ES3038078T3 - Histone acetylation writer inhibitor development and uses thereof - Google Patents
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Abstract
Se describen compuestos bifuncionales (degradadores) que degradan HAT EP300. También se describen composiciones farmacéuticas que contienen estos degradadores y métodos para su uso en el tratamiento de enfermedades. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)
Description
DESCRIPCIÓN
Desarrollo de inhibidor de escritor de acetilación de histonas y usos del mismo
Antecedentes de la invención
El neuroblastoma de alto riesgo (NB) es un tumor pediátrico del sistema nervioso simpático periférico derivado de las células primitivas de la cresta neural, y que tiene una baja tasa de supervivencia. Estos tumores neuroendocrinos se caracterizan por alta expresión de miembros de la familiaMYConcogénicos. (Matthay et al., Nat. Rev. Dis. Primers 2:16078 (2016); Zimmerman et al., Cancer Discov. 8(3):320-35 (2018)). MYCN es un miembro integral de un bucle autorregulador de alimentación directa positivo de factores de transcripción (TF) que establece el destino celular en NB amplificado porMYCN.Este grupo de TF se denomina circuito regulador central (CRC), y cada miembro se regula por un gen super-intensificador (SE) que se requiere críticamente para la viabilidad de NB. Un mecanismo por el cual los oncogenes de la familia MYC impulsan el crecimiento tumoral es al invadir los intensificadores génicos y al reclutar maquinaria transcripcional y epigenética (Zeid et al., Nat. Genet.
50(4):515-23 (2018)). Se ha mostrado que la inhibición farmacológica combinada de la iniciación y elongación transcripcional mediada por SE altera rápidamente el NB CRCin vitroein vivo,dando por resultado colapso transcripcional y apoptosis (Durbin et al., Nat. Genet. 50(9):1240-60 (2018)). Puesto que la inhibición transcripcional ha sido insuficiente para impulsar la regresión tumoralin vivo(Morton et al., Mol. Oncol. 7(2):248-58 (2013)), se necesita un enfoque alternativo.
EP300, o histona acetiltransferasa (HAT) p300, se identificó recientemente como un componente necesario en la supervivencia de células NB (Durbin et al., Nat. Genet. 50(9):1240-60 (2018)). Al igual que su proteína de unión a elemento de respuesta a cAMP parálogo(CREB) (CBP, Cr Eb BP),EP300 cataliza la marca H3K27ac habitual de los elementos Se (Dancy et al., Chem. Rev. 115(6):2419-52 (2015)). Numerosos tipos de tumores muestran dependencia de EP300 y no de CBP, lo que sugiere que este descubrimiento puede ser una propiedad generalizable de distintos subconjuntos de cáncer humano. Otros cánceres dependientes de EP300 y dependientes de la familia MYC incluyen leucemia mieloide aguda (AML), mieloma múltiple (MM), melanoma, rabdomiosarcoma y linfoma difuso de células B grandes. Un inhibidor de EP300 recientemente reportado mostró inhibición altamente selectiva de EP300/CBPin vitroein vivo(Lasko et al., Nature 550:128-132 (2017); Michaelides, et al., ACS Med. Chem. Lett. 9:28-33 (2018)). Sin embargo, esa molécula no mostró selectividad entre EP300 y CBP.
Sumario de la invención
Un primer aspecto de la presente invención se refiere a un compuesto bifuncional que tiene una estructura representada por la fórmula I:
o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo,
en donde el ligando de direccionamiento a histona acetiltransferasa (HAT) tiene una estructura representada por cualquiera de las estructuras TL-1 y TL-1a a TL-1f:
en donde A es CH<2>, NH o O;
B es CH<2>o CO; y R es H, halo, CN, CF<3>, alquilo o alcoxi,
en donde
Ri es un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,
en donde
Q es CH<2>, O, N, CO, C(O)O, C(O)N, CH<2>N, CH<2>C(O), CH<2>C(O)O, CH<2>C(O)N, o CH<2>CH<2>N, y R<2>es
un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,
en donde el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L10 - L26:
(L10), en donde X es CH2, NH, NMe u O, y n es un número entero de 0 a 11,
y
en donde el degrón se une a cereblon (CRBRN) y se representa por la estructura D1:
en donde Y es CH2 o CO; y Z es NH, O u OCH2CO y el garabato
representa el punto de unión para el ligador y la porción de direccionamiento EP300, o en donde el degrón se une al supresor tumoral von Hippel Landau (<v>H<l>) y se representa por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:
en donde Y' es un enlace, N, O o C;
en donde Z es un grupo carbocíclico de C5-C6 o un heterocíclico de C5-C6; y
De acuerdo con el primer aspecto, un compuesto bifuncional se puede representar por la fórmula I:
en donde el ligando de direccionamiento representa una porción que se une a histona acetiltransferasa (HAT) p300 (también referida en la presente como EP300), el degrón representa una porción que se une a una ubiquitina ligasa E3, y el ligador representa una porción que conecta covalentemente el degrón y el ligando de direccionamiento, o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 es A-485 o un análogo del mismo como se define en la presente.
Un segundo aspecto de la presente invención se refiere a un compuesto bifuncional que tiene una estructura representada por la fórmula I:
o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo,
en donde el ligando de direccionamiento tiene una estructura representada por cualquiera de las estructuras TL-1 y TL-1a a TL-1f:
en donde A es CH<2>, NH o O;
B es CH<2>o CO; y R es H, halo, CN, CF<3>, alquilo o alcoxi,
en donde
R1 es un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,
en donde
Q es CH<2>, O, N, CO, C(O)O, C(O)N, CH<2>N, CH<2>C(O), CH<2>C(O)O, CH<2>C(O)N, o CH<2>CH<2>N, y R<2>es
un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,
(TL-1f), y el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L10, L13, L16 y L18-L26:
(L10), en donde X es CH2, NH, NMe u O, y n es un número entero de 0 a 11,
opcionalmente en donde el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L11, L12, L14, L15 y L17:
De acuerdo con el primer aspecto, un compuesto bifuncional se puede representar por la fórmula I en donde el ligando de direccionamiento representa una porción que se une a histona acetiltransferasa p300 (también referida en la presente como EP300), el ligador representa una porción que conecta covalentemente biotina y el ligando de direccionamiento.
Un tercer aspecto de la presente invención se refiere a una composición farmacéutica que incluye una cantidad terapéuticamente efectiva del compuesto biespecífico o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable de cualquiera del primer aspecto o el segundo aspecto, y un portador farmacéuticamente aceptable.
Un aspecto adicional de la presente invención se refiere a métodos para elaborar compuestos biespecíficos de la fórmula (I) o (II) o sales o estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos.
Los aspectos adicionales de la presente invención se refieren a métodos para tratar enfermedades o trastornos que implican actividad de EP300 disfuncional o desregulada, que implican la administración de una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto biespecífico de la fórmula (I) o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo, a un sujeto en necesidad de lo mismo.
En algunas realizaciones, la enfermedad o trastorno es neuroblastoma de alto riesgo (NB).
En algunas realizaciones, la enfermedad o trastorno es leucemia mieloide aguda (AML), mieloma múltiple (MM) o linfoma difuso de células B grandes. En otras realizaciones, la enfermedad o trastorno es un tumor sólido. En otras realizaciones, la enfermedad o trastorno es melanoma, rabdomiosarcoma, cáncer de colon, cáncer de recto, cáncer de estómago, cáncer de mama o cáncer de páncreas.
Sin pretender estar limitado por ninguna teoría de operación particular, se cree que los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) de la presente invención provocan degradación de EP300 por reclutamiento del sistema de ubiquitina/proteasoma de las células, cuya función es identificar de forma rutinaria y remover las proteínas dañadas, en estrecha con p300 como resultado de la unión entre p300 y el ligando de direccionamiento. Después de la destrucción de una molécula de EP300, el degradador se libera y continúa activo. Por lo tanto, al involucrar y explotar el propio sistema de eliminación de proteínas naturales del cuerpo, los compuestos bifuncionales de la presente invención pueden representar una mejora potencial sobre los inhibidores de moléculas pequeñas actuales de EP300. Por lo tanto, las concentraciones intracelulares efectivas de los degradadores pueden ser significativamente más bajas que para los inhibidores de EP300 de molécula pequeña. Colectivamente, los presentes compuestos bifuncionales pueden representar un avance sobre los inhibidores de EP300 conocidos y pueden superar una o más limitaciones con respecto a su uso, y también pueden ser selectivos en el direccionamiento de EP300 pero no de CBP
Los aspectos adicionales de la presente invención se refieren a métodos que usan el compuesto bifuncional de la fórmula (II) como una sonda para la proteína EP300, que comprenden poner en contacto células lisadas sospechosas de contener EP300 con el compuesto de la fórmula (II) y estreptavidina inmovilizada en un portador (por ejemplo, perlas); aislar complejos formados por la unión de molécula y proteína a través de la unión de biotinaestreptavidina; y confirmar la presencia de EP300 en el complejo aislado. La confirmación se puede lograr por técnicas estándar en la técnica tal como inmunotransferencia.
Breve descripción de los dibujos
La figura 1A es una gráfica que muestra la baja tasa de supervivencia en pacientes con neuroblastoma de alto riesgo (NB) incluso con tratamiento intensivo.
La figura 1B es una gráfica que muestra una correlación entre NB amplificado por MYCN y alta mortalidad. La figura 2A es una imagen que muestra EP300 y proteína de unión a elemento de respuesta a cAMP (CREB)-proteína de unión (CBP) como proteínas de múltiples dominios.
La figura 2B es una gráfica que muestra los efectos de los inhibidores de EP300/CBP C646, CBP30 y A485 en células Kelly NB en ensayos de formación de colonias de 7 días. También se muestran las estructuras de los inhibidores y valores de IC<50>.
La figura 2C es una gráfica que muestra los efectos del inhibidor A485 en cinco líneas de células NB en ensayos de formación de colonias. También se muestran los valores de IC<50>.
La figura 2D es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células Kelly NB que se trataron con dosis crecientes de A485 en el ensayo de crecimiento CellTiter-Glo<®>.
La figura 2E es una gráfica que muestra la inducción de apoptosis en células Kelly NB que se trataron con dosis crecientes de A485 en el ensayo de crecimiento CellTiter-Glo<®>.
La figura 3A es una gráfica que muestra un ensayo de formación de colonias de células Kelly NB editadas genéticamente para carecer de EP300 o CBP. Los resultados confirman que las células NB no requieren CBP pero sí requieren EP300 para crecimiento celular. Ch2.2 es un ARNsg de control que se dirige a un desierto génico. La figura 3B es una inmunotransferencia que muestra una edición CRISPR específica exitosa de EP300 y CBP La figura 4A es un esquema de los principios de diseño de degradador P300 basados en CRBN.
La figura 4B es una imagen que muestra el ensayo AlphaLISA<®>para el dominio HAT de EP300 para evaluar la inhibición de función catalítica del degradador.
La figura 4C es una imagen que muestra el ensayo AlphaScreen<®>tanto para bromodominio EP300 como para CRBN.
La figura 4D es una imagen que muestra el diseño guiado por estructura de degradador de EP300 basado en inhibidor de bromodominio EP300/CBP e inhibidor EP300 al enlazar IMiD a los diferentes sitios de modificación con diferentes ligadores.
La figura 4E es una gráfica que muestra la evaluación del compuesto de degradador de la invención (CPD) 1 y CPD 2 (compuesto de control negativo) en un ensayo CRBN AlphaScreen<®>.
La figura 4F es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y nivel de H3K27Ac después de tratar células Kelly NB con CPD 1, CPD 2 y A485 a diferentes dosis a 24 horas.
La figura 4G es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y CBP junto con niveles de PARP1, cPARPI, Caspasa-4 y cCaspasa-3 después del tratamiento de células Kelly<n>B con CPD 1 a 1 pM dentro de 0, 8, 12, 14 y 16 horas. Los resultados confirmaron la degradación selectiva de EP300 por CPD 1.
La figura 4H es una gráfica que muestra el crecimiento celular relativo después del tratamiento de líneas de células Kelly con CPD 1 por CellTiter-Glo<®>.
La figura 5A es una imagen que muestra el plan de química médica para desarrollar una biblioteca de compuestos de degradador de EP300 enfocada.
La figura 5B es una imagen del modelo de acoplamiento computacional del compuesto de la invención CPD 1 con EP300 y CRBN.
La figura 5C es una gráfica que muestra una ilustración esquemática del ensayo de dimerización para valorar la dimerización de EP300 y CRB<n>inducida por degradador.
La figura 6A es una gráfica que muestra el perfil de tiempo de CPD 1 después de una dosis de inyección intraperitoneal (IP) a 10 mg/kg (n=3) en ratones CD1 machos. La concentración de compuesto en sangre animal se midió por LCMS/MS a través de una serie de sangrado en diferentes puntos de tiempo. Los datos muestran Cmáx de compuesto 5 pM en sangre y semivida (13 horas). La semivida de A-485 es 0,7 h en ratones.
La figura 6B es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento tumoral en un modelo de pez cebra NB a CPD 1 0,25 pM y 0,5 pM. No se observó toxicidad tanto en el estudio de PK como de pez cebra.
La figura 7A es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células MM.1S después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-4850-10 pM por un ensayo de kit de conteo de células de 4 días (CCK).
La figura 7B es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células U266 después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-4850-10 pM por un ensayo de kit de conteo de células de 4 días (Cc K).
La figura 7C es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células RPMI8226 después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-4850-10 pM por un ensayo de kit de conteo de células de 4 días (C<c>K).
La figura 8A es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células MM.1S después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-485 0-10 pM por un ensayo de bromuro de 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolio (MTT) de 6 días.
La figura 8B es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células U266 después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-4850-10 pM por un ensayo de MTT de 6 días.
La figura 8C es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células RPMI8226 después del tratamiento con CPD 1, CPD 2 y A-4850-10 pM por un ensayo de MTT de 6 días.
La figura 9A es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y nivel de H3K27Ac después de tratar células Kelly NB con CPD 1, CPD 2 y A485 a diferentes dosis a 24 horas.
La figura 9B es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y niveles de CBP y PAP1 después de tratar células Kelly NB con CPD 1(500 nM) en un experimento de curso de tiempo.
La figura 9C es una gráfica de los resultados del análisis proteómico después de tratar células Kelly NB con CPD 1 (500 nM) a 6 horas y 36 horas.
La figura 9D es una gráfica que muestra el crecimiento de células Kelly de una manera dependiente de la dosis a los 10 días con CPD 1 usando el ensayo de formación de colonias.
La figura 10A es una imagen que muestra los centros quirales (R, S) en el ligando de direccionamiento en CPD 1. La figura 10B es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y niveles de CBP, H3K27Ac y H3 total después de tratar células Kelly NB con CPD 1 y su isómero S,S.
La figura 10C es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células Kelly después del tratamiento con diferentes concentraciones (|jM) de CPD 1, CPD 2 (control negativo impermeable a células), lenalidomida, talidomida y pomalidomida por ensayo ATPlite®.
La figura 10D es una gráfica que muestra la inhibición de crecimiento en células Kelly después del tratamiento con diferentes concentraciones (j M) de CPD 1, su isómero (S,S) y A485 por ensayo ATPlite®.
La figura 11A es un diagrama que describe el mecanismo del ensayo AlphaScreen® usado para determinar la especificidad de sustrato para los compuestos de la invención.
La figura 11B es una gráfica que muestra que CPD 1, CPD 2 y A485 (inhibidor de HAT) se unen al dominio HAT (EP300) por ensayo AlphaScreen®.
La figura 11C es una gráfica que muestra que CPD 1, CPD 2, lenalidomida, talidomida y pomalidomida se unen al cereblon (CRBN) por ensayo AlphaScreen®. Como se esperaba, no se observó unión con A485.
La figura 12A es una inmunotransferencia que muestra niveles de CRBN en líneas de células CH2.2, LACZ e inactivación de CRBN.
La figura 12B es una inmunotransferencia que muestra degradación de EP300 y niveles de CBP, H3K27Ac y H3 total después de tratar líneas de células Ch2.2, LACZ e inactivación de CRBN con CPD 1 (500 nM).
La figura 12C es una gráfica que muestra la viabilidad celular en líneas de células Ch2.2, LACZ e inactivación de CRBN después del tratamiento con diferentes concentraciones (j M) de CPD 1.
La figura 13A es una gráfica que muestra el cambio en el peso corporal total en ratones tratados con 10 mg/kg, 20 mg/kg y 40 mg/kg durante 14 días.
La figura 13B es una gráfica que muestra el cambio en el por ciento de peso corporal inicial en ratones tratados con 40 mg/kg durante 21 días.
La figura 13C es una imagen que muestra los resultados de tinción de inmunohistoquímica (IHC) de un hígado de ratón del estudio de dosis máxima tolerada (MTD) con CPD 1.
La figura 14A es una gráfica que muestra el cambio de volumen tumoral (mm3) en ratones tratados con 40 mg/kg con el paso del tiempo (día).
La figura 14B es una gráfica que muestra el por ciento de supervivencia en ratones tratados con 40 mg/kg con el paso del tiempo (día).
La figura 15A-figura 15G son un conjunto de gráficas que muestran la inhibición de crecimiento en células Kelly después del tratamiento con diferentes concentraciones (<j>M) de degradadores de la invención CPD 1 a CPD 22 y A485 por ensayo ATPlite ®.
Descripción detallada de la invención
A menos que se defina de otro modo, todos los términos técnicos y científicos usados en la presente tienen el mismo significado como se entiende comúnmente por un experto en la técnica al cual pertenece la materia en la presente. Como se usa en la especificación y las reivindicaciones adjuntas, a menos que se especifique lo contrario, los siguientes términos tienen el significado indicado a fin de facilitar la comprensión de la presente invención.
Como se usa en la descripción y las reivindicaciones adjuntas, las formas singulares “un”, “una” y “el/la” incluyen referentes plurales a menos que el contexto dicte claramente lo contrario. Por lo tanto, por ejemplo, la referencia a “una composición” incluye mezclas de dos o más de estas composiciones, la referencia a “un inhibidor” incluye mezclas de dos o más de estos inhibidores y similares.
A menos que se señale de otro modo, el término “aproximadamente” significa dentro de 10 % (por ejemplo, dentro de 5 %, 2 % o 1 %) del valor particular modificado por el término “aproximadamente”.
El término de transición “que comprende”, que es sinónimo de “que incluye”, “que contiene” o “caracterizado porque”, es inclusivo o abierto y no excluye elementos o pasos de método adicionales no citados. Por el contrario, la frase de transición “que consiste en” excluye cualquier elemento, paso o ingrediente no especificado en la reivindicación. La frase de transición “que consiste esencialmente de” limita el alcance de una reivindicación a los materiales o pasos especificados “y aquellos que no afectan materialmente la o las características básicas y novedosas” de la invención reivindicada.
Con respecto a los compuestos de la presente invención, y en la medida en que se usen los siguientes términos en la presente para describirlos adicionalmente, se aplican las siguientes definiciones.
Como se usa en la presente, el término “alifático” se refiere a un grupo hidrocarburo no cíclico e incluye grupos alquilo, alquenilo o alquinilo ramificados y no ramificados.
Como se usa en la presente, el término “alquilo” se refiere a un radical de hidrocarburo monovalente de cadena lineal o ramificada saturado. En una realización, el radical alquilo es un grupo de C<1>-C<18>. En otras realizaciones, el radical alquilo es un grupo C<0>-C<6>, C<0>-C<5>, C<0>-C<3>, C<1>-C<12>, C<1>-C<8>, C<1>-C<6>, C<1>-C<5>, C<1>-C<4>o C<1>-C<3>(en donde alquilo de C<0>se refiere a un enlace). Los ejemplos de grupos alquilo incluyen metilo, etilo, 1 -propilo, 2-propilo, i-propilo, 1-butilo, 2-metil-1 -propilo, 2-butilo, 2-metil-2-propilo, 1-pentilo, n-pentilo, 2-pentilo, 3-pentilo, 2-metil-2-butilo, 3-metil-2-butilo, 3-metil-1-butilo, 2-metil-1 -butilo, 1-hexilo, 2-hexilo, 3-hexilo, 2-metil-2-pentilo, 3-metil-2-pentilo, 4-metil-2-pentilo, 3-metil-3-pentilo, 2-metil-3-pentilo, 2,3-dimetil-2-butilo, 3,3-dimetil-2-butilo, heptilo, octilo, nonilo, decilo, undecilo y dodecilo. En algunas realizaciones, un grupo alquilo es un grupo alquilo de C<1>-C<3>. En algunas realizaciones, un grupo alquilo es un grupo alquilo de C<1>-C<2>.
Como se usa en la presente, el término “alquileno” se refiere a una cadena de hidrocarburos divalente lineal o ramificada que enlaza el resto de la molécula a un grupo radical, que consiste únicamente en carbono e hidrógeno, que no contiene insaturación y que tiene de uno a 12 átomos de carbono, por ejemplo, metileno, etileno, propileno, n-butileno y similares. La cadena de alquileno se puede unir al resto de la molécula a través de un enlace individual y al grupo radical a través de un enlace individual. En algunas realizaciones, el grupo alquileno contiene uno a 8 átomos de carbono (alquileno de C<1>-C<8>). En otras realizaciones, un grupo alquileno contiene uno a 5 átomos de carbono (alquileno de C<1>-C<5>). En otras realizaciones, un grupo alquileno contiene uno a 4 átomos de carbono (alquileno de C<1>-C<4>). En otras realizaciones, un alquileno contiene uno a tres átomos de carbono (alquileno de C<1>-C<3>). En otras realizaciones, un grupo alquileno contiene uno a dos átomos de carbono (alquileno de C<1>-C<2>). En otras realizaciones, un grupo alquileno contiene un átomo de carbono (alquileno de C<1>).
Como se usa en la presente, el término “haloalquilo” se refiere a un grupo alquilo como se define en la presente que se sustituye con uno o más (por ejemplo, 1,2, 3 o 4) grupos halo.
Como se usa en la presente, el término “alquenilo” se refiere a un radical de hidrocarburo monovalente de cadena lineal o ramificada con al menos un doble enlace carbono-carbono. Un alquenilo incluye radicales que tienen orientaciones “cis” y “trans” o, de manera alternativa, orientaciones “E” y “Z”. En un ejemplo, el radical alquenilo es un grupo C<2>-C<18>. En otras realizaciones, el radical alquenilo es un grupo C<2>-C<12>, C<2>-C<10>, C<2>-C<8>, C<2>-C<6>o C<2>-C<3>. Los ejemplos incluyen etenilo o vinilo, prop-1-enilo, prop-2-enilo, 2-metilprop-1-enilo, but-1-enilo, but-2-enilo, but-3-enilo, buta-1,3-dienilo, 2-metilbuta-1,3-dieno, hex-1-enilo, hex-2-enilo, hex-3-enilo, hex-4-enilo y hexa-1,3-dienilo.
Como se usa en la presente, el término “alquinilo” se refiere a un radical de hidrocarburo monovalente lineal o ramificado con al menos un triple enlace carbono-carbono. En un ejemplo, el radical alquinilo es un grupo C<2>-C<18>. En otros ejemplos, el radical alquinilo es C<2>-C<12>, C<2>-C<10>, C<2>-C<8>, C<2>-C<6>o C<2>-C<3>. Los ejemplos incluyen etinil prop-1-inilo, prop-2-inilo, but-1-inilo, but-2-inilo y but-3-inilo.
Como se usa en la presente, el término “aldehído” se representa por la fórmula-C(O)H. Los términos “C(O)” y C=O se usan indistintamente en la presente.
Los términos “alcoxilo” o “alcoxi”, como se usan en la presente, se refieren a un grupo alquilo, como se definió anteriormente, que tiene un radical oxígeno unido al mismo. Los grupos alcoxilo representativos incluyen metoxi, etoxi, propiloxi, terc-butoxi y similares. Un “éter” es dos hidrocarburos enlazados covalentemente por un oxígeno. Por consiguiente, el sustituyente de un alquilo que hace que el alquilo sea un éter es o se asemeja a un alcoxilo, tal como se puede representar por uno de -O-alquilo, -O-alquenilo, y -O-alquinilo.
Como se usa en la presente, el término “halógeno” (o “halo” o “haluro”) se refiere a flúor, cloro, bromo o yodo.
Como se usa en la presente, el término “ácido carboxílico” se representa por la fórmula-C(O)OH, y un “carboxilato” se representa por la fórmula-C(O)O-.
Como se usa en la presente, el término “éster” se representa por la fórmula -OC(O)Z<1>o -C(O)OZ<1>, donde Z<1>puede ser un grupo alquilo, alquilo halogenado, alquenilo, alquinilo, arilo, heteroarilo, cicloalquilo, cicloalquenilo, heterocicloalquilo o heterocicloalquenilo, todos como se describen en la presente.
Como se usa en la presente, el término “éter” se representa por la fórmula Z<1>OZ<2>, donde Z<1>y Z<2>pueden ser, independientemente, un grupo alquilo, alquilo halogenado, alquenilo, alquinilo, arilo, heteroarilo, cicloalquilo, cicloalquenilo, heterocicloalquilo o heterocicloalquenilo, todos como se describen en la presente.
Como se usa en la presente, el término “cetona” se representa por la fórmula Z<1>C(O)Z<2>, donde A<1>y A<2>representan independientemente un grupo alquilo, alquilo halogenado, alquenilo, alquinilo, arilo, heteroarilo, cicloalquilo, cicloalquenilo, heterocicloalquilo o heterocicloalquenilo, todos como se describen en la presente.
Como se usa en la presente, el término “sulfonilo” se refiere al grupo sulfo-oxo representado por la fórmula -S(O)<2>Z<1>, donde Z<1>puede ser hidrógeno, un grupo alquilo, alquilo halogenado, alquenilo, alquinilo, arilo, heteroarilo, cicloalquilo, cicloalquenilo, heterocicloalquilo o heterocicloalquenilo, todos como se describen en la presente.
Como se usa en la presente, el término “sulfonilamino” (o “sulfonamida”) se representa por la fórmula --S(O)<2>NH<2>.
Como se usa en la presente, el término “tiol” se representa por la fórmula --SH.
Como se usa en la presente, el término “grupo cíclico” se refiere ampliamente a cualquier grupo que se usa solo o como parte de una porción más grande, contiene un sistema de anillo saturado, parcialmente saturado o aromático, por ejemplo, grupos carbocíclicos (cicloalquilo, cicloalquenilo), heterocíclicos (heterocicloalquilo, heterocicloalquenilo), arilo y heteroarilo. Los grupos cíclicos pueden tener uno o más sistemas de anillos (por ejemplo, fusionados). Por lo tanto, por ejemplo, un grupo cíclico puede contener uno o más grupos carbocíclicos, heterocíclicos, arilo o heteroarilo.
Como se usa en la presente, el término “carbocíclico” (también “carbociclilo”) se refiere a un grupo que se usa solo o como parte de una porción más grande, contiene un sistema de anillo saturado, parcialmente insaturado o aromático que tiene 3 a 20 átomos de carbono, que está solo o es parte de una porción más grande (por ejemplo, un grupo alccarbocíclico). El término carbociclilo incluye sistemas de anillo mono-, bi-, tri-, fusionado, puenteado y espiro-anillo, y combinaciones de los mismos. En una realización, el carbociclilo incluye 3 a 15 átomos de carbono (C<3>-C<15>). En una realización, el carbociclilo incluye 3 a 12 átomos de carbono (C<3>-C<12>). En otra realización, el carbociclilo incluye C<3>-C<8>, C<3>-C<10>o C<5>-C<10>. En otra realización, carbociclilo, como un monociclo, incluye C<3>-C<8>, C<3>-C<6>o C<5>-C<6>. En algunas realizaciones, carbociclilo, como un biciclo, incluye C<7>-C<12>. En otra realización, carbociclilo, como un sistema espiro, incluye C<5>-C<12>. Los ejemplos representativos de carbociclilos monocíclicos incluyen ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo, 1-ciclopent-1-enilo, 1-ciclopent-2-enilo, 1-ciclopent-3-enilo, ciclohexilo, perdeuteriociclohexilo, 1-ciclohex-1-enilo, 1-ciclohex-2-enilo, 1-ciclohex-3-enilo, ciclohexadienilo, cicloheptilo, ciclooctilo, ciclononilo, ciclodecilo, cicloundecilo, fenilo y ciclododecilo; los carbociclilos bicíclicos que tienen 7 a 12 átomos de anillo incluyen sistemas de anillos [4,3], [4,4], [4,5], [5,5], [5,6] o [6,6], tal como, por ejemplo, biciclo[2.2.1]heptano, biciclo[2.2.2]octano, naftaleno y biciclo[3.2.2]nonano. Los ejemplos representativos de espiro carbociclilos incluyen espiro[2.2]pentano, espiro[2.3]hexano, espiro[2.4]heptano, espiro[2.5]octano y espiro[4.5]decano. El término carbociclilo incluye sistemas de anillo de arilo como se define en la presente. El término carbociclo también incluye anillos de cicloalquilo (por ejemplo, mono-, bi- o espiro-carbociclos saturados o parcialmente insaturados). El término grupo carbocíclico también incluye un anillo carbocíclico fusionado a uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) grupos cíclicos diferentes (por ejemplo, anillos de arilo o heterocíclicos), donde el radical o punto de unión está en el anillo carbocíclico.
Por lo tanto, el término carbocíclico también abarca grupos carbociclilalquilo que, como se usa en la presente, se refieren a un grupo de la fórmula --R<c>-carbociclilo donde R<c>es una cadena de alquileno. El término carbocíclico también abarca grupos carbociclilalcoxi que como se usa en la presente se refiere a un grupo enlazado a través de un átomo de oxígeno de la fórmula --O--R<c>-carbociclilo donde R<c>es una cadena de alquileno.
Como se usa en la presente, el término “heterociclilo” se refiere a un “carbociclilo” que se usa solo o como parte de una porción más grande, contiene un sistema de anillo saturado, parcialmente insaturado o aromático, en donde uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3 o 4) átomos de carbono se han reemplazado con un heteroátomo (por ejemplo, O, N, N(O), S, S(O) o S(O)<2>). El término heterociclilo incluye sistemas de anillo mono-, bi-, tri-, fusionado, puenteado y espiro-anillo, y combinaciones de los mismos. En algunas realizaciones, un heterociclilo se refiere a un sistema de anillo de heterociclilo de 3 a 15 miembros. En algunas realizaciones, un heterociclilo se refiere a un sistema de anillo de heterociclilo de 3 a 12 miembros. En algunas realizaciones, un heterociclilo se refiere a un sistema de anillo saturado, tal como un sistema de anillo de heterociclilo saturado de 3 a 12 miembros. En algunas realizaciones, un heterociclilo se refiere a un sistema de anillo de heteroarilo, tal como un sistema de anillo de heteroarilo de 5 a 14 miembros. El término heterociclilo también incluye heterocicloalquilo de C<3>-C<8>, que es un sistema de anillo mono, bi o espiro saturado o parcialmente insaturado que contiene 3-8 carbonos y uno o más (1, 2, 3 o 4) heteroátomos.
En algunas realizaciones, un grupo heterociclilo incluye 3-12 átomos de anillo e incluye sistemas de anillo de monociclos, biciclos, triciclos y espiro, en donde los átomos de anillo son carbono, y uno a 5 átomos de anillo es un heteroátomo tal como nitrógeno, azufre u oxígeno. En algunas realizaciones, heterociclilo incluye monociclos de 3 a 7 miembros que tienen uno o más heteroátomos seleccionados de nitrógeno, azufre u oxígeno. En algunas realizaciones, el heterociclilo incluye monociclos de 4 a 6 miembros que tienen uno o más heteroátomos seleccionados de nitrógeno, azufre u oxígeno. En algunas realizaciones, heterociclilo incluye monociclos de 3 miembros. En algunas realizaciones, heterociclilo incluye monociclos de 4 miembros. En algunas realizaciones, heterociclilo incluye monociclos de 5-6 miembros. En algunas realizaciones, el grupo heterociclilo incluye de 0 a 3 dobles enlaces. En cualquiera de las realizaciones anteriores, heterociclilo incluye 1, 2, 3 o 4 heteroátomos. Cualquier heteroátomo de nitrógeno o azufre se puede oxidar opcionalmente (por ejemplo,, NO, SO, SO<2>), y cualquier heteroátomo de nitrógeno se puede cuaternizar opcionalmente (por ejemplo, [NR<4>]<+>Cl<‘>, [NR<4>]<+>OH<'>). Los ejemplos representativos de heterociclilos incluyen oxiranilo, aziridinilo, tiiranilo, azetidinilo, oxetanilo, tietanilo, 1,2-ditietanilo, 1,3-ditietanilo, pirrolidinilo, dihidro-1H-pirrolilo, dihidrofuranilo, tetrahidropiranilo, dihidrotienilo, tetrahidrotienilo, imidazolidinilo, piperidinilo, piperazinilo, morfolinilo, tiomorfolinilo, 1,1-dioxo-tiomorfolinilo, dihidropiranilo, tetrahidropiranilo, hexahidrotiopiranilo, hexahidropirimidinilo, oxazinanilo, tiazinanilo, tioxanilo, homopiperazinilo, homopiperidinilo, azepanilo, oxepanilo, tiepanilo, oxazepinilo, oxazepanilo, diazepanilo, 1,4-diazepanilo, diazepinilo, tiazepinilo, tiazepanilo, tetrahidrotiopiranilo, oxazolidinilo, tiazolidinilo, isotiazolidinilo, 1,1-dioxoisotiazolidinonilo, oxazolidinonilo, imidazolidinonilo, 4,5,6,7-tetrahidro[2H]indazolilo, tetrahidrobenzoimidazolilo, 4,5,6,7-tetrahidrobenzo[d]imidazolilo, 1,6-dihidroimidazol[4,5-d]pirrolo[2,3-b]piridinilo, tiazinilo, tiofenilo, oxazinilo, tiadiazinilo, oxadiazinilo, ditiazinilo, dioxazinilo, oxatiazinilo, tiatriazinilo, oxatriazinilo, ditiadiazinilo, imidazolinilo, dihidropirimidilo, tetrahidropirimidilo, 1 -pirrolinilo, 2-pirrolinilo, 3-pirrolinilo, indolinilo, tiapiranilo, 2H-piranilo, 4H-piranilo, dioxanilo, 1,3-dioxolanilo, pirazolinilo, pirazolidinilo, ditianilo, ditiolanilo, pirimidinonilo, pirimidinindionilo, pirimidin-2,4-dionilo, piperazinonilo, piperazindionilo, pirazolidinilimidazolinilo, 3-azabiciclo[3.1.0]hexanilo, 3,6-diazabiciclo[3.1.1]heptanilo, 6-azabiciclo[3.1.1]heptanilo, 3-azabiciclo[3.1.1]heptanilo, 3-azabiciclo[4.1.0]heptanilo, azabiciclo[2.2.2]hexanilo, 2-azabiciclo[3.2.1]octanilo, 8-azabiciclo[3.2.1]octanilo, 2-azabiciclo[2.2.2]octanilo, 8-azabiciclo[2.2.2]octanilo, 7-oxabiciclo[2.2.1]heptano, azaspiro[3.5]nonanilo, azaspiro[2.5]octanilo, azaspiro[4.5]decanilo, 1-azaspiro[4.5]decan-2-solo, azaspiro[5.5]undecanilo, tetrahidroindolilo, octahidroindolilo, tetrahidroisoindolilo, tetrahidroindazolilo, 1,1-dioxohexahidrotiopiranilo. Los ejemplos de heterociclilos de 5 miembros que contienen un átomo de azufre u oxígeno y de uno a tres átomos de nitrógeno son tiazolilo, que incluye N-óxido de tiazol-2-ilo y tiazol-2-ilo, tiadiazolilo, que incluye 1,3,4-tiadiazol-5-ilo y 1,2,4-tiadiazol-5-ilo, oxazolilo, por ejemplo oxazol-2-ilo, y oxadiazolilo, tal como 1,3,4-oxadiazol-5-ilo, y 1,2,4-oxadiazol-5-ilo. Los heterociclilos de anillo de 5 miembros de ejemplo que contienen 2 a 4 átomos de nitrógeno incluyen imidazolilo, tal como imidazol-2-ilo; triazolilo, tal como 1,3,4-triazol-5-ilo; 1,2,3-triazol-5-ilo, 1,2,4-triazol-5-ilo y tetrazolilo, tal como 1H-tetrazol-5-ilo. Los ejemplos representativos de heterociclilos de 5 miembros benzocondensados son benzoxazol-2-ilo, benztiazol-2-ilo y benzimidazol-2-ilo. Los heterociclilos de 6 miembros de ejemplo contienen de uno a tres átomos de nitrógeno y opcionalmente un átomo de azufre u oxígeno, por ejemplo piridilo, tal como pirid-2-ilo, pirid-3-ilo y pirid-4-ilo; pirimidilo, tal como pirimid-2-ilo y pirimid-4-ilo; triazinilo, tal como 1,3,4-triazin-2-ilo y 1,3,5-triazin-4-ilo; piridazinilo, en particular piridazin-3-ilo, y pirazinilo. Los N-óxidos de piridina y N-óxidos de piridazina y los grupos piridilo, pirimid-2-ilo, pirimid-4-ilo, piridazinilo y 1,3,4-triazin-2-ilo, son otros ejemplos de grupos heterociclilo. En algunas realizaciones, un grupo heterocíclico incluye un anillo heterocíclico fusionado a uno o más (por ejemplo, 1,2 o 3) grupos cíclicos diferentes (por ejemplo, anillos carbocíclicos o anillos heterocíclicos), donde el radical o punto de unión está en el anillo heterocíclico, y en algunas realizaciones donde el punto de unión es un heteroátomo contenido en el anillo heterocíclico.
Por lo tanto, el término heterocíclico abarca grupos N-heterociclilo que, como se usa en la presente, se refiere a un grupo heterociclilo que contiene al menos un nitrógeno y donde el punto de unión del grupo heterociclilo al resto de la molécula es a través de un átomo de nitrógeno en el grupo heterociclilo. Los ejemplos representativos de grupos N-heterociclilo incluyen 1 -morfolinilo, 1 -piperidinilo, 1 -piperazinilo, 1 -pirrolidinilo, pirazolidinilo, imidazolinilo e imidazolidinilo. El término heterocíclico también abarca grupos C-heterociclilo que, como se usa en la presente, se refiere a un grupo heterociclilo que contiene al menos un heteroátomo y donde el punto de unión del grupo heterociclilo al resto de la molécula es a través de un átomo de carbono en el grupo heterociclilo. Los ejemplos representativos de radicales C-heterociclilo incluyen 2-morfolinilo, 2- o 3- o 4-piperidinilo, 2-piperazinilo y 2- o 3-pirrolidinilo. El término heterocíclico también abarca grupos heterociclilalquilo que como se describió anteriormente se refieren a un grupo de la fórmula --Rc-heterociclilo donde Rc es una cadena de alquileno. El término heterocíclico también abarca grupos heterociclilalcoxi que como se usa en la presente se refiere a un radical enlazado a través de un átomo de oxígeno de la fórmula --O--Rc-heterociclilo donde Rc es una cadena de alquileno.
Como se usa en la presente, el término “arilo” usado solo o como parte de una porción más grande (por ejemplo, “aralquilo”, en donde el átomo de carbono terminal en el grupo alquilo es el punto de unión, por ejemplo, un grupo bencilo),“aralcoxi” en donde el átomo de oxígeno es el punto de unión, o “aroxialquilo” en donde el punto de unión está en el grupo arilo) se refiere a un grupo que incluye un sistema de anillo de carbono monocíclico, bicíclico o tricíclico, que incluye anillos fusionados, en donde al menos un anillo en el sistema es aromático. En algunas realizaciones, el grupo aralcoxi es un grupo benzoxi. El término “arilo” se puede usar indistintamente con el término “anillo de arilo”. En una realización, arilo incluye grupos que tienen 6-18 átomos de carbono. En otra realización, arilo incluye grupos que tienen 6-10 átomos de carbono. Los ejemplos de grupos arilo incluyen fenilo, naftilo, antracilo, bifenilo, fenantrenilo, naftacenilo, 1,2,3,4-tetrahidronaftalenilo, 1H-indenilo, 2,3-dihidro-1H-indenilo, naftiridinilo y similares, que se pueden sustituir o sustituir independientemente por uno o más sustituyentes descritos en la presente. Un arilo particular es fenilo. En algunas realizaciones, un grupo arilo incluye un anillo de arilo fusionado a uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) grupos cíclicos diferentes (por ejemplo, anillos carbocíclicos o anillos heterocíclicos), donde el radical o punto de unión está en el anillo de arilo.
Por lo tanto, el término arilo abarca grupos aralquilo (por ejemplo, bencilo) que como se describió anteriormente se refieren a un grupo de la fórmula --Rc-arilo donde Rc es una cadena de alquileno tal como metileno o etileno. En algunas realizaciones, el grupo aralquilo es un grupo bencilo opcionalmente sustituido. El término arilo también abarca grupos aralcoxi que como se usa en la presente se refiere a un grupo enlazado a través de un átomo de oxígeno de la fórmula --O-Rc--arilo donde Rc es una cadena de alquileno tal como metileno o etileno.
Como se usa en la presente, el término “heteroarilo” usado solo o como parte de una porción más grande (por ejemplo, “heteroarilalquilo” (también “heteroaralquilo”), o “heteroarilalcoxi” (también “heteroaralcoxi”), se refiere a un sistema de anillo monocíclico, bicíclico o tricíclico que tiene 5 a 14 átomos de anillo, en donde al menos un anillo es aromático y contiene al menos un heteroátomo. En una realización, heteroarilo incluye grupos aromáticos monocíclicos de 5-6 miembros donde uno o más átomos de anillo es nitrógeno, azufre u oxígeno que se sustituye independientemente de manera opcional. En otra realización, heteroarilo incluye grupos aromáticos monocíclicos de 5-6 miembros donde uno o más átomos de anillo es nitrógeno, azufre u oxígeno. Los ejemplos representativos de grupos heteroarilo incluyen tienilo, furilo, imidazolilo, pirazolilo, tiazolilo, isotiazolilo, oxazolilo, isoxazolilo, triazolilo, tiadiazolilo, oxadiazolilo, tetrazolilo, tiatriazolilo, oxatriazolilo, piridilo, pirimidilo, imidazopiridilo, pirazinilo, piridazinilo, triazinilo, tetrazinilo, tetrazolo[1,5-b]piridazinilo, purinilo, deazapurinilo, benzoxazolilo, benzofurilo, benzotiazolilo, benzotiadiazolilo, benzotriazolilo, benzoimidazolilo, indolilo, 1,3-tiazol-2-ilo, 1,3,4-triazol-5-ilo, 1,3-oxazol-2-ilo, 1,3,4-oxadiazol-5-ilo, 1,2,4-oxadiazol-5-ilo, 1,3,4-oxadiazol-5-ilo, 1,3,4-tiadiazol-5-ilo, 1H-tetrazol-5-ilo, 1,2,3-triazol-5-ilo y N-óxido de pirid-2-ilo. El término “heteroarilo” también incluye grupos en los que un heteroarilo se fusiona a uno o más anillos cíclicos (por ejemplo, carbociclilo o heterociclilo), donde el radical o punto de unión está en el anillo de heteroarilo. Los ejemplos no limitantes incluyen indolilo, indolizinilo, isoindolilo, benzotienilo, benzotiofenilo, metilendioxifenilo, benzofuranilo, dibenzofuranilo, indazolilo, bencimidazolilo, benzodioxazolilo, benzotiazolilo, quinolilo, isoquinolilo, cinolinilo, ftalazinilo, quinazolinilo, quinoxalinilo, 4H-quinolizinilo, carbazolilo, acridinilo, fenazinilo, fenotiazinilo, fenoxazinilo, tetrahidroquinolinilo, tetrahidroisoquinolinilo y pirido[2,3-b]-1,4-oxazin-3(4H)-ona. Un grupo heteroarilo puede ser mono, bi o tricíclico. En algunas realizaciones, un grupo heteroarilo incluye un anillo de heteroarilo fusionado a uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) grupos cíclicos diferentes (por ejemplo, anillos carbocíclicos o anillos heterocíclicos), donde el radical o punto de unión está en el anillo de heteroarilo, y en algunas realizaciones donde el punto de unión es un heteroátomo contenido en el anillo heterocíclico.
Por lo tanto, el término heteroarilo abarca grupos N-heteroarilo que, como se usa en la presente, se refiere a un grupo heteroarilo como se definió anteriormente que contiene al menos un nitrógeno y donde el punto de unión del grupo heteroarilo al resto de la molécula es a través de un átomo de nitrógeno en el grupo heteroarilo. El término heteroarilo también abarca grupos C-heteroarilo que, como se usa en la presente, se refiere a un grupo heteroarilo como se definió anteriormente y donde el punto de unión del grupo heteroarilo al resto de la molécula es a través de un átomo de carbono en el grupo heteroarilo. El término heteroarilo también abarca grupos heteroarilalquilo que como se describió anteriormente se refieren a un grupo de la fórmula --R<c>-heteroarilo, en donde R<c>es una cadena de alquileno como se definió anteriormente. El término heteroarilo también abarca grupos heteroaralcoxi (o heteroarilalcoxi) que como se usa en la presente se refiere a un grupo unido a través de un átomo de oxígeno de la fórmula --O--R<c>-heteroarilo, donde R<c>es un grupo alquileno como se definió anteriormente.
Cualquiera de los grupos descritos en la presente se puede sustituir o no sustituir. Como se usa en la presente, el término “sustituido” se refiere ampliamente a todos los sustituyentes permisibles con la condición implícita de que esta sustitución está de acuerdo con la valencia permitida del átomo sustituido y el sustituyente, y que la sustitución da por resultado un compuesto estable, es decir, un compuesto que no experimenta espontáneamente transformación tal como por rearreglo, ciclación, eliminación, etc. Los sustituyentes representativos incluyen halógenos, grupos hidroxilo y cualquier otra agrupación orgánica que contenga cualquier número de átomos de carbono, por ejemplo, 1-14 átomos de carbono, y que puede incluir uno o más (por ejemplo, 123 o 4) heteroátomos tal como oxígeno, azufre y nitrógeno agrupados en un formato estructural lineal, ramificado o cíclico.
Por lo tanto, los ejemplos representativos de sustituyentes pueden incluir alquilo, alquilo sustituido (por ejemplo, C1-C6, C1-5, C1-4, C1-3, C1-2, C1), alcoxi (por ejemplo, C1-C6, C1-5, C1-4, C1-3, C1-2, C1), alcoxi sustituido (por ejemplo, C1-C6, C1-5, C1-4, C1-3, C1-2, C1), haloalquilo (por ejemplo, CF<3>), alquenilo (por ejemplo, C2-C6, C2-5, C2-4, C2-3, C2), alquenilo sustituido (por ejemplo, C2-C6, C2-5, C2-4, C2-3, C2), alquinilo (por ejemplo, C2-C6, C2-5, C2-4, C2-3, C2), alquinilo sustituido (por ejemplo, C2-C6, C2-5, C2-4, C2-3, C2), cíclico (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), cíclico sustituido (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), carbocíclico (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), carbocíclico sustituido (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), heterocíclico (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), heterocíclico sustituido (por ejemplo, C3-C12, C5-C6), arilo (por ejemplo, bencilo y fenilo), arilo sustituido (por ejemplo, bencilo o fenilo sustituido), heteroarilo (por ejemplo, piridilo o pirimidilo), heteroarilo sustituido (por ejemplo, piridilo o pirimidilo sustituido), aralquilo (por ejemplo, bencilo), aralquilo sustituido (por ejemplo, bencilo sustituido), halo, hidroxilo, ariloxi (por ejemplo, C6-C12, C6), ariloxi sustituido (por ejemplo, C6-C12, C6), alquiltio (por ejemplo, C1-C6), alquiltio sustituido (por ejemplo, C1-C6), ariltio (por ejemplo, C6-C12, C6), ariltio sustituido (por ejemplo,, C6-C12, C6), ciano, carbonilo, carbonilo sustituido, carboxilo, carboxilo sustituido, amino, amino sustituido, amido, amido sustituido, tio, tio sustituido, sulfinilo, sulfinilo sustituido, sulfonilo, sulfonilo sustituido, sulfinamida, sulfinamida sustituida, sulfonamida, sulfonamida sustituida, urea, urea sustituida, carbamato, carbamato sustituido, aminoácidos y grupos peptídicos.
El término “unión” en lo que se refiere a la interacción entre el ligando de direccionamiento y la proteína dirigida, que en esta invención es EP300 y formas mutantes de la misma (colectivamente “EP300”), habitualmente se refiere a una interacción intermolecular que puede ser preferencial o sustancialmente específica (también referida en la presente como “selectiva”) en que la unión del ligando de direccionamiento con otras entidades proteináceas presentes en la célula tal como CBP es funcionalmente insignificante. Los presentes compuestos bifuncionales pueden unirse preferentemente y reclutar EP300 para la degradación dirigida, incluidas las formas mutantes de los mismos.
El término “unión”, en lo que se refiere a la interacción entre el degrón y la ubiquitina ligasa E3, se refiere habitualmente a una interacción intermolecular que puede o no exhibir un nivel de afinidad que iguala o excede esa afinidad entre el ligando de direccionamiento y la proteína diana, pero no obstante en donde la afinidad es suficiente para lograr el reclutamiento de la ligasa a la degradación dirigida y la degradación selectiva de la proteína dirigida.
En términos generales, los compuestos bifuncionales del primer aspecto de la presente invención tienen una estructura representada por la fórmula I:
' Ligando ele
direccionamiento Ligador (L)------- ( Pegr¿n (P>)
l FPaon (Ti 1j(|>
en donde el ligando de direccionamiento representa una porción que se une a histona acetiltransferasa (HAT) p300 (EP300), el degrón representa una porción que se une a una ubiquitina ligasa E3, y el ligador representa una porción que conecta covalentemente el degrón y el ligando de direccionamiento, o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
Ligandos dirigidos
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 es A-485 o un análogo del mismo. A-485 se representa por la estructura TL-1:
A-485, también conocido como N-[(4-fluorofenil)metil]-2-{(1R)-5-[(metilcarbamoil)amino]-2',4' -dioxo-2,3-dihidro-3 'H-espiro[indeno-1,5'-[1,3]oxazolidin]-3'-il}-N-[(2S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il]acetamida, y análogos espirocíclicos del mismo se han descrito en la Publicación de Solicitud de Patente de Estados Unidos 2016/0235716 y Michaelides, et al., ACS Med. Chem. Lett. 9:28-33 (2018).
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 es un análogo de A-485 y se representa por la estructura TL-1a:
en donde A es CH2, NH o O;
B es CH<2>o CO;
y R es H, halo (por ejemplo, Cl o F), CN, CF<3>, alquilo o alcoxi.
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1a:
en donde A es CH<2>, NH o O;
B es CH<2>o CO;
y R es halo (por ejemplo, Cl o F), CN, CF<3>, alquilo o alcoxi, o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 es un análogo de A-485 y se representa por la estructura TL-1b:
B es CH<2>o CO;
R es H, halo (por ejemplo, Cl o F), CN, CF<3>, alquilo o alcoxi;
y R<1>es un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros (en donde N se conecta al grupo alquilo), y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10 (por ejemplo, C1-C3).
En algunas realizaciones, R<1>es
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1b:
en donde A es CH<2>, NH o O;
B es CH<2>o CO;
R es halo (por ejemplo, Cl o F), CN, CF<3>, alquilo o alcoxi;
y R<1>es un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10 (por ejemplo, C1-C3), o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 se representa por la estructura TL-1c:
en donde Q es CH2, O, N, CO, C(O)O, C(O)N, CH2N, CH2C(O), CH2C(O)O, CH2C(O)N, o CH2CH2N;y R2 es
un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10 (por ejemplo, C1-C3).
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-c:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento se representa por la estructura TL-1d:
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1d:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 se representa por la estructura TL-1e:
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1e:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
En algunas realizaciones, el ligando de direccionamiento EP300 se representa por la estructura TL-1f:
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se representan por la estructura I-1f:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
Ligadores
El ligador (“L”) proporciona una unión covalente al ligando de direccionamiento y al degrón. La estructura del ligador puede no ser crítica, siempre que no interfiera sustancialmente con la actividad del ligando de direccionamiento o el degrón. En algunas realizaciones, el ligador es una cadena de alquileno (por ejemplo, que tiene 2-20 unidades de alquileno). En otras realizaciones, el ligador puede ser una cadena de alquileno o una cadena de alquileno bivalente, cualquiera de las cuales se puede interrumpir por y/o terminar (en cualquiera o ambos extremos) al menos uno de-O-, -S-, -N(R')-, -CeC-, -C(O)-, -C(O)O-, -OC(O)-, -OC(O)O-, - C(NOR')-, -C(O)N(R')-, -C(O)N(R')C(O)-, -C(O)N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, - N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -C(NR')-, -N(R')C(NR')-, -C(NR')N(R')-, - N(R')C(NR')N(R')-, -OB(Me)O-, -S(O)<2>-, -OS(O)-, -S(O)O-, -S(O)-, -OS(O)<2>-, -S(O)<2>O-, - N(R')S(O)<2>-, -S(O)<2>N(R')-, -N(R')S(O)-, -S(O)N(R')-, -N(R')S(O)<2>N(R')-, -N(R')S(O)N(R')-, carbocicleno de C<3>-C<12,>heterocicleno de 3 a 12 miembros, heteroarileno de 5 a 12 miembros o cualquier combinación de estos, en donde R' es H o alquilo de C<1>-C<6>, en donde el grupo de interrupción y el uno o ambos grupos de terminación pueden ser iguales o diferentes.
En otras realizaciones, el ligador puede ser una cadena de polietilenglicol. En otras realizaciones, el ligador puede ser una cadena de polietilenglicol o una cadena de alquileno bivalente, cualquiera de las cuales se puede interrumpir por y/o terminar (en cualquiera o ambos extremos) al menos uno de -S-, - N(R')-, -C=C-, -C(O)-, -C(O)O-, -OC(O)-, -OC(O)O-, -C(NOR')-, -C(O)N(R')-, - C(O)N(R')C(O)-, -C(O)N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, - OC(O)N(R')-, -C(NR')-, -N(R')C(NR')-, -C(NR')N(R')-, -N(R')C(NR')N(R')-, -OB(Me)O-, - S(O)<2>-, -OS(O)-, -S(O)O-, -S(O)-, -OS(O)<2>-, -S(O)<2>O-, -N(R')S(O)<2>-, -S(O)<2>N(R')-, - N(R')S(O)-, -S(O)N(R')-, -N(R')s(O)<2>N(R')-, -N(R')S(O)N(R')-, carbocicleno de C<3-12>, heterocicleno de 3 a 12 miembros, heteroarileno de 5 a 12 miembros o cualquier combinación de este, en donde R' es H o alquilo de C<1>-C<6>, en donde uno o ambos grupos terminales pueden ser iguales o diferentes.
En algunas realizaciones, el ligador puede ser una cadena de alquileno de C<1>-C<10>que termina en un grupo NH, en donde el nitrógeno también se une al degrón.
En ciertas realizaciones, el ligador es una cadena de alquileno que tiene 1-10 unidades de alquileno y se interrumpe por o termina en
En otras realizaciones, el ligador es una cadena de polietilenglicol que tiene 1-8 unidades de PEG y que termina en
“Carbocicleno” se refiere a un radical de carbociclo bivalente, que se sustituye opcionalmente.
“Heterocicleno” se refiere a un radical heterociclilo bivalente que se puede sustituir opcionalmente.
“Heteroarileno” se refiere a un radical heteroarilo bivalente que puede se puede sustituir opcionalmente.
Los ejemplos representativos de ligadores que pueden ser adecuados para usarse en la presente invención incluyen cadenas de alquileno, por ejemplo:
en donde n es un número entero de 1-10 (“de” significa inclusivo), por ejemplo, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1 2, 2-10, 2-9, 2-8, 2-7, 2-6, 2-5, 2-4, 2-3, 3-10, 3-9, 3-8, 3-7, 3-6, 3-5, 3-4, 4-10, 4-9, 4-8, 4-7, 4-6, 4-5, 5-10, 5-9, 5 8, 5-7, 5-6, 6-10, 6-9, 6-8, 6-7, 7-10, 7-9, 7-8, 8-10, 8-9, 9-10 y 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 y 10, ejemplos de los cuales incluyen:
y
cadenas de alquileno que terminan en diferentes grupos funcionales (como se describió anteriormente), ejemplos de los cuales son los siguientes:
cadenas de alquileno interrumpidas con diferentes grupos funcionales (como se describió anteriormente), ejemplos de los cuales son como sigue:
cadenas de alquileno interrumpidas o que terminan con grupos heterocicleno, por ejemplo,
(L4),
en donde m y n son independientemente números enteros de 0-10, ejemplos de los cuales incluyen:
cadenas de alquileno interrumpidas por grupos amida, heterocicleno y/o arilo, ejemplos de los cuales incluyen:
cadenas de alquileno interrumpidas por grupos heterocicleno y arilo, y un heteroátomo, ejemplos de lo cual incluyen:
y
cadenas de alquileno interrumpidas por o que terminan en un heteroátomo tal como N, O o B, por ejemplo,
en donde cada n es independientemente un número entero de 1-10, por ejemplo, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-10, 2-9, 2-8, 2-7, 2-6, 2-5, 2-4, 2-3, 3-10, 3-9, 3-8, 3-7, 3-6, 3-5, 3-4, 4-10, 4-9, 4-8, 4-7, 4-6, 4-5, 5-10, 5-9, 5-8, 5-7, 5-6, 6-10, 6-9, 6-8, 6-7, 7-10, 7-9, 7-8, 8-10, 8-9, 9-10 y 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 y 10, y R es H, o alquilo de C<1>a C<4>, un ejemplo de lo cual es
En algunas realizaciones, el ligador es una cadena de polietilengMcol, ejemplos de los cuales incluyen:
en donde n es un número entero de 1-10, ejemplos de los cuales incluyen:
En algunas realizaciones, la cadena de polietilenglicol puede terminar en un grupo funcional, ejemplos de los cuales son como sigue:
En algunas realizaciones, el compuesto bifuncional de la fórmula (I) incluye un ligador que se representa por la estructura L10:
en donde X es CH2, NH, NMe, NEt u O; y n es un número entero de 0 a 11.
En algunas realizaciones, el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L11 a L26:
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la presente invención se representan por cualquiera de las estructuras I-2 a I-12:
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
En algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la presente invención se representan por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:
5
5
(TLl«-L22)
fL J
( T L I I
o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
Degrones
El degrón (“D”) es una porción funcional que se une a una ubiquitina ligasa E3. En algunas realizaciones, el degrón se une a cereblon (CRBRN). En algunas realizaciones, el degrón se une a un supresor tumoral Von Hippel-Lindau (VHL).
En algunas realizaciones, el compuesto bifuncional de la fórmula (I) incluye un degrón que se une al cereblon. Los ejemplos representativos de degrones que se unen a cereblon se describen en la publicación de solicitud de patente de Estados Unidos 2018/0015085 (por ejemplo, las indolinonas tal como isoindolinonas e isoindolina-1,3-dionas abarcadas por las fórmulas IA y IA' en la presente, y los compuestos de cicloalquilo puenteados abarcados por las fórmulas IB y IB' en la presente).
En algunas realizaciones, el compuesto de la fórmula (I) incluye un degrón que se une a cereblon y se representa por la estructura D1:
en donde Y es CH2 o CO;
y Z es NH, O u OCH 2CO, y el garabato
representa el punto de unión para el ligador y la porción de direccionamiento EP300.
En algunas realizaciones, el degrón se representa por la estructura D1-a:
En algunas realizaciones, el degrón se une a VHL. Los ejemplos representativos de degrones que se unen a VHL son como sigue:
en donde Y' es un enlace, N, O o C;
en donde Z es un grupo cíclico, por ejemplo, un grupo carbocíclico de C5-C6 o un heterocíclico de C5-C6; y
Sin embargo, otros degrones que se unen a VHL y que pueden ser adecuados para usarse en la presente invención se divulgan en la publicación de solicitud de patente de Estados Unidos 2017/0121321 A1.
Por lo tanto, en algunas realizaciones, el compuesto bifuncional de la fórmula (I) se representa por cualquier estructura generada por la combinación de las estructuras TL-1, TL-1a, TL-1b, TL-1c y L1-L11 y las estructuras de los degrones descritos en la presente, que incluyen D1, D1a y D2-a a D2-e, o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo.
En algunas realizaciones, el compuesto de la presente invención se representa por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:
y sales y estereoisomeros farmacéuticamente aceptables de los mismos.
Compuestos biotinilados
De acuerdo con el segundo aspecto de la presente invención se refiere a compuestos bifuncionales que tienen ampliamente una estructura representada por la fórmula I:
en donde el ligando de direccionamiento representa una porción que se une a la histona acetiltransferasa p300 (también referida en la presente como EP300), el ligador (que se divulga anteriormente) representa una porción que conecta covalentemente biotina y el ligando de direccionamiento.
Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (II) se representan por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:
n n - u s - l ) ;
( I I L-l. L^v] 1
cj u r - i . is - i ) .
< LtJb-J-20- l )
(T L L í-120 - l)
{IT U d-L JM )
��
( r u b - u j - i )
n U b -L 24 - l)
o una sal o estereoisómero del mismo.
Los compuestos bifuncionales de fórmula (I) y fórmula (II) pueden estar en forma de un ácido libre o base libre, o una sal farmacéuticamente aceptable. Como se usa en la presente, el término “farmacéuticamente aceptable” en el contexto de una sal se refiere a una sal del compuesto que no anula la actividad biológica o propiedades del compuesto, y es relativamente no tóxico, es decir, el compuesto en forma de sal se puede administrar a un sujeto sin provocar efectos biológicos indeseables (tal como mareos o malestar gástrico) o interactuar de manera perjudicial con cualquiera de los otros componentes de la composición en la cual se contiene. El término “sal farmacéuticamente aceptable” se refiere a un producto obtenido por reacción del compuesto de la presente invención con un ácido o una base adecuada. Los ejemplos de sales farmacéuticamente aceptables de los compuestos de esta invención incluyen aquellas derivadas de bases inorgánicas adecuadas tal como sales de Li, Na, K, Ca, Mg, Fe, Cu, Al, Zn y Mn. Ejemplos de sales de adición de ácido no tóxicas farmacéuticamente aceptables son sales de un grupo amino formado con ácidos inorgánicos tal como sales de clorhidrato, bromhidrato, yodhidrato, nitrato, sulfato, bisulfato, fosfato, isonicotinato, acetato, lactato, salicilato, citrato, tartrato, pantotenato, bitartrato, ascorbato, succinato, maleato, gentisinato, fumarato, gluconato, glucaronato, sacarato, formiato, benzoato, glutamato, metanosulfonato, etanosulfonato, bencenosulfonato, 4-metilbencenosulfonato o ptoluenosulfonato y similares. Ciertos compuestos de la invención pueden formar sales farmacéuticamente aceptables con diferentes bases orgánicas tal como lisina, arginina, guanidina, dietanolamina o metformina.
Los compuestos bifuncionales de la presente invención pueden tener al menos un centro quiral y por lo tanto, pueden estar en la forma de un estereoisómero, que, como se usa en la presente, abarca todos los isómeros de compuestos individuales que difieren solo en la orientación de sus átomos en el espacio. El término estereoisómero incluye isómeros de imagen espejo (enantiómeros que incluyen las configuraciones (R) o (S) de los compuestos), mezclas de isómeros de imagen espejo (mezclas físicas de los enantiómeros y racematos o mezclas racémicas) de compuestos, isómeros geométricos (cis/trans o E/Z, R/S) de compuestos e isómeros de compuestos con más de un centro quiral que no son imágenes espejo entre sí (diastereoisómeros). Los centros quirales de los compuestos pueden experimentar epimerizaciónin vivo;por lo tanto, para estos compuestos, la administración del compuesto en su forma (R-) se considera equivalente a la administración del compuesto en su forma (S-). Por consiguiente, los compuestos de la presente invención se pueden elaborar y usar en la forma de isómeros individuales y sustancialmente libres de otros isómeros, o en la forma de una mezcla de diferentes isómeros, por ejemplo, mezclas racémicas de estereoisómeros.
En algunas realizaciones, el compuesto bifuncional de fórmula (I) o fórmula (II) es un derivado isotópico en que tiene al menos una sustitución isotópica deseada de un átomo, en una cantidad por arriba de la abundancia natural del isótopo, es decir, enriquecido. En una realización, el compuesto incluye deuterio o múltiples átomos de deuterio. La sustitución con isótopos más pesados tal como deuterio, es decir, 2H, puede proporcionar ciertas ventajas terapéuticas que resultan de una mayor estabilidad metabólica, por ejemplo, semivida in vivo incrementada o requisitos de dosis reducidos y por lo tanto, puede ser ventajoso en algunas circunstancias.
Además, los compuestos de la fórmula (I) abarcan el uso de N-óxidos, formas cristalinas (también conocidas como polimorfos), metabolitos activos de los compuestos que tienen el mismo tipo de actividad, tautómeros y formas no solvatadas así como solvatadas con solventes farmacéuticamente aceptables tal como agua, etanol y similares, de los compuestos. También se considera que las formas solvatadas de los conjugados presentados en la presente se van a divulgar en la presente.
Métodos de síntesis
En otro aspecto, la presente invención se refiere a métodos para elaborar los compuestos bifuncionales de la presente invención, o sales o estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos. En términos generales, los compuestos de la invención o sales o estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos, se pueden preparar por cualquier proceso conocido por ser aplicable a la preparación de compuestos químicamente relacionados. Los compuestos de la presente invención se entenderán mejor en relación con los esquemas de síntesis que se describen en diferentes ejemplos de trabajo y que ilustran métodos no limitantes por los cuales se pueden preparar los compuestos de la invención.
Composiciones farmacéuticas
Otro aspecto de la presente invención se refiere a una composición farmacéutica que incluye una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto bifuncional de la fórmula (I) o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo, y un portador farmacéuticamente aceptable. El término “portador farmacéuticamente aceptable”, como se conoce en la técnica, se refiere a un material, composición o vehículo farmacéuticamente aceptable, adecuado para administrar compuestos de la presente invención a mamíferos. Los portadores adecuados pueden incluir, por ejemplo, líquidos (tanto acuosos como no acuosos, y combinaciones de los mismos), sólidos, materiales de encapsulación, gases y combinaciones de los mismos (por ejemplo, semisólidos) y gases, que funcionan para transportar o transportar el compuesto desde un órgano, o porción del cuerpo, a otro órgano, o porción del cuerpo. Un portador es “aceptable” en el sentido de que es fisiológicamente inerte y compatible con los otros ingredientes de la formulación y no perjudicial para el sujeto o paciente. Dependiendo del tipo de formulación, la composición también puede incluir uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables.
En términos generales, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) y sus sales y estereoisómeros farmacéuticamente aceptables se pueden formular en un tipo dado de composición de acuerdo con la práctica farmacéutica convencional, tal como procesos convencionales de mezcla, disolución, granulación, fabricación de grageas, levigación, emulsificación, encapsulación, atrapamiento y compresión (ver, por ejemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.), ed. A. R. Gennaro, Lippincott Williams & Wilkins, 2000 y Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, eds. J. Swarbrick y J. C. Boylan, 1988-1999, Marcel Dekker, Nueva York). El tipo de formulación depende del modo de administración que puede incluir inyección enteral (por ejemplo, oral, bucal, sublingual y rectal), parenteral (por ejemplo, subcutánea (s.c.), intravenosa (i.v.), intramuscular (i.m.) e intraesternal, o técnicas de infusión, intraocular, intraarterial, intramedular, intratecal, intraventricular, transdérmica, interdérmica, intravaginal, intraperitoneal, mucosa, nasal, instilación intratraqueal, instilación bronquial e inhalación) y tópica (por ejemplo, transdérmica). En general, la vía de administración más apropiada dependerá de una variedad de factores que incluyen, por ejemplo, la naturaleza del agente (por ejemplo, su estabilidad en el ambiente del tracto gastrointestinal) y/o la condición del sujeto (por ejemplo, si el sujeto es capaz de tolerar la administración oral). por ejemplo, la administración parenteral (por ejemplo, intravenosa) también puede ser ventajosa en el sentido de que el compuesto se puede administrar de forma relativamente rápida, tal como en el caso de un tratamiento de dosis única y/o una afección aguda.
En algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se formulan para administración oral o intravenosa (por ejemplo, inyección intravenosa sistémica).
Por consiguiente, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se pueden formular en composiciones sólidas (por ejemplo, polvos, tabletas, gránulos dispersables, cápsulas, obleas y supositorios), composiciones líquidas (por ejemplo, soluciones en las que se disuelve el compuesto, suspensiones en las que se dispersan partículas sólidas del compuesto, emulsiones y soluciones que contienen liposomas, micelas o nanopartículas, jarabes y elixires); composiciones semisólidas (por ejemplo, geles, suspensiones y cremas); y gases (por ejemplo, propelentes para composiciones de aerosol). Los compuestos también se pueden formular para liberación rápida, intermedia o prolongada.
Las formas de dosis sólida para administración oral incluyen cápsulas, tabletas, píldoras, polvos y gránulos. En estas formas de dosis sólidas, el compuesto activo se mezcla con un portador tal como citrato de sodio o fosfato de dicalcio y un portador o excipiente adicional tal como a) agentes de relleno o extensores tal como almidones, lactosa, sacarosa, glucosa, manitol y ácido silícico, b) aglutinantes tal como, por ejemplo, metilcelulosa, celulosa microcristalina, hidroxipropilmetilcelulosa, carboximetilcelulosa, carboximetilcelulosa de sodio, alginatos, gelatina, polivinilpirrolidinona, sacarosa y acacia, c) humectantes tal como glicerol, d) agentes desintegrantes tal como polímeros reticulados (por ejemplo, polivinilpirrolidona reticulada (crospovidona), carboximetilcelulosa de sodio reticulada (croscarmelosa de sodio), glicolato de almidón de sodio, agar-agar, carbonato de calcio, almidón de papa o tapioca, ácido algínico, ciertos silicatos y carbonato de sodio, e) agentes retardantes de solución tal como parafina, f) aceleradores de absorción tal como compuestos de amonio cuaternario, g) agentes humectantes tal como, por ejemplo, alcohol cetílico y monoestearato de glicerol, absorbentes tal como caolín y arcilla de bentonita, e i) lubricantes tal como talcato de calcio, estearato de magnesio, estearato sólido, polietilenglicol, laurilsulfato de sodio y mezclas de los mismos. En el caso de cápsulas, tabletas y píldoras, la forma de dosis también puede incluir agentes amortiguadores. Las composiciones sólidas de un tipo similar también se pueden emplear como agentes de relleno en cápsulas de gelatina rellenadas duras y blandas usando estos excipientes como lactosa o azúcar lácteo, así como polietilenglicoles de alto peso molecular y similares. Las formas de dosis sólida de tabletas, grageas, cápsulas, píldoras y gránulos se pueden preparar con recubrimientos y cubiertas tal como recubrimientos entéricos y otros recubrimientos. Pueden contener además un agente opacificante.
En algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se pueden formular en una cápsula de gelatina dura o blanda. Los excipientes representativos que se pueden usar incluyen almidón pregelatinizado, estearato de magnesio, manitol, estearilfumarato de sodio, lactosa anhidra, celulosa microcristalina y croscarmelosa de sodio. Las cubiertas de gelatina pueden incluir gelatina, dióxido de titanio, óxidos de hierro y colorantes.
Las formas de dosis líquidas para administración oral incluyen soluciones, suspensiones, emulsiones, microemulsiones, jarabes y elixires. Además del compuesto, las formas de dosis líquidas pueden contener un portador acuoso o no acuoso (dependiendo de la solubilidad de los compuestos) comúnmente usado en la técnica, tal como, por ejemplo, agua u otros solventes, agentes solubilizantes y emulsionantes, tal como alcohol etílico, alcohol isopropílico, carbonato de etilo, acetato de etilo, alcohol bencílico, benzoato de bencilo, propilenglicol, 1,3-butilenglicol, dimetilformamida, aceites (en particular, aceite de algodón, cacahuete, maíz, germen, oliva, ricino y sésamo), glicerol, alcohol tetrahidrofurfurílico, polietilenglicoles y ésteres de ácidos grasos de sorbitán y mezclas de los mismos. Las composiciones orales también pueden incluir excipientes tal como agentes humectantes, agentes de suspensión, agentes colorantes, edulcorantes, saborizantes y perfumantes.
Las preparaciones inyectables pueden incluir soluciones acuosas estériles o suspensiones oleaginosas. Se pueden formular de acuerdo con técnicas estándar usando agentes de dispersión o humectantes adecuados y agentes de suspensión. La preparación inyectable estéril también puede ser una solución, suspensión o emulsión inyectable estéril en un diluyente o solvente no tóxico aceptable de manera parenteral, por ejemplo, como una solución en 1,3-butanodiol. Entre los vehículos y solventes aceptables que se pueden emplear están agua, solución de Ringer, U.S.P, y solución isotónica de cloruro de sodio. Además, los aceites fijos estériles se emplean convencionalmente como un solvente o medio de suspensión. Para este propósito, se puede emplear cualquier aceite fijo blando que incluye mono o diglicéridos sintéticos. Además, los ácidos grasos tal como ácido oleico se usan en la preparación de inyectables. Las formulaciones inyectables se pueden esterilizar, por ejemplo, por filtración a través de un filtro que retiene bacterias, o por incorporación de agentes esterilizantes en la forma de composiciones sólidas estériles que se pueden disolver o dispersar en agua estéril u otro medio inyectable estéril antes del uso. El efecto del compuesto se puede prolongar al desacelerar su absorción, lo que se puede lograr por el uso de una suspensión líquida o material cristalino o amorfo con poca solubilidad en agua. La absorción prolongada del compuesto de una formulación administrada de manera parenteral también se puede lograr al suspender el compuesto en un vehículo oleoso.
En determinadas realizaciones, los compuestos de la fórmula (I) de la presente invención se pueden administrar de una manera local en lugar de sistémica, por ejemplo, mediante inyección del conjugado directamente en un órgano, frecuentemente en una preparación de depósito o formulación de liberación sostenida. En realizaciones específicas, las formulaciones de acción prolongada se administran por implantación (por ejemplo, de manera subcutánea o intramuscular) o por inyección intramuscular. Las formas de depósito inyectables se elaboran al formar matrices de microencápsulas del compuesto en un polímero biodegradable, por ejemplo, polilactidapoliglicólidos, poli(ortoésteres) y poli(anhídridos). La velocidad de liberación del compuesto se puede controlar al variar la relación de compuesto a polímero y la naturaleza del polímero particular empleado. Las formulaciones inyectables de depósito también se preparan al atrapar el compuesto en liposomas o microemulsiones que son compatibles con los tejidos corporales. Además, en otras realizaciones, el compuesto se administra en un sistema de administración de fármacos dirigido, por ejemplo, en un liposoma recubierto con anticuerpo específico de órgano. En estas realizaciones, los liposomas se dirigen y se captan selectivamente por el órgano.
Los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se pueden formular para administración bucal o sublingual, ejemplos de los cuales incluyen tabletas, pastillas y geles.
Los compuestos bifuncionales se pueden formular para administración por inhalación. Diferentes formas adecuadas para administración por inhalación incluyen aerosoles, nieblas o polvos. Las composiciones farmacéuticas se pueden administrar en la forma de una presentación en aerosol de paquetes presurizados o un nebulizador, con el uso de un propulsor adecuado (por ejemplo, diclorodifluorometano, triclorofluorometano, diclorotetrafluoroetano, dióxido de carbono u otro gas adecuado). En algunas realizaciones, la unidad de dosis de un aerosol presurizado se puede determinar al proporcionar una válvula para administrar una cantidad medida. En algunas realizaciones, las cápsulas y cartuchos que incluyen gelatina, por ejemplo, para usarse en un inhalador o insuflador, se pueden formular que contienen una mezcla de polvo del compuesto y una base de polvo adecuada tal como lactosa o almidón.
Los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se pueden formular para administración tópica que, como se usa en la presente, se refiere a la administración de manera intradérmica por aplicación de la formulación a la epidermis. Estos tipos de composiciones están habitualmente en forma de ungüentos, pastas, cremas, lociones, geles, soluciones y aerosoles.
Los ejemplos representativos de portadores útiles en la formulación de composiciones para aplicación tópica incluyen solventes (por ejemplo, alcoholes, polialcoholes, agua), cremas, lociones, ungüentos, aceites, emplastos, liposomas, polvos, emulsiones, microemulsiones y soluciones amortiguadas (por ejemplo, solución salina hipotónica o amortiguada). Las cremas, por ejemplo, se pueden formular usando ácidos grasos saturados o insaturados tal como ácido esteárico, ácido palmítico, ácido oleico, ácido palmito-oleico, alcoholes cetílicos u oleílicos. Las cremas también pueden contener un agente tensioactivo no iónico tal como polioxi-40-estearato.
En algunas realizaciones, las formulaciones tópicas también pueden incluir un excipiente, un ejemplo de lo cual es un agente intensificador de penetración. Estos agentes son capaces de transportar un compuesto farmacológicamente activo a través del estrato córneo y hacia la epidermis o dermis, preferentemente, con poca o ninguna absorción sistémica. Una amplia variedad de compuestos se ha evaluado en cuanto a su eficacia en la mejora de la velocidad de penetración de fármacos a través de la piel. Véase, por ejemplo, Percutaneous Penetration Enhancers, Maibach H. I. y Smith H. E. (eds.), CRC Press, Inc., Boca Raton, Fla. (1995), que examina el uso y las pruebas de diferentes intensificadores de penetración de la piel, y Buyuktimkin et al., Chemical Means of Transdermal Drug Permeation Enhancement in Transdermal and Topical Drug Delivery Systems, Gosh T K., Pfister W. R., Yum S. I. (Eds.), Interpharm Press Inc., Buffalo Grove, Ill. (1997). Los ejemplos representativos de agentes intensificadores de penetración incluyen triglicéridos (por ejemplo, aceite de soja), composiciones de aloe (por ejemplo, gel de aloe-vera), alcohol etílico, alcohol isopropílico, octolifenilpolietilenglicol, ácido oleico, polietilenglicol 400, propilenglicol, N-decilmetilsulfóxido, ésteres de ácidos grasos (por ejemplo, miristato de isopropilo, laurato de metilo, monooleato de glicerol y monooleato de propilenglicol) y N-metilpirrolidona.
Los ejemplos representativos de otros excipientes que se pueden incluir en formulaciones tópicas, así como en otros tipos de formulaciones (en la medida en que sean compatibles), incluyen conservadores, antioxidantes, humectantes, emolientes, agentes amortiguadores, agentes solubilizantes, protectores de la piel y agentes tensioactivos. Los conservadores adecuados incluyen alcoholes, aminas cuaternarias, ácidos orgánicos, parabenos y fenoles. Los antioxidantes adecuados incluyen ácido ascórbico y sus ésteres, bisulfito de sodio, hidroxitolueno butilado, hidroxianisol butilado, tocoferoles y agentes quelantes como EDTA y ácido cítrico. Los humectantes adecuados incluyen glicerina, sorbitol, polietilenglicoles, urea y propilenglicol. Los agentes amortiguadores adecuados incluyen amortiguadores de ácido cítrico, clorhídrico y láctico. Los agentes solubilizantes adecuados incluyen cloruros de amonio cuaternario, ciclodextrinas, benzoato de bencilo, lecitina y polisorbatos. Los protectores de la piel adecuados incluyen aceite de vitamina E, alatoína, dimeticona, glicerina, petrolato y óxido de zinc.
Las formulaciones transdérmicas habitualmente emplean dispositivos de administración transdérmica y parches de administración transdérmica en donde el compuesto se formula en emulsiones lipófilas o soluciones acuosas amortiguadas, disueltas y/o dispersas en un polímero o un adhesivo. Los parches se pueden construir para la administración continua, pulsátil o bajo demanda de agentes farmacéuticos. La administración transdérmica de los compuestos se puede lograr por medio de un parche iontoforético. Los parches transdérmicos pueden proporcionar administración controlada de los compuestos en donde la velocidad de absorción se desacelera al usar membranas de control de velocidad o al atrapar el compuesto dentro de una matriz polimérica o gel. Los intensificadores de absorción se pueden usar para incrementar la absorción, ejemplos de los cuales incluyen solventes absorbibles farmacéuticamente aceptables que ayudan al paso a través de la piel.
Las formulaciones oftálmicas incluyen gotas oftálmicas.
Las formulaciones para la administración rectal incluyen enemas, geles rectales, espumas rectales, aerosoles rectales y enemas de retención, que pueden contener bases de supositorio convencionales tal como manteca de cacao u otros glicéridos, así como polímeros sintéticos tal como polivinilpirrolidona, PEG y similares. Las composiciones para administración rectal o vaginal también se pueden formular como supositorios que se pueden preparar al mezclar el compuesto con portadores y excipientes no irritantes adecuados tal como manteca de cacao, mezclas de glicéridos de ácidos grasos, polietilenglicol, ceras de supositorio y combinaciones de estos, todos los cuales son sólidos a temperatura ambiente pero líquidos a temperatura corporal y por lo tanto se funden en el recto o cavidad vaginal y liberan el compuesto.
Cantidades de dosis
Tal como se usa en la presente, el término “cantidad terapéuticamente efectiva” se refiere a una cantidad de un compuesto bifuncional de la fórmula (I) o una sal farmacéuticamente aceptable o un estereoisómero del mismo; o una composición que incluye un compuesto bifuncional de la fórmula (I) o una sal farmacéuticamente aceptable o un estereoisómero del mismo, efectiva para producir la respuesta terapéutica deseada en un paciente particular que padece una enfermedad o trastorno por actividad aberrante de EP300. El término “cantidad terapéuticamente efectiva” por lo tanto incluye la cantidad del compuesto de la invención o una sal farmacéuticamente aceptable o un estereoisómero del mismo, que cuando se administra, induce una modificación positiva en la enfermedad o trastorno a tratar (por ejemplo, para inhibir/degradar selectivamente EP300), o es suficiente para prevenir el desarrollo o progresión de la enfermedad o trastorno, o aliviar en cierto grado, uno o más de los síntomas de la enfermedad o trastorno que se trata en un sujeto, o que simplemente mata o inhibe el crecimiento de células enfermas (por ejemplo, neuroblastoma), o reduce la cantidad de EP300 en células enfermas.
La dosis diaria total de un compuesto bifuncional de la fórmula (I) y el uso del mismo se puede decidir de acuerdo con la práctica médica estándar, por ejemplo, por el médico tratante usando un juicio médico sólido. La dosis terapéuticamente efectiva específica para cualquier sujeto particular puede depender de una variedad de factores que incluyen la enfermedad o trastorno que se trata y la severidad del mismo (por ejemplo, su estado actual); la edad, peso corporal, salud general, sexo y dieta del sujeto; el tiempo de administración, ruta de administración y velocidad de excreción del compuesto específico empleado; la duración del tratamiento; fármacos usados en combinación o coincidencia con el compuesto específico empleado; y factores similares conocidos en las artes médicas (ver, por ejemplo, Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics, 10th Edition, A. Gilman, J. Hardman and L. Limbird, eds., McGraw-Hill Press, 155-173, 2001).
Los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) y sus sales y estereoisómeros farmacéuticamente aceptables pueden ser efectivos en un amplio intervalo de dosis . En algunas realizaciones, la dosis diaria total (por ejemplo, para humanos adultos) puede variar de aproximadamente 0,001 a aproximadamente 1600 mg, de 0,01 a aproximadamente 1600 mg, de 0,01 a aproximadamente 500 mg, de aproximadamente 0,01 a aproximadamente 100 mg, de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 100 mg, de 1 a aproximadamente 100-400 mg por día, de aproximadamente 1 a aproximadamente 50 mg por día, y de aproximadamente 5 a aproximadamente 40 mg por día, y en aún otras realizaciones de aproximadamente 10 a aproximadamente 30 mg por día. Las dosis individuales se pueden formular para contener la cantidad de dosis deseada dependiendo del número de veces que se administra el compuesto por día. A modo de ejemplo, las cápsulas se pueden formular con de aproximadamente 1 a aproximadamente 200 mg de compuesto (por ejemplo, 1, 2, 2,5, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50, 100, 150 y 200 mg).
En algunas realizaciones, la cantidad de un compuesto bifuncional de la fórmula (I) que se administra dependerá del paciente que se trata, la severidad del trastorno, la velocidad de administración, la disposición del compuesto y la discreción del médico que prescribe. Las dosis varían de aproximadamente 0,001 a aproximadamente 100 mg por kg de peso corporal por día, preferentemente de aproximadamente 1 a aproximadamente 35 mg/kg/día, en dosis individuales o divididas. Para un ser humano de 70 kg, esto equivaldría a aproximadamente 0,05 a aproximadamente 7 g/día, preferiblemente aproximadamente 0,1 a aproximadamente 2,5 g/día. En algunos casos, los niveles de dosis por debajo del límite inferior del intervalo mencionado anteriormente pueden ser más que adecuados, en tanto que en otros casos se pueden usar dosis aún más grandes sin provocar ningún efecto secundario dañino.
Métodos de uso
En algunos aspectos, la presente invención se refiere a métodos para tratar enfermedades o trastornos que implican actividad de EP300 aberrante (por ejemplo, disfuncional o desregulada), que implica la administración de una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto biespecífico de la fórmula (I) o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo, a un sujeto en necesidad de lo mismo.
Se puede decir que las enfermedades o trastornos se caracterizan o se median por actividad de EP300 o MYC aberrante (por ejemplo, niveles elevados de EP300 o EP300 funcionalmente anormal de otro modo con respecto a un estado no patológico). Una “enfermedad” se considera en general como un estado de salud de un sujeto en donde el sujeto no puede mantener la homeostasis, y en donde si la enfermedad no se mejora entonces la salud del sujeto continúa deteriorándose. En contraste, un “trastorno” en un sujeto es un estado de salud en el cual el sujeto es capaz de mantener la homeostasis, pero en el cual el estado de salud del sujeto es menos favorable de lo que sería en la ausencia del trastorno. Si no se trata, un trastorno no necesariamente provoca una disminución adicional en el estado de salud del animal.
En algunas realizaciones, los compuestos de la solicitud pueden ser útiles en el tratamiento de enfermedades y trastornos de proliferación celular (por ejemplo, cáncer o neoplasias benignas). Como se usa en la presente, el término “enfermedad o trastorno proliferativo celular” se refiere a las condiciones caracterizadas por crecimiento celular desregulado o anormal, o ambos, incluidas condiciones no cancerosas tal como neoplasias, condiciones precancerosas, tumores benignos y cáncer.
El término “sujeto” (o “paciente”), como se usa en la presente, incluye todos los miembros del reino animal propensos a o que padecen la enfermedad o trastorno indicado. En algunas realizaciones, el sujeto es un mamífero, por ejemplo, un mamífero humano o no humano. Los métodos también son aplicables a animales de compañía, como perros y gatos, así como ganado, como vacas, caballos, ovejas, cabras, cerdos y otros animales domesticados y salvajes. Un sujeto “en necesidad de” tratamiento de acuerdo con la presente invención puede ser “que padece o se sospecha que padece” una enfermedad o trastorno específico que se puede haber diagnosticado positivamente o de otra manera se presenta con un número suficiente de factores de riesgo o un número suficiente o combinación de signos o síntomas de tal manera que un profesional médico puede diagnosticar o sospechar que el sujeto padecía la enfermedad o trastorno. Por lo tanto, los sujetos que padecen y se sospecha que padecen una enfermedad o trastorno específico no son necesariamente dos grupos distintos.
Los tipos de ejemplo de enfermedades o trastornos no cancerosos (por ejemplo, proliferativos de células) que pueden ser susceptibles de tratamiento con los compuestos de la presente invención incluyen enfermedades y condiciones inflamatorias, enfermedades autoinmunitarias, enfermedades neurodegenerativas, enfermedades cardíacas, enfermedades virales, enfermedades o lesiones renales crónicas y agudas, enfermedades metabólicas y enfermedades alérgicas y genéticas.
Los ejemplos representativos de enfermedades y trastornos no cancerosos específicos incluyen artritis reumatoide, alopecia areata, condiciones linfoproliferativas, trastornos hematológicos autoinmunitarios(porejemplo, anemia hemolítica, anemia aplásica, displasia ectodérmica anhidra, anemia de glóbulos rojos pura y trombocitopenia idiopática), colecistitis, acromegalia, espondilitis reumatoide, osteoartritis, gota, esclerodermia, sepsis, choque séptico, dacrioadenitis, síndrome periódico asociado a criopirina (CAPS), choque endotóxico, endometritis, sepsis gramnegativa, queratoconjuntivitis seca, síndrome de choque tóxico, asma, síndrome de dificultad respiratoria en adultos, enfermedad pulmonar obstructiva crónica, inflamación pulmonar crónica, rechazo crónico de injertos, hidradenitis supurativa, enfermedad intestinal inflamatoria, enfermedad de Crohn, síndrome de Behcet, lupus sistémico eritematoso, glomerulonefritis, esclerosis múltiple, diabetes de inicio juvenil, uveorretinitis autoinmunitaria, vasculitis autoinmunitaria, tiroiditis, enfermedad de Addison, liquen plano, apendicitis, pénfigo ampolloso, pénfigo vulgar, pénfigo foliáceo, pénfigo paraneoplásico, miastenia gravis, nefropatía por inmunoglobulina A, enfermedad de Hashimoto, síndrome de Sjogren, vitiligo, granulomatosis de Wegener, orquitis granulomatosa, ooforitis autoinmunitaria, sarcoidosis, carditis reumática, espondilitis anquilosante, enfermedad de Grave, púrpura trombocitopénica autoinmunitaria, psoriasis, artritis psoriásica, eczema, dermatitis herpetiforme, colitis ulcerosa, fibrosis pancreática, hepatitis, fibrosis hepática, sepsis mediada por CD14, sepsis no mediada por CD14, enfermedad renal aguda y crónica, síndrome del intestino irritable, piresis, reestenosis, cervicitis, accidente cerebrovascular y lesión isquémica, traumatismo neuronal, dolor agudo y crónico, rinitis alérgica, conjuntivitis alérgica, insuficiencia cardíaca crónica, insuficiencia cardíaca congestiva, síndrome coronario agudo, caquexia, malaria, lepra, leishmaniasis, enfermedad de Lyme, síndrome de Reiter, sinovitis aguda, degeneración muscular, bursitis, tendinitis, tenosinovitis, síndrome de disco intervertebral herniado, roto o prolapsado, osteopetrosis, rinosinusitis, trombosis, silicosis, sarcoidosis pulmonar, enfermedades de resorción ósea, como osteoporosis, fibromialgia, SIDA y otras enfermedades virales tal como herpes zóster, herpes simple I o II, virus de la influenza y citomegalovirus, diabetes tipo I y II, obesidad, resistencia a la insulina y retinopatía diabética, síndrome de deleción 22q11.2, síndrome de Angelman, enfermedad de Canavan, enfermedad celíaca, enfermedad de Charcot-Marie-Tooth, daltonismo, maullido del gato, síndrome de Down, fibrosis quística, distrofia muscular de Duchenne, hemofilia, síndrome de Klinefleter, neurofibromatosis, fenilcetonuria, síndrome de Prader-Willi, anemia de células falciformes, enfermedad de Tay-Sachs, síndrome de Turner, trastornos del ciclo de la urea, talasemia, otitis, pancreatitis, parotiditis, pericarditis, peritonitis, faringitis, pleuritis, flebitis, neumonitis, uveítis, polimiositis, proctitis, fibrosis pulmonar intersticial, dermatomiositis, aterosclerosis, arteriosclerosis, esclerosis lateral amiotrófica, asocialidad, varicosis, vaginitis, depresión y síndrome de muerte súbita del lactante.
En otras realizaciones, los métodos se dirigen a tratar sujetos que tienen cáncer. En términos generales, los compuestos de la presente invención pueden ser efectivos en el tratamiento de carcinomas (tumores sólidos que incluyen tumores primarios y metastásicos), sarcomas, melanomas y cánceres hematológicos (cánceres que afectan la sangre que incluyen linfocitos, médula ósea y/o ganglios linfáticos) tal como leucemia, linfoma y mieloma múltiple. Se incluyen tumores/cánceres en adultos y tumores/cánceres pediátricos. Los cánceres pueden ser tumores vascularizados, o aún no sustancialmente vascularizados, o no vascularizados.
Los ejemplos representativos de cánceres incluyen carcinoma adrenocortical, cánceres relacionados con SIDA (por ejemplo, linfoma de Kaposi y relacionado con el SIDA), cáncer de apéndice, cánceres infantiles (por ejemplo, astrocitoma cerebeloso infantil, astrocitoma cerebral infantil), carcinoma de células basales, cáncer de piel (no melanoma), cáncer biliar, cáncer de conducto biliar extrahepático, cáncer de conducto biliar intrahepático, cáncer de vejiga, cáncer de vejiga urinaria, cáncer cerebral (por ejemplo, gliomas y glioblastomas tal como glioma de tallo cerebral, glioma de tumor trofoblástico gestacional, astrocitoma cerebeloso, astrocitoma cerebral/glioma maligno, ependimoma, meduloblastoma, tumores neuroectodérmicos primitivos supratentoriales, vía visual y glioma hipotalámico), cáncer de mama, adenomas/carcinoides bronquiales, tumor carcinoide, cáncer del sistema nervioso (por ejemplo, cáncer del sistema nervioso central, linfoma del sistema nervioso central), cáncer de cuello uterino, trastornos mieloproliferativos crónicos, cáncer colorrectal (por ejemplo, cáncer de colon, cáncer de recto), neoplasia linfoide, micosis fungoide, síndrome de Sézary, cáncer de endometrio, cáncer de esófago, tumor de células germinales extracraneal, tumor de células germinales extragonadal, cáncer de conducto biliar extrahepático, cáncer de ojo, melanoma intraocular, retinoblastoma, cáncer de vesícula biliar, cáncer gastrointestinal (por ejemplo, cáncer de estómago, cáncer de intestino delgado, tumor carcinoide gastrointestinal, tumor del estroma gastrointestinal (GIST)), colangiocarcinoma, tumor de células germinales, tumor de células germinales de ovario, cáncer de cabeza y cuello, tumores neuroendocrinos, linfoma de Hodgkin, linfoma no de Hodgkin infantil en etapa III y IV de Ann Arbor, linfoma no de Hodgkin refractario positivo para ROS1, leucemia, linfoma, mieloma múltiple, cáncer de hipofaringe, melanoma intraocular, cáncer ocular, tumores de células de los islotes (páncreas endocrino), cáncer renal (por ejemplo, tumor de Wilms, carcinoma de células renales), cáncer de hígado, cáncer de pulmón (por ejemplo, cáncer de pulmón de células no pequeñas y cáncer de pulmón de células pequeñas), linfoma anaplásico de células grandes positivo para ALK, neoplasia sólida maligna avanzada positiva para ALK, macroglobulinemia de Waldenstrom, melanoma, melanoma intraocular (ojo), carcinoma de células de Merkel, mesotelioma, cáncer de cuello escamoso metastásico con primario oculto, neoplasia endocrina múltiple (MEN), síndromes mielodisplásicos, enfermedades mielodisplásicas/mieloproliferativas, cáncer nasofaríngeo, neuroblastoma, cáncer oral (por ejemplo, cáncer de boca, cáncer de labio, cáncer de cavidad oral, cáncer de lengua, cáncer orofaríngeo, cáncer de garganta, cáncer laríngeo), cáncer de ovario (por ejemplo, cáncer epitelial de ovario, tumor de células germinales de ovario, tumor de ovario de bajo potencial maligno), cáncer de páncreas, cáncer de páncreas de células de los islotes, cáncer de senos paranasales y de cavidad nasal, cáncer de paratiroides, cáncer de pene, cáncer de faringe, feocromocitoma, pineoblastoma, cáncer de tiroides anaplásico metastásico, cáncer de tiroides indiferenciado, cáncer de tiroides papilar, tumor pituitario, neoplasia de células plasmáticas/mieloma múltiple, blastoma pleuropulmonar, cáncer de próstata, retinoblastoma, rabdomiosarcoma, cáncer de glándulas salivales, cáncer uterino (por ejemplo, cáncer uterino endometrial, sarcoma uterino, cáncer de cuerpo uterino), carcinoma de células escamosas, cáncer testicular, timoma, carcinoma tímico, cáncer de tiroides, xantogranuloma juvenil, cáncer de células transicionales de la pelvis renal y el uréter y otros órganos urinarios, cáncer uretral, tumor trofoblástico gestacional, cáncer vaginal, cáncer vulvar, hepatoblastoma, tumor rabdoide y tumor de Wilms.
Los sarcomas que se pueden tratar con los compuestos bifuncionales de la presente invención incluyen tanto cánceres de tejido blando como de hueso, ejemplos representativos de los cuales incluyen osteosarcoma o sarcoma osteogénico (hueso) (por ejemplo, sarcoma de Ewing), condrosarcoma (cartílago), leiomiosarcoma (músculo liso), rabdomiosarcoma (músculo esquelético), sarcoma mesotelial o mesotelioma (revestimiento membranoso de las cavidades corporales), fibrosarcoma (tejido fibroso), angiosarcoma o hemangioendotelioma (vasos sanguíneos), liposarcoma (tejido adiposo), glioma o astrocitoma (tejido conectivo neurogénico encontrado en el cerebro), mixosarcoma (tejido conectivo embrionario primitivo), tumor mesenquimatoso o mixto mesodérmico (tipos de tejido conectivo mixto) y sarcoma histiocítico (cáncer inmunitario).
En algunas realizaciones, los métodos de la presente invención implican el tratamiento de sujetos que tienen enfermedades o trastornos proliferativos celulares del sistema hematológico, hígado, cerebro, pulmón, colon, páncreas, próstata, ovario, mama, piel y endometrio.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del sistema hematológico” incluyen linfoma, leucemia, neoplasias mieloides, neoplasias de mastocitos, mielodisplasia, gammapatía monoclonal benigna, papulosis linfomatoide, policitemia vera, leucemia mielocítica crónica, metaplasia mieloide agnogénica y trombocitemia esencial. Por lo tanto, los ejemplos representativos de cánceres hematológicos pueden incluir mieloma múltiple, linfoma (incluido linfoma de células T), linfoma de Hodgkin, linfoma no de Hodgkin (linfoma difuso de células B grandes (DLBCL)), linfoma folicular (FL), linfoma de células de manto (MCL) y linfoma anaplásico de células grandes ALK+ (por ejemplo,, linfoma de células B no de Hodgkin seleccionado de linfoma difuso de células B grandes (por ejemplo, linfoma de células B grandes difuso de tipo célula B de centro germinal o linfoma de células B grandes difuso de tipo célula B activado), linfoma/leucemia de Burkitt, linfoma de células de manto, linfoma de células B grandes mediastínico (tímico), linfoma folicular, linfoma de zona marginal, linfoma linfoplasmacítico/macroglobulinemia de Waldenstrom, adenocarcinoma pancreático metastásico, linfoma no de Hodgkin de células B refractario y linfoma no de Hodgkin de células B recidivado, linfomas infantiles y linfomas de origen linfocítico y cutáneo, por ejemplo, linfoma linfocítico pequeño, leucemia, incluida leucemia infantil, leucemia de células pilosas, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielocítica aguda, leucemia mieloide aguda (por ejemplo, leucemia monocítica aguda), leucemia linfocítica crónica, leucemia linfocítica pequeña, leucemia mielocítica crónica, leucemia mieloide y leucemia de células, neoplasias mieloides y neoplasias de mastocitos.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del hígado” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan al hígado. Los trastornos proliferativos celulares del hígado pueden incluir cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular, colangiocarcinoma intrahepático y hepatoblastoma), una condición precancerosa o precancerosa del hígado, crecimientos benignos o lesiones del hígado, y crecimientos malignos o lesiones del hígado, y lesiones metastásicas en tejido y órganos en el cuerpo que no sea el hígado. Los trastornos proliferativos celulares del hígado pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia del hígado.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del cerebro” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan al cerebro. Los trastornos proliferativos celulares del cerebro pueden incluir cáncer cerebral (por ejemplo, gliomas, glioblastomas, meningiomas, adenomas hipofisarios, schwannomas vestibulares y tumores neuroectodérmicos primitivos (meduloblastomas)), una condición precancerosa o precancerosa del cerebro, crecimientos o lesiones benignos del cerebro, y crecimientos o lesiones malignos del cerebro, y lesiones metastásicas en tejido y órganos en el cuerpo distintos del cerebro. Los trastornos proliferativos celulares del cerebro pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia del cerebro.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del pulmón” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células pulmonares. Los trastornos proliferativos celulares del pulmón incluyen cáncer de pulmón, condiciones precancerosas y precancerosas del pulmón, crecimientos benignos o lesiones del pulmón, hiperplasia, metaplasia y displasia del pulmón, y lesiones metastásicas en el tejido y órganos en el cuerpo distintos del pulmón. El cáncer de pulmón incluye todas las formas de cáncer de pulmón, por ejemplo, neoplasias malignas de pulmón, carcinoma in situ, tumores carcinoides habituales y tumores carcinoides atípicos. El cáncer de pulmón incluye cáncer de pulmón de células pequeñas (“SLCL”), cáncer de pulmón de células no pequeñas (“NSCLC”), adenocarcinoma, carcinoma de células pequeñas, carcinoma de células grandes, carcinoma de células escamosas y mesotelioma. El cáncer de pulmón puede incluir “carcinoma de cicatriz”, carcinoma broncoalveolar, carcinoma de células gigantes, carcinoma de células fusiformes y carcinoma neuroendocrino de células grandes. El cáncer de pulmón también incluye neoplasias de pulmón que tienen heterogeneidad histológica y ultraestructural (por ejemplo, tipos de células mezcladas). En algunas realizaciones, un compuesto de la presente invención se puede usar para tratar cáncer de pulmón no metastásico o metastásico (por ejemplo, NSCLC, NSCLC positivo para ALK, NSCLC que alberga reordenamiento de ROS1, adenocarcinoma de pulmón y carcinoma de pulmón de células escamosas).
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del colon” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células del colon, incluido cáncer de colon, un precáncer o condiciones precancerosas del colon, pólipos adenomatosos del colon y lesiones metacrónicas del colon. El cáncer de colon incluye cáncer de colon esporádico y hereditario, neoplasias de colon malignas, carcinoma in situ, tumores carcinoides habituales y tumores carcinoides atípicos, adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas y carcinoma de células escamosas. El cáncer de colon se puede asociar con un síndrome hereditario tal como cáncer colorrectal hereditario sin poliposis, poliposis adenomatosa familiar, poliposis asociada a MYH, síndrome de Gardner, síndrome de Peutz-Jeghers, síndrome de Turcot y poliposis juvenil. Los trastornos proliferativos celulares del colon también se pueden caracterizar por hiperplasia, metaplasia o displasia del colon.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del páncreas” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células pancreáticas. Los trastornos proliferativos celulares del páncreas pueden incluir cáncer de páncreas, una condición precancerosa o precancerosa del páncreas, hiperplasia del páncreas, displasia del páncreas, crecimientos o lesiones benignos del páncreas y crecimientos o lesiones malignos del páncreas, y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo distintos del páncreas. El cáncer de páncreas incluye todas las formas de cáncer de páncreas, incluido adenocarcinoma ductal, carcinoma adenoescamoso, carcinoma pleomórfico de células gigantes, adenocarcinoma mucinoso, carcinoma de células gigantes de tipo osteoclasto, cistadenocarcinoma mucinoso, carcinoma acinar, carcinoma de células grandes no clasificado, carcinoma de células pequeñas, pancreatoblastoma, neoplasia papilar, cistadenoma mucinoso, neoplasia quística papilar y cistadenoma seroso, y neoplasias pancreáticas que tienen heterogeneidad histológica y ultraestructural (por ejemplo, células mixtas).
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares de la próstata” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a la próstata. Los trastornos proliferativos celulares de la próstata pueden incluir cáncer de próstata, una condición precancerosa o precancerosa de la próstata, crecimientos benignos o lesiones de la próstata, y crecimientos malignos o lesiones de la próstata, y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo que no sean la próstata. Los trastornos proliferativos celulares de la próstata pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia de próstata.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del ovario” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células del ovario. Los trastornos proliferativos celulares del ovario pueden incluir una condición precancerosa o precancerosa del ovario, crecimientos benignos o lesiones del ovario, cáncer de ovario y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo distintos del ovario. Los trastornos proliferativos celulares del ovario pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia del ovario.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares de la mama” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células mamarias. Los trastornos proliferativos celulares de la mama pueden incluir cáncer de mama, una condición precancerosa o precancerosa de la mama, crecimientos benignos o lesiones de la mama y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo distintos de la mama. Los trastornos proliferativos celulares de la mama pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia de la mama.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares de la piel” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células de la piel. Los trastornos proliferativos celulares de la piel pueden incluir una condición precancerosa o precancerosa de la piel, crecimientos benignos o lesiones de la piel, melanoma, melanoma maligno u otros crecimientos malignos o lesiones de la piel, y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo distintos de la piel. Los trastornos proliferativos celulares de la piel pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia de la piel.
Como se usa en la presente, “enfermedades o trastornos proliferativos celulares del endometrio” incluye todas las formas de trastornos proliferativos celulares que afectan a las células del endometrio. Los trastornos proliferativos celulares del endometrio pueden incluir una condición precancerosa o precancerosa del endometrio, crecimientos benignos o lesiones del endometrio, cáncer endometrial y lesiones metastásicas en tejidos y órganos en el cuerpo que no sean el endometrio. Los trastornos proliferativos celulares del endometrio pueden incluir hiperplasia, metaplasia y displasia del endometrio.
En algunas realizaciones, los compuestos o sales o estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de la presente invención son enfermedad o trastorno es neuroblastoma de alto riesgo (NB).
En algunas realizaciones, la enfermedad o trastorno es leucemia mieloide aguda (AML), mieloma múltiple (MM), melanoma, rabdomiosarcoma o linfoma difuso de células B grandes. En otras realizaciones, la enfermedad o trastorno es un tumor sólido pequeño. En otras realizaciones, la enfermedad o trastorno es cáncer de colon, cáncer de recto, cáncer de estómago, cáncer de mama o cáncer de páncreas.
Los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) se pueden administrar a un paciente, por ejemplo, un paciente con cáncer, como una monoterapia o por medio de terapia de combinación. La terapia puede ser “ línea inicial/primera línea", es decir, como un tratamiento inicial en pacientes que no se han sometido a regímenes de tratamiento anticancerosos previos, ya sea sola o en combinación con otros tratamientos; o “segunda línea”, como un tratamiento en pacientes que se han sometido a un régimen de tratamiento anticanceroso previo, ya sea sola o en combinación con otros tratamientos; o como tratamientos de “tercera línea”, “cuarta línea”, etc., ya sea sola o en combinación con otros tratamientos. La terapia también se puede administrar a pacientes que han tenido tratamientos previos que han sido parcialmente exitosos pero que se volvieron intolerantes al tratamiento en particular. La terapia también se puede administrar como un tratamiento adyuvante, es decir, para prevenir la reaparición del cáncer en pacientes sin enfermedad actualmente detectable o después de la extirpación quirúrgica de un tumor. Por lo tanto, en algunas realizaciones, los compuestos bifuncionales se pueden administrar a un paciente que ha recibido otra terapia, tal como quimioterapia, radioinmunoterapia, terapia quirúrgica, inmunoterapia, radioterapia, terapia dirigida o cualquier combinación de las mismas.
Los métodos de la presente invención pueden implicar la administración de compuestos bifuncionales de la fórmula (I) o composiciones farmacéuticas de los mismos al paciente en una dosis individual o en dosis múltiples (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 15, 20 o más dosis). por ejemplo, la frecuencia de administración puede variar de una vez al día hasta aproximadamente una vez cada ocho semanas. En algunas realizaciones, la frecuencia de administración varía de aproximadamente una vez al día durante 1,2, 3, 4, 5 o 6 semanas, y en otras realizaciones implica un ciclo de 28 días que incluye la administración diaria durante 3 semanas (21 días) y un período de “descanso” de 7 días. En otras realizaciones, el compuesto bifuncional se puede dosificar dos veces al día (BID) durante el transcurso de dos días y medio (para un total de 5 dosis) o una vez al día (QD) durante el transcurso de dos días (para un total de 2 dosis). En otras realizaciones, el compuesto bifuncional se puede dosificar una vez al día (QD) durante el transcurso de cinco días.
En algunos aspectos, la presente invención se refiere a métodos para usar el compuesto bifuncional de la fórmula (II) como una sonda para EP300 o CPB. por ejemplo, los compuestos bifuncionales de la fórmula II se pueden usar con estreptavidina para la identificación, aislamiento, manejo y extracción de la proteína dirigida, así como la proteína asociada para la identificación de dianas (IP) o Chem-seq (Anders et al., Nat. Biotechnol. 32(1):92-6 (2014)). por ejemplo, se puede usar Dynabeads® M-270 Streptavidin (Thermo Fisher Scientific; número de catálogo 65305) para explotar la interacción avidina-biotina para el aislamiento directo de cualquier molécula biotinilada. Esta molécula de sonda se puede usar para el desarrollo del ensayo (ver, el ensayo AlphaScreen® descrito en el ejemplo 26).
Terapia de combinación
Los compuestos bifuncionales de la fórmula (I) de se pueden usar en combinación o simultáneamente con al menos otro agente activo, por ejemplo, agente o régimen anticancerígeno, en el tratamiento de enfermedades y trastornos. Los términos “en combinación” y “simultáneamente” en este contexto significan que los agentes se coadministran, lo que incluye administración sustancialmente contemporánea, por medio de la misma o formas de dosificación separadas, y por el mismo o diferentes modos de administración, o secuencialmente, por ejemplo, como parte del mismo régimen de tratamiento, o por medio de regímenes de tratamiento sucesivos. Por lo tanto, si se proporciona secuencialmente, al inicio de la administración del segundo compuesto, el primero de los dos compuestos es en algunos casos aún detectable a concentraciones efectivas en el sitio de tratamiento. La secuencia y el intervalo de tiempo se pueden determinar de modo que puedan actuar juntos (por ejemplo, sinérgicamente para proporcionar un beneficio incrementado que si se administraran de otra manera). por ejemplo, los agentes terapéuticos se pueden administrar al mismo tiempo o secuencialmente en cualquier orden en diferentes momentos; sin embargo, si no se administran al mismo tiempo, se pueden administrar suficientemente cerca en el tiempo como para proporcionar el efecto terapéutico deseado, que puede ser de una manera sinérgica. Por lo tanto, los términos no se limitan a la administración de los agentes activos exactamente al mismo tiempo.
En algunas realizaciones, el régimen de tratamiento puede incluir la administración de un compuesto de la fórmula (I) de la invención en combinación con uno o más agentes terapéuticos adicionales conocidos para usarse en el tratamiento de la enfermedad o condición (por ejemplo, cáncer). La dosis del agente terapéutico contra el cáncer adicional puede ser la misma o incluso menor que las dosis conocidas o recomendadas.Ver,Hardman et al., eds., Goodman & Gilman's The Pharmacological Basis Of Basis Of Therapeutics, 10th ed., McGraw-Hill, New York, 2001; Physician's Desk Reference, 60th ed., 2006. por ejemplo, los agentes anti-cáncer que se pueden usar en combinación con los compuestos de la invención se conocen en la técnica.Ver,por ejemplo,patente de Estados Unidos 9,101,622 (sección 5.2 de la misma) y patente de Estados Unidos 9,345,705 B2 (columnas 12-18 de la misma). Los ejemplos representativos de agentes activos y regímenes de tratamiento adicionales incluyen radioterapia, agentes quimioterapéuticos (por ejemplo, inhibidores mitóticos, inhibidores de angiogénesis, antihormonas, inhibidores de autofagia, agentes alquilantes, antibióticos intercalantes, inhibidores de factor de crecimiento, antiandrógenos, inhibidores de la vía de transducción de señales, agentes antimicrotúbulos, complejos de coordinación de platino, inhibidores de HDAC, inhibidores de proteasoma e inhibidores de topoisomerasa), inmunomoduladores, anticuerpos terapéuticos (por ejemplo, anticuerpos monoespecíficos y biespecíficos) y terapia con CAR-T.
En algunas realizaciones, el compuesto de la fórmula (I) de la invención y el agente terapéutico anti-cáncer adicional se pueden administrar con menos de 5 minutos de diferencia, menos de 30 minutos de diferencia, menos de 1 hora de diferencia, a aproximadamente 1 hora de diferencia, a aproximadamente 1 a aproximadamente 2 horas de diferencia, a aproximadamente 2 horas a aproximadamente 3 horas de diferencia, a aproximadamente 3 horas a aproximadamente 4 horas de diferencia, a aproximadamente 4 horas a aproximadamente 5 horas de diferencia, a aproximadamente 5 horas a aproximadamente 6 horas de diferencia, a aproximadamente 6 horas a aproximadamente 7 horas de diferencia, a aproximadamente 7 horas a aproximadamente 8 horas de diferencia, a aproximadamente 8 horas a aproximadamente 9 horas de diferencia, a aproximadamente 9 horas a aproximadamente 10 horas de diferencia, a aproximadamente 10 horas a aproximadamente 11 horas de diferencia, a aproximadamente 11 horas a aproximadamente 12 horas de diferencia, a aproximadamente 12 horas a 18 horas de diferencia, 18 horas a 24 horas de diferencia, 24 horas a 36 horas de diferencia, 36 horas a 48 horas de diferencia, 48 horas a 52 horas de diferencia, 52 horas a 60 horas de diferencia, 60 horas a 72 horas de diferencia, 72 horas a 84 horas de diferencia, 84 horas a 96 horas de diferencia, o 96 horas a 120 horas de diferencia. Los dos o más productos anti-cáncer se pueden administrar dentro de la misma visita del paciente.
En algunas realizaciones que implican el tratamiento contra cáncer, el compuesto bifuncional de la fórmula (I) y el agente anticanceroso o terapéutico adicional se administran de manera cíclica. La terapia de ciclo implica la administración de un agente terapéutico anti-cáncer durante un período de tiempo, seguido de la administración de un segundo agente terapéutico anti-cáncer durante un período de tiempo y repetir esta administración secuencial, es decir, el ciclo, a fin de reducir el desarrollo de resistencia a uno o ambos de los agentes terapéuticos anti-cáncer, para evitar o reducir los efectos secundarios de uno o ambos de los agentes terapéuticos anti-cáncer, y/o para mejorar la eficacia de las terapias. En un ejemplo, la terapia de ciclo implica la administración de un primer agente terapéutico anti-cáncer durante un período de tiempo, seguido de la administración de un segundo agente terapéutico anti-cáncer durante un período de tiempo, opcionalmente, seguido de la administración de un tercer agente terapéutico anti-cáncer durante un período de tiempo y así sucesivamente, y repetir esta administración secuencial, es decir, el ciclo a fin de reducir el desarrollo de resistencia a uno de los agentes terapéuticos anti cáncer, para evitar o reducir los efectos secundarios de uno de los agentes terapéuticos anti-cáncer, y/o para mejorar la eficacia de los agentes terapéuticos anti-cáncer.
En algunas realizaciones, un compuesto bifuncional de la fórmula (I) se puede usar en combinación con otros agentes anti-NB o anti-cáncer, ejemplos de los cuales incluyen dinutuximab (por ejemplo, para NB), ciclofosfamida (por ejemplo, neuroblastoma), busulfan más clorhidrato de melfalán, carboplatino más fosfato de etopósido y clorhidrato de melfalán (clorhidrato de doxorubicina, unituxin (dinutuximab), sulfato de vincristina, (Entrectinib (por ejemplo, para cáncer cerebral, cáncer del sistema nervioso central [SNC]), Hu3F8 más células asesinas naturales donadas (por ejemplo, para neuroblastoma persistente o recurrente), Hu3F8 más factor estimulante de colonias de granulocitos y macrófagos (GM-CSF) (por ejemplo, para neuroblastoma recidivante/refractario), inmunoterapia Hu3F8/GM-CSF más isotretinoína (por ejemplo, para la consolidación de la primera remisión de pacientes con NB), Venetoclax (por ejemplo, para cánceres persistentes o recurrentes, incluidos n, leucemia y linfoma no Hodgkin), vacuna bivalente con el adyuvante inmunológico OPT-821, en combinación con 13-glucano oral (por ejemplo, para NB), Trametinib (por ejemplo, para tumores de células germinales, cáncer de hígado, cáncer de riñón, neuroblastoma, cáncer pediátrico tumores cerebrales, osteosarcoma, sarcoma de Ewing, rabdomiosarcoma, sarcoma de tejidos blandos, tumor de Wilms), cobimetinib (por ejemplo, para melanoma, tumores cerebrales pediátricos y sarcoma de tejidos blandos) y radioinmunoterapia intratecal con 131I-8H9 (por ejemplo, para tumores cerebrales, primarios, cáncer cerebral y cáncer de CNS).
Kits farmacéuticos
Las presentes composiciones se pueden ensamblar en kits o sistemas farmacéuticos. Los kits o sistemas farmacéuticos de acuerdo con este aspecto de la invención incluyen un portador o envase tal como una caja, cartón, tubo o similar, que tiene en confinamiento cercano en el mismo uno o más recipientes, tal como viales, tubos, ampollas o botellas, que contienen el compuesto bifuncional de la fórmula (I) de la presente invención o una composición farmacéutica. Los kits o sistemas farmacéuticos de la invención también pueden incluir instrucciones impresas para usar los compuestos y composiciones.
En algunas realizaciones, el método para usar el compuesto bifuncional de la fórmula (II) como una sonda para EP300 comprende poner en contacto células lisadas sospechosas de contener EP300 con el compuesto de la fórmula (II) y estreptavidina inmovilizada en un portador (por ejemplo, perlas tal como perlas magnéticas); aislar complejos formados por la unión de molécula y proteína a través de la unión de biotina-estreptavidina; y confirmar la presencia de EP300 en el complejo a través de técnicas estándar en la técnica (por ejemplo, inmunotransferencia).
Estos y otros aspectos de la presente invención se apreciarán adicionalmente tras la consideración de los siguientes ejemplos, que se propone que ilustren ciertas realizaciones particulares de la invención pero no se propone que limiten su alcance, como se define por las reivindicaciones.
Ejemplos
Ejemplo 1:Síntesis de 12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)dodecanamida (compuesto (CPD) 1).
A una solución del compuestoA(18,5 g, 163,5 mmol) y 1-(bromometil)-4-fluorobenceno (37,2 g, 196,5 mmol) en DMF (200 ml) se adicionó K2CO3 (67,5 g, 490 mmol). La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente (ta) durante la noche y entonces se extinguió con agua. La mezcla se extrajo con EtOAc y se lavó con agua y salmuera. El extracto orgánico se secó sobre Na2SO4 y concentró a presión reducida. El producto crudo se purificó por cromatografía en gel de sílice (metanol: CH2Ch, 1:20) para proporcionar el compuestoA-1(15 g, 41,5 %).
A una solución en agitación del compuestoA-1(15 g, 67,8 mmol) en CH2Ch seco (300 ml) se adicionó bromuro de 2-bromoacetilo (27,4 g, 135,6 mmol). La mezcla resultante se agitó a temperatura ambiente durante 2 horas y extinguió se extinguió con NaHCO3. La reacción se extrajo con CH2Cl2. El extracto orgánico se secó sobre Na2SO4 y concentró a presión reducida. El producto crudo se purificó por cromatografía en gel de sílice (éter de petróleo: acetato de etilo, 1:1) para proporcionar el compuesto intermedioSM-2(15,3 g, 66 %) como un aceite.
A una solución en agitación deSM-1(31 g, 164 mmol) en una mezcla 1:1 de tolueno y MeCN (800 ml) se adicionó Znl2 (5,2 g, 16,4 mmol) y cianuro de trimetilsililo (TMSCN) (33 g, 328 mmol). La mezcla se calentó a reflujo durante 1 hora. La reacción se enfrió y el solvente se removió a presión reducida. El residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice (hexano/acetato de etilo, gradiente) para proporcionar el compuesto intermedioint-1(28 g, 60 %).
Int-1(28 g, 97,2 mmol) se captó en etanol (400 ml) y se enfrió a 4 °C. Se adicionó cloruro de acetilo (280 ml, 3,9 mol) gota a gota a través de un embudo de adición a una velocidad tal como para mantener la temperatura por debajo de 20 °C. La reacción se agitó durante 48 horas, tiempo durante el cual se concentró a presión reducida para dar un sólido amarillo claro. El sólido amarillo claro se dividió entre acetato de etilo y NaHCO3 acuoso. El extracto orgánico se secó, se concentró y se trituró con una mezcla 1:1 de éter de petróleo y acetato de etilo. El producto crudoint-2(15 g) se usó directamente en el paso posterior.
Una solución del producto crudoint-2(15 g) en THF (300 ml) y trietilamina (12 g, 116 mmol) se enfrió a 5 °C y se trató cuidadosamente con una solución de trifosgeno (8,6 g, 29 mmol) en 40 ml de THF, para mantener la temperatura por debajo de 10 °C. La mezcla se agitó durante 1 hora, se trató con HCl 6 N hasta pH 2, y la mezcla resultante se agitó a 5 °C durante 30 minutos adicionales. Aproximadamente la mitad del volumen del solvente de la mezcla de reacción se removió a presión reducida y la mezcla restante se dividió entre agua y acetato de etilo. El extracto orgánico se secó sobre Na2SO4 y concentró a presión reducida. El residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice (hexano/acetato de etilo, gradiente) para proporcionar el compuesto intermedioint-4(8 g) como un sólido amarillo.
2-((R)-5-amino-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)-N-((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)acetamida (int-6)
A una suspensión en agitación deint-4(8 g, 30,6 mmol) en metanol (80 ml) se adicionó HCl acuoso concentrado (20 ml, 12 M). La mezcla se calentó a reflujo durante 3 horas. El precipitado resultante se filtró y se secó para proporcionar el compuesto intermedioint-5(4 g, 60 %) como un sólido amarillo.
A una solución deint-5(4 g, 18 mmol) y SM-2 (6,2 g, 18 mmol) en DMF (40 ml) se adicionó K2CO3 (7,4 g, 54 mmol). La mezcla de reacción se agitó entonces a temperatura ambiente durante 2 horas, se extinguió con agua, se extrajo con EtOAc, se lavó con agua y salmuera, se secó, se concentró a presión reducida, se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice (metanol: CH2Ch, 1:20) para dar el compuesto intermedioint-6(6 g, 69,5 %) como un sólido blanco.
2-((R)-5-acetamido-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-((S)-1-aminopropan-2-il)-N-(4-fluorobencil)acetamida (Int-7)
Int-7 se sintetizó de acuerdo con Michaelides et al., ACS Med. Chem. Lett. 2018, 9:28-33 (2018).
Ácido 4-(((R)-3'-(2- ((4-fluorobencil)((S) -1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5' -oxazolidin]-5-il)amino)-4-oxobutanoico (int-8)
Int-8 se sintetizó de acuerdo con Michaelides et al., ACS Med. Chem. Lett. 2018, 9:28-33 (2018).
A una solución en agitación deint-6(6 mg, 0,01 mmol) y compuestoSM-3(6 mg, 0,01 mmol) en DMF (1 mL) se adicionó DIPEA (35 pl, 0,1 mmol), seguido por 1 -[bis (dimetilamino)metileno]-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]piridinio 3-óxido hexafluorofosfato (HATU) (12 mg, 0,02 mmol) en una porción a ta. La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante 30 min. Después del consumo del material de partida, que se monitoreó por cromatografía de capa fina (TLC), la mezcla de reacción se diluyó con agua y EtOAc. Los extractos orgánicos combinados se secaron sobre Na2SO4 anhidro y se concentraron a presión reducida para obtener el producto crudo, que se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice con EtOAc/éter de petróleo 1:1 para proporcionar CPD1(6,2 mg, 45 %) como un sólido amarillo.
Ejemplo 2:Síntesis de 1-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidrosiro[indeno-1,5'-oxazolidinl-5-il)-3,6,9,12,15,18-hexaoxahenicosan-21-amida (CpD 2).
A una solución en agitación deint-6(6 mg, 0,01 mmol) y compuestoSM-4(6 mg, 0,01 mmol) en DMF (1 mL) se adicionó DIPEA (17 pl, 0,05 mmol) seguido de HATU (11,4 mg, 0,025) en una porción a temperatura ambiente (reacción exotérmica). La mezcla de reacción se agitó a rt durante 30 min. Después del consumo del material inicial (por TLC), la mezcla de reacción se diluyó con agua y EtOAc. Los extractos orgánicos combinados se secaron sobre Na2SO4 anhidro y se concentraron a presión reducida para obtener el producto crudo, que se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice con EtOAc/éter de petróleo 1:1 para proporcionar CpD 2 (6 mg, 40 %) como un sólido amarillo.
Ejemplo 3:Síntesis de 8-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)-N-((R)-3-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2'4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)octanamida (Cp D 3).
CPD 3 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir de int-6 y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 3 como un polvo amarillo (53 % de rendimiento).
Ejemplo 4:Síntesis de 10-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)-N-((R)-3-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidrosi)iro[indeno-1,5'-oxazolidinl-5-il)decanamida (CPD 4).
CPD 4 se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD4como un polvo amarillo (15 mg, 40%de rendimiento).
MS (ESI) calcda. para C46H48F4N6O9: 904,34; Encontrada: [M+1] 905,54, 906,53.
Ejemplo 5:Síntesis de 2-((1R)-5-(3-(8-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)octil)ureido)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)-N-((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)acetamida (CPD 5).
CPD5se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD5como un polvo amarillo (2 mg, 12 % de rendimiento).
MS (ESI) calcda. para C45H47F4N7O9: 905,34; Encontrada: [M+1] 906,60, 907,29.
Ejemplo 6:Síntesis de 12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)dodecanamida (CPD 6).
CPD6se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD6como un polvo amarillo (7 mg, 72 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, Acetona-cfe) 69,90 (d,J =4,0 Hz, 1H), 9,26 (d,J =5,1 Hz, 1H), 7,90 (d,J =7,7 Hz, 1H), 7,59 (td,J =7,8, 2,7 Hz, 1H), 7,49 (d,J =9,7 Hz, 3H), 7,36 - 7,31 (m, 1H), 7,22 (t,J =8,6 Hz, 2H), 7,13 - 7,00 (m, 3H), 6,42 (d,J= 5,9 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,8 Hz, 1H), 5,07 (ddd,J =12,1, 7,6, 4,2 Hz, 2H), 4,97 - 4,81 (m, 1H), 4,67 (dd,J =71,1, 16,7 Hz, 1H), 4,43 (dd,J =90,6, 16,6 Hz, 1H), 3,38 (q,J =6,3 Hz, 2H), 3,28 - 3,04 (m, 2H), 3,03 -2,85 (m, 3H), 2,85 - 2,70 (m, 4H), 2,56 (dddd,J =14,5, 12,1, 8,6, 4,2 Hz, 1H), 2,39 (t,J =7,2 Hz, 2H), 2,27 - 2,17 (m, 1H), 2,07 (p,J =2,2 Hz, 2H), 1,73 - 1,67 (m, 4H), 1,39 (dd,J =38,4, 5,3 Hz, 12H).
MS (ESI) calcda. para C48H52F4N6O9: 932,37; Encontrada: [M+1] 933,36, 934,38.
Ejemplo 7:Síntesis de 12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)dodecanamida (CPD 7).
CPD 7 se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 7 como un polvo amarillo (14 mg, 72 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, Acetona-da) 89,91 (s, 1H), 9,31 (s, 1H), 7,85 (s, 1H), 7,60 - 7,56 (m, 1H), 7,52 - 7,47 (m, 3H), 7,34 (dd,J =8,3, 5,3 Hz, 1H), 7,22 (t,J =8,8 Hz, 2H), 7,12 -7,00 (m, 3H), 6,60 (t,J= 5,9 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,7 Hz, 1H), 5,12 -5,04 (m, 2H), 4,96 -4,84 (m, 1H), 4,67 (dd,J =69,9, 16,7 Hz, 1H), 4,43 (dd,J =91,2, 16,6 Hz, 1H), 3,80 (t,J =5,9 Hz, 2H), 3,71 (t,J =5,1 Hz, 2H), 3,51 - 3,47 (m, 2H), 3,22 (dt,J =15,3, 7,3 Hz, 1H), 3,09 (ddd,J =15,2, 8,8, 4,0 Hz, 1H), 3,00 - 2,95 (m, 2H), 2,84 (d,J =16,7 Hz, 4H), 2,78 - 2,75 (m, 2H), 2,63 - 2,50 (m, 4H), 2,22 (ddt,J =12,8, 5,4, 2,5 Hz, 1H), 2,07 (t,J =2,2 Hz, 2H), 1,50 (d,J =6,8 Hz, 1H), 1,43 (d,J =7,2 Hz, 2H).
MS (ESI) calcda. para C45H46F4N6O12: 938,31; Encontrada: [M+1] 939,40, 940,50.
Ejemplo 8:Síntesis de 3-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)etoxi)etoxi)etoxi)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[inden-1,5'-oxazolidin]-5-il)propanamida (CPD 8).
CPD 8 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 8 como un polvo amarillo (10,8 mg, 66 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,88 (s, 1H), 9,65 (d,J =7,3 Hz, 1H), 7,87 (s, 1H), 7,59 - 7,49 (m, 4H), 7,32 (dt,J= 22,6, 5,7 Hz, 2H), 7,21 (d,J= 8,8 Hz, 1H), 7,01 (d,J= 2,1 Hz, 1H), 6,93 (dd,J =8,3, 2,2 Hz, 1H), 6,32 (t,J= 5,5 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,7 Hz, 1H), 5,06 (dd,J= 12,6, 5,4 Hz, 2H), 4,96 -4,84 (m, 1H), 4,67 (dd,J =70,8, 16,7 Hz, 1H), 4,43 (dd,J =88,2, 16,6 Hz, 1H), 3,99 (h,J =6,6 Hz, 2H), 3,48 (q,J =7,4 Hz, 2H), 3,25 (dq,J= 36,5, 7,5, 6,9 Hz, 6H), 3,09 (ddd,J =16,3, 8,8, 3,9 Hz, 2H), 3,01 - 2,91 (m, 2H), 2,82 - 2,73 (m, 4H), 2,55 (ddd,J =14,4, 8,2, 3,9 Hz, 1H), 2,40 (t,J =7,0 Hz, 2H), 2,22 - 2,14 (m, 4H), 2,07 (p,J =2,2 Hz, 2H), 1,89 - 1,83 (m, 2H), 1,68 (p,J =7,2 Hz, 2H), 1,62 - 1,57 (m, 2H), 1,48 -1,41 (m, 7H).
MS (ESI) calcda. para C52H59F4N7O10: 1017,43; Encontrada: [M+1] 1018,67, 1019,62.
Ejemplo9:Síntesis de 12-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)oxi)acetamido)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)dodecanamida (CPD 9).
CPD9se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD9como un polvo blanco (2 mg, 20 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, Acetona-da) 89,96 (s, 1H), 9,28 (s, 1H), 7,98 (s, 1H), 7,90 - 7,85 (m, 3H), 7,53 (d,J= 2,0 Hz, 2H), 7,49 (d,J= 3,0 Hz, 2H), 7,22 (t,J= 8,7 Hz, 2H), 5,51 (p,J= 7,8 Hz, 1H), 5,20 -5,13 (m, 2H), 5,10 -5,00 (m, 2H), 4,96 - 4,83 (m, 2H), 4,56 (dd,J= 42,2, 16,6 Hz, 2H), 4,33 (d,J= 16,8 Hz, 1H), 3,37 - 3,19 (m, 6H), 3,14 - 2,97 (m, 4H), 2,78 - 2,71 (m, 2H), 2,54 (ddd,J =14,5, 8,3, 3,8 Hz, 2H), 2,38 (t,J =7,4 Hz, 2H), 2,29 - 2,24 (m, 2H), 1,69 (t,J=7,3Hz, 3H), 1,59 - 1,47 (m, 7H), 1,43 (d,J =7,3 Hz, 4H).
MS (ESI) calcda. para C50H54F4N6O11: 990,38; Encontrada: [M+1] 991,57, 992,37.
Ejemplo 10:Síntesis de 6-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)-N-(4-(((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((R)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)amino)-4-oxobutil)hexanamida (CPD 10).
CPD 10 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir de int-6 y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 10 como un polvo amarillo (12 mg, 71 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,87 (s, 1H), 9,62 (d,J= 5,5 Hz, 1H), 7,87 (d, J= 5,6 Hz, 1H), 7,58 - 7,43 (m, 6H), 7,22 (t,J= 8,7 Hz, 2H), 7,01 (d,J =2,2 Hz, 1H), 6,92 (dd,J= 8,4, 2,2 Hz, 1H), 6,35 (t,J =5,5 Hz, 1H), 5,51 (p,J= 7,8 Hz, 1H), 5,06 (dt,J =10,7, 3,3 Hz, 2H), 4,96 -4,84 (m, 1H), 4,67 (dd,J =70,1, 16,7 Hz, 1H), 4,43 (dd,J =90,3, 16,6 Hz, 1H), 3,25 (dq,J= 39,8, 7,6, 7,0 Hz, 6H), 3,10 (ddt,J =16,1, 8,7, 3,9 Hz, 2H), 3,01 -2,92 (m, 2H), 2,80 -2,71 (m, 4H), 2,54 (ddd,J =14,4, 8,3, 3,9 Hz, 1H), 2,40 (t,J =7,0 Hz, 2H), 2,25 -2,13 (m, 4H), 1,84 (q,J= 6,9 Hz, 2H), 1,70 - 1,64 (m, 4H).
Ejemplo 11:Síntesis de 4-(3-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)etoxi)etoxi)etoxi)propanamido)-N-((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((R) -1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro [inden-1,5'-oxazolidin]-5-il)butanamida (CPD 11).
CPD11se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD11como un polvo amarillo (10 mg, 56 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,98 (s, 1H), 9,57 (s, 1H), 7,87 (s, 1H), 7,62 - 7,57 (m, 1H), 7,51 - 7,45 (m, 3H), 7,25 (dt,J= 31,7, 7,3 Hz, 3H), 7,13 - 7,01 (m, 3H), 6,62 (q,J= 5,9 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,8 Hz, 1H), 5,13 - 4,86 (m, 4H), 4,67 (dd,J =69,4, 16,7 Hz, 1H), 4,43 (dd,J= 92,2, 16,6 Hz, 1H), 3,73 (tt,J= 13,1, 6,0 Hz, 6H), 3,60 -3,48 (m, 6H), 3,33 - 3,18 (m, 4H), 3,10 (ddd,J= 20,1, 9,9, 5,5 Hz, 2H), 3,05 - 2,92 (m, 2H), 2,75 (ddd,J= 16,4, 7,2, 4,7 Hz, 4H), 2,59 - 2,51 (m, 1H), 2,40 (q,J =7,4, 6,8 Hz, 4H), 2,23 (dtd,J= 10,4, 5,5, 2,8 Hz, 1H), 1,84 (t,J= 6,8 Hz, 2H).
MS (ESI) calcda. para C49H53F4N7O13: 1023,36; Encontrada: [M+1] 1024,67, 1025,62.
Ejemplo 12:Síntesis de 6-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)-N-(4-(3-(((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)amino)-3-oxopropil)fenil)hexanamida (CPD 12).
CPD12se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD12como un polvo amarillo (12,5 mg, 79 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,86 (s, 1H), 9,30 (d,J =4,8 Hz, 1H), 9,03 (s, 1H), 7,98 (s, 1H), 7,86 (s, 1H), 7,56 (d,J =8,1 Hz, 4H), 7,47 (s, 2H), 7,21 (d,J =10,9 Hz, 3H), 7,06 -6,91 (m, 3H), 6,35 (t,J= 5,6 Hz, 1H), 5,51 (p,J= 7,9 Hz, 1H), 5,11 -5,01 (m, 3H), 4,88 (t,J= 13,7 Hz, 1H), 4,67 (dd,J= 70,4, 16,8 Hz, 1H), 4,53 -4,31 (m, 1H), 3,32 -3,18 (m, 4H), 3,14 - 3,04 (m, 2H), 2,54 (ddd,J =13,3, 8,1, 3,7 Hz, 2H), 2,38 (t,J =7,4 Hz, 2H), 2,18 (dt,J =11,2, 5,4 Hz, 2H), 1,73 (q,J =8,0 Hz, 6H), 1,51 (d,J =6,8 Hz, 6H).
MS (ESI) calcda. para C51H49F4N7O10: 995,35; Encontrada: [M+1] 996,70, 997,73.
Ejemplo 13:Síntesis de 12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-13-dioxoisoindolin-5-il)amino)-N-(4-(3-(((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)amino)-3-oxopropil)fenil)dodecanamida (CPD 13).
CPD 13 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir de int-6 y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD13como un polvo amarillo (15 mg, 88 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,86 (s, 1H), 9,30 (d,J =4,8 Hz, 1H), 9,01 (s, 1H), 8,73 (d,J =4,4 Hz, 1H), 8,42 (d,J =8,3 Hz, 1H), 7,98 (s, 1H), 7,86 (s, 1H), 7,57 (d,J =8,2 Hz, 2H), 7,52 -7,48 (m, 2H), 7,22 -7,17 (m, 3H), 7,09 - 6,90 (m, 3H), 6,32 (t,J =5,6 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,7 Hz, 1H), 5,11 - 5,01 (m, 3H), 4,88 (t,J =13,9 Hz, 1H), 4,67 (dd,J =70,0, 16,7 Hz, 1H), 4,42 (dd,J= 91,7, 16,6 Hz, 1H), 3,25 (dq,J =43,4, 7,4, 6,9 Hz, 4H), 3,09 (ddd,J =16,3, 8,6, 3,8 Hz, 2H), 2,96 (s, 4H), 2,79 (s, 4H), 2,68 (t,J =7,4 Hz, 3H), 2,54 (ddd,J =14,1, 8,1, 3,7 Hz, 2H), 2,34 (t,J =7,4 Hz, 3H), 2,18 (t,J =3,7 Hz, 1H), 1,68 (q,J =7,5 Hz, 5H), 1,50 -1,41 (m, 9H).
MS (ESI) calcda. para C57H61F4N7O10: 1079,44, Encontrada: [M+1]1080,65, 1081,48.
Ejemplo 14:Síntesis de 3-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)amino)etoxi)etoxi)etoxi)-N-(4-(3-(((R)-3'-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro [indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)amino)-3-oxopropil)fenil)propenamida (CPD 14).
CPD14se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-6y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD14como un polvo amarillo (12 mg, 70 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, Acetona-da) 89,93 (s, 1H), 9,28 (d,J =4,7 Hz, 1H), 9,06 (s, 1H), 7,86 (s, 1H), 7,57 (dd,J =7,7, 3,7 Hz, 3H), 7,49 (ddd,J =8,6, 4,6, 1,7 Hz, 3H), 7,24 -7,15 (m, 4H), 7,07 (dd,J= 29,3, 7,8 Hz, 3H), 6,60 (t,J =5,7 Hz, 1H), 5,51 (p,J =7,8 Hz, 1H), 5,13 - 5,01 (m, 3H), 4,96 - 4,86 (m, 1H), 4,67 (dd,J =70,3, 16,7 Hz, 1H), 4,42 (dd,J= 91,8, 16,6 Hz, 1H), 3,78 (t,J =6,0 Hz, 2H), 3,70 (t,J= 5,3 Hz, 2H), 3,61 - 3,53 (m, 2H), 3,49 (q,J =5,0 Hz, 3H), 3,24 - 3,19 (m, 1H), 3,12 - 3,06 (m, 1H), 2,97 - 2,92 (m, 4H), 2,79 (p,J =1,9 Hz, 2H), 2,76 (dd,J =6,5, 4,1 Hz, 2H), 2,67 (t,J =7,5 Hz, 2H), 2,56 (t,J =6,0 Hz, 3H), 2,22 (ddt,J= 9,5, 5,2, 2,6 Hz, 1H), 1,50 (d,J =6,6 Hz, 4H), 1,43 (d,J =7,3 Hz, 2H).
Ejemplo 15:Síntesis de N-((R)-2-(2-((R)-5-acetamido-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)acetamido)propil)-12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)dodecanamida (CPD 15).
CPD 15 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir de (R,R)-isómero de int-7 y compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 15 como un polvo amarillo (10 mg, 69 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 89,86 (s, 1H), 9,32 (s, 1H), 7,86 (s, 1H), 7,57 (dd,J= 8,3, 1,4 Hz, 1H), 7,52 -7,40 (m, 4H), 7,36 - 7,31 (m, 2H), 7,25 - 7,16 (m, 2H), 7,08 - 7,01 (m, 3H), 6,93 (ddd,J= 8,3, 3,3, 2,1 Hz, 2H), 6,32 (q,J =6,1 Hz, 1H), 5,06 (dd,J =12,6, 5,4 Hz, 1H), 4,84 (d,J= 16,0 Hz, 1H), 4,77 (d,J= 16,5 Hz, 1H), 4,72 (d,J= 7,3 Hz, 1H), 4,65 (d,J= 16,5 Hz, 1H), 4,52 (d,J =16,5 Hz, 1H), 4,44 (d,J =16,0 Hz, 1H), 4,37 (dt,J =8,4, 6,3 Hz, 1H), 4,27 (d,J =16,4 Hz, 1H), 4,00 (p,J =6,6 Hz, 1H), 3,52 - 3,39 (m, 3H), 3,28 (dt,J =10,2, 4,1 Hz, 5H), 3,25 -3,18 (m, 2H), 3,10 (ddd,J =16,4, 8,7, 4,1 Hz, 2H), 3,01 - 2,92 (m, 2H), 2,82 - 2,74 (m, 6H), 2,57 (dddd,J =17,6, 14,2, 8,2, 3,7 Hz, 2H), 2,28 -2,14 (m, 4H), 1,68 (td,J =7,4, 4,2 Hz, 3H), 1,61 - 1,53 (m, 3H).
MS (ESI) calcda. para C50H58FN7O10: 935,42; Encontrada: [M+1] 936,74, 937,65.
Ejemplo 16:Síntesis de N-((S)-2-(2-((R)-5-acetamido-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)acetamido)propil)-12-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)dodecanamida (CPD 16).
CPD 16 se preparó de manera análoga a CPD 2 en el ejemplo 2 a partir de int-7 y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD 16 como un polvo amarillo (9,6 mg, 68 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, Acetona-da) 59,86 (s, 1H), 9,33 (d,J = 4,0 Hz,1H), 7,87 (s, 1H), 7,55 (dd,J =18,0, 8,4 Hz, 3H), 7,51 - 7,45 (m, 2H), 7,42 (dd,J= 8,4, 2,0 Hz, 1H), 7,38 - 7,32 (m, 2H), 7,28 (s, 1H), 7,19 (t,J =8,8 Hz, 1H), 7,11 - 7,03 (m, 2H), 7,02 (d,J =2,2 Hz, 2H), 6,93 (dt,J= 8,4, 1,6 Hz, 1H), 6,33 (d,J= 5,7 Hz, 1H), 5,06 (dd,J= 12,6, 5,4 Hz, 1H), 4,88 (d,J= 16,1 Hz, 1H), 4,79 (d,J =16,6 Hz, 1H), 4,72 (d,J =6,3 Hz, 1H), 4,61 (d,J =16,6 Hz, 1H), 4,48 (d,J =16,5 Hz, 1H), 4,40 (d,J =16,0 Hz, 1H), 4,30 (d,J =16,5 Hz, 1H), 4,01 (p,J =6,6 Hz, 1H), 3,53 - 3,39 (m, 2H), 3,32 - 3,19 (m, 6H), 3,10 (ddt,J =17,0, 8,7, 4,3 Hz, 2H), 3,01 - 2,93 (m, 2H), 2,83 - 2,72 (m, 6H), 2,57 (dddd,J =18,5, 14,4, 8,2, 3,7 Hz, 2H), 2,29 - 2,13 (m, 4H), 1,68 (p,J =7,2 Hz, 3H), 1,58 (p,J =7,3 Hz, 3H).
MS (ESI) calcda. para C50H58FN7O10: 935,42; Encontrada: [M+1] 936,74, 937,65.
Ejemplo 17:Síntesis de N-((S)-2-(2-((R)-5-acetamido-2 ',4' -dioxo-2,3-dihidroespiro [indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)acetamido)propil)-3-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-N)amino)etoxi)etoxi)etoxi)etoxi)propanamida (CPD 17).
CPD17se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-7y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD17como un polvo amarillo (8,4 mg, 86 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 59,96 (s, 1H), 9,31 (s, 1H), 7,85 (d,J =15,6 Hz, 1H), 7,61 - 7,57 (m, 1H), 7,53 (d,J =8,3 Hz, 1H), 7,47 (dt,J= 8,5, 4,2 Hz, 1H), 7,43 -7,38 (m, 1H), 7,36 -7,30 (m, 1H), 7,21 -6,99 (m, 5H), 6,62 (t,J =5,8 Hz, 1H), 5,09 (ddd,J= 12,8, 5,5, 1,7 Hz, 1H), 4,89 (d,J= 16,0 Hz, 1H), 4,80 (d,J= 16,5 Hz, 1H), 4,70 (d,J= 9,4 Hz, 1H), 4,61 (d,J= 16,5 Hz, 1H), 4,42 -4,35 (m, 1H), 3,76 -3,73 (m, 2H), 3,70 (td,J =6,2, 1,4 Hz, 3H), 3,65 - 3,62 (m, 4H), 3,59 - 3,57 (m, 2H), 3,56 - 3,51 (m, 4H), 3,48 - 3,37 (m, 2H), 3,25 (dtt,J =18,2, 9,8, 4,1 Hz, 2H), 3,10 (ddt,J =12,6, 8,8, 3,9 Hz, 1H), 3,02 -2,91 (m, 2H), 2,80 -2,75 (m, 4H), 2,61 -2,37 (m, 4H), 2,22 (ddt,J =13,0, 5,7, 2,1 Hz, 2H).
MS (ESI) calcda. para C47H52FN7O13: 941,36; Encontrada: [M+1] 942,67, 943,65.
Ejemplo 18:Síntesis de N-((S)-2-(2-((R)-5-acetamido-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-3'-il)-N-(4-fluorobencil)acetamido)propil)-8-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)amino)octanamida (CPD 18).
CPD18se preparó de manera análoga a CPD1en el ejemplo 1 a partir deint-7y el compuesto intermedio de IMiD apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-10 %) para dar CPD18como un polvo amarillo (7,2 mg, 82 % de rendimiento).
1H RMN (500 MHz, A ce tona^) 59,87 (s, 1H), 9,28 (d,J= 4,3 Hz, 1H), 7,81 (d, J= 2,9 Hz, 1H), 7,53 - 7,48 (m, 3H), 7,35 - 7,32 (m, 2H), 7,18 (t,J= 8,8 Hz, 1H), 7,07 (t,J= 8,8 Hz, 2H), 6,95 (t,J= 2,6 Hz, 1H), 6,85 (dt,J= 8,3, 1,8 Hz, 1H), 6,31 - 6,17 (m, 1H), 5,06 (dd,J =12,6, 5,4 Hz, 1H), 4,92 (d,J =16,1 Hz, 1H), 4,80 (d,J =16,5 Hz, 1H), 4,72 (d,J =4,1 Hz, 1H), 4,62 (d,J= 16,6 Hz, 1H), 4,49 (d,J =16,5 Hz, 1H), 4,43 -4,34 (m, 2H), 4,28 (dd,J =16,5, 1,4 Hz, 1H), 3,51 (ddq,J =9,3, 4,6, 2,2 Hz, 1H), 3,28 - 3,21 (m, 4H), 3,10 (dt,J =8,3, 4,0 Hz, 1H), 2,98 -2,92 (m, 1H), 2,80 -2,71 (m, 4H), 2,56 (ddt,J =9,9, 7,6, 4,2 Hz, 1H), 2,28 -2,16 (m, 4H), 1,67 - 1,62 (m, 4H), 1,48 - 1,37 (m, 4H).
MS (ESI) calcda. para C44H46FN7O10: 851,33; Encontrada: [M+1] 852,53, 853,44.
Ejemplo 19:Síntesis de N1-((R)-3-(2-((4-fluorobencilX(S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)-N4-(6-(((S)-1-((2S,4R)-4-hidroxi-2-((4-(4-metiltiazol-5-il)bencil)carbamoil)pirrolidin-1-il)-3,3-dimetil-1-oxobutan-2-il)amino)-6-oxohexil)succinimida (CPD 19).
CPD19se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-8y un compuesto intermedio de VHL-N2 apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-15 %) para dar CPD19como un polvo blanco (11 mg, 58 % de rendimiento).
MS (ESI) calcda. para C55H64F4N8O10S: 1104,44; Encontrada: [M+1] 1105,73, 1106,72.
Ejemplo 20:Síntesis de N1-((S)-3-(2-((4-fluorobencil)((R)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)-N4-((S)-13-((2S,4R)-4-hidroxi-2-((4-(4-metiltiazol-5-il)bencil)carbamoil)pirrolidin-1-carbonil)-14,14-dimetil-11-oxo-3,6,9-trioxa-12-azapentadecil)succinam (CPD 20).
CPD20se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-8y compuesto intermedio de VHL-N2 apropiado. El producto crudo se purificó por cromatografía ISCO (MeOH/DCM, 0-15 %) para dar CPD20como un polvo amarillo (12 mg, 59 % de rendimiento).
MS (ESI) calcda. para C57H68F4N8O13S: 1180,46; Encontrada: [M+1]1181,77, 1182,68.
Ejemplo 21:Síntesis de N1-((S)-3'-(2-((4-fluorobencil)((R)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4'-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)-N4-((S)-13-((2S,4R)-4-hidroxi-2-((4-(4-metiltiazol-5-il)bencil)carbamoil)pirrolidin-1-carbonil)-14,14-dimetil-11-oxo-3,6,9-trioxa-12-azapentadecil)succinamida (CPD 21).
CPD21se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-8y compuesto intermedio de VHLN2 apropiado.
Ejemplo 22:Síntesis de N1-((R)-3-(2-((4-fluorobencilX(S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2',4-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)-N4-(4-(((S)-1-((2S,4R)-4-hidroxi-2-((4-(4-metiltiazol-5-il)bencil)carbamoil)pirrolidin-1-il)-3,3-dimetil-1-oxobutan-2-il)carbamoil)bencil)succinamida (CPD 22).
CPD22se preparó de manera análoga a CPD2en el ejemplo 2 a partir deint-8y compuesto intermedio de VHL-N2 apropiado.
Ejemplo 23:Síntesis de N1-((R)-3-(2-((4-fluorobencil)((S)-1,1,1-trifluoropropan-2-il)amino)-2-oxoetil)-2'4-dioxo-2,3-dihidroespiro[indeno-1,5'-oxazolidin]-5-il)-N5-(15-oxo-19-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahidro-1H-tieno[3,4-
El compuesto3(30 mg, >95 % de rendimiento por LCMS) se obtuvo de manera análoga a los compuestos1y2a partir deint-6(30 mg, 0,06 mmol) y ácido de átomos de biotina-PEG3-20 (47,5 mg, 0,08 mmol).
Ejemplo 24:Degradación celular de p300/CBP en células de neuroblastoma de alto riesgo (NB) Kelly.
EP300 y CBP son proteínas de múltiples dominios que contienen un dominio de interacción de dominio inducible por cinasa (KID) (KIX), dominios de bromo, dedo de zinc y acetiltransferasa (HAT). Los dominios modificadores epigenéticos codificados permiten que tanto EP300 como CBP acoplen el reconocimiento del factor de transcripción a la remodelación de la cromatina, mediando críticamente en la expresión génica. Los estudios sobre el desarrollo de moléculas pequeñas para dirigirse a EP300/CBP se han centrado en el bromodominio, dominio KIX y dominio HAT (figura 2A).
Los efectos de varios inhibidores de EP300/CBP, C646, CBP30 y A485 se probaron en células Kelly NB. (figura 2B). Los resultados indican que el inhibidor de pan-HAT A485 fue superior a otros inhibidores de EP300/CBP conocidos para impulsar cambios de crecimiento en modelos celulares de NB a niveles submicromolares (figura 2C, figura 2<d>). Las células Kelly NB tratadas con dosis crecientes de A485 en ensayos de crecimiento CellTiter-Glo® demostraron inhibición de crecimiento (figura 2E) e inducción de apoptosis (figura 2F).
Ensayo de degradación celular
Las células de neuroblastoma de Kelly se sembraron a 1.000.000 de células por pozo en placas de 6 pozos y se trataron de una manera dependiente de la dosis durante 24 a 72 horas. Los productos lisados de células enteras se recolentaron usando amortiguador de lisis enfriado con hielo [NaCl 300 mM, Tris-HCl 50 mM, pH 7,5, Triton X-100 al 0,5 %, SDS al 1 %, ditiotreitol (DTT) 1 mM, cóctel inhibidor de proteasa Roche® (1:000), 25 unidades/ml de benzonasa] y se transfirieron a una concentración de proteína de 20 |jg. La extracción de histonas se realizó usando el kit de extracción de histonas totales EpiQuik® (0P-0006-100, Epigentek) y se transfirió a una concentración de proteína de 4 jg .
Los compuestos CPD 1 a CPD 22 se probaron mediante ensayo ATPlite® (kit de ensayo ATPlite® 1000, PerkinElmer®, EUA) usando un protocolo estándar. Las líneas celulares de Kelly se trataron con compuestos durante 72 horas y se usó el kit de ensayo ATPlite® para medir la inhibición del crecimiento celular. La señal se normaliza a las células tratadas con DMSO.
Los resultados, ilustrados en la figura 15A-figura 15G, muestran que los compuestos de la invención provocaron inhibición de células Kelly NB. CPD 1 (figura 15 A), CPD 8 (figura 15C) y CPD 16 (figura 15 E) superaron al control positivo A485. CPD 2 (control negativo), que no es permeable a las células, no inhibió el crecimiento celular (figura 15A).
Transferencia
Los productos lisados de células enteras se resolvieron en geles de poliacrilamida Tris-Acetato al 3-8 % de NuPAGE® (EA03785BOX, Invitrogen™) y productos lisados de extracción de histonas en geles de poliacrilamida Bis-Tris al 4-12 % de Bolt (NW04125BOX, Invitrogen®). Después, los geles se transfirieron a membranas de nitrocelulosa (LC2001, Invitrogen®). Los anticuerpos primarios y secundarios usados incluyeron anti-p300 a una dilución 1:500 (ab10485, Abcam®), anti-CBP a una dilución 1:1000 (ab2832, Abcam®), anti-Actina a una dilución 1:5000 (3700S, Cell Signaling Technology), anti-H3 a una dilución 1:1000 (4499S, Cell Signaling Technology®), anti-H3K27ac a una dilución 1:1000 (ab4729, Abcam®), anti-conejo de cabra IRDye®800 a una dilución 1:5000 (926-32211, LiCor® Biosciences) y anti-ratón de cabra IRDye®680 a una dilución 1:5000 (926-68070, LiCor®). La visualización se realizó en un sistema de imagenología infrarroja Odyssey (LiCor® Biosciences) (figura 3B, figura 4F y figura 4G).
Ejemplo 25:Dependencia de EP300 en células NB.
La detección y datos de bajo rendimiento han sugerido que se requiere selectivamente EP300, pero no CBP, para el crecimiento de células NB. El método experimental para el ensayo de formación de colonias es como se describe en Durbin et al., Nat Genet. 50(9):1240-60 (2018). Los resultados se muestran en la figura 3A.
Ejemplo 26:Ensayos AlphaLISA® y AlphaScreen®.
Un ensayo AlphaLISA® para la función catalítica de EP300 (figura 3B) y se desarrolló un ensayo AlphaScreen® para bromodominio y cereblon EP300 (CRBN) usando moléculas pequeñas marcadas biotiniladas como una sonda para bromodominio EP300 y CRBN, respectivamente (figura 3C).
El ensayo AlphaScreen™ se realizó en formato de placa de 384 pozos usando AlphaPlate blanco (PerkinElmer®, EUA), y la transferencia de compuesto pre-diluido (100 nl) se realizó usando una Janus Workstation (PerkinElmer®, EUA). Todos los pasos posteriores se llevaron a cabo en amortiguador de ensayo (ácido 4-(2-hidroxietil)-1-piperazinaetanosulfónico (HEPES) 50 mM, pH 7,5, albúmina de suero bovino (BSA) al 0,1 % (p/v) y Tween-20 al 0,01 % (v/v)). En resumen, se preincubaron 10 j l de amortiguador de ensayo que contenía enzima (2 nM final) durante 15 min con diluciones del compuesto. La reacción enzimática se inició por la adición de sustrato (5 j l ) que consiste en acetil Co-A 2-OG (5 jM final).
La concentración final de FAS fue 10 jM . La concentración final de histona cola-GGK biotina fue 100 nM final. La reacción enzimática se dejó proceder durante 30 minutos y se detuvo por la adición de 5 j l de amortiguador de ensayo que contenía ácido etilendiaminotetraacético (EDTA) (40 mM) y NaCl (1200 mM). La concentración final de dimetilsulfóxido (DMSO) fue 1 %. Las perlas donantes de estreptavidina (0,08 mg/ml) y las perlas aceptoras conjugadas con proteína A (0,08 mg/ml) se preincubaron durante 1 h con anticuerpo contra la marca de metilo (300 ng/ml final), y la presencia de la marca de acetilación del producto de histona H3 se detectó usando las perlas AlphaScreen® preincubadas (5 jl). La detección se permitió proceder durante 2 horas a temperatura ambiente, y las placas de ensayo se leyeron en el lector de placas Envision™ 2104. Los datos se normalizaron al control (sin enzima), y los valores de IC50 se determinaron mediante un ajuste de curva de regresión no lineal usando GraphPad Prism (figura 4E-figura 4H).
Los valores de IC50 para CDP 1 a CPD 22 que se generaron a partir del ensayo se reportan en la tabla 1.
Tabla 1. Valores de IC50 en células de Kell .
Se observó inhibición de crecimiento celular con los degradadores de la invención CPD 1, CPD 8, CPD 10, CPD 13, CPD 15 y CPD 16. La inhibición del crecimiento celular no se detectó ni se determinó con el resto de los compuestos.
EP300 es importante para la supervivencia de células cancerosas NB (figura 3A). El compuesto de la invención CPD 1 dimerizó selectivamente la proteína dirigida (EP300) a E3 ligasa (CRBN) sin afectar CBP CPD 1 indujo la degradación selectiva de EP300 en células cancerosas NB y destruyó las células NB con una potencia mucho mayor en comparación con el inhibidor solo.
Ejemplo 27:Función adaptadora de valoración putativa del degradador de EP300.
Para valorar experimentalmente la función del adaptador de los supuestos degradadores de EP300, se usa el ensayo de proximidad de luminiscencia (AlphaScreen®, PerkinElmer®) para las proteínas EP300 y CRBN-DDB1 recombinantes humanas como se reportó anteriormente para BRD4/CRBN-DDB1 (figura 5E) (Winter, et al. Science 348(6241):1376-81 (2015)).
Ejemplo 28:Inhibición de crecimiento celular con CPD 1, CPD 2 y A-485 usando ensayo ATPlite® de 4 días. Se usó una alícuota de la solución estándar de ATP (kit de ensayo ATPlite® 1000, PerkinElmer®, EUA) para preparar una serie de dilución en agua. Se pipeteó una serie de 100 pl de medio de cultivo completo sin células en los pozos de la placa. A cada pozo se adicionaron 50 pl de la solución de lisis de células de mamífero, y la placa se agitó durante 5 minutos en un agitador orbital a 700 rpm. Se adicionaron 10 pl de la serie de dilución de ATP a los pozos, y la placa se agitó durante 5 minutos en un agitador orbital a 700 rpm. Se adicionaron 50 |jl de la solución de sustrato y la placa se agitó durante 5 minutos en un agitador orbital a 700 rpm. La placa oscura adaptó la placa durante 10 minutos antes de medir la luminiscencia y luego preparar una curva estándar. Los resultados se resumen en la figura 7A-figura 7C. El compuesto de la invención CPD 1 superó al inhibidor A485 en las células MM.1S y U266.
Ejemplo 29:Inhibición de crecimiento celular con CPD 1, CPD 2 y A-485 usando ensayo de bromuro de 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolio (MTT) de 6 días.
Los medios de los cultivos celulares se descartaron. Para las células adherentes, el medio se aspiró cuidadosamente. Para las células en suspensión, la placa de 96 pozos a 1.000 x g, 4 °C, se centrifugó durante 5 minutos en una centrífuga compatible con microplacas y el medio se aspiró cuidadosamente. El volumen de medios existentes debe ser el mismo para cada muestra. Se adicionaron cincuenta (50) j l de medio libre de suero y 50 j l de solución de MTT en cada pozo. La placa se incubó a 37 °C durante 3 horas.
Después de la incubación, se adicionaron 150 j l de solvente MTT en cada pozo. La placa se envolvió en papel de aluminio y se agitó en un agitador orbital durante 15 minutos. La absorbancia se leyó a OD = 590 nm. La lectura se realizó dentro de 1 hora. Los resultados se resumen en la figura 8A-figura 8C. El compuesto de la invención CPD 1 superó al inhibidor A485 en células MM.1S y U266.
Ejemplo 30:Degradación selectiva de EP300 por CPD1.
El protocolo experimental es el mismo como en el ejemplo 24. El nivel de proteína se determinó por inmunotransferencia usando anticuerpo EP300, anticuerpo CBP o anticuerpo H3K27ac. El H3 total se usó como control de carga. El nivel de proteína se midió de una manera dependiente de la dosis o de una manera dependiente del tiempo.
Los resultados ilustrados en la figura 9A-figura 9D muestran una clara degradación de EP300 sin afectar el nivel de CBP en las primeras 36 horas, lo que confirmó la selectividad de CPD 1 hacia EP300 sobre CBP. Se observó la degradación de CBP después de 48 horas (figura 9B).
El estudio de proteómica mostró que EP300 se degradó de forma selectiva y significativa por el degradador de la invención CPD 1 (figura 9C). No se observaron cambios en el nivel de CBP Los resultados en la figura 9D mostraron que CPD 1 inhibió el crecimiento de células Kelly de una manera dependiente de la dosis a los 10 días usando el ensayo de formación de colonias.
Ejemplo 31:Evaluación de la actividad biológica de CPD 1 e isómero (S,S)-CPD 1.
Los resultados, ilustrados en la figura 10A-figura 10D, muestran que los centros quirales en el ligando de direccionamiento de CPD 1 (R,S) juegan un papel importante en la potencia del compuesto. No se observó degradación celular de EP300 con el isómero (S,S).
Ejemplo 32:Definir la especificidad de sustrato para los compuestos de la invención.
El ensayo AlphaScreen® se usó para determinar la unión del compuesto degradador de la invención tanto hacia CRBN como hacia el dominio HAT. El protocolo experimental es el mismo como en el ejemplo 26.
Los resultados, ilustrados en la figura 11A-figura 11C, muestran el degradador de la invención CPD 1 unido a ambos CRBN (figura 11C) y dominio HAT (figura 11B).
Ejemplo 33:CPD 1 es una molécula degradadora dependiente de CRBN.
CPD 1 se probó en líneas de células Kelly de inactivación (k/o) de CRBN. El protocolo experimental es el mismo como en el ejemplo 24.
Los resultados, ilustrados en la figura 12A-figura 12D, muestran que CPD 1 no degradó EP300 o CBP en las líneas CRBN k/o (CRBN-1 y CRBN-3), lo que confirmó que la degradación de EP300 por los compuestos de la invención es dependiente de CRBN. Las curvas de inhibición del crecimiento celular en la figura 12C y figura 12D mostraron que CPD 1 no afectó a las líneas de células CRBN k/o.
Ejemplo 34:Estudioin vivoen ratones CD1 con CPD 1.
CPD 1 se probó en ratones para determinar la dosis máxima tolerada (MTD) (figura 6A). Los ratones se trataron con 10 mg/kg (mpk), 20 mpk y 40 mpk con 4 ratones en cada grupo. El compuesto también se analizó en ratones de inserción CRBN de humano, las muestras de sangre se recolectaron después de 21 días de tratamiento. Todas las muestras de sangre analizadas fueron normales.
Los resultados, ilustrados en la figura 13A-figura 13C, muestran que no se observó pérdida de peso en los ratones, lo que indicó que CPD1 se toleró bien en el estudio invivo.Además, no se observó toxicidad en ratones CRBNI391V humanizados (figura 13C).
Se tomaron muestras de sangre de ratones tratados diariamente con inyección intraperitoneal (IP) de 40 mpk después de 14 días. Los resultados se resumen en la Tabla 2. Las mediciones de la muestra de sangre indicaron que CPD 1 no fue tóxico para ratones.
Tabla 2: Análisis de san re de estudioin vivo
La tinción de inmunohistoquímica (IHC) se usó para examinar un hígado del estudio MTD. La tinción mostró que el tejido hepático tenía inactivación de EP300 con tratamiento de 14 días en ratones normales con 40 mpk (figura 13C). Se observó una caída en los niveles de P300in vivo.No se observaron cambios en los niveles de CBP y H3K27Ac.
Ejemplo 35:CPD 1 tiene actividad antitumoralin vivo.
El modelo de xenoinjerto de líneas de células Kelly se usó para valorar la eficaciain vivo.Las células Kelly se implantaron 2 M en animales. El tratamiento comenzó el día 10 a 40 mpk IP.
Los resultados, ilustrados en la figura 14A-figura 14B, muestran que CPD 1 redujo la progresión tumoral y extendió la supervivencia de los animales.
Ejemplo 36:Potencia celular y efecto en diana de la valoración de degradadores EP300.
Para reportar la degradación de proteínas en diana, se usa un ensayo de degradación basado en citometría de flujo de alto rendimiento para evaluar la degradación de EP300 en células. EP300 se clona en un sistema indicador EGFP Usando la recombinación FRT/Flp, EP300 se expresa como una fusión EGFP, seguida por un sitio P2A y mCherry o mCardinal como un marcador de normalización para expresar la proteína de fusión EP300-EGFP y un indicador RFP a niveles comparables y estables.
Se usa una configuración de citometría de flujo de 96 pozos para medir la degradación de la proteína diana con resolución de células individuales como pérdida en la señal de EGFP a RFP (Lu et al., Chem. Biol. 22(6):755-63 (2015); Winter et al., Science 348(6241):1376-81(2015); Zengerle et al., ACS Chem. Biol. 10(8):1770-7 (2015); Winter et al., Mol. Cell. 67(1):5-18 (2017)). Este ensayo demuestra una mayor sensibilidad y robustez en comparación con otros métodos, y la configuración de citometría de flujo de 96 pozos permite el perfilado completo de IC50 para grandes cantidades de moléculas. En paralelo, se desarrollará una línea de células de reporte de IKZF1 similar para monitorear la degradación de IKZF1 para evaluar la especificidad de los supuestos degradadores de EP300 (Kronke et al., Science 343(6168):301-5 (2014); Lu et al., Science 343(6168):305-9 (2014).
Para demostrar el requisito de CRBN para la degradación de EP300 en un contexto celular, se generan líneas de NB isogénicas, células Kelly que tienen una inactivación de CRBN por tecnología CRISPR/Cas9 (Winter et al., Science 348(6241):1376-81(2015); Winter et al., Mol. Cell. 67(1):5-18 (2017)). Las células WT Kelly y Kelly CRBN-/- se incuban con concentraciones crecientes de degradadores EP300 y visualizan la degradación de la proteína EP300 mediante inmunotransferencia. La proliferación y viabilidad también se califican en esta línea de células para determinar si hay o no toxicidad fuera de la diana que puede impedir el crecimiento de las células. Junto con la inmunotransferencia de EP300, CBP e IKZF en las líneas de células tratadas, este sistema celular se usa para identificar degradadores de EP300 potentes y selectivos adicionales.
Ejemplo 37:Función del degradador de EP300 en modelos celulares de evaluación de NB.
Los degradadores de EP300 adicionales con la actividad bioquímica más prometedora y la actividad celular en diana (“compuestos/moléculas potentes y selectivos”) se perfilan en un panel de líneas de células NB. La degradación de EP300 en líneas NB (Kelly) se estudia en estudios de intervalo de dosis y tiempo, por análisis de inmunotransferencia frente a controles inactivos apropiados (A-485, CBP30 y lenalidomida). Los efectos sobre la viabilidad se evalúan en el panel de líneas de células leucémicas MLL-r (CellTiter-Glo®; Promega®), de nuevo en comparación con A-485. Los efectos sobre la acetilación global de H3K27 se valoran por inmunotransferencia. Las moléculas de plomo se usan en el método de caracterización celular descrito más adelante.
Para valorar críticamente el mecanismo de degradación de EP300 inducida por degradador, la degradación de CP300 en células NB se prueba primero con A-485 y ftalimidas solas como controles negativos. También se evalúa el nivel de CRBN en NB. Después, los requerimientos para la degradación de la función del proteasoma, unión a EP300 y unión a CRBN, se realizan usando compuestos competitivos y estrategias de edición de genes, como se describe (Winter et al., Science 348(6241):1376-81(2015)). Para corroborar el requerimiento celular de la unión a CRBN, la activación del complejo E3 y la función del proteasoma para la degradación efectiva de EP300, células Kelly y BEC2 se tratan previamente por separado con carfilzomib (un inhibidor del proteasoma), MLN4924 (un inhibidor de la enzima activadora Nedd8) o lenalidomida (un aglutinante de CRBN) antes del tratamiento con supuestos degradadores de EP300.
Se usa un enfoque imparcial en todo el proteoma para valorar las consecuencias celulares del tratamiento con degradador de EP300 de plomo sobre la estabilidad de la proteína en líneas de células NB. Se usa proteómica basada en espectrometría de masas cuantitativa multiplexada para evaluar la especificidad y consecuencias del tratamiento con degradador de EP300 en células NB (McAlister et al., Anal. Chem. 84(17):7469-78 (2012); McAlister et al., Anal. Chem. 86(14):7150-8 (2014)). Las células Kelly y BEC2 se tratan con supuestos degradadores EP300 o DMSO durante 24 h. Se seleccionó una incubación de 24 h para capturar las consecuencias primarias e inmediatas de la acción de moléculas pequeñas y para mitigar los efectos de confusión esperados sobre la transactivación suprimida de los genes diana de EP300. La especificidad para la degradación de EP300 se prioriza sobre la potencia junto con los efectos fuera del objetivo (por ejemplo, degradación del neo-sustrato de CRBN IKZF1 Kronke et al., Science 343(6168):301-5 (2014); Lu et al., Science 343(6168):305-9 (2014)). Todas estas evaluaciones se usan para finalizar el candidato para el estudioin vivo.
Ejemplo 38:Optimización de las propiedades PK de los degradadores EP300 para estudio in vivo.
Para valorar con precisión el potencial de traducción de los degradadores EP300in vivo,se optimizan las propiedades PK de los degradadores EP300 de plomo. por ejemplo, se evaluó CPD 1 por sus propiedades PK, tal como semivida y dosis máxima tolerable (MTD) (figura 6A, ver ejemplo 34). Los nuevos degradadores EP300 se generan con buena potencia y selectividad utilizando el andamio A-485. Los compuestos de plomo se generan en grandes cantidades para estudios de PK y eficaciain vivo.
Ejemplo 39:Caracterización de los efectos de la degradación de EP300 en la expresión génica, ocupación de cromatina, modificaciones de histonas en comparación con el inhibidor de EP300.
Una valoración molecular integral de los efectos de la degradación de EP300 en células NB se logra usando el perfil transcripcional a través de la valoración de RNA-seq y cromatina mediante ChIP-seq y ATAC-seq. Se realiza una valoración molecular integral de los efectos de estos compuestos en la cromatina usando el perfil transcripcional mediante RNA-seq y el perfil epigenómico a mediante ChIP-seq. Específicamente, los estudios cinéticos de la respuesta transcripcional se realizan a 0, 6 y 24 h de células tratadas con A485 o nuestro degradador de EP300 principal en líneas resistentes. Los efectos sobre la localización de la proteína EP300/CBP, actividad de intensificador (H3K27ac) e integridad de promotor (H3K4me3) se estudian a las 0 h, 6 h y 24 h después del tratamiento, por ChIP-seq y Chem-seq. La cromatina accesible y los posibles elementos reguladores cis se determinan antes y después de la respuesta al fármaco por ATAC-seq. La integración de estos conjuntos de datos prueba la hipótesis de que la degradación de EP300 no solo inhibe su actividad enzimática, sino que también anula sus funciones no enzimáticas, lo que conduce al colapso de los programas de expresión génica impulsados por EP300 que no se han expuesto previamente a los inhibidores de EP300.
Ejemplo 40:Valoración de los efectos antitumorales de los degradadores de EP300 en comparación con los inhibidores de EP300in vitro.
Los degradadores EP300 recientemente desarrollados se usan para investigar a fondo la degradación de EP300 versus la inhibición enzimáticain vitroen NB. Un panel de células NB humanas en formato de respuesta a la dosis con degradadores A-485 y EP300 en una comparación directa (CellTiter-Glo®). Además, el crecimiento celular con el paso del tiempo, la degradación de la proteína EP300 y los niveles de mutilación de H3K79 se evalúan mediante inmunotransferencia y el ciclo celular/muerte celular mediante análisis de citometría de flujo.
Ejemplo 41:Evaluación de la degradación de EP300 en combinación con agentes de estándar de cuidado u otros inhibidores como un enfoque de combinación en NB.
La sinergiain vitro encélulas NB se determina a través de la valoración de la proliferación celular mediante enfoques estándar (CellTiter-Glo®). Se usa un sistema de fijación robótico que permite la titulación de dos compuestos diferentes a múltiples concentraciones de cada uno en una placa de células cultivadas. Después de 48-72 h de incubación, la viabilidad celular se determina por el contenido de ATP (CellTiter-Glo®), en un lector de placas de múltiples etiquetas. Los resultados se grafican en el paquete CompuSyn de acuerdo con el método descrito en Chou et al., Adv. Enzyme Regul. 22:27-55 (198) para determinar si hay un efecto aditivo o sinérgico de los agentes. A dosis de combinación que parecen sinergizar, la apoptosis versus la detención del ciclo celular se determina mediante tinción con anexina V y valoración del contenido de ADN. En todos los experimentos, los niveles de proteína EP300 se valoran mediante inmunotransferencia para asegurar la degradación de la proteína.
Ejemplo 42:Valoración de la toxicidad del degradador e inhibidor EP300 en pez cebra y ratones.
La dosis de tolerancia máxima (MTD) de cada candidato se determinó en embriones de pez cebra. Los embriones de pez cebra de 3 días de edad se expusieron a diferentes concentraciones de fármaco y se monitorearon para detectar efectos adversos para la salud. Las dosis de tratamiento se seleccionaron entonces al determinar las concentraciones más altas que no dieron por resultado efectos morfológicos y de comportamiento adversos. Los experimentos se llevaron a cabo primero con el compuesto CPD 1 como guía en el diseño adicional de la evaluación de MTD de degradadores de EP300 de plomo (figura 6B). La MTD del degradador también se determina en ratones en la mansión similar. En resumen, los ratones se dosificaron con los compuestos de prueba y la sangre y plasma se aislaron a intervalos específicos después de la administración (0,083, 0,25, 0,5, 1, 2, 4, 8, 12 y 24 horas) y se cuantificaron para determinar la presencia del artículo de prueba por LC/MS/MS (n=5 ratones/compuesto). Los experimentos PK de ratón in vivo se usaron para determinar estos parámetros e informar rondas iterativas de química médica para la optimización de degradadores EP300 (figura 6A). Como los degradadores tienen un peso molecular relativamente grande, se investiga la formulación adecuada para incrementar la solubilidad y estabilidad de los degradadores para el estudioin vivo.En conjunto, estos parámetros, incluida la MTD establecida, se usan para guiar el diseño del estudioin vivo,tal como el método de administración, dosificación y programa para el siguiente experimento. La información obtenida también se usó para guiar la optimización del degradador realizada en el Ejemplo 36.
Ejemplo 43:Evaluación de compuestos en modelos de pez cebra y modelos PDX de ratón.
Las eficaciasin vivode A-485 y el degradador CPD 1 se comparan en modelos de xenoinjerto de pez cebra de NB. En primer lugar, las células NB humanas se transfectan de forma estable con EGFP para visualización. Estas células se trasplantan a embriones de pez cebra de 2 días de edad a través de yema e inyección intravenosa como se describió previamente. (Haldi et al., Angiogenesis 9(3):139-51 (2016); He et al., J. Pathology 227(4):431-45 (2012); Tulotta et al., Methods Mol. Biol. 1451:155-69 (2016)). Un día después, los embriones de pez cebra trasplantados con células NB humanas fluorescentes se colocan en una placa de 24 pozos y se tratan con los fármacos de prueba. Doce peces receptores se exponen a cada uno de los degradadores e inhibidores individuales adicionados al agua de peces en la MTD, así como al control de DMSO. Después de 5 días de tratamiento la proliferación celularin vivo,crecimiento celular y invasión se analizan usando fluorescente (Tulotta et al., Methods Mol. Biol. 1451:155-69 (2016)) y se compararon entre los grupos. La prueba t de Welch se usa para abordar la falta de homogeneidad de la varianza. Los fármacos que muestran una supresión tumoral significativa se analizan adicionalmente en un intervalo de concentraciones. Para dilucidar los mecanismos celulares que subyacen a la supresión tumoral por fármacos activos o combinaciones de fármacos, las células NB tratadas se analizan para determinar la proliferación celular (por inmunohistoquímica para PCNA e histona H3 fosforilada), supervivencia celular y apoptosis (por túnel y tinción con anti-caspasa 3), senescencia (por tinción con beta-galactosidasa) y autofagia (por tinción con lisosomas). Los efectos de PD sobre los niveles de proteína EP300, la acetilación de H3K27, el nivel de MYCN y expresión génica por qRT-PCR se realizan en células NB aisladas de embriones de pez cebra disociados después de 0, 1, 2, 3, 4 y 5 días de tratamiento.
Después, se compara la eficaciain vivode los degradadores de A-485 y EP300 principal en el modelo de xenotrasplante NB (Kelly) inyectando 1x106 células cada uno en treinta ratones NOD-SCID-IL2Rnull (NSG) de 6 8 semanas de edad. Estos ratones comienzan a manifestar síntomas clínicos 2-3 semanas después del trasplante. Después de confirmar el injerto, los animales se separan en una cohorte de eficacia o farmacodinámica (PD) (3 por grupo para estudios de PD, 5 por grupo para estudios de eficacia). Ambas cohortes se dosifican mediante inyección intraperitoneal (IP) a MTD por día de A485 o degradador diariamente. Un grupo de control recibe inyección IP del vehículo determinado en el estudio de formulación del ejemplo 10. Todos los animales se pesan para evaluar la toxicidad y tamaño de tumor se medirá cada tres días. La eficacia (supervivencia) se determina después de 21 días de tratamiento farmacológico seguido por un descanso farmacológico de 7 días. Los animales valorados para PD se dosifican durante 14 días y se sacrifican después de la finalización de la infusión. Al finalizar el estudio, los animales se sacrifican y se recolecta el tejido. Un fémur, parte del bazo, parte del hígado y cualquier ganglio linfático agrandado se fijan en formalina al 10 % para el examen histológico. Se realizan efectos de PD en los niveles de proteína EP300, acetilación de H3K27 y expresión génica por qRT-PCR. El degradador de EP300 que se desempeñó bien en estudios de xenotrasplante se usa para realizar experimentos similares en modelos NB PDX. Treinta ratones NSG de 6-8 semanas de edad se inyectan con 1x106 células PDX humanas (trasplante secundario). Los ratones se monitorearon para el injerto del tumor como se describió anteriormente. Los ratones injertados también se dividen en cohortes de tratamiento (3 por grupo para estudios de PD, 5 por grupo para estudios de eficacia) para ser tratados con vehículo, un degradador de EP300 o A-485 (administrado como se describió anteriormente). Todos los análisis se realizaron como se describió anteriormente. En total, estos estudios se realizan en 3-5 PDX distintas.
Ejemplo 44:Valoración de degradador de EP300 en combinación para tratamiento de NB en modelos de PDX.
Se usan modelos de PDX para evaluar el efecto de combinación de degradador de EP300 con inhibidores de EP300 identificados. Estos experimentos se realizan de manera similar a aquellos descritos en el ejemplo 42, excepto que los animales se aleatorizarán en cuatro cohortes de tratamiento de 8 ratones cada una (3 por brazo para estudios de PD, 5 por son para estudios de eficacia): vehículo, degradador de EP300, segundo inhibidor o degradador/inhibidor.
Todas las publicaciones de patente y publicaciones no de patente son indicativas del nivel de habilidad de aquellos expertos en la técnica a la cual pertenece esta invención.
Aunque la invención en la presente se ha descrito con referencia a realizaciones particulares, se va a entender que estas realizaciones son meramente ilustrativas de los principios y aplicaciones de la presente invención. Por lo tanto, se va a entender que se pueden realizar numerosas modificaciones a las realizaciones ilustrativas.
Claims (4)
- REIVINDICACIONES 1. Un compuesto bifuncional que tiene una estructura representada por la fórmula I:o una sal o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo, en donde el ligando de direccionamiento a histona acetiltransferasa (HAT) tiene una estructura representada por cualquiera de las estructuras TL-1 y TL-1a a TL-1f:en donde A es CH2, NH o O, B es CH2 o CO; y R es H, halo, CN, CF3, alquilo o alcoxi,en donde A, B y R son como se indicó anteriormente para (TL-1a) y R1 es un grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,en donde Q es CH2, O, N, CO, C(O)O, C(O)N, CH2N, CH2C(O), CH2C(O)O, CH2C(O)N, o CH2CH2N, y R2 esun grupo carbocíclico o alqcarbocíclico de C3-C5 o un grupo N-heterocíclico o alqN-heterocíclico de 3-5 miembros, y en donde el grupo alquilo es un grupo alquilo de C1-C10,en donde el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L10 - L26:en donde X es CH2, NH, NMe u O; y n es un número entero de 0 a 11,Y en donde el degrón se une a cereblon (CRBRN) y se representa por la estructura D1:en donde Y es CH2 o CO; y Z es NH, O u OCH2CO y el garabatorepresenta el punto de unión para el ligador y la porción de direccionamiento EP300, o en donde el degrón se une al supresor tumoral von Hippel Landau (<v>H<l>) y se representa por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:en donde Y' es un enlace, N, O o C;en donde Z es un grupo carbocíclico de C5-C6 o un heterocíclico de C5-C6; y
- 2. El compuesto bifuncional de la reivindicación 1, en donde R1 es
- 3.El compuesto bifuncional de cualquiera de las reivindicaciones 1-2, en donde (a) el ligador se representa por cualquiera de las estructuras L11, L12, L14, L15 y L17:o (b) el compuesto bifuncional se representa por cualquiera de las estructuras I-2 a I-12:o una sal farmacéuticamente aceptable o estereoisómero de la misma.
- 4. El compuesto bifuncional de cualquiera de las reivindicaciones 1-3, que se representa por una estructura seleccionada del grupo que consiste en:
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