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ES2636369T3 - Variantes de fitasa de Hafnia - Google Patents

Variantes de fitasa de Hafnia Download PDF

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ES2636369T3
ES2636369T3 ES15166896.9T ES15166896T ES2636369T3 ES 2636369 T3 ES2636369 T3 ES 2636369T3 ES 15166896 T ES15166896 T ES 15166896T ES 2636369 T3 ES2636369 T3 ES 2636369T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
phytase
seq
variant
activity
polypeptide
Prior art date
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Active
Application number
ES15166896.9T
Other languages
English (en)
Inventor
Soeren Flensted Lassen
Lars Kobberoee Skov
Leonardo De Maria
Tomoko Matsui
Allan Noergaard
Jesper Vind
Esben Peter Friis
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Novozymes AS
Original Assignee
Novozymes AS
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Filing date
Publication date
Application filed by Novozymes AS filed Critical Novozymes AS
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Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/16Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A23FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23KFODDER
    • A23K20/00Accessory food factors for animal feeding-stuffs
    • A23K20/10Organic substances
    • A23K20/189Enzymes
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A23FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23KFODDER
    • A23K50/00Feeding-stuffs specially adapted for particular animals
    • A23K50/30Feeding-stuffs specially adapted for particular animals for swines
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A23FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
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    • A23K50/00Feeding-stuffs specially adapted for particular animals
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    • A23K50/75Feeding-stuffs specially adapted for particular animals for birds for poultry
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Abstract

Variante de fitasa con al menos 90 % de identidad con residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º:2, tiene propiedades mejoradas en comparación con la SEQ ID N.º:2 respecto a la estabilidad térmica y que comprende al menos una modificación y no más de 30 modificaciones en al menos una posición seleccionada de las siguientes: 1, 5, 9, 12, 63, 69, 132, 138, A132V/Q181L, 186, 192, 207, A132V/E211R, 221, 245, 251, 261,303,348,383 y 401, donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO:2.

Description

DESCRIPCIÓN
Variantes de fitasa de Hafnia Referencia al listado de secuencias 5
[0001] Esta solicitud sontiene un Listado de secuencias de forma legible por rdenador. La forma legible por ordenador se incorpora aquí por referencia.
Campo de la invención 10
[0002] La presente invención se refiere a una fitasa que tiene al menos 90% de identidad con una fitasa derivada de Hafnla alvei, cuya secuencia de aminoácidos se muestra en el listado de secuencias anexo como SEQ ID N.º: 2 y comprende al menos una modificación tal y como se define en las reivindicaciones anexas en comparación con esta fitasa (es decir, es una variante de la misma). La invención también se refiere al ADN que codifica estas 15 fitasas, constructos de ácidos nucleicos, vectores y células huéspedes que comprenden los polinucleótidos al igual que métodos de su producción, al igual que su uso, por ejemplo, en alimento para animales y aditivos de alimento para animales.
Antecedentes de la invención 20
Estado de la técnica
[0003] Las fitasas son enzimas bien conocidas, como lo son las ventajas de añadirlas a productos alimenticios para animales, incluidos seres humanos. Las fitasas se han aislado de muchas fuentes, incluidas varias cepas 25 fúngicas y bacterianas.
[0004] Un objeto de la presente invención es proporcionar polipéptidos alternativos con actividad de fitasa (fitasas) y polinucleótidos que codifiquen los polipéptidos. Las variantes de fitasa de la invención exhiben propiedades modificadas o alteradas preferiblemente mejoradas en comparación con la fitasa progenitora. 30 Ejemplos no limitativos de tales propiedades son: estabilidad (tal como estabilidad del ácido, estabilidad térmica, estabilidad de vapor, estabilidad de granulación y/o estabilidad de proteasa, en particular estabilidad de pepsina), perfil de temperatura, perfil de pH, actividad específica, especificidad de sustrato, rendimiento en alimento para animales (tal como una liberación y/o degradación mejoradas de fitato), susceptibilidad para glicación y/o modelo de glicosilación. 35
[0005] Se conocen varias estructuras tridimensionales de fitasas del tipo fosfato de ácido de histidina (HAP). (por ejemplo, Lim et al. Nature struct. biol. 7, 108-113 (2000). Estas fitasas están estructuralmente relacionadas, pero hay diferencias bastante grandes en las secuencias de aminoácidos.
40
[0006] WO2008/116878 divulga la secuencia de aminoácidos de la fitasa HAP de tipo salvaje de Hafnia alvei DSM 19197 (es decir, SEQ ID N.º:2 en la presente), como SEQ ID N.º:10 en WO2008/116878. La estructura tridimensional de la fitasa HAP de tipo salvaje de Hafnia alvei DSM 19197 también está descrita en WO2008/116878. La estructura se corresponde correctamente con las estructuras conocidas.
45
[0007] Es un objeto de la invención proporcionar fitasas de propiedades modificadas, preferiblemente, mejoradas en comparación con la fitasa progenitora o de referencia de las cuales éstas fueron derivadas.
Resumen del listado de secuencias
50
[0008] En el listado de secuencias, SEQ ID N.º:1 y 2 proporcionan ADN y secuencias de aminoácidos para la fitasa de Hafnia alvei DSMZ 19197.
Resumen de ejemplos
55
[0009] En la especificación se proporcionan los siguientes ejemplos:
Ejemplo 1: preparación de variantes y determinación de actividad
Ejemplo 2: actividad específica
Ejemplo 3: estabilidad de temperatura 60
Ejemplo 4: termoestabilidad
Ejemplo 5: perfil de temperatura
Ejemplo 6: perfil de pH
Ejemplo 7: estabilidad de vapor
Ejemplo 8: actividad residual de glicación
Ejemplo 9: pruebas de estabilidad de granulación
Ejemplo 10: rendimiento en el alimento para animales en un modelo in vitro para pollo para consumo 5
Ejemplo 11: rendimiento en una prueba de cerdo in vivo
Resumen de la invención
[0010] Aquí se describen fitasas con al menos un 76 % de identidad con residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N. º: 2 y que comprenden al menos una modificación en al menos una posición seleccionada de las 10 siguientes 139, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136, 137 ,138, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 15 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 20 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413, donde las posiciones corresponden con las posiciones de as fitasas con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º: 2 con la condición de que la fitasa no sea la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º: 2.
25
[0011] Además, se describen fitasas con un 76 % de identidad con los residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º: 2 y que comprende al menos una modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes: 139, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 30 131, 132, 133, 134, 136, 137 ,138, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 35 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413 y al menos otra modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes: 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 40 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136,137 .138, 139, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 45 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 50 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412, y 413, con la condición de que la fitasa no sea la fitasa con los aminoácidos 1-413 de SEC ID NO:2.
[0012] También se describen fitasas con al menos un 76 % de identidad con residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO: 2 y que comprenden al menos una modificación en al menos una posición seleccionasa de las 55 siguientes modificaciones: 8L,C, 9K,P,S, 10V, 12S,R, 16V, 18K, 25A, 26R,Q, 27A, 28A, 29P,R,K,A, 30P,L, 31I, 32Q,I,L, 33C,N, 35C, 36C, 37D,R,K, 38A, 41T, 45P, 48H,W,N, 49L, 54C,G, 55E, 59R,K, 63C, 66C, 68L, 69E,L, 70E, 74S, 75A, 76R,V, 77K,G,W, 78G,R,K,Q,S, 79L, 81E, 82S, 83G, 92Y, 93P,E,N, 95P,A, 96N,V, 97R, 100W, 101C, 103A, 109D, 111R,K,S, 112S, 115L,M,R,K, 116S,T,N, 117A,Q, 118A,N,E,P,T, 119D,K,E, 120G,L,I,M, 121A,S,T,G,K, 122A,S,T,K, 123P,M,V,A,T, 128N,R, 130L, 131R, 132T,V, 134V, 136Q, 137L, 138N,V, 139C,R, 60 140P, 143C,V, 144R, 148R, 150C, 151D, 160G, 162N,R, 163P, 168V, 172C, 173N, 175N,S 176C,Q, 177C, 178C,E 179C,L,W, 181L, 185R,K, 186S,T, 187E, 190N, 193R, 195L, 198E, 199C, 201C, 202A,K, 203Y,
206G,T,A, 207N,L, 208A, 209S, 211T,R, 215S, 217S,G, 219M,L, 221T,G, 224C, 227Q, 228C,Q, 230E, 234L,R,C,V, 235P, 236C, 239R, 243P, 244P, 245E, 246N, 247D, 248T, 249S,T, 251S,D,E,R, 256D,A, 258Y, 259C, 260L, 261F,Q,A, 268R, 270R, 284P, 285D, 286T, 287P, 288P, 293R,K,N, 298S, 299R, 301M, 308A, 310L, 312A, 313L, 314G, 316P,A, 318E, 319L, 320N, 325C,K, 326C, 331C,S,T, 335E, 343C, 344K, 346S,T, 347R, 348D,E,S,R 354L, 355S,T, 356F, 358C, 360P,Q, 362M, 363C,R,K,V, 365K, 366T, 368C, 369S, 370C, 374C,P, 5 376E, 378K, 380, 382S,T, 383N, 394N, 395E, 396D,E, 401N, 403N y 411S.
[0013] Las variantes de fitasa de la invención presentan propiedades mejoradas en comparación con la representación térmica, tal como estabilidad de calor (estabilidad de temperatura, termoestabilidad), estabilidad de vapor y/o perfil de temperatura. 10
[0014] La invención también se refiere a ADN que codifica estas fitasas, métodos de su producción, al igual que el uso de los mismos, por ejemplo, en el alimento para animales y aditivos de alimento para animales.
Descripción detallada de la invención 15
[0015] En un primer aspecto, la presente invención se refiere a una fitasa con al menos 90 % de identidad con aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º:2 y que comprende al menos una modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes 1, 5, 9, 12, 63, 69, 132, 138, A132V/Q181L, 186, 192, 207, A132V/E211R, 221, 245, 251, 261, 303, 348, 383 y 401 y opcionalmente comprende al menos una modificación en al menos una 20 posición seleccionada de las siguientes: 4, 6, 7, 8, 10, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 133, 134, 136, 137, 139, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 182, 183, 184, 185, 25 187, 189, 190, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 208, 209, 215, 217, 219, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 246, 247, 248, 249, 256, 258, 259, 260, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 384, 385, 386, 30 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413. El porcentaje de identidad se determina como se describe en la sección “Polipéptidos de fitasa, porcentaje de identidad”.
[0016] Los números de posición se refieren a la numeración de posición de la SEQ ID N.º:2, como se describe en la sección "Numeración de posición." Las posiciones correspondientes a estos números de posición SEQ ID 35 N.º:2 en otras fitasas se determinan como se describe en la sección "Identificación de los números de posición correspondientes."
[0017] La fitasa de la invención es una variante de la fitasa de la SEQ ID N.º:2, a saber, no es idéntica a la SEQ ID N.º:2, puesto que comprende al menos una modificación en comparación con la SEQ ID N.º:2. 40
[0018] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención comprende al menos una de las siguientes modificaciones: 8L,C, 9K,P,S, 10V, 12S,R, 16V, 18K, 25A, 26R,Q, 27A, 28A, 29P,R,K,A, 30P,L, 31I, 32Q,I,L, 33C,N, 35C, 36C, 37D,R,K, 38A, 41T, 45P, 48H,W,N, 49L, 54C,G, 55E, 59R,K, 63C, 66C, 68L, 69E,L, 70E, 74S, 75A, 76R,V, 77K,G,W, 78G,R,K,Q,S, 79L, 81E, 82S, 83G, 92Y, 93P,E,N, 95P,A, 96N,V, 97R, 100W, 101C, 103A, 45 109D, 111R,K,S, 112S, 115L,M,R,K, 116S,T,N, 117A,Q, 118A,N,E,P,T, 119D,K,E, 120G,L,I,M, 121A,S,T,G,K, 122A,S,T,K, 123P,M,V,A,T, 128N,R, 130L, 131R, 132T,V, 134V, 136Q, 137L, 138N,V, 139C,R, 140P, 143C,V, 144R, 148R, 150C, 151D, 160G, 162N,R, 163P, 168V, 172C, 173N, 175N,S 176C,Q, 177C, 178C,E 179C,L,W, 181L, 185R,K, 186S,T, 187E, 190N, 193R, 195L, 198E, 199C, 201C, 202A,K, 203Y, 206G,T,A, 207N,L, 208A, 209S, 211T,R, 215S, 217S,G, 219M,L, 221T,G, 224C, 227Q, 228C,Q, 230E, 234L,R,C,V, 235P, 236C, 239R, 50 243P, 244P, 245E, 246N, 247D, 248T, 249S,T, 251S,D,E,R, 256D,A, 258Y, 259C, 260L, 261F,Q,A, 268R, 270R, 284P, 285D, 286T, 287P, 288P, 293R,K,N, 298S, 299R, 301M, 308A, 310L, 312A, 313L, 314G, 316P,A, 318E, 319L, 320N, 325C,K, 326C, 331C,S,T, 335E, 343C, 344K, 346S,T, 347R, 348D,E,S,R 354L, 355S,T, 356F, 358C, 360P,Q, 362M, 363C,R,K,V, 365K, 366T, 368C, 369S, 370C, 374C,P, 376E, 378K, 380, 382S,T, 383N, 394N, 395E, 396D,E, 401N, 403N y 411S. 55
[0019] La nomenclatura usada en este documento para las modificaciones se describe en detalle en la sección "Modificacones, tales como sustituciones, deleciones, inserciones".
[0020] Preferiblemente, la fitasa de la invención que muestra una termoestabilidad mejorada comprende al 60 menos una de las siguientes modificaciones: : 8C, 33C 35C, 36C, 54C, 63C, 66C, 101C, 139C, 143C, 201C, 150C, 172C, 176C, 177C, 178C, 179C, 224C, 228C, 236C, 259C, 325C, 326C, 331C, 343C, 358C, 363C, 368C, 370C, 374C.. Específicamente comprende conjuntos de modificaciones seleccionados de las siguientes:
8C/343C, 139C/201C, 179C/33C, 178C/33C, 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, 368C/374C.
La invención también comprende tal combinación como 8C/343C en combinación con 139C/201C, 179C/33C, 178C/33C, 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales 5 combinaciones como 139C/201C en combinación con 179C/33C, 178C/33C, 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 179C/33C en combinación con 178C/33C, 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales 10 combinaciones como 178C/33C en combinación con 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 172C/35C en combinación con 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 177C/36C en combinación con 15 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 176C/36C en combinación con 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 143C/201C en combinación con 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 20 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 54C/101C en combinación con 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 63C/368C en combinación con 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 66C/370C en combinación con 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 25 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 224C/236C en combinación con 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, o 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 150C/259C en combinación con 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C, or 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 331C/326C en combinación con 358C/325C, 228C/363C, or 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 358C/325C 30 en combinación con 228C/363C, or 368C/374C. La invención también comprende tales combinaciones como 228C/363C en combinación con 368C/374C.
[0021] En formas de realización para mejorar la termoestabilidad, la fitasa comprende una modificación seleccionada de las siguientes: 29P, 30P, 93P, 95P, 140P, 163P, 235P, 243P, 244P, 284P, 287P, 288P, 316P, y 35 360P.
[0022] La fitasa puede comprender también una modificación seleccionada de las siguientes: 8L, 9K, 12S, 16V, 27A, 30L, 32Q, 37D, 38A, 41T, 48W, 49L, 54G, 55E, 75A, 77K, 78G, 93E, 103A, 109D, 128N, 130L, 132T, 134V, 136Q, 137L, 173N, 176Q, 195L, 198E, 206T, 207N, 209S, 211T, 215S, 219M, 221T, 227Q, 228Q, 248T, 258Y, 40 260L, 261Q, 310L, 313L, 314G, 316A, 318E, 319L, 320N, 335E, 354L, 356F, 360Q, 362M, 251S, 363R, 365K, 366T, 369S, 374P, 376E, 378K, and 411 S.
[0023] La fitasa puede comprender también una modificación seleccionada de las siguientes:
9R, 29R,K, 37R,K, 59R,K, 69E, 70E, 78R,K, 81 E, 93E, 111 R,K, 115R,K, 119D, 185R,K,230E, 239R, 245E, 45 251D,E, 293R,K, 348D,E, 363R,K, 395E y 396D,E.
[0024] La fitasa puede comprender también una modificación seleccionada de las siguientes: 12R, 25A, 26R, 28A, 29A, 30L, 45P, 48W, 76R, 97R, 117A, 118A, 119D, 120L, 121A, 122A, 131R, 139R, 148R, 176R, 179L, 187E, 202A, 206A, 207L, 219L, 234R, 251R, 261A, 268R, 270R, 299R, 347R, 256A, 308A, and 312A. 50
[0025] Además, la eficacia de la fitasa se puede mejorar cuando comprende una modificación seleccionada de las siguientes: 31I,120I, I134V, N202K, D203Y y V208A.
[0026] En formas de realización que mejoran la eficiencia de la fitasa, los residuos de aminoácidos entre las 55 posiciones 180 y 189 se han remplazado por pequeños péptidos con una longitud de 4, 5, 6, 7 u 8 residuos de aminoácidos, especialmente, los pentapéptidos QADKP, GEDKP, NGISA, IAGKS, KEKHQ, KEKQQ, KEKKV o KTDKL y o también se han remplazado por un pequeño péptido con una longitud de 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 residuos de aminoácidos, especialmente, el octapéptido TQADTSSP.
60
[0027] En una forma de realización adicional, la fitasa comprende las siguientes combinaciones de modificaciones: 54C/55E/101C, 33C/178E/179C y 33C/175S/176Q/178E/179C
[0028] La fitasa de la invención puede ser una variante de cualquier tipo silvestre de variante de fitasa.
[0029] En concreto, para la fitasa de la SEQ ID NO:2, las siguientes modificaciones pueden estar incluidas:
M31I, 120I, I134V, N202K, D203Y, V208A, Y179W, A221G, R32I, R32L, D77G, D77W, T95A, D111S, K234C, K234V, K251S, H363V, H363R, D293R, Q93E, P348S, Q69L, Q245E, N78Q, K76V, G325K, G325G, A217G, A132T y la siguiente combinación de variantes:
A132V/Q162R, A132V/Q181L, A132V/E211R, A132V/D83G, A132V/A217G, A132V/A217S, 5 E100W/H363R D138V/Y48H, A132V/A217G, A132V/Q162R/Q181L/A217G, P348R/H363R, Q9S/D92Y, Q9P/L10V/D92Y/H115M, Q9P/L10V/D92Y/H115/L, D92Y/H115M, D92Y/H115M/L, D92Y/H115M, E100W/A217G/H363R, A217G/K251S, E100W/A217G/K251S, E100W/K251S, E100W/I555V/A217G, Q9S/E100W/R160G/A217G/H363R, D92Y/E100W/ A217G/H363R, E100W/H115M/A217G/H363R, E100W/A217G/P348R/H363R, Q9S/A89A/ 10 D92Y/H115M/A217G/H363R, N78Q/E100W/A217G/H363R, K76V/N78Q/E100W/A217G/ H363R, D83G/E100W/A217G/H363R, E100W/Y179W/A217G/H363R, E100W/A217G/K234V/ K251E/I286T/H363R, E100W/A217G/K234V/P348R/H363R, Q9S/R18K/A89A/D92Y/H115M/ A217G/K234V/ H363R, Q9S/D92Y/H115M/A217G/K234V/H363R, Q9S/N78Q/D92Y/ L112S/H115M/K234V/P348R/H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/ Q181L/ 15 A217G/K234V/P348R, Q9S/E54C/D92Y/A101C/H143C/Q193R/I201C/ A217G/H363R, E54C/N78S/ D92Y/A101C/H143C/L199C/A217G/ H363R, E54C/A101C/M168V/A217G/ H363R, P82S/D92Y/E100W/H143C/I201C/A217G/H363R, P82S/D92Y/E100W/H143C/I201C/ A217G/H363R, Q9S/N78Q/D92Y/L112S/H115M/A217G/K234V/ P348R/H363R, D92Y/A217G/ K234V/H363R, Y64S/D92Y/E100W/Y179W/A217G/H363R, D92Y/A217G/H363R, Q9S/N78Q/ 20 A89A/D92Y/H115M/A132V/H143C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R, Q9S/N78Q/ A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/Q162R/Q181 L/I201 C/A217G/K234V/ P348R, Q9S/N78Q/ A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/Q162R/Q181L/L199C/A217G/K234V/ L301 M/P348R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H 115M/A132V/Q162R/Y179W/Q181 L/A217G/K234V/P348R, D92Y/E100W/A217G/H363R/+D33C/Y179C, D92Y/E100W/A217G/H363R/+116-25 123(HQQNTQQA->TQADTSSP) = D92Y/E100W/H116T/ Q118A/N119D/Q121S/Q122S/A123P/A217G/H363R,
Q9S/E54C/D92Y/A101C/H143C/Q193R/I201 C/A217G/N298S/H363R +116-123(HQQNTQQA->TQADTSSP) = Q9S/E54C/D92Y/A101C/H116T/Q118A/N119D/Q121S/Q122S/A123P/ H143C/Q193R/I201C/A217G/N298S/H363R, 30
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H 115M/A132V/Q162R/Y179W/A217G/K234V/P348R/H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/Y179W/A217G/K234V/S261F/P348R/ H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/G151D/Q162R/Y179W/Q181L/I201C/ A217G/ K234V/P348R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R, E54C/D92Y/A101C/ M168V/A217G/H363R, Q9S/N78Q/A132V/K139C/Q162R/Y179W/I201 C/A217G/K234L/ 35 P348R/H363R, D92Y/E100W/H143C/A144R/I201C/A217G/N247D/H363R, D92Y/E100W/ H116S/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R, D92Y/E100W/H128R/K139C/H143V/I201C/ A217G/N247D/H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/N206G/A217G/N247D/H363R, D92Y/ E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ Q256D/H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R, 40 D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/N344K/H363R, D92Y/E100W/K139C/A144S/K176E/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R/E54C/H55E/A101C, D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, 45 D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/S284C/H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/T287W/H363R, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/R289M/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R, N78Q/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, 50 D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/P348R/H363R, D92Y/E100W/K139C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, D92Y/E100W/A113G/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, D92Y/E100W/T120G or A*/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R/L395L or V, D92Y/E100W/K139C/I201C/ A217G/K234V/N247D/S284M/H363R, 55 D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R/A366S, D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R, D92Y/E100W/H128R/K139C/I201C/A217G/K234V/N247E/Q256D/H363R, D92Y/E100W/K139C/Q141S/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, D92Y/E100W/K139C/A144S/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R, 60 P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, D92Y/E100W/K139C/D173N/P175S/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/I294T/H363R, D33N/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, 65 D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R,
D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/L199S/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R, Y48H/D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R, E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R, 5 D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/R289W/H363R, Y48H/D92/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/R289W/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R, Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R, 10 Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/R289W/H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152/I201C/A217G/K234V/N247W/R289W/H363R, Y48H/E54C/D92Y/E100W/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/ H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/V208T/A217G/K234V/N247D/ R289W/H363R, 15 T35A/Y48H/E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/ K234V/N247D/R289W/H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/K207Q/V208T/A217G/K234V/N247D/R289W/H 363R, E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/Q256D/H363R, E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/H363R, 20 E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/V208T/A217G/H363R, E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/K139C/I201C/V208T/A217G/H363R, Y48H/E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/V208T/ A217G/K234V/N247D/R289W/H363R, E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/K139C/I201/V208T/A217G/K234V/ 25 N239S/N247D/Q256D/H363R
[0030] La invención también se refiere a un método para la producción de una variante de fitasa, de una fitasa de referencia o progenitora como se ha descrito anteriormente, el método comprende, con la condición de que la variante no sea la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEC ID NO:2, 30
a) mutación del ADN o gen que codifica la fitasa progenitora en una manera por la cual el ADN o gen codifica para dicha sustitución, inserción y/o deleción,
b) conexión operativa de dicho ADN o gen a una o más secuencias de control que dirigen la producción de la fitasa a un huésped de expresión adecuado para crear un constructo de ADN o un vector de expresión recombinante, 35
c) transferencia de dicha construcción o vector a un huésped adecuado,
d) cultivo de dicho huésped para producir la fitasa variante y
e) recuperación de la fitasa,
[0031] Específicamente, el método proporciona variantes con propiedades mejoradas con respecto al 40 rendimiento térmico, incluyendo estabilidad térmica, estabilidad de temperatura, termoestabilidad, estabilidad de vapor, estabilidad de granulación, y/o perfil de temperatura, y/o una eficiencia mejorada, incluyendo un perfil de pH mejorado, una actividad específica mejorada, un modelo de glicosilación alterado, un rendimiento mejorado en el alimento para animales, y/o que incorpora un cambio de un sitio de escisión de proteasa potencial y/o sitio de glicación. 45
Estrategia para preparar variantes
[0032] La estructura de la fitasa de H. alvei DSM 19197 (aminoácidos 1 a 413 de SEQ ID N.º:2) se describe en WO2008/116878. 50
[0033] La estructura fue sometida a simulaciones de dinámica molecular (DM) y cálculos electroestáticos. Las posiciones para puentes disulfuro putativos y prolinas fueron también identificadas, así como otras posiciones de importancia potencial en lo que respecta a las diversas propiedades enzimáticas deseables. Finalmente, los sitios de glicosilación putativa (tramos de NXT o NXS) fueron identificados. 55
[0034] Todas estas sugerencias fueron evaluadas dentro del marco de la estructura modelada y los resultados de la simulación, para la propiedad de termoestabilidad con énfasis particular al final de temperatura alta.
[0035] Las variantes de fitasa correspondientes fueron preparadas a través de métodos conocidos en la técnica y 60 evaluadas como se describe en la parte experimental.
Polipéptidos de fitasa, porcentaje de identidad
[0036] En el presente contexto, una fitasa es un polipéptido con actividad de fitasa, es decir, una enzima que cataliza la hidrólisis de fitato (mioinositol hexakisfosfato) a (1) mioinositol y/o (2) mono-, di-, tri-, tetra- y/o pentafosfatos de los mismos y (3) fosfato inorgánico. 5
[0037] En el presente contexto el término sustrato de fitasa abarca, por ejemplo, ácido fítico y cualquier fitato (sal de ácido fítico), así como los fosfatos listados en el punto (2) más arriba.
[0038] El sitio web de ENZYME en internet (http://www.expasy.ch/enzyme/) es un repositorio de información 10 relativa a la nomenclatura de enzimas. Está basado principalmente en las recomendaciones del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUB-MB) y describe cada tipo de enzima caracterizada para la cual se ha proporcionado un número EC (Comisión Enzimática) (Bairoch A. The ENZYME database, 2000, Nucleic Acids Res 28:304-305). Véase también el manual Enzyme Nomenclature de NC-IUBBM, 1992). 15
[0039] Según el sitio web de ENZYME, se conocen tres diferentes tipos de fitasas: una fitasa denominada 3-fitasa (nombre alternativo 1-fitasa; una mioinositol hexafosfato 3-fosfohidrolasa, EC 3.1.3.8), una fitasa denominada 4-fitasa (nombre alternativo 6-fitasa, nombre basado en el sistema de numeración 1L y no en la numeración 1D, EC 3.1.3.26) y una fitasa denominada 5-fitasa (EC 3.1.3.72). Para los fines de la presente 20 invención, los tres tipos se incluyen en la definición de fitasa.
[0040] En una forma de realización particular, las fitasas de la invención pertenecen a la familia de fosfatasas ácidas histidina (HAP), que incluye la fosfatasa ácida de pH 2, 5 de Escherichia coli (gen appA) así como fitasas fúngicas tales como fitasas A y B de Aspergillus awamorii (EC: 3.1.3.8) (gen phyA y phyB). Las fosfatasas ácidas 25 histidina comparten dos regiones de similitud de secuencia, cada una centrada alrededor de un residuo de histidina conservada. Estas dos histidinas parecen estar implicadas en el mecanismo catalítico de las enzimas. La primera histidina está localizada en la sección N-terminal y forma una histidina de fósforo intermedia mientras la segunda está localizada en la sección C-terminal y posiblemente actúa como donante de protón.
30
[0041] En una forma de realización particular de la invención, las fitasas de la invención tienen un motivo de sitio activo conservado, a saber, R-H-G-X-R-X-P, donde X designa cualquier aminoácido (véanse los aminoácidos 18 a 24 de la SEQ ID N.º: 2). En una forma de realización preferida, el motivo de sitio activo conservado es R-H-G-V-R-A-P, es decir, aminoácidos 18-24 (por referencia a la SEQ ID NO:2) son RHGVRAP.
35
[0042] Para los fines de la presente invención, la actividad de fitasa se determina en la unidad de FYT, siendo una FYT la cantidad de enzima que libera 1 micromol de ortofosfato inorgánico por min. bajo las siguientes condiciones: pH 5,5; temperatura 37°C; sustrato: fitato de sodio (C6 H6 O24 P6 Na12) en una concentración de 0, 0050 mol/l. Ensayos de fitasa adecuados son los ensayos FYT y FTU descritos en el Ejemplo 1 de WO 00/20569. FTU es para determinar la actividad de fitasa en el alimento para animales y premezclas. La actividad 40 de fitasa también puede ser determinada usando los ensayos del Ejemplo 1 ("Determinación de la actividad de la fosfatasa” o "Determinación de la actividad de la fitasa").
[0043] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención está aislada. El término "aislada" como se utiliza en este caso se refiere a un polipéptido que es al menos un 20% puro, preferiblemente al menos un 40% 45 puro, más preferiblemente al menos un 60% puro, incluso aún más preferiblemente al menos un 80% puro, de la forma más preferible al menos un 90% puro, e incluso aún más preferible al menos un 95% puro, según lo determinado por SDS-PAGE. En particular, se prefiere que los polipéptidos estén en "forma esencialmente pura", es decir, que la preparación de polipéptido esté esencialmente liberada de otro material de polipéptido con el cual está originalmente asociada. Esto se puede lograr, por ejemplo, preparando el polipéptido mediante 50 métodos recombinantes bien conocidos o por métodos de purificación tradicional.
[0044] La relación entre dos secuencias de aminoácidos es descrita por el parámetro "identidad". Para fines de la presente invención, la alineación de dos secuencias de aminoácidos se determina mediante el uso del programa Needle del paquete EMBOSS (http://emboss.org) versión 2.8.0. El programa Needle implementa el algoritmo de 55 alineación global descrito en Needleman, S. B. y Wunsch, C. D. (1970) J. Mol. Biol. 48, 443-453. La matriz de sustitución usada es BLOSUM62, la penalización por abertura de espacio es 10 y la penalización por extensión de espacio es 0,5.
[0045] El grado de identidad entre una secuencia de aminoácidos de la presente invención ("secuencia de la 60 invención") y la secuencia de aminoácidos a la que se hace referencia en las reivindicaciones (SEQ ID N.º:2) se calcula como el número de coincidencias exactas en una alineación de las dos secuencias, dividido por la
longitud de la "secuencia de la invención, "o la longitud de la SEQ ID N.º:2, la que sea más corta. El resultado se expresa en porcentaje de identidad.
[0046] Una coincidencia exacta ocurre cuando la "secuencia de la invención" y la SEQ ID N.º:2 tienen residuos de aminoácidos idénticos en las mismas posiciones de la superposición (en el ejemplo de alineación más abajo 5 esto está representado con "I"). La longitud de una secuencia es el número de residuos de aminoácidos en la secuencia (por ejemplo, la longitud de los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º:2 es 413).
[0047] Para obtener una explicación más detallada, se hace referencia a WO 2007/112739 en la página 7, línea 24 a página 8, línea 5. 10
[0048] En formas de realización particulares de la fitasa de la invención, el grado de identidad con SEQ ID N.º:2 es al menos 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% o al menos 99%. En otras formas de realización particulares adicionales, el grado de identidad es al menos 98,0%, 98,2%, 98,4%, 98,6%, 98,8%, 99,0%, 99,1%, 99,2%, 99,3%, 99,4%, 99,5%, 99,6%, 99,7%, 99,8% o al menos 99,9%. En formas de realización alternativas, el 15 grado de identidad es al menos un 70 %, 71 %, 72 % o al menos un 73 %.
[0049] Todavía en otras formas de realización particulares, la fitasa de la invención no tiene más que 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o no más de 10 modificaciones en comparación con SEQ ID N.º:2 no más de 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, o no mas de 20 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no mas de 21, 22, 23, 24, 25, 26, 20 27, 28, 29, o no mas de 30 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no mas de 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 o no más de 40 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 o no mas de 50 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, o no más de 60 modificaciones en comparacción con la SEQ ID NO:2; no más de 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 o no más de 70 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 71, 25 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, o no más de 80 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89 o no más de 90 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 o no más de 100 modificaciones en comparación con la SEQ ID NO:2; no más de 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109 o no más de 110 modificaciones en comparación con la SEQ ID N.º:2. 30
Numeración de posición
[0050] La nomenclatura usada en este documento para definir las posiciones de aminoácidos se basa en la secuencia de aminoácidos de la fitasa derivada de Hafnia alvei DSM 19197, cuya secuencia madura se da en el 35 listado de secuencia como la SEQ ID N.º:2 (aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º:2). Por consiguiente, en el presente contexto, la base para numerar posiciones es SEQ ID N.º:2 comenzando con S1 y finalizado con P413.
[0051] Cuando en este documento se usa el término parte (o secuencia) "madura", se refiere a la parte del polipéptido que es segregada por una célula que contiene, como parte de su equipamiento genético, un 40 polinucleótido que codifica el polipéptido. En otras palabras, la parte madura del polipéptido se refiere a la parte del polipéptido que permanece después de que la parte de péptido señal, así como una parte de propéptido, si la hay, ha sido escindida. La parte de péptido señal puede ser predicha por programas conocidos en la técnica (por ejemplo, SignalP). La SEQ ID N.º:2 es la parte madura prevista. Generalmente, el primer aminoácido de la parte madura de una enzima se puede determinar mediante la secuenciación N-terminal de la enzima purificada. 45 Cualquier diferencia entre la parte de péptido señal y la parte madura debe entonces deberse a la presencia de un propéptido.
Modificaciones, tal como sustituciones, deleciones, inserciones
50
[0052] Una variante de fitasa puede comprender varios tipos de modificaciones en relación a un molde (es decir, una fitasa de referencia o progenitora, o una secuencia de aminoácidos comparativa tal como la SEQ ID N.º:2): un aminoácido puede ser sustituido por otro aminoácido; un aminoácido puede ser eliminado; un aminoácido puede ser insertado entre dos residuos; al igual que cualquier combinación de cualquier número de modificaciones de este tipo. En el presente contexto, el término "inserción" tiene como objetivo abarcar también 55 las extensiones N- y/o C-terminales.
[0053] La nomenclatura general usada en este documento para una única modificación es la siguiente: XDcY, donde "X" e "Y" designan independientemente un código de aminoácido de una sola letra, o un "*" (deleción de un aminoácido), "D" designa un número y "c" designa un contador alfabético (a, b, c, etcétera), que únicamente 60 está presente en inserciones. Se hace referencia a la Tabla 1 a continuación que describe ejemplos puramente hipotéticos de la aplicación de esta nomenclatura para varios tipos de modificaciones.
Tabla 1 Ejemplos de nomenclatura
Tipo
Descripción Ejemplo
Sustitución
X=Aminoácido en molde G80A
D=Posición en el molde c vacío
Y=Amino ácido en la variante
Inserción
X="*" *80aT *80bY *85aS
D=Posición en el molde antes de la inserción
c="a" para primera inserción a esta posición, "b" para siguiente, etc.
Deleción
X=Aminoácido en molde V81*
D=Posición en el molde c vacío
Y="*"
Extensión N-terminal
Inserciones en la posición "0". *0aA *0bT *0cG
Extensión C-terminal
Inserciones después del aminoácido N-terminal *275aS *275bT
[0054] Como se explica más arriba, el número de posición ("D") se cuenta a partir del primer residuo de aminoácido de la SEQ ID N.º:2.
5
[0055] Las diferentes alteraciones en la misma secuencia se separan por "/" (barra), por ejemplo, la designación"1*/2*/3*" significa que los aminoácidos en el número de posición 1, 2 y 3 se eliminan todos y la designación "104A/105F" significa que el aminoácido en el número de posición 104 se sustituye por A y el aminoácido en el número de posición 105 se sustituye por F.
10
[0056] Las alteraciones alternativas se separan por ", " (coma), por ejemplo, la designación "119R,K" significa que el aminoácido en la posición 119 se sustituye por R o K.
[0057] Las comas usadas en este documento en otras varias enumeraciones de posibilidades significan lo que estas normalmente hacen gramaticalmente, a saber, frecuentemente y/o. Por ejemplo, la primera coma en el 15 listado "53V, Q, 121 D y/o 167Q" denota una alternativa (V o Q), mientras que las dos comas siguientes deberían ser interpretadas como opciones y/o: 53 V o 53Q y/o 121 D y/o 167Q.
[0058] En el presente contexto, "por lo menos uno" (por ejemplo, modificación) significa una o más, por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 modificaciones; o 12, 14, 15, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 28 o 30 modificaciones. Las 20 variantes de fitasa de la invención, no obstante, todavía deben ser por lo menos un 90% idénticas a la SEQ ID N.º:2, siendo determinado este porcentaje como se ha descrito anteriormente.
[0059] Una sustitución o extensión sin ninguna indicación de con qué sustituir o extender se refiere a la inserción de cualquier aminoácido natural, o no natural, excepto el que ocupa esta posición en el molde.
Identificación de los números de posición correspondientes
[0060] Como se ha explicado anteriormente, la fitasa madura de Hafnia alvei DSM 19197 (SEQ ID N.º:2) se usa 5 como el estándar para la numeración de posición y, de ese modo, también para la nomenclatura.
[0061] Para otra fitasa, en particular una variante de fitasa de la invención, la posición correspondiente a la posición D en la SEQ ID N.º:2 se encuentra alineando las dos secuencias como se ha especificado anteriormente en la sección titulada "Polipéptidos de fitasa, porcentaje de identidad". A partir de la alineación, la 10 posición en la secuencia de la invención correspondiente a la posición D de la SEQ ID N.º:2 se puede identificar claramente y sin ambigüedad (las dos posiciones en la parte superior de cada una en la alineación).
[0062] A continuación, se incluyen algunos ejemplos adicionales, puramente hipotéticos, que se derivan de la anterior Tabla 1 que incluye en la tercera columna varias alineaciones de dos secuencias: 15
Nótese la tercera celda en la primera fila de la Tabla 1: la secuencia superior es el molde, la inferior es la variante. El número de posición 80 se refiere al residuo de aminoácido G en el molde. El aminoácido A ocupa la posición correspondiente en la variante. Por consiguiente, esta sustitución es designada G80A.
[0063] Nótese ahora la tercera celda en la segunda fila de la Tabla 1: la secuencia superior es otra vez el molde 20 y la inferior, la variante. El número de posición 80 se refiere de nuevo al residuo de aminoácido G en el molde. La variante tiene dos inserciones, a saber, TY, después de G80 y antes de V81 en el molde. Mientras que la T y la Y, por supuesto, tendrían su propio número de posición "real" en la secuencia de aminoácidos variante, para los fines presentes siempre se hace referencia a los números de posición de molde y por consiguiente, se dice que la T y la Y están en el número de posición 80a y 80b, respectivamente. 25
[0064] Finalmente, nótese la tercera celda en la última fila de la Tabla 1: el número de posición 275 se refiere al último aminoácido del molde. Se dice que una extensión C-terminal de ST está en el número de posición 275a y 275b, respectivamente, aunque, nuevamente, por supuesto tienen su propio número de posición "real" en la secuencia de aminoácidos variante. 30
Propiedades modificadas, referencia o fitasa progenitora
[0065] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención tiene propiedades alteradas o modificadas, preferiblemente, mejoradas. Los términos "alterado”, modificado" y "mejorado" implican una comparación con la 35 SEQ ID N.º:2.
[0066] Ejemplos no limitativos de propiedades que son modificadas, preferiblemente mejoradas, son los siguientes: termoestabilidad, estabilidad de vapor, estabilidad de granulación, perfil de pH, actividad específica, rendimiento en el alimento para animales, sensibilidad de proteasa y/o modelo de glicosilación. La fitasa de la 40 invención tiene una estabilidad térmica mejorada, perfil de temperatura, y/o puede incorporar cambios de sitios de división de una proteasa potencial para reduicr la sensibilidad de la proteasa. Especialmente el rendimiento térmico, incluyendo la estabilidad térmica, estabilidad de temperatura, termoestabilidad, estabilidad de vapor, y/o estabilidad de granulación se considera una importante característica o propiedad.
45
Rendimiento térmico
Estabilidad de temperatura
[0067] La estabilidad de temperatura se puede determinar como se describe en el Ejemplo 3 determinando la 50 actividad residual tras la incubación durante 30 minutos a temperaturas de 70° C a 80° C.
Termoestabilidad
[0068] La termoestabilidad se puede determinar como se describe en el Ejemplo 4, es decir, usando mediciones 55 de calorimetría diferencial de barrido (DSC, por sus siglas en inglés) para determinar la temperatura de desnaturalización, Td, de la proteína de fitasa purificada. La Td es indicativa de la termoestabilidad de la proteína: cuanto más alta sea la Td, más alta será la termoestabilidad. Por consiguiente, en una forma de realización preferida, la fitasa de la invención tiene una Td que es superior a la Td de una fitasa de referencia, donde la Td se determina en las muestras de fitasa purificada (preferiblemente con una pureza de al menos 90% 60 o 95%, determinado por SDS-PAGE).
Estabilidad térmica
[0069] La estabilidad térmica se puede determinar como se describe en el Ejemplo 5 determinando el perfil de temperatura/actividad de las fitasas variantes.
Estabilidad de vapor 5
[0070] La estabilidad de vapor se puede determinar como se describe en el ejemplo 7 determinando la actividad residual de las moléculas de fitasa después del tratamiento de vapor a 85°C o 90°C durante un tiempo breve.
Estabilidad de granulación, 10
[0071] Estabilidad de granulación se puede determinar como se describe en el ejemplo 9 usando granulado enzimático premezclado con alimento para animales. Esta premezcla se mezcla con alimento para animales. Del mezclador la alimento para animales se acondiciona con vapor a 95° C. Después de la preparación, el alimento para animales se prensa en gránulos y se determina la actividad residual. 15
[0072] En formas de realización preferidas, las propiedades térmicas tales como estabilidad térmica, estabilidad de temperatura, termoestabilidad, estabilidad de vapor y/o estabilidad de granulación según se proporcionan por la actividad residual, la Td u otro parámetro de la fitasa de la invención es superior al valor correspondiente, como la actividad residual o Td, de la fitasa de SEQ ID N.º:2, más preferiblemente al menos 101% del mismo, o 20 al menos 102%, 103%, 104%, 105%, 106%, 107%, 108%, 109% o al menos 110% del mismo. Incluso más preferiblemente, el valor del parámetro, tal como actividad residual o Td, de la fitasa de la invención es al menos 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180% o al menos 190% del valor para la fitasa de SEQ ID N.º:2.
[0073] En formas de realización particulares, la fitasa termoestable de la invención tiene una temperatura de 25 fusión, Tm (o una temperatura de desnaturalización, Td), como se determina usando calorimetría diferencial de barrido (DSC, por sus siglas en inglés) como se describe en los Ejemplos (es decir, en 20 mM de acetato sódico, pH 4,0), de al menos 50° C. En otras formas de realización adicionales, la Tm es al menos 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 62,5. 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 o al menos 100° C. Las mediciones de DSC también se 30 pueden realizar como se describe en los Ejemplos.
[0074] La estructura descrita en PCT/EP2008/053561 fue usada para identificar posiciones que se seleccionan para modificación. La estructura fue también comparada con otras estructuras de fitasa HAP conocidas para el mismo fin. 35
[0075] Usando simulaciones de Dinámica Molecular para analizar movilidades a altas temperaturas, se identificó que las siguientes posiciones para modificación proporcionan propiedades térmicas mejoradas: 4, 5, 6, 7, 8, 9, 26, 27, 28, 29, 30, 32, 33, 37, 38, 39, 40, 41, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 91, 108, 109, 110, 111, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 131, 132, 133, 134, 138, 139, 140, 144, 145, 147, 148, 149, 150, 40 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 163, 175, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 193, 194, 196, 198, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 285. 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 319, 320, 322, 324, 343, 344, 345, 346, 347, 364, 365, 366, 367, 369, 370, 371, 372, 373, 375, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 396, 397, 400, 403, 404, 408, 409, 412 y 413. 45
[0076] Concretamente se propone que las modificaciones en algunas de estas posiciones son seleccionadas de las siguientes: 8L,C,M,Y, 9K,P,S, 26R,Q,H, 27A, 28A, 29P,R,K,A, 30P,L, 32Q,I,L, 33C,N, 37D,R,K, 38A, 41T,Q, 69E,L, 70E, 72A, 74S, 75A, 76R,V,N, 77K,G,W,Q, 78G,R,K,Q,S,T, 79L, 81E, 82S, 83G, 109D,G, 111R,K,S, 117A,Q, 118A,N,E,P,T, 119D,K,E, 120G,L,I, M, 121A,S,T,G,K, 122A,S,T,K, 131 R,Q, 132T,V, 134V, 138N,V, 50 139C,R, 140P, 144R, 148R, 150C, 151D, 152A,G,T,I, 160G, 163P,K, 175N,S 178C,E 179C,L,W, 181L, 185R,K, 186S,T, 187E, 190N, 193R, 198E, 201C,G,V, 202A,K, 203Y, 206G,T,A, 207N,L,Q,R, 234L,R,C,V,E, 235P, 236C, 239R,K, 242S, 243P, 244P, 285D, 286T, 287P, 288P, 289W, 293R,K,N, 294L, 319L, 320N, 343C, 344K, 346S,T, 347R, 365K, 366T, 369S,D, 370C, 382S,T, 383N, 396D,E,K 403N y 411S.
55
[0077] Sobre la base de las comparaciones con otras fitasas conocidas, se identificó que las siguientes posiciones son capaces de proporcionar propiedades térmicas mejoradas, tales como termoestabilidad: 12, 16, 48, 49, 54, 55, 77, 93, 100, 103, 128, 130, 136, 137, 173, 176, 195, 209, 211, 215, 219, 221, 227, 228, 248, 251, 258, 260, 261, 310, 313, 314, 316, 318, 335, 354, 356, 360, 362, 363, 374, 376, 378 y 411.
60
[0078] De las comparaciones concretamente se indica que las sustituciones deberían ser elegidas entre las siguientes 12S, 16V, 48W, 49L, 54G, 55E, 77K, 93E, 100W, 103A, 128N, 130L, 1360,137L, 173N, 1760,195L,
209S, 211T, 215S, 219M, 221T, 2270, 2280,248T, 251S, 258Y, 260L, 261Q, 310L, 313L, 314G, 316A, 318E, 335E, 354L, 356F, 360Q, 362M, 363R, 374P, 376E, 378K y 411 S.
[0079] En relación con variantes producidas de la fitasa de SEQ ID N.º:2 las modificaciones deberían ser elegidas de las siguientes: K12S, L16V Y48W, 149L, E54G, H55E, D77K, Q93E, L103A, H128N, V130L, S136Q, 5 M137L, D173N, K1760, M195L, A209S, E211T, G215S, T219M, A221T, E227Q, H228Q, S248T, K251S, D258Y, M260L, S261Q, I310L, I313L, S314G, M316A, G318E, A335E, M354L y356F, A360Q, L362M, H363R, A374P, S376E, R378K y/o Q411S.
[0080] En formas de realización particulares, donde los puentes disulfuro se crean en la molécula, se prevé una 10 termoestabilidad mejorada de las siguientes variantes de una fitasa con al menos 76% identidad para residuos de aminoácidos 2-413 de SEQ ID N.º:2: 8C/343C, 139C/201C, 179C/33C, 178C/33C, 172C/35C, 177C/36C, 176C/36C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 331C/326C, 358C/325C, 228C/363C y 368C/374C.
15
[0081] De forma similar, una termoestabilidad mejorada es también prevista de la sustitución de residuos de prolina por los residuos existentes en posiciones seleccionadas. Esto se prevé de las siguientes variantes de fitasa: 29P, 30P, 93P, 95P, 140P, 163P, 235P, 243P, 244P, 284P, 287P, 288P, 316P y 360P. Específicamente para modificaciones en la SEQ ID N.º:2, las siguientes modificaciones deberían mejorar la termoestabilidad: Q29P, T30P, Q93P, K95P, S140P, A163P, V235P, E243P, Q244P, S284P, T287P, S288P, M316P y A360P. 20
[0082] También, la optimización de residuos cargados es capaz de mejorar las propiedades térmicas, como la termoestabilidad. La optimización se refiere a las interacciones de carga-carga en la superficie de la molécula de fitasa.
25
[0083] A continuación, se presentan tres grupos de sustituciones para modificar las fitasas progenitora o de referencia con al menos 76% de identidad con los residuos de aminoácidos 1-413 de SEQ ID N.º:2 con residuos como se indica. Los residuos cuya carga puede ser invertida, los residuos cambiaron a una carga negativa y los residuos para ser cambiados a una carga positiva son:
30
Inversión de carga
[0084] D111R,K, K251 D,E y D293R.K.
Cambio a negativo 35
[0085] Q69E, Q70E, T81E, Q93E, N119D, Q230E, Q245E, P348D,E, L395E y S396D,E.
Cambio a positivo
40
[0086] Q9R, Q29R,K, H37R,K, L59R,K, N78R,K, H115R,K, I185R,K, N239R y H363R,K.
Perfil de temperatura/estabilidad de temperatura
[0087] Si una fitasa de la invención tiene o no un perfil de temperatura modificada en comparación con una fitasa 45 de referencia, se puede determinar como se describe en el Ejemplo 5. Por consiguiente, en una forma de realización particular, la fitasa de la invención tiene un perfil de temperatura modificada en comparación con una fitasa de referencia, donde el perfil de temperatura se determina como actividad de fitasa como una función de temperatura en el fitato de sodio a pH 5,5 en el intervalo de temperatura de 20-90° C (en pasos de 10° C). Un tampón preferido es en un tampón de 0,25 M de Na-acetato pH 5,5. La actividad a cada temperatura es indicada 50 preferiblemente como actividad relativa (en %) normalizada al valor a temperatura óptima. La temperatura óptima es la temperatura dentro de las temperaturas evaluadas (es decir, aquellas con saltos de 5-10° C) donde la actividad es máxima.
Perfil de pH 55
[0088] Si una fitasa de la invención tiene o no un perfil de pH alterado en comparación con una fitasa de referencia se puede determinar como se describe en los Ejemplos. Por consiguiente, una fitasa de la invención tiene un perfil de pH alterado en comparación con una fitasa de referencia, donde el perfil de pH se determina como actividad de fitasa como una función de pH en fitato de sodio a 37° C en el intervalo de pH de 2, 0 a 7,5 60 (en pasos de unidad de pH de 0,5). Un tampón preferido es un cóctel de 50 mM de glicina, 50 mM de ácido
acético y 50 mM de Bis-Tris. La actividad en cada pH es indicada preferiblemente como actividad relativa (en %) normalizada al valor de pH óptimo.
[0089] Un ejemplo de un perfil de pH alterado es donde la curva del pH (actividad relativa como función de pH) se desplaza hacia un pH más alto, o más bajo. Las sustituciones preferidas que proporcionan un cambio de 0,5 5 unidades de pH a un pH más alto en comparación con la fitasa de referencia de la SEQ ID N.º:2. No obstante, para ciertos fines, puede ser preferible proporcionar un cambio de 0,5 unidades de pH hacia un pH inferior en comparación con la fitasa de referencia de SEQ ID N.º2.
[0090] Otro ejemplo de un perfil de pH alterado es donde el pH óptimo es cambiado, en dirección hacia arriba o 10 hacia abajo.
[0091] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención puede tener un perfil de pH alterado en comparación con una fitasa de referencia. Más en particular, el perfil de pH está modificado en el intervalo de pH de 3,5-5,5. Todavía más en particular, la actividad a pH 4,0; 4,5; 5,0 y/o 5,5 está a un nivel de al menos un 50%, 15 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, o al menos un 95% de la actividad al pH óptimo.
Actividad específica
[0092] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención puede tener una actividad específica 20 mejorada en relación a una fitasa de referencia. Más en particular, la actividad específica de una fitasa de la invención es al menos un 105%, en relación a la actividad específica de una fitasa de referencia determinada por el mismo procedimiento. En otras formas de realización particulares adicionales, la actividad específica relativa es al menos 110, 115, 120, 125, 130, 140, 145, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 220, 240, 260, 280, 300, 350 o incluso un 400%, todavía en relación a la actividad específica de la fitasa de referencia como se determina 25 mediante el mismo procedimiento.
[0093] En la alternativa, el término actividad específica alta se refiere a una actividad específica de al menos 200 FYT/mg de proteína enzimática (PE). En formas de realización particulares, la actividad específica es al menos 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 30 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 o 3000 FYT/mg de PE.
[0094] La actividad específica se mide en muestras altamente purificadas (un gel de poliacrilamida SDS debería mostrar la presencia de un único componente). La concentración de proteína enzimática se puede determinar por análisis de aminoácido y la actividad de fitasa en las unidades de FYT se puede determinar como se 35 describe en el Ejemplo 1. La actividad específica es una característica de la variante de fitasa específica en cuestión y se calcula como la actividad de fitasa medida en unidades FYT por mg de proteína enzimática de variante de fitasa. Véanse los Ejemplos para obtener más detalles.
[0095] En formas de realización particulares, una actividad específica modificada se espera de las siguientes 40 variantes de la fitasa de la SEQ ID N.º:2, en la que, en orden de preferencia, el bucle entre los residuos 115 y 127 (HQQNTQQADPL) que da al sitio activo es sustituido por un bucle seleccionado de, por ejemplo, HQEKMGTMDPT, HQQDIKQVDSL, HQPEIGKMDPV, TQADTSSPDPL, HQQDIKQADPL, TQTDTSSPDPL, NQADLKKTDPL.
45
Rendimiento en el alimento para animales
[0096] En una forma de realización, la fitasa de la invención tiene un rendimiento mejorado en el alimento para animales en comparación con una fitasa de referencia. El rendimiento en el alimento para animales se puede determinar por el modelo in vitro de los Ejemplos. Por consiguiente, en una forma de realización, la fitasa de la 50 invención tiene un rendimiento mejorado en el alimento para animales, donde el rendimiento se determina en un modelo in vitro, preparando muestras de alimento para animales compuestas por un 30% de harina de soja y 70% de harina de maíz con CaCl2 añadido a una concentración de 5 g de calcio por kg de alimento para animales; preincubándolos a 40° C y pH 3,0 durante 30 minutos seguidos de adición de pepsina (3000 U/g de alimento para animales) y fitasa; incubando las muestras a 40° C y pH 3,0 durante 60 minutos seguidos de pH 55 4,0 durante 30 minutos; parando las reacciones; extrayendo ácido fítico y inositol fosfatos mediante adición de HCl a una concentración final de 0,5 M e incubación a 40° C durante 2 horas, seguido de un ciclo de congelación-descongelación y 1 hora de incubación a 40° C; separando ácido fítico e inositol fosfatos mediante cromatografía iónica de alto rendimiento; determinando la cantidad de fósforo de fitato residual (IP6-P); calculando la diferencia en IP6-P residual entre la fitasa tratada y una muestra en blanco de una fitasa no tratada 60 (esta diferencia es IP6-P degradado) ; y expresando el IP6-P degradado de la fitasa de la invención relativo al IP6-P degradado de la fitasa de referencia.
[0097] La fitasa de la invención y la fitasa de referencia son, por supuesto, dosificadas en la misma cantidad, preferiblemente en base a unidades de actividad de fitasa (FYT). Una dosificación preferida es 125 FYT/kg de alimento para animales. Otra dosificación preferida es 250 FYT/kg de alimento para animales. Las fitasas se pueden dosificar en la forma de fitasas purificadas, o en la forma de sobrenadantes de fermentación. Las fitasas 5 purificadas tienen preferiblemente una pureza de al menos un 95%, como se determina mediante SDS-PAGE.
[0098] Preferiblemente, el valor de IP6-P degradado de la fitasa purificada de interés, en relación al valor IP6-P degradado de la fitasa de referencia, es al menos 101%, o al menos 102%, 103%, 104%,105%, 110%, 115%, o al menos 120%. Aún en formas de realización adicionales, el valor IP6-P degradado de la fitasa purificada de la 10 invención, en relación al valor IP6-P degradado de la fitasa de referencia, es al menos 125%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, o al menos 200%. Preferiblemente, el valor IP6-P degradado de la fitasa de la invención, en relación al valor degradado IP6- P de la fitasa de la SEQ ID N.º:2, es al menos un 105%, 110%, 113%, 115%, 120%, 125%, o al menos un 130%.
15
[0099] El rendimiento relativo de una fitasa de la invención también se puede calcular como el porcentaje del fósforo liberado por la fitasa de referencia.
[0100] Aún en otra forma de realización, el rendimiento relativo de una fitasa de la invención puede también ser calculado como el porcentaje del fósforo liberado por la fitasa de la invención, relativo a la cantidad de fósforo 20 liberado por la fitasa de referencia.
[0101] Aún en otras formas de realización particulares, el rendimiento relativo de una fitasa de la invención es al menos 105%, preferiblemente al menos 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, o al menos 200%.
25
Reducción en la glicación
[0102] La glicación no enzimática es un proceso postranslacional espontáneo en el cual los azúcares reductores se enlazan de manera covalente a grupos amino libres en proteínas principalmente en residuos de lisina (K). Para reducir la glicación dando como resultado una reducción de actividad de la fitasa, la actividad se mejora por 30 substitución de determinados residuos de aminoácido, tal como Lys.
[0103] Por lo tanto, se propone hacer una o varias de las siguientes modificaciones en la fitasa de SEQ ID N.º2: K12R,Q, K26R,Q, K45P, K76R,Q, K97R,Q, K131R,Q, K139R,Q, K148R,Q, K176R,Q, K187E, K207L, K234R,Q, K251R,Q, K268R,Q, K299R,Q, K347R,Q, S261A, T308A, T25A, T28A, T30L, T219L, T120L, N202A, N206A, 35 N270R,Q, N312A, N119D, Q256A, Q29A, Q121A, Q122A, Q117A, Q118A y48W y Y179L. Modificaciones específicamente preferidas con respecto a esta mejora en la eficiencia son las modificaciones K26Q y K26R.
Sensibilidad de proteasa reducida
40
[0104] En una forma de realización particular, la fitasa de la invención puede tener una sensibilidad de proteasa reducida. Más en particular, tiene una sensibilidad reducida hacia el pepsina y la tripsina de las proteasas, lo que significa una tendencia reducida para volverse dividida por estas proteasas.
[0105] Las posiciones para ser modificadas en este aspecto se indican en la tabla 2 a continuación. 45
Tabla 2 Posiciones de modificar sensibilidad de proteasa
Pepsina
Pepsina
Tripsina
F8
W42 R22
L46
Y48 K26
L73
L74 K45
L112
F174 K76
L126
W237 K131
L157
L323 R160
L188
L379 K176
W321
K187
L368
K234
L370
L395
[0106] Para reducir la sensibilidad hacia la pepsina, el residuo de aminoácido debería ser modificado a un aminoácido diferente de F, L, W o Y. En el caso de la tripsina, debe ser modificado a un residuo de aminoácido diferente de R o K.
5
Modelo de glicosilación
[0107] La glicosilación es un fenómeno que solo se observa cuando las proteínas se expresan en eucariotas tales como hongos y plantas transgénicas, pero no en procariotas tales como bacterias. Hay varios tipos de glicosilación, pero en el presente contexto el más pertinente es la N-glicosilación, es decir, la glicosilación ligada 10 a asparagina donde los azúcares se unen a una proteína, empezando por una molécula de N-acetiglucosamina unida a asparaginas. Se ha descubierto que la N-glicosilación solo tiene lugar en asparaginas que en la secuencia son parte de los siguientes tripéptidos: N-X-T o N-X-S, donde X designa cualquier aminoácido.
[0108] Se ha observado que la termoestabilidad se puede mejorar para fitasas expresadas en hongos alterando 15 los sitios de glicosilación potenciales.
[0109] Por consiguiente, la presente invención también se refiere a variantes de fitasa con un modelo de glicosilación modificado, preferiblemente sitios de N-glicosilación modificados. Se espera que la glicosilación modificada confiera una termoestabilidad mejorada en la variante de fitasa, cuando se expresa en un hongo. 20
[0110] Ejemplos de fitasas son las fitasas bacterianas, por ejemplo, fitasas gram-negativas, tales como E.coli y fitasas de Citrobacter y Hafnia y variantes de las mismas, incluidas las fitasas de la presente invención. Ejemplos de huéspedes de expresión fúngica son Pichia, Saccharomyces y especies de Aspergillus.
[0111] En formas de realización particulares, se espera un modelo de glicosilación modificada de las siguientes 25 fitasas de la invención:
Eliminación de un sitio de glicosilación
Número res.
Tipo res. Cambiar a
285
Asn Asp
Nuevos sitios de glicosilación: NXX
Número res.
Tipo res. Cambio a
121
Gln Ser,Thr
186
Gly Ser,Thr
249
Leu Ser,Thr
331
Pro Ser,Thr
346
Gly Ser, Thr
355
Val Ser, Thr
382
Pro Ser, Thr
30
Creación de nuevos sitios de glicosilación del tipo XXT
Número res.
Tipo res. Cambio a
33
Asp Asn
48
Tyr Asn
93
Gln Asn
96
Arg Asn
118
Gln Asn
320
Thr Asn
Creación de nuevos sitios de glicosilación del tipo XXS
Número res.
Tipo res. Cambiar a
138
Asp Asn
162
Gln Asn
175
Pro Asn
190
Asp Asn
246
Trp Asn
293
Asp Asn
383
Gly Asn
394
Pro Asn
401
Leu Asn
403
Ser Asn
Estabilidad del vapor
5
[0112] La termoestabilidad es un parámetro importante, pero asociada a esta la estabilidad del vapor también es importante. En este aspecto, se hace referencia al Ejemplo 8 más abajo.
Variantes hipoalergénicas
10
[0113] En una forma de realización específica, las fitasas de la presente invención son (también) variantes hipoalergénicas, diseñadas para recurrir a una respuesta inmunológica reducida cuando es expuesta a animales, incluido el hombre. El término respuesta inmunológica debe ser entendido como cualquier reacción del sistema inmunológico de un animal expuesto a la variante de fitasa. Un tipo de respuesta inmunológica es una respuesta alérgica que conduce a niveles aumentados de IgE en el animal expuesto. Las variantes hipoalergénicas pueden 15 ser preparadas usando técnicas conocidas en la técnica. Por ejemplo, la variante de fitasa se puede conjugar con partes de protección de fracciones poliméricas o epítopos de la variante de fitasa implicados en una respuesta inmunológica. La conjugación con polímeros puede implicar acoplamiento químico in vitro del polímero a la variante de fitasa, por ejemplo, como se describe en WO 96/17929 , WO 98/30682, WO 98/35026 y/o WO 99/00489. La conjugación puede además o alternativamente a estos implicar un acoplamiento in vivo de 20 polímeros a la variante de fitasa. Tal conjugación se puede conseguir por ingeniería genética de la secuencia de nucleótidos que codifica la variante de fitasa, insertando secuencias de consenso que codifican sitios de glicosilación adicional en la variante de fitasa y expresando la variante de fitasa en un huésped capaz de glicosilar la variante de fitasa, véase, por ejemplo, WO 00/26354. Otro modo de proporcionar variantes hipoalergénicas es la ingeniería genética de la secuencia de nucleótidos que codifican la variante de fitasa para 25 provocar que las variantes de fitasa se autooligomericen, logrando que los monómeros de variante de fitasa puedan proteger los epítopos de otros monómeros de variante de fitasa y así reducir la antigenicidad de los oligómeros. Tales productos y su preparación se describen, por ejemplo, en WO 96/16177. Los epítopos implicados en una respuesta inmunológica se pueden identificar por varios métodos tales como el método de visualización de fago descrito en WO 00/26230 y WO 01/83559, o el enfoque aleatorio descrito en EP 561907. 30 Una vez que un epítopo ha sido identificado, su secuencia de aminoácidos se puede alterar para producir propiedades inmunológicas alteradas de la variante de fitasa mediante conocidas técnicas de manipulación de genes tales como mutagénesis de sitio dirigido (véanse, por ejemplo, WO 00/26230, WO 00/26354 y/o WO 00/22103) y/o la conjugación de un polímero puede realizarse con proximidad suficiente al epítopo para que el polímero proteja al epítopo. 35
Secuencias de ácidos nucleicos y constructos
[0114] La presente invención también se refiere a secuencias de ácidos nucleicos que comprenden una secuencia de ácido nucléico que codifica una variante de fitasa de la invención. 40
[0115] El término "secuencia de ácido nucleico aislada" se refiere a una secuencia de ácidos nucleicos que está esencialmente libre de otras secuencias de ácidos nucleicos, por ejemplo, al menos aproximadamente un 20% puro, preferiblemente al menos aproximadamente un 40% puro, más preferiblemente al menos aproximadamente
un 60% puro, incluso más preferiblemente al menos aproximadamente un 80% puro y de la forma más preferible al menos aproximadamente un 90% puro como se determina por electroforesis de agarosa. Por ejemplo, una secuencia de ácidos nucleicos aislada se puede obtener por procedimientos de clonación estándar usados en ingeniería genética para desplazar la secuencia de ácidos nucleicos de su ubicación natural a un sitio diferente donde esta será reproducida. Los procedimientos de clonación pueden implicar escisión y aislamiento de un 5 fragmento de ácido nucleico deseado comprendiendo la secuencia de ácidos nucleicos que codifica el polipéptido, la inserción del fragmento en una molécula de vector y la incorporación del vector recombinante en una célula huésped donde múltiples copias o clones de la secuencia de ácidos nucleicos serán replicadas. La secuencia de ácidos nucleicos puede ser de origen genómico, ADNc, ARN, semisintético, sintético, o cualquier combinación de los mismos. 10
[0116] Las secuencias de ácidos nucleicos de la invención se pueden preparar introduciendo al menos una mutación en una secuencia codificante de fitasa de molde o una subsecuencia de la misma, donde la secuencia mutante de ácidos nucleicos codifica una fitasa variante. La introducción de una mutación en la secuencia de ácidos nucleicos para intercambiar un nucleótido por otro nucleótido se puede realizar mediante cualquiera de 15 los métodos conocidos en la técnica, por ejemplo, por mutagénesis de sitio dirigido, por mutagénesis aleatoria, o por mutagénesis dopada, adicionada, o aleatoria localizada.
[0117] La mutagénesis aleatoria se realiza adecuadamente ya sea como mutagénesis localizada o aleatoria en una región específica en al menos tres partes del gen traduciendo a la secuencia de aminoácidos mostrada en 20 cuestión o en el gen entero. Cuando la mutagénesis se realiza por el uso de un oligonucleótido, el oligonucleótido puede ser dopado o adicionado con los tres nucleótidos no progenitores durante la síntesis del oligonucleótido a las posiciones que deben ser cambiadas. El dopaje o el adicionado se puede realizar de modo que se eviten codones para aminoácidos indeseados. El oligonucleótido dopado o adicionado se puede incorporar al ADN que codifica la enzima de fitasa mediante cualquier técnica, usando, por ejemplo, PCR, LCR o 25 cualquier polimerasa y ligasa de ADN según se estime apropiado.
[0118] Preferiblemente, el dopado se realiza usando un "dopado aleatorio constante", en el que el porcentaje de tipo salvaje y mutación en cada posición está predefinido. Además, el dopaje puede ser dirigido hacia una preferencia para la introducción de determinados nucleótidos y así una preferencia para la introducción de uno o 30 más residuos de aminoácidos específicos. El dopaje se puede realizar, por ejemplo, para permitir la introducción de un 90% de tipo salvaje y un 10% de mutaciones en cada posición. Una consideración adicional en la elección de un esquema de dopaje se basa en limitaciones genéticas así como estructurales de proteínas.
[0119] La mutagénesis aleatoria puede ser localizada de manera ventajosa en una parte de la fitasa progenitora 35 en cuestión. Esto puede, por ejemplo, ser ventajoso cuando determinadas regiones de la enzima han sido identificadas por ser de especial importancia para una propiedad dada de la enzima.
[0120] Los métodos alternativos para suministrar variantes de la invención incluyen transposición de genes, por ejemplo, como se describe en WO 95/22625 o en WO 96/00343 y el proceso de derivación de consenso como se 40 describe en EP 897985.
Constructos de ácidos nucleicos
[0121] Un constructo de ácidos nucleicos comprende una secuencia de ácido nucleico de la presente invención 45 enlazada de manera operativa a una o más secuencias de control que dirigen la expresión de la secuencia codificante en una célula huésped adecuada bajo condiciones compatibles con las secuencias de control. Se entiende que la expresión incluye cualquier paso implicado en la producción del polipéptido incluido, de modo enunciativo, pero no limitativo, transcripción, modificación postranscripcional, traducción, modificación postraduccional y secreción. 50
[0122] El término "constructo de ácidos nucleicos" según se utiliza en este documento se refiere a una molécula de ácido nucleico, mono- o bicatenaria, que se aísla de un gen de origen natural o que se modifica para contener segmentos de ácidos nucleicos de un modo tal que si no fuera así no existirían en la naturaleza. El término constructo de ácidos nucleicos es sinónimo del término "casete de expresión" cuando el constructo de ácidos 55 nucleicos contiene las secuencias de control requeridas para la expresión de una secuencia codificante de la presente invención.
[0123] El término "secuencias de control" está definido en este documento para incluir todos los componentes, que son necesarios o ventajosos para la expresión de un polinucleótido que codifica un polipéptido de la 60 presente invención. Cada secuencia de control puede ser nativa o extranjera a la secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido. Tales secuencias de control incluyen, de modo enunciativo, pero limitativo, un líder,
secuencia de poliadenilación, secuencia de propéptido, promotor, secuencia de péptido señal y terminador de transcripción. En un mínimo, las secuencias de control incluyen un promotor y señales de parada transcripcional y traduccional. Las secuencias de control se pueden proporcionar con enlaces con la intención de introducir sitios de restricción específicos facilitando la ligación de las secuencias de control con la región de codificación de la secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido. 5
[0124] El término "enlazado de manera operativa" denota en este documento una configuración en la que una secuencia de control se coloca en una posición apropiada en relación a la secuencia codificante de la secuencia polinucleótida de manera que la secuencia de control dirige la expresión de la secuencia codificante de un polipéptido. 10
[0125] Cuando se usa aquí el término "secuencia codificante" (SC) significa una secuencia de nucleótidos, que especifica directamente la secuencia de aminoácidos de su producto proteínico. Los límites de la secuencia codificante son generalmente determinados por un marco de lectura abierto, que comienza normalmente con el codón de inicio ATG o codones de inicio alternativos tales como GTG y TTG. La secuencia codificante puede ser 15 una secuencia ADN, ADNc, o secuencia de nucleótidos recombinante.
Vector de expresión
[0126] El término "expresión" incluye cualquier paso implicado en la producción del polipéptido incluyendo, de 20 modo enunciativo, pero no limitativo, transcripción, modificación postranscripcional, traducción, modificación postraduccional y secreción.
[0127] El término "vector de expresión" se define en la presente como una molécula lineal o circular de ADN que comprende un polinucleótido que codifica un polipéptido de la invención y que está operativamente enlazado a 25 nucleótidos adicionales que propician su expresión.
[0128] Una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una variante de fitasa de la invención puede ser expresada usando un vector de expresión que incluye típicamente secuencias de control que codifican un promotor, operador, sitio de unión al ribosoma, señal de iniciación de traducción y, opcionalmente, un gen 30 represor o varios genes activadores.
[0129] El vector de expresión recombinante que lleva la secuencia de ADN que codifica una variante de fitasa de la invención puede ser cualquier vector que pueda ser convenientemente sometido a procedimientos de ADN recombinante y la elección de vector dependerá frecuentemente de la célula huésped en la cual ha de ser 35 introducido. El vector puede ser uno que, cuando está introducido en una célula huésped, se integra en el genoma de la célula huésped y se replica junto con el/los cromosoma/s) en el cual ha sido integrado.
[0130] La variante de fitasa puede también ser coexpresada junto con al menos otra enzima de interés de alimento para animales, tal como una fitasa, fosfatasa, xilanasa, galactanasa, alfa-galactosidasa, proteasa, 40 fosfolipasa, amilasa y/o beta-glucanasa. Las enzimas se pueden coexpresar desde distintos vectores, desde un vector, o usando una mezcla de ambas técnicas. Cuando se usan vectores diferentes, los vectores pueden tener marcadores seleccionables diferentes y orígenes diferentes de replicación. Cuando se usa solo un vector, los genes se pueden expresar a partir de uno o más promotores. Si se clona bajo la regulación de un promotor (di- o multicistrónico), el orden en que los genes son clonados puede afectar a los niveles de expresión de las 45 proteínas. La variante de fitasa puede también ser expresada como una proteína de fusión, es decir, que el gen que codifica la variante de fitasa ha sido fusionado en el marco del gen que codifica otra proteína. Esta proteína puede s El término "célula huésped", según se utiliza en este documento, incluye cualquier tipo de célula que sea susceptible de transformación, transfección, transducción y similares con un constructo de ácidos nucleicos que comprendan un polinucleótido de la presente invención. 50
[0132] La presente invención también se refiere a células huésped recombinantes, que comprenden un polinucleótido de la presente invención, que es usado ventajosamente en la producción recombinante de los polipéptidos. Un vector que comprende un polinucleótido de la presente invención se introduce en una célula huésped de modo que el vector se mantiene como un integrante cromosómico o como un vector 55 extracromosómico auto-replicante como se describió anteriormente. El término "célula huésped" abarca cualquier progenie de una célula progenitora que no sea idéntica a la célula progenitora debido a mutaciones que ocurren durante la replicación. La elección de una célula huésped dependerá en gran parte del gen que codifica el polipéptido y su fuente.
60
[0133] La célula huésped puede ser un microorganismo unicelular, por ejemplo, un procariota, o un microorganismo no unicelular, por ejemplo, un eucariota.
[0134] Los microorganismos unicelulares útiles son células bacterianas tales como bacterias gram positivas incluidas, entre otras, una célula de Bacillus, por ejemplo, Bacillus alkalophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus brevis, Bacillus circulans, Bacillus clausii, Bacillus coagulans, Bacillus lautus, Bacillus lentus, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus stearothermophilus, Bacillus subtilis y Bacillus thuringiensis; o una 5 célula Streptomyces, por ejemplo, Streptomyces lividans y Streptomyces murinus, o bacterias gram negativas tales como E. Coli y Pseudomonas sp. En un aspecto preferido, la célula huésped bacteriana es una célula de Bacillus lentus, Bacillus licheniformis, Bacillus stearothermophilus o Bacillus subtilis. En otro aspecto preferido, la célula de Bacillus es un Bacillus alcalofílico.
10
[0135] La introducción de un vector en una célula huésped bacteriana puede, por ejemplo, ser efectuada mediante transformación de protoplasto (véase, por ejemplo, Chang y Cohen, 1979, Molecular General Genetics 168: 111-115 ), usando células competentes (véase, por ejemplo Young y Spizizin, 1961, Journal of Bacteriology 81: 823-829, o Dubnau and Davidoff-Abelson, 1971, Journal of Molecular Biology 56: 209-221 ), electroporación (véase, por ejemplo, Shigekawa y Dower, 1988, Biotechniques 6: 742-751), o conjugación (véase, por ejemplo, 15 Koehler y Thorne, 1987, Journal of Bacteriology 169: 5771-5278 ).
[0136] La célula huésped puede también ser una eucariota, tal como una célula de mamífero, insecto, planta o fúngica.
20
[0137] En un aspecto preferido, la célula huésped es una célula fúngica. “Hongos" según se utiliza en la presente incluye la phyla Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota y Zygomycota (como es definido por Hawksworth et al., en, Ainsworth and Bisby’s Dictionary of The Fungi, 8ª edición, 1995, CAB Internacional, University Press, Cambridge, Reino Unido) así como también la Oomycota (como se cita en Hawksworth et al., 1995, supra, página 171) y todos los hongos mitospóricos (Hawksworth et al., 1995, supra). 25
[0138] En un aspecto más preferido, la célula huésped fúngica es una célula de levadura. “Levadura" como se utiliza en este documento incluye levadura de ascoesporogenous (Endomycetales), levadura basidiosporogénea y levadura perteneciente a los hongos imperfectos (Blastomycetes). Puesto que la clasificación de levadura puede cambiar en el futuro, para los fines de esta invención, la levadura debe ser definida como se describe en 30 Biology and Activities of Yeast (Skinner, F.A., Passmore, S.M. y Davenport, R.R., eds, Soc. App. Bacteriol. Serie de simposio n°. 9, 1980).
[0139] En un aspecto aún más preferido, la célula huésped de levadura es una célula de Candida, Hansenula, Kluyveromyces, Pichia, Saccharomyces, Schizosaccharomyces o Yarrowia. 35
[0140] En el aspecto más preferido, la célula huésped de levadura es una célula Pichia pastoris, Pichia methanolica, Saccharomyces carlsbergensis, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces diastaticus, Saccharomyces douglasii, Saccharomyces kluyveri, Saccharomyces norbensis o Saccharomyces oviformis. En otro aspecto más preferido, la célula huésped de levadura es una célula de Kluyveromices lactis. En otro aspecto 40 más preferido, la célula huésped de levadura es una célula de Yarrowia lipolytica.
[0141] En otro aspecto más preferido, la célula huésped fúngica es una célula fúngica filamentosa. Los "hongos filamentosos" incluyen todas las formas filamentosas de la subdivisión Eumycota y Oomycota (según es definido por Hawksworth et al., 1995, supra). Los hongos filamentosos están generalmente caracterizados por una pared 45 micelial compuesta por quitina, celulosa, glucano, quitosano, manano y otros polisacáridos complejos. El crecimiento vegetativo es por elongación hifal y el catabolismo de carbono es estrictamente aeróbico. En cambio, el crecimiento vegetativo por levaduras tales como Saccharomyces cerevisiae es por injerto de un talo unicelular y el catabolismo de carbono puede ser fermentativo.
50
[0142] En un aspecto aún más preferido, la célula huésped fúngica filamentosa es una célula de Acremonium, Aspergillus, Aureobasidium, Bjerkandera, Ceriporiopsis, Coprinus, Coriolus, Cryptococcus, Filobasidium, Fusarium, Humicola, Magnaporthe, Mucor, Myceliophthora, Neocallimastix, Neurospora, Paecilomyces, Penicillium, Phanerochaete, Phlebia, Piromyces, Pleurotus, Schizophyllum, Talaromyces, Thermoascus, Thielavia, Tolypocladium, Trametes o Trichoderma. 55
[0143] En el aspecto más preferido, la célula huésped fúngica filamentosa es una célula de Aspergillus awamori, Aspergillus fumigatus, Aspergillus foetidus, Aspergillus japonicus, Aspergillus nidulans, Aspergillus niger o Aspergillus oryzae. En otro aspecto más preferido, la célula huésped fúngica filamentosa es una célula de Fusarium bactridioides, Fusarium cerealis, Fusarium crookwellense, Fusarium culmorum, Fusarium 60 graminearum, Fusarium graminum, Fusarium heterosporum, Fusarium negundi, Fusarium oxysporum, Fusarium reticulatum, Fusarium roseum, Fusarium sambucinum, Fusarium sarcochroum, Fusarium sporotrichioides,
Fusarium sulphureum, Fusarium torulosum, Fusarium trichothecioides,o Fusarium venenatum. En otro aspecto más preferido, la célula huésped fúngica filamentosa es una cepa de célula de Bjerkandera adusta, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis caregiea, Ceriporiopsis gilvescens, Ceriporiopsis pannocinta, Ceriporiopsis rivulosa, Ceriporiopsis subrufa, o Ceriporiopsis subvermispora, Coprinus cinereus, Coriolus hirsutus, Humicola insolens, Humicola lanuginosa, Mucor miehei, Myceliophthora thermophila, Neurospora 5 crassa, Penicillium purpurogenum, Phanerochaete chrysosporium, Phlebia radiata, Pleurotus eryngii, Thielavia terrestris, Trametes villosa, Trametes versicolor, Trichoderma harzianum, Trichoderma koningii, Trichoderma longibrachiatum, Trichoderma reesei o Trichoderma viride.
[0144] Las células fúngicas se pueden transformar mediante un proceso que implica la formación de protoplasto, 10 la transformación de los protoplastos y la regeneración de la pared celular en un modo conocido per se. Los procedimientos adecuados para la transformación de las células huéspedes de Aspergillus y Trichoderma están descritos en EP 238 023 y Yelton et al., 1984, Proceedings of the National Academy of Sciences USA 81: 1470-1474. Los métodos adecuados para la transformación de especies de Fusarium son descritos por Malardier et al., 1989, Gene 78: 147-156 y WO 96/00787. La levadura puede ser transformada usando los procedimientos 15 descritos por Becker y Guarente, en Abelson, J.N. y Simon, M.I., editores, Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology, Methods in Enzymology, volumen 194, págs. 182-187, Academic Press, Inc., Nueva York; Ito et al., 1983, Journal of Bacteriology 153: 163; y Hinnen et al., 1978, Proceedings of the National Academy of Sciences USA 75: 1920.
20
Métodos de producción
[0145] La presente invención también se refiere a métodos para producir una fitasa de la presente invención que comprende (a) cultivo de una célula huésped bajo condiciones propicias para la producción de la fitasa; y (b) recuperación de la fitasa. 25
[0146] En los métodos de producción de la presente invención, las células se cultivan en un medio nutritivo adecuado para la producción de los polipéptidos usando métodos bien conocidos en la técnica. Por ejemplo, la célula se puede cultivar por cultivo en matraz de agitación y fermentación a gran o pequeña escala (incluidas fermentaciones continuas de lote, lote alimentado o en estado sólido) en el laboratorio o fermentadores 30 industriales realizados en un medio adecuado y bajo condiciones que permitan al polipéptido ser expresado y/o aislado. El cultivo se desarrolla en un medio nutritivo adecuado que comprende fuentes de carbono y nitrógeno y sales inorgánicas, usando procedimientos conocidos en la técnica. Hay disponibles medios adecuados de proveedores comerciales o se pueden preparar según composiciones publicadas (por ejemplo, en catálogos de la American Type Culture Collection). Si el polipéptido es secretado en el medio nutritivo, el polipéptido se puede 35 recuperar directamente del medio. Si el polipéptido no es secretado, se puede recuperar de lisatos celulares.
[0147] El polipéptido resultante puede ser recuperado usando métodos conocidos en la técnica. Por ejemplo, el polipéptido puede ser recuperado del medio nutritivo por procedimientos convencionales incluidos, entre otros, centrifugado, filtración, extracción, secado por pulverización, evaporación, o precipitación. 40
[0148] Los polipéptidos de la presente invención se pueden purificar por una variedad de procedimientos conocidos en la técnica incluidos, entre otros cromatografía (por ejemplo, intercambio iónico, afinidad, hidrofóbico, cromatoenfoque y exclusión de tamaño), procedimientos electroforéticos (por ejemplo, enfoque isoeléctrico preparativo), solubilidad diferencial (por ejemplo, precipitación de sulfato amónico), SDS-PAGE o 45 extracción (véase, por ejemplo, Protein Purification, J. C. Janson y Lars Ryden, editores, VCH Publishers, Nueva York, 1989).
Plantas transgénicas
50
[0149] La presente invención también se refiere a una planta transgénica, parte de planta o célula vegetal que se ha transformado con una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido con actividad de fitasa de la presente invención para expresar y producir el polipéptido en cantidades recuperables. El polipéptido se puede recuperar desde la planta o parte de planta. Alternativamente, la planta o parte de planta con el polipéptido recombinante se puede utilizar como tal para mejorar la calidad de un alimento o alimento, por ejemplo, mejorar 55 el valor nutricional, palatabilidad y propiedades reológicas o para destruir un factor antinutritivo.
[0150] En una forma de realización particular, el polipéptido está previsto para las vacuolas de almacenamiento de endospermo en semillas. Esto se puede obtener sintetizándolo como un precursor con un péptido señal adecuado, ver Horvat et al en PNAS, Feb. 15, 2000, vol. 97, nº 4, p. 1914-1919.
60
[0151] La planta transgénica puede ser dicotiledónea (un dicotiledóneo) o monocotiledónea (una monocotiledónea) o variantes diseñadas de la misma. Ejemplos de plantas monocotiledóneas son hierbas, tal como poa de prados (pasto azul, Poa), hierba forrajera tal como Festuca, Lolium, césped templado, tal como
Agrostis, y cereales, por ejemplo, trigo, avena, centeno, cebada, arroz, sorgo, triticale (híbrido estabilizado de trigo (Triticum) y centeno (Secale), y (maíz) de maíz. Ejemplos de plantas dicotiledóneas son tabaco, leguminosas, tal como girasol (helianto), algodón (Gossypium), altramuces, patata, remolacha azucarera, guisante, judía y soja, y plantas crucíferas (familia Brassicaceae), tal como coliflor, semilla de colza y el organismo de modelo cercanamente relacionado Arabidopsis thaliana. Plantas de bajo fitato como se describen 5 por ejemplo in la US patente nº 5,689,054 y US patente nº 6,111,168 son ejemplos de plantas modificadas.
[0152] Ejemplos de partes de planta son vástago, callo, hojas, raíz, frutas, semillas y tubérculos, al igual que los tejidos individuales que comprenden estas partes, por ejemplo, epidermis, mesófilo, parénquima, tejidos vasculares, meristemos. Compartimentos de célula vegetal específica también, tal como cloroplasto, apoplasto, 10 mitocondria, vacuola, peroxisomas y citoplasma se consideran una parte de planta. Además, cualquier célula vegetal, cualquiera que sea el origen de tejido se considera que es una parte de planta. Asimismo, partes de planta tales como tejidos específicos y células aisladas para facilitar la utilización de la invención son también consideradas partes de planta, por ejemplo embriones, endospermas, aleurona y revestimientos de semilla.
15
[0153] Incluidas también dentro del campo de la presente invención están la progenie de tales plantas, partes de planta y células vegetales.
[0154] La planta transgénica o célula vegetal que expresa un polipéptido de la presente invención se puede construir conforme a métodos conocidos en la técnica. Brevemente, la planta o célula vegetal se construye por la 20 incorporación de uno o más constructos de expresión que codifican un polipéptido de la presente invención en el genoma huésped de planta y propagan la planta modificada resultante o célula vegetal en una planta transgénica o célula vegetal.
[0155] Convenientemente, el constructo de expresión es un constructo de ácidos nucleicos que comprende una 25 secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido de la presente invención operativamente enlazado con secuencias reguladoras apropiadas requeridas para la expresión de la secuencia de ácidos nucleicos en la planta o parte de planta de elección. Además, el constructo de expresión puede comprender una etiqueta seleccionable útil para la identificación de células huésped en las que el constructo de expresión se ha integrado y de secuencias de ADN necesarias para la introducción de la construcción en la planta en cuestión (la última 30 depende del método de introducción de ADN que se use).
[0156] La elección de secuencias reguladoras, tal como promotor y secuencias terminadoras y opcionalmente secuencias de señal o tránsito se determinan, por ejemplo, basándose en cuándo, dónde y cómo se desea que sea expresado el polipéptido. Por ejemplo, la expresión del gen que codifica un polipéptido de la presente 35 invención puede ser constitutiva o inducible o puede ser de desarrollo, fase o tejido específico, y el producto génico se puede prever para un compartimento de célula específica, tejido o parte de planta tal como semillas u hojas. Las secuencias reguladoras se describen, por ejemplo, en Tague et al., 1988, Plant Physiology 86: 506.
[0157] Para la expresión constitutiva, se pueden utilizar los promotores siguientes: el promotor 35S-CaMV 40 (Franck et al., 1980, Cell 21: 285-294), la ubiquitina-1 de maíz (Christensen AH, Sharrock RA and Quail 1992. Genes de poliubiquitina de maíz: estructura, perturbación térmica de expresión y empalme de transcripción y actividad promotora que sigue a la transferencia a protoplastos por electroporación) o el promotor de actina de arroz 1 (Plant Mo. Biol. 18,675-689.; Zhang W, McElroi D. and Wu R 1991, Analysis of rice Act1 5' region activity in transgenic rice plants. Plant Cell 3,1155-1165). Promotores específicos a un órgano pueden ser, por ejemplo, 45 un promotor de tejidos grasos de almacenamiento tales como semillas, tubérculos de patata y frutas (Edwards & Coruzzi, 1990, Ana. Rev. Genet. 24: 275-303) o de tejidos grasos metabólicos tales como meristemos (Ito et al., 1994, Plant Mol. Biol. 24: 863-878), un promotor específico de semilla como la glutelina, prolamina, globulina o promotor de albúmina de arroz (Wu et al., 1998, Plant and Cell Physiology 39: 885-889), un promotor de faba de Vicia de la legúmina B4 y el gen de proteína de semilla desconocido de faba de Vicia (Conrad et al., 1998, 50 Journal of Plant Physiology 152: 708-711), un promotor de una proteína del cuerpo de aceite de semilla (Chen et al., 1998, Plant and Cell Physiology 39: 935-941), el promotor de proteína de almacenamiento napA de Brassica napus o cualquier otro promotor específico de semilla conocido en la técnica, por ejemplo, como se describe en la WO 91/14772. Además, el promotor puede ser un promotor específico de hoja tal como el promotor rbcs de arroz o tomate (Kyozuka et al., 1993, Plant Physiology 102: 991-1000, el promotor de gen de metiltransferasa de 55 adenina de virus de chlorella (Mitra and Higgins, 1994, Plant Molecular Biology 26: 85-93) o el promotor aldP de gen de arroz (Kagaya et al., 1995, Molecular and General Genetics 248: 668-674) o un promotor inducible enrollado como el promotor patata pin2 (Xu et al., 1993, Plant Molecular Biology 22: 573-588). Asimismo, el promotor puede ser inducible por tratamientos abióticos, tales como temperatura, sequía o modificaciones en la salinidad o inducible por sustancias aplicadas exógenamente que activan el promotor, por ejemplo etanol, 60 estrógenos, hormonas de planta como etileno, ácido abscísico, ácido giberélico y/o metales pesados.
[0158] Un elemento intensificador del promotor también se puede usar para conseguir una expresión más alta del polipéptido en la planta. Por ejemplo, el elemento intensificador del promotor puede ser un intrón que se coloca entre el promotor y la secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido de la presente invención. Por 65
ejemplo, Xu et al., 1993, supra revela el uso del primer intrón del gen de actina de arroz 1 para mejorar la expresión.
[0159] Todavía además, el uso de codón se puede optimizar para las especies de planta en cuestión para mejorar la expresión (ver Horvath et al referido arriba). 5
[0160] El gen marcador seleccionable y cualquiera de las otras partes del constructo de expresión se pueden elegir de aquellas disponibles en la técnica.
[0161] El constructo de ácidos nucleicos se incorpora en el genoma de planta según técnicas convencionales 10 conocidas en la técnica, incluyendo transformación mediada por Agrobacterium, transformación mediada de virus, microinyección, bombardeo de partícula, transformación biolística y electroporación (Gasser et al., 1990, Science 244: 1293;Potrykus, 1990, Bio/Tecnology 8: 535;Shimamoto et al., 1989, Nature 338: 274).
[0162] Actualmente, la transferencia de gen mediado por tumefaciens de Agrobacterium es el método de 15 elección para la generación de dicotiledóneas transgénicas (para una revisión, ver Hooikas y Schilperoort, 1992, Plant Molecular Biology 19: 15-38) y esto puede también usarse para la transfomación de monocotiledóneas, aunque otros métodos de transformación son más frecuentemente usados para estas plantas. Actualmente, el método de elección para generar monocotiledóneas transgénicas, complementación del método de Agrobacterium es bombardeo de partícula (oro microscópico o partículas de tungsteno recubiertas con la 20 transfomación de ADN) de callos embriogénicos o desarrollo embriones (Christou, 1992, Plant Journal 2: 275-281;Shimamoto, 1994, Current Opinion Biotechnology 5: 158-162;Vasil et al., 1992, Bio/Technology 10: 667-674). Un método alternativo para la transformación de monocotiledóneas se basa en la transformación de protoplasto como se describe en Omirulleh et al., 1993, Plant Molecular Biology 21: 415-428.
25
[0163] La transformación siguiente, los transformantes con el constructo de expresión incorporado en estos se seleccionan y regeneran en plantas enteras según métodos bien conocidos en la técnica. Frecuentemente el procedimiento de transformación se diseña para la eliminación selectiva de selección de genes, bien durante la regeneración o en las siguientes generaciones usando por ejemplo cotransformación con dos constructos de T-ADN separados o escisión específica de sitio del gen de selección por una recombinasa específica. 30
[0164] La presente invención también se refiere a métodos para producir un polipéptido de la presente invención que comprende (a) cultivo de una planta transgénica o una célula vegetal que comprende una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido con actividad de fitasa de la presente invención bajo condiciones conductivas para la producción del polipéptido; y (b) recuperación del polipéptido. 35
Animales transgénicos
[0165] La presente invención también se refiere a un animal transgénico no-humano y productos o elementos del mismo, ejemplos de los cuales son líquidos orgánicos tales como leche y sangre, órganos, carne y células 40 animales. Técnicas para la expresión de proteínas, por ejemplo en células mamíferas se conocen en la técnica, ver por ejemplo el manual Protein Expresión: A Practical Approach, Higgins and Hames, (Eds) Oxford University Press (1999) y los tres otros manuales en estas series relativas a la transcripción de gen, maduración del RNA y procesamiento postraduccional. En términos generales, para preparar un animal transgénico, células seleccionadas de un animal seleccionado se transforman con una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un 45 polipéptido con actividad de fitasa de la presente invención para expresar y producir el polipéptido. El polipéptido se puede recuperar del animal, por ejemplo de la leche de animales hembras o el polipéptido se puede expresar para el beneficio del mismo animal, por ejemplo, para ayudar a la digestión del animal. Ejemplos de animales se mencionan abajo en la sección llamada Alimento para animales.
50
[0166] Para producir un animal transgénico con el propósito de la recuperación del polipéptido de la leche del animal, un gen que codifica del polipéptido se puede insertar en los huevos fertilizados de un animal en cuestión, por ejemplo, usando un vector de expresión transgénico que comprende un promotor de proteína de la leche adecuado y el gen que codifica el polipéptido. El vector de expresión transgénico se microinyecta en huevos fertilizados y preferiblemente se integra permanentemente en el cromosoma. Una vez los huevos empiezan a 55 crecer y dividir, el embrión potencial se implanta en una madre sustituta y se identifican los animales que llevan el transgen. El animal resultante puede después ser multiplicado por cultivo convencional. El polipéptido se puede purificar de la leche del animal, ver, p. ej. Meade, H.M. Et al (1999):Expression of recombinant proteins in the milk of transgenic animals, Gene expression systems: Using nature for the art of expression. J. M. Fernandez and J. P. Hoeffler (eds.), Academic Press. 60
[0167] Como alternativa, para producir un animal no-humano transgénico que lleva en el genoma de sus células somáticas y/o germinales una secuencia de ácidos nucleicos que incluye una construcción transgénica heteróloga que incluye un transgén que codifica el polipéptido, el transgén puede estar operativamente vinculado a una primera secuencia reguladora para la expresión específica de glándula salival del polipéptido, como se ha 65 descrito en la WO 00/064247.
Composiciones y usos
[0168] En otros aspectos adicionales, la presente invención se refiere a composiciones que comprenden un polipéptido de la presente invención, al igual que a métodos de uso de estas. 5
[0169] Las composiciones del polipéptido se pueden preparar conforme a métodos conocidos en la técnica y pueden ser en forma de un líquido o una composición seca. Por ejemplo, la composición del polipéptido puede estar en forma de granulados o microgranulados. El polipéptido que ha de incluirse en la composición se puede estabilizar conforme a métodos conocidos en la técnica. 10
[0170] La fitasa de la invención se puede usar para la degradación, en cualquier contexto industrial, de, por ejemplo, fitato, ácido fítico y/o mono-, di-, tri-, tetra- y/o pentafosfatos de mioinositol. Es bien conocido que las fracciones de fosfato de estos compuestos quelan cationes divalentes y trivalentes tales como iones metálicos, entre otros, los iones nutricionalmente esenciales de calcio, hierro, zinc y magnesio así como el magnesio de 15 oligoelementos, cobre y molibdeno. Además, el ácido fítico también une hasta cierto punto proteínas por interacción electrostática.
[0171] Por consiguiente, los usos preferidos de los polipéptidos de la invención son preparaciones de alimento para animales (incluida la alimentación humana) o en aditivos para preparaciones de este tipo. 20
[0172] En una realización particular, el polipéptido de la invención se puede usar para mejorar el valor nutricional de alimento para animales. Ejemplos no limitativos de mejora del valor nutricional del alimento para animales (incluida la alimentación humana) son: mejorar la digestibilidad del alimento para animales; estimular el crecimiento del animal; mejorar la utilización del alimento para animales; mejorar la biodisponibilidad de 25 proteínas; aumentar el nivel de fosfato digerible; mejorar la liberación y/o degradación de fitato; mejorar la biodisponibilidad de oligoelementos; mejorar la biodisponibilidad de macrominerales; eliminar o reducir la necesidad de añadir fosfato suplementario, oligoelementos y/o macrominerales y/o mejorar la calidad de la cáscara del huevo. El valor nutricional del alimento es, por lo tanto, más elevado y el índice de crecimiento y/o aumento de peso y/o conversión alimenticia (es decir, el peso del alimento ingerido en relación al aumento de 30 peso) del animal se pueden mejorar.
[0173] Además, el polipéptido de la invención se puede usar para reducir el nivel de fitato de abono.
[0174] Las variantes de fitasa de la invención también pueden usarse en un método para la producción de un 35 producto de fermentación, que comprende (a) fermentación usando un microorganismo fermentador de un material que contiene carbohidrato en presencia de una fitasa de la invención y (b) producción del producto de fermentación o coproducto de fermentación del carbohidrato fermentado que contiene material.
[0175] Cuando se usa para este fin, el producto de fermentación es preferiblemente etanol, cerveza, vino o 40 granos de destilería desecados (DDG por sus siglas en inglés).
Animales, alimento para animales y aditivos de alimento para animales
[0176] El término animal incluye todos los animales, seres humanos incluidos. Ejemplos de animales son 45 rumiantes y no rumiantes. Los animales rumiantes incluyen, por ejemplo, animales tales como oveja, cabra y ganado, por ejemplo, ganado vacuno y vacas lecheras. En una forma de realización particular, el animal es un animal no rumiante. Los animales no rumiantes incluyen animales monogástricos, por ejemplo, el cerdo o el puerco (incluidos, entre otros, lechones, cerdos en crecimiento y cerdas); aves de corral tales como pavos, patos y pollos (incluidos, entre otros, pollos de engorde, gallinas ponedoras); peces (incluidos, entre otros, salmón, 50 trucha, tilapia, siluro y carpa) y crustáceos (incluidos, entre otros, gamba y langostino).
[0177] El término alimento o composición alimentaria significa cualquier compuesto, preparación, mezcla o composición adecuada para la ingesta por parte de un animal o destinada a ese fin.
55
[0178] En el uso según la invención, el polipéptido se puede suministrar al animal antes o después de la dieta o simultáneamente con esta. Se prefiere esto último.
[0179] En una forma de realización particular, el polipéptido, en la forma en la que se añade al alimento, o cuando se incluye en un aditivo alimenticio, es sustancialmente puro. En una forma de realización particular está bien definido. El término "bien definido" significa que la preparación de fitasa es al menos un 50% pura como se 60 determina mediante cromatografía de exclusión por tamaño (véase el Ejemplo 12 de WO 01/58275). En otras
formas de realización particulares, la preparación de fitasa es al menos un 60, 70, 80, 85, 88, 90, 92, 94 o al menos un 95% pura como se determina mediante este método.
[0180] Una preparación de polipéptido sustancialmente pura y/o bien definida es ventajosa. Por ejemplo, es mucho más fácil dosificar correctamente un polipéptido al alimento que está esencialmente libre de interferir o 5 contaminar otros polipéptidos. El término dosificar correctamente se refiere en particular al objetivo de obtener resultados consistentes y constantes y la capacidad de optimizar la dosificación basada en el efecto deseado.
[0181] No obstante, para uso en el alimento para animales, el polipéptido de fitasa de la invención no necesita ser tan puro; puede, por ejemplo, incluir otros polipéptidos, en cuyo caso se podría denominar una preparación 10 de fitasa.
[0182] La preparación de fitasa puede ser (a) añadida directamente al alimento (o usarse directamente en un proceso de tratamiento de proteínas) o (b) se puede usar en la producción de una o más composiciones intermedias tales como aditivos alimenticios o premezclas que se añaden posteriormente al alimento (o usarse 15 en un proceso de tratamiento). El grado de pureza anteriormente descrito se refiere a la pureza de la preparación del polipéptido original, si se usa según los puntos (a) o (b) anteriores.
[0183] Las preparaciones de polipéptido con purezas de este orden de magnitud se encuentran en partículas obtenibles usando métodos recombinantes de producción, mientras que no se obtienen tan fácilmente y también 20 están sujetas a una variación de lote a lote mucho más elevada cuando el polipéptido se produce por métodos de fermentación tradicionales.
[0184] Tal preparación del polipéptido puede, por supuesto, mezclarse con otros polipéptidos.
25
[0185] El polipéptido se puede añadir al alimento en cualquier forma ya sea como un polipéptido relativamente puro o en mezcla con otros componentes destinados a añadirse al alimento para animales, es decir, en forma de aditivos alimenticios, tales como las denominadas premezclas para alimento para animales.
[0186] En otro aspecto la presente invención se refiere a composiciones para su uso en alimento para animales, 30 tales como alimentos para animales y aditivos para alimentos para animales, por ejemplo, premezclas.
[0187] Además del polipéptido de la invención, los aditivos para alimentos para animales de la invención contienen al menos una vitamina fitosoluble y/o al menos una vitamina soluble en agua y/o al menos un oligoelemento. El aditivo de alimento para animales puede también contener al menos un macromineral. 35
[0188] Además, los ingredientes de aditivos de alimento para animales opcionales son agentes colorantes, por ejemplo, carotenoides tales como betacaroteno, astaxantina y luteína; compuestos de aroma; estabilizadores; péptidos antimicrobianos; ácidos grasos poliinsaturados; especias generadoras de oxígeno reactivo y/o por lo menos otro polipéptido seleccionado de entre fitasa (EC 3.1.3.8 o 3.1.3.26); fosfatasa (EC 3.1.3.1; EC 3.1.3.2; 40 EC 3.1.3.39) ; xilanasa (EC 3.2.1.8); galactanasa (EC 3.2.1.89); alfa-galactosidasa (EC 3.2.1.22); proteasa (EC EC 3.4.-.-), fosfolipasa A1 (EC 3.1.1.32); fosfolipasa A2 (EC 3.1.1.4); lisofosfolipasa (EC 3.1.1.5); fosfolipasa C (3.1.4.3); fosfolipasa D (EC 3.1.4.4); amilasa tales como, por ejemplo, alfa-amilasa (EC 3.2.1.1) y/o beta-glucanasa (EC 3.2.1.4 o EC 3.2.1.6).
45
[0189] En una forma de realización particular, estos otros polipéptidos están bien definidos (como se ha definido más arriba para preparaciones de fitasa).
[0190] La fitasa de la invención puede también ser combinada con otras fitasas, por ejemplo, fitasas de ascomicetos tales como fitasas de Aspergillus, por ejemplo, derivadas de Aspergillus ficuum, Aspergillus niger o 50 Aspergillus awamori; o fitasas de basidiomicetos, por ejemplo, derivadas de Peniophora lycii, Agrocybe pediades, Trametes pubescens, o Paxillus involutus; o derivados, fragmentos o variantes de los mismos que tienen actividad de fitasa.
[0191] Así, en formas de realización preferidas del uso en el alimento para animales de la invención y en formas 55 de realización preferidas del aditivo para alimentación animal y el alimento para animales de la invención, la fitasa de la invención se combina con tales fitasas.
[0192] Ejemplos de péptidos antimicrobianos (PAM) son CAP18, Leucocino A, Tritrpticina, Protegrina-1, Tanatina, Defensina, Lactoferrina, Lactoferricina y Ovispirina tales como Novispirina (Robert Lehrer, 2000), 60 Plectasinas y Estatinas, incluidos los compuestos y los polipéptidos descritos en WO 03/044049 y WO 03/048148, al igual que variantes o fragmentos de los anteriores que retienen actividad antimicrobiana.
[0193] Ejemplos de polipéptidos antifúngicos (PAF) son los péptidos de Aspergillus giganteus y Aspergillus niger, así como variantes y fragmentos de los mismos que retienen actividad antifúngica, como se ha descrito en WO 94/01459 y WO 02/090384.
5
[0194] Ejemplos de ácidos grasos poliinsaturados son los ácidos grasos poliinsaturados C18, C20 y C22, tales como ácido araquidónico, ácido docosahexaenoico, ácido eicosapentanoico y ácido gamma-linoleico.
[0195] Ejemplos de especies generadoras de oxígeno reactivo son sustancias químicas tales como perborato, persulfato o percarbonato; y polipéptidos tales como una oxidasa, una oxigenasa o una sintetasa. 10
[0196] Por lo general, las vitaminas grasas e hidrosolubles, así como los oligoelementos forman parte de una premezcla destinada a la adición al alimento, mientras que los macrominerales se añaden al alimento normalmente por separado. Cualquiera de estos tipos de composición, cuando se enriquece con un polipéptido de la invención, es un aditivo para alimentación animal de la invención. 15
[0197] En una forma de realización particular, el aditivo para alimentación animal de la invención está destinado a ser incluido (o prescrito como que debe ser incluido) en dietas o alimento para animales a niveles de 0,01 a 10,0%; más particularmente 0,05 a 5,0%; o 0,2 a 1,0% (% significa g de aditivos por 100 g de alimento). Esto es así en particular para premezclas. 20
[0198] Las siguientes son listas no exclusivas de ejemplos de estos componentes:
Ejemplos de vitaminas liposolubles son vitamina A, vitamina D3, vitamina E y vitamina K, por ejemplo, vitamina K3.
25
[0199] Ejemplos de vitaminas hidrosolubles son vitamina B12, biotina y colina, vitamina B1, vitamina B2, vitamina B6, niacina, ácido fólico y pantotenato, por ejemplo, Ca-D-pantotenato.
[0200] Ejemplos de oligoelementos son manganeso, zinc, hierro, cobre yodo, selenio y cobalto.
30
[0201] Ejemplos de macrominerales son calcio, fósforo y sodio.
[0202] Los requisitos nutritivos de estos componentes (ejemplificados con aves de corral y lechones/cerdos) están listados en la tabla A de WO 01/58275. Requisito nutritivo significa que estos componentes deberían proporcionarse en la dieta en las concentraciones indicadas. 35
[0203] En la alternativa, el aditivo para alimentación animal de la invención comprende al menos uno de los componentes individuales especificados en la Tabla A de WO 01/58275. Al menos uno significa cualquiera de, uno o más de, uno, o dos, o tres o cuatro y así sucesivamente hasta los trece o hasta los quince componentes individuales. Más específicamente, este al menos un componente individual se incluye en el aditivo de la 40 invención en una cantidad tal para proporcionar una concentración en alimento en el intervalo indicado en la columna cuatro, o en la columna cinco, o en la columna seis de la Tabla A.
[0204] La presente invención también se refiere a composiciones de alimento para animales. Las composiciones de alimento o dietas para animales tienen un contenido relativamente alto de proteína. Las dietas de aves o de 45 cerdos se pueden caracterizar como se indica en la Tabla B de WO 01/58275, columnas 2-3. Las dietas de peces se pueden caracterizar como se indica en la columna 4 de esta Tabla B. Además tales dietas de peces tienen normalmente un contenido de grasa cruda de 200-310 g/kg.
[0205] WO 01/58275 corresponde a US 09/779334 que se incorpora en la presente por referencia. 50
[0206] Una composición de alimento para animales según la invención tiene un contenido bruto de proteína de 50-800 g/kg y comprende además al menos un polipéptido como se reivindica en este documento.
[0207] Además, o en la alternativa (al contenido bruto de proteína indicado anteriormente), la composición 55 alimentaria para animales de la invención tiene un contenido de energía metabolizable de 10-30 MJ/kg; y/o un contenido de calcio de 0,1-200 g/kg; y/o un contenido de fósforo disponible de 0,1-200 g/kg; y/o un contenido de metionina de 0,1-100 g/kg; y/o un contenido de metionina más cisteína de 0,1-150 g/kg; y/o un contenido de lisina de 0,5-50 g/kg.
60
[0208] En formas de realización particulares, el contenido de energía metabolizable, proteína cruda, calcio, fósforo, metionina, metionina más cisteína y/o lisina está dentro de uno cualquiera de los intervalos 2, 3, 4 o 5 en la Tabla B de WO 01/58275 (R. 2-5).
[0209] La proteína cruda se calcula como nitrógeno (N) multiplicada por un factor 6,25, es decir, proteína cruda 5 (g/kg) = N (g/kg) x 6,25. El contenido de nitrógeno se determina por el método Kjeldahl (A.O.A.C., 1984, Official Methods of Analysis 14th ed., Association of Official Analytical Chemists, Washington DC).
[0210] La energía metabolizable puede ser calculada basándose en la publicación del NRC sobre los requisitos de nutrientes en los cerdos, novena edición revisada 1988, Subcomisión para porcinos, Comité de nutrición 10 animal, Consejo de agricultura, Consejo nacional de investigación. National Academy Press, Washington, D.C., págs. 2-6 y la Tabla europea de valores energéticos de los alimentos para las aves, Centro Spelderholt para la investigación de aves y extensión, 7361 DA Beekbergen, Países Bajos. Grafisch bedrijf Ponsen & looijen bv, Wageningen. ISBN 90-71463-12-5.
15
[0211] El contenido dietético de calcio, fósforo disponible y aminoácidos en dietas completas para animales se calcula basándose en tablas de alimentos tales como Veevoedertabel 1997, gegevens over chemische samenstelling, verteerbaarheid en voederwaarde van voedermiddelen, Central Veevoederbureau, Runderweg 6, 8219 pk Lelystad. . ISBN 90-72839-13-7.
20
[0212] En una forma de realización particular, la composición de alimento para animales de la invención contiene al menos una proteína. La proteína puede ser una proteína animal, tal como harina de carne y huesos y/o harina de pescado; o puede ser una proteína vegetal. El término proteínas vegetales según se utiliza en este documento se refiere a cualquier compuesto, composición, preparación o mezcla que incluya al menos una proteína derivada u originada a partir de un vegetal, incluidas proteínas modificadas y derivados de proteína. En 25 formas de realización particulares, el contenido de proteína de las proteínas vegetales es de al menos un 10, 20, 30, 40, 50 o un 60% (p/p).
[0213] Las proteínas vegetales pueden ser derivadas de fuentes de proteína vegetal, tales como legumbres y cereales, por ejemplo, materiales de plantas de las familias Fabaceae (Leguminosae), Cruciferaceae, 30 Chenopodiaceae y Poaceae, tales como harina de soja, harina de altramuces y harina de semilla de colza.
[0214] En una forma de realización particular, la fuente de proteína vegetal es material de una o más plantas de la familia Fabaceae, por ejemplo, semilla de soja, altramuz, guisante o alubia.
35
[0215] En otra forma de realización particular, la fuente de proteína vegetal es material de una o más plantas de la familia Chenopodiaceae, por ejemplo, remolacha, remolacha azucarera, espinaca o quinoa.
[0216] Otros ejemplos de fuentes de proteína vegetal son la semilla de colza, semilla de girasol, semilla de algodón y repollo. 40
[0217] La semilla de soja es una fuente de proteína vegetal preferida.
[0218] Otros ejemplos de fuentes de proteína vegetal son los cereales tales como cebada, trigo, centeno, avena, maíz (mazorca), arroz, triticale y sorgo. 45
[0219] En otras formas de realización particulares adicionales, la composición de alimento para animales de la invención contiene un 0-80% de maíz; y/o un 0-80% de sorgo; y/o un 0-70% de trigo; y/o un 0-70% de cebada; y/o un 0-30% de avena; y/o un 0-40% de harina de soja; y/o un 0-25% de harina de pescado; y/o un 0-25% de harina de carne y hueso; y/o un 0-20% de lactosuero. 50
[0220] Las dietas para animales pueden, por ejemplo, producirse como alimento en harina (no granulado) o alimento en gránulos o alimento extruido. Típicamente, se mezclan los materiales alimenticios triturados y se agregan cantidades suficientes de vitaminas esenciales y minerales según las especificaciones para las especies en cuestión. Los polipéptidos se pueden agregar como formulaciones de polipéptido sólidas o líquidas. Por 55 ejemplo, una formulación de polipéptido sólida se agrega típicamente antes o durante la etapa de mezclado; y una preparación de polipéptido líquida se agrega típicamente después de la etapa de granulación. El polipéptido se puede también incorporar en forma de aditivo alimentario o premezcla.
[0221] La concentración de polipéptidos final en la dieta está en el intervalo de 0,01-200 mg de proteína de 60 polipéptido por kg de dieta, por ejemplo, en el intervalo de 5-30 mg de proteína de polipéptido por kg de dieta animal.
[0222] La fitasa de la invención debería por supuesto añadirse en una cantidad eficaz, es decir, en una cantidad adecuada para mejorar la solubilización y/o mejorar el valor nutricional del alimento. Actualmente se contempla que el polipéptido se administra en una o más de las cantidades siguientes (intervalos de dosificación): 0.01-200; 0.01-100; 0.5-100; 1-50; 5-100; 10- 100; 0.05-50; o 0.10-10 - siendo todos estos intervalos en mg de proteína de polipéptido de fitasa por kg de alimento (ppm). 5
[0223] Para determinar los mg de proteína de polipéptido de fitasa por kg de alimento, la fitasa se purifica a partir de la composición alimentaria y la actividad específica de la fitasa purificada se determina usando un ensayo pertinente. La actividad de fitasa de la composición alimentaria como tal se determina también usando el mismo ensayo y basándose en estas dos determinaciones, se calcula la dosificación en mg de proteína de fitasa por kg 10 de alimento.
[0224] Los mismos principios se aplican para determinar los mg de proteína de polipéptido de fitasa en aditivos alimenticios. Por supuesto, si hay una muestra disponible de la fitasa usada para la preparación del aditivo para alimentación animal o el alimento, la actividad específica se determina a partir de esta muestra (sin necesidad de 15 purificar la fitasa de la composición alimentaria o el aditivo).
[0225] La invención aquí descrita y reivindicada no queda limitada en su alcance por las formas de realización específicas aquí descritas, ya que estas formas de realización están previstas como ilustraciones de varios aspectos de la invención. Cualquier forma de realización equivalente está destinada a formar parte del ámbito de la invención. De hecho, varias modificaciones de la invención además de aquellas mostradas y descritas aquí 20 serán claras para los expertos en la técnica de la descripción precedente. También se pretende que tales modificaciones formen parte del alcance de las reivindicaciones adjuntas. En caso de conflicto, se revisará la presenta divulgación incluidas las definiciones.
Específicamente descritos aquí están: 25
[0226]
1. Fitasa que tiene al menos un 76 % de identidad con residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO: 2 y que comprende al menos una modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes: 30
139, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136, 137 ,138, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 35 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 40 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413,
donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO:2, con la condición de que la fitasa no sea la fitasa Hafnia alvei con los aminoácidos 1-413 de la 45 SEQ OD NO:2
2. Fitasa según el párrafo 1, que comprende al menos una en al menos una posición seleccionada de las siguientes:
139, 1, 8, 41, 45, 49, 54, 66, 72, 76, 77, 78, 95, 101, 109, 131, 143,, 148, 152, 162, 163, 176, 179, 187, 50 192, 201, 207, 217, 221, 234, 239, 242, 245, 251, 261, 293, 294, 303, 304, 308, 325, 346, 348, 363, 369, 370, 396, 401, 403, donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO: 2, con la condición de que la fitasa no sea fitasa Hafnia alvei con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO: 2.
55
3. Fitasa del párrafo 1, que comprende al menos una modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes: 139, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136, 137 ,138, 140, 143, 144, 145, 60 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228,
230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 5 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413; y al menos otra modificación en al menos otra posición seleccionada de las siguientes: 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136, 137 ,138, 139, 10 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 15 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413 donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO: 2 con la 20 condición de que la fitasa no sea fitasa Hafnia alvei con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO:2.
4. Fitasa según cualquiera de los párrafos 1 a 3, donde la modificación o modificaciones se seleccionan de:
1P,Q, *1aG, *1aP, *1aS, *1bP, *1bS, *1cS, 1QGPS, 1QS, 8L,C,M,Y, 9K,P,S, 10V, 12S,R, 16V, 25 18K, 25A, 26R,Q,H, 27A, 28A, 29P,R,K,A, 30P,L, 31I, 32Q,I,L, 33C,N, 35C,A, 36C, 37D,R,K, 38A, 41T,Q, 45P, 48H,W,N, 49L, 54C,G, 55E, 59R,K, 63C, 64S, 66C, 68L, 69E,L, 70E, 72A, 74S, 75A, 76R,V,N, 77K,G,W,Q, 78G,R,K,Q,S,T, 79L, 81 E, 82S, 83G, 89A, 92Y, 93P,E,N, 95P,A, 96N,V, 97R, 98S, 100W, 101C, 103A, 109D,G, 111R,K,S, 112S, 115L,M,R,K, 116S,T,N, 117A,Q, 118A,N,E,P,T, 119D,K,E, 120G,L,I,M, 121A,S,T,G,K, 122A,S,T,K, 123P,M,V,A,T, 128N,R, 130L, 30 131R,Q, 132T,V, 134V, 136Q, 137L, 138N,V, 139C,R, 140P, 143C,V, 144R, 146I, 148R, 150C, 151D, 152A,G,T,I, 160G, 162N,R, 163P,K, 168V, 172C, 173N, 175N,S 176C,Q,R, 177C, 178C,E 179C,L,W, 181L, 185R,K, 186S,T, 187E, 190N, 192A, 193R, 195L, 198E, 199C, 201C,G,V, 202A,K, 203Y, 206G,T,A,207N,L,Q,R, 208A, 208T, 209S, 211T,R, 215S, 217S,G, 219M,L, 221T,G, 224C, 227Q, 228C,Q, 230E, 234L,R,C,V,E, 235P, 236C, 239R,K, 242S, 243P, 244P, 35 245E, 246N, 247D,W, 248T, 249S,T, 251S,D,E,R, 256D,A, 258Y, 259C, 260L, 261F,A,Q,A, 266V, 268R, 270R, 284P, 285D, 286T, 287P, 288P, 289W, 293R,K,N, 294L, 298S, 299R, 301M, 303L, 304V, 308A, 310L, 312A, 313L, 314G, 316P,A, 318E, 319L, 320N, 325C,K, 326C, 331C,S,T, 335E, 343C, 344K, 346S,T, 347R, 348D,E,S,R 354L, 355S,T, 356F, 358C, 360P,Q, 362M, 363C,R,K,V, 365K, 366T, 368C, 369S,D, 370C, 374C,P, 376E, 378K, 380, 382S,T, 383N, 394N, 40 395E, 396D,E,K 401 N, 403N y 411 S.
5. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1 a 4, donde además los residuos de aminoácidos entre las posiciones 180 y 189 han sido sustituidos por un péptido pequeño con una longitud de 4, 5, 6, 7 u 8 residuos de aminoácidos, especialmente los pentapéptidos QADKP GEDKP NGISA IAGKS KEKHQ 45 KEKQQ KEKKV o KTDKL.
6. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1 a 5, donde además los residuos de aminoácidos entre las posiciones 115 y 124 y 127 han sido sustituidos por un pequeño péptido con una longitud de 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 residuos de aminoácidos, especialmente el octapéptido TQADTSSP o un péptido 50 seleccionado del grupo que consiste en HQEKMGTMDPT, HQQDIKQVDSL, HQPEIGKMDPV, TQADTSSPDPL, HQQDIKQADPL, TQTDTSSPDPL y NQADLKKTDPL.
7. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-6, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 8C, 33C, 35C, 36C, 54C, 63C, 66C, 101C, 139C, 143C, 201C, 150C, 172C, 176C, 55 177C, 178C, 179C, 224C, 228C, 236C, 259C, 325C, 326C, 331C, 358C, 363C, 368C, 370C, 374C.
8. Fitasa, según el párrafo 7, que comprende al menos un conjunto de modificaciones seleccionadas de las siguientes: 8C/343C, 139C/201C, 33C/179C, 33C/178C, 35C/172C, 36C/177C, 36/C176C, 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 326C/331C, 325C/358C/, 60 228C/363C, 368C/374C.
9. Fitasa, según los párrafos 7 u 8 que comprende al menos otra modificación en una posición seleccionada de: 1, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32,37 .38, 39, 40, 41, 45, 48,
49, 55, 59, 64, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136,137 .138, 140, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 173, 175, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 211, 215, 217, 219, 5 221, 227, 230, 233, 234, 235, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 335, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 360, 362, 364, 365, 366, 367, 369, 371, 372, 373, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 10 y 413.
10. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-9, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 29P, 30P, 93P, 95P, 140P, 163P, 235P, 243P, 244P, 284P, 287P, 288P, 316P y 360P. 15
11. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-10, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 8L, 9K, 12S, 16V, 27A, 30L, 32Q, 37D, 38A, 41T, 48W, 49L, 54G, 55E, 75A, 77K, 78G, 93E, 103A, 109D, 128N, 130L, 132T, 134V, 136Q, 137L, 173N, 176Q, 195L, 198E, 206T, 207N, 209S, 211T, 215S, 219M, 221T, 227Q, 228Q, 248T, 258Y, 260L, 261Q, 310L, 313L, 314G, 316A, 318E, 20 319L, 320N, 335E, 354L, 356F, 360Q, 362M, 251S, 363R, 365K, 366T, 369S, 374P, 376E, 378K y 411 S.
12. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-11, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 9R, 29R,K, 37R,K, 59R,K, 69E, 70E, 78R,K, 81 E, 93E, 111 R,K, 115R,K, 119D, 25 185R,K.230E, 239R, 245E, 251 D,E, 293R,K, 348D,E, 363R,K, 395E y 396D,E.
13. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-12, que es una variante de la fitasa de SEC ID NO:2.
14. Fitasa, según el párrafo 13, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 30 F8C, D33C T35C, P36C, E54C, F63C, E66C, A101C, K139C, H143C, I201C, A150C, L172C, K176C, S177C, P178C, Y179C, F224C, H228C, A236C, L259C, G325C, Q326C, P331C, T358C, H363C, L368C, L370C y A374C.
15. Fitasa, según el párrafo 14, que comprende al menos un conjunto de modificaciones seleccionado de 35 los siguientes: F8C/D343C, K139C/I201C, Y179C/D33C, P178C/D33C, L172C/T35C, S177C/P36C, K176C/P36C, H143C/I201C, E54C/A101C, F63C/L368C, E66C/L370C, F224C/A236C, A150C/L259C, P331C/Q326C, T358C/G325C, H228C/H363C, y L368C/A374C.
16. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 13-15, que comprende al menos una modificación 40 seleccionada de las siguientes: Q29P, T30P, Q93P, K95P, S140P, A163P, V235P, E243P, Q244P, S284P, T287P, S288P, M316P y A360P.
17. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 13-16, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: F8L, Q9K, K12S, L16V, M27A, T30L, R32Q, H37D, Q38A, E41T, Y48W, 45 I49L, E54G, H55E, P75A, D77K, N78G, Q93E, L103A, Q109D, H128N, V130L, A132T, I134V, S136Q, M137L, D173N, K176Q, M195L, R198E, N206T, K207N, A209S, E211T, G215S, T219M, A221T, E227Q, H228Q, S248T, D258Y, M260L, S261Q, I310L, I313L, S314G, M316A, G318E, M319L, T320N, A335E, M354L, Y356F, A360Q, L362M, K251S, H363R, Q365K, A366T, T369S, A374P, S376E, R378K y Q411S. 50
18. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 13-17, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: D111R,K, K251D,E, D293R,K, Q93E, Q230E, P348D,E, L395E, Q69E, Q70E, Q245E, S396D,E, T81E, N119D, Q29R,LYS, H37R,K, H363R,K, N239R, Q9R, H115R,K, L59R,K, N78R,K y I185R,K, 55
19. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 13-18, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: K12R,Q, K26R,Q, K45P, K76R,Q, K97R,Q, K131R,Q, K139R,Q, K148R,Q, K176R,Q, K187E, K207L, K234R,Q, K251R,Q, K268R,Q, K299R,Q, K347R,Q, S261A, T308A, T25A, T28A, T30L, T219L, T120L, N202A, N206A, N270R,Q, N312A, N119D, Q256A, Q29A, 60 Q121A, Q122A, Q117A, Q118A, Y48W y Y179L.
20. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 13-19, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 1P, S1QGPS, S1QS, F8M, F8Y, Q9S, K26H, D33C, T35A, E41Q, Y48H, I49L, G72A, P75N, K76N, D77Q, N78Q, N78T, A89A, D92Y, T98S, E100W, Q109G, H115M, K131Q, A132V, D138N, K139C, V146I, T152A, T152G, T152I, Q162N, Q162R, A163K, P175S, Q181L, G186S, 65
S192A, I201G, I201V, K207Q, K207R, V208T, A217G, K234E, K234V, N239K, T242S, N247D, N247W, Q256D, I266V, R289W, I294L, I303L, A304V, G346S, P348R, T369D, S396K, L401N, S403N,
21. Fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-20, que tiene propiedades mejoradas en comparación con la fitasa de referencia o progenitora con respecto al rendimiento térmico, incluyendo estabilidad térmica, 5 estabilidad de temperatura, termoestabilidad, estabilidad de vapor, estabilidad de granulación y/o perfil de temperatura, y/o una eficiencia mejorada, incluyendo un perfil de pH mejorado, una actividad específica mejorada, un modelo de glicosilación alterado, un rendimiento mejorado en el alimento para animales, y/o que incorpora un cambio de un sitio de escisión de proteasa potencial y/o sitio de glicación. 10
22. Método para la producción de una variante de fitasa, de una referencia o fitasa progenitora con al menos 76% de identidad con la SEC ID NO:2, por el cual dicha variante muestra al menos una sustitución, inserción o deleción en una o más de las posiciones: 139, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36,37 .38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 63, 64, 66, 68, 69, 70, 15 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 132, 133, 134, 136,137 .138, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 192, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 20 211, 215, 217, 219, 221, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 251, 256, 258, 259, 260, 261, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 303, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 354, 355, 356, 358, 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 383, 384, 385, 386, 25 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 401, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412, y 413, donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de SEC ID NO:2, el método comprende
a) mutación del ADN o gen que codifica la fitasa progenitora de manera que el ADN o gen codifica dicha sustitución, inserción y/o deleción, 30
b) conexión operativa de dicho ADN o gen a una o más secuencias de control que dirigen la producción de la fitasa en un huésped de expresión adecuado para crear un constructo de ADN o un vector de expresión recombinante,
c) transferencia de dicha construcción o vector a un huésped adecuado,
d) cultivo de dicho huésped para producir la fitasa variante y 35
e) recuperación de la fitasa,
23. Método, según el párrafo 22, donde la variante producida ha mejorado las propiedades con respecto al rendimiento térmico, incluyendo estabilidad térmica, estabilidad de temperatura, termoestabilidad, estabilidad de vapor, estabilidad de granulación y/o perfil de temperatura, y/o una eficiencia mejorada, 40 incluyendo un perfil de pH mejorado, una actividad específica mejorada, un modelo de glicosilación alterado, un rendimiento mejorado en el alimento para animales, y/o que incorpora un cambio de un sitio de escisión de proteasa potencial y/o sitio de glicación.
24. Método, según el párrafo 22 o 23, donde las modificaciones están seleccionadas de las sustituciones o 45 inserciones siguientes: 1P,Q, *1aG, *1aP, *1aS, *1bP, *1bS, *1cS, 1QGPS, 1QS, 8L,C,M,Y, 9K,P,S, 10V, 12S,R, 16V, 18K, 25A, 26R,Q,H, 27A, 28A, 29P,R,K,un, 30P,L, 31I, 32Q,yo,L, 33C,N, 35C,un, 36C, 37D,R,K, 38A, 41T,Q, 45P, 48H,W,N, 49L, 54C,G, 55E, 59R,K, 63C, 66C, 68L, 69E,L, 70E, 74S, 72A, 75A, 76R,V,N, 77K,G,W,Q, 78G,R,K,Q,S,T, 79L, 81 E, 82S, 83G, 89A, 92Y, 93P,E,N, 95P,un, 96N,V, 97R, 98S, 100W, 101C, 103A, 109D,G, 111 R,K,S, 112S, 115L,M,R,K, 116S,T,N, 117A,Q, 50 118A,N,E,P,T, 119D,K,E, 120G,L,yo,M, 121A,S,T,G,K, 122A,S,T,K, 123P,M,V,un,T, 128N,R, 130L, 131R,Q, 132T,V, 134V, 136Q, 137L, 138N,V, 139C,R, 140P, 143C,V, 144R, 146I, 148R, 150C, 151D, 152A,G,T,yo, 160G, 162N,R, 163P,K, 168V, 172C, 173N, 175N,S 176C,Q,R, 177C, 178C,E 179C,L,W, 181L, 185R,K, 186S,T, 187E, 190N, 192A, 193R, 195L, 198E, 199C, 201C,G,V, 202A,K, 203Y, 206G,T,un, 207N,L,Q,R, 208A, 208T, 209S, 211T,R, 215S, 217S,G, 219M,L, 221T,G, 224C, 227Q, 55 228C,Q, 230E, 234L,R,C,V, 234E, 235P, 236C, 239R,K, 242S, 243P, 244P, 245E, 246N, 247D,W, 248T, 249S,T, 251S,D,E,R, 256D,un, 258Y, 259C, 260L, 261F,un,Q,un, 266V, 268R, 270R, 284P, 285D, 286T, 287P, 288P, 289W, 293R,K,N, 294L, 298S, 299R, 301 M, 303L, 304V, 308A, 310L, 312A, 313L, 314G, 316P,un, 318E, 319L, 320N, 325C,K, 326C, 331C,S,T, 335E, 343C, 344K, 346S,T, 347R, 348D,E,S,R 354L, 355S,T, 356F, 358C, 360P,Q, 362M, 363C,R,K,V, 365K, 366T, 368C, 369S,D, 370C, 60 374C,P, 376E, 378K, 380,382S,T, 383N, 394N, 395E, 396D,E,K 401N, 403N y 411S.
25. Método, según cualquiera de los párrafos 22 a 24, por el cual se produce una fitasa según cualquiera de los párrafos 1 a 21.
65
26. Secuencia de ácidos nucleicos aislada que comprende una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la fitasa de cualquiera de los párrafos 1-21.
27. Constructo de ácidos nucleicos que comprende la secuencia de ácidos nucleicos del párrafo 26 operativamente enlazada a una o más secuencias de control que dirigen la producción de la fitasa a un 5 huésped de expresión adecuado.
28. Vector de expresión recombinante que comprende el constructo de ácidos nucleicos del párrafo 26.
29. Célula huésped recombinante que comprende el constructo de ácidos nucleicos del párrafo 27 y/o el 10 vector de expresión del párrafo 28.
30. Método para la producción de la fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-21, que comprende
(a) cultivo de la célula huésped del párrafo 29 para producir un sobrenadante que comprende la fitasa; y (b) recuperación de la fitasa. 15
31. Planta transgénica o parte de planta, capaz de expresar una fitasa, según cualquiera de los párrafos 1-21.
32. Animal transgénico no-humano o productos, o elementos del mismo, que es capaz de expresar una 20 fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21.
33. Composición que comprende al menos una fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21; y
(a) al menos una vitamina liposoluble;
(b) al menos una vitamina soluble en agua y/o 25
(c) y/o al menos un oligoelemento.
34. Composición, según el párrafo 33, que comprende además al menos una enzima seleccionada del grupo siguiente de enzimas: amilasa, fitasa, fosfatasa, xilanasa, galactanasa, alfa-galactosidasa, proteasa, fosfolipasa y/o beta-glucanasa.
35. Composición, según cualquiera de los párrafos 32-34, que es un aditivo de alimento. 30
36. Composición de alimento para animales con un contenido bruto de proteína de 50 a 800 g/kg y que comprende la fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21 o la composición según cualquiera de los párrafos 33-35.
37. Método para mejorar el valor nutricional de un alimento para animales, donde la fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21 o la composición según cualquiera de los párrafos 32-36 se añade al alimento. 35
38. Proceso para reducir los niveles de fitato en el estiércol de animal que comprende la alimentación de un animal con una cantidad eficaz del alimento del párrafo 36.
39. Método para el tratamiento de proteínas vegetales, que comprende el paso de añadir la fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21 o la composición según cualquiera de los párrafos 32-36 a al menos una proteína vegetal o fuente de proteína. 40
40. Uso de la fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21 o la composición según cualquiera de los párrafos 32-36 en el alimento para animales; en la preparación de alimento para animales; para mejorar el valor nutricional de alimento para animales; para reducir los niveles de fitato en el estiércol de animales; para el tratamiento de proteínas de vegetal; o para la liberar fósforo a partir de un sustrato de fitasa.
41. Método para la producción de un producto de fermentación, que comprende (a) fermentación utilizando 45 un microorganismo fermentador un carbohidrato que contiene material en presencia de una fitasa según cualquiera de los párrafos 1-21 y (b) producción del producto de fermentación o coproducto de fermentación del material que contiene carbohidrato fermentado.
42. Método según el párrafo 41, donde el producto de fermentación es etanol, cerveza, vino o granos secados de destiladores (DDG). 50
EJEMPLOS
[0227] Los productos químicos usados fueron productos comerciales de al menos grado reactivo.
Ejemplo 1: preparación de variantes y determinación de actividad 5
Preparación de variantes de fitasa
Expresión de variantes de fitasa en Aspergillus oryzae
10
[0228] Los constructos que comprenden los genes de la variante de fitasa de Hafnia en los ejemplos fueron usados para construir vectores de expresión para Aspergillus. Los vectores de expresión de Aspergillus consisten en un casete de expresión basado en el promotor II de amilasa neutra de Aspergillus niger fusionada a la secuencia líder no traducida de triosa fosfato isomerasa de Aspergillus nidulans (Pna2/tpi) y el terminador de amiloglicosidasa de Aspergillus niger (Tamg). También presente en el plásmido está el marcador selectivo de 15 Aspergillus amdS de Aspergillus nidulans que permite crecimiento en la acetamida como fuente de nitrógeno única. Los plásmidos de expresión para variantes de fitasa fueron transformados en Aspergillus como se describe en Lassen et al. (2001), Applied and Environmental Micorbiology, 67, 4701-4707. Para cada uno de los constructos, se aislaron 10-20 cepas y se purificaron y cultivaron en matraces de agitación.
20
Purificación de variantes de fitasa de Hafnia alvei
[0229] El sobrenadante de fermentación con la variante de fitasa fue filtrado a través de un filtro Fast PES Bottle top con un corte de 0,22 µm. La solución resultante fue diluida con agua al doble de volumen y el pH se ajstó a 4,5 con ácido acético. Ocasionalmente, la solución se volvió un poco nublada y esto se quitó por filtración a 25 través de un filtro Fast PES Bottle top con un corte de 0,22 µm.
[0230] Después del pretratamiento, la variante de fitasa fue purificada por cromatografía en S sefarosa, aproximadamente 30 ml en una columna XK26, usando como tampón A 50mM de acetato sódico pH 4,5 y como tampón B 50mM de acetato sódico + 1M de NaCl pH 4,5. Llas fracciones de la columna fueron analizadas en 30 cuanto a la actividad usando un ensayo de fosfatasa (véase más abajo) y se agruparon las fracciones con actividad.
[0231] Finalmente, la solución con la variante de fitasa purificada fue concentrada usando un dispositivo de filtración Amicon ultra-15 con una membrana de corte de 30 kDa. 35
[0232] El peso molecular, como se estima a partir de SDS-PAGE, fue aproximadamente de 45 kDa y la pureza fue > 95%.
Determinación de actividad de fosfatasa 40
[0233] 75 microlitros de solución enzimática con fitasa se dispensan en un pocillo de placa de microtitulación, por ejemplo, NUNC 269620 y se añaden 75 microlitros de sustrato (para preparar el sustrato, se disuelven dos comprimidos de 5 mg de fosfato de p-nitrofenilo (Sigma, Cat.No. N-9389) en 10 ml 0,1 M de tampón de Na-acetato, pH 5,5). La placa se sella y se incuba 15 min., se agita a 750 r.p.m. a 37° C. Después del tiempo de incubación se añaden 75 microlitros de reactivo de parada (el reactivo de parada es 0,1 M de tetraborato de 45 sodio en agua) y la absorbancia a 405 nm se mide en un espectrofotómetro de placa de microtitulación. Una unidad de fosfatasa se define como la actividad enzimática que libera 1 micromol de fosfato/min bajo las condiciones de reacción dadas (tampón ciego sustraído). Se determina que la absorbancia de 1 micromol de p-nitrofenol es 56 AU (AU= unidades de absorbancia) bajo condiciones de ensayo.
50
Determinación de actividad de fitasa
[0234] 75 microlitos de solución enzimática con fitasa, diluidos apropiadamente (por ejemplo, en 0 25 M de acetato sódico, 0,005% (p/v) Tween-20. pH 5,5), se dispensan en un pocillo de placa de microtitulación, por ejemplo, NUNC 269620 y se añaden 75 microlitros de sustrato (preparados disolviendo 100 mg de fitato de sodio 55 de arroz (Aldrich Cat.No. 274321) en 10 ml 0,25 M de tampón de acetato de sodio, pH 5,5). La placa se sella y se incuba 15 min. agitada a 750 r.p.m. a 370° C. Después de la incubación, se añaden 75 microlitros de reactivo de parada (el reactivo de parada se prepara mezclando 10 ml de solución de molibdato (10% (p/v) de hepta-molibdato de amonio en 0,25% (p/v) de solución de amoníaco); 10 ml de vanadato de amonio (0,24% producto comercial de Bie&Berntsen, Cat.No. LAB17650) y 21,7 % (p/v) de ácido nítrico) y la absorbancia a 405 nm se 60 mide en un espectrofotómetro de placa de microtitulación. La actividad de fitasa se expresa en la unidad de FYT,
siendo un FYT la cantidad de enzima que libera 1 microml de ortofosfato inorgánico por minuto bajo las condiciones anteriores. Un valor absoluto para la actividad de fitasa medida se obtiene por referencia a una curva estándar preparada a partir de diluciones apropiadas de fosfato inorgánico o por referencia a una curva estándar hecha de diluciones de una preparación de enzima de fitasa con actividad conocida (tal preparación enzimática estándar con una actividad conocida está disponible a petición de Novozymes A/S, Krogshoejvej 36; 5 DK-2880 Bagsvaerd).
Ejemplo 2: actividad específica
[0235] La actividad específica de una variante de fitasa se determina en muestras altamente purificadas 10 dializadas contra 250 mM de acetato sódico, pH 5,5. La pureza se controla previamente en un gel de poliacrilamida SDS que muestra la presencia de solo un componente.
[0236] La concentración de proteína se determina mediante el análisis de aminoácidos de la siguiente manera: una alícuota de la muestra es hidrolizada en 6N HCl, 0,1 % de fenol durante 16 h a 110° C en un tubo de vidrio 15 evacuado. Los aminoácidos resultantes son cuantificados usando un sistema de análisis de aminoácidos Applied Biosystems 420A accionado según las instrucciones del fabricante. A partir de las cantidades de los aminoácidos se puede calcular la masa -y por lo tanto también la concentración- de proteína en la alícuota hidrolizada.
[0237] La actividad de fitasa se determina en las unidades de FYT como se describe en el Ejemplo 1 20 ("Determinación de la actividad de fitasa") y la actividad específica se calcula como la actividad de fitasa medida en unidades de FYT por mg de proteína enzimática de variante de fitasa.
Ejemplo 3: estabilidad de temperatura
25
Cepas y plásmidos
[0238] Se utilizó E.coli DH12S (disponible de Gibco BRL) para el rescate de plásmido de levadura.
[0239] pJHP000 es un vector transportador de S. cerevisiae y E.coli bajo el control de promotor TPI, construido a 30 partir de pJC039 descrito en WO 01/92502, en el cual se ha insertado el gen de fitasa de Hafnia alvei.
[0240] Saccharomyces cerevisiae YNG318: MATa Dpep4[cir+] ura3-52, leu2-D2, his 4-539 se utilizó para la expresión de variantes de fitasa. Está descrito en J. Biol. Chem. 272 (15), págs 9720-9727, 1997.
35
Medios y sustratos
[0241] 10X Solución Basal: 66,8 g/l base nitrogenada de levadura sin aminoácidos (DIFCOI, 100 g/l succinato, 60 g/l NaOH.
Glucosa SC: 100 ml/l 20% glucosa (es decir, una concentración final de 2% = 2 g/100ml), 4 ml/l 5% treonina, 40 10 ml/l 1% triptófano, 25 ml/l 20% casamino ácidos, 100 ml/l 10 X solución basal. La solución es esterilizada usando un filtro de un tamaño de poro de 0,20 μm. Agar y H2O (aprox. 761 ml) se someten juntos a autoclave y la solución de glucosa SC separadamente esterilizada se añade a la solución de agar.
YPD: 20 g/l bacto peptona, 10 g/l extracto de levadura, 100 ml/l 20% glucosa
Solución de PEG/LiAc: 50ml 40% PEG4000, 1ml 5M acetato de litio 45
Manipulaciones de ADN
[0242] A menos que se declare de otra manera, las manipulaciones y transformaciones de ADN se realizaron usando métodos estándares de biología molecular como se describe en Sambrook et al. (1989) Molecular 50 cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor lab. Cold Spring Harbor, NY ; Ausubel, F. M. et al. (eds.) "Current protocols in Molecular Biology", John Wiley and Sons, 1995; Harwood, C. R. and Cutting, S. M. (eds.).
Transformación de levadura
55
[0243] La transformación de levadura se realizó por el método de acetato de litio. Mezclar 0,5 microL de vector (digerido por endonucleasas de restricción) y 1 microL de fragmentos de la PCR. Descongelar células competentes YNG318 en hielo. Mezclar 100μl de las células, la mezcla de ADN y 10μl de ADN portador (Clontech) en tubos de polipropileno de 12ml (Falcon 2059). Añadir 0,6 ml de solución de PEG/LiAc y mezclar suavemente. Incubar durante 30 min. a 30º C y 200 r.p.m. Incubar durante 30 min. a 42º C (choque térmico). 60 Transferir a un tubo Eppendorf y centrifugar durante 5 seg. Eliminar el sobrenadante y redisolver en 3ml de YPD. Incubar la suspensión celular durante 45 min. a 200 r.p.m. a 30 º C. Verter la suspensión en placas de glucosa
SC e incubar a 30º C durante 3 días para formar colonias. El ADN total de la levadura es extraído por medio del método de Robzik y Kassir descrito en Nucleic acids research vol. 20, No14 (1992) 3790.
Secuenciación del ADN
5
[0244] Una transformación de E. coli para la secuenciación de ADN fue obtenida por electroporación (BIO-RAD Gene Pulser). Los plásmidos de ADN fueron preparados por medio de un método alcalino (Molecular Cloning, Cold Spring Harbor) o con el Qiagen® Plasmid Kit. Los fragmentos de ADN fueron recuperados del gel de agarosa por medio del kit de extracción en gel Qiagen. Se realizó la PCR con el PTC-200 DNA Engine. Se usó el ABI PRISMTM 310 Genetic Analyzer para determinar todas las secuencias de ADN. 10
Construcción de vector de expresión de fitasa
[0245] El gen de fitasa de Hafnia fue amplificado con los pares de cebadores (HafPhyF y HafPHyR). Los fragmentos de la PCR resultantes fueron introducidos en S. cerevisiae YNG318 con el vector pJC039 digerido 15 con enzimas de restricción para eliminar la parte madura de gen de cutinasa de Humicola insolens.
HafPhyF (34mer)
CTCCTGAACTTGTTGCCCGGTCGGATACAGCCCC
HafPhyR (39mer)
ATTACATGATGCGGCCCTCTAGATTAGGGGAGCTGACATG 20
[0246] Se recuperó el plásmido, que se denomina pJHP000 de los transformantes de levadura en las placas de glucosa SC y se determinó la secuencia interna para confirmar el gen de fitasa.
Construcción de librería de levadura y variantes dirigidas al sitio 25
[0247] Librería en levadura y variantes dirigidas se construyeron por el método SOE PCR (empalme por extensión por superposición, véase "PCR: A practical approach", p. 207-209, Oxford University Press, eds. McPherson, Quirke, Taylor), seguido de recombinación in vivo de levadura.
30
Cebadores generales para amplificación y secuenciación
[0248] Los cebadores siguientes se utilizan para hacer fragmentos de ADN que contienen cualquier fragmento mutado por el método SOE junto con cebadores degenerados (AM34 + cebador inverso y AM35 + cebador directo) o solo para amplificar un gen de asparaginasa entero (AM34 + AM35). 35
AM34
TAGGAGTTTAGTGAACTTGC
AM35
TTCGAGCGTCCCAAAACC
Sistema de reacción PCR:
Condiciones:
48,5 micro L H2O 2 perlas puRe Taq Ready-To-Go PCR Perlas (Amersham bioscineces) 0,5 micro L X 2100 pmol/micro L cebadores 0,5 micro L Modelo ADN
1 2 3 4 2-4 5 94°C 2 min. 94°C 30 seg. 55°C 30 seg. 72°C 90 seg 25 ciclos 72°C 10 min.
[0249] Los fragmentos de ADN fueron recuperados del gel de agarosa por medio del kit de extracción en gel Qiagen. Los fragmentos purificados resultantes fueron mezclados con el digerido del vector. La solución mezclada fue introducida en Saccharomyces cerevisiae para construir bibliotecas o variantes dirigidas por 40 recombinación in vivo.
Selección de bibliotecas (el ensayo de membrana primaria)
[0250] Las bibliotecas de levadura fueron cultivadas en la placa de glucosa SC con una membrana de acetato de 45 celulosa (superior) y membrana Biodyne C (de Pall gelman) (inferior) a 30º C al menos durante 3 días. Las
membranas Biodyne C fueron transferidas a placas preincubadas con 20mM de tampón de acetato, pH 4,0 e incubadas durante 1-2 horas a una temperatura determinada (50° C en el caso de WT como esqueleto).
[0251] Luego, las membranas fueron quitadas y mojadas en la solución de sustrato fresco (10 ml 20mM tampón acetato, pH 4,0; 0,01 g, alfa naftil fosfato (Sigma); 0,02g, Fast Garnet GBC (Sigma). Los clones de levadura 5 correspondientes a las posiciones de color rojo desarrollados en las membranas Biodyne C fueron aislados de membranas de acetato de celulosa.
Selección de bibliotecas (la selección de actividad relativa secundaria)
10
[0252] Los clones de levadura en las membranas de acetato de celulosa fueron inoculados a una placa de mitrotitulación de 96 pocillos y cultivados a 28° C durante 3 días. La actividad de fitasa se midió a 37 °C y a la temperatura más alta (60, 62, 64, 66° C etc.) para determinar la actividad relativa a una temperatura determinada. Luego, los clones con actividad relativa más alta fueron seleccionados y la secuencia fue confirmada. 15
Estándar, control de nivel y muestras se pipetan en un MTP o tubo de 8 bandas.
10 µl
Se añade sustrato precalentado (50° C).
200µl
El tubo de 8 bandas o MTP se coloca en un incubador MTP a 37, 60 y 64° C (o superior).
30 min.
Quitar 35µl, añadirlo en 100µl de reactivo complejo de parada y mezclar 5-20 s.
35 + 100 µl
La muestra espera antes de la medición.
5-30 min.
Se mide OD a
750 nm
Sustrato, 2,0 mM de solución de fitato de sodio (cada vez)
[0253] Ejemplo de preparación de 100 ml: 20
Fitato de sodio
0,1847 g
0,1 M tampón acetato, pH 4,0
hasta 100 ml
Reactivo complejante
[0254] Ejemplo de preparación de 200 ml:
25
FeSO4.7H2O
14,64 g
Solución de heptamolibdato de amonio
hasta 200 ml
Reactivo complejo de parada
[0255] Ejemplo de preparación de 600 ml de reactivo complejo de parada
0,5 M H2SO4 200 ml 30
Reactivo complejante 400 ml
[0256] Solución de heptamolibdato de amonio
35
Ejemplo de preparación de 1000 ml:
(NH4)6Mo7O24.4H2O 10,0 g Ácido sulfúrico 32 ml Agua desmineralizada hasta 1000 ml
[0257] Los resultados se proporcionan a continuación. La columna que indica la actividad relativa proporciona la primera la actividad relativa de la variante y luego la actividad relativa de la fitasa de referencia usada en la determinación. La referencia es el tipo salvaje o variantes n.º 62, 69, 84, 104, 105,113 y/o 138. Las variantes fueron usadas típicamente como referencia cuando la actividad residual del tipo salvaje era muy baja.
5
Resultados
Variante n.º
Modificaciones (sustituciones, inserciones o deleciones) Actividad relativa (variante de control/referencia)
005
A132V/Q162R 11 % a 72°C (WT2%)
007
Y179W 12% a 72°C (WT2%)
008
A132V/Q181L 15% a 72°C (WT2%)
011
A132V/E211R 10% a 72°C (WT2%)
012
A132V/D83G 11 % a 72°C (WT3%)
013
A132V/A217G 50% a 72°C (WT2%)
014
A132V/A217S 47% a 72°C (WT2%)
015
A221G 11 % a 72°C (WT2%)
016
R32I 46% a 72°C (WT26%)
017
R32L 38% a 72°C (WT26%)
020
D77G 46% a 72°C (WT26%)
021
D77W 40% a 72°C (WT26%)
023
T95A 44% a 72°C (WT26%)
024
E100W/H363R 42% a 72°C (WT26%)
025
D111S 69% a 72°C (WT26%)
027
D138V/Y48H 48% a 72°C (WT39%)
028-1
K234C 50% a 72°C (WT39%)
028-2
K234V 50% a 72°C (WT39%)
029
K251S 46% a 72°C (WT39%)
030
H363V 40% a 72°C (WT39%)
031
H363R 53% a 72°C (WT39%)
046-1
A132V/A217G 42% a 70°C (WT13%)
046-2
A132V/Q162R/Q181L/A217G 42% a 70°C (WT13%)
047
D293R 30% a 70°C (WT13%)
048
Q93E 22% a 70°C (WT13%)
050-1
P348R/H363R 30% a 70°C (WT13%)
050-2
P348S 30% a 70°C (WT13%)
051
Q69L 20% a 70°C (WT13%)
052
Q245E 19% a 70°C (WT13%)
053
Q9S/D92Y 42% a 70°C (WT13%)
054-2
D92Y/H115L 28% a 70°C (WT13%)
054-re1,2
D92Y/H115M 32% a 70°C (WT17%)
057
N78Q 56% a 70°C (WT28%)
058
K76V 57% a 70°C (WT28%)
061-1
G325K 47% a 70°C (WT28%)
062
E100W/A217G/H363R(reference) 63% a 72°C (WT17%)
063
A217G/K251S 40% a 72°C (WT17%)
064
E100W/A217G/K251S 38% a 72°C (WT17%)
065
E100W/K251S 26% a 72°C (WT17%)
066
A217G 29% a 72°C (WT10%)
067
E100W/I555V/A217G 45% a 72°C (WT9%)
068
Q9S/E100W/R160G/A217G/H363R 45% a 72°C (WT9%)
069
D92Y/E100W/A217G/H363R(reference) 79% a 72°C (WT9%)
070
E100W/H115M/A217G/H363R 41% a 72°C (WT9%)
071
E100W/A217G/P348R/H363R 63% a 72°C (WT9%)
072
Q9S/A89A/D92Y/H115M/A217G/H363R 67% a 72°C (WT9%)
073
A132T 21% a 72°C (WT16%)
Referencia=variante no. 62
075
N78Q/E100W/A217G/H363R 47% a 72°C (62 40%)
076
K76V/N78Q/E100W/A217G/H363R 47% a 72°C (62 40%)
077
D83G/E100W/A217G/H363R 39% a 72°C (62 40%)
078
E100W/Y179W/A217G/H363R 48% a 72°C (62 40%)
079
E100W/A217G/K234V/K251 E/1286T/H363R 60% a 72°C (62 40%)
081
E100W/A217G/K234V/P348R/H363R 50% a 72°C (62 35%)
082
Q9S/R18K/A89A/D92Y/H115M/A217G/K234V/ H363R 61% a 72°C (62 35%)
082v2-1
Q9S/D92Y/H115M/A217G/K234V/H363R 61 % a 72°C (62 35%)
083
Q9S/N78Q/D92Y/L112S/H115M/K234V/P348R/ H363R 39% a 72°C (62 35%)
084
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/ Q181L/A217G/K234V/P348R(reference) 64% a 72°C (62 35%)
Referencia=WT y/o variante n.º 69
085
Q9S/E54C/D92Y/A101C/H143C/Q193R/I201C/ A217G/H363R 82% a 72°C (69 74% WT 14%)
086
E54C/N78S/D92Y/A101C/H143C/L199C/A217G/ H363R 74% a 72°C (wt 49% 69 80%)
088
E54C/A101C/M168V/A217G/H363R 33% a 72°C (62 36% 69 73%)
089-1
P82S/D92Y/E100W/H143C/I201C/A217G/H363R 65% a 72°C (62 36% 69 73%)
089-2
P82S/D92Y/E100W/H143C/I201C/A217G/H363R 65% a 72°C (62 36% 69 73%)
090
Q9S/N78Q//D92Y/L112S/H115M/A217G/K234V/ P348R/H363R 65% a 72°C (62 36% 69 73%)
091
D92Y/A217G/K234V/H363R 81% a 72°C (62 36% 69 73%)
092-1
Y64S/D92Y/E100W/Y179W/A217G/H363R 80% a 72°C (69 74% WT 14%)
092-2
D92Y/A217G/H363R 80% a 72°C (69 74% WT 14%)
094
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/H143C/ Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R 54% a 74°C (wt 9% 69 45%)
095
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/ Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R 75% a 74°C (wt 9% 69 45%)
097
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/ Y179W/Q181L/A217G/K234V/P348R 76% a 74°C (wt 9% 69 45%)
100
D33C/D92Y/E100W/Y179C/A217G/H363R/ 49% a 72°C (69 79%)
103-1
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/ 103% a 72°C (69 88%)
Y179W/A217G/K234V/P348R/H363R
103-3
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/ Y179W/A217G/K234V/S261 F/P348R/H363R 99% a 72°C (69 88%)
Referencia=variante 69 y/o variante 84
101
D92Y/E100W/A217G/H363R/+ 116-123(HQQNTQQA->TQADTSSP) 21% a 76°C (69 39%, 84 55%)
102
Q9S/E54C/D92Y/A101C/H143C/Q193R/I201C/ A217G/N298S/H363R +116-123(HQQNTQQA->TQADTSSP) 29% a 76°C (69 39%, 84 55%)
104
Q9S/N78Q/A69A/D92Y/H115M/A132V/K139C/ G151 D/Q162R/Y179W/Q181L/I201 C/A217G/ K234V/P348R(reference) 55% a 74°C (69 57% 84 65%)
105
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R (reference) 77% a 74°C (69 57% 84 65%)
Referencia=variante 104 y variante 69
106
E54C/D92Y/A101C/M168V/A217G/H363R 22% a 74°C (104 70% 69 54%)
107
Q9S/N78Q/A132V/K139C/Q162R/Y179W/I201C/ A217G/K234L/P348R/H363R 34% a 74°C (104 70% 69 54%)
Referencia=variante 105
108
D92Y/E100W/H143C/A144R/I201C/A217G/ N247D/H363R 37% a 80°C (105 36%)
109
D92Y/E100W/H116S/K139C/1201C/A217G/ N247D/H363R 43% a 78°C (105 36%)
110
D92Y/E100W/H128R/K139C/H143V/I201C/ A217G/N247D/H363R 44% a 78°C (105 36%)
111
D92Y/E100W/K139C/I201C/N206G/A217G/ N247D/H363R 45% a 78°C (105 36%)
112
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ H363R 51% a 78°C (105 36%)
113
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ Q256D/H363R 98% a 78°C (105 36%)
114
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ H363R 49% a 78°C (105 36%)
115
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ N344K/H363R 32% a 78°C (105 36%)
117
D92Y/E100W/K139C/A144S/K176E/I201C/ A217G/K234V/N247D/H363R 38% a 80C (105 34%)
118
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/H363R/E54C/H55E/A101C 32% a 80C (105 34%)
123
D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/ K234V/N247D/H363R 27% a 80C (105 15%)
124
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/ 17% a 80C (105 15%)
A217G/K234V/N247D/H363R
125
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/S284C/H363R 20% a 80C (10515%)
126
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/T287W/H363R 20% a 80C (105 15%)
127
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/R289M/H363R 18% a 80C (105 15%)
128
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247D/R289W/H363R 17% a 80C (10515%)
129
N78Q/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/H363R 103% a 80C (105 34%)
130
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/Q256D/P348R/H363R 99% a 80C (105 34%)
131
D92Y/E100W/K139C/Q162R/Q181L/I201C/ A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R 76% a 80C (105 34%)
132
D92Y/E100W/A113G/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247D/H363R 34% a 80C (105 34%)
133
D92Y/E100W/T120GorA*/K139C/I201C/ A217G/K234V/N247D/H363R/L395LorV 41% a 80C (105 34%)
135
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/S284M/H363R 24% a 80C (105 34%)
137
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/H363R/A366S 31 % a 80C (105 34%)
138
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/ N247W/Q256D/H363R 89% a 80C (10514%)
140
D92Y/E100W/H128R/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247E/Q256D/H363R 49% a 80C (10514%)
141
D92Y/E100W/K139C/Q141S/I201C/A217G/ K234V/N247D/H363R 24% a 80C (105 14%)
142
D92Y/E100W/K139C/A144S/I201C/A217G/ K234V/N247D/H363R 18% a 80C (10514%)
144
P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/E100W/K139C/ 1201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R 71 % a 80C (105 30%)
145
D92Y/E100W/K139C/D173N/P175S/I201C/ A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R 27% a 80C (105 30%)
147
D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/I294T/H363R 90% a 80C (105 26%)
Referencia=variante 113
143
D33N/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/H363R 29% a 80C (113 62%)
148
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/ A217G/K234V/N247D/Q1256D/H363R 74% a 80C (113 80%)
150
D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/H363R 67% a 82C (113 33%)
151
D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R 29% a 82C (113 33%)
152
D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/L199S/ 1201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R 38% a 80C (113 80%)
153
Y48H/D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/ I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R 38% a 80C (113 54%)
154
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/H363R 91% a 80C (113 73%)
155
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/1201C/ A217G/K234V/N247D/R289W/H363R 88% a 80C (113 80%)
156
D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247W/Q256D/R289W/H363R 41% a 82C (113 33%)
157
Y48H/D92/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/ K234V/N247W/Q1256D/R289W/H363R 79% a 80C (113 80%)
158
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247W/Q256D/H363R 95% a 80C (113 80%)
159
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247D/R289W/H363R 20% a 80C (113 57%)
160
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R 92% a 80C (113 80%)
161
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/ 1201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R 55% a 80C (113 80%)
162
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/ K234V/N247W/R289W/H363R 56% a 80C (113 80%)
163
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247W/R289W/H363R 66% a 80C (113 80%)
Referencia=variante 138
164
Y48H/E54C/D92Y/E100W/A101C/K139C/T152A/ 1201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R 94% a 80C (138 78%)
165
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/ V208T/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R 65% a 80C (138 78%)
166
T35A/Y48H/E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/ D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R 15% a 80C (138 78%)
167
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/ K207Q/V208T/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R 61 % a 80C (138 78%)
Referencia=wt
168
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/ Q256D/H363R 69% a 80C (w 7%)
169
E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/ K139C/I201C/A217G/H363R 33% a 80C (w 7%)
170
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/V208T/ A217G/H363R 32% a 80C (w 7%)
171
E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/ K139C/I201C/V208T/A217G/H363R 36% a 80C (w 7%)
172
Y48H/E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/ A101C/K139C/T152A/I201C/V208T/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R 48% a 80C (w 7%)
173
E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/D92Y/A101C/ K139C/I201C/V208T/A217G/K234V/N239S/N247D/ 50% a 80C (w 7%)
Q256D/H363R
Ejemplo 4. Termoestabilidad
[0258] Una alícuota de la muestra de proteína de fitasa Hafnia alvei (purificada como se describe en el ejemplo 1) fue bien desalada y cambiada de búfer en 20 mM de Na-acetato, pH 4,0 usando una columna 5 preempaquetada PD-10 dializada contra 2 x 500 ml 20 mM de Na-acetato, pH 4,0 a 4° C en un paso de 2-3h seguido por un paso durante toda la noche. La muestra fue 0,45 µm filtrada y diluida con tampón para aprox. 2 unidades A280. El tampón de diálisis fue usado como referencia en la calorimetría diferencial de barrido (DSC). Las muestras fueron desgasificadas usando succión de vacío y agitando durante aprox. 10 minutos.
10
[0259] Se realizó una calorimetría por análisis diferencial en un calorímetro VP-DSC de MicroCal a una tasa de barrido constante de 1,5 °C/min de 20-90 °C. La manipulación de datos fue realizada usando el software Origin de MicroCal (versión 4.10) y la temperatura de desnaturalización, Td (también llamada la temperatura de fusión, Tm) se define como la temperatura en el ápice del valor máximo en el termograma.
15
[0260] Los resultados de la DSC para variantes de fitasa Hafnia alvei se resumen en la tabla 3 a continuación.
Tabla 3. Termoestabilidad comparativa de fitasas Hafnia alvei
Variante
1.º calorimetría Td (°C)
A150C/L259C
62,4
Q162N/R96N
63,8
L16V/I1310L/I313L/M319L/M354L
64,3
V871/L103A/L1121/A113T/1114V
67,4
E66C/L370C
67,2
H363R
68,3
Q162N/G186S
67,5
E54C/A101C
68,0
V130L/M137L/V146I/I201V/M260L/1266V
67,8
wt
69
K45P
70,9
K139C/I201C
70,8
E54C/A101C/K139C/I201C
72,6
D92Y/E100W/A217G/H363R
75,1
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132/ K139C/Q162/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R
75,5
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R
77,7
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R
78,0
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
78,9
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/H363R
79,8
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
80,0
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/1201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
80,2
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
81,7
Y48H/D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256/H363R
82,7
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
83,1
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
84,2
S1QGPS/K26H/E54C/A101C/K139C/Q162N/G186S/I201C/K207Q/G346S
71,9
Ejemplo 5. Perfil de temperatura
[0261] El perfil de temperatura (actividad de fitasa como una función de temperatura) fue determinado para la fitasa de Hafnia alvei y las variantes en el intervalo de temperatura de 20-90°C esencialmente como se describe 5 anteriormente ("Determinación de la actividad de fitasa"). Sin embargo, las reacciones enzimáticas (100 microlitros de solución enzimática con fitasa + 100 microlitros de sustrato) fueron realizadas en tubos PCR en vez de en placas de microtitulación. Después de un periodo de reacción de 15 minutos a temperatura deseada los tubos fueron enfriados a 20° C durante 20 segundos y 150 microlitros de la mezcla reactiva fueron transferidos a una placa de microtitulación. 75 microlitros de reactivo de parada fueron añadidos y la absorbancia 10 a 405 nm fue medida en un espectrofotómetro de placa de microtitulación. Los resultados se resumen en la Tabla 4 de abajo. Los números dados para cada temperatura son actividad relativa (en %) normalizados al valor en condiciones óptimas.
Tabla 4: Perfiles de temperatura relativa en estabilidad del orden de 75°C 15
Variante de fitasa
Temperatura (°C)
20 30 40 50 60 65 70 75 80 85 90
*wt
18 29 50 75 100 94 93 24 12 7 5
*K131Q
21 34 53 77 94 99 100 26 16 10 6
Q162N/D138N
17 28 44 66 88 100 95 26 14 9 7
1294L
18 30 46 64 90 100 90 26 14 11 11
G72A
17 29 45 67 83 100 78 26 13 11 8
H143C/I201C
10 22 37 62 85 100 91 26 5 5 4
Q162R
18 30 49 73 91 100 95 26 15 11 9
I49L
17 29 45 65 90 100 94 26 13 9 11
*E66C/L370C
15 27 43 66 100 88 99 27 12 6 5
T369S
18 28 47 64 92 100 95 27 15 11 9
I201V
16 27 41 59 78 100 82 27 13 11 8
K148R
19 35 51 71 98 97 100 27 11 7 6
A163K
14 27 38 63 79 100 93 27 12 9 6
S1QS
15 26 40 62 87 93 100 27 9 4 2
F8M
15 27 38 67 96 100 91 27 10 5 5
F8Y
16 27 44 69 96 100 93 27 10 6 6
T242S
18 30 48 66 91 100 93 27 12 11 10
K176R
17 33 43 66 100 96 96 28 8 5 3
S403N
14 32 42 67 84 100 96 28 14 10 8
S1P
17 27 44 60 87 100 92 28 13 11 8
E41Q
16 28 44 63 87 100 99 28 13 9 9
*K131L
18 30 50 72 85 95 100 29 15 8 4
*K207R
18 30 48 70 88 93 100 29 15 8 5
*K207Q
23 37 58 81 92 97 100 29 18 10 7
G346S
16 28 47 65 95 100 92 29 10 6 4
T308A
9 17 33 56 80 99 100 29 12 9 6
S396K
19 31 44 69 86 100 87 30 14 12 10
L401N
14 33 43 68 86 100 87 30 13 10 7
I201G
16 28 43 62 81 100 87 30 14 11 8
P348R
18 30 43 62 81 100 91 31 14 11 8
E100W
18 29 40 61 79 100 85 31 13 10 7
K187E
16 28 39 66 90 100 92 31 10 -6 4
N239R
19 30 48 66 89 100 96 32 12 11 10
A304V
15 24 42 58 86 100 98 32 14 11 8
S396D
16 28 41 60 81 100 87 32 13 10 8
T152G
16 28 42 66 85 100 95 32 14 10 9
K12R
18 29 42 64 82 100 98 33 14 12 8
1303L
17 27 40 62 86 100 88 33 13 11 10
Q162N
16 27 42 62 89 90 100 34 10 7 3
S192A
17 26 43 59 88 100 94 35 13 9 9
T369D
18 29 43 66 86 100 90 35 14 12 11
V130L/M137L/V146I/I201V/ M260L/I266V
13 25 43 67 89 98 100 35 14 10 6
Q109G
17 33 44 68 94 100 94 36 11 6
N239K
19 31 47 70 92 100 94 38 14 12 11
K234V
17 29 42 63 79 100 94 39 15 11 8
K234E
17 27 43 61 86 100 92 40 15 11 7
H363R
18 28 42 66 90 100 90 41 11 6 5
S261A
13 24 39 62 83 98 100 41 14 10 7
A217G
14 32 41 65 84 100 90 43 15 11 7
E54C/A101C/K207Q
21 33 48 68 89 100 95 55 13 10 6
K45P
19 29 43 68 86 100 93 59 18 11 10
E54C/A101C
16 27 42 64 85 100 88 64 9 7 4
D33C/E54C/A101C/Y179C
16 31 45 67 94 100 82 74 9 6 3
E54C/A101C/K139C/I201C/ K207Q
18 30 41 62 85 80 100 84 36 9 10
D92Y/E100W/A217G/H363R
6 13 27 50 89 85 100 84 32 10 5
E54C/A101C/K139C/I201C
15 28 40 59 86 78 100 86 47 8 9
K139C/I201C
18 25 37 56 91 91 100 87 15 7 4
S1QGPS/K26H/E54C/A101C/ K139C/Q162N/G186S/I201C/ K207Q/ G346S
26 37 49 67 80 100 92 90 18 13 10
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/T152A/I201C/K207Q/ V208T/A217G/K234V/N247D R289W/ H363R
10 20 39 63 85 81 100 92 58 11 6
T35A/Y48H/E54C/P75N/K76N/
5 9 28 50 77 80 100 93 13 5 1
D77Q/N78T/D92Y/A101C/ K139C/ T152A/I201C/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/T152A/I201C/V208T/ A217G/K234V/N247D/ R289W/ H363R
5 13 26 53 76 83 100 95 75 11 4
E54C/D92Y/A101C/K139C/ I201C/A217G/H363R
10 15 28 52 81 93 100 96 83 10 1
E54C/D92Y/A101C/K139C/ I201C/A217G/K234V/N247D/ Q256D/ H363R
9 16 33 58 81 84 100 96 79 18 6
D92Y/E100W/K139C/I201C/ A217G/ K234V/N247D/ H363R
6 13 27 49 85 84 100 98 71 13 6
P75N/K76N/D77Q/N78T/ D92Y/E100W/K139C/I201C/ A217G/K234V/N247D/Q256D/ H363R
6 15 30 51 81 82 100 98 76 20 5
Y48H/D92Y/E100W/K139C/
8 11 25 44 78 88 100 99 68 10 2
1201C/A217G/K234V/N247D/ R289W/ H363R
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/ A132V/K139C/ Q162R/Q181L/I201C/A217G/ K234V/P348R
8 16 32 54 85 86 100 100 81 14 6
Y48H/D92Y/E100W/K139C/ 1201C/A217G/K234V/N247D/ Q256D/H363R
3 12 24 46 77 89 85 100 75 14 1
Y48H/D92Y/E100W/K139C/ T152I/I201C/A217G/K234V/ N247D/ H363R
4 12 24 45 76 92 87 100 66 14 4
D92Y/E100W/K139C/I201C/ A217G/K234V/N247W/Q256D/ H363R
9 16 22 47 70 81 89 100 78 24 6
D92Y/E100W/K139C/D173N/ P175S/I201C/A217G/K234V/ N247D/ Q256D/H363R
6 16 37 52 81 89 88 100 37 9 3
Y48H/D92Y/E100W/K139C/ I201C/ V208T/A217G/K234V/N247D/ Q256D/H363R
9 15 22 47 76 91 90 100 68 18 6
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/I201C/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R
9 16 26 57 78 89 90 100 80 21 7
Y48H/D92Y/E100W/K139C/ 1201C/A217G/K234V/N247W/ Q256D/ H363R
9 12 19 46 68 76 85 100 77 29 4
Y48H/D92Y/E100W/K139C/ T152A/I201C/A217G/K234V/ N247W/Q256D/H363R
8 12 20 - 46 66 78 80 100 81 33 4
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/T152A/I201C/A217G/ K234V/ N247D/R289W/ H363R
4 8 21 44 80 91 88 100 81 17 3
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/1201C/A217G/K234V/ N247W/ R289W/H363R
7 13 22 48 76 87 84 100 82 24 6
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/ T152A/I201C/A217G/K234V/ N247W/R289W/H363R
5 11 20 46 77 89 79 100 81 27 4
Tabla 5: Estabilidad térmica a 75º C, actividad relativa a la actividad máxima
Mutación
Actividad relativa
wt
24
K131Q
26
Q162N/D138N
26
I294L
26
G72A
26
H143C/I201C
26
Q162R
26
I49L
26
E66C/L370C
27
T369S
27
I201V
27
K148R
27
A163K
27
S1QS
27
F8M
27
F8Y
27
T242S
27
K176R
28
S403N
28
S1P
28
E41Q
28
K131L
29
K207R
29
K207Q
29
G346S
29
T308A
29
S396K
30
L401N
30
I201G
30
P348R
31
E100W
31
K187E
31
N239R
32
A304V
32
S396D
32
T152G
32
K12R
33
1303L
33
Q162N
34
S192A
35
T369D
35
V130L/M137L/V146I/I201V/ M260L/I266V
35
Q109G
36
N239K
38
K234V
39
K234E
40
H363R
41
S261A
41
A217G
43
E54C/A101C/K207Q
55
K45P
59
E54C/A101C
64
D33C/E54C/A101C/Y179C
74
E54C/A101C/K139C/I201C/ K207Q
84
D92Y/E100W/A217G/H363R
84
E54C/A101C/K139C/I201C
86
K139C/I201C
87
S1QGPS/K26H/E54C/A101C/ K139C/Q162N/G186S/I201C/K207Q/G346S
90
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201 C/K207QN208T/A217G/ K234V/N247D R289W/H363R
92
T35A/Y48H/E54C/P75N/ K76N/ D77Q/N78T/D92Y/A101C/ K139C/ T152A/I201 C/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R
93
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/ T152A/I201CN208T/ A217G/ K234V/N247D/ R289W/ H363R
95
E54C/D92Y/A101C/K139C/ I201C/ A217G/H363R
96
E54C/D92Y/A101C/Kl39C/ I201C/A217G/K234V/N247D/ Q256D/ H363R
96
D92Y/E100W/K139C/I201C/ A217G/ K234V/N247D/ H363R
98
P75N/K76N/D77Q/N78T/ D92Y/ E100W/K139C/I201C/ A217G/K234V/N247D/ Q256D/H363R
98
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/ R289W/ H363R
99
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/ A132V/K139C/ Q162R/Q181 L/I201C/A217G/ K234V/ P348R
100
Y48H/D92Y/E100W/K139C/1201 C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
100
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152VI201C/A217G/K234V/N247D/H363R
100
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/ H363R
100
D92Y/E100W/K139C/D173N/ P175S/I201C/A217G/K234V/ N247D/Q256D/ H363R
100
Y48H/D92Y/E100W/K139C/1201C/V208T/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
100
Y48H/E54C/D92Y/A101 C/K139C/I201 C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
100
Y48H/D92Y/E100W/K139C/1201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
100
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
100
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/ H363R
100
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/K234V/N247W/R289W/H363R
100
Y48H/E54C/D92Y/A101C/ K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/ N247W/R289W/H363R
100
Ejemplo 6. Perfil de pH
[0262] El perfil de pH se determinó a 37°C en el intervalo de pH de 2,0 a 7,5 (en pasos de 0,05 unidades de pH) como se describe eanteriormente en la sección "Determinación de la actividad de fitasa", exceptuando que se 5 usó un cóctel de tampón (50 mM de glicina, 50 mM de ácido acético y 50 mM de bis-tris en vez del tampón de 0,25 M de acetato sódico pH 5,5. Los resultados se resumen en la Tabla 1 de abajo. Los valores dados para cada pH en el intervalo de 2, 0-7,5 son la actividad relativa en % normalizada al valor óptimo.
Tabla 6: Perfiles de pH relativos a 37º C 10
Mutación/pH
2 2,5 3 3,5 4 4,5 5 5,5 6 6,5 7 7,5
K26P
72 89 100 96 81 67 55 37 21 8 1 3
K26Q
40 69 91 100 98 95 84 59 35 12 -1 1
K26R
48 66 85 100 99 98 87 64 40 14 2 -1
D92Y/E100W/ A217G/H363R
63 78 94 100 95 76 46 20 7 1 -1 9
Q9S/N78Q/A89A/ D92Y/H115M/ A132V/K139C/ Q162R/Q181L/ 1201C/A217G/ K234V/P348R
50 68 90 100 99 79 42 17 3 0 0 5
T35C/L172C
39 65 87 100 99 94 73 51 30 10 1 1
D92Y/E100W/ A217G/H363R
63 78 94 100 95 76 46 20 7 1 -1 9
Q9S/N78Q/A89A/D9 2Y/H115M/A132V/ K139C/Q162R/Q181 L/ I201C/ A217G/ K234V/P348R
50 68 90 100 99 79 42 17 3 0 0 5
H143C/I201C
49 71 89 100 93 90 77 55 33 12 2 0
Y48H/E54C/D92Y/ A101C/K139C/ I201C/A217G/
42 65 89 100 98 85 53 21 7 1 0 -1
K234V/N247D/ R289W/ H363R
Y48H/E54C/D92Y/ A101C/K139C/ T152A/I201C/ A217G/K234V/N247 W/R289W/H363R
47 62 89 100 97 85 52 18 6 0 0 0
T35A/Y48H/E54C P75N/K76N/D77Q/ N78T/D92Y/A101C/ K139C/T152A I201C/A217G/ K234V/N247D/ R289W/H363R
41 74 88 100 96 78 49 17 5 0 -1 -2
Y48H/E54C/D92Y/ A101C/ K139C/ T152A/ I201C/ A217G/ K234V/ N247D/R289W/ H363R
39 70 87 100 94 82 52 21 7 2 1 -1
E54C/D92Y/A101C/ K139C/ I201C/ A217G/H363R
40 65 87 100 99 88 57 23 7 1 0 -1
Y48H/E54C/D92Y/ A101C/ K139C/ T152A/I201C/ V208T/ A217G/ K234V/N247D/ R289W/H363R
40 70 84 100 98 90 65 29 11 3 1 -1
K131P
50 64 83 95 100 99 95 83 65 36 5 3
K131Q
51 67 82 98 100 99 95 80 69 39 7 -2
K207R
38 51 71 85 100 97 95 81 50 27 3 3
D33C/Y179C
40 53 72 86 100 92 83 65 38 18 2 5
G325C/T358C
40 54 78 93 100 100 90 68 41 16 0 -3
H228C/H363C
36 53 75 92 100 97 88 67 38 16 2 -1
A150C/L259C
36 57 78 95 100 97 89 64 42 16 3 -2
D92Y/E100W/ K139C/I201C/ A217G/N247D/ H363R
58 73 90 99 100 84 49 20 6 1 -1 3
D92Y/E100W/ K139C/I201C/ A217G/K234V/ N247D/ H363R
58 73 90 99 100 84 49 20 6 1 -1 3
T308A
39 58 79 99 100 94 85 76 55 36 4 -3
E54C/A101C
42 55 77 98 100 90 85 63 0 15 2 1
Y48H/D92Y/E100W/ K139C/T152I/ I201C/A217G K234V/ N247D/ H363R
54 68 84 98 100 93 54 20 5 0 0 -6
K131Q Q
51 67 82 98 100 99 95 80 9 39 7 -2
I49L
40 62 83 97 100 94 80 58 37 14 2 -1
Y48H/E54C/D92Y /A101C/ K139C/ I201C/A217G/ K234V/ N247W/ R289W/H363R
42 62 87 96 100 81 50 22 6 0 0 -1
Q162N
40 66 75 96 100 93 91 73 47 22 6 1
Y48H/D92Y/E100W/ K139C/201C/ A217G/K234V/ N247D/R289W/ H363R
46 69 86 95 100 79 55 23 9 2 0 0
Y48H/D92Y/E100W/ K139C/T152A/ 1201 C/A217G/ K234V/ N247W/ Q256D/H363R
41 59 75 94 100 95 66 24 6 1 0 -1
E66C/L370C
33 58 80 94 100 100 87 66 41 14 2 0
E41Q
44 62 78 93 100 97 86 68 41 17 3 0
Q109G
37 57 77 92 100 100 96 73 48 23 41 0
A163K
47 63 75 92 100 99 89 67 41 13 3 0
Y48H/D92Y/E100W/ K139C/I201C/ A217G/K234V/ N247D/Q256D/ H363R
50 55 72 91 100 91 57 19 4 -1 -1 -1
A304V
53 60 82 91 100 95 88 68 45 19 3 3
E54C/D92Y/A101C/
35 48 68 90 100 94 64 22 6 0 -1 -1
K139C/I201C/ A217G/K234V/ N247D/ Q256D/ H363R
P75N/K76N/D77Q/ N78T/ D92Y/ E100W/K139C/ I201C/A217G/ K234V/N247D/ Q256D/H363R
42 55 71 88 100 95 62 23 6 0 0 0
D92Y/E100W/ K139C/I201 C/ A217G/K234V/ N247W/Q256D/ H363R
37 51 65 89 100 97 69 20 2 -3 -5 -4
Y48H/D92Y/T98S/ E100W/ K139C/ T152A/I201C/ A217G/K234V/ N247W/Q256D/ H363R
39 50 69 89 100 99 73 28 8 0 -1 -1
K234E
44 53 75 88 100 99 95 71 47 19 3 1
D92Y/E100W/
44 54 70 87 100 93 62 22 5 1 0 -1
K139C/D173N/ P175S/I201C/ A217G/ K234V/ N247D/ Q256D/ H363R
K207R
38 51 71 85 100 97 95 81 50 27 3 3
D33C/E54C/A101C/ Y179C
37 59 74 84 100 88 82 65 41 21 5 2
Q162N/D138N
39 58 81 95 100 100 91 71 47 21 4 3
Q162R
38 58 78 88 100 100 96 72 48 22 3 0
N285D
45 61 81 96 100 100 97 71 39 18 2 7
E66C/L370C
33 58 80 94 100 100 87 66 41 14 2 0
T369S
46 56 79 92 100 100 94 72 47 22 3 2 -1
S192A
46 58 81 90 100 100 93 62 42 15 2 0
Y48H/E54C/D92Y/ A101C/K139C/ T152A/I201C/ K207Q/V208T/ A217G/K234V/ N247D/ R289W/ H363R
36 63 83 96 100 100 85 61 36 14 2 -1
Tipo salvaje
41 57 77 93 99 100 94 75 48 20 3 0
K131L
45 59 75 93 98 100 96 84 71 44 13 -1
D33C/P178C
37 61 77 90 94 100 88 66 43 15 1 1
F63C/L368C
29 55 78 92 98 100 83 65 38 14 2 -1
S1QS
45 56 80 86 99 100 83 63 45 14 3 0
1303L
40 59 75 89 98 100 91 73 45 18 2 0
F8Y
44 59 78 93 98 100 88 64 37 14 3 -4
1201V
36 53 73 91 98 100 88 68 40 13 -1 -2
Y48H/D92Y/E100W/ K139C/I201C/ V208T/A217G/ K234V/ N247D/ Q256D/H363R
46 60 76 88 98 100 74 35 10 1 0 1
K176R
38 58 76 90 97 100 94 72 45 18 0 -4
S1P
46 56 80 90 97 100 84 64 40 15 2 -2
T242S
38 58 73 85 97 100 97 73 48 22 2 -1
S396D
41 54 76 87 97 100 93 71 47 19 4 0
F8M
48 57 71 90 96 100 82 70 40 14 5 1
N239R
32 46 69 93 96 100 98 74 50 24 1 2
N239K
38 52 70 91 96 100 95 73 48 20 3 0
S396K
37 51 72 87 96 100 96 73 46 21 3 -1
K139C/I201C
34 48 69 84 96 100 94 72 45 17 1 -2
K148R
35 57 70 90 95 100 92 75 47 15 1 -1
P348R
38 54 73 91 95 100 98 72 48 25 3 1
I201G
36 52 73 93 95 100 89 68 41 14 -1 -5
V130UM137U V146I/I201V/ M260L/I266V
32 53 69 88 95 100 89 71 52 26 8 2
T152G
30 50 67 84 94 100 95 73 47 19 2 0
L401N
30 50 63 87 94 100 100 72 50 23 2 1
I294L
37 53 78 83 93 100 94 73 46 20 2 -1
G346S
34 55 71 86 93 100 90 69 43 18 2 -5
H363R
29 50 67 87 92 100 96 77 49 22 2 0
T369D G72A
35 54 68 82 92 100 90 72 51 18 3 0
35 47 67 85 90 100 80 61 37 14 -1 -2
E54C/A101C/ K139C/I201C
37 49 75 87 90 100 89 66 50 23 6 0
S261A
30 46 69 83 90 100 84 67 43 19 -1 -3
K187E
34 57 72 88 89 100 92 70 44 21 1 -1
E54C/A101C/ K139C/1201C/ K207Q
28 48 65 79 89 100 98 85 71 47 18 1
A217G
39 54 73 85 88 100 85 59 39 -1 -1
K207L
41 52 69 84 92 98 100 92 69 41 11 1
K207Q
38 49 69 83 95 95 100 92 65 45 10 5
S403N
33 51 72 85 99 99 100 77 49 22 1 -1
K45P
34 60 72 90 91 98 100 75 48 23 2 0
E100W
29 44 69 78 93 98 100 84 57 28 3 0
S1QGPS/K26H/ E54C/A101C/ K139C/Q162N/ G186S/I201C/ K207Q/ G346S
38 54 69 83 92 98 100 88 64 29 2 -1
K234V
35 54 65 94 93 96 100 74 44 26 3 1
E54C/A101C/K207Q
34 52 70 85 96 96 100 92 76 47 14 1
K207Q
38 49 69 83 95 95 100 92 65 45 10 5
Ejemplo 7: Estabilidad del vapor
Método 1
5
[0263] La actividad residual de las moléculas de fitasa después del tratamiento de vapor fue evaluada usando el siguiente ensayo:
20 µL de cada muestra de enzima purificada se dispensa en un único pocillo de una placa de 96 pocillos de Corning® (1 x 8 Stripwell™) (Corning, Lowell, MA, EE. UU.) y posteriormente es evaporada a sequedad en un centrifugador de vacío (Genevac EZ-1 Plus, Genevac Ltd, Suffolk, Reino Unido). La incubación de vapor 10 se realiza en un contenedor styropor cerrado con las dimensiones internas 27 x 18 x 20 cm. Las muestras, en bandas abiertas, se colocan aproximadamente 10 cm sobre el fondo del contenedor en una cremallera metálica, para no estar en contacto con el agua.
[0264] Un litro de agua hierviendo se vierte en el contenedor, la tapa se cierra y la temperatura del vapor 15 producido es monitoreada usando un termómetro montado en la tapa del contenedor. La incubación procede durante 60 segundos desde el momento que el agua se vierte en el contenedor. Durante este periodo, la
temperatura aumenta a aproximadamente 85° C. Inmediatamente después de la incubación, las muestras son enfriadas en hielo, resuspendidas y evaluadas respecto a la actividad de la fitasa usando ensayo de fosfato de p-nitrofenilo colorimétrico (pNPP) (Sigma, Broendby, DK). Cada muestra enzimática es comparada con una muestra similar que ha sido tratada con vapor para calcular la actividad residual.
5
[0265] Los resultados se presentan en tablas 7 y 8 más abajo.
Tabla 7: Estabilidad al vapor determinada por el método 1
Variante
Actividad residual [%]
Experimento 1
Wt 12
E66C/L370C
23
D33C/E54C/A101C/Y179C
22
Experimento 2
Wt 14
G346S
25
Q109G
22
H143C/I201C
16
Experimento 3
Wt 10
Q162N (realizado dos veces)
31;35
Experimento 4
Wt 20
E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/H363R
88
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/ Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R
62
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R
51
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/ Q256D/H363R
54
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/ A217G/K234V/N247D/H363R
45
Y48H/D92Y/T98S/E100W/K139C/T152A/ I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
86
E54C/D92Y/A101C/K139C/1201C/A217G/ K234V/N247D/Q256D/H363R
91
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/ A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
88
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/ I201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
90
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/ V208T/A217G/K234VM247D/R289W/H363R
95
T35A/Y48H/E54C/P75N/K76N/D77Q/N78T/ D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/ N247D/R289W/H363R
81
Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/ K207Q/V208T/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
95
Experimento 5
Wt 25,9
D92Y/E100W/A217G/H363R
39,5
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/N247D/H363R
57,5
Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/ Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/P348R
68,5
10
Método 2
[0266] En estos experimentos, se usó una configuración modificada por la cual el vapor es provisto desde un generador de vapor y conducido a la caja. Las muestras colocadas en una placa se insertan en la caja a través de un cajón cuando se ha alcanzado la temperatura. Tras la inserción de las muestras, la temperatura cae 4° C. 15 La incubación se realiza durante 30 segundos mientras la temperatura permanece aproximadamente constante a
90° C. Luego la placa es rápidamente quitada de la caja y las muestras son colocadas en hielo. Las muestras se analizan como en el método 1.
Tabla 8: Estabilidad al vapor determinada por el método 2
Variante
Actividad residual [%]
Experimento 1
Wt 15
V130L/M137L/V1461/I201V/M260L/I266V
27
Experimento 2
Wt 6
S1QGPS/K26H/E54C/A101C/K139C/Q162N/ G186S/I201C/K207Q/G346S
29
Experimento 3
Wt 4
S261A
12
T308A
9
Experimento 4
wt 8
L401N
14
S403N
9
T308A
11
Experimento 5
wt 4
E54C/A101C
9
Experimento 6
wt 6
T152G
10
Experimento 7
wt 5
S1P
10
F8M
14
Experimento 1
wt 15
Experimento 8
wt 3
K139C/I201C
13
Experimento 9
wt 5
S1QS
9
A217G
9
5
Ejemplo 8: actividad residual de glicación
Inactivación por glicación
[0267] El efecto de glicación fue investigado por incubación de variantes de fitasa purificadas con glucosa. Para 10 esto 0,5mg/ml de enzima en 0,1 M HEPES pH 7,5 se mezcló con 1 M de glucosa y se incubó a 50° C durante 5 h. La actividad de fosfatasa fue medida antes y después de la incubación y los resultados se indicaron más abajo en la tabla 9
Tabla 9: Modifiación de glicación
mutación
Actividad residual
Wt
18%
K26Q
55%
K26R
47%
[0268] Los resultados mostrados arriba indican que la enzima de tipo salvaje es fuertemente inhibida por glicación (18% de actividad residual). Las variantes en la posición K26 son claramente mucho mejores en este aspecto siendo menos afectadas.
Ejemplo 9: pruebas de estabilidad de granulación 5
Mediciones de estabilidad de granulación
[0269] Aproximadamente 50 g de granulado enzimático fue premezclado con 10 kg de alimento durante 10 minutos en un mezclador horizontal pequeño. Esta premezcla fue mezclada con 90 kg de alimento durante 10 10 minutos en un mezclador horizontal más grande. Del mezclador, el alimento fue llevado al acondicionador (un mezclador de cascada con inyección de vapor) a razón de aproximadamente 300 kg/hora. El acondicionador calentó el alimento a 95 °C (medido a la salida) por vapor de inyección. El periodo de permanencia en el acondicionador fue 30 segundos. Del acondicionador, el alimento fue llevado a una prensa Simon Heesen equipada con boquilla horizontal de 3,0x35 mm y se prensó a gránulos con una longitud de alrededor de 15 mm. 15 Después de la prensa, los gránulos fueron colocados en un refrigerador de aire y enfriados durante 15 minutos.
Formulación del alimento
[0270] 20
74,0% maíz molido
5,0% aceite de soja
20,7% sémola de soja tostada
0,3% premezcla de minerales y vitaminas Solivit Mikro 106 25
12% contenido de agua
Prueba 1
[0271] Un polvo consistente en: 30
1,5 Kg celulosa fibrosa, Arbocel BC200
0,75 Kg ligante de carbohidrato, Avedex W80
11,552 kg sulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:0.75 Kg ligante de carbohidrato, Avedex W80 35
2,49 kg concentrado de fitasa de Hafnia wt
0,45 kg agua
[0272] La granulación se realiza en una manera como se describe en la patente estadounidense n.º 4,106,991, Ejemplo 1. El granulado obtenido se seca en un lecho fluido a un contenido de agua debajo de 1% y tamizado 40 para obtener un producto con el rango de partícula 250 µm a 850 µm. Finalmente, el producto se reviste con 10% de aceite de palma y 22% de carbonato de calcio de una manera descrita en la estadounidense n.º 4,106,991, Ejemplo 22.
Prueba 2 45
[0273] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa firbosa, Arbocel BC200
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80 50
12,027 kg desulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3.5 kg de concentrado de variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R 55
0,02 kg de agua
[0274] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 9% de aceite de palma y 22% carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente.
60
Prueba 3
[0275] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa firbosa, Arbocel BC200
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
12,013 kg de sulfato de sodio finamente molido 5
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3.2 kg concentrado de variante 2 de fitasa
0,30 kg de agua
10
[0276] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 9,8% de aceite de palma y 22% de carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente.
Prueba 4 15
[0277] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa firbosa, Arbocel BC200
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80 20
12,225 kg de sulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3,50 kg de concentrado de variante E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/H363R
25
[0278] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 9,0% de aceite de palma y 22% de carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente.
Prueba 5 30
[0279] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa fibrosa, Arbocel BC200
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80 35
12,225 kg de sulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3,50 kg de concentrado de variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R 40
[0280] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 9,0% de aceite de palma y 22% de carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente.
45
Prueba 6
[0281] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa firbosa, Arbocel BC200 50
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
12,435 kg de sulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3,50 kg de concentrado de variante 55 Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
0,30 kg de agua
[0282] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 9,7% de aceite de palma y 22% carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente: 60
Prueba 7
[0283] Un polvo consistente en:
1,6 kg de celulosa firbosa, Arbocel BC200 5
0.80 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
12,193 kg de sulfato de sodio finamente molido
se granula en un mezclador Lödige FM 50 con un líquido de granulación que consiste en:
0,64 kg de ligante de carbohidrato, Avedex W80
3,50 kg de concentrado de variante 5 de fitasa 10
0,16 kg de agua
[0284] La granulación, el secado y el tamizado se realizan como se indicó anteriormente. Finalmente, el producto se reviste con 8,3% de aceite de palma y 22% de carbonato de calcio en una manera como se indicó anteriomente. 15
[0285] Las muestras producidas en la prueba 1 a la prueba 7 fueron evaluadas en una prueba de granulación a 95° C, salida del acondicionador. El contenido de fitasa fue medido usando método analítico EB-SM 0559.02 versión 01 (disponible de Novozymes por pedido) antes de la granulación y en los gránulos de alimento después de la granulación. Se encontraron las siguientes actividades residuales de la fitasa: 20
Tabla 10: Estabilidad de granulación
Prueba
Actividad residual de fitasa [%]
Variante
1
13 Wt
2
26 Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R
3
20 D92Y E100W K139C I201C A217G K234V N247D H363R
4
30 E54C/D92Y/A101C/K139C/I201C/A217G/H363R
5
26 Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
6
28 Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152A/I201C/A217G/K234V/N247W/Q256D/H363R
7
43 Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/1201C/A217G/K234V/N247D/R289W/H363R
[0286] La conclusión es que las variantes tienen mejor estabilidad de granulación en comparación con la prueba de referencia 1. 25
Ejemplo 10: Rendimiento en el alimento para animales en un modelo in vitro
[0287] El rendimiento en el alimento para animales de una variante de fitasa de la invención es comparada, en un modelo in vitro,con el rendimiento de una proteína de referencia tales como SEQ ID NO:2. El modelo in vitro 30 simula condiciones gastrointestinales en un animal monogástrico y se correlaciona bien con resultados obtenidos en los ensayos in vivo en animales. La versión usada en este ejemplo simula el buche y estómago de un pollo de engorde. La comparación se realiza de la siguiente manera:
[0288] La actividad de fitasa en la muestra variante se determina como se describe en el Ejemplo 1 bajo 35 "Determinación de la actividad de fitasa".
[0289] Gránulos de alimentación de una prueba de alimento para pollos de engorde- y con maíz, harina de soja y aceite de soja como constituyentes principales- se preincuban a 40° C y pH 4,6 durante 5 minutos seguidos por la adición de dosificaciones adecuadas de las fitasas (se usan dosificaciones idénticas para todas las fitasas que 40 deben evaluarse para permitir comparación), por ejemplo entre 125 y 1000 unidades de fitasa FTU/kg alimentación, o tampón en las muestras de control. Después de 5 minutos de incubación, se añade pepsina (3000 U/g alimento) en una solución de HCl y de esta manera el pH se reduce a 3. Las muestras luego son incubadas a 40° C durante otros 5 minutos.
45
[0290] Las reacciones se detienen y el ácido fítico y los inositol fosfatos se extraen mediante adición de HCl a una concentración final de 0, 5 M e incubación a 40° C durante 2 horas, seguido de un ciclo de congelación-descongelación y 1 hora de incubación a 40°C.
[0291] El ácido fítico y los inositol fosfatos se separan por cromatografía iónica de alto rendimiento como es descrito por Chen et al. en el Journal of Chromatography A (2003) vol. 1018, págs. 41-52 y cuantificado como se describe por Skoglund et al. en J. Agric. Food Chem. (1997), vol. 45, pp. 431-436 .
[0292] La degradación de fitato luego se calcula como la diferencia en el fósforo ligado al inositol fosfato (IP6-P) 5 entre la fitasa tratada y las muestras no tratadas. El rendimiento relativo de la variante se calcula como el porcentaje de degradación de fitato por la fitasa de tipo salvaje.
[0293] La degradación relativa de las variantes de fitasa (Ttabla 11) muestra que las variantes son todas capaces de degradadar inositol-6-fosfato en el sistema in vitro aplicado. Candidatos determinados tuvieron mejor 10 rendimiento que el tipo salvaje (por ejemplo, variante: D92Y/E100W/A217G/H363R, variante: Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/0256D/H363R, variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R) mientras que otras no fueron tan eficaces in vitro como el tipo salvaje (por ejemplo, variante: K207Q).
15
Tabla 11. Degradación in vitro de IP6-P de una dieta a base de semilla de soja/maíz. La degradación de fitato de la variante se calcula como el porcentaje de degradación de fitato por la fitasa de tipo salvaje.
Degradación de fitato de la variante como porcentaje de degradación de fitato por el tipo salvaje (dos números representan datos de dos ensayos diferentes)
Dosificación de fitasa
(FYT/kg de alimento)
Variante de fitasa
D92Y/E100W/A217G/H363R
125 181
Como se indica arriba
250 199
D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R
125 74; 101
Como se indica arriba
250 71; 137
Como se indica arriba
500 72
Como se indica arriba
1000 76
Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R
125 252; 543
Como se indica arriba
250 219; 347
Como se indica arriba
500 184; 215
Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V/N247D/H363R
125 237; 297
Como se indica arriba
250 160; 246
Como se indica arriba
500 148;197
K207Q
250 57
E54C/A101C
250 119
G346S
250 79
Q162N
250 180
S1QS
255 68*
S1P
277 70*
F8M
246 74*
F8Y
229 71*
K139C/I201C
250 105
S1QGPS/K26H/E54C/A101C/K139C/Q162N/G186S/I201C/K207Q/G346S
250 90
* Para estos datos el peso fue evaluado a 250 FTU/kg
Ejemplo 11: rendimiento en una prueba de cerdo in vivo 20
[0294] Evaluación comparativa de los efectos de cantidades valoradas de dos variantes de fitasa Hafnla alveii en la digestibilidad fecal y excreción de fósforo y calcio en cerdos en crecimiento.
[0295] Se utilizaron sesenta y cuatro cerdos blancos grandes Landrace con un peso corporal inicial de 43,55 ± 5 4,35 kg.
[0296] Los animales fueron alojados en jaulas de corral de piso en una cámara del medio ambiente controlado. Cada corral tenía un suelo con cables soldados revestidos de plástico y estaba equipado con dos boquillas de agua y cuatro alimentadores individualizados de acero inoxidable. La temperatura ambiente fue 21-22° C y el 10 porcentaje de humedad fue 50 %.
[0297] Los cerdos fueron alimentados con una dieta básica formulada para proporcionar fósforo (P) exclusivamente de origen vegetal durante un periodo adaptativo de 14 días. Después de ese periodo, fueron asignados en 16 grupos iguales de 4 animales cada uno. 15
[0298] Fueron alimentados durante 12 días con la dieta básica o esta dieta suplementada con 1000, 2000 U/kg y 4000 U/kg de fitasa Hafnia alveii de tipo salvaje, con 500,1000 y 2000 U/kg de la variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R o con 500,1000 y 2000 U/kg de la variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/T152I/I201C/A217G/K234V / N247D/H363R. 20
[0299] Un marcador indigerible (óxido de cromo) se añadió a una concentración de 0,4 % a todas las dietas permitiendo el cálculo del digestibilidad de P y calcio (Ca). El alimento fue distribuido ad libitum en la forma de trituración, bajo control de consumo de alimentación de corral y los animales tenían libre acceso al agua potable. La digestibilidad de Ca no era corregida para la ingesta de Ca con el agua potable. 25
[0300] Las concentraciones de P Fecal, Ca y Cr fueron medidas al 12º día del segundo periodo. Las heces fueron muestreadas individualmente, en aproximadamente la misma cantidad al mismo tiempo del día, durante los últimos 3 días antes de esa fecha. De ese modo, para cada tratamiento dietético y para cada criterio, se han realizado un total de 12 determinaciones individuales. Todos los minerales fueron determinados según los 30 métodos estándares de Association of Official Analytical Chemists (1990) usando un espectómetro Vista-MPX ICP-OES. La digestibilidad aparente (% de la toma) de los minerales fue calculada para el periodo mencionado de 3 días.
[0301] La concentración media de P fecal de los animales suplementados con enzima fue muy significativamente 35 inferior a la observada para los animales que ingirieron la dieta de control (a).
[0302] La digestibilidad P dependió de la dosis y mejoró muy significativamente con las cinco fitasas en todos los grupos suplementados (b). La máxima digestibilidad P fue observada en la dieta suplementada con 4000 U/kg de Hafnia alvei de tipo salvaje y en el grupo JHP113 con 2000 U/kg. 40
[0303] La excreción fecal de P fue significativamente reducida en todos los animales suplementados con fitasa y para todos los niveles de inclusión evaluados (c).
[0304] El P aparente absorbido fue superior al 2,25 g/kg recomendado para los cerdos en crecimiento en el 45 grupo de 4000 U/kg de Hafnia alvei de tipo salvaje y muy cerca de éste con JHP113 y "C. braakii" de tipo salvaje con 2000 U/kg y 4000 U/kg respectivamente (d).
[0305] Las equivalencias P, consideradas como P suplementario digerido comparativamente con el control no suplementado, fueron muy significantivamene superiores al control en las cinco dietas suplementadas con fitasas 50 (e).
[0306] La digestibilidad de Ca fue mejorada y la excreción fecal de Ca fue reducida con todas las enzimas evaluadas y en todos los niveles de inclusión (f).
55
[0307] El máximo de eficiencia en estos parámetros fue observado con Hafnia alvei de tipo salvaje al nivel de inclusión de 4000 U/kg, mientras que la variante Y48H/D92Y/E100W/K139C/I201C / A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R tuvo el mejor rendimiento al comparar la eficacia con las suplementaciones de 1000 U/kg y 2000 U/kg.
60
[0308] Los resultados se presentan en la siguiente tabla 12

Claims (19)

  1. REIVINDICACIONES
    1. Variante de fitasa con al menos 90 % de identidad con residuos de aminoácidos 1-413 de la SEQ ID N.º:2, tiene propiedades mejoradas en comparación con la SEQ ID N.º:2 respecto a la estabilidad térmica y que comprende al menos una modificación y no más de 30 modificaciones en al menos una posición seleccionada de 5 las siguientes:
    1, 5, 9, 12, 63, 69, 132, 138, A132V/Q181L, 186, 192, 207, A132V/E211R, 221, 245, 251, 261,303,348,383 y 401,
    donde las posiciones corresponden a las posiciones de la fitasa con los aminoácidos 1-413 de la SEQ ID NO:2.
    10
  2. 2. Variante de fitasa, según la reivindicación 1, que comprende al menos otra modificación en al menos una posición seleccionada de las siguientes 4, 6, 7, 8, 10, 16, 18, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 45, 48, 49, 54, 55, 59, 64, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 97, 98, 100, 101, 103, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 128, 130, 131, 133, 134, 136, 137, 139, 140, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 15 155, 156, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 168, 172, 173, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 182, 183, 184, 185, 187, 189, 190, 193, 194, 195, 196, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 208, 209, 215, 217, 219, 224, 227, 228, 230, 233, 234, 235, 236, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 246, 247, 248, 249, 256, 258, 259, 260, 266, 268, 270, 279, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 301, 304, 308, 310, 312, 313, 314, 316, 318, 319, 320, 322, 324, 325, 326, 331, 335, 343, 344, 345, 346, 347, 354, 355, 356, 358, 20 360, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 378, 382, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 394, 395, 396, 397, 400, 403, 404, 406, 408, 409, 411, 412 y 413.
  3. 3. Variante de fitasa, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 2, donde la modificación o modificaciones están seleccionadas de: 25
    1P,Q, *1aG, *1aP, *1aS, *1bP, *1bS, *1cS, 1QGAPS, 1QS, 9K,P,S, 12S,R, 63C, 69E,L, 132T,V, 138N,V, 186S,T, 192A, 207N,L,Q,R, 221T,G, 245E, 251S,D,E,R, 261F,A,Q, 303L, 348D,E,S,R, 383N y 401 N.
  4. 4. Variante de fitasa, según las reivindicaciones 1 a 3, que comprende al menos una modificación seleccionada 30 de las siguientes: 8C, 33C, 35C, 36C, 54C, 63C, 66C, 101C, 139C, 143C, 201C, 150C, 172C, 176C, 177C, 178C, 179C, 224C, 228C, 236C, 259C, 325C, 326C, 331C, 358C, 363C, 368C, 370C, 374C.
  5. 5. Variante de fitasa, según la reivindicación 4, que comprende al menos un conjunto de modificaciones seleccionadas de las siguientes: 8C/343C, 139C/201C, 33C/179C, 33C/178C, 35C/172C, 36C/177C, 36/C176C, 35 143C/201C, 54C/101C, 63C/368C, 66C/370C, 224C/236C, 150C/259C, 326C/331C, 325C/358C/, 228C/363C, 368C/374C.
  6. 6. Variante de fitasa, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, que comprende al menos una modificación seleccionada de las siguientes: 29P, 30P, 93P, 95P, 140P, 163P, 235P, 243P, 244P, 284P, 287P, 288P, 316P, 40 360P, 8L, 16V, 27A, 30L, 32Q, 37D, 38A, 41T, 48W, 49L, 54G, 55E, 75A, 77K, 78G, 93E, 103A, 109D, 128N, 130L, 134V, 136Q, 137L, 173N, 176Q, 195L, 198E, 206T, 209S, 215S, 219M, 227Q, 228Q, 248T, 258Y, 260L, 310L, 313L, 314G, 316A, 318E, 319L, 320N, 335E, 354L, 356F, 360Q, 362M, 363R, 365K, 366T, 369S, 374P, 376E, 378K, 411 S, 9R, 29R,K, 37R,K, 59R,K, 69E, 70E, 78R,K, 81 E, 93E, 111 R,K, 115R,K, 119D, 185R,K, 230E, 239R, 293R,K, 363R,K, 395E, 396D,E, Q162N/D138N, A132V/Q181 L, A132V/E211 R, 45 A132V/Q162R/Q181L/A217G, P348R/H363R, Q9S/D92Y, A217G/K251S, E100W/A217G/K251S, E100W/K251S, Q9S/E100W/R160G/A217G/H363R, E100W/A217G/P348R/H363R, Q9S/A89A/D92Y/H115M/A217G/H363R, E100W/A217G/K234V/K251E/I286T/H363R, E100W/A217G/K234V/P348R/H363R, Q9S/R18K/A89A/D92Y/H115M/A217G/K234V/H363R, Q9S/D92Y/H115M/A217G/K234V/H363R, Q9S/N78Q/D92Y/L112S/H115M/K234V/P348R/H363R, 50 Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/Q181L/A217G/K234V/P348R, Q9S/E54C/D92Y/A101C/H143C/Q193R/I201C/A217G/H363R, Q9S/N78Q/D92Y/L112S/H115M/A217G/K234V/P348R/H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/H143C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/ P348R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/ P348R, 55 Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/Y179W/Q181L/A217G/K234V/P348R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/Y179W/A217G/K234V/P348R/H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/Q162R/Y179W/A217G/K234V/S261F/P348R/ H363R, Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/G151D/Q162R/Y179W/Q181L/I201C/ A217G/K234V/P348R, Q9S/N78Q/A132V/K139C/Q162R/Y179W/I201C/A217G/K234L/P348R/H363R, 60 D92Y/E100W/K139C/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/P348R/H363R,
    D92Y/E100W/K139C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/N247D/Q256D/H363R, Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/K207Q/V208T/A217G/K234V/N247D/ R289W/H363R, Q162N/D138N, E54C/A101C/K207Q, E54C/A101C/K139C/I201C/K207Q, S1QGPS/K26H/E54C/A101C/K139C/Q162N/G186S/I201C/K207Q/G346S, 5 Y48H/E54C/D92Y/A101C/K139C/T152A/I201C/K207Q/V208T/A217G/K234V/N247D/ R289W/H363R, and Q9S/N78Q/A89A/D92Y/H115M/A132V/K139C/Q162R/Q181L/I201C/A217G/K234V/ P348R.
  7. 7. Método para producir una variante de fitasa, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, el método comprende 10
    a) mutación del ADN o gen que codifica la fitasa progenitora de una manera por la cual el ADN o el gen codifica para dicha sustitución, inserción y/o deleción,
    b) conexión operativa de dicho ADN o gen a una o más secuencias de control que dirigen la producción de la fitasa en un huésped de expresión adecuado para crear un constructo de ADN o un vector de expresión recombinante, 15
    c) transferencia de dicho constructo o vector a un huésped adecuado,
    d) cultivo de dicho huésped para producir la variante de fitasa y
    e) recuperación de la fitasa.
  8. 8. Secuencia de ácidos nucleicos aislada que comprende una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la 20 variante de fitasa, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6.
  9. 9. Constructo de ácidos nucleicos que comprende la secuencia de ácidos nucleicos según la reivindicación 8 operativamente enlazada a una o más secuencias de control que dirigen la producción de la fitasa en un huésped de expresión adecuado. 25
  10. 10. Vector de expresión recombinante que comprende el constructo de ácidos nucleicos según la reivindicación 9.
  11. 11. Célula huésped recombinante que comprende el constructo de ácidos nucleicos según la reivindicación 9 y/o 30 el vector de expresión según la reivindicación 10.
  12. 12. Método para la producción de la variante de fitasa, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, que comprende
    35
    a) cultivo de la célula huésped según la reivindicación 11 para producir un sobrenadante que comprende la fitasa; y
    b) recuperación de la fitasa.
  13. 13. Composición que comprende al menos una variante de fitasa según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 40 y
    (a) al menos una vitamina liposoluble;
    (b) al menos una vitamina hidrosoluble y/o
    (c) y/o al menos un oligoelemento.
    45
  14. 14. Composición según la reivindicación 13 que comprende además al menos una enzima seleccionada del siguiente grupo de enzimas: amilasa, fitasa, fosfatasa, xilanasa, galactanasa, alfa-galactosidasa, proteasa, fosfolipasa y/o beta-glucanasa.
  15. 15. Composición según cualquiera de las reivindicaciones 13 a14 que es un aditivo de alimento. 50
  16. 16. Composición de alimento para animales con un contenido de proteína bruto de 50 a 800 g/kg y que comprende la variante de fitasa según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 o la composición según una de las reivindicaciones 13 a 15.
    55
  17. 17. Método para mejorar el valor nutricional del alimento para animales, donde la variante de fitasa según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 o la composición, según cualquiera de las reivindicaciones 13 15 se añade al alimento.
  18. 18. Proceso para la reducción de los niveles de fitasa en el estiércol animal que comprende alimentar un animal 60 con una cantidad efectiva de alimento según la reivindicación 16.
  19. 19. Método para producir un producto de fermentación, que comprende
    (a) fermentación usando un organismo fermentador un carbohidrato que contiene material en presencia de una variante de fitasa según las reivindicaciones 1 a 6 y
    (b) producción de un producto de fermentación o coproducto de fermentación de material que contiene carbohidrato fermentado. 5
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