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FR3099181B1 - Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique, avec prise en compte d'un calibrateur. - Google Patents

Procédé de détection et de quantification d'une espèce biologique d'intérêt par analyse métagénomique, avec prise en compte d'un calibrateur. Download PDF

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Abstract

Procédé de détection d'une espèce biologique d'intérêt (SOI) potentiellement présente dans un échantillon d'analyse, l'espèce biologique d'intérêt présentant un génome connu ou partiellement connu, l'échantillon d'analyse comportant un mélange de différentes espèces biologiques, le procédé comportant les étapes suivantes : extraction des acides nucléiques de l'échantillon d'analyse ; séquençage des séquences de nucléotides extraites lors de l'étape a) ; à partir du résultat du séquençage : (i) assignation des séquences résultant de l'étape b) à partir d'une base de séquences de référence ; (ii) détermination d'une quantité de séquences (RSOI, RNSOI) assignées à l'espèce biologique d'intérêt; le procédé étant caractérisé en ce qu'il comporte, préalablement à l'étape b), l'ajout d'un calibrateur, le calibrateur étant une espèce biologique ajoutée selon une concentration connue, dans l'échantillon d'analyse, le calibrateur présentant un génome connu, et en ce que l'étape c) comporte (iii) détermination d'une quantité de séquences (RCAL) assignées au calibrateur; d) à partir des quantités de séquences estimées durant les étapes (ii) et (iii), estimation d'une concentration (CSOI) de l'espèce biologique d'intérêt (SOI) dans l'échantillon.
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