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ES2885178T3 - Método para la predicción de respuesta a la inmunoterapia - Google Patents

Método para la predicción de respuesta a la inmunoterapia Download PDF

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ES2885178T3
ES2885178T3 ES18747182T ES18747182T ES2885178T3 ES 2885178 T3 ES2885178 T3 ES 2885178T3 ES 18747182 T ES18747182 T ES 18747182T ES 18747182 T ES18747182 T ES 18747182T ES 2885178 T3 ES2885178 T3 ES 2885178T3
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Jennifer Bordeaux
Naveen Dakappagari
Ju Young Kim
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Novartis AG
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Abstract

Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende: (A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído previamente del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+ y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.

Description

DESCRIPCIÓN
Método para la predicción de respuesta a la inmunoterapia
Referencia cruzada a las solicitudes relacionadas
Esta solicitud reivindica el beneficio de las fechas de prioridad de la Solicitud Provisional de los Estados Unidos Núm.
62/455,337, presentada el 6 de febrero de 2017, y la Solicitud Provisional de los EE. UU. Núm. 62/591,057, presentada el 27 de noviembre de 2017
Antecedentes
La presente invención se refiere generalmente al campo del tratamiento del cáncer. Todas las apariciones del término "modalidad" se refieren a modalidades de la descripción, a menos que sean parte de la invención reivindicada. El documento WO 2016/073760 A1 describe que las muestras pre-tratamiento obtenidas de pacientes respondedores mostraron un mayor número de células que expresan CD8, PD1 y PD-L1 en el margen invasivo tumoral y dentro de los tumores, con estrecha proximidad entre PD-1 y PD-L1.
Resumen
En la presente descripción se describen, en un aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende:
usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico. En algunas modalidades, la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1. En algunas modalidades, el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 pm de la membrana plasmática de las células que expresan PD-1. En algunas modalidades, la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles. En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados. En algunas modalidades, el factor predeterminado es 104. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
sps = -í- x io4
A C
en donde AI es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-L1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar el PD-1. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones.
En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico. En algunas modalidades, la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1. En algunas modalidades, el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 gim de la membrana plasmática de las células que expresan PD-1. En algunas modalidades, la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles. En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados. En algunas modalidades, el factor predeterminado es 104. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
A j
SPS = —!- X 104
en donde A i es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-L1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar PD-L1. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende:
usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende los métodos:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende:
usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En la presente descripción, en otro aspecto, se describen métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende los métodos
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia mediante el uso de un método descrito en la presente descripción; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar inmunoterapia al paciente.
En la presente descripción, en otro aspecto, se describen métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende los métodos
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante mediante el uso de un método descrito en la presente descripción; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, administrar quimioterapia adyuvante al paciente.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de una inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 |jm a aproximadamente 50 |jm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de una inmunoterapia, que comprende los métodos:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico. En algunas modalidades, la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1. En algunas modalidades, el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 pm de la membrana plasmática de las células que expresan PD-1. En algunas modalidades, la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles. En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados. En algunas modalidades, el factor predeterminado es 104. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
A¡ .
SPS = - í - X 104A
en donde AI es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-L1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar el PD-1. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, que comprende los métodos:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende:
usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, que comprende los métodos:
(A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia mediante el uso del método de cualquiera de las reivindicaciones 1-67; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar inmunoterapia al paciente; o
(C) si es poco probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar al paciente (1) una terapia dirigida si hay una mutación BRAF, o (2) cirugía paliativa y/o radioterapia y el mejor cuidado de soporte si la mutación BRAF está ausente.
En algunas modalidades, la terapia dirigida si está presente una mutación BRAF comprende, consiste de o consiste esencialmente en Vemurafenib, dabrafenib o una combinación de los mismos.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante mediante el uso del método de cualquiera de las reivindicaciones 68-81; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, administrar quimioterapia adyuvante al paciente; o
(C) si es poco probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, entonces se procederá a la prueba de mutación y (1) se le administrará la terapia dirigida al paciente si la prueba de mutación es positiva o (2) se le administrará al paciente el mejor cuidado de soporte si la prueba de mutación es negativa.
En algunas modalidades, si la prueba de mutación es positiva y el paciente es EGFR positivo, la terapia dirigida comprende, consiste de o consiste esencialmente en Erlotinib. En algunas modalidades, si la prueba de mutación es positiva y el paciente es ALK positivo, la terapia dirigida comprende, consiste de o consiste esencialmente en Crizotinib. En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, que comprende el método: (A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es menor que el valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, que comprende el método: (A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es menor que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En la presente descripción, se describen, en otro aspecto, métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Breve descripción de las figuras
Figura 1 muestra un ejemplo no limitativo de una descripción general de anticuerpos y reactivos de detección usados en la preparación de muestras de tejido para la obtención de imágenes y análisis.
Figura 2a muestra un ejemplo no limitante de todos los núcleos detectados con DAPI dentro de una imagen.
Figura 2b muestra un ejemplo no limitativo de una máscara binaria dilatada de todas las células dentro de la imagen de la Figura 2a.
Figura 3a muestra un ejemplo no limitativo de una imagen de S100 detectada con tinte 488.
Figura 3b muestra un ejemplo no limitativo de una máscara binaria de toda el área tumoral dentro de la imagen de la Figura 3a.
Figura 3c muestra un ejemplo no limitativo de una máscara de todas las células tumorales dentro de la imagen de la Figura 3a.
Figura 3d muestra un ejemplo no limitativo de una máscara de todas las células no tumorales dentro de la imagen de la Figura 3a.
Figura 4a muestra un ejemplo no limitativo de una imagen de PD-L1 detectada con Cy® 5.
Figura 4b muestra un ejemplo no limitativo de una máscara binaria de todas las células positivas para PD-L1 dentro de la imagen de la Figura 4a.
Figura 5a muestra un ejemplo no limitativo de una imagen de PD-1 detectada con Cy® 3.5.
Figura 5b muestra un ejemplo no limitativo de una máscara binaria de todas las células no tumorales positivas para PD-1 dentro de la imagen de la Figura 5a.
Figura 6a muestra un ejemplo no limitativo de una máscara de interacción de todas las células positivas para PD-L1 y las células vecinas más cercanas.
Figura 6b muestra un ejemplo no limitativo de un compartimiento de interacción de las células positivas para PD-1 en estrecha proximidad a las células positivas para PD-L1.
Figura 7a muestra un ejemplo no limitativo de puntuaciones de interacción de 24 pacientes con melanoma.
Figura 7b muestra un ejemplo no limitativo de puntuaciones de interacción de 142 pacientes con melanoma.
Figura 7c muestra un ejemplo no limitante del por ciento de positividad de biomarcadores (PPB) para la expresión de IDO-1+HLA-DR+ en 24 pacientes con melanoma de acuerdo con el estado de respuesta a las terapias anti-PD-1. Figura 7d muestra un ejemplo no limitante del por ciento de positividad de biomarcadores (PPB) para la expresión de IDO-1+HLA-DR+CD11b- en 24 pacientes con melanoma de acuerdo con el estado de respuesta a las terapias anti-PD-1.
Figura 8a muestra un ejemplo no limitante de combinaciones de por ciento de biomarcadores positivos (PPB) para la expresión de CD11b, HLA-DR e IDO-1 en 24 pacientes con melanoma de acuerdo con el estado de respuesta a las terapias anti-PD-1. El PPB IDO-1+HLA-DR+ demostró la diferencia estadísticamente más significativa en la expresión entre respondedores y no respondedores.
Figura 8b muestra la capacidad para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1, IDO-1+HLA-DR+ PPB o la combinación de los mismos para predecir pacientes que responderán a terapias anti-PD-1 en 24 pacientes con melanoma. La combinación identifica correctamente el mayor número de respondedores.
Figura 8c muestra la capacidad para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1, IDO-1+HLA-DR+ PPB o la combinación de los mismos para predecir pacientes que responderán a terapias anti-PD-1 en 142 pacientes con melanoma. La combinación identifica correctamente el mayor número de respondedores.
Figura 8d muestra la predicción más alta de respuesta a la terapia anti-PD-1 para pacientes positivos tanto para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1 como para IDO-1+HLA-DR+ PPB en comparación con positivo solo para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1 o IDO-1+HLA-DR+ PPB en 166 pacientes con melanoma (combinando los datos mostrados en Figura 8b y Figura 8c).
Figura 9a muestra un ejemplo no limitativo en el que la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 e IDO-1+HLA-DR+ PPB) es capaz de identificar pacientes con melanoma con supervivencia libre de progresión mejorada estadísticamente significativa (SLP).
Figura 9b muestra un ejemplo no limitativo en el que la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 e IDO-1+HLA-DR+ PPB) es capaz de identificar a los pacientes con melanoma con una mejora de la supervivencia general (SG) estadísticamente significativa.
Figura 10 muestra un ejemplo no limitativo en el que la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 e IDO-1+HLA-DR+ PPB) es capaz de identificar a los pacientes con melanoma (de cohortes combinadas: 166 pacientes en total) con una mejora de la supervivencia general (SG) estadísticamente significativa en comparación con los pacientes negativos para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1 e IDO-1+HLA-DR+ PPB.
Figura 11 es un diagrama de flujo de un proceso para derivar un valor de positividad de biomarcadores, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 12 es un diagrama de flujo de un proceso para derivar un valor de positividad de biomarcadores, de acuerdo con una segunda modalidad ilustrativa.
Figura 13 es un diagrama de bloques de un controlador configurado para derivar un valor de positividad de biomarcador, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 14 es un diagrama de flujo de las etapas de procesamiento de imágenes usados para derivar un valor de positividad del biomarcador, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 15 es un diagrama de flujo de un proceso para puntuar una muestra que comprende tejido tumoral, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 16 es un diagrama de flujo de un proceso para puntuar una muestra que comprende tejido tumoral, de acuerdo con una segunda modalidad ilustrativa.
Figura 17 es un diagrama de bloques de un controlador configurado para puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído de un paciente con cáncer, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 18 es un diagrama de flujo de las etapas de procesamiento de imágenes usadas para puntuar una muestra que comprende tejido tumoral, de acuerdo con una modalidad ilustrativa.
Figura 19 muestra la correlación de IDO-1+HLA-DR+ PPB calculado a partir de métodos alternativos de preparación de muestras en 29 muestras de melanoma.
Figura 20a muestra un ejemplo no limitante en el que la expresión de PD-L1 del tumor por encima del 5 % no es capaz de identificar a los pacientes con melanoma con una SLP mejorada estadísticamente significativa.
Figura 20b muestra un ejemplo no limitante en el que la expresión de PD-L1 del tumor por encima del 5 % no puede identificar a los pacientes con melanoma con una mejora de la SG estadísticamente significativa.
Figura 21a muestra un ejemplo no limitante de puntuación alta de interacción PD-1/PD-L1 que predice pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) con mejor SG después del tratamiento de quimioterapia adyuvante.
Figura 21b muestra un ejemplo no limitante de cómo la alta puntuación de interacción PD-1/PD-L1 es incapaz de distinguir a los pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) con mejor SG sin tratamiento de quimioterapia adyuvante.
Figura 22 muestra un ejemplo no limitante en el que el tratamiento con quimioterapia adyuvante no mejora la SG en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC).
Figura 23a muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar a los pacientes con mejoría de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 23b muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar pacientes con mejoría de SG estadísticamente significativa.
Figura 24a muestra un ejemplo no limitante de dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar a los pacientes con una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 24b muestra un ejemplo no limitante donde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar pacientes con mejoría de SG estadísticamente significativa. Figura 25a muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 25b muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SG estadísticamente significativa.
Figura 26a muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y PPB para la expresión de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 26b muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y PPB para la expresión de CD25+FoxP3+de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SG estadísticamente significativa.
Figura 27a muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar a los pacientes con mejoría de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 27b muestra un ejemplo no limitante donde el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar pacientes con mejoría de SG estadísticamente significativa.
Figura 28a muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar a los pacientes con una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 28b muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 114 pacientes con CPCNP tratados con quimioterapia adyuvante es capaz de identificar pacientes con mejoría de SG estadísticamente significativa.
Figura 29a muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 29b muestra un ejemplo no limitante dónde el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SG estadísticamente significativa.
Figura 30a muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SLP estadísticamente significativa.
Figura 30b muestra un ejemplo no limitante dónde la prueba combinada (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 y el PPB para la expresión de Ki67+ de todas las células T (CD4+ o CD8+)) en 328 pacientes con CPCNP que no recibieron quimioterapia adyuvante no demuestra una mejora de la SG estadísticamente significativa.
Descripción detallada
A continuación se describen varias modalidades. Se debe señalar que las modalidades específicas no pretenden ser una descripción exhaustiva o una limitación de los aspectos más amplios discutidos en la presente descripción. Un aspecto descrito junto con una modalidad particular no se limita necesariamente a esa modalidad y se puede practicar con cualquier otra modalidad).
Como se usa en la presente, "aproximadamente" será entendido por personas con conocimientos ordinarios en la técnica y variará hasta cierto punto dependiendo del contexto en el que se usa. Si hay usos del término que no son claros para los expertos en la técnica, dado el contexto en el que se usa, "aproximadamente" significará hasta más o menos el 10 % del término particular.
El uso de los términos "un" y "una" y "el" y referencias similares en el contexto de la descripción de los elementos (especialmente en el contexto de las siguientes reivindicaciones) debe interpretarse para cubrir tanto el singular como el plural, a menos que se indique de otra forma en la presente descripción o claramente contradicho por el contexto. La recitación de los intervalos de valores en la presente descripción está destinada simplemente a servir como un método abreviado de hacer referencia individualmente a cada valor separado que se encuentre dentro del intervalo, a menos que se indique de otra forma en la presente descripción. Todos los métodos descritos en la presente descripción se pueden realizar en cualquier orden adecuado a menos que se indique de otra forma en la presente descripción o de cualquier otra manera que el contexto lo contradiga claramente. El uso de todos y cada uno de los ejemplos, o lenguaje ilustrativo (por ejemplo, "Tal como") proporcionado en la presente descripción, está destinado simplemente a iluminar mejor las modalidades y no plantea una limitación en el alcance de las reivindicaciones a menos que se indique de cualquier otra manera. Ningún lenguaje en la especificación debe interpretarse en el sentido de que indica cualquier elemento no reivindicado como esencial.
El término "tratar" o "tratamiento" se refiere a administrar una terapia en una cantidad, manera o modo efectivo para mejorar una condición, síntoma o parámetro asociado con un trastorno o para prevenir la progresión de un trastorno, ya sea en un grado estadísticamente significativo. o en un grado detectable por un experto en la técnica. Una cantidad efectiva, forma o modo puede variar en dependencia del sujeto y puede adaptarse al paciente.
El término "mejor atención de soporte" se refiere a la atención que se centra en aliviar los síntomas del cáncer y/o el tratamiento del cáncer para ayudar al paciente a sentirse más cómodo.
Los tumores se pueden clasificar según su contexto inmunológico como "calientes" (inflamados) o "fríos" (no inflamados). Aunque se puede esperar que los pacientes que portan tumores calientes respondan a ciertas inmunoterapias y potencialmente vivan más que los pacientes que portan tumores fríos, para los expertos en la técnica no tenían claro previamente qué biomarcadores se correlacionan con la respuesta y la supervivencia.
Para abordar este problema, algunas modalidades de los métodos descritos en la presente descripción ayudan en la identificación de pacientes con cáncer que responderán a una o más inmunoterapias mediante la expresión de biomarcadores de agotamiento inmunológico. (por ejemplo, PD-1 y PD-L1) y pacientes con cáncer que no responden (es decir, no respondedores) a través de la presencia de tipos de células que se sabe que causan supresión inmunológica (por ejemplo, CD11b, HLA-DR, IDO-1, ARG1) o células tumorales de alta proliferación desprovistas de expresión de MHC de clase I (porejemplo, Ki67+, B2M-). En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprende el uso de ensayos de inmunohistoquímica múltiple (por ejemplo, ensayos de FIHC múltiples) basados en firmas de activación o inmunosupresión específicas.
En un aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En un aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todos las células HLA-DR positivas (HLA-DR+) en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todos las células HLA-DR positivas (HLA-DR+) en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todos las células HLA-DR positivas (HLA-DR+) en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PBP con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresan CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral o (2) la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresan CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) el puntaje es mayor o igual al primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral o (2) el puntaje es mayor o igual al primer valor umbral y el valor para PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresa Ki67+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresa Ki67+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción de puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma metastásico. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma metastásico. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma metastásico. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas de biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que la primera valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas de biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas de biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8 y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que la primera valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que la primera valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, Cd 25, FoxP3, Granzima B, CD56, Cd 68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, Cd 25, FoxP3, Granzima B, CD56, Cd 68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
(B)
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(C) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(D) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y
multiplicar el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, el método que comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer. paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1 ; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que la primera valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, el método que comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1 ; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, el método que comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1 ; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas para HLA-DR en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia. En algunas modalidades, la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende tratamiento con un anti-PD-1, tratamiento con un anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 900 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para seleccionar un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para seleccionar un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para seleccionar un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas de biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PBP con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, c D163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, c D163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD- L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, c D25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %.
En algunas modalidades, el método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, c D25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %.
En otro aspecto, en la presente descripción se proporcionan métodos para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de la quimioterapia adyuvante, comprendiendo el método (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas de biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, y una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 y una combinación de dos o más de ellos.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm. En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, determinando una interacción puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, Cd 56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 |jm a aproximadamente 50 jm . En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 jm a aproximadamente 50 jm . En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcador (PPB) para todas las células en un campo visual de la muestra que expresa un biomarcador de interés y registrar el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante; y el biomarcador de interés comprende la expresión y/o falta de expresión de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3 o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento con anti-PD-1, tratamiento con anti-PD-L1, tratamiento con un inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones. En algunas modalidades, la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células está en el intervalo de aproximadamente 0,5 jm a aproximadamente 50 jm . En algunas modalidades, el primer valor umbral está en el intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, el primer valor umbral es de aproximadamente 700 más o menos 100. En algunas modalidades, el segundo valor umbral está en el intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el segundo valor umbral es de aproximadamente el 5 % más o menos el 1 %.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1 ; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que la primera valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En algunas modalidades, el método de selección de un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de la quimioterapia adyuvante comprende (A) puntuar una muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer que comprende usar la muestra que comprende tejido tumoral tomado del cáncer paciente, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción; (B) derivando un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T en un campo visual de la muestra que expresa Ki67+y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral; en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método (A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia mediante el uso de los métodos descritos en la presente descripción; y (B) si es probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar inmunoterapia al paciente.
En otro aspecto, se proporcionan en la presente descripción métodos para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método (A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante mediante el uso de los métodos descritos en la presente descripción; y (B) si es probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, administrar quimioterapia adyuvante al paciente.
% de positividad del biomarcador
Los métodos descritos en la presente descripción pueden comprender derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas, presentes en un campo visual de una muestra de tejido tomada de un paciente con cáncer.
En algunas modalidades, la muestra puede teñirse mediante el uso de una pluralidad de etiquetas de fluorescencia con afinidad por biomarcadores específicos. Se puede obtener una imagen digital de la muestra teñida y la imagen se puede analizar adicionalmente basándose en la ubicación de las etiquetas de fluorescencia. En lugar del análisis de imagen completa, los campos visuales se pueden priorizar en función del número de células que expresan un primer biomarcador de interés. A continuación, se puede analizar adicionalmente un número predeterminado de campos visuales en busca de señales de fluorescencia. En algunas modalidades, el uso de cuatro tipos diferentes de etiquetas de fluorescencia genera una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un primer biomarcador de interés y una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un segundo biomarcador de interés así como también a una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un biomarcador. expresado por todas las células y una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un subconjunto biomarcador (por ejemplo, un biomarcador expresado por células tumorales). En modalidades adicionales, las imágenes de señales de fluorescencia se manipulan para generar una o más máscaras de señales de fluorescencia correspondientes a las células dentro de la imagen. En algunas modalidades, una o más máscaras de señales de fluorescencia comprenden una o más seleccionadas del grupo que consiste en una máscara de todas las células dentro de la imagen, una máscara de todas las células que expresan el subconjunto biomarcador (por ejemplo, todas las células tumorales) dentro de la imagen, una máscara de todas las células que no expresan el subconjunto biomarcador (por ejemplo, todas las células no tumorales) dentro de la imagen, una máscara de todas las células que expresan un primer biomarcador de interés dentro de la imagen y una máscara de todas las células que expresan un segundo biomarcador de interés dentro de la imagen. Las áreas de estas máscaras pueden usarse para derivar un valor de PPB según se desee. En algunas modalidades, se deriva un valor de PPB para todas las células que expresan el subconjunto biomarcador. En algunas modalidades, se deriva un valor de PPB para un primer subconjunto de todas las células que expresan el subconjunto de biomarcador y el primer biomarcador de interés. En algunas modalidades, se deriva un valor de PPB para un segundo subconjunto de todas las células que expresan el biomarcador del subconjunto y el segundo biomarcador de interés. En algunas modalidades, se deriva un valor de PPB para un segundo subconjunto de todas las células que expresan el segundo biomarcador de interés pero que no expresan el subconjunto biomarcador.
En consecuencia, en algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, comprende:
(i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un subconjunto de biomarcadores;
(iii) opcionalmente, construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un primer biomarcador de interés;
(iv) combinar dicha primera y segunda máscaras de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan el subconjunto biomarcador;
(v) opcionalmente, combinar dicha primera y tercera máscaras de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan el primer biomarcador de interés;
(vi) derivar un valor de PPB para todas las células que expresan el subconjunto de biomarcador mediante la división del área total de la cuarta máscara por el área total de la primera máscara;
(vii) opcionalmente, combinar dicha cuarta y quinta máscaras de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que
(a) expresan el biomarcador del subconjunto y el primer biomarcador de interés; o
(b) expresan el biomarcador del subconjunto en ausencia del primer biomarcador de interés;
y
(viii) opcionalmente, derivar un valor de PPB para el primer subconjunto de todas las células que (a) expresan el subconjunto biomarcador y el primer biomarcador de interés o (b) expresan el subconjunto biomarcador en ausencia del primer biomarcador de interés, mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, las etapas opcionales no se realizan. En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la primera máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la sexta máscara y el área total de la cuarta máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la primera máscara, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara se miden cada uno en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 pm de ancho.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, comprende:
(i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un subconjunto de biomarcadores;
(iii) opcionalmente, construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un primer biomarcador de interés;
(iv) combinar dicha primera y segunda máscaras de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan el subconjunto biomarcador;
(v) opcionalmente, combinar dicha primera y tercera máscaras de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan el primer biomarcador de interés;
(vi) derivar un valor de PPB para todas las células que expresan el subconjunto de biomarcador mediante la división del área total de la cuarta máscara por el área total de la primera máscara;
(vii) opcionalmente, combinar dicha cuarta y quinta máscaras de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan el subconjunto de biomarcador y el primer biomarcador de interés; y
(viii) opcionalmente, derivar un valor de PPB para el primer subconjunto de todas las células que expresan el subconjunto de biomarcador y el primer biomarcador de interés mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, las etapas opcionales no se realizan. En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la primera máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la sexta máscara y el área total de la cuarta máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la primera máscara, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara se miden cada uno en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 pm de ancho.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, comprende:
(i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un subconjunto de biomarcadores;
(iii) construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un primer biomarcador de interés;
(iv) combinar dicha primera y segunda máscaras de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan el subconjunto biomarcador;
(v) combinar dicha primera y tercera máscaras de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de un primer subconjunto de todas las células en el campo visual, que también expresan el primer biomarcador de interés;
(vi) derivar un valor de PPB para todas las células que expresan el subconjunto de biomarcador mediante la división del área total de la cuarta máscara por el área total de la primera máscara;
(vii) combinar dicha cuarta y quinta máscaras de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas del primer subconjunto de todas las células en el campo visual, que expresan el biomarcador del subconjunto y el primer biomarcador de interés; y
(viii) derivar un valor de PPB para el primer subconjunto de todas las células que expresan el biomarcador del subconjunto y el primer biomarcador de interés mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la cuarta máscara y el área total de la primera máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la sexta máscara y el área total de la cuarta máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la primera máscara, el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara se miden cada uno en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 pm de ancho.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, que comprende además:
(ix) construir una séptima máscara de cuartas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un segundo biomarcador de interés;
(x) combinar dichas primera y séptima máscaras de una manera que proporcione una octava máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de un segundo subconjunto de todas las células en el campo visual, que también expresan el segundo biomarcador de interés;
(xi) combinar dichas cuarta y octava máscaras de una manera que proporcione una novena máscara que comprende señales de fluorescencia representativas del segundo subconjunto de todas las células en el campo visual, que expresan el biomarcador del subconjunto y el segundo biomarcador de interés; y
(xii) derivar un valor de PPB para el segundo subconjunto de todas las células que expresan el biomarcador del subconjunto y el segundo biomarcador de interés mediante la división del área total de la novena máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la novena máscara y el área total de la cuarta máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gm de ancho.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, que comprende además:
(ix) construir una séptima máscara de cuartas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un segundo biomarcador de interés;
(x) restar dicha segunda máscara de dicha primera máscara de una manera que proporcione una octava máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células que no expresan el biomarcador del subconjunto en el campo visual;
(xi) combinar dichas séptima y octava máscaras de una manera que proporcione una novena máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células que expresan el segundo biomarcador de interés pero que no expresan el subconjunto de biomarcadores en el campo visual; y
(xii) derivar un valor de PPB para todas las células que expresan el segundo biomarcador de interés pero no expresan el biomarcador del subconjunto mediante la división del área total de la novena máscara por el área total de la octava máscara.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, que comprende además:
(ix) construir una séptima máscara de cuartas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un segundo biomarcador de interés;
(x) combinar dicha sexta y séptima máscaras de una manera que proporcione una octava máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células que
(a) expresan el biomarcador del subconjunto, el primer biomarcador de interés y el segundo biomarcador de interés en el campo visual;
(b) expresan el biomarcador del subconjunto y el primer biomarcador de interés en ausencia del segundo biomarcador de interés en el campo visual; o
(c) expresan el biomarcador del subconjunto y el segundo biomarcador de interés en ausencia del primer biomarcador de interés en el campo visual;
y
(xi) derivar un valor de PPB para todas las células que expresan el primer biomarcador de interés o el segundo biomarcador de interés, o una combinación de los mismos, así como también el biomarcador del subconjunto, mediante la división del área total de la octava máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células u, opcionalmente, uno o más subconjuntos de las mismas presentes en un campo visual, que comprende además ciclos adicionales de etapas análogas a las etapas (ix), (x), y (xii) con respecto a uno o más biomarcadores adicionales de interés (por ejemplo, un tercer biomarcador de interés).
En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la novena máscara y el área total de la octava máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gm de ancho.
En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células tumorales y células no tumorales, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células viables y células no viables, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto es un subconjunto de células viables y un no subconjunto de células consiste en las células viables no incluidas en el subconjunto de células viables. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células T y células no T, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células mieloides y células no mieloides, respectivamente o viceversa.
En algunas modalidades, el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células tumorales. En algunas modalidades, el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células no tumorales. En algunas modalidades, el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células tumorales y no tumorales. En algunas modalidades, el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células HLA-DR+.
En algunas modalidades, el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células T. En algunas modalidades, las células T expresan CD3. En algunas modalidades, las células T expresan CD8. En algunas modalidades, las células T expresan CD4.
En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en CD11b, CD33, HLA-DR, IDO-1, ARG1, granzima B, B2M, PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7 -H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, PD-1, TIM3, LAG3, 41BB, OX40, CTLA-4, CD40L, CD28, GITR, ICOS, CD28, CD3, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, ICOS, CD28, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1 BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1 y GITRL. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, Galectina 9 y MHC. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende PD-L1. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende IDO-1.
En algunas modalidades, el segundo biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado entre PD-1, TIM-3 y TCR. En algunas modalidades, el segundo biomarcador de interés comprende PD-1.
En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés y el segundo biomarcador de interés son diferentes entre sí y comprenden un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, ICOS, CD28, CD3, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés y el segundo biomarcador de interés son diferentes entre sí y comprenden un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en CD11b, CD33, HLA-DR, IDO-1, ARG1, granzima B, B2M, PD -L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, ICOS, CD28, CD3, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86.
En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, Galectina 9, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, ICOS, CD28, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86; y el segundo biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado entre PD-1, TIM-3 y TCR. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende PD-L1 y el segundo biomarcador de interés comprende PD-1. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende PD-L1 y el segundo biomarcador de interés comprende CD80. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CTLA-4 y el segundo biomarcador de interés comprende CD80. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende PD-L2 y el segundo biomarcador de interés comprende PD-1. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CTLA-4 y el segundo biomarcador de interés comprende CD86. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende LAG-3 y el segundo biomarcador de interés comprende HLA-DR. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende TIM-3 y el segundo biomarcador de interés comprende Galectina 9. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende 4IBB y el segundo biomarcador de interés comprende 4.1 BBL. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende 0X40 y el segundo biomarcador de interés comprende OX40L. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD40 y el segundo biomarcador de interés comprende CD40L. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende ICOS y el segundo biomarcador de interés comprende ICOSL. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende GITR y el segundo biomarcador de interés comprende GITRL. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende HLA-DR y el segundo biomarcador de interés comprende TCR. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD25 y el segundo biomarcador de interés comprende FoxP3. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD4 y el segundo biomarcador de interés comprende CD8. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD3 y el segundo biomarcador de interés comprende PD-1. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD56 y el segundo biomarcador de interés comprende CD 16. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende HLA-DR y el segundo biomarcador de interés comprende IDO-1. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende CD33 y el segundo biomarcador de interés comprende ARG1.
En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto solo se expresa en células tumorales. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto se expresa solo en células no tumorales. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto se expresa en células T. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende CD3. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende CD 19. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende CD45. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto se expresa en células mieloides. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende CD11b. En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende HLA-DR.
En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende Ki67 y el primer subconjunto de todas las células en el campo visual comprende células CD8 positivas.
En algunas modalidades, el biomarcador del subconjunto comprende HLA-DR y el primer biomarcador de interés comprende IDO-1.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
(i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
(iii) construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
(iv) combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
(v) combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
(vi) combinar dicha cuarta y quinta máscaras de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; y (vii) derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1 mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células tumorales presentes en un campo visual, que comprende: (i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativa de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un biomarcador tumoral;
(iii) combinar dichas primera y segunda máscaras de una manera que proporcione una tercera máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células tumorales en el campo visual;
(iv) construir una cuarta máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un biomarcador de interés;
(v) combinar dicha tercera y cuarta máscaras de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células tumorales en el campo visual, que también expresan el biomarcador de interés; y
(vi) derivar un valor de PPB para todas las células tumorales que expresan el biomarcador de interés mediante la división del área total de la quinta máscara por el área total de la tercera máscara.
En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la quinta máscara y el área total de la tercera máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gm de ancho. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, Galectina 9 y MHC. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende PD-L1. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende Galectina 9. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende MHC. En algunas modalidades, el campo visual comprende además células no tumorales. En algunas modalidades, las células no tumorales comprenden células inmunes y células estromales.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células no tumorales presentes en un campo visual, que comprende:
(i) generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
(ii) construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativa de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un biomarcador tumoral;
(iii) restar dicha segunda máscara de dicha primera máscara de una manera que proporcione una tercera máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células no tumorales en el campo visual;
(iv) construir una cuarta máscara de señales de fluorescencia representativa de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan un biomarcador de interés;
(v) combinar dicha tercera y cuarta máscaras de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células no tumorales en el campo visual, que también expresan el biomarcador de interés; y
(vi) derivar un valor de PPB para todas las células no tumorales que expresan el biomarcador de interés mediante la división del área total de la quinta máscara por el área total de la tercera máscara.
En algunas modalidades, el área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, el área total de la quinta máscara y el área total de la tercera máscara se miden cada una en píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gim de ancho. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, PD-1, TIM3, LAG3, 41BB, OX40, CTLA-4, CD40L, CD28, GITR, ICOS, CD28, CD3, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86, o una combinación de dos o más de los mismos. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, PD-1, TIM3, LAG3, 41BB, OX40, CTLA-4, CD40L, CD28, GITR, ICOS, CD28, CD3, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80 y CD86. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, PD-1, TIM3, LAG3, 41BB, OX40, CTLA-4, CD40L, CD28, GITR, ICOS, CD28, CD4, CD8, FoxP3, CD25, CD16, CD56, CD68, CD163, CD80, y CD86. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende un biomarcador seleccionado del grupo que consiste en PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, HLA-DR, CD80, CD86, 4.1BBL, ICOSL, CD40, OX40L, IDO-1, GITRL, PD-1, TIM3, LAG3, 41BB, OX40, CTLA-4, CD40L, CD28, GITR, ICOS y CD28. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende PD-L1. En algunas modalidades, el biomarcador de interés comprende PD-1. En algunas modalidades, las células no tumorales comprenden células inmunes y células estromales.
En algunas modalidades, el valor de PPB se compara con un umbral de PPB. En algunas modalidades, el umbral de PPB tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %. En algunas modalidades, el umbral de PPB tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 9 %. En algunas modalidades, el umbral de PPB tiene un intervalo de aproximadamente el 5 % a aproximadamente el 10 %, o de aproximadamente el 10 % a aproximadamente el 15 %, o de aproximadamente el 15 % a aproximadamente el 20 %, o de aproximadamente el 10 % a aproximadamente el 20 %, o de aproximadamente el 20 % a aproximadamente el 25 %, o de aproximadamente el 20 % a aproximadamente el 30 %, o de aproximadamente el 25 % a aproximadamente el 30 %, o de aproximadamente el 30 % a aproximadamente el 35 %, o de aproximadamente el 30 % a aproximadamente el 40 %, o de aproximadamente 35 % a aproximadamente 40 %, o de aproximadamente 40 % a aproximadamente 45 %, o de aproximadamente 40 % a aproximadamente 50 %. En algunas modalidades, el umbral de PPB es aproximadamente 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 o 50 %, incluidos los incrementos en los mismos. En algunas modalidades, el umbral de PPB es aproximadamente 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 o 50 % incluyendo incrementos en los mismos, más o menos 1 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía de aproximadamente un 2 % a aproximadamente un 8 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 2 % hasta aproximadamente el 7 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 2 % hasta aproximadamente el 6 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 3 % hasta aproximadamente el 10 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 3 % hasta aproximadamente el 9 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 3 % hasta aproximadamente el 8 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 3 % hasta aproximadamente el 7 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 3 % hasta aproximadamente el 6 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 4 % hasta aproximadamente el 10 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía de aproximadamente un 4 % a aproximadamente un 9 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía de aproximadamente un 4 % a aproximadamente un 8 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 4 % hasta aproximadamente el 7 %. En algunas realizaciones, el umbral de PBP varía desde aproximadamente el 4 % hasta aproximadamente el 6 %.
Figura 11 es un diagrama de flujo que representa las etapas de una modalidad de derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) o una puntuación de PPB. En la etapa 1101, se obtienen los datos de imagen y en la etapa 1102, los datos de imagen no se mezclan de manera que los datos específicos de varios tipos de señales de fluorescencia se separan en diferentes canales. En la etapa 1103, los datos de un primer canal se usan para generar una máscara de todas las células. En la etapa 1104, los datos de un segundo canal se usan para generar una máscara del área en un campo visual que expresa un biomarcador del subconjunto, por ejemplo, esta máscara del subconjunto puede ser una máscara de un área tumoral presente en un campo visual. En la etapa 1105, la máscara de todas las células y la máscara del subconjunto (por ejemplo, una máscara de área tumoral) se combinan para generar una máscara de todas las células del subconjunto.
En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células tumorales y células no tumorales, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células viables y células no viables, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto es un subconjunto de células viables y un no subconjunto de células consiste en las células viables no incluidas en el subconjunto de células viables. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células T y células no T, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células mieloides y células no mieloides, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células identificadas por un biomarcador del subconjunto y un no subconjunto de células corresponde a células HLA-DR+ y células HLA-DR-, respectivamente o viceversa.
En determinadas modalidades, la combinación de la máscara de todas las células y la máscara del subconjunto puede identificar todas las células tumorales y/o todas las células no tumorales. El proceso puede llevarse a cabo solo en un tipo seleccionado de célula de interés, por ejemplo, solo células tumorales o solo células no tumorales. El proceso también puede estar dirigido a un análisis de ambos. En la etapa 1106, los datos de un tercer canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para un biomarcador (basadas en señales de fluorescencia que representan la presencia de una etiqueta fluorescente con afinidad por la unión al biomarcador particular de interés). En las etapas 1107 y 1108, la máscara de biomarcador generada en la etapa 1106 se combina con la máscara de células del subconjunto generada en la etapa 1105. La etapa 1107 combina la máscara de biomarcador con la máscara de células del subconjunto de una primera manera, para generar una máscara de todos los subconjuntos de células que son positivas para el biomarcador. La etapa 1108 combina la máscara de biomarcador con la máscara de células del subconjunto de una segunda manera, para generar una máscara de células del subconjunto que no son positivas para el biomarcador. Se pueden realizar una o ambas etapas 1107 y 1108 de acuerdo con las diversas modalidades del método. En la etapa 1109/1110, se calcula una puntuación de PPB mediante la división del área de células del subconjunto de interés (por ejemplo, las células del subconjunto que son positivas para el biomarcador identificado por la máscara en la etapa 1107 o las células del subconjunto que no son positivas para el biomarcador identificado por la máscara en la etapa 1108) por el área total de todas las células del subconjunto. Se pueden realizar una o ambas etapas 1109 y 1110 de acuerdo con las diversas modalidades del método.
Figura 12 es un diagrama de flujo que representa las etapas de una segunda modalidad de un método para derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB). En la etapa 1201, se obtienen los datos de imagen y en la etapa 1202, los datos de imagen no se mezclan de manera que los datos específicos de varios tipos de señales de fluorescencia se separan en diferentes canales. En la etapa 1203, los datos de un primer canal se usan para generar una máscara de todas las células. En la etapa 1204, los datos de un segundo canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para un biomarcador (basadas en señales de fluorescencia que representan la presencia de una etiqueta fluorescente con afinidad por la unión al biomarcador particular de interés). En la etapa 1205, se calcula una puntuación de PPB mediante la división del área de las células que son positivas para el biomarcador (que se identifica mediante la máscara creada en la etapa 1204) por el área total de todas las células de interés (de la etapa 1203). El proceso de la Figura 12 puede llevarse a cabo por separado o simultáneamente con el método descrito en la Figura 11. En otras palabras, se puede calcular una puntuación de PPB para todas las células, todas las células tumorales y todas las células no tumorales, o cualquier combinación de las mismas, puede combinar los métodos de las Figuras 11 y 12.
En los métodos descritos en la presente descripción, la manipulación de las imágenes digitales puede llevarse a cabo mediante un sistema informático que comprende un controlador, tal como el controlador ilustrado en el diagrama de bloques de la Figura 13, de acuerdo con una modalidad ilustrativa. Se muestra que el controlador 200 incluye una interfaz 202 de comunicaciones y un circuito 204 de procesamiento. La interfaz de comunicaciones 202 puede incluir interfaces cableadas o inalámbricas (por ejemplo, conectores, antenas, transmisores, receptores, transceptores, terminales de cable, etc.) para realizar comunicaciones de datos con varios sistemas, dispositivos o redes. Por ejemplo, la interfaz de comunicaciones 202 puede incluir una tarjeta Ethernet y un puerto para enviar y recibir datos a través de una red de comunicaciones basada en Ethernet y/o un transceptor WiFi para comunicarse a través de una red de comunicaciones inalámbrica. La interfaz de comunicaciones 202 puede configurarse para comunicarse a través de redes de área local o redes de área amplia (por ejemplo, Internet, la WAN de un edificio, etc.) y puede usar una variedad de protocolos de comunicación (por ejemplo BACnet, IP, LON, etc.).
La interfaz de comunicaciones 202 puede ser una interfaz de red configurada para facilitar las comunicaciones de datos electrónicos entre el controlador 200 y varios sistemas o dispositivos externos (por ejemplo, el dispositivo de formación de imágenes 102). Por ejemplo, el controlador 200 puede recibir datos de imágenes para los campos visuales seleccionados desde el dispositivo 102 de imágenes, para analizar los datos y calcular la puntuación de proximidad espacial (PPE).
Todavía refiriéndose a la Figura 13, Se muestra que el circuito de procesamiento 204 incluye un procesador 206 y una memoria 208. El procesador 206 puede ser un procesador de propósito general o de propósito específico, un circuito integrado de aplicación específica (ASIC), una o más matrices de puertas programables de campo (FPGA), un grupo de componentes de procesamiento u otros componentes de procesamiento adecuados. El procesador 506 puede configurarse para ejecutar código de computadora o instrucciones almacenadas en la memoria 508 o recibidas de otros medios legibles por computadora (por ejemplo, CDROM, almacenamiento en red, servidor remoto, etc.).
La memoria 208 puede incluir uno o más dispositivos (por ejemplo, unidades de memoria, dispositivos de memoria, dispositivos de almacenamiento, etc.) para almacenar datos y/o código informático para completar y/o facilitar los diversos procesos descritos en la presente descripción. La memoria 208 puede incluir memoria de acceso aleatorio (RAM), memoria de solo lectura (ROM), almacenamiento en disco duro, almacenamiento temporal, memoria no volátil, memoria flash, memoria óptica o cualquier otra memoria adecuada para almacenar objetos de software y/o instrucciones de computadora. La memoria 208 puede incluir componentes de base de datos, componentes de código de objeto, componentes de script o cualquier otro tipo de estructura de información para soportar las diversas actividades y estructuras de información descritas en la presente descripción. La memoria 508 se puede conectar de forma comunicable al procesador 206 a través del circuito de procesamiento 204 y puede incluir un código de computadora para ejecutar (por ejemplo, por el procesador 206) uno o más procesos descritos en la presente descripción.
Todavía refiriéndose a la Figura 13, se muestra que el controlador 200 recibe la entrada de un dispositivo 102 de formación de imágenes. El dispositivo de imágenes adquiere todos los datos de imágenes y los registra, junto con todos los metadatos que los describen. El dispositivo de formación de imágenes serializará entonces los datos en un flujo que puede ser leído por el controlador 200. El flujo de datos puede acomodar cualquier tipo de flujo de datos binarios, como el sistema de archivos, un RDBM o comunicaciones TCP/IP directas. Para el uso del flujo de datos, se muestra que el controlador 200 incluye un separador espectral 210. El separador espectral 210 puede recibir datos de imagen de un dispositivo de formación de imágenes 102 en el que realiza una separación espectral para separar una imagen que presenta varias longitudes de onda en canales discretos individuales para cada banda de longitudes de onda. Por ejemplo, los datos de la imagen pueden "separarse" en canales separados para cada uno de los diversos fluoróforos usados para identificar células o proteínas de interés en la muestra de tejido. El fluoróforo, solo a manera de ejemplo, puede ser uno o más del grupo que consiste de DAPI, Cy® 2, Cy® 3, Cy® 3,5, Cy® 5, FITC, TRITC, Alexa Fluor® 488, Alexa Fluor ® 555, Alexa Fluor® 594 y Texas Red. En un ejemplo, uno de los canales puede incluir datos de imagen que caen dentro de una banda predeterminada que rodea una longitud de onda de 461 nm (la longitud de onda de emisión máxima para DAPI), para identificar núcleos en la imagen. Otros canales pueden incluir datos de imagen para diferentes longitudes de onda para identificar diferentes porciones de la muestra de tejido mediante el uso de diferentes fluoróforos.
También se muestra que el controlador 200 incluye varios enmascaradores, tales como el enmascarador de células 212, el enmascarador de área de subconjunto 216 y el enmascarador de biomarcadores 222. Estos, u otros enmascaradores que pueden incluirse en el controlador 200 en otras modalidades, se usan para recibir una señal sin mezclar del separador espectral 210 y crear una máscara para la célula o área de interés particular, dependiendo del fluoróforo usado para identificar ciertos características de interés en la muestra de tejido. Para crear una máscara, los enmascaradores (tales como el enmascarador de células 212, el enmascarador de área de subconjunto 216 y el enmascarador de biomarcadores 222) reciben datos de imagen relacionados con la intensidad de cada píxel en el campo visual. La intensidad de los píxeles es directamente proporcional a la cantidad de fluorescencia emitida por la muestra, que a su vez, es directamente proporcional a la cantidad de biomarcador proteico en la muestra (mediante el uso de un fluoróforo para identificar un biomarcador particular). Se puede establecer un umbral absoluto en base a los valores que existen en los píxeles de la imagen. Todos los píxeles que sean mayores o iguales al valor umbral se asignarán a 1,0, o "activados", y todos los demás píxeles se asignarán a 0,0 o "desactivados." De esta manera, se crea una máscara binaria para identificar la porción de célula o tejido de interés en el campo visual. En otras modalidades, se crea una máscara mediante el uso de un límite inferior en donde todos los píxeles con una intensidad igual o superior a un límite inferior se aceptan y usan como valor de píxel para la máscara. Si la intensidad está más abajo del límite inferior, el valor de píxel se establece en 0,0 o "desactivado".
En el diagrama de flujo de ejemplo para enmascaramiento que se muestra en la Figura 14, se muestra que los canales del colorante DAPI y 488 (u otro fluoróforo para identificar núcleos y áreas tumorales, respectivamente) usan el protocolo del límite inferior (etapas 1410, 1412, 1420, 1422), mientras que el canal Cy5 (u otro fluoróforo para identificar un biomarcador de interés) usa un protocolo de valor umbral (etapa 1430), para proporcionar la salida de la máscara. En asociación con el protocolo de límite inferior, también hay una etapa de histograma para determinar el límite inferior. En particular, el umbral de histograma (etapa 1412, 1422) produce un umbral de una imagen de entrada pero usa una escala móvil para determinar el punto en el que se produce el umbral. Las entradas son la imagen actual y un porcentaje de umbral definido por el usuario. Este último se usa para determinar a qué por ciento de la intensidad total debe establecerse el nivel de umbral. En primer lugar, la intensidad de cada píxel se suma a una intensidad total. La porcentaje de umbral se multiplica por esta intensidad total para obtener una suma de corte. Finalmente, todos los píxeles se agrupan por intensidad (en un histograma) y sus intensidades se suman de menor a mayor (bin por bin) hasta que se alcanza la suma de corte. La última intensidad de píxel más alta visitada en el proceso es el umbral de la imagen actual. Todos los píxeles con intensidades superiores a ese valor tienen sus intensidades configuradas al máximo, mientras que todos los demás están configurados al mínimo.
Las etapas identificados como etapas 1414, 1416, 1424, 1426, 1428, 1432, 1434, 1436 en la Figura 14 representan etapas intermedias que ocurren en los enmascaradores iniciales, como el enmascarador de células 212 (etapas 1414, 1416), el enmascarador de área de subconjunto 216 (etapas 1424, 1426, 1428) y el enmascarador de biomarcadores 222 (etapas 1432, 1434, 1436). Estas etapas se definen de la siguiente manera:
Dilatar aumenta el área de las regiones más brillantes de una imagen. Se necesitan dos entradas para dilatar. La primera es la imagen actual implícita y la segunda es el número de iteraciones a dilatar. Se supone que solo se usan imágenes binarias para la primera entrada. El procedimiento operará en imágenes continuas, pero la salida no será dilatado válido.. El proceso de dilatado comienza encontrando primero la máxima intensidad de píxeles en la imagen. Subsecuentemente, cada píxel de la imagen se examina una vez. Si el píxel bajo investigación tiene una intensidad igual a la intensidad máxima, ese píxel se dibujará en la imagen de salida como un círculo con iteraciones de radio y centrado en el píxel original. Todos los píxeles de ese círculo tendrán una intensidad igual a la intensidad máxima. Todos los demás píxeles se copian en la imagen de salida sin modificaciones.
El procedimiento de llenar agujeros llenará las regiones "vacías" de una imagen con píxeles a la máxima intensidad. Estas regiones vacías son aquellas que tienen una intensidad mínima y cuya área de píxeles (Talla) es el especificado por el usuario. La imagen actual y la Talla son las dos entradas necesarias. Como este procedimiento de dilatado solo debe aplicarse a imágenes binarias.
Erosionar procesa imágenes de la misma manera que dilatar. Toda la funcionalidad es la misma que dilatar excepto que la primera etapa determina la intensidad mínima en la imagen, solo se alteran los píxeles que coinciden con la intensidad más baja, y los círculos usados para obtener los píxeles de intensidad mínima encontrados se rellenan con el valor de intensidad más bajo. Como este procedimiento de dilatado solo debe aplicarse a imágenes binarias.
Eliminar objetos. Se esperan dos entradas: la imagen actual y tamaño del objeto. Eliminar objetos es lo opuesto al procedimiento llenar agujeros. Cualquier región que contiene solo píxeles con una intensidad máxima que llene un área menor que la entrada tamaño del objeto se ajustará a la intensidad mínima y, por lo tanto, se "eliminará." Este procedimiento solo debe aplicarse a imágenes binarias; la aplicación a imágenes continuas puede producir resultados inesperados.
La salida en las etapas 1418, 1429 y 1438 son la máscara de células resultante, la máscara del subconjunto (o, en este ejemplo particular, la máscara de área tumoral) y la máscara de célula de biomarcador, respectivamente. Figura 14 representa además las combinaciones de estas máscaras resultantes para obtener la información de área relevante para el puntaje de PPB. Estas combinaciones se describen más abajo con referencia a los enmascaradores de combinación del controlador 200, representados en la Figura 13.
Se muestra que el controlador 200 incluye enmascaradores de combinación, tales como enmascarador de células del subconjunto 218, enmascarador de células que no son del subconjunto 220 y enmascarador de combinación 230. En algunas modalidades, las células del subconjunto identificadas por el enmascarador 218 y las células que no pertenecen al subconjunto identificadas por el enmascarador 220 son células tumorales y células no tumorales, respectivamente. El enmascarador de células del subconjunto realiza una operación Y , como se muestra en la etapa 1452 en la Figura 14, para combinar la salida del enmascarador de células 212 (representativo de todas las células en la imagen) con la salida del enmascarador de área de subconjunto 216. En consecuencia, el enmascarador de células de subconjunto genera una máscara de todas las células de subconjunto en la imagen. Esta misma combinación, mediante el uso de un Fuera operación realizada por el enmascarador 220 de células que no son del subconjunto como se muestra en la etapa 1454 en la Figura 14, genera una máscara de todas las células que no pertenecen a un subconjunto en la imagen de muestra.
El enmascarador de combinación 230 se configura para combinar dos máscaras de entrada. Como se muestra en la Figura 14, e l enmascarador de combinación 230 combina la máscara de biomarcadores con una máscara de células del subconjunto (del enmascarador de células del subconjunto 218) o una máscara de células que no son del subconjunto (del enmascarador de células sin subconjunto 220), o ambas máscara de biomarcador máscara del subconjunto y máscara de biomarcador máscara del subconjunto. Las líneas de puntos representan que una o ambas máscaras de células pueden combinarse con la máscara de biomarcador en el enmascarador de combinación 230. El resultado del enmascarador de combinación 230 es una máscara representativa de todas las células del subconjunto que son positivas para el biomarcador y/o todas las células que no pertenecen al subconjunto que son positivas para el biomarcador. El enmascarador de combinación 230 puede combinar las máscaras de una manera alternativa de manera que el resultado del enmascarador de combinación 230 sea una máscara representativa de un subconjunto de células que no son positivas para el biomarcador (biomarcador negativo). Si las células de interés no están relacionadas específicamente con el subconjunto, por ejemplo, tumorales o no tumorales, sino todas las células, entonces la máscara de biomarcador positivo no se combina con ninguna máscara adicional y pasa a través del enmascarador de combinación 230 sin modificación.
Para calcular la puntuación de % de positividad de biomarcadores (PPB), el área de células del subconjunto seleccionado (por ejemplo, todos, tumorales o no tumorales) la máscara de biomarcadores positivos o la máscara de biomarcadores negativos (en cuyo caso la puntuación representa la negatividad del biomarcador) se determina en píxeles en el evaluador de área 232. El área total de todas las células seleccionadas (positivas y negativas para el biomarcador) se determina en píxeles en el evaluador de área 232. Las líneas de puntos que terminan en el evaluador de área 232 indican que las entradas de área total pueden ser una o más de la máscara de todas las células, la máscara de células del subconjunto y la máscara de células sin subconjuntos, que se calcularán por separado. Se determina un por ciento de puntuación de positividad de biomarcadores en la calculadora de positividad 236. En una modalidad, la puntuación de PPB se calcula mediante la división del área de la máscara positiva del biomarcador celular seleccionado del evaluador de área 232 por el área de la máscara de todas las células seleccionadas del evaluador de área 232, y multiplicando 100. En una modalidad, la ecuación ejecutada por la calculadora de interacción 236 es:
Figure imgf000049_0001
en donde APAG es un área positiva de biomarcador para el tipo seleccionado de subconjunto celular (por ejemplo, todos, tumorales o no tumorales) y AA es el área total de todas las células del tipo de célula seleccionado (todas, tumorales, no tumorales). De manera similar, A n podría reemplazar A p en la ecuación anterior, en donde A n es un área de biomarcador negativo para el tipo de célula seleccionado (por ejemplo, todos, tumorales o no tumorales), para determinar una puntuación representativa del por ciento de negatividad de biomarcadores para el tipo de subconjunto de células.
El procedimiento Y se modela a partir de una operación AND binaria, pero difiere de manera significativa. Y acepta la imagen actual y un resultado seleccionado por el usuario. La salida es una imagen creada al realizar una multiplicación de las intensidades normalizadas de píxeles coincidentes de las dos imágenes de entrada. En algunos casos, los datos de intensidad de la imagen ya están normalizados. Por lo tanto, el procedimiento Y es simplemente una multiplicación por píxeles de las dos imágenes. Las dos entradas necesarias para Fuera son la imagen actual y un resultado seleccionado por el usuario. Fuera elimina la segunda forma de imagen de la primera de acuerdo con la fórmula A * (1 - B/Bmáx) donde A es la imagen actual, B la imagen seleccionada por el usuario para eliminar y Bmáx es la intensidad máxima de B. Tenga en cuenta que la división de B por Bmáx normaliza B.
La derivación de un valor de PPB también se describe en la Solicitud de Patente Internacional Núm. PCT/US2016/058277
Puntuación de interacción o puntuación de proximidad espacial
Los métodos descritos en la presente descripción pueden comprender puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído de un paciente con cáncer.
En algunas modalidades, la muestra puede teñirse mediante el uso de una pluralidad de etiquetas de fluorescencia con afinidad por biomarcadores específicos. Se puede obtener una imagen digital de la muestra teñida y la imagen se puede analizar adicionalmente basándose en la ubicación de las etiquetas de fluorescencia. En lugar del análisis de imagen completa, los campos visuales se pueden priorizar en función del número de células que expresan un primer biomarcador de interés. A continuación, se puede analizar adicionalmente un número predeterminado de campos visuales en busca de señales de fluorescencia. En algunas modalidades, el uso de cuatro tipos diferentes de etiquetas de fluorescencia genera una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un primer biomarcador de interés y una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un segundo biomarcador de interés así como también a una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un biomarcador. expresado por todas las células y una imagen de señales de fluorescencia correspondiente a un biomarcador expresado por células tumorales. En modalidades adicionales, las imágenes de señales de fluorescencia se manipulan para generar una o más máscaras de señales de fluorescencia correspondientes a las células dentro de la imagen. En algunas modalidades, una o más máscaras de señales de fluorescencia comprenden una o más de las seleccionadas del grupo que consiste en una máscara de todas las células dentro de la imagen, una máscara de todas las células tumorales dentro de la imagen, una máscara de todas las células no tumorales dentro de la imagen, una máscara de todas las células que expresan un primer biomarcador de interés dentro de la imagen, una máscara de todas las células que expresan un segundo biomarcador de interés dentro de la imagen y una máscara de interacción que representa todas las células que expresan un primer biomarcador de interés dentro de la imagen como así como también células localizadas proximalmente que expresan un segundo biomarcador de interés. En otras modalidades más, la máscara de interacción se usa para generar un compartimiento de interacción de las células a partir de todos los campos visuales seleccionados que expresan el segundo biomarcador de interés que estaban localizados proximalmente a las células que expresan el primer biomarcador de interés. El área total del compartimiento de interacción puede usarse para generar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan el primer biomarcador y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan el segundo biomarcador que es diferente del primer biomarcador. En algunas modalidades, la puntuación indica la posibilidad de que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
En consecuencia, en algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído de un paciente con cáncer, comprendiendo la etapa de puntuación: (i) usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación representativa de un proximidad entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan un primer biomarcador y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan un segundo biomarcador que es diferente del primer biomarcador; y (ii) registrar la puntuación, cuya puntuación cuando se compara con un valor umbral es indicativa de una posibilidad de que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia. En algunas modalidades, el primer biomarcador es PD-L1 y el segundo biomarcador es PD-1. En algunas modalidades, el primer biomarcador es PD-1 y el segundo biomarcador es PD-L1.
En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células comprende una célula tumoral, una célula mieloide o una célula estromal y el segundo miembro del al menos un par de células comprende una célula inmunitaria. En algunas modalidades, la célula tumoral, la célula mieloide o la célula estromal expresa PD-L1 y la célula inmunitaria expresa PD-1.
En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células comprende una célula tumoral y el segundo miembro del al menos un par de células comprende una célula inmunitaria. En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células comprende una célula mieloide y el segundo miembro del al menos un par de células comprende una célula inmunitaria. En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células comprende una célula estromal y el segundo miembro del al menos un par de células comprende una célula inmunitaria. En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células expresa PD-L1 y la célula inmunitaria expresa PD-1.
En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células expresa PD-L1. En algunas modalidades, el segundo miembro del al menos un par de células expresa PD-1. En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células expresa PD-L1, y el segundo miembro del al menos un par de células expresa PD-1.
En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células expresa PD-1. En algunas modalidades, el segundo miembro del al menos un par de células expresa PD-L1. En algunas modalidades, el primer miembro del al menos un par de células expresa PD-1, y el segundo miembro del al menos un par de células expresa PD-L1.
En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 45 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 40 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 35 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 30 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 25 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 20 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 2,5 pm a aproximadamente 15 pm. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de 5 pm a aproximadamente 50 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 45 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 40 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 35 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 30 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 25 pm. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 20 pm.
En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de 5 pm a aproximadamente 15 gm. En algunas realizaciones,
la proximidad espacial es de aproximadamente 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24,
25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, o 50 gm.
En algunas modalidades, la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de
aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un
intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial
tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 90 píxeles. En algunas modalidades, la proximidad
espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 80 píxeles. En algunas modalidades, la
proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 70 píxeles. En algunas modalidades,
la proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 60 píxeles. En algunas
modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 50 píxeles. En
algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 40 píxeles.
En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 5 a aproximadamente 30
píxeles. En algunas modalidades, la proximidad espacial tiene un intervalo de aproximadamente 10 a
aproximadamente 10085, 86, 87, 88, 89, 90, 91,92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 o 100 píxeles. En algunas realizaciones,
la proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 90 píxeles. En algunas realizaciones, la
proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 80 píxeles. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 70 píxeles. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 60 píxeles. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 50 píxeles. En algunas realizaciones, la proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 40 píxeles. En algunas realizaciones, la
proximidad espacial varía de aproximadamente 10 a aproximadamente 30 píxeles. En algunas realizaciones, la
proximidad espacial es de aproximadamente 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21. , 22,
23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41,42, 43, 44, 45, 46 ,47 , 48, 49, 50, 51, 52, 53,
54, 55, 56, 57, 5859, 60, 61,62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84,
85, 86, 87, 88, 89, 90, 91,92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, o 100 píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gm
de ancho.
En algunas modalidades, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos
visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una
pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que
contienen un mayor número de células que expresan el primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii)
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer
biomarcador por un margen suficiente para abarcar las células localizadas proximalmente que expresan el segundo
biomarcador; y (iii) dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales
seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia
dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización, y multiplicando
el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos
visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una
pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que
contienen un mayor número de células que expresan el primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii)
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer
biomarcador para abarcar células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de
aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el
primer biomarcador; y (iii) dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales
seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia
dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización, y multiplicando
el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos
visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una
pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que
contienen un mayor número de células que expresan el primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii)
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer
biomarcador por un margen que tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles para
abarcar las células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador; y (iii) dividir una primera área
total, medida en píxeles, para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el
segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células
que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización y multiplicar el cociente resultante por un factor
predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos
visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan el primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii) para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador por un margen que tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles para abarcar las células que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador; y (iii) dividir una primera área total, medida en píxeles, para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización y multiplicar el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, se usan cuatro etiquetas de fluorescencia, cada una específica para un biomarcador diferente, en la etapa de determinación. En modalidades adicionales, una primera etiqueta de fluorescencia está asociada con el primer biomarcador, una segunda etiqueta de fluorescencia está asociada con el segundo biomarcador, una tercera etiqueta de fluorescencia está asociada con un tercer biomarcador y una cuarta etiqueta de fluorescencia está asociada con un cuarto biomarcador. En algunas modalidades, el primer biomarcador comprende un marcador tumoral y no tumoral. En algunas modalidades, el segundo biomarcador comprende un marcador no tumoral. En algunas modalidades, el primer biomarcador comprende un marcador tumoral y no tumoral, y el segundo biomarcador comprende un marcador no tumoral. En algunas modalidades, todas las células expresan el tercer biomarcador. En algunas modalidades, el cuarto biomarcador se expresa solo en células tumorales. En algunas modalidades, el tercer biomarcador es expresado por todas las células y el cuarto biomarcador se expresa solo en células tumorales. En algunas modalidades, una o más etiquetas de fluorescencia comprenden un fluoróforo conjugado con un anticuerpo que tiene afinidad de unión por un biomarcador específico u otro anticuerpo. En algunas modalidades, una o más etiquetas de fluorescencia son fluoróforos con afinidad por un biomarcador específico.
En algunas modalidades, las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador se dilatan por un margen que tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 90 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 80 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 70 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 60 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 50 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 40 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 5 a aproximadamente 30 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 100 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 90 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 80 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 70 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 60 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 50 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 40 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 10 a aproximadamente 30 píxeles. En algunas modalidades, el margen es de aproximadamente 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 5859, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91,92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 o 100 píxeles. En algunas modalidades, un píxel tiene 0,5 gm de ancho.
En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 50 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 45 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 40 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 35 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 30 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 gm a aproximadamente 25 gm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 pm a aproximadamente 20 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 2,5 pm a aproximadamente 15 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 45 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 40 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 35 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 30 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 25 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 20 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles al primer biomarcador abarcan células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5 pm a aproximadamente 15 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, la dilatación de las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador abarca células localizadas proximalmente que expresan el segundo biomarcador dentro de aproximadamente 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 o 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador. En algunas modalidades, el segundo biomarcador en las células localizadas proximalmente está en contacto directo con el primer biomarcador.
En algunas modalidades, la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador, se mide en píxeles.
En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados. En algunas modalidades, la segunda área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, tanto la primera área total como la segunda área total se miden en píxeles.
En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados que tienen la capacidad de expresar el segundo biomarcador. En algunas modalidades, la segunda área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, tanto la primera área total como la segunda área total se miden en píxeles.
En algunas modalidades, el factor de normalización es una segunda área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados. En algunas modalidades, la segunda área total se mide en píxeles. En algunas modalidades, tanto la primera área total como la segunda área total se miden en píxeles.
En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 4500. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 4000. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 3500. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 3000. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 2500. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 2000. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 1500. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500 a aproximadamente 1000. En algunas modalidades, la puntuación umbral es de aproximadamente 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3100, 3200, 3300, 3400, 3500, 3600, 3700, 3800, 3900, 4000, 4100, 4200, 4300, 4400, 4500, 4600, 4700, 4800, 4900 o 5000, incluidos los incrementos en los mismos. En algunas realizaciones, la puntuación umbral es de aproximadamente 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3100, 3200, 3300, 3400, 3500, 3600, 3700, 3800, 3900, 4000, 4100, 4200, 4300, 4400, 4500, 4600, 4700, 4800, 4900, o 5000, incluidos los incrementos en los mismos, más o menos 100.
En algunas modalidades, el factor predeterminado es de aproximadamente 10 a aproximadamente 105. En algunas modalidades, el factor predeterminado es de aproximadamente 102 a aproximadamente 105. En algunas modalidades, el factor predeterminado es de aproximadamente 103 a aproximadamente 105. En algunas modalidades, el factor predeterminado es de aproximadamente 104 a aproximadamente 105. En algunas modalidades, el factor predeterminado es aproximadamente 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000, 3500, 4000, 4500, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 8500, 9000, 9500, 10 000, 20000, 30000, 40000, 50000, 60000, 70000, 80000, 90000 o 105, incluidos los incrementos en el mismo.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se toma de un paciente con cáncer, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contengan un mayor número de células que expresen un primer biomarcador específico con relación a otros campos visuales; (ii) para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador específico para abarcar células localizadas proximalmente que expresan un segundo biomarcador específico; y (iii) dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador específico y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador específico, con una puntuación de normalización, y multiplicar el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se toma de un paciente con cáncer, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contengan un mayor número de células que expresen un primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii) para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador para abarcar células que expresan un segundo biomarcador dentro de aproximadamente 0,5 |jm a aproximadamente 50 |jm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador; y (iii) dividir una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se toma de un paciente con cáncer, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contengan un mayor número de células que expresen un primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii) para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador por un margen que tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles para abarcar células localizadas proximalmente que expresan un segundo biomarcador; y (iii) dividir una primera área total, medida en píxeles, para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización y multiplicar el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, los métodos descritos en la presente descripción comprenden determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se toma de un paciente con cáncer, la etapa de determinación comprende: (i) seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contengan un mayor número de células que expresen un primer biomarcador con relación a otros campos visuales; (ii) para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles al primer biomarcador por un margen que tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles para abarcar las células que expresan un segundo biomarcador dentro de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan el primer biomarcador; y (iii) dividir una primera área total, medida en píxeles, para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan el segundo biomarcador y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador, con un factor de normalización y multiplicar el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial.
En algunas modalidades, la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
A¡
SPS = -7 J~ x 10
a nt
en donde AI es un área de interacción total (área total de células que expresan el segundo biomarcador específico y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador específico) y Ant es el área total de células no tumorales.
En algunas modalidades, la puntuación de proximidad espacial se determina mediante la siguiente ecuación:
A¡ .
SPS = — X 104
a nt
en donde AI es un área de interacción total (área total de células que expresan el segundo biomarcador específico y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador específico) y AC es el área total de células que tienen la capacidad de expresar el segundo biomarcador específico.
En algunas modalidades, la puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral de un paciente con cáncer se usa en métodos para tratar el cáncer en el paciente. En algunas modalidades, la puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral de un paciente con cáncer se realiza antes de la administración de inmunoterapia.
Figura 15 es un diagrama de flujo que representa las etapas de una modalidad de puntuar una muestra que comprende tejido tumoral extraído de un paciente con cáncer. En la etapa 1401, se obtienen los datos de imagen y en la etapa 1402, los datos de imagen no se mezclan de manera que los datos específicos de varios tipos de señales de fluorescencia se separan en diferentes canales. En la etapa 1403, los datos de un primer canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para un primer biomarcador (primera máscara de biomarcador). A continuación, se dilata la máscara de todas las células (etapa 1404) para generar una máscara dilatada representativa de una proximidad predeterminada dentro de la cual se puede encontrar una célula que interactúa (positiva para un segundo biomarcador). En algunas modalidades, la primera máscara de biomarcador está dilatada entre 1 y 100 píxeles. En la etapa 1405, los datos de un segundo canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para el segundo biomarcador (segunda máscara de biomarcador). En la etapa 1406, la primera máscara de biomarcador y la segunda máscara de biomarcador se combinan para generar una máscara de interacción que identifica las células que son positivas para el segundo biomarcador que están dentro de la proximidad predeterminada de una célula positiva para el primer biomarcador. En la etapa 1407, se calcula una puntuación de proximidad espacial basándose en el área de la máscara de interacción.
Figura 16 es un segundo diagrama de flujo que representa las etapas de una segunda modalidad de puntuación de la muestra que comprende tejido tumoral extraído de un paciente con cáncer. En la etapa 1501, se obtienen los datos de imagen y en la etapa 1502, los datos de imagen no se mezclan de manera que los datos específicos de varios tipos de señales de fluorescencia se separan en diferentes canales. En la etapa 1503, los datos de un primer canal se usan para generar una máscara de todas las células en el campo visual y en la etapa 1504 los datos de un segundo canal se usan para generar una máscara de un subconjunto de área, como el área tumoral, en el campo visual. En la etapa 1505, la máscara de todas las células se combina con la máscara de área de subconjunto para generar una máscara de células del subconjunto y una máscara de no subconjunto de células. En algunas modalidades, las células del subconjunto son células tumorales y las células que no pertenecen al subconjunto son células no tumorales. En la etapa 1506, los datos de un tercer canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para un primer biomarcador (primera máscara de biomarcador). La máscara de todas las células positivas se dilata luego (etapa 1507) para generar una máscara dilatada representativa de una proximidad predeterminada dentro de la cual una célula que interactúa (es decir, una célula que es positiva para un segundo biomarcador). En algunas modalidades, la primera máscara de biomarcador está dilatada entre 1 y 100 píxeles. En la etapa 1508, los datos de un cuarto canal se usan para generar una máscara de todas las células que son positivas para el segundo biomarcador (segunda máscara de biomarcador). En la etapa 1509, la máscara dilatada y la segunda máscara de biomarcador se combinan para generar una máscara de interacción que identifica las células que son positivas para el segundo biomarcador y están dentro de la proximidad predeterminada de una célula positiva para el primer biomarcador. En la etapa 1510, se calcula una puntuación de proximidad espacial mediante la división del área de la máscara de interacción por un área de todas las células que pueden ser positivas para el segundo biomarcador (las células del subconjunto) o por un área de todas las células (como se indica mediante las líneas de puntos en el diagrama de flujo de Figura16 que representa el uso de cualquiera de las entradas). En algunas modalidades, las células que pueden ser positivas para el segundo biomarcador son células tumorales o células no tumorales.
En algunas modalidades, un subconjunto de células y un no subconjunto de células corresponde a células tumorales y células no tumorales, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células y un no subconjunto de células corresponde a células viables y células no viables, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células es un subconjunto de células viables y un no subconjunto de células consta de las células viables no incluidas en el subconjunto de células viables. En algunas modalidades, un subconjunto de células y un no subconjunto de células corresponde a células T y células no T, respectivamente o viceversa. En algunas modalidades, un subconjunto de células y un no subconjunto de células corresponde a células mieloides y células no mieloides, respectivamente o viceversa.
En alguna modalidad, la puntuación de proximidad espacial es representativa de la proximidad de un par de células. En algunas modalidades, la proximidad de un par de células puede determinarse por una proximidad entre los límites del par de células, una proximidad entre los centros de masa del par de células, mediante el uso de la lógica de límites basada en un perímetro alrededor de una primera seleccionada. célula del par de células, determinando una intersección en los límites del par de células, y/o determinando un área de superposición del par de células.
En alguna modalidad, la puntuación de proximidad espacial se asocia con metadatos asociados con las imágenes de la muestra, incluidos en un informe generado, proporcionado a un operador para determinar la estrategia de inmunoterapia, registrados en una base de datos, asociados con el historial médico de un paciente, y/o visualizado en un dispositivo de visualización.
En los métodos descritos en la presente descripción, la manipulación de las imágenes digitales puede llevarse a cabo mediante un sistema informático que comprende un controlador, tal como el controlador ilustrado en el diagrama de bloques de la Figura 17, de acuerdo con una modalidad ilustrativa. Se muestra que el controlador 200 incluye una interfaz 202 de comunicaciones y un circuito 204 de procesamiento. La interfaz de comunicaciones 202 puede incluir interfaces cableadas o inalámbricas (por ejemplo, conectores, antenas, transmisores, receptores, transceptores, terminales de cable, etc.) para realizar comunicaciones de datos con varios sistemas, dispositivos o redes. Por ejemplo, la interfaz de comunicaciones 202 puede incluir una tarjeta Ethernet y un puerto para enviar y recibir datos a través de una red de comunicaciones basada en Ethernet y/o un transceptor WiFi para comunicarse a través de una red de comunicaciones inalámbrica. La interfaz de comunicaciones 202 puede configurarse para comunicarse a través de redes de área local o redes de área amplia (por ejemplo, Internet, la WAN de un edificio, etc.) y puede usar una variedad de protocolos de comunicación (por ejemplo BACnet, IP, LON, etc.).
La interfaz de comunicaciones 202 puede ser una interfaz de red configurada para facilitar las comunicaciones de datos electrónicos entre el controlador 200 y varios sistemas o dispositivos externos (por ejemplo, el dispositivo de formación de imágenes 102). Por ejemplo, el controlador 200 puede recibir datos de imágenes para los campos visuales seleccionados desde el dispositivo 102 de imágenes, para analizar los datos y calcular la puntuación de proximidad espacial (PPE).
Todavía refiriéndose a la Figura 17, se muestra que el circuito de procesamiento 204 incluye un procesador 206 y una memoria 208. El procesador 206 puede ser un procesador de propósito general o de propósito específico, un circuito integrado de aplicación específica (ASIC), una o más matrices de puertas programables de campo (FPGA), un grupo de componentes de procesamiento u otros componentes de procesamiento adecuados. El procesador 506 puede configurarse para ejecutar código de computadora o instrucciones almacenadas en la memoria 508 o recibidas de otros medios legibles por computadora (por ejemplo, CDROM, almacenamiento en red, servidor remoto, etc.).
La memoria 208 puede incluir uno o más dispositivos (por ejemplo, unidades de memoria, dispositivos de memoria, dispositivos de almacenamiento, etc.) para almacenar datos y/o código informático para completar y/o facilitar los diversos procesos descritos en la presente descripción. La memoria 208 puede incluir memoria de acceso aleatorio (RAM), memoria de solo lectura (ROM), almacenamiento en disco duro, almacenamiento temporal, memoria no volátil, memoria flash, memoria óptica o cualquier otra memoria adecuada para almacenar objetos de software y/o instrucciones de computadora. La memoria 208 puede incluir componentes de base de datos, componentes de código de objeto, componentes de script o cualquier otro tipo de estructura de información para soportar las diversas actividades y estructuras de información descritas en la presente descripción. La memoria 508 se puede conectar de forma comunicable al procesador 206 a través del circuito de procesamiento 204 y puede incluir un código de computadora para ejecutar (por ejemplo, por el procesador 206) uno o más procesos descritos en la presente descripción.
Todavía refiriéndose a la Figura 17, se muestra que el controlador 200 recibe la entrada de un dispositivo 102 de formación de imágenes. El dispositivo de imágenes adquiere todos los datos de imágenes y los registra, junto con todos los metadatos que los describen. El dispositivo de formación de imágenes serializará entonces los datos en un flujo que puede ser leído por el controlador 200. El flujo de datos puede acomodar cualquier tipo de flujo de datos binarios, como el sistema de archivos, un RDBM o comunicaciones TCP/IP directas. Para el uso del flujo de datos, se muestra que el controlador 200 incluye un separador espectral 210. El separador espectral 210 puede recibir datos de imagen de un dispositivo de formación de imágenes 102 en el que realiza una separación espectral para separar una imagen que presenta varias longitudes de onda en canales discretos individuales para cada banda de longitudes de onda. Por ejemplo, los datos de la imagen pueden "separarse" en canales separados para cada uno de los diversos fluoróforos usados para identificar células o proteínas de interés en la muestra de tejido. El fluoróforo, solo a manera de ejemplo, puede ser uno o más del grupo que consiste de DAPI, Cy® 2, Cy® 3, Cy® 3,5, Cy® 5, FITC, TRITC, un tinte 488, un tinte 555, un tinte 594 y Texas Red. En un ejemplo, uno de los canales puede incluir datos de imagen que caen dentro de una banda predeterminada que rodea una longitud de onda de 461 nm (la longitud de onda de emisión máxima para DAPI), para identificar núcleos en la imagen. Otros canales pueden incluir datos de imagen para diferentes longitudes de onda para identificar diferentes porciones de la muestra de tejido mediante el uso de diferentes fluoróforos.
También se muestra que el controlador 200 incluye varios enmascaradores, tales como el enmascarador de células 212, el enmascarador de área de subconjunto 216, el primer enmascarador de biomarcadores 22 y el segundo enmascarador de biomarcadores 224. Estos, u otros enmascaradores que pueden incluirse en el controlador 200 en otras modalidades, se usan para recibir una señal sin mezclar del separador espectral 210 y crear una máscara para la célula o área de interés particular, dependiendo del fluoróforo usado para identificar ciertos características de interés en la muestra de tejido. Para crear una máscara, los enmascaradores (tales como el enmascarador de células 212, el enmascarador de área de subconjunto 216, el primer enmascarador de biomarcadores 22 y el segundo enmascarador de biomarcadores 224) reciben datos de imagen relacionados con la intensidad de cada píxel en el campo visual. La intensidad de los píxeles es directamente proporcional a la cantidad de fluorescencia emitida por la muestra, que a su vez, es directamente proporcional a la cantidad de biomarcador proteico en la muestra (mediante el uso de un fluoróforo para identificar un biomarcador particular). Se puede establecer un umbral absoluto en base a los valores que existen en los píxeles de la imagen. Todos los píxeles que sean mayores o iguales al valor umbral se asignarán a 1,0, o "activados", y todos los demás píxeles se asignarán a 0,0 o "desactivados." De esta manera, se crea una máscara binaria para identificar la porción de célula o tejido de interés en el campo visual. En otras modalidades, se crea una máscara mediante el uso de un límite inferior en donde todos los píxeles con una intensidad igual o superior a un límite inferior se aceptan y usan como valor de píxel para la máscara. Si la intensidad está más abajo del límite inferior, el valor de píxel se establece en 0,0 o "desactivado".
En el diagrama de flujo de ejemplo para enmascaramiento que se muestra en la Figura 18, se muestra que los canales DAPI y 488 (para identificar núcleos y áreas tumorales, respectivamente) usan el protocolo de límite inferior (etapas 1710, 1712, 1720, 1722), mientras que los canales Cy5 y Cy3.5 (para identificar biomarcadores) usan un umbral protocolo de valor (etapas 1730, 1740), para proporcionar las salidas de máscara. En asociación con el protocolo de límite inferior, también hay una etapa de histograma para determinar el límite inferior. En particular, el umbral de histograma (etapa 1712, 1722) produce un umbral de una imagen de entrada pero usa una escala móvil para determinar el punto en el que se produce el umbral. Las entradas son la imagen actual y un porcentaje de umbral definido por el usuario. Este último se usa para determinar a qué por ciento de la intensidad total debe establecerse el nivel de umbral. En primer lugar, la intensidad de cada píxel se suma a una intensidad total. La porcentaje de umbral se multiplica por esta intensidad total para obtener una suma de corte. Finalmente, todos los píxeles se agrupan por intensidad (en un histograma) y sus intensidades se suman de menor a mayor (bin por bin) hasta que se alcanza la suma de corte. La última intensidad de píxel más alta visitada en el proceso es el umbral de la imagen actual. Todos los píxeles con intensidades superiores a ese valor tienen sus intensidades configuradas al máximo, mientras que todos los demás están configurados al mínimo.
Las etapas identificadas como etapas 1714, 1716, 1724, 1726, 1728, 1732, 1734, 1736, 1742, 1744 en la Figura 18 representan etapas intermedias que ocurren en los enmascaradores iniciales, tales como el enmascarador de células 212, el enmascarador de área de subconjunto 216, el primer enmascarador de biomarcadores 222 y el segundo enmascarador de biomarcadores 224. Estas etapas se definen de la siguiente manera:
Dilatar aumenta el área de las regiones más brillantes de una imagen. Se necesitan dos entradas para dilatar. La primera es la imagen actual implícita y la segunda es el número de iteraciones a dilatar. Se supone que solo se usan imágenes binarias para la primera entrada. El procedimiento operará en imágenes continuas, pero la salida no será dilatado válido.. El proceso de dilatado comienza encontrando primero la máxima intensidad de píxeles en la imagen. Subsecuentemente, cada píxel de la imagen se examina una vez. Si el píxel bajo investigación tiene una intensidad igual a la intensidad máxima, ese píxel se dibujará en la imagen de salida como un círculo con iteraciones de radio y centrado en el píxel original. Todos los píxeles de ese círculo tendrán una intensidad igual a la intensidad máxima. Todos los demás píxeles se copian en la imagen de salida sin modificaciones.
El procedimiento de llenar agujeros llenará las regiones "vacías" de una imagen con píxeles a la máxima intensidad. Estas regiones vacías son aquellas que tienen una intensidad mínima y cuya área de píxeles (Talla) es el especificado por el usuario. La imagen actual y la Talla son las dos entradas necesarias. Como este procedimiento de dilatado solo debe aplicarse a imágenes binarias.
Erosionar procesa imágenes de la misma manera que dilatar. Toda la funcionalidad es la misma que dilatar excepto que la primera etapa determina la intensidad mínima en la imagen, solo se alteran los píxeles que coinciden con la intensidad más baja, y los círculos usados para obtener los píxeles de intensidad mínima encontrados se rellenan con el valor de intensidad más bajo. Como este procedimiento de dilatado solo debe aplicarse a imágenes binarias.
Eliminar objetos. Se esperan dos entradas: la imagen actual y tamaño del objeto. Eliminar objetos es lo opuesto al procedimiento llenar agujeros. Cualquier región que contiene solo píxeles con una intensidad máxima que llene un área menor que la entrada tamaño del objeto se ajustará a la intensidad mínima y, por lo tanto, se "eliminará." Este procedimiento solo debe aplicarse a imágenes binarias; la aplicación a imágenes continuas puede producir resultados inesperados.
La salida en las etapas finales 1718, 1729, 1738 y 1746 son la máscara de célula resultante, la máscara de área de subconjunto (o, en este ejemplo particular, la máscara de área tumoral), la máscara de célula del biomarcador 1 y la máscara de célula del biomarcador 2, respectivamente. La Figura 18 representa además las combinaciones de estas máscaras resultantes para calcular la puntuación de proximidad espacial. Estas combinaciones se describen más abajo con referencia a los enmascaradores de combinación del controlador 200, representados en la Figura 17.
Se muestra que el controlador 200 incluye enmascaradores de combinación, tales como enmascarador de células del subconjunto 218, enmascarador de células que no son del subconjunto 220 y enmascarador de interacción 230. El enmascarador de células del subconjunto realiza una operación Y, como se muestra en la etapa 1752 en la Figura 18, para combinar la salida del enmascarador de células 212 (representativo de todas las células en la imagen) con la salida del enmascarador de área de subconjunto 216. En consecuencia, el enmascarador de células de subconjunto genera una máscara de todas las células de subconjunto en la imagen. En algunas modalidades, las células del subconjunto son células tumorales. Esta misma combinación, mediante el uso de un Fuera operación realizada por el enmascarador 220 de células que no son del subconjunto como se muestra en la etapa 1754 en la Figura 18, genera una máscara de todas las células que no pertenecen a un subconjunto en la imagen de muestra. En algunas modalidades, las células que no pertenecen a un subconjunto son células que no son tumorales.
Antes de combinarse con otra máscara, la primera máscara de biomarcador (del primer enmascarador de biomarcadores 222) se dilata mediante el dilatador 226. La máscara dilatada representa un área que rodea a las células que expresan un primer biomarcador, para identificar un espacio en el que las células que expresan el segundo biomarcador estarían dentro de una proximidad adecuada para interactuar con la célula que expresa el primer biomarcador. Esto está representado por las etapas 1756 y 1758 de la Figura 18. El diagrama de flujo de la Figura 18 muestra la dilatación que tiene lugar en dos etapas, 1756 y 1758. Esto puede ser necesario cuando hay un límite al número máximo de iteraciones en cada etapa. Por ejemplo, puede haber un máximo de 10 iteraciones (correspondientes a un aumento de 10 píxeles), por lo que cuando se necesita un aumento de 20 píxeles, la dilatación debe dividirse en dos etapas posteriores.
Dentro del segundo enmascarador de biomarcadores 224, la máscara de biomarcadores se puede combinar con la máscara de células que no pertenecen a un subconjunto descrita anteriormente, mediante el uso de la operación Y, como se muestra en la etapa 1760 de la Figura 18, para generar una máscara de todas las células que no pertenecen a un subconjunto que son positivas para el primer biomarcador. A continuación, esta máscara se combina (etapa 1762) en el enmascarador de interacción 230 con la máscara dilatada del dilatador 226 para generar una máscara de interacción. La máscara de interacción identificó las células que no pertenecen al subconjunto que son positivas para el segundo biomarcador y que también están dentro del área de interacción, o que se superponen a la máscara dilatada. Estas células identificadas, entonces, representan las células que podrían interactuar con las células positivas para el primer biomarcador, resultando así en una mayor respuesta a la terapia.
Para calcular la puntuación de proximidad espacial (PPE), el área de la máscara de interacción se determina en píxeles en el evaluador de área 232. En algunas modalidades, el área de todas las células que son capaces de expresar el segundo biomarcador se determina en píxeles en el evaluador de área 234. Las células que son capaces de expresar el segundo biomarcador pueden ser células tumorales o células no tumorales. En algunas modalidades, en algunas modalidades, el área de todas las células se determina en píxeles en el evaluador de área 234. Una puntuación de interacción, o proximidad espacial, se determina en el calculador de interacción 236 mediante la división del área del evaluador de área 232 por el área del evaluador de área 234 y multiplicando por un factor predeterminado. Como se describió anteriormente, en una modalidad, la ecuación ejecutada por la calculadora de interacción 236 es:
Aj é.
SPS = — !- X 104
ant
en donde AI es un área de interacción total (área total de células que expresan el segundo biomarcador específico y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan el primer biomarcador específico) y AC es el área total de células que tienen la capacidad de expresar el segundo biomarcador específico o el área total de todas las células en el campo visual.
El procedimiento Y se modela a partir de una operación AND binaria, pero difiere de manera significativa. Y acepta la imagen actual y un resultado seleccionado por el usuario. La salida es una imagen creada al realizar una multiplicación de las intensidades normalizadas de píxeles coincidentes de las dos imágenes de entrada. En algunos casos, los datos de intensidad de la imagen ya están normalizados. Por lo tanto, el procedimiento Y es simplemente una multiplicación por píxeles de las dos imágenes. Las dos entradas necesarias para Fuera son la imagen actual y un resultado seleccionado por el usuario. Fuera elimina la segunda forma de imagen de la primera de acuerdo con la fórmula A * (1 - B/Bmáx) donde A es la imagen actual, B la imagen seleccionada por el usuario para eliminar y Bmáx es la intensidad máxima de B. Tenga en cuenta que la división de B por Bmáx normaliza B.
La determinación de una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral se describe en la Solicitud de Patente Internacional Núm. PCT/US2016/058281
Etiquetas de fluorescencia
En algunas modalidades, las señales de fluorescencia provienen de cuatro etiquetas de fluorescencia, cada una específica para un biomarcador diferente. En otras modalidades, una primera etiqueta de fluorescencia está asociada con el primer biomarcador de interés, una segunda etiqueta de fluorescencia está asociada con el segundo biomarcador de interés, una tercera etiqueta de fluorescencia está asociada con un tercer biomarcador de interés y una cuarta etiqueta de fluorescencia está asociada. con un cuarto biomarcador de interés. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un marcador tumoral y no tumoral. En algunas modalidades, el segundo biomarcador de interés comprende un marcador no tumoral. En algunas modalidades, el primer biomarcador de interés comprende un marcador tumoral y no tumoral, y el segundo biomarcador de interés comprende un marcador no tumoral. En algunas modalidades, todas las células expresan el tercer biomarcador de interés. En algunas modalidades, el cuarto biomarcador de interés se expresa solo en células tumorales. En algunas modalidades, el tercer biomarcador de interés es expresado por todas las células y el cuarto biomarcador de interés se expresa solo en células tumorales. En algunas modalidades, el cuarto biomarcador de interés es el biomarcador del subconjunto. En algunas modalidades, el tercer biomarcador de interés es expresado por todas las células y el cuarto biomarcador de interés es el biomarcador del subconjunto. En algunas modalidades, una o más etiquetas de fluorescencia comprenden un fluoróforo conjugado con un anticuerpo que tiene afinidad de unión por un biomarcador específico u otro anticuerpo. En algunas modalidades, una o más etiquetas de fluorescencia son fluoróforos con afinidad por un biomarcador específico.
Los ejemplos de fluoróforos incluyen, pero no se limitan a, fluoresceína, 6-FAM, rodamina, rojo Texas, rojo California, iFluor594, tetrametilrodamina, una carboxirodamina, carboxirodamina 6F, carboxirodol, carboxirodamina 110, azul cascada, amarillo cascada, cumarina, Cy2®, Cy3®, Cy3.5®, Cy5®, Cy5.5®, Cy7®, Cy-Chrome, DyLight® 350, DyLight® 405, DyLight® 488, DyLight® 549, DyLight® 594, DyLight® 633, DyLight® 649, DyLight® 680, DyLight® 750, DyLight® 800, ficoeritrina, PerCP (proteína peridinina clorofila-a), PerCP-Cy5.5, JOE (6-carboxi-4',5'-dicloro-2',7'-dimetoxifluoresceína), NED, ROX (5-(y -6-)-carboxi-X-rodamina), HEX, Amarillo Lucifer, Azul Marina, Verde Oregón 488, Verde Oregón 500, Verde Oregón 514, Alexa Fluor® 350, Alex Fluor® 430, Alexa Fluor® 488, Alexa Fluor® 532, Alexa Fluor® 546, Alexa Fluor® 568, Alexa Fluor® 594, Alexa Fluor® 633, Alexa Fluor® 647, Alexa Fluor® 660, Alexa Fluor® 680, ácido 7-amino-4-metilcumarin-3-acético, BODIPY® FL, BODIPY® FL-Br2, BODIPY® 530/550, BODIPY® 558/568, BODIPY® 630/650, BODIPY® 650/665, BODIPY® R6G, BODIPY® TMR, BODIPY® TR, OPAL ™ 520, OPAL ™ 540, OPAL ™ 570, OPAL ™ 620, OPAL ™ 650, OPAL ™ 690 y sus combinaciones. En algunas modalidades, el fluoróforo se selecciona del grupo que consiste en DAPI, Cy® 2, Cy® 3, Cy® 3,5, Cy® 5, Cy® 7, FITC, TRITC, un tinte 488, un tinte 555, un Tinte 594, rojo Texas y cumarina. Los ejemplos de un tinte 488 incluyen, pero no se limitan a, Alexa Fluor® 488, OPAL ™ 520, DyLight® 488 y CF ™ 488A. Los ejemplos de un tinte 555 incluyen, pero no se limitan a, Alexa Fluor® 555. Los ejemplos de un tinte 594 incluyen, pero no se limitan a, Alexa Fluor® 594.
Como se usa en la presente descripción, un "campo visual" se refiere a una sección de una imagen digital de un portaobjetos completo de una muestra de tejido. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 2-200 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 10-200 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 30­ 200 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 10­ 150 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 10­ 100 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 10-50 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene de 10-40 campos visuales predeterminados. En algunas modalidades, la imagen de la diapositiva completa tiene 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 o 100, incluyendo incrementos en los mismos, campos visuales predeterminados.
En los métodos descritos en la presente descripción, el paciente con cáncer es un mamífero. En algunas modalidades, el mamífero es un ser humano. En algunas modalidades, el mamífero no es un ser humano. En modalidades adicionales, el mamífero es ratón, rata, cobaya, perro, gato o caballo.
En los métodos descritos en la presente descripción, se extrae tejido tumoral de un paciente con cáncer. El tipo de cáncer incluye, entre otros, cánceres del sistema circulatorio, por ejemplo, de corazón (sarcoma [angiosarcoma, fibrosarcoma, rabdomiosarcoma, liposarcoma], mixoma, rabdomioma, fibroma, lipoma y teratoma), mediastino y pleura, y otros órganos intratorácicos, tumores vasculares y tumores asociados a tejido vascular; tracto respiratorio, por ejemplo, cavidad nasal y oído medio, senos accesorios, laringe, tráquea, bronquios y pulmones, como cáncer de pulmón de células pequeñas (CPCP), cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP), carcinoma broncogénico (células escamosas, células pequeñas indiferenciadas), células grandes indiferenciadas, (adenocarcinoma), carcinoma alveolar (bronquiolar), adenoma bronquial, sarcoma, linfoma, hamartoma condromatoso, mesotelioma; sistema gastrointestinal, por ejemplo, esófago (carcinoma de células escamosas, adenocarcinoma, leiomiosarcoma, linfoma), estómago (carcinoma, linfoma, leiomiosarcoma), gástrico, páncreas (adenocarcinoma ductal, insulinoma, glucagonoma, gastrinoma, tumores carcinoides, vipoma), intestino delgado (adenocarcinoma, linfoma, tumores carcinoides, sarcoma de Karposi, leiomioma, hemangioma, lipoma, neurofibroma, fibroma), intestino grueso (adenocarcinoma, adenoma tubular, adenoma velloso, hamartoma, leiomioma); tracto genitourinario, por ejemplo, riñón (adenocarcinoma, tumor de Wilm [nefroblastoma], linfoma, leucemia), vejiga y/o uretra (carcinoma de células escamosas, carcinoma de células de transición, adenocarcinoma), próstata (adenocarcinoma, sarcoma), testículo (seminoma, teratoma, carcinoma embrionario, teratocarcinoma, coriocarcinoma, sarcoma, carcinoma de células intersticiales, fibroma, fibroadenoma, tumores adenomatoides, lipoma); hígado, por ejemplo, hepatoma (carcinoma hepatocelular), colangiocarcinoma, hepatoblastoma, angiosarcoma, adenoma hepatocelular, hemangioma, tumores endocrinos pancreáticos (tales como feocromocitoma, insulinoma, tumor de péptido intestinal vasoactivo, tumor de células de los islotes y glucagonoma); hueso, por ejemplo, sarcoma osteogénico (osteosarcoma), fibrosarcoma, histiocitoma fibroso maligno, condrosarcoma, sarcoma de Ewing, linfoma maligno (sarcoma de células del retículo), mieloma múltiple, cordoma de tumor maligno de células gigantes, osteocronfroma (exosteoblastoma osteocartilaginoso), condroma benigno condromixofibroma, osteoma osteoide y tumores de células gigantes; sistema nervioso, por ejemplo, neoplasias del sistema nervioso central (SNC), linfoma primario del SNC, cáncer de cráneo (osteoma, hemangioma, granuloma, xantoma, osteítis deformante), meninges (meningioma, meningiosarcoma, gliomatosis), cáncer de cerebro (astrocitoma, meduloblastoma, glioma, ependimoma, germinoma [pinealoma], glioblastoma multiforme, oligodendroglioma, schwannoma, retinoblastoma, tumores congénitos), neurofibroma de médula espinal, meningioma, glioma, sarcoma); aparato reproductor, por ejemplo, ginecológico, útero (carcinoma de endometrio), cuello uterino (carcinoma de cuello uterino, displasia cervical pretumoral), ovarios (carcinoma de ovario [cistadenocarcinoma seroso, cistadenocarcinoma mucinoso, carcinoma no clasificado], tumores de células de la granulosa tecal, Sertoli-Leydig tumores celulares, disgerminoma, teratoma maligno), vulva (carcinoma de células escamosas, carcinoma intraepitelial, adenocarcinoma, fibrosarcoma, melanoma), vagina (carcinoma de células claras, carcinoma de células escamosas, sarcoma botrioide (rabdomiosarcoma embrionario), trompas de Falopio (carcinoma) y otros sitios asociados con los órganos genitales femeninos; placenta, pene, próstata, testículos y otros sitios asociados con los órganos genitales masculinos; sistema hematológico, por ejemplo, sangre (leucemia mieloide [aguda y crónica], leucemia linfoblástica aguda, leucemia linfocítica crónica, enfermedades mieloproliferativas, mieloma múltiple, síndrome mielodisplásico), enfermedad de Hodgkin, linfoma no Hodgkin [linfoma maligno]; cavidad oral por ejemplo, labio, lengua, encía, piso de la boca, paladar y otras partes de la boca, glándula parótida y otras partes de las glándulas salivales, amígdalas, orofaringe, nasofaringe, seno piriforme, hipofaringe y otros sitios en el labio, cavidad oral y faringe; piel, por ejemplo, melanoma maligno, melanoma cutáneo, carcinoma de células basales, carcinoma de células escamosas, sarcoma de Karposi, nevos displásicos lunares, lipoma, angioma, dermatofibroma y queloides; glándulas suprarrenales: neuroblastoma; y otros tejidos que incluyen tejido conectivo y blando, retroperitoneo y peritoneo, ojo, melanoma intraocular y anexos, mama, cabeza y/o cuello, región anal, tiroides, paratiroides, glándula suprarrenal y otras glándulas endocrinas y estructuras relacionadas, malignas secundarias y no especificadas neoplasia de ganglios linfáticos, neoplasia maligna secundaria de los sistemas respiratorio y digestivo y neoplasia maligna secundaria de otros sitios, o una combinación de uno o más de los mismos. En algunas modalidades, el tejido tumoral se extrae de un paciente con cáncer con melanoma. En algunas modalidades, el tejido tumoral se extrae de un paciente con cáncer de pulmón. En algunas modalidades, el tejido tumoral se extrae de un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Los ejemplos de inmunoterapia incluyen, entre otros, anticuerpos monoclonales (por ejemplo alemtuzumab o trastuzumab), anticuerpos monoclonales conjugados (por ejemplo ibritumomab tiuxetan, brentuximab vendotin o adotrastuzumab emtansine), anticuerpos monoclonales biespecíficos (blinatumomab), inhibidores de puntos de control inmunitarios (por ejemplo ipilimumab, pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab o durvalumab), talidomida, lenalidomida, pomalidomida e imiquimod, y sus combinaciones. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende, consiste esencialmente en o consiste de un tratamiento anti-PD-1. Los ejemplos de tratamiento no limitantes anti-PD-1 incluyen pembrolizumab, nivolumab y sus combinaciones. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende, consiste esencialmente en o consiste de un tratamiento anti-PD-L1. Los ejemplos de tratamiento anti-PD-L1 no limitantes incluyen atezolizumab, durvalumab y sus combinaciones. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende, consiste esencialmente en o consiste de un tratamiento inhibidor de IDO-1. Los ejemplos de tratamiento no limitantes de inhibidor de IDO-1 incluyen Indoximod, INCB024360, NLG919 y sus combinaciones. En algunas modalidades, la inmunoterapia comprende la terapia de puntos de control inmunológico más inhibidores de la indolamina 2,3-dioxigenasa (IDO-1). (por ejemplo Indoximod, INCB024360, NLG919) o inhibidores de arginasa-1 (por ejemplo cb-1158). En algunas modalidades, la inmunoterapia se administra junto con la quimioterapia. En algunas modalidades, la quimioterapia se administra como adyuvante. Los ejemplos de quimioterapia o quimioterapia adyuvante incluyen, entre otros, cisplatino, etopósido, alimta, carboplatino, paclitaxel, pemetrexed, taxotere, docetaxel, gemcitabina, navelbina, taxol, avastin, bevacizumab, vinorelbina, vinblastina y sus combinaciones.
En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende un agente seleccionado de un agente antiangiogénesis (por ejemplo un agente que evita que los tumores desarrollen nuevos vasos sanguíneos). Los ejemplos de agentes anti-angiogénesis incluyen, por ejemplo, inhibidores de VEGF, inhibidores de VEGFR, inhibidores de TIE-2, inhibidores de PDGFR, inhibidores de angiopoyetina, inhibidores de PKC.beta, inhibidores de COX-2 (ciclooxigenasa II), integrinas (alfa-v/beta-3), inhibidores de MMP-2 (metaloprotienasa de matriz 2) e inhibidores de MMP-9 (metaloproteinasa de matriz 9). Los agentes anti-angiogénesis preferidos incluyen sunitinib (Sutent®), bevacizumab (Avastin®), axitinib (AG 13736), SU 14813 (Pfizer) y AG 13958 (Pfizer).
Los agentes anti-angiogénesis adicionales incluyen vatalanib (CGP 79787), Sorafenib (Nexavar®), pegaptanib octasodium (Macugen®), vandetanib (Zactima®), Pf -0337210 (Pfizer), SU 14843 (Pfizer), AZD 2171 (AstraZeneca), ranibizumab (Lucentis®), Neovastat® (AE 941), tetratiomolibdata (Coprexa®), A m G 706 (Amgen), VEGF Trap (Av E 0005), CEP 7055 (Sanofi-Aventis), XL 880 (Exelixis), telatinib (BAY 57-9352) y CP-868,596 (Pfizer).
Otros agentes anti-angiogénesis incluyen enzastaurina (LY 317615), midostaurina (CGP 41251), perifosina (KRX 0401), teprenona (Selbex®) y UCN 01 (Kyowa Hakko).
Otros ejemplos de agentes anti-angiogénesis que pueden usarse como se describió en la presente descripción incluyen celecoxib (Celebrex®), parecoxib (Dynastat®), deracoxib (SC 59046), lumiracoxib (Preige®), valdecoxib (Bextra®), rofecoxib (Vioxx®), iguratimod (Careram®), IP 751 (Invedus), SC-58125 (Pharmacia) y etoricoxib (Arcoxia®).
Otros agentes anti-angiogénesis incluyen exisulinde (Aptosyn®), salsalate (Amigesic®), diflunisal (Dolobid®), ibuprofeno (Motrin®), ketoprofeno (Orudis®) nabumetona (Relafen®), piroxicam (Feldene®), naproxeno (Aleve ®, Naprosyn®) diclofenaco (Voltaren®), indometacina (Indocin®), sulindaco (Clinoril®), tolmetina (Tolectin®), etodolaco (Lodine®), ketorolaco (Toradol®) y oxaprozina (Daypro®).
Otros agentes anti-angiogénesis incluyen ABT 510 (Abbott), apratastat (TMI 005), AZD 8955 (AstraZeneca), inciclinida (Metastat®) y PCK 3145 (Procyon).
Otros agentes antiangiogénicos incluyen acitretina (Neotigason®), plitidepsina (Aplidine®), cilengtida (EMD 121974), combretastatina A4 (CA4P), fenretinida (4 HPR), halofuginona (Tempostatin®), Panzem® (2-metoxiestradiol), PF-03446962 (Pfizer), rebimastat (BMS 275291), catumaxomab (Removab®), lenalidomida (Revlimid®) escualamina (EVIZON®), talidomida (Thalomid®), Ukrain® (NSC 631570), Vitaxin® (Me Di 522), y ácido zoledrónico (Zometa®).
En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende un llamado inhibidor de la transducción de señales. (por ejemplo inhibiendo los medios por los cuales las moléculas reguladoras que gobiernan los procesos fundamentales de crecimiento, diferenciación y supervivencia celular se comunican dentro de la célula). Los inhibidores de la transducción de señales incluyen moléculas pequeñas, anticuerpos y moléculas antisentido. Los inhibidores de la transducción de señales incluyen, por ejemplo, inhibidores de cinasas. (por ejemplo inhibidores de tirosina cinasa o inhibidores de serina/treonina cinasa) e inhibidores del ciclo celular. Más específicamente, los inhibidores de la transducción de señales incluyen, por ejemplo, inhibidores de ALK, inhibidores de ROS1, inhibidores de TrkA, inhibidores de TrkB, inhibidores de TrkC, inhibidores de farnesil proteína transferasa, inhibidor de EGF, ErbB-1 (EGFR), ErbB-2, pan erb, inhibidores de IGF1R, MEK, inhibidores de c-Kit, inhibidores de FLT-3, inhibidores de K-Ras, inhibidores de PI3 cinasa, inhibidores de JAK, inhibidores de STAT, inhibidores de la cinasa Raf, inhibidores de Akt, inhibidor de mTOR, inhibidores de la cinasa P70S6, inhibidores de la vía WNT y los llamados inhibidores múltiples dirigidos a cinasas.
Los inhibidores de la transducción de señales preferidos incluyen gefitinib (Iressa®), cetuximab (Erbitux®), erlotinib (Tarceva®), trastuzumab (Herceptin®), sunitinib (Sutent®) imatinib (Gleevec®) y PD325901 (Pfizer).
Ejemplos de inhibidores de la transducción de señales adicionales que pueden usarse de acuerdo con los métodos descritos en la presente descripción incluyen BMS 214662 (Bristol-Myers Squibb), lonafarnib (Sarasar®), pelitrexol (AG 2037), matuzumab (EMD 7200), nimotuzumab (TheraCIM h-R3 ®), panitumumab (Vectibix®), Vandetanib (Zactima®), pazopanib (s B 786034), Alt 110 (Alteris Therapeutics), BIBW 2992 (Boehringer Ingelheim) y Cervene® (TP 38).
Otros ejemplos de inhibidores de la transducción de señales incluyen PF-2341066 (Pfizer), PF-299804 (Pfizer), canertinib (Cl 1033), pertuzumab (Omnitarg®), Lapatinib (Tycerb®), pelitinib (EKB 569), miltefosina (Miltefosin®), Bm S 599626 (Bristol-Myers Squibb), Lapuleucel-T (Neuvenge®), NeuVax® (vacuna contra el cáncer E75), Osidem® (IDM 1), mubritinib (TAK-165), CP-724,714 (Pfizer), panitumumab (Vectibix®), lapatinib (Tycerb®), PF-299804 (Pfizer), pelitinib (EKB 569) y pertuzumab (Omnitarg®).
Otros ejemplos de inhibidores de la transducción de señales incluyen ARRY 142886 (Array Biopharm), everolimus (Certican®), zotarolimus (Endeavor®), temsirolimus (Torisel®), AP 23573 (ARIAD) y VX 680 (Vertex).
Adicionalmente, otros inhibidores de la transducción de señales incluyen XL 647 (Exelixis), sorafenib (Nexavar®), LE AON (Universidad de Georgetown) y GI-4000 (Globelmmune).
Otros inhibidores de la transducción de señales incluyen ABT 751 (Abbott), alvocidib (flavopiridol), BMS 387032 (Bristol Myers), EM 1421 (Erimos), indisulam (E 7070), seliciclib (CYC 200), BIO 112 (One Bio), BMS 387032 (Bristol-Myers Squibb), PD 0332991 (Pfizer), AG 024322 (Pfizer), LOXO-101 (Loxo Oncology), crizotinib y ceritinib.
En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante comprende un agente antineoplásico clásico. Los agentes antineoplásicos clásicos incluyen, entre otros, moduladores hormonales tales como agentes terapéuticos hormonales, antihormonales, agonistas de andrógenos, antagonistas de andrógenos y antiestrógenos, inhibidores de histona desacetilasa (HDAC), agentes silenciadores de genes o agentes activadores de genes, ribonucleasas, proteosómicos, Inhibidores de la topoisomerasa I, derivados de la camptotecina, inhibidores de la topoisomerasa II, agentes alquilantes, antimetabolitos, inhibidor de la poli (ADP-ribosa) polimerasa-1 (PARP-1), inhibidores de la microtubulina, antibióticos, inhibidores del huso de origen vegetal, compuestos coordinados con platino, agentes terapéuticos genéticos oligonucleótidos antisentido, agentes de blanco vascular (VTA) y estatinas.
Ejemplos de agentes antineoplásicos clásicos que pueden usarse de acuerdo con los métodos descritos en la presente descripción incluyen, pero no se limitan a, glucocorticoides, tales como dexametasona, prednisona, prednisolona, metilprednisolona, hidrocortisona y progestinas tales como medroxiprogesterona, acetato de megestrol (Megace), mifepristona (RU-486), moduladores selectivos del receptor de estrógeno (SERM; tales como tamoxifeno, raloxifeno, lasofoxifeno, afimoxifeno, arzoxifeno, bazedoxifeno, fispemifeno, ormeloxifeno, ospemifeno, tesmilifeno, toremifeno, trilostano y CHF 4227(Cheisi)). Reguladores a la baja (SERD; como fulvestrant), exemestano (Aromasin), anastrozol (Arimidex), atamestano, fadrozol, letrozol (Femara), hormona liberadora de gonadotropinas (GnRH; también conocida como agonistas de la hormona liberadora de hormona luteinizante [LHRH]) tales como buserelina (Suprefact), goserelina (Zoladex), leuprorelina (Lupron) y triptorelina (Trelstar), abarelix (Plenaxis), bicalutamida (Casodex), ciproterona, flutamida (Eulexin), megestrol, nilutamida (Nilandron) y osaterona, dutasterida, epristerida, finasterida, Serenoa repens, PHL 00801, abarelix, goserelina, leuprorelina, triptorelina, bicalutamida, tamoxifeno, exeromestaletro, fadrozol y sus combinaciones.
Otros ejemplos de agentes antineoplásicos clásicos que pueden usarse de acuerdo con los métodos descritos en la presente descripción incluyen, pero no se limitan a, ácido suberolanilido hidroxámico (SAHA, Merck Inc./Aton Pharmaceuticals), depsipéptido (FR901228 o FK228), G2M-777, MS-275, butirato de pivaloiloximetilo y PXD-101; Onconasa (ranpirnasa), PS-341 (MLN-341), Velcade (bortezomib), 9-aminocamptotecina, belotecán, BN-80915 (Roche), camptotecina, diflomotecán, edotecarina, exatecán (Daiichi), gimatecán, 10-hidroxicamptotecina, irinotecina HC1 (Camptosar), lurtotecan, Orathecin (rubitecan, Supergen), SN-38, topotecan, camptotecina, 10-hidroxi camptotecina, 9-aminocamptotecina, irinotecán, SN-38, edotecarina, topotecán, aclarubicina, adriamicina, amonafida, annamicina, daunorrubicina, doxorrubicina, elsamitrucina, epirrubicina, etopósido, idarrubicina, galarubicina, hidroxicarbamida, nemorubicina, novantrona (mitoxantrona), pirarubicina, pixantrona, procarbazina, rebecamicina, sobuzoxano, taflupósido, valrubicina, Zinecard (dexrazoxano), N-óxido de mostaza de nitrógeno, ciclofosfamida, AMD-473, altretamina, AP-5280, apaziquona, brostallicina, bendamustina, busulfan, carbocuona, carmustina, clorambucilo, dacarbazina, estramustina, fotemustina, glufosfamida, ifosfamida, KW-2170, lomretustina,mechlofamidehamida, melfalan, mitobronitol, mitolactol, mitomicina C, mitoxatrona, nimustina, ranimustina, temozolomida, tiotepa y compuestos alquilantes coordinados con platino como cisplatino, paraplatino (carboplatino), eptaplatino, lobaplatino, nedaplatino, eloxatina (oxaliplatino, Sanofi), estreptococina y sus combinaciones.
En algunas modalidades, la quimioterapia adyuvante incluye inhibidores de la dihidrofolato reductasa (como metotrexato y NeuTrexin (glucuronato de trimetresato)), antagonistas de purina (como 6-mercaptopurina ribósido, mercaptopurina, 6-tioguanina, cladribina, clofarabina (Clolar), fludarabina, nelarabina y raltitrexed), antagonistas de pirimidina (como 5-fluorouracilo (5-FU), Alimta (premetrexed di sodio, LY231514, MTA), capecitabina (Xeloda®), citosina arabinósido, Gemzar® (gemcitabina, Eli Lilly), Tegafur (UFT Orzel u Uforal e incluye la combinación TS-1 de tegafur, gimestat y otostat), doxifluridina, carmofur, citarabina (que incluye ocfosfato, estearato de fosfato, liberación sostenida y formas liposomales), enocitabina, 5-azacitidina (Vidaza), decitabina y etinilcitidina) y otros antimetabolitos como eflomitina, hidroxiurea, leucovorina, nolatrexed (Thymitaq), triapina, trimetrexato, ácido N-(5-[N-(3,4-dihidro-2-metil-4-oxoquinazolin-6-ilmetil)-N-metilamino]-2-tenoil)-L-glutámico, Ag -014699 (Pfizer Inc.), ABT-472 (Abbott Laboratories), INO-1001 (Inotek Pharmaceuticals), k U-0687 (KuDOS Pharmaceuticals) y GPI 18180 (Guilford Pharm Inc) y sus combinaciones.
Otros ejemplos de agentes citotóxicos antineoplásicos clásicos usados de acuerdo con los métodos descritos en la presente descripción incluyen, entre otros, Abraxane (Abraxis BioScience, Inc.), Batabulin (Amgen), EPO 906 (Novartis), Vinflunine (Bristol-Myers Squibb Company), actinomicina D, bleomicina, mitomicina C, neocarzinostatina (Zinostatina), vinblastina, vincristina, vindesina, vinorelbina (Navelbine), docetaxel (Taxotere), Ortataxel, paclitaxel (que incluye Taxoprexina, un conjugado de DHA/paciltaxel), cisplatino, carboplatino, Nedaplatino, oxaliplatino (Eloxatin), Satraplatino, Camptosar, capecitabina (Xeloda), oxaliplatino (Eloxatin), Taxotere alitretinoína, Canfosfamida (Telcyta®), DMXAA (Antisoma), ácido ibandrónico, L-asparaginasa, pegaspargasa (Oncaspar®), Efaproxiral (Efaproxyn®—radioterapia)), bexaroteno (Targretin®), tesmilifeno (DPPE—mejora la eficacia de los citotóxicos)), Theratope® (Biomira), tretinoína (Vesanoid®), tirapazamina (Trizaone®), motexafina gadolinio (Xcytrin®) Cotara® (mAb) y NB1-3001 (Protox Therapeutics), poliglutamato-paclitaxel (Xyotax®) y sus combinaciones.
Otros ejemplos de agentes antineoplásicos clásicos que pueden usarse de acuerdo con los métodos descritos en la presente descripción incluyen, pero no se limitan a, como Advexin (ING 201), TNFerade (GeneVec, uno o más compuestos que expresan TNFalpha en respuesta a la radioterapia), RB94 (Baylor College of Medicine), Genasense (Oblimersen, Genta), Combretastatin A4P (CA4P), Oxi-4503, AVE-8062, ZD-6126, TZT-1027, Atorvastatin (Lipitor, Pfizer Inc.), Pravastatin (Pravachol, Bristol-Myers Squibb), lovastatina (Mevacor, Merck Inc.), simvastatina (Zocor, Merck Inc.), fluvastatina (Lescol, Novartis), cerivastatina (Baycol, Bayer), rosuvastatina (Crestor, AstraZeneca), lovostatina, niacina (Advicor, Kos Pharmaceuticals), Caduet, Lipitor, torcetrapib y sus combinaciones.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del cáncer de mama en un sujeto que necesite dicho tratamiento puede comprender uno o más (con mayor preferencia uno a tres) agentes anticancerosos seleccionados del grupo que consiste en trastuzumab, tamoxifeno, docetaxel, paclitaxel, capecitabina, gemcitabina, vinorelbina, exemestano, letrozol y anastrozol.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del cáncer colorrectal en un sujeto que necesite dicho tratamiento puede comprender uno o más (con mayor preferencia uno a tres) agentes anticancerosos. Los ejemplos de agentes anticancerígenos particulares incluyen los que se usan típicamente en quimioterapia adyuvante, como FOLFOX, una combinación de 5-fluorouracilo (5-FU) o capecitabina (Xeloda), leucovorina y oxaliplatino (Eloxatin). Otros ejemplos de agentes anticancerosos particulares incluyen los que se usan típicamente en quimioterapia para enfermedades metastásicas, tales como FOLFOX o FOLFOX en combinación con bevacizumab (Avastin); y FOLFIRI, una combinación de 5-FU o capecitabina, leucovorina e irinotecán (Camptosar). Otros ejemplos incluyen 17-DMAG, ABX-EFR, AMG-706, AMT-2003, ANX-510 (CoFactor), aplidina (plitidepsina, Aplidina), Aroplatino, axitinib (AG-13736), AZD-0530, AZD-2171, bacilo de Calmette-Guerin (BCG), bevacizumab (Avastin), BIO-117, BIO-145, BMS-184476, BMS-275183, BMS-528664, bortezomib (Velcade), C-1311 (Symadex), cantuzumab mertansina, capecitabina (Xeloda), cetuximab (Erbitux), clofarabina (Clofarex), CMD-193, combretastatina, Cotara, CT-2106, CV-247, decitabina (Dacogen), E-7070, E-7820, edotecarina, EMD-273066, enzastaurina (LY-317615) epotilona B (EPO-906), erlotinib (Tarceva), flavopiridol, GCAN-101, gefitinib (Iressa), huA33, huC242-DM4, imatinib (Gleevec), indisulam, ING-1, irinotecán (CPT-11, Camptosar) ISIS 2503, ixabepilona, lapatinib (Tykerb), mapatumumab (HGS-ETR1), MBT-0206, MEDI-522 (Abregrina), Mitomicina, MK-0457 (VX-680), MLN-8054, NB-1011, NGR-TNF, NV-1020, oblimersen (Genasense, G3139), OncoVex, ONYX 015 (CI-1042), oxaliplatino (Eloxatin), panitumumab (ABX-EGF, Vectibix), pelitinib (EKB-569), pemetrexed (Alimta), PD-325901, PF-0337210, PF-2341066, RAD-001 (Everolimus), RAV-12, Resveratrol, Rexin-G, Sl (TS-1), seliciclib, Liposoma SN-38, estibogluconato de sodio (SSG), sorafenib (Nexavar), SU-14813, sunitinib (Sutent), temsirolimus (CCI 779), tetratiomolibdato, talomida, TLK-286 (Telcyta), topotecán (Hycamtin), trabectedina (Yondelis), vatalanib (PTK-787), vorinostat (SAHA, Zolinza), WX-UK1 y ZYC300, en donde las cantidades de los agentes anticancerígenos son efectivo en el tratamiento del cáncer colorrectal.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del carcinoma de células renales en un sujeto que necesita dicho tratamiento puede comprender uno o más (con mayor preferencia uno a tres) agentes anticancerosos seleccionados del grupo que consiste en capecitabina (Xeloda), interferón alfa, interleucina-2, bevacizumab (Avastin), gemcitabina (Gemzar), talidomida, cetuximab (Erbitux), vatalanib (PTK-787), Sutent, AG-13736, SU-11248, Tarceva, Iressa, Lapatinib y Gleevec, en donde las cantidades de los agentes anticancerígenos son efectivas en el tratamiento del carcinoma de células renales.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del melanoma en un sujeto que necesite dicho tratamiento puede comprender uno o más (con mayor preferencia uno a tres) agentes anticancerosos seleccionados del grupo que consiste en interferón alfa, interleucina-2, temozolomida (Temodar), docetaxel (Taxotere), paclitaxel, dacarbazina (DTIC), carmustina (también conocida como BCNU), cisplatino, vinblastina, tamoxifeno, PD-325,901, axitinib, bevacizumab (Avastin), talidomida, sorafanib, vatalanib (PTK-787), Sutent, CpG-7909, AG-13736, Iressa, Lapatinib y Gleevec, en donde las cantidades de los agentes anticancerígenos son efectivos en el tratamiento del melanoma.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del cáncer de pulmón en un sujeto que necesite dicho tratamiento puede comprender uno o más (con mayor preferencia uno a tres) agentes anticancerosos seleccionados del grupo que consiste en capecitabina (Xeloda), bevacizumab (Avastin), gemcitabina (Gemzar ), docetaxel (Taxotere), paclitaxel, disodio premetrexed (Alimta), Tarceva, Iressa, Vinorelbina, Irinotecan, Etopósido, Vinblastina y Paraplatino (carboplatino), en donde las cantidades de los agentes son efectivos en el tratamiento del cáncer de pulmón.
La quimioterapia adyuvante para el tratamiento del carcinoma de células renales en un sujeto que necesite dicho tratamiento puede comprender uno o más agentes medicinales o farmacéuticos adicionales seleccionados entre 5-fluorouracilo, vismodegib, sonidegib e imiquimod. En algunas modalidades, el agente medicinal o farmacéutico adicional es 5-fluorouracilo. En algunas modalidades, el único agente medicinal o farmacéutico adicional es vismodegib. En algunas modalidades, el único agente medicinal o farmacéutico adicional es sonidegib. En algunas modalidades, el único agente medicinal o farmacéutico adicional es imiquimod.
Ejemplos
Ejemplo 1. Preparación de muestras, imágenes y análisis de imágenes para muestras de tejido de melanoma de pacientes humanos
Preparación de la muestra. Se desparafinaron muestras de tejido fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE). Después, los portaobjetos se rehidrataron mediante una serie de lavados con xileno a alcohol antes de incubarlos en agua destilada. A continuación, se realizó la recuperación de antígeno inducida por calor mediante el uso de condiciones de temperatura y presión elevadas, se dejó enfriar y se transfirió a solución salina tamponada con Tris. Luego se realizó la tinción donde se llevaron a cabo las siguientes etapas. Primero, se bloqueó la peroxidasa endógena seguida de incubación con una solución de bloqueo de proteínas para reducir la tinción de anticuerpos inespecíficos. A continuación, los portaobjetos se tiñeron con un anticuerpo primario anti-PD-1 de ratón. A continuación, se lavaron los portaobjetos antes de la incubación con un anticuerpo secundario anti-HRP de ratón. Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó la tinción de PD-1 mediante el uso de TSA+ Cy® 3.5 (Perkin Elmer). A continuación, se inactivó cualquier HRP residual mediante el uso de dos lavados de benzhidrazida 100 mM reciente con peróxido de hidrógeno 50 mM. Los portaobjetos se lavaron de nuevo antes de teñir con un anticuerpo primario anti-PD-L1 de conejo. Los portaobjetos se lavaron y luego se incubaron con un cóctel de anticuerpo secundario HRP anti-conejo más anti-S100 de ratón marcado directamente con colorante 488 y 4 ', 6-diamidino-2-fenilindol (DAPI). Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó la tinción de PD-L1 mediante el uso de TSA-Cy® 5 (Perkin Elmer). Los portaobjetos se lavaron una última vez antes de cubrirlos con un medio de montaje y se dejaron secar durante la noche a temperatura ambiente. Se muestra una descripción esquemática de los anticuerpos y reactivos de detección en FIGURA 1.
Imágenes y análisis de muestras. A continuación, se adquirieron imágenes de fluorescencia mediante el uso del sistema de análisis de portaobjetos inteligente Vectra 2 mediante el uso del software Vectra versión 2.0.8 (Perkin Elmer). En primer lugar, se realizaron imágenes monocromáticas del portaobjetos con un aumento de 4x mediante el uso de DAPI. Se usó un algoritmo automatizado (desarrollado mediante el uso de inForm) para identificar áreas del portaobjetos que contienen tejido.
Se tomaron imágenes de las áreas del portaobjetos identificadas como que contienen tejido con un aumento de 4x para los canales asociados con DAPI (azul), FITc (verde) y Cy® 5 (rojo) para crear imágenes RGB. Estas imágenes de 4x se procesaron mediante el uso de un algoritmo de enriquecimiento automatizado (desarrollado con inForm) en el selector de campo visual 104 para identificar y clasificar los posibles campos visuales de aumento de 20x de acuerdo con la expresión Cy® 5 más alta.
Se obtuvieron imágenes de los 40 campos visuales superiores con un aumento de 20x en las longitudes de onda DAPI, FITC, Texas Red y Cy® 5. Las imágenes sin procesar se revisaron para verificar su aceptabilidad, y las imágenes que estaban desenfocadas, carecían de células tumorales, eran altamente necróticas o contenían altos niveles de señal de fluorescencia no asociada con la localización esperada de anticuerpos (es decir, tinción de fondo) se rechazaron antes del análisis. Las imágenes aceptadas se procesaron mediante el uso de AQUAduct (Perkin Elmer), en donde cada fluoróforo se separa espectralmente mediante el separador espectral 210 en canales individuales y se guarda como un archivo separado.
Los archivos procesados se analizaron adicionalmente mediante el uso de AQUAnalysis ™ o mediante un proceso totalmente automatizado mediante el uso de AQUAserve ™. Los detalles fueron los siguientes.
Cada imagen DAPI fue procesada por el enmascarador de núcleos 212 para identificar todos los núcleos celulares dentro de esa imagen. (Figura 2a), y luego dilatado por 3 píxeles para representar el tamaño aproximado de una célula completa. Esta máscara resultante representó todas las células dentro de esa imagen (Figura 2b).
S100 (marcador de células tumorales para melanoma) detectado con tinte 488 (FIGURA 3a) fue procesado por el enmascarador de tumores 216 para crear una máscara binaria de toda el área del tumor dentro de esa imagen (Figura 3b). La superposición entre esta máscara y la máscara de todas las células creó una nueva máscara para las células tumorales (Figura 3c), mediante el uso de enmascarador de células tumorales 218.
De manera similar, la ausencia del marcador de células tumorales en combinación con la máscara de todos los núcleos creó una nueva máscara para todas las células no tumorales. (Figura 3d), realizado mediante el uso de enmascarador 220 de células no tumorales.
Cada imagen Cy® 5 (Figura 4a) fue procesado por el primer enmascarador de biomarcadores 222 y se superpuso con la máscara de todas las células para crear una máscara binaria de todas las células que son positivas para PD-L1 (Figura 4b). El solapamiento de la máscara de biomarcadores con la máscara de todas las células eliminó los píxeles de ruido que pueden identificarse falsamente en la máscara como células positivas de biomarcadores.
Cada imagen Cy® 3.5 (Figura 5a) fue procesado por el segundo enmascarador de biomarcadores 224 para crear una máscara binaria para las células positivas para PD-1 y superpuesto con la máscara de todas las células no tumorales para crear una máscara binaria de todas las células no tumorales que son positivas para PD-1 (Figura 5b). El solapamiento de la máscara de biomarcadores con la máscara de todas las células no tumorales eliminó los píxeles de ruido que pueden identificarse falsamente en la máscara como células positivas de biomarcadores.
La máscara binaria de todas las células positivas para PD-L1 se dilató mediante el uso del segundo dilatador 226 para crear una máscara de interacción que abarca las células vecinas más cercanas (por ejemplo células con PD-1) (Figura 6a). Esta máscara de interacción se combinó con una máscara binaria de todas las células no tumorales positivas para PD-1 mediante el uso del enmascarador de interacción 230 para crear un compartimiento de interacción de las células positivas para PD-1 lo suficientemente cerca de las células positivas para PD-L1 de manera que es probable que PD-1 esté interactuando con PD-L1 (Figura 6b).
El área total de todos los campos aceptados (hasta 40 campos visuales) para el compartimiento de interacción y el área total de las células no tumorales se calculó en los evaluadores de área 232, 234 respectivamente. El área total de todos los campos visuales aceptados para el compartimiento de interacción se dividió por el área total de las células no tumorales y se multiplicó por un factor de 10000, mediante el uso de la calculadora de interacción 236 para crear un número entero que representa una puntuación de interacción para cada muestra. Las mediciones de PD-L1 y PD-1 fueron altamente reproducibles (R2 = 0,98 y 0,97, respectivamente). En una cohorte de 24 pacientes con melanoma avanzado tratados con nivolumab (n = 5) o pembrolizumab (n = 19), se encontró que la puntuación de interacción PD-1/PD-L1 distingue de manera confiable a los respondedores de los no respondedores (p = 0.04) mientras que PD-L1 solo (p = 0,22), PD-1 solo (p = 0.3) o CD8 solo (p = 0,23) no lo hizo. Las puntuaciones representativas de los 24 pacientes se muestran en la Figura 7a. Según los datos, se seleccionó un umbral de 900 para indicar la posibilidad de respuesta al tratamiento.
Este conjunto de datos se amplió luego a un total de 142 pacientes con melanoma metastásico donde se obtuvieron puntuaciones de interacción PD-1/PD-L1 (ver Figura 7b) y demostró que los respondedores tenían puntuaciones de interacción PD-1/PD-L1 estadísticamente significativamente más altas que los no respondedores (p = 0,02).
Para mejorar la capacidad de la prueba de puntuación de interacción PD-1/PD-L1 para identificar correctamente a los pacientes que responden a las terapias anti-eje PD-1, las mismas muestras de pacientes con melanoma se tiñeron con anticuerpos para identificar marcadores fenotípicos característicos de las células mieloides (CD11b y HLA-DR) y la enzima bioquímica IDO-1 que ejerce una función supresora sobre estas células. La preparación de la muestra fue análoga a la realizada para la prueba de puntuación de interacción PD-1/PD-L1 en la que los portaobjetos se tiñeron con un anticuerpo primario anti-IDO-1 de conejo. A continuación, los portaobjetos se lavaron antes de la incubación con anticuerpo secundario HRP anti-conejo. Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó anti-IDO-1 mediante el uso de TSA+ Cy® 5 (Perkin Elmer). A continuación, se inactivó cualquier h Rp residual mediante el uso de dos lavados de benzhidrazida 100 mM reciente con peróxido de hidrógeno 50 mM. Los portaobjetos se lavaron de nuevo antes de teñir con un anticuerpo primario anti-HLA-DR de ratón. Los portaobjetos se lavaron y luego se incubaron con anticuerpo secundario anti-HRP de ratón. Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó la tinción anti-HLA-DR mediante el uso de TSA-Cy® 3 (Perkin Elmer). A continuación, se eliminaron los reactivos de anticuerpos primarios y secundarios mediante microondas. Los portaobjetos se lavaron de nuevo antes de teñir con un anticuerpo anti-CD 11b de conejo. Los portaobjetos se lavaron y luego se incubaron con un cóctel de anticuerpo secundario HRP anti-conejo más 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI). Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó la tinción anti-CD11b mediante el uso de TSA-AlexaFluor488 (Life Technologies). Los portaobjetos se lavaron una última vez antes de cubrirlos con un medio de montaje y se dejaron secar durante la noche a temperatura ambiente.
Se usaron procedimientos análogos a la prueba de interacción PD-1/PD-L1 para la obtención de imágenes y el análisis de muestras en las longitudes de onda DAPI, FITC, Cy®3 y Cy®5. Las imágenes con aumento de 4x se procesaron mediante el uso de un algoritmo de enriquecimiento automático (desarrollado con inForm) en el selector de campo visual 104 para identificar y clasificar los posibles campos visuales de aumento de 20x de acuerdo con la expresión más alta de Cy® 3 y Cy® 5.
Cada imagen DAPI fue procesada por el enmascarador de células 212 para identificar todos los núcleos celulares dentro de esa imagen y luego dilatada para representar el tamaño aproximado de una célula completa. Esta máscara resultante representó todas las células dentro de esa imagen.
Cada imagen de AlexaFluor488® fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son positivas para CD11b.
Cada imagen Cy® 3 fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son HLA-DR positivas.
Cada imagen de Cy® 5 fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son IDO-1 positivas.
Las máscaras binarias para todas las células CD11b positivas y HLA-DR positivas se combinaron para crear una máscara binaria de todas las células que eran doblemente positivas para CD11b y HLA-DR o eran CD11b positivas y HLA-DR negativas.
El % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células CD11b que carecen de expresión de HLA-DR se derivó, mediante el uso de la calculadora de positividad 236, mediante la división del área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todos los CD 11b positivos, células HLA-DR-negativas con el área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todas las células CD11b-positivas.
Las máscaras binarias para todas las células CD11b positivas, IDO-1 positivas y HLA-DR negativas se combinaron para crear una máscara binaria de todas las células que son CD 11b positivas, HLA-DR negativas e IDO-1 positivas.
El PPB para todas las células CD11b que expresan IDO-1, pero que carecen de expresión de HLA-DR, se obtuvo mediante la división del área total, medida en píxeles, de la máscara de todos los CD11b positivos, HLA-DR negativos, IDO-1 positivos células con el área total, medida en píxeles, de la máscara de todas las células positivas para CD11b.
Las máscaras binarias para todas las células HLA-DR positivas e IDO-1 positivas se combinaron para crear una máscara binaria de todas las células que son doblemente positivas para HLA-DR e IDO-1.
El % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR que expresan IDO-1 se derivó, mediante el uso de la calculadora de positividad 236, mediante la división del área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todas las células IDO-1 positivas, HLA-DR-positivas con el área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todas las células HLA-DR-positivas.
Las máscaras binarias para todas las células CD11b positivas, IDO-1 positivas y HLA-DR positivas se combinaron para crear una máscara binaria de todas las células que son CD 11b positivas, h LA-DR positivas e IDO-1 positivas.
El PPB para todas las células CD11b que expresan IDO-1 y HLA-DR se obtuvo mediante la división del área total, medida en píxeles, de la máscara de todas las células positivas para CD 11b, positivas para HLA-DR e IDO-1 positivas con la área total, medida en píxeles, de la máscara de todas las células positivas para CD 11b.
La expresión diferencial de la PPB para los fenotipos enumerados anteriormente se comparó con el estado de respuesta en pacientes con melanoma metastásico tratados con nivolumab o pembrolizumab (n = 24) para determinar qué subconjunto de células (si lo hubiera) predijo la respuesta a las terapias del eje anti-PD-1 (Figura 8a).
Inesperadamente, el PPB de todas las células positivas para HLA-DR que expresan iDO-1 pudo distinguir a los respondedores de los no respondedores (Figura 7c) y las células HLA-DR positivas que expresan IDO-1 fueron predominantemente negativas para CD11b (Figura 7d).
Adicionalmente, se observó que la combinación de pacientes altos para la puntuación de interacción PD-1/PD-L1 (>900) o el IDO-1+HLA-DR+ PPB (>5%) pudo mejorar la capacidad de identificar correctamente el mayor número de pacientes (12/13) que respondieron a la terapia anti-eje PD-1 en comparación con cualquiera de las pruebas solas (9/13 o 10/13 respectivamente, Figura 8b)
Esta observación fue validada en el conjunto adicional de muestras de pacientes con melanoma metastásico tratados con nivolumab o pembrolizumab (n = 142), donde nuevamente los valores de PPB de IDO-1+HLA-DR+ también fueron capaces de distinguir a los pacientes que respondieron a la terapia (p = 0,0002) y la combinación de las dos firmas identificó el mayor número de pacientes que respondieron a la terapia anti-PD-1 (55/78) que cualquier firma sola (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 40/78 o |Do -1+HLA-DR+ 38/78, p = 0,0096, Figura 8c). Adicionalmente, las cohortes se combinaron y la predicción de respuesta más alta (80 %) se observó en pacientes que tenían ambas firmas de biomarcadores expresadas por encima de los puntos de corte (puntuación de interacción PD-1/PD-L1 >900 e IDO-1+HLA-DR+ PPB (>5%) en comparación con el 54 % de los pacientes positivos para una sola firma o el 36 % de los pacientes negativos para ambas firmas) (Figura 8d).
Los pacientes que dieron positivo en la prueba de interacción PD-1/PD-L1 o en la prueba de interacción IDO-1+HLA-DR+ PPB también mejoraron su supervivencia libre de progresión (SLP, Figura 9a), relación de riesgo = 0,36, p = 0,0037 y supervivencia global (SG, Figura 9b), relación de riesgo = 0,39, p = 0,0011. Por el contrario, la expresión de PD-L1 del tumor no pudo identificar a los pacientes con mejoría de la SLP o la SG al 5 % (Figuras 20a-b).
Adicionalmente, en la cohorte combinada, los pacientes por encima del punto de corte para ambas firmas de biomarcadores demostraron la mayor supervivencia general p = 0,0018 (FIGURA 10)
Ejemplo 2. Preparación de muestras alternativas, imágenes y análisis de imágenes de muestras de tejido de melanoma de pacientes humanos para HLA-DR e IDO-1
Se realizaron procedimientos análogos del Ejemplo 1 en los que se prepararon muestras de melanoma mediante tinción con anticuerpo primario anti-HLA-DR de ratón. Los portaobjetos se lavaron y luego se incubaron con anticuerpo secundario anti-HRP de ratón. Los portaobjetos se lavaron y se detectó la expresión de HLA-DR con Cy® 3. A continuación, se inactivó cualquier HRP residual mediante el uso de dos lavados de benzhidrazida 100 mM reciente con peróxido de hidrógeno 50 mM. A continuación, los portaobjetos se tiñeron con un anticuerpo primario anti-IDO-1 de conejo. Los portaobjetos se lavaron y luego se incubaron con un cóctel de anticuerpo secundario HRP anti-conejo más anti-S100 de ratón marcado directamente con colorante 488 y 4 ', 6-diamidino-2-fenilindol (DAPI). Los portaobjetos se lavaron y luego se detectó el anti-IDO-1 mediante el uso de TSA+ Cy® 5.
Se usaron procedimientos análogos a la prueba de interacción PD-1/PD-L1 para la obtención de imágenes y el análisis de muestras en las longitudes de onda DAPI, FITC, Cy®3 y Cy®5. Las imágenes con aumento de 4x se procesaron mediante el uso de un algoritmo de enriquecimiento automático (desarrollado con inForm) en el selector de campo visual 104 para identificar y clasificar los posibles campos visuales de aumento de 20x de acuerdo con la expresión más alta de Cy® 3 y Cy® 5.
Cada imagen DAPI fue procesada por el enmascarador de células 212 para identificar todos los núcleos celulares dentro de esa imagen y luego dilatada para representar el tamaño aproximado de una célula completa. Esta máscara resultante representó todas las células dentro de esa imagen.
Cada imagen de AlexaFluor488® fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son S100 positivas.
Cada imagen Cy® 3 fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son HLA-DR positivas.
Cada imagen de Cy® 5 fue procesada por el enmascarador de biomarcadores 222 para crear una máscara binaria de todas las células que son IDO-1 positivas.
Las máscaras binarias para todas las células HLA-DR positivas e IDO-1 positivas se combinaron para crear una máscara binaria de todas las células que son doblemente positivas para HLA-DR e IDO-1.
El % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR que expresan IDO-1 se derivó, mediante el uso de la calculadora de positividad 236, mediante la división del área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todas las células IDO-1 positivas, HLA-DR-positivas con el área total, medida en píxeles y determinada por el evaluador de área 232, de la máscara de todas las células HLA-DR-positivas.
El método para la identificación de PPB de HLA-DR+IDO-1+ del Ejemplo 1 se comparó con el del Ejemplo 2 y se encontró que tenía una alta correlación (R2 = 0,8) donde todas las muestras mayores o iguales al umbral del 5 % con la configuración del ensayo CD11b/HLA-DR/IDO-1 permanecieron mayores o iguales al umbral del 5 % con la configuración del ensayo S100/HLA-DR/IDO-1 (FIGURA 19)
Ejemplo 3. Preparación de muestras, imágenes y análisis de imágenes de muestras de tejido de cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) de pacientes humanos
Se realizaron métodos análogos al Ejemplo 1 para el ensayo de interacción PD-1/PD-L1 excepto que el reactivo anti-S100 de ratón se reemplazó con anti-Pan Cytokeratin de ratón marcado directamente con un tinte 488 en 463 muestras de NSCLC en estadio temprano de pacientes con o sin tratamiento de quimioterapia adyuvante. Se encontró que las puntuaciones altas de interacción PD-1/PD-L1 (mayores o iguales a la puntuación media de interacción de 734) predicen los pacientes que respondieron a la quimioterapia adyuvante (Figura 21a). Las puntuaciones altas de interacción PD-1/PD-L1 no mostraron una diferencia en la supervivencia de los pacientes que no recibieron quimioterapia adyuvante (FIGURA 21b).Tampoco hubo un beneficio de supervivencia significativo de acuerdo con si los pacientes recibieron o no quimioterapia adyuvante. (FIGURA 22).
Adicionalmente, se realizaron métodos análogos al Ejemplo 1 en los que las mismas muestras de NSCLC se tiñeron con anticuerpo anti-CD4 de ratón detectado con Opal520, anticuerpo anti-CD8 de ratón detectado por Opal620, anticuerpo anti-FoxP3 de conejo detectado con Opal540, anticuerpo anti-CD25 de conejo detectado con Opal570 y anticuerpo anti-Ki67 de ratón detectado con Opal650 además de DAPI. Se calculó el PPB para % CD4+ de todas las células,% CD8+ de todas las células,% CD4+ o CD8+ de todas las células,% CD25+FoxP3+ de CD4+,% CD25+FoxP3+ de células CD8,% CD25+FoxP3+ de todos los CD4+ o CD8+,% Ki67+ de CD4+,% Ki67+ de CD8+,% Ki67+ de CD4+ o CD8+. Los pacientes que recibieron quimioterapia adyuvante cuyas muestras de tumor demostraron una expresión mayor o igual a la mediana de expresión del 1 % de CD25+FoxP3+ de todas las células T (CD4+ o CD8+) se encontró que tenían una SLP estadísticamente significativamente más alta, p = 0,0027 (Figura 23a) y SG, p = 0,0056 (Figura 23b). Adicionalmente, después de optimizar el punto de corte para ambas firmas, los pacientes doblemente positivos con puntuación de interacción PD-1/PD-L1 > 643 y CD25+FoxP3+ > 1 % habían mejorado la SLP, p = 0,003 (FIGURA 24a) y SG, p = 0,004 (Figura 24b). Por el contrario, los pacientes con CPCNP (n = 328) que no recibieron quimioterapia no experimentaron beneficio de supervivencia cuando se clasificaron con las mismas firmas (P>0,5) SLP (FIGURA 25a) o SG (FIGURA 25b) con >1 % CD25+FOXP3+ de todas las células T o en SLP (FIGURA 26a) o SG (FIGURA 26b) para la firma combinada de doble positivo con puntuación de interacción PD-1/PD-L1 >643 y CD25+FoxP3+ >1 %. Pacientes que recibieron quimioterapia adyuvante cuyas muestras de tumor demostraron una expresión mayor o igual a la mediana de expresión del 6 % de Ki67+ de todas las células T se encontró que tenían una SLP estadísticamente significativamente más baja, p = 0,004 (Figura 27a) y SG, p = 0,0006 (Figura 27b). Adicionalmente, los pacientes doblemente positivos con puntuación de interacción PD-1/PD-L1 >643 y Ki67+ <6 % habían mejorado la SLP, p = 0.022 (Figura 28a) y SG, p = 0,029 (Figura 28b). Por el contrario, los pacientes con CPCNP (n = 328) que no recibieron quimioterapia no experimentaron beneficio de supervivencia cuando se clasificaron con las mismas firmas (P>0,5) SLP (Figura 29a) o SG (FIGURA 29b) con >6 % Ki67+ de todas las células T o en SLP (Figura 30a) o SG (Figura 30b) para la firma combinada de doble positivo con puntuación de interacción PD-1/PD-L1 >643 y Ki67+ <1 %.
Párr. A. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. B. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. C. El método del párr. A o Párr. B, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. D. El método del párr. A o Párr. B, en donde la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. E. El método de cualquiera de los párrs. A-D, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. Párr. F. El método de cualquiera de los párrs. A-E, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. G. El método de cualquiera de los párrs. A-F, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 gm a aproximadamente 50 gm.
Párr. H. El método de cualquiera de los párrs. A-G, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. I. El método de cualquiera de los párrs. A-H, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. J. El método de cualquiera de los párrs. A-I, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %.
Párr. K. El método de cualquiera de los párrs. A-J, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. L. El método de cualquiera de los párrs. A-K, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. M. El método de cualquiera de los párrs. A-L, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. N. El método de cualquiera de los párrs. A-L, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. O. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. P. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. P. El método del párr. O o Párr. P, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. R. El método del párr. O o Párr. P, en donde la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. S. El método de cualquiera de los párrs. O, en donde el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles.
Párr. T. El método de cualquiera de los párrs. O-S, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles. Párr. U. El método de cualquiera de los párrs. O-T, en donde cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico.
Párr. V. El método de cualquiera de los párrs. O-U, en donde la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1.
Párr. W. El método de cualquiera de los párrs. O-V, en donde el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. X. El método de cualquiera de los párrs. O-W, en donde las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan PD-1.
Párr. Y. El método de cualquiera de los párrs. O-X, en donde la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles.
Párr. Z. El método de cualquiera de los párrs. O-Y, en donde el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados.
Párr. AA. El método de cualquiera de los párrs. O-Z, en donde el factor predeterminado es 104.
Párr. AB. El método de cualquiera de los párrs. O-AA, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. AC. El método de cualquiera de los párrs. O-AB, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. AD. El método de cualquiera de los párrs. O-AC, en donde la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
Aj ,
SPS = — !- X 104
a nt
en donde A i es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-L1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar el PD-1.
Párr. AE. El método de cualquiera de los párrs. O-AD, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %.
Párr. AF. El método de cualquiera de los párrs. O-AE, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. AG. El método de cualquiera de los párrs. O-AF, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. AH. El método de cualquiera de los párrs. O-AG, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. AI. El método de cualquiera de los párrs. O-AG, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. AJ. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. AK. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. AL. El método del Párr. AJ o Párr. AK, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. AM. El método del Párr. AJ o Párr. AK, en donde la inmunoterapia comprende el tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. AN. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AM, en donde el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles.
Párr. AO. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AN, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. AP. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AO, en donde cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico.
Párr. AQ. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AP, en donde la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1.
Párr. AR. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AQ, en donde el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. AS. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AR, en donde las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan PD-1.
Párr. AT. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AS, en donde la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles.
Párr. AU. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AT, en donde el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados.
Párr. AV. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AU, en donde el factor predeterminado es 104.
Párr. AW. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AV, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. AX. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AW, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. AY. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AX, en donde la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
Figure imgf000074_0001
en donde A i es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-L1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar PD-L1.
Párr. AZ. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AY, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %.
Párr. BA. El método de cualquiera de los párrs. AJ-AZ, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. BB. El método de cualquiera de los párrs. AJ-BA, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. BC. El método de cualquiera de los párrs. AJ-BB, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. BD. El método de cualquiera de los párrs. AJ-BB, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. BE. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. BF. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. BG. El método del Párr. BE o Párr. BF, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. BH. El método del Párr. BE o Párr. BF, en donde la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. BI. El método de cualquiera de los párrs. BE-BH, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. BJ. El método de cualquiera de los párrs. BE-BI, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. BK. El método de cualquiera de los párrs. BE-BJ, en donde la proximidad espacial entre al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm.
Párr. BL. El método de cualquiera de los párrs. BE-BK, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. BM. El método de cualquiera de los párrs. BE-BL, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. BN. El método de cualquiera de los párrs. BE-BM, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %.
Párr. BO. El método de cualquiera de los párrs. BE-BN, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. BP. El método de cualquiera de los párrs. BE-BO, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. BQ. El método de cualquiera de los párrs. BE-BP, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. BR. El método de cualquiera de los párrs. BE-BP, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. BS. El método de cualquiera de los párrs. BE-BR, en donde el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8 y una combinación de dos o más de los mismos.
Párr. BT. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. BU. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. BV. El método del Párr. BT o Párr. BU, en donde la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. Párr. BW. El método del Párr. BT o Párr. BU, en donde la quimioterapia adyuvante comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. BX. El método de cualquiera de los párrs. BT-BW, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. BY. El método de cualquiera de los párrs. BT-BX, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. BZ. El método de cualquiera de los párrs. BT-BY, en donde la proximidad espacial entre al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm.
Párr. CA. El método de cualquiera de los párrs. BT-BZ, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. CB. El método de cualquiera de los párrs. BT-CA, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 700 más o menos 100.
Párr. CC. El método de cualquiera de los párrs. BT-CB, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente el 2 % a aproximadamente el 10 %.
Párr. CD. El método de cualquiera de los párrs. BT-CC, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. CE. El método de cualquiera de los párrs. BT-CD, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. CF. El método de cualquiera de los párrs. BT-CE, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. CG. El método de cualquiera de los párrs. BT-CE, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. CH. El método de cualquiera de los párrs. BT-CG, en donde el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8 y una combinación de dos o más de los mismos.
Párr. CI. Un método para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia mediante el uso del método de cualquiera de los párrs. A-BS; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar inmunoterapia al paciente.
Párr. CJ. Un método para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante mediante el uso del método de cualquiera de los párrs. BT-CH; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, administrar quimioterapia adyuvante al paciente.
Párr. CK. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia. Párr. CL. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: mediante el uso de la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinando una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
Párr. CM. El método del Párr. CK o Párr. CL, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. CN. El método del Párr. CK o Párr. CL, en donde la inmunoterapia comprende un tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. CO. El método de cualquiera de los párrs. CK-CN, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. CP. El método de cualquiera de los párrs. CK-CO, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. CQ. El método de cualquiera de los párrs. CK-CP, en donde la proximidad espacial entre al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm.
Párr. CR. El método de cualquiera de los párrs. CK-CQ, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. CS. El método de cualquiera de los párrs. CK-CR, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. CT. El método de cualquiera de los párrs. CK-CS, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %.
Párr. CU. El método de cualquiera de los párrs. CK-CT, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. CV. El método de cualquiera de los párrs. CK-CU, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. CW. El método de cualquiera de los párrs. CK-CV, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. CX. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1 mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
Párr. CY. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una inmunoterapia, que comprende el método:
(A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas de entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles a partir de una muestra que comprende tejido tumoral, muestra que se toma del paciente con cáncer, el método comprende:
seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1;
mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
registrar la puntuación de proximidad espacial;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la inmunoterapia.
Párr. CZ. El método del Párr. CX o Párr. CY, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
Párr. DA. El método del Párr. CX o Párr. CY, en donde la inmunoterapia comprende un tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento anti-IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. DB. El método de cualquiera de los párrs. CX-DA, en donde el área total de la cuarta máscara y el área total de la sexta máscara de la etapa (B) se miden en píxeles.
Párr. DC. El método de cualquiera de los párrs. CX-DB, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. DD. El método de cualquiera de los párrs. CX-DC, en donde cada una de las etiquetas de fluorescencia se dirige a un biomarcador específico.
Párr. DE. El método de cualquiera de los párrs. CX-DD, en donde la pluralidad de etiquetas de fluorescencia comprende una primera etiqueta de fluorescencia para PD-1 y una segunda etiqueta de fluorescencia para PD-L1. Párr. DF. El método de cualquiera de los párrs. CX-DE, en donde el margen tiene un intervalo de aproximadamente 1 a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. DG. El método de cualquiera de los párrs. CX-DF, en donde las células localizadas proximalmente que expresan PD-L1 están dentro de aproximadamente 0,5 a aproximadamente 50 pm de una membrana plasmática de las células que expresan PD-1.
Párr. DH. El método de cualquiera de los párrs. CX-DG, en donde la primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados de la etapa (A) se mide en píxeles.
Párr. DI. El método de cualquiera de los párrs. CX-DH, en donde el factor de normalización es una segunda área total para todas las células no tumorales de cada uno de los campos visuales seleccionados.
Párr. DJ. El método de cualquiera de los párrs. CX-DI, en donde el factor predeterminado es 104.
Párr. DK. El método de cualquiera de los párrs. CX-DJ, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. DL. El método de cualquiera de los párrs. CX-DK, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
Párr. DM. El método de cualquiera de los párrs. CX-DL, en donde la puntuación de proximidad espacial (PPE) se determina mediante la siguiente ecuación:
Figure imgf000080_0001
en donde A i es un área de interacción total (área total de células que expresan PD-1 y abarcada por señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a células que expresan PD-L1) y Ac es el área total de células que tienen capacidad para expresar el PD-1.
Párr. DN. El método de cualquiera de los párrs. CX-DM, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %.
Párr. DO. El método de cualquiera de los párrs. CX-DN, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. DP. El método de cualquiera de los párrs. CX-DO, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. DQ. El método de cualquiera de los párrs. CX-DP, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. DR. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Párr. DS. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células positivas a biomarcadores en un campo visual de la muestra y registrar el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Párr. DT. El método del Párr. DR o Párr. DS, en donde la quimioterapia adyuvante se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1. Párr. DU. El método del Párr. DR o Párr. DS, en donde la quimioterapia adyuvante comprende un tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
Párr. DV. El método de cualquiera de los párrs. DR-DU, en donde la proximidad espacial se evalúa en una escala de píxeles.
Párr. DW. El método de cualquiera de los párrs. DR-DV, en donde la proximidad espacial entre al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles.
Párr. DX. El método de cualquiera de los párrs. DR-DW, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm.
Párr. DY. El método de cualquiera de los párrs. DR-DX, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000.
Párr. DZ. El método de cualquiera de los párrs. DR-DY, en donde el primer valor umbral es aproximadamente 700 más o menos 100.
Párr. EA. El método de cualquiera de los párrs. DR-DZ, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %.
Párr. EB. El método de cualquiera de los párrs. DR-EA, en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
Párr. EC. El método de cualquiera de los párrs. DR-EB, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón.
Párr. ED. El método de cualquiera de los párrs. DR-EC, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma.
Párr. EE. El método de cualquiera de los párrs. DR-EC, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
Párr. EF. El método de cualquiera de los párrs. DR-EE, en donde el biomarcador de la etapa (B) se selecciona de CD11b, HLA-DR, Arginasa 1, IDO-1, CD25, FoxP3, Granzima B, CD56, CD68, CD163, Ki67, Tim3, Lag3, CD4, CD8 y una combinación de dos o más de los mismos.
Párr. EG. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. EH. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Párr. El. Un método para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método
(A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia mediante el uso del método de cualquiera de los párrs.; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar inmunoterapia al paciente; o
(C) si es poco probable que el paciente responda positivamente a la inmunoterapia, administrar al paciente (1) una terapia dirigida si hay una mutación BRAF, o (2) cirugía paliativa y/o radioterapia y el mejor cuidado de soporte si la mutación BRAF está ausente.
Párr. EJ. Un método para tratar el cáncer en un paciente que lo necesita, que comprende el método (A) predecir la posibilidad de que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante mediante el uso del método de cualquiera de los párrs. BT-CH; y
(B) si es probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, administrar quimioterapia adyuvante al paciente; o
(C) si es poco probable que el paciente responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, entonces se procederá a la prueba de mutación y (1) se le administrará la terapia dirigida al paciente si la prueba de mutación es positiva o (2) se le administrará al paciente el mejor cuidado de soporte si la prueba de mutación es negativa.
Párr. EK. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. EL. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+; combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+; combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+; derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+ mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
registrar el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con melanoma responda positivamente a la inmunoterapia.
Párr. EM. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. EN. Un método para seleccionar un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresa CD25+FoxP3+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es mayor o igual que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Párr. EO. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, que comprende el método:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es menor que el valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. EP. Un método para seleccionar un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(B) comparar el valor de PPB con un valor umbral;
en donde si el valor de PPB es menor que el valor umbral, es probable que el paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Párr. EQ. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la quimioterapia adyuvante.
Párr. ER. Un método para seleccionar un paciente con cáncer que probablemente se beneficie de una quimioterapia adyuvante, el método comprende:
(A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer que comprende: usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
(B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células T (CD4+ o CD8+) en un campo visual de la muestra que expresan Ki67+y registrando el valor de PPB; y
(C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es menor que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer se beneficie de la quimioterapia adyuvante.
Si bien se han ilustrado y descrito ciertas modalidades, debe entenderse que se pueden realizar cambios y modificaciones en las mismas de acuerdo con la experiencia ordinaria en la técnica sin apartarse de la tecnología en sus aspectos más amplios como se define en las siguientes reivindicaciones.
Las modalidades, descritas ilustrativamente en la presente descripción, pueden practicarse adecuadamente en ausencia de cualquier elemento o elementos, limitación o limitaciones, no descritos específicamente en la presente descripción. Así, por ejemplo, los términos "que comprende", "que incluye", "que contiene", etc. se leerán de forma amplia y sin limitación. Adicionalmente, los términos y expresiones empleados en la presente descripción se han usado como términos de descripción y no de limitación, y no hay intención en el uso de dichos términos y expresiones de excluir cualquier equivalente de las características mostradas y descritas o porciones de las mismas, pero es reconocido que son posibles varias modificaciones dentro del alcance de la tecnología reivindicada. Adicionalmente, se entenderá que la frase "que consiste esencialmente en" incluye aquellos elementos específicamente enumerados y aquellos elementos adicionales que no afectan materialmente las características básicas y novedosas de la tecnología reivindicada. La frase "que consiste de" excluye cualquier elemento no especificado.
La presente descripción no debe limitarse en términos de las modalidades particulares descritas en esta solicitud. Se pueden realizar muchas modificaciones y variaciones sin apartarse de su espíritu y alcance, como será evidente para los expertos en la técnica. Los métodos y composiciones funcionalmente equivalentes dentro del alcance de la divulgación, además de los enumerados en la presente descripción, serán evidentes para los expertos en la técnica a partir de las descripciones anteriores. Se pretende que tales modificaciones y variaciones caigan dentro del alcance de las reivindicaciones anexas. La presente descripción debe estar limitada únicamente por los términos de las reivindicaciones adjuntas, junto con el alcance completo de los equivalentes a los que tienen derecho tales reivindicaciones. Debe entenderse que esta descripción no se limita a métodos, reactivos, composiciones de compuestos o sistemas biológicos particulares, que por supuesto pueden variar. También debe entenderse que la terminología usada en la presente descripción tiene el propósito de describir únicamente modalidades particulares, y no pretende ser limitante.
Además, cuando las características o aspectos de la descripción se describen en términos de grupos Markush, los expertos en la técnica reconocerán que la descripción de esta manera se describe en términos de cualquier miembro individual o subgrupo de miembros del grupo Markush.
Como entenderá un experto en la técnica, para todos y cada uno de los propósitos, particularmente en términos de proporcionar una descripción escrita, todos los intervalos descritos en la presente descripción también abarcan todos y cada uno de los posibles subintervalos y combinaciones de subintervalos de los mismos. Se puede reconocer fácilmente que cualquier intervalo enumerado describe suficientemente y permite que el mismo intervalo se divida en al menos mitades, tercios, cuartos, quintos, décimos, etc. Como ejemplo no limitativo, cada intervalo discutido en la presente descripción se puede dividir fácilmente en un tercio inferior, un tercio medio y un tercio superior. etc. Como también entenderá un experto en la técnica, todos los lenguajes tales como "hasta", "al menos", "mayor que", "menor que" y similares, incluyen el número mencionado y se refieren a intervalos que pueden ser subsecuentemente dividido en subintervalos como se discutió anteriormente. Finalmente, como entenderá un experto en la técnica, un intervalo incluye cada miembro individual.
El alcance de la protección se define en las siguientes reivindicaciones.

Claims (15)

  1. REIVINDICACIONES
    i . Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
    (A) puntuación de una muestra que comprende tejido tumoral extraído previamente del paciente con cáncer que comprende:
    usar la muestra que comprende tejido tumoral extraído del paciente con cáncer, determinar una puntuación de interacción representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células, un primer miembro del al menos un par de células que expresan PD-1 y un segundo miembro del al menos un par de células que expresan PD-L1; y registrar la puntuación de interacción;
    (B) derivar un valor para el % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR positivas en un campo visual de la muestra que expresa HLA-DR+IDO-1 y registrando el valor de PPB; y (C) comparar la puntuación de interacción con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
    en donde si (1) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de interacción es mayor o igual que el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
  2. 2. El método de la reivindicación 1, en donde la inmunoterapia se dirige al eje de PD-1 y/o PD-L1.
  3. 3. El método de la reivindicación 1, en donde la inmunoterapia comprende tratamiento anti-PD-1, tratamiento anti-PD-L1, tratamiento inhibidor de IDO-1 o sus combinaciones.
  4. 4. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 1 píxel a aproximadamente 100 píxeles, o en donde la proximidad espacial entre el al menos un par de células tiene un intervalo de aproximadamente 0,5 pm a aproximadamente 50 pm.
  5. 5. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000, preferentemente en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
  6. 6. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-5, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %, preferentemente en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
  7. 7. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer con melanoma o un paciente con cáncer de pulmón, preferentemente en donde el paciente con cáncer es un paciente con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
  8. 8. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
    (A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se tomó previamente del paciente con cáncer, el método comprende:
    seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD-L1 con relación a otros campos visuales;
    para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-L1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-1; mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-L1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
    registrar la puntuación de proximidad espacial;
    (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
    generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual; construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
    construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
    combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
    combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
    combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
    derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1 mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
    registrar el valor de PPB; y
    (C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
    en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
  9. 9. El método de la reivindicación 8, en donde el factor predeterminado es 104.
  10. 10. El método de la reivindicación 8 o 9, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 500 a aproximadamente 5000, preferentemente en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
  11. 11. El método de cualquiera de las reivindicaciones 8-10, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %, preferentemente en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
  12. 12. Un método para predecir la posibilidad de que un paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia, el método comprende:
    (A) determinar una puntuación representativa de una proximidad espacial entre al menos un par de células seleccionadas entre una pluralidad de células presentes en un número predeterminado de campos visuales disponibles de una muestra que comprende tejido tumoral, cuya muestra se tomó previamente del paciente con cáncer, el método comprende:
    seleccionar un número predeterminado de campos visuales disponibles de la muestra que comprende tejido tumoral tomado del paciente con cáncer, que se tiñe con una pluralidad de etiquetas de fluorescencia, cuya selección está sesgada hacia la selección de campos visuales que contienen un mayor número de células que expresan PD -1 con relación a otros campos visuales;
    para cada uno de los campos visuales seleccionados, dilatar las señales de fluorescencia atribuibles a PD-1 por un margen suficiente para abarcar células localizadas proximalmente que expresan PD-L1; mediante la división de una primera área total para todas las células de cada uno de los campos visuales seleccionados, que expresan PD-L1 y están englobados dentro de las señales de fluorescencia dilatadas atribuibles a las células que expresan PD-1, con un factor de normalización, y multiplicando el cociente resultante por un factor predeterminado para llegar a una puntuación de proximidad espacial; y
    registrar la puntuación de proximidad espacial;
    (B) derivar un valor de % de positividad de biomarcadores (PPB) para todas las células HLA-DR+ presentes en un campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1+, que comprende:
    generar una imagen de las primeras señales de fluorescencia representativas de los núcleos de todas las células presentes en un campo visual, y dilatar las primeras señales de fluorescencia a un
    diámetro del de una célula completa para construir una primera máscara de todas las células presentes en el campo visual;
    construir una segunda máscara de segundas señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan HLA-DR+;
    construir una tercera máscara de terceras señales de fluorescencia representativas de todas las áreas presentes en el campo visual, que expresan IDO-1+;
    combinar dicha primera y segunda máscara de una manera que proporcione una cuarta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan HLA-DR+;
    combinar dicha primera y tercera máscara de una manera que proporcione una quinta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que también expresan IDO-1+;
    combinar dicha cuarta y quinta máscara de una manera que proporcione una sexta máscara que comprende señales de fluorescencia representativas de todas las células en el campo visual, que expresan HLA-DR+ e IDO-1+;
    derivar el valor de PPB para todas las células presentes en el campo visual que expresan HLA-DR+IDO-1 mediante la división del área total de la sexta máscara por el área total de la cuarta máscara; y
    registrar el valor de PPB; y
    (C) comparar la puntuación de proximidad espacial con un primer valor umbral y comparar el valor de PPB con un segundo valor umbral;
    en donde si (1) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual que el primer valor umbral o el valor de
    PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, o (2) la puntuación de proximidad espacial es mayor o igual a el primer valor umbral y el valor de PPB es mayor o igual que el segundo valor umbral, entonces es probable que el paciente con cáncer responda positivamente a la inmunoterapia.
  13. 13. El método de la reivindicación 12, en donde el factor predeterminado es 104.
  14. 14. El método de la reivindicación 12 o 13, en donde el primer valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente
    500 a aproximadamente 5000, preferentemente en donde el primer valor umbral es aproximadamente 900 más o menos 100.
  15. 15. El método de cualquiera de las reivindicaciones 12-14, en donde el segundo valor umbral tiene un intervalo de aproximadamente 2 % a aproximadamente 10 %, preferentemente en donde el segundo valor umbral es aproximadamente 5 % más o menos 1 %.
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