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ES2634651T3 - Variantes de enzima con propiedades mejoradas - Google Patents

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ES2634651T3
ES2634651T3 ES12831162.8T ES12831162T ES2634651T3 ES 2634651 T3 ES2634651 T3 ES 2634651T3 ES 12831162 T ES12831162 T ES 12831162T ES 2634651 T3 ES2634651 T3 ES 2634651T3
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bacillus
spore
copper
protein
ryv
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Klara BIRIKH
Alexey AZHAYEV
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Metgen Oy
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Abstract

Un polipéptido que tiene actividad de lacasa que comprende una secuencia de aminoácidos que muestra al menos el 50 % de identidad con una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4 y SEQ ID NO:5, en el que un resto de glutamina está en una posición que se corresponde con la posición 386 de la secuencia de aminoácidos según SEQ ID NO:3.

Description

imagen1
imagen2
imagen3
Las variantes de aminoácidos presentadas por estas mutaciones parecen ser únicas en posiciones correspondientes entre secuencias de polipéptidos relacionadas, ya que no se identificaron en una búsqueda de proteína en BLAST, un servicio de internet público que compara la secuencia de búsqueda con todas las secuencias depositadas en el dominio público. La búsqueda reveló algunas secuencias estrechamente relacionadas solo algunos aminoácidos diferentes de las búsquedas y un intervalo completo de secuencias homólogas con diferente grado de similitud (Tabla 1).
Tabla 1. Los resultados de la búsqueda con Blast
Las secuencias (números de acceso) se enumeran en el orden de similitud decreciente.
Acceso
Descripción % de identidad % de similitud M1-3ple Q...PWF
YP_004206641.1
Lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis BSn5] bj|BAI84141.1| proteína A de la cubierta de espora [Bacillus subtilis subsp. natto BEST195] >gb|ADV95614.1| lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis BSn5] lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168] >ref|ZP_03590314.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168] >ref|ZP_03594593.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. NCIB 3610] >ref|ZP_03599005.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. JH642] >ref|ZP_03603283.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. SMY] >sp|P07788.4|COTA_BACSU NombreRec: Completo=Proteína A de la cubierta de espora >pdb|1GSK|Una cadena A, estructura cristalina de Cota, Una 98 99 L...RYV
NP_388511.1
Endoproteína de la cubierta de espora de Bacillus Subtilis >pdb|1OF0|Una cadena A, estructura cristalina de Cota de Bacillus subtilis después de 1 h de remojo con Ebs>pdb|1UVW|Una cadena A, aducto de lacasa Cota de Bacillus subtilis con Abts>pdb|1W6L|Una cadena A, estructura 3D de Cota incubada con CuCl2 >pdb|1W6W|Una cadena A, estructura 3D de Cota incubada con azida de sodio>pdb|1W8E|Una cadena A, estructura 3D de Cota incubada con peróxido de hidrógeno >pdb|2BHF|Una cadena A, estructura 3D de la forma reducida de Cota >pdb|2X88|Una cadena A, estructura cristalina de Holocota>emb|CAB12449.1| lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168] 98 99 L...RYV
BAA22774.1
Proteína A de la cubierta de espora [Bacillus subtilis] 98 99 L...RYV
ACS44284.1
Proteína de la cubierta de espora [Bacillus subtilis] 98 98 L...RYV
2X87_A
Cadena A, estructura cristalina de Cota reconstituida 98 99 L...RYV
2WSD_A
Cadena A, mutaciones proximales en el sitio de Cu de tipo 1 de Cota-Lacasa: mutante I494a 97 98 L...RYV
ACM46021.1
lacasa [Bacillus sp. HR03] lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633] >ref|YP_003865004.1| lacasa dependiente de cobre de espora (cubierta externa) [Bacillus subtilis subsp. 97 98 L...RYV
ZP_06872569.1
spizizenii str. W23] >gb|EFG93543.1| lacasa 1031 dependiente de cobre de espora [Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633] >gb|ADM36695.1| lacasa dependiente de cobre de espora (cubierta externa) [Bacillus subtilis subsp. spizizenii str. W23] 96 97 L...RYV
5
Acceso
Descripción % de identidad % de similitud M1-3ple Q...PWF
AAB62305.1
CotA [Bacillus subtilis] lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus atrophaeus 1942] 91 94 L...RYV
YP_003972023.1
>gb|ADP31092.1| lacasa dependiente de cobre de espora (cubierta externa) [Bacillus atrophaeus 1942] lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus amyloliquefaciens DSM 7] >emb|CBI41748.1| lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus amyloliquefaciens DSM 7] >gb|AEB22768.1| espora 82 91 L...RYV
YP_003919218.1
lacasa dependiente de cobre [Bacillus amyloliquefaciens TA208] >gb|AEB62213.1| lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus amyloliquefaciens LL3] >gb|AEK87755.1| lacasa dependiente de cobre de espora [Bacillus amyloliquefaciens XH7] 77 89 L...RYV
YP_001420286.1
CotA [Bacillus amyloliquefaciens FZB42] >gb|ABS73055.1| CotA Bacillus amyloliquefaciens FZB42] proteína A de la cubierta de espora [Bacillus pumilus ATCC 7061] 77 89 L...RYV
ZP_03054403.1
>gb|EDW21710.1| proteína A de la cubierta de espora [Bacillus pumilus ATCC 7061] 69 79 L...RYV
YP_001485796.1
proteína A de la cubierta de espora externa [Bacillus pumilus SAFR-032] >gb|ABV61236.1| proteína A de la cubierta de espora externa [Bacillus pumilus SAFR-032] 68 79 L...RYV
ZP_08001338.1
proteína CotA [Bacillus sp. BT1B_CT2] >gb|EFV71562.1| proteína CotA [Bacillus sp. BT1B_CT2] 65 77 L...RYV
YP_077905.1
proteína de la cubierta de espora [Bacillus licheniformis ATCC 14580]>ref|YP_090310.1| CotA [Bacillus licheniformis ATCC 14580]>gb|AAU22267.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus licheniformis ATCC 14580]>gb|AAU39617.1| CotA [Bacillus licheniformis ATCC 14580] 65 77 L...RYV
NP_692267.1
proteína de la cubierta externa de espora [Oceanobacillus iheyensis HTE831] >dbj|BAC13302.1| proteína de la cubierta de espora (externa) [Oceanobacillus iheyensis HTE831] 60 74 L...DYV
YP_176145.1
proteína de la cubierta de espora [Bacillus clausii KSM-K16] >dbj|BAD65184.1| proteína de la cubierta de espora [Bacillus clausii KSM-K16] 59 75 L...YYV
ZP_04432136.1
Bilirrubina oxidasa [Bacillus coagulans 36D1] >gb|EEN93171.1| Bilirrubina oxidasa [Bacillus coagulans 36D1] 60 74 L...DYV
YP_004569824.1
Bilirrubina oxidasa [Bacillus coagulans 2-6] >gb|AEH54438.1| Bilirrubina oxidasa [Bacillus coagulans 2-6] 59 73 L...DYV
ZP_04217826.1
Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus cereus Rock3-44] >gb|EEL50489.1| Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus cereus Rock3-44] 52 71 L...DYV
ZP_04295322.1
Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus cereus AH621] >gb|EEK73233.1| Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus cereus AH621] 53 70 L...DYV
6
Acceso
Descripción % de identidad % de similitud M1-3ple Q...PWF
ZP_04201013.1
Proteína A de la cubierta de espora [Bacillus cereus AH603] >gb|EEL67287.1| Proteína A de la cubierta de espora [Bacillus cereus AH603] 53 70 L...DYV
ZP_04180582.1
Proteína A de la cubierta de espora [Bacillus cereus AH1272] >gb|EEL87731.1| Proteína A de la cubierta de espora [Bacillus cereus AH 1272] 53 70 L...DYV
ZP_04150084.1
Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus pseudomycoides DSM 12442] >gb|EEM18231.1| Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus pseudomycoides DSM 12442] 51 67 L...TYP
YP_003639715.1
Bilirrubina oxidasa [Thermincola sp. JR] >gb|ADG81814.1| Bilirrubina oxidasa [Thermincola potens JR] 53 68 L...VFP
ZP_04155855.1
Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus mycoides Rock3-17] >gb|EEM12426.1| Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus mycoides Rock3-17] 52 67 L...TYP
ZP_04161675.1
Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus mycoides Rock1-4] >gb|EEM06612.1| Oxidasa multicobre, tipo 2 [Bacillus mycoides Rock1-4] 52 67 L...TYP
ZP_08642538.1
proteína A de la cubierta de espora [Brevibacillus laterosporus LMG 15441] >gb|EGP32769.1| proteína A de la cubierta de espora [Brevibacillus laterosporus LMG 15441] 51 68 L...TYV
ZP_08679639.1
proteína A de la cubierta de espora [Sporosarcina newyorkensis 2681] >gb|EGQ24147.1| proteína A de la cubierta de espora [Sporosarcina newyorkensis 2681] 50 65 L...RYV
YP_001697777.1
proteína A de la cubierta de espora [Lysinibacillus sphaericus C3-41] >gb|ACA39647.1| Proteína A de la cubierta de espora [Lysinibacillus sphaericus C3-41] 52 67 L...NYM
ZP_05132033.1
proteína de la cubierta de espora [Clostridium sp. 7_2_43FAA] >gb|EEH98927.1| proteína de la cubierta de espora [Clostridium sp.7_2_43FAA] 51 65 L...NYV
ZP_01723401.1
proteína de la cubierta de espora (externa) [Bacillus sp. B14905] >gb|EAZ86095.1| proteína de la cubierta de espora (externa) B14905] 52 66 L...NYM
ZP_07051936.1
proteína A de la cubierta de espora [Lysinibacillus fusiformis ZC1]>gb|EFI66832.1| proteína A de la cubierta de espora [Lysinibacillus fusiformis ZC1] 50 66 L...NYM
Con el fin de crear una imagen más general de la estructura de las secuencias relacionadas, se realizaron alineamientos múltiples de las secuencias reveladas. Se descargaron más de las 30 secuencias más similares que oscilaban del 98 al 50 % de identidad con las secuencias de búsqueda al software VectorNTI® (Invitrogen) y se
5 dispusieron en un alineamiento múltiple en el mismo orden que en la lista de BLAST (Figura 4). El alineamiento confirmó la naturaleza única de las presentes sustituciones de aminoácidos.
Pueden introducirse mutaciones correspondientes a la mutación Q386 y/o la mutación triple P487/W488/F489 mostrada en SEQ ID NO:3 a cualquiera de las secuencias de aminoácidos desveladas en el presente documento, u otras secuencias homólogas, por métodos convencionales conocidos en la técnica, tales como mutagénesis dirigida 10 al sitio, con el fin de mejorar su actividad de lacasa en condiciones alcalinas. Kits para realizar la mutagénesis dirigida al sitio están comercialmente disponibles en la técnica (por ejemplo, kit de mutagénesis dirigida al sitio QuikChange® II XL por Agilent Technologies). Métodos adecuados adicionales para introducir las mutaciones anteriores en un gen recombinante se desvelan, por ejemplo, en Methods in Molecular Biology, Vol 182, "In vitro mutagenesis protocols", Eds Jeff Braman, Humana Press 2002). Así, en el presente documento, se proporcionan 15 variantes de lacasa o mutantes que comprenden glutamina (Q) en una posición que se corresponde con la posición
7
imagen4
imagen5

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  1. imagen1
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