est indépendant du promoteur utilisé. Le polynucléotide codant le domaine 235 GAr (domaine GAr complet ou « full length ») fusionné au gène ADE2 inhibe la traduction de son propre ARNm lorsqu'il est exprimé sous le contrôle du promoteur constitutif fort pTEF. Figure 2A : schémas représentant les constructions d'acides nucléiques testées ; Figure 2B : Analyse en gel SDS PAGE et Western Blot des extraits protéiques des cellules des clones ADE2, ade2A et 235GArADE2 dont l'expression est sous le 25 contrôle du promoteur pTEF. La Figure 3 illustre les résultats de l'essai « pulse-chase » montrant que le domaine 43GAr inhibe la synthèse d'Ade2p mais n'exerce aucun effet sur la stabilité de Ade2p. Des cellules de levure exprimant HA-43GAr-ADE2 ou HA-ADE2 ont été incubées 30 avec un mélange de méthionine/cystéine radiomarquées pendant 15 minutes (étape de « pulse »), puis un large excès d'un mélange de méthionine/cystéine non radiomarqués a été ajouté (étape de chasse ou « chase »).Figure IA: Schemes showing nucleic acid constructs encoding fusion proteins comprising the Ade2p enzyme whose N-terminus is fused to a specified length GAr domain. pADH: promoter of the ADH gene; HA: polynucleotide encoding the HA peptide; xxGAr: polynucleotide encoding a GAr domain having "xx" amino acids in length; FIG. 1B. SDS PAGE and Western Blot gel analysis of the protein extracts of the clone cells ADE2, ade24, 2IGArADE2, 43GArADE2 and 235GArADE2; Figure IC: SDS PAGE and Western Blot gel analysis of the protein extracts of the clone cells ADE2, ade2A and Papio-30GArDE2; Figure ID: Determination of half-life time of HA-Ade2p and HA-43GAr-Ade2p fusion proteins by the cycloheximide flushing method. Representative results from five independent tests. Figure 1E: Relative levels of HA-ADE2, ade24, 43GArADE2 and Papio-30GArDE2 mRNAs using the qRT-PCR technique. This diagram represents the average of the results of three independent tests. Figure 2 illustrates the effect of GAr domain on translation into yeast cells is independent of the promoter used. The polynucleotide encoding the 235 GAr domain (full-length GAr domain) fused to the ADE2 gene inhibits the translation of its own mRNA when it is expressed under the control of the strong constitutive pTEF promoter. Figure 2A: Schemes showing the nucleic acid constructs tested; Figure 2B: SDS PAGE and Western Blot gel analysis of protein extracts of ADE2, ade2A and 235GArADE2 clone cells whose expression is under the control of the pTEF promoter. Figure 3 illustrates the results of the pulse-chase test showing that the 43GAr domain inhibits Ade2p synthesis but has no effect on the stability of Ade2p. Yeast cells expressing HA-43GAr-ADE2 or HA-ADE2 were incubated with radiolabelled methionine / cysteine mixture for 15 minutes ("pulse" step), followed by a large excess of a mixture of methionine / non-cysteine. radiolabeled has been added (hunting step or "chase").
Figure 3A : Aux temps indiqués, des extraits protéiques ont été préparés ; les protéines ont été immuno-précipitées en utilisant un anticorps anti-HA, puis ont été analysées par la méthode SDS-PAGE, suivie par une étape d'autoradiographie en utilisant un appareil de visualisation de matériel radioactif de type « Storm Phosphorimager® ».Figure 3A: At the times indicated, protein extracts were prepared; the proteins were immunoprecipitated using an anti-HA antibody and then analyzed by the SDS-PAGE method, followed by an autoradiography step using a "Storm Phosphorimager®" radioactive material display apparatus.
Figure 3B : les mêmes extraits protéiques que ceux analysés en Figure 3A ont été analysés par SDS-PAGE et par Western blot en utilisant des anticoprs anti-HA. La Figure 4 illustre que la doxorubicine (DXR) interfère spécifiquement avec l'effet du domaine GAr sur la traduction chez la levure. La souche ade2A exprimant la construction HA-43GAr-ADE2 a été étalée sur du milieu riche, puis des concentrations croissantes de 5-fluorouracile (5FU) ou de doxorubicine (DXR) ont été chargées sur les filtres. Figures 4A et 4B : on a déterminé les niveaux relatifs des ARNm de HA-ADE2 ou de HA-43GAr-ADE2 qui ont été non-traitées ou traitées avec les concentrations indiquées de 5FU (figure 4A) ou de DXR (Figure 4B) en utilisant la technique de qRTPCR. Les figures 4A et 4B représentent la moyenne des résultats de trois essais indépendants. Figures 4C et 4D : Les mêmes extraits cellulaires que ceux utilisés pour les Figures 4A et 4B ont été analysés par SDS-PAGE et Western blot afin de déterminer les niveaux relatifs de 43GAr-Ade2p ou de Ade2p par rapport à l'actine qui a été utilisée comme témoin de charge. Les Figures 4C et 4D montrent l'effet des concentrations indiquées de 5FU ou de DXR sur le niveau de HA-43GAr-Ade2p, par comparaison avec HA-Ade2p.FIG. 3B: the same protein extracts as those analyzed in FIG. 3A were analyzed by SDS-PAGE and by Western blot using anti-HA antico rs. Figure 4 illustrates that doxorubicin (DXR) specifically interferes with the effect of the GAr domain on yeast translation. The ade2A strain expressing the HA-43GAr-ADE2 construct was plated on rich medium, and then increasing concentrations of 5-fluorouracil (5FU) or doxorubicin (DXR) were loaded onto the filters. Figures 4A and 4B: Relative levels of HA-ADE2 or HA-43GAr-ADE2 mRNAs that were untreated or treated with the indicated concentrations of 5FU (FIG. 4A) or DXR (FIG. using the qRTPCR technique. Figures 4A and 4B show the average of the results of three independent tests. FIGS. 4C and 4D: The same cell extracts as those used for FIGS. 4A and 4B were analyzed by SDS-PAGE and Western blot in order to determine the relative levels of 43 GA-Ade2p or of Ade2p with respect to actin which was used as a charge indicator. Figures 4C and 4D show the effect of the indicated concentrations of 5FU or DXR on the level of HA-43GAr-Ade2p compared to HA-Ade2p.
La Figure 5 illustre que le DXR stimule de manière spécifique la présentation antigénique à partir de la construction 235GAr-Ova dans un essai basé sur les cellules T, et augmente le niveau d'expression de la protéine EBNA1. Des cellules HEK 293 T Kb exprimant de manière stable la molécule du CMH de Classe I Kb ont été transfectées avec des plasmides codant l'ovalbumine de poulet seule (OVA - partie gauche des figures 5A, 5B et 5C), ou codant l'ovalbumine de poulet fusionnée au domaine GAr complet (235GAr-OVA - partie droite des figures 5A, 5B et 5C).Figure 5 illustrates that DXR specifically stimulates antigen presentation from the 235GAr-Ova construct in a T-cell based assay, and increases the level of expression of the EBNA1 protein. HEK 293 T Kb cells stably expressing the class I Kb MHC molecule were transfected with plasmids encoding chicken ovalbumin alone (OVA - left-hand portion of Figures 5A, 5B and 5C), or coding for ovalbumin whole-range fused chicken GAr (235GAr-OVA - right-hand portion of Figures 5A, 5B and 5C).
Figure 5A : niveaux d'expression des protéines OVA et 235GAr-OVA dans les cellules HEK 293 T Kb. Figure 5B : la présentation des antigènes dérivés de OVA restreinte au CMH de Classe I a été estimée après traitement des cellules avec des concentrations croissantes de DXR pendant 24 heures, puis en mesurant l'activité f3Gal dans les cellules T de l'hybridome reporter B3Z CD8+. Les résultats ont été normalisés par comparaison avec la présentation du peptide SL8 exogène. Figure 5C : la présentation des antigènes dérivés de OVA restreinte au CMH de Classe I a été estimée après traitement des cellules avec des concentrations croissantes de 5FU pendant 24 heures, puis en mesurant l'activité (3Gal dans les cellules T de l'hybridome reporter B3Z CD8+. Les résultats ont été normalisés par comparaison avec la présentation su peptide SL8 exogène. Figure 5D : De manière similaire, les niveaux des protéines EBNA1 et EBNA14 dans les cellules HEK 293 T ont été déterminés après 24 heures de traitement avec les concentrations indiquées de DXR. L'actine a été utilisée comme contrôle de charge. Figure 5E : Des cellules de lymphome de Burkitt Raji exprimant de manière endogène une protéine EBNA1 ont été transfectées avec un ADNc codant une protéine EBNA1 dont le domaine GAr est plus long, ce qui a permis la détection de EBNA1 endogène et de EBNA1 exogène dans les mêmes cellules après traitement avec DXR pendant 8 heures. L'actine a été utilisée comme témoin de charge. Les résultats ont été comparés par analyse de variance à un facteur « one-way analysis of variance ») avec le test de Dunnett avec comparaison multiple (*** signifie p<0,001 ; ** signifie p<0.01).Figure 5A: Expression levels of OVA and 235GAr-OVA proteins in HEK 293 T Kb cells. Figure 5B: Presentation of class I MHC restricted OVA derived antigens was estimated after treatment of cells with increasing concentrations of DXR for 24 hours, then measuring f3Gal activity in reporter B3Z hybridoma T cells. CD8 +. The results were normalized by comparison with the presentation of the exogenous SL8 peptide. Figure 5C: Presentation of class I MHC-restricted OVA derived antigens was estimated after treatment of cells with increasing concentrations of 5FU for 24 hours and then measuring the activity (3Gal in T cells of the reporter hybridoma B3Z CD8 + The results were normalized by comparison with the exogenous SL8 peptide presentation Figure 5D: Similarly, EBNA1 and EBNA14 protein levels in HEK 293 T cells were determined after 24 hours of treatment with the indicated concentrations. Actin was used as a load control Figure 5E: Burkitt Raji lymphoma cells endogenously expressing an EBNA1 protein were transfected with a cDNA encoding an EBNA1 protein whose GAr domain is longer; which allowed the detection of endogenous EBNA1 and exogenous EBNA1 in the same cells after treatment with DXR for 8 hours. was used as a load control The results were compared by one-way analysis of variance analysis with Dunnett's multiple comparison test (*** means p <0.001; ** means p <0.01).
La Figure 6 illustre l'effet de DXR et ses analogues chimiques sur la suppression de la traduction médiée par GAr chez la levure et sur l'induction de l'expression de p53 et de p21 dans les cellules de mammifère. Figure 6A : Représentation des structures chimiques de la doxorubicine et de ses analogues.Figure 6 illustrates the effect of DXR and its chemical analogues on the suppression of GAr mediated translation in yeast and on the induction of p53 and p21 expression in mammalian cells. Figure 6A: Representation of chemical structures of doxorubicin and its analogues.
Figure 6B : boite de criblage levure avec les dérivés de la doxorubicine. Figure 6C : On a estimé l'effet génotoxique de DXR et de ses analogues spécifiés par Western blot en utilisant comme données de visualisation l'activation de l'expression du gène suppresseur de tumeur p53 et de l'un de ses gènes cibles p21 dans des cellules A549. La Figure 7 illustre l'effet de DXR et de ses analogues chimiques sur la présentation antigénique dans des tests basés sur les cellules T. On a évalué l'effet de la daunorubicine (Figure 7A), de la valrubicine (Figure 7B), de l'etoposide (Figure 7C) et de l'épirubicine (Figure 7D) sur la présentation de l'antigène en utilisant le test basé sur les cellules T, comme décrit dans la Figure 5. Les résultats ont été comparés par analyse de variance à un facteur « one-way analysis of variance ») avec le test de Dunnett avec comparaison multiple (*** signifie p<0,001 ; ** signifie p<0.01). DESCRIPTION DETAILLEE DE L'INVENTION La présente invention fournit un procédé pour la sélection de substances actives à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus.Figure 6B: yeast screening box with derivatives of doxorubicin. FIG. 6C: The genotoxic effect of DXR and its specified analogues by Western blot was estimated using as visualization data the activation of the expression of the p53 tumor suppressor gene and one of its p21 target genes in A549 cells. Figure 7 illustrates the effect of DXR and its chemical analogues on antigen presentation in T-cell based assays. The effect of daunorubicin (Figure 7A), valrubicin (Figure 7B), etoposide (Figure 7C) and epirubicin (Figure 7D) on antigen presentation using the T-cell based assay, as described in Figure 5. The results were compared by analysis of variance to a "one-way analysis of variance" factor) with Dunnett's multiple comparison test (*** means p <0.001, ** means p <0.01). DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION The present invention provides a method for the selection of active substances against infection with a gamma herpes virus.
On entend également par «procédé pour la sélection de substances actives à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus» des procédés susceptibles d'agir sur la capacité de ces gamma herpès virus à échapper au système immunitaire de l'hôte. La présente invention fournit donc également des procédés applicables pour la sélection de composés susceptibles de traiter et/ou prévenir des pathologies associées à EBV, telles que les cancers associés à EBV. La demanderesse a conçu un procédé pour la sélection de substances actives à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, lequel procédé met en oeuvre des cellules de levure recombinantes. Plus précisément, la demanderesse a conçu des cellules de levure recombinantes aptes à exprimer des constructions polypeptidiques recombinantes comprenant tout ou partie d'une «protéine de stabilité » d'un gamma herpès virus, dite protéine GMP (pour « Genome Maintenance Protein »), l'expression de ces constructions polypeptidiques dans lesdites cellules de levure recombinantes pouvant être aisément détectée ou quantifiée, en particulier par détection d'un peptide ou un polypeptide de type « rapporteur ». La demanderesse a ainsi montré qu'une corrélation existait entre (i) la modulation du niveau d'expression des constructions recombinantes par ces cellules de levure, sous l'effet d'un composé candidat et (ii) l'aptitude dudit composé candidat à agir à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, en particulier dans une cellule de mammifère. Avantageusement, et comme montré dans les exemples, une cellule de mammifère peut être une cellule humaine.The term "process for the selection of active substances against infection with a gamma herpes virus" also means methods that can influence the ability of these gamma herpes viruses to escape the host's immune system. The present invention therefore also provides applicable methods for the selection of compounds capable of treating and / or preventing EBV-associated pathologies, such as EBV-associated cancers. The Applicant has devised a method for the selection of active substances against infection with a gamma herpes virus, which process uses recombinant yeast cells. More specifically, the Applicant has designed recombinant yeast cells capable of expressing recombinant polypeptide constructs comprising all or part of a "stability protein" of a gamma herpes virus, called GMP protein (for "Genome Maintenance Protein"), the expression of these polypeptide constructs in said recombinant yeast cells being easily detectable or quantified, in particular by detecting a "reporter" type peptide or polypeptide. The Applicant has thus shown that a correlation existed between (i) the modulation of the level of expression of the recombinant constructs by these yeast cells, under the effect of a candidate compound and (ii) the aptitude of said candidate compound to act against infection by a gamma herpesvirus, especially in a mammalian cell. Advantageously, and as shown in the examples, a mammalian cell may be a human cell.
En particulier, la demanderesse a montré que, dans les cellules recombinantes de levure qui ont été conçues, la protéine GMP complète ou le domaine contenant les séquences répétées de cette dernière responsables de la furtivité du virus, agit en inhibant la traduction de son propre ARNm, comme cela a été montré dans les cellules humaines. Illustrativement, cette protéine GMP peut être le domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr (EBV). En d'autres termes, il est fourni selon l'invention, avec les cellules de levure recombinantes définies dans la présente description, un modèle cellulaire eucaryote mimant la physiologie humaine d'un gamma herpès virus, et plus spécifiquement mimant les mécanismes utilisés par les gamma herpès virus dans les cellules humaines pour échapper au contrôle d'une infection virale par le système immunitaire. Ainsi, les cellules de levures recombinantes qui ont été conçues par la demanderesse peuvent être utilisées pour sélectionner des composés d'intérêt thérapeutiques, destinés au traitement d'infections par des gamma herpès virus. Il est encore fourni, selon l'invention, des cellules de mammifères exprimant un antigène de classe I du CMH et aptes à exprimer des constructions polypeptidiques recombinantes comprenant tout ou partie d'une protéine GMP (pour « Genome Maintenance Protein ») d'un gamma herpès virus, l'expression de ces constructions polypeptidiques dans lesdites cellules de mammifères pouvant être également détectée ou quantifiée, en particulier par un peptide ou un polypeptide de type « rapporteur ».In particular, the Applicant has shown that, in the recombinant yeast cells which have been designed, the complete GMP protein or the domain containing the repeated sequences of the latter responsible for the stealth of the virus, acts by inhibiting the translation of its own mRNA. as has been shown in human cells. Illustratively, this GMP protein may be the GAr domain of Epstein-Barr virus (EBV) EBNA1 protein. In other words, it is provided according to the invention, with the recombinant yeast cells defined in the present description, a eukaryotic cell model mimicking the human physiology of a gamma herpes virus, and more specifically mimicking the mechanisms used by the gamma herpes virus in human cells to escape the control of a viral infection by the immune system. Thus, the recombinant yeast cells that have been designed by the Applicant can be used to select compounds of therapeutic interest, intended for the treatment of infections with gamma herpes viruses. Mammalian cells expressing a class I MHC antigen and capable of expressing recombinant polypeptide constructs comprising all or part of a GMP protein (for "Genome Maintenance Protein") of a mammalian cell expressing MHC class I antigen are also provided according to the invention. gamma herpes virus, the expression of these polypeptide constructs in said mammalian cells can also be detected or quantified, in particular by a peptide or a "reporter" type polypeptide.
Au sens de l'invention, on entend en particulier par « gamma herpès virus» tout virus appartenant aux genres Lymphocryptovirus, Rhadinovirus, Macavirus ou Percavirus. Selon un mode préféré de réalisation, le Lymphocryptovirus peut être le virus d'Epstein-Barr ou le virus KSHV.Within the meaning of the invention, the term "gamma herpesvirus" is understood to mean any virus belonging to the genera Lymphocryptovirus, Rhadinovirus, Macavirus or Percavirus. According to a preferred embodiment, the Lymphocryptovirus may be Epstein-Barr virus or KSHV virus.
La protéine GMP complète, laquelle inclut les séquences répétées responsables de la furtivité du virus, agit en inhibant la traduction de son propre ARNm (on parle d'inhibition en cis).The complete GMP protein, which includes the repetitive sequences responsible for the stealth of the virus, works by inhibiting the translation of its own mRNA (referred to as cis inhibition).
Ainsi, selon un mode particulier de réalisation, la protéine GMP de gamma herpès virus, ou partie [GMP], laquelle est comprise dans la protéine recombinante exprimée par les cellules de l'invention, est codée par un acide nucléique dont la séquence correspond à celle présente dans la souche dudit gamma herpès virus.Thus, according to a particular embodiment, the GMP protein of gamma herpes virus, or part thereof [GMP], which is included in the recombinant protein expressed by the cells of the invention, is encoded by a nucleic acid whose sequence corresponds to that present in the strain of said gamma herpes virus.
A cet égard, et toujours selon ce mode de réalisation, on comprend que l'acide nucléique codant pour ladite protéine recombinante comprend préférentiellement un acide nucléique correspondant à celui présent dans la souche dudit gamma herpès virus. Les cellules de mammifères et de levures recombinantes sont adaptées à la mise en oeuvre des procédés de sélection détaillés ci-dessous. Avantageusement, les cellules de levure et les cellules de mammifères de l'invention sont modifiées génétiquement, par insertion dans leur génome d'au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER].In this respect, and still according to this embodiment, it is understood that the nucleic acid encoding said recombinant protein preferably comprises a nucleic acid corresponding to that present in the strain of said gamma herpes virus. The mammalian and recombinant yeast cells are suitable for carrying out the selection methods detailed below. Advantageously, the yeast cells and the mammalian cells of the invention are genetically modified by insertion into their genome of at least one copy of a nucleic acid rendering these cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least a part [ GMP] and at least one part [REPORTER].
De préférence, ces cellules sont modifiées génétiquement de manière à insérer dans leur génome une unique copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante de l'invention, laquelle comprend au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER]. L'insertion, dans le génome, dudit acide nucléique en une unique copie présente un certain nombre d'avantages, en particulier un meilleur contrôle de l'expression du gène rapporteur, l'absence de phénomènes de surexpression et la réduction de la toxicité desdites insertions. Les lignées obtenues sont ainsi plus stables, permettant de fait une plus grande reproductibilité lorsqu'elles sont mises en oeuvres dans les procédés de sélection de l'invention.Preferably, these cells are genetically modified so as to insert into their genome a single copy of a nucleic acid rendering these cells capable of expressing a recombinant protein of the invention, which comprises at least one [GMP] part and at least one part [REPORTER]. The insertion into the genome of said nucleic acid in a single copy has a number of advantages, in particular a better control of the expression of the reporter gene, the absence of overexpression phenomena and the reduction of the toxicity of said insertions. The lines obtained are thus more stable, allowing for greater reproducibility when they are used in the selection processes of the invention.
PROCEDES DE SELECTION La présente invention est relative à un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, et les cellules de levure étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de ladite protéine recombinante par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de ladite protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. Une « protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER] » au sens de l'invention, inclut également une « protéine recombinante comprenant une unique partie [GMP] et une unique partie [REPORTER].SELECTING METHODS The present invention relates to an in vitro method for selection of active compounds against infection with a gamma herpes virus, comprising the steps of: a) culturing yeast cells in the genome of which has been inserting at least one copy of a nucleic acid rendering said cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least a portion [GMP] and at least a portion [REPORTER], wherein: [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, and the yeast cells being grown in the presence of a candidate compound, b) measuring the level of production of said recombinant protein by the cells cultured in step a), and c) comparing the level of production of said p recombinant rotin measured in step b) with a reference value. A "recombinant protein comprising at least a portion [GMP] and at least a portion [REPORTER]" within the meaning of the invention, also includes a "recombinant protein comprising a single portion [GMP] and a single portion [REPORTER].
Selon certains modes de réalisation, ladite protéine recombinante peut donc comprendre une séquence comprenant un polypeptide de formule (Ia) ou (Ib) suivante : NH2-[GMP]-[REPORTER]-COOH (Ia) ou NH2-[REPORTER]-[GMP]-COOH (lb).According to some embodiments, said recombinant protein may therefore comprise a sequence comprising a polypeptide of formula (Ia) or (Ib): NH2- [GMP] - [REPORTER] -COOH (Ia) or NH2- [REPORTER] - [ GMP] -COOH (lb).
Selon un mode particulier de réalisation, la dite protéine recombinante comprend au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER], la partie [GMP] étant placée en N-terminal de la partie [REPORTER]. Selon ce mode de réalisation, la partie [GMP] peut en particulier être la partie [GAr] de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr.According to a particular embodiment, said recombinant protein comprises at least one part [GMP] and at least one part [REPORTER], the part [GMP] being placed in N-terminal of the part [REPORTER]. According to this embodiment, the [GMP] portion may in particular be the [GAr] portion of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus.
Avantageusement, ladite protéine recombinante peut en outre inclure un ou plusieurs peptides additionnels de type « étiquette » ou « tag », aptes à se lier à un ligand. Ces peptides additionnels peuvent en particulier être utilisés comme moyens de détection, afin de quantifier la concentration en protéine recombinante dans ladite cellule.Advantageously, said recombinant protein may further include one or more additional peptides of "tag" or "tag" type, capable of binding to a ligand. These additional peptides may in particular be used as detection means, in order to quantify the concentration of recombinant protein in said cell.
Il est clair que de tels peptides « étiquette » peuvent être aussi bien présents en N-terminal qu'en C-terminal.It is clear that such "tag" peptides can be present both in N-terminal and C-terminal.
Selon un mode de réalisation exemplifié, un peptide « étiquette » (ou [TAG]) peut être greffé en N-terminal de la construction. Dans certains modes de réalisation particuliers, la protéine recombinante comprend une partie [TAG] (incluant [TAG1] ou [TAG2]), ladite partie [TAG] étant un peptide choisi dans la liste suivante: un peptide HA, un peptide poly-histidine, un peptide poly-glutamate, un peptide Calmoduline, un peptide FLAG, et un peptide c-myc. Une protéine recombinante de l'invention peut donc comprendre, zéro, une, ou plusieurs parties [TAG], en N-terminal ou en C-terminal de la construction. Selon un mode de réalisation exemplifié, la protéine recombinante comprend 10 un peptide HA en N-terminal de la construction. Avantageusement, la présence d'une partie [TAG] aux protéines recombinantes exprimées par les cellules de l'invention permet de vérifier, par exemple par Western Blot, la variation d'expression de ladite protéine recombinante. Une protéine recombinante selon l'invention peut être sous la dépendance du 15 promoteur pADH, ou promoteur du gène ADH. Une protéine recombinante selon l'invention peut être sous la dépendance du promoteur pTEF, ou promoteur du gène TEF. La présente invention fournit en particulier un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les 20 étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],,-[GMP]-[REPORTER]- [TAG2]y-COOH (I), 25 dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et 30 - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, les cellules de levures étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de la protéine de formule (I) par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de la protéine de formule (I) mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence.According to an exemplary embodiment, a "tag" peptide (or [TAG]) can be grafted at the N-terminus of the construct. In certain particular embodiments, the recombinant protein comprises a portion [TAG] (including [TAG1] or [TAG2]), said portion [TAG] being a peptide selected from the following list: an HA peptide, a poly-histidine peptide , a polyglutamate peptide, a Calmodulin peptide, a FLAG peptide, and a c-myc peptide. A recombinant protein of the invention may therefore comprise, zero, one or more parts [TAG], N-terminal or C-terminal of the construction. According to an exemplary embodiment, the recombinant protein comprises an N-terminal HA peptide of the construct. Advantageously, the presence of a portion [TAG] to the recombinant proteins expressed by the cells of the invention allows to verify, for example by Western Blot, the expression variation of said recombinant protein. A recombinant protein according to the invention may be under the control of the pADH promoter, or promoter of the ADH gene. A recombinant protein according to the invention may be under the control of the pTEF promoter, or promoter of the TEF gene. In particular, the present invention provides an in vitro method for selection of active compounds against gamma herpesvirus infection, comprising the following steps: a) culturing yeast cells in the genome from which it has been inserted; at least one copy of a nucleic acid rendering said cells capable of expressing a recombinant protein of following formula (I): NH 2 - [TAG 1] - [GMP] - [REPORTER] - [TAG 2] y -COOH (I), Wherein: [TAG1] and [TAG2] mean a peptide capable of binding to a ligand, - x and y, the same or different, represent an integer equal to 0 or 1, - [GMP] means a polypeptide comprising any or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, yeasts being cultured in the presence of a candidate compound, b) measuring the to the production of the protein of formula (I) by the cells cultured in step a), and c) comparing the production level of the protein of formula (I) measured in step b) with a reference value .
Selon un mode préféré de réalisation, le polypeptide [GMP] comprend le domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, ou d'un fragment de celui-ci. Ainsi, la présente invention est également relative à un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GAr] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GAr] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, et les cellules de levure étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de ladite protéine recombinante par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de ladite protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence.According to a preferred embodiment, the [GMP] polypeptide comprises the GAr domain of the EBNA1 protein of Epstein-Barr virus, or a fragment thereof. Thus, the present invention also relates to an in vitro method for selection of active compounds against infection with a gamma herpesvirus, comprising the following steps: a) cultivating yeast cells in the genome of which has been inserting at least one copy of a nucleic acid rendering said cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least a portion [GAr] and at least a portion [REPORTER], wherein: [GAr] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of the GAr domain of the EBNA1 protein of Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, and the yeast cells being grown in the presence of a candidate compound, b) measuring the level of production of said recombinant protein by the cells cultured in step a), and c) comparing the level of production of said protein recombinant measured in step b) with a reference value.
Ainsi, la présente invention est également relative à un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par un gamma herpès virus, comprenant les étapes suivantes : a) cultiver des cellules de levure dans le génome desquelles a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante de formule (II) suivante : NH2- [TAG]'- [GMP]- [REPORTER]-COOH (II), dans laquelle : - [TAG] signifie un peptide apte à se lier à un ligand, - x est un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure, les cellules de levures étant cultivées en présence d'un composé candidat, b) mesurer le niveau de production de la protéine de formule (II) par les cellules cultivées à l'étape a), et c) comparer le niveau de production de la protéine de formule (II) mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. Dans certains modes de réalisation, l'invention concerne également des procédés de sélection tels que décrits ci-dessus, dans lesquels ladite protéine recombinante comprend une partie [GMP] comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus choisi parmi un Lymphocryptovirus, un Rhadinovirus, un Macavirus et un Percavirus. En particulier, la dite protéine recombinante comprend une partie [GMP] comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du 20 génome d'un gamma herpès virus choisi parmi le virus KSHV, le virus d'Epstein-Barr (EBV) et le papio virus (HVP), tout particulièrement KSHV et EBV. L' expression « la protéine recombinante comprend ... » ou « l'acide nucléique comprend... » s'entend également par « la protéine recombinante est constituée par/de... » et « l'acide nucléique est constitué par/de... ». 25 De préférence, la dite protéine recombinante comprend une partie [GMP] comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome du virus d'Epstein-Barr. Encore plus préférentiellement, la dite protéine recombinante comprend une partie [GAr] comprenant tout ou partie du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus 30 d'Epstein-Barr. Dans certains modes de réalisation, la protéine recombinante comprend un peptide comprenant de 8 à 250 acides aminés continus d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, ce qui inclut de 8 à 250 acides aminés continus d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, par exemple de 10 à 250, par exemple de 15 à 250 acides aminés, ce qui inclut de 20 à 60 acides aminés, ce qui inclut également 21 acides aminés, 43 acides aminés, 235 acides aminés et 239 acides aminés.Thus, the present invention also relates to an in vitro method for selection of active compounds against infection with a gamma herpesvirus, comprising the following steps: a) cultivating yeast cells in the genome of which has been inserting at least one copy of a nucleic acid rendering said cells capable of expressing a recombinant protein of the following formula (II): NH 2 - [TAG] - [GMP] - [REPORTER] -COOH (II), in which: [TAG] means a peptide capable of binding to a ligand, - x is an integer equal to 0 or 1, - [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a protein of stability of genome of a gamma herpesvirus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells, the yeast cells being cultured in the presence of a candidate compound, b) measuring the level of production of the protein of formula (II) by the cells lules grown in step a), and c) compare the level of production of the protein of formula (II) measured in step b) with a reference value. In some embodiments, the invention also relates to screening methods as described above, wherein said recombinant protein comprises a [GMP] portion comprising all or part of the amino acid sequence of a stability protein genome of a gamma herpesvirus selected from Lymphocryptovirus, Rhadinovirus, Macavirus and Percavirus. In particular, said recombinant protein comprises a part [GMP] comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus selected from the KSHV virus, the Epstein virus -Barr (EBV) and papio virus (HVP), especially KSHV and EBV. The expression "the recombinant protein comprises ..." or "the nucleic acid comprises ..." is also understood as "the recombinant protein is constituted by / of ..." and "the nucleic acid is constituted by / of ... ". Preferably, said recombinant protein comprises a [GMP] portion comprising all or part of the amino acid sequence of an Epstein-Barr virus genome stability protein. Even more preferentially, said recombinant protein comprises a part [GAr] comprising all or part of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus. In some embodiments, the recombinant protein comprises a peptide comprising from 8 to 250 continuous amino acids of a genome stability protein of a gamma herpes virus, which includes from 8 to 250 continuous amino acids of a genome stability of a gamma herpes virus, for example from 10 to 250, for example from 15 to 250 amino acids, which includes from 20 to 60 amino acids, which also includes 21 amino acids, 43 amino acids, 235 acids amino and 239 amino acids.
Au sens de l'invention, un peptide comprenant de 8 à 250 acides aminés continus d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus inclut un peptide comprenant 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, ou 250 acides aminés continus d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus. Dans certains modes de réalisation, la protéine recombinante comprend un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr.Within the meaning of the invention, a peptide comprising from 8 to 250 continuous amino acids of a genome stability protein of a gamma herpes virus includes a peptide comprising 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 , 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 , 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65 ,,,,, , 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115 , 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140 , 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165 , 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190 , 19 1, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, or 250 continuous amino acids of a genome stability protein of a gamma herpes virus. In some embodiments, the recombinant protein comprises a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of Epstein-Barr virus EBNA1 protein.
On comprend donc que, au sens de l'invention, et selon ce mode de réalisation, un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr inclut un peptide comprenant 8, 9, 10, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 11, 35, 59, 83, 12, 13, 14, 36, 37, 38, 60, 61, 62, 84, 85, 86, 106, 107, 124, 125, 15, 39, 63, 87, 108, 126, 127, 145, 163, 181, 199, 217, 235, 128, 146, 164, 182, 200, 218, 236, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 237, 238 ou 239 acides aminés continus du domaine GAr en question. 143, 161, 179, 197, 215, 233, 144, 162, 180, 198, 216, 234, Dans certains modes de réalisation particuliers, la protéine recombinante comprend un peptide comprenant de 15 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et de préférence de 20 à 60 acides aminés. Ainsi, selon un mode de réalisation, la protéine recombinante comprend un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr de séquence SEQ ID N°2. Ainsi, selon un autre mode de réalisation, ladite protéine recombinante est codée par un acide nucléique, lequel comprend une séquence codant pour un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr. La présence d'une partie [REPORTER] dans la protéine recombinante exprimée par les cellules de l'invention va ainsi permettre de quantifier le niveau de production de ladite protéine recombinante, en déterminant le taux d'expression de cette partie [REPORTER]. Une partie [REPORTER] correspond donc à un peptide ou à une protéine possédant une caractéristique lui permettant d'être observé en laboratoire. Ainsi une partie [REPORTER] peut correspondre au produit d'un des nombreux gènes « rapporteur » connus par l'Homme du métier, tels que la GFP (ou « green fluorescent protein »), ou encore des enzymes dont l'action provoquera directement ou indirectement l'apparition d'un produit coloré, tels que le gène codant pour la P-galactosidase. Il est communément admis qu'un gène « rapporteur » est un gène dont le produit (peptide ou protéine) possède une caractéristique lui permettant d'être observé en laboratoire.It is thus understood that, within the meaning of the invention, and according to this embodiment, a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of Epstein-Barr virus includes a peptide comprising 8, 9 , 10, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 40, 41, 42, 43, 44 , 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74 , 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104 , 105, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 11, 35, 59, 83, 12, 13, 14, 36, 37 , 38, 60, 61, 62, 84, 85, 86, 106, 107, 124, 125, 15, 39, 63, 87, 108, 126, 127, 145, 163, 181, 199, 217, 235, 128 , 146, 164, 182, 200, 218, 236, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 147, 148, 149, 150, 151 , 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 1 77, 178, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 237, 238 or 239 continuous amino acids of the GAr domain in question. 143, 161, 179, 197, 215, 233, 144, 162, 180, 198, 216, 234, In certain particular embodiments, the recombinant protein comprises a peptide comprising from 15 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of Epstein-Barr virus, and preferably from 20 to 60 amino acids. Thus, according to one embodiment, the recombinant protein comprises a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus of sequence SEQ ID No. 2. Thus, according to another embodiment, said recombinant protein is encoded by a nucleic acid, which comprises a sequence coding for a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus. The presence of a portion [REPORTER] in the recombinant protein expressed by the cells of the invention will thus make it possible to quantify the level of production of said recombinant protein, by determining the level of expression of this part [REPORTER]. A [REPORTER] part therefore corresponds to a peptide or a protein having a characteristic allowing it to be observed in the laboratory. Thus a portion [REPORTER] may correspond to the product of one of the many "reporter" genes known to those skilled in the art, such as GFP (or "green fluorescent protein"), or enzymes whose action will directly cause or indirectly the appearance of a colored product, such as the gene coding for β-galactosidase. It is commonly accepted that a "reporter" gene is a gene whose product (peptide or protein) has a characteristic allowing it to be observed in the laboratory.
De préférence, une partie [REPORTER] permet donc une quantification rapide, par visualisation dans le milieu de culture, du produit formé. Dans certains modes de réalisation particuliers, la protéine recombinante comprend une partie [REPORTER] choisie dans un groupe comprenant une protéine fluorescente et une enzyme. Avantageusement, la partie [REPORTER] peut consister en une enzyme susceptible d'induire dans le milieu de culture une réaction colorée permettant la sélection des colonies par quantification du taux d'expression de la protéine recombinante. Dans certains modes de réalisation particuliers, la protéine recombinante 10 comprend donc une partie [REPORTER] consistant en l'enzyme Ade2p. Selon ce mode de réalisation, la protéine recombinante comprend de préférence une partie [REPORTER] consistant en l'enzyme Ade2p de Saccharomyces cerevisiae. L'enzyme Ade2p est codée par le gène rapporteur ADE2 de la levure, et concerne une phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, laquelle est impliquée dans la 15 voie de biosynthèse de l'adénine. Les cellules de levure dans lesquelles le gène ADE2 a été muté ou supprimé (souches ade24) forment des colonies rouges dans un milieu riche, en raison de l'accumulation de phosphoribosylaminoimidazole (AIR), le substrat de Ade2p, lequel devient rouge après oxydation. A l'inverse, des cellules exprimant une quantité suffisante de Ade2p formeront 20 des colonies blanches. Une quantité intermédiaire de Ade2p entraine la formation de colonies roses, dont l'intensité est proportionnelle à la quantité produite de Ade2p. A titre d'exemple, les cellules de levure peuvent être cultivées dans les milieux suivants : YPD [1% (p/p) yeast extract, 2% (p/v) peptone, 2% (p/v) glucose], 1/2 YPD [0.5% (p/v) yeast extract, 2% (p/v) peptone, 2% (p/v) glucose]. 25 Les milieux de culture solides peuvent contenir 2 % (p/v) agar. Selon un mode particulier de réalisation, la protéine recombinante comprend de préférence une partie [REPORTER] consistant en l'enzyme Ade2p, et les cellules de levure sont des cellules de levure possédant un gène ADE2 non fonctionnel, par exemple 30 de génotype ade2-1 ou ade221). Les souches de levure utilisées peuvent donc être dérivées de la souche « W303 WT »: MATa, leu2-3,112 trp 1-1 canl-100 ura3-1 ade2-1 his3-11,15 .Preferably, a portion [REPORTER] thus allows a rapid quantification, by visualization in the culture medium, of the product formed. In some particular embodiments, the recombinant protein comprises a [REPORTER] moiety selected from a group comprising a fluorescent protein and an enzyme. Advantageously, the [REPORTER] portion may consist of an enzyme capable of inducing in the culture medium a colored reaction allowing the selection of colonies by quantifying the level of expression of the recombinant protein. In some particular embodiments, the recombinant protein therefore comprises a [REPORTER] portion consisting of the enzyme Ade2p. According to this embodiment, the recombinant protein preferably comprises a [REPORTER] portion consisting of the enzyme Ade2p of Saccharomyces cerevisiae. The enzyme Ade2p is encoded by the yeast ADE2 reporter gene, and relates to a phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, which is involved in the adenine biosynthesis pathway. Yeast cells in which the ADE2 gene has been mutated or deleted (ade24 strains) form red colonies in a rich medium, due to the accumulation of phosphoribosylaminoimidazole (AIR), the substrate of Ade2p, which becomes red after oxidation. Conversely, cells expressing a sufficient amount of Ade2p will form white colonies. An intermediate amount of Ade2p leads to the formation of pink colonies, the intensity of which is proportional to the amount of Ade2p produced. For example, yeast cells can be cultured in the following media: YPD [1% (w / w) yeast extract, 2% (w / v) peptone, 2% (w / v) glucose], 1 YPD [0.5% (w / v) yeast extract, 2% (w / v) peptone, 2% (w / v) glucose]. Solid culture media may contain 2% (w / v) agar. According to a particular embodiment, the recombinant protein preferably comprises a part [REPORTER] consisting of the enzyme Ade2p, and the yeast cells are yeast cells having a non-functional ADE2 gene, for example of genotype ade2-1. or ade221). The yeast strains used can therefore be derived from the strain "W303 WT": MATa, leu2-3,112 trp 1-1 canl-100 ura3-1 ade2-1 his3-11,15.
Selon un mode particulier de réalisation, le génotype de la souche ade2A est le suivant : MATa,leu2-3,112 trp1-1 canl-100 ura3-1 ade2-1::his5s. pombe A cet égard, et selon un mode préféré de réalisation, les cellules de levure sont des cellules de Saccharomyces cerevisiae ou Schizosaccharomyces pombe, de préférence des cellules de Saccharomyces cerevisiae, et de préférence de génotype MATA leu2-3, 112 trpl-1 canl-100 ura3-1 ade2-1 ::his5s.pombe On comprend donc qu'une souche préférée de l'invention est une souche ne produisant pas de protéine comprenant, ladite partie [REPORTER], ce qui inclut donc à la fois (i) les souches incapables naturellement de produire ladite protéine, et (ii) les souches rendues incapables de le faire, par exemple suite à une mutation ou une délétion. Lorsque l'enzyme Ade2p est utilisée comme partie [REPORTER], une souche selon l'invention ne produira donc pas l'enzyme Ade2p de manière endogène. Selon un mode de réalisation, lorsque l'enzyme Ade2p est utilisé comme partie [REPORTER], l'étape b) des procédés peut être réalisée par détermination de la couleur des cellules cultivées à l'étape a). Comme cela est illustré dans les exemples, le procédé de sélection décrit ci-dessus a permis de sélectionner, à partir d'une vaste collection de composés candidats, plusieurs composés d'intérêt aptes à moduler l'expression d'une protéine GMP de gamma herpès virus, en particulier de composés capables de réduire la capacité d'une protéine GMP de gamma herpès virus à inhiber la traduction de son propre ARNm, et ainsi d'exposer les cellules infectées par le gamma herpès virus considéré à l'action cytotoxique des lymphocytes T CD8+ de l'hôte. Il est montré dans les exemples que les composés sélectionnés par le procédé décrit ci-dessus permettent la présentation de la protéine GMP virale considérée à la surface des cellules hôtes infectées en association avec une molécule de Classe I du CMH, lesdites cellules hôtes devenant des cibles pour les lymphocytes T CD8+ de l'hôte. Ainsi, l'invention concerne également un procédé in vitro de sélection de composés actifs à l'encontre d'une infection par le virus d'Epstein-Barr comprenant les étapes suivantes : 1) cultiver des cellules de mammifère ayant les caractéristiques suivantes : (i)) lesdites cellules expriment un antigène de Classe I du CMH, et (ii) lesdites cellules expriment une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome de gamma herpès virus, de préférence du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de mammifère, les cellules de mammifère étant cultivées en présence d'un composé candidat, 2) mesurer le niveau d'expression de la protéine recombinante associée au CMH de classe I à la surface des cellules cultivées à l'étape a), et 3) comparer le niveau d'expression de la protéine recombinante mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. Selon un mode de réalisation particulier, l'invention concerne donc également un procédé tel que décrit ci-dessus, dans lequel ladite protéine recombinante est une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],,-[GMP]-[REPORTER]-[TAG2]y-COOH (I), dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome de gamma herpès virus, de préférence du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de mammifère. Selon un mode de réalisation alternatif, l'invention concerne un procédé tel que décrit ci-dessus, dans lequel ladite protéine recombinante est une protéine recombinante de formule (II) suivante : NH2-[TAG]'-[GMP]-[REPORTER]-COOH (II), dans laquelle : - [TAG] signifie un peptide apte à se lier à un ligand, - x représente un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome de gamma herpès virus, de préférence du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de mammifère. Comme vu précédemment, la protéine recombinante peut comprendre une partie [GMP] de taille variable, ayant par exemple une longueur allant de 8 à 250 acides aminés continus d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, de préférence du virus d'Epstein-Barr. En particulier, la protéine recombinante peut comprendre une partie [GMP] ayant une longueur allant de 8 à 250 acides aminés, en particulier de 15 à 250 acides aminés, ce qui inclut de 20 à 60 acides aminés.According to a particular embodiment, the genotype of the ade2A strain is the following: MATa, leu2-3,112 trp1-1 can1-100 ura3-1 ade2-1 :: his5s. In this regard, and according to a preferred embodiment, the yeast cells are Saccharomyces cerevisiae or Schizosaccharomyces pombe cells, preferably Saccharomyces cerevisiae cells, and preferably of MATA leu2-3, 112 trp-1 canl genotype. It is therefore understood that a preferred strain of the invention is a strain which does not produce a protein comprising, said part [REPORTER], which therefore includes both (i.alpha. ) strains that are naturally incapable of producing said protein, and (ii) strains rendered incapable of doing so, for example following a mutation or a deletion. When the enzyme Ade2p is used as part [REPORTER], a strain according to the invention will therefore not produce the enzyme Ade2p endogenously. According to one embodiment, when the enzyme Ade2p is used as part [REPORTER], step b) processes can be carried out by determining the color of the cells cultured in step a). As illustrated in the examples, the selection process described above made it possible to select, from a vast collection of candidate compounds, several compounds of interest capable of modulating the expression of a gamma GMP protein. herpes viruses, in particular compounds capable of reducing the ability of a GMP protein of gamma herpes virus to inhibit the translation of its own mRNA, and thus exposing the cells infected with the gamma herpes virus in question to the cytotoxic action of CD8 + T cells of the host. It is shown in the examples that the compounds selected by the method described above allow the presentation of the viral GMP protein considered on the surface of the infected host cells in association with a class I MHC molecule, said host cells becoming targets. for CD8 + T cells of the host. Thus, the invention also relates to an in vitro method for the selection of active compounds against an infection with Epstein-Barr virus comprising the following steps: 1) cultivating mammalian cells having the following characteristics: i)) said cells express a MHC Class I antigen, and (ii) said cells express a recombinant protein comprising at least a portion [GMP] and at least a portion [REPORTER], wherein: [GMP] signifies a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a stability protein of the genome of gamma herpesvirus, preferably Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cells, the mammalian cells being cultured in the presence of a candidate compound, 2) measuring the expression level of the class I MHC-associated recombinant protein on the surface of the cells grown in step a), and 3) compare the level of expression of the recombinant protein measured in step b) with a reference value. According to a particular embodiment, the invention therefore also relates to a method as described above, wherein said recombinant protein is a recombinant protein of formula (I): NH2- [TAG1] ,, - [GMP] - [REPORTER] - [TAG2] y-COOH (I), wherein: [TAG1] and [TAG2] signify a peptide capable of binding to a ligand, - x and y, identical or different, represent an integer equal to 0 or 1, [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a stability protein of the gamma herpesvirus genome, preferably Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cells. According to an alternative embodiment, the invention relates to a method as described above, wherein said recombinant protein is a recombinant protein of formula (II): NH2- [TAG] - [GMP] - [REPORTER] -COOH (II), wherein: [TAG] means a peptide capable of binding to a ligand, - x represents an integer equal to 0 or 1, - [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the sequence of amino acid of a stability protein of the gamma herpesvirus genome, preferably Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cells. As seen above, the recombinant protein may comprise a portion [GMP] of variable size, for example having a length ranging from 8 to 250 continuous amino acids of a genome stability protein of a gamma herpes virus, preferably of the virus. Epstein-Barr. In particular, the recombinant protein may comprise a [GMP] portion having a length ranging from 8 to 250 amino acids, in particular from 15 to 250 amino acids, which includes from 20 to 60 amino acids.
Avantageusement, les procédés de sélection mettant en oeuvre des cellules recombinantes de levure et des cellules de mammifères peuvent être mis en oeuvre séparément, séquentiellement ou conjointement. Illustrativement, un procédé de sélection mettant en oeuvre des cellules de mammifères peut ainsi être mis en oeuvre à l'égard d'un ou plusieurs composés candidats préalablement sélectionnés par un procédé de sélection mettant en oeuvre les cellules de levure recombinantes de l'invention. Selon un mode de réalisation, l'invention concerne donc un procédé tel que décrit ci-dessus, le composé candidat étant sélectionné par la mise en oeuvre du procédé in vitro de sélection mettant en oeuvre des cellules de levure recombinante.Advantageously, the selection methods using recombinant yeast cells and mammalian cells can be carried out separately, sequentially or in combination. Illustratively, a selection process using mammalian cells can thus be carried out with respect to one or more candidate compounds previously selected by a selection method using the recombinant yeast cells of the invention. According to one embodiment, the invention therefore relates to a method as described above, the candidate compound being selected by the implementation of the in vitro selection process using recombinant yeast cells.
Selon un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de sélection mettant en oeuvre des cellules de mammifères tel que décrit ci-dessus, dans lequel la protéine recombinante comprend une partie [REPORTER] qui comprend un antigène reconnu spécifiquement par des cellules lymphocytaires T CD8+. Des exemples de tels antigènes sont connus de l'homme du métier.According to one particular embodiment, the invention relates to a method of selection using mammalian cells as described above, in which the recombinant protein comprises a portion [REPORTER] which comprises an antigen recognized specifically by lymphocyte cells. T CD8 +. Examples of such antigens are known to those skilled in the art.
On citera par exemple des antigènes produits par protéolyse et reconnus par le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de classe I, tels que des antigènes produits par protéolyse de l'Ovalbumine. Pour référence, la séquence de l'ovalbumine de poulet est une séquence SEQ ID N°4. Des exemples d'antigènes selon l'invention peuvent être des peptides obtenus par protéolyse d'Ovalbumine tels que le peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID N°5) et commercialisés par la société AnaSpec, Inc. Selon un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de sélection mettant en oeuvre des cellules de mammifères tel que décrit ci-dessus, dans 10 lequel la protéine recombinante comprend une partie [REPORTER] qui est un fragment d'ovalbumine comprenant le peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID N°5). Selon ce mode de réalisation, l'invention concerne donc un procédé in vitro de sélection de composés actifs tel que décrit ci-dessus, l'étape b) étant réalisée selon les étapes suivantes : 15 b1) cultiver les cellules de mammifères obtenues à la fin de l'étape a) en présence de cellules lymphocytaires T CD8+ reconnaissant spécifiquement le peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID N°5), et b2) mesurer le niveau de prolifération des cellules lymphocytaires T CD8+ cultivées à l'étape 1)1). 20 Selon ce mode réalisation, les cellules lymphocytaires T CD8+ cultivées à l'étape bl) expriment une protéine recombinante détectable, de préférence une enzyme ou une protéine fluorescente. Les procédés de sélection mettant en oeuvre des cellules de mammifères 25 peuvent être mises en oeuvre à partir de cellules de mammifères particulières telles que les cellules de la lignée HEK293 T kb et les cellules Raji. Les cellules de la lignée HEK293 T kb sont issues de cellules humaines embryonnaires de rein qui expriment de façon stable l'antigène murin Kb du CMH de classe I. Les cellules Raji sont des cellules tumorales issues d'un lymphome de Burkitt de 30 type III et infectées par le virus EBV.For example, antigens produced by proteolysis and recognized by the major histocompatibility complex (MHC) class I, such as antigens produced by proteolysis of ovalbumin. For reference, the sequence of chicken ovalbumin is a sequence SEQ ID No. 4. Examples of antigens according to the invention may be peptides obtained by proteolysis of ovalbumin such as the peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID No. 5) and sold by the company AnaSpec, Inc. According to a particular embodiment the invention relates to a method of selection using mammalian cells as described above, wherein the recombinant protein comprises a portion [REPORTER] which is an ovalbumin fragment comprising the peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID No. 5). According to this embodiment, the invention therefore relates to an in vitro method for selecting active compounds as described above, step b) being carried out according to the following steps: b1) cultivating the mammalian cells obtained at the end of step a) in the presence of CD8 + T lymphocyte cells specifically recognizing the peptide NH2-SIINFEKL-COOH (SEQ ID NO: 5), and b2) measuring the level of proliferation of CD8 + T lymphocyte cells cultured in step 1 ) 1). According to this embodiment, the CD8 + T lymphocyte cells cultured in step b1) express a detectable recombinant protein, preferably an enzyme or a fluorescent protein. Selection methods employing mammalian cells can be carried out from particular mammalian cells such as cells of the HEK293 T kb line and Raji cells. The cells of the HEK293 T kb line are derived from human embryonic kidney cells which stably express class I murine MHC Kb antigen. Raji cells are tumor cells derived from type III Burkitt lymphoma. and infected with EBV.
Tous les procédés de sélection de l'invention sont susceptibles de prendre, en tant que valeur de référence à l'étape c), une valeur de référence choisie parmi : (i) une valeur obtenue à l'étape b) lorsque l'étape a) est réalisée en l'absence de composé candidat, (ii) une valeur obtenue à l'étape b) lorsque l'étape a) est réalisée en présence d'un composé apte à induire une surproduction de la protéine recombinante, et (iii) une valeur obtenue à l'étape b) lorsque l'étape a) est réalisée en présence d'un composé apte à bloquer la production de la protéine recombinante.All the selection methods of the invention are capable of taking, as a reference value in step c), a reference value chosen from: (i) a value obtained in step b) when the step a) is carried out in the absence of a candidate compound, (ii) a value obtained in step b) when step a) is carried out in the presence of a compound capable of inducing an overproduction of the recombinant protein, and iii) a value obtained in step b) when step a) is carried out in the presence of a compound capable of blocking the production of the recombinant protein.
On comprend donc, au regard de ces modèles, que la faculté d'un composé candidat à moduler la production de la protéine recombinante comprenant la partie [GMP] d'une protéine de stabilité d'un gamma herpès virus, est indicatrice de sa faculté à moduler la capacité dudit gamma herpès virus à échapper au système immunitaire de l'hôte. Ainsi, la faculté d'un composé candidat à augmenter la production de ladite protéine recombinante est indicatrice de sa faculté à rendre les cellules infectées par un gamma herpès virus visibles par le système immunitaire, tout particulièrement au cours de la phase latente de l'infection. La faculté d'un composé candidat à augmenter la production de ladite protéine recombinante peut être également indicatrice de sa faculté à traiter et/ou prévenir les maladies associées à une infection par ledit gamma herpès virus. CELLULES DE LEVURES ET DE 1VIAM1VIIFERES Il est également fourni, selon l'invention, des cellules de mammifères et de levures en tant que telles, aptes à permettre la mise en oeuvre des procédés de sélection de l'invention. Naturellement, les cellules et variantes de ces cellules mises en oeuvre dans lesdits procédés sont également considérées en tant que telles ci-dessous. L'invention concerne donc une cellule de levure dans le génome de laquelle a été inséré au moins une copie d'un acide nucléique rendant ces cellules aptes à exprimer une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GMP] et au moins une partie 30 [REPORTER], dans laquelle : - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, en particulier du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par ladite cellule de levure. L'invention concerne en particulier une cellule de levure dans laquelle ladite protéine recombinante est une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],,-[GMP]-[REPORTER]-[TAG2]y-COOH (I), dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, - [GMP] signifie un polypeptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés d'une protéine de stabilité du génome d'un gamma herpès virus, en particulier du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par lesdites cellules de levure. Selon un mode de réalisation, la protéine recombinante comprend une partie [TAG1] et/ou [TAG2], ladite partie [TAG1] et/ou [TAG2] étant un peptide choisi dans la liste suivante: un peptide HA, un peptide poly-histidine, un peptide poly-glutamate, un peptide Calmoduline, un peptide FLAG et un peptide c-myc. Selon un mode particulier de réalisation, la protéine recombinante comprend une partie [GMP] ayant une longueur allant de 8 à 250 acides aminés, de préférence de 20 à 60 acides aminés. Selon un mode préféré de réalisation, la partie [GMP] correspond à tout ou partie du domaine [GAr] (ou « partie [GAr] ») de la protéine EBNA1 du virus d'EpsteinBarr. Selon un mode particulier de réalisation, la protéine recombinante comprend 30 une partie [REPORTER] choisie dans un groupe comprenant une protéine fluorescente et une enzyme.It is therefore understood, with respect to these models, that the ability of a candidate compound to modulate the production of the recombinant protein comprising the [GMP] portion of a stability protein of a gamma herpes virus, is indicative of its faculty. modulating the ability of said gamma herpes virus to escape the immune system of the host. Thus, the ability of a candidate compound to increase the production of said recombinant protein is indicative of its ability to render cells infected with a gamma herpes virus visible to the immune system, particularly during the latent phase of infection. . The ability of a candidate compound to increase the production of said recombinant protein may also be indicative of its ability to treat and / or prevent diseases associated with infection with said gamma herpes virus. CELLS OF YEASTS AND VIAMI VIALS It is also provided, according to the invention, mammalian cells and yeasts as such, able to allow the implementation of the selection methods of the invention. Naturally, the cells and variants of these cells used in said methods are also considered as such below. The invention thus relates to a yeast cell in the genome from which at least one copy of a nucleic acid has been inserted, making these cells capable of expressing a recombinant protein comprising at least one [GMP] part and at least one part [ REPORTER], wherein: [GMP] means a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, in particular Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cell. In particular, the invention relates to a yeast cell in which said recombinant protein is a recombinant protein of the following formula (I): NH2- [TAG1] - [GMP] - [REPORTER] - [TAG2] y-COOH (I ), wherein: [TAG1] and [TAG2] signify a peptide capable of binding to a ligand, - x and y, identical or different, represent an integer equal to 0 or 1, - [GMP] signifies a polypeptide comprising all or part of the amino acid sequence of a genome stability protein of a gamma herpes virus, in particular Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said yeast cells. According to one embodiment, the recombinant protein comprises a part [TAG1] and / or [TAG2], said portion [TAG1] and / or [TAG2] being a peptide chosen from the following list: an HA peptide, a poly-peptide, histidine, a poly-glutamate peptide, a Calmodulin peptide, a FLAG peptide and a c-myc peptide. According to a particular embodiment, the recombinant protein comprises a portion [GMP] having a length ranging from 8 to 250 amino acids, preferably from 20 to 60 amino acids. According to a preferred embodiment, the [GMP] portion corresponds to all or part of the [GAr] domain (or "part [GAr]") of the EBNA1 protein of the EpsteinBarr virus. According to a particular embodiment, the recombinant protein comprises a portion [REPORTER] selected from a group comprising a fluorescent protein and an enzyme.
Selon ce mode de réalisation, la protéine recombinante comprend une partie [REPORTER] consistant en l'enzyme Ade2p de Saccharomyces cerevisiae. L'invention concerne également une cellule de mammifère, de préférence une cellule humaine, ayant les caractéristiques suivantes : (i) ladite cellule exprime un antigène de Classe I du CMH, et (ii) ladite cellule exprime une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GAr] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GAr] signifie un peptide comprenant tout ou partie de la séquence d'acides aminés 10 continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par ladite cellule de mammifère. Selon un mode particulier l'invention concerne une cellule de mammifère, de préférence une cellule humaine, ayant les caractéristiques suivantes : 15 (i) ladite cellule exprime un antigène de Classe I du CMH, et (ii) ladite cellule exprime une protéine recombinante comprenant au moins une partie [GAr] et au moins une partie [REPORTER], dans laquelle : - [GAr] signifie un peptide comprenant au moins 8 acides aminés de la séquence d'acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et 20 - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par ladite cellule de mammifère. Selon un mode particulier de réalisation, l'invention concerne une cellule de mammifère ayant les caractéristiques suivantes : (i) ladite cellule exprime un antigène de Classe I du CMH, et 25 (ii) ladite cellule exprime une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],,-[GAr]-[REPORTER]-[TAG2]y -COOH (I), dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, 30 - [GAr] signifie un peptide comprenant au moins 8 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par ladite cellule de mammifère. Ainsi, selon un mode particulier de réalisation, l'invention concerne une cellule de mammifère ayant les caractéristiques suivantes : (i) ladite cellule exprime un antigène de Classe I du CMH, et (ii) ladite cellule exprime une protéine recombinante de formule (I) suivante : NH2-[TAG1],,-[GAr]-[REPORTER]-[TAG2]y -COOH (I), dans laquelle : - [TAG1] et [TAG2] signifient un peptide apte à se lier à un ligand, - x et y, identiques ou différents, représentent un entier égal à 0 ou 1, - [GAr] signifie un peptide comprenant de 8 à 239 acides aminés continus du domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, et - [REPORTER] signifie un polypeptide détectable, non exprimé en tant que tel par ladite cellule de mammifère.According to this embodiment, the recombinant protein comprises a portion [REPORTER] consisting of the enzyme Ade2p Saccharomyces cerevisiae. The invention also relates to a mammalian cell, preferably a human cell, having the following characteristics: (i) said cell expresses a MHC Class I antigen, and (ii) said cell expresses a recombinant protein comprising at least a portion [GAr] and at least a portion [REPORTER], wherein: [GAr] means a peptide comprising all or part of the continuous amino acid sequence of the GAr domain of Epstein-Barr Virus EBNA1 protein, and [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cell. According to a particular embodiment, the invention relates to a mammalian cell, preferably a human cell, having the following characteristics: (i) said cell expresses a class I MHC antigen, and (ii) said cell expresses a recombinant protein comprising at least a portion [GAr] and at least a portion [REPORTER], wherein: - [GAr] means a peptide comprising at least 8 amino acids of the continuous amino acid sequence of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cell. According to a particular embodiment, the invention relates to a mammalian cell having the following characteristics: (i) said cell expresses a class I MHC antigen, and (ii) said cell expresses a recombinant protein of formula (I) following: NH2- [TAG1] ,, - [GAr] - [REPORTER] - [TAG2] y -COOH (I), wherein: [TAG1] and [TAG2] signify a peptide capable of binding to a ligand, x and y, which are identical or different, represent an integer equal to 0 or 1; [GAr] denotes a peptide comprising at least 8 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus, and [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cell. Thus, according to a particular embodiment, the invention relates to a mammalian cell having the following characteristics: (i) said cell expresses a class I MHC antigen, and (ii) said cell expresses a recombinant protein of formula (I ) following: NH2- [TAG1] ,, - [GAr] - [REPORTER] - [TAG2] y -COOH (I), wherein: [TAG1] and [TAG2] signify a peptide capable of binding to a ligand x and y, which are identical or different, represent an integer equal to 0 or 1; [GAr] denotes a peptide comprising from 8 to 239 continuous amino acids of the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus, and - [REPORTER] means a detectable polypeptide, not expressed as such by said mammalian cell.
DOMAINES GMP Une protéine ou un polypeptide GMP (« Genome Maintenance Protein »), également appelé « partie [GMP] », correspond à toute ou partie d'une protéine virale jouant un rôle dans le maintien de la phase latente d'un gamma herpès virus.GMP DOMAINS A protein or a GMP ("Genome Maintenance Protein") polypeptide, also called "GMP part", corresponds to all or part of a viral protein that plays a role in maintaining the latent phase of a gamma herpes virus.
Selon le gamma herpès virus considéré, ce ou ces protéines GMP vont généralement présenter une ou plusieurs séquences répétées. A titre d'exemple, on citera la protéine EBNA1 (virus d'Epstein-Barr) de séquence, et la protéine LANA1 (herpes virus associé au sarcome de Kaposi ou KSHV) de séquence.Depending on the gamma herpes virus considered, this or these GMP proteins will generally have one or more repeated sequences. By way of example, mention may be made of the EBNA1 protein (Epstein-Barr virus) of sequence, and the LANA1 protein (Kaposi sarcoma associated herpes virus or KSHV) of sequence.
A titre d'exemple, et de manière non-limitative, trois protéines LANA1 de tailles différentes ont été décrites : une protéine de 1129 acides aminés de séquence SEQ ID N°6, une autre (dite « forme longue » de LANA1) de 1162 acides aminés de séquence SEQ ID N°7, et une autre de 1003 acides aminés de séquence SEQ ID N°8. Egalement à titre de référence, la protéine LANA1 de 1162 acides aminés de séquence SEQ ID N°6 est codée par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°9. La protéine LANA1 de 1003 acides aminés de séquence SEQ ID N°8 est codée par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°10.By way of example, and in a nonlimiting manner, three LANA1 proteins of different sizes have been described: a protein of 1129 amino acids of sequence SEQ ID No. 6, another (called "long form" of LANA1) of 1162 amino acids of sequence SEQ ID No. 7, and another of 1003 amino acids of sequence SEQ ID No. 8. Also by way of reference, the 1162 amino acid LANA1 protein of sequence SEQ ID No. 6 is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 9. The 1003 amino acid LANA1 protein of sequence SEQ ID No. 8 is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 10.
Ces protéines GMP comportent majoritairement une ou plusieurs séquences répétées de taille variable, constituant un domaine central, lequel est responsable du maintien de la phase latente dudit gamma herpès virus. On citera tout particulièrement le « domaine GAr » de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein-Barr, ainsi que le domaine « DEQPRLV-rich » de la protéine LANA1 du virus KSHV. On entend par « domaine GAr », ou « partie [GAr] », une séquence répétée Glycine-Alanine, laquelle consiste en une série d'Alanines, séparées par une, deux ou trois glycines localisées à la partie N-terminale d'EBNA1 du virus d'Epstein-Barr (voir Levitskaya et al., « Inhibition of antigen processing by the internai repeat region of the Epstein-Barr virus nuclear antigen-1 ; Nature (1995) ; 375, 685-8). On entend par domaine « DEQPRLV-rich » ou « partie [DEQPRLV] », une série de séquences répétées, lesquelles consistent en une série d'Aspartates, de Glutamates, de Glutamines, de Prolines, d'Arginines, de Leucines et/ou de Valines localisées sur la protéine LANA1 du virus KSHV. Pour référence, la séquence du domaine « DEQPRLVrich » correspondant à la forme longue de la protéine LANA1 du virus KSHV est une protéine séquence SEQ ID N°17, laquelle est codée par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°18. Ce domaine «DEQPRLV-rich » peut être également divisé, dans la littérature, en plusieurs sous-domaines, tels que des domaines de type CR1-2-3, « DEQ-rich » ou encore « EQL-rich ». Au sens de l'invention, un domaine « DEQPRLV-rich » est donc susceptible de comprendre toute ou partie de ces sous-domaines. Dans un mode de réalisation, le domaine « DEQPRLV-rich » comprend la totalité de la séquence répétée comprise dans la protéine LANA1, laquelle concerne un peptide de séquence SEQ ID N°6, 7 ou 8,. Selon un mode préféré de réalisation, la protéine recombinante comprend au moins une partie [GAr], ladite partie [GAr] étant de taille variable. Selon un mode de réalisation particulier, la partie [GAr] peut être un peptide de séquence SEQ ID N°11, également appelé « 21GAr », lequel est codé par un acide 30 nucléique de séquence SEQ ID N°12. Selon ce mode de réalisation particulier, la partie [GAr] , appelée « 21GAr », peut donc être un peptide codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°12.These GMP proteins predominantly comprise one or more variable sequences of variable size, constituting a central domain, which is responsible for maintaining the latent phase of said gamma herpes virus. The "GAr domain" of the EBNA1 protein of the Epstein-Barr virus and the "DEQPRLV-rich" domain of the LANA1 protein of the KSHV virus are particularly noteworthy. The term "GAr domain", or "part [GAr]", is understood to mean a glycine-alanine repeat sequence, which consists of a series of Alanines, separated by one, two or three glycines located at the N-terminal portion of EBNA1. Epstein-Barr virus (see Levitskaya et al., "Inhibition of antigen processing by the internal region of the Epstein-Barr virus nuclear antigen-1; Nature (1995); 375, 685-8). The term "DEQPRLV-rich" or "part [DEQPRLV]" is understood to mean a series of repeated sequences, which consist of a series of Aspartates, Glutamates, Glutamines, Prolines, Arginines, Leucines and / or of Valines localized on the LANA1 protein of the KSHV virus. For reference, the sequence of the "DEQPRLVrich" domain corresponding to the long form of the LANA1 protein of the KSHV virus is a protein sequence SEQ ID No. 17, which is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 18. This "DEQPRLV-rich" domain can also be divided, in the literature, into several subdomains, such as CR1-2-3, "DEQ-rich" or "EQL-rich" type domains. Within the meaning of the invention, a "DEQPRLV-rich" domain is therefore likely to comprise all or part of these subdomains. In one embodiment, the "DEQPRLV-rich" domain comprises the entire repeat sequence comprised in the LANA1 protein, which relates to a peptide of sequence SEQ ID No. 6, 7 or 8 ,. According to a preferred embodiment, the recombinant protein comprises at least one portion [GAr], said portion [GAr] being of variable size. According to a particular embodiment, the portion [GAr] may be a peptide of sequence SEQ ID No. 11, also called "21GAr", which is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 12. According to this particular embodiment, the portion [GAr], called "21GAr", can therefore be a peptide encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 12.
Selon un mode de réalisation, la partie [GAr] peut être un peptide de séquence SEQ ID N°13, également appelé « 43GAr », lequel est codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°14. Selon ce mode de réalisation particulier, la partie [GAr], appelée 43GAr, peut donc être un peptide codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°14. Selon un mode de réalisation, la partie [GAr] peut être un peptide de séquence SEQ ID N° 15, également appelé « 235GAr », lequel est codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°16. Selon ce mode de réalisation particulier, la partie [GAr], appelée 235 GAr, peut 10 donc être un peptide codé par un acide nucléique de séquence SEQ ID N°16. Pour référence, la séquence « 21 GAr » correspond à la partie N-terminale de la séquence « 43 GAr », laquelle est incluse dans la séquence « 235 GAr ». Selon un mode préféré de réalisation, la partie [GAr] peut être un peptide « 21 GAr », « 43 GAr » et/ou « 235 GAr ». 15 Selon un mode encore préféré, la partie [GAr] peut être un peptide « 43 GAr » et/ou « 235 GAr ». NOUVELLES UTILISATIONS THERAPEUTIOUES Il est rappelé que les infections par gamma herpès virus ont déjà été mises en 20 causes dans la survenue de plusieurs types de maladies, et en particulier de plusieurs types de cancers. Il est également rappelé que l'infection par le virus d'Epstein-Barr (EBV) est un agent causal du lymphome de Burkitt, du carcinome naso-pharyngé et de la mononucléose infectieuse. 25 EBV est aussi associé à certaines formes de lymphome de Hodgkin. La mise en oeuvre des procédés de sélection de l'invention a d'ores et déjà permis de proposer une nouvelle utilisation thérapeutique de composés jusqu'alors connus pour d'autres indications. A cet égard, l'identification du mode d'action de composés sur le cycle lytique des gamma herpès virus permet d'envisager à la fois leur utilisation sur de 30 nouveaux types de pathologie, mais également sur des populations de patients distinctes. Parmi les composés identifiés par la Demanderesse, on citera la doxorubicine (aussi appelée hydroxydaunorubicine, autrement connue sous son nom commercial: Adriamycine), laquelle est utilisée très largement en chimiothérapie pour traiter des cancers tels que les lymphomes, des carcinomes, des sarcomes, ou des cancers du sein. C'est un antibiotique de la famille des anthracyclines jusque là connu pour être un intercalant de l'ADN. La doxorubicine est notamment utilisée pour traiter des cancers liés au virus d'Epstein-Barr. L'Homme de l'Art pourra notamment se référer à la revue de Zimmermann & Trappe (Therapeutic options in post-transplant lymphoproliferative disorders; Ther Adv Hematol. 2011; 2(6): 393-407). De manière surprenante, il semble donc que les multi-chimiothérapies contenant de la doxorubicine ou ses dérivés provoquent l'activation de la phase lytique du 10 virus d'Epstein-Barr via le domaine GAr de la protéine EBNA1 du virus d'Epstein Barr. Ainsi, l'invention concerne également l'utilisation thérapeutique des composés identifiés par les procédés de sélection in vitro décrits ci-dessus, pour traiter et/ou prévenir les maladies associées à une infection par gamma herpès virus, et en particulier par le virus 15 d'Epstein-Barr. Parmi les maladies associées à une infection par gamma herpès virus, on citera le lymphome de Burkitt, le carcinome naso-pharyngé, la mononucléose infectieuse et les désordres lymphoprolifératifs associés ou consécutifs à une transplantation. 20 En particulier, l'invention concerne l'utilisation thérapeutique des composés identifiés par les procédés de sélection in vitro décrits ci-dessus, pour traiter et/ou prévenir le lymphome de Burkitt, le lymphome de Hodgkin, le carcinome naso-pharyngé, la mononucléose infectieuse et/ou les désordres lymphoprolifératifs associés ou consécutifs à une transplantation. 25 Outre la Doxorubicine, la Demanderesse a également identifié la daunorubicine, l'Epirubicine et la Pirarubicine en tant que composés d'intérêt.According to one embodiment, the portion [GAr] may be a peptide of sequence SEQ ID No. 13, also called "43GAr", which is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 14. According to this particular embodiment, the portion [GAr], called 43GAr, may therefore be a peptide encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 14. According to one embodiment, the portion [GAr] may be a peptide of sequence SEQ ID No. 15, also called "235GAr", which is encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 16. According to this particular embodiment, the portion [GAr], called 235 GAr, can therefore be a peptide encoded by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 16. For reference, the sequence "21 GAr" corresponds to the N-terminal part of the sequence "43 GAr", which is included in the sequence "235 GAr". According to a preferred embodiment, the portion [GAr] may be a peptide "21 GAr", "43 GAr" and / or "235 GAr". In a still preferred mode, the [GAr] portion may be a "43 GAr" peptide and / or "235 GAr" peptide. NEW THERAPEUTIC USES It is recalled that infections with gamma herpes viruses have already been caused by the occurrence of several types of diseases, and in particular of several types of cancer. It is also recalled that infection with Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of Burkitt's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma and infectious mononucleosis. EBV is also associated with some forms of Hodgkin lymphoma. The implementation of the selection methods of the invention has already made it possible to propose a new therapeutic use of compounds hitherto known for other indications. In this respect, the identification of the mode of action of compounds on the lytic cycle of gamma herpes viruses makes it possible to consider both their use on new types of pathology, but also on distinct patient populations. Among the compounds identified by the Applicant, mention may be made of doxorubicin (also known as hydroxydaunorubicin, otherwise known under the name Adriamycin), which is widely used in chemotherapy to treat cancers such as lymphomas, carcinomas, sarcomas, or breast cancers. It is an antibiotic of the family of anthracyclines hitherto known to be an intercalator of DNA. Doxorubicin is especially used to treat cancers related to the Epstein-Barr virus. Those skilled in the art may in particular refer to the review by Zimmermann & Trappe (Therapeutic options in post-transplant lymphoproliferative disorders, Ther Adv Hematol 2011, 2 (6): 393-407). Surprisingly, it therefore appears that the multi-chemotherapies containing doxorubicin or its derivatives cause the activation of the lytic phase of the Epstein-Barr virus via the GAr domain of the EBNA1 protein of the Epstein Barr virus. Thus, the invention also relates to the therapeutic use of the compounds identified by the in vitro selection methods described above, for treating and / or preventing the diseases associated with infection with gamma herpesvirus, and in particular with the virus. Epstein-Barr. Diseases associated with gamma herpesvirus infection include Burkitt's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma, infectious mononucleosis and associated or post-transplant lymphoproliferative disorders. In particular, the invention relates to the therapeutic use of the compounds identified by the in vitro selection methods described above, for treating and / or preventing Burkitt's lymphoma, Hodgkin's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma, infectious mononucleosis and / or lymphoproliferative disorders associated with or subsequent to transplantation. In addition to Doxorubicin, the Applicant has also identified daunorubicin, Epirubicin and Pirarubicin as compounds of interest.
EXEMPLES A. Matériels et méthodes A.1. Souches de levure et milieux de culture Toutes les souches de levure utilisées sont dérivées de la souche « W 303 WT» (Blondel et al., 2005) : MATa, leu2-3,112 trpl-1 canl-100 ura3-1 ade2-1 his3-11,15. Le génotype de la souche ade2A est le suivant : MATa, leu2-3,112 trpl-1 canl-100 ura3-1 ade2-1::HIS5si''b'. Les cellules souches ont été cultivées et utilisées comme décrit dans les articles de Bach et al. (2003) et de Bach et al. (2006). Les milieux de culture utilisés pour la croissance des cellules de levure ont été les suivants : YPD [1% (p/p) yeast extract, 2% (p/v) peptone, 2% (p/v) glucose], 1/2 YPD [0.5% (p/v) yeast extract, 2% (p/v) peptone, 2% (p/v) glucose]. Les milieux de culture solides contenaient 2% (p/v) agar. A.2. Construction des plasmides Tous les plasmides ont été construits en utilisant des procédures standards. Les enzymes de restriction T4 DNA ligase et phosphatase alcaline intestinale de veau ont été obtenues auprès de la Société New England Biolabs (Ipswich, MA, Etats-Unis). Les oligonucléotides synthétiques purifiés ont été obtenus auprès de la Société Eurogentec. La conservation des plasmides a été réalisée dans les souches bactériennes DH5a et TOP10.EXAMPLES A. Materials and Methods A.1. Yeast strains and culture media All the yeast strains used are derived from the strain "W 303 WT" (Blondel et al., 2005): MATa, leu2-3,112 trp1-1 canl-100 ura3-1 ade2-1 his3 -11.15. The genotype of the ade2A strain is as follows: MATα, leu2-3,112 trp1-1 can1-100 ura3-1 ade2-1 :: HIS5si''b '. The stem cells were cultured and used as described in Bach et al. (2003) and Bach et al. (2006). The culture media used for the growth of yeast cells were as follows: YPD [1% (w / w) yeast extract, 2% (w / v) peptone, 2% (w / v) glucose], 1 / 2 YPD [0.5% (w / v) yeast extract, 2% (w / v) peptone, 2% (w / v) glucose]. The solid culture media contained 2% (w / v) agar. A.2. Construction of Plasmids All plasmids were constructed using standard procedures. Restriction enzymes T4 DNA ligase and intestinal alkaline phosphatase of calf were obtained from New England Biolabs (Ipswich, MA, USA). The purified synthetic oligonucleotides were obtained from Eurogentec. The conservation of the plasmids was carried out in the bacterial strains DH5a and TOP10.
Le plasmide p416-pADH-HA-ADE2 a été construit de la manière suivante : le polynucléotide HA-ADE2 a été amplifié avec (i) l'amorce sens 5'- GCGCGAATTCATGTACCCATACGATGTTCCAGATTACGCTAGGGAT TCTAGAACAG-3' (SEQ ID N°19) et (ii) l'amorce antisens 5'- GCGCGGTACCTTACTTGTTTTCTAGATAAGG-3' (SEQ ID N°20), ce qui a permis d'introduire les sites de restriction EcoR1 et Kpnl ; le polynucléotide amplifié a ensuite été cloné dans le vecteur p416-pADH. Pour construire le plasmide p416-pADH-HA-21GAr-ADE2, le polynucléotide HA-21GAr a été amplifié avec (i) l'amorce sens 5'- GCGCGGATCCATGGGGTACCCATACGATGTT-3' (SEQ ID N°21) et (ii) l'amorce antisens 5'- GCGCGAATTCTGGTGAATTCAGGGCCCCTCC-3' (SEQ ID N°22), ce qui a permis d'introduire les sites de restriction BamH1 et EcoR1 ; le polynucléotide amplifié a ensuite été cloné dans le vecteur p416-pADH-HA-ADE2 en amont du gène ADE2. Le plasmide p416-pADH-HA-43GAr-ADE2 a été construit de la même 5 manière, en utilisant les mêmes amorces que pour le plasmide p416-pADH-HA-21GArADE2 Le plasmide p416-pADH-HA-235GAr-ADE2 a été construit comme suit : le polynucléotide HA-235GAr a été amplifié en utilisant (i) l'amorce sens 5'- GCGCGGATCCATGTACCCCTACGACGTCCCCG-3' (SEQ ID N°23) et 10 (ii) l'amorce antisens 5'- GCGCGAATTCCTCGAGGATATCACCTTCTTGG-3' (SEQ ID N°24), ce qui a permis d'introduire les sites de restriction BamH1 et EcoR1 ; le polynucléotide amplifié a ensuite été cloné dans le vecteur p416-pADH-ADE2 en amont du gène ADE2. Pour construire le plasmide p416-pADH-HA-papio3OGAr-ADE2, la cassette 15 HA-papio3OGAr a été amplifiée en utilisant (i) l'amorce sens 5'- GCGCGGATCCATGGCTTACCCCTACGACG-3' (SEQ ID N°25) et (ii) l'amorce antisens 5'-GCGCGGTGAATTCTCCTCCTGCTCC-3' (SEQ ID N°26), ce qui a permis d'introduire les sites de restriction BamH1 et EcoR1 ; le polynucléotide amplifié a ensuite été cloné dans le plasmide p416-pADH-ADE2 en amont du gène ADE2. 20 Pour construire le plasmide p416-pTEF-HA-ADE2, le vecteur p416-pADH-HA- ADE2 a été soumis à une digestion avec EcoR1 et Kpnl et la cassette HA-ADE2 qui a été ainsi excisée a été insérée dans le vecteur p416-pTEF. Pour construire les vecteurs p416-pTEFHA-21GAr-ADE2, p416-pTEF-HA43GAr-ADE2 et p416-pTEF-HA-235GAr-ADE2, les cassettes HA-21GAr-ADE2, HA- 25 43GAr-ADE2 et HA-235GAr-ADE2 ont été obtenues en soumettant les constructions p416- pADH respectives avec BamH1 et Kpnl ; puis les cassettes correspondantes ont été insérées dans le vecteur 416-p TEF . Les constructions pCDNA3 -OVA , pCDNA3-235GAr-OVA, pCDNA3-EBNA 1 et pCDNA3-EBNA 1 AGAr ont été obtenues comme décrit par Apcher et al. (2010) et Yin 30 et al. (2003).The plasmid p416-pADH-HA-ADE2 was constructed as follows: the polynucleotide HA-ADE2 was amplified with (i) sense primer 5'-GCGCGAATTCATGTACCCATACGATGTTCCAGATTACGCTAGGGAT TCTAGAACAG-3 '(SEQ ID NO: 19) and ( ii) the 5'-GCGCGGTACCTTACTTGTTTTCTAGATAAGG-3 'antisense primer (SEQ ID NO: 20), which made it possible to introduce the EcoR1 and KpnI restriction sites; the amplified polynucleotide was then cloned into the p416-pADH vector. To construct the plasmid p416-pADH-HA-21GAr-ADE2, the polynucleotide HA-21GAr was amplified with (i) the sense primer 5'-GCGCGGATCCATGGGGTACCCATACGATGTT-3 '(SEQ ID NO: 21) and (ii) the 5'-GCGCGAATTCTGGTGAATTCAGGGCCCCTCC-3 'antisense primer (SEQ ID No. 22), which made it possible to introduce the BamH1 and EcoR1 restriction sites; the amplified polynucleotide was then cloned into the p416-pADH-HA-ADE2 vector upstream of the ADE2 gene. Plasmid p416-pADH-HA-43GAr-ADE2 was constructed in the same manner, using the same primers as for plasmid p416-pADH-HA-21GArADE2. Plasmid p416-pADH-HA-235GAr-ADE2 was constructed as follows: The HA-235GAr polynucleotide was amplified using (i) sense primer 5'-GCGCGGATCCATGTACCCCTACGACGTCCCCG-3 '(SEQ ID NO: 23) and (ii) antisense primer 5'-GCGCGAATTCCTCGAGGATATCACCTTCTTGG-3' (SEQ ID NO: 24), which made it possible to introduce the BamH1 and EcoR1 restriction sites; the amplified polynucleotide was then cloned into the p416-pADH-ADE2 vector upstream of the ADE2 gene. To construct the plasmid p416-pADH-HA-papio3OGAr-ADE2, the HA-papio3OGAr cassette was amplified using (i) sense primer 5'-GCGCGGATCCATGGCTTACCCCTACGACG-3 '(SEQ ID NO: 25) and (ii) the 5'-GCGCGGTGAATTCTCCTCCTGCTCC-3 'antisense primer (SEQ ID No. 26), which made it possible to introduce the BamH1 and EcoR1 restriction sites; the amplified polynucleotide was then cloned into the plasmid p416-pADH-ADE2 upstream of the ADE2 gene. To construct the p416-pTEF-HA-ADE2 plasmid, the p416-pADH-HA-ADE2 vector was digested with EcoR1 and KpnI and the HA-ADE2 cassette which was thus excised was inserted into the p416 vector. -pTEF. To construct the vectors p416-pTEFHA-21GAr-ADE2, p416-pTEF-HA43GAr-ADE2 and p416-pTEF-HA-235GAr-ADE2, the cassettes HA-21GAr-ADE2, HA-43GAr-ADE2 and HA-235GAr-ADE2 were obtained by subjecting the respective p416-pADH constructs with BamHI and KpnI; then the corresponding cassettes were inserted into the 416-p TEF vector. The pCDNA3-OVA, pCDNA3-235GAr-OVA, pCDNA3-EBNA 1 and pCDNA3-EBNA 1 AGAr constructs were obtained as described by Apcher et al. (2010) and Yin et al. (2003).
A.3. Construction des cellules de levure Afin d'obtenir une expression homogène dans toutes les cellules, une copie unique de HA-43GAr-ADE2 ou de HA-ADE2 sous le contrôle du promoteur ADH a d'abord été intégrée de manière stable dans le génome de la souche ade2 A. Les fragments pADH-HA-ADE2, pADH-HA-21GAr-ADE2, pADH-HA-43GAr-ADE2 et pTEF-HA235GAr-ADE2ont été excisés à partir des plasmides respectifs p416-pADH-HA-ADE2, p416-pADH-HA-21GAr- ADE2, p416-pADH-HA-43GAr-ADE2 et p416-pTEF-HA-235GAr-ADE2, en utilisant les enzymes de restriction SacI et KpnI ; puis les fragments excisés ont été sous- clonés dans le plasmide désintégrateur pIS375 (Sadowski et al., 2007). Les plasmides désintégrateurs permettent d'obtenir l'intégration d'une copie unique des constructions d'intérêt à la jonction de la délétion du marqueur, ainsi que l'élimination complète des séquences plasmidiques additionnelles (Sadowski et al., 2007). Du fait que les constructions intégrées ne contiennent aucune duplication de séquence flanquante, les intégrations sont hautement stables. Les transformations des levures ont été réalisées selon la procédure utilisant l'acétate de lithium. Les souches de levure obtenues ont été respectivement désignées pADH-HA-ADE2, pADH-HA-21GAr-ADE2, pADH-HA-43GArADE2 et pTEF-HA-235GAr-ADE2.A3. Constructing Yeast Cells In order to achieve homogeneous expression in all cells, a single copy of HA-43GRA-ADE2 or HA-ADE2 under the control of the ADH promoter was first stably integrated into the genome of strain ade2A. The fragments pADH-HA-ADE2, pADH-HA-21GRA-ADE2, pADH-HA-43GRA-ADE2 and pTEF-HA235GAr-ADE2 were excised from the respective plasmids p416-pADH-HA-ADE2, p416 pADH-HA-21GAr-ADE2, p416-pADH-HA-43GRA-ADE2 and p416-pTEF-HA-235GRA-ADE2, using restriction enzymes SacI and KpnI; then the excised fragments were subcloned into the disintegrator plasmid pIS375 (Sadowski et al., 2007). The disintegrator plasmids make it possible to obtain the integration of a single copy of the constructs of interest at the junction of the deletion of the marker, as well as the complete elimination of the additional plasmid sequences (Sadowski et al., 2007). Because the built-in constructs do not contain any flanking sequence duplication, the integrations are highly stable. The yeast transformations were carried out according to the procedure using lithium acetate. The yeast strains obtained were respectively designated pADH-HA-ADE2, pADH-HA-21GAr-ADE2, pADH-HA-43GArADE2 and pTEF-HA-235GAr-ADE2.
A.4. Bibliothèques de composés Approximativement 2 000 composés ont été criblés à partir de deux bibliothèques de composés chimiques, ce qui inclut (i) la bibliothèque « Prestwick Chemical Library® », laquelle contient une collection de 1 200 composés testés au moins en phase II d'essais cliniques et (ii) la bibliothèque « BIOMOL's FDA Approved Drug Library » (Enzo Life Sciences) qui consiste en une collection de 640 molécules médicamenteuses approuvées par l'agence américaine du médicament (FDA), lesquelles ont été sélectionnées aux fins de maximiser la diversité chimique et pharmacologique. Les composés ont été fournis (i) à la concentration de 10 mM dans des puits de plaques de 96 puits (Prestwick®) ou (ii) sous forme de solutions à 2 mg/ml dans du DMSO (BIOLMOL®). Les composés 5-Fluorouracile (5FU), doxorubicine et daunorubicine sont commercialisés par la Société Sigma Aldrich. Les composés Epirubicine, Idarubicine, Pirarubicine, ectoposide et tenoposide sont commercialisés par la Société Santa Cruz. Le composé Valrubicine est commercialisé par la Société Chemos. A. 5. Test de criblage avec des levures Ce test a été adapté à partir d'un test décrit par Bach et al. (2003) et de Bach et al. (2006). Une fraction aliquote d'une culture en croissance exponentielle (200 1.11 d'une culture à une D.0.600 de 0,55) de la levure pADH-HA-43GAr-ADE2 a été étalée de manière homogène en utilisant des billes de verre stériles (diamètre de 3 et 5 mm) sur des boîtes de Pétri carrées (12 cm x 12 cm) contenant du milieu solide YPD. Des filtres stériles (Thermo-Fisher) ont ensuite été placés à la surface de l'agar. Puis un volume de 2 1.11 des composés à tester a été appliqué sur chaque filtre. De plus, le filtre localisé dans la partie supérieure gauche a reçu du DMSO, comme témoin négatif. Les cultures ont été incubées à 29°C pendant quatre à cinq jours puis ont été scannées à l'aide d'un dispositif scanner Scan1212 (Société Agfa).A.4. Compound Libraries Approximately 2,000 compounds were screened from two chemical libraries, which includes (i) the Prestwick Chemical Library® library, which contains a collection of 1,200 compounds tested at least in Phase II. clinical trials and (ii) the BIOMOL's FDA Approved Drug Library (Enzo Life Sciences), a collection of 640 drug molecules approved by the US Drug Administration (FDA), which were selected to maximize chemical and pharmacological diversity. Compounds were provided (i) at a concentration of 10 mM in 96-well plate wells (Prestwick®) or (ii) as 2 mg / ml solutions in DMSO (BIOLMOL®). The compounds 5-Fluorouracil (5FU), doxorubicin and daunorubicin are marketed by Sigma Aldrich. The compounds Epirubicin, Idarubicin, Pirarubicin, Ectoposide and Tenoposide are marketed by the Santa Cruz Company. The compound Valrubicin is marketed by the company Chemos. A. 5. Yeast Screening Assay This assay was adapted from a test described by Bach et al. (2003) and Bach et al. (2006). An aliquot of an exponentially growing culture (200 μl of a culture at a D.0.600 of 0.55) of yeast pADH-HA-43GAr-ADE2 was homogeneously plated using sterile glass beads. (3 and 5 mm diameter) on square Petri dishes (12 cm x 12 cm) containing YPD solid medium. Sterile filters (Thermo-Fisher) were then placed on the surface of the agar. Then a volume of 2.11 of the test compounds was applied to each filter. In addition, the filter located in the upper left area received DMSO as a negative control. The cultures were incubated at 29 ° C for four to five days and then scanned using a scanner Scan1212 (Agfa Company).
A. 6. Culture des cellules de levure Pour l'obtention d'extrait protéique de levure, une quantité correspondant à une valeur de 6 D.0.660 de cellules en croissance exponentielle ont été recueillies par centrifugation, puis les culots de cellules ont été remis en suspension dans un tampon de lyse (25 mM Tris-HC1 pH 7,4, 100 mM NaC1, 0,2% Triton X-100, cocktail d' antiprotéases (Société Roche), 1 mM de fluorure de phényl-méthylsulfonyle). Après addition de billes de verres d'une taille de 425 pm-600 iam (Société Sigma), les cellules ont été lysées par agitation sur un dispositif Vortex pendant six enchainements de (i) 30 secondes d'agitation Vortex puis (ii) 30 secondes de refroidissement dans la glace ; puis le liquide résultant a été centrifugé pendant 30 minutes à 200 g à 4°C. Les fractions surnageantes ont été récupérées et testées pour leur teneur en protéines. Après dénaturation par la chaleur pendant 3 minutes à 95°C, les extraits protéiques ont été analysés par électrophorèse 10 % SDSPAGE (precast NuPage, Invitrogen), puis transférés sur des membranes de nitrocellulose de 0,45 iam (Whatman). Les membranes ont subi une étape de blocage avec une solution PBS 1X/0,1% Ipegal contenant 5 % de lait écrémé et 0,5 % de SAB ; puis les membranes ont été incubées une nuit à 4°C avec les anticorps primaires indiqués (anticorps de souris anti-HA, anticorps IgM de souris anti-actine, Société Calbiochem). Les membranes ont ensuite été lavées avec une solution neuve de PBS 1X/0,1% Ipegal puis ont été incubées pendant 45 minutes avec des anticorps secondaires (anticorps de chèvre anti-souris, Biorad ; anticorps de chèvre anti-IgM de souris, Calbiochem) qui ont été conjugués à la peroxydase de raifort à la dilution 1 :3000, puis analysés par Chimiluminescence Augmentée (« Enhanced Chemiluminescence », ECL, Société Amersham), en utilisant un appareil imageur du type Vilber-Lourmat Photodocumentation Chemistart 5000. Le sérum de souris anti-HA a été utilisé à la dilution 1 :5000, comme l'anticorps anti-actine. Pour l'analyse des protéines de mammifère par Western blot, les cellules ont été récupérées 48 heures après leur transfection, puis ont été lysées dans un tampon de lyse (20 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaC1, 1% NP-40) contenant des inhibiteurs de protéases (Roche, Mannheim, Allemagne). Les concentrations en protéines ont été mesurées selon le test de Bradford. Les extraits cellulaires totaux ont été fractionnés par SDS-PAGE, transférés sur des membranes to BioTrace NT Nitrocellulose Blotting (PALL), puis ont été incubées avec un anticorps polyclonal de lapin anti-OVA (Sigma) ou un anticorps monoclonal de souris anti-EBNA1 (OT1X), tous les deux à la dilution 1 :1000, ou bien avec un anticorps anti- p53 (D01, 1 :1000), ou bien avec un anticorps anti-p21 (12D1, Cell Signalling, dilution 1 :500). Après incubation avec des anticorps secondaires appropriés, les protéines ont été visualisées par ECL (Amersham Biosciences).A. 6. Culture of yeast cells To obtain yeast protein extract, an amount corresponding to a value of 6 D.0.660 of exponentially growing cells was collected by centrifugation, and the cell pellets were then delivered. suspended in lysis buffer (25 mM Tris-HCl pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.2% Triton X-100, antiprotease cocktail (Roche Company), 1 mM phenyl-methylsulfonyl fluoride). After addition of glass beads with a size of 425 μm-600 μm (Sigma Company), the cells were lysed by shaking on a Vortex device for six sequences of (i) 30 seconds of Vortex stirring and then (ii) seconds of cooling in the ice; then the resulting liquid was centrifuged for 30 minutes at 200 g at 4 ° C. Supernatant fractions were recovered and tested for protein content. After denaturation by heat for 3 minutes at 95 ° C., the protein extracts were analyzed by electrophoresis 10% SDSPAGE (precast NuPage, Invitrogen) and then transferred onto nitrocellulose membranes of 0.45 μm (Whatman). The membranes underwent a blocking step with 1X PBS / 0.1% Ipegal solution containing 5% skim milk and 0.5% BSA; then the membranes were incubated overnight at 4 ° C with the indicated primary antibodies (mouse anti-HA antibody, anti-actin IgM mouse antibody, Company Calbiochem). The membranes were then washed with a new solution of PBS 1X / 0.1% Ipegal and then incubated for 45 minutes with secondary antibodies (goat anti-mouse antibody, Biorad, goat anti-mouse IgM antibody, Calbiochem ) which were conjugated to horseradish peroxidase at the 1: 3000 dilution, then analyzed by Enhanced Chemiluminescence (ECL, Amersham Company), using an imager Vilber-Lourmat Photodocumentation Chemistart 5000. Serum mouse anti-HA was used at 1: 5000 dilution, as the anti-actin antibody. For mammalian protein analysis by Western blotting, the cells were recovered 48 hours after their transfection, and then lysed in lysis buffer (20 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1% NP-40). containing protease inhibitors (Roche, Mannheim, Germany). Protein concentrations were measured according to the Bradford test. The total cell extracts were fractionated by SDS-PAGE, transferred to BioTrace NT Nitrocellulose Blotting membranes (PALL), and then incubated with a polyclonal anti-OVA rabbit antibody (Sigma) or a mouse anti-EBNA1 monoclonal antibody. (OT1X), both at the 1: 1000 dilution, or with anti-p53 antibody (D01, 1: 1000), or with anti-p21 antibody (12D1, Cell Signaling, 1: 500 dilution). After incubation with appropriate secondary antibodies, the proteins were visualized by ECL (Amersham Biosciences).
A. 7. Test de « Pulse-Chase » Des cellules de levure pADH-HA-ADE2 ou pADH-HA-43GAr-ADE2 en phase de croissance exponentielle ont été marquées (« pulse labelling ») avec 90 p.Ci/OD600 (EasyTag Express protein labeling mix [35S], PerkinElmer Life Sciences) pendant 15 minutes, après avoir été cultivées pendant 15 minutes dans du milieu exempt de méthionine ; puis les cellules ont été soumises à une étape de « chase » dans du milieu frais contenant 50 mM de méthionine et de cystéine pendant les durées indiquées, avant récupération. Après centrifugation, les culots cellulaires ont été remis en suspension dans du tampon de lyse (25 mM Tris-HC1 pH 7.4, 100 mM NaC1, 0.2% Triton X-100, antiprotease cocktail (Roche), 1 mM de fluorure de phenyl-methylsulfonyle), puis ont été traités comme décrit précédemment. Les lysats cellulaires ont été pré-clarifiés avec des billes de G-Sépharose pendant 45 minutes à 4°C, puis ont été immuno-précipités avec 1 lag d'anticorps monoclonaux anti-HA qui ont été préalablement immobilisés sur des billes de G-Sépharose pendant une nuit à 4°C. Les billes ont ensuite été lavées quatre fois avec une solution PBS 1X-0,2% Igepal, puis ont été ébouillantées dans un tampon de charge SDS. Les immuno-précipités ont été analysés par SDS-PAGE en utilisant des gels 10 % precast NUPAGE (InVitrogen). Le gel a été séché puis a été analysé en utilisant un appareil imageur du type Typhoon 9400 Phosphorimager (GE). A.B. PCR quantitative en temps réel L'ARN cellulaire total de levure a été extrait en utilisant les kits RNAeasy® et RNAase-free® commercialisés par la Société Qiagen (Etats-Unis). La sythèse d'ADNc a été réalisée à partir de 1 lag d'ARN exempt d'ADN en utilisant le kit QUperscript commercialisé par la Société InVitrogen (France), à l'aide des hexamères aléatoires commercialisés par la Société Qiagen (Etats-Unis). Des échantillons d'ADNc en duplicats ont été soumis à un procédé de PCR quantitative en utilisant le kit QuantiTect SYBR Green PCR® commercialisé par la Société Qiagen (Etats-Unis) et l'appareil Abiprism 7000 Sequence Detection System commercialsié par la Société Applied Biosystems (Etats- Unis). La quantité relative de l'ARNm amplifié a été déterminée en utilisant l'actine comme standard pour la normalisation. Les paires d'amorces utilisées pour la PCR ont été les suivantes : - amorce aller ADE2 : ATTGTGCAAATGCCTAGAGGTG (SEQ ID N°27) - amorce retour ADE2 : AATCATAAGCGCCAAGCAGTC (SEQ ID N°28) - amorce aller Actine : ATGGTCGGTATGGGTCAAAAA (SEQ ID N°29) - amorce retour Actine : TTCCATATCGTCCCAGTTGGT (SEQ ID N°30) A.9. Test des cellules T Ce test a été réalisé comme décrit dans Apcher et al. (2010). En résumé, des cellules HEK 293 T Kb ont été ensemencées dans des plaques de 6 puits à une densité de 200 000 cellules par puits. Le jour suivant, les cellules ont été transfectées avec 1 1.1G du plasmide d'expression OVA ou du plasmide d'expression 235Gar-OVA avec 3 pl de Genejuice®, selon les recommandations du fabricant (Société Merck Biosciences). Le jour suivant, les cellules transfectées ont été traitées avec des concentrations croissantes de composés candidats à tester. Après 24 heures, les cellules HEK 293 T Kb transfectées et traitées ont été ensemencées à une densité de 50 000 cellules par puits dans des microplaques de 96 puits, puis cultivées en présence de cellules de l'hybridome de cellules T B3Z pendant 16 h. Les cellules ont ensuite été récupérées et ont subi deux lavages dans du tampon froid PBS 1X. Puis les cellules ont été lysées dans une solution de Triton X- 100® à 0,2 %, KH2PO4 à 0,5 M pendant 5 min sur la glace. Les lysats cellulaires ont été centrifugés pendant 5 minutes à 200 g. Puis un volume de 25 1.1.1 de surnageant de chacun des puits a été transféré dans des plaque de comptage de 96 puits Optiplate® (Packard Bioscience, Randburg, SA), puis testées pour l'activité P-Galactosidase en utilisant le test Luminescence Assay® (BD Biosciences, Clontech) avec un dispositif de lecture Fluostar® (BMG Labtech). Les résultats ont été exprimés en unités arbitraires Gal et les données ont été normalisées au regard de la présentation du peptide SIINFEKL (SL8 -SEQ ID N° 5), correspondant aux acides aminés 257 à 264 de l'ovalbumine, commercialisé par la Société Eurogentec (Seraing, Belgique).A. 7. "Pulse-Chase" Test Yeast cells pADH-HA-ADE2 or pADH-HA-43GAr-ADE2 in exponential growth phase were labeled ("pulse labeling") with 90 p.Ci / OD600 ( EasyTag Express protein labeling mix [35S], PerkinElmer Life Sciences) for 15 minutes, after being cultured for 15 minutes in methionine-free medium; then the cells were subjected to a "chase" step in fresh medium containing 50 mM methionine and cysteine for the indicated times, before recovery. After centrifugation, the cell pellets were resuspended in lysis buffer (25 mM Tris-HCl pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.2% Triton X-100, cocktail antiprotease (Roche), 1 mM phenyl-methylsulfonyl fluoride ), and then treated as described previously. The cell lysates were pre-clarified with G-Sepharose beads for 45 minutes at 4 ° C, then immuno-precipitated with 1 μg of anti-HA monoclonal antibodies which were previously immobilized on G-Sepharose beads. Sepharose overnight at 4 ° C. The beads were then washed four times with 1X-0.2% Igepal PBS, and then scalded in SDS loading buffer. Immunoprecipitates were analyzed by SDS-PAGE using 10% precast NUPAGE gels (InVitrogen). The gel was dried and then analyzed using a Typhoon 9400 Phosphorimager (GE) type imager. A.B. Real-Time Quantitative PCR Total yeast cell RNA was extracted using the RNAeasy® and RNAase-free® kits marketed by Qiagen Company (USA). The cDNA sythesis was carried out using 1 μg of DNA-free RNA using the Quperscript kit marketed by the company InVitrogen (France), using the random hexamers marketed by the company Qiagen (United States of America). ). Duplicate cDNA samples were subjected to a quantitative PCR method using the QuantiTect SYBR Green PCR® kit marketed by Qiagen Company (USA) and the Abiprism 7000 Sequence Detection System commercialized by Applied Biosystems Company. (United States). The relative amount of the amplified mRNA was determined using actin as a standard for normalization. The primer pairs used for the PCR were the following: - forward primer ADE2: ATTGTGCAAATGCCTAGAGGTG (SEQ ID NO: 27) - ADE2 back primer: AATCATAAGCGCCAAGCAGTC (SEQ ID NO: 28) - forward primer Actin: ATGGTCGGTATGGGTCAAAAA (SEQ ID N 29) - reverse primer Actin: TTCCATATCGTCCCAGTTGGT (SEQ ID NO: 30) A.9. T-cell assay This assay was performed as described in Apcher et al. (2010). Briefly, HEK 293 T Kb cells were seeded in 6-well plates at a density of 200,000 cells per well. The next day, the cells were transfected with 1.1G of the OVA expression plasmid or the 235Gar-OVA expression plasmid with 3μl of Genejuice®, according to the manufacturer's recommendations (Merck Biosciences Company). The next day, the transfected cells were treated with increasing concentrations of candidate compounds to be tested. After 24 hours, the transfected and treated HEK 293 T Kb cells were seeded at a density of 50,000 cells per well in 96-well microplates, and then cultured in the presence of B3Z T cell hybridoma cells for 16 h. Cells were then recovered and washed twice in 1X cold PBS buffer. The cells were then lysed in a solution of 0.2% Triton X-100®, 0.5M KH2PO4 for 5 min on ice. The cell lysates were centrifuged for 5 minutes at 200 g. Then a 1.1.1 supernatant volume from each of the wells was transferred to Optiplate® 96-well count plates (Packard Bioscience, Randburg, SA) and tested for β-galactosidase activity using Luminescence Assay. Assay® (BD Biosciences, Clontech) with a Fluostar® reading device (BMG Labtech). The results were expressed in arbitrary units Gal and the data were normalized with regard to the presentation of the peptide SIINFEKL (SL8 -SEQ ID No. 5), corresponding to amino acids 257 to 264 of ovalbumin, marketed by the company Eurogentec (Seraing, Belgium).
Exemple 1 : Modèle de test d'inhibition de la traduction via une région GAr dans des cellules de levure. Il a été conçu un modèle de test d'inhibition de la traduction de protéines dépendante de la présence de la région GAr, dans des cellules de levure. Ce test est basé sur l'utilisation du gène rapporteur ADE2 originaire de levure qui code une phophoribosylaminoimidazole carboxylase, qui est une enzyme impliquée dans la voie de biosynthèse de l'adénine. Des cellules de levure, dans lesquelles le gène ADE2 a été délété (souche ade2A), forment des colonies rouges dans un milieu riche, la couleur rouge étant due à l'accumulation de phosphoribosylimidazole (AIR), le substrat de l'enzyme Ade2p, ce substrat devenant rouge lorsqu'il est oxydé par la respiration active. Au contraire, les cellules exprimant une quantité suffisante de l'enzyme Ade2p forment des colonies blanches. Des quantités intermédiaires de l'enzyme Ade2p conduit à la formation de colonies roses, dont l'intensité de couleur est proportionnelle au niveau de l'expression d' Ade2p. A partir de la souche de levure ade2A, on a déterminé que le promoteur pADH permettait une expression minimale du gène ADE2 conduisant à la formation de colonies blanches, permettant la détection de tout effet inhibiteur de la traduction de l'ARNm d' ADE2, même un effet inhibiteur faible, par détermination d'un changement de couleur des colonies. En utilisant le promoteur pADH, on a testé l'effet de la fusion de domaines GAr de différentes longueurs à l'extrémité N-terminale de la protéine Ade2p. Les différentes constructions résultantes ont été fusionnées à leur extrémité N-terminale avec un peptide étiquette TAG de manière à permettre leur détection (Figure 1A). On a observé une diminution des niveaux d'Ade2p qui est dépendante de la longueur du domaine GAr qui est présent dans les constructions de fusion testées, comme cela a été visualisé par la détermination d'un gradient de couleur des colonies allant du blanc au rouge. Ces résultats ont été confirmés par une analyse par test Western blot, qui montre une inhibition croissante de la production des protéines de fusion qui est proportionnelle à la longueur du domaine GAr (Figure 1B). L'effet d'inhibition est indépendant du promoteur puisque la présence d'un domaine GAr complet (235Gar) conduit aussi à la formation de colonies de couleur rose, profond/rouge et à une forte diminution du niveau de Ade2p lorsqu'il est exprimé sous le contrôle du promoteur le plus fort pTEF (Figures 2A, 2B). L'ensemble de ces résultats suggère que, comme dans les cellules de mammifère, le domaine GAr de la protéine EBNA1 altère la traduction de l'ARNm chez la 20 levure de manière dépendante de la longueur du domaine GAr. Afin de comparer plus avant l'effet dépendant de GAr sur l'expression protéique chez la levure, on a utilisé le domaine GAr du virus simien apparenté à l'EBV dont il a été montré une absence d'effet sur la traduction dans les cellules de mammifère (Apcher et al., 2010 ; Apcher et al., 2009). Le lymphocrypto-Papio virus infecte les 25 primates de l'Ancien Monde et exprime un homologue de la protéine EBNA1 qui comprend de courtes séquences apparentées au domaine GAr dont il a été montré qu'elles sont incapables d'empêcher la présentation antigénique (Blake et al., 1997). Le domaine GAr du virus EBV consiste en des résidus uniques d'acides aminés séparés par un, deux ou trois résidus glycine, tandis que le domaine GAr de la protéine 30 EBNA1 du virus Papio contient quatre résidus sérine uniques insérés tous les sept résidus de la répétition. Au contraire de tous les domaines GAr de EBV qui ont été testés, ce qui inclut le domaine court 21Gar, une séquence de 30 acides aminés du domaine GAr de Papio n'a pas d'effet sur la traduction d'ARNm ni sur la présentation de l'antigène (Apcher et al., 2010). On a fusionné la même séquence de 30 acides aminés du domaine GAr de Papio à Ade2p et on a déterminé que ce domaine GAr n'a pas d'effet sur les niveaux de Ade2p, par comparaison avec des cellules témoin exprimant le gène ADE2 placé sous le contrôle du même promoteur ADH (Figure 1C). L'ensemble de ces résultats souligne que l'effet GAr-dépendant sur l'expression protéique est opérationnel chez la levure et que les mécanismes cellulaires qui y contribuent sont conservés de la levure à l'homme. Le niveau protéique peut être perturbé en altérant respectivement (i) les niveaux d'ARNm, (ii) la traduction de l'ARNm ou (iii) la stabilité des protéines. Afin de déterminer si le domaine GAr affecte le niveau de son propre ARNm, on a mesuré l'expression de plusieurs constructions dans la souche ade2A par PCR quantitative en temps réel (qRT-PCR). Comme cela est montré sur la Figure 1E, les niveaux d'ARNm ade2A obtenus sous le contrôle du promoteur pADH étaient similaires en présence ou en l'absence du domaine GAr de 43 acides aminés de longueur ou avec le domaine GAr de Papio. Ces résultats indiquent que le domaine GAr n'a pas d'effet sur le niveau du transcrit de ADE2. On a ensuite déterminé l'effet du domaine GAr sur la stabilité de la protéine Ade2p. En utilisant un test de chasse (« chase ») à la cycloheximide, on a montré qu'Ade2p est une protéine très stable et que le domaine GAr ne modifie pas sa stabilité (Figure 1D). En tenant compte des résultats de marquage métabolique des protéines nouvellement synthétisées ainsi que les résultats d'essais de « pulse-chase » (Figure 3), l'ensemble de ces résultats montre que le domaine GAr inhibe la traduction de son propre ARNm chez la levure, d'une manière dépendant de la longueur du domaine GAr, comme c'est le cas dans les cellules humaines. Exemple 2 : Test de criblage de composés anti-viraux Il a été tiré parti du modèle de test d'inhibition chez la levure décrit à l'exemple 1, et de la facilité de lecture des résultats du test par analyse de la couleur des colonies, afin de mettre au point un test de criblage de composés pour leur capacité à interférer avec l'effet du domaine GAr sur la traduction protéique.Example 1: Test Model of Inhibition of Translation Via a GAr Region in Yeast Cells A test model of protein translation inhibition inhibition dependent on the presence of the GAr region in yeast cells was designed. This test is based on the use of the yeast-derived ADE2 reporter gene which encodes a phophoribosylaminoimidazole carboxylase, which is an enzyme involved in the adenine biosynthetic pathway. Yeast cells, in which the ADE2 gene has been deleted (ade2A strain), form red colonies in a rich medium, the red color being due to the accumulation of phosphoribosylimidazole (AIR), the substrate of the enzyme Ade2p, this substrate becoming red when oxidized by active respiration. In contrast, cells expressing a sufficient amount of the Ade2p enzyme form white colonies. Intermediate amounts of the enzyme Ade2p lead to the formation of pink colonies whose color intensity is proportional to the level of Ade2p expression. From the yeast strain ade2A, it was determined that the pADH promoter allowed a minimal expression of the ADE2 gene leading to the formation of white colonies, allowing the detection of any inhibitory effect of the translation of the ADE2 mRNA, even a weak inhibitory effect, by determining a color change of the colonies. Using the pADH promoter, the effect of fusing GAr domains of different lengths to the N-terminus of the Ade2p protein was tested. The various resulting constructs were fused at their N-terminus with a TAG tag peptide so as to allow their detection (Figure 1A). A decrease in Ade2p levels which is dependent on the length of the GAr domain that is present in the fusion constructs tested has been observed, as visualized by the determination of a colony gradient from white to red. . These results were confirmed by Western blot analysis, which shows increasing inhibition of fusion protein production that is proportional to the length of the GAr domain (Figure 1B). The inhibition effect is independent of the promoter since the presence of a full GAr domain (235Gar) also leads to the formation of pink, deep / red colonies and a sharp decrease in the level of Ade2p when expressed. under the control of the strongest pTEF promoter (Figures 2A, 2B). All of these results suggest that, as in mammalian cells, the GAr domain of the EBNA1 protein impairs the translation of mRNA in yeast in a manner dependent on the length of the GAr domain. To further compare the GAr-dependent effect on protein expression in yeast, we used the GAr domain of EBV-related simian virus, which has been shown to have no effect on cell translation. Mammal (Apcher et al., 2010, Apcher et al., 2009). The lymphocrypto-Papio virus infects Old World primates and expresses a homologue of the EBNA1 protein which comprises short sequences related to the GAr domain which have been shown to be incapable of preventing antigen presentation (Blake et al. al., 1997). The gRNA domain of the EBV virus consists of unique amino acid residues separated by one, two or three glycine residues, whereas the GAr domain of the Papio virus EBNA1 protein contains four unique serine residues inserted every seven residues of the repetition. In contrast to all EBV GAr domains that were tested, which includes the 21Gar short domain, a 30 amino acid sequence of the Papio GAr domain has no effect on mRNA translation or presentation. antigen (Apcher et al., 2010). The same 30 amino acid sequence of the Papio GAr domain was fused to Ade2p and this GAr domain was determined to have no effect on Ade2p levels, as compared to control cells expressing the ADE2 gene placed under control of the same ADH promoter (Figure 1C). All these results underline that the GAr-dependent effect on protein expression is operational in yeast and that the cellular mechanisms that contribute to it are conserved from yeast to humans. The protein level can be disrupted by altering (i) mRNA levels, (ii) mRNA translation, or (iii) protein stability, respectively. To determine whether the GAr domain affects the level of its own mRNA, the expression of several constructs in the ade2A strain was measured by quantitative real-time PCR (qRT-PCR). As shown in Figure 1E, ade2A mRNA levels obtained under the control of the pADH promoter were similar in the presence or absence of the GAr domain of 43 amino acids in length or with the Papi GAr domain. These results indicate that the GAr domain has no effect on the level of the ADE2 transcript. The effect of the GAr domain on the stability of the Ade2p protein was then determined. By using a cycloheximide chase test, Apde2p has been shown to be a very stable protein and the GAr domain does not alter its stability (Figure 1D). Taking into account the metabolic labeling results of the newly synthesized proteins as well as the results of pulse-chase tests (FIG. 3), all of these results show that the GAr domain inhibits the translation of its own mRNA in the yeast, in a manner dependent on the length of the GAr domain, as is the case in human cells. EXAMPLE 2 Test for Screening Anti-Viral Compounds The yeast inhibition test model described in Example 1 was used, and the ease of reading the test results by colony color analysis. , in order to develop a test for screening compounds for their ability to interfere with the effect of the GAr domain on protein translation.
Le principe du test de criblage est basé sur l'identification de composés ayant la capacité à altérer l'inhibition en cis de la traduction médiée par le domaine GAr. En premier lieu, ce test de criblage permet la sélection de composés ayant la capacité à empêcher l'inhibition en cis de la traduction médiée par le domaine GAr et peuvent prévenir une évasion des cellules infectées par EBV d'un contrôle par le système immunitaire, ces composés pouvant dès lors constituer des composés d'intérêt thérapeutique. En second lieu, ce test de criblage permet la sélection de composés d'intérêt thérapeutique qui ont la capacité d'accroitre l'effet inhibiteur du domaine GAr, du fait que la protéine EBNA1 est requise pour la réplication virale et que cette protéine prévient aussi les activités oncogénique et anti-apoptotique du virus (Gruhne et al., 2009 ; Kennedy et al., 2003 ; Wilson et aL, 1996). Pour les besoins de ce test de criblage, on a sélectionné la construction de fusion comprenant le domaine 43GAr du fait que cette construction exerce un effet intermédiaire conduisant à la formation de colonies de couleur rose sur un milieu riche. Les cellules de levure ont été étalées sur un milieu riche solide et ont été exposées à des filtres imprégnés chacun d'un composé à tester. Peuvent ensuite être sélectionnés à la fois (i) les composés qui empêchent l'effet du domaine GAr sur la traduction, lesquels conduisent à l'obtention d'un halo de colonies plus blanches autour du filtre imprégné avec le composé considéré et (ii) les composés qui accroissent l'effet inhibiteur du domaine GAr, lesquels conduisent à l'obtention d'un halo de colonies rouges ou rose plus foncé sur le milieu riche. Un avantage du test de criblage qui a été mis au point est la possibilité de tester simultanément, et de manière très simple, de nombreux composés candidats, chacun selon une large gamme de concentrations, du fait de la diffusion des composés candidats dans le milieu solide environnant. De plus, ce test de criblage s'est avéré très sensible, du fait que de nombreux composés sont toxiques lorsqu'ils sont à forte concentration. Le cas échéant, les résultats du test de criblage peuvent conduire à des faux positifs lorsqu'un composé candidat interfère avec les mécanismes de phosphorylation oxydative, car la respiration active est requise pour l'oxydation du substrat AIR en un pigment rouge. Toutefois, les composés conduisant à des résultats faux positifs peuvent être aisément repérés, du fait que ces composés vont aussi empêcher la croissance des cellules de levure sur un substrat non fermentable comme le glycérol ou l'éthanol. On a ensuite déterminé l'effet de composés sélectionnés sur l'expression d'ADE2 à l'aide de la technique de qRT-PCR et par analyse de Western blot. Les composés qui affectent de manière spécifique l'expression de 43GAr-ADE2 ont ensuite été testés pour leur effet sur l'expression de GAr-OVA et de EBNA1 dans des cellules de mammifère par analyse de Western blot et par un test « T-cell reporter » de présentation antigénique restreint à l'antigène C1\41-1 de Classe I.The principle of the screening assay is based on the identification of compounds having the ability to alter cis inhibition of GAr mediated translation. First, this screening assay allows the selection of compounds having the ability to prevent cis inhibition of GAr-mediated translation and can prevent escape of EBV-infected cells from control by the immune system. these compounds may therefore constitute compounds of therapeutic interest. Secondly, this screening assay allows the selection of compounds of therapeutic interest that have the ability to increase the inhibitory effect of the GAr domain, since the EBNA1 protein is required for viral replication and that this protein also prevents the oncogenic and anti-apoptotic activities of the virus (Gruhne et al., 2009, Kennedy et al., 2003, Wilson et al., 1996). For the purposes of this screening assay, the fusion construct comprising the 43 GA domain was selected because this construct exerts an intermediate effect leading to the formation of pink colonies on a rich medium. The yeast cells were plated on a solid rich medium and were exposed to filters each impregnated with a test compound. Then (i) compounds that prevent the translation effect of the GAr domain can be selected at the same time, which result in a halo of whiter colonies around the filter impregnated with the compound of interest and (ii) compounds which increase the inhibitory effect of the GAr domain, which lead to the production of a halo of red or darker pink colonies on the rich medium. An advantage of the screening test which has been developed is the possibility of testing simultaneously and in a very simple manner, many candidate compounds, each in a wide range of concentrations, because of the diffusion of the candidate compounds in the solid medium. surrounding. In addition, this screening test has been found to be very sensitive, since many compounds are toxic when in high concentration. If so, the results of the screening test may lead to false positives when a candidate compound interferes with the mechanisms of oxidative phosphorylation, since active respiration is required for the oxidation of the AIR substrate to a red pigment. However, compounds leading to false positive results can be easily spotted, as these compounds will also prevent the growth of yeast cells on a non-fermentable substrate such as glycerol or ethanol. The effect of selected compounds on the expression of ADE2 was then determined using the qRT-PCR technique and Western blot analysis. Compounds which specifically affect the expression of 43Gra-ADE2 were then tested for their effect on the expression of GAr-OVA and EBNA1 in mammalian cells by Western blot analysis and by a "T-cell" test. Antigen presentation reporter restricted to C1 \ 41-1 Class I antigen.
Exemple 3 : Identification de composés d'intérêt On a procédé à l'identification de composés d'intérêt en utilisation le test de criblage qui est décrit à l'exemple 2. On a réalisé un criblage de composés d'intérêt, à partir de deux collections de composés, respectivement (i) la chimiothèque Prestwick® et (ii) la chimiothèque 15 BIOLMOL®, ces chimiothèques contenant chacune une collection de composés thérapeutiques pour lesquels les études de toxicité et de biodisponibilité ont déjà été réalisées chez l'homme. En conséquence, les composés sélectionnés à l'issue du test de criblage sont susceptibles d'entrer directement dans des programmes d'optimisation. Parmi les 2 000 composés thérapeutiques testés à l'aide du test de criblage, 20 seulement deux composés ont été sélectionnés pour leur capacité à engendrer des halos blancs de colonies de levures, correspondant à une forte augmentation des niveaux d'Ade2p. Ces résultats montrent que le test de criblage qui a été mis au point est à la fois spécifique et fiable. Les composés identifiés à l'aide du test de criblage sont respectivement le 5- 25 fluorouracile (5FU) et la doxorubicine (DXR). Les résultats montrent qu'à la fois l'intensité de couleur et le diamètre du halo sont proportionnels à la quantité de composé thérapeutique contenue sur le filtre considéré. On a ensuite cherché à déterminer si les composés 5FU et DXR affectent ou non les niveaux d'ARNm des diverses constructions, par la méthode de qRT-PCR 30 (Figures 4A et 4B). Afin de déterminer si les composés 5FU et DXR interfèrent avec la capacité de GAr à inhiber la traduction, on a déterminé l'effet de ces composés sur le niveau d'état à l'équilibre des protéines 43GAr-Ade2p et Ade2p (Figures 4C et 4D). Les deux composés 5FU et DXR ont conduit à une augmentation significative des niveaux de la protéine 43GAr-Ade2p, ce qui corrobore leur capacité à induire un halo de colonies plus blanches dans le test en cellules de levure. Cependant, seul le composé DXR a exercé un effet GAr-dépendant car DXR n'a pas exercé d'effet sur le niveau de la protéine Ade2p, au contraire de 5FU qui a aussi conduit à une augmentation du niveau de la protéine Ade2p. Ces résultats suggèrent que DXR affecte spécifiquement l'inhibition de la traduction qui dépend du domaine GAr, alors que 5FU pourrait avoir un effet général sur la traduction. Exemple 4: DXR interfère avec la suppression de la présentation antigénique et l'inhibition de la traduction médiée par GAr. Après avoir identifié et validé les composés DXR et 5FU avec le test de criblage en cellules de levure, la capacité de ces deux composés à interférer avec la suppression de la présentation de l'antigène médiée par GAr a été évaluée, en utilisant un test à base de cellules T décrit par Apcher et al. (2010) et par Karttunen et al. (1992). A cette fin, on a utilisé une construction résultant de la fusion (i) du domaine GAr de 235 acides aminés de longueur (235GAr) avec (ii) l'extrémité N-terminale de l'ovalbumine de poulet (Ova). Ova contient le peptide antigénique SIINFEKL (SL8 - SEQ ID N°5) qui est détecté par les cellules T CD8+ rapporteurs spécifiques (cellules B3Z), lorsque le peptide antigénique SL8 est présenté en association avec des molécules du CMH de classe I Kb murines (Karttunen et al., 1992). De l'Ova seule a été utilisée comme témoin. des cellules HEK 293 T qui expriment de manière stable la molécule de Classe I Kb (HEK 293T Kb, référence) ont été transfectés par les ADNc codant ces polypeptides dans. Les cellules HEK 293T Kb transfectées ont ensuite été traitées ou non avec des concentrations variées de DXR ou 5FU pendant 24 heures. Puis les composés ont été éliminés et les cellules HEK 293T Kb ont été mélangées avec un nombre égal de cellules B3Z et incubées pendant une nuit. La quantité de peptide SL8 présenté à la surface des cellules HERK 293T Kb a ensuite été déterminé indirectement en mesurant l'activité (3-Gal dans les cellules B3Z, laquelle est proportionnelle à l'activation des récepteurs de cellules T spécifiques du peptide SL8. Cette méthode a permis de réaliser un suivi de l'effet des composés sur la présentation de l'antigène à partir des constructions Ova et 235GAr-Ova. Les composés DXR (Figure 5B) et 5FU (Figure 5C) ont induit une augmentation significative de la présentation d'antigène à partir de la construction 235GAr-Ova. Cependant, comme cela a été observé dans le test basé sur les cellules de levure, cet effet n'est spécifique de GAr que pour le composé DXR car ce composé thérapeutique n'accroit pas la présentation d'Ova seule. Au contraire, 5FU induit une augmentation de la présentation d'Ova à un degré similaire à la construction 235GAr-Ova. On a aussi déterminé les niveaux protéiques d'Ova et de 235GAr-Ova dans les cellules HEK 393T Kb et on a montré que le composé DXR conduisait à une augmentation significative, et dépendante de la dose de DXR, sur le niveau à l'équilibre de GAr-Ova, alors que DXR n'a pas d'effet significatif sur Ova seul (Figure 5A), comme cela avait aussi été observé dans le test basé sur les cellules de levure. L'ensemble de ces résultats montre que le composé DXR affecte l'expression et la présentation antigénique de la construction GAr-Ova, d'une manière dépendant de la présence du domaine GAr. Ces résultats valident le test de criblage de composés thérapeutiques avec des cellules de levure qui est décrit dans les exemples précédents.Example 3 Identification of Compounds of Interest The compounds of interest were identified using the screening test described in Example 2. A screening of compounds of interest was carried out from two collections of compounds, respectively (i) the Prestwick® chemo library and (ii) the BIOLMOL® library, these chemical libraries each containing a collection of therapeutic compounds for which toxicity and bioavailability studies have already been carried out in humans. Consequently, the compounds selected at the end of the screening test are likely to enter directly into optimization programs. Of the 2,000 therapeutic compounds tested using the screening assay, only two compounds were selected for their ability to generate white halos of yeast colonies, corresponding to a sharp increase in Ade2p levels. These results show that the screening test that has been developed is both specific and reliable. The compounds identified by the screening assay are 5-fluorouracil (5FU) and doxorubicin (DXR), respectively. The results show that both the intensity of color and the diameter of the halo are proportional to the amount of therapeutic compound contained on the filter under consideration. It was then investigated whether the 5FU and DXR compounds affect the mRNA levels of the various constructs by the qRT-PCR method (Figures 4A and 4B). In order to determine whether the 5FU and DXR compounds interfere with the ability of GAr to inhibit translation, the effect of these compounds on the equilibrium state level of the 43GaR-Ade2p and Ade2p proteins was determined (FIGS. 4D). Both the 5FU and DXR compounds led to a significant increase in the 43GAr-Ade2p protein levels, which corroborates their ability to induce a halo of whiter colonies in the yeast cell assay. However, only the DXR compound exerted a GAr-dependent effect because DXR did not exert an effect on the level of the Ade2p protein, unlike 5FU which also led to an increase in the level of the Ade2p protein. These results suggest that DXR specifically affects the translation inhibition that depends on the GAr domain, whereas 5FU could have a general effect on translation. Example 4: DXR interferes with suppression of antigen presentation and inhibition of GAr mediated translation. After identifying and validating the DXR and 5FU compounds with the yeast cell screening assay, the ability of these two compounds to interfere with the suppression of GAr-mediated antigen presentation was assessed using a T cell base described by Apcher et al. (2010) and by Karttunen et al. (1992). For this purpose, a construct resulting from the fusion (i) of GAr domain 235 amino acids in length (235GAr) was used with (ii) the N-terminus of chicken ovalbumin (Ova). Ova contains the antigenic peptide SIINFEKL (SL8 - SEQ ID NO: 5) which is detected by the specific reporter CD8 + T cells (B3Z cells), when the SL8 antigenic peptide is presented in association with murine class I CMH molecules ( Karttunen et al., 1992). Ova alone was used as a control. HEK 293 T cells that stably express the Class I Kb molecule (HEK 293T Kb, reference) were transfected by the cDNAs encoding these polypeptides into. The transfected HEK 293T Kb cells were then treated or not with various concentrations of DXR or 5FU for 24 hours. The compounds were then removed and the HEK 293T Kb cells mixed with an equal number of B3Z cells and incubated overnight. The amount of SL8 peptide displayed on the surface of HERK 293T Kb cells was then determined indirectly by measuring the (3-Gal) activity in B3Z cells, which is proportional to the activation of SL8 peptide-specific T cell receptors. This method made it possible to monitor the effect of the compounds on the presentation of the antigen from the Ova and 235GAr-Ova constructs.The compounds DXR (Figure 5B) and 5FU (Figure 5C) induced a significant increase in However, as observed in the yeast cell-based assay, this effect is only specific for GAr for the DXR compound because this therapeutic compound does not have the antigen presentation from the 235GAr-Ova construct. does not increase the presentation of Ova alone, whereas 5FU induces an increase in Ova presentation to a similar degree to the 235GAr-Ova construct.Ova and 2 protein levels were also determined. 35GAr-Ova in HEK 393T Kb cells and the DXR compound was shown to lead to a significant, dose-dependent increase in DXR on the GAr-Ova equilibrium level, whereas DXR did not significant effect on Ova alone (Figure 5A), as had also been observed in the yeast cell-based assay. All of these results show that the DXR compound affects the expression and antigenic presentation of the GAr-Ova construct, in a manner dependent on the presence of the GAr domain. These results validate the test of screening of therapeutic compounds with yeast cells which is described in the previous examples.
Exemple 5 : DXR conduit à une augmentation du niveau d'expression de EBNA1 dépendante de la présence de GAr. L'effet du composé DXR sur le niveau d'expression de la protéine EBNA1 a été déterminé. Des cellules HEK 293T Kb exprimant soit EBNA1, soit EBNA14GAr ont été traitées ou non avec des concentrations croissantes de DXR pendant 24 heures. Comme cela est illustré sur la Figure 5D, le composé DXR conduit à une augmentation dépendant de la dose des niveaux à l'équilibre de la protéine EBNA1, alors que DXR n'a pas exercé d'effet sur les niveaux de EBNA14GAr. L'effet de DXR sur l'expression de EBNA1 endogène a été déterminé en utilisant des cellules Raji, lesquelles consistent en des cellules de lymphome de Burkitt portant le virus EBV. La protéine EBNA1 endogène dans les cellules Raji migre plus rapidement que la protéine EBNA1 exogène, du fait de sa séquence GAr plus courte. Les niveaux de EBNA1 endogène et de EBNA1 exogène exprimés dans les mêmes cellules ont augmenté après un traitement de 8 heures avec 400 nM de DXR (Figure 5E).Example 5: DXR leads to an increase in the expression level of EBNA1 dependent on the presence of GAr. The effect of the DXR compound on the level of expression of the EBNA1 protein was determined. HEK 293T Kb cells expressing either EBNA1 or EBNA14GAr were treated or not with increasing concentrations of DXR for 24 hours. As shown in Figure 5D, the DXR compound leads to a dose-dependent increase in equilibrium levels of the EBNA1 protein, whereas DXR did not exert any effect on EBNA14GAr levels. The effect of DXR on endogenous EBNA1 expression was determined using Raji cells, which consist of Burkitt lymphoma cells carrying the EBV virus. The endogenous EBNA1 protein in Raji cells migrates more rapidly than the exogenous EBNA1 protein due to its shorter GAr sequence. Endogenous EBNA1 and exogenous EBNA1 levels expressed in the same cells increased after 8 hours treatment with 400 nM DXR (Figure 5E).
L'ensemble de ces résultats montre que, au-delà de son effet sur l'expression de GAr-Ova et sur la présentation antigénique dépendante de GAr, DXR conduit aussi à une augmentation GAr-dépendante du niveau à l'équilibre de la protéine EBNA1 complète (« full length »), que EBNA1 soit surexprimée ou exprimée de manière endogène dans des cellules infectées par EBV. Exemple 6 : L'effet de DXR sur le contrôle de la traduction médiée par 5 GAr est indépendant d'une altération de l'ADN Sur la base de l'observation que DXR, mais pas 5FU, surmonte spécifiquement l'effet de GAr sur la traduction, on a testé des analogues commerciaux de DXR, dont les structures chimiques sont illustrées sur la Figure 6A, dans le test de criblage dans des cellules de levure décrit dans les exemples précédents. Ces tests ont pour objectif de 10 valider la sélection de DXR en tant que composé d'intérêt, et pour déterminer s'il existe un lien entre l'activité génotoxique connue de DXR et son effet sur l'inhibition de la traduction par le domaine GAr. Comme cela est illustré sur la Figure 6B, la daunorubicine, l'epirubicine et la pirarubicine sont aussi actives dans ce test basé sur les cellules de levure, bien qu'à un degré moindre que DXR. Cependant, l'idarubicine et la valrubicine, qui sont 15 également proches de DXR, étaient inactives, ce qui indique un effet spécifique encore inconnu de DXR et de ses analogues sur la traduction dépendant de GAr. DXR et ses cinq analogues ont tous été décrits comme provoquant un dommage à l'ADN, du fait de leur capacité à cibler les complexes topoisomérase II/ADN (Nitiss, 2009). En accord avec cet effet génotoxique, on a montré que ces composés activent la voie suppresseur de tumeur 20 p53, comme cela est mis en évidence du fait de leur capacité à induire l'expression à la fois des gènes p53 et p21. (Figure 6C). On peut noter qu'à la fois l'etoposide et le teniposide, qui représentent une classe distincte de composés ciblant la topoisomérase II, n'ont aucun effet sur le contrôle de la traduction dépendante de GAr dans le test basé sur les cellules de levure, tandis que ces composés activent la voie de p53 aussi bien que DXR et ses 25 analogues (Figure 6B & 6C). Ces résultats indiquent que l'effet de DXR sur l'inhibition de la traduction médiée par GAr n'est pas couplé à son effet génotoxique déjà connu. Afin de valider plus avant la relation structure-activité (SAR) de DXR, on a testé l'effet de quelques analogues chimiques de DXR dans le test basé sur les cellules T de mammifère. En accord avec son effet dans la levure, un traitement par la daunorubicine a 30 conduit à une augmentation significative de la présentation antigénique à partir de la construction 235GAr-Ova (Figure 7A). Au contraire, et comme cela a été montré avec le test dans les cellules de levure, à la fois la valrubicine (Figure 7B) et l'etoposide (Figure 7C) n'ont pas d'effet. L'epirubicine, qui est modérément active dans le test dans des cellules de levure, exerce un effet modeste dans le test basé sur les cellules T (Figure 7D). L'ensemble de ces résultats suggère que le test dans les cellules de levure peut être utilisé pour réaliser des études de relation structure-activité (SAR), pour des composés qui interfèrent avec l'effet du domaine GAr sur la traduction. De plus, sur la base de la comparaison entre les effets sur les dommages à l'ADN et un effet de suppression de la traduction dépendant de GAr, ces résultats montrent que ces deux effets ne sont pas couplés.All of these results show that, beyond its effect on the expression of GAr-Ova and on the antigen-dependent presentation of GAr, DXR also leads to a GAr-dependent increase in the equilibrium level of the protein. EBNA1 complete ("full length"), whether EBNA1 is overexpressed or expressed endogenously in EBV-infected cells. Example 6: The effect of DXR on 5 GAr-mediated translation control is independent of DNA damage Based on the observation that DXR, but not 5FU, specifically overcomes the effect of GAr on translation, DXR commercial analogues, whose chemical structures are illustrated in Figure 6A, were tested in the yeast cell screening assay described in the previous examples. The purpose of these tests is to validate the selection of DXR as a compound of interest, and to determine whether there is a link between the known genotoxic activity of DXR and its effect on the inhibition of translation by the domain. Gar. As shown in Figure 6B, daunorubicin, epirubicin and pirarubicin are also active in this yeast cell-based assay, although to a lesser extent than DXR. However, idarubicin and valrubicin, which are also close to DXR, were inactive, indicating a yet unknown specific effect of DXR and its analogs on GAr-dependent translation. DXR and its five analogues have all been described as causing damage to DNA, due to their ability to target topoisomerase II / DNA complexes (Nitiss, 2009). In keeping with this genotoxic effect, these compounds have been shown to activate the p53 tumor suppressor pathway, as evidenced by their ability to induce the expression of both p53 and p21 genes. (Figure 6C). It can be noted that both etoposide and teniposide, which represent a distinct class of compounds targeting topoisomerase II, have no effect on the control of GAr-dependent translation in the yeast cell-based assay. while these compounds activate the p53 pathway as well as DXR and its analogs (Figure 6B & 6C). These results indicate that the effect of DXR on GAr mediated translation inhibition is not coupled with its already known genotoxic effect. To further validate the structure-activity relationship (SAR) of DXR, the effect of a few DXR chemical analogues was tested in the mammalian T cell-based assay. In agreement with its effect in yeast, treatment with daunorubicin resulted in a significant increase in antigen presentation from the 235GRA-Ova construct (Figure 7A). In contrast, and as shown with the yeast cell assay, both valrubicin (Figure 7B) and etoposide (Figure 7C) have no effect. Epirubicin, which is moderately active in the yeast cell assay, exerts a modest effect in the T cell-based assay (Figure 7D). All of these results suggest that the test in yeast cells can be used to perform structure-activity relationship (SAR) studies for compounds that interfere with the effect of the GAr domain on translation. In addition, based on the comparison of effects on DNA damage and a GAr-dependent translation suppression effect, these results show that these two effects are not coupled.
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Patent Citations (2)
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