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FR3058061A1 - Nouvelle utilisation d'oligonucleotides double brin - Google Patents

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FR3058061A1
FR3058061A1 FR1660439A FR1660439A FR3058061A1 FR 3058061 A1 FR3058061 A1 FR 3058061A1 FR 1660439 A FR1660439 A FR 1660439A FR 1660439 A FR1660439 A FR 1660439A FR 3058061 A1 FR3058061 A1 FR 3058061A1
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FR
France
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sitspl
siar
seq
composition
sifoxp3
Prior art date
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Withdrawn
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FR1660439A
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English (en)
Inventor
Florence Cabon
Hilary BROOKS
Maud CHUSSEAU
Stephanie Delmas
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Selexel
Original Assignee
Selexel
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Publication date
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Priority to JP2019546084A priority patent/JP2019535816A/ja
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Priority to EP17771797.2A priority patent/EP3532088A1/fr
Priority to CN201780081248.7A priority patent/CN110352069A/zh
Priority to PCT/FR2017/052214 priority patent/WO2018078225A1/fr
Priority to CA3041624A priority patent/CA3041624A1/fr
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Abstract

La présente invention concerne une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm, codant ou non codant, dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d'administration systémique continu, ainsi qu'un dispositif comprenant un tel mode d'administration.

Description

© N° de publication : 3 058 061 (à n’utiliser que pour les commandes de reproduction)
©) N° d’enregistrement national : 16 60439 ® RÉPUBLIQUE FRANÇAISE
INSTITUT NATIONAL DE LA PROPRIÉTÉ INDUSTRIELLE
COURBEVOIE
©) Int Cl8 : A 61 K 31/7088 (2017.01), A 61 K 31/713, A 61 P 35/ 00
DEMANDE DE BREVET D'INVENTION A1
©) Date de dépôt : 27.10.16. (30) Priorité : ©) Demandeur(s) : SELEXEL Société à responsabilité limitée — FR.
©) Date de mise à la disposition du public de la demande : 04.05.18 Bulletin 18/18. ©) Inventeur(s) : CABON FLORENCE, BROOKS HILARY, CHUSSEAU MAUD et DELMAS STEPHANIE.
(56) Liste des documents cités dans le rapport de recherche préliminaire : Se reporter à la fin du présent fascicule
(© Références à d’autres documents nationaux apparentés : ©) Titulaire(s) : SELEXEL Société à responsabilité limitée.
©) Demande(s) d’extension : @) Mandataire(s) : GROSSET FOURNIER ET DEMACHY Société à responsabilité limitée.
(54) NOUVELLE UTILISATION D'OLIGONUCLEOTIDES DOUBLE BRIN.
FR 3 058 061 - A1
La présente invention concerne une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm, codant ou non codant, dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d'administration systémique continu, ainsi qu'un dispositif comprenant un tel mode d'administration.
i
NOUVELLE UTILISATION D’OLIGONUCLEOTIDES DOUBLE BRIN
La présente invention concerne une nouvelle utilisation d’oligonucléotides double brin, et plus particulièrement une utilisation selon un nouveau mode d’administration.
Depuis la découverte du mécanisme d’ARN interférence en 1998, des efforts considérables ont été entrepris pour développer le potentiel thérapeutique de cet outil pour les maladies humaines.
Les micro RNAs (miRNAs) sont des petits ARN codés par le génome de tous les organismes eucaryotes. Après transcription et maturation, ils sont chargés dans un complexe protéique : RNA Induced Silencing Complex (RISC). Lorsqu'ils s’hybrident avec un ARN messagers (ARNm) soit ils induisent sa coupure, conduisant à la dégradation de l’ARNm, soit ils inhibent sa traduction en protéine. Les ARN interférents ou Small Interfering RNA (siRNAs) sont des oligonucléotides double brins synthétiques qui lorsqu'ils s'hybrident avec un ARNm miment l’action des miRNAs.
Utiliser un siRNA comme médicament pour produire un effet thérapeutique demande une méthode efficace pour délivrer le siRNA dans les cellules de l’organe ou de la tumeur cible ; cette méthode doit être cliniquement acceptable, non toxique et ne pas déclencher de réaction immunitaire indésirable. La plupart des utilisations thérapeutiques nécessitent que le siRNA soit délivré de façon systémique dans l’organisme.
Dans ce but, les siRNAs ont été chimiquement conjugués ou incorporés dans différents types de molécules, comme des lipides, des polymères, des peptides, des dendrimères, des dérivés de la polyéthylènimine, des nanoparticules, des sphères magnétiques, ou des nanostructures inorganiques ou organiques collectivement appelés agents de vectorisation. La charge négative des siRNAs facilite leur association avec des carriers cationiques tels que des compositions lipidiques ou polymériques.
De très nombreux outils de vectorisation ont été développés pour les siRNAs. Plusieurs sont utilisés dans des essais thérapeutiques chez l’homme, dans différentes indications. Le consensus le plus général dans la communauté scientifique et médicale est de dire que les siRNAs non vectorisés sont inefficaces, et qu'ils doivent être stabilisés et vectorisés pour être actifs (Scomparin et al., 2015).
Cependant, la mise au point de ces outils de vectorisation est une étape complexe. Il a été montré que plusieurs classes d’agents de vectorisation, du fait de leur nature chimique ou structurale, ou du fait de leur association avec un siRNA, présentaient des effets toxiques ou déclenchaient une réponse immunitaire indésirable chez l’animal ou les humains (Robbins et al., 2009) ce qui n’est pas le cas avec des siRNAs non vectorisés (Heidel et al., 2004). De plus ces agents de vectorisation adressent souvent préférentiellement les siRNAs dans certains organes, en particulier le foie, ce qui limite leur utilisation thérapeutique dans d’autres organes.
Différentes méthodes ont déjà été proposées pour administrer des siRNAs non vectorisés de façon systémique et inhiber l’expression d’un gène dans un tissu ou dans une tumeur. La première méthode proposée, dite hydrodynamique, a été d’injecter par voie intraveineuse une solution saline contenant le siRNA en quelques secondes et dans un grand volume : 1.8 mL chez la souris, correspondant à plus de la moitié de son volume sanguin (McCaffrey et al., 2002). Cette méthode est inapplicable à l’homme et aux animaux de grande taille.
D’autres auteurs ont utilisé une administration de siRNAs non vectorisés par voie intrapéritonéale chez la souris. Cette méthode est efficace et permet d’inhiber l’expression de la cible du siRNA, et d’inhiber la croissance de tumeurs xenogreffées chez des souris. Ceci est illustré dans la littérature (Delloye-Bourgeois et al., 2009; Pannequin et al., 2007). L’injection intrapéritonéale de siRNAs dirigés contre le récepteur des androgènes (siAR-1) (Compagno et al., 2007) ou contre la thrombospondine-1 (siTSPl-1) (Firlej et al., 2011) inhibe efficacement la croissance de tumeurs prostatiques xenogreffées chez des souris. La voie intrapéritonéale est efficace chez l’animal mais elle est complexe à utiliser chez l'homme, notamment du fait de risques infectieux chez l'homme, et usuellement restreinte au traitement de pathologies touchant le péritoine ou les organes intrapéritonéaux comme les ovaires.
L’administration de siRNAs non vectorisés par voie intraveineuse a également été testée. Cependant, comme d’autres oligonucléotides, les siRNAs injectés par voie intraveineuse sont éliminés par filtration rénale (van de Water et al., 2006).
Il n’existe donc pas à ce jour de mode d’administration d’oligonucléotides double brin, permettant de les adresser efficacement dans de nombreux organes cibles, notamment dans la prostate, et/ou dans des tumeurs, dans le but de prévenir et/ou traiter des pathologies. Il existe un réel besoin de fournir un tel moyen.
L’un des buts de l’invention est ainsi de fournir des modes d’administration permettant d’adresser efficacement des oligonucléotides double brin dans de nombreux organes cibles, notamment dans la prostate, et/ou dans des tumeurs, afin de prévenir et/ou traiter des pathologies résultant directement ou indirectement de l'expression d’un gène, l’oligonucléotide double brin ciblant l’ARNm transcrit à partir de ce gène.
L’un des autres buts de l'invention est de fournir des modes d’administration d’oligonucléotides double brin qui soient efficaces et plus simples que les méthodes nécessitant un agent de vectorisation.
*Dans un premier et deuxième aspect, la présente invention repose sur les résultats inattendus des Inventeurs selon lesquels l’administration d’oligonucléotides double brin par un mode d’administration systémique continue permet d’adresser efficacement des oligonucléotides double brin dans de nombreux organes cibles et/ou à des tumeurs.
Dans ce premier aspect, l’invention concerne ainsi une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm, codant ou non codant, dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, la composition étant utilisée pour la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d’administration systémique continue.
Un « oligonucléotide » selon la présente invention s’entend d’un polynucléotide comprenant de 2 à 100, notamment 5 à 50, de préférence 13 à 25 et plus particulièrement 19, 20 ou 21 nucléotides. De « 2 à 100 » signifie 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,
42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66,
67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91,
92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100.
Un « oligonucléotide double brin » selon la présente invention s’entend plus particulièrement d’un siRNA qui comprend un brin dit « guide » et un brin dit « passager ». Plus précisément, lorsque l’oligonucléotide double brin est un siRNA, le brin guide qui est chargé dans le complexe RISC s’hybride avec une région d’un ARNm dont il est complémentaire. L’ARNm est alors coupé par RISC puis dégradé, ou bien sa traduction est empêchée. La protéine correspondant à cet ARNm ne peut donc plus être synthétisée.
Selon l’invention, l’expression « formulée pour un mode d’administration » peut également signifier « administrée par un mode d’administration ».
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition susmentionnée comprenant au moins un oligonucléotide double brin dans une solution ne contenant pas d’agent de vectorisation ou dans laquelle l’oligonucléotide double brin n’est pas associé à un agent de vectorisation.
Un «agent de vectorisation» selon la présente invention s’entend des composés contenant des macromolécules qui forment des complexes avec les oligonucléotides, à l'exclusion des sels ou des sucres simples.
L’expression « une solution ne contenant pas d’agent de vectorisation » signifie que les oligonucléotides double brin selon la présente invention peuvent être utilisés sans agents de vectorisation de façon à s’affranchir de potentiels effets toxiques ou immunologiques liés à ces agents. Une telle solution correspond par exemple à une solution aqueuse, ladite solution aqueuse pouvant être additionnée de sucres, notamment de dextrose, d'une solution saline, notamment une solution saline tamponnée. Dans un aspect préféré de l’invention, le siRNA est préparé dans de l'eau contenant 0.9% de NaCI.
Dans un aspect particulier, ledit mode d’administration systémique selon l’invention est choisi parmi le groupe comprenant ou étant constitué du mode d’administration souscutané, intrapéritonéal, intraveineux, intramusculaire, intradermique, intranasal, intravaginal, intrarectal, sublingual ou oral.
Dans un aspect préféré selon l’invention, ledit mode d’administration systémique continue est sous-cutané. Ce mode d’administration spécifique est nommé « siDeliv ».
Dans un aspect particulier, l’invention concerne également une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin dans une solution ne contenant pas d’agent de vectorisation, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm, codant ou non codant, dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d’administration systémique continue choisi parmi le groupe comprenant ou étant constitué du mode d’administration sous-cutané, intrapéritonéal, intraveineux, intramusculaire, intradermique, intranasal, intravaginal, intrarectal, sublingual ou oral.
La pathologie selon l’invention est une pathologie humaine ou animale. La pathologie selon l’invention est plus particulièrement associée à l’expression du récepteur des androgènes (AR), ou de la Thrombospondine-1 (TSP1), ou du facteur de transcription FoxP3, ou Vascular Endothélial Growth Factor A (VEGF).
La pathologie selon l’invention, qu’elle soit associée à l’expression d'AR, ou de la TSP1, ou de FoxP3, ou du VEGF, est plus particulièrement une tumeur primaire, une tumeur métastatique, ou une pathologie associée à la présence de cellules suppressives ou immunosuppressives.
Selon l’invention, ladite tumeur primaire est un cancer de l’anus, de l’appendice, de la bouche, des bronches et/ou des voies aériennes supérieures, du canal biliaire, de la cavité nasale et paranasale, du cerveau, du cœur, du col de l’utérus, du colon, du corps de l’utérus, de l’estomac, du foie, des glandes salivaires, de la gorge, de la langue, des lèvres, du nasopharynx, de l’œsophage, des os, de l’ovaire, du pancréas, de la parathyroïde, du pénis, de la plèvre, du poumon, de la prostate, du rectum, du rein, du sein, des surrénales, des testicules, de la tête et du cou, du thymus, de la thyroïde, de l’urètre, du vagin, de la vésicule biliaire, de la vessie, de la vulve, un cancer gastro-intestinal, un lymphome, un mélanome ou un cancer de la peau hors mélanome, un myélome, un sarcome, une leucémie, un mésothéliome, un cholangiocarcinome, un ostéosarcome, un glioblastome, un astrocytome, un oligodendrogliome, un chondrosarcome, un liposarcome, un rhabdomyosarcome, ou un phéochromocytome, collectivement nommés tumeurs primaires dans la suite de la description, ou les métastases de n'importe laquelle de ces tumeurs primaires se développant dans d’autres organes.
L’expression « pathologie associée à la présence de cellules suppressives ou immunosuppressives » signifie que lesdites cellules suppressives ou immunosupressives facilitent le développement d'une pathologie et notamment l'initiation, l'implantation ou le développement d'une tumeur ou sa dissémination métastatique. Ce terme regroupe en particulier les lymphocytes T régulateurs, également appelés T suppresseurs, les lymphocytes Thl7 et les MDSC (myeloid-derived suppressor cells).
Dans un aspect particulièrement préféré, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle au moins un oligonucléotide comprend ou est constitué par l’un des couples tels qu’encadrés dans le Tableau 6 suivant :
-siAR-1 constitué de : SEQ ID NO : 1, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 1 et SEQ ID NO : 2, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 2 ;
-siAR-lb constitué de : SEQ ID NO : 3, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 3 et SEQ ID NO : 4, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 4 ;
-siAR-2 constitué de : SEQ ID NO : 5, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 5 et SEQ ID NO : 6, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 6 ;
-siAR-2b constitué de : SEQ ID NO : 7, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 7 et SEQ ID NO : 8, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 8 ;
-siAR-3 constitué de : SEQ ID NO : 9, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 9 et SEQ ID NO : 10, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 10 ;
-siAR-3b constitué de : SEQ ID NO : 11, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 11 et SEQ ID NO : 12, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 12 ;
-siAR-4 constitué de : SEQ ID NO : 13, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 13 et SEQ ID NO : 14, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 14 ;
-siAR-4b constitué de : SEQ ID NO : 15, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 15 et SEQ ID NO : 16, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 16 ;
-siAR-5 constitué de : SEQ ID NO : 17, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 17 et SEQ ID NO : 18, ou une séquence ayant au moins
80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 18 ;
-siAR-5b constitué de : SEQ ID NO : 19, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 19 et SEQ ID NO : 20, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 20 ;
-siVEGF-1 constitué de : SEQ ID NO : 21, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 21 et SEQ ID NO : 22, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 22 ;
-siVEGF-lb constitué de : SEQ ID NO : 23, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 23 et SEQ ID NO : 24, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 24 ;
-siTSPl-1 constitué de : SEQ ID NO : 25, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 25 et SEQ ID NO : 26, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 26 ;
-siTSPl-lb constitué de : SEQ ID NO : 27, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 27 et SEQ ID NO : 28, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 28 ;
-siTSPl-2 constitué de : SEQ ID NO : 29, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 29 et SEQ ID NO : 30, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 30 ;
-siTSPl-2b constitué de : SEQ ID NO : 31, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 31 et SEQ ID NO : 32, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 32 ;
-siTSPl-3 constitué de : SEQ ID NO : 33, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 33 et SEQ ID NO : 34, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 34 ;
-siTSPl-3b constitué de : SEQ ID NO : 35, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 35 et SEQ ID NO : 36, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 36 ;
-siTSPl-4 constitué de : SEQ ID NO : 37, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 37 et SEQ ID NO : 38, ou une séquence ayant au moins
80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 38 ;
-siTSPl-4b constitué de : SEQ ID NO : 39, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 39 et SEQ ID NO : 40, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 40 ;
-siTSPl-5 constitué de : SEQ ID NO : 41, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 41 et SEQ ID NO : 42, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 42 ;
-siTSPl-5b constitué de : SEQ ID NO : 43, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 43 et SEQ ID NO : 44, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 44 ;
-siFoxP3-l constitué de : SEQ ID NO : 45, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 45 et SEQ ID NO : 46, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 46 ;
-siFoxP3-lb constitué de : SEQ ID NO : 47, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 47 et SEQ ID NO : 48, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 48 ;
-siFoxP3-2 constitué de : SEQ ID NO : 49, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 49 et SEQ ID NO : 50, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 50 ;
-siFoxP3-2b constitué de : SEQ ID NO : 51, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 51 et SEQ ID NO : 52, ou une séquence ayant au moins 80% d'identité avec ladite SEQ ID NO : 52.
Tableau 6 : Couples d’oligonucléotides selon la présente invention
Tel que défini dans le Tableau 5, dans l'invention, les couples d'oligonucléotides siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR-4b, siAR-5, siAR-5b sont collectivement dénommés famille des siRNAs-AR.
Tel que défini dans le Tableau 5, dans l'invention, les couples d'oligonucléotides siVEGF-1, siVEGF-lb sont collectivement dénommés famille des siRNAs-VEGF.
Tel que défini dans le Tableau 5, dans l'invention, les couples d'oligonucléotides siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b sont collectivement dénommés famille des siRNAs-TSPl.
Tel que défini dans le Tableau 5, dans l'invention, les couples d'oligonucléotides SÎFOXP3-1, siFOXP3-lb, SÎFOXP3-2, siFOXP3-2b, sont collectivement dénommés famille des siRNAs-FOXP3.
F’expression « au moins 80% d’identité avec une séquence » signifie 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% et 100%, notamment 90%, 95% et 99%.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide est un mélange d’oligonucléotides.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit mélange est un mélange de deux couples d’oligonucléotides.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit mélange est un mélange de trois couples d’oligonucléotides.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit mélange d’oligonucléotides comprend ou est constitué des couples suivants :
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF, et en particulier le couple siAR-1 et le couple siVEGF-1 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl, et en particulier le couple siAR-1 et le couple siTSPl-1 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siAR-1 et le couple siFoxP3-2 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le
Tableau 5 des siRNAs-TSPl, et en particulier le couple siVEGF-1 et le couple siTSPl-1 ;
ίο un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siVEGF-1 et le couple siFoxP3-2 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siTSPl-1 et le couple siFoxP3-2 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans la table 5 des siRNAs-TSPl, et avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siVEGF-1 avec le couple siTSPl-1 et avec le couple siFoxP3-2 ;
un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans la table 5 des siRNAs-TSPl, avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR, et en particulier le couple siVEGF-1 avec le couple siTSPl-1 et avec le couple siAR-1.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit mode d’administration systémique continue est souscutané et ledit au moins un oligonucléotide est choisi parmi les couples : siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, siVEGF-1, siVEGFlb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite pathologie est n'importe laquelle des tumeurs primaires susmentionnées, ou des métastases d'une de ces tumeurs primaires se développant dans d’autres organes, et ledit au moins un oligonucléotide est choisi parmi les couples : siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, siVEGF-1, siVEGF-lb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite pathologie est un cancer du sein, ou un mélanome, ou un glioblastome, ou un cancer du rein, ou un cancer du foie, ou un cancer de la vessie, ou des métastases d'un de ces cancers se développant dans d’autres organes, et ledit au moins un oligonucléotide est choisi parmi les couples : siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, siVEGF-1, siVEGF-lb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b, et en particulier le couple siAR-1, ou le couple siVEGF-1, ou le couple siTSPl-1, ou le couple siFoxP3-l, seuls ou en association deux à deux ou trois à trois.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite pathologie est un cancer de la prostate ou des métastases de ce cancer se développant dans d’autres organes, et ledit au moins un oligonucléotide est choisi parmi les couples siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, siVEGF-1, siVEGF-lb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b, et en particulier le couple siAR-1, ou le couple siVEGF-1, ou le couple siTSPl-1, ou le couple siFoxP3-2, seuls ou en association deux à deux ou trois à trois et plus particulièrement le couple siAR-1.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle la séquence de l’un des brins dudit oligonucléotide est différente de :
- SEQ ID NO : 53 (GGGUUAUGUCUAUGUUCAUUCUU), ou
- SEQ ID NO : 54 (GGAAUGGCCUGUGCUUUCUCAUU)
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, notamment 0.01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour, et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour chez l'homme.
De « 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour» s’entend de toutes les doses comprises de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, par exemple 0.008 ; 0.01 ; 0.05 ; 0.1 ; 0.5 ; 1.0 ; 1.5 ; 10.0 ;
10.5 ; 14.0 ; 14.5 ; 20 ; 20.5 ; 25 ; 25.5 ; 29.5 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration, en continu et en sous-cutané, à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, notamment 0.01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration, en continu et en intrapéritonéal, à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, notamment 0.01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration, en continu et en intramusculaire, à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 15 mg/kg/jour, notamment 0.01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration, en continu et en intradermique, à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 15 mg/kg/jour, notamment 0.01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Selon l’invention, et dans un aspect particulier, ledit oligonucléotide peut présenter des modifications chimiques telles que des modifications chimiques sur le brin sens ou antisens, sur un ou plusieurs nucléotides situés aux extrémités terminales 3’ ou 5’, et/ou sur un ou plusieurs nucléotides constituant le squelette interne.
Lesdites modifications chimiques selon l’invention se situent sur le ribose et/ou la base et/ou l’acide phosphorique. Lesdites modifications chimiques selon l’invention comprennent au moins une substitution du groupement OH en 2’ du ribose par un groupement 2'-(9-methyl RNA (2'OMe) ou 2'-O-methoxyethyl (2'MOE) ou 2'-fluoro (2'F) ou 2'-fluoro-3arabinonucleotide (FANA), une allylation de l’oxygène en 2’ en aminoethyl-, guanidinoethyl, cyanoethyl- ou alkyl, un remplacement du groupement phosphodiester par un phosphorothioate, une alkylation ou une thiolation de un ou plusieurs nucléotides du siRNA, le remplacement d’un ribonucléotide par un desoxyribonucléotide, ou le remplacement d’un nucléotide par un Locked Nucleic Acid (LNA).
Dans un autre aspect particulier, ledit oligonucléotide selon l’invention est dépourvu de modification chimique.
Dans un aspect particulier, ledit oligonucléotide selon l’invention est dépourvu de modification chimique, et comporte deux désoxynucléotides débordant à l’extrémité 3’, notamment deux désoxythymidines.
Dans un autre aspect particulier, ledit oligonucléotide selon l’invention est dépourvu de modification chimique, et ne comporte pas deux désoxynucléotides débordant à l’extrémité 3’, notamment deux désoxythymidines.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ledit oligonucléotide est utilisée en association avec au moins un agent anti-angiogénique et/ou un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique.
Selon l’invention, le terme agent anti-angiogénique signifie un agent destiné à inhiber la formation de vaisseaux sanguins, notamment en inhibant l'expression ou la fonction de VEGF, FGF2, PDGF, HGF, MET, FLT3, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, KIT, TIE1, TIE2, RET, TRKB, AXL. De tels agents sont notamment Cilengitide, Vandetanib, Lenalidomide, Thalidomide, Arsenic Trioxide, Bevacizumab, ou encore des agents listés dans le Tableau 1.
Selon l’invention, un agent immunothérapeutique est un agent qui a pour objectif de stimuler, notamment par une vaccination, et/ou de rétablir une réponse immunitaire, notamment par l'inhibition des cellules immunosuppressives ou suppressives, et/ou par inhibition de l'anergie des lymphocytes. Les immunothérapies au sens de l'invention sont notamment les thérapies mettant en œuvre l'administration de cytokines, d'anticorps ciblant les points de contrôle et de régulation du système immunitaire (check-point immunitaires, par exemple PDI, PDL1, CTLA4, Tigit), le traitement par des lymphocytes T, génétiquement modifiés (Car-T) ou non, ou par des cellules dendritiques, la vaccination, les traitements antihelminthes. Un tel agent est notamment choisi parmi Ipilimumab, nivolimumab, T-Vec, Sipuleucel-T, Blinatumomab, Pembrolizumab, ou parmi les agents du Tableau 2.
Selon l’invention, un agent anti-tumoral ou chimiothérapeutique est un agent possédant des propriétés anti-cancéreuses choisi parmi : les agents alkylants, les agents antimétabolites, les antibiotiques cytotoxiques, les inhibiteurs de topoisomérase I, les inhibiteurs de topoisomérase II, les antibiotiques anti-tumoraux, les agents génotoxiques, les inhibiteurs de la PARP, les agents anti-microtubules. Un tel agent est par exemple choisi parmi : Bendamustine, Temozolomide, Mechlorethamine, Cyclophosphamide, Carmustine, Cisplatine, Busulfan, Thiotepa, Decarbazine, Pentostatine, Methotrexate, Pemetrexed, Floxuridine, Fluorouracil, Cytarabine, Mercaptopurine, Thiguanine, Rubitecan, Mitomycine
C, Daunorubicin, Doxorubicine, Bleomycin, Plicamycin, Mitoxantrone HCl, Oxaliplatine, Vinorelbine, BMS 184476, Vincristine sulfate, Vinblastine, Taxotere, Taxol, ou encore les agents mentionnés dans les Tableaux 3 et 4.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNA-AR en association avec un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique et/ou un agent antiangiogénique.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3 en association avec un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique et/ou un agent antiangiogénique.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl en association avec un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique et/ou un agent antiangiogénique.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne une composition pour son utilisation susmentionnée, dans laquelle ladite composition comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF en association avec un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique et/ou un agent antiangiogénique.
Dans tous les aspects de la présente invention, ledit oligonculéotide peut être associé à un agent de vectorisation, qu’il soit associé à une molécule d’adressage ou qu’il ne soit pas associé à une molécule d’adressage.
Selon l’invention, une molécule d'adressage est une molécule adressant l'oligonucléotide soit de façon passive vers une tumeur, comme par exemple du PEG, soit de façon active vers un type cellulaire particulier, comme par exemple les cellules endothéliales ou les cellules cancéreuses. Par exemple et de façon non exhaustive, une molécule d'adressage peut être, un aptamère, un anticorps, la transferrine, un peptide RGD, un ligand, ou un ribozyme, cette molécule d'adressage ciblant une molécule exprimée à la surface des cellules ciblées, comme par exemple un récepteur ou le PSMA (Prostate Spécifie Membrane Antigen).
De plus, ledit oligonucléotide peut être associé à une molécule d’adressage, qu’il soit associé à un agent de vectorisation ou qu’il ne soit pas associé à un agent de vectorisation.
Dans un aspect préféré, ledit oligonucléotide est associé à une molécule d’adressage et n’est pas associé à un agent de vectorisation.
Dans un aspect préféré, ledit oligonucléotide n’est pas associé à une molécule d’adressage et n’est pas associé à un agent de vectorisation.
Dans un deuxième aspect, l’invention concerne également un dispositif contenant un moyen d’administration systémique et continu d’une composition formulée pour un mode d’administration systémique continue comprenant au moins un oligonucléotide double brin ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm codant ou non codant dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle code ledit ARNm étant impliquée dans une pathologie, et la composition étant utilisée pour la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie.
Dans un aspect particulier, ledit moyen d’administration systémique est choisi parmi une pompe osmotique, une pompe-seringue, une pompe élastomérique, une pompe péristaltique, une pompe multi-canaux, une pompe contrôlée par le patient, une pompe « intelligente », ou une pompe « patch ». Il peut également être envisagé de mettre les oligonucléotides secs dans un dispositif qui une fois mis sous la peau capture l'eau des tissus, et libère le produit en solution.
Le dispositif peut être mécanique ou électronique. Il peut être porté à l’extérieur ou implanté chirurgicalement, par exemple sous la peau, ou dans le péritoine, ou en intramusculaire. De façon non exhaustive ces dispositifs utilisables en clinique humaine sont :
- des pompes osmotiques, composées d’un réservoir souple entouré d’un compartiment contenant un gel salin qui en s’hydratant compresse le réservoir interne en forçant l’expulsion du liquide. Ce mécanisme est utilisé dans les pompes Duros de la société Durect, et est similaire à celui des pompes Alzet qui sont uniquement autorisés pour une utilisation chez les animaux ;
- des seringues automatisées (par exemple : McKinley T34 ou T60, Bodyguard 323, AD syringe driver (Cardinal health), MS drivers (Smiths Medical)) ;
- des pompes en élastomère : le produit est contenu dans un réservoir compressible luimême contenu dans un ballon exerçant une pression contrôlée sur le réservoir interne et forçant l’expulsion du liquide (par exemple : Accufuser (WOO YOUNG Medical), Dosi-fuser (spirit medical), Exacta (Gamastech)) ;
- des pompes péristaltiques : une tubulure flexible est comprimée mécaniquement pour délivrer le contenu (par exemple : iPrecio, SP 100 (APT instruments)) ;
- des pompes multicanaux ou simple canal contrôlées par le patient : le produit peut être délivré depuis plusieurs contenants, à des débits différents. Ces pompes sont équipées d’un dispositif permettant l’aministration d’une dose sur demande du patient (par exemple : Accucheck, one touch ping (Animas), Accufuser) ;
- des pompes « patch » : le réservoir de produit adhère directement à la peau et contient un système intégré, sans tubulure, d’administration (par exemple : CeQurPaQ, Omnipod (Insulet), Finesse (Calibra), V-Go (Valeritas)) ;
- des pompes dites « intelligentes » équipées de dispositifs de sécurité qui modulent l’administration du produit en fonction de paramètres prédéfinis ou mesurés chez le patient (par exemple : miniMed 530G, paradigm Veo (medtronics), Vibe (Animas)) ;
- des pompes implantables (par exemple : Replenish minipump, Medtronic, Duros Durect, Infusaid, promedos). Ces pompes permettent de délivrer de faibles volumes du produit thérapeutique, à des débits précis ou de façon automatique à des intervalles de temps prédéfinis.
Dans un aspect particulier, ledit oligonucléotide administré par le dispositif susmentionné est associé à un agent de vectorisation et/ou est associé à une molécule d'adressage.
Dans un aspect particulier, ledit oligonucléotide administré par le dispositif susmentionné n’est pas associé à un agent de vectorisation et/ou n’est pas associé à une molécule d'adressage.
Dans un aspect particulier, ledit au moins un oligonucléotide qui est administré par ledit dispositif comprend ou est constitué par l’un des couples suivants : siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, siVEGF-1, siVEGFlb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b.
*Dans un troisième aspect, la présente invention repose également sur les résultats inattendus des Inventeurs selon lesquels l’administration d’oligonucléotides double brin, ciblant la Thrombospondine-1 ou le VEGF, par un mode d’administration systémique continue, en intracérébral ou en intrathécal, permet également d’adresser efficacement lesdits oligonucléotides double brin.
Ainsi, et dans ce troisième aspect, la présente invention concerne une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm codant ou non codant dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, la composition étant utilisée pour la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d’administration systémique continue, en intracérébral ou en intrathécal, ledit oligonucléotide comprenant ou étant constitué par au moins l’un des couples suivants : siVEGF-1, siVEGF-lb, siTSPl-1, siTSPllb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b.
Dans un aspect de l’invention, ladite composition pour son utilisation susmentionnée en continue et en intracérébral, est notamment utilisée pour la prévention et/ou le traitement d’un cancer du cerveau, notamment un glioblastome. Lorsque la pathologie est un cancer du cerveau, notamment un glioblastome, les couples d’oligonucléotides sont plus particulièrement choisis parmi : siVEGF-1, siVEGF-lb, siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b.
Dans un aspect particulier de l’invention, ladite composition pour son utilisation susmentionnée, est formulée pour un mode d’administration à une dose thérapeutiquement efficace en intracérébral ou intrathécal continue, en particulier à des doses de 0,01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour, notamment 0,01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier de l’invention, dans ladite composition pour son utilisation susmentionnée en intracérébral ou en intrathécal, ledit au moins un oligonucléotide est associé à un agent de vectorisation et/ou est associé à une molécule d'adressage.
Dans un aspect particulier de l’invention, dans ladite composition pour son utilisation susmentionnée en intracérébral ou en intrathécal, ledit oligonucloétide n’est pas associé à un agent de vectorisation et/ou n’est pas associé à une molécule d'adressage.
*Dans un quatrième aspect, la présente invention repose également sur les résultats inattendus des Inventeurs qui ont mis en évidence de nouveaux oligonucléotides double brin ciblant FoxP3.
Les oligonucléotides ciblant FoxP3 sont plus particulièrement utilisés pour cibler les cellules suppressives ou immunosuppressives dans tous les types de cancers, et en particulier les lymphocytes T suppresseurs également appelés lymphocytes T régulateurs. Les oligonucléotides ciblant FoxP3 sont aussi utilisés pour cibler des cellules cancéreuses exprimant ce facteur de transcription.
Dans un aspect particulier, la présente invention concerne également un oligonucléotide double brin inhibant la synthèse du facteur de transcription FoxP3, dans lequel ledit oligonucléotide comprend ou est constitué par l’un des couples suivants : siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2 ou siFoxP3-2b.
Dans un aspect particulier, la présente invention concerne également un oligonucléotide double brin inhibant la synthèse du facteur de transcription FoxP3, dans lequel ledit oligonucléotide comprend ou est constitué par l’un des couples suivants : siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2 ou siFoxP3-2b pour son utilisation comme médicament ou pour son utilisation pour la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3.
Dans un aspect particulier, la présente invention concerne également une composition pharmaceutique comprenant comme substance active un oligonucléotide double brin comprenant ou étant constitué par l’un des couples suivants : siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2 ou siFoxP3-2b, en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
Selon l’invention, ledit véhicule pharmaceutiquement acceptable peut être une solution ne contenant pas d’agent de vectorisation.
Dans un aspect particulier, dans ladite composition pharmaceutique susmentionnée, ledit oligonucléotide peut être en association avec un agent de vectorisation.
Dans un aspect particulier, dans ladite composition pharmaceutique susmentionnée, ledit oligonucléotide est associé à une molécule d'adressage.
Dans un aspect particulier, dans ladite composition pharmaceutique susmentionnée, ledit oligonucléotide n’est pas associé à une molécule d'adressage.
Dans un aspect particulier, l’invention concerne également une composition comprenant ou étant constitué par l’un des couples suivants : siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2 ou siFoxP3-2b, pour son utilisation comme médicament ou pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siTSPl-1 avec le couple siFoxP3-2.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siAR-1 avec le couple siFoxP3-2.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siVEGF-1 avec le couple siFoxP3-2.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-VEGF, avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl, avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siVEGF-1 avec le couple siTSPl-1, avec le couple siFoxP3-2.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 comprend un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-AR, avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-TSPl, avec un couple d'oligonucléotides appartenant à la famille définie dans le Tableau 5 des siRNAs-FoxP3, et en particulier le couple siAR-1 avec le couple siTSPl-1, avec le couple siFoxP3-2.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 est administrée par (ou formulée pour) un mode d’administration systémique, en continu ou en bolus, notamment un mode d’administration sous-cutané, intrapéritonéal, intraveineux, intramusculaire, intradermique, intranasal, intravaginal, intrarectal, sublingual, oral, intracérébral ou intrathécal.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 est administrée à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment à des doses de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, notamment 0,01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 est utilisée en association avec au moins un agent anti-angiogénique et/ou un agent antitumoral et/ou un agent immunothérapeutique.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3 est utilisée en association avec au moins un agent anti-angiogénique et/ou un agent antitumoral et/ou un agent immunothérapeutique, pour une utilisation simultanée, séparée ou étalée dans le temps.
L’expression « séparée ou étalée dans le temps » signifie également « successives ».
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3, ledit oligonucléotide présente des modifications chimiques.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3, ledit oligonucléotide est dépourvu de modification chimique.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3, ledit oligonucléotide est dépourvu de modification chimique et comporte deux désoxynucléotides débordant à l’extrémité 3’, notamment deux désoxythymidines.
Dans un aspect particulier, ladite composition pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d’une pathologie associée à l’expression du facteur de transcription FoxP3, ledit oligonucléotide est dépourvu de modification chimique et ne comporte pas deux désoxynucléotides débordant à l’extrémité 3’, notamment deux désoxythymidines.
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Tableau 1 : Exemples d’agents anti-angiogéniques (Drug name) pouvant être utilisés dans la présente invention
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Tableau 2 : Exemples d’agents immunothérapeutiques (Modality) pouvant être utilisés dans
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Tableau 3 : Exemples d’agents anti-tumoraux (Drug Name) pouvant être utilisés dans la présente invention
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Tableau 4 : Exemples d’agents anti-tumoraux (Drug Name) pouvant être utilisés dans la présente invention
Les séquences des siRNAs de la présente invention sont indiquées dans le Tableau 5 ci-dessous
NO: séquence Séquence 5'-3' brin siRNA espèce Famille
SEQIDNO:1 SEQ ID NO: 2 GACUCAGCUGCCCCAUCCA[dT][dTj UGGAUGGGGCAGCUGAGUC[dT][dT] siAR-1 Brin 1 siAR-1 Brin 2 siAR-1 h, r. so, si,c
SEQ ID NO: 3 SEQ ID NO: 4 GACUCAGCUGCCCCAUCCA UGGAUGGGGCAGCUGAGUC siAR-l Brin lb siAR-1 Brin 2b siAR-lb h, r. so, si,c
SEQ ID NO: 5 SEQ ID NO: 6 GACUCAGCUGCCCCAUCCACG[dT][dT] CGUGGAUGGGGCAGCUGAGUC[dT][dT] siAR-2 Brin 1 siAR-2 Brin 2 siAR-2 h, r. so, si,c
SEQ ID NO: 7 SEQ ID NO: 8 GACUCAGCUGCCCCAUCCACG CGUGGAUGGGGCAGCUGAGUC siAR-2 Brin lb siAR-2 Brin 2b siAR-2b h, r. so, si,c
SEQ ID NO: 9 SEQ ID NO: 10 UCCCCAAGCCCAUCGUAGA[dT][dT] UCUACGAUGGGCUUGGGGA[dT][dT] siAR-3 Brin 1 siAR-3 Brin 2 siAR-3 h siRNA-AR
SEQ ID NO: 11 SEQ ID NO: 12 UCCCCAAGCCCAUCGUAGA UCUACGAUGGGCUUGGGGA siAR-3 Brin lb siAR-3 Brin 2b siAR-3b h
SEQ ID NO: 13 SEQ ID NO: 14 GUAGUUGUGAGUAUCAUGA[dT][dT] UCAUGAUACUCACAACUAC[dT][dT] siAR-4Brin 1 siAR-4Brin2 siAR-4 h
SEQ ID NO: 15 SEQ ID NO: 16 GUAGUUGUGAGUAUCAUGA UCAUGAUACUCACAACUAC siAR-4Brin lb siAR-4Brin2b siAR-4b h
SEQ ID NO: 17 SEQ ID NO: 18 GCAUCAGUUCGCUUUUGAC[dT|[dT| GUCAAAAGCGAACUGAUGC[dT][dT] siAR-5 Brin 1 siAR-5 Brin2 siAR-5 h
NO: séquence Séquence 5'-3' brin siRNA espèce Famille
SEQ ID NO: 19 SEQ ID NO: 20 GCAUCAGUUCGCUUUUGAC GUCAAAAGCGAACUGAUGC siAR-5 Brin lb siAR-5 Brin 2b siÀR-5b h
SEQ ID NO: 21 SEQ ID NO: 22 AUGUGAAUGCAGACCAAAGAA[dT][dT] UUCUUUGGUCUGCAUUCACAU[dT][dT] siVEGF-1 Bnn 1 siVEGF-1 Bnn 2 siVEGF-1 h.r, so, si.c siRNA-VEGF
SEQ ID NO: 23 SEQ ID NO: 24 AUGUGAAUGCAGACCAAAGAA UUCUUUGGUCUGCAUUCACAU siVEGF-1 Bnn lb siVEGF-1 Bnn 2b siVEGF-lb h.r, so, si.c
SEQ ID NO: 25 SEQ ID NO: 26 CCUUGACAACAACGUGGUG[dT][dT] CACCACGUUGUUGUCAAGG[dT][dT] siTSPl-1 Bnn 1 siTSPl-1 Bnn 2 siTSPl-1 h.r, so, si.c
SEQ ID NO: 27 SEQIDNO:28 CCUUGACAACAACGUGGUG CACCACGUUGUUGUCAAGG siTSPl-1 Bnn lb siTSPl-1 Bnn 2b siTSPl-lb h.r, so, si.c
SEQ ID NO: 29 SEQ ID NO: 30 UACCCGAGACGAUUGUAUG[dT][dT] CAUACAAUCGUCUCGGGUA[dT][dT] siTSPl-2 Bnn 1 siTSPl-2 Brin 2 siTSPl-2 h siRNA-TSPl
SEQ ID NO: 31 SEQ ID NO: 32 UACCCGAGACGAUUGUAUG CAUACAAUCGUCUCGGGUA siTSPl-2 Brin lb siTSPl-2 Brin 2b siTSPl-2b h
SEQ ID NO: 33 SEQ ID NO: 34 GCCAGAACUCGGUUACCAU[dT|[dT| AUGGUAACCGAGUUCUGGC[dT][dT] siTSPl-3 Brin 1 siTSPl-3Bnn2 siTSPl-3 SO
SEQ ID NO: 35 SEQ ID NO: 36 GCCAGAACUCGGUUACCAU AUGGUAACCGAGUUCUGGC siTSPl-3 Bnn lb siTSPl-3 Brin2b siTSPl-3b so
NO: séquence Séquence 5'-3' brin siRNA espèce Famille
SEQIDNO:37 SEQIDNO:38 CCAACAAACAGGUGUGCAA[dT][dT] UUGCACACCUGUUUGUUGG[dT][dI] siTSPl-4 Brin 1 siTSPl-4Brin2 siTSPl-4 h
SEQIDNO:39 SEQIDNO:40 CCAACAAACAGGUGUGCAA UUGCACACCUGUUUGUUGG siTSPl-4 Brin lb siTSPl-4Brin2b siTSPMb h
SEQIDNO:41 SEQIDNO:42 GCAACUACCUGGGUCACUA[dT][dT] UAGUGACCCAGGUAGUUGC[dT][dT] siTSPl-5 Brin 1 siTSPl-5Brin2 siTSPl-5 so
SEQIDNO:43 SEQIDNO:44 GCAACUACCUGGGUCACUA UAGUGACCCAGGUAGUUGC siTSPl-5 Brin lb siTSPl-5 Brin 2b siTSPldb so
SEQIDNO:45 SEQIDNO:46 CACAACAUGGACUACUUCA[dT][dT] UGAAGUAGUCCAUGUUGUG[dT][dT| siFoxP3-l Bnn 1 siFoxP3-l Bnn 2 siFoxP3-l h, r. so, si,c
SEQIDNO:47 SEQIDNO:48 CACAACAUGGACUACUUCA UGAAGUAGUCCAUGUUGUG siFoxP3-l Bnn lb siFoxP3-l Bnn 2b siFoxP3-lb h, r. so, si,c siRNA-FoxP3
SEQIDNO:49 SEQIDNO:50 CAUGGACUACUUCAAGUUC[dT][dT] GAACUUGAAGUAGUCCAUG[dT][dT] siFoxP3-2 Bnn 1 siFoxP3-2 Brin 2 siFoxP3-2 h, r. so, si,c
SEQ1DNO:51 SEQIDNO:52 CAUGGACUACUUCAAGUUC GAACUUGAAGUAGUCCAUG siFoxP3-2 Brin lb siFoxP3-2 Brin 2b siFoxP3-2b h, r, so, si, c
Tableau5 : Les oligonucléotides de la présente invention.
Pour chacune des séquences numérotées de 1 à 52 (première colonne) :
- La seconde colonne indique la séquence dans l'orientation 5' vers 3'. La notation [dT][dT] est utilisée pour indiquer la présence de deux désoxythymidines débordantes.
- La troisième colonne indique la dénomination de l'oligonucléotide.
- La quatrième colonne indique le nom du siRNA constitué par l'association d'un oligonucléotide de type brin 1 (respectivement lb) ou d'un oligonucléotide dont la séquence présente au moins 80% d'identité avec cet oligonucléotide de type brin 1 et d'un oligonucléotide de type brin 2 (respectivement 2b) ou d'un oligonucléotide dont la séquence présente au moins 80% d'identité avec cet oligonucléotide de type brin 2 (respectivement 2b).
- La cinquième colonne indique si le siRNA constitué par l'association des deux oligonucléotides dont la séquence est à 100% identique à celle inscrite en colonne 2 s'hybride avec un ARNm humain (h), de rat (r), de souris (s), de singe (si) ou de chien (c).
- La sixième colonne indique la famille à laquelle appartient le siRNA.
Lorsque les siRNAs indiqués dans le Tableau 5 sont constitués de deux oligonucléotides simple brin dont la séquence est à 100% identique à celle inscrite dans le Tableau, ces siRNAs ont de plus les caractéristiques suivantes :
Le siRNA siAR-2 est décrit dans la demande PCT/FR2002/003843. La séquence cible (c’est-à-dire la séquence de l'ARNm à laquelle le brin guide de ce siRNA s'hybride) de ce siRNA est présente chez l'homme dans tous les ARNm codant pour le récepteur des androgènes, que ce récepteur soit sauvage, muté, ou qu'il présente des variations d'épissage conduisant à la délétion partielle ou totale du domaine de liaison des hormones (variant ARV7 par exemple). Le siRNA siAR-1 correspond au siAR-2 délété de 2 nucléotides à l’extrémité 3’.
La conservation de la séquence cible d'un siRNA entre l'homme et d'autres espèces animales est avantageuse car elle augmente fortement la probabilité que les résultats des études précliniques, notamment celles de toxicologie, soient prédictives des effets chez l'humain.
Les séquences cibles des siRNA siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b sur l'ARNm codant le récepteur des androgènes sont conservées chez de nombreuses espèces dont l'homme, le rat, la souris, le singe, le chien.
La sequence cible des siRNA siAR-3 et siAR-3b est située sur l'ARNm humain codant pour le récepteur des androgènes. Cette séquence cible n'est que partiellement conservée chez les autres espèces.
La sequence cible des siRNA siAR-4 et siAR-4b est située sur l'ARNm humain codant pour le variant V7 du récepteur des androgènes exprimé notamment dans les cancers de la prostate résistants à la castration. Cette séquence cible n'est que partiellement conservée chez les autres espèces.
Le siRNA AR-5 est décrit dans la demande PCT/FR2002/003843. La séquence cible de ce siRNA et du siRNA AR-5b est située sur l'ARNm humain codant pour le récepteur des androgènes présentant la mutation T877A fréquemment retrouvée dans les cancers de la prostate. Cette séquence cible n'est que partiellement conservée chez les autres espèces.
Le siRNA siVEGF-1 est décrit dans la demande de brevet PCT/FR2002/003843. La séquence cible des siRNA siVEGF-1, si VEGF-lb sur l'ARNm codant le VEGF est conservée chez de nombreuses espèces dont l'homme, le rat, la souris, le singe, le chien.
Les siRNAs siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2 et siTSPl-2b ont été décrits dans la demande PCT/EP2010/061156. La séquence cible des siRNA siTSPl-1, siTSPl-lb sur l'ARNm codant la Thrombospondine-1 est conservée chez de nombreuses espèces dont l'homme, le rat, la souris, le singe, le chien.
La séquence cible des siRNA siTSPl-2 et le siTSPl-2b sur l'ARNm humain codant la Thrombospondine-1 est partiellement conservée chez les autres espèces.
Les siRNAs siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b sont les siRNAs correspondant aux shRNAs mentionnés dans la demande de brevet US2011/0166199.
Les siRNAs SÎFOXP3-1, siFoxP3-lb, SÎFOXP3-2 et siFoxP3-2b sont nouveaux et sont décrits pour la première fois dans la présente demande de brevet. Les séquences cible de ces siRNAs sont situées sur l'ARNm humain codant le facteur de transcription FoxP3 et sont conservées chez de nombreuses espèces dont l'homme, le rat, la souris, le singe, le chien.
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L’invention sera mieux illustrée par les exemples et les figures suivantes. Les exemples ci-après visent à éclaircir l’objet de l’invention et illustrer des modes de réalisation avantageux, mais en aucun cas vise à restreindre la portée de l’invention.
Légende des figures :
Figure 1 : Représentation schématique de la méthode de quantification d’un siRNA par RTqPCR. Exemple de gamme de référence.
Figure 2 : Croissance des tumeurs 22RV1 traitées quotidiennement par un siRNA contrôle ou par siAR-1 à 0.12 mg/kg injectés par voie intraveineuse. Courbe grise : siRNA-Contrôle ; courbe noire : siAR-1
Figure 3 : Croissance des tumeurs C4-2 traitées quotidiennement par un siRNA contrôle ou par siAR-1 injecté par voie sous cutanée aux doses indiquées. Abscisse : temps de traitement en jours ; ordonnée : volume tumoral en mm3. Symboles blancs et courbe grise : traitement par le véhicule (NaCI 0.9%) ; Courbe en pointillés : siAR-1, 0.12 mg/kg ; courbe noire : siAR-1, 1 mg/kg.
Figure 4 : Inhibition de la croissance de tumeurs prostatiques humaines C4-2 xenogreffées sur des souris Nude âgées de 8 semaines et recevant une infusion sous-cutanée continue de solution saline ou de siAR-1 aux doses indiquées. . Abscisse : temps de traitement en jours ; ordonnée : volume tumoral en mm3. Symboles blancs et courbe grise : traitement par le véhicule (NaCI 0.9%) ; Symboles gris : siAR-1, 0. 2 mg/kg/jour ; courbe noire : siAR-1, 2 mg/kg/jour.
Figure 5 : Quantification de siTSPl-1 dans différents organes de souris ayant reçu une administration continue sous cutanée de ce siRNA pendant 2 semaines à la dose de 10 mg/kg/jour. Ordonnée : concentration tissulaire de siTSPl-1, enMoles/L.
Figure 6 : Quantification de siAR-1 dans différents organes de souris ayant reçu une administration continue sous cutanée de ce siRNA pendant un mois à la dose de 10 mg/kg/jour. Ordonnée : concentration tissulaire de siAR-1, en Moles/L.
Figure 7 : Quantification de siAR-1 dans différents organes de singes ayant reçu une administration continue sous cutanée de ce siRNA pendant un mois à la dose de 5 mg/kg/jour. Ordonnée : concentration tissulaire de siAR-1, en Moles/L.
Figure 8 : Quantification au cours du temps de siAR-1 dans le sérum de singes Cynomolgus ayant reçu une administration continue sous cutanée de différentes doses de siAR-1. Abscisse : temps en semaine ; Ordonnée : concentration tissulaire de siAR-1, en Moles/L. Courbe gris clair, dose de 0.05 mg/kg/jour ; Courbe gris foncé : dose de 0.5mg/kg/jour ; courbe noire : dose de 5 mg/kg/jour.
Figure 9 : Poids corporel et poids de différents organes de souris mâles traitées pendant 1 mois par infusion sous-cutanée continue de siAR-1 aux doses indiquées (en mg/kg/jour) barres blanches : véhicule (NaCI 0.9%) ; barres gris clair, 0.2 mg/kg/jour ; barres gris foncé : 2 mg/kg/jour ; barres noires 10 mg/kg/jour.
Figure 10 : Immunodétection du récepteur des androgènes dans la prostate de souris traités par siAR-1 par infusion sous cutanée continue pendant 1 mois. De gauche à droite les photos sont représentatives des prostates de souris traitées par le véhicule (NaCI 0.9%), ou siAR-1 aux doses de 0.2 mg/kg/jour, 2 mg/kg/jour, 10 mg/kg/jour.
Figure 11 : Immunodétection du récepteur des androgènes dans la prostate de rats traités par siAR-1 par infusion sous cutanée continue pendant 2 semaines aux doses indiquées. De gauche à droite les photos sont représentatives des protsates de rats traitées par le véhicule (NaCI 0.9%), ou siAR-1 aux doses de 0.1 mg/kg/jour ou 0.9 mg/kg/jour.
Figure 12 : Quantification du PSA dans le sérum de singes Cynomolgus avant traitement, ou après traitement pendant 1 mois par infusion sous cutanée continue de solution saline ou de SXL01 à la dose de 5 mg/kg/jour. Ordonnée : PSA sanguin en pg/ml. La limite de détection du test ELISA (LLOQ ou lower limit of quantification) est de 120 pg/ml. Les valeurs inférieures à cette valeur sont arbitrairement indiquées comme 119 pg/ml.
Figure 13 : Immunodétection de la TSP1 et des vaisseaux sanguins (marquage CD31) dans des tumeurs de glioblastome U87 implantées dans le cerveau de souris nude traitées pendant 15 jours par administration intracérébrale continue de siTSPl-1 (noté siRNA
TSP1) ou d'un siRNA contrôle.
Figure 14 : Inhibition de l'expression de FoxP3 par transfection dans les cellules prostatiques C4-2 par un siRNA contrôle (cont) ou siFoxP3-l ou siFoxP3-2. Ordonnée : quantité de l'ARNm FoxP3, normalisé par la quantité d'ARNm Cyclophiline A. Les valeurs sont rapportées à celle mesurée dans les cellules transfectées par un siRNA contrôle.
EXEMPLES
Exemple 1 : Matériel et Méthodes
1. Préparation des pompes osmotiques
Les siRNAs sont dilués en solution saline (PBS ou eau additionnée de 0.9% de NaCl) à la concentration nécessaire pour atteindre l’administration de la quantité désirée sur une période de 24h. Cette concentration est calculée en tenant compte du volume horaire délivré par la pompe, comme indiqué par le fabricant (Alzet) Le débit horaire des pompes, suivant leur volume et la durée de délivrance du produit varie de 0.1 à ΙΟμΙ/heure. La pompe est remplie stérilement et implantée sous la peau des animaux traités (souris, rats, singes). Les pompes sont maintenues en place de quelques jours et jusqu'à 4 semaines suivant le modèle de pompe utilisé. Chez les singes, une à 4 pompes ont été implantées sous la peau en fonction de la dose totale à délivrer.
Une étude préalable a montré que des solutions stériles de siRNAs en solution saline sont stables pendant au moins 4 semaines à 37°C.
2. Quantification de siRNAs par une méthode de RT-PCR quantitative modifiée
Pour quantifier les siRNAs dans les échantillons biologiques, les inventeurs ont développé une méthode de réverse transcription suivie d’une PCR quantitative (RT-qPCR). Pour chaque siRNA, une amorce tige-boucle présentant 8 nucléotides débordants est synthétisée, les 8 nucléotides étant complémentaires des 8 nucléotides de l’extrémité 3’ du brin guide (antisens) du siRNA. Après une étape de reverse transcription, le produit obtenu est amplifié par PCR à l’aide de deux amorces, l’une s’hybridant avec la région correspondant à la boucle de l’amorce de reverse transcription. Les 12 nucléotides en 3’ de la seconde amorce ayant une séquence ADN correspondant aux 12 nucléotides de l’extrémité 5’ du cDNA nouvellement synthétisé après reverse transcription du brin guide du siRNA. La détection de l’amplification est réalisée de façon continue par la dégradation d’une sonde fluorescente Taqman ou par incorporation de SybrGreen.
Une gamme de siRNA double brins, de 103 à 109 copies dans la réaction de RT, diluées dans de l’eau est réalisée et traitée en même temps que les échantillons par RT-qPCR. La Figure 1 représente schématiquement la méthode de RT-qPCR et un exemple de gamme montrant la relation entre le nombre de copies présentes dans la réaction et le CT (cycle threshold ou seuil d’amplification) obtenu.
Les échantillons biologiques dans lesquels les siRNAs sont quantifiés sont de différentes origines :
Des ARN totaux extraits à partir de fragments de tissus de poids connu supposés contenir le siRNA. Ces ARN sont extraits par des méthodes conventionnelles telles que par la méthode au phénol-chloroforme (extraction au trizol). Après extraction, ils sont dilués dans de l’eau ;
Du sérum. Dans ce cas, un volume connu de sérum est dilué dans de l’eau contenant un inhibiteur de RNAse au 1/100° ou davantage dilué si la concentration de siRNA est très élevée.
Les valeurs des CT obtenus pour chaque échantillon sont comparées à celles obtenues pour la gamme. Ceci permet de calculer le nombre de copies de siRNA présent dans l’échantillon dosé. Les valeurs sont alors rapportées d’abord à la quantité d’ARN total réverse transcrit, puis au poids de tissu dont les ARN ont été extraits, et les résultats finaux sont exprimés en moles/L (M) en considérant que la densité de tous les tissus est de lg/cm3. Les valeurs mesurées dans le sérum sont rapportées au volume de sérum utilisé dans la réaction et exprimés en M.
3. Lignées cellulaires
Les lignées cellulaires utilisées dans les exemples sont des lignées cellulaires issues de tumeurs de prostate chez l’homme :
LNCaP : lignée androgéno-dépendante ;
C4-2 et 22RV1 : lignées cellulaires de cancer de la prostate résistantes à la castration. Ces cellules, et en particulier les 22RV1, expriment des variants d'épissage du récepteur des androgènes, notamment dépourvus du domaine de liaison de l'hormone et transcriptionnellement actifs en absence d'hormone.
4. Greffe de cellules tumorales chez les souris
Les tumeurs sont obtenues par injection sous cutanée dans le flanc de cellules tumorales. Seuls les animaux sur lesquels la prise tumorale est constatée sont inclus dans l’étude et randomisés pour recevoir le traitement ou le traitement contrôle. Les injections de siRNAs en bolus par voie intraveineuse (IV) sont effectuées quotidiennement, celles par voie sous cutanée (SC) sont effectuées 5 jours par semaine. Tous les siRNAs sont dilués dans du PBS ou dans de l’eau pour injection additionnée de 0.9% de NaCl. Lorsqu’elles sont utilisées, les pompes osmotiques (par exemple pompes Alzet) sont implantées en sous cutané sur le dos des souris, du côté opposé à la tumeur.
Le volume des tumeurs est estimé en mesurant à l’aide d’un pied à coulisse le plus grand (D) et le plus petit (d) diamètre des tumeurs. Le volume est calculé par la formule V= Dxdxdx0.5.
En fin d’expérience, les animaux sont sacrifiés, différents tissus sont disséqués, les ARN extraits et les siRNAs présents dans ces ARN sont quantifiés.
Tous les protocoles expérimentaux utilisés ont été validés par les comités d’éthique et autorités réglementaires françaises. Ils sont mis en œuvre de façon à limiter le nombre d’animaux utilisés et à éviter toute souffrance inutile.
5. siRNAs utilisés
Les siRNAs utilises dans les exemples sont ceux du Tableau 5.
Lorsqu'un indiqué, un siRNA contrôle (sans ARNm cible) a été utilisé. La séquence de ce siRNA est :
SEQ ID NO 55 : 5'UAGCAAUGACGAAUGCGUA[dT][dT]
SEQ IDNO 56 : 5'UACGCAUUCGUCAUUGCUA[dT][dT]
Exemple 2 : Absence d’inhibition de la croissance tumorale par des siRNAs injectés par voie intraveineuse en bolus.
Des souris nude mâles de 9 semaines ont été xénogreffées en sous cutané sur le flanc avec 4.5xl06 cellules 22RV1. Après randomisation, les souris ont reçu une injection intraveineuse quotidienne de siRNA contrôle ou de siAR-1 à la dose de 0.12 mg/kg jusqu'au jour du sacrifice des souris. Les résultats sont présentés dans la Figure 2.
Il n’y a pas d’inhibition de la croissance tumorale dans le groupe ayant reçu siAR-1 par rapport au groupe contrôle.
Exemple 3 : absence d'inhibition de la croissance tumorale par des siRNAs injectés par voie sous cutanée en bolus
Des souris nude mâles de 9 semaines ont été xénogreffées en sous cutané sur le flanc avec lxlO6 cellules C4-2. Après randomisation, les souris ont reçu une injection intraveineuse quotidienne de siRNA contrôle ou de siAR-1 à la dose de 0.12 mg/kg jusqu'au jour du sacrifice des souris. Les résultats sont présentés dans la Figure 3.
Il n’y a pas d’inhibition de la croissance tumorale dans le groupe ayant reçu siAR-1 par rapport au groupe contrôle.
Exemple 4 : Inhibition de la croissance tumorale par des siRNAs administrés par voie sous cutanée continue.
Des souris males nude âgées de 8 semaines ont été implantées en sous-cutané avec des cellules C4-2. Les souris développant des tumeurs ont été randomisées lorsque les tumeurs atteignaient 200mm3. Des pompes osmotiques contenant le véhicule (NaCI 0.9%) ou le siRNA siAR-1 (noté SXL01) dilué dans ce véhicule de façon à délivrer une quantité de 0.02, 0.2 ou 2 mg/kg/jour de siAR-1 ont alors été implantées en sous-cutané sur le flanc opposé à celui de la tumeur. La croissance tumorale a été mesurée en fonction du temps.
Les résultats sont présentés à la Figure 4. Une inhibition statistiquement significative (p<0.01) de la croissance des tumeurs C4-2 est observée par rapport au groupe contrôle (véhicule) lorsque les animaux sont traités par les doses de 0.2 ou de 2 mg/kg/jour.
Exemple 5 : Une administration sous-cutanée continue permet la pénétration des siRNAs dans les tissus
1. Administration continue de siTSPl-1 à des souris
Des pompes osmotiques ont été implantées en sous-cutané chez des souris CD1 âgées de 8 semaines. Les pompes ont été remplies avec une solution de siRNA siTSPl-1 dont la concentration a été ajustée de façon à délivrer 10 mg/kg/jour. Après 2 semaines, les souris ont été sacrifiées, les organes disséqués et siTSPl-1 quantifié dans les ARN extraits de ces organes.
Les résultats sont présentés à la Figure 5. Il est constaté que le siRNA siTSPl-1 se distribue dans différents organes.
2. Administration sous-cutanée continue de siAR-1 à des souris
Des souris mâles âgées de 9 semaines ont reçu pendant 1 mois une infusion sous-cutanée continue de siAR-1 dilué en solution saline (NaCI 0.9%) à la dose de 10 mg/kg/jour, à l’aide d’une pompe osmotique implantée en sous-cutané. Les animaux ont été sacrifiés et siAR-1 quantifié dans différents organes.
Les résultats sont présentés à la Figure 6. Il est constaté que le siRNA siAR-1 se distribue dans différents organes.
3. Administration continue de siAR-1 à des singes Cynomolgus
Des singes mâles adultes ont reçu pendant 4 semaines une injection sous-cutanée continue de siAR-1 à la dose de 5 mg/kg/jour, dilué en solution saline (0.9%) à l’aide d’une pompe osmotique. Les animaux ont été sacrifiés et siAR-1 quantifié dans différents organes.
Les résultats sont présentés à la Figure 7. Il est constaté que le siRNA siAR-1 se distribue dans les différents organes analysés.
Exemple 6 : L’administration sous-cutanée continue maintient constant et de façon dépendante de la dose le niveau de siRNA dans le sérum sans accumulation du siRNA.
Des singes cynomolgus ont été traités pendant 4 semaines par infusion sous cutanée continue de siAR-1 à 0.05, 0.5 ou 5 mg/kg dilué en solution saline, à l’aide de pompes osmotiques. Après 4 semaines de traitement, les pompes ont été enlevées chez deux animaux du groupe dosé à 5mg/kg. Un prélèvement sanguin a été effectué avant l’initiation du traitement puis après 1, 2 3 ou 4 semaines de traitement et après 2 semaines supplémentaires sans traitement pour deux animaux.
Les résultats sont présentés à la Figure 8. On constate que la quantité sérique de siAR-1 augmente avec la dose administrée, qu'elle se maintient constante pendant la durée du traitement et que le siRNA est éliminé après arrêt du traitement.
Exemple 7 : Une administration continue de siRNA par voie sous-cutanée produit un effet biologique sur les organes et les tumeurs cibles.
1. Diminution du poids des organes dépendants des androgènes chez des souris mâles
Des souris mâles âgées de 9 semaines ont reçu pendant 1 mois une injection sous cutanée continue de solution saline ou de siAR-1 dilué en solution saline (NaCI 0.9%) à la dose de 0.2, 2 ou 10 mg/kg/jour à l’aide d’une pompe osmotique implantée en sous cutané. Les animaux ont été sacrifiés et les organes pesés et comparés à ceux du groupe contrôle ayant reçu une solution saline sans siRNA.
Les résultats sont présentés à la Figure 9. On observe qu'il n'y a aucune variation du poids des animaux ni du poids des organes non dépendant des androgènes (foie, rein, cœur), qu'il y a une tendance à la diminution du poids des organes exprimant le récepteur des androgènes (epididyme) et une diminution significative du poids de la prostate.
2. Inhibition de l’expression du récepteur des androgènes dans la prostate
Des souris mâles âgées de 9 semaines ont reçu pendant 1 mois une infusion sous-cutanée continue de siAR-1 dilué en solution saline (NaCI 0.9%) aux doses indiquées, à l’aide d’une pompe osmotique implantée en sous-cutané. Le récepteur des androgènes a été détecté par immunomarquage dans la prostate des animaux traités. Les résultats sont présentés à la Figure 10. On observe une forte diminution de l'expression du récepteur des androgènes dès la plus faible dose testée par comparaison avec le groupe contrôle.
Des rats mâles ont reçu pendant 15 jours une infusion sous-cutanée continue de siAR-1 dilué en solution saline (NaCI 0.9%) aux doses indiquées, à l’aide d’une pompe osmotique implantée en sous-cutané. Le récepteur des androgènes a été détecté par immunomarquage dans la prostate des animaux traités. Les résultats sont présentés à la Figure 11. On observe une forte diminution de l'expression du récepteur des androgènes dès la plus faible dose testée par comparaison avec le groupe contrôle.
3. Inhibition de la production de PSA par des singes Cynomolgus
Des singes cynomolgus ont été traités pendant 4 semaines par infusion sous cutanée continue de solution saline ou de siAR-1 à 5 mg/kg dilué en solution saline, à l’aide de pompes osmotiques. Le PSA sanguin, qui est un marqueur de l’activité du récepteur des androgènes, ciblé par siAR-1, a été dosé par un Test ELISA spécifique du PSA de singe avant le début du traitement puis à la 4° semaine. Les résultats sont présentés à la Figure 12. On observe une très forte diminution du PSA chez les animaux traités par siAR-1, ce qui montre l’activité de ce siRNA sur l’organe cible.
Exemple 8 : Inhibition de l'expression de la TSP1 par administration intracérébrale continue 5 de siRNA.
Des souris nude femelles ont été greffées en orthotopique avec des cellules de glioblastome U87. Les animaux ont été implantés avec une pompe osmotique placée en sous cutané dans le dos, la sortie de la pompe étant reliée à un cathéther délivrant dans le cerveau (administration intracérébrale) un siRNA contrôle ou le siRNA siTSPl-1 contenu de la pompe, à raison de
2mg/kg de poids de cerveau/jour. Après 8 jours, les souris ont été sacrifiées, et l'expression de la TSP1 détectée par immunofluorescence sur coupes des cerveaux. Les résultats sont présentés dans la Figure 13.
On observe une forte diminution de l'expression de la TSP1 chez les animaux traités par rapport aux contrôles. La TSP1 est une protéine qui inhibe la formation des vaisseaux sanguins (angiogenèse). On observe chez les animaux traités une augmentation de la densité des vaisseaux sanguins détectés sur une coupe adjacente par immunomarquage de l'antigène CD31.
Exemple 9 : Inhibition de l'expression du facteur de transcription FoxP3 dans les cellules C420 2.
Des cellules C4-2 ont été transfectées par un siRNA contrôle ou par les siRNA siFoxP3-l ou siFoxP3-2. 48h après transfection, les cellules ont été lysées, les ARN extraits et l'expression de FoxP3 mesurée par RT-qPCR. Les valeurs sont normalisées par l'expression de l'ARN codant pour la cyclophiline-A (méthode delta delta CT). Les résultats sont présentés dans la
Figure 14 qui montre que les deux siRNAs FoxP3-l et FoxP3-2 inhibent l'expression de FoxP3.

Claims (10)

  1. REVENDICATIONS
    1. Composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit oligonucléotide s'hybridant avec un ARNm, notamment un ARNm codant la Thrombospondine-1 (TSP1), le facteur de transcription FoxP3, le Vascular Endothélial Growth Factor A (VEGF) ou le récepteur des androgènes (AR), dont il induit la dégradation ou dont il inhibe la traduction, l'expression dudit ARNm ou de la protéine pour laquelle il code étant impliquée dans une pathologie, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de ladite pathologie, ladite composition étant formulée pour un mode d’administration systémique continu.
  2. 2. Composition pour son utilisation selon la revendication précédente, dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide comprend ou est constitué par l’un des couples suivants : siTSPl1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b, siVEGF-1, siVEGF-lb, siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR-2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, tels qu’indiqués dans le Tableau 6.
  3. 3. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ledit mode d’administration systémique est choisi parmi le groupe comprenant ou étant constitué du mode d’administration sous-cutanée, intrapéritonéale, intraveineuse, intramusculaire, intradermique, intranasale, intravaginale, intrarectale, sublinguale, orale, et est notamment un mode d’administration systémique continue et souscutanée.
  4. 4. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite pathologie est une tumeur primaire, une tumeur métastatique, ou une pathologie associée à la présence de cellules suppressives ou immunosuppressives, et est notamment un cancer de l’anus, de l’appendice, de la bouche, des bronches et/ou des voies aériennes supérieures, du canal biliaire, de la cavité nasale et paranasale, du cerveau, du cœur, du col de l’utérus, du colon, du corps de l’utérus, de l’estomac, du foie, des glandes salivaires, de la gorge, de la langue, des lèvres, du nasopharynx, de l’œsophage, des os, de l’ovaire, du pancréas, de la parathyroïde, du pénis, de la plèvre, du poumon, de la prostate androgénoindépendant, du rectum, du rein, du sein, des surrénales, des testicules, de la tête et du cou, du thymus, de la thyroïde, de l’urètre, du vagin, de la vésicule biliaire, de la vessie, de la vulve, un cancer gastro-intestinal, un lymphome, un mélanome ou un cancer de la peau hors mélanome, un myélome, un sarcome, une leucémie, un mésothéliome, un cholangiocarcinome, un ostéosarcome, un glioblastome, un astrocytome, un oligodendrogliome, un chondrosarcome, un liposarcome, un rhabdomyosarcome, ou un phéochromocytome, ou les métastases de ces cancers se développant dans d’autres organes, et est notamment le cancer de la prostate.
  5. 5. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite composition est formulée pour un mode d’administration à une dose thérapeutiquement efficace, et notamment de 0.005 mg/kg/jour à 30 mg/kg/jour, notamment 0,01 mg/kg/jour à 10 mg/kg/jour et plus particulièrement de 0.01 mg/kg/jour à 2 mg/kg/jour.
  6. 6. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide est dépourvu de modifications chimiques ou présente des modifications chimiques, et notamment dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide comporte deux désoxynucléotides débordants à l’extrémité 3’, notamment deux désoxythymidines.
  7. 7. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ledit oligonucléotide est utilisé en association avec au moins un agent anti-angiogénique et/ou un agent anti-tumoral et/ou un agent immunothérapeutique.
  8. 8. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide est dans une solution contenant un agent de vectorisation ou ne contenant pas d’agent de vectorisation.
  9. 9. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ledit au moins un oligonucléotide est dans une solution, et est associé ou non à une molécule d’adressage.
  10. 10. Dispositif contenant un moyen d’administration systémique continue d’une composition comprenant au moins un oligonucléotide double brin, ledit au moins un oligonucléotide comprend ou est constitué par l’un des couples suivants : siTSPl-1, siTSPl-lb, siTSPl-2, siTSPl-2b, siTSPl-3, siTSPl-3b, siTSPl-4, siTSPl-4b, siTSPl-5, siTSPl-5b, siFoxP3-l, siFoxP3-lb, siFoxP3-2, siFoxP3-2b, siVEGF-1, siVEGF-lb, siAR-1, siAR-lb, siAR-2, siAR2b, siAR-3, siAR-3b, siAR-4, siAR4b, siAR-5, siAR-5b, tels qu’indiqués dans le Tableau 6.
    1/7
    Première étape : transcription inverse siRNA guide
    1111111 il 1111 i 11
    Deuxième étape : PCR Détection Taqman
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