ES2862331T3 - Métodos para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer - Google Patents
Métodos para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer Download PDFInfo
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Abstract
Un método para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer, dicho método comprende: a) determinar, en el ADN genómico derivado de una célula de cáncer que se ha obtenido de un paciente, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de dicho ADN que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en el que dicho al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en el que dicha primera longitud es aproximadamente 15 o más megabases, y en el que la célula de cáncer es una célula de cáncer de ovario; y b) correlacionar dicho número total que es igual a o mayor que un número de referencia que es al menos 9 con una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2, en el que una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2 significa que la secuencia, estructura, expresión y/o actividad del gen o su producto es/son deficientes cuando se comparan con normal.
Description
DESCRIPCIÓN
Métodos para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer
Antecedentes
1. Campo técnico
Este documento se refiere a métodos y materiales implicados en la evaluación de muestras (por ejemplo, células de cáncer) para detectar la presencia de una pérdida de firma de heterocigosidad (LOH). Por ejemplo, este documento proporciona métodos y materiales para determinar si o no una célula (por ejemplo, una célula de cáncer) contiene una firma de LOH. Este documento también proporciona materiales y métodos para identificar células (por ejemplo, células de cáncer) que tienen una deficiencia en la reparación dirigida por homología (HDR), así como materiales y métodos para identificar pacientes con cáncer que probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer en particular.
2. Información de antecedentes
El cáncer es un problema de salud pública grave, con 562,340 personas en los Estados Unidos de América muriendo de cáncer solo en el 2009. American Cancer Society, Cancer Facts & Figures 2009 (disponible en el sitio web de la American Cancer Society). Uno de los principales desafíos en el tratamiento del cáncer es descubrir características relevantes y clínicamente útiles del propio cáncer de un paciente y luego, en base a estas características, administrar un plan de tratamiento que mejor se adapte al cáncer del paciente. Por ejemplo, el uso de hibridación genómica comparativa de matrices (aCGH) para identificar alteraciones del número de copias recurrentes (RCNA) características del cáncer de ovario esporádico o relacionado con BRCA1 se describe en Leunen K, et al. Hum Mutat. 2009 dic; 30(12): 1693-702. Si bien se han logrado avances en este campo de la medicina personalizada, todavía subsiste la necesidad significativa de mejores herramientas de diagnóstico molecular para caracterizar los cánceres de los pacientes.
Resumen
Este documento proporciona métodos y materiales implicados en la evaluación de muestras (por ejemplo, células de cáncer) para detectar la presencia de una firma de pérdida de heterocigosidad (LOH). Por ejemplo, este documento proporciona métodos y materiales para determinar si una célula (por ejemplo, una célula de cáncer) contiene una firma de LOH. Una firma de LOH como se utiliza en este documento se refiere a la presencia de cinco o más (por ejemplo, seis o más, siete o más, ocho o más, nueve o más, diez o más, una vez o más, 12 o más, 13 o más, 14 o más, 15 o más, 16 o más, 17 o más, 18 o más, 19 o más, o 20 o más) regiones de LOH que son más largos que aproximadamente 1.5 megabases (por ejemplo, más largos de aproximadamente 2, 2.5, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, o 100 megabases (Mb)) y son menores que la longitud del cromosoma completo que contiene esa región de LOH. En general, se pueden evaluar todos los cromosomas de un genoma para una muestra (por ejemplo, biopsia de tumor) para detectar la presencia de una firma de LOH. En algunos casos, se pueden evaluar todos los cromosomas de un genoma para una muestra con la excepción del cromosoma 17 para detectar la presencia de una firma de LOH. Para los hombres solo se puede evaluar los cromosomas autosómicos para detectar la presencia de una firma de LOH.
Como se describe en el presente documento, las células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de tener una deficiencia en la reparación dirigida por homología (HDR). En algunos casos, las células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de tener un estado deficiente en uno o más genes implicados en HDR. Por ejemplo, las células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de tener un estado BRCA1 o BRCA2 deficiente, y las células que tienen un genoma que carece de una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de tener un estado BRCA1 o BRCA2 intacto.
Determinar si es probable que una célula (por ejemplo, una célula de cáncer) tenga una deficiencia en HDR o que tenga un estado deficiente en uno o más genes implicados en HDR puede indicar que es probable que el mamífero (por ejemplo, humano) con esa célula tenga uno o más defectos genéticos dentro de la línea germinal del mamífero. La identificación de humanos con una mayor probabilidad de tener dicho defecto de la línea germinal puede permitir que el humano o los médicos informen a la descendencia de la posible herencia de dicho defecto de la línea germinal. Dicha descendencia puede elegir, basándose al menos en parte en dicha información, someterse a pruebas genéticas y posible monitorización (por ejemplo, monitorización de detección temprana) para el desarrollo de cáncer.
Como también se describe en el presente documento, las células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de responder a un régimen de tratamiento del cáncer particular. Por ejemplo, los pacientes que tienen células de cáncer con un genoma que contiene una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de responder a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente que daña el ADN, un inhibidor de PARP, radiación o una combinación de los mismos. En algunos casos, los pacientes
que tienen células de cáncer con un genoma que carece de una firma de LOH se pueden identificar como poco probables de responder a un régimen de tratamiento contra el cáncer diseñado para administrar un solo agente, tal como un solo agente que daña el ADN, un solo inhibidor de PARP o solo radiación. En algunos casos, los pacientes que tienen células de cáncer con un genoma que carece de una firma de LOH se pueden identificar como susceptibles de responder a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente de tratamiento del cáncer estándar no asociado con HDR (por ejemplo, un compuesto de taxol tal como paclitaxel).
La determinación de si o no es probable que los pacientes con cáncer respondan o no a un régimen de tratamiento del cáncer en particular, como se describe en el presente documento, puede permitir a los pacientes y a los médicos continuar con un régimen de tratamiento que tiene una mayor probabilidad de tratar el cáncer (por ejemplo, reducir el número de células de cáncer dentro un paciente). En algunos casos, determinar si o no es probable que los pacientes con cáncer respondan a un régimen de tratamiento del cáncer particular como se describe en el presente documento puede permitir a los pacientes y médicos seleccionar el régimen de tratamiento del cáncer inicial más eficaz para ese paciente.
En general, un aspecto de este documento presenta un método para evaluar LOH en una célula de cáncer o ADN genómico de la misma. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar, en una célula de cáncer o ADN genómico derivado de la misma, regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y; y (b) determinar el número total de regiones de LOH, en al menos un par de cromosomas humanos, que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases.
En otro aspecto, este documento presenta un método para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer. El método comprende, o consiste esencialmente en, determinar, en la célula de cáncer, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases; y correlacionar el número total que es mayor que un número de referencia con una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2.
En otro aspecto, este documento presenta un método para predecir el estado de HDR en una célula de cáncer. El método comprende, o consiste esencialmente en, determinar, en la célula de cáncer, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases; y correlacionar el número total que es mayor que un número de referencia con una mayor probabilidad de una deficiencia en HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para predecir una respuesta del paciente con cáncer a un régimen de tratamiento del cáncer que comprende un agente que daña el ADN, una antraciclina, un inhibidor de topoisomerasa I, radiación, y/o un inhibidor de PARP. El método comprende, o consiste esencialmente en, determinar, en una célula de cáncer del paciente con cáncer, el número de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases; y correlacionar el número total que es mayor que un número de referencia con una mayor probabilidad de que el paciente con cáncer responderá al régimen de tratamiento del cáncer.
En otro aspecto, este documento presenta un método para predecir una respuesta del paciente con cáncer a un régimen de tratamiento. El método comprende, o consiste esencialmente en, determinar, en una célula de cáncer del paciente con cáncer, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases; y correlacionar el número total que es mayor que un número de referencia con una mayor probabilidad de que el paciente con cáncer no responderá a un régimen de tratamiento que incluye paclitaxel o docetaxel.
En otro aspecto, este documento presenta un método para tratar cáncer. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar, en una célula de cáncer de un paciente con cáncer o ADN genómico obtenido de la misma, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases; y (b) administrar al paciente con cáncer un régimen de tratamiento del cáncer que comprende uno o más fármacos seleccionados del grupo que consiste en
agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y inhibidores de PARP, si el número total de regiones de LOH es mayor que un número de referencia.
Para uno cualquiera o más de los métodos descritos en los seis párrafos precedentes, se puede aplicar uno o más de los siguientes según sea apropiado. Las regiones de LOH se pueden determinar en al menos dos, cinco, diez, o 21 pares de cromosomas humanos. La célula de cáncer puede ser una célula de cáncer de ovario, mama o esófago. El número total de regiones de LOH puede ser 9, 15, 20 o más. La primera longitud puede tener aproximadamente 6, 12, 0 15 o más megabases. El número de referencia puede ser 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, o mayor. Al menos un par de cromosomas humanos puede excluir el cromosoma humano 17. El agente que daña el a Dn puede ser cisplatino, carboplatino, oxalaplatino, o picoplatino, la antraciclina puede ser epirrubincina o doxorrubicina, el inhibidor de topoisomerasa I puede ser campotecina, topotecán, o irinotecán, o el inhibidor de PARP puede ser iniparib, olaparib o velapirib.
En otro aspecto, este documento presenta el uso de uno o más fármacos seleccionados del grupo que consiste en agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, e inhibidores de PARP, en la fabricación de un medicamento útil para tratar un cáncer en un paciente identificado que tiene una célula de cáncer determinada por tener un total de 5 o más Regiones de LOH Indicadoras. Las Regiones de LOH Indicadoras se pueden determinar en al menos dos, cinco, diez, o 21 pares de cromosomas humanos. La célula de cáncer puede ser una célula de cáncer de ovario, mama o esófago. El número total de Regiones de LOH Indicadoras puede ser 9, 15, 20 o más. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden tener una longitud de aproximadamente 6, 12, o 15 o más megabases. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden estar presentes sobre un cromosoma diferente del cromosoma humano 17. El agente que daña el ADN puede ser un fármaco de quimioterapia a base de platino, la antraciclina puede ser epirrubincina o doxorrubicina, el inhibidor de la topoisomerasa 1 puede ser campotecina, topotecán, o irinotecán, o el inhibidor de PARP puede ser iniparib, olaparib o velapirib.
En otro aspecto, este documento presenta el uso de una pluralidad de oligonucleótidos capaces de hibridarse con una pluralidad de regiones polimórficas de ADN genómico humano, en la fabricación de un kit de diagnóstico útil para determinar el número total de Regiones de LOH Indicadoras en al menos un par de cromosomas de una célula de cáncer humana obtenida de un paciente con cáncer, y para detectar (a) una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2 en la célula de cáncer, (b) una mayor probabilidad de una deficiencia en HDR en la célula de cáncer, o (c) una mayor probabilidad de que el paciente con cáncer responderá a régimen de tratamiento del cáncer que comprende un agente que daña el ADN, una antraciclina, un inhibidor de topoisomerasa I, radiación, o un inhibidor de PARP. Las Regiones de LOH Indicadoras se pueden determinar en al menos dos, cinco, diez, o 21 pares de cromosomas humanos. La célula de cáncer puede ser una célula de cáncer de ovario, mama o esófago. El número total de Regiones de LOH Indicadoras puede ser 9, 15, 20 o más. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden tener una longitud de aproximadamente 6, 12, o 15 o más megabases. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden estar presentes sobre un cromosoma diferente del cromosoma humano 17.
En otro aspecto, este documento presenta un sistema para determinar el estado de LOH de una célula de cáncer de un paciente con cáncer. El sistema comprende, o consiste esencialmente en, (a) un analizador de muestras configurado para producir una pluralidad de señales sobre el ADN genómico de al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer, y (b) un subsistema informático programado para calcular, en base a la pluralidad de señales, el número de Regiones de LOH Indicadoras en al menos un par de cromosomas humanos. Se puede programar el subsistema informático para comparar el número de Regiones de LOH Indicadoras con un número de referencia para determinar (a) una probabilidad de una deficiencia en los genes de BRCA1 y/o BRCA2 en la célula de cáncer, (b) una probabilidad de una deficiencia en HDR en la célula de cáncer, o (c) una probabilidad de que el paciente con cáncer responderá al régimen de tratamiento del cáncer que comprende un agente que daña el ADN, una antraciclina, un inhibidor de topoisomerasa I, radiación, o un inhibidor de PARP. El sistema puede comprender un módulo de salida configurado para mostrar la probabilidad de (a), (b), o (c). El sistema puede comprender un módulo de salida configurado para mostrar una recomendación para el uso del régimen de tratamiento del cáncer. Las Regiones de LOH Indicadoras se pueden determinar en al menos dos, cinco, diez, o 21 pares de cromosomas humanos. La célula de cáncer puede ser una célula de cáncer de ovario, mama o esófago. El número total de Regiones de LOH Indicadoras puede ser 9, 15, 20, o más. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden tener una longitud de aproximadamente 6, 12, o 15 o más megabases. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden estar presentes sobre cromosomas diferentes a un cromosoma humano 17. El agente que daña el ADN puede ser un fármaco de quimioterapia a base de platino, la antraciclina puede ser epirrubincina o doxorrubicina, el inhibidor de topoisomerasa 1 puede ser campotecina, topotecán, o irinotecán, o el inhibidor de PARP puede ser iniparib, olaparib o velapirib.
En otro aspecto, este documento presenta un producto de programa informático incorporado en un medio legible por ordenador que, cuando se ejecuta en un ordenador, proporciona instrucciones para detectar la presencia o ausencia de cualquier región de LOH a lo largo de uno o más de los cromosomas humanos diferentes de los cromosomas sexuales X y Y humanos, y la región de LOH que tiene una longitud de aproximadamente 1.5 o más megabases pero más corta que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH; y determinar el número total de la región de LOH en el uno o más pares de cromosomas. El producto de programa informático puede incluir otras instrucciones. Las Regiones de lOh Indicadoras se pueden determinar en al menos dos, cinco, diez o 21 pares de cromosomas humanos. La célula de cáncer puede ser una célula de cáncer de ovario, mama o esófago. El número
total de Regiones de LOH Indicadoras puede ser 9, 15, 20, o más. Las Regiones de LOH Indicadoras puede tener una longitud de aproximadamente 6,12, o 15 o más megabases. Las Regiones de LOH Indicadoras pueden estar presentes sobre cromosomas diferentes a un cromosoma humano 17. El agente que daña el ADN puede ser un fármaco de quimioterapia a base de platino, la antraciclina puede ser epirrubincina o doxorrubicina, el inhibidor de topoisomerasa I puede ser campotecina, topotecán, o irinotecán, o el inhibidor de PARP puede ser iniparib, olaparib o velapirib.
En otro aspecto, este documento presenta un kit de diagnóstico. El kit comprende, o consiste esencialmente en, al menos 500 oligonucleótidos capaces de hibridarse a una pluralidad de regiones polimórficas de ADN genómico humano; y un producto de programa informático proporcionado en el presente documento. El producto de programa informático se puede incorporar en un medio legible por ordenador que, cuando se ejecuta en un ordenador, proporciona instrucciones para detectar la presencia o ausencia de cualquier región de LOH a lo largo de uno o más de los cromosomas humanos diferentes de los cromosomas sexuales X y Y humanos, y la región de LOH que tiene una longitud de aproximadamente 1.5 o más megabases pero más corta que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH; y determinar el número total de la región de LOH en el uno o más pares de cromosomas. El producto de programa informático puede incluir otras instrucciones. En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar células de cáncer de un paciente para detectar la presencia de una firma de LOH. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con la firma de LOH.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar células de cáncer de un paciente para detectar la presencia de un estado deficiente de HDR. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con el estado deficiente de HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar células de cáncer de un paciente para detectar la presencia de una mutación genética dentro de un gen de una ruta de HDR. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con la mutación genética.
En otro aspecto, este documento presenta un método para determinar si es probable que un paciente responda a un régimen de tratamiento del cáncer que comprende administrar radiación o un fármaco seleccionado del grupo que consiste en agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y inhibidores de PARP. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar el paciente como propenso a responder al régimen de tratamiento del cáncer.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar un paciente. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen una firma de LOH, en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la firma de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con la firma de LOH.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar un paciente. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen un estado de deficiencia de HDR, en el que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen el estado de deficiencia de HDR, en el que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de
cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con el estado deficiente de HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar un paciente. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen una mutación genética dentro de un gen de una ruta de h Dr , en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la mutación genética, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con la mutación genética.
En otro aspecto, este documento presenta un método para evaluar un paciente para una probabilidad de responder a un régimen de tratamiento del cáncer que comprende administrar radiación o un fármaco seleccionado del grupo que consiste en agentes que dañan el a Dn , antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y inhibidores de PARP. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen una firma de LOH, en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la firma de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar, basado al menos en parte en la presencia de la firma de LOH, el paciente como propenso a responder al régimen de tratamiento del cáncer.
En otro aspecto, este documento presenta un método para realizar un análisis de diagnóstico de una célula de cáncer de un paciente. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con una firma de LOH.
En otro aspecto, este documento presenta un método para realizar un análisis de diagnóstico de una célula de cáncer de un paciente. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con a estado deficiente de HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para realizar un análisis de diagnóstico de una célula de cáncer de un paciente El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar al paciente que tiene células de cáncer con una mutación genética dentro de un gen de una ruta de HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para realizar un análisis de diagnóstico de una célula de cáncer de un paciente para determinar si es probable que el paciente con cáncer responda a un régimen de tratamiento del cáncer que comprende administrar radiación o un fármaco seleccionado del grupo que consiste en agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y inhibidores de PARP. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) detectar la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de la célula de cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) identificar el paciente como propenso a responder al régimen de tratamiento del cáncer.
En otro aspecto, este documento presenta un método para diagnosticar un paciente que tiene células de cáncer que tienen una firma de LOH. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen la firma de LOH, en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la firma de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con la firma de LOH.
En otro aspecto, este documento presenta un método para diagnosticar un paciente que tiene células de cáncer con un estado deficiente de HDR. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen el estado de deficiencia de HDR, en el que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen el estado de deficiencia de HDR, en el que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con el estado deficiente de HDR.
En otro aspecto, este documento presenta un método para diagnosticar un paciente que tiene células de cáncer con una mutación genética dentro de un gen de una ruta de HDR. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen la mutación genética, en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la mutación genética, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar al paciente que tiene células de cáncer con la mutación genética.
En otro aspecto, este documento presenta un método para diagnosticar un paciente que es un candidato para un régimen de tratamiento del cáncer que comprende administrar radiación o un fármaco seleccionado del grupo que consiste en agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, e inhibidores de PARP. El método comprende, o consiste esencialmente en, (a) determinar que el paciente comprende células de cáncer que tienen una firma de LOH, en la que la presencia de más de un número de referencia de las regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer del paciente con cáncer que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH indica que las células de cáncer tienen la firma de LOH, en la que al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en la que la primera longitud es aproximadamente 1.5 o más megabases, y (b) diagnosticar, basado al menos en parte en la presencia de la firma de LOH, el paciente como propenso a responder al régimen de tratamiento del cáncer.
A menos que se defina lo contrario, todos los términos técnicos y científicos utilizados en el presente documento tienen el mismo significado que el que entiende comúnmente un experto en la técnica a la que pertenece la invención reivindicada. Aunque se pueden utilizar métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en el presente documento para practicar la invención reivindicada, a continuación se describen métodos y materiales adecuados.
Los detalles de una o más realizaciones de la invención se establecen en los dibujos acompañantes y la descripción a continuación. Otras características, objetos y ventajas de la invención resultarán evidentes a partir de la descripción y los dibujos, y de las reivindicaciones. La presente invención se define en las reivindicaciones independientes, a las que ahora se debe hacer referencia. Se establecen realizaciones ventajosas en las subreivindicaciones.
Descripción de los dibujos
La Figura 1 es un gráfico que traza dosificaciones de alelos de células de cáncer de mama de un paciente con cáncer de mama a lo largo del cromosoma 1 según se determina utilizando una matriz de SNP. La flecha indica una transición entre una región de heterocigosidad y una región de LOH.
La Figura 2 es un gráfico que traza dosificaciones de alelos de células de cáncer de mama para el mismo paciente con cáncer de mama como en la Figura 1 a lo largo del cromosoma 1 según se determina utilizando secuenciación de alto rendimiento. La flecha indica una transición entre una región de heterocigosidad y una región de LOH.
La Figura 3 es un diagrama de flujo de un proceso de ejemplo para evaluar el genoma de una célula (por ejemplo, una célula de cáncer) para una firma de LOH.
La Figura 4 es un diagrama de un ejemplo de un dispositivo informático y un dispositivo informático móvil que se puede utilizar para implementar las técnicas descritas en el presente documento.
La Figura 5 es un gráfico que traza la distribución de longitud de las regiones de LOH detectadas en células de cáncer de ovario de 62 pacientes humanos. La longitud ajustada se refiere a la fracción de brazos de cromosomas cubiertos por regiones de LOH.
La Figura 6 es un gráfico que traza el número de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para un conjunto de entrenamiento de muestras de célula de cáncer de ovario con genes BRCA1 y BRCA2 intactos o deficientes. El tamaño de los círculos es proporcional al número de muestras con dicho número de las regiones de LOH.
La Figura 7 es un gráfico que traza el número de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para conjuntos de entrenamiento y validación de muestras de célula de cáncer de ovario con
genes BRCA1 y BRCA2 intactos o deficientes. El tamaño de los círculos es proporcional al número de muestras con dicho número de las regiones de LOH.
La Figura 8 es un gráfico que traza el número de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para muestras de célula de cáncer de ovario con mutaciones de b Rc A somáticas, con mutaciones de b Rc A de línea germinal, con expresión de BRCA1 baja, o con BRCA intacto (BRCA normal). El tamaño de los círculos es proporcional al número de muestras con dicho número de las regiones de LOH.
La Figura 9 es una tabla que muestra el porcentaje de muestras de cáncer de ovario que son deficientes en BRCA, deficientes en HDR/BRCA intacto, y HDR intacto.
La Figura 10 es un gráfico que traza el número de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para estirpes de célula de cáncer para los cánceres indicados. El tamaño de los círculos es proporcional al número de muestras con dicho número de las regiones de LOH.
La Figura 11 es un gráfico que traza el número de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para muestras de cáncer de pulmón.
La Figura 12 es un gráfico que traza el porcentaje de los cánceres indicados o estirpes de célula de cáncer que tienen una deficiencia de HDR.
La Figura 13 contiene gráficos que trazan los valores de IC50 (Log1ü(IC50) de camptotecina, así como los valores de Log1ü(IC50) promediados para compuestos de platino (oxaliplatino, cisplatino y carboplatino) o antraciclinas (doxorrubicina y epirrubicina) cuando se exponen a 29 estirpes celulares de cáncer de mama que tienen el número indicado de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo o los valores IC50 (Log-i0 (IC50)) de paclitaxel cuando se exponen a 27 estirpes celulares de cáncer de ovario que tienen el número indicado de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo. Las líneas discontinuas colocan un número umbral en nueve.
La Figura 14 es una versión etiquetada de un gráfico de la Figura 13 que traza los valores promediados de Log1ü(IC50) de compuestos de platino (oxaliplatino, cisplatino y carboplatino) cuando se exponen a 29 estirpes celulares de cáncer de mama que tienen el número indicado de regiones de LOH más largas que 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo.
La Figura 15 es un diagrama de flujo de un proceso computacional de ejemplo para identificar loci y regiones de LOH.
Descripción detallada
Este documento proporciona métodos y materiales implicados en evaluar muestras (por ejemplo, células de cáncer) para detectar la presencia de una firma de LOH. Por ejemplo, este documento proporciona métodos y materiales para determinar si o no una célula (por ejemplo, una célula de cáncer) contiene una firma de LOH.
En general, una comparación de secuencias presentes en el mismo locus en cada cromosoma (cada cromosoma autosómico para los hombres) puede revelar si ese locus particular es homocigoto o heterocigótico dentro del genoma de una célula. Los loci polimórficos dentro del genoma humano son generalmente heterocigotos dentro de un individuo, ya que ese individuo recibe normalmente una copia del padre biológico y una copia de la madre biológica. En algunos casos, un locus polimórfico o una serie de loci polimórficos dentro de un individuo son homocigotos como resultado de heredar copias idénticas de ambos padres biológicos.
La pérdida de heterocigosidad (LOH) puede resultar de varios mecanismos. Por ejemplo, en algunos casos, se puede eliminar una región de un cromosoma en una célula somática. La región que permanece presente sobre el otro cromosoma (el otro cromosoma no sexual para los hombres) es una región de LOH ya que solo hay una copia (en lugar de dos copias) de esa región presente dentro del genoma de las células afectadas. Esta región de LOH puede tener cualquier longitud (por ejemplo, desde una longitud menor de aproximadamente 1.5 Mb hasta una longitud igual a la longitud total del cromosoma). Este tipo de evento LOH da como resultado una reducción del número de copias. En otros casos, una región de un cromosoma (un cromosoma no sexual para los hombres) en una célula somática se puede reemplazar con una copia de esa región del otro cromosoma, eliminando de esta manera cualquier heterocigosidad que pueda haber estado presente dentro de la región reemplazada. En dichos casos, la región que permanece presente sobre cada cromosoma es una región de LOH y se puede denominar región de LOH de copia neutra. Las regiones de LOH neutrales copiadas pueden tener cualquier longitud (por ejemplo, desde una longitud menor de aproximadamente 1.5 Mb hasta una longitud igual a la longitud total del cromosoma).
Como se describe en el presente documento, se puede identificar una muestra celular (por ejemplo, muestra de célula de cáncer) que tiene un estado de firma de LOH positivo si el genoma de las células que se evalúa contiene cinco o más (por ejemplo, seis o más, siete o más, ocho o más, nueve o más, diez o más, una vez o más, 12 o más, 13 o más, 14 o más, 15 o más, 16 o más, 17 o más, 18 o más, 19 o más, o 20 o más) regiones de LOH que son (a) más largas de aproximadamente 1.5 megabases (por ejemplo, más largas de aproximadamente 2, 2.5, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50,75, o 100 megabases (Mb)) y (b) menores que la longitud del cromosoma completo que contiene esa región de LOH. En algunos casos, se puede identificar una muestra de célula de cáncer que tiene un estado de firma de LOH positivo si el genoma de las células que se evalúa contiene nueve o más regiones de LOH que son (a) más largas de aproximadamente 15 Mb y (b) menores que la longitud del cromosoma completo que contiene esa región de LOH. A menos que se defina lo contrario, el término “Región de LOH Indicadora” se refiere a una región de LOH que está en un par de cromosomas humanos diferentes del par de cromosomas sexuales humanos X/Y, y que se caracteriza por la pérdida de heterocigosidad con una longitud de aproximadamente
1.5 o más megabases pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH. Se puede determinar la longitud del cromosoma completo que contiene una región de LOH al examinar la longitud del cromosoma más corto del par de cromosomas correspondiente en una célula de línea germinal o una célula somática no tumoral. En algunas realizaciones, una Región de LOH Indicadora es cualquier región de LOH de aproximadamente 2, 2.5, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, o 100 megabases (Mb)) o más y menor que la longitud del cromosoma completo que contiene esa región de LOH.
Las células (por ejemplo, células de cáncer) identificadas que tienen un estado de firma de LOH positivo se pueden clasificar que tienen una mayor probabilidad de tener una deficiencia de HDR y/o que tienen una mayor probabilidad de tener un estado deficiente en uno o más genes en la ruta de HDR. Por ejemplo, las células de cáncer identificadas que tienen un estado de firma de LOH positivo se pueden clasificar que tienen una mayor probabilidad de tener un estado deficiente de HDR. En algunos casos, las células de cáncer identificadas que tienen un estado de firma de LOH positivo se pueden clasificar que tienen una mayor probabilidad de tener un estado deficiente para uno o más genes en la ruta de HDR. Como se utiliza en el presente documento, estado deficiente para un gen significa la secuencia, estructura, expresión y/o actividad del gen o su producto es/son deficientes cuando se comparan con normal. Ejemplos incluyen, pero no se limitan a, expresión de ARNm o proteína baja o nula, mutaciones perjudiciales, hipermetilación, actividad atenuada (por ejemplo, actividad enzimática, capacidad para unirse a otra biomolécula), etc. Como se utiliza en el presente documento, estado deficiente para una ruta (por ejemplo, ruta de HDR) significa que al menos un gen en esa ruta (por ejemplo, ARCA1) tiene un estado deficiente. Ejemplos de mutaciones altamente perjudiciales incluyen mutaciones de desplazamiento de marco, mutaciones de codones de parada y mutaciones que conducen a un empalme de ARN alterado. El estado deficiente de un gen en la ruta HDR puede resultar en una deficiencia o una actividad reducida en la reparación dirigida por homología en las células de cáncer. Ejemplos de genes en la ruta de HDR incluyen, sin limitación, los genes enumerados en la Tabla 1.
Tabla 1. Genes de la ruta HDR seleccionados
Ejemplos de mutaciones genéticas que pueden estar presentes dentro de un gen de la ruta de HDR incluyen, sin limitación, aquellas enumeradas en la Tabla 2.
Tabla 2. Posibles mutaciones genéticas dentro de genes seleccionados de la ruta de HDR
En algunos casos, se puede identificar una muestra celular (por ejemplo, muestra de célula de cáncer) que tiene un mayor número de las regiones de LOH (por ejemplo, al menos 7, 8, 9, 10, o más regiones de LOH) que cubre el cromosoma completo. Las células (por ejemplo, células de cáncer) identificadas que tienen un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo se pueden clasificar que tienen una mayor probabilidad de tener genes intactos en la ruta de HDR. Por ejemplo, las células de cáncer identificadas que tienen un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo se pueden clasificar como más propensas a tener genes BRCA1 y BRCA2 intactos.
Como se describe en el presente documento, la identificación de loci de LOH (así como el tamaño y número de regiones de LOH) puede incluir, en primer lugar, determinar el genotipo de una muestra en varios loci genómicos (por ejemplo, loci SNP, bases individuales en secuenciación grande) y, en segundo lugar, determinar si los loci homocigotos se deben a eventos de LOH. Se puede utilizar cualquier técnica apropiada para determinar genotipos en loci de interés dentro del genoma de una célula. Por ejemplo, matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) (por ejemplo, matrices de SNP de todo el genoma humano), secuenciación dirigida de loci de interés (por ejemplo, secuenciación de loci SNP y sus secuencias circundantes) e incluso secuenciación no dirigida (por ejemplo, secuenciación del exoma completo, transcriptoma, o genoma) para identificar loci que son homocigotos o heterocigotos. En algunos casos, se puede realizar un análisis de la naturaleza homocigótica o heterocigótica de los loci sobre una longitud de un cromosoma para determinar la longitud de las regiones de homocigosidad o heterocigosidad. Por ejemplo, se puede evaluar un tramo de ubicaciones de SNP que estén separadas (por ejemplo, separadas en aproximadamente 25 kb a aproximadamente 100 kb) a lo largo de un cromosoma utilizando los resultados de la matriz de SNP para determinar no solo la presencia de una región de homocigosidad a lo largo de un cromosoma, sino también la longitud de esa región. Los resultados de una matriz de SNP se pueden utilizar para generar un gráfico que traza las dosificaciones de alelos a lo largo de un cromosoma. La dosificación de alelos di para SNP i se puede calcular a partir de las intensidades de señal ajustadas de dos alelos (Ai y B ) di = A i/(A i + Bi). Un ejemplo de dicho gráfico es presentado en la Figura 1.
Una vez que se ha determinado el genotipo de una muestra para una pluralidad de loci (por ejemplo, SNP), se pueden utilizar técnicas comunes para identificar loci y regiones de LOH. Una forma de determinar si la homocigosidad se debe a LOH es comparar el genotipo somático con la línea germinal. Por ejemplo, el genotipo para una pluralidad de loci (por ejemplo, s Np ) se puede determinar tanto en una muestra de línea germinal (por ejemplo, sangre) como en una muestra somática (por ejemplo, tumor). Los genotipos de cada muestra se pueden comparar (normalmente computacionalmente) para determinar dónde el genoma de la célula de la línea germinal era heterocigoto y el genoma de la célula somática era homocigoto. Dichos loci son loci de LOH y las regiones de dichos loci son regiones de LOH.
También se pueden utilizar técnicas computacionales para determinar si la homocigosidad se debe a LOH. Dichas técnicas son particularmente útiles cuando una muestra de línea germinal no está disponible para análisis y comparación. Por ejemplo, se pueden utilizar algoritmos tales como aquellos descritos en otra parte para detectar regiones de LOH utilizando información de matrices de SNP (Nannya et al., Cancer Res., 65:6071-6079 (2005)). Normalmente, estos algoritmos no tienen en cuenta explícitamente la contaminación de las muestras de tumores con tejido benigno. Cf. Solicitud Internacional No. PCT/US2011/026098 otorgada a Abkevish et al.; Goransson et al, PLoS One (2009) 4(6):e6057. Esta contaminación suele ser lo suficientemente alta como para dificultar la detección de las regiones de LOH. Los métodos analíticos mejorados de acuerdo con la presente invención para identificar LOH, incluso a pesar de la contaminación, incluyen aquellos incorporados en productos de software informático como se describe a continuación.
El siguiente es un ejemplo. Si la relación observada de las señales de dos alelos, A y B, es de dos a uno, hay dos posibilidades. La primera posibilidad es que las células de cáncer tengan LOH con deleción del alelo B en una muestra con un 50% de contaminación con células normales. La segunda posibilidad es que no haya LOH pero que el alelo A esté duplicado en una muestra sin contaminación con células normales. Se puede implementar un algoritmo como un programa informático como se describe en el presente documento para reconstruir regiones de LOH basándose en datos de genotipo (por ejemplo, genotipo SNP). Un punto del algoritmo es reconstruir primero los números de copia específicos del alelo (ASCN) en cada locus (por ejemplo, SNP). Los ASCN son el número de copias de alelos maternos y paternos. A continuación, se determina una región de LOH como un tramo de SNP con uno de los ASCN (paterno o materno) que es cero. El algoritmo puede basarse en maximizar una función de probabilidad y puede ser conceptualmente similar a un algoritmo descrito previamente diseñado para reconstruir el número total de copias (en lugar de ASCN) en cada locus (por ejemplo, SNP). Véase la Solicitud Internacional No. PCT/US2011/026098 otorgada a Abkevish et al. La función de probabilidad se puede maximizar sobre ASCN de todos los loci, el nivel de contaminación con tejido benigno, el número total de copias promediado en el genoma completo y el nivel de ruido específico de la muestra. Los datos de entrada para el algoritmo pueden incluir o consistir en (1) intensidades de señal normalizadas específicas de la muestra para ambos alelos de cada locus y (2) conjunto de parámetros específicos del ensayo (específicos para diferentes matrices de SNP y para un enfoque basado en secuencia) definidos en base al análisis de un gran número de muestras con perfiles ASCn conocidos.
En algunos casos, se pueden utilizar técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos para identificar loci como homocigotos o heterocigotos. Por ejemplo, el ADN genómico de una muestra de células (por ejemplo, una muestra de
células de cáncer) se puede extraer y fragmentar. Se puede utilizar cualquier método apropiado para extraer y fragmentar el ácido nucleico genómico, que incluyen, sin limitación, kits comerciales tales como QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen), MagNA Pure DNA Isolation Kit (Roche Applied Science) y GenElute Mammalian Genomic DNA Miniprep Kit (Sigma- Aldrich). Una vez extraída y fragmentada, se puede realizar una secuenciación dirigida o no dirigida para determinar los genotipos de la muestra en los loci. Por ejemplo, se puede realizar la secuenciación del genoma completo, el transcriptoma completo o el exoma completo para determinar genotipos en millones o incluso miles de millones de pares de bases (es decir, los pares de bases pueden ser los “loci” que se van a evaluar).
En algunos casos, la secuenciación dirigida de loci polimórficos conocidos (por ejemplo, SNP y secuencias circundantes) se puede realizar como una alternativa al análisis de micromatrices. Por ejemplo, el ADN genómico se puede enriquecer para aquellos fragmentos que contienen un locus (por ejemplo, ubicación de SNP) que se analizarán utilizando kits diseñados para este propósito (por ejemplo, Agilent SureSelect, Illumina TruSeq Capture y Nimblegen SeqCap EZ Choice). Por ejemplo, el a Dn genómico que contiene los loci a analizar se puede hibridar con fragmentos de Ar N de captura biotinilados para formar complejos ARN biotinilados/ADN genómico. Alternativamente, se pueden utilizar sondas de captura de a Dn dando como resultado la formación de híbridos de ADN biotinilado/ADN genómico. Se pueden utilizar perlas magnéticas recubiertas de estreptavidina y una fuerza magnética para separar los complejos de ARN biotinilado/ADN genómico de aquellos fragmentos de ADN genómico que no están presentes dentro de un complejo de ARN biotinilado/ADN genómico. Los complejos de ARN biotinilado/ADN genómico obtenidos se pueden tratar para eliminar el ARN capturado de las perlas magnéticas, dejando de esta manera fragmentos de ADN genómico intactos que contienen un locus que se va a analizar. Estos fragmentos de ADN genómico intactos que contienen los loci que ce van a analizar se pueden amplificar utilizando, por ejemplo, técnicas de PCR. Los fragmentos de ADN genómico amplificados se pueden secuenciar utilizando una tecnología de secuenciación de alto rendimiento o una tecnología de secuenciación de próxima generación tales como Illumina HiSeq, Illumina MiSeq, Life Technologies SoLID o Roche's 454.
Los resultados de la secuenciación de los fragmentos de ADN genómico se pueden utilizar para identificar loci como homocigotos o heterocigotos, análogos al análisis de micromatrices descrito en el presente documento. En algunos casos, se puede realizar un análisis de la naturaleza homocigótica o heterocigótica de los loci sobre una longitud de un cromosoma para determinar la longitud de las regiones de homocigosidad o heterocigosidad. Por ejemplo, se puede evaluar un tramo de ubicaciones de SNP que están separadas (por ejemplo, separadas de aproximadamente 25 kb a aproximadamente 100 kb) a lo largo de un cromosoma mediante secuenciación, y se pueden utilizar los resultados de secuenciación para determinar no solo la presencia de una región de homocigosidad a lo largo de un cromosoma, sino también la longitud de esa región de LOH. Los resultados de secuenciación obtenidos se pueden utilizar para generar un gráfico que traza las dosificaciones de alelos a lo largo de un cromosoma. La dosificación de alelos di para SNP i se puede calcular a partir del número ajustado de sondas capturadas para dos alelos (A i y Bi): di = A i/(A i + Bi). En la Figura 2 se presenta un ejemplo de dicho gráfico. La determinación de si la homocigosidad se debe a LOH (en oposición a la homocigosidad en la línea germinal) se puede realizar como se describe en el presente documento.
En algunos casos, se puede utilizar un proceso de selección para seleccionar loci (por ejemplo, loci SNP) que se evaluarán mediante un ensayo configurado para identificar los loci como homocigotos o heterocigotos (por ejemplo, ensayos basados en matrices de SNP y ensayos basados en secuenciación). Por ejemplo, se puede seleccionar cualquier ubicación de SNP humano para inclusión en un ensayo basado en una matriz de SNP o un ensayo basado en secuenciación configurado para identificar los loci como homocigotos o heterocigotos dentro del genoma de las células. En algunos casos, se pueden evaluar 0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5 millones o más de ubicaciones de SNP presentes dentro del genoma humano para identificar aquellos SNP que (a) no están presentes sobre el cromosoma Y, (b) no son SNP mitocondriales, (c) tienen una frecuencia de alelos menores de al menos alrededor del cinco por ciento en caucásicos, (d) tienen una frecuencia de alelos menores de al menos alrededor del uno por ciento en tres razas distintas de los caucásicos (por ejemplo, chinos, japoneses y yoruba), y/o (e) no tienen una desviación significativa del equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las cuatro razas. En algunos casos, se pueden seleccionar más de 100,000, 150,000 o 200,000 SNP humanos que cumplan los criterios (a) a (e). De los SNP humanos que cumplen los criterios (a) a (e), se puede seleccionar un grupo de SNP (por ejemplo, 110,000 SNP superiores) de tal manera que los SNP tengan un alto grado de frecuencia alélica en los caucásicos, cubran el genoma humano de forma algo uniforme de manera separada (por ejemplo, al menos un SNP cada aproximadamente 25 kb a aproximadamente 500 kb), y no estén en desequilibrio de ligamiento con otro SNP seleccionado en ninguna de las cuatro razas. En algunos casos, se pueden seleccionar aproximadamente 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130 mil o más SNP que cumplan con cada uno de estos criterios e incluirse en un ensayo configurado para identificar regiones de LOH a través de un genoma humano. Por ejemplo, se pueden seleccionar entre aproximadamente 70,000 y aproximadamente 90,000 (por ejemplo, aproximadamente 80,000) SNP para el análisis con un ensayo basado en matriz de SNP, y se pueden seleccionar entre aproximadamente 45,000 y aproximadamente 55,000 (por ejemplo, aproximadamente 54,000) SNP para el análisis con un ensayo basado en secuenciación.
Como se describe en el presente documento, se puede evaluar una muestra de célula para determinar si el genoma de las células de la muestra contiene una firma de LOH, carece de una firma de LOH, tiene un número aumentado de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo, o carece de un número aumentado de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo. Se puede evaluar cualquier tipo apropiado de muestra. Por ejemplo, se puede evaluar una muestra que contiene células de cáncer para determinar si el genoma de las células de cáncer contiene
una firma de LOH, carece de una firma de LOH, tiene un número aumentado de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo, o carece de un número aumentado de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo. Ejemplos de muestras que contienen células de cáncer que se pueden evaluar como se describe en el presente documento incluyen, sin limitación, biopsia de muestras de tumor (por ejemplo, muestras de biopsia de tumor de mama), muestras de tejido fijadas con formalina y embebidas en parafina que contienen células de cáncer, biopsias con aguja gruesa, aspirados con aguja fina y muestras que contienen células de cáncer desprendidas de un tumor (por ejemplo, sangre, orina u otros fluidos corporales). Para las muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina, la muestra se puede preparar mediante extracción de ADN utilizando un kit de extracción de ADN genómico optimizado para tejido FFPE, que incluye pero no se limita a aquellos descritos anteriormente (por ejemplo, Quick-Extract FFPE DNA Extraction Kit (Epicenter) y QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen)).
En algunos casos, se pueden realizar técnicas de disección con láser sobre una muestra de tejido para minimizar el número de células no cancerosas dentro de una muestra de células de cáncer que se va a evaluar. En algunos casos, se pueden utilizar métodos de purificación basados en anticuerpos para enriquecer las células de cáncer y/o agotar las células no cancerosas. Ejemplos de anticuerpos que se podrían utilizar para el enriquecimiento de células de cáncer incluyen, sin limitación, anti-EpCAM, anti-TROP-2, anti-c-Met, proteína de unión anti-folato, anti-N-Cadherina, anti-CD318, antígeno de célula madre anti-antimesencimal, anti-Her2, anti-MUC1, anti-EGFR, anti-citoqueratinas (por ejemplo, citoqueratina 7, citoqueratina 20, etc.), anticuerpos anti-Caveolina-1 anti-PSA, anti-CA125 y anti-proteína tensioactiva.
Se puede evaluar cualquier tipo de célula de cáncer utilizando los métodos y materiales descritos en el presente documento. Por ejemplo, se pueden evaluar las células de cáncer de mama, células de cáncer de ovario, células de cáncer de hígado, células de cáncer de esófago, células de cáncer de pulmón, células de cáncer de cabeza y cuello, células de cáncer de próstata, células de cáncer de colon, recto o colorrectal y células de cáncer de páncreas para determinar si el genoma de las células de cáncer contiene una firma de LOH, carece de una firma de LOH, tiene un mayor número de regiones de LOH que cubren todo el cromosoma o carece de un mayor número de regiones de LOH que cubren todo el cromosoma.
Al evaluar el genoma de células de cáncer para la presencia o ausencia de una firma de LOH, se pueden evaluar uno o más (por ejemplo, uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, o 23) pares de. En algunos casos, el genoma de células de cáncer se evalúa para la presencia o ausencia de una firma de LOH utilizando uno o más (por ejemplo, uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23) pares de cromosomas.
En algunos casos, puede ser útil excluir ciertos cromosomas de este análisis. Por ejemplo, en el caso de las mujeres, un par a evaluar puede incluir el par de cromosomas sexuales X; mientras que, en el caso de los hombres, se puede evaluar un par de cualquier cromosoma autosómico (es decir, cualquier par distinto del par de cromosomas sexuales X e Y). Como otro ejemplo, en algunos casos el par de cromosomas número 17 se puede excluir del análisis. Se ha determinado que ciertos cromosomas portan niveles inusualmente altos de LOH en ciertos cánceres y, por lo tanto, puede ser útil excluir dichos cromosomas cuando se analizan muestras como se describe en el presente documento de pacientes que tienen estos cánceres. En algunos casos, la muestra es de una paciente que tiene cáncer de ovario y el cromosoma que se excluye es el cromosoma 17.
Al evaluar el genoma de células de cáncer para la presencia o ausencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo, se pueden evaluar 10 o más (por ejemplo, 13, 16, 19 o 23) pares de cromosomas. En el caso de las mujeres, un par que se va a evaluar puede incluir el par de cromosomas sexuales X; mientras que, en el caso de los hombres, se puede evaluar un par de cualesquier cromosomas autosómicos (es decir, cualquier par diferente del par de cromosomas sexuales X y Y). En algunos casos, el par del cromosoma número 17 se puede excluir del análisis. En algunos casos, la muestra es de un paciente que tiene cáncer de ovario, y el cromosoma que se va a excluir es el cromosoma 17. En algunos casos, el genoma de células de cáncer se evalúa para la presencia o ausencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo utilizando 10 o más (por ejemplo, 13, 1619, o 23) pares de cromosomas.
Como se describe en el presente documento, se pueden clasificar los pacientes que tienen células de cáncer identificadas que tienen un estado de firma de LOH positivo, en base al menos en parte en un estado de firma de LOH positivo, como probable a que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular. Por ejemplo, se pueden clasificar los pacientes que tienen células de cáncer con un genoma que contiene una firma de LOH, en base al menos en parte en un estado de firma de LOH positivo, que es probable que responda a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente que daña el ADN, un inhibidor de PARP, radiación, o una combinación de los mismos. Ejemplos de agentes que dañan el ADN incluyen, sin limitación, fármacos de quimioterapia a base de platino (por ejemplo, cisplatino, carboplatino, oxaliplatino, y picoplatino), antraciclinas (por ejemplo, epirrubicina y doxorrubicina), inhibidores de topoisomerasa I (por ejemplo, campotecina, topotecán, y irinotecán), y compuestos de triazeno (por ejemplo, dacarbazina y temozolomida). Ejemplos de inhibidores de PARP incluyen, sin limitación, olaparib, iniparib, y veliparib. Ejemplos de información que se pueden utilizar además de un estado de firma de LOH positivo en base a una clasificación de ser probable que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular incluyen, sin limitación, los resultados de tratamientos previos, mutaciones de ADN somático o de línea germinal, perfiles de
expresión de genes o proteínas (por ejemplo, estado de ER/PR/HER2, niveles de PSA), histología tumoral (por ejemplo, adenocarcinoma, carcinoma de células epidermoides, carcinoma seroso papilar, carcinoma mucinoso, carcinoma ductal invasivo, carcinoma ductal in-situ (no invasivo), etc.), estadio de la enfermedad, grado de tumor o cáncer (por ejemplo, bien, moderadamente o poco diferenciado (por ejemplo, Gleason, Bloom Richardson modificado), etc.), número de cursos de tratamientos previos, etc.
Una vez clasificado como probable de que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular (por ejemplo, un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente que daña el ADN, un inhibidor de PARP, radiación, o una combinación de los mismos), el paciente con cáncer se puede tratar con dicho régimen de tratamiento del cáncer. Cualquier método apropiado para tratar el cáncer en cuestión se puede utilizar para tratar un paciente con cáncer identificado que tiene células de cáncer que tienen un estado de firma de LOH positivo. Por ejemplo, se pueden utilizar fármacos de quimioterapia a base de platino o una combinación de fármacos de quimioterapia a base de platino para tratar el cáncer como se describe en otra parte (véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos Nos. 3,892,790, 3,904,663, 7,759,510, 7,759,488 y 7,754,684. En algunos casos, se pueden utilizar antraciclinas o una combinación de antraciclinas para tratar el cáncer como se describe en otra parte (véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos Nos. 3,590,028, 4,138,480, 4,950,738, 6,087,340, 7,868,040, y 7,485,707. En algunos casos, se pueden utilizar inhibidores de topoisomerasa I o una combinación de inhibidores de topoisomerasa I para tratar cáncer como se describe en otra parte (véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos Nos. 5,633,016 y 6,403,563. En algunos casos, se pueden utilizar inhibidores de PARP o una combinación de inhibidores de PARP para tratar el cáncer como se describe en otra parte (véase, por ejemplo, Patentes de Estados Unidos Nos. 5,177,075, 7,915,280, y 7,351,701. En algunos casos, se puede utilizar radiación para tratar el cáncer como se describe en otra parte (véase, por ejemplo, Patente de Estados Unidos No. 5,295,944). En algunos casos, se puede utilizar una combinación que comprende diferentes agentes (por ejemplo, una combinación que comprende cualquiera de los fármacos de quimioterapia a base de platino, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y/o inhibidores de PARP) con o sin tratamientos de radiación para tratar el cáncer. En algunos casos, un tratamiento de combinación puede comprender cualquiera de los agentes o tratamientos anteriores (por ejemplo, un agente que daña el ADN, un inhibidor de PARP, radiación, o una combinación de los mismos) junto con otro agente o tratamiento -por ejemplo, un agente de taxano (por ejemplo, doxetaxel, paclitaxel, abraxano), un factor de crecimiento o inhibidor del receptor del factor de crecimiento (por ejemplo, erlotinib, gefitinib, lapatinib, sunitinib, bevacizumab, cetuximab, trastuzumab, panitumumab), y/o un antimetabolito (por ejemplo, 5-flourouracilo, metotrexato).
En algunos casos, se pueden clasificar los pacientes identificados que tienen células de cáncer con un genoma que carece de una firma de LOH, en base al menos en parte en un estado de firma de LOH negativo, que es menos probable que responda a un régimen de tratamiento que incluye un agente que daña el ADN, un inhibidor de PARP, radiación, o una combinación de los mismos. En turno, se puede clasificar dicho paciente como probable a que responda a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de uno o más agentes de tratamiento de cáncer no asociados con HDR, tal como un agente de taxano (por ejemplo, doxetaxel, paclitaxel, abraxano), un factor de crecimiento o inhibidor del receptor del factor de crecimiento (por ejemplo, erlotinib, gefitinib, lapatinib, sunitinib, bevacizumab, cetuximab, trastuzumab, panitumumab), y/o un agente antimetabolito (por ejemplo, 5-flourouracilo, metotrexato). Una vez clasificado como probable a que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular (por ejemplo, un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente de tratamiento de cáncer no asociado con HDR), el paciente con cáncer se puede tratar con dicho régimen de tratamiento del cáncer. Cualquier método para el cáncer que se va a tratar se puede utilizar para tratar in paciente con cáncer identificado que tiene células de cáncer que tienen un estado de firma de LOH negativo. Ejemplos de información que se pueden utilizar además de un estado de firma de LOH negativo para basar una clasificación de ser probable que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular incluyen, sin limitación, resultados de tratamientos previos, mutaciones de ADN somático o de línea germinal, perfiles de expresión de genes o proteínas (por ejemplo, estado de ER/PR/HER2, niveles de PSA), histología tumoral (por ejemplo, adenocarcinoma, carcinoma de células epidermoides, carcinoma seroso papilar, carcinoma mucinoso, carcinoma ductal invasivo, carcinoma ductal in situ (no invasivo), etc.), estadio de la enfermedad, grado de tumor o cáncer (por ejemplo, bien, moderadamente o poco diferenciado (por ejemplo, Gleason, Bloom Richardson modificado), etc.), número de cursos de tratamientos previos, etc.
Una vez tratado durante un período de tiempo particular (por ejemplo, entre uno y seis meses), se puede evaluar al paciente para determinar si o no el régimen de tratamiento tiene un efecto. Si se detecta un efecto beneficioso, el paciente puede continuar con el mismo régimen de tratamiento del cáncer o uno similar. Si se detecta un efecto beneficioso mínimo o nulo, se pueden realizar ajustes en el régimen de tratamiento del cáncer. Por ejemplo, se puede aumentar la dosis, la frecuencia de administración o la duración del tratamiento. En algunos casos, se pueden agregar agentes anticáncer adicionales al régimen de tratamiento o se puede reemplazar un agente anticáncer particular con uno o más agentes anticáncer diferentes. El paciente que se está tratado puede continuar siendo monitorizado según corresponda, y se pueden realizar cambios en el régimen de tratamiento de cáncer según corresponda.
Como se describe en el presente documento, este documento proporciona métodos para evaluar pacientes para células (por ejemplo, células de cáncer) que tienen un genoma que contiene una firma de LOH. Por ejemplo, uno o más médicos o profesionales médicos pueden determinar si un paciente contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH. En algunos casos, uno o más médicos o profesionales médicos pueden determinar si un paciente contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH al obtener
una muestra de célula de cáncer del paciente y evaluar el genoma de células de cáncer de la muestra de célula de cáncer para determinar la presencia o ausencia de una firma de LOH como se describe en el presente documento.
En algunos casos, uno o más médicos o profesionales médicos pueden obtener una muestra de célula de cáncer de un paciente y proporcionar esa muestra a un laboratorio de pruebas que tiene la capacidad de evaluar el genoma de células de cáncer de la muestra de célula de cáncer para proporcionar una indicación acerca de la presencia o ausencia de una firma de LOH como se describe en el presente documento. En dichos casos, uno o más médicos o profesionales médicos pueden determinar si un paciente contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH al recibir información acerca de la presencia o ausencia de una firma de LOH directamente o indirectamente del laboratorio de pruebas. Por ejemplo, un laboratorio de pruebas, después de evaluar el genoma de células de cáncer para detectar la presencia o ausencia de una firma de LOH como se describe en el presente documento, puede proporcionar a un médico o profesional médico o acceso a, un informe escrito, electrónico u oral o historial médico que proporciona una indicación acerca de la presencia o ausencia de una firma de LOH para un paciente en particular que está siendo evaluado. Dicho informe escrito, electrónico u oral o historial médico puede permitir que uno o más médicos o profesionales médicos determinen si un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH.
Una vez un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos determina que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH, el médico o profesional médico (o grupo) puede clasificar a ese paciente que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH. En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente son deficientes en HDR. Dicho diagnóstico se puede basar solamente en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH. Por ejemplo, un paciente determinado que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH se puede diagnosticar como propenso a tener deficiencia en HDR en base a la combinación de un estado de firma de LOH positivo y estado deficiente en uno o más genes supresores de tumores (por ejemplo, BRCA1/2, RAD51), antecedentes familiares de cáncer, o la presencia de factores de riesgo conductuales (por ejemplo, fumar).
En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH que tiene células de cáncer probablemente al contener mutaciones genéticas en uno o más genes en la ruta de h Dr . Dicho diagnóstico se puede basar solamente en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH. Por ejemplo, un paciente determinado que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de lOh se puede diagnosticar que tiene células de cáncer que probablemente contienen mutaciones genéticas en uno o más genes en la ruta de HDR en base a la combinación de un espado positivo de LOH positivo y antecedentes familiares de cáncer, o la presencia de factores de riesgo conductuales (por ejemplo, fumar).
En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer particular. Dicho diagnóstico se puede basar solamente en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en una determinación de que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que contiene una firma de LOH. Por ejemplo, un paciente determinado que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH se puede diagnosticar como probable a que responda a un régimen de tratamiento del cáncer particular en base a la combinación de un estado de firma de lOh positivo y estado deficiente en uno o más genes supresores de tumores (por ejemplo, BRCA1/2, RAD51), antecedentes familiares de cáncer, o la presencia de factores de riesgo conductuales (por ejemplo, fumar). Como se describe en el presente documento, un paciente determinado que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene la presencia de una firma de LOH se puede diagnosticar como probable a que responda a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un fármaco de quimioterapia a base de platino tal como cisplatino, carboplatino, oxaliplatino, o picoplatino, una antraciclina tal como epirrubicina o doxorrubicina, un inhibidor de topoisomerasa I tal como campotecina, topotecán, o irinotecán, un inhibidor de PARP, radiación, una combinación de los mismos, o una combinación de cualquiera de los precedentes con otro agente anticanceroso.
Una vez un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos determina que un paciente en particular que está siendo evaluado contiene células de cáncer que tienen un genoma que carece de una firma de LOH, el médico o profesional médico (o grupo) puede clasificar a ese paciente que tiene células de cáncer cuyo genoma contiene una ausencia de una firma de LOH. En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de
médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer que contienen un genoma que carece de la presencia de una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente tengan HDR funcional. En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer que contienen un genoma que carece de la presencia de una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente no contienen mutaciones genéticas en uno o más genes en la ruta de HDR. En algunos casos, un médico o profesional médico o grupo de médicos o profesionales médicos pueden diagnosticar que un paciente determinado tiene células de cáncer que contienen un genoma que carece de la presencia de una firma de LOH o contiene un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo que tiene células de cáncer que tienen menos probabilidades de responder a un fármaco de quimioterapia a base de platino tal como cisplatino, carboplatino, oxalaplatino, o picoplatino, una antraciclina tal como epirrubincina o doxorrubicina, un inhibidor de topoisomerasa I tal como campotecina, topotecán, o irinotecán, un inhibidor de PARP, o radiación y/o más probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente de tratamiento de cáncer no asociado con HDR tal como uno o más agentes de taxano, factor de crecimiento o inhibidor del receptor del factor de crecimientos, agentes anti-metabolito, etc.
Como se describe en el presente documento, este documento también proporciona métodos para realizar un análisis de diagnóstico de una muestra de ácido nucleico (por ejemplo, una muestra de ácido nucleico genómico o muestra de ácido nucleico genómico amplificado) de un paciente con cáncer para determinar si las células de cáncer dentro del paciente tienen un genoma que contiene una firma de LOH y/o un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo. Por ejemplo, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden detectar la presencia o ausencia de una firma de LOH en el genoma de células de cáncer del paciente o la presencia o ausencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo en el genoma de células de cáncer del paciente. En algunos casos, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden detectar la presencia o ausencia de una firma de LOH o la presencia o ausencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo en el genoma de células de cáncer del paciente al (a) recibir una muestra de célula de cáncer obtenida del paciente, recibir una muestra de ácido nucleico genómico obtenido de las células de cáncer obtenidas del paciente, o recibir una muestra de ácido nucleico genómico enriquecida y/o amplificada obtenida de células de cáncer obtenidas del paciente y (b) realizar un análisis (por ejemplo, un ensayo basado en matriz de SNP o un ensayo basado en secuenciación) utilizando el material recibido para detectar la presencia o ausencia de una firma de lOh o la presencia o ausencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo como se describe en el presente documento. En algunos casos, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden recibir una muestra que se va a analizar (por ejemplo, una muestra de célula de cáncer obtenida del paciente, una muestra de ácido nucleico genómico obtenido de las células de cáncer obtenidas del paciente, o una muestra de ácido nucleico genómico enriquecida y/o amplificada obtenida de células de cáncer obtenidas del paciente) directamente o indirectamente por un médico o profesional médico.
Una vez un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio detecta la presencia de una firma de LOH como se describe en el presente documento, el técnico de laboratorio o profesional de laboratorio (o grupo) puede identificar al paciente cuyas células de cáncer se detectaron que tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer con un estado de firma de LOH positivo. Por ejemplo, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer con un estado de firma de LOH positivo al asociar ese estado de firma de LOH positivo o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos. En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer potencialmente deficientes en HDR al asociar el estado de firma de LOH positivo, el potencialmente deficiente en el estado de HDR, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos. Dicha identificación se puede basar solamente en detectar la presencia de una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en detectar la presencia de una firma de LOH. Por ejemplo, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio puede identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer potencialmente deficientes en HDR en base a una combinación de un estado de firma de LOH positivo y los resultados de otras pruebas genéticas y bioquímicas realizadas en el laboratorio de pruebas.
En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer que contienen potencialmente una mutación genética en uno o más genes en la ruta de HDR al asociar el estado de firma de LOH positivo, la presencia potencial de una mutación genética en uno o más genes en la ruta de HDR, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos. Dicha identificación se puede basar solamente en detectar la presencia de una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en detectar la presencia de una firma de LOH. Por ejemplo, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio puede identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer que contienen potencialmente una mutación genética
en uno o más genes en la ruta de HDR en base a una combinación de un estado de firma de LOH positivo y los resultados de otras pruebas genéticas y bioquímicas realizadas en el laboratorio de pruebas.
En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer particular al asociar el estado de firma de LOH positivo, un estado de HDR potencialmente deficiente, una presencia potencial de un estado deficiente en uno o más genes en la ruta de HDR, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos. Dicha identificación se puede basar solamente en detectar la presencia de una firma de LOH o se puede basar al menos en parte en detectar la presencia de una firma de LOH. Por ejemplo, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio puede identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer particular en base a una combinación de un estado de firma de LOH positivo y los resultados de otras pruebas genéticas y bioquímicas realizadas en el laboratorio de pruebas.
Una vez un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio detectan la ausencia de una firma de LOH, el técnico de laboratorio o profesional de laboratorio (o grupo) puede identificar al paciente cuyas células de cáncer se detectaron que carecen de una firma de LOH que tiene células de cáncer con un estado de firma de LOH negativo. Por ejemplo, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron carece de una firma de LOH que tiene células de cáncer con un estado de firma de LOH negativo al asociar ese estado de firma de LOH negativo o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos. En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron carece de una firma de LOH que tiene células de cáncer con HDR potencialmente intacta al asociar el estado de firma de LOH negativo, el estado de HDR potencialmente intacto, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos.
En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron carece de una firma de LOH que tiene células de cáncer con genes potencialmente intactos de la ruta de HDR al asociar el estado de firma de LOH negativo, la ausencia potencial de mutaciones genéticas en genes de la ruta de HDR, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos.
En algunos casos, un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron carece de una firma de LOH que tiene células de cáncer que probablemente respondan menos a un tratamiento particular (por ejemplo, un fármaco de quimioterapia a base de platino tal como cisplatino, carboplatino, oxalaplatino, o picoplatino, una antraciclina tal como epirrubincina o doxorrubicina, un inhibidor de topoisomerasa I tal como campotecina, topotecán, o irinotecán, un inhibidor de PARP tal como iniparib, olaparib, o velapirib, o radiación) y/o más probablemente respondan a un régimen de tratamiento del cáncer particular (por ejemplo, un régimen de tratamiento del cáncer que incluye el uso de un agente de tratamiento de cáncer no asociado con HDR) al asociar el estado de firma de LOH negativo, un estado de HDR potencialmente intacto, una ausencia potencial de mutaciones genéticas en los genes de la ruta de HDR, o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos.
Una vez un técnico de laboratorio o profesional de laboratorio o grupo de técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio detectan la presencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo, el técnico de laboratorio o profesional de laboratorio (o grupo) pueden identificar al paciente cuyas células de cáncer se detectaron que tiene un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo como que probablemente tiene células de cáncer con un estado de BRCA1 y BRCA2 intacto. Por ejemplo, uno o más técnicos de laboratorio o profesionales de laboratorio pueden identificar que un paciente que tiene células de cáncer que se detectaron tiene un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo como que probablemente tiene células de cáncer con un estado de BRCA1 y BRCA2 intacto al asociar la presencia de un mayor número de las regiones de LOH que cubren el cromosoma completo o el resultado (o resultados o un resumen de resultados) del análisis de diagnóstico realizado con el nombre del paciente correspondiente, historial médico, identificador simbólico/numérico, o una combinación de los mismos.
La Figura 15 muestra un proceso de ejemplo mediante el cual un sistema informático (o un programa informático (por ejemplo, software) que contiene instrucciones ejecutables por ordenador) puede identificar loci o regiones de LOH a partir de datos de genotipo como se describe en el presente documento. Si la relación observada de las señales de
dos alelos, A y B, es de dos a uno, hay dos posibilidades. La primera posibilidad es que las células de cáncer tengan LOH con deleción del alelo B en una muestra con un 50% de contaminación con células normales. La segunda posibilidad es que no haya LOH pero que el alelo A esté duplicado en una muestra sin contaminación con células normales. El proceso comienza en el recuadro 1500, donde el sistema informático recopila los siguientes datos; (1) intensidades de señal normalizadas específicas de muestra para ambos alelos de cada locus y (2) conjunto de parámetros específicos del ensayo (específicos para diferentes matrices de SNP y para un enfoque basado en secuencias) definidos en base al análisis de un gran número de muestras con perfiles de ASCN conocidos. Como se describe en el presente documento, se puede utilizar cualquier ensayo apropiado, tal como un ensayo basado en una matriz de SNP o un ensayo basado en secuenciación, para evaluar loci a lo largo de un cromosoma para homocigosidad o heterocigosidad. En algunos casos, se puede utilizar un sistema que incluye un detector de señales y un ordenador para recopilar datos (por ejemplo, señales fluorescentes o resultados de secuenciación) con respecto a la naturaleza homocigótica o heterocigótica de la pluralidad de loci (por ejemplo, intensidades de señal normalizadas específicas de muestra para ambos alelos de cada locus). En el recuadro 1510, los números de copia específicos del alelo (ASCN) se reconstruyen en cada locus (por ejemplo, cada SNP). Los ASCN son el número de copias de alelos maternos y paternos. En el recuadro 1530, se utiliza una función de probabilidad para determinar si un locus homocigótico o una región de loci homocigotos se debe a LOH. Esto puede ser conceptualmente análogo a un algoritmo descrito previamente diseñado para reconstruir el número total de copias (en lugar de ASCN) en cada locus (por ejemplo, SNP). Véase Solicitud Internacional No. PCT/US2011/026098 otorgada a Abkevish et al. La función de probabilidad se puede maximizar sobre ASCN de todos los loci, el nivel de contaminación con tejido benigno, el número total de copias promediado en el genoma completo y el nivel de ruido específico de la muestra. En el recuadro 1540, una región de LOH se determina como un tramo de SNP con uno de los ASCN (paterno o materno) que es cero.
La Figura 3 muestra un proceso de ejemplo mediante el cual un sistema informático puede determinar la presencia o ausencia de una firma de LOH. El proceso comienza en el recuadro 300, donde los datos sobre la naturaleza homocigótica o heterocigótica de una pluralidad de loci a lo largo de un cromosoma son recopilados por el sistema informático. Como se describe en el presente documento, se puede utilizar cualquier ensayo apropiado, tal como un ensayo basado en una matriz de SNP o un ensayo basado en secuenciación, para evaluar loci a lo largo de un cromosoma para homocigosidad o heterocigosidad. En algunos casos, se puede utilizar un sistema que incluye un detector de señales y un ordenador para recopilar datos (por ejemplo, señales fluorescentes o resultados de secuenciación) con respecto a la naturaleza homocigótica o heterocigótica de la pluralidad de loci. En el recuadro 310, el sistema informático evalúa los datos relacionados con la naturaleza homocigótica o heterocigótica de una pluralidad de loci, así como la ubicación o relación espacial de cada locus, para determinar la longitud de cualquier región de LOH presente a lo largo de un cromosoma. En el recuadro 320, el sistema informático evalúa los datos con respecto al número de regiones de LOH detectadas y la longitud de cada región de LOH detectada para determinar el número de regiones de LOH que tienen una longitud (a) mayor o igual a un número preestablecido de Mb (por ejemplo, 15 Mb) y (b) menos que la longitud total del cromosoma que contiene esa región de LOH. En el recuadro 330, el sistema informático formatea una salida que proporciona una indicación de la presencia o ausencia de una firma de LOH. Una vez formateado, el sistema informático puede presentar la salida a un usuario (por ejemplo, un técnico de laboratorio, médico o profesional médico). Como se describe en el presente documento, la presencia o ausencia de una firma de LOH se puede utilizar para proporcionar una indicación sobre el probable estado de HDR de un paciente, una indicación sobre la probable presencia o ausencia de mutaciones genéticas en genes de la ruta de HDR y/o una indicación sobre posibles regímenes de tratamiento del cáncer.
La Figura 4 es un diagrama de un ejemplo de un dispositivo 1400 informático y un dispositivo 1450 informático móvil, que se pueden utilizar con las técnicas descritas en el presente documento. El dispositivo 1400 informático está diseñado para representar varias formas de ordenadores digitales, tales como ordenadores portátiles, ordenadores de escritorio, estaciones de trabajo, asistentes digitales personales, servidores, servidores blade, ordenadores centrales y otros ordenadores apropiados. El dispositivo 1450 informático está destinado a representar diversas formas de dispositivos móviles, tales como asistentes digitales personales, teléfonos móviles, teléfonos inteligentes y otros dispositivos informáticos similares. Los componentes que se muestran aquí, sus conexiones y relaciones, y sus funciones, están destinados a ser solo a modo de ejemplo, y no están destinados a limitar las implementaciones de las invenciones descritas y/o reivindicadas en este documento.
El dispositivo 1400 informático incluye un procesador 1402, memoria 1404, un dispositivo 1406 de almacenamiento, una interfaz 1408 de alta velocidad que se conecta a la memoria 1404 y puertos 1410 de expansión de alta velocidad, y una interfaz 1415 de baja velocidad que se conecta al bus 1414 de baja velocidad y al dispositivo 1406 de almacenamiento. Cada uno de los componentes 1402, 1404, 1406, 1408, 1410 y 1415 están interconectados utilizando varios buses y se pueden montar en una placa base común o de otras formas según sea apropiado. El procesador 1402 puede procesar instrucciones para su ejecución dentro del dispositivo 1400 informático, que incluyen las instrucciones almacenadas en la memoria 1404 o sobre el dispositivo 1406 de almacenamiento para mostrar información gráfica para una GUI en un dispositivo de entrada/salida externo, tal como la pantalla 1416 acoplada a la interfaz 1408 de alta velocidad. En otras implementaciones, se pueden utilizar múltiples procesadores y/o múltiples buses, según sea apropiado, junto con múltiples memorias y tipos de memoria. También, se pueden conectar múltiples dispositivos 1400 informáticos, y cada dispositivo proporciona porciones de las operaciones necesarias (por ejemplo, como un banco de servidores, un grupo de servidores blade o un sistema multiprocesador).
La memoria 1404 almacena información dentro del dispositivo 1400 informático. En una implementación, la memoria 1404 es una unidad o unidades de memoria volátil. En otra implementación, la memoria 1404 es una unidad o unidades de memoria no volátil. La memoria 1404 también puede ser otra forma de medio legible por ordenador, tal como un disco magnético u óptico.
El dispositivo 1406 de almacenamiento es capaz de proporcionar almacenamiento masivo para el dispositivo 1400 informático. En una implementación, el dispositivo 1406 de almacenamiento puede ser o contener un medio legible por ordenador, tal como un dispositivo de disquete, un dispositivo de disco duro, un dispositivo de disco óptico, o un dispositivo de cinta, una memoria flash u otro dispositivo de memoria de estado sólido similar, o una matriz de dispositivos, que incluye los dispositivos en una red de área de almacenamiento u otras configuraciones. Un producto de programa informático se puede incorporar de forma tangible en un soporte de información. El producto de programa informático también puede contener instrucciones que, cuando se ejecutan, realizan uno o más métodos, tales como aquellos descritos en el presente documento. El soporte de información es un medio legible por ordenador o máquina, tal como la memoria 1404, el dispositivo 1406 de almacenamiento, la memoria en el procesador 1402 o una señal propagada.
El controlador 1408 de alta velocidad gestiona operaciones intensivas en ancho de banda para el dispositivo 1400 informático, mientras que el controlador 1415 de baja velocidad gestiona operaciones intensivas en ancho de banda inferior. Dicha asignación de funciones es solo a modo de ejemplo. En una implementación, el controlador 1408 de alta velocidad está acoplado a la memoria 1404, la pantalla 1416 (por ejemplo, a través de un procesador gráfico o acelerador) y a los puertos 1410 de expansión de alta velocidad, que pueden aceptar varias tarjetas de expansión (no mostradas). En la implementación, el controlador 1415 de baja velocidad está acoplado al dispositivo 1406 de almacenamiento y al puerto 1414 de expansión de baja velocidad. El puerto de expansión de baja velocidad, que puede incluir varios puertos de comunicación (por ejemplo, USB, Bluetooth, Ethernet o Ethernet inalámbrico) se puede acoplar a uno o más dispositivos de entrada/salida, tales como un teclado, un dispositivo señalador, un escáner, un lector óptico, un detector de señales fluorescentes o un dispositivo de red tal como un conmutador o enrutador, por ejemplo, a través de un adaptador de red.
El dispositivo 1400 informático se puede implementar de varias formas diferentes, como se muestra en la figura. Por ejemplo, se puede implementar como un servidor 1420 estándar, o varias veces en un grupo de dichos servidores. También se puede implementar como parte de un sistema 1424 de servidor de bastidor. Además, se puede implementar en un ordenador personal tal como un ordenador 1422 portátil. Alternativamente, los componentes del dispositivo 1400 informático se pueden combinar con otros componentes en un dispositivo móvil (no mostrado), tal como el dispositivo 1450. Cada uno de dichos dispositivos puede contener uno o más de los dispositivos 1400, 1450 informáticos, y un sistema completo puede estar formado por múltiples dispositivos 1400, 1450 informáticos que se comunican entre sí.
El dispositivo 1450 informático incluye un procesador 1452, una memoria 1464, un dispositivo de entrada/salida tal como una pantalla 1454, una interfaz 1466 de comunicación y un transceptor 1468, entre otros componentes (por ejemplo, un escáner, un lector óptico, un detector de señal fluorescente). El dispositivo 1450 también puede estar provisto de un dispositivo de almacenamiento, tal como un MicroDrive u otro dispositivo, para proporcionar almacenamiento adicional. Cada uno de los componentes 1450, 1452, 1464, 1454, 1466 y 1468 están interconectados utilizando varios buses, y varios de los componentes se pueden montar en una placa base común o de otras formas según sea apropiado.
El procesador 1452 puede ejecutar instrucciones dentro del dispositivo 1450 informático, que incluye las instrucciones almacenadas en la memoria 1464. El procesador se puede implementar como un conjunto de chips que incluye procesadores analógicos y digitales múltiples y separados. El procesador puede proporcionar, por ejemplo, la coordinación de los otros componentes del dispositivo 1450, tal como el control de las interfaces de usuario, las aplicaciones ejecutadas por el dispositivo 1450 y la comunicación inalámbrica por el dispositivo 1450.
El procesador 1452 se puede comunicar con un usuario a través de la interfaz 1458 de control y la interfaz 1456 de pantalla acoplada a una pantalla 1454. La pantalla 1454 puede ser, por ejemplo, una TFT LCD (Pantalla de Cristal Líquido de Transistor de Película Delgada) o un OLED (Diodo Emisor de Luz Orgánica) u otra tecnología de visualización adecuada. La interfaz 1456 de pantalla puede comprender un circuito apropiado para impulsar la pantalla 1454 para presentar información gráfica y de otro tipo a un usuario. La interfaz 1458 de control puede recibir comandos de un usuario y convertirlos para enviarlos al procesador 1452. Además, se puede proporcionar una interfaz 1462 externa en comunicación con el procesador 1452, para permitir la comunicación de área cercana del dispositivo 1450 con otros dispositivos. La interfaz 1462 externa puede proporcionar, por ejemplo, comunicación por cable en algunas implementaciones, o comunicación inalámbrica en otras implementaciones, y también se pueden utilizar múltiples interfaces.
La memoria 1464 almacena información dentro del dispositivo 1450 informático. La memoria 1464 se puede implementar como uno o más de un medio o medios legibles por ordenador, una unidad o unidades de memoria volátil, o una unidad o unidades de memoria no volátil. La memoria 1474 de expansión también se puede proporcionar y conectar al dispositivo 1450 a través de la interfaz 1472 de expansión, que puede incluir, por ejemplo, una interfaz de
tarjeta SIMM (Módulo de Memoria de una Sola Línea). Dicha memoria 1474 de expansión puede proporcionar espacio de almacenamiento adicional para el dispositivo 1450, o también puede almacenar aplicaciones u otra información para el dispositivo 1450. Por ejemplo, la memoria 1474 de expansión puede incluir instrucciones para llevar a cabo o complementar los procesos descritos en el presente documento, y también puede incluir información segura. De esta manera, por ejemplo, la memoria 1474 de expansión se puede proporcionar como un módulo de seguridad para el dispositivo 1450, y se puede programar con instrucciones que permitan un uso seguro del dispositivo 1450. Además, las aplicaciones seguras pueden proporcionarse a través de las tarjetas SIMM, junto con información adicional., como colocar información de identificación en la tarjeta SIMM de una manera que no se pueda piratear.
La memoria puede incluir, por ejemplo, memoria flash y/o memoria NVRAM, como se discute a continuación. En una implementación, un producto de programa informático se incorpora de forma tangible en un soporte de información. El producto de programa informático contiene instrucciones que, cuando se ejecutan, realizan uno o más métodos, tales como aquellos descritos en el presente documento. El soporte de información es un medio legible por ordenador o máquina, tal como la memoria 1464, memoria 1474 de expansión, memoria en el procesador 1452 o una señal propagada que se puede recibir, por ejemplo, a través del transceptor 1468 o la interfaz 1462 externa.
El dispositivo 1450 se puede comunicar de forma inalámbrica a través de la interfaz 1466 de comunicación, que puede incluir circuitos de procesamiento de señales digitales cuando sea necesario. La interfaz 1466 de comunicación puede proporcionar comunicaciones en varios modos o protocolos, tales como llamadas de voz GSM, mensajería SMS, EMS o Mm S, CDMA, TDMA, PDC, WCDMA, CDMA2000 o GPRS, entre otros. Dicha comunicación puede ocurrir, por ejemplo, a través del transceptor 1468 de radiofrecuencia. Además, puede ocurrir una comunicación de corto alcance, tal como el uso de un Bluetooth, WiFi u otro transceptor similar (no mostrado). Además, el módulo 1470 receptor GPS (Sistema de Posicionamiento Global) puede proporcionar datos inalámbricos adicionales relacionados con la navegación y la ubicación al dispositivo 1450, que pueden ser utilizados según sea apropiado por las aplicaciones que se ejecutan en el dispositivo 1450.
El dispositivo 1450 también se puede comunicar de forma audible utilizando el códec 1460 de audio, que puede recibir información hablada de un usuario y convertirla en información digital utilizable. El códec 1460 de audio también puede generar un sonido audible para un usuario, como a través de un altavoz, por ejemplo, en un auricular del dispositivo 1450. Dicho sonido puede incluir sonido de llamadas telefónicas de voz, puede incluir sonido grabado (por ejemplo, mensajes de voz, archivos de música, etc.) y también puede incluir sonido generado por aplicaciones que operan sobre el dispositivo 1450.
El dispositivo 1450 informático se puede implementar de varias formas diferentes, como se muestra en la figura. Por ejemplo, se puede implementar como un teléfono 1480 celular. También se puede implementar como parte de un teléfono 1482 inteligente, asistente digital personal u otro dispositivo móvil similar.
Se pueden realizar diversas implementaciones de los sistemas y técnicas descritos en el presente documento en circuitos electrónicos digitales, circuitos integrados, ASIC (circuitos integrados específicos de aplicación) especialmente diseñados, hardware de ordenador, firmware, software y/o combinaciones de los mismos. Estas diversas implementaciones pueden incluir la implementación en uno o más programas de informáticos que son ejecutables y/o interpretables sobre un sistema programable que incluye al menos un procesador programable, que puede ser de propósito especial o general, acoplado para recibir datos e instrucciones de y para transmitir datos e instrucciones para un sistema de almacenamiento, al menos un dispositivo de entrada y al menos un dispositivo de salida.
Estos programas informáticos (también conocidos como programas, software, aplicaciones de software o código) incluyen instrucciones de máquina para un procesador programable, y se pueden implementar en un lenguaje de programación orientado a objetos y/o procedimental de alto nivel, y/o en lenguaje de ensamble/máquina. Como se utiliza en el presente documento, los términos “medio legible por máquina” y “medio legible por ordenador” se refieren a cualquier producto, aparato y/o dispositivo de programa informático (por ejemplo, discos magnéticos, discos ópticos, memoria y Dispositivos Lógicos Programables (PLD)) se utiliza para proporcionar instrucciones de máquina y/o datos a un procesador programable, que incluyen un medio legible por máquina que recibe instrucciones de máquina como una señal legible por máquina. El término “señal legible por máquina” se refiere a cualquier señal utilizada para proporcionar instrucciones y/o datos de la máquina a un procesador programable.
Para proporcionar interacción con un usuario, los sistemas y técnicas descritos en el presente documento se pueden implementar sobre un ordenador que tenga un dispositivo de visualización (por ejemplo, un monitor CRT (tubo de rayos catódicos) o LCD (pantalla de cristal líquido)) para mostrar información al usuario y un teclado y un dispositivo señalador (por ejemplo, un mouse o una bola de seguimiento) mediante el cual el usuario puede proporcionar información al ordenador. También se pueden utilizar otros tipos de dispositivos para permitir la interacción con un usuario; por ejemplo, la retroalimentación proporcionada al usuario puede ser cualquier forma de retroalimentación sensorial (por ejemplo, retroalimentación visual, retroalimentación auditiva o retroalimentación táctil); y la entrada del usuario se puede recibir de cualquier forma, que incluye entrada acústica, de voz o táctil.
Los sistemas y técnicas descritos en el presente documento se pueden implementar en un sistema informático que incluye un componente de respaldo (por ejemplo, como un servidor de datos), o que incluye un componente de middleware (por ejemplo, un servidor de aplicaciones), o que incluye un componente inicial (por ejemplo, un ordenador de cliente que tiene una interfaz gráfica de usuario o un navegador web a través del cual un usuario puede interactuar con una implementación de los sistemas y técnicas descritos en el presente documento), o cualquier combinación de dichos componentes de respaldo, middleware o de respaldo. Los componentes del sistema se pueden interconectar mediante cualquier forma o medio de comunicación de datos digitales (por ejemplo, una red de comunicación). Ejemplos de redes de comunicación incluyen una red de área local (“LAN”), una red de área amplia (“WAN”) e Internet.
El sistema informático puede incluir clientes y servidores. Por lo general, un cliente y un servidor están separados entre sí y normalmente interactúan a través de una red de comunicación. La relación de cliente y servidor surge en virtud de programas informáticos que se ejecutan en los respectivos ordenadores y tienen una relación cliente-servidor entre sí.
En algunos casos, se puede configurar un sistema informático proporcionado en el presente documento para incluir uno o más analizadores de muestra. Se puede configurar un analizador de muestras para producir una pluralidad de señales sobre el ADN genómico de al menos un par de cromosomas humanos de una célula de cáncer. Por ejemplo, un analizador de muestras puede producir señales que son capaces de ser interpretadas en una forma que identifica la naturaleza homocigota o heterocigota de loci a lo largo de un cromosoma. En algunos casos, se puede configurar un analizador de muestras para llevar a cabo una o más etapas de un ensayo basado en matriz de SNP o ensayo basado en secuenciación y se puede configurar para producir y/o capturar señales desde dichos ensayos. En algunos casos, se puede configurar un sistema informático proporcionado en el presente documento para incluir un dispositivo informático. En dichos casos, se puede configurar el dispositivo informático para recibir señales desde un analizador de muestras. El dispositivo informático puede incluir instrucciones ejecutables por ordenador o un programa de ordenador (por ejemplo, software) que contiene instrucciones legibles por ordenador para llevar a cabo uno o más de los métodos o etapas descritas en el presente documento. En algunos casos, dichas instrucciones ejecutables por ordenador pueden instruir a un dispositivo informático para analizar señales desde un analizador de muestras, desde otro dispositivo informático, desde un ensayo basado en matriz de SNP, o desde un ensayo basado en secuenciación. Se puede llevar a cabo el análisis de dichas señales para determinar genotipos, homocigosidad en ciertos loci, regiones de homocigosidad, el número de regiones de lOh , para determinar el tamaño de las regiones de LOH, para determinar el número de regiones de LOH que tiene un tamaño particular o rango de tamaños, para determinar si o no una muestra es positiva para una firma de LOH, para determinar el número de Regiones de lOh Indicadoras en al menos un par de cromosomas humanos, para determinar una probabilidad de una deficiencia en los genes de BRCA1 y/o BRCA2, para determinar una probabilidad de una deficiencia en HDR, para determinar una probabilidad de que un paciente con cáncer responderá a un régimen de tratamiento del cáncer particular (por ejemplo, un régimen que incluye un agente que daña el ADN, una antraciclina, un inhibidor de topoisomerasa I, radiación, un inhibidor de PARP, o una combinación de los mismos), o para determinar una combinación de estos ítems.
En algunos casos, a sistema informático proporcionado en el presente documento puede incluir instrucciones ejecutables por ordenador o un programa de ordenador (por ejemplo, software) que contiene instrucciones legibles por ordenador para formatear una salida que proporciona una indicación acerca del número de regiones de LOH, el tamaño de las regiones de LOH, el número de regiones de LOH que tiene un tamaño particular o rango de tamaños, si o no una muestra es positiva para una firma de LOH, el número de Regiones de LOH Indicadoras en al menos un par de cromosomas humanos, una probabilidad de una deficiencia en los genes de BRCA1 y/o BRCA2, una probabilidad de una deficiencia en HDR, una probabilidad de que un paciente con cáncer responderá a un régimen de tratamiento del cáncer particular (por ejemplo, un régimen que incluye un agente que daña el ADN, una antraciclina, un inhibidor de topoisomerasa I, radiación, un inhibidor de PARP, o una combinación de los mismos), o una combinación de estos ítems. En algunos casos, un sistema informático proporcionado en el presente documento puede incluir instrucciones ejecutables por ordenador o un programa de ordenador (por ejemplo, software) que contiene instrucciones ejecutables por ordenador para determinar un régimen de tratamiento del cáncer deseado para un paciente particular en base al menos en parte en la presencia o ausencia de una firma de LOH o sobre el número de Regiones de LOH Indicadoras.
En algunos casos, un sistema informático proporcionado en el presente documento puede incluir un dispositivo de preprocesamiento configurado para procesar una muestra (por ejemplo, células de cáncer) de tal manera que se puede realizar un ensayo basado en matriz de SNP o ensayo basado en secuenciación. Ejemplos de dispositivos de preprocesamiento incluyen, sin limitación, dispositivos configurados para enriquecer poblaciones celulares de células de cáncer en lugar de células no cancerosas, dispositivos configurados para lisar células y/o extraer ácido nucleico genómico y dispositivos configurados para enriquecer una muestra para determinados fragmentos de ADN genómico.
Este documento también proporciona kits para evaluar muestras (por ejemplo, células de cáncer) como se describe en el presente documento. Por ejemplo, este documento proporciona kits para evaluar células de cáncer para detectar la presencia de una firma de LOH o para determinar el número de Regiones de LOH Indicadoras en al menos un par de cromosomas humanos. Un kit proporcionado en el presente documento puede incluir ya sea sondas de SNP (por ejemplo, una matriz de sondas de SNP para llevar a cabo un ensayo basado en matriz de SNP descrito en el presente documento) o cebadores (por ejemplo, cebadores diseñados para secuenciar regiones de SNP a través de un ensayo
basado en secuenciación) en combinación con un producto de programa informático que contiene instrucciones legibles por ordenador para llevar a cabo uno o más de los métodos o etapas descritas en el presente documento (por ejemplo, instrucciones ejecutables por ordenador para determinar el número de regiones de LOH que tienen un tamaño particular o rango de tamaños). En algunos casos, un kit proporcionado en el presente documento puede incluir al menos 500, 1000, 10,000, 25,000, o 50,000 sondas de SNP capaces de hibridarse una regiones polimórficas de ADN genómico humano. En algunos casos, un kit proporcionado en el presente documento puede incluir al menos 500, 1000, 10,000, 25,000, o 50,000 cebadores capaces de secuenciar las regiones polimórficas de ADN genómico humano. En algunos casos, un kit proporcionado en el presente documento puede incluir uno o más ingredientes para realizar un ensayo basado en matriz de SNP o un ensayo basado en secuenciación. Ejemplos de dichos otros ingredientes incluyen, sin limitación, tampones, nucleótidos de secuenciación, enzima (por ejemplo, polimerasas), etc. Este documento también proporciona el uso de cualquier número apropiado de los materiales proporcionados en el presente documento en la fabricación de un kit para llevar a cabo uno o más de los métodos o etapas descritas en el presente documento. Por ejemplo, este documento proporciona el uso de una colección de sondas de SNP (por ejemplo, una colección de 10,000 a 100,000 sondas de SNP) y un producto de programa informático proporcionado en el presente documento en la fabricación de un kit para evaluar células de cáncer para detectar la presencia de una firma de LOH. Como otro ejemplo, este documento proporciona el uso de una colección de cebadores (por ejemplo, una colección de 10,000 a 100,000 cebadores para secuenciar las regiones de SNP) y un producto de programa informático proporcionado en el presente documento en la fabricación de un kit para evaluar células de cáncer para detectar la presencia de una firma de LOH.
La invención se describirá adicionalmente en los siguientes ejemplos, que no limitan el alcance de la invención descrita en las reivindicaciones.
Ejemplos
Ejemplo 1 - Evaluación de regiones de LOH y HDR
Se utilizaron dos conjuntos de tumores de pacientes con cáncer de ovario avanzado. El primer conjunto de 94 tumores (conjunto de entrenamiento) se utilizó para derivar una firma candidata, y el segundo conjunto de 40 tumores (conjunto de validación) se utilizó para validar la firma. Todas las regiones codificantes de los genes BRCA1 y BRCA2 se secuenciaron para detectar mutaciones somáticas y de la línea germinal. Se midieron los niveles de expresión de ARNm de Br Ca 1 y BRCA2 y se realizaron micromatrices de SNP de Affymetrix.
Se utilizó un programa informático para reconstruir el estado de la firma de LOH basándose en las intensidades de los alelos derivadas de los datos de la micromatriz. Se desarrolló e implementó un algoritmo como un programa de computadora para reconstruir regiones de LOH basándose en datos de genotipo (por ejemplo, genotipo SNP).
Un punto del algoritmo fue reconstruir primero los números de copia específicos del alelo (ASCN) en cada locus (por ejemplo, SNP). Los ASCN son el número de copias de alelos maternos y paternos. A continuación, se determinó una región de LOH como un tramo de SNP con uno de los ASCN (paterno o materno) que es cero. El algoritmo se basó en maximizar una función de probabilidad y fue conceptualmente análogo a un algoritmo descrito previamente diseñado para reconstruir el número total de copias (en lugar de ASCN) en cada locus (por ejemplo, SNP). Véase la Solicitud Internacional No. PCT/US2011/026098 otorgada a Abkevish et al. La función de probabilidad se maximizó sobre ASCN de todos los loci, el nivel de contaminación con tejido benigno, el número total de copias promediado en el genoma completo y el nivel de ruido específico de la muestra. Los datos de entrada para el algoritmo incluyeron (1) intensidades de señal normalizadas específicas de la muestra para ambos alelos de cada locus y (2) conjunto de parámetros específicos del ensayo (específicos para diferentes matrices de SNP y para el enfoque basado en la secuencia) definidos en base al análisis de grandes números de muestras con perfiles ASCN conocidos.
Los tumores se definieron como deficientes en HDR para los fines de este análisis si tenían una o más mutaciones perjudiciales en los genes BRCA1 y/o BRCA2 o si tenían una baja expresión de ARNm de BRCA1. El resto de los tumores se definieron como probablemente no deficientes en HDR para los efectos de este análisis.
Se investigó la distribución de las longitudes de las regiones de LOH (Figura 5). Se utilizaron tres categorías de regiones de LOH: (1) LOH que afecta a un cromosoma completo; (2) regiones de LOH grandes (más de aproximadamente 15 Mb), que normalmente afectan a una parte de un brazo cromosómico o al brazo cromosómico completo; y (3) múltiples regiones de LOH cortas (menos de aproximadamente 15 Mb). En segundo lugar, utilizando únicamente el conjunto de entrenamiento, se evaluó el número de regiones de LOH de una de estas tres categorías para detectar posibles correlaciones con la deficiencia de HDR. Se descubrió que (1) el número de regiones de LOH cortas no se correlacionó significativamente con la deficiencia de HDR (p > 0.05); (2) LOH que cubre un cromosoma completo se correlacionó débilmente con la deficiencia de HDR (p = 00011); y (3) el número de grandes regiones de LOH se correlacionó significativamente con la deficiencia de HDR (p = 1.9e-8). Más específicamente, se descubrió que todos los tumores deficientes en HDR tenían un número elevado de regiones de LOH grandes (por ejemplo, nueve o más), mientras que la mayoría de los tumores con probabilidades de no ser deficientes en HDR tenían una pequeña cantidad de regiones de LOH grandes (Figuras 6 -8). Era probable que los tumores que probablemente no fueran deficientes en HDR fueran de hecho deficientes en HDR debido a otras alteraciones genéticas, que excluyen las
mutaciones de BRCA1 y BRCA2 y la baja expresión de ARNm. Además del número de grandes regiones de LOH, la longitud total de estas regiones también se correlacionó significativamente con la deficiencia de HDR.
Estos resultados se confirmaron con el conjunto de validación: (1) el número de regiones de LOH cortas no se correlacionó significativamente con la deficiencia de HDR (p > 0.05); (2) LOH que cubre un cromosoma completo se correlacionó débilmente con la deficiencia de HDR (p = 0.05); y (3) el número de grandes regiones de LOH se correlacionó significativamente con la deficiencia de h Dr (p-3.9e-6).
Los 134 tumores se dividieron a partir de conjuntos de datos de validación y entrenamiento combinados en tres grupos: (1) BRCA deficiente si tenían una o más mutaciones perjudiciales en los genes BRCA1 y/o BRCA2 o si tenían baja expresión de ARNm de BRCA1; (2) HDR deficiente/BRCA intacto si tienen 9 o más regiones de LOH grandes (más de 15 Mb pero menos que la longitud de todo el cromosoma); (3) HDR intacto si tienen menos de 9 regiones de LOH grandes (más de 15 Mb pero menos que la longitud de todo el cromosoma). Los resultados de este análisis se presentan en la Figura 9. Muestra una alta frecuencia de deficiencia de BRCA así como una deficiencia de HDR que no se debe a la deficiencia de BRCA entre los tumores de ovario.
La Figura 10 muestra la distribución de grandes regiones de LOH (más de 15 Mb pero menos que la longitud del cromosoma completo) para diferentes tipos de estirpes de células de cáncer. El tamaño de los círculos es proporcional al número de muestras con dicho número de grandes regiones de LOH. La frecuencia de deficiencia de HDR (estirpes celulares con al menos 9 de estas regiones de LOH grandes) es la más alta entre las estirpes celulares de cáncer de mama y esófago. No se observó deficiencia de HDR entre las estirpes celulares de cáncer de colon. Validando los hallazgos previos para los tumores de ovario, se encontró que todas las estirpes celulares deficientes en BRCA también eran deficientes en HDR.
La Figura 11 muestra la distribución de grandes regiones de LOH (mayores de 15 Mb pero menores que la longitud del cromosoma completo) para el conjunto de datos de tumores pulmonares disponibles públicamente (GSE19399 de Gene Expression Omnibus). Se observó que la frecuencia de la deficiencia de HDR (definida como tener al menos 9 grandes regiones de LOH) es bastante grande entre los tumores de pulmón (39%).
En la Figura 12 se resumen los resultados del análisis de diferentes tumores y estirpes celulares. La frecuencia de la deficiencia de HDR definida como la fracción de muestras con al menos 9 regiones de LOH grandes (más de 15 Mb pero menos que la longitud de todo el cromosoma) se presenta para varios tumores y estirpes celulares. Esta frecuencia es tan alta como el 50% entre los tumores de ovario y no se observó en absoluto entre las estirpes celulares de cerebro y colon. Por tanto, parece que la deficiencia de HDR desempeña una función importante en la mayoría de los cánceres.
Ejemplo 2 - Respuestas a toxicidad de la quimioterapia
En la preparación de los experimentos de respuesta a la quimiotoxicidad, todas las estirpes celulares se cultivaron a 37 °C más CO2 al 5% en matraces de cultivo de tejidos de 75 cm2 (VWR International, Inc. Cat# 353136) y el medio de crecimiento recomendado. Antes de realizar cada experimento, cada estirpe celular se tripsinizó (Invitrogen Corporation Cat# 25200-056), se contó y se sembró en Advanced RPMI 1640 (Invitrogen Corporation Cat# 12633 020), FBS al 3%, penicilina/estreptomicina al 1% (Invitrogen Corporation Cat# 15140-122) a 2500 células o 5000 células en 100 pL de medio por pozo de las columnas 2-12 de microplacas de poliestireno de 96 pozos con fondo transparente (Perkin Elmer Cat# 6005181), dejando solo la columna 1 con 100 pL por pozo de medio solamente. A continuación, las placas sembradas con células se incubaron a 37 °C más CO2 al 5% durante la noche.
Se prepararon dos soluciones madre de trabajo de concentración final de fármaco diferentes. En los casos en los que se requirió DMSO al 100% para la solubilidad del fármaco, se utilizó Advanced RPMI 1640 como diluyente para la concentración más alta. Se utilizó RPMI 1640 avanzado más una cantidad predeterminada de DMSO igual al DMSO total en el material de trabajo de alta concentración para la concentración baja, con un máximo de DMSO al 60% utilizado para la concentración más baja. Esto se hizo para mantener iguales las concentraciones de DMSO en todos los pozos y evitar la muerte celular inespecífica como resultado del DMSO. La menor de las dos concentraciones de fármaco se colocó en una placa de ciclo de PCR de pared delgada de 96 pozos (Robbins Scientific Cat# 1055-00-0) en las filas A-D, columna 12, mientras que la concentración más alta se colocó en las filas E-H, columna 12, del mismo plato. Se realizaron diluciones en serie de 1: 2 o 1: 3 de manera descendente desde la columna 12 a la 3, dejando las columnas 1 y 2 para ser utilizadas para controles sin células/sin fármaco y sin fármaco. Esto permitió puntos de datos cuádruples para cada concentración de fármaco. Una vez que se completaron las diluciones, se transfirieron 5 pl de la placa de dilución al pozo correspondiente de la placa de células sembradas. A continuación, las placas que recibieron fármacos se incubaron a 37 °C más CO2 al 5% durante 3 o 6 días.
Después de un régimen de dosis de 3 o 6 días, se realizaron ensayos de ATPlite (Perkin Elmer Cat# 6016941) sobre cada pozo de cada placa de acuerdo con el protocolo de ensayo ATPLite. Luego, la luminiscencia se leyó sobre una máquina FUSION y se guardó como un archivo CSV. Para cada combinación de línea celular y fármaco, se promediaron las cuatro réplicas del control sin fármaco y se dividieron por 100 para crear un “factor de normalización” utilizado para calcular un porcentaje de supervivencia normalizado. El porcentaje de supervivencia normalizado para
los controles sin fármaco fue del 100%. Se promediaron las cuatro réplicas de los pozos de células más fármaco y se dividieron por el factor de normalización para cada concentración de fármaco. El porcentaje de supervivencia para cada concentración de fármaco, comenzando con una concentración igual a 0, se utilizó para calcular un IC50 utilizando software patentado.
La Figura 13 muestra la respuesta a la quimioterapia para las estirpes celulares de cáncer de mama y de ovario. En el arco del eje y se indican valores de Log-i0(IC50) para diferentes fármacos de quimioterapia (camptotecina, así como resultados promediados para compuestos de platino (oxaliplatino, cisplatino y carboplatino) o antraciclinas (doxorrubicina y epirrubicina)) cuando se exponen a 29 estirpes celulares de cáncer de mama así como Log-i0(IC50) de paclitaxel cuando se exponen a 27 estirpes celulares de cáncer de ovario. En el eje x se indica el número de regiones de LOH grandes de más de 15 Mb y más cortas que el cromosoma completo para estas estirpes celulares. Las líneas discontinuas colocan un número de umbral en nueve.
La Figura 14 es una versión de un gráfico de la Figura 13 que indica la especificidad y sensibilidad entre respondedores y no respondedores al tratamiento con compuestos de platino (oxaliplatino, cisplatino y carboplatino) cuando se expone a 29 estirpes celulares de cáncer de mama. Las líneas discontinuas colocan un número umbral de grandes regiones de LOH de más de 15 Mb y más corto que el cromosoma completo en nueve. La línea continua divide las estirpes celulares en respondedores y no respondedores.
Claims (8)
1. Un método para predecir el estado de los genes BRCA1 y BRCA2 en una célula de cáncer, dicho método comprende:
a) determinar, en el ADN genómico derivado de una célula de cáncer que se ha obtenido de un paciente, el número total de regiones de LOH en al menos un par de cromosomas humanos de dicho ADN que son más largos que una primera longitud pero más cortos que la longitud del cromosoma completo que contiene la región de LOH, en el que dicho al menos un par de cromosomas humanos no es un par de cromosomas sexuales humanos X/Y, en el que dicha primera longitud es aproximadamente 15 o más megabases, y
en el que la célula de cáncer es una célula de cáncer de ovario; y
b) correlacionar dicho número total que es igual a o mayor que un número de referencia que es al menos 9 con una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2, en el que una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2 significa que la secuencia, estructura, expresión y/o actividad del gen o su producto es/son deficientes cuando se comparan con normal.
2. El método de la reivindicación 1, en el que dichas regiones de LOH se determinan en al menos dos, cinco, diez o 21 pares de cromosomas humanos.
3. El método de la reivindicación 1 o 2, en el que dicho número total de regiones de LOH es 9, 15, 20 o más.
4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que dicho número de referencia es al menos 10, 11, 12 o 13.
5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que dicho al menos un par de cromosomas humanos no es el cromosoma humano 17.
6. Un fármaco contra el cáncer que comprende uno o más fármacos seleccionados del grupo que consiste en agentes que dañan el ADN, antraciclinas, inhibidores de topoisomerasa I, y inhibidores de PARP para uso en el tratamiento del cáncer en un paciente que tiene una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2, en el que la determinación de si o no el paciente tiene una mayor probabilidad de una deficiencia en el gen BRCA1 o BRCA2 se lleva a cabo por el método de la reivindicación 1.
7. El fármaco contra el cáncer para uso de acuerdo con la reivindicación 6, en el que el agente que daña el ADN es un fármaco de quimioterapia a base de platino, la antraciclina es epirrubicina o doxorrubicina, el inhibidor de topoisomerasa I es campotecina, topotecán, o irinotecán, o el inhibidor de PARP es olaparib o veliparib.
8. El fármaco contra el cáncer para uso de acuerdo con la reivindicación 7, en el que el agente que daña el ADN es cisplatino, carboplatino, oxalaplatino, o picoplatino.
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