FR3011250A1 - NUCLEIC ACIDS BINDING SPECIFICALLY TO HUMAN IX / IXA FACTOR, AND USES - Google Patents
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Abstract
L'invention concerne un acide nucléique se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain.The present invention relates to a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa.
Description
TITRE DE L'INVENTION Acides nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain, et leurs utilisations DOMAINE DE L'INVENTION La présente invention se rapporte au domaine de l'identification de ligands spécifiques du Facteur IX/IXa humain, ces ligands étant destinés notamment à la purification et à la détection de cette protéine, ainsi qu'à leur utilisation dans le domaine médical.FIELD OF THE INVENTION Nucleic Acids Specifically Binding to Human Factor IX / IXa, and Their Uses FIELD OF THE INVENTION The present invention relates to the field of identifying ligands specific for human factor IX / IXa, these ligands being intended in particular the purification and detection of this protein, as well as their use in the medical field.
ART ANTERIEUR Le facteur IX (FIX), également appelé facteur anti-hémophilique B, est une glycoprotéine vitamine K-dépendante qui, sous sa forme activée (FIXa), participe au processus de coagulation en interagissant avec le thromboplastinogène (facteur VIII de la coagulation) pour former la thromboplastine, une enzyme indispensable à la coagulation du sang. Le FIX est sécrété sous la forme d'une chaîne peptidique unique de 415 résidus d'acides aminés, dont la masse moléculaire est d'environ 57 à 68 kDa. Le FIXa joue donc un rôle important dans les mécanismes de la coagulation, aboutissant à la formation de caillot sanguin. Le FIX est utilisé dans le traitement des patients atteints d'hémophilie présentant un déficit en facteur IX (hémophilie de type B ou maladie de Christmas). En effet, l'hémophilie B est un déficit héréditaire en facteur IX de coagulation, lié au sexe, et qui se caractérise par des hémorragies au niveau des articulations, des muscles, des organes internes, ces hémorragies pouvant être spontanées, accidentelles ou liées à une intervention chirurgicale. Le traitement de substitution permet d'augmenter les taux plasmatiques de facteur IX, palliant temporairement le déficit et corrigeant les tendances hémorragiques. Il est donc nécessaire de disposer de concentrés de FIXa injectables. La méthode la plus ancienne d'obtention de concentrés de FIXa a consisté en la purification du FIXa à partir de protéines plasmatiques issues du fractionnement. Le document EP 0 346 241 décrit à cet effet la préparation d'une fraction enrichie en FIXa, obtenue après adsorption puis élution d'un sous-produit du fractionnement de protéines plasmatiques contenant le FIX et le FIXa et d'autres protéines telles les facteurs VII (FVII), X (FX) et II (FII), notamment le prééluat du PPSB (P = prothrombine ou FII, P = proconvertine ou FVII, S = facteur de Stuart ou FX et B = facteur antihémophilique B ou FIX). L'inconvénient de ce procédé est que le FIX obtenu contient encore quelques traces d'autres facteurs de coagulation.PRIOR ART Factor IX (FIX), also called anti-hemophilic factor B, is a vitamin K-dependent glycoprotein which, in its activated form (FIXa), participates in the coagulation process by interacting with thromboplastinogen (coagulation factor VIII ) to form thromboplastin, an enzyme essential for blood clotting. FIX is secreted as a unique peptide chain of 415 amino acid residues, which has a molecular weight of about 57 to 68 kDa. FIXa therefore plays an important role in the mechanisms of coagulation, resulting in the formation of blood clots. FIX is used in the treatment of hemophilia patients with factor IX deficiency (type B hemophilia or Christmas disease). Indeed, hemophilia B is a hereditary deficiency in factor IX coagulation, linked to sex, and is characterized by hemorrhages in the joints, muscles, internal organs, these hemorrhages can be spontaneous, accidental or related to a surgical intervention. The substitution treatment makes it possible to increase the plasma levels of factor IX, temporarily palliating the deficit and correcting the hemorrhagic tendencies. It is therefore necessary to have injectable FIXa concentrates. The oldest method of obtaining FIXa concentrates consisted in the purification of FIXa from plasma proteins resulting from the fractionation. For this purpose, document EP 0 346 241 describes the preparation of a fraction enriched in FIXa, obtained after adsorption then eluting a by-product of the fractionation of plasma proteins containing FIX and FIXa and other proteins such as VII (FVII), X (FX) and II (FII), in particular the pre-eluate of PPSB (P = prothrombin or FII, P = proconvertin or FVII, S = Stuart factor or FX and B = antihemophilic factor B or FIX). The disadvantage of this method is that the FIX obtained still contains some traces of other coagulation factors.
La demande de brevet WO 2002/077161 décrit la production de FIXa dans un animal transgénique. Une telle méthode de production permet d'obtenir des protéines sécurisées en terme de contamination par des virus ou d'autres agents pathogènes. De plus, une telle méthode permet d'obtenir des protéines dont la séquence primaire, c'est-à-dire un enchaînement identique entre les différents acides aminés, est identique à la séquence primaire humaine. Toutefois, quelle que soit la source initiale de Facteur IX/IXa, les procédés mis en oeuvre génèrent des compositions enrichies en Facteur IX/IXa humain comprenant des substances contaminantes. Pour les procédés de purification du Facteur IX/IXa à partir de plasma humain, il serait très avantageux de disposer d'un produit final notamment exempt, ou quasi-exempt d'activité thrombogénique résiduelle. Pour les procédés d'obtention de Facteur IX/IXa humain recombinant purifié, il est essentiel de disposer d'un produit final notamment exempt, ou quasi-exempt, de protéines cellulaires indésirables. En particulier, pour les compositions de Facteur IX/IXa humain purifié à partir de fluides biologiques provenant de mammifères transgéniques, il est important de disposer d'un produit final exempt, ou quasi- exempt, de Facteur IX/IXa produit par ailleurs naturellement par ces mammifères transgéniques, susceptible d'être immunogène chez l'homme. Pour atteindre cet objectif, il est nécessaire de disposer d'outils efficaces et spécifiques permettant la purification du Facteur IX/IXa humain à partir d'un échantillon comprenant ledit Facteur IX/IXa, et pouvant être produits facilement et de manière reproductible. RESUME DE L'INVENTION Il est fourni selon l'invention des acides nucléiques monobrin se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain. La présente invention concerne aussi divers composés se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, qui comprennent dans leur structure au moins un acide nucléique défini ci-dessus. Elle est également relative à des complexes entre (i) un acide nucléique ou un composé tels que définis ci-dessus et (ii) un facteur IX/IXa humain. Cette invention a également trait à un support pour l'immobilisation du Facteur IX/IXa humain, caractérisé en ce qu'il comprend un matériau support solide sur lequel sont greffés une pluralité d'acides nucléiques ou de composés tels que définis ci-dessus.Patent application WO 2002/077161 describes the production of FIXa in a transgenic animal. Such a production method makes it possible to obtain proteins that are secure in terms of contamination by viruses or other pathogens. In addition, such a method makes it possible to obtain proteins whose primary sequence, that is to say an identical sequence between the different amino acids, is identical to the human primary sequence. However, irrespective of the initial source of factor IX / IXa, the methods used generate compositions enriched in human factor IX / IXa comprising contaminating substances. For methods of purification of Factor IX / IXa from human plasma, it would be very advantageous to have a final product that is free, or virtually free of residual thrombogenic activity. For methods for obtaining purified recombinant human factor IX / IXa, it is essential to have a final product that is free, or virtually free, of unwanted cellular proteins. In particular, for compositions of human factor IX / IXa purified from biological fluids from transgenic mammals, it is important to have an end product free or substantially free of the naturally occurring IX / IXa factor produced by these transgenic mammals, likely to be immunogenic in humans. To achieve this objective, it is necessary to have efficient and specific tools for the purification of human factor IX / IXa from a sample comprising said factor IX / IXa, and which can be produced easily and in a reproducible manner. SUMMARY OF THE INVENTION According to the invention, single-stranded nucleic acids specifically binding to human factor IX / IXa are provided. The present invention also relates to various compounds specifically binding to human factor IX / IXa, which comprise in their structure at least one nucleic acid defined above. It also relates to complexes between (i) a nucleic acid or a compound as defined above and (ii) a human factor IX / IXa. This invention also relates to a support for the immobilization of human factor IX / IXa, characterized in that it comprises a solid support material on which are grafted a plurality of nucleic acids or compounds as defined above.
L'invention a aussi pour objet un procédé pour l'immobilisation du facteur IX/IXa humain sur un support, comprenant une étape au cours de laquelle on met en contact un échantillon comprenant du Facteur IX/IXa humain avec un support tel que défini ci-dessus. L'invention est aussi relative à un procédé pour la purification du Facteur IX/IXa humain comprenant les étapes suivantes : a) mettre en contact un échantillon comprenant du Facteur IX/IXa humain avec un acide nucléique ou avec un support tel que défini ci-dessus, afin de former un complexe entre (i) ledit acide nucléique ou ledit support et (ii) le Facteur IX/IXa humain, et b) libérer le Facteur IX/IXa humain à partir du complexe formé à l'étape a) et récupérer le Facteur IX/IXa humain purifié. L'invention concerne aussi un procédé pour détecter la présence de Facteur IX/IXa humain dans un échantillon comprenant les étapes suivantes : a) mettre en contact un acide nucléique ou un support tel que défini ci-dessus avec ledit échantillon; et b) détecter la formation de complexes entre (i) ledit acide nucléique ou ledit support et (ii) le Facteur IX/IXa. La présente invention a également trait à des utilisations médicales préventives ou curatives des acides nucléiques tels que définis ci-dessus.The invention also relates to a method for the immobilization of human factor IX / IXa on a support, comprising a step during which a sample comprising human factor IX / IXa is brought into contact with a support as defined herein. -above. The invention also relates to a method for the purification of human factor IX / IXa comprising the following steps: a) contacting a sample comprising human factor IX / IXa with a nucleic acid or with a support as defined hereinabove. above, to form a complex between (i) said nucleic acid or said support and (ii) human factor IX / IXa, and b) releasing human factor IX / IXa from the complex formed in step a) and recover the purified human IX / IXa Factor. The invention also relates to a method for detecting the presence of human factor IX / IXa in a sample comprising the following steps: a) contacting a nucleic acid or a support as defined above with said sample; and b) detecting the formation of complexes between (i) said nucleic acid or said support and (ii) Factor IX / IXa. The present invention also relates to preventive or curative medical uses of the nucleic acids as defined above.
DESCRIPTION DES FIGURES La Figure 1 illustre les séquences consensus des divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain identifiés par les inventeurs. Les séquences représentées sur la figure 1 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 1 à SEQ ID N° 8, relatives, respectivement, aux familles d'aptamères désignés par « Nonapta 1 » à « Nonapta 8 ». La Figure 2 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain et résultant de la mise en oeuvre de deux séries distinctes de sélection in vitro de type SELEX, désignées SELEX 5 et SELEX 6. Les séquences représentées sur la figure 2 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 9 à SEQ ID N° 20, relatives à la famille d'aptamères désignée « Nonapta 1 ». ». Les séquences représentées en lettres minuscules en SEQ ID N° 20 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification de l'aptamère de SEQ ID N° 9 par la technique de PCR (Polymerase Chain Reaction).DESCRIPTION OF THE FIGURES Figure 1 illustrates the consensus sequences of the various nucleic aptamers specifically binding to human Factor IX / IXa identified by the inventors. The sequences shown in FIG. 1 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 8, relating, respectively, to the families of aptamers designated by "Nonapta 1" to " Nonapta 8 ". Figure 2 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to human Factor IX / IXa and resulting from the implementation of two separate SELEX in vitro selection series, designated SELEX 5 and SELEX 6. The sequences shown in FIG. FIG. 2 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 9 to SEQ ID No. 20, relating to the aptamer family designated "Nonapta 1". ". The sequences represented in lowercase letters in SEQ ID No. 20 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of the aptamer of SEQ ID No. 9 by the PCR (Polymerase Chain Reaction) technique. ).
La Figure 3 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin de la mise en oeuvre du procédé de type SELEX, désigné SELEX 6. Les séquences représentées sur la figure 3 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 21 et SEQ ID N° 23, relatives à la famille d'aptamères désignée « Nonapta 2 ». ». Les séquences représentées en lettres minuscules en SEQ ID N° 23 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification de l'aptamère de SEQ ID N° 21 par la technique de PCR. La Figure 4 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin de la mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX (désigné SELEX 5). Les séquences représentées sur la figure 4 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 24 à SEQ ID N° 44, relatives à la famille d' aptamères désignée « Nonapta 3 ». La Figure 5 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin d'un cycle de mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX (i.e. SELEX 6). Les séquences représentées sur la figure 5 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 45 à SEQ ID N° 67, relatives à la famille d'aptamères désignée « Nonapta 3 ». Les séquences représentées en lettres minuscules en SEQ ID N° 67 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification de l'aptamère de SEQ ID N° 45 par la technique de PCR. La Figure 6 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin d'un cycle de mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX (i.e. SELEX 5). Les séquences représentées sur la figure 6 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 68 à SEQ ID N° 104, relatives à la famille d' aptamères désignée « Nonapta 4 ». La Figure 7 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin d'un cycle de mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX (i.e. SELEX 6). Les séquences représentées sur la figure 7 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 105 à SEQ ID N° 131, relatives à la famille d'aptamères désignée « Nonapta 4 ». Les séquences représentées en lettres minuscules en SEQ ID N° 131 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification de l'aptamère de SEQ ID N° 105 par la technique de PCR.Figure 3 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to the selected human IX / IXa Factor at the end of the SELEX-type process, designated SELEX 6. The sequences shown in Figure 3 are from the top to the right. the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 21 and SEQ ID No. 23, relating to the aptamer family designated "Nonapta 2". ". The sequences represented in lowercase letters in SEQ ID No. 23 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of the aptamer of SEQ ID No. 21 by the PCR technique. Figure 4 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to the selected human Factor IX / IXa at the end of the implementation of a SELEX type process (designated SELEX 5). The sequences shown in FIG. 4 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 24 to SEQ ID No. 44, relating to the aptamer family designated "Nonapta 3". Figure 5 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to the selected human IX / IXa Factor at the end of a SELEX (SELEX 6) process run. The sequences shown in FIG. 5 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 45 to SEQ ID No. 67, relating to the aptamer family designated "Nonapta 3". The sequences represented in lowercase letters in SEQ ID No. 67 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of the aptamer of SEQ ID No. 45 by the PCR technique. Figure 6 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to the selected human IX / IXa Factor at the end of a SELEX (ie, SELEX 5) process run. The sequences shown in FIG. 6 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 68 to SEQ ID No. 104, relating to the aptamer family designated "Nonapta 4". Figure 7 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to selected Human Factor IX / IXa at the end of a cycle of SELEX process (i.e. SELEX 6) implementation. The sequences shown in FIG. 7 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 105 to SEQ ID No. 131, relating to the aptamer family designated "Nonapta 4". The sequences represented in lowercase letters in SEQ ID No. 131 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of the aptamer of SEQ ID No. 105 by the PCR technique.
La Figure 8 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin d'un cycle de mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX (i.e. SELEX 6). Les séquences représentées sur la figure 8 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 132 à SEQ ID N° 134, relatives à la famille d'aptamères désignée « Nonapta 5 ». Les séquences représentées en lettres minuscules SEQ ID N° 132 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification de l'aptamère de SEQ ID N° 133 par la technique de PCR. La Figure 9 illustre un alignement de divers aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain sélectionnés à la fin d'un cycle de mise en oeuvre d'un procédé de type SELEX. Les séquences représentées sur la figure 9 sont, du haut vers le bas de la figure, respectivement les séquences SEQ ID N° 135 à 138 relatives à la famille d'aptamères « Nonapta 6 », les séquences SEQ ID N° 139 à 141 relatives à la famille d'aptamères « Nonapta 7 »et les séquences SEQ ID N° 142 et 143 relatives à la famille d'aptamères « Nonapta 8 ». Les séquences représentées en lettres minuscules en SEQ ID N° 135, 136, 137, 139 et 142 correspondent aux séquences complémentaires des « amorces » (ou « primers ») utilisées pour l'amplification des aptamères, respectivement, de SEQ ID N° 138 en tout ou partie, 140 et 143 par la technique de PCR. La Figure 10 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 1 (i.e. SEQ ID N° 20 en figure 2), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1: Nonapta 1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 25 nM ; courbe 2: Nonapta 1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM. La Figure 11 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 2 (i.e. SEQ ID N° 23 en figure 3), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, 30 exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1: Nonapta 2 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 2: Nonapta 2 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM. La Figure 12 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 3 (i.e. SEQ ID N° 67 en figure 5) 0, au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1: Nonapta 3.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 2: Nonapta 3.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM. La Figure 13 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 5 (i.e. SEQ ID N° 132 en figure 8), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1: Nonapta 5 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2: Nonapta 5 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3: Nonapta 5 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 15 nM ; courbe: 4 Nonapta 5 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 14 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, dérivé de l'aptamère Nonapta 5 (i.e. Nonapta 5.1, SEQ ID N° 133 en figure 8), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de 20 résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 5.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2 Nonapta 5.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 5.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM ; courbe 4 Nonapta 5.1 avec FIX humain plasmatique purifié à la 25 concentration de 100 nM. La Figure 15 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique dérivé de l'aptamère Nonapta 5 (i.e. Nonapta 5.7, SEQ ID N° 134, figure 8), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de 30 résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 5.7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2 Nonapta 5.7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 5.7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM ; courbe 4 Nonapta 5.7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 16 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 6 (i.e. SEQ ID N° 135 en figure 9), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 6 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2 Nonapta 6 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 6 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 200 nM ; courbe 4 Nonapta 6 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 17 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique dérivé de l'aptamère Nonapta 6 (i.e. Nonapta 6.3, SEQ ID N° 136, figure 9), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 6.3 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1000 nM ; courbe 2 Nonapta 6.3 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 6.3 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM ; courbe 4 Nonapta 6.3 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 18 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique dérivé de l'aptamère Nonapta 6 (i.e. Nonapta 6.4, SEQ ID N° 137, figure 9), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 6.4 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2 Nonapta 6.4 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 6.4 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM ; courbe 4 Nonapta 6.4 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 19 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 7 (i.e. SEQ ID N° 139, figure 9), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 1 000 nM ; courbe 2 Nonapta 7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 3 Nonapta 7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM ; courbe 4 Nonapta 7 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 100 nM. La Figure 20 illustre les courbes de liaison d'un acide nucléique, appartenant à la famille Nonapta 8 (i.e. SEQ ID N° 142, figure 9), au Facteur IX humain plasmatique immobilisé sur un support, dans un essai selon la technique de résonnance plasmonique de surface. En abscisse : le temps, exprimé en secondes; en ordonnées, signal de résonance, exprimé en Unités de résonance arbitraires. Les courbes représentent, du haut vers le bas de la figure, courbe 1 Nonapta 8 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 500 nM ; courbe 2 Nonapta 8 avec FIX humain plasmatique purifié à la concentration de 250 nM. La Figure 21 représente un profil de purification par chromatographie d'affinité d'une composition de Facteur IX humain (produit Betafact® commercialisé par la société LFB, France). En abscisse : le temps, exprimé en minutes. En ordonnées: les valeurs de mesure de l'absorbance à 280 nm, exprimées en Unités Arbitraires (mAU). Sur la courbe, l'injection du Facteur IX humain est réalisé au temps 0. Sur la courbe, « 1 » correspond à la fraction non retenue, « 2 » correspond à la fraction liée de manière non-spécifique et éliminée au cours de l'étape de lavage, « 3 » correspond au pic de la fraction d'élution. La Figure 22 représente le cliché d'un gel d'électrophorèse SDS PAGE dans lequel les pistes n°1 et 1' correspondent au produit de départ de Facteur IX Betafact®, les pistes n°2 et 2' correspondent à la fraction du produit de départ qui n'a pas été retenue sur la colonne et les pistes n°3 et 3' correspondent à la fraction d'élution.Figure 8 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to the selected human IX / IXa Factor at the end of a SELEX (SELEX 6) process run. The sequences shown in FIG. 8 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID No. 132 to SEQ ID No. 134, relating to the aptamer family designated "Nonapta 5". The sequences represented in lowercase letters SEQ ID No. 132 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of the aptamer of SEQ ID No. 133 by the PCR technique. Figure 9 illustrates an alignment of various nucleic aptamers specifically binding to selected Human Factor IX / IXa at the end of a cycle of implementation of a SELEX type process. The sequences represented in FIG. 9 are, from the top to the bottom of the figure, respectively the sequences SEQ ID Nos. 135 to 138 relating to the family of aptamers "Nonapta 6", the sequences SEQ ID Nos. 139 to 141 relating to to the "Nonapta 7" aptamer family and the sequences SEQ ID Nos. 142 and 143 relating to the "Nonapta 8" aptamer family. The sequences represented in lowercase letters in SEQ ID Nos. 135, 136, 137, 139 and 142 correspond to the complementary sequences of the "primers" (or "primers") used for the amplification of aptamers, respectively, of SEQ ID No. 138. in whole or in part, 140 and 143 by the PCR technique. Figure 10 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 1 family (ie SEQ ID No. 20 in Figure 2), to the immobilized human plasma factor IX on a support, in a test according to the resonance technique. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1: Nonapta 1 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; Curve 2: Nonapta 1 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM. FIG. 11 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 2 family (ie SEQ ID No. 23 in FIG. 3), to the immobilized human plasma factor IX on a support, in a test according to the resonance technique. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1: Nonapta 2 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; Curve 2: Nonapta 2 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM. FIG. 12 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 3 family (ie SEQ ID No. 67 in FIG. 5) 0, to the immobilized human plasma factor IX on a support, in a test according to the technique of surface plasmon resonance. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1: Nonapta 3.1 with purified plasma human FIX at a concentration of 500 nM; Curve 2: Nonapta 3.1 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM. Figure 13 illustrates the binding curves of a nucleic acid belonging to the Nonapta family (ie, SEQ ID No. 132 in Figure 8) to human plasma Factor IX immobilized on a support in a resonance test. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1: Nonapta 5 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2: Nonapta 5 with purified human plasma FIX at the concentration of 500 nM; Curve 3: Nonapta 5 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM; Curve: 4 Nonapta 5 with purified plasma human FIX at the concentration of 100 nM. Figure 14 illustrates the binding curves of a nucleic acid, derived from Nonapta aptamer 5 (ie Nonapta 5.1, SEQ ID NO: 133 in Figure 8), to human plasma Factor IX immobilized on a support, in a test according to the surface plasmon resonance technique. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1 Nonapta 5.1 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2 Nonapta 5.1 with purified human plasma FIX at the concentration of 500 nM; Curve 3 Nonapta 5.1 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM; Curve 4 Nonapta 5.1 with purified human plasma FIX at a concentration of 100 nM. Figure 15 illustrates the binding curves of a nucleic acid derived from Nonapta aptamer 5 (ie Nonapta 5.7, SEQ ID NO: 134, Figure 8), to human plasma Factor IX immobilized on a support, in a test according to US Pat. surface plasmon resonance technique. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1 Nonapta 5.7 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2 Nonapta 5.7 with purified plasma human FIX at a concentration of 500 nM; Curve 3 Nonapta 5.7 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM; Curve 4 Nonapta 5.7 with purified human plasma FIX at the concentration of 100 nM. Figure 16 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 6 family (ie SEQ ID No. 135 in Figure 9), to the human plasma Factor IX immobilized on a support, in a test according to the resonance technique. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1 Nonapta 6 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2 Nonapta 6 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; Curve 3 Nonapta 6 with purified human plasma FIX at the concentration of 200 nM; Curve 4 Nonapta 6 with purified human plasma FIX at the concentration of 100 nM. Figure 17 illustrates the binding curves of nucleic acid derived from Nonapta 6 aptamer (ie Nonapta 6.3, SEQ ID NO: 136, Figure 9), to human plasma Factor IX immobilized on a support, in a test according to US Pat. surface plasmon resonance technique. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, Curve 1 Nonapta 6.3 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2 Nonapta 6.3 with purified plasma human FIX at 500 nM concentration; Curve 3 Nonapta 6.3 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM; Curve 4 Nonapta 6.3 with purified plasma human FIX at the concentration of 100 nM. Figure 18 illustrates the binding curves of nucleic acid derived from Nonapta 6 aptamer (ie Nonapta 6.4, SEQ ID NO: 137, Figure 9), to human plasma Factor IX immobilized on a support, in a test according to US Pat. surface plasmon resonance technique. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, curve 1 Nonapta 6.4 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; curve 2 Nonapta 6.4 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; curve 3 Nonapta 6.4 with purified plasma human FIX at a concentration of 250 nM; Curve 4 Nonapta 6.4 with purified plasma human FIX at the concentration of 100 nM. Figure 19 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 7 family (ie SEQ ID No. 139, FIG. 9), to the immobilized human plasma factor IX on a support, in a test according to the resonance technique. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, Curve 1 Nonapta 7 with purified human plasma FIX at a concentration of 1000 nM; Curve 2 Nonapta 7 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; Curve 3 Nonapta 7 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM; Curve 4 Nonapta 7 with purified human plasma FIX at the concentration of 100 nM. FIG. 20 illustrates the binding curves of a nucleic acid, belonging to the Nonapta 8 family (ie SEQ ID No. 142, FIG. 9), to the immobilized human plasma factor IX on a support, in a test according to the resonance technique. surface plasmonics. On the abscissa: the time, expressed in seconds; ordinate, resonance signal, expressed in arbitrary resonance units. The curves represent, from the top to the bottom of the figure, Curve 1 Nonapta 8 with purified human plasma FIX at a concentration of 500 nM; Curve 2 Nonapta 8 with purified human plasma FIX at a concentration of 250 nM. Figure 21 represents a purification profile by affinity chromatography of a composition of human factor IX (Betafact® product marketed by LFB, France). On the abscissa: the time, expressed in minutes. On the ordinate: the measurement values of the absorbance at 280 nm, expressed in Arbitrary Units (mAU). On the curve, the injection of the human factor IX is carried out at time 0. On the curve, "1" corresponds to the non-retained fraction, "2" corresponds to the nonspecifically bound fraction and eliminated in the course of time. washing step, "3" corresponds to the peak of the elution fraction. FIG. 22 represents the image of an SDS PAGE electrophoresis gel in which lanes # 1 and 1 'correspond to the Betafact® Factor IX starting material, lanes # 2 and 2' correspond to the fraction of the product. starting point which was not selected on the column and tracks 3 and 3 'correspond to the elution fraction.
DESCRIPTION DETAILLEE DE L'INVENTION Il est fourni selon l'invention de nouveaux outils aptes à se lier de manière spécifique au Facteur IX/IXa humain, de taille réduite, faciles et peu onéreux à synthétiser, et qui peuvent être employés dans tous les domaines d'application dans lesquels de tels outils sont utiles, y compris pour la purification du Facteur IX/IXa humain, pour la détection du Facteur IX/IXa humain et pour l'utilisation en tant que principe actif de médicaments destinés à la prévention ou au traitement des troubles de la coagulation.DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION It is provided according to the invention new tools able to bind specifically to human factor IX / IXa, of reduced size, easy and inexpensive to synthesize, and which can be used in all fields in which such tools are useful, including for the purification of human factor IX / IXa, for the detection of human factor IX / IXa and for the use as an active ingredient of medicaments for the prevention or control of treatment of coagulation disorders.
Plus précisément, la demanderesse a obtenu une collection d'acides nucléiques monobrins aptes à se lier de manière spécifique au Facteur IX/IXa humain, lesquels acides nucléiques sont décrits plus loin dans la présente description. Comme cela sera détaillé plus loin, la famille d'acides nucléiques de l'invention, qui sont aptes à se lier de manière spécifique au Facteur IX/IXa humain, consistent en des acides nucléiques simple brin, préférentiellement de type ADN, que le demandeur pense être capables d'adopter des conformations dans l'espace qui contribuent à leur conférer leurs propriétés de liaison au Facteur IX/IXa précitées. De manière générique, les acides nucléiques de l'invention peuvent aussi être appelés « aptamères » nucléotidiques, en référence à un terme couramment utilisé par l'homme du métier pour désigner ce type de molécules. On connaît déjà dans l'état de la technique des aptamères nucléiques capables de se lier à diverses protéines impliquées dans la voie de la coagulation sanguine, y compris des aptamères liant le Facteur de Willebrand (Demande PCT n° WO 2008/150495), des aptamères liant l'alpha-thrombine (demande de brevet euopéen n° EP 1 972 693) ou la thrombine (Zhao et al., 2008, Anal Chem, Vol. 80(19) : 7586-7593), des aptamères liant le Facteur IX/IXa (Subash et al., 2006, Thromb Haemost, Vol. 95 : 767-771; Howard et al., 2007, Atherioscl Thromb Vasc Biol, Vol. 27 : 722-727; Demande PCT n° WO 2002/096926; Brevet aux Etats-Unis n° US 7,312,325), des aptamères liant le Facteur X/Xa (Demande PCT n° WO 2002/096926; Brevet aux Etats-Unis n° US 7,312,325), des aptamères nucléiques se liant au facteur VII/VIIa humain (Rusconi et al., 2000, Thromb Haemost, Vol. 84(5) : 841-848; Layzer et al., 2007, Spring, Vol. 17 : 1-11). La présente invention a pour objet un acide nucléique se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain. Dans la présente description, un acide nucléique simple brin se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain peut aussi être désigné « aptamère nucléique », « aptamère », « aptamère se liant au Facteur IX/IXa humain » ou encore « aptamère antiFIX/FIXa humain ». Par Facteur IX/IXa humain, on englobe un Facteur IX/IXa humain naturel (i.e. d'origine plasmatique) et un Facteur IX/IXa humain recombinant. Au sens de la présente description, un Facteur IX/IXa humain est considéré en référence à sa séquence en acides aminés, c'est-à-dire indépendamment du fait que la protéine soit glycosylée ou non glycosylée, et, si la protéine est glycosylée, quel que soit le type de glycosylation. La demanderesse a isolé des familles d'aptamères nucléiques se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain dont elle a pu montrer l'existence de relations entre (i) les caractéristiques structurelles communes et (ii) la ou les caractéristiques fonctionnelles communes. D'un point de vue structurel, un acide nucléique, ou aptamère nucléique selon l'invention, se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain a la formule (I) suivante : [5'-TER] m - [SEQ ID N° X] - [3'-TER] n (I), dans laquelle : - « [5'-TER]ll, » représente un acide nucléique comprenant entre 1 et 50 nucléotides, de préférence entre 1 et 32 nucléotides , - « [3'-TER]ii » représente un acide nucléique comprenant entre 1 et 50 nucléotides, de préférence entre 1 et 40 nucléotides acides nucléiques, - m est un entier égal à 0 ou 1, - n est un entier égal à 0 ou 1, et - « [SEQ ID N° X] » consiste en un acide nucléique possédant au moins 80 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique choisi dans le groupe constitué des acides 15 nucléiques de séquences SEQ ID N° 5 (= Nonapta 5), SEQ ID N° 6 (= Nonapta 6), SEQ ID N° 1 (= Nonapta 1), SEQ ID N° 2 (= Nonapta 2), SEQ ID N° 3 (= Nonapta 3), SEQ ID N° 4 (= Nonapta 4), SEQ ID N° 7 (= Nonapta 7) et SEQ ID N° 8 (= Nonapta 8), dans lesquelles : - « a et A » représentent un nucléotide adénine, 20 - « t et T » représentent un nucléotide thymine, - « c et C » représentent un nucléotide cytosine, - « g et G» représentent un nucléotide guanine, et - « N » représente un nucléotide choisi parmi adénine, thymine, cytosine ou guanine. 25 Dans certains modes de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X a une longueur de 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 nucléotides. Selon un mode de réalisation préféré, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X 30 a une longueur de 39 ou 40 nucléotides de longueur. Dans certains modes de réalisation, les entiers « m » et « n » sont tous les deux égaux à 0, et l'acide nucléique de formule (I) est un acide nucléique de formule (IA) suivante : [SEQ ID N° X] (IA), dans laquelle [SEQ ID N° X] a la même signification que pour l'acide nucléique de formule (I). Dans certains modes de réalisation, l'entier m est égal à 1 et l'entier n est égal à 0, et l'acide nucléique de formule (I) est un acide nucléique de formule (I13) suivante : [5'-TER]ff, - [SEQ ID N° X] (IB), dans laquelle [5'-TER] et [SEQ ID N° X] ont la même signification que pour l'acide nucléique de formule (I). Dans certains modes de réalisation, l'entier m est égal à 0 et l'entier n est égal à 1, et l'acide nucléique de formule (I) est un acide nucléique de formule (IC) suivante : [SEQ ID N° X] - [3'-TER]' (IB), dans laquelle [3'-TER] et [SEQ ID N° X] ont la même signification que pour l'acide nucléique de formule (I). Dans certains modes de réalisation, l'acide nucléique « 5'-TER », lorsqu'il est présent, a une longueur de 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 ou 50 nucléotides, ce qui englobe les acides nucléiques possédant exactement chacune des longueurs spécifiées. Dans certains modes de réalisation, l'acide nucléique « 3'-TER », lorsqu'il est présent, a une longueur de 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 ou 50 nucléotides, ce qui englobe les acides nucléiques possédant exactement chacune des longueurs spécifiées. Dans certains modes de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) a au moins 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40,41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139 ou 140 nucléotides de longueur, ce qui englobe les acides nucléiques possédant exactement chacune des longueurs spécifiées. La collection d'aptamères nucléiques anti-FIX/FIXa selon l'invention comprend une pluralité de familles d'aptamères nucléiques, chaque famille d'aptamères nucléiques étant caractérisée par des caractéristiques structurelles communes, en particulier par une séquence d'acide nucléique commune. En d'autres termes, deux aptamères nucléiques appartenant à une famille donnée d'aptamères nucléiques anti-FIX/FIXa selon l'invention possèdent entre eux une séquence consensus commune, et en particulier une séquence commune qui est désignée « SEQ ID N° X» dans la présente description. La collection d'aptamères nucléiques antiFIX/FIXa selon l'invention englobe en particulier huit familles d'aptamères nucléiques, désignées respectivement « Nonapta 1 », « Nonapta 2 », « Nonapta 3 », Nonapta 4 », « Nonapta 5 », « Nonapta 6 », « Nonapta 7 » et « Nonapta 8 », chaque famille d'aptamères nucléiques comprenant une séquence nucléique consensus, et en particulier une séquence nucléique consensus désignée « SEQ ID N° X », qui est commune à tous les aptamères de ladite famille.More specifically, the Applicant has obtained a collection of single-stranded nucleic acids capable of binding specifically to the human factor IX / IXa, which nucleic acids are described later in the present description. As will be detailed below, the family of nucleic acids of the invention, which are able to bind specifically to human factor IX / IXa, consist of single-stranded nucleic acids, preferably of the DNA type, that the applicant thinks to be able to adopt conformations in space which contribute to confer to them their Factor IX / IXa binding properties mentioned above. Generically, the nucleic acids of the invention may also be called "aptamers" nucleotides, with reference to a term commonly used by those skilled in the art to designate this type of molecules. Nucleic aptamers capable of binding to various proteins involved in the blood coagulation pathway, including Willebrand factor binding aptamers (PCT Application No. WO 2008/150495), are already known in the art. aptamers binding alpha-thrombin (European Patent Application No. EP 1,972,693) or thrombin (Zhao et al., 2008, Anal Chem, Vol 80 (19): 7586-7593), aptamers binding the factor IX / IXa (Subash et al., 2006, Thromb Haemost, Vol 95: 767-771, Howard et al., 2007, Atherioscl Thromb Vasc Biol, Vol 27: 722-727, PCT Application No. WO 2002/096926 U.S. Patent No. 7,312,325), Factor X / Xa-binding aptamers (PCT Application No. WO 2002/096926, US Patent No. US 7,312,325), Factor VII binding nucleic aptamers Human VIIa (Rusconi et al., 2000, Thromb Haemost, Vol 84 (5): 841-848, Layzer et al., 2007, Spring, Vol 17: 1-11). The present invention relates to a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa. In the present disclosure, a single-stranded nucleic acid specifically binding to human Factor IX / IXa may also be designated a "nucleic aptamer," "aptamer," "Human Factor IX / IXa binding aptamer," or "anti-FIX / FIXa aptamer. human ". By human factor IX / IXa, a natural human factor IX / IXa (i.e. of plasma origin) and a recombinant human factor IX / IXa are encompassed. For the purposes of the present description, a human factor IX / IXa is considered with reference to its amino acid sequence, that is to say regardless of whether the protein is glycosylated or non-glycosylated, and, if the protein is glycosylated , regardless of the type of glycosylation. The Applicant has isolated families of nucleic aptamers specifically binding to the human factor IX / IXa, the existence of which has been shown to exist between (i) the common structural characteristics and (ii) the common functional characteristic (s). From a structural point of view, a nucleic acid, or nucleic aptamer according to the invention, specifically binding to human factor IX / IXa has the following formula (I): [5'-TER] m - [SEQ ID No. X] - [3'-TER] n (I), in which: - "[5'-TER] II," represents a nucleic acid comprising between 1 and 50 nucleotides, preferably between 1 and 32 nucleotides, - "[5'-TER] 11, 3'-TER] ii "represents a nucleic acid comprising between 1 and 50 nucleotides, preferably between 1 and 40 nucleic acid nucleotides, - m is an integer equal to 0 or 1, - n is an integer equal to 0 or 1, and [SEQ ID NO: X] is a nucleic acid having at least 80% nucleotide identity with a nucleic acid selected from the group consisting of nucleic acids of SEQ ID NO: 5 (= Nonapta). ), SEQ ID No. 6 (= Nonapta 6), SEQ ID No. 1 (= Nonapta 1), SEQ ID No. 2 (= Nonapta 2), SEQ ID No. 3 (= Nonapta 3), SEQ ID No. 4 (= Nonapta 4), SEQ ID No. 7 (= Nonapta 7) and SEQ ID NO: 8 (= Nonapta 8), in which: - "a and A" represent an adenine nucleotide, 20 - "t and T" represent a thymine nucleotide, - "c and C" represent a cytosine nucleotide, - " g and G "represent a guanine nucleotide, and -" N "represents a nucleotide selected from adenine, thymine, cytosine or guanine. In some embodiments, the nucleic acid of SEQ ID NO: X is 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 nucleotides. According to a preferred embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID NO: X is 39 or 40 nucleotides in length. In some embodiments, the "m" and "n" integers are both 0, and the nucleic acid of formula (I) is a nucleic acid of the following formula (IA): [SEQ ID NO: X] ] (IA), wherein [SEQ ID No. X] has the same meaning as for the nucleic acid of formula (I). In some embodiments, the integer m is 1 and the integer n is 0, and the nucleic acid of formula (I) is a nucleic acid of the following formula (I13): [5'-TER ] ff, - [SEQ ID NO: X] (IB), wherein [5'-TER] and [SEQ ID No. X] have the same meaning as for the nucleic acid of formula (I). In some embodiments, the integer m is 0 and the integer n is 1, and the nucleic acid of formula (I) is a nucleic acid of the following formula (IC): [SEQ ID NO: X] - [3'-TER] '(IB), wherein [3'-TER] and [SEQ ID No. X] have the same meaning as for the nucleic acid of formula (I). In some embodiments, the "5'-TER" nucleic acid, when present, has a length of 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 , 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 or 50 nucleotides, which includes nucleic acids having exactly each of the specified lengths. In some embodiments, the "3'-TER" nucleic acid, when present, has a length of 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 , 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 or 50 nucleotides, which includes nucleic acids having exactly each of the specified lengths. In some embodiments, the nucleic acid of formula (I) has at least 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139 or 140 nucleotides in length, which includes nucleic acids having exactly each of the specified lengths. The collection of anti-FIX / FIXa nucleic aptamers according to the invention comprises a plurality of families of nucleic aptamers, each family of nucleic aptamers being characterized by common structural characteristics, in particular by a common nucleic acid sequence. In other words, two nucleic aptamers belonging to a given family of anti-FIX / FIXa nucleic aptamers according to the invention have between them a common consensus sequence, and in particular a common sequence which is designated "SEQ ID No. X" In the present description. The collection of antiFIX / FIXa nucleic aptamers according to the invention includes, in particular, eight families of nucleic aptamers, designated respectively "Nonapta 1", "Nonapta 2", "Nonapta 3", "Nonapta 4", "Nonapta 5", " Nonapta 6 "," Nonapta 7 "and" Nonapta 8 ", each family of nucleic aptamers comprising a consensus nucleic sequence, and in particular a consensus nucleic sequence designated" SEQ ID No. X ", which is common to all aptamers of said family.
Dans la collection d'aptamères nucléiques de l'invention, l'ensemble des séquences SEQ ID N°X consiste en un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique choisi dans le groupe constitué des acides nucléiques de séquences SEQ ID N° 1 (= Nonapta 1), SEQ ID N° 2 (= Nonapta 2), SEQ ID N° 3 (= Nonapta 3), SEQ ID N° 4 (= Nonapta 4), SEQ ID N° 5 (= Nonapta 5), SEQ ID N° 6 (= Nonapta 6), SEQ ID N° 7 (= Nonapta 7) et SEQ ID N° 8 (= Nonapta 8). De manière générale, un acide nucléique SEQ ID N°X ayant au moins 80 % d'identité en nucléotides avec une séquence nucléique de référence possède au moins 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec ladite séquence nucléique de référence. Selon une première variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80% d'identité avec un acide nucléique de séquence SEQ ID N° 5 (= Nonapta 5). Selon cette première variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut alors être figuré par un acide nucléique de séquence SEQ ID N° 133 (= Nonapta 5.1) ou SEQ ID N° 134 (=Nonapta 5.7), de préférence un acide nucléique de séquence SEQ ID N° 134. Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 5, SEQ ID N° 133 ou SEQ ID N° 134.In the collection of nucleic aptamers of the invention, the set of SEQ ID NO X sequences consists of a nucleic acid having at least 80% nucleotide identity with a nucleic acid selected from the group consisting of sequences SEQ ID No. 1 (= Nonapta 1), SEQ ID No. 2 (= Nonapta 2), SEQ ID No. 3 (= Nonapta 3), SEQ ID No. 4 (= Nonapta 4), SEQ ID No. 5 (= Nonapta 5), SEQ ID No. 6 (= Nonapta 6), SEQ ID No. 7 (= Nonapta 7) and SEQ ID No. 8 (= Nonapta 8). In general, a nucleic acid SEQ ID No. X having at least 80% nucleotide identity with a reference nucleic sequence has at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87 %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with said nucleic acid sequence. reference. According to a first variant embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% identity with a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 5 (= Nonapta 5). According to this first variant embodiment, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 133 (= Nonapta 5.1) or SEQ ID No. 134 (= Nonapta 5.7), preferably a nucleic acid of sequence SEQ ID No. 134. In certain embodiments of a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83% , 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% % nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 133 or SEQ ID NO: 134.
Selon une seconde variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 6 (= Nonapta 6). Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 6. Selon une troisième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80% d'identité avec un 10 acide nucléique de SEQ ID N° 7 (= Nonapta 7). Selon cette troisième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 7, SEQ ID N° 139, SEQ ID N° 140 ou SEQ ID N° 141. Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de 15 l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 7, SEQ ID N° 139, SEQ ID N° 140 ou SEQ ID N° 141. Selon une quatrième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence 20 SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80% d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 2 (= Nonapta 2). Selon cette quatrième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 2, SEQ ID N° 21, SEQ ID N° 22 ou SEQ ID N° 23. 25 Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 2, SEQ ID N° 21, SEQ ID N° 22 ou SEQ ID N° 23. 30 Selon une cinquième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 3 (= Nonapta 3). Selon cette cinquième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 3 ou SEQ ID N° 24 à SEQ ID N° 67.According to a second variant embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 6 (= Nonapta 6). In certain embodiments of a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 6. According to a third variant embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 7 (= Nonapta 7). According to this third variant embodiment, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 7, SEQ ID No. 139, SEQ ID No. 140 or SEQ ID No. 141. In In some embodiments of a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 7, SEQ ID No. 139, SEQ ID No. 140 or SEQ ID No. 141. According to a fourth embodiment variant, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid. having at least 80% identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 2 (= Nonapta 2). According to this fourth variant embodiment, the nucleic acid of formula (I) may then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 21, SEQ ID No. 22 or SEQ ID No. 23. 25 In certain embodiments of a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 21, SEQ ID No. 22 or SEQ ID No. 23. According to a fifth embodiment variant, the nucleic acid of SEQ ID No. X can be represented by a nucleic acid. having at least 80% identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 3 (= Nonapta 3). According to this fifth embodiment variant, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 3 or SEQ ID No. 24 to SEQ ID No. 67.
Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 3 ou SEQ ID N° 24 à SEQ ID N° 67. Selon une sixième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 1 (= Nonapta 1). Selon cette sixième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut 10 alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 1 ou SEQ ID N° 9 à SEQ ID N° 20. Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 1 ou 15 SEQ ID N° 9 à SEQ ID N° 20. Selon une septième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 4 (= Nonapta 4). Selon cette septième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut 20 alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 4 ou SEQ ID N° 68 à SEQ ID N° 131. Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 4 ou 25 SEQ ID N° 68 à SEQ ID N° 131. Selon une huitième variante de réalisation, l'acide nucléique de séquence SEQ ID N° X peut être figuré par un acide nucléique ayant au moins 80 % d'identité avec un acide nucléique de SEQ ID N° 8 (= Nonapta 8). Selon cette huitième variante de réalisation, l'acide nucléique de formule (I) peut 30 alors être figuré par un acide nucléique de SEQ ID N° 8, SEQ ID N° 142 ou SEQ ID N° 143. Dans certains modes de réalisation d'un acide nucléique de formule (I) de l'invention, la séquence dudit acide nucléique possède au moins 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d'identité en nucléotides avec un acide nucléique de SEQ ID N° 8, SEQ ID N° 142 ou SEQ ID N° 143. Dans certains modes de réalisation, la séquence SEQ ID N° X d'un acide nucléique selon l'invention peut être choisie dans le groupe constitué des acides nucléiques possédant au moins 80 % d'identité en nucléotides, mieux au moins 90 % d'identité en nucléotides, avec au moins l'une des séquences SEQ ID N° 5 ou SEQ ID N° 6, de préférence la SEQ ID N° 1. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique selon l'invention peut présenter au moins 80% d'identité en nucléotides, mieux au moins 90 % d'identité en nucléotides, avec un acide nucléique choisi dans le groupe constitué des acides nucléiques de séquences SEQ ID N°1 à 143. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique selon l'invention peut présenter au moins 80% d'identité en nucléotides, mieux au moins 90 % d'identité en nucléotides, avec un acide nucléique de séquences SEQ ID N°133 (i.e. Nonapta 5.1) ou SEQ ID N° 134 (i.e. Nonapta 5.7), de préférence la séquence SEQ ID N° 134. Le « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques, au sens de la présente invention, est déterminé en comparant les deux séquences alignées de manière optimale, à travers une fenêtre de comparaison. La partie de la séquence nucléotidique dans la fenêtre de comparaison peut comprendre des additions ou des délétions (par exemple des « gaps ») par rapport à la séquence de référence (qui ne comprend pas ces additions ou ces délétions) de manière à obtenir un alignement optimal entre les deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions auxquelles une base nucléique identique est observé pour les deux séquences comparées, puis en divisant le nombre de positions auxquelles il y a identité entre les deux bases nucléiques par le nombre total de positions dans la fenêtre de comparaison, puis en multipliant le résultat par cent afin d'obtenir le pourcentage d'identité en nucléotides des deux séquences entre elles. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé de manière informatique à l'aide d'algorithmes connus.In certain embodiments of a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 3 or SEQ ID No. 24 to SEQ ID No. 67. According to a sixth variant embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% of identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 1 (= Nonapta 1). According to this sixth variant embodiment, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 1 or SEQ ID No. 9 to SEQ ID No. 20. In some embodiments of the invention, a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%. %, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 1 or SEQ ID No. 9 to SEQ ID No. 20. According to a seventh embodiment variant, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% identity with a nucleic acid. of SEQ ID No. 4 (= Nonapta 4). According to this seventh embodiment, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 4 or SEQ ID No. 68 to SEQ ID No. 131. In certain embodiments of the invention, a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%. %, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID No. 4 or SEQ ID No. 68 to SEQ ID No. 131. According to an eighth embodiment, the nucleic acid of sequence SEQ ID No. X may be represented by a nucleic acid having at least 80% identity with a nucleic acid. of SEQ ID No. 8 (= Nonapta 8). According to this eighth embodiment, the nucleic acid of formula (I) can then be represented by a nucleic acid of SEQ ID No. 8, SEQ ID No. 142 or SEQ ID No. 143. In some embodiments, a nucleic acid of formula (I) of the invention, the sequence of said nucleic acid has at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%. %, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100% nucleotide identity with a nucleic acid of SEQ ID NO: 8, SEQ ID No. 142 or SEQ ID No. 143. In certain embodiments, the sequence SEQ ID No. X of a nucleic acid according to the invention may be chosen from the group consisting of nucleic acids having at least 80% of nucleic acids. nucleotide identity, more preferably at least 90% nucleotide identity, with at least one of SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6, preferably SEQ ID NO: 1. In some embodiments , a nucleic acid according to the inv The ention may have at least 80% nucleotide identity, more preferably at least 90% nucleotide identity, with a nucleic acid selected from the group consisting of the nucleic acids of sequences SEQ ID Nos. 1 to 143. In certain embodiments, embodiment, a nucleic acid according to the invention may have at least 80% nucleotide identity, better still at least 90% nucleotide identity, with a nucleic acid of sequences SEQ ID No. 133 (ie Nonapta 5.1) or SEQ ID No. 134 (ie Nonapta 5.7), preferably the sequence SEQ ID No. 134. The "percentage identity" between two nucleic acid sequences, within the meaning of the present invention, is determined by comparing the two optimally aligned sequences, through a comparison window. The part of the nucleotide sequence in the comparison window may comprise additions or deletions (for example "gaps") with respect to the reference sequence (which does not include these additions or deletions) so as to obtain an alignment optimal between the two sequences. The percent identity is calculated by determining the number of positions at which an identical nucleotide base is observed for the two compared sequences, and then dividing the number of positions at which there is identity between the two nucleobases by the total number of positions in the comparison window, then multiplying the result by one hundred in order to obtain the percentage of nucleotide identity of the two sequences between them. The optimal alignment of the sequences for the comparison can be performed in a computer manner using known algorithms.
De manière tout à fait préférée, le pourcentage d'identité de séquence est déterminé à l'aide du logiciel CLUSTAL W (version 1.82) les paramètres étant fixés comme suit : (1) CPU MODE = ClustalW mp ; (2) ALIGNMENT = « full » ; (3) OUTPUT FORMAT = « aln w/numbers » ; (4) OUTPUT ORDER = « aligned » ; (5) COLOR ALIGNMENT = « no » ; (6) KTUP (word size) = « default » ; (7) WINDOW LENGTH = « default » ; (8) SCORE TYPE = « percent » ; (9) TOPDIAG = « default » ; (10) PAIRGAP = « default » ; (11) PHYLOGENETIC TREE/TREE TYPE = « none » ; (12) MATRIX = « default » ; (13) GAP OPEN = « default » ; (14) END GAPS = « default » ; (15) GAP EXTENSION = « default » ; (16) GAP DISTANCES = « default » ; (17) TREE TYPE = « cladogram » et (18) TREE GRAP DISTANCES = « hide ». Sur la base d'un acide nucléique selon l'invention, tel que représenté en figures 1 à 9, l'homme du métier peut aisément déterminer les séquences spécifiques possibles pour la séquence SEQ ID N° X, au sein de l'ensemble du nombre fini des enchaînements de nucléotides possibles.Most preferably, the percentage of sequence identity is determined using the CLUSTAL W software (version 1.82) with the parameters set as follows: (1) CPU MODE = ClustalW mp; (2) ALIGNMENT = "full"; (3) OUTPUT FORMAT = "aln w / numbers"; (4) OUTPUT ORDER = "aligned"; (5) COLOR ALIGNMENT = "no"; (6) KTUP (word size) = "default"; (7) WINDOW LENGTH = "default"; (8) SCORE TYPE = "percent"; (9) TOPDIAG = "default"; (10) PAIRGAP = "default"; (11) PHYLOGENETIC TREE / TREE TYPE = "none"; (12) MATRIX = "default"; (13) GAP OPEN = "default"; (14) END GAPS = "default"; (15) GAP EXTENSION = "default"; (16) GAP DISTANCES = "default"; (17) TREE TYPE = "cladogram" and (18) TREE GRAP DISTANCES = "hide". On the basis of a nucleic acid according to the invention, as represented in FIGS. 1 to 9, one skilled in the art can easily determine the possible specific sequences for the sequence SEQ ID No. X, within the whole of the finite number of possible nucleotide sequences.
L'homme du métier peut vérifier ses propriétés de liaison au Facteur IX/IXa humain, par exemple selon l'une des méthodes spécifiées dans la présente description, en particulier dans les exemples. Selon l'invention, un acide nucléique se liant au Facteur IX/IXa humain consiste en un acide nucléique monobrin capable de former un complexe avec le Facteur IX/IXa humain, lorsqu'il est mis en contact avec ce dernier. Les acides nucléiques se liant au Facteur IX/IXa humain englobent donc ceux pour lesquels on peut détecter des complexes avec le Facteur IX/IXa humain après une étape préalable de mise en contact desdits partenaires respectivement nucléique et protéique. La détection de complexes formés entre un acide nucléique se liant au Facteur IX/IXa humain peut être aisément réalisée par l'homme du métier, par exemple en mettant en oeuvre une technique de détection par résonance plasmonique de surface, y compris la technique Biacore®, comme cela est illustré dans les exemples. L'homme du métier peut aussi aisément détecter la formation de complexes entre un acide nucléique d'intérêt et le Facteur IX/IXa humain par des techniques classiques du type ELISA, ou par toute autre technique de laboratoire capable de mettre en évidence une interaction entre un acide nucléique et une protéine. Comme cela est illustré dans les exemples, un acide nucléique de formule (I) possède une forte capacité de liaison à tout type de Facteur IX/IXa humain. Qui plus est, la liaison d'un acide nucléique de formule (I) au Facteur IX/IXa humain naturel est spécifique.Those skilled in the art can verify its binding properties to human factor IX / IXa, for example according to one of the methods specified in the present description, in particular in the examples. According to the invention, a human factor IX / IXa binding nucleic acid is a single-stranded nucleic acid capable of forming a complex with human factor IX / IXa when contacted with the human factor IX / IXa. Nucleic acids binding to human factor IX / IXa therefore include those for which complexes can be detected with human factor IX / IXa after a prior step of contacting said respective nucleic and protein partners. The detection of complexes formed between a human factor IX / IXa binding nucleic acid can be easily performed by those skilled in the art, for example by using a surface plasmon resonance detection technique, including the Biacore® technique. as illustrated in the examples. Those skilled in the art can also easily detect the formation of complexes between a nucleic acid of interest and the human factor IX / IXa by conventional techniques of the ELISA type, or by any other laboratory technique capable of highlighting an interaction between a nucleic acid and a protein. As illustrated in the examples, a nucleic acid of formula (I) has a strong binding capacity to any type of human factor IX / IXa. In addition, the binding of a nucleic acid of formula (I) to natural human factor IX / IXa is specific.
En effet, un acide nucléique de formule (I) possède une très faible capacité de liaison au Facteur VII/VIIa, voire même une capacité nulle. Sans vouloir être lié par une quelconque théorie, le demandeur pense que les résultats présentés dans les exemples montrent qu'un acide nucléique de formule (I) selon l'invention possède une forte capacité à se lier à des facteurs IX/IXa humains ayant des types distincts de glycosylation. En d'autres termes, le demandeur pense qu'un acide nucléique de formule (I) est capable de se lier efficacement, non seulement au Facteur IX/IXa provenant de sources naturelles, y compris le plasma humain, mais également à un Facteur IX/IXa humain recombinant produit en culture cellulaire in vitro, ou dans un animal transgénique, préférentiellement un mammifère transgénique, de différentes espèces, y compris le lapin, dont les types de glycosylation peuvent différer, même légèrement du type de glycosylation du Facteur IX/IXa humain produit naturellement dans le plasma sanguin. Selon l'invention, un acide nucléique se liant « spécifiquement » au Facteur IX/IXa humain consiste en un acide nucléique possédant une capacité à se lier au Facteur IX/IXa humain supérieure à sa capacité à se lier à toute autre protéine, et en particulier aux Facteurs VII/VIIa. Au sens de la présente description, un premier acide nucléique possède une capacité à se lier au Facteur IX/IXa humain, supérieure à celle d'un second acide nucléique, lorsque, en utilisant l'une quelconque des techniques de détection de liaison ci-dessus, et dans les mêmes conditions d'essai, une valeur de signal de liaison supérieure statistiquement significative est obtenue avec le premier acide nucléique, par rapport à celle obtenue avec les seconds acides nucléiques. De manière illustrative, lorsque la technique de détection de liaison utilisée est la technique Biacore , comme dans les exemples, un premier acide nucléique possède une capacité à se lier au Facteur IX/IXa humain, supérieure à celle d'un second acide nucléique, lorsque la valeur de signal de résonance pour le premier acide nucléique, quelle que soit l'unité de mesure de résonance exprimée, est statistiquement supérieure à la valeur de signal de résonance mesurée pour le second acide nucléique. Deux valeurs de mesure « statistiquement » distinctes englobent deux valeurs qui ont entre elles un écart supérieur à l'erreur de mesure de la technique de détection de liaison utilisée.Indeed, a nucleic acid of formula (I) has a very weak capacity for binding to Factor VII / VIIa, or even a zero capacity. Without wishing to be bound by any theory, the applicant believes that the results presented in the examples show that a nucleic acid of formula (I) according to the invention has a strong capacity to bind to human factors IX / IXa having distinct types of glycosylation. In other words, the applicant believes that a nucleic acid of formula (I) is capable of efficiently binding not only to Factor IX / IXa from natural sources, including human plasma, but also to a factor IX Recombinant human IXa produced in cell culture in vitro, or in a transgenic animal, preferably a transgenic mammal, of different species, including the rabbit, whose types of glycosylation may differ, even slightly from the type of glycosylation of Factor IX / IXa human produced naturally in the blood plasma. According to the invention, a nucleic acid "specifically" binding to human Factor IX / IXa consists of a nucleic acid having an ability to bind human Factor IX / IXa greater than its ability to bind to any other protein, and particular to Factors VII / VIIa. As used herein, a first nucleic acid has the ability to bind human Factor IX / IXa, which is greater than that of a second nucleic acid, when, using any of the binding detection techniques described above, above, and under the same test conditions, a statistically significant upper binding signal value is obtained with the first nucleic acid, relative to that obtained with the second nucleic acids. Illustratively, when the binding detection technique used is the Biacore technique, as in the examples, a first nucleic acid has an ability to bind human Factor IX / IXa, greater than that of a second nucleic acid, when the resonance signal value for the first nucleic acid, regardless of the expressed resonance unit of measurement, is statistically greater than the resonance signal value measured for the second nucleic acid. Two distinct "statistically" measured values encompass two values which have a greater difference than the measurement error of the link detection technique used.
Comme cela est illustré dans les exemples, on a testé la capacité des acides nucléiques de l'invention à se lier spécifiquement au Facteur IX/IXa humain. Qui plus est, les acides nucléiques de formule (I) selon l'invention sont en outre avantageux en ce qu'ils ont une capacité à se lier au Facteur IX/IXa humain qui est significativement supérieure à leur capacité de liaison à n'importe quel autre Facteur. En particulier, alors qu'un acide nucléique de formule (I) possède une forte capacité à se lier à tout type de Facteur IX/IXa humain, y compris naturel ou recombinant, il a une capacité faible, et même nulle, à se lier à un Facteur VII/VIIa codé par le génome d'un mammifère non humain. Sans vouloir être lié par une quelconque théorie, ces caractéristiques de spécificité de la liaison d'un acide nucléique de formule (I) selon l'invention au Facteur IX/IXa humain illustrent que les acides nucléiques aptamères de l'invention peuvent être avantageusement utilisés pour discriminer entre un Facteur IX/IXa humain et un Facteur VII/VIIa humain voire, en outre, discriminer entre un Facteur IX/IXa humain et un Facteur IX/IXa non humain. En particulier, un acide nucléique de formule (I) selon l'invention peut être avantageusement utilisé dans un moyen de purification d'un Facteur IX/IXa humain, y compris à partir d'un milieu de départ complexe susceptible de contenir un Facteur IX/IXa en association avec d'autres types de facteurs de la coagulation, tel que par exemple le Facteur VII/VIIa. Notamment, un acide nucléique de formule (I) peut être utilisé dans un moyen de purification du Facteur IX/IXa recombinant dans un fluide biologique d'un animal transgénique pour le Facteur IX/IXa humain, ledit fluide biologique étant susceptible de contenir d'autres facteurs de la coagulation, et tout particulièrement étant susceptible de contenir un Facteur IX/IXa produit naturellement par l'animal transgénique. Comme cela est illustré dans les exemples, une autre caractéristique d'un acide nucléique de formule (I) est son aptitude, dans un complexe avec le Facteur IX/IXa humain, à libérer le Facteur IX/IXa humain par incubation dudit complexe avec un agent chélateur de cations métalliques tels que l'EDTA (acide éthylène diamine tétraacétique) ou l'EGTA (acide éthylène glycol-bis(2-aminoéthyléther)-N,N,N',N'-tétraacétique). On a notamment montré que les molécules de Facteur IX/IXa complexées avec un acide nucléique de formule (I) sont libérées desdits complexes par mise en contact avec un agent chélateur de cations métalliques tel que l'EDTA. Ainsi, selon encore un autre aspect, la liaison d'un acide nucléique de formule (I) selon l'invention au facteur IX/IXa humain peut être dissociée par mise en contact avec un agent chélateur des cations métalliques, y compris par mise en contact avec de l'EDTA ou de 1' EGTA.As illustrated in the examples, the ability of the nucleic acids of the invention to bind specifically to human factor IX / IXa was tested. Moreover, the nucleic acids of formula (I) according to the invention are further advantageous in that they have an ability to bind to human factor IX / IXa which is significantly greater than their binding capacity to any what other factor. In particular, while a nucleic acid of formula (I) has a strong ability to bind to any type of human factor IX / IXa, including natural or recombinant, it has a low ability, and even zero, to bind to a factor VII / VIIa encoded by the genome of a non-human mammal. Without wishing to be bound by any theory, these specificity characteristics of the binding of a nucleic acid of formula (I) according to the invention to human factor IX / IXa illustrate that the aptamer nucleic acids of the invention can be advantageously used. in order to discriminate between a human factor IX / IXa and a human factor VII / VIIa, and, in addition, discriminate between a human factor IX / IXa and a non-human factor IX / IXa. In particular, a nucleic acid of formula (I) according to the invention can be advantageously used in a means for purifying a human factor IX / IXa, including from a complex starting medium capable of containing a factor IX / IXa in combination with other types of coagulation factors, such as, for example, Factor VII / VIIa. In particular, a nucleic acid of formula (I) may be used in a recombinant factor IX / IXa purification means in a biological fluid of a transgenic animal for human factor IX / IXa, said biological fluid being capable of containing other factors of coagulation, and particularly being likely to contain a factor IX / IXa produced naturally by the transgenic animal. As illustrated in the examples, another feature of a nucleic acid of formula (I) is its ability, in a complex with human Factor IX / IXa, to release human Factor IX / IXa by incubating said complex with a metal cation chelating agent such as EDTA (ethylene diamine tetraacetic acid) or EGTA (ethylene glycol-bis (2-aminoethylether) -N, N, N ', N'-tetraacetic acid). In particular, it has been shown that Factor IX / IXa molecules complexed with a nucleic acid of formula (I) are released from said complexes by contact with a metal cation chelating agent such as EDTA. Thus, according to yet another aspect, the binding of a nucleic acid of formula (I) according to the invention to human factor IX / IXa can be dissociated by contacting with a metal cation chelating agent, including by setting contact with EDTA or EGTA.
Cette caractéristique additionnelle d'un acide nucléique de formule (I) selon l'invention est particulièrement avantageuse pour l'utilisation dudit acide nucléique dans un moyen de purification du Facteur IX/IXa humain. En effet, dans un telle application pour la purification, le Facteur IX/IXa humain, immobilisé dans un complexe avec un acide nucléique de formule (I), peut ensuite être récupéré sous forme purifiée par simple mise en contact ou incubation avec un agent chélateur des cations métalliques, donc sans nécessiter l'emploi de substances connues pour dénaturer, au moins partiellement, le Facteur IX/IXa humain, comme les conditions acides ou l'urée. Pour son utilisation dans un moyen de purification du Facteur IX/IXa humain, un acide nucléique de formule (I) selon l'invention est préférentiellement immobilisé sur un support solide. Ledit support solide englobe des particules solides, des supports de chromatographie, etc. Les techniques d'immobilisation d'acides nucléiques d'intérêt sur des types très variés de supports solides sont bien connues par l'homme du métier. Le support solide peut être une colonne de chromatographie d'affinité composée d'un gel dérivé de l'agarose, de la cellulose ou d'un gel synthétique tel qu'un dérivé acrylamide, méthacrylate ou polystyrène, une puce telle qu'une puce adaptée à la résonance plasmonique de surface, une membrane telle qu'une membrane polyamide, polyacrylonitrile ou polyester ou encore une bille magnétique ou paramagnétique. Pour son utilisation dans un moyen de purification du Facteur IX/IXa humain, un acide nucléique de formule (I) selon l'invention est préférentiellement inclus dans une structure chimique comprenant également un moyen espaceur et, le cas échéant, un moyen d'immobilisation sur un support solide. Ainsi, la présente invention est également relative à un composé se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, caractérisé en ce qu'il est de formule (II) suivante : [SPAC]- [NUCL] (II), dans laquelle : - [SPAC] signifie une chaîne espaceur, et - [NUCL] signifie un acide nucléique se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain de formule (I). Le composé ci-dessus constitue un mode de réalisation particulier d'un moyen de purification du Facteur IX/IXa humain. La « chaîne espaceur » désignée [SPAC] dans le composé de formule (II) peut être de tout type connu. Ladite chaîne espaceur a pour fonction d'éloigner physiquement l'acide nucléique [NUCL] de la surface du support solide sur lequel ledit composé peut être immobilisé et de permettre une mobilité relative de l'acide nucléique [NUCL], par rapport à la surface du support solide sur lequel il peut être immobilisé. La chaîne espaceur limite ou évite que des encombrements stériques, dus à une trop grande proximité du support solide avec l'acide nucléique de formule (I), gênent les évènements de liaison entre ledit acide nucléique et des molécules de Facteur IX/IXa humain susceptibles d'être mises en contact avec celui-ci. Dans le composé de formule (II), la chaîne espaceur est liée préférentiellement à l'extrémité 5' ou à l'extrémité 3' de l'acide nucléique [NUCL]. Avantageusement la chaîne espaceur est liée à la fois à une extrémité de l'aptamère et au support solide. Cette construction avec espaceur a pour avantage de ne pas immobiliser directement l'aptamère sur le support solide. De préférence, la chaîne espaceur est un oligonucléotide non spécifique ou du Polyéthylène Glycol (PEG). Lorsque la chaîne espaceur consiste en un oligonucléotide non spécifique, ledit oligonucléotide comprend avantageusement au moins 5 nucléotides de longueur, de préférence entre 5 et 15 nucléotides de longueur. Dans les modes de réalisation d'un composé de formule (II) dans lesquels la chaîne espaceur consiste en un Polyéthylène Glycol, ladite chaîne espaceur englobe un polyéthylène glycol de type PEG(C18). Pour immobiliser l'aptamère directement sur le support solide, ou sur la chaîne espaceur, l'acide nucléique [NUCL] peut être modifié chimiquement avec différents groupements chimiques tels que des groupements permettant d'immobiliser ledit acide nucléique de façon covalente, tels que des thiols, des amines ou tout autre groupement capable de réagir avec des groupements chimiques présents sur le support solide. Dans certains modes de réalisation, la chaîne espaceur est-elle-même apte à être immobilisée sur le support solide, le cas échéant après modification de ladite chaîne espaceur avec un ou plusieurs groupements chimiques appropriés. Dans encore d'autres modes de réalisation, la chaîne espaceur est liée à un composé permettant l'immobilisation du composé d'intérêt comprenant l'aptamère nucléique sur le support mobile. Ainsi, la présente invention est également relative à un composé se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, caractérisé en ce qu'il est de formule (III) suivante : [FIX]-[SPAC]- [NUCL] (III), dans laquelle : - [FIX] signifie un composé d'immobilisation sur un support, - [SPAC] signifie une chaîne espaceur, et - [NUCL] signifie un acide nucléique se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain de formule (I). Le composé de formule (III) ci-dessus constitue un mode de réalisation d'un 25 moyen de purification du Facteur IX/IXa humain. Ledit moyen de purification du Facteur IX/IXa humain de formule (II) ou de formule (III) se présente préférentiellement sous une forme liée à un support solide. Dans le composé de formule (III) le composé [FIX] consiste en un composé choisi parmi (i) un composé capable de former une ou plusieurs liaisons covalente avec le matériau 30 de surface d'un support solide et (ii) un composé capable de se lier spécifiquement sur le support solide par l'intermédiaire de liaison faibles non covalentes, y compris des liaisons hydrogènes, des forces électrostatiques ou des forces de Van der Waals. Le premier type de composé [FIX] englobe les agents de couplage bifonctionnels, comme le glutaraldéhyde, le SIAB ou encore le SMCC.This additional characteristic of a nucleic acid of formula (I) according to the invention is particularly advantageous for the use of said nucleic acid in a means for purifying human factor IX / IXa. Indeed, in such an application for purification, the human factor IX / IXa, immobilized in a complex with a nucleic acid of formula (I), can then be recovered in purified form by simple contact or incubation with a chelating agent. metal cations, so without requiring the use of substances known to denature, at least partially, the human factor IX / IXa, such as acidic conditions or urea. For use in a human factor IX / IXa purification means, a nucleic acid of formula (I) according to the invention is preferentially immobilized on a solid support. Said solid support includes solid particles, chromatography media, etc. Techniques for immobilizing nucleic acids of interest on a wide variety of types of solid supports are well known to those skilled in the art. The solid support may be an affinity chromatography column composed of a gel derived from agarose, cellulose or a synthetic gel such as an acrylamide, methacrylate or polystyrene derivative, a chip such as a chip adapted to the surface plasmon resonance, a membrane such as a polyamide, polyacrylonitrile or polyester membrane or a magnetic or paramagnetic ball. For its use in a means for purifying human Factor IX / IXa, a nucleic acid of formula (I) according to the invention is preferably included in a chemical structure also comprising a spacer means and, if appropriate, an immobilization means on a solid support. Thus, the present invention also relates to a compound that binds specifically to human factor IX / IXa, characterized in that it has the following formula (II): [SPAC] - [NUCL] (II), in which: [SPAC] means a spacer chain, and - [NUCL] means a nucleic acid specifically binding to human Factor IX / IXa of formula (I). The above compound is a particular embodiment of a human factor IX / IXa purification means. The "spacer chain" designated [SPAC] in the compound of formula (II) may be of any known type. Said spacer chain has the function of physically moving the nucleic acid [NUCL] away from the surface of the solid support on which said compound can be immobilized and to allow a relative mobility of the nucleic acid [NUCL], relative to the surface solid support on which it can be immobilized. The spacer chain limits or avoids that steric hindrances, due to too close proximity of the solid support with the nucleic acid of formula (I), interfere with the binding events between said nucleic acid and human Factor IX / IXa molecules likely to to be put in contact with it. In the compound of formula (II), the spacer chain is preferably bonded to the 5 'end or the 3' end of [NUCL] nucleic acid. Advantageously, the spacer chain is bonded to both an end of the aptamer and the solid support. This spacer construction has the advantage of not directly immobilizing the aptamer on the solid support. Preferably, the spacer chain is a nonspecific oligonucleotide or polyethylene glycol (PEG). When the spacer chain consists of a nonspecific oligonucleotide, said oligonucleotide advantageously comprises at least 5 nucleotides in length, preferably between 5 and 15 nucleotides in length. In embodiments of a compound of formula (II) in which the spacer chain is a polyethylene glycol, said spacer chain includes PEG (C18) type polyethylene glycol. To immobilize the aptamer directly on the solid support, or on the spacer chain, the [NUCL] nucleic acid can be chemically modified with different chemical groups such as groups that make it possible to immobilize said nucleic acid in a covalent manner, such as thiols, amines or any other group capable of reacting with chemical groups present on the solid support. In some embodiments, the spacer chain is itself capable of being immobilized on the solid support, where appropriate after modification of said spacer chain with one or more appropriate chemical groups. In yet other embodiments, the spacer chain is linked to a compound for immobilizing the compound of interest comprising the nucleic aptamer on the mobile support. Thus, the present invention also relates to a compound that binds specifically to human factor IX / IXa, characterized in that it has the following formula (III): [FIX] - [SPAC] - [NUCL] (III), wherein: [FIX] means an immobilization compound on a support, - [SPAC] means a spacer chain, and - [NUCL] means a nucleic acid specifically binding to human Factor IX / IXa of formula (I). The compound of formula (III) above is one embodiment of a human factor IX / IXa purification means. Said means for purifying human Factor IX / IXa of formula (II) or of formula (III) is preferably in a form bound to a solid support. In the compound of formula (III) the compound [FIX] consists of a compound selected from (i) a compound capable of forming one or more covalent bonds with the surface material of a solid support and (ii) a compound capable of to bind specifically to the solid support via weak non-covalent linkages, including hydrogen bonds, electrostatic forces or Van der Waals forces. The first type of compound [FIX] includes the bifunctional coupling agents, such as glutaraldehyde, SIAB or SMCC.
Le composé SIAB, décrit par Hermanson G.T. (1996, Bioconjugate techniques, San Diego : Academic Press, pp 239-242), est le composé de formule (I) suivante : o (I) Le composé SIAB comprend deux groupes réactifs, respectivement un groupe iodoacétate et un groupe ester Sulfo-NHS, ces groupes réagissant respectivement sur des groupes amino et sulfhydryl. Le composé SMCC, qui est décrit par Samoszuk M.K. et al. (1989, Antibody, Immunoconjugates Radiopharm., 2(1) : 37-46), est le composé de formule (II) suivante : (11) Le composé SMCC comprend deux groupes réactifs, respectivement un groupe ester Sulfo-NHS et un groupe maléimide, qui réagissent respectivement avec un groupe amino et un groupe sulfhydryl. Le second type de composé [FIX] englobe la biotine, qui est capable de se lier de manière spécifique non covalente à des molécules d'avidine ou de streptavidine présentes sur le support solide. Dans certains modes de réalisation, une fois immobilisé sur le support solide via la chaîne espaceur, l'aptamère est avantageusement modifié à son extrémité libre (extrémité non liée à l'espaceur) grâce à, et sans s'y limiter, un nucléotide chimiquement modifié (tel que 2'- 0-methyl ou 2'-fluoropyrimidine, 2'-ribopurine, phosphoramidite), un nucléotide inversé ou un groupement chimique (PEG, polycations, cholestérol). Ces modifications permettent de protéger certains aptamères des dégradations enzymatiques. Dans encore certains autres modes de réalisation, l'immobilisation d'un acide nucléique anti-FIX/IXa selon l'invention sur un support peut être réalisé selon le procédé décrit 25 dans la demande PCT publiée au nom de LFB Biotechnologies sous le n° WO 2012/090183 en date du 5 juillet 2012. Ce procédé d'immobilisation est réalisé par greffage d'acides nucléiques comprenant une amine primaire sur un support solide présentant des groupes acides carboxyliques activés, ledit procédé comprenant une étape de couplage covalent desdits acides nucléiques sur ledit support solide à un pH inférieur à 6.The SIAB compound, described by Hermanson GT (1996, Bioconjugate Technical, San Diego: Academic Press, pp 239-242), is the compound of formula (I) below: (I) The compound SIAB comprises two reactive groups, respectively one iodoacetate group and a sulfo-NHS ester group, these groups reacting respectively on amino and sulfhydryl groups. The SMCC compound, which is described by Samoszuk M.K. et al. (1989, Antibody, Immunoconjugates Radiopharm., 2 (1): 37-46), is the compound of formula (II) below: (11) The SMCC compound comprises two reactive groups, respectively a sulfo-NHS ester group and a maleimide, which react with an amino group and a sulfhydryl group, respectively. The second type of compound [FIX] includes biotin, which is capable of specifically non-covalently binding to avidin or streptavidin molecules present on the solid support. In some embodiments, when immobilized on the solid support via the spacer chain, the aptamer is advantageously modified at its free end (end not bound to the spacer) by virtue of, and not limited to, a chemically nucleotide modified (such as 2'-O-methyl or 2'-fluoropyrimidine, 2'-ribopurine, phosphoramidite), an inverted nucleotide or a chemical group (PEG, polycations, cholesterol). These modifications make it possible to protect certain aptamers from enzymatic degradations. In still some other embodiments, the immobilization of an anti-FIX / IXa nucleic acid according to the invention on a support can be carried out according to the method described in the PCT application published in the name of LFB Biotechnologies under the No. WO 2012/090183 dated July 5, 2012. This immobilization process is carried out by grafting nucleic acids comprising a primary amine on a solid support having activated carboxylic acid groups, said process comprising a step of covalent coupling of said nucleic acids. on said solid support at a pH below 6.
Un support d'affinité sur lequel sont immobilisées des molécules d'un acide nucléique anti-FIX/FIXa selon l'invention, et préparé selon l'enseignement de la demande PCT n° WO 2012/090183 précitée, peut être représenté par la formule suivante (IV) : O (SPAC)n-NUCL N (IV) H dans laquelle : - [SUP] représente le support solide du support d'affinité - [SPAC]n et [NUCL] répondent aux définitions précédemment indiquées. En d'autres termes, -NH-(SPAC).-NUCL représente un aptamère nucléique dans lequel : ^ n est indice valant 0 ou 1, ^ SPAC représente une chaîne espaceur, et ^ NUCL représente un acide nucléique se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain de formule (I). Dans certains modes de réalisation, un « aptamère nucléique » utilisé pour le greffage au support solide pré-activé, selon le procédé ou la méthode décrite dans la demande PCT n° WO 2012/090183, peut comprendre, par définition, une partie non nucléotidique ou nucléotidique, par exemple une chaîne espaceur non nucléotidique, qui relie l'une des extrémités 5' ou 3' de la partie nucléique dudit aptamère et la fonction amine réactive utilisée pour le greffage chimique dudit support pré-activé. Dans ces modes de réalisation, un aptamère nucléique peut être de formule (V) suivante : NH2-[SPAC].- [NUCL] (V), dans laquelle : - n étant indice valant 1 ou 0, 0 signifiant que l'aptamère ne comprend pas une chaîne espaceur libre et 1 signifiant que l'aptamère comprend une chaîne espaceur. - NH2 signifie la fonction amine réactive utilisée pour le greffage sur le support solide pré-activé par des groupes NHS, - [SPAC] signifie une chaîne espaceur, et - [NUCL] signifie un acide nucléique se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain de formule (I). Le support solide peut être une colonne de chromatographie d'affinité composée d'un gel dérivé de l'agarose, de la cellulose ou d'un gel synthétique tel qu'un dérivé acrylamide, méthacrylate ou polystyrène, une puce telle qu'une puce adaptée à la résonance plasmonique de surface, une membrane telle qu'une membrane polyamide, polyacrylonitrile ou polyester, une bille magnétique ou paramagnétique. La présente invention est également relative à un complexe entre : (i) une substance choisie parmi un acide nucléique de formule (I), un composé de formule (II) et un composé de formule (III), et (ii) un Facteur IX/IXa humain. La présente invention a aussi pour objet un support pour l'immobilisation du Facteur IX/IXa humain, caractérisé en ce qu'il comprend un matériau support solide sur lequel sont greffées une pluralité de molécules consistant chacune en, ou comprenant chacune, un aptamère nucléique, lesdites molécules étant choisies parmi (a) un acide nucléique de formule (I), (b) un composé de formule (II) et (c) un composé de formule (III). Le support ci-dessus peut être utilisé pratiquement dans toutes les applications pour lesquelles on cherche à immobiliser le Facteur IX/IXa humain, ce qui englobe les applications à des fins de purification du Facteur IX/IXa et les applications à des fins de détection du Facteur IX/IXa humain. La réalisation de supports sur lesquels sont immobilisés des aptamères nucléiques de l'invention se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain est illustrée dans les exemples, dans lesquels les aptamères de l'invention sont utilisés notamment comme agents de capture du Facteur IX/IXa humain, utilisables pour la purification ou pour la détection du Facteur IX/IXa humain dans des échantillons. La présente invention concerne donc aussi un procédé pour l'immobilisation du facteur IX/IXa humain sur un support, comprenant une étape au cours de laquelle on met en contact un échantillon comprenant du Facteur IX/IXa humain avec un support solide sur lequel a été préalablement immobilisée une substance choisie parmi un acide nucléique de formule (I), un composé de formule (II) et un composé de formule (III). Ledit procédé peut comprendre, selon les objectifs techniques poursuivis, une étape additionnelle de récupération des molécules de Facteur IX/IXa humain immobilisées, complexées avec les molécules d'acides nucléiques de formule (I). L'étape additionnelle de récupération du Facteur IX/IXa consiste préférentiellement en une étape de mise en contact des complexes de Facteur IX/IXa avec les acides nucléiques de formule (I) avec un agent chélateur des cations métalliques, tels que l'EDTA ou l'EGTA. La présente invention a encore pour objet un procédé pour la purification du Facteur IX/IXa humain comprenant les étapes suivantes : a) mettre en contact un échantillon comprenant du Facteur IX/IXa humain avec un acide nucléique de formule (I), un composé de formule (II), un composé de formule (III) ou avec un support solide tel que défini dans la présente description, afin de former un complexe entre (i) ledit acide nucléique, ou ledit composé, ou ledit support et (ii) le Facteur IX/IXa humain, et b) libérer le Facteur IX/IXa humain à partir du complexe former à l'étape a) et récupérer le Facteur IX/IXa humain purifié. Pour la réalisation de procédés de purification de protéine par chromatographie d'affinité en utilisant des supports solides sur lesquels sont immobilisés les aptamères d'intérêt, l'homme du métier peut se référer aux travaux décrits par Romig et al. (1999, J Chomatogr B Biomed Sci Apl, Vol. 731(2) : 275-284). Dans un mode de réalisation particulier, le procédé comprend une étape a'), l'étape a' suivant l'étape a) et précédant l'étape b), qui consiste en une étape de lavage du support d'affinité avec un tampon de lavage.An affinity support on which are immobilized molecules of an anti-FIX / FIXa nucleic acid according to the invention, and prepared according to the teaching of PCT application No. WO 2012/090183 mentioned above, can be represented by the formula following (IV): n-NUCL N (IV) H (SPAC) in which: [SUP] represents the solid support of the affinity support - [SPAC] n and [NUCL] are as previously defined. In other words, -NH- (SPAC) .- NUCL represents a nucleic aptamer in which: n is an index of 0 or 1, ^ SPAC represents a spacer chain, and NUCL represents a nucleic acid binding specifically to the factor Human IX / IXa of formula (I). In some embodiments, a "nucleic aptamer" used for grafting to the pre-activated solid support, according to the method or method described in PCT Application No. WO 2012/090183, may comprise, by definition, a non-nucleotide portion. or nucleotide, for example a non-nucleotide spacer chain, which connects one of the 5 'or 3' ends of the nucleic portion of said aptamer and the reactive amine function used for the chemical grafting of said pre-activated support. In these embodiments, a nucleic aptamer may be of the following formula (V): NH2- [SPAC] .- [NUCL] (V), wherein: n being an index of 1 or 0, 0 meaning that the aptamer does not include a free spacer chain and 1 signifying that the aptamer comprises a spacer chain. - NH2 means the reactive amine function used for grafting on the NHS-pre-activated solid support, - [SPAC] means a spacer chain, and - [NUCL] means a nucleic acid specifically binding to human IX / IXa Factor of formula (I). The solid support may be an affinity chromatography column composed of a gel derived from agarose, cellulose or a synthetic gel such as an acrylamide, methacrylate or polystyrene derivative, a chip such as a chip adapted to the surface plasmon resonance, a membrane such as a polyamide, polyacrylonitrile or polyester membrane, a magnetic or paramagnetic ball. The present invention also relates to a complex between: (i) a substance selected from a nucleic acid of formula (I), a compound of formula (II) and a compound of formula (III), and (ii) a Factor IX / IXa human. The present invention also relates to a support for the immobilization of human factor IX / IXa, characterized in that it comprises a solid support material on which are grafted a plurality of molecules each consisting of or each comprising a nucleic aptamer , said molecules being chosen from (a) a nucleic acid of formula (I), (b) a compound of formula (II) and (c) a compound of formula (III). The above support can be used in virtually any application for which human Factor IX / IXa is to be immobilized, including applications for the Purification of Factor IX / IXa and applications for the detection of Factor IX / IXa. Human IX / IXa factor. The production of supports on which are immobilized nucleic aptamers of the invention specifically binding to human factor IX / IXa is illustrated in the examples, in which the aptamers of the invention are used in particular as Factor IX / IXa capture agents. human, usable for purification or for the detection of human factor IX / IXa in samples. The present invention therefore also relates to a method for immobilizing human factor IX / IXa on a carrier, comprising a step in which a sample comprising human factor IX / IXa is contacted with a solid support on which previously immobilized a substance selected from a nucleic acid of formula (I), a compound of formula (II) and a compound of formula (III). Said method may comprise, according to the technical objectives pursued, an additional step of recovering immobilized human IX / IXa molecules complexed with the nucleic acid molecules of formula (I). The additional step of recovering Factor IX / IXa consists preferentially in a step of contacting Factor IX / IXa complexes with the nucleic acids of formula (I) with a metal cation chelating agent, such as EDTA or EGTA. The present invention further relates to a method for the purification of human factor IX / IXa comprising the following steps: a) contacting a sample comprising human factor IX / IXa with a nucleic acid of formula (I), a compound of formula (II), a compound of formula (III) or with a solid support as defined in the present description, to form a complex between (i) said nucleic acid, or said compound, or said support and (ii) the Human IX / IXa Factor, and b) release the human IX / IXa Factor from the complex formed in step a) and recover the purified human IX / IXa Factor. For carrying out protein purification methods by affinity chromatography using solid supports on which the aptamers of interest are immobilized, one skilled in the art can refer to the works described by Romig et al. (1999, Chomatogr B Biomed Sci Apl, Vol 731 (2): 275-284). In a particular embodiment, the method comprises a step a '), step a' following step a) and preceding step b), which consists of a step of washing the affinity support with a buffer washing.
Avantageusement, le procédé comprend une étape a') de lavage du support d'affinité au cours de laquelle on augmente la force ionique, c'est à dire qu'on utilise un tampon de lavage dont la force ionique est augmentée par rapport à la force ionique du tampon utilisé à l'étape a). Avantageusement, la force ionique du tampon de lavage utilisé à l'étape a') est supérieure de 2 à 500 fois par rapport à la force ionique du tampon utilisé à l'étape a).Advantageously, the process comprises a step a ') of washing the affinity support during which the ionic strength is increased, that is to say that a washing buffer is used whose ionic strength is increased relative to the ionic strength of the buffer used in step a). Advantageously, the ionic strength of the washing buffer used in step a ') is greater by 2 to 500 times with respect to the ionic strength of the buffer used in step a).
Avantageusement, la force ionique du tampon de lavage est supérieure de 100 à 500 fois, de préférence de 200 à 500 fois, par rapport à la force ionique du tampon utilisé à l'étape a). Un tampon de lavage ayant une force ionique élevée, en particulier un tampon ayant une concentration élevée en NaC1, permet d'éliminer efficacement les substances liées de manière non-spécifique au support d'affinité sans simultanément affecter de manière détectable la liaison du Facteur IX au support d'affinité. A l'étape a'), on utilise ainsi de préférence un tampon de lavage ayant une concentration finale en NaC1 d'au moins 0,5 M.Advantageously, the ionic strength of the washing buffer is greater by 100 to 500 times, preferably 200 to 500 times, relative to the ionic strength of the buffer used in step a). A wash buffer having a high ionic strength, particularly a buffer having a high concentration of NaCl, effectively removes nonspecifically bound substances from the affinity support without simultaneously affecting Factor IX binding in a detectable manner. to the affinity support. In step a '), a wash buffer having a final NaCl concentration of at least 0.5M is preferably used.
Selon l'invention, un tampon de lavage ayant une concentration finale en NaC1 d'au moins 0,5 M englobe les tampons de lavage ayant une concentration finale en NaC1 d'au moins 1 M, 1,5 M, 2 M, 2,5 Mou au moins 3 M. De préférence un tampon de lavage utilisé à l'étape a') du procédé a une concentration finale en NaC1 d'au plus 3,5 M. Avantageusement, un tampon de lavage utilisé à l'étape a') du procédé a une concentration finale en NaC1 comprise entre 0,5 et 3,5, de préférence entre 1,5 et 3,5, y compris de préférence entre 2 et 3,5, par exemple de préférence entre 2,5 et 3,5. Selon un mode de réalisation particulier, le tampon de lavage utilisé à l'étape a') contient à la fois du NaC1 et du propylène glycol. De plus, dans certains modes de réalisation du procédé de purification ci-dessus, l'étape b) est réalisée par la mise en contact du support d'affinité avec un tampon d'élution contenant un agent chélateur des ions divalents, de préférence l'EDTA ou l'EGTA. A titre illustratif, le tampon d'élution peut contenir une concentration finale 15 d'EDTA d'au moins 1 mM et d'au plus 300 mM. L'expression « au moins 1 mM » englobe au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 mM. L'expression « au plus 300 mM » englobe au plus 290, 280, 270, 260, 250, 240, 230, 220, 210, 200, 190, 180, 170, 160, 150, 140, 130, 120 ou 110 mM. De plus, la fabrication d'un support d'affinité comprenant un aptamère nucléique 20 de l'invention et la réalisation d'un procédé de purification du Facteur IX humain avec ledit support d'affinité est illustrée dans les exemples. De manière générale, les supports solides sur lesquels peuvent être immobilisés les aptamères de l'invention englobent tout type de support ayant la structure et la composition retrouvée communément pour les supports de filtre, de support de silicium pour des puces, des 25 membranes, etc. Les supports solides englobent notamment les résines, les résines pour colonne de chromatographie d'affinité, les billes de polymères, les billes magnétiques, etc. Les supports solides englobent aussi notamment les matériaux à base de verre ou de métal, tels que l'acier, l'or, l'argent, l'aluminium, le cuivre, le silicium, le verre, la céramique. Les supports solides englobent aussi notamment des matériaux polymères, tels qu'un polyéthylène, un 30 polypropylène, un polyamide, un fluorure de polyvinylidène, et des combinaisons de ceux-ci. Le support solide peut être revêtu avec un matériau facilitant l'attachement, la fixation, la formation de complexes, l'immobilisation ou l'interaction avec les aptamères.According to the invention, a wash buffer having a final NaCl concentration of at least 0.5 M includes wash buffers having a final NaCl concentration of at least 1 M, 1.5 M, 2 M, 2 At least 3 M Mg. Preferably a wash buffer used in step a ') of the process has a final NaCl concentration of at most 3.5 M. Advantageously, a wash buffer used in step a ') of the process has a final NaCl concentration of between 0.5 and 3.5, preferably between 1.5 and 3.5, preferably between 2 and 3.5, for example preferably between 2 and 3.5, 5 and 3.5. According to a particular embodiment, the washing buffer used in step a ') contains both NaCl and propylene glycol. In addition, in some embodiments of the above purification method, step b) is performed by contacting the affinity support with an elution buffer containing a divalent ion chelating agent, preferably EDTA or EGTA. By way of illustration, the elution buffer may contain a final EDTA concentration of at least 1 mM and at most 300 mM. The term "at least 1 mM" includes at least 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 or 10 mM. The term "not more than 300 mM" includes not more than 290, 280, 270, 260, 250, 240, 230, 220, 210, 200, 190, 180, 170, 160, 150, 140, 130, 120 or 110 mM . In addition, the manufacture of an affinity support comprising a nucleic aptamer of the invention and the realization of a method of purifying human Factor IX with said affinity support is illustrated in the examples. In general, the solid supports on which the aptamers of the invention may be immobilized include any type of support having the structure and composition commonly found for filter supports, silicon support for chips, membranes, etc. . Solid supports include resins, resins for affinity chromatography columns, polymer beads, magnetic beads, and the like. Solid supports also include glass or metal-based materials such as steel, gold, silver, aluminum, copper, silicon, glass and ceramics. Solid supports also include, in particular, polymeric materials, such as polyethylene, polypropylene, polyamide, polyvinylidene fluoride, and combinations thereof. The solid support may be coated with a material facilitating attachment, fixation, complex formation, immobilization or interaction with aptamers.
Dans certains modes de réalisation, le support solide est une lame de verre dont la surface est revêtue d'une couche d'or, d'une couche ayant subi un traitement par carboxyméthylation, d'une couche de dextran, de collagène, d'avidine, de streptavidine, etc. De cette manière, les aptamères selon l'invention peuvent être immobilisés sur le support solide par l'intermédiaire d'un revêtement d'attachement, comme par exemple décrit ci-dessus, soit par réaction chimique avec création de liaisons covalentes, soit par association par des liaisons non covalentes telles que des liaisons hydrogène, des forces électrostatiques, des forces de Van der Waals, etc. Selon l'invention, par « support d'affinité », on entend de manière générale un support formé d'un matériau solide sur lequel on a immobilisé des aptamères nucléiques tels que définis dans la présente description. Les exemples ci-après décrivent un mode de réalisation de support solide sur lequel sont immobilisés, par des liaisons non covalentes, les aptamères de l'invention. Dans les exemples, on décrit notamment un support solide consistant en une lame de verre revêtue d'une couche de molécules de streptavidine, et des aptamères de l'invention conjugués à une molécule de biotine qui sont immobilisé sur le support par association non covalente biotine/streptavidine. Dans certains modes de réalisation, les aptamères de l'invention peuvent être immobilisés sur un support solide adapté pour la chromatographie d'affinité, l'électrochromatographie et l' électrophorèse capillaire, comme décrit par exemple par Ravelet et al. (2006, J Chromatogr A, Vol. 117(1) : 1-10), Connor et al. (2006, J Chromatogr A, Vol. 111(2) : 115-119), Cho et al. (2004, Electrophoresis, Vol. 25 (21-22) : 3730-3739) ou encore Zhao et al. (2008, Anal Chem, Vol. 80(10) : 3915-3920). Un aptamère de formule (I) selon l'invention et se liant spécifiquement au Facteur 25 IX/IXa humain, un composé de formule (II), ou un composé de formule (III), peuvent être aussi avantageusement utilisés comme agent de capture du FIX/IXa humain, dans des procédés et dispositifs de détection ou de diagnostic. Selon encore un autre aspect, la présente invention concerne aussi un procédé pour détecter la présence de Facteur IX/IXa humain dans un échantillon comprenant les étapes 30 suivantes : a) mettre en contact (i) un acide nucléique de formule (I), un composé de formule (II) ou un composé de formule (III) ou un support solide sur lequel sont immobilisés une pluralité de molécules dudit acide nucléique ou dudit composé, avec (ii) ledit échantillon; et b) détecter la formation de complexes entre (i) ledit acide nucléique de formule (I), ledit composé de formule (II) ou ledit composé de formule (III) ou ledit support et (ii) le Facteur IX/IXa. Les exemples de la présente demande de brevet fournissent divers modes de réalisation de procédés de détection du FIX/IXa humain avec des aptamères de l'invention préalablement immobilisés sur un support solide. Pour la réalisation d'un procédé de détection selon l'invention, le support solide utilisé peut être un support solide choisi parmi les supports solides décrits précédemment en relation avec le procédé de purification du Facteur IX/IXa humain.In some embodiments, the solid support is a glass slide whose surface is coated with a gold layer, a carboxymethylation-treated layer, a layer of dextran, collagen, avidin, streptavidin, etc. In this way, the aptamers according to the invention can be immobilized on the solid support by means of an attachment coating, as for example described above, either by chemical reaction with creation of covalent bonds, or by association by non-covalent bonds such as hydrogen bonds, electrostatic forces, Van der Waals forces, etc. According to the invention, the term "affinity support" generally means a support formed of a solid material on which nucleic aptamers as defined in the present description have been immobilized. The following examples describe an embodiment of a solid support on which the aptamers of the invention are immobilized by non-covalent bonds. In the examples, there is described in particular a solid support consisting of a glass slide coated with a layer of streptavidin molecules, and aptamers of the invention conjugated to a biotin molecule which are immobilized on the support by non-covalent association biotin / streptavidin. In certain embodiments, the aptamers of the invention may be immobilized on a solid support suitable for affinity chromatography, electrochromatography and capillary electrophoresis, as described for example by Ravelet et al. (2006, J Chromatogr A, Vol 117 (1): 1-10), Connor et al. (2006, J Chromatogr A, Vol 111 (2): 115-119), Cho et al. (2004, Electrophoresis, Vol 25 (21-22): 3730-3739) or Zhao et al. (2008, Anal Chem, Vol 80 (10): 3915-3920). An aptamer of formula (I) according to the invention and specifically binding to human factor IX / IXa, a compound of formula (II), or a compound of formula (III), can also be advantageously used as a FIX / IXa human, in methods and devices for detection or diagnosis. In yet another aspect, the present invention also relates to a method for detecting the presence of human factor IX / IXa in a sample comprising the following steps: a) contacting (i) a nucleic acid of formula (I), a compound of formula (II) or a compound of formula (III) or a solid support on which a plurality of molecules of said nucleic acid or said compound are immobilized, with (ii) said sample; and b) detecting the formation of complexes between (i) said nucleic acid of formula (I), said compound of formula (II) or said compound of formula (III) or said support and (ii) Factor IX / IXa. The examples of the present patent application provide various embodiments of methods for detecting human FIX / IXa with aptamers of the invention previously immobilized on a solid support. For carrying out a detection method according to the invention, the solid support used may be a solid support chosen from the solid supports described above in connection with the method for purifying human factor IX / IXa.
Pour la réalisation d'un procédé ou d'un dispositif de détection du Facteur IX/IXa humain, l'homme du métier peut se référer notamment aux techniques décrites dans la demande de brevet européen n° EP 1 972 693, la demande PCT n° WO 2008/038696, la demande PCT n° WO 2008/025830, ou encore la demande PCT n° WO 2007/0322359. Dans certains modes de réalisation, l'étape b) de détection de la formation de complexes entre (i) ledit acide nucléique ou ledit support solide et (ii) le Facteur IX/IXa humain peut être réalisé par mesure du signal de résonance plasmonique de surface, comme cela est décrit dans les exemples. Dans certains autres modes de réalisation, l'étape b) de détection de la formation de complexes entre (i) ledit acide nucléique ou ledit support solide et (ii) le Facteur IX/IXa humain peut être réalisée par la mise en contact desdits complexes éventuellement formés avec un ligand du Facteur IX/IXa humain, ledit ligand étant détectable. Comme ligand détectable du Facteur IX/IXa humain, on peut mentionner des anticorps monoclonaux ou polyclonaux antiIX/IXa humain, marqués avec une enzyme, en l'occurrence la peroxydase de raifort, comme cela est conventionnellement utilisé dans les tests de type ELISA.For the realization of a method or a device for detecting human factor IX / IXa, a person skilled in the art can refer in particular to the techniques described in European Patent Application No. EP 1 972 693, PCT Application No. WO 2008/038696, PCT Application No. WO 2008/025830, or PCT Application No. WO 2007/0322359. In some embodiments, step b) of detecting complex formation between (i) said nucleic acid or said solid support and (ii) human factor IX / IXa can be performed by measuring the plasmonic resonance signal of surface, as described in the examples. In certain other embodiments, the step b) of detecting the formation of complexes between (i) said nucleic acid or said solid support and (ii) the human factor IX / IXa can be carried out by bringing said complexes into contact with each other. optionally formed with a human Factor IX / IXa ligand, said ligand being detectable. As a detectable ligand for human Factor IX / IXa, there may be mentioned monoclonal or polyclonal antibodies antiIX / IXa human, labeled with an enzyme, in this case horseradish peroxidase, as conventionally used in ELISA type tests.
Avantageusement, l'échantillon comprenant, ou susceptible de comprendre, du Facteur IX/IXa humain consiste en un échantillon liquide qui contient le Facteur IX/IXa humain, y compris un échantillon liquide comprenant le Facteur IX/IXa humain et qui est susceptible de contenir aussi des molécules de Facteur IX/IXa d'un mammifère non humain. Dans certains modes de réalisation du procédé de purification ou du procédé de détection ci- dessus, ledit échantillon consiste en une solution biologique, tels qu'un fluide corporel, une cellule, un broyat cellulaire, un tissu, un broyat tissulaire, un organe ou un organisme entier. Dans certains modes de réalisation du procédé de purification ou du procédé de détection ci-dessus, ledit échantillon consiste en une solution biologique liquide provenant d'un animal tel que du sang, un dérivé du sang (dérivé sanguin), du lait de mammifère ou un dérivé du lait de mammifère. Ledit échantillon peut consister en du plasma, du cryoprécipité du plasma, du lait clarifié ou leurs dérivés. Dans des modes de réalisation particulièrement préférés du procédé de purification ou du procédé de détection ci-dessus, ledit échantillon provient d'un animal transgénique pour le Facteur IX/IXa humain. Avantageusement, la solution est du lait de mammifère ou un dérivé du lait de mammifère transgénique pour le Facteur IX/IXa humain. Au sens de l'invention, les animaux transgéniques englobent (i) les mammifères non humains tels que les vaches, les chèvres, les lapins, les porcs, les singes, les rats ou les souris, (ii) les oiseaux ou encore (iii) les insectes tels que les moustiques, les mouches ou les vers à soie. Dans certains modes de réalisation préférés, l'animal transgénique pour le Facteur IX/IXa humain est un mammifère transgénique non humain, de manière tout à fait préférée une lapine transgénique pour le Facteur IX/IXa humain. Avantageusement, le mammifère transgénique produit le Facteur IX/IXa recombinant dans ses glandes mammaires, du fait de l'insertion dans son génome d'une cassette d'expression comprenant un acide nucléique codant le Facteur IX/IXa humain qui est placé sous le contrôle d'un promoteur spécifique permettant l'expression de la protéine transgénique dans le lait dudit mammifère transgénique. Une méthode de production du Facteur IX/IXa humain dans le lait d'un animal transgénique peut comporter les étapes suivantes : une molécule d'ADN comprenant un gène codant le Facteur IX/IXa humain, ledit gène étant sous le contrôle d'un promoteur d'une protéine sécrétée naturellement dans le lait (tels que le promoteur de la caséine, de la béta- caséine, de la lactalbumine, de la béta-lactoglobuline ou le promoteur WAP) est intégrée dans un embryon d'un mammifère non humain. L'embryon est ensuite placé dans une femelle de mammifère de la même espèce. Une fois que le mammifère issu de l'embryon s'est suffisamment développé, la lactation du mammifère est induite, puis le lait collecté. Le lait contient alors le Facteur IX/IXa humain. Un exemple de procédé de préparation de protéine dans le lait d'une femelle de mammifère autre que l'être humain est donné dans le document EP 0 527 063, dont l'enseignement peut être repris pour la production de la protéine de l'invention. Un plasmide contenant le promoteur WAP (Whey Acidic Protein) est fabriqué par introduction d'une séquence comportant le promoteur du gène WAP, ce plasmide étant réalisé de manière à pouvoir recevoir un gène étranger placé sous la dépendance du promoteur WAP. Le plasmide contenant le promoteur et le gène codant pour la protéine de l'invention sont utilisés pour obtenir des lapines transgéniques, par microinjection dans le pronucléus mâle d'embryons de lapines. Les embryons sont ensuite transférés dans l'oviducte de femelles hormonalement préparées. La présence des transgènes est révélée par la technique de Southern Blot à partir de l'ADN extrait des lapereaux transgéniques obtenus. Les concentrations de la protéine transgénique dans le lait des animaux sont évaluées à l'aide de tests radioimmunologiques spécifiques.Advantageously, the sample comprising or capable of comprising human factor IX / IXa consists of a liquid sample which contains the human factor IX / IXa, including a liquid sample comprising the human factor IX / IXa and which is capable of containing also factor IX / IXa molecules of a non-human mammal. In some embodiments of the above purification method or detection method, said sample consists of a biological solution, such as a body fluid, a cell, a crushed cell, a tissue, a tissue mill, an organ or an entire organism. In some embodiments of the purification method or detection method above, said sample consists of a liquid biological solution from an animal such as blood, a blood derivative (blood derivative), mammalian milk or a mammalian milk derivative. Said sample may consist of plasma, plasma cryoprecipitate, clarified milk or their derivatives. In particularly preferred embodiments of the above purification method or detection method, said sample is derived from a transgenic animal for human factor IX / IXa. Advantageously, the solution is mammalian milk or a transgenic mammalian milk derivative for human factor IX / IXa. For the purposes of the invention, the transgenic animals include (i) non-human mammals such as cows, goats, rabbits, pigs, monkeys, rats or mice, (ii) birds or (iii) ) insects such as mosquitoes, flies or silkworms. In some preferred embodiments, the human factor IX / IXa transgenic animal is a non-human transgenic mammal, most preferably a transgenic rabbit for human factor IX / IXa. Advantageously, the transgenic mammal produces the recombinant factor IX / IXa in its mammary glands, because of the insertion into its genome of an expression cassette comprising a nucleic acid encoding human factor IX / IXa which is under control. a specific promoter allowing the expression of the transgene protein in the milk of said transgenic mammal. One method of producing human factor IX / IXa in the milk of a transgenic animal may comprise the following steps: a DNA molecule comprising a gene encoding human factor IX / IXa, said gene being under the control of a promoter of a naturally secreted protein in the milk (such as the casein, beta-casein, lactalbumin, beta-lactoglobulin promoter or the WAP promoter) is integrated into an embryo of a non-human mammal. The embryo is then placed in a female mammal of the same species. Once the mammal from the embryo has grown sufficiently, the lactation of the mammal is induced, then the milk collected. The milk then contains human factor IX / IXa. An example of a process for the preparation of protein in the milk of a female mammal other than the human is given in EP 0 527 063, the teaching of which may be repeated for the production of the protein of the invention. . A plasmid containing the WAP (Whey Acidic Protein) promoter is manufactured by introducing a sequence comprising the promoter of the WAP gene, this plasmid being made in such a way as to be able to receive a foreign gene placed under the control of the WAP promoter. The plasmid containing the promoter and the gene coding for the protein of the invention are used to obtain transgenic rabbits by microinjection into the male pronucleus of rabbit embryos. The embryos are then transferred into the oviduct of hormonally prepared females. The presence of the transgenes is revealed by the Southern Blot technique from the DNA extracted from the transgenic rabbits obtained. The concentrations of the transgene protein in animal milk are evaluated using specific radioimmunoassays.
D'autres documents décrivent des procédés de préparation de protéines dans le lait d'une femelle de mammifère autre que l'homme. On peut citer, sans s'y limiter, les documents US 7,045,676 (souris transgénique) et EP 1 739 170 (production de facteur von Willebrand dans un mammifère transgénique). Selon d'autres aspects de la présente invention, un acide nucléique selon l'invention et se liant spécifiquement au Facteur IX/IXa humain peut être utilisé in vivo, dans des situations physiologiques nécessitant de provoquer une inhibition de l'activation du Facteur X par le Facteur IXa, par exemple en inhibant la formation d'un complexe fonctionnel Facteur IXa/Facteur VIIIa). En d'autres termes, un acide nucléique aptamère tel que défini dans la présente description peut aussi être utilisé, à titre préventif ou curatif, en tant que principe actif anticoagulant d'un médicament. En particulier, un acide nucléique aptamère tel que défini dans la présente description peut être utilisé comme principe actif préventif ou curatif anticoagulant, notamment pour le traitement de troubles de la coagulation incluant les thromboses veineuses, les thromboses artérielles, les thromboses post-chirurgicales, les troubles associés aux pontages coronariens (CABG), les accidents vasculaires cérébraux, les angioplasties coronariennes percutanées transdermiques (PTCA), les métastases tumorales, les réactions inflammatoires non-sévères ou sévères, les chocs septiques, l'hypotension, le syndrome de détresse respiratoire aigu (ARDS), les embolismes pulmonaires, la coagulation intravasculaire disséminée (DIC), les resténoses vasculaires, le dépôt de plaquettes, l'infarctus du myocarde, l'angiogénèse, et tout traitement prohylactique d'hommes ou de femmes ayant un risque de développer une thrombose. La présente invention a aussi pour objet une composition pharmaceutique comprenant un acide nucléique se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain tel que défini 30 dans la présente description, en combinaison avec un ou plusieurs excipients pharmaceutiquement acceptables. La quantité d'acide nucléique aptamère anti-FIX/FIXa humain selon l'invention, dans une composition pharmaceutique, est adaptée pour permettre l'administration d'une quantité efficace de ce principe actif aux patients.Other documents describe methods for preparing proteins in milk of a female mammal other than man. These include, but are not limited to, US 7,045,676 (transgenic mouse) and EP 1,739,170 (production of von Willebrand factor in a transgenic mammal). According to other aspects of the present invention, a nucleic acid according to the invention and specifically binding to human Factor IX / IXa can be used in vivo, in physiological situations requiring the inhibition of Factor X activation by Factor IXa, for example by inhibiting the formation of a functional complex Factor IXa / Factor VIIIa). In other words, an aptamer nucleic acid as defined in the present description can also be used, as a preventive or curative, as anticoagulant active ingredient of a drug. In particular, an aptamer nucleic acid as defined in the present description may be used as a preventive or curative anticoagulant active ingredient, in particular for the treatment of coagulation disorders including venous thromboses, arterial thromboses, post-surgical thromboses, coronary artery bypass (CABG) disorders, stroke, percutaneous transdermal coronary angioplasty (PTCA), tumor metastasis, non-severe or severe inflammatory reactions, septic shock, hypotension, acute respiratory distress syndrome (ARDS), pulmonary embolisms, disseminated intravascular coagulation (DIC), vascular restenosis, platelet deposition, myocardial infarction, angiogenesis, and any prohylactic treatment of men or women at risk of developing thrombosis. The present invention also relates to a pharmaceutical composition comprising a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa as defined herein, in combination with one or more pharmaceutically acceptable excipients. The amount of human anti-FIX / FIXa aptamer nucleic acid according to the invention, in a pharmaceutical composition, is adapted to allow the administration of an effective amount of this active ingredient to patients.
Les gammes de doses de l'aptamère anti-FIX/FIXa humain de l'invention peut être aisément déterminée par le médecin ou le pharmacien. En général, la quantité de principe actif à administrer varie avec l'âge, la condition médicale, et le sexe du patient, ainsi qu'avec le degré d'extension de la maladie ou du degré du risque de développer la maladie, et peut être aisément déterminée par l'homme du métier. En général, une composition pharmaceutique comprend une quantité d'un aptamère anti-FIX/FIXa humain allant de 1 nanogramme à 100 milligrammes par dose unitaire, mieux allant de 100 nanogrammes à 10 milligrammes par dose unitaire. En général, une composition pharmaceutique selon l'invention comprend de 0,01% à 99,9% en poids d'un aptamère anti-FIX/FIXa, ou d'une combinaison de plusieurs aptamères anti-FIX/FIXa, et de 99,9% à 0,01% en poids d'un excipient, ou d'une combinaison d'excipients, par rapport au poids total de ladite composition. Dans certains modes de réalisation, ladite composition pharmaceutique comprend 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 aptamères anti-FIX/FIXa distincts.The dose ranges of the human anti-FIX / FIXA aptamer of the invention can be readily determined by the physician or pharmacist. In general, the amount of active ingredient to be administered varies with the patient's age, medical condition, and sex, as well as with the degree of spread of the disease or degree of risk of developing the disease, and may be easily determined by those skilled in the art. In general, a pharmaceutical composition comprises an amount of a human anti-FIX / FIXa aptamer ranging from 1 nanogram to 100 milligrams per unit dose, more preferably from 100 nanograms to 10 milligrams per unit dose. In general, a pharmaceutical composition according to the invention comprises from 0.01% to 99.9% by weight of an anti-FIX / FIXa aptamer, or a combination of several anti-FIX / FIXa aptamers, and from 99% to 99.9% by weight of an anti-FIX / FIXa aptamer. , 9% to 0.01% by weight of an excipient, or a combination of excipients, relative to the total weight of said composition. In some embodiments, said pharmaceutical composition comprises 1, 2, 3, 4, 5 or 6 distinct anti-FIX / FIXa aptamers.
Pour réaliser une composition pharmaceutique selon l'invention, l'homme du métier peut avantageusement se référer à l'ouvrage de Remington. La composition pharmaceutique selon l'invention peut être utilisée de manière prophylactique et/ou thérapeutique. L'administration d'une composition pharmaceutique selon l'invention peut être réalisée de plusieurs façons, y compris, mais sans s'y limiter, par voie locale et cutanéo-muqueuse, par voie entérale ou par voie parentérale. Par « voie locale et cutanéo-muqueuse », on entend notamment désigner la voie topique, intra-auriculaire, intravaginal, intrautérin, en inhalation, transdermique, oculaire, ou intravésicale. Par « voie entérale », on entend notamment désigner la voie, intrarectal, sublingual, buccal, nasal, intrastomacal ou intrajéjunal. Par « voie parentérale », on entend notamment désigner la voie intradermique, sous-cutané, intramusculaire, intracardiaque, intravasculaire, intraveineuse, intra-oculaire, intra-artériel, épidural, intrarachidien, extracorporel, intrathécal, intrapéritionéal, intrapleural, intraluminal, intravitréal, intracaverneux, intraventriculaire, intraosseux, palatin, intra- articlaire, intracellulaire, pulmonaire ou intrafoetal. De préférence, l'administration d'une composition pharmaceutique selon l'invention peut être faite par voie intra-veineuse. Ainsi, un aptamère anti-FIX/FIXa humain selon la présente invention est préparé sous une forme adaptée au type d'administration choisi, par exemple sous forme liquide ou sous forme lyophilisée. Les compositions pharmaceutiques d'aptamères anti-FIX/FIXa humain selon la présente invention peuvent contenir un excipient et/ou un véhicule pharmaceutiquement acceptable, de préférence aqueux. De nombreux excipients et/ou véhicules pharmaceutiquement acceptables peuvent être utilisés, par exemple, l'eau, l'eau tamponnée, une solution saline, une solution de glycine et leurs dérivés ainsi que des agents nécessaires pour reproduire les conditions physiologiques comme par exemple des agents tampons et ajusteurs de pH, des surfactants comme l'acétate de sodium, le lactate de sodium, le chlorure de sodium, le chlorure de potassium, le chlorure de calcium, cette liste n'étant pas limitative. De plus, la composition pharmaceutique peut être stérilisée par des techniques de stérilisation bien connues de l'homme du métier. De manière générale, pour fabriquer une composition pharmaceutique conforme à l'invention, l'homme du métier peut avantageusement se référer également à la dernière édition de la Pharmacopée Européenne, par exemple à la 5è édition de la Pharmacopée Européenne publiée en janvier 2005, ou bien encore à la 6è édition de la Pharmacopée Européenne, disponible au public en juin 2007. Pour la fabrication d'une composition pharmaceutique comprenant un aptamère comme principe actif, l'homme du métier peut également se référer au contenu de la demande PCT n° WO 2007/058801, de la demande PCT n° WO 2005/084412 et la demande PCT n° WO 2004/047742 ou encore dans la demande PCT n° WO 2008/150495.In order to produce a pharmaceutical composition according to the invention, those skilled in the art can advantageously refer to Remington's work. The pharmaceutical composition according to the invention can be used prophylactically and / or therapeutically. The administration of a pharmaceutical composition according to the invention can be carried out in several ways, including but not limited to, locally and mucocutaneously, enterally or parenterally. By "local route and mucocutaneous" means in particular the topical route, intra-auricular, intravaginal, intrauterine, inhalation, transdermal, ocular, or intravesical. By "enteral route" is meant in particular the route, intrarectal, sublingual, oral, nasal, intrastagmal or intrajejunal. By "parenteral route" is meant in particular the intradermal, subcutaneous, intramuscular, intracardiac, intravascular, intravenous, intraocular, intraarterial, epidural, intraspinal, extracorporeal, intrathecal, intraperitoneal, intrapleural, intraluminal, intravitreal, intracavernous, intraventricular, intraosseous, palatal, intra- articular, intracellular, pulmonary or intrafoetalous. Preferably, the administration of a pharmaceutical composition according to the invention can be made intravenously. Thus, a human anti-FIX / FIXA aptamer according to the present invention is prepared in a form adapted to the chosen type of administration, for example in liquid form or in freeze-dried form. The pharmaceutical compositions of human anti-FIX / FIXA aptamers according to the present invention may contain an excipient and / or a pharmaceutically acceptable vehicle, preferably an aqueous vehicle. Many pharmaceutically acceptable excipients and / or carriers may be used, for example, water, buffered water, saline solution, glycine solution and their derivatives as well as agents necessary to reproduce physiological conditions such as buffering agents and pH adjusters, surfactants such as sodium acetate, sodium lactate, sodium chloride, potassium chloride, calcium chloride, this list not being limiting. In addition, the pharmaceutical composition can be sterilized by sterilization techniques well known to those skilled in the art. In general, to manufacture a pharmaceutical composition according to the invention, one skilled in the art can advantageously also refer to the latest edition of the European Pharmacopoeia, for example to the 5th edition of the European Pharmacopoeia published in January 2005, or still in the 6th edition of the European Pharmacopoeia, available to the public in June 2007. For the manufacture of a pharmaceutical composition comprising an aptamer as an active ingredient, the person skilled in the art can also refer to the contents of PCT application no. WO 2007/058801, PCT Application No. WO 2005/084412 and PCT Application No. WO 2004/047742 or in PCT Application No. WO 2008/150495.
Dans certains modes de réalisation d'une composition pharmaceutique selon l'invention, le ou les principes actifs aptamères anti-FIX/FIXa humain peut (peuvent) être utilisé(s) seul(s) ou en combinaison avec une ou plusieurs autres molécules pharmaceutiquement actives, y compris avec un ou plusieurs autres principes actifs anticoagulants.In some embodiments of a pharmaceutical composition according to the invention, the human anti-FIX / FIXa aptamer active ingredient (s) may be used alone or in combination with one or more other pharmaceutically acceptable molecules. active agents, including one or more other anticoagulant active ingredients.
L'invention est également relative à un acide nucléique se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, tel que défini dans la présente description, pour son utilisation en tant que médicament. L'invention a aussi trait à l'utilisation d'un acide nucléique se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, tel que défini dans la présente description, pour la fabrication d'un médicament pour le traitement des troubles de la coagulation, notamment incluant ceux mentionnés ci-dessus, de préférence l'hémophilie de type B. L'invention concerne aussi l'utilisation d'un acide nucléique se liant spécifiquement au facteur IX/IXa humain, tel que défini dans la présente description, pour le traitement des troubles de la coagulation, notamment incluant ceux mentionnés ci-dessus, de préférence l'hémophilie de type B. L'invention a aussi pour objet une méthode de prévention ou de traitement d'un trouble de la coagulation, comprenant une étape au cours de laquelle on administre, à un patient nécessitant un traitement préventif ou curatif d'un trouble de la coagulation, une composition pharmaceutique aptamère anti-FIX/FIXa humain telle que définie dans la présente description. En général, on administre une dose quotidienne d'un aptamère anti-FIX/FIXa humain tel que défini dans la présente description allant de 1 nanogramme à 100 milligrammes, mieux allant de 100 nanogrammes à 10 milligrammes, pour un patient de 80 kgs. La présente invention est également illustrée ci-après, sans y être limitée, aux exemples suivants.The invention also relates to a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa, as defined in this specification, for use as a medicament. The invention also relates to the use of a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa, as defined in the present description, for the manufacture of a medicament for the treatment of coagulation disorders, in particular including those mentioned above, preferably type B hemophilia. The invention also relates to the use of a nucleic acid specifically binding to human factor IX / IXa, as defined in the present description, for treating coagulation disorders, including those mentioned above, preferably hemophilia B. The invention also relates to a method for preventing or treating a coagulation disorder, comprising a step during to which a patient in need of preventive or curative treatment of a coagulation disorder is administered a human anti-FIX / FIXa aptamer pharmaceutical composition as defined herein. escription. In general, a daily dose of a human anti-FIX / FIXa aptamer as defined in the present description ranging from 1 nanogram to 100 milligrams, more preferably from 100 nanograms to 10 milligrams, is administered for a patient of 80 kgs. The present invention is further illustrated hereinafter, but not limited thereto, to the following examples.
EXEMPLES Exemple 1 : Modes de réalisation spécifiques d'un protocole d'interaction du Facteur IX humain avec un aptamère sur Biacore (résistance au NaC1) Matériel et Méthodes On a fabriqué un support solide sur lequel ont été immobilisées des molécules d'aptamères nucléiques selon l'invention. Préalablement à leur fixation sur le support solide, l'extrémité 5' des aptamères considérés a été chimiquement couplée à une molécule de biotine. On dispose d'un support solide contenant des molécules de streptavidine immobilisées (Serie S sensor Chip SA, GE) Puis, on a mis en contact le support solide ci-dessus avec les composés aptamères ci-dessous afin d'immobiliser les acides nucléiques, par association non covalente entre les molécules de streptavidine du support et les molécules de biotine des composés aptamères. Les aptamères considérés sont ceux figurés par les séquences SEQ ID N° 20, SEQ ID N° 23, SEQ ID N° 67, SEQ ID N° 132, SEQ ID N° 133, SEQ ID N° 134, SEQ ID N° 135, SEQ ID N° 136, SEQ ID N° 137, SEQ ID N° 139 et SEQ ID N° 142.EXAMPLES Example 1 Specific Embodiments of an Interaction Protocol of Human Factor IX with an aptamer on Biacore (Resistance to NaCl) Materials and Methods A solid support was made on which nucleic aptamer molecules were immobilized according to the invention. Prior to their attachment to the solid support, the 5 'end of the aptamers considered was chemically coupled to a biotin molecule. There is a solid support containing immobilized streptavidin molecules (Serie S sensor chip SA, GE). Then, the solid support above was brought into contact with the aptamer compounds below in order to immobilize the nucleic acids. by non-covalent association between the streptavidin molecules of the support and the biotin molecules of the aptamer compounds. The aptamers considered are those represented by the sequences SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135. , SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 139 and SEQ ID NO: 142.
L'aptamère Nonapta 1 est ainsi immobilisé avec un taux d'immobilisation d'environ 1 830 RU (1 RU correspond approximativement à 1 pg de produit immobilisé par mm2). Les aptamères Nonapta 2 et Nonapta 3 sont ainsi immobilisés avec un taux d'immobilisation d'environ 1 950 RU.The aptaptor Nonapta 1 is thus immobilized with a immobilization rate of approximately 1830 RU (1 RU corresponds approximately to 1 μg of immobilized product per mm 2). The aptamers Nonapta 2 and Nonapta 3 are thus immobilized with an immobilization rate of approximately 1,950 RU.
L'aptamère Nonapta 3.1 (à savoir un aptamère de séquence SEQ ID N° 67 pour lequel l'extrémité 3' a été chimiquement couplée à une molécule de biotine) est ainsi immobilisé avec un taux d'immobilisation d'environ 2 050 RU. Les aptamères Nonapta 5, 5.1 et 5.7 sont ainsi immobilisés avec un taux d'immobilisation, respectivement, d'environ 2 190 RU, 3 080 RU et 1 760 RU. Les aptamères Nonapta 6, 6.3 et 6.4 sont ainsi immobilisés avec un taux d'immobilisation, respectivement, d'environ 2 270 RU, 1 720 RU et 2 150 RU. L'aptamère Nonapta 7 est ainsi immobilisé avec un taux d'immobilisation d'environ 2 220 RU.Nonapta aptamer 3.1 (ie an aptamer of sequence SEQ ID No. 67 for which the 3 'end was chemically coupled to a biotin molecule) is thus immobilized with an immobilization rate of about 2050 RU. Nonapta aptamers 5, 5.1 and 5.7 are thus immobilized with an immobilization rate of, respectively, about 2 190 RU, 3 080 RU and 1 760 RU. Nonapta aptamers 6, 6.3 and 6.4 are thus immobilized with an immobilization rate of approximately 2 270 RU, 1 720 RU and 2 150 RU, respectively. The aptaptor Nonapta 7 is thus immobilized with an immobilization rate of approximately 2 220 RU.
L'aptamère Nonapta 8 est ainsi immobilisé avec un taux d'immobilisation d'environ 2 260 RU. Du FIX humain purifié a été dilué dans du tampon de course (Tris-HC1 50 mM, NaC1 150 mM, CaC12 2 mM, MgC12 1 mM, pH 7,4) de manière à obtenir des échantillons de concentration 100 et 250 nM en FIX, voire pour certains des aptamères ci-dessus de concentration 500 et 1 000 nM en FIX. A noter toutefois que, pour Nonapta 6, le même FIX humain purifié a été dilué dans du tampon de course (Tris-HC1 50 mM, NaC1 150 mM, CaC12 2 mM, MgC12 1 mM, pH 7,4) de manière à obtenir des échantillons de concentration 100, 200, 500 et 1 000 nM en FIX.The Nonapta aptamer 8 is thus immobilized with a immobilization rate of approximately 2,260 RU. Purified human FIX was diluted in running buffer (50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl 2, 1 mM MgCl 2, pH 7.4) to obtain 100 and 250 nM FIX samples. , or for some of the above aptamers of concentration 500 and 1000 nM in FIX. Note however that, for Nonapta 6, the same purified human FIX was diluted in running buffer (50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl 2, 1 mM MgCl 2, pH 7.4) to obtain 100, 200, 500 and 1000 nM samples in FIX.
Plusieurs supports ont été fabriqués, chacun comprenant un unique aptamère spécifique parmi ceux indiqués ci-dessus. Toutes les injections ont été réalisées avec un débit 301.11/min pendant 60 sec après l'injection.Several supports have been manufactured, each comprising a single specific aptamer among those indicated above. All injections were performed with a flow rate of 301.11 / min for 60 sec after the injection.
Ces analyses sont effectuées avec l'appareil de RPS Biacore® T-200 (GE), sous contrôle du logiciel Biacore® T-200 Control Software (Version 1.0). Les courbes de liaison des aptamères immobilisés et décrits ci-dessus au FIX humain ont été calculées avec le module dédié du logiciel Biacore® T-200 Evaluation Software (Version 1.0).These analyzes are carried out with the RPS Biacore® T-200 (GE) device under the control of the Biacore® T-200 Control Software (Version 1.0). The binding curves of the immobilized aptamers described above in the human FIX were calculated with the dedicated module of the Biacore® T-200 Evaluation Software (Version 1.0).
Ces résultats ont permis de déterminer que: - les aptamères mis en oeuvre, une fois immobilisés, se lient effectivement au FIX. Ces résultats sont illustrés en figures 10 à 20. - la liaison au facteur IX est particulièrement significative pour les aptamères Nonapta 5, 5.1, 5.7, 6, 6.3 et 6.4, et plus particulièrement l'aptamère Nonapta 5.7. Ces résultats sont illustrés en figures 13 à 18.These results made it possible to determine that: the aptamers used, once immobilized, actually bind to the FIX. These results are illustrated in FIGS. 10 to 20. Factor IX binding is particularly significant for Nonapta aptamers 5, 5.1, 5.7, 6, 6.3 and 6.4, and more particularly the Nonapta aptamer 5.7. These results are illustrated in FIGS. 13 to 18.
Exemple 2 : préparation d'un support d'affinité Le support d'affinité a été réalisé à partir d'un matériau de support solide consistant en une matrice sur laquelle on a greffé de la streptavidine (streptavidin-agarose - Novagen ). On a introduit un volume de 1 ml de gel dans un conteneur consistant en une colonne (i.d. 11mm). On a lavé le gel avec de l'eau purifiée, pour éliminer le solvant de stockage. Les caractéristiques du gel sont : - Capacité d'adsorption de biotine > 85 nanomole / ml de gel - Test fonctionnel : Capture >99% de thrombine biotinylée en 30 minutes à TA - Autres tests : Protease-free , endo/exonucléase-free, RNase-free. - Conservateur : 100 mM sodium phosphate pH7,5 + NaN3 0,02 La sortie de la colonne conditionnée (« packée ») (Hauteur de lit de gel = 1cm) est connectée à un détecteur d'absorbance équipé d'un filtre UV à 254 nm et d'un enregistreur. Les aptamères nucléiques anti-FIX humain biotinylés selon l'invention, et notamment ceux considérés en exemples 1 et 2 ci-dessus, sont solubilisés dans de l'eau purifiée à la concentration finale de 0,5 mg/0,187 ml, soit une concentration molaire finale de 0,1 mM. La solution d'aptamères nucléiques a été activée à 95°C selon le cycle standard, pour l'immobilisation des aptamères sur le matériau support solide. La solution d'aptamères nucléiques a été préalablement diluée par 4,8 ml d'eau purifiée puis 1,5 ml de tampon Me++ (5 x concentré). Le détecteur d'absorbance est ajusté à 1 AUFS (Absorbance Unit Full Scale) et on enregistre la DO à 254 nm de cette solution à 0,575 UA254. La solution d'aptamères nucléiques biotinylés est injectée sur le gel streptavidinagarose pré-conditionnée (« prépackée ») et mise en recirculation avec une pompe péristaltique à un débit de 2,5 ml/minute, soit un temps de contact sur le gel de 24 secondes (entrée/sortie E/S). Dans ces conditions, la DO à 254 nm se stabilise rapidement à 0,05 UA254, soit une valeur de 91% de couplage théorique, c'est-à-dire 0,455 mg d'aptamères nucléiques par millilitre de gel. Un lavage avec un tampon 10 mM CaC12 + 4 mM MgC12 puis en NaC1 2M est réalisé, afin d'éliminer les aptamères nucléiques qui ne sont pas fixées spécifiquement aux molécules de streptavidine greffées sur le matériau de support solide. Exemple 3 : Procédé de purification du Facteur IX humain A. Matériel et Méthodes A.1. Le support de chromatographie d'affinité Matière Gel d'affinité sur lequel on a immobilisé l'aptamère Nonapat 5.1 de séquence SEQ ID No.1, couplé directement à la biotine, sans chaîne espaceur entre l'aptamère et la biotine. L'aptamère est immobilisé sur un gel streptavidine (Fournisseur Novagen) grâce à une biotine en 5' terminal avec une densité de ligand théorique 0,4 mg/ml : volume 1 ml packé dans une colonne )(K16 (GE).Example 2: Preparation of an Affinity Support The affinity support was made from a solid support material consisting of a matrix onto which streptavidin (streptavidin-agarose-Novagen) was grafted. A volume of 1 ml of gel was introduced into a container consisting of a column (i.d., 11 mm). The gel was washed with purified water to remove the storage solvent. The characteristics of the gel are: - Biotin adsorption capacity> 85 nanomole / ml of gel - Functional test: Capture> 99% of biotinylated thrombin in 30 minutes at RT - Other tests: Protease-free, endo / exonuclease-free, RNase-free. - Preservative: 100 mM sodium phosphate pH7.5 + NaN3 0.02 The conditioned column outlet ("packaged") (gel bed height = 1 cm) is connected to an absorbance detector equipped with a UV filter at 254 nm and a recorder. The biotinylated anti-human FIX nucleic aptamers according to the invention, and in particular those considered in Examples 1 and 2 above, are solubilized in purified water at the final concentration of 0.5 mg / 0.187 ml, ie a concentration final molar of 0.1 mM. The nucleic aptamer solution was activated at 95 ° C according to the standard cycle, for aptamer immobilization on the solid support material. The nucleic aptamer solution was previously diluted with 4.8 ml of purified water and then 1.5 ml of Me ++ buffer (5 × concentrated). The absorbance detector is adjusted to 1 AUFS (Absorbance Unit Full Scale) and the OD at 254 nm of this solution is recorded at 0.575 UA254. The solution of biotinylated nucleic aptamers is injected onto the prepackaged streptavidinagarose gel ("prepackaged") and recirculated with a peristaltic pump at a flow rate of 2.5 ml / minute, ie a contact time on the gel of 24 seconds (input / output I / O). Under these conditions, the OD at 254 nm stabilizes rapidly at 0.05 AU254, a value of 91% theoretical coupling, that is to say 0.455 mg of nucleic aptamers per milliliter of gel. Washing with 10 mM CaCl2 + 4 mM MgCl2 and then 2M NaCl is performed to remove nucleic aptamers that are not specifically attached to streptavidin molecules grafted onto the solid support material. Example 3: Method for Purifying Human Factor IX A. Materials and Methods A.1. The affinity gel affinity chromatography medium on which the Nonapat 5.1 aptamer of sequence SEQ ID No.1, immobilized directly with biotin, was immobilized without a spacer chain between the aptamer and biotin. The aptamer is immobilized on a streptavidin gel (Novagen supplier) using a 5 'terminal biotin with a theoretical ligand density of 0.4 mg / ml: volume 1 ml packed in a column) (K16 (GE).
Le produit de départ de Facteur IX est du Betafact 94 Ul/mL - 1 mL. A.2. Le protocole de purification Equilibration gel : Tris-HC1 50 mM, NaC1 150 mM, CaC12 2 mM, MgC12 1 mM, pH 7,4, Lavage : Tampon TSP contenant 0,5 M de NaC1- 2,5 mL, Elution : EDTA 200 mM, pH 8 - 2,5 mL, 1 mL de Betafact est injecté avec un débit de 0,4 mL/min en tampon d'équilibration.The starting material of Factor IX is Betafact 94 IU / mL - 1 mL. A.2. Equilibration gel purification protocol: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl 2, 1 mM MgCl 2, pH 7.4, Wash: TSP buffer containing 0.5 M NaCl-2.5 mL, Elution: EDTA 200 mM, pH 8 - 2.5 mL, 1 mL of Betafact is injected with a flow rate of 0.4 mL / min in equilibration buffer.
Après détection du pic de non retenu 2 volumes de colonne de tampon d'élution est injecté. On détecte les pics de protéines par mesure de la valeur d' absorbance à la longueur d'onde de 280 nanomètres. B. Résultats Les résultats sont illustrés sur les figures 21 et 22. La Figure 21 représente la courbe des valeurs de mesure de l'absorbance à 280 nm en fonction du temps. Sur la Figure 21, le pic n°1 correspond à la fraction du produit de départ qui n'a pas été retenue sur la colonne. Le pic n°2 correspond à la fraction d'élution.After detecting the peak of unretained 2 column volumes of elution buffer is injected. Protein peaks are detected by measuring the absorbance value at the wavelength of 280 nanometers. B. Results The results are illustrated in FIGS. 21 and 22. FIG. 21 represents the curve of the measured values of the absorbance at 280 nm as a function of time. In Figure 21, peak # 1 is the fraction of the starting material that was not retained on the column. Peak No. 2 corresponds to the elution fraction.
Le produit de départ ainsi que le produit élue a été analysé en SDS PAGE avec coloration au nitrate d'argent. La Figure 22 représente ce gel : - les pistes n°1 et l' correspondent au produit de départ de Facteur IX Betafact. - les pistes n°2 et 2' correspondent à la fraction du produit de départ qui n'a pas été retenue sur la colonne. - les pistes n°3 et 3' correspondent à la fraction d' élution. - les pistes n°1 à 3 sont obtenues dans des conditions non réductrices. - les pistes n°1' à 3' sont obtenues dans des conditions réductrices Les résultats des figures 21 et 22 montrent que l'aptamère de séquence SEQ ID N° 133 (i.e. Nonapta 5.1) est capable de lier le FIX humain et de l'éluer spécifiquement en présence d'EDTA.The starting product as well as the eluted product was analyzed in SDS PAGE with silver nitrate staining. Figure 22 shows this gel: - lanes n ° 1 and l correspond to the starting product of Factor IX Betafact. - Tracks 2 and 2 'correspond to the fraction of the starting product which has not been retained on the column. - Tracks 3 and 3 'correspond to the elution fraction. Tracks 1 to 3 are obtained under non-reducing conditions. lanes # 1 'to 3' are obtained under reducing conditions The results of FIGS. 21 and 22 show that the aptamer of sequence SEQ ID No. 133 (ie Nonapta 5.1) is capable of binding human FIX and elute specifically in the presence of EDTA.
En effet, la bande correspondante au pistes 2 et 2' est particulièrement claire, voire inexistante, ce qui traduit la capacité dudit aptamère à se lier efficacement au FIX humain.Indeed, the band corresponding to tracks 2 and 2 'is particularly clear or non-existent, which reflects the capacity of said aptamer to bind effectively to human FIX.
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